JPWO2018164275A1 - アンチセンスオリゴヌクレオチドおよび糖原病Ia型予防または治療用組成物 - Google Patents
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Abstract
Description
<1> アンチセンスオリゴヌクレオチドであって、GRCh38/hg38のヒト第17染色体塩基配列における、第42911000番目の塩基、第42911004番目の塩基および第42911005番目の塩基のうちの少なくとも1つの塩基を含む領域のプレmRNAの配列にハイブリダイズし、c.648G>T変異型G6PCのプレmRNAの異常スプライシングを抑制する活性を有する、アンチセンスオリゴヌクレオチド。
<2> 糖原病Ia型予防または治療用組成物であって、アンチセンスオリゴヌクレオチドを薬効成分として含み、上記アンチセンスオリゴヌクレオチドが、GRCh38/hg38のヒト第17染色体塩基配列における、第42911000番目の塩基、第42911004番目の塩基および第42911005番目の塩基のうちの少なくとも1つの塩基を含む領域のプレmRNAの配列にハイブリダイズし、c.648G>T変異型G6PCのプレmRNAの異常スプライシングを抑制する活性を有する、糖原病Ia型予防または治療用組成物。
「グルコース−6−ホスファターゼ(G6Pase)」は、糖新生およびグリコーゲン分解の最終ステップにおけるグルコース−6−リン酸(G6P)からグルコースおよびリン酸への加水分解を触媒し、また、グルコース恒常性の維持において重要な酵素タンパク質である。また、「G6PC」は、G6Paseをコードする遺伝子(遺伝子座17q21)である。
近年、アンチセンスオリゴヌクレオチドを用いた遺伝子治療は、特定種類の遺伝的欠陥を修正するための有効な選択的手法として確立されつつある。mRNAの異常スプライシングはASO療法の有効な標的となり得る[参考文献1]。
(b)配列番号14に示される塩基基配列において1〜10個、好ましくは1〜5個の塩基が欠失、置換、挿入、および/または付加された塩基配列を含み、c.648G>T変異型G6PCのプレmRNAの異常スプライシングを抑制する活性を有するアンチセンスオリゴヌクレオチド
(c)配列番号14に示される塩基配列に対して、60%以上の配列同一性を有する塩基配列を含み、かつc.648G>T変異型G6PCのプレmRNAの異常スプライシングを抑制する活性を有するアンチセンスオリゴヌクレオチド。ここで、配列同一性は、65%以上であることが好ましく、70%以上、75%以上、80%以上、85%以上、90%以上であることがより好ましく、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上または99%以上であることが特に好ましい。
(e)配列の長さが7塩基以上、10塩基以上、11塩基以上、12塩基以上、13塩基以上、14塩基以上、15塩基以上、16塩基以上、17塩基以上、18塩基以上、19塩基以上、20塩基以上、21塩基以上、22塩基以上、23塩基以上、24塩基以上、または、25塩基以上である、上記(d)のアンチセンスオリゴヌクレオチド
(f)配列の長さが、104塩基以下、103塩基以下、102塩基以下、101塩基以下、100塩基以下、90塩基以下、80塩基以下、70塩基以下、60塩基以下、 50塩基以下、40塩基以下、35塩基以下、30塩基以下、29塩基以下、28塩基以下、27塩基以下、又は、26塩基以下である、上記(d)または(e)のアンチセンスオリゴヌクレオチド
(g) 上記(d)〜(f)の何れかに記載のアンチセンスオリゴヌクレオチドに対して、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、または、99%以上の配列同一性を示すアンチセンスオリゴヌクレオチド
(h) 好ましくは、A)配列番号15の第50番目の塩基がC、B)第51番目の塩基がT、C)第55番目の塩基がAという条件のうち少なくとも1つ、少なくとも2つ、または3つを満たす、上記(d)〜(g)の何れかのアンチセンスオリゴヌクレオチド。
本発明は、本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドを発現可能に組み込んだベクターも提供する。アンチセンスオリゴヌクレオチドをコードするオリゴヌクレオチドが組み込まれるベクターは、特に限定されないが、遺伝子治療に適用可能なベクターであることが好ましい。例えば、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、ヘルペスウイルスベクター、ワクシニアウイルスベクター、およびレトロウイルスベクター等のウイルスベクター、ならびにプラスミドベクター等が挙げられる。ウイルスベクターは、自己複製能を欠損するように改変されているものであることが好ましい。
本発明は、本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドを含むベクターを導入した宿主細胞も提供する。例えば、単離された宿主細胞は、組換え細胞を作製するのに適した細胞(または細胞株)であってよい。いくつかの例では、宿主細胞は、HEK−293細胞およびBHK細胞等の哺乳動物細胞である。
すなわち、本発明のある態様として、本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドおよび、後述する本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む組成物は、c.648G>T変異型G6PC遺伝子における異常スプライシングを抑制するための、in vitroまたはin vivoの方法または分子生物学的な研究の手段として用いることにも当然有効である。
本発明に係る糖原病Ia型予防または治療用組成物は、アンチセンスオリゴヌクレオチドを薬効成分として含み、上記アンチセンスオリゴヌクレオチドが、GRCh38/hg38のヒト第17染色体塩基配列における、第42911000番目の塩基、第42911004番目の塩基および第42911005番目の塩基のうちの少なくとも1つの塩基を含む領域のプレmRNAの配列にハイブリダイズし、c.648G>T変異型G6PCのプレmRNAの異常スプライシングを抑制する活性を有する組成物である。
一実施形態の糖原病Ia型予防または治療用組成物の溶媒の例としては、水、緩衝液等が挙げられ、緩衝液として具体的には、生理食塩水、リン酸緩衝液、リンゲル液等が挙げられる。また、組成物に用いられる溶媒は上述の溶媒の2種類以上の混合物であってもよい。
一実施形態の糖原病Ia型予防または治療用組成物は、上述のアンチセンスオリゴヌクレオチド以外のその他の成分をさらに含んでいてもよい。当該その他の成分は特に限定されないが、例えば、薬学的に許容される担体、潤滑剤、保存剤、安定剤、湿潤剤、乳化剤、緩衝剤、着色剤、香味料、甘味料、抗酸化剤、および粘度調整剤等が挙げられる。また、必要に応じて、公知の薬剤を、本発明に係る糖原病Ia型予防または治療用組成物の一構成として加えて複合剤を構成してもよい。組成物に含有されるこれらの成分は、アンチセンスオリゴヌクレオチドの機能を阻害せず、かつ、投与対象となる被験体に対して実質的な悪影響を及ぼさないという性質を備えることが好ましい。
上記糖原病Ia型予防または治療用組成物の剤型も特に限定されず、液体、固体または半固体もしくは半液体とすることができる。さらに凍結乾燥製剤としてもよい。例えば、錠剤、丸剤、散剤、液剤、懸濁剤、乳剤、顆粒剤、カプセル剤、坐剤、および注射剤等が挙げられ、好ましくは注射剤または錠剤等の経口投与用の剤型である。
上記糖原病Ia型予防または治療用組成物の投与経路としては、経口、局所、皮下、筋肉内、静脈内、皮内、経皮等が挙げられるが、これらに限定されない。
上記糖原病Ia型予防または治療用組成物の投与方法は特に限定されず、経口投与、血管内投与、腸内投与といった手法によって全身投与されてもよく、経皮投与、舌下投与といった手法によって局所投与されてもよい。被験体への投与は、公知の方法に基づいて行われればよいが、具体的には、皮下、静脈内、筋肉内、腹腔内、皮内等への直接注射、鼻腔内、口腔内、肺内、膣内、直腸内等の粘膜への噴霧、経口投与、静脈内または動脈内への血管内投与等が挙げられる。1つの好ましい投与方法は、皮下、静脈内または動脈内への直接注射による全身投与である。別の好ましい投与方法は、投与が容易である観点から、経口投与である。
上記糖原病Ia型予防または治療用組成物の投与量(治療有効量)は、投与の対象となる被験体の年齢、体重、性別、投与する剤型、目的とする糖原病Ia型予防または治療効果の程度等によって適宜選択可能である。また、糖原病Ia型予防または治療用組成物の投与期間についても、目的とする糖原病Ia型予防または治療効果が得られるように適宜選択することができる。
本発明に係る組成物の投与対象となる被験体としては、あらゆる動物が挙げられるが、脊椎動物が好ましく、哺乳類であることがより好ましい。さらに、哺乳類の被験体としては、ヒトの他に、家畜類(ニワトリ、ブタ、ウマ、ヤギ、ヒツジ、ウシ等)、ペット動物(ネコ、イヌ、ハムスター、ウサギ、モルモット等)および実験動物(マウス、ラット等のげっ歯類、サル等)が挙げられるが、特にヒトが好ましい。さらに、被験体がヒトの場合、なかでも、東アジア(日本、中国、韓国、台湾等)の人種であることが好ましい。
本発明に係る糖原病Ia型の治療方法は、上述の糖原病Ia型予防または治療用組成物を、被験体に対して、治療有効量投与する工程を含む。一実施形態においては、投与対象となる被験体へ、該組成物のみを単独で投与してもよく、または、投与の目的に適した薬学的組成物の一構成成分として投与してもよい。
上記糖原病Ia型予防または治療用組成物の投与量(治療有効量)は、投与対象となる被験体の年齢、性別、体重、症状、投与経路、投与回数、および投与期間等に応じて適宜設定すればよい。投与方法、投与量、投与期間等は〔3.糖原病Ia型予防または治療用組成物〕に記載した通りである。
本発明に係る糖原病Ia型の治療方法において、本発明に係る糖原病Ia型予防または治療用組成物以外の糖原病Ia型の治療に用いられる薬剤(例えば、アシドーシスに対するクエン酸製剤、高尿酸血症に対する尿酸合成阻害剤等)の投与、およびデンプン質の頻回食療法等の、従来の療法のうちの1以上と組み合わせた併用療法を行ってもよい。本発明に係る糖原病Ia型の治療方法は、従来の糖原病Ia型の治療とは異なるメカニズムを利用した新規な治療方法である。それゆえ、本併用療法を採用すれば、併用剤の治療効果と相乗的な治療効果が期待できる。
本発明は以下の何れかの態様を包含する。
<1> アンチセンスオリゴヌクレオチドであって、GRCh38/hg38のヒト第17染色体塩基配列における、第42911000番目の塩基、第42911004番目の塩基および第42911005番目の塩基のうちの少なくとも1つの塩基を含む領域のプレmRNAの配列にハイブリダイズし、c.648G>T変異型G6PCのプレmRNAの異常スプライシングを抑制する活性を有する、アンチセンスオリゴヌクレオチド。
<2> 上記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、GRCh38/hg38のヒト第17染色体塩基配列における、第42910951番目〜第42911054番目の塩基の領域のプレmRNAの配列にハイブリダイズし、c.648G>T変異型G6PCのプレmRNAの異常スプライシングを抑制する活性を有する、<1>に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
<3> 7〜104塩基からなる、<1>または<2>に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
<4> 上記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、以下の(a)および(b)のうちから選択される、<1>〜<3>の何れかに記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
(b)配列番号14、配列番号17、配列番号20または配列番号23に示される塩基配列に対して、60%以上の配列同一性を有する塩基配列を含み、かつc.648G>T変異型G6PCのプレmRNAの異常スプライシングを抑制する活性を有するアンチセンスオリゴヌクレオチド。
<5> 上記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、14〜30塩基からなるモルホリノアンチセンスオリゴヌクレオチドまたは7〜25塩基からなるロックド核酸(LNA)アンチセンスオリゴヌクレオチドである、<1>〜<4>の何れかに記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
<6> 糖原病Ia型予防または治療用組成物であって、アンチセンスオリゴヌクレオチドを薬効成分として含み、上記アンチセンスオリゴヌクレオチドが、GRCh38/hg38のヒト第17染色体塩基配列における、第42911000番目の塩基、第42911004番目の塩基および第42911005番目の塩基のうちの少なくとも1つの塩基を含む領域のプレmRNAの配列にハイブリダイズし、c.648G>T変異型G6PCのプレmRNAの異常スプライシングを抑制する活性を有する、糖原病Ia型予防または治療用組成物。
