JPWO2018189877A1 - 荷電粒子線装置および細胞評価方法 - Google Patents

荷電粒子線装置および細胞評価方法 Download PDF

Info

Publication number
JPWO2018189877A1
JPWO2018189877A1 JP2019512140A JP2019512140A JPWO2018189877A1 JP WO2018189877 A1 JPWO2018189877 A1 JP WO2018189877A1 JP 2019512140 A JP2019512140 A JP 2019512140A JP 2019512140 A JP2019512140 A JP 2019512140A JP WO2018189877 A1 JPWO2018189877 A1 JP WO2018189877A1
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
cell
platelet
charged particle
particle beam
platelets
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
JP2019512140A
Other languages
English (en)
Other versions
JP6847204B2 (ja
Inventor
昭朗 池内
昭朗 池内
川俣 茂
茂 川俣
大海 三瀬
大海 三瀬
朗 澤口
朗 澤口
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Hitachi High Tech Corp
Original Assignee
Hitachi High Technologies Corp
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Hitachi High Technologies Corp filed Critical Hitachi High Technologies Corp
Publication of JPWO2018189877A1 publication Critical patent/JPWO2018189877A1/ja
Application granted granted Critical
Publication of JP6847204B2 publication Critical patent/JP6847204B2/ja
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12MAPPARATUS FOR ENZYMOLOGY OR MICROBIOLOGY; APPARATUS FOR CULTURING MICROORGANISMS FOR PRODUCING BIOMASS, FOR GROWING CELLS OR FOR OBTAINING FERMENTATION OR METABOLIC PRODUCTS, i.e. BIOREACTORS OR FERMENTERS
    • C12M41/00Means for regulation, monitoring, measurement or control, e.g. flow regulation
    • C12M41/46Means for regulation, monitoring, measurement or control, e.g. flow regulation of cellular or enzymatic activity or functionality, e.g. cell viability
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/02Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving viable microorganisms
    • C12Q1/04Determining presence or kind of microorganism; Use of selective media for testing antibiotics or bacteriocides; Compositions containing a chemical indicator therefor
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/483Physical analysis of biological material
    • G01N33/4833Physical analysis of biological material of solid biological material, e.g. tissue samples, cell cultures
    • GPHYSICS
    • G06COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
    • G06TIMAGE DATA PROCESSING OR GENERATION, IN GENERAL
    • G06T7/00Image analysis
    • G06T7/60Analysis of geometric attributes
    • G06T7/62Analysis of geometric attributes of area, perimeter, diameter or volume
    • GPHYSICS
    • G06COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
    • G06TIMAGE DATA PROCESSING OR GENERATION, IN GENERAL
    • G06T7/00Image analysis
    • G06T7/60Analysis of geometric attributes
    • G06T7/64Analysis of geometric attributes of convexity or concavity
    • HELECTRICITY
    • H01ELECTRIC ELEMENTS
    • H01JELECTRIC DISCHARGE TUBES OR DISCHARGE LAMPS
    • H01J37/00Discharge tubes with provision for introducing objects or material to be exposed to the discharge, e.g. for the purpose of examination or processing thereof
    • H01J37/02Details
    • H01J37/22Optical or photographic arrangements associated with the tube
    • H01J37/222Image processing arrangements associated with the tube
    • HELECTRICITY
    • H01ELECTRIC ELEMENTS
    • H01JELECTRIC DISCHARGE TUBES OR DISCHARGE LAMPS
    • H01J37/00Discharge tubes with provision for introducing objects or material to be exposed to the discharge, e.g. for the purpose of examination or processing thereof
    • H01J37/26Electron or ion microscopes; Electron or ion diffraction tubes
    • HELECTRICITY
    • H01ELECTRIC ELEMENTS
    • H01JELECTRIC DISCHARGE TUBES OR DISCHARGE LAMPS
    • H01J2237/00Discharge tubes exposing object to beam, e.g. for analysis treatment, etching, imaging
    • H01J2237/22Treatment of data
    • H01J2237/221Image processing

Landscapes

  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Computer Vision & Pattern Recognition (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Optics & Photonics (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Geometry (AREA)
  • Theoretical Computer Science (AREA)
  • Sustainable Development (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • Analysing Materials By The Use Of Radiation (AREA)
  • Image Analysis (AREA)
  • Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)

Abstract

細胞の観察画像から細胞の特徴をより客観的かつ高精度に算出し、細胞の評価をおこなうことができる荷電粒子線装置を提供する。荷電粒子線装置は、細胞の画像を取得する画像取得部18と、画像の輪郭を抽出する輪郭抽出部19と、輪郭に基づいて輪郭の形態的特徴量を算出し、輪郭の内部領域に含まれる細胞質などの内部構造物の特徴量を算出する特徴量算出部20と、この特徴量に基づいて細胞の良否及び/又は機能性を判定する判定部21とを備え、撮像画像に含まれる細胞の良否及び/又は機能性を客観的かつ高精度に評価することができる。

