JPWO2021225527A5

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Publication number: JPWO2021225527A5
Application number: JP2022567889A
Authority: JP
Publication date: 2024-05-20

Claims

対象における医学的状態を検出するためのインビトロ方法であって、前記方法が、
（ａ）前記対象の全血試料から非常に小さな胚様幹細胞を濃縮して、前記非常に小さな胚様幹細胞を含む混合物を得ることと、
（ｂ）前記工程（ａ）の混合物から核酸を得ることと、
（ｃ）前記全血試料からの前記非常に小さな胚様幹細胞におけるＯｃｔ４Ａの発現レベルを分析するために前記核酸にアッセイを実施することと、
（ｄ）前記全血試料からの前記非常に小さな胚様幹細胞における前記Ｏｃｔ４Ａの発現レベルを、対照試料におけるＯｃｔ４Ａの発現レベルと比較することと、を含み、
前記対照試料における前記Ｏｃｔ４Ａの発現レベルと比較して、前記全血試料からの前記非常に小さな胚様幹細胞における前記Ｏｃｔ４Ａの発現レベルの１．１～３倍の範囲の増加が、前記対象における医学的状態の存在を検出する、インビトロ方法。
対象におけるがんの発症を予測するためのインビトロ方法であって、前記方法が、
（ａ）前記対象の全血試料から非常に小さな胚様幹細胞を濃縮して、前記非常に小さな胚様幹細胞を含む混合物を得ることと、
（ｂ）前記工程（ａ）の混合物から核酸を得ることと、
（ｃ）前記非常に小さな胚様幹細胞におけるＯｃｔ４Ａの発現レベルを分析するために前記核酸にアッセイを実施することと、
（ｄ）前記試料からの前記非常に小さな胚様幹細胞における前記Ｏｃｔ４Ａの発現レベルを、対照試料におけるＯｃｔ４Ａの発現レベルと比較することと、を含み、
前記対照試料における前記Ｏｃｔ４Ａの発現レベルと比較して、前記全血試料からの前記非常に小さな胚様幹細胞における前記Ｏｃｔ４Ａの発現レベルの３～５倍の範囲の増加が、前記対象における前記がんの発症を予測する、インビトロ方法。
対象におけるがんの存在を検出するためのインビトロ方法であって、前記方法が、
（ａ）前記対象の全血試料から非常に小さな胚様幹細胞を濃縮して、前記非常に小さな胚様幹細胞を含む混合物を得ることと、
（ｂ）前記工程（ａ）の混合物から核酸を得ることと、
（ｃ）前記非常に小さな胚様幹細胞におけるＯｃｔ４Ａの発現レベルを分析するために前記核酸にアッセイを実施することと、
（ｄ）前記試料からの前記非常に小さな胚様幹細胞における前記Ｏｃｔ４Ａの発現レベルを、対照試料におけるＯｃｔ４Ａの発現レベルと比較することと、を含み、
前記対照試料における前記Ｏｃｔ４Ａの発現レベルと比較して、前記全血試料からの前記非常に小さな胚様幹細胞における前記Ｏｃｔ４Ａの発現レベルの少なくとも５倍の増加が、前記対象における前記がんの存在を検出する、インビトロ方法。
前記方法が、配列ベースのアッセイを実施することによって前記核酸を分析することを更に含む、請求項１～３のいずれか一項に記載の方法。
配列ベースのアッセイによって前記核酸を分析することが、前記がんの種類を検出する、請求項２又は３に記載の方法。
前記対照における前記Ｏｃｔ４Ａの発現レベルと比較して、前記全血試料からの前記非常に小さな胚様幹細胞における前記Ｏｃｔ４Ａの発現レベルの前記増加が、５～１０倍の範囲内である、請求項３に記載の方法。
前記対照試料における前記Ｏｃｔ４Ａの発現レベルと比較して、前記全血試料からの前記非常に小さな胚様幹細胞における前記Ｏｃｔ４Ａの発現レベルの前記増加が、１０～１５倍の範囲内である、請求項３に記載の方法。
