JPWO2014091991A1 - ブタンジオール類の製造方法、ブタンジオール類製造用微生物の作製方法及び微生物 - Google Patents
ブタンジオール類の製造方法、ブタンジオール類製造用微生物の作製方法及び微生物 Download PDFInfo
- Publication number
- JPWO2014091991A1 JPWO2014091991A1 JP2014552007A JP2014552007A JPWO2014091991A1 JP WO2014091991 A1 JPWO2014091991 A1 JP WO2014091991A1 JP 2014552007 A JP2014552007 A JP 2014552007A JP 2014552007 A JP2014552007 A JP 2014552007A JP WO2014091991 A1 JPWO2014091991 A1 JP WO2014091991A1
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- microorganism
- coa
- producing
- gene
- butanediols
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 244000005700 microbiome Species 0.000 title claims abstract description 70
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 title claims abstract description 48
- CDQSJQSWAWPGKG-UHFFFAOYSA-N butane-1,1-diol Chemical compound CCCC(O)O CDQSJQSWAWPGKG-UHFFFAOYSA-N 0.000 title claims abstract description 45
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 46
- 102000008172 Palmitoyl-CoA Hydrolase Human genes 0.000 claims abstract description 33
- 108010035473 Palmitoyl-CoA Hydrolase Proteins 0.000 claims abstract description 33
- 229920001791 ((R)-3-Hydroxybutanoyl)(n-2) Polymers 0.000 claims abstract description 21
- QHHKKMYHDBRONY-RMNRSTNRSA-N 3-hydroxybutanoyl-CoA Chemical compound O[C@@H]1[C@H](OP(O)(O)=O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OCC(C)(C)[C@@H](O)C(=O)NCCC(=O)NCCSC(=O)CC(O)C)O[C@H]1N1C2=NC=NC(N)=C2N=C1 QHHKKMYHDBRONY-RMNRSTNRSA-N 0.000 claims abstract description 21
- 230000000694 effects Effects 0.000 claims abstract description 20
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 claims abstract description 14
- 108090001018 hexadecanal dehydrogenase (acylating) Proteins 0.000 claims abstract description 12
- 230000002950 deficient Effects 0.000 claims abstract description 11
- 238000006911 enzymatic reaction Methods 0.000 claims abstract description 9
- 230000008569 process Effects 0.000 claims abstract description 3
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 108
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 claims description 17
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 claims description 9
- 108010093991 Vinylacetyl-CoA Delta-isomerase Proteins 0.000 claims description 9
- 241000193403 Clostridium Species 0.000 claims description 8
- 108010023922 Enoyl-CoA hydratase Proteins 0.000 claims description 8
- 102000011426 Enoyl-CoA hydratase Human genes 0.000 claims description 8
- 108010055682 3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase Proteins 0.000 claims description 6
- 102100039894 Hemoglobin subunit delta Human genes 0.000 claims description 6
- 102100026105 3-ketoacyl-CoA thiolase, mitochondrial Human genes 0.000 claims description 5
- 108010035023 4-hydroxybutyryl-CoA dehydratase Proteins 0.000 claims description 5
- 108010003902 Acetyl-CoA C-acyltransferase Proteins 0.000 claims description 5
- 102000004316 Oxidoreductases Human genes 0.000 claims description 5
- 108090000854 Oxidoreductases Proteins 0.000 claims description 5
- 241000186254 coryneform bacterium Species 0.000 claims description 4
- 101000782838 Arabidopsis thaliana Acyl-CoA hydrolase 2 Proteins 0.000 claims description 3
- 108090001042 Hydro-Lyases Proteins 0.000 claims description 3
- 102000004867 Hydro-Lyases Human genes 0.000 claims description 3
- 125000002252 acyl group Chemical group 0.000 claims description 3
- 101150026728 tesB gene Proteins 0.000 claims description 3
- SJZRECIVHVDYJC-UHFFFAOYSA-M 4-hydroxybutyrate Chemical compound OCCCC([O-])=O SJZRECIVHVDYJC-UHFFFAOYSA-M 0.000 claims 1
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 40
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 40
- WERYXYBDKMZEQL-UHFFFAOYSA-N butane-1,4-diol Chemical compound OCCCCO WERYXYBDKMZEQL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 34
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 30
- PUPZLCDOIYMWBV-UHFFFAOYSA-N (+/-)-1,3-Butanediol Chemical compound CC(O)CCO PUPZLCDOIYMWBV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 28
- WHBMMWSBFZVSSR-UHFFFAOYSA-N 3-hydroxybutyric acid Chemical compound CC(O)CC(O)=O WHBMMWSBFZVSSR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 20
- 239000013598 vector Substances 0.000 description 17
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 15
- 235000019437 butane-1,3-diol Nutrition 0.000 description 14
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 14
- OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N Carbon Chemical compound [C] OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 11
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 10
- 238000002744 homologous recombination Methods 0.000 description 10
- 230000006801 homologous recombination Effects 0.000 description 10
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 description 9
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 9
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 8
- ZSLZBFCDCINBPY-ZSJPKINUSA-N acetyl-CoA Chemical compound O[C@@H]1[C@H](OP(O)(O)=O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OCC(C)(C)[C@@H](O)C(=O)NCCC(=O)NCCSC(=O)C)O[C@H]1N1C2=NC=NC(N)=C2N=C1 ZSLZBFCDCINBPY-ZSJPKINUSA-N 0.000 description 8
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 8
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 8
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 8
- 239000000047 product Substances 0.000 description 8
- 239000002994 raw material Substances 0.000 description 8
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- 235000014680 Saccharomyces cerevisiae Nutrition 0.000 description 7
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 7
- QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N Acetic acid Chemical compound CC(O)=O QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 241000186226 Corynebacterium glutamicum Species 0.000 description 6
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 6
- 238000012258 culturing Methods 0.000 description 6
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 6
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 5
- WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N Glucose Natural products OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N 0.000 description 5
- OJFDKHTZOUZBOS-CITAKDKDSA-N acetoacetyl-CoA Chemical compound O[C@@H]1[C@H](OP(O)(O)=O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OCC(C)(C)[C@@H](O)C(=O)NCCC(=O)NCCSC(=O)CC(=O)C)O[C@H]1N1C2=NC=NC(N)=C2N=C1 OJFDKHTZOUZBOS-CITAKDKDSA-N 0.000 description 5
- WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N beta-D-glucose Chemical compound OC[C@H]1O[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N 0.000 description 5
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 5
- 235000019441 ethanol Nutrition 0.000 description 5
- 239000008103 glucose Substances 0.000 description 5
- 230000009466 transformation Effects 0.000 description 5
- HSJKGGMUJITCBW-UHFFFAOYSA-N 3-hydroxybutanal Chemical compound CC(O)CC=O HSJKGGMUJITCBW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N Ammonia Chemical compound N QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 4
- 230000000052 comparative effect Effects 0.000 description 4
- KFWWCMJSYSSPSK-PAXLJYGASA-N crotonoyl-CoA Chemical compound O[C@@H]1[C@H](OP(O)(O)=O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OCC(C)(C)[C@@H](O)C(=O)NCCC(=O)NCCSC(=O)/C=C/C)O[C@H]1N1C2=NC=NC(N)=C2N=C1 KFWWCMJSYSSPSK-PAXLJYGASA-N 0.000 description 4
- 230000007812 deficiency Effects 0.000 description 4
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 4
- QHHKKMYHDBRONY-WZZMXTMRSA-N (R)-3-hydroxybutanoyl-CoA Chemical compound O[C@@H]1[C@H](OP(O)(O)=O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OCC(C)(C)[C@@H](O)C(=O)NCCC(=O)NCCSC(=O)C[C@H](O)C)O[C@H]1N1C2=NC=NC(N)=C2N=C1 QHHKKMYHDBRONY-WZZMXTMRSA-N 0.000 description 3
- -1 4-hydroxybutyryl Chemical group 0.000 description 3
- BAMBWCGEVIAQBF-CITAKDKDSA-N 4-hydroxybutyryl-CoA Chemical compound O[C@@H]1[C@H](OP(O)(O)=O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OCC(C)(C)[C@@H](O)C(=O)NCCC(=O)NCCSC(=O)CCCO)O[C@H]1N1C2=NC=NC(N)=C2N=C1 BAMBWCGEVIAQBF-CITAKDKDSA-N 0.000 description 3
- 239000002028 Biomass Substances 0.000 description 3
- 241000186146 Brevibacterium Species 0.000 description 3
- 241001468165 Clostridium aminobutyricum Species 0.000 description 3
- 241000186216 Corynebacterium Species 0.000 description 3
- 206010059866 Drug resistance Diseases 0.000 description 3
- PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N Glycerine Chemical compound OCC(O)CO PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M Sodium hydroxide Chemical compound [OH-].[Na+] HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- 230000003851 biochemical process Effects 0.000 description 3
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 3
- KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-N citric acid Chemical compound OC(=O)CC(O)(C(O)=O)CC(O)=O KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 239000005516 coenzyme A Substances 0.000 description 3
- 229940093530 coenzyme a Drugs 0.000 description 3
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 3
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 3
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 3
- 230000012010 growth Effects 0.000 description 3
- 238000004128 high performance liquid chromatography Methods 0.000 description 3
- 238000006460 hydrolysis reaction Methods 0.000 description 3
- 230000006698 induction Effects 0.000 description 3
- 230000000813 microbial effect Effects 0.000 description 3
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 3
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 3
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 3
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 3
- 241000894007 species Species 0.000 description 3
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 3
- QHHKKMYHDBRONY-VKBDFPRVSA-N (S)-3-hydroxybutanoyl-CoA Chemical compound O[C@@H]1[C@H](OP(O)(O)=O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OCC(C)(C)[C@@H](O)C(=O)NCCC(=O)NCCSC(=O)C[C@@H](O)C)O[C@H]1N1C2=NC=NC(N)=C2N=C1 QHHKKMYHDBRONY-VKBDFPRVSA-N 0.000 description 2
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 2
- 102000052553 3-Hydroxyacyl CoA Dehydrogenase Human genes 0.000 description 2
- 108700020831 3-Hydroxyacyl-CoA Dehydrogenase Proteins 0.000 description 2
- 108030002854 Acetoacetyl-CoA synthases Proteins 0.000 description 2
- 241000251468 Actinopterygii Species 0.000 description 2
- 108020002663 Aldehyde Dehydrogenase Proteins 0.000 description 2
- 102000005369 Aldehyde Dehydrogenase Human genes 0.000 description 2
- IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N Atomic nitrogen Chemical compound N#N IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- RGJOEKWQDUBAIZ-IBOSZNHHSA-N CoASH Chemical compound O[C@@H]1[C@H](OP(O)(O)=O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OCC(C)(C)[C@@H](O)C(=O)NCCC(=O)NCCS)O[C@H]1N1C2=NC=NC(N)=C2N=C1 RGJOEKWQDUBAIZ-IBOSZNHHSA-N 0.000 description 2
- 241000186031 Corynebacteriaceae Species 0.000 description 2
- 241001646716 Escherichia coli K-12 Species 0.000 description 2
- PLUBXMRUUVWRLT-UHFFFAOYSA-N Ethyl methanesulfonate Chemical compound CCOS(C)(=O)=O PLUBXMRUUVWRLT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108700039691 Genetic Promoter Regions Proteins 0.000 description 2
- 235000010469 Glycine max Nutrition 0.000 description 2
- 102000004157 Hydrolases Human genes 0.000 description 2
- 108090000604 Hydrolases Proteins 0.000 description 2
- CSNNHWWHGAXBCP-UHFFFAOYSA-L Magnesium sulfate Chemical compound [Mg+2].[O-][S+2]([O-])([O-])[O-] CSNNHWWHGAXBCP-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- 229910002651 NO3 Inorganic materials 0.000 description 2
