KR102000469B1 - Tomato spotted wilt virus disease resistance gene Tsw specific primer set for pepper cultivar and uses thereof - Google Patents

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황덕주
박상렬
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Abstract

The present invention relates to a primer set specific to Tsw, a gene resistant to a tomato spotted wilt virus (TSWV), and to a usage thereof, and more specifically to a primer set for identifying red pepper varieties resistant or sensitive to TSWV, a kit comprising the primer set, and a method for identifying red pepper varieties resistant or sensitive to TSWV using the primer set. According to the present invention, a PCR execution using the primer set specific to Tsw genes enable specific detection of the Tsw genes, genes resistant against TSVW in a red pepper plant, thereby being used in identifying red pepper varieties resistant or sensitive to TSWV. Accordingly, since there is no need for a progeny test which should be executed for each generation for growing red peppers resistant to TSWV, time, costs and efforts for growing can be reduced.

Description

고추 TSWV 병 저항성 유전자 Tsw 특이적 프라이머 세트 및 이의 용도{Tomato spotted wilt virus disease resistance gene Tsw specific primer set for pepper cultivar and uses thereof}The pepper TSWV disease resistance gene Tsw-specific primer set and its use {Tomato spotted wilt virus disease resistance gene Tsw specific primer set for pepper cultivar and uses thereof}

본 발명은 토마토반점위조바이러스(Tomato spotted wilt virus, TSWV) 병 저항성 유전자인 Tsw에 특이적인 프라이머 세트 및 이의 용도에 관한 것이다. 보다 상세하게는 TSWV 병 저항성 또는 감수성 고추 품종 판별용 프라이머 세트, 상기 프라이머 세트를 포함하는 키트 및 상기 프라이머 세트를 이용한 TSWV 병 저항성 또는 감수성 고추 품종 판별 방법에 관한 것이다.The present invention relates to a primer set specific to Tsw , a Tomato spotted wilt virus (TSWV) disease resistance gene, and its use. More particularly, the present invention relates to a primer set for TSWV disease-susceptible or susceptible pepper variety identification, a kit including the primer set, and a method for discriminating TSWV disease-susceptible or susceptible pepper cultivars using the primer set.

토마토반점위조바이러스(Tomato spotted wilt virus, TSWV)는 부니아바이러스과(Bunyaviridae family), 토스포바이러스속(Tospovirus genus)에 속하며, 1920년대에 처음 발견되었다. TSWV의 유전체는 3부분으로 나뉘어져 있는 분절형 유전체(segmented genome)이며, 약 80~110㎚ 크기의 RNA로 구성되어 있다. TSWV는 기주 범위가 매우 넓어 약 900종의 식물을 감염시킬 수 있다. 구체적으로, TSWV는 담배, 토마토, 샐러리, 땅콩, 고추, 대두, 감자, 완두, 가지, 시금치, 상추, 오이, 양배추, 엽채류 등의 작물을 침해하며 이외에도 국화 등 다양한 종류의 화훼와 잡초를 기주로 삼는다. 다양한 종의 총채벌레(총채벌레과(Thripidae), 총채벌레목(Thysanoptera)), 예컨대, 담배총채벌레(Frankliniella fusca), 꽃노랑총채벌레(F. occidentalis), 꽃송이총채벌레(F. schultzei), 오이총채벌레(Thrips palmi), 엉겅퀴총채벌레(T. setosus), 파총채벌레(T. tabaci), 볼록총채벌레(Scirtothrips) 등을 매개로 한 감염이 많다. 따라서, 총채벌레 제거가 가장 중요한 방제 수단 중 하나이다.Tomato spotted wilt virus (TSWV) belongs to the Bunyaviridae family, Tospovirus genus, and was first discovered in the 1920s. The genome of the TSWV is a segmented genome divided into three parts and consists of RNAs of about 80-110 nm in size. TSWV has a very broad host range and can infect about 900 plants. Specifically, TSWV violates crops such as tobacco, tomato, celery, peanut, pepper, soybean, potato, pea, eggplant, spinach, lettuce, cucumber, cabbage and leafy vegetables. I will. Thripidae (Thripidae), Thysanoptera) of various species, such as tobacco thrush ( Frankliniella fusca), flower thrips (F. occidentalis), blossom thrips (F. schultzei), cucumber thrips (Thrips palmi), thistle thrips (T. setosus), par thrips (T. tabaci), the convex side dish Scirtothrips and many other infections. Therefore, the removal of thrips is one of the most important control measures.

한편, 고추에서는 꽃노랑총채벌레(F. occidentalis)가 주된 매개충이며, TSWV에 전염된 고추는 수확량이 감소하고 과실의 품질이 저하된다. TSWV와 같은 바이러스에 의한 병은 화학적 또는 생물적 방제가 매우 어렵고, 국내에 만연한 총채벌레에 의해 전염될 수 있기 때문에 TSWV 저항성 품종의 육성이 절실하다. On the other hand, in the red pepper, the flower yellow thrips ( F. occidentalis ) is the main parameter, and the red pepper transmitted to the TSWV decreases the yield and the quality of the fruit decreases. Viruses such as TSWV are highly resistant to chemical or biological control, and can be transmitted by domestic worms, so it is urgent to cultivate TSWV resistant varieties.

여러 연구 그룹에서 TSWV 저항성을 연구했는데, 캡시쿰 치넨세(Capsicum Chinense) 및 캡시쿰 바카툼(C. baccatum) 종 'PI152225', 'PI159236', 'CNPH-275', 'PI-15', 'C00943', '7204', 'ECU-973'에서 저항성 유전자원을 찾았다. 대립유전자 검정(allelism test) 결과 캡시쿰 치넨세에 속하는 'PI159236', 'PI152225', 'CNPH-275', '7204'의 TSWV 저항성이 단일 우성 유전자에 의해 유전된다는 사실을 확인했고, 그 유전자가 하나의 유전자좌 'Tsw'에 위치한다는 것을 확인하였다. TSWV에 대한 주동 저항성 유전자(major resistance gene)인 Tsw는 캡시쿰 치넨세(Capsicum Chinense)에서 맵핑(mapping) 되었으며, 2014년 이의 cDNA 염기서열이 밝혀졌다. I studied the resistance to TSWV in several research groups, three Chinen capsicum (Capsicum Chinense) and capsicum Bakar Tomb (C. baccatum) species' PI152225 ',' PI159236 ', ' CNPH-275 ',' PI-15 ',' C00943 ',' 7204 ', and' ECU-973 '. As a result of the allelism test, it was confirmed that TSWV resistance of 'PI159236', 'PI152225', 'CNPH-275', and '7204' belonging to Capsicum annuinense was inherited by a single dominant gene. It is confirmed that the locus is located in one locus ' Tsw '. The major resistance gene for TSWV, Tsw, was mapped in Capsicum Chinense and its cDNA sequence was identified in 2014.

