KR101775219B1 - 도미와 틸라피아의 종 판별용 프로브 및 이를 이용한 종 판별 방법 - Google Patents
도미와 틸라피아의 종 판별용 프로브 및 이를 이용한 종 판별 방법 Download PDFInfo
- Publication number
- KR101775219B1 KR101775219B1 KR1020150089655A KR20150089655A KR101775219B1 KR 101775219 B1 KR101775219 B1 KR 101775219B1 KR 1020150089655 A KR1020150089655 A KR 1020150089655A KR 20150089655 A KR20150089655 A KR 20150089655A KR 101775219 B1 KR101775219 B1 KR 101775219B1
- Authority
- KR
- South Korea
- Prior art keywords
- tilapia
- species
- sea bream
- probe
- bream
- Prior art date
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2525/00—Reactions involving modified oligonucleotides, nucleic acids, or nucleotides
- C12Q2525/10—Modifications characterised by
- C12Q2525/107—Modifications characterised by incorporating a peptide nucleic acid
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
- C12Q2563/107—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties fluorescence
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/124—Animal traits, i.e. production traits, including athletic performance or the like
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
본 발명은 도미와 틸라피아의 종 판별용 프로브 및 이를 이용한 종 판별 방법에 관한 것으로서, 도미와 틸라피아 간 특이적 차이를 보이는 염기서열이 포함된 특정 PNA 프로브를 가지고 상기 종을 판별하기 위한 것이다.
특히, 본 발명에 따라 형태학적으로는 구별하기 어려운 도미와 틸라피아의 종을 분자생물학적으로 판별하여 보다 과학적으로 접근할 수 있어 6가지의 종을 보다 신속하고 정확하게 판별할 수 있는 편리함을 제공한다.
특히, 본 발명에 따라 형태학적으로는 구별하기 어려운 도미와 틸라피아의 종을 분자생물학적으로 판별하여 보다 과학적으로 접근할 수 있어 6가지의 종을 보다 신속하고 정확하게 판별할 수 있는 편리함을 제공한다.
Description
본 발명은 도미와 틸라피아의 종 판별용 프로브 및 이를 이용한 종 판별 방법에 관한 것으로서, 상기 프로브는 리포터 및 소광자가 결합된 것을 특징으로 하고, 상기 판별방법은 액상형 어레이를 이용하는 것을 특징으로 한다.
도미의 종류는 전 세계적으로 약 200여 종류가 있고, 틸라피아는 전 세계적으로 약 100여 종류가 있다. 그 중 한국에서는 참돔(Pagrus major), 감성돔(Acanthopagrus schlegelii), 돌돔(Oplegnathus fasciatus)을 주로 식용하며 나일틸라피아(Oreochromis niloticus), 청틸라피아(Oreochromis aureus), 자바틸라피아(Oreochromis mossambicus)종이 이와 혼-오용 되고 있는 실정이다.
틸라피아는 중앙아프리카 나일 강 유역이 원산지로 시클리드과에 속하는 열대성 담수 어류로 1955년 태국을 통해서 수입된 외래어종 이다. 일반적으로 국내에서는 '역돔'이라고 불리며 평균적으로 30-40cm에 빠른 속도로 성장한다. 수명은 6년 정도이나 양식의 경우 8년 이상도 있다. 상기 종은 환경 변화에 내성이 강한 편으로 담수에서 해수에 이르기까지 광범위한 염분 농도와 하수가 유입되는 더러운 물에서도 서식한다. 또 낮은 용존산소에도 생존이 가능하여 고밀도로 양식이 이루어지며 수온이 유지된다면 지속적인 산란을 한다. 상기 종의 외형은 언뜻 감성돔을 닮았지만 그에 비해 등지느러미가 길고 주둥이는 앞으로 삐죽이 나와 있다.
