KR101626650B1 - 한우육 풍미 관련 단일염기다형성 마커 조성물 및 이를 이용한 한우육 풍미 진단방법 - Google Patents

한우육 풍미 관련 단일염기다형성 마커 조성물 및 이를 이용한 한우육 풍미 진단방법 Download PDF

Info

Publication number
KR101626650B1
KR101626650B1 KR1020140050974A KR20140050974A KR101626650B1 KR 101626650 B1 KR101626650 B1 KR 101626650B1 KR 1020140050974 A KR1020140050974 A KR 1020140050974A KR 20140050974 A KR20140050974 A KR 20140050974A KR 101626650 B1 KR101626650 B1 KR 101626650B1
Authority
KR
South Korea
Prior art keywords
hanwoo
snp
dna
marker
flavor
Prior art date
Application number
KR1020140050974A
Other languages
English (en)
Other versions
KR20150124546A (ko
Inventor
김종주
남기창
조철훈
이윤미
형기은
이종은
Original Assignee
영남대학교 산학협력단
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 영남대학교 산학협력단 filed Critical 영남대학교 산학협력단
Priority to KR1020140050974A priority Critical patent/KR101626650B1/ko
Publication of KR20150124546A publication Critical patent/KR20150124546A/ko
Application granted granted Critical
Publication of KR101626650B1 publication Critical patent/KR101626650B1/ko

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

본 발명은 한우육 풍미 관련 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism; SNP) 마커 조성물 및 이를 이용한 한우육 풍미 진단방법에 관한 것으로서, 서열번호 1 내지 서열번호 31의 26번째 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나 이상의 단일염기다형성(SNP) 마커를 포함하는 5-50개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 한우육 풍미 진단용 조성물을 제공한다. 또한 본 발명은 상기 SNP 마커를 이용한 한우육 풍미 진단방법 및 진단용 키트를 제공한다. 이를 토대로 맛이 뛰어난 한우육을 개발하여 한우의 고급육화와 한우 개량에 유용하게 사용될 수 있다.