- NHNBFGGVMKEFGY-UHFFFAOYSA-N Nitrate Chemical compound [O-][N+]([O-])=O NHNBFGGVMKEFGY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000001888 Peptone Substances 0.000 description 2
- 108010080698 Peptones Proteins 0.000 description 2
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N Phosphoric acid Chemical compound OP(O)(O)=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229920001397 Poly-beta-hydroxybutyrate Polymers 0.000 description 2
- 229920000331 Polyhydroxybutyrate Polymers 0.000 description 2
- 241000190984 Rhodospirillum rubrum Species 0.000 description 2
- 241000235347 Schizosaccharomyces pombe Species 0.000 description 2
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- QAOWNCQODCNURD-UHFFFAOYSA-N Sulfuric acid Chemical compound OS(O)(=O)=O QAOWNCQODCNURD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N Urea Chemical compound NC(N)=O XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 235000011054 acetic acid Nutrition 0.000 description 2
- 108091000039 acetoacetyl-CoA reductase Proteins 0.000 description 2
- 108010069175 acyl-CoA transferase Proteins 0.000 description 2
- 230000010933 acylation Effects 0.000 description 2
- 238000005917 acylation reaction Methods 0.000 description 2
- 229910021529 ammonia Inorganic materials 0.000 description 2
- AVKUERGKIZMTKX-NJBDSQKTSA-N ampicillin Chemical compound C1([C@@H](N)C(=O)N[C@H]2[C@H]3SC([C@@H](N3C2=O)C(O)=O)(C)C)=CC=CC=C1 AVKUERGKIZMTKX-NJBDSQKTSA-N 0.000 description 2
- 229960000723 ampicillin Drugs 0.000 description 2
- WPYMKLBDIGXBTP-UHFFFAOYSA-N benzoic acid Chemical compound OC(=O)C1=CC=CC=C1 WPYMKLBDIGXBTP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000007853 buffer solution Substances 0.000 description 2
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 2
- RGJOEKWQDUBAIZ-UHFFFAOYSA-N coenzime A Natural products OC1C(OP(O)(O)=O)C(COP(O)(=O)OP(O)(=O)OCC(C)(C)C(O)C(=O)NCCC(=O)NCCS)OC1N1C2=NC=NC(N)=C2N=C1 RGJOEKWQDUBAIZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 210000004748 cultured cell Anatomy 0.000 description 2
- KDTSHFARGAKYJN-UHFFFAOYSA-N dephosphocoenzyme A Natural products OC1C(O)C(COP(O)(=O)OP(O)(=O)OCC(C)(C)C(O)C(=O)NCCC(=O)NCCS)OC1N1C2=NC=NC(N)=C2N=C1 KDTSHFARGAKYJN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 2
- 238000004520 electroporation Methods 0.000 description 2
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 2
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 2
- 238000000855 fermentation Methods 0.000 description 2
- 230000004151 fermentation Effects 0.000 description 2
- 235000019688 fish Nutrition 0.000 description 2
- 235000013312 flour Nutrition 0.000 description 2
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 2
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 2
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 2
- JVTAAEKCZFNVCJ-UHFFFAOYSA-N lactic acid Chemical compound CC(O)C(O)=O JVTAAEKCZFNVCJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 231100000518 lethal Toxicity 0.000 description 2
- 230000001665 lethal effect Effects 0.000 description 2
- 235000013372 meat Nutrition 0.000 description 2
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 2
- 230000004060 metabolic process Effects 0.000 description 2
- 229910052751 metal Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000002184 metal Substances 0.000 description 2
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 2
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 2
- 235000019319 peptone Nutrition 0.000 description 2
- 235000021317 phosphate Nutrition 0.000 description 2
- 239000002504 physiological saline solution Substances 0.000 description 2
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 2
- FGIUAXJPYTZDNR-UHFFFAOYSA-N potassium nitrate Chemical compound [K+].[O-][N+]([O-])=O FGIUAXJPYTZDNR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 2
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 2
- 238000007086 side reaction Methods 0.000 description 2
- VWDWKYIASSYTQR-UHFFFAOYSA-N sodium nitrate Chemical compound [Na+].[O-][N+]([O-])=O VWDWKYIASSYTQR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 2
- 239000002904 solvent Substances 0.000 description 2
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 2
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 2
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 2
- UATIGEHITDTAGF-CITAKDKDSA-N vinylacetyl-CoA Chemical compound O[C@@H]1[C@H](OP(O)(O)=O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OCC(C)(C)[C@@H](O)C(=O)NCCC(=O)NCCSC(=O)CC=C)O[C@H]1N1C2=NC=NC(N)=C2N=C1 UATIGEHITDTAGF-CITAKDKDSA-N 0.000 description 2
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- PIAOXUVIBAKVSP-UHFFFAOYSA-N γ-hydroxybutyraldehyde Chemical compound OCCCC=O PIAOXUVIBAKVSP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- LNAZSHAWQACDHT-XIYTZBAFSA-N (2r,3r,4s,5r,6s)-4,5-dimethoxy-2-(methoxymethyl)-3-[(2s,3r,4s,5r,6r)-3,4,5-trimethoxy-6-(methoxymethyl)oxan-2-yl]oxy-6-[(2r,3r,4s,5r,6r)-4,5,6-trimethoxy-2-(methoxymethyl)oxan-3-yl]oxyoxane Chemical compound CO[C@@H]1[C@@H](OC)[C@H](OC)[C@@H](COC)O[C@H]1O[C@H]1[C@H](OC)[C@@H](OC)[C@H](O[C@H]2[C@@H]([C@@H](OC)[C@H](OC)O[C@@H]2COC)OC)O[C@@H]1COC LNAZSHAWQACDHT-XIYTZBAFSA-N 0.000 description 1
- LUEWUZLMQUOBSB-FSKGGBMCSA-N (2s,3s,4s,5s,6r)-2-[(2r,3s,4r,5r,6s)-6-[(2r,3s,4r,5s,6s)-4,5-dihydroxy-2-(hydroxymethyl)-6-[(2r,4r,5s,6r)-4,5,6-trihydroxy-2-(hydroxymethyl)oxan-3-yl]oxyoxan-3-yl]oxy-4,5-dihydroxy-2-(hydroxymethyl)oxan-3-yl]oxy-6-(hydroxymethyl)oxane-3,4,5-triol Chemical compound O[C@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1O[C@@H]1[C@@H](CO)O[C@@H](O[C@@H]2[C@H](O[C@@H](OC3[C@H](O[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H]3O)CO)[C@@H](O)[C@H]2O)CO)[C@H](O)[C@H]1O LUEWUZLMQUOBSB-FSKGGBMCSA-N 0.000 description 1
- 102000040650 (ribonucleotides)n+m Human genes 0.000 description 1
- 108030005660 3-hydroxybutyryl-CoA dehydratases Proteins 0.000 description 1
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 description 1
- FHVDTGUDJYJELY-UHFFFAOYSA-N 6-{[2-carboxy-4,5-dihydroxy-6-(phosphanyloxy)oxan-3-yl]oxy}-4,5-dihydroxy-3-phosphanyloxane-2-carboxylic acid Chemical compound O1C(C(O)=O)C(P)C(O)C(O)C1OC1C(C(O)=O)OC(OP)C(O)C1O FHVDTGUDJYJELY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101710120269 Acyl-CoA thioester hydrolase YbgC Proteins 0.000 description 1
- 241000607534 Aeromonas Species 0.000 description 1
- 239000004254 Ammonium phosphate Substances 0.000 description 1
- 239000005711 Benzoic acid Substances 0.000 description 1
- BHPQYMZQTOCNFJ-UHFFFAOYSA-N Calcium cation Chemical compound [Ca+2] BHPQYMZQTOCNFJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000193401 Clostridium acetobutylicum Species 0.000 description 1
- 241001508458 Clostridium saccharoperbutylacetonicum Species 0.000 description 1
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 1
- 241001517047 Corynebacterium acetoacidophilum Species 0.000 description 1
- 241001644925 Corynebacterium efficiens Species 0.000 description 1
- 241001522878 Escherichia coli B Species 0.000 description 1
- 241001013691 Escherichia coli BW25113 Species 0.000 description 1
- 229930091371 Fructose Natural products 0.000 description 1
- RFSUNEUAIZKAJO-ARQDHWQXSA-N Fructose Chemical compound OC[C@H]1O[C@](O)(CO)[C@@H](O)[C@@H]1O RFSUNEUAIZKAJO-ARQDHWQXSA-N 0.000 description 1
- 239000005715 Fructose Substances 0.000 description 1
- 241000233866 Fungi Species 0.000 description 1
- 229920002581 Glucomannan Polymers 0.000 description 1
- 244000068988 Glycine max Species 0.000 description 1
- LTYOQGRJFJAKNA-KKIMTKSISA-N Malonyl CoA Natural products S(C(=O)CC(=O)O)CCNC(=O)CCNC(=O)[C@@H](O)C(CO[P@](=O)(O[P@](=O)(OC[C@H]1[C@@H](OP(=O)(O)O)[C@@H](O)[C@@H](n2c3ncnc(N)c3nc2)O1)O)O)(C)C LTYOQGRJFJAKNA-KKIMTKSISA-N 0.000 description 1
- 229910021380 Manganese Chloride Inorganic materials 0.000 description 1
- GLFNIEUTAYBVOC-UHFFFAOYSA-L Manganese chloride Chemical compound Cl[Mn]Cl GLFNIEUTAYBVOC-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- VZUNGTLZRAYYDE-UHFFFAOYSA-N N-methyl-N'-nitro-N-nitrosoguanidine Chemical compound O=NN(C)C(=N)N[N+]([O-])=O VZUNGTLZRAYYDE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108090000913 Nitrate Reductases Proteins 0.000 description 1
- 239000000020 Nitrocellulose Substances 0.000 description 1
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 1
- 229920002873 Polyethylenimine Polymers 0.000 description 1
- 239000004372 Polyvinyl alcohol Substances 0.000 description 1
- 108700008625 Reporter Genes Proteins 0.000 description 1
- 102100025541 S-acyl fatty acid synthase thioesterase, medium chain Human genes 0.000 description 1
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 description 1
- VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N Silicium dioxide Chemical compound O=[Si]=O VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- KDYFGRWQOYBRFD-UHFFFAOYSA-N Succinic acid Natural products OC(=O)CCC(O)=O KDYFGRWQOYBRFD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N Sucrose Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@]1(CO)O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N 0.000 description 1
- 229930006000 Sucrose Natural products 0.000 description 1
- 102000005488 Thioesterase Human genes 0.000 description 1
- 102000002932 Thiolase Human genes 0.000 description 1
- 108060008225 Thiolase Proteins 0.000 description 1
- LEHOTFFKMJEONL-UHFFFAOYSA-N Uric Acid Chemical compound N1C(=O)NC(=O)C2=C1NC(=O)N2 LEHOTFFKMJEONL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- TVWHNULVHGKJHS-UHFFFAOYSA-N Uric acid Natural products N1C(=O)NC(=O)C2NC(=O)NC21 TVWHNULVHGKJHS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000319304 [Brevibacterium] flavum Species 0.000 description 1
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 1
- 229940072056 alginate Drugs 0.000 description 1
- 235000010443 alginic acid Nutrition 0.000 description 1
- 229920000615 alginic acid Polymers 0.000 description 1
- 150000001338 aliphatic hydrocarbons Chemical class 0.000 description 1
- 150000001336 alkenes Chemical class 0.000 description 1
- 229910000147 aluminium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 1
- 229910000148 ammonium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000019289 ammonium phosphates Nutrition 0.000 description 1
- BFNBIHQBYMNNAN-UHFFFAOYSA-N ammonium sulfate Chemical compound N.N.OS(O)(=O)=O BFNBIHQBYMNNAN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910052921 ammonium sulfate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000011130 ammonium sulphate Nutrition 0.000 description 1
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 1
- 150000004945 aromatic hydrocarbons Chemical class 0.000 description 1
- 235000010233 benzoic acid Nutrition 0.000 description 1
- 238000002306 biochemical method Methods 0.000 description 1
- KGBXLFKZBHKPEV-UHFFFAOYSA-N boric acid Chemical compound OB(O)O KGBXLFKZBHKPEV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004327 boric acid Substances 0.000 description 1
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 1
- KDYFGRWQOYBRFD-NUQCWPJISA-N butanedioic acid Chemical compound O[14C](=O)CC[14C](O)=O KDYFGRWQOYBRFD-NUQCWPJISA-N 0.000 description 1
- VSGNNIFQASZAOI-UHFFFAOYSA-L calcium acetate Chemical compound [Ca+2].CC([O-])=O.CC([O-])=O VSGNNIFQASZAOI-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 239000001639 calcium acetate Substances 0.000 description 1
- 235000011092 calcium acetate Nutrition 0.000 description 1
- 229960005147 calcium acetate Drugs 0.000 description 1
- 229910001424 calcium ion Inorganic materials 0.000 description 1
- 229940041514 candida albicans extract Drugs 0.000 description 1
- 239000004202 carbamide Substances 0.000 description 1