Description

本発明は荷電粒子線装置、それを用いた細胞評価方法、及びそのプログラムに関するものである。
近年再生医療に関する技術として、人工多能性幹(iPS)細胞や、胚性幹(ES)細胞に代表される未分化な多能性幹細胞を培養し、多能性幹細胞を分化誘導することで特定の細胞(分化細胞)を製造する方法が提案されている。このとき、所望の細胞が製造されたかを評価するために、光学顕微鏡や、透過型電子顕微鏡(TEM)に代表される荷電粒子線装置が用いられている。
特に荷電粒子線装置は、光よりも波長の短い電子線やイオン線などの荷電粒子線を用いているため、光学顕微鏡では観察できない、数ナノメートルから数百ナノメートルオーダーの大きさの細胞内微小構造を観察できるという利点がある。
例えば、特許文献1には、未分化細胞から分化誘導した分化細胞および分化細胞の産出物を透過型電子顕微鏡で観察し、所望の分化細胞に特有の内部構造を確認することで細胞を評価した例が開示されている。また、特許文献2には、標的細胞を含む試料を光学顕微鏡で撮像した撮像画像について、核を有する複数の細胞を抽出し、細胞と核の少なくとも1つについてのサイズに関する特徴量を画像から算出し、しきい値を用いて抽出した細胞が所望の細胞であるか否かを判定する画像処理装置が開示されている。
特開2015−198644号公報 特許第5333635号公報
特許文献1では、分化誘導した細胞が所望の細胞であることを判断するために透過型電子顕微鏡で分化細胞の画像を撮像し、細胞内部に所望の細胞に特有の内部構造が適切な分布と割合で存在するか否かを細胞形態学の知識を持つ専門家の目で判断していた。このような人の目で判断する目視検査は品質保証という面では客観性に乏しく、検査数が増大する場合には膨大な検査時間が必要であった。
特許文献2では、このような目視検査における客観性と検査時間の問題に対し、標的細胞を含む試料を光学顕微鏡で撮像した撮像画像について、核を有する複数の細胞を抽出し、細胞と核の少なくとも1つについてのサイズに関する特徴量を画像から算出し、しきい値を用いて抽出した細胞が所望の細胞であるか否かを判定している。
しかしながら、この光学顕微鏡の撮像画像の場合、数マイクロメートルの大きさの核を手がかりに標的細胞の判定をおこなうため、所望の細胞に特有の内部構造がミクロフィラメント(約6ナノメートル)、リボソーム(約20ナノメートル)、分泌顆粒(数十〜数百ナノメートル)など細胞質の微小構造物である場合には、光学顕微鏡の分解能限界から微小構造物を画像化できず、判定を実施できない場合があった。
本発明の目的は、上述した課題を解決し、細胞の観察画像から細胞の特徴をより客観的かつ高精度に算出し、細胞の評価をおこなうことを可能とする荷電粒子線装置、それを用いた細胞評価方法、及びそのプログラムを提供することにある。
上記の目的を達成するため、本発明においては、細胞の画像を取得する取得部と、取得した前記画像の中の特徴量に基づいて、前記細胞の良否及び/又は機能性を判定する判定部と、を備える構成の荷電粒子線装置を提供する。
また、上記の目的を達成するため、本発明においては、画像処理装置による細胞評価方法であって、画像処理装置は、荷電粒子線装置の検出器で検出した信号に基づき、細胞の断面画像を取得し、取得した断面画像の中の特徴量に基づいて、細胞の良否及び/又は機能性を判定する細胞評価方法を提供する。
更に、上記の目的を達成するため、本発明においては、画像処理装置で実行される細胞評価プログラムであって、荷電粒子線装置の検出器で検出した信号に基づき、細胞の断面画像を取得し、取得した断面画像の中の特徴量に基づいて、細胞の良否及び/又は機能性を判定するよう、画像処理装置を機能させる細胞評価プログラムを提供する。
本発明によれば、撮像画像に含まれる細胞の良否及び/又は機能性を客観的かつ高精度に評価することができる。
実施例1に係る、荷電粒子線装置のシステム構成の一例を示す図。 実施例1に係る構成の輪郭抽出処理のフローチャートを示す図。 実施例1に係る、血小板IDに紐付けられた輪郭データの対応関係を示す図。 実施例1に係る、開放小管系の拡張度の定義を説明するための図。 実施例1に係る構成の判定処理のフローチャートを示す図。 実施例1に係る、特徴量データが血小板IDと関連付けられて記憶されているテーブルの一例を示す図。 実施例1に係る、基準値を記憶したテーブルと、基準値と特徴量をもとに血小板の良否判定を実施した結果を記憶したテーブルの一例を示す図。
以下、本発明の荷電粒子線装置の実施形態について、図面に基づき順次説明する。なお、説明に当り、荷電粒子線装置として走査電子顕微鏡(SEM)を例に説明するが、本発明の荷電粒子線装置は走査電子顕微鏡に限られることはない。本発明に係る荷電粒子線装置は、撮像装置によって取得された試料の撮像画像上で、荷電粒子線装置によって観察像を取得する当該試料上の観察範囲を視野範囲として設定する一方、荷電粒子線装置によって当該視野範囲に該当する試料上の観察範囲に荷電粒子線を照射して試料の観察像を取得するものであればよく、例えば、走査イオン顕微鏡や走査透過電子顕微鏡や透過電子顕微鏡、これらと試料加工装置との複合装置、またはこれらを応用した解析・検査装置等も含まれる。
また、説明に当り、iPS細胞、ES細胞などの多能性幹細胞(未分化細胞)から分化誘導された分化細胞として、血小板を評価対象細胞の例として説明するが、本発明の評価対象細胞は血小板に限られることはない。本発明に係る評価対象細胞である分化細胞は、当該細胞の形態及び/または内部構造物の特徴を基に当該細胞の良否及び/又は機能性を評価できるものであればよく、例えば、神経幹細胞や心筋細胞やインシュリン生産細胞や幹細胞や造血幹細胞、または角膜や網膜や骨や軟骨や筋肉や腎臓の細胞等も含まれる。
なお、血小板は造血幹細胞が巨核球に分化した後に、成熟した巨核球により産出される。すなわち、白血球、赤血球、血小板は造血幹細胞が分化することにより作られる。すなわち、未分化細胞であるiPS細胞、ES細胞などの多能性幹細胞は、未分化細胞である造血幹細胞、神経幹細胞などの各種幹細胞に分化し、その後、分化細胞である血小板、赤血球、白血球、心筋細胞、インシュリン生産細胞、角膜細胞、網膜細胞、骨細胞、軟骨細胞、筋肉細胞、腎臓細胞などの各種細胞に分化する。