Description

한우육 풍미 관련 단일염기다형성 마커 조성물 및 이를 이용한 한우육 풍미 진단방법{Single nucleotide polymorphism marker composition associated with meat flavor in Hanwoo and method for determination of meat flavor in Hanwoo using same marker}
본 발명은 한우육 풍미 관련 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism; SNP) 마커 조성물 및 이를 이용한 한우육 풍미 진단방법에 관한 것이다.
미국이나 일본 등 선진국들의 최근 쇠고기 관련 연구 동향들을 살펴보면, 육질 등급 향상에서 나아가 쇠고기의 풍미와 기능성에 대한 연구들이 빠르게 진행되고 있다. 그러나 우리나라에서는 한우 고유의 풍미에 대한 연구가 미흡하며, 아직 육질 및 육량 위주의 고급육 생산에 초점이 맞추어져 있다.
근래에 들어서 국민 식생활 수준의 변화가 웰빙 열풍으로 변함으로 육류 소비 경향이 양에서 질 위주로 전환되어 소비자가 맛있고 고품질 쇠고기를 선호하는 추세에 따라 육질 뿐만 아니라 맛에 영향을 미치는 성분 분석의 필요성이 부가되고 있다.
고기의 맛은 풍미에 관계되는 성분에 의해 결정되는데 지방산, 유리아미노산, 당단백질, 핵산과 같은 화학 성분이 관여한다. 일반적으로 맛은 짠맛, 신맛, 단맛 및 쓴맛으로 구분되며, 모노소듐 글루타메이트(monosodium glutamate; MSG)로 인해 전달되는 맛을 우아미(Umami) 즉, 감칠맛이라고 한다.
도축 후 시간이 경과함에 따라 근육 내 글리코겐(glycogen)의 분해가 진행되어 에너지는 발생하나, 아데노신 트리포스페이트(adenosine triphosphate; ATP)는 생성하지 못하고 젖산을 생산하면서 근육의 pH는 저하된다. 또한 산성조건에서 활성화되는 ATPase로 인해 ATP가 분해되어 아데노신 디포스페이트(adenosine diphosphate; ADP)를 생성하게 되고, 아데노신 모노포스페이트(adenosine monophosphate; AMP), 이노신 모노포스페이트(inosine monophosphate; IMP) 및 이노신(inosine; HxR)으로 분해된 후, 최종적으로 하이포잔틴(hypoxanthine; Hx)으로 분해된다. 이러한 물질들은 육류의 풍미에 큰 영향을 미친다. 특히 IMP는 풍미의 강도에 영향을 미친다고 한다.
한국공개특허 제10-2013-0128603호 (2013.11.27)
본 발명의 목적은 서열번호 1 내지 서열번호 31의 26번째 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나 이상의 단일염기다형성(SNP) 마커를 포함하는 5-50개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 한우육 풍미 진단용 조성물을 제공하는데 있다.
본 발명의 다른 목적은 상기 SNP 마커를 이용한 한우육 풍미 진단방법 및 진단용 키트를 제공하는데 있다.
상기 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 서열번호 1 내지 서열번호 31의 26번째 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나 이상의 단일염기다형성(SNP) 마커를 포함하는 5-50개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 한우육 풍미 진단용 조성물을 제공한다.
또한, 본 발명은 (1) 개체로부터 DNA 샘플을 수득하는 단계; (2) 상기 (1)단계로부터 수득한 DNA을 주형으로 하여, 서열번호 1 내지 서열번호 31의 26번째 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나 이상의 SNP 마커를 증폭시킬 수 있는 프라이머를 이용하여 PCR을 수행하는 단계; (3) 상기 PCR 산물로부터 상기 SNP 마커의 유전자형을 확인하는 단계; 및 (4) 상기 유전자형으로 아데노신 모노포스페이트(adenosine monophosphate; AMP), 이노신 모노포스페이트(inosine monophosphate; IMP), 이노신(inosine; HxR) 및 하이포잔틴(hypoxanthine; Hx)으로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나 이상의 핵산 성분 형질을 판별하는 단계를 포함하는 한우육 풍미의 진단방법을 제공한다.
또한, 본 발명은 서열번호 1 내지 서열번호 31의 26번째 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나 이상의 단일염기다형성(SNP) 마커를 포함하는 5-50개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 증폭시킬 수 있는 프라이머, 또는 상기 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 검출할 수 있는 프로브를 포함하는 한우육 풍미 진단용 키트를 제공한다.
본 발명은 한우육 풍미 관련 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism; SNP) 마커 조성물 및 이를 이용한 한우육 풍미 진단방법에 관한 것으로서, 본 발명에 따른 단일염기다형성 마커는 한우육 풍미와 관련된 정보를 신속하게 판별할 수 있어, 맛이 뛰어난 한우육을 개발하여 한우의 고급육화와 한우 개량에 유용하게 사용될 수 있다.
본 발명은 서열번호 1 내지 서열번호 31의 26번째 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나 이상의 단일염기다형성(SNP) 마커를 포함하는 5-50개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 한우육 풍미 진단용 조성물을 제공한다.
본 발명에서 “단일염기다형성(single nucleotide polymorphism; SNP)”은 유전체 상에서 A, T, C, G로 구성되는 염기서열의 한 개가 다른 염기서열로 변한 것을 의미한다.
본 발명에서 “마커”란 한우육의 풍미 진단을 판별할 수 있는 물질로, 한우육에 따라 특이적으로 존재하는 핵산(AMP, IMP, HxR, Hx)를 포함한다.
상기 SNP 마커는 그 개개로도 한우육 풍미 진단용 마커로서 유용하며, 상기 마커를 조합하여 마커수를 많이 포함할수록 한우육 풍미 진단의 정확도가 높아질 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 용어 "N>M" (이때, N 및 M은 각각 독립적으로 A, C, T 또는 G이다.)은 유전자 염기서열에서 N 염기가 M 염기로 치환된 것을 의미한다. 한편, 본 명세서의 서열번호 1 내지 서열번호 31의 염기서열은 각각 다중염기기재 방식에 따라 작성하였다.
