KR100966520B1 - Dna 마이너 그루브 결합 화합물 - Google Patents

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Abstract

본 발명은, (a) 올리고펩티드의 하나 이상의 말단에 부착되는, 하나 이상의 질소-함유 염기성 기; 및 (b) 두 개 이상의 헤테로시클릭 모노머 중 적어도 어느 하나가 헤테로시클릭 부분에서 분지, 시클릭, 또는 부분 시클릭 C3-5 알킬기로 치환된, 두 개 이상의 헤테로시클릭 모노머를 포함하며, DNA의 마이너 그루브에 결합하는, 올리고펩티드 화합물, 약제학적으로 허용 가능한 그의 염, 또는 그 용매화물을 제공한다.

Description

DNA 마이너 그루브 결합 화합물{DNA minor groove binding compounds}
본 발명은 핵산과 친화성을 갖는 합성 화합물에 관한 것으로, 구체적으로 DNA 마이너 그루브에 결합하는 화합물에 관한 것이다.
분자 생물학적 과정에 있어서 DNA의 기본적인 역할 때문에, DNA는 약물 작용의 중요한 표적이 된다. 정해진 서열의 DNA를 인지할 수 있는 화합물은 유전자 발현의 조절과 같은 매우 다양한 강력한 용도를 갖는다.
이중 나선 DNA의 바깥 표면은 두 개의 채널, 즉 메이저 그루브(major groove) 및 마이너 그루브(minor groove)를 갖는다. 이러한 그루브는 모두는 수소-결합 공여체의 배열 및 수용체, 정전기적 전하, 쌍극자, 소수성 부위 등의 배열에 의해 화학적 정보를 함유한다.
메이저 그루브는 강력한 수소 결합 접촉의 수에 의해, 마이너 그루브의 정보량의 약 2 배를 함유한다. 이러한 측면에서, 메이저 그루브는 조절 단백질, 프로모터, 및 리프레서(repressor)와 같은 세포 단백질의 바람직한 인지 부위(recognition site)이다.
대조적으로, 마이너 그루브는 통상적으로(몇몇 예외를 제외하고) 상대적으로 비어(unoccupied) 있다. 마이너 그루브의 그러한 취약성(vulnerability)은 DNA에 결합하는 화합물에 있어 특히 유용한 타겟으로 한다. 정말로, 아마도 이러한 이유로 인해, 마이너 그루브는 (네트롭신(nertropsin) 및 디스타마이신(distamycin)과 같은)소정의 자연적으로 생성되는 항생제의 결합 부위이다.
네트롭신 및 디스타마이신은 피롤 아미노산 모노머에 기초한 올리고펩티드이다. 이러한 화합물은 모두 10-5M의 해리상수로 DNA와 결합한다. 그들은 또한 AT-풍부 DNA 부위에 대한 선호도를 나타낸다. 그들이 고유의 생물학적 활성을 갖는다고 하더라도, 네트롭신 및 디스타마이신은 또한 독성, 중간 친화도, 및 제한된 선택성을 포함한 많은 단점을 갖는다. 그리하여, 많은 연구자들은 이러한 단점을 극복하려는 측면에서 네트롭신 및 디스타마이신의 합성 유사체를 제조하였다. 이러한 많은 화합물들이 Sondhi 등(Curr. Med. Cehm. 4, 313 (1997)), Reddy 등(Pharmacology & Therapeutics 84, 1 (1999)), Wemmer(Bioploymers 52, 197 (2001)) 및 Dervan(Bioorg. Med. Chem. 9, 2215 (2001))에 개시되어 있다.
GC 염기쌍을 함유하는 DNA 부위에 결합하도록 디자인된 화합물이 예를 들어:Anti-Cancer Drug Design 5, 3 (1990); Proc Natl. Acad. Sci. USA 89, 7586 (1992); Biochemistry 32, 4237 (1993); Science 266, 647 (1994); Anti-Cancer Drug Design 10, 155 (1995); Bioorg. Med. Chem. 8, 985 (2000); 및 Mol. Biol. 34, 357 (2000)에 기재되어 있다. 다양한 다른 네트롭신 및 디스타마이신 유사체가 J. Am. Chem. Soc. 114(15), 5911 (1992); Biochemistry 31, 8349 (1992); Bioconjugate Chem. 5, 475 (1994); Biochem. Biophys. Res. Commun. 222, 764 (1996); J. Med. Chem. 43, 3257 (2000); 및 Tetrahedron 56, 5225 (2000)에 기재되어 있다. 또한 몇몇 네트롭신 및 디스타마이신 유사체의 항생제, 항바이러스제, 및/또는 항종양제로서의 용도가 US 4,912,199, 5,273,991, 5,637,621, 5,698,674, 및 5,753,629뿐만 아니라, Molecular Pharmacology 54, 280 (1998), Bioorg. Med. Chem. Lett. 6(18), 2169 (1996), J. Med. Chem. 45, 805 (2002), Bioorg. Med. Chem. Lett. 12, 2007 (2002), 국제특허출원 WO 97/28123, WO 98/21202, WO 01/74898, 및 WO 02/00650에 기재되어 있다. 네트롭신 및 디스타마이신의 유사체를 합성하는 방법은 US 6,090,947에 기재되어 있다. 디스타마이신 유사체의 세포 섭취가 Bioorg. Med. Chem. Lett. 11, 769 (2001)에 기재되어 있다.
상기 문헌 어느 것도, 두 개 이상의 헤테로시클릭 모노머를 포함하고 그 헤테로시클릭 중 적어도 어느 하나가 헤테로시클릭 부분에 분지, 시클릭, 또는 부분 시클릭 C3-C5 알킬기로 치환된, 네트롭신 또는 디스타마이신의 올리고펩티드 유사체를 기재하고 있지는 않다. 놀랍게도, 본 발명자들은 이러한 유형의 화합물이 높은 친화도 및 특이성으로 DNA 마이너 그루브와 결합한다는 것을 발견하였다.
본 발명에 따르면,
(a) 올리고펩티드의 하나 이상의 말단에 부착되는, 하나 이상의 질소-함유 염기성 기; 및
(b) 두 개 이상의 헤테로시클릭 모노머 중 적어도 어느 하나가 헤테로시클릭 부분에서 분지, 시클릭, 또는 부분 시클릭 C3-5 알킬기로 치환된, 두 개 이상의 헤테로시클릭 모노머를 포함하며,
DNA의 마이너 그루브에 결합하는,
올리고펩티드 화합물, 약제학적으로 허용 가능한 그의 염, 또는 그 용매화물을 제공하며, 그러한 화합물을 이하에서는 "본 발명의 화합물"이라고 한다.
여기에서 사용된 용어 "올리고펩티드"는 유기금속 화합물, 특히 분자의 다른 부분을 연결하는 하나 이상의 아미드기(예: -C(O)NH-)를 함유하는 유기 화합물을 포함한다. 바람직한 올리고펩티드 화합물은 저분자량을 갖는 것이다(예: 2000 미만, 바람직하게는 1500 미만, 및 특히 바람직하게는 1000 g 몰-1 미만). 바람직한 올리고펩티드 화합물은 또한 하나 이상의 아미드 결합(두개의 헤테로시클릭 아미노산의, 두 개의 카르복실산기, 두 개의 아민기, 또는 하나의 산 및 하나의 아민기를 갖는 화합물과의 반응에 의해 형성되는 직접적인 결합 또는 연결)을 포함하는 연결을 통해서 서로 결합된 헤테로시클릭 아미노산(즉, 카르복실산 및 아민 작용기 모두를 갖는 헤테로시클릭기)을 포함하는 올리고펩티드 화합물을 포함한다. 두 개의 카르복실산기, 두 개의 아민기, 또는 하나의 산 및 하나의 아민기를 갖는 적절한 화합물은 당업자에게 공지되어 있으며, 예를 들어 전체가 본 명세서에 참고로 통합되어 있는 Curr. Med. Chem. 4, 313-358(1997), Pharmacology & Therapeutics 84, 1-111 (1999), J. Med. Chem. 43, 3257-3266 (2000), Tetrahedron 56, 5225-5239 (2000)에 개시되어 있는 "링커"가 있다.
여기에서 사용된 용어 "질소-함유 염기성 기"는 유기산 또는 무기산과 염을 형성하는 질소-함유 화합물을 포함한다. 그 용어는 중성 상태에서 4 이상(바람직하게는 5, 6, 또는 7 이상이며, 특히 바람직하게는 8 내지 12)의 수중 pKa를 갖는 질소 함유 기를 포함한다. 그러므로, 그 용어는 특히 시클릭 또는 어시클릭(acyclic)인 아미디노, 구아니디노, 및 특히 아미노기를 포함한다. 바람직한 질소-함유 염기성 기는 -N(H)C(=NH)NH2, -C(=NH)NH2, 및 특히 NH2 , 알킬아미노(예: -N(H)CH3), 및 디알킬아미노(예: -N(CH3)2) 기와 같은 아미노기, 그리고 피롤리디닐 및 피페라지닐과 같은 포화 아자헤테로시클릭기를 포함한다. 특히 바람직한 질소-함유 염기성 기는 -N(CH3)2를 포함한다. 의심의 여지없이, 질소-함유 염기성 기는 상기 포인트 (b)에서 언급된 두 개 이상의 헤테로시클릭기로부터의 분리된 모이어티이다.
여기에서 사용된 용어 "헤테로시클릭기"는 N, O, 및 S로부터 선택된 하나 이상의 헤테로원자를 함유하는 4- 내지 12- 멤버의(예: 5- 내지 10- 멤버의) 헤테로시클릭기를 포함한다. 그러므로, 그 용어는 모노- 또는 바이시클릭인 그룹, 포화, 부분-불포화, 방향족, 또는 경우에 따라 부분 방향족인 그룹을 포함한다. 바람직한 헤테로시클릭기는 피롤릴, 이미다졸릴, 티아졸릴, 옥사졸릴, 벤족사졸릴, 퓨라닐, 티에닐, 피리딜, 및 쿠마리닐과 같은 방향족 또는 부분 방향족 그룹을 포함한다. 특히 바람직한 헤테로시클릭기는 피롤릴, 이미다졸릴, 티아졸릴, 및 옥사졸릴을 포함한다.
"헤테로시클릭 부분에 치환된"이란, 필수적인 분지, 시클릭, 또는 부분 시클릭 C3-5 알킬기 각각이 그러한 그룹을 갖는 각각의 헤테로시클릭 모노머의 헤테로시클릭 고리 상의 직접적인 치환기(헤테로원자를 경유하여 고리에 부착되어 있든지 아니면 다른 원자를 경유하여 고리에 부착되어 있든지)인 것을 의미한다.
본 발명의 일 구현예에서, 존재하는 하나 이상의 헤테로시클릭기(예: 이미다졸릴, 티에닐, 또는 특히 티아졸릴기)는 고리 C-원자에서 분지, 시클릭, 또는 부분 시클릭 C3-5 알킬기로 치환된다.
본 발명의 또 다른 구현예에서, 존재하는 하나 이상의 헤테로시클릭기는 티아졸릴기(예: 5-위치에서 분지, 시클릭, 또는 부분 시클릭 C3-5 알킬기로 치환된 1,3-티아졸릴기)이다.
본 발명의 화합물은 생체 이용 가능한 형태로 제공될 수 있다. 여기서 사용된 용어 "생체 이용 가능한"은 투여 후 생물학적 시스템과 접촉함으로써 측정 가능한 치료 반응을 제공할 수 있는 형태인 화합물을 포함한다. 따라서, 그 용어는 측정 가능한 바람직하거나 요구되는 치료반응을 제공하기에 충분한 형태 및/또는 수준으로 DNA에 제공되는 화합물을 포함하는 것으로 이해될 수 있다.
화합물의 생체이용율은, 물(예를 들어 pH 5 내지 9) 및 수불용성 유기 용매(예: 옥탄올) 간의 화합물의 분배계수 측정(그 측정방법은 알고자 하는 화합물의 신체 조직에서의 양상을 예견하는데 사용될 수 있다)(그에 대한 논의는 J. Med. Chem. 43, 3257-3266(2000)을 참조)을 포함한 당업자에게 공지되어 있는 수많은 방 법으로 예견될 수 있다.
생체이용율은, 본 발명의 화합물이 측정 가능한 치료 반응을 제공하기에 적절한 농도로 DNA에 노출되는 형태(예: 약제학적 제제)로 본 발명의 화합물을 제공함으로써 이루어질 수 있다. 또 다른 방법으로는, 생체이용율은 활성 화학종의 생리 화학적 특성을 변화시킴으로써, 예를 들어, 당업자에게 공지되어 있는 기술을 이용하여 수용해도를 증가시킴으로써(예를 들어, J. Med. Chem. 43, 3257-3266(2000)에 기재되어 있는 바와 같이 추가로 염기성 기를 도입함으로써) 이룰 수 있다.
본 발명의 화합물은 하나 이상의 DNA 시퀀스에 대해 높은 친화도를 가질 수 있다. 여기에서 사용된 용어 "하나 이상의 DNA 시퀀스에 대한 높은 친화도"란 하나 이상의 DNA 올리고머 또는 폴리머의 마이너 그루브에 결합될 때, 10-5 M 미만, 바람직하게는 (10-7 M과 같이)10-6 M 미만, 특히 바람직하게는 10-8 M 미만의 해리상수를 갖는 화합물을 포함한다. 이러한 측면에서, 해리상수는 예를 들어 완충제(예: 붕산염(예: 0.02M) 또는 Tris/HCl(예: 0.01M) 완충제와 같이 pH를 7.5로 안정화하는 완충제)의 존재 하에서 그리고 DNA를 10 내지 30 μM의 농도(예: 20 μM)로 갖는 실온(예: 약 20℃)의 물에서 당업자에게 공지되어 있는 조건 하에서 측정될 수 있다. 또 다른 방법으로는, 해리상수는 세트 DNA 시퀀스에 대한 화합물의 결합 친화도를 동일한 DNA 시퀀스에 대해 잘 알려져 있는 화합물(예: 디스타마이신)의 결합 친화도와 비교함으로써 측정할 수 있다.
달리 특정하지 않는다면, 용어 "DNA"는 이중 가닥 DNA를 말한다. 또한, 여기에서 사용된 용어 "DNA 시퀀스"는 3 개 이상의 염기쌍을 갖는 길이의, DNA 올리고머 또는 폴리머의 임의의 부분(또는 전체)을 포함한다.
본 발명의 바람직한 화합물은, 헤테로시클릭 모노머 상의 각각의 필수적인 분지, 시클릭, 또는 부분 시클릭 C3-5 알킬 치환기가
시클로프로필 이외의 것이고;
시클로프로필메틸, 시클로펜틸, 이소펜틸, 또는 이소프로필과 같은 분지의 C3-5 알킬기인 화합물(예: 이소펜틸 및 특히, 이소프로필)을 포함한다.
본 발명의 또 다른 측면에 따르면, 하기 화학식 I의 화합물 또는 약제학적으로 허용 가능한 그 유도체를 제공하며, 그 화합물은 이하에서는 "본 발명의 화합물"이라고 칭한다:
[화학식 I]
Figure 112004027279601-pct00001
상기 화학식 I에서,
R1은 Het1, R1aC(O)- 또는 D-A-N(H)-[Q]n-C(O)-E-C(O)-이고;
R1a
H,
아릴(OH, 할로, 시아노, 니트로, N(R3a)R3b, C1-4 알킬 및 C1-4 알콕시로부터 선택된 하나 이상의 치환기로 선택적으로 치환된다),
방향족 또는 부분 방향족 C13-14 트리시클릭 카보시클릴(OH, 할로, 시아노, 니트로, N(R3a)R3b, C1-4 알킬 및 C1-4 알콕시로부터 선택된 하나 이상의 치환기로 선택적으로 치환되고, 부분 방향족인 경우에는 비방향족 부분에서 하나 또는 두 개의 옥소 그룹으로 선택적으로 치환된다), 또는
C1-12 알킬(할로 및 아릴로부터 선택된 하나 이상의 치환기에 의해 선택적으로 치환되고/거나 종결된다(그 아릴은 OH, 할로, 시아노, 니트로, N(R3a)R3b, C 1-4 알킬 및 C1-4 알콕시로부터 선택된 하나 이상의 치환기로 선택적으로 치환된다))이고;
A는 각각 C2-6 알킬렌 또는 A1-C(O)N(H)-A2 이고, 여기에서 A2 는 그룹 D에 부착되고;
A1은 C1-4 알킬렌이고;
A2는 C2-5 알킬렌이고;
D는 각각 -N(R2a)R2b, -C(=NR2c)N(R2d)R2e 또는 -N(R2f)C(=NR2g)N(H)R2h이고;
R2a 및 R2b는 독립적으로 H, C1-6 알킬, Het2 이거나, R 2a 및 R2b가 함께 알킬렌기가 NR4로 선택적으로 저지되고/거나 하나 이상의 C1-4 알킬기로 선택적으로 치환된 (CH2)3-6 이고;
R4는 H, C1-6 알킬, 또는 Het3이고;
R2c 내지 R2h는 독립적으로 H 또는 C1-6 알킬이고;
E는 -E1-Het4-, E2a, -(CH2)0-3N(H)C(O)-E 2b-C(O)N(H)(CH2)0-3-, 또는 하기 화학식의 구조적 프래그먼트이고:
Figure 112004027279601-pct00002
상기 화학식에서 E3는 (CH2)1-2, CH=CH, CH=N, CH2-N(Ra), (CH 2)0-1(CO), (CH2)0-1O 또는 (CH2)0-1S이고;
Ra는 H 또는 C1-6 알킬이고;
E1은 (CH2)0-2 또는 CH=CH이고;
E2a 및 E2b는 독립적으로 C2-4 알케닐렌, C3-6 시클로알킬렌, 페닐렌, 또는 나프틸렌이고;
Het1 내지 Het4는 독립적으로 N, O, 및 S로부터 선택된 하나 이상의 헤테로 원자를 함유하는 4- 내지 12-멤버의 헤테로시클릭 기이고, 그 헤테로시클릭기는 =O, OH, 할로, 시아노, 니트로, N(R3a)R3b, C1-4 알킬 및 C1-4 알콕시로부터 선택된 하나 이상의 치환기로 선택적으로 치환되고;
R3a 및 R3b는 각각 독립적으로 H 또는 C1-4 알킬을 나타내거나, R 3a는 -C(O)R5이고;
R5는 H 또는 C1-4 알킬이고;
n은 각각 2, 3, 4, 또는 5를 나타내고;
각각의 Q는 독립적으로 하기 화학식 Ia, Ib, Ic, Id, Ie, 또는 If의 구조적 프래그먼트를 나타내고,
Figure 112004027279601-pct00003
상기 화학식에서,
R6는 H 또는 C1-6 알킬이고;
R7은 C1-12 알킬이고;
R8, R9, R10, 및 R11은 독립적으로 H 또는 C1-12 알킬이고;
G는 CH 또는 N이고;
L은 O 또는 S이고;
p, q, 및 r은 독립적으로 0, 1, 2, 또는 3이며;
단, 상기 화합물은 화학식 Ib, Ic, Id, Ie, 또는 If의 구조적 프래그먼트를 하나 이상 포함하고, 여기에서 R6 또는 R7, R8, R9, R 10, 또는 R11은 각각 분지, 시클릭, 또는 부분 시클릭의 C3-5 알킬이다.
달리 특정하지 않는다면, 여기에서 정의한 알킬기 및 알콕시기는 선형 체인이거나, 충분한 수의 탄소 원자를 가질 경우(즉, 최소한 3 개의 원자)에는 분지-체인 및/또는 시클릭일 수 있다. 더욱이, 충분한 수의 탄소원자가 있을 경우(즉, 최소 4 개 이상)에는, 그러한 알킬기 및 알콕시기는 부분 시클릭/아시클릭일 수 있다. 그러한 알킬기 및 알콕시기는 또한 포화되거나, 충분한 수의 탄소 원자(즉, 최소 2 개 이상)가 있을 경우에는 불포화 및/또는 하나 이상의 산소 및/또는 황 원자에 의해 저지될 수 있다. 달리 특정하지 않는다면, 알킬기 및 알콕시기는 1 개 이상의 할로, 특히 플루오로 원자에 의해 치환될 수 있다.
달리 특정하지 않는다면, 여기에 정의된 알킬렌기는 선형 체인이거나, 충분한 수(즉, 최소 2 개 이상)의 탄소 원자가 존재할 경우 분지-체인일 수 있다. 그러한 알킬렌 체인은 포화되거나, 충분한 수의 탄소 원자가 있을 경우에는 불포화 및/또는 하나 이상의 산소 및/또는 황 원자에 의해 저지될 수 있다. 달리 특정하지 않는다면, 알킬렌기는 1 개 이상의 할로 원자에 의해 치환될 수 있다.
여기에 사용된 용어 "아릴"은 페닐, 나프틸 등과 같은 C6-10 아릴기를 포함한다. 포화 시, 아릴기는 바람직하게는 1 개 내지 3 개의 치환기로 치환된다.
여기에 사용된 용어 "방향족 또는 부분-방향족 C13-14 트리시클릭 카보시클릴"은 플루오레닐, 안트라세닐, 9,10-디하이드로안트라세닐, 페난트레닐, 9,10-디하이드로페난트레닐 등을 포함한다.
여기에 사용된 용어 "할로"는 플루오로, 클로로, 브로모, 및 요오도 등을 포함한다.
언급될 수 있는 Het(Het1 내지 Het4) 그룹은 1 내지 4 개의 헤테로원자(산소, 질소, 및/또는 황으로 구성된 그룹으로부터 선택된 원자)를 함유하며, 그 고리 시스템 내의 원자의 총 수는 5 개 내지 12 개인 것을 포함한다. Het(Het1 내지 Het4) 그룹은 충분히 포화, 부분적으로 포화, 전체가 방향족, 부분적으로 방향족, 및/또는 바이시클릭일 수 있다. 언급될 수 있는 헤테로시클릭기는 벤족디옥사닐, 벤조디옥세파닐, 벤조디옥솔릴, 벤조퓨라닐, 벤조퓨라자닐, 벤즈이미다졸릴, 벤조몰폴리닐, 벤조티아졸릴, 벤조티오페닐, 벤족사졸릴, 크로마닐, 신놀리닐, 쿠마리닐, 디옥사닐, 퓨라닐, 히단토이닐, 이미다졸릴, 이미다조[1,2-α]피리디닐, 인돌릴, 이소퀴놀리닐, 이속사졸릴, 말레이미도, 몰폴리닐, 옥사졸릴, 프탈라지닐, 피페라지닐, 피페리디닐, 퓨리닐, 피라닐, 피라지닐, 피라졸릴, 피리디닐, 피리미디닐, 피롤리디노닐, 피롤리디닐, 피롤리닐, 피롤릴, 퀴나졸리닐, 퀴놀리닐, 3-술포 레닐, 테트라하이드로피라닐, 테트라하이드로퓨라닐, 티아졸릴, 티에닐, 티오크로마닐, 트리아졸릴 등을 포함한다. 언급될 수 있는 Het1, Het2, 및 Het3 의 값은 벤족사졸릴을 포함한다. 언급될 수 있는 Het4의 값은 인돌릴을 포함한다.
약제학적으로 허용 가능한 유도체는 염 및 용매화물을 포함한다. 언급될 수 있는 염은 산 부가염을 포함한다.
화학식 I의 화합물은 호변이성화(tautomerism)를 나타낸다. 모든 호변이성체(tautomeric form) 및 그 혼합물은 본 발명의 범위 내에 포함된다.
화학식 I의 화합물은 또한 하나 이상의 비대칭 탄소 원자를 함유할 수 있으며, 그리하여 광학적 및/또는 다이아스테레오머리즘을 나타낼 수 있다. 다이아스테로오머는 예를 들어, 크로마토그래피 또는 분별결정과 같은 종래의 기술을 이용하여 분리될 수 있다. 다양한 입체이성질체(stereoisomer)는 예를 들어 분별결정 또는 HPLC와 같은 종래의 기술을 이용하여, 화합물의 라세믹 혼합물 또는 다른 혼합물의 분리에 의해 유리될 수 있다. 또 다른 방법으로는, 원하는 광학 이성질체는 라세미화 또는 에피머화를 유발하지 않는 조건 하에서 적절한 광학 활성 출발물질의 반응에 의해 제조되거나, 예를 들어 호모키랄 산으로 유도체화 한 다음 종래의 방법(예: HPLC, 실리카 크로마토그래피)에 의해 다이아스테로오머 에스테르를 분리함으로써 제조될 수 있다. 모든 입체이성질체가 본 발명의 범위 내에 포함된다.
언급될 수 있는 화학식 I의 화합물은,
R1a가 H 또는 C1-12 알킬이고, 후자는 할로 및 아릴로부터 선택된 하나 이상의 치환기로 치환되고/거나 종결되고, 그 아릴은 OH, 할로, 시아노, 니트로, N(R3a)R3b , C1-4 알킬, 및 C1-4 알콕시로부터 선택된 하나 이상의 치환기로 선택적으로 치환되고;
상기 화합물은 Ib, Ic, Id, Ie, 또는 If의 화학식의 구조적 프래그먼트를 하나이상 포함하고, 여기에서 R7, R8, R9, R10, 또는 R 11은 각각 분지, 시클릭, 또는 부분 시클릭 C3-5 알킬을 나타내는 것을 특징으로 하는 화합물을 포함한다.
언급될 수 있는 분지, 시클릭, 또는 부분 시클릭 C3-5 알킬기는 이소프로필, 시클로프로필메틸, 이소펜틸, 및 시클로펜틸을 포함한다.
화학식 I의 바람직한 화합물은
R1a
H,
페닐, 안트라세닐(OH, 할로, C1-4 알킬, 및 C1-4 알콕시로부터 선택된 1 내지 3 개의 치환기로 선택적으로 치환된다),
9,10-디하이드로안트라세닐(하나 또는 두 개의 옥소기 및/또는 OH, 할로, C1-4 알킬, 및 C1-4 알콕시로부터 선택된 1 내지 3 개의 치환기로 선택적으로 치횐된다), 또는
하나 이상의 할로기로 치환되고/거나 페닐기 종결된 선택적으로 치환된 C1-8 알킬(그 페닐기는 OH, 할로, 시아노, 니트로, N(R3a)R3b, C1-2 알킬, 및 C1-2 알콕시로부터 선택된 하나 이상의 치환기로 선택적으로 치환된다)을 나타내고;
A는 선택적으로 치환된 C2-5 알킬렌 또는 A1-C(O)N(H)-A2 이고;
A1은 포화 C1-3 알킬렌이고;
A2는 포화 C2-4 알킬렌이고;
R2a 및 R2b는 독립적으로 H, C1-4 알킬, Het2 이거나, R 2a 및 R2b가 함께 알킬렌기가 NR4로 선택적으로 저지되고/거나 C1-2 알킬기로 선택적으로 치환된 (CH 2)3-6 이고;
R4는 C1-4 알킬, 또는 Het3이고;
R2c 내지 R2h는 독립적으로 H 이고;
E는 -E1-Het4-, 시스- 또는 트랜스-에틸렌, 시클로프로필렌, 1,3- 또는 1,4-페닐렌, -(CH2)1-2N(H)C(O)-페닐렌-C(O)N(H)(CH2)1-2-, 또는 하기 화학식의 구조적 프래그먼트이고:
Figure 112004027279601-pct00004
상기 화학식에서 E3는 (CH2)2, CH=CH, C(O), 또는 S이고;
Het1 내지 Het3는 독립적으로 N, O, 및 S로부터 선택된 하나 이상의 헤테로 원자를 함유하는 6- 내지 10-멤버의 헤테로시클릭기이고, 그 헤테로시클릭기는 =O, OH, 할로, 시아노, 니트로, N(R3a)R3b, C1-2 알킬 및 C1-2 알콕시로부터 선택된 하나 이상의 치환기로 선택적으로 치환되고;
Het4는 하나 또는 두 개의 N-원자를 함유하는, 치환 또는 비치환된 9- 또는 10-멤버의 방향족 헤테로시클릭기(예: 2,5- 또는 2,6-인돌릴과 같은 인돌릴)를 나타내고;
R3a 및 R3b는 각각 독립적으로 H 또는 C1-2 알킬을 나타내거나, R 3a는 -C(O)R5이고;
R5는 H 또는 C1-2 알킬이고;
R6는 H 또는 C1-2 알킬을 나타내거나, G가 N일 경우 R6는 분지, 시클릭, 또는 부분 시클릭 C3-5 알킬이고;
R7은 C1-8 알킬이고;
R8, R9, R10, 및 R11은 독립적으로 H 또는 C1-8 알킬이고;
p, q, 및 r은 독립적으로 0, 1, 또는 2이고;
n은 3, 4, 또는 5이거나, R1이 메틸, Het1, 또는 D-A-N(H)-[Q]n-C(O)-E-C(O)-일 경우 n은 또한 2일 수 있으며;
단, 상기 화합물은 화학식 Ib, Ic, Id, Ie, 또는 If의 구조적 프래그먼트를 하나 이상 포함하고, 여기에서 R7, R8, R9, R10, 또는 R 11은 각각 분지 C3-5 알킬인 화합물을 포함한다.
