KR101885609B1 - 교잡종 돼지의 도체중 형질 예측용 snp 마커 및 방법 - Google Patents

교잡종 돼지의 도체중 형질 예측용 snp 마커 및 방법 Download PDF

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Abstract

본 발명은 돼지의 육종에서 품질 개선에 유용하게 사용될 수 있는 교잡돼지의 도체중과 밀접한 관련이 있는 SNP 마커를 제공한다.

Description

교잡종 돼지의 도체중 형질 예측용 SNP 마커 및 방법{SNP marker for the prediction of carcass weight traits of hybrid pigs}
본 발명은 도체중 형질 예측용 SNP 마커 및 방법에 관한 것으로서, 더 상세하게는 교잡종 돼지의 도체중 형질 예측용 SNP 마커 및 방법에 관한 것이다.
도체중(carcass weight)은 양돈 농가에게 있어 중요한 경제형질로 도체중과 관련한 대부분이 미세위성 마커(microsatellite marker)를 이용한 linkage QTL 연구이다. MS 마커를 이용한 도체중과 연관된 QTL 분석은 마커 간의 간격이 넓기 때문에 게놈(genome) 전체를 설명하기에는 어려움이 있지만 최근 들어 SNP(single nucleotide polymorphism)를 이용한 대용량 고밀도의 상용칩(commercial chip)이 개발됨에 따라 가축의 경제형질에 영향을 주는 DNA 마커 또는 유전자를 찾기 위한 연구가 활발히 이루어지고 있다. 최근 국내에서는 재래가축을 이용한 신품종 개발에 관한 연구가 활발하게 진행되고 있으며 이중 돼지의 경우 한국재래돼지(Korean native pig, KNP)가 대표적으로 랜드레이스(Landrace)와 KNP의 교잡축군을 대상으로 상업용 칩을 이용한 도체중과의 관련성에 대한 보고가 있었다. KNP는 오랫동안 한반도의 기후와 풍토에도 잘 적응하는 강건성을 가지고 있으며, 육질이 좋아 한국 소비자에게 선호도가 높지만, 개량종에 비해 체구가 작고 등지방두께가 두껍고 사료효율, 도체중, 정육량 등이 낮아 생산성이 떨어져 상업적으로 이용가치가 낮은 단점이 있으나 듀록(Duroc)은 빠른 성장과 높은 산자수 등의 특성을 가지고 있어 한국에서 삼원교잡종의 종료 웅돈으로 많이 활용되고 있다. 이와 관련하여 대한민국 등록특허 제0794881호는 돼지 등지방 및 도체지방 선발에 활용 가능한 PIK3C3 유전자 유래 DNA marker의 개발에 대해 개시하고 있다.
그러나 상기선행기술의 경우, 한국재래돼지와 랜드레이스 두 품종의 교잡으로 생산된 교잡종 돼지의 도체지방 선발에 적합한 DNA 마커로 한국재래돼지와 듀록 품종의 교잡으로 생산된 교잡종 돼지에게는 적합하지 않다.
본 발명은 상기와 같은 문제점을 포함하여 여러 문제점들을 해결하기 위한 것으로서, 돼지의 육종에서 품질 개선에 유용하게 사용될 수 있는 교잡돼지의 도체중과 밀접한 관련이 있는 SNP 마커를 제공하는 것을 목적으로 한다. 그러나 이러한 과제는 예시적인 것으로, 이에 의해 본 발명의 범위가 한정되는 것은 아니다.
본 발명의 일 관점에 따르면, 하기의 폴리뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택되는 교잡종 돼지의 도체중 형질 예측용 폴리뉴클레오티드 또는 그에 상보적인 폴리뉴클레오티드:
서열번호 1의 핵산서열을 갖는 폴리뉴클레오티드로부터 선택되며 상기 서열번호 1의 401번째 염기가 G 또는 C인 단일염기다형(SNP) 부위를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 핵산으로 구성되는 폴리뉴클레오티드;
서열번호 2의 핵산서열을 갖는 폴리뉴클레오티드로부터 선택되며 상기 서열번호 2의 401번째 염기가 G 또는 A인 단일염기다형(SNP) 부위를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 핵산으로 구성되는 폴리뉴클레오티드;
서열번호 3의 핵산서열을 갖는 폴리뉴클레오티드로부터 선택되며 상기 서열번호 3의 401번째 염기가 C 또는 T인 단일염기다형(SNP) 부위를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 핵산으로 구성되는 폴리뉴클레오티드;
서열번호 4의 핵산서열을 갖는 폴리뉴클레오티드로부터 선택되며 상기 서열번호 4의 401번째 염기가 T 또는 C인 단일염기다형(SNP) 부위를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 핵산으로 구성되는 폴리뉴클레오티드;
서열번호 5의 핵산서열을 갖는 폴리뉴클레오티드로부터 선택되며 상기 서열번호 5의 401번째 염기가 C 또는 T인 단일염기다형(SNP) 부위를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 핵산으로 구성되는 폴리뉴클레오티드;
서열번호 6의 핵산서열을 갖는 폴리뉴클레오티드로부터 선택되며 상기 서열번호 6의 401번째 염기가 A 또는 G인 단일염기다형(SNP) 부위를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 핵산으로 구성되는 폴리뉴클레오티드;
서열번호 7의 핵산서열을 갖는 폴리뉴클레오티드로부터 선택되며 상기 서열번호 7의 401번째 염기가 T 또는 C인 단일염기다형(SNP) 부위를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 핵산으로 구성되는 폴리뉴클레오티드;
서열번호 8의 핵산서열을 갖는 폴리뉴클레오티드로부터 선택되며 상기 서열번호 8의 401번째 염기가 T 또는 C인 단일염기다형(SNP) 부위를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 핵산으로 구성되는 폴리뉴클레오티드;
서열번호 9의 핵산서열을 갖는 폴리뉴클레오티드로부터 선택되며 상기 서열번호 9의 401번째 염기가 A 또는 G인 단일염기다형(SNP) 부위를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 핵산으로 구성되는 폴리뉴클레오티드;
서열번호 10의 핵산서열을 갖는 폴리뉴클레오티드로부터 선택되며 상기 서열번호 10의 401번째 염기가 T 또는 C인 단일염기다형(SNP) 부위를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 핵산으로 구성되는 폴리뉴클레오티드;
서열번호 11의 핵산서열을 갖는 폴리뉴클레오티드로부터 선택되며 상기 서열번호 11의 401번째 염기가 A 또는 G인 단일염기다형(SNP) 부위를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 핵산으로 구성되는 폴리뉴클레오티가 제공된다.
본 발명의 다른 일 관점에 따르면, 상기 폴리뉴클레오티드를 포함하는 교잡종 돼지 도체중 형질 예측용 키트가 제공된다.
본 발명의 다른 일 관점에 따르면, 교잡종 돼지로부터 게놈 DNA를 추출하는 게놈 DNA 추출단계; 상기 게놈 DNA를 대상으로 PCR 반응을 통해 LRIG1을 암호화하는 게놈 핵산분자를 증폭하는 단계; 및 서열번호 8의 핵산서열을 갖는 폴리뉴클레오티드에서 401번째 염기가 T인지 또는 C인지 확인하는 단계를 포함하는, 교잡종 돼지의 도체중 형질 예측방법이 제공된다.