또한, 본 발명은 (1) 개체로부터 DNA 샘플을 수득하는 단계; (2) 상기 (1)단계로부터 수득한 DNA을 주형으로 하여, 서열번호 1 내지 서열번호 31의 26번째 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나 이상의 SNP 마커를 증폭시킬 수 있는 프라이머를 이용하여 PCR을 수행하는 단계; (3) 상기 PCR 산물로부터 상기 SNP 마커의 유전자형을 확인하는 단계; 및 (4) 상기 유전자형으로 아데노신 모노포스페이트(adenosine monophosphate; AMP), 이노신 모노포스페이트(inosine monophosphate; IMP), 이노신(inosine; HxR) 및 하이포잔틴(hypoxanthine; Hx)으로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나 이상의 핵산 성분 형질을 판별하는 단계를 포함하는 한우육 풍미의 진단방법을 제공한다.
상기 DNA의 공급부위는 특별히 한정된 것은 아니며, 일례로, 근육, 표피, 혈액, 뼈, 장기로부터 얻을 수 있고, 바람직하게는 근육 또는 혈액으로부터 얻을 수 있다. 본 발명의 일례로, 출발물질이 gDNA인 경우, gDNA의 분리는 당업계에 공지된 통상의 방법에 따라 실시될 수 있으며 (참조: Rogers & Bendich (1994), 출발물질이 mRNA인 경우에는, 역전사효소를 이용하여 cDNA로 합성될 수 있다.
또한, 본 발명은 서열번호 1 내지 서열번호 31의 26번째 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나 이상의 단일염기다형성(SNP) 마커를 포함하는 5-50개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 증폭시킬 수 있는 프라이머, 또는 상기 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 검출할 수 있는 프로브를 포함하는 한우육 풍미 진단용 키트를 제공한다.
본 발명에 있어서, 상기 한우육 풍미 진단은 아데노신 모노포스페이트(adenosine monophosphate; AMP), 이노신 모노포스페이트(inosine monophosphate; IMP), 이노신(inosine; HxR) 및 하이포잔틴(hypoxanthine; Hx)으로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나 이상의 핵산 성분 형질을 판별할 수 있다.
상기 "증폭시킬 수 있는 프라이머"란 짧은 자유 3말단 수산화기(free 3' hydroxyl group)를 가지는 염기 서열로 상보적인 템플레이트(template)와 염기쌍(base pair)을 형성할 수 있고 주형 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능을 하는 짧은 서열을 의미하며, 적절한 버퍼 중의 적절한 조건 (예를 들면, 4개의 다른 뉴클레오시드 트리포스페이트 및 DNA, RNA 폴리머라제 또는 역전사 효소와 같은 중합제) 및 적당한 온도 하에서 주형-지시 DNA 합성의 시작점으로서 작용할 수 있는 단일가닥 올리고뉴클레오티드를 말한다. 상기 프라이머의 적절한 길이는 사용 목적에 따라 달라질 수 있으나, 통상 15 내지 30 뉴클레오티드이다. 짧은 프라이머 분자는 일반적으로 주형과 안정한 혼성체를 형성하기 위해서는 더 낮은 온도를 필요로 한다. 프라이머 서열은 주형과 완전하게 상보적일 필요는 없으나, 주형과 혼성화 할 정도로 충분히 상보적이어야 한다.
상기 "프로브"는 특정 뉴클레오타이드 서열에 혼성화될 수 있는 디옥시리보뉴클레오타이드 및 리보뉴클레오타이드를 포함하는 자연 또는 변형되는 모노머 또는 결합을 갖는 선형의 올리고머를 의미한다. 본 발명에 이용되는 프로브는 본 발명의 SNP를 포함하는 서열에 완전하게 (perfectly) 상보적인 서열이 이용될 수 있으나, 특이적 혼성화를 방해하지 않는 범위 내에서 실질적으로 (substantially) 상보적인 서열이 이용될 수도 있다.
상기 진단용 키트에는 본 발명의 한우육 풍미 진단용 마커를 증폭시킬 수 있는 프라이머 뿐만 아니라, 중합 반응에 필요한 시약, 예를 들면 dNTP, 각종의 중합효소 및 발색제 등을 포함할 수 있다. 한편, 본 발명의 키트는 DNA 칩, 마이크로어레이 등으로 응용될 수도 있다.
이하, 본 발명을 실시예에 의거하여 보다 구체적으로 설명한다. 실시예는 오로지 본 발명을 보다 구체적으로 설명하기 위한 것으로, 본 발명의 요지에 따라 발명의 범위가 이들 실시예에 의해 제한되지 않는다는 것은 당업계에서 통상의 지식을 가진 자에 있어서 자명할 것이다.
< 실시예 1> 한우 시료 수집
시료는 2011년 11월부터 2013년 까지 농협 축산연구원(안성)에서 도축된 한우 거세우들 중에서 개체 500두를 확보하여 육질 등급별로 다양하게 한우 등심육을 수집하였다. 현행 도체등급제도에서 의거하여 수집된 고기샘플 500두의 육량 등급은 A등급 124두, B등급 209두, C등급 167두로 구성되어 있었다. 또한 도체등급제도의 육질 등급에 따라 1++등급 70두, 1+등급 125두, 1등급 192두 및 2등급 113두로 구성되어 있었다. 전체 도체중은 411.3kg이었으며, 출하원령은 19~44개월이었으나 90% 이상이 26~36개월 사이에 분포하였다.
< 실시예 2> 유전자형 분석
상기 실시예 1에서 수집한 한우육을 대상으로 고밀도 Affymetrix Bovine 648K SNPs 어레이를 이용하여 분석하였다. 각각의 SNP에 대하여 형질과 연관분석을 최소자승법을 이용하여 하기 두 단계로 전장연관분석(GWAS)을 수행하였다.
먼저, 표현형을 보정하기 위해, 표현형에 영향을 미치는 도축년-계절을 고정효과로 일반선형모델을 적용하여 SAS 9.0을 실시해 수행한 뒤 Genome relaionship matrix로 하는 혼합모형(Genomic BLUP)을 적용하여 ASREML version 3.0 software을 실시하였다. 그 후 잔차, 즉 보정한 표현형 값을 각 SNP에 대하여 연관분석을 실시하였다. 상기 시료들은 임의로 선택된 시료이기에 유전적 관계는 독립적이라 가정하였다.
본 모델은 단순 회귀분석 형태로 분석식은 다음과 같다.
Y = μ + βX + e, X = 1, 0, -1 for 각 SNP의 AA, AB, BB 유전자형
(β는 해당 표현형에 대한 SNP의 상가적(additive) 효과를 나타냄)
각 형질별 연관분석 결과, 유의수준이 1x10-4 이하인 P 값을 가진 SNP를 해당 형질과 통계적 유의도를 가진 연관성을 보인다고 판단하고 이를 선별하였다. 그 결과 아데노신 모노포스페이트(adenosine monophosphate; AMP), 이노신 모노포스페이트(inosine monophosphate; IMP) 및 이노신(inosine; HxR) 및 하이포잔틴(hypoxanthine; Hx)와 관련된 4개의 핵산 관련 형질과 관련하여 31개의 SNP를 확인하였다.