<荷電粒子線装置のシステム構成例と細胞評価フロー>
図1は、実施例1に係る荷電粒子線装置である走査電子顕微鏡の一例の概略構成図である。
走査電子顕微鏡1は、鏡筒2と、試料室3とが一体化されてなる顕微鏡装置本体4と、走査電子顕微鏡装置本体内の各部をそれぞれ制御する制御装置5とを有する。鏡筒2には、電子ビーム6を放出する電子銃7と、この電子ビーム6を照射制御する電子光学系8とが設けられている。
電子光学系8は、電子銃7から放出された電子ビーム6を集束するコンデンサレンズ9と、電子ビーム6を走査する偏向器10と、試料12表面上に焦点が合うように電子ビーム6を集束させる対物レンズ11とを含む。図示の例では、電子ビーム6が試料12に照射されることにより発生する反射電子や二次電子等の信号13を検出する検出器14も設けられた構成になっている。
試料室3は、開閉可能な図示せぬ導入/導出口を解して、試料12が収容される構成になっており、試料12は試料ステージ15が設けられている。試料ステージ15は、試料室3内で、試料12を例えば水平面内及び面直方向へ移動させたり、回転や傾斜させたりして、試料室3内における試料12の位置や向きを変位させる試料移動機構16を備えている。試料移動機構16と電子光学系8とを制御装置5で制御し、試料12の任意の位置に電子ビーム6を照射し、発生した信号13を検出器14で検出することにより、試料の任意の位置と倍率における電子顕微鏡観察を実施する。ここで、倍率とは、視野(Field Of View: FOV)の幅、もしくはデジタル画像にした場合の1画素当りが示す長さ(ピクセルサイズ)などでもよい。
画像処理装置17は、検出器14により得られた反射電子などの信号を観察画像データ(以下、電顕像データと称する)に変換する画像取得部18と、輪郭抽出部19と、特徴量算出部20と、判定部21と、評価分類モデル記憶部22とを有する。この評価分類モデル記憶部22は、評価分類モデルのみならず、画像取得部18が取得した電顕像データや、輪郭抽出部19が抽出した輪郭データや、特徴量算出部20が算出した特徴量データなども記憶することが可能な記憶部で構成することができる。
電顕像データは画像取得部18から輪郭抽出部19に読込まれ、画像処理による領域分割(セグメンテーション)処理を施される。輪郭抽出はまず電顕像データに含まれる個々の血小板の外形に対して実施される。これにより、電顕像データから個々の血小板外形の輪郭(ポリゴン)データを算出する。次に、個々の血小板の内部領域に再び輪郭抽出を実施することにより、血小板内部に含まれる分泌顆粒や開放小管系(Open Canalicular System:OCS)などの細胞小器官等の内部構造物の輪郭データを算出する。なお、輪郭抽出部19で実行される輪郭抽出処理の詳細は後述する。
特徴量算出部20では、輪郭抽出部19で算出された個々の血小板にIDを振り分け、固有の血小板IDに紐付く外形及び、分泌顆粒、開放小管系等の血小板に含まれる細胞小器官等の内部構造物の輪郭データを、面積や直径や周囲長などの形態的特徴を示す特徴量データ及び/又は血小板面積と分泌顆粒との面積比や血小板直径に対する開放小管系の最大径の比率を用いた、分泌顆粒や開放小管系の分布や面積比や拡張具合などの特徴量データを算出する。なお、特徴量算出部20で実行される特徴量算出処理と各特徴量の詳細については後述する。
ここで、血小板の輪郭データが示す輪郭の外周の2点を結び、かつ輪郭の重心を通る最大の線分の長さを直径と定義する。また、輪郭データが示す輪郭の外周の2点を結び、かつ輪郭の重心を通る最小の線分の長さを最小直径と定義してもよいし、輪郭データが示す輪郭の外周の2点を結び、かつ輪郭の重心を通る線分の長さを任意の角度刻みに360度の範囲で測定し、その平均値を平均直径と定義してもよい。
また、最大径とは、輪郭データが示す輪郭全体を囲む最小の矩形を算出し、この矩形の長辺の長さを最大径と定義する。直径は輪郭の重心を利用して直径の値を算出するが、重心が輪郭の外部にある場合には有効な測定値が得られない場合があるため、開放小管系のサイズ情報を得る場合には外接四角形(輪郭全体を囲む最小の矩形)を利用した最大径を用いたほうが、開放小管系の拡張具合をより正確に定量化することができる。
判定部21では、個々の血小板IDに紐付けられた各特徴量データを評価分類モデル記憶部22に記憶された評価分類モデルに従い評価することにより、血小板の良否及び/または機能性を判定する。また、判定部21で用いられる評価分類モデルや評価に用いられる判定値および判定基準値などの情報は、入力部23を介してユーザが編集可能であり、判定結果や評価分類モデルの情報は表示部24を介してユーザに表示される。なお、判定部21で用いる評価分類モデルの詳細や判定方法についての詳細は後述する。また、表示部24には、判定部21により評価された各血小板の評価結果及び/又は全血小板の判定結果の統計情報が表示される。
なお、制御装置5と、画像処理装置17、入力部23、表示部24などを、パーソナルコンピュータ(PC)を使って実現しても良い。この場合、制御装置5と画像処理装置17は、PCの中央処理部(CPU)のプログラム実行で実現することができ、PCの記憶部には、それらの動作プログラムや、上述した評価分類モデルを含め各種のデータを記憶することができる。
以上が、図1に示される実施例1の走査電子顕微鏡を用いたシステム構成例の各構成要素の概説である。本実施例の走査電子顕微鏡によれば、ユーザが血小板を撮像し、評価目的に適した評価分類モデルを選択することで、撮像画像に含まれる血小板の良否及び/又は機能性を客観的かつ高精度に評価することができ、ユーザが細胞形態学の専門知識を有しているかに関わらず血小板の評価が可能となる。
<輪郭抽出部>
本実施例の構成における輪郭抽出部19の一動作例として、電顕像データを読込んだ場合の動作例を、図2のフローチャートを用いて説明する。なお、このフローチャートの動作は、画像取得部18、輪郭抽出部19と特徴量算出部20であり、上述したCPUでのプログラム実行で実現可能である。