상기한 바와 같이 이루어진 본 발명의 일 실시예에 따르면, 교잡돼지의 도체중과 밀접한 관련이 있는 SNP 마커를 활용하여 품질 개선을 위한 돼지의 육종에 유용하게 사용될 수 있다. 물론 이러한 효과에 의해 본 발명의 범위가 한정되는 것은 아니다.
도 1은 본 발명의 일 실시예에 따라 교잡돼지의 도체중과 SNP 마커 사이의 관련성을 확인하기 위하여 GRAMMAR 방법을 통해 유전체연관분석(GWAS)을 수행한 그래프이다.
도 2는 본 발명의 일 실시예에 따라 유전체연관분석 결과 유의적인 값을 나타낸 후보유전자 내부의 가변(variation) SNPs와 기존의 SNP 마커 사이의 연관불평형 상태를 확인하기 위하여 연관불평형분석(linkage disequilibrium analysis)을 수행한 그래프이다.
용어의 정의:
본 문서에서 사용되는 "도체중(carcass weight, CW)"은 양돈 농가에게 있어 중요한 경제형질로 돼지의 도축과정에서 방혈, 내장 및 머리 등을 제거한 후 중량을 말하는데, 도체의 가격 형성에 직접적인 영향을 미치는 형질 중 하나로 등지방두께와 함께 등급판정의 1차 기준이 된다.
본 문서에서 사용되는 "단일염기다형(single-nucleotide polymorphism, SNP)"은 집단 내에서 또는 개체 내의 대립유전자 사이에 특정 좌위의 염기의 변화가 나타는 것을 의미한다.
본 문서에서 사용되는 "LRIG1(leucine-rich repeats and immunoglobulin-like domains 1)"은 LRIG1-knockout mice에서 소화 및 흡수와 관련된 장의 상피조직의 항상성 조절 역할의 유전자로 보인다고 보고되어있다.
발명의 상세한 설명:
본 발명의 일 관점에 따르면, 하기의 폴리뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택되는 교잡종 돼지의 도체중 형질 예측용 폴리뉴클레오티드 또는 그에 상보적인 폴리뉴클레오티드:
서열번호 1의 핵산서열을 갖는 폴리뉴클레오티드로부터 선택되며 상기 서열번호 1의 401번째 염기가 G 또는 C인 단일염기다형(SNP) 부위를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 핵산으로 구성되는 폴리뉴클레오티드;
서열번호 2의 핵산서열을 갖는 폴리뉴클레오티드로부터 선택되며 상기 서열번호 2의 401번째 염기가 G 또는 A인 단일염기다형(SNP) 부위를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 핵산으로 구성되는 폴리뉴클레오티드;
서열번호 3의 핵산서열을 갖는 폴리뉴클레오티드로부터 선택되며 상기 서열번호 3의 401번째 염기가 C 또는 T인 단일염기다형(SNP) 부위를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 핵산으로 구성되는 폴리뉴클레오티드;
서열번호 4의 핵산서열을 갖는 폴리뉴클레오티드로부터 선택되며 상기 서열번호 4의 401번째 염기가 T 또는 C인 단일염기다형(SNP) 부위를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 핵산으로 구성되는 폴리뉴클레오티드;
서열번호 5의 핵산서열을 갖는 폴리뉴클레오티드로부터 선택되며 상기 서열번호 5의 401번째 염기가 C 또는 T인 단일염기다형(SNP) 부위를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 핵산으로 구성되는 폴리뉴클레오티드;
서열번호 6의 핵산서열을 갖는 폴리뉴클레오티드로부터 선택되며 상기 서열번호 6의 401번째 염기가 A 또는 G인 단일염기다형(SNP) 부위를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 핵산으로 구성되는 폴리뉴클레오티드;
서열번호 7의 핵산서열을 갖는 폴리뉴클레오티드로부터 선택되며 상기 서열번호 7의 401번째 염기가 T 또는 C인 단일염기다형(SNP) 부위를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 핵산으로 구성되는 폴리뉴클레오티드;
서열번호 8의 핵산서열을 갖는 폴리뉴클레오티드로부터 선택되며 상기 서열번호 8의 401번째 염기가 T 또는 C인 단일염기다형(SNP) 부위를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 핵산으로 구성되는 폴리뉴클레오티드;
서열번호 9의 핵산서열을 갖는 폴리뉴클레오티드로부터 선택되며 상기 서열번호 9의 401번째 염기가 A 또는 G인 단일염기다형(SNP) 부위를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 핵산으로 구성되는 폴리뉴클레오티드;
서열번호 10의 핵산서열을 갖는 폴리뉴클레오티드로부터 선택되며 상기 서열번호 10의 401번째 염기가 T 또는 C인 단일염기다형(SNP) 부위를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 핵산으로 구성되는 폴리뉴클레오티드;
서열번호 11의 핵산서열을 갖는 폴리뉴클레오티드로부터 선택되며 상기 서열번호 11의 401번째 염기가 A 또는 G인 단일염기다형(SNP) 부위를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 핵산으로 구성되는 폴리뉴클레오티드가 제공된다.
상기 폴리뉴클레오티드에 있어서, 상기 교잡종 돼지는 듀록종과 한국재래종 사이의 교잡종일 수 있고 상기 교잡종 돼지는 F2일 수 있다.
본 발명의 다른 일 관점에 따르면, 상기 폴리뉴클레오티드를 포함하는 교잡종 돼지 도체중 형질 예측용 키트가 제공된다.
본 발명의 다른 일 관점에 따르면, 교잡종 돼지로부터 게놈 DNA를 추출하는 게놈 DNA 추출단계; 상기 게놈 DNA를 대상으로 PCR 반응을 통해 LRIG1을 암호화하는 게놈 핵산분자를 증폭하는 단계; 및 서열번호 8의 핵산서열을 갖는 폴리뉴클레오티드에서 401번째 염기가 T인지 또는 C인지 확인하는 단계를 포함하는, 교잡종 돼지의 도체중 형질 예측방법이 제공된다.
이하, 실시예를 통하여 본 발명을 더 상세히 설명한다. 그러나 본 발명은 이하에서 개시되는 실시예에 한정되는 것이 아니라 서로 다른 다양한 형태로 구현될 수 있는 것으로, 이하의 실시예는 본 발명의 개시가 완전하도록 하며, 통상의 지식을 가진 자에게 발명의 범주를 완전하게 알려주기 위해 제공되는 것이다.
실시예 1: 공시동물
본 발명의 일 실시예에 따라 듀록(Duroc)과 한국재래돼지(KNP)의 상호교배로 이루어진 3세대 교잡 축군을 공시동물로 사용하였다. 구체적으로, 9마리 순종 Duroc과 5마리의 순종 KNP와 교잡시켰고, F1 36두와 F2 346두(187 수컷, 158 암컷)를 생산하였다. 돼지의 도축은 제주시 애월읍 소재의 제주축협 도축장에서 24시간 계류 후 상업적 방법으로 도축하였으며, 도축 시 채혈을 실시하였고 Sucrose-proteinase K법을 이용하여 상기 혈액에서부터 genomic DNA(gDNA)를 추출하였다. 상기 추출된 gDNA는 NanoDrop ND-1000 spectrophotometer(Thermo, USA)로 흡광도를 측정하였고, A260/A280 1.8이상인 DNA를 50 ng/㎕로 희석하여 분석에 이용하였다.