또한, 최근의 분자유전학적인 연구에 의해 Tsw 유전자가 염색체 10번에 위치한다는 사실이 밝혀졌으며, 2개의 연구 그룹은 Tsw 저항성 유전자를 이용한 효율적인 육종을 위하여 RAPD(random amplified polymorphic DNA) 및 RFLP(restriction fragment length polymorphism)를 이용하여 저항성 유전자 연관 분자마커를 개발하였다(Moury et al., Genome, 2000, 43(1):137-142, 2000). 그 중 한 연구 그룹에서는 유전적 거리가 가까우면서도 비교적 분석이 용이한 PCR-기반 분자마커인 SCAC568을 개발했다. 그러나 SCAC568은 Tsw 유전자좌로부터 1cM 이상 떨어져 있어, 육종 소재의 TSWV 저항성 유전형을 분석하는 데 한계가 있다.In addition, recent molecular genetic studies have shown that the Tsw gene is located on chromosome 10, and two research groups have used random amplified polymorphic DNA (RAPD) and restriction fragment (RFLP) for efficient breeding using the Tsw- length polymorphism (Moury et al. , Genome , 2000, 43 (1): 137-142, 2000). One group of researchers developed the SCAC568, a PCR-based molecular marker that is relatively easy to analyze with near genetic distance. However, SCAC568 is more than 1 cM away from the Tsw locus, so there is a limit to analyze the TSWV resistance genotype of breeding material.

한편, 한국등록특허 제10-0984169호에는 'TMV 저항성 고추 품종을 선별하기 위한 프라이머 세트, 방법 및 키트'가 개시되어 있고, 한국등록특허 제10-1242426호에는 'PMMoV 저항성 고추 품종을 선별하기 위한 프라이머 세트, 방법 및 키트'가 개시되어 있다. 그러나 본 발명에서와 같이 TSWV 병 저항성 유전자인 Tsw를 특이적으로 검출할 수 있는, 토마토반점위조바이러스 병 저항성 또는 감수성 품종 판별용 프라이머 세트, 방법 및 키트에 대해서는 개시된 바가 전혀 없다.Korean Patent No. 10-0984169 discloses a primer set, method and kit for selecting TMV resistant pepper cultivars. Korean Patent No. 10-1242426 discloses a primer set, method and kit for selecting TMM resistant pepper cultivars. Primer set, method and kit '. However, no primer sets, methods, and kits for discriminating tomato-spotted- fowl virus resistant or susceptible varieties capable of specifically detecting TSWV disease resistance gene Tsw as described in the present invention have been disclosed.

이러한 배경하에서, 본 발명자들은 중합효소 연쇄반응(polymerase chain reaction, PCR)법을 통해 간편하게 TSWV 병 저항성 유전자인 Tsw 유전자의 유무를 결정할 수 있는, Tsw 유전자에 특이적인 프라이머 세트 및 이를 포함하는 검출방법을 개발함으로써, 본 발명을 완성하게 되었다.Under these circumstances , the inventors of the present invention have found that the TSWV disease resistance gene Tsw ( TSWV) can be easily transformed by the polymerase chain reaction A primer set specific to the Tsw gene capable of determining the presence or absence of a gene and a detection method including the primer set have been completed.

한국등록특허 제10-0984169호Korean Patent No. 10-0984169 한국등록특허 제10-1242426호Korean Patent No. 10-1242426

Moury et al., Genome, 2000, 43(1):137-142, 2000Moury et al., Genome, 2000, 43 (1): 137-142, 2000

본 발명의 목적은 토마토반점위조바이러스(Tomato spotted wilt virus, TSWV) 병 저항성 유전자인 Tsw에 특이적으로 혼성화되는 TSWV 병 저항성 또는 감수성 고추 품종 판별용 프라이머 세트, 상기 프라이머 세트를 포함하는 키트 및 상기 프라이머 세트를 이용한 TSWV 병 저항성 또는 감수성 고추 품종 판별 방법을 제공하기 위한 것이다.The object of the present invention is to provide a primer set for TSWV disease resistance or susceptible pepper variety discrimination which is hybridized specifically to Tsw , a Tomato spotted wilt virus (TSWV) disease resistance gene, a kit comprising the primer set, Set of the present invention is to provide a TSWV disease resistance or susceptible pepper variety discrimination method.

상기의 목적을 달성하기 위한 하나의 양태로서, 본 발명은 토마토반점위조바이러스(Tomato spotted wilt virus, TSWV) 병 저항성 또는 감수성 고추 품종 판별용 프라이머 세트를 제공한다. In order to achieve the above object, the present invention provides a primer set for Tomato spotted wilt virus (TSWV) disease resistant or susceptible pepper variety identification.

다른 하나의 양태로서, 본 발명은 상기 프라이머 세트 및 증폭 반응을 수행하기 위한 시약을 포함하는, 토마토반점위조바이러스 병 저항성 또는 감수성 고추 품종 판별용 키트를 제공한다.In another aspect, the present invention provides a kit for discriminating tomato-spotted-fungus virus-resistant or susceptible pepper cultivars, comprising the primer set and a reagent for carrying out an amplification reaction.

또 다른 하나의 양태로서, 본 발명은 a) 고추 시료에서 게놈 DNA를 분리하는 단계; b) 상기 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 서열번호 3 및 서열번호 4의 프라이머 세트를 이용하여 PCR(polymerase chain reaction)을 수행하여 표적 서열을 증폭하는 단계; 및 c) 상기 b) 단계의 PCR 증폭 산물을 검출하는 단계;를 포함하는, 토마토반점위조바이러스 병 저항성 또는 감수성 고추 품종 판별 방법을 제공한다.In another embodiment, the present invention provides a method for producing a pepper sample comprising the steps of: a) separating genomic DNA from a pepper sample; b) amplifying the target sequence by performing PCR (polymerase chain reaction) using the separated genomic DNA as a template and using the primer set of SEQ ID NO: 3 and SEQ ID NO: 4; And c) detecting the PCR amplification product of step b). The present invention also provides a method for identifying tomato susceptible viral disease resistant or susceptible pepper cultivars.

본 발명에 따른 Tsw 유전자에 특이적인 프라이머 세트를 이용한 PCR 수행을 통해, 고추 식물체에서 TSWV 병 저항성 유전자인 Tsw 유전자를 특이적으로 검출할 수 있으므로 TSWV 병 저항성 또는 감수성 고추 품종을 효율적으로 판별하는데 유용하게 사용할 수 있다. 이에 따라, TSWV에 대한 저항성 고추 육종을 위해 매 세대마다 해야 하는 후대 검정을 실시하지 않아도 되므로 육종에 소요되는 시간, 비용 및 노력을 절감할 수 있다. The Tsw Since the TSWV disease resistance gene, Tsw gene, can be specifically detected in pepper plants through PCR using a primer set specific for the gene, TSWV disease resistance or susceptible pepper varieties can be effectively used for discrimination. As a result, it is not necessary to carry out a follow-up test for each generation of resistant pepper breeding to TSWV, which can save time, cost and effort required for breeding.