最初に、撮像画像として電顕像データを読込む(ステップS101)。次に、輪郭抽出の精度を高める目的で画像のノイズ除去処理をおこなう(ステップS102)。具体的には、例えばメディアンフィルタ、ガウシアンフィルタ、デコンボリューションフィルタ等の周知の画像処理技術を用いて後述する輪郭抽出のための2値化処理やエッジ検出処理の精度を向上させるフィルタ処理をおこなう。なお、電顕像データのシグナルノイズ比が輪郭抽出処理をおこなうに当たり十分高い場合には、ノイズ除去処理を省略してもよい。
続いて、ノイズ除去処理後の電顕像データを2値化することにより、輪郭抽出対象と背景画像の分離をおこなう(ステップS103)。具体的には、大津の2値化、pタイル法等の周知の画像処理及び画像認識技術を用いて2値化をおこなう。
続いて、2値化後の電顕像データのセグメンテーション(領域分割)をおこない、2値化された領域を個々の血小板の領域に分割する(ステップS104)。血小板試料を撮像した場合、血小板同士が隣接または接触した状態で撮像される場合があり、上述した2値化処理のみでは多数の血小板の集合体を1つの血小板として誤認識する場合がある。したがって、セグメンテーション処理により前述の血小板の集合体から個々の血小板を分離する必要がある。具体的には、例えばWatershed法、パターンマッチング等の手法や、Deep Learning等の機械学習を用いた周知の画像処理及び画像認識技術を用いてセグメンテーション処理をおこない、個々の血小板の輪郭データに分割する。
これまでの処理により、個々の血小板の輪郭データを算出したため、ステップS105にて各血小板と対応する輪郭データを記憶する。これにより、電顕像データに含まれる個別の血小板に対して、当該血小板外形の形状データである輪郭データが紐付けられる。
以上が、輪郭抽出部で個別の血小板の外形を抽出する場合の処理の一例である。本実施例では、血小板の評価精度向上のため、血小板の外形だけでなく血小板内部に含まれる細胞小器官、例えば分泌顆粒、開放小管系等の輪郭データの算出・記憶を実施している。
細胞小器官等の内部構造物の輪郭データの算出は、既に算出済みの血小板外形の輪郭データの内側の領域に対して再び輪郭抽出処理である上述したステップS103〜ステップS105を繰り返し適用することによりおこなう。例えば、開放小管系の輪郭データを算出する場合は、2値化の条件を開放小管系のみが分離できるように閾値を設定することで血小板内部に含まれる開放小管系すべての輪郭データを収集する。同様に、濃染領域のみが分離できるように閾値を設定することで、濃染領域の輪郭データを収集することができる。
図3に検出された血小板31、32と、それぞれの内部の開放小管系33、34、35と、濃染領域36と、対応する識別子(ID)を模式的に示した。そして、収集された開放小管系の輪郭データは、図3に示されるように開放小管系が所属する血小板IDと紐付けられて記憶されるとともに、個々の開放小管系にもIDが割り振られて記憶される。同様の処理を電顕像データから抽出された全ての血小板に対して実行することにより、個々の血小板の外形及び、血小板に含まれる細胞小器官等(分泌顆粒、開放小管系等)の内部構造物の輪郭データを算出・記憶することができる。
本実施例の構成・動作においては、血小板固有の細胞小器官であるα顆粒、濃染顆粒および血小板内部に含まれるグリコーゲン顆粒などの分泌顆粒、ミトコンドリアを総じて濃染領域と定義し、輪郭データを算出・記憶する。加えて、同じく血小板に固有の細胞小器官である開放小管系の輪郭データも算出・記憶する。これにより、血小板外形と、血小板内部の濃染領域と、開放小管系との3つの輪郭データを算出・記憶し、特徴量算出部20にてそれぞれの特徴量を算出する。
なお、血小板の評価を実施するために血小板外形と、濃染領域と、開放小管系に輪郭抽出対象を限定する必要はなく、α顆粒や濃染顆粒やグリコーゲン顆粒やミトコンドリアを個別に輪郭抽出対象に設定してもよいし、その他血小板に含まれる暗調小管系や微小管等の細胞小器官を輪郭抽出対象に設定してもよい。また、その他の血小板の良否及び/又は機能性、品質に相関のある細胞質、封入体又は副形質を輪郭抽出対象に設定してもよい。
<特徴量算出部>
図1の構成による電顕像データの取得時に、視野(Field Of View: FOV)の幅、もしくはデジタル画像にした場合の1画素当りが示す長さ(ピクセルサイズ)などを含む倍率データを取得しているため、輪郭抽出部19にて算出・記憶された輪郭データを用いて輪郭抽出対象の形態的特徴を数値化することが可能となる。例えば、輪郭抽出対象が血小板外形であった場合、血小板外形の面積、直径、最大径、最小径、周囲長等のサイズに関する情報を特徴量として算出することができる。
本実施例では、走査電子顕微鏡1を用いて血小板試料を観察する例を示している。電子顕微鏡を用いた細胞の内部構造を含む観察では、細胞試料を樹脂で包埋し、その樹脂を厚み数マイクロメートル程度の切片にスライスした切片試料を作製し、切片試料の断面を観察する手法が一般的である。したがって、例えば切片試料の断面に見られる血小板の断面像の直径と、当該血小板の真の直径とは異なる値となることが予想されるため、直径等のサイズに関する特徴量のみでは細胞評価の精度の向上は見込めない。
この問題を解決するため、本実施例の構成ではサイズに関する特徴量に加えて、血小板の切片試料の断面像からでもその血小板の良否及び/又は機能性を評価可能な特徴量として、形態複雑度と、開放小管系の面積比および拡張度と、濃染領域の面積比を特徴量データとして算出・記憶する。すべての特徴量データは、上述したように個々の血小板IDと紐付けられて記憶される。以下にそれぞれの特徴量の詳細を説明する。
形態複雑度
「形態複雑度」は血小板外形の丸さを示す特徴量である。血小板は血液中で碁石のような円盤型の形状をとることが知られている。上述したように、血小板が包埋された樹脂をスライスすることで血小板試料を作製するため、観察される血小板の断面は円形もしくは楕円形であることが予想される。また、血小板は外部刺激により活性化された状態になると長い突起を出し、それが相互にからまって凝集体(血栓)を作ることが知られている。したがって、丸みを失い、形態が複雑化した血小板は活性化状態であると判断できる。なお、医療用の血小板製剤としては、血小板は活性化していない状態が望ましい。
特徴量算出部20は、下記式(1)により「形態複雑度」を算出する。
(形態複雑度) = (周囲長)2/(面積) ・・・ (1)

