JPWO2011052715A1 - 修飾2本鎖ポリヌクレオチド - Google Patents

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Abstract

標的遺伝子中の標的配列に相補的な塩基配列からなるセンス鎖ポリヌクレオチド、及び該センス鎖ポリヌクレオチドに相補的な塩基配列を有するアンチセンス鎖ポリヌクレオチドを有する2本鎖ポリヌクレオチドであって、該アンチセンス鎖ポリヌクレオチドの5’末端のリン酸基にアリールもしくはヘテロアリール化合物が結合している2本鎖ポリヌクレオチド。

Description

本発明はRNA干渉作用及び/又は遺伝子発現抑制作用を有する2本鎖ポリヌクレオチド、該2本鎖ポリヌクレオチドの使用、該2本鎖ポリヌクレオチドを用いた遺伝子発現抑制方法、該2本鎖ポリヌクレオチドを含有する医薬等に関する。
細胞、組織、あるいは個体内の標的遺伝子の発現を阻害する方法として、当該細胞、組織、あるいは個体内に2本鎖RNAを導入する手法がある。2本鎖RNAの導入によって、その配列に相同性を持つmRNAが分解され、標的遺伝子の発現が阻害される。この効果は「RNA干渉」または「RNAi」と呼ばれている。RNA干渉は最初に線虫で報告され(例えば、非特許文献1参照。)、その後に植物でも報告されている(例えば、非特許文献2参照。)。
3’末端に2ヌクレオチドのオーバーハングを有する、センス鎖、アンチセンス鎖それぞれ21ヌクレオチドからなる2本鎖RNA(small interfering RNA:siRNA)は、脊椎動物の培養細胞において、RNA干渉作用を有することが報告されている(例えば、非特許文献3参照。)。siRNAは遺伝子機能の同定、有用物質生産に適した細胞株のスクリーニング、疾患に関与する遺伝子の制御等に有用であるとされているが、RNA分解酵素によって容易に分解されるという性質を有する(例えば、非特許文献4参照。)。
siRNAのセンス鎖、アンチセンス鎖の5’末端の修飾に関しては、いくつの報告がある。センス鎖、または、アンチセンス鎖の5’末端に6−アミノヘキシルリン酸基を有するsiRNAは、標的mRNA発現抑制活性があると報告されている(例えば、非特許文献5参照。)。一方、アンチセンス鎖の5’末端に同じ6−アミノヘキシルリン酸基を有するsiRNAは、標的mRNA発現抑制活性がないと報告されている(例えば、非特許文献6参照。)。また、センス鎖の5’末端に3−アミノプロピルリン酸基を有するsiRNAは標的mRNA発現抑制活性があるが、アンチセンス鎖の5’末端に3−アミノプロピルリン酸基を有するsiRNAは、標的mRNA発現抑制活性がないと報告されている(例えば、非特許文献7参照。)。アンチセンス鎖の5’末端に同様の6−アミノヘキシルリン酸基または3−アミノプロピルリン酸基を有するsiRNAは、未修飾siRNAと比較し、標的mRNA発現抑制活性の低下が見られるが完全に活性が失われるものでないと報告されている(例えば、非特許文献8参照。)。
センス鎖またはアンチセンス鎖の5’末端にフルオレセインを有するsiRNAにおいても標的mRNA発現抑制活性を有すると報告されている(例えば、非特許文献9参照。)。センス鎖またはアンチセンス鎖の5’末端にステロイドまたは脂質の構造を有するsiRNAにおいて、センス鎖の5’末端にステロイドまたは脂質の構造を有するsiRNAでは、標的mRNAの発現を抑制する活性を有すると報告されている(例えば、非特許文献8参照。)。UV照射により脱離することができるオルトニトロベンジル誘導体をアンチセンス鎖の5’末端に有する場合、UV照射を用いて標的mRNA発現抑制する活性を制御できると報告している(例えば、非特許文献10参照。)。
本発明者らは、RNA干渉作用及び/又は遺伝子発現抑制作用を有するポリヌクレオチドを取得すべく、鋭意研究を行ったところ、RNA干渉作用及び/又は遺伝子発現抑制作用を有する2本鎖ポリヌクレオチドのアンチセンス鎖の5’末端に芳香族置換基(本明細書では「Ar」と略することがある。)が結合している2本鎖ポリヌクレオチドを見出し、本発明を完成させた。
Nature、1998年、第391巻、p.806−811 Science、1999年、第286巻、p.950−952 Nature、2001年、第411巻、p.494−498 Clinical Chemistry、2002年、第48巻、p.1647−1653 Molecular Cell、2002年、第10巻、p.537−548 Nucleic Acids Research、2003年、第31巻、p.2705−2716 Molecular Cell、2002年、第10巻、p.549−561 Oligonucleotides、2007年、第176巻、p.35−43 Antisense Nucleic Acid Drug Development、2003年、第13巻、p.83−105 Biochimica Biophysica Acta、2006年、第1758巻、p. 394−403
本発明の一つの課題は、RNA干渉作用及び/又は遺伝子発現抑制作用を有する2本鎖ポリヌクレオチドを提供することである。
本発明の一つの課題は、RNA分解酵素に安定なRNA干渉作用及び/又は遺伝子発現抑制作用を有する2本鎖ポリヌクレオチドを提供することである。
本発明の他の一つの課題は上記2本鎖ポリヌクレオチドによって遺伝子発現を抑制する方法を提供することである。
本発明の他の一つの課題は上記2本鎖ポリヌクレオチドを含有する医薬品を提供することである。
すなわち、本発明は、
(1)標的遺伝子中の標的配列に相補的な塩基配列からなるセンス鎖ポリヌクレオチド、及び該センス鎖ポリヌクレオチドに相補的な塩基配列を有するアンチセンス鎖ポリヌクレオチドを有する2本鎖ポリヌクレオチドであって、該アンチセンス鎖ポリヌクレオチドの5’末端のリン酸基に、下記の式Xで示される置換基が結合してリン酸ジエステル構造を形成している、2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩:
Xは、
(a) 式(I)
式中、Aは、窒素原子またはC−Rを示し、
およびRは、各々独立に、
水素原子、
置換基を有していてもよい炭素数1から8のアルキル基、
置換基を有していてもよい炭素数1から8のアルコキシ基、
置換基を有していてもよい炭素数3から6の環状アルキル基、
ハロゲン原子、
置換基を有していてもよい炭素数1から8のアルキル基を含むアルキルカルボニル基、
置換基を有していてもよいフェニル基、
置換基を有していてもよいフェニルオキシ基、
置換基を有していてもよい、窒素原子、酸素原子、及び硫黄原子からなる群の複素原子から選らばれる1から3の複素原子を含有し、飽和でも不飽和でもよい、5員環もしくは6員環の複素環基、
フェニル基部分に置換基を有していてもよいアラルキル基、
フェニル基部分に置換基を有していてもよいアラルキルオキシ基、
炭素数1から6のアルキルスルホニル基、
水酸基、
炭素数1から9のアルキル基を有するアルキルカルボニルアミノ基
炭素数1から9のアルキル基を有し、該アルキル基の末端の炭素原子に水酸基が置換したヒドロキシアルキルカルボニルアミノ基、
炭素数1から8のアルキル基を有するN−アルキルカルバモイル基、
炭素数1から9のアルキル基を有し、該アルキル基の末端の炭素原子に水酸基が置換したN−(ヒドロキシアルキル)カルバモイル基、
炭素数1から8のアルキル基を有し、1から4の炭素原子を含むアルキレン基で芳香環と結合する、N−アルキルカルバモイルアルキレン基、
炭素数1から9のアルキル基を有し、該アルキル基の末端の炭素原子に水酸基が置換した、1から4の炭素原子を含むアルキレン基で芳香環と結合する、N−(ヒドロキシアルキル)カルバモイルアルキレン基、
カルボキシ基、もしくは、
式:−(CH)k−CONR