실시예 2: 도체중 형질 측정 및 혼합모형분석
본 발명의 일 실시예에 따라 Duroc과 KNP 교잡축군의 F2 346두 도체중(carcass weight)은 190일령에 도축하여 측정하였다. 통계분석에 앞서 측정된 형질은 MINITAB 프로그램을 이용하여 정규성 분석(normality test)을 실시하고 이상치(outlier)를 제거하였다. 이후 ASREML 프로그램(VSN international Inc., UK)을 통해 집단 효과(family effect)를 감안한 잔차값을 하기 공식을 사용하여 구하였고 상기 잔차값(residual)을 유전체연관분석(genome wide association analysis)에 이용하였다.
Y = μ + s + α + ε - model1
(상기 공식에서 Y = 도체중 표현형, μ = 일반평균, s = 성의 고정효과, a = 랜덤 첨가 다유전자성 동물 효과, ε = 랜덤 잔류 오차를 의미함.)
그 결과, 하기 표 1과 같이, Duroc과 KNP의 F2 교잡축군 295두 도체중의 평균 및 표준편차는 69.7±11.63 Kg 이고, 최소값은 35 Kg, 최대값은 95 Kg로 나타났다.
F2 교잡축군 평균 및 표준편차 최소값 최대값
295두 69.7±11.63 Kg 35 Kg 95 Kg
실시예 3: 유전체연관분석(GWAS)
본 발명의 일 실시예에 따라 Duroc과 KNP의 3세대 교잡축군 396두의 혈액에서 추출된 gDNA를 이용하여 상용칩의 유전자형 분석을 실시하였다. 먼저, Illumina(USA)에서 제공하는 Porcine SNP 60K bead chip의 61,565 SNP 마커를 분석하였고, 상기 분석된 SNP 마커 데이터는 Plink program(Purcell S et al., Am J Hum Genet. 81:559-75.21, 2007)을 이용하여 품질 관리(quality control)를 수행하였고 작은 대립유전자(minor allele) 빈도 5% 미만, 유전자형분석 오류 10% 초과, Hardy-Weinberg 평형 오류 0.000001%(P-value) 이하에 해당되는 SNP 마커들은 제거하였다. 최종적으로 39,306개의 SNP 마커를 선발하여 유전체연관분석에 이용하였고 도체중과 SNP 마커 사이의 관련성 분석은 혼합모형과 회귀분석을 조합한 GRAMMAR(genome-wide rapid association using mixed model and regression) 방법을 사용하였다. 모델 1의 잔차값은 하기 공식을 이용하여 획득하였다.
Y' = b 0 + b1X snp_a + ε - model2
(Y' = model 1로부터 구한 잔차값, b 0 = 회귀 방정식의 절편, b1 = SNP 마커의 첨가 효과의 회귀 계수, X snp_a = 첨가효과의 회귀 변수, ε = 랜덤 잔류 오차를 의미함. )
또한, 가법모형(additive model)으로 분석한 결과의 5% genome-wide 임계수준을 본페로니 보정(Bonferroni correction)에 적용하였다 (i.e., 0.05/number of SNP markers; P = 1.27×10-6).
그 결과, 돼지의 모든 상염색체에서 Bonferroni 임계수준을 넘는 850개의 SNP 마커가 확인되었고, 돼지의 18개 상염색체 모두에서 동정되었다. Sus scrofa chromosome(SSC)13번에서 SNP 마커가 159개로 가장 많이 확인되었으며, SSC10과 SSC16에서 각각 5개로 가장 적게 나타났다(도 1). 또한, Bonferroni 임계수준을 넘는 SNP 마커 중에 SSC13에 위치한 H3GA0036431가 P value 9.82×10-13으로 가장 높은 연관성을 나타내었다. 유의성이 높은 상위 10개의 SNP 마커는 모두 SSC13에 위치해 있었으며, 대부분 52 - 54 Mb 사이에 위치해 있었다(표 2 참조).
SSC SNP Location (bp) 1 MAF 2 A1 3 P -value 근접 유전자
13 H3GA0036431 53,436,974 0.3125 C 9.82×10-13 LOC100624071
13 ALGA0120178 53,500,147 0.3125 G 9.82×10-13 LOC100624071
13 MARC0005592 52,745,555 0.3125 C 1.01×10-12 LRIG1
13 ALGA0115070 52,874,975 0.3125 C 1.01×10-12 LRIG1
13 ASGA0057447 52,893,776 0.3125 T 1.01×10-12 LRIG1
13 ASGA0057520 53,340,112 0.3125 A 1.01×10-12 KBTBD8
13 MARC0036809 53,368,450 0.3125 T 1.01×10-12 KBTBD8
13 MARC0009102 53,596,141 0.3125 T 1.01×10-12 LOC100739668
13 ASGA0099677 53,707,241 0.3125 G 1.01×10-12 LOC100739668
13 ASGA0057864 67,439,574 0.4531 C 2.10×10-12 LOC100515054
실시예 4: 후보유전자 유전자형 분석
상기 실시예 3에서 수행한 유전체연관분석(GWAS) 결과로 확인된 전장유전체(genome-wide) 임계수준을 만족하는 SNP 마커 가까이에 위치한 위치적 후보 유전자(positional candidate gene)는 NCBI database(http://www.ncbi.nlm.nih.gov)를 이용하여 탐색하였다. 먼저, 도체중과 유의적으로 관련 있는 상위 10개 SNP 마커 주변에 위치한 유전자 중 기능과 위치를 고려하여 위치적 후보 유전자를 선정하였으며, Duroc과 KNP 품종 간 차이로 나타나는 SNP를 탐색하기 위해 Hiseq 2000(Illumina Inc, USA)을 이용하여 엑손 영역(exonic region)을 분석하였다. 위치적 후보 유전자 내부에 위치한 SNP 마커의 유전자형 분석은 RFLP(restriction fragment length polymorphism) 방법과 PyroMark Q96 ID (Biotage AB, Sweden)를 이용한 파이로시퀀싱(pyro-sequencing)을 통해 실시하였다. 상기 RFLP 방법 및 파이로시퀀싱에 사용된 프라이머 정보를 하기 표 3에 표시하였다.
그 결과, 도체중과 관련된 위치적 후보 유전자는 5개의 유전자(LOC100624071, LRIG1, KBTBD8, LOC100739668, LOC100515054)에 가깝게 위치하고 있는 것을 확인하였고(표 2 참조) 이들과 가까이 위치한 유전자들 중 기능과 위치를 고려하여 LRIG1을 도체중과 관련된 위치후보유전자로 선정하였다.
명칭 프라이머 서열(5'-->3') SNP 방법 서열번호
LRIG1-1F ATGAGACTAGGGGAAAGTGGGATGT g.118,842 G>T RFLP
 12
LRIG1-1R GTGTCTAACAAGTGGCATTGAAGTG g.118,813 C>T 13
LRIG1-2F GAGAACTTAAACCTACGAGAAGTCC g.117,827 G>A
 RFLP
 14
LRIG1-2R GCCAGCACTTGCTTCTTTCT 15
LRIG1-3F CCTCAAATGACAGGTGAGTGAC g.117,799 C>T