4개의 핵산 관련 형질의 기초 통계량을 하기 표 1에 나타내었다.
핵산 연관 화합물 (mg/100g)
No Trait Name Mean Stdev 변이계수 Min Max
T1 AMP 3.94 3.55 0.90 0.07 11.83
T2 IMP 116.24 40.96 0.35 5.33 230.70
T3 Inosine 25.29 6.49 0.26 12.41 54.63
T4 Hypoxanthine 19.19 5.34 0.28 0.48 41.82
본 발명을 통해 수득한 형질별로 유의적으로 연관된 SNP 정보를 하기 표 2 내지 표 5에 나타내었다. 각 표에서 Minor allele에 대한 additive 추정값으로 나타내었다.
아데노신 모노포스페이트(adenosine monophosphate; AMP) 관련 SNP 정보
SNP ID SNP
(Minor/
Major)		 BTA position
(bp)		 estimate stderr P-value -LOG10P NAA NAB NBB σ2 SNP/
σ2 P
AX-18543541 [C/T] 1 143,181,136 -0.17 0.04 9.39E-05 4.03 35 171 230 0.03
AX-22161590 [G/A] 2 41,023,734 0.38 0.08 4.75E-06 5.32 1 53 382 0.05
AX-26129729 [G/A] 5 72,398,116 0.23 0.05 3.34E-05 4.48 8 136 292 0.04
AX-26652698 [G/A] 6 89,075,993 0.31 0.07 3.31E-05 4.48 6 45 385 0.03
AX-19163018 [A/C] 11 30,128,818 0.15 0.04 7.62E-05 4.12 110 207 119 0.03
AX-19296898 [T/C] 11 64,769,288 0.17 0.04 6.16E-05 4.21 51 218 167 0.04
AX-23589064 [G/A] 23 45,532,849 -0.24 0.06 3.49E-05 4.46 7 116 313 0.04
이노신 모노포스페이트(inosine monophosphate; IMP) 관련 SNP 정보
SNP ID SNP
(Minor/
Major)		 BTA position
(bp)		 estimate stderr P-value -LOG10P NAA NAB NBB σ2 SNP/
σ2 P
AX-22149402 [T/G] 2 37,815,537 11.38 2.73 3.59E-05 4.44 0 57 379 0.04
AX-26273443 [C/T] 5 108,666,221 7.00 1.77 9.03E-05 4.04 12 113 311 0.03
AX-26672531 [G/T] 6 94,105,680 13.41 3.08 1.64E-05 4.79 0 43 393 0.04
AX-19691979 [C/T] 12 54,800,836 -11.32 2.69 3.18E-05 4.50 1 54 381 0.04
이노신(inosine; HxR) 관련 SNP 정보
SNP ID SNP
(Minor
/Major)		 BTA position
(bp)		 estimate stderr P-value -LOG10P NAA NAB NBB σ2 SNP/
σ2 P
AX-25593211 [T/C] 4 59,000,406 -1.70 0.42 5.74E-05 4.24 13 115 308 0.04
AX-26293914 [G/A] 5 112,978,999 2.74 0.65 3.09E-05 4.51 0 58 378 0.04
AX-19161427 [T/C] 11 29,746,901 -2.20 0.51 1.70E-05 4.77 1 106 329 0.05
AX-20148173 [A/G] 13 72,514,987 -2.35 0.59 8.22E-05 4.09 0 74 362 0.04
AX-20284647 [T/G] 14 21,676,189 1.64 0.39 3.94E-05 4.40 20 107 309 0.03
AX-20745113 [G/A] 15 58,072,075 3.52 0.75 4.00E-06 5.40 0 41 395 0.05
AX-23295064 [A/G] 22 39,570,813 1.35 0.33 6.01E-05 4.22 45 178 213 0.03
AX-23368636 [C/A] 22 56,358,305 1.30 0.32 4.93E-05 4.31 72 208 156 0.04
AX-24100152 [A/G] 26 7,766,012 1.37 0.32 2.78E-05 4.56 67 216 153 0.04
AX-24403866 [T/C] 27 28,090,321 -1.23 0.31 6.86E-05 4.16 84 197 155 0.03
하이포잔틴(hypoxanthine; Hx) 관련 SNP 정보
SNP ID SNP
(Minor/
Major)		 BTA position
(bp)		 estimate stderr P-value -LOG10P NAA NAB NBB σ2 SNP/
σ2 P
AX-27881609 [A/C] 9 56,458,950 -1.69 0.34 9.82E-07 6.01 28 146 262 0.05
AX-27881649 [G/A] 9 56,469,639 -1.49 0.32 4.95E-06 5.31 42 190 204 0.05
AX-27912473 [A/C] 9 64,571,219 1.56 0.34 7.84E-06 5.11 27 184 225 0.05
AX-27912629 [A/G] 9 64,632,307 1.56 0.34 7.34E-06 5.13 27 168 241 0.05
AX-27912875 [A/G] 9 64,697,539 2.00 0.29 2.01E-11 10.70 106 221 109 0.10
AX-27912941 [T/A] 9 64,716,608 1.85 0.35 1.56E-07 6.81 24 152 260 0.06
AX-27913166 [A/G] 9 64,782,508 1.85 0.34 1.13E-07 6.95 26 155 255 0.06
AX-27913315 [G/C] 9 64,830,306 1.95 0.36 1.19E-07 6.93 18 160 258 0.07
AX-27913675 [G/A] 9 64,915,912 1.75 0.35 8.57E-07 6.07 23 163 250 0.06
AX-27913716 [T/C] 9 64,927,821 -1.82 0.30 2.30E-09 8.64 85 223 128 0.08
SNP: 첫 번째 allele (빈도가 낮은 minor allele); 두 번째 allele (빈도가 높은 major allele)
BTA: 염색체 번호
position(bp): SNP 위치 (base pairs)