式中、R及びRは、各々独立に、水素原子、置換基を有していてもよい炭素数1から6のアルキル基、またはフェニル基部分に置換基を有していてもよいアラルキル基を示し、kは0から3の整数を示す、
で示される基、
であるか、または、
とRとは一体化して、RとRとが結合している芳香環とで、置換基を有していてもよい、二環性または三環性の環状構造を形成してもよく、該環状構造は、飽和でも不飽和でもよく、さらに該環状構造には1または1以上の複素原子を環の構成原子として含んでいてもよく、オキソ基を有していてもよい。
で示される置換基を示し、
は、
ハロゲン原子、
炭素数1から6のアルキル基、
炭素数1から6のアルコキシ基、
ハロゲノメチル基、
水酸基、もしくは
水素原子を示す。
であるか、あるいは
(b) アミノ基上に置換基を有していてもよい、フェニル基上の水酸基が結合部位であるチロシン残基を示す。
(2)式(I)において、Aが、C−Rである(1)に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩、
(3)Rが、水素原子である、(2)に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩、
(4)センス鎖ポリヌクレオチドが以下の式(II)に示すポリヌクレオチドからなり、アンチセンス鎖ポリヌクレオチドが以下の式(III)に示すポリヌクレオチドからなり、更に以下の(a)乃至(d)に示される特徴を有する、(1)乃至(3)のいずれか1項に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩:
5’−(γ−β)−γ−λ−3’(II)
5’−X−β−(γ−β)−υ−3’(III)
(a)γはRNA、βは2’−OMeRNA、λ及びυはDNAを示す;
(b)m及びnは同一又は異なって、0〜5のいずれかの整数を示す。;
(c)式(II)で示されるポリヌクレオチドのうち、(γ−β)−γは標的遺伝子と同一のヌクレオチド配列からなる;
(d)式(II)における(γ−β)−γと式(III)におけるβ―(γ−β)は互いに相補的なヌクレオチド配列からなる:
(5)センス鎖ポリヌクレオチドが以下の式(IV)に示すポリヌクレオチドからなり、アンチセンス鎖ポリヌクレオチドが以下の式(V)に示すポリヌクレオチドからなり、更に以下の(a)乃至(d)に示される特徴を有する、(1)乃至(3)のいずれか1項に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩:
5’−(α−β)−α−λ−3’(IV)
5’−X−δ−(α−β)−υ−3’(V)
(a)α及びβは異なってDNA又は2’−OMeRNA、δ及びλは同一又は異なってDNA又は2’−OMeRNA、υは同一又は異なってはDNA、RNA及び2’−OMeRNAから選択されるいずれかのヌクレオチドを示す;
(b)pは0又は1の整数を示し、mはpが0のときは0であり、pが1のときは0〜5のいずれかの整数を示す。sは0又は1の整数を示し、nは0〜5のいずれかの整数を示す。;
(c)式(IV)で示されるポリヌクレオチドのうち、(α−β)−αは標的遺伝子と同一のヌクレオチド配列からなる;
(d)式(IV)における(α−β)と式(V)における(α−β)は互いに相補的なヌクレオチド配列からなる、
(6)センス鎖ポリヌクレオチドが以下の式(VI)に示すポリヌクレオチドからなり、アンチセンス鎖ポリヌクレオチドが以下の式(VII)に示すポリヌクレオチドからなり、更に、以下の(a)乃至(d)に示される特徴を有する、(1)乃至(3)のいずれか1項に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩:
5’−β−(α−β)−α−λ−3’(VI)
5’−X−δ−(α−β)−(α―β)−υ−3’(VII)
(a)α及びβは異なってDNA又は2’−OMeRNA、δ及びλは同一又は異なってDNA又は2’−OMeRNA、υは同一又は異なってはDNA、RNA及び2’−OMeRNAから選択されるいずれかのヌクレオチドを示す;
(b)pは0又は1の整数を示し、mはpが0のときは0であり、pが1のときは0〜5のいずれかの整数を示す。sは0又は1の整数を示し、nは0〜5のいずれかの整数を示す;
(c)式(VI)で示されるポリヌクレオチドのうち、β−(α−β)−αは標的遺伝子と同一のヌクレオチド配列からなる;
(d)式(VI)における(α−β)と式(VII)における(α−β)は互いに相補的なヌクレオチド配列からなる、
(7)αがDNA、βが2’−OMeRNAであることを特徴とする、(5)又は(6)に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩、
(8)λ及びυが同一又は異なってチミン塩基、アデニン塩基又はグアニン塩基を有するDNA、又は、ウラシル塩基、アデニン塩基又はグアニン塩基を有する2’−OMeRNAのいずれかであることを特徴とする、(4)乃至(7)のいずれか1項に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩、
(9)mが0、nが2であることを特徴とする、(4)乃至(8)のいずれか1項に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩、
(10)p及びmが0、sが1、nが2であることを特徴とする、(5)乃至(9)のいずれか1項に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩、
(11)p及びmが0、sが0又は1、nが2であり、υがDNA又は2’−OMeRNAであることを特徴とする、(5)乃至(9)のいずれか1項に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩、
(12)2’−OMeRNAの任意の1〜4残基がENA又は2’,4’−BNA/LNAに置換されていることを特徴とする、(4)乃至(11)のいずれか1項に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩、
(13)DNAの任意の1〜4残基がRNA、ENA又は2’,4’−BNA/LNAに置換されていることを特徴とする、(4)乃至(12)のいずれか1項に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩、
(14)各ヌクレオチドがリン酸ジエステル結合又はホスホロチオエート結合で結合していることを特徴とする、(1)乃至(13)のいずれか1項に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩、
(15)(1)乃至(14)のいずれか1項に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩を有効成分として含有する医薬、
(16)(1)乃至(15)から選択される2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩を哺乳動物に投与することによる、標的遺伝子の発現抑制方法、
からなる。
本発明により、RNA干渉作用及び/又は遺伝子発現抑制作用を有する2本鎖ポリヌクレオチドが提供された。また、本発明により、RNA分解酵素、ホスファターゼ、及びエキソヌクレアーゼから選択される少なくともいずれか一つに対して安定なRNA干渉作用及び/又は遺伝子発現抑制作用を有する2本鎖ポリヌクレオチドが提供された。また本発明により、RNA分解酵素、ホスファターゼ、及びエキソヌクレアーゼに対して安定なRNA干渉作用及び/又は遺伝子発現抑制作用を有する2本鎖ポリヌクレオチドが提供された。該ポリヌクレオチドを用いて各種遺伝子の機能解析が可能になり、また、該2本鎖ポリヌクレオチドを含む医薬品が提供される。
該ポリヌクレオチドを用いて各種遺伝子の機能解析が可能になり、また、該2本鎖ポリヌクレオチドを含む医薬品が提供される。
ヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。(以下、各図中、センス鎖、アンチセンス鎖の実施例のポリヌクレオチドの組み合わせを示す。シンボルのうち、白四角(□)はRNA、黒丸(●)はDNA、白丸(○)は2’−O−メチルRNAを示す。白ダイヤモンド(◇)はENAを示す。図中のpはリン酸基を示す。sは、リン酸基またはリン酸ジエステル結合がそれぞれチオリン酸基またはホスホロチオエート結合であることを示す。以下の図でも同じである。) ヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。配列中のXの構造も示す。以下の図においても同様である。 各種2本鎖ポリヌクレオチドによるヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性の強さをウエスタンブロット解析の結果で示す図。CTNNB1はヒトβ−カテニンタンパク質の発現を示し、Actinはコントロールとして用いたβ−アクチンタンパク質の発現を示す。数字は添加した2本鎖ポリヌクレオチドの濃度を示す。バンドが薄いほどヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性が強いことを示す。図中で「CT001/CT005」と表記されているのは「CT−001/CT−005」を意味し、このように2本鎖ポリヌクレオチドの表記において、「ハイフン:−」を省略することがある。アンチセンス鎖の5‘末端に結合している化合物の構造も示す。以下の図においても同様である。 ヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。 各種2本鎖ポリヌクレオチドによるヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性の強さをウエスタンブロット解析の結果で示す図。CTNNB1はヒトβ−カテニンタンパク質の発現を示し、Actinはコントロールとして用いたβ−アクチンタンパク質の発現を示す。数字は添加した2本鎖ポリヌクレオチドの濃度を示す。バンドが薄いほどヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性が強いことを示す。 ヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。 各種2本鎖ポリヌクレオチドによるヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性の強さをウエスタンブロット解析の結果で示す図。CTNNB1はヒトβ−カテニンタンパク質の発現を示し、Actinはコントロールとして用いたβ−アクチンタンパク質の発現を示す。数字は添加した2本鎖ポリヌクレオチドの濃度を示す。バンドが薄いほどヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性が強いことを示す。 ヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。 各種2本鎖ポリヌクレオチドによるヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性の強さをウエスタンブロット解析の結果で示す図。CTNNB1はヒトβ−カテニンタンパク質の発現を示し、Actinはコントロールとして用いたβ−アクチンタンパク質の発現を示す。数字は添加した2本鎖ポリヌクレオチドの濃度を示す。バンドが薄いほどヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性が強いことを示す。 ヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。 各種2本鎖ポリヌクレオチドによるヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性の強さをウエスタンブロット解析の結果で示す図。CTNNB1はヒトβ−カテニンタンパク質の発現を示し、Actinはコントロールとして用いたβ−アクチンタンパク質の発現を示す。数字は添加した2本鎖ポリヌクレオチドの濃度を示す。バンドが薄いほどヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性が強いことを示す。 CT−203に対する脱リン酸化酵素(phosphatase)の作用及び、CT−203の液体クロマトグラム(A)、Phosphatase処理後のクロマトグラム(B)、CT−328のクロマトグラム(C)を示す図。 CT−292に対する脱リン酸化酵素(phosphatase)の作用及び、CT−292の液体クロマトグラム(A)、Phosphatase処理後のクロマトグラム(B)、CT−328のクロマトグラム(C)を示す図。 CT−203に対する5’−3’エキソヌクレアーゼ(5’−3’−exonuclease)の作用を示す図。Aは反応時間0分、Bは15分、Cは30分、Dは45分後のサンプルの液体クロマトグラムを示す。 CT−292に対する5’−3’エキソヌクレアーゼ(5’−3’−exonuclease)の作用を示す図。Aは反応時間0分、Bは15分、Cは30分、Dは45分後のサンプルの液体クロマトグラムを示す。 ヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。 各種2本鎖ポリヌクレオチドによるヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性の強さをウエスタンブロット解析の結果で示す図。CTNNB1はヒトβ−カテニンタンパク質の発現を示し、Actinはコントロールとして用いたβ−アクチンタンパク質の発現を示す。数字は添加した2本鎖ポリヌクレオチドの濃度を示す。バンドが薄いほどヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性が強いことを示す。 各種2本鎖ポリヌクレオチドによるヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性の強さをウエスタンブロット解析の結果で示す図。CTNNB1はヒトβ−カテニンタンパク質の発現を示し、Actinはコントロールとして用いたβ−アクチンタンパク質の発現を示す。数字は添加した2本鎖ポリヌクレオチドの濃度を示す。バンドが薄いほどヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性が強いことを示す。 ヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。 A法の概要を示す図。 B法の概要を示す図。 各種2本鎖ポリヌクレオチドによるヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性の強さをウエスタンブロット解析の結果で示す図。CTNNB1はヒトβ−カテニンタンパク質の発現を示し、Actinはコントロールとして用いたβ−アクチンタンパク質の発現を示す。数字は添加した2本鎖ポリヌクレオチドの濃度を示す。バンドが薄いほどヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性が強いことを示す。 各種2本鎖ポリヌクレオチドによるヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性の強さをウエスタンブロット解析の結果で示す図。CTNNB1はヒトβ−カテニンタンパク質の発現を示し、Actinはコントロールとして用いたβ−アクチンタンパク質の発現を示す。数字は添加した2本鎖ポリヌクレオチドの濃度を示す。