화학식 I의 보다 바람직한 화합물은
R1a
H,
페닐(C1-2 알콕시로 선택적으로 치환된다),
9,10-디옥소-9,10-디하이드로안트라세닐(C1-2 알콕시로 선택적으로 치횐된다),
선택적으로 치환된 포화 C1-6 알킬, 또는
페닐로 종결되는 포화 C1-3 n-알킬(그 페닐은 C1-2 알콕시로 선택적으로 치환 된다)을 나타내고;
A는 치환된 C2-4 알킬렌 또는 A1-C(O)N(H)-A2 이고;
A1은 (CH2)1-3이고;
A2는 (CH2)2-4이고;
D는 -N(R2a)R2b이고;
R2a 및 R2b는 독립적으로 C1-3 알킬 또는 Het2 이거나, R 2a 및 R2b가 함께 알킬렌기가 NR4로 선택적으로 저지된 (CH2)3-5를 나타내고;
R4는 C1-3 알킬, 또는 Het3이고;
E는 -(2,5-인돌릴)-, -(CH2)0-2-(2,6-인돌릴)-, -CH=CH=(2,6-인돌릴)-, 트랜스-에틸렌, 트랜스-시클로프로필렌, 1,3- 또는 1,4-페닐렌, -CH2N(H)C(O)-(1,3- 또는 1,4-페닐렌)-C(O)N(H)CH2-, 또는 하기 화학식의 구조적 프래그먼트이고;
Figure 112004027279601-pct00005
Het1 , Het2, 및/또는 Het3는 독립적으로 N, O, 및 S로부터 선택된 하나 이상의 헤테로 원자를 함유하는 9- 또는 10-멤버의 방행족 헤테로시클릭기이고,
R6는 H를 나타내거나, G가 N일 경우 R6는 분지, 시클릭, 또는 부분 시클릭 C3-5 알킬이고;
R7 , R8, R9, R10, 및 R11은 독립적으로 선택적으로 치환된 포화 C1-6 알킬이거나, R8은 H이고;
p, q, 및 r은 독립적으로 0, 또는 1이고;
n은 3, 또는 4 이거나, R1이 메틸 또는 D-A-N(H)-[Q]n-C(O)-E-C(O)-일 경우 n은 또한 2일 수 있으며;
상기 화합물은 화학식 Ib, Ic, Id, Ie, 또는 If의 구조적 프래그먼트를 하나 이상 포함하고, 여기에서 R7, R8, R9, R10, 또는 R11 은 각각 이소- 또는 sec- 부틸, 이소펜틸, 또는 특히 이소프로필을 나타내고;
상기 화합물은 화학식 Ib, Ic, Id, Ie, 또는 If의 구조적 프래그먼트를 하나 이상 포함하고, 여기에서 R7, R8, R9, R10, 또는 R11 은 각각 에틸, 또는 특히 메틸인 화합물을 포함한다.
보다 바람직한 화학식 I의 화합물은
R1a
메톡시페닐(예: p- 또는 특히 m- 메톡시페닐),
9,10-디옥소-9,10-디하이드로안트라세닐,
포화 C1-3 알킬(예: 메틸), 또는
메톡시페닐아세틸(예: m- 또는 특히, p-메톡시페닐)을 나타내고;
Het1은 N, O, 및 S로부터 선택된 두 개의 헤테로원자를 함유하는 9-멤버의 헤테로사이클를 나타내고;
A는 포화 C2-4 n-알킬렌(예: n-프로필렌) 또는 A1-C(O)N(H)-A2 이고;
A1은 (CH2)2이고;
A2는 (CH2)3이고;
R2a 및 R2b는 모두 메틸을 나타내고;
E는 -CH2N(H)C(O)-(1,3-페닐렌)-C(O)N(H)CH2-이고;
화학식 Ia의 구조적 프래그먼트에서 -NH- 기는 쿠마린 고리 시스템의 6-위치에서 부착되어 있으며;
R7은 선택적으로 치환된 포화 C1-3 알킬이고(예: 메틸, 에틸, 또는 이소프로필);
R8은 이소프로필 또는 특히 H이고;
R9은 메틸이고;
화학식 Ic의 구조적 프래그먼트에서 -NH- 및 -C(O)-기는 각각 퓨란 또는 티오펜 고리의 2- 및 5-위치에서 부착되어 있으며;
R9, R10, 및 R11은 독립적으로 선택적으로 분지된 포화 C1-3 알킬이고(예: 이소프로필);
p는 1 이고;
q 및 r은 0 이고;
화학식 Id의 구조적 프래그먼트에서 -C(O)-기는 옥사졸 고리의 4-위치에 부착되어 있으며;
n은 3이거나, R1이 메틸일 경우 n은 2 또는 3 이거나, R1이 D-A-N(H)-[Q]n -C(O)-E-C(O)-일 경우 n은 2 이고;
상기 화합물은 화학식 Ib, Ic, Id, Ie, 또는 If의 구조적 프래그먼트를 하나 이상 포함하고, 여기에서 R7, R8, R9, R10, 또는 R11 은 각각 이소프로필을 나타내는 화합물을 포함한다.
화학식 I의 특히 바람직한 화합물은 각각의 Q가 (화학식 Ib 또는 Ie의 구조적 프래그먼트와 같이)독립적으로 화학식 Ib, Id, Ie, 또는 If의 구조적 프래그먼트를 나타내고;
G는 CH를 나타내고;
R7은 메틸 또는 이소프로필인 화합물을 포함한다.
언급될 수 있는 화학식 I의 화합물은 각각의 Q가 화학식 Id의 구조적 프래그먼트를 나타내지 않는 화합물을 포함할 수 있다.
본 발명의 또 다른 측면에 따르면, 화학식 Ⅱ의 화합물인 화학식 I의 화합물 또는 약제학적으로 허용 가능한 그 유도체를 제공하며, 이하에서는 그 화합물을 "본 발명의 화합물"이라고 칭한다,
[화학식 Ⅱ]
Figure 112004027279601-pct00006
-
상기 화학식 Ⅱ에서,
R1은 Het1, R1aC(O)-, 또는 D-A-N(H)-Q3-Q2-Q 1-C(O)-E-C(O)-이고;
Q1은 존재하지 않거나, 화학식 Ia, Ib, Ic, Id, Ie, 또는 If의 구조적 프래그먼트를 나타내고;
Q2는 화학식 Ib, Ie, 또는 If의 구조적 프래그먼트를 나타내고;
Q3는 화학식 Ib, Id, Ie, 또는 If의 구조적 프래그먼트를 나타내며;
Het1, R1a, D, A, E, R2a, R2b, A 및 화학식 Ia, Ib, Ic, Id, Ie, 및 If의 구조적 프래그먼트는 상기에서 정의된 바와 같고;
단,
(a) Q1, Q2, 및 Q3 중 하나 이상은 화학식 Id, Ie, 또는 If의 구조적 프래그먼트를 나타내며;
(b) R6 또는 R7, R8, R9, R10, 및 R11 중 하나 이상은(어느 것(들)이 존재하든) 분지, 시클릭, 또는 부분 시클릭 C3-5 알킬이다.
언급될 수 있는 화학식 Ⅱ의 화합물은 R7, R8, R9, R10, 및 R11 중 하나 이상은(어느 것(들)이 존재하든) 분지, 시클릭, 또는 부분 시클릭 C3-5 알킬을 나타내는 화합물을 포함한다.
화학식 Ⅱ의 바람직한 화합물은
Q1은 화학식 Ic의 구조적 프래그먼트, 특히 화학식 Ib, Ie, 또는 If의 구조적 프래그먼트를 나타내고, 여기에서 R1이 메틸 또는 D-A-N(H)-Q3-Q2-Q 1-C(O)-E-C(O)-일 경우, Q1은 또한 존재하지 않을 수 있고;
Q2는 화학식 Ib의 구조적 프래그먼트를 나타내고, 여기에서 G는 CH를 나타내고;
Q3는 화학식 Id, Ie, 또는 If의 구조적 프래그먼트를 나타내며;
R7, R8, R9, R10, 및 R11 중 하나 이상은(어느 것(들)이 존재하든) 분지 C3-5 알킬인 화합물을 포함한다.
화학식 Ⅱ의 보다 바람직한 화합물은
Q1은 화학식 Ie의 구조적 프래그먼트, 또는 특히 G가 CH인 화학식 Ib의 구조적 프래그먼트, 또는 R1이 메틸일 경우 Q1은 또한 존재하지 않을 수 있거나, R 1이 D-A-N(H)-Q3-Q2-Q1-C(O)-E-C(O)-일 경우 Q1은 또한 존재하지 않고;
Q3는 화학식 Ie의 구조적 프래그먼트를 나타내고;
R7, R8, R9, R10, 및 R11 중 하나 이상은(어느 것(들)이 존재하든) 이소프로필 또는 이소펜틸이며;
R6 또는 R7, R8, R9, R10, 및 R11 중 하나 이상은(어느 것(들)이 존재하든) 분지, 시클릭, 또는 부분 시클릭 C3-5 알킬인 화합물을 포함한다.
다른 바람직한 화학식 Ⅱ의 화합물은
Q1 및 Q3가 R6가 H이고, R7이 메틸인 화학식 Ib의 구조적 프래그먼트를 나타내고;
Q2는 R6가 H를 나타내고 R7이 분지, 시클릭, 또는 부분 시클릭 C 3-5 알킬(예: 시클로프로필메틸, 시클로펜틸, 또는 특히 이소펜틸 또는 이소프로필)인 화학식 Ib의 구조적 프래그먼트인 화합물을 포함한다.
본 발명의 일 구현예에서, 화학식 I 또는 화학식 Ⅱ의 화합물은
(a) G는 N을 나타내고 R6은 분지, 시클릭, 또는 부분 시클릭 C3-5 알킬을 나타내는 화학식Ib의 하나 이상의 구조적 프래그먼트(예: 시클로프로필메틸, 이소펜틸, 시클로펜틸, 또는 특히 이소프로필);
(b) p는 0을 나타내고, R9은 분지, 시클릭, 또는 부분 시클릭 C3-5 알킬을 나타내는 화학식 Id의 하나 이상의 구조적 프래그먼트(예: 시클로프로필메틸, 이소펜틸, 시클로펜틸, 또는 특히 이소프로필) ; 및/또는
(c) q는 0을 나타내고 R10은 분지, 시클릭, 또는 부분 시클릭 C3-5 알킬을 나타내는 화학식 Ie의 하나 이상의 구조적 프래그먼트(예: 시클로프로필메틸, 이소펜틸, 시클로펜틸, 또는 특히 이소프로필)를 포함하는 화합물일 수 있다.
본 발명의 이러한 구현예에서, 화학식 I 또는 화학식 Ⅱ의 화합물은 특히, q가 0이고 R10이 이소프로필인 화학식 Ie의 구조적 프래그먼트를 하나 이상 포함하는 것일 수 있다.
언급될 수 있는 화학식 I 및 Ⅱ의 화합물은 구조적 프래그먼트 Id, Ie, 및 If 중 어느 것이 존재하더라도 각각의 p, q, 및 r은 0인 화합물을 포함한다.
화학식 I 및 Ⅱ의 바람직한 화합물은 DNA의 마이너 그루브에 결합하는 화합물을 포함한다.
본 발명의 바람직한 화합물은 하나 이상의 마이너 그루브 결합 부위를 갖는 이중 가닥 DNA 분자의 서로 다른 마이너 그루브 결합 부위에서 서로 다른 결합 친화도를 갖는 것을 포함한다.
여기에서 사용된 용어 "서로 다른 마이너 그루브 결합 부위"는 그들이 함유하는 염기쌍의 서열(서열이 AT 염기쌍, GC 염기쌍, 또는 그들의 혼합물을 포함한다)이 서로 다른 마이너 그루브에 대한 언급을 포함한다. 그러나, 그 용어는 또한 그들이 동일한 염기쌍 시퀀스 또는 매우 유사한 염기쌍 시퀀스를 함유한다고 할 지라도, 그들이
(a) 마이너 그루브의 시퀀스의 위치;
(b) 결합 부위에 관여하는 시퀀스의 한쪽 또는 양쪽 끝인 염기쌍 시퀀스;
(c) 마이너 그루브에서의 염기쌍의 핏치각;
(d) 마이너 그루브의 너비에 있어서 서로 다른 마이너 그루브에 대한 언급을 또한 포함한다.
언급될 수 있는 본 발명의 화합물은 하나 이상의 GC 염기쌍을 함유하는 DNA 시퀀스에 결합하고/거나 그러한 DNA에 특이성을 갖는 것을 포함한다.
여기에서 사용된 용어 "하나 이상의 GC 염기쌍을 함유하는 DNA 시퀀스와의 결합"은 화합물이 AT 염기쌍만을 함유하는 DNA 마이너 그루브에 결합한다고 할 지라도, 그 화합물이 또한 하나 이상의 GC 염기쌍을 함유하는 DNA 마이너 그루브에 결합하는(즉, 화합물의 DNA와의 결합이 AT 염기쌍을 GC 염기쌍으로 치환하는 것에 있어 "관대한") 화합물을 말한다.
여기에서 사용된 용어, "하나 이상의 GC 염기쌍을 함유하는 DNA 시퀀스에 대한 특이성"은 AT 염기쌍만을 함유하는 DNA 마이너 그루브에 대한 친화도보다 하나 이상의 GC 염기쌍을 함유하는 DNA 마이너 그루브에 대해 측정 가능한 더 큰 친화도로 결합하는 화합물을 말한다.
상기와 관련하여, 하기한 바와 같이 예를 들어 모세관 전기영동과 같은 당업자에게 공지되어 있는 방법으로 DNA에 대한 친화도를 측정할 수 있다. 또한, DNA의 소정 부분에 대한 친화도를 예를 들어 하기에 기재된 바와 같은 DNA 풋프린팅(footprinting)과 같이 당업자에게 공지되어 있는 방법에 의해 결정할 수 있다.
이러한 측면에 있어서, 본 발명의 바람직한 화합물은
(i) 화학식 Id, Ie, 또는 If의 구조적 프래그먼트를 하나 이상 포함하는 상기 정의된 화학식 I의 화합물;
(ⅱ) 상기 정의된 화학식 Ⅱ의 화합물을 포함한다.
본 발명의 바람직한 화합물은 이하에서 개시한 실시예의 화합물을 포함한다.
제조
본 발명의 화합물은, 표준적인 방법 및 적절한 시약과 반응조건에 따라, 상업적으로 입수할 수 있거나, 문헌에 공지되어 있거나, 하기 방법과 유사한 방법 또는 종래의 합성 방법에 의해 획득할 수 있는 출발물질을 사용하고, 당업자에게 공지되어 있는 방법(예: 펩티드 합성)을 이용하여 제조할 수 있다.
본 발명에 따르면, 다음 단계를 포함하는 화학식 I의 화합물을 제조하는 방법을 제공한다:
(a) 예를 들어 당업자에게 공지되어 있는 조건(예를 들어,
(i) L1이 에톡시일 경우, 에탄올의 존재 하에서 실온 및 환류 온도 사이에서의 반응에 의해;
(ⅱ) L1이 할로일 경우, 디이소프로필아민과 같은 적절한 염기 및 디클로로메탄과 같은 적절한 용매의 존재 하에서, -10℃ 및 실온 사이에서의 반응에 의해;
(ⅲ) L1이 히드록시일 경우, HBTU와 같은 적절한 결합 시약(또는 디이소프로필카보디이미드와 같은 카보디이미드 및 HOBT의 조합), DMF와 같은 적절한 용매의 존재 하에서, 그리고 선택적으로는 NMM과 같은 3급 아민 염기의 존재 하에서, 실온 주위에서의 반응에 의해; 그리고
(ⅳ) L1이 BALa-PAM 레진으로부터 유래된 알콕시기일 경우, THF와 같은 적절한 용매의 존재 하에서 실온 및 환류온도(예: 55℃)에서의 반응에 의해) 하에서의, 화학식 Ⅲ의 화합물과 화학식 Ⅳ의 화합물의 반응,
[화학식 Ⅲ]
Figure 112004027279601-pct00007
상기 화학식 Ⅲ에서, Aa는 A를 나타내거나, a가 0일 경우에는 Aa는 A2를 나타내고, Q, D, A, 및 A2는 상기에서 정의된 바와 같고 a는 하기에서 정의하는 바와 같다
[화학식 Ⅳ]
Figure 112004027279601-pct00008
상기 화학식 Ⅳ에서, Ab는 직접적인 결합 또는 -A1-C(O)-를 나타내고, L1 은 적절한 이탈기(예: 클로로와 같은 할로, 에톡시와 같은 C1-6 알콕시, 트리클로로메틸, 히드록시, 또는 작용기화 폴리머(예: BALa-PAM 레진, 또는 그 유도체)의 작용기인 알콕시기(예: 벤질 알콕시기))를 나타내고, a 및 b는 모두 두 수의 합이 2, 3, 4, 또는 5인 0 내지 5의 정수를 나타내며, R1 및 Q는 상기에서 정의된 바와 같다; 또는
(b) R1인 D-A-N(H)-[Q]n-C(O)-E-C(O)-를 나타내는 화학식 I의 화합물에 대해서는, 예를 들어 당업자에게 공지되어 있는 조건 하에서(예: 상기 방법 (a)에서 기재된 바와 같은 방법), 화학식 V의 화합물 2 당량의 화학식 Ⅵ의 화합물과의 반응,
[화학식 V]
Figure 112004027279601-pct00009
상기 화학식 V에서, Q, n, A, 및 D는 상기에서 정의된 바와 같다
[화학식 Ⅵ]
Figure 112004027279601-pct00010
상기 화학식 Ⅵ에서, L2는 적절한 이탈기(예: 할로 또는 특히 히드록시)이고, 두 개의 L2 그룹은 서로 동일하거나 다르며, E는 상기에서 정의된 바와 같다.
화학식 Ⅲ, Ⅳ, Ⅴ, 및 Ⅵ의 화합물 및 그 유도체는 상업적으로 입수 가능하거나, 문헌에 공지되어 있거나, 여기에 기재된 방법과 유사한 방법에 의해, 또는 적절한 시약 및 적절한 조건을 이용하여 용이하게 입수 가능한 시약으로부터 표준 방법에 따라 종래의 합성 방법에 의해 획득할 수 있다.
여기에서 정의된 화합물의 아릴(예: 페닐), 및 헤테로시클릭 기(들)의 치환기를 당업자에게 잘 알려져 있는 방법을 이용하여 다른 청구된 치환기로 변환시킬 수 있다. 예를 들어, 히드록시는 알콕시로 변환될 수 있으며, 페닐은 할로겐화 하여 할로페닐이 될 수 있으며, 니트로는 환원되어 아미노로 될 수 있으며, 할로는 시아노 등으로 치환될 수 있다.
당업자는 또한 화학식 I의 소정 화합물 내에서의 다양한 표준 치환기 또는 작용기의 상호변환 및 변형은 화학식 I의 다른 화합물을 제공할 것이라는 것을 알고 있을 것이다. 예를 들어, 알케닐렌은 알킬렌으로 환원될 수 있고, 카보닐은 히드록시 또는 메틸렌 등으로 환원될 수 있다.
본 발명의 화합물은 종래의 방법을 이용하여 반응 혼합물로부터 분리할 수 있다.
당업자들은 상기 방법에서, 중간체 화합물의 작용기가 보호기에 의해 보호되거나 보호될 필요성이 있다는 것을 알 것이다.
보호하는 것이 바람직한 작용기로는 히드록시, 아미노, 및 카르복실산 등이 있다. 히드록시에 대한 적절한 보호기는 트리알킬실릴 및 디아릴알킬실릴기(예: t-부틸디메틸실릴, t-부틸디페닐실릴, 또는 트리메틸실릴), 테트라하이드로피라닐, 및 알킬카보닐기(예: 메틸- 및 에틸카보닐기)를 포함한다. 아미노의 적절한 보호기는 벤질, t-부틸옥시카보닐, 9-플루오로메톡시카보닐, 또는 벤질옥시카보닐을 포함한다. 카르복실산의 적절한 보호기는 C1-6 알킬 또는 벤질에스테르를 포함한다.
작용기의 보호 및 탈보호는 상기 임의의 반응 단계 전이나 후 일어날 수 있다.
보호기는 당업자에게 잘 알려져 있는 방법에 따라 제거할 수 있으며, 하기한 바와 같이 제거할 수도 있다.
보호기의 사용은 "Protective Groups in Organic Chemistry", J.W.F. McOmie, Plenum Press 편집 (1973), 및 "Protective Groups in Organic Synthesis", 제 3 판, T.W. Greene & P.G.M. Wutz, Wiley-Interscience (1999)에 충분하게 기재되어 있다.
본 발명의 화합물을 다른 방법으로, 그리고 어떤 경우에는 보다 간편한 방법으로 획득하기 위해, 여기에 기재한 개별적인 반응 단계를 다른 순서로 수행하고/거나 개별적인 반응을 전체적인 경로에서 서로 다른 단계에서 수행할 수 있다(즉, 상기에서 특정 반응과 관련된 것의 서로 다른 중간체에 치환기가 부가되고/거나 화학적 변형이 수행될 수 있다)는 것을 당업자들은 알 것이다. 이것은 그 중에서도 특히, 특정 기질에 존재하는 다른 작용기의 특성, 주요 중간체의 사용가능성, 및 (존재한다면)도입하고자 하는 보호기 전략과 같은 인자에 의존할 것이다. 명백하게, 연루되는 화합물의 종류는, 상기 합성단계에서 이용되는 시약의 선택, 이용되는 보호기의 필요성 및 종류, 및 합성을 수행하기 위한 순서에 영향을 미칠 것이다.
상기에서 언급한 중간체 중 일부는 신규하다. 그리하여, 본 발명의 또 다른 측면에 따르면, 화학식 V의 화합물, 또는 그 보호된 유도체를 제공한다.
용도 및 약제학적 제제
본 발명의 화합물은 약리학적 활성을 갖기 때문에 유용하다. 따라서, 그 화합물들을 약물이라고 나타낸다.
따라서, 본 발명의 또 다른 측면에 따르면, 약물로서 사용하기 위한 본 발명의 화합물을 제공한다.
특히, 본 발명의 화합물은 DNA에 결합함으로써, 복제를 위해 필수적인 효소의 DNA와의 결합을 억제하여, DNA 복제가 억제되는 효과를 갖는다.
따라서, 본 발명의 또 다른 측면에 따르면, DNA를 본 발명의 화합물의 억제량과 접촉시키는 것을 포함하는, DNA 복제를 억제하는 방법을 제공한다.
DNA 복제를 억제하는 능력(예: 조절 단백질 또는 DNA-효소 복합체의 역전사효소 또는 토포아이소머라제와 같은 것과의 결합 또는 치환을 차단함으로써 전사를 억제하는 것에 의한 DNA 복제 억제)으로 인해, 본 발명의 화합물은 증식을 위해 DNA 복제에 의존하는 질병의 치료에 유용성을 갖는다. 그러한 질병으로는 암, 및 바이러스, 세균, 진균, 또는 그 이외의 미생물(예: 말라리아와 같은 기생충에 관한 질병)에 관한 질병 등이 있다.
따라서, 본 발명의 또 다른 측면에 따르면, 증식을 위해 DNA 복제에 의존하는 질병(예: 암, 또는 바이러스, 세균, 진균, 또는 그 이외의 미생물 감염)을 치료하는 방법을 제공하며, 그 방법은 치료학적으로 유효한 양의 본 발명의 화합물을 그러한 질병을 앓고 있는 사람에게 투여하는 것을 포함한다. 그러한 치료는 특히 그러한 질병을 앓고 있는 환자가 면역시스템이 손상된 경우 특히 유용할 수 있다.
본 발명의 화합물은 많은 종래의 항바이러스제, 항생제, 항진균제, 또는 그 이외의 항미생물제(예: 항기생충제)의 작용 모드와 다르기 때문에, 본 발명의 화합물은, 감염원이 서로 다른 작용 모드를 갖는 하나 이상의 항바이러스제, 항생제, 항진균제, 또는 그 이외의 항미생물제(예: 항기생충제)에 대한 내성이 있는 바이러스, 세균, 진균, 또는 그 이외의 미생물(예: 기생충) 감염을 치료하는데 있어 특히 유용할 수 있다. 이러한 측면에 있어서, 본 발명의 또 다른 측면에 따르면, 치료학적으로 유효한 양의 본 발명의 화합물을 그러한 질병을 앓고 있는 사람에게 투여하는 것을 포함하는, DNA 복제를 억제함으로써 작용하지 않는 항바이러스제, 항생제, 항진균제, 또는 그 이외의 항미생물제(예: 항기생충제)에 대해 내성이 있는 바이러스, 세균, 진균, 또는 그 이외의 미생물(예: 기생충) 감염을 치료을 치료하는 방법을 제공한다.
본 발명의 화합물은, 그 증식을 위해 DNA 복제에 의존하는 질병의 치료에 그 자체로 유용성을 가질 뿐만 아니라, 그러한 질병을 치료하는데 사용되는 하나 이상의 다른 화합물 또는 치료 요법과 함께 병용하여 사용될 수도 있다. 따라서, 본 발명의 또 다른 측면에 따르면, 치료학적으로 유효한 양의 본 발명의 화합물을 그러한 질병을 치료하는데 효과가 있다고 알려진 하나 이상의 다른 약물과 함께 병용하여 그러한 질병을 앓고 있는 사람에게 투여하는 것을 포함하는, 증식을 위해 DNA 복제에 의존하는 질병(예: 암, 또는 바이러스, 세균, 진균, 또는 그 이외의 미생물 감염)의 치료방법을 제공한다.
여기에서 사용된 용어 "함게 병용하여"는 질병을 치료하는데 효과가 있다고 알려져 있는 다른 약물을 본 발명의 화합물의 투여 전, 동안, 및/또는 후에 투여하는 것을 포함한다. 하나 이상의 다른 약물을 투여할 경우, 그 용어는 또한 본 발명의 화합물의 투여 시간에 상대적으로 다른 시간에 서로 다른 약물을 투여하는 것을 포함한다.
증식을 위해 DNA 복제에 의존하는 질병을 치료하는데 효과적인 것으로 알려져 있는 약물(예: 항암제, 항바이러스제, 항생제, 항진균제, 또는 다른 항미생물제(예: 항기생충제))은 전체가 참고로 본 명세서에 통합되어 있는 "Martindael: The Complete Drug Reference", 제 32 판, the Pharmaceutical Press, London (1999) 관련 헤딩 하에 열거되어 있는 것을 포함한다.
항암제는 또한 이온화 방사선과 같이 비화학적 약물(예: α-파티클, β-파티클, 중성자, 프로톤, 중간자, 및 중이온 또는 고진동수 X-선 또는 감마선과 같은 전자기적 방사선)을 포함한다. 화학적 항암제로는 다음과 같은 것들이 있다:
(a) 하기와 같은 것을 포함하는 알킬화제
(i) 질소 머스타드(예: 메클로레타민(HN2), 사이클로포스파마 이드, 이포스파마이드, 메팔란(L-사르콜리신), 및 클로람부 실)
(ⅱ) 에틸렌이민 및 메틸멜라민(예: 헥사메틸멜라민, 티오테 파)
(ⅲ) 알킬 술포네이트 및 티오스포네이트(예: 부설판, 메틸 메탄술포네이트(MMS) 및 메틸 메탄티오술포네이트)
(ⅳ) 니트로소유레아 및 니트로소구아니딘(예: 카르무스틴 (BCNU), 로무스틴(CCNU), 세무스틴(메틸-CCNU), 스트렙토조신 (스트렙 토조토신), 및 N-메틸-N'-니트로-N-니트로소구 아니딘(MNNG); 및
(ⅴ) 트리아젠(예: 다카르바진(DTIC; 디메틸트리아제노이미다 졸-카르복사미드)
(b) 하기와 같은 것을 포함하는 대사길항제
(i) 엽산 유사체(예: 메토트렉세이트(아메톱테린));
(ⅱ) 피리미딘 유사체(예: 플루오로우라실(5-플루우로우라실; 5-FU), 플록수리딘(플루오로데옥시유리딘; FUdR), 및 시타라 빈(시토신 아라비노사이드)); 및
(ⅲ) 퓨린 유사체 및 관련 억제제(예: 머캅토퓨린(6-머캅토퓨 린; 6-MP), 티오구아닌(6-티오구아닌; TG), 및 펜토스타틴 (2'-데옥시코포르마이신)).
(c) 하기와 같은 것을 포함하는 천연물:
(i) 빈카 알칼로이드(예: 빈블라스틴(VLB) 및 빈크리스틴);
(ⅱ) 에피포도필로톡신(예: 에토포사이드 및 테니포사이드);
(ⅲ) 항생제(예: 닥티노마이신(악티노마이신 A, C, D, 또는 F), 도노루비신(도노마이신; 루비도마이신), 독소루비신, 블 레오마이 신, 플리카마이신(미트라마이신), 및 미토마이 신(미토마이신 A, B, 또는 C))
(ⅳ) 효소(예: L-아스파라기나제); 및
(ⅴ) 생물학반응 변형제(예; 인터페론 알페놈).
(d) 기타
(i) 백금 착물(예: 시스플라틴(cis-DDP) 및 카보플라틴);
(ⅱ) 안트라센디온(예: 미톡산트론, 안트라사이클린)
(ⅲ) 치환 유레아(예: 히드록시유레아)
(ⅳ) 메틸 히드라진 유도체(예: 프로카르바진(N-메틸히드라 진, MIH);
(ⅴ) 부신피질 억제제(예:미토탄(o,p'-DDD) 및 아미노글루테 티마이드);
(ⅵ) 탁솔 및 그 유사체/유도체;
(ⅶ) 호르몬 작용제/길항제(예: 플루타미드, 타목시펜);
(ⅷ) 광활성 화합물(예: 소랄렌)
(ⅸ) DNA 토포아이소머라제 억제제(예: m-암사크린 및 캄토테 신)
(ⅹ) 항혈관신생제(예: SU6668, SU5416, 콤브레타스타틴 A4, 안기오스타틴, 및 엔도스타틴); 및
(ⅹi) 면역요법제(예: BexxarTM 및 TheragynTM과 같은 방사선 라벨링된 항체).
항바이러스제로는 아시클로버, 간시클로버, AZT, ddI, 아만타딘 염산, 이노신 프라노벡스, 비다라빈 등이 있다.