도 1은 본 발명의 일실시예에 따라 '칼라짱'과 '녹광' 고추 품종에서 Tsw/tsw의 첫 번째 인트론(intron) 영역이 포함된 부위를 클로닝 하고자 수행한 그래디언트(gradient) PCR 결과를 나타낸 전기영동 사진이다.
도 2는 본 발명의 일실시예에 따라 '칼라짱'과 '녹광' 고추 품종의 클로닝한 증폭 산물에 대해 분석한 염기서열을 대조하여 나타낸 도이다. 여기에서, 빨간색 화살표는 상기 염기서열 대조 분석 결과를 토대로 도출한 Tsw 저항성 유전자 특이적 프라이머 서열을 표시한 것이다.
도 3은 본 발명의 일실시예에 따라 '칼라짱'과 '녹광' 고추 품종의 gDNA를 주형으로 사용하고, Tsw 저항성 유전자 특이적 프라이머 세트(Tsw_2595F(서열번호 3) 및 Tsw_Intron_114R(서열번호 4))를 이용하여 수행한 그래디언트(gradient) PCR 결과를 나타낸 전기영동 사진이다.
도 4는 본 발명의 일실시예에 따라 Tsw/tsw 교배 집단의 58개 고추 식물체의 gDNA를 주형으로 사용하고, Tsw 저항성 유전자 특이적 프라이머 세트(Tsw_2595F(서열번호 3) 및 Tsw_Intron_114R(서열번호 4))를 이용하여 수행한 PCR 결과를 나타낸 전기영동 사진이다.
FIG. 1 shows a gradient PCR performed to clone a region containing the first intron region of Tsw / tsw in ' Kola- chan' and ' Green Kwangyu ' pepper cultivars according to an embodiment of the present invention It is an electrophoresis photograph.
FIG. 2 is a diagram showing the nucleotide sequences analyzed for cloned amplified products of 'Kola-chan' and 'Green Kwang' red pepper varieties according to an embodiment of the present invention. Here, the red arrow indicates Tsw derived from the above-described nucleotide sequence comparison analysis result Specific primer sequences.
FIG. 3 is a graph showing the results of using gDNA of ' Kola- chan' and 'Kwangwang' red pepper varieties as a template according to an embodiment of the present invention, and Tsw 1 is an electrophoresis image showing gradient PCR performed using a resistance gene specific primer set (Tsw_2595F (SEQ ID NO: 3) and Tsw_Intron_114R (SEQ ID NO: 4)).
FIG. 4 is a graph showing the results of using gDNA of 58 pepper plants of the Tsw / tsw mating group as a template according to an embodiment of the present invention, and Tsw 1 is an electrophoresis image showing the result of PCR performed using a resistance gene specific primer set (Tsw_2595F (SEQ ID NO: 3) and Tsw_Intron_114R (SEQ ID NO: 4)).

본 발명은 토마토반점위조바이러스(Tomato spotted wilt virus, TSWV) 병 저항성 유전자인 Tsw에 특이적인 프라이머 세트 및 이의 용도에 관한 것으로, 보다 상세하게는 TSWV 병 저항성 또는 감수성 고추 품종 판별용 프라이머 세트, 상기 프라이머 세트를 포함하는 키트 및 상기 프라이머 세트를 이용한 TSWV 병 저항성 또는 감수성 고추 품종 판별 방법에 관한 것이다.The present invention relates to a primer set specific to Tsw , a Tomato spotted wilt virus (TSWV) disease resistance gene and its use, and more particularly to a primer set for TSWV disease resistance or susceptible pepper variety identification, Kit and a method for discriminating TSWV disease-susceptible or susceptible pepper cultivars using the primer set.

하나의 양태로서, 본 발명은 서열번호 3 및 서열번호 4로 표시되는 토마토반점위조바이러스(Tomato spotted wilt virus, TSWV) 병 저항성 또는 감수성 고추 품종 판별용 프라이머 세트를 제공한다.In one embodiment, the present invention provides a primer set for Tomato spotted wilt virus (TSWV) disease-resistant or susceptible pepper varieties identified by SEQ ID NO: 3 and SEQ ID NO: 4.

본 발명에서 용어 "토마토반점위조바이러스(Tomato spotted wilt virus, TSWV) 병"은 토마토반점위조바이러스(TSWV)에 의해 유발되는 병으로, 일명 칼라병으로도 일컬어진다. TSWV는 기주 범위가 매우 넓어 약 900종의 식물을 감염시킬 수 있으며, 상세하게는 고추, 담배, 토마토, 셀러리, 땅콩, 대두, 감자, 완두, 가지, 시금치, 상추, 오이, 양배추, 엽채류 등의 작물을 침해하고 이외에도 국화 등 다양한 종류의 화훼와 잡초를 기주로 삼는다. 상기 TSWV 병은 TSWV를 체내에 보유하고 있는 10여 종의 총채벌레에 의해 주로 전염되는 것으로 알려져 있다. TSWV는 어린 묘 시기에 감염되어 새순이 괴사하고 식물체가 죽음에 이르게 되며, 잎과 과일에 전형적인 원형 반점과 울퉁불퉁한 기형이 발생하고, 줄기도 갈색 반점이 생기거나 갈변하는 증상을 나타낸다. The term " Tomato spotted wilt virus (TSWV) disease "in the present invention is a disease caused by tomato spotting virus (TSWV), also referred to as a color disease. TSWV has a wide range of host strains and can infect about 900 plants. In detail, TSWV can infect about 900 species of plants, including pepper, tobacco, tomato, celery, peanut, soybean, potato, pea, eggplant, spinach, lettuce, cucumber, cabbage, In addition to infringing crops, we also use various kinds of flowers and weeds as a host. It is known that the TSWV disease is mainly transmitted by 10 kinds of worms possessing TSWV in the body. TSWV is infected with young seedlings, resulting in necrosis and death of plants. Typical round spots and rugged anomalies occur in the leaves and fruits, and the stems also have brown spots or browning symptoms.

본 발명에서 용어 "저항성(resistance)"은 토마토반점위조바이러스(TSWV)에 대해 견디는 고추 품종의 성질을 의미하며, 용어 "감수성(susceptibility)"은 토마토반점위조바이러스(TSWV)에 약한 고추 품종의 성질을 의미한다.The term "resistance" in the present invention refers to the nature of the pepper varieties resistant to tomato spotting virus (TSWV), and the term "susceptibility" refers to the properties of pepper varieties that are susceptible to tomato spotting virus .

본 발명에서 용어 "판별"은 고추 품종 시료로부터, 본 발명의 프라이머 세트에 의해 토마토반점위조바이러스(TSWV)에 대한 저항성 또는 감수성을 판단하여 구별 또는 선별하는 것을 의미하며, '구별' 또는 '선별'과 혼용하여 사용할 수 있다.The term "discrimination" in the present invention means judging or distinguishing or selecting the resistance or susceptibility to tomato spotting virus (TSWV) from the pepper cultivar sample by the primer set of the present invention, Can be used in combination.

본 발명에서 용어 "프라이머(primer)"는 카피하려는 핵산 가닥에 상보적인 단일 가닥 올리고뉴클레오티드 서열을 말하며, 프라이머 연장 산물의 합성을 위한 개시점으로 작용할 수 있다. 상기 프라이머의 길이 및 서열은 연장 산물의 합성을 시작하도록 허용해야 하며, 프라이머의 구체적인 길이 및 서열은 요구되는 DNA 또는 RNA 표적의 복합도(complexity) 뿐만 아니라 온도 및 이온 강도와 같은 프라이머 이용 조건에 의존할 것이다.The term "primer " as used herein refers to a single stranded oligonucleotide sequence complementary to a nucleic acid strand to be copied, and may serve as a starting point for the synthesis of a primer extension product. The length and sequence of the primer should allow for the start of synthesis of the extended product and the specific length and sequence of the primer will depend on the complexity of the desired DNA or RNA target as well as the primer usage conditions such as temperature and ionic strength something to do.