 Pyro-sequencing

 16
LRIG1-3R(BIO) CAGGTTGCTGTTTAATTCTGGA 17
LRIG1-6MINI GAAGTTCCTTCCAAAGCAAA 18
LRIG1-4F(BIO) CGACTTTTTCTGTTAACCATGC
g.117,497 G>A
g.117,298 G>A
 Pyro-sequencing


 19
LRIG1-4R ACATGACCCCAGCCCTGAGT 20
LRIG1-7MINI TGAAGCACAGAAATGCAAGA 21
LRIG1-8MINI CGGGGCAGCTCCCTGGGACC 22
LRIG1-5F TTACCTTTCCCATCCAGAGG
g.116,826 A>G
g.116,706 C>T
 Pyro-sequencing


 23
LRIG1-5R(BIO) CCTCACAGCCGTAGAGGAAA 24
LRIG1-9MINI CTCAGAGGCTGGGCAGCATT 25
LRIG1-10MINI CTATCCGTGTCAGTGCTGCC 26
LRIG1-6F GCCTCCACCCACTTTCATTA g.115,939 G>A

 Pyro-sequencing

 27
LRIG1-6R(BIO) CTGAGGCGAGCGTTTCTAAC 28
LRIG1-11MINI CACCTCTGGAAAGAGGCCTG 29
LRIG1-7F ACGATGCTACACACCACAGC g.114,381 G>A

 Pyro-sequencing

 30
LRIG1-7R(BIO) CGTGTGGTATCTGTGGGAGA 31
LRIG1-12MINI ACCAGCAGCTGGTTGCCAGG 32
LRIG1-8F CCACACACGAAACTCTCTGG g.107,443 T>C

 Pyro-sequencing

 33
LRIG1-8R(BIO) GAGAGCAGCTGGGAGAAAAA 34
LRIG1-13MINI CAGTCGCACAGGAAGCTGTC 35
LRIG1-9F(BIO) TGCCTCTTCCACAACAAGAG g.94,424 A>G

 Pyro-sequencing

 36
LRIG1-9R CAGCTTTGTTGAGTGCCTGA 37
LRIG1-14MINI ACCAGTGGCGCCTTCACAGG 38
LRIG1-8F GTTTATGCAGAGCCTGATGGA g.84,548 G>A

 Pyro-sequencing

 39
LRIG1-8R(BIO) AACCACTGCGTTTTGTCTCC 40
LRIG1-15MINI CCTGTTTTTGCTCAGCCGGAG 41
LRIG1-9F ATGGGCTCACAGAGGACAAC g.82,497 T>C