반면 도미는 도미과에 속하는 해수 어류로 우리나라 전 연안에 분포하지만 염분 농도에 민감하며 치어일 때는 하천을 낀 내만에 서식하고 성장할수록 먼 바다로 이동한다. 산란기는 5월경으로 수심 30-200m 의 깊은 곳에서 서식하다가 연안 해역으로 회유하여 산란한다. 수명은 40년 정도로 길며 몸길이는 평균 50cm 내외지만 1m에 달하는 종류도 있다. 외형의 경우 일반적으로 분홍색에 녹색의 광택을 띠고 있으며 청록색의 반점이 흩어져 있다. 도미는 단백질이 풍부하고 지방질이 적어 회, 찜, 구이, 조림, 스테이크 등 많은 요리에 쓰이는 상업적 가치가 높은 어종이다.
틸라피아와 도미는 본래 육안으로도 식별이 되는 다른 종이지만 손질 후에는 육안은 물론 식감으로도 구분이 어려워 혼-오용 문제가 발생하고 있다. 틸라피아가 도미로 혼-오용되어 발생하는 문제 중 가장 중요한 것은 틸라피아의 위생이다. 틸라피아는 3-4급수에서도 서식하는 적응력을 보인다. 이 때문에 틸라피아는 식용으로 널리 쓰이긴 하지만 횟감으로는 관리를 하지 않아 날것으로 먹는다면 위험성이 존재한다. 실제 대만에서는 틸라피아의 양식 위생 상태의 문제로 현지인들은 틸라피아를 날 것으로 먹지 않는다. 그러나 가격적 측면에서 틸라피아보다 도미가 많이 비싼 것이 보통이며 틸라피아를 회 뜨면 도미의 그것과 유사하다는 것을 이용하여 혼-오용이 되는 것이다.
그러나, 육안으로 종 구분이 어려울 경우 DNA를 이용하여 간단하고 용이하게 종을 판별하여 원산지 둔갑 및 허위표시 문제를 해결할 수 있는 프로브 및 검출방법에 대한 연구가 미비한 실정이다.
본 발명의 목적은 PCR로 증폭된 도미(참돔, 돌돔, 감성돔)와 틸라피아(나일틸라피아, 자바틸라피아, 청틸라피아)의 COI(Cytochrome Oxidase I) 유전자 일부 지역에 형광으로 표지된 PNA 프로브를 이용하여 각 어종에 맞는 Tm값을 얻어 도미와 틸라피아의 종을 판별하기 위함이다.
본 발명은 하나의 염기서열로 표시되는 도미와 틸라피아 종판별 PNA 프로브를 제공한다.
본 발명은 검체 시료로부터 PNA 프로브 및 프라이머를 표적핵산과 혼합시켜 PNA 프로브와 표적핵산을 혼성화시키는 단계, 온도를 변화시키면서 상기 혼성화된 산물을 융해시켜 융해곡선을 얻는 단계, 상기 얻어지는 융해곡선을 분석하여 표적핵산의 염기변이 유무를 검출하는 단계를 통해 도미와 틸라피아의 COI(Cytochrome Oxidase I) 유전자 일부에서 종을 구별할 수 있는 SNP 검출 방법을 제공한다.
본 발명은 또한, 리포터(reporter) 및 소광자(quenching)가 결합된 PNA 프로브를 포함하는 도미와 틸라피아 종판별 키트를 제공한다.
본 발명은 또한, 리포터(reporter) 및 소광자(quenching)가 결합된 PNA 프로브를 포함하고, 융해곡선 분석법을 이용한 도미와 틸라피아 종판별 키트를 제공한다.
본 발명에 따른 도미와 틸라피아 종구분용 PNA 프로브와 FMCA방법은 6가지의 어종을 간단하고 신속하며 정확하게 판별할 수 있는 편리함을 제공한다.
도 1 내지 도 3은 도미와 틸라피아의 COI 염기서열 분석 결과 및 프로브 사이트는 나타낸 것이다.
도 4는 도미와 틸라피아의 종판별을 위한 PCR 조건을 나타낸 것이다.
도 5는 참돔(Pagrus major)의 PNA 융해곡선을 나타낸 것이다.
도 6은 감성돔(Acanthopagrus schlegelii)의 PNA 융해곡선을 나타낸 것이다.