前記対照試料における前記Ｏｃｔ４Ａの発現レベルと比較して、前記全血試料からの前記非常に小さな胚様幹細胞における前記Ｏｃｔ４Ａの発現レベルの前記増加が、１５～２０倍の範囲内である、請求項３に記載の方法。
前記対照試料における前記Ｏｃｔ４Ａの発現レベルと比較して、前記全血試料からの前記非常に小さな胚様幹細胞における前記Ｏｃｔ４Ａの発現レベルの前記増加が、２０～２５倍の範囲内である、請求項３に記載の方法。
抗がん療法に対する応答をモニタリングするためのインビトロ方法であって、前記方法が、
（ａ）抗がん療法中の前記対象の全血試料から非常に小さな胚様幹細胞を濃縮して、前記非常に小さな胚様幹細胞を含む混合物を得ることと、
（ｂ）前記工程（ａ）の混合物から核酸を得ることと、
（ｃ）前記全血試料からの前記非常に小さな胚様幹細胞におけるＯｃｔ４Ａの発現レベルを分析するために前記核酸にアッセイを実施することと、
（ｄ）前記全血試料からの前記非常に小さな胚様幹細胞における前記Ｏｃｔ４Ａの発現レベルを、抗がん療法に対する前記応答をモニタリングする参照における、非常に小さな胚様幹細胞におけるＯｃｔ４Ａの発現レベルと比較することと、を含む、インビトロ方法。
前記参照が、（ａ）抗がん療法の投与前に得られた試料、（ｂ）工程（ａ）時点と比較した以前の時点で得られた試料、（ｃ）工程（ａ）時点と比較した後の時点で得られた試料、及び（ｄ）がんがない状態の対象から得られた試料からなる群から選択される少なくとも１つである、請求項１０に記載の方法。
前記参照における前記発現レベルと比較した、前記全血試料における非常に小さな胚様幹細胞における前記Ｏｃｔ４Ａの発現レベルの低下が、前記抗がん療法に対して肯定的な応答を示し、前記参照が、（ａ）抗がん療法の投与前に得られた試料、（ｂ）工程（ａ）時点と比較した以前の時点で得られた試料、及び（ｃ）がんがない状態の対象から得られた試料からなる群から選択される少なくとも１つである、請求項１０に記載の方法。
抗がん療法に対して肯定的な応答を検出するためのインビトロ方法であって、前記方法が、
（ａ）抗がん療法の投与前の対象の第１全血試料から非常に小さな胚様幹細胞を濃縮して、前記非常に小さな胚様幹細胞を含む第１混合物を得ることと、
（ｂ）抗がん療法の投与後の対象の第２全血試料から非常に小さな胚様幹細胞を濃縮して、前記非常に小さな胚様幹細胞を含む第２混合物を得ることと、
（ｃ）前記第１混合物から第１核酸を得ること、
（ｄ）前記第２混合物から第２核酸を得ること、
（ｅ）Ｏｃｔ４Ａの発現レベルを分析するために前記第１核酸及び前記第２核酸に独立してアッセイを実施することと、
（ｆ）前記第２核酸からの前記Ｏｃｔ４Ａの発現レベルを、前記第１核酸からの前記Ｏｃｔ４Ａの発現レベルと比較することと、を含み、
前記第１核酸からの前記Ｏｃｔ４Ａの発現レベルと比較して、前記第２核酸からの前記Ｏｃｔ４Ａの発現レベルの低下が、前記がん治療に対して肯定的な応答を検出する、インビトロ方法。
がんを検出するためのインビトロ方法であって、前記方法が、
（ａ）対象の全血試料から非常に小さな胚様幹細胞を濃縮して、前記非常に小さな胚様幹細胞を含む混合物を得ることと、
（ｂ）前記工程（ａ）の混合物から核酸を得ることと、
（ｃ）非常に小さな胚様幹細胞におけるＯｃｔ４Ａの発現レベルを分析するために前記核酸にアッセイを実施することと、
（ｄ）前記全血試料における非常に小さな胚様幹細胞における前記Ｏｃｔ４Ａの発現レベルを、対照試料における非常に小さな胚様幹細胞におけるＯｃｔ４Ａの発現レベルと比較することであって、前記対照試料における非常に小さな胚様幹細胞における前記Ｏｃｔ４Ａの発現レベルと比較して、前記全血試料における非常に小さな胚様幹細胞における前記Ｏｃｔ４Ａの発現レベルの増加が、がんの存在を示す、比較することと、