본 발명에 있어서, 상기 프라이머는 DNA 삽입(intercalating) 형광, 인광 또는 방사성을 발하는 물질을 더 포함할 수 있으며, 이에 제한되지 않는다. 바람직하게는, 상기 표지 물질은 FAM 또는 HEX이다. 표적 서열의 증폭시 대립유전자(allele) 특이적인 프라이머의 5'-말단에 FAM 또는 HEX를 표지하여 PCR을 수행하면 표적 서열이 검출 가능한 형광 표지 물질로 표지될 수 있다.In the present invention, the primer may further include, but is not limited to, a substance that emits intercalating fluorescence, phosphorescence, or radioactive. Preferably, the labeling substance is FAM or HEX. When the target sequence is amplified, FAM or HEX is labeled at the 5'-end of the allele-specific primer, and PCR is carried out, whereby the target sequence can be labeled with a detectable fluorescent labeling substance.

본 발명에서 용어 "프라이머 세트"는 복수의 프라이머를 의미한다. 또한, 프라이머 세트는 프라이머를 수용하기 위한 컨테이너를 더 포함할 수 있다. 프라이머는 짧은 자유 3' 말단 수산화기(free 3' hydroxyl group)를 가지는 염기 서열로 상보적인 주형(template)과 염기쌍을 형성할 수 있고 주형 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능을 하는 짧은 염기 서열을 의미한다. 프라이머는 적절한 완충용액 및 온도에서 중합반응을 위한 시약과 4가지 뉴클레오사이트 트리포스페이트의 존재하에서 DNA 합성을 개시할 수 있다. 프라이머는 올리고뉴클레오티드일 수 있으며, 올리고뉴클레오티드는 뉴클레오티드 유사체(analogue), 예를 들어, 포스포로티오에이트(phosphorothioate), 알킬포스포로티오에이트 또는 펩티드 헥산(peptide nucleic acid)를 포함할 수 있거나 삽입물질(intercalating agent)을 포함할 수 있다. 프라이머는 포스포르아미다이트법, 포스포디 에스테르법, 디에틸포스모르아미다이트법 등을 이용하는 화학 합성법을 통하여 제조될 수 있다. 또한, 프라이머 염기서열은 당해 분야에 공지된 수단에 의해 변형될 수 있다.The term "primer set" in the present invention means a plurality of primers. In addition, the primer set may further include a container for receiving the primer. Primer refers to a short nucleotide sequence that can form a base pair with a complementary template with a short free 3 'hydroxyl group and serves as a starting point for template strand copying . The primer can initiate DNA synthesis in the presence of a reagent for polymerization and four nucleoside triphosphates at the appropriate buffer solution and temperature. The primer may be an oligonucleotide and the oligonucleotide may comprise a nucleotide analogue such as phosphorothioate, alkylphosphorothioate or peptide nucleic acid, intercalating agent. The primer can be produced through a chemical synthesis method using a phosphoramidite method, a phosphodiester method, a diethylphosphoramidite method, or the like. In addition, the primer sequence may be modified by means known in the art.

본 발명의 프라이머 세트는 서열번호 3의 염기서열을 가지는 정방향 프라이머(Tsw_2595F) 및 서열번호 4의 염기서열을 가지는 역방향 프라이머(Tsw_Intron_114R)로 이루어진 것으로, 토마토반점위조바이러스(TSWV)에 대해 저항성 또는 감수성을 지닌 고추 품종을 선별하기 위한 마커(marker)로 이용된다. The primer set of the present invention is composed of a forward primer (Tsw_2595F) having a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 3 and a reverse primer (Tsw_Intron_114R) having a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 4 and is resistant to or susceptible to tomato spotting virus It is used as a marker to select the pepper cultivars.

상기 프라이머 세트는 토마토반점위조바이러스 병 저항성 유전자인 Tsw 유전자를 특이적으로 증폭시킬 수 있으며, 서열번호 5의 염기서열로 이루어진 216bp 핵산 단편을 증폭시키는 프라이머 세트일 수 있다.The primer set may specifically amplify the Tsw gene which is a resistance gene for tomato spotted viral disease and may be a primer set for amplifying a 216 bp nucleic acid fragment consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO:

본 발명에 있어서, 상기 프라이머 세트에 의해 216bp 크기의 산물이 증폭될 경우 TSWV 저항성 고추 품종으로 선별할 수 있고, 216bp 크기와 상이한 크기의 산물이 증폭될 경우 TSWV 감수성 고추 품종으로 선별할 수 있다.In the present invention, TSWV resistant pepper cultivars can be selected when the 216 bp product is amplified by the primer set, and TSWV susceptible pepper cultivars can be selected when the product having a size different from the size of 216 bp is amplified.

상기 "Tsw 유전자"는 캡시쿰 치넨세(Capsicum Chinense)에서 찾아낸 하나의 우성 유전자로, 고추 연관군 지도 10번에 위치하는 것으로 밝혀졌으며, 상기 유전자에 의해 고추에서 TSWV에 대한 저항성이 결정된다.The " Tsw gene" is a dominant gene found in Capsicum Chinense , which was found to be located in pepper-associated group map 10, and resistance to TSWV in pepper is determined by the gene.

본 발명에 있어서, 상기 "Tsw 유전자"는 Tsw/tsw 유전형으로 상용 판매되고 있는, 즉, TSWV 저항성 품종인 '칼라짱' 고추 품종 유래의 서열번호 5의 염기서열로 이루어진 것일 수 있다.In the present invention, the " Tsw gene" may be the one consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 5, which is commercially available as a Tsw / tsw genotype, that is, a variant of ' Kalachan ' pepper, which is a TSWV resistant strain .

본 발명의 일실시예에 있어서, Tsw/tsw 유전형으로 상용 판매되고 있는 '칼라짱' 고추 품종과 TSWV(Tomato spotted wilt virus) 병에 대하여 감수성으로 알려져 있는, tsw/tsw 유전형인 '녹광' 고추 품종의 클로닝한 증폭 산물에 대해 분석한 염기서열을 대조하고(도 2), 상기 대조하여 분석한 결과를 토대로 하여 Tsw 저항성 유전자 특이적 프라이머 세트를 제작하였다(표 2). 상기 제작한 프라이머 세트를 이용하여 '칼라짱'과 '녹광'의 각 게놈 DNA를 대상으로 PCR 증폭 반응을 수행한 결과, TSWV 저항성 품종인 '칼라짱'의 경우, 216bp 크기의 산물이 증폭되어 TSWV 감수성 품종인 '녹광'과는 증폭 산물의 크기에 있어 명확하게 구분됨을 확인하였다(도 3). In one embodiment of the present invention, Tsw / tsw genotype as commercially available is "color chan pepper varieties and TSWV (Tomato spotted wilt virus) which is known as susceptible to disease, tsw / tsw genotype is" nokgwang "Pepper Varieties (FIG. 2), and based on the result of the above-described analysis, Tsw Resistant gene-specific primer sets were prepared (Table 2). PCR amplification of each of the genomic DNAs of 'Kalachan' and 'Green' was carried out using the primer set. As a result, in the case of TSWV resistant 'Kalachan', the 216 bp product was amplified and TSWV It was confirmed that the amplification product was clearly distinguished from the susceptible varieties 'green light' (FIG. 3).