도 7은 돌돔(Oplegnaths fasciatus)의 PNA 융해곡선을 나타낸 것이다.
도 8은 나일틸라피아(Oreochromis niloticus)의 PNA 융해곡선을 나타낸 것이다.
도 9는 자바틸라피아(Oreochromis mossambicus)의 PNA 융해곡선을 나타낸 것이다.
도 10은 청틸라피아(Oreochromis aureus)의 PNA 융해곡선을 나타낸 것이다.
도 4는 도미와 틸라피아의 종판별을 위한 PCR 조건을 나타낸 것이다.
도 5는 참돔(Pagrus major)의 PNA 융해곡선을 나타낸 것이다.
도 6은 감성돔(Acanthopagrus schlegelii)의 PNA 융해곡선을 나타낸 것이다.
도 7은 돌돔(Oplegnaths fasciatus)의 PNA 융해곡선을 나타낸 것이다.
도 8은 나일틸라피아(Oreochromis niloticus)의 PNA 융해곡선을 나타낸 것이다.
도 9는 자바틸라피아(Oreochromis mossambicus)의 PNA 융해곡선을 나타낸 것이다.
도 10은 청틸라피아(Oreochromis aureus)의 PNA 융해곡선을 나타낸 것이다.
이에 본 발명자들은 상기 종래기술들의 문제점을 극복하기 위하여 예의 연구 노력한 결과, 도미와 틸라피아 종의 유전적 차이를 확인하였고, 그 유전적 차이를 용이하게 확인할 수 있는 3종의 PNA 프로브를 설계하였다.
본 발명에 있어, 프로브 1은 PJUDO01R로 명명되며, 그 구체적인 서열은 5'-ACAACAATCATTAACATG-3'(서열번호 1)과 같다.
또한, 본 발명에 있어. 프로브 2는 PJUDO02R로 명명되며, 그 구체적인 서열은 5'-CTATCCCTGCCCGTTC-3'(서열번호 2)과 같다.
또한, 본 발명에 있어, 프로브 3은 PJUDO03R로 명명되며, 그 구체적인 서열은 5'-GTGCCCCTGACATA-3'(서열번호 3)과 같다.
또한, 본 발명에 있어, 포워드 프라이머는 TDCO1F로 명명되며, 그 구체적인 서열은 5'-CGGCACCCTCTATCTAGTATTTGG-3'(서열번호 4)과 같다.
또한, 본 발명에 있어, 리버스 프라이머는 TDCO1R로 명명되며, 그 구체적인 서열은 5'-GGTTGTGTTTAGGTTTCGGTCTG-3'(서열번호 5)과 같다.
본 발명에서 상기 서열번호 1 내지 3의 프로브는 그 자체뿐만이 아니라, 상기의 염기서열이 포함되어 사용될 수 있다.
DNA 바코드는 모든 생물체가 공통적으로 가지고 있지만 생물종간에 뚜렷한 차이를 보이는 유전부위(DNA 바코드표지)를 이용해 생물 종을 판별하는 신기술이다. 동물의 경우 미토콘드리아에 있는 유전자 중 에너지의 생산에 관여하는 COI(Cytochrome Oxidase I) 유전자 일부를 이용해 동물종류를 판별하는 DNA바코드 기술이 상당부분 개발됐다. 이에 본 발명가들은 도미와 틸라피아의 COI(Cytochrome Oxidase I) 유전자 일부를 이용하여 시중에 판매되고 있는 도미회의 정체를 구분할 수 있는 중요한 바이오 마커로 활용할 수 있다.
PNA는 peptide nucleic acids의 약자로 LNA(Locked nucleic acid), MNA(Mopholino nucleic acid)처럼 유전자 인식 물질의 하나로 인공적으로 합성하며 기본 골격이 polyamide로 구성되어 있다. PNA는 친화도(affinity)와 선택성(selectivity)이 매우 우수하며, 핵산분해효소에 대한 안정성이 높아 현존하는 restriction enzyme으로 분해되지 않는다. 또한 열/화학적으로 물성 및 안정성이 높아 보관이 용이하고 쉽게 분해되지 않는 장점이 있다.
