KR101424094B1 - 히아신스황색썩음병균 검출용 ｐｃｒ 프라이머 세트 및 이를 이용한 진단용 키트 - Google Patents

히아신스황색썩음병균 검출용 ｐｃｒ 프라이머 세트 및 이를 이용한 진단용 키트 Download PDF

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Abstract

본 발명은 히아신스황색썩음병균(Xanthomonas hyacinthi) 검출용 PCR 프라이머 세트에 관한 것으로 보다 상세하게는 서열번호 1 및 서열번호 2 또는 서열번호 3 및 서열번호 4로 표시되는 PCR 프라이머 세트, 상기 프라이머 세트를 포함하는 히아신스황색썩음병균 진단용 키트 및 이를 이용한 히아신스황색썩음병균 검출방법에 관한 것이다. 본 발명의 프라이머 세트는 히아신스황색썩음병균에 특이적인 유전자 서열을 가지므로, 히아신스황색썩음병균의 진단 및 검출에 사용할 수 있다.

Description

히아신스황색썩음병균 검출용 ＰＣＲ 프라이머 세트 및 이를 이용한 진단용 키트{Primer set for detection of Xanthomonas hyacinthi and diagnostic kit using the same}
본 발명은 히아신스황색썩음병균 검출용 PCR 프라이머 세트 및 이를 이용한 진단용 키트에 관한 것으로, 보다 상세하게는 히아신스황색썩음병균의 23S rRNA 유전자 일부 서열에 특이적으로 결합하는 것을 특징으로 하는 프라이머 Xan23S-F73(서열번호 1)과 Xan23S-R71(서열번호 2) 세트 또는 이들과 상보적인 염기서열로 이루어진 프라이머 세트, 상기 2 세트 중 어느 하나를 포함하는 히아신스황색썩음병균 검출용 키트 및 이를 이용한 히아신스황색썩음병 검출 방법에 관한 것이다.
식물 병원세균의 유전자 진단방법으로는 Dot-blot, 중합효소 연쇄반응(PCR) 등의 방법이 이용된다. 특히 PCR은 Dot-blot 방법보다 시간, 노력, 인력 등이 경제적이기 때문에 최근 널리 사용되고 있는 방법이다. PCR(중합효소 연쇄반응, polymerase chain reaction) 진단 방법은 10~20bp로 구성된 특정 DNA 단편(프라이머)을 세균의 게놈유전자(genomic DNA)에 접촉(annealing)한 후 내열성 DNA 중합효소(Taq polymerase)를 첨가하고 합성반응을 반복적으로 행하게 되면, 프라이머가 결합된 영역이 급속히 증폭하게 되며, 그 PCR 증폭산물을 아가로스 젤(agarose gel) 또는 아크릴아마이드 젤(acrylamide gel)에 전기영동하고 에티디움 브로마이드(ethidium bromide) 및 은 염색(silver stain)으로 DNA를 염색한 후 나타나는 DNA 밴드의 유무 혹은 형태의 차이와 같은 세균종의 DNA 다형성을 검출 진단하는 방법이다. 현재, 이러한 PCR에 의한 세균의 진단법은 인체나 동물의 세균성 질병을 진단에 주로 이용되나, 최근에는 식물 병원균을 진단할 수 있도록 PCR 진단법이 개발되어 병의 진단과 함께 수출입 농산물의 검역에 이용되고 있다. 또한, PCR 진단 방법은 다른 방법에 비해 소요되는 시간이 짧고, 진단에 소요되는 비용이 저렴하며 또한, 많은 샘플을 동시에 검정할 수 있어 경제적이다. 이에 최근에는 잔토모나스(Xanthomonas) 검출방법 중에서 유전물질인 핵산을 증폭하는 PCR 진단 방법이 가장 선호되고 있다.
히아신스황색썩음병균(Xanthomonas hyacinthi)이 잎에 침입하면 입맥을 따라 가늘고 긴 수침상의 병반이 생겨 연한 황색으로 되며 심하면 갈색의 줄무늬로 변한다. 잎 전면에 퍼지면 잎은 갈변하여 시들어 죽는다. 구근에서는 유관속을 통하여 발병하고 구근은 부패하여 황색의 점액상 물질이 생긴다.