バンドが薄いほどヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性が強いことを示す。 ヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。 各種2本鎖ポリヌクレオチドによるヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性の強さをウエスタンブロット解析の結果で示す図。CTNNB1はヒトβ−カテニンタンパク質の発現を示し、Actinはコントロールとして用いたβ−アクチンタンパク質の発現を示す。数字は添加した2本鎖ポリヌクレオチドの濃度を示す。バンドが薄いほどヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性が強いことを示す。 ヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。 MCL1遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。 各種2本鎖ポリヌクレオチドによるヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性の強さをウエスタンブロット解析の結果で示す図。CTNNB1はヒトβ−カテニンタンパク質の発現を示し、Actinはコントロールとして用いたβ−アクチンタンパク質の発現を示す。数字は添加した2本鎖ポリヌクレオチドの濃度を示す。バンドが薄いほどヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性が強いことを示す。 ヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。 各種2本鎖ポリヌクレオチドによるMyeloid Cell Leukemia Sequence 1(MCL1)遺伝子の発現抑制活性の強さをウエスタンブロット解析の結果で示す図。MCL1はMCL1タンパク質の発現を示し、CTNNB1はコントロールとして用いたCTNNB1タンパク質の発現を示す。数字は添加した2本鎖ポリヌクレオチドの濃度を示す。バンドが薄いほどMCL1遺伝子の発現抑制活性が強いことを示す。 ヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。 ヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。 各種2本鎖ポリヌクレオチドによるヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性の強さをウエスタンブロット解析の結果で示す図。CTNNB1はヒトβ−カテニンタンパク質の発現を示し、Actinはコントロールとして用いたβ−アクチンタンパク質の発現を示す。数字は添加した2本鎖ポリヌクレオチドの濃度を示す。バンドが薄いほどヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性が強いことを示す。 ヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。 各種2本鎖ポリヌクレオチドによるヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性の強さをウエスタンブロット解析の結果で示す図。CTNNB1はヒトβ−カテニンタンパク質の発現を示し、Actinはコントロールとして用いたβ−アクチンタンパク質の発現を示す。数字は添加した2本鎖ポリヌクレオチドの濃度を示す。バンドが薄いほどヒトβ−カテニン遺伝子の発現抑制活性が強いことを示す。 参考例22〜参考例33、参考例36、参考例40〜参考例42に記載の化合物の構造を示す図。 ヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。 リアルタイムPCR解析による2本鎖ポリヌクレオチドの遺伝子抑制活性を示す図。 ヒトβ−カテニン遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを示す図。 リアルタイムPCR解析による2本鎖ポリヌクレオチドの遺伝子抑制活性を示す図。
1.用語の説明
本明細書において、「標的遺伝子」とは、これを導入する細胞、組織、あるいは固体(以下これを「被導入体」と称することがある。)においてmRNA及び/又はタンパク質を産生するように翻訳され得るものであれば特に制限されない。具体的には、導入する被導入体に内在性のものでも、遺伝子導入等の手法によって導入される外来性のものでもよい。また、染色体上に存在する遺伝子でも、染色体外のものでもよい。外来性の遺伝子としては、例えば、被導入体に感染可能なウイルス、バクテリア、真菌または原生動物由来のものが挙げられるがこれらに制限されない。遺伝子の機能については既知のものでも未知のものでもよい。
そのような標的遺伝子の例としては、特定の疾患を有する患者において特異的に発現が上昇している及び/又は特異的に変異している遺伝子を挙げることができ、疾患としては、中枢疾患(例えば、アルツハイマー病、痴呆、摂食障害など)、炎症性疾患(例えば、アレルギー、リュウマチ、変形性関節症、エリテマトーデスなど)、循環器疾患(例えば、高血圧症、心肥大、狭心症、動脈硬化症等)、癌(例えば、非小細胞肺癌、卵巣癌、前立腺癌、胃癌、膀胱癌、乳癌、子宮頸部癌、結腸癌、直腸癌等)、呼吸器疾患(例えば、肺炎、気管支炎、喘息、肺繊維症など)、糖尿病、免疫系疾患(例えば、クローン病、アトピー性皮膚炎、自己免疫疾患、免疫不全、白血病等)、肝臓・胆のう疾患(例えば、肝硬変、肝炎、肝不全、胆汁うっ滞症、結石等)、消化管疾患(例えば、潰瘍、腸炎、吸収不良等)、感染症、肥満を挙げることができ、これらの疾患の原因遺伝子としては、例えば、kinesin spindle protein(KSP)、vascular endothelial growth factor, (VEGF)、transthyretin (TTR)、proprotein convertase subtilisn/kexin type 9(PCSK9)、polo−like kinase(PLK)、ApoB−100、ribonucleotide reductase M2 subunit (RRM2)、clusterin、heat shock protein 27(Hsp27)、survivin、eukaryotic initiation factor−4E (eIF−4E)、intercellular adhesion molecule 1(ICAM−1)、alpha subunit of the interleukin 4 receptor (IL−4R−alpha)、Factor XI、 Factor VII、N−ras、H−ras、K−ras、bcl−2、bcl−xL、Her−1、Her−2、Her−3、Her−4、MDR−1、ヒトβ−カテニン遺伝子、DDX3(DEAD (Asp−Glu−Ala−Asp) box polypeptide 3, X−linked)、Myeloid Cell Leukemia Sequence 1(MCL1)遺伝子を挙げることが出来るがこれらに限定されない。
本明細書において、「天然型のヌクレオシド」とは、2’−デオキシアデノシン、2’−デオキシグアノシン、2’−デオキシシチジン、2’−デオキシ−5−メチルシチジン、チミジン等の2’−デオキシヌクレオシド、アデノシン、グアノシン、シチジン、5−メチルシチジン、ウリジン等のリボヌクレオシドをいう。また、「オリゴヌクレオチド」とは、ヌクレオシドの糖部分がリン酸とエステルを形成している化合物から構成されるオリゴヌクレオチドのことをいう。
本明細書においては2’−デオキシアデノシンをA、2’−デオキシグアノシンをG、2’−デオキシシチジンをC、2’−デオキシ−5−メチルシチジンを5meC、チミジンをT、2’−デオキシウリジンをU、アデノシンをArt、グアノシンをGrt、シチジンをCrt、5−メチルシチジンを5meCrt、ウリジンをUrtと表すこともある。また、本明細書中においては、2’−デオキシアデノシンヌクレオチドをA、2’−デオキシグアノシンヌクレオチドをG、2’−デオキシシチジンヌクレオチドをC、2’−デオキシ−5−メチルシチジンヌクレオチドを5meC、チミジンヌクレオチドをT、2’−デオキシウリジンヌクレオチドをU、アデノシンヌクレオチドをArp、グアノシンヌクレオチドをGrp、シチジンヌクレオチドをCrp、5−メチルシチジンヌクレオチドを5meCrp、ウラシルヌクレオチドをUrpと表すこともある。
本明細書においてはヌクレオチドのリン酸エステルの代わりにホスホロチオエートエステルとなっているホスホロチオエートエステルについて、Aに対応するものとしてA、Gに対応するものとしてG、Cに対応するものとしてC、5meCに対応するものとして5meC、Tに対応するものとしてT、Uに対応するものとしてU、Arpに対応するものとしてArs、Grpに対応するものとしてGrs、Crpに対応するものとしてCrs、5meCrpに対応するものとして5meCrs、Urpに対応するものとしてUrsと表すこともある。
本明細書における、「糖修飾ヌクレオシド」とは、ヌクレオシドの糖部分が修飾されているヌクレオシドをいう。
このうち、2’−O−メチル修飾の例としては、Artに対応するものとしてAm1t、Grtに対応するものとしてGm1t、Crtに対応するものとしてCm1t、5meCrtに対応するものとして5meCm1t、Urtに対応するものとしてUm1t、Arpに対応するものとしてAm1p、Grpに対応するものとしてGm1p、Crpに対応するものとしてCm1p、5meCrpに対応するものとして5meCm1p、Urpに対応するものとしてUm1p、Arsに対応するものとしてAm1s、Grsに対応するものとしてGm1s、Crsに対応するものとしてCm1s、5meCに対応するものとして5meCm1s、Ursに対応するものとしてUm1sと表すこともある。
本明細書において2’−O,4’−C−エチレンヌクレオチド ユニット及び「ENAユニット」とは上記の各ヌクレオシド、各ヌクレオチドにおいてENAを有するものをいい、Aに対応するものとしてA2t、Aに対応するものとしてAe2p、Aに対してはAe2s、Gに対応するものとしてG2t、Gに対応するものとしてGe2p、Gに対してはGe2s、5meCに対応するものとしてC2t、5meCに対応するものとしてCe2p、5meCに対してはCe2s、Tに対応するものとしてT2t、Tに対応するものとしてTe2p、Tに対してはTe2sというようにENAユニットを有するヌクレオシド及びヌクレオチドを表わすこともある。
本明細書において2’−O,4’−C−メチレンヌクレオチド ユニット及び「2’、4’−BNA/LNAユニット」とは上記の各ヌクレオシド、各ヌクレオチドにおいて2’、4’−BNA/LNAを有するものをいい、Aに対応するものとしてA1t、Aに対応するものとしてAe1p、Aに対してはAe1s、Gに対応するものとしてG1t、Gに対応するものとしてGe1p、Gに対してはGe1s、5meCに対応するものとしてC1t、5meCに対応するものとしてCe1p、5meCに対してはCe1s、Tに対応するものとしてT1t、Tに対応するものとしてTe1p、Tに対してはTe1sというように2’、4’−BNA/LNAユニットを有するヌクレオシド及びヌクレオチドを表わすこともある。
以下に各ヌクレオチドの構造式を示す。

本明細書中における、アンチセンス鎖の5’末端がフェニルリン酸で修飾された2本鎖ポリヌクレオチドは、2本鎖ポリヌクレオチドのアンチセンス鎖の5’末端のリン酸に下記の芳香族性の置換基Xがリン酸ジエステル結合を形成して結合しており、すなわち、X−P(=O)(OH)−5’−オリゴヌクレオチドの構造を形成している。
ここでXは、ヘテロアリールであってもよい芳香族性の基からなり、その環上の水酸基部分が結合部位となっており、具体的には以下の通りである。
(a) 式(I)
式中、Aは、窒素原子またはC−Rを示し、
およびRは、各々独立に、
水素原子、
置換基を有していてもよい炭素数1から8のアルキル基、
置換基を有していてもよい炭素数1から8のアルコキシ基、
置換基を有していてもよい炭素数3から6の環状アルキル基、
ハロゲン原子、
置換基を有していてもよい炭素数1から8のアルキル基を含むアルキルカルボニル基、
置換基を有していてもよいフェニル基、
置換基を有していてもよいフェニルオキシ基、
置換基を有していてもよい、窒素原子、酸素原子、及び硫黄原子からなる群の複素原子から選らばれる1から3の複素原子を含有し、飽和でも不飽和でもよい、5員環もしくは6員環の複素環基、
フェニル基部分に置換基を有していてもよいアラルキル基、
フェニル基部分に置換基を有していてもよいアラルキルオキシ基、
炭素数1から6のアルキルスルホニル基、
水酸基、
炭素数1から9のアルキル基を有するアルキルカルボニルアミノ基
炭素数1から9のアルキル基を有し、該アルキル基の末端の炭素原子に水酸基が置換したヒドロキシアルキルカルボニルアミノ基、
炭素数1から8のアルキル基を有するN−アルキルカルバモイル基、
炭素数1から9のアルキル基を有し、該アルキル基の末端の炭素原子に水酸基が置換したN−(ヒドロキシアルキル)カルバモイル基、
炭素数1から8のアルキル基を有し、1から4の炭素原子を含むアルキレン基で芳香環と結合する、N−アルキルカルバモイルアルキレン基、
炭素数1から9のアルキル基を有し、該アルキル基の末端の炭素原子に水酸基が置換した、1から4の炭素原子を含むアルキレン基で芳香環と結合する、N−(ヒドロキシアルキル)カルバモイルアルキレン基、
カルボキシ基、もしくは、
式:−(CH)k−CONR
式中、R及びRは、各々独立に、水素原子、置換基を有していてもよい炭素数1から6のアルキル基、またはフェニル基部分に置換基を有していてもよいアラルキル基を示し、kは0から3の整数を示す、
で示される基、
であるか、または、
とRとは一体化して、RとRとが結合している芳香環とで、置換基を有していてもよい、二環性または三環性の環状構造を形成してもよく、該環状構造は、飽和でも不飽和でもよく、さらに該環状構造には1または1以上の複素原子を環の構成原子として含んでいてもよく、オキソ基を有していてもよい。
で示される置換基を示し、
は、
ハロゲン原子、
炭素数1から6のアルキル基、
炭素数1から6のアルコキシ基、
ハロゲノメチル基、
水酸基、もしくは
水素原子を示す。
であるか、あるいは
(b) アミノ基上に置換基を有していてもよい、フェニル基上の水酸基が結合部位であるチロシン残基を示す。
で示される置換基を示す。
Xは、上記のとおり、(a)または(b)の態様を示す。Xが、(a)の態様であるとき、A部分は、部分構造C−Rであるか、または窒素原子を示す。AがC−Rであるときは次式(Ia):
で示される構造のフェニル基含有置換基であり、Aが窒素原子であるときは次式(Ib):
で示されるピリジニル基含有置換基である。
式(I)における置換基R及びRについて説明する。
及びRが、置換基を有していてもよい炭素数1から8のアルキル基であるとき、アルキル基としては、直鎖状または分枝鎖状のいずれであってもよい。例えば、メチル基、エチル基、プロピル基、イソプロピル基、ブチル基、イソブチル基、第二級ブチル基、ペンチル基、ヘキシル基、ヘプチル基、オクチル基等を挙げることができる。アルキル基が置換基を有するとき、置換基としては、水酸基、アミノ基、ハロゲン原子、炭素数1から6のアルキルチオ基、炭素数1から6のアルコキシ基、カルボキシ基、炭素数1から6のアルコキシ基を含有するアルコキシカルボニル基からなる群の基から選ばれる基1または1以上の基を置換基として有していてもよい。置換基が1以上の場合は、同一であっても異なっていてもいずれでもよい。水酸基またはアミノ基がアルキル基の置換基のとき、これらはアルキル基の末端の炭素原子上に置換したものがより好ましい。水酸基を有するアルキル基としてヒドロキシメチル基、2−ヒドロキシエチル基、2−ヒドロキシプロピル基、3−ヒドロキシプロピル基が好ましい。ハロゲン原子をアルキル基の置換基として有する場合、アルキル基は、炭素数1から6の直鎖状または分枝状のいずれでもよいが、より好ましくはメチル基またはエチル基上にハロゲン原子を有するものであり、特にメチル基が好ましい。ハロゲン原子がアルキル基の置換基であるとき、ハロゲン原子としてはフッ素原子が好ましい。フッ素原子の数は、モノ置換からパーフルオロ置換までのいずれでもよい。モノフルオロメチル基、ジフルオロメチル基、トリフルオロメチル基、及び2,2,2−トリフルオロエチル基を例示することができる。モノフルオロメチル基、ジフルオロメチル基、及びトリフルオロメチル基が好ましい。炭素数1から6のアルキルチオ基及び炭素数1から6のアルコキシ基としては、直鎖状または分枝鎖状のいずれであってもよく、例えば、メチル基、エチル基、プロピル基、イソプロピル基、ブチル基、イソブチル基、第二級ブチル基等を挙げることができる。カルボキシ基または炭素数1から6のアルコキシ基を含有するアルコキシカルボニル基がアルキル基の置換基のとき、これらはアルキル基の末端の炭素原子上に置換したものがより好ましい。炭素数1から6のアルコキシ基を含有するアルコキシカルボニル基のアルキル基は、直鎖状または分枝鎖状のいずれであってもよく、例えば、メチル基、エチル基、プロピル基、イソプロピル基、ブチル基、イソブチル基、第二級ブチル基等を挙げることができる。
及びRが、置換基を有していてもよい炭素数1から8のアルコキシ基であるとき、このアルコキシ基は上記に示したアルキル基と酸素原子とから構成されたアルコキシ基であればよい。
及びRが、置換基を有していてもよい炭素数3から6のシクロアルキル基のとき、シクロアルキル基としてはシクロプロピル基、シクロブチル基、シクロペンチル基、シクロヘキシル基のいずれかである。これらが置換基を有するとき、置換基としては上記のアルキル基またはアルコキシ基と同様の置換基を有していればよい。
及びRが、ハロゲン原子であるときは、フッ素原子、塩素原子、臭素原子、またはヨウ素原子である。
及びRが、置換基を有していてもよい炭素数1から8のアルキル基を含むアルキルカルボニル基(脂肪族アシル基)であるとき、このアルキル部分は上記で示した炭素数1から8のアルキル基であればよく、アルキルカルボニル基はこのようなアルキル基とカルボニル基とから構成されるものであればよい。
及びRが、置換基を有していてもよいフェニル基であるとき、置換基としては水酸基、アミノ基、ハロゲン原子、炭素数1から6のアルキルチオ基、炭素数1から6のアルコキシ基、カルボキシ基、炭素数1から6のアルコキシ基を含有するアルコキシカルボニル基からなる群の基から選ばれる基1または1以上の基を置換基として有していてもよい。置換基が1以上の場合は、同一であっても異なっていてもいずれでもよい。置換基の数は、1から3までであればよい。
及びRが、置換基を有していてもよいフェニルオキシ基であるとき、このフェニルオキシ基は上記のフェニル基と酸素原子とから構成されたフェニルオキシ基であればよい。
及びRが、置換基を有していてもよい複素環基であるとき、これらは5員環または6員環であればよい。複素原子としては窒素原子、酸素原子、及び硫黄原子からなる群の複素原子から選らばれる1から3の複素原子であればよい。これらのうちでは、窒素原子である場合が好ましく、さらに窒素原子1個または2個含むものが好ましい。この他に、酸素原子あるいは硫黄原子を含む複素環置換基でもよい。これらの複素環基は飽和でも不飽和のいずれでもよい。
及びRが、フェニル基部分に置換基を有していてもよいアラルキル基であるとき、フェニル基部分は上記に示したフェニル基であればよい。このフェニル基に結合するアルキレン基はメチレン基または炭素数2から4のポリメチレン基であればよく、さらにこれらの上には炭素数1から6のアルキル基が置換していてもよい。この様なアラルキル基としてはベンジル基、α−メチルベンジル基を挙げることができる。フェニル基部分の置換基としては水酸基、アミノ基、ハロゲン原子、炭素数1から6のアルキルチオ基、炭素数1から6のアルコキシ基、カルボキシ基、炭素数1から6のアルコキシ基を含有するアルコキシカルボニル基からなる群の基から選ばれる基1または1以上の基を置換基として有していてもよい。置換基が1以上の場合は、同一であっても異なっていてもいずれでもよい。置換基の数は、1から3までであればよい。
及びRが、フェニル基部分に置換基を有していてもよいアラルキルオキシ基であるとき、このアラルキルオキシ基は上記のアラルキル基と酸素原子から構成されたアラルキルオキシ基であればよい。
及びRが、炭素数1から6のアルキルスルホニル基[Alkyl−SO−]であるとき、炭素数1から6のアルキル基は直鎖状または分枝鎖状のいずれであってもよい。例えば、メチル基、エチル基、プロピル基、イソプロピル基、ブチル基、イソブチル基、第二級ブチル基、ペンチル基、ヘキシル基等を挙げることができる。また、直鎖状だけでなく環状のアルキル基であってもよい。なお、先に述べた炭素数1から8のアルキル基が炭素数1から6になった他は、これと同じでよい。
及びRが、炭素数1から9のアルキル基を有するアルキルカルボニルアミノ基[Alkyl−(C=O)−NH−]であるとき、アルキル基部分は先に述べた炭素数8までのアルキル基を含む炭素数9までのアルキル基でよく、例えば、メチル基、エチル基、プロピル基を挙げることができる。
及びRが、炭素数1から9のアルキル基を有し、該アルキル基の末端の炭素原子に水酸基が置換した、ヒドロキシアルキルカルボニルアミノ基[HO−Alkyl−(C=O)−NH−]であるとき、アルキル基部分は直鎖状または分枝鎖状のいずれであってもよい。先に述べた炭素数8までのアルキル基を含んだ炭素数9までのアルキル基であればよい。例えば、メチル基、エチル基、プロピル基、イソプロピル基、ブチル基、イソブチル基、第二級ブチル基、ペンチル基、ヘキシル基、ヘプチル基、オクチル基等を挙げることができる。水酸基はこのアルキル基の末端の炭素原子上に置換する。
及びRが、炭素数1から8のアルキル基を有するN−アルキルカルバモイル基[Alkyl−NH−(C=O)−]であるとき、この基は、カルバモイル基の窒素原子上にアルキル基が置換した構造である。このアルキル基部分は既に述べた、直鎖状または分枝鎖状のいずれであってもよい。例えば、メチル基、エチル基、プロピル基、イソプロピル基、ブチル基、イソブチル基、第二級ブチル基、ペンチル基、ヘキシル基、ヘプチル基、オクチル基等を挙げることができる。
及びRが、炭素数1から9のアルキル基を有し、該アルキル基の末端の炭素原子に水酸基が置換した、N−(ヒドロキシアルキル)カルバモイル基[HO−Alkyl−NH−(C=O)−]であるとき、この基は、カルバモイル基の窒素原子上にヒドロキシアルキル基が置換した構造である。このヒドロキシアルキル基部分は既に述べた、アルキル基の末端の炭素原子に水素原子が置換したヒドロキシアルキル基であればよい。
及びRが、炭素数1から8のアルキル基を有し、1から4の炭素原子を含むアルキレン基で芳香環と結合する、N−アルキルカルバモイルアルキレン基[Alkyl−NH−(C=O)−(CH)i−;iは、1から4の整数である]であるとき、この基は、N−アルキルカルバモイル基が、アルキレン基を介して芳香環と結合した構造である。N−アルキルカルバモイル基は上記と同じでよい。結合部分のアルキレン基は、炭素数1から4であればよく、炭素数2のものがよい。
及びRが、炭素数1から9のアルキル基を有し、該アルキル基の末端の炭素原子に水酸基が置換した、1から4の炭素原子を含むアルキレン基で芳香環と結合する、N−(ヒドロキシアルキル)カルバモイルアルキレン基[HO−Alkyl−NH−(C=O)−(CH)j−;jは、1から4の整数である]であるとき、この基は、N−ヒドロキシアルキルカルバモイル基が、アルキレン基を介して芳香環と結合した構造を有している。N−ヒドロキシアルキルカルバモイル基、及び結合部分のアルキレン基は、いずれも先に述べたものでよい。
及びRが、式:−(CH)k−CONRで示される基であるとき、R及びRは、各々独立に、水素原子、置換基を有していてもよい炭素数1から6のアルキル基、またはフェニル基部分に置換基を有していてもよいアラルキル基を示すが、置換基を有していてもよい炭素数1から6のアルキル基、またはフェニル基部分に置換基を有していてもよいアラルキル基の場合は、RまたはRにおいて定義されたものと同一でよい。R及びRとしては水素原子、及び/またはフェニル基部分に置換基を有していてもよいアラルキル基が好ましい。また、kは0から3の整数であればよいが、kが0のとき、R及びRは水素原子の組み合わせが好ましく、kが1以上のとき、特にkが2であるとき、R及びRは水素原子及びベンジル基である組み合わせが好ましい。
一方、RとRとは一体化して、置換基を有していてもよい、二環性または三環性の環状構造を形成してもよい。このようにして形成される環状構造は、飽和でも不飽和でもよい。さらに、この環状構造には1または1以上の複素原子を環の構成原子として含んでいてもよい。
とRとが一体化して二環性の環状構造となるとき、RとRとは例えば炭素数3から4のポリメチレン鎖であることができる。すなわち、飽和の脂環式化合物がベンゼン環に縮合した構造を採ることができる。また、二環性の構造として芳香族のナフタレン基であることもできる。したがって、二環性の構造としては、6−5、または6−6の縮合環形式となることができる。この二環性の環状構造の置換基としては、水酸基、アミノ基、ハロゲン原子、炭素数1から6のアルキルチオ基、炭素数1から6のアルコキシ基、カルボキシ基、炭素数1から6のアルコキシ基を含有するアルコキシカルボニル基、オキソ基からなる群の基から選ばれる基1または1以上の基を置換基として有していてもよい。置換基が1以上の場合は、同一であっても異なっていてもいずれでもよい。置換基の数は、1から3までであればよい。複素原子としては、窒素原子、酸素原子または硫黄原子から選ばれる1または1以上の複素原子であればよく、その数は1から4までである。
とRとが一体化して三環性の環状構造となるときは、二環性のときと同様にして環状構造を形成すればよく、例えば、6−5−6、6−6−5、6−6−6などの縮合環構造を形成すればよい。
これらの二環性または三環性の環状構造の置換基としては、水酸基、アミノ基、ハロゲン原子、炭素数1から6のアルキルチオ基、炭素数1から6のアルコキシ基、カルボキシ基、炭素数1から6のアルコキシ基を含有するアルコキシカルボニル基、オキソ基からなる群の基から選ばれる基1または1以上の基を置換基として有していてもよい。置換基が1以上の場合は、同一であっても異なっていてもいずれでもよい。置換基の数は、1から3までであればよい。複素原子としては、窒素原子、酸素原子または硫黄原子から選ばれる1または1以上の複素原子であればよく、その数は1から4までである。例えばアントラセニル基、フルオレニル基、ジベンゾフラニル基を挙げることができる。
式(I)における置換基Rについて説明する。
が、ハロゲン原子であるとき、ハロゲン原子としては、塩素原子、フッ素原子等を挙げることができる。
が、炭素数1から6のアルキル基であるとき、アルキル基としては直鎖状または分枝鎖状のいずれであってもよい。例えば、メチル基、エチル基、プロピル基、イソプロピル基、ブチル基、イソブチル基、第二級ブチル基、ペンチル基、ヘキシル基等を挙げることができる。
が、炭素数1から6のアルコキシル基であるときは、アルコキシカルボニル基のアルキル基は、直鎖状または分枝鎖状のいずれであってもよく、例えば、メチル基、エチル基、プロピル基、イソプロピル基、ブチル基、イソブチル基、第二級ブチル基等を挙げることができる。
が、ハロゲノメチル基であるときのハロゲンとしては、フッ素等を挙げることができる。これの置換基はRとRで例示されたものであればよい。
が、水素原子以外の基であるときは、R及びRは、水素原子、ハロゲン原子、メチル基、及び水酸基から選ばれる基であることが好ましい。さらに好ましくは、R、R及びRがいずれもハロゲン原子の場合である。
が、水素原子であるときは、R及びRは、水素原子、水酸基、ハロゲン原子、ハロゲノアルコキシ基、アシル基、フェニル基から選ばれる基であることが好ましい。ハロゲノアルコキシ基としては、トリフルオロメトキシ基でよく,アシル基としてはアセチル基でよい。
Xは、上記(b)の態様であるところの、フェニル基上の水酸基が結合部位であるチロシン残基であってもよい。このチロシン残基はアミノ基上に置換基を有していてもよい。アミノ基に置換基を有していないときのXとしてのチロシン残基を次に示す。
チロシン残基は光学活性であっても、光学活性でなくとも、いずれでもよい。
アミノ基上の置換基としては、炭素数1から6のアルキル基、アリールカルボニル基、ヘテロアリールカルボニル基、またはアラルキルオキシカルボニル基を挙げることができる。
アミノ基上の置換基が炭素数1から6のアルキル基のときこのアルキル基は、直鎖状または分枝鎖状のいずれであってもよい。例えば、メチル基、エチル基、プロピル基、イソプロピル基、ブチル基、イソブチル基、第二級ブチル基、ペンチル基、ヘキシル基等を挙げることができる。
アミノ基上の置換基がアリールカルボニル基であるとき、アリール基はフェニル基であればよく、このフェニル基は置換基を有していてもよい。置換基としては水酸基、アミノ基、ハロゲン原子、炭素数1から6のアルキルチオ基、炭素数1から6のアルコキシ基、カルボキシ基、炭素数1から6のアルコキシ基を含有するアルコキシカルボニル基からなる群の基から選ばれる基1または1以上の基を置換基として有していてもよい。置換基が1以上の場合は、同一であっても異なっていてもいずれでもよい。置換基の数は、1から3までであればよい。
アミノ基上の置換基がヘテロアリールカルボニル基であるとき、ヘテロアリール基としては5員環または6員環で、複素原子としては、窒素原子、酸素原子または硫黄原子から選ばれる1または1以上の複素原子であればよく、その数は1から2までである。例えばピリジル基、フリル基、チエニル基を挙げることができる。
アミノ基上の置換基がアラルキルオキシカルボニル基であるとき、このアラルキルオキシカルボニル基は、置換基を有するフェニル基部分とメチレン基または炭素数2から4のポリメチレン基であるアルキレン基から構成されるアラルキル基と酸素原子で構成されたアラルキルオキシ基が結合したカルボニル基であればよい。アラルキル基としてはベンジル基、α−メチルベンジル基を挙げることができる。フェニル基部分の置換基としては水酸基、アミノ基、ハロゲン原子、炭素数1から6のアルキルチオ基、炭素数1から6のアルコキシ基、カルボキシ基、炭素数1から6のアルコキシ基を含有するアルコキシカルボニル基からなる群の基から選ばれる基1または1以上の基を置換基として有していてもよい。置換基が1以上の場合は、同一であっても異なっていてもいずれでもよい。置換基の数は、1から3までであればよい。
本明細書中においては、上記Xで示される置換基がアンチセンス鎖の5’末端に付加している、アンチセンス鎖を有する2本鎖ポリヌクレオチドを「5’−Ar−2本鎖ポリヌクレオチド」ともいう。
Xに示される置換基の具体例としては、以下の化学式で示される化合物を挙げることができる




本明細書中における、「相補的なヌクレオチド」とは、ヌクレオチドの塩基部分が相補するヌクレオチドのことをいい、例えば、塩基部分がアデニンとチミン、グアニンとシトシン、グアニンと5−メチルシトシン及びアデニンとウラシルであるヌクレオチドは互いに相補的なヌクレオチドである。
本明細書中における、「相補的なヌクレオチド配列」とは、対象となるヌクレオチド配列に対して、全てが相補的なヌクレオチドからなるヌクレオチド配列に加え、1又は数個のヌクレオチドが相補的なヌクレオチドではないが、オリゴヌクレオチド及び/又はポリヌクレオチド同士が塩基対を形成するヌクレオチド配列も含む。
本明細書中における5’−Ar−2本鎖ポリヌクレオチドは相補的なヌクレオチド同士がワトソン−クリック塩基対を形成し、2本鎖となっているポリヌクレオチドであるが、全てのポリヌクレオチドがワトソン−クリック塩基対を形成していなくてもよい。
本明細書中における5’−Ar−2本鎖ポリヌクレオチドの鎖長とは、センス鎖又はアンチセンス鎖を構成するポリヌクレオチドのヌクレオチド数を示す。
本明細書中では、5’−Ar−2本鎖ポリヌクレオチドを構成するポリヌクレオチドのうち、標的遺伝子と同一のヌクレオチド配列を含むものをパッセンジャー鎖(passenger strand)又はセンス鎖と呼び、標的遺伝子と相補的なヌクレオチド配列を含むものをガイド鎖(guide strand)又はアンチセンス鎖と呼ぶ。
本明細書中において、「標的遺伝子と同一のヌクレオチド配列からなる」とは、標的遺伝子の少なくとも一部のヌクレオチド配列と同一の配列からなることをいうが、完全に同一の配列に加え、標的遺伝子に対するRNA干渉作用及び/又は遺伝子発現抑制作用を有する限りにおいて、実質的に同一な配列も含む。また、標的遺伝子にSNPs等が知られている場合、それらの変異を有する配列も同一のヌクレオチド配列に含まれる。本明細書中において、標的遺伝子と同一のヌクレオチド配列を含み標的遺伝子に対してRNA干渉作用及び/又は遺伝子発現抑制作用を有する2本鎖ポリヌクレオチドを標的遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドという。
標的遺伝子に対する5’−Ar−2本鎖ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列は、標的遺伝子に対するRNA干渉作用及び/又は遺伝子発現抑制作用を有する限りにおいて特に制限されないが、例えば、コンピュータソフトウエア(例えば、GENETYX(登録商標):GENETYX COORPORATION製等。)を用いて標的遺伝子に対するRNA干渉作用を有すると予想された配列に基づいて決定することもできるし、更に選択された配列に基づいて作製した5’−Ar−2本鎖ポリヌクレオチドのRNA干渉作用及び/又は遺伝子発現抑制作用を確認することによって決定することもできる。
本明細書中において遺伝子発現抑制作用とは、遺伝子の発現を完全に抑制する作用の他に、コントロールに比して遺伝子の発現を減少させる作用も含まれる。また、本明細書においては、遺伝子発現抑制作用と遺伝子発現抑制活性を同じ意味に用いている。
RNA干渉作用及び/又は遺伝子発現抑制作用は、当業者が通常行う方法で確認することができるが、例えば、標的遺伝子が発現している細胞に標的遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチドを投与して一定時間経過後の標的遺伝子の翻訳産物であるタンパク質をウエスタンブロット解析によって定量しタンパク質の発現量をコントロールと比較することによって確認することが出来る。また、リアルタイムPCRの手法により標的遺伝子に対する2本鎖ポリヌクレオチド投与後の標的遺伝子の発現量をリアルタイムで測定することによっても確認することができる。
標的遺伝子の少なくとも一部のヌクレオチド配列と同一又は実質的に同一な配列を有するポリヌクレオチドとは、標的遺伝子のヌクレオチド配列のうち、いずれの部分でもよい18ヌクレオチド以上の配列と同一又は実質的に同一な配列からなるポリヌクレオチドである。ここで、「実質的に同一な配列」とは、標的遺伝子のヌクレオチド配列と70%以上、好ましくは80%以上さらに好ましくは90%以上の相同性を有する配列のことをいう。ヌクレオチド配列の相同性はBLAST(登録商標)等の公知の遺伝子解析ソフトウエアを用いて計算することが出来る。
本明細書に添付する配列表において、各配列の<223>の項目中で“cm”は2’−O−メチルシチジン(2’−O−Methylcytidine)を示し、“um”は2’−O−メチルウリジン(2’−O−Methyluridine)を示し、“gm”は2’−O−メチルグアノシン(2’−O−Methylguanosine)を示す。
2.5’−Ar−2本鎖ポリヌクレオチド
本発明における5’−Ar−2本鎖ポリヌクレオチドの鎖長は、RNA干渉作用及び/又は遺伝子発現抑制作用を有する限り、18ヌクレオチドから、標的遺伝子のオープンリーディングフレーム(ORF)の全長までのいかなる長さでもよい。センス鎖としては、18〜21の鎖長のものが好ましく、18〜19の鎖長のものが更に好ましい。アンチセンス鎖としては、19〜21の鎖長のものが好ましく、21鎖長のものが更に好ましい。5’−Ar−2本鎖ポリヌクレオチドはその全体が2本鎖である必要はなく5’及び/又は3’末端が一部突出したものも含み、その突出末端は1〜5ヌクレオチド、好ましくは1〜3ヌクレオチド、さらに好ましくは2ヌクレオチドである。また、最も好ましい例としては、アンチセンス鎖のポリヌクレオチドの3’末端が2ヌクレオチド突出している(オーバーハング構造)構造を有するものが挙げられる。
5’−Ar−2本鎖ポリヌクレオチドは、下記の(a)〜(h)から選択される少なくともいずれか一つの性質を有する。
(a)標的遺伝子に対するRNA干渉作用及び/又は遺伝子発現抑制作用を有する;
(b)RNA分解酵素に安定で、標的遺伝子に対するRNA干渉作用及び/又は遺伝子発現抑制作用を有する;
(c)ホスファターゼに対して安定で、標的遺伝子に対するRNA干渉作用及び/又は遺伝子発現抑制作用を有する;
(d)エキソヌクレアーゼに対して安定で、標的遺伝子に対するRNA干渉作用及び/又は遺伝子発現抑制作用を有する;
(e)RNA分解酵素、ホスファターゼ及びエキソヌクレアーゼに対して安定で、標的遺伝子に対するRNA干渉作用及び/又は遺伝子発現抑制作用を有する;
(f)アンチセンス鎖がホスファターゼに対して安定で、標的遺伝子に対するRNA干渉作用及び/又は遺伝子発現抑制作用を有する;
(g)アンチセンス鎖がエキソヌクレアーゼに対して安定で、標的遺伝子に対するRNA干渉作用及び/又は遺伝子発現抑制作用を有する;
(h)アンチセンス鎖が5’−3’エキソヌクレアーゼに対して安定で、標的遺伝子に対するRNA干渉作用及び/又は遺伝子発現抑制作用を有する。
2−1.
5’−Ar−2本鎖ポリヌクレオチドの一例としては、標的遺伝子中の標的配列に相補的な塩基配列からなるセンス鎖ポリヌクレオチド、及び該センス鎖ポリヌクレオチドに相補的な塩基配列を有するアンチセンス鎖ポリヌクレオチドを有する2本鎖ポリヌクレオチドであって、該アンチセンス鎖ポリヌクレオチドの5’末端のリン酸基に本明細書中の式(I)に示される置換基Xが付加した2本鎖ポリヌクレオチドを挙げることができる。
5’−Ar−2本鎖ポリヌクレオチドの他の一例としては、19乃至23塩基長のからなり、単離された二本鎖RNA分子であって、各RNA鎖が19〜23塩基長を有し、少なくとも1つの鎖が1〜3塩基からなる3’突出部を有するものであり、該RNA分子は標的特異的なRNA干渉が可能なものであり、3’突出部を除く該RNA分子の1つの鎖が、予め決定したmRNA標的分子に対して100%の同一性を有する配列からなり、かつ、該mRNA標的分子が細胞または生物中に存在するものである、上記RNA分子であり、アンチセンス鎖側の5’末端のリン酸基に本明細書中の式(I)に示される置換基Xが付加した2本鎖ポリヌクレオチドを挙げることができる。
5’−Ar−2本鎖ポリヌクレオチドの他の一例としては、センス鎖ポリヌクレオチドが以下の式(II)に示すポリヌクレオチドからなり、アンチセンス鎖ポリヌクレオチドが以下の式(III)に示すポリヌクