JPWO2021231606A5

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Publication number: JPWO2021231606A5
Application number: JP2022568828A
Authority: JP
Publication date: 2024-05-22

Claims

化学修飾されたガイドＲＮＡであって、
（ａ）（ｉ）標的ポリヌクレオチド配列にハイブリダイズできるガイド配列、及び（ｉｉ）リピート配列を含むｃｒＲＮＡ部分、ならびに
（ｂ）前記リピート配列に相補的であるアンチリピートヌクレオチド配列を含むｔｒａｃｒＲＮＡ部分、を含み、
前記ｃｒＲＮＡ部分が、少なくとも５０％修飾されたヌクレオチドを含み、
前記ｃｒＲＮＡ部分が、１～１０個の２’デオキシ修飾リボース基を含む、前記化学修飾されたガイドＲＮＡ。
前記修飾されたヌクレオチドがそれぞれ独立して、リボース基、リン酸基、核酸塩基、またはそれらの組み合わせの修飾を含み、任意に
－前記リボース基の各修飾が、２’－Ｏ－メチル、２’－フルオロ、２’－デオキシ、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）（ＭＯＥ）、２’－ＮＨ _２（２’－アミノ）、４’－チオ、二環式ヌクレオチド、ロック核酸（ＬＮＡ）、２’－（Ｓ）－拘束エチル（Ｓ－ｃＥｔ）、拘束ＭＯＥ、及び２’－Ｏ，４’－Ｃ－アミノメチレン架橋核酸（２’，４’－ＢＮＡ ^ＮＣ）からなる群から独立して選択される；
－前記リン酸基の各修飾が、ホスホロチオエート、ホスホノアセテート（ＰＡＣＥ）、チオホスホノアセテート（チオＰＡＣＥ）、アミド、トリアゾール、ホスホネート、及びホスホトリエステル修飾からなる群から独立して選択される；
－核酸塩基基の各修飾が、２－チオウリジン、４－チオウリジン、Ｎ ^６－メチルアデノシン、シュードウリジン、２，６－ジアミノプリン、イノシン、チミジン、５－メチルシトシン、５－置換ピリミジン、イソグアニン、イソシトシン、及びハロゲン化芳香族基からなる群から独立して選択される；
－前記ガイドＲＮＡが、少なくとも９０％または１００％修飾されたヌクレオチドを含む；
－前記ｃｒＲＮＡ部分が、１～２０個のホスホロチオエート修飾を含む；
－前記化学修飾されたガイドＲＮＡが、修飾されていないガイドＲＮＡに対して、少なくとも約５０％の活性を含む；かつ／または
－前記ｃｒＲＮＡ部分の少なくとも１つのヌクレオチドが、２’－デオキシ化学修飾及びホスホロチオエート化学修飾のそれぞれを含み、
任意に、
－前記ｃｒＲＮＡ部分の５’末端から４、５、６、１２、１５、１６、１９、２２、２３、及び２４位の前記ヌクレオチドのうちの１つ以上が、２’－デオキシ化学修飾を含む；
－前記ｃｒＲＮＡ部分の前記５’末端から４、５、及び６位の前記ヌクレオチドが、２’－デオキシ化学修飾及びホスホロチオエート化学修飾のそれぞれを含む；
－前記ｃｒＲＮＡ部分の前記５’末端から１２位の前記ヌクレオチドが、２’－デオキシ化学修飾及びホスホロチオエート化学修飾のそれぞれを含む；
－前記ｃｒＲＮＡ部分の前記５’末端から１５、１６、及び１９位の前記ヌクレオチドが、２’－デオキシ化学修飾及びホスホロチオエート化学修飾のそれぞれを含む；または
－前記ｃｒＲＮＡ部分の前記５’末端から２２、２３、及び２４位の前記ヌクレオチドが、２’－デオキシ化学修飾及びホスホロチオエート化学修飾のそれぞれを含む、
請求項１に記載の化学修飾されたガイドＲＮＡ。
ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮ＃ｄＮ＃ｄＮ＃ｄＮ＃ｍＮｍＮｍＮｍＮｆＮｆＮｆＮｆＮｒＮ＃ｒＮ＃ｆＮｆＮｒＮ＃ｍＮｍＧｒＵ＃ｒＵ＃ｒＵ＃ｍＵｍＡｍＧｍＡｍＧｍＣｍＵｍＡｍＵ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＵ（ｃｒＲＮＡ３８）、
ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮ＃ｄＮ＃ｄＮ＃ｄＮ＃ｍＮｍＮｍＮｍＮｆＮｆＮｆＮｆＮｆＮｆＮｆＮｆＮｆＮｍＮｍＧｆＵｆＵｆＵｆＵｆＡｍＧｍＡｍＧｍＣｍＵｍＡｍＵ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＵ（ｃｒＲＮＡ４０）、
ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｆＮｆＮｆＮｆＮｄＮ＃ｄＮ＃ｆＮｆＮｄＮ＃ｍＮｍＧｒＵ＃ｒＵ＃ｒＵ＃ｆＵｆＡｍＧｍＡｍＧｍＣｍＵｍＡｍＵ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＵ（ｃｒＲＮＡ４１）、
ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｆＮｆＮｆＮｆＮｒＮ＃ｒＮ＃ｆＮｆＮｒＮ＃ｍＮｍＧｄＵ＃ｄＵ＃ｄＵ＃ｆＵｆＡｍＧｍＡｍＧｍＣｍＵｍＡｍＵ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＵ（ｃｒＲＮＡ４２）、及び
ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｆＮｄＮ＃ｆＮｆＮｒＮ＃ｒＮ＃ｆＮｆＮｒＮ＃ｍＮｍＧｒＵ＃ｒＵ＃ｒＵ＃ｆＵｆＡｍＧｍＡｍＧｍＣｍＵｍＡｍＵ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＵ（ｃｒＲＮＡ４４）からなる群から選択されるｃｒＲＮＡ部分修飾パターンを含み、
ここで、ｒＮ＝ＲＮＡ、ｍＮ＝２’－Ｏ－メチルＲＮＡ、ｆＮ＝２’－フルオロＲＮＡ、ｄＮ＝２’－デオキシＲＮＡ、Ｎ＃Ｎ＝ホスホロチオエート結合、及びＮ＝任意のヌクレオチドである、かつ／または表２のｔｒａｃｒＲＮＡ２～１１６のうちのいずれかから選択されるｔｒａｃｒＲＮＡ部分修飾パターンをさらに含む、請求項１または２に記載の化学修飾されたガイドＲＮＡ。
化学修飾されたガイドＲＮＡであって、
（ａ）（ｉ）標的ポリヌクレオチド配列にハイブリダイズできるガイド配列、及び（ｉｉ）リピート配列を含むｃｒＲＮＡ部分、ならびに
（ｂ）前記リピート配列に相補的であるアンチリピートヌクレオチド配列を含むｔｒａｃｒＲＮＡ部分、を含み、
前記ｃｒＲＮＡ部分の５’末端から４、５、及び６位の前記ヌクレオチドが、２’－フルオロ化学修飾またはホスホロチオエート化学修飾を含む、前記化学修飾されたガイドＲＮＡ。
リボース基、リン酸基、核酸塩基、またはそれらの組み合わせの修飾から選択される１つ以上の追加の化学修飾を含み、任意に：
－前記リボース基の各修飾が、２’－Ｏ－メチル、２’－フルオロ、２’－デオキシ、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）（ＭＯＥ）、２’－ＮＨ _２（２’－アミノ）、４’－チオ、二環式ヌクレオチド、ロック核酸（ＬＮＡ）、２’－（Ｓ）－拘束エチル（Ｓ－ｃＥｔ）、拘束ＭＯＥ、及び２’－Ｏ，４’－Ｃ－アミノメチレン架橋核酸（２’，４’－ＢＮＡ ^ＮＣ）からなる群から独立して選択される；
－前記リン酸基の各修飾が、ホスホロチオエート、ホスホノアセテート（ＰＡＣＥ）、チオホスホノアセテート（チオＰＡＣＥ）、アミド、トリアゾール、ホスホネート、及びホスホトリエステル修飾からなる群から独立して選択される；
－核酸塩基基の各修飾が、２－チオウリジン、４－チオウリジン、Ｎ ^６－メチルアデノシン、シュードウリジン、２，６－ジアミノプリン、イノシン、チミジン、５－メチルシトシン、５－置換ピリミジン、イソグアニン、イソシトシン、及びハロゲン化芳香族基からなる群から独立して選択される、；
－前記ガイドＲＮＡが、少なくとも９０％または１００％修飾されたヌクレオチドを含む；かつ／または
－前記ｃｒＲＮＡ部分の前記５’末端から４、５、及び６位の前記ヌクレオチドが、２’－フルオロ化学修飾かつ／またはホスホロチオエート化学修飾を含み、任意に：
－前記化学修飾されたガイドＲＮＡが、前記ｃｒＲＮＡ部分の前記５’末端から１５、１６、１９、２２、２３、または２４位のうちの１つ以上に、２’－フルオロ化学修飾を更に含む；かつ／または
－前記化学修飾されたガイドＲＮＡが、前記ｃｒＲＮＡ部分の前記５’末端から１５、１６、１９、２２、２３、及び２４位に、２’－フルオロ化学修飾を更に含む、
請求項４に記載の化学修飾されたガイドＲＮＡ。
ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮ＃ｒＮ＃ｒＮ＃ｒＮ＃ｍＮｍＮｍＮｍＮｒＮ＃ｒＮ＃ｒＮ＃ｒＮ＃ｒＮ＃ｒＮ＃ｒＮ＃ｒＮ＃ｒＮ＃ｍＮｍＧｒＵ＃ｒＵ＃ｒＵ＃ｒＵ＃ｒＡ＃ｍＧｍＡｍＧｍＣｍＵｍＡｍＵ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＵ（ｃｒＲＮＡ３３）、
ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮ＃ｒＮ＃ｒＮ＃ｒＮ＃ｍＮｍＮｍＮｍＮｒＮ＃ｒＮ＃ｒＮ＃ｒＮ＃ｒＮ＃ｒＮ＃ｒＮ＃ｒＮ＃ｒＮ＃ｍＮｍＧｒＵｒＵｒＵｒＵｒＡｍＧｍＡｍＧｍＣｍＵｍＡｍＵ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＵ（ｃｒＲＮＡ３４）、
ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮ＃ｒＮ＃ｒＮ＃ｒＮ＃ｍＮｍＮｍＮｍＮｒＮ＃ｒＮ＃ｒＮ＃ｒＮ＃ｒＮ＃ｒＮ＃ｒＮ＃ｒＮ＃ｒＮ＃ｍＮｍＧｒＵｒＵｒＵｍＵｍＡｍＧｍＡｍＧｍＣｍＵｍＡｍＵ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＵ（ｃｒＲＮＡ３６）、
ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮ＃ｒＮ＃ｒＮ＃ｒＮ＃ｍＮｍＮｍＮｍＮｆＮｆＮｆＮｆＮｒＮ＃ｒＮ＃ｆＮｆＮｒＮ＃ｍＮｍＧｒＵ＃ｒＵ＃ｒＵ＃ｍＵｍＡｍＧｍＡｍＧｍＣｍＵｍＡｍＵ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＵ（ｃｒＲＮＡ３７）、
ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮ＃ｒＮ＃ｒＮ＃ｒＮ＃ｍＮｍＮｍＮｍＮｆＮｆＮｆＮｆＮｆＮｆＮｆＮｆＮｆＮｍＮｍＧｆＵｆＵｆＵｆＵｆＡｍＧｍＡｍＧｍＣｍＵｍＡｍＵ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＵ（ｃｒＲＮＡ３９）、及び
ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮ＃ｆＮｆＮｆＮｍＮｍＮｍＮｍＮｆＮｆＮｆＮｆＮｆＮｆＮｆＮｆＮｆＮｍＮｍＧｆＵｆＵｆＵｆＵｆＡｍＧｍＡｍＧｍＣｍＵｍＡｍＵ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＵ（ｃｒＲＮＡ４５）からなる群から選択されるｃｒＲＮＡ部分修飾パターンを含み、
ここで、ｒＮ＝ＲＮＡ、ｍＮ＝２’－Ｏ－メチルＲＮＡ、ｆＮ＝２’－フルオロＲＮＡ、ｄＮ＝２’－デオキシＲＮＡ、Ｎ＃Ｎ＝ホスホロチオエート結合、及びＮ＝任意のヌクレオチドである、または表２のｔｒａｃｒＲＮＡ２～１１６のうちのいずれかから選択されるｔｒａｃｒＲＮＡ部分修飾パターンを含む、請求項４または５に記載の化学修飾されたガイドＲＮＡ。
化学修飾されたガイドＲＮＡであって、
（ａ）（ｉ）標的ポリヌクレオチド配列にハイブリダイズできるガイド配列、及び（ｉｉ）リピート配列を含むｃｒＲＮＡ部分、ならびに
（ｂ）前記リピート配列に相補的であるアンチリピートヌクレオチド配列を含むｔｒａｃｒＲＮＡ部分、を含み、
前記ｃｒＲＮＡ部分及び前記ｔｒａｃｒＲＮＡ部分がそれぞれ独立して、少なくとも１つの化学修飾ヌクレオチドを含み、
前記ｔｒａｃｒＲＮＡ部分が少なくとも１つの２’－デオキシ修飾リボース基を含む、前記化学修飾されたガイドＲＮＡ。
前記修飾されたヌクレオチドがそれぞれ独立して、リボース基、リン酸基、核酸塩基、またはそれらの組み合わせの修飾を含み、ここで
－前記リボース基の各修飾が、２’－Ｏ－メチル、２’－フルオロ、２’－デオキシ、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）（ＭＯＥ）、２’－ＮＨ _２（２’－アミノ）、４’－チオ、二環式ヌクレオチド、ロック核酸（ＬＮＡ）、２’－（Ｓ）－拘束エチル（Ｓ－ｃＥｔ）、拘束ＭＯＥ、及び２’－Ｏ，４’－Ｃ－アミノメチレン架橋核酸（２’，４’－ＢＮＡ ^ＮＣ）からなる群から独立して選択される、
－前記リン酸基の各修飾が、ホスホロチオエート、ホスホノアセテート（ＰＡＣＥ）、チオホスホノアセテート（チオＰＡＣＥ）、アミド、トリアゾール、ホスホネート、及びホスホトリエステル修飾からなる群から独立して選択される；かつ／または
－核酸塩基基の各修飾が、２－チオウリジン、４－チオウリジン、Ｎ ^６－メチルアデノシン、シュードウリジン、２，６－ジアミノプリン、イノシン、チミジン、５－メチルシトシン、５－置換ピリミジン、イソグアニン、イソシトシン、及びハロゲン化芳香族基からなる群から独立して選択される；かつ／または
－前記ガイドＲＮＡが、少なくとも９０％または１００％修飾されたヌクレオチドを含む、任意に：
－前記ｔｒａｃｒＲＮＡ部分が、
ｍＡ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＡｍＵｍＡｍＧｍＣｍＡｍＡｍＧｄＵｄＵｍＡｒＡｍＡｍＡｒＵｍＡｍＡｍＧｍＧｒＣｒＵｍＡｒＧｒＵｒＣｍＣｒＧｒＵｒＵｍＡｍＵｍＣｍＡｍＡｍＣｍＵｍＵｍＧｍＡｍＡｍＡｍＡｍＡｍＧｍＵｍＧｍＧｍＣｍＡｍＣｍＣｍＧｍＡｍＧｍＵｍＣｍＧｍＧｍＵｍＧｍＣ＃ｍＵ＃ｍＵ＃ｍＵ（ｔｒａｃｒＲＮＡ７４）、
ｍＡ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＡｍＵｍＡｍＧｍＣｍＡｍＡｍＧｒＵｒＵｍＡｄＡｍＡｍＡｄＵｍＡｍＡｍＧｍＧｒＣｒＵｍＡｒＧｒＵｒＣｍＣｒＧｒＵｒＵｍＡｍＵｍＣｍＡｍＡｍＣｍＵｍＵｍＧｍＡｍＡｍＡｍＡｍＡｍＧｍＵｍＧｍＧｍＣｍＡｍＣｍＣｍＧｍＡｍＧｍＵｍＣｍＧｍＧｍＵｍＧｍＣ＃ｍＵ＃ｍＵ＃ｍＵ（ｔｒａｃｒＲＮＡ７５）、
ｍＡ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＡｍＵｍＡｍＧｍＣｍＡｍＡｍＧｄＵｄＵｍＡｄＡｍＡｍＡｄＵｍＡｍＡｍＧｍＧｒＣｒＵｍＡｒＧｒＵｒＣｍＣｒＧｒＵｒＵｍＡｍＵｍＣｍＡｍＡｍＣｍＵｍＵｍＧｍＡｍＡｍＡｍＡｍＡｍＧｍＵｍＧｍＧｍＣｍＡｍＣｍＣｍＧｍＡｍＧｍＵｍＣｍＧｍＧｍＵｍＧｍＣ＃ｍＵ＃ｍＵ＃ｍＵ（ｔｒａｃｒＲＮＡ７６）、
ｍＡ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＡｍＵｍＡｍＧｍＣｍＡｍＡｍＧｒＵｒＵｍＡｒＡｍＡｍＡｒＵｍＡｍＡｍＧｍＧｄＣｄＵｍＡｒＧｒＵｒＣｍＣｒＧｒＵｒＵｍＡｍＵｍＣｍＡｍＡｍＣｍＵｍＵｍＧｍＡｍＡｍＡｍＡｍＡｍＧｍＵｍＧｍＧｍＣｍＡｍＣｍＣｍＧｍＡｍＧｍＵｍＣｍＧｍＧｍＵｍＧｍＣ＃ｍＵ＃ｍＵ＃ｍＵ（ｔｒａｃｒＲＮＡ７７）、
ｍＡ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＡｍＵｍＡｍＧｍＣｍＡｍＡｍＧｒＵｒＵｍＡｒＡｍＡｍＡｒＵｍＡｍＡｍＧｍＧｒＣｒＵｍＡｄＧｄＵｄＣｍＣｒＧｒＵｒＵｍＡｍＵｍＣｍＡｍＡｍＣｍＵｍＵｍＧｍＡｍＡｍＡｍＡｍＡｍＧｍＵｍＧｍＧｍＣｍＡｍＣｍＣｍＧｍＡｍＧｍＵｍＣｍＧｍＧｍＵｍＧｍＣ＃ｍＵ＃ｍＵ＃ｍＵ（ｔｒａｃｒＲＮＡ７８）、
ｍＡ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＡｍＵｍＡｍＧｍＣｍＡｍＡｍＧｒＵｒＵｍＡｒＡｍＡｍＡｒＵｍＡｍＡｍＧｍＧｒＣｒＵｍＡｒＧｒＵｒＣｍＣｄＧｄＵｄＵｍＡｍＵｍＣｍＡｍＡｍＣｍＵｍＵｍＧｍＡｍＡｍＡｍＡｍＡｍＧｍＵｍＧｍＧｍＣｍＡｍＣｍＣｍＧｍＡｍＧｍＵｍＣｍＧｍＧｍＵｍＧｍＣ＃ｍＵ＃ｍＵ＃ｍＵ（ｔｒａｃｒＲＮＡ７９）、
ｍＡ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＡｍＵｍＡｍＧｍＣｍＡｍＡｍＧｒＵｒＵｍＡｒＡｍＡｍＡｒＵｍＡｍＡｍＧｍＧｄＣｄＵｍＡｒＧｒＵｒＣｍＣｄＧｄＵｄＵｍＡｍＵｍＣｍＡｍＡｍＣｍＵｍＵｍＧｍＡｍＡｍＡｍＡｍＡｍＧｍＵｍＧｍＧｍＣｍＡｍＣｍＣｍＧｍＡｍＧｍＵｍＣｍＧｍＧｍＵｍＧｍＣ＃ｍＵ＃ｍＵ＃ｍＵ（ｔｒａｃｒＲＮＡ８０）、
ｍＡ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＡｍＵｍＡｍＧｍＣｍＡｍＡｍＧｒＵｒＵｍＡｒＡｍＡｍＡｒＵｍＡｍＡｍＧｍＧｄＣｄＵｍＡｄＧｄＵｄＣｍＣｒＧｒＵｒＵｍＡｍＵｍＣｍＡｍＡｍＣｍＵｍＵｍＧｍＡｍＡｍＡｍＡｍＡｍＧｍＵｍＧｍＧｍＣｍＡｍＣｍＣｍＧｍＡｍＧｍＵｍＣｍＧｍＧｍＵｍＧｍＣ＃ｍＵ＃ｍＵ＃ｍＵ（ｔｒａｃｒＲＮＡ８１）、
ｍＡ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＡｍＵｍＡｍＧｍＣｍＡｍＡｍＧｒＵｒＵｍＡｒＡｍＡｍＡｒＵｍＡｍＡｍＧｍＧｒＣｒＵｍＡｄＧｄＵｄＣｍＣｄＧｄＵｄＵｍＡｍＵｍＣｍＡｍＡｍＣｍＵｍＵｍＧｍＡｍＡｍＡｍＡｍＡｍＧｍＵｍＧｍＧｍＣｍＡｍＣｍＣｍＧｍＡｍＧｍＵｍＣｍＧｍＧｍＵｍＧｍＣ＃ｍＵ＃ｍＵ＃ｍＵ（ｔｒａｃｒＲＮＡ８２）、
ｍＡ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＡｍＵｍＡｍＧｍＣｍＡｍＡｍＧｒＵｒＵｍＡｒＡｍＡｍＡｒＵｍＡｍＡｍＧｍＧｒＣｒＵｍＡｄＧｒＵｄＣｍＣｒＧｒＵｒＵｍＡｍＵｍＣｍＡｍＡｍＣｍＵｍＵｍＧｍＡｍＡｍＡｍＡｍＡｍＧｍＵｍＧｍＧｍＣｍＡｍＣｍＣｍＧｍＡｍＧｍＵｍＣｍＧｍＧｍＵｍＧｍＣ＃ｍＵ＃ｍＵ＃ｍＵ（ｔｒａｃｒＲＮＡ８３）、
ｍＡ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＡｍＵｍＡｍＧｍＣｍＡｍＡｍＧｒＵｒＵｍＡｒＡｍＡｍＡｒＵｍＡｍＡｍＧｍＧｒＣｒＵｍＡｒＧｒＵｒＣｍＣｄＧｒＵｄＵｍＡｍＵｍＣｍＡｍＡｍＣｍＵｍＵｍＧｍＡｍＡｍＡｍＡｍＡｍＧｍＵｍＧｍＧｍＣｍＡｍＣｍＣｍＧｍＡｍＧｍＵｍＣｍＧｍＧｍＵｍＧｍＣ＃ｍＵ＃ｍＵ＃ｍＵ（ｔｒａｃｒＲＮＡ８４）、
ｍＡ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＡｍＵｍＡｍＧｍＣｍＡｍＡｍＧｒＵｒＵｍＡｒＡｍＡｍＡｒＵｍＡｍＡｍＧｍＧｄＣｄＵｍＡｄＧｒＵｄＣｍＣｄＧｒＵｄＵｍＡｍＵｍＣｍＡｍＡｍＣｍＵｍＵｍＧｍＡｍＡｍＡｍＡｍＡｍＧｍＵｍＧｍＧｍＣｍＡｍＣｍＣｍＧｍＡｍＧｍＵｍＣｍＧｍＧｍＵｍＧｍＣ＃ｍＵ＃ｍＵ＃ｍＵ（ｔｒａｃｒＲＮＡ８５）、
ｍＡ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＡｍＵｍＡｍＧｍＣｍＡｍＡｍＧｒＵｒＵｍＡｒＡｍＡｍＡｒＵｍＡｍＡｍＧｍＧｒＣｒＵｍＡｄＧｒＵｄＣｍＣｄＧｒＵｄＵｍＡｍＵｍＣｍＡｍＡｍＣｍＵｍＵｍＧｍＡｍＡｍＡｍＡｍＡｍＧｍＵｍＧｍＧｍＣｍＡｍＣｍＣｍＧｍＡｍＧｍＵｍＣｍＧｍＧｍＵｍＧｍＣ＃ｍＵ＃ｍＵ＃ｍＵ（ｔｒａｃｒＲＮＡ８６）、
ｍＡ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＡｍＵｍＡｍＧｍＣｍＡｍＡｍＧｒＵｒＵｍＡｒＡｍＡｍＡｒＵｍＡｍＡｍＧｍＧｄＣｒＵｍＡｄＧｒＵｄＣｍＣｄＧｒＵｄＵｍＡｍＵｍＣｍＡｍＡｍＣｍＵｍＵｍＧｍＡｍＡｍＡｍＡｍＡｍＧｍＵｍＧｍＧｍＣｍＡｍＣｍＣｍＧｍＡｍＧｍＵｍＣｍＧｍＧｍＵｍＧｍＣ＃ｍＵ＃ｍＵ＃ｍＵ（ｔｒａｃｒＲＮＡ８７）、
ｍＡ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＡｍＵｍＡｍＧｍＣｍＡｍＡｍＧｒＵｒＵｍＡｒＡｍＡｍＡｄＵｍＡｍＡｍＧｍＧｄＣｄＵｍＡｒＧｄＵｄＣｍＣｒＧｒＵｒＵｍＡｍＵｍＣｍＡｍＡｍＣｍＵｍＵｍＧｍＡｍＡｍＡｍＡｍＡｍＧｍＵｍＧｍＧｍＣｍＡｍＣｍＣｍＧｍＡｍＧｍＵｍＣｍＧｍＧｍＵｍＧｍＣ＃ｍＵ＃ｍＵ＃ｍＵ（ｔｒａｃｒＲＮＡ１０４）、
ｍＡ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＡｍＵｍＡｍＧｍＣｍＡｍＡｍＧｒＵｄＵｍＡｒＡｍＡｍＡｄＵｍＡｍＡｍＧｍＧｄＣｄＵｍＡｄＧｄＵｄＣｍＣｒＧｒＵｒＵｍＡｍＵｍＣｍＡｍＡｍＣｍＵｍＵｍＧｍＡｍＡｍＡｍＡｍＡｍＧｍＵｍＧｍＧｍＣｍＡｍＣｍＣｍＧｍＡｍＧｍＵｍＣｍＧｍＧｍＵｍＧｍＣ＃ｍＵ＃ｍＵ＃ｍＵ（ｔｒａｃｒＲＮＡ１０５）、及び
ｍＡ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＡｍＵｍＡｍＧｍＣｍＡｍＡｍＧｄＵｄＵｍＡｄＡｍＡｍＡｄＵｍＡｍＡｍＧｍＧｄＣｄＵｍＡｄＧｄＵｄＣｍＣｄＧｄＵｄＵｍＡｍＵｍＣｍＡｍＡｍＣｍＵｍＵｍＧｍＡｍＡｍＡｍＡｍＡｍＧｍＵｍＧｍＧｍＣｍＡｍＣｍＣｍＧｍＡｍＧｍＵｍＣｍＧｍＧｍＵｍＧｍＣ＃ｍＵ＃ｍＵ＃ｍＵ（ｔｒａｃｒＲＮＡ１０６）からなる群から選択される修飾パターンを含み、
ここで、ｒＮ＝ＲＮＡ、ｍＮ＝２’－Ｏ－メチルＲＮＡ、ｆＮ＝２’－フルオロＲＮＡ、ｄＮ＝２’－デオキシＲＮＡ、Ｎ＃Ｎ＝ホスホロチオエート結合、及びＮ＝任意のヌクレオチドであり、かつ／または、表１のｃｒＲＮＡ１～１３４のうちのいずれか１つから選択される、ｃｒＲＮＡ部分修飾パターンをさらに含む、
請求項７に記載の化学修飾されたガイドＲＮＡ。
化学修飾されたガイドＲＮＡであって、
（ａ）（ｉ）標的ポリヌクレオチド配列にハイブリダイズできるガイド配列、及び（ｉｉ）リピート配列を含むｃｒＲＮＡ部分、ならびに
（ｂ）前記リピート配列に相補的であるアンチリピートヌクレオチド配列を含むｔｒａｃｒＲＮＡ部分、を含み、
ここで、前記ｃｒＲＮＡ部分が少なくとも１つの２’－ＮＨ _２（２’－アミノＲＮＡ）修飾を含む、前記化学修飾されたガイドＲＮＡ。
－ピリミジンヌクレオチドが、前記２’－ＮＨ_２修飾を含む；
－プリンヌクレオチドが、前記２’－ＮＨ _２修飾を含む；
－前記ｃｒＲＮＡ部分が、前記ｃｒＲＮＡ部分の５’末端から１６、１９、２２、２３、及び２４位のうちの１つ以上に２’－ＮＨ _２（２’－アミノＲＮＡ）修飾を含む；
－前記ｃｒＲＮＡ部分が、前記ｃｒＲＮＡ部分の前記５’末端から２２、２３、及び２４位に２’－ＮＨ _２（２’－アミノ）修飾を含む；
－前記ｃｒＲＮＡ部分が、前記ｃｒＲＮＡ部分の前記５’末端から１９、２２、２３、及び２４位に２’－ＮＨ _２（２’－アミノ）修飾を含む；
－前記ｃｒＲＮＡ部分が、前記ｃｒＲＮＡ部分の前記５’末端から１６位及び１９位に２’－ＮＨ _２（２’－アミノ）修飾を含む；
－前記ｔｒａｃｒＲＮＡ部分が、表２のｔｒａｃｒＲＮＡ１～ｔｒａｃｒＲＮＡ１１６からなる群から選択される修飾パターンを含む；
－前記ｃｒＲＮＡ部分が、リボース基、リン酸基、核酸塩基、またはそれらの組み合わせの修飾からそれぞれ独立して選択される１つ以上の追加の修飾されたヌクレオチドを更に含む；
－前記ｔｒａｃｒＲＮＡ部分が、リボース基、リン酸基、核酸塩基、またはそれらの組み合わせの修飾からそれぞれ独立して選択される１つ以上の修飾されたヌクレオチドを含み、任意に：
－前記リボース基の各修飾が、２’－Ｏ－メチル、２’－フルオロ、２’－デオキシ、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）（ＭＯＥ）、２’－ＮＨ _２（２’－アミノ）、４’－チオ、二環式ヌクレオチド、ロック核酸（ＬＮＡ）、２’－（Ｓ）－拘束エチル（Ｓ－ｃＥｔ）、拘束ＭＯＥ、及び２’－Ｏ，４’－Ｃ－アミノメチレン架橋核酸（２’，４’－ＢＮＡ ^ＮＣ）からなる群から独立して選択される；
－前記リボース基の少なくとも８０％、少なくとも９０％または１００％が化学修飾されている；
－前記リン酸基の各修飾が、ホスホロチオエート、ホスホノアセテート（ＰＡＣＥ）、チオホスホノアセテート（チオＰＡＣＥ）、アミド、トリアゾール、ホスホネート、またはホスホトリエステル修飾からなる群から独立して選択される；
－核酸塩基基の各修飾が、２－チオウリジン、４－チオウリジン、Ｎ ^６－メチルアデノシン、シュードウリジン、２，６－ジアミノプリン、イノシン、チミジン、５－メチルシトシン、５－置換ピリミジン、イソグアニン、イソシトシン、及びハロゲン化芳香族基からなる群から独立して選択される；かつ／または
－前記ガイドＲＮＡが、少なくとも９０％または１００％修飾されたヌクレオチドを含む；
請求項９に記載の化学修飾されたガイドＲＮＡ。
ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｆＮｆＮｆＮｆＮｒＮ＃ｒＮ＃ｆＮｆＮａＮｍＮｍＧａＵａＵａＵｆＵｆＡｍＧｍＡｍＧｍＣｍＵｍＡｍＵ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＵ（ｃｒＲＮＡ１１４）、
ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｆＮｆＮｆＮｆＮｒＮ＃ｒＮ＃ｆＮｆＮａＮｍＮｍＧｒＵ＃ｒＵ＃ｒＵ＃ｆＵｆＡｍＧｍＡｍＧｍＣｍＵｍＡｍＵ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＵ（ｃｒＲＮＡ１１５）、
ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｆＮｆＮｆＮｆＮｒＮ＃ｒＮ＃ｆＮｆＮｒＮ＃ｍＮｍＧａＵｒＵ＃ｒＵ＃ｆＵｆＡｍＧｍＡｍＧｍＣｍＵｍＡｍＵ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＵ（ｃｒＲＮＡ１１６）、
ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｆＮｆＮｆＮｆＮｒＮ＃ｒＮ＃ｆＮｆＮｒＮ＃ｍＮｍＧｒＵ＃ａＵｒＵ＃ｆＵｆＡｍＧｍＡｍＧｍＣｍＵｍＡｍＵ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＵ（ｃｒＲＮＡ１１７）、
ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｆＮｆＮｆＮｆＮｒＮ＃ｒＮ＃ｆＮｆＮｒＮ＃ｍＮｍＧｒＵ＃ｒＵ＃ａＵｆＵｆＡｍＧｍＡｍＧｍＣｍＵｍＡｍＵ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＵ（ｃｒＲＮＡ１１８）、及び
ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｆＮｆＮｆＮｆＮｒＮ＃ｒＮ＃ｆＮｆＮｒＮ＃ｍＮｍＧａＵａＵａＵｆＵｆＡｍＧｍＡｍＧｍＣｍＵｍＡｍＵ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＵ（ｃｒＲＮＡ１２８）からなる群から選択されるｃｒＲＮＡ部分修飾パターンを含み、
ここで、ｒＮ＝ＲＮＡ、ｍＮ＝２’－Ｏ－メチルＲＮＡ、ｆＮ＝２’－フルオロＲＮＡ、ｄＮ＝２’－デオキシＲＮＡ、ａＮ＝２’－ＮＨ_２（２’－アミノＲＮＡ）、Ｎ＃Ｎ＝ホスホロチオエート結合、及びＮ＝任意のヌクレオチドである、請求項９または１０に記載の化学修飾されたガイドＲＮＡ。
化学修飾されたガイドＲＮＡであって、
（ａ）（ｉ）標的ポリヌクレオチド配列にハイブリダイズできるガイド配列、及び（ｉｉ）リピート配列を含むｃｒＲＮＡ部分、ならびに
（ｂ）前記リピート配列に相補的であるアンチリピートヌクレオチド配列を含むｔｒａｃｒＲＮＡ部分、を含み、
前記ｃｒＲＮＡ部分及び前記ｔｒａｃｒＲＮＡ部分の一方または両方が、少なくとも１つの４’－チオＲＮＡ修飾を含む、前記化学修飾されたガイドＲＮＡ。
前記ｃｒＲＮＡ部分が、前記ｃｒＲＮＡ部分の５’末端から１９、２２、２３、及び２４位のうちの１つ以上に４’－チオＲＮＡ修飾を含み、任意に：
前記ｃｒＲＮＡ部分が、前記ｃｒＲＮＡ部分の５’末端から１９位に４’－チオＲＮＡ修飾を含む；
前記ｃｒＲＮＡ部分が、前記ｃｒＲＮＡ部分の５’末端から２２位に４’－チオＲＮＡ修飾を含む；
前記ｃｒＲＮＡ部分が、前記ｃｒＲＮＡ部分の５’末端から２３位に４’－チオＲＮＡ修飾を含む；
前記ｃｒＲＮＡ部分が、前記ｃｒＲＮＡ部分の５’末端から２４位に４’－チオＲＮＡ修飾を含む；
前記ｃｒＲＮＡ部分が、前記ｃｒＲＮＡ部分の５’末端から２２位及び２３位に４’－チオＲＮＡ修飾を含む；
前記ｃｒＲＮＡ部分が、前記ｃｒＲＮＡ部分の５’末端から２２位及び２４位に４’－チオＲＮＡ修飾を含む；
前記ｃｒＲＮＡ部分が、前記ｃｒＲＮＡ部分の５’末端から２３位及び２４位に４’－チオＲＮＡ修飾を含む；または
前記ｃｒＲＮＡ部分が、前記ｃｒＲＮＡ部分の５’末端から１９、２２、２３、及び２４位に４’－チオＲＮＡ修飾を含む；任意に、前記ｔｒａｃｒＲＮＡ部分が：
－前記ｔｒａｃｒＲＮＡ部分の５’末端から１２、１３、１８、２４、２７、３１、及び３２位のうちの１つ以上に４’－チオＲＮＡ修飾；
－前記ｔｒａｃｒＲＮＡ部分の５’末端から１２位に４’－チオＲＮＡ修飾；
－前記ｔｒａｃｒＲＮＡ部分の５’末端から１３位に４’－チオＲＮＡ修飾；
－前記ｔｒａｃｒＲＮＡ部分の５’末端から１８位に４’－チオＲＮＡ修飾；
－前記ｔｒａｃｒＲＮＡ部分の５’末端から２４位に４’－チオＲＮＡ修飾；
－前記ｔｒａｃｒＲＮＡ部分の５’末端から２７位に４’－チオＲＮＡ修飾；
－前記ｔｒａｃｒＲＮＡ部分の５’末端から３１位に４’－チオＲＮＡ修飾；
－前記ｔｒａｃｒＲＮＡ部分の５’末端から３２位に４’－チオＲＮＡ修飾；
－前記ｔｒａｃｒＲＮＡ部分の５’末端から１２、１３、及び１８位に４’－チオＲＮＡ修飾；
－前記ｔｒａｃｒＲＮＡ部分の５’末端から２４、２７、３１、及び３２位に４’－チオＲＮＡ修飾；または
－前記ｔｒａｃｒＲＮＡ部分の５’末端から１２、１３、１８、２４、２７、３１、及び３２位に４’－チオＲＮＡ修飾、
を含む、
請求項１２に記載の化学修飾されたガイドＲＮＡ。
前記ｃｒＲＮＡ部分及び／または前記ｔｒａｃｒＲＮＡ部分が、リボース基、リン酸基、核酸塩基、またはそれらの組み合わせの修飾からそれぞれ独立して選択される１つ以上の更なる修飾されたヌクレオチドを更に含み、任意に：
前記リボース基の各修飾が、２’－Ｏ－メチル、２’－フルオロ、２’－デオキシ、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）（ＭＯＥ）、２’－ＮＨ _２（２’－アミノ）、二環式ヌクレオチド、ロック核酸（ＬＮＡ）、２’－（Ｓ）－拘束エチル（Ｓ－ｃＥｔ）、拘束ＭＯＥ、及び２’－Ｏ，４’－Ｃ－アミノメチレン架橋核酸（２’，４’－ＢＮＡ ^ＮＣ）からなる群から独立して選択される；
前記リボース基の少なくとも８０％、少なくとも９０％または１００％が化学修飾されている；
前記リン酸基の各修飾が、ホスホロチオエート、ホスホノアセテート（ＰＡＣＥ）、チオホスホノアセテート（チオＰＡＣＥ）、アミド、トリアゾール、ホスホネート、またはホスホトリエステル修飾からなる群から独立して選択される；
核酸塩基基の各修飾が、２－チオウリジン、４－チオウリジン、Ｎ ^６－メチルアデノシン、シュードウリジン、２，６－ジアミノプリン、イノシン、チミジン、５－メチルシトシン、５－置換ピリミジン、イソグアニン、イソシトシン、及びハロゲン化芳香族基からなる群から独立して選択される；かつ／または；
前記ガイドＲＮＡが、少なくとも９０％または１００％修飾されたヌクレオチドを含む
、請求項１２または１３に記載の化学修飾されたガイドＲＮＡ。
ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｆＮｆＮｆＮｆＮｒＮ＃ｒＮ＃ｆＮｆＮｓＮ＃ｍＮｍＧｓＵ＃ｓＵ＃ｓＵ＃ｆＵｆＡｍＧｍＡｍＧｍＣｍＵｍＡｍＵ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＵ（ｃｒＲＮＡ１１９）、
ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｆＮｆＮｆＮｆＮｒＮ＃ｒＮ＃ｆＮｆＮｓＮｍＮｍＧｓＵｓＵｓＵｆＵｆＡｍＧｍＡｍＧｍＣｍＵｍＡｍＵ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＵ（ｃｒＲＮＡ１２０）、
ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｆＮｆＮｆＮｆＮｒＮ＃ｒＮ＃ｆＮｆＮｓＮｍＮｍＧｒＵ＃ｒＵ＃ｒＵ＃ｆＵｆＡｍＧｍＡｍＧｍＣｍＵｍＡｍＵ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＵ（ｃｒＲＮＡ１２１）、
ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｆＮｆＮｆＮｆＮｒＮ＃ｒＮ＃ｆＮｆＮｒＮ＃ｍＮｍＧｓＵｒＵ＃ｒＵ＃ｆＵｆＡｍＧｍＡｍＧｍＣｍＵｍＡｍＵ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＵ（ｃｒＲＮＡ１２２）、
ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｆＮｆＮｆＮｆＮｒＮ＃ｒＮ＃ｆＮｆＮｒＮ＃ｍＮｍＧｒＵ＃ｓＵｒＵ＃ｆＵｆＡｍＧｍＡｍＧｍＣｍＵｍＡｍＵ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＵ（ｃｒＲＮＡ１２３）、
ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｆＮｆＮｆＮｆＮｒＮ＃ｒＮ＃ｆＮｆＮｒＮ＃ｍＮｍＧｒＵ＃ｒＵ＃ｓＵｆＵｆＡｍＧｍＡｍＧｍＣｍＵｍＡｍＵ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＵ（ｃｒＲＮＡ１２４）、
ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｆＮｆＮｆＮｆＮｒＮ＃ｒＮ＃ｆＮｆＮｒＮ＃ｍＮｍＧｓＵｒＵ＃ｓＵｆＵｆＡｍＧｍＡｍＧｍＣｍＵｍＡｍＵ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＵ（ｃｒＲＮＡ１２５）、
ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｆＮｆＮｆＮｆＮｒＮ＃ｒＮ＃ｆＮｆＮｒＮ＃ｍＮｍＧｓＵｓＵｒＵ＃ｆＵｆＡｍＧｍＡｍＧｍＣｍＵｍＡｍＵ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＵ（ｃｒＲＮＡ１２６）、
ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｆＮｆＮｆＮｆＮｒＮ＃ｒＮ＃ｆＮｆＮｒＮ＃ｍＮｍＧｒＵ＃ｓＵｓＵｆＵｆＡｍＧｍＡｍＧｍＣｍＵｍＡｍＵ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＵ（ｃｒＲＮＡ１２７）、
ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｆＮｆＮｆＮｆＮｒＮ＃ｒＮ＃ｆＮｆＮｒＮ＃ｍＮｍＧｓＵ＃ｓＵ＃ｓＵ＃ｆＵｆＡｍＧｍＡｍＧｍＣｍＵｍＡｍＵ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＵ（ｃｒＲＮＡ１２９）、及び
ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮ＃ｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｍＮｆＮｆＮｆＮｆＮｒＮ＃ｒＮ＃ｆＮｆＮｒＮ＃ｍＮｍＧｓＵｓＵｓＵｆＵｆＡｍＧｍＡｍＧｍＣｍＵｍＡｍＵ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＵ（ｃｒＲＮＡ１３０）からなる群から選択されるｃｒＲＮＡ部分修飾パターンを含み、
ここで、ｒＮ＝ＲＮＡ、ｍＮ＝２’－Ｏ－メチルＲＮＡ、ｆＮ＝２’－フルオロＲＮＡ、ｓＮ＝４’－チオＲＮＡ、Ｎ＃Ｎ＝ホスホロチオエート結合、及びＮ＝任意のヌクレオチドであり、任意に、前記ｔｒａｃｒＲＮＡ部分が、表２のｔｒａｃｒＲＮＡ１～ｔｒａｃｒＲＮＡ１１６からなる群から選択される修飾パターンを含む、請求項１２～１４のいずれか１項に記載の化学修飾されたガイドＲＮＡ。
ｍＡ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＡｍＵｍＡｍＧｍＣｍＡｍＡｍＧｓＵｓＵｍＡｒＡｍＡｍＡｓＵｍＡｍＡｍＧｍＧｒＣｓＵｍＡｒＧｓＵｒＣｍＣｒＧｓＵｓＵｍＡｍＵｍＣｍＡｍＡｍＣｍＵｍＵｍＧｍＡｍＡｍＡｍＡｍＡｍＧｍＵｍＧｍＧｍＣｍＡｍＣｍＣｍＧｍＡｍＧｍＵｍＣｍＧｍＧｍＵｍＧｍＣ＃ｍＵ＃ｍＵ＃ｍＵ（ｔｒａｃｒＲＮＡ１０７）、
ｍＡ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＡｍＵｍＡｍＧｍＣｍＡｍＡｍＧｓＵｓＵｍＡｒＡｍＡｍＡｓＵｍＡｍＡｍＧｍＧｒＣｒＵｍＡｒＧｒＵｒＣｍＣｒＧｒＵｒＵｍＡｍＵｍＣｍＡｍＡｍＣｍＵｍＵｍＧｍＡｍＡｍＡｍＡｍＡｍＧｍＵｍＧｍＧｍＣｍＡｍＣｍＣｍＧｍＡｍＧｍＵｍＣｍＧｍＧｍＵｍＧｍＣ＃ｍＵ＃ｍＵ＃ｍＵ（ｔｒａｃｒＲＮＡ１０８）、
ｍＡ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＡｍＵｍＡｍＧｍＣｍＡｍＡｍＧｒＵｒＵｍＡｒＡｍＡｍＡｒＵｍＡｍＡｍＧｍＧｒＣｓＵｍＡｒＧｓＵｒＣｍＣｒＧｓＵｓＵｍＡｍＵｍＣｍＡｍＡｍＣｍＵｍＵｍＧｍＡｍＡｍＡｍＡｍＡｍＧｍＵｍＧｍＧｍＣｍＡｍＣｍＣｍＧｍＡｍＧｍＵｍＣｍＧｍＧｍＵｍＧｍＣ＃ｍＵ＃ｍＵ＃ｍＵ（ｔｒａｃｒＲＮＡ１０９）、
ｍＡ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＡｍＵｍＡｍＧｍＣｍＡｍＡｍＧｓＵｒＵｍＡｒＡｍＡｍＡｒＵｍＡｍＡｍＧｍＧｒＣｒＵｍＡｒＧｒＵｒＣｍＣｒＧｒＵｒＵｍＡｍＵｍＣｍＡｍＡｍＣｍＵｍＵｍＧｍＡｍＡｍＡｍＡｍＡｍＧｍＵｍＧｍＧｍＣｍＡｍＣｍＣｍＧｍＡｍＧｍＵｍＣｍＧｍＧｍＵｍＧｍＣ＃ｍＵ＃ｍＵ＃ｍＵ（ｔｒａｃｒＲＮＡ１１０）、
ｍＡ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＡｍＵｍＡｍＧｍＣｍＡｍＡｍＧｒＵｓＵｍＡｒＡｍＡｍＡｒＵｍＡｍＡｍＧｍＧｒＣｒＵｍＡｒＧｒＵｒＣｍＣｒＧｒＵｒＵｍＡｍＵｍＣｍＡｍＡｍＣｍＵｍＵｍＧｍＡｍＡｍＡｍＡｍＡｍＧｍＵｍＧｍＧｍＣｍＡｍＣｍＣｍＧｍＡｍＧｍＵｍＣｍＧｍＧｍＵｍＧｍＣ＃ｍＵ＃ｍＵ＃ｍＵ（ｔｒａｃｒＲＮＡ１１１）、
ｍＡ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＡｍＵｍＡｍＧｍＣｍＡｍＡｍＧｒＵｒＵｍＡｒＡｍＡｍＡｓＵｍＡｍＡｍＧｍＧｒＣｒＵｍＡｒＧｒＵｒＣｍＣｒＧｒＵｒＵｍＡｍＵｍＣｍＡｍＡｍＣｍＵｍＵｍＧｍＡｍＡｍＡｍＡｍＡｍＧｍＵｍＧｍＧｍＣｍＡｍＣｍＣｍＧｍＡｍＧｍＵｍＣｍＧｍＧｍＵｍＧｍＣ＃ｍＵ＃ｍＵ＃ｍＵ（ｔｒａｃｒＲＮＡ１１２）、
ｍＡ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＡｍＵｍＡｍＧｍＣｍＡｍＡｍＧｒＵｒＵｍＡｒＡｍＡｍＡｒＵｍＡｍＡｍＧｍＧｒＣｓＵｍＡｒＧｒＵｒＣｍＣｒＧｒＵｒＵｍＡｍＵｍＣｍＡｍＡｍＣｍＵｍＵｍＧｍＡｍＡｍＡｍＡｍＡｍＧｍＵｍＧｍＧｍＣｍＡｍＣｍＣｍＧｍＡｍＧｍＵｍＣｍＧｍＧｍＵｍＧｍＣ＃ｍＵ＃ｍＵ＃ｍＵ（ｔｒａｃｒＲＮＡ１１３）、
ｍＡ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＡｍＵｍＡｍＧｍＣｍＡｍＡｍＧｒＵｒＵｍＡｒＡｍＡｍＡｒＵｍＡｍＡｍＧｍＧｒＣｒＵｍＡｒＧｓＵｒＣｍＣｒＧｒＵｒＵｍＡｍＵｍＣｍＡｍＡｍＣｍＵｍＵｍＧｍＡｍＡｍＡｍＡｍＡｍＧｍＵｍＧｍＧｍＣｍＡｍＣｍＣｍＧｍＡｍＧｍＵｍＣｍＧｍＧｍＵｍＧｍＣ＃ｍＵ＃ｍＵ＃ｍＵ（ｔｒａｃｒＲＮＡ１１４）、
ｍＡ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＡｍＵｍＡｍＧｍＣｍＡｍＡｍＧｒＵｒＵｍＡｒＡｍＡｍＡｒＵｍＡｍＡｍＧｍＧｒＣｒＵｍＡｒＧｒＵｒＣｍＣｒＧｓＵｒＵｍＡｍＵｍＣｍＡｍＡｍＣｍＵｍＵｍＧｍＡｍＡｍＡｍＡｍＡｍＧｍＵｍＧｍＧｍＣｍＡｍＣｍＣｍＧｍＡｍＧｍＵｍＣｍＧｍＧｍＵｍＧｍＣ＃ｍＵ＃ｍＵ＃ｍＵ（ｔｒａｃｒＲＮＡ１１５）、及び
ｍＡ＃ｍＧ＃ｍＣ＃ｍＡｍＵｍＡｍＧｍＣｍＡｍＡｍＧｒＵｒＵｍＡｒＡｍＡｍＡｒＵｍＡｍＡｍＧｍＧｒＣｒＵｍＡｒＧｒＵｒＣｍＣｒＧｒＵｓＵｍＡｍＵｍＣｍＡｍＡｍＣｍＵｍＵｍＧｍＡｍＡｍＡｍＡｍＡｍＧｍＵｍＧｍＧｍＣｍＡｍＣｍＣｍＧｍＡｍＧｍＵｍＣｍＧｍＧｍＵｍＧｍＣ＃ｍＵ＃ｍＵ＃ｍＵ（ｔｒａｃｒＲＮＡ１１６）からなる群から選択されるｔｒａｃｒＲＮＡ部分修飾パターンを含み、
ここで、ｒＮ＝ＲＮＡ、ｍＮ＝２’－Ｏ－メチルＲＮＡ、ｆＮ＝２’－フルオロＲＮＡ、ｓＮ＝４’－チオＲＮＡ、Ｎ＃Ｎ＝ホスホロチオエート結合、及びＮ＝任意のヌクレオチドであり、任意に：
前記ｃｒＲＮＡ部分が、表１のｃｒＲＮＡ１～ｃｒＲＮＡ１３４からなる群から選択される修飾パターンを含む；
請求項１２～１５のいずれか１項に記載の化学修飾されたガイドＲＮＡ。
前記ガイドＲＮＡにコンジュゲートされた少なくとも１つの部分を更に含み、任意に：
前記少なくとも１つの部分が、前記ｃｒＲＮＡ部分の前記５’末端、前記ｃｒＲＮＡ部分の３’末端、前記ｔｒａｃｒＲＮＡ部分の前記５’末端、及び前記ｔｒａｃｒＲＮＡ部分の３’末端のうちの少なくとも１つにコンジュゲートされる；
前記少なくとも１つの部分が、前記ガイドＲＮＡの細胞取り込みを増加させる；
前記少なくとも１つの部分が、前記ガイドＲＮＡの特定の組織分布を促進する；
前記少なくとも１つの部分が、脂肪酸、ステロイド、セコステロイド、脂質、ガングリオシド類似体、ヌクレオシド類似体、エンドカンナビノイド、ビタミン、受容体リガンド、ペプチド、アプタマー、及びアルキル鎖からなる群から選択される；
前記少なくとも１つの部分が、コレステロール、ドコサヘキサエン酸（ＤＨＡ）、ドコサン酸（ＤＣＡ）、リトコール酸（ＬＡ）、ＧａｌＮＡｃ、両親媒性ブロックコポリマー（ＡＢＣ）、親水性ブロックコポリマー（ＨＢＣ）、ポロキサマー、Ｃｙ５、及びＣｙ３からなる群から選択される；かつ／または
前記少なくとも１つの部分が、修飾された脂質であり、任意に：
前記修飾された脂質が分枝状脂質である；
前記修飾された脂質が、式Ｉ、
式Ｉ：Ｘ－ＭＣ（＝Ｙ）Ｍ－Ｚ－［Ｌ－ＭＣ（＝Ｙ）Ｍ－Ｒ］ｎ、
（式中、Ｘは、前記脂質を前記ガイドＲＮＡに連結する部分であり、各Ｙは、独立して、酸素または硫黄であり、各Ｍは、独立して、ＣＨ _２、ＮＨ、ＯまたはＳであり、Ｚは、２本または３本（「ｎ」）の鎖の化学修飾されたガイドＲＮＡへの連結を可能にする分岐基であり、Ｌは、任意選択のリンカー部分であり、各Ｒは、独立して、長さが２～３０原子の飽和、一価不飽和もしくは多価不飽和の直鎖もしくは分岐鎖部分、ステロール、または他の疎水性基である）の分枝状脂質である；または
前記修飾された脂質が、頭部基修飾された脂質である；
前記修飾された脂質が、式ＩＩ、
式ＩＩ：Ｘ－ＭＣ（＝Ｙ）Ｍ－Ｚ－［Ｌ－ＭＣ（＝Ｙ）Ｍ－Ｒ］ｎ－Ｌ－Ｋ－Ｊ、
（式中、Ｘは、前記脂質を前記ガイドＲＮＡに連結する部分であり、各Ｙは、独立して、酸素または硫黄であり、各Ｍは、独立して、ＣＨ _２、ＮＨ、Ｎ－アルキル、ＯまたはＳであり、Ｚは、２本または３本（「ｎ」）の鎖の化学修飾されたガイドＲＮＡへの連結を可能にする分岐基であり、各Ｌは、独立して、任意選択のリンカー部分であり、Ｒは、長さ２～３０原子の飽和、一価不飽和もしくは多価不飽和の直鎖もしくは分岐鎖部分、ステロール、または他の疎水性基であり、Ｋは、ホスフェート、スルフェート、またはアミドであり、Ｊは、アミノアルカンまたは四級アミノアルカン基である）の頭部基修飾された脂質である；かつ／または
前記少なくとも１つの部分が、リンカーを介して前記ガイドＲＮＡにコンジュゲートされ、任意に、前記リンカーが、エチレングリコール鎖、アルキル鎖、ポリペプチド、多糖、及びブロックコポリマーからなる群から選択される、
請求項１～１６のいずれか１項に記載の化学修飾されたガイドＲＮＡ。
前記ガイドＲＮＡが、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓＣａｓ９（ＳｐＣａｓ９）、Ｓ．ａｕｒｅｕｓＣａｓ９（ＳａＣａｓ９）、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓＣａｓ９（ＮｍＣａｓ９）、Ｃ．ｊｅｊｕｎｉＣａｓ９（ＣｊＣａｓ９）、及びＧｅｏｂａｃｉｌｌｕｓＣａｓ９（ＧｅｏＣａｓ９）からなる群から選択されるＣａｓ９ヌクレアーゼに結合し、任意に：
前記Ｃａｓ９が、活性が変化したバリアントＣａｓ９である；
任意に、前記バリアントＣａｓ９が、Ｃａｓ９ニッカーゼ（ｎＣａｓ９）、触媒失活（ｃａｔａｌｙｔｉｃａｌｌｙｄｅａｄ）Ｃａｓ９（ｄＣａｓ９）、超正確（ｈｙｐｅｒａｃｃｕｒａｔｅ）Ｃａｓ９（ＨｙｐａＣａｓ９）、高忠実度Ｃａｓ９（Ｃａｓ９－ＨＦ）、特異性強化型（ｅｎｈａｎｃｅｄｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｙ）Ｃａｓ９（ｅＣａｓ９）、及び拡張ＰＡＭＣａｓ９（ｘＣａｓ９）からなる群から選択される；
前記Ｃａｓ９のオフターゲット活性が、修飾されていないガイドＲＮＡと比較して低下する；かつ／または
前記Ｃａｓ９のオンターゲット活性が、修飾されていないガイドＲＮＡと比較して増加する；
任意に、前記ガイドＲＮＡが：
前記ｃｒＲＮＡ部分の前記３’末端を前記ｔｒａｃｒＲＮＡ部分の前記５’末端に連結するヌクレオチドまたは非ヌクレオチドループまたはリンカーを更に含む；任意に：
前記非ヌクレオチドリンカーは、エチレングリコールオリゴマーリンカーを含む；
前記ヌクレオチドループが化学修飾される、かつ／または
前記ヌクレオチドループが、ＧＡＡＡのヌクレオチド配列を含む、
請求項１～１７のいずれか１項に記載の化学修飾されたガイドＲＮＡ。
細胞に、
請求項１～１８のいずれか１項に記載の化学修飾されたガイドＲＮＡ、及び
ＲＮＡガイドされたヌクレアーゼまたはＲＮＡガイドされたヌクレアーゼをコードするポリヌクレオチドを含むゲノム編集システムを投与することを含む、前記細胞内の標的遺伝子の発現を変化させる、方法であって、任意に：
前記標的遺伝子が生物内の細胞内にある；
前記標的遺伝子の発現がノックアウトされるか、またはノックダウンされる；
前記標的遺伝子の配列が修飾、編集、修正、または増強される；
前記ガイドＲＮＡ及び前記ＲＮＡガイドされたヌクレアーゼが、リボ核タンパク質（ＲＮＰ）複合体を含む；
前記ＲＮＡガイドされたヌクレアーゼが、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓＣａｓ９（ＳｐＣａｓ９）、Ｓ．ａｕｒｅｕｓＣａｓ９（ＳａＣａｓ９）、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓＣａｓ９（ＮｍＣａｓ９）、Ｃ．ｊｅｊｕｎｉＣａｓ９（ＣｊＣａｓ９）、及びＧｅｏｂａｃｉｌｌｕｓＣａｓ９（ＧｅｏＣａｓ９）からなる群から選択される；
ＲＮＡガイドされたヌクレアーゼをコードするポリヌクレオチドがベクターを含み、任意に、前記ベクターがウイルスベクターであり、任意に前記ウイルスベクターが、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターまたはレンチウイルス（ＬＶ）ベクターである；
前記ＲＮＡガイドされたヌクレアーゼをコードするポリヌクレオチドが合成ｍＲＮＡを含む；かつ／または
前記標的遺伝子の発現が少なくとも約２０％低減される、
方法。
請求項１～１８のいずれか１項に記載の化学修飾されたガイドＲＮＡ、及び
ＲＮＡガイドされたヌクレアーゼまたはＲＮＡガイドされたヌクレアーゼをコードするポリヌクレオチドを含む、ＣＲＩＳＰＲゲノム編集システムであって、任意に：
前記ＲＮＡガイドされたヌクレアーゼが、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓＣａｓ９（ＳｐＣａｓ９）、Ｓ．ａｕｒｅｕｓＣａｓ９（ＳａＣａｓ９）、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓＣａｓ９（ＮｍＣａｓ９）、Ｃ．ｊｅｊｕｎｉＣａｓ９（ＣｊＣａｓ９）、及びＧｅｏｂａｃｉｌｌｕｓＣａｓ９（ＧｅｏＣａｓ９）からなる群から選択される；
前記Ｃａｓ９が、活性が変化したバリアントＣａｓ９である；
任意に、前記バリアントＣａｓ９が、Ｃａｓ９ニッカーゼ（ｎＣａｓ９）、触媒失活（ｃａｔａｌｙｔｉｃａｌｌｙｄｅａｄ）Ｃａｓ９（ｄＣａｓ９）、超正確（ｈｙｐｅｒａｃｃｕｒａｔｅ）Ｃａｓ９（ＨｙｐａＣａｓ９）、高忠実度Ｃａｓ９（Ｃａｓ９－ＨＦ）、特異性強化型（ｅｎｈａｎｃｅｄｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｙ）Ｃａｓ９（ｅＣａｓ９）、及び拡張ＰＡＭＣａｓ９（ｘＣａｓ９）からなる群から選択される；
Ｃａｓ９のオフターゲット活性が、修飾されていないガイドＲＮＡと比較して低下する；かつ／または
Ｃａｓ９のオンターゲット活性が、修飾されていないガイドＲＮＡと比較して増加する、ＣＲＩＳＰＲゲノム編集システム。