 Pyro-sequencing

 42
LRIG1-9R(BIO) TCTGGAAGAAGTCCGAGGAA 43
LRIG1-16MINI CCTTCAGGGGCAGTCCGTGT 44
실시예 5: 연관불평형 분석
본 발명의 일 실시예에 따라 상기 GWAS 분석 결과 유의적인 값을 나타낸 후보유전자 내부의 가변(variation) SNPs와 기존의 SNP 마커 사이의 연관불평형 상태를 확인하기 위하여 연관불평형 분석(linkage disequilibrium analysis)을 수행하였다.
구체적으로, 연관불평형 분석은 Haploview version 4.2(Barrett JC et al., Bioinformatics. 21:263-5. 2005)를 이용하여 SSC13의 유의적인 SNP 마커 사이의 본페로니 보정(bonferroni correction)을 만족하는 SNP 마커간의 연관 불평형(Linkage disequilibrium, LD) 분석을 실시하였다.
그 결과, 8개의 가변(variation) SNP가 5% genome-wide 임계수준을 만족하는 것으로 확인되었다. 이들 중 LRIG1 g.114,381 G>A(P-value 1.98×10-13)은 상용칩의 SNP 마커 보다 높은 유의성을 나타내었다(표 4 참조). 하기 표 4에서 SNP 1번 g. 118,842 G>C에서 CC 유전자형이 도체중(낮은 무게)과 연관이 있고, GG 유전자형이 도체중(높은 무게)과 연관이 있으며 2번 g. 118,813 C>T에서 GG 유전자형이 도체중(낮은 무게)과 연관이 있고, 본 축군에서 AA 유전자형은 없으며 3번 g. 117,827 G>A에서 CC 유전자형이 도체중(낮은 무게)과 연관이 있고, 본 축군에서 TT 유전자형은 없으며 4번 g. 117,799 C>T에서 GG 유전자형이 도체중(낮은 무게)과 연관이 있고, AA 유전자형이 도체중(높은 무게)과 연관이 있고 5번 g. 117,497 G>A에서 CC 유전자형이 도체중(낮은 무게)과 연관이 있고 TT 유전자형이 도체중(높은 무게)과 연관이 있으며 6번 g. 117,298 G>A에서 CC 유전자형이 도체중(낮은 무게)과 연관이 있고, TT 유전자형이 도체중(높은 무게)과 연관이 있으며 7번 g. 116,826 A>G에서 TT 유전자형이 도체중과 연관이 없고, CC 유전자형이 도체중(낮은 무게, 높은 무게)과 연관이 있으며 8번 g. 116,706 C>T에서 GG 유전자형이 도체중(낮은 무게)과 연관이 있고, AA 유전자형이 도체중(낮은 무게, 높은 무게)과 연관이 있으며 9번 g. 115,939 G>A에서 CC 유전자형이 도체중과 연관이 없고, TT 유전자형이 도체중(낮은 무게, 높은 무게)과 연관이 있으며 10번 g. 114,381 G>A에서 CC 유전자형이 도체중(낮은 무게)과 연관이 있고, TT 유전자형이 도체중(높은 무게)과 연관이 있으며 11번 g. 107,443 T>C에서 AA 유전자형 도체중(낮은 무게)과 연관이 있고, GG 유전자형이 도체중(높은 무게)과 연관이 있으며 12번 g. 94,424 A>G에서 AA 유전자형이 도체중(낮은 무게)과 연관이 있고, 본 축군에서 GG 유전자형은 없으며 13번 g. 84,548 G>A에서 CC 유전자형이 도체중(낮은 무게)과 연관이 있고, TT 유전자형이 도체중(낮은 무게, 높은 무게)과 연관이 있으며 14번 g. 82,497 T>C에서 AA 유전자형이 도체중(낮은 무게)과 연관이 있고, GG 유전자형이 도체중(높은 무게)과 연관이 있다.
또한, LRIG1 후보유전자 내의 유의성 있는 SNPs중에 LRIG1 g.118,842 G>T을 제외하고 7개의 SNPs가 주변에 위치한 기존의 SNP 마커와 13번 염색체의 52.6-55.9 Mb 지역에서 LD Block을 이루는 것을 확인함으로써 LRIG1의 가변 SNPs을 포함한 유의적인 SNP 마커들 간에 강한 연관이 있는 것으로 나타났다(도 2).
번호
 SNP 명칭
 Location (bp)1
MAF2
Aelle3
P-value
 서열번호
1
 g.118,842 G>T
 52,651,382
 0.4531
 A/C
 *2.93×10-10
1
2
 g.118,813 C>T
 52,651,411
 0.2031
 A/G
 0.1959
3
 g.117,827 G>A
 52,652,397
 0.2344
 T/C
 0.06754
4
 g.117,799 C>T
 52,652,425
 0.4531
 G/A
 *2.54×10-11
2
5
 g.117,497 G>A
 52,652,727
 0.4531
 C/T
 *2.80×10-11
3
6
 g.117,298 G>A
 52,652,926
 0.4062
 T/C
 5.74×10-05
4
7
 g.116,826 A>G
 52,653,398
 0.1406
 C/T
 *5.89×10-07
5
8
 g.116,706 C>T
 52,653,518
 0.1719
 A/G
 0.000579
 6
9
 g.115,939 G>A
 52,654,285
 0.1406
 T/C
 *8.91×10-08
7
10
 g.114,381 G>A
 52,655,843
 0.3125
 T/C
 *1.98×10-13
8
11
 g.107,443 T>C
 52,662,781
 0.3704
 A/G
 *2.27×10-11
9
12
 g.94,424 A>G
 52,675,800
 0.2344
 G/A
 0.07312
13
 g.84,548 G>A
 52,685,676
 0.1719
 T/C
 0.001561
 10
14
 g.82,497 T>C
 52,687,727
 0.4531
 A/G
 *1.39×10-11
11

