JPWO2019168923A5

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Publication number: JPWO2019168923A5
Application number: JP2020545519A
Authority: JP
Publication date: 2022-02-28

Claims

（a）ベクターバックボーン、任意で、レトロウイルスベクターバックボーン、レンチウイルスベクターバックボーン、アデノウイルスベクターバックボーン、およびアデノ随伴ウイルスベクターバックボーンからなる群より選択されるベクターバックボーン；ならびに
（b）（i）TCRαポリペプチドをコードする第1のポリヌクレオチド、およびTCRβポリペプチドをコードする第2のポリヌクレオチド；または
（ii）TCRγポリペプチドをコードする第1のポリヌクレオチド、およびTCRδポリペプチドをコードする第2のポリヌクレオチド
を含む、組換えT細胞受容体（TCR）ライブラリーベクターであって、
第1のポリヌクレオチドおよび第2のポリヌクレオチドが、同族ペアであり、かつ第1のポリヌクレオチドおよび第2のポリヌクレオチドが、区画に存在する単一の溶解されたT細胞から単離されたmRNAに由来しており、任意で、
区画が、5 nL以下の体積を有するか、または
区画が、エマルジョン滴もしくはウェルであり、任意で、ウェルが、プリントされたポリマースライド、プラスチックプレート、マイクロタイタープレート、もしくはゲルに位置するか、または
ベクターが環状化されている、
前記ベクター。
前記単一の溶解されたT細胞のmRNAが、mRNA捕捉試薬または逆転写PCR（RT-PCR）を用いて単離され、任意で、
第1のポリヌクレオチドと第2のポリヌクレオチドとが、リンカーポリヌクレオチドを介して、機能的に連結されているか、もしくは第1のポリヌクレオチドと第2のポリヌクレオチドとが、T細胞mRNAの逆転写およびPCR増幅によって機能的に連結されている、または
mRNA捕捉試薬が、ポリ(dT)でコーティングされたビーズ、オリゴヌクレオチドでコーティングされたビーズ、ヒドロゲルビーズ、およびマイクロアレイウェルの表面上のプリントされたオリゴからなる群より選択される、
請求項1記載のベクター。
第1のポリヌクレオチドおよび第2のポリヌクレオチドが、TCR遺伝子において天然に見出される標的制限エンドヌクレアーゼ部位での切断によって、ベクターバックボーン中にクローニングされており、任意で、
標的制限エンドヌクレアーゼ部位が、低頻度でTCR遺伝子中に存在しているか、または
標的制限エンドヌクレアーゼ部位が、サイレント変異を含むか、または
第1のポリヌクレオチドおよび第2のポリヌクレオチドが、表7もしくは表8に記載される少なくとも1つの標的制限エンドヌクレアーゼ部位を組み込むように変更されている、
請求項1または2記載のベクター。
第1のポリヌクレオチドおよび/または第2のポリヌクレオチドに機能的に連結された発現調節エレメントをコードする少なくとも1つのポリヌクレオチドをさらに含み、任意で、
発現調節エレメントが、プロモーター、EF1αプロモーター、CMVプロモーター、p2A配列、およびIRES配列からなる群より選択されるか、または
発現調節エレメントが、プロトスペーサー隣接モチーフ（PAM）の近くに組み込まれているか、または
発現調節エレメントが、制限酵素もしくはTALENから選択されるDNA修飾酵素を用いて、ベクター中に組み込まれている、
請求項1～3のいずれか一項記載のベクター。
前記発現調節エレメントをコードするポリヌクレオチドが、第1のポリヌクレオチドと第2のポリヌクレオチドとの間に位置するか、またはベクターが前記発現調節エレメントのベクター中への組込みの前にもしくは後に環状化されている、請求項4記載のベクター。
第1のポリヌクレオチドおよび第2のポリヌクレオチドのうちの少なくとも1つに連結されたトランスポゾンをコードする1つもしくは複数のポリヌクレオチド、または