항생제로는 천연 및 합성 페니실린 및 세팔로스포린, 술폰아미드, 에리쓰로마이신, 가노마이신, 테트라사이클린, 클로람페니콜, 리팜피신, 겐타마이신, 암피실린, 벤질페니실린, 베네타민 페니실린, 벤자틴 페니실린, 페네티실린, 페녹시-메틸 페니실린, 프로케인 페니실린, 클록사실린, 플루클로사실린, 메티실린 나트륨, 아목시실린, 바캄피실린 염산, 시클라실린, 메즐로실린, 피밤피실린, 탈암피실린 염산, 카르페실린 나트륨, 페페라실린, 티카르실린, 메실리남, 피르메실리난, 세파클러, 세파드록실, 세포탁심, 세폭시틴, 세프술로딘 나트륨, 세프타지딤, 세프티족심, 세퓨록심, 세팔렉신, 세팔로틴, 세파만돌, 세파졸린, 세프라딘, 라타목세프 이나트륨, 아즈트레오남, 클로르테트라사이클린 염산, 클로모사이클린 나트륨, 데메클로시딘 염산, 독시사이클린, 라이메사이클린, 미노사이클린, 옥시테트라사이클린, 아미카신, 프라마이세틴 술페이트, 네오마이신 술페이트, 네틸마이신, 토브라마이신, 콜리스틴, 푸시딘산 나트륨, 폴리믹신 B 술페이트, 스펙티노마이신, 반코마이신, 칼슘 술팔록세이트, 술파메토피라진, 술파디아진, 술파디미딘, 술파구아니딘, 술파유레아, 카프레오마이신, 메트로니다졸, 티니다졸, 시녹사신, 시프로플록사신, 니트로퓨란토인, 헥사민, 스트렙토마이신, 카르베니실린, 콜리스티메테이트, 폴리믹신 B, 퓨라졸리돈, 날리딕산, 트리메토프림-술파메톡사졸, 클린다마이신, 린코마이신, 사이클로세린, 이소니아지드, 에탐부톨, 이티온아마이드, 피라진아마이드 등이 있다.
항진균제로는 미코나졸, 케토코나졸, 이트라코나졸, 플루코나졸, 푸시딕산, 암포테리신, 플루사이토신, 그리세오훌빈, 나타마이신, 니스타틴 등이 있다.
항기생충제(예: 항말라리아제)로는 피리메타민, 프로구아닐, 클로로퀸, 프리마퀸, 메플로퀸, 퀴닌, 테트라사이클린, 아토바쿠온, 아르테미시닌, 디하이드로아르테미시닌, 아르테메테르, 에르테에테르, 아르테수닉산(artesunic acid)과 그 염, 및 술폰아미드 등이 있다.
본 발명의 화합물을, 증식을 위해 DNA 복제에 의존하는 질병을 치료하는데 효과가 있다고 알려진 하나 이상의 다른 약물과 함께 병용하여 환자에게 투여할 때, 본 발명의 화합물 및 그 다른 약물(들)은 별도로, 또는 편리하게 단일 조성물로 투여할 수 있다. 따라서, 본 발명의 또 다른 측면에 따르면 구성성분으로서
(a) 본 발명의 화합물을 포함하는 제제; 및
(b) 증식을 위해 DNA 복제에 의존하는 질병을 치료하는데 효과가 있는 것으로 알려져 있는 하나 이상의 다른 화학적 약물을 포함하는 제제를 포함하는 복합제제를 제공한다.
본 발명의 이러한 측면에 따른 복합제제는, 증식을 위해 DNA 복제에 의존하는 질병을 치료하는데 효과가 있다고 알려진 하나 이상의 다른 약물과 함께 병용하여 본 발명의 화합물의 투여를 위해 제공하며, 따라서 별도의 구성성분(즉, (a) 및 (B)를 별도로)으로 하거나, 혼합된 제제(본 발명의 화합물 및 증식을 위해 DNA 복제에 의존하는 질병을 치료하는데 효과가 있는 것으로 알려져 있는 하나 이상의 다른 화학적 약물을 포함하는 단일 제제)로서 할 수도 있다. 구성성분 (A) 및 (B)를 별도의 구성성분으로 할 때, 그 복합제제는 택일적으로 "어 키트 오브 파트(a kit-of-parts)"라고 칭할 수 있다.
본 발명의 이러한 측면에서, 증식을 위해 DNA 복제에 의존하는 질병을 치료하는데 효과적인 것으로 알려져 있는 다른 화합물로는 상기 열거한 것들이 있다. 따라서, 본 발명의 이러한 측면의 바람직한 구현예에서, 증식을 위해 DNA 복제에 의존하는 질병을 치료하는데 효과적인 것으로 알려져 있는 다른 화학적 약물은 하나 이상의 화학적 항암제, 항바이러스제, 항생제, 항진균제, 및/또는 항기생충제(예: 상기 약물)이다.
본 발명의 이러한 측면에서의 보다 바람직한 구현예에서, 구성성분 (A) 및 (B) 각각은 약제학적으로 허용 가능한 아주반트, 희석제, 또는 담체와 함께 제제화 한다.
본 발명의 화합물은, 약제학적으로 허용 가능한 제형으로, 유리 염기 또는 무독성 유기 또는 무기 산 부가염으로서 활성성분을 포함하는 약제학적 제제의 형태로서, 통상적으로 경구, 피하, 정맥내, 동맥내, 경피, 경비, 흡입, 또는 그 이외의 비경구 투여경로로 투여할 것이다. 투여경로뿐만 아니라 치료되는 질병 및 환자에 따라, 조성물은 용량을 달리하여 투여할 수 있다.
따라서, 본 발명의 또 다른 측면에 따르면, 약제학적으로 허용 가능한 아주반트, 희석제, 또는 담체와 본 발명의 화합물의 혼합물을 포함하는 약제학적 제제를 제공한다. 그러한 제제는 증식을 위해 DNA 복제에 의존하는 질병의 치료를 위해 사용될 수 있다. 따라서, 본 발명의 이러한 측면의 일 구현예에서, 약제학적으 로 허용 가능한 아주반트, 희석제, 또는 담체와 본 발명의 화합물의 혼합물 및 증식을 위해 DNA 복제에 의존하는 질병을 치료하는데 효과적인 것으로 알려져 있는 하나 이상의 다른 화학적 약물(예: 상기 열거한 약물과 같은 항암제, 항바이러스제, 항진균제, 및/또는 항기생충제) 의 혼합물을 포함하는 약제학적 제제를 제공한다.
인간을 치료하는데 적절한 본 발명의 화합물의 일일 투여량은 약 1 내지 2000 mg/m2이다.
본 발명의 화합물의 가장 효과적인 투여방법 및 투여요법은, 환자의 건강상태와 투여 받는 화합물에 대한 그들의 반응 뿐만 아니라 치료되는 특정 상태, 치료받는 환자의 상태의 정도 및 위치를 포함한 여러 인자에 의존한다. 따라서, 본 발명의 화합물의 투여량은 개별적인 환자에게 적절하도록 조정되어야 한다. 개별 환자에게 적절한 투여량을 결정하는 방법은 당해 기술분야에서 통상의 지식을 가진 자에게 공지되어 있다.
본 발명의 화합물은 질병을 치료하는데 있어서의 유용성뿐만 아니라, DNA 결합에 의존하는 다양한 어세이 방법에 유용하다. 예를 들어, DNA 마이너 그루브에 결합하는 화합물은, 매치되지 않은 DNA 듀플렉스에 비해 현저히 (염기쌍에 의해)충분하게 매치된 DNA 듀플렉스를 안정화할 뿐만 아니라, DNA 듀플렉스를 안정화 함으로써, 충분히 매치된 듀플렉스와 미스매치된 듀플렉스 사이를 보다 쉽게 차별화(예: 듀플렉스의 녹는점(Tm)에 의해) 할 수 있는 능력을 갖는다.
따라서, 본 발명의 또 다른 측면에 따르면, DNA 듀플렉스를 본 발명의 화합물과 접촉시키는 것을 포함하는, 제 1 및 제 2 단일 가닥 DNA 사이에 형성된 DNA 듀플렉스를 안정화하는 방법을 제공한다.
또한, 본 발명은 각각의 DNA 듀플렉스를 본 발명의 화합물과 접촉시키는 것을 포함하는, 각각의 DNA 듀플렉스가 각각의 듀플렉스에서 동일한 제 1 DNA 단일 가닥 및 각각의 듀플렉스에서 서로 다른 제 2 DNA 단일 가닥으로부터 형성된, 제 1 및 제 2 DNA 듀플렉스 간의 녹는점(Tm)의 차이를 증가시키는 방법을 제공한다. 바람직한 구현예에서, 제 1 DNA 듀플렉스는 하나 이상의 염기쌍 미스매치를 갖는 제 2 DNA 듀플렉스보다 더 높은 정도의 염기쌍 매칭(예: 충분한 매칭)을 갖는다.
미스 매치된 DNA 듀플렉스보다 더 현저한 정도로 충분히 매칭된 DNA 듀플렉스를 안정화 하는 화합물은, 예를 들어 전체가 본 명세서에 통합되어 있는 US 6,221,589에 기재되어 있는 바와 같은 DNA 혼성화 어세이 기술에서 "폴스 포지티브(false positive)" 결과의 수준을 낮추는데 이용될 수 있다. "폴스 포지티브" 결과의 감소는 듀플렉스 안정화 화합물의 부존재 하에서의 반응 후에 가능한 것보다, 듀플렉스 안정화 화합물의 존재 하에서의 혼성화 반응 후에 보다 엄격한 조건(예: 더 높은 세척온도)을 사용함으로써 얻어질 수 있다. 따라서, 본 발명은 또한 혼성화 반응 혼합물에 본 발명의 화합물을 제공하는 것을 포함하는, DNA 혼성화 반응 후의 최대 세척 온도를 증가시키는 방법을 제공한다. 여기에서 사용된 용어 "DNA 혼성화 반응 후의 최대 세척 온도"는 "트루 포지티브" 결과(즉, 충분히 또 는 가장 많이 매칭된 DNA 듀플렉스)의 실질적인 손실을 일으키지 않는 최대 세척가능 온도를 말한다.
DNA 듀플렉스에 관한 상기 방법과 관련하여 여기에 사용된 용어 "접촉"은 본 발명의 화합물을 DNA 듀플렉스와 혼합하는 과정을 포함한다. 그러나, 그 용어는 또한 적절한 부착을 형성하는데 사용될 수 있는 작용기(예: 히드로시, 아미노, 또는 카르복실산 기)를 갖는 본 발명의 화합물(예: 할로알킬기를 갖는 본 발명의 화합물), 또는 그 유도체(화학식 V의 화합물)를 듀플렉스를 형성하는 DNA 단일 가닥 하나 또는 두 개 모두에 부착시키는 것(예: 공유결합)을 포함한다. 그러한 "라벨링된" DNA 단일 가닥은 수많은 서로 다른 어세이(예; 캡춰-검출 어세이, 5'-뉴클레아제 어세이 및 Beacon 어세이)에서 파라이머, 캡춰 프로브로서 사용할 수 있다.
본 발명의 화합물은, 본 발명의 화합물의 필수적인 분지, 시클릭, 또는 부분 시클릭 C3-5 알킬기 대신에 메틸 치환기를 갖는 해당 화합물(예를 들어, 선행기술로서 알려져 있는 화합물)에 비해 임의의 DNA 시퀀스에 대해 더 큰 친화도 및/또는 선택성을 갖는다는 이점을 가지고 있다. 예를 들어, 선행 기술에서 공지되어 있는 화합물에 비해, 본 발명의 화합물은 측정 가능할 정도로 더 큰 친화도 및/또는 선택성으로, 소정의 DNA 서열(예: AT 염기쌍만을 포함하는 서열)을 함유하는 DNA 마이너 그루브에 결합하는 이점을 갖는다.
본 발명의 화합물은 AT 염기쌍만을 함유하는 DNA 시퀀스, GC 염기쌍만을 함유하는 DNA 시퀀스, 또는 AT 염기쌍과 GC 염기쌍의 혼합을 함유하는 DNA 시퀀스에 결합할 수 있다는 점에 있어서 이점을 갖는다. 그러나, 약제학적 적용에 있어서, 본 발명의 화합물(예: 화학식 Id, If, 또는 특히 Ie의 구조적 프래그먼트를 하나 이상 포함하는 화학식 I의 화합물, 또는 화학식 Ⅱ의 화합물)은, 선행 기술로 공지되어 있는 해당 화합물에 비해 본 발명의 화합물은 하나 이상의 GC 염기쌍을 함유하는 DNA 마이너 그루브에 측정 가능한게 더 큰 친화도 및/또는 선택성으로 결합한다는 또 다른 이점을 갖는다.
본 발명의 화합물은 선행기술에서 공지된 화합물에 비해, 보다 더 큰 효과가 있고, 독성이 더 적고, 더 광범위한 활성을 가지고, 더 강력하며, 더 오랜 작용시간을 가지며, 더 적은 부작용을 가지며, 보다 용이하게 흡수되며, 또는 그 이외의 유용한 약리학적 특성을 가질 수 있다는 이점을 가질 수 있다.
도 1 내지 6
리간드-DNA 결합에 대해서 연구하기 위해 모세관 전기영동을 이용하였다((i) Hamdan, I.I.; Skellern, G.G.; and Waigh, R.D. "Separation of pd(CG)12 from pd(AT)12 by free solution capillary electrophoresis", J. Cromatogr. A. 806, 165-168 (1998); (ⅱ) Hamdan, I.I.; Skellern, G.G.; and Waigh, R.D. "Use of capillary electrophoresis in the study of ligand-DNA interactions", Nucleic Acids Research 26, 3053-3058 (1998); (ⅲ) Hamdan, I.I.; Skellern, G.G.; and Waigh, R.D. "Ligand binding to oligonucleotides" Methods in Molecular Biology, Vol. 163, "Capillary Electrophoresis of Nucleic acids", Vol 2, Pages 379-391, K.R. Mitchelson and J. Cheng Eds., Humana Press, New Jersey, (2000)).
전형적으로, 리간드 결합은 DNA의 이동 시간의 변화를 유발하고, 때로는 피크 형태의 변화를 유발한다.
다음을 도 1-6에 나타내었다:
(a) DNA 시퀀스(들)를 포함한 실험 조건;
(b) 리간드의 순차적인 부가의 결과; 및
(c) 조사하는 리간드의 구조.
도 1 내지 6의 열쇠(key):
r0 = 약물의 부존재 시의 전기영동도(electropherogram)
rX = (여기에서, X는 0.5, 1, 2, 3, 또는 4) 약물의 존재 하에서의 전기영동도: 여기에서 약물:DNA 비율(농도 기준)은 X:1
도면으로부터 알 수 있는 바와 같이, 복합체를 형성하지 않은 DNA에 해당하는 피크의 소멸은 약물:DNA의 측정 비율(rX)과 관련된다. 이 비율은 결합 비율에 해당한다.
도 1: 네트롭신(netropsin)과의 결합 연구
단일 가닥 뉴클로티드 시퀀스가 AAATTATATTAT(피크 1) 및 GGGCCGCGCCGC(피크 2)인 이중-가닥 DNA 올리고뉴클레오티드를 잘 알려진 AT-선택적 결합제인 네트롭신의 존재 하에서 배양하였다. r0에서, 두 개의 가닥은 어떤 약물도 없이 존재한다. r1에서, 네트롭신의 존재(20 μM)은 새로운 피크(네트롭신 및 AT 도데카머의 복합체)의 발현를 유발시킨다. 혼합물에서 네트롭신의 양이 40μM로 증가할 때, 네트롭신과의 복합체 형성으로 유리 AT 도데카머의 완전히 변환이 유발된다.
도 1에 나타난 피크로부터,
(i) 네트롭신은 AT 선택적이며;
(ⅱ) 네트롭신은 AAATTATATTAT와의 2:1의 결합 비율(약물:DNA)을 갖는다(1 개의 약물 분자가 각각의 이용 가능한 결합 부위로)는 것을 결정할 수 있다.
도 2: 12/41(실시예 2의 화합물)과의 결합 연구
화합물 12/41은 AAATTATATTAT와 네트롭신과 동일한 2:1의 결합 비율을 나타낸다(또한, 유사한 AT-선택성을 갖는다).
도 3: 13/20(실시예 3의 화합물)과의 결합 연구
도 3은 한 가닥의 뉴클레오티드 시퀀스가 CGACTAGTCG이고, 그 중앙 부분이 풋프린팅 연구로부터 높은 친화도 결합 부위인 것으로 밝혀진 이중가닥 DNA 데카머의 존재 하에서 13/20의 결합 전기영동도를 나타낸다(도 7). 여기서 우리는 결합 비율이 4:1 이라는 것을 알 수 있다. 이러한 결과는 13/20이 주어진 시퀀스에 대해서 강력한 친화도를 가지며, 또한 그 DNA 데카머에 의해 생성된 마이너 그루브는 하나의 결합 부위에 4 개의 약물-결합 분자를 수용한다는 것을 입증한다.
도 4: 디스타마이신과의 결합 연구
도 4는 한 가닥의 뉴클레오티드 시퀀스가 CGACTAGTCG인 이중가닥 DNA 데카머의 존재 하에서, 잘 알려진 화합물인 디스타마이신의 결합 전기영동도를 나타낸다. 디스타마이신은 약물:DNA의 비율이 4:1(라벨이 r4)인 경우에서조차도 CGACTAGTCG 시퀀스에 대한 친화도가 없다는 것을 명백히 알 수 있다.
도 5: 화합물 13/20과의 경쟁적 결합 연구
도 5는 한 가닥이 도데카머 뉴크레오티드 시퀀스 AAATTATATTAT(피크 1)이고, 반면 다른 하나는 데카머 뉴클레오티드 시퀀스 GGACTAGTCG(피크 2)인 이중가닥 DNA 올리고뉴클레오티드의 존재 하에서 13/20에 대한 결합 전기영동도를 나타낸다. 13/20은 데카머 ACTA 시퀀스에 대해 더 높은 친화도를 갖는다는 것을 결과로부터 알 수 있다(이는 비복합체의 ACTA 시퀀스에 해당하는 피크의 더 이른 소멸로부터 알 수 있다).
도 6: 화합물 13/20과의 또 다른 결합 연구
도 6은 한 가닥이 데카머 뉴클레오티드 시퀀스 CCACTAGTGG인 이중가닥 DNA 올리고뉴클레오티드와 함께 배양된 13/20의 전기영동도를 나타낸다. 이러한 결합으로부터 얻어진 결과는 도 3의 시퀀스에서 얻어진 결과와 동일했으며, 이는 풋프린팅에서 나타난 바와 같이 결합의 우위가 중앙 시퀀스에 있다는 것을 나타낸다.
도 7 및 8: DNA 풋프린팅 연구
DNA 풋프린팅은 방사선-라벨링된 DNA 섹션을 화학적 또는 생물학적 절단 시약(cleaving agent)과 함께, 추정되는 결합 리간드의 존재 또는 부존재 하에서 배양하는 확립된 기술이다. 리간드 결합 부위는 '래다(ladder)'에서 블랭크(blank)로 나타날 것이다. DNA 시퀀스를 알고 있기 때문에, 그 결합 부위를 이러한 블랭크의 위치로부터 추론할 수 있다.
도 7 및 8에서 보여지는 시퀀스는 MS1이며, 이는 모든 가능한 4개의 염기쌍 결합부위를 갖는다. 풋프린팅 실험에서 사용된 방법은, 참고로 본 명세서에 통합되는 J. Med. Chem. 43, 3257 (2000)에 기재되어 있는 것과 유사했다. J. Med. Chem. 43, 3257 (2000)에 기재되어 있는 방법과 유사한 방법에서, MS1 시퀀스의 3'-말단을 역전사효소를 이용하여 [α-32P]dATP로 라벨링 하였다. 방사선-라벨링된 DNA를 절단하기 위해 사용된 시약은 DNase I 였다.
화합물의 "풋프린트" 내에 해당하는 염기들은 그 시퀀스 아래에 xx...xx로 나타냈다. 모세관 전기영동으로 확인된 결합 도메인은 XX...XX로 나타냈다.
도 7은 13/20 화합물(0.03 μM 농도에서)의 결과를 나타내는 반면, 도 8은 13/51 화합물(거기에 나타낸 농도에서)의 결과를 나타낸다. 그로부터 알 수 있는 바와 같이, 실험에서 사용된 농도에서, 화합물 13/20은 MS1 시퀀스에서 오직 하나의 부위에 결합하는 것을 나타내는 풋프린트를 나타낸다. 이 결합 부위는 GC 염기쌍을 포함한다. 대조적으로, 화합물 13/51은 도 8에 나타낸 농도에서 MS1 시퀀스에서 서로 다른 여러 개의 "AT-유일" 결합 부위를 갖는 풋프린트를 나타낸다.
도 9: 화합물 12/41 및 13/20과의 DNA-결합 분석
설치류 마이크로파지(본 명세서에 참고로 통하되어 있고, 이하 "참고문헌 1"이라고 부르는 Cell. Signal. 11(7), 491 (1999)에 기재된 바와 같이 획득하고 배양)를 매체(참고문헌 1 참조) 또는 1 ㎍/mL 리포폴리사카라이드(LPS; 그람음성 내독소의 활성성분 및 NFκB(Nuclear Factor kappa B) 경로의 강력한 활성화제; Salmonella minnesota로부터 획득된 특정 LPS)에 1 시간동안 노출시키고, 표준방법(참고로 본 명세서에 통합되어 있는 Brit. J. Pharmacol. 134, 393 (2001), 이하 참고문헌 2라고 한다)에 의해 제조하였다.
화합물의 분액(1 mM 용액의 1 ㎕)을 32P-라벨링된 20bp 이중가닥 DNA 올리고뉴클레오티드(NFκB 단백질에 대한 해당 결합부위를 나타냄(참고로 본 명세서에 통합되어 있는 참고문헌 2 및 Brit. J. Pharmacol. 134, 1692-1638(2001) 참조) 1 ㎕와 함께 30 분동안 실온에서 배양하였다. 그 후, 핵단백질 5 ㎍ 및 완충제(참고문헌 2의 "겔-전이 결합 완충제")를 부가하고(최종 부피 10 ㎕), 샘플을 30분 더 실온에서 배양한 후, 40-60 분동안 프리-런(pre-run) 비-변성 폴리아크릴아미드 겔에 대한 전기영동을 하였다(참고문헌 2). 그런 다음, 겔을 건조하고 X-선 필름에 노출시켰다. NFκB 단백질-DNA 복합체의 형성 및 상기 화합물의 존재 중에서 복합체이 형성의 강력한 억제가 오토라디오그래피에 의해 검출되었다.
도 9에서, 레인 1 내지 4는 핵 단백질이 매체에 노출된 마크로파지로부터 추출된 것으로부터 얻어진 결과를 나타내는 반면, 레인 5 내지 8은 핵단백질이 LPS에 노출된 마크로파지로부터 추출된 것으로부터 얻어진 결과를 나타낸다.
도 9에 나타난 결과로부터, 리포폴리사카라이드로의 노출은 NFκB-DNA-결합 활성의 증가를 유발한다는 것을 결정할 수 있다(레인 1 vs 레인 5). 합성 화합물의 선배양(pre-incubation)은 기저 DNA-결합 활성에 영향을 미치지 못했다(레인 1 vs. 레인 2 내지 4). 그러나, 화합물 13/51 및 13/20은 LPS-자극 NFκB-DNA 결합 활성을 억제하는 것으로 나타났다(레인 5 vs. 레인 6 및 레인 7). 대조적으로, 12/41은 거의 영향이 없었다(레인 5 vs. 레인 8).
분지, 시클릭, 또는 부분 시클릭 C3-5 알킬 치환기가 없는 화합물 13/51이 LPS-자극 NFκB-DNA 결합 활성을 화합물 13/20보다 더 강력하게 억제하는 것으로 나타났다고 할지라도(레인 6 vs. 레인 7), 이것은 화합물 13/51의 더 낮은 결합 특이성으로부터 예상될 수 있었을 것이다(도 7 및 8 비교).
생물학적 시험
미생물(예: S.Aureus, E.Coli, S.faecalis, P.vulgaris, MRSA, Aspergillus niger, Candida albicans, Kles. aerogenes, Ent. cloacae, Mycobacterium fortuitum, 또는 Aspergillus nidulans)에 대한 본 발명의 화합물의 최소억제농도(MICs)를 A. J. Drummond 및 R. D. Waigh "The development of microbiological methods for phytochemical screening" Recent Res. Devel. Phytochem. 4, 143-152 (2000)에 기재되어 있는 것과 같은 방법을 이용하여 측정할 수 있다.
전체적인 실험방법
ES-MS(electrospray mass spectrum)을 FisonsR VG Platform Benchtop LC-MS로 획득하였다. EI-MS(electron impact mass spectrum) 및 FAB-MS(fast atom bombardment mass spectrum)을 JeolR JMS-AX505HA 매스 스펙트로미터로 획득하였다.
NMR 스펙트럼을 1H에 대해 400 MHz에서 작동하는 BrukerR AMX 400 스펙트로미터로 획득하였다. 1H NMR 스펙트럼에서, 약어 'exch.'는 관련 공진이 용액을 D2 O로 처리하는 것에 의해 사라졌다는 것을 의미한다.
최종 생성물의 HPLC 정제를, 농도구배의 용리 시스템 상에서 Vydac 단백질 및 펩티드 C18 컬럼을 이용하여 수행하였다. 용매는 A: 물 + 0.1% 트리플루오로아세트산(TFA) 및 B: 아세토니트릴 + 0.1% TFA이었다.
IR 스펙트럼: 고체는 KBr 디스크로서 검출하고, 액체는 NicoletR Impact 400D를 이용하여 필름으로서 검출하였다.
컬럼 크로마토그래피를 실리카겔 ProlaboR(200-400 매쉬)로 수행하여였다.
실시예 1
N-[5-({[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1-이소프로필-1H-피롤-3-일]-4-[(3,3-디메틸부타노일)아미노]-1-메틸-1H-피롤-2-카르복사미드
(i) 에틸 4-니트로-1H-피롤-2-카르복실레이트
서브 타이틀 화합물을 표준 문헌 방법에 따라 제조하였다(Ref.1: W.J. Hale 및 W.V. Hoyr, J.Amer.Chem.Soc. 37, 2538-2552 (1915); 및 Ref.2: K.J. Morgan and D.P. Morrey, Tetrahedron 22, 57-62(1966) 참조).
(ⅱ) 에틸 1-이소프로필-4-니트로-1H-피롤-2-카르복실레이트
에틸 4-니트로-1H-피롤-2-카르복실레이트(1.039 g, 5.645 mmol; 상기 단계 (i) 참조)를 DMF(40 mL, 건조)에 용해하고, 칼륨 금속(384 mg, 9.831 mmol)을 부가하였다. 그 반응 혼합물을 100℃로 가열하고, 교반하면서 그 온도로 1 시간 방치하였다. 그 반응 혼합물을 50-60℃로 냉각한 다음, 이소프로필 브로마이드(1.224 g, 9.953 mmol) 및 포타슘 요오다이드(1.714 g, 10.327 mmol)를 부가하고, 그 반응 혼합물을 다시 5 시간동안 교반하면서 100℃로 한 다음, 밤새 실온에서 교반하면서 방치하였다. 용매를 감압 하에서 제거하고, 잔사를 DCM으로 희석한 다음 물로 추출하였다. 유기 추출물을 MgSO4로 건조하고, 여과한 다음, 용매를 감압 하에서 제거하였다. 획득된 조생성물을 실리카겔 상에서 크로마토그래피를 실시하고, 1/2 pet.에테르 /DCM으로 용리하였다. 물질(RF = 0.26)을 수집하고, 용매를 감압 하에서 제거하여 m.p. 60-63℃의 백색 결정성 고체를 수득하였다(686 mg, 54% 수율).
원소 분석: (Found: 실측치, Calculated for:계산치, 이하 동일)
Figure 112004027279601-pct00011
Figure 112004027279601-pct00012
(ⅲ) 1-이소프로필-4-니트로-1H-피롤-2-카르복실산
에틸 1-이소프로필-4-니트로-1H-피롤-2-카르복실레이트(656 mg, 2.900 mmol; 상기 단계(ⅱ) 참조)을 에탄올(4 mL)에 용해하고, 그 용액에 NaOH 용액(490 mg, 수중 12.250 mmol(10 mL))을 부가하였다. 그 반응 혼합물을 1.5 시간동안 환류 가열한 다음, 에탄올을 40℃에서 감압 하에 제거하였다. 반응 혼합물을 DCM(10 mL)으로 추출한 다음, 수층을 수집하고, 얼음물로 0℃ 냉각한 다음, 교반하면서 진한 HCl로 산성화하였다. 침전된 백색 고체 물질을 여과하고, 물로 세척한 다음, 감압 하에서 건조하여 m.p. 194-195℃의 필요한 생성물을 수득하였다(548 g, 95% 수율).