PNA-DNA 결합력은 DNA-DNA 결합력에 비해 상대적으로 강하므로 1개의 nucleotide mismatch에도 10~15℃ 정도 차이가 난다. 이러한 결합력의 차이를 이용하여 SNP 및 In/Del의 nucleotide의 변화를 탐지할 수 있게 된다.
PNA 프로브의 뉴클레오티드와 이에 상보적으로 결합하는 DNA의 뉴클레오티드의 차이에 따라서도 Tm값은 변화를 나타내어 이를 이용한 어플리케이션의 개발이 용이하다. PNA 프로브는 TaqMan 프로브의 hydrolysis 방법과는 다른 hybridization 방법을 이용하여 분석하며 비슷한 역할을 하는 프로브로는 molecular beacon probe, scorpion probe 등이 있다.
리포터와 소광자가 결합된 PNA 프로브를 이용하여 유전체 서열의 차이를 검사하는 기술로, 프로브의 고정과 세척과정이 필요 없는 액상형 어레이 방법(10-2013-0106692)을 MeltingArrayTM (상표등록 40-2013-0058036) 이라 한다. 장점으로는 유전자 염기 서열의 SNP, 삽입, 삭제 등의 변이를 모두 구분할 수 있으며, 분석시간 및 비용 측면에서 매우 효율적이다.
MeltingArrayTM의 형광신호는 Hybridization methode의 분석 방법으로 FMCA(Fluorescence Melting Curve Analysis)를 이용하며 FMCA는 PCR 반응이 끝나고 난 후 만들어진 산물과 넣어준 프로브간의 결합력의 차이를 Tm으로 구분하여 분석한다. 다른 SNP detection probe와는 다르게 probe design이 매우 간편하여 SNP를 포함하는 9~15 mer의 염기서열을 이용하여 제작한다. 따라서 원하는 Tm값을 가지는 probe를 design하기 위해서는 PNA probe의 길이에 따라 Tm값을 조절하거나 같은 길이의 PNA probe라도 probe에 변화를 주어 Tm 값을 조절 할 수 있다. PNA는 DNA보다 결합력이 우수하여 기본적인 Tm값이 높기 때문에 DNA보다 짧은 길이로 design이 가능하여 가깝게 이웃한 SNP라도 detection이 가능하다. 기존의 HRM method는 Tm값의 차이가 약 0.5로 매우 적어 추가적인 분석프로그램이나 세밀한 온도변화가 요구되어 2개 이상의 SNP가 나타날 경우 분석이 어렵게 되는 반면 PNA probe는 probe sequence 이와의 SNP에 대해서는 영향을 받지 않아 분석이 가능하다.
PNA 프로브를 이용한 SNP 분석을 위해서는 우선 SNP를 포함하는 부분의 염기를 이용한 프로브와 PCR을 위한 포워드 및 리버스 프라이머 세트를 사용한다. PCR조건은 기존의 사용하던 그대로 사용가능하며 PCR이 끝난 후 융해 과정이 필요하고 1℃증가 할 때마다 형광의 세기를 측정하여 Tm값을 얻는다. 일반적인 real-time PCR 장치는 모두 가지고 있으며 HRM(High resolution melting)과 같이 부가적인 프로그램 구입이나 세밀한 온도변화를 요구하지 않는 장점이 있다.
이하 본 발명을 바람직한 실시예를 참고로 하여 본 발명이 속하는 기술분야에서 통상의 지식을 가진 자가 용이하게 실시할 수 있도록 상세히 설명한다. 그러나 본 발명은 여러 가지 상이한 형태로 구현될 수 있으며 여기에서 설명하는 실시예에 한정되는 것은 아니다.
실시예 1. 도미와 틸라피아의 종판별용 프로브의 제조
도미회의 샘플로부터 추출한 DNA를 주형으로 PCR을 수행하기 위해 COI 유전자 프라이머 하나의 세트를 제조하였다.