또한, 실제 TSWV 병 반응을 알고 있는 Tsw/tsw 교배 집단의 고추 식물체에 상기 프라이머 세트를 실질적으로 적용하여 PCR을 수행한 결과에서도 마찬가지로 실제 TSWV에 대해 저항성을 지닌 고추 식물체 모두에서 216bp 크기의 증폭 산물이 나타남을 확인하였다. 한편, 감수성을 지닌 고추 식물체의 경우에는 216bp 크기를 다소 벗어난 위치에서 밴드를 형성함을 확인하였다. 즉, 본 발명에 따른 프라이머 세트가 Tsw 저항성 유전자의 유무를 명확하게 구분할 수 있음을 확인하였다(도 4). In addition, as a result of performing PCR by practically applying the primer set to the pepper plants of the Tsw / tsw mating group in which the actual TSWV disease response was known, the pepper plants having resistance to the actual TSWV And amplified product of 216 bp was observed in all of them. On the other hand, in the case of the susceptible pepper plants, it was confirmed that the band was formed at a position slightly deviated from the size of 216 bp. That is, it was confirmed that the primer set according to the present invention can clearly distinguish the presence or absence of the Tsw resistance gene (FIG. 4).

이에, 본 발명에 따른 Tsw 저항성 유전자 특이적 프라이머 세트(Tsw_2595F(서열번호 3) 및 Tsw_Intron_114R(서열번호 4))를 TSWV 병 저항성 품종 및 감수성 품종을 판별하는데 유용하게 사용할 수 있다. Thus, the Tsw Resistance gene specific primer sets (Tsw_2595F (SEQ ID NO: 3) and Tsw_Intron_114R (SEQ ID NO: 4)) can be usefully used to identify TSWV disease resistant and susceptible varieties.

다른 하나의 양태로서, 본 발명은 상기 프라이머 세트 및 증폭 반응을 수행하기 위한 시약을 포함하는, 토마토반점위조바이러스 병 저항성 또는 감수성 고추 품종 판별용 키트를 제공한다.In another aspect, the present invention provides a kit for discriminating tomato-spotted-fungus virus-resistant or susceptible pepper cultivars, comprising the primer set and a reagent for carrying out an amplification reaction.

본 발명의 키트에서 상기 증폭 반응을 수행하기 위한 시약은 DNA 폴리머라제, dNTPs 및 버퍼(buffer) 등을 포함할 수 있다. 상기 dNTP 혼합물은 dATP, dCTP, dGTP, dTTP를 포함하며, 내열성 DNA 중합효소는 Taq DNA 중합효소, Tth DNA 중합효소 등 시판되는 내열성 중합효소를 이용할 수 있다. 또한, 본 발명의 키트는 최적의 반응 수행 조건을 기재한 사용자 안내서를 추가로 포함할 수 있다. 안내서는 키트 사용법, 예를 들면, PCR 완충액 제조 방법, 제시되는 반응 조건 등을 설명하는 인쇄물이다. 안내서는 팜플렛 또는 전단지 형태의 안내 책자, 키트에 부착된 라벨 및 키트를 포함하는 패키지의 표면상에 설명을 포함한다. 또한, 안내서는 인터넷과 같이 전기 매체를 통해 공개되거나 제공되는 정보를 포함한다.In the kit of the present invention, the reagent for carrying out the amplification reaction may include a DNA polymerase, dNTPs and a buffer. The dNTP mixture may include dATP, dCTP, dGTP, dTTP, and the heat-resistant DNA polymerase may be a commercially available heat-resistant DNA polymerase such as Taq DNA polymerase or Tth DNA polymerase. In addition, the kit of the present invention may further include a user guide describing optimal reaction performing conditions. The manual is a printed document that explains how to use the kit, for example, how to prepare PCR buffer, the reaction conditions presented, and so on. The manual includes instructions on the surface of the package including a brochure or leaflet in the form of a brochure, a label attached to the kit, and a kit. In addition, the brochure includes information that is disclosed or provided through an electronic medium such as the Internet.

또 다른 하나의 양태로서, 본 발명은 a) 고추 시료에서 게놈 DNA를 분리하는 단계; b) 상기 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 서열번호 3 및 서열번호 4의 프라이머 세트를 이용하여 PCR(polymerase chain reaction)을 수행하여 표적 서열을 증폭하는 단계; 및 c) 상기 b) 단계의 PCR 증폭 산물을 검출하는 단계;를 포함하는, 토마토반점위조바이러스 병 저항성 또는 감수성 고추 품종 판별 방법을 제공한다.In another embodiment, the present invention provides a method for producing a pepper sample comprising the steps of: a) separating genomic DNA from a pepper sample; b) amplifying the target sequence by performing PCR (polymerase chain reaction) using the separated genomic DNA as a template and using the primer set of SEQ ID NO: 3 and SEQ ID NO: 4; And c) detecting the PCR amplification product of step b). The present invention also provides a method for identifying tomato susceptible viral disease resistant or susceptible pepper cultivars.

본 발명의 방법은 고추 시료에서 게놈 DNA를 분리하는 단계를 포함한다. 상기 시료에서 게놈 DNA를 분리하는 방법은 당업계에 알려진 통상적인 방법을 통하여 이루어질 수 있으며, 그 방법은 페놀/클로로포름 추출법, SDS 추출법(Tai et al., Plant Mol. Biol. Reporter, 8: 297-303, 1990), CTAB 분리법(Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide; Murray et al., Nuc. Res., 4321-4325, 1980), 또는 상업적으로 판매되는 DNA 추출 키트를 이용하여 수행할 수 있다.The method of the present invention comprises isolating genomic DNA from pepper samples. The method for isolating the genomic DNA from the sample can be carried out by a conventional method known in the art and can be performed by a phenol / chloroform extraction method, a SDS extraction method (Tai et al., Plant Mol. Biol. Reporter, 8: 303, 1990), Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide (Murray et al., Nuc. Res., 4321-4325, 1980), or commercially available DNA extraction kits.

상기 분리된 고추 시료의 게놈 DNA를 주형으로 하고, 본 발명의 일실시예에 따른 프라이머 세트를 이용하여 증폭 반응을 수행하여 표적 서열을 증폭할 수 있다. 표적 핵산을 증폭하는 방법은 중합효소연쇄반응(PCR), 리가아제 연쇄반응(ligase chain reaction), 핵산 서열 기재 증폭(nucleic acid sequence-based amplification), 전사 기재 증폭 시스템(transcription-based amplification system), 가닥 치환 증폭(strand displacement amplification) 또는 Qβ 복제효소(replicase)를 통한 증폭 또는 당업계에 알려진 핵산 분자를 증폭하기 위한 임의의 기타 적당한 방법이 있다. 이 중에서, PCR이란 중합효소를 이용하여 표적 핵산에 특이적으로 결합하는 프라이머 쌍으로부터 표적 핵산을 증폭하는 방법이다. 이러한 PCR 방법은 당업계에 잘 알려져있으며, 상업적으로 이용가능한 키트를 이용할 수도 있다. PCR은 PCR 반응에 필요한 당업계에 공지된 여러 성분을 포함하는 PCR 반응 혼합액을 이용하여 수행될 수 있다. 상기 PCR 반응 혼합액에는 분석하고자 하는 고추 시료에서 추출된 게놈 DNA와 본 발명에서 제공되는 프라이머 세트 이외에 적당량의 DNA 중합효소, dNTP, PCR 완충용액 및 물을 포함한다. 상기 PCR 완충용액은 트리스-HCl(Tris-HCl), MgCl2, KCl 등을 포함한다. The target sequence can be amplified by performing amplification reaction using the genomic DNA of the separated pepper samples as a template and using a primer set according to an embodiment of the present invention. Methods for amplifying a target nucleic acid include polymerase chain reaction (PCR), ligase chain reaction, nucleic acid sequence-based amplification, transcription-based amplification system, Strand displacement amplification or amplification with Q [beta] replicase, or any other suitable method for amplifying nucleic acid molecules known in the art. Among them, PCR is a method of amplifying a target nucleic acid from a pair of primers that specifically bind to a target nucleic acid using a polymerase. Such PCR methods are well known in the art, and commercially available kits may be used. The PCR can be carried out using a PCR reaction mixture containing various components known in the art necessary for the PCR reaction. The PCR reaction mixture includes a suitable amount of DNA polymerase, dNTP, PCR buffer solution, and water in addition to the genomic DNA extracted from the pepper samples to be analyzed and the primer set provided in the present invention. The PCR buffer comprises Tris -HCl (Tris-HCl), MgCl 2, KCl and the like.