（ｅ）前記核酸に配列ベースのアッセイを実施し、少なくとも１つのがん関連マーカーにおける変異について分析することと、を含み、
前記少なくとも１つのがん関連マーカーにおける変異の存在が、分析した前記がん関連マーカーに基づいて、特定の種類のがんの存在を示す、インビトロ方法。
前記混合物から前記核酸を得ることが、（ａ）グアニジニウムチオシアネート－フェノール－クロロホルム核酸抽出、（ｂ）塩化セシウム勾配遠心分離法、（ｃ）セチルトリメチルアンモニウム臭化物核酸抽出、（ｄ）アルカリ抽出、（ｅ）樹脂系抽出、及び（ｆ）固相核酸抽出からなる群から選択される任意の１つの方法による、請求項１～３、１０、１３、又は１４のいずれか一項に記載の方法。
前記Ｏｃｔ４Ａの発現を分析するために前記核酸にアッセイを実施することが、定量的ＰＣＲ、フローサイトメトリー、及び次世代配列決定（ＮＧＳ）からなる群から選択される技術によって行われる、請求項１～３、１０、１３、又は１４のいずれか一項に記載の方法。
前記対照が、がんがない状態の対象から得られた非常に小さな胚様幹細胞における前記Ｏｃｔ４Ａの発現レベルである、請求項１～３、又は１４のいずれか一項に記載の方法。
前記全血試料からの前記非常に小さな胚様幹細胞の前記濃縮が、
ａ）前記全血試料を１：１～１：２０の比率範囲内で中性緩衝液と接触させて、第１の混合物を得ることと、
ｂ）前記第１の混合物を遠心分離して、赤血球（ＲＢＣ）分画を含む第２の混合物を得ることと、
ｃ）前記第２の混合物を処理して、濃縮された非常に小さな胚様幹細胞を得ることと、を含む、請求項１～３、１０、１３、又は１４のいずれか一項に記載の方法。
ＲＢＣ分画を含む前記第２の混合物の前記処理が、（ａ）前記ＲＢＣ分画の溶解を含む抽出プロセス、（ｂ）洗浄プロセス、（ｃ）遠心分離プロセス、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される少なくとも１つの方法を含む、請求項１８に記載の方法。
前記がん関連マーカーが、がんに関連することが確立された周知のマーカーからなる群から選択される、請求項１４に記載の方法。
前記方法が、侵襲的技術に依存しない、請求項１～３、１０、１３、又は１４のいずれか一項に記載の方法。
がんを治療するための方法に用いられる抗がん療法であって、前記方法が、
（ａ）前記対象の全血試料から非常に小さな胚様幹細胞を濃縮して、前記非常に小さな胚様幹細胞を含む混合物を得ることと、
（ｂ）前記工程（ａ）の混合物から核酸を得ることと、
（ｃ）非常に小さな胚様幹細胞におけるＯｃｔ４Ａの発現レベルを分析するために前記核酸にアッセイを実施することと、
（ｄ）前記全血試料における非常に小さな胚様幹細胞における前記Ｏｃｔ４Ａの発現レベルを、対照試料におけるＯｃｔ４Ａの発現レベルと比較することであって、前記対照試料における前記Ｏｃｔ４Ａの発現レベルと比較して、前記全血試料における非常に小さな胚様幹細胞における前記Ｏｃｔ４Ａの発現レベルの増加が、がんを検出する、比較することと、
（ｅ）がんを治療するために、前記抗がん療法を前記対象に投与することと、を含む、抗がん療法。
前記対照における前記Ｏｃｔ４Ａの発現レベルと比較して、５～１０倍の範囲にある、前記全血試料からの前記非常に小さな胚様幹細胞における前記Ｏｃｔ４Ａの発現レベルの前記増加が、がんのステージＩを示す、請求項３に記載の方法。
前記対照における前記Ｏｃｔ４Ａの発現レベルと比較して、１０～１５倍の範囲にある、前記全血試料からの前記非常に小さな胚様幹細胞における前記Ｏｃｔ４Ａの発現レベルの前記増加が、がんのステージＩＩを示す、請求項３に記載の方法。