- 239000000679 carrageenan Substances 0.000 description 1
- 235000010418 carrageenan Nutrition 0.000 description 1
- 229920001525 carrageenan Polymers 0.000 description 1
- 229940113118 carrageenan Drugs 0.000 description 1
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 1
- 230000003197 catalytic effect Effects 0.000 description 1
- 239000000919 ceramic Substances 0.000 description 1
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 1
- 238000007385 chemical modification Methods 0.000 description 1
- 239000013064 chemical raw material Chemical class 0.000 description 1
- 239000007795 chemical reaction product Substances 0.000 description 1
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 1
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 description 1
- 235000015165 citric acid Nutrition 0.000 description 1
- 229910000361 cobalt sulfate Inorganic materials 0.000 description 1
- 229940044175 cobalt sulfate Drugs 0.000 description 1
- KTVIXTQDYHMGHF-UHFFFAOYSA-L cobalt(2+) sulfate Chemical compound [Co+2].[O-]S([O-])(=O)=O KTVIXTQDYHMGHF-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 1
- 238000012790 confirmation Methods 0.000 description 1
- 238000007334 copolymerization reaction Methods 0.000 description 1
- 229910000365 copper sulfate Inorganic materials 0.000 description 1
- 229960000355 copper sulfate Drugs 0.000 description 1
- ARUVKPQLZAKDPS-UHFFFAOYSA-L copper(II) sulfate Chemical compound [Cu+2].[O-][S+2]([O-])([O-])[O-] ARUVKPQLZAKDPS-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 238000012136 culture method Methods 0.000 description 1
- 239000012228 culture supernatant Substances 0.000 description 1
- 238000000354 decomposition reaction Methods 0.000 description 1
- 230000007423 decrease Effects 0.000 description 1
- 230000000593 degrading effect Effects 0.000 description 1
- 238000013461 design Methods 0.000 description 1
- MNNHAPBLZZVQHP-UHFFFAOYSA-N diammonium hydrogen phosphate Chemical compound [NH4+].[NH4+].OP([O-])([O-])=O MNNHAPBLZZVQHP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000014113 dietary fatty acids Nutrition 0.000 description 1
- 238000007865 diluting Methods 0.000 description 1
- 238000004821 distillation Methods 0.000 description 1
- 239000003480 eluent Substances 0.000 description 1
- 229920006351 engineering plastic Polymers 0.000 description 1
- 125000004050 enoyl group Chemical group 0.000 description 1
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 1
- 239000013604 expression vector Substances 0.000 description 1
- 239000000194 fatty acid Substances 0.000 description 1
- 229930195729 fatty acid Natural products 0.000 description 1
- 150000004665 fatty acids Chemical class 0.000 description 1
- 229960001781 ferrous sulfate Drugs 0.000 description 1
- 239000011790 ferrous sulphate Substances 0.000 description 1
- 235000003891 ferrous sulphate Nutrition 0.000 description 1
- 239000000706 filtrate Substances 0.000 description 1
- 238000005194 fractionation Methods 0.000 description 1
- 101150038180 frd gene Proteins 0.000 description 1
- 238000012224 gene deletion Methods 0.000 description 1
- 230000004545 gene duplication Effects 0.000 description 1
- 238000010363 gene targeting Methods 0.000 description 1
- 238000010353 genetic engineering Methods 0.000 description 1
- 239000003365 glass fiber Substances 0.000 description 1
- 229940046240 glucomannan Drugs 0.000 description 1
- 230000034659 glycolysis Effects 0.000 description 1
- 229940094991 herring sperm dna Drugs 0.000 description 1
- 230000000887 hydrating effect Effects 0.000 description 1
- 230000003100 immobilizing effect Effects 0.000 description 1
- 239000012535 impurity Substances 0.000 description 1
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 description 1
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 1
- 230000002687 intercalation Effects 0.000 description 1
- 238000009830 intercalation Methods 0.000 description 1
- 238000007852 inverse PCR Methods 0.000 description 1
- BAUYGSIQEAFULO-UHFFFAOYSA-L iron(2+) sulfate (anhydrous) Chemical compound [Fe+2].[O-]S([O-])(=O)=O BAUYGSIQEAFULO-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 229910000359 iron(II) sulfate Inorganic materials 0.000 description 1
- BPHPUYQFMNQIOC-NXRLNHOXSA-N isopropyl beta-D-thiogalactopyranoside Chemical compound CC(C)S[C@@H]1O[C@H](CO)[C@H](O)[C@H](O)[C@H]1O BPHPUYQFMNQIOC-NXRLNHOXSA-N 0.000 description 1
- 239000004310 lactic acid Substances 0.000 description 1
- 235000014655 lactic acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 1
- 159000000003 magnesium salts Chemical class 0.000 description 1
- 229910052943 magnesium sulfate Inorganic materials 0.000 description 1
- 229960003390 magnesium sulfate Drugs 0.000 description 1
- 235000019341 magnesium sulphate Nutrition 0.000 description 1
- LTYOQGRJFJAKNA-DVVLENMVSA-N malonyl-CoA Chemical compound O[C@@H]1[C@H](OP(O)(O)=O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OCC(C)(C)[C@@H](O)C(=O)NCCC(=O)NCCSC(=O)CC(O)=O)O[C@H]1N1C2=NC=NC(N)=C2N=C1 LTYOQGRJFJAKNA-DVVLENMVSA-N 0.000 description 1
- 239000011565 manganese chloride Substances 0.000 description 1
- 235000002867 manganese chloride Nutrition 0.000 description 1
- 229940099607 manganese chloride Drugs 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 238000005374 membrane filtration Methods 0.000 description 1
- 238000012269 metabolic engineering Methods 0.000 description 1
- 229920000609 methyl cellulose Polymers 0.000 description 1
- 239000001923 methylcellulose Substances 0.000 description 1
- 229960002900 methylcellulose Drugs 0.000 description 1
- 238000009629 microbiological culture Methods 0.000 description 1
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 1
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 1
- 239000000178 monomer Substances 0.000 description 1
- 235000019796 monopotassium phosphate Nutrition 0.000 description 1
- 229910000402 monopotassium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- ZQXSMRAEXCEDJD-UHFFFAOYSA-N n-ethenylformamide Chemical compound C=CNC=O ZQXSMRAEXCEDJD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- LGQLOGILCSXPEA-UHFFFAOYSA-L nickel sulfate Chemical compound [Ni+2].[O-]S([O-])(=O)=O LGQLOGILCSXPEA-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 229940053662 nickel sulfate Drugs 0.000 description 1
- 229910000363 nickel(II) sulfate Inorganic materials 0.000 description 1
- 229920001220 nitrocellulos Polymers 0.000 description 1
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 description 1
- 229910017464 nitrogen compound Inorganic materials 0.000 description 1
- 150000002830 nitrogen compounds Chemical class 0.000 description 1
- QJGQUHMNIGDVPM-UHFFFAOYSA-N nitrogen group Chemical group [N] QJGQUHMNIGDVPM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000015097 nutrients Nutrition 0.000 description 1
- JRZJOMJEPLMPRA-UHFFFAOYSA-N olefin Natural products CCCCCCCC=C JRZJOMJEPLMPRA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000002894 organic compounds Chemical class 0.000 description 1
- 239000003960 organic solvent Substances 0.000 description 1
- 230000037361 pathway Effects 0.000 description 1
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K phosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 description 1
- 150000003013 phosphoric acid derivatives Chemical class 0.000 description 1
- PJNZPQUBCPKICU-UHFFFAOYSA-N phosphoric acid;potassium Chemical compound [K].OP(O)(O)=O PJNZPQUBCPKICU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000013600 plasmid vector Substances 0.000 description 1
- 229920000083 poly(allylamine) Polymers 0.000 description 1
- 239000005014 poly(hydroxyalkanoate) Substances 0.000 description 1
- 229920002401 polyacrylamide Polymers 0.000 description 1
- 229920000728 polyester Polymers 0.000 description 1
- 229920000903 polyhydroxyalkanoate Polymers 0.000 description 1
- 229920005862 polyol Polymers 0.000 description 1
- 150000003077 polyols Chemical class 0.000 description 1
- 229920002451 polyvinyl alcohol Polymers 0.000 description 1
- 239000004323 potassium nitrate Substances 0.000 description 1
- 235000010333 potassium nitrate Nutrition 0.000 description 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 1
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 1
- 210000001938 protoplast Anatomy 0.000 description 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 1
- 230000005855 radiation Effects 0.000 description 1
- 239000011535 reaction buffer Substances 0.000 description 1
- 230000006798 recombination Effects 0.000 description 1
- 238000011084 recovery Methods 0.000 description 1
- 238000011946 reduction process Methods 0.000 description 1
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 1
- 230000008439 repair process Effects 0.000 description 1
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 1
- 230000029058 respiratory gaseous exchange Effects 0.000 description 1
- 230000004044 response Effects 0.000 description 1
- 230000000717 retained effect Effects 0.000 description 1
- 239000000741 silica gel Substances 0.000 description 1
- 229910002027 silica gel Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 1
- 239000001509 sodium citrate Substances 0.000 description 1
- NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K sodium citrate Chemical compound O.O.[Na+].[Na+].[Na+].[O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 239000004317 sodium nitrate Substances 0.000 description 1
- 235000010344 sodium nitrate Nutrition 0.000 description 1
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 1
- 239000005720 sucrose Substances 0.000 description 1
- 235000000346 sugar Nutrition 0.000 description 1
- 150000008163 sugars Chemical class 0.000 description 1
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 1
- 230000002194 synthesizing effect Effects 0.000 description 1
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 1
- 108020002982 thioesterase Proteins 0.000 description 1
- 108010032326 thioesterase II Proteins 0.000 description 1
- 230000002103 transcriptional effect Effects 0.000 description 1
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 1
- 238000006276 transfer reaction Methods 0.000 description 1
- LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N tris Chemical compound OCC(N)(CO)CO LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940116269 uric acid Drugs 0.000 description 1
- 239000013603 viral vector Substances 0.000 description 1
- 239000011782 vitamin Substances 0.000 description 1
- 235000013343 vitamin Nutrition 0.000 description 1
- 229940088594 vitamin Drugs 0.000 description 1
- 229930003231 vitamin Natural products 0.000 description 1
- 238000010792 warming Methods 0.000 description 1
- 239000012138 yeast extract Substances 0.000 description 1
- NWONKYPBYAMBJT-UHFFFAOYSA-L zinc sulfate Chemical compound [Zn+2].[O-]S([O-])(=O)=O NWONKYPBYAMBJT-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 229910000368 zinc sulfate Inorganic materials 0.000 description 1
- 229960001763 zinc sulfate Drugs 0.000 description 1
- UHVMMEOXYDMDKI-JKYCWFKZSA-L zinc;1-(5-cyanopyridin-2-yl)-3-[(1s,2s)-2-(6-fluoro-2-hydroxy-3-propanoylphenyl)cyclopropyl]urea;diacetate Chemical compound [Zn+2].CC([O-])=O.CC([O-])=O.CCC(=O)C1=CC=C(F)C([C@H]2[C@H](C2)NC(=O)NC=2N=CC(=CC=2)C#N)=C1O UHVMMEOXYDMDKI-JKYCWFKZSA-L 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
- C12P7/00—Preparation of oxygen-containing organic compounds
- C12P7/02—Preparation of oxygen-containing organic compounds containing a hydroxy group
- C12P7/04—Preparation of oxygen-containing organic compounds containing a hydroxy group acyclic
- C12P7/18—Preparation of oxygen-containing organic compounds containing a hydroxy group acyclic polyhydric
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/0004—Oxidoreductases (1.)