원소 분석:
Figure 112004027279601-pct00013
(ⅳ) N-[5-({3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-1-이소프로필-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드
N-[3-(디메틸아미노)프로필]-1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드(816 mg, 3.209 mol; Tetrahedron 56, 5225-5329 (2000))을 에탄올(30 mL) 및 d-HCl(7 mL)의 혼합물에 현탁시키고, 거기에 실온에서 Pd/C(517 mg, 10%)를 부가하였다. 반응 혼합물을 실온 및 대기압에서 3.5 시간동안 수소화 하였다. Kieselguhr을 이용한 여과에 의해 촉매를 제거한 다음, 용매를 50℃에서 감압 하에서 제거하여, 아민을 연한 황색의 고체로서 수득하였다. 그리하여 형성된 생성물을 물(10 mL)에 용해하고, 거기에 NaHCO3(2 g)을 가하였다. 1-이소프로필-4-니트로-1H-피롤-2-카르 복실산(548 mg, 2.631 mmol; 상기 단계(ⅲ) 참조)을 DME(6 mL, 건조) 및 티오닐 클로라이드(3 mL)에 용해한 다음, 2 시간동안 환류 가열하였다. 용매를 실온에서 제거하여 벤젠(10 mL)에 용해된 산 클로라이드를 생성시킨 다음, 그것을 상기 반응 혼합물에 실온에서 교반하면서 적가하였다. 산 클로라이드를 적가하는 것을 종료한 후에, 그 반응 혼합물을 30 분동안 환류 가열한 다음, 교반하면서 밤새 실온으로 냉각시켜 방치하였다. 그 반응 혼합물을 DCM(300 mL)으로 추출하고, 건조한 다음, 용매를 감압 하에서 제거하여 황색의 고체 물질을 수득하였다. 이 물질을 소량의 메탄올과 함께 연마하고 여과하여 연한 황색의 고체(318 mg)를 수득하였다. 그 여액을 농축시키고 에틸아세테이트/메탄올/암모니아(49/49/2)를 이용하여 실리카겔상에서 크로마토그래피하였다. Rf 값이 0.3인 분획을 수집하였다. 생성물을 황색 고체로서 획득하였다(640 mg, 총 수율 49%). M.p. 205-207℃.
Figure 112004027279601-pct00014
(v) N-[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-1-이소프로필-4-{[(1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-일)카보닐]-아미노}-1H-피롤-2-카르 복사미드
N-[5-({3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-1-이소프로필-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드(272 mg, 0.672 mmol; 상기 단계(ⅳ) 참조) 및 Pd/C(325 mg, 10%)를 이소프로판올(30 mL)주에 현탁하고, 실온 및 대기압에서 5 시간동안 수소화하였다. 촉매를 Kieselguhr을 이용하여 제거하고, 용매를 감압 하에서 제거하여, 아민을 연한 황색 고체로서 생성시키고, 그것을 더 이상의 정제 없이 사용하였다. 그 아민을 THF(5 mL, 건조)에 용해한 다음, THF(5 mL, 건조)에 용해된 2,2,2-트리클로로-1-(1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-일)에탄온(183 mg, 0.674 mmol; Tetrahedron 56, 5225-5239(2000) 참조)을 실온에서 교반하면서 부가하였다. 교반을 실온에서 밤새 계속하였다. 용매를 실온에서 감압 하에서 제거하여 조생성물을 생성시키고, 그것을 에틸아세테이트/메탄올/암모니아(49/49/2)를 이용하여 실리카겔 컬럼 크로마토그래피에 의해 정제하였다. Rf 값이 0.3인 생성물을 함유하는 분획을 수집하였다. 생성물을 뚜렷하지 않은 녹는점을 갖는 황색의 고체 물질로서 획득하였다(221 mg, 63% 수율).
Figure 112004027279601-pct00015
(vi) N-[5-({[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1-이소프로필-1H-피롤-3-일]-4-[(3,3-디메틸부타노일)아미노]-1-메틸-1H-피롤-2-카르복사미드
N-[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-1-이소프로필-4-{[(1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-일)카보닐]-아미노}-1H-피롤-2-카르복사미드(100 mg, 0.189 mmol; 상기 단계(v) 참조)를 메탄올(20 mL)중에 현탁하고, 거기에 Pd/C(114 mg, 10%)를 부가하였다. 반응 혼합물을 실온 및 대기압 하에서 6.5 시간동안 수소화 하였다. 촉매를 Kieselguhr을 이용하여 제거하고, 용매를 감압 하에서 제거하였다. 그리하여 형성된 아민을 DCM(10 mL, 건조)에 용해하고, 거기에 DCM(5 mL 건조) 중에 용해된 3,3-디메틸부타노일 클로라이드(35 ㎕, 0.260 mmol) 용액을 부가하였다. 그 부가는 실온에서 교반하면서 방울씩 하였다. 그런 다음, 디-이소프로필아민을 그 반응 혼합물에 부분씩 가하였다. 밤새 실온에서 계속해서 교반하였다. 용매를 감압 하에서 제거하고, 획득된 조생성물을 실리카겔 및 에틸아세테이트/메탄올/암모니아(49/49/2)를 이용하여 컬럼 크로마토그래피로 정제하였다. 용매를 감압 하에서 제거하고, 고체 물질을 클로로포름(100 mL) 중에서 용해하고, NaHCO3(5%, 50 mL)로 추출하였다. 유기층을 Na2SO4로 건조하고, 여과한 다음, 용매를 제거하여, 필요한 생성물을 뚜렷한 녹는점이 없는 황색의 매끄러 운 물질로서 수득하였다(84 mg, 75% 수율).
Figure 112004027279601-pct00016
Figure 112004027279601-pct00017
실시예 2
N-[5-({[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1-이소프로필-1-H-피롤-3-일]-4-(포밀아미노)-1-메틸-1H-피롤-2-카르복사미드
N-[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-1-이소프로필-4-{[(1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-일)카보닐]-아미노}-1H-피롤-2-카르복사미드(102 mg, 0.194 mmol; 상기 실시예 1의 단계(v) 참조)를 메탄올(20 mL)중에 용해하고, 거기에 Pd/C(106 mg, 10%)를 부가하였다. 반응 혼합물을 실온 및 대기압 하에서 5 시간동안 수소화 하였다. 촉매를 Kieselguhr을 이용하여 제거한 다음, 에틸 포르메이트(10 mL)를 여액에 가하였다. 그런 다음, 그 반응 혼합물을 72 시간동안 환류 가열하였다. 용매를 감압 하에서 제거하고 조생성물을 HPLC로 정제하였다. 동결건조한 후, 생성물을 백색의 고체로서 획득하였다(64 mg, TFA 염으로서 51% 수 율).
Figure 112004027279601-pct00018
실시예 3
N-[3-(디메틸아미노)프로필]-2-({[4-({[4-(포밀아미노)-1-메틸-1H-피롤-2-일]카보닐}아미노)-1-메틸-1H-피롤-2-일]카보닐}아미노)-5-이소프로필-1,3-티아졸-4-카르복사미드
(i) 메틸 2-아미노-5-이소프로필-1,3-티아졸-4-카르복실레이트
서브 타이틀 화합물을 J. Chem. Soc., Perkin Trans. I 159 (1982)에 기재된 방법에 따라 41%의 수율로 제조하였다.
m.p. 151-152℃(Lit. 150-151℃)
(ⅱ) 메틸 5-이소프로필-2-{[(1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-일)카보닐]-아미노}-1,3-티아졸-4-카르복실레이트
1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복실산(520 mg, 3.057 mmol; Tetrahedron 56, 5225-5239 (2000))을 티오닐 클로라이드(10 mL)에 용해하였다. 반응 혼합물을 밤새 환류 가열하였다. 과량의 티오닐 클로라이드를 감압 하에서 제거하여, 산 클 로라이드를 생성시키고 그것을 더 이상의 정제 과정 없이 사용하였다. 그 산 클로라이드를 DCM(20 mL, 건조)에 용해하고, 거기에 NMM(1.214 g, 12.000 mmol)을 가하였다. 그 반응 혼합물을 0℃로 냉각하고, N2 하에 두었다. 그런 다음, DCM(20 mL, 건조) 중의 메틸 2-아미노-5-이소프로필-1,3-티아졸-4-카르복실레이트(0.612 g, 3.057 mmol; 상기 단계(i) 참조) 용액을 10 분동안 교반하면서 적가하였다. 온도를 밤새 실온으로 증가시켜 증가시켜 방치하였다. DCM(10 mL)를 그 반응 혼합물에 가한 다음, dil-HCl(50 mL)를 가하고, 그 반응 혼합물을 추출하였다. 유기층을 함수(50 mL)로 세척하고, MgSO4로 건조한 다음, 용매를 감압 하에서 건조하여 조생성물을 수득하였다. 속성 실리카겔 컬럼 크로마토그래피[1/1 에틸아세테이트/pet. 에테르]로 원하는 생성물을 백색 결정성 고체로서 수득하였다(460 mg, 43% 수율). m.p. 118-120℃(softening).
Figure 112004027279601-pct00019
(ⅲ) 5-이소프로필-2-{[(1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-일)카보닐]아미노}-1,3-티아졸-4-카르복실산
메틸 5-이소프로필-2-{[(1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-일)카보닐]아미노}-1,3-티아졸-4-카르복실레이트(480 mg, 1.363 mmol; 상기 단계(ⅱ) 참조)를 에탄올 KOH(0.5 M, 25 mL)에 현탁하였다. 반응 혼합물을 4 시간동안 환류 가열한 다음, 0℃로 냉각하였다. HCl(conc.)를 pH 2가 될 때까지 교반하면서 적가하였다. 그리하여 획득한 연한 황색 고체를 여과하고, 탈이온수로 세척한 다음, 밤새 45℃에서 감압 하에 건조하여 필요한 물질을 수득하였다(440 mg, 96% 수율), m.p.315-319℃[decomp.].
Figure 112004027279601-pct00020
(ⅳ) N-[3-(디메틸아미노)프로필]-5-이소프로필-2-{[(1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-일)카보닐]아미노}-1,3-티아졸-4-카르복사미드
5-이소프로필-2-{[(1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-일)카보닐]아미노}-1,3-티아졸-4-카르복실산(440 mg, 1.301 mmol; 상기 단계(ⅲ) 참조)을 티오닐 클로라이드(6 mL)에 현탁하고, 3 시간동안 환류 가열하였다. 용매(과량의 티오닐 클로라이드)를 감압 하에서 제거하고, 그리하여 형성된 산 클로라이드를 THF(20 mL, 건조)에 용해한 다음, NMM(330 ㎕)를 부가하였다. THF(5 mL, 건조) 중의 3-(디메틸아미노)프로필아민(270 mg, 2.602 mmol) 용액을 질소 하에서 실온에서 교반하면서 적가하였다. 교반을 밤새 실온에서 계속하였다. 용매를 감압 하에서 제거하고, 그 잔사를 (1% TEA를 함유하는 1:1 메탄올/에틸아세테이트)를 이용하여 컬럼 크로마토그래피로 정 제하였다. 생성물을 황색의 매끄러운 물질로서 수득하였다(159 mg, 29% 수율), m.p. 85-90℃[softening].
Figure 112004027279601-pct00021
(v) N-[3-(디메틸아미노)프로필]-5-이소프로필-2-{[(1-메틸-4-{[(1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-일)카보닐]아미노}-1H-피롤-2-일)카보닐]-아미노}-1,3-티아졸-4-카르복사미드
N-[3-(디메틸아미노)프로필]-5-이소프로필-2-{[(1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-일)카보닐]아미노}-1,3-티아졸-4-카르복사미드(159 mg, 0.376 mmol; 상기 단계(ⅳ) 참조)를 메탄올(25 mL) 중에 용해하고, 얼음으로 냉각한 다음, Pd/C(158 mg, 10%)를 질소 하에 부가하였다. 반응 혼합물을 실온 및 대기압 하에서 4 시간동안 수소화 하였다. 촉매를 Kieselguhr로 제거한 다음, 아민을 생성시켰다. 이 아민을 THF(25 mL, 건조)에 용해한 다음, THF(5 mL, 건조)에 용해된 2,2,2-트리클로로-1-(1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-일)에탄온(134 mg, 0.494 mmol; Tetrahedron 56, 5225-5239(2000) 참조)을 실온에서 교반하면서 부가하였다. 교반을 실온에서 밤새 계속하였다. 용매를 감압 하에서 제거하고, 메탄올/에틸아세테이트/TEA(49/49/2) 를 이용하여 크로마토그래피 하였다. 그리하여 획득된 생성물을 DCM에 용해하고, 탄산나트륨 용액(10 mL, 5%)으로 추출한 다음, 건조하고, 용매를 감압 하에서 제거하였다. 생성물을 황색의 고체로서 획득하였다(90 mg, 44% 수율). M.p. 138-141℃.
Figure 112004027279601-pct00022
(ⅵ) N-[3-(디메틸아미노)프로필]-2-({[4-({[4-포밀아미노)-1-메틸-1H-피롤-2-일]카보닐}아미노)-1-메틸-1H-피롤-2-일]카보닐}아미노)-5-이소프로필-1,3-티아졸-4-카르복사미드
N-[3-(디메틸아미노)프로필]-5-이소프로필-2-{[(1-메틸-4-{[(1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-일)카보닐]아미노}-1H-피롤-2-일)카보닐]아미노}-1,3-티아졸-4-카르복사미드(90 mg, 0.165 mmol; 상기 단계(v) 참조)를 에탄올(20 mL)중에 용해한 다음, Pd/C(97 mg, 10%)를 질소 하에서 0℃에서 부가하였다. 반응 혼합물을 실온 및 대기압 하에서 5 시간동안 수소화 하였다. 촉매를 감압 하에서 제거한 다음, 에틸 포르메이트(20 mL)를 그 아민의 에탄올 용액에 가하였다. 그 반응 혼합물을 3 일동안 환류 가열한 다음, 용매를 감압 하에서 제거하였다. 조생성물을 0.1% TEA를 함유하는 물(2 mL)에 용해한 다음, HPLC로 정제하였다. 수집된 분획을 동결건조하여 원하는 생성물을, 뚜렷한 m.p.가 없는 연한 황색의 고체로서 획득하였다(55 mg, 51%).
Figure 112004027279601-pct00023
실시예 4
N-[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-이소프로필-1H-피롤-3-일]-4-({[4-(포밀아미노)-1-이소프로필-1H-피롤-2-일]카보닐}아미노)-1-이소프로필-1H-피롤-2-카르복사미드
(i) N-[3-(디메틸아미노)프로필]-1-이소프로필-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드
1-이소프로필아미노-4-니트로-1H-피롤-2-카르복실산(312 mg, 1.574 mmol; 상기 실시예 1의 (ⅲ) 참조)를 티오닐 클로라이드(5 mL)에 용해하고, 4 시간동안 환류 가열하였다. 과량의 티오닐 클로라이드를 50℃에서 감압 하에서 제거하여, 백색의 고체 물질로서 산 클로라이드를 생성시키고, 그 산 산 클로라이드를 더 이상의 정제과정 없이 사용하였다. 3-(디메틸아미노)프로필아민(250㎕)를 THF(250 mL, 건조)에 용해하고, 거기에 NMM(250 ㎕)를 실온에서 교반하면서 부가하였다. 산 클로라이드를 THF(5 mL, 건조) 중에 용해하고, 상기 아민 용액에 실온에서 교반하면서 적가하였다. 그 반응 혼합물을 밤새 실온에서 교반하였다. 그런 다음, 용매를 50℃에서 감압 하에서 제거한 다음, 조생성물을 K2CO3(25 mL, 10%) 및 DCM(2X50 mL)으로 추출하였다. 유기층을 수집하고, Na2SO4로 건조하고, 여과한 다음, 감압 하에서 용매를 제거하였다. 조생성물을 49.5:49.5:1 메탄올/에틸아세테이트/TEA를 이용하여 크로마토그래피에 의해 정제하여 생성물을 황색의 오일로서 수득하였다, Rf=0.25, (400 mg, 90% 수율).
Figure 112004027279601-pct00024
(ⅱ) N-[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-이소프로필-1H-피롤-3-일]-1-이소프로필-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드
N-[3-(디메틸아미노)프로필]-1-이소프로필-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드(400 mg, 1.417 mmol; 상기 단계(i) 참조)를 에탄올(20 mL) 중에 용해한 다음, 0℃로 냉각하였다. 교반하면서, Pd/C 10%(343 mg)를 N2 하에 조금씩 부가하였다. 반응 혼 합물을 실온 및 대기압 하에서 4 시간동안 수소화 하였다. 촉매를 Kieselguhr로 제거하고, 용매를 50℃에서 감압 하에서 제거하여 오일을 생성시키고, 더 이상의 정제 없이 다음 단계에서 사용하였다. 1-이소프로필-4-니트로-1H-피롤-2-카르복실산(281 mg, 1.417 mmol; 상기 실시예 1의 단계 (ⅲ) 참조)를 티오닐 클로라이드(5 mL)에 현탁시킨 다음 4 시간동안 환류 가열하였다. 과량의 티오닐 클로라이드(5 mL)를 50℃에서 감압 하에서 제거한 다음, THF(5 mL, 건조)에 용해하였다. 아민을 THF(20 mL, 건조)에 용해하고, 거기에 NMM(250㎕)를 부가하고 나서, 상기 산 클로라이드 용액을 가하였다. 교반하면서 실온에서 적가 하였다. 반응 혼합물을 밤새 실온에서 교반하였다. 용매를 감압 하에서 제거하고, 조생성물을 DCM(50 mL)에 용해하고, Na2CO3(5%, 25 mL)로 추출하였다. 유기층을 Na2SO4 로 건조하고, 여과한 다음, 용매를 감압 하에서 제거하였다. 조생성물을 50:50:0.5 메탄올/아세테이트/TEA를 이용하여 실리카겔 하에서 크로마토그래피 하였다. Rf 값이 0.1인 분획을 수집하였다. 용매를 감압 하에서 50℃에서 제거하여 황색의 매끄러운 물질로서 생성물을 수득하였다(471 mg, 77% 수율), m.p. 86-90℃(softening).
Figure 112004027279601-pct00025
(ⅲ) N-[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-이소프로필-1H-피롤-3-일]-1-이소프로필-4-{[(1-이소프로필-4-니트로-1H-피롤-2-일)카보닐]아미노}-1H-피롤-2-카르복사미드
N-[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-이소프로필-1H-피롤-3-일]-1-이소프로필-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드(209 mg, 0.483 mmol; 상기 단계(ⅱ) 참조)를 0℃의 에탄올(20 mL)중에 교반하면서 부가하였다. Pd/C-10%(180 mg)를 그 용액에 0℃에서 교반하면서 질소 하에서 부가하였다. 그 반응 혼합물을 4 시간동안 수소화 한 다음, 촉매를 Kieselguhr에 의한 여과에 의해 제거하고, 용매를 50℃에서 감압 하에서 제거하여 아민을 생성시켰다. 1-이소프로필-4-니트로-1H-피롤-2-카르복실산(92 mg, 0.462 mmol; 실시예 1, 단계(ⅲ) 참조)을 티오닐 클로라이드(3 mL)에 용해하고 3 시간동안 환류 가열하였다. 괄야의 티오닐 클로라이드를 50℃에서 감압 하에서 제거하여 산 클로라이드를 생성시켰다. 상기 아민을 THF(20 mL, 건조)에 용해하고, 거기에 산 클로라이드[THF(20 mL, 건조)에 용해]를 실온에서 교반하면서 적가하였다. 그 반응 혼합물을 밤새 실온에서 교반하였다. 용매를 감압 하에서 제거하고, 조생성물을 DCM(2x50 mL)에 용해한 다음, Na2CO3(50 mL, 5%)로 추출하였다. 유기층을 건조한 다음, 용매를 제거하였다. 조생성물을, 용리액으로서 49.5:49.5:1 에틸 아세테이트/메탄올/TEA를 이용하여 실리카겔 크로마토그래피를 수행하였다. 생성물을 황색의 매끄러운 물질로서 획득하였다, Rf= 0.15, (230 mg, 82% 수율), m.p. 130-133℃(softening).
Figure 112004027279601-pct00026
(ⅳ) N-[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-이소프로필-1H-피롤-3-일]-4-({[4-(포밀아미노)-1-이소프로필-1H-피롤-2-일]카보닐}아미노)-1-이소프로필-1H-피롤-2-카르복사미드
N-[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-이소프로필-1H-피롤-3-일]-1-이소프로필-4-{[(1-이소프로필-4-니트로-1H-피롤-2-일)카보닐]아미노}-1H-피롤-2-카르복사미드(105 mg, 0.180 mmol; 상기 단계(ⅲ) 참조)를 에탄올(20 mL)중에 현탁시키고, Pd/C-10%(80 mg)를 0℃에서 질소 하에서 부가하였다. 그 반응 혼합물을 실온 및 대기압 하에서 4 시간동안 수소화 하였다. 촉매를 Kieselguhr로 제거한 다음, 그 에탄올 용액을 실험의 제 2 부분에서 이용하였다. 에틸 포르메이트를 아민의 에탄올 용액에 부가하였다. 그 반응 혼합물을 4 시간동안 환류 가열하였다. 용매를 40℃에서 감압 하에 제거한 다음, 조생성물을 역상 HPLC로 정제하였다. 획득한 분획을 동결건조하여 필요한 물질을 뚜렷한 m.p.가 없는 TFA 염의 백색 고체로서 생성시켰다.
Figure 112004027279601-pct00027
실시예 5
N-[5-({[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-이소펜틸-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1-이소펜틸-1-H-피롤-3-일]-4-(포밀아미노)-1-이소펜틸-1H-피롤-2-카르복사미드
(i) 에틸 1-이소펜틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복실레이트
에틸 4-니트로-1H-피롤-2-카르복실레이트(2.022g, 10.983 mmol; 상기 실시예 1의 단계(i) 참조)를 DMF(30 mL, 건조)에 용해하고, 거기에 칼륨(0.569 g, 14.552 mmol)을 질소 하에서 교반하면서 부가하였다. 반응 혼합물을 1 시간동안 100℃에서 가열한 다음, 온도를 50℃로 낮췄다. 그리고 나서, 이소아밀 브로마이드(2.498 g, 16.538 mmol)를 가한 다음, KI(2.197 g, 14.552 mmol)을 가하였다. 온도를 100℃로 올린 다음, 5 시간동안 계속해서 교반하고 나서, 온도를 실온으로 다시 낮췄다. 그런 다음, 그 반응 혼합물을 밤새 교반한 후, 용매를 50℃에서 감압 하에서 제거하였다. 조생성물을 DCM에 용해하고, 염을 물로 추출하였다. 유기 추출물을 MgSO4로 건조하고, 여과한 다음, 용매를 30℃에서 감압 하에서 제거하였다. 획득된 조생성물을 용리액으로서 1/2 n-헥산/DCM을 이용하여 실리카겔 크로마토그래피를 수행하였다. Rf=0.3인 물질을 수집하고, 용매를 감압 하에서 제거하여 백색의 결정물질을 수득하였다(2.377 mg, 85% 수율). M.p. 46-47℃(Lit. m.p. 46-47℃)
참고문헌: Turchin, K.F.; Grokhovskii, S.L.; Zhuze, A.L.; Gottikh, B.P., Soviet Journal of Bioorganic Chemistry(English Translation) 1978, 4, 780-790.
Figure 112004027279601-pct00028
(ⅱ) 1-이소펜틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복실산
에틸 1-이소펜틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복실레이트(2.377 g, 9.329 mmol; 상기 단계(i) 참조)를 에탄올(5 mL) 중에 현탁한 다음, NaOH 용액(물 20 mL 중에 용해된 955 mg)을 부가하였다. 그 반응 혼합물을 50℃ 감압 하에서 반으로 감소시 킨 다음, 냉각된 용액을 에테르로 추출하였다. 수층을 0℃로 냉각시킨 다음, pH 2가 될 때까지 격렬히 교반하면서 conc. HCl을 부가하였다. 백색 고체 물질을 여과하고, 물로 세척하고, 2 시간동안 60℃에서 감압 하에서 건조한 다음, 밤새 실온에서 두었다. 생성물을 백색의 고체로서 수득하였다(2.008 g, 95% 수율), m.p. 154-157℃[Lit.m.p. 154-156℃].
참고문헌: Turchin, K.F.; Grokhovskii, S.L.; Zhuze, A.L.; Gottikh, B.P., Soviet Journal of Bioorganic Chemistry(English Translation) 1978, 4, 780-790.
Figure 112004027279601-pct00029
(ⅲ) N-[3-(디메틸아미노)프로필]-1-이소펜틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드
1-이소펜틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복실산(315 mg, 1.388 mmol; 상기 단계(ⅱ) 참조)를 티오닐 클로라이드(5 mL) 중에 용해한 다음, 그 반응 혼합물을 4 시간동안 환류가열 하였다. 과량의 티오닐 클로라이드를 감압 하에서 제거하고, 그리하여 형성된 산 클로라이드를 더 이상의 정제과정 없이 사용하였다. 3-(디메틸아미노)프로필-아민(250 ㎕, 2.471 mmol)을 THF(20 mL, 건조)에 용해하고, 거기에 NMM(250㎕, 2.472 mmol)을 부가하였다. 상기 산 클로라이드를 THF(5 mL, 건조)에 용해한 다음, 그것을 상기 아민 용액에 교반하면서 실온에서 적가하고, 교반을 밤새 실온에서 계속하였다. 용매를 감압 하에서 제거하고, 조생성물을 DCM(50 mL)에 용해시킨 다음, 탄산나트륨 수용액(물 25 mL 중의 Na2CO3 540 mg)으로 추출하였다. 유기층을 100:100:1 에틸아세테이트/메탄올/TFA를 이용하여 실리카겔 하에서 건조하여 필요한 생성물을 연한 황색 고체로서 수득하였다(Rf=0.15)(410 mg, 95% 수율). m.p. 72-73℃.
Figure 112004027279601-pct00030
(ⅳ) N-[3-(디메틸아미노)프로필]-1-이소펜틸-4-{[(1-이소펜틸-4-니트로-1H-피롤-2-일)카보닐]아미노}-1H-피롤-2-카르복사미드
N-[3-(디메틸아미노)프로필]-1-이소펜틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드(151 mg, 0.486 mmol; 상기 단계(ⅲ) 참조)를 에탄올(20 mL)중에 용해하였다. 그 반응 혼합물을 0℃로 냉각시킨 다음, Pd/C-10%(98 mg)를 그 반응 혼합물에 질소 하에서 부가하였다. 그런 다음, 그 반응 혼합물을 실온 및 대기압 하에서 4 시간동안 수소화 하였다. 촉매를 Kieselguhr로 제거하고, 용매를 50℃에서 감압 하에서 제거하여, 연한 황색의 오일로서 아민을 생성시키고 더 이상의 정제과정 없이 다음 단계에서 사용하였다. 1-이소펜틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복실산(100 mg, 0.441 mmol; 상기 단계(ⅱ) 참조)를 티오닐 클로라드(3 mL)에 용해시키고, 그 반응 혼합 물을 4 시간동안 환류 가열하였다. 과량의 티오닐 클로라이드를 50℃에서 감압 하에에서 제거하고, 그리하여 형성된 산 클로라이드를 더 이상의 정제과정 없이 사용하였다. 상기 아민을 THF(20 mL, 건조)에 용해하고, NMM(200 ㎕)를 실온에서 교반하면서 가하였다. 상기 산 클로라이드를 THF(15 mL, 건조)에 용해한 다음, 상기 아민 용액을 실온에서 교반하면서 적가하였다. 교반을 실온에서 밤새 계속하였다. 용매를 50℃에서 감압 하에서 제거한 다음, 조생성물을 DCM(50 mL)에 용해시킨 다음, 탄산나트륨 용액(물 20 mL 중의 Na2CO3 612 mg)으로 추출하였다. 유기층을 수집하고, 건조한 다음, 용매를 감압 하에서 제거하였다. 조생성물을 100:100:1 에틸아세테이트/메탄올/TEA를 이용하여 컬럼 크로마토그래피에 의해 정제하였다. 필요한 물질을 함유하는 분획을 수집한 다음, 용매를 감압 하에서 제거하고, n-헥산으로 공증류(co-evaporation)하여 순수한 생성물을 매끈한 황색 물질로서 수득하였다 Rf=0.34, (223 mg, 94% 수율), m.p.57-60℃ [Transparent].
Figure 112004027279601-pct00031
(v) N-[5-({[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-이소펜틸-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1-이소펜틸-1-H-피롤-3-일]-1-이소펜틸-4-니트로-1H-피롤- 2-카르복사미드
N-[3-(디메틸아미노)프로필]-1-이소펜틸-4-{[(1-이소펜틸-4-니트로-1H-피롤-2-일)카보닐]아미노}-1H-피롤-2-카르복사미드(200 mg, 0.410 mmol; 상기 단계(ⅳ) 참조)를 0℃ 에탄올(20 mL)중에 용해하였다. Pd/C-10%(164 mg)를 0℃에서 질소 하에서 그 반응 혼합물에 가하였다. 그 반응 혼합물을 실온 및 대기압 하에서 4 시간동안 수소화 하였다. 촉매를 Kieselguhr로 제거하고, 용매를 감압 하에서 제거하여 아민을 생성시키고, 그 아민을 더 이상의 정제과정 없이 다음 단계에서 사용하였다. 1-이소펜틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복실산(110 mg, 0.485 mmol; 상기 단계(ⅱ) 참조)를 티오닐 클로라드(3 mL)에 용해시키고, 그 반응 혼합물을 3 시간동안 환류 가열하였다. 과량의 티오닐 클로라이드를 감압 하에에서 제거하여 산 클로라이드를 생성시키고, 그것을 더 이상의 정제과정 없이 사용하였다. 그 산 클로라이드를 THF(20 mL, 건조)에 용해하고, NMM(200 ㎕)를 함유하는 THF(20 mL, 건조)에 용해된 상기 아민에 실온에서 교반하면서 가하였다. 실온에서 밤새 계속해서 교반한 다음, 용매를 50℃에서 감압 하에서 제거하였다. 잔사를 DCM(50 mL)에 용해하고, K2CO3(물 20 mL 중의 270 mg)로 추출하였다. 유기층을 MgSO4로 건조하고, 여과한 다음, 용매를감압 하에서 제거하였다. 조생성물을 100:100:1 에틸아세테이트/메탄올/TEA를 이용하여 컬럼 크로마토그래피에 의해 정제하여, 생성물을 황색의 매끈한 물질로서 수득하였다 (Rf=0.20), 223 mg, 82% 수율. M.p.110-115℃ [Transparent].