참돔, 감성돔, 돌돔, 나일틸라피아, 자바틸라피아, 청틸라피아를 구분할 수 있는 COI 유전자의 염기서열을 분석하고 비교를 통해 유의성을 보이는 SNP를 찾고 해당위치에 해당하는 프로브를 제작하였다. PNA 프로브는 도미와 틸라피아의 종판별을 위하여 직접 설계하였다.
본 발명에서 사용한 모든 PNA 프로브(FAM-labeled, Dabcyl)는 파나진(Panagene, 한국)에서 HPLC 정제 방법을 통해 합성하였으며, 합성된 모든 프로브의 순도는 질량분석법을 이용하여 확인하였으며, 표적핵산과의 더 효과적인 결합을 위해 프로브의 불필요한 이차구조는 제외하였다.
염기의 변이 부분은 보통 표적핵산과 5℃이상 융해온도(Tm)차이가 나도록 PNA 프로브 결합 부위 가운데에 위치하도록 디자인하지만, 융해온도(Tm)의 최적화를 위해 표적핵산과 PNA 프로브와 결합하는 염기서열의 중앙 부분에 COI 유전자 염기서열과 상보적 결합이 일어날 수 있도록 제작하였고, 이를 하기의 표 1에 나타내었다.
| 유전자 | 타입 | 명명 | 서열 |
| COI | SNP | PJUDO01R |   |
| PJUDO02R |   |
||
| PJUDO03R |   |
||
| TDCO1F |   |
||
| TDCO1R |   |
실시예
2. 도미와
틸라피아
종판별을
위한
COI
유전자 염기변이에 따른 용해곡선 분석
이중가닥 DNA 및 PNA 프로브는 상기 실시예 1에서 합성한 것을 사용하였으며, PCR은 CFX96™ Real-Time 시스템 (BIO-RAD 사, 미국)을 이용하여 수행하였다.
PCR의 조건은 다음과 같다; 2X qPCR PreMix(시선바이오머티리얼스, 한국) 10㎕, 포워드 프라이머 0.5㎕(1 pmole), 리버스 프라이머 0.5㎕(10 pmole), 프로브 2종 각 0.5㎕(10 pmole), 3㎕ DNA(10ng/㎕)를 첨가한 다음 총 볼륨이 20㎕ 이 되도록 DW를 첨가하였고, RT-PCR을 실시하였다. 모든 검사는 샘플당 하나의 well에서 측정되며 별도의 control을 필요로 하지 않는다.
RT-PCR은 95에서 10분간 변성시킨 다음, 95에서 30초, 55에서 40초, 72에서 1분 동안 반응시켰으며, 이를 40회 반복하였고, 실시간으로 형광을 측정하였다.
융해곡선 분석은 95에서 1분간 변성 단계를 거친 다음, 75에서 30초, 65에서 30초, 55에서 30초, 45에서 30초, 35에서 30초, 30에서 30초간 혼성화 시킨 후, 30에서 80까지 1씩 상승시키며 형광을 측정하는 용해곡선 분석을 수행하였다. 각 단계 사이마다 10초간 정지 상태를 유지하였고, 이를 도 4에 나타내었다.
상기의 조건으로 PCR 수행 후, 융해곡선 분석을 수행한 결과, COI유전자에서 염기의 변이는 도미와 틸라피아의 종에 따라서 융해온도(Tm) 차이가 발생하는 것을 확인하였으며, 이를 도 5 내지 도 10에 나타내었다.
한편, 형광과 소광자가 결합된 PNA 프로브 및 증폭된 타겟 DNA를 가지고 RT-PCR을 수행하여 얻어진 융해온도(Melting Temperature, Tm)는 하기의 표 2에서 나타내었다.
