JP2018537448A - CRISPR−Cas9を用いた組織特異的ゲノム操作 - Google Patents

CRISPR−Cas9を用いた組織特異的ゲノム操作 Download PDF

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Abstract

本出願は、化合物、組成物、それらの、疾患、状態、及び/または障害の治療のための使用、ならびにアシアロ糖タンパク質受容体(ASGPR)標的化剤としてのそれらの使用を提供する。
【選択図】図1

Description

関連出願
本出願は、2015年11月12日に出願された米国仮特許出願第62/254,652号及び2016年9月7日に出願された米国仮特許出願第62/384,660号の利益ならびに優先権を主張する。当該仮特許出願の各々は、参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる。
配列表
本出願は、ASCIIフォーマットにて電子的に提出した、参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる配列表を含む。2016年10月7日に作成された当該ASCIIコピーは、名称がPCFC−989−WO1_SL.txtであり、サイズは8,036,161バイトである。
発明の分野
本発明は、化合物、組成物、及びその遺伝子標的化剤としての使用に関する。
生物活性剤を特定の組織、細胞、及び/または細胞内部位に送達するための試薬ならびに方法の開発にはかなりの注意が向けられている。例えば、アンチセンスもしくはRNAi分子またはタンパク質等の大きな分子の送達は、かかる化合物が一般に細胞膜を透過することができないために困難であり、通過できる場合、それらは多くの場合、目的の組織に対する選択性を欠いており、ひいては、オフターゲット薬理のリスクを増加させ、深刻な安全上の懸念をもたらす。さらに、標的化送達部位への選択的薬物送達は、細胞透過性の分子が多くの場合選択的でないために、しばしば困難である。細胞拡散及び標的化送達に対する1つの解決策は、標的化剤への薬物のコンジュゲーションである。
遺伝子治療では、ほとんどの遺伝子編集剤は、多くの場合、アデノウィルスやアデノ随伴ウイルス等のウイルス由来ベクターに封入されたプラスミドDNAを介して送達されている。残念なことに、このタイプの方法は、患者にとって深刻な問題、主に、i)挿入変異のリスクの増大、ii)ウイルスベクターとクッパー細胞との相互作用による肝毒性のリスクの増大、及びiii)標的細胞に対する免疫原性応答によって引き起こされる患者にとっての一時的のみの薬理学的効果という問題を抱えている。その結果、遺伝子編集剤を送達するためのより効果的かつより安全な方法を見出す必要性が残っている。これまでのところ、試みは捉えどころがなく、これに関連して、タンパク質の形態でありかつそのDNAでもRNAでもない形態での遺伝子編集剤の送達は、膨大な治療機会を意味する。
標的化剤は、多くの場合、薬物動態及び薬力学を含む薬学的特性を向上させる。標的化剤は、当該標的化剤に結合された薬物ペイロードを、効率的に特定の細胞へ分配するようにし、かつ特定の細胞が取り込むようにする。ある特定の糖、例えばガラクトース、N−アセチルガラクトサミン、ならびにthe Journal of the American Chemical Society、134、1978(2012)においてM.G. Finn及びV. Mascittiらによって記載されているものを含めた他のガラクトース誘導体は、肝細胞の表面に存在するアシアロ糖タンパク質受容体(ASGPR)に結合するため、肝細胞に対する標的化剤として使用されている。
薬物送達に関するさらなる問題として、受容体依存性エンドサイトーシスの機序において、エンドソームの取り込み経路は、標的細胞内部位への生物活性剤の送達に対する律速バリアであることが知られている。生物活性分子は、多くの場合、エンドソーム小胞に捕捉され、リソソーム区画にて分解される。各種試薬、例えば、クロロキン、ポリエチレンイミン[PEI]、ある特定の多価カチオン化合物、膜融合ペプチド、及び不活化アデノウィルスは、エンドソームを迅速に破壊し、送達される生物活性剤がエンドソーム様環境にて費やす時間を最小限にすることを目的として開発されている。しかしながら、これらの薬剤は、しばしば普遍性を欠き、当該カーゴのエンドソーム脱出を促進する能力が最適以下であり、毒性問題を含む様々な不利益と関連する。
従って、汎用的で生体適合性の細胞送達システムが、遺伝子標的化及び治療薬の送達の臨床的成功にとって重要であろう。
本発明の一態様は、式(A−1)、(A−2)、もしくは(A−3)の化合物:
またはその医薬的に許容される塩を提供し、
式中、
xxは、−H、−アルキル、−シクロアルキル、−アルケニル、−アルキニル、−アリール、−ヘテロアリール、−OR5、−N(R4)−R5、−SR5であり、該Rxxの−CH2−基は、各々独立して、−O−、−S−、−N(R4)−から選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、該Rxxの−CH3は、−N(R42、−OR4、及び−S(R4)から選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、該ヘテロ原子基は、少なくとも2つの炭素原子で離間されており、該アルキル、シクロアルキル、アルケニル、及びアルキニルは、各々独立して、1つ以上のハロ原子で置換されてもよく、
yyは、−CN、−CH2−CN、−C≡CH、−CH2−N3、−CH2−NH2、−CH2−N(R4)−S(O)2−R5、−CH2−CO2H、−CO2H、−CH2−OH、−CH2−SH、−CH=CH−R5、−CH2−R5、−CH2−S−R5、−CH2−N(R4)−R5、−CH2−N(R4)−C(O)−R5、−CH2−N(R4)−C(O)−O−R5、−CH2−N(R4)−C(O)−N(R4)−R5、−CH2−O−R5、−CH2−O−C(O)−R5、−CH2−O−C(O)−N(R4)−R5、−CH2−O−C(O)−O−R5、−CH2−S(O)−R5、−CH2−S(O)2−R5、−CH2−S(O)2−N(R4)−R5、−C(O)−NH2、−C(O)−O−R5、−C(O)−N(R4)−R5、またはアリールもしくはヘテロアリールであり、該アリールもしくはヘテロアリールは、任意にR5で置換され、
各R1は、独立して、−CN、−CH2−CN、−C≡CH、−CH2−N3、−CH2−NH2、−CH2−N(R4)−S(O)2−R5、−CH2−CO2H、−CO2H、−CH2−OH、−CH2−SH、−CH=CH−R5、−CH2−R5、−CH2−S−R5、−CH2−N(R4)−R5、−CH2−N(R4)−C(O)−R5、−CH2−N(R4)−C(O)−O−R5、−CH2−N(R4)−C(O)−N(R4)−R5、−CH2−O−R5、−CH2−O−C(O)−R5、−CH2−O−C(O)−N(R4)−R5、−CH2−O−C(O)−O−R5、−CH2−S(O)−R5、−CH2−S(O)2−R5、−CH2−S(
O)2−N(R4)−R5、−C(O)−NH2、−C(O)−O−R5、−C(O)−N(R4)−R5、またはアリールもしくはヘテロアリールであり、該アリールもしくはヘテロアリールは、任意にR5で置換されるか、
または、R1は、−Z−X−Y、−Z−Y、−X−Y、−Z−X+-、−X+-、−Z−X-+、−X-+、もしくは−Yであり、
Xは、リンカーであり、
+は、正に荷電したリンカーであり、
-は、負に荷電したリンカーであり、
Yは、部位特異的修飾ポリペプチドを含むリボ核タンパク質もしくはエンドヌクレアーゼであるか、Yは、部位特異的修飾ポリペプチドであるか、Yは、Cas9リボ核タンパク質であるか、Yは、Cas9タンパク質であるか、Yは、シングルガイドRNA配列(sgRNA)であるか、Yは、CRISPR RNA(crRNA)及びトランス活性型crRNA(tracrRNA)を含むデュアルガイドRNA配列であり、
+は、部位特異的修飾ポリペプチドを含む正に荷電したリボ核タンパク質もしくはエンドヌクレアーゼであるか、Y+は、正に荷電した部位特異的修飾ポリペプチドであるか、Y+は、正に荷電したCas9タンパク質であり、
-は、部位特異的修飾ポリペプチドを含む負に荷電したリボ核タンパク質もしくはエンドヌクレアーゼであるか、Y-は、負に荷電した部位特異的修飾ポリペプチドであるか、Y-は、負に荷電したCas9リボ核タンパク質であるか、Y-は、負に荷電したsgRNAであるか、Y-は、CRISPR RNA(crRNA)及びトランス活性型crRNA(tracrRNA)を含む負に荷電したデュアルガイドRNA配列であり、
Zは、存在しないか、または、−C≡C−、−CH=CH−、−CH2−、−CH2−O−、−C(O)−N(R4)−、−CH2−S−、−CH2−S(O)−、−CH2−S(O)2−、−CH2−S(O)2−N(R4)−、−C(O)−O−、−CH2−N(R4)−、−CH2-N(R4)−C(O)−、−CH2−N(R4)−S(O)2−、−CH2−N(R4)−C(O)−O−、−CH2−N(R4)−C(O)−N(R4)−、−CH2−O−C(O)−、−CH2−O−C(O)−N(R4)−、−CH2−O−C(O)−O−、またはアリールもしくはヘテロアリールであり、該アリールもしくはヘテロアリールは、任意にR5で置換され、
2は、−OH、−N3、−N(R32、−N(R3)−C(O)−R3、−N(R3)−C(O)−N(R32、−N(R3)−C(O)−OR3、−N(R3)−S(O)2−R3、テトラゾール、またはトリアゾールであり、該テトラゾール及びトリアゾールは、任意にR3で置換され、
各R3は、独立して、−H、−(C1−C5)アルキル、ハロ置換(C1−C5)アルキル、ハロ置換(C3−C6)シクロアルキル、(C3−C6)シクロアルキル、−(C1−C5)アルケニル、−(C1−C5)アルキニル、ハロ置換−(C1−C5)アルケニル、またはハロ置換−(C1−C5)アルキニルであり、該アルキルまたはシクロアルキルの−CH2−基は、各々独立して、−O−、−S−、及び−N(R4)−から選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、該アルキルの−CH3は、各々独立して、−N(R42、−OR4、及び−S(R4)から選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、該ヘテロ原子基は、少なくとも2つの炭素原子で離間されており、
各R4は、独立して、−H、−(C1−C20)アルキル、−(C1−C20)アルケニル、−(C1−C20)アルキニル、または(C3−C6)シクロアルキルであり、少なくとも2つの炭素原子で離間された該アルキルまたはシクロアルキルの1〜6個の−CH2−基は、各々独立して、−O−、−S−、または−N(R4)−から独立して選択されるヘテロ原子と交換されてもよく、該アルキルの−CH3は、各々独立して、−N(R42、−OR4、及び−S(R4)から選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、該ヘテロ原子基は、少なくとも2つの炭素原子で離間されており、該アルキル、アルケニル、アルキニル、及びシクロアルキルは、ハロ原子で置換されてもよく、
各R5は、独立して、−H、(C3−C20)シクロアルキル、−(C1−C60)アルケニル
、−(C1−C60)アルキニル、または(C1−C60)アルキルであり、該シクロアルキルの1〜6個の−CH2−基または該アルキルの1〜20個の−CH2−基は、各々独立して、−O−、−S−、及び−N(R4)−から独立して選択されるヘテロ原子と交換されてもよく、該ヘテロ原子は、少なくとも2つの炭素原子で離間されており、該アルキルの−CH3は、各々独立して、−N(R42、−OR4、及び−S(R4)から選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、該ヘテロ原子基は、少なくとも2つの炭素原子で離間されており、該アルキル、アルケニル、アルキニル、及びシクロアルキルは、ハロ原子で置換されてもよい。
本発明の別の態様は、式(B)の化合物:
またはその医薬的に許容される塩を提供し、
式中、
1は、−Z−X−Y、−Z−Y、−X−Y、−Z−X+-、−X+-、−Z−X-+、−X-+、または−Yであり、
Xは、リンカーであり、
+は、正に荷電したリンカーであり、
-は、負に荷電したリンカーであり、
Yは、部位特異的修飾ポリペプチドを含むリボ核タンパク質もしくはエンドヌクレアーゼであるか、Yは、部位特異的修飾ポリペプチドであるか、Yは、Cas9リボ核タンパク質であるか、Yは、Cas9タンパク質であるか、Yは、シングルガイドRNA配列(sgRNA)であるか、Yは、CRISPR RNA(crRNA)及びトランス活性型crRNA(tracrRNA)を含むデュアルガイドRNA配列であり、
+は、部位特異的修飾ポリペプチドを含む正に荷電したリボ核タンパク質もしくはエンドヌクレアーゼであるか、Y+は、正に荷電した部位特異的修飾ポリペプチドであるか、Y+は、正に荷電したCas9タンパク質であり、
-は、部位特異的修飾ポリペプチドを含む負に荷電したリボ核タンパク質もしくはエンドヌクレアーゼであるか、Y-は、負に荷電した部位特異的修飾ポリペプチドであるか、Y-は、負に荷電したCas9リボ核タンパク質であるか、Y-は、負に荷電したsgRNAであるか、Y-は、CRISPR RNA(crRNA)及びトランス活性型crRNA(tracrRNA)を含む負に荷電したデュアルガイドRNA配列であり、
Zは、存在しないか、または、−C≡C−、−CH=CH−、−CH2−、−CH2−O−、−C(O)−N(R4)−、−CH2−S−、−CH2−S(O)−、−CH2−S(O)2−、−CH2−S(O)2−N(R4)−、−C(O)−O−、−CH2−N(R4)−、−CH2-N(R4)−C(O)−、−CH2−N(R4)−S(O)2−、−CH2−N(R4)−C(O)−O−、−CH2−N(R4)−C(O)−N(R4)−、−CH2−O−C(O)−、−CH2−O−C(O)−N(R4)−、−CH2−O−C(O)−O−、またはアリールもしくはヘテロアリールであり、該アリールもしくはヘテロアリールは、任意にR5で置換され、
2は、−OH、−N3、−N(R32、−N(R3)−C(O)−R3、−N(R3)−C(O)−N(R32、−N(R3)−C(O)−OR3、−N(R3)−S(O)2−R3、テトラゾール、またはトリアゾールであり、該テトラゾール及びトリアゾールは、任意に
3で置換され、
各R3は、独立して、−H、−(C1−C5)アルキル、ハロ置換(C1−C5)アルキル、ハロ置換(C3−C6)シクロアルキル、−(C1−C5)アルケニル、−(C1−C5)アルキニル、ハロ置換−(C1−C5)アルケニル、ハロ置換−(C1−C5)アルキニル、または(C3−C6)シクロアルキルであり、該アルキルまたはシクロアルキルの−CH2−基は、各々独立して、−O−、−S−、及び−N(R4)−から選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、該アルキルの−CH3は、各々独立して、−N(R42、−OR4、及び−S(R4)から選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、該ヘテロ原子基は、少なくとも2つの炭素原子で離間されており、
各R4は、独立して、−H、−(C1−C20)アルキル、−(C1−C20)アルケニル、−(C1−C20)アルキニル、または(C3−C6)シクロアルキルであり、少なくとも2つの炭素原子で離間された該アルキルまたはシクロアルキルの1〜6個の−CH2−基は、各々独立して、−O−、−S−、または−N(R4)−から独立して選択されるヘテロ原子と交換されてもよく、該アルキルの−CH3は、各々独立して、−N(R42、−OR4、及び−S(R4)から選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、該ヘテロ原子基は、少なくとも2つの炭素原子で離間されており、該アルキル、アルケニル、アルキニル、及びシクロアルキルは、ハロ原子で置換されてもよく、
各R5は、独立して、−H、(C3−C20)シクロアルキル、−(C1−C60)アルケニル、−(C1−C60)アルキニル、または(C1−C60)アルキルであり、該シクロアルキルの1〜6個の−CH2−基または該アルキルの1〜20個の−CH2−基は、各々独立して、−O−、−S−、及び−N(R4)−から独立して選択されるヘテロ原子と交換されてもよく、該ヘテロ原子は、少なくとも2つの炭素原子で離間されており、該アルキルの−CH3は、各々独立して、−N(R42、−OR4、及び−S(R4)から選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、該ヘテロ原子基は、少なくとも2つの炭素原子で離間されており、該アルキル、アルケニル、アルキニル、及びシクロアルキルは、ハロ原子で置換されてもよい。
本発明の別の態様は、遺伝性血管浮腫、家族性チロシン血症I型、アラジール症候群、アルファ−1アンチトリプシン欠損症、胆汁酸合成及び代謝異常、胆道閉鎖症、嚢胞性線維症肝疾患、特発性新生児肝炎、ミトコンドリア性肝障害、進行性家族性肝内胆汁うっ滞、原発性硬化性胆管炎、トランスサイレチンアミロイドーシス、血友病、ホモ接合性家族性高コレステロール血症、家族性カイロミクロン血症、高脂血症、脂肪性肝炎、非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)、非アルコール性脂肪性肝疾患(NAFLD)、II型糖尿病のような高血糖、ならびにII型糖尿病に類似した異常に高い肝臓グルコース産生を伴う疾患が挙げられるがこれらに限定されない、対象における肝臓疾患もしくは状態、または肝臓変調疾患もしくは状態を治療するための、本明細書に記載の化合物または組成物の有効量を投与することを含む方法を含む。いくつかの実施形態では、該疾患または状態は、高脂血症、非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)、または非アルコール性脂肪性肝疾患(NAFLD)である。
本発明の別の態様は、対象の肝臓細胞における標的DNAの転写を選択的に調節するための方法であって、該DNAは、遺伝性血管浮腫、家族性チロシン血症I型、アラジール症候群、アルファ−1アンチトリプシン欠損症、胆汁酸合成及び代謝異常、胆道閉鎖症、嚢胞性線維症肝疾患、特発性新生児肝炎、ミトコンドリア性肝障害、進行性家族性肝内胆汁うっ滞、原発性硬化性胆管炎、トランスサイレチンアミロイドーシス、血友病、ホモ接合性家族性高コレステロール血症、家族性カイロミクロン血症、高脂血症、脂肪性肝炎、非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)、非アルコール性脂肪性肝疾患(NAFLD)、II型糖尿病のような高血糖、ならびにII型糖尿病に類似した異常に高い肝臓グルコース産生を伴う疾患が挙げられるがこれらに限定されない、対象における肝臓疾患もしくは状態、または肝臓変調疾患もしくは状態と関連しており、本明細書に記載の化合物または組成物の有効量を投与することを含む方法を提供する。
本発明の別の態様は、遺伝性血管浮腫、家族性チロシン血症I型、アラジール症候群、アルファ−1アンチトリプシン欠損症、胆汁酸合成及び代謝異常、胆道閉鎖症、嚢胞性線維症肝疾患、特発性新生児肝炎、ミトコンドリア性肝障害、進行性家族性肝内胆汁うっ滞、原発性硬化性胆管炎、トランスサイレチンアミロイドーシス、血友病、ホモ接合性家族性高コレステロール血症、家族性カイロミクロン血症、高脂血症、脂肪性肝炎、非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)、非アルコール性脂肪性肝疾患(NAFLD)、II型糖尿病のような高血糖、ならびにII型糖尿病に類似した異常に高い肝臓グルコース産生を伴う疾患等であるがこれらに限定されない、対象における肝臓疾患もしくは状態、または肝臓変調疾患もしくは状態と関連するタンパク質をコードする核酸分子を編集するための、本明細書に記載の化合物または組成物の有効量を投与することを含む方法を含む。
本発明の別の態様は、遺伝性血管浮腫、家族性チロシン血症I型、アラジール症候群、アルファ−1アンチトリプシン欠損症、胆汁酸合成及び代謝異常、胆道閉鎖症、嚢胞性線維症肝疾患、特発性新生児肝炎、ミトコンドリア性肝障害、進行性家族性肝内胆汁うっ滞、原発性硬化性胆管炎、トランスサイレチンアミロイドーシス、血友病、ホモ接合性家族性高コレステロール血症、家族性カイロミクロン血症、高脂血症、脂肪性肝炎、非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)、非アルコール性脂肪性肝疾患(NAFLD)、II型糖尿病のような高血糖、ならびにII型糖尿病に類似した異常に高い肝臓グルコース産生を伴う疾患等であるがこれらに限定されない、肝臓疾患もしくは状態、または肝臓変調疾患もしくは状態と関連する少なくとも1つの遺伝子産物のレベルの発現を調節するための、本明細書に記載の化合物または組成物の有効量を投与することを含む方法を含む。
本発明の別の態様は、本明細書に記載のリボ核タンパク質(例えば、Cas9 RNPまたはCpf1 RNP等の本明細書に記載の部位特異的修飾ポリペプチドを含むRNP)及びエンドソーム脱出剤を含む組成物を提供する。いくつかの実施形態では、該リボ核タンパク質(例えば、Cas9 RNPまたはCpf1 RNP等の本明細書に記載の部位特異的修飾ポリペプチドを含むRNP)または該エンドソーム脱出剤は、抗体にコンジュゲートされる。いくつかの実施形態では、該リボ核タンパク質(例えば、Cas9 RNPまたはCpf1 RNP等の本明細書に記載の部位特異的修飾ポリペプチドを含むRNP)は、グリコシル化部位を含むように修飾される。いくつかの実施形態では、該リボ核タンパク質(例えば、Cas9 RNPまたはCpf1 RNP等の本明細書に記載の部位特異的修飾ポリペプチドを含むRNP)は、形質導入または転座ドメインを含むように修飾される。
本発明の別の態様は、Cas9リボ核タンパク質及びエンドソーム脱出剤を含む組成物を提供する。いくつかの実施形態では、該Cas9リボ核タンパク質または該エンドソーム脱出剤は、抗体にコンジュゲートされる。いくつかの実施形態では、該Cas9リボ核タンパク質は、グリコシル化部位を含むように修飾される。いくつかの実施形態では、該Cas9リボ核タンパク質は、形質導入または転座ドメインを含むように修飾される。
本発明の別の態様は、(i)本明細書に記載の通り、Cas9リボ核タンパク質及びエンドソーム脱出剤を含む組成物、ならびに(ii)医薬的に許容される賦形剤、希釈剤、または担体を含む医薬組成物を含む。
本発明の別の態様は、Cpf1リボ核タンパク質及びエンドソーム脱出剤を含む組成物を提供する。いくつかの実施形態では、該Cpf1リボ核タンパク質または該エンドソーム脱出剤は、抗体にコンジュゲートされる。いくつかの実施形態では、該Cpf1リボ核タンパク質は、グリコシル化部位を含むように修飾される。いくつかの実施形態では、該Cpf1リボ核タンパク質は、形質導入または転座ドメインを含むように修飾される。
本発明の別の態様は、(i)本明細書に記載の通り、Cpf1リボ核タンパク質及びエンドソーム脱出剤を含む組成物、ならびに(ii)医薬的に許容される賦形剤、希釈剤、または担体を含む医薬組成物を含む。
本発明の別の態様は、血液障害、細胞の調節不全もしくは腫瘍疾患及び障害、炎症及び免疫関連疾患、代謝性、肝臓、腎臓、及びタンパク質疾患ならびに障害、筋肉もしくは骨格疾患、神経学的及び神経疾患ならびに障害、ならびに眼疾患及び障害から選択されるがこれに限定されない疾患または状態を治療するための、本明細書に記載のリボ核タンパク質(例えば、Cas9 RNPまたはCpf1 RNP等の本明細書に記載の部位特異的修飾ポリペプチドを含むRNP)及び本明細書に記載のエンドソーム脱出剤を含む組成物を投与することを含む方法を含む。
本発明の別の態様は、対象の標的DNAの転写を選択的に調節するための方法であって、該DNAは、血液障害、細胞の調節不全もしくは腫瘍疾患及び障害、炎症及び免疫関連疾患、代謝性、肝臓、腎臓、及びタンパク質疾患ならびに障害、筋肉もしくは骨格疾患、神経学的及び神経疾患ならびに障害、ならびに眼疾患及び障害から選択されるがこれに限定されない疾患または状態と関連しており、本明細書に記載のリボ核タンパク質(例えば、Cas9 RNPまたはCpf1 RNP等の本明細書に記載の部位特異的修飾ポリペプチドを含むRNP)及び本明細書に記載のエンドソーム脱出剤を含む組成物を投与することを含む方法を含む。
本発明の別の態様は、血液障害、細胞の調節不全もしくは腫瘍疾患及び障害、炎症及び免疫関連疾患、代謝性、肝臓、腎臓、及びタンパク質疾患ならびに障害、筋肉もしくは骨格疾患、神経学的及び神経疾患ならびに障害、ならびに眼疾患及び障害から選択されるがこれに限定されない疾患または状態と関連するタンパク質をコードする核酸分子を編集するための、本明細書に記載のリボ核タンパク質(例えば、Cas9 RNPまたはCpf1 RNP等の本明細書に記載の部位特異的修飾ポリペプチドを含むRNP)及び本明細書に記載のエンドソーム脱出剤を含む組成物を投与することを含む方法を含む。
本発明の別の態様は、血液障害、細胞の調節不全もしくは腫瘍疾患及び障害、炎症及び免疫関連疾患、代謝性、肝臓、腎臓、及びタンパク質疾患ならびに障害、筋肉もしくは骨格疾患、神経学的及び神経疾患ならびに障害、ならびに眼疾患及び障害から選択されるがこれに限定されない疾患または状態と関連する少なくとも1つの遺伝子産物の発現レベルを調節するための、本明細書に記載のリボ核タンパク質(例えば、Cas9 RNPまたはCpf1 RNP等の本明細書に記載の部位特異的修飾ポリペプチドを含むRNP)及び本明細書に記載のエンドソーム脱出剤を含む組成物を投与することを含む方法を含む。
本発明の別の態様は、一本鎖RNA(ssRNA)の部位特異的エンドヌクレアーゼ的開裂のための方法であって、本明細書に記載の化合物、RNP、または組成物を、プロトスペーサー隣接モチーフ(PAM)提示オリゴヌクレオチド(PAMmer)の存在下投与することを含む方法を提供する。
本発明の別の態様は、一本鎖RNA(ssRNA)の部位特異的エンドヌクレアーゼ的開裂のための方法であって、本明細書に記載の通り、CRISPR/CasタイプIII−B Cmr複合体を含む化合物もしくはRNP、またはその組成物を投与することを含む方法を提供する。
前述の一般的説明及び以下の詳細な説明の両方は、例示及び説明に過ぎず、請求項にかかる本発明を限定するものではないことを理解されたい。
SHELXTLプロッティングパッケージを使用し、50%の信頼水準で描かれる楕円体を用いてプロットした、化合物23についての精密結晶構造を表す。 図2A〜2Lは、RNP構築物の顕微鏡的画像解析の結果を表す。図2A〜2C:RNP構築物Y53aASGPRL−RNP−EMX1(A)のHepG2細胞における取り込みは、いくつかの表面結合が依然として明らかな細胞内の点によって示されるように、60分以内にはっきりとわかる。リソソームはデキストラン647(B)で標識し、核はHoechst(C)で標識する。図2D〜2F:RNP構築物Y1C80S−3N−m−RNP−EMX1(D)は、60分で細胞表面の染色のみしか示さず、内在化の証拠はない。リソソームはデキストラン647(E)で標識し、核はHoechst(F)で標識する。図2G〜2I:RNP構築物Y53aASGPRL−RNP−EMX1(G)は、細胞内の点によって示されるように、20時間までにHepG2細胞に完全に内在化される。リソソームはデキストラン647(H)で標識し、核はHoechst(I)で標識する。図2J〜2L:RNP構築物Y53aASGPRL−RNP−EMX1(J)は、60分以内にSK−Hep細胞表面に蓄積し、内在化の証拠を示さない。リソソームはデキストラン647(K)で標識し、核はHoechst(L)で標識する。 図3A及び3Bは、Cas9構築物の質量分析を表す。図3Aは、Cas9構築物Y1C80S−3N−mの質量分析を表す。図3Bは、Cas9構築物Y53Aasgprlの質量分析を表す。 50pmolのRNP構築物Y53aASGPRL−RNP−EMX1またはY1C80S−3N−m−RNP−EMX1及び増加する濃度のppTG21エンドソーム溶解ペプチド(62.5、250、1000、及び2000nM)の存在下(共インキュベーション)で処理したHepG2及びSkHep細胞におけるEMX1の編集の結果を表す。RNP構築物のRNP単独処理及びリポフェクション処理は、対照として含めた。 50pmolのRNP構築物Y53aASGPRL−RNP−PCS4及び増加する濃度のppTG21エンドソーム溶解ペプチド(250及び1000nM)の存在下(共インキュベーション)で処理したHepG2及びSkHep細胞におけるPCSK9のエクソン4及び5の編集の結果を表す。 例示的なCas9、Cas9構築物、RNP、RNP構築物、及びCpf1の配列を示す。 図6−1の続き。 図6−2の続き。 図6−3の続き。 図6−4の続き。 図6−5の続き。 図6−6の続き。 図6−7の続き。 図6−8の続き。 図6−9の続き。 図6−10の続き。 図6−11の続き。 図6−12の続き。 図6−13の続き。
詳細な説明
定義
本発明は、以下の本発明の例示的な実施形態の詳細な説明及びそこに含まれる実施例を参照することによりさらにいっそう容易に理解され得る。
本明細書で別段の定義のない限り、本出願で使用される科学及び技術用語は、当業者によって一般に理解される意味を有するものとする。概して、本明細書に記載の化学、細胞及び組織培養、分子生物学、細胞及びがん生物学、神経生物学、神経化学、ウイルス学、免疫学、微生物学、薬理学、遺伝学、ならびにタンパク質及び核酸化学に関連して使用される用語体系、ならびにこれらの技術は、当技術分野で周知のものであり、当技術分野で一般に使用されているものである。
本発明の方法及び技術は、別段の指示がない限り、概して、当技術分野で周知の従来の方法に従い、本明細書全般にわたって引用及び論じられている各種一般的ならびにより具体的な参考文献に記載の通りに行われる。例えば、”Principles of Neural Science,”McGraw−Hill Medical,New York,N.Y.(2000)、Motulsky,”Intuitive Biostatistics,”Oxford University Press,Inc.(1995)、Lodish et al.,”Molecular Cell Biology,4th ed.,”W.H.Freeman&Co.,New York(2000)、Griffiths et al.,”Introduction to Genetic Analysis,7th ed.,”W.H.Freeman&Co.,N.Y.(1999)、及びGilbert et al.,”Developmental Biology,6th ed.,”Sinauer Associates,Inc.,Sunderland,MA(2000)を参照されたい。
本明細書で使用される化学用語は、”The McGraw−Hill Dictionary of Chemical Terms,”Parker S.,Ed.,McGraw−Hill,San Francisco,C.A.(1985)等の、当技術分野における従来の用法に従って使用される。
本出願で言及されるすべての刊行物、特許、及び公開特許出願は、参照することにより本明細書に具体的に組み込まれる。矛盾する場合には、その具体的な定義を含めて、本明細書が優先される。
本明細書全般にわたり、単語「comprise(含む)」またはその変形、例えば、「comprises(含む)」もしくは「comprising(含む)」は、述べられた完全体(もしくは成分)または完全体(もしくは成分)の群の包含を意味するが、いかなる他の完全体(もしくは成分)または完全体(もしくは成分)の群の排除も意味しないと理解される。
単数形「a」、「an」、及び「the」は、文脈が明らかに他を指示しない限り複数形を含む。
「含む」という用語は、「〜を含むがこれに限定されない」ということを意味するために使用される。「含む」及び「〜を含むがこれに限定されない」は、互換的に使用される。
本明細書に記載の本発明の各実施形態は、単独で用いてもよいし、本発明の1つ以上の他の実施形態と組み合わせて用いてもよい。
「agent(剤)」という用語は、本明細書において、化合物(例えば、有機もしくは無機化合物(例えば、本発明の化合物等)、化合物の混合物)、生体高分子(例えば、核酸、抗体、その一部、ヒト化、キメラ、及びヒト抗体ならびにモノクローナル抗体、タンパク質もしくはその一部、例えば、ペプチド、脂質、炭水化物)、または、細菌、植物、真菌、もしくは動物(特に哺乳類)細胞もしくは組織等の生物材料からなる抽出物を意味するために使用される。剤には、例えば、構造に関して既知の剤、及び構造に関して未知の剤が含まれる。
「患者」、「対象」、または「個体」は、互換的に使用され、ヒトまたは非ヒト動物のいずれかを指す。これらの用語は、哺乳類、例えば、ヒト、霊長類、家畜動物(ウシ、ブタ等を含む)、コンパニオン・アニマル(例えば、イヌ、ネコ等)、ならびにげっ歯類(例えば、マウス及びラット)を含む。
本化合物、組成物、及び方法を開示及び記載する前に、本発明が、当然ながら様々であり得る具体的な合成製造方法に限定されないことを理解されたい。また、本明細書で使用される術語は、特定の実施形態を説明するのみの目的のためであり、限定することを意図しないことも理解されたい。複数形及び単数形は、数の表示以外、互換的に扱われるべきである。
本明細書で使用される、「アルキル」という用語は、一般式Cn2n+1の炭化水素ラジカルを指す。該アルカンラジカルは、直鎖でも分岐でもよい。例えば、「(C1−C6)アルキル」という用語は、1〜6個の炭素原子を含む一価の直鎖、または分岐脂肪族基(例えば、メチル、エチル、n−プロピル、i−プロピル、n−ブチル、i−ブチル、s−ブチル、t−ブチル、n−ペンチル、1−メチルブチル、2−メチルブチル、3−メチルブチル、ネオペンチル、3,3−ジメチルプロピル、ヘキシル、2−メチルペンチル等)を指す。同様に、アルコキシ、アシル(例えば、アルカノイル)、アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、アルキルスルホニル、及びアルキルチオ基のアルキル部(すなわち、アルキル部分)も、上記と同じ定義を有する。「任意に置換される」ものとして示される場合、該アルカンラジカルまたはアルキル部分は、未置換でもよいし、「置換される」に対する定義において以下に記載する置換基の群から独立して選択される1つ以上の置換基(一般に、パークロロまたはパーフルオロアルキル等のハロゲン置換基の場合以外は1〜3個の置換基)で置換されてもよい。「ハロ置換アルキル」とは、1つ以上のハロゲン原子で置換されたアルキル基(例えば、フルオロメチル、ジフルオロメチル、トリフルオロメチル、パーフルオロエチル、1,1−ジフルオロエチル等)を指す。
同様に、「アルキレン」は、直鎖でも分枝でもよい一般式Cn2nの二価炭化水素ラジカルを指す。
「アルケニル」という用語は、1つ以上の炭素間二重結合を有する一価不飽和炭化水素ラジカルを指す。該アルケニル部分は、直鎖でも分岐でもよい。例示的なアルケニル基としては、エチレニルが挙げられる。本明細書で使用される、「アルケニレン」は、1つ以上の炭素間二重結合を有する二価不飽和炭化水素ラジカルを指し、これは直鎖でも分岐でもよい。
「アルキニル」という用語は、1つ以上の炭素間三重結合を有する一価不飽和炭化水素ラジカルを指す。該アルキニル部分は、直鎖でも分岐でもよい。
本明細書で使用される、「アルキニレン」は、直鎖でも分岐でもよい、1つ以上の炭素間三重結合を有する二価不飽和炭化水素ラジカルを指す。
「アリール」という用語は、1、2、または3つの環を含む炭素環式芳香族系を意味し、かかる環は縮合していてもよい。該環が縮合している場合、該環の1つは完全に不飽和でなければならず、縮合された環(複数可)は、完全に飽和でも、部分的に不飽和でも、完全に不飽和でもよい。「縮合された」という用語は、第二の環が、第一の環と共通に2つの隣接する原子を有する(すなわち、共有する)ことで存在する(すなわち、結合または形成される)ことを意味する。「fused(縮合された)」という用語は、「condensed(縮合された)」という用語と同意義である。「アリール」という用語は、ベンジル、フェニル、ナフチル、テトラヒドロナフチル、インダニル、ビフェニル、ベンゾ[b][1,4]オキサジン−3(4H)−オニル、2,3−ジヒドロ−1Hインデニル、及び1,2,3,4−テトラヒドロナフタレニル等の芳香族ラジカルを包含する。
「シクロアルキル」という用語は、完全に水素化され、単環、二環、またはスピロ環として存在し得る非芳香環を指す。特に定めのない限り、該炭素環は、一般に3〜20員環である。例えば、シクロアルキルとしては、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシル、シクロヘキセニル、ノルボルニル(ビシクロ[2.2.1]ヘプチル)、ビシクロ[2.2.2]オクチル等の基が挙げられる。
「ヘテロアリール」という用語は、酸素、窒素、及びイオウから独立して選択される1、2、3、または4個のヘテロ原子を含み、1、2、または3個の環を有し、かかる環が縮合されていてもよい芳香族炭素環系を意味する。縮合は上記で定義されている。「ヘテロアリール」という用語には、フリル、チエニル、オキサゾリル、チアゾリル、イミダゾリル、ピラゾリル、トリアゾリル、テトラゾリル、イソオキサゾリル、イソチアゾリル、オキサジアゾリル、チアジアゾリル、ピリジニル、ピリジアジニル、ピリミジニル、ピラジニル、ピリジン−2(1H)−オニル、ピリダジン−2(1H)−オニル、ピリミジン−2(1H)−オニル、ピラジン−2(1H)−オニル、イミダゾ[1,2−a]ピリジニル、ピラゾロ[1,5−a]ピリジニル、5,6,7,8−テトラヒドロイソキノリニル、5,6,7,8−テトラヒドロキノリニル、6,7−ジヒドロ−5H−シクロペンタ[b]ピリジニル、6,7−ジヒドロ−5H−シクロペンタ[c]ピリジニル、1,4,5,6−テトラヒドロシクロペンタ[c]ピラゾリル、2,4,5,6−テトラヒドロシクロペンタ[c]ピラゾリル、5,6−ジヒドロ−4H−ピロロ[1,2−b]ピラゾリル、6,7−ジヒドロ−5H−ピロロ[1,2−b][1,2,4]トリアゾリル、5,6,7,8−テトラヒドロ−[1,2,4]トリアゾロ[1,5−a]ピリジニル、4,5,6,7−テトラヒドロピラゾロ[1,5−a]ピリジニル、4,5,6,7−テトラヒドロ−1H−インダゾリル、及び4,5,6,7−テトラヒドロ−2H−インダゾリルが含まれるがこれらに限定されない。
「薬物送達システム」という用語は、治療有効量のリガンドを送達する手段を指し、これに含まれるのは、PEG(ポリ(エチレングリコール)メチルエーテル)、PEG−PLA(ポリ(エチレングリコール)メチルエーテル−ポリ(D,Lラクチド))、PEG−PLGA(ポリ(エチレングリコール)メチルエーテル−ポリ(ラクチド−co−グリコリド))、及びPEG−PCL(ポリ(エチレングリコール)−ポリ(ε−カプロラクトン)メチルエーテル)等のポリマー、量子ドット(Qドット)、リポソーム、免疫リポソーム、ミセル、ナノ粒子、ならびにナノゲルであるがこれらに限定されない。例示的な薬物送達システムは、すべての目的のため、参照することにより本明細書に組み込まれる、Tiwari,G.,”Drug Delivery Systems:an Updated Review”,Int J Pharm Investig 2(1)p.2−11(Jan 2012)に記載されている。
「小分子」という用語は、合成化合物及び天然産物が挙げられるがこれらに限定されない100〜2,000ダルトンの分子量を有する有機化合物を意味する。
「抗体」は、当該免疫グロブリン分子の可変領域に位置する少なくとも1つの抗原認識部位を介した、標的、例えば、炭水化物、ポリヌクレオチド、脂質、ポリペプチド等に対する特異的結合が可能な免疫グロブリン分子である。本明細書で使用される該用語は、インタクトなポリクローナルまたはモノクローナル抗体だけでなく、そのフラグメント(例えば、Fab、Fab’、F(ab’)2、Fv)、一本鎖(scFv)及びドメイン抗体)、ならびに抗体部分を含む融合タンパク質、ならびに抗原認識部位を含む免疫グロブリン分子の任意の他の修飾配置を包含する。抗体には、任意のクラスの抗体、例えば、IgG、IgA、もしくはIgM(またはそのサブクラス)が含まれ、該抗体は、特定のクラスのものである必要はない。その重鎖の定常ドメインの抗体アミノ酸配列に応じて、免疫グロブリンは、異なるクラスに割り当てることができる。5つの主要な免疫グロブリンのクラス、すなわち、IgA、IgD、IgE、IgG、及びIgMがあり、これらのいくつかは、さらにサブクラス(アイソタイプ)、例えば、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1、及びIgA2に分けられる場合がある。該異なるクラスの免疫グロブリンに対応する重鎖定常ドメインは、それぞれ、アルファ、デルタ、イプシロン、ガンマ、及びミューと呼ばれる。異なるクラスの免疫グロブリンのサブユニット構造及び三次元配置は周知である。
本明細書で使用される、「モノクローナル抗体」は、実質的に均一な抗体の集団から得られる抗体を指し、換言すれば、該集団を構成する個々の抗体は、少量存在する可能性がある、起こり得る自然発生突然変異以外は同一である。モノクローナル抗体は、非常に特異的であり、単一の抗原部位に向けられる。さらに、異なる決定基(エピトープ)に対する異なる抗体を通常含むポリクローナル抗体製剤とは対照的に、各モノクローナル抗体は、抗原上の単一の決定基に向けられる。「モノクローナル」という修飾語は、実質的に均一な抗体集団から得られる抗体の特徴を示し、特定の方法によって抗体を産生する必要があるとは解釈されない。例えば、本発明に従って使用されるモノクローナル抗体は、Kohler and Milstein,1975,Nature 256:495に最初に記載されたハイブリドーマ法によって作製されてもよいし、米国特許第4,816,567号に記載されているような組換えDNA法によって作製されてもよい。該モノクローナル抗体はまた、例えば、McCafferty et al.,1990,Nature 348:552−554に記載の技術を用いて生成されるファージライブラリから単離してもよい。
抗体の「可変領域」とは、抗体軽鎖の可変領域または抗体重鎖の可変領域を、単独または組合せのいずれかで指す。当技術分野で知られるように、重鎖及び軽鎖の可変領域は各々、超可変領域を含む3つの相補性決定領域(CDR)でつながれた4つのフレームワーク領域(FR)からなる。各鎖のCDRは、FRによって他方の鎖のCDRとごく接近して保持され、抗体の抗原結合部位の形成に寄与する。CDRの決定に関しては、少なくとも2つの技術、すなわち、(1)異種間配列変化に基づく方法(すなわち、Kabat et al.Sequences of Proteins of Immunological Interest,(5th ed.,1991,National Institutes of Health,Bethesda MD))、及び(2)抗原抗体複合体の結晶学的研究に基づく方法(Al−lazikani et al,1997,J.Molec.Biol.273:927−948)がある。本明細書で使用されるCDRは、どちらかの方法によって、または両方の方法の組合せによって定義されるCDRを指す可能性がある。
当技術分野で知られるように、抗体の「定常領域」とは、抗体軽鎖の定常領域または抗体重鎖の定常領域を、単独または組合せのいずれかで指す。
「治療有効量」という表現は、本明細書に記載の、(i)特定の疾患、状態、もしくは障害を治療する、(ii)特定の疾患、状態、もしくは障害の1つ以上の症状を軽減、改善、もしくは除去する、または(iii)特定の疾患、状態、もしくは障害の1つ以上の症状の発現を予防もしくは遅延する本発明の化合物の量を意味する。
「動物」という用語は、ヒト(男性または女性)、コンパニオン・アニマル(例えば、イヌ、ネコ、及びウマ)、食料源の動物、動物園の動物、海産動物、鳥類、ならびに他の同様の動物種を指す。「食用動物」とは、ウシ、ブタ、ヒツジ、及び家禽等の食料源の動物を指す。
「医薬的に許容される」という表現は、当該物質または組成物が、化学的及び/または毒性学的に、製剤を構成する他の成分、及び/またはそれによって治療される哺乳類と適合しなければならないことを示す。
「treating(治療)」、「treat(治療する)」、または「treatment(治療)」という用語は、予防的、すなわち、予防のための治療及び姑息的治療の両方を包含する。
本明細書で使用される、「医薬的に許容される担体」または「医薬的に許容される賦形剤」には、活性成分と組み合わされた場合に該成分が生物活性を維持できるようにし、かつ、当該対象の免疫系と反応しない任意の物質が含まれる。例としては、標準的な医薬担体のいずれか、たとえば、リン酸緩衝生理食塩水、水、油/水エマルション等のエマルション、及び種々のタイプの湿潤剤が挙げられるがこれらに限定されない。エアロゾルまたは非経口投与用の好ましい希釈剤は、リン酸緩衝生理食塩水(PBS)または生理(0.9%)食塩水である。かかる担体を含む組成物は、周知の従来法で処方される(例えば、Remington’s Pharmaceutical Sciences,18th edition,A.Gennaro,ed.,Mack Publishing Co.,Easton,PA,1990、及びRemington,The Science and Practice of Pharmacy,20th Ed.,Mack Publishing,2000参照)。
「本発明の化合物」という用語は、(別段に明確に特定されない限り)、本明細書に記載の式のいずれかの化合物、ならびにそれらのすべてのエナンチオマー、互変異性体、及び同位体標識化合物を指す。本発明の化合物の水和物及び溶媒和物は、該化合物がそれぞれ水または溶媒と会合している本発明の組成物と見なされる。該化合物はまた、1つ以上の結晶状態、すなわち、共結晶、多形で存在する場合もあり、それらは無定形固体として存在する場合もある。すべてのかかる形態は、特許請求の範囲に包含される。
「リンカー」という用語は、1つ以上の他の化学基を少なくとも1つの共有結合を介してつなぐ化学基である。該リンカーとしては、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アリール、ヘテロアリール、アラルキル、アラルケニル、アラルキニル等が挙げられるがこれらに限定されない1つ以上のスペーサー基を挙げることができる。該リンカーは、電荷中性でも、電荷陽性でも、電荷陰性でもよい。さらに、該リンカーは、該リンカーを該リンカー内の別の化学基につなぐ、またはリガンドに結合している該リンカーの共有結合が、ある特定の条件下で破壊または開裂され得るように、開裂可能であってもよい(例えば、H.Bruyere,et al.,”Tuning the pH Sensitivities of Orthoester based compounds for Drug Delivery Applications by Simple Chemical Modification”,Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters,20,2200(2010)及びA.A.Kislukhin et al.,”Degradable Conjugates from Oxanorbornadiene Reagents”,Journal of the American Chemical Society,134, 6491(2012)参照。これらの条件としては、pH、温度、塩濃度、触媒、または酵素が挙げられる(G.M.Dubowchik et al.,”Cathepsin B−Labile Dipeptide Linkers for Lysosomal Release of Doxorubicin from Internalizing Immunoconjugates:Model Studies of Enzymatic Drug Release and Antigen−Specific In Vitro Anticancer Activity”,Bioconjugate Chemistry,13, 855(2002),G.Leriche et al.,”Cleavable Linkers in Chemical Biology”,Bioorganic and Medicinal Chemistry,20, 571(2012),C.P.R. Hackenberger et al.,”Chemoselective Ligation and Modification Strategies for Peptides and Proteins”,Angewandte Chemie International Edition,47, 10030(2008)、D.M.Patterson et al.,”Finding the Right(Bioorthogonal) Chemistry”,ACS Chemical Biology,9, 592(2014)、C.A.Blencowe et al.,”Self−immolative Linkers in Polymeric Delivery Systems”,Polymer Chemistry,2, 773(2011)。上記刊行物の開示は、すべての目的のため、参照することによりそれらの全体が本明細書に組み込まれる。
いくつかの実施形態では、該リンカーは、細胞内条件下で開裂可能であり、その結果、該リンカーの開裂で、式A及びBの化合物から当該リガンド単位が細胞内環境で放出される。いくつかの実施形態では、該リンカーは、細胞内環境(例えば、リソソームもしくはエンドソームまたはカベオラ(caveolus)内)に存在する開裂剤によって開裂可能である。開裂可能なリンカーの一例は、酵素的に開裂されるリンカー、すなわちペプチジルリンカーであり、これは、リソソームプロテアーゼもしくはエンドソームプロテアーゼが挙げられるがこれに限定されない細胞内ペプチダーゼまたはプロテアーゼ酵素によって開裂される。いくつかの実施形態では、該ペプチジルリンカーは、少なくとも2アミノ酸長または少なくとも3アミノ酸長である。酵素的開裂剤としては、カテプシンB及びDならびにプラスミンが挙げられ、これらはすべて、ジペプチド薬物誘導体を加水分解し、当該標的細胞内での活性薬物の放出をもたらすことが知られている(Dubowchik,Gene M.et al.,Cathepsin B−Labile Dipeptide Linkers for Lysosomal Release of Doxorubicin,Bioconjugate Chem.2002, 13, 855−869参照)。かかるリンカーには、すべての目的のため、参照することによりそれらの全体が本明細書に組み込まれる上記刊行物に記載のもの等のペプチド及びジペプチドが含まれる。
他の開裂可能なリンカーは、求核/塩基性試薬、還元試薬、光照射、及び求電子/酸性試薬によって開裂され得る。例えば、Leriche,Geoffray,et al.,Cleavable Linkers in Chemical Biology,Bioorganic&Medicinal Chemistry 20(2012)571−582を参照されたい。
さらに別の実施形態では、該リンカー単位は、開裂可能ではなく、薬物は、式A及びBの化合物から分解によって放出される。この過程は、しばしば自壊性脱離と呼ばれ、エントロピー及び熱力学によって行われる環化または電子カスケード反応によって作用する。開裂可能でないリンカーの一例は、ベンジル位で脱離基にコンジュゲートするアミノ基もしくはヒドロキシル基または他の電子供与基を備えた多置換の電子豊富な芳香族種である(Blencowe,Christopher A.et al.,Self−immolative Linkers in Polymeric Delivery Systems,Polymer Chemistry,2011, 2, 773−790参照)。自壊性脱離リンカーとしては、アニリン系リンカー、N−ヒドロキシアニリン系リンカー、フェノール系リンカー、1,8−脱離系リンカー、環化系リンカー(すなわち、ヒドロキシル系リンカー、アミノ系リンカー、及びチオール系リンカー)、ポリマー−デンドロンコンジュゲート、ならびにポリマーコンジュゲート(すなわち、N−(2−ヒドロキシプロピル)−メタクリルアミド(HPMA)ポリマーコンジュゲート、ポリエチレングリコール(PEG)ポリマーコンジュゲート)が挙げられるがこれに限定されない(I.Tranoy−Opalinski,et al.,Design of Self−immolative Linkers for Turn our−Activated Prodrug Therapy,Anti−Cancer Agents in Medicinal Chemistry,2008, 8, 618−637、Blencowe,Christopher A.et al.,Self−immolative Linkers in Polymeric Delivery Systems,Polymer Chemistry,2011, 2, 773−790参照)。
通常、該リンカーは、細胞外環境では実質的に開裂しない。本明細書で使用される、リンカーとの関連での「細胞外環境では実質的に開裂しない」とは、X−Y基を含む式A及びBの化合物の試料における該リンカーの20%以下、通常は約15%以下、より通常は約10%以下、さらにより通常は約5%以下、約3%以下、または約1%以下が、該化合物が細胞外環境(例えば、血漿)に存在する場合に開裂することを意味する。リンカーが細胞外環境で実質的に開裂しないかどうかは、例えば、最大24時間までの所定時間(例えば、2、4、8、16、または24時間)血漿とともに該化合物をインキュベートし、その後、該血漿中に存在する遊離リガンドの量を定量化することによって判定することができる。
該リンカーは、一価、二価、または三価の分岐リンカーでよい。1つの実施形態では、該リンカーは、ジスルフィド架橋である。別の実施形態では、該リンカーは、Y及びZへの連結を示す構造L1〜L10のいずれかである(Y及びZは、概要において示した基を表す):
ここで、各Tは、独立して、存在しないか、またはアルキレン、アルケニレン、もしくはアルキニレンであり、該アルキレン、アルケニレン、もしくはアルキニレンの1つ以上の−CH2−基は、各々独立して、−O−、−S−、及び−N(R4)−から独立して選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、該ヘテロ原子基は、少なくとも2つの炭素原子で離間されており、該アルキレン、アルケニレン、及びアルキニレンは、各々独立して、1つ以上のハロ原子で置換されてもよく、
各Qは、独立して、存在しないか、またはC(O)、C(O)−NR4、NR4−C(O)、O−C(O)−NR4、NR4−C(O)−O、−CH2−、ヘテロアリール、もしくはO、S、S−S、S(O)、S(O)2、及びNR4から選択されるヘテロ原子基であり、少なくとも2つの炭素原子が該ヘテロ原子基O、S、S−S、S(O)、S(O)2、及びNR4を任意の他のヘテロ原子基から離間し、
各R4は、独立して、−H、−(C1−C20)アルキル、または(C3−C6)シクロアルキルであり、少なくとも2つの炭素原子で離間された該アルキルまたはシクロアルキルの1〜6個の−CH2−基は、−O−、−S−、または−N(R4)−と交換されてもよく、該アルキルの−CH3は、−N(R42、−OR4、及び−S(R4)から選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、該ヘテロ原子基は、少なくとも2つの炭素原子で離間されており、該アルキル及びシクロアルキルは、ハロ原子で置換されてもよく、
各mは、独立して、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、または40である。各(T−Q−T−Q)の各T及び各Qは、独立して選択される。
1つの実施形態では、Qは、1H−1,2,3−トリアゾリル、ピリジニル、及び1,2,3,4−テトラゾリルから選択されるヘテロアリールである。
該リンカーの長さをnの値によって調節し、標的分子への接近可能性を最適化することができる。いくつかの場合では、該リンカーの最適な長さは、薬物−標的相互作用部位または式A及びBの化合物を適切に開裂するのに必要な空間を分析することによって設計することができる。
「遺伝的に得られた材料」とは、タンパク質、エンドヌクレアーゼ、及びクラスI、II、またはIII由来のCRISPR/Cas(例えば、Cas9タンパク質)、プラスミド(例えば、Cas9タンパク質またはCas9タンパク質及びガイド配列をコードするプラスミド)、RNA配列、例えば、mRNA、siRNA配列、ならびにCas9リボ核タンパク質を含むことを意図する。
本明細書で使用される、「部位特異的修飾ポリペプチド」は、CRISPR/Casエンドヌクレアーゼまたはその誘導体(クラスI、II、またはIII由来)を指す。いくつかの実施形態では、該部位特異的修飾ポリペプチドは、クラス2のCRISPR/Casエンドヌクレアーゼまたはその誘導体である。いくつかの実施形態では、該部位特異的修飾ポリペプチドは、タイプIIのCRISPR/Casエンドヌクレアーゼ、例えば、Cas9、またはその誘導体である。いくつかの実施形態では、該部位特異的修飾ポリペプチドは、タイプVのCRISPR/Casエンドヌクレアーゼ、例えば、Cpf1、またはその誘導体である。いくつかの実施形態では、該部位特異的修飾ポリペプチドは、タイプIIIのCRISPR/Casエンドヌクレアーゼである。いくつかの実施形態では、該部位特異的修飾ポリペプチドは、タイプIII−B Cmr複合体、例えば、Pyrococcus furiosus、Sulfolobus solfataricus、またはThermus thermophilus由来のタイプIII−B Cmr複合体である。例えば、Hale,C.R.et al.Genes&Development,2014,28:2432−2443,及びMakarova K.S. et al.Nature Reviews Microbiology,2015, 13, 1−15を参照されたい。
「誘導体」とは、天然に存在するポリペプチドと実質的に同一のアミノ酸配列を有し、1つ以上のアミノ酸が、該アミノ酸の側基で修飾されている任意のポリペプチドを指す。「誘導体」という用語はまた、1つ以上のアミノ酸が天然のポリペプチド配列から欠失している、これに付加されている、またはこれから置換されているが、該天然配列に対する実質的なアミノ酸配列相同性を保持している任意のポリペプチドも含むものとする。実質的な配列相同性は、50パーセントを超える任意の相同性である。「誘導体」はまた、Cas9/mcherry、Cas9/過渡ドメイン、Cas9/エンドソーム脱出剤、及びCas9/NLS等の融合Cas9−蛍光ポリペプチド融合タンパク質も含むものとする。「誘導体」はまた、Cpf1/mcherry、Cpf1/過渡ドメイン、Cpf1/エンドソーム脱出剤、及びCpf1/NLS等の融合Cpf1−蛍光ポリペプチド融合タンパク質も含むものとする。さらに、「誘導体」はまた、ポリペプチド上のグリコシル化部位突然変異等の突然変異も含むものとする。
「リボ核タンパク質」もしくは「RNP」または「RNP構築物」とは、リボ核酸(RNA)とタンパク質を結びつける会合を指す。いくつかの実施形態では、リボ核タンパク質は、本明細書に記載の部位特異的修飾ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、該リボ核タンパク質は、Cas9タンパク質を含む。いくつかの実施形態では、該リボ核タンパク質は、Cpf1タンパク質を含む。
「Cas9リボ核タンパク質」もしくは「Cas9 RNP」または「Cas9 RNP構築物」は、2つの連結した、または会合した要素、すなわち、(1)CRISPR RNA(crRNA)及びトランス活性型crRNA(tracrRNA)を含むデュアルガイドRNA配列、またはシングルガイドRNA配列(sgRNA)のいずれかを含む認識要素を含む第一の要素であって、該ガイド配列は、発現時、該Cas9リボ核タンパク質の配列特異的結合を標的配列に向けるものであり、また、任意に1つ以上のエンドソーム脱出剤を含む該第一の要素、ならびに(2)Cas9タンパク質ならびに任意に1つ以上の核局在配列(NLS)及び任意に1つ以上の蛍光タンパク質を含むCas9構築物、ならびに1つ以上のエンドソーム脱出剤を含む第二の要素を含み、該第一の要素は、該第二の要素に会合している。ここで、式A−1、A−2、A−3、またはBの本化合物が含まれる場合、当該化合物は、該RNP構築物の第一または第二の要素のいずれかにコンジュゲートされる。
(1)ガイド配列を含む認識要素を含む第一の要素であって、該ガイド配列は、発現時、Cpf1リボ核タンパク質の配列特異的結合を標的配列に向けるものであり、また、任意に1つ以上のエンドソーム脱出剤を含む該第一の要素、ならびに(2)Cpf1タンパク質及び任意に1つ以上の核局在配列(NLS)ならびに任意に1つ以上の蛍光タンパク質を含むCpf1構築物、ならびに1つ以上のエンドソーム脱出剤を含む第二の要素を含み、該第一の要素が該第二の要素に会合している、「Cpf1リボ核タンパク質」。ここで、式A−1、A−2、A−3、またはBの本化合物が含まれる場合、当該化合物は、該RNP構築物の第一または第二の要素のいずれかにコンジュゲートされる。
リボ核タンパク質のいくつかの実施形態では、該ガイド配列は、該リボ核タンパク質の配列特異的結合を細胞における標的配列に向ける。該細胞は、真核性でも原核性でもよい。いくつかの実施形態では、該第二の要素は、約1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10個のNLSを、アミノ末端、カルボキシ末端、またはこれらの組合せにおいて、またはその近傍に含む(例えば、アミノ末端に1つ以上のNLS及びカルボキシ末端に1つ以上のNLS)。複数のNLSが存在する場合、各々は他から独立して選択されてもよく、従って、単一のNLSは、複数のコピーに、及び/または1つ以上のコピーに含まれる1つ以上の他のNLSとの組合せで含まれてもよい。
「ガイドRNA配列」は、標的ポリヌクレオチド配列との相補性が、該標的配列とハイブリダイズする、及び本明細書に記載のリボ核タンパク質の配列特異的結合を該標的配列に向けるのに十分な任意のポリヌクレオチド配列である。いくつかの実施形態では、「ガイドRNA配列」は、(i)標的ポリヌクレオチド配列との相補性が、該標的配列とハイブリダイズするのに十分である部分、及び(ii)部位特異的修飾タンパク質(例えば、本明細書に記載のCas9、cpf1等)に結合し、これを該標的配列に向ける部分を有する任意のポリヌクレオチド配列である。例えば、Jinek et al.,Science 2012、Briner et al.,Mol. Cell 2014を参照されたい。例示的なCas9タンパク質、Cas9ガイドRNA配列、プラスミド、及びリボ核タンパク質は、2014年3月6日に公開されたUS20140068797、01/29/2015に公開されたUS2015031134、及び3/19/2015に公開されたUS2015079681に記載されている。これら公開はすべて、すべての目的のため、それらの全体が本明細書に組み込まれる。
いくつかの実施形態では、該ガイド配列は、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、少なくとも16、少なくとも17、少なくとも18、少なくとも19、少なくとも20、少なくとも21、少なくとも22、少なくとも23、少なくとも24、少なくとも25、少なくとも26、少なくとも27、少なくとも28、少なくとも29、または少なくとも30のヌクレオチドを含み、該ガイド配列とその対応する標的配列の間の相補性度は、適切なアラインメントアルゴリズムを用いて最適に並べた場合、約50%、60%、70%、75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくはそれ以上であるか、または、約50%、60%、70%、75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくはそれ以上を超える。最適アラインメントは、配列を並べるために任意の適切なアルゴリズムを用いて決定され得る。その非限定的な例としては、Smith−Watermanアルゴリズム、Needleman−Wunschアルゴリズム、Burrows−Wheeler Transformに基づくアルゴリズム(例えば、Burrows Wheeler Aligner)、ClustalW、Clustal X、BLAT、Novoalign(Novocraft Technologies、ELAND(Illumina、カリフォルニア州サンディエゴ)、SOAP(soap.genomics.org.cnで入手可能)、及びMaq(maq.sourceforge.netで入手可能)が挙げられる。
Cas9タンパク質は、S.aureus、S.pneumoniae、S.pyogenes、S.thermophilus、N.meningitidis、またはA.ebreus由来でよい。いくつかの実施形態では、該Cas9タンパク質は、HNHホーミングエンドヌクレアーゼドメイン及びスプリットRuvC/RNaseHエンドヌクレアーゼドメインを有する保存構造を示し、各Cas9タンパク質は、4つの主要なモチーフ、すなわち、RuvC様モチーフであるモチーフ1、2、及び4、ならびにHNHモチーフであるモチーフ3を共有する。Streptococcus pyogenes(配列番号8)に関しては、モチーフ1は配列番号260であり、モチーフ2は配列番号261であり、モチーフ3は配列番号262であり、モチーフ4は配列番号263である。従って、「Cas9タンパク質配列」または「Cas9タンパク質」とは、当該配列内に少なくとも4つのモチーフを有するアミノ酸配列を含むポリペプチドを意味し、該モチーフは、配列番号260〜263のいずれかのCas9アミノ酸配列のモチーフ1、2、3、及び4、または、配列番号1〜829に示すアミノ酸配列のいずれかの対応する部分に対して、少なくとも約75パーセント、少なくとも約80パーセント、少なくとも約85パーセント、少なくとも約90パーセント、少なくとも約95パーセント、少なくとも約96パーセント、少なくとも約97パーセント、少なくとも約98パーセント、少なくとも約99パーセント、または100パーセントのアミノ酸配列同一性を有する。別の実施形態では、該Cas9アミノ酸配列は、配列番号8のアミノ酸位置7〜166、もしくは731〜1003、または配列番号1〜7、9〜829に示すものの対応するアミノ酸に対して、少なくとも約75パーセント、少なくとも約80パーセント、少なくとも約85パーセント、少なくとも約90パーセント、少なくとも約95パーセント、少なくとも約96パーセント、少なくとも約97パーセント、少なくとも約98パーセント、少なくとも約99パーセント、または100パーセントのアミノ酸配列同一性である。
いくつかの実施形態では、該Cas9タンパク質は、S.pyogenes Cas9(野生型)(配列番号848)、S.pyogenes Cas9変異体M1C(配列番号849)、S.pyogenes Cas9変異体M1C及びC80S(配列番号850)、S.pyogenes Cas9ニッカーゼ変異体D10A(配列番号851)、S.pyogenes Cas9ニッカーゼ変異体H840A(配列番号852)、S.pyogenes Cas9ニッカーゼ変異体E923P及びT924P(配列番号853)、Acidovorax ebreus Cas9(配列番号854)、酸性鉱山排水細菌Ga0052161_JGI Cas9(配列番号855)、S.pyogenes Cas9ヌル変異体D10A及びH840A(配列番号1027)、ならびにウラン鉱山細菌FW106_JGI Cas9(配列番号856)から選択される。
Cpf1タンパク質は、A.sp.、L.bacterium、P.macacae、及びP.disiens由来でよい。いくつかの実施形態では、該Cpf1タンパク質は、A.sp Cpf1(配列番号857)、L.bacterium Cpf1(配列番号858)、P.macacae Cpf1(配列番号859)、P.disiens Cpf1(配列番号860)から選択されるがこれに限定されない。いくつかの実施形態では、Cpf1タンパク質は、配列番号857〜860のいずれか1つに対して、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことができる。
「核局在配列」(NLS)とは、本発明のリボ核タンパク質、例えば、Cas−9リボ核タンパク質が真核細胞の核に入るのを助けるアミノ酸配列を指す。従って、NLSは通常、当該タンパク質表面に露出した正に荷電したリジンまたはアルギニンの1つ以上の短配列を含む。例示的なNLSとしては、アミノ酸配列PKKKRKV(配列番号830)を有するSV40ウイルスラージT抗原のNLS、ヌクレオプラスミン由来のNLS(例えば、配列KRPAATKKAGQAKKKK(配列番号831)のヌクレオプラスミン二分節NLS、アミノ酸配列PAAKRVKLD(配列番号832)またはRQRRNELKRSP(配列番号833)を有するc−myc NLS、配列NQSSNFGPMKGGNFGGRSSGPYGGGGQYFAKPRNQGGY(配列番号834)を有するhRNPA1 M9 NLS、インポーチンアルファ由来のIBBドメインの配列RMRIXFKNKGKDTAELRRRRVEVSVELRKAKKDEQILKRRNV(Xは任意のアミノ酸である)(配列番号835)、筋腫Tタンパク質の配列VSRKRPRP(配列番号836)及びPPKKARED(配列番号837)、ヒトp53の配列PQPKKKPL(配列番号838)、マウスc−abl IVの配列SALIKKKKKMAP(配列番号839)、インフルエンザウイルスNS1の配列DRLRR(配列番号840)及びPKQKKRK(配列番号841)、デルタ型肝炎ウイルス抗原の配列RKLKKKIKKL(配列番号842)、マウスMx1タンパク質の配列REKKKFLKRR(配列番号843)、ヒトポリ(ADP−リボース)ポリメラーゼの配列KRKGDEVDGVDEVAKKKSKK(配列番号844)、ステロイドホルモン受容体(ヒト)グルココルチコイドの配列RKCLQAGMNLEARKTKK(配列番号845)、配列MAPKKKRKVGIHRGVP(配列番号1035)、ならびに配列PKKKRKVEDPKKKRKVD(配列番号1036)由来のNLS配列が挙げられるがこれらに限定されない。
本明細書で使用される、「Cas9構築物Y1C80S−3N−m」または「Y1C80S−3N−m」は、S.pyogenes Cas9変異体M1C及びC80S(アミノ酸配列)−3NLSならびにmCherry(配列番号1015)を指す。
本明細書で使用される、「Cas9構築物Y1C80S−2N」または「Y1C80S−2N」は、S.pyogenes Cas9変異体M1C及びC80S(アミノ酸配列)−2NLS(配列番号1013)を指す。
本明細書で使用される、「Cas9構築物Y53aASGPRL」または「Y53aASGPRL」は、システインのS原子とのジスルフィド結合の形成を介して、システイン位置1及び574(2×2165Daの添加)で、フラグメント53aの2つのコピーで標識した(化合物53を反応物として使用、さらなる詳細は実験部分を参照のこと)S.pyogenes Cas9変異体M1C及びC80S(アミノ酸配列)−3NLSならびにmCherry(配列番号1015)を指す:
本明細書で使用される、「RNP構築物Y53aASGPRL−RNP−EMX1」または「Y53aASGPRL−RNP−EMX1」は、(1)Cas9構築物Y53aASGPRL及び(2)EMX1シングルガイドsgRNA配列(配列番号907)のモル比1:1.2での共インキュベーションによって調製されるRNP構築物を指す。
本明細書で使用される、「RNP構築物Y1C80S−3N−m−RNP−EMX1」または「Y1C80S−3N−m−RNP−EMX1」は、(1)Cas9構築物Y1C80S−3N−m及び(2)EMX1シングルガイドsgRNA配列(配列番号907)のモル比1:1.2での共インキュベーションによって調製されるRNP構築物を指す。
本明細書で使用される、「RNP構築物Y53aASGPRL−RNP−PCS4」または「Y53aASGPRL−RNP−PCS4」は、(1)Cas9構築物Y53aASGPRL及び(2)PCSK9のエクソン4及び5の遺伝子座(配列番号906)を標的とするsgRNAのモル比1:1.2での共インキュベーションによって調製されるRNP構築物を指す。
本明細書で使用される、「RNP構築物Y53aASGPRL−RNP−PCS1」または「Y53aASGPRL−RNP−PCS1」は、(1)Cas9構築物Y53aASGPRL及び(2)PCSK9遺伝子(配列番号896)を標的とするsgRNAのモル比1:1.2での共インキュベーションによって調製されるRNP構築物を指す。
本明細書で使用される、「エンドソーム脱出剤」は、化合物、DNA、siRNA、ポリペプチド、またはリボ核タンパク質等の剤が細胞のエンドソームを脱出するのを容易にする剤を指す。本発明での使用のためのエンドソーム脱出剤としては、リソソーム作用剤、細胞透過性ペプチド、膜融合ペプチド、エンドソーム溶解ペプチド、細孔形成剤、及びプロトンスポンジ剤が挙げられるがこれらに限定されない。リソソーム作用剤は、弱塩基であり、プロトン化形態としてリソソームを貫通し、細胞内のpHを上げることができる。細胞透過性ペプチド(CPP)は、通常5〜30個のアミノ酸を備える多様なペプチドのクラスであり、細胞膜を透過することができる。膜融合ペプチドは、リン脂質膜を不安定化する短ペプチドである。細孔形成剤は、膜を通過する細孔形成を誘導し、それによってエンドソームを破壊するペプチド等の剤である。プロトンスポンジ剤は、浸透圧溶解作用(osmolytic action)によってエンドソームを破壊する複数のプロトン受容体部位を有する剤である。エンドソーム溶解ペプチドは、pH依存性の膜溶解活性を示し、エンドソームの溶解または漏損を促進するポリアニオンペプチドもしくはペプチド模倣体、または生理的pHで中性もしくは中性に近い電荷を有するペプチドであり得る。ある特定の実施形態では、エンドソーム溶解ペプチドは、エンドソームのpHでその活性立体配座をとる。該「活性」立体配座は、エンドソーム溶解成分がエンドソームの溶解及び/または本発明のモジュール組成物、もしくはその成分の、エンドソームから当該細胞の細胞質への輸送を促進する立体配座である。
いくつかの実施形態では、該エンドソーム脱出剤は、RNP構築物と会合している。他の実施形態では、該エンドソーム脱出剤は、該RNP構築物の第一または第二の要素にコンジュゲートされる。さらなる実施形態では、該エンドソーム脱出剤は、式A−1、A−2、A−3、またはBの化合物にコンジュゲートされる。
化合物
本発明の一態様は、概要に記載の通り、式(A−1)、(A−2)、もしくは(A−3)の化合物:
またはその医薬的に許容される塩を含む。
式(A−1)、(A−2)、または(A−3)の化合物のいくつかの実施形態では、該部位特異的修飾ポリペプチドは、Cas9タンパク質またはCpf1タンパク質である。式(A−1)、(A−2)、または(A−3)の化合物のいくつかの実施形態では、Yは、Cas9リボ核タンパク質、Cas9タンパク質、シングルガイドRNA配列(sgRNA)、またはCRISPR RNA(crRNA)及びトランス活性型crRNA(tracrRNA)を含むデュアルガイドRNA配列であり、Y+は、正に荷電したCas9タンパク質であり、Y-は、負に荷電したCas9リボ核タンパク質、負に荷電したsgRNA、またはCRISPR RNA(crRNA)及びトランス活性型crRNA(tracrRNA)を含む負に荷電したデュアルガイドRNA配列である。
本発明の別の態様は、概要に記載の通り、式(B)の化合物:
またはその医薬的に許容される塩を提供する。
式(B)の化合物のいくつかの実施形態では、該部位特異的修飾ポリペプチドは、Cas9タンパク質またはCpf1タンパク質である。式(B)の化合物のいくつかの実施形態では、Yは、Cas9リボ核タンパク質、Cas9タンパク質、シングルガイドRNA配列(sgRNA)、またはCRISPR RNA(crRNA)及びトランス活性型crRNA(tracrRNA)を含むデュアルガイドRNA配列であり、Y+は、正に荷電したCas9タンパク質であり、Y-は、負に荷電したCas9リボ核タンパク質、負に荷電したsgRNA、またはCRISPR RNA(crRNA)及びトランス活性型crRNA(tracrRNA)を含む負に荷電したデュアルガイドRNA配列である。
式(A−1)、(A−2)、(A−3)、または(B)の化合物のいくつかの実施形態では、R2は、−NH−C(O)−CH3である。
式(A−1)、(A−2)、(A−3)、または(B)の化合物のいくつかの実施形態では、R1は、−Z−X+-である。いくつかの実施形態では、R1は、−Z−X-+である。いくつかの実施形態では、R1は、−Z−X−Yである。いくつかの実施形態では、R1は、−Z−X−Yであり、L1〜L10からなる群から選択される:
ここで、各Tは、独立して、存在しないか、または(C1−C10)アルキレン、(C2−C10)アルケニレン、もしくは(C2−C10)アルキニレンであり、該Tの1つ以上の炭素基は、各々独立して、−O−、−S−、及び−N(R4)−から独立して選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、該ヘテロ原子基は、少なくとも2つの炭素原子で離間されており、該アルキレン、アルケニレン、及びアルキニレンは、各々独立して、1つ以上のハロ原子で置換されてもよく、
各Qは、独立して、存在しないか、またはC(O)、C(O)−NR4、NR4−C(O)、O−C(O)−NR4、NR4−C(O)−O、−CH2−、ヘテロアリール、もしくはO、S、S−S、S(O)、S(O)2、及びNR4から選択されるヘテロ原子基であり、少なくとも2つの炭素原子が該ヘテロ原子基O、S、S−S、S(O)、S(O)2、及びNR4を任意の他のヘテロ原子基から離間し、
各R4は、独立して、−H、−(C1−C20)アルキル、−(C1−C20)アルケニル、−(C1−C20)アルキニル、または(C3−C6)シクロアルキルであり、少なくとも2つの炭素原子で離間された該アルキルまたはシクロアルキルの1〜6個の−CH2−基は、−O−、−S−、または−N(R4)−と交換されてもよく、該アルキルの−CH3は、−N(R42、−OR4、及び−S(R4)から選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、該ヘテロ原子基は、少なくとも2つの炭素原子で離間されており、該アルキル、アルケ
ニル、アルキニル、及びシクロアルキルは、ハロ原子で置換されてもよく、
各mは、独立して、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、または40である。いくつかの実施形態では、Qは、独立して、1H−1,2,3−トリアゾリル、ピリジニル、及び1,2,3,4−テトラゾリルから選択されるヘテロアリールである。
式(A−1)、(A−2)、(A−3)、または(B)の化合物のいくつかの実施形態では、X、X+、またはX-は、ジスルフィド結合を含む。
本発明の別の態様は、式(C−1)、(C−2)、(C−3)、もしくは(C4)の化合物:
またはその医薬的に許容される塩を提供し、
式中、
nは1、2、または3であり、
Wは、存在しないか、またはペプチドであり、
Lは、−(T−Q−T−Q)m−であり、
各Tは、独立して、存在しないか、または(C1−C10)アルキレン、(C2−C10)アルケニレン、もしくは(C2−C10)アルキニレンであり、該Tの1つ以上の炭素基は、各々独立して、−O−、−S−、及び−N(R4)−から独立して選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、該ヘテロ原子基は、少なくとも2つの炭素原子で離間されており、該アルキレン、アルケニレン、及びアルキニレンは、各々独立して、1つ以上のハロ原子で置換されてもよく、
各Qは、独立して、存在しないか、またはC(O)、C(O)−NR4、NR4−C(O)、O−C(O)−NR4、NR4−C(O)−O、−CH2−、ヘテロアリール、もしくはO、S、S−S、S(O)、S(O)2、及びNR4から選択されるヘテロ原子基であり、少なくとも2つの炭素原子が該ヘテロ原子基O、S、S−S、S(O)、S(O)2、及びNR4を任意の他のヘテロ原子基から離間し、
各R4は、独立して、−H、−(C1−C20)アルキル、−(C1−C20)アルケニル、−(C1−C20)アルキニル、または(C3−C6)シクロアルキルであり、少なくとも2つの炭素原子で離間された該アルキルまたはシクロアルキルの1〜6個の−CH2−基は、−O−、−S−、または−N(R4)−と交換されてもよく、該アルキルの−CH3は、−N(R4)2、−OR4、及び−S(R4)から選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、該ヘテロ原子基は、少なくとも2つの炭素原子で離間されており、該アルキル、アルケニル、アルキニル、及びシクロアルキルは、ハロ原子で置換されてもよく、
各mは、独立して、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、または40であり、
その他の部分は、式(A−1)、(A−2)、または(A−3)で定義される通りである。
本発明の別の態様は、式(D−1)もしくは(D−2)の化合物:
またはその医薬的に許容される塩を提供し、
式中、Yは、式(A−1)、(A−2)、または(A−3)で定義される通りである。
本発明の別の態様は、式(E)の化合物:
またはその医薬的に許容される塩を提供し、
式中、
nは1、2、または3であり、
Wは、存在しないか、またはペプチドであり、
Lは、−(T−Q−T−Q)mであり、
各Tは、独立して、存在しないか、または(C1−C10)アルキレン、(C2−C10)アルケニレン、もしくは(C2−C10)アルキニレンであり、該Tの1つ以上の炭素基は、各々独立して、−O−、−S−、及び−N(R4)−から独立して選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、該ヘテロ原子基は、少なくとも2つの炭素原子で離間されており、該アルキレン、アルケニレン、アルキニレンは、各々独立して、1つ以上のハロ原子で置換されてもよく、
各Qは、独立して、存在しないか、またはC(O)、C(O)−NR4、NR4−C(O)、O−C(O)−NR4、NR4−C(O)−O、−CH2−、ヘテロアリール、もしくはO、S、S−S、S(O)、S(O)2、及びNR4から選択されるヘテロ原子基であり、少なくとも2つの炭素原子が該ヘテロ原子基O、S、S−S、S(O)、S(O)2、及びNR4を任意の他のヘテロ原子基から離間し、
各R4は、独立して、−H、−(C1−C20)アルキル、−(C1−C20)アルケニル、−(C1−C20)アルキニル、または(C3−C6)シクロアルキルであり、少なくとも2つの炭素原子で離間された該アルキルまたはシクロアルキルの1〜6個の−CH2−基は、−O−、−S−、または−N(R4)−と交換されてもよく、該アルキルの−CH3は、−N(R42、−OR4、及び−S(R4)から選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、該ヘテロ原子基は、少なくとも2つの炭素原子で離間されており、該アルキル、アルケニル、アルキニル、及びシクロアルキルは、ハロ原子で置換されてもよく、
各mは、独立して、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、または40であり、
その他の部分は、式(B)で定義される通りである。
本発明の別の態様は、式(F−1)もしくは(F−2)の化合物:
またはその医薬的に許容される塩を提供し、
Yは、式(B)で定義される通りである。
式(C−1)、(C−2)、(C−3)、(C4)、(D−1)、(D−2)、(E)、(F−1)、または(F−2)の化合物のいくつかの実施形態では、nは1である。いくつかの実施形態では、nは2である。いくつかの実施形態では、nは3である。
式(E)の化合物のいくつかの実施形態では、該化合物は:
もしくは
またはその医薬的に許容される塩である。
本発明の化合物のいくつかの実施形態では、Wは存在しない。いくつかの実施形態では、Wは、エンドソーム溶解ペプチドまたは核局在ペプチドを含むペプチドである。いくつかの実施形態では、該エンドソーム溶解ペプチドは、pH依存性の膜溶解活性を示し、エンドソームの溶解または漏損をもたらすポリアニオンペプチド模倣体、または生理的pHで中性もしくは中性に近い電荷を有するペプチドであり得る。ある特定の実施形態では、該エンドソーム溶解ペプチドは、エンドソームのpHでその活性立体配座をとる。該「活性」立体配座は、エンドソーム溶解成分がエンドソームの溶解及び/または本発明のモジュール組成物、もしくはその成分の、エンドソームから当該細胞の細胞質への輸送を促進する立体配座である。例えば、Martin M.E.et al.Peptide−guided gene delivery,the AAPS Journal,2007, 9(1),article 3を参照されたい。
いくつかの実施形態では、Wは、CHK6HC(配列番号861)、H5WYG(配列番号1029)、GLFHAIAHFIHGGWHGLIHGWYG(配列番号862)、及びそれらの誘導体から選択されるがこれに限定されないエンドソーム溶解ヒスチジンリッチペプチドを含むペプチドである。
いくつかの実施形態では、Wは、インフルエンザHA−2ペプチド、ppTG21(配列番号1012)、Aurein 1.2、GLFDIIKKIAESF(配列番号1023)、GLFGAIAGFIENGWEGMIDGWYG(配列番号863)、メリチン、GIGAVLKVLTTGLPALISWIKRKRQQ(配列番号864)、tat(48−60)、GRKKRRQRRRPPQ(配列番号865)、ペネトラチン、RQIKIWFQNRRMKWKK(配列番号866)、トランスポータン、GWTLNSAGYLLGKINLKALAALAKKIL(配列番号867)、GALAペプチド、WEAALAEALAEALAEHLAEALAEALEALAA(配列番号868)、KALAペプチド、WEAKLAKALAKALAKHLAKALAKALKACEA(配列番号869)、JST−1、GLFEALLELLESLWELLLEA(配列番号870)、ppTG1、GLFKALLKLLKSLWKLLLKA(配列番号871)、ppTG20、GLFRALLRLLRSLWRLLLRA(配列番号872)、及びそれらの誘導体から選択されるがこれに限定されない膜融合ペプチドを含むペプチドである。
いくつかの実施形態では、Wは、Gly−Alaリピートを備えたプロテアソームペプチド、例えば、CWK18(GA)4(配列番号873)を含むペプチドである。
いくつかの実施形態では、Wは、SV40 T抗原、PKKKRKV(配列番号830)、SV40 Vp3、KKKRK(配列番号874)、アデノウィルスE1a、KRPRP(配列番号875)、ヒトc−myc、PAAKRVKLD(配列番号832)、RQRRNELKRSP(配列番号833)、及びそれらの誘導体が挙げられるがこれらに限定されない単一分節NLSを含むペプチドである。いくつかの実施形態では、該ペプチドは、ヌクレオプラスミン、KRPAATKKAGQAKKKK(配列番号831)、Xenopus Nl、VRKKRKTEEESPLKDKDAKKSKQE(配列番号876)、マウスFGF3、RLRRDAGGRGGVYEHLGGAPRRRK(配列番号877)、PARP、KRKGDEVDGVDECAKKSKK(配列番号878)、及びそれらの誘導体が挙げられるがこれらに限定されない二分節NLSを含む。いくつかの実施形態では、該ペプチドは、非古典的NLS、例えば、M9ペプチド、NQSSNFGPMKGGNFGGRSSGPYGGGGQYFAKPRNQGGY(配列番号834)を含む。
いくつかの実施形態では、Wは、RGDペプチド、ICRRARGDNPDDRCT(配列番号1037)、インテグリン結合ペプチド、PLAEIDGIELTY(配列番号1038)、セクレチン、HSDGTFTSELSRLRDSARLQRLLQGLV(配列番号879)、GE7(EGF由来)、NPVVGYIGERPQYRDL(配列番号880)、ニューロテンシン、ELYENKPRRPYIL(配列番号881)、LOX−1結合ペプチド、LSIPPKA(配列番号882)、FQTPPQL(配列番号883)、LTPATAI(配列番号884)、またはそれらの誘導体から選択されるがこれに限定されない細胞標的化ペプチドを含むペプチドである。
本発明の化合物のいくつかの実施形態では、Yは、Cas9リボ核タンパク質である。いくつかの実施形態では、Yは、(1)CRISPR RNA(crRNA)及びトランス活性型crRNA(tracrRNA)を含むデュアルガイドRNA配列、またはシングルガイドRNA配列(sgRNA)のいずれかを含む認識要素を含む第一の要素であって、該ガイド配列は、発現時、該Cas9リボ核タンパク質の配列特異的結合を標的配列に向けるものである、該第一の要素、ならびに(2)Cas9タンパク質及び任意に1つ以上の核局在配列(NLS)を含む第二の要素を含み、該第一の要素は、該第二の要素に会合している、Cas9リボ核タンパク質である。いくつかの実施形態では、該標的配列は、真核細胞の標的配列である。他の実施形態では、該標的配列は、原核細胞の標的配列である。
いくつかの実施形態では、本明細書で使用される、該tracrRNA、該crRNA、または該sgRNAは、各々任意に独立して、化学的に修飾されてもよい。適切な化学修飾としては、骨格に対する修飾、塩基に対する修飾、及び糖に対する修飾が挙げられる。例示的な化学修飾としては、ホスホロチオエート結合の使用(例えば、2つのリボヌクレオチド間の骨格リン酸上の1つの非架橋酸素原子をイオウ原子で置換することでホスホロチオエート(PS)結合ができる)、ボラノリン酸結合の使用(例えば、該非架橋酸素原子の代わりのホウ素原子の導入によるホウ素−リン結合の創出)、リボース環の2’と4’炭素間にメチレン架橋を含むロックド核酸(LNA)ヌクレオチドの使用、リボース糖の2’位での化学修飾(例えば、RNA類似体の使用は、2’−O−メチルRNA、2’−O−メトキシエチル(2’−MOE)RNA、及び2’−フルオロRNAを含む)、リボース環の4’炭素に結合した酸素の代わりにイオウ原子を導入することによる4’−チオ位の修飾、リボジフルオロトルイル(rF)ヌクレオチドの導入、及びPNAまたはモルホリノモノマーの導入が挙げられるがこれらに限定されない。
いくつかの実施形態では、該Cas9リボ核タンパク質の該第一の要素は、CRISPR RNA(crRNA)及びトランス活性型crRNA(tracrRNA)を含むデュアルガイドRNA配列を含み、該化合物の残余は、該Cas9リボ核タンパク質に、1つ以上の各々が独立した該tracrRNAまたは該crRNAに対する相互作用によって連結され、該tracrRNAまたは該crRNAは、任意に化学的に修飾されてもよい。いくつかの実施形態では、該tracrRNA及び該crRNAを合わせてデュアルRNAガイドが形成される。いくつかの実施形態では、該tracrRNA−crRNAデュアルRNAガイドは、該デュアルRNAガイド配列とその対応する標的配列の間の相補性度が、適切なアラインメントアルゴリズムを用いて最適に並べた場合、少なくとも50%、60%、70%、75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%である。