検出可能なマーカーもしくは選択可能なマーカーをコードするポリヌクレオチド、または
第1のポリヌクレオチドおよび第2のポリヌクレオチドの発現および/もしくは活性化を調節するためのスイッチ機構をコードするポリヌクレオチド、または
Kozakコンセンサス配列もしくはエンハンサーをコードするポリヌクレオチド
をさらに含む、請求項1～5のいずれか一項記載のベクター。
標的細胞または疾患抗原に対する結合特異性を有するTCRをコードし、任意で、
標的細胞が、がん細胞もしくはウイルスに感染した細胞であるか、または
標的細胞が対象から単離されたものである、
請求項1～6のいずれか一項記載のベクター。
前記疾患抗原が、ウイルス抗原または腫瘍抗原であり、任意で、
該疾患抗原が抗原:MHC複合体中にロードされるか、または
該疾患抗原が、アデノウイルス、CMV、コロナウイルス、コクサッキーウイルス、デングウイルス、エプスタイン-バーウイルス（EBV）、エンテロウイルス71（EV71）、エボラウイルス、A型肝炎（HAV）、B型肝炎（HBV）、サイトメガロウイルス（CMV）、C型肝炎（HCV）、D型肝炎（HDV）、E型肝炎（HEV）、ヒト免疫不全ウイルス（HIV）、ヒトパピローマウイルス（HPV）、単純ヘルペスウイルス（HSV）、ヒトTリンパ球向性ウイルス（HTLV）、A型インフルエンザウイルス、B型インフルエンザウイルス、日本脳炎、白血病ウイルス、麻疹ウイルス、伝染性軟属腫、オルフウイルス、パルボウイルス、狂犬病ウイルス、呼吸器合胞体ウイルス、リフトバレー熱ウイルス、風疹ウイルス、ロタウイルス、ダニ媒介性脳炎（TBEV）、サル免疫不全ウイルス、タバコエッチウイルス（TEV）、水痘帯状疱疹ウイルス、疱瘡、西ナイルウイルス、ジカウイルス、およびチクングニアウイルスからなる群より選択されるウイルスに由来するウイルス抗原であるか、または
該疾患抗原が、CD45、グリピカン-3、IGF2B3、カリクレイン4、KIF20A、レングシン（Lengsin）、メロエ（Meloe）、ムチン5AC（MUC5AC）、サバイビン、サイクリン-A1、MAGE-A1、MAGE-C1、MAGE-C2、SSX2、XAGE1b/GAGED2A、CD19、CD20、CD22、CD52、上皮成長因子受容体（EGFR）、ヒト上皮成長因子受容体2（HER2）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー10a（TRAILR1）、核内因子κB活性化受容体リガンド（RANKL）、インスリン様増殖因子1受容体（IGF1R）、上皮細胞接着分子（EpCAM）、およびがん胎児性抗原（CEA）からなる群より選択される腫瘍抗原である、
請求項7記載のベクター。
請求項1～8のいずれか一項記載のベクターを含む、組換え細胞であって、任意で、細菌細胞、哺乳動物細胞、または酵母細胞である、前記組換え細胞。
請求項1～8のいずれか一項記載の複数のベクターを含み、任意で、
複数のベクターが、TCRレパートリーを含むか、または
複数のベクターにおける各ベクターが、TCRクローン優勢度、インビトロアッセイ由来のTCR濃縮特性、TCR結合特異性、TCR Vセグメント配列、TCR Dセグメント配列、TCR Jセグメント配列、TCR遺伝子モチーフ、および/もしくはCDR3遺伝子モチーフのうちの1つもしくは複数の特性に基づいて選択されているか、または
TCRベクターライブラリーが、第1のポリヌクレオチドおよび第2のポリヌクレオチドの核酸シーケンシングによって特徴決定されている、
組換えTCRベクターライブラリー。
請求項1～8のいずれか一項記載のベクターを含み、任意で造血幹細胞、造血前駆細胞、T細胞、またはナチュラルキラー（NK）細胞である、単離された免疫細胞。
請求項1～8のいずれか一項記載のベクターまたは請求項10記載のベクターライブラリーを含み、任意で、造血幹細胞、造血前駆細胞、T細胞、および/またはNK細胞を含む、細胞集団。
請求項10記載のベクターライブラリーで、細胞の集団を形質転換する工程を含む、組換えTCRライブラリーを調製するための方法であって、任意で、細胞が、造血幹細胞、造血前駆細胞、T細胞、またはNK細胞である、前記方法。
方法が、標的細胞に対する特異的結合についてライブラリーをスクリーニングする工程をさらに含み、任意で、
標的細胞が、がん細胞もしくはウイルスに感染した細胞であるか、または、
該細胞が対象から単離されたものである、
請求項13記載の方法。
抗原:MHC複合体に対する特異的結合についてライブラリーをスクリーニングする工程をさらに含み、任意で、
抗原:MHC複合体の抗原が、アデノウイルス、CMV、コロナウイルス、コクサッキーウイルス、デングウイルス、エプスタイン-バーウイルス（EBV）、エンテロウイルス71（EV71）、エボラウイルス、A型肝炎（HAV）、B型肝炎（HBV）、サイトメガロウイルス（CMV）、C型肝炎（HCV）、D型肝炎（HDV）、E型肝炎（HEV）、ヒト免疫不全ウイルス（HIV）、ヒトパピローマウイルス（HPV）、単純ヘルペスウイルス（HSV）、ヒトTリンパ球向性ウイルス（HTLV）、A型インフルエンザウイルス、B型インフルエンザウイルス、日本脳炎、白血病ウイルス、麻疹ウイルス、伝染性軟属腫、オルフウイルス、パルボウイルス、狂犬病ウイルス、呼吸器合胞体ウイルス、リフトバレー熱ウイルス、風疹ウイルス、ロタウイルス、ダニ媒介性脳炎（TBEV）、サル免疫不全ウイルス、タバコエッチウイルス（TEV）、水痘帯状疱疹ウイルス、疱瘡、西ナイルウイルス、ジカウイルス、およびチクングニアウイルスからなる群より選択されるウイルスに由来するウイルス抗原であるか、または
抗原:MHC複合体の抗原が、CD45、グリピカン-3、IGF2B3、カリクレイン4、KIF20A、レングシン、メロエ、ムチン5AC（MUC5AC）、サバイビン、サイクリン-A1、MAGE-A1、MAGE-C1、MAGE-C2、SSX2、XAGE1b/GAGED2A、CD19、CD20、CD22、CD52、EGFR、HER2、TRAILR1、RANKL、IGF1R、EpCAM、およびCEAからなる群より選択される腫瘍抗原である、
請求項13または14記載の方法。
T細胞表現型マーカーについてライブラリーをスクリーニングする工程、または
共培養系における活性についてライブラリーをスクリーニングする工程であって、該共培養系が、
（a）がん細胞株；
（b）公知のウイルスに感染した複数の細胞；
（c）がん患者から単離された複数の腫瘍細胞；
（d）不死化細胞株；もしくは
（e）患者組織生検に由来する複数の細胞
のうちの少なくとも1つを含む、前記工程、または
形質転換された細胞の集団のインビトロ活性化を行う工程であって、任意でインビトロ活性化が、抗CD3抗体、抗CD8抗体、抗CD27抗体、IL-2、IL-4、IL-21、抗PD1抗体、抗CTLA4抗体、腫瘍細胞溶解物、ウイルス感染細胞との細胞共培養、および腫瘍細胞株のうちの1つもしくは複数の刺激物質を用いて行われる、前記工程、または
転写因子をコードするポリヌクレオチドで、細胞の集団を形質転換する工程であって、任意で、転写因子が、FOXP3、BLIMP-1、Ikaros、Helios、およびTGF-βからなる群より選択される、前記工程、または
TCRクローン優勢度、インビトロアッセイ由来のTCR濃縮特性、TCR結合特異性、TCR Vセグメント配列、TCR Dセグメント配列、TCR Jセグメント配列、TCR遺伝子モチーフ、および/もしくはCDR3遺伝子モチーフのうちの1つもしくは複数の特性に基づいて、組換えTCRライブラリーに含めるために個々のベクターを選択する工程であって、任意で、選択が、合成に由来するTCRライブラリーを生成するために、定義された比で個々のベクターを混合することを含む、前記工程
をさらに含む、
請求項13～15のいずれか一項記載の方法。
請求項13～16のいずれか一項記載の方法によって調製された組換えTCRライブラリーと担体とを含む、組成物であって、担体が、薬学的に許容される担体である、前記組成物。
請求項17記載の組成物の有効量を含む、その必要がある対象においてがんを処置するまたは腫瘍成長を阻害するのに使用するための薬学的組成物。