| PJUDO1R(FAM) | PJUDO02R(HEX) | PJUDO03R(Texas Red) | |
| 나일틸라피아 (Oreochromis niloticus) |
39℃ | 61℃ | 40℃ |
| 자바틸라피아 (Oreochromis mossambicus) |
0℃ | 54℃ | 44℃ |
| 청틸라피아 (Oreochromis aureus) |
60℃ | 54℃ | 0℃ |
| 참돔 (Pagrus major) |
52℃ | 42℃ | 47℃ |
| 감성돔 (Acanthopagrus schlegelii) |
0℃ | 0℃ | 65℃ |
| 돌돔 (Oplegnathus fasciatus) |
38℃ | 40℃ | 40℃ |
<110> PAICHAI UNIVERSITY INDUSTRY-ACADEMIC
<120> PROBE FOR IDENTIFYING SEA BREAM SPECIES AND TILAPIA SPECIES AND
IDENTIFYING METHOD USING THE SAME
<130> PB15-12693
<160> 5
<170> KopatentIn 2.0
<210> 1
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> PNA Probe for identifying sea bream speciesa and tilapia species
<400> 1
acaacaatca ttaacatg 18
<210> 2
<211> 16
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> PNA Probe for identifying sea bream speciesa and tilapia species
<400> 2
ctatccctgc ccgttc 16
<210> 3
<211> 14
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> PNA Probe for identifying sea bream speciesa and tilapia species
<400> 3
gtgcccctga cata 14
<210> 4
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Forward primer
<400> 4
cggcaccctc tatctagtat ttgg 24
<210> 5
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Reverse primer
<400> 5
ggttgtgttt aggtttcggt ctg 23
Claims (6)
- 서열번호 2로 이루어진,
참돔, 돌돔 및 감성돔으로 이루어진 그룹에서 선택되는 어느 1종 이상의 도미를 나일틸라피아, 자바틸라비아, 및 청틸라피아로 이루어진 그룹에서 선택되는 어느 1종 이상의 틸라피아와 구분하여 판별하기 위한 PNA 프로브. - 삭제
- 제1항에 있어서, 상기 PNA 프로브는 리포터(reporter) 및 소광자(quencher)가 결합되어 있는 것을 특징으로 하는, PNA 프로브.
- 제3항의 PNA 프로브를 함유하며,
상기 PNA 프로브는
참돔, 돌돔 및 감성돔으로 이루어진 그룹에서 선택되는 어느 1종 이상의 도미를 나일틸라피아, 자바틸라비아, 및 청틸라피아로 이루어진 그룹에서 선택되는 어느 1종 이상의 틸라피아와 구분하여 판별하는, 도미와 틸라피아 종 판별용 키트. - 도미와 틸라피아의 종을 판별하기 위한 방법으로서;
a) 검체 시료를 서열번호 2의 PNA 프로브, 서열번호 4의 포워드 프라이머 및 서열번호 5의 리버스 프라이머와 혼합시켜 혼성화시키는 단계;
b) 상기 혼성화된 산물을 융해시켜 융해곡선을 얻는 단계; 및
c) 상기 융해곡선을 분석하여 융해온도(Tm) 차이에 따라
참돔, 돌돔 및 감성돔으로 이루어진 그룹에서 선택되는 어느 1종 이상의 도미를 나일틸라피아, 자바틸라비아, 및 청틸라피아로 이루어진 그룹에서 선택되는 어느 1종 이상의 틸라피아와 구분하여 판별하는 단계; 를 포함하는, 도미와 틸라피아의 종 판별 방법. - 제5항에 있어서, 상기 PNA 프로브는 리포터(reporter) 및 소광자(quencher)가 결합되어 있는 것을 특징으로 하는, 도미와 틸라피아의 종 판별 방법.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| KR1020150089655A KR101775219B1 (ko) | 2015-06-24 | 2015-06-24 | 도미와 틸라피아의 종 판별용 프로브 및 이를 이용한 종 판별 방법 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| KR1020150089655A KR101775219B1 (ko) | 2015-06-24 | 2015-06-24 | 도미와 틸라피아의 종 판별용 프로브 및 이를 이용한 종 판별 방법 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| KR20170000866A KR20170000866A (ko) | 2017-01-04 |