estimate: SNP 효과로 두 번째 allele이 첫 번째 allele로 대체될 때 기대치
stderr: 효과 측정치의 표준오차
P-value: 유의 수준 (type I error rate), -Log10(P): P값의 10의 log지수값
NAA , NAB, NBB: 해당 유전자형(AA, AB, BB)를 가지고 있는 개체수로 A/B는 minor/major allele
σ2 SNP/σ2 P: SNP 효과크기로 표현형 분산중에서 해당 SNP에 의하여 설명되어지는 분산의 비율
본 발명을 통해 수득한 형질별로 유의적으로 연관된 SNP 염기서열을 하기 표 6 내지 표 9에 나타내었다. 하기 표 6 내지 표 9에서 [A/B]란 염기 A가 염기 B로 돌연변이된 SNP임을 의미한다.
아데노신 모노포스페이트(adenosine monophosphate; AMP)
SNP RefSeq 번호 Probe 서열번호
AX-18543541 rs211215537 TGAGCTTTGGGGATCTTTGGGTTAA[C/T]AGTTTTCACCAAGTTTGAGGACATT 1
AX-22161590 rs42707373 AAAAGCATATTTAAAAAAACATATG[C/T]TCATGCACTGCTCTCTCTTAACCAG 2
AX-26129729 rs109689954 GGAGCTAATGTATATGGAACATCCA[A/G]GTGCACGCAGAATCTGGACTGCATC 3
AX-26652698 rs109009463 GCTATTGGTTAGGATCCAGGCCAAC[C/T]ATACAACTTCGCATTCATTGGCTGA 4
AX-19163018 rs109597719 CCCTTAGTTCTACTGGGCCTTACTC[G/T]TCTCTTCTAATAGAATATTTATCTC 5
AX-19296898 rs378332613 TGTTTGTAAACAGGCGCTGGGGGCA[C/T]ATTCCCGGCTCTCGGCTCATTGTTC 6
AX-23589064 rs42345471 AGACTGGGTTATGCTGTATAACAAA[G/T]AACCCCAAAATCTCTATGAATGCCT 7
이노신 모노포스페이트(inosine monophosphate; IMP)
SNP RS번호 Probe 서열번호
AX-22149402 AGCTTAGAAAGTCCTTTCTCCCGAA[G/T]GTTGCCTCACTTCCCTGAAAATTCC 8
AX-26273443 rs385641898 CACACACCTTTCTGAGGGCTGAGAC[C/T]CTGAGGTTGGAAGAGGACCAGCTCC 9
AX-26672531 rs382341251 GCCAAATTAAATGTTGACTGTTCTT[G/T]AGGCATTTCCACCACAATATTGGAA 10
AX-19691979 rs209075915 CTATTTTCGAAAGGGTTTCTGCATA[C/T]GCCGTATTTTTACATATTGACTTTA 11
이노신(inosine; HxR)
SNP RS번호 Probe 서열번호
AX-25593211 rs384354486 GTGGTCTTTGTTACCATCTGCCTTT[C/T]TGGTCTCCAAATATGAAACTCCCTT 12
AX-26293914 rs29019746 GAGAATATAAACACACAGCAGATCA[C/T]GTGTGTGTGTGTCTGTGTGTAGAAA 13
AX-19161427 rs209433397 TGGGGTGTTGCATTCATCACGTTGA[C/T]GGGTCCTTGTGTCTCACTGCGGCAA 14
AX-20148173 rs109955019 TACAGGGCTCACAGGGTTGCTAACT[C/G]GGCACTTGAATAAAACTTAACACTT 15
AX-20284647 rs210607082 TAACTTTCAGCAAAGACTCCAGCCT[G/T]CATCGAGTTACTACAATTAAACAGA 16
AX-20745113 rs380052260 TTTTGCTGCCTCAAGTCTTGGCTCC[A/G]GCACATGGGATCTTCATTGCGTCAT 17
AX-23295064 rs42005136 AGAAAAATCGTAGCAGGTGTGAAGA[C/T]TGCAAGAGGAGGGAATTTATCTTTC 18
AX-23368636 rs385144107 TTTTCATTAAGTACCTTCCAGGATT[A/C]CTCAGGGTGCTGATTCAATCAATGT 19
AX-24100152 rs137422798 GGGCCTCAGTGCTGTCACATACATC[A/G]GCGGACAGTAACCTGAAGGAAAATG 20
AX-24403866 rs42219451 TGATAATAAAGATTAAAGTGGAATT[C/T]GTTAGTGTGTCATTGATGTGTTTGG 21
하이포잔틴(hypoxanthine; Hx)
SNP RS번호 Probe 서열번호
AX-27881609 rs134859889 AATACCTGGCTTGGAGTGTTTATTA[A/C]TGTTGGAGGTTCGAAATGAGGTCTC 22
AX-27881649 rs109893721 AAAACTCAAAGAAGGACTAGTCAGC[A/G]AGATTGCATGTTCTTCTCCAGCTCC 23
AX-27912473 rs42821208 ATTAACAATAAGAAGTTGAGATATG[A/C]AAGAACACAAATGTTGGCCCCAATG 24
AX-27912629 rs42946680 CCAAGATTAACGTCCAGTAGGGTTC[C/T]ATTTCTGGTGAGAGCTTTTCCTAGC 25
AX-27912875 rs42844496 AAAGAACACGGGACATTGGGAGTGA[A/G]TTTAGGGAGGGAGCCAAATAGTGGT 26
AX-27912941 rs42844501 TGGGAAAACAGTAATGAGGTCCATA[A/T]ATAATTAACTTAAAATATTTATTGC 27
AX-27913166 rs136363865 GACCATGCTCCATATTGCTGCCAGA[A/G]TAGTTTTCTGATTATACAGTCTGAT 28
AX-27913315 rs42508598 ACTTTAAGCTTAGTTATTGGTCCTT[C/G]TAACAACGACTGATATTTAAGAAAG 29
AX-27913675 rs42507821 AATGGCCCAAACAGTGCATGAACAG[C/T]TTCCCTCCGAATACTGAACACGACT 30
AX-27913716 rs135781138 AGGGCTCATAGCCTTTGAATTGCAG[C/T]GGCTCTGAGTGTTCCTGATAACCTT 31