Cas9リボ核タンパク質のいくつかの実施形態では、該tracrRNAは、配列:CAGCAUAGCAAGUUAAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUU(配列番号1028)に対して、少なくとも約75パーセント、少なくとも約80パーセント、少なくとも約85パーセント、少なくとも約90パーセント、少なくとも約95パーセント、少なくとも約96パーセント、少なくとも約97パーセント、少なくとも約98パーセント、少なくとも約99パーセント、または100パーセントのヌクレオチド配列同一性である配列を含み、該配列は、任意に、最初の3塩基の任意の1つ以上に2’−O−メチルまたは2’−Fの修飾を含み、該tracrRNAは、任意にさらに修飾されてもよい。Cas9リボ核タンパク質のいくつかの実施形態では、該tracrRNAは、配列:CAGCAUAGCAAGUUAAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUU(配列番号1028)に対して、少なくとも約75パーセント、少なくとも約80パーセント、少なくとも約85パーセント、少なくとも約90パーセント、少なくとも約95パーセント、少なくとも約96パーセント、少なくとも約97パーセント、少なくとも約98パーセント、少なくとも約99パーセント、または100パーセントのヌクレオチド配列同一性である配列を含み、該配列は、任意に、最初の3塩基に2’−O−メチルまたは2’−Fの修飾を含み、該tracrRNAは、任意にさらに修飾されてもよい。
Cas9リボ核タンパク質のいくつかの実施形態では、該crRNAは、
PCSK9 crRNA配列1:
GGUGCUAGCCUUGCGUUCCGGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号885)、任意に、最後の4塩基の最初の3つ(GCU)の任意の1つ以上に2’−O−メチルまたは2’−Fの修飾を含む、
PCSK9 crRNA配列2:
CGUGCUCGGGUGCUUCGGCCGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号886)、任意に、最後の4塩基の最初の3つ(GCU)の任意の1つ以上に2’−O−メチルまたは2’−Fの修飾を含む、
PCSK9 crRNA配列3:
GCCGUCCUCCUCGGAACGCAGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号887)、任意に、最後の4塩基の最初の3つ(GCU)の任意の1つ以上に2’−O−メチルまたは2’−Fの修飾を含む、
PCSK9 crRNA配列4:
GGACGAGGACGGCGACUACGGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号888)、任意に、最後の4塩基の最初の3つ(GCU)の任意の1つ以上に2’−O−メチルまたは2’−Fの修飾を含む、
PCSK9 crRNA配列5:
ACCACCGGGAAAUCGAGGGCGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号889)、任意に、最後の4塩基の最初の3つ(GCU)の任意の1つ以上に2’−O−メチルまたは2’−Fの修飾を含む、
PCSK9 crRNA配列6:
CGACUUCGAGAAUGUGCCCGGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号890)、任意に、最後の4塩基の最初の3つ(GCU)の任意の1つ以上に2’−O−メチルまたは2’−Fの修飾を含む、
PCSK9 crRNA配列7:
GAGUGACCACCGGGAAAUCGGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号891)、任意に、最後の4塩基の最初の3つ(GCU)の任意の1つ以上に2’−O−メチルまたは2’−Fの修飾を含む、
PCSK9 crRNA配列8:
CUCGGGCACAUUCUCGAAGUGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号892)、任意に、最後の4塩基の最初の3つ(GCU)の任意の1つ以上に2’−O−メチルまたは2’−Fの修飾を含む、
PCSK9 crRNA配列9:
GGAAGCCAGGAAGAAGGCCAGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号893)、任意に、最後の4塩基の最初の3つ(GCU)の任意の1つ以上に2’−O−メチルまたは2’−Fの修飾を含む、
PCSK9 crRNA配列10:
UCUUUGCCCAGAGCAUCCCGGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号894)、任意に、最後の4塩基の最初の3つ(GCU)の任意の1つ以上に2’−O−メチルまたは2’−Fの修飾を含む、及び
PCSK9 crRNA配列11:
CUAGGAGAUACACCUCCACCGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号895)、任意に、最後の4塩基の最初の3つ(GCU)の任意の1つ以上に2’−O−メチルまたは2’−Fの修飾を含むものであって、該crRNAは、任意にさらに化学的に修飾されてもよいものから選択される配列に対して、少なくとも約75パーセント、少なくとも約80パーセント、少なくとも約85パーセント、少なくとも約90パーセント、少なくとも約95パーセント、少なくとも約96パーセント、少なくとも約97パーセント、少なくとも約98パーセント、少なくとも約99パーセント、または100パーセントのヌクレオチド配列同一性である配列を含む。
Cas9リボ核タンパク質のいくつかの実施形態では、該crRNAは、
PCSK9 crRNA配列1:
GGUGCUAGCCUUGCGUUCCGGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号885)、任意に、最後の4塩基の最初の3つ(GCU)に2’−O−メチルまたは2’−Fの修飾を含む、
PCSK9 crRNA配列2:
CGUGCUCGGGUGCUUCGGCCGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号886)、任意に、最後の4塩基の最初の3つ(GCU)に2’−O−メチルまたは2’−Fの修飾を含む、
PCSK9 crRNA配列3:
GCCGUCCUCCUCGGAACGCAGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号887)、任意に、最後の4塩基の最初の3つ(GCU)に2’−O−メチルまたは2’−Fの修飾を含む、
PCSK9 crRNA配列4:
GGACGAGGACGGCGACUACGGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号888)、任意に、最後の4塩基の最初の3つ(GCU)に2’−O−メチルまたは2’−Fの修飾を含む、
PCSK9 crRNA配列5:
ACCACCGGGAAAUCGAGGGCGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号889)、任意に、最後の4塩基の最初の3つ(GCU)に2’−O−メチルまたは2’−Fの修飾を含む、
PCSK9 crRNA配列6:
CGACUUCGAGAAUGUGCCCGGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号890)、任意に、最後の4塩基の最初の3つ(GCU)に2’−O−メチルまたは2’−Fの修飾を含む、
PCSK9 crRNA配列7:
GAGUGACCACCGGGAAAUCGGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号891)、任意に、最後の4塩基の最初の3つ(GCU)に2’−O−メチルまたは2’−Fの修飾を含む、
PCSK9 crRNA配列8:
CUCGGGCACAUUCUCGAAGUGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号892)、任意に、最後の4塩基の最初の3つ(GCU)に2’−O−メチルまたは2’−Fの修飾を含む、
PCSK9 crRNA配列9:
GGAAGCCAGGAAGAAGGCCAGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号893)、任意に、最後の4塩基の最初の3つ(GCU)に2’−O−メチルまたは2’−Fの修飾を含む、
PCSK9 crRNA配列10:
UCUUUGCCCAGAGCAUCCCGGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号894)、任意に、最後の4塩基の最初の3つ(GCU)に2’−O−メチルまたは2’−Fの修飾を含む、及び
PCSK9 crRNA配列11:
CUAGGAGAUACACCUCCACCGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号895)、任意に、最後の4塩基の最初の3つ(GCU)に2’−O−メチルまたは2’−Fの修飾を含むものであって、該crRNAは、任意にさらに化学的に修飾されてもよいものから選択される配列に対して、少なくとも約75パーセント、少なくとも約80パーセント、少なくとも約85パーセント、少なくとも約90パーセント、少なくとも約95パーセント、少なくとも約96パーセント、少なくとも約97パーセント、少なくとも約98パーセント、少なくとも約99パーセント、または100パーセントのヌクレオチド配列同一性である配列を含む。
いくつかの実施形態では、該Cas9リボ核タンパク質の該第一の要素は、シングルガイドRNA配列(sgRNA)を含み、該化合物の残余は、該Cas9リボ核タンパク質に、該sgRNAに対する1つ以上の相互作用によって連結される。いくつかの実施形態では、該sgRNAは、20以上のヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、該sgRNAは、少なくとも8個のヌクレオチドを含む。
Cas9リボ核タンパク質のいくつかの実施形態では、該sgRNAとその対応する標的配列の間の相補性度は、適切なアラインメントアルゴリズムを用いて最適に並べた場合、少なくとも50%、60%、70%、75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%である。
Cas9リボ核タンパク質のいくつかの実施形態では、該sgRNAは、
PCSK9シングルガイドRNA配列1:
GGUGCUAGCCUUGCGUUCCGGUUUAAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUUAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号896)、
PCSK9シングルガイドRNA配列2:
CGUGCUCGGGUGCUUCGGCCGUUUAAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUUAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号897)、
PCSK9シングルガイドRNA配列3:
GCCGUCCUCCUCGGAACGCAGUUUAAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUUAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号898)、
PCSK9ガイドRNA配列4:
GGACGAGGACGGCGACUACGGUUUAAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUUAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号899)、
PCSK9シングルガイドRNA配列5:
ACCACCGGGAAAUCGAGGGCGUUUAAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUUAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号900)、
PCSK9シングルガイドRNA配列6:
CGACUUCGAGAAUGUGCCCGGUUUAAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUUAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号901)、
PCSK9シングルガイドRNA配列7:
GAGUGACCACCGGGAAAUCGGUUUAAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUUAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号902)、
PCSK9シングルガイドRNA配列8:
CUCGGGCACAUUCUCGAAGUGUUUAAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUUAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号903)、
PCSK9シングルガイドRNA配列9:
GGAAGCCAGGAAGAAGGCCAGUUUAAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUUAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号904)、
PCSK9シングルガイドRNA配列10:
UCUUUGCCCAGAGCAUCCCGGUUUAAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUUAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号905)、
PCSK9シングルガイドRNA配列11:
CUAGGAGAUACACCUCCACCGUUUAAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUUAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号906)、
EMX1シングルガイドRNA配列:
GUCACCUCCAAUGACUAGGGGUUUAAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUUAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号907)、
ROSA26シングルガイドRNA配列:
CGAACCCUACACAUUCAACGGUUUAAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUUAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号908)からなる群から選択される配列であって、任意に化学的に修飾される配列に対して、少なくとも約75パーセント、少なくとも約80パーセント、少なくとも約85パーセント、少なくとも約90パーセント、少なくとも約95パーセント、少なくとも約96パーセント、少なくとも約97パーセント、少なくとも約98パーセント、少なくとも約99パーセント、または100パーセントのヌクレオチド配列同一性を有する。
本発明の化合物のいくつかの実施形態では、Yは、Cpf1リボ核タンパク質である。いくつかの実施形態では、Yは、(1)ガイド配列を含む認識要素を含む第一の要素であって、該ガイド配列は、発現時、Cpf1リボ核タンパク質の配列特異的結合を標的配列に向けるものである該第一の要素、ならびに(2)Cpf1タンパク質及び任意に1つ以上の核局在配列(NLS)を含む第二の要素を含むCpf1リボ核タンパク質であり、該第一の要素は該第二の要素に会合している。いくつかの実施形態では、該標的配列は、真核細胞の標的配列である。いくつかの実施形態では、該標的配列は、原核細胞の標的配列である。
いくつかの実施形態では、Cpf1リボ核タンパク質は、crRNAを含み、該crRNAは、
EMX1 crRNA配列(Asp Cpf1):
UAAUUUCUACUCUUGUAGAUUCAUCUGUGCCCCUCCCUCCCUG(配列番号909)、
EMX1 crRNA配列(Lba Cpf1):
UAAUUUCUACUCUAAGUAGAUUCAUCUGUGCCCCUCCCUCCCUG(配列番号910)、
PCSK9 crRNA配列12(Asp Cpf1):
UAAUUUCUACUCUUGUAGAUCCCAGAGCAUCCCGUGGAACCUG(配列番号911)、
PCSK9 crRNA配列12(Lba Cpf1):
UAAUUUCUACUCUAAGUAGAUCCCAGAGCAUCCCGUGGAACCUG(配列番号912)、
PCSK9 crRNA配列13(Asp Cpf1):
UAAUUUCUACUCUUGUAGAUCCGGUGGUCACUCUGUAUGCUGG(配列番号913)、及び
PCSK9 crRNA配列13(Lba Cpf1):
UAAUUUCUACUCUAAGUAGAUCCGGUGGUCACUCUGUAUGCUGG(配列番号914)から選択される配列であって、任意に化学的に修飾される配列に対して、少なくとも約75パーセント、少なくとも約80パーセント、少なくとも約85パーセント、少なくとも約90パーセント、少なくとも約95パーセント、少なくとも約96パーセント、少なくとも約97パーセント、少なくとも約98パーセント、少なくとも約99パーセント、または100パーセントのヌクレオチド配列同一性である配列を含む。
本明細書に記載の化合物いくつかの実施形態では、Yは、タイプIII−B Cmr複合体、例えば、Pyrococcus furiosus、Sulfolobus solfataricus、及びThermus thermophilus由来のタイプIII−B Cmr複合体である。いくつかの実施形態では、本明細書での使用に適したCmrタンパク質としては、Hale,C.R.et al.Genes&Development,2014, 28:2432−2443、及びMakarova K.S.et al.Nature Reviews Microbiology,2015, 13, 1−15に記載のものが挙げられるがこれらに限定されない。
本明細書に記載の化合物のいくつかの実施形態では、Yは、さらに蛍光プローブを含む。いくつかの実施形態では、該蛍光プローブは、mCherry配列(配列番号915)を含む。その他の適切な蛍光タンパク質としては、緑色蛍光タンパク質(GFP)またはその変異体、GFPの青色蛍光変異体(BFP)、GFPのシアン蛍光変異体(CFP)、GFPの黄色蛍光変異体(YFP)、高感度GFP(EGFP)、高感度CFP(ECFP)、高感度YFP(EYFP)、GFPS65T、エメラルド、トパーズ(TYFP)、Venus、Citrine、mCitrine、GFPuv、不安定化EGFP(dEGFP)、不安定化ECFP(dECFP)、不安定化EYFP(dEYFP)、mCFPm、Cerulean、T−Sapphire、CyPet、YPet、mKO、HcRed、t−HcRed、DsRed、DsRed2、DsRed−モノマー、J−Red、ダイマー2、t−ダイマー2(12)、mRFPl、ポシロポリン(pocilloporin)、Renilla GFP、Monster GFP、paGFP、Kaedeタンパク質及びキンドリングタンパク質、B−フィコエリトリン、R−フィコエリトリン、及びアロフィコシアニン等のフィコビリタンパク質ならびにフィコビリタンパク質コンジュゲートが挙げられるがこれらに限定されない。蛍光タンパク質のその他の例としては、mHoneydew、mBanana、mOrange、dTomato、tdTomato、mTangerine、mStrawberry、mCherry、mGrape1、mRaspberry、mGrape2、mPlum(Shaner et al.(2005)Nat.Methods 2:905−909)等が挙げられる。例えば、Matz et al.(1999)Nature Biotechnol.17:969−973に記載のように、花虫類種由来の各種蛍光及び有色タンパク質のいずれかが使用に適する。
いくつかの実施形態では、Yは1つ以上のNLSを含む。いくつかの実施形態では、Yは、1つ以上のNLSを含み、各々は独立して、アミノ酸配列PKKKRKV(配列番号830)を有するSV40ウイルスラージT抗原のNLS、ヌクレオプラスミン由来のNLS(例えば、配列KRPAATKKAGQAKKKK(配列番号831)のヌクレオプラスミン二分節NLS、アミノ酸配列PAAKRVKLD(配列番号832)またはRQRRNELKRSP(配列番号833)を有するc−myc NLS、配列NQSSNFGPMKGGNFGGRSSGPYGGGGQYFAKPRNQGGY(配列番号834)を有するhRNPA1 M9 NLS、Xがインポーチンアルファ由来のIBBドメインの任意のアミノ酸(配列番号835)である配列RMRIXFKNKGKDTAELRRRRVEVSVELRKAKKDEQILKRRNV、筋腫Tタンパク質の配列VSRKRPRP(配列番号836)及びPPKKARED(配列番号837)、ヒトp53の配列PQPKKKPL(配列番号838)、マウスc−abl IVの配列SALIKKKKKMAP(配列番号839)、インフルエンザウイルスNS1の配列DRLRR(配列番号840)及びPKQKKRK(配列番号841)、デルタ型肝炎ウイルス抗原の配列RKLKKKIKKL(配列番号842)、マウスMx1タンパク質の配列REKKKFLKRR(配列番号843)、ヒトポリ(ADP−リボース)ポリメラーゼの配列KRKGDEVDGVDEVAKKKSKK(配列番号844)、ステロイドホルモン受容体(ヒト)グルココルチコイドの配列RKCLQAGMNLEARKTKK(配列番号845)、配列MAPKKKRKVGIHRGVP(配列番号1035)、ならびに配列PKKKRKVEDPKKKRKVD(配列番号1036)由来のNLS配列から選択されるがこれに限定されない。Yが2つ以上のNLSを含む実施形態では、2つのNLSの各々の間には任意に介在アミノ酸配列が存在してもよい。かかる介在配列は、1つ以上のアミノ酸残基を含んでよい。いくつかの実施形態では、Yは2つのNLSを含み、各々がアミノ酸配列PKKKRKV(配列番号830)を含む。Yは3つのNLSを含み、各々がアミノ酸配列PKKKRKV(配列番号830)を含む。
本発明の化合物のいくつかの実施形態では、Yは、S.aureus、S.pneumoniae、S.pyogenes、S.thermophilus、S.Aureus、N.meningitidis、またはA.ebreus由来のCas9タンパク質に対して、少なくとも約75パーセント、少なくとも約80パーセント、少なくとも約85パーセント、少なくとも約90パーセント、少なくとも約95パーセント、少なくとも約96パーセント、少なくとも約97パーセント、少なくとも約98パーセント、少なくとも約99パーセント、または100パーセントのアミノ酸配列同一性であるCas9タンパク質を含む。例えば、Hou et al,PNAS 2013を参照されたい。いくつかの実施形態では、Yは、タイプIIのCas9タンパク質に対して、少なくとも約75パーセント、少なくとも約80パーセント、少なくとも約85パーセント、少なくとも約90パーセント、少なくとも約95パーセント、少なくとも約96パーセント、少なくとも約97パーセント、少なくとも約98パーセント、少なくとも約99パーセント、または100パーセントのアミノ酸配列同一性であるCas9タンパク質を含む。いくつかの実施形態では、Yは、配列番号8の位置7〜166、もしくは731〜1003のアミノ酸、または配列番号1〜7、9〜829に示すものの対応するアミノ酸に対して、少なくとも約75パーセント、少なくとも約80パーセント、少なくとも約85パーセント、少なくとも約90パーセント、少なくとも約95パーセント、少なくとも約96パーセント、少なくとも約97パーセント、少なくとも約98パーセント、少なくとも約99パーセント、または100パーセントのアミノ酸配列同一性であるCas9タンパク質を含む。いくつかの実施形態では、Yは、配列番号8の位置7〜166、または731〜1003のアミノ酸に対して、少なくとも約75パーセント、少なくとも約80パーセント、少なくとも約85パーセント、少なくとも約90パーセント、少なくとも約95パーセント、少なくとも約96パーセント、少なくとも約97パーセント、少なくとも約98パーセント、少なくとも約99パーセント、または100パーセントのアミノ酸配列同一性であるCas9タンパク質を含む。いくつかの実施形態では、Yは、当該配列内に少なくとも4つのモチーフを有するCas9タンパク質を含み、該モチーフは、配列番号260〜263のいずれかのCas9アミノ酸配列のモチーフ1、2、3、及び4に対して、少なくとも約75パーセント、少なくとも約80パーセント、少なくとも約85パーセント、少なくとも約90パーセント、少なくとも約95パーセント、少なくとも約96パーセント、少なくとも約97パーセント、少なくとも約98パーセント、少なくとも約99パーセント、または100パーセントのアミノ酸配列同一性を有する。
いくつかの実施形態では、Yは、タイプII−CのCas9タンパク質を含む。いくつ
かの実施形態では、Yは、S.pyogenes Cas9(野生型)(配列番号848)、S.pyogenes Cas9変異体M1C(配列番号849)、S.pyogenes Cas9変異体M1C及びC80S(配列番号850)、S.pyogenes Cas9ニッカーゼ変異体D10A(配列番号851)、S.pyogenes Cas9ニッカーゼ変異体H840A(配列番号852)、S.pyogenes Cas9ニッカーゼ変異体E923P及びT924P(配列番号853)、Acidovorax ebreus Cas9(配列番号854)、酸性鉱山排水細菌Ga0052161_JGI Cas9(配列番号855)、S.pyogenes Cas9ヌル変異体D10A及びH840A(配列番号1027)、ならびにウラン鉱山細菌FW106_JGI Cas9(配列番号856)から選択される配列に対して、少なくとも約75パーセント、少なくとも約80パーセント、少なくとも約85パーセント、少なくとも約90パーセント、少なくとも約95パーセント、少なくとも約96パーセント、少なくとも約97パーセント、少なくとも約98パーセント、少なくとも約99パーセント、または100パーセントのアミノ酸配列同一性であるCas9タンパク質を含む。
本明細書での使用に適したCas9タンパク質のいくつかの実施形態では、該Cas9タンパク質配列は、真核細胞での発現のため、または、その機能に影響を与えるように該配列に修飾を含めるため、例えばコドン最適化のように修飾され得る。いくつかの実施形態では、該Cas9タンパク質配列は、1本または2本のDNA鎖の開裂を、例えば、ガイド配列(複数可)、例えば、該DNA標的のセンス及びアンチセンス鎖をそれぞれ標的とし、それにより両方の鎖が切断されるようにし、非相同末端結合をもたらす2つのガイド配列と組み合わせて用いられるCas9ニッカーゼ(すなわち、Cas9−D10A)を用いる等して、当該標的の当該位置に合わせる。Cas9−D10AとシングルガイドRNA配列は、インデルを作り出すことができる。しかしながら、他の実施形態では、該Cas9タンパク質配列は、触媒能のないCas(dCas)ドメインの選択的使用等でDNA鎖の開裂活性を欠いている。他の実施形態では、該Cas9タンパク質配列には、当該Cas9タンパク質またはCas9リボ核タンパク質に共有結合を与えるため、リジン、グルタミン、及びシステイン残基修飾が挙げられる修飾がなされる。さらに他の実施形態では、該Cas9リボ核タンパク質は、O’Connell,Mitchell R.,et al., Programmable RNA recognition and cleavage by CRISPR/Cas9,Nature,2014, 516,p263−266に記載のように、RNA鎖の開裂を指揮することが可能である。
別の実施形態では、Cas9タンパク質は、変異残基、例えば、ヒスチジン、システイン、またはグルタミンに変異させた溶媒曝露リジンまたはアルギニン残基(触媒活性、DNAの結合、もしくはRNAの結合に関与しない)を有する。
該Cas9タンパク質配列の修飾としては、D10A(配列番号8のアミノ酸位置10でのアスパラギン酸からアラニン)の変異(または配列1〜829として示すタンパク質のいずれかの対応する変異)を挙げることができ、これは、標的DNAの相補鎖を開裂することができるが、当該標的DNAの非相補鎖の開裂能が低下している(従って、二本鎖切断の代わりに一本鎖切断をもたらす)。別の修飾は、H840A(配列番号8のアミノ酸位置840でのヒスチジンからアラニン)の変異(または配列1〜829として示すタンパク質のいずれかの対応する変異)であり、これは、標的DNAの非相補鎖を開裂することができるが、当該標的DNAの相補鎖の開裂能が低下している(従って、二本鎖切断の代わりに一本鎖切断をもたらす)。一本鎖切断とは対照的に、二本鎖切断がある場合、非相同末端結合が生じる可能性が大幅に高いため、Cas9のD10AもしくはH840A変異体(または配列1〜829として示すタンパク質のいずれかにおける対応する変異)の使用で、期待される生物学的効果を変更することができる。
他の残基を変異させ、モチーフ1、2、3、または4からの特定のヌクレアーゼを同様に不活性化することができる。非限定的な例として、残基D10、G12、G17、E762、H840、N854、N863、H982、H983、A984、D986、及び/またはA987(または配列番号1〜829として示すタンパク質のいずれかにおける対応する変異)を修飾することができる。変異としては、置換、付加、及び欠失、またはそれらの任意の組合せを挙げることができる。いくつかの例では、該変異は、当該変異アミノ酸を別のアミノ酸、例えば、アラニンに転換する。その他の修飾としては、塩基の修飾、骨格の修飾、及び/またはヌクレオシド間結合の修飾が挙げられる。
本発明の化合物のいくつかの実施形態では、Yは、Y1C80S−3N−mまたはY1C80S−2Nである。いくつかの実施形態では、Yは、Y1C80S−3N−m−RNP−EMX1である。いくつかの実施形態では、該化合物は、Y53aASGPRLである。いくつかの実施形態では、該化合物は、Y53aASGPRL−RNP−EMX1、Y53aASGPRL−RNP−PCS4、またはY53aASGPRL−RNP−PCSlである。
本発明の化合物のいくつかの実施形態では、Yは、A.sp.、L.bacterium、P.macacae、及びP.disiens由来のCpf1タンパク質に対して、少なくとも約75パーセント、少なくとも約80パーセント、少なくとも約85パーセント、少なくとも約90パーセント、少なくとも約95パーセント、少なくとも約96パーセント、少なくとも約97パーセント、少なくとも約98パーセント、少なくとも約99パーセント、または100パーセントのアミノ酸配列同一性であるCpf1タンパク質を含む。いくつかの実施形態では、Yは、A.sp Cpf1(配列番号857)、L.bacterium Cpf1(配列番号858)、P.macacae Cpf1(配列番号859)、P.disiens Cpf1(配列番号860)から選択されるがこれに限定されないCpf1タンパク質に対して、少なくとも約75パーセント、少なくとも約80パーセント、少なくとも約85パーセント、少なくとも約90パーセント、少なくとも約95パーセント、少なくとも約96パーセント、少なくとも約97パーセント、少なくとも約98パーセント、少なくとも約99パーセント、または100パーセントのアミノ酸配列同一性であるCpf1タンパク質を含む。
いくつかの実施形態では、本発明の化合物は、さらにエンドソーム脱出剤を含む。本発明の化合物のいくつかの実施形態では、該化合物のY部分は、さらにエンドソーム脱出剤を含む。いくつかの実施形態では、該エンドソーム脱出剤は、該化合物の残余に1つ以上の共有結合を介して連結される。いくつかのエンドソームの実施形態では、該エンドソーム脱出剤は、該化合物の残余と、例えば、静電相互作用を介して会合している。いくつかの実施形態では、該エンドソーム脱出剤は、本発明の化合物と共インキュベートされる。
本発明での使用に適したエンドソーム脱出剤としては、リソソーム作用剤、細胞透過性ペプチド、膜融合ペプチド、エンドソーム溶解ペプチド、細孔形成剤、及びプロトンスポンジ剤が挙げられるがこれらに限定されない。
リソソーム作用剤は、弱塩基であり、プロトン化形態としてリソソームを透過し、細胞内のpHを上げることができる。本出願での使用に適したリソソーム作用剤としては、クロルプロマジン、アマンタジン、4−アミノキノリン、アミオダロン、アモジアキン、アジスロマイシン、クロロキン、クリンダマイシン、N−(3−[(2,4−ジニトロフェニル)−アミノ]−プロピル)−N−(3−アミノプロピル−メチルアミン)二塩酸塩(DAMP)、イミプラミン、メチルアミン、モネンシン、モノダンシルカダベリン、NH4Cl、ペルヘキシレン、フェニルアラニンメチルエステル、プリマキン、キナクリン、スラミン、チオリダジン、チロロン、トリブチルアミン、フマル酸ケトチフェン、グリセロール、及びスクロースが挙げられるがこれらに限定されない。いくつかの実施形態では、リソソーム作用剤は、クロロキン、グリセロール、またはスクロースである。
細胞透過性ペプチド(CPP)は、多様なペプチドのクラスであり、細胞膜を透過することができる通常5〜30個のアミノ酸を備える。いくつかの実施形態では、本明細書での使用に適したCPPとしては、カチオン性CPP、両親媒性CPP、及び疎水性CPPが挙げられる。本明細書での使用に適したCPPとしては、表1に示すもの等のヘパリン結合、RNA結合、及びDNA結合タンパク質由来のCPP、表2に示すもの等のシグナルペプチド由来のCPP、表3に示すもの等の抗微生物ペプチド由来のCPP、表4に示すもの等のウイルスタンパク質由来のCPP、表5に示すもの等の各種天然タンパク質由来のCPP、ならびに表6に示すもの等の設計されたCPP及びペプチドライブラリ由来のCPPが挙げられるがこれらに限定されない。例えば、Milletti,F. Drug Discovery Today,Volume 17,Numbers 15/16, 2012, 850−860を参照されたい。
膜融合ペプチドは、リン脂質膜を不安定化する短ペプチドである。いくつかの実施形態では、膜融合ペプチドは、20〜30個のアミノ酸を含む。それらは、主に2つの主要な機序、すなわち、膜融合及び細孔形成によってエンドソーム脱出を誘発する。本明細書での使用に適した膜融合ペプチドは、インフルエンザHA−2ペプチド、GLFGAIAGFIENGWEGMIDGWYG(配列番号863)、メリチン、GIGAVLKVLTTGLPALISWIKRKRQQ(配列番号864)、tat(48−60)、GRKKRRQRRRPPQ(配列番号865)、ペネトラチン、RQIKIWFQNRRMKWKK(配列番号866)、トランスポータン、GWTLNSAGYLLGKINLKALAALAKKIL(配列番号867)、GALAペプチド、WEAALAEALAEALAEHLAEALAEALEALAA(配列番号868)、KALAペプチド、WEAKLAKALAKALAKHLAKALAKALKACEA(配列番号869)、JST−1、GLFEALLELLESLWELLLEA(配列番号870)、ppTG1、GLFKALLKLLKSLWKLLLKA(配列番号871)、ppTG20、GLFRALLRLLRSLWRLLLRA(配列番号872)、及びそれらの誘導体が挙げられるがこれらに限定されない。いくつかの実施形態では、該エンドソーム脱出剤は、KALAペプチド、WEAKLAKALAKALAKHLAKALAKALKACEA(配列番号869)を含む。
いくつかの実施形態では、該エンドソーム脱出剤は、CHK6HC(配列番号861)、H5WYG(配列番号1029)、GLFHAIAHFIHGGWHGLIHGWYG(配列番号862)、及びそれらの誘導体から選択されるがこれに限定されないエンドソーム溶解ヒスチジンリッチペプチドを含む。いくつかの実施形態では、該エンドソーム脱出剤は、H5WYG(配列番号1029)、またはGLFHAIAHFIHGGWHGLIHGWYG(配列番号862)のペプチドを含む。
いくつかの実施形態では、該エンドソーム脱出剤は、合成ペプチドである。いくつかの実施形態では、該エンドソーム脱出剤は、構造:
を有するペプチドppTG21:GLFHALLHLLHSLWHLLLHA(配列番号1012)であり、図を明瞭にするために該ペプチド構造では水素原子を省略している。Rittner,Karola,et al.,New Basic Membrane−Destabilizing Peptides for Plasmid−Based Gene Delivery in Vitro and in Vivo,MOLECULAR THERAPY 5(2)104−114(2002)を参照されたい。
細孔形成剤は、膜を通る細孔形成を誘導し、それによってエンドソームを破壊するペプチド等の薬剤である。本明細書での使用に適した細孔形成剤としては、セクロピン(昆虫)、マガイニン、CPF 1、PGLa、ボンビニンBLP−1(両生類由来の3種すべて)、メリチン(ハチ)、セミナルプラスミン(ウシ)、インドリシジン、バクテネシン(両方ともウシ好中球由来)、タキプレシン1(カニ)、プロテグリン(ブタ白血球)、及びデフェンシン(ヒト、ウサギ、ウシ、真菌、及び植物由来)、グラミシジンA及びグラミシジンS(bacillus brevis)、ランチビオティクス、例えば、ナイシン(lactococcus lactis)、アンドロクトニン(サソリ)、心臓毒I(コブラ)、カエリン(カエルlitoria splendida)、デルマセプチン(カエル)が挙げられるがこれらに限定されない。ウイルスペプチドも同様に細孔形成活性を有することが示されており、例としては、ヘマグルチニンサブユニットHA−2(インフルエンザウイルス)、E1(セムリキ森林熱ウイルス)、F1(センダイ及び麻疹ウイルス)、gp41(HIV)、gp32(SIV)、ならびにvp1(ライノ、ポリオ、及びコクサッキーウイルス)が挙げられる。いくつかの実施形態では、該エンドソーム脱出剤は、ライノウイルス由来のvp1ペプチドである。いくつかの実施形態では、該エンドソーム脱出剤は、ハチ毒由来のメリチンペプチド、またはそのマスクされた類似体である。
プロトンスポンジ剤は、浸透圧溶解作用(osmolytic action)によってエンドソームを破壊する複数のプロトン受容体部位を有する薬剤である。いくつかの実施形態では、本明細書での使用に適したプロトンスポンジ剤は、生理的pH及びリソソームのpHの間のpKa値を有する複数のプロトン受容体部位を含む。いくつかの実施形態では、本明細書での使用に適したプロトンスポンジ剤は、4〜7の範囲内のpKa値を有する複数のプロトン受容体部位を含み、このエンドソーム溶解成分はpH4でポリカチオン性である。いくつかの実施形態では、該エンドソーム脱出剤は、1つ以上のヒスチジン、ヒスタミン、ビニルイミダゾール、もしくはそれらの組合せを含む化合物またはペプチド等のイミダゾール含有化合物から選択されるプロトンスポンジ剤である。いくつかの実施形態では、本明細書での使用に適したプロトンスポンジ剤としては、1つ以上の第二級または第三級アミンを有し、生理的pH及びリソソームのpHの間のpKa値を示すポリマーが挙げられる。いくつかの実施形態では、本明細書での使用に適したプロトンスポンジ剤としては、ポリエチレンイミン、ポリアミドアミンデンドリマー、PEG−オリゴ(グルタミン酸)−PEI、ポリ(L−ヒスチジン)、クロロキン、メチルアミン、塩化アンモニウム等のポリマーが挙げられるがこれらに限定されない。
別の実施形態では、記載の化合物は、肝細胞上に存在する受容体に結合することが可能である。別の実施形態では、肝細胞上に存在する該受容体は、アシアロ糖タンパク質受容体である。
調製方法
本発明の化合物は、化学分野で周知のものと類似の過程を含む合成経路によって、とりわけ、本明細書に含まれる説明に照らして合成され得る。出発物質は、概して、Aldrich Chemicals(ウィスコンシン州ミルウォーキー)等の商業的供給源から入手可能であるか、または、当業者に周知の方法を用いて容易に調製される(例えば、Louis F.Fieser and Mary Fieser,Reagents for Organic Synthesis,v.1−19,Wiley, New York(1967−1999 ed.)、または付録を含めたBeilsteins Handbuch der organischen Chemie,4,Aufl.ed.Springer−Verlag,Berlin(バイルシュタインのオンラインデータベースでも入手可能)に一般的に記載の方法によって調製される)。
例示の目的のため、以下に示す反応スキームは、本発明の化合物及び主要な合成中間体の可能性がある合成経路を提供する。個々の反応ステップのより詳細な説明については、以下の実施例の節を参照されたい。当業者には、他の合成経路を用いて本発明の化合物を合成してもよいことが理解されよう。特定の出発物質及び試薬が該スキームに示され、以下に論じられているが、様々な誘導体及び/または反応条件を与えるために他の出発物質及び試薬を容易に置き換えることができる。さらに、以下に記載の方法によって調製される化合物の多くは、当業者に周知の従来の化学を用いて、本開示に照らしてさらに変性することができる。
本発明の化合物の調製において、中間体の遠隔官能基(例えば、一級または二級アミン)の保護が必要な場合がある。かかる保護の必要性は、当該遠隔官能基の性質及び当該調製方法の条件に応じて異なる。適切なアミノ保護基(NH−PgまたはNPg)としては、アセチル、トリフルオロアセチル、t−ブトキシカルボニル(BOC)、ベンジルオキシカルボニル(CBz)、9−フルオレニルメチレンオキシカルボニル(Fmoc)、及びフタルイミド(Pht)が挙げられる。「ヒドロキシ保護基」とは、ヒドロキシ官能基を封鎖または保護するヒドロキシ基の置換基を指す。適切なヒドロキシル保護基(O−Pg)としては、例えば、アリル、アセチル(Ac)、シリル(トリメチルシリ(trimethylsily)(TMS)またはtert−ブチルジメチルシリル(TBS)等)、ベンジル(Bn)、パラ−メトキシベンジル(PMB)、トリチル(Tr)、パラ−ブロモベンゾイル、パラ−ニトロベンゾイル、及び同類のもの(1,2−または1,3−ジオールを保護するためのベンジリデン、環状ケタール、オルソエステル、オルソアミド)が挙げられる。かかる保護の必要性は、当業者によって容易に判断される。保護基及びそれらの使用の概要については、T.W.Greene,Protective Groups in Organic Synthesis,John Wiley&Sons,New York,1991を参照されたい。
スキーム1は、本発明の化合物を与えるために使用することができる一般的な手順を概説する。スキーム1のステップ1では、H.Paulsen and M.Paal in Carbohydrate Research,135, 53(1984)に記載の手順により調製することができる合成中間体(I−a)を、古典的な条件下で[室温(約23℃)にて塩化トリメチルシリル及びピリジンを用いて]パーシリル化し、続いて一級アルコールを保護しているトリメチルシリル基を選択的に開裂し(メタノール等のアルコール溶媒中、炭酸カリウム等の塩基性条件下、約−10℃〜室温に及ぶ温度での反応により)、一級アルコール中間体(I−b)を現す。スキーム1のステップ2では、中間体(I−c)に見出される追加のヒドロキシメチレン基を、J.R.Parikh and William v. E.Doering in Journal of the American Chemical Society,89, 5505−5507(1967)に記載のParikh−Doering酸化と、それに続いて、水中またはアルコール溶媒中、ほぼ室温〜約60℃に及ぶ温度で、アルカリ金属水酸化物(例えば、水酸化ナトリウム、ナトリウムアルコキシド)の存在下、ホルムアルデヒド源(例えば、ホルムアルデヒド水溶液、固体パラホルムアルデヒド)との反応によって、このグリコシドに導入することができる。これは、アルドール・カニッツァーロ反応と呼ばれる。当業者に知られる本過程の改変形態を同様に使用してもよい。例えば、他の酸化剤、例えば、Ozanne,A.et al.in Organic Letters,5, 2903(2003)に記載の安定化された2−ヨードキシ安息香酸、Kanji Omura and Daniel Swern in Tetrahedron,34, 1651(1978)に記載のスワーン酸化、ならびに当業者に知られる他の酸化剤も同様に使用することができる。アルドール・カニッツァーロシーケンスは、Robert Schafferによりthe Journal of The American Chemical Society,81, 5452(1959)にて、及びAmigues,E.J.によりTetrahedron,63, 10042(2007)にて記載されている。スキーム1のステップ2の実験条件はまた、二級アルコールを保護するトリメチルシリル基の開裂も促進する。スキーム1のステップ3では、中間体(I−c)を、水等の溶媒中、ほぼ室温から約100℃に及ぶ温度で、有機もしくは無機酸(例えば、硫酸)または酸性樹脂と反応させ、化合物(1)を得る。スキーム1のステップ4では、化合物(1)を、アジド基を対応するアミンに還元することが既知の還元剤と反応させることができる(例えば、遷移金属媒介接触水素化、当業者に周知の古典的実験条件下、水中でトリフェニルホスフィン使用)。その後、アシル化剤の存在下での反応(例えば、無水酢酸または塩化アセチル、0〜80℃に及ぶ温度で、ジクロロメタンもしくはテトラヒドロフラン等の溶媒中、ピリジンもしくはトリエチルアミンの存在下)で化合物(2)を得る。
スキーム1のステップ5では、約0〜室温に及ぶ温度で、アルコール溶媒もしくはテトラヒドロフラン等の溶媒または溶媒混合物中、アルコキシド(例えば、ナトリウムメトキシド)の存在下での化合物(2)の反応で化合物(3)を得る。さらに、このようにして得られた化合物は、その後、当業者に知られる周知の保護及び官能基の操作順序を用いて、本発明の他の請求項にかかる化合物に容易に官能化することができる。従って、スキーム1のステップ6及び7では、それぞれ化合物(1)及び(3)の二級ヒドロキシル基をさらに適切な保護基で保護し(例えば、ほぼ室温〜約90℃に及ぶ温度で、N,N−ジメチルホルムアミド等の溶媒中、酸性条件下での2,2−ジメトキシプロパンとの反応による環状ケタールとして)、(I−d)及び(I−e)等の中間体を得ることができる。次に、当業者に周知の合成変換ならびに官能基及び保護基の操作を用いて、(I−d)及び(I−e)をさらなる官能化及び一級ヒドロキシル基の誘導体化のために準備し、目的の所望のリンカーX及びリガンドYを連結し、本発明の請求項にかかるXY含有化合物を製造する。二級ヒドロキシル基を現すために当技術分野で周知の試薬及び条件を用いた保護基(例えば、Pg)の除去(例えば、2つのPgがアセトニド等の環状ケタールを形成する場合、酢酸、アルコール溶媒、水、テトラヒドロフラン等の溶媒または溶媒混合物中、酢酸等の酸を用いた酸性条件下、室温〜約80℃に及ぶ温度で、それを除去することができる)で、本発明の請求項にかかるXY含有化合物に至る。例えば、保護基の操作及び除去の後、(I−e)の一級ヒドロキシル基のアルキル化で、本発明の請求項にかかる対応するエーテル結合のXY含有化合物をもたらすことができる。本発明の請求項にかかるエステル結合、カーボネート結合、及びカルバメート結合のXY含有化合物も同様に、(3)または中間体(I−e)から、当業者に周知の適切な反応物及び試薬を用いて簡便に得ることができる。(I−e)の一級ヒドロキシル基の対応するトリフレート(III−e−1)への転換、それに続く適切な求核剤での求核置換により、保護基の操作及び除去の後に、本発明の請求項にかかる対応するエーテル及びチオエーテル結合のXY含有化合物をもたらすことができる。また、このチオエーテル中間体の酸化で、本発明の請求項にかかる対応するスルホキシド及びスルホン結合のXY含有化合物をもたらすことができる。さらに、(III−e−1)の一級トリフレートのチオ酢酸カリウムによる置換と、それに続くチオエステルの加水分解で、対応するチオール(III−e−2)を与えることができ、これは、保護基の操作及び除去の後、化合物(IV−e−1)を与え、チオール(III−e−2)のさらなるアルキル化ならびに保護基の操作及び除去で、本発明の請求項にかかるチオエーテル結合のXY含有化合物を製造することができる。(III−e−2)はまた、対応するスルホニルクロリドに転換し、適切なアミンと反応させ、保護基の操作及び除去の後に本発明のスルホンアミド結合のXY含有化合物を製造することができる。この一級トリフレート(III−e−1)はまた、アジ化ナトリウムで置換することで、対応するアジド含有化合物(III−e−3)を製造することができ、これは保護基の操作及び除去の後、化合物(IV−e−2)を与える。化合物(III−e−3)の還元で、保護基の操作及び除去の後に、XY置換基を連結し、本発明の請求項にかかる化合物を製造するためのさらなる官能化(例えば、アミド結合形成、還元的アミノ化、スルホンアミド形成、尿素形成、カルバメート形成等)のための対応する一級アミン(III−e−4)を製造することができる。(III−e−4)はまた、保護基の操作及び除去の後、本発明の化合物(IV−e−3)を製造することができる。上記アジド中間体(III−e−3)とアルキンまたはニトリル含有試薬もしくは合成中間体との反応と、それに続く、当業者に周知の条件下での保護基の操作及び除去で、それぞれ、本発明の請求項にかかるトリアゾールまたはテトラゾール結合のXY含有化合物を製造することができる。
(I−e)の一級ヒドロキシル基の、対応するアルデヒド(III−e−d)への酸化と、それに続く当業者に既知の古典的条件下での適切なアミンでの還元的アミノ化、またはオレフィン化(例えば、ウィッティヒ、ホーナー・ワズワース・エモンズ、ピーターソン、ジュリア型及びそれらの改良されたもの)、それに続く形成されたオレフィンの還元(例えば、当業者に周知の金属媒介接触水素化またはジイミド介在還元を用いて)で、それぞれ、官能基の操作及び保護基の操作ならびに除去の後、本発明の請求項にかかる所望の窒素または炭素結合のXY含有化合物をもたらすことができる。このアルデヒド(III−e−5)の対応するアルキン(III−e−6)への転換(コーリー・フックス型反応を用いて、またはセイファース・ギルバート型試薬を用いて)と、それに続く保護基の操作及び除去で、化合物(IV−e−4)をもたらすことができる。次に、アルキン(III−e−6)または(IV−e−4)とアジド含有試薬または合成中間体との反応と、それに続く当業者に周知の条件下での保護基の操作及び除去で、同様に、本発明の請求項にかかるトリアゾール結合のXY含有化合物を製造することができる。アルキン(III−e−6)はまた、有用な合成中間体としても機能し、当業者に知られる金属媒介クロスカップリング(例えば、薗頭型反応)下、適切な試薬との反応により、本発明の請求項にかかる他の化合物を得ることができる。当業者に周知の合成変換を用いた、(I−e)の一級ヒドロキシル基の対応する酸(III−e−7)への酸化は、保護基の除去の後、本発明の請求項にかかるエステル及びアミド結合のXY含有化合物の入手法を与える。(III−e−7)の保護基の操作及び除去はまた、容易に化合物(IV−e−5)への入手法を与える。当業者に周知の条件下、(IV−e−5)または(III−e−7)の対応する一級アミドへの転換は、直接化合物(IV−e−6)を、または、保護基の操作及び除去の後に(IV−e−6)を与える化合物(III−e−8)を与える。さらに、(III−e−8)のアミド官能基の脱水で、対応するニトリル(III−e−9)を与えることができ、これは、官能基の操作及び除去の後、化合物(IV−e−7)を与える。一級トリフレート(III−e−1)のシアン化物アニオンでの置換で同様に、対応するニトリル含有化合物(III−e−10)を製造することができ、これは保護基の操作及び除去の後、化合物(IV−e−8)を与える。次に、(IV−e−8)または(III−e−10)のニトリルの加水分解で、直接酸(IV−e−9)への、または、保護基の操作及び除去の後、(IV−e−9)を与える(III−e−11)の入手法を与えることができる。
(III−e−6)/(IV−e−4)等のアルキン含有化合物、(III−e−8)/(IV−e−6)等の一級アミド含有化合物、(III−e−9)/(IV−e−7)/(III−e−10)/(IV−e−8)等のニトリル含有化合物、(III−e−7)/(IV−e−5)/(III−e−11)/(IV−e−9)等の酸含有化合物、(III−e−5)等のアルデヒド含有化合物もまた、さらに官能化し、適切な試薬及び合成中間体と当業者に周知の(及び、J.A.Joule and K.Mills,Heterocyclic Chemistry,5thedition,Wiley Ed.,(2010)、J.J.Li,Name Reactions in heterocyclic chemistry,Wiley,(2005)、M.R.Grimmett Advances in Heterocyclic Chemistry,27, 241,(1981)、I.G.Turchi et al.,Chemical Reviews,75, 389,(1975)、K.T.Potts,Chemical Reviews,61, 87,(1961)、R.H.Wiley,Organic Reactions,6, 367,(1951)、L.B.Clapp,Advances in Heterocyclic Chemistry,20, 65,(1976)、A.Hetzheim et al.,Advances in Heterocyclic Chemistry,7, 183,(1967)、J.Sandstrom,Advances in Heterocyclic Chemistry,9, 165,(1968)、S.J.Wittenberger,Organic Preparations and Procedures International,26, 499,(1994)、M.G.Finn et al.,Angewandte Chemie International Edition,48, 9879,(2009)に要約された)条件下で反応させ、本発明の請求項にかかるさらなる5員環及び6員環(例えば、イソオキサゾール、イソチアゾール、ピラゾール、オキサゾール、チアゾール、イミダゾール、1,2,4−オキサジアゾール、1,2,4−チアジアゾール、1,2,4−トリアゾール、1,3,4−オキサジアゾール、1,3,4−チアジアゾール、テトラゾール、1,2,3−トリアゾール)結合のXY含有化合物を製造することができる。本発明の請求項にかかるアリール環結合のXY含有化合物も同様に、(III−e−6)及び(IV−e−4)等のアルキンから、または、これらアルキンのヘテロ置換類似体(すなわち、(III−e−6)/(IV−e−4)のアルキン水素をOR4、N(R42、SR4で置換することによる。これらの化合物は、当業者に知られる条件及び試薬を用いて得ることができる)から、当業者に知られるベンズアヌレーション反応(例えば、ダンハイザー型またはデッツ型ベンズアヌレーション)を介して得ることができる。
化合物(3)及び(I−e)について上述の同様の化学を、同様に化合物(1)及び中間体(I−d)に適用し、本発明の請求項にかかるさらなる化合物を与えることができる。さらなる詳細については、実施例の節を参照されたい。
スキーム1のステップ4での無水トリフルオロ酢酸の使用でも同様に、N−((1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ジヒドロキシ−1−(ヒドロキシメチル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−4−イル)−2,2,2−トリフルオロアセトアミド、すなわち、化合物(24)の入手法を与えることができる。
特にR1が脂肪族、PEG由来の鎖、PEG由来のオリゴマーまたはポリマーを含む場合、本発明の化合物を、当業者に知られる条件下、さらに官能化、反応、及び配合させ、本発明の請求項にかかるさらなる化合物を得ることができ、これらを、肝選択的薬物送達システム、例えば、生分解性PLGA−b−PEGポリマーナノ粒子(Erica Locatelli et al.,Journal of Nanoparticle Research,14, 1316,(2012)参照)及び脂質ベースのプラットフォーム、例えば、リポソーム、脂質ナノ粒子、安定な核酸脂質ナノ粒子(SaraFalsini et al.,Journal of Medicinal Chemistry,57, 1138(2014)参照)の処方に用い、組み込むことができる。
ジアステレオマー混合物は、それらの個々のジアステレオ異性体に、それらの物理化学的相違に基づいて、当業者に周知の方法により、例えば、クロマトグラフィー及び/または分別結晶、蒸留、昇華により分割することができる。エナンチオマーは、エナンチオマー混合物を、適切な光学活性化合物(例えば、キラルアルコールやモッシャー酸クロリド等の不斉補助剤)との反応でジアステレオマー混合物に転換し、これらのジアステレオマーを分割し、個々のジアステレオマーを対応する純粋なエナンチオマーに転換することによって分割することができる。また、本発明の化合物のいくつかは、アトロプ異性体(例えば、置換ビアリール)である場合があり、これらは本発明の一部と見なされる。エナンチオマーはまた、キラルHPLC(高圧液体クロマトグラフィー)カラムの使用によっても分割することができる。
本発明の中間体及び化合物は、異なる互変異性型で存在し得る可能性もあり、かかる型のすべてが本発明の範囲内に含まれる。「互変異性体」または「互変異性型」という用語は、低エネルギー障壁で相互変換可能である異なるエネルギーの構造異性体を指す。例えば、プロトン互変異性体(プロトトロピー互変異性体としても知られる)には、プロトン転位を介した相互変換、例えば、ケト・エノール及びイミン・エナミン異性化が含まれる。プロトン互変異性体の具体例は、イミダゾール部分であり、ここでは、プロトンは2つの環窒素間を転位する場合がある。原子価互変異性体には、結合性電子の一部の再編成による相互変換が含まれる。いくつかの中間体(及び/または中間体の混合物)の閉じた型及び開いた型の間の平衡は、当業者に知られるアルドースが関与する変旋光の過程によく似ている。
スキーム3は、本発明の化合物の調製における例示的なCas9の修飾を示し、n、o、p、q、またはrは、出現ごとに独立して0〜50から選択される整数である。
スキーム4は、Cas9タンパク質またはCas9リボ核タンパク質の1つ以上の他の部分へのジスルフィド結合を介した連結のための例示的な過程を示し、nは、出現ごとに独立して0〜50から選択される整数である。当業者には、本明細書に示すジスルフィド結合が、他の適切な結合で置換され得ることが理解されよう。
「ASGPRL」または「ASGPrL」は、アシアロ糖タンパク質受容体のためのリガンドまたはそのデンドリマー、例えば、本発明に記載の化合物として指す。
スキーム5は、RNAがCas9タンパク質と静電相互作用を介して会合するCas9リボ核タンパク質の例示的な調製過程を示し、nは、出現ごとに独立して0〜50から選択される整数である。
スキーム6は、ZがペプチドppTG21であるタイプL1〜L10のリンカーの例示的な合成を示し、図を明瞭にするためにこのペプチド構造では水素原子を省略している。当業者には、このペプチドppTG21が、ASGPrLもしくはエンドソーム溶解剤、または本明細書に記載のペプチド等の任意の小分子で置換され得ることが容易に理解されよう。
本発明はまた、1つ以上の原子が天然に通常見出される原子質量または質量数とは異なる原子質量または質量数を有する原子で置換されているという事実以外は本明細書に記載のものと同一である、同位体標識された本発明の化合物も包含する。本発明の化合物に組み込むことができる同位体の例としては、水素、炭素、窒素、酸素、リン、イオウ、フッ素、ヨウ素、及び塩素の同位体、例えば、それぞれ2H、3H、11C、13C、14C、13N、15N、15O、17O、18O,31P、32P、35S、18F、123I、125I、及び36Clが挙げられる。
本発明のある特定の同位体標識化合物(例えば、3H及び14Cで標識されたもの)は、化合物及び/または基質の組織分布アッセイに有用である。トリチウム(すなわち、3H)及び炭素14(すなわち、14C)同位体は、それらの調製の容易さ及び検出能のために特に好ましい。さらに、重水素(すなわち、2H)等の重同位体での置換は、代謝安定性がより高いことに起因するある特定の治療上の利点(例えば、インビボ半減期の延長または必要用量の減少)をもたらし、それ故、いくつかの状況で好ましい場合がある。陽電子放出同位体、例えば、15O、13N、11C、及び18Fは、基質占有率を調べる陽電子放出断層撮影(PET)研究に有用である。本発明の同位体標識化合物は、通常、非同位体標識試薬を同位体標識試薬に置き換えることにより、本明細書で以下のスキーム及び/または実施例に開示するものと類似の以下の手順によって調製することができる。
エンドソーム脱出剤含有組成物
本発明の別の態様は、本明細書に記載の化合物及び本明細書に記載のエンドソーム脱出剤を含む組成物を提供する。かかる組成物のいくつかの実施形態では、該化合物は、該エンドソーム脱出剤と共インキュベートされ、該組成物を形成する。
本発明の別の態様は、本明細書に記載のリボ核タンパク質(例えば、Cas9 RNPまたはCpf1 RNP等の部位特異的修飾ポリペプチドを含むRNP)及び本明細書に記載のエンドソーム脱出剤を含む組成物を提供する。かかる組成物のいくつかの実施形態では、該リボ核タンパク質(例えば、Cas9 RNPまたはCpf1 RNP等の部位特異的修飾ポリペプチドを含むRNP)は、該エンドソーム脱出剤と共インキュベートされ、該組成物を形成する。いくつかの実施形態では、該リボ核タンパク質(例えば、Cas9 RNPもしくはCpf1 RNP等の部位特異的修飾ポリペプチドを含むRNP)または該エンドソーム脱出剤は、抗体またはそのフラグメントにコンジュゲートされる。いくつかの実施形態では、該リボ核タンパク質(例えば、Cas9 RNPまたはCpf1 RNP等の部位特異的修飾ポリペプチドを含むRNP)は、グリコシル化部位を含むように修飾される。いくつかの実施形態では、該リボ核タンパク質(例えば、Cas9 RNPまたはCpf1 RNP等の部位特異的修飾ポリペプチドを含むRNP)は、形質導入または転座ドメインを含むように修飾される。
医薬組成物及び投与方法
本発明の化合物及び組成物は、疾患、状態、及び/または障害の治療に有用である。従って、本発明の別の実施形態は、本発明の治療有効量の化合物、もしくはエンドソーム脱出剤含有組成物、及び医薬的に許容される賦形剤、希釈剤、または担体を含む医薬組成物である。本発明の化合物(本明細書で使用される組成物及び過程を含む)は、本明細書に記載の治療用途のための薬剤の製造にも使用される場合がある。
本発明の医薬組成物は、液体溶液(例えば、注射用及び注入用溶液)状でよい。好ましい形態は、意図した投与方法及び治療用途に依存する。通常の医薬組成物は、注射用または注入用溶液の形態、例えば、ヒトの受動免疫法に使用されるものと同様の医薬組成物の形態である。1つの投与方法は、滅菌注射液または油性懸濁液の形態での非経口(例えば、静脈内、皮下、腹腔内、筋肉内、皮内、及び胸骨内)であるか、または注入技術によるものである。当業者には理解されるように、投与の経路及び/または方法は、所望の結果に応じて異なる。好ましい実施形態では、該化合物または組成物は、静脈内注入または注射によって投与される。別の好ましい実施形態では、該化合物または組成物は、筋肉内または皮下注射によって投与される。
治療用の医薬組成物は、通常無菌であり、製造及び保存条件下で安定である。
該医薬組成物は、溶液、マイクロエマルション、分散液、またはリポソームとして製剤化することができる。滅菌注射溶液は、本発明の化合物を必要量、適切な希釈剤中、必要に応じて上に列挙した成分の1つまたは組合せとともに組み込み、その後滅菌(例えば、濾過滅菌)することによって調製することができる。一般に、分散液は、基本的な分散媒及び上に列挙したものから必要な他の成分を含む滅菌媒体に、該活性化合物を組み込むことによって調製される。かかる懸濁液は、湿潤剤及び懸濁剤または他の許容される薬剤の適切な分散を用いて、既知の技術に従って製剤化され得る。滅菌注射製剤も同様に、非毒性の非経口的に許容される希釈剤もしくは溶剤の滅菌注射溶液または懸濁液、例えば、1,3−ブタンジオール溶液としてよい。採用され得る許容される媒体及び溶媒は、水、リンゲル液、及び等張塩化ナトリウム溶液である。さらに、滅菌不揮発油が従来溶媒または懸濁媒体として採用される。この目的のため、合成モノまたはジグリセリドを含めた任意の無刺激の不揮発油が採用され得る。さらに、n−3多価不飽和脂肪酸が注射剤の調製に用途を見出す場合がある。
滅菌注射溶液の調製用の滅菌粉末の場合、好ましい調製方法は、真空乾燥及び凍結乾燥であり、予め滅菌濾過されたその溶液から、活性成分に加えて任意のさらなる所望の成分の粉末が得られる。溶液の適切な流動性は、例えば、レシチン等のコーティングの使用によって、分散体の場合は必要な粒径の維持によって、及び界面活性剤の使用によって維持することができる。
注射用医薬組成物の持続的吸収は、吸収を遅らせる薬剤、例えば、モノステアリン酸塩及びゼラチンを該医薬組成物に含めることによって、または、該医薬組成物を持続的吸収形態、例えば、デポー、リポソーム、ポリマーミクロスフェア、ポリマーゲル、及びインプラントに製剤化することによってもたらすことができる。
本明細書に記載の本発明の化合物の他の投与方法としては、対象の皮膚に直接当該薬剤を放出する皮膚パッチが挙げられる。かかるパッチは、本発明の化合物を任意に緩衝化した液体溶液中に含んでもよいし、接着剤に溶解及び/または分散された本発明の化合物を含んでも、ポリマーに分散された本発明の化合物を含んでもよい。
該化合物は、1回投与されてもよいが、複数回投与されてもよい。例えば、該化合物は、1日1回から6か月またはそれ以上に1回投与されてもよい。該投与は、1日3回、1日2回、1日1回、2日に1回、3日に1回、毎週1回、2週間に1回、毎月1回、2か月に1回、3か月に1回、6か月に1回、1年に1回、2年に1回等のスケジュールでよい。
該化合物は、ミニポンプで継続的に投与することもできる。該化合物は、身体の患部の部位に、または身体の患部の部位から離れた部位に投与することができる。該化合物は、1回、少なくとも2回、または少なくとも、疾患が治療され、緩和され、もしくは治癒するまでの期間、投与される場合がある。該化合物は、一般に、疾患が存在する限り、投与してよい。該化合物は、通常、上述の通り医薬組成物の一部として投与される。
本発明の医薬組成物は、治療有効量または予防有効量の本発明の化合物を含み得る。該医薬組成物の調製において、該医薬組成物に含まれる該化合物の治療有効量は、例えば、所望の投与体積及び投与方法(複数可)、治療される状態の性質及び重症度、ならびに当該対象の年齢及びサイズを考慮に入れて決定することができる。
本発明の医薬組成物を対象に投与するための例示的な非限定的用量範囲は、約0.01mg/kg〜約200mg/kg(対象の体重1キログラム(kg)あたり、投与する式(A)または(B)の化合物のミリグラム(mg)を単位として表す)、約0.1mg/kg〜約100mg/kg、約1.0mg/kg〜約50mg/kg、約5.0mg/kg〜約20mg/kg、または約15mg/kgである。本発明の目的では、平均的なヒト対象は、体重約70kgである。本明細書で言及する投与量のいずれかの中間にある範囲、例えば、約0.02mg/kg〜199mg/kgもまた、本発明の一部であることが意図される。例えば、上限及び/または下限として列挙された値のいずれかの組合せを用いた値の範囲が含まれることが意図される。
投与計画を調整し、対象に対して経時的にいくつかに分割した用量を投与することによって所望の最適応答(例えば、治療または予防応答)を与えることもでき、または、治療状況の緊急性が示すように、該用量を比例的に減少もしくは増加させることもできる。非経口医薬組成物を投薬単位形態で製剤化することは、投与のしやすさ及び用量の均一性のために特に有利である。
本明細書で使用される投薬単位形態とは、治療される哺乳類対象に対する単一の用量としてふさわしい物理的に別個の単位を指し、各単位は、所望の治療効果を必要な医薬担体と共同して生じるように計算された所定量の活性化合物を含む。本発明の投薬単位形態に関する仕様は、(a)該化合物または部分の固有の特性及び達成されるべき特定の治療または予防効果、ならびに(b)個体における過敏症の治療用の当該抗体の配合の技術分野に固有の限界により決定づけられ、これらに直接依存する。
本発明の液体医薬組成物は、単位剤形として調製することができる。例えば、バイアル当たりの単位用量は、異なる濃度の式(A)または(B)の化合物を1〜1000ミリリットル(ml)を含み得る。他の実施形態では、バイアル当たりの単位用量は、異なる濃度の式(A)または(B)の化合物を約1ml、2ml、3ml、4ml、5ml、6ml、7ml、8ml、9ml、10ml、15ml、20ml、30ml、40ml、50ml、または100ml含み得る。必要であれば、これらの製剤は、各バイアルに滅菌希釈剤を加えることで、所望の濃度に調整することができる。本発明の液体医薬組成物はまた、滅菌バッグまたは容器中に単位剤形として調製することもでき、これらは、静脈内投与ラインまたはカテーテルへの接続に適する。
別の典型的な製剤は、本発明の化合物と担体、希釈剤、または賦形剤を混合することによって調製される。適切な担体、希釈剤、及び賦形剤は、当業者には周知であり、炭水化物、ワックス、水溶性及び/または膨潤性ポリマー、親水性もしくは疎水性物質、ゼラチン、油、溶媒、水等の材料を含む。使用される特定の単体、希釈剤、または賦形剤は、本発明の化合物を適用する手段及び目的によって決まる。溶媒は、一般に、哺乳類に投与するのに安全として当業者が認める(GRAS)溶媒を基に選択される。一般に、安全な溶媒は、水等の非毒性の水性溶媒、及び水溶性または水混和性である他の非毒性溶媒である。適切な水性溶媒としては、水、エタノール、プロピレングリコール、ポリエチレングリコール(例えば、PEG400、PEG300)等、及びそれらの混合物が挙げられる。該製剤はまた、薬物(すなわち、本発明の化合物またはその医薬組成物)の洗練された体裁を与えるため、または医薬製品(すなわち、薬剤)製造の助けを与えるため、1つ以上の緩衝剤、安定剤、界面活性剤、湿潤剤、滑沢剤、乳化剤、懸濁化剤、保存剤、酸化防止剤、不透明化剤、流動促進剤、加工助剤、着色剤、甘味剤、芳香剤、香味剤、及び他の既知の添加剤を含んでもよい。
該製剤は、従来の溶解及び混合手順を用いて調製され得る。例えば、原薬物質(すなわち、本発明の化合物または該化合物の安定化形態(例えば、シクロデキストリン誘導体または他の既知の複合体形成剤との複合体))は、適切な溶媒に1つ以上の上記賦形剤の存在下で溶解される。本発明の化合物は、通常、薬の剤形に製剤化され、容易に制御できる用量の薬物を提供し、当該患者に洗練された取り扱いやすい製品を与える。
該医薬組成物はまた、式(A)または(B)の化合物の溶媒和物及び水和物を含む。「溶媒和物」という用語は、式(A)または(B)で表される化合物(その医薬的に許容される塩を含む)と1つ以上の溶媒分子の分子複合体を指す。かかる溶媒分子は、レシピエントに無害であることが既知の、医薬分野で一般に使用されるもの、例えば、水、エタノール、エチレングリコール等である。「水和物」という用語は、溶媒分子が水である当該複合体を指す。該溶媒和物及び/または水和物は、好ましくは結晶形で存在する。メタノール、メチルt−ブチルエーテル、酢酸エチル、酢酸メチル、(S)−プロピレングリコール、(R)−プロピレングリコール、1,4−ブチン−ジオール等の他の溶媒は、より望ましい溶媒和物の調製において、中間体溶媒和物として使用され得る。該結晶形はまた、共結晶または共結晶材料の溶媒和物もしくは水和物として、L−フェニルアラニン、L−プロリン、L−ピログルタミン酸等の、他の無害な小分子との複合体として存在する場合もある。該溶媒和物、水和物、及び共結晶化合物は、参照することにより本明細書に組み込まれる、PCT公開第WO08/002824号に記載の手順、または当業者に周知の他の手順を使用して調製され得る。
適用のための該医薬組成物(または製剤)は、当該薬物の投与に用いられる方法に応じて様々な方法で包装され得る。一般に、流通用の物品は、該医薬製剤が適切な形態でその中に寄託されている容器を含む。適切な容器は、当業者に周知であり、ボトル(プラスチック及びガラス)、サッシェ、アンプル、プラスチックバッグ、金属シリンダ等の材料を含む。該容器はまた、タンパー防止構成を含み、当該包装の内容物への不用意な接触を防止してもよい。さらに、該容器は、当該容器の内容物を記載したラベルをつけている。該ラベルはまた、適切な警告を含み得る。
方法
本出願の化合物及び組成物は、様々な疾患または状態の治療に有用である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の化合物及び組成物は、遺伝性血管浮腫、家族性チロシン血症I型、アラジール症候群、アルファ−1アンチトリプシン欠損症、胆汁酸合成及び代謝異常、胆道閉鎖症、嚢胞性線維症肝疾患、特発性新生児肝炎、ミトコンドリア性肝障害、進行性家族性肝内胆汁うっ滞、原発性硬化性胆管炎、トランスサイレチンアミロイドーシス、血友病、ホモ接合性家族性高コレステロール血症、家族性カイロミクロン血症、高脂血症、脂肪性肝炎、非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)、非アルコール性脂肪性肝疾患(NAFLD)、II型糖尿病のような高血糖、ならびにII型糖尿病に類似した異常に高い肝臓グルコース産生を伴う疾患が挙げられるがこれらに限定されない、対象における肝臓疾患もしくは状態、または肝臓変調疾患もしくは状態の治療に有用である。
本出願の化合物及び組成物は、本明細書に記載の化合物または組成物の有効量を投与することを含む、対象の肝臓細胞における標的DNAの転写の選択的調節に有用であり、該DNAは、遺伝性血管浮腫、家族性チロシン血症I型、アラジール症候群、アルファ−1アンチトリプシン欠損症、胆汁酸合成及び代謝異常、胆道閉鎖症、嚢胞性線維症肝疾患、特発性新生児肝炎、ミトコンドリア性肝障害、進行性家族性肝内胆汁うっ滞、原発性硬化性胆管炎、トランスサイレチンアミロイドーシス、血友病、ホモ接合性家族性高コレステロール血症、家族性カイロミクロン血症、高脂血症、脂肪性肝炎、非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)、非アルコール性脂肪性肝疾患(NAFLD)、II型糖尿病のような高血糖、ならびにII型糖尿病に類似した異常に高い肝臓グルコース産生を伴う疾患等であるがこれらに限定されない、対象における肝臓疾患もしくは状態、または肝臓変調疾患もしくは状態と関連している。いくつかの実施形態では、標的DNAは、PCSK9遺伝子である。
本出願の化合物及び組成物は、本明細書に記載の化合物または組成物の有効量を投与することを含む、遺伝性血管浮腫、家族性チロシン血症I型、アラジール症候群、アルファ−1アンチトリプシン欠損症、胆汁酸合成及び代謝異常、胆道閉鎖症、嚢胞性線維症肝疾患、特発性新生児肝炎、ミトコンドリア性肝障害、進行性家族性肝内胆汁うっ滞、原発性硬化性胆管炎、トランスサイレチンアミロイドーシス、血友病、ホモ接合性家族性高コレステロール血症、家族性カイロミクロン血症、高脂血症、脂肪性肝炎、非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)、非アルコール性脂肪性肝疾患(NAFLD)、II型糖尿病のような高血糖、ならびにII型糖尿病に類似した異常に高い肝臓グルコース産生を伴う疾患等であるがこれらに限定されない、対象における肝臓疾患もしくは状態、または肝臓変調疾患もしくは状態と関連するタンパク質をコードする核酸分子の編集に有用である。
本出願の化合物及び組成物は、本明細書に記載の化合物または組成物の有効量を投与することを含む、遺伝性血管浮腫、家族性チロシン血症I型、アラジール症候群、アルファ−1アンチトリプシン欠損症、胆汁酸合成及び代謝異常、胆道閉鎖症、嚢胞性線維症肝疾患、特発性新生児肝炎、ミトコンドリア性肝障害、進行性家族性肝内胆汁うっ滞、原発性硬化性胆管炎、トランスサイレチンアミロイドーシス、血友病、ホモ接合性家族性高コレステロール血症、家族性カイロミクロン血症、高脂血症、脂肪性肝炎、非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)、非アルコール性脂肪性肝疾患(NAFLD)、II型糖尿病のような高血糖、ならびにII型糖尿病に類似した異常に高い肝臓グルコース産生を伴う疾患等であるがこれらに限定されない、対象における肝臓疾患もしくは状態、または肝臓変調疾患もしくは状態と関連する少なくとも1つの遺伝子産物のレベルの発現の調節に有用である。いくつかの実施形態では、該方法は、低密度リポタンパク質(LDL)のレベルを調節する。いくつかの実施形態では、該方法は、当該対象の血中コレステロールレベルを調節する。いくつかの実施形態では、該方法は、当該対象の血中コレステロールレベルを低減する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法または使用に標的とされる疾患または状態は、高脂血症、非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)、または非アルコール性脂肪性肝疾患(NAFLD)である。いくつかの実施形態では、当該対象はヒトである。
本明細書に記載のリボ核タンパク質(例えば、Cas9 RNPまたはCpf1 RNP等の本明細書に記載の部位特異的修飾ポリペプチドを含むRNP)及び本明細書に記載のエンドソーム脱出剤を含む組成物は、対象における障害または疾患の治療に有用である。いくつかの実施形態では、当該対象はヒトである。いくつかの実施形態では、該障害または疾患は、血液障害、細胞の調節不全もしくは腫瘍疾患及び障害、炎症及び免疫関連疾患、代謝性、肝臓、腎臓、及びタンパク質疾患ならびに障害、筋肉もしくは骨格疾患、神経学的及び神経疾患ならびに障害、ならびに眼疾患及び障害から選択されるがこれに限定されない。いくつかの実施形態では、該血液障害または疾患は、貧血、裸リンパ球症候群、出血障害、H因子及びH因子様1、V、VIII、VII、X、XI、XII、XIIIA、もしくはXIIIB欠乏、ファンコーニ貧血、血球貪食性リンパ組織球症、血友病AもしくはB、出血性疾患、白血球欠乏症及び障害、鎌状赤血球貧血(HBB)、ならびにサラセミアから選択されるがこれに限定されない。いくつかの実施形態では、該細胞の調節不全及び腫瘍疾患または障害は、B細胞非ホジキンリンパ腫及び白血病から選択されるがこれに限定されない。いくつかの実施形態では、該炎症及び免疫関連疾患は、AIDS、自己免疫性リンパ増殖性症候群、複合型免疫不全、HIV感受性または感染症、重症複合型免疫不全から選択されるがこれに限定されない。いくつかの実施形態では、該代謝性、肝臓、腎臓、またはタンパク質疾患は、アミロイド神経障害、アミロイドーシス、肝硬変、嚢胞性線維症、グリコーゲン蓄積症、肝腺腫、肝不全、肝性リパーゼ欠損症、肝芽腫、がん及び上皮性悪性腫瘍、髄質嚢胞腎疾患、フェニルケトン尿症、多発性嚢胞腎、ならびに肝疾患から選択されるがこれに限定されない。いくつかの実施形態では、該筋肉または骨格疾患は、ベッカー型筋ジストロフィー、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、エメリ・ドレフュス型筋ジストロフィー、顔面肩甲上腕型筋ジストロフィー、筋ジストロフィー、大理石骨病、筋萎縮から選択されるがこれに限定されない。いくつかの実施形態では、該神経学的及び神経疾患または障害は、ALS、アルツハイマー病、自閉症、脆弱性X症候群、ハンチントン病及び病様障害、パーキンソン病、レット症候群、統合失調症、セクレターゼ関連疾患、ならびにトリヌクレオチド反復障害から選択されるがこれに限定されない。いくつかの実施形態では、該眼疾患または障害は、加齢黄斑変性、白内障、角膜薄濁及びジストロフィー、先天性扁平角膜、緑内障、レーバー先天黒内障、ならびに黄斑ジストロフィーから選択されるがこれに限定されない。
いくつかの実施形態では、該疾患または障害は、新形成、加齢黄斑変性、CNS障害(例えば、統合失調症もしくは双極性、アルツハイマー病、パーキンソン病、及び自閉症)、トリヌクレオチド反復障害、脆弱性X症候群、セクレターゼ関連疾患、プリオン関連疾患、ALS、及び薬物嗜癖から選択されるがこれに限定されない。
本明細書に記載のリボ核タンパク質(例えば、Cas9 RNPまたはCpf1 RNP等の部位特異的修飾ポリペプチドを含むRNP)及び本明細書に記載のエンドソーム脱出剤を含む組成物は、対象における細胞機能の調節に有用である。いくつかの実施形態では、細胞内シグナル伝達は、PI3K/AKTシグナル伝達、ERK/MAPKシグナル伝達、グルココルチコイド受容体シグナル伝達、軸索誘導シグナル伝達、エフリン受容体シグナル伝達、アクチン細胞骨格シグナル伝達、ハンチントン病シグナル伝達、アポトーシスシグナル伝達、B細胞受容体シグナル伝達、白血球溢出シグナル伝達、インテグリンシグナル伝達、急性期応答シグナル伝達、PTENシグナル伝達、p53のシグナル伝達、アリール炭化水素受容体シグナル伝達、異物代謝シグナル伝達、SAPK/JNKシグナル伝達、PPAr/RXRシグナル伝達、NF−KBシグナル伝達、ニューレグリンシグナル伝達、Wnt及びベータカテニンシグナル伝達、インスリン受容体シグナル伝達、IL−6シグナル伝達、肝胆汁うっ滞、IGF−1シグナル伝達、NRF2媒介酸化ストレス応答、肝線維症/肝星細胞細胞活性化、PPARシグナル伝達、FcイプシロンRIシグナル伝達、Gタンパク質共役受容体シグナル伝達、イノシトールリン酸代謝、PDGFシグナル伝達、VEGFシグナル伝達、ナチュラルキラー細胞シグナル伝達、細胞周期:G1/Sチェックポイント調節、T細胞受容体シグナル伝達、細胞死受容体シグナル伝達、FGFシグナル伝達、GM−CSFシグナル伝達、筋萎縮性側索硬化症シグナル伝達、JAK/Statシグナル伝達、ニコチン酸及びニコチンアミド代謝、ケモカインシグナル伝達、IL−2シグナル伝達、シナプス長期抑制、エストロゲン受容体シグナル伝達、タンパク質ユビキチン化経路、IL−10シグナル伝達、VDR/RXR活性化、TGF−ベータシグナル伝達、Toll様受容体シグナル伝達、p38MAPKシグナル伝達、ニューロトロフィン/TRKシグナル伝達、FXR/RXR活性化、シナプス長期増強、カルシウムシグナル伝達、EGFシグナル伝達、心臓血管系における低酸素シグナル伝達、RXR機能のLPS/IL−1媒介阻害、LXR/RXR活性化、アミロイドプロセシング、IL−4シグナル伝達、細胞周期:G2/M DNA損傷チェックポイント調節、心血管系における一酸化窒素シグナル伝達、プリン代謝、cAMP媒介シグナル伝達、ミトコンドリア機能障害、Notchシグナル伝達、小胞体ストレス経路、ピリミジン代謝、パーキンソンシグナル伝達、心臓及びベータアドレナリンシグナル伝達、解糖/糖新生、インターフェロンシグナル伝達、ソニックヘッジホッグシグナル伝達、グリセロリン脂質代謝、リン脂質分解、トリプトファン代謝、リジン分解、ヌクレオチド切出修復経路、デンプン及びスクロース代謝、アミノ糖代謝、アラキドン酸代謝、概日リズムシグナル伝達、凝固系、ドーパミン受容体シグナル伝達、グルタチオン代謝、グリセロ脂質代謝、リノール酸代謝、メチオニン代謝、ピルビン酸代謝、アルギニン及びプロリン代謝、エイコサノイドシグナル伝達、フルクトース及びマンノース代謝、ガラクトース代謝、スチルベン、クマリン及びリグニンの生合成、抗原提示経路、ステロイドの生合成、ブタン酸代謝、クエン酸回路、脂肪酸代謝、グリセロリン脂質代謝、ヒスチジン代謝、イノシトール代謝、シトクロムP450による生体異物の代謝、メタン代謝、フェニルアラニン代謝、プロパン酸代謝、セレノアミノ酸代謝、スフィンゴ脂質代謝、アミノホスホン酸代謝、アンドロゲン及びエストロゲン代謝、アスコルビン酸及びアルダル酸代謝、胆汁酸生合成、システイン代謝、脂肪酸生合成、グルタミン酸受容体シグナル伝達、NRF2媒介酸化ストレス応答、ペントースリン酸経路、ペントースとグルクロン酸の相互変換、レチノール代謝、リボフラビン代謝、チロシン代謝、ユビキノン生合成、バリン、ロイシン、及びイソロイシンの分解、グリシン、セリン、及びスレオニンの代謝、リジン分解、痛み/味覚、痛み、ミトコンドリア機能、ならびに発達神経学から選択されるがこれに限定されない。
本明細書に記載の通り、リボ核タンパク質(例えば、Cas9 RNPまたはCpf1 RNP等の部位特異的修飾ポリペプチドを含むRNP)及びエンドソーム脱出剤を含む組成物は、対象における標的DNAの転写の選択的調節に有用であり、該DNAは、本明細書に記載の通り、疾患または障害と関連している。いくつかの実施形態では、該標的DNAは、新形成と関連しており、該DNAは、PTEN、ATM、ATR、EGFR、ERBB2、ERBB3、ERBB4、Notch1、Notch2、Notch3、Notch4、AKT、AKT2、AKT3、HIF、HIFla、HIF3a、Met、HRG、Bcl2、PPARアルファ、PPARガンマ、WT1(ウイルムス腫瘍)、FGF受容体ファミリーメンバー(5メンバー:1、2、3、4、5)、CDKN2a、APC、RB(網膜芽細胞腫)、MEN1、VHL、BRCA1、BRCA2、AR(アンドロゲン受容体)、TSG101、IGF、IGF受容体、Igf1(4変異体)、Igf2(3変異体)、Igf1受容体、Igf2受容体、Bax、Bcl2、カスパーゼファミリー(9メンバー:1、2、3、4、6、7、8、9、12)、Kras、Apcから選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、加齢黄斑変性と関連しており、該DNAは、Abcr、Ccl2、Cc2、cp(セルロプラスミン)、Timp3、カテプシンD、Vldlr、Ccr2から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、CNS障害と関連しており、該DNAは、ニューレグリン1(Nrg1)、Erb4(ニューレグリンに対する受容体)、コンプレキシン1(Cplx1)、Tph1トリプトファンヒドロキシラーゼ、Tph2トリプトファンヒドロキシラーゼ2、ニューレキシン1、GSK3、GSK3a、GSK3b、5−HTT(Slc6a4)、COMT、DRD(Drd1a)、SLC6A3、DAOA、DTNBP1、Dao(Dao1)、Mecp2、BZRAP1、MDGA2、Sema5A、ニューレキシン1、Fragile X(FMR2(AFF2)、FXR1、FXR2、Mglur5)、E1、CHIP、UCH、UBB、Tau、LRP、PICALM、クラステリン、PS1、SORL1、CR1、Vldlr、Uba1、Uba3、CHIP28(Aqp1、アクアポリン1)、Uchl1、Uchl3、APP、x−シヌクレイン、DJ−1、LRRK2、Parkin、PINK1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、トリヌクレオチド反復障害と関連しており、該DNAは、HTT(ハンチントンDx)、SBMA/SMAX1/AR(ケネディDx)、FXN/X25(フリードリヒ運動失調症)、ATX3(マシャド・ジョセフDx)、ATXN1及びATXN2(脊髄小脳失調症)、DMPK(筋緊張性ジストロフィー)、アトロフィン−1及びAtn1(DRPLA Dx)、CBP(Creb−BP−全体不安定性)、VLDLR(アルツハイマー)、Atxn7、Atxn10から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、脆弱X症候群と関連しており、該DNAは、FMR2、FXR1、FXR2、mGLUR5から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、セクレターゼ関連疾患と関連しており、該DNAは、APH−1(アルファ及びベータ)、プレセリニン(Psen1)、ニカストリン(Ncstn)、PEN−2、Nos1、Parp1、Nat1、Nat2から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、プリオン関連疾患と関連しており、該DNAは、Prpである。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、ALSと関連しており、該DNAは、SOD1、ALS2、STEX、FUS、TARDBP、VEGF(VEGF−a、VEGF−b、VEGF−c)から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、嗜癖と関連しており、該DNAは、Prkce(アルコール)、Drd2、Drd4、ABAT(アルコール)、GRIA2、Grm5、Grin1、Htr1b、Grin2a、Drd3、Pdyn、Gria1(アルコール)から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、炎症と関連しており、該DNAは、IL−10、IL−1(IL−1a、IL−1b)、IL−13、IL−17(IL−17a(CTLA8)、IL−17b、IL−17c、IL−17d、IL−17f)、II−23、Cx3cr1、ptpn22、TNFa、IBDに対するNOD2/CARD15、IL−6、IL−12(IL−12a、IL−12b)、CTLA4、Cx3cl1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、血液及び凝固疾患ならびに障害と関連しており、該DNAは、CDAN1、CDA1、RPS19、DBA、PKLR、PK1、NT5C3、UMPH1、PSN1、RHAG、RH50A、NRAMP2、SPTB、ALAS2、ANH1、ASB、ABCB7、ABC7、ASAT、TAPBP、TPSN、TAP2、ABCB3、PSF2、RING11、MHC2TA、C2TA、RFX5、RFXAP、RFX5、TBXA2R、P2RX1、P2X1、HF1、CFH、HUS、MCFD2、F7、F10、F11、F12、HAF,F13A1、F13A、F13B、FANCA、FACA、FA1、FA、FAA、FAAP95、FAAP90、FLJ34064、FANCB、FANCC、FACC、BRCA2、FANCD1、FANCD2、FANCD、FACD、FAD、FANCE、FACE、FANCF、XRCC9、FANCG、BRIP1、BACH1、FANCJ、PHF9、FANCL、FANCM、KIAA1596、PRF1、HPLH2、UNC13D、MUNC13−4、HPLH3、HLH3、FHL3、F8、F8C、HEMA、F9、HEMB、PI、ATT、F5、ITGB2、CD18、LCAMB、LAD、EIF2B1、EIF2BA、EIF2B2、EIF2B3、EIF2B5、LVWM、CACH、CLE、EIF2B4、HBB、HBA2、HBB、HBD、LCRB、HBA1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、細胞の調節不全及び腫瘍疾患ならびに障害と関連しており、該DNAは、BCL7A、BCL7、TAL1、TCL5、SCL、TAL2、FLT3、NBS1、NBS、ZNFN1A1、IK1、LYF1、HOXD4、HOX4B、BCR、CML、PHL、ALL、ARNT、KRAS2、RASK2、GMPS、AF10、ARHGEF12、LARG、KIAA0382、CALM、CLTH、CEBPA、CEBP、CHIC2、BTL、FLT3、KIT、PBT、LPP、NPM1、NUP214、D9S46E、CAN、CAIN、RUNX1、CBFA2、AML1、WHSC1L1、NSD3、FLT3、AF1Q、NPM1、NUMA1、ZNF145、PLZF、PML、MYL、STAT5B、AF10、CALM、CLTH、ARL11、ARLTS1、P2RX7、P2X7、BCR、CML、PHL、ALL、GRAF、NF1、VRNF、WSS、NFNS、PTPN11、PTP2C、SHP2、NS1、BCL2、CCND1、PRAD1、BCL1、TCRA、GATA1、GF1、ERYF1、NFE1、ABL1、NQO1、DIA4、NMOR1、NUP214、D9S46E、CAN、CAINから選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、炎症及び免疫関連疾患ならびに障害と関連しており、該DNAは、KIR3DL1、NKAT3、NKB1、AMB11、KIR3DS1、IFNG、CXCL12、SDF1、TNFRSF6、APT1、FAS、CD95、ALPS1A、IL2RG、SCIDX1、SCIDX、IMD4、CCL5、SCYA5、D17S136E、TCP228、IL10、CSIF、CMKBR2、CCR2、CMKBR5、CCCKR5(CCR5)、CD3E、CD3G、AICDA、AID、HIGM2、TNFRSF5、CD40、UNG、DGU、HIGM4、TNFSF5、CD40LG、HIGM1、IGM、FOXP3、IPEX、AIID、XPID、PIDX、TNFRSF14B、TACI、IL−10、IL−1(IL−1a、IL−1b)、IL−13、IL−17(IL−17a(CTLA8)、IL−17b、IL−17c、IL−17d、IL−17f)、II−23、Cx3cr1、ptpn22、TNFa、IBDに対するNOD2/CARD15、IL−6、IL−12(IL−12a、IL−12b)、CTLA4、Cx3cl1、JAK3、JAKL、DCLRE1C、ARTEMIS、SCIDA、RAG1、RAG2、ADA、PTPRC、CD45、LCA、IL7R、CD3D、T3D、IL2RG、SCIDX1、SCIDX、IMD4)から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、代謝性、肝臓、腎臓、及びタンパク質疾患ならびに障害と関連しており、該DNAは、TTRPA1B、APOA1、APP、AAA、CVAP、AD1、GSN、FGA、LYZ、TTR、PA1B、KRT18、KRT8、CIRH1A、NAIC、TEX292、KIAA1988、CFTR、ABCC7、CF、MRP7、SLC2A2、GLUT2、G6PC、G6PT、G6PT1、GAA、LAMP2、LAMPB、AGL、GDE、GBE1、GYS2、PYGL、PFKM、TCF1、HNF1A、MODY3、SCOD1、SCO1、LIPC、CTNNB1、PDGFRL、PDGRL、PRLTS、AXIN1、AXIN、CTNNB1、TP53、P53、LFS1、IGF2R、MPRI、MET、CASP8、MCH5、UMOD、HNFJ、FJHN、MCKD2、ADMCKD2、PAH、PKU1、QDPR、DHPR、PTS、FCYT、PKHD1、ARPKD、PKD1、PKD2、PKD4、PKDTS、PRKCSH、G19P1、PCLD、SEC63から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、筋肉/骨格疾患及び障害と関連しており、該DNAは、DMD、BMD、MYF6、DMD、BMD、LMNA、LMN1、EMD2、FPLD、CMD1A、HGPS、LGMD1B、LMNA、LMN1、EMD2、FPLD、CMD1A、FSHMD1A、FSHD1A、FKRP、MDC1C、LGMD2I、LAMA2、LAMM、LARGE、KIAA0609、MDC1D、FCMD、TTID、MYOT、CAPN3、CANP3、DYSF、LGMD2B、SGCG、LGMD2C、DMDA1、SCG3、SGCA、ADL、DAG2、LGMD2D、DMDA2、SGCB、LGMD2E、SGCD、SGD、LGMD2F、CMD1L、TCAP、LGMD2G、CMD1N、TRIM32、HT2A、LGMD2H、FKRP、MDC1C、LGMD2I、TTN、CMD1G、TMD、LGMD2J、POMT1、CAV3、LGMD1C、SEPN1、SELN、RSMD1、PLEC1、PLTN、EBS1、LRP5、BMND1、LRP7、LR3、OPPG、VBCH2、CLCN7、CLC7、OPTA2、OSTM1、GL、TCIRG1、TIRC7、OC116、OPTB1、VAPB、VAPC、ALS8、SMN1、SMA1、SMA2、SMA3、SMA4、BSCL2、SPG17、GARS、SMAD1、CMT2D、HEXB、IGHMBP2、SMUBP2、CATF1、SMARD1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、神経学的及び神経疾患ならびに障害と関連しており、該DNAは、SOD1、ALS2、STEX、FUS、TARDBP、VEGF(VEGF−a、VEGF−b、VEGF−c、APP、AAA、CVAP、AD1、APOE、AD2、PSEN2、AD4、STM2、APBB2、FE65L1、NOS3、PLAU、URK、ACE、DCP1、ACE1、MPO、PACIP1、PAXIP1L、PTIP、A2M、BLMH、BMH、PSEN1、AD3、Mecp2、BZRAP1、MDGA2、Sema5A、ニューレキシン1、GLO1、MECP2、RTT、PPMX、MRX16、MRX79、NLGN3、NLGN4、KIAA1260、AUTSX2、FMR2、FXR1、FXR2、mGLUR5、HD、IT15、PRNP、PRIP、JPH3、JP3、HDL2、TBP、SCA17、NR4A2、NURR1、NOT、TINUR、SNCAIP、TBP、SCA17、SNCA、NACP、PARK1、PARK4、DJ1、PARK7、LRRK2、PARK8、PINK1、PARK6、UCHL1、PARK5、SNCA、NACP、PARK1、PARK4、PRKN、PARK2、PDJ、DBH、NDUFV2、MECP2、RTT、PPMX、MRX16、MRX79、CDKL5、STK9、MECP2、RTT、PPMX、MRX16、MRX79、x−シヌクレイン、DJ−1、ニューレグリン1(Nrg1)、Erb4(ニューレグリンに対する受容体)、コンプレキシン1(Cplx1)、Tph1トリプトファンヒドロキシラーゼ、Tph2、トリプトファンヒドロキシラーゼ2、ニューレキシン1、GSK3、GSK3a、GSK3b、5−HTT(Slc6a4)、COMT、DRD(Drd1a)、SLC6A3、DAOA、DTNBP1、Dao(Dao1)、APH−1(アルファ及びベータ)、プレセニリン(Psenl)、ニカストリン、(Ncstn)、PEN−2、Nos1、Parp1、Nat1、Nat2、HTT(ハンチントンDx)、SBMA/SMAX1/AR(ケネディDx)、FXN/X25(フリードリヒ運動失調症)、ATX3(マシャド・ジョセフDx)、ATXN1及びATXN2(脊髄小脳失調症)、DMPK(筋緊張性ジストロフィー)、アトロフィン−1及びAtn1(DRPLA Dx)、CBP(Creb−BP−全体不安定性)、VLDLR(アルツハイマー)、Atxn7、Atxn10から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、眼疾患及び障害と関連しており、該DNAは、Abcr、Ccl2、Cc2、cp(セルロプラスミン)、Timp3、カテプシンD、Vldlr、Ccr2、CRYAA、CRYA1、CRYBB2、CRYB2、PITX3、BFSP2、CP49、CP47、CRYAA、CRYA1、PAX6、AN2、MGDA、CRYBA1、CRYB1、CRYGC、CRYG3、CCL、LIM2、MP19、CRYGD,CRYG4、BFSP2、CP49、CP47、HSF4、CTM、HSF4、CTM、MIP、AQP0、CRYAB、CRYA2、CTPP2、CRYBB1、CRYGD、CRYG4、CRYBB2、CRYB2、CRYGC、CRYG3、CCL、CRYAA、CRYA1、GJA8、CX50、CAE1、GJA3、CX46、CZP3、CAE3、CCM1、CAM、KRIT1、APOA1、TGFBI、CSD2、CDGG1、CSD、BIGH3、CDG2、TACSTD2、TROP2、M1S1、VSX1、RINX、PPCD、PPD、KTCN、COL8A2、FECD、PPCD2、PIP5K3、CFD、KERA、CNA2、MYOC、TIGR、GLC1A、JOAG、GPOA、OPTN、GLC1E、FIP2、HYPL、NRP、CYP1B1、GLC3A、OPA1、NTG、NPG、CYP1B1、GLC3A、CRB1、RP12、CRX、CORD2、CRD、RPGRIP1、LCA6、CORD9、RPE65、RP20、AIPL1、LCA4、GUCY2D、GUC2D、LCA1、CORD6、RDH12、LCA3、ELOVL4、ADMD、STGD2、STGD3、RDS、RP7、PRPH2、PRPH、AVMD、AOFMD、VMD2から選択される。
本明細書に記載の通り、リボ核タンパク質(例えば、Cas9 RNPまたはCpf1 RNP等の部位特異的修飾ポリペプチドを含むRNP)及びエンドソーム脱出剤を含む組成物は、対象における標的DNAの転写の選択的調節に有用であり、該DNAは、本明細書に記載の通り、細胞機能と関連している。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、PI3K/AKTシグナル伝達と関連しており、該DNAは、PRKCE、ITGAM、ITGA5、IRAK1、PRKAA2、EIF2AK2、PTEN、EIF4E、PRKCZ、GRK6、MAPK1、TSC1、PLK1、AKT2、IKBKB、PIK3CA、CDK8、CDKN1B、NFKB2、BCL2、PIK3CB、PPP2R1A、MAPK8、BCL2L1、MAPK3、TSC2、ITGA1、KRAS、EIF4EBP1、RELA、PRKCD、NOS3、PRKAA1、MAPK9、CDK2、PPP2CA、PIM1、ITGB7、YWHAZ、ILK、TP53、RAF1、IKBKG、RELB、DYRK1A、CDKN1A、ITGB1、MAP2K2、JAK1、AKT1、JAK2、PIK3R1、CHUK、PDPK1、PPP2R5C、CTNNB1、MAP2K1、NFKB1、PAK3、ITGB3、CCND1、GSK3A、FRAP1、SFN、ITGA2、TTK、CSNK1A1、BRAF、GSK3B、AKT3、FOXO1、SGK、HSP90AA1、RPS6KB1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、ERK/MAPKシグナル伝達と関連しており、該DNAは、PRKCE、ITGAM、ITGA5、HSPB1、IRAK1、PRKAA2、EIF2AK2、RAC1、RAP1A、TLN1、EIF4E、ELK1、GRK6、MAPK1、RAC2、PLK1、AKT2、PIK3CA、CDK8、CREB1、PRKCI、PTK2、FOS、RPS6KA4、PIK3CB、PPP2R1A、PIK3C3、MAPK8、MAPK3、ITGA1、ETS1、KRAS、MYCN、EIF4EBP1、PPARG、PRKCD、PRKAA1、MAPK9、SRC、CDK2、PPP2CA、PIM1、PIK3C2A、ITGB7、YWHAZ、PPP1CC、KSR1、PXN、RAF1、FYN、DYRK1A、ITGB1、MAP2K2、PAK4、PIK3R1、STAT3、PPP2R5C、MAP2K1、PAK3、ITGB3、ESR1、ITGA2、MYC、TTK、CSNK1A1、CRKL、BRAF、ATF4、PRKCA、SRF、STAT1、SGKから選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、グルココルチコイド受容体シグナル伝達と関連しており、該DNAは、RAC1、TAF4B、EP300、SMAD2、TRAF6、PCAF、ELK1、MAPK1、SMAD3、AKT2、IKBKB、NCOR2、UBE2I、PIK3CA、CREB1、FOS、HSPA5、NFKB2、BCL2、MAP3K14、STAT5B、PIK3CB、PIK3C3、MAPK8、BCL2L1、MAPK3、TSC22D3、MAPK10、NRIP1、KRAS、MAPK13、RELA、STAT5A、MAPK9、NOS2A、PBX1、NR3C1、PIK3C2A、CDKN1C、TRAF2、SERPINE1、NCOA3、MAPK14、TNF、RAF1、IKBKG、MAP3K7、CREBBP、CDKN1A、MAP2K2、JAK1、IL8、NCOA2、AKT1、JAK2、PIK3R1、CHUK、STAT3、MAP2K1、NFKB1、TGFBR1、ESR1、SMAD4、CEBPB、JUN、AR、AKT3、CCL2、MMP1、STAT1、IL6、HSP90AA1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、軸索誘導シグナル伝達と関連しており、該DNAは、PRKCE、ITGAM、ROCK1、ITGA5、CXCR4、ADAM12、IGF1、RAC1、RAP1A、E1F4E、PRKCZ、NRP1、NTRK2、ARHGEF7、SMO、ROCK2、MAPK1、PGF、RAC2、PTPN11、GNAS、AKT2、PIK3CA、ERBB2、PRKCI、PTK2、CFL1、GNAQ、PIK3CB、CXCL12、PIK3C3、WNT11、PRKD1、GNB2L1、ABL1、MAPK3、ITGA1、KRAS、RHOA、PRKCD、PIK3C2A、ITGB7、GLI2、PXN、VASP、RAF1、FYN、ITGB1、MAP2K2、PAK4、ADAM17、AKT1、PIK3R1、GLI1、WNT5A、ADAM10、MAP2K1、PAK3、ITGB3、CDC42、VEGFA、ITGA2、EPHA8、CRKL、RND1、GSK3B、AKT3、PRKCAから選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、エフリン受容体シグナル伝達と関連しており、該DNAは、PRKCE、ITGAM、ROCK1、ITGA5、CXCR4、IRAK1、PRKAA2、EIF2AK2、RAC1、RAP1A、GRK6、ROCK2、MAPK1、PGF、RAC2、PTPN11、GNAS、PLK1、AKT2、DOK1、CDK8、CREB1、PTK2、CFL1、GNAQ、MAP3K14、CXCL12、MAPK8、GNB2L1、ABL1、MAPK3、ITGA1、KRAS、RHOA、PRKCD、PRKAA1、MAPK9、SRC、CDK2、PIM1、ITGB7、PXN、RAF1、FYN、DYRK1A、ITGB1、MAP2K2、PAK4、AKT1、JAK2、STAT3、ADAM10、MAP2K1、PAK3、ITGB3、CDC42、VEGFA、ITGA2、EPHA8、TTK、CSNK1A1、CRKL、BRAF、PTPN13、ATF4、AKT3、SGKから選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、アクチン細胞骨格シグナル伝達と関連しており、該DNAは、ACTN4、PRKCE、ITGAM、ROCK1、ITGA5、IRAK1、PRKAA2、EIF2AK2、RAC1、INS、ARHGEF7、GRK6、ROCK2、MAPK1、RAC2、PLK1、AKT2、PIK3CA、CDK8、PTK2、CFL1、PIK3CB、MYH9、DIAPH1、PIK3C3、MAPK8、F2R、MAPK3、SLC9A1、ITGA1、KRAS、RHOA、PRKCD、PRKAA1、MAPK9、CDK2、PIM1、PIK3C2A、ITGB7、PPP1CC、PXN、VIL2、RAF1、GSN、DYRK1A、ITGB1、MAP2K2、PAK4、PIP5K1A、PIK3R1、MAP2K1、PAK3、ITGB3、CDC42、APC、ITGA2、TTK、CSNK1A1、CRKL、BRAF、VAV3、SGKから選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、ハンチントン病シグナル伝達と関連しており、該DNAは、PRKCE、IGF1、EP300、RCOR1、PRKCZ、HDAC4、TGM2、MAPK1、CAPNS1、AKT2、EGFR、NCOR2、SP1、CAPN2、PIK3CA、HDAC5、CREB1、PRKC1、HSPA5、REST、GNAQ、PIK3CB、PIK3C3、MAPK8、IGF1R、PRKD1、GNB2L1、BCL2L1、CAPN1、MAPK3、CASP8、HDAC2、HDAC7A、PRKCD、HDAC11、MAPK9、HDAC9、PIK3C2A、HDAC3、TP53、CASP9、CREBBP、AKT1、PIK3R1、PDPK1、CASP1、APAF1、FRAP1、CASP2、JUN、BAX、ATF4、AKT3、PRKCA、CLTC、SGK、HDAC6、CASP3から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、アポトーシスシグナル伝達と関連しており、該DNAは、PRKCE、ROCK1、BID、IRAK1、PRKAA2、EIF2AK2、BAK1、BIRC4、GRK6、MAPK1、CAPNS1、PLK1、AKT2、IKBKB、CAPN2、CDK8、FAS、NFKB2、BCL2、MAP3K14、MAPK8、BCL2L1、CAPN1、MAPK3、CASP8、KRAS、RELA、PRKCD、PRKAA1、MAPK9、CDK2、PIM1、TP53、TNF、RAF1、IKBKG、RELB、CASP9、DYRK1A、MAP2K2、CHUK、APAF1、MAP2K1、NFKB1、PAK3、LMNA、CASP2、BIRC2、TTK、CSNK1A1、BRAF、BAX、PRKCA、SGK、CASP3、BIRC3、PARP1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、B細胞受容体シグナル伝達と関連しており、該DNAは、RAC1、PTEN、LYN、ELK1、MAPK1、RAC2、PTPN11、AKT2、IKBKB、PIK3CA、CREB1、SYK、NFKB2、CAMK2A、MAP3K14、PIK3CB、PIK3C3、MAPK8、BCL2L1、ABL1、MAPK3、ETS1、KRAS、MAPK13、RELA、PTPN6、MAPK9、EGR1、PIK3C2A、BTK、MAPK14、RAF1、IKBKG、RELB、MAP3K7、MAP2K2、AKT1、PIK3R1、CHUK、MAP2K1、NFKB1、CDC42、GSK3A、FRAP1、BCL6、BCL10、JUN、GSK3B、ATF4、AKT3、VAV3、RPS6KB1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、白血球溢出シグナル伝達と関連しており、該DNAは、ACTN4、CD44、PRKCE、ITGAM、ROCK1、CXCR4、CYBA、RAC1、RAP1A、PRKCZ、ROCK2、RAC2、PTPN11、MMP14、PIK3CA、PRKCI、PTK2、PIK3CB、CXCL12、PIK3C3、MAPK8、PRKD1、ABL1、MAPK10、CYBB、MAPK13、RHOA、PRKCD、MAPK9、SRC、PIK3C2A、BTK、MAPK14、NOX1、PXN、VIL2、VASP、ITGB1、MAP2K2、CTNND1、PIK3R1、CTNNB1、CLDN1、CDC42、F11R、ITK、CRKL、VAV3、CTTN、PRKCA、MMP1、MMP9から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、インテグリンシグナル伝達と関連しており、該DNAは、ACTN4、ITGAM、ROCK1、ITGA5、RAC1、PTEN、RAP1A、TLN1、ARHGEF7、MAPK1、RAC2、CAPNS1、AKT2、CAPN2、PIK3CA、PTK2、PIK3CB、PIK3C3、MAPK8、CAV1、CAPN1、ABL1、MAPK3、ITGA1、KRAS、RHOA、SRC、PIK3C2A、ITGB7、PPP1CC、ILK、PXN、VASP、RAF1、FYN、ITGB1、MAP2K2、PAK4、AKT1、PIK3R1、TNK2、MAP2K1、PAK3、ITGB3、CDC42、RND3、ITGA2、CRKL、BRAF、GSK3B、AKT3から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、急性期応答シグナル伝達と関連しており、該DNAは、IRAK1、SOD2、MYD88、TRAF6、ELK1、MAPK1、PTPN11、AKT2、IKBKB、PIK3CA、FOS、NFKB2、MAP3K14、PIK3CB、MAPK8、RIPK1、MAPK3、IL6ST、KRAS、MAPK13、IL6R、RELA、SOCS1、MAPK9、FTL、NR3C1、TRAF2、SERPINE1、MAPK14、TNF、RAF1、PDK1、IKBKG、RELB、MAP3K7、MAP2K2、AKT1、JAK2、PIK3R1、CHUK、STAT3、MAP2K1、NFKB1、FRAP1、CEBPB、JUN、AKT3、IL1R1、IL6から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、PTENシグナル伝達と関連しており、該DNAは、ITGAM、ITGA5、RAC1、PTEN、PRKCZ、BCL2L11、MAPK1、RAC2、AKT2、EGFR、IKBKB、CBL、PIK3CA、CDKN1B、PTK2、NFKB2、BCL2、PIK3CB、BCL2L1、MAPK3、ITGA1、KRAS、ITGB7、ILK、PDGFRB、INSR、RAF1、IKBKG、CASP9、CDKN1A、ITGB1、MAP2K2、AKT1、PIK3R1、CHUK、PDGFRA、PDPK1、MAP2K1、NFKB1、ITGB3、CDC42、CCND1、GSK3A、ITGA2、GSK3B、AKT3、FOXO1、CASP3、RPS6KB1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、p53のシグナル伝達と関連しており、該DNAは、PTEN、EP300、BBC3、PCAF、FASN、BRCA1、GADD45A、BIRC5、AKT2、PIK3CA、CHEK1、TP53INP1、BCL2、PIK3CB、PIK3C3、MAPK8、THBS1、ATR、BCL2L1、E2F1、PMAIP1、CHEK2、TNFRSF10B、TP73、RB1、HDAC9、CDK2、PIK3C2A、MAPK14、TP53、LRDD、CDKN1A、HlPK2、AKT1、PIK3R1、RRM2B、APAF1、CTNNB1、SIRT1、CCND1、PRKDC、ATM、SFN、CDKN2A、JUN、SNAI2、GSK3B、BAX、AKT3から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、アリール炭化水素受容体シグナル伝達と関連しており、該DNAは、HSPB1、EP300、FASN、TGM2、RXRA、MAPK1、NQO1、NCOR2、SP1、ARNT、CDKN1B、FOS、CHEK1、SMARCA4、NFKB2、MAPK8、ALDH1A1、ATR、E2F1、MAPK3、NRIP1、CHEK2、RELA、TP73、GSTP1、RB1、SRC、CDK2、AHR、NFE2L2、NCOA3、TP53、TNF、CDKN1A、NCOA2、APAF1、NFKB1、CCND1、ATM、ESR1、CDKN2A、MYC、JUN、ESR2、BAX、IL6、CYP1B1、HSP90AA1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、異物代謝シグナル伝達と関連しており、該DNAは、PRKCE、EP300、PRKCZ、RXRA、MAPK1、NQO1、NCOR2、PIK3CA、ARNT、PRKCI、NFKB2、CAMK2A、PIK3CB、PPP2R1A、PIK3C3、MAPK8、PRKD1、ALDH1A1、MAPK3、NRIP1、KRAS、MAPK13、PRKCD、GSTP1、MAPK9、NOS2A、ABCB1、AHR、PPP2CA、FTL、NFE2L2、PIK3C2A、PPARGC1A、MAPK14、TNF、RAF1、CREBBP、MAP2K2、PIK3R1、PPP2R5C、MAP2K1、NFKB1、KEAP1、PRKCA、EIF2AK3、IL6、CYP1B1、HSP90AA1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、SAPK/JNKシグナル伝達と関連しており、該DNAは、PRKCE、IRAK1、PRKAA2、EIF2AK2、RAC1、ELK1、GRK6、MAPK1、GADD45A、RAC2、PLK1、AKT2、PIK3CA、FADD、CDK8、PIK3CB、PIK3C3、MAPK8、RIPK1、GNB2L1、IRS1、MAPK3、MAPK10、DAXX、KRAS、PRKCD、PRKAA1、MAPK9、CDK2、PIM1、PIK3C2A、TRAF2、TP53、LCK、MAP3K7、DYRK1A、MAP2K2、PIK3R1、MAP2K1、PAK3、CDC42、JUN、TTK、CSNK1A1、CRKL、BRAF、SGKから選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、PPAr/RXRシグナル伝達と関連しており、該DNAは、PRKAA2、EP300、INS、SMAD2、TRAF6、PPARA、FASN、RXRA、MAPK1、SMAD3、GNAS、IKBKB、NCOR2、ABCA1、GNAQ、NFKB2、MAP3K14、STAT5B、MAPK8、IRS1、MAPK3、KRAS、RELA、PRKAA1、PPARGC1A、NCOA3、MAPK14、INSR、RAF1、IKBKG、RELB、MAP3K7、CREBBP、MAP2K2、JAK2、CHUK、MAP2K1、NFKB1、TGFBR1、SMAD4、JUN、IL1R1、PRKCA、IL6、HSP90AA1、ADIPOQから選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、NF−KBシグナル伝達と関連しており、該DNAは、IRAK1、EIF2AK2、EP300、INS、MYD88、PRKCZ、TRAF6、TBK1、AKT2、EGFR、IKBKB、PIK3CA、BTRC、NFKB2、MAP3K14、PIK3CB、PIK3C3、MAPK8、RIPK1、HDAC2、KRAS、RELA、PIK3C2A、TRAF2、TLR4、PDGFRB、TNF、INSR、LCK、IKBKG、RELB、MAP3K7、CREBBP、AKT1、PIK3R1、CHUK、PDGFRA、NFKB1、TLR2、BCL10、GSK3B、AKT3、TNFAIP3、IL1R1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、ニューレグリンシグナル伝達と関連しており、該DNAは、ERBB4、PRKCE、ITGAM、ITGA5、PTEN、PRKCZ、ELK1、MAPK1、PTPN11、AKT2、EGFR、ERBB2、PRKCI、CDKN1B、STAT5B、PRKD1、MAPK3、ITGA1、KRAS、PRKCD、STAT5A、SRC、ITGB7、RAF1、ITGB1、MAP2K2、ADAM17、AKT1、PIK3R1、PDPK1、MAP2K1、ITGB3、EREG、FRAP1、PSEN1、ITGA2、MYC、NRG1、CRKL、AKT3、PRKCA、HSP90AA1、RPS6KB1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、Wnt及びベータカテニンシグナル伝達と関連しており、該DNAは、CD44、EP300、LRP6、DVL3、CSNK1E、GJA1、SMO、AKT2、PIN1、CDH1、BTRC、GNAQ、MARK2、PPP2R1A、WNT11、SRC、DKK1、PPP2CA、SOX6、SFRP2、ILK、LEF1、SOX9、TP53、MAP3K7、CREBBP、TCF7L2、AKT1、PPP2R5C、WNT5A、LRP5、CTNNB1、TGFBR1、CCND1、GSK3A、DVL1、APC、CDKN2A、MYC、CSNK1A1、GSK3B、AKT3、SOX2から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、インスリン受容体シグナル伝達と関連しており、該DNAは、PTEN、INS、EIF4E、PTPN1、PRKCZ、MAPK1、TSC1、PTPN11、AKT2、CBL、PIK3CA、PRKCI、PIK3CB、PIK3C3、MAPK8、IRS1、MAPK3、TSC2、KRAS、EIF4EBP1、SLC2A4、PIK3C2A、PPP1CC、INSR、RAF1、FYN、MAP2K2、JAK1、AKT1、JAK2、PIK3R1、PDPK1、MAP2K1、GSK3A、FRAP1、CRKL、GSK3B、AKT3、FOXO1、SGK、RPS6KB1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、IL−6シグナル伝達と関連しており、該DNAは、HSPB1、TRAF6、MAPKAPK2、ELK1、MAPK1、PTPN11、IKBKB、FOS、NFKB2、MAP3K14、MAPK8、MAPK3、MAPK10、IL6ST、KRAS、MAPK13、IL6R、RELA、SOCS1、MAPK9、ABCB1、TRAF2、MAPK14、TNF、RAF1、IKBKG、RELB、MAP3K7、MAP2K2、IL8、JAK2、CHUK、STAT3、MAP2K1、NFKB1、CEBPB、JUN、IL1R1、SRF、IL6から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、肝胆汁うっ滞と関連しており、該DNAは、PRKCE、IRAK1、INS、MYD88、PRKCZ、TRAF6、PPARA、RXRA、IKBKB、PRKCI、NFKB2、MAP3K14、MAPK8、PRKD1、MAPK10、RELA、PRKCD、MAPK9、ABCB1、TRAF2、TLR4、TNF、INSR、IKBKG、RELB、MAP3K7、IL8、CHUK、NR1H2、TJP2、NFKB1、ESR1、SREBF1、FGFR4、JUN、IL1R1、PRKCA、IL6から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、IGF−1シグナル伝達と関連しており、該DNAは、IGF1、PRKCZ、ELK1、MAPK1、PTPN11、NEDD4、AKT2、PIK3CA、PRKCI、PTK2、FOS、PIK3CB、PIK3C3、MAPK8、IGF1R、IRS1、MAPK3、IGFBP7、KRAS、PIK3C2A、YWHAZ、PXN、RAF1、CASP9、MAP2K2、AKT1、PIK3R1、PDPK1、MAP2K1、IGFBP2、SFN、JUN、CYR61、AKT3、FOXO1、SRF、CTGF、RPS6KB1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、NRF2媒介酸化ストレス応答と関連しており、該DNAは、PRKCE、EP300、SOD2、PRKCZ、MAPK1、SQSTM1、NQO1、PIK3CA、PRKCI、FOS、PIK3CB、PIK3C3、MAPK8、PRKD1、MAPK3、KRAS、PRKCD、GSTP1、MAPK9、FTL、NFE2L2、PIK3C2A、MAPK14、RAF1、MAP3K7、CREBBP、MAP2K2、AKT1、PIK3R1、MAP2K1、PPIB、JUN、KEAP1、GSK3B、ATF4、PRKCA、EIF2AK3、HSP90AA1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、肝線維症/肝星細胞細胞活性化と関連しており、該DNAは、EDN1、IGF1、KDR、FLT1、SMAD2、FGFR1、MET、PGF、SMAD3、EGFR、FAS、CSF1、NFKB2、BCL2、MYH9、IGF1R、IL6R、RELA、TLR4、PDGFRB、TNF、RELB、IL8、PDGFRA、NFKB1、TGFBR1、SMAD4、VEGFA、BAX、IL1R1、CCL2、HGF、MMP1、STAT1、IL6、CTGF、MMP9から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、PPARシグナル伝達と関連しており、該DNAは、EP300、INS、TRAF6、PPARA、RXRA、MAPK1、IKBKB、NCOR2、FOS、NFKB2、MAP3K14、STAT5B、MAPK3、NRIP1、KRAS、PPARG、RELA、STAT5A、TRAF2、PPARGC1A、PDGFRB、TNF、INSR、RAF1、IKBKG、RELB、MAP3K7、CREBBP、MAP2K2、CHUK、PDGFRA、MAP2K1、NFKB1、JUN、IL1R1、HSP90AA1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、FcイプシロンRIシグナル伝達と関連しており、該DNAは、PRKCE、RAC1、PRKCZ、LYN、MAPK1、RAC2、PTPN11、AKT2、PIK3CA、SYK、PRKCI、PIK3CB、PIK3C3、MAPK8、PRKD1、MAPK3、MAPK10、KRAS、MAPK13、PRKCD、MAPK9、PIK3C2A、BTK、MAPK14、TNF、RAF1、FYN、MAP2K2、AKT1、PIK3R1、PDPK1、MAP2K1、AKT3、VAV3、PRKCAから選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、Gタンパク質共役受容体シグナル伝達と関連しており、該DNAは、PRKCE、RAP1A、RGS16、MAPK1、GNAS、AKT2、IKBKB、PIK3CA、CREB1、GNAQ、NFKB2、CAMK2A、PIK3CB、PIK3C3、MAPK3、KRAS、RELA、SRC、PIK3C2A、RAF1、IKBKG、RELB、FYN、MAP2K2、AKT1、PIK3R1、CHUK、PDPK1、STAT3、MAP2K1、NFKB1、BRAF、ATF4、AKT3、PRKCAから選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、イノシトールリン酸代謝と関連しており、該DNAは、PRKCE、IRAK1、PRKAA2、EIF2AK2、PTEN、GRK6、MAPK1、PLK1、AKT2、PIK3CA、CDK8、PIK3CB、PIK3C3、MAPK8、MAPK3、PRKCD、PRKAA1、MAPK9、CDK2、PIM1、PIK3C2A、DYRK1A、MAP2K2、PIP5K1A、PIK3R1、MAP2K1、PAK3、ATM、TTK、CSNK1A1、BRAF、SGKから選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、PDGFシグナル伝達と関連しており、該DNAは、EIF2AK2、ELK1、ABL2、MAPK1、PIK3CA、FOS、PIK3CB、PIK3C3、MAPK8、CAV1、ABL1、MAPK3、KRAS、SRC、PIK3C2A、PDGFRB、RAF1、MAP2K2、JAK1、JAK2、PIK3R1、PDGFRA、STAT3、SPHK1、MAP2K1、MYC、JUN、CRKL、PRKCA、SRF、STAT1、SPHK2から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、VEGFシグナル伝達と関連しており、該DNAは、ACTN4、ROCK1、KDR、FLT1、ROCK2、MAPK1、PGF、AKT2、PIK3CA、ARNT、PTK2、BCL2、PIK3CB、PIK3C3、BCL2L1、MAPK3、KRAS、HIFlA、NOS3、PIK3C2A、PXN、RAF1、MAP2K2、ELAVL1、AKT1、PIK3R1、MAP2K1、SFN、VEGFA、AKT3、FOXO1、PRKCAから選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、ナチュラルキラー細胞シグナル伝達と関連しており、該DNAは、PRKCE、RAC1、PRKCZ、MAPK1、RAC2、PTPN11、KIR2DL3、AKT2、PIK3CA、SYK、PRKCI、PIK3CB、PIK3C3、PRKD1、MAPK3、KRAS、PRKCD、PTPN6、PIK3C2A、LCK、RAF1、FYN、MAP2K2、PAK4、AKT1、PIK3R1、MAP2K1、PAK3、AKT3、VAV3、PRKCAから選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、細胞周期:G1/Sチェックポイント調節と関連しており、該DNAは、HDAC4、SMAD3、SUV39H1、HDAC5、CDKN1B、BTRC、ATR、ABL1、E2F1、HDAC2、HDAC7A、RB1、HDAC11、HDAC9、CDK2、E2F2、HDAC3、TP53、CDKN1A、CCND1、E2F4、ATM、RBL2、SMAD4、CDKN2A、MYC、NRG1、GSK3B、RBL1、HDAC6から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、T細胞受容体シグナル伝達と関連しており、該DNAは、RAC1、ELK1、MAPK1、IKBKB、CBL、PIK3CA、FOS、NFKB2、PIK3CB、PIK3C3、MAPK8、MAPK3、KRAS、RELA、PIK3C2A、BTK、LCK、RAF1、IKBKG、RELB、FYN、MAP2K2、PIK3R1、CHUK、MAP2K1、NFKB1、ITK、BCL10、JUN、VAV3から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、細胞死受容体シグナル伝達と関連しており、該DNAは、CRADD、HSPB1、BID、BIRC4、TBK1、IKBKB、FADD、FAS、NFKB2、BCL2、MAP3K14、MAPK8、RIPK1、CASP8、DAXX、TNFRSF10B、RELA、TRAF2、TNF、IKBKG、RELB、CASP9、CHUK、APAF1、NFKB1、CASP2、BIRC2、CASP3、BIRC3から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、FGFシグナル伝達と関連しており、該DNAは、RAC1、FGFR1、MET、MAPKAPK2、MAPK1、PTPN11、AKT2、PIK3CA、CREB1、PIK3CB、PIK3C3、MAPK8、MAPK3、MAPK13、PTPN6、PIK3C2A、MAPK14、RAF1、AKT1、PIK3R1、STAT3、MAP2K1、FGFR4、CRKL、ATF4、AKT3、PRKCA、HGFから選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、GM−CSFシグナル伝達と関連しており、該DNAは、LYN、ELK1、MAPK1、PTPN11、AKT2、PIK3CA、CAMK2A、STAT5B、PIK3CB、PIK3C3、GNB2L1、BCL2L1、MAPK3、ETS1、KRAS、RUNX1、PIM1、PIK3C2A、RAF1、MAP2K2、AKT1、JAK2、PIK3R1、STAT3、MAP2K1、CCND1、AKT3、STAT1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、筋萎縮性側索硬化症シグナル伝達と関連しており、該DNAは、BID、IGF1、RAC1、BIRC4、PGF、CAPNS1、CAPN2、PIK3CA、BCL2、PIK3CB、PIK3C3、BCL2L1、CAPN1、PIK3C2A、TP53、CASP9、PIK3R1、RAB5A、CASP1、APAF1、VEGFA、BIRC2、BAX、AKT3、CASP3、BIRC3から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、JAK/Statシグナル伝達と関連しており、該DNAは、PTPN1、MAPK1、PTPN11、AKT2、PIK3CA、STAT5B、PIK3CB、PIK3C3、MAPK3、KRAS、SOCS1、STAT5A、PTPN6、PIK3C2A、RAF1、CDKN1A、MAP2K2、JAK1、AKT1、JAK2、PIK3R1、STAT3、MAP2K1、FRAP1、AKT3、STAT1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、ニコチン酸及びニコチンアミド代謝と関連しており、該DNAは、PRKCE、IRAK1、PRKAA2、EIF2AK2、GRK6、MAPK1、PLK1、AKT2、CDK8、MAPK8、MAPK3、PRKCD、PRKAA1、PBEF1、MAPK9、CDK2、PIM1、DYRK1A、MAP2K2、MAP2K1、PAK3、NT5E、TTK、CSNK1A1、BRAF、SGKから選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、ケモカインシグナル伝達と関連しており、該DNAは、CXCR4、ROCK2、MAPK1、PTK2、FOS、CFL1、GNAQ、CAMK2A、CXCL12、MAPK8、MAPK3、KRAS、MAPK13
、RHOA、CCR3、SRC、PPP1CC、MAPK14、NOX1、RAF1、MAP2K2、MAP2K1、JUN、CCL2、PRKCAから選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、IL−2シグナル伝達と関連しており、該DNAは、ELK1、MAPK1、PTPN11、AKT2、PIK3CA、SYK、FOS、STAT5B、PIK3CB、PIK3C3、MAPK8、MAPK3、KRAS、SOCS1、STAT5A、PIK3C2A、LCK、RAF1、MAP2K2、JAK1、AKT1、PIK3R1、MAP2K1、JUN、AKT3から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、シナプス長期抑制と関連しており、該DNAは、PRKCE、IGF1、PRKCZ、PRDX6、LYN、MAPK1、GNAS、PRKCI、GNAQ、PPP2R1A、IGF1R、PRKD1、MAPK3、KRAS、GRN、PRKCD、NOS3、NOS2A、PPP2CA、YWHAZ、RAF1、MAP2K2、PPP2R5C、MAP2K1、PRKCAから選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、エストロゲン受容体シグナル伝達と関連しており、該DNAは、TAF4B、EP300、CARM1、PCAF、MAPK1、NCOR2、SMARCA4、MAPK3、NRIP1、KRAS、SRC、NR3C1、HDAC3、PPARGC1A、RBM9、NCOA3、RAF1、CREBBP、MAP2K2、NCOA2、MAP2K1、PRKDC、ESR1、ESR2から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、タンパク質ユビキチン化経路と関連しており、該DNAは、TRAF6、SMURF1、BIRC4、BRCA1、UCHL1、NEDD4、CBL、UBE2I、BTRC、HSPA5、USP7、USP10、FBXW7、USP9X、STUB1、USP22、B2M、BIRC2、PARK2、USP8、USP1、VHL、HSP90AA1、BIRC3から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、IL−10シグナル伝達と関連しており、該DNAは、TRAF6、CCR1、ELK1、IKBKB、SP1、FOS、NFKB2、MAP3K14、MAPK8、MAPK13、RELA、MAPK14、TNF、IKBKG、RELB、MAP3K7、JAK1、CHUK、STAT3、NFKB1、JUN、IL1R1、IL6から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、VDR/RXR活性化と関連しており、該DNAは、PRKCE、EP300、PRKCZ、RXRA、GADD45A、HES1、NCOR2、SP1、PRKC1、CDKN1B、PRKD1、PRKCD、RUNX2、KLF4、YY1、NCOA3、CDKN1A、NCOA2、SPP1、LRP5、CEBPB、FOXO1、PRKCAから選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、TGF−ベータシグナル伝達と関連しており、該DNAは、EP300、SMAD2、SMURF1、MAPK1、SMAD3、SMAD1、FOS、MAPK8、MAPK3、KRAS、MAPK9、RUNX2、SERPINE1、RAF1、MAP3K7、CREBBP、MAP2K2、MAP2K1、TGFBR1、SMAD4、JUN、SMAD5から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、Toll様受容体シグナル伝達と関連しており、該DNAは、IRAK1、EIF2AK2、MYD88、TRAF6、PPARA、ELK1、IKBKB、FOS、NFKB2、MAP3K14、MAPK8、MAPK13、RELA、TLR4、MAPK14、IKBKG、RELB、MAP3K7、CHUK、NFKB1、TLR2、JUNから選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、p38MAPKシグナル伝達と関連しており、該DNAは、HSPB1、IRAK1、TRAF6、MAPKAPK2、ELK1、FADD、FAS、CREB1、DDIT3、RPS6KA4、DAXX、MAPK13、TRAF2、MAPK14、TNF、MAP3K7、TGFBR1、MYC、ATF4、IL1R1、SRF、STAT1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、ニューロトロフィン/TRKシグナル伝達と関連しており、該DNAは、NTRK2、MAPK1、PTPN11、PIK3CA、CREB1、FOS、PIK3CB、PIK3C3、MAPK8、MAPK3、KRAS、PIK3C2A、RAF1、MAP2K2、AKT1、PIK3R1、PDPK1、MAP2K1、CDC42、JUN、及びATF4から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、FXR/RXR活性化と関連しており、該DNAは、INS、PPARA、FASN、RXRA、AKT2、SDC1、MAPK8、APOB、MAPK10、PPARG、MTTP、MAPK9、PPARGC1A、TNF、CREBBP、AKT1、SREBF1、FGFR4、AKT3、及びFOXO1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、シナプス長期増強と関連しており、該DNAは、PRKCE、RAP1A、EP300、PRKCZ、MAPK1、CREB1、PRKCI、GNAQ、CAMK2A、PRKD1、MAPK3、KRAS、PRKCD、PPP1CC、RAF1、CREBBP、MAP2K2、MAP2K1、ATF4、及びPRKCAから選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、カルシウムシグナル伝達と関連しており、該DNAは、RAP1A、EP300、HDAC4、MAPK1、HDAC5、CREB1、CAMK2A、MYH9、MAPK3、HDAC2、HDAC7A、HDAC11、HDAC9、HDAC3、CREBBP、CALR、CAMKK2、ATF4、及びHDAC6から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、EGFシグナル伝達と関連しており、該DNAは、ELK1、MAPK1、EGFR、PIK3CA、FOS、PIK3CB、PIK3C3、MAPK8、MAPK3、PIK3C2A、RAF1、JAK1、PIK3R1、STAT3、MAP2K1、JUN、PRKCA、SRF、及びSTAT1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、心臓血管系における低酸素シグナル伝達と関連しており、該DNAは、EDN1、PTEN、EP300、NQO1、UBE2I、CREB1、ARNT、HIF1A、SLC2A4、NOS3、TP53、LDHA、AKT1、ATM、VEGFA、JUN、ATF4、VHL、及びHSP90AA1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、RXR機能のLPS/IL−1媒介阻害と関連しており、該DNAは、IRAK1、MYD88、TRAF6、PPARA、RXRA、ABCA1、MAPK8、ALDH1A1、GSTP1、MAPK9、ABCB1、TRAF2、TLR4、TNF、MAP3K7、NR1H2、SREBF1、JUN、及びIL1R1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、LXR/RXR活性化と関連しており、該DNAは、FASN、RXRA、NCOR2、ABCA1、NFKB2、IRF3、RELA、NOS2A、TLR4、TNF、RELB、LDLR、NR1H2、NFKB1、SREBF1、IL1R1、CCL2、IL6、及びMMP9から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、アミロイドプロセシングと関連しており、該DNAは、PRKCE、CSNK1E、MAPK1、CAPNS1、AKT2、CAPN2、CAPN1、MAPK3、MAPK13、MAPT、MAPK14、AKT1、PSEN1、CSNK1A1、GSK3B、AKT3、及びAPPから選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、IL−4シグナル伝達と関連しており、該DNAは、AKT2、PIK3CA、PIK3CB、PIK3C3、IRS1、KRAS、SOCS1、PTPN6、NR3C1、PIK3C2A、JAK1、AKT1、JAK2、PIK3R1、FRAP1、AKT3、及びRPS6KB1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、細胞周期:G2/M DNA損傷チェックポイント調節と関連しており、該DNAは、EP300、PCAF、BRCA1、GADD45A、PLK1、BTRC、CHEK1、ATR、CHEK2、YWHAZ、TP53、CDKN1A、PRKDC、ATM、SFN、及びCDKN2Aから選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、心血管系における一酸化窒素シグナル伝達と関連しており、該DNAは、KDR、FLT1、PGF、AKT2、PIK3CA、PIK3CB、PIK3C3、CAV1、PRKCD、NOS3、PIK3C2A、AKT1、PIK3R1、VEGFA、AKT3、及びHSP90AA1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、プリン代謝と関連しており、該DNAは、NME2、SMARCA4、MYH9、RRM2、ADAR、EIF2AK4、PKM2、ENTPD1、RAD51、RRM2B、TJP2、RAD51C、NT5E、POLD1、及びNME1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、cAMP媒介シグナル伝達と関連しており、該DNAは、RAP1A、MAPK1、GNAS、CREB1、CAMK2A、MAPK3、SRC、RAF1、MAP2K2、STAT3、MAP2K1、BRAF、及びATF4から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、ミトコンドリア機能障害と関連しており、該DNAは、SOD2、MAPK8、CASP8、MAPK10、MAPK9、CASP9、PARK7、PSEN1、PARK2、APP、及びCASP3から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、Notchシグナル伝達と関連しており、該DNAは、HES1、JAG1、NUMB、NOTCH4、ADAM17、NOTCH2、PSEN1、NOTCH3、NOTCH1、及びDLL4から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、小胞体ストレス経路と関連しており、該DNAは、HSPA5、MAPK8、XBP1、TRAF2、ATF6、CASP9、ATF4、EIF2AK3、及びCASP3から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、ピリミジン代謝と関連しており、該DNAは、NME2、AICDA、RRM2、EIF2AK4、ENTPD1、RRM2B、NT5E、POLD1、及びNME1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、パーキンソンシグナル伝達と関連しており、該DNAは、UCHL1、MAPK8、MAPK13、MAPK14、CASP9、PARK7、PARK2、及びCASP3から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、心臓及びベータアドレナリンシグナル伝達と関連しており、該DNAは、GNAS、GNAQ、PPP2R1A、GNB2L1、PPP2CA、PPP1CC、及びPPP2R5Cから選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、解糖/糖新生と関連しており、該DNAは、HK2、GCK、GPI、ALDH1A1、PKM2、LDHA、及びHK1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、インターフェロンシグナル伝達と関連しており、該DNAは、IRF1、SOCS1、JAK1、JAK2、IFITM1、STAT1、及びIFIT3から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、ソニックヘッジホッグシグナル伝達と関連しており、該DNAは、ARRB2、SMO、GLI2、DYRK1A、GLI1、GSK3B、及びDYRKIBから選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、グリセロリン脂質代謝と関連しており、該DNAは、PLD1、GRN、GPAM、YWHAZ、SPHK1、及びSPHK2から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、リン脂質分解と関連しており、該DNAは、PRDX6、PLD1、GRN、YWHAZ、SPHK1、及びSPHK2から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、トリプトファン代謝と関連しており、該DNAは、SIAH2、PRMT5、NEDD4、ALDH1A1、CYP1B1、及びSIAH1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、リジン分解と関連しており、該DNAは、SUV39H1、EHMT2、NSD1、SETD7、及びPPP2R5Cから選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、ヌクレオチド切出修復経路と関連しており、該DNAは、ERCC5、ERCC4、XPA、XPC、及びERCC1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、デンプン及びスクロース代謝と関連しており、該DNAは、UCHL1、HK2、GCK、GPI、及びHK1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、アミノ糖代謝と関連しており、該DNAは、NQO1、HK2、GCK、及びHK1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、アラキドン酸代謝と関連しており、該DNAは、PRDX6、GRN、YWHAZ、及びCYP1B1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、概日リズムシグナル伝達と関連しており、該DNAは、CSNK1E、CREB1、ATF4、及びNR1D1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、凝固系と関連しており、該DNAは、BDKRB1、F2R、SERPINE1、及びF3から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、ドーパミン受容体シグナル伝達と関連しており、該DNAは、PPP2R1A、PPP2CA、PPP1CC、及びPPP2R5Cから選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、グルタチオン代謝と関連しており、該DNAは、IDH2、GSTP1、ANPEP、及びIDH1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、グリセロ脂質代謝と関連しており、該DNAは、ALDH1A1、GPAM、SPHK1、及びSPHK2から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、リノール酸代謝と関連しており、該DNAは、PRDX6、GRN、YWHAZ、及びCYP1B1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、メチオニン代謝と関連しており、該DNAは、DNMT1、DNMT3B、AHCY、及びDNMT3Aから選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、ピルビン酸代謝と関連しており、該DNAは、GLO1、ALDH1A1、PKM2、及びLDHAから選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、アルギニン及びプロリン代謝と関連しており、該DNAは、ALDH1A1、NOS3、及びNOS2Aから選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、エイコサノイドシグナル伝達と関連しており、該DNAは、PRDX6、GRN、及びYWHAZから選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、フルクトース及びマンノース代謝と関連しており、該DNAは、HK2、GCK、及びHK1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、ガラクトース代謝と関連しており、該DNAは、HK2、GCK、及びHK1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、スチルベン、クマリン、及びリグニンの生合成と関連しており、該DNAは、PRDX6、PRDX1、及びTYRから選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、抗原提示経路と関連しており、該DNAは、CALR、及びB2Mから選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、ステロイドの生合成と関連しており、該DNAは、NQO1、及びDHCR7から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、ブタン酸代謝と関連しており、該DNAは、ALDH1A1、及びNLGN1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、クエン酸回路と関連しており、該DNAは、IDH2、及びIDH1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、脂肪酸代謝と関連しており、該DNAは、ALDH1A1、及びCYP1B1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、グリセロリン脂質代謝と関連しており、該DNAは、PRDX6、及びCHKAから選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、ヒスチジン代謝と関連しており、該DNAは、PRMT5、及びALDH1A1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、イノシトール代謝と関連しており、該DNAは、ERO1L、及びAPEX1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、シトクロムP450による生体異物の代謝と関連しており、該DNAは、GSTP1、及びCYP1B1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、メタン代謝と関連しており、該DNAは、PRDX6、及びPRDX1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、フェニルアラニン代謝と関連しており、該DNAは、PRDX6、及びPRDX1から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、プロパン酸代謝と関連しており、該DNAは、ALDH1A1、及びLDHAから選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、セレノアミノ酸代謝と関連しており、該DNAは、PRMT5、及びAHCYから選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、スフィンゴ脂質代謝と関連しており、該DNAは、SPHK1、及びSPHK2から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、アミノホスホン酸代謝と関連しており、該DNAは、PRMT5から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、アンドロゲン及びエストロゲン代謝と関連しており、該DNAは、PRMT5である。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、アスコルビン酸及びアルダル酸代謝と関連しており、該DNAは、ALDH1A1である。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、胆汁酸生合成と関連しており、該DNAは、ALDH1A1である。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、システイン代謝と関連しており、該DNAは、LDHAである。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、脂肪酸生合成と関連しており、該DNAは、FASNである。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、グルタミン酸受容体シグナル伝達と関連しており、該DNAは、GNB2L1である。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、NRF2媒介酸化ストレス応答と関連しており、該DNAは、PRDX1である。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、ペントースリン酸経路と関連しており、該DNAは、GPIである。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、ペントースとグルクロン酸の相互変換と関連しており、該DNAは、UCHL1である。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、レチノール代謝と関連しており、該DNAは、AFDH1A1である。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、リボフラビン代謝と関連しており、該DNAは、TYRである。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、チロシン代謝と関連しており、該DNAは、PRMT5、及びTYRから選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、ユビキノン生合成と関連しており、該DNAは、PRMT5である。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、バリン、ロイシン、及びイソロイシンの分解と関連しており、該DNAは、ALDH1A1である。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、リジン分解と関連しており、該DNAは、ALDH1A1である。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、グリシン、セリン、及びスレオニンの代謝と関連しており、該DNAは、CHKAである。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、痛みまたは味覚と関連しており、該DNAは、TRPM5、TRPA1、TRPM7、TRPC5、TRPC6、TRPC1、Cnrl、cnr2、Grk2、Trpa1、Pomc、Cgrp、Crf、Pka、Era、Nr2b、TRPM5、Prkaca、Prkacb、Prkar1a、及びPrkar2aから選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、ミトコンドリア機能と関連しており、該DNAは、AIF、CytC、SMAC(Diablo)、Aifm−1、及びAifm−2から選択される。
いくつかの実施形態では、該標的DNAは、発達神経学と関連しており、該DNAは、BMP−4、Chordin(Chrd)、Noggin(Nog)、WNT(Wnt2、Wnt2b、Wnt3a、Wnt4、Wnt5a、Wnt6、Wnt7b、Wnt8b、Wnt9a、Wnt9b、Wnt10a、Wnt10b、Wnt16)、ベータカテニン、Dkk−1、Frizzled関連タンパク質、Otx−2、Gbx2、FGF−8、リーリン、Dabl、unc−86(Pou4f1またはBrn3a)、Numb、Relnから選択される。
本発明の別の態様は、一本鎖RNA(ssRNA)の部位特異的エンドヌクレアーゼ的開裂のための方法であって、本明細書に記載の化合物、RNP、または組成物を、プロトスペーサー隣接モチーフ(PAM)提示オリゴヌクレオチド(PAMmer)の存在下投与することを含む方法を提供する。本発明での使用に適した適切なPAMmerとしては、O’Connell,M.R.et al.Nature,2014, 516(7530):263−6に記載のものが挙げられるがこれらに限定されない。
本発明の別の態様は、一本鎖RNA(ssRNA)の部位特異的エンドヌクレアーゼ的開裂のための方法であって、本明細書に記載の通り、CRISPR/CasタイプIII−B Cmr複合体を含む化合物もしくはRNP、またはその組成物を投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、該タイプIII−B Cmr複合体は、Pyrococcus furiosus、Sulfolobus solfataricus、またはThermus thermophilus由来でよい。いくつかの実施形態では、本発明での使用に適した該Cmrタンパク質は、Hale,C.R.et al.Genes&Development,2014, 28:2432−2443,及びMakarova K.S.et al.Nature Reviews Microbiology,2015, 13, 1−15に記載のものが挙げられるがこれらに限定されない。
本発明の実施形態を、以下の実施例により説明する。しかしながら、本発明の実施形態は、それらの他の変形が当業者に知られ、または本開示に照らして明らかにされるように、これら実施例の具体的詳細に限定されないことを理解されたい。
別段の指定のない限り、出発物質は、概してAldrich Chemicals Co.(ウィスコンシン州ミルウォーキー)、Lancaster Synthesis,Inc.(ニューハンプシャー州ウィンダム)、Acros Organics(ニュージャージー州フェアローン)、Maybridge Chemical Company,Ltd.(コーンウォール、イングランド)、Tyger Scientific(ニュージャージー州プリンストン)、AstraZeneca Pharmaceuticals(ロンドン、イングランド)、及びAccela ChemBio(カリフォルニア州サンディエゴ)等の商業的供給源から入手可能である。
一般的実験手順
NMRスペクトルは、プロトンについて、Varian Unity(商標)400(Varian Inc.、カリフォルニア州パロアルトから入手可能)で室温にて400MHzで記録した。化学シフトは、内部標準としての残留溶媒に対する百万分率(デルタ)で表される。ピーク形状は、次のように示す:s、一重項;d、二重項;dd、二重項の二重項;t、三重項;q、四重項;m、多重項;bsまたはbr.s.、ブロード一重項;2s、2つの一重項;br.d.、ブロード二重項。いくつかの場合では、代表的な1H NMRピークのみ示す。カラムクロマトグラフィーは、ガラスカラムもしくはFlash 40 Biotage(商標)カラム(ISC,Inc.、コネチカット州シェルトン)内で、Baker(商標)シリカゲル(40ミクロン、J.T.Baker、ニュージャージー州フィリップスバーグ)またはシリカゲル50(EM Sciences(商標)、ニュージャージー州ギブスタウン)のいずれかで行った。MPLC(中圧液体クロマトグラフィー)は、Teledyne(商標)Isco(商標)からのBiotage(商標)SP精製システムまたはCombiflash(登録商標)Companion(登録商標)を用いて行った。低窒素圧下、Biotage(商標)SNAPカートリッジKPsilまたはRedisep Rfシリカ(Teledyne(商標)Isco(商標)から)を用いた。特に指定のある場合を除き、すべての反応は、無水溶媒を用い、窒素ガスの不活性雰囲気下で行った。同様に、特に指定のある場合を除き、すべての反応は室温(約23℃)で行った。TLC(薄層クロマトグラフィー)を行う場合、Rfは、化合物の移動距離を溶離液の移動距離で除した比として定義される。Rt(保持時間)。H−Cube(登録商標)連続フロー式水素化反応器:連続フローの微量化学と内生的なオンデマンド水素生成及び使い捨て触媒カートリッジシステムとを組み合わせた卓上独立型水素化反応器。
LC/MS TOF(ESI):すべてのデータは、エレクトロスプレーイオン化源とともに動作するMSD TOF(AgilentモデルG1969A)質量分析検出器を備えたAgilent 1100LCに集めた。このLC機器は、試料提出に外部施行(external try)を用いるオートサンプラー(AgilentモデルG1313A)に取り付けた400barの圧力上限を有するバイナリポンプ(AgilentモデルG1312A)を含む。このカラム区画(AgilentモデルG1316A)はダイオードアレイ(AgilentモデルG1315A)に取り付ける。機器の取得及びデータの取扱いは、Agilent MassHunter TOF/Q−TOF B.02(B11285)パッチ1.2.3を用いて行った。溶出条件:カラム:カラムは使用しなかった。フロー注入:注入量:1.0マイクロL、流速:0.5mL/分。実行時間:1.0分、溶媒:メタノール(0.1%ギ酸及び0.05%ギ酸アンモニウム)。TOF条件:イオン化源:ポジティブモードのエレクトロスプレーイオン化源、ガス温度:325℃、乾燥ガス:6L/分、ネブライザー:50psg、VCap:3500V、質量範囲110〜100m/z、取得速度:0.99スペクトル/秒:取得時間、1012.8ミリ秒/スペクトル。すべての溶媒は、Sigma Aldrich(ミズーリ州セントルイス)からのHPLC Chromasolvグレードのものであった。化学物質及び緩衝剤の大部分はSigma Aldrichから購入し、すべて純度97%以上であった。
方法C 1.5分間実行LRMS(低分解能質量分析):Waters Acquity HSS T3、2.1mm×50mm、C18、1.7μm、移動相:A:0.1%ギ酸水溶液(v/v)、移動相B:0.1%ギ酸アセトニトリル溶液(v/v)、流量−1.25ml/分、初期条件:A−95%:B−5%、0.0〜0.1分は初期に保持する、0.1〜1.0分にかけてA−5%:B−95%まで直線傾斜をかける、1.0〜1.1分はA−5%:B−95%で保持する、1.1〜1.5分は初期条件に戻す。
方法C 3.0分間実行LRMS(低分解能質量分析):Waters Acqity
HSS T3、2.1mm×50mm、C18、1.7μm、移動相:A:0.1%ギ酸水溶液(v/v)、移動相B:0.1%ギ酸アセトニトリル溶液(v/v)、流量−1.25ml/分、初期条件:A−95%:B−5%、0.0〜0.1分は初期に保持する、0.1〜2.6分にかけてA−5%:B−95%まで直線傾斜をかける、2.6〜2.95分はA−5%:B−95%で保持する、2.95〜3.0分は初期条件に戻す。
手順
((2R,3S,4R,5R,6R)−5−アジド−6−メトキシ−3,4−ビス((トリメチルシリル)オキシ)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)メタノール(I−b)
(2R,3R,4R,5R,6R)−5−アジド−2−(ヒドロキシメチル)−6−メトキシテトラヒドロ−2H−ピラン−3,4−ジオール(I−a)(5g、23mmol)を無水ピリジン(100mL)に溶解し、トリメチルシリルクロリド(17.5mL、139mmol)を添加した。この反応混合物を室温で12時間撹拌し、その後ピリジンを蒸発させた。残渣を酢酸エチル/水に溶解した。水相を酢酸エチルで1回抽出し、合わせた有機層を水、飽和塩化ナトリウム水溶液で洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥し、濾過し、濃縮して、9.9g(収率98%)の対応するパーシリル化化合物を黄色油として得た。この物質をさらに精製することなく次のステップに使用した。上記パーシリル化化合物(9.71g、22.3mmol)の0℃に冷却した無水メタノール(45mL)溶液に、炭酸カリウムのメタノール溶液(0.032M)9.06mLを添加した。この反応混合物を0℃で1時間撹拌し、その後17マイクロLの酢酸を添加して中和した。溶媒を蒸発させ、残渣を酢酸エチルに溶解した。水を添加し、水相を酢酸エチルで2回抽出した。合わせた有機層をブラインで洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥し、濾過し、濃縮した。この粗物質をフラッシュクロマトグラフィー(30%酢酸エチル/ヘキサン)によりシリカゲルを通して精製し、6.77g(84%)の(I−b)を油として得た。[α]D 7 (c 1, クロロホルム); 1H NMR (400 MHz, クロロホルム−d)デルタ ppm 0.14 (s, 9H), 0.20 (s, 9H), 1.80 (br. s., 1H), 3.36 − 3.42 (m, 1H), 3.45 (dd, J= 7.3, 4.6 Hz, 1H), 3.54 (dd, J=10.0, 8.0 Hz, 1H), 3.59 (s, 3H), 3.65 (dd, J=11.3, 4.7 Hz, 1H), 3.77 (d, J= 2.7 Hz, 1H), 3.87(dd, J=11.2, 7.3 Hz, 1H), 4.14 (d, J= 8.0 Hz, 1H); 13C NMR (100 MHz, クロロホルム−d)デルタ ppm 0.27 (3C), 0.6 (3C), 57.3, 62.6, 64.0, 71.1, 73.7, 75.2, 103.4; HRMS (ESI) C132935Si2 (m/z) [M + Na]+に対する計算値386.1538,実測値386.1539.
(3R,4R,5R,6R)−5−アジド−2,2−ビス(ヒドロキシメチル)−6−メトキシテトラヒドロ−2H−ピラン−3,4−ジオール(I−c)
(I−b)(7.73g、21.3mmol)をジクロロメタン(70mL)に溶解した。ジメチルスルホキシド(10.6mL、150mmol)及びトリエチルアミン(9mL、60mmol)を添加し、この反応混合物を0℃に冷却した。三酸化イオウピリジン錯体(10.2g、64mmol)を添加し、この混合物を0℃で1時間撹拌し、その後30分間かけて室温まで加温した。この反応物を飽和塩化ナトリウム溶液でクエンチし、ジクロロメタンで希釈した。水相をジクロロメタンで3回抽出し、合わせた有機層を飽和塩化ナトリウム水溶液で洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥し、濾過し、濃縮して、対応するアルデヒドを得た。このアルデヒドを無水エタノール(106mL)に溶解し、パラホルムアルデヒド粉末(40.3g、425mmol)、続いてナトリウムエトキシドの21重量%エタノール溶液(16mL、42.5mmol)を添加した。この反応混合物を室温で12時間撹拌し、その後エタノールを蒸発させた。この粗混合物にメタノールを添加し、この固体を濾過し、メタノールで十分にすすいだ。所望の生成物を含むこの濾液にシリカゲルを添加し、メタノールを蒸発させた。得られた乾燥ロードを高真空下で乾燥し、カラムにロードした。この粗物質をフラッシュクロマトグラフィー(10%メタノール/ジクロロメタン)によりシリカゲルを通して精製し、3.03gの(I−c)を無色油として得た(2ステップを通して57%)。[α]D −20 (c 1.25,メタノール); 1H NMR (400 MHz,メタノール−d4) デルタ ppm 3.46 (dd, J=10.2, 8.1 Hz, 1H), 3.51 (s, 3H), 3.64 − 3.80 (m, 5H), 3.80 − 3.83 (m, 1H), 4.54 (d, J= 8.0 Hz, 1 H); 13C NMR (100 MHz,メタノール−d4) デルタ ppm 57.2, 61.2, 63.6, 65.9, 69.9, 71.2, 80.9, 101.2; HRMS (ESI) C81536 (m/z) [M + Na]+に対する計算値272.0853,実測値272.0856.
N−((3aR,4S,7S,8R,8aR)−4−(ヒドロキシメチル)−2,2−ジメチルヘキサヒドロ−4,7−エポキシ[1,3]ジオキソロ[4,5−d]オキセピン−8−イル)アセトアミド(I−e−1)
化合物(3)(230mg、0.986mmol)の6.6mLのジメチルホルムアミド溶液に、2,2−ジメトキシプロパン(0.8mL、6mmol)、続いて(+/−)−カンファー−10−スルホン酸(101mg、0.435mmol)を添加した。この反応混合物を70℃で24時間撹拌し、室温まで冷却し、その後メタノールを添加した(1.2mL)。この反応混合物を室温で30分間撹拌し,その後トリエチルアミン(56マイクロL)で中和した。溶媒を蒸発させ、残渣をトルエンとともに3回共蒸発させた。この粗物質をフラッシュクロマトグラフィー(15/1酢酸エチル/メタノール)により、シリカゲルを通して精製し、化合物(I−e−1)を白色固体として得た(246mg、収率91%)。m.p.: 164.7−166.0 ℃; [α]D 147 (c 1,メタノール); 1H NMR (400 MHz,メタノール−d4) デルタ ppm 1.34 (s, 3H), 1.48 (s, 3H), 1.98 (s, 3H), 3.77 (d, J=7.8 Hz, 1H), 3.83 (d,J=7.8Hz, 1H), 3.86 (d, .J=11.6 Hz, 1H), 3.90 (d, .J=11.3 Hz, 1H), 3.91 − 3.94 (m, 1H), 4.14 − 4.19 (m, 1H), 4.29 (d, J= 6.0 Hz, 1H), 5.23 (d, J= 2.0 Hz, 1H); 13C NMR (100 MHz,メタノール−d4) デルタ ppm 22.7, 26.9, 28.5, 56.8, 61.9, 70.2, 76.1, 76.6, 83.0, 102.6, 112.5, 173.6; HRMS (ESI) C1219NO6 (m/z) [M + H]+に対する計算値274.1285,実測値274.1274.
(1S,2R,3R,4R,5S)−4−アジド−1−(ヒドロキシメチル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−2,3−ジオール(1)
テトラオール(I−c)(3g、12mmol)を水(40mL)に溶解し、濃硫酸(6.7mL)を添加した。この反応混合物を100℃で40時間撹拌し、室温に冷却し、その後濃水酸化アンモニウムの添加により中和した。水を蒸発させ、メタノールを得られた混合物に添加した。固体を濾過し、メタノールで十分にすすいだ。所望の生成物を含む濾液にシリカゲルを添加し、メタノールを蒸発させた。得られた乾燥ロードを高真空下で乾燥し、カラムにロードした。この粗物質をフラッシュクロマトグラフィー(10%メタノール/ジクロロメタン)によりシリカゲルを通して精製し、2.2g(84%)の(1)を無色油として得た。[α]D 160 (c 1.1, メタノール); 1H NMR (400 MHz, メタノール−d4) デルタ ppm 3.35 (dd, J=9.2, 1.6 Hz, 1H), 3.70 (d, J=8.2 Hz, 1H), 3.76 (d, J=8.0 Hz, 1H), 3.80 (d, .J=11.3 Hz, 1H), 3.83 − 3.89 (m, 2H), 3.90 (d, J=11.5 Hz, 1H), 5.32 (d, J=1.4 Hz, 1H); 13C NMR (100 MHz,メタノール−d4) デルタ ppm 61.9, 66.1, 69.5, 69.6, 71.0, 85.3, 102.7; HRMS (ESI) C71135 (m/z) [M + Na]+に対する計算値240.0591,実測値240.0596.
(1R,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−1−(アセトキシメチル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−2,3−ジイルジアセテート(2)
丸底フラスコ内で、化合物(1)(1.93g、8.9mmol)をエタノール(45mL)に溶解し、この系を窒素でフラッシュした。リンドラー触媒(1.89g、0.9mmol)を添加し、この系を窒素、その後水素でフラッシュした。この反応混合物を水素雰囲気下(バルーンを使用)室温で24時間撹拌した。パラジウムをナイロン膜を用いて濾過し、メタノール、その後水で十分にすすいだ。溶媒を蒸発させ、残渣を水に溶解し、凍結乾燥した。その後、得られた粗物質をピリジン(40mL)に溶解し、無水酢酸を添加した(9mL、100mmol)。この反応混合物を室温で48時間撹拌し、ピリジンを蒸発させた。残渣を酢酸エチルに溶解し、飽和重炭酸ナトリウム溶液で洗浄した。水相を酢酸エチルで2回抽出し、その後合わせた有機層を飽和塩化ナトリウム水溶液で洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥し、濾過し、蒸発させた。この粗物質をフラッシュクロマトグラフィー(3%メタノール/ジクロロメタン)により、シリカゲルを通して精製し、(2)(3.19g、定量的)を得た。[α]D 75 (c 1, クロロホルム); 1H NMR (400 MHz, メタノール−d4) デルタ ppm 1.95 (s, 3H), 1.95 (s, 3H), 2.04 (s, 3H), 2.15 (s, 3H), 3.75 (d, J= 8.6 Hz, 1H), 4.06 (d, J= 8.6 Hz, 1H), 4.13 (d, J=11.6 Hz, 1H), 4.20 (d, J=10.6 Hz, 1H), 4.46 (d, J=11.3 Hz, 1H), 5.13 (dd, J=10.4, 4.4 Hz, 1H), 5.35 (d, J=1.0 Hz, 1H), 5.38 (d, J=4.3 Hz, 1H); 13C NMR (100 MHz,メタノール−d4) デルタ ppm 20.6, 20.7 (2C), 22.6, 53.3, 63.0, 68.9, 69.1, 70.3, 82.6, 103.0, 171.8, 171.9, 172.1, 173.8; HRMS (ESI) C1521NO9 (m/z) [M + H]+に対する計算値360.1289,実測値360.1290.
N−((1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ジヒドロキシ−1−(ヒドロキシメチル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−4−イル)アセトアミド(3)
化合物(2)(3.19g、8.88mmol)をテトラヒドロフラン(50mL)に溶解し、0.5Mのナトリウムメトキシドのメタノール溶液(100mL、50mmol)を添加した。この反応混合物を室温で12時間撹拌し、その後H+ Amberlyte(商標)IR−120樹脂の添加により中和した。この樹脂を濾過し、溶媒を蒸発させ、1.71gの(3)を白色固体として得た(83%)。m.p.: 175.7−176.1 ℃;[α]D 164 (c 1, メタノール); 1H NMR (400 MHz, メタノール−d4) デルタ ppm 1.99 (s, 3H), 3.68 (d, J=8.1 Hz, 1H), 3.70− 3.73 (m, 1H), 3.75 (d, J=7.8Hz, 1H), 3.81 (d, J=11.3 Hz, 1H), 3.87 (d, J=4.3 Hz, 1H), 3.92 (d, J=11.3 Hz, 1H), 3.95 (dd, J= 9.9, 1.1 Hz, 1H), 5.22 (d, J=1.3 Hz, 1 H); 13C NMR (100 MHz,メタノール−d4) デルタ ppm 22.7, 56.4, 62.1, 69.2, 69.3, 70.6, 85.1, 102.8, 174.1; HRMS (ESI) C915NO6 (m/z) [M + H]+に対する計算値234.0972,実測値234.0974.
ベンジル(4−((2−((1−(1−((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル)−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ)エチル)アミノ)−4−オキソブチル)カルバメート(4)、ベンジル(4−((1,3−ビス((1−(1−((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル)−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ)プロパン−2−イル)アミノ)−4−オキソブチル)カルバメート(5)、ベンジル(4−((1,3−ビス((1−(1−((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル)−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ)−2−(((1−(1−((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル)−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ)メチル)プロパン−2−イル)アミノ)−4−オキソブチル)カルバメート(6)
マイクロ波バイアル内で、化合物(I−e−1)(50mg、0.18mmol)を1mLのジクロロメタンに溶解した。12.5Mの水酸化ナトリウム水溶液(0.5mL)、続いて15−クラウン−5−エーテル(5マイクロL、0.02mmol)及び1−アジド−2−(2−(2−(2−ヨードエトキシ)エトキシ)エトキシ)エタン(J.Am.Chem.Soc.132, 1523(2010)に記載)(301mg、0.915mmol)を添加した。この反応混合物を55℃で24時間激しく撹拌した。有機相を取り、硫酸マグネシウムで乾燥し、濾過し、濃縮した。この粗物質をフラッシュクロマトグラフィー(5%メタノール/酢酸エチル)により、シリカゲルを通して精製し、化合物(I−e−2)を油として得た(52mg、収率60%)。[α]D 74 (c 1, クロロホルム); 1H NMR (400 MHz, メタノール−d4) デルタ ppm 1.34 (s, 3H), 1.49 (s, 3H),1.98 (s, 3H), 3.37 (t, J=4.9 Hz, 2H), 3.62 − 3.71 (m, 14H), 3.75 − 3.80 (m, 2H), 3.86 (d, J=8.1 Hz, 1H) 3.90− 3.97 (m, 2H), 4.12−4.19 (m, 1H), 4.31 (d, J=5.8Hz, 1H), 5.23 (d, J=2.0Hz, 1H); 13C NMR (100 MHz,メタノール−d4) デルタ ppm 22.7, 26.9, 28.5, 51.9, 56.7, 70.9, 71.1, 71.3, 71.6, 71.7, 71.8, 71.81, 71.82, 72.7, 76.1, 76.5, 82.1, 102.4, 112.4, 173.6; HRMS (ESI) C203449 (m/z) [M + H]+に対する計算値475.2399,実測値475.2386.
中間体(I−f−1)は既知であり、WO06120545に記載されている。
中間体(I−f−2)は次のように合成することができる:Boc−セリノール(1000mg、5.1mmol)のテトラヒドロフラン(21mL)溶液に、室温で、ヨウ化テトラブチルアンモニウム(287mg、0.76mmol)、ヨウ化ナトリウム(153mg、1.02mmol)、及び臭化プロパルギル(1.8mL、16mmol、80%トルエン溶液)を添加した。水酸化カリウム(569mg、10.1mmol)を30分間かけて少量ずつ添加し、その後この混合物を室温で16時間撹拌した。この反応混合物を酢酸エチル及び水で希釈した。水相を酢酸エチルで1回抽出した。合わせた有機層を硫酸マグネシウムで乾燥し、濾過し、濃縮した。この粗物質をフラッシュクロマトグラフィー(30%酢酸エチル/ヘキサン)により、シリカゲルを通して精製し、化合物(I−f−2)を油として得た(530mg、収率39%)。1H NMR (400 MHz, クロロホルム−d/TMS) デルタ ppm 1.44 (s, 9H), 2.44 (t, J=2.4 Hz, 2H), 3.53 − 3.67 (m, 4H), 3.92 (br. s., 1H), 4.16 (d, J= 2.5 Hz, 4H), 4.90 (br. s., 1H); 13C NMR (100 MHz, クロロホルム−d/ TMS) デルタ ppm 28.4 (3C), 49.5, 58.5 (2C), 68.6 (2C), 74.6 (2C), 77.2, 79.5 (2C), 155.4; HRMS (ESI) C1421NO4 (m/z) [M + H]+に対する計算値268.1543,実測値268.1536.
中間体(I−f−3)は、既知であり、R.Roy et al.J.Org.Chem.73, 5602(2008)に記載されている。
化合物(I−f−1)、(I−f−2)、または(I−f−3)(1当量)をジクロロメタンに溶解し(0.2M)、4Mの塩化水素のジオキサン溶液(5〜10当量)を添加した。この反応混合物を室温で2〜3時間撹拌し、その後溶媒を蒸発させた。この残渣を高真空下で1時間乾燥した。得られた中間体をさらに精製することなく次のステップに使用した。上記の得られた中間体(1当量)及び4−(((ベンジルオキシ)カルボニル)アミノ)ブタン酸(1当量)を、ジオキサンとジメチルホルムアミドの混合物(0.09M、3:1)に溶解した。(ベンゾトリアゾール−1−イルオキシ)トリピロリジノホスホニウムヘキサフルオロホスフェート(1.2当量)、続いてN,N−ジイソプロピルエチルアミン(5当量)を添加した。この反応混合物を室温で16時間撹拌した。ジクロロメタン及び水を添加し、水相をジクロロメタンで2回抽出した。合わせた有機層を硫酸マグネシウムで乾燥し、濾過し、濃縮した。この粗物質を最少量のトルエンに溶解し、カラムにロードし、フラッシュクロマトグラフィーによりシリカゲルを通しして精製した。
中間体(I−g−1):精製条件:100%酢酸エチル、定量的、油。1H NMR (400 MHz, クロロホルム−d/TMS) デルタ ppm 1.80 − 1.91 (m, 2H), 2.24 (t, J=7.1 Hz, 2H), 2.46 (t, J=2.3 Hz, 1H), 3.22 − 3.31 (m, 2H), 3.43 − 3.51 (m, 2H), 3.56 − 3.64 (m, 2H), 4.16 (d, J=2.3 Hz, 2H), 5.07 (br. s., 1H), 5.10 (s, 2H), 6.09 (br. s., 1H), 7.28 − 7.42 (m, 5H); 13C NMR (100 MHz,クロロホルム−d/TMS) デルタ ppm 25.9, 33.7, 39.1, 40.5, 58.3, 66.7, 68.7, 74.8, 79.4, 128.1, 128.5 (4C), 136.6, 156.7, 172.5; HRMS (ESI) C172224 (m/z) [M + H]+に対する計算値319.1652,実測値319.1646.
中間体(I−g−2):精製条件:70%酢酸エチル/ヘキサン、65mg、油(収率76%)、油。1H NMR (400 MHz, クロロホルム−d/TMS) デルタ ppm 1.79 − 1.91 (m, 2H), 2.24 (t, J=7.1 Hz, 2H), 2.44 (t, J=2.4 Hz, 2H), 3.20 − 3.29 (m, 2H), 3.54 − 3.69 (m, 4H), 4.16 (d, J=1.5 Hz, 4H), 4.22 − 4.33 (m, 1H), 5.10 (br. s, 3H), 6.04 (d, J=7.8 Hz, 1H), 7.28 − 7.42 (m, 5H); 13C NMR (100 MHz, クロロホルム−d/TMS) デルタ ppm 25.8, 33.7, 40.4, 48.2, 58.4 (2C), 66.6, 68.3 (2C), 74.7 (2C), 79.4 (2C), 128.1, 128.5 (4C), 136.6, 156.6, 172.2; HRMS (ESI) C212625 (m/z) [M + H]+に対する計算値387.1914,実測値387.1904.
中間体(I−g−3):精製条件:70%酢酸エチル/ヘキサン、42mg、油(収率60%)。1H NMR (400 MHz, クロロホルム−d) デルタ ppm 1.76− 1.88 (m, 2H), 2.21 (t, J=7.1 Hz, 2H), 2.44 (t, J=2.3 Hz, 3H), 3.18 − 3.30 (m, 2H), 3.84 (s, 6H), 4.14 (d, J=2.3 Hz, 6H), 5.10 (s, 2H), 5.12 (br. s., 1H), 5.89 (br. s., 1H), 7.28 − 7.40 (m, 5H); 13C NMR (100 MHz, クロロホルム−d/TMS) デルタ ppm 25.7, 34.3, 40.3, 58.6 (3C), 59.2, 66.6, 68.5 (3C), 74.6 (3C), 79.5 (3C), 128.1, 128.5 (4C), 136.6, 156.6, 172.6; HRMS (ESI) C253026 (m/z) [M + H]+に対する計算値455.2177,実測値455.2167.
中間体(I−h−1):
トリス(3−ヒドロキシプロピルトリアゾリルメチル)アミン(THPTA;M.G.Finn et al.in Angewandte Chemie International Edition 48, 9879(2009)参照)(2mg、0.005mmol)及び硫酸銅(1mg、0.004mmol)を水(50マイクロL)に溶解し、その後(I−e−2)(42mg、0.089mmol)及びアルキン(I−g−1)(40mg、0.125mmol)のメタノール(0.9mL)溶液に添加した。次に、水(30マイクロL)に溶解したアスコルビン酸ナトリウム(1.8mg、0.009mmol)を添加し、この反応混合物を室温で24時間撹拌した。溶媒を蒸発させ、この粗物質をフラッシュクロマトグラフィー(5%〜10%メタノールのジクロロメタン溶液)によりシリカゲルを通して精製し、所望の化合物(I−h−1)を油として得た(54mg、収率76%)。[α]D 48.2 (c 0.54, メタノール); 1H NMR (400 MHz, メタノール−d4) デルタ ppm 1.33 (s, 3H), 1.48 (s, 3H), 1.70 − 1.83 (m, 2H), 1.98 (s, 3H), 2.21 (t, J= 7.4 Hz, 2H), 3.13 (t, J= 6.9 Hz, 2H), 3.37 (t, J=5.4 Hz, 2H), 3.51 − 3.70 (m, 14H), 3.71 − 3.95 (m, 7H), 4.15 (t, J= 6.5 Hz, 1H), 4.29 (d, J=5.8 Hz, 1H), 4.56 (t, J=5.0 Hz, 2H), 4.60 (s, 2H), 5.06 (s, 2H), 5.22 (d, J=1.8 Hz, 1H), 7.25 − 7.38 (m, 5H), 8.01 (s, 1 H); 13C NMR (100 MHz,メタノール−d4) デルタ ppm 22.7, 27.0, 27.4, 28.5, 34.4, 40.5, 41.4, 51.6, 56.7, 62.4, 64.9, 67.5, 70.0, 70.5, 70.8, 71.1, 71.5, 71.6, 71.65, 71.7, 71.73, 72.6, 73.8, 76.2, 76.5, 82.1, 102.4, 112.4, 126.1, 129.0, 129.1, 129.6, 138.6, 146.1, 159.0, 173.6, 175.7; HRMS (ESI) C3756613 (m/z) [M + H]+に対する計算値793.3978,実測値793.3959.
中間体(I−h−2)
THPTA(22mg、0.051mmol)及び硫酸銅(2.5mg、0.01mmol)を水(70マイクロL)に溶解し、その後(I−e−2)(48mg、0.1mmol)及びアルキン(I−g−2)(20mg、0.051mmol)のメタノール(1mL)溶液に添加した。次に、水(30マイクロL)に溶解したアスコルビン酸ナトリウム(4mg、0.02mmol)を添加し、この反応混合物を室温で72時間撹拌した。溶媒を蒸発させ、残渣をジクロロメタン及び飽和塩化アンモニウム水溶液に溶解した。この水相をジクロロメタンで3回抽出した。合わせた有機層を硫酸マグネシウムで乾燥し、濾過し、濃縮した。この粗物質をさらに精製することなく次のステップに使用した。
中間体(I−h−3)
THPTA(34mg、0.079mmol)及び硫酸銅(4mg、0.016mmol)を水(200マイクロL)に溶解し、その後(I−e−2)(50mg、0.1mmol)及びアルキン(I−g−3)(24mg、0.053mmol)のメタノール(1mL)溶液に添加した。次に、水(30マイクロL)に溶解したアスコルビン酸ナトリウム(6.5mg、0.032mmol)を添加し、この反応混合物を室温で72時間撹拌した。溶媒を蒸発させ、残渣をジクロロメタン及び飽和塩化アンモニウム水溶液に溶解した。水相をジクロロメタンで3回抽出した。合わせた有機層を硫酸マグネシウムで乾燥し、濾過し、濃縮した。この粗物質をさらに精製することなく次のステップに使用した。
アセトニド除去の一般的手順
化合物(I−h−1)、(I−h−2)、または(I−h−3)(0.030〜0.068mmol)を、酢酸、メタノール、及び水の混合物(それぞれ1.6〜1.8mL、0.5mL、0.5mL)に溶解し、70℃で24時間撹拌した。溶媒を蒸発させ、この残渣をトルエンとともに2回共蒸発させた。この粗物質をフラッシュクロマトグラフィーによりシリカゲルを通して精製した。
(4):
精製条件:10%メタノールのジクロロメタン溶液、43.3mg、油(収率85%)。[α]D 45 (c 1, メタノール); 1H NMR (400 MHz, メタノール−d4) デルタ ppm 1.72 − 1.83 (m, 2H), 1.99 (s, 3H), 2.22 (t, J=7.4 Hz, 2H), 3.13 (t, J= 6.8 Hz, 2H), 3.37 (t, J=5.4 Hz, 2H), 3.52 − 3.79 (m, 20H), 3.85 − 4.00 (m, 3H), 4.57 (t, J=5.0 Hz, 2H), 4.61 (s, 2H), 5.07 (s, 2H), 5.21 (s, 1H), 7.24 − 7.41 (m, 5H), 8.02 (s, 1H); 13C NMR (100 MHz, メタノール−d4) デルタ ppm 22.8, 27.4, 34.4, 40.4, 41.4, 51.6, 56.4, 64.9, 67.5, 69.0, 70.0, 70.1, 70.4, 70.5, 71.4, 71.5 (2C), 71.6, 71.65, 71.7, 72.5, 84.3, 102.6, 126.0, 129.0 (2C), 129.1, 129.6 (2C), 138.6, 145.8, 159.0, 174.0, 175.8; HRMS (ESI) C3452613 (m/z) [M + H]+に対する計算値753.3665,実測値753.3679.
(5):
精製条件:20%メタノールのジクロロメタン溶液、25mg、油(2つのステップを通して収率20%)。[α]D 56 (c 1.25, メタノール); 1H NMR (400 MHz, メタノール−d4) デルタ ppm 1.72 − 1.81 (m, 2H), 1.99 (s, 6H), 2.23 (t, J= 7.5 Hz, 2H), 3.13 (t, J= 6.9 Hz, 2H), 3.50 − 3.80 (m, 36H), 3.85 − 3.91 (m, 6H), 3.92 − 4.00 (m, 4H), 4.13 − 4.25 (m, 1H), 4.52 − 4.63 (m, 8H), 5.07 (s, 2H), 5.21 (d, J=1.3 Hz, 2H), 7.23 − 7.40 (m, 5H), 8.01 (s, 2H); 13C NMR (100 MHz, メタノール−d4) デルタ ppm 22.6 (2C), 27.2, 34.2, 41.2, 50.2, 51.4 (2C), 56.2 (2C), 65.0 (2C), 67.3, 68.8 (2C), 69.9 (2C), 70.0 (2C), 70.2 (2C), 70.3 (2C), 71.2 (2C), 71.3 (4C), 71.4 (2C), 71.5 (2C), 71.52 (2C), 72.3 (2C), 84.1 (2C), 102.4 (2C), 125.8 (2C), 128.8 (2C), 128.9, 129.4 (2C), 138.4, 145.6 (2C), 158.8, 173.8 (2C), 175.3; HRMS (ESI) C55861023 (m/z) [M + H]+に対する計算値1255.5940,実測値1255.5925.
(6):
精製条件:20%メタノールのジクロロメタン溶液、31mg、油(2つのステップを通して収率18%)。[α]D 53 (c 1, メタノール);1H NMR (400 MHz, メタノール−d4) デルタ ppm 1.65 − 1.78 (m, 2H), 1.98 (s, 9H), 2.19 (t, J=7.3 Hz, 2H), 3.11 (t, J= 6.8 Hz, 2H), 3.51 − 3.80 (m, 54H), 3.86 − 3.91 (m, 9H), 3.91 − 3.99 (m, 6H), 4.51 − 4.63 (m, 12H), 5.06 (s, 2H), 5.21 (d, J=1.3 Hz, 3H), 7.24 − 7.40 (m, 5H), 7.98 (s, 3H); HRMS (ESI) C761201433 (m/z) [M + 2H]+/2に対する計算値879.4144,実測値879.4148.
N−(2−((1−(1−((1S,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−1−イル)−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル)−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ)エチル)−4−アミノブタンアミド(7)、4−アミノ−N−{1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]プロパン−2−イル}ブタンアミド(8)、4−アミノ−N−(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)ブタンアミド(9)
丸底フラスコ内で、化合物(4)、(5)、または(6)(1当量)をメタノールに溶
解し(0.01M)、このフラスコを窒素でフラッシュした。パラジウム炭素(10%、0.7当量)を添加し、このフラスコを窒素、その後水素でフラッシュした。この反応混合物を室温で12〜24時間水素雰囲気下(水素充填バルーン使用)で攪拌した。パラジウムを0.45マイクロmのPTFEアクロディスクCrを用いて濾過し、メタノールで1回すすいだ。溶媒を蒸発させた。
(7):
25.5mg、油、収率76%;[α]D 57.6 (c 1.25, メタノール); 1H NMR (400 MHz, メタノール− d4) デルタ ppm 1.70 − 1.81 (m, 2H), 1.99 (s, 3H), 2.24 (t, J=7.4 Hz, 2H), 2.67 (t, J= 6.8 Hz, 2H), 3.36 − 3.41 (m, 2H), 3.51 − 3.80 (m, 19H), 3.84 − 4.01 (m, 4H), 4.59 (t, J= 5.2 Hz, 2H), 4.61 (s, 2H), 5.21 (s, 1H), 8.03 (s, 1H); 13C NMR (100 MHz, メタノール−d4) デルタ ppm 22.8, 29.6, 34.5, 40.4, 42.0, 51.6, 56.4, 64.9, 69.0, 70.0, 70.1, 70.5, 70.6, 71.4, 71.5 (2C), 71.6, 71.66, 71.7, 72.5, 84.3, 102.6, 126.0, 145.8, 174.1, 175.9; HRMS (ESI) C2646611 (m/z) [M + H]+に対する計算値619.3297,実測値619.3278.
(8):
この粗物質を0.5mLのメタノール/水(50:50)に溶解し、HPLCカラムに注入した。分取高速液体クロマトグラフィー(HPLC)は、Waters XBridge BEH C18 OBD分取カラム、130Å、5マイクロm、19mmX100mm(Waters、部品番号186002978)を使用し、流速17mL/分にて直線傾斜勾配で溶出して行った。溶媒勾配:40分間でアセトニトリル/水/トリフルオロ酢酸(2:98:0.1)から(22:58:0.1)。収集した画分を分析LCMSにより分析し、十分な純度を有すると判定された25.7〜27.3分の画分をプールし、蒸発させて、10.7mgの(8)を油として得た。収率49%;[α]D 56 (c 1, メタノール); 1H NMR (500 MHz, メタノール−d4) デルタ ppm 1.86 − 1.95 (m, 2H), 1.99 (s, 6H), 2.37 (t, J=7.0 Hz, 2H), 2.96 (t, J=7.4 Hz, 2H), 3.50 − 3.80 (m, 36H), 3.84 − 4.00 (m, 10H), 4.17 − 4.26 (m, 1H), 4.57 − 4.62 (m, 8H), 5.21 (s, 2H), 8.03 (s, 2 H); 13C NMR (100 MHz, メタノール−d4) デルタ ppm 22.8 (2C), 29.2, 34.5, 41.8, 50.4, 51.6 (2C), 56.4 (2C), 65.1 (2C), 69.0 (2C), 70.1 (2C), 70.3 (2C), 70.5 (2C), 70.6 (2C), 71.4 (2C), 71.5 (4C), 71.6 (2C), 7.67, (2C), 71.7 (2C), 72.5 (2C), 84.3 (2C), 102.6 (2C), 126.1 (2C), 145.8 (2C), 174.1 (2C), 175.6; HRMS (ESI) C47801021 (m/z) [M + H]+に対する計算値1121.5572,実測値1121.5558.
(9):
粗物質を0.5mLのメタノール/水(50:50)に溶解し、HPLCカラムに注入した。分取高速液体クロマトグラフィー(HPLC)は、Waters XBridge BEH C18 OBD分取カラム、130Å、5マイクロm、19mmX100mm(Waters、部品番号186002978)を使用し、流速17mL/分にて直線傾斜勾配で溶出して行った。溶媒勾配:40分間でアセトニトリル/水/トリフルオロ酢酸(2:98:0.1)から(22:58:0.1)。収集した画分を分析LCMSにより分析し、十分な純度を有すると判定された30.3〜32.0分の画分をプールし、蒸発させて、15mgの(9)を油として得た。収率63%;[α]D 59.1 (c 1.1, メタノール); 1H NMR (500 MHz, メタノール−d4) デルタ ppm 1.84 − 1.92 (m, 2H), 2.00 (s, 9H), 2.31 −2.38 (m, 2H), 2.97 (t, J=7.3 Hz, 2H), 3.54 − 3.80 (m, 54H), 3.86 − 3.93 (m, 9H), 3.93 −4.00 (m, 6H), 4.57 (s, 6H), 4.60 (t, J=4.9 Hz, 6H), 5.22 (s, 3H), 8.02 (s, 3H); HRMS (ESI) C681141431 (m/z) [M + H]+に対する計算値1623.7847,実測値1623.7803.
(10)、(11)、及び(12)、Alexa fluor(登録商標)647コンジュゲート
Alexa Fluor(登録商標)647カルボン酸スクシンイミジルエステルは、Invitrogen製であった(カタログ番号A−20106)。分子量は、約1250であるとInvitrogenにより報告された。Alexa647標識化合物の分子量は、LCMSからのAlexa Fluor 647カルボン酸スクシンイミジルエステルの955.07の[M+H]+実測値を基にして推定した。λmax650に対する吸光係数は約270000±20000であり、これはバッチごとに異なる。
HPLC精製の一般的手順:
分取高速液体クロマトグラフィー(HPLC)は、Waters XBridge BEH C18 OBD分取カラム、130Å、5マイクロm、19mmX100mm(Waters、部品番号186002978)を使用し、流速17mL/分にて直線傾斜勾配で溶出して行った。溶媒勾配:40分間でアセトニトリル/水/トリフルオロ酢酸(2:98:0.1)から(22:78:0.1)。収集した画分を分析LCMSにより分析し、十分な純度を有すると判定されたものをプールし、蒸発させた。
(10):
化合物(7)(3.0mg、4.8マイクロmol)のジメチルスルホキシド(200マイクロL)溶液に、Alexa Fluor(登録商標)647カルボン酸スクシンイミジルエステル(5.0mg、4マイクロmol)及びN,N−ジイソプロピルエチルアミン(10マイクロL、10当量)を添加した。この反応混合物を室温で1時間振とうし、その後分取HPLCにより直接精製した。収集した画分を分析LCMSにより分析し、十分な純度を有すると判定されたものをプールした(Rt=22.7〜24分)。3.2mgの(10)を得た(収率55%)。この溶液を等分し、真空遠心分離器で蒸発させ、この生成物を4℃で保存した。MS (ESI) [M + H]+に対する計算値(m/z)約1456,実測値1456.82.
(11):
化合物(8)(6.0mg、5マイクロmol)のジメチルスルホキシド(200マイクロL)溶液に、Alexa Fluor(登録商標)647カルボン酸スクシンイミジルエステル(5.0mg、4マイクロmol)及びN,N−ジイソプロピルエチルアミン(10マイクロL、10当量)を添加した。この反応混合物を室温で1時間振とうし、その後分取HPLCにより直接精製した。収集した画分を分析LCMSにより分析し、十分な純度を有すると判定されたものをプールした(Rt=25.3〜26.7分)。4.8mgの(11)を得た(収率62%)。この溶液を等分し、真空遠心分離器で蒸発させ、この生成物を4℃で保存した。MS (ESI) [M + H]+に対する計算値(m/z)約1958,実測値1958.74.
(12):
化合物(9)(9.8mg、6マイクロmol)のジメチルスルホキシド(200マイクロL)溶液に、Alexa Fluor(登録商標)647カルボン酸スクシンイミジルエステル(5.0mg、4.8マイクロmol)及びN,N−ジイソプロピルエチルアミン(10マイクロL、10当量)を添加した。この反応混合物を室温で1時間振とうし、その後分取HPLCにより直接精製した。収集した画分を分析LCMSにより分析し、十分な純度を有すると判定されたものをプールした(Rt=27.7分)。5.2mgの(12)を得た(収率52%)。この溶液を等分し、真空遠心分離器で蒸発させ、この生成物を4℃で保存した。MS (ESI) [M + H]+に対する計算値(m/z)約2460,実測値2461.18.
4−アミノ−N−[1,31−ビス(1−{[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]メチル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)−2,6,10,14,18,22,26,30−オクタオキサヘントリアコンタン−16−イル]ブタンアミド(13)及び4−アミノ−N−{1,31−ビス(1−{[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]メチル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)−16−[15−(1−{[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]メチル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)−2,6,10,14−テトラオキサペンタデカ−1−イル]−2,6,10,14,18,22,26,30−オクタオキサヘントリアコンタン−16−イル}ブタンアミド(14)
化合物(I−e−1)(247mg、0.904mmol)をジクロロメタン(15mL)に溶解し、ピリジンを添加した(1.46mL、18.1mmol)。この反応混合物を−20℃で冷却し、トリフルオロメタンスルホン酸無水物(0.23mL、1.4mmol)のジクロロメタン(0.6mL)溶液を滴下し、この混合物を50分間かけて0℃に加温しながら撹拌した。この反応混合物をジクロロメタンで希釈し、1Mの塩化水素水溶液、飽和重炭酸ナトリウム水溶液、及び飽和塩化ナトリウム水溶液で洗浄した。有機相を硫酸マグネシウムで乾燥し、濾過し、濃縮した。この粗物質をさらに精製することなく次のステップに使用した。アジ化ナトリウム(270mg、4.1mmol)を、上記トリフレートのジメチルホルムアミド(4.1mL)溶液に添加した。この反応混合物を60℃で16時間撹拌した。溶媒を蒸発させ、この粗物質をフラッシュクロマトグラフィー(15/1酢酸エチル/メタノール)によりシリカゲルを通して精製し、所望の化合物(I−e−3)を黄色油として得た(227mg、収率92%)。[α]D 127 (c 1, メタノール); 1H NMR (500 MHz, クロロホルム−d) デルタ ppm 1.34 (s, 3H), 1.53 (s, 3H), 2.00 (s, 3H), 3.67 (d, J=12.7 Hz, 1H), 3.72 (d, J= 7.8 Hz, 1H), 3.74 (d, J= 7.8 Hz, 1H), 3.75 (d, J=12.7 Hz, 1H), 4.02 − 4.10 (m, 2H), 4.11 (d, J= 5.9 Hz, 1H), 5.35 (d, J=2.4 Hz, 1H), 5.95 (d, J=8.8 Hz, 1H); 13C NMR (125 MHz, クロロホルム−d) デルタ ppm 23.2, 26.2, 27.7, 51.0, 54.2, 69.3, 74.8, 76.1, 80.6, 101.2, 111.6, 170.1; HRMS (ESI) C121845 (m/z) [M + H]+に対する計算値299.1350,実測値299.1344.
化合物(I−j−2)及び(I−j−3)は、臭化プロパルギル、それぞれ(I−i−2)(Dalton Pharmaから市販されている;DC−001760)及び(I−i−3)(B.Ernst et al.in Bioorganic&Medicinal Chemistry,16, 5216(2008))から出発し、化合物(I−f−2)の形成について記載した同じ手順に従って作製することができた。
化合物(I−j−2):精製条件:20%酢酸エチル/ヘキサン、85mg、油(収率8%);1H NMR (400 MHz, クロロホルム−d/TMS) デルタ ppm 1.77 − 1.90 (m, 14 H), 2.23 (t, J=7.1 Hz, 2H), 2.43 (t, J=2.3 Hz, 2H), 3.20 − 3.29 (m, 2H), 3.39 − 3.55 (m, 24H), 3.60 (t, J=6.3 Hz, 4H), 4.13 (d, J= 2.5 Hz, 4H), 4.15 − 4.24 (m, 1H), 5.09 (s, 2H), 5.16 (br. s., 1H), 6.05 (d, J=8.1 Hz, 1H), 7.28 − 7.41 (m, 5H); 13C NMR (100 MHz, クロロホルム−d/TMS) デルタ ppm 25.8, 29.8 (2C), 29.9 (2C), 30.0 (2C), 33.7, 40.4, 48.5, 58.1 (2C), 66.6, 67.2 (2C), 67.6 (2C), 67.7 (2C), 67.8 (2C), 67.9 (2C), 68.3 (2C), 69.0 (2C), 74.2 (2C), 79.9 (2C), 128.1, 128.5 (4C), 136.6, 156.6, 172.1; HRMS (ESI) C3962211 (m/z) [M + H]+に対する計算値735.4426,実測値735.4424.
化合物(I−j−3):精製条件:85%酢酸エチル/ヘキサン、32.6mg、油、(収率71%);1H NMR (400 MHz, クロロホルム−d/TMS) デルタ ppm 1.75 − 1.90 (m, 20H), 2.18 (t, J= 6.9 Hz,
2H), 2.43 (t, J=2.4 Hz, 3H), 3.23 (q, J=6.3
Hz, 2H), 3.40 − 3.53 (m, 30H), 3.59 (t, J=6.3 Hz, 6H), 3.67 (s, 6H), 4.13 (d, J= 2.3 Hz, 6H), 5.08 (s, 2H), 5.27 (br. s., 1H), 5.85 (s, 1H), 7.27 − 7.40 (m, 5H); 13C NMR (100 MHz, クロロホルム−d/TMS) デルタ ppm 25.7, 29.7 (3C), 29.9 (3C), 30.0 (3C), 34.4, 40.4, 58.1 (3C), 59.8, 66.5, 67.1 (3C), 67.6 (3C), 67.7 (3C), 67.8 (3C), 67.82 (3C), 68.4 (3C), 69.1 (3C), 74.2 (3C), 79.9 (3C), 128.0, 128.4 (4C), 136.6, 156.6, 172.3; HRMS (ESI) C5284215 (m/z) [M + H]+に対する計算値977.5944,実測値977.5943.
化合物(I−k−2):
THPTA(22.6mg、0.052mmol)及び硫酸銅(2.5mg、0.01mmol)を水(200マイクロL)に溶解し、その後(I−e−3)(45mg、0.152mmol)及び(I−j−2)(51mg、0.069mmol)のメタノール(1.1mL)溶液に添加した。次に、水(100マイクロL)に溶解したアスコルビン酸ナトリウム(4.2mg、0.021mmol)を添加し、この反応混合物を50℃で24時間撹拌した。溶媒を蒸発させ、この粗物質をフラッシュクロマトグラフィー(5%メタノールのジクロロメタン溶液)によりシリカゲルを通して精製し、所望の化合物(I−k−2)を油として得た(72mg、収率78%)。1H NMR (400 MHz, メタノール−d4) デルタ ppm 1.34 (s, 6H), 1.52 (s, 6H), 1.73 − 1.86 (m, 12H), 1.97 (s, 6H), 2.24 (t, J=7.4 Hz, 2H), 3.15 (t, J= 6.8 Hz, 2H), 3.43 − 3.54 (m, 22H), 3.58 (t, J=6.3 Hz, 4H), 3.86 (d, J=8.1 Hz, 2H), 3.97 (dd, J= 6.2, 1.9 Hz, 2H), 4.11 − 4.23 (m, 5H), 4.58 (s, 4H), 4.78 (s, 6H), 4.91 (d, J=14.1 Hz, 2H), 4.98 (d, J=14.4 Hz, 2H), 5.07 (s, 2H), 5.24 (d, J=1.8 Hz, 2H), 7.25 − 7.40 (m, 5H), 7.99 (s, 2H); 13C NMR (100 MHz, メタノール−d4) デルタ ppm 22.7 (2C), 26.8 (2C), 27.5, 28.4 (2C), 31.1 (4C), 31.2 (2C), 34.5, 41.4, 50.6, 51.0 (2C), 56.3 (2C), 64.8 (2C), 67.5 (2C), 68.7 (2C), 68.8 (2C), 68.9 (3C), 69.0 (2C), 69.4 (2C), 69.7 (2C), 70.9 (2C), 76.3 (2C), 76.6 (2C), 81.5 (2C), 102.5 (2C), 112.8 (2C), 127.2 (2C), 129.0 (2C), 129.1, 129.6 (2C), 138.6, 146.3 (2C), 159.0, 173.5 (2C), 175.5; HRMS (ESI) C63981021 (m/z) [M + H]+に対する計算値1331.6981,実測値1331.6971.
化合物(I−k−3):
THPTA(16mg、0.037mmol)及び硫酸銅(1.7mg、0.007mmol)を水(100マイクロL)に溶解し、その後(I−e−3)(32.5mg、0.109mmol)及び(I−j−3)(32mg、0.033mmol)のメタノール(1.1mL)溶液に添加した。次に、水(100マイクロL)に溶解したアスコルビン酸ナトリウム(3mg、0.015mmol)を添加し、この反応混合物を50℃で24時間撹拌した。溶媒を蒸発させ、この粗物質をフラッシュクロマトグラフィー(10%メタノールのジクロロメタン溶液)によりシリカゲルを通して精製し、所望の化合物(I−k−3)を油として得た(43.5mg、収率70%)。1H NMR (400 MHz, メタノール−d4) デルタ ppm 1.33 (s, 9H), 1.52 (s, 9H), 1.71 − 1.87 (m, 18H), 1.97 (s, 9H), 2.20 (t, J=7.3 Hz, 2H), 3.15 (t, J= 6.8 Hz, 2H), 3.43 − 3.52 (m, 28H), 3.58 (t, J=6.3 Hz, 6H), 3.67 (s, 6H), 3.86 (d, J=8.3 Hz, 3H), 3.97 (dd, J= 6.0, 1.8 Hz, 3H), 4.14 − 4.22 (m, 5H), 4.58 (s, 6H), 4.78 (s, 8H), 4.91 (d, J=14.6 Hz, 3H), 4.97 (d, J=14.6 Hz, 3H), 5.07 (s, 2H), 5.24 (d, J= 2.0 Hz, 3H), 7.26 − 7.38 (m, 5H), 7.98 (s, 3H); 13C NMR (100 MHz, メタノール−d4) デルタ ppm 22.7 (3C), 26.9 (3C), 27.7, 28.4 (3C), 31.1 (3C), 31.2 (3C), 31.3 (3C), 35.2, 41.3, 51.0 (3C), 56.3 (3C), 61.8, 64.9 (3C), 67.5 (3C), 68.7 (3C), 68.8 (3C), 68.9 (3C), 69.0 (4C), 69.6 (3C), 69.7 (3C), 70.0 (3C), 76.3 (3C), 76.6 (3C), 81.5 (3C), 102.5 (3C), 112.8 (3C), 127.2 (3C), 129.0 (2C), 129.1, 129.7 (2C), 138.6, 146.4 (3C), 159.0, 173.5 (3C), 175.6; HRMS (ESI) C881381430 (m/z) [M + H]+に対する計算値1871.9776,実測値1871.9713.
化合物(I−k−2)または(I−k−3)(0.068mmol)を、酢酸、メタノール、及び水の混合物(それぞれ2.5〜3mL、0.6〜0.9mL、0.6〜0.9mL)に溶解し、70℃で24時間撹拌した。溶媒を蒸発させ、この残渣をトルエンとともに2回共蒸発させた。得られた粗物質をさらに精製することなく次のステップに使用した。
丸底フラスコ内で、化合物(I−l−2)または(I−l−3)(1当量)をメタノールに溶解し(0.01M)、このフラスコを窒素でフラッシュした。パラジウム炭素(10%、0.7当量)を添加し、このフラスコを窒素、その後水素でフラッシュした。この反応混合物を水素雰囲気下(水素を充填したバルーンを使用)室温で24時間撹拌した。パラジウムを、0.45マイクロmのPTFE Acrodisc Crを使用して濾過し、メタノールで1回すすいだ。溶媒を蒸発させた。
(13):
この粗物質を0.5mLのメタノール/水(50:50)に溶解し、HPLCカラムに注入した。分取高速液体クロマトグラフィー(HPLC)は、Waters XBridge BEH C18 OBD分取カラム、130Å、5マイクロm、19mmX100mm(Waters、部品番号186002978)を使用し、流速17mL/分にて直線傾斜勾配で溶出して行った。溶媒勾配:40分間でアセトニトリル/水/トリフルオロ酢酸(2:98:0.1)から(22:58:0.1)。収集した画分を分析LCMSにより分析し、十分な純度を有すると判定された34.7〜35.6分の画分をプールし、蒸発させて、12.8mgの(13)を油として得た(2ステップを通して収率17%)。1H NMR (500 MHz, メタノール−d4) デルタ ppm 1.73 − 1.87 (m, 12H), 1.88 − 1.96 (m, 2H), 1.98 (s, 6H), 2.39 (t, J=7.0 Hz, 2H), 2.98 (t, J=7.4 Hz, 2H), 3.42 (d, J= 8.5 Hz, 2H), 3.45 − 3.55 (m, 24H), 3.59 (t, J=6.3 Hz, 4H), 3.71 − 3.75 (m, 4H), 3.77 (d, J=8.3 Hz, 2H), 3.96 − 4.02 (m, 2H), 4.13 − 4.20 (m, 1H), 4.58 (s, 4H), 4.91 − 4.95 (m, 4H), 5.20 (d, J=1.5 Hz, 2H), 7.98 (s, 2H); HRMS (ESI) C49841019 (m/z) [M + H]+に対する計算値1117.5987,実測値1117.5977.
(14):
粗物質を0.5mLのメタノール/水(50:50)に溶解し、HPLCカラムに注入した。分取高速液体クロマトグラフィー(HPLC)は、Waters XBridge BEH C18 OBD分取カラム、130Å、5マイクロm、19mmX100mm(Waters、部品番号186002978)を使用し、流速17mL/分にて直線傾斜勾配で溶出して行った。溶媒勾配:40分間でアセトニトリル/水/トリフルオロ酢酸(2:98:0.1)から(42:58:0.1)。収集した画分を分析LCMSにより分析し、十分な純度を有すると判定された24.7〜25.6分の画分をプールし、蒸発させて、5.5mgの(14)を油として得た(2ステップを通して収率10%);1H NMR (500 MHz, メタノール−d4) デルタ ppm 1.75 − 1.86 (m, 18H), 1.87 − 1.94 (m, 2H), 1.98 (s, 9H), 2.37 (t, J= 6.8 Hz, 2H), 2.98 (t, J=7.4 Hz, 2H), 3.43 (d, J= 8.5 Hz, 3H), 3.46 − 3.53 (m, 31H), 3.59 (t, J=6.3 Hz, 6H), 3.68 (s, 6H), 3.72 − 3.76 (m, 5H), 3.77 (d, J=8.3 Hz, 3H), 3.97 − 4.02 (m, 3H), 4.59 (s, 6H), 4.90 − 4.96 (m, 6H), 5.20 (d, J=1.2 Hz, 3H) 7.98 (s, 3H); HRMS (ESI) C711201428 (m/z) [M + H]+に対する計算値1617.8469,実測値1617.8415.
(15)及び(16)、Alexa fluor(登録商標)647(AF647)コンジュゲート
Alexa Fluor(登録商標)647カルボン酸スクシンイミジルエステルは、Invitrogen製であった(カタログ番号A−20106)。分子量は約1250であるとInvitrogenにより報告された。Alexa647標識化合物の分子量は、LCMSからのAlexa Fluor 647カルボン酸スクシンイミジルエステルの955.07の[M+H]+実測値を基に推定した。λmax650に対する吸光係数は約270000±20000であり、これはバッチごとに異なる。
HPLC精製の一般的手順:
分取高速液体クロマトグラフィー(HPLC)は、Waters XBridge BEH C18 OBD分取カラム、130Å、5マイクロm、19mmX100mm(Waters、部品番号186002978)を使用し、流速17mL/分にて直線傾斜勾配で溶出して行った。溶媒勾配:40分間でアセトニトリル/水/トリフルオロ酢酸(2:98:0.1)から(22:78:0.1)。収集した画分を分析LCMSにより分析し、十分な純度を有すると判定されたものをプールし、蒸発させた。
(15):
化合物(13)(4.5mg、4マイクロmol)のジメチルスルホキシド(200マイクロL)溶液に、Alexa Fluor(登録商標)647カルボン酸スクシンイミジルエステル(5.0mg、4マイクロmol)及びN,N−ジイソプロピルエチルアミン(10マイクロL、10当量)を添加した。この反応混合物を室温で1時間振とうし、その後分取HPLCにより直接精製した。収集した画分を分析LCMSにより分析し、十分な純度を有すると判定されたものをプールした(Rt=37.3〜39分)。4.0mgの(15)を得た(収率50%)。この溶液を等分し、真空遠心分離器で蒸発させ、この生成物を4℃で保存した。MS (ESI) [M + H]+に対する計算値(m/z)約1955,実測値1955.32.
(16):
化合物(14)(5.2mg、3.2マイクロmol)のジメチルスルホキシド(200マイクロL)溶液に、Alexa Fluor(登録商標)647カルボン酸スクシンイミジルエステル(5.0mg、4マイクロmol)及びN,N−ジイソプロピルエチルアミン(10マイクロL、10当量)を添加した。この反応混合物を室温で1時間振とうし、その後分取HPLCにより直接精製した。収集した画分を分析LCMSにより分析し、十分な純度を有すると判定されたものをプールした(Rt=24.3〜25.3分)。4.0mgの(16)を得た(収率51%)。この溶液を等分し、真空遠心分離器で蒸発させ、この生成物を4℃で保存した。MS (ESI) [M + H]+に対する計算値(m/z)約2455,実測値2456.90.
(17)〜(21)を得るための基本的アルキル化/脱保護条件:
(I−e−1)のジクロロメタン溶液に、所望のヨードアルキル、硫酸水素テトラブチルアンモニウム、及び12.5Mの水酸化ナトリウム水溶液を添加した。この反応混合物を室温で一夜撹拌し、水及びジクロロメタンで希釈し、水相をジクロロメタンでさらに2回抽出した。合わせた有機層を1Mの塩酸水溶液、水で洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥し、濾過し、減圧下で濃縮した。得られた物質は、粗製のまま次の反応を引き続き行ってもよいし、フラッシュクロマトグラフィーを用いてシリカゲルを通して精製してもよい。得られた物質を酢酸/メタノール/水の混合物(3:1:1v/v)に溶解し、この溶液を60〜70℃に一夜加熱した。この反応混合物を減圧下で濃縮し、トルエンとともに2回共蒸発させ、この粗物質をフラッシュクロマトグラフィーによりシリカゲルを通して、または逆相クロマトグラフィーにより精製した。
N−[(1S,2R,3R,4R,5S)−1−(エトキシメチル)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル]アセトアミド(17)
(17)は、ヨードエタン(20当量)を使用し、上記一般的手順に記載の通りに合成した。この粗生成物をメタノールに溶解し、これに活性炭を添加した。この混合物を15分間撹拌し、濾過し、減圧下で濃縮した。この粗物質を、フラッシュクロマトグラフィーにより、シリカゲルを通して、酢酸エチル/メタノール(15:1)で溶出して精製した。所望の生成物を含む画分を収集し、減圧下で濃縮した。この粗物質に酢酸エチル/メタノール(15:1)を添加して沈殿物を得、これを濾過して、9.1mg(収率32%)の所望の生成物を固体として得た。1H NMR (400 MHz, メタノール−d4) デルタ ppm 5.23 (d, J=1.5 Hz, 1 H), 3.97 (dd, J=9.7, 1.4 Hz, 1 H), 3.94 (d, J= 9.3 Hz, 1 H), 3.88 (d, J=4.3 Hz, 1 H), 3.79 (d, J=8.1 Hz, 1 H), 3.73 (dd, J= 9.8, 4.3 Hz, 1 H),3.66 (d, J=8.1 Hz, 1 H), 3.60 (d, J= 9.6 Hz, 1 H), 3.59 (dq, J= 9.6, 7.1 Hz, 1 H), 3.55 (dq, J= 9.6, 7.1 Hz, 1 H), 2.00 (s, 3 H), 1.19 (t, J= 6.9 Hz, 3 H). LCMS (APCI) m/z: 262.1 [M+H] (100 %).
N−[(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ジヒドロキシ−1−(プロポキシメチル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル]アセトアミド(18)
(18)は、ヨードプロパン(20当量)を使用し、上記一般的手順に記載の通りに合成した。この粗生成物を、フラッシュクロマトグラフィーを用い、シリカゲルを通して、酢酸エチル/メタノール(15:2)で溶出して精製し、13.9mg(収率80%)の所望の生成物を油として得た。1H NMR (400 MHz, メタノール−d4) デルタ ppm 5.23 (d, J= 1.5 Hz, 1 H), 3.97 (dd, J= 9
.7, 1.4 Hz, 1 H), 3.95 (d, J= 9.6 Hz, 1 H), 3.89 (d, J=4.3 Hz, 1 H), 3.79 (d, J= 7.8 Hz, 1 H), 3.73 (dd, J=9.8, 4.3 Hz, 1 H), 3.66 (d, J=8.1 Hz, 1 H), 3.59 (d, J= 9.3 Hz, 1 H), 3.49 (dt, J= 9.3, 6.5 Hz, 1 H), 3.46 (dt, J= 9.3, 6.5 Hz, 1 H), 2.01 (s, 3 H), 1.60 (qt, J= 7.4, 6.5 Hz, 2 H), 0.94 (t, J=7.4 Hz, 3 H). LCMS (APCI) m/z: 276.2 [M+H] (100 %).
N−[(1S,2R,3R,4R,5S)−1−(ブトキシメチル)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル]アセトアミド(19)
(19)は、ヨードブタン(20当量)を使用し、上記一般的手順に記載の通りに合成した。所望の粗生成物を、フラッシュクロマトグラフィーを用い、シリカゲルを通して、酢酸エチル/メタノール(15:1)で溶出して精製し、18mg(収率100%)の所望の生成物を油として得た。1H NMR (400 MHz, メタノール−d4) デルタ ppm 5.23 (d, J= 1.3 Hz, 1 H), 3.97 (dd, J= 9.6, 1.3 Hz, 1 H), 3.94 (d, J= 9.6 Hz, 1 H), 3.88 (d, J=4.3 Hz, 1 H), 3.79 (d, J= 7.8 Hz, 1 H), 3.73 (dd, J= 9.8, 4.3 Hz, 1 H), 3.66 (d, J= 7.8 Hz, 1 H), 3.59 (d, J= 9.3 Hz, 1 H), 3.54 (dt, J= 9.3, 6.5 Hz, 1 H), 3.50 (dt, J= 9.3, 6.5 Hz, 1 H), 2.00 (s, 3 H), 1.52 − 1.61 (m, 2 H), 1.34 − 1.45 (m, 2 H), 0.95 (t, J=7.3 Hz, 3 H). LCMS (APCI) m/z: 290.2 [M+H] (100 %).
N−{(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ジヒドロキシ−1−[(ペンチルオキシ)メチル]−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル}アセトアミド(20)
(20)は、ヨードペンタン(20当量)を使用し、上記一般的手順に記載の通りに合成した。所望の粗生成物を、フラッシュクロマトグラフィーを用い、シリカゲルを通して、酢酸エチル/メタノール(15:1)で溶出して精製し、17mg(収率68%)の所望の生成物を油として得た。1H NMR (400 MHz, メタノール−d4) デルタ ppm 5.23 (d, J=1.5 Hz, 1 H), 3.97 (dd, J= 9.8, 1.3 Hz, 1 H), 3.94 (d, J= 9.6 Hz, 1 H), 3.88 (d, J=4.3 Hz, 1 H), 3.79 (d, J=8.1 Hz, 1 H), 3.73 (dd, J= 9.8, 4.3 Hz, 1 H), 3.66 (d, J= 8.1 Hz, 1 H), 3.59 (d, J= 9.6 Hz, 1 H), 3.53 (dt, J=9.3, 6.5 Hz, 1 H), 3.49 (dt, J=9.3, 6.5 Hz, 1 H), 2.01 (s, 3 H), 1.53 − 1.63 (m, 2 H), 1.29 − 1.41 (m, 4 H), 0.89 − 0.97 (m, 3 H). LCMS (APCI) m/z: 304.1 [M+H] (100 %).
N−{(1S,2R,3R,4R,5S)−1−[(ヘキシルオキシ)メチル]−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル}アセトアミド(21)
(21)は、ヨードヘキサン(20当量)を使用し、上記一般的手順に記載の通りに合成した。所望の粗生成物を、フラッシュクロマトグラフィーを用い、シリカゲルを通して、酢酸エチル/メタノール(15:1)で溶出して精製し、56mgの生成物を油として得た。この物質を、逆相クロマトグラフィーを用いて再精製し、7.1mg(収率15%)の所望の生成物を固体として得た。1H NMR (400 MHz, メタノール−d4) デルタ ppm 5.23 (d, J=1.5 Hz, 1 H), 3.96 (dd, J=10.1, 1.3 Hz, 1 H), 3.94 (d, J= 9.6 Hz, 1 H), 3.88 (d, J=4.3 Hz, 1 H), 3.79 (d, J= 7.8 Hz, 1 H), 3.73 (dd, J= 9.8, 4.3 Hz, 1 H), 3.66 (d, J=8.1 Hz, 1 H), 3.59 (d, J= 9.6 Hz, 1 H), 3.53 (dt, J= 9.3, 6.5 Hz, 1 H), 3.49 (dt, J= 9.3, 6.5 Hz, 1 H), 2.00 (s, 3 H), 1.53 − 1.62 (m, 2 H), 1.27 − 1.50 (m, 6 H), 0.89 − 0.97 (m, 3 H). LCMS (APCI) m/z: 318.1 [M+H] (100 %).
N−[(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ジヒドロキシ−1−(2,5,8,11,14−ペンタオキサペンタデカ−1−イル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル]アセトアミド(22)
(I−e−1)のジクロロメタン(3mL)溶液に、ピリジン(0.3mL、4mmol)を添加し、この混合物を−20℃に冷却し、トリフルオロメタンスルホン酸無水物(0.047mL、0.28mmol)のジクロロメタン(0.6mL)溶液を添加した。この反応混合物を1時間かけて−10℃に加温し、ジクロロメタンで希釈し、1Mの塩酸水溶液、飽和重炭酸ナトリウム水溶液、ブラインで連続的に洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥し、濾過し、減圧下で濃縮して、所望の粗物質を得、これをさらに精製することなく次のステップに使用した。0℃に冷却した2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−オール(207mg、0.994mmol)のN,N−ジメチルホルムアミド溶液に、水素化ナトリウム(39.9mg、1.0mmol)を添加し、この反応混合物を10分間撹拌した。上記の粗製((3aR,4R,7S,8R,8aR)−8−アセトアミド−2,2−ジメチルテトラヒドロ−4,7−エポキシ[1,3]ジオキソロ[4,5−d]オキセピン−4(5H)−イル)メチルトリフルオロメタンスルホネートのN,N−ジメチルホルムアミド(0.5mL)溶液を滴下し、この反応混合物を0℃で25分間撹拌した。この反応物をメタノールでクエンチし、この反応混合物を5分間撹拌した。次に、得られた混合物を減圧下で濃縮し、得られた残渣をジクロロメタンに溶解し、水で洗浄した。水層をジクロロメタンでさらに2回抽出した。合わせた有機層を水で洗浄し、減圧下で濃縮した。この粗物質を、フラッシュクロマトグラフィーにより、シリカゲルを通して、酢酸エチル/メタノール(15:2)で溶出して精製し、85mg(100%)の所望の生成物を得た。N−((3aR,4S,7S,8R,8aR)−2,2−ジメチル−4−(2,5,8,11,14−ペンタオキサペンタデシル)ヘキサヒドロ−4,7−エポキシ[1,3]ジオキソロ[4,5−d]オキセピン−8−イル)アセトアミド(85mg、0.18mmol)の酢酸/メタノール/水の混合物(3.9:1.3:1.3v/v)溶液を、70℃に一夜加熱した。この反応混合物を減圧下で濃縮し、得られた粗物質をトルエンとともに2回蒸発させ、フラッシュクロマトグラフィーにより、シリカゲルを通して、10%メタノール/ジクロロメタンで溶出して精製し、15mgの所望の生成物(22)を油として得た。1H NMR (400 MHz, メタノール−d4) デルタ ppm 5.22 (d, J=1.3 Hz, 1 H), 3.96 (d, J= 9.6 Hz, 1 H), 3.95 (dd, J= 9.9, 1.3 Hz, 1 H), 3.89 (d, J=4.3 Hz, 1 H), 3.78 (d, J=8.1 Hz, 1 H), 3.59 − 3.74 (m, 17 H), 3.53 − 3.56 (m, 2 H), 3.36 (s, 3 H), 1.99 (s, 3 H). LCMS (APCI) m/z: 424.2 [M+H] (13 %), 441.3 [M+NH4] (100 %).
(1R,2R,3R,4R,5S)−4−アセトアミド−1−(((4−ブロモベンゾイル)オキシ)メチル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−2,3−ジイルビス(4−ブロモベンゾエート)(23)
室温で冷却した(3)(9mg)の無水N,N−ジメチルホルムアミド(500マイクロL)溶液に、N,N−ジイソプロピルエチルアミン(34マイクロL)及び4−(ジメチルアミノ)ピリジン(4.3mg)、続いてp−ブロモベンゾイルクロリド(44mg)を添加し、得られた混合物を室温で4.5時間撹拌した。水を添加し、得られた混合物を酢酸エチルで3回抽出し、合わせた有機相を0.5Mの塩酸水溶液及びブラインで連続的に洗浄した。有機相を硫酸マグネシウムで乾燥し、濾過し、濃縮し、この粗物質を、フラッシュクロマトグラフィーにより、シリカゲルを通して、0〜100%の酢酸エチルのヘプタン溶液勾配で溶出して精製し、23mgの生成物(23)を得た(収率80%)。
1H NMR (400 MHz, CDCl3): デルタ (ppm) 7.89 − 7.95 (m, 2 H), 7.78 − 7.84 (m, 2 H), 7.54 − 7.66 (m, 6 H), 7.41 − 7.46 (m, 2 H), 5.87 (d, J=8.8 Hz, 1 H), 5.80 (d, J=4.3 Hz, 1 H), 5.60 (d, J=l.l Hz, 1 H), 5.44 (dd, J=10.2, 4.5 Hz, 1 H), 4.54 − 4.64 (m, 3 H), 4.15 (d, J= 8.6 Hz, 1 H), 3.93 (d, J=8.6 Hz, 1 H), 1.95 (s, 3 H). 13C NMR(101 MHz, CDCl3) デルタ ppm 170.6, 165.6, 165.0, 164.9, 132.1, 131.9, 131.8, 131.4, 131.2, 131.2, 129.3, 129.0, 128.9, 127.7, 127.5, 127.4, 101.8, 81.6, 69.5, 68.8, 68.4, 62.5, 52.7, 23.2。メタノール及びヘプタンを溶媒として用いた蒸気拡散技術により、単結晶を得た。単結晶X線解析:データ収集は室温にてBruker APEX回折計で行った。データ収集は、それぞれ0.5ステップで低角度での3回及び高角度での3回のオメガスキャンからなるものであった。加えて、2回のファイスキャンを収集して、吸収補正の質を改善した。構造は非欠面性双晶であり、第二のドメインを無視することにより精密化した。空間群P2(1)においてSHELXソフトウェアスイート(SHELXTL,Version 5.1、Bruker AXS,1997参照)を使用する直接法により、構造を解明した。その後、構造を完全行列最小二乗法により精密化した。異方性変位パラメーターを使用して、すべての非水素原子を見出し、精密化した。窒素上にある水素原子はこの位置に置き、合理的な位置に拘束した。残りの水素原子は算出された位置に置き、それらの担体原子に乗せた。最終精密化は、すべての水素原子についての等方性変位パラメーターを含んでいた。尤度法(R.W.W.Hooft et al.J.Appl.Cryst.,41,96−103(2008))を用いる絶対構造の解析を、PLATON(A.L.Spek,J.Appl.Cryst.,36,7−13(2003))を用いて行った。結果は、絶対構造が正確に割り当てられたことを示す。この方法は、構造が正確である確率が100.0であると算出する。Hooftパラメーターは、0.036でesd0.013として報告される。加えて、Flackパラメーターは、0.03でesd0.04である。最終R指数は5.6%であった。最終差フーリエは、欠落したまたは間違って配置された電子密度がないことを明らかにした。関連する結晶、データ収集及び精密化を、表1及び図1に要約する。
表1.(23)に関する結晶データ及び構造精密化。
実験式 C15H12Br1.50N0.50O4.50
式量 391.12
温度 296(2)K
波長 1.54178Å
結晶系 単斜晶系
空間群 P2(1)
単位格子の寸法 a=12.5748(9)Å α=90°
b=5.6465(4)Å β=97.453(4)°
c=21.2806(16)Å γ=90°
体積 1498.23(19)Å3
Z 4
密度(計算値) 1734Mg/m3
吸収計数 5.476mm-1
F(000) 776
結晶サイズ 0.37×0.22×0.15mm3
データ収集様のシータ範囲 2.09〜68.30°
指数範囲 −13≦h≦5、−5≦k≦6、−24≦1≦24
収集した反射 8050
独立した反射 4408[R(int)=0.0247]
シータ=68.30°に対する完全性 93.9%
吸収補正 経験的
精密化方法 F2の完全行列最小二乗法
データ/抑制/パラメーター 4408/32/389
F2の適合度 1.031
最終R指数[I>2シグマ(I)] R1=0.0563、wR2=0.1658
R指数(全データ) R1=0.0589、wR2=0.1701
絶対構造パラメーター 0.04(3)
最大差ピーク及びホール 0.949及び−0.685e.Å-3
(1S,2R,3R,4R,5S)−4−アジド−2,3−ビス(ベンジルオキシ)−1−[(ベンジルオキシ)メチル]−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン(l−m−1)
(1S,2R,3R,4R,5S)−4−アジド−1−(ヒドロキシメチル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−2,3−ジオール(1)(445mg、2.05mmol)のN,N−ジメチルホルムアミド(5mL)溶液に、水素化ナトリウム(60%鉱油分散液、410mg、10.2mmol)を室温で添加した。この反応物は非常に濃厚になり、十分に撹拌できなかった。追加の5mLのN,N−ジメチルホルムアミドを添加し、この反応物を室温で30分間撹拌した後、臭化ベンジル(1.23mL、10.2mmol)を滴下した。この反応物を室温で一夜撹拌した。翌朝、この反応物を水でクエンチし、酢酸エチルで3回抽出した。合わせた有機層を水、ブラインで洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥し、濾過し、減圧下で濃縮した。この粗物質を、CombiFlash Rf(RediSep 40gシリカゲルカラム)を用い、0%から30%への酢酸エチル/ヘプタン勾配で溶出して精製し、表題化合物を得た(890.0mg、89.1%)。方法C:3分間実行LRMS[M+Na = 510]。1H NMR (メタノール−d4) δ: 7.07−7.52 (m, 15H), 5.31 (s, 1H), 4.81 (d, J=5.1 Hz, 1H), 4.78 (d, J=5.5 Hz, 1H), 4.68−4.74 (m, 1H), 4.47−4.51 (m, 1H), 4.46 (d, J=6.6 Hz, 1H), 4.35−4.42 (m, 1H), 4.12 (d, J=3.9 Hz, 1H), 3.87−3.91 (m, 2H), 3.86 (d, J=8.2 Hz, 1H), 3.62 (d, J=8.2 Hz, 1H), 3.58 (d, J=9.4 Hz, 1H), 3.46 (d, J=8.6 Hz, 1H)
(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ビス(ベンジルオキシ)−1−[(ベンジルオキシ)メチル]−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−4−アミン(1−n−1)
(1S,2R,3R,4R,5S)−4−アジド−2,3−ビス(ベンジルオキシ)−1−[(ベンジルオキシ)メチル]−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン(l−m−1)(310mg、0.64mmol)、トリフェニルホスフィン(334mg、1.27mmol)、水(92mg、5.1mmol)、及びテトラヒドロフラン(10mL)の混合物を、65℃で16時間撹拌した。この反応混合物を減圧下で濃縮し、この残渣をシリカゲルカラムにロードした。20%から80%への酢酸エチルのヘプタン溶液勾配で溶出するクロマトグラフィーで、表題生成物を無色ゴム質として得た(210mg、72%)。1H NMR (クロロホルム−d) δ: 7.20−7.37 (m, 15H), 5.29 (d, J=1.2 Hz, 1H), 4.90 (d, 11.5 Hz, 1H), 4.79 (d, J=11.5Hz, 1H), 4.57 (d, J=11.7 Hz, 1H), 4.56 (d, J=12.1 Hz, 1H), 4.43 (d, J=12.1Hz, 1H), 4.39 (d, J=11.7 Hz, 1H), 3.97 (d, J=3.9 Hz, 1H), 3.90 (d, J=9.0 Hz, 1H), 3.69 (d, J=8.2 Hz, 1H), 3.59 (d, J=8.2 Hz, 1H), 3.42 (d, J=8.6 Hz, 1H), 3.37 (dd, J=9.4, 3.5 Hz, 1H), 3.07 (dd, J=9.4, 1.2 Hz, 1H); 13C NMR (クロロホルム−d) δ: 131.8, 131.6, 131.5, 128.2, 128.2, 128.1, 128.1, 128.0, 127.7, 127.6, 127.6, 127.4, 103.5, 82.6, 80.3, 74.5, 73.3, 73.1, 72.2, 69.9, 69.3, 55.1; LCMS (ES+): 1.18分, 484.2 (M+Na)+
N−{(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ビス(ベンジルオキシ)−1−[(ベンジルオキシ)メチル]−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル}アセトアミド(l−n−2)
(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ビス(ベンジルオキシ)−1−[(ベンジルオキシ)メチル]−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−4−アミン(1−n−1)(25mg、0.054mmol)、ピリジン(43mg、0.54mmol)、及び2−メチル−テトラヒドロフラン(1mL)の撹拌混合物に、無水酢酸(46mg、0.43mmol)を室温で一度に添加した。この反応混合物を室温で16時間撹拌し、酢酸エチルと水との間で分配した。この有機抽出物をブラインで洗浄し、無水硫酸マグネシウムで乾燥し、減圧下で濃縮した。この残渣を、シリカゲルカラムにて、20%から60%への酢酸エチルのヘプタン溶液勾配で溶出して精製し、表題生成物を白色固体として得た(20mg、73%)。1H NMR (クロロホルム−d) δ: 7.24−7.43 (m, 15H), 5.35 (d, J=1.2 Hz, 1H), 5.06 (d, J=8.6 Hz, 1H), 4.96 (d, J=11.3 Hz, 1H), 4.74 (d, J=12.5 Hz, 1H), 4.58 (d, J=11.3 Hz, 1H), 4.42 (d, J=12.5 Hz, 1H), 4.40 (s, 2H), 4.30−4.36 (m, 1H), 4.04 (d, J=3.9 Hz, 1H), 3.96 (d, J=8.6 Hz, 1H), 3.67−3.70 (m, 1H), 3.58−3.61 (m, 1H), 3.41−3.47 (m, 2H), 1.87 (s, 3H); 13C NMR (クロロホルム−d) δ: 170.0, 138.2, 137.8, 137.4, 128.7, 128.5, 128.4, 128.3, 128.2, 128.1, 128.0, 127.8, 101.6, 82.8, 75.7, 75.0, 73.8, 73.2, 71.5, 70.1, 69.5, 53.5, 23.3; LCMS (ES+): 1.87分, 526.3 (M+Na)+
N−{(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ビス(ベンジルオキシ)−1−[(ベンジルオキシ)メチル]−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル}−2,2,2−トリフルオロアセトアミド(1−n−3)
(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ビス(ベンジルオキシ)−1−((ベンジルオキシ)メチル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−4−アミン(1−n−1)(75mg、0.16mmol)、ピリジン(129mg、1.62mmol)、及び2−メチル−テトラヒドロフラン(1mL)の撹拌混合物に、無水トリフルオロ酢酸(102mg、0.49mmol)を室温で一度に添加した。この反応混合物を室温で16時間撹拌し、酢酸エチルと水との間で分配した。有機抽出物をブラインで洗浄し、無水硫酸マグネシウムで乾燥し、減圧下で濃縮した。この残渣を、シリカゲルカラムにて、10%から40%への酢酸エチルのヘプタン溶液勾配で溶出して精製し、表題生成物を白色固体として得た(60mg、66%)。1H NMR (クロロホルム−d) δ:
7.25−7.42 (m, 15H), 5.91 (d, J=8.6 Hz, 1H),
5.35 (d, J=1.2 Hz, 1H), 4.95 (d, J=11.3Hz, 1H), 4.72 (d, J=12.5 Hz, 1H), 4.58 (d, J=11.3 Hz, 1H), 4.41 (s, 2H), 4.40 (d, J=12.5 Hz, 1H), 4.36 (t, J=9.8 Hz, 1H), 4.08 (d, J=3.9 Hz, 1H), 3.96 (d, J=9.0 Hz, 1H), 3.68−3.72 (m, 1H), 3.60−3.63 (m, 1H), 3.50 (dd, J=10.0, 3.7 Hz, 1H), 3.45 (d, J=8.6 Hz, 1H); 13C NMR (クロロホルム−d) δ: 137.9, 137.1, 136.1, 128.9, 128.5, 128.5, 128.4, 128.4, 128.1, 128.1, 128.1, 127.9, 100.6, 83.0, 75.0, 74.9, 73.8, 72.7, 71.4, 70.3, 69.2, 54.1; 19F NMR (クロロホルム−d) δ: −75.7 (s); LCMS (ES−): 2.11分, 556.2 (M−H)-
N−{(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ビス(ベンジルオキシ)−1−[(ベンジルオキシ)メチル]−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル}メタンスルホンアミド(1−n−4)
(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ビス(ベンジルオキシ)−1−((ベンジルオキシ)メチル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−4−アミン(1−n−1)(50mg、0.11mmol)、トリエチルアミン(0.100mL、0.72mmol)、及び2−メチル−テトラヒドロフラン(1mL)の撹拌混合物に、メタンスルホニルクロリド(0.025mL、0.33mmol)を0℃で滴下した。この反応混合物を室温で16時間撹拌し、酢酸エチルと飽和重炭酸ナトリウム水溶液との間で分配した。有機抽出物を水、ブラインで洗浄し、無水硫酸マグネシウムで乾燥し、減圧下で濃縮した。この残渣を、シリカゲルカラムにて、10%から50%への酢酸エチルのヘプタン溶液勾配で溶出して精製し、表題生成物を白色固体として得た(58mg、65%)。1H NMR (クロロホルム−d) δ:7.22−7.41 (m, 15H), 5.43 (d, J=1.2 Hz, 1H), 4.93 (d, J=11.3 Hz, 1H), 4.79 (d, J=11.7Hz, 1H), 4.62 (br.s., 1H), 4.56 (d, J=11.7Hz, 1H), 4.54 (d, J=11.3Hz, 1H), 4.41 (d, J=12.1 Hz, 1H), 4.37 (d, J=12.1 Hz, 1H), 4.05 (d, J=3.9 Hz, 1H), 3.92 (d, J=8.6 Hz, 1H), 3.74 (d, J=8.6 Hz, 1H), 3.68−3.72 (m, 1H), 3.62 (d, J=8.6 Hz, 1H), 3.54 (dd, J=10.0, 3.7 Hz, 1H), 3.44 (d, J=9.0 Hz, 1H), 2.90 (s, 3H); 13C NMR (クロロホルム−d) δ: 138.0, 137.3, 137.2, 128.7(2), 128.5(2), 128.4(2), 128.3, 128.1(2), 128.1, 127.9(2), 127.8(2), 102.7, 82.9, 77.2, 77.1, 75.0, 73.7, 73.5, 72.8, 70.2, 69.3, 57.7, 41.2;; LCMS (ES−): 1.97分, 538.3 (M−H)-
N−{(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ビス(ベンジルオキシ)−1−[(ベンジルオキシ)メチル]−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル}プロパンアミド(1−n−5)
プロピオン酸(23mg、0.31mmol)のテトラヒドロフラン(1mL)中の撹拌混合物に、1mLの1,1’−カルボニルジイミダゾール(33mg、0.20mmol)を室温で一度に加え、透明溶液を室温で3時間攪拌した。トリエチルアミン(0.028mL、0.20mmol)及び(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ビス(ベンジルオキシ)−1−((ベンジルオキシ)メチル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−4−アミン(1−n−1)(47mg、0.10mmol)を、室温で一度に添加した。この反応混合物を室温で16時間撹拌し、酢酸エチル(3mL)、ブライン(2mL)及び水(2mL)の間で分配させた。有機抽出物をブラインで洗浄し、無水硫酸マグネシウムで乾燥させ、減圧下で濃縮した。この残渣を、10%から50%への酢酸エチルのヘプタン溶液勾配で溶離させるシリカゲルカラムで精製して、表題の生成物を白色固体として得た(43mg, 82%). 1H−NMR(クロロホルム−d)δ:7.03−7.58(m, 15H), 5.35(s, 1H), 5.09(d, J=8.2Hz, 1H), 4.95(d, J=11.3Hz, 1H), 4.72(d, J=12.1Hz, 1H), 4.57(d, J=11.3Hz, 1H), 4.43(d, J=12.1Hz, 1H), 4.39(s, 2H), 4.31−4.38(m, 1H), 4.04(d, J=3.9Hz, 1H), 3.95(d, J=9.0Hz, 1H), 3.68(d, J=8.2Hz, 1H), 3.59(d, J=8.2Hz, 1H), 3.44−3.49(m, 1H), 3.44(d, J=8.6Hz, 1H), 2.08(q, J=7.4Hz, 2H), 1.11(t, J=7.6Hz, 3H). 13C−NMR(クロロホルム−d)δ:173.5, 138.1, 137.8, 137.4, 128.6, 128.5, 128.3, 128.3, 128.2, 128.1, 128.0, 128.0, 127.7, 101.6, 82.7, 75.7, 74.9, 73.7, 73.2, 71.5, 70.1, 69.4, 53.3, 29.6, 9.5. LCMS(ES−):1.94分, 516.4(M−H)-. LCMS(AP+):1.94分, 518.5(M+H)+
N−{(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ビス(ベンジルオキシ)−1−[(ベンジルオキシ)メチル]−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル}−3,3,3−トリフルオロプロパンアミド(1−n−6)
テトラヒドロフラン(1mL)中の3,3,3−トリフルオロプロピオン酸(39mg、0.31mmol)の撹拌混合物に、室温において1,1’カルボニルジイミダゾール(33mg、0.20mmol)を一度に加え、この透明な溶液を室温で3時間攪拌した。トリエチルアミン(0.028mL、0.20mmol)及び(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ビス(ベンジルオキシ)−1−((ベンジルオキシ)メチル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−4−アミン(1−n−1)(47mg、0.10mmol)を室温で一度に加えた。この反応混合物を室温で16時間撹拌し、酢酸エチル(3mL)、ブライン(2mL)及び水(2mL)の間で分配させた。有機抽出物をブラインで洗浄し、無水硫酸マグネシウムで乾燥させ、減圧下で濃縮した。この残渣を、10%から50%への酢酸エチルのヘプタン溶液勾配で溶離させるシリカゲルカラムに供して、表題の生成物を白色固体として得た(40mg、69%)。1H−NMR(クロロホルム−d)δ:7.24−7.42(m, 15H), 5.37(d, J=8.6Hz, 1H), 5.35(d, J=1.6Hz, 1H), 4.95(d, J=11.3Hz, 1H)4.71(d, J=12.1Hz, 1H), 4.56(d, J=11.3Hz, 1H), 4.45(d, J=12.1Hz, 1H), 4.40(s, 2H), 4.35−4.40(m, 1H), 4.05(d, J=3.5Hz, 1H), 3.95(d, J=8.6Hz, 1H), 3.71(d, J=8.2Hz, 1H), 3.61(d, J=8.2Hz, 1H), 3.50(dd, J=10.0, 3.7Hz, 1H), 3.45(d, J=8.6Hz, 1H), 2.92(q, J=10.5Hz, 2H). 13C−NMR(クロロホルム−d)δ:162.3, 138.0, 137.6, 137.3, 128.7, 128.5, 128.4, 128.3, 128.3, 128.2, 128.0, 128.0, 127.8, 101.1, 82.8, 75.8, 75.0, 73.7, 73.2, 71.9, 70.2, 69.3,54.0,41.7. 19F−NMR(クロロホルム−d)δ:−62.8(s). LCMS(ES−):2.05分, 570.3(MH)-
N−{(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ビス(ベンジルオキシ)−1−[(ベンジルオキシ)メチル]−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル}−2,2−ジフルオロアセトアミド(1−n−7)
N,N−ジメチルホルムアミド(1mL)中のジフルオロ酢酸(29mg、0.31mmol)の撹拌混合物に、1mLの1,1’−カルボニルジイミダゾール(33mg、0.20mmol)を室温で一度に加え、この溶液を室温で3時間攪拌した。トリエチルアミン(0.028mL、0.20mmol)及び(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ビス(ベンジルオキシ)−1−((ベンジルオキシ)メチル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−4−アミン(1−n−1)(47mg、0.10mmol)を室温で一度に加えた。この反応混合物を室温で16時間撹拌し、酢酸エチル(3mL)、ブライン(2mL)及び水(2mL)の間に分配させた。有機抽出物をブラインで洗浄し、無水硫酸マグネシウムで乾燥し、濃縮した。この残渣を、10%から50%への酢酸エチルのヘプタン溶液勾配で溶離するシリカゲルカラムクロマトグラフィーに供して、標記生成物を白色固体として得た(32mg、58%)。1H−NMR(クロロホルム−d)δ:7.14−7.47(m, 15H), 6.02(d, J=8.6Hz, 1H), 5.83(t, J=54.2Hz, 1H), 5.35(s, 1H), 4.96(d, J=11.3Hz, 1H), 4.73(d, J=12.5Hz, 1H), 4.58(d, J=11.3Hz, 1H), 4.45(d, J=12.1Hz, 1H), 4.41 2H), 4.34−4.40(m, 1H), 4.08(d, J=3.9Hz, 1H), 3.96(d, J=9.0Hz, 1H), 3.67−3.75(m, 1H), 3.59−3.65(m, 1H), 3.53(dd, J=9.8,3.9Hz, 1H), 3.46(d, J=8.6Hz, 1H). 13C−NMR(クロロホルム−d)δ:162.6, 138.0, 137.3, 128.8, 128.5, 128.4, 128.3, 128.1, 128.0, 127.8, 108.3(t, J=253.1Hz), 72.9, 71.6, 70.2, 69.3, 53.5. 19F−NMR(クロロホルム−d)δ:−126.1(d, J=53.1Hz). LCMS(ES−):2.05分, 538.2(M−H)-
tert−ブチル{(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ビス(ベンジルオキシ)−1−[(ベンジルオキシ)メチル]−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル}カルバメート(1−n−8)
(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ビス(ベンジルオキシ)−1−((ベンジルオキシ)メチル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−4−アミン(1−n−l)(120mg、0.26mmol)及びN,N−ジメチルアミノピリジン(DMAP)(6.4mg、0.052mmol)及びテトラヒドロフラン(2mL)の攪拌混合物に、ジ−tert−ブチルジカーボネート(113mg、0.52mmol)を室温で一度に加えた. この反応混合物を室温で16時間撹拌し、減圧下で濃縮した。この残渣を、中における10%から40%への酢酸エチルヘプタン溶液の勾配で溶離させるシリカゲルカラムで精製して、表題の生成物を白色固体として得た(104mg、71%)。1H−NMR(クロロホルム−d)δ:7.17−7.45(m, 15H), 5.35(s, 1H), 4.97(d, J=11.3Hz, 1H), 4.74(d, J=12.1Hz, 1H), 4.57(d, J=11.3Hz, 2H), 4.47(d, J=7.0Hz, 1H), 4.39(s, 2H), 4.09(br.s, 1H), 4.01(d, J=3.9Hz, 1H), 3.93(d, J=9.0Hz, 1H), 3.63−3.71(m, 1H),3.54−3.62(m, 1H),3.38−3.48(m, 2H),1.47(s, 9H)。13C−NMR(クロロホルム−d)δ:155.2, 138.2, 137.8, 137.4, 128.5, 128.4, 128.3, 128.3, 128.0, 127.9, 127.8, 127.8, 127.7, 102.2, 82.8, 79.4, 74.8, 73.7, 73.4, 72.0, 70.0, 69.4, 54.6, 31.9, 28.4. LCMS(AP+):2.25分, 462.2(M−Boc+H)+
N−[(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ジヒドロキシ−1−(ヒドロキシメチル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル]プロパンアミド(25)
N−(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ビス(ベンジルオキシ)−1−((ベンジルオキシ)メチル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−4−イル]プロパンアミド(1−n−5)(42mg、0.081mmol)、1−メチル−1,4−シクロヘキサジエン(0.093mL、0.81mmol)、活性炭上の10%Pd(20mg)及び2−プロパノール(2.5mL)の混合物を、80℃で3時間攪拌した。水(0.2mL)を加え、この混合物全体をシリカゲルにロードし、ロータリーエバポレーターで乾燥させた。この物質を、4%から15%へのメタノールのジクロロメタン溶液勾配で溶離させるシリカゲルカラムで精製して、表題化合物を無色ゴム状物として得た(12mg、60%)。1H−NMR(メタノール−d4)δ:5.21(d, J=1.6Hz, 1H), 3.95(dd, J=10.1,1.2Hz, 1H), 3.92(d, J=11.3Hz, 1H), 3.87(d, J=1H), 3.81(d, J=11.3Hz, 1H), 3.75(d, J=8.2Hz, 1H), 3.71−3.76(m, 2H), 3.68(d, J=8.2Hz, 1H), 3.35(s, 1H), 2.26(q, J=7.4Hz, 2H), 1.13(t, J=7.4Hz, 3H)。13C−NMR(メタノール−d4)δ:177.7, 102.6, 84.9, 70.4, 69.1, 69.0, 61.9, 56.0, 30.0, 10.3。LCMS(AP+):0.25分, 248.2(M+H)+
N−[(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ジヒドロキシ−1−(ヒドロキシメチル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル]−2,2,2−トリフルオロアセトアミド(24)
N−((1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ビス(ベンジルオキシ)−1−((ベンジルオキシ)メチル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−4−イル)−2,2,2−トリフルオロアセトアミド(1−n−3)(20mg、0.036mmol)、1−メチル−1,4−シクロヘキサジエン(0.093mL、0.81mmol)、活性炭上の10%Pd(20mg)及び2−プロパノール(2.5mL)の混合物を、80℃で3時間攪拌した。水(0.2mL)を加え、この混合物全体をシリカゲル上にロードし、ロータリーエバポレーターで乾燥させた。この物質を、4%から15%へのメタノールのジクロロメタン溶液勾配で溶離させるシリカゲルカラムで精製し、表題化合物を無色ゴム状物(7.2mg、69%)として得た。1H−NMR(メタノール−d4)δ:5.25(d, J=1.2Hz, 1H), 4.02(d, J=8.6Hz, 1H), 3.90(d, J=7.0Hz, 1H), 3.88−3.95(m, 2H), 3.82(d, J=11.7Hz, 1H), 3.78(d, J=7.8Hz, 1H), 3.71(d, J=7.8Hz, 1H), 3.35(s, 1H). 13C−NMR(メタノール−d4)δ:159.8,102.3,85.5,70.8,69.7,68.4,62.2,57.4. 19F−NMR(クロロホルム−d)δ:−77.0(s). LCMS(AP+):0.42分, 288.2(M+H)+
N−[(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ジヒドロキシ−1−(ヒドロキシメチル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル]メタンスルホンアミド(26)
N−((1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ビス(ベンジルオキシ)−1−((ベンジルオキシ)メチル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−4−イル)メタンスルホンアミド(1−n−4)(19mg、0.035mmol)、1−メチル−1,4−シクロヘキサジエン(0.093mL、0.81mmol)、活性炭上の10%Pd(20mg)及び2−プロパノール(2.5mL)の混合物を、80℃で3時間攪拌した。水(0.2ml)を加え、この混合物全体をシリカゲルにロードし、ロータリーエバポレーターで乾燥させた。この物質を、4%から15%へのメタノールのジクロロメタン溶液勾配で溶離するシリカゲルカラムで精製して、表題化合物を無色ゴム状物(6.4mg、68%)として得た。1H−NMR(メタノール−d4)δ:5.26(d, J=1.6Hz, 1H), 3.91(d, J=11.3Hz, 1H), 3.87(d, J=4.3Hz, 1H), 3.80(d, J=11.3Hz, 1H), 3.73(d, J=7.8Hz, 1H), 3.68(d, J=7.8Hz, 1H), 3.66−3.71(m, 1H), 3.37(dd, J=9.8,1.6Hz, 1H), 3.35(s, 1H), 3.04(s, 3H). 13C−NMR(メタノール−d4)δ:104.6, 85.1, 70.9, 69.8, 69.3, 62.0, 60.2, 41.7. LCMS(ES−):0.15分, 268.0(M−H)-
N−[(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ジヒドロキシ−1−(ヒドロキシメチル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル]−2,2−ジフルオロアセトアミド(27)
5mLのマイクロ波バイアル中において、2−プロパノール(1.0mL)及びテトラヒドロフラン(0.5mL)中の、N−{(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ビス(ベンジルオキシ)−1−[(ベンジルオキシ)メチル]−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル}−2,2−ジフルオロアセトアミド(1−n−7)(32.0mg、0.059mmol)の溶液に、1−メチル−1,4−シクロヘキサジエン(0.2mL、2mmol)を添加し、続いて炭素上の10%パラジウム(50%湿wt/wt、20.0mg、0mmol)を添加した。バイアルを密閉し、80℃に4時間加熱した。4時間後、TLC(10%メタノール/ジクロロメタン)により、反応は完了していないが所望の生成物が形成されていることが示された。追加の1−メチル−1,4−シクロヘキサジエン(0.2mLmg、2mmol)を加え、この反応物を再密閉し、80℃に一晩(18時間)加熱した。合計で22時間後、この反応物をメタノールで希釈し、ライフサイエンスアクロディスク社(Life Sciences Acrodisc)の25mmシリンジフィルターで濾過した。濾液を減圧下で濃縮した。この粗製物質を、CombiFlash・Rf(RediSep・4gシリカゲルカラム)を用い、0%から20%へのメタノール/ジクロロメタンの勾配で溶離して精製し、表題化合物を固体として得た(5.0mg、固体、31%)。方法C:3分間運転のLRMS[M+Na=292]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:6.06(t, J=54.2Hz, 1H), 5.25(s, 1H), 4.02(d, J=9.4Hz, 1H), 3.92(d, J=11.7Hz, 1H), 3.84−3.90(m, 2H), 3.81(d, J=11.7Hz, 1H), 3.78(d, J=8.2Hz, 1H), 3.70(d, J=8.2Hz, 1H).
N−[(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ジヒドロキシ−1−(ヒドロキシメチル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル]−3,3,3−トリフルオロプロパンアミド(28)
5mLのマイクロ波バイアル中において、2−プロパノール(1.0mL)及びテトラヒドロフラン(0.5mL)中の、N−{(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ビス(ベンジルオキシ)−1−[(ベンジルオキシ)メチル]−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]ピリジン−4−イル}−3,3,3−トリフルオロプロパンアミド(1−n−6)の溶液に、1−メチル−1,4−シクロヘキサジエン(0.2mL、1.75mmol)を添加した後、炭素上の10%パラジウム(50%湿wt/wt、20.0mg、0mmol)を添加した。バイアルを密閉し、80℃に4時間加熱した。4時間後、この反応物をメタノールで希釈し、ライフサイエンスアクロディスク社(Life Sciences Acrodisc)の25mmシリンジフィルターで濾過した。濾液を減圧下で濃縮した。この粗製物質を、CombiFlash・Rf(RediSep・4gシリカゲルカラム)を用い、0%から20%へのメタノール/ジクロロメタンの勾配で溶離して精製して表題化合物を固体として得た(15.3mg、73%)。LRMS[M+1=302]. 1H−NMR(メタノール−d4)δ:5.23(s, 1H), 3.99(d, J=9.8Hz, 1H), 3.92(d, J=11Hz, 1H), 3.87(d, J=4.3Hz, 1H), 3.81(d, J=11.3Hz, 1H), 3.76(d, J=8.2Hz, 1H), 3.71−3.74(m, 1H), 3.69(d, J=8.2Hz, 1H), 3.22(qd, J=10.7,2.5Hz, 2H)
N−{(1S,2R,3R,4R,5S))−2,3−ビス(ベンジルオキシ)−1−[(ベンジルオキシ)メチル]−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル}−N−メチルアセトアミド(1−o−1)
N−((1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ビス(ベンジルオキシ)−1−((ベンジルオキシ)メチル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−4−イル)アセトアミド(1−n−2)(19mg、0.038mmol)及びN,N−ジメチルホルムアミド(1.5mL)の攪拌混合物に、水素化ナトリウム(鉱油中の60%懸濁液)を室温で一度に加え、この混合物を30分間撹拌した。ヨードメタン(16mg、0.11mmol)を室温で一度に加えた。この反応混合物を室温で16時間撹拌し、酢酸エチル(3mL)、ブライン(2mL)及び水(2mL)の間に分配させた。有機抽出物をブラインで洗浄し、無水硫酸マグネシウムで乾燥させ、減圧下で濃縮した。この残渣を、10%から50%への酢酸エチルのヘプタン溶液勾配で溶離するシリカゲルカラムで精製して、表題生成物を無色ゴム状物として得た(19mg、97%)。回転異性体の混合物(3:1). 回転異性体l:1H−NMR(クロロホルム−d)d:7.21−7.43(m, 15H), 5.37(s, 1H), 4.93(d, J=10.9Hz, 1H), 4.65(d, J=11.7Hz, 1H), 4.54(d, J=11.3Hz, 1H), 4.50(d, J=11.7Hz, 1H), 4.37−4.45(m, 2H), 4.15(d, J=9.8Hz, 1H), 4.09(d, J=3.5Hz, 1H), 3.93(d, J=8.6Hz, 1H), 3.85(dd, J=10.1,3.5Hz, 1H), 3.78(d, J=8.2Hz, 1H), 3.64(d, J=8.2Hz, 1H), 3.45(d, J=8.6Hz, 1H), 2.80(s, 3H), 2.19(s, 3H). 回転異性体2:1H−NMR(クロロホルム−d)d:7.21−7.43(m, 15H), 5.27(s, 1H), 5.12(d, J=10.9Hz, 1H), 4.94−4.98(m, 1H), 4.74(d, J=12.1Hz, 1H), 4.56(d, J=11.7Hz, 1H), 4.46(d, J=11.3Hz, 1H), 4.37−4.46(m, 2H), 4.14−4.17(m, 1H), 3.97(d, J=8.6Hz, 1H), 3.82−3.89(m, 2H), 3.79(d, J=8.2Hz, 1H), 3.60−3.63(m, 1H), 2.71(s, 3H), 2.08(s, 3H). 13C−NMR(クロロホルム−d)d:172.2, 138.0, 137.3, 137.2, 128.6, 128.5, 128.5, 128.4, 128.1, 128.0, 127.9, 127.9, 127.9, 127.8, 103.2, 83.2, 75.2, 74.1, 73.8, 73.7, 73.0, 72.4, 70.1, 69.2, 61.2, 28.0, 22.2. LCMS(AP+):1.99分, 518.0(M+H)+
N−{(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ビス(ベンジルオキシ)−1−[(ベンジルオキシ)メチル]−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル}−N−メチルメタンスルホンアミド(1−o−2)
N−((1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ビス(ベンジルオキシ)−1−((ベンジルオキシ)メチル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−4−イル)メタンスルホンアミド(1−n−4)(19mg、0.035mmol)及びN,N−ジメチルホルムアミド(1.5mL)の攪拌混合物に、水素化ナトリウム(鉱油中の60%懸濁液)を室温で一度に加え、この混合物を30分間撹拌した。ヨードメタン(16mg、0.11mmol)を室温で一度に加えた。この反応混合物を室温で16時間撹拌し、酢酸エチル(3mL)、ブライン(2mL)及び水(2mL)の間に分配させた。有機抽出物をブラインで洗浄し、無水硫酸マグネシウムで乾燥させ、減圧下で濃縮した。この残渣を、10%から50%への酢酸エチルのヘプタン溶液勾配で溶離するシリカゲルカラムで精製して、表題生成物を無色ゴム状物として得た(11mg、56%)。1H−NMR(クロロホルム−d)δ:7.25−7.39(m, 15H), 5.39(d, J=0.8Hz, 1H), 4.93(d, J=11.7Hz, 1H), 4.80(d, J=11.3Hz, 1H), 4.58(d, J=11.3Hz, 1H), 4.45(d, J=11.7Hz, 1H), 4.43(d, J=11.7Hz, 1H), 4.41(d, J=11.7Hz, 1H), 4.21(d, J=3.5Hz, 1H), 4.18(d, J=10.5Hz, 1H), 3.98(d, J=8.6Hz, 1H), 3.87(dd, J=10.5, 3.9Hz, 1H), 3.82(d, J=8.6Hz, 1H), 3.62(d, J=8.2Hz, 1H), 3.45(d, J=9.0Hz, 1H), 2.83(s, 3H), 2.68(s, 3H). 13C−NMR(クロロホルム−d)δ:138.1, 137.3, 136.8, 128.7, 128.5, 128.4, 128.4, 128.1, 128.1, 128.0, 127.8, 128.1, 104.6, 82.9, 74.9, 73.8, 73.5, 73.3, 71.6, 70.3, 69.4, 59.7, 37.5, 29.5. LCMS(AP+):2.08分, 575.8(M+Na)+
tert−ブチル{(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ビス(ベンジルオキシ)−1−[(ベンジルオキシ)メチル]−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル}メチルカルバメート(1−o−3)
N,N−ジメチルホルムアミド(1.5mL)中の、tert−ブチル{(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ビス(ベンゾオキシ)−1−[(ベンジルオキシ)メチル]−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル}カルバメート(1−n−8)(100mg、0.178mmol)の撹拌溶液に、水素化ナトリウム(鉱油中の60%分散液、8.55mg、0.214mmol)を室温で加えた。この反応物を1時間撹拌した後、ヨードメタン(0.055mL、0.89mmol)を添加した。この反応物を室温で一晩撹拌した。24時間後、反応を水でクエンチし、酢酸エチルで3回抽出した。合わせた有機層を水、ブラインで洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥し、濾過し、減圧下で濃縮した。この粗物質を、CombiFlash・Rf(RediSep・12gシリカゲルカラム)を使用し、0%から100%への酢酸エチル/ジクロロメタン勾配で溶離して精製し、表題化合物(78mg、76%)を得た。方法C:3分間運転のLRMS[M+Na=598]。1H−NMR(化合物は2つの回転異性体の約1:1混合物である)。
回転異性体1:1H−NMR(メタノール−d4)δ:7.08−7.48(m, 15H), 5.26(s, 1H), 4.83−4.90(m, 1H), 4.73(d, J=11.7Hz, 1H), 4.47−4.58(m, 3H), 4.36−4.47(m, 2H), 4.21(d, J=3.5Hz, 1H), 3.98(dd, J=10.7, 3.3Hz, 1H), 3.92(dd, J=8.2Hz, 2H), 3.61(d, J=7.8Hz, 1H), 3.47(dd, J=8.6, 3.9Hz, 1H), 2.75(s, 3H), 1.42(s, 9H)
回転異性体2:1H−NMR(メタノール−d4)δ:7.08−7.48(m, 15H), 5.21(s, 1H), 4.83−4.90(m, 1H), 4.73(d, J=11.7Hz, 1H), 4.47−4.58(m, 3H), 4.36−4.47
(m, 2H), 4.21(d, J=3.5Hz, 1H), 3.98(dd, J=10.7, 3.3Hz, 1H), 3.92(d, J=8.2Hz, 1H), 3.61(d, J=7.8Hz, 1H), 3.47(dd, J=8.6, 3.9Hz, 1H), 2.70(s, 3H), 1.44−1.52(m, 9H)
N−[(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ジヒドロキシ−1−(ヒドロキシメチル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル]−N−メチルアセトアミド(29)
N−((1S,2R,3R,4R,5S))−2,3−ビス(ベンジルオキシ)−1−(ベンジルオキシ)メチル−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル)−N−メチルアセトアミド(1−o−1)(19mg、0.037mmol)、1−メチル−1,4−シクロヘキサジエン(0.093mL、0.81mmol)、活性炭上の10%Pd(20mg)及び2−プロパノール(2.5mL)の混合物を80℃で3時間攪拌した。水(0.2ml)を加え、この混合物全体をシリカゲルにロードし、ロータリーエバポレーターで乾燥させた。この物質を、4%から15%へのメタノールのジクロロメタン溶液勾配で溶離させるシリカゲルカラムで精製して、表題化合物を無色ゴム状物質(4.3mg、47%)として得た。1H−NMR(回転異性体の約1:1混合物)。
回転異性体1:1H−NMR(メタノール−d4)δ:5.20(s, 1H), 4.65(d, J=10.5Hz, 1H), 4.02−4.09(m, 1H), 3.89−3.98(m, 2H), 3.84(s, 1H), 3.78−3.82(m, 1H), 3.68(s, 1H), 3.11(s, 3H), 2.15(s, 3H)
回転異性体2:1H−NMR(メタノール−d4)δ:5.37(s, 1H), 4.02−4.09(m, 1H), 3.89−3.98(m, 3H), 3.84−3.87(m, 1H), 3.79−3.83(m, 1H), 3.71(d, J=8.2Hz, 1H), 2.98(s, 3H), 2.15(s, 3H)
13C−NMR(メタノール−d4)δ:175.4,104.85.8, 71.3, 69.7, 66.2, 62.3, 59.1, 28.8, 22.7. LCMS(ES−):0.41分, 246.2(M−H)―
N−[(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ジヒドロキシ−1−(ヒドロキシメチル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル]−N−メチルメタンスルホンアミド(30)
N−((1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ビス(ベンジルオキシ)−1−((ベンジルオキシ)メチル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−4−イル)−N−メチルメタンスルホンアミド(1−o−2)(11mg、0.020mmol)、1−メチル−1,4−シクロヘキサジエン(0.093mL、0.81mmol)、活性炭上の10%Pd(20mg)及び2−プロパノール(2.5mL)の混合物を、80℃で3時間撹拌した。水(0.2ml)を加え、この混合物全体をシリカゲルにロードし、ロータリーエバポレーターで乾燥させた。4%から15%へのメタノールのジクロロメタン溶液勾配で溶離させるシリカゲルカラムクロマトグラフィーにより、表題化合物を無色ゴム状物として得た(2.9mg、51%)。1H−NMR(メタノール−d4)δ:5.26(d, J=1.2Hz, 1H), 4.00−4.05(m, 1H), 3.92−3.96(m, 1H), 3.89−3.91(m, 1H), 3.84(d, J=1.2Hz, 1H), 3.77−3.83(m, 2H), 3.68(d, J=7.8Hz, 1H), 3.35(s, 3H), 2.93(s, 3H). 13C−NMR(メタノール−d4)δ:106.1, 85.5, 71.5, 69.7, 65.9, 62.6, 62.2, 37.8, 30.4. LCMS(ES−):0.42分, 282.0(M−H)-
tert−ブチル[(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ジヒドロキシ−1−(ヒドロキシメチル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル]メチルカルバメート(31)
5mLのマイクロ波バイアル中において、2−プロパノール(1.0mL)及びテトラヒドロフラン(0.5mL)中の、tert−ブチル{(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ビス(ベンジルオキシ)−1−[(ベンジルオキシ)メチル]−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル}メチルカルバメート(1−o−3)(75mg、0.13mmol)の溶液に、1−メチル−1,4−シクロヘキサジエン(0.18mL、1.56mmol)を添加し、続いて炭素上の10%パラジウム(50%湿wt/wt、20.0mg)を添加した。バイアルを密閉し、80℃に4時間加熱した。4時間後のTLC(10%メタノール/ジクロロメタン)により、反応は完結しなかったが、所望の生成物が形成されたことが示された。追加の1−メチル−1,4−シクロヘキサジエン(0.18mL、1.6mmol)を加え、この反応物を再封止し、80℃に一晩(18時間)加熱した。合計22時間後、この反応物をメタノールで希釈し、Life・Sciences・Acrodiscの25mmシリンジフィルターで濾過した。濾液を減圧下で濃縮した。この粗製物質を、CombiFlash・Rf(RediSep・4gシリカゲルカラム)を用い、0%から20%へのメタノール/ジクロロメタン勾配で溶離して精製し、表題化合物を固体として得た(29.0mg、73%)。方法C:3分間運転LRMS[M+Na=328]。化合物は、2つの回転異性体の約1:1混合物である:
回転異性体1:1H−NMR(メタノール−d4)δ::5.22(br.s., 1H), 4.19(d, J=10.6Hz, 1H), 4.00(d, J=10.6Hz, 1H), 3.90−3.95(m, 2H), 3.77−3.82(m, 2H), 3.67(d, J=7.6Hz, 1H), 2.94(s, 3H), 1.47(s, 9H)
回転異性体2:1H−NMR(メタノール−d4)δ:5.21(br.s., 1H), 4.05−4.10(m, 1H), 4.00(d, J=10.6Hz, 1H), 3.90−3.95(m, 2H), 3.77〜3.82(m, 2H), 3.67(d, J=7.6Hz, 1H), 2.94(s, 3H), 1.47(s, 9H)
(1S,2R,3R,4R,5S)−1−(ヒドロキシメチル)−4−(メチルアミノ)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−2,3−ジオール塩酸塩(32)
ジクロロメタン(5.0mL)中の、tert−ブチル[(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ジヒドロキシ−1−(ヒドロキシメチル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル]メチルカルバメート(31)(25.3mg、0.0829mmol)の溶液に、ジオキサン(0.518mL、2.07mmol)中の4.0M塩化水素を加え、この反応物を室温で48時間撹拌した。48時間後に、この反応物を減圧下で濃縮した。この粗製物質を酢酸エチル(5mL)で洗浄し、これにより固体が生成され、ヘプタン(10mL)で希釈し、減圧下で濃縮して、表題化合物を固体として得た(30.0mg、130%)。方法C:3分間運転LRMS[M+1=206]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:5.63(s, 1H), 3.90−3.97(m, 3H), 3.84(s, 2H), 3.78(d, J=8.2Hz, 1H), 3.10−3.20(m, 1H), 2.84(s, 3H)
N−[(1S,2R,6R,7R,8S)−4,4−ジメチル−1−(15−フェニル−2,5,8,11,14−ペンタオキサペンタデカ−1−イル)−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−7−イル]アセトアミド(l−e−3)
ジクロロメタン(30.0mL)中の、N−[(1S,2R,6R,7R,8S)−1−(ヒドロキシメチル)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−7−イル]アセトアミド(I−e−1)(1200mg、4.39mmol)及び13−ヨード−1−フェニル−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン
(Synthetic Metals,162(23)、2163−2170、2012参照、7000mg、17.76mmol)の溶液に、硫酸水素テトラブチルアンモニウム(2290mg、6.60mmol)を加え、続いて12.5M水酸化ナトリウム水溶液(30.0mL、380mmol)を加えた。この反応物を室温で64時間撹拌した。64時間後、この反応物を水及びジクロロメタンで希釈した。層を分離し、水層をジクロロメタンで更に2回抽出した。合わせた有機層を1N塩酸で洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。得られた粗製物質に酢酸エチル(50mL)を加え、30分間撹拌した。得られた沈殿物を濾過した。濾液を減圧下で濃縮した。この粗製物質を、CombiFlash・Rf(ISCO・RediSep・Gold・80gシリカゲルカラム)を用い、0%から100%への酢酸エチル/ヘプタン勾配で溶離した後に、直ちに0%から20%へのメタノール/ジクロロメタン勾配で溶離して表題化合物を得た(1267mg、53.5%)。方法C:1.5分間の運転LRMS[M+Na=562]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:7.13−7.45(m, 5H), 5.22(d, J=1.6Hz, 1H), 4.55(s, 2H), 4.30(d, J=5.9Hz, 1H), 4.15(t, J=6.4Hz, 1H), 3.89−3.97(m, 2H), 3.85(d, J=7.8Hz, 1H), 3.73−3.79(m, 2H), 3.58−3.71(m, 16H), 1.98(s, 3H), 1.48(s, 3H), 1.33(s, 3H)
N−[(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ジヒドロキシ−1−(15−フェニル}−2,5,8,11,14−ペンタオキサペンタデカ−1−イル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル]アセトアミド(33)
酢酸(4.0mL)、メタノール(1.0mL)及び水(1.0mL)の中のN−[(1S,2R,6R,7R,8S)−4,4−ジメチル−1−(15−フェニル−2,5,8,11,14−ペンタオキサペンタデカ−1−イル)−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−7−イル]アセトアミド(l−e−3)(60.0mg、0.11mmol)の溶液を、70℃に一晩加熱した。18時間後、この反応物を室温に冷却し、減圧下で濃縮した。この粗物質をトルエンで希釈し、減圧下で濃縮した。この粗製物質をトルエンで2回目に希釈し、減圧下で濃縮した。この粗製物質をCombiFlash・Rf(RediSep・4g・ゴールド・シリカゲルカラム)を用い、0%から20%へのメタノール/ジクロロメタン勾配で溶離して精製し、表題化合物をゴム状物として得た(42.5mg、77%)。方法C:3分間運転LRMS[M+1=500]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:7.14−7.45(m, 5H), 5.21(s, 1H), 4.55(s, 2H), 3.92−4.01(m, 2H), 3.88(d, J=4.3Hz, 1H), 3.77(d, J=7.8Hz, 1H), 3.70(dd, J=9.8,3.9Hz, 1H), 3.58−3.68(m, 18H), 1.98(s, 3H)
N−[(1S,2R,6R,7R,8S)−1−(13−アジド−2,5,8,11−テトラオキサトリデカ−1−イル)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−7−イル]アセトアミド(l−e−2)
N,N−ジメチルホルムアミド(200ml)中の、N−[(1S,2R,6R,7R,8S)−1−(ヒドロキシメチル)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2.6〜]ウンデカ−7−イル]アセトアミド(1−e−1)(10.0g、36.59mmol、1.0当量)溶液に、水酸化カリウム(8.21g、146.37mmol、4当量)を5℃(氷/水)で加えた。添加後、この反応混合物を5℃で30分間攪拌した。次いで、1−アジド−2−{2−[2−(2−ヨードエトキシ)エトキシ]エトキシ}エタン(36.13g、109.78mmol、3.0当量)を、5℃(氷/水)で反応混合物に添加した。この反応混合物を5℃(氷/水)で30分間攪拌し、この反応混合物を27℃に加熱して、27℃で18時間撹拌した。18時間後、この反応混合物を氷/水に注ぎ、ジクロロメタン(400mL)で3回抽出した。合わせた有機層を水(400ml)、ブライン(500ml)で3回洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥し、濾過し、濃縮して粗生成物を得た。この粗生成物を、ジクロロメタン:メタノール=100:1から40:1で溶離させるシリカゲルクロマトグラフィーにより、無色油状物としての表題化合物(10.0g、57.6%)へと精製した。方法C:3分間運転LRMS[M+45(ギ酸)=519]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:5.23(d, J=2.0Hz, 1H), 4.31(d, J=5.9Hz, 1H), 4.16(t, J=6.6Hz, 1H), 3.93−3.97(m, 1H), 3.90−3.93(m, J=2.0Hz, 1H), 3.86(d, J=7.8Hz, 1H), 3.78(d, J=3.9Hz, 1H), 3.75(d, J=1.6Hz, 1H), 3.61−3.71(m, 14H), 3.37(t, J=4.9Hz, 2H), 1.98(s, 3H), 1.49(s, 3H), 1.34(s, 3H)
N−[(1S,2R,3R,4R,5S)−1−(13−アジド−2,5,8,11−テトラオキサトリデカ−1−イル)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル]アセトアミド(34)
酢酸(6.0mL)、メタノール(1.45mL)及び水(1.45mL)中の、N−[(1S,2R,6R,7R,8S)−1−(13−アジド−2,5,8,11−テトラオキサトリデカ−1−イル)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−7−イル]アセトアミド(l−e−2)(82.0mg、0.17mmol)の溶液を、70℃で一晩加熱した。18時間後、この反応物を室温に冷却し、減圧下で濃縮した。この粗製物質をトルエンで希釈し、減圧下で濃縮した。この粗製物質をトルエンで2回目に希釈し、減圧下で濃縮した。この粗製物質をCombiFlash・Rf(RediSep・4g・ゴールド・シリカゲルカラム)を用い、0%から20%へのメタノール/ジクロロメタン勾配で溶離して精製し、表題化合物を油状物として得た(43.3mg、58%)。方法C:3分間運転LRMS[M−1=433]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:5.21(d, J=0.8, 1H), 3.98(d, J=9.8Hz, 1H), 3.94(d, J=9.8Hz, 1H), 3.89(d, J=4.3Hz, 1H), 3.78(d, J=7.8Hz, 1H), 3.72(dd, J=10.1,4.3Hz, 1H), 3.61−3.69(m, 16H), 3.38(t, J=4.9Hz, 2H), 1.99(s, 3H)
N−[(1S,2R,6R,7R,8S)−4,4−ジメチル−1−(2,5,8,11−テトラオキサテトラデカ−13−エンー1−イル)−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−7−イル]アセトアミド(l−e−4)
ジクロロメタン(1.5mL)中の、N−[(1S,2R,6R,7R,8S)−1−(ヒドロキシメチル)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ][6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−7−イル]アセトアミド(I−e−1)(50.0mg、0.18mmol)及び3−{2−[2−(2−ヨードエトキシ)エトキシ]エトキシ}プロパ−1−エン
(Organic Letters、5(11)、1887−1890、2003参照、139.0mg、0.463mmol)の溶液に、硫酸水素テトラブチルアンモニウム(95.3mg、0.275mmol)を加え、続いて12.5Mの水酸化ナトリウム水溶液(0.75mL、9.4mmol)を加えた。この反応物を室温で一晩撹拌した。18時間後、この反応物を水及びジクロロメタンで希釈した。層を分離し、水層をジクロロメタンで更に2回抽出した。合わせた有機層を1N塩酸、水で洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。得られた粗製物質を酢酸エチル(5mL)で希釈し、得られた沈殿物を室温で30分間撹拌した。この沈殿物を濾過し、濾過ケーキを酢酸エチル(2×5mL)で洗浄した。濾液を減圧下で濃縮した。この粗製物質を、CombiFlash・Rf(ISCO・RediSep・gold・4gシリカゲルカラム)を用い、0%から100%への酢酸エチル/ヘプタン勾配で溶離して精製した。次いで、カラムを0%から20%へのメタノール/ジクロロメタン勾配で溶離して、表題化合物(13.6mg、17%)を得た。方法C:1.5分間運転LRMS[M+Na=468]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:5.92(ddt, J=16.8, 10.9, 5.7Hz, 1H), 5.28(dd, J=17.4, 1.4Hz, 1H), 5.23(d, J=1.6Hz, 1H), 5.16(dd, J=10.3, 1.0Hz, 1H), 4.31(d, J=5.9Hz, 1H), 4.15(t, J=6.4Hz, 1H), 4.02(d, J=5.5Hz, 2H), 3.89−3.97(m, 2H), 3.86(d, J=7.8Hz, 1H), 3.73−3.80(m, 2H), 3.56−3.72(m, 12H), 1.98(s, 3H), 1.49(s,
3H), 1.34(s, 3H).
N−[(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ジヒドロキシ−1−(2,5,8,11−テトラオキサトリデカ−13−エン−1−イル)6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル]アセトアミド(35)
酢酸(1.0mL)、メタノール(0.25mL)及び水(0.25mL)中の、N−[(1S,2R,6R,7R,8S)−4,4−ジメチル−1−(2,5,8,11−テトラオキサテトラデカ−13−エン−1−イル)−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−7−イル]アセトアミド(l−e−4)(13.0mg、0.029mmol)の溶液を、70℃に一晩加熱した。18時間後、この反応物を室温に冷却し、減圧下で濃縮した。この粗製物質をトルエンで希釈し、減圧下で濃縮した。この粗製物質をトルエンで2回目に希釈し、減圧下で濃縮した。この粗製物質を、CombiFlash・Rf(RediSep・4g・ゴールド・シリカゲルカラム)を用い、0%から20%へのメタノール/ジクロロメタン勾配で溶離して粗製物質を精製し、表題化合物(6.5mg、55%)を得た。方法C:3分間運転LRMS[M+1=406]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:5.80−6.09(m, 1H), 5.28(dd, J=17.2,1.6Hz, 1H), 5.21(d, J=0.8Hz, 1H), 5.16(dd, J=10.5, 1.2Hz, 1H), 4.02(d, J=5.5Hz, 2H), 3.98(d, J=9.8Hz, 1H), 3.95(d, J=10.1Hz, 1H), 3.89(d, J=3.9Hz, 1H), 3.78(d, J=8.2Hz, 1H), 3.71(dd, J=10.0,4.5Hz, 1H), 3.57−3.68(m, 14H), 1.99(s, 3H).
N−[(1S,2R,6R,7R,8S)−4,4−ジメチル−1−(2,5,8,11−テトラオキサテトラデカ−13−イン−1−イル)−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−7−イル]アセトアミド(le−5)
ジクロロメタン(3mL)中の、N−[(1S,2R,6R,7R,8S)−4,4−ジメチル−1−(15−フェニル−2,5,8,11,14−ペンタオキサペンタデカ−1−イル)−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−7−イル]アセトアミド(I―e−1)(100.0mg、0.366mmol)及び3−{2−[2−(2−ヨードエトキシ)エトキシ]エトキシ}プロパ−1−イン
(Synthesis、(10)、1639−1644、2010参照、425.0mg、1.43mmol)の溶液に、硫酸水素テトラブチルアンモニウム(191mg、0.550mmol)を添加し、続いて12.5M水酸化ナトリウム水溶液(1.5mL、19mmol)を添加した。この反応物を室温で一晩撹拌した。18時間後、この反応物を水及びジクロロメタンで希釈した。層を分離し、水層をジクロロメタンで更に2回抽出した。合わせた有機層を1N塩酸、水で洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。得られた粗製物質を酢酸エチル(20mL)で希釈し、得られた沈殿物を室温で30分間撹拌した。この沈殿物を濾過し、フィルターケーキを酢酸エチル(2×15mL)で洗浄した。濾液を減圧下で濃縮した。この粗製物質をCombiFlash・Rf(ISCO・RediSep・gold・12gシリカゲルカラム)を用い、0%から100%への酢酸エチル/ヘプタン勾配で溶離して精製した。次いで、カラムを0%から20%へのメタノール/ジクロロメタン勾配で溶離して、表題化合物(70.0mg、43%)を得た。方法C:1.5分間運転LRMS [M + Na=466]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:5.23(d, J=1.6Hz, 1H), 4.31(d, J=5.9Hz, 1H), 4.19(d, J=2.3Hz, 2H), 4.16(t, J=6.4Hz, 1H), 3.90−3.97(m, 2H), 3.86(d, J=7.8Hz, 1H), 3.74−3.79(m, 2H), 3.60−3.72(m, 12H), 2.85(t, J=2.3Hz, 1H), 1.98(s, 3H), 1.49(s, 3H), 1.34(s, 3H)
N[(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ジヒドロキシ−1−(2,5,8,11−テトラオキサテトラデカ−13−イン−1−イル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル]アセトアミド(36)
酢酸(4.0mL)、メタノール(1.0mL)及び水(1.0mL)中の、N−[(1S,2R,6R,7R,8S)−4,4−ジメチル−1−(2,5,8,11−テトラオキサテトラデク−13−イン−1−イル)−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−7−イル]アセトアミド(l−e−5)(70.0mg、0.16mmol)の溶液を、70℃に一晩加熱した。18時間後、この反応物を室温に冷却し、減圧下で濃縮した。この粗製物質をトルエンで希釈し、減圧下で濃縮した。この粗製物質をトルエンで2回目に希釈し、減圧下で濃縮した。この粗製物質を、CombiFlash・Rf(RediSep・4g・ゴールド・シリカゲルカラム)を用い、0%から20%へのメタノール/ジクロロメタン勾配で溶離して精製し、表題化合物をゴム状物として得た(57.6mg、90%)。方法C:3分間運転LRMS[M+1=404]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:5.22(s, 1H), 4.19(d, J=1.8Hz, 2H), 3.98(d, J=10.0Hz, 1H), 3.94(d, J=10.0Hz, 1H), 3.89(d, J=4.1Hz, 1H), 3.78(d, J=8.2Hz, 1H), 3.71(dd, J=10.0, 4.1Hz, 1H), 3.60−3.69(m, 14H), 2.86(s, 1H), 1.99(s, 3H)
N−[(1S,2R,3R,4R,5S)−1−(13−アミノ−2,5,8,11−テトラオキサトリデカ−1−イル)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル]アセトアミド(37)
エタノール(2mL)中の、N−[(1S,2R,3R,4R,5S)−1−(13−アジド−2,5,8,11−テトラオキサトリデカ−1−イル)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル]アセトアミド(34)(40.0mg、0.092mmol)の溶液を、Hキューブに通した(条件:触媒(炭素上の10%パラジウム(30×4mm)、流速:1mL/分、温度:室温、圧力=全H2)。Hキューブに通した後にこの溶液を収集し、減圧下に濃縮し、ゴム状物として表題化合物を得た(17.2mg、46%)。方法C:3分間運転LRMS[M+1=409]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:5.21(s, 1H), 3.92−4.00(m, 2H), 3.89(d, J=3.9Hz, 1H), 3.78(d, J=8.2Hz, 1H), 3.69−3.748m, 1H), 3.61−3.69(m, 14H), 3.56(t, J=5.1Hz, 2H), 2.85(t, J=5.1Hz, 2H), 1.99(s, 3H)
N−[(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ジヒドロキシ−1−(13−ヒドロキシ−2,5,8,11−テトラオキサトリデカ−1−イル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル]アセトアミド(38)
N−[(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ジヒドロキシ−1−(15−フェニル−2,5,8,11,14−ペンタオキサペンタデカ−1−イル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル]アセトアミド(33)(43mg、0.086mmol)をメタノール(2mL)に溶解し、Hキューブに通した(条件:触媒(炭素上の20%水酸化パラジウム(30×4mm)、流速:1mL/分、温度:60℃、圧力=全H2)。H−キューブに通過させた後、溶液を収集し、減圧下で濃縮して、表題化合物を得た(32.2mg、91%)。1H−NMR(メタノール−d4)δ:5.21(s, 1H), 3.98(d, J=9.4Hz, 1H), 3.95(d, J=10.1Hz, 1H), 3.89(d, J=4.3Hz, 1H), 3.78(d, J=8.2Hz, 1H), 3.71(dd, J=9.8,4.3Hz, 1H), 3.61−3.69(m, 16H), 3.54−3.59(m, 2H), 1.99(s, 3H). 13C−NMR(メタノールd4)δ:174.1, 102.6, 84.3, 73.8, 72.5, 71.7, 71.7(2), 71.6, 71.5, 71.4, 70.5, 70.2, 69.0, 62.4, 56.4, 22.7
N−[(1S,2R,6R,7R,8S)−1−(13−ヒドロキシ−2,5,8,11−テトラオキサトリデカ−1−イル)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−7−イル]アセトアミド(l−e−6)
N−[(1S,2R,6R,7R,8S)−4,4−ジメチル−1−(15−フェニル−2,5,8,11,14−ペンタオキサペンタデカ−1−イル)−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−7−イル]アセトアミド(l−e−3)(2.897g、5.37mmol)をメタノール(150mL)に溶解し、Hキューブに通した(条件:触媒(炭素上の10%パラジウム(30×4mm)、流速:1mL/分、温度:60℃、圧力=全H2)。H−キューブに通過させた後、溶液を収集し、減圧下で濃縮して、表題化合物をゴム状物として得た(2.5g、100%)。方法C:1.5分間運転LRMS[M+1=450]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:5.23(d, J=1.6Hz, 1H), 4.31(d, J=5.9Hz, 1H), 4.16(t, J=6.4Hz, 1H), 3.89−3.97(m, 2H), 3.86(d, J=7.8Hz, 1H), 3.74−3.80(m, 2H), 3.60−3.71(m, 14H), 3.53−3.59(m, 2H), 1.98(s, 3H), 1.49(s, 3H), 1.34(s, 3H)
N−[(1S,2R,6R,7R,8S)−4,4−ジメチル−1−(13−オキソ−2,5,8,11−テトラオキサトリデカ−1−イル)−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−7−イル]アセトアミド(l−e−6a)
ジクロロメタン(5.0mL)中の、N−[(1S,2R,6R,7R,8S)−1−(13−ヒドロキシ−2,5,8,11−テトラオキサトリデカ−1−イル)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−7−イル]アセトアミド(l−e−6)(175mg、0.389mmol)の溶液に、Dess−Martin試薬(354mg、0.584mmol)を添加して混合物を得た。約30分後にこの反応物は概ね均質になった。3時間後、この反応混合物をジクロロメタンで希釈し、セライトのプラグを通して濾過し、ジクロロメタンで洗浄した。濾液を減圧下で濃縮した。この粗製物質を、CombiFlash・Rf(RediSep・24g・ゴールド・シリカゲルカラム)を用い、0%から20%へのメタノール/ジクロロメタン勾配で溶離して精製した。所望の生成物を含有する管を減圧下で濃縮した。得られた物質をジクロロメタン(4mL)で希釈し、エチルエーテル(10mL)で希釈して、白色沈殿物を得た。溶液をデカントし、固体をジクロロメタン(2mL)及びエチルエーテル(8mL)で希釈し、2回目にデカントした。デカントした溶液を、0.45μmのナイロン膜を備えたLife・Science・Acrodisc・25mmシリンジフィルターに通した。収集した溶液を減圧下で濃縮して、表題化合物をゴム状物(65.0mg、37%)として得た。方法C:3分間運転LRMS[M+1=448]。1H−NMR(クロロホルム−d)δ:9.74(s, 1H), 5.63(d, J=9.0Hz, 1H), 5.34(d, J=1.6Hz, 1H), 4.23(d, J=5.9Hz, 1H), 4.17(s, 2H), 4.09−4.15(m, 1H), 4.01(t, J=6.2Hz, 1H), 3.97(d, J=10.1Hz, 1H), 3.77−3.85(m, 3H), 3.68−3.76(m, 5H), 3.61−3.68(m, 7H), 2.03(s, 3H), 1.56(s, 3H), 1.36(s, 3H).
1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−オイック酸(38A)
テトラヒドロフラン/t−ブタノール(1.5mL/1.5mL)中の、N−[(1S,2R,6R,7R,8S)−4,4−ジメチル−1−(13−オキソ−2,5,8,11−テトラオキサトリデカ−1−イル)−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−7−イル]アセトアミド(l−e−6a)(60.0mg、0.13mmol)の溶液を、ガラスピペットを介して、2−メチル−2−ブテン(1.0mL)で処理し、続いて水(1.5mL)中の亜塩素酸ナトリウム(169.4mg、2.01mmol)及びリン酸ナトリウム(250.0mg、2.58mmol)(一塩基性及び一水和物、250mg、2.58mmol)の溶液で処理した。この反応物を室温で24時間攪拌させた。24時間後に、この反応混合物を水中に投入し、酢酸エチルで抽出した(3回)。有機層を廃棄した。水層を減圧下で濃縮し、得られた粗生成物をメタノール(10mL)及びジクロロメタン(100mL)に溶解し、得られた混合物を濾過した。濾液を減圧下で濃縮した。得られた物質をメタノール(5mL)及びジクロロメタン(50mL)に溶解し、得られた混合物を濾過した。濾液をCombiFlash・Rf(RediSep・4gシリカゲルカラム)を用い、0%から100%へのメタノール/ジクロロメタン勾配で溶離して精製し、表題化合物をナトリウム塩としてゴム状物として得た(40mg、なし、67%)。LRMS[M+1=424]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:5.24(s, 1H)4.14(2H)3.97(d, J=10.1Hz, 2H)3.90(d, J=3.9Hz, 1H)3.81(d, J=7.8Hz, 1H), 3.63−3.77(m, 15H), 2.01(s, 3H)
1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イルメタンスルホネート(l−e−7)
ジクロロメタン(12.4mL)中の、1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イルメタンスルホネート(1−e−6)(1117mg、2.49mmol)の溶液に、トリエチルアミン(1.05mL、7.45mmol)を加え、氷浴を用いて0℃に冷却した後、塩化メタンスルホニル(0.232mL、2.98mmol)を加えた。この反応物をゆっくりと室温まで温め、室温で1.5時間攪拌した。1.5時間後に反応を水でクエンチし、抽出した。層を分離し、水層をジクロロメタンで更に抽出した。合わせた有機層をブラインで洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥し、濾過し、減圧下で濃縮して、表題化合物を得、これは粗製の状態で次に進めた(1300.0mg、99.2%)。方法C:3分間運転LRMS[M+Na=550]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:5.23(d, J=2.0Hz, 1H), 4.34−4.40(m, 2H), 4.31(d, J=5.9Hz, 1H), 4.15(t, J=6.4, 1H), 3.89−3.97(m, 2H), 3.86(d, J=7.8Hz, 1H), 3.72−3.81(m, 4H), 3.59−3.71(m, 12H), 3.11(s, 3H), 1.98(s, 3H), 1.48(s, 3H), 1.34(s, 3H)
S−{1[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}エタンチオエート(1−e−8)
N,N−ジメチルホルムアミド(2mL)中の、1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イルメタンスルホネート(1−e−7)(125.0mg、0.237mmol)の溶液に、チオ酢酸カリウム(135mg、1.18mmol)を添加し、この反応物を室温で64時間撹拌した。64時間後、この反応物を水で希釈し、酢酸エチルで3回抽出した。合わせた有機層をブラインで洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。この粗製物質を、CombiFlash・Rf(RediSep・4gシリカゲルカラム)を用い、0%から20%へのメタノール/ジクロロメタン勾配で溶離して精製し、表題化合物をゴム状物として得た(95.2mg、79.2%)。方法C:3分間運転LRMS[M+Na=530]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:5.23(d, J=1.6Hz, 1H), 4.31(d, J=5.9Hz, 1H), 4.16(t, J=6.4Hz, 1H), 3.90〜3.97(m, 2H), 3.86(d, J=7.8Hz, 1H), 3.74−3.79(m, 2H), 3.55−3.72(m, 14H), 3.08(t, J=6.6Hz, 2H), 2.32(s, 3H), 1.98(s, 3H),1.49(s, 3H), 1.34(s, 3H)
S{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6、8−ジオキサビシクロ(3.2.1)オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}エタンチオエート(39)
酢酸(6.0mL)、メタノール(1.45mL)及び水(1.45mL)の中の、S−{1[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}エタンチオエート(1−e−8)(81.0mg、0.16mmol)の溶液を、70℃に一晩加熱した。18時間後、この反応物を室温に冷却し、減圧下で濃縮した。この粗製物質をトルエンで希釈し、減圧下で濃縮した。この粗製物質を、CombiFlash・Rf(RediSep・4g・ゴールド・シリカゲルカラム)を使用し、0%から20%へのメタノール/ジクロロメタン勾配で溶離して精製し、表題化合物をゴム状物として得た(53.7mg、72%)。方法C:3分間運転LRMS[M+1=468]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:5.23(s, 1H), 4.00(d, J=9.8Hz, 1H), 3.97(d, J=9.8ヘルツ, 1H), 3.91(d, J=4.3Hz, 1H), 3.80(d, J=7.8Hz, 1H), 3.73(dd, J=10.1,4.3Hz, 1H), 3.63−3.70(m, 14H), 3.60(t, J=6.6Hz, 2H), 3.10(t, J=2H), 2.34(s, 3H), 2.01(s, 3H)
N−{(1S,2R,3R,4R,5S)−2,3−ジヒドロキシ−1−[13−(ピリジン−2−イルジスルファニル)−2,5,8,11−テトラオキサトリデカ−1−イル]−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル}アセトアミド(40)
メタノール(3mL)中の、S−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6、8−ジオキサビシクロ(3.2.1)オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}エタンチオエート(39)(50mg、0.11mmol)の溶液に、続いてメタノール中の0.5Mナトリウムメトキシドの(1.28mL、0.642mmol)を加え、この反応物を室温で45分間撹拌した。45分後に、酢酸(42mg、0.70mmol、0.040mL)を加え、10分間撹拌した。このメタノール溶液を、メタノール(2mL)及び酢酸(1mL)の混合物中の2,2’−ジスルファンジイルジピリジン(35.3mg、0.160mmol)の撹拌溶液に滴下して加えた。この反応物を室温で2時間攪拌した。2時間後、この反応物を減圧下で濃縮した。CombiFlash・Rf(RediSep・gold・4gシリカゲルカラム)を用い、この粗製物質を0%から20%へのメタノール/ジクロロメタン勾配で溶離して精製し、表題化合物を得た(31.4mg、55%)。方法C:3分間運転LRMS[M+Na=557]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:8.39(d, J=4.3Hz, 1H), 7.94(d, J=8.2Hz, 1H), 7.83(td, J=7.8,1.6Hz, 1H), 7.22(d, J=6.8,5.3Hz, 1H), 5.21(s, 1H), 3.92−4.00(m, 2H), 3.88(d, J=4.3Hz, 1H), 3.77(d, J=7.8Hz, 1H), 3.71(t, J=6.0Hz, 3H), 3.59−3.67(m, 12H), 3.52−3.58(m, 2H), 3.02(t, J=6.0Hz, 2H), 1.99(s, 3H)
tert−ブチル{1,3−ビス(プロパ−2−イン−1−イルオキシ)−2−[(プロパ−2−イン−1−イルオキシ)メチル]プロパン−2−イル}カルバメート(1−f−3)
(1−f−3)の合成については、Journal of Organic Chemistry, 73(14),5602−5605、2008を参照されたい。
1,3−ビス(プロパ−2−イン−1−イルオキシ)−2−[(プロパ−2−イン−1−イルオキシ)メチル]プロパン−2−アミン塩酸(1−p−l)
ジクロロメタン(45mL)中の、tert−ブチル{1,3−ビス(プロパ−2−イン−1−イルオキシ)−2−[(プロパ−2−イン−1−イルオキシ)メチル]プロパン−2−イル}カルバメート(1−f−3)(3000mg、8.945mmol)の溶液に、ジオキサン中の4.0M塩化水素(20mL、89.4mmol)を加え、この反応物を室温で18時間撹拌した。18時間後に、この反応物を減圧下で濃縮して油状物を得た。この粗製混合物に酢酸エチル(20mL)を加え、得られた混合物を撹拌した。ヘプタン(20mL)を加え、この混合物を室温で2時間撹拌した。この物質を濾過し、フィルターケーキを酢酸エチルで洗浄し、2時間真空引きして乾燥し、表題化合物を得た(2140mg、88%)。1H−NMR(メタノール−d4)δ:4.25(s, 6H), 3.72(s, 6H), 2.97(s, 3H).
ベンジル[6−({1,3−ビス(プロパ−2−イン−1−イルオキシ)−2−[(プロパ−2−イン−1−イルオキシ)メチル]プロパン−2−イル}アミノ)−6−オキソ
ヘキシル]カルバメート(1−q―1)
N,N−ジメチルホルムアミド(4mL)及びテトラヒドロフラン(20.0mL)中の6−{[(ベンジルオキシ)カルボニル]アミノ}ヘキサン酸
(2910mg、11.0mmol)の溶液に、N−(3−ジメチルアミノプロピル)−N’−エチルカルボジイミド塩酸塩(1−p−1)(2150mg、11.0mmol)及び1−ヒドロキシベンゾトリアゾール(1480mg、11.0mmol)を加え、この反応物を室温で1時間撹拌し、その間に反応物は均一になった。1,3−ビス(プロパ−2−イン−1−イルオキシ)−2−[(プロパ−2−イン−1−イルオキシ)メチル]プロパン−2−アミン塩酸(2130mg、7.84mmol)を無希釈で前記攪拌溶液に一度に加え、続いてN,N−ジイソプロピルエチルアミン(5.46mL、31.4mmol)を添加し、この反応物を60℃に24時間加熱した。この反応物を室温に冷却し、24時間撹拌した。反応を水(150mL)でクエンチし、酢酸エチルで抽出した。水層を酢酸エチルで更に洗浄した。合わせた有機層をブラインで洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。CombiFlash・Rf(RediSep・80gシリカゲルカラム)を用い、0%から100%への酢酸エチル/ヘプタン勾配で溶離してこの粗製物質を精製することにより、表題化合物が油状物として得られ、これは放置すると固化した(3250mg、86%)。方法C:MassLynx\Acid_3.0Min.olp−LRMS[M+1=483]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:7.10−7.46(m, 5H), 5.06(s, 2H), 4.14(d, J=2.0Hz, 6H), 3.79(s, 6H), 3.03−3.20(m, 2H), 2.83(t, J=2.1Hz, 3H), 2.18(t, J=7.2Hz, 2H), 1.59(quin, J=7.3Hz, 2H), 1.44−1.54(m, 2H), 1.28−1.40(m, 2H)
6−(ピリジン−2−イルジスルファニル)ヘキサン酸(1−r−1)
エタノール(12.0mL)及び酢酸(0.291mL)の混合物中の2,2’−ジスルファンジイルジピリジン
(1490mg、6.75mmol)の溶液を窒素下で撹拌し、続いて酢酸エチル(6.0mL)中の6−スルファニルヘキサン酸
(1000.0mg、6.75mmol)を滴下により加えた。この反応物を室温で2時間攪拌した。2時間後、この反応物を減圧下で濃縮した。CombiFlash・Rf(RediSep・gold・40gシリカゲルカラム)を使用し、0%から100%への酢酸エチル(2%酢酸改質剤)/ヘプタン勾配で溶離してこの粗製物質を精製し、粗製の表題化合物(1170mg)を得た。この粗製物質をCombiFlash・Rf(RediSep gold 40gシリカゲルカラム)を使用し、0%から100%への酢酸エチル(2%酢酸改質剤)/ヘプタン勾配で溶離して再び精製して、表題化合物を油状物として得た(544mg、31%)。
1−{[6−(ピリジン−2−イルジスルファニル)ヘキサノイル]オキシ}ピロリジン−2,5−ジオン(1−s−1)
N,N−ジメチルホルムアミド(4mL)中の6−(ピリジン−2−イルジスルファニル)ヘキサン酸(1−r−1)(705mg、2.2mmol)の溶液に、N−ヒドロキシスクシンイミド(306mg、2.66mmol)を加え、続いてN−(3−ジメチルアミノプロピル)−N’−エチルカルボジイミド塩酸塩(520mg、2.66mmol)を加えた。この反応物を室温で一晩撹拌した。翌朝、反応を水でクエンチし、ジクロロメタンで3回抽出した。合わせた有機層を飽和重炭酸ナトリウム、ブラインで洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。この粗製物質をCombiFlash・Rf(RediSep・40g・goldカラム)を用い、0%から100%への酢酸エチル/ヘプタン勾配で溶離して精製し、標題化合物を得た(364mg、47%)。方法C:1.5分間運転LRMS[M+1=355]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:8.39(d, J=4.7Hz, 1H), 7.85−7.90(m, 1H), 7.77−7.84(m, 1H), 7.21(dd, J=6.6,5.5Hz, 1H), 2.77−2.90(m, 6H), 2.61(t, J=7.2Hz, 2H), 1.63−1.83(m, 4H), 1.46−1.59(m, 2H)
N−{(1,3−ビス(プロパ−2−イン−1−イルオキシ)−2−[(プロパ−2−イン−1−イルオキシ)メチル]プロパン−2−イル}−6−(ピリジン−2−イルジスルファニル)ヘキサンアミド(1−t−1)
N,N−ジメチルホルムアミド(2.0mL)中の1,3−ビス(プロパ−2−イン−1−イルオキシ)−2−[(プロパ−2−イン−1−イルオキシ)メチル]プロパン−2−アミン塩酸(1−p−1)(100.0mg、0.324mmol)の溶液に、N,N−ジイソプロピルエチルアミン(0.339mL、1.95mmol)を加え、10分間攪拌した後、1−{[6−(ピリジン−2−イルジスルファニル)ヘキサノイル]オキシ}ピロリジン−2,5−ジオン(1−s−1)(138mg、0.389mmol)を一度に加え、次いでこの反応物を60℃に16時間加熱した。16時間後、この反応物を水で希釈し、酢酸エチルで3回抽出した。合わせた有機層を水、ブラインで洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。CombiFlash・Rf(RediSep・12gシリカゲルカラム)を使用し、0%から100%への酢酸エチル/ヘプタン勾配で溶離してこの粗製物質を精製することにより、表題化合物をゴム状物として得た(66.7mg、43%)。方法C:1.5分間運転LRMS[M+Na=497]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:8.39(d, J=4.7Hz, 1H), 7.85−7.90(m, 1H), 7.78−7.84(m, 1H), 7.19−7.25(m, 1H), 4.06−4.23(m, 6H), 3.72−3.84(m, 6H), 2.78−2.87(m, 5H), 2.12−2.20(m, 2H), 1.71(quin, J=7.3Hz, 2H), 1.57(quin, J=7.3Hz, 2H), 1.36−1.50(m, 2H)
1−{[4−(ベンジルオキシ)ブタノイル]オキシ}ピロリジン−2,5−ジオン(1−u−1)
N,N−ジメチルホルムアミド(7.54mL)中の4−(ベンジルオキシ)ブタン酸(1000mg、3.77mmol)の溶液に、N−ヒドロキシスクシンイミド(521mg、4.52mmol)を加え、続いてN−(3−ジメチルアミノプロピル)−N’−エチルカルボジイミド塩酸塩(885mg、4.52mmol)を加えた。この反応物を室温で一晩撹拌した。翌朝、反応を水でクエンチし、ジクロロメタンで3回抽出した。合わせた有機層を飽和重炭酸ナトリウム、ブラインで洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。この粗製物質をCombiFlash・Rf(RediSep・40g・goldカラム)を用い、0%から100%への酢酸エチル/ヘプタン勾配で溶離して、表題化合物を得た(1098mg、100%)。方法C:1.5分間運転LRMS[M+Na=314]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:7.11−7.50(m, 5H), 4.51(s, 2H), 3.56(t, J=6.0Hz, 2H),
2.81(s, 4H), 2.73(t, J=7.2Hz, 2H), 1.99(quin, J=6.6Hz, 2H)
4−(ベンジルオキシ)−N−{1,3−ビス(プロパ−2−イン−1−イルオキシ)−2−[(プロパ−2−イン−1−イルオキシ)メチル]プロパン−2−イル]ブタンアミド(1−v−1)
N,N−ジメチルホルムアミド(5mL)中の1,3−ビス(プロパ−2−イン−1−イルオキシ)−2−[(プロパ−2−イン−1−イルオキシ)メチル]プロパン−2−アミントリフルオロ酢酸(1−p−1)(750.0mg、1.62mmol)の溶液に、N,N−ジイソプロピルエチルアミン(1.69mL、9.71mmol)を添加し、10分間撹拌した後に、N,N−ジメチルホルムアミド(1mL)中の1−{[4−(ベンジルオキシ)ブタノイル]オキシ}ピロリジン−2,5−ジオン(1−u−1)(566mg、1.94mmol)の溶液を加え、この反応物を60℃に72時間加熱した。72時間後に、この反応物を水で希釈し、酢酸エチルで3回抽出した。合わせた有機層を水、ブラインで洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。この粗製物質を、CombiFlash・Rf(RediSep・24gシリカゲルカラム)を用い、0%から100%への酢酸エチル/ヘプタン勾配で溶離することにより精製して、表題化合物をゴム状物として得た(495mg、なし、74%)。方法C:1.5分間運転LRMS[M+1=412]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:7.21−7.41(m, 5H), 4.51(s, 2H), 4.12(d, J=2.3Hz, 6H), 3.78(s, 6H), 3.51(t, J=6.2Hz, 2H), 2.28(t, J=7.2Hz, 2H), 1.79−1.94(m, 2H)
tert−ブチル(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)カルバメート(1−w−1)
撹拌棒を備えた50mLの丸底フラスコに、tert−ブチル{1,3−ビス(プロパ−2−イン−1−イルオキシ)−2−[(プロパ−2−イン−1−イルオキシ)メチル)プロパン−2−イル}カルバメート(1−f−3)(305.0mg、0.909mmol)を充填し、t−ブタノール(12mL)中のN−[(1S,2R,6R,7R,8S)−1−(13−アジド−2,5,8,11−テトラオキサトリデカ−1−イル)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−7−イル]アセトアミド(1−e−2)(1433.0mg、3.020mmol)の溶液を加えた後、水(5mL)を添加し、続いてアスコルビン酸ナトリウム(1840mg、9.09mmol)を無希釈で加え、この反応物を窒素で10分間パージした。硫酸銅(II)(147mg、0.909mmol)を1mLの水(脱イオン)に加え、室温で24時間攪拌した。24時間後、この反応混合物を飽和塩化アンモニウム(30mL)及び濃水酸化アンモニウム(3mL)に添加して反応を停止させ、ジクロロメタン(20mL)で3回抽出した。合わせた有機層を硫酸マグネシウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。CombiFlash・Rf(RediSep・80g・ゴールド・シリカゲルカラム)を使用し、0%から20%へのメタノール/ジクロロメタン勾配で溶離して粗製物質を精製することにより、標題化合物を白色泡状物として得た(789.0mg、なし、49.3%)。方法C:1.5分間運転LRMS[M+45−1=1804]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:8.00(s, 3H), 5.23(d, J=1.6Hz, 3H), 4.51−4.63(m, 12H), 4.29(d, J=5.9Hz, 3H), 4.16(t, J=6.4Hz, 3H), 3.87−3.96(m, 12H), 3.84(d, J=7.8Hz, 3H), 3.73−3.80(m, 6H), 3.64−3.72(m, 12H), 3.54−3.63(m, 30H), 1.98(s, 9H), 1.48(s, 9H), 1.40(s, 9H), 1.33(s, 9H)
N−(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)−6−(ピリジン−2−イルジスルファニル)ヘキサンアミド(1−x−1)
t−ブタノール(2mL)中の、N−{1,3−ビス(プロパ−2−イン−1−イルオキシ)−2−[(プロパ−2−イン−1−イルオキシ)メチル]プロパン−2−イル}−6−(ピリジン−2−イルジスルファニル)ヘキサンアミド(1−t−1)(66.0mg、0.14mmol)及びN−[(1S,2R,6R,7R,8S)−1−(13−アジド−2,5,8、11−テトラオキサトリデカ−1−イル)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−7−イル]アセトアミド(1−e−2)(219mg、0.459mmol)の溶液に、水(0.5mL、脱イオン水)を加えた。アスコルビン酸ナトリウム(84.3mg、0.417mmol)を固体として加え、この反応混合物を窒素で5分間パージした後、水(0.5mL、脱イオン水)中の硫酸銅(II)(6.73mg、0.0417mmol)を添加し、室温で24時間撹拌した。この反応混合物を飽和塩化アンモニウム(20mL)及び濃水酸化アンモニウム(2mL)に添加することにより反応を停止し、ジクロロメタン(15mL)で3回抽出した。合わせた有機層をブラインで洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。この粗製物質をCombiFlash・Rf(RediSep・12g・ゴールド・シリカゲルカラム)を用い、0%から20%へのメタノール/ジクロロメタン勾配で溶離して精製することにより、純粋でない表題化合物(105.0mg、なし、40%)を得た。CombiFlash・Rf(RediSep・4g・ゴールド・シリカゲルカラム)を用い、0%から20%へのメタノール/ジクロロメタン勾配で溶離して再びこの粗製物(105.0mg)を精製し、表題化合物をゴム状物として得た(94.5mg、36%)。方法C:MassLynx\Acid_3.0Min.olp−LRMS[M+Na=1921]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:8.38(d, J=4.7Hz, 1H), 7.97(s, 3H), 7.82−7.88(m, 1H), 7.78−7.81(m, 1H), 7.20(t, J=5.9Hz, 1H), 5.23(s, 3H), 4.52−4.62(m, 12H), 4.29(d, J=5.9Hz, 3H), 4.15(t, J=6.4Hz, 3H), 3.86−3.96(m, 12H), 3.81−3.85(m, 3H), 3.72−3.80(m, 12H), 3.54−3.71(m, 36H), 2.79(t, J=7.2Hz, 2H), 2.16(t, J=7.2Hz, 2H), 1.98(s, 9H), 1.64−1.73(m, 2H), 1.50−1.57(m, 2H), 1.48(s, 9H), 1.42(d, J=6.6Hz, 2H), 1.32(s, 9H)
ベンジル{6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソヘキシル}カルバメート(1−y−1)
撹拌棒を備えた250mL丸底フラスコに、ベンジル[6−({1,3−ビス(プロパ−2−イン−1−イルオキシ)−2−[(プロパ−2−イン−1−イル)メチル]プロパン−2−イル}アミノ)−6−オキソヘキシル]カルバメート(1−q−1)(880.0mg、1.82mmol)を充填し、t−ブタノール(26mL)中のN−[(1S,2R,6R,7R,8S)−1−(13−アジド−2,5,8,11−テトラオキサトリデカ−1−イル)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−7−イル]アセトアミド(1-e−2)(3075.0mg、6.8mmol)を加え、続いて水(12mL)を添加し、続いてアスコルビン酸ナトリウム(3690mg、18.2mmol)を無希釈で加え、この反応物を窒素で10分間パージした。硫酸銅(II)(294mg、1.82mmol)を水1mLにて加え、室温で24時間撹拌した。24時間後、この反応混合物を飽和塩化アンモニウム(50mL)及び水酸化アンモニウム(5mL)に加えて反応を停止させ、ジクロロメタン(45mL)で3回抽出した。合わせた有機層を硫酸マグネシウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。この粗製物質を、CombiFlash・Rf(RediSep・80g・ゴールド・シリカゲルカラム)を使用し、0%から20%へのメタノール/ジクロロメタン勾配で溶離することにより精製して、表題化合物を固体の純粋でない表題化合物として得た(1890.0mg、54.4%)。この粗製物(1270.0mg、36.5%)を、CombiFlash・Rf(RediSep・80g・ゴールド・シリカゲルカラム)を用い、0%から20%へのメタノール/ジクロロメタン勾配で溶離して表題化合物(607.0mg、17.5%)を得た。表題化合物の全収量2.497g(72%)。方法C:3分間運転LRMS[M+1=1907]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:7.99(s, 3H), 7.21−7.47(m, 5H), 5.25(d, J=1.6Hz, 3H), 5.07(s, 2H), 4.53−4.62(m, 12H), 4.31(d, J=5.9Hz, 3H), 4.18(t, J=6.4Hz, 3H), 3.88−3.98(m, 12H), 3.85(d, J=7.8Hz, 3H), 3.74−3.81(m, 12H), 3.53−3.71(m, 36H), 3.10(q, J=6.2Hz, 2H), 2.18(t, J=7.2Hz, 2H), 2.00(s, 9H), 1.53−1.65(m, 2H), 1.50(s, 11H), 1.34(s, 11H)
N−(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル)プロパン−2−イル)−6−(ピリジン−2−イルジスルファニル)ヘキサンアミド(41)
酢酸(4mL)、メタノール(1mL)及び水1.0mL)中の、N−(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)−6−(ピリジン−2−イルジスルファニル)ヘキサンアミド(I−x−l)(94.5mg、0.0498mmol)の溶液を、70℃に64時間加熱した。64時間後、この反応物を室温に冷却し、減圧下で濃縮した。この粗製物質をトルエンで希釈し、減圧下で濃縮した。この粗製物質をトルエンで2回目に希釈し、減圧下で濃縮して、純粋でない表題化合物をゴム状物(85.3mg)として得た。この粗製物質を、以下の条件を用いて逆相クロマトグラフィーで精製し、表題化合物をゴム状物として得た(47.6mg、53.8%)。
精製条件:
残渣をジメチルスルホキシド(1mL)に溶解し、逆相HPLCで精製した。カラム:Waters Sunfire C18 19×100、5u。移動相A:水中の0.05%TFA(v/v)。移動相B:アセトニトリル中の0.05%TFA(v/v)。勾配:8.5分で80%H2O/20.0%アセトニトリルから直線で65%H2O/35%アセトニトリルへ、9.0分まで0%H2O/100%MeCNへ、9.0から10.0分まで0%H2O/100%アセトニトリルを維持。流量:25mL/分。47.6mgの表題化合物をゴム状物として得た(保持時間2.87、観測された質量=890.4376)。
QC条件:
カラム:Waters Atlantis dC18 4.6×50、5u。移動相A:水中の0.05%TFA(v/v)。移動相B:アセトニトリル中の0.05%TFA(v/v)。3.75分で95.0%H2O/50%アセトニトリルから直線で50%H2O/50%アセトニトリルへ、4.0分まで5%H2O/95%アセトニトリルへ、4.0から5.0分まで5%H2O/95%アセトニトリルを維持。流量:2mL/分。保持時間2.87、観測された質量=890.4376。方法C:3分間運転LRMS[1/2M=889]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:8.41(d, J=4.7Hz, 1H), 7.99(s, 3H), 7.84−7.91(m, 2H), 7.26(t, J=5.9Hz, 1H), 5.21(s, 3H), 4.58(t, J=5.0Hz, 6H), 4.56(s, 6H), 3.95(t, J=8.8Hz, 6H), 3.89(t, J=5.0Hz, 6H), 3.86−3.88(m, 3H), 3.74−3.78(m, 9H), 3.71(dd, J=9.4,4.1Hz, 3H), 3.54−3.67(m, 42H), 2.80(t, J=7.0Hz, 2H), 2.16(t, J=7.3Hz, 2H), 1.99(s, 9H), 1.68(quin, J=7.3Hz, 2H), 1.50−1.57(m, 2H), 1.35−1.44(m, 2H)
N−[(1S,2R,3R,4R,5S)−1−(13−{4−[(3−[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル}メトキシ)メチル}−2−アミノプロポキシ)メチル]−1H−1,2,3−トリアゾール−1−イル}−2,5,8,11−テトラオキサトリデカ−1−イル)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル]アセトアミド−塩酸塩(42)。
酢酸(8.0mL)、メタノール(2.0mL)及び水(2.0mL)中の、tert
−ブチル(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)カルバメート(1−w−1)(210mg、0.119mmol)の溶液を、一晩70℃に加熱した。18時間後、この反応物を室温に冷却し、減圧下で濃縮した。この粗製物質をトルエン及びメタノールで希釈し、減圧下で濃縮した。この粗製物質をトルエンで2回目に希釈し、減圧下で濃縮した。この粗製物質をジクロロメタン(10mL)及びメタノール(4mL)で希釈し、これにジオキサン(2.0mL、8mmol)中の4.0M塩化水素を加えた。この反応混合物を室温で一晩撹拌した。18時間後、この反応物を減圧下で濃縮した。この粗製物質を酢酸エチル(1mL)で希釈し、これにヘプタン(10mL)を加え、減圧下で濃縮した。次いで、この物質を高真空下に18時間置き、表題化合物を固体として得た(198.8mg、106%)。方法C:3分間運転LRMS[M+Na=1561]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:8.13−8.21(m, 3H), 5.22(s, 3H), 4.71(s, 9H), 4.65(d, J=4.7Hz, 6H), 3.92−4.00(m, 12H), 3.90(d, J=4.3Hz, 3H), 3.58−3.80(m, 51H), 2.02(s, 9H)
6−アジド−N−(1,3−ビス[1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)ヘキサンアミド(43)
N,N−ジメチルホルムアミド(0.5mL)中の、N−[(1S,2R,3R,4R,5S)−1−(13−{4−[(3−[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル}メトキシ)メチル}−2−アミノプロポキシ)メチル]−1H−1,2,3−トリアゾール−1−イル}−2,5,8,11−テトラオキサトリデカ−1−イル)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル]アセトアミド−塩酸塩(42)(25mg、0.016mmol)の溶液に、N,N−ジイソプロピルエチルアミン(0.0111mL、0.0635mmol)を加え、10分間撹拌した後、無希釈の1−[(6−アジドヘキサノイル)オキシ]ピロリジン−2,5−ジオン
(PCT国際出願2011034951,2011年3月24日参照、6.05mg、0.0238mmol)を加え、この反応物を18時間、室温で攪拌した。次いで、この反応物を60℃に32時間加熱した。32時間後、この反応物を減圧下で濃縮した。この粗製物質をジメチルスルホキシド(1mL)で希釈してシリンジフィルターに通し、この粗製物質を以下に示す条件を用いて逆相クロマトグラフィーで精製し、表題化合物をゴム状物として得た(6.2mg、23%)。
精製条件:
残渣をジメチルスルホキシド(1mL)に溶解し、逆相HPLCで精製した。カラム:Waters Sunfire C18 19×100,5u。移動相A:水中の0.05%TFA(v/v)。移動相B:アセトニトリル中の0.05%TFA(v/v)。勾配:10.5分で90.0%H2O/10.0%アセトニトリルから直線で70%H2O/30%アセトニトリルへ、0.5分で70%H2O/30%アセトニトリルから直線で0%H2O/100%MeCNへ、11.0から12.0分まで0%H2O/100%アセトニトリルを維持。流量:25mL/分。
QC条件:
カラム:Waters Atlantis dC18 4.6×50、5u。移動相A:水中の0.05%TFA(v/v)。MobCe相B:アセトニトリル中の0.05%TFA(v/v)。4.0分で95.0%H2O/5.0%アセトニトリルから直線で5%H2O/95%アセトニトリルへ、4.0から5.0分まで5%H2O/95%アセトニトリルを維持。流量:2mL/分。保持時間1.77、観測された質量=839.7097。方法C:3分間運転LRMS[M+1=1678]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:8.00(s, 3H), 5.21(s, 3H), 4.58(t, J=4.7Hz, 6H), 4.57(s, 6H), 3.95(m, 9H), 3.85〜3.92(m, 9H), 3.74〜3.80(m, 9H), 3.71(dd, J=10.0,4.1Hz, 3H), 3.55〜3.68(m, 42H), 3.25(t, J=6.5Hz, 2H), 2.19(t, J=7.3Hz, 2H), 1.99(s, 9H), 1.52−1.62(m, 4H), 1.33−1.41(m, 2H)
N−(1,3−ビス[1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)ヘプタ−6−エナミド(44)
N,N−ジメチルホルムアミド(0.5mL)中の、N−[(1S,2R,3R,4R,5S)−1−(13−{4−[(3−[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル}メトキシ)メチル}−2−アミノプロポキシ)メチル]−1H−1,2,3−トリアゾール−1−イル}−2,5,8,11−テトラオキサトリデカ−1−イル)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル]アセトアミド−塩酸塩(42)(25mg、0.016mmol)の溶液に、N,N−ジイソプロピルエチルアミン(0.0111mL、0.0635mmol)を添加し、10分攪拌させた後に、無希釈の1−(ヘプタ−6−エノイルオキシ)ピロリジン−2,5−ジオン
(Angewandte Chemie、International Edition、51(25)、6144−6148、S6144/1−S6144/53、2012、5.36mg、0.0238mmol)に添加し、この反応物を室温で18時間撹拌させた。次いで、この反応物を60℃に32時間加熱した。32時間後、この反応物を減圧下で濃縮した。この粗製物質をジメチルスルホキシド(1mL)で希釈し、シリンジフィルターに通し、この粗製物質を逆相クロマトグラフィーで下記の条件を用いて精製し、表題化合物をゴム状物として得た(4.9mg、19%)。
精製条件:
残渣をジメチルスルホキシド(1mL)に溶解し、逆相HPLCで精製した。カラム:Waters Sunfire C18、19×100、5u。移動相A:0.05%TFA/水(v/v)。移動相B:アセトニトリル中の0.05%TFA(v/v)。10.5分で55%H2O/95%アセトニトリルから直線で55%H2O/45%アセトニトリルへ、0.5分で55%H2O/45%アセトニトリルから直線で0%H2O/100%MeCNへ、11.0分から12.0分まで0%H2O/100%アセトニトリルを維持。流量:25mL/分。
QC条件:
カラム:Waters Atlantis dC18、4.6×50、5u。移動相A:水中の0.05%TFA(v/v)。移動相B:アセトニトリル中の0.05%TFA(v/v)。4.0分で95.0%H2O/5.0%アセトニトリルから直線で5%H2O/95%アセトニトリルへ、4.0分から5.0分まで5%H2O/95%アセトニトリルを維持。流量:2mL/分。保持時間=1.81。観測された質量=825.2381。方法C:3分間運転LRMS[M−1=1647]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:7.99(s, 3H), 5.69−5.88(m, 1H), 5.21(s, 3H), 4.95(m, 2H), 4.51−4.63(m, 12H), 3.95(t, J=9.7Hz, 6H), 3.85−3.91(m, 9H), 3.74−3.81(m, 9H), 3.71(dd, J=9.4,4.1Hz, 3H), 3.54−3.68(m, 42H), 2.17(t, J=7.3Hz, 2H), 2.01−2.09(m, 2H), 1.99(s, 9H), 1.52−1.61(m, 2H), 1.39(quin, J=7.5Hz, 2H)
N−(1,3−ビス[1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)ヘプタ−6−イナミド(45)
N,N−ジメチルホルムアミド(0.5mL)中の、N−[(1S,2R,3R,4R,5S)−1−(13−{4−[(3−[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル}メトキシ)メチル}−2−アミノプロポキシ)メチル]−1H−1,2,3−トリアゾール−1−イル}−2,5,8,11−テトラオキサトリデカ−1−イル)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル]アセトアミド−塩酸塩(42)(25mg、0.016mmol)の溶液に、N,N−ジイソプロピルエチルアミン(0.0111mL、0.0635mmol)を添加し、10分間攪拌した後、無希釈の1−(ヘプト−6−イノイルオキシ)ピロリジン−2,5−ジオン
(PCT国際出願2007056389、2007年5月18日:5.31mg、0.0238mmol)を加え、この反応物を室温で18時間撹拌した。次いで、この反応物を60℃に32時間加熱した。32時間後、この反応物を減圧下で濃縮した。この粗製物質をジメチルスルホキシド(1mL)で希釈し、シリンジフィルターに通し、この粗製物質を以下の条件で逆相クロマトグラフィーを用いて精製して、表題化合物をゴム状物として得た(5mg、19%)。
精製条件:
残渣をジメチルスルホキシド(1mL)に溶解し、逆相HPLC(カラム:Waters Sunfire C18、19×100、5u)で精製した。移動相A:水中の0.05%TFA(v/v)。移動相B:アセトニトリル中の0.05%TFA(v/v)。10.5分で95%H2O/5.0%アセトニトリルから直線で55%H2O/45%アセトニトリルへ、0.5分で55%H2O/45%アセトニトリルから直線で0%H2O/100%MeCNへ、11.0分から12.0分まで0%H2O/100%アセトニトリルを維持。流量:25mL/分。
QC条件:
カラム:Waters Atlantis dC18、4.6×50、5u。移動相A:水中の0.05%TFA(v/v)。移動相B:アセトニトリル中の0.05%TFA(v/v)。4.0分で95.0%H2O/5.0%アセトニトリルから5%H2O/95%アセトニトリルへ、4.0分から5.0分まで5%H2O/95%アセトニトリルを維持。流量:2mL/分。保持時間=1.68。観測された質量=824.2237。方法C:3分間運転LRMS[1/2M=823]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:7.99(s, 3H), 5.21(s, 3H), 4.59(t, J=5.0Hz, 6H), 4.56(s, 6H), 3.95(t, J=10.0Hz, 6H), 3.85−3.92(m, 9H), 3.74−3.79(m, 9H), 3.71(dd, J=10.0, 4.1Hz, 3H), 3.54−3.67(m, 41H), 2.13−2.24(m, 6H), 1.99(s, 9H), 1.66(quin, J=7.5Hz, 2H), 1.50(quin, J=7.3Hz, 2H)
7−[(2,5−ジオキソピロリジン−1−イル)オキシ]−7−オキソヘプタン酸エチル(1−z−1)
N,N−ジメチルホルムアミド(6.0mL)中の7−エトキシ−7−オキソヘプタン酸
(448mg、2.38mmol)の溶液に、N−ヒドロキシスクシンイミド(329mg、2.86mmol)を加え、続いてN−(3−ジメチルアミノプロピル)−N’−エチルカルボジイミド塩酸塩(559mg、2.86mmol)を加えた。この反応物を室温で72時間撹拌した。72時間後、反応を水でクエンチし、ジクロロメタンで3回抽出した。合わせた有機層を飽和重炭酸ナトリウム、ブラインで洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。この粗製物質をCombiFlash・Rf(RediSep・40g・goldカラム)を用い、0%から100%への酢酸エチル/ヘプタンの勾配で溶離して精製して、表題化合物をゴム状物として得た(426mg、63%)。方法C:1.5分間運転LRMS[M+Na=308]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:4.12(q, J=7.0Hz, 2H), 2.83(s, 4H), 2.64(t, J=7.2Hz, 2H), 2.33(t, J=7.2Hz, 2H), 1.74(quin, J=7.4Hz, 2H), 1.58−1.68(m, 2H), 1.40−1.53(m, 2H), 1.24(t, J=7.0Hz, 3H).
7−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−7−オキソヘプタン酸(ナトリウム塩)(46)
N,N−ジメチルホルムアミド(0.5mL)中の、N−[(1S,2R,3R,4R,5S)−1−(13−{4−[(3−[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル}メトキシ)メチル}−2−アミノプロポキシ)メチル]−1H−1,2,3−トリアゾール−1−イル}−2,5,8,11−テトラオキサトリデカ−1−イル)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−4−イル]アセトアミド−塩酸塩(42)(30.0mg、0.019mmol)の溶液に、N,N−ジイソプロピルエチルアミン(0.0133mL、00762mmol)を加え、10分間撹拌した後に、無希釈の7−[(2,5−ジオキソピロリジン−1−イル)オキシ]−7−オキソヘプタン酸エチル(I−z−1)(7.4mg、0.026mmol)に加え、この反応物を室温で18時間撹拌した。次いで、この反応物を60℃に32時間加熱した。32時間後、この反応物を室温に冷却し、減圧下で濃縮した。この粗製物質をエタノール(1mL)及び水(0.03mL)で希釈し、続いて12.5M水酸化ナトリウム水溶液(0.015mL、0.190mmol)を添加した。この反応物を室温で3時間攪拌した。3時間後、この反応物を減圧下で濃縮した。この粗製物質をジメチルスルホキシド(1mL)で希釈し、シリンジフィルターで濾過した。この溶液を、以下の条件を用いて逆相クロマトグラフィーで精製し、表題化合物をゴム状物として得た(3.7mg、11%)。
精製条件
残渣をジメチルスルホキシド(1mL)に溶解し、逆相HPLC(カラム:Waters Sunfire C18、19×100、5u)で精製した。移動相A:水中の0.05%TFA(v/v))。移動相B:アセトニトリル中の0.05%TFA(v/v)。10.5分で90.0%H2O/10.0%アセトニトリルから直線で70%H2O/30%アセトニトリルへ、0.5分で70%H2O/30%アセトニトリルから直線で0%H2O/100%MeCNへ、11.0分から12.0分まで0%H2O/100%アセトニトリルを維持。流量:25mL/分。
QC条件
カラム:Waters Atlantis dC18、4.6×50、5u。移動相A:水中の0.05%TFA(v/v)。移動相B:アセトニトリル中の0.05%TFA(v/v)。4.0分で95.0%H2O/5.0%アセトニトリルから直線で5%H2O/95%アセトニトリルへ、4.0分から5.0分まで5%H2O/95%アセトニトリルを維持。流量:2mL/分。保持時間=1.58分。観察された質量=839.7097)。方法C:MassLynx\Acid_3.0Min.olp−LRMS[M+1=1681]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:7.99(s, 3H), 5.21(s, 3H), 4.58(t, J=4.7Hz, 6H), 4.56(s, 6H), 3.95(t, J=9.7Hz, 6H), 3.89(dt, J=9.8,4.8Hz, 9H), 3.74−3.79(m, 9H), 3.71(dd, J=10.0,4.1Hz, 3H), 3.53−3.67(m, 42H), 2.25(t, J=7.3Hz, 2H), 2.17(t, J=7.3Hz, 2H), 1.99(s, 9H), 1.58(dquin, J=14.3,7.3Hz, 4H), 1.31〜1.39(m, 1H),
ベンジル{6−[1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソヘキシル}カルバメート(47)
酢酸(6mL)、メタノール(1.5mL)及び水(1.5mL)中の、ベンジル{6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソヘキシル}カルバメート(1−y−1)(308mg、0.162mmol)の溶液を、70℃に64時間加熱した。64時間後、この反応物を室温に冷却し、減圧下で濃縮した。この粗製物質をトルエンで希釈し、減圧下で濃縮した。この粗製物質をトルエンで2回目に希釈し、減圧下で濃縮して、表題化合物を得た(286mg、なし、99%)。方法C:1.5分間運転LRMS[M+1=1787]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:7.98(s、3H)、7.19−7.43(m、5H)、5.21(s、3H)、5.06(s、2H)、4.50−4.66(m, 12H), 3.95(dd, J=9.6,5.7Hz, 6H), 3.86−3.91(m, 9H), 3.74−3.78(m, 9H), 3.71(dd, J=10.0, 4.1Hz, 3H), 3.54−3.67(m, 42H), 3.03−3.12(m, 2H), 2.11−2.24(m, 2H), 1.98(s, 9H), 1.51−1.63(m, 2H), 1.43−1.51(m, 2H), 1.33(d, J=6.6Hz, 2H).
6−アミノ−N−(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)ヘキサンアミド酢酸塩(48)
ベンジル{6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソヘキシル}カルバメート(47)(640mg、0.358mmol)を、メタノール(20.0mL)及び酢酸(0.041mL、0.717mmol)中に溶解させた。次いで、この溶液を以下のパラメーター(温度=50℃、流速=1.0mL/分、圧力=全H2(1bar))を使用し、炭素上の10%パラジウム(小カートリッジ)を用いたHキューブに通した。この溶液を集め、減圧下で濃縮して、表題化合物を白色泡状物として得た(572mg、93%)。方法C:3分間運転LRMS[M+1=1652]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:8.00(s, 3H), 5.21(s, 3H), 4.59(t, J=4.9Hz, 6H), 4.56(s, 6H), 3.95(d, J=9.8Hz, 6H), 3.85−3.92(m, 9H), 3.74−3.79(m, 9H), 3.69−3.74(m, 3H), 3.55−3.69(m, 42H), 2.91(t, J=7.6Hz, 2H), 2.20(t, J=7.2Hz, 2H), 1.99(s, 9H), 1.90(s, 3H), 1.52−1.68(m, 4H), 1.34−1.43(m, 2H)
N−{6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]―2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソヘキシル}−6−(2,5−ジオキソ−2,5−ジヒドロ−1H−ピロール−1−イル)ヘキサンアミド(49)
N,N−ジメチルホルムアミド(0.5mL)及びテトラヒドロフラン(0.5mL)中の、6−アミノ−N−(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)ヘキサンアミド(48)(60mg、0.036mmol)の溶液に、N,N−ジイソプロピルエチルアミン(0.0253mL、0.145mmol)及び1−{6−[(2,5−ジオキソピロリジン−1−イル)オキシ]−6−オキソヘキシル}−1H−ピロール−2,5−ジオン
(12.3mg、0.040mmol)を室温において16時間添加した。16時間後、この反応物を減圧下で濃縮した。この粗製物質を逆相クロマトグラフィーで以下の条件を用いて精製し、表題化合物をゴム状物として得た(15.4mg、23%)。
精製条件
残渣をジメチルスルホキシド(1mL)に溶解し、逆相HPLCにより精製した。カラム:Waters Sunfire C18、19×100、5u。移動相A:水中の0.05%TFA(v/v)。移動相B:アセトニトリル中の0.05%TFA(v/v)。勾配:10.5分で80%H20/20.0%アセトニトリルから直線で75%H2O/25%アセトニトリルへ、11.0分まで0%H2O/100%MeCNへ、11.0分から12.0分まで0%H2O/100%アセトニトリルを維持。流量:25mL/分。
QC条件
カラム:Waters Atlantis dC18、4.6×50、5u。移動相A:水中の0.05%TFA(v/v)。移動相B:アセトニトリル中の0.05%TFA(v/v)。勾配:4.0分で95%H2O/5.0%アセトニトリルから直線で5%H2O/95%アセトニトリルへ、4.0分から5.0分まで5%H2O/95%アセトニトリルを維持。流量:2mL/分。保持時間=1.69分。観察された質量観察=923.4907。方法C:3分間運転LRMS[M−1=1843]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:8.00(s, 3H), 6.80(s, 2H), 5.21(s, 3H), 4.59(t, J=5.0Hz, 6H), 4.56(s, 6H), 3.95(t, J=9.7Hz, 6H), 3.90(t, J=5.0Hz, 6H), 3.88(d, J=4.1Hz, 3H), 3.74−3.79(m, 9H), 3.71(dd, J=10.0, 4.1Hz, 3H), 3.55−3.68(m, 42H), 3.48(t, J=7.0Hz, 2H), 3.12(t, J=7.0Hz, 2H), 2.11−2.23(m, 4H), 1.99(s, 9H), 1.53−1.66(m, 6H), 1.48(quin, J=7.2Hz, 2H), 1.24−1.36(m, 4H)
N−{6−[1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソヘキシル}−6−[(ブロモアセチル)アミノ]ヘキサンアミド(50)
N,N−ジメチルホルムアミド(0.5mL)及びテトラヒドロフラン(0.5mL)中の、6−アミノ−N−(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)ヘキサンアミド(48)(60mg、0.036mmol)の溶液に、N,N−ジイソプロピルエチルアミン(0.0253mL、0.145mmol)及び6−[(ブロモアセチル)アミノ]ヘキサン酸ペンタフルオロフェニル
(Chemistr −A European Journal、14(16)、4939−4947、2008参照、16.7mg、0.0400mmol)を、室温で16時間加えた。16時間後、この反応物を減圧下で濃縮した。この粗製物質を、以下の条件で逆相クロマトグラフィーを用いて精製し、表題化合物をゴム状物として得た(4.4mg、6.4%)。観察された質量:944.1543。
精製条件
残渣をジメチルスルホキシド(1mL)に溶解し、逆相HPLCにより精製した。カラム:Waters Sunfire C18、19×100、5u。移動相A:水中の0.05%TFA(v/v)。移動相B:アセトニトリル中0.05%TFA(v/v)。勾配:10.5分で80%H2O/20.0%アセトニトリルから直線で75%H2O/25%アセトニトリルへ、11.0分まで0%H2O/100%MeCNへ、11.0分から12.0分まで0%H2O/100%アセトニトリルを維持。流量:25mL/分。
QC条件
カラム:Waters Atlantis dC18、4.6×50、5u。移動相A:水中の0.05%TFA(v/v)。移動相B:アセトニトリル中の0.05%TFA(v/v)。勾配:4.0分で95%H2O/5.0%アセトニトリルから直線で5%H2O/95%アセトニトリルへ、4.0分から5.0分まで5%H2O/95%アセトニトリルを維持。流量:2mL/分。保持時間=1.64分。観測された質量=944.1543。方法C:3分間運転LRMS[M+1=1886]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:7.99(s, 3H), 5.21(s, 3H), 4.57−4.62(m, 6H), 4.56(s, 6H), 3.92−3.98(m, 6H), 3.83−3.91(m, 10H), 3.80(s, 2H), 3.69−3.79(m, 12H), 3.54−3.68(m, 43H), 3.13(t, J=6.7Hz, 2H), 2.18(d, J=6.5Hz, 4H), 1.98(s, 9H), 1.59−1.67(m, 2H), 1.51−1.59(m, 4H), 1.48(br.s., 2H), 1.27−1.41(m, 4H)
9H−フルオレン−9−イルメチル{(1S)−1−シクロペンチル−2−[(2,5−ジオキソピロリジン−1−イル)オキシ]−2−オキソエチル}カルバメート(1−aa−1)
N,N’−ジシクロヘキシルカルボジイミド(247mg、1.2mmol)を、5〜10℃において、脱水テトラヒドロフラン(40mL)中の
(2S)−シクロペンチル{[(9H−フルオレン−9−イルメトキシ)カルボニル]アミノ}エタン酸
(380mg、1.04mmol)及びN−ヒドロキシスクシンイミド(137.6mg、1.2mmol)の溶液に少しずつ加えた。添加後、この混合物を室温で一晩攪拌した。この混合物を−20℃に冷却し、次いで濾過して副生成物を除去した。濾過ケーキを冷テトラヒドロフランで洗浄し、濾液を濃縮乾固し、フラッシュカラム(石油エーテル:酢酸エチル100:10から100:50で溶出)で精製して、表題化合物(380mg、79%)を得た。
N〜5〜−カルバモイル−N〜2〜−[(2S)−2−シクロペンチル−2−{[(9H−フルオレン−9−イルメトキシ)カルボニル]アミノ}アセチル]−L−オルニチン(1−ab−1)
水(15mL)中の(2S)−2−アミノ−5−(カルバモイルアミノ)ペンタン酸(151mg、0.86mmol)及び重炭酸ナトリウム(72.5mg、0.86mmol)の溶液に、テトラヒドロフラン(10mL)を0℃で加えた。得られた混合物に、1,2−ジメトキシ−エタン(15mL)中の9H−フルオレン−9−イルメチル{(1S)−1−シクロペンチル−2−[(2,5−ジオキソピロリジン−1−イル)オキシ]−2−オキソエチル}カルバメート(1−aa−1)(380mg、0.82mmol)の溶液を窒素下で滴下した。添加後、この混合物を室温で一晩撹拌した。この反応混合物をメチル−tert−ブチルエーテル(50mL)で4回洗浄した。有機相を捨て、水層を塩酸水溶液(1M)によりpH=3〜4に酸性化した。この溶液をクロロホルム/イソプロピルアルコール(4:1)(50mL)を用いて6回抽出した。合わせた有機層を硫酸ナトリウムで乾燥させ、乾固するまで濃縮して、表題化合物を白色固体として得た(403mg、93.7%)。
9H−フルオレン−9−イルメチル[(1S)−2−{[(2S)−5−(カルバモイルアミノ)−1−{[4−(ヒドロキシメチル)フェニル]アミノ}−1−オキソペンタン−2−イル]アミノ}−1−シクロペンチル−2−オキソエチル]カルバメート(1−ac−1)
ジクロロメタン/メタノール(30mL/15mL)中の、N〜5〜−カルバモイル−N〜2〜−[(2S)−2−シクロペンチル−2−{[(9H−フルオレン−9−イルメトキシ)カルボニル]アミノ}アセチル]−L−オルニチン(1−ab−1)(500mg、0.95mmol)及び4−アミノベンジルアルコール(470mg、3.82mmol)の溶液に、N−エトキシカルボニル−2−エトキシ−1,2−ジヒドロキノリン(708mg、2.86mmol)を加えた。次いで、この反応混合物を暗所において室温で一晩攪拌した。翌朝、この反応物を減圧下で濃縮し、残渣をメチルtert−ブチルエーテル(100mL×3)で洗浄した。次いで、濾過ケーキを分取HPLC(以下の条件を参照)により精製して、表題化合物を黄色固体として得た(31mg、5.1%)。1H−NMR(400MHz, DMSO)δ:9.95(s, 1H), 8.09(d, 1H), 7.90−7.88(d, 2H), 7.73−7.71(t, 2H), 7.55−7.53(t, 2H), 7.41(t, 2H), 7.34−7.30(t, 2H), 7.24−7.22(d, 2H), 5.96(t, 1H), 5.39(s, 2H), 5.11−5.08(t, 1H), 4.44−4.42(d, 3H), 4.32−4.23(m, 3H), 3.96−3.92(t, 1H), 3.01−3.00(m, 3H), 2.15−2.13(m, 1H), 1.66−1.24(m, 12H)、C354156についてのm/z:628.4(M+H)+、保持時間:4.213分
精製条件
カラム:DIKMA・Diamonsil(2)C18、200*20mm*5um。移動相:水中の30%アセトニトリル(0.1%TFA)から水中の50%アセトニトリル(0.1%TFA)。波長=220nm。ワークアップ:濃縮し、凍結乾燥する。
QC条件:
カラム:Ultimate・XB−C18、3*50mm、3um。保持時間:4.33分。移動相:A、水(4Lの水中の2.7mLのTFA)。B:アセトニトリル(4Lのアセトニトリル中の2.5mLのTFA)、溶離勾配1%から100%。波長:220nm。ee値:100%。カラム:Chiralcel・OD−3、50*4.6mm、I.D.3um。保持時間:1.923分。移動相:5%から40%のCO2中エタノール(0.05%DEA)。流速:2.5mL/分。波長:254nm。ee値=100%。カラム:AD−3、50*4.6mm、I.D.3μm。保持時間:1.981分。移動相:5%から40%のCO2中エタノール(0.05%DEA)。流速:2.5mL/分。波長:220nm
N〜2〜−[(2S)−2−アミノ−2−シクロペンチルアセチル]−N〜5〜カルバモイル−N−[4−(ヒドロキシメチル)フェニル]−L−オルニチンアミド(1−ad−1)
N,N−ジメチルホルムアミド(10mL)中の、9H−フルオレン−9−イルメチル[(1S)−2−{[(2S)−5−(カルバモイルアミノ)−1−{[4−(ヒドロキシメチル)フェニル]アミノ}−1−オキソペンタン−2−イル]アミノ}−1−シクロペンチル−2−オキソエチル]カルバメート(1−ac−1)(500mg、0.797mmol)の撹拌溶液に、窒素下に5℃でピペリジン(4mL)を滴下により加えた。この混合物を室温で1.5時間攪拌した。この反応物を濃縮乾固させた。この粗生成物をジクロロメタン(20mL)で洗浄し、濾過し、濾過ケーキを真空中で乾燥させ、固体として表題化合物(300mg、93.1%)を得、これを精製することなく次のステップに使用した。
N−[(1S)−2−{[(2S)−5−(カルバモイルアミノ)−1−{[4−(ヒドロキシメチル)フェニル]アミノ}−1−オキソペンタン−2−イル]アミノ}−1−シクロペンチル−2−オキソエチル]−6−(2,5−ジオキソ−2,5−ジヒドロ−1H−ピロール−1−イル)ヘキサンアミド(1−ae−1)
N,N−ジメチルホルムアミド(12mL)中のN〜2〜−[(2S)−2−アミノ−2−シクロペンチルアセチル]−N〜5〜カルバモイル−N−[4−(ヒドロキシメチル)フェニル]−L−オルニチンアミド(1−ad−1)(300mg、0.74mmol)の撹拌溶液に、1−{6−[(2,5−ジオキソピロリジン−1−イル)オキシ]−6−オキソヘキシル}−1H−ピロール−2,5−ジオン(272mg、0.889mmol)を3℃において窒素下で加えた。この混合物を室温で2時間撹拌した。この反応物をメチルtert−ブチルエーテル(250mL)に滴下して加え、室温で20分間撹拌し、濾過し、濾過ケーキを濃縮乾固して、表題化合物(300mg、67.8%)を固体として得、これを精製することなく次のステップに使用した。
N−5〜−カルバモイル−N〜2〜−[(2S)−2−シクロペンチル−2−{[6−(2,5−ジオキソ−2,5−ジヒドロ−1H−ピロール−1−イル)ヘキサノイル]アミノ}アセチル]−N−[4−({[(4−ニトロフェノキシ)カルボニル]オキシ}メチル)フェニル]−L−オルニチンアミド(1−af−1)
N,N−ジメチルホルムアミド(12mL)中の、N−[(1S)−2−{[(2S)−5−(カルバモイルアミノ)−1−{[4−(ヒドロキシメチル)フェニル]アミノ}−1−オキソペンタン−2−イル]アミノ}−1−シクロペンチル−2−オキソエチル]−6−(2,5−ジオキソ−2,5−ジヒドロ−1H−ピロール−1−イル)ヘキサンアミド(1−ae−1)(300mg、0.740mmol)の撹拌溶液に、ビス(4−ニトロフェニル)カーボネート(900mg、2.96mmol)及びN,N−ジイソプロピルエチルアミン(390mg、2.96mmol)を窒素下に3℃で添加した。この反応物を室温で一晩撹拌した。この反応物をメチルtert−ブチルエーテル(60mL)に滴下により添加し、室温で20分間撹拌し、濾過し、濾過ケーキをメチルtert−ブチルエーテル(100mL)で洗浄した。この粗生成物を真空中で乾燥し乾固させた。この粗生成物を、100:1から94:6へのジクロロメタン:メタノールで溶離するフラッシュカラムにより精製して、表題化合物を固体として得た(50mg、17.7%)。1H−NMR(400MHz, DMSO)δ:10.09(br, 1H), 8.33(d, 2H), 8.13(d, 1H), 7.93(d, 1H), 7.67−7.41(m, 6H), 7.01(s, 2H), 5.98(br, 1H), 5.43(s, 2H), 5.25(s, 2H), 4.39(m, 1H), 4.23−4.19(m, 1H), 3.37(m, 1H), 3.03−2.96(m, 2H), 2.14−2.11(m, 3H), 1.70−1.19(m, 19H)。LC−MS:C3745711についてのm/z:764.3(M+H)+。保持時間:0.823分。
4−{[(2R)−5−(カルバモイルアミノ)−2−{[(2R)−2−シクロペンチル−2−{[6−(2,5−ジオキソ−2,5−ジヒドロ−1H−ピロール−1−イル)ヘキサノイル]アミノ}アセチル]アミノ}ペンタノイル]アミノ}ベンジル{6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソヘキシル}カルバメート(51)
N,N−ジメチルホルムアミド(0.5mL)及びテトラヒドロフラン(0.3mL)中の、6−アミノ−N−(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)ヘキサンアミド(48)(45mg、0.027mmol)の溶液に、室温で18時間、N,N−ジイソプロピルエチルアミン(0.019mL、0.109mmol)及びN〜5〜−カルバモイル−N〜2〜−[(2S)−2−シクロペンチル−2−{[6−(2,5−ジオキソ−2,5−ジヒドロ−1H−ピロール−1−イル)ヘキサノイル]アミノ}アセチル]−N−[4−({[(4−ニトロフェノキシ)カルボニル]オキシ}メチル)フェニル]−L−オルニチンアミド(1−af−1)(20.8mg、0.0272mmol)を加えた。18時間後に試料を除去し、UPLCは所望の生成物の形成を示した。この粗製反応混合物を減圧下で濃縮した。得られた粗製物質を、以下の条件を用いて逆相クロマトグラフィーにより精製し、表題化合物をゴム状物として得た(21.7mg、35%)。
精製条件:
残渣をジメチルスルホキシド(1mL)に溶解し、逆相HPLCにより精製した。カラム:Waters Sunfire C18、19×100、5u。移動相A:水中の0.05%TFA(v/v)。移動相B:アセトニトリル中の0.05%TFA(v/v)。勾配:10.5分で75.0%H2O/25.0%アセトニトリルから直線で65%H2O/35%アセトニトリルへ、11.0分まで0%H2O/100%MeCNへ、11.0分から12.0分まで0%H2O/100%アセトニトリルを維持。流量:25mL/分。
QC条件:
カラム:Waters Atlantis dC18、4.6×50、5u。移動相A:水中の0.05%TFA(v/v)。移動相B:アセトニトリル中の0.05%TFA(v/v)。4.0分で95.0%H2O/5.0%アセトニトリルから直線で5%H2O/95%アセトニトリルへ、4.0分から5.0分まで5%H2O/95%アセトニトリルを維持。流量:2mL/分。保持時間=1.99分。観測された質量=1139.1254。方法C:1.5分間運転LRMS[1/2M=1138]。1H−NMR(メタノ
ール−d4)δ:7.99(s, 3H), 7.57(d, J=8.2Hz, 2H), 7.30(d, J=8.2Hz, 2H), 6.79(s, 2H), 5.21(s, 3H), 5.01(s, 2H), 4.55−4.64(m, 12H), 4.51(dd, J=9.0,5.1Hz, 1H), 4.43(q, J=7.2Hz, 1H), 4.16(d, J=9.4Hz, 1H), 3.95(d, J=9.8Hz, 6H), 3.85−3.91(m, 9H), 3.74−3.79(m, 9H), 3.71(dd, J=9.8,4.3Hz, 3H), 3.54−3.67(m, 41H), 3.47(t, J=7.0Hz, 2H), 3.16−3.26(m, 1H), 3.10−3.16(m, 1H), 3.07(t, J=6.8Hz, 2H), 2.24(q, J=7.7Hz, 3H), 2.16(t, J=7.4Hz, 2H), 1.99(s, 9H), 1.85−1.95(m, 1H), 1.42−1.84(m, 16H), 1.37(t, J=7.0Hz, 2H), 1.23−1.34(m, 5H)
N−(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)−3,19−ジオキソ−1−(ピリジン−2−イルジスルファニル)−7,10,13,16−テトラオキサ−4,20−ジアザヘキサコサン−26−アミド(52)
N,N−ジメチルホルムアミド(0.6mL)及びテトラヒドロフラン(0.6mL)中の、6−アミノ−N−(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)ヘキサンアミド酢酸塩(48)(70.0mg、0.041mmol)及びN−{15−[(2,5−ジオキソピロリジン−1−イル)オキシ]−15−オキソ−3,6,9,12−テトラオキサペンタデカ−1−イル}−3−(ピリジン−2−イル)プロパンアミド
(27.5mg、0.0491mmol)の溶液に、N,N−ジイソプロピルエチルアミン(0.0285mL、0.164mmol)を加えた。この反応物を室温で18時間撹拌した。18時間後、この反応物を減圧下で濃縮した。この粗製物質を以下の条件を用いて逆相クロマトグラフィーにより精製して、表題化合物をゴム状物として得た(47.7mg、56%)。方法C:3分間運転LRMS[1/3M+1=699]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:8.47(d, J=4.7Hz, 1H), 8.01(s, 3H), 7.93(d, J=3.5Hz, 2H), 7.30−7.38(s, 1H), 5.21(s, 3H), 4.57−4.62(m, 6H), 4.57(s, 6H), 3.92−3.99(m, 6H), 3.89(dd, J=10.7,4.9Hz, 9H), 3.74−3.80(m, 9H), 3,72(d, J=9.8,4.7Hz, 6H), 3.51−3.68(m, 55H), 3.35−3.41(m, 2H), 3.14(t, J=7.0Hz, 2H), 3.10(t, J=6.8Hz, 2H), 2.64(t, J=7.0Hz, 2H), 2.43(t, J=6.0Hz, 2H), 2.17(t, J=7.4Hz, 2H), 1.99(s, 9H), 1.52−1.61(m, 2H), 1.43−1.51(m, 2H), 1.27−1.38(m, 2H)
精製条件
残渣をジメチルスルホキシド(1mL)に溶解し、逆相HPLCにより精製した。カラム:Waters Sunfire C18、19×100、5u。移動相A:水中の0.05%TFA(v/v)。移動相B:アセトニトリル中の0.05%TFA(v/v)。勾配:8.5分で80.0%H2O/20.0%アセトニトリルから直線で70%H2O/30%アセトニトリルへ、9.0分まで0%H2O/100%MeCNへ、9.0から10.0分まで0%H2O/100%アセトニトリルを維持。流量:25mL/分。
QC条件
カラム:Waters Atlantis dC18、4.6×50、5u。移動相A:水中の0.05%TFA(v/v)。移動相B:アセトニトリル中の0.05%TFA(v/v)。勾配:4.0分で95.0%H2O/5.0%アセトニトリルから直線で5%H2O/95%アセトニトリルへ、4.0分から5.0分まで5%H2O/95%アセトニトリルを維持。流量:2mL/分。保持時間=1.78分。観察された質量=699.6404
N−(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)−3,31−ジオキソ−1−(ピリジン−2−イルジスルファニル)−7,10,13,16,19,22,25,28−オクタオキサ−4,32−ジアザオクタトリアコンタン−38−アミド(53)
N,N−ジメチルホルムアミド(0.6mL)及びテトラヒドロフラン(0.6mL)中の、6−アミノ−N−(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)ヘキサンアミド酢酸塩(48)(70.0mg、0.041mmol)及びN−{27−[(2,5−ジオキソピロリジン−1−イル)オキシ]−27−オキソ−3,6,9,12,15,18,21,24−オクタオキサヘプタコス−1−イル}−3−(ピリジン−2−イルジスルファニル)プロパンアミド
(30.1mg、0.041mmol)の溶液に、N,N−ジイソプロピルエチルアミン(0.0285mL、0.164mmol)を加えた。この反応物を室温で18時間撹拌した。18時間後、この反応物を減圧下で濃縮した。この粗製物質を、以下の条件を用いて逆相クロマトグラフィーにより精製し、表題化合物をゴム状物として得た(59.2mg、64%)。方法C:3分間運転LRMS[1/3M=757]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:8.47(d, J=5.1Hz, 1H), 8.01(s, 3H), 7.92(d, J=3.5Hz, 2H), 7.30−7.39(m, 6H), 5.21(s, 3H),4.57(s, 6H), 3.92−3.99(m, 6H), 3.86−3.92(m, H), 3.74(m, 6H), 3.77(m, 9H), 3.69−3.74(m, 6H), 3.50−3.68(m, 73H), 3.14(t, J=7.0Hz, 2H), 3.10(t, J=7.0Hz, 2H), 2.64(t, J=6.8Hz, 2H), 2.43(t, J=6.0Hz, 2H), 2.17(t, J=7.4Hz, 2H), 1.99(s, 9H), 1.53−1.63(m, 2H), 1.42−1.52(m, 2H), 1.32(dt, J=15.1, 7.5Hz, 2H)
精製条件
残渣をジメチルスルホキシド(1mL)に溶解し、逆相HPLCにより精製した。カラム:Waters Sunfire C18、19×100、5u。移動相A:水中の0.05%TFA(v/v)。移動相B:アセトニトリル中の0.05%TFA(v/v)。勾配:8.5分で80.0%H2O/20.0%アセトニトリルから直線で70%H2O/30%アセトニトリルへ、9.0分まで0%H2O/100%MeCNへ、9.0から10.0分までは0%H2O/100%アセトニトリルを維持。流量:25mL/分。
QC条件
カラム:Waters Atlantis dC18、4.6×50、5u。移動相A:水中の0.05%TFA(v/v)。移動相B:アセトニトリル中の0.05%TFA(v/v)。勾配:4.0分で95%H2O/5.0%アセトニトリルから直線で5%H2O/95%アセトニトリルへ、4.0分から5.0分まで5%H2O/95%アセトニトリルを維持。流量:2mL/分。保持時間=1.85分。観測された質量=758.405
6−アミノ−N−(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S、2R、6R、7R、8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)ヘキサンアミド(1−ag−1)
ベンジル−{6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソヘキシル}カルバメート(1−y−1)(1200mg、0.63mmol)を、メタノール(30mL)に溶解した。次いで、この溶液を、以下のパラメーター(温度=50℃、流速=1.0mL/分、圧力=全H2(1bar))を使用して、炭素上の10%パラジウム(小カートリッジ)を使用したH−キューブに通した。この溶液を収集した。試料を取り出したところ、UPLCは出発物質が残っていることを示した。上記のパラメーターを用いて、この反応物を2回目にH−キューブに通した。収集した溶液を減圧下で濃縮して、表題化合物を白色泡状物として得た(1039mg、93%)。方法C:1.5分間運転LRMS[1/2M=886]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:7.99(s, 3H), 5.23(d, J=1.6Hz, 3H), 4.45−4.62(m, 12H), 4.29(d, J=5.9Hz, 3H), 4.16(t, J=6.4Hz, 3H), 3.87−3.98(m, 12H), 3.73−3.85(m, 15H), 3.54−3.70(m, 36H), 2.87(t, J=7.6Hz, 2H), 2.20(t, J=7.2Hz, 2H), 1.98(s, 9H), 1.53−1.69(m, 4H), 1.48(s, 9H), 1.34−1.41(m, 2H), 1.33(s, 9H)
N−{6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソヘキシル}−6−(ピリジン−2−イルジスルファニル)ヘキサンアミド(1−ag−2)
N,N−ジメチルホルムアミド(0.5mL)及びテトラヒドロフラン(0.5mL)中の、6−アミノ−N−(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S、2R、6R、7R、8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)ヘキサンアミド(1−ag−1)(105.0mg、0.0593mmol)の溶液に、N,N−ジイソプロピルエチルアミン(0.031mL、0.178mmol)を添加し、10分間攪拌した後、1−{[6−(ピリジン−2−イルジスルファニル)ヘキサノイル]オキシ}ピロリジン−2,5−ジオン(1−s−1)(25.2mg、0.0711mmol)を加え、この反応物を16時間室温に加熱した。16時間後、この反応物を水(15mL)及びブライン(5mL)で希釈し、ジクロロメタン(20mL)で3回抽出した。合わせた有機層を水(20mL)、ブライン(20mL)で洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。この粗製物質をCombiFlash・Rf(RediSep・12g・シリカゲルカラム)を用い、0から20%へのメタノール/ジクロロメタン勾配で溶離して精製し、表題化合物を得た(56.6mg、50%)。方法C:MassLynx\Acid_3.0Min.olp−LRMS[1/2M+1=1006]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:8.39(d, J=4.7Hz, 1H), 7.98(s, 3H), 7.83−7.87(m, 1H), 7.77−7.83(m, 1H), 7.21(t, J=5.9Hz, 1H), 5.23(d, J=1.6Hz, 3H), 4.50−4.64(m, 12H), 4.29(d, J=5.9Hz, 3H), 4.16(t, J=6.4Hz , 3H), 3.87−3.96(m, 12H), 3.84(d, J=7.8Hz, 3H), 3.71−3.79(m, 15H), 3.54−3.70(m, 31H), 3.18−3.28(m, 2H), 3.13(q, J=6.5Hz, 2H), 2.82(t, J=7.2Hz, 2H), 2.12−2.23(m, 4H), 1.98(s, 9H), 1.71(quin, J=7.3Hz, 2H), 1.51−1.64(m, 6H), 1.44−1.51(m, 11H), 1.28−1.34(m, 11H)
N−{6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソヘキシル}−6−(ピリジン−2−イルジスルファニル)ヘキサンアミド(54)
酢酸(4mL)、メタノール(1mL)及び水(1mL)中の、N−{6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソヘキシル}−6−(ピリジン−2−イルジスルファニル)ヘキサンアミド(1−ag−2)(59mg、0.029mmol)の溶液を、70℃で24時間加熱した。24時間後、この反応物を室温に冷却し、減圧下で濃縮した。この粗製物質をトルエンで希釈し、減圧下で濃縮した。この粗製物質についてトルエンで2回目の希釈を行い、減圧下で濃縮して、粗製表題化合物(50.5mg、91%)を得た。この粗製物質を、以下の条件を用いた逆相クロマトグラフィーにより精製し、表題化合物をゴム状物として得た(25.2mg、45%)。
精製条件:
残渣をジメチルスルホキシド(1mL)に溶解し、逆相HPLCにより精製した。カラム:Waters Sunfire C18、19×100、5u。移動相A:水中の0.05%TFA(v/v)。移動相B:アセトニトリル中の0.05%TFA(v/v)。勾配:10.5分で80.0%H2O/20.0%アセトニトリルから直線で70%H2O/30%アセトニトリルへ、11.0分まで0%H2O/100%MeCNへ、11.0分から12.0分まで0%H2O/100%アセトニトリルを維持。流量:25mL/分。
QC条件:
カラム:Waters Atlantis dC18、4.6×50、5u。移動相A:水中の0.05%TFA(v/v)。移動相B:アセトニトリル中の0.05%TFA(v/v)。4.0分で95.0%H2O/5.0%アセトニトリルから直線で5%H2O/95%アセトニトリルへ、4.0分から5.0分まで5%H2O/95%アセトニトリルを維持。流量:2mL/分。保持時間=1.96分。観測された質量=946.5137。
方法C:MassLynx\Acid_3.0Min.olp−LRMS[1/2M+1=946]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:8.45(d, J=5.1Hz, 1H), 8.01(s, 3H), 7.94(d, J=3.1Hz, 2H), 7.29−7.36(m, 1H), 5.21(s, 3H), 4.57−4.62(m, 6H), 4.57(s, 6H), 3.92−4.00(m, 6H), 3.89(dd, J=10.7,4.9Hz, 9H), 3.74−3.80(m, 9H), 3.71(dd, J=10.1,4.3Hz, 3H), 3.53−3.68(m, 42H), 3.13(t, J=6.8Hz, 2H), 2.85(t, J=7.2Hz, 2H), 2.17(t, J=7.2Hz, H), 1.99(s, 9H), 1.71(quin, J=7.4Hz, 2H), 1.52−1.64(m, 4H), 1.45(td, J=15.0, 7.8Hz, 4H), 1.26−1.37(m, 2H)
2−(ピリジン−2−イルジスルファニル)エチル{6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソヘキシル}カルバメート(1−ag−3)
N,N−ジメチルホルムアミド(0.3mL)及びテトラヒドロフラン(0.3mL)中の、6−アミノ−N−(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S、2R、6R、7R、8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)ヘキサンアミド(1−ag−1)(61.4mg、0.0347mmol)の溶液に、N,N−ジイソプロピルエチルアミン(0.0241mL、0.139mmol)及び4−ニトロフェニル2−(ピリジン−2−イルジスルファニル)エチルカーボネート
(European Journal of Medicinal Chemistry、82,355−362、2014参照、18.0mg、0.051mmol)を、室温で16時間加えた。16時間後、この反応混合物を減圧下で濃縮した。この粗製物質をCombiFlash・Rf(RediSep・4g・ゴールド・シリカゲルカラム)を用い、0%から20%へのメタノール/ジクロロメタン勾配で溶離して精製し、表題化合物をゴム状物として得た(57.4mg、なし、83%)。方法C:MassLynx\Acid_3.0Min.olp−LRMS[1/2M+1=993]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:8.40(d, J=4.3Hz, 1H), 7.98(s, 3H), 7.83−7.89(m, 1H), 7.75−7.83(m, 1H), 7.15−7.25(m, 1H), 5.22(d, J=1.2Hz, 3H), 4.51−4.64(m, 12H), 4.29(d, J=5.9Hz, 3H), 4.23(t, J=6.2Hz, 2H), 4.15(t, J=6.4Hz, 3H)3.86−3.97(m, 12H), 3.83(d, J=7.8Hz, 3H), 3.72−3.79(m, 12H), 3.53−3.69(m, 36H), 3.05(t, J=5.7Hz, 4H), 2.17(t, J=7.0Hz, 2H), 1.98(s, 9H), 1.51−1.61(m, 2H), 1.48(s, 11H), 1.33(s, 11H)
2−(ピリジン−2−イルジスルファニル)エチル{6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1―[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソヘキシル}カルバメート(55)
酢酸(4.0mL),メタノール(1.0mL)及び水(1.0mL)中の、2−(ピリジン−2−イルジスルファニル)エチル{6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソヘキシル}カルバメート(1−ag−3)(57.4mg、0.0289mmol)の溶液を、24時間70℃に加熱した。24時間後、この反応物を室温に冷却し、減圧下で濃縮した。この粗製物質をトルエンで希釈し、減圧下で濃縮した。この粗製物質を、以下の条件を用いて逆相クロマトグラフィーにより精製し、表題化合物をゴム状物として得た(29.8mg、55%)。
精製条件:
残渣をジメチルスルホキシド(1mL)に溶解し、逆相HPLCにより精製した。カラム:Waters Sunfire C18、19×100、5u。移動相A:水中の0.05%TFA(v/v)。移動相B:アセトニトリル中の0.05%TFA(v/v)。勾配:10.5分で80.0%H2O/20.0%アセトニトリルから直線で70%H2O/30%アセトニトリルへ、11.0分まで0%H2O/100%MeCNへ、11.0分から12.0分まで0%H2O/100%アセトニトリルを維持。流量:25mL/分。
QC条件:
カラム:Waters Atlantis dC18、4.6×50、5u。移動相A:水中の0.05%TFA(v/v)。移動相B:アセトニトリル中の0.05%TFA(v/v)。4.0分で95.0%H2O/5.0%アセトニトリルから直線で5%H2O/95%アセトニトリルへ、4.0分から5.0分まで5%H2O/95%アセトニトリルを維持。流量:2mL/分。保持時間=1.91分。観測された質量=933.4313。方法C:MassLynx\Acid_3.0Min.olp−LRMS[1/2M+1=933]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:8.46(d, J=4.7Hz, 1H), 8.01(s, 3H), 7.86−7.97(m, 2H), 7.32(t, J=5.3Hz, 1H), 5.21(s, 3H), 4.55−4.62(m, 12H), 4.24(t, J=6.0Hz, 2H), 3.92−3.99(m, 6H), 3.85−3.92(m, 9H), 3.74−3.79(s, 3H), 3.71(dd, J=9.8,4.3Hz, 3H), 3.52−3.68(m, 42H), 2.99−3.15(m, 4H), 2.17(t, J=7.2Hz, 2H), 1.99(s, 9H), 1.56(quin, J=7.4Hz, 2H), 1.42−1.50(m, 2H), 1.24−1.38(m, 2H)
1−{[6−(4,4,5,5−テトラメチル−1,3,2−ジオキサボロラン−2−イル)ヘキサノイル]オキシ}ピロリジン−2,5(1−ah−1)
ジクロロメタン(5.0mL)中のクロロトリス(トリフェニルホスフィン)ロジウム(I)、ウィルキンソン触媒(39.7mg、0.0429mmol)の溶液を、窒素で10分間パージした後に、4,4,5,5−テトラメチル−1,3,2−ジオキサボロラン(299mg、2.34mmol、0.340mL)を滴下して加えた。この反応物を室温で10分間攪拌した。2,5−ジオキソピロリジン−1−イルヘキサ−5−エノエート
(Journal of the American Chemical Society、132(35)、12197−12199参照、2010,412mg、1.95mmol)をジクロロメタン(1.0mL)に溶解し、滴下して加えた。この反応物を室温で18時間攪拌した。翌朝、この反応物をジクロロメタンで希釈し、水で洗浄した。有機層を硫酸マグネシウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。この粗製物質をCombiFlash・Rf(RediSep・24g・ゴールド・シリカゲルカラム)を使用し、0%から100%への酢酸エチル/ヘプタン勾配で溶離して精製し、粗製表題化合物(366mg)を得た。この粗製表題化合物を、CombiFlash・Rf(RediSep・24g・ゴールド・シリカゲルカラム)を使用し、0%から100%への酢酸エチル/ヘプタン勾配で溶離して精製し、表題化合物を油状物として得た(271.0mg、なし、41.0%)。1H−NMR(メタノール−d4)δ:2.83(s, 4H), 2.61(t, J=7.4Hz, 2H), 1.71(quin, J=7.1Hz, 2H), 1.38−1.50(m, 4H), 1.24(s, 12H), 0.75(t, J=6.8Hz, 2H).
N−{6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソヘキシル−6−(4,4,5,5−テトラメチル−1,3,2−ジオキサボロラン−2−イル)ヘキサンアミド(1−ag−4)
N,N−ジメチルホルムアミド(0.6mL)及びテトラヒドロフラン(0.6mL)中の、6−アミノ−N−(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)ヘキサンアミド(1−ag−1)(200mg、0.113mmol)の溶液に、N,N−ジイソプロピルエチルアミン(0.0786mL、0.451mmol)を加え、続いて1−{[6−(4,4,5,5−テトラメチル−1,3,2−ジオキサボロラン−2−イル)ヘキサノイル]オキシ}ピロリジン−2,5−ジオン(1−ah−1)(57.4mg、0.169mmol)を加え、この反応物を室温で24時間攪拌した。24時間後、この反応物を減圧下で濃縮した。この粗製物質をCombiFlash・Rf(RediSep・12g・ゴールド・シリカゲルカラム)を用い、0%から20%へのメタノール/ジクロロメタン勾配で溶離して精製することにより、表題化合物をゴム状物として得た(209.0mg、なし、93%)。方法C:3分間運転LRMS[1/2M=998]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:7.98(s, 3H), 5.23(d, J=1.6Hz, 3H), 4.52−4.62(m, 12H), 4.29(d, J=5.9Hz, 3H), 4.16(t, J=6.4Hz, 3H), 3.87−3.97(m, 12H), 3.84(d, J=8.2Hz, 3H), 3.72−3.79(m, 12H), 3.54−3.69(m, 36H), 3.13(q, J=6.6Hz, 2H), 2.16(q, J=7.3Hz, 4H), 1.98(s, 9H), 1.52−1.66(m, 4H), 1.44−1.51(m, 11H), 1.35−1.43(m, 2H), 1.27−1.35(m, 13H), 1.18−1.25(m, 12H), 0.73(t, J=7.6Hz, 2H)
N−{6[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソヘキシル}−6−(4,4,5,5−テトラメチル−1,3,2−ジオキサボロラン−2−イル)ヘキサンアミド(56)
酢酸(4mL)、メタノール(1mL)及び水(1mL)中の、N−{6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソヘキシル−6−(4,4,5,5−テトラメチル−1,3,2−ジオキサボロラン−2−イル)ヘキサンアミド(1−ag−4)(104.0mg、0.0521mmol)の溶液を、70℃で24時間加熱した。24時間後、この反応物を室温まで冷却し、減圧下で濃縮した。この粗製物質をトルエンで希釈し、減圧下で濃縮した。この粗製物質をトルエンで2回目の希釈をし、減圧下で濃縮して、粗製標題化合物を得た(112.0mg、115%)。この粗製表題化合物の一部(52.7mg)を逆相クロマトグラフィーにより精製して、表題化合物をゴム状物として得た(18.2mg、19%)。
精製条件
残渣をジメチルスルホキシド(1mL)に溶解し、逆相HPLCにより精製した。カラム:Waters Sunfire C18 19×100・5u。移動相A:水中の0.05%TFA(v/v)。移動相B:アセトニトリル中の0.05%TFA(v/v)。勾配:8.5分で80.0%H2O/20.0%アセトニトリルから直線で65%H2O/35%アセトニトリルへ、9、0分まで0%H2O/100%MeCN、9.0分から10.0分まで0%H2O/100%アセトニトリルを維持。流量:25mL/分。
QC条件
カラム:Waters Atlantis dC18、4.6×50、5u。移動相A:水中の0.05%TFA(v/v)。移動相B:アセトニトリル中の0.05%TFA(v/v)。勾配:4.0分で95.0%H2O/5.0%アセトニトリルから直線で5%H2O/95%アセトニトリルへ、4.0分から5.0分まで5%H2O/95%アセトニトリルを維持。流量:2mL/分。保持時間=2分。観察された質量=938.9628。1H−NMR(メタノール−d4)δ:8.01(s, 3H), 5.21(s, 3H), 4.51−4.66(m, 12H), 3.95(dd, J=9.4,5.9Hz, 6H), 3.89(dd, J=11.7, 4.7Hz, 9H), 3.74−3.81(m, 9H), 3.71(dd, J=9.8,4.3Hz, 3H), 3.52−3.68(m, 42H), 3.13(t, J=2H), 2.17(q, J=7.0Hz, 4H), 1.99(s, 9H), 1.53−1.66(m, 4H), 1.45−1.52(m, 2H), 1.36−1.44(m, 2H), 1.27−1.35(m, 4H), 1.23(s, 12H), 0.73(t, J=7.6Hz, 2H)
7−[(1,3−ジヒドロキシプロパン−2−イル)アミノ]−7−オキソヘプタン酸エチル(1−ai−1)
N,N−ジメチルホルムアミド(1.0mL)中の7−[(2,5−ジオキソピロリジン−1−イル)オキシ]−7−オキソヘプタン酸エチル(1−z−1)(228.0mg、0.799mmol)の溶液に、N,N−ジイソプロピルエチルアミン(0.557mL、3.20mmol)を添加し、10分間撹拌した後、2−アミノプロパン−1,3−ジオール(72.8mg、0.799mmol)を加え、この反応物を室温で72時間攪拌した。72時間後、この反応物を水で希釈し、ジクロロメタンで3回抽出した。合わせた有機層をブラインで洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、粗製表題化合物(89.0mg、なし、43%)を得た。水層を減圧下で濃縮した。この粗製の濃縮水層をメタノール(5mL)及びジクロロメタン(10mL)で希釈した。この混合物をデカントし、最初の抽出からの粗製表題化合物と合わせた。この溶液を減圧下で濃縮した。この合わせた粗製物質を、CombiFlash・Rf(RediSep・12gシリカゲルカラム)を用い、0%から20%へのメタノール/ジクロロメタン勾配で溶離して精製することにより、表題化合物を得た(183.0mg、88%)。方法C:3分間運転LRMS[M+1=262]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:4.11(q, J=7.2Hz, 2H), 3.83−3.99(m, 1H), 3.60(d, J=5.5Hz, 4H), 2.31(t, J=7.2Hz, 2H), 2.23(t, J=7.4Hz, 2H), 1.63(quin, J=7.5Hz, 4H), 1.30−1.45(m, 2H), 1.24(t, J=7.0Hz, 3H)
7−[(2,2−ジメチル−1,3−ジオキサン−5−イル)アミノ]−7−オキソヘプタン酸エチル(1−aj−1)
N,N−ジメチルホルムアミド(2mL)中の7−[(1,3−ジヒドロキシプロパン−2−イル)アミノ]−7−オキソヘプタン酸エチル(1−ai−1)(180.0mg、0.689mmol)の溶液に、2,2−ジメトキシプロパン(0.53mL、4.13mmol)を加え、続いて(1S)−(+)−10−カンファースルホン酸(64.0mg、0.276mmol)を加えた。この反応物を70℃に72時間加熱した。72時間後、この反応物を室温に冷却し、水(20mL)及び酢酸エチル(10mL)の間に分配させた。層を抽出し、層を分離した。水層を酢酸エチル(10mL)で更に2回洗浄した。合わせた有機層を水、ブラインで洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、粗製の表題化合物を得た(94.0mg、なし、45%)。
7−[(2,2−ジメチル−1,3−ジオキサン−5−イル)アミノ]−7−オキソヘプタン酸(1−ak−1)
エタノール(5mL)中の7−[(2,2−ジメチル−1,3−ジオキサン−5−イル)アミノ]−7−オキソヘプタン酸エチル(1−aj−1)(94.0mg、0.31mmol)の溶液に、1.0M水酸化ナトリウム水溶液(1.5mL、1.5mmol)を加え、この反応物を室温で一晩撹拌した。翌朝、この反応物を減圧下で濃縮した。得られた粗製物質を1N塩酸(3.0mL)及び酢酸エチルで希釈した。層を分離し、有機層を酢酸エチルで更に2回抽出した。合わせた有機層をブラインで洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥し、濾過し、減圧下で濃縮して、粗製表題化合物を得た(29.4mg、なし、34%)。
N−{6[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソヘキシル}−N’−(1,3−ジヒドロキシプロパン−2−イル)ヘプタンジアミド(57)
N,N−ジメチルホルムアミド(0.3mL)及びテトラヒドロフラン(0.3mL)中の、7−[(2,2−ジメチル−1,3−ジオキサン−5−イル)アミノ]−7−オキソヘプタン酸(1−ak−1)(18.8mg、0.0688mmol)の溶液に、1−ヒドロキシベンゾトリアゾール(10.3mg、0.0762mmol)及びN−(3−ジメチルアミノプロピル)−N’−エチルカルボジイミド塩酸塩(14.9mg、0.0762mmol)を加え、この反応物を室温で1時間撹拌した。この反応混合物を、6−アミノ−N−(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)ヘキサンアミド(1−ag−1)(75.0mg、0.042mmol)を加え、続いてN,N−ジイソプロピルエチルアミン(0.0295mL、0.169mmol)を加え、この反応物を室温で16時間撹拌した。16時間後、この反応物を減圧下で濃縮した。この粗製物質を酢酸(4.0mL)、メタノール(1mL)及び水(1.0mL)に溶解し、70℃に24時間加熱した。24時間後、この反応物を室温に冷却し、減圧下で濃縮した。この粗製物質をトルエンで希釈し、減圧下で濃縮して、粗製表題化合物(175.0mg、220%)を得た。この表題化合物を、下記の条件を使用して逆相クロマトグラフィーにより精製し、表題化合物をゴム状物として得た(10.9mg、14%)。
精製条件:
残渣をジメチルスルホキシド(1mL)に溶解し、逆相HPLCにより精製した。カラム:Waters Sunfire C18、19×100、5u。移動相A:水中の0.05%TFA(v/v)。移動相B:アセトニトリル中の0.05%TFA(v/v)。勾配:8.5分で85.0%H2O/15.0%アセトニトリルから直線で75%H2O/25%アセトニトリルへ、9.0分まで0%H2O/100%MeCNへ、9.0分から10.0分まで0%H2O/100%アセトニトリルを維持。流量:25mL/分。
QC条件:
カラム:Waters Atlantis dC18、4.6×50、5u。移動相A:水中の0.05%TFA(v/v)。移動相B:アセトニトリル中の0.05%TFA(v/v)。4.0分で95.0%H2O/5.0%アセトニトリルから直線で5%H2O/95%アセトニトリルへ、4.0分から5.0分まで5%H2O/95%アセトニトリルを維持。流量:2mL/分。保持時間=1.53分。観測された質量=934.548。方法C:3分間運転LRMS[M+Na=1889]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:8.00(s, 3H), 5.21(s, 3H), 4.52−4.62(m, 12H), 3.95(t, J=9.4Hz, 6H), 3.85−3.91(m, 9H), 3.74−3.79(m, 9H), 3.71(dd, J=10.0,4.1Hz, 3H), 3.55−3.67(m, 47H), 3.12(t, J=6.7Hz, 2H), 2.22(t, J=7.3Hz, 2H), 2.17(t, J=7.3Hz, 4H), 1.98(s, 9H), 1.58−1.69(m, 4H), 1.51−1.57(m, 2H), 1.48(quin, J=7.2Hz, 2H), 1.26−1.40(m, 4H)
6−アジド−N−{6−[(1,3−ビス[(1−{1[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)−6−オキソヘキシル}ヘキサンアミド(1−ag−5)
N,N−ジメチルホルムアミド(0.6mL)及びテトラヒドロフラン(0.6mL)中の、6−アミノ−N−(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)ヘキサンアミド(1−ag−1)(300mg、0.169mmol)の溶液に、N,N−ジイソプロピルエチルアミン(0.118mL、0.677mmol)及び1−[(6−アジドヘキサノイル)オキシ]ピロリジン−2,5−ジオン(56.0mg、0.220mmol)を加えた。この反応物を室温で24時間攪拌した。24時間後、この反応物を減圧下で濃縮した。この粗製反応混合物を、CombiFlash・Rf(RediSep・24g・ゴールド・シリカゲルカラム)を用い、0%から20%へのメタノール/ジクロロメタン勾配で溶離して精製し、表題化合物をゴム状物として得た(269mg、83%)。方法C:3分間運転LRMS[1/2M+1=956]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:7.98(s, 3H), 5.22(s, 3H), 4.50−4.65(m, 12H), 4.29(d, J=5.9Hz, 3H), 4.16(t, J=6.5Hz, 3H), 3.83−3.95(m, 12H), 3.83(d, J=7.6Hz, 3H), 3.73−3.79(m, 12H), 3.55−3.71(m, 36H), 3.26−3.30(m, 2H), 3.14(q, J=6.5Hz, 2H), 2.18(q, J=7.6Hz, 4H), 1.98(s, 9H), 1.53−1.68(m, 6H), 1.45−1.51(m, 11H), 1.36−1.43(m, 2H), 1.29−1.36(m, 11H)
6−アジド−N−{6−(1,3−ビス[1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソヘキシル}ヘキサンアミド(58)
酢酸(3mL)、メタノール(0.75mL)及び水(0.75mL)中の、6−アジド−N−{6−[(1,3−ビス[(1−{1[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)−6−オキソヘキシル}ヘキサンアミド(1−ag−5)(25.0mg、0.013mmol)の溶液を、70℃に24時間加熱した。24時間後、この反応物を室温に冷却し、減圧下で濃縮した。この粗製物質をトルエンで希釈し、減圧下で濃縮して、表題化合物をゴム状物として得た(22.7mg、97%)。方法C:3分間運転LRMS[M+1=1791]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:7.99(s, 3H), 5.21(s, 3H), 4.51−4.66(m, 12H), 3.92−4.01(m, 6H), 3.89(dd, J=4.7Hz, 9H), 3.74−3.81(m, 9H), 3.71(dd, J=10.0,4.1Hz, 3H), 3.52−3.68(m, 42H), 3.25−3.30(m, 2H), 3.08−3.19(m, 2H), 2.13−2.23(m, 4H), 1.99(s, 9H), 1.54−1.69(m, 6H), 1.49(dt, J=14.4,7.2Hz, 2H), 1.36−1.44(m, 2H), 1.32(dd, J=14.8,6.2Hz, 2H)
1−{[6−(ベンジルオキシ)ヘキサノイル]オキシ}ピロリジン−2,5−ジオン(1−al−1)
N,N−ジメチルホルムアミド(20mL)中の6−(ベンジルオキシ)ヘキサン酸
(Synlett、(4)、693−697、2004参照、1400.0mg、6.298mmol)の溶液に、N−ヒドロキシスクシンイミド(870mg、7.56mmol)を加え、続いてN−(3−ジメチルアミノプロピル)−N’−エチルカルボジイミド塩酸塩(1480mg、7.56mmol)を加えた。この反応物を室温で一晩撹拌した。翌朝、反応を水でクエンチし、ジクロロメタンで3回抽出した。合わせた有機層を飽和重炭酸ナトリウム、ブラインで洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。CombiFlash・Rf(RediSep・40g・goldカラム)を使用し、0%から100%への酢酸エチル/ヘプタン勾配で溶離して粗製物質を精製することにより、表題化合物をゴム状物として得た(715mg、36%)。方法C:1.5分間運転LRMS[M+Na=342]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:7.22−7.42(m, 5H), 4.51(s, 2H), 3.53(t, J=6.4Hz, 2H), 2.85(s, 4H), 2.65(t, 7.4Hz, 2H), 1.76(quin, J=7.5Hz, 2H), 1.61−1.71(m, 2H), 1.47−1.59(m, 2H)
6−(ベンジルオキシ)−N−{6−[(1,3−ビス{1−{1−[[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソヘキシル}ヘキサンアミド(1−ag−6)
N,N−ジメチルホルムアミド(0.6mL)及びテトラヒドロフラン(0.6mL)中の、6−アミノ−N−(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)ヘキサンアミド(1−ag−1)(200mg、0.113mmol)の溶液に、N,N−ジイソプロピルエチルアミン(0.0786mL、0.451mmol)及び1−{[6−(ベンジルオキシ)ヘキサノイル]オキシ}ピロリジン−2,5−ジオン(1−al−1)(46.9mg、0.147mmol)を加え、この反応物を室温で24時間撹拌した。24時間後、この反応物を減圧下で濃縮した。CombiFlash・Rf(RediSep・12g・ゴールド・シリカゲルカラム)を用い、0%から20%へのメタノール/ジクロロメタン勾配で溶離することによりこの粗製物質を精製して、表題化合物をゴム状物として得た(203mg、91%)。1H−NMR(メタノール−d4)δ:7.98(s, 3H), 7.19−7.38(m, 5H), 5.23(d, J=1.2Hz, 3H), 4.52−4.64(m, 12H), 4.48(s, 2H), 4.29(d, J=5.9Hz, 3H), 4.15(t, J=6.4Hz, 3H), 3.86〜3.96(m, 12H), 3.83(d, J=7.8Hz, 3H), 3.72〜3.80(m, 12H), 3.54−3.70(m, 36H), 3.49(t, J=6.4Hz, 2H), 3.08−3.15(m, 2H), 2.12−2.26(m, 4H), 1.98(s, 9H), 1.51−1.68(m, 6H), 1.48(s, 11H), 1.37−1.44(m, 2H), 1.33(s, 11H)
6−(ベンジルオキシ)−N−{6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ)−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソヘキシル]ヘキサンアミド(59)
酢酸(6.0ml)メタノール)(1.5mL)及び水(1.5mL)中の、6−(ベンジルオキシ)−N−{6−[(1,3−ビス{1−{1−[[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}1H−2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソヘキシル}ヘキサンアミド(1−ag−6)(180.0mg、0.0911mmol)の溶液を、70℃に24時間加熱した。24時間後、この反応物を室温に冷却し、減圧下で濃縮した。この粗製物質をトルエンで希釈し、減圧下で濃縮した。この粗製物質をトルエンで2回目に希釈し、減圧下で濃縮して、表題化合物をゴム状物として得た(164.0mg、97.0%)。方法C:3分間運転LRMS[1/2M=928]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:7.99(s, 3H), 7.25−7.39(m, 5H), 5.21(s, 3H), 4.52−4.66(m, 12H), 4.48(s, 2H), 3.92−3.99(m, 6H), 3.84−3.91(m, 9H), 3.74−3.81(m, 9H), 3.71(dd, J=9.8,4.3Hz, 3H), 3.54−3.67(m, 42H), 3.49(t, J=6.4Hz, 2H), 3.08−3.17(m, 2H), 2.13−2.22(m, 4H), 1.99(s, 9H), 1.51−1.68(m, 6H), 1.48(t, J=7.4Hz, 2H), 1.39(dt, J=15.3, 7.8Hz, 2H), 1.26−1.35(m, 2H)
(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2−(アセチルオキシ)−1−{13−[4−(4,4−ビス{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ビス(アセチルオキシ)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}−6,13−ジオキソ−20−フェニル−2,19−ジオキサ−5,12−ジアザイコス−1−イル)−1H−1,2,3−トリアゾール−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカ−1−イル}−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−3−イルアセテート(l−am−1)
6−(ベンジルオキシ)−N−{6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ)−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソヘキシル]ヘキサンアミド(59)(130mg、0.07mmol)を、(3mL、40mmol)に溶解し、これに室温で無水酢酸(0.198mL、2.10mmol)を加えた。次いで、この反応物を50℃に一晩加熱した。翌朝、この反応物を減圧下で濃縮した。CombiFlash・Rf(RediSep・12g・ゴールド・シリカゲルカラム)を用い、0%から20%へのメタノール/ジクロロメタン勾配で溶離することによりこの粗製物質を精製して、表題化合物をゴム状物として得た(130.0mg、88%)。方法C:3分間運転LRMS[1/2M=1054]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:7.98(s, 3H), 7.16−7.39(m, 5H), 5.44(d, J=4.3Hz, 3H), 5.32(s, 3H), 5.10(dd, J=10.5, 4.3Hz, 3H), 4.52−4.60(m, 12H), 4.48(s, 2H)4.18(d, J=10.5Hz, 3H), 3.99(d, J=8.2Hz, 3H), 3.89(t, J=5.1Hz, 6H), 3.70−3.81(m, 12H), 3.52−3.67(m, 39H), 3.49(t, J=6.2Hz, 2H), 3.13(q, J=6.6Hz, 2H), 2.13−2.21(m, 13H), 1.94(d, J=1.6Hz, 18H), 1.51−1.68(m, 6H), 1.45−1.50(m, 2H), 1.37−1.43(m, 2H), 1.28−1.35(m, 2H)
N−{6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソヘキシル}−6−ヒドロキシヘキサンアミド(1−an−1)
(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2−(アセチルオキシ)−1−{13−[4−(4,4−ビス{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ビス(アセチルオキシ)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}−6,13−ジオキソ−20−フェニル−2,19−ジオキサ−5,12−ジアザイコス−1−イル)−1H−1,2,3−トリアゾール−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカ−1−イル}−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−3−イルアセテート(l−am−1)(110mg、0.0522mmol)をメタノール(10.0mL)に溶解し、次いで、この溶液を次のパラメーター(温度=60℃、流速=1.0mL/分、圧力=全H2(1bar))を用い、炭素上の10%パラジウム(小カートリッジ)を用いたHキューブに通した。この溶液を収集し、減圧下に濃縮し、ゴム状物として表題化合物を得た(91.6mg、87%)。方法C:3分間運転LRMS[1/2M=1009]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:7.98(s, 3H), 5.44(d, J=4.3Hz, 3H), 5.32(s, 3H), 5.10(dd, J=10.5,4.3Hz, 3H), 4.50−4.64(m, 12H), 4.18(d, J=10.5Hz, 3H), 3.99(d, J=8.2Hz, 3H), 3.90(t, J=4.9Hz, 6H), 3.71−3.82(m, 9H), 3.44−3.66(m, 44H), 3.08−3.19(m, 2H), 2.16−2.22(m, 4H), 2.15(s, 9H), 1.94(d, J=1.2Hz, 18H), 1.44−1.68(m, 8H), 1.27−1.42(m, 4H)
(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−1−{13−[4−({3−[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ビス(アセチルオキシ)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)-4-(アセチルアミノ)−2,3−ビス(アセチルオキシ)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクト−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル]メトキシ]メチル}−2−({6[(6−ヒドロキシヘキサノイル)アミノ]ヘキサノイル}アミノ)プロポキシ}メチル)−1H−1,2,3−トリアゾール−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカ−1−イル}−3−(アセチルオキシ)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−2−イルアセテート(60)
6−(ベンジルオキシ)−N−{6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソヘキシル}ヘキサンアミド(1−an−1)(31.0mg、0.017mmol)をメタノール(5mL)に溶解し、次いで、この溶液を次のパラメーター(温度=60℃、流速=1.0mL/分、圧力=全H2(1bar))を使用して、炭素上の10%パラジウム(小カートリッジ)を用いたHキューブに通した。この溶液を収集し、減圧下に濃縮し、ゴム状物として表題化合物を得た(7.9mg、27%)。方法C:3分間運転LRMS[M+1=1766]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:7.99(s, 3H), 5.21(s, 3H), 4.49−4.63(m, 12H), 3.92−4.00(m, 6H), 3.89(dd, J=3.5Hz, 9H), 3.74−3.79(m, 9H), 3.71(dd, J=9.8,4.3Hz, 3H), 3.53−3.67(m, 44H), 3.02−3.16(m, 2H), 2.18(td, J=7.3, 3.3Hz, 4H), 1.99(s, 9H), 1.44−1.72(m, 8H), 1.25−1.42(m, 4H)
S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル]−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]2−{[(1−{1−[1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル]−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル}メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソヘキシル}アミノ)−6−オキソヘキシル]カルバメート(1−ag−7)
N,N−ジメチルホルムアミド(1.5mL)及びテトラヒドロフラン(1.0mL)中の、6−アミノ−N−(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)ヘキサンアミド(1−ag−1)(222mg、0.125mmol)の溶液に、N,N−ジイソプロピルエチルアミン(0.0873mL、0.501mmol)及びベンジル{6−[(2,5−ジオキソピロリジン−1−イル)オキシ]−6−オキソヘキシル}カルバメート
(Journal of Heterocyclic Chemistry、23(3)、901−3、1986参照、68.1mg、0.188mmol)を加えた。この反応物を室温で24時間攪拌した。24時間後、この反応物を減圧下で濃縮した。この粗製反応混合物をCombiFlash・Rf(RediSep・12g・ゴールド・シリカゲルカラム)を用い、0%から20%へのメタノール/ジクロロメタン勾配で溶離することにより精製して、表題化合物をゴム状物として得た(250mg、99%)。方法C:3分間運転LRMS[1/2M+1=1010]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:7.98(s, 3H), 7.22−7.40(m, 5H), 5.22(d, J=1.2Hz, 3H), 5.06(s, 2H), 4.51−4.61(m, 12H), 4.29(d, J=5.9Hz, 3H), 4.16(t, J=6.4Hz, 3H), 3.86〜3.96(m, 12H), 3.83(d, J=7.8Hz, 3H), 3.73−3.79(m, 12H), 3.53−3.70(m, 36H), 3.04−3.19(m, 4H), 2.17(t, J=7.4Hz, 4H), 1.98(s, 9H), 1.58(td, J=14.5, 7.6Hz, 4H), 1.48(s, 13H), 1.33(s, 13H)
ベンジル[6−({6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソヘキシル}アミノ)−6−オキソヘキシル]カルバメート(61)
酢酸(8mL)、メタノール(2mL)及び水(2mL)中の、ベンジル[6−({6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル]−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]2−{[(1−{1−[1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル]−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル}メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソヘキシル}アミノ)−6−オキソヘキシル]カルバメート(1−ag−7)(250.0mg、0.124mmol)の溶液を36時間70℃に加熱した。36時間後、この反応物を室温に冷却し、減圧下で濃縮した。この粗製物質をトルエンで希釈し、減圧下で濃縮した。この粗製物質をトルエンで2回目に希釈し、減圧下で濃縮して、表題化合物をゴム状物として得た(225mg、96%)。方法C:3分間運転LRMS[1/2M+1=950]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:7.98(s, 3H), 7.22−7.41(m, 5H), 5.21(s, 3H), 5.05(s, 2H), 4.57(t, J=5.0Hz, 6H), 4.55(s, 6H), 3.92−4.00(m, 6H), 3.83−3.91(m, 9H), 3.73−3.78(m, 9H), 3.68−3.72(m, J=10.0,4.1Hz, 3H), 3.52−3.68(m, 42H), 3.05−3.17(m, 4H), 2.16(t, J=7.3Hz, 4H), 1.98(s, 9H), 1.57−1.65(m, 2H), 1.53−1.57(m, 2H), 1.43−1.52(m, 4H), 1.24−1.39(m, 4H)
6−アミノ−N−{6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−yl]−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ−6−オキソヘキシル}ヘキサンアミドアセテート(62)
ベンジル[6−({6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソヘキシル}アミノ)−6−オキソヘキシル]カルバメート(61)(200mg、0.105mmol)をメタノール(20mL)及び酢酸(0.024mL、0.421mmol)中に溶解し、次いでこの溶液を、次のパラメーター(温度=50℃、流速=1.0mL/分、圧力=全H2(1bar))を使用し、炭素上の10%パラジウム(小カートリッジ)を使用するHキューブに通した。この溶液を集め、減圧下で濃縮して、表題化合物をゴム状物として得た(148mg、77%)。方法C:3分間運転LRMS[M+45(ギ酸)=1809]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:8.02(s, 3H), 5.23(s, 3H), 4.59−4.63(m, 6H), 4.58(s, 6H), 3.97(dd, J=9.6,5.3Hz, 6H), 3.91(d, J=11.3,4.7Hz, 9H), 3.76−3.82(m, 9H), 3.73(dd, J=10.1,4.3Hz, 3H), 3.56−3.70(m, 42H), 3.16(t, J=6.8Hz, 2H), 2.93(t, J=7.6Hz, 2H), 2.16−2.29(m, 4H), 2.01(s, 9H), 1.92(s, 3H), 1.62−1.74(m, 4H), 1.54−1.61(m, 2H), 1.46−1.53(m, 2H), 1.39−1.45(m, 2H), 1.29−1.38(m, 2H)
[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−アジド−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]メタノール(1−d−1)
N,N−ジメチルホルムアミド(21mL)中の(1S,2R,3R,4R,5S)−4−アジド−1−(ヒドロキシメチル)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタン−2,3−ジオール(1)(2.52g,11.61mmol)の溶液に、2 2−ジメトキシプロパン(9.0mL、69.6mmol)を加え、次いで(1S)−(+)−10−カンファースルホン酸(1.08g、4.65mmol)を加えた。この反応物を24時間に亘って70℃に加熱した。24時間後、この反応物を室温に冷却した後にメタノール(5mL)を加え、続いてトリエチルアミン(0.22mL、1.55mmol)を添加し、溶液を10分間撹拌した後、減圧下で濃縮した。この粗製物質を、CombiFlash・Rf(RediSep・80g・ゴールド・シリカゲルカラム)を用い、0%から20%へのメタノール/ジクロロメタン勾配で溶離することにより精製して、純粋でない表題化合物を得た。この粗製物質を、CombiFlash・Rf(RediSep・40g・ゴールド・シリカゲルカラム)を用い、0%から100%への酢酸エチル/ヘプタン勾配で溶離することにより精製して、純粋でない表題化合物を得た(2419mg、81%)。1H−NMR(メタノール−d4)δ:5.42(d, J=1.6Hz, 1H), 4.34−4.43(m, 2H), 3.88−3.98(m, 3H), 3.81−3.87(m, 1H), 3.37(dd, J=6.2,1.6Hz, 1H), 1.54(s, 3H), 1.42(s, 3H)
(1S,2R,6R,7R,8S)−7−アジド−4,4−ジメチル−1−(15−フェニル−2,5,8,11,14−ペンタオキサペンタデカ−1−イル)−3,5、9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカン(1−d−2)
テトラヒドロフラン(5mL)中の、[(1S、2R、6R、7R、8S)−7−アジド−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]メタノール(1−d−1)(490mg、1.90mmol)の溶液に、鉱油中の60%水酸化ナトリウム分散液(127mg、3.2mmol)を室温で添加した。この反応物を窒素下で30分間撹拌した後、テトラヒドロフラン(2mL)中の13−ヨード−1−フェニル−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン(1130mg、2.86mmol)を添加した。この反応物を室温で一晩撹拌した。翌朝(18時間)、反応を水でクエンチし、酢酸エチルで抽出した。水層を酢酸エチルで更に2回洗浄した。合わせた有機層を水、ブラインで洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。この粗製物質を,CombiFlash・Rf(ISCO・RediSep・gold・40gシリカゲルカラム)を用い、0%から100%への酢酸エチル/ヘプタン勾配で溶離することにより粗物質を精製して、表題化合物をゴム状物として得た(336.0mg、34%)。
方法C:1.5分間運転LRMS[M+Na=546]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:7.17−7.47(m, 5H), 5.35(d, J=1.6Hz, 1H), 4.55(s, 2H), 4.32−4.37(m, 1H), 4.25−4.32(m, 1H), 3.92(d, J=10.1Hz, 1H), 3.88(d, J=8.2Hz, 1H), 3.73−3.80(m, 2H), 3.55−3.71(m, 17H), 1.49(s, 3H), 1.36(s, 3H)
tert−ブチル[(1S,2R,6R,7R,8S)−1−(13−ヒドロキシ−2,5,8,11−テトラオキサトリデカ−1−イル)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−7−イル]カルバメート(1−ao−1)
50mLの反応器中で、出発物質(1S,2R,6R,7R,8S)−7−アジド−4,4−ジメチル−1−(15−フェニル−2,5,8,11,14−ペンタオキサペンタデカ−1−イル)−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]]ウンデカン(1−d−2)(310.0mg、0.592mmol)をメタノール(6mL)に溶解し、続いてジ−tert−ブチル−ジカルボネート(162mg、0.74mmol)及び炭素上10%パラジウム(50%湿重量/重量、100.0mg、0.940mmol)を添加した。この反応器を密封し、この反応物を窒素(50psi)で3回パージし、次いで水素(50psi)で2回パージし、水素を50psiまで充填し、一晩攪拌した。翌朝(24時間)、この反応物をセライトプラグで濾過し、メタノールで洗浄した。濾液を減圧下で濃縮した。この粗製物質をCombiFlash・Rf(RediSep・12gシリカゲルカラム)を用い、0%から20%へのメタノール/ジクロロメタン勾配で溶離することにより精製して、表題化合物をゴム状物として得た(304mg、100%)。方法C:3分間運転LRMS[M+Na=530]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:5.22(s, 1H), 4.28(d, J=5.9Hz, 1H), 4.11(t, J=6.4Hz, 1H), 3.93(d, J=10.1Hz, 1H), 3.80−3.85(m, 1H), 3.76(d, J=6.2Hz, 1H), 3.74(d, J=3.9Hz, 1H), 3.60−3.71(m, 15H), 3.53−3.59(m,2H), 1.50(s, 3H), 1.45(s, 9H), 1.34(s, 3H)
1−{(1S.2R.6R.7R.8S)−7−[(tert−ブトキシカルボニル)アミノ]−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル}−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イルメタンスルホネート(1−ap−1)
ジジクロロメタン(2mL)中の、tert−ブチル[(1S,2R,6R,7R,8S)−1−(13−ヒドロキシ−2,5,8,11−テトラオキサトリデカ−1−イル)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−7−イル]カルバメート(1−ao−1)(300.0mg、0.591mmol)の溶液に、トリエチルアミン(0.332ml、2.36mmol)を加え、氷浴を用いて0℃に冷却し、続いて塩化メタンスルホニル(0.055mL、0.71mmol)を加えた。この反応物を徐々に室温に温め、室温で20時間撹拌した。20時間後、反応を水でクエンチし、抽出した。層を分離し、水層をジクロロメタンで更に抽出した。合わせた有機層をブラインで洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、表題化合物を油状物として得た(339mg、98%)。方法C:3分間運転LRMS[M+Na=530]1H−NMR(メタノール−d4)δ:5.22(s, 1H), 4.33−4.43(m, 2H), 4.28(d, J=5.9Hz, 1H), 4.11(t, J=6.4Hz, 1H), 3.93(d, J=10.1Hz, 1H), 3.80−3.86(m, 1H), 3.72−3.79(m, 4H), 3.61−3.70(m, 12H), 3.58(d, J=5.9Hz, 1H), 3.11(s, 3H), 1.50(s, 3H), 1.45(s, 9H), 1.34(s, 3H)
tert−ブチル[(1S,2R,6R,7R,8S)−1−(13−アジド−2,5,8,11−テトラオキサトリデカ−1−イル)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−7−イル]カルバメート(1−aq−1)
N,N−ジメチルホルムアミド(1.5mL)中の、1−{(1S,2R,6R,7R,8S)−7−[(tert−ブトキシカルボニル)アミノ]−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル}−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イルメタンスルホネート(1−ap−1)(339mg0.579mmol)の溶液に、ナトリウムアジド(67.7mg、1.04mmol)を加え、この反応物を密封した5mLマイクロ波バイアル中で100℃に一晩加熱した。18時間後、この反応物を室温に冷却し、この反応物を水で希釈し、酢酸エチルで3回抽出した。合わせた有機層を水、ブラインで洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。この粗製物質を、CombiFlash・Rf(RediSep・12g・ゴールド・シリカゲルカラム)を用い、0%から20%へのメタノール/ジクロロメタン勾配で溶離することにより精製して、表題化合物をゴム状物として得た(246mg、80%)。1H−NMR(メタノール−d4)δ:5.24(s, 1H), 4.30(d, J=5.9Hz, 1H), 4.13(t, J=6.4Hz, 1H), 3.95(d, J=9.8Hz, 1H), 3.82−3.88(m, 1H), 3.75−3.80(m, 2H), 3.53−3.74(m, 15H), 3.39(t, J=4.9Hz, 2H), 1.52(s, 3H), 1.47(s, 9H), 1.36(s, 3H)
tert−ブチル{(1S,2R,6R,7R,8S)−1−[13−(4−{[2−{[4−(ベンジルオキシ)ブタノイル]アミノ}−3−{[1−(1−{(1S,2R,6R,7R,8S)−7−[(tert−ブトキシカルボニル)アミノ]−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキシトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル}−2,5,8,11−テトラオキシトリデカン−13−イル)−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル]メトキシ}−2−({[1−(1−{(1S,2R,6R,7R,8S)−7−[(tert−ブトキシカルボニル)アミノ]−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル}−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル)−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル]メトキシ}メチル)プロポキシ]メチル}−1H−1,2,3−トリアゾール−1−イル)−2,5,8,11−テトラオキサトリデカ−1−イル]−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−7−イル}カルバメート(1−ar−1)
攪拌棒を備えた20mLのバイアルに、4−(ベンジルオキシ)−N−{1,3−ビス(プロパ−2−イン−1−イルオキシ)−2―[(プロパ−2−イン−1−イルオキシ)メチル)プロパン−2−イル}ブタンアミド(1−v−1)(45.0mg、0.11mmol)を充填し、これにt−ブタノール(3mL)及び水(1.5mL、脱イオン水)中の、tert−ブチル[(1S,2R,6R,7R,8S)−1−(13−アジド−2,5,8,11−テトラオキサトリデカ−1−イル)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−7−イル]カルバメート(1−aq−1)(192mg、0.361mmol)を添加した。この反応物に窒素を5分間パージした後、アスコルビン酸ナトリウム(66.3mg、0.328mmol)を添加し、水(500uL、脱イオン水)中の硫酸銅(II)の溶液(5.24mg、0.0328mmol)を滴下により加えた。この反応物を室温で20時間撹拌した。20時間後、この反応液を室温に冷却し、この反応混合物を飽和塩化アンモニウム(30mL)及び濃水酸化アンモニウム(2mL)に加えて反応を停止させ、ジクロロメタン(15mL)で3回抽出した。合わせた有機層を硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。この粗製物質を、CombiFlash・Rf(RediSep・12g・ゴールド・シリカゲルカラム)を用い、0%から20%へのメタノール/ジクロロメタン勾配で溶離することにより精製して、表題化合物をゴム状物として得た(165mg、なし、75%)。方法C:3分間運転LRMS[1/2M+1=1005。1H−NMR(メタノール−d4)δ:7.97(s, 3H), 7.17−7.43(m, 5H), 5.21(s, 3H), 4.52−4.60(m, 12H), 4.45(s, 2H), 4.25(d, J=5.9Hz, 3H), 4.10(t, J=6.2Hz, 3H), 3.85−3.93(m, 9H), 3.71−3.82(m, 15H), 3.63−3.69(m, 6H), 3.53−3.62(m, 33H), 3.48(t, J=6.2Hz, 2H), 2.27(t, J=7.2Hz, 2H), 1.74−1.96(m, 2H), 1.49(s, 9H), 1.45(s, 27H), 1.32(s, 9H)
4−(ベンジルオキシ)−N−(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,
4R,5S)−4−アミノ−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−アミノ−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)ブタンアミド(63)
酢酸(5mL)、メタノール(1.5mL)及び水(1.5mL)中の、tert−ブチル{(1S,2R,6R,7R,8S)−1−[13−(4−{[2−{[4−(ベンジルオキシ)ブタノイル]アミノ}−3−{[1−(1−{(1S,2R,6R,7R,8S)−7−[(tert−ブトキシカルボニル)アミノ]−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキシトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル}−2,5,8,11−テトラオキシトリデカン−13−イル)−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル]メトキシ}−2−({[1−(1−{(1S,2R,6R,7R,8S)−7−[(tert−ブトキシカルボニル)アミノ]−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル}−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル)−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル]メトキシ}メチル)プロポキシ]メチル}−1H−1,2,3−トリアゾール−1−イル)−2,5,8,11−テトラオキサトリデカ−1−イル]−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−7−イル}カルバメート(1−ar−1)(150.0mg、0.0747mmol)の溶液を、70℃に18時間加熱した。18時間後、この反応物を室温に冷却し、減圧下で濃縮した。この粗製物質をジクロロメタン(10mL)及びメタノール(4mL)で希釈し、これにジオキサン(2.0mL、8mmol)中の4.0M塩化水素を加えた。この反応混合物を室温で一晩撹拌した。18時間後、この反応物を減圧下で濃縮した。この粗製物質を酢酸エチル(1mL)で希釈し、これにヘプタン(10mL)を加え、減圧下で濃縮した。次いで、この物質を18時間高真空下に置いて、表題化合物(139.0mg、103%)を得た。方法C:3分間運転LRMS[1/2M+1=795]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:8.09(s, 3H), 7.27−7.39(m, 5H), 5.48(s, 3H), 4.57−4.66(m, 12H), 4.47(s, 2H), 3.98(d, J=9.8Hz, 3H), 3.90−3.95(m, 9H), 3.82−3.89(m, 6H), 3.79(s, 6H), 3.76(d, J=8.2Hz, 3H), 3.71(d, J=9.8Hz, 3H), 3.57−3.69(m, 36H), 3.50(t, J=6.2Hz, 2H), 3.21(d, J=9.4Hz, 3H), 2.29(t, J=7.2Hz, 2H), 1.85(quin, J=6.8Hz, 2H)
(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−1−(13−{4−[(3−[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ビス(アセチルオキシ)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ビス(アセチルオキシ)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}−2−{[4−(ベンジルオキシ)ブタノイル]アミノ}プロポキシ)メチル]−1H−1,2,3−トリアゾール−1−イル}−2,5,8,11−テトラオキサトリデカ−1−イル)−3−(アセチルオキシ)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−2−イルアセテート(1−as−1)
4−(ベンジルオキシ)−N−(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−アミノ−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−アミノ−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)ブタンアミド(63)(80mg、0.044mmol)を、ピリジン(無水)(1.5mL、19mmol)に溶解し、これに無水酢酸(0.125mL、1.33mmol)を室温で加えた。次いで、この反応物を50℃で一晩加熱した。翌朝、この反応物を減圧下で濃縮した。この粗製物質を、CombiFlash・Rf(RediSep・12g・ゴールド・シリカゲルカラム)を用い、0%から20%へのメタノール/ジクロロメタン勾配で溶離することにより精製して、粗製表題化合物を得た。この粗製表題化合物をCombiFlash・Rf(RediSep・4g・ゴールド・シリカゲルカラム)を用い、0%から20%へのメタノール/ジクロロメタン勾配で溶離することにより精製して、ゴム状物として表題化合物を得た(54.0mg、62%)。方法C:1.5分間運転LRMS[1/2M+1=984]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:7.97(s, 3H), 7.19−7.42(m, 5H), 5.44(d, J=4.3Hz, 3H), 5.31(s, 3H), 5.10(dd, J=10.3,4.1Hz, 3H), 4.51−4.64(m, 12H), 4.45(s, 2H), 4.18(d, J=10.1Hz, 3H), 3.99(d, J=8.6Hz, 3H), 3.88(t, J=4.9Hz, 6H), 3.68−3.82(m, 12H), 3.52−3.64(m, 39H), 3.48(t, J=6.2Hz, 2H), 2.26(t, J=7.4Hz, 2H), 2.15(s, 9H), 1.94(d, J=1.2Hz, 18H), 1.84(t, J=6.8Hz, 2H).
(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−1−{13−[4−({3−[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ビス(アセチルオキシ)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ビス(アセチルオキシ)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}−2−[(4−ヒドロキシブタノイル)アミノ]プロポキシ}メチル)−1H−1,2,3−トリアゾール−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカ−1−イル}−3−(アセチルオキシ)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−2−イルアセテート(1−at−1)
(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−1−(13−{4−[(3−[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ビス(アセチルオキシ)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ビス(アセチルオキシ)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}−2−{[4−(ベンジルオキシ)ブタノイル]アミノ}プロポキシ)メチル]−1H−1,2,3−トリアゾール−1−イル}−2,5,8,11−テトラオキサトリデカ−1−イル)−3−(アセチルオキシ)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−2−イルアセテート(1−as−1)(54.0mg、0.027mmol)をメタノール(10.0mL)に溶解し、次いでこの溶液を、次のパラメーター(温度=60℃、流速=1.0mL/分、圧力=全H2(1atm))を使用して、炭素上の10%パラジウム(小カートリッジ)を使用するHキューブに通した。この溶液を収集し、減圧下で濃縮して、表題化合物をゴム状物として得た(51.0mg、99%)。方法C:3分間運転LRMS[M+Na=1899]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:7.98(s, 3H), 5.44(d, J=4.3Hz, 3H), 5.32(s, 3H), 5.10(dd, J=10.5, 3.9Hz, 3H), 4.41−4.66(m, 12H), 4.18(d, J=10.5Hz, 3H), 3.99(d, J=8.6Hz, 3H), 3.90(t, J=5.1Hz, 6H), 3.68−3.83(m, 12H), 3.51−3.67(m, 41H), 2.24(t, J=7.6Hz, 2H), 2.15(s, 9H), 1.94(s, 18H), 1.69−1.83(m, 2H)
N−(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)−4−ヒドロキシブタンアミド(64)
メタノール(0.154mL mg、0.0770mmol)中の、(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−1−{13−[4−({3−[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ビス(アセチルオキシ)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ビス(アセチルオキシ)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}−2−[(4−ヒドロキシブタノイル)アミノ]プロポキシ}メチル)−1H−1,2,3−トリアゾール−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカ−1−イル}−3−(アセチルオキシ)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−2−イルアセテート(1−at−1)(8.5mg、0.0045mmol)の溶液に、メタノール(1mL)中の0.5Mナトリウムメトキシド(0.154mL、0.0770mmol)を加え、この反応物を室温で3時間撹拌した。3時間後、メタノールで3回すすいだAmberlyst15イオン交換樹脂(CAS#=39389−20−3、RS−106008)を、pH=5になるまで加えることにより反応を中和した。この反応混合物を濾過し、この樹脂をメタノールで2回すすいだ。濾液を減圧下で濃縮して、表題化合物をゴム状物として得た(1.5mg、20%)。方法C:3分間運転LRMS[M+45(ギ酸)=1668]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:8.00(s, 3H), 5.21(s,
3H), 4.53−4.65(m, 12H), 3.92−4.00(m, 6H), 3.89(dd, J=11.1, 4.9Hz, 9H), 3.74−3.79(m,
9H), 3.71(dd, J=9.8, 4.3Hz, 3H), 3.52−3.69(m, 44H), 2.24(t, J=7.4Hz, 2H), 1.99(s, 9H), 1.76(quin, J=6.9Hz, 2H).
スキーム4bの化合物(66)によって例示され、スキーム3bに総括的に記載されるオルトエステルリンカーは、(I−ax−1)を生成するために、(I−aw−1)(H.Bruyere et al,Bioorg.Med.Chem.Lett.,20,2200−2203,(2010)参照)、(I−an−1)のような適切なアルコール、及びトルエンのような適切な溶媒中において、p−トルエンスルホン酸ピリジニウムのような適切な酸を還流条件下で利用することにより当業者が合成できるであろう。(I−ax−1)の脱保護は、当業者に知られた塩基性条件下(メタノール中の触媒性炭酸カリウムなど)で達成することができ、これは化合物(65)を生じるであろう。(65)の更なる官能化は、本発明で請求される追加の化合物を生成するために達成することができる。従って、N,N−ジイソプロピルエチルアミンのような適切な塩基を用いて、適切な酸及びカップリング剤(当業者に知られている)または(I−s−1)のような活性化されたエステル(例えばヒドロキシスクシンイミド)で、N,N−ジメチルホルムアミド等の溶媒中、(65)を処理することにより、化合物(66)を製造することができる。
同様の方法で、スキーム5bに示すように、当業者は、スキーム4bについて先に記載した記載した反応条件を用いることにより、(I−an−1)のような適切なアルコール及び(I−av−1)を利用して化合物(66)を合成できるであろう。
N−(1,3−ジヒドロキシプロパン−2−イル)−6−(ピリジン−2−イルジスルファニル)ヘキサンアミド(1−au−1)
N,N−ジメチルホルムアミド(7mL)中の1−{[6−(ピリジン−2−イルジスルファニル)ヘキサノイル]オキシ}ピロリジン−2,5−ジオン(1−s−1)(518mg、2.01mmol)の溶液に、N−(3−ジメチルアミノプロピル)−N’−エチルカルボジイミド塩酸塩(463mg、2.42mmol)及び1−ヒドロキシベンゾトリアゾール(326mg、2.42mmol)を加え、室温で1時間撹拌した。1時間後、2−アミノプロパン−1,3−ジオール(183mg、2.01mmol)を加え、次いでN,N−ジイソプロピルエチルアミン(1.05mL、6.04mmol)を添加した。この反応物を室温で一晩撹拌した。18時間後、この反応物を水で希釈し、ジクロロメタンで3回抽出した。合わせた有機層をブラインで洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。この粗製物質をCombiFlash・Rf(RediSep・24gシリカゲルカラム)を用い、0%から20%へのメタノール/ジクロロメタン勾配で溶離することにより、表題化合物(368mg、55%)を得た。方法C:1.5分間運転LRMS[M+45(ギ酸)=375]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:8.38(d, J=4.3Hz, 1H), 7.84−7.89(m, 1H), 7.77−7.83(m, 1H), 7.21(t, J=5.7Hz, 1H), 3.92(quin, J=5.5Hz, 1H), 3.51−3.70(m, 4H), 2.82(t, J=7.2Hz, 2H), 2.21(t, J=7.4Hz, 2H), 1.71(quin, J=7.3Hz, 2H), 1.60(quin, J=7.5Hz, 2H), 1.37−1.51(m, 2H)
N−(2−メトキシ−1,3−ジオキサン−5−イル)−6−(ピリジン−2−イルジスルファニル)ヘキサンアミド(1−av−1)
ジクロロメタン(0.605mL)及びオルトギ酸トリメチル(0.5mL、5mmol)中の、N−(1,3−ジヒドロキシプロパン−2−イル)−6−(ピリジン−2−イルジスルファニル)ヘキサンアミド(1−au−1)(280mg、0.847mmol)の混合物に、7−トルエンスルホン酸一水和物(1.78mg、0.00847mmol)を加えた。この反応物を室温で3時間攪拌した。3時間後、TLCは出発物質のほぼ完全な消費を示した。この反応物をジクロロメタンで希釈し、飽和重炭酸ナトリウム水溶液(3×1mL)、ブライン(1mL)で洗浄し、無水炭酸カリウムで乾燥し、濾過し、減圧下で濃縮して、粗製の標題化合物を得た(263.0mg、83.3%)。方法C:3分間運転(基本モード:カラム:ベース:Waters Acquity UPLC BEH、2.1mm×50mm、C18、1.8μm。移動相A:水中の0.1%アンモニア(v/v)。移動相B:0.1%アンモニア/アセトニトリル(v/v))。LRMS[M+45=417]。シス/トランス異性体の1:1混合物。
異性体1:1H−NMR(メタノール−d4)δ:8.41(d, J=4.7Hz, 1H), 7.86−7.92(m, 1H), 7.80−7.86(m, 1H), 7.20−7.27(m, 1H), 5.31(s, 1H), 4.29(d, J=2.7Hz, 1H), 3.92−3.96(m, 1H), 3.83(br.s, 1H), 3.63(d, J=5.1Hz, 1H), 3.59(dd, J=11.5, 3.7Hz, 1H), 3.42(s, 3H), 2.85(t, J=7.2Hz, 2H), 2.21−2.30(m, 2H), 1.68−1.80(m, 2H), 1.56−1.67(m, 2H), 1.39−1.53(m, 2H)
異性体2:1H−NMR(メタノール−d4)δ:8.41(d, J=4.7Hz, 1H), 7.86−7.92(m, 1H), 7.80−7.86(m, 1H), 7.20−7.27(m, 1H), 5.27(s, 1H), 4.26(d, J=2.7Hz, 1H), 3.92−3.96(m, 2H), 3.86−3.91(m, 1H), 3.59(dd, J=11.5,3.7Hz, 1H), 3.38(s, 3H), 2.85(t, J=7.2Hz, 2H), 2.21−2.30(m, 2H), 1.68−1.80(m, 2H), 1.56−1.67(m, 2H), 1.39−1.53(m, 2H).
(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2−(アセチルオキシ)−1−{13−[4−(12,12−bis{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−bis(アセチルオキシ)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}−3,10−ジオキソ−1−フェニル−2,14−ジオキサ−4,11−ジアザペンタデカン−15−イル)−1H−1,2,3−トリアゾール−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカ−1−イル}−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−3−イルアセテート(I−az−1)
ベンジル{6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソヘキシル}カルバメート(47)(1690.0mg、0.9463mmol)を無水ピリジン(20mL、250mmol)に溶解し、これに無水酢酸(2.68mL、28.4mmol)を室温で加えた。次いで、この反応物を50℃に一晩加熱した。翌朝、この反応物を減圧下で濃縮した。この粗製物質を、CombiFlash・Rf(RediSep・40g・ゴールド・シリカゲルカラム)を用い、0%から20%へのメタノール/ジクロロメタン勾配で溶離させることにより精製して、表題化合物をゴム状物として得た(1172mg、62.8%)。
方法C:3分間運転LRMS[1/2M+1=1020]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:7.97(s, 3H), 7.22−7.40(m, 5H), 5.44(d, J=3.9Hz, 3H), 5.32(s, 3H), 5.10(dd, J=10.5, 4.3Hz, 3H), 5.05(s, 2H), 4.56−4.60(m, 6H), 4.55(s, 6H), 4.18(d, J=10.5Hz, 3H), 3.99(d, J=8.6Hz, 3H), 3.89(t, J=5.1Hz, 6H), 3.71−3.80(m, 12H), 3.51−3.65(m, 39H), 3.09(q, J=6.2Hz, 2H), 2.16−2.19(m, 2H), 2.15(s, 9H), 1.94(d, J=1.6Hz, 18H), 1.52−1.61(m, 2H), 1.42−1.52(m, 2H), 1.33(d, J=7.0Hz, 2H)
(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−1−{13−[4−({3−[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ビス(アセチルオキシ)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ビス(アセチルオキシ)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}−2−[(6−アミノヘキサノイル)アミノ]プロポキシ}メチル)−1H−1,2,3−トリアゾール−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカ−1−イル}−3−(アセチルオキシ)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−2−イルアセテート(I−ba−1)
メタノール(40mL)中の、(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2−(アセチルオキシ)−1−{13−[4−(12,12−ビス{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ビス(アセチルオキシ)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}−3,10−ジオキソ−1−フェニル−2,14−ジオキサ−4,11−ジアザペンタデカン−15−イル)−1H−1,2,3−トリアゾール−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカ−1−イル}−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−3−イルアセテート(I−az−1)(930.0mg、0.456mmol)の溶液を、以下のパラメーター(温度=50℃、流速=1.0mL/分、圧力=全H2(1bar))を用いて、炭素上の10%パラジウム(小型カートリッジ)を使用するH−キューブに通した。この溶液を収集し、減圧下で濃縮して、表題化合物をゴム状物として得た(837mg、96%)。方法C:3分間運転LRMS[M+45(ギ酸)−1=1948]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:7.99(s, 3H), 5.44(d, J=4.3Hz, 3H), 5.32(s, 3H), 5.10(dd, J=10.5, 4.3Hz, 3H), 4.59(t, J=5.1Hz, 6H), 4.56(s, 6H), 4.18(d, J=10.1Hz, 3H), 3.99(d, J=8.2Hz, 3H), 3.90(t, J=5.1Hz, 6H), 3.71−3.82(m, 12H), 3.53−3.66(m, 39H), 2.76(t, J=7.4Hz, 2H), 2.16−2.23(m, 2H), 2.15(s, 9H), 1.94(s, 18H), 1.48−1.64(m, 4H), 1.29−1.43(m, 2H)
エチル・7−({6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ビス(アセチルオキシ)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]oct−1−yl]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ビス(アセチルオキシ)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]oct−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソヘキシル}}アミノ)−7−オキソヘプタノエート(I−bb−1)
N,N−ジメチルホルムアミド(2mL)及びテトラヒドロフラン(2mL)中の、(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−1−{13−[4−({3−[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ビス(アセチルオキシ)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ビス(アセチルオキシ)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}−2−[(6−アミノヘキサノイル)アミノ]プロポキシ}メチル)−1H−1,2,3−トリアゾール−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカ−1−イル}−3−(アセチルオキシ)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−2−イルアセテート(1−ba−1)(200.0mg、0.105mmol)の溶液に、7−[(2,5−ジフルオロフェニル)ジオキソピロリジン−1−イル)オキシ]−7−オキソヘプタン酸エチル
(40.3mg、0.126mmol)及びN,N−ジイソプロピルエチルアミン(0.0732mLで、0.420mmol)を加え、この反応物を室温で24時間撹拌した。24時間後、この反応物を減圧下で濃縮した。この粗製物質を、CombiFlash・Rf(RediSep・12g・ゴールド・シリカゲルカラム)を用い、0%から20%へのメタノール/ジクロロメタン勾配で溶離することにより精製して、表題化合物をゴム状物として得た(140.0mg、64.3%)。方法C:3分間運転LRMS[1/2M+1=1038]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:7.98(s, 3H), 5.44(d, J=4.3Hz, 3H), 5.32(s, 3H), 5.10(dd, J=10.5, 4.3Hz, 3H), 4.57−4.61(m, 6H), 4.56(s, 6H), 4.18(d, J=9.8Hz, 3H), 4.11(q, J=7.2Hz, 2H), 3.99(d, J=8.6Hz, 3H), 3.90(t, J=4.9Hz, 6H), 3.71−3.83(m, 12H), 3.53−3.65(m, 39H), 3.08−3.17(m, 2H), 2.31(t, J=7.4Hz, 2H), 2.16−2.22(m, 4H), 2.15(s, 9H), 1.94(d, J=1.6Hz, 18H), 1.53−1.66(m, 6H), 1.43−1.52(m, 2H), 1.28−1.40(m, 4H), 1.24(t, J=7.2Hz, 3H)
7−({6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ―1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−yl)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ―1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソヘキシル}アミノ)−7−オキソヘプタン酸(67)
エタノール(2mL)及びテトラヒドロフラン(2mL)中の、7−({6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ビス(アセチルオキシ)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−yl]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ビス(アセチルオキシ)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]oct−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソヘキシル}}アミノ)−7−オキソヘプタノエートエチル(I−bb−1)(140.0mg、0.0675mmol)の溶液に、5M水酸化ナトリウム(0.135mL、0.675mmol)を加えた。この反応物を一晩室温で撹拌した。翌朝、酸性樹脂を用いて反応物を中和し、濾過した。この樹脂をエタノールで洗浄し、濾液を減圧下で濃縮した。この物質をエタノール(8mL)で希釈し、シリンジフィルターに通した。次いで、濾液を減圧下で濃縮して、表題化合物をゴム状物として得た(110mg、90.8%)。方法C:3分間運転LRMS[1/2M+1=898]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:7.99 (s, 3H), 5.21(d, J=1.2Hz, 3H), 4.57−4.62(m, 6H), 4.56(s, 6H), 3.92−3.99(m, 6H), 3.89(dd, J=10.7, 4.9Hz, 9H), 3.69−3.80(m, 12H), 3.54−3.68(m, 42H), 3.12(t, J=7.0Hz, 2H), 2.16(q, J=7.3Hz, 6H), 1.99(s, 9H), 1.53−1.67(m, 6H), 1.49(dt, J=14.7, 7.7Hz, 2H), 1.27−1.41(m, 4H)
S−[1−(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)−4,4−ビス{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}−6,13−ジオキソ−2,16,19,22,25−ペンタオキサ−5,12−ジアザヘプタコンサン−27−イル]エタンチオエート(68)
N,N−ジメチルホルムアミド(1mL)及びテトラヒドロフラン(1mL)中の、6−アミノ−N−(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)ヘキサンアミド(48)(200.5mg、0.117mmol)、S−{15−[(2,5−ジオキソピロリジン−1−イル)オキシ]−15−オキソ−3,6,9,12−テトラオキサペンタデシ−1−イル}エタンチオエート(60mg、0.14mmol)及びN,N−ジイソプロピルエチルアミン(0.1mL、0.59mmol)の溶液を、室温で20時間撹拌した。この反応混合物を減圧下で濃縮した。この粗製表題化合物を以下の条件を用いた逆相クロマトグラフィーにより精製して、表題化合物を無色ゴム状物(99mg、43%)として得た。MS[1/3M+1]=653.7。1H−NMR(メタノール−d4)δ:8.01(s, 3H), 5.21(s, 3H), 4.52−4.64(m, 12H), 3.95(t, J=9.7Hz, 6H), 3.85−3.91(m, 9H), 3.74−3.80(m, 9H), 3.68−3.73(m, 6H), 3.54−3.67(m, 55H), 3.14(t, J=7.0Hz, 2H), 3.06(t, J=6.5Hz, 2H), 2.43(t, J=6.2Hz, 2H), 2.31(s, 3H), 2.17(t, J=7.3Hz, 2H), 1.98(s, 9H), 1.56(quin, J=7.5Hz, 2H), 1.49(quin, J=7.3Hz, 2H), 1.28−1.40(m, 2H)
精製条件
残渣をジメチルスルホキシド(1mL)に溶解し、逆相HPLCにより精製した。カラム:Waters Sunfire C18、19×100、5u。移動相A:水中の0.05%TFA(v/v)。移動相B:0.05%TFA中のアセトニトリル(v/v)。10.5分で80.0%H2O/20.0%アセトニトリルから直線で60.0%H2O/40.0%アセトニトリルへ、0.5分で60.0%H2O/40.0%アセトニトリルから直線で0%H2O/100%アセトニトリルへ、11.0分から12.0分まで0%H2O/100%アセトニトリルを維持。流量:25mL/分。
QC条件:
カラム:Waters Atlantis dC18、4.6×50、5u。移動相A:水中の0.05%TFA(v/v)。移動相B:アセトニトリル中の0.05%TFA(v/v)。4.0分で95.0%H2O/5.0%アセトニトリルから直線で5%H2O/95%アセトニトリルへ、5.0分まで5%H2O/95%アセトニトリルに維持。流量:2mL/分。
N−(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)−6−{[3−(4−メチル−2,5−ジオキソ−2,5−ジヒドロフラン−3−イル)プロパノイル]アミノ}ヘキサンアミド(69)
塩化3−(4−メチル−2,5−ジオキソ−2,5−ジヒドロフラン−3−イル)プロパノイル(I−bc−1)
(15mg、0.074mmol:Tetrahedron、1994、50、8969参照)のジクロロメタン(0.1mL)中の溶液に、ジクロロメタン(0.9mL)、N,N−ジメチルホルムアミド(0.1mL)及び無水ピリジン(0.024mL、0.30mmol)中の、6−アミノ−N−(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)ヘキサンアミド酢酸塩(48)(126.0mg、0.0736mmol)を加えた。この反応物を室温で一晩撹拌した。18時間後に、更に4当量のピリジン(0.024mL、0.30mmol)を添加し、続いて1.0当量の酸塩化物(I−bc−1)(15mg、0.074mmol)を加えた。この反応物を室温で一晩撹拌した。翌朝、更に2当量の酸塩化物(I−bc−1)を加え(30mg、0.148mmol)、この反応物を室温で4日間撹拌した。4日後、この反応物を減圧下で濃縮した。この粗製表題化合物を、以下の条件を使用して逆相クロマトグラフィーにより精製することにより、表題化合物をゴム状物として得た(16.1mg、12%)。方法C:3分間運転LRMS[1/2M+1=910]。1H−NMR(メタノール−d4)δ:8.00(s, 3H), 5.21(s, 3H), 4.52−4.62(m, 12H), 3.92−3.99(m, 6H), 3.89(dd, J=11.3, 4.7Hz, 9H), 3.74−3.79(m, 9H), 3.71(dd, J=10.1, 4.3Hz, 3H), 3.54−3.68(m, 42H), 3.11(t, J=7.0Hz, 2H), 2.75(t, J=7.2Hz, 2H), 2.46−2.53(m, 2H), 2.16(t, J=7.4Hz, 2H), 2.05(s, 3H), 1.99(s, 9H), 1.55(dt, J=14.9, 7.6Hz, 2H), 1.46(quin, J=7.2Hz, 2H), 1.24−1.34(m, 2H)
精製条件
残渣をジメチルスルホキシド(1mL)に溶解し、逆相HPLCにより精製した。カラム:Waters Sunfire C18、19×100、5u。移動相A:水中の0.05%TFA(v/v)。移動相B:アセトニトリル中の0.05%TFA(v/v)。10.5分で75.0%H2O/25.0%アセトニトリルから直線で65.0%H2O/35.0%アセトニトリルへ、0.5分で65.0%H2O/35.0%アセトニトリルから直線で0%H20/100%アセトニトリルへ、11.0分から12.0分まで0%H20/100%アセトニトリルを維持。流量:25mL/分。
QC条件
カラム:Waters Atlantis dC18、4.6×50、5u。移動相A:水中の0.05%TFA(v/v)。移動相B:アセトニトリル中の0.05%TFA(v/v)。4.0分で95.0%H2O/5.0%アセトニトリルから直線で5%H20/95%アセトニトリルへ、5.0分まで5%H20/95%アセトニトリルを維持。流量:2mL/分。保持時間=1.82分。観察された質量=909.8649。質量ターゲット=909.2。
tert−ブチル[(5S)−5−({6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソヘキシル}カルバモイル)−7,35−ジオキソ−37−(ピリジン−2−イルジスルファニル)−10,13,16,19,22,25,28,31−オクタオキサ−6,34−ジアザヘプタトリアコンタ−1−イル]カルバメート(I−bd−1)
テトラヒドロフラン(2.0mL)及び無水N、N−ジメチルホルムアミド(2.0mL)中のN−6−(tert−ブトキシカルボニル)−N−2−[(9H−フルオレン−9−イルメトキシ)カルボニル]−L−リジン
(70.9mg、0.151mmol)の溶液に、1−ヒドロキシベンゾトリアゾール(24.5mg、0.182mmol)及びN−(3−ジメチルアミノプロピル)−N’−エチルカルボジイミド塩酸塩(35.5mg、0.182mmol)を加え、この反応物を室温で1時間攪拌した。出発アミン、6−アミノ−N−(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)ヘキサンアミド(48)(250mg、0.151mmol)を、上記溶液に、固体として加え、続いてN,N−ジイソプロピルエチルアミン(0.105mL、0.605mmol)を加えて、この反応物を室温で18時間撹拌した。18時間後、ピペリジン(900mg、10mmol、0.6mL)をこの反応物に加え、室温で3時間撹拌した。3時間後、この反応物を減圧下で濃縮して、粗製のゴム状物(450.0mg、158%)を得た。
tert−ブチル[(5S)−5−({6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソヘキシル}カルバモイル)−7,35−ジオキソ−37−(ピリジン−2−イルジスルファニル)−10,13,16,19,22,25,28,31−オクタオキサ−6,34−ジアザヘプタトリアコンタ−1−イル]カルバメート(70)
N,N−ジメチルホルムアミド(1mL)及びテトラヒドロフラン(2mL)中の、tert−ブチル[(5S)−5−({6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソヘキシル}カルバモイル)−7,35−ジオキソ−37−(ピリジン−2−イルジスルファニル)−10,13,16,19,22,25,28,31−オクタオキサ−6,34−ジアザヘプタトリアコンタ−1−イル]カルバメート(I−bd−1)(225mg、0.120mmol)、及びN−{27−[(2,5−ジオキソピロリジン−1−イル)−27−オキソ−3,6,9,12,15,18,21,24−オクタオキサヘプタコス−1−イル]−3−(ピリジン−2−イルジスルファニル)プロパンアミド(111mg、0.151mmol)
の溶液に、N,N−ジイソプロピルエチルアミン(0.10mL、0.574mmol)を加えた。この反応物を室温で3日間撹拌した。3日後、この反応物を減圧下で濃縮した。この粗製標題化合物の試料を、以下の条件を用いた逆相クロマトグラフィーにより精製して、表題化合物をゴム状物として得た(13.8mg、4.6%)。
精製条件
残渣をジメチルスルホキシド(1mL)に溶解し、逆相HPLCにより精製した。カラム:Waters XBridge・C18 19×100、5u。移動相A:水中の0.03%NH4OH(v/v)。移動相B:アセトニトリル中の0.03%NH4OH(v/v)。8.5分で75.0%H2O/25.0%アセトニトリルから直線で45%H2O/55%アセトニトリルへ、0.5分で45%H2O/55%アセトニトリルから直線で0%H2O/100%MeCNへ、9.0分から10.0分まで0%H2O/100%アセトニトリルを維持。流速:25mL/分。
QC条件
カラム:Waters Atlantis dC18、4.6×50、5u。移動相A:水中の0.05%TFA(v/v)。移動相B:アセトニトリル中の0.05%TFA(v/v)。4.0分で95.0%H2O/5.0%アセトニトリルから直線で5%H2O/95%アセトニトリルへ、5.0分まで5%H2O/95%アセトニトリルを維持。流量:2mL/分。保持時間=2.06分。観測された質量=843.5669、質量ターゲット=833.4
(33S)−33−(4−アミノブチル)−N−(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)−3,31,34−トリオキソ−1−(ピリジン−2−イルジスルファニル)−7,10,13,16,19,22,25,28−オクタオキサ−4,32,35−トリアザヘプタトリアコンタ−41−アミド(71)
残りの粗製tert−ブチル[(5S)−5−({6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソヘキシル}カルバモイル)−7,35−ジオキソ−37−(ピリジン−2−イルジスルファニル)−10,13,16,19,22,25,28,31−オクタオキサ−6,34−ジアザヘプタトリアコンタ−1−イル]カルバメート(70)をメタノール(3mL)中に希釈し、ジオキサン(0.898mL、3.59mmol)中の4.0M塩化水素を加え、この反応物を室温で18時間撹拌した。18時間後、この反応物を減圧下で濃縮した。この粗製表題化合物を下記の条件を用いて逆相クロマトグラフィーにより精製し、表題化合物をゴム状物として得た(78.9mg、27%)。
精製条件
残渣をジメチルスルホキシド(1mL)に溶解し、逆相HPLCにより精製した。カラム:Waters Sunfire C18、19×100、5u。移動相A:水中の0.05%TFA(v/v)。移動相B:アセトニトリル中の0.05%TFA(v/v)。8.5分で80.0%H2O/20.0%アセトニトリルから直線で45%H2O/55%アセトニトリルへ、0.5分で45%H2O/55%アセトニトリルから直線で0%H2O/100%MeCNへ、0%H2O/100%アセトニトリルを9.0から10.0分まで維持。流速:25mL/分。
QC条件
カラム:Waters Atlantis dC18、4.6×50、5u。移動相A:水中の0.05%TFA(v/v)。移動相B:アセトニトリル中の0.05%TFA(v/v)。4.0分で95.0%H2O/5.0%アセトニトリルから直線で5%H2O/95%アセトニトリルへ、5.0分まで5%H2O/95%アセトニトリルを維持。流量:2mL/分。保持時間=1.7544分。観測された質量=601.159(1/4M+1)。質量ターゲット=600.3)
LCMS方法E:MaxEntデコンボリューションソフトウェアを用いたESI(m/z)。
カラム:Acquity・BEH300・C41.7um
移動相:水中のA=0.1%ギ酸。B=ACN中の0.1%ギ酸
勾配:2分で97%Aから5%Aへ。5%Aで0.75分間維持する。その後、開始条件に戻る。
温度:70℃
MS検出=ESI 0〜2000ダルトン、より高いMW種を解析するためにMaxEntを使用する。
9H−フルオレン−9−イルメチル[(2S)−1−({6−[1,3−ビス(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソヘキシル}アミノ)−1−オキソペンタ−4−イン−2−イル]カルバメート(I−be−1)
バイアルに、(2S)−2−{[(9H−フルオレン−9−イルメトキシ)カルボニル]アミノ}ペンタ−4−イン酸(51.7mg、0.154mmol)、HBTU(58.0mg、0.18mmol)及び無水N,N−ジメチルホルムアミド(0.5ml)及びテトラヒドロフラン(0.5ml)を加えた後、N,N−ジイソプロピルエチルアミン(0.10ml、0.593mmol)を加え、この混合物を5分間撹拌した。この混合物を、無水N,N−ジメチルホルムアミド(0.75mL)中の、6−アミノ−N−(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S、2R、6R、7R、8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)ヘキサンアミド(1−ag−1)(210mg、0.119mmol)の溶液に滴下により加えた。LCMSにより反応が完了するまで、室温でこの反応物を撹拌する。Gene vacを用いて粗製油状物に濃縮し、0%から20%へのMeOH/DCM勾配を用いてシリカゲルカラム上で精製した。単離された画分を濃縮して、205mg(収率82%)の表題化合物を白色形態として得た。方法C:LRMS(1/2M+1=1045.7)。NMRスペクトルは、部分的水素として報告される回転異性体(1:4比)を示した。
1H−NMR(メタノール−d4)δ:7.96(s, 3H), 7.85(d, J=8.2Hz, 0.4H), 7.79(d, J=7.6Hz, 1.6H), 7.73(d, J=8.2Hz, 0.4H), 7.66(d, J=7.0Hz, 1.6H), 7.51(t, J=7.6Hz, 0.4H), 7.43−7.47(m, J=7.6Hz, 0.4H), 7.39(t, J=7.3Hz, 1.6H), 7.28−7.32(m, 1.6H), 5.22(s, 3H), 4.50−4.62(m, 12H), 4.38−4.45(m, 1H), 4.30−4.36(m, 1H), 4.28(d, J=5.9Hz, 3H), 4.19−4.25(m, 2H), 4.15(t, J=6.2Hz, 3H), 3.88−3.94(m, 6H), 3.87(t, J=4.7Hz, 6H), 3.82(d, J=7.6Hz, 3H), 3.72−3.78(m, 12H), 3.48−3.70(m, 36H), 3.12−3.20(m, 2H), 2.65(br.s., 1H), 2.54−2.61(m, 1H), 2.40(br.s., 1H), 2.15(t, J=6.7Hz, 2H), 1.97(s, 9H), 1.47(s, 9H), 1.43−1.59(m, 4H), 1.31(s, 9H), 1.36(s, 2H)
tert−ブチル(4S)−5−({6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−yl]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−yl}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−yl)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−yl]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−yl}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−yl)アミノ]−6−オキソヘキシル}アミノ)−4−{[(9H−フルオレン−9−イルメトキシ)カルバモイル]アミノ}−5−オキソペンタノエート(I−bf−1)
上記の表題化合物は、(I−be−1)と同様の方法で合成され、(2S)−5−tert−ブトキシ−2−{[(9H−フルオレン−9−イルメトキシ)カルボニル]アミノ}−5−オキソペンタン酸(63.1mg、0.148mmol)を用いて、204mg(収率82%)の表題化合物を白色形態で得た。方法C:LRMS(1/2M+1=1090.7)。NMRスペクトルは回転異性体(1:4比)を示したが、これは部分的水素として報告される。1H−NMR(METHANOL−d4)δ:7.96(s, 3H), 7.86(d, J=8.2Hz, 0.4H), 7.80(d, J=7.6Hz, 1.6H), 7.73(d, J=8.2Hz, 0.4H), 7.66(t, J=6.5Hz, 1.6H), 7.51(t, J=7.6Hz, 0.4H),7.43−7.47(m, J=8.2Hz, 0.4H), 7.39(t, J=7.3Hz, 1.6H), 7.28−7.33(m, 1.6H), 5.23(s, 3H), 4.50−4.61(m, 12H), 4.38−4.46(m, 1H), 4.31−4.38(m, 1H), 4.28(d, J=5.9Hz, 3H), 4.22(t, J=6.7Hz, 1H), 4.15(t, J=6.2Hz, 3H), 4.04−4.11(m, 1H), 3.85−3.96(m, 12H), 3.82(d, J=7.6Hz, 3H), 3.71−3.78(m, 12H), 3.51−3.70(m, 36H), 3.10−3.19(m, 2H), 2.29(t, J=7.3Hz, 2H), 2.15(t, J=7.0Hz, 2H), 2.01−2.10(m, 1H), 1.98(s, 9H), 1.78−1.90(m, 1H), 1.51−1.59(m, 2H), 1.47(s, 11H), 1.44(s, 9H), 1.32(s, 11H)
9H−フルオレン−9−イルメチル[(2S)−3−アジド−1−({6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソヘキシル}アミノ)−1−オキソプロパン−2−イル]カルバメート(I−bg−1)
上記の表題化合物は(I−be−1)と同様にして合成され、3−アジド−N−[(9H−フルオレン−9−イルメトキシ)カルボニル]−L−アラニン(51.6mg、0.148mmol)を用いることにより、191mg(収率68%)の標題化合物を白色の形態で得た。方法C:LRMS(1/2M+1=1054.1)。NMRスペクトルは、部分的水素として報告される回転異性体(1:4比)を示した。1H−NMR(メタノール−d4)δ:7.97(s, 3H), 7.85(d, J=8.2Hz, 0.4H), 7.80(d, J=7.0Hz, 1.6H), 7.73(d, J=8.2Hz, 0.4H), 7.67(d, J=7.0Hz, 1.6H), 7.50(d, J=7.6Hz, 0.4H), 7.45(d, J=7.6Hz, 0.4H), 7.39(t, J=7.3Hz, 1.6H), 7.29−7.33(m, 1.6H), 5.22(s, 3H), 4.52−4.62(m, 12H), 4.41−4.47(m, 1H), 4.34−4.40(m, 1H), 4.28(d, J=5.9Hz, 3H), 4.21−4.26(m, 1H), 4.15(t, J=6.5Hz, 3H), 3.89−3.95(m, 6H), 3.87(t, J=5.0Hz, 6H), 3.82(d, J=7.6Hz, 3H), 3.72−3.79(m, 12H), 3.49−3.69(m, 39H), 3.06−3.23(m, 2H), 2.13−2.23(m, 2H), 1.98(s, 9H), 1.50−1.63(m, 4H), 1.47(s, 9H), 1.32(s, 9H), 1.28−1.40(m, 2H)
9H−フルオレン−9−イルメチル[(2S)−1−({6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ―1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−triazol−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,6R,7R,8S)−7−(アセチルアミノ)−4,4−ジメチル−3,5,9,11−テトラオキサトリシクロ[6.2.1.0〜2,6〜]ウンデカ―1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソヘキシル}アミノ)−3−(1−{15−[(2,5−ジオキソピロリジン−1−イル)オキシ]−15−オキソ−3,6,9,12−テトラオキサペンタデカ−1−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)−1−オキソプロパン−2−イル]カルバメート(I−bh−1)
実施例のアルキン(I−be−1)(36.5mg、0.0175mmol)、1−[(1−アジド−15−オキソ−3,6,9,12−テトラオキサペンタデカン−15−イル)オキシ]ピロリジン−2,5−ジオン(11mg、0.0283mmol)及びアスコルビン酸ナトリウム(4.0mg、0.020mmol)を、tert−ブタノール(1ml)中に投入して透明な溶液を得た。新しく調製した硫酸銅(0.93mg、0.0058mmol)の水(0.4ml)中の溶液を反応フラスコに加える。室温で1時間撹拌した後、この反応物はクリーム状になり、次に薄緑色/青色に変わった。1時間後、この反応物をジクロロメタン(2ml)で3回抽出した。合わせた有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥し、濃縮して粗製の固体を得た。方法E:M/Z=2478.0
S−{15−[(2S,4R)−2−{[ビス(4−メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ]メチル}−4−ヒドロキシピロリジン−1−イル]−15−オキソ−3,6,9,12−テトラオキサペンタデカ−1−イル}エタンチオエート(I−bi−1)
(3R、5S)−5−{[ビス(4−メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ]メチル}ピロリジン−3−オールを、公開された手順(Prakash,T.P.et al.,8796−8807,Nucleic Acids Res.,2014,42,8796に従って調製した。N,N−ジメチルホルムアミド(1mL)及びテトラヒドロフラン(1mL)中の、(3R,5S)−5−{[ビス(4−メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ]メチル}ピロリジン−3−オール(0.18g、0.43mmol)、S−{[(2,5−ジオキソピロリジン−1−イル)オキシ]−15−オキソ−3,6,9,12−テトラオキサペンタデカ−1−イル}エタンチオエート(0.20g、0.48mmol)及びN,N−ジイソプロピルエチルアミン(0.28g、2.2ミリモル)の溶液を室温で5日間撹拌した。この反応混合物を水(10mL)で希釈し、酢酸エチル(3×5mL)で抽出した。合わせた有機層を硫酸ナトリウムで乾燥し、濾過し、濃縮した。この粗製残渣をカラムクロマトグラフィー(ジクロロメタン中の0%から7%へのメタノール)により精製して、表題化合物を無色油状物として得た(0.19g、62%)。
方法F:3.0分間運転LRMS(低分解能質量分析):Waters Acquity・UPLC・BEH、2.1mm×50mm、C18 1.8μm。カラム温度60℃。移動相A:水中の0.1%アンモニア(v/v)。移動相B:アセトニトリル中の0.1%アンモニア(v/v)。流量=1.25mL/分。初期条件:A−95%:B−5%。0.0〜0.1分は初期条件を維持。0.1〜2.6分はA−5%:B−95%へと上昇。2.6〜2.95分はA−5%:B−95%を維持。2.95〜3.0分は初期条件に戻る。
方法D:3分法LRMS[M+1=726.6]。NMRスペクトルは、2:1混合物中の回転異性体の存在によって混乱したが、見られた通りに報告されている。1H−NMR(600MHz, メタノール−d4)δ:7.34−7.42(m, 2H), 7.23−7.32(m, 6H), 7.16−7.23(m, 1H), 6.81−6.90(m, 4H), 4.52−4.62(m, 0.66H), 4.48(dt, J=9.7, 5.1Hz, 0.33H), 4.22−4.34(m, 1H), 3.67−3.84(m, 8H), 3.40−3.64(m, 16H), 3.22(m, J=5.6, 5.6Hz, 0.66H), 3.13(dd, J=9.4, 2.3Hz, 0.66H), 3.01−3.10(m, 1.66H), 2.54−2.68(m, 1.66H), 2.26−2.37(m, 3.33H), 2.17−2.25(m, 1H), 2.02−2.11(m, 0.33H), 1.91−2.00(m, 0.66H).
N−{6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ―1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−yl)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ―1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソヘキシル}−7−[(2S,4R)−2−{[ビス(4−メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ]メチル}−4−ヒドロキシピロリジン−1−イル]−7−オキソヘプタンアミド(72)
N,N−ジメチルホルムアミド(0.1mL)中の(3R、5S)−5−{[ビス(4−メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ]メチル}ピロリジン−3−オール(14mg、0.034mmol)の溶液を、N,N−ジメチルホルムアミド(1mL)中の、7−({6−[(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ビス(アセチルオキシ)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]oct−1−yl]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ビス(アセチルオキシ)−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]oct−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)アミノ]−6−オキソヘキシル}}アミノ)−7−オキソヘプタノエート(I−bb−1)(61mg、0.034mmol)、TBTU(16mg、0.049mmol)及びN,N−ジイソプロピルエチルアミン(22mg、0.17mmol)の溶液に加え、この反応物を室温で5日間撹拌した。次いで、(3R、5S)−5−{[ビス(4−メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ]メチル}ピロリジン−3−オール(14mg、0.034mmol)、TBTU(16mg、0.049mmol)及びN,N−ジイソプロピルエチルアミン(22mg、0.17mmol)を添加し、この反応物を更に2日間撹拌した。この反応混合物を減圧下に濃縮し、以下の条件で精製した。
精製条件
残渣をジメチルスルホキシド(1mL)に溶解し、逆相HPLCにより精製した。カラム:Waters XBridge・C18、19×100、5u。移動相A:水中の0.03%NH4OH(v/v)。移動相B:アセトニトリル中の0.03%NH4OH(v/v)。
10.5分で60.0%H2O/40.0%アセトニトリルから直線で40%H20/60%アセトニトリルへ、12.0分まで0%H20/100%アセトニトリルを維持。流量:25mL/分。
表題化合物を無色の残渣として得た(1mg、1%)。方法F:3分法LRMS[1/2M−1]=1097.2。1H−NMR(600MHz, メタノール−d4)δ:7.99(s, 3H), 7.40(d, J=7.6Hz, 2H), 7.24−7.32(m, 6H), 7.16−7.22(m, 1H), 6.85(d, J=8.8Hz, 4H), 5.21(s, 3H), 4.52−4.64(m, 12H), 4.39−4.47(m, 1H), 4.21(br.s., 1H), 3.95(t, J=9.7Hz, 6H), 3.85−3.92(m, 9H), 3.44−3.83(m, 65H), 3.09−3.17(m, 2H), 2.24−2.49(m, 2H), 2.12−2.23(m, 4H), 1.93−2.11(m, 10H), 1.53−1.70(m, 6H), 1.44−1.52(m, 2H), 1.22−1.42(m, 4H)
スキーム9は、本発明の化合物を提供するために使用できる一般的な手順を概説している。スキーム9のステップ1及びステップ4において、Carbohydrate Research、135,53(1984)でH.Paulsen及びM.Paalによって記載された手順により調製できる合成中間体(I−bj)は、(例えばTakao Aoki et.al.のWO/2006028129Al、2006年3月16日に記載のように、適切なルイス酸(例えば、ジエチルエーテル三フッ化ホウ素錯体)、ジクロロメタンのような適切な有機溶媒、及び適切なアルコールを使用するなど、当業者に周知のプロトコルを使用して)、グリコシル化することにより(I−bk)及び(I−bn)のような中間体を製造することができる。スキーム9のステップ2及びステップ5においては、約0℃〜室温の温度での溶媒または溶媒混合物(例えば、ナトリウムメトキシド)中のアルコキシドの存在下での中間体(I−bk)及び(I−bn)の処理は、(I−bl)及び(I−bo)のような中間体を与える。スキーム9のステップ3において、(I−b1)のような化合物中の第2級ヒドロキシル基は、適切な保護基(例えば、約室温〜約90℃の範囲の温度で、N,N−ジメチルホルムアミドのような溶媒中での酸性条件下の2,2’−ジメトキシプロパンでの処理時には環状ケタールとして)で更に保護されて、(I−bm)のような中間体となる。加えて、スキーム9のステップ6において、化合物(I−bo)は、アジド基を対応するアミンに還元することが知られた還元剤(例えば、遷移金属媒介接触水素化、当業者に周知の古典的な実験条件下での水中におけるトリフェニルホスフィンの使用)で処理することができる。続いて、アシル化剤(例えば、無水酢酸またはピリジンまたはトリエチルアミンの存在下の、ジクロロメタンまたはテトラヒドロフランのような溶媒中における0〜80℃の温度での塩化アセチル)の存在下での処理。溶媒、またはアルコール溶媒もしくはテトラヒドロフランのような溶媒の混合物中において、約0℃〜室温の範囲の温度でアルコキシド(例えば、ナトリウムメトキシド)を後で添加すると、(I−bp)のような化合物が得られる。スキーム9のステップ7において、化合物(I−bp)中の第2級ヒドロキシル基は、適切な保護基(例えば、約室温〜約90℃の範囲の温度で、N,N−ジメチルホルムアミドのような溶媒中の酸性条件下での2,2−ジメトキシプロパンでの処理により環状ケタールとして)により更に保護して、(I−bq)のような中間体とすることができる。次いで、(Id)及び(Ie)について同様に記載された当業者に周知の合成変換ならびに官能基及び保護基の操作を用いることは、(I−bm)及び(I−bq)のために用いることができ、これは本発明で特許請求されるXY含有化合物を形成するように、目的の所望のリンカーX及びリガンドYを結合させて第1級ヒドロキシル基を更に官能化及び誘導体化するために用意される。当業者に周知の試薬及び条件を使用して、保護基(例えば、Pg)を除去することは(例えば、2つのPgがアセトニドなどの環状ケタールを形成する場合、それは酢酸、アルコール溶媒、水、テトラヒドロフランのような溶媒の混合物中で酢酸等酸を用いた酸性条件下に、室温〜約80℃の温度で除去できる)、二級ヒドロキシル基を露出させて、本発明で請求されるXY含有化合物を導く。例えば、(I−bq)中の第一級ヒドロキシル基のアルキル化は、保護基の操作及び除去後に、本発明で権利請求される対応のエーテル結合型XY含有化合物をもたらすことができる。本発明で請求されるエステル結合型、カーボネート結合型及びカルバメート結合型のX−Y含有化合物もまた、当業者に周知の適切な反応体及び試薬を使用して、(I−bm)または(I−bq)のような中間体から便宜に得ることができる。(I−e)について先に述べたのと同様の(I−bq)に対する更なる操作は、中間体(III−e−1)〜(III−e−11)及び(IV−e−1)〜(IV−e−9)についての当業者に類似の方法で、(III−bo−1)〜(III−bo−22)及び(IV−bo−1)〜(IV−bo−1)のような中間体を得ることを可能にする(Ie)。
2−{2−[2−(2−アジドエトキシ)エトキシ]エトキシ}エチル3,4,6−トリ−O−アセチル−2−(アセチルアミノ)−2−デオキシ−β−D−ガラクトピラノシド(I−br−1)
2−{2−[2−(2−アジドエトキシ)エトキシ]エトキシ}エチル2−(アセチルアミノ)−2−デオキシ−β−D−ガラクトピラノシド(WO2006/028129A1、2006年3月16日:1600mg、3.78mmol)を無水ピリジン(3.0mL、38mmol)に溶解し、これに無水酢酸(5.36mL、56.8mmol)を室温で添加した。次いで、この反応物を50℃で一晩加熱した。翌朝、この反応物を減圧下で濃縮した。CombiFlash・Rf(RediSep・40gシリカゲルカラム)を用い、0%から20%へのメタノール/ジクロロメタン勾配で溶離することによりこの粗製物質を精製して、表題化合物をゴム状物として得た(1800mg、87%)。3分間運転LRMS[M+1=549.3]
ベンジル(6−{[1,3−ビス{[1−(2−{2−[2−(2−{[3,4,6−トリ−O−アセチル−2−(アセチルアミノ)−2−デオキシ−β−D−ガラクトピラノシル]オキシ}エトキシ)エトキシ]エトキシ}エチル)−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル]メトキシ}−2−({[1−(2−{2−[2−(2−{[3,4,6−トリ−O−アセチル−2−(アセチルアミノ)−2−デオキシ−β−D−ガラクトピラノシル]オキシ}エトキシ)エトキシ]エトキシ}エチル)−1,2,3−トリアゾール−4−イル]メトキシ}メチル)プロパン−2−イル]アミノ}−6−オキソヘキシル)カルバメート(I−bs−1)
攪拌棒を備えた50mL丸底フラスコに(I−q−1)(250mg、0.518mmol)を充填し、t−ブタノール(7mL)中の2−{2−[2−(2−アジドエトキシ)エトキシ]エトキシ}エチル3,4,6−トリ−O−アセチル−2−(アセチルアミノ)−2−デオキシ−β−D−ガラクトピラノシド(I−br−1)(750mg、1.37mmol)を加え、続いて水(3mL)を加えた後、アスコルビン酸ナトリウム(1050mg、5.18mmol)を無希釈で加え、この反応物を窒素で30分間パージした。硫酸銅(83.5mg、0.518mmol)を0.5mLの水(脱イオン水)に加え、室温で24時間攪拌した。24時間後、この反応混合物を飽和塩化アンモニウム水溶液(20mL)及び濃水酸化アンモニウム(2mL)に添加して反応をクエンチし、ジクロロメタン(10mL)で3回抽出した。合わせた有機層を硫酸マグネシウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。この粗製物質を、CombiFlash・Rf(RediSep・40g・ゴールド・シリカゲルカラム)を用い、0%から20%へのメタノール/ジクロロメタン勾配で溶離することにより精製して、表題化合物をゴム状物として得た(574.0mg、52.1%)。3分間運転LRMS[1/2M+1=1065.2]
6−アミノ−N−[1,3−ビス{[1−(2−{2−[2−(2−{[2−(アセチルアミノ)−2−デオキシ−β−D−ガラクトピラノシル]オキシ}エトキシ)エトキシ]エトキシ}エチル)−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル]メトキシ}−2−({[1−(2−{2−[2−(2−{[2−(アセチルアミノ)−2−デオキシ−β−D−ガラクトピラノシル]オキシ}エトキシ)エトキシ]エトキシ}エチル)−1H−1,2,3−トリアゾール−4−9イル]メトキシ}メチル)プロパン−2−イル]ヘキサンアミド(I−bt−1)
メタノール(10mL)及びテトラヒドロフラン(4mL)中の、ベンジル(6−{[1,3−ビス{[1−(2−{2−[2−(2−{[3,4,6−トリ−O−アセチル−2−(アセチルアミノ)−2−デオキシ−β−D−ガラクトピラノシル]オキシ}エトキシ)エトキシ]エトキシ}エチル)−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル]メトキシ}−2−({[1−(2−{2−[2−(2−{[3,4,6−トリ−O−アセチル−2−(アセチルアミノ)−2−デオキシ−β−D−ガラクトピラノシル]オキシ}エトキシ)エトキシ]エトキシ}エチル)−1,2,3−トリアゾール−4−イル]メトキシ}メチル)プロパン−2−イル]アミノ}−6−オキソヘキシル)カルバメート(I−bs−1)(274.0mg、0.129mmol)の溶液に、メタノール中の25重量%ナトリウムメトキシド(0.412mL、1.80mmol)を加え、この反応物を室温で20時間攪拌した。20時間後、アンバーライトIR−120(H)、イオン交換樹脂(CAS#78922−04−0、メタノールで3回すすいだ)をpH=約6になるまで加えた。この混合物を濾過し、この樹脂をメタノール(2×15mL)で洗浄した。濾液を減圧下で濃縮して、表題化合物をゴム状物として得た(243.0mg、108%)。3分間運転LRMS[M+1=1751.4]
6−アミノ−N−[1,3−ビス{[1−(2−{2−[2−(2−{[2−(アセチルアミノ)−2−デオキシ−β−D−ガラクトピラノシル]オキシ}エトキシ)エトキシ]エトキシ}エチル)−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル]メトキシ}−2−({[1−(2−{2−[2−(2−{[2−(アセチルアミノ)−2−デオキシ−β−D−ガラクトピラノシル]オキシ}エトキシ)エトキシ]エトキシ}エチル)−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル]メトキシ}メチル)プロパン−2−イル]ヘキサンアミドアセテート(I−bu−1)
メタノール(13.9mL)及び酢酸(0.01mL、0.2mmol)中の、6−アミノ−N−[1,3−ビス{[1−(2−{2−[2−(2−{[2−(アセチルアミノ)−2−デオキシ−β−D−ガラクトピラノシル]オキシ}エトキシ)エトキシ]エトキシ}エチル)−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル]メトキシ}−2−({[1−(2−{2−[2−(2−{[2−(アセチルアミノ)−2−デオキシ−β−D−ガラクトピラノシル]オキシ}エトキシ)エトキシ]エトキシ}エチル)−1H−1,2,3−トリアゾール−4−9イル]メトキシ}メチル)プロパン−2−イル]ヘキサンアミド(I−bt−1)(243mg、0.139mmol)を、炭素上の10%パラジウム(小カートリッジ)を用いるHキューブに、以下のパラメーターを用いて通過させた(温度=50℃、流速=1.0mL/分、圧力=全H2(1bar))。この溶液を集め、減圧下で濃縮して、表題化合物をゴム状物として得た(187mg、80%)。
N−[1,3−ビス{[1−(2−{2−[2−(2−{[2−(アセチルアミノ)−2−デオキシ−β−D−ガラクトピラノシル]オキシ}エトキシ)エトキシ]エトキシ}エチル)−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル]メトキシ}−2−({[1−(2−{2−[2−(2−{[2−(アセチルアミノ)−2−デオキシ−β−D−ガラクトピラノシル]オキシ}エトキシ)エトキシ]エトキシ}エチル)−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル]メトキシ}メチル)プロパン−2−イル]−3,31−ジオキソ−1−(ピリジン−2−イルジスルファニル)−7,10,13,16,19,22,25,28−オクタオキサ−4,32−ジアザオクタトリアコンタン38−アミド(73)
N,N−ジメチルホルムアミド(1mL)及びテトラヒドロフラン(1mL)中の、6−アミノ−N−[1,3−ビス{[1−(2−{2−[2−(2−{[2−(アセチルアミノ)−2−デオキシ−β−D−ガラクトピラノシル]オキシ}エトキシ)エトキシ]エトキシ}エチル)−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル]メトキシ}−2−({[1−(2−{2−[2−(2−{[2−(アセチルアミノ)−2−デオキシ−β−D−ガラクトピラノシル]オキシ}エトキシ)エトキシ]エトキシ}エチル)−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル]メトキシ}メチル)プロパン−2−イル]ヘキサンアミドアセテート(I−bu−1)(78.8mg、0.047mmol)及びN−{27−[(2,5−ジオキソピロリジン−1−イル)オキシ]−27−オキソ−3,6,9,12,15,18,21,24−オクタオキサヘプタコス−1−イル−3−(ピリジン−2−イルジスルファニル)プロパンアミド
(MFCD13185003:41.5mg、0.0564mmol)の溶液に、N,N−ジイソプロピルエチルアミン(0.04mL、0.2mmol)を添加した。この反応物を室温で18時間撹拌した。18時間後、この反応物を減圧下で濃縮した。この粗製標題化合物を以下の条件を用いて逆相クロマトグラフィーにより精製し、表題化合物をゴム状物として得た(42.7mg、41%)。
精製条件
残渣をジメチルスルホキシド(1mL)に溶解し、逆相HPLCにより精製した。カラム:Waters Sunfire C18。19×100、5μ。移動相A:水中の0.05%TFA(v/v)。移動相B:アセトニトリル中の0.05%TFA(v/v)。勾配:10.5分で80.0%H2O/20.0%アセトニトリルから直線で65.0%H2O/35.0%アセトニトリルへ、0.5分で65.0%H2O/35.0%アセトニトリルから直線で0%H2O/100%アセトニトリルへ、11.0分から12.0分まで0%H2O/100%アセトニトリルを維持。流量:25mL/分。
QC条件:
カラム:Waters Atlantis dC18、4.6×50、5μ。移動相A:水中の0.05%TFA(v/v)。移動相B:アセトニトリル中の0.05%TFA(v/v)。勾配:4.0分で95.0%H2O/5.0%アセトニトリルから直線で5%H2O/95%アセトニトリルへ、5.0分まで5%H2O/95%アセトニトリルを維持。流速:2mL/分、保持時間=1.6667分、観測された質量=746.5042、質量ターゲット=745.3)。
ペプチド実験手順
ペプチドの純度チェック:特に明記しない限り、純粋なペプチドは、溶剤勾配A:Bで溶離する4.6×150mmのPhenomenox・C18(2)、5μm100Aカラムを有するHP1090システムを用いて分析した。ここで、溶媒A=水中の0.1%トリフルオロ酢酸水中の酸、及びB=0.09%トリフルオロ酢酸。アセトニトリル:水(4:1)の混合物を流速1.0mL/分で20分間かけて添加した。比保持時間、UV純度(220nm)、及び溶媒勾配が、最終ペプチドについて記載されている。水素原子は、見やすくするために以下のペプチド構造から省かれている。
質量スペクトル分析:Agilent6200シリーズTOF/6500シリーズQ−TOFまたはThermo−LCQ・Advantageシステムを使用して、ESIに基づく質量データを収集した。
ppTG21及びppTG21誘導体
ppTG21:GLFHALLHLLHSLWHLLLHA(配列番号:1012)(74)、
Fmoc−Ala−Wang樹脂(5mmol、10g)をペプチド反応器に入れ、この樹脂をDMF中で2時間膨潤させた。次いで、DMF(150mL)中のピペリジンの20%(容量)溶液の添加、続いて1分間の攪拌によってFmoc基を除去した。この処理を5回繰り返した。完全な脱保護を示すためにカイザーニンヒドリン試験を行った。DMF(約40mL)中のFmoc−His(Trt)−OH(15.0mmol、9.29g)及びHBTU(14.3mmol、5.42g)の溶液を0℃でN−メチルモルホリン(30mmol、3.3mL)で処理し、この混合物を0℃で15分間維持した。この溶液をH−Ala−Wang樹脂に添加し、この混合物を25℃で1時間撹拌したところ、カイザーニンヒドリン試験により反応は完了したことが示された。この混合物を濾過し、固体をDMF(5×150mL)で洗浄した。得られたFmoc−His(Trt)−Ala−Wang樹脂生成物を、更に処理することなくその後のステップにおいて使用した。
ペプチジル樹脂のFmoc脱保護の後、Fmoc−アミノ酸を、上記の標準的なアミドカップリング/FMOC切断方法を用いて樹脂結合ペプチドに連続的にカップリングさせ、H−Gly−Leu−Phe−His(Trt)−Ala−Leu−Leu−Leu−Leu−His(Trt)−Lau−Leu−His(Trt)−Ser(tBu)−Leu−Trp(Boc)−His(Trt)−Leu−Leu−Leu−His(Trt)−Ala−Wang樹脂(配列番号:1052)を供給した。このペプチジル樹脂をMeOH(2×150mL)、ジクロロメタン(2×150mL)及びMeOH(2×150mL)で洗浄した。この樹脂を真空下で一晩乾燥させた。TFA:チオアニソール:フェノール:EDT:H2Oの溶液0(87.5:5:2.5:2.5:2.5,650mL)をこのペプチジル樹脂に添加し、得られた懸濁液を2.5時間振とうし、濾過した。濾液にエーテル(5L)を加え、固体を得た。この混合物を遠心分離し、エーテル層をデカントした。得られた固体をエーテル(3×)で洗浄し、真空中で一晩乾燥させた。次いで、得られた粗製物を、逆相HPLCによって精製し、類似の画分を合わせた後、凍結乾燥して5.18gの所望のペプチド(TFA塩)を白色固体として得た。UV純度(220nm)=95.4%(保持時間=9.22分、溶媒勾配A:B、24:76から14:86)。ESI(m/z)2341.3430(M+H)+
Ac−Cys(NPys)−ppTG21:Ac−Cys(NPys)−GLFHALLHLLHSLWHLLLHA(配列番号1049)(75)
上記で述べたのと略同一のペプチド負荷及びアミノ酸方法を用いて、Ac−Cys(Trt)−Gly−Leu−Phe−His(Trt)−Ala−Leu−Leu−His(Trt)−Leu−Leu−His(Trt)−Ser(tBu)−Leu−Trp(Boc)−His(Trt)−Leu−Leu−Leu−His(Trt)−Ala−Wang樹脂(配列番号1053)を提供した。このペプチジル樹脂をメタノール(2×150mL)、ジクロロメタン(2×150mL)及びメタノール(2×150mL)で洗浄した。この樹脂を真空下で一晩乾燥させた。TFA:チオアニソール:フェノール:EDT:H2Oの溶液=87.5:5:2.5:2.5:2.5,650mL)をペプチジル樹脂に添加し、この懸濁液を2.5時間振とうし、次いで濾過した。濾液にエーテル(5L)を加え、固体を得た 。この混合物を遠心分離し、エーテル層をデカントした。得られた固体をエーテル(3×)で洗浄し、真空中で一晩乾燥させた。次いで、得られた粗製ペプチドを、逆相HPLCを介して精製し、同様の画分を合わせ、凍結乾燥して、800mg(UVにより90%)のAc−Cys−Gly−Leu−Phe−His−Ala−Leu−Leu−His−Leu−Leu−His−Ser−Leu−Trp−His−Leu−Leu−Leu−His−Ala−OH(配列番号1054)を得た。N,N−ジメチルホルムアミド(80mL)中のペプチドの溶液を、2,2’−ジチオジ(5−ニトロピリジン)(200mg、2当量)及びN,N−ジイソプロピルエチルアミン(0.23mL、4当量)で処理した 。この混合物を1時間撹拌した。N,N−ジメチルホルムアミドを減圧下に除去して、黄色油状物(1.05g)を得た。得られた粗製ペプチドを、逆相HPLCを介して精製し、同様の画分を合わせ、凍結乾燥して、520mg(66%)の所望のペプチド(TFA塩)を白色固体として得た。UV純度(220nm)=95.6%。保持時間=10.80分。溶媒勾配A:B=10:90から0:100。ESI(m/z)2640.3345(M+H)+
Ac−Cys(NPys)−PEG4−ppTG21:Ac−Cys(NPys)−PEG3−GLFHALLHLLHSLWHLLLHA(配列番号1050)(76)
ペプチド反応器にFmoc−Ala−wang樹脂(1.0mmol、2g)を入れ、この樹脂をN,N−ジメチルホルムアミド中で2時間膨潤させた。次いで、DMF(30mL)中の20容量%(体積)のピペリジン溶液の添加し、続いて1分間攪拌することによりFmoc基を開裂させた。この処理を5回繰り返した。完全な脱保護を示すためにカイザーニンヒドリン試験を行った。
N,N−ジメチルホルムアミド(約10mL)中のFmoc−His(Trt)−OH(3mmol、1.89g)、HBTU(2.85mmol、1.08g)の溶液を、N−メチルモルホリン(6mmol、0.66mL)で、0℃で処理し、この混合物を0℃で15分間維持した。次いで、この溶液をH−Ala−wang樹脂に添加し、この混合物を25℃で1時間撹拌し、その時点でカイザーニンヒドリン試験は反応が完了したことを示した 。この混合物を濾過し、固体をN,N−ジメチルホルムアミド(5×30mL)で洗浄した。得られたFmoc−His(Trt)−Ala−CTC樹脂生成物を、更に処理することなく次のステップで使用した。このペプチジル樹脂のFmoc脱保護の後、Fmocアミノ酸を、上記の標準的なアミドカップリング/FMOC切断方法を用いて、樹脂結合ペプチドに連続的にカップリングさせた。Ac−Cys(Trt)−PEG−Gly−Leu−Phe−His(Trt)−Ala−Leu−Leu−His(Trt)−Leu−Leu−His(Trt)−Ser(tBu)−Leu−Trp(Boc)−His(Trt)−Leu−Leu−Leu−His(Trt)−Ala−Wang樹脂(配列番号1055)を構築した後、このペプチジル樹脂をメタノール(2×50mL)、ジクロロメタン(2×50mL)及びメタノール(2×50mL)で洗浄した。この樹脂を真空下で一晩乾燥させた。TFA:チオアニソール:フェノール:EDT:H2O=87.5:5:2.5:2.5:2.5,150mL)の溶液を加え、この懸濁液を2.5時間振とうし、濾過した。濾液にエーテル(1.2L)を加え、固体を得た 。この混合物を遠心分離し、エーテル層をデカントした。得られた固体をエーテル(3×)で洗浄し、真空中で一晩乾燥させた。得られた粗製ペプチドを逆相HPLCで精製し、同様の画分を合わせ、凍結乾燥して、Ac−Cys−PEG−Gly−Leu−Phe−His−Ala−Leu−Leu−His−Leu−Leu−His−Ser−Leu−Trp−His−Leu−Leu−Leu−His−Ala−OH(配列番号1056)を得た。N,N−ジメチルホルムアミド(110mL)中の粗製ペプチド(1.10g、純度:HPLCで85%)を、2,2’−ジチオジ(5−ニトロピリジン)(275mg、2当量)及びDIPEA(0.32mL、4当量)で処理した 。この混合物を1時間撹拌し、次いでDMFを減圧下で除去して、黄色油状物を得た。得られた粗製ペプチドを、逆相HPLCを用いて精製し、同様の画分を合わせ、凍結乾燥して、270mg(27%)の所望のペプチド(TFA塩)を白色固体として得た。UV純度(220nm)=95.4%。保持時間=9.18分。溶媒勾配A:B=14:86から4:96。ESI(m/z)2887.4972(M+H)+
ppTG21−Cys(NPys)−OH:GLFHALLHLLHSLWHLLLHA−Cys(NPys)−OH(配列番号1051)(77)
Fmoc−Cys(Trt)−CTC樹脂(1.0mmol、3.3g)をペプチド反応器に入れた。この樹脂をN,N−ジメチルホルムアミド中で2時間膨潤させた。次いで、N,N−ジメチルホルムアミド(80mL)中のピペリジンの20%(容量)溶液を用いてFmoc基を切断し、続いて1分間撹拌した。この処理を5回繰り返した。完全な脱保護を示すためにカイザーニンヒドリン試験を行った。N,N−ジメチルホルムアミド(30mL)中のFmoc−Ala−OH(3mmol、0.93g)、HBTU(2.85mmol、1.08g)の溶液を、0℃でN−メチルモルホリン(6mmol、0.66mL)混合物を0℃で15分間維持した。次いでこの溶液をH−Cys(Trt)−CTC樹脂に添加し、この混合物を25℃で1時間撹拌したところ、この時点でカイザーニンヒドリン試験は反応が完了したことを示した 。この混合物を濾過し、固体をN,N−ジメチルホルムアミド(5×30mL)で洗浄した。このFmoc−Ala−Cys(Trt)−CTC樹脂を、更に処理することなく次のステップで使用した。
以下のアミノ酸を、上記の標準的なアミドカップリング/FMOC切断方法を用いて、樹脂結合ペプチドに連続的にカップリングさせた。H−Gly−Leu−Phe−His(Trt)−Ala−Leu−Leu−His(Trt)−Leu−Leu−His(Trt)−Ser(tBu)−Leu−Trp(Boc)−His(Trt)−Leu−Leu−Leu−His(Trt)−Ala−Cys(Trt)−CTC樹脂(配列番号:1057)を構築した。このペプチジル樹脂をメタノール(2×100mL)、ジクロロメタン(2×100mL)及びメタノール(2×100mL)で洗浄した。この樹脂を真空下で一晩乾燥させた。TFA:チオアニソール:フェノール:EDT:H20=87.5:5:2.5:2.5:2.5,150mLの溶液を添加し、この懸濁液を2.5時間振とうし、次いで濾過した。エーテル(1.2L)を濾液に添加して固体を得た 。この混合物を遠心分離し、エーテル層をデカントした。この粗製ペプチドをエーテル(3×)で洗浄し、真空中で一晩乾燥させた。得られた残渣を逆相HPLCにより精製し、同様の画分を合わせ、凍結乾燥して、H−Gly−Leu−Phe−His−Ala−Leu−Leu−His−Leu−Leu−His−Ser−Leu−Trp−His−Leu−Leu−Leu−His−Ala−Cys−OH(配列番号1058)を得た。このペプチド1.4g(HPLC純度75%)をN,N−ジメチルホルムアミド(140mL)に溶解し、2,2’−ジチオジ(5−ニトロピリジン)(217mg、2当量)及びN,N−ジイソプロピルエチルアミン(0.25mL、4当量)を加えた 。この混合物を1時間撹拌し、次いでN,N−ジメチルホルムアミドを減圧下で除去して黄色油状物を得た。得られた粗製ペプチドを、逆相HPLCにより精製し、同様の画分を合わせ、凍結乾燥して、280mg(25%)の所望のペプチド(TFA塩)を白色固体として得た。UV純度(220nm)=95.3%。保持時間=9.88分。溶媒勾配A:B=11:89から1:99。ESI(m/z)1299.9(M/2+H)+、866.7(M/3+H)+
Ac−Cys−ppTG21:Ac−CGLFHALLHLLHSLWHLLLHA(配列番号1059)(78),
このペプチドは、先の実施例に記載したのと同様の固相ペプチド合成(SPPS)手順を用いて合成した。UV純度(220nm)=95.6%。保持時間=10.25分。溶媒勾配A:B=14:86から4:96。ESI(m/z)2486.3333(M+H)+
Ac−Cys−dPEG4−ppTG21:Ac−Cys−dPEG4−GLFHALLHLLHSLWHLLLHA(配列番号1060)(79),
このペプチドは、先の実施例に記載したのと同様の固相ペプチド合成(SPPS)手順を用いて合成した。UV純度(220nm)=95.3%。保持時間=8.61分。溶媒勾配A:B=18:82から8:92。ESI(m/z)2733.5157(M+H)+
ppTG21−Cys:GLFHALLHLLHSLWHLLLHAC(配列番号1061)(80),
このペプチドは、先の実施例に記載したのと同様の固相ペプチド合成(SPPS)手順を用いて合成した。UV純度(220nm)=95.3%。保持時間=10.26分。溶媒勾配A:B=21:79から11:89。ESI(m/z)2444.3673(M+H)+
Ac−Gly(プロパルギル)−ppTG21:Ac−Gly(プロパルギル)−GLFHALLHLLHSLWHLLLHA(配列番号1062)(81
このペプチドは、先の実施例に記載したのと同様の固相ペプチド合成(SPPS)手順を用いて合成した。UV純度(220nm)=95.4%。保持時間=10.56分。溶媒勾配A:B=14:86から4:96。ESI(m/z)2478.4154(M+H)+
SPDP−dPEG8−ppTG21:SPDP−dPEG8−GLFHALLHLLHSLWHLLLHA(配列番号1063)(82)
無水N,N−ジメチルホルムアミド(1.0mL)中のppTG21(74)ペプチド・ヘキサトリフルオロ酢酸塩(7.7mg、0.0025mmol)の溶液に、{27−[(2,5−ジオキソピロリジン−1−イル))オキシ]−27−オキソ−3,6,9,12,15,18,21,24−オクタオキサヘプタコス−1−イル}−3−(ピリジン−2−イルジスルファニル)プロパンアミド
(FCD13185003、1.97mg、0.0027mmol)の溶液を加え、続いてN,N−ジイソプロピルエチルアミン(7.0μM)を室温で添加した。この反応物を室温で18時間撹拌し、Genevacを用いて減圧下で濃縮した。この粗製物質を、以下の条件を用いる逆相クロマトグラフィーを使用して精製し、標題化合物をガラス状固体として得た(3.3mg、40%)。
精製条件
残渣をジメチルスルホキシド(1mL)に溶解し、逆相HPLCにより精製した。カラム:Waters Sunfire C18、19×100、5u。移動相A:水中の0.05%TFA(v/v)。移動相B:アセトニトリル中の0.05%TFA(v/v)。勾配:10.5分で60.0%H2O/40.0%アセトニトリルから直線で30.0%H2O/70.0%アセトニトリルへ、10.5分で30.0%H2O/70.0%アセトニトリルから直線で0%H2O/100%アセトニトリルへ、11.0分から12.0分まで0%H2O/100%アセトニトリルへ。流量:25mL/分。
QC条件
カラム:Waters Atlantis dC18、4.6×50、5u。移動相A:水中の0.05%TFA(v/v)。移動相B:アセトニトリル中の0.05%TFA(v/v)。勾配:4.0分で75.0%H2O/25.0%から直線で5%H2O/95%アセトニトリルへ、5.0分まで4.0%H2O/95%アセトニトリルを維持。流量:2mL/分。保持時間=3.33分。観察された質量M/Z=741.65。方法E:ESIM/Z=2963.0
KALA及びKALA誘導体
KALA:WEAKLAKALAKALAKHLAKALAKALKACEA(配列番号869)(83)
このペプチドは、先の実施例に記載したのと同様の固相ペプチド合成(SPPS)手順を用いて合成された。UV純度(220nm)=95.6%。保持時間=10.03分。溶媒勾配A:B=54:46から44:56。ESI(m/z)3130.8272(M+H)+
Cys−KALA:CWEAKLAKALAKALAKHLAKALAKALKACEA(配列番号1064)(84)
このペプチドは、先の実施例に記載したのと同様の固相ペプチド合成(SPPS)手順を用いて合成した。UV純度(220nm)=97.2%。保持時間=8.05分。水(0.1%THF:アセトニトリル/水(4:1、0.1%TFA)の溶媒勾配を使用、Phenomenex・Kinetex(100×4.6mm)。流量=1mL/分、10分間。ESI(m/z)1618.6(M+2H)2+、1079.3(M+3H)3+、809.8(M+4H)4+
システイン(KALA)−Cys(NPys)−OHのためのセリン、
WEAKLAKALAKALAKHLAKALAKALKASEA−Cys(NPys)−OH(配列番号1065)(85)
このペプチドは、先の実施例に記載したのと同様の固相ペプチド合成(SPPS)手順を用いてを合成した。UV純度(220nm)=95.8%。保持時間=9.48分、溶媒勾配A:B(50:50から40:60)。ESI(m/z)3372.88(M+H)+
Ac−Cys(NPys)−Serine(KALA)−OH、Ac−Cys(NPys)−WEAKLAKALAKALAKHLAKALAKALKASEA(配列番号1066)(86)
このペプチドは、先の実施例に記載したのと同様の固相ペプチド合成(SPPS)手順を用いて合成した。UV純度(220nm)=95.7%。保持時間=9.78分、溶媒勾配A:B=46:54から36:64。ESI(m/z)3414.9079(M+H)+
Ac−Cys(NPys)−PEG−(KALA)セリン置換:Ac−Cys(NPys)−PEG−WEAKLAKALAKALAKHLAKALAKALKASEA(配列番号1067)(87)
このペプチドは、先の実施例に記載したのと同様の固相ペプチド合成(SPPS)手順を用いて合成した。UV純度(220nm)=95.1%。保持時間=9.23分、溶媒勾配A:B=53:47から37:63。ESI(m/z)3662.0715(M+H)+
Cas9構築物及びガイドRNAの調製
Cas9構築物及びガイドRNAの発現及び精製を、文献(Jinek et al.,A programmable dual−RNA−guided DNA endonuclease in adaptive bacterial immunity.Science,337(6096):p.816−21(2012))に記載されたようにして実施した。簡単に説明すると、S.pyogenes Cas9 M1C/C80Sタンパク質(配列番号850)をコードする大腸菌コドン最適化遺伝子を、ヘキサ−ヒスチジン(配列番号1068)と、N末端におけるマルトース結合タンパク質タグと、C末端における2つの核酸局在化シグナル(NLS)(各NLSはPKKKRKV(配列番号830))または3つのNLS(各NLSはPKKKRKV(配列番号830)及びmCherry(配列番号915)との融合タンパク質として、細菌タンパク質発現プラスミドに挿入した。配列番号1013に記載のCas9構築物のアミノ酸配列は、Y1C80S−2Nと呼ばれる。配列番号1015に記載のCas9構築物のアミノ酸配列は、Cas9構築物Y1C80S−3N−mと呼ばれる。
プラスミドを大腸菌Rosetta(DE3)に形質転換した。細菌を、リソゲンブロス(Lysogeny broth)培地中に、600nmの光学濃度(OD600nm)0.05で接種し、37℃、170rpmで増殖させた。0.8μmのOD値で、0.2mMイソプロピル−β−D−チオガラクトピラノシド(IPTG)の添加により発現を誘導し、16℃で16時間増殖させた。細菌を、600の光学密度(OD600nm)0.05において、リソゲンブロス(LB)培地に接種し、37℃、170rpmで増殖させた。細菌をペレット化し、上清を捨て、次いで20mMの4−(2−ヒドロキシエチル)−1−ピペラジンエタンスルホン酸(HEPES)、500mMの塩化カリウム(KCl)、5mMのトリス(2−カルボキシエチル)ホスフィン(TCEP)、10mMのイミダゾール、pH7.5中における超音波処理により溶解させた。清澄化された溶解物をNi−NTAアガロース(Qiagen)上に捕捉し、20mMのHEPES、500mMのKCl、5mMのTCEP、10mMのイミダゾール、pH7.5で徹底的に洗浄し、20mMのHEPES、250mMのKCl、5mMのTCEP、300mMのイミダゾール、10%グリセロール、pH7.5。4℃で溶離させた。タバコエッチウイルス(TEV)プロテアーゼにより一晩、6×His−MBPタグ(配列番号1068として開示された「6×His」を)を除去する一方、20mMのHEPES、300mMのKCl、5mMのTCEP、10%グリセロール、pH7.5中で透析した。Cas9構築物を、ヘパリンSPカラム(GEヘルスケア)での捕捉及び300mMから1MのKClで、直線で溶離することによってタグから分離した。最後に、Cas9構築物を、20mMのHEPES、150mMのKCl、10%グリセロール、pH7.5中のSuperdex・S200・HiLoadカラム(GEヘルスケア)で更に精製した。この時点で、Cas9構築物は、UV吸光度により決定した濃度の約15〜20mg/mLに濃縮され、純度はSDS−PAGEにより評価され、アリコートは液体窒素中で急速凍結された。アリコートを−80℃で保存した。
図3Aは、インタクトなCas9構築物Y1C80S−3N−mの質量スペクトルを表す。
T7プロモーターをコードするDNA及びガイドRNA鋳型を、37℃で一晩、8mM及びpH7.5のT7ポリメラーゼ及びリボヌクレオチド溶液混合物を用いて、in vitroで転写した。DNA鋳型を37℃で1時間DNAseにより分解し、変性PAGEゲル上でRNAを精製した。RNAバンドをPAGEゲルから切り出し、300mM酢酸ナトリウム(NaOAc)pH5.0で溶離し、エタノールで沈殿させた。RNAペレットを20mMのHEPES、150mMのKCl、10%グリセロール、pH7.5に再懸濁させた。ガイドRNAを、70℃で5分間インキュベートすることにより再折畳みし、室温に冷却し、塩化マグネシウム(MgCl2)を最終濃度1mMになるように加え、50℃で5分間インキュベートし、最後に室温まで冷却した。濃度をUV吸光度により決定し、−80℃で保存した。
Cas9−ASGPRリガンドコンジュゲートの調製
実施例Y53aASGPRL:ASGPRリガンド(化合物53、N−(1,3−ビス[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]−2−{[(1−{1−[(1S,2R,3R,4R,5S)−4−(アセチルアミノ)−2,3−ジヒドロキシ−6,8−ジオキサビシクロ[3.2.1]オクタ−1−イル]−2,5,8,11−テトラオキサトリデカン−13−イル}−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ]メチル}プロパン−2−イル)−3,31−ジオキソ−1−(ピリジン−2−イルジスルファニル)−7,10,13,16,19,22,25,28−オクタオキサ−4,32−ジアザオクタトリアコンタン38−アミド)を、ジメチルスルホキシド(DMSO)中で8mMに再構成して、リガンド断片53aを得た(下記に示す)。その後、リガンド断片53aを、20:1のHEPES、150mMのKCl、10%グリセロール、pH7.5中で10倍に希釈し、リガンド対タンパク質のモル比15:1で、Cas9構築物(Y1C80S−3N−m)に直接添加し、室温で1〜2時間インキュベートした。標識されたCas9構築物、Y53aASGPRLをZeba・Spinカラム(Thermo Fisher)を用いて脱塩した。
逆相C4カラム(150mm×1.0mm、Restek)を備えたAgilent・1200液体クロマトグラフ(LC)を使用して、インタクトなCas9構築物、Y53aASGPRLに対する質量スペクトル分析により標識効率を決定し、エレクトロスプレーイオン化(ESI)源を備えたThermo・LTQ−Orbitrap−XL質量分析計を用いて測定した。Xcaliburソフトウェア(バージョン2.0.7、Thermo)を用いて生の質量スペクトルを観察し、ProMassソフトウェア(バージョン2.5SR−1、Novatia)を用いて質量スペクトル逆重畳積分を行った。
図3Bは、Cas9構築物Y53aASGPRLの質量分析を表しており、この構築物は、断片53aの2コピーで標識されたCas9構築物Y53aASGPRL2であり、1つは1位及び574位のシステインの各々において、システインのS原子とのジスルフィド結合の形成を介して標識される(2×2165Daの付加)。
Y1C80S−3N−m(1)及びY53aASGPRL(2)は、20mMのHEPES、150mMのKCl、10%グリセロール、pH7.5を使用して、分析的サイズ排除クロマトグラフィー(Superdex S200 10/30GL)、50μMにおいて50μLでランされた。(1)についての溶離容量:11.56mL;及び(2)についての溶離用量:11.44mL。
RNPアセンブリ及び遺伝子編集アッセイ
実施例Y53a−C574−ASGPRL−RNP−EMX1:(53)RNP(EMX1sgRNAガイド配列(配列番号907)に連結された、S.pyogenesCas9−突然変異C80S(アミノ酸配列)3NLS−mcherry(配列番号1026)
1mMのMgCl2、20mMのHEPES、150mMのKCl、10%グリセロール(pH7.5)中のEMXl・sgRNAガイド配列(配列番号907)の溶液(15.6μL、222μΜ、3463pmol)に、29.5μLの1mMのMgCl2、20mMのHEPES、150mMのKCl、10%グリセロール(pH7.5)バッファを加えて、EMXl・sgRNAガイド配列(配列番号907)を、45μl、76.8μMで得た。
20mMのHEPES、150mMのKCl、10%グリセロール(pH7.5)緩衝液中の、化合物(53)(12μL、80μM、960pmol)で標識されたS・pyogenesCas9−突然変異C80S(アミノ酸配列)−3NLS及びmCherry(配列番号1026)[本明細書ではY53a−C574−ASGPRLと称し、Cas9構築物Y53aASGPRLについて記載したのと同様の方法によい化合物(53)で標識される]に、20mMのHEPES中の5mMのMgCl2の3μLを、150mMのKCl、10%グリセロール(pH7.5)緩衝液を加えて、1mMのMgCl2、20mMのHEPES、150mMのKCl、10%グリセロール(pH7.5)緩衝液中のCas9構築物Y53a−C574−ASGPRL15μlを得た。
15μLの上記EMX1・sgRNAガイド配列(配列番号907)溶液(15μL、76.8μM、1152pmol)を、別の2mLエッペンドルフ管に移し、これにY53a−C574−ASGPRL(15μL、64μM、960pmol)を加え、5回ピペッティングして混合し、Y53a−C574−ASGPRL・RNP構築物(30μM、32μM)を得た。このRNP構築物を、ここでは、Y53a−C574−ASGPRL−RNP−EMX1と称する。この反応混合物を37℃(水浴)で10分間インキュベートし、次いで生物学的実験または蛍光顕微鏡実験において直接使用した。
実施例Y53a−C574−ASGPRL−RNP−EMX1:化膿性Cas−突然変異M1C・&・C80S(アミノ酸配列)−化合物(53RNP)(PCSK9単一ガイドsgRNA配列1(配列番号896))で標識された3NLS及びmCherry(配列番号1015)
1mMのMgCl2、20mMのHEPES、150mMのKCl、10%グリセロール(pH7.5)バッファ中のPCSK9単一ガイドsgRNA配列(配列番号896)の溶液に、20mMのHEPES中の0.96μLの1mMのMgCl2、20mMのHEPES、150mMのKCl、10%グリセロール(pH7.5)緩衝液を加えて、64μMで5μLのPCSK9単一ガイドsgRNA配列1(配列番号896)を得た。
20mMのHEPES、150mMのKCl、10%グリセロール(pH7.5)バッファ中のCas9構築物Y1C80S−3N−m(4μL、80μM、320pmol)に、20mMのHEPES、150mMのKCl、10%グリセロール(pH7.5)緩衝液中の1μLの5mMのMgCl2を加えて、1mMのMgCl2、20mMのHEPES、150mMのKCl、10%グリセロール(pH7.5)緩衝液中のCas9構築物Y53a−C574−ASGPRL(64μMで5μL)を得た。
上記のY53aASGPRLの溶液(5μL、64μM、320pmol)を、PCSK9単一ガイドsgRNA配列1(配列番号896)(5μL、76.8μM、384pmol)の溶液に加え、5回ピペッティングして混合し、Y53aASGPRL・RNP構築物(32μMで10μL)(これは、ここではRNP構築物Y53aASGPRL−RNP−PCS1と称する)を得た。この反応混合物を37℃(水浴)で10分間インキュベートし、次いで生物学的または蛍光顕微鏡実験で直接使用した。
同様の手順を用いて、以下のRNPを調製した:
実施例Y53aASGPRL−RNP−EMX1:Cas9構築物Y53aASGPRL及びEMX1ガイドRNA配列(配列番号907)を用いた。
実施例Y53aASGPRL−RNP−PCS4:Cas9構築物Y53aASGPRL及びPCSK9ガイドRNA配列(配列番号906)を用いた。
一般的プロトコル:
ヒト肝細胞における遺伝子編集は、T7エンドヌクレアーゼ1(T7E1)エンドヌクレアーゼアッセイによって行った。簡単に説明すると、80000のHepG2(ASGPR陽性−ATCCnb.HB−8065)またはSkHep(ASGRP陰性−ATCCnb.HTB−52)細胞を、24ウエルプレートに播種した。以下のCas9構築物:Y1C80S−3N−m及びY53aASGPRLを、1:1.2のモル比のガイドRNAと共に、37℃で10分間インキュベートすることにより、Cas9ガイドRNAリボヌクレオタンパク質(Cas9・RNP)を組立てた。
Cas9・RNP+/−ppTG21を培養培地に直接分注し、加湿大気中において37℃、5%CO2でインキュベートすることにより、細胞を、ppTG21エンドゾーム分解剤の存在下または非存在下において、50pmolのCas9・RNPで処理した。インキュベーションの48時間後、培養培地を除去し、細胞をQuickExtract緩衝液(Epibio)を用いて5分間室温で溶解した。チューブに上清を移し、この試料を65℃で20分間加熱し、続いて95℃で20分間加熱した。UV吸光度によりゲノムDNA濃度を測定した。特異的プライマー(以下の配列)を用いて対象の遺伝子座を増幅し、またポリメラーゼ連鎖反応(PCR)産物をアガロースゲル上で視覚化し、標準と比較することにより定量化した。200ngのPCR産物を融解及び再ハイブリダイズし、それを37℃で30分間、T7E1エンドヌクレアーゼを用いて消化した。切断されたPCR産物の定量により、編集効率を決定した。
EMX1遺伝子座プライマー:
順方向:5’−GCCATCCCCTTCTGTGAATGTTAGAC−3’(配列番号1017)
逆方向:5’−GGAGATTGGAGACACGGAGAGCAG−3’(配列番号:1018)
PCSK9エキソン1遺伝子座プライマー:
順方向:5’−CCAGCTCCCAGCCAGGATTC−3’(配列番号1019)
逆方向:5’−ATCGTGCCAAGCGAAGAGC−3’(配列番号1020)
PCSK9エキソン4&5遺伝子座プライマー:
順方向:5’−TGATGGCCTTGGACAGTTACC−3’(配列番号1021)
逆方向:5’−GGTCCAGATGGAGAGAGACCA−3’(配列番号1022)
HepG2及びSkHep細胞を、50pmolのRNP構築物Y53aASGPRL−RNP−EMX1Y1C80S−3N−m−RNP−EMX1を用いて、また濃度を増大させながらppTG21エンドソーム溶解性ペプチド(62.5,250,1000及び2000nM)の存在下(共インキュベーション)で処理した。RNP構築物のみの処理(エンドゾーム溶解性ペプチドなし)及びRNP構築物のリポフェクション処理を、それぞれ陰性対照及び陽性対照として用いた。T7E1エンドヌクレアーゼアッセイにより編集を評価する前に、細胞を48時間処理した。編集効率を図4に注記する。
HepG2及びSkHep細胞を、50μLのCas9RNPY53aASGPRL−RNP−PCS4で、濃度を増加させたppTG21エンドソーム溶解性ペプチド(250及び1000nM)の存在下で処理した。T7E1エンドヌクレアーゼアッセイにより編集を評価する前に、細胞を48時間処理した。編集効率を図5に注記する。
ASGPR−Cas9顕微鏡イメージング試験
材料/試薬:
SKHep細胞(ATCC HTB−52)
HepG2細胞(ATCC HB−8065)
増殖培地:DMEM高グルコース(ThermoFisher 11965−092)
10%ウシ胎仔血清、熱不活性化型(ThermoFisher 16000−044)
1mMの非必須アミノ酸(ThermoFisher 11140−050)
2mMのL−グルタミン(ThermoFisher 25030−081)
100単位/mLのペニシリン/ストレプトマイシン(ThermoFisher 10378−016)
MatTekガラス底ウエル(MatTek・Corp・P35G−1.5−14−C)
デキストラン647−(Life Technologies D34682)
Hoechst3328−(Life Technologies 62249)−1μg/mLで使用
コラーゲン−(Life Technologies A10483−01)−5ug/cm2で使用
上記のY53aASGPRL−RNP−EMX1及びY1C80S−3N−m−RNP−EMX1・RNP構築物を使用した。図2に画像を示す。
プロトコル:
−コラーゲンでコーティングしたMatTekウエルに、増殖培地中40,000/ウエルで細胞をプレーティングする
−24時間後に新しい培地に変える
−Dextran647(500ng/mL)で4時間処理する。
−4時間後、培地にHoechstを5分間添加する。
−新鮮な培地に変える。
−培地を除去し、Y1・C80S−3N−m−RNP−EMX1・RNP構築物64μMで、またはY53・ASGPRL−RNP−EMX1・RNP構築物を64μMで添加する。
−生細胞条件で1時間、Zeiss回転ディスク顕微鏡で画像化し、5分ごとに画像を収集する。
・画像はZenソフトウェア(Carl Zeiss、Inc)で処理した。
薬理学データ
本発明の化合物を用いてアシアロ糖タンパク質受容体(ASGPR)を標的とすることにより調節される疾患を治療するための本発明の実施は、以下に記載する1以上の機能アッセイにおける活性によって証明することができる。供給源は括弧内に記載する。
ASGPrリガンドのSPR結合測定:
化合物を用いた全てのSPR測定は、Biacore 3000(GE Healthcare)を用いて25℃で行った。ビオチン化ASGPRは、SAセンサーチップ(GE Healthcare)またはCM5センサーチップ(GE Healthcare)への標準のアミンカップリングにより固定されたNeutravidin(Pierce Biochemical)を備えたカスタムセンサーチップを使用して、典型的には2000〜3000共鳴単位(Ru)で固定化された。ランニング緩衝液はHBS(10mMのHEPES、150mMのNaCl)、20mMのCaCl2、0.01%のp20、3%のDMSO、または50mMのトリス、150mMのNaCl、50mMのCaCl2、0.01%のp20、3%のDMSO、pH7.5であった。化合物を、900μMの濃度でランニング緩衝液の中に希釈し、3倍で、3.3μMまで段階的に希釈した。化合物溶液を50uL/分で1分間注入し、続いて各濃度について2回ずつ1分間解離させた。多量体コンジュゲート(二量体、三量体)については、コンジュゲートをランニング緩衝液中で100nMまたは10nMの濃度にまで段階的に希釈した。コンジュゲートを2分間注入し、オフ速度を300または600秒間検出した。オフ・フェーズ・データの完了後、900μMのGalNAcの注入を用いて化合物を置換し、受容体表面を遊離状態に戻した。スクラバー2(Biologic Software、Inc.)を使用して全てのデータを処理し、ゼロ調整し、排除体積効果について整列させ、参照し、修正した。KDSは、スクラバー2中での化合物及び単一接合分子の定常状態結合応答をフィッティングすることによって決定した。動態応答を示す多量体コンジュゲートのKDをスクラバー2で処理し、BiaEval(GE Healthcare)に適合させて、KDを計算するためにオン及びオフ速度パラメータを抽出した。その値は、複数の実験の標準偏差を反映している。
SPR結合アッセイについては以下の結果が得られ、ここで各アッセイは別々に報告され、またはラン回数(n)及び標準偏差が記録される。
RNP構築物のSPR結合測定:
SPR:全ての実験は、市販のストレプトアビジンセンサー(Senor Chip SA、GE Healthcare)を25℃で用い、Biacore3000(GE Healthcare)で行った。
ASGPr・HI・CRDタンパク質の固定化レベルは実験に依存し、個々の実験プロトコルに記載されている。全ての実験は、50uL/分の流量で行った。全ての実験において、ストレプトアビジンセンサー表面を参照として使用した。得られた全てのデータは、Scrubber2ソフトウェア(BioLogic Software)を使用して処理し、ゼロ調整し、x−整列させ、参照及びベースラインについて修正した。曲線は、スクラバーにおける1:1動態結合モデルを使用して適合させた。
試薬:
ASGPr HI CRD:ストレプトアビジン表面上への捕捉のために、先に述べたようにして、ASGPr HI CRDは、孤立した遊離システインと反応されたマレイミド−PEG2−ビオチン(Pierce)を用いて誘導体化された。タンパク質コンジュゲートについては、立体的な衝突を生じさせる表面上の混雑を減少させるために、表面密度を低く維持した。
試薬:上記で述べたASGPr−ビオチン
RNP構築物は、20mMのHEPES・pH7.5、150mMのKCl、20mMのCaCl2、5mMのMgCl2、0.01%のp20の中の32μMのストックとして供給され、これはRNPと共にSPRのランニング緩衝液として役立った。Cas9−リボ核タンパク質については、このストックをランニング緩衝液で10倍に希釈し、次いで最大濃度として10nMに再度希釈した。ASGPrを、50及び200Ruでストレプトアビジンセンサー上に固定化した。10nM濃度の単回注入は、低分子複合体で観察されたのと同様に、過剰の(900μM)N−アセチル−ガラクトサミン(GalNAc)の注入によって主に競合され得る明確な結合を示した。ASGPrリガンド(Y1C80S−3N−m−RNP−EMX1)を含まない対照RNP構築物も最高濃度(10nM)で注入されたが、固定化された受容体への如何なる結合も示さなかった。タンパク質をランニング緩衝液中で10nMから2倍に連続希釈して、両方の密度で親和性を得た。各濃度の間で900μMのGalNAcを注入して、受容体からRNPを除去した。一連の濃度からの応答を前述のスクラバー2を用いて処理し、1:1結合モデルに適合させた。
本出願の全体を通して、様々な刊行物が参照される。これら刊行物の開示内容の全体を、全ての目的のために本明細書の一部として援用する。
当業者には、本発明の範囲または精神から逸脱することなく、本発明において様々な変更及び変形が可能であることが明らかであろう。本発明の他の実施形態は、本明細書の考慮及び本明細書に開示された発明の実施から当業者に明らかであろう。実施例を含めて、本明細書は単なる例示と看做されるべきものであり、本発明の真の範囲及び精神は添付の特許請求の範囲によって示されるものである。
以下は例示的な実施形態である:
1.式(A−1)、(A−2)、または(A−3)の化合物、またはその医薬的に許容される塩:
式中、
xxは、−H、−アルキル、−シクロアルキル、−アルケニル、アルキニル、−アリール、−ヘテロアリール、−OR5、−N(R4)−R5、−SR5であり、前記Rxxの−CH2−基は、各々独立して、−O−、−S−、−N(R4)−から選択されるるヘテロ原子基と交換されてもよく、前記Rxxの−CH3は、−N(R42、−OR4、及び−S(R4)から選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、前記ヘテロ原子基は、少なくとも2つの炭素原子によって離間されており、前記アルキル、アルケニル、アルキニル、及びシクロアルキルは、各々1以上のハロ原子で置換されてもよく、
yyは、−CN、−CH2−CN、−C≡CH、−CH2−N3、−CH2−NH2、−CH2−N(R4)−S(O)2−R5、−CH2−CO2H、−CO2H、−CH2−OH、−CH2−SH、−CH−CH−R5、−CH2−R5、−CH2−S−R5、−CH2−N(R4)−R5、−CH2−N(R4)−C(O)−R5、−CH2−N(R4)−C(O)−O−R5、−CH2−N(R4)−C(O)−N(R4)−R5、−CH2−O−R5、−CH2−O−C(O)−R5、−CH2−O−C(O)−N(R4)−R5、−CH2−O−C(O)−O−R5、−CH2−S(O)−R5、−CH2−S(O)2−R5、−CH2−S(O)2−N(R4)−R5、−C(O)−NH2、−C(O)−O−R5、−C(O)−N(R4)−R5、またはアリールもしくはヘテロアリールであり、前記アリールもしくはヘテロアリールは任意にR5で置換され、
各R1は、独立して、−CN、−CH2−CN、−C≡CH、−CH2−N3、−CH2−NH2、−CH2−N(R4)−S(O)2−R5、−CH2−CO2H、−CO2H、−CH2−OH、−CH2−SH、−CH−CH−R5、−CH2−R5、−CH2−S−R5、−CH2−N(R4)−R5、−CH2−N(R4)−C(O)−R5、−CH2−N(R4)−C(O)−O−R5、−CH2−N(R4)−C(O)−N(R4)−R5、−CH2−O−R5、−CH2−O−C(O)−R5、−CH2−O−C(O)−N(R4)−R5、−CH2−O−C(O)−O−R5、−CH2−S(O)−R5、−CH2−S(O)2−R5、−CH2−S(O)2−N(R4)−R5、−C(O)−NH2、−C(O)−O−R5、−C(O)−N(R4)−R5、またはアリールもしくはヘテロアリールであり、前記アリールもしくはヘテロアリールは、任意にR5で置換されるか、
または、R1は、−Z−X−Y、−Z−Y、−X−Y、−Z−X+-、−X+-、−Z−X-+、−X-+、または−Yであり、
Xは、リンカーであり、
+は、正に荷電したリンカーであり、
-は、負に荷電したリンカーであり、
Yは、部位特異的修飾ポリペプチドを含むリボ核タンパク質またはエンドヌクレアーゼであるか、Yは部位特異的修飾ポリペプチドであるか、YはCas9リボ核タンパク質であるか、YはCas9タンパク質であるか、YはシングルガイドRNA配列(sgRNA)であるか、YはCRISPR RNA(crRNA)及びトランス活性化crRNA(tracrRNA)を含むデュアルガイドRNA配列であり、
+は、部位特異的修飾ポリペプチドを含む正に荷電したリボ核タンパク質またはエンドヌクレアーゼであるか、Y+は正に荷電した部位特異的修飾ポリペプチドであるか、Y+は正に荷電したCas9タンパク質であり、
-は、部位特異的修飾ポリペプチドを含む負に荷電したリボ核タンパク質もしくはエンドヌクレアーゼであるか、またはY-は負に荷電した部位特異的修飾ポリペプチドであるか、Y-は負に荷電したCas9リボ核タンパク質であるか、またはY-は負に荷電したsgRNAであるか、またはY-はCRISPR RNA(crRNA)及びトランス活性化crRNA(tracrRNA)を含む負に荷電したデュアルガイドRNA配列であり、
Zは、存在しないか、または−C≡C−、−CH=CH−、−CH2−、−CH2−O−、−C(O)−N(R4)−、−CH2−S−、−CH2−S(O)−、−CH2−S(O)2−、−CH2−S(O)2−N(R4)−、−C(O)−O−、−CH2−N(R4)−、−CH2−N(R4)−C(O)−、−CH2−N(R4)−S(O)2−、−CH2−N(R4)−C(O)−O−、−CH2−N(R4)−C(O)−N(R4)−、−CH2−O−C(O)−、−CH2−O−C(O)−N(R4)−、−CH2−O−C(O)−O−、またはアリールもしくはヘテロアリールであり、前記アリールもしくはヘテロアリールは任意にR5で置換され、
2は、−OH、−N3、−N(R32、−N(R3)−C(O)−R3、−N(R3)−C(O)−N(R32、−N(R3)−C(O)−OR3、−N(R3)−S(O)2−R3、テトラゾール、またはトリアゾールであり、前記テトラゾール及びトリアゾールは任意にR3で置換され、
各R3は独立して、−H、−(C1−C5)アルキル、ハロ置換(C1−C5)アルキル、ハロ置換(C3−C6)シクロアルキル、−(C1−C5)アルケニル、−(C1−C5)アルキニル、ハロ置換−(C1−C5)アルケニル、ハロ置換−(C1−C5)アルキニル、または(C3−C6)シクロアルキルであり、前記アルキルまたはシクロアルキルの−CH2−基は各々独立して、−O−、−S−、及び−N(R4)−から選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、前記アルキルの−CH3は各々が独立して、−N(R42、−OR4、及び−S(R4)から選択されるヘテロ原子基で置換されてもよく、前記ヘテロ原子基は少なくとも2つの炭素原子で離間されており、
各R4は独立して、−H、−(C1−C20)アルキル、−(C1−C20)アルケニル、−(C1−C20)アルキニル、または(C3−C6)シクロアルキルであり、前記少なくとも2つの炭素原子で離間されたアルキルまたはシクロアルキルの1〜6個の−CH2−基は各々独立して、−O−、−S−、または−N(R4)−から独立して選択されるヘテロ原子と交換されてもよく、前記アルキルの−CH3は各々独立して、−N(R42、−OR4、及び−S(R4)から選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、前記ヘテロ原子基は、少なくとも2つの炭素原子で離間されており、前記アルキル、アルケニル、アルキニル、及びシクロアルキルはハロ原子で置換されてもよく、
各R5は独立して、−H、(C3−C20)シクロアルキル、−(C1−C60)アルケニル、−(C1−C60)アルキニル、または(C1−C60)アルキルであり、前記シクロアルキルの1〜6個の−CH2−基、または前記アルキルの1〜20個の−CH2−基は、各々独立して、−O−、−S−、及び−N(R4)−から独立して選択されるヘテロ原子と交換されてもよく、前記ヘテロ原子は少なくとも2つの炭素原子で離間されており、また前記アルキルの−CH3は各々独立して、−N(R42、−OR4、及び−S(R4)から選択されるヘテロ原子で置換されてもよく、前記ヘテロ原子基は少なくとも2つの炭素原子で離間されており;また前記アルキル、アルケニル、アルキニル、及びシクロアルキルは、ハロ原子で置換されてもよい。
2.式(B)の化合物、またはその医薬的に許容される塩:
式中、
1は、−Z−X−Y、−Z−Y、−X−Y、−Z−X+-、−X+-、−Z−X-+、−X-+、または−Yであり、
Xはリンカーであり、
+は、正に荷電したリンカーであり、
-は、負に荷電したリンカーであり、
Yは、部位特異的修飾ポリペプチドを含むリボ核タンパク質またはエンドヌクレアーゼであるか、Yは部位特異的修飾ポリペプチドであるか、YはCas9リボ核タンパク質であるか、YはCas9タンパク質であるか、YはシングルガイドRNA配列(sgRNA)であるか、YはCRISPR RNA(crRNA)及びトランス活性化crRNA(tracrRNA)を含むデュアルガイドRNA配列であり、
+は、部位特異的修飾ポリペプチドを含む正に荷電したリボ核タンパク質またはエンドヌクレアーゼであるか、またはY+は正に荷電した部位特異的修飾ポリペプチドであるか、またはY+は正に荷電したCas9タンパク質であり、
-は、部位特異的修飾ポリペプチドを含む負に荷電したリボ核タンパク質またはエンドヌクレアーゼであるか、Y-は負に荷電した部位特異的修飾ポリペプチドであるか、Y-は負に荷電したCas9リボ核タンパク質であるか、Y-は負に荷電したsgRNAであるか、またはY-はCRISPR RNA(crRNA)及びトランス活性化crRNA(tracrRNA)を含む負に荷電したデュアルガイドRNA配列であり、
Zは、存在しないか、または−C≡C−、−CH=CH−、−CH2−、−CH2−O−、−C(O)−N(R4)−、−CH2−S−、−CH2−S(O)−、−CH2−S(O)2−、−CH2−S(O)2−N(R4)−、−C(O)−O−、−CH2−N(R4)−、−CH2−N(R4)−C(O)−、−CH2−N(R4)−S(O)2−、−CH2−N(R4)−C(O)−O−、−CH2−N(R4)−C(O)−N(R4)−、−CH2−O−C(O)−、−CH2−O−C(O)−N(R4)−、−CH2−O−C(O)−O−、またはアリールもしくはヘテロアリールであり、前記アリールもしくはヘテロアリールは任意にR5で置換され、
2は、−OH、−N3、−N(R32、−N(R3)−C(O)−R3、−N(R3)−C(O)−N(R32、−N(R3)−C(O)−OR3、−N(R3)−S(O)2−R3、テトラゾール、またはトリアゾールであり、前記テトラゾール及びトリアゾールは任意にR3で置換され、
各R3は独立して、−H、−(C1−C5)アルキル、ハロ置換(C1−C5)アルキル、ハロ置換(C3−C6)シクロアルキル、−(C1−C5)アルケニル、−(C1−C5)アルキニル、ハロ置換−(C1−C5)アルケニル、ハロ置換−(C1−C5)アルキニル、または(C3−C6)シクロアルキルであり、前記アルキルまたはシクロアルキルの−CH2−基は、各々独立して、−O−、−S−、及び−N(R4)−から選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、前記アルキルの−CH3は各々が独立して、−N(R42、−OR4、及び−S(R4)から選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、前記ヘテロ原子基は少なくとも2つの炭素原子で離間されており、
各R4は独立して、−H、−(C1−C20)アルキル、−(C1−C20)アルケニル、−(C1−C20)アルキニル、または(C3−C6)シクロアルキルであり、前記少なくとも2つの炭素原子で離間されたアルキルまたはシクロアルキルの1〜6個の−CH2−基は、各々独立して、−O−、−S−、または−N(R4)−から独立して選択されるヘテロ原子で置換されてもよく、前記アルキルの−CH3は、各々独立して、−N(R42、−OR4、及び−S(R4)から選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、前記ヘテロ原子基は、少なくとも2つの炭素原子で離間されており、前記アルキル、アルケニル、アルキニル、及びシクロアルキルはハロ原子で置換されてもよく、
各R5は独立して、−H、(C3−C20)シクロアルキル、−(C1−C60)アルケニル、−(C1−C60)アルキニル、または(C1−C60)アルキルであり、前記シクロアルキルの1〜6個の−CH2−基、または前記アルキルの1〜20個の−CH2−基は、各々独立して、−O−、−S−、及び−N(R4)−から独立して選択されるヘテロ原子と交換されてもよく、前記ヘテロ原子は、少なくとも2つの炭素原子で離間されており、前記アルキルの−CH3は各々独立して、−N(R42、−OR4、及び−S(R4)から選択されるヘテロ原子と交換されてもよく、前記ヘテロ原子基は少なくとも2つの炭素原子で離間されており;また前記アルキル、アルケニル、アルキニル、及びシクロアルキルはハロ原子で置換されてもよい。
3.実施形態1または2に記載の化合物であって、R2が、−NH−C(O)−CH3である前記化合物。
4.実施形態1〜3の何れかに記載の化合物であって、R1が、−Z−X+Y−である前記化合物。
5.実施形態1〜3の何れかに記載の化合物であって、R1が、−Z−X−Y+である前記化合物。
6.実施形態1〜3の何れかに記載の化合物であって、R1が、−Z−X−Yである前記化合物。
7.実施形態6に記載の化合物であって、R1が、L1〜L10からなる群から選択される−Z−X−Yである前記化合物:
式中、
各Tは独立して、存在しないか、または(C1−C10)アルキレン、(C2−C10)アルケニレン、または(C2−C10)アルキニレンであり、前記Tの1以上の炭素基は、各々独立して、−O−、−S−、及び−N(R4)−から独立して選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、前記ヘテロ原子基は、少なくとも2つの炭素原子によって離間されており、また前記アルキレン、アルケニレン、及びアルキニレンは各々独立して1以上のハロ原子で置換されてもよく、
各Qは独立して、存在しないか、またはC(O)、C(O)−NR4、NR4−C(O)、O−C(O)−NR4、NR4−C(O)−O、−CH2−、ヘテロアリール、またはO、S、S−S、S(O)、S(O)2及びNR4から選択されるヘテロ原子基であり、ここでは少なくとも2つの炭素原子が前記ヘテロ原子基O、S、S−S、S(O)、S(O)2及びNR4を任意の他のヘテロ原子基から離間し、
各R4は独立して、−H、−(C1−C20)アルキル、または(C3−C6)シクロアルキルであり、少なくとも2つの炭素原子で離間された前記アルキルまたはシクロアルキルの1〜6個の−CH2−基が、−O−、−S−、または−N(R4)−で置換されてもよく、また前記アルキルの−CH3は各々独立して−N(R42、−OR4、及び−S(R4)から選択されるヘテロ原子基が交換されてもよく、前記ヘテロ原子基は、少なくとも2つの炭素原子によって離間されており、また前記アルキル及びシクロアルキルは、ハロ原子で置換されてもよく、
各mは独立して0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、または40である。
8.実施形態7に記載の化合物であって、前記Qの各出現が独立して、1H−1,2,3−トリアゾリル、ピリジニル及び1,2,3,4−テトラゾリルから選択されるヘテロアリールである前記化合物。
9.実施形態7または8に記載の化合物であって、前記Xはジスルフィド結合を含んでいる前記化合物。
10.実施形態1に記載の化合物であって、式(C−1)、(C−2)、(C−3)または(C4)の式を有する前記化合物、またはその医薬的に許容される塩:
式中、
nは、1、2、または3であり、
Wは、存在しないか、またはペプチドであり、
Lは、−(T−Q−T−Q)m−であり、
各Tは独立して、存在しないか、または(C1−C10)アルキレン、(C2−C10)アルケニレン、もしくは(C2−C10)アルキニレンであり、前記Tの1以上の炭素基は、各々独立して、−O−、−S−、及び−N(R4)−から独立して選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、前記ヘテロ原子基は少なくとも2つの炭素原子によって離間されており、アルキレン、アルケニレン、及びアルキニレンは各々独立して1以上のハロ原子で置換されてもよく、
各Qは独立して、存在しないか、またはC(O)、C(O)−NR4、NR4−C(O)、O−C(O)−NR4、NR4−C(O)−O、−CH2−、ヘテロアリール、またはO、S、S−S、S(O)、S(O)2及びNR4から選択されるヘテロ原子基であり、少なくとも2つの炭素原子が前記ヘテロ原子基O、S、S−S、S(O)、S(O)2及びNR4を任意の他のヘテロ原子基から離間し、
各R4は独立して、−H、−(C1−C20)アルキル、または(C3−C6)シクロアルキルであり、少なくとも2つの炭素原子によって離間された前記アルキルまたはシクロアルキルの1〜6個の−CH2−基が、−O−、−S−、または−N(R4)−と交換されてもよく、前記アルキルの−CH3は、各々独立して−N(R42、−OR4、及び−S(R4)から選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、前記ヘテロ原子基は、少なくとも2つの炭素原子によって離間されており、前記アルキル及びシクロアルキルはハロ原子で置換されてもよく、
各mは独立して0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、または40である。
11.実施形態1に記載の化合物であって、式(D−1)または(D−2)の式を有する前記化合物、またはその医薬的に許容される塩:
式中、
nは1、2または3である。
12.実施形態2に記載の化合物であって、式(E)を有する前記化合物、またはその医薬的に許容される塩:
式中、
nは1、2または3であり、
Wは存在しないか、またはペプチドであり、
Lは、−(T−Q−T−Q)m−であり、
式中、
各Tは独立して、存在しないか、または(C1−C10)アルキレン、(C2−C10)アルケニレン、もしくは(C2−C10)アルキニレンであり、前記Tの1以上の炭素基は、各々独立して、−O−、−S−、及び−N(R4)−から独立して選択されるヘテロ原子基で置換されてもよく、前記ヘテロ原子基は少なくとも2つの炭素原子によって離間されており、
各Qは独立して、存在しないか、またはC(O)、C(O)−NR4、NR4−C(O)、O−C(O)−NR4、NR4−C(O)−O、−CH2−、ヘテロアリール、またはO、S、S−S、S(O)、S(O)2及びNR4から選択されるヘテロ原子基であり、ここでは少なくとも2つの炭素原子が前記ヘテロ原子基O、S、S−S、S(O)、S(O)2及びNR4を任意の他のヘテロ原子基から離間し、
各R4は独立して、−H、−(C1−C20)アルキル、または(C3−C6)シクロアルキルであり、少なくとも2つの炭素原子によって離間された前記アルキルまたはシクロアルキルの1〜6個の−CH2−基が、各々独立して、−O−、−S−、または−N(R4)−と交換されてもよく、また前記アルキルの−CH3は、−N(R42、−OR4、及び−S(R4)から選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、前記ヘテロ原子基は少なくとも2つの炭素原子によって離間されており、また前記アルキル及びシクロアルキルはハロ原子で置換されてもよく、また
各mは独立して0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、または40である。
13.実施形態2に記載の化合物であって、式(F−1)または(F−2)の式を有する前記化合物、またはその医薬的に許容される塩:
式中、
nは1、2及び3から選択される。
14.実施形態10〜13の何れか1項に記載の化合物であって、nが3である前記化合物。
15.実施形態12に記載の化合物であって、式
を有する前記化合物、またはその医薬的に許容される塩。
16.実施形態10または12に記載の化合物であって、Wがエンドソーム溶解性ペプチドまたは核局在化ペプチドであるペプチドである前記化合物。
17.先行する実施形態の何れか1項に記載の化合物であって、Yは、
(1)CRISPR RNA(crRNA)及びトランス活性化crRNA(tracrRNA)を含むデュアルガイドRNA配列、またはシングルガイドRNA配列(sgRNA)の何れかを備えた認識要素を含む第一の要素であって、前記配列は、発現されたときにCas9リボ核タンパク質の標的配列への配列特異的結合を指示し、前記第一の要素は1以上のエンドソーム脱出剤を任意に含む前記第一の要素と、
(2)Cas9タンパク質及び場合により1つ以上の核局在配列(NLS)及び場合により1つ以上の蛍光タンパク質及び1以上のエンドソーム脱出剤を含む第二の要素を含んだCas9リボ核タンパク質であり、
前記第一の要素は前記第二の要素と会合している前記化合物。
18.実施形態17に記載の化合物であって、前記標的配列が真核細胞標的配列である前記化合物。
19.実施形態17に記載の化合物であって、前記第一の要素が、CRISPR RNA(crRNA)及びトランス活性化crRNA(tracrRNA)を含むデュアルガイドRNA配列を含み、前記化合物の残りは、それぞれ独立してtracrRNA配列またはcrRNAへの1以上の相互作用を介して前記Cas9リボ核タンパク質に連結される前記化合物。
20.実施形態19に記載の化合物であって、前記tracrRNAが任意に化学的に修飾される前記化合物。
21.実施形態19または20に記載の化合物であって、前記tracrRNAは、CAGCAUAGCAAGUUAAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUU(配列番号1028)の配列に対して少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または少なくとも約100%の核酸配列同一性を有する配列を含み、前記配列は任意で、最初の3個の塩基において2’−O−メチルまたは2’−F修飾を含む前記化合物。
22.実施形態19〜21の何れか1項に記載の化合物であって、前記crRNAが任意に化学的に修飾されている前記化合物。
23.実施形態19〜21の何れか1項に記載の化合物であって、前記crRNAは、下記から選択される配列に対して少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または少なくとも約100%のヌクレオチド配列同一性を有する配列を含む前記化合物:
PCSK9 crRNA配列1:
GGUGCUAGCCUUGCGUUCCGGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号885)、最後の4塩基の最初の3つ(GCU)に任意に2’−O−メチルまたは2’−F修飾を含む、
PCSK9 crRNA配列2:
CGUGCUCGGGUGCUUCGGCCGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号886)、最後の4塩基の最初の3つ(GCU)に任意に2’−O−メチルまたは2’−F修飾を含む、
PCSK9 crRNA配列3:
GCCGUCCUCCUCGGAACGCAGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号887)、最後の4塩基の最初の3つ(GCU)に任意に2’−O−メチルまたは2’−F修飾を含む、
PCSK9 crRNA配列4:
GGACGAGGACGGCGACUACGGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号888)、最後の4塩基の最初の3つ(GCU)に任意に2’−O−メチルまたは2’−F修飾を含む、
PCSK9 crRNA配列5:
ACCACCGGGAAAUCGAGGGCGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号889)、最後の4塩基の最初の3つ(GCU)に任意に2’−O−メチルまたは2’−F修飾を含む、
PCSK9 crRNA配列6:
CGACUUCGAGAAUGUGCCCGGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号890)、最後の4塩基の最初の3つ(GCU)に任意に2’−O−メチルまたは2’−F修飾を含む、
PCSK9 crRNA配列7:
GAGUGACCACCGGGAAAUCGGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号891)、最後の4塩基の最初の3つ(GCU)に任意に2’−O−メチルまたは2’−F修飾を含む、
PCSK9 crRNA配列8:
CUCGGGCACAUUCUCGAAGUGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号892)、最後の4塩基の最初の3つ(GCU)に任意に2’−O−メチルまたは2’−F修飾を含む、
PCSK9 crRNA配列9:
GGAAGCCAGGAAGAAGGCCAGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号893)、最後の4塩基の最初の3つ(GCU)に任意に2’−O−メチルまたは2’−F修飾を含む、
PCSK9 crRNA配列10:
UCUUUGCCCAGAGCAUCCCGGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号894)、最後の4塩基の最初の3つ(GCU)に任意に2’−O−メチルまたは2’−F修飾を含む、
PCSK9 crRNA配列11:
CUAGGAGAUACACCUCCACCGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号895)、最後の4塩基の最初の3つ(GCU)に任意に2’−O−メチルまたは2’−F修飾を含む。
24.実施形態17に記載の化合物であって、前記第一の要素がシングルガイドRNA配列(sgRNA)を含み、前記化合物の残りがsgRNAに対する1以上の相互作用を介して前記Cas9リボ核タンパク質に連結される前記化合物。
25.実施形態24に記載の化合物であって、前記sgRNAが少なくとも20ヌクレオチドを含む前記化合物。
26.実施形態24に記載の化合物であって、前記sgRNAが少なくとも8個のヌクレオチドを含む前記化合物。
27.実施形態24に記載の化合物であって、前記sgRNAとその対応する標的配列との間の相補性の程度が、適切なアライメントアルゴリズムを使用して最適に整列されたときに、少なくとも50%、60%、70%、75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%である前記化合物。
28.実施形態24の何れか1項に記載の化合物であって、前記sgRNAは、下記からなる群から選択される配列に対して、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96%少なくとも約97パーセント、少なくとも約98パーセント、少なくとも約99パーセントまたは100パーセントのヌクレオチド配列同一性を有する前記化合物:
PCSK9シングルガイドRNA配列1
GGUGCUAGCCUUGCGUUCCGGUUUAAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUUAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号896)、
PCSK9シングルガイドRNA配列2
CGUGCUCGGGUGCUUCGGCCGUUUAAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUUAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号897)、
PCSK9シングルガイドRNA配列3
GCCGUCCUCCUCGGAACGCAGUUUAAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUUAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号898)、
PCSK9シングルガイドRNA配列4
GGACGAGGACGGCGACUACGGUUUAAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUUAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号899)、
PCSK9シングルガイドRNA配列5
ACCACCGGGAAAUCGAGGGCGUUUAAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUUAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号900)、
PCSK9シングルガイドRNA配列6
CGACUUCGAGAAUGUGCCCGGUUUAAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUUAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号901)、
PCSK9シングルガイドRNA配列7
GAGUGACCACCGGGAAAUCGGUUUAAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUUAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号902)、
PCSK9シングルガイドRNA配列8
CUCGGGCACAUUCUCGAAGUGUUUAAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUUAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号903)、
PCSK9シングルガイドRNA配列9
GGAAGCCAGGAAGAAGGCCAGUUUAAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUUAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号904)、
PCSK9シングルガイドRNA配列10
UCUUUGCCCAGAGCAUCCCGGUUUAAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUUAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号905)、
PCSK9シングルガイドRNA配列11
CUAGGAGAUACACCUCCACCGUUUAAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUUAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号906)、
EMX1シングルガイドRNA配列
GUCACCUCCAAUGACUAGGGGUUUAAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUUAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号907)、
ROSA26シングルガイドRNA配列
CGAACCCUACACAUUCAACGGUUUAAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUUAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号908)、
ここで、前記配列は任意に化学的に修飾される。
29.実施形態24〜28の何れか1項に記載の化合物であって、前記Yが任意に化学的に修飾されたsgRNAを含む前記化合物。
30.実施形態1〜29の何れか1項に記載の化合物であって、前記Yが更に蛍光プローブを含む前記化合物。
31.実施形態30に記載の化合物であって、前記蛍光プローブがmCherry配列(配列番号915)である前記化合物。
32.先行する実施形態の何れか1項に記載の化合物であって、前記Yが1以上のNLSを含む前記化合物。
33.実施形態32に記載の化合物であって、前記NLSの各々が、下記からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む前記化合物:
PKKKRKV(配列番号830)、
KRPAATKKAGQAKKKK(配列番号831)、
PAAKRVKLD(配列番号832)、
RQRRNELKRSP(配列番号833)、
NQSSNFGPMKGGNFGGRSSGPYGGGGQYFAKPRNQGGY(配列番号834)、
RMRIXFKNKGKDTAELRRRRVEVSVELRKAKKDEQILKRRNV(配列番号835)、
VSRKRPRP(配列番号836)、
PPKKARED(配列番号837)、
PQPKKKPL(配列番号838)、
SALIKKKKKMAP(配列番号839)、
DRLRR(配列番号840)、
PKQKKRK(配列番号841)、
RKLKKKIKKL(配列番号842)、
REKKKFLKRR(配列番号843)、
KRKGDEVDGVDEVAKKKSKK(配列番号844)、
RKCLQAGMNLEARKTKK(配列番号845)、
MAPKKKRKVGIHRGVP(配列番号1035)、及び
PKKKRKVEDPKKKRKVD(配列番号1036)。
34.実施形態33に記載の化合物であって、前記NLSの各々がアミノ酸配列PKKKRKV(配列番号830)を含む前記化合物。
35.実施形態34に記載の化合物であって、各々がアミノ酸配列PKKKRKV(配列番号830)を含む2つのNLSを含む前記化合物。
36.先行する実施形態の何れか1項に記載の化合物であって、前記Yは、S.aureus、S.pneumoniae、S.pyogenes、S.thermophilus、N.meningitidisまたはA.ebreus由来のCas9タンパク質に対して少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98パーセント、少なくとも約99パーセント、または100パーセントのアミノ酸配列同一性であるCas9タンパク質を含む前記化合物。
37.先行する実施形態の何れか1項に記載の化合物であって、前記Yが、II型Cas9タンパク質に対して、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96パーセント、少なくとも約97パーセント、少なくとも約98パーセント、少なくとも約99パーセント、または100パーセントのアミノ酸配列同一性であるCas9タンパク質を含む前記化合物。
38.先行する実施形態の何れか1項に記載の化合物であって、前記Yが、配列番号8の7〜166位または731〜1003位のアミノ酸または配列番号1〜7、9〜829に記載のものの対応するアミノ酸に対して、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約99パーセント、または100パーセントのアミノ酸配列同一性であるCas9タンパク質を含む前記化合物。
39.先行する実施形態の何れか1項に記載の化合物であって、前記Yが、配列番号8の7〜166位、または731〜1003位におけるアミノ酸に対して、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99パーセント、または100パーセントのアミノ酸配列同一性であるCas9タンパク質を含む前記化合物。
40.先行する実施形態の何れか1項に記載の化合物であって、前記Yが、配列番号260〜263の何れかのCas9アミノ酸配列のモチーフ1,2,3及び4に対して、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99パーセント、または100パーセントのアミノ酸配列同一性を有する配列内の少なくとも4モチーフを有するCas9タンパク質を含む前記化合物。
41.先行する実施形態の何れか1項に記載の化合物であって、前記Yが、S.pyogenesCas9(野生型)(配列番号848)、S.pyogenesCas9−突然変異M1C(配列番号849)、S.pyogenesCas9−突然変異M1C&C80S(配列番号850)、S.pyogenesCas9ニッカーゼ変異体D10A(配列番号851)、S.pyogenesCas9ニッカーゼ変異体H840A(配列番号852)、S.pyogenesCas9ニッカーゼ変異体E923P&T924P(配列番号853)、Acidovorax ebreus(Acidovorax ebreus)Cas9(配列番号854)、酸性鉱山排水菌Ga0052161_JGI・Cas9(配列番号855)、S.pyogenesCas9ヌル変異体D10A&H840A(配列番号1027)、及びウラン鉱山菌FW106_JGICas9(配列856)から選択される配列に対して、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99パーセント、または100パーセントのアミノ酸配列同一性を有するCas9タンパク質を含む前記化合物。
42.先行する実施形態の何れか1項に記載の化合物であって、肝細胞上に存在する受容体に結合できる前記化合物。
43.実施形態42に記載の化合物であって、前記肝細胞に存在する受容体がアシアロ糖タンパク質受容体である前記化合物。
44.先行する実施形態の何れか1項に記載の化合物であって、エンドソーム脱出剤を更に含む前記化合物。
45.先行する実施形態の何れか1項に記載の化合物であって、前記Yが更にエンドソーム脱出剤を含む前記化合物。
46.実施形態44または45に記載の化合物であって、前記エンドソーム脱出剤は、リソソーム作用剤、細胞浸透性ペプチド、融合性ペプチド、孔形成剤、及びプロトンスポンジ剤からなる群から選択される前記化合物。
47.実施形態46に記載の化合物であって、前記エンドソーム脱出剤がペプチドppTG21:GLFHALLHLLHSLWHLLLHA(配列番号1012)である前記化合物。
48.実施形態1〜47の何れか1項に記載の化合物及びエンドソーム脱出剤を含有する組成物であって、前記組成物を形成するために前記化合物及び前記エンドソーム脱出剤が同時インキュベートされる前記組成物。
49.実施形態48に記載の組成物であって、前記エンドソーム脱出剤が、リソソーム作用剤、細胞浸透性ペプチド、融合性ペプチド、細孔形成剤、及びプロトンスポンジ剤からなる群より選択される前記組成物。
50.実施形態49に記載の組成物であって、前記エンドソーム脱出剤がペプチドppTG21:GLFHALLHLLHSLWHLLLHA(配列番号1012)である前記組成物。
51.先行する実施形態の何れか1項に記載の化合物と、医薬的に許容される担体、賦形剤または希釈剤とを含有する医薬組成物。
52.対象における肝疾患もしくは状態、または肝臓調節疾患もしくは状態を治療する方法であって、前記対象に対して、実施形態51に記載の医薬組成物の治療的有効量を投与することを含む前記方法。
53.実施形態52に記載の方法であって、前記疾患または状態が、遺伝性血管浮腫、家族性チロシン血症I型、アラジール症候群、アルファ−1−アンチトリプシン欠損症、胆汁酸合成及び代謝異常、胆道閉鎖症、嚢胞性線維症肝疾患、特発性新生児肝炎、ミトコンドリア肝障害、進行性家族性肝内胆汁うっ滞、原発性硬化性胆管炎、トランスサイレチンアミロイドーシス、血友病、ホモ接合性家族性高コレステロール血症、家族性キロミクロン血症、高脂血症、脂肪性肝炎、非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)、非アルコール性脂肪性肝疾患(NAFLD)、高血糖、及びII型糖尿病と同様に異常に高い肝臓グルコース産生を伴う疾患からなる群から選択される前記方法。
54.実施形態53に記載の方法であって、前記疾患または状態が、高脂血症、非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)、または非アルコール性脂肪性肝炎(NAFLD)である方法。
55.対象の肝臓細胞における標的DNAの転写を選択的に調節する方法であって、前記対象に対して、実施形態51による医薬組成物を投与することを含む方法。
56.実施形態55に記載の方法であって、前記標的DNAが、遺伝性血管浮腫、家族性チロシン血症I型、アラジール症候群、アルファ−1−アンチトリプシン欠損症、胆汁酸合成及び代謝異常、胆道閉鎖症、嚢胞性線維症肝疾患、特発性新生児肝炎、ミトコンドリア肝障害、進行性家族性肝内胆汁うっ滞、原発性硬化性胆管炎、トランスサイレチンアミロイドーシス、血友病、ホモ接合性家族性高コレステロール血症、家族性キロミクロン血症、高脂血症、脂肪性肝炎、非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)、非アルコール性脂肪性肝疾患(NAFLD)、高血糖、及びII型糖尿病と同様の異常に高い肝臓グルコース産生を伴う疾患からなる群から選択される疾患または状態に関連する前記方法。
57.実施形態55に記載の方法であって、前記標的DNAがPCSK9遺伝子である前記方法。
58.対象において肝疾患または状態に関連するタンパク質をコードする核酸分子を編集する方法であって、実施態様48に記載の医薬組成物を前記対象に投与することを含む前記方法。
59.実施形態57の方法であって、前記タンパク質は、遺伝性血管浮腫、家族性チロシン血症I型、アラジール症候群、アルファ−1−アンチトリプシン欠損症、胆汁酸合成及び代謝異常、胆道閉鎖症、嚢胞性線維症肝疾患、特発性新生児肝炎、ミトコンドリア肝障害、進行性家族性肝内胆汁うっ滞、原発性硬化性胆管炎、トランスサイレチンアミロイドーシス、血友病、ホモ接合性家族性高コレステロール血症、家族性キロミクロン血症、高脂血症、脂肪性肝炎、非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)、非アルコール性脂肪性肝疾患(NAFLD)、高血糖、及びII型糖尿病と同様の異常に高い肝臓グルコース産生を伴う疾患からなる群から選択される肝疾患または状態に関連する前記方法。
60.対象における肝疾患または状態に関連した少なくとも1つの遺伝子産物の発現レベルを調節する方法であって、前記対象に対して、実施形態51に記載の医薬組成物を投与することを含む方法。
61.実施形態60に記載の方法であって、前記遺伝子産物が、遺伝性血管浮腫、家族性チロシン血症I型、アラジール症候群、アルファ−1−アンチトリプシン欠損症、胆汁酸合成及び代謝異常、胆道閉鎖症、嚢胞性線維症肝疾患、特発性新生児肝炎、ミトコンドリア肝障害、進行性家族性肝内胆汁うっ滞、原発性硬化性胆管炎、トランスサイレチンアミロイドーシス、血友病、ホモ接合性家族性高コレステロール血症、家族性キロミクロン血症、高脂血症、脂肪性肝炎、非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)、非アルコール性脂肪性肝疾患(NAFLD)、高血糖、及びII型糖尿病と同様の異常に高い肝臓グルコース産生を伴う疾患からなる群から選択される肝臓疾患または状態に関連する前記方法。
62.実施形態61に記載の方法であって、低密度リポタンパク質(LDL)のレベルを調節する前記方法。
63.実施形態61に記載の方法であって、前記対象の血液中コレステロールのレベルを調節する前記方法。
64.実施形態63に記載の方法であって、前記対象の血中コレステロールのレベルを低下させる前記方法。
65.リボ核タンパク質及びエンドソーム脱出剤を含有する組成物。
66.実施形態65に記載の組成物であって、前記リボ核タンパク質がCas9リボ核タンパク質またはCpflリボ核タンパク質であるである前記組成物。
67.実施形態66に記載の組成物であって、前記リボ核タンパク質がCas9リボ核タンパク質である前記組成物。
68.実施形態67に記載の組成物であって、前記Cas9リボ核タンパク質及び前記エンドソーム脱出剤が共インキュベートされる前記組成物。
69.実施形態67または68に記載の組成物であって、前記Cas9リボ核タンパク質が、
(1)CRISPR RNA(crRNA)及びトランス活性化crRNA(tracrRNA)を含むデュアルガイドRNA配列、またはシングルガイドRNA配列(sgRNA)の何れかを備えた認識要素を含む第一の要素であって、前記ガイド配列は、発現されたときにCas9リボ核タンパク質の標的配列への配列特異的結合を指示し、前記第一の要素は任意に1以上のエンドソーム脱出剤を含む第一の要素と、
(2)Cas9タンパク質及び任意に1以上の核局在配列(NLS)及び任意に1以上の蛍光タンパク質、ならびに1以上のエンドソーム脱出剤を含む第二の要素を含み、
前記第一の要素は前記第二の要素と会合している前記組成物。
70.請求項69に記載の組成物であって、前記標的配列が真核細胞標的配列である前記組成物。
71.実施形態69に記載の組成物であって、前記第一の要素が、CRISPR RNA(crRNA)及びトランス活性化crRNA(tracrRNA)を備えたデュアルガイドRNA配列を含む前記組成物。
72.実施形態71に記載の組成物であって、前記tracrRNAが任意に化学的に修飾される組成物。
73.実施形態71または72に記載の組成物であって、前記tracrRNAが、CAGCAUAGCAAGUUAAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUU(配列番号1028)の配列に対して少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、または少なくとも約95%、少なくとも約96パーセント、少なくとも約97パーセント、少なくとも約98パーセント、少なくとも約99パーセント、または100パーセントのヌクレオチド配列同一性である配列を含み、前記配列は任意に、最初の3塩基において2’−O−メチルまたは2’−F修飾を含む前記組成物。
74.実施形態71〜73の何れか1項に記載の組成物であって、前記crRNAが任意に化学的に修飾される前記組成物。
75.実施形態71〜73の何れか1項に記載の組成物であって、前記crRNAが、下記から選択される配列に対して少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、約96パーセント、少なくとも約97パーセント、少なくとも約98パーセント、少なくとも約99パーセント、または100パーセントのヌクレオチド配列同一性を有する配列を含む前記組成物:
PCSK9 crRNA配列1:
GGUGCUAGCCUUGCGUUCCGGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号885)、最後の4塩基の最初の3塩基(GCU)において任意に2’−O−メチルまたは2’−F修飾を含む
PCSK9 crRNA配列2:
CGUGCUCGGGUGCUUCGGCCGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号886)、最後の4塩基の最初の3塩基(GCU)において任意に2’−O−メチルまたは2’−F修飾を含む
PCSK9 crRNA配列3:
GCCGUCCUCCUCGGAACGCAGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号887)、最後の4塩基の最初の3塩基(GCU)において任意に2’−O−メチルまたは2’−F修飾を含む
PCSK9 crRNA配列4:
GGACGAGGACGGCGACUACGGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号888)、最後の4塩基の最初の3塩基(GCU)において任意に2’−O−メチルまたは2’−F修飾を含む
PCSK9 crRNA配列5:
ACCACCGGGAAAUCGAGGGCGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号889)、最後の4塩基の最初の3塩基(GCU)において任意に2’−O−メチルまたは2’−F修飾を含む
PCSK9 crRNA配列6:
CGACUUCGAGAAUGUGCCCGGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号890)、最後の4塩基の最初の3塩基(GCU)において任意に2’−O−メチルまたは2’−F修飾を含む
PCSK9 crRNA配列7:
GAGUGACCACCGGGAAAUCGGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号891)、最後の4塩基の最初の3塩基(GCU)において任意に2’−O−メチルまたは2’−F修飾を含む
PCSK9 crRNA配列8:
CUCGGGCACAUUCUCGAAGUGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号892)、最後の4塩基の最初の3塩基(GCU)において任意に2’−O−メチルまたは2’−F修飾を含む
PCSK9 crRNA配列9:
GGAAGCCAGGAAGAAGGCCAGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号893)、最後の4塩基の最初の3塩基(GCU)において任意に2’−O−メチルまたは2’−F修飾を含む
PCSK9 crRNA配列10:
UCUUUGCCCAGAGCAUCCCGGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号894)、最後の4塩基の最初の3塩基(GCU)において任意に2’−O−メチルまたは2’−F修飾を含む
PCSK9 crRNA配列11:
CUAGGAGAUACACCUCCACCGUUUUAGAGCUAUGCUG(配列番号895)、最後の4塩基の最初の3塩基(GCU)において任意に2’−O−メチルまたは2’−F修飾を含む
76.実施形態69に記載の組成物であって、前記第一の要素がシングルガイドRNA配列(sgRNA)を含む前記組成物。
77.実施形態76に記載の組成物であって、前記sgRNAが少なくとも20ヌクレオチドを含む前記組成物。
78.実施形態76に記載の組成物であって、前記sgRNAが少なくとも8ヌクレオチドを含む前記組成物。
79.実施形態76に記載の組成物であって、前記sgRNAとその対応する標的配列との間の相補性の程度は、適切なアライメントアルゴリズムを使用して最適に整列されたときには、少なくとも50%、60%、70%、75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%である前記組成物。
80.実施形態76に記載の組成物であって、前記sgRNAは、下記からからなる群から選択される配列に対して、少なくとも約75パーセント、少なくとも約80パーセント、少なくとも約85パーセント、少なくとも約90パーセント、少なくとも約95パーセント、少なくとも約96パーセント、少なくとも約97パーセント、少なくとも約98パーセント、少なくとも約99パーセント、または100パーセントのヌクレオチド配列同一性を有する前記組成物:
PCSK9ガイドRNA配列1
GGUGCUAGCCUUGCGUUCCGGUUUAAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUUAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号896)、
PCSK9ガイドRNA配列2
CGUGCUCGGGUGCUUCGGCCGUUUAAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUUAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号897)、
PCSK9ガイドRNA配列3
GCCGUCCUCCUCGGAACGCAGUUUAAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUUAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号898)、
PCSK9ガイドRNA配列4
GGACGAGGACGGCGACUACGGUUUAAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUUAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号899)、
PCSK9ガイドRNA配列5
ACCACCGGGAAAUCGAGGGCGUUUAAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUUAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号900)、
PCSK9ガイドRNA配列6
CGACUUCGAGAAUGUGCCCGGUUUAAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUUAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号901)、
PCSK9ガイドRNA配列7
GAGUGACCACCGGGAAAUCGGUUUAAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUUAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号902)、
PCSK9ガイドRNA配列8
CUCGGGCACAUUCUCGAAGUGUUUAAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUUAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号903)、
PCSK9ガイドRNA配列9
GGAAGCCAGGAAGAAGGCCAGUUUAAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUUAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号904)、
PCSK9ガイドRNA配列10
UCUUUGCCCAGAGCAUCCCGGUUUAAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUUAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号905)、
PCSK9ガイドRNA配列11
CUAGGAGAUACACCUCCACCGUUUAAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUUAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号906)、
EMX1ガイドRNA配列
GUCACCUCCAAUGACUAGGGGUUUAAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUUAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号907)、
ROSA26ガイドRNA配列
CGAACCCUACACAUUCAACGGUUUAAGAGCUAUGCUGGAAACAGCAUAGCAAGUUUAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUUUU(配列番号908)、
ここで、前記配列は任意に化学的に修飾される。
81.実施形態76〜80の何れか1項に記載の組成物であって、前記sgRNAが任意に化学的に修飾される前記組成物。
82.実施形態67〜81の何れか1項に記載の組成物であって、前記Cas9リボ核タンパク質が更に蛍光プローブを含む前記組成物。
83.実施形態82に記載の組成物であって、前記蛍光プローブがmCherry配列(配列番号915)である前記組成物。
84.実施形態67〜83の何れか1項に記載の組成物であって、1以上のNLSを含む前記組成物。
85.実施形態67〜83の何れか1項に記載の組成物であって、前記Cas9リボ核タンパク質が1以上のNLSを含む前記組成物。
86.実施形態84または85に記載の組成物であって、前記NLSの各々が、下記からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む前記組成物:
PKKKRKV(配列番号830)、
KRPAATKKAGQAKKKK(配列番号831)、
PAAKRVKLD(配列番号832)、
RQRRNELKRSP(配列番号833)、
NQSSNFGPMKGGNFGGRSSGPYGGGGQYFAKPRNQGGY(配列番号834)、
RMRIXFKNKGKDTAELRRRRVEVSVELRKAKKDEQILKRRNV(配列番号835)、
VSRKRPRP(配列番号836)、
PPKKARED(配列番号837)、
PQPKKKPL(配列番号838)、
SALIKKKKKMAP(配列番号839)、
DRLRR(配列番号840)、
PKQKKRK(配列番号841)、
RKLKKKIKKL(配列番号842)、
REKKKFLKRR(配列番号843)、
KRKGDEVDGVDEVAKKKSKK(配列番号844)、
RKCLQAGMNLEARKTKK(配列番号845)、
MAPKKKRKVGIHRGVP(配列番号1035)、及び
PKKKRKVEDPKKKRKVD(配列番号1036)。
87.実施形態86に記載の組成物であって、前記NLSの各々がアミノ酸配列PKKKRKV(配列番号830)を含む前記組成物。
88.実施形態87に記載の組成物であって、2つのNLSを含有し、その各々がアミノ酸配列PKKKRKV(配列番号830)を含む前記組成物。
89.実施形態67〜88の何れか1項に記載の組成物であって、前記Cas9リボ核タンパク質は、S.aureus、S.pneumoniae、S.pyogenes、S.thermophilus、またはN.meningitidis由来のCas9タンパク質に対して少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98パーセント、少なくとも約99パーセント、または100パーセントのアミノ酸配列同一性であるCas9タンパク質を含む前記組成物。
90.実施形態67〜89の何れか1項に記載の組成物であって、前記Cas9リボ核タンパク質が、II型Cas9タンパク質に対して、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96パーセント、少なくとも約97パーセント、少なくとも約98パーセント、少なくとも約99パーセント、または100パーセントのアミノ酸配列同一性であるCas9タンパク質を含む前記組成物。
91.実施形態67〜90の何れか1項に記載の組成物であって、前記Cas9リボ核タンパク質が、配列番号8の7〜166位または731〜1003位のアミノ酸または配列番号1〜7、9〜829に記載のものの対応するアミノ酸に対して、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96パーセント、少なくとも約97パーセント、少なくとも約98パーセント、少なくとも約99パーセント、または100パーセントのアミノ酸配列同一性であるCas9リボ核タンパク質を含む前記組成物。
92.実施形態91に記載の組成物であって、前記Cas9リボ核タンパク質が、配列番号8の7〜166位、または731〜1003位におけるアミノ酸に対して、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99パーセント、または100パーセントのアミノ酸配列同一性であるCas9タンパク質を含む前記組成物。
93.実施形態92に記載の組成物であって、前記Cas9リボ核タンパク質が、配列番号260〜263何れかのCas9アミノ酸配列のモチーフ1,2,3及び4に対して、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99パーセント、または100パーセントのアミノ酸配列同一性を有する配列内の少なくとも4モチーフを有するCas9タンパク質を含む前記組成物。
94.実施形態67〜93の何れか1項に記載の組成物であって、前記Cas9リボ核タンパク質が、S.pyogenesCas9(野生型)(配列番号848)、S.pyogenesCas9変異体M1C(配列番号849)、S.pyogenesCas9−突然変異M1C&C80S(配列番号850)、S.pyogenesCas9ニッカーゼ変異体D10A(配列番号851)、S.pyogenesCas9ニッカーゼ変異体H840A(配列番号852)、S.pyogenesCas9ニッカーゼ変異体E923P&T924P(配列番号853)、Acidovorax ebreus(Acidovorax ebreus)Cas9(配列番号854)、酸性鉱山排水菌Ga0052161_JGI・Cas9(配列番号855)、S.pyogenesCas9ヌル変異体D10A&H840A(配列番号1027)、及びウラン鉱山菌FW106_JGI・Cas9(配列856)から選択される配列に対して、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99パーセント、または100パーセントのアミノ酸配列同一性を有するCas9タンパク質を含む前記組成物。
95.実施形態67〜94の何れか1項に記載の組成物であって、前記エンドソーム脱出剤が、リソソーム作用剤、細胞浸透性ペプチド、融合性ペプチド、細孔形成剤、及びプロトンスポンジ剤からなる群から選択される前記組成物。
96.実施形態95に記載の組成物であって、前記エンドソーム脱出剤がペプチドppTG21:GLFHALLHLLHSLWHLLLHA(配列番号1012)である前記組成物。
97.実施形態65〜96の何れか1項に記載の組成物、及び薬学的に許容される担体、賦形剤または希釈剤を含有する医薬組成物。
98.対象における疾患または状態を治療する方法であって、前記対象に対して、治療的有効量の実施形態97に記載の医薬組成物を投与することを含む前記方法。
99.実施形態98に記載の方法であって、前記疾患または状態が、血液障害、細胞の調節不全もしくは腫瘍疾患及び障害、炎症及び免疫関連疾患、代謝性、肝臓、腎臓、及びタンパク質の疾患ならびに障害、筋肉もしくは骨格疾患、神経学的及び神経疾患ならびに障害、ならびに眼疾患及び障害からなる群から選択される前記方法。
100.対象の細胞内標的DNAの転写を選択的に調節する方法であって、前記対象に対して、実施態様97に記載の医薬組成物を投与することを含む前記方法。
101.実施形態100に記載の方法であって、前記標的DNAが、血液障害、細胞の調節不全もしくは腫瘍疾患及び障害、炎症及び免疫関連疾患、代謝性、肝臓、腎臓、及びタンパク質の疾患ならびに障害、筋肉もしくは骨格疾患、神経学的及び神経疾患ならびに障害、ならびに眼の疾患及び障害からなる群から選択される障害または状態と関連する前記方法。
102.対象における疾患または状態に関連するタンパク質をコードする核酸分子を編集する方法であって、前記対象に対して、請求項97に記載の医薬組成物を投与することを含む前記方法。
103.実施形態102に記載の方法であって、前記タンパク質が、血液障害、細胞の調節不全もしくは腫瘍疾患及び障害、炎症及び免疫関連疾患、代謝性、肝臓、腎臓、及びタンパク質の疾患ならびに障害、筋肉もしくは骨格疾患、神経学的及び神経疾患ならびに障害、ならびに眼の疾患及び障害からなる群から選択される疾患または状態と関連する前記方法。
104.対象の疾患または状態に関連する少なくとも1つの遺伝子産物の発現レベルを調節する方法であって、前記対象に対して、実施態様97に記載の医薬組成物を投与することを含む前記方法。
105.実施形態104に記載の方法であって、前記遺伝子産物が、血液障害、細胞の調節不全もしくは腫瘍疾患及び障害、炎症及び免疫関連疾患、代謝性、肝臓、腎臓、及びタンパク質の疾患ならびに障害、筋肉もしくは骨格疾患、神経学的及び神経の疾患障害、ならびに眼の疾患及び障害からなる群から選択される疾患または状態と関連する前記方法。

Claims (29)

  1. 式(A−1)、(A−2)、もしくは(A−3)の化合物:
    またはその医薬的に許容される塩であって、
    式中、
    xxは、−H、−アルキル、−シクロアルキル、−アルケニル、−アルキニル、−アリール、−ヘテロアリール、−OR5、−N(R4)−R5、−SR5であり、前記Rxxの−CH2−基は、各々独立して、−O−、−S−、−N(R4)−から選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、前記Rxxの−CH3は、−N(R42、−OR4、及び−S(R4)から選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、前記ヘテロ原子基は、少なくとも2つの炭素原子で離間されており、前記アルキル、アルケニル、アルキニル、及びシクロアルキルは、各々、1つ以上のハロ原子で置換されてもよく、
    yyは、−CN、−CH2−CN、−C≡CH、−CH2−N3、−CH2−NH2、−CH2−N(R4)−S(O)2−R5、−CH2−CO2H、−CO2H、−CH2−OH、−CH2−SH、−CH=CH−R5、−CH2−R5、−CH2−S−R5、−CH2−N(R4)−R5、−CH2−N(R4)−C(O)−R5、−CH2−N(R4)−C(O)−O−R5、−CH2−N(R4)−C(O)−N(R4)−R5、−CH2−O−R5、−CH2−O−C(O)−R5、−CH2−O−C(O)−N(R4)−R5、−CH2−O−C(O)−O−R5、−CH2−S(O)−R5、−CH2−S(O)2−R5、−CH2−S(O)2−N(R4)−R5、−C(O)−NH2、−C(O)−O−R5、−C(O)−N(R4)−R5、またはアリールもしくはヘテロアリールであり、前記アリールもしくはヘテロアリールは、任意にR5で置換され、
    各R1は、独立して、−CN、−CH2−CN、−C≡CH、−CH2−N3、−CH2−NH2、−CH2−N(R4)−S(O)2−R5、−CH2−CO2H、−CO2H、−CH2−OH、−CH2−SH、−CH=CH−R5、−CH2−R5、−CH2−S−R5、−CH2−N(R4)−R5、−CH2−N(R4)−C(O)−R5、−CH2−N(R4)−C(O)−O−R5、−CH2−N(R4)−C(O)−N(R4)−R5、−CH2−O−R5、−CH2−O−C(O)−R5、−CH2−O−C(O)−N(R4)−R5、−CH2−O−C(O)−O−R5、−CH2−S(O)−R5、−CH2−S(O)2−R5、−CH2−S(O)2−N(R4)−R5、−C(O)−NH2、−C(O)−O−R5、−C(O)−N(R4)−R5、またはアリールもしくはヘテロアリールであり、前記アリールもしくはヘテロアリールは、任意にR5で置換されるか、
    または、R1は、−Z−X−Y、−Z−Y、−X−Y、−Z−X+-、−X+-、−Z−X-+、−X-+、もしくは−Yであり、
    Xは、リンカーであり、
    +は、正に荷電したリンカーであり、
    -は、負に荷電したリンカーであり、
    Yは、部位特異的修飾ポリペプチドを含むリボ核タンパク質もしくはエンドヌクレアーゼであるか、Yは、部位特異的修飾ポリペプチドであるか、Yは、Cas9リボ核タンパク質であるか、Yは、Cas9タンパク質であるか、Yは、シングルガイドRNA配列(sgRNA)であるか、Yは、CRISPR RNA(crRNA)及びトランス活性型crRNA(tracrRNA)を含むデュアルガイドRNA配列であり、
    +は、部位特異的修飾ポリペプチドを含む正に荷電したリボ核タンパク質もしくはエンドヌクレアーゼであるか、Y+は、正に荷電した部位特異的修飾ポリペプチドであるか、Y+は、正に荷電したCas9タンパク質であり、
    -は、部位特異的修飾ポリペプチドを含む負に荷電したリボ核タンパク質もしくはエンドヌクレアーゼであるか、Y-は、負に荷電した部位特異的修飾ポリペプチドであるか、Y-は、負に荷電したCas9リボ核タンパク質であるか、Y-は、負に荷電したsgRNAであるか、Y-は、CRISPR RNA(crRNA)及びトランス活性型crRNA(tracrRNA)を含む負に荷電したデュアルガイドRNA配列であり、
    Zは、存在しないか、または、−C≡C−、−CH=CH−、−CH2−、−CH2−O−、−C(O)−N(R4)−、−CH2−S−、−CH2−S(O)−、−CH2−S(O)2−、−CH2−S(O)2−N(R4)−、−C(O)−O−、−CH2−N(R4)−、−CH2-N(R4)−C(O)−、−CH2−N(R4)−S(O)2−、−CH2−N(R4)−C(O)−O−、−CH2−N(R4)−C(O)−N(R4)−、−CH2−O−C(O)−、−CH2−O−C(O)−N(R4)−、−CH2−O−C(O)−O−、またはアリールもしくはヘテロアリールであり、前記アリールもしくはヘテロアリールは、任意にR5で置換され、
    2は、−OH、−N3、−N(R32、−N(R3)−C(O)−R3、−N(R3)−C(O)−N(R32、−N(R3)−C(O)−OR3、−N(R3)−S(O)2−R3、テトラゾール、またはトリアゾールであり、前記テトラゾール及びトリアゾールは、任意にR3で置換され、
    各R3は、独立して、−H、−(C1−C5)アルキル、ハロ置換(C1−C5)アルキル、ハロ置換(C3−C6)シクロアルキル、−(C1−C5)アルケニル、−(C1−C5)アルキニル、ハロ置換−(C1−C5)アルケニル、ハロ置換−(C1−C5)アルキニル、または(C3−C6)シクロアルキルであり、前記アルキルまたはシクロアルキルの−CH2−基は、各々独立して、−O−、−S−、及び−N(R4)−から選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、前記アルキルの−CH3は、各々独立して、−N(R42、−OR4、及び−S(R4)から選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、前記ヘテロ原子基は、少なくとも2つの炭素原子で離間されており、
    各R4は、独立して、−H、−(C1−C20)アルキル、−(C1−C20)アルケニル、−(C1−C20)アルキニル、または(C3−C6)シクロアルキルであり、少なくとも2つの炭素原子で離間された前記アルキルまたはシクロアルキルの1〜6個の−CH2−基は、各々独立して、−O−、−S−、または−N(R4)−から独立して選択されるヘテロ原子と交換されてもよく、前記アルキルの−CH3は、各々独立して、−N(R42、−OR4、及び−S(R4)から選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、前記ヘテロ原子基は、少なくとも2つの炭素原子で離間されており、前記アルキル、アルケニル、アルキニル、及びシクロアルキルは、ハロ原子で置換されてもよく、
    各R5は、独立して、−H、(C3−C20)シクロアルキル、−(C1−C60)アルケニル、−(C1−C60)アルキニル、または(C1−C60)アルキルであり、前記シクロアルキルの1〜6個の−CH2−基または前記アルキルの1〜20個の−CH2−基は、各々独立して、−O−、−S−、及び−N(R4)−から独立して選択されるヘテロ原子と交換されてもよく、前記ヘテロ原子は、少なくとも2つの炭素原子で離間されており、前記アルキルの−CH3は、各々独立して、−N(R42、−OR4、及び−S(R4)から選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、前記ヘテロ原子基は、少なくとも2つの炭素原子で離間されており、前記アルキル、アルケニル、アルキニル、及びシクロアルキルは、ハロ原子で置換されてもよい、前記化合物またはその医薬的に許容される塩。
  2. 式(B)の化合物:
    またはその医薬的に許容される塩であって、
    式中、
    1は、−Z−X−Y、−Z−Y、−X−Y、−Z−X+-、−X+-、−Z−X-+、−X-+、または−Yであり、
    Xは、リンカーであり、
    +は、正に荷電したリンカーであり、
    -は、負に荷電したリンカーであり、
    Yは、部位特異的修飾ポリペプチドを含むリボ核タンパク質もしくはエンドヌクレアーゼであるか、Yは、部位特異的修飾ポリペプチドであるか、Yは、Cas9リボ核タンパク質であるか、Yは、Cas9タンパク質であるか、Yは、シングルガイドRNA配列(sgRNA)であるか、Yは、CRISPR RNA(crRNA)及びトランス活性型crRNA(tracrRNA)を含むデュアルガイドRNA配列であり、
    +は、部位特異的修飾ポリペプチドを含む正に荷電したリボ核タンパク質もしくはエンドヌクレアーゼであるか、Y+は、正に荷電した部位特異的修飾ポリペプチドであるか、Y+は、正に荷電したCas9タンパク質であり、
    -は、部位特異的修飾ポリペプチドを含む負に荷電したリボ核タンパク質もしくはエンドヌクレアーゼであるか、Y-は、負に荷電した部位特異的修飾ポリペプチドであるか、Y-は、負に荷電したCas9リボ核タンパク質であるか、Y-は、負に荷電したsgRNAであるか、Y-は、CRISPR RNA(crRNA)及びトランス活性型crRNA(tracrRNA)を含む負に荷電したデュアルガイドRNA配列であり、
    Zは、存在しないか、または、−C≡C−、−CH=CH−、−CH2−、−CH2−O−、−C(O)−N(R4)−、−CH2−S−、−CH2−S(O)−、−CH2−S(O)2−、−CH2−S(O)2−N(R4)−、−C(O)−O−、−CH2−N(R4)−、−CH2-N(R4)−C(O)−、−CH2−N(R4)−S(O)2−、−CH2−N(R4)−C(O)−O−、−CH2−N(R4)−C(O)−N(R4)−、−CH2−O−C(O)−、−CH2−O−C(O)−N(R4)−、−CH2−O−C(O)−O−、またはアリールもしくはヘテロアリールであり、前記アリールもしくはヘテロアリールは、任意にR5で置換され、
    2は、−OH、−N3、−N(R32、−N(R3)−C(O)−R3、−N(R3)−C(O)−N(R32、−N(R3)−C(O)−OR3、−N(R3)−S(O)2−R3、テトラゾール、またはトリアゾールであり、前記テトラゾール及びトリアゾールは、任意にR3で置換され、
    各R3は、独立して、−H、−(C1−C5)アルキル、ハロ置換(C1−C5)アルキル、ハロ置換(C3−C6)シクロアルキル、−(C1−C5)アルケニル、−(C1−C5)アルキニル、ハロ置換−(C1−C5)アルケニル、ハロ置換−(C1−C5)アルキニル、または(C3−C6)シクロアルキルであり、前記アルキルまたはシクロアルキルの−CH2−基は、各々独立して、−O−、−S−、及び−N(R4)−から選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、前記アルキルの−CH3は、各々独立して、−N(R42、−OR4
    、及び−S(R4)から選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、前記ヘテロ原子基は、少なくとも2つの炭素原子で離間されており、
    各R4は、独立して、−H、−(C1−C20)アルキル、−(C1−C20)アルケニル、−(C1−C20)アルキニル、または(C3−C6)シクロアルキルであり、少なくとも2つの炭素原子で離間された前記アルキルまたはシクロアルキルの1〜6個の−CH2−基は、各々独立して、−O−、−S−、または−N(R4)−から独立して選択されるヘテロ原子と交換されてもよく、前記アルキルの−CH3は、各々独立して、−N(R42、−OR4、及び−S(R4)から選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、前記ヘテロ原子基は、少なくとも2つの炭素原子で離間されており、前記アルキル、アルケニル、アルキニル、及びシクロアルキルは、ハロ原子で置換されてもよく、
    各R5は、独立して、−H、(C3−C20)シクロアルキル、−(C1−C60)アルケニル、−(C1−C60)アルキニル、または(C1−C60)アルキルであり、前記シクロアルキルの1〜6個の−CH2−基または前記アルキルの1〜20個の−CH2−基は、各々独立して、−O−、−S−、及び−N(R4)−から独立して選択されるヘテロ原子と交換されてもよく、前記ヘテロ原子は、少なくとも2つの炭素原子で離間されており、前記アルキルの−CH3は、各々独立して、−N(R42、−OR4、及び−S(R4)から選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、前記ヘテロ原子基は、少なくとも2つの炭素原子で離間されており、前記アルキル、アルケニル、アルキニル、及びシクロアルキルは、ハロ原子で置換されてもよい、前記化合物またはその医薬的に許容される塩。
  3. 2が−NH−C(O)−CH3である、請求項1または2に記載の化合物。
  4. 1が−Z−X−Yである、請求項1または2に記載の化合物。
  5. 1が、L1〜L10:
    からなる群から選択される−Z−X−Yである請求項4に記載の化合物であって、
    ここで、各Tは、独立して、存在しないか、または(C1−C10)アルキレン、(C2−C10)アルケニレン、もしくは(C2−C10)アルキニレンであり、前記Tの1つ以上の炭素基は、各々独立して、−O−、−S−、及び−N(R4)−から独立して選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、前記ヘテロ原子基は、少なくとも2つの炭素原子で離間されており、ここで、アルキレン、アルケニレン、及びアルキニレンは、各々独立して、1つ以上のハロ原子で置換されてもよく、
    各Qは、独立して、存在しないか、またはC(O)、C(O)−NR4、NR4−C(O)、O−C(O)−NR4、NR4−C(O)−O、−CH2−、ヘテロアリール、もしくはO、S、S−S、S(O)、S(O)2、及びNR4から選択されるヘテロ原子基であり、少なくとも2つの炭素原子が前記ヘテロ原子基O、S、S−S、S(O)、S(O)2、及びNR4を任意の他のヘテロ原子基から離間し、
    各R4は、独立して、−H、−(C1−C20)アルキル、または(C3−C6)シクロアルキルであり、少なくとも2つの炭素原子で離間された前記アルキルまたはシクロアルキルの1〜6個の−CH2−基は、各々独立して、−O−、−S−、または−N(R4)−と交換されてもよく、前記アルキルの−CH3は、−N(R4)2、−OR4、及び−S(R4)から選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、前記ヘテロ原子基は、少なくとも2つの炭素原子で離間されており、前記アルキル及びシクロアルキルは、ハロ原子で置換されてもよく、
    各mは、独立して、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、または40である、前記化合物。
  6. 前記Xがジスルフィド結合を含む、請求項5に記載の化合物。
  7. 式(C−1)、(C−2)、(C−3)、もしくは(C4):
    の式を有する請求項1に記載の化合物またはその医薬的に許容される塩であって、
    式中、
    nは1、2、または3であり、
    Wは、存在しないか、またはペプチドであり、
    Lは、−(T−Q−T−Q)mであり、
    各Tは、独立して、存在しないか、または(C1−C10)アルキレン、(C2−C10)アルケニレン、もしくは(C2−C10)アルキニレンであり、前記Tの1つ以上の炭素基は、各々独立して、−O−、−S−、及び−N(R4)−から独立して選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、前記ヘテロ原子基は、少なくとも2つの炭素原子で離間されており、ここで、アルキレン、アルケニレン、及びアルキニレンは、各々独立して、1つ以上のハロ原子で置換されてもよく、
    各Qは、独立して、存在しないか、またはC(O)、C(O)−NR4、NR4−C(O)、O−C(O)−NR4、NR4−C(O)−O、−CH2−、ヘテロアリール、もしくはO、S、S−S、S(O)、S(O)2、及びNR4から選択されるヘテロ原子基であり、少なくとも2つの炭素原子が前記ヘテロ原子基O、S、S−S、S(O)、S(O)2、及びNR4を任意の他のヘテロ原子基から離間し、
    各R4は、独立して、−H、−(C1−C20)アルキル、または(C3−C6)シクロアルキルであり、少なくとも2つの炭素原子で離間された前記アルキルまたはシクロアルキルの1〜6個の−CH2−基は、−O−、−S−、または−N(R4)−と交換されてもよく、前記アルキルの−CH3は、各々独立して、−N(R42、−OR4、及び−S(R4)から選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、前記ヘテロ原子基は、少なくとも2つの炭素原子で離間されており、前記アルキル及びシクロアルキルは、ハロ原子で置換されてもよく、
    各mは、独立して、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、または40である、前記化合物またはその医薬的に許容される塩。
  8. 式(E):
    の式を有する請求項2に記載の化合物またはその医薬的に許容される塩であって、
    式中、
    nは1、2、または3であり、
    Wは、存在しないか、またはペプチドであり、
    Lは、−(T−Q−T−Q)mであり、
    各Tは、独立して、存在しないか、または(C1−C10)アルキレン、(C2−C10)アルケニレン、もしくは(C2−C10)アルキニレンであり、前記Tの1つ以上の炭素基は、各々独立して、−O−、−S−、及び−N(R4)−から独立して選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、前記ヘテロ原子基は、少なくとも2つの炭素原子で離間されており、
    各Qは、独立して、存在しないか、またはC(O)、C(O)−NR4、NR4−C(O)、O−C(O)−NR4、NR4−C(O)−O、−CH2−、ヘテロアリール、もしくはO、S、S−S、S(O)、S(O)2、及びNR4から選択されるヘテロ原子基であり、少なくとも2つの炭素原子が前記ヘテロ原子基O、S、S−S、S(O)、S(O)2、及びNR4を任意の他のヘテロ原子基から離間し、
    各R4は、独立して、−H、−(C1−C20)アルキル、または(C3−C6)シクロアルキルであり、少なくとも2つの炭素原子で離間された前記アルキルまたはシクロアルキルの1〜6個の−CH2−基は、各々独立して、−O−、−S−、または−N(R4)−と交換されてもよく、前記アルキルの−CH3は、−N(R42、−OR4、及び−S(R4)から選択されるヘテロ原子基と交換されてもよく、前記ヘテロ原子基は、少なくとも2つの炭素原子で離間されており、前記アルキル及びシクロアルキルは、ハロ原子で置換されてもよく、各mは、独立して、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、または40である、前記化合物またはその医薬的に許容される塩。
  9. 前記化合物が、式
    を有し、n’が1または2である、請求項8に記載の化合物またはその医薬的に許容される塩。
  10. Yが、Cas9リボ核タンパク質であり、これが、(1)CRISPR RNA(crRNA)及びトランス活性型crRNA(tracrRNA)を含むデュアルガイドRNA配列、またはシングルガイドRNA配列(sgRNA)のいずれかを含む認識要素を含む第一の要素であって、前記ガイド配列は、発現時、前記Cas9リボ核タンパク質の配列特異的結合を標的配列に向けるものであり、任意に1つ以上のエンドソーム脱出剤を含む前記第一の要素、ならびに(2)Cas9タンパク質ならびに任意に1つ以上の核局在配列(NLS)及び任意に1つ以上の蛍光タンパク質、ならびに1つ以上のエンドソーム脱出剤を含む第二の要素を含み、前記第一の要素が前記第二の要素に会合している、請求項1または2に記載の化合物。
  11. Yが、1つまたは2つのNLSを含み、前記NLSの各々が、アミノ酸配列PKKKRKV(配列番号830)を含む、請求項10に記載の化合物。
  12. 前記Yが、S.aureus、S.pneumoniae、S.pyogenes、S.thermophilus、N.meningitidis、またはA.ebreus由来のCas9タンパク質に対して、少なくとも約75パーセント、少なくとも約80パーセント、少なくとも約85パーセント、少なくとも約90パーセント、少なくとも約95パーセント、少なくとも約96パーセント、少なくとも約97パーセント、少なくとも約98パーセント、少なくとも約99パーセント、または100パーセントのアミノ酸配列同一性であるCas9タンパク質を含む、請求項1または2に記載の化合物。
  13. 前記Yが、S.pyogenes Cas9(野生型)(配列番号848)、S.pyogenes Cas9変異体M1C(配列番号849)、S.pyogenes Cas9変異体M1C及びC80S(配列番号850)、S.pyogenes Cas9ニッカーゼ変異体D10A(配列番号851)、S.pyogenes Cas9ニッカーゼ変異体H840A(配列番号852)、S.pyogenes Cas9ニッカーゼ変異体E923P及びT924P(配列番号853)、Acidovorax ebreus Cas9(配列番号854)、酸性鉱山排水細菌Ga0052161_JGI Cas9(配列番号855)、S.pyogenes Cas9ヌル変異体D10A及びH840A(配列番号1027)、ならびにウラン鉱山細菌FW106_JGI Cas9(配列番号856)から選択される配列に対して、少なくとも約75パーセント、少なくとも約80パーセント、少なくとも約85パーセント、少なくとも約90パーセント、少なくとも約95パーセント、少なくとも約96パーセント、少なくとも約97パーセント、少なくとも約98パーセント、少なくとも約99パーセント、または100パーセントのアミノ酸配列同一性であるCas9タンパク質を含む、請求項1または2に記載の化合物。
  14. 前記化合物が、さらにエンドソーム脱出剤を含む、請求項1または2に記載の化合物。
  15. 前記エンドソーム脱出剤が、ペプチドppTG21:GLFHALLHLLHSLWHLLLHA(配列番号1012)である、請求項14に記載の化合物。
  16. 請求項1または2に記載の化合物及びエンドソーム脱出剤を含む組成物であって、前記化合物及び前記エンドソーム脱出剤が、前記組成物を形成するために共インキュベートされる、前記組成物。
  17. 請求項1または2に記載の化合物、及び医薬的に許容される担体、賦形剤、または希釈剤を含む、医薬組成物。
  18. 対象における肝臓疾患もしくは状態、または肝臓変調疾患もしくは状態の治療方法であって、治療有効量の請求項17に記載の医薬組成物を前記対象に投与することを含む、前記方法。
  19. 前記疾患もしくは状態が、遺伝性血管浮腫、家族性チロシン血症I型、アラジール症候群、アルファ−1アンチトリプシン欠損症、胆汁酸合成及び代謝異常、胆道閉鎖症、嚢胞性線維症肝疾患、特発性新生児肝炎、ミトコンドリア性肝障害、進行性家族性肝内胆汁うっ滞、原発性硬化性胆管炎、トランスサイレチンアミロイドーシス、血友病、ホモ接合性家族性高コレステロール血症、家族性カイロミクロン血症、高脂血症、脂肪性肝炎、非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)、非アルコール性脂肪性肝疾患(NAFLD)、高血糖、ならびにII型糖尿病に類似した異常に高い肝臓グルコース産生を伴う疾患からなる群から選択される、請求項18に記載の方法。
  20. 対象の肝臓細胞における標的DNAの転写を選択的に調節する方法であって、請求項17に記載の医薬組成物を前記対象に投与することを含む、前記方法。
  21. 対象における肝臓疾患または状態と関連するタンパク質をコードする核酸分子を編集する方法であって、請求項16に記載の医薬組成物を前記対象に投与することを含む、前記方法。
  22. 対象における肝臓疾患または状態と関連する少なくとも1つの遺伝子産物のレベルの発現を調節する方法であって、請求項17に記載の医薬組成物を前記対象に投与することを含む、前記方法。
  23. リボ核タンパク質及びエンドソーム脱出剤を含む組成物。
  24. 前記リボ核タンパク質が、Cas9リボ核タンパク質またはCpf1リボ核タンパク質である、請求項23に記載の組成物。
  25. 請求項23に記載の組成物及び医薬的に許容される担体、賦形剤、または希釈剤を含む医薬組成物。
  26. 対象における疾患または状態の治療方法であって、治療有効量の請求項25に記載の医薬組成物を前記対象に投与することを含む、前記方法。
  27. 対象の細胞における標的DNAの転写を選択的に調節する方法であって、請求項25に記載の医薬組成物を前記対象に投与することを含む、前記方法。
  28. 対象における疾患または状態と関連するタンパク質をコードする核酸分子を編集する方法であって、請求項25に記載の医薬組成物を前記対象に投与することを含む、前記方法。
  29. 対象における疾患または状態と関連する少なくとも1つの遺伝子産物のレベルの発現を調節する方法であって、請求項25に記載の医薬組成物を前記対象に投与することを含む、前記方法。
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