KR101295288B1 - 돼지의 육질 진단을 위한 마커 - Google Patents

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Abstract

본 발명은 돼지의 육질 진단을 위한 유전자 마커 및 진단방법에 관한 것이다. 보다 상세하게는, 돼지 종돈을 선발하는 경우 정확성을 높이고 유전능력 개량을 극대화할 수 있는 표지인자 도움 선발(marker assisted selection, MAS)에 활용할 수 있는 표지인자 및 이의 이용방법에 관한 것이다. 본 발명에 따른 표지인자를 활용하면 표현형가에 의한 선발효과보다 25~35% 더 정확한 유전능측정이 가능하여 종돈의 유전능력 개량량을 획기적으로 늘릴 수 있으며, 종돈 수입은 1,800여두로(년 1,836두)로 연간 약 40억원 정도의 수입 규모로 약 30% 대체 시(550두) 연간 약 10억원의 절감 효과가 있을 것으로 기대된다.

Description

돼지의 육질 진단을 위한 마커{Markers for porcine meat quality}
본 발명은 돼지의 육질 진단을 위한 유전자 마커 및 진단방법에 관한 것이다. 보다 상세하게는, 돼지 종돈을 선발하는 경우 정확성을 높이고 유전능력 개량을 극대화할 수 있는 표지인자 도움 선발(marker assisted selection, MAS)에 활용할 수 있는 표지인자 및 이의 이용방법에 관한 것이다.
종축을 선발하는데 있어 기존에는 단지 표현형가에 근거하여 만들어진 선발지수식에 의하여 선발하였다. 최근에는 분자 표지인자를 활용한 변이체의 선발 또는 도태가 단일유전자에 의하여 조절되는 형질뿐만 아니라 양적형질유전좌위 (Quantitative Trait Loci: QTL)에 의해 조절되는 형질에서도 표지인자 도움선발(Marker-Assisted Selection: MAS)이 효과적으로 활용될 수 있다는 것이 시뮬레이션을 통하여 확인되고 있다. 일반적으로 분자표지를 이용할 경우 표현형가에 의한 선발효과보다 25~35% 더 정확한 유전능력 측정이 가능하여 종돈의 유전능력 개량량을 획기적으로 늘릴 수 있다. 돼지 비육돈 및 자돈을 선발하는 경우 표현형가에 근거한 기존의 방법에 DNA 표지인자를 도입할 경우 선발의 정확성을 제고할 수 있어 유전능력 개량을 극대화할 수 있다.
현재 양돈산업에서 활용되는 유전자 또는 표지인자는 HAL(육질), ESR(산자수), PRLR(산자수), RBP4(산자수), KIT(백모색), MC1R(적색/흑모색), MC4R(성장, 비만), FUT1(부종병), RN(육질), AFABP(근내지방), HFABP(근내지방), PRKAG3(육질), IGF2(도체 조성) 등이 있다.
종돈 수입은 1,800여두로(년 1,836두)로 연간 약 40억원 정도의 수입 규모로 약 30% 대체 시(550두) 연간 약 10억원의 절감 효과가 있을 것으로 기대된다.
최근 소와 닭 등에서 종축 선발 시 유전체 정보를 포함하는 것이 세계적인 추세로, 돼지 육질관련 단일염기다형성 유전자형은 앞으로 돼지 선발에 유전적 DNA 마커로서 매우 효과적으로 활용될 것이다.
이와 같은 기술적 배경 하에서, 본 발명자들은 예의 노력한 결과, 돼지의 육질 진단을 위한 유전자 마커 및 진단방법을 개발하기에 이르렀다.
결국 본 발명의 목적은 돼지 육질 진단을 위한 마커를 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 상기 폴리뉴클레오티드를 포함하는 단일염기다형성 검출용 마이크로어레이를 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 상기 폴리뉴클레오티드를 포함하는 단일염기다형성 검출용 키트를 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 상기 폴리뉴클레오티드를 이용한 돼지 육질진단 방법을 제공하는 것이다.