Figure 112004027279601-pct00032
Figure 112004027279601-pct00033
(ⅵ) N-[5-({[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-이소펜틸-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1-이소펜틸-1-H-피롤-3-일]-4-(포밀아미노)-1-이소펜틸-1H-피롤-2-카르복사미드
N-[5-({[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-이소펜틸-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1-이소펜틸-1-H-피롤-3-일]-1-이소펜틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드(119 mg, 0.178 mmol; 상기 단계(v) 참조)를 에탄올(20 mL)중에 용해하고, Pd/C-10%(104 mg)를 0℃에서 질소 하에서 교반하면서 가하였다. 그 반응 혼합물을 실온 및 대기압 하에서 3 시간동안 수소화 하였다. 촉매를 Kieselguhr로 제거한 다음, 에틸 포르메이트(15 mL)를 그 아민의 에탄올 용액에 부가하였다. 그 반응 혼합물을 4 시간동안 환류 가열하였다. 용매를 감압 하에서 제거하고, 조생성물을 에틸 아세테이트/메탄올/TEA(100:100:1)을 이용하여 실리카겔 크로마토그래피를 수행하였다. 생성물을 뚜렷한 녹는점이 없는 연한 갈색 고체로서 수득하였 다, Rf=0.15, (84 mg, 71%). 이러한 물질 중 일부를 HPLC로 더욱 정제하였다.
Figure 112004027279601-pct00034
실시예 6
N-[5-({[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-이소프로필-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-4-(포밀아미노)-1-이소프로필-1H-피롤-2-카르복사미드
(i) N-[3-(디메틸아미노)프로필]-1-이소프로필-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드
1-이소프로필아미노-4-니트로-1H-피롤-2-카르복실산(312 mg, 1.574 mmol; 상기 실시예 1의 (ⅲ) 참조)를 티오닐 클로라이드(5 mL)에 용해하고, 4 시간동안 환류 가열하였다. 과량의 티오닐 클로라이드를 50℃에서 감압 하에서 제거하여, 백색의 고체 물질로서 산 클로라이드를 생성시키고, 그 산 산 클로라이드를 더 이상의 정제과정 없이 사용하였다. 3-(디메틸아미노)프로필아민(250㎕)를 THF(20 mL, 건조)에 용해하고, 거기에 NMM(250 ㎕)를 실온에서 교반하면서 부가하였다. 산 클로라이드를 THF(5 mL, 건조) 중에 용해하고, 상기 아민 용액에 실온에서 교반하면 서 적가하였다. 그 반응 혼합물을 밤새 실온에서 교반하였다. 그 교반을 밤새 실온에서 계속한 다음, 용매를 50℃에서 감압 하에서 제거하였다. 조생성물을 K2CO3(25 mL, 10%) 및 DCM(2X50 mL)으로 추출하였다. 유기층을 수집하고, Na 2SO4로 건조하고, 여과한 다음, 감압 하에서 용매를 제거하였다. 연한 황색 오일로서 획득된 조생성물을 49.5:49.5:1% 메탄올/에틸아세테이트/TEA를 이용하여 실리카겔로 정제하여 순수한 생성물을 연한 황색의 오일로서 수득하였다, Rf=0.25, (400 mg, 90% 수율).
Figure 112004027279601-pct00035
(ⅱ) N-[5-({[3-(디메틸아미노)프로필아미노}카보닐)-1-이소프로필-1H-피롤-3-일]-1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드
N-[3-(디메틸아미노)프로필]-1-이소프로필-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드(120 mg, 0.425 mmol; 상기 단계(i) 참조)를 메탄올(25 mL) 중에 용해한 다음, 0℃에서 Pd/C 10%(52 mg)를 N2 하에 가하였다. 그 반응 혼합물을 실온 및 대기압 하에서 수소화 하였다. 촉매를 Kieselguhr로 제거하고, 용매를 40℃에서 감압 하에서 제거하였다. 이로 인해 아민(연한 황색 오일로서)이 생성되었으며, 그런 다음 그것을 DCM(25 mL, 건조)에 용해하였다. 1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복실산(90 mg, 0.529 mmol; Tetrahedron 56, 5225-5239 (2000))을 티오닐 클로라이드(4 mL) 중에 혀탁한 다음, 4 시간동안 환류 가열하였다. 과량의 티오닐 클로라이드를 40℃에서 감압 하에서 제거하였다. 그렇게 획득된 산 클로라이드를 DCM(25 mL, 건조)에 용해한 다음, 실온에서 교반하면서 상기 아민 용액에 적가하였다. 반응 혼합물을 밤새 실온에서 교반하면서 두었다. K2CO3 용액(물 10 mL 중의 232 mg)을 가하고, 혼합물을 DCM(3x25 mL)로 추출하였다. 유기층을 합하고, MgSO4로 건조하고, 여과한 다음, 용매를 감압 하에서 제거하였다. 조생성물을 실리카겔, 메탄올/에틸 아세테이트/TEA [1% TEA를 함유하는 1/3]을 이용하여 속성 크로마토그래피에 의해 정제하였다. 생성물을 미정질의 황색 고체로서 수득하였다(165 mg, 96%). m.p. 161-163℃
Figure 112004027279601-pct00036
(ⅲ) N-[5-({[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-이소프로필-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-1-이소프로필-4-니트로-1H-피 롤-2-카르복사미드
N-[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-이소프로필-1H-피롤-3-일]-1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드(160 mg, 0.395 mmol; 상기 단계(ⅱ) 참조)를 메탄올(25 mL)중에 현탁시키고, Pd/C-10%(112 mg)를 0℃에서 교반하면서 질소 하에서 부가하였다. 그 반응 혼합물을 4 시간동안 실온에서 감압 하에서 수소화 하였다. 촉매를 Kieselguhr로 제거하고, 용매를 40℃에서 감압 하에서 제거하여 아민을 생성시켰다. 1-이소프로필-4-니트로-1H-피롤-2-카르복실산(94 mg, 0.552 mmol; 실시예 1, 단계(ⅲ) 참조)을 티오닐 클로라이드(4 mL)에 용해하고 2 시간동안 환류 가열하였다. 과량의 티오닐 클로라이드를 40℃에서 감압 하에서 제거하고, 그리하여 형성된 산 클로라이드를 더 이상의 정제과정 없이 사용하였다. 상기 아민을 DCM(25 mL, 건조)에 용해하고, 거기에 TEA(40 ㎕, 건조)를 실온에서 교반하면서 가하였다. 산 클로라이드를 DCM(15 mL, 건조)에 용해한 다음, 그것을 상기 아민 용액에 실온에서 교반하면서 적가하였다. 교반을 밤새 계속하였다. Na2CO3 용액(물 5 mL 중의 280 mg)을 상기 반응 혼합물에 가하였다. 추출로부터 획득된 유기층을 합하고, MgSO4로 건조하고, 여과한 다음, 용매를 감압 하에서 제거하였다. 조생성물을 속성 크로마토그래피로 정제하였다. 실리카겔 및 메탄올/에틸 아세테이트/TEA[1% TEA 함유 1/3, Rf=0.1]를 이용하여, 황색의 고체로서 생성물을 수득하였다(152 mg, 69%), m.p. 148℃.
Figure 112004027279601-pct00037
Figure 112004027279601-pct00038
(ⅳ) N-[5-({[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-이소프로필-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-4-(포밀아미노)-1-이소프로필-1H-피롤-2-카르복사미드
N-[5-({[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-이소프로필-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-1-이소프로필-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드(150 mg, 0.291 mmol; 상기 단계(ⅲ) 참조)를 에탄올(15 mL)중에 용해하였다. 그 용액을 질소 하에서 0℃로 냉각한 다음, Pd/C-10%(120 mg)을 부가하였다. 그 반응 혼합물을 실온 및 대기압 하에서 4 시간동안 수소화 하였다. 촉매를 Kieselguhr로 제거한 다음, 에틸 포르메이트(20 mL)를 에탄올 용액에 부가하였다. 그 반응 혼합물을 밤새 환류 가열한 다음, 용매를 40℃에서 감압 하에 제거하였다. 생성물을 HPLC로 정제하여, 생성물을 뚜렷한 끓는점이 없는 백색의 고체 물질로서 생성시켰다(71 mg, 40% 수율).
Figure 112004027279601-pct00039
실시예 7
N-[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-2-({[4-(포밀아미노)-1-메틸-1H-피롤-2-일]카보닐}-아미노)-5-이소프로필-1,3-티아졸-4-카르복사미드
(i) N-[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-5-이소프로필-2-{[(1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-일)카보닐]아미노)-1,3-티아졸-4-카르복사미드
N-[3-(디메틸아미노)프로필]-1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드(270 mg, 1.062 mmol; Tetrahedron 56, 5225-5239 (2000) 참조)을 메탄올(25 mL)에 용해하고, 거기에 0℃에서 질소 하에서 교반하면서 Pd/C-10%(236 mg)를 부가하였다. 반응 혼합물을 실온 및 대기압에서 4 시간동안 수소화 하고 나서, 촉매를 Kieselguhr를 이용하여 제거한 다음, 용매를 감압 하에서 제거하여, 아민을 생성시켰다. 5-이소프로필-2-{[(1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-일)카보닐]아미노}-1,3-티아 졸-4-카르복실산(359 mg, 1.062 mmol; 실시예 3의 단계(ⅲ) 참조)을 DMF(4 mL, 건조)에 용해하고, 거기에 NMM(0.5 mL, 건조)를 가한 다음, HBTU(721 mg, 1.901 mmol)을 가하였다. 상기 아민을 DMF(2 mL, 건조)에 용해한 다음, 상기 반응 혼합물에 실온에서 교반하면서 부가하였다. 교반을 밤새 실온에서 계속하였다. NMM을 감압 하에서 제거하였다. 그 반응 혼합물을 에틸 아세테이트로 희석한 다음, 포화 NaHCO3를 교반하면서 가하였다. 유기층을 분리하고, MgSO4로 건조한 다음, 용매를 감압 하에서 제거하였다. 획득된 조생성물을 1:1:0.2 메탄올/에틸 아세테이트/TEA를 이용하여 실리카겔에서 크로마토그리피를 수행하였다. 생성물을 뚜렷한 녹는점이 없는 황색의 매끈한 물질로서 수득하였다(415 mg, 72% 수율).
Figure 112004027279601-pct00040
Figure 112004027279601-pct00041
(ⅱ) N-[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-2-({[4-(포밀아미노)-1-메틸-1H-피롤-2-일]카보닐}아미노)-5-이소프로필-1,3-티아졸-4-카르복사미드
N-[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-5-이 소프로필-2-{[(1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-일)카보닐]아미노)-1,3-티아졸-4-카르복사미드(137 mg, 0.252 mmol; 상기 단계(i) 참조)를 에탄올(15 mL)에 용해하고, Pd/C-10%(121 mg)를 질소 하에서 0℃에서 부가하였다. 그 반응 혼합물을 실온 및 대기압에서 2.5 시간동안 수소화 하였다. 그리고 나서, 촉매를 Kieselguhr를 이용하여 제거한 다음, 에틸 포르메이트(25 mL)를 에탄올 용액에 부가하였다. 그 반응 혼합물을 밤새 환류 가열한 다음, 용매를 감압 하에서 제거하고나서, 생성물을 HPLC로 정제하였다. 생성물을 동결건조한 후에, 뚜렷한 녹는점이 없는 백색 고체 물질로서 수득하였다(41 mg, 25% 수율) [TFA 염].
Figure 112004027279601-pct00042
실시예 8
4-({[4-(포밀아미노)-1-메틸-1H-피롤-2-일]카보닐}아미노)-1-이소프로필-N-[1-메틸-5-({[3-(4-몰폴리닐)프로필]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-1H-피롤-2-카르복사미드
(i) 1-이소프로필-N-[1-메틸-5-({[3-(4-몰폴리닐)프로필]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드
1-메틸-N-[3-(4-몰폴리닐)프로필]-4-니트로-2-카르복사미드(214 mg, 0.805 mmol; Tetrahedron 56, 5225-5239 (2000) 참조)을 메탄올(25 mL)에 용해하였다. 그 용액을 질소 하에서 0℃로 냉각한 다음, Pd/C-10%(192 mg)를 부가하였다. 반응 혼합물을 실온 및 대기압에서 3 시간동안 수소화 하였다. 촉매를 Kieselguhr를 이용하여 제거한 다음, 용매를 50℃에서 감압 하에서 제거하였다. 그렇게 형성된 아민을 DMF(2 mL, 건조)에 용해하고, 거기에 1-이소프로필-4-니트로-1H-피롤-2-카르복실산(160 mg, 0.805 mmol; 실시예 1의 단계(ⅲ) 참조)을 가한 다음, HBTU(610 mg, 1.608 mmol) 및 NMM(100 ㎕, 건조)을 가하였다. 추가의 양의 DMF(2 mL, 건조)를 실온에서 교반하면서 부가하고, 72 시간동안 계속하였다. 그 반응 혼합물을 교반하면서 에틸 아세테이트 및 NaHCO3 용액으로 희석하였다. 유기층을 분리하고, MgSO4로 건조하고, 여과한 다음, 용매를 감압 하에서 제거하였다. 조생성물을 1/3 메탄올/에틸아세테이트를 이용하여 속성 실리카겔 크로마토그래피를 수행하였다. 생성물을 함유하는 분획[Rf=0.3]을 수집하고, 용매를 50℃에서 감압 하에서 제거하였다. 생성물을 뚜렷한 녹는점이 없는 매끈한 황색 물질[흡습성]로서 수득하였다(260 mg, 73% 수율).
Figure 112004027279601-pct00043
Figure 112004027279601-pct00044
(ⅱ) 1-이소프로필-N-[1-메틸-5-({[3-(4-몰폴리닐)프로필]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-4-{[(1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-일)카보닐]아미노}-1H-피롤-2-카르복사미드
1-이소프로필-N-[1-메틸-5-({[3-(4-몰폴리닐)프로필]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드(250 mg, 0.560 mmol; 상기 단계 (i) 참조)을 N2 하에서 0℃에서 용해하였다. Pd/C-10%(220 mg)를 가하고, 그 반응 혼합물을 3.5 시간동안 수소화 하였다. 촉매를 Kieselguhr를 이용하여 제거한 다음, 용매를 감압 하에서 제거하였다. 그렇게 형성된 아민을 DMF(2 mL, 건조)에 용해하고, 거기에 NMM(100 ㎕, 건조)을 가한 다음, 실온에서 교반하면서 HBTU(425 mg, 1.069 mmol) 및 1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복실산(95 mg, 0.560 mmol; Tetrahedron 56, 5225-5239 (2000) 참조)을 가하였다. 교반을 밤새 계속하였다. 그 반응 혼합물을 에틸 아세테이트 및 NaHCO3 포화용액으로 희석하였다. 유기층을 분리하고, MgSO4로 건조하고, 여과하였다. 용매를 감압 하에서 제거하고, 조생성물을 1:3:0.1 메탄올:에틸아세테이트:TEA를 이용하여 속성 실리카겔 크로마토그래피를 수행하였다. 순수한 물질을 함유하는 분획[Rf=0.3]을 수집하고, 용매를 40℃에서 감압 하에서 제거하여, 생성물을 뚜렷한 녹는점이 없는 반고형의 매끈한 황색 물질로서 수득하였다(170 mg, 53% 수율).
Figure 112004027279601-pct00045
Figure 112004027279601-pct00046
(ⅲ) 4-({[4-(포밀아미노)-1-메틸-1H-피롤-2-일]카보닐}아미노)-1-이소프로필-N-[1-메틸-5-({[3-(4-몰폴리닐)프로필]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-1H-피롤-2-카르복사미드
1-이소프로필-N-[1-메틸-5-({[3-(4-몰폴리닐)프로필]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-4-{[(1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-일)카보닐]아미노}-1H-피롤-2-카르복사미드(160 mg, 0.282 mmol; 상기 단계(ⅱ) 참조)를 에탄올(25 mL)에 용해하고, Pd/C-10%(150 mg)를 교반하면서 질소 하에서 0℃에서 부가하였다. 그 반응 혼합물을 실온 및 대기압에서 2 시간동안 수소화 하였다. 촉매를 Kieselguhr를 이용하여 제거하였다. 에틸 포르메이트(25 mL)를 그 에탄올 용액에 부가한 다음, 그 반응 혼합물을 밤새 환류 가열하였다. 에탄올 및 과량의 에틸 포르메이트를 감압 하에서 제거하고, 조생성물을 HPLC로 정제하여 필요한 생성물을 뚜렷한 녹는점이 없는 백색 고체로서 수득하였다(40.1 mg, 21% 수율) .
Figure 112004027279601-pct00047
실시예 9
4-(포밀아미노)-N-[1-이소프로필-5-({[1-메틸-5-({[3-(1-피롤리디닐)프로필]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-1-메틸-1H-피롤-2-카르복사미드
(i) 1-메틸-4-니트로-N-[3-(1-피롤리디닐)프로필]-1H-피롤-2-카르복사미드
3-(1-피롤리디노)피로필아민(236 mg, 1.842 mmol(Lancaster Synthesis Ltd.))을 THF(25 mL, 건조)에 용해하고, 거기에 THF(2 mL, 건조) 중의 2,2,2-트리클로로-1-(1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-일)에탄온 용액(508 mg, 1.842 mmol; Tetrahedron 56, 5225-5239 (2000) 참조)을 교반하면서 실온에서 가하였다. 반응 혼합물을 밤새 실온에서 교반하였다. 용매를 감압 하에서 제거하고, 조생성물을 49.5:49.5:1 에틸 아세테이트/메탄올/TEA를 이용하여 컬럼 크로마토그래피로 정제하였다. 생성물을 매끈한 황색의 고체로서 수득하였다, Rf=0.1(503 mg, 98% 수율), m.p. 113-115℃.
Figure 112004027279601-pct00048
(ⅱ) 1-이소프로필-N-[1-메틸-5-({[3-(1-피롤리디닐)프로필]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드
1-메틸-4-니트로-N-[3-(1-피롤리디닐)프로필]-1H-피롤-2-카르복사미드(227 mg, 0.811 mmol; 상기 단계(i) 참조)을 메탄올(25 mL)에 용해하고, 교반하면서 질소 하에서 Pd/C-10%(160 mg)을 0℃에서 가하였다. 그 반응 혼합물을 2 시간동안 실온 및 대기압 하에서 수소화하였다. 촉매를 Kieselguhr을 이용하여 제거하고, 용매를 40℃에서 감압 하에서 제거하여 아민을 생성시켰다. 1-이소프로필-4-니트로-1H-피롤-2-카르복실산(161 mg, 0.811 mmol; 실시예 1의 단계(ⅲ) 참조)을 DMF(1 mL, 건조)에 용해하고, 거기에 HBTU(615 mg, 1.622 mmol) 및 NMM(100 ㎕, 건조)을 가하였다. 상기 아민을 DMF(2 mL, 건조)에 용해하고, 실온에서 교반하면서 상기 반응 혼합물에 가하였다. 교반을 밤새 실온에서 계속하였다. 그 반응 혼합물을 에틸 아세테이트 및 포화 탄산수소나트륨 용액으로 희석하였다. 유기층을 분리하고, 황산마그네슘으로 건조하고, 여과한 다음, 용매를 감압 하에서 제거하였다. 생성물을 1/2/0.1 메탄올/에틸아세테이트/TEA를 이용하여 컬럼 크로마토그래피로 정제하였다. 생성물을 뚜렷한 녹는점이 없는 황색 물질로서 수득하였다(300 mg, 86% 수율). 이 물질의 일부를 HPLC로 더욱 정제 하였다.
Figure 112004027279601-pct00049
(ⅲ) N-[1-이소프로필-5-({[1-메틸-5-({[3-(1-피롤리디닐)프로필]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드
1-이소프로필-N-[1-메틸-5-({[3-(1-피롤리디닐)프로필]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드(300 mg, 0.697 mmol; 상기 단계(ⅱ) 참조)을 메탄올(25 mL)에 용해하고, 교반하면서 질소 하에서 Pd/C-10%(235 mg)을 0℃에서 가하였다. 그 반응 혼합물을 3 시간동안 실온 및 대기압 하에서 수소화하였다. 촉매를 Kieselguhr을 이용하여 제거하고, 용매를 40℃에서 감압 하에서 제거하여 아민을 생성시켰다. 1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복실산(119 mg, 0.699 mmol; Tetrahedron 56, 5225-5239 (2000) 참조)을 DMF(2 mL, 건조)에 용해하고, 거기에 HBTU(529 mg, 1.394 mmol) 및 NMM(100 ㎕, 건조)을 가하였다. 상기 아민을 DMF(2 mL, 건조)에 용해하고, 실온에서 교반하면서 상기 반응 혼합물에 가하였다. 교반을 밤새 실온에서 계속하였다. 그 반응 혼합물을 에틸 아세테이트 및 포화 탄 산수소나트륨 용액으로 희석하였다. 유기층을 분리하고, 황산마그네슘으로 건조하고, 여과한 다음, 용매를 감압 하에서 제거하였다. 생성물을 1/2/0.1 메탄올/에틸아세테이트/TEA를 이용하여 컬럼 크로마토그래피로 정제하였다. 생성물을 뚜렷한 녹는점이 없는 황색 물질로서 수득하였다(239 mg, 62% 수율). 이 물질의 일부를 HPLC로 더욱 정제하였다.
Figure 112004027279601-pct00050
(ⅳ) 4-(포밀아미노)-N-[1-이소프로필-5-({[1-메틸-5-({[3-(1-피롤리디닐)프로필]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-1-메틸-1H-피롤-2-카르복사미드
N-[1-이소프로필-5-({[1-메틸-5-({[3-(1-피롤리디닐)프로필]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드(224 mg, 0.406 mmol; 상기 단계(ⅲ) 참조)을 에탄올(25 mL)에 용해하고, 교반하면서 질소 하에서 Pd/C-10%(224 mg)을 0℃에서 가하였다. 그 반응 혼합물을 2.5 시간동안 실온 및 대기압 하에서 수소화하였다. 촉매를 Kieselguhr을 이용하여 제거하였다. 에틸 포르메이트(15 mL)를 상기 에탄올 용액에 가한 다음, 그 반응 혼 합물을 밤새 환류 가열하였다. 에탄올 및 과량의 에틸 포르메이트를 감압 하에서 제거하고, 조생성물을 HPLC로 정제하여 필요한 물질을 뚜렷한 녹는점이 없는 백색의 고체로서 수득하였다(42.7 mg, 16% 수율).
Figure 112004027279601-pct00051
실시예 10
N-[5-({[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1-이소펜틸-1H-피롤-3-일]-4-(포밀아미노)-1-메틸-1H-피롤-2-카르복사미드
(i) N-[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-1-이소펜틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드
N-[3-(디메틸아미노)프로필]-1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드(253 mg, 0.995 mmol; Tetrahedron 56, 5225-5239 (2000) 참조)을 메탄올(25 mL)에 용해하고, 거기에 Pd/C-10%(162 mg)를 질소 하에서 0℃에서 부가하였다. 그 반응 혼합물을 4 시간동안 수소화 하였다. 촉매를 Kieselguhr를 이용하여 제거한 다음, 용 매를 50℃에서 감압 하에서 제거하여 아민을 생성시켰다. 1-이소펜틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복실산(228 mg, 1.005 mmol; Soviet Journal of Bioorganic Chemistry (English translation) 4, 780-790 (1978)에 기재된 방법에 따라 제조)을 티오닐 클로라이드(4 mL)에 용해하고, 그 반응 혼합물을 4 시간동안 환류 가열하였다. 과량의 티오닐 클로라이드를 감압 하에서 제거하고, 그리하여 형성된 산 클로라이드를 DCM(10 mL, 건조)에 용해하였다. 상기 아민을 DCM(10 mL, 건조)에 용해하고, 교반하면서 실온에서 NMM(200 ㎕, 건조)를 부가하였다. 상기 산 클로라이드 용액을 교반하면서 실온에서 상기 아민 용액에 적가하였다. 교반을 밤새 실온에서 계속하였다. 그 반응 혼합물을 DCM(25 mL) 및 탄산수소나트륨 포화용액(25 mL)으로 희석하였다. 추출 후, 유기층을 수집하고, 황산마그네슘으로 건조하고, 여과한 다음, 용매를 감압 하에서 제거하였다. 생성물을 1/3/0.030 메탄올/에틸 아세테이트/TEA를 이용하여 컬럼 크로마토그래피로 정제하였다. 생성물을 함유하는 분획[Rf=0.2]을 수집하고, 용매를 50℃에서 감압 하에서 제거하여, 생성물을 황색의 분말로서 수득하였다(347 mg, 81% 수율). m.p. 148-151℃.
Figure 112004027279601-pct00052
(ⅱ) N-[5-({[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1-이소펜틸-1H-피롤-3-일]-1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드
N-[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-1-이소펜틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드(335 mg, 0.775 mmol; 상기 단계 (i) 참조)을 메탄올(25 mL)에 용해하고, 질소 하에서 0℃에서 Pd/C-10%(213 mg)를 가하였다. 그 반응 혼합물을 5 시간동안 수소화 하였다. 촉매를 Kieselguhr를 이용하여 제거한 다음, 용매를 50℃에서 감압 하에서 제거하여 아민을 생성시켰다. 1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복실산(210 mg, 1.234 mmol; Tetrahedron 56, 5225-5239 (2000) 참조)을 티오닐 클로라이드(3 mL)에 용해하고, 그 반응 혼합물을 5 시간동안 환류 가열하였다. 과량의 티오닐 클로라이드를 감압 하에서 제거하고, 그리하여 형성된 산 클로라이드를 DCM(10 mL, 건조)에 용해하였다. 상기 아민을 DCM(10 mL, 건조)에 용해하고, 교반하면서 실온에서 NMM(200 ㎕)을 부가하였다. 상기 산 클로라이드 용액을 상기 아민 용액에 실온에서 교반하면서 적가하였다. 교반을 밤새 실온에서 계속하였다. 그 반응 혼합물을 DCM(25 mL) 및 탄산수소나트륨 포화용액(25 mL)으로 희석하였다. 추출 후, 유기층을 수집하고, 황산마그네슘으로 건조하고, 여과한 다음, 용매를 감압 하에서 제거하였다. 생성물을 1/3/0.030 메탄올:에틸 아세테이트:TEA를 이용하여 컬럼 크로마토그래피로 정제하였다. 생성물을 함유하는 분획(Rf=0.2)을 수집하고, 용매를 50℃에서 감압 하에서 제거하여, 황색 고체 물질로서 수득하였다(335 mg, 78% 수율), m.p. 110-115℃[투명].
Figure 112004027279601-pct00053
Figure 112004027279601-pct00054
(ⅲ) N-[5-({[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1-이소펜틸-1H-피롤-3-일]-4-(포밀아미노)-1-메틸-1H-피롤-2-카르복사미드
N-[5-({[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1-이소펜틸-1H-피롤-3-일]-1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드(89 mg, 0.160 mmol; 상기 단계(ⅱ) 참조)를 에탄올(25 mL)에 용해하고, Pd/C-10%(95 mg)를 교반하면서 질소 하에서 0℃에서 부가하였다. 그 반응 혼합물을 실온 및 대기압에서 2 시간동안 수소화 하였다. 촉매를 Kieselguhr를 이용하여 제거하였다. 에틸 포르메이트(25 mL)를 그 에탄올 용액에 부가한 다음, 그 반응 혼합물을 밤새 환류 가열하였다. 에탄올 및 과량의 에틸 포르메이트를 감압 하에서 제거하고, 조생성물을 HPLC로 정제하여 필요한 생성물을 뚜렷한 녹는점이 없는 연한 황색 고체로서 수득하였다(37.4 mg, 35% 수율).
Figure 112004027279601-pct00055
실시예 11
2-(아세틸아미노)-N-[5-({[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-5-이소프로필-1,3-티아졸-4-카르복사미드
(i) 메틸 2-(아세틸아미노)-5-이소프로필-1,3-티아졸-4-카르복실레이트
메틸 2-아미노-5-이소프로필-1,3-티아졸-4-카르복실레이트(500 mg, 2.497 mmol; 실시예 3 단계 (i) 참조)를 DCM(10 mL, 건조)에 용해하고, 실온에서 교반하면서 NMM(300 ㎕, 건조)를 가하였다. 아세틸 클로라이드(300 ㎕, 330 mg, 4.204 mmol)을 상기 반응 혼합물에 교반하면서 적가하였다. 실온에서 밤새 교반을 계속하였다. 함수 (25 mL)를 상기 반응 혼합물에 가한 다음, 생성물을 DCM(2x50 mL)로 추출하였다. 유기층을 합하고, MgSO4로 건조하고, 여과한 다음, 용매를 감압 하에서 제거하여 조생성물을 생성시키고, 그것을 1/1 에틸 아세테이트/n-헥산을 이용하 여 실리카겔로 컬럼 크로마토그래피에 의해 정제하였다[Rf=0.22]. 생성물을 백색의 미세한 침상 물질로서 수득하였다(432 mg, 72% 수율), m.p. 170-172℃.
Figure 112004027279601-pct00056
(ⅱ) 2-(아세틸아미노)-5-이소프로필-1,3-티아졸-4-카르복실산
메틸 2-(아세틸아미노)-5-이소프로필-1,3-티아졸-4-카르복실레이트(242 mg, 1.00 mmol; 상기 단계 (i) 참조)를 에탄올(10 mL)에 용해하고, 거기에 에탄올 중의 수산화나트륨 용액[0.5 M, 10 mL]을 가하였다. 그 반응 혼합물을 30분동안 환류 가열한 다음, 0℃로 냉각하고, pH 2가 될 때까지 교반하면서 d-HCl을 가하였다. 물(50 mL)를 가하고, 백색 침전을 여과한 다음, 45℃ 감압 하에서 밤새 건조하였다. 생성물을 미정질의 백색 고체로서 수득하였다(166 mg, 73% 수율), m.p.>230℃.