기존의 잔토모나스 속 미생물 중, 벼흰잎마름병원균(Xanthomonas oryzae pv. oryzae), 세균성점무늬병원균(Xanthomonas campestris pv. vesicatoria), 십자화과 흑부병원균(Xanthomonas campestris pv. campestris), 감귤류 궤양병 병원균(Xanthomonas axonopodis pv. citri) 및 콩불마름병원균(Xanthomonas axonopodis pv. glycines) 등 다양한 미생물의 검출에 사용되는 개별적인 PCR 프라이머에 대한 연구는 이루어졌으나, 히아신스황색썩음병균(Xanthomonas hyacinthi)에 대하여는 아직까지 연구된 바 없다.
이에 본 발명의 발명자들은 히아신스황색썩음병균의 검출에 사용될 수 있는 PCR 프라이머 세트를 설계하기 위하여, 히아신스황색썩음병균에 특이적인 염기서열을 검색하던 중, 23S rRNA의 염기서열이 종 보존적임을 확인하고, 히아신스황색썩음병균에만 특이적인 23S rRNA 의 일부 서열을 발견하여, 그를 이용한 프라이머 세트를 발명하였다.
따라서 본 발명의 목적은 서열번호 1 및 서열번호 2로 표시되는 히아신스황색썩음병균(Xanthomonas hyacinthi) 검출용 PCR 프라이머 세트를 제공하는 것이다.
본 발명의 다른 목적은 서열번호 3 및 서열번호 4로 표시되는 히아신스황색썩음병균(Xanthomonas hyacinthi) 검출용 PCR 프라이머 세트를 제공하는 것이다.
본 발명의 다른 목적은 서열번호 1 및 서열번호 2 또는 서열번호 3 및 서열번호 4로 표시되는 프라이머 세트를 포함하는 히아신스황색썩음병균(Xanthomonas hyacinthi) 진단용 키트를 제공하는 것이다.
본 발명의 다른 목적은 (a) 시료로부터 DNA를 분리하는 단계; (b) 상기 (a)단계에서 분리된 DNA를 상기 서열번호 1 및 서열번호 2 또는 서열번호 3 및 서열번호 4로 표시되는 프라이머 쌍을 이용하여 PCR로 증폭하는 단계; 및 (c) 상기 (b)단계의 증폭된 PCR 산물을 전기영동으로 확인하는 단계를 포함하는 히아신스황색썩음병균(Xanthomonas hyacinthi) 검출 방법을 제공하는 것이다.
상기와 같은 목적을 달성하기 위하여 본 발명은 서열번호 1 및 서열번호 2로 표시되는 히아신스황색썩음병균(Xanthomonas hyacinthi) 검출용 PCR 프라이머 세트를 제공한다.
본 발명의 다른 목적을 달성하기 위하여 본 발명은 서열번호 3 및 서열번호 4로 표시되는 히아신스황색썩음병균(Xanthomonas hyacinthi) 검출용 PCR 프라이머 세트를 제공한다.
본 발명의 또 다른 목적을 달성하기 위하여 본 발명은 상기 서열번호 1 및 서열번호 2 또는 서열번호 3 및 서열번호 4로 표시되는 프라이머 세트를 포함하는 히아신스황색썩음병균(Xanthomonas hyacinthi) 진단용 키트를 제공한다.
본 발명의 또 다른 목적을 달성하기 위하여 본 발명은 (a) 시료로부터 DNA를 분리하는 단계; (b) 상기 (a)단계에서 분리된 DNA를 서열번호 1 및 서열번호 2 또는 서열번호 3 및 서열번호 4의 프라이머 쌍을 이용하여 PCR로 증폭하는 단계; 및 (c) 상기 (b)단계의 증폭된 PCR 산물을 전기영동으로 확인하는 단계를 포함하는 히아신스황색썩음병균(Xanthomonas hyacinthi) 검출 방법을 제공한다.
이하 본 발명을 상세히 설명한다.
본 발명에서 용어 ‘프라이머’는 상보적인 서열과 염기쌍을 형성할 수 있고, 상보적인 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능하는 짧은 핵산 서열을 의미한다. 본 발명의 명세서에서 용어 "전방향(forward) 프라이머" 및 "역방향(reverse) 프라이머"는 PCR에 의해 증폭되는 유전자의 일정 부위의 3' 말단 및 5' 말단에 각각 결합하는 프라이머를 의미한다.
본 발명은 서열번호 1 및 서열번호 2로 표시되는 히아신스황색썩음병균(Xanthomonas hyacinthi) 검출용 PCR 프라이머 세트에 관한 것이다.
미생물 유전자에 특이적인 중합효소 연쇄반응 프라이머의 제작에는 rRNA, 하우스키핑(house keeping) 유전자 등 다양한 유전자들이 사용되고 있으며, 특히 rRNA 유전자 중 16S rRNA와 23S rRNA는 진화에 안정적이고 같은 종 혹은 종 하위 분류군내 유전적 변이가 드물기 때문에 병원세균 진단용 중합효소 연쇄반응 프라이머로 이상적이다. 본 발명에서 중합효소 연쇄반응(PCR) 프라이머 세트는 히아신스황색썩음병균 게놈의 유전자 서열 중에서 종(species) 보존적인 23S rRNA의 특이적 영역을 표적으로 하였기 때문에 히아신스황색썩음병균 이외의 미생물 유전자와는 특이적인 결합을 하지 않으며, 히아신스황색썩음병균만을 특이적으로 검출할 수 있는 것에 특징이 있다.
본 발명의 히아신스황색썩음병균(Xanthomonas hyacinthi) 검출용 PCR 프라이머 세트는 잔토모나스(Xanthomonas) 속에 속하는 다른 미생물과 비교했을 때, 히아신스황색썩음병균(Xanthomonas hyacinthi)에만 존재하는 특이적인 서열을 갖는 것을 특징으로 한다. 본 발명에서는 공지된 잔토모나스 속 균들의 23S rRNA 유전자와 히아신스황색썩음병균의 23S rRNA 유전자를 비교분석하여, 사탕수수잎 마름병균에만 특이적인 프라이머 세트(Xan23S-F73<전방향, 서열번호 1> & Xan23S-R71<역방향, 서열번호 2>)를 선발하였다(실시예 1 참조). 선발한 프라이머 세트가 히아신스황색썩음병균에만 특이성을 갖는 지 검증하기 위하여, 히아신스황색썩음병균을 포함한 잔토모나스(Xanthomonas) 속 26종에 속하는 90 strains들의 gDNA를 분리하여, 상기 프라이머 세트와 함께 PCR 반응시킨 후, 전기영동을 한 결과([도 1]에 기재)를 보면, 히아신스황색썩음병균의 DNA가 다른 균들에 비해서 현저히 많이 증폭된 것을 확인할 수 있다.
또한, 본 발명은 상기 서열번호 1 및 서열번호 2에 상보적인 서열을 갖는 서열번호 3 및 서열번호 4로 표시되는 히아신스황색썩음병균 검출용 PCR 프라이머 세트를 제공한다. 상기 본 발명의 프라이머 세트들은 히아신스황색썩음병균의 특이적 검출에 영향을 주지 않는 범위 내에서 변형(예: 부가, 결실, 치환)될 수 있다.
본 발명은 상기 서열번호 1 및 서열번호 2 또는 서열번호 3 및 서열번호 4로 표시되는 프라이머 세트를 포함하는 히아신스황색썩음병균 진단용 키트를 제공한다.
상기 본 발명의 키트에는 본 발명의 프라이머 세트를 이용하여 히아신스황색썩음병균을 검출하는데 필요한 실험(예: PCR) 및 결과 확인에 필요한 여러 가지 시약들, 예컨대, PCR 조성물, 제한효소, 아가로스, 혼성화 및 전기영동에 필요한 완충용액 등이 추가로 포함될 수 있다. 보다 상세하게는 상기 PCR 조성물은 역전사 반응에 의해서 합성된 상보적 DNA와 본 발명에서 제공되는 PCR 프라이머쌍 이외에 적당량의 DNA 중합효소(예, Thermus aquaticus (Taq), Thermus thermophilus (Tth), Thermus filiformis, Thermis flavus, Thermococcus literalis 또는 Pyrococcus furiosus (Pfu)로부터 얻은 열 안정성 DNA 중합효소), dNTP, PCR 완충용액 및 물(dH2O)을 포함한다. 상기 PCR 완충용액은 트리스-HCl(Tris-HCl), MgCl2, KCl 등을 포함한다. 이 때 MgCl2 농도는 증폭의 특이성과 수량에 크게 영향을 준다. 일반적으로 Mg2 +가 과량인 경우는 비특이적인 PCR 증폭산물이 증가하고, Mg2+가 부족한 경우 PCR 산물의 산출율이 감소한다. 상기 PCR 완충용액에는 이에 제한되지는 않으나 적당량의 트리톤 X-100(Triton X-100), 디메틸설폭사이드 (dimethylsufoxide (DMSO)), Tween 20, nonidet P40, PEG 6000, 포름아미이드 및 소혈청 알부민(bovine serum albumine (BSA))이 추가로 포함될 수 있다.
또한 상기 키트에는 상기 PCR 반응을 용이하게 수행할 수 있기 위하여 DNA 중합효소 및 상기 조성의 PCR 반응 완충 용액이 추가로 포함될 수 있으며, PCR 산물의 증폭 여부를 확인할 수 있는 전기영동 수행에 필요한 구성성분이 본 발명의 키트에 추가로 포함될 수 있다.
본 발명은 (a) 시료로부터 DNA를 분리하는 단계; (b) 상기 (a)단계에서 분리된 DNA를 서열번호 1 및 서열번호 2 또는 서열번호 3 및 서열번호 4의 프라이머 쌍을 이용하여 PCR로 증폭하는 단계; 및 (c) 상기 (b)단계의 증폭된 PCR 산물을 전기영동으로 확인하는 단계를 포함하는 히아신스황색썩음병균 검출방법을 제공한다.
중합효소 연쇄반응(PCR)은 생체 내에 존재하는 적은 양의 DNA를 분리하여 주형으로 사용하고 표적 DNA 서열의 양 끝단에 상보적인 올리고뉴클레오티드로 이루어진 프라이머 쌍을 이용하여 표적 DNA 단편만을 짧은 시간 안에 수십만 배 이상 증폭시키는 방법이다. 이와 같은 PCR을 이용하여 식물에 감염된 미생물을 신속하고 정확하게 검출할 수 있다. 본 발명에서는 히아신스황색썩음병균을 검출하기 위하여, 상기 PCR을 포함하는 검출 방법을 이용하였다.
이를 단계별로 살펴보면, 상기 (a) 단계에서 DNA의 분리는 상기 히아신스황색썩음병균(Xanthomonas hyacinthi)으로부터 당업계에서 통상적으로 사용되는 방법에 따라 수행될 수 있으며, 상업적으로 판매되는 DNA 추출 키트를 이용하여 수행할 수 있다.
(b) 단계에서는 상기 (a) 단계에서 분리된 DNA를 주형으로 하고 본 발명의 프라이머 쌍을 이용하여 히아신스황색썩음병균의 23S rRNA의 유전자를 증폭해낼 수 있다. 본 단계는 ⅰ) 변성(denaturation) 단계, ⅱ) 프라이머의 대상 핵산결합(annealing) 단계 및 ⅲ) 신장(elongation) 단계를 포함하는 사이클이 수회 반복되어 행해진다. 본 발명에서 용어 "사이클"은 표적 핵산의 1 카피 (copy)를 생성하는 과정을 의미한다. 상기 변성, 프라이머의 대상 핵산결합단계 및 신장 단계에서의 온도 및 시간 조건은 당업자가 적합한 조건을 선택할 수 있으며 특정의 범위로 한정되지 않으나, 바람직하게는 (i) 90 내지 98℃에서 55 내지 65초간의 변성(denaturation) 과정, (ii) 60 내지 70℃에서 55 내지 65초간의 어닐링(annealing) 및 (ⅲ) 65 내지 75℃에서 170 내지 190초 신장(elongation)과정으로 이루어지는 1 사이클을 30회 반복 수행하는 단계 및 (ⅳ) 70 내지 75℃에서 5 내지 10분을 추가 신장 단계를 포함할 수 있다. 각 단계의 시간과 싸이클 수는 당업계에 일반적으로 행해지는 조건에 따라 정해질 수 있다.
(c) 단계는 당업계에서 널리 공지된 방법에 따라 PCR 산물을 DNA크기별로 분리할 수 있다. 바람직하게는 아가로스 겔(agarose gel) 또는 폴리아크릴아미드겔(polyacrylamide gel) 전기영동 또는 형광분석장치에 의해 확인할 수 있다. 이 때, 형광분석장치를 이용하기 위해서는 당업계에 공지된 형광 다이(dye)를 붙인 프라이머 쌍을 이용하여 상기 (b)단계에서 PCR을 수행하여야 한다. PCR증폭 결과는 바람직하게는 아가로스 겔 전기영동에 의해 확인할 수 있다. 전기영동 후 에디듐 브로마이드(ethidium bromide) 염색으로 전기영동 결과를 분석할 수 있다. 일반적인 역전사 반응, PCR 수행 및 그 결과 분석 방법에 대해서는 당업계에 잘 알려져 있는 방법을 사용한다.
본 발명은 히아신스황색썩음병균(Xanthomonas hyacinthi) 검출용 PCR 프라이머 세트에 관한 것으로 보다 상세하게는 서열번호 1 및 서열번호 2 또는 서열번호 3 및 서열번호 4로 표시되는 PCR 프라이머 세트, 상기 프라이머 세트 중 어느 하나를 포함하는 히아신스황색썩음병균 진단용 키트 및 이를 이용한 히아신스황색썩음병균 검출방법에 관한 것이다. 본 발명의 프라이머 세트는 히아신스황색썩음병균에 특이적인 유전자 서열을 가지므로, 히아신스황색썩음병균의 진단 및 검출에 효과적이다.
도 1은 본 발명의 PCR 프라이머 세트의 히아신스황색썩음병균에 대한 특이성을 나타내는 전기영동 결과이다.(레인 설명 : M-size marker(1kb), 1~90: [표 2]의 번호를 나타내는 것으로, 그에 상응하는 균들에 대한 전기영동 결과이다.)
이하, 본 발명을 실시예에 의해 상세히 설명한다.
단, 하기 실시예는 본 발명을 예시하는 것일 뿐, 본 발명의 내용이 하기 실시예에 한정되는 것은 아니다.
< 실시예 1>
히아신스황색썩음병균 ( Xanthomonas hyacinthi ) 검출용 프라이머 쌍의 설계
<1-1> 특이적 염기서열의 정보 탐색
히아신스황색썩음병균(Xanthomonas hyacinthi)의 특이적인 염기가 존재하는 핵산을 선발하기 위하여 PCR 프라이머 개발에 많이 사용되는 rRNA 및 하우스키핑 유전자 중, 히아신스황색썩음병균 게놈 서열 중 진화에 안정적이고 같은 종 혹은 하위 분류군 중 변이가 드물어 종 보존적이고 병원 세균 진단용 PCR 프라이머에 이상적인 23S rRNA 영역을 표적으로 하였다. 본 발명에서는 유전자은행(GenBank)에 등록되어 전체 염기서열이 분석된 잔토모나스(Xanthomonas) 속 식물병원세균들의 23S rRNA 유전자를 BioEdit 프로그램 (Version7.0.9.0)에 설치되어 있는 ClustalW 다중 정렬 프로그램을 이용하여 히아신스황색썩음병균의 23S rRNA 유전자와 비교 분석하였다.