상기 목적을 달성하기 위하여 본 발명에서는 하기의 과정을 포함하는 돼지 육질 진단 마커 및 이를 이용한 진단방법이 제공된다.
본 발명에 따른 표지인자를 활용하면 표현형가에 의한 선발효과보다 25~35% 더 정확한 유전능측정이 가능하여 종돈의 유전능력 개량량을 획기적으로 늘릴 수 있으며, 종돈 수입은 1,800여두로(년 1,836두)로 연간 약 40억원 정도의 수입 규모로 약 30% 대체 시(550두) 연간 약 10억원의 절감 효과가 있을 것으로 기대된다.
이하, 본 발명을 보다 상세하게 설명한다.
본 발명의 일 측면에 따르면, 하기 서열번호 1 내지 17로 구성된 군에서 선택되는 폴리뉴클레오티드에 있어서 각 SNP 위치 염기를 포함하는 8 내지 500개의 연속 뉴클레오티드로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드로서, 각 SNP의 위치는 각 서열번호의 61번째 염기이며, 각 SNP 위치의 염기는 하기 표 1에 기재된 대립인자 A 또는 a의 염기인 것을 특징으로 하는 돼지의 육질 진단을 위한 마커가 제공될 수 있다.
서열번호 대립인자 A 대립인자 a
1 T C
2 A G
3 A G
4 A G
5 A G
6 T C
7 A G
8 A G
9 A G
10 A C
11 T C
12 A G
13 T G
14 T C
15 T C
16 T C
17 A G
본 발명의 다른 측면에 따르면, 상기 폴리뉴클레오티드, 그에 의해 인코딩되는 폴리펩티드 또는 상기 폴리뉴클레오티드의 cDNA를 포함하는 돼지의 육질 진단을 위한 마이크로어레이가 제공될 수 있다.
본 발명의 또 다른 측면에 따르면, 그에 의해 인코딩되는 폴리펩티드 또는 상기 폴리뉴클레오티드의 cDNA를 포함하는 돼지의 육질 진단을 위한 키트가 제공될 수 있다.
본 발명의 또 다른 측면에 따르면, a) 분리된 핵산 시료를 제공하는 단계; 및 b) 서열번호 1 내지 17로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 폴리뉴클레오티의 각 SNP 위치의 대립 유전자형을 결정하는 단계를 포함하는 돼지의 육질 확인 방법이 제공될 수 있다.
본 발명의 또 다른 측면에 따르면, a) 분리된 핵산 시료를 제공하는 단계; b) 서열번호 1 내지 10으로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 폴리뉴클레오티의 각 SNP 위치의 대립 유전자형을 결정하는 단계; 및 상기 결정된 대립 유전자형에 따라 하기 표 10과 같이 판정하는 것을 포함하는 돼지의 근내지방 함량 판정 방법이 제공될 수 있다.
본 발명의 또 다른 측면에 따르면, a) 분리된 핵산 시료를 제공하는 단계; b) 서열번호 2, 9 및 11 내지 16으로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 폴리뉴클레오티의 각 SNP 위치의 대립 유전자형을 결정하는 단계; 및 상기 결정된 대립 유전자형에 따라 하기 표 11과 같이 판정하는 것을 포함하는 돼지의 등지방 두께 판정 방법이 제공될 수 있다.
본 발명의 또 다른 측면에 따르면, a) 분리된 핵산 시료를 제공하는 단계; b) 서열번호 9 및 17로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 폴리뉴클레오티의 각 SNP 위치의 대립 유전자형을 결정하는 단계; 및 상기 결정된 대립 유전자형에 따라 하기 표 12와 같이 판정하는 것을 포함하는 돈육의 전단력 확인 방법이 제공될 수 있다.
일 실시예에 따르면, 상기 b) 단계는 대립 유전자 특이적 프로브 혼성화 방법(allele-specific probe hybridization), 대립 유전자 특이적 증폭 방법(allele-specific amplification), 서열분석법(sequencing), 5' 뉴클레아제 분해법(5' nuclease digestion), 분자 비콘 어세이법(molecular beacon assay), 올리고뉴클레오티드 결합 어세이법 (oligonucleotide ligation assay), 크기 분석법(size analysis) 및 단일 가닥 배좌 다형성법(single-stranded conformation polymorphism)으로 구성된 군에서 선택되는 방법에 의해 수행될 수 있다.