前記対照における前記Ｏｃｔ４Ａの発現レベルと比較して、１５～２０倍の範囲にある、前記全血試料からの前記非常に小さな胚様幹細胞における前記Ｏｃｔ４Ａの発現レベルの前記増加が、がんのステージＩＩＩを示す、請求項３に記載の方法。
前記対照における前記Ｏｃｔ４Ａの発現レベルと比較して、２０倍以上の範囲にある、前記全血試料からの前記非常に小さな胚様幹細胞における前記Ｏｃｔ４Ａの発現レベルの前記増加が、がんのステージＩＶを示す、請求項３に記載の方法。
前記がん関連マーカーが、ｍｉｒ１４５、ＯＬＲ１、ＣＤ６８、ＭＳＲ１、ＣＸＣＬ１６、ＮＣＡＮ、ＴＫＴＬ１、ＡＮＯ４、ＣＨＩＴ１、ＧＰＮＭＢ、ＣＣＬ１８、ＴＧＦベータ１、ＦＳＰ１、Ｓ１００Ａ６、ＳＬＣ１３Ａ３、ＢＧＮ、ＮＣＦ２、６Ｃｋｉｎｅ、ＭＭＰ－９、ＭＭＰ－３、ＭＭＰ－７、インテグリン－β４、プレイオトロフィン、ウロキナーゼＲ、ＨＬＡ－Ｃ、ＳＬＣ９Ａ３Ｒ１、ＮＡＴ９、ＲＡＰＴＯＲ及びＳＬＣ１２Ａ８、ＳＰＩＮＫ５、ＦｃイプシロンＲＩ－ベータ、ＰＨＦ１１、ＩＧＦＢＰ１、ＦＡＣＬ４、ＩＬ１Ｒ、ＴＧＦベータ、ＣＨＲＮＡ３／５、ＩＲＥＢ２、ＨＨＩＰ、ＦＡＭ１３Ａ、ＡＧＥＲ、トロポニンＴ及びＩ、ＨＳＰ６０、ＢＮＰ、ＧＤＦ－１５、ＭＭＰ２、ＭＭＰ３、ＭＭＰ９、ＩＬ６、ＴＮＦアルファ、ＣＲＰ、ＳＯＸ９、ＡＣＡＮ、ＣＯＬ２Ａ１、ＤＫＫ１、ＦＲＺＢ、ＲＵＮＸ２、ＣＯＬ１０Ａ１、ＩＧＨ、ＩＧＨＭ、ＩＧＨＧ１、サーチュイン、ＡＣＥ２、ＩＦＩ２７、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩＴＭ１、ＤＰＰ４、ＫＲＡＳ、ＢＲＣＡ１及び２、ＴＰ５３、ＨＬＡ－ＤＱＡ１、ＨＬＡ－ＤＱＢ１、ＨＬＡ－ＤＲＢ１（Ｉ型）、ＰＰＡＲＧ、ＫＣＮＪ１１、ＣＤＫＡＬ１、ＣＤＫＮ２Ａ－ＣＤＫＮ２Ｂ、ＩＤＥ－ＫＩＦ１１－ＨＨＥＸ、ＩＧＦ２ＢＰ２及びＳＬＣ３０Ａ８（ＩＩ型）、並びにそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項１４に記載の方法。
同定される前記医学的状態が、多発性硬化症、腎障害、皮膚疾患、肝疾患、肺疾患、心血管疾患、変形性関節症、ウイルス性疾患、がん、及び糖尿病からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
前記核酸が、ＤＮＡ又はＲＮＡのいずれかである、請求項１～３、又は１０、又は１３、又は１４のいずれか一項に記載の方法。
前記核酸が、前記全血試料からの正常ＲＮＡ、正常ＤＮＡ、腫瘍ＲＮＡ、又は腫瘍ＤＮＡからなる群から選択される、請求項２９に記載の方法。
前記全血試料からの前記非常に小さな胚様幹細胞の前記濃縮が、フローサイトメトリー、磁気ビーズベースの分離、濾過、マイクロ流体ベースの細胞選別、アプタマーベースの細胞単離、及び浮力活性化細胞選別からなる群から選択される任意の方法による、請求項１～３、又は１０、又は１３、又は１４のいずれか一項に記載の方法。
前記方法が、工程（ｃ）で得られた前記核酸における前記がん関連マーカーの前記発現レベルを分析することを更に含む、請求項１４に記載の方法。
前記マーカーの前記発現レベルが、定量的ＰＣＲ技術を使用することによって分析される、請求項３２に記載の方法。
前記方法が、腫瘍内不均一性なしでがんを検出することができる、請求項１～３、１０、１３、又は１４のいずれか一項に記載の方法。
配列プロファイルを参照配列プロファイルと共関連付けて、前記マーカー内の変異の存在又は非存在を同定することが、アルゴリズムによって行われる、請求項１４に記載の方法。