<110> Research Cooperation Foundation of Yeungnam University <120> Single nucleotide polymorphism marker composition associated with meat flavor in Hanwoo and method for determination of meat flavor in Hanwoo using same marker <130> ADP-2014-0162 <160> 31 <170> KopatentIn 2.0 <210> 1 <211> 51 <212> DNA <213> Hanwoo <400> 1 tgagctttgg ggatctttgg gttaayagtt ttcaccaagt ttgaggacat t 51 <210> 2 <211> 51 <212> DNA <213> Hanwoo <400> 2 aaaagcatat ttaaaaaaac atatgytcat gcactgctct ctcttaacca g 51 <210> 3 <211> 51 <212> DNA <213> Hanwoo <400> 3 ggagctaatg tatatggaac atccargtgc acgcagaatc tggactgcat c 51 <210> 4 <211> 51 <212> DNA <213> Hanwoo <400> 4 gctattggtt aggatccagg ccaacyatac aacttcgcat tcattggctg a 51 <210> 5 <211> 51 <212> DNA <213> Hanwoo <400> 5 cccttagttc tactgggcct tactcktctc ttctaataga atatttatct c 51 <210> 6 <211> 51 <212> DNA <213> Hanwoo <400> 6 tgtttgtaaa caggcgctgg gggcayattc ccggctctcg gctcattgtt c 51 <210> 7 <211> 51 <212> DNA <213> Hanwoo <400> 7 agactgggtt atgctgtata acaaakaacc ccaaaatctc tatgaatgcc t 51 <210> 8 <211> 51 <212> DNA <213> Hanwoo <400> 8 agcttagaaa gtcctttctc ccgaakgttg cctcacttcc ctgaaaattc c 51 <210> 9 <211> 51 <212> DNA <213> Hanwoo <400> 9 cacacacctt tctgagggct gagacyctga ggttggaaga ggaccagctc c 51 <210> 10 <211> 51 <212> DNA <213> Hanwoo <400> 10 gccaaattaa atgttgactg ttcttkaggc atttccacca caatattgga a 51 <210> 11 <211> 51 <212> DNA <213> Hanwoo <400> 11 ctattttcga aagggtttct gcataygccg tatttttaca tattgacttt a 51 <210> 12 <211> 51 <212> DNA <213> Hanwoo <400> 12 gtggtctttg ttaccatctg cctttytggt ctccaaatat gaaactccct t 51 <210> 13 <211> 51 <212> DNA <213> Hanwoo <400> 13 gagaatataa acacacagca gatcaygtgt gtgtgtgtct gtgtgtagaa a 51 <210> 14 <211> 51 <212> DNA <213> Hanwoo <400> 14 tggggtgttg cattcatcac gttgaygggt ccttgtgtct cactgcggca a 51 <210> 15 <211> 51 <212> DNA <213> Hanwoo <400> 15 tacagggctc acagggttgc taactsggca cttgaataaa acttaacact t 51 <210> 16 <211> 51 <212> DNA <213> Hanwoo <400> 16 taactttcag caaagactcc agcctkcatc gagttactac aattaaacag a 51 <210> 17 <211> 51 <212> DNA <213> Hanwoo <400> 17 ttttgctgcc tcaagtcttg gctccrgcac atgggatctt cattgcgtca t 51 <210> 18 <211> 51 <212> DNA <213> Hanwoo <400> 18 agaaaaatcg tagcaggtgt gaagaytgca agaggaggga atttatcttt c 51 <210> 19 <211> 51 <212> DNA <213> Hanwoo <400> 19 ttttcattaa gtaccttcca ggattmctca gggtgctgat tcaatcaatg t 51 <210> 20 <211> 51 <212> DNA <213> Hanwoo <400> 20 gggcctcagt gctgtcacat acatcrgcgg acagtaacct gaaggaaaat g 51 <210> 21 <211> 51 <212> DNA <213> Hanwoo <400> 21 tgataataaa gattaaagtg gaattygtta gtgtgtcatt gatgtgtttg g 51 <210> 22 <211> 51 <212> DNA <213> Hanwoo <400> 22 aatacctggc ttggagtgtt tattamtgtt ggaggttcga aatgaggtct c 51 <210> 23 <211> 51 <212> DNA <213> Hanwoo <400> 23 aaaactcaaa gaaggactag tcagcragat tgcatgttct tctccagctc c 51 <210> 24 <211> 51 <212> DNA <213> Hanwoo <400> 24 attaacaata agaagttgag atatgmaaga acacaaatgt tggccccaat g 51 <210> 25 <211> 51 <212> DNA <213> Hanwoo <400> 25 ccaagattaa cgtccagtag ggttcyattt ctggtgagag cttttcctag c 51 <210> 26 <211> 51 <212> DNA <213> Hanwoo <400> 26 aaagaacacg ggacattggg agtgarttta gggagggagc caaatagtgg t 51 <210> 27 <211> 51 <212> DNA <213> Hanwoo <400> 27 tgggaaaaca gtaatgaggt ccatawataa ttaacttaaa atatttattg c 51 <210> 28 <211> 51 <212> DNA <213> Hanwoo <400> 28 gaccatgctc catattgctg ccagartagt tttctgatta tacagtctga t 51 <210> 29 <211> 51 <212> DNA <213> Hanwoo <400> 29 actttaagct tagttattgg tccttstaac aacgactgat atttaagaaa g 51 <210> 30 <211> 51 <212> DNA <213> Hanwoo <400> 30 aatggcccaa acagtgcatg aacagyttcc ctccgaatac tgaacacgac t 51 <210> 31 <211> 51 <212> DNA <213> Hanwoo <400> 31 agggctcata gcctttgaat tgcagyggct ctgagtgttc ctgataacct t 51