본 발명의 방법에 있어서, 상기 증폭된 표적 서열은 검출가능한 표지 물질로 표지될 수 있다. 상기 표지 물질은 형광, 인광 또는 방사성을 발하는 물질일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다. 상기 표지 물질은 FAM 또는 HEX일 수 있다. 표적 서열의 증폭시 프라이머의 5'-말단에 FAM 또는 HEX를 표지하여 PCR을 수행하면 표적 서열이 검출가능한 형광 표지 물질로 표지될 수 있다. 또한, 방사성 물질을 이용한 표지는 PCR 수행시 32P 또는 35S 등과 같은 방사성 동위원소를 PCR 반응액에 첨가하면 증폭 산물이 합성되면서 방사성이 증폭 산물에 혼입되어 증폭 산물이 방사성으로 표지될 수 있다. 표적 서열을 증폭하기 위해 이용된 프라이머 세트는 상기에 기재된 바와 같다.In the method of the present invention, the amplified target sequence may be labeled with a detectable labeling substance. The labeling substance may be a fluorescent, phosphorescent or radioactive substance, but is not limited thereto. The labeling substance may be FAM or HEX. When the target sequence is amplified, PCR is carried out by labeling FAM or HEX at the 5'-end of the primer, and the target sequence may be labeled with a detectable fluorescent labeling substance. When the radioactive isotope such as 32 P or 35 S is added to the PCR reaction solution, the amplification product may be synthesized and the radioactive substance may be incorporated into the amplification product and the amplification product may be labeled as radioactive. The primer set used to amplify the target sequence is as described above.

본 발명의 방법에 있어서, TSWV 병 저항성 또는 감수성 고추 품종 판별을 위한 방법은 상기 증폭 산물을 검출하는 단계를 포함하며, 상기 증폭 산물의 검출은 시퀀싱, DNA 칩, 겔 전기영동, 방사성 측정, 형광 측정 또는 인광 측정을 통해 수행될 수 있으나, 이에 제한되지 않는다. 증폭 산물을 검출하는 방법 중의 하나로서, 겔 전기영동을 수행할 수 있다. 겔 전기영동은 증폭 산물의 크기에 따라 아가로스 겔 전기영동 또는 아크릴아미드 겔 전기영동을 이용할 수 있다. 또한, 형광 측정 방법은 프라이머의 5'-말단에 FAM 또는 HEX를 표지하여 PCR을 수행하면 표적 서열이 검출 가능한 형광 표지 물질로 표지되며, 이렇게 표지된 형광은 형광 측정기를 이용하여 측정할 수 있다. 또한, 방사성 측정 방법은 PCR 수행시 32P 또는 35S 등과 같은 방사성 동위원소를 PCR 반응액에 첨가하여 증폭 산물을 표지한 후, 방사성 측정기구, 예를 들면, 가이거 계수기(Geiger counter) 또는 액체 섬광 계수기(liquid scintillation counter)를 이용하여 방사성을 측정할 수 있다.In the method of the present invention, a method for TSWV disease resistance or susceptible pepper cultivar identification comprises detecting the amplification product, wherein the detection of the amplification product is performed by sequencing, DNA chip, gel electrophoresis, Or phosphorescence measurement, but is not limited thereto. As one method of detecting the amplification product, gel electrophoresis can be performed. Gel electrophoresis can be performed using agarose gel electrophoresis or acrylamide gel electrophoresis depending on the size of the amplification product. In addition, in the fluorescence measurement method, FAM or HEX is labeled at the 5'-end of the primer and when the PCR is performed, the target sequence is labeled with a fluorescent label capable of detecting the fluorescence, and the fluorescence thus labeled can be measured using a fluorescence analyzer. In addition, in the case of performing the PCR, the radioactive isotope such as 32 P or 35 S is added to the PCR reaction solution to mark the amplification product, and then a radioactive measurement device such as a Geiger counter or liquid scintillation counter The radioactivity can be measured using a liquid scintillation counter.

이하, 실시예를 통하여 본 발명의 구성 및 효과를 더욱 상세히 설명하고자 한다. 이들 실시예는 오로지 본 발명을 예시하기 위한 것일 뿐, 본 발명의 범위가 이들 실시예에 의해 한정되는 것은 아니다.Hereinafter, the constitution and effects of the present invention will be described in more detail through examples. These examples are only for illustrating the present invention, and the scope of the present invention is not limited by these examples.

실시예Example 1:  One: 토마토반점위조바이러스Tomato spotted virus 병 저항성 유전자  Disease resistance gene TswTsw on 대한 특이적  Specific for hemp 커 개발Kerr Development

토마토반점위조바이러스(Tomato spotted wilt virus, TSWV) 병(disease) 저항성 유전자인 Tsw에 대한 특이적 마커를 개발하기 위해, Tsw/tsw 유전형으로 상용 판매되고 있는 '칼라짱' 고추 품종과 TSWV 병에 대하여 감수성으로 알려져 있는, tsw/tsw 유전형인 '녹광' 고추 품종을 이용하여 Tsw 유전자 부위의 염기서열을 분석하고, 이를 토대로 Tsw 저항성 유전자 특이적 프라이머 세트를 제작하였다.Tomato spotted wilt virus (TSWV) To develop a specific marker for Tsw , a disease resistance gene, the ' Tsh / tsw' genotype, 'Kalla Chan' varieties and TSWV disease known as sensitivity, tsw / tsw genotype of 'nokgwang' pepper varieties used to analyze the nucleotide sequence of the gene regions Tsw and Tsw based on this resistance A gene-specific primer set was prepared.

실시예Example 1-1:  1-1: 토마토반점위조바이러스Tomato spotted virus 병 저항성 품종과 감수성 품종의 염기서열 분석 Sequence analysis of disease-resistant and susceptible varieties

Tsw/tsw 유전형으로 상용 판매되고 있는 '칼라짱' 고추 품종과 TSWV(Tomato spotted wilt virus) 병에 대하여 감수성으로 알려져 있는, tsw/tsw 유전형인 '녹광' 고추 품종으로부터 게놈 DNA(genomic DNA, gDNA)를 분리하였다. Genomic DNA (gDNA) was isolated from the ' tsw / tsw ' genotype of 'green' pepper, which is known to be susceptible to ' Tsw / tsw' genotypes and 'TSWV (Tomato spotted wilt virus) .

이후, '칼라짱'과 '녹광' 고추 품종에서 Tsw/tsw의 첫 번째 인트론(intron) 영역이 포함된 부위를 클로닝(cloning) 하고자, 기지(旣知, known)의 Tsw cDNA 영역 중에서 첫 번째 인트론(intron) 부분을 포함하고 있을 것으로 예상되는 영역으로부터 하기 표 1의 프라이머 세트를 제작하고, 이를 이용하여 상기 두 품종의 gDNA에 대해 57℃ 내지 68℃ 범위의 어닐링(annealing) 온도 조건하에서 그래디언트(gradient) PCR을 수행하였다(도 1). 68℃의 온도 조건하에서 PCR을 수행한 후 수득한 1,997bp 크기의 증폭 산물을 클로닝한 후, 염기서열을 완전 분석하였다. Then, in order to clone a region containing the first intron region of Tsw / tsw in ' Kalachan ' and ' Green Kwangyoo ' varieties, the first intron of the known Tsw cDNA region The primer set of the following Table 1 was prepared from the region expected to contain the intron portion and the gDNA of the two cultivars was annealed at an annealing temperature of 57 DEG C to 68 DEG C ) PCR was performed (Fig. 1). The PCR product was subjected to PCR under the temperature condition of 68 ° C. After amplification product of 1,997 bp was cloned, the base sequence was completely analyzed.

서열번호SEQ ID NO: 프라이머primer 명칭 designation 프라이머primer 방향 direction 서열(5'→3')The sequence (5 '- > 3') 1One Tsw_2544FTsw_2544F 정방향Forward 5`-CACACACTTTTACAGTGACACTGTTGAG-3`(28mer)5`-CACACACTTTTACAGTGACACTGTTGAG-3` (28mer) 22 Tsw_3088RTsw_3088R 역방향Reverse 5`-GCATCTTCATTTCAGGGCAGTTACG-3`(25 mer)5`-GCATCTTCATTTCAGGGCAGTTACG-3` (25 mer)

실시예Example 1-2:  1-2: 토마토반점위조바이러스Tomato spotted virus 병 저항성 품종 및 감수성 품종 판별을 위한  To identify disease-resistant and susceptible varieties TswTsw 저항성 유전자 특이적 Resistant gene specific 프라이머primer 설계 design

상기 실시예 1-1에서 '칼라짱'과 '녹광' 고추 품종의 클로닝한 증폭 산물에 대해 분석한 염기서열을 대조하고(도 2), 상기 대조하여 분석한 결과를 토대로 하여, 하기 표 2의 Tsw 저항성 유전자 특이적 프라이머 세트를 제작하였다. The nucleotide sequences analyzed for the cloned amplified products of the 'Kola-chan' and 'Green Kwangyu' varieties in Example 1-1 were compared with each other (FIG. 2) Tsw Resistant gene specific primer set.

서열번호SEQ ID NO: 프라이머primer 명칭 designation 프라이머primer 방향 direction 서열(5'→3')The sequence (5 '- > 3') 33 Tsw_2595FTsw_2595F 정방향Forward 5`-CCATTATATAGAGTCCCCTAATGGTC-3`(26mer)5`-CCATTATATAGAGTCCCCTAATGGTC-3` (26mer) 44 Tsw_Intron_114RTsw_Intron_114R 역방향Reverse 5`-CAATATTATAAAAGTTGGAACAAAGAGAGTAAC-3`(33 mer)5`-CAATATTATAAAAGTTGGAACAAAGAGAGTAAC-3` (33 mer)

한편, '칼라짱'과 '녹광' 고추 품종으로부터 분리한 gDNA를 주형(template)으로 사용하고, 상기 제작한 Tsw 저항성 유전자 프라이머 세트를 이용하여 57℃ 내지 68℃ 범위의 어닐링(annealing) 온도 조건하에서 그래디언트(gradient) PCR을 수행하였다. On the other hand, gDNA isolated from 'Kola-chan' and ' Green Kwangju ' varieties was used as a template, and Tsw Gradient PCR was performed under annealing temperature conditions ranging from 57 ° C to 68 ° C using a set of resistant gene primers.

그 결과, 도 3에 나타낸 바와 같이 Tsw 저항성 유전자 특이적으로 증폭이 일어남을 확인하였다. 구체적으로, 57℃의 어닐링 온도 조건하에서 Tsw/tsw 유전형인 '칼라짱' 고추 품종의 경우, 216bp 크기의 산물이 증폭되어 tsw/tsw 유전형인 '녹광' 고추 품종과는 증폭 산물의 크기에 있어 명확하게 구분됨을 확인하였다.As a result, as shown in Fig. 3, Tsw It was confirmed that amplification was specific to the resistance gene. Specifically, in the case of the ' Tsh / tsw ' genotype of ' Kola- chan' pepper cultivars under the annealing temperature of 57 ℃, 216 bp product was amplified and the ' tsw / tsw ' .

이를 통해, 토마토반점위조바이러스(Tomato spotted wilt virus, TSWV) 병에 대한 저항성 또는 감수성을 지닌 품종을 판별, 즉, Tsw/tsw 유전형을 구분하는데 있어, 상기 Tsw 저항성 유전자 특이적 프라이머 세트(Tsw_2595F(서열번호 3) 및 Tsw_Intron_114R(서열번호 4))를 유용하게 활용할 수 있음을 알 수 있었다.Through this, it is possible to identify a variety having resistance or susceptibility to Tomato spotted wilt virus (TSWV) disease, that is, Tsw / tsw In distinguishing genotypes, the Tsw It was found that a resistance gene specific primer set (Tsw_2595F (SEQ ID NO: 3) and Tsw_Intron_114R (SEQ ID NO: 4)) could be used advantageously.

실시예Example 2:  2: 토마토반점위조바이러스Tomato spotted virus 병 저항성 품종 및 감수성 품종 판별 Disease-resistant and susceptible varieties

상기 실시예 1-2에서 제작한 Tsw 저항성 유전자 특이적 프라이머 세트(Tsw_2595F(서열번호 3) 및 Tsw_Intron_114R(서열번호 4))를 이용하여, Tsw/tsw 교배 집단의 Tsw/tsw 유전형을 구분하였다.The Tsw < RTI ID = 0.0 > Resistance gene-specific primer set (Tsw_2595F (SEQ ID NO: 3) and Tsw_Intron_114R (SEQ ID NO: 4)) Tsw / tsw genotype of using, Tsw / tsw mating groups were divided.

구체적으로, 실제 TSWV(Tomato spotted wilt virus) 병 반응을 알고 있는 Tsw/tsw 교배 집단의 58개 고추 식물체로부터 게놈 DNA(genomic DNA, gDNA)를 분리한 후, 상기 Tsw 저항성 유전자 특이적 프라이머 세트(Tsw_2595F 및 Tsw_Intron_114R)를 이용하여 57℃의 어닐링 온도 조건하에서 PCR을 수행하였다. PCR 수행 후 전기영동을 실시하고, 216bp 크기의 Tsw 저항성 유전자 특이적 증폭 산물이 나타나는지 확인하였다. Specifically, the actual TSWV (Tomato spotted wilt virus) After removing the genomic DNA (genomic DNA, gDNA) from 58 pepper plants of Tsw / tsw mating group know the reaction bottle, the Tsw PCR was carried out under an annealing temperature condition of 57 캜 using a resistance gene specific primer set (Tsw_2595F and Tsw_Intron_114R). After PCR, electrophoresis was performed to confirm whether a 216 bp Tsw- specific gene-specific amplification product appeared.