상기 결과에 따라 한국재래돼지(KNP)와 듀록(Duroc)의 3세대 교잡축군을 이용하여 도체중과 관련된 유의적인 게놈(genome)상 위치를 확인하고, 후보유전자 선정을 통하여 확인된 LRIG1의 52.6-55.9 Mb에 위치한 SNP 마커들은 향후 Duroc과 KNP 교잡축군에서 도체중 형질의 개량에 도움을 줄 수 있는 새로운 DNA 마커로 활용가능하다.
본 발명은 상술한 실시예를 참고로 설명되었으나 이는 예시적인 것에 불과하며, 당해 기술분야에서 통상의 지식을 가진 자라면 이로부터 다양한 변형 및 균등한 다른 실시예가 가능하다는 점을 이해할 것이다. 따라서 본 발명의 진정한 기술적 보호 범위는 첨부된 특허청구범위의 기술적 사상에 의하여 정해져야 할 것이다.
<110> INDUSTRY-ACADEMIC COOPERATION FOUNDATION GYEONGSANG NATIONAL UNIVERSITY <120> SNP marker for the prediction of carcass weight traits of hybrid pigs <130> PD16-5430 <160> 44 <170> KopatentIn 2.0 <210> 1 <211> 801 <212> DNA <213> Sus scrofa domesticus <400> 1 gcaagcagcc catgtggggt gtgtgtgagc aagaaaccag tcgtggcgca ggcactaggt 60 gggcccaaca ggcgatggac ccgctgtctc cacaccagac ccacagcaag ggctgggact 120 ggctttgcca atagggtggt ttcatcatcc caaatcaatc aggtttgttg cttggagttt 180 taagctcaac cctgataaat ctaagagatg aaatgggaag gtcacccctt tggagcgcaa 240 ctaataagct ccaggtgtta gaaaaaattc agagagaaat ctcaggaatc cagtggtggt 300 gtcctgtctt ccctggagca actgtatata attctgcttt gactaaaatt tttttttcat 360 ttttgggagc gagcagtggg ggaaaaaggt aattaaaggc cgaatgtctg cttttataag 420 ggaatctctg gaattaaatg ggatgaagca atgctggtta atgtaagtat aagaataccc 480 tgaccacaca cctaacattt tataaatgaa cctttattta ttaaagacac ttcaatgcca 540 cttgttagac acttcaatat tttacatgtt tttcaatgta cattgtacca aaatttctat 600 aaataaataa ctttgtacat aaaagtaata cttcctcttt cacattgcct ctcagaagca 660 gcaaattcac atattttgtg gaagtaacat tttaattagt taactgttga aaacaaaatt 720 ctaaatgtgc ttgcttacct cttggaacag tgatgacatc tgacagtaaa actgaacata 780 cgtaaccgtt ttgtcaatac t 801 <210> 2 <211> 801 <212> DNA <213> Sus scrofa domesticus <400> 2 agccctgaaa tgtagggact cagttgtttt tctcccccaa gggccaatgt aagattaatt 60 atattggcag aactaacaca tcactattga aaaatccaca ggtaccaaca ccagcagcct 120 ctatcttatt aaaaagcctc aaatgacagg tgagtgacaa ctgacaaaac cacatttgct 180 ttcaccacag aaggaagaac ggcagcacgt cactgtttga accagttgct tgtggtggat 240 tcacaacccc tggttttgct tgttacagag agaacttaaa cctacgagaa gtccttcacg 300 gcaaagaaac acgacatccg cacctcggct ccataggaag gtcgccacaa ggtcatccac 360 acacgagcca cccggacatg aagttccttc caaagcaaac gaagtctccg gcagaaaaac 420 atcccttctc tttcacccac cgaaaactct gcccacaagt gtggtttgta gcctctagga 480 actccatcct cgcagtaagg caccagaacc accccccttc cagaattaaa cagcaacctg 540 gtatgaaaaa taacattgtc aaaactgtac gactttttct gttaaccatg cactaaagat 600 taaaatagcc tctgtaaaag atatataata tatatgccat ctctgaaaaa actcttatgt 660 acaagggtat caaatacttt tttgcctttt gtacacaaca gcctcttgca tttctgtgct 720 tcagctgcaa gtccttcaaa ctgctgacac tccccatgga agtgaaaaaa ctatgtacaa 780 atcagggacg ctggaagccg a 801 <210> 3 <211> 801 <212> DNA <213> Sus scrofa domesticus <400> 3 aaagaaacac gacatccgca cctcggctcc ataggaaggt cgccacaagg tcatccacac 60 acgagccacc cggacatgaa gttccttcca aagcaaacga agtctccggc agaaaaacat 120 cccttctctt tcacccaccg aaaactctgc ccacaagtgt ggtttgtagc ctctaggaac 180 tccatcctcg cagtaaggca ccagaaccac cccccttcca gaattaaaca gcaacctggt 240 atgaaaaata acattgtcaa aactgtacga ctttttctgt taaccatgca ctaaagatta 300 aaatagcctc tgtaaaagat atataatata tatgccatct ctgaaaaaac tcttatgtac 360 aagggtatca aatacttttt tgccttttgt acacaacagc ctcttgcatt tctgtgcttc 420 agctgcaagt ccttcaaact gctgacactc cccatggaag tgaaaaaact atgtacaaat 480 cagggacgct ggaagccgag cctccccgct gcctctccca cctctccttc ctgtatacgt 540 ggacgcgagc cgaggtagac aaagcctagc tttgcggtgc aaacagcagc cgggcgctcc 600 gggtcccagg gagctgcccc gtcaggggtg ggcactcagg gctggggtca tgtgcttggg 660 ggaggtgtcc gttagaaaga agcaagtgct ggccttcacc agggacatca ggaaggcccg 720 aggtggcttc tgtgagctca gacttgcctg gagctaacgt ggagggaggc tggaggtcca 780 aggagtccag ctcacacaac c 801 <210> 4 <211> 801 <212> DNA <213> Sus scrofa domesticus <400> 4 accagaacca ccccccttcc agaattaaac agcaacctgg tatgaaaaat aacattgtca 60 aaactgtacg actttttctg ttaaccatgc actaaagatt aaaatagcct ctgtaaaaga 120 tatataatat atatgccatc tctgaaaaaa ctcttatgta caagggtatc aaatactttt 180 ttgccttttg tacacaacag cctcttgcat ttctgtgctt cagctgcaag tccttcaaac 240 tgctgacact ccccatggaa gtgaaaaaac tatgtacaaa tcagggacgc tggaagccga 300 gcctccccgc tgcctctccc acctctcctt cctgtatacg tggacgcgag ccgaggtaga 360 caaagcctag ctttgcggtg caaacagcag ccgggcgctc cgggtcccag ggagctgccc 420 cgtcaggggt gggcactcag ggctggggtc atgtgcttgg gggaggtgtc cgttagaaag 480 aagcaagtgc tggccttcac cagggacatc aggaaggccc gaggtggctt ctgtgagctc 540 agacttgcct ggagctaacg tggagggagg ctggaggtcc aaggagtcca gctcacacaa 600 ccgcgccaaa gtccaagagg aggcccctgg aagaagaaag gagaggccag atcagaccct 660 cccgccaggc cgtgtccaca tgccgtgctc tccccacccg gctgctgaca accctttgga 720 gcccgtgcca agttaccttt cccatccaga ggcgtcactg gctgctgctt ctgggccgtc 780 agcattctgt cgtggttact g 801 <210> 5 <211> 801 <212> DNA <213> Sus scrofa domesticus <400> 5 ttagaaagaa gcaagtgctg gccttcacca gggacatcag gaaggcccga ggtggcttct 60 gtgagctcag acttgcctgg agctaacgtg gagggaggct ggaggtccaa ggagtccagc 120 tcacacaacc gcgccaaagt ccaagaggag gcccctggaa gaagaaagga gaggccagat 180 cagaccctcc cgccaggccg tgtccacatg ccgtgctctc cccacccggc tgctgacaac 240 cctttggagc ccgtgccaag ttacctttcc catccagagg cgtcactggc tgctgcttct 300 gggccgtcag cattctgtcg tggttactgg ggtagacaga tgccctgcag ctgctgcggg 360 acccatcggt gggcccgctg ctcagaggct gggcagcatt ttggtggtcc ctctggctgg 420 gctcctggct gcttggagtc cctggctgtg cgctgtctct ggacacaggc tgaggataga 480 agacctcttc cttggagtga ctatccgtgt cagtgctgcc gtcaccgcac accaccgccg 540 ggctgctgtg ctctgtggac agggccggag gtggtgagag ctatccccac gacgtccccg 600 tcccacgcca agaacaggat gttttcctct acggctgtga ggcctgggcc ttgcttcaat 660 cagctctata aaacctcccc ctgccccctc cacgtaagta agcaaggctc cagcgaacac 720 caagccatta atgaagaaca gagggcttcc atgtataaac atttcagact aatttcttac 780 tcaaagcatg aagtcataca c 801 <210> 6 <211> 801 <212> DNA <213> Sus scrofa domesticus <400> 6 tcacacaacc gcgccaaagt