Claims (5)

  1. 서열번호 1 내지 서열번호 31의 26번째 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나 이상의 단일염기다형성(SNP) 마커를 포함하는 5-50개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하며, 아데노신 모노포스페이트(adenosine monophosphate; AMP), 이노신 모노포스페이트(inosine monophosphate; IMP), 이노신(inosine; HxR) 및 하이포잔틴(hypoxanthine; Hx)으로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나 이상의 핵산 성분 형질을 판별하는 것을 특징으로 하는 한우육 핵산 성분 형질 판별용 조성물.
  2. 삭제
  3. (1) 개체로부터 DNA 샘플을 수득하는 단계;
    (2) 상기 (1)단계로부터 수득한 DNA을 주형으로 하여, 서열번호 1 내지 서열번호 31의 26번째 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나 이상의 SNP 마커를 증폭시킬 수 있는 프라이머를 이용하여 PCR을 수행하는 단계;
    (3) 상기 PCR 산물로부터 상기 SNP 마커의 유전자형을 확인하는 단계; 및
    (4) 상기 유전자형으로 아데노신 모노포스페이트(adenosine monophosphate; AMP), 이노신 모노포스페이트(inosine monophosphate; IMP), 이노신(inosine; HxR) 및 하이포잔틴(hypoxanthine; Hx)으로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나 이상의 핵산 성분 형질을 판별하는 단계를 포함하는 한우육 핵산 성분 형질 판별방법.
  4. 서열번호 1 내지 서열번호 31의 26번째 뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나 이상의 단일염기다형성(SNP) 마커를 포함하는 5-50개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 증폭시킬 수 있는 프라이머, 또는 상기 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 검출할 수 있는 프로브를 포함하며, 아데노신 모노포스페이트(adenosine monophosphate; AMP), 이노신 모노포스페이트(inosine monophosphate; IMP), 이노신(inosine; HxR) 및 하이포잔틴(hypoxanthine; Hx)으로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나 이상의 핵산 성분 형질을 판별하는 것을 특징으로 하는 한우육 핵산 성분 형질 판별용 키트.
  5. 삭제
KR1020140050974A 2014-04-28 2014-04-28 한우육 풍미 관련 단일염기다형성 마커 조성물 및 이를 이용한 한우육 풍미 진단방법 KR101626650B1 (ko)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
KR1020140050974A KR101626650B1 (ko) 2014-04-28 2014-04-28 한우육 풍미 관련 단일염기다형성 마커 조성물 및 이를 이용한 한우육 풍미 진단방법

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
KR1020140050974A KR101626650B1 (ko) 2014-04-28 2014-04-28 한우육 풍미 관련 단일염기다형성 마커 조성물 및 이를 이용한 한우육 풍미 진단방법

Publications (2)

Publication Number Publication Date
KR20150124546A KR20150124546A (ko) 2015-11-06
KR101626650B1 true KR101626650B1 (ko) 2016-06-14

Family

ID=54600860

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
KR1020140050974A KR101626650B1 (ko) 2014-04-28 2014-04-28 한우육 풍미 관련 단일염기다형성 마커 조성물 및 이를 이용한 한우육 풍미 진단방법

Country Status (1)

Country Link
KR (1) KR101626650B1 (ko)

Family Cites Families (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR101213217B1 (ko) * 2010-07-30 2012-12-18 충북대학교 산학협력단 한우의 육량 또는 육질의 조기 선발에 유용한 단일염기다형성 마커
KR101472000B1 (ko) 2012-05-17 2014-12-10 대한민국 한우의 육량 판정용 단일염기다형 및 이를 이용한 한우의 육량 판정 방법
KR20130090395A (ko) * 2013-08-01 2013-08-13 영남대학교 산학협력단 한우 육질 진단용 다형성 마커 및 이를 이용한 한우 육질의 진단방법
KR101564333B1 (ko) * 2013-10-23 2015-10-30 영남대학교 산학협력단 한우육의 고품질 또는 고기능성 성분 함량 판별용 단일염기다형성 마커 조성물

Also Published As

Publication number Publication date
KR20150124546A (ko) 2015-11-06

Similar Documents

Publication Publication Date Title
EP2619327B1 (en) Increasing confidence of allele calls with molecular counting
KR101213217B1 (ko) 한우의 육량 또는 육질의 조기 선발에 유용한 단일염기다형성 마커
KR101929391B1 (ko) 돼지의 유두수 증대 예측용 유전자 마커 및 이의 용도
KR101595011B1 (ko) 돼지의 유두 수 판단용 ｓｎｐ 마커 및 이의 용도
KR101277024B1 (ko) 소 경제형질 진단용 다형성 마커 및 이를 이용한 소 경제형질의 진단방법
KR101312480B1 (ko) 돼지의 갈비뼈 수 판단용 ｓｎｐ 마커 및 이의 용도
KR20190045957A (ko) 돼지의 고급육 선발을 위한 일당증체량 판별용 단일염기다형성 마커 및 이의 용도
KR101472025B1 (ko) 한우의 근내지방조직 특이적 발현 유전자 테노모둘린 및 이중특이적 탈인산화효소 27을 이용한 한우의 근내지방조직 검출용 키트 및 이를 이용한 검출 방법
KR101626650B1 (ko) 한우육 풍미 관련 단일염기다형성 마커 조성물 및 이를 이용한 한우육 풍미 진단방법
KR101617087B1 (ko) 돼지 고급육 관련 단일염기다형성 마커 조성물 및 이를 이용한 돼지 고급육 판별방법
KR101623238B1 (ko) 돼지 육질 진단용 단일염기다형성 마커 조성물 및 이를 이용한 돼지 육질의 진단방법
AU2004257309B2 (en) Improving production characteristics of cattle
CN105219873B (zh) 一种鉴定猪脊椎数相关性状的方法及专用引物
KR101444406B1 (ko) 한우의 복부지방조직 특이적 발현 유전자 isl1 및 mmp9을 이용한 한우의 복부지방조직 검출용 키트 및 이를 이용한 검출 방법
KR101402769B1 (ko) 한우의 복부지방조직 특이적 발현 유전자 tbx152 및 zic1을 이용한 한우의 복부지방조직 검출용 키트 및 이를 이용한 검출 방법
KR101402771B1 (ko) 한우의 피하지방조직 특이적 발현 유전자 tbx5 및 cyp17a2을 이용한 한우의 피하지방조직 검출용 키트 및 이를 이용한 검출 방법
KR101533633B1 (ko) 한우의 근내지방조직 특이적 발현 유전자 디아실글리세롤 o-아실트랜스퍼라제 2 및 지방산 합성 효소를 이용한 한우의 근내지방조직 검출용 키트 및 이를 이용한 검출 방법
KR101395339B1 (ko) 한우의 피하지방조직 특이적 발현 유전자 erbb2 및 igf2bp을 이용한 한우의 피하지방조직 검출용 키트 및 이를 이용한 검출 방법
KR101821541B1 (ko) 돈육내 팔미톨레인산 함량 조절용 snp 마커 및 그의 용도
KR20240005628A (ko) 돌가자미와 강도다리 간 교잡종 판별용 프라이머 세트 및 이의 용도
KR20190045959A (ko) 돼지의 고급육 선발을 위한 정육율 판별용 단일염기다형성 마커 및 이의 용도
KR20150071805A (ko) 한우의 도체량 예측방법

Legal Events

Date Code Title Description
A201 Request for examination
E902 Notification of reason for refusal
E701 Decision to grant or registration of patent right
GRNT Written decision to grant
FPAY Annual fee payment

Payment date: 20190502

Year of fee payment: 4