- C12N9/0006—Oxidoreductases (1.) acting on CH-OH groups as donors (1.1)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/0004—Oxidoreductases (1.)
- C12N9/0008—Oxidoreductases (1.) acting on the aldehyde or oxo group of donors (1.2)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/10—Transferases (2.)
- C12N9/1025—Acyltransferases (2.3)
- C12N9/1029—Acyltransferases (2.3) transferring groups other than amino-acyl groups (2.3.1)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/14—Hydrolases (3)
- C12N9/16—Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/88—Lyases (4.)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/90—Isomerases (5.)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y101/00—Oxidoreductases acting on the CH-OH group of donors (1.1)
- C12Y101/01—Oxidoreductases acting on the CH-OH group of donors (1.1) with NAD+ or NADP+ as acceptor (1.1.1)
- C12Y101/01035—3-Hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (1.1.1.35)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y102/00—Oxidoreductases acting on the aldehyde or oxo group of donors (1.2)
- C12Y102/01—Oxidoreductases acting on the aldehyde or oxo group of donors (1.2) with NAD+ or NADP+ as acceptor (1.2.1)
- C12Y102/0101—Acetaldehyde dehydrogenase (acetylating) (1.2.1.10)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y203/00—Acyltransferases (2.3)
- C12Y203/01—Acyltransferases (2.3) transferring groups other than amino-acyl groups (2.3.1)
- C12Y203/01009—Acetyl-CoA C-acetyltransferase (2.3.1.9)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y301/00—Hydrolases acting on ester bonds (3.1)
- C12Y301/02—Thioester hydrolases (3.1.2)
- C12Y301/02002—Palmitoyl-CoA hydrolase (3.1.2.2)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y301/00—Hydrolases acting on ester bonds (3.1)
- C12Y301/02—Thioester hydrolases (3.1.2)
- C12Y301/0202—Acyl-CoA hydrolase (3.1.2.20)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y402/00—Carbon-oxygen lyases (4.2)
- C12Y402/01—Hydro-lyases (4.2.1)
- C12Y402/01017—Enoyl-CoA hydratase (4.2.1.17), i.e. crotonase
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y503/00—Intramolecular oxidoreductases (5.3)
- C12Y503/03—Intramolecular oxidoreductases (5.3) transposing C=C bonds (5.3.3)
- C12Y503/03003—Vinylacetyl-CoA DELTA-isomerase (5.3.3.3)
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
- Enzymes And Modification Thereof (AREA)
Abstract
微生物及び/又はその培養物を用いて、3−ヒドロキシブチリルCoA経由で、アシルCoA還元酵素による酵素反応を利用してブタンジオール類を製造する方法であって、前記微生物は、アシルCoAヒドロラーゼ(EC番号:3.1.2.−)の活性を欠損もしくは低減されていることを特徴とする、ブタンジオール類の製造方法。
Description
本発明はブタンジオール類の製造方法、ブタンジオール類製造用微生物の作製方法及び微生物に関する。
近年、化石資源の枯渇や地球温暖化対策などの観点から、再生可能資源を原料とした化合物製造プロセスが注目されている。特に、バイオマスを原料として、生物化学的プロセスで種々のポリマー原料化合物や化学品原料化合物を製造する、所謂バイオリファイナリーが広く検討されている。
バイオマスの原料転換が期待されている化合物として、ブタンジオール類が挙げられる。例えば、1,3−ブタンジオールは溶剤として、また、1,4−ブタンジオールは、精密有機化学品の合成原料、ポリエステル及びエンジニアリングプラスチックのモノマー単位などで広く使用されており、その市場規模は大きい。そのため、バイオマスなどの再生可能資源を原料とした生物化学的プロセスで、効率良くブタンジオール類を製造する方法に対する要求が大きくなっている。
生物化学的プロセスを用いたブタンジオール類の製造方法としては、例えば、特許文献1乃至2及び非特許文献1に記載された方法が挙げられる。
Harry Yim et al., Metabolic engineering of Escherichia coli for direct production of 1,4−butanediol, Nature Chemical Biology, 7, 445−452 (2011).
しかしながら、特許文献1乃至2及び非特許文献1に記載された方法は、プロセスが複雑である。
上記課題に対して、1,4−ブタンジオールの経済的な製造方法を提供する。
本発明は以下のものを含む。
[1]微生物及び/又はその培養物を用いて、3−ヒドロキシブチリルCoA経由で、アシルCoA還元酵素による酵素反応を利用してブタンジオール類を製造する方法であって、前記微生物は、アシルCoAヒドロラーゼ(EC番号:3.1.2.−)の活性を欠損もしくは低減されていることを特徴とする、ブタンジオール類の製造方法。
[1]微生物及び/又はその培養物を用いて、3−ヒドロキシブチリルCoA経由で、アシルCoA還元酵素による酵素反応を利用してブタンジオール類を製造する方法であって、前記微生物は、アシルCoAヒドロラーゼ(EC番号:3.1.2.−)の活性を欠損もしくは低減されていることを特徴とする、ブタンジオール類の製造方法。
[2]アシルCoAヒドロラーゼが、EC番号:3.1.2.2又はEC番号:3.1.2.20に分類されるアシルCoAヒドロラーゼである、[1]に記載のブタンジオール類の製造方法。
[3]前記微生物は、β−ケトチオラーゼ(EC番号:2.3.1.9)をコードする遺伝子、3−ヒドロキシブチリルCoAデヒドロゲナーゼ(EC番号:1.1.1.35)をコードする遺伝子及びアシルCoA還元酵素(EC番号:1.2.1.10)をコードする遺伝子を含む、[1]に記載のブタンジオール類の製造方法。
[4]前記微生物は、エノイルCoAヒドラターゼ(EC番号:4.2.1.17)をコードする遺伝子、ビニルアセチルCoAデルタイソメラーゼ(EC番号:5.3.3.3)をコードする遺伝子及び4−ヒドロキシブチリルCoAデヒドラターゼ(EC番号:4.2.1.120)をコードする遺伝子を更に含む、[3]に記載のブタンジオール類の製造方法。
[5]前記微生物は、大腸菌、酵母、コリネ型細菌又はクロストリジウム属細菌である、[1]に記載のブタンジオール類の製造方法。
[6]前記微生物は、アシルCoAチオエステラーゼII遺伝子(tesB)のCDS領域が欠損した大腸菌である、[5]に記載のブタンジオール類の製造方法。
[7]微生物のアシルCoAヒドロラーゼ(EC番号:3.1.2.−)の活性を欠損もしくは低減させる工程を含むことを特徴とする、ブタンジオール類製造用微生物の作製方法。
[8]アシルCoAヒドロラーゼが、EC番号:3.1.2.2又はEC番号:3.1.2.20に分類されるアシルCoAヒドロラーゼである、[7]に記載のブタンジオール類製造用微生物の作製方法。
[9]β−ケトチオラーゼ(EC番号:2.3.1.9)をコードする遺伝子、3−ヒドロキシブチリルCoAデヒドロゲナーゼ(EC番号:1.1.1.35)をコードする遺伝子及びアシルCoA還元酵素(EC番号:1.2.1.10)をコードする遺伝子を含み、アシルCoAヒドロラーゼ(EC番号:3.1.2.−)の活性が欠損もしくは低減された微生物。
[10]アシルCoAヒドロラーゼが、EC番号:3.1.2.2又はEC番号:3.1.2.20に分類されるアシルCoAヒドロラーゼである、[9]に記載の微生物。
[11]エノイルCoAヒドラターゼ(EC番号:4.2.1.17)をコードする遺伝子、ビニルアセチルCoAデルタイソメラーゼ(EC番号:5.3.3.3)をコードする遺伝子及び4−ヒドロキシブチリルCoAデヒドラターゼ(EC番号:4.2.1.120)をコードする遺伝子を更に含む[9]に記載の微生物。
[12]前記微生物が、大腸菌、酵母、コリネ型細菌又はクロストリジウム属細菌である、[9]に記載の微生物。
ブタンジオール類の選択的、経済的な製造方法を提供できる。
以下、本発明を詳細に説明する。なお、本明細書において、「CoA」とは、「コエンザイムA」を意味する。また、「%」は、特に記載のない限り、「質量%」を意味する。「ppm」は質量基準である。
本実施形態は、微生物を用いて、3−ヒドロキシブチリルCoAを経由してアシルCoA還元酵素による還元工程を含むブタンジオール類の製造方法を含む。本発明者らは、ブタンジオール類の生産性を向上させるべく種々検討した。具体的には、宿主微生物が本来有する、ブタンジオール類の生産量に与える影響の大きい(副反応)酵素系の存在を精査した。その結果、宿主由来の酵素に起因する3−ヒドロキシブチリルCoAから3−ヒドロキシブタン酸への生成反応が、副反応酵素系の1つであることを見出した。即ち、3−ヒドロキシブチリルCoAから3−ヒドロキシブタン酸への加水分解反応が、アシルCoA還元酵素による還元工程、つまり、最終的にブタンジオール類の生成に多大な影響を与えることを見出した。
かかる知見に基づき、本発明者らは更に、当該生物化学的製造方法において用いる宿主菌が有する特定のアシルCoAヒドロラーゼ(EC番号:3.1.2.−)活性を欠損もしくは低減することにより、3−ヒドロキシブチリルCoAから3−ヒドロキシブタン酸への加水分解反応を抑制することができ、結果、ブタンジオール類の生産量を向上できることを見出した。
以下、本実施形態で使用される、微生物の特徴、微生物の作製方法、微生物の使用方法(即ち、ブタンジオール類の製造方法)及び製造されたブタンジオール類の取得方法などについて、説明する。
(宿主微生物)
本実施形態で用いられる宿主微生物は、アシルCoAヒドロラーゼの活性を欠損もしくは低減された微生物である。このような微生物を、ブタンジオール類製造のための宿主として用いることにより、3−ヒドロキシブチリルCoAを経由し、アシルCoA還元酵素による還元工程を含むブタンジオール類の製造方法において、3−ヒドロキシブチリルCoAがアシルCoAヒドロラーゼにより加水分解され3−ヒドロキシブタン酸に導かれることが抑制され、結果、ブタンジオール類の生産性が向上する。
本実施形態で用いられる宿主微生物は、アシルCoAヒドロラーゼの活性を欠損もしくは低減された微生物である。このような微生物を、ブタンジオール類製造のための宿主として用いることにより、3−ヒドロキシブチリルCoAを経由し、アシルCoA還元酵素による還元工程を含むブタンジオール類の製造方法において、3−ヒドロキシブチリルCoAがアシルCoAヒドロラーゼにより加水分解され3−ヒドロキシブタン酸に導かれることが抑制され、結果、ブタンジオール類の生産性が向上する。