<7> 上記アンチセンスオリゴヌクレオチドが、GRCh38/hg38のヒト第17染色体塩基配列における、第42910951番目〜第42911054番目の塩基の領域のプレmRNAの配列にハイブリダイズし、c.648G>T変異型G6PCのプレmRNAの異常スプライシングを抑制する活性を有するアンチセンスオリゴヌクレオチドである、<6>に記載の糖原病Ia型予防または治療用組成物。
<8> 上記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、7〜104塩基からなる、<6>または<7>に記載の糖原病Ia型予防または治療用組成物。
<9> 上記アンチセンスオリゴヌクレオチドが、以下の(a)および(b)から選択されるアンチセンスオリゴヌクレオチドである、<6>〜<8>の何れかに記載の糖原病Ia型予防または治療用組成物。
(b)配列番号14、配列番号17、配列番号20または配列番号23に示される塩基配列に対して、60%以上の配列同一性を有する塩基配列を含み、かつc.648G>T変異型G6PCのプレmRNAの異常スプライシングを抑制する活性を有するアンチセンスオリゴヌクレオチド。
<10> 上記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、14〜30塩基からなるモルホリノアンチセンスオリゴヌクレオチドまたは7〜25塩基からなるロックド核酸(LNA)アンチセンスオリゴヌクレオチドである、<6>〜<9>の何れかに記載の糖原病Ia型予防または治療用組成物。
まず、c.648G>T変異型G6PCのプレmRNAの異常スプライシング部位について、図を参照して説明する。図1は、c.648G>Tの変異によって生じるG6PCのプレmRNAの異常スプライシング領域を示す図である。
(アンチセンスオリゴヌクレオチド)
c.648G>T変異型G6PCのプレmRNAにおける異常スプライシングの異所性スプライス受容部位を標的とする25 merのモルホリノアンチセンスオリゴヌクレオチド(mASO)を設計した。c.648Gがc.648Tに置換されたG6PCの配列のうちの、c.630Tからc.654Cまでの配列(5'-TCTCATTACCTTCTTCCTTTTCAGC-3'(配列番号7))の相補配列(5'-GCTGAAAAGGAAGAAGGTAATGAGA-3'(配列番号14))となるように設計したmASOと、同一の長さのコントロールのモルホリノオリゴヌクレオチド(mCO)(5'-CCTCTTACCTCAGTTACAATTTATA-3'(配列番号9))とを、Gene Tools, LLC (Philomath, OR)によって合成した。Endo-Porter (Gene Tools)をモルホリノオリゴヌクレオチドの細胞への組み込みに用いた。
臨床症状およびGSD−Iaの生物学的な異常表現型を有する、日本人の乳児期からの患者の血液から白血球を分離した。ゲノムDNAの双方向シークエンシングによって、c.648G>Tのホモ接合体であるものを探索した。
mASOまたはmCOの何れかを1.0μmol/LおよびEndo-Porterを0.8μL含んでいる新しい培地200μLに、105の細胞を再懸濁した。37℃で48時間インキュベーション後、リン酸緩衝生理食塩水で細胞を洗浄し、回収した。
Total RNAをRNeasy kit (Qiagen, Valencia, CA)を用いて抽出し、first-strand synthesis system for RT-PCR (SuperScript; Invitrogen, Carlsbad, CA)を用いた逆転写反応によりcDNAを合成した。
(ネステッドPCR産物のアガロースゲル電気泳動)
図2は、健常コントロール被験者由来(レーン1〜3)およびGSD−Iaの患者由来(レーン4〜6)のネステッドPCR産物のアガロースゲル電気泳動の結果を示す図である。