Figure 112004027279601-pct00057
(ⅲ) 2-(아세틸아미노)-N-[5-({[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-5-이소프로필-1,3- 티아졸-4-카르복사미드
N-[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드(105 mg, 0.279 mmol; Tetrahedron 56, 5225-5239 (2000) 참조)을 메탄올(25 mL)에 용해하였다. 그 용액을 질소 하에서 0℃로 냉각한 다음, Pd/C-10%(82 mg)를 부가하였다. 그 반응 혼합물을 3 시간동안 실온 및 대기압 하에서 수소화 하였다. 촉매를 Kieselguhr를 이용하여 제거한 다음, 용매를 50℃에서 감압 하에서 제거하였다. 그리하여 형성된 아민을 DMF(2 mL, 건조)에 용해하고, 거기에 2-(아세틸아미노)-5-이소프로필-1,3-티아졸-4-카르복실산(96 mg, 0.418 mmol; 상기 단계(ⅱ) 참조)을 가한 다음, HBTU(211 mg, 0.556 mmol) 및 NMM(300㎕, 건조)을 가하였다. 그 반응 혼합물을 밤새 실온에서 교반한 다음, 에틸 아세테이트 및 탄산수소나트륨 용액으로 교반하면서 희석하였다. 유기층을 분리하고, 황산마그네슘으로 건조하고, 여과한 다음, 용매를 감압 하에서 제거하였다. 생성물을 HPLC에 의해 정제하여, 순수한 물질을 뚜렷한 녹는점이 없는 백색의 고체로서 수득하였다(71.3 mg, 38% 수율).
Figure 112004027279601-pct00058
Figure 112004027279601-pct00059
실시예 12
2-(아세틸아미노)-N-[5-({[4-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-5-이소프로필-1,3-티아졸-2-일]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-5-이소프로필-1,3-티아졸-4-카르복사미드
N-[3-(디메틸아미노)프로필]-5-이소프로필-2-{[(1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-일)카보닐]아미노}-1,3-티아졸-4-카르복사미드(100 mg, 0.236 mmol; 실시예 3의 단계(ⅳ) 참조)을 메탄올(25 mL)에 용해하였다. 그 용액을 질소 하에서 0℃로 냉각한 다음, Pd/C-10%(82 mg)를 부가하였다. 그 반응 혼합물을 3 시간동안 실온 및 대기압 하에서 수소화 하였다. 촉매를 Kieselguhr를 이용하여 제거한 다음, 용매를 50℃에서 감압 하에서 제거하였다. 그리하여 형성된 아민을 DMF(2 mL, 건조)에 용해하고, 거기에 2-(아세틸아미노)-5-이소프로필-1,3-티아졸-4-카르복실산(64 mg, 0.356 mmol; 상기 실시예 11의 단계(ⅱ) 참조)을 가한 다음, HBTU(135 mg, 0.356 mmol) 및 NMM(200㎕, 건조)을 가하였다. 그 반응 혼합물을 밤새 실온에서 교반한 다음, 에틸 아세테이트 및 탄산수소나트륨 용액으로 교반하면서 희석하였다. 유기층을 분리하고, 황산마그네슘으로 건조하고, 여과한 다음, 용매를 감압 하에서 제거하였다. 생성물을 HPLC에 의해 정제하여, 순수한 물질을 뚜렷한 녹는점이 없는 백색의 고체로서 수득하였다(78.8 mg, 47% 수율).
Figure 112004027279601-pct00060
Figure 112004027279601-pct00061
실시예 13
2-(아세틸아미노)-N-[5-{[(3-{[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}-3-옥소-프로필)아미노]카보닐}-1-메틸-1H-피롤-3-일)-5-이소프로필-1,3-티아졸-4-카르복사미드
Boc-BALa-PAM 레진(100-200 메쉬의 100 mg(Novabiochem))의 샘플을 10 개의 각각의 바이얼에 넣고, 각각에 DCM(0.5 mL, 건조)를 가하였다. 그런 다음, DCM(3 mL, 건조) 중의 TFA(80 %)를 각각의 바이얼에 부가하였다. 반응을 질소 하에서 수행하고, 그 반응 혼합물을 15 분간 교반하였다. 그 후, 용매를 따라내고, 레진을 DMF(2x2 mL, 건조)로 세척한 다음, 5 분동안 교반하고 나서 따라내었다. 4-[(t-부톡시카보닐)아미노]-1-메틸-1H-피롤-2-카르복실산(180 mg, 0.750 mmol; J.Med. Chem. 46(17), 3492-3497(1981) 참조)을 DMF(15 mL, 건조)에 용해한 다음, 이 용액 1.5 mL를 각각의 바이얼에 부가하였다. HBTU(284 mg, 0.748 mmol)을 DMF(15 mL, 건조)에 용해한 다음, 이 용액 (1.5 mL)를 각각의 바이얼에 가한 후, 디이소프로필에틸아민(0.5 ml, 건조)를 가하였다. 교반을 30 분동안 계속한 다음, 용매 및 시약을 따라 내었다. DCM(3 mL, 건조) 중의 TFA(80%)를 각각의 바이얼에 가하였다. 그 반응 혼합물을 15 분 더 교반하였다. 용매를 따라낸 다음, 레진을 DMF(2 x 2 mL, 건조)로 세척하고, 5 분동안 교반한 다음 따라 내었다. 2-(아세틸아미노)-5-이소프로필-1,3-티아졸-4-카르복실산(171 mg, 0.750 mmol; 상기 실시예 11의 단계 (ⅱ) 참조)을 DMF(15 mL, 건조)에 용해한 다음, 이 용액 (1.5 mL)를 각각의 바이얼에 가하였다. HBTU(284 mg, 0.748 mmol)을 DMF(15 mL, 건조)에 용해한 다음, 이 용액 1.5 mL를 각각의 바이얼에 가한 다음, 디이소프로필에틸아민(0.5 mL, 건조)를 각각의 바이얼에 가하였다. 30 분동안 교반을 계속한 다음, 용매 및 시약을 따라내었다. 각각의 바이얼 내의 레진을 연속해서 DMF(3 mL, 건조)로 5 분동안 교반하면서 세척하고, 따라낸 다음, DCM(3 mL, 건조)을 가하고, 다시 따라내고, 최종적으로 THF(3 mL, 건조)로 세척한 다음 다시 따라내었다. 각각의 바이얼에 THF(3 mL, 건조)를 가한 다음, 3-(디메틸아미노)-프로필아민(0.5 mL, 건조)를 가하였다. 교반을 55℃에서 밤새 계속한 다음, 용매를 여과하였다. 합한 여액을 수집하고, 용매 및 시약을 감압 하에서 제거하여, 조생성물을 갈색의 오일로서 생성시켰다. 이 물질을 HPLC로 더욱 정제하고, 필요한 물질을 함유하는 분획을 동결건조 하였다. 순수한 생성물을 뚜렷한 녹는점이 없는 백색의 고체로서 수득하였다(92 mg, 20% 수율).
Figure 112004027279601-pct00062
실시예 14
N 1 ,N 3 -비스(2-{[5-({[4-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-5-이소프로필-1,3-티아졸-2-일]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-아미노}-2-옥소에틸)이소프탈아미드
N-[3-(디메틸아미노)프로필]-5-이소프로필-2-{[(1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-일)카보닐]아미노}-1,3-티아졸-4-카르복사미드(100 mg, 0.236 mmol; 실시예 3의 단계(ⅳ) 참조)을 메탄올(25 mL)에 용해하였다. 그 용액을 질소 하에서 0℃로 냉각한 다음, Pd/C-10%(86 mg)를 부가하였다. 그 반응 혼합물을 5 시간동안 실온 및 대기압 하에서 수소화 하였다. 촉매를 Kieselguhr를 이용하여 제거한 다음, 용매를 50℃에서 감압 하에서 제거하였다. 그리하여 형성된 아민을 DMF(2 mL, 건조)에 용해하고, 거기에 [3-{[(카르복시메틸)아미노]카보닐}벤조일)아미노]아세트산(33 mg, 0.118 mmol; J. Med. Chem. 43, 3257-3266(2000) 참조)을 가한 다음, HBTU(270 mg, 0.710 mmol) 및 NMM(300 ㎕, 건조)를 가하였다. 추가 양의 DMF(2 mL, 건조)를 실온에서 교반하면서 부가하고, 교반을 72 시간동안 계속하였다. 그 반응 혼합물 을 에틸 아세테이트/메탄올(40 mL/ 10 mL) 및 함수로 교반하면서 희석하였다. 추출 후, 유기층을 수집하고, 감압 하에서 용매를 제거하였다. 생성물을 HPLC로 정제하고, 원하는 물질을 함유하는 분획을 동결건조하였다. 생성물을 뚜렷한 녹는점이 없는 백색의 고체 물질로서 수득하였다(25 mg, 16% 수율).
Figure 112004027279601-pct00063
실시예 15
하기 화합물은 상기 방버과 유사한 방법으로 제조하였다:
N-[5-({[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1-이소프로필-1H-피롤-3-일]-4-(아세틸아미노)-1-메틸-1H-피롤-2-카르복사미드; 및
N-[5-({[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1-이소펜틸-1H-피롤-3-일]-4-(아세틸아미노)-1-메틸-1H-피롤-2-카르복사미드.
실시예 16
N 2 ,N 5 -비스[5-({[4-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-5-이소프로필 -1,3-티아졸-2-일]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-1H-인돌-2,5-디카르복사미드
N-[3-(디메틸아미노)프로필]-5-이소프로필-2-{[(1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-일)카보닐]아미노}-1,3-티아졸-4-카르복사미드(122 mg, 0.284 mmol; 실시예 3의 단계(ⅳ) 참조) 및 Pd/C-10%(110 mg)을 메탄올(20 mL) 중에 현탁하고, 2.5 시간동안 실온에서 수소화 하였다. 질소 하에서 Kieselguhr를 이용하여 촉매를 제거한 다음, 용매를 감압 하에서 제거하여 아민을 회색이 도는 백색의 고체로서 생성시키고, 그것을 더 이상의 정제과정 없이 사용하였다. 인돌-2,5-디카르복실산(29 mg, 0.142 mmol; 표준 문헌 방법(H.G. Lindwall 및 G.J.Mantell J. Org. Chem. 18, 345-356(1593)에 따라 제조)을 DMF(0.5 mL, 건조)에 용해하고, 거기에 DMF(1 mL, 건조) 중의 HBTU(107 mg, 0.284 mmol) 및 NMM(0.2 mL, 건조) 용액을 실온에서 교반하면서 부가하였다. 교반을 30 분동안 계속하였다. 이 혼합물을 상기 아민에 실온에서 교반하면서 가하고, 교반을 밤새 실온에서 계속한 다음, HPLC로 정제하여 원하는 물질을 뚜렷한 녹는점이 없는 비스-TFA 염으로서 수득하였다(32 mg, 23% 수율).
Figure 112004027279601-pct00064
실시예 17
N 2 ,N 5 -비스[1-이소펜틸-5-({[1-메틸-5-({[3-(4-몰폴리닐)프로필]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-1H-인돌-2,5-디카르복사미드
1-이소펜틸-N-[1-메틸-5-({[3-(4-몰폴리닐)프로필]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드(120 mg, 0.25 mmol; 하기 실시예 30의 단계(i) 참조) 및 Pd/C-10%(110 mg)을 메탄올(20 mL)에 현탁하고, 2.5 시간동안 실온에서 수소화 하였다. 질소 하에서 Kieselguhr를 이용하여 촉매를 여과한 다음, 용매를 감압 하에서 제거하여 아민을 회색이 도는 백색의 고체로서 생성시키고, 그것을 더 이상의 정제과정 없이 사용하였다. 인돌-2,5-디카르복실산(26 mg, 0.125 mmol; 상기 실시예 16 참조)을 DMF(0.5 mL, 건조)에 용해하고, 거기에 DMF(1 mL, 건조) 중의 HBTU(137 mg, 0.36 mmol) 및 NMM(0.2 mL, 건조) 용액을 실온에서 교반하면서 부가하였다. 교반을 실온에서 30 분동안 계속하였다. 이 혼합물을 상기 아민에 실온에서 교반하면서 가하고, 교반을 밤새 실온에서 계속한 다음, HPLC로 정제하여 원하는 물질을 뚜렷한 녹는점이 없는 비스-TFA 염으로서 수득하였다(15 mg, 12% 수율).
Figure 112004027279601-pct00065
실시예 18
N 2 ,N 5 -비스[5-({[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메필-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1-이소펜틸-1H-피롤-3-일]-1H-인돌-2,5-디카르복사미드
N-[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메필-1H-피롤-3-일]-1-이소펜틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드(110 mg, 0.25 mmol; 상기 실시예 10의 단계(i) 참조) 및 Pd/C-10%(110 mg)을 메탄올(20 mL)에 현탁하고, 2.5 시간동안 실온에서 수소화 하였다. 질소 하에서 Kieselguhr를 이용하여 촉매를 여과한 다음, 용매를 감압 하에서 제거하여 아민을 회색이 도는 백색의 고체로서 생성시키고, 그것을 더 이상의 정제과정 없이 사용하였다. 인돌-2,5-디카르복실산(26 mg, 0.125 mmol)을 DMF(0.5 mL, 건조)에 용해하고, 거기에 DMF(1 mL, 건조) 중의 HBTU(137 mg, 0.36 mmol) 및 NMM(0.2 mL, 건조) 용액을 실온에서 교반하면서 부가하였다. 교반을 실온에서 30 분동안 계속하였다. 이 혼합물을 상기 아민에 실온에서 교반하면서 가하고, 교반을 밤새 실온에서 계속한 다음, HPLC로 정제하여 원하는 물질을 뚜렷한 녹는점이 없는 비스-TFA 염으로서 수득하였다(36 mg, 30% 수율).
Figure 112004027279601-pct00066
실시예 19
N 2 ,N 5 -비스[1-이소펜틸-5-({[1-메틸-5-({[3-(4-메틸-1-피페라지닐)-프로필]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-1H-인돌-2,5-디카르복사미드
1-이소펜틸-N-[1-메틸-5-({[3-(4-메틸-1-피페라지닐)프로필]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드(122 mg, 0.25 mmol; 하기 실시예 29의 단계(i) 참조) 및 Pd/C-10%(110 mg)을 메탄올(20 mL)에 현탁하고, 2.5 시간동안 실온에서 수소화 하였다. 질소 하에서 Kieselguhr를 이용하여 촉매를 여과한 다음, 용매를 감압 하에서 제거하여 아민을 회색이 도는 백색의 고체로서 생성시키 고, 그것을 더 이상의 정제과정 없이 사용하였다. 인돌-2,5-디카르복실산(26 mg, 0.125 mmol)을 DMF(0.5 mL, 건조)에 용해하고, 거기에 DMF(1 mL, 건조) 중의 HBTU(137 mg, 0.36 mmol) 및 NMM(0.2 mL, 건조) 용액을 실온에서 교반하면서 부가하였다. 교반을 실온에서 30 분동안 계속하였다. 이 혼합물을 상기 아민에 실온에서 교반하면서 가하고, 교반을 밤새 실온에서 계속한 다음, HPLC로 정제하여 원하는 물질을 뚜렷한 녹는점이 없는 비스-TFA 염으로서 수득하였다(17 mg, 13% 수율).
Figure 112004027279601-pct00067
실시예 20
2-({[4-({[4-(아세틸아미노)-1-메틸-1H-이미다졸-2-일]카보닐}아미노)-1-메틸-1H-피롤-2-일]카보닐}아미노)-N-[3-(디메틸아미노)프로필]-5-이소프로필-1,3-티아졸-4-카르복사미드
N-[3-(디메틸아미노)프로필]-5-이소프로필-2-{[(1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-일)카보닐]아미노}-1,3-티아졸-4-카르복사미드(105 mg, 0.25 mmol; 상기 실시예 3의 단계(ⅳ) 참조) 및 Pd/C-10%(100 mg)을 메탄올(20 mL)에 현탁하고, 2.5 시간동 안 실온에서 수소화 하였다. 질소 하에서 Kieselguhr를 이용하여 촉매를 여과한 다음, 용매를 감압 하에서 제거하여 아민을 회색이 도는 백색의 고체로서 생성시키고, 그것을 더 이상의 정제과정 없이 사용하였다. 4-아세트아미도-1-메틸-2-이미다졸카르복실산 나트륨염(120 mg, 0.7 mmol; 표준 문헌 방법(Tao, Z.; Fujiwara, t.; Saito, I.; Sugiyama, H. Angew. Chem. Int. Ed. EN 38(5), 650-653 (1999))에 따라 제조)을 DMF(0.5 mL, 건조)에 용해하고, 거기에 DMF(1 mL, 건조) 중의 HBTU(137 mg, 0.36 mmol) 및 NMM(0.2 mL, 건조) 용액을 실온에서 교반하면서 부가하였다. 교반을 실온에서 30 분동안 계속하였다. 이 혼합물을 상기 아민에 실온에서 교반하면서 가하고, 교반을 밤새 실온에서 계속한 다음, HPLC로 정제하여 원하는 물질을 뚜렷한 녹는점이 없는 비스-TFA 염으로서 수득하였다(30 mg, 22% 수율).
Figure 112004027279601-pct00068
실시예 21
4-(아세틸아미노)-N-[1-이소펜틸-5-({[1-메틸-5-({[3-(4-메틸-1-피페라지닐)프로필]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-1-메틸-1H-피롤-2-카르복사미드
N-[1-이소펜틸-5-({[1-메틸-5-({[3-(4-메틸-1-피페라지닐)프로필]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드(186 mg, 0.305 mmol; 하기 실시예 29(ⅱ) 참조)를 질소 하에서 0℃에서 교반하면서 메탄올에 용해하고, Pd/C-10%(136 mg)을 부가하였다. 그 반응 혼합물을 3 시간동안 실온 및 대기압 하에서 수소화 하였다. 촉매를 Kieselguhr를 이용하여 제거한 다음, 용매를 감압 하에서 제거하였다. 그리하여 형성된 아민을 디클로로메탄(10 mL)에 용해하고, 그 용액을 절반으로 나누었다. 그 중 제 1 절반에 아세틸클로라이드(12 mg, 12㎕, 0.153 mmol)를 실온에서 교반하면서 적가 하였다. 교반을 밤새 실온에서 계속하였다. 용매를 감압 하에서 제거하고, 그리하여 형성된 조 생성물을 0.1% TFA를 함유하는 소량의 아세토니트릴/물에 용해하고, HPLC로 정제하였다. 순수한 물질을 함유하는 분획을 합하고 동결건조하여, 생성물을 뚜렷한 녹는점이 없는 회색이 도는 백색의 고체 물질로서 수득하였다(45.5 mg, 40% 수율).
Figure 112004027279601-pct00069
실시예 22
N-[1-이소펜틸-5-({[1-메틸-5-({[3-(4-메틸-1-피페라지닐)프로필]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-4-[(3-메톡시벤조일)아미노]-1-메틸-1H-피롤-2-카르복사미드
상기 아민 용액의 제 2 절반(상기 실시예21 참조)에 m-메톡시벤조일 클로라이드(26 mg, 26 ㎕, 0.513 mmol)을 실온에서 교반하면서 적가하였다. 교반을 밤색 실온에서 계속하였다. 용매를 감압 하에서 제거하고, 조생성물을 HPLC로 정제하였다. 생성물을 연한 갈색 고체로서 획득하였다(60.8 mg, 48% 수율).
Figure 112004027279601-pct00070
실시예 23
N-[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-4-({[5-(포밀아미노)-2-메틸-3-티에닐]카보닐}아미노)-1-이소펜틸-1H-피롤-2-카르복사미드
(i) 에틸 2-메틸-4,5-디하이드로-3-티오펜카르복실레이트
표준 방법(Pallab Chatterjee, Patrick J. Murphy, Rosanna Pepe 및 Michael Shaw J. Chem. Soc., Perkin Trans. 1 17, 2403-2406(1994))을 이용하여 무색의 오일로서 생성물을 수득하였다(96% 수율).
(ⅱ) 에틸 2-메틸-3-티오펜카르복실레이트
표준 방법(Pallab Chatterjee, Patrick J. Murphy, Rosanna Pepe 및 Michael Shaw J. Chem. Soc., Perkin Trans. 1 17, 2403-2406(1994))을 이용하여 무색의 오일로서 생성물을 수득하였다(82% 수율).
(ⅲ) 2-메틸-3-티오펜카르복실산
에틸 2-메틸-3-티오펜카르복실레이트(3.42 g, 20.09 mmol; 상기 단계(ⅱ) 참조)를 에탄올(5 mL)에 용해하고, 물(10 mL) 중의 수산화나트륨(3.2145 mg, 80.362 mmol)의 용액을 부가하였다. 그 반응 혼합물을 2 시간동안 환류가열 하였다. 부피를 40℃에서 감압 하에 반으로 감소시키고, 잔사를 얼음물로 냉각시켰다. pH 2가 될 때까지 d-HCl을 교반하면서 적가하였다. 백색의 고체 물질을 여과하고, 물로 세척한 다음, 감압 하에서 50℃에서 건조하여 원하는 물질을 생성시켰다(2.1850 mg, 77% 수율). m.p. 115-117℃, lit. m.p. 116-117℃(D.W.Knight, A.P.Nott J. Chem. Soc., Perkin Trans. 1 791-794(1983) 참조).
(ⅳ) 2-메틸-5-니트로-3-티오펜카르복실산
농질산(10 mL, sp.gr. 1.42) 및 농황산(6 mL)를 둥근 바닦 플라스크에서 기계적으로 교반하고, 드라이 아이스 메탄올 배쓰에서 (-10℃)로 냉각하였다. 2-메틸-3-티오펜카르복실산(996 mg, 7.006 mmol; 상기 단계(ⅲ) 참조)를 조금씩 부가하 는 동안, 그 온도를 (-5℃) 미만으로 유지하였다. 반응 혼합물을 동일한 온도에서 15 분간 교반한 다음, 얼음물에 부었다. 침전된 고체 물질을 여과하고, 물로 세척한 다음, 건조하여 연한 갈색의 고체를 수득하였다(883 mg; 67% 수율), m.p. 177-180℃.
Figure 112004027279601-pct00071
(v) N-[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-1-이소펜틸-4-{[(2-메틸-5-니트로-3-티에닐)카보닐]아미노}-1-H-피롤-2-카르복사미드
N-[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-1-이소펜틸-4-니트로-1-H-피롤-2-카르복사미드(204 mg, 0.463 mmol; 상기 실시예 10의 단계(i) 참조)를 메탄올(25 mL)에 용해하였다. 반응 혼합물을 0℃로 냉각한 다음, Pd/C-10%(121 mg)를 질소 하에서 교반하면서 조금씩 가하였다. 그 반응 혼합물을 실온 및 대기압 하에서 5 시간동안 수소화 하였다. 촉매를 Kieselguhr로 제거하고, 용매를 감압 하에서 제거하였다. 2-메틸-5-니트로-3-티오펜카르복실산(87 mg, 0.463 mmol; 상기 단계(ⅳ) 참조)를 티오닐 클로라이드(2 mL)에 용해시킨 다음, 5 시간동안 환류가열 하였다. 과량의 티오닐 클로라이드를 감압 하에서 제거하여 산 클로라이드를 생성시키고, 그것을 DCM(5 mL)에 용해하였다. 상기 아민을 DCM(5 mL)에 용해하고, 거기에 N-메틸 몰폴린(0.1 mL)를 가한 다음, 상기 산 클로라이드 를 실온에거 교반하면서 적가하였다. 교반을 밤새 실온에서 계속하였다. 휘발성 물질을 감압 하에서 제거한 다음, 조생성물을 2.5/2.5/0.6 mL 에틸 아세테이트/메탄올/TEA를 이용하여 컬럼 크로마토그래피로 정제하였다(Rf=05). 생성물을 녹는점이 뚜렷하지 않은 무정형의 황색 물질로서 수득하였다(237 mg, 90% 수율).
Figure 112004027279601-pct00072
Figure 112004027279601-pct00073
(ⅵ) N-[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-4-({[5-(포밀아미노)-2-메틸-3-티에닐]카보닐}아미노)-1-이소펜틸-1H-피롤-2-카르복사미드
N-[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-1-이소펜틸-4-{[(2-메틸-5-니트로-3-티에닐)카보닐]아미노}-1H-피롤-2-카르복사미드(110 mg, 0.193 mmol; 상기 단계(v) 참조)를 에탄올(20 mL)중에 용해하고, 0℃로 냉각하였다. Pd/C-10%(120 mg)를 질소 하에서 교반하면서 가하고, 그 반응 혼합물을 실온 및 대기압 하에서 3 시간동안 수소화 하였다. 촉매를 Kieselguhr로 제거한 다음, 에틸 포르메이트(20 mL)를 그 아민의 에탄올 용액에 부가하였다. 그 반응 혼합물을 3 일동안 환류 가열하였다. 휘발성 물질을 감압 하에서 제거하고, 조생성물을 HPLC로 정제하였다. 생성물을 뚜렷한 녹는점이 없는 고체 물질로서 수득하였다(23 mg, 17.4% 수율).
Figure 112004027279601-pct00074
실시예 24
N-[5-({[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-5-이소프로필-2-[(3-메톡시벤조일)아미노]-1,3-티아졸-4-카르복사미드
(i) 메틸 5-이소프로필-2-[(3-메톡시벤조일)아미노]-1,3-티아졸-4-카르복실레이트
메틸 2-아미노-5-이소프로필-1,3-티아졸-4-카르복실레이트(383 mg, 1.913 mmol; 실시예 3 단계 (i) 참조)를 실온에서 교반하면서 DCM(10 mL)에 용해하였다. N-메틸 몰폴린(0.3 mL)을 가한 다음, 3-메톡시벤조일 클로라이드(326 mg, 1.913 mmol)을 실온에서 교반하면서 부가하였다. 그 반응 혼합물을 10 분동안 환류 가열 한 다음, 실온에서 밤새 교반을 계속하였다. 용매를 감압 하에서 제거하고, 조생성물을 실리카겔 및 1:2 에틸 아세테이트/석유 에테르를 이용하여 컬럼 크로마토그래피로 정제하였다. 필요한 물질을 함유하는 분획(Rf=0.4)을 수집하고, 용매를 감압 하에서 제거하여 생성물을 백색의 고체 물질로서 수득하였다(530 mg, 83% 수율), m.p.60-63℃.
Figure 112004027279601-pct00075
(ⅱ) 5-이소프로필-2-[(3-메톡시벤조일)아미노]-1,3-티아졸-4-카르복실산
메틸 5-이소프로필-2-[(3-메톡시벤조일)아미노]-1,3-티아졸-4-카르복실레이트(330 mg, 0.998 mmol; 상기 단계 (i) 참조)를 에탄올 KOH(에탄올 10 mL 중의 KOH 561 mg; 10 mmol)에 용해하였다. 그 반응 혼합물을 3 시간동안 환류 가열한 다음, 0℃로 냉각하였다. HCl(conc.)를 0℃에서 교반하면서 적가하고, 그 결과 생성된 고체를 여과하고, 물로 세척한 다음, 45℃에서 밤새 감압 하에서 건조하였다. 생성물을 백색의 고체 물질로서 획득하였다(290 mg, 91% 수율), m.p.>230℃[승화].
Figure 112004027279601-pct00076
(ⅲ) N-[5-({[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-5-이소프로필-2-[(3-메톡시벤조일)아미노]-1,3-티아졸-4-카르복사미드
N-[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드(113 mg, 0.300 mmol; Tetrahedron 56, 5225-5239 (2000) 참조)를 질소 하에서 교반하면서 0℃의 메탄올(25 mL)에 현탁하였다. Pd/C-10%(61 mg)를 질소 하에서 교반하면서 부가한 다음, 그 반응 혼합물을 3 시간동안 실온 및 대기압 하에서 수소화 하였다. 촉매를 Kieselguhr를 이용하여 제거한 다음, 용매를 감압 하에서 제거하여 아민을 생성시키고, 그 아민을 더 이상의 정제과정 없이 결합 반응에 사용하였다. 5-이소프로필-2-[(3-메톡시벤조일)아미노]-1,3-티아졸-4-카르복실산(96 mg, 3.00 mmol; 상기 단계 (ⅱ) 참조)을 티오닐 클로라이드(2 mL)에 용해한 다음, 3 시간동안 환류 가열하였다. 과량의 티오닐 클로라이드를 감압 하에서 제거하고, 그리하여 형성된 산 클로라이드를 DCM(5 mL)에 용해하였다. 상기 아민을 DCM(5 mL)에 용해하고, 거기에 N-메틸 몰폴린(0.2 mL)를 가하였다. 상기 산 클로라이드 용액을 실온에서 교반하면서 적가한 다음, 교반을 실온에서 밤새 계속하였다. 휘발성 물질을 감압 하에서 제거하고, 조생성물을 HPLC로 정제하였다. 필요한 물질을 함유하는 분획을 수집하고, 동결건조하여 생성물을 뚜렷한 녹는점이 없는 연한 황색의 고체로서 수득하였다(73 mg, 32% 수율).