이하에서는 실시예를 통하여 본 발명을 더욱 상세히 설명하고자 한다. 다만, 이들 실시예는 오로지 본 발명을 예시하기 위한 것으로서, 본 발명의 범위가 이들 실시예에 의해 제한되는 것으로 해석되지는 않는다 할 것이다.
실시예 1. 돼지 근내지방 함량 연관 표지인자 발굴
육색 등 생산형질의 자료를 가지고 있는 돼지 551두의 혈액으로부터 Wizard Genomic DNA Purification Kit(Promega, Madison, WI, USA)를 이용하여 DNA를 추출하였으며, 이를 대상으로 전체 62,163개의 SNP 정보로 구성되어있는 iSelect Infinium Porcine ArrayChips(Illumina, San Diego, CA, USA)를 이용하여 SNP 유전자형 분석을 실시하여 돼지의 근내지방 함량과 연관된 표지인자를 발굴하였다.
유전자형 분석 후 얻어진 모든 SNP의 자료들은 하디-바인베르그 평형(HWE)과 minor allele의 빈도(MAF)와 같은 SNP QC를 R/SNPassoc 패키지를 이용하여 검정하였으며, 일정 조건에 맞지 않는 결과는 유전체전장(whole genome) 연관성 분석에서
배제하였다(예, HWE; P<0.05, MAF; <10%). 육색 관련 QTL검출을 위하여 육색 표현형과 SNP 마커 사이의 연관성을 검정하는데 단일마커 회귀(single marker regression) 분석을 이용하였으며, 육색 표현형에 대한 각 SNP의 상가적유전효과(additive effect)를 모델 I과 같이 R-통계 패키지(R/assoc package)를 이용하여 유의적인 SNP를 분석하였다. 통계모델 I을 통하여 선발된 유의한 SNP들 중 육색형질과 관련된 최적 SNP 조합을 찾기 위해 육색형질과 관련하여 1차로 선발된 유의한 모든 SNP들을 모두 통계모델에 요인으로 한 다중회귀(multiple regression) 분석을 ASREML에서 모델 II와 같이 실시하였다.
Figure 112011039541941-pat00001
여기서 y는 도체시 성별과 연력이 포함된 고정효과에 대한 표현형 벡터, X는 SNP에 대한 접속 행렬(incidence matrix), b는 single SNP 유전자형에 대한 회귀계수 벡터, Z는 애니멀(animal) 효과에 대한 접속 행렬(incidence matrix), e는 잔차에 대한 벡터를 의미한다.
Figure 112011039541941-pat00002
여기서 y는 표현형 벡터, 는 고정효과에 대한 회귀계수, a는 랜덤 애니멀(animal) 효과, q는 모델 I에서 검출된 유의한 모든 SNP(QTL), e는 랜덤 잔차효과를 의미한다.
통계적 추론을 위하여 복합 가설검정에 대해 Benjamini와 Hochberg(1995)가 제시한 FDR(false discovery rate)을 계산에 이용하였으며 모든 유의적 가치(value)는 5% 염색체(chromosome-wise) FDR 수준에서 계산되었다.
표 2에서 보는 바와 같이 총 돼지 유전체상에 존재하는 62,163개의 SNPs 중근내지방 함량 형질 자료를 가지고 있는 버크셔의 조직으로부터 추출한 DNA를 이용하여 porcine 60K SNP chip 분석 및 QTL과 SNP 사이의 연관성 분석을 통해 돼지의 근내지방 함량과 연관된 10개의 표지인자를 확인하였다.(chromosome-wise P<0.05)
표 2는 돼지 근내지방 함량에 대한 단일마커 회귀분석(single marker regression) 결과를 나타낸다.