アンチセンスオリゴヌクレオチドは、先天性の代謝異常を含む様々な遺伝疾患に対するスプライシング変異を回復させることが広く示されてきている[参考文献1]。様々な種類のASO分子の中でもモルホリノASOはin vivoで効果的に投与され、輸送され得る。様々な種類のASO分子の中でも、モルホリノASOは、樹状分子トランスポーターとの結合によってin vivoで効果的に投与され、輸送され得る。グロブリン遺伝子のイントロンにスプライシング変異を有するトランスジェニックマウスへの、樹状分子トランスポーターとモルホリノASOとの複合体の静脈投与は、骨格筋、肝臓、腎臓および小腸においてほとんど完全な正常なmRNAの回復を示した。一方、脾臓、心臓、肺および脳では、あまり効果が見られなかった[参考文献3]。G6PCは、肝臓、腎臓および小腸のみにおいてG6Paseを発現するので、G6PC c.648G>Tの変異によるGSD−IaはASOベースの治療のための好適な標的となり得る。
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〔実施例2〕
LNAアンチセンスオリゴヌクレオチド、すなわち、生体投与において効果が期待できるlocked nucleic acid (LNA) を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドを用いて、異常スプライシングの抑制を試みた。
(LNAアンチセンスオリゴヌクレオチド)
c.648G>T変異型G6PCのプレmRNAにおける異常スプライシングの異所性スプライス受容部位を標的とする15 merのLNAアンチセンスオリゴヌクレオチド(LNA ASO)を下記の条件で設計した。c.648Gがc.648Tに置換されたG6PCの配列のうちの、c.639Cからc.665Gまでの領域に含まれる15 merの配列の相補配列となるようにLNA ASOを7種類設計した。7種類のLNA ASOをそれぞれLNA01、LNA03、LNA05、LNA07、LNA09、LNA11およびLNA13とした。合成は受託合成(株式会社ジーンデザイン,大阪府茨木市)によって行った。
・15塩基長とし、LNAを1残基おきに導入した(表3の網掛け部位)。
・3’末端および5’末端の塩基は天然DNAとした。
・各塩基間はホスホロチオエート(PS)結合とした。
・設計領域を2塩基ごとにずらして設計した。
c.648G>T変異を同定済みの糖原病Ia型患者(ホモ接合体)から、末梢血リンパ球を採取し、EBVを感染させて不死化リンパ球細胞株を樹立し、実施例1と同様の方法で維持した。
CaCl2を最終濃度9mM、LNA01〜13をそれぞれ最終濃度1μMとなるように添加した新しい培地200μLに、4.5×104個の細胞を再懸濁し、ポリ-D-リジンで表面をコーティングしたマイクロプレート(96ウェル)(Thermo Fisher Scientific, Waltham, Massachusetts, USA)に播種した。LNA無添加のウェルをブランクとした。37℃でconfluencyとなるまで7日間培養した後、リン酸緩衝生理食塩水で細胞を洗浄し、回収した。
回収した細胞からtotal RNAを抽出してcDNAを合成した。続いて、ネステッドPCRを行い、G6PC エクソン4およびエクソン5の結合領域からc.648G>Tの変異部位と異所性スプライス受容部位(c.652_653AG)とを含む領域の配列を増幅することによって、mRNAのスプライシングにおけるLNA ASOの効果を調べた。ネステッドPCRは実施例1で用いたプライマーセットと同じものを用いて行った。
(ネステッドPCR産物のアガロースゲル電気泳動)
図4は、各種LNA ASO(LNA01〜13)添加およびLNA ASO無添加(ブランク)サンプルのネステッドPCR産物のアガロースゲル電気泳動の結果を示す図である。
LNA ASOは、他の各種の構造のオリゴヌクレオチドに比較して作用が強く、導入薬剤または物理的刺激によらない、細胞への自然な取り込み("gymnosis"または"free-uptake")でもアンチセンス効果を発揮することが報告されており[参考文献12,13]、実施例2ではこの方法で検討を行った。
=実施例2の参考文献の一覧=
[参考文献11] Shimo T, Tachibana K, Saito K, Yoshida T, Tomita E, Waki R, Yamamoto T, Doi T, Inoue T, Kawakami J, Obika S, Design and evaluation of locked nucleic acid-based splice-switching oligonucleotides in vitro, Nucleic Acids Res. 42 (12) (2014) 8174-8187.
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Claims (10)
- アンチセンスオリゴヌクレオチドであって、
GRCh38/hg38のヒト第17染色体塩基配列における、第42911000番目の塩基、第42911004番目の塩基および第42911005番目の塩基のうちの少なくとも1つの塩基を含む領域のプレmRNAの配列にハイブリダイズし、c.648G>T変異型G6PCのプレmRNAの異常スプライシングを抑制する活性を有する、アンチセンスオリゴヌクレオチド。 - 上記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、GRCh38/hg38のヒト第17染色体塩基配列における、第42910951番目〜第42911054番目の塩基の領域のプレmRNAの配列にハイブリダイズし、c.648G>T変異型G6PCのプレmRNAの異常スプライシングを抑制する活性を有する、請求項1に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
- 7〜104塩基からなる、請求項1または2に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
- 上記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、以下の(a)および(b)のうちから選択される、請求項1〜3の何れか一項に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
(a)配列番号14、配列番号17、配列番号20または配列番号23に示される塩基配列を含むアンチセンスオリゴヌクレオチド
(b)配列番号14、配列番号17、配列番号20または配列番号23に示される塩基配列に対して、60%以上の配列同一性を有する塩基配列を含み、かつc.648G>T変異型G6PCのプレmRNAの異常スプライシングを抑制する活性を有するアンチセンスオリゴヌクレオチド。 - 上記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、14〜30塩基からなるモルホリノアンチセンスオリゴヌクレオチドまたは7〜25塩基からなるロックド核酸(LNA)アンチセンスオリゴヌクレオチドである、請求項1〜4の何れか一項に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
- 糖原病Ia型予防または治療用組成物であって、
アンチセンスオリゴヌクレオチドを薬効成分として含み、
上記アンチセンスオリゴヌクレオチドが、GRCh38/hg38のヒト第17染色体塩基配列における、第42911000番目の塩基、第42911004番目の塩基および第42911005番目の塩基のうちの少なくとも1つの塩基を含む領域のプレmRNAの配列にハイブリダイズし、c.648G>T変異型G6PCのプレmRNAの異常スプライシングを抑制する活性を有する、糖原病Ia型予防または治療用組成物。 - 上記アンチセンスオリゴヌクレオチドが、GRCh38/hg38のヒト第17染色体塩基配列における、第42910951番目〜第42911054番目の塩基の領域のプレmRNAの配列にハイブリダイズし、c.648G>T変異型G6PCのプレmRNAの異常スプライシングを抑制する活性を有するアンチセンスオリゴヌクレオチドである、請求項6に記載の糖原病Ia型予防または治療用組成物。
- 上記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、7〜104塩基からなる、請求項6または7に記載の糖原病Ia型予防または治療用組成物。
- 上記アンチセンスオリゴヌクレオチドが、以下の(a)および(b)から選択されるアンチセンスオリゴヌクレオチドである、請求項6〜8の何れか一項に記載の糖原病Ia型予防または治療用組成物。
(a)配列番号14、配列番号17、配列番号20または配列番号23に示される塩基配列を含むアンチセンスオリゴヌクレオチド
(b)配列番号14、配列番号17、配列番号20または配列番号23に示される塩基配列に対して、60%以上の配列同一性を有する塩基配列を含み、かつc.648G>T変異型G6PCのプレmRNAの異常スプライシングを抑制する活性を有するアンチセンスオリゴヌクレオチド。 - 上記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、14〜30塩基からなるモルホリノアンチセンスオリゴヌクレオチドまたは7〜25塩基からなるロックド核酸(LNA)アンチセンスオリゴヌクレオチドである、請求項7〜9の何れか一項に記載の糖原病Ia型予防または治療用組成物。
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