| KR101775219B1 true KR101775219B1 (ko) | 2017-09-06 |
Family
ID=57831702
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| KR1020150089655A KR101775219B1 (ko) | 2015-06-24 | 2015-06-24 | 도미와 틸라피아의 종 판별용 프로브 및 이를 이용한 종 판별 방법 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| KR (1) | KR101775219B1 (ko) |
Cited By (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR101955124B1 (ko) * | 2017-12-14 | 2019-03-12 | 아쿠아진텍주식회사 | 해산어류의 dna 바코딩 영역인 미토콘드리아 co1 유전자의 pcr 증폭반응과 dna 염기서열 해독을 위한 신규 프라이머 조합과 이를 이용한 핵산서열해독방법 |
| CN110250116A (zh) * | 2019-08-05 | 2019-09-20 | 广东海洋大学 | 一种快速培育yy超雄尼罗罗非鱼的方法 |
| KR102193649B1 (ko) | 2020-09-01 | 2020-12-21 | 전라남도 | 차세대 염기서열분석법을 이용한 돌돔(Oplegnathus fasciatus) 개체 식별용 마이크로세틀라이트 마커 |
Families Citing this family (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN110055335B (zh) * | 2018-12-14 | 2023-03-24 | 中山大学 | 一种鉴别星洲红罗非鱼雌雄鱼的微卫星分子标记引物、试剂盒和快速鉴定方法 |
| KR20240048852A (ko) | 2022-10-07 | 2024-04-16 | 한서대학교 산학협력단 | 수경재배장치용 녹조방지 장치 |
| WO2024123125A1 (ko) * | 2022-12-08 | 2024-06-13 | 부경대학교 산학협력단 | 참돔 원산지 판별용 단일 핵산염기 다형 마커 및 이의 용도 |
| CN116555433B (zh) * | 2022-12-28 | 2024-03-19 | 中国水产科学研究院南海水产研究所 | 一种用于鉴别黄鳍棘鲷和平鲷的引物、试剂盒及应用 |
| CN116287290B (zh) * | 2023-01-18 | 2023-09-05 | 仲恺农业工程学院 | 鱼粉中罗非鱼源性成分鉴定的荧光定量pcr方法 |
Citations (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR101211068B1 (ko) | 2010-03-22 | 2012-12-12 | 한국해양연구원 | 대한민국 남해 어류의 종 판별 방법과 이에 따른 어류의 종 판별용 폴리뉴클레오티드 프로브, ｄｎａ 칩 및 키트 |
| KR101219763B1 (ko) * | 2012-06-01 | 2013-01-24 | 대한민국 | 식품원료 내 어류 원료의 혼입여부를 판별하는 방법 |
| KR101395344B1 (ko) | 2013-10-21 | 2014-05-16 | 대한민국 | 홍어 종 판별용 펩티드핵산 세트 및 이를 이용한 홍어 종 판별 방법 |
-
2015
- 2015-06-24 KR KR1020150089655A patent/KR101775219B1/ko active IP Right Grant
Patent Citations (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR101211068B1 (ko) | 2010-03-22 | 2012-12-12 | 한국해양연구원 | 대한민국 남해 어류의 종 판별 방법과 이에 따른 어류의 종 판별용 폴리뉴클레오티드 프로브, ｄｎａ 칩 및 키트 |
| KR101219763B1 (ko) * | 2012-06-01 | 2013-01-24 | 대한민국 | 식품원료 내 어류 원료의 혼입여부를 판별하는 방법 |
| KR101395344B1 (ko) | 2013-10-21 | 2014-05-16 | 대한민국 | 홍어 종 판별용 펩티드핵산 세트 및 이를 이용한 홍어 종 판별 방법 |
Non-Patent Citations (2)
| Title |
|---|
| Journal of Food Hygiene and Safety (2014), Vol.29, No.4, pp.347-355 |
| Molecular Ecology Resources (2012) Vol.12, pp.932-941 |
