KR100953511B1 - 건선 진단용 키트 및 칩 - Google Patents

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Abstract

만성 피부질환인 건선에 특이적으로 고발현 및 저발현하는 유전자의 증폭을 위한 프라이머 세트를 함유하는 건선 진단용 키트 및 상기 유전자와 하이브리다이제이션할 수 있는 프로브가 고정되어 있는 건선 진단용 칩이 개시된다.
본 발명에 따른 건선 진단용 키트 및 칩은 건선을 간단하고, 빠르게 진단할 수 있을 뿐만 아니라, 건선 치료제 개발을 위한 신규 표적 개발에 유용하게 이용될 수 있다.
건선, 유전자 발현, 진단용 키트

Description

건선 진단용 키트 및 칩{Diagnosis Kit and Chip for Psoriasis}
본 발명은 건선 진단용 키트 및 칩에 관한 것으로서, 더욱 상세하게는 만성 피부질환인 건선에 특이적으로 고발현 및 저발현하는 유전자의 증폭을 위한 프라이머 세트를 함유하는 건선 진단용 키트 및 상기 유전자와 하이브리다이제이션할 수 있는 프로브가 고정되어 있는 건선 진단용 칩에 관한 것이다.
건선(Psoriasis)은 구진 및 은백색 인설을 특징으로 만성 피부질환으로서, 아직까지는 발생기전이 알려지지 않았으며, 완치를 위한 치료법 또한 개발되지 못한 실정이다.
건선은 전 세계적으로 발생하지만 인종과 지역에 따라서 다양한 분포를 보이고 있다. 건선은 대체적으로 백인들에게 발생되며, 미국에서의 발생빈도는 전체 인구의 2%~3%를 차지하고, 매년 15만~26만의 새로운 환자가 발생하며, 연 30억불 이상이 치료비로 사용되고 있다(Bowcock and Cookson, Human Mol. Genet., 2004).
건선의 임상 증상은 다양한 형태를 나타내고 있는데, 그 형태를 살펴보면 1) 20대에 초발하는 제 1형 조기 초발 건선 (early onset psoriasis), 2) 40세 이후에 발생하는 제 2형 만기 초발 건선 (late onset psoriasis), 3) 전신성 농포성 건선 (Zumbush type of Generalized pustular psoriasis), 4) 국소성 농포성 건선(Barber type of Localized pustular psoriasis), 5) 박탈성 건선(Exfoliative Psoriasis, 건선성 홍피증), 6) 역 건선(inverse psoriasis), 7) 건선 조갑, 8) 건선 관절염 (Psoriatic Arthropathy) 등으로 분류될 수 있다(Peters et al., Am. J. Health-Sys. Pharm., 57, 645-659, 2000).
이처럼 다양한 임상증상을 나타내는 건선의 발병 기전에 대해서는 아직까지 분자 수준에서 완전히 밝혀내지 못하였고, 지금까지 관찰된 바로는 유전적 소인과 환경적 소인 때문인 것으로 추정하고 있으며, 각질형성세포와 면역 세포의 이상 소견이라는 이론이 지배적이다. 각질형성세포의 변화는 표피 내로 침투한 T cells들이 방출하는 cytokines에서 기인하는 것으로 밝혀지고, 그 외 ① MHC 유전자와 연관성, ② 건선 병변에서 활성화 T cell이 존재하는 점, ③ T cell의 피부 침윤을 감소시키는 치료법이 건선 치료에 효과를 보여 건선의 병인과 발병에 T cells들이 주로 관여함이 밝혀지면서 건선은 T cell이 매개하는 만성 염증성 피부 질환으로 분류되고, 각질형성세포의 증식 및 이상 분화는 면역학적 반응에 따른 이차적 변화로 생각되고 있다 (Gottlieb and Kruger, Arch. Dermatol., 126, 1083-1086, 1990).
아직까지 건선에서 상기한 면역학적 반응을 유도하는 근본 원인이 무엇인지 확실하게 밝혀지지 않았지만 여러 증거에 의해 건선 발생에 유전적 요인이 관여함을 알 수 있다. 우선 환자의 약 1/3에서 가족력을 보인다는 것을 들 수 있지만, 건선이 유전성 질환이라는 보다 확실한 증거로는 일란성 쌍둥이에서 건선이 함께 발 생할 확률이 이란성 쌍둥이에 비해 3배 이상 높다는 사실을 들 수 있다. 또한 가족 내에서 건선이 발생할 확률도 관련도(relatedness)와 비례한다는 점도 이를 뒷받침 하고 있다 (Wuepper et al., J. Invest. Dermatol., 95: 2S-4S 1990). 따라서 보다 효과적인 치료제 개발을 위한 신규 표적의 개발과 예후예측 그리고 진단을 위한 바이오마커가 필요하다.
이에, 본 발명자들은 종래기술의 문제점을 해결하고자 예의 노력한 결과, 정상인과 건선환자의 혈액에서 추출한 RNA를 함유하는 발현분석을 통하여 건선과 밀접한 관계가 있는 유전자를 선별하고, 본 발명을 완성하게 되었다.
본 발명의 목적은 간단하고, 빠르게 건선을 진단할 수 있는 건선 진단용 키트를 제공하는데 있다.
본 발명의 목적은 간단하고, 빠르게 건선을 진단할 수 있는 건선 진단용 칩을 제공하는데 있다.
상기 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 ALS2CR2(NM_018571), TNNI2(NM_003282), GOLPH3L(NM_018178), OAZ1(NM_004152), SEC14L1(NM_003003), GIMAP4(NM_018326), RAB3D(NM_004283), CTBS(NM_004388), SLC22A4(NM_003059), RXRA(NM_002957), ASXL2(NM_018263), TYROBP(NM_003332), NPFF(NM_003717), COX5A(NM_004255), USP4(NM_003363), MRPS10(NM_018141) 및 GSK3A(NM_019884)로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 건선 특이적 고발현 유전자의 증폭을 위한 프라이머 세트; 및 TIAL1(NM_003252), C14orf11(NM_018453), PCNP(NM_020357), SUPV3L1(NM_003171), CSPG2(NM_004385), BNIP2(NM_004330), SNRPE(NM_003094), PHF10(NM_018288), ZMYM2(NM_003453), PRPF18(NM_003675), DUSP11(NM_003584), DENR(NM_003677), RPS27A(NM_002954), DDX5(NM_004396), CCNL1(NM_020307), COX6C(NM_004374), FUBP1(NM_003902), COPS2(NM_004236), STATIP1(NM_018255), IDI1(NM_004508), PTK9(NM_002822), C12orf5(NM_020375), SAT1(NM_002970), REL(NM_002908), MATR3(NM_018834), SLC25A36(NM_018155), EIF3S3(NM_003756), ZNF331(NM_018555), BHLHB2(NM_003670) 및 CXCR4(NM_003467)로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 건선 특이적 저발현 유전자의 증폭을 위한 프라이머 세트를 함유하는 건선 진단용 키트를 제공한다.