ccaagaggag gcccctggaa gaagaaagga gaggccagat 60 cagaccctcc cgccaggccg tgtccacatg ccgtgctctc cccacccggc tgctgacaac 120 cctttggagc ccgtgccaag ttacctttcc catccagagg cgtcactggc tgctgcttct 180 gggccgtcag cattctgtcg tggttactgg ggtagacaga tgccctgcag ctgctgcggg 240 acccatcggt gggcccgctg ctcagaggct gggcagcatt ttggtggtcc ctctggctgg 300 gctcctggct gcttggagtc cctggctgtg cgctgtctct ggacacaggc tgaggataga 360 agacctcttc cttggagtga ctatccgtgt cagtgctgcc gtcaccgcac accaccgccg 420 ggctgctgtg ctctgtggac agggccggag gtggtgagag ctatccccac gacgtccccg 480 tcccacgcca agaacaggat gttttcctct acggctgtga ggcctgggcc ttgcttcaat 540 cagctctata aaacctcccc ctgccccctc cacgtaagta agcaaggctc cagcgaacac 600 caagccatta atgaagaaca gagggcttcc atgtataaac atttcagact aatttcttac 660 tcaaagcatg aagtcataca ctctgatcac aaggaagaaa attcccattt gcatgaggta 720 ccatgtagtg tcaggagtct tcaggacaat gagaaattta acctcagaat cgccctgggg 780 aaaaggtatt ttgggccttg c 801 <210> 7 <211> 801 <212> DNA <213> Sus scrofa domesticus <400> 7 aatcgccctg gggaaaaggt attttgggcc ttgcctctta ttttatttac aaaaactcag 60 gctcaggctt atcacagcag ttttattgat acatcctatt ctggaattaa aagagagcca 120 aaccagagct tcctgtttat acaccaaatg ccaaattctg agagcctgac gtcaggcatg 180 cctccaccca ctttcattaa tgagtcagtc aaaccaaatt ttgatttcaa gcacaatata 240 tcctttccct gaaggaagcc tctcatacct gtcatcttct gtggagcagg tgtgccatcg 300 actttctcca ccatcttcca tggctccttc gtgtacccaa cgcagagctt gggctgcctg 360 cacgcaatgc cacgagtctc cacctctgga aagaggcctg cgtctctcgg acagacacct 420 ttaatgaaga acagagggct tccatgtata aacagaccac ctttaacaga ccacatggtt 480 agaaacgctc gcctcagtgc gtcacaggaa gccttgggaa atggaaggca aggcccccag 540 ctcagggaca ttttttagaa tgttccttcc agtagtggat tattgggcta accaagaggt 600 ccagcaagga gcctttccta ctgctgcctt cccagctggc gtgggacttg cagcactcag 660 agccatggcg atgagcagtt ctctgtaaac ttgccccaga tgtgggctca gtctccccca 720 ccctcgtggg cacatccccc tccttaagga ctagactggt ttcaggacct taaatatcct 780 ttgcagctct aatttcagca g 801 <210> 8 <211> 801 <212> DNA <213> Sus scrofa domesticus <400> 8 ctgtcctgag tgactccatg tccccaaagg ttctggggtt ctggatacaa tgaaatgctc 60 aaaagagcct ctgggcccag cctccttcac tggtgtcact gctcttctcc ttccctgcaa 120 gtgacctccg ctgacctgtg ttggtgacac tgtactcctc gctcttcttc ctggtctggt 180 agatgatgca cacccagacc agggatgtca gcacgatgct acacaccaca gcgatggtga 240 agatgcccac agtggtgccg tccttcctgc agcctggagt gggcaggatg ctcagctggc 300 tgtgggcgcg tgcagtgccc aaggcgttgg acatctcgca ggtgtagcgg cccgcatctt 360 ccgccaccac gttctgaaca accagcagct ggttgccagg cgtgaagtgg tgccgttcgg 420 tgagactcaa gggacggccc cccttgagcc aggtgattcg gggtggaggg cttccggtcg 480 ctttgcactg gagagccact gtttctccca cagataccac acggtcctcc aagggcacag 540 ccaaggacgg cgtttctgca aggggtcagt ggagacttta tgttttactc tgtgggcctc 600 agtagctaca gatctgcctc atttcccgga 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gaagttcctt ccaaagcaaa 20 <210> 19 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> LRIG1-4F(BIO) <400> 19 cgactttttc tgttaaccat gc 22 <210> 20 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> LRIG1-4R <400> 20 acatgacccc agccctgagt 20 <210> 21 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> LRIG1-7MINI <400> 21 tgaagcacag aaatgcaaga 20 <210> 22 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> LRIG1-8MINI <400> 22 cggggcagct ccctgggacc 20 <210> 23 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> LRIG1-5F <400> 23 ttacctttcc catccagagg 20 <210> 24 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> LRIG1-5R(BIO) <400> 24 cctcacagcc gtagaggaaa 20 <210> 25 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> LRIG1-9MINI <400> 25 ctcagaggct gggcagcatt 20 <210> 26 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> LRIG1-10MINI <400> 26 ctatccgtgt cagtgctgcc 20 <210> 27 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> LRIG1-6F <400> 27 gcctccaccc actttcatta 20 <210> 28 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> LRIG1-6R(BIO) <400> 28 ctgaggcgag cgtttctaac 20 <210> 29 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> LRIG1-11MINI <400> 29 cacctctgga aagaggcctg 20 <210> 30 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> LRIG1-7F <400> 30 acgatgctac acaccacagc 20 <210> 31 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> LRIG1-7R(BIO) <400> 31 cgtgtggtat ctgtgggaga 20 <210> 32 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> LRIG1-12MINI <400> 32 accagcagct ggttgccagg 20 <210> 33 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> LRIG1-8F <400> 33 ccacacacga aactctctgg 20 <210> 34 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> LRIG1-8R(BIO) <400> 34 gagagcagct gggagaaaaa 20 <210> 35 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> LRIG1-13MINI <400> 35 cagtcgcaca ggaagctgtc 20 <210> 36 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> LRIG1-9F(BIO) <400> 36 tgcctcttcc acaacaagag 20 <210> 37 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> LRIG1-9R <400> 37 cagctttgtt gagtgcctga 20 <210> 38 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> LRIG1-14MINI <400> 38 accagtggcg ccttcacagg 20 <210> 39 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> LRIG1-8F <400> 39 gtttatgcag agcctgatgg a 21 <210> 40 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> LRIG1-8R(BIO) <400> 40 aaccactgcg ttttgtctcc 20 <210> 41 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> LRIG1-15MINI <400> 41 cctgtttttg ctcagccgga g 21 <210> 42 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> LRIG1-9F <400> 42 atgggctcac agaggacaac 20 <210> 43 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> LRIG1-9R(BIO) <400> 43 tctggaagaa gtccgaggaa 20 <210> 44 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> LRIG1-16MINI <400> 44 ccttcagggg cagtccgtgt 20