Cited By (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR101955124B1 (ko) * | 2017-12-14 | 2019-03-12 | 아쿠아진텍주식회사 | 해산어류의 dna 바코딩 영역인 미토콘드리아 co1 유전자의 pcr 증폭반응과 dna 염기서열 해독을 위한 신규 프라이머 조합과 이를 이용한 핵산서열해독방법 |
| CN110250116A (zh) * | 2019-08-05 | 2019-09-20 | 广东海洋大学 | 一种快速培育yy超雄尼罗罗非鱼的方法 |
| KR102193649B1 (ko) | 2020-09-01 | 2020-12-21 | 전라남도 | 차세대 염기서열분석법을 이용한 돌돔(Oplegnathus fasciatus) 개체 식별용 마이크로세틀라이트 마커 |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| KR20170000866A (ko) | 2017-01-04 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| KR101775219B1 (ko) | 도미와 틸라피아의 종 판별용 프로브 및 이를 이용한 종 판별 방법 | |
| KR101595442B1 (ko) | 바이러스성 출혈성 패혈증 바이러스의 지역 특이적 유전형 판별용 프로브 및 그 용도 | |
| KR102062452B1 (ko) | 터봇 친자 식별용 유전자 마커 및 이를 이용한 친자 확인방법 | |
| Abbadi et al. | Species identification of bivalve molluscs by pyrosequencing | |
| CN109554486A (zh) | 与草鱼性状相关的snp分子标记及其应用 | |
| KR101802034B1 (ko) | 리얼타임 ｐｃｒ을 이용한 오징어류 종 판별 방법 및 키트 | |
| KR101499695B1 (ko) | 바리과 어류 중 능성어 및 붉바리 신속 판별 유전자 마커 및 판별방법 | |
| Chiu et al. | Genetic diversity of ivory shell (Babylonia areolata) in Taiwan and identification of species using DNA-based assays | |
| CN100415884C (zh) | 一种用于研究鱼类遗传关系的dna分子标记方法 | |
| KR101395344B1 (ko) | 홍어 종 판별용 펩티드핵산 세트 및 이를 이용한 홍어 종 판별 방법 | |
| KR101749547B1 (ko) | Pna 프로브를 이용한 뱀장어 종의 판별방법 | |
| KR101448121B1 (ko) | 멀티플렉스 ｐｃｒ을 이용한 오리의 개체식별방법 | |
| CN109439764B (zh) | 一种鉴定仿土鸡蛋和土鸡蛋的分子标记及应用 | |
| KR101508689B1 (ko) | 중국젓새우의 원산지 판별 마커 | |
| KR102083306B1 (ko) | 먹장어류 어종 판별용 유전자 마커 및 판별방법 | |
| KR101999815B1 (ko) | 옥돔 또는 옥두어의 판별을 위한 초고속 실시간 pcr용 품종 특이 프라이머 세트 또는 이를 이용한 품종 판별법 | |
| KR101999813B1 (ko) | 투스킨 주꾸미, 원스킨 주꾸미, 낙지 및 살오징어의 판별을 위한 초고속 실시간 pcr용 품종 특이 프라이머 세트 또는 이를 이용한 품종 판별법 | |
| KR101749545B1 (ko) | 참서대과 어종 판별용 유전자 마커 및 판별방법 | |
| KR101728421B1 (ko) | 어묵 또는 연육 내에 포함된 어종 판별 마커 | |
| KR101412062B1 (ko) | 아귀 원산지 판별용 폴리뉴클레오티드 및 이를 이용한 아귀 원산지 판별방법 | |
| KR101412058B1 (ko) | 아귀 원산지 판별용 폴리뉴클레오티드 및 이를 이용한 아귀 원산지 판별방법 | |
| KR101412064B1 (ko) | 아귀 원산지 판별용 폴리뉴클레오티드 및 이를 이용한 아귀 원산지 판별방법 | |
| KR102584621B1 (ko) | 밀복속 어종 판별용 유전자 마커 및 그를 이용한 판별방법 | |
| KR101437381B1 (ko) | 참굴 삼배체 판별용 유전자 키트 및 이를 이용한 판별 방법 | |
| CN112011626B (zh) | 一种海丰沙塘鳢和河川沙塘鳢的特异性分子鉴别方法 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| A201 | Request for examination | ||
| E902 | Notification of reason for refusal | ||
| E90F | Notification of reason for final refusal | ||
| E701 | Decision to grant or registration of patent right |