그 결과, 도 4에 나타낸 바와 같이 실제 TSWV에 대해 저항성을 지닌 고추 식물체 모두에서 216bp 크기의 증폭 산물이 나타남을 확인하였다. 한편, 감수성을 지닌 고추 식물체의 경우에는 216bp 크기를 다소 벗어난 위치에서 밴드를 형성함을 확인하였다.As a result, as shown in Fig. 4, the pepper plants having resistance to the actual TSWV And amplified product of 216 bp was observed in all of them. On the other hand, in the case of the susceptible pepper plants, it was confirmed that the band was formed at a position slightly deviated from the size of 216 bp.

실제 TSWV 병 반응을 알고 있는 Tsw/tsw 교배 집단의 식물체에 Tsw 저항성 유전자 특이적 프라이머 세트(Tsw_2595F(서열번호 3) 및 Tsw_Intron_114R(서열번호 4))를 실질적으로 적용하여 PCR을 수행한 상기 결과를 통해, 실제 고추 식물체에서 상기 프라이머 세트를 이용하여 Tsw 저항성 유전자의 유무를 명확하게 구분할 수 있음을 확인하였다. In the Tsw / tsw mating group, which knows the actual TSWV disease response, Tsw PCR was carried out by practically applying the resistance gene specific primer sets (Tsw_2595F (SEQ ID NO: 3) and Tsw_Intron_114R (SEQ ID NO: 4)) to determine the presence or absence of the Tsw resistance gene in the actual pepper plants using the primer set In the case of

이에, 상기 Tsw 저항성 유전자 특이적 프라이머 세트(Tsw_2595F(서열번호 3) 및 Tsw_Intron_114R(서열번호 4))를 TSWV 병 저항성 품종 및 감수성 품종을 판별하는데 유용하게 사용할 수 있음을 알 수 있었다. Thus, the Tsw Resistance gene specific primer sets (Tsw_2595F (SEQ ID NO: 3) and Tsw_Intron_114R (SEQ ID NO: 4)) were found to be useful for discriminating TSWV disease resistant and susceptible varieties.

<110> Republic of Korea <120> Tomato spotted wilt virus disease resistance gene Tsw specific primer set and uses thereof <130> P18G10C0337 <160> 5 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 28 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Tsw_2544F <400> 1 cacacacttt tacagtgaca ctgttgag 28 <210> 2 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Tsw_3088R <400> 2 gcatcttcat ttcagggcag ttacg 25 <210> 3 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Tsw_2595F <400> 3 ccattatata gagtccccta atggtc 26 <210> 4 <211> 33 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Tsw_Intron_114R <400> 4 caatattata aaagttggaa caaagagagt aac 33 <210> 5 <211> 216 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Tsw gene <400> 5 ggtaatatat ctcaggggat taccagagtt ccaaaatttc tggccaacag ccaacaatgc 60 tatcaccgac tcaaatcctc tttttaatga aaaggtttgc ttctacacga ataagttttt 120 tttttgaagg ggttttatga attaatattt tagctttaac ttgagcaatc atatttataa 180 gatgttactc tctttgttcc aacttttata atattg 216 <110> Republic of Korea <120> Tomato spotted wilt virus disease resistance gene Tsw specific          primer sets and uses thereof <130> P18G10C0337 <160> 5 <170> KoPatentin 3.0 <210> 1 <211> 28 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Tsw_2544F <400> 1 cacacacttt tacagtgaca ctgttgag 28 <210> 2 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Tsw_3088R <400> 2 gcatcttcat ttcagggcag ttacg 25 <210> 3 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Tsw_2595F <400> 3 ccattatata gagtccccta atggtc 26 <210> 4 <211> 33 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> &Lt; 223 > Tsw_Intron_114R <400> 4 caatattata aaagttggaa caaagagagt aac 33 <210> 5 <211> 216 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Tsw gene <400> 5 ggtaatatat ctcaggggat taccagagtt ccaaaatttc tggccaacag ccaacaatgc 60 tatcaccgac tcaaatcctc tttttaatga aaaggtttgc ttctacacga ataagttttt 120 tttttgaagg ggttttatga attaatattt tagctttaac ttgagcaatc atatttataa 180 gatgttactc tctttgttcc aacttttata atattg 216

Claims (7)

서열번호 3 및 서열번호 4로 표시되는 토마토반점위조바이러스(Tomato spotted wilt virus, TSWV) 병 저항성 또는 감수성 고추 품종 판별용 프라이머 세트.
Tomato spotted wilt virus (TSWV) as set forth in SEQ ID NO: 3 and SEQ ID NO: 4, primer set for the identification of susceptible or susceptible pepper cultivars.
제1항에 있어서, 상기 프라이머 세트는 토마토반점위조바이러스 병 저항성 유전자인 서열번호 5의 Tsw 유전자를 특이적으로 증폭시키는 것인, 토마토반점위조바이러스 병 저항성 또는 감수성 고추 품종 판별용 프라이머 세트.
The primer set for discriminating tomato-spotted- fowl virus-resistant or susceptible pepper cultivars according to claim 1, wherein the primer set specifically amplifies the Tsw gene of SEQ ID NO: 5 which is a tomato spotted viral disease resistance gene.
제1항 또는 제2항의 프라이머 세트 및 증폭 반응을 수행하기 위한 시약을 포함하는, 토마토반점위조바이러스 병 저항성 또는 감수성 고추 품종 판별용 키트.
A kit for discriminating tomato-spotted-pox virus-resistant or susceptible pepper cultivars, comprising the primer set of claim 1 or 2 and a reagent for carrying out an amplification reaction.
제3항에 있어서, 상기 증폭 반응을 수행하기 위한 시약은 DNA 폴리머라제, dNTPs 및 버퍼(buffer)를 포함하는 것인, 토마토반점위조바이러스 병 저항성 또는 감수성 고추 품종 판별용 키트.
[Claim 4] The kit for discriminating tomato-spotted-fowl virus-resistant or susceptible pepper cultivars according to claim 3, wherein the reagent for performing the amplification reaction comprises DNA polymerase, dNTPs and a buffer.
a) 고추 시료에서 게놈 DNA를 분리하는 단계;
b) 상기 분리된 게놈 DNA를 주형으로 하고, 제1항 또는 제2항의 프라이머 세트를 이용하여 PCR(polymerase chain reaction)을 수행하여 표적 서열을 증폭하는 단계; 및
c) 상기 b) 단계의 PCR 증폭 산물을 검출하는 단계;를 포함하는, 토마토반점위조바이러스 병 저항성 또는 감수성 고추 품종 판별 방법.
a) separating the genomic DNA from the pepper sample;
b) amplifying the target sequence by performing PCR (polymerase chain reaction) using the separated genomic DNA as a template and using the primer set of claim 1 or 2; And
and c) detecting the PCR amplification product of step b). &lt; Desc / Clms Page number 19 &gt;
제5항에 있어서, 상기 증폭된 표적 서열은 형광, 인광 또는 방사성을 발하는 물질로 표지되어 있는 것인, 토마토반점위조바이러스 병 저항성 또는 감수성 고추 품종 판별 방법.
6. The method according to claim 5, wherein the amplified target sequence is labeled with a fluorescent, phosphorescent or radioactive substance.
제5항에 있어서, 상기 증폭 산물의 검출은 시퀀싱, DNA 칩, 겔 전기영동, 방사성 측정, 형광 측정 또는 인광 측정을 통해 수행되는 것인, 토마토반점위조바이러스 병 저항성 또는 감수성 고추 품종 판별 방법.6. The method according to claim 5, wherein the detection of the amplification product is performed by sequencing, DNA chip, gel electrophoresis, radioactivity measurement, fluorescence measurement or phosphorescence measurement.
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