なお、本実施例では式(1)により形態複雑度を算出したが、形態複雑度は血小板の丸さと複雑さを定量的に表現できればよく、例えば円形度や真円度を用いても良く、周囲長や面積や直径、もしくは血小板の重心位置等を組み合わせて形態複雑度を算出してもよい。
開放小管系の面積比(OCS面積比)
「OCS面積比」は血小板内部に開放小管系が占める割合を示す特徴量である。人間の血液から採取された血小板の寿命は4日程度であることが知られており、寿命間近の血小板は開放小管系の面積が増加する傾向がある。したがって、OCS面積比を算出することで開放小管系の増加具合を算出することができ、血小板が寿命間近であるかを推定することができる。
特徴量算出部20は、下記式(2)により「OCS面積比」を算出する。
(OCS面積比) = (開放小管系の総面積)/(血小板の面積)・・・(2)

開放小管系の拡張度(OCS拡張度)
「OCS拡張度」は図4に示すような、血小板内部の開放小管系の中でも細長く拡張した開放小管系の拡張具合を示す特徴量である。前述した開放小管系の面積比が低い値の場合でも、血小板41の内部に、細長く拡張した開放小管系42やその他の開放系小管系43が存在し、細長く拡張した開放小管系42の最大径が血小板外形の最大径の50%を超えるような場合には、血小板の止血能力が著しく低下している可能性が高いことが本発明者等の生化学検査結果により示されている。したがって、OCS拡張度を算出することで、止血能力が低い血小板を選別することができる。なお、この止血能力は血液を固める血小板の機能性の大きさを示している。
特徴量算出部20は、下記式(3)により「OCS拡張度」を算出する。
(OCS拡張度) = (開放小管系の最大径)/(血小板の直径)・・・(3)
このとき、「開放小管系の最大径」は血小板内のすべての開放小管系の最大径のうち最大のものの値を使用する。
なお、本実施例では式(3)によりOCS拡張度を算出したが、OCS拡張度は血小板内部の開放小管系の拡張具合を定量的に表現できればよく、例えば、「血小板の直径」に変えて「血小板の最大径」としてもよく、「開放小管系の最大径」に変えて「開放小管系の最大直径」としてもよく、血小板外形に対する開放小管系の拡張具合を示すものであればその定義式を式(3)に限定するものではない。
濃染領域の面積比(濃染領域面積比)
「濃染領域面積比」は血小板内部に濃染領域が占める割合を示す特徴量である。上述したように、濃染領域はα顆粒や濃染顆粒等の血小板の止血メカニズムと密接な関係がある化学物質(分泌物)を含んでいる。したがって、もしも濃染領域面積比が0%、1%、2%、3%、4%、5%など、低い値を示す場合には当該血小板は止血能力が低いと推定できる。
特徴量算出部20は、下記式(4)により「濃染領域面積比」を算出する。
(濃染領域面積比) = (濃染領域の総面積)/(血小板の面積)・・・(4)