서열번호 SNP 염기서열
1 H3GA0006088 TCAAAGATGTAACTTCAAATGGAGCCTCTCATCCAGCACAGTAATGGTTTTCCTTGGCAA[T/C]AACAATACAGCGCACAGGGAGGCCCTGTTCTAAAACCAGTGCCTTGGGTGTCCTGGGAAA
2 M1GA0010485 CGTATGGAGATTCCCAGGCTAGGGCTCAAATCAGAGCTGCAGCTGCCGGTCTATGGCATA[A/G]CCACAGCAACACTAGATCCAGGTCGCTTCTTCAGCCTAAGCCACATCTCAATGCAACACA
3 ALGA0042253 CTTGCAGACCAGGCCCTGCTGGGTTCCCTGTGCTGTCCTGCCCCTGACAGAAGGCACTAG[A/G]AAACCAGAGCTGAAAGAGTCCCAGTCCATCTGCCAGAGCACAAGCCAGGGGCGAGGGAGG
4 MARC0056863 GGGTCTGATGGATGGCTAAACCTGTGTTATTTTAATTATCTCACACTGTCCCCGAATTCA[A/G]AGCAATCAGTCTTCAAATTTGCTGTCCCTT
5 ASGA0009568 TAAACAGGTAAATTTCTCAACATCCAAGAGTTTGGCCAAGTGCCTTTTCACAGCTTAGGT[A/G]GTGGGTGCAGAGGGGGGCTGTCTACCCAGGCACTGCCTGTGAAAATGGAATCAAGGCAGC
6 H3GA0036993 TATGACTGCTTTCATGCCACAGGGGCAGGGTTGAGTAGTTGTGATAGAGACCATATGGCT[T/C]GCAAAATCTAAAATATTTACTCCCTGGCCCTTTGCAAAAAATAGTTTTGCCAATGCCTGC
7 DIAS0003803 GTTCAGCTGGATTTCCATTTCATTGAGGTCTCCCTCCATCTTCTTCTTGAGCCTAATGGC[A/G]TCATTCCTACTCCTGATCTCAGCATCCAGCGTGCTCTGCATGGACTCCACGATTCTAATG
8 H3GA0051522 ACACCCTGTGACTCTGGTTCCCCAGCACCAGCGGCTTGTGGGCCAGGGCAGTGCTAGGGA[A/G]GAAAGGGGATCTCTGTAGTCGGTGCATTCTGGGAAGCCCCCATCCTGGACGTCAACCAGG
9 H3GA0056106 CCACTCTGATCGTCAAAGGAGTGGGAATGGAATACAACAGCAGATGAAAGGCCAGCAGTC[A/G]GAAAGTACCCATATCCAGTTATCTTCTCACCTCCCCTTGACTCCAATTAGTCATAAACAC
10 MARC0024047 AACCATAATCCCCCCCTTGAAAATCTTGACAGTAACAGGGGGAAAAGAGGGGATTATATA[A/C]ATGATAAAACCTAGGGTGCTGATACATGAAATCCTGGATCTACTTGTCAATTTACCRACT
표 3은 돼지 근내지방 함량에 대한 단일마커 회귀분석(single marker regression) 결과를 나타낸다.
서열번호 SNP 염색체 위치 측정치
(estimates)		 p-값 R2
1 H3GA0006088 2 16027956 0.79 1.66e-08 0.04
5 MASGA0009568 2 23458627 0.35 6.04e-08 0.05
10 MARC0024047 7 17921951 0.32 1.22e-07 0.04
4 MARC0056863 7 21892554 0.34 5.91e-08 0.04
3 ALGA0042253 7 62506406 0.34 3.25e-08 0.04
2 M1GA0010485 7 83091771 -0.54 2.29e-08 0.05
9 H3GA0056106 10 55831593 -0.42 9.12e-08 0.04
7 DIAS0003803 12 58264325 -0.52 6.49e-08 0.05
6 H3GA0036993 13 86440376 -0.52 6.32e-08 0.04
8 H3GA0051522 X 10872249 0.44 8.87e-08 0.05
표 3을 참조하면, 각 SNP에 대한 측정치(estimate)를 통해 어떤 대립형질에서 근내지방 함량이 평균에 비해 얼마나 높고 낮은지를 유의적으로 판정할 수 있다. 예를 들면, 서열번호 1의 H3GA0006088의 경우에는 상기 표 2에 나타나있는 바와 같이 T가 C로 변환되는 SNP이며, 변환되지 않은 경우에 비해 0.79 증가하는 것으로 판정할 수 있다. 따라서, 상기 표 3의 측정치에 마이너스 값을 나타내는 경우는 근내지방이 유의적으로 감소하는 형질과 연관성이 있는 SNP들을 나타내는 것이다.
보다 구체적으로는, 본 발명에 기재된 영향력 수치는 각 개체들의 유전자형 분석을 통해 AA, AG, GG형에 대하여 유전자의 상가적 효과를 회귀분석하여 얻어진 것며, 회귀방정식의 기울기라고 생각할 수 있다. 그렇기 때문에 헤테로형은 양쪽 호모형의 중간정도의 효과를 가지며, 양쪽 호모형은 + 또는 측정치(estimation) 수치만큼의 효과를 가진다고 볼 수 있다.
표 4는 돼지 근내지방 함량에 대한 다중마커 회귀분석 결과를 나타낸다.
서열번호 SNP 염색체 위치 측정치
(estimates)		 p-값 R2
1 H3GA0006088 2 16027956 0.49 0.00153** 0.18
5 ASGA0009568 2 23458627 0.18 0.01634* 0.18
4 MARC0056863 7 21892554 0.17 0.04109* 0.18
3 ALGA0042253 7 62506406 0.18 0.01519* 0.18
8 H3GA0051522 X 10872249 0.32 0.00026*** 0.18
실시예 2. 돼지 등지방 두께 연관 표지인자 발굴
등지방 두께 형질 자료를 가지고 있는 버크셔의 조직으로부터 추출한 DNA를 이용하여 porcine 60K SNP chip 분석 및 QTL과 SNP 사이의 연관성 분석을 통해 돼지의 등지방 두께와 연관된 8개의 표지인자를 확인하였다. 표 5는 등지방 두께와 연관된 각 SNP에 대한 염기서열 정보를 나타낸다.
서열번호 SNPs 염기서열
2 M1GA0010485 CGTATGGAGATTCCCAGGCTAGGGCTCAAATCAGAGCTGCAGCTGCCGGTCTATGGCATA[A/G]CCACAGCAACACTAGATCCAGGTCGCTTCTTCAGCCTAAGCCACATCTCAATGCAACACA
11 ALGA0041880 GTTTGCAGTTGGAGAAACTGAGGCTTAAAGAATGAAAGCTGGAGGTCCCATCATGGCTCA[T/C]TGGGTCAAAAACCCAACTAGTACCCATGAGGATGTGGGCTCCATCTCTGGCCTCGATTAA
12 ASGA0033314 AGAAGAGTGTTTGCTTTGCCACACATCCCGTTCCAGCTCGAATTTGTCGCTCGCGCTCAA[A/G]AATCTCAGTATGTGCAAGATGCCGTGTATCTGATTAAAGTTCAGGTGAATAAGTCCTTTT
13 ASGA0091915 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGCTTTTCTTCCT[T/G]TTCCTGAGCCTTTTGAGGTTTCTGTCCTGTGAGCCTCAACTGCAGTCAGAGAAATCAGTT
9 H3GA0056106 CCACTCTGATCGTCAAAGGAGTGGGAATGGAATACAACAGCAGATGAAAGGCCAGCAGTC[A/G]GAAAGTACCCATATCCAGTTATCTTCTCACCTCCCCTTGACTCCAATTAGTCATAAACAC
14 H3GA0023120 AAACCAAAGTGTTTCAAGAGGGAAGGAGCAGCCAGCTGAGTTACAGGCCCTGAGAGGTCA[T/C]GTATGATGAAATCTTGGAAAGATCCCATAAATTCACCAGCTTGGATGTCACTGATGACAA
15 ALGA0088577 TAGCCTATAACGTAGACATTTTTGACTCTGACATTAGAGCTGCTGTTCCCCAACTTTTAT[T/C]AAACCTCCCAGACAATATTCGGGATGGGAATCCCTGAGTAAATGGTAGGTGCTGTTGGTA
16 ALGA0088592 ATCTGTCTCTTCTGGGGATATGTATGGATTAATACTGTTAGCACAAATTATTCTTATACA[T/C]GAACACTAGTAGCTACAGTTAAGGAACATAAGACTTCTCTAACTGTCAAGGACATAGACT
표 6은 돼지 등지방 두께에 대한 단일마커 회귀분석(single marker regression) 결과를 나타낸다.
서열번호 SNPs 염색체 위치 측정치 p-값 R2
12 ASGA0033314 7 47936117 -2.36 9.5e-15 0.08
11 ALGA0041880 7 55461746 -2.4 8.14e-15 0.09
2 M1GA0010485 7 83091771 -2.55 1.9e-15 0.1
14 H3GA0023120 7 118419576 1.02 2.07e-09 0.05
9 H3GA0056106 10 55831593 -1.73 1.0e-10 0.06
15 ALGA0088577 16 2303850 3.75 2.04e-08 0.04
13 ASGA0091915 - - -2.36 9.5e-15 0.08
16 ALGA0088592 - - 3.75 2.07e-08 0.04
표 6을 참조하면, 각 SNP에 대한 측정치(estimate)를 통해 어떤 대립형질에서 등지방 두께 평균에 비해 얼마나 높고 낮은지를 유의적으로 판정할 수 있다. 예를 들면, 서열번호 12의 ASGA0033314의 경우에는 상기 표 5에 나타나있는 바와 같이 A가 G로 변환되는 SNP이며, 등지방 두께가 A를 보유한 경우에 비해 2.36 낮은 것으로 판정할 수 있다.
표 7은 돼지 등지방 두께에 대한 다중마커 회귀분석 결과를 나타낸다.
서열번호 SNP 염색체 위치 측정치 p-값 R2
14 H3GA0023120 7 118419576 1.00 4.96e-08*** 0.17
15 ALGA0088577 16 2303850 2.68 9.10e-05*** 0.17
3. 돼지 전단력 연관 표지인자 발굴
전단력 형질 자료를 가지고 있는 버크셔의 조직으로부터 추출한 DNA를 이용하여 porcine 60K SNP chip 분석 및 QTL과 SNP 사이의 연관성 분석을 통해 돼지의 전단력과 연관된 2개의 표지인자를 확인하였다. 표 8은 돼지 전단력과 연관된 SNP의 염기서열정보를 나타낸다.
서열번호 SNP 염기서열
9 H3GA0056106 CCACTCTGATCGTCAAAGGAGTGGGAATGGAATACAACAGCAGATGAAAGGCCAGCAGTC[A/G]GAAAGTACCCATATCCAGTTATCTTCTCACCTCCCCTTGACTCCAATTAGTCATAAACAC
17 ASGA0090311 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGAGCCACTG[A/G]TTTGAGGTGGGATTTCTCTAGGATGAGATTTCTGTAGGATGGGGCTTCTGTTTGGATGAT
표 9는 돼지 전단력에 대한 단일마커 회귀분석(single marker regression) 결과를 나타낸다.
서열번호 SNP 염색체 위치 측정치 p-값 R2
9 H3GA0056106 1 55831593 0.14 1.73e-07 0.04
17 ASGA0090311 6 36332838 0.12 5.78e-07 0.04
표 9를 참조하면, 각 SNP에 대한 측정치(estimate)를 통해 어떤 대립형질에서 전단력이 평균에 비해 얼마나 높고 낮은지를 유의적으로 판정할 수 있다. 예를 들면, 서열번호 9의 H3GA0056106의 경우에는 상기 표 8에 나타나있는 바와 같이 A가 G로 변환되는 SNP이며, 변환되지 않은 경우에 비해 0.14 낮은 것으로 판정할 수 있다.