活性を欠損もしくは低減する対象となる「アシルCoAヒドロラーゼ」としては、3−ヒドロキシブチリルCoAの分解活性を有する酵素であれば特に制限はないが、具体的にはEC番号:3.1.2.2に属するアシルCoAヒドロラーゼ、EC番号:3.1.2.20に属するアシルCoAヒドロラーゼ及びこれらのホモログなどが挙げられる。これらは、アシルCoAチオエステラーゼ、チオエステラーゼ、チオエステラーゼII等とも通称されるが、本発明における「アシルCoAヒドロラーゼ」はこれらを包含する。
なお、本明細書において、活性の「欠損もしくは低減」とは、当該改変の対象となる親株に対し、対象となるアシルCoAヒドロラーゼの活性が二分の一以下に低減されていることを意味する。このような欠損もしくは低減により、3−ヒドロキシブチリルCoAの分解が回避され、ブタンジオール類の生産量が実質的に向上する。なお、いずれの細菌株を用いる実施形態においても、「アシルCoAヒドロラーゼ」活性は、大腸菌JM109株に比較し1/2以下に低減されていることがより好ましい。 本実施形態における「欠損もしくは低減」は、以下のようにして確認することができる。例えば、当該宿主微生物を、3−ヒドロキシブチリルCoAを生成する一連の酵素をコードする遺伝子により形質転換し、これら酵素反応の基質となる適当な炭素源、例えばグルコース等を含む培地により培養する。生成した3−ヒドロキシブチリルCoAはアシルCoAヒドロラーゼの存在により加水分解されて、3−ヒドロキシブタン酸として菌体外に排出される。この3−ヒドロキシブタン酸を、高速液体クロマトグラフィー(HPLC)等の公知の方法により定量することにより、アシルCoAヒドロラーゼの「欠損もしくは低減」を評価することができる。
本実施形態に用いられる、改変の対象となる親株の微生物の例としては、後述する種々の遺伝子を導入することができる宿主微生物であり、遺伝子組み換え技術を適用することができ、かつ、活性の欠損もしくは低減の対象となるアシルCoAヒドロラーゼを発現する微生物であれば、特に限定されない。
本実施形態で使用可能な宿主微生物の具体例としては、産業上の利用の観点から、大腸菌、酵母、コリネ型細菌、クロストリジウム属細菌が挙げられる。酵母としては、サッカロマイセス・セレビシエ、シゾサッカロマイセス・ポンベ、クリベロマイセス・ラクティス、クリベロマイセス・マルキシアヌス等が挙げられる。コリネ型細菌としては、コリネバクテリウム・グルタミカム、コリネバクテリウム・エフィシエンス、ブレビバクテリウム・ディバリカタム、ブレビバクテリウム・サッカロリティカム、ブレビバクテリウム・インマリオフィルム、ブレビバクテリウム・ラクトファーメンタム、ブレビバクテリウム・ロゼウム、ブレビバクテリウム・フラバム、ブレビバクテリウム・チオゲニタリス、コリネバクテリウム・アセトアシドフィラム、コリネバクテリウム・アセトグルタミカム、コリネバクテリウム・カルナエ、コリネバクテリウム・リリウム、コリネバクテリウム・メラセコーラ、ミクロバクテリウム・アンモニアフィラム等が挙げられる。クロストリジウム属細菌としては、クロストリジウム・クリベリ、クロストリジウム・アセトブチリカム、クロストリジウム・アミノブチリカム、クロストリジウム・ベイジェリンキー、クロストリジウム・サッカロパーブチルアセトニカムなどが挙げられる。これらの中でも、大腸菌、サッカロマイセス・セレビシエ、シゾサッカロマイセス・ポンベ、コリネバクテリウム・グルタミカムを使用することが、形質転換が容易であるため、好ましく、大腸菌を使用することが、より好ましい。
大腸菌としては、例えば大腸菌K−12株ないしはB株およびこれらの派生株、さらに具体的には大腸菌BW25113株をはじめとするBW株、JM109株をはじめとするJM株、MV1184株はじめとするMV株、DH5αをはじめとするDH株、HB101株、C600株、XL1−Blue株、BL21株等ならびにこれらの派生株が挙げられる。
[アシルCoAヒドロラーゼ活性欠失もしくは低減宿主微生物の作製]
本実施形態に用いられる、アシルCoAヒドロラーゼ活性を欠損もしくは低減した宿主の作成方法には特に制限はなく、微生物が有する遺伝子の発現を欠損・低減するための既知の方法で作成することができる。具体例としては、N−メチル−N'−ニトロ−N−ニトロソ グアニジン(NTG)やエチルメタンスルフォネート(EMS)等を用いた化学修飾、インターカレーション剤を用いた複製時エラーの誘発、紫外線や放射線等を用いた物理的な損傷への修復応答におけるエラー誘発等を利用したDNAへのランダム変異の導入、もしくは、トランスポゾンやファージ感染等により誘発されるDNAの欠失や挿入による方法などが挙げられる。また、目的とする酵素の塩基配列が既知である場合は、当該遺伝子又はその周辺領域に対し相補配列をもつDNA断片を導入することによる相同組換えを利用したDNAへの欠失や挿入の導入、などの方法を採用しても良い。そのような変異の導入の確認及びその効果については、既知の種々DNA配列解析技術が適用できるほか、当該酵素の欠失による実質的な当該酵素反応生成物の低減を分析することにより確認することができる。
本実施形態に用いられる、アシルCoAヒドロラーゼ活性を欠損もしくは低減した宿主の作成方法には特に制限はなく、微生物が有する遺伝子の発現を欠損・低減するための既知の方法で作成することができる。具体例としては、N−メチル−N'−ニトロ−N−ニトロソ グアニジン(NTG)やエチルメタンスルフォネート(EMS)等を用いた化学修飾、インターカレーション剤を用いた複製時エラーの誘発、紫外線や放射線等を用いた物理的な損傷への修復応答におけるエラー誘発等を利用したDNAへのランダム変異の導入、もしくは、トランスポゾンやファージ感染等により誘発されるDNAの欠失や挿入による方法などが挙げられる。また、目的とする酵素の塩基配列が既知である場合は、当該遺伝子又はその周辺領域に対し相補配列をもつDNA断片を導入することによる相同組換えを利用したDNAへの欠失や挿入の導入、などの方法を採用しても良い。そのような変異の導入の確認及びその効果については、既知の種々DNA配列解析技術が適用できるほか、当該酵素の欠失による実質的な当該酵素反応生成物の低減を分析することにより確認することができる。
宿主微生物への遺伝子の導入は種々の知られた方法、例えば制限酵素/ライゲーションに基づく方法、In−Fusionクローニング方法などを適宜組み合わせて用いることで、上記遺伝子又はその一部を適当なベクターに連結し、得られた組換えベクターを目的の遺伝子が発現し得るように宿主中に導入することにより可能である。又は相同組換えによってゲノム上の任意の位置に目的の遺伝子又はその一部を挿入することにより可能である。「一部」とは、宿主中に導入された場合に各遺伝子がコードするタンパク質を発現することができる各遺伝子の一部分を指す。本発明において遺伝子には、DNA及びRNAが包含され、好ましくはDNAである。
前記遺伝子を連結するベクターとしては、宿主で複製可能なものであれば特に限定されず、例えば大腸菌において外来遺伝子導入に利用されているプラスミド、ファージ及びコスミド等が挙げられる。プラスミドとしては、例えば、pHSG398、pUC18、pBR322、pSC101、pUC19、pUC118、pUC119、pACYC117、pBluescript II SK(+)、pET17b、pETDuet−1、pACYCDuet−1、pCDFDuet−1、pRSFDuet−1、pCOLADuet−1等が挙げられ、ファージとしては、例えばλgt10、Charon 4A、EMBL−、M13mp18、M13mp19等が挙げられる。これらのいくつかは市販されており、市販品(キット)をその手順書に従いそのまま、又は適宜改変して使用することができる。
上記ベクターにおいては、挿入した遺伝子が確実に発現されるようにするため、該遺伝子の上流に適当な発現プロモーターを接続してもよい。使用する発現プロモーターは、特に制限されず、宿主に応じて当業者が適宜選択可能である。例えば大腸菌において外来遺伝子発現に利用されているT7プロモーター、lacプロモーター、trpプロモーター、trcプロモーター、λ−PLプロモーター、又は大腸菌由来の硝酸呼吸に関与する硝酸還元遺伝子narGHJIオペロンのNarプロモーター領域や、大腸菌の硝酸還元酵素遺伝子であるFrd遺伝子のプロモーター領域を利用することもできる。
また場合により宿主微生物の本来の遺伝子を破壊してその遺伝子を発現させないようにすることも好ましい。遺伝子破壊の方法については、大腸菌における遺伝子破壊に利用されている公知の方法を使用できる。具体的には、標的遺伝子の任意の位置で相同組換えを起こすベクター(ターゲティングベクター)を用いて当該遺伝子を破壊する方法(ジーンターゲティング法)や、標的遺伝子の任意の位置にトラップベクター(プロモーターを持たないレポーター遺伝子)を挿入して当該遺伝子を破壊しその機能を失わせる方法(遺伝子トラップ法)、それらを組み合わせた方法等の当技術分野でノックアウト細胞等を作製する際に用いられる方法を用いることが出来る。また、破壊したい遺伝子のアンチセンスcDNAを発現するベクターを導入する方法や、破壊したい遺伝子の2重鎖RNAを発現するベクターを細胞に導入する方法も利用できる。当該ベクターとしては、ウイルスベクターやプラスミドベクター等が包含され、通常の遺伝子工学的手法に基づき、例えばSambrook, J et al., Molecular Cloning 2nd ed., 9.47−9.58, Cold Spring Harbor Lab. press(1989)等の基本書に従い作製することができる。又、市販されているベクターを任意の制限酵素で切断し所望の遺伝子等を組み込んで半合成することもできる。
相同置換を起こす位置又はトラップベクターを挿入する位置は、破壊したい標的遺伝子の発現を消失させる変異を生じる位置であれば特に限定されないが、好ましくは転写調節領域である。
さらに、前記ベクターの宿主への導入方法としては、特に制限されないが、例えば、大腸菌へのベクター導入に一般的に利用されている電気パルス法、カルシウムイオンを用いる方法、プロトプラスト法、エレクトロポレーション法等を挙げることができる。
相同組換えによってゲノム上の任意の位置に目的の遺伝子を挿入する方法は、ゲノム上の配列と相同な配列に目的遺伝子をプロモーターとともに挿入し、この核酸断片をエレクトロポレーションによって細胞内に導入して相同組換えを起こさせることにより実施できる。ゲノムへの導入の際には目的遺伝子と薬剤耐性遺伝子を連結した核酸断片を用いると容易に相同組換えが起こった株を選抜することができる。また、薬剤耐性遺伝子と特定の条件下で致死的になる遺伝子を連結した遺伝子をゲノム上に上記の方法で相同組換えによって挿入し、その後、薬剤耐性遺伝子と特定の条件下で致死的になる遺伝子を置き換える形で目的遺伝子を相同組換えにより導入することもできる。
さらに目的とする遺伝子が導入された組換え微生物を選択する方法は、特に制限されないが、目的とする遺伝子が導入された組換え微生物のみを、容易に選択できる手法によるものが好ましい。
なお、本実施形態における形質転換微生物は、微生物培養菌体そのもの又はその培養物の各種形態で使用されても良い。本実施形態における微生物の培養物は、具体的には、微生物培養菌体の培地・緩衝液等媒体による懸濁物、微生物培養菌体からの無細胞抽出液、さらにこの無細胞抽出液から当該反応を触媒する成分を濃縮・精製・抽出したもの等の処理物を含む。本実施形態における微生物の培養物は更に、前記の微生物の処理物を難溶性の担体に固定化したものを含む。このような固定化担体としては、ポリアクリルアミド、ポリビニルアルコール、ポリ−N−ビニルホルムアミド、ポリアリルアミン、ポリエチレンイミン、メチルセルロース、グルコマンナン、アルギン酸塩、カラギーナン等、更にこれらの共重合、架橋化物など、前述の微生物菌体もしくはその処理物を包合した水難溶性の固形分を形成するような化合物が挙げられる。これらは1種類を単独で使用しても良く、2種類以上を混合して使用しても良い。また、活性炭、多孔質セラミックス、グラスファイバー、多孔質ポリマー成形体、ニトロセルロース膜など、予め固形物として形成された物体上に微生物もしくはその抽出液・抽出成分を保持させたものも、微生物の培養物として用いることもできる。
(ブタンジオール類の製造)
図1に、本実施形態のブタンジオール類(1,3−ブタンジオール及び1,4−ブタンジオール)の製造方法の酵素系の一例を示す。本実施形態において、ブタンジオール類は、前述した一連の遺伝子を、形質転換などにより微生物体内で発現させた培養物を用いて得ることができる。なお、遺伝子は、個別に又は一連のクラスターとして、任意のベクターに挿入して宿主微生物を形質転換する。得られた形質転換体を、適当な炭素源、例えばグルコースを炭素源として培地中で培養することで、各遺伝子を発現させる。宿主で構成発現し得る遺伝子の場合には、培地中で形質転換体を培養することで、遺伝子が発現する。一方、各遺伝子をベクター上に配されたレギュレーターの制御下で構成した場合には、誘導基質を添加し、誘導的環境へ移行することにより、各々のコードする遺伝子が発現する。なお、本実施形態における培養とは、通常の微生物培養の培養条件を全て含み、また、培養するステップとは、微生物がブタンジオール類を製造するための十分な時間及び条件で培養することを意味する。