なお、血小板の評価を実施するために定義した濃染領域の構成要素はα顆粒、濃染顆粒、グリコーゲン顆粒、ミトコンドリアに限定する必要はなく、止血メカニズムと関連する分泌物を含む少なくともひとつ以上の細胞小管系が含まれていればよい。また、その他血小板の良否及び/又は機能性、品質に相関のある細胞質、封入体又は副形質を濃染領域の変わりに定義し、その面積比を算出してもよい。
<判定部>
本実施例における判定部21の一動作例として、図5を用いて、特徴量データを基に評価分類モデル記憶部22に記憶された評価分類モデルを用いて血小板の良否及び/又は機能性を評価する場合の動作例を説明する。
図5は、本実施例の構成における、判定部21の動作を示すフローチャートである。この動作もプログラム実行で実現可能である。最初に、算出・記憶された特徴量データを読込む(ステップS201)。特徴量データは図6の特徴量データテーブル61に示されるように、血小板IDに紐付けられた各特徴量データの集合である。なお、特徴量データの記憶形式については、図6に示されるように、個別の血小板IDに紐つけられる形で特徴量データが格納されていればよく、特にその形式や含まれる特徴量データの項目を指定するものではない。特徴量データの項目としては、上述した形態複雑度、OCS面積比、OCS拡張度、濃染領域面積比や、面積、周囲長などのサイズに関する特徴量など、特徴量算出部20で算出された特徴量及び/又は特徴量の平均値、合計値、最大値、最小値、統計量等の情報を少なくとも1つ以上を含んでいればよい。
次に、入力部23を介してユーザが任意の評価分類モデルを選択し、評価分類モデル記憶部22から選択された評価分類モデルが判定部21に読込まれる(ステップS202)。評価分類モデルとは、特徴量算出部20で算出した特徴量データに基づいて血小板の良否及び/又は機能性の有無を分類するモデルを意味している。評価分類モデル記憶部22には、各特徴量に対する基準値や分類条件が記録されており、評価分類モデルの分類条件に従って各血小板の評価が実施される(ステップS203)。
次に、血小板の評価結果は各血小板IDに紐付けられる形で記憶され(ステップS204)、併せて評価結果は表示部24を介してユーザに対して表示される(ステップS205)。これにより、ユーザは任意の評価分類モデルを用いた血小板の評価結果を確認することができ、ユーザが細胞形態学の専門知識を有しているかに関わらず、血小板の形態的特徴を基にした客観的な血小板の良否及び/又は機能性の評価が可能となる。
図7を参照しながら、評価分類モデルの一例として基準値モデルを説明する。基準値モデルとは、各特徴量データに対して基準値を設定し、すべての特徴量データが基準値を満たす場合にのみ当該血小板の評価結果を「良」とし、ひとつでも基準値を満たさない特徴量データがあった場合には当該血小板の評価結果を「否」とする評価分類モデルである。図7に、基準値モデルの基準値を格納した基準値テーブル71と、各血小板の血小板IDに紐つけられた特徴量データと血小板の評価結果を格納した血小板情報テーブル72とを例として示した。
血小板情報テーブル72には、判定部21が基準値テーブル71の情報をもとに血小板の評価分類を実施した結果が格納されている。図7に示す例では、評価分類に用いられる特徴量は形態複雑度、OCS面積比、OCS拡張度、濃染領域面積比の4つであり、すべての特徴量について基準値を満たした血小板ID「P1R1」のみが「良」と評価分類されている。これら血小板情報テーブル72の情報は、表示部24を介してユーザに表示される。このとき、血小板情報テーブル72の情報の表示部24における表示項目は、評価結果の他に血小板IDまたは特徴量データの少なくとも1つ以上を含んでいればよく、その形式を特に限定するものではない。また、図7に示すように各特徴量の値が基準値を満たしているか否かを、個々の特徴量の値ごとユーザに表示してもよい。
この血小板情報テーブル72の情報は表示部24を介してユーザに表示されるため、ユーザは選択した分類評価モデルによる血小板の評価結果と各特徴量の値とを血小板ごとに閲覧することができる。これにより、ユーザは分類評価モデルによる評価結果だけでなく、分類評価の基準と、各血小板の特徴量との対応とを表示部24を介して閲覧することができ、血小板評価結果や評価結果の妥当性を検討することができる。
本実施例では、評価分類モデルに上述した基準値モデルを用いたが、特徴量データを用いて血小板の良否及び/又は機能性を評価し分類できるのであれば、血小板の評価に用いられる評価分類モデルを基準値モデルに特に限定するものではなく、決定木を用いた分類モデルや公知の機械学習手法を用いて作成される分類モデル、またはDeep Learningを用いた学習により作成した分類モデル等を用いてもよい。
本発明によれば、荷電粒子線装置で撮像した細胞画像を用いて、細胞外形の形態的特徴に加えて細胞質などの細胞内部に存在する構造物の特徴量を算出することにより、撮像画像に含まれる細胞の良否及び/又は機能性を客観的かつ高精度に評価することができ、ユーザが細胞形態学の専門知識を有しているかに関わらず細胞の評価が可能となる。
なお、本発明は上記した実施例に限定されるものではなく、様々な変形例が含まれる。例えば、上記した実施例は本発明のより良い理解のために詳細に説明したのであり、必ずしも説明の全ての構成を備えるものに限定されるものではない。また、ある実施例の構成の一部を他の実施例の構成に置き換えることが可能であり、また、ある実施例の構成に他の実施例の構成を加えることが可能である。また、各実施例の構成の一部について、他の構成の追加・削除・置換をすることが可能である。
更に、上述した各構成、機能、制御装置等は、それらの一部又は全部を実現するプログラムを作成する例を説明したが、それらの一部又は全部を例えば集積回路で設計する等によりハードウェアで実現しても良いことは言うまでもない。すなわち、制御装置や画像取得部等の全部または一部の機能は、プログラムに代え、例えば、ASIC(Application Specific Integrated Circuit)、FPGA(Field Programmable Gate Array)などの集積回路などにより実現してもよい。
1 走査電子顕微鏡,2 鏡体,3 試料室,4 顕微鏡装置本体,5 制御装置,6 電子ビーム,7 電子銃,8 電子光学系,9 コンデンサレンズ,10 偏向器,11 対物レンズ,12 試料,13 信号,14 検出器,15 試料ステージ,16 試料移動機構,17 画像処理装置,18 画像取得部,19 輪郭抽出部,20 特徴量算出部,21 判定部,22 評価分類モデル記憶部,23 入力部,24 表示部,41 血小板,42 細長く拡張した開放小管系,43 開放小管系,61 特徴量データテーブル,71 基準値テーブル,72 血小板情報テーブル

Claims (20)

  1. 細胞の画像を取得する取得部と、
    取得した前記画像の中の特徴量に基づいて、前記細胞の良否及び/又は機能性を判定する判定部と、を備える
    ことを特徴とする荷電粒子線装置。
  2. 請求項1記載の荷電粒子線装置であって、
    取得した前記画像に基づき、前記細胞の輪郭を抽出する抽出部と、
    抽出した前記輪郭に基づいて当該輪郭の形態的特徴量と、前記輪郭の内部領域に含まれる内部構造物の特徴量を前記特徴量として算出する算出部と、を更に備える、
    ことを特徴とする荷電粒子線装置。
  3. 請求項2記載の荷電粒子線装置であって、
    前記画像は断面画像であり、前記細胞は未分化細胞から生成される分化細胞である、
    ことを特徴とする荷電粒子線装置。
  4. 請求項3記載の荷電粒子線装置であって、
    前記分化細胞は血小板であり、
    前記血小板の良否とは止血能力の有無を示し、
    前記血小板の機能性とは前記止血能力の大きさを示す、
    ことを特徴とする荷電粒子線装置。
  5. 請求項4記載の荷電粒子線装置であって、
    前記輪郭の形態的特徴量とは、前記血小板外形の丸さを示す特徴量であり、前記内部構造物の特徴量は、前記血小板の開放小管系の面積比と、当該開放小管系の拡張度と、前記血小板の濃染領域の面積比を含む、
    ことを特徴とする荷電粒子線装置。
  6. 請求項5記載の荷電粒子線装置であって、
    前記血小板外形の丸さを示す特徴量は、前記血小板の面積と周囲長から算出する、
    ことを特徴とする荷電粒子線装置。
  7. 請求項5記載の荷電粒子線装置であって、
    前記開放小管系の面積比とは、前記血小板の面積に占める前記開放小管系の総面積の割合である、
    ことを特徴とする荷電粒子線装置。
  8. 請求項5記載の荷電粒子線装置であって、
    前記開放小管系の拡張度とは、前記血小板の直径に対する前記開放小管系の最大径である、
    ことを特徴とする荷電粒子線装置。
  9. 請求項5記載の荷電粒子線装置であって、
    前記濃染領域とは、前記血小板の分泌顆粒、ミトコンドリアを示す領域である、
    ことを特徴とする荷電粒子線装置。
  10. 画像処理装置による細胞評価方法であって、
    前記画像処理装置は、
    荷電粒子線装置の検出器で検出した信号に基づき、細胞の断面画像を取得し、
    取得した前記断面画像の中の特徴量に基づいて、前記細胞の良否及び/又は機能性を判定する、
    ことを特徴とする細胞評価方法。
  11. 請求項10記載の細胞評価方法であって、
    取得した前記画像に基づき、前記細胞の輪郭を抽出し、
    抽出した前記輪郭に基づいて当該輪郭の形態的特徴量と、前記輪郭の内部領域に含まれる内部構造物の特徴量を前記特徴量として算出する、
    ことを特徴とする細胞評価方法。
  12. 請求項11記載の細胞評価方法であって、
    前記細胞は未分化細胞から生成される分化細胞である、
    ことを特徴とする細胞評価方法。
  13. 請求項12記載の細胞評価方法であって、
    前記分化細胞は血小板であり、
    前記血小板の良否とは止血能力の有無を示し、
    前記血小板の機能性とは前記止血能力の大きさを示す、
    ことを特徴とする細胞評価方法。
  14. 請求項12記載の細胞評価方法であって、
    前記輪郭の形態的特徴量とは、前記血小板外形の丸さを示す特徴量であり、前記内部構造物の特徴量は、前記血小板の開放小管系の面積比と、当該開放小管系の拡張度と、前記血小板の濃染領域の面積比を含む、
    ことを特徴とする細胞評価方法。
  15. 請求項14記載の細胞評価方法であって、
    前記開放小管系の拡張度とは、前記血小板の直径に対する前記開放小管系の最大径である、
    ことを特徴とする細胞評価方法。
  16. 画像処理装置で実行される細胞評価プログラムであって、
    荷電粒子線装置の検出器で検出した信号に基づき、細胞の断面画像を取得し、
    取得した前記断面画像の中の特徴量に基づいて、前記細胞の良否及び/又は機能性を判定するよう、前記画像処理装置を機能させる、
    ことを特徴とする細胞評価プログラム。
  17. 請求項16記載の細胞評価プログラムであって、
    取得した前記画像に基づき、前記細胞の輪郭を抽出し、
    抽出した前記輪郭に基づいて当該輪郭の形態的特徴量と、前記輪郭の内部領域に含まれる内部構造物の特徴量を前記特徴量として算出するよう、前記画像処理装置を機能させる、
    ことを特徴とする細胞評価プログラム。
  18. 請求項17記載の細胞評価プログラムであって、
    前記断面画像を取得する前記細胞は未分化細胞から生成される分化細胞である、
    ことを特徴とする細胞評価プログラム。
  19. 請求項18記載の細胞評価プログラムであって、
    前記分化細胞は血小板であり、
    前記血小板の良否とは止血能力の有無を示し、
    前記血小板の機能性とは前記止血能力の大きさを示す、
    ことを特徴とする細胞評価プログラム。
  20. 請求項19記載の細胞評価プログラムであって、
    前記輪郭の形態的特徴量とは、前記血小板外形の丸さを示す特徴量であり、前記内部構造物の特徴量は、前記血小板の開放小管系の面積比と、当該開放小管系の拡張度と、前記血小板の濃染領域の面積比を含む、
    ことを特徴とする細胞評価プログラム。
JP2019512140A 2017-04-14 2017-04-14 荷電粒子線装置および細胞評価方法 Active JP6847204B2 (ja)

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
PCT/JP2017/015230 WO2018189877A1 (ja) 2017-04-14 2017-04-14 荷電粒子線装置および細胞評価方法