Figure 112004027279601-pct00077
실시예 25
N-[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-4-{[(5-{[(9,10-디옥소-9,10-디하이드로-2-안트라세닐)카보닐]아미노}-2-메틸-3-티에닐)카보닐]아미노}-1-이소펜틸-1H-피롤-2-카르복사미드
N-[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-1-이소펜틸-4-{[(2-메틸-5-니트로-3-티에닐)카보닐]아미노}-1H-피롤-2-카르복사미드(127 mg, 0.223 mmol; 상기 실시예 23의 단계(v) 참조)를 교반하면서 N2 하에서 0℃의 메탄올(25 mL)중에 용해하였다. Pd/C-10%(114 mg)를 가하고, 그 반응 혼합물을 실온 및 대기압 하에서 3.5 시간동안 수소화 하였다. 촉매를 Kieselguhr로 제거한 다음, 용매를 감압 하에서 제거하여 아민을 생성시키고, 그 것을 이후의 결합반응에 사용하였다. 9,10-디옥소-9,10-디하이드로-2-안트라센카르복실산(Aldrich)(56 mg, 0.223 mmol)을 DMF(1 mL, 건조)에 용해하고, 거기에 HBTU(127 mg, 0.335 mmol) 및 N-메틸 몰폴린(0.2 mL, 건조)을 질소 하에서 교반하면서 부가하였다. 상기 아 민을 DMF(1 mL, 건조)에 용해하고, 상기 반응 혼합물에 적가하였다. 그 반응 혼합물을 밤새 실온에서 교반하였다. 그런 다음, 그 반응 혼합물을 에틸 아세테이트/메탄올 9:1(50 mL)의 혼합물로 희석한 후, 물로 추출하였다. 유기층을 MgSO4로 건조하고, 여과한 다음, 용매를 감압 하에서 제거하였다. 그리하여 획득한 조생성물을 HPLC로 정제하여 순수한 생성물을 뚜렷한 녹는점이 없는 갈색의 고체로서 생성시켰다(33 mg, 19% 수율).
Figure 112004027279601-pct00078
실시예 26
N-[1-(시클로프로필메틸)-5-({[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-4-(포밀아미노)-1-메틸-1H-피롤-4-카르복사미드
(i) 에틸 1-(시클로프로필메틸)-4-니트로-1H-피롤-2-카르복실레이트
에틸 4-니트로-1H-피롤-2-카르복실레이트(1.042 g, 5.626 mmol; 상기 실시예 1의 단계(i) 참조)를 DMF(20 mL, 건조)에 용해하고, 거기에 칼륨(0.435 g, 11.124 mmol)을 부가하였다. 그 반응 혼합물을 교반하면서 100℃로 가열하고, 1 시간 동안 그 온도로 두었다. 그 반응 혼합물을 50-60℃로 냉각시킨 다음, (클로로메틸)시클로프로판(1.000 g, 11.044 mmol)[Aldrich에서 구매] 및 KI(1.349 g, 8.127 mmol)를 가하고, 그 반응 혼합물을 다시 5 시간동안 교반하면서 80℃로 올린다음, 밤새 실온에서 교반하였다. 그 반응 혼합물을 함수(50 mL)로 희석하고, 에틸아세테이트(3x100 mL)로 추출하였다. 합한 유기 추출물을 수집하고, 용매를 감압 하에서 제거하였다. 획득된 조생성물(DMF를 일부 함유)을 실리카겔 및 1/10 에틸 아세테이트/n-헥산을 이용하여 속성 크로마토그래피로 정제하였다. 생성물을 백색 미정질 고체로서 획득하였다[Rf=0.2](1.070 g, 80% 수율). m.p. 65-66℃.
Figure 112004027279601-pct00079
(ⅱ) 1-(시클로프로필메틸)-4-니트로-1H-피롤-2-카르복실산
에틸 1-(시클로프로필메틸)-4-니트로-1H-피롤-2-카르복실레이트(482 mg, 2.023 mmol; 상기 단계(i) 참조)을 에탄올(4 mL) 중에 용해하고, 거기에 NaOH 수용액(물 10 mL 중에 NaOH 393 mg, 9.825 mmol)을 부가하였다. 그 반응 혼합물을 2 시간동안 환류 가열한 다음, 0℃로 냉각하였다. 용액의 pH가 2가 될 때 까지, 농 염산을 교반하면서 적가하였다. 백색 고체 물질이 침전되었으며, 그것을 여과하고, 물로 세척한 다음, 감압 하에서 60℃에서 밤새 건조하였다. 생성물을 배색 고체 물질로서 수득하였다(382 mg, 90% 수율), m.p. 215-217℃.
Figure 112004027279601-pct00080
(ⅲ) 1-(시클로프로필메틸)-N-[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드
N-[3-(디메틸아미노)프로필]-1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드(100 mg, 0.393 mmol; Tetrahedron 56, 5225-5239 (2000) 참조)을 메탄올(25 mL)에 용해하고, 거기에 Pd/C-10%(75 mg)을 0℃에서 질소 하에서 교반하면서 부가하였다. 그 반응 혼합물을 실온 및 대기압 하에서 2 시간동안 수소화 하였다. 촉매를 Kieselguhr로 제거하고, 용매를 감압 하에서 제거하였다. 그리하여 형성된 아민을 DMF(2 mL, 건조)에 용해하고, 거기에 1-(시클로프로필메틸)-4-니트로-1H-피롤-2-카르복실산(83 mg, 0.393 mmol; 상기 단계 (ⅱ) 참조), HBTU(298 mg, 0.786 mmol), NMM(200 ㎕, 건조)를 실온에서 교반하면서 가하였다. 교반을 48 시간동안 계속하였다. 그 반응 혼합물을 에틸 아세테이트(50 mL)로 희석하고, NaHCO3(25 mL, 포화) 로 추출하였다. 수층을 에틸 아세테이트(50 mL)로 다시 추출하였다. 혼합된 유기 추출물을 MgSO4로 건조하고, 여과한 다음, 용매를 감압 하에서 제거하여 조생성물을 연한 황색 오일로서 생성시켰다. 실리카겔 및 1/2/0.1 메탄올/에틸 아세테이트/TEA를 이용한 속성 컬럼 크로마토그래피에 의한 정제를 수행하여, 필요한 생성물을 뚜렷한 녹는점이 없는 매끈한 황색 물질로서 수득하였다[Rf=0.5](130 mg, 80% 수율).
Figure 112004027279601-pct00081
(ⅳ) N-[1-(시클로프로필메틸)-5-({[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드
1-(시클로프로필메틸)-N-[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드(120 mg, 0.288 mmol; 상기 단계(ⅲ) 참조)를 메탄올(25 mL)에 용해시키고, 거기에 Pd-C 10%(97 mg)를 0℃에서 질소하에서 교반하면서 부가하였다. 그 반응 혼합물을 4 시간동안 실온 및 대기압 에서 수소화 하였다. 촉매를 Kieselguhr로 제거하고, 용매를 감압 하에서 제거하여 아민을 생성시키고, 그것을 더 이상의 정제과정 없이 다음 단계에서 사용하였다. 그리하여 형성된 아민을 DMF(2 mL, 건조)에 용해하고, 거기에 1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복실산(57 mg, 0.288 mmol; Tetrahedron 56, 5225-5239 (2000) 참조), HBTU(218 mg, 0.576 mmol), 및 NMM(200 ㎕, 건조)를 실온에서 교반하면서 가하였다. 교반을 실온에서 밤새 계속하였다. 그 반응 혼합물을 에틸 아세테이트(50 mL)로 희석하고, NaHCO3(25 mL, 포화)로 추출하였다. 수층을 에틸 아세테이트(50 mL)로 다시 추출하였다. 합한 유기 추출물을 MgSO4로 건조하고, 여과한 다음, 용매를 감압 하에서 제거하였다. 그리하여 획득된 조생성물을 실리카겔 및 1/2/0.1 메탄올/에틸 아세테이트/TEA를 이용한 컬럼 크로마토그래피에 의해 정제하였다. 순수한 생성물을 함유하는 분획[Rf=0.4]을 수집하고, 용매를 50℃에서 감압 하에서 제거하여, 필요한 물질을 뚜렷한 녹는점이 없는 매끈한 황색의 고체로서 생성시켰다(110 mg, 71% 수율).
Figure 112004027279601-pct00082
Figure 112004027279601-pct00083
(v) N-[1-(시클로프로필메틸)-5-({[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-4-(포밀아미노)-1-메틸-1H-피롤-4-카르복사미드
N-[1-(시클로프로필메틸)-5-({[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드(100 mg, 0.186 mmol; 상기 단계(ⅳ) 참조)를 에탄올(25 mL)중에 용해하고, 거기에 Pd/C-10%(78 mg)를 0℃에서 질소 하에서 교반하면서 가하였다. 그 반응 혼합물을 실온 및 대기압 하에서 3 시간동안 수소화 하였다. 촉매를 Kieselguhr로 제거하였다. 에틸 포르메이트를 상기 아민의 에탄올 용액에 가하고, 그 반응 혼합물을 48 시간동안 환류 가열하였다. 에탄올 및 과량의 에틸 포르메이트를 감압 하에서 제거하고, 그리하여 생성된 조생성물을 HPLC로 정제하였다. 동결건조 한 뒤, 생성물을 뚜렷한 녹는점이 없은 연한 황색 고체로서 수득하였다(52 mg, 42% 수율).
Figure 112004027279601-pct00084
실시예 27
1-시클로펜틸-N-[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-4-({[4-(포밀아미노)-1-메틸-1H-피롤-2-일]카보닐}아미노)-1H-피롤-2-카르복사미드
(i) 에틸 1-시클로펜틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복실레이트
에틸 4-니트로-1H-피롤-2-카르복실레이트(1.006 g, 5.432 mmol; 상기 실시예 1의 단계(i) 참조)를 DMF(20 mL, 건조)에 용해하고, 거기에 칼륨 금속(0.492 g, 12.582 mmol)을 부가한 다음, 80℃로 가열하고, 1 시간 동안 교반하면서 그 온도로 두었다. 그 반응 혼합물을 50-60℃로 냉각시킨 다음, 브로모시클로펜타논(1 mL, 1.390 g, 9.326 mmol)를 가하고, KI(1.548 g, 9.326 mmol)를 가하였다. 그 반응 혼합물을 다시 80℃에서 교반하면서 5 시간동안 가열한 후, 밤새 질소 하에서 실온에서 교반하였다. 그 반응 혼합물을 실온에서 질소 하에서 함수로 희석한 다음, 에틸아세테이트(3x100 mL)로 추출하였다. 합한 유기 추출물을 MgSO4로 건조하고, 여과한 다음, 용매를 감압 하에서 제거하여, 조생성물(DMF를 일부 함유)을 생성시켰다. 생성물을 컬럼 크로마토그래피[실리카겔, 1/10 에틸 아세테이트/n-헥산(Rf=0.24)]를 이용하여 정제하였다. 순수한 물질을 함유하는 분획을 수집하고, 용매를 제거하여 연한 황색의 오일을 획득하였다(440 mg, 32% 수율).
Figure 112004027279601-pct00085
(ⅱ) 1-시클로펜틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복실산
에틸 1-시클로펜틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복실레이트(430 mg, 1.706 mmol; 상기 단계(i) 참조)을 에탄올(4 mL) 중에 용해하고, 거기에 NaOH 수용액(물 10 mL 중에 NaOH 408 mg, 10.20 mmol)을 부가하였다. 그 반응 혼합물을 2 시간동안 환류 가열한 다음, 0℃로 냉각하였다. 용액의 pH가 2가 될 때까지, 농염산을 교반하면서 적가하였다. 고체 물질을 여과하고, 물로 세척한 다음, 45℃에서 48 시간동안 건조하여, 백색 고체 물질을 수득하였다(340 mg, 89% 수율), Mp 195-198℃.
Figure 112004027279601-pct00086
(ⅲ) 1-시클로펜틸-N-[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드
N-[3-(디메틸아미노)프로필]-1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드(100 mg, 0.393 mmol; Tetrahedron 56, 5225-5239 (2000) 참조)을 메탄올(25 mL)에 용해하고, 거기에 Pd/C-10%(90 mg)을 0℃에서 질소 하에서 교반하면서 부가하였다. 그 반응 혼합물을 실온 및 대기압 하에서 3 시간동안 수소화 하였다. 촉매를 Kieselguhr로 제거하고, 용매를 감압 하에서 제거하였다. 그리하여 형성된 아민을 DMF(2 mL, 건조)에 용해하고, 거기에 1-(시클로프로필메틸)-4-니트로-1H-피롤-2-카르복실산(88 mg, 0.393 mmol; 상기 단계 (ⅱ) 참조)을 가한 다음, HBTU(298 mg, 0.786 mmol), NMM(200 ㎕, 건조)를 실온에서 교반하면서 가하였다. 그 반응 혼합물을 에틸 아세테이트(50 mL)로 희석하고, NaHCO3(포화)(25 mL)로 추출하였다. 수층을 에틸 아세테이트(50 mL)로 다시 추출하였다. 합한 유기 추출물을 MgSO4로 건조하고, 여과한 다음, 용매를 감압 하에서 제거하여 조생성물을 생성시키고, 그것을 실리카겔 및 1/2/0.1 메탄올/에틸 아세테이트/TEA를 이용한 컬럼 크로마토그래피에 의한 정제하였다. 생성물을 황색의 오일로서 수득하였다[Rf=0.45](157 mg, 93% 수 율).
Figure 112004027279601-pct00087
(ⅳ) 1-시클로펜틸-N-[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-4-{[(1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-일)카보닐]아미노}-1H-피롤-2-카르복사미드
1-시클로펜틸-N-[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드(157 mg, 0.365 mmol; 상기 단계(ⅲ) 참조)를 0℃에서 질소하에서 교반하면서 메탄올(25 mL)에 용해시키고, 거기에 Pd-C 10%(80 mg)을 부가하였다. 그 반응 혼합물을 2 시간동안 실온 및 대기압에서 수소화 하였다. 촉매를 Kieselguhr로 제거하고, 용매를 감압 하에서 제거하였다. 그리하여 형성된 아민을 DMF(2 mL, 건조)에 용해시키고, 거기에 1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복실산(62 mg, 0.365 mmol; Tetrahedron 56, 5225-5239 (2000) 참조), HBTU(277 mg, 0.730 mmol), 및 NMM(200 ㎕, 건조)를 실온에서 교반하면서 가하였다. 교반을 밤새 계속하였다. 그 반응 혼합물을 에틸 아세테이트(50 mL)로 희석하고, NaHCO3(25 mL, 포화)로 추출하였다. 수층을 에틸 아세테이트(50 mL)로 다시 추출하였다. 합한 유기 추출물을 MgSO4로 건조하고, 여과한 다음, 용매를 감압 하에서 제거하여 조생성물을 생성시키고, 그것을 실리카겔 및 1/2/0.1 메탄올/에틸 아세테이트/TEA를 이용한 컬럼 크로마토그래피에 의해 정제하였다, Rf=0.40. 생성물을 녹는점이 뚜렷하지 않은 매끈한 고체물질로서 수득하였다(110 mg, 55% 수율).
Figure 112004027279601-pct00088
(v) 1-시클로펜틸-N-[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-4-({[4-(포밀아미노)-1-메틸-1H-피롤-2-일]카보닐}아미노)-1H-피롤-2-카르복사미드
1-시클로펜틸-N-[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-4-{[(1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-일)카보닐]아미노}-1H-피롤-2-카르복사미드(100 mg, 0.181 mmol; 상기 단계(ⅳ) 참조)를 N2 하에서 0℃에서 교반하면서 에탄올(20 mL)중에 용해하고, 거기에 Pd/C-10%(92 mg)을 가하였다. 그 반응 혼합물을 실온 및 대기압 하에서 3 시간동안 수소화 하였다. 촉매를 Kieselguhr로 제거하고, 에틸 포르메이트(25 mL)를 상기 아민의 에탄올 용액에 가하였다. 그 반응 혼합물을 24 시간동안 환류 가열하였다. 용매를 감압 하에서 제거하여 조생성물을 생성시키고, 그 조생성물을 HPLC로 정제하였다. 필요한 물질을 함유하는 분획을 수집하고, 동결건조 한 뒤, 생성물을 뚜렷한 녹는점이 없는 연한 황색 고체로서 수득하였다(21 mg, 18% 수율).
Figure 112004027279601-pct00089
Figure 112004027279601-pct00090
실시예 28
N 2 , N 7 -비스[5-({[4-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-5-이소프로필-1,3-티아졸-2-일]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-9,10-디하이드로-2,7-페난트렌디카르복사미드
N-[3-(디메틸아미노)프로필]-5-이소프로필-2-{[(1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-일)카보닐]아미노}-1,3-티아졸-4-카르복사미드(170 mg, 0.402 mmol; 상기 실시예 3의 단계(ⅳ) 참조)를 질소 하에서 0℃에서 교반하면서 메탄올(25 mL)에 현탁하고, 거기에 Pd/C-10%(104 mg)을 가하였다. 그 반응 혼합물을 6 시간동안 실온 및 대기 압에서 수소화 하였다. 촉매를 Kieselguhr를 이용하여 제거하고, 용매를 감압 하에서 제거하였다. 그리하여 형성된 아민을 DMF(2 mL, 건조)에 용해하고, 거기에 9,10-디하이드로-2,7-페난트렌디카르복실산(54 mg, 0.201 mmol; Tetrahedron 56, 5225-5239 (2000)), HBTU(610 mg, 1.608 mmol), 및 NMM(200㎕, 건조)을 실온에서 교반하면서 부가하였다. 그 반응 혼합물을 밤새 실온에서 교반하였다. 그 반응 혼합물을 5% 메탄올를 함유하는 에틸 아세테이트 및 NaHCO3(포화)로 희석하였다. 유기층을 MgSO4로 건조하고, 여과한 다음, 용매를 감압 하에서 제거하여 조생성물을 생성시키고, 그것을 HPLC로 정제하였다. 필요한 물질을 함유하는 분획을 수집하고 동결건조하여 뚜렷한 녹는점이 있는 연한 황색 고체를 생성시켰다(46.3 mg, 19% 수율).
Figure 112004027279601-pct00091
Figure 112004027279601-pct00092
실시예 29
4-(포밀아미노)-N-[1-이소펜틸-5-({1-메틸-5-({[3-(4-메틸-1-피페라지닐)프로필]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-1-메틸-1H-피롤- 2-카르복사미드
(i) 1-이소펜틸-N-[1-메틸-5-({[3-(4-메틸-1-피페라지닐)프로필]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드
1-메틸-N-[3-(4-메틸-1-피페라지닐)프로필]-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드(209 mg, 0.676 mmol; Tetrahedron 56, 5225-5239 (2000) 참조)을 메탄올(25 mL)에 용해하고, 거기에 Pd/C-10%(182 mg)를 질소 하에서 0℃에서 교반하면서 부가하였다. 그 반응 혼합물을 실온 및 대기압에서 3 시간동안 수소화 하였다. 촉매를 Kieselguhr를 이용하여 제거한 다음, 용매를 50℃에서 감압 하에서 제거하여 아민을 생성시키고, 그것을 더 이상의 정제 없이 사용하였다. 1-이소펜틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복실산(153 mg, 0.676 mmol; Soviet Journal of Bioorganic Chemistry (English translation) 4, 780-790 (1978)에 기재된 방법에 따라 제조)을 티오닐 클로라이드 4 mL에 용해하고, 3 시간동안 환류 가열하였다. 과량의 티오닐 클로라이드를 50℃에서 감압 하에서 제거하고, 그리하여 형성된 산 클로라이드를 DCM(5 mL)에 용해하였다. 상기 아민을 DCM(10 mL)에 용해하고, 거기에 NMM(200 ㎕)를 부가한 다음, 실온에서 상기 산 클로라이드 용액을 교반하면서 실온에서 가하였다. 교반을 밤새 실온에서 계속하였다. KOH 10%(5 mL)를 가하고, 그 혼합물을 추출하였다. 유기층을 수집하고, MgSO4로 건조하고, 여과한 다음, 용매를 감압 하에서 제거하여 조생성물을 생성시킨 뒤, 그것을 실리카겔 및 1/2/0.1 메탄올/에틸 아세테이트/TEA를 이용하여 컬럼 크로마토그래피로 정제하였다. 생성물을 뚜렷한 녹는점이 없는 매끈한 황색의 물질로서 수득하였다[Rf=0.45],(278 mg, 84% 수율).
Figure 112004027279601-pct00093
(ⅱ) N-[1-이소펜틸-5-({1-메틸-5-({[3-(4-메틸-1-피페라지닐)프로필]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드
1-이소펜틸-N-[1-메틸-5-({[3-(4-메틸-1-피페라지닐)프로필]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드(140 mg, 0.287 mmol; 상기 단계 (i) 참조)을 메탄올(25 mL)에 용해하고, 질소 하에서 0℃에서 교반하면서 Pd/C-10%(100 mg)를 가하였다. 그 반응 혼합물을 실온 및 대기압에서 3 시간동안 수소화 하였다. 촉매를 Kieselguhr를 이용하여 제거한 다음, 용매를 감압 하에서 제거하였다. 1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복실산(49 mg, 0.287 mmol; Tetrahedron 56, 5225-5239 (2000) 참조)을 티오닐 클로라이드(4 mL)에 용해하고, 그 반응 혼합물을 3 시간동안 환류 가열하였다. 과량의 티오닐 클로라이드를 감압 하에서 제거하여 산 클로라이드를 형성시키고, 그것을 DCM(5 mL)에 용해하였다. 상기 아민을 DCM(10 mL)에 용해하고, 거기에 교반하면서 실온에서 NMM(200 ㎕)을 부가한 후, 상기 산 클로라이드 용액을 부가하였다. 교반을 밤새 실온에서 계속하였다. 거기에 KOH(5 mL, 10%)를 가하여 반응 혼합물을 추출하고, 유기층을 수집하고, 황산마그네슘으로 건조하고, 여과한 다음, 용매를 감압 하에서 제거하였다. 컬럼 크로마토그래피(실리카겔, 1/2/0.1 메탄올/에틸아세테이트/TEA)를 이용하여 필요한 물질을 정제하여 뚜렷한 녹는점이 없는 매끈한 황색 물질을 수득하였다(131 gm, 75% 수율), Rf= 0.15.
Figure 112004027279601-pct00094
(ⅲ) 4-(포밀아미노)-N-[1-이소펜틸-5-({1-메틸-5-({[3-(4-메틸-1-피페라지닐)프로필]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-1-메틸-1H-피롤-2-카르복사미드
N-[1-이소펜틸-5-({1-메틸-5-({[3-(4-메틸-1-피페라지닐)프로필]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드(120 mg, 0.917 mmol; 상기 단계(ⅱ) 참조)를 에탄올(20 mL)에 용해하고, Pd/C-10%(77 mg)를 교반하면서 질소 하에서 0℃에서 부가하였다. 그 반응 혼합물 을 실온 및 대기압에서 3 시간동안 수소화 하였다. 촉매를 Kieselguhr를 이용하여 제거하고 에틸 포르메이트(20 mL)를 그 에탄올 용액에 부가하였다. 그 반응 혼합물을 48 시간동안 환류 가열하였다. 에탄올 및 과량의 에틸 포르메이트를 감압 하에서 제거하고, 조생성물을 HPLC로 정제하였다. 동결건조 후, 생성물을 뚜렷한 녹는점이 없는 황색 고체로서 수득하였다(75 mg, 53% 수율).
Figure 112004027279601-pct00095
Figure 112004027279601-pct00096
실시예 30
4-(아세틸아미노)-N-[1-이소펜틸-5-({[1-메틸-5-({[3-(4-몰폴리닐)프로필]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-1-메틸-1H-피롤-2-카르복사미드
(i) 1-이소펜틸-N-[1-메틸-5-({[3-(4-몰폴리닐)프로필]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드
1-메틸-N-[3-(4-몰폴리닐)프로필]-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드(500 mg, 1.688 mmol; Tetrahedron 56, 5225-5239 (2000) 참조)을 질소 하에서 0℃에서 교반 하면서 메탄올(25 mL)에 용해하고, 거기에 Pd/C-10%(272 mg)를 부가하였다. 그 반응 혼합물을 4 시간동안 수소화 하였다. 촉매를 Kieselguhr를 이용하여 제거한 다음, 용매를 감압 하에서 제거하였다. 그리하여 형성된 아민을 DCM(10 mL)에 용해하였다. 1-이소펜틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복실산(445 mg, 1.966 mmol; Soviet Journal of Bioorganic Chemistry (English translation) 4, 780-790 (1978)에 기재된 방법에 따라 제조)을 티오닐 클로라이드 5 mL에 용해하고, 그 반응 혼합물을 4 시간동안 환류 가열하였다. 과량의 티오닐 클로라이드를 감압 하에서 제거하고, 그 클로라이드를 DCM(10 mL)에 용해하였다. 그 아민 용액에 NMM(0.2 mL)를 가한 다음, 실온에서 교반하며서 산 클로라이드 용액을 가하였다. 교반을 밤새 실온에서 계속하였다. DCM을 감압 하에서 제거하고, 조생성물을 실리카겔 및 1/2/0.1 메탄올/에틸 아세테이트/TEA를 이용하여 컬럼 크로마토그래피로 정제하였다. 순수한 물질을 함유하는 분획[Rf=0.45]을 수집하고, 용매를 감압 하에서 제거하여 황색의 매끈한 물질을 생성시키고, 그것을 소량의 에틸 아세테이트에 용해하고 n-헥산으로 침전시켜 필요한 물질을 황색의 분말로서 수득하였다(670 mg, 79% 수율), m.p. 155-158℃.
Figure 112004027279601-pct00097
(ⅱ) N-[1-이소펜틸-5-({1-메틸-5-({[3-(4-몰폴리닐)프로필]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드
1-이소펜틸-N-[1-메틸-5-({[3-(4-몰폴리닐)프로필]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드(136 mg, 0.286 mmol; 상기 단계 (i) 참조)을 질소 하에서 0℃에서 교반하면서 메탄올(25 mL)에 용해하고, Pd/C-10%(98 mg)를 가하였다. 그 반응 혼합물을 실온 및 대기압에서 3 시간동안 수소화 하였다. 촉매를 Kieselguhr를 이용하여 제거한 다음, 용매를 감압 하에서 제거하였다. 그리하여 형성된 아민을 DCM(5 mL)에 용해하였다. 1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복실산(48 mg, 0.282 mmol; Tetrahedron 56, 5225-5239 (2000) 참조)을 티오닐 클로라이드(3 mL)에 용해하고, 그 반응 혼합물을 2 시간동안 환류 가열하였다. 과량의 티오닐 클로라이드를 감압 하에서 제거하고, 그리하여 형성된 산 클로라이드를 DCM(5 mL)에 용해한 다음, 상기 아민 용액에 실온에서 교반하면서 적가하였다. 교반을 밤새 계속하였다. 용매를 제거하고, 조생성물을 컬럼 크로마토그래피(1/2/0.1 메탄올/에틸아세테이트/TEA, Rf=0.7)를 이용하여 정제하였다. 필요한 물질을 함유하는 분획을 수집하고, 용매를 감압 하에서 제거하였다. 황색의 매끈한 물질을 DCM(25 mL)에 용해하고, KOH(10%, 5 mL)로 추출하였다. 유기층을 수집하고, MgSO4로 건조하고, 여과하고, 용매를 감압 하에서 제거하여, 뚜렷 한 녹는점이 없는 황색의 매끈한 물질을 수득하였다(115 mg, 67% 수율).
Figure 112004027279601-pct00098
(ⅲ) 4-(아세틸아미노)-N-[1-이소펜틸-5-({[1-메틸-5-({[3-(4-몰폴리닐)프로필]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-1-메틸-1H-피롤-2-카르복사미드
N-[1-이소펜틸-5-({1-메틸-5-({[3-(4-몰폴리닐)프로필]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드(115 mg, 0.193 mmol; 상기 단계(ⅱ) 참조)를 에탄올(20 mL)에 용해하고, Pd/C-10%(104 mg)를 교반하면서 질소 하에서 0℃에서 부가하였다. 그 반응 혼합물을 실온 및 대기압에서 3 시간동안 수소화 하였다. 촉매를 Kieselguhr를 이용하여 제거하여, 에탄올 용액을 두 개의 동일한 부피(즉, 10 mL)로 나누었다. 그 분획 중의 하나로부터 에탄올을 감압 하에서 제거하고, DCM(2 mL)를 그 아민에 교반하면서 부가하였다. NMM(0.1 mL)를 부가한 다음, 아세틸 클로라이드(0.01 mL)를 실온에서 교반하면서 부가하였다. 교반을 밤새 계속하였다. 모든 휘발성 물질을 감압 하에서 제거하고, 조생성물을 HPLC로 정제하였다. 필요한 물질을 함유하는 분획을 수 집하고, 동경건조하여 뚜렷한 녹는점이 없는 TFA 염으로서 백색의 고체 물질을 수득하였다(25.7 mg, 35% 수율).
Figure 112004027279601-pct00099
실시예 31
4-(포밀아미노)-N-[1-이소펜틸-5-({[1-메틸-5-({[3-(4-몰폴리닐)프로필]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-1-메틸-1H-피롤-2-카르복사미드
상기 아민 용액의 제 2 절반(10 mL)(상기 실시예 30의 단계 (ⅲ) 참조)에 에틸 포르메이트(10 mL)를 가하고, 그 반응 혼합물을 48 시간동안 환류 가열하였다. 휘발성 용매를 감압 하에서 제거하고, 조생성물을 HPLC로 정제하였다. 필요한 물질을 함유하는 분획을 수집하고 동결건조하여 뚜렷한 녹는점이 없는 TFA 염으로서 백색의 고체 물질을 수득하였다(22.7 mg, 32% 수율).
Figure 112004027279601-pct00100
Figure 112004027279601-pct00101
실시예 32
N-[5-({[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1-이소펜틸-1H-피롤-3-일]-4-[(3-메톡시벤조일)아미노]-1-메틸-1H-피롤-2-카르복사미드
N-[5-({[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1-이소펜틸-1H-피롤-3-일]-1-메틸-4-니트로-1H-피롤-2-카르복사미드(260 mg, 0.469 mmol; 상기 실시예 10 단계(ⅱ) 참조)을 메탄올(25 mL)에 용해하고, Pd/C-10%(132 mg)를 교반하면서 질소 하에서 0℃에서 부가하였다. 그 반응 혼합물을 3 시간동안 수소화 하였다. 촉매를 Kieselguhr를 이용하여 제거하고, 용매를 감압 하에서 제거하여, 아민을 생성시키고, 그것을 DCM(5 mL)에 용해하였다. 이 용액을 각각 2.5 mL로 두 개로 나누었다. m-아니소일 클로라이드(50 mg, 0.293 mmol)을 실온에서 교반하면서 적가하였다. 교반을 밤새 계속하였다. 용매를 감압 하에서 제거하고 잔사를 (0.1% TFA)를 함유하는 아세토니트릴에 용해하고, HPLC로 정제하였다. 필요한 물질을 함유하는 분획을 수집하고, 동결건조하여, 생성물을 뚜렷한 녹는점이 없는 연한 분홍색의 고체 물질로서 수득하였다(72.3 mg, 40% 수율).
Figure 112004027279601-pct00102
Figure 112004027279601-pct00103
실시예 33
N-[5-({[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1-이소펜틸-1H-피롤-3-일]-4-{[(4-메톡시페닐)아세틸]아미노}-1-메틸-1H-피롤-2-카르복사미드
상기 아민의 제 2 절반(상기 실시예 32 참조)을 이 실험에세 사용하였다. 그 DCM 중의 아민 용액(2.5 mL)에 (4-메톡시페닐)아세틸 클로라이드(50 mg, 0.270 mmol)을 실온에서 교반하면서 적가하였다. 교반을 밤새 계속하였다. 용매를 감압 하에서 제거하고 그리하여 형성된 조생성물을 HPLC로 정제하였다. 필요한 물질을 함유하는 분획을 수집하고, 동결건조하여, 생성물을 뚜렷한 녹는점이 없는 백색의 고체 물질로서 수득하였다(51 mg, 28% 수율).
Figure 112004027279601-pct00104
실시예 34
상기 실시예의 화합물들은 상기 모세관 전기영동 및/또는 DNA 풋프린팅 방법에 의해 결정된 바와 같이, DNA의 마이너 그루브에 결합하는 것으로 밝혀졌다.
실시예 35
n.m.r 방법을 이용하여 화합물의 DNA와의 결합을 탐지하는 실험은 당해 기술분야의 통상의 지식을 가진 자에게 잘 알려져 있다(예를 들어, (a) J. Bunkenborg, C. Behrens, J.P. Jacobsen "NMR characterization of the DNA binding properties of a novel Hoechst 33258 analogue peptied building block" Bioconjugate Chemistry 12(5), 927-936 (2002); (b) G. A. Morris, K. T. Douglas "Binding of a porphyrin in conjugate of Hoechst 33258 to DNA Ⅱ. NMR spectroscopic studies detect multiple binding modes to a 12-mer nonself-complementary duplex DNA" Nucleosides Nucleotides & Nucleic Acids 20(1-2), 145-156 (2001); 및 (c) X. G. Han, X. L. Gao "Sequence specific recognition of ligand-DNA complexes studied by NMR" Current Medicinal Chemistry 8(5) 551-581 (2001)).
실시예의 화합물들은 DNA의 마이너 그루브에 결합하는 것으로 밝혀졌으며, 이는 그 화합물을 표준 조건 하에서 DNA 듀플렉스(예: d(CGACTAGTCG)2)와 혼합하고, 그 화합물과 DNA 듀플렉스 간에 형성되는 복합체의 nOe 측정뿐만 아니라, 그 화합물과 DNA 듀플렉스의 n.m.r. 스펙트럼에서 관찰되는 변화로 확인하였다. 실시예 3의 화합물 및 d(CGACTAGTCG)2 간에 형성되는 복합체에 대해 좁은 라인 및 강력한 교차-피크가 관찰되었으며, 그것은 매우 높은 친화도로 결합하는 실시예 3의 화합물에 있어서 일관성이 있었다.
실시예 36
녹는점(Tm)의 측정에 의하여 결정한 결과, 실시예의 화합물은 DNA에 결합하는 것으로 밝혀졌다. Tm 측정은 DNA 듀플렉스의 안정성을 조사하기 위한 방법으로서 당해 기술분야 잘 알려져 있다(V. A. Bloomfield, D. M. Crothers and I. Tinco "Nucleic Acids: Structures, Properties and Functions" UNiversity Science Books, Sausalito, California (2000), 및 그 문헌의 특정 페이지 176-180 및 561-564). 리간드가 듀플렉스를 안정화 한다면, Tm의 증가가 기록된다. 실시예의 화합물들은 DNA의 Tm의 상당한 증가를 나타내었다. 예를 들어, 사용된 DNA가 AAATTATATTAT일 경우, 실시예 2, 10, 및 26의 화합물은 10℃ 보다 높게 녹는점을 증가시켰다.
실시예 37
실시예의 화합물들은, 예를 들어 하기 표 A 내지 G에 나타낸 바와 같이, 미생물의 증식을 억제하는 것으로 밝혀졌다.
[표 A]
Figure 112004027279601-pct00105
[표 B]
Figure 112004027279601-pct00106
[표 C]
Figure 112004027279601-pct00107
[표 D]
Figure 112004027279601-pct00108
[표 E]
Figure 112004027279601-pct00109
[표 F]
Figure 112004027279601-pct00110
[표 G]
Figure 112004027279601-pct00111
약어
br = 넓은(NMR 관련)
CE = 모센관 전기영동
d = 더블렛(NMR 관련)
DCM = 디클로로메탄
DMF = N,N-디메틸포름아미드
DMSO = 디메틸술폭시드
eq. = 당량
h = 시간
BHTU = O-벤조트리아졸-1-일-N,N,N',N'-테트라메틸유로니움
HCl = 염산
HOBT = 1-히드록시벤조트리아졸
HPLC = 고성능액체크로마토그래피
HREIMS = high resolution electron ionization mass spectrometry
IR = 적외선(분광분석법과 관련)
LRESMS = low resolution electrospray mass spectrometry
m = 멀티플렛(NMR 관련)
Me = 메틸
min. = 분
m.p. = 녹는점
MS = 질량 분광분석법
νmax = 파수(적외선 분광분석법 관련)
NMM = N-메틸몰폴린
Pd/C = palladium on carbon
q = 쿼텟(NMR 관련)
s = 싱글렛(NMR 관련)
t = 트리플렛(NMR 관련)
TEA = 트리에틸아민
THF = 테트라하이드로퓨란
TFA = 트리플루오로아세트산
접두어 n-, s-, i-, t-tert-는 통상의 의미: 노멀, 세컨더리, 이소, 및 터셔리의 의미를 갖는다.
SEQUENCE LISTING <110> University of Strathclyde <120> DNA minor groove binding compounds <130> STRK/P27525PC <160> 6 <170> PatentIn version 3.1 <210> 1 <211> 12 <212> DNA <213> Artificial DNA sequence <220> <223> Artificial DNA sequence 1 <400> 1 aaattatatt at 12 <210> 2 <211> 12 <212> DNA <213> Artificial DNA sequence <220> <223> Artificial DNA sequence 2 <400> 2 gggccgcgcc gc 12 <210> 3 <211> 10 <212> DNA <213> Artificial DNA sequence <220> <223> Artificial DNA sequence 3 <400> 3 cgactagtcg 10 <210> 4 <211> 10 <212> DNA <213> Artificial DNA sequence <220> <223> Artificial DNA sequence 4 <400> 4 ggactagtcg 10 <210> 5 <211> 10 <212> DNA <213> Artificial DNA sequence <220> <223> Artificial DNA sequence 5 <400> 5 ccactagtgg 10 <210> 6 <211> 166 <212> DNA <213> Artificial DNA sequence <220> <223> Artificial DNA sequence <400> 6 ggatccatat gcggcaatac acatggccga tttccaactg cactagtcgt agcgcgatca 60 aggttaagct cccgttctat cctggtatag caattagggc gtgaagagtt atgtaaagta 120 cgtccggtgg ggtctgtttt gtcatctcag cctcgaatgc ggatcc 166

Claims (49)

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  16. 화학식 I의 화합물 또는 약제학적으로 허용 가능한 그 염 또는 그 용매화물:
    [화학식 I]
    Figure 112009071642025-pct00112
    상기 화학식 I에서,
    R1은 Het1, R1aC(O)- 또는 D-A-N(H)-[Q]n-C(O)-E-C(O)-이고;
    R1a
    H 또는 C1-12 알킬이고, 후자는 할로 및 아릴로부터 선택된 하나 이상의 치환기로 치환되고/거나 종결되고, 상기 아릴은 OH, 할로, 시아노, 니트로, N(R3a)R3b, C1-4 알킬, 및 C1-4 알콕시로부터 선택된 하나 이상의 치환기로 선택적으로 치환되고,
    A는 각각 C2-6 알킬렌 또는 A1-C(O)N(H)-A2 이고, 여기에서 A2는 그룹 D에 부착되고;
    A1은 C1-4 알킬렌이고;
    A2는 C2-5 알킬렌이고;
    D는 각각 -N(R2a)R2b, -C(=NR2c)N(R2d)R2e 또는 -N(R2f)C(=NR2g)N(H)R2h이고;
    R2a 및 R2b는 독립적으로 H, C1-6 알킬, Het2 이거나, R2a 및 R2b가 함께 알킬렌기가 NR4로 선택적으로 저지되고(interrupted)/거나 하나 이상의 C1-4 알킬기로 선택적으로 치환된 (CH2)3-6 이고;
    R4는 H, C1-6 알킬, 또는 Het3이고;
    R2c 내지 R2h는 독립적으로 H 또는 C1-6 알킬이고;
    E는 -E1-Het4-, E2a, -(CH2)0-3N(H)C(O)-E2b-C(O)N(H)(CH2)0-3-, 또는 하기 화학식의 구조적 프래그먼트이고:
    Figure 112009071642025-pct00113
    상기 화학식에서 E3는 (CH2)1-2, CH=CH, CH=N, CH2-N(Ra), (CH2)0-1(CO), (CH2)0-1O 또는 (CH2)0-1S이고;
    Ra는 H 또는 C1-6 알킬이고;
    E1은 (CH2)0-2 또는 CH=CH이고;
    E2a 및 E2b는 독립적으로 C2-4 알케닐렌, C3-6 시클로알킬렌, 페닐렌, 또는 나프틸렌이고;
    Het1 내지 Het4는 독립적으로 N, O, 및 S로부터 선택된 하나 이상의 헤테로 원자를 함유하는 4- 내지 12-멤버의 헤테로시클릭기이고, 그 헤테로시클릭기는 =O, OH, 할로, 시아노, 니트로, N(R3a)R3b, C1-4 알킬 및 C1-4 알콕시로부터 선택된 하나 이상의 치환기로 선택적으로 치환되고;
    R3a 및 R3b는 각각 독립적으로 H 또는 C1-4 알킬을 나타내거나, R3a는 -C(O)R5이고;
    R5는 H 또는 C1-4 알킬이고;
    n은 각각 2, 3, 4, 또는 5를 나타내고;
    각각의 Q는 독립적으로 하기 화학식 Ia, Ib, Ic, Id, Ie, 또는 If의 구조적 프래그먼트를 나타내고,
    Figure 112009071642025-pct00114
    상기 화학식에서,
    R6는 H 또는 C1-6 알킬이고;
    R7은 C1-12 알킬이고;
    R8, R9, R10, 및 R11은 독립적으로 H 또는 C1-12 알킬이고;
    G는 CH 또는 N이고;
    L은 O 또는 S이고;
    p, q, 및 r은 각각 독립적으로 0, 1, 2, 또는 3이며;
    단, 상기 화합물은 화학식 Ib, Ic, Id, Ie, 또는 If의 구조적 프래그먼트를 하나 이상 포함하고, 여기에서 R7, R8, R9, R10, 또는 R11은 각각 분지, 시클릭, 또는 부분 시클릭의 C3-5 알킬이다.
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  18. 제 16 항에 있어서, 아릴은 페닐 또는 나프틸인 것을 특징으로 하는 화합물.
  19. 제 16 항에 있어서, 알킬 및 알콕시 기는
    (a) 선형 체인;
    (b) 분지형 체인 및/또는 시클릭; 또는
    (c) 부분적 시클릭/어시클릭인 것을 특징으로 하는 화합물.
  20. 제 16 항에 있어서, 알킬 및 알콕시기는
    (a) 포화 또는 불포화;
    (b) 하나 이상의 산소 및/또는 황 원자에 의해 저지되고; 및/또는
    (c) 달리 특정하지 않는다면 하나 이상의 할로 원자로 치환된 것을 특징으로 하는 화합물.
  21. 제 16 항에 있어서, 하기 화학식 Ⅱ의 화합물 또는 약제학적으로 허용 가능한 그 염 또는 그 용매화물인 것을 특징으로 하는 화합물:
    [화학식 Ⅱ]
    Figure 112009071642025-pct00115
    상기 화학식 Ⅱ에서,
    R1은 Het1, R1aC(O)-, 또는 D-A-N(H)-Q3-Q2-Q1-C(O)-E-C(O)-이고;
    Q1은 존재하지 않거나, 화학식 Ia, Ib, Ic, Id, Ie, 또는 If의 구조적 프래그먼트를 나타내고;
    Q2는 화학식 Ib, Ie, 또는 If의 구조적 프래그먼트를 나타내고;
    Q3는 화학식 Ib, Id, Ie, 또는 If의 구조적 프래그먼트를 나타내며;
    Het1, R1a, D, A, E, R2a, R2b, A 및 화학식 Ia, Ib, Ic, Id, Ie, 및 If의 구조적 프래그먼트는 제 1 항 내지 제 4 항 중 어느 한 항에서 정의된 바와 같고;
    단,
    (a) Q1, Q2, 및 Q3 중 하나 이상은 화학식 Id, Ie, 또는 If의 구조적 프래그먼트를 나타내며;
    (b) R7, R8, R9, R10, 및 R11 중 하나 이상은(어느 것(들)이 존재하든) 분지, 시클릭, 또는 부분 시클릭 C3-5 알킬이다.
  22. 제 16 항에 있어서, 상기 화합물은
    (b) p는 0을 나타내고 R9은 분지, 시클릭, 또는 부분 시클릭 C3-5 알킬을 나타내는 화학식 Id의 하나 이상의 구조적 프래그먼트 ; 및/또는
    (c) q는 0을 나타내고 R10은 분지, 시클릭, 또는 부분 시클릭 C3-5 알킬을 나타내는 화학식 Ie의 하나 이상의 구조적 프래그먼트를 포함하는 것을 특징으로 하는 화합물.
  23. 제 16 항에 있어서, 하나 이상의 분지, 시클릭, 부분 시클릭 C3-5 알킬기는 독립적으로 이소프로필, 시클로프로필메틸, 이소펜틸, 또는 시클로펜틸인 것을 특징으로 하는 화합물.
  24. 제 16 항에 있어서, 상기 화합물은 R7, R8, R9, R10, 또는 R11이 독립적으로 이소프로필인, 화학식 Ib, Ic, Id, Ie, 또는 If의 구조적 프래그먼트를 하나 이상 포함하는 것을 특징으로 하는 화합물.
  25. 제 16 항에 있어서, 화합물은 하기 화학식의 구조적 프래그먼트를 하나 이상 포함하는 것을 특징으로 하는 화합물:
    Figure 112009071642025-pct00116
  26. 제 16 항에 있어서, 화합물은 하기 화합물로부터 선택되는 것을 특징으로 하는 화합물:
    (i) N-[5-({[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1-이소프로필-1H-피롤-3-일]-4-[(3,3-디메틸부타노일)아미노]-1-메틸-1H-피롤-2-카르복사미드;
    (ⅱ) N-[5-({[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1-이소프로필-1H-피롤-3-일]-4-(포밀아미노)-1-메틸-1H-피롤-2-카르복사미드;
    (ⅲ) N-[3-(디메틸아미노)프로필]-2-({[4-({[4-(포밀아미노)-1-메틸-1H-피롤-2-일]카보닐}아미노)-1-메틸-1H-피롤-2-일]카보닐}-아미노)-5-이소프로필-1,3-티아졸-4-카르복사미드;
    (ⅳ) N-[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-이소프로필-1H-피롤-3-일]-4-({[4-(포밀아미노)-1-이소프로필-1H-피롤-2-일]카보닐}-아미노)-1-이소프로필-1H-피롤-2-카르복사미드;
    (ⅴ) N-[5-({[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-이소펜틸-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1-이소펜틸-1-H-피롤-3-일]-4-(포밀아미노)-1-이소펜틸-1H-피롤-2-카르복사미드;
    (ⅵ) N-[5-({[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-이소프로필-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-4-(포밀아미노)-1-이소프로필-1H-피롤-2-카르복사미드;
    (ⅶ) N-[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-2-({[4-(포밀아미노)-1-메틸-1H-피롤-2-일]카보닐}-아미노)-5-이소프로필-1,3-티아졸-4-카르복사미드;
    (ⅷ) 4-({[4-(포밀아미노)-1-메틸-1H-피롤-2-일]카보닐}아미노)-1-이소프로필-N-[1-메틸-5-({[3-(4-몰폴리닐)프로필]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-1H-피롤-2-카르복사미드;
    (ⅸ) 4-(포밀아미노)-N-[1-이소프로필-5-({[1-메틸-5-({[3-(1-피롤리디닐)프로필]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-1-메틸-1H-피롤-2-카르복사미드;
    (ⅹ) N-[5-({[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1-이소펜틸-1H-피롤-3-일]-4-(포밀아미노)-1-메틸-1H-피롤-2-카르복사미드;
    (ⅹⅰ) 2-(아세틸아미노)-N-[5-({[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-5-이소프로필-1,3-티아졸-4-카르복사미드;
    (ⅹⅱ) 2-(아세틸아미노)-N-[5-({[4-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-5-이소프로필-1,3-티아졸-2-일]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-5-이소프로필-1,3-티아졸-4-카르복사미드;
    (ⅹⅲ) 2-(아세틸아미노)-N-[5-{[(3-{[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}-3-옥소-프로필)아미노]카보닐}-1-메틸-1H-피롤-3-일)-5-이소프로필-1,3-티아졸-4-카르복사미드;
    (ⅹⅳ) N1,N3-비스(2-{[5-({[4-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-5-이소프로필-1,3-티아졸-2-일]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-아미노}-2-옥소에틸)이소프탈아미드;
    (ⅹⅴ) N-[5-({[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1-이소프로필-1H-피롤-3-일]-4-(아세틸아미노)-1-메틸-1H-피롤-2-카르복사미드;
    (ⅹⅵ) N-[5-({[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1-이소펜틸-1H-피롤-3-일]-4-(아세틸아미노)-1-메틸-1H-피롤-2-카르복사미드;
    (ⅹⅶ) N2,N5-비스[5-({[4-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-5-이소프로필-1,3-티아졸-2-일]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-1H-인돌-2,5-디카르복사미드;
    (ⅹⅷ) N2,N5-비스[1-이소펜틸-5-({[1-메틸-5-({[3-(4-몰폴리닐)프로필]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-1H-인돌-2,5-디카르복사미드;
    (ⅹⅸ) N2,N5-비스[5-({[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메필-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1-이소펜틸-1H-피롤-3-일]-1H-인돌-2,5-디카르복사미드;
    (ⅹⅹ) N2,N5-비스[1-이소펜틸-5-({[1-메틸-5-({[3-(4-메틸-1-피페라지닐)-프로필]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-1H-인돌-2,5-디카르복사미드;
    (ⅹⅹⅰ) 2-({[4-({[4-(아세틸아미노)-1-메틸-1H-이미다졸-2-일]카보닐}-아미노)-1-메틸-1H-피롤-2-일]카보닐}아미노)-N-[3-(디메틸아미노)-프로필]-5-이소프로필-1,3-티아졸-4-카르복사미드;
    (ⅹⅹⅱ) 4-(아세틸아미노)-N-[1-이소펜틸-5-({[1-메틸-5-({[3-(4-메틸-1-피페라지닐)프로필]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-1-메틸-1H-피롤-2-카르복사미드;
    (ⅹⅹⅲ) N-[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-4-({[5-(포밀아미노)-2-메틸-3-티에닐]카보닐}아미노)-1-이소펜틸-1H-피롤-2-카르복사미드;
    (ⅹⅹⅳ) N-[1-(시클로프로필메틸)-5-({[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-4-(포밀아미노)-1-메틸-1H-피롤-4-카르복사미드;
    (ⅹⅹv) 1-시클로펜틸-N-[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-4-({[4-(포밀아미노)-1-메틸-1H-피롤-2-일]-카보닐}-아미노)-1H-피롤-2-카르복사미드;
    (ⅹⅹⅵ) N2,N7-비스[5-({[4-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-5-이소프로필-1,3-티아졸-2-일]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-9,10-디하이드로-2,7-페난트렌디카르복사미드;
    (ⅹⅹⅶ) 4-(포밀아미노)-N-[1-이소펜틸-5-({[1-메틸-5-({[3-(4-메틸-1-피페라지닐)프로필]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-1-메틸-1H-피롤-2-카르복사미드;
    (ⅹⅹⅷ) 4-(아세틸아미노)-N-[1-이소펜틸-5-({[1-메틸-5-({[3-(4-몰폴리닐)프로필]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-1-메틸-1H-피롤-2-카르복사미드;
    (ⅹⅹⅸ) 4-(포밀아미노)-N-[1-이소펜틸-5-({[1-메틸-5-({[3-(4-몰폴리닐)프로필]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-1-메틸-1H-피롤-2-카르복사미드;
    (ⅹⅹⅹ) N-[5-({[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1-이소펜틸-1H-피롤-3-일]-4-{[(4-메톡시페닐)아세틸]아미노}-1-메틸-1H-피롤-2-카르복사미드.
  27. 제 16 항에 있어서,
    (a) N-[5-({[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1-이소프로필-1H-피롤-3-일]-4-(포밀아미노)-1-메틸-1H-피롤-2-카르복사미드;
    (b) N-[3-(디메틸아미노)프로필]-2-({[4-({[4-(포밀아미노)-1-메틸-1H-피롤-2-일]카보닐}아미노)-1-메틸-1H-피롤-2-일]카보닐}-아미노)-5-이소프로필-1,3-티아졸-4-카르복사미드;
    (c) N-[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-2-({[4-(포밀아미노)-1-메틸-1H-피롤-2-일]카보닐}-아미노)-5-이소프로필-1,3-티아졸-4-카르복사미드;
    (d) N-[5-({[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1-이소펜틸-1H-피롤-3-일]-4-(포밀아미노)-1-메틸-1H-피롤-2-카르복사미드;
    (e) N2,N5-비스[1-이소펜틸-5-({[1-메틸-5-({[3-(4-몰폴리닐)프로필]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-1H-인돌-2,5-디카르복사미드;
    (f) N-[1-(시클로프로필메틸)-5-({[5-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]아미노}카보닐)-1H-피롤-3-일]-4-(포밀아미노)-1-메틸-1H-피롤-2-카르복사미드; 또는
    (g) N2,N7-비스[5-({[4-({[3-(디메틸아미노)프로필]아미노}카보닐)-5-이소프로필-1,3-티아졸-2-일]아미노}카보닐)-1-메틸-1H-피롤-3-일]-9,10-디하이드로-2,7-페난트렌디카르복사미드인 것을 특징으로 하는 화합물.
  28. 제 27 항에 있어서, N-[3-(디메틸아미노)프로필]-2-({[4-({[4-(포밀아미노)-1-메틸-1H-피롤-2-일]카보닐}아미노)-1-메틸-1H-피롤-2-일]카보닐}아미노)-5-이소프로필-1,3-티아졸-4-카르복사미드인 것을 특징으로 하는 화합물.
  29. 제 16 항에 있어서, 하나 이상의 GC 염기쌍을 함유하는 DNA 시퀀스에 결합하고/거나 그 DNA 시퀀스에 특이성을 갖는 것을 특징으로 하는 화합물.
  30. 제 29 항에 있어서,
    (i) 제 16 항, 제 18 항 내지 제 20 항, 및 제 22 항 내지 제 25 항 중 어느 한 항에서 정의된 화합물이되, 단 Id, Ie, 또는 If의 구조적 프래그먼트를 하나 이상 포함하는 화학식 I의 화합물; 또는
    (ⅱ) 제 21 항 내지 제 25 항 중 어느 한 항에서 정의된 화학식 Ⅱ의 화합물인 것을 특징으로 하는 화합물.
  31. 제 16 항 및 제 18 항 내지 제 25 항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 마이너 그루브 결합 부위를 갖는 이중 가닥 DNA 분자의 서로 다른 마이너 그루브 결합 부위에 서로 다른 결합 친화도를 갖는 것을 특징으로 하는 화합물.
  32. 제 31 항에 있어서, 서로 다른 마이너 그루브 결합 부위는 AT 염기쌍만을 포함하는 것을 특징으로 하는 화합물.
  33. 삭제
  34. 제 16 항 및 제 18 항 내지 제 28 항 중 어느 한 항에서 정의된 화합물의 약제학적으로 허용 가능한 아주반트, 희석제, 또는 담체와의 혼합물을 포함하는, 암, 또는 바이러스, 세균, 진균, 또는 다른 미생물 감염에서 선택된, 증식을 위해 DNA 복제에 의존하는 질병의 치료에 사용하기 위한 약제학적 제제.
  35. 제 16 항 및 제 18 항 내지 제 28 항 중 어느 한 항에 있어서, 약제학적 제제로서 사용하기 위한 것을 특징으로 하는 화합물.
  36. 제 16 항 및 제 18 항 내지 제 28 항 중 어느 한 항에 있어서, 암, 또는 바이러스, 세균, 진균, 또는 다른 미생물 감염에서 선택된, 증식을 위해 DNA 복제에 의존하는 질병의 치료에 사용하기 위한 것을 특징으로 하는 화합물.
  37. 삭제
  38. 삭제
  39. 제 34 항에 있어서, 상기 질병은 바이러스, 세균, 곰팡이, 또는 그 이외의 미생물(예: 기생충) 감염 물질이 각각, DNA 복제를 억제하는 것에 의해 작용하지 않는 하나 이상의 항-바이러스, 항-세균, 항-진균, 또는 그 이외의 항-미생물(예: 항-기생충) 약물에 내성이 있는, 바이러스, 세균, 진균, 또는 그 이외의 미생물(예: 기생충) 감염인 것을 특징으로 하는 약제학적 제제.
  40. 제 39 항에 있어서, 상기 질병은 바이러스, 세균, 또는 진균 감염인 것을 특징으로 하는 약제학적 제제.
  41. 삭제
  42. 삭제
  43. 삭제
  44. 삭제
  45. DNA를 제 16 항 및 제 18 항 내지 제 28 항 중 어느 한 항에서 정의된 화합물의 억제량과 접촉시키는 것을 포함하는, 생체 외(ex vivo)에서 DNA 복제를 억제하는 방법.
  46. DNA 듀플렉스을 제 16 항 및 제 18 항 내지 제 28 항 중 어느 한 항에 정의된 화합물과 접촉시키는 것을 포함하는, 생체 외(ex vivo)에서 제 1 및 제 2 단일 가닥 DNA 사이에 형성된 DNA 듀플렉스를 안정화하는 방법.
  47. 각각의 DNA 듀플렉스를 제 16 항 및 제 18 항 내지 제 28 항 중 어느 한 항에서 정의된 화합물과 접촉시키는 것을 포함하는,
    각각의 DNA 듀플렉스가 각각의 듀플렉스에서 동일한 제 1 DNA 단일 가닥 및 각각의 듀플렉스에서 서로 다른 제 2 DNA 단일 가닥으로부터 형성된, 제 1 및 제 2 DNA 듀플렉스 간의 녹는점(Tm)의 차이를 생체 외(ex vivo)에서 증가시키는 방법.
  48. (a) 화학식 Ⅲ의 화합물의 화학식 Ⅳ의 화합물과 반응
    [화학식 Ⅲ]
    Figure 112009071642025-pct00117
    상기 화학식 Ⅲ에서, Aa는 A를 나타내거나, a가 0일 경우에는 Aa는 A2를 나타내고, Q, D, A, 및 A2는 제 16 항에서 정의된 바와 같고 a는 하기에서 정의하는 바와 같다
    [화학식 Ⅳ]
    Figure 112009071642025-pct00118
    상기 화학식 Ⅳ에서, Ab는 직접적인 결합 또는 -A1-C(O)-를 나타내고, L1은 이탈기를 나타내고, a 및 b는 모두 두 수의 합이 2, 3, 4, 또는 5인 0 내지 5의 정수를 나타내며, R1 및 Q는 제 16 항에서 정의된 바와 같다;
    (b) R1인 D-A-N(H)-[Q]n-C(O)-E-C(O)-를 나타내는 화학식 I의 화합물에 대해서는, 화학식 V의 화합물 2 당량의 화학식 Ⅵ의 화합물과의 반응
    [화학식 V]
    Figure 112009071642025-pct00130
    상기 화학식 V에서, Q, n, A, 및 D는 제 16 항에 정의된 바와 같다
    [화학식 Ⅵ]
    Figure 112009071642025-pct00120
    상기 화학식 Ⅵ에서, L2는 이탈기이고, 두 개의 L2 그룹은 서로 동일하거나 다르며, E는 제 16 항에서 정의된 바와 같다; 또는
    (c) 제 16 항에 정의된 화학식 I의 화합물의 보호된 유도체의 탈보호화를 포함하는, 제 16 항에서 정의된 화학식 I의 화합물을 제조하는 방법.
  49. 제 48 항에서 정의된 화학식 V의 화합물.
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