図1に、本実施形態のブタンジオール類(1,3−ブタンジオール及び1,4−ブタンジオール)の製造方法の酵素系の一例を示す。本実施形態において、ブタンジオール類は、前述した一連の遺伝子を、形質転換などにより微生物体内で発現させた培養物を用いて得ることができる。なお、遺伝子は、個別に又は一連のクラスターとして、任意のベクターに挿入して宿主微生物を形質転換する。得られた形質転換体を、適当な炭素源、例えばグルコースを炭素源として培地中で培養することで、各遺伝子を発現させる。宿主で構成発現し得る遺伝子の場合には、培地中で形質転換体を培養することで、遺伝子が発現する。一方、各遺伝子をベクター上に配されたレギュレーターの制御下で構成した場合には、誘導基質を添加し、誘導的環境へ移行することにより、各々のコードする遺伝子が発現する。なお、本実施形態における培養とは、通常の微生物培養の培養条件を全て含み、また、培養するステップとは、微生物がブタンジオール類を製造するための十分な時間及び条件で培養することを意味する。
(1,3−ブタンジオールの製造)
以下、各々の酵素反応における酵素について説明する。
以下、各々の酵素反応における酵素について説明する。
[3−ヒドロキシブチリルCoAの供給]
本実施形態の1,3−ブタンジオールの製造方法における、3−ヒドロキシブチリルCoAの供給方法には特に制限はなく、既知の様々な方法が用いられる。
本実施形態の1,3−ブタンジオールの製造方法における、3−ヒドロキシブチリルCoAの供給方法には特に制限はなく、既知の様々な方法が用いられる。
一例として、先ず、解糖系などの既知の反応経路により得られるアセチルCoAの供給下で、2分子のアセチルCoAから1分子のCoAが脱離し、アセトアセチルCoAを与える、β−ケトチオラーゼ(EC番号:2.3.1.9)をコードする遺伝子又はそのホモログを用いた酵素反応を利用してアセトアセチルCoAを供給する。また、アセチルCoA及びマロニルCoAを基質として、不可逆にアセトアセチルCoAを生成する反応を触媒するアセトアセチルCoA合成酵素(EC番号:2.3.1.194)をコードする遺伝子又はそのホモログを使用して、アセトアセチルCoAを供給しても良い。アセトアセチルCoA合成酵素の詳細については、例えばUnprecedented acetoacetyl−coenzyme A synthesizing enzyme of the thiolase superfamily involved in the mevalonate pathway., Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A. 107, 11265−11270 (2010).などの非特許文献を参照することができる。次に、得られたアセトアセチルCoAを還元して3−ヒドロキシブチリルCoAを与える反応を触媒するアセトアセチルCoAレダクターゼ(EC番号:1.1.1.36)、3−ヒドロキシブチリルCoAデヒドロゲナーゼ(EC番号:1.1.1.35)、3−ヒドロキシアシルCoAデヒドロゲナーゼ(EC番号:1.1.1.157)又はこれらのホモログを用いた酵素反応により、3−ヒドロキシブチリルCoAを得ることができる。なお、アセトアセチルCoAレダクターゼ(EC番号:1.1.1.36)を使用した場合、(R)−3−ヒドロキシブチリルCoAを得ることができ、3−ヒドロキシブチリルCoAデヒドロゲナーゼ(EC番号:1.1.1.35)又は3−ヒドロキシアシルCoAデヒドロゲナーゼ(EC番号:1.1.1.157)を使用した場合、(S)−3−ヒドロキシブチリルCoAを得ることができる。
また、他の例として、3−ヒドロキシブタン酸に直接CoAを転移する酵素として、プロピオン酸CoA転移酵素(EC番号:2.8.3.1)が知られている。プロピオン酸CoA転移酵素をコードする遺伝子又はそのホモログの発現下、かつ、CoA転移反応のドナーとなるアセチルCoAの供給下で、微生物又は該微生物を含む培養物に3−ヒドロキシブタン酸を供給することにより、3−ヒドロキシブチリルCoAを生成することができる。
[アシルCoA還元酵素]
本実施形態で用いられるアシルCoA還元酵素は、3−ヒドロキシブチリルCoAを還元して3−ヒドロキシブタナールを生成する反応を触媒する酵素であれば、特に限定されない。
本実施形態で用いられるアシルCoA還元酵素は、3−ヒドロキシブチリルCoAを還元して3−ヒドロキシブタナールを生成する反応を触媒する酵素であれば、特に限定されない。
上述した反応を触媒する酵素の具体例としては、アルデヒドデヒドロゲナーゼ(アシル化)(EC番号:1.2.1.10)又はそのホモログが挙げられる。
なお、得られた3−ヒドロキシブタナールは、後述する宿主が通常有するアルコール還元酵素により、1,3−ブタンジオールへと導かれるが、アルコール還元酵素をコードする遺伝子を追加的に発現させて、1,3−ブタンジオールを製造しても良い。
(1,4−ブタンジオールの製造)
図1には、本実施形態の1,4−ブタンジオールの製造方法の酵素系の一例も示した。本実施形態による1,4−ブタンジオールの製造においては、前述した1,3−ブタンジオールの製造と同様にして供給される3−ヒドロキシブチリルCoAを、例えばクロトニルCoA、3−ヒドロキシブチリルCoAを経由する酵素反応を利用して、1,4−ブタンジオールへと導くことができる。以下、各々の酵素反応における酵素について説明する。
図1には、本実施形態の1,4−ブタンジオールの製造方法の酵素系の一例も示した。本実施形態による1,4−ブタンジオールの製造においては、前述した1,3−ブタンジオールの製造と同様にして供給される3−ヒドロキシブチリルCoAを、例えばクロトニルCoA、3−ヒドロキシブチリルCoAを経由する酵素反応を利用して、1,4−ブタンジオールへと導くことができる。以下、各々の酵素反応における酵素について説明する。
[エノイルCoAヒドラターゼ]
本実施形態で使用される、(S)−3−ヒドロキシブチリルCoAを脱水し、クロトニルCoAを生成する反応を触媒する酵素の具体例としては、エノイルCoAヒドラターゼ(EC番号:4.2.1.17)又はそのホモログが挙げられる。上記酵素の詳細については、Moskowitz, G.J. and Merrick, J.M. Metabolism of poly−β−hydroxybutyrate. II. Enzymatic synthesis of D−(-)−β−hydroxybutyryl coenzyme A by an enoyl hydrase from Rhodospirillum rubrum. Biochemistry 8 (1969) 2748−2755.の非特許文献などを参照することができる。
本実施形態で使用される、(S)−3−ヒドロキシブチリルCoAを脱水し、クロトニルCoAを生成する反応を触媒する酵素の具体例としては、エノイルCoAヒドラターゼ(EC番号:4.2.1.17)又はそのホモログが挙げられる。上記酵素の詳細については、Moskowitz, G.J. and Merrick, J.M. Metabolism of poly−β−hydroxybutyrate. II. Enzymatic synthesis of D−(-)−β−hydroxybutyryl coenzyme A by an enoyl hydrase from Rhodospirillum rubrum. Biochemistry 8 (1969) 2748−2755.の非特許文献などを参照することができる。
また、本実施形態で使用される(R)−3−ヒドロキシブチリルCoAからクロトニルCoAを生成する反応を触媒する酵素の具体例としては、特に限定されないが、エノイルCoAヒドラターゼ(EC番号:4.2.1.55(3−ヒドロキシブチリルCoAデヒドラターゼ)又はEC番号:4.2.1.119)などが挙げられる。上記酵素の詳細については、Fukui, T., Shiomi, N. and Doi, Y. Expression and characterization of (R)−specific enoyl coenzyme A hydratase involved in polyhydroxyalkanoate biosynthesis by Aeromonas caviae. J. Bacteriol. 180 (1998) 667−673.、またはMetabolism of poly−beta−hydroxybutyrate. II. Enzymatic synthesis of D−(−)−beta hydroxybutyryl coenzyme A by an enoyl hydrase from Rhodospirillum rubrum., Moskowitz GJ, Merrick JM. Journal Biochemistry., 8 2748−2755 (1969).等の非特許文献などを参照することができる。
[ビニルアセチルCoAデルタイソメラーゼ]
本実施形態で使用されるビニルアセチルCoAデルタイソメラーゼは、クロトニルCoAのオレフィンを転位してビニルアセチルCoAを生成する反応を触媒する酵素であれば、特に限定されない。
本実施形態で使用されるビニルアセチルCoAデルタイソメラーゼは、クロトニルCoAのオレフィンを転位してビニルアセチルCoAを生成する反応を触媒する酵素であれば、特に限定されない。
上述した反応を触媒する酵素の具体例としては、限定されないが、ビニルアセチルCoAデルタイソメラーゼ(EC番号:5.3.3.3)又はそのホモログなどが挙げられる。上記酵素の詳細については、例えば、Fermentation of 4−aminobutyrate by Clostridium aminobutyricum: cloning of two genes involved in the formation and dehydration of 4−hydroxybutyryl−CoA, Archives of Microbiology, 174(3) 189−199 (2000).などの非特許文献を参照することができる。
[4−ヒドロキシブチリルCoAデヒドラターゼ]
本実施形態において、4−ヒドロキシブチリルCoAデヒトラターゼは、ビニルアセチルCoAを水和して4−ヒドロキシブチリルCoAを生成する反応を触媒する酵素であれば、特に限定されない。
本実施形態において、4−ヒドロキシブチリルCoAデヒトラターゼは、ビニルアセチルCoAを水和して4−ヒドロキシブチリルCoAを生成する反応を触媒する酵素であれば、特に限定されない。
上述した反応を触媒する酵素の具体例としては、4−ヒドロキシブチリルCoAデヒドラターゼ(EC番号:4.2.1.120)又はそのホモログなどが挙げられる。上記酵素の詳細については、例えば、Fermentation of 4−aminobutyrate by Clostridium aminobutyricum: cloning of two genes involved in the formation and dehydration of 4−hydroxybutyryl−CoA, Archives of Microbiology, 174(3) 189−199 (2000).などの非特許文献を参照することができる。なお、この非特許文献における事例は、4−ヒドロキシブチリルCoAデヒドラターゼと、前述のビニルアセチルCoAデルタイソメラーゼ(EC番号:5.3.3.3)との複合酵素及びこれをコードする遺伝子に関するものである。しかしながら、各々の酵素の機能を適切に提供することができれば、各々の酵素をコードする遺伝子を別個に使用しても良いし、酵素タンパク質又は触媒サブユニットをコードする遺伝子を使用しても良い。
[アシルCoA還元酵素]
本実施形態で使用されるアシルCoA還元酵素は、4−ヒドロキシブチリルCoAを還元して4−ヒドロキシブタナールを生成する反応を触媒する酵素であれば、特に限定されない。
本実施形態で使用されるアシルCoA還元酵素は、4−ヒドロキシブチリルCoAを還元して4−ヒドロキシブタナールを生成する反応を触媒する酵素であれば、特に限定されない。
上述した反応を触媒する酵素の具体例としては、アルデヒドデヒドロゲナーゼ(アシル化)(EC番号:4.2.1.10)又はそのホモログが挙げられる。
なお、得られた4−ヒドロキシブタナールは、後述する宿主が通常有するアルコール還元酵素により、1,4−ブタンジオールへと導かれるが、アルコール還元酵素をコードする遺伝子を追加的に発現させて、1,4−ブタンジオールを製造しても良い。
本実施形態におけるホモログは、オーソログ及びパラログを含む。オーソログとは、共通祖先の遺伝子から種分化により生じた種間で対応する遺伝子及びその遺伝子より得られる酵素の組を指す。パラログとは、同種内において、種分化でなく遺伝子重複によって生じた種間で対応する遺伝子及びその遺伝子より得られる酵素を指す。ホモログとは、オーソログ、パラログに関係なく配列に同一性を有する遺伝子及びその遺伝子より得られる酵素を指す。