상기와 같이 본 발명에 따른 표지인자를 활용하면 표현형가에 의한 선발효과보다 25~35% 더 정확한 유전능측정이 가능하여 종돈의 유전능력 개량량을 획기적으로 늘릴 수 있으며, 종돈 수입은 1,800여두로(년 1,836두)로 연간 약 40억원 정도의 수입 규모로 약 30% 대체 시(550두) 연간 약 10억원의 절감 효과가 있을 것으로 기대된다.
이상으로 본 발명 내용의 특정한 부분을 상세히 기술하였는 바, 당업계의 통상의 지식을 가진 자에게 있어서, 이러한 구체적 기술은 단지 바람직한 실시 양태일 뿐이며, 이에 의해 본 발명의 범위가 제한되는 것이 아닌 점은 명백할 것이다. 따라서 본 발명의 실질적인 범위는 첨부된 청구항 들과 그것들의 등가물에 의하여 정의된다고 할 것이다.
서열목록 전자파일 첨부

Claims (8)

  1. 서열번호 1 내지 17로 구성된 폴리뉴클레오티드의 각 61번째 염기인 대립인자 A 또는 a의 SNP 위치 염기를 포함하는 8 내지 500개의 연속 뉴클레오티드로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 포함하는 돼지의 육질 진단을 위한 조성물.

    [표 1]
    Figure 112013042104111-pat00007

  2. 제 1항의 폴리뉴클레오티드, 그에 의해 인코딩되는 폴리펩티드 또는 상기 폴리뉴클레오티드의 cDNA를 포함하는 돼지의 육질 진단을 위한 마이크로어레이.
  3. 제 1항의 폴리뉴클레오티드, 그에 의해 인코딩되는 폴리펩티드 또는 상기 폴리뉴클레오티드의 cDNA를 포함하는 돼지의 육질 진단을 위한 키트.
  4. a) 분리된 핵산 시료를 제공하는 단계; 및
    b) 서열번호 1 내지 17로 구성된 폴리뉴클레오티의 각 SNP 위치의 대립 유전자형을 결정하는 단계
    를 포함하는 돼지의 육질 판정 방법.
  5. a) 분리된 핵산 시료를 제공하는 단계;
    b) 서열번호 1 내지 10으로 구성된 폴리뉴클레오티의 각 SNP 위치의 대립 유전자형을 결정하는 단계; 및
    상기 결정된 대립 유전자형에 따라 하기 표 2와 같이 판정하는 것을 포함하는 돼지의 근내지방 함량 판정 방법.
    [표 2]
    Figure 112013042104111-pat00008

  6. a) 분리된 핵산 시료를 제공하는 단계;
    b) 서열번호 2, 9 및 11 내지 16으로 구성된 폴리뉴클레오티의 각 SNP 위치의 대립 유전자형을 결정하는 단계; 및
    상기 결정된 대립 유전자형에 따라 하기 표 3과 같이 판정하는 것을 포함하는 돼지의 등지방 두께 판정 방법.
    [표 3]
    Figure 112013042104111-pat00009

  7. a) 분리된 핵산 시료를 제공하는 단계;
    b) 서열번호 9 및 17로 구성된 폴리뉴클레오티의 각 SNP 위치의 대립 유전자형을 결정하는 단계; 및
    상기 결정된 대립 유전자형에 따라 하기 표 4와 같이 판정하는 것을 포함하는 돈육의 전단력 확인 방법.
    [표 4]
    Figure 112013042104111-pat00010

  8. 제4항에 있어서, 상기 b) 단계는 대립 유전자 특이적 프로브 혼성화 방법(allele-specific probe hybridization), 대립 유전자 특이적 증폭 방법(allele-specific amplification), 서열분석법(sequencing), 5' 뉴클레아제 분해법(5' nuclease digestion), 분자 비콘 어세이법(molecular beacon assay), 올리고뉴클레오티드 결합 어세이법 (oligonucleotide ligation assay), 크기 분석법(size analysis) 및 단일 가닥 배좌 다형성법(single-stranded conformation polymorphism)으로 구성된 군에서 선택되는 방법에 의해 수행되는 것을 특징으로 하는 돼지의 육질 판정 방법.
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