본 발명은 또한, ALS2CR2(NM_018571), TNNI2(NM_003282), GOLPH3L(NM_018178), OAZ1(NM_004152), SEC14L1(NM_003003), GIMAP4(NM_018326), RAB3D(NM_004283), CTBS(NM_004388), SLC22A4(NM_003059), RXRA(NM_002957), ASXL2(NM_018263), TYROBP(NM_003332), NPFF(NM_003717), COX5A(NM_004255), USP4(NM_003363), MRPS10(NM_018141) 및 GSK3A(NM_019884)로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 건선 특이적 고발현 유전자와 엄격한 조건하에서 하이브리다이제이션할 수 있는 프로브; 및 TIAL1(NM_003252), C14orf11(NM_018453), PCNP(NM_020357), SUPV3L1(NM_003171), CSPG2(NM_004385), BNIP2(NM_004330), SNRPE(NM_003094), PHF10(NM_018288), ZMYM2(NM_003453), PRPF18(NM_003675), DUSP11(NM_003584), DENR(NM_003677), RPS27A(NM_002954), DDX5(NM_004396), CCNL1(NM_020307), COX6C(NM_004374), FUBP1(NM_003902), COPS2(NM_004236), STATIP1(NM_018255), IDI1(NM_004508), PTK9(NM_002822), C12orf5(NM_020375), SAT1(NM_002970), REL(NM_002908), MATR3(NM_018834), SLC25A36(NM_018155), EIF3S3(NM_003756), ZNF331(NM_018555), BHLHB2(NM_003670) 및 CXCR4(NM_003467)로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 건선 특이적 저발현 유전자와 엄격한 조건하에서 하이브리다이제이션할 수 있는 프로브가 고정되어 있는 건선 진단용 칩을 제공한다.
본 발명에 따른 건선 진단용 키트는 건선을 간단하고, 빠르게 진단할 수 있을 뿐만 아니라, 건선 치료제 개발을 위한 신규표적 개발에 효과적으로 이용될 것으로 기대된다.
본 발명은 일 관점에서, ALS2CR2(NM_018571), TNNI2(NM_003282), GOLPH3L(NM_018178), OAZ1(NM_004152), SEC14L1(NM_003003), GIMAP4(NM_018326), RAB3D(NM_004283), CTBS(NM_004388), SLC22A4(NM_003059), RXRA(NM_002957), ASXL2(NM_018263), TYROBP(NM_003332), NPFF(NM_003717), COX5A(NM_004255), USP4(NM_003363), MRPS10(NM_018141) 및 GSK3A(NM_019884)로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 건선 특이적 고발현 유전자의 증폭을 위한 프라이머 세트; 및 TIAL1(NM_003252), C14orf11(NM_018453), PCNP(NM_020357), SUPV3L1(NM_003171), CSPG2(NM_004385), BNIP2(NM_004330), SNRPE(NM_003094), PHF10(NM_018288), ZMYM2(NM_003453), PRPF18(NM_003675), DUSP11(NM_003584), DENR(NM_003677), RPS27A(NM_002954), DDX5(NM_004396), CCNL1(NM_020307), COX6C(NM_004374), FUBP1(NM_003902), COPS2(NM_004236), STATIP1(NM_018255), IDI1(NM_004508), PTK9(NM_002822), C12orf5(NM_020375), SAT1(NM_002970), REL(NM_002908), MATR3(NM_018834), SLC25A36(NM_018155), EIF3S3(NM_003756), ZNF331(NM_018555), BHLHB2(NM_003670) 및 CXCR4(NM_003467)로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 건 선 특이적 저발현 유전자의 증폭을 위한 프라이머 세트를 함유하는 건선 진단용 키트에 관한 것이다.
본 발명에 따른 건선 진단용 키트에 이용되는 건선 특이적 유전자는 (a) 건선환자와 정상인의 혈액으로부터 RNA를 분리한 후, cDNA 라이브러리를 제작하는 단계; (b) 상기 cDNA 라이브러리를 대상으로 마이크로어레이 하이브리다이제이션(microarray hybridization)을 수행하여, 건선에 특이적으로 고발현되거나 저발현되는 유전자를 확인하는 단계; 및 (c) 상기 건선에 특이적으로 발현되는 유전자중에서 통계적으로 유의성을 갖는 유전자를 선별하는 단계를 포함하는 건선 특이적 발현 유전자의 스크리닝 방법에 따라 선별할 수 있다.
즉, 본 발명에서는 건선환자와 정상인의 혈액으로부터 전체 RNA를 분리한 후, cDNA 라이브러리를 제조하고, 마이크로어레이 하이브리다이제이션(microarray hybridization)을 수행하여, 건선에 특이적으로 고발현되거나 저발현되는 유전자를 확인하였다. 이때, 정상인과 건선환자 사이의 상대적 유전자 발현 레벨을 비교하기 위하여, 정상인 및 건선환자 혈액조직으로 부터 분리한 RNA와 표준비교 RNA를 간접적으로 비교하였다. 또한, 통계적으로 유의성을 갖는 유전자의 선별은 마이크로어레이 하이브리다이제이션을 통한 유전자 발현 데이터에 대하여 아노바테스트(ANOVA test) 및 Fisher's Exact Test를 수행하고, K-nearest neighborhood 알고리즘을 적용하여, 건선 특이적 고발현 유전자 또는 건선 특이적 저발현 유전자를 선별하였다.
본 발명에 따른 건선 특이적 발현 유전자의 정보는 하기 표 1에 나타낸 바와 같다.
Gene GenBank accession No. Description Relative fold difference (건선환자/정상인)
ALS2CR2 NM_018571 Amyotrophic lateral scelarosis 2 (juvenile) chromosome region, candidate 2 14.6
TNNI2 NM_003282 troponin I type 2 (skeletal, fast) 11.3
GOLPH3L NM_018178 golgi phosphoprotein 3-like 6.9
OAZ1 NM_004152 ornithine decarboxylase antizyme 1 6.7
SEC14L1 NM_003003 SEC14-like 1 (S. cerevisiae) 6.3
GIMAP4 NM_018326 GTPase, IMAP family member 4 5.0
RAB3D NM_004283 RAB3D, member RAS oncogene family 4.5
CTBS NM_004388 chitobiase, di-N-acetyl- 4.1
SLC22A4 NM_003059 solute carrier family 22 (organic cation transporter), member 4 4.0
RXRA NM_002957 retinoid X receptor, alpha 3.7
ASXL2 NM_018263 additional sex combs like 2 (Drosophila) 3.5
TYROBP NM_003332 TYRO protein tyrosine kinase binding protein 3.3
NPFF NM_003717 neuropeptide FF-amide peptide precursor 3.3
COX5A NM_004255 cytochrome c oxidase subunit Va 3.0
USP4 NM_003363 ubiquitin specific peptidase 4 (proto-oncogene) 2.2
MRPS10 NM_018141 mitochondrial ribosomal protein S10 2.1
GSK3A NM_019884 glycogen synthase kinase 3 alpha 2.0
TIAL1 NM_003252 TIA1 cytotoxic granule-associated RNA binding protein-like 1 0.5
C14orf11 NM_018453 chromosome 14 open reading frame 11 0.5
PCNP NM_020357 PEST proteolytic signal containing nuclear protein 0.4
SUPV3L1 NM_003171 suppressor of var1, 3-like 1 (S. cerevisiae) 0.4
CSPG2 NM_004385 chondroitin sulfate proteoglycan 2 (versican) 0.4
BNIP2 NM_004330 BCL2/adenovirus E1B 19kDa interacting protein 2 0.4
SNRPE NM_003094 small nuclear ribonucleoprotein polypeptide E 0.4
PHF10 NM_018288 PHD finger protein 10 0.4
ZMYM2 NM_003453 zinc finger, MYM-type 2 0.3
PRPF18 NM_003675 PRP18 pre-mRNA processing factor 18 homolog (S. cerevisiae) 0.3
DUSP11 NM_003584 dual specificity phosphatase 11 (RNA/RNP complex 1-interacting) 0.3
DENR NM_003677 density-regulated protein 0.3
RPS27A NM_002954 ribosomal protein S27a 0.3
DDX5 NM_004396 DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 5 0.3
CCNL1 NM_020307 cyclin L1 0.3
COX6C NM_004374 cytochrome c oxidase subunit VIc 0.3
FUBP1 NM_003902 far upstream element (FUSE) binding protein 1 0.2
COPS2 NM_004236 COP9 constitutive photomorphogenic homolog subunit 2 (Arabidopsis) 0.2
STATIP1 NM_018255 signal transducer and activator of transcription 3 interacting protein 1 0.2
IDI1 NM_004508 isopentenyl-diphosphate delta isomerase 1 0.2
PTK9 NM_002822 PTK9 protein tyrosine kinase 9 0.2
C12orf5 NM_020375 chromosome 12 open reading frame 5 0.2
SAT1 NM_002970 spermidine/spermine N1-acetyltransferase 1 0.2
REL NM_002908 v-rel reticuloendotheliosis viral oncogene homolog (avian) 0.2
MATR3 NM_018834 matrin 3 0.2
SLC25A36 NM_018155 solute carrier family 25, member 36 0.2
EIF3S3 NM_003756 eukaryotic translation initiation factor 3, subunit 3 gamma, 40kDa 0.2
ZNF331 NM_018555 zinc finger protein 331 0.2
BHLHB2 NM_003670 basic helix-loop-helix domain containing, class B, 2 0.1
CXCR4 NM_003467 chemokine (C-X-C motif) receptor 4 0.1
본 발명에 따른 건선 진단용 키트는 건선 특이적 고발현 유전자의 증폭을 위한 프라이머 세트 및 저발현 유전자의 증폭을 위한 프라이머 세트를 포함하는 PCR 키트인 것이 바람직하다. 상기 PCR은 RT-PCR, Real-time PCR 등을 예시할 수 있다.
상기 프라이머는 증폭될 로커스의 각 가닥과 "대체적으로" 상보성을 가지도록 제작되고, 상기에서 설명한 바와 같이, 적당한 G 또는 C 뉴클레오티드를 포함한다. 이것은 중합반응을 수행하는 조건에서 프라이머가 대응하는 핵산 가닥과 하이브리다이제이션 되기에 충분한 상보성을 가지는 것을 의미한다. 본 발명의 프라이머는 증폭 과정에 사용되며, 상기 증폭과정은 예를 들면, PCR과 같은, 타겟 로커스가 많은 반응 단계를 거치면서 기하급수적인 숫자로 증가하는 효소 연속 반응이다. 전형적으로, 한 프라이머(안티센스 프라이머)는 로커스의 네가티브(-) 가닥에 대하여 상동성을 가지고, 나머지 하나의 프라이머(센스 프라이머)는 포지티브(+) 가닥에 대하여 상동성을 가진다. 변성된 핵산에 프라이머가 어닐링 되면, DNA 폴리머라아제 I(Klenow) 및 뉴클레오티드와 같은 효소 및 반응물들에 의하여 사슬이 신장되고, 그 결과, 타겟 로커스 서열을 함유하는 (+) 와 (-) 가닥이 새롭게 합성된다. 상기 새로이 합성된 타겟 로커스가 주형으로도 사용되어, 변성, 프라이머 어닐링 및 사슬 신장의 사이클이 반복되면 타겟 로커스 서열의 기하급수적인 합성이 진행된다. 상기 연속 반응의 산물은 반응에 사용된 특이 프라이머의 말단과 대응하는 말단을 가지는 독립적인 이중가닥 핵산이다.
본 발명의 일실시예에 따른 건선 특이적 고발현 유전자 또는 저발현 유전자 증폭을 위한 프라이머는 상기 건선 진단용 바이오 마커 유전자의 DNA 영역 중에서 단백질을 코딩하는 DNA 영역의 일부 또는 전체의 배열이 함유되고, 적어도 15bp 이상의 DNA인 것이 바람직하다.
본 발명에 따른 건선 특이적 고발현 유전자 및 저발현 유전자 증폭을 위하여 사용될 수 있는 프라이머 세트의 일예를 하기 표 2에 나타내었다.
Gene primer sequence (5'→3') PCR product size (bp)
ALS2CR2 서열번호 1 TTA AAG CCA GCC ATA TCC TC 383
서열번호 2 CCA ATC CCA GAG TCT ACA CC
TNNI2 서열번호 3 AGG CAG CAC CTG AAG AGT GT 224
서열번호 4 GTC TTC TGC ACC CTC ACC TC
GOLPH3L 서열번호 5 ATG ACC CTC AGC GTA TGG AC 166
서열번호 6 TTT GTC CCT TCC ACT TCA GG
OAZ1 서열번호 7 GAG CCG ACC ATG TCT TCA TT 179
서열번호 8 CTC CTC CTC TCC CGA AGA CT
SEC14L1 서열번호 9 TGT GGA GAC CTG GTG TGA AA 201
서열번호 10 CTC CAG GAC CCT GGT AGT CA
GIMAP4 서열번호 11 ACA TTT TCG GTG ACC GCT AC 193
서열번호 12 TGG AGT TCT TGC ATT GCT TG
RAB3D 서열번호 13 TTC CTT CCT GTT CCG ATA CG 216
서열번호 14 TCC TGA TTG GCG ATG TCA TA
CTBS 서열번호 15 CAG GTG CCC TAC AAA ACG AT 248
서열번호 16 TGC TGT TTG GCT ACA GCA TC
SLC22A4 서열번호 17 CTG CCC AGG CGT TAT ATC AT 180
서열번호 18 GGT TGG GTA GAG CTC AGC AG
RXRA 서열번호 19 CCT TTC TCG GTC ATC AGC TC 207
서열번호 20 CTT GGT GAA GGA AGC CAT GT
ASXL2 서열번호 21 CAA ACC CCG AAG TTG TAT GG 201
서열번호 22 ATG GCT GCT GGG ATT CAT AG
TYROBP 서열번호 23 CTG GTG CTG ACA GTG CTC AT 174
서열번호 24 CTG TGT GTT GAG GTC GCT GT
NPFF 서열번호 25 CTG TTG CAC TAC CTG CTC CA 154
서열번호 26 TCC AGA ACT GG AAT TCA GC
COX5A 서열번호 27 GCA TGC AGA CGG TTA AAT GA 152
서열번호 28 AGT TCC TCC GGA GTG GAG AT
USP4 서열번호 29 GCA TCA GGA AGA AGG CAA AG 247
서열번호 30 CCG AGT TTC ACT GTC CCA AT
MRPS10 서열번호 31 ATG GTG GCT TGC TTC TCA GT 199
서열번호 32 GCA GCA AGC ACA GCA AAA TA
GSK3A 서열번호 33 ACT CCA GTG GCG AGA AGA AA 241
서열번호 34 TTG AGG ACA GCA GTG TCA GG
CXCR4 서열번호 35 GGT GGT CTA TGT TGG CGT CT 227
서열번호 36 TGG AGT GTG ACA GCT TGG AG
BHLHB2 서열번호 37 CCT TGA AGC ATG TGA AAG CA 180
서열번호 38 GCT TGG CCA GAT ACT GAA GC
ZNF331 서열번호 39 GTT CGA GCC TCG TTA AGC AC 207
서열번호 40 CCC CGG TAT GAA TTC TCT CA
EIF3S3 서열번호 41 CCT CAG CAC ACA GAG GAT GA 228
서열번호 42 TCC TTG GGC AGT TTT TAT GG
SLC25A36 서열번호 43 TAG CCC CTT CCA GAG CAA TA 186
서열번호 44 GGT TCC TTG CAT CAA GCT GT
MATR3 서열번호 45 AAG CAA GAG CTT GGA CGT GT 171
서열번호 46 TGC CAT TGC ATC TTC TCT TG
REL 서열번호 47 CGG TTC AAT TGG AGA AGG AA 161
서열번호 48 CCA TTG AGG CAT GAT GTG AC
SAT1 서열번호 49 CCG TGG ATT GGC AAG TTA TT 217
서열번호 50 TCC AAC CCT CTT CAC TGG AC
C12orf5 서열번호 51 ATC CTG AAA GAA GCG GAT CA 240
서열번호 52 GCT CAG AGT GGC TGG TAA GG
PTK9 서열번호 53 GGA GGT GGC CAC ATT AAA GA 218
서열번호 54 TCT CGA GAA ATG GA AAT GC
IDI1 서열번호 55 AGA GAC GGC TGA AAG CTG AG 248
서열번호 56 AAT TTC ACC ACT GGC TGC TT
STATIP1 서열번호 57 AAG ACT CTG CTT GCC TCA GC 197
서열번호 58 TGC TTT TTC CAC AAT GAC CA
COPS2 서열번호 59 GTC GTG CCA GAC TGA TGA TG 169
서열번호 60 AAT CAG TGG ATG AGG GAT GG
FUBP1 서열번호 61 AAG CCA GAT GAT GGG ACA AC 176
서열번호 62 ATG TTC CAG TTG CCT TGA CC
COX6C 서열번호 63 CTG CGA AAT CAT ATG GCT GT 153
서열번호 64 ACC AGC CTT CCT CAT CTC CT
CCNL1 서열번호 65 ACA GTG AAA GCC CTC GAA GA 200
서열번호 66 ACG CCT GTC CCT ATG ATG TC
DDXF 서열번호 67 TGC TCG CAG TAC CAA AAC AG 196
서열번호 68 GTA TCT GTC CCG ACG GTC AT
RPS27A 서열번호 69 GTT GAG ACT TCG TGG TGG TG 150
서열번호 70 TCT CGA CGA AGG CGA CTA AT
DENR 서열번호 71 ACC CAA ACA AGA AGC TGG AA 187
서열번호 72 TGC AAG GCC ACA TAC TCT TG
DUSP11 서열번호 73 TCA TGC AAC CAG TCC ACA AT 233
서열번호 74 ATT GGG CTT CAC ATT CCA AG
PRPF18 서열번호 75 AGC CTG GAG AGG AAG ACA CA 153
서열번호 76 CGC CAA GAA GAA ACT TCA GG
ZMYM2 서열번호 77 GGG GAA AAC AGA GAC AAC CA 234
서열번호 78 GGT CTG GGC TGT TCC TCA TA
PHF10 서열번호 79 AAG CTG CCA CTC CAA GAA AA 244
서열번호 80 CAC TGC CAT GGG TAG GTC TT
SNRPE 서열번호 81 ATA GAT CGC GGA TTC AGG TG 153
서열번호 82 TGA TCC GAC CCA GTT GTT TT
BNIP2 서열번호 83 TGG CTT AGA CAC ACC GTC AG 179
서열번호 84 CAA CCC TGT GGT CCT GTT CT
CSPG2 서열번호 85 GGT GCA CTT TGT GAG CAA GA 159
서열번호 86 TTC GTG AGA CAG GAT GCT TG
SUPV3L1 서열번호 87 TGG TTA CGC CGA TAC ATC AA 198
서열번호 88 ATT GTG CAC ACC ATC TTG GA
PCNP 서열번호 89 CCT CCC AAC AAA GCC TAC AA 197
서열번호 90 GAG GCA TTT CCT CTG GTT CA
C14orf11 서열번호 91 CAT GAC CAC ACT TTG CCT TG 151
서열번호 92 CTT CTT ATG GAC CCG CCT TT
TIAL1 서열번호 93 GCC AAT GGA GCC AAG TGT AT 222
서열번호 94 CAT ATC CGG CTT GGT TAG GA
본 발명은 다른 관점에서, ALS2CR2(NM_018571), TNNI2(NM_003282), GOLPH3L(NM_018178), OAZ1(NM_004152), SEC14L1(NM_003003), GIMAP4(NM_018326), RAB3D(NM_004283), CTBS(NM_004388), SLC22A4(NM_003059), RXRA(NM_002957), ASXL2(NM_018263), TYROBP(NM_003332), NPFF(NM_003717), COX5A(NM_004255), USP4(NM_003363), MRPS10(NM_018141) 및 GSK3A(NM_019884)로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 건선 특이적 고발현 유전자와 엄격한 조건하에서 하이브리다이제이션할 수 있는 프로브; 및 TIAL1(NM_003252), C14orf11(NM_018453), PCNP(NM_020357), SUPV3L1(NM_003171), CSPG2(NM_004385), BNIP2(NM_004330), SNRPE(NM_003094), PHF10(NM_018288), ZMYM2(NM_003453), PRPF18(NM_003675), DUSP11(NM_003584), DENR(NM_003677), RPS27A(NM_002954), DDX5(NM_004396), CCNL1(NM_020307), COX6C(NM_004374), FUBP1(NM_003902), COPS2(NM_004236), STATIP1(NM_018255), IDI1(NM_004508), PTK9(NM_002822), C12orf5(NM_020375), SAT1(NM_002970), REL(NM_002908), MATR3(NM_018834), SLC25A36(NM_018155), EIF3S3(NM_003756), ZNF331(NM_018555), BHLHB2(NM_003670) 및 CXCR4(NM_003467)로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 건선 특이적 저발현 유전자와 엄격한 조건하에서 하이브리다이제이션할 수 있는 프로브가 고정되어 있는 건선 진단용 칩에 관한 것이다. 즉, 본 발명에 따른 건선 진단용 칩은 바이오칩(biochip)인 것이 바람직하며, 상기 바이오칩은 바이오센서, DNA Chip(유전자 칩), Protein Chip(단백질 칩), Cell Chip(세포 칩) 등을 예시할 수 있다.
상기 프로브는 상기 건선 특이적 유전자(47개)의 염기 서열을 함유한 통상 10bp ~ 100bp이며, 바람직하게는 12bp ~ 30bp의 길이를 가진다. 상기 염기 서열은 건선 특이적 유전자의 염기 서열과 70% 이상의 유사성을 가지면 된다. 본 발명의 마커 유전자의 프로브는 상기 건선 진단용 바이오 마커 유전자의 센스 프라이머 및/또는 안티센스 프라이머를 함유하는 유전자 증폭법 (PCR) 등의 통상적인 방법에 의해 제조될 수 있다.
상기 프로브는 고체 지지체(기질)에 고정될 수 있는데, 여기서, "기질"은 물질, 구조, 표면 또는 재료, 비생물학적이고, 합성되고, 무생물, 평면, 구형 또는 특이적 결합, 평편한 표면의 물질을 포함하는 혼합물 수단으로, 하이브리다이제이션 또는 효소 인식 부위 또는 대다수의 다른 인식 부위 또는 표면, 구조 또는 재료로 구성된 수 많은 다른 분자 종을 넘어서는 수 많은 다른 인식 부위를 포함할 수 있다. 상기 기질은 예를 들면, 반도체, (유기)합성 메탈, 합성 반도체, 인슐레이터 및 도판트; 금속, 합금, 원소, 화합물 및 미네랄; 합성되고, 분해되며, 에칭되고, 리소그라프되며, 프린트되고 마이크로패브리케이트된 슬라이드, 장치, 구조 및 표면; 산업적, 폴리머, 플라스틱, 멤브레인, 실리콘, 실리케이트, 유리, 금속 및 세라믹; 나무, 종이, 카드보드, 면, 울, 천, 직조 및 비직조 섬유, 재료 및 패브릭일 수 있으며, 이에 한정되는 것은 아니다.
몇몇 형태의 멤브레인은 당해분야에서 핵산 서열에 대하여 부착력을 가진다고 알려져 있다. 이러한 멤브레인의 특이적이고 비제한적인 예로 니트로셀룰로오스 또는 폴리비닐클로라이드, 디아조티즈드(diazotized) 페이퍼 및 GENESCREENTM, ZETAPROBETM(Biorad) 및 NYTRANTM 등의 상업적으로 사용되는 멤브레인과 같이 유전자 발현 검출용 멤브레인을 들 수 있다. 비드, 글래스, 웨이퍼 및 금속 기질도 포함된다. 이러한 목적물에 핵산을 부착시키는 방법은 당해분야에서 잘 알려져 있다.
상기 프로브는 방사선 동위원소, 형광 화합물, 바이오발광 화합물, 화학발광 화합물, 금속 킬레이트 또는 효소로 표지될 수 있다. 상기와 같은 프로브를 적당하게 표지하는 것은 당해분야에서 널리 알려진 기술이며, 통상적인 방법을 통하여 수행할 수 있다.
본 발명의 핵산 하이브리다이제이션 반응에서, 엄격한 특정 수준을 달성하기 위하여 사용되는 조건은 하이브리다이즈되는 핵산의 성질에 따라 다양하다. 예를 들면, 하이브리다이제이션되는 핵산 부위의 길이, 상동성 정도, 뉴클레오티드 서열 조성(예를 들면, GC / AT 조성비) 및 핵산 타입(예를 들면, RNA, DNA)등이 하이브리다이제이션 조건을 선택하는데 고려된다. 추가적인 고려조건은 핵산이 예를 들면, 필터 등에, 고정화되어 있는지의 여부이다.
매우 엄격하게 진행되는 조건의 예를 들면 다음과 같다: 실온의 2X SSC/0.1% SDS(하이브리다이제이션 조건); 실온의 0.2XSSC/0.1% SDS(엄격성이 낮은 조건); 42℃에서의 0.2XSSC/0.1%SDS(보통의 엄격성을 가지는 조건); 68℃에서 0.1X SSC(높은 엄격성을 가지는 조건). 세척과정은 이들 중 한가지 조건을 사용하여 수행할 수 있고, 예를 들면, 높은 엄격성을 가지는 조건, 또는 상기 조건을 각각 사용할 수 있으며, 상기 기재된 순서대로 각각 10~15분씩, 상기 기재된 조건을 전부 또는 일부 반복하여 수행할수 있다. 그러나, 상기에 기술한 바와 같이, 최적 조건은 포함된 특별한 하이브리다이제이션 반응에 따라 다양하며, 실험을 통하여 결정할 수 있다. 일반적으로, 중요한 프로브의 하이브리다이제이션에는 높은 엄격성을 가지는 조건이 사용된다.
본 발명에 따른 건선 진단용 키트 또는 칩에 사용되는 시료는 혈액, 조직, 세포 등의 생물학적 시료를 사용할 수 있다.
즉, 본 발명에 따른 건선 진단용 키트 또는 칩에 생물학적 시료를 적용시킨 후, 키트 또는 칩에 나타난 건선에 특이적으로 고발현 또는 저발현되는 유전자들의 발현 양상을 확인함으로써, 건선을 진단할 수 있다.
이하, 실시예를 통하여 본 발명을 더욱 상세히 설명하고자 한다. 이들 실시예는 오로지 본 발명을 예시하기 위한 것으로서, 하기 실시예들은 여러가지 다른 형태로 변형될 수 있으므로, 본 발명의 범위가 이들 실시예에 의해 제한되는 것으로 해석되지는 않는 것은 당업계에서 통상의 지식을 가진 자에게 있어서 자명할 것이다.
[실시예 1] 정상인과 건선환자 혈액 RNA를 함유하는 유전자 발현 분석
건선환자 특이적으로 발현되는 유전자를 확인하기 위하여, 마이크로어레이 하이브리다이제이션을 수행하였다. 마이크로어레이 하이브리다이제이션은 표준 프로토콜을 이용하여 수행하였다 (Schena et al., Science, 270:467, 1995). 건선환자 19명과 정상인 10명의 혈액으로부터 전체 RNA를 분리하였다. 정상인과 건선환자간의 유전자 발현 수준의 상대적인 차이를 간접적으로 비교하기 위하여 표준비교 RNA를 제작하였다. 26명의 정상인 혈액으로부터 전체 RNA를 분리하였다. 혈액으로부터 RNA의 분리는 PAXgeneTM blood RNA kit (PreAnalytix, Switzerland)를 사용하여 분리하였다. 표준비교 RNA를 제작하기 위하여, 26명의 정상인 혈액으로부터 분리한 전체 RNA를 동량으로 혼합하였다. 상기 표준비교 RNA는 내부 대조군으로 사용하였다. 정상인과 건선환자 사이의 상대적 유전자 발현 레벨을 비교하기 위하여, 정상인 및 건선환자 혈액조직으로 부터 분리한 RNA와 표준비교 RNA를 간접적으로 비교하였다. 전체 RNA 2μg을 Cy3-dUTP 또는 Cy5-dUTP를 사용한 아미노 알릴 MessageAmp aRNA kit(Ambion)로 표지하였다. 상기 표준비교 RNA는 Cy3로 표지하였고, 정상인 및 건선환자로부터 분리한 RNA는 Cy5으로 표지하였다. 상기 Cy3- 및 Cy5-로 표지한 두 cDNA는 PCR 정제키트(Qiagen, 독일)를 사용하여 정제하였다. 정제된 cDNA를 혼합하고, Microcon YM-30(Millipore Corp., USA)을 이용하여 최종부피가 27μl가 되도록 농축하였다.
하이브리다이제이션 반응액 전체 80μl은 다음을 포함한다: 27μl의 표지된 cDNA 타겟, 20μl의 20X SSC, 8μl의 1% SDS, 24μl의 포름아마이드(Sigma, USA) 및 20μg의 인간 Cot1 DNA(Invitrogen Corp., USA). 상기 하이브리다이제이션 반응액을 100℃에서 2분간 가열하고, 즉시 인간 35K 올리고뉴클레오티드(Illumina, USA) 마이크로어레이에 하이브리다이즈시켰다. 상기 하이브리다이제이션은 습도조절된 HybChamber X(GenomicTree, Inc., 한국)에서 42℃에서 12~16시간 동안 수행하였다.
하이브리다이제이션이 끝난 후, 마이크로어레이 슬라이드는 Axon 4000B(Axon Instrument Inc., USA)를 이용하여 판독하였다. 시그날과 배경 형광 강도는 GenePix Pro 4.0 소프웨어(Axon Instrument Inc., USA)를 사용하여 타겟 부위 내부의 모든 픽셀의 강도를 평균하는 것에 의하여 각 프로브에 대하여 측정하였다. 명백한 비정상성을 보이는 스팟은 분석에서 제외하였다. 모든 데이타는 GeneSpring 7.3(Agilent, USA)을 이용하여, 정상화, 통계학적 분석 및 클러스트 분석을 수행하였다.
유전자 발현 분석을 이용하여 정상인과 건선환자의 구분이 가능한지를 확인하기 위하여 유의한 시그날을 갖는 10,001개의 유전자의 발현 pattern을 무감독군집화 (unsupervised clustering) 방법으로 분석하였다. 그 결과, 정상인과 건선환자는 유전자 발현 분석을 통하여 구분이 가능함을 확인하였다 (도 1 참조).
[실시예 2] 건선환자 특이적 발현 유전자 확인
실시예 1에서 확인된 유전자의 발현 데이터로부터 정상인에 비하여 건선환자에서 특이적으로 발현이 증가하거나 감소하는 유전자들을 아노바테스트 (ANOVA test)를 이용하여 선별하였다. p값의 기준은 0.01이하로 하였으며, Bonferroni multiple testing correction을 적용하였다. 총 1,090개의 유전자가 정상인과 건선환자간에 차별적으로 발현되는 것을 확인하였다. 이중에서 정상인에 비하여 건선환자에서 발현이 증가하는 유전자들은 403개였고, 발현이 감소하는 유전자는 687개 였다. 이들 1,090개의 유전자들의 정상인과 건선환자에서의 유전자 발현 패턴은 도 2에 나타내었으며, 정상인과 건선환자에 명확한 차별적 발현을 보이는 것을 확인할 수 있다.
[실시예 3] 건선환자 진단용 바이오마커 유전자 확인
실시예 2에서 확인된 건선환자 특이적 발현 유전자로부터 건선환자를 진단할 수 있는 유전자들을 선별하였다. 이를 위하여 피셔스 이그잭트 테스트(Fisher's Exact Test)를 수행하였다. K-nearest neighborhood 알고리즘을 적용하여, 건선환자를 진단할 수 있는 47개의 유전자를 확인하였다(표 1 참조).
[실시예 4] 건선환자 진단용 바이오마커 유전자의 진단능력 평가
상기 47개 유전자의 발현 패턴을 이용하여 건선환자를 진단하는 능력을 평가하였다. 이를 위하여 K-nearest neighbors 알고리즘을 함유하는 피셔스 이그잭트 테스트 (Fisher's exact test)를 수행하여 진단결과를 예측하였다. 도 4는 47개 유전자의 발현패턴을 이용하여 교차검증을 수행한 결과를 나타낸 것이다. 도 4에 나타낸 것처럼, 이들 47개 유전자의 발현 패턴을 함유하는 진단결과는 정상을 정상으로 그리고 건선환자를 건선환자로 진단하는 예측률이 100%인 것을 확인하였다. 이러한 결과는 이들 47개 바이오마커 유전자들은 건선환자를 진단하는데 유용한 유전자들임을 보여주는 결과이다. 도 4에 기재된 용어는 다음과 같다. NC: 정상인, Ps: 건선환자, True value: 임상적으로 진단된 결과, Prediction value: 유전자 발현 패턴을 기준으로 진단한 결과, NC p value: 해당 시료가 정상군에 속할 확률로서 이 값이 작을수록 통계적 유의성이 높음, Ps p value: 해당 시료가 건선환자군에 속할 확률로서 이 값이 작을수록 통계적 유의성이 높음, p value ratio: 가장 낮은 p value를 그 다음 낮은 p value로 나눈 값으로서 이 값이 낮을수록 통계적 유의성이 높음, NC votes: 시험 대상 시료와 전체 정상인 학습 데이터중 유사한 발현 패턴을 보이는 학습 데이터의 수(이 숫자가 학습 데이터 숫자에 가까울수록 진단결과가 정확함을 의미함), Ps votes: 시험 대상 시료와 전체 건선환자 학습 데이터중 유사한 발현 패턴을 보이는 학습 데이터 수(이 숫자가 학습 데이터 숫자에 가까울수록 진단결과가 정확함을 의미함).
도 1은 본 발명에 따른 정상인과 건선환자간의 비학습 군집화 방법에 의한 유전자 발현 패턴을 나타낸 것이다.
도 2는 본 발명에 따른 아노바 테스트 (p < 0.01)를 수행하여 정상인과 건선환자간 차별적 발현 유전자의 비학습 군집화 방법에 의한 유전자 발현 패턴을 나타낸 것이다.
도 3은 본 발명에 따른 건선환자 진단용 47개의 바이오마커의 정상인과 건선환자에서의 유전자 발현 패턴을 비학습 군집화 방법으로 나타낸 것이다.
도 4는 47개 바이오마커 유전자의 발현 패턴을 이용하여 건선환자를 진단한 결과를 나타낸 것이다.
<110> GENOMICTREE, INC. <120> Diagnosis Kit and Chip for Psoriasis <130> P07-B241 <160> 94 <170> KopatentIn 1.71 <210> 1 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 1 ttaaagccag ccatatcctc 20 <210> 2 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 2 ccaatcccag agtctacacc 20 <210> 3 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 3 aggcagcacc tgaagagtgt 20 <210> 4 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 4 gtcttctgca ccctcacctc 20 <210> 5 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 5 atgaccctca gcgtatggac 20 <210> 6 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 6 tttgtccctt ccacttcagg 20 <210> 7 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 7 gagccgacca tgtcttcatt 20 <210> 8 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 8 ctcctcctct cccgaagact 20 <210> 9 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 9 tgtggagacc tggtgtgaaa 20 <210> 10 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 10 ctccaggacc ctggtagtca 20 <210> 11 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 11 acattttcgg tgaccgctac 20 <210> 12 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 12 tggagttctt gcattgcttg 20 <210> 13 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 13 ttccttcctg ttccgatacg 20 <210> 14 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 14 tcctgattgg cgatgtcata 20 <210> 15 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 15 caggtgccct acaaaacgat 20 <210> 16 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 16 tgctgtttgg ctacagcatc 20 <210> 17 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 17 ctgcccaggc gttatatcat 20 <210> 18 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 18 ggttgggtag agctcagcag 20 <210> 19 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 19 cctttctcgg tcatcagctc 20 <210> 20 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 20 cttggtgaag gaagccatgt 20 <210> 21 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 21 caaaccccga agttgtatgg 20 <210> 22 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 22 atggctgctg ggattcatag 20 <210> 23 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 23 ctggtgctga cagtgctcat 20 <210> 24 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 24 ctgtgtgttg aggtcgctgt 20 <210> 25 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 25 ctgttgcact acctgctcca 20 <210> 26 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 26 tccagaactg gaattcagc 19 <210> 27 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 27 gcatgcagac ggttaaatga 20 <210> 28 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 28 agttcctccg gagtggagat 20 <210> 29 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 29 gcatcaggaa gaaggcaaag 20 <210> 30 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 30 ccgagtttca ctgtcccaat 20 <210> 31 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 31 atggtggctt gcttctcagt 20 <210> 32 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 32 gcagcaagca cagcaaaata 20 <210> 33 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 33 actccagtgg cgagaagaaa 20 <210> 34 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 34 ttgaggacag cagtgtcagg 20 <210> 35 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 35 ggtggtctat gttggcgtct 20 <210> 36 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 36 tggagtgtga cagcttggag 20 <210> 37 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 37 ccttgaagca tgtgaaagca 20 <210> 38 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 38 gcttggccag atactgaagc 20 <210> 39 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 39 gttcgagcct cgttaagcac 20 <210> 40 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 40 ccccggtatg aattctctca 20 <210> 41 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 41 cctcagcaca cagaggatga 20 <210> 42 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 42 tccttgggca gtttttatgg 20 <210> 43 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 43 tagccccttc cagagcaata 20 <210> 44 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 44 ggttccttgc atcaagctgt 20 <210> 45 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 45 aagcaagagc ttggacgtgt 20 <210> 46 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 46 tgccattgca tcttctcttg 20 <210> 47 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 47 cggttcaatt ggagaaggaa 20 <210> 48 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 48 ccattgaggc atgatgtgac 20 <210> 49 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 49 ccgtggattg gcaagttatt 20 <210> 50 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 50 tccaaccctc ttcactggac 20 <210> 51 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 51 atcctgaaag aagcggatca 20 <210> 52 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 52 gctcagagtg gctggtaagg 20 <210> 53 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 53 ggaggtggcc acattaaaga 20 <210> 54 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 54 tctcgagaaa tggaaatgc 19 <210> 55 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 55 agagacggct gaaagctgag 20 <210> 56 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 56 aatttcacca ctggctgctt 20 <210> 57 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 57 aagactctgc ttgcctcagc 20 <210> 58 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 58 tgctttttcc acaatgacca 20 <210> 59 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 59 gtcgtgccag actgatgatg 20 <210> 60 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 60 aatcagtgga tgagggatgg 20 <210> 61 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 61 aagccagatg atgggacaac 20 <210> 62 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 62 atgttccagt tgccttgacc 20 <210> 63 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 63 ctgcgaaatc atatggctgt 20 <210> 64 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 64 accagccttc ctcatctcct 20 <210> 65 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 65 acagtgaaag ccctcgaaga 20 <210> 66 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 66 acgcctgtcc ctatgatgtc 20 <210> 67 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 67 tgctcgcagt accaaaacag 20 <210> 68 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 68 gtatctgtcc cgacggtcat 20 <210> 69 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 69 gttgagactt cgtggtggtg 20 <210> 70 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 70 tctcgacgaa ggcgactaat 20 <210> 71 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 71 acccaaacaa gaagctggaa 20 <210> 72 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 72 tgcaaggcca catactcttg 20 <210> 73 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 73 tcatgcaacc agtccacaat 20 <210> 74 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 74 attgggcttc acattccaag 20 <210> 75 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 75 agcctggaga ggaagacaca 20 <210> 76 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 76 cgccaagaag aaacttcagg 20 <210> 77 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 77 ggggaaaaca gagacaacca 20 <210> 78 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 78 ggtctgggct gttcctcata 20 <210> 79 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 79 aagctgccac tccaagaaaa 20 <210> 80 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 80 cactgccatg ggtaggtctt 20 <210> 81 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 81 atagatcgcg gattcaggtg 20 <210> 82 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 82 tgatccgacc cagttgtttt 20 <210> 83 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 83 tggcttagac acaccgtcag 20 <210> 84 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 84 caaccctgtg gtcctgttct 20 <210> 85 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 85 ggtgcacttt gtgagcaaga 20 <210> 86 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 86 ttcgtgagac aggatgcttg 20 <210> 87 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 87 tggttacgcc gatacatcaa 20 <210> 88 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 88 attgtgcaca ccatcttgga 20 <210> 89 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 89 cctcccaaca aagcctacaa 20 <210> 90 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 90 gaggcatttc ctctggttca 20 <210> 91 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 91 catgaccaca ctttgccttg 20 <210> 92 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 92 cttcttatgg acccgccttt 20 <210> 93 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 93 gccaatggag ccaagtgtat 20 <210> 94 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 94 catatccggc ttggttagga 20

Claims (5)

  1. NCBI Genbank 등록번호 TNNI2(NM_003282) 건선 특이적 고발현 유전자의 증폭을 위한 프라이머 세트를 포함하는 건선 진단용 키트.
  2. 제1항에 있어서, 상기 건선 진단용 키트에 사용되는 시료는 혈액, 조직 및 세포로 이루어진 군으로부터 선택되는 것인 건선 진단용 키트.
  3. NCBI Genbank 등록번호 TNNI2(NM_003282) 건선 특이적 고발현 유전자와 엄격한 조건하에서 하이브리다이제이션할 수 있는 프로브가 고정되어 있는 건선 진단용 칩.
  4. 제1항에 있어서, 상기 건선 진단용 키트는 NCBI Genbank 등록번호 GOLPH3L(NM_018178), OAZ1(NM_004152), SEC14L1(NM_003003), GIMAP4(NM_018326), RAB3D(NM_004283), CTBS(NM_004388), SLC22A4(NM_003059), RXRA(NM_002957), ASXL2(NM_018263), TYROBP(NM_003332), NPFF(NM_003717), COX5A(NM_004255), USP4(NM_003363), MRPS10(NM_018141) 및 GSK3A(NM_019884)로 구성된 군에서 선택되 는 하나 이상의 건선 특이적 고발현 유전자의 증폭을 위한 프라이머 세트; 및 NCBI Genbank 등록번호 TIAL1(NM_003252), C14orf11(NM_018453), PCNP(NM_020357), SUPV3L1(NM_003171), CSPG2(NM_004385), BNIP2(NM_004330), SNRPE(NM_003094), PHF10(NM_018288), ZMYM2(NM_003453), PRPF18(NM_003675), DUSP11(NM_003584), DENR(NM_003677), RPS27A(NM_002954), DDX5(NM_004396), CCNL1(NM_020307), COX6C(NM_004374), FUBP1(NM_003902), COPS2(NM_004236), STATIP1(NM_018255), IDI1(NM_004508), PTK9(NM_002822), C12orf5(NM_020375), SAT1(NM_002970), REL(NM_002908), MATR3(NM_018834), SLC25A36(NM_018155), EIF3S3(NM_003756), ZNF331(NM_018555), BHLHB2(NM_003670) 및 CXCR4(NM_003467)로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 건선 특이적 저발현 유전자의 증폭을 위한 프라이머 세트를 추가로 포함하는 건선 진단용 키트.
  5. 제3항에 있어서, 상기 건선 진단용 칩은 NCBI Genbank 등록번호 GOLPH3L(NM_018178), OAZ1(NM_004152), SEC14L1(NM_003003), GIMAP4(NM_018326), RAB3D(NM_004283), CTBS(NM_004388), SLC22A4(NM_003059), RXRA(NM_002957), ASXL2(NM_018263), TYROBP(NM_003332), NPFF(NM_003717), COX5A(NM_004255), USP4(NM_003363), MRPS10(NM_018141) 및 GSK3A(NM_019884)로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 건선 특이적 고발현 유전자와 엄격한 조건하에서 하이브리다이제이션할 수 있는 프로브; 및 NCBI Genbank 등록번호 TIAL1(NM_003252), C14orf11(NM_018453), PCNP(NM_020357), SUPV3L1(NM_003171), CSPG2(NM_004385), BNIP2(NM_004330), SNRPE(NM_003094), PHF10(NM_018288), ZMYM2(NM_003453), PRPF18(NM_003675), DUSP11(NM_003584), DENR(NM_003677), RPS27A(NM_002954), DDX5(NM_004396), CCNL1(NM_020307), COX6C(NM_004374), FUBP1(NM_003902), COPS2(NM_004236), STATIP1(NM_018255), IDI1(NM_004508), PTK9(NM_002822), C12orf5(NM_020375), SAT1(NM_002970), REL(NM_002908), MATR3(NM_018834), SLC25A36(NM_018155), EIF3S3(NM_003756), ZNF331(NM_018555), BHLHB2(NM_003670) 및 CXCR4(NM_003467)로 구성된 군에서 선택되는 하나 이상의 건선 특이적 저발현 유전자와 엄격한 조건하에서 하이브리다이제이션할 수 있는 프로브가 추가로 고정되어 있는 건선 진단용 칩.
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