前記がんが、急性リンパ芽球性白血病（ALL）；急性骨髄性白血病（AML）；副腎皮質癌；AIDS関連がん；肛門がん；虫垂がん；星状細胞腫；非定型奇形腫様/ラブドイド腫瘍、脳腫瘍；皮膚の基底細胞癌；胆管がん；膀胱がん；骨がん；乳がん；気管支腫瘍；バーキットリンパ腫；カルチノイド腫瘍（胃腸）；胚細胞腫瘍；原発性CNSリンパ腫；子宮頚がん；胆管細胞癌；脊索腫；慢性リンパ球性白血病（CLL）；慢性骨髄性白血病（CML）；慢性骨髄増殖性新生物；大腸がん；頭蓋咽頭腫；皮膚T細胞リンパ腫；非浸潤性乳管癌（DCIS）；子宮内膜がん；上衣腫；食道がん；感覚神経芽腫；頭蓋外胚細胞腫瘍；性腺外胚細胞腫瘍；眼がん；眼球内黒色腫；網膜芽腫；卵管がん；悪性の骨の線維性組織球腫、および骨肉腫；胆嚢がん；胃（gastric）がん；消化管カルチノイド腫瘍；消化管間質腫瘍（GIST）；胚細胞腫瘍；妊娠性絨毛性疾患；毛様細胞白血病；頭頚部がん；心臓腫瘍；肝細胞がん；ランゲルハンス細胞組織球症；ホジキンリンパ腫；下咽頭がん；眼球内黒色腫；膵島細胞腫瘍、膵神経内分泌腫瘍；腎臓がん；喉頭がん；白血病；口唇および口腔（oral cavity）がん；肝臓がん；肺がん；リンパ腫；男性乳がん；骨の悪性線維性組織球腫および骨肉腫；黒色腫；メルケル細胞癌；中皮腫；転移性がん；口腔（mouth）がん；多発性内分泌腫瘍症候群；多発性骨髄腫/形質細胞新生物；菌状息肉腫；慢性の骨髄異形成症候群、骨髄増殖性新生物；鼻咽頭がん；神経芽腫；非ホジキンリンパ腫；非小細胞肺がん；口腔（oral）がん、口咽頭がん；骨肉腫；卵巣がん；膵臓がん；膵神経内分泌腫瘍；乳頭腫症；傍神経節腫；副鼻腔がん；副甲状腺がん；咽頭がん；褐色細胞腫；下垂体腫瘍；胸膜肺芽腫；前立腺がん；直腸がん；再発がん；腎細胞がん；網膜芽腫；横紋筋肉腫；唾液腺がん；肉腫；ユーイング肉腫；カポジ肉腫；骨肉腫；子宮肉腫；セザリー症候群；皮膚がん；小細胞肺がん；小腸がん；軟部組織肉腫；皮膚の扁平上皮癌；頸部扁平上皮がん；胃（stomach）がん；T細胞リンパ腫；精巣がん；咽喉がん；鼻咽頭がん；下咽頭がん；胸腺癌；甲状腺がん；尿道がん；子宮がん；膣がん；血管腫瘍；外陰部がん；またはウィルムス腫瘍であるか、あるいは
前記腫瘍が固形腫瘍であるか、あるいは
前記組換えTCRライブラリーが、処置される対象にとって自己由来または同種異系である細胞を含むか、あるいは
前記対象が、ヒト、動物、非ヒト霊長類、イヌ、ネコ、ヒツジ、マウス、ウマ、またはウシである、
請求項18記載の薬学的組成物。
請求項17記載の組成物の有効量を含む、ウイルス感染症の処置の必要がある対象においてウイルス感染症を処置するのに使用するための薬学的組成物。
前記ウイルス感染症が、アデノウイルス、CMV、コロナウイルス、コクサッキーウイルス、デングウイルス、エプスタイン-バーウイルス（EBV）、エンテロウイルス71（EV71）、エボラウイルス、A型肝炎（HAV）、B型肝炎（HBV）、サイトメガロウイルス（CMV）、C型肝炎（HCV）、D型肝炎（HDV）、E型肝炎（HEV）、ヒト免疫不全ウイルス（HIV）、ヒトパピローマウイルス（HPV）、単純ヘルペスウイルス（HSV）、ヒトTリンパ球向性ウイルス（HTLV）、A型インフルエンザウイルス、B型インフルエンザウイルス、日本脳炎、白血病ウイルス、麻疹ウイルス、伝染性軟属腫、オルフウイルス、パルボウイルス、狂犬病ウイルス、呼吸器合胞体ウイルス、リフトバレー熱ウイルス、風疹ウイルス、ロタウイルス、ダニ媒介性脳炎（TBEV）、サル免疫不全ウイルス、タバコエッチウイルス（TEV）、水痘帯状疱疹ウイルス、疱瘡、西ナイルウイルス、ジカウイルス、およびチクングニアウイルスからなる群より選択されるウイルスによって引き起こされるか、あるいは
前記組換えTCRライブラリーが、処置される対象にとって自己由来または同種異系である細胞を含むか、あるいは
前記対象が、ヒト、動物、非ヒト霊長類、イヌ、ネコ、ヒツジ、マウス、ウマ、またはウシである、
請求項20記載の薬学的組成物。