前記全血試料における非常に小さな胚様幹細胞のバイオマーカーの発現レベルを、対照試料における少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルと比較し、前記配列プロファイルを参照配列プロファイルと共関連付けて、少なくとも１つのマーカーにおける変異の存在又は非存在を同定することが、アルゴリズムによって行われる、請求項１４に記載の方法。
前記核酸が、ゲノムを表す、請求項１～３、１０、１３又は１４のいずれか一項に記載の方法。
前記核酸が、トランスクリプトームを表す、請求項１～３、１０、１３又は１４のいずれか一項に記載の方法。
前記核酸が、エクソームを表す、請求項１～３、１０、１３又は１４のいずれか一項に記載の方法。
前記核酸が、ｃＤＮＡを表す、請求項１～３、１０、１３又は１４のいずれか一項に記載の方法。
前記方法が、医学的状態の同定にヒト対象の全ての臓器を包含する、請求項１～３、１０、１３、又は１４のいずれか一項に記載の方法。
前記方法が、全ての臓器生検に相当する情報を提供する、請求項１～３、１０、１３又は１４のいずれか一項に記載の方法。
前記全血試料が、がん幹細胞及び循環腫瘍細胞からなる群から選択される前記少なくとも１つの細胞型を含む、請求項１～３、１０、１３、又は１４のいずれか一項に記載の方法。
全血試料から非常に小さな胚様幹細胞を濃縮するための試薬を含む、試薬キット。
（ａ）非常に小さな胚様幹細胞を含む混合物におけるＯｃｔ４Ａ、Ｓｔｅｌｌａ、及びＦｒａｇｉｌｉｓからなる群から選択される少なくとも１つのバイオマーカーの発現レベルを分析するためのプライマーセットと、（ｂ）定量的ＰＣＲアッセイを実施するための試薬と、（ｃ）全ゲノム又はエクソーム又はトランスクリプトーム配列決定を実施するための試薬と、（ｄ）配列プロファイルを分析するための少なくとも１つの組織特異的アレイと、を含む、検出キット。
対象におけるがんの存在を検出するためのインビトロ方法であって、前記方法が、
（ａ）対象の全血試料における非常に小さな胚様幹細胞の数を数え上げることと、
（ｂ）前記全血試料における前記非常に小さな胚様幹細胞の数を、対照血液試料における非常に小さな胚様幹細胞の数と比較することと、を含み、
対照血液試料における前記非常に小さな胚様幹細胞の数と比較して、前記全血試料における前記非常に小さな胚様幹細胞の数の増加が、前記対象におけるがんの存在を検出する、インビトロ方法。
対象におけるがんの発症を予測するためのインビトロ方法であって、前記方法が、
（ａ）対象の全血試料における非常に小さな胚様幹細胞の数を数え上げることと、
（ｂ）前記全血試料における前記非常に小さな胚様幹細胞の数を、対照血液試料における非常に小さな胚様幹細胞の数と比較することと、を含み、
対照血液試料における前記非常に小さな胚様幹細胞の数と比較して、前記全血試料における前記非常に小さな胚様幹細胞の数の増加が、前記対象における前記がんの発症を予測する、インビトロ方法。
対象における医学的状態の存在を検出するためのインビトロ方法であって、前記方法が、
（ａ）対象の全血試料から非常に小さな胚様幹細胞を濃縮して、前記非常に小さな胚様幹細胞を含む混合物を得ることと、
（ｂ）前記全血試料における前記非常に小さな胚様幹細胞の数を数え上げることと、
（ｃ）前記全血試料における前記非常に小さな胚様幹細胞の数を、対照血液試料における前記非常に小さな胚様幹細胞の数と比較することと、を含み、対照血液試料における前記非常に小さな胚様幹細胞の数と比較して、前記血液試料における前記非常に小さな胚様幹細胞の数の増加が、前記対象における医学的状態の存在を検出する、インビトロ方法。