그 결과, 히아신스황색썩음병균(Xanthomonas hyacinthi)의 23S rRNA의 염기 서열 중, 일부 서열이 상기 미생물에만 특이적으로 존재함을 확인하였다.
<1-2> 특이 서열 증폭을 위한 프라이머 쌍의 제작
상기 실시예 <1-1>에서 특이성이 확인된 23S rRNA 유전자를 이용하여 하기 [표 1]과 같이 히아신스황색썩음병균에 특이적인 중합효소연쇄반응의 전방향 및 역방향 프라이머 쌍을 제조하였다.
서열번호 프라이머 염기서열 길이(mer) 방향
1 Xan23S-F73 CATACACGGTCCCCGATCCGGATT 24 Forward
2 Xan23S-R71 GAAGCTTGGGGTGCATCGCGT 21 Reverse
<실시예 2>
제조된 프라이머 쌍의 특이성 조사
상기 실시예 1의 프라이머 세트의 히아신스황색썩음병균(Xanthomonas hyacinthi)에 대한 특이성을 조사하고자, PCR 반응을 실시하였다. 하기 [표 2]에 나열한 잔토모나스(Xanthomonas) 속 26종에 속하는 90 strains들의 전체 DNA들을 DNeasy Blood & Tissue Kit (Qiagen, Cat.No. 69504)을 이용하여 분리하였다. PCR 반응액은 총 50㎕가 되도록 10mM Tris-HCl pH 8.0, 50mM KCl, 1.5mM MgCl2, 200uM dNTP, 10 pmole primer Xan23S-F73, 10 pmole primer Xan23S-R71, 2U Taq DNA polymerase를 넣고, 증류수로 그 양을 맞췄다. 이 반응액을 95℃ 1분-68℃ 1분-72℃ 3분으로 30회 증폭시킨 후, 72℃ 7분간 처리하였다. 상기 PCR 산물은 agarose gel로 전기영동 한 결과를 [도 1]에 기재하였다.
[도 1]에서 보듯이, 히아신스황색썩음병균(Xanthomonas hyacinthi)에 대해서만 밴드가 나타났고, 나머지 잔토모나스 속 미생물에서는 밴드가 나타나지 않았다. 따라서 상기 <실시예 1>의 프라이머 세트가 히아신스황색썩음병균(Xanthomonas hyacinthi) 만을 특이적으로 검출한다는 것을 알 수 있다.
균번호 병원균 이름 다른 균번호 기주 분리지역
1 622 hyacinthi LMG739T Hyacinthus orientalis 네덜란드
2 2205 alfalfae subsp.alfalfae ICMP5718T Medicago sativa 인도
3 2935 alfalfae subsp.citrumelonis ICMP15808t Citrus sp. 미국
4 2616 arboricola pv.celebennsis CFBP3523t Musa acuminata 뉴질랜드
5 2579 arboricola pv.corylina CFBP1159t Corylus maxima 미국
6 2633 arboricola pv.fragariae CFBP6771t Fragaria X ananassa 이탈리아
7 608 arboricola pv.juglandis LMG747T Jugans regia 뉴질랜드
8 2673 arboricola pv.poinsettiicola ICMP6274t Euphorbia pulcherrima 뉴질랜드
9 2615 arboricola pv.populi CFBP3123t Populus x canadensis cv.Robusta 네덜란드
10 609 arboricola pv.pruni LMG852t Prunus salicina 뉴질랜드
11 610 axonopodis pv.axonopodis LMG982T Axonopus scoparius 콜롬비아
12 2523 axonopodis pv.bauhiniae ICMP5720t Bauhinia racemosa 인도
13 2600 axonopodis pv.begoniae CFBP2524t Begonia sp. 뉴질랜드
14 2634 campestris pv. aberrans CFBP6865t Brassica oleracea L.var.capitataL . 호주
15 2563 axonopodis pv.cassavae LMG8049 Manihot esculenta 니제르
16 2551 axonopodis pv.cassiae LMG675t Cassia tora 인도
17 2572 axonopodis pv.clitoriae LMG9045t Clitoria biflara 인도
18 2552 axonopodis pv.coracanae LMG686t Eleusine coracana 인도
19 2553 axonopodis pv.cyamopsidis LMG691t Cyamopsistetragonolobus 인도
20 2554 axonopodis pv.desmodii LMG692t Desmodiumdichotomum 인도
21 2555 axonopodis pv.desmodiigangetici LMG693t Desmodium gangeticum 인도