より具体的には、上述した遺伝子のホモログ(遺伝子)は、当該遺伝子に対して90%以上の同一性、好ましくは95%以上の同一性のある塩基配列を有する遺伝子、より好ましくは、その遺伝子と全く同一又はその塩基の1個若しくは数個が欠失、置換又は付加された遺伝子を指す。
また、ホモログ遺伝子は、対象の遺伝子と相補的な塩基配列を有する遺伝子とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする遺伝子を含む。具体的には、公知のデータベースに対するホモロジー検索プログラム(例えば、BLAST、FASTA)を適用して、又は、同定遺伝子の少なくとも一部から成るプローブ(当該遺伝子の塩基配列からなるDNAと相補的な塩基配列からなるDNA)を用いたストリンジェントな条件でのハイブリダイゼーション若しくはポリメラーゼ連鎖反応(PCR)などの常法に基づいて、遺伝子又はその遺伝子による形質転換で得られる酵素として取得することができる。また、当業者であれば、塩基配列を置換等することによって、自ら設計することが可能である。なお、ここで言うストリンジェントな条件としては、例えば、Molecular Cloning −A LABORATORY MANUAL THIRD EDITION(Joseph Sambrook, David W. Russell., Cold Spring Harbor Laboratory Press)の非特許文献に記載されたハイブリダイズさせる条件が挙げられる。ハイブリダイズさせる条件とは、より具体的には、6×SSC(1×SSCの組成:0.15M 塩化ナトリウム、0.015M クエン酸ナトリウムで、pH:7.0)、0.5% SDS、5×デンハート溶液及び100mg/mLニシン精子DNAを含む溶液に、プローブとともに65℃で8〜16時間恒温保持し、ハイブリダイズさせる条件である。
[培養方法]
本発明の反応は、もっとも簡便には、例えば形質転換体をLB培地などの栄養培地で15℃〜40℃、望ましくは18℃〜37℃の温度で24時間程度培養したのち、通常の炭素源、例えば0.01〜50%、望ましくは0.1〜30%のグルコースを炭素源とする培地に移殖し、引き続き同様の温度で1時間〜200時間程度培養し、その過程で培養液中に1,3−ブタンジオール及び/又は1,4−ブタンジオールを蓄積させることにより達せられる。また菌の増殖・反応の進行による炭素源の消費に応じて、連続的あるいは間欠的に炭素源を添加してもよく、この場合の炭素源の反応液中濃度は前記の限りではない。
本発明の反応は、もっとも簡便には、例えば形質転換体をLB培地などの栄養培地で15℃〜40℃、望ましくは18℃〜37℃の温度で24時間程度培養したのち、通常の炭素源、例えば0.01〜50%、望ましくは0.1〜30%のグルコースを炭素源とする培地に移殖し、引き続き同様の温度で1時間〜200時間程度培養し、その過程で培養液中に1,3−ブタンジオール及び/又は1,4−ブタンジオールを蓄積させることにより達せられる。また菌の増殖・反応の進行による炭素源の消費に応じて、連続的あるいは間欠的に炭素源を添加してもよく、この場合の炭素源の反応液中濃度は前記の限りではない。
微生物を培養するための培地炭素源としては、グルコースやシュークロース、フルクトース等の糖類、グリセロール等のポリオール、エタノールや酢酸、クエン酸、コハク酸、乳酸、安息香酸、脂肪酸などの有機物またはこれらのアルカリ金属塩、n−パラフィンなどの脂肪族炭化水素類、芳香族炭化水素類、または例えばペプトン、肉エキス、魚エキス、大豆粉、ふすま等の天然有機物を、単独、あるいはこれらの組み合わせにより、通常0.01%〜30%、望ましくは0.1%〜20%程度の濃度で用いることができる。
微生物を培養するための培地窒素源としては、例えば硫酸アンモニウム、リン酸アンモニウム、硝酸ナトリウム、硝酸カリウムなどの無機窒素化合物、また尿素、尿酸などの含窒素有機物、ペプトン、肉エキス、魚エキス、大豆粉等の天然有機物を単独、あるいはこれらの組み合わせにより、通常0.01%〜20%、望ましくは0.1%〜10%程度の濃度で用いることができる。
さらに必要に応じて、リン酸2水素カリウム等のリン酸塩、硫酸マグネシウム、硫酸第一鉄、酢酸カルシウム、塩化マンガン、硫酸銅、硫酸亜鉛、硫酸コバルト、硫酸ニッケルなどの金属塩を菌の生育、酵素活性の改善のために添加することができる。添加濃度は培養条件により異なるが、通常、リン酸塩に関しては0.01%〜5%、マグネシウム塩においては10ppm〜1%、他の化合物では0.1ppm〜1,000ppm程度である。また選択する培地により、ビタミン類、アミノ酸、核酸などの供給源として例えば酵母エキス、カザミノ酸、酵母核酸を1ppm〜100ppm程度、菌の生育、酵素活性を改善のために添加することができる。
培地のpHは、4.5〜9、望ましくは5〜8に調整することが望ましい。また前記のような培地であらかじめ培養された微生物菌体を、遠心分離、膜ろ過などの方法により培養液から分取し、反応原料を含む水、生理食塩水、または培養のpHと同等のpHに調整されたリン酸、酢酸、ホウ酸、トリス(ヒドロキシメチル)アミノメタンなどとこれらの塩よりなる緩衝液などに再度懸濁し、反応させることは、反応液中の夾雑物を低減し、後の生成物の分取を簡便にするために有用である。反応中のpHは、充分な濃度の緩衝液を用いる場合においては通常維持されうるが、反応の進行により上記pHを逸脱する場合においては、同様のpHとなるよう水酸化ナトリウム、アンモニアなどを用いて適宜調整することが望ましい。
反応液中に1,3−ブタンジオール及び/又は1,4−ブタンジオールが蓄積することにより、反応速度が低下する場合、生成物の濃度に応じて反応液中に、水、生理食塩水、反応緩衝液等を追加し連続的に希釈してゆく方法は好適である。また反応速度が低下した時点で菌を分取し、上清を生産物溶液として回収し、分取した菌は再度反応原料を含む溶液あるいは懸濁液に戻すことにより、反応速度を回復することができる。この操作は、遠心分離器や分離膜等を用いて連続的に、あるいは回分的にも実施することができる。
反応液中に生成した1,3−ブタンジオール及び/又は1,4−ブタンジオールの分離回収および精製は、1,3−ブタンジオール及び/又は1,4−ブタンジオールの生成量が実質的な量に達した時点で、反応液から菌体を遠心分離により除去してから、あるいはそのままの反応液に、一般の有機化合物の分離回収および精製の手段を用いることで行うことができる。例えば、培養液から菌体その他を除去したろ液より、適当な有機溶媒を用いて抽出する。この抽出物をそのまま留去するほか、更に適当な溶媒で再抽出する、あるいはシリカゲル等のクロマトグラフィーを用いて精製する、もしくは多段蒸留等に供することにより、高純度の1,3−ブタンジオール及び/又は1,4−ブタンジオールが得られる。
(実施例及び比較例)
次に、実施例を説明することにより、本発明をより詳細に説明する。
次に、実施例を説明することにより、本発明をより詳細に説明する。
表1に、配列表に対応する配列番号の遺伝子と、該遺伝子がコードする酵素の関係についてまとめたものを示す。
大腸菌K−12株の公知の全ゲノム配列情報を参照して、相同組換え法を用いて、大腸菌JM109(DE3)株のゲノム上より、アシルCoAヒドロラーゼであるアシルCoAチオエステラーゼII遺伝子(tesB)のCDS領域が欠失したJM109(DE3)ΔTesB株を調製した。なお、相同組換え法による遺伝子欠損については、Experiments in Molecular Genetics, Cold Spring Harbor Laboratory press (1972); Matsuyama, S. and Mizushima, S., J. Bacteriol., 162, 1196 (1985)の非特許文献を参照し、常法に従って実施した。欠損したCDS領域の配列については、配列番号6に示す。
配列番号1で示される遺伝子配列の上下流に、発現ベクターpET17b(ノバジェン社製)のマルチクローニングサイト中、NdeIサイトの上流側CAT、下流側ATGをそれぞれ含む上流側、下流側15塩基対分に対応する配列をそれぞれ5'末端側、3'末端側に付加した平滑末端断片を常法により調製した。この断片と、pET17b(ノバジェン社製)をNdeI処理した断片とをIn−Fusion HD Cloning Kit(タカラバイオ社製)によりライゲーションし、プラスミドpETBD1を得た。
pETBD1と同様の方法により、配列番号2で示される遺伝子配列をpET17bのNdeIサイトをターゲットとして挿入した、配列2を含むプラスミドpETBD2を得た。
pETBD1の配列1の終止コドン下流に位置する、pET17bマルチクローニングサイト由来のEcoRIサイトを制限酵素処理により切断し、pETBD1の開環断片を調製した。次にpETBD2の配列2の領域と上流のpET17b由来T7プロモーターを含む領域の上下流に、前記pETBD1のEcoRIサイトを含む上流側15bp分、下流側15bp分に対応する配列を付加した断片を、PCRにより調製した。得られた2つの断片を、In−Fusion HD Cloning Kitによりライゲーションし、配列1及び2を含むプラスミドpETBD1−2を得た。
プラスミドpETBD1−2により、JM109(DE3)ΔTesB株を常法に従って形質転換した。
[参考例2]
形質転換宿主をJM109(DE3)に変更した以外は、参考例1と同様の方法によりプラスミドpETBD1−2による形質転換体を取得した。
形質転換宿主をJM109(DE3)に変更した以外は、参考例1と同様の方法によりプラスミドpETBD1−2による形質転換体を取得した。
[実施例1]
参考例1で調製したpETBD1−2の配列2の下流に位置する、pET17bベクター由来EcoRVサイトGATATCの中央をターゲットとしたインバースPCRにより、プラスミドpETBD1−2の開環断片を調製した。
参考例1で調製したpETBD1−2の配列2の下流に位置する、pET17bベクター由来EcoRVサイトGATATCの中央をターゲットとしたインバースPCRにより、プラスミドpETBD1−2の開環断片を調製した。
pETBD1と同様の方法により、配列番号5で示される遺伝子配列をpET17bのNdeIサイトをターゲットとして挿入した、配列5を含むプラスミドpETBD5を得た。
次に、pETBD5の配列5の領域と上流のpET17b由来T7プロモーターを含む領域の上下流に、前記pETBD1−2のEcoRVサイト配列を含む上流側15bp分、下流側15bp分に対応する配列を付加した断片を、PCRにより調製した。
得られたこれらの断片を、In−Fusion HD Cloning Kitによりライゲーションし、配列1、2、5を含むプラスミドpETBD1−2−5を調製した。当該プラスミドにより、JM109(DE3)ΔTesB株を常法に従い形質転換した。
[比較例1]
形質転換宿主を、JM109(DE3)に変更した他は、実施例1と同様の方法によりプラスミドpETBD1−2−5による形質転換体を取得した。
形質転換宿主を、JM109(DE3)に変更した他は、実施例1と同様の方法によりプラスミドpETBD1−2−5による形質転換体を取得した。
[実施例2]
実施例1で調製したpETBD1−2−5に、更に実施例1と同様の方法により、pETBD1−2−5の配列5の下流側配列をターゲットとして、配列番号3(エノイルCoAヒドラターゼに対応)、配列番号4(ビニルアセチルCoAデルタイソメラーゼ、4−ヒドロキシブチリルCoAデヒドラターゼに対応)で示される遺伝子配列をpET17b由来T7プロモーターとともにIn−Fusion HD Cloning Kitの方法を用いて順次下流側に追加したプラスミドpETBD1−2−5−3−4を調製した。当該プラスミドにより、JM109(DE3)ΔTesB株を常法に従って、形質転換体を得た。
実施例1で調製したpETBD1−2−5に、更に実施例1と同様の方法により、pETBD1−2−5の配列5の下流側配列をターゲットとして、配列番号3(エノイルCoAヒドラターゼに対応)、配列番号4(ビニルアセチルCoAデルタイソメラーゼ、4−ヒドロキシブチリルCoAデヒドラターゼに対応)で示される遺伝子配列をpET17b由来T7プロモーターとともにIn−Fusion HD Cloning Kitの方法を用いて順次下流側に追加したプラスミドpETBD1−2−5−3−4を調製した。当該プラスミドにより、JM109(DE3)ΔTesB株を常法に従って、形質転換体を得た。
[比較例2]
形質転換宿主を、JM109(DE3)に変更した他は、実施例2と同様の方法により、プラスミドpETBD1−2−5−3−4による形質転換体を取得した。
形質転換宿主を、JM109(DE3)に変更した他は、実施例2と同様の方法により、プラスミドpETBD1−2−5−3−4による形質転換体を取得した。
各実施例、比較例及び参考例で得られた形質転換体をそれぞれ、アンピシリン100mg/Lを含むLB培地5mLで37℃、12時間、好気下で培養した。培養液0.1mLを、グルコース1%、アンピシリン100mg/L、IPTG0.2mMを含むLB培地5mLに移植し、30℃、48時間、好気下で培養した。培養液上清を、高速液体クロマトグラフィー(HPLC:カラム;Shodex SH−1011(昭和電工製)、カラム温度:60℃、溶離液:25mM硫酸水溶液、流速0.6mL/min、検出:示差屈折検出器)に供試した。培養液中に生成した3−ヒドロキシブタン酸量、1,3−ブタンジオール量及び/又は1,4−ブタンジオール量を、表2に示す。