Claims (5)

  1. 하기의 폴리뉴클레오티드들로 구성되는 군으로부터 선택되는 SSC13의 LRIG1 유전자 내에 위치한, 듀록종과 한국재래종의 교잡종 돼지의 도체중 형질 예측용 폴리뉴클레오티드 또는 그에 상보적인 폴리뉴클레오티드:
    서열번호 1의 핵산서열을 갖는 폴리뉴클레오티드로부터 선택되며 상기 서열번호 1의 401번째 염기가 G 또는 T인 단일염기다형(SNP) 부위를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 핵산으로 구성되는 폴리뉴클레오티드;
    서열번호 2의 핵산서열을 갖는 폴리뉴클레오티드로부터 선택되며 상기 서열번호 2의 401번째 염기가 G 또는 A인 단일염기다형(SNP) 부위를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 핵산으로 구성되는 폴리뉴클레오티드;
    서열번호 3의 핵산서열을 갖는 폴리뉴클레오티드로부터 선택되며 상기 서열번호 3의 401번째 염기가 C 또는 T인 단일염기다형(SNP) 부위를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 핵산으로 구성되는 폴리뉴클레오티드;
    서열번호 4의 핵산서열을 갖는 폴리뉴클레오티드로부터 선택되며 상기 서열번호 4의 401번째 염기가 T 또는 C인 단일염기다형(SNP) 부위를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 핵산으로 구성되는 폴리뉴클레오티드;
    서열번호 5의 핵산서열을 갖는 폴리뉴클레오티드로부터 선택되며 상기 서열번호 5의 401번째 염기가 C 또는 T인 단일염기다형(SNP) 부위를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 핵산으로 구성되는 폴리뉴클레오티드;
    서열번호 6의 핵산서열을 갖는 폴리뉴클레오티드로부터 선택되며 상기 서열번호 6의 401번째 염기가 A 또는 G인 단일염기다형(SNP) 부위를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 핵산으로 구성되는 폴리뉴클레오티드;
    서열번호 7의 핵산서열을 갖는 폴리뉴클레오티드로부터 선택되며 상기 서열번호 7의 401번째 염기가 T 또는 C인 단일염기다형(SNP) 부위를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 핵산으로 구성되는 폴리뉴클레오티드;
    서열번호 8의 핵산서열을 갖는 폴리뉴클레오티드로부터 선택되며 상기 서열번호 8의 401번째 염기가 T 또는 C인 단일염기다형(SNP) 부위를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 핵산으로 구성되는 폴리뉴클레오티드;
    서열번호 9의 핵산서열을 갖는 폴리뉴클레오티드로부터 선택되며 상기 서열번호 9의 401번째 염기가 A 또는 G인 단일염기다형(SNP) 부위를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 핵산으로 구성되는 폴리뉴클레오티드;
    서열번호 10의 핵산서열을 갖는 폴리뉴클레오티드로부터 선택되며 상기 서열번호 10의 401번째 염기가 T 또는 C인 단일염기다형(SNP) 부위를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 핵산으로 구성되는 폴리뉴클레오티드;
    서열번호 11의 핵산서열을 갖는 폴리뉴클레오티드로부터 선택되며 상기 서열번호 11의 401번째 염기가 A 또는 G인 단일염기다형(SNP) 부위를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 핵산으로 구성되는 폴리뉴클레오티드.
  2. 삭제
  3. 제1항에 있어서,
    상기 교잡종 돼지는 F2인, 폴리뉴클레오티드.
  4. 제1항 또는 제3항의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 교잡종 돼지 도체중 형질 예측용 키트.
  5. 듀록종과 한국재래종의 교잡종 돼지로부터 게놈 DNA를 추출하는 게놈 DNA 추출단계;
    상기 게놈 DNA를 대상으로 PCR 반응을 통해 LRIG1을 암호화하는 게놈 핵산분자를 증폭하는 단계; 및
    서열번호 8의 핵산서열을 갖는 폴리뉴클레오티드에서 401번째 염기가 T인지 또는 C인지 확인하는 단계를 포함하는, 교잡종 돼지의 도체중 형질 예측방법.
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