22 2573 axonopodis pv.desmodiilaxiflori LMG9046t Desmodium laxi-orum 인도
23 2556 axonopodis pv.desmodiirotundifolii LMG694t Desmodium styracifolium 인도
24 2557 axonopodis pv.dieffenbachiae LMG695t Anthurium sp. 브라질
25 2558 axonopodis pv.erythrinae LMG698t Erythrina variegata 인도
26 2196 axonopodis pv.glycines ICMP5732t Glycine max 수단
27 2560 axonopodis pv.lespedezae LMG757t Lespedeza sp. 미국
28 2959 axonopodis pv.manihotis ICMP5741T Glycine max 수단
29 615 axonopodis pv.nakataecorchori LMG786t Corchorus aestuans 인도
30 2564 axonopodis pv.patelii LMG811t Crotalaria juncea 인도
31 2603 axonopodis pv.phaseoli CFBP2534t Phaseolus vulgaris 루마니아
32 2565 axonopodis pv.phyllanthi LMG844t Phyllanthus niruri 수단
33 2566 axonopodis pv.physalidicola LMG845t Physalis alkekengi 일본
34 2961 axonopodis pv.poinsettiicola ICMP5779T Euphorbia pulcherrima 인도
35 2562 axonopodis pv.rhynchosiae LMG8021t Rhynchosia memnonia 수단
36 2568 axonopodis pv.ricini LMG861t Ricinus communis 에티오피아
37 2522 axonopodis pv.sesbaniae ICMP367t Sesbania sesban Unknown
38 2576 axonopodis pv.tamarindi LMG955t Tamarindus indica 인도
39 2962 axonopodis pv.vasculorum ICMP5757T Saccharum officinarum 모리셔스
40 2574 axonopodis pv.vignaeradiatae LMG936t Vigna radiata 수단
41 2570 axonopodis pv.vignicola LMG8752t Vigna unguiculata 미국
42 2610 axonopodis pv.vitians CFBP2538t Lactuca sp. 미국
43 618 bromi LMG947T Bromus carinatus 프랑스
44 2550 axonopodis pv. cajani LMG558t Cajanus cajan 인도
45 2204 campestris pv. viticola ICMP3867t Vitis sp. 인도
46 2936 fuscans subsp.aurantifolii ICMP15806t Citrus limon 아르헨티나
47 2588 translucens pv.graminis CFBP2053t Dactylisglomerata 스위스
48 2559 campestris pv.fici LMG701t Ficus religiosa 인도
49 2621 melonis CFBP4644T Cucumis melo 브라질
50 2549 campestris pv.mori ICMP13199t Morus alba 인도
51 2561 campestris pv.nigromaculans LMG787t 일본
52 2630 campestris pv.paulliniae CFBP5862t Paullinia cupana var.sorbilis 브라질
53 2636 perforans NCPPB4321T Lycopersicon esculentum 미국
54 2201 campestris pv.sesami ICMP621t Sesamum indicum 수단
55 2617 campestris pv.armoracieae CFBP3838t Iberis sp. 탄자니아
56 620 cassavae LMG673T Manihot esculenta 말라위
57 2934 citrisubsp.citri ICMP15804T Citrus aurantiifolia 미국
58 2958 citri subsp.malvaceaerum ICMP217T Gossypium sp. 미국
59 2622 codiaei CFBP4690T Codiaeum variegatum 미국
60 621 cucurbitae LMG690T Cucurbita maxima 뉴질랜드
61 2619 cynarae CFBP4188T Cynara scolymus 프랑스
62 2674 euvesicatoria ICMP109T Capsicum frutescens 미국
