JPWO2020074956A5

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Publication number: JPWO2020074956A5
Application number: JP2021544949A
Authority: JP
Publication date: 2022-10-14

Claims

少なくとも２つのカセットをコードする連続的なポリ核酸分子であって、各カセットは、制御成分および応答成分を含み、ここで、
（ｉ）少なくとも１つのカセットが、トランス活性化因子応答要素、転写因子応答要素、および最小プロモーターを含む５’制御成分、およびアウトプットを含む３’応答成分を含み；および
（ｉｉ）少なくとも１つのカセットが、５’制御成分、およびトランス活性化因子タンパク質をコードする核酸配列を含む３’応答成分を含み、ここで、（ｉｉ）のトランス活性化因子は、タンパク質として発現したときに（ｉ）のトランス活性化因子応答要素に結合し、および該要素をトランス活性化し、ならびに、ここで、
カセット（ｉ）の転写因子応答要素に結合する転写因子単独、またはカセット（ｉ）のトランス活性化因子応答要素に結合したトランス活性化因子タンパク質単独のいずれかによって駆動されるアウトプットの発現は、前記転写因子および前記トランス活性化因子タンパク質の両方の存在下におけるアウトプットの発現よりも少ない、
前記ポリ核酸分子。
請求項１に記載の連続的なポリ核酸分子であって、
（ｉ）における５’制御成分が、５’から３’へ、トランス活性化因子応答要素、転写因子応答要素、および最小プロモーターを含む；または
（ｉ）における５’制御成分が、５’から３’へ、転写因子応答要素、トランス活性化因子応答要素、および最小プロモーターを含む；または
（ｉ）における５’制御成分が、プロモーター要素をさらに含み、任意に、プロモーター要素が、哺乳動物プロモーターまたはプロモーターフラグメントを含む、または、（ｉ）における５’制御成分が、５’から３’へ、トランス活性化因子応答成分およびプロモーター要素、および最小プロモーターを含む；および／または
（ｉｉ）におけるカセットの５’制御成分が、プロモーター要素を含み、任意に、プロモーター要素が、転写因子応答要素および最小プロモーターを含み、およびさらに任意に、転写因子応答要素は唯一のものである、または、プロモーター要素が、哺乳動物プロモーターまたはプロモーターフラグメント、およびさらに任意に、最小プロモーターを含む、
前記ポリ核酸分子。
カセット（ｉｉ）のトランス活性化因子が、カセット（ｉｉ）における転写因子応答要素に結合した転写因子の存在下でのみトランス活性化因子応答要素に結合し、および該要素をトランス活性化する、請求項１または２に記載の連続的なポリ核酸分子。
請求項１～３のいずれか一項に記載の連続的なポリ核酸分子であって、
（ｉ）の少なくとも１つのカセットと（ｉｉ）の少なくとも１つのカセットとが、収斂配向である；または
（ｉ）の少なくとも１つのカセットと（ｉｉ）の少なくとも１つのカセットとが、発散配向である；または
（ｉ）の少なくとも１つのカセットと（ｉｉ）の少なくとも１つのカセットとが、ヘッドトゥーテール配向である、
前記ポリ核酸分子。
請求項１～４のいずれか一項に記載の連続的なポリ核酸分子であって、
（ｉ）におけるカセットの３’応答成分が、少なくとも１つのマイクロＲＮＡ標的部位をさらに含み、任意に、少なくとも１つのマイクロＲＮＡ標的部位が、アウトプットに対し３’側である、または、少なくとも１つのマイクロＲＮＡ標的部位が、アウトプットに対し５’側であるかもしくはアウトプット内にある；および／または、
（ｉｉ）におけるカセットが、少なくとも１つのマイクロＲＮＡ標的部位をさらに含み、任意に、少なくとも１つのマイクロＲＮＡ標的部位が、トランス活性化因子タンパク質をコードするＤＮＡ配列に対し３’側である、または、少なくとも１つのマイクロＲＮＡ標的部位が、トランス活性化因子タンパク質をコードするＤＮＡ配列に対し５’側であるかもしくはトランス活性化因子タンパク質をコードするＤＮＡ配列内にある、
任意に、ここで（ｉ）におけるカセットの少なくとも１つのマイクロＲＮＡ標的部位と（ｉｉ）におけるカセットの少なくとも１つのマイクロＲＮＡ標的部位とが、同じ核酸配列であるか、または、同じマイクロＲＮＡによって制御される異なる配列である；ならびに／あるいは
少なくとも１つのカセットが、インスレーターに隣接している；および／または
少なくとも１つのカセットのトランス活性化因子が、tTA、rtTA、PIT-RelA、PIT-VP16、ET-VP16、ET-RelA、NarLc-VP16、またはNarLc-RelAである、
前記ポリ核酸分子。
アウトプットが、タンパク質またはＲＮＡ分子を含む；または、アウトプットが、治療剤を含む、請求項１～５のいずれか一項に記載の連続的なポリ核酸分子であって、
任意に、アウトプットが、蛍光タンパク質、細胞毒素、プロドラッグの活性化を触媒する酵素、免疫調節タンパク質および／またはＲＮＡ、ＤＮＡ修飾因子、細胞表面受容体、遺伝子発現制御因子、キナーゼ、エピジェネティック修飾因子、および／または、ベクター複製のために必要とされる因子を含み；
さらに任意に、免疫調節タンパク質および／またはＲＮＡが、サイトカインまたはコロニー刺激因子を含む；あるいは、ＤＮＡ修飾因子が、遺伝的欠陥を修正することを意図したタンパク質をコードする遺伝子、ＤＮＡ修飾酵素、および／またはＤＮＡ修飾系の成分を含み、好ましくは、ＤＮＡ修飾酵素が、部位特異的リコンビナーゼ、ホーミングエンドヌクレアーゼ、または、CRISPR/Cas ＤＮＡ修飾系のタンパク質成分である；あるいは、遺伝子発現制御因子が、遺伝子発現を制御することが可能なタンパク質、または、遺伝子発現を制御することが可能な多成分系の成分を含む、
前記ポリ核酸分子。
請求項１～６のいずれか一項に記載の連続的なポリ核酸分子を含む、ベクターまたは操作されたウイルスゲノムであって、任意に、ウイルスゲノムは、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ゲノム、レンチウイルスゲノム、アデノウイルスゲノム、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）ゲノム、ワクシニアウイルスゲノム、ポックスウイルスゲノム、ニューカッスル病ウイルス（ＮＤＶ）ゲノム、コクサッキーウイルスゲノム、レオウイルスゲノム、麻疹ウイルスゲノム、小胞性口内炎ウイルス（ＶＳＶ）ゲノム、パルボウイルスゲノム、セネカバレーウイルスゲノム、マラバウイルスゲノム、または一般的な風邪ウイルスゲノムである、前記ベクターまたは操作されたウイルスゲノム；あるいは、前記操作されたウイルスゲノムを含むビリオン。
人体または動物体の処置の方法における使用のための、請求項１～６のいずれか一項に記載の連続的なポリ核酸分子、あるいは請求項７に記載のベクター、操作されたウイルスゲノム、またはビリオン。
請求項８に記載の使用のための、連続的なポリ核酸分子、ベクター、操作されたウイルスゲノム、またはビリオンであって、ここで細胞の集団における細胞特異的イベントは、刺激され、前記連続的なポリ核酸分子、ベクター、操作されたウイルスゲノム、またはビリオンと接触させることを含み、および、ここで、細胞特異的イベントは、
（ｉ）少なくとも１つのカセットの制御成分に結合し、および該成分をトランス活性化する内因性転写因子；および／または
（ｉｉ）プロモーターフラグメントの転写活性；および／または
（ｉｉｉ）少なくとも１つのカセットの応答成分のマイクロＲＮＡ標的部位に相補的である少なくとも１つの内因性マイクロＲＮＡ
によって制御される、
前記連続的なポリ核酸分子、ベクター、操作されたウイルスゲノム、またはビリオン。
細胞の集団を、請求項１～６のいずれか一項に記載の連続的なポリ核酸分子、あるいは請求項７に記載のベクター、操作されたウイルスゲノム、またはビリオンと接触させることを含む、細胞の集団において細胞特異的イベントを刺激するin vitroでの方法であって、ここで、細胞特異的イベントは、
（ｉ）少なくとも１つのカセットの制御成分に結合し、および該成分をトランス活性化する内因性転写因子；および／または
（ｉｉ）プロモーターフラグメントの転写活性；および／または
（ｉｉｉ）少なくとも１つのカセットの応答成分のマイクロＲＮＡ標的部位に相補的である少なくとも１つの内因性マイクロＲＮＡ
によって制御される、前記方法。
請求項８または９に記載の使用のための連続的なポリ核酸分子、ベクター、操作されたウイルスゲノム、またはビリオン、あるいは請求項１０に記載の方法であって、
細胞の集団が、少なくとも１つの標的細胞および少なくとも１つの非標的細胞を含み、
ここで、標的細胞と非標的細胞とは、
（ｉ）少なくとも１つのカセットの制御成分に結合し、および該成分をトランス活性化する内因性転写因子のタンパク質レベルまたは活性；および／または
（ｉｉ）プロモーターフラグメントの転写活性；および／または
（ｉｉｉ）少なくとも１つのカセットの応答成分のマイクロＲＮＡ標的部位に相補的である少なくとも１つの内因性マイクロＲＮＡのＲＮＡレベルまたは活性；の点で異なり、および
ここで、その異なる（ｉ）におけるタンパク質レベルまたは活性、および／または（ｉｉ）におけるプロモーターフラグメントの転写活性、および／または（ｉｉｉ）におけるＲＮＡレベルまたは活性は、標的細胞と非標的細胞とを、少なくとも１つのカセットの応答成分のアウトプットの発現レベルの点で異なるようにさせ、それによって細胞特異的イベントを刺激し；
任意に、細胞の集団が、少なくとも１つの標的細胞および少なくとも１つの非標的細胞を含み、
ここで、標的細胞と非標的細胞とは、
（ｉ）少なくとも１つのカセットの５’制御成分の転写因子応答要素に結合し、および該要素をトランス活性化する内因性転写因子のタンパク質レベルまたは活性；および／または
（ｉｉ）プロモーターフラグメントの転写活性；および／または
（ｉｉｉ）少なくとも１つのカセットの３’応答成分のマイクロＲＮＡ標的部位に相補的である少なくとも１つの内因性マイクロＲＮＡのＲＮＡレベルまたは活性；の点で異なり、および
ここで、その異なる（ｉ）におけるタンパク質レベルまたは活性、および／または（ｉｉ）におけるプロモーターフラグメントの転写活性、および／または（ｉｉｉ）におけるＲＮＡレベルまたは活性は、標的細胞と非標的細胞とを、少なくとも１つのカセットの３’応答成分のアウトプットの発現レベルの点で異なるようにさせ、それによって細胞特異的イベントを刺激する；および／または
任意に、３’応答成分のアウトプットの発現レベルが、少なくともいくつかの標的細胞型と少なくともいくつかの非標的細胞型との間で、少なくとも２、少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも１００、少なくとも１，０００、または少なくとも１０，０００倍異なる；および／または
任意に、標的細胞集団の細胞が、腫瘍細胞であり、および、細胞特異的イベントが、細胞死であり、好ましくは、腫瘍細胞死が、活性化受容体リガンド、特異的抗原、刺激サイトカイン、またはそれらのいずれかの組み合わせの発現を通じた免疫ターゲティングに媒介される；および／または
任意に、標的細胞集団の細胞が、老化細胞であり、および、細胞特異的イベントが、細胞死である；および／または
任意に、細胞の集団を、プロドラッグと、またはアウトプットによって治療剤もしくは毒性化合物へと代謝される非毒性の前駆体化合物と接触させることをさらに含む；および／または
任意に、標的細胞集団の細胞が、同型の野生型細胞に対して相対的に因子を差次的に発現し、および、細胞特異的イベントが、因子の発現レベルを調節することである；および／または
任意に、アウトプット発現が、標的細胞集団の生存を確保し、一方、アウトプット発現の欠如に起因しておよび無関係かつ非特異的な細胞死誘発剤の存在下で非標的細胞が排除される；および／または
任意に、標的細胞集団の細胞が、対象の特定の表現型を、アウトプット発現がこの特定の表現型の細胞に限定されるように含む；および／または
任意に、標的細胞集団の細胞が、選ばれた細胞型であり、および、細胞特異的イベントが、選ばれた細胞型において自然には存在しないかまたは不活性である遺伝子の発現を通じた新規な機能をコードすることである、
前記連続的なポリ核酸分子、ベクター、操作されたウイルスゲノム、またはビリオン、あるいは方法。
細胞の集団が、多細胞生物を含む、請求項８、９、および１１のいずれか一項に記載の使用のための連続的なポリ核酸分子、ベクター、操作されたウイルスゲノム、またはビリオン、あるいは請求項１０～１１のいずれか一項に記載の方法。
多細胞生物が、動物である、請求項１２に記載の使用のための、連続的なポリ核酸分子、ベクター、操作されたウイルスゲノム、またはビリオン。
動物が、ヒトである、請求項１３に記載の使用のための、連続的なポリ核酸分子、ベクター、操作されたウイルスゲノム、またはビリオン。