本出願は、2012年12月12日に日本国特許庁に出願された特願2012−271519号に基づく優先権を主張するものであり、特願2012−271519号の全内容を本出願に援用する。
Claims (12)
- 微生物及び/又はその培養物を用いて、3−ヒドロキシブチリルCoA経由で、アシルCoA還元酵素による酵素反応を利用してブタンジオール類を製造する方法であって、 前記微生物は、アシルCoAヒドロラーゼ(EC番号:3.1.2.−)の活性を欠損もしくは低減されていることを特徴とする、ブタンジオール類の製造方法。
- アシルCoAヒドロラーゼが、EC番号:3.1.2.2又はEC番号:3.1.2.20に分類されるアシルCoAヒドロラーゼである、請求項1に記載のブタンジオール類の製造方法。
- 前記微生物は、β−ケトチオラーゼ(EC番号:2.3.1.9)をコードする遺伝子、3−ヒドロキシブチリルCoAデヒドロゲナーゼ(EC番号:1.1.1.35)をコードする遺伝子及びアシルCoA還元酵素(EC番号:1.2.1.10)をコードする遺伝子を含む、請求項1に記載のブタンジオール類の製造方法。
- 前記微生物は、エノイルCoAヒドラターゼ(EC番号:4.2.1.17)をコードする遺伝子、ビニルアセチルCoAデルタイソメラーゼ(EC番号:5.3.3.3)をコードする遺伝子及び4−ヒドロキシブチリルCoAデヒドラターゼ(EC番号:4.2.1.120)をコードする遺伝子を更に含む、請求項3に記載のブタンジオール類の製造方法。
- 前記微生物は、大腸菌、酵母、コリネ型細菌又はクロストリジウム属細菌である、請求項1に記載のブタンジオール類の製造方法。
- 前記微生物は、アシルCoAチオエステラーゼII遺伝子(tesB)のCDS領域が欠損した大腸菌である、請求項5に記載のブタンジオール類の製造方法。
- 微生物のアシルCoAヒドロラーゼ(EC番号:3.1.2.−)の活性を欠損もしくは低減させる工程を含むことを特徴とする、ブタンジオール類製造用微生物の作製方法。
- アシルCoAヒドロラーゼが、EC番号:3.1.2.2又はEC番号:3.1.2.20に分類されるアシルCoAヒドロラーゼである、請求項7に記載のブタンジオール類製造用微生物の作製方法。
- β−ケトチオラーゼ(EC番号:2.3.1.9)をコードする遺伝子、3−ヒドロキシブチリルCoAデヒドロゲナーゼ(EC番号:1.1.1.35)をコードする遺伝子及びアシルCoA還元酵素(EC番号:1.2.1.10)をコードする遺伝子を含み、アシルCoAヒドロラーゼ(EC番号:3.1.2.−)の活性が欠損もしくは低減された微生物。
- アシルCoAヒドロラーゼが、EC番号:3.1.2.2又はEC番号:3.1.2.20に分類されるアシルCoAヒドロラーゼである、請求項9に記載の微生物。
- エノイルCoAヒドラターゼ(EC番号:4.2.1.17)をコードする遺伝子、ビニルアセチルCoAデルタイソメラーゼ(EC番号:5.3.3.3)をコードする遺伝子及び4−ヒドロキシブチリルCoAデヒドラターゼ(EC番号:4.2.1.120)をコードする遺伝子を更に含む請求項9に記載の微生物。
- 前記微生物が、大腸菌、酵母、コリネ型細菌又はクロストリジウム属細菌である、請求項9のいずれかに記載の微生物。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2012271519 | 2012-12-12 | ||
JP2012271519 | 2012-12-12 | ||
PCT/JP2013/082634 WO2014091991A1 (ja) | 2012-12-12 | 2013-12-04 | ブタンジオール類の製造方法、ブタンジオール類製造用微生物の作製方法及び微生物 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JPWO2014091991A1 true JPWO2014091991A1 (ja) | 2017-01-12 |
Family
ID=50934283
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2014552007A Pending JPWO2014091991A1 (ja) | 2012-12-12 | 2013-12-04 | ブタンジオール類の製造方法、ブタンジオール類製造用微生物の作製方法及び微生物 |
Country Status (5)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US20150307905A1 (ja) |
EP (1) | EP2933339A4 (ja) |
JP (1) | JPWO2014091991A1 (ja) |
CN (1) | CN104838008A (ja) |
WO (1) | WO2014091991A1 (ja) |
Families Citing this family (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP7475598B2 (ja) * | 2020-03-04 | 2024-04-30 | 大阪瓦斯株式会社 | 1,3-ブタンジオールの製造方法 |
Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2009504146A (ja) * | 2005-08-09 | 2009-02-05 | ヘルムホルツ−ツェントルム フュア インフェクツィオンスフォルシュンク ゲーエムベーハー | 遺伝子組み換えの微生物によって産生された細胞外のポリヒドロキシアルカノエート |
JP2012529267A (ja) * | 2009-06-04 | 2012-11-22 | ゲノマチカ, インク. | 1,4−ブタンジオールの生成のための微生物体及び関連する方法 |
Family Cites Families (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP1882712B1 (en) | 2005-04-22 | 2010-04-21 | Mitsubishi Chemical Corporation | Biomass-resource-derived polyester and production process thereof |
JP4554585B2 (ja) | 2006-11-08 | 2010-09-29 | 林田工業株式会社 | エンジン試運転用スタータ取付治具 |
WO2011071682A1 (en) * | 2009-12-10 | 2011-06-16 | Genomatica, Inc. | Methods and organisms for converting synthesis gas or other gaseous carbon sources and methanol to 1,3-butanediol |
CA2888197C (en) * | 2012-10-15 | 2023-03-07 | Genomatica, Inc. | Microorganisms and methods for production of specific length fatty alcohols and related compounds |
-
2013
- 2013-12-04 EP EP13861721.2A patent/EP2933339A4/en not_active Withdrawn
- 2013-12-04 WO PCT/JP2013/082634 patent/WO2014091991A1/ja active Application Filing
- 2013-12-04 CN CN201380064005.4A patent/CN104838008A/zh active Pending
- 2013-12-04 JP JP2014552007A patent/JPWO2014091991A1/ja active Pending
- 2013-12-04 US US14/443,406 patent/US20150307905A1/en not_active Abandoned
Patent Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2009504146A (ja) * | 2005-08-09 | 2009-02-05 | ヘルムホルツ−ツェントルム フュア インフェクツィオンスフォルシュンク ゲーエムベーハー | 遺伝子組み換えの微生物によって産生された細胞外のポリヒドロキシアルカノエート |
JP2012529267A (ja) * | 2009-06-04 | 2012-11-22 | ゲノマチカ, インク. | 1,4−ブタンジオールの生成のための微生物体及び関連する方法 |
Non-Patent Citations (6)
Title |
---|
APPL. ENVIRON. MICROBIOL., (2009), 72, [10], P.3137-3145, JPN6014010629, ISSN: 0003721835 * |
APPL. ENVIRON. MICROBIOL., (2010), 76, [1], P.190-195, JPN6014010641, ISSN: 0003721839 * |
BIOCHEM. J., (2006), 397, [1], P.69-76, JPN6014010632, ISSN: 0003721836 * |
J. BACTERIOL., (1975), 122, [2], P.407-411, JPN6014010634, ISSN: 0003721837 * |
J. BIOL. CHEM., (1981), 256, [8], P.3894-3899, JPN6014010638, ISSN: 0003721838 * |
J.BIOL. CHEM., (1993), 268, [13], P.9238-9245, JPN6014010627, ISSN: 0003721834 * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
US20150307905A1 (en) | 2015-10-29 |
WO2014091991A1 (ja) | 2014-06-19 |
CN104838008A (zh) | 2015-08-12 |
EP2933339A1 (en) | 2015-10-21 |
EP2933339A4 (en) | 2016-06-22 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP7380768B2 (ja) | アルデヒドの製造方法 | |
JP2023512327A (ja) | エクトインの改善された産生のための改変された微生物および方法 | |
JP7359248B2 (ja) | 目的物質の製造方法 | |
CN107532185B (zh) | 羟基-l-哌可酸的制造方法 | |
RU2699516C2 (ru) | Новая лизиндекарбоксилаза и способ получения кадаверина с ее использованием | |
Son et al. | Production of trans-cinnamic acid by whole-cell bioconversion from L-phenylalanine in engineered Corynebacterium glutamicum | |
WO2014045781A1 (ja) | ブタンジオール類の製造方法 | |
WO2014080687A1 (ja) | 1,4-ブタンジオールの製造方法及び微生物 | |
WO2020226087A1 (ja) | バニリンの製造方法 | |
JP6208146B2 (ja) | 1,4−ブタンジオールの製造方法、微生物及び遺伝子 | |
WO2014091991A1 (ja) | ブタンジオール類の製造方法、ブタンジオール類製造用微生物の作製方法及び微生物 | |
WO2014080683A1 (ja) | 1,4-ブタンジオールの製造方法及び微生物 | |
JP6243851B2 (ja) | 1,4−ブタンジオールの製造方法及び微生物 | |
WO2014046178A1 (ja) | 遺伝子、微生物、変換方法及び製造方法 | |
CN116064494B (zh) | 一种谷氨酸脱羧酶突变体、基因及其应用 | |
JP2016158580A (ja) | グルコースの溶出抑制方法 | |
CN111757673A (zh) | 诱导rna沉默的方法 | |
JP2004041107A (ja) | L−アミノ酸の製造方法 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20170711 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20180123 |