63 2598 fragariae CFBP2157T Fragaria ananassa 미국
64 2960 fuscans pv.fuscans ICMP239T Phaseolus vulgaris 카나다
65 2628 campestris pv.barbareae CFBP5825t Barbarea vulgaris 미국
66 2635 gardneri NCPPB88T Lycopersicon esculentum 유고
67 2625 hortorum pv.carotae CFBP4997t Daucus carota var.sativa 헝가리
68 2624 hortorum pv.hederae CFBP4925T Hedera helix 미국
69 2602 hortorum pv.pelargonii CFBP2533t Pelargonium sp. 뉴질랜드
70 2606 hortorum pv.taraxaci CFBP410t Taraxacum kok-sahgyz 미국
71 2575 hortorum pv.vitians LMG938 Lactuca sativa 짐바브와
72 619 campestris pv.campestris LMG568T Brassica oleracea var.gemmifera 영국
73 2601 campestris pv.incanae CFBP2527t Matthiola sp. 미국
74 2203 oryzae pv.oryzae ICMP3125T Oryza sativa 인도
75 623 oryzae pv.oryzicola LMG797t Oryza sativa 필리핀
76 2629 campestris pv.raphani CFBP5827t Raphanus sativus 미국
77 2200 pisi ICMP570T Pisum sativum 일본
78 625 populi LMG5743T Populus canadensis 프랑스
79 2620 sacchari CFBP4641T Saccharum officinarum 과들르프
80 2623 theicola CFBP4691T Camellia sinensis 일본
81 2591 translucens pv.arrhenatheri CFBP2056t Arrhenatherum elatius 스위스
82 2612 translucens pv.cerealis CFBP2541t Bromus inermis 카나다
83 2593 translucens pv.phlei CFBP2062t Phleum pratense 노르웨이
84 2611 translucens pv.phleipratensis CFBP2540t Phleum pratense 미국
85 2592 translucens pv.poae CFBP2057t Poa trivialis 스위스
86 2605 translucens pv.secalis CFBP2539t Secale cereale 카나다
87 2589 translucens pv.translucens CFBP2054T Hordeum vulgare 미국
88 2963 translucens pv.undulosa ICMP5755T Triticum sp. 카나다
89 2613 vasicola pv.holcicola CFBP2543T Sorghum vulgare 뉴질랜드
90 626 vesicatoria LMG911T Lycopersicon esculentum 이태리
본 발명은 히아신스황색썩음병균(Xanthomonas hyacinthi) 검출용 PCR 프라이머 세트에 관한 것으로 보다 상세하게는 서열번호 1 및 서열번호 2 또는 서열번호 3 및 서열번호 4로 표시되는 PCR 프라이머 세트, 상기 프라이머 세트 중 어느 하나를 포함하는 히아신스황색썩음병균 진단용 키트 및 이를 이용한 히아신스황색썩음병균 검출방법에 관한 것이다. 본 발명의 프라이머 세트는 히아신스황색썩음병균에 특이적인 유전자 서열을 가지므로, 히아신스황색썩음병균의 진단 및 검출에 사용할 수 있어, 산업상 이용가능성이 높다.
서열목록 전자파일 첨부

Claims (4)

  1. 서열번호 1 및 서열번호 2로 표시되는 염기서열을 갖는 히아신스황색썩음병균(Xanthomonas hyacinthi) 검출용 프라이머 세트.
  2. 서열번호 3 및 서열번호 4로 표시되는 염기서열을 갖는 히아신스황색썩음병균(Xanthomonas hyacinthi) 검출용 프라이머 세트.
  3. 제1항 또는 제2항의 프라이머 세트를 포함하는 히아신스황색썩음병균(Xanthomonas hyacinthi) 검출용 키트.
  4. (a) 시료로부터 DNA를 분리하는 단계;
    (b) 상기 (a)단계에서 분리된 DNA를 제1항 또는 제2항의 프라이머 세트를 이용하여 PCR로 증폭하는 단계; 및
    (c) 상기 (b)단계의 증폭된 PCR 산물을 전기영동으로 확인하는 단계를 포함하는 히아신스황색썩음병균(Xanthomonas hyacinthi) 검출 방법.
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