Publications (2)

Publication Number Publication Date
JPWO2018189877A1 true JPWO2018189877A1 (ja) 2020-02-20
JP6847204B2 JP6847204B2 (ja) 2021-03-24

Family

ID=63793268

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2019512140A Active JP6847204B2 (ja) 2017-04-14 2017-04-14 荷電粒子線装置および細胞評価方法

Country Status (3)

Country Link
US (1) US20200056141A1 (ja)
JP (1) JP6847204B2 (ja)
WO (1) WO2018189877A1 (ja)

Families Citing this family (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR102521386B1 (ko) 2019-08-07 2023-04-14 주식회사 히타치하이테크 치수 계측 장치, 치수 계측 방법 및 반도체 제조 시스템
DE102020211900A1 (de) * 2019-09-25 2021-03-25 Hitachi High-Tech Science Corporation Ladungsträgerstrahlvorrichtung
JPWO2021085034A1 (ja) * 2019-10-28 2021-05-06

Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2007020449A (ja) * 2005-07-14 2007-02-01 Olympus Corp スクリーニング方法およびスクリーニング装置
WO2011010449A1 (ja) * 2009-07-21 2011-01-27 国立大学法人京都大学 画像処理装置、培養観察装置、及び画像処理方法
JP2014161254A (ja) * 2013-02-22 2014-09-08 Osaka Prefecture Univ イヌのiPS細胞の作製方法
JP2015198644A (ja) * 2014-03-31 2015-11-12 シスメックス株式会社 未分化細胞から分化細胞および/または分化細胞の産生物を取得する方法
JP2016504339A (ja) * 2012-12-21 2016-02-12 オカタ セラピューティクス, インコーポレイテッド 多能性幹細胞から血小板を生産するための方法およびその組成物

Family Cites Families (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2012174542A2 (en) * 2011-06-17 2012-12-20 Constitution Medical, Inc. Systems and methods for sample display and review

Patent Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2007020449A (ja) * 2005-07-14 2007-02-01 Olympus Corp スクリーニング方法およびスクリーニング装置
WO2011010449A1 (ja) * 2009-07-21 2011-01-27 国立大学法人京都大学 画像処理装置、培養観察装置、及び画像処理方法
JP2016504339A (ja) * 2012-12-21 2016-02-12 オカタ セラピューティクス, インコーポレイテッド 多能性幹細胞から血小板を生産するための方法およびその組成物
JP2014161254A (ja) * 2013-02-22 2014-09-08 Osaka Prefecture Univ イヌのiPS細胞の作製方法
JP2015198644A (ja) * 2014-03-31 2015-11-12 シスメックス株式会社 未分化細胞から分化細胞および/または分化細胞の産生物を取得する方法

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
"電子顕微鏡画像を対象としたLevel Set Methodにおけるパラメータの自動算出", 情報処理学会第73回全国大会講演論文集, JPN6017026370, 2011, pages 2 - 519, ISSN: 0004377442 *

Also Published As

Publication number Publication date
JP6847204B2 (ja) 2021-03-24
US20200056141A1 (en) 2020-02-20
WO2018189877A1 (ja) 2018-10-18

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US7796815B2 (en) Image analysis of biological objects
US20070298454A1 (en) Analysis Of Cell Morphology And Motility
CN108027364B (zh) 用于确定细胞学分析系统中的细胞充分性的系统及方法
JP6862538B2 (ja) 撮像装置および形態特徴データ表示方法
EP1787156A1 (en) Automated diagnosis of malaria and other infections
JP6847204B2 (ja) 荷電粒子線装置および細胞評価方法
JPWO2017150194A1 (ja) 画像処理装置、画像処理方法及びプログラム
CN110135271A (zh) 一种细胞分类方法及装置
JP2022506135A (ja) ヒトの寄与を組み込む反復的深層学習フローを使用した顕微鏡画像内の3d細胞間構造のセグメント化
Loddo et al. A computer-aided system for differential count from peripheral blood cell images
Uka et al. Basis of image analysis for evaluating cell biomaterial interaction using brightfield microscopy
US20050282208A1 (en) Cellular phenotype
WO2023008369A1 (ja) 細胞自家蛍光の画像を用いて細胞を分類する方法及び解析装置
RU2353295C2 (ru) Способ дифференциальной диагностики фолликулярной аденомы и фолликулярного рака щитовидной железы
US11788950B2 (en) Method and device for analysing cells
Danyali et al. Robust leukocyte segmentation in blood microscopic images based on intuitionistic fuzzy divergence
Hasikin et al. A new region-based adaptive thresholding for sperm motility segmentation
Hodgson et al. Progress towards a system for the automatic recognition of pollen using light microscope images
Witkowski A computer system for a human semen quality assessment
Supriyanti et al. Unsupervised Method for Calculating Diameter and Number of Leukocyte Cells
WO2022249343A1 (ja) 粒子解析装置および粒子解析方法
US20240029458A1 (en) A method for automated determination of platelet count based on microscopic images of peripheral blood smears
JP7130109B2 (ja) 検査装置および検査方法
Setyono et al. Automated detection of Southeast Asian Ovalocytosis (SAO) obtained from thin blood smear microphotographs
Korzynska et al. Comparison of the methods of microscopic image segmentation

Legal Events

Date Code Title Description
A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20191010

A621 Written request for application examination

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621

Effective date: 20191010

A131 Notification of reasons for refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131

Effective date: 20201104

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20201221

TRDD Decision of grant or rejection written
A01 Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model)

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01

Effective date: 20210202

A61 First payment of annual fees (during grant procedure)

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61

Effective date: 20210302

R150 Certificate of patent or registration of utility model

Ref document number: 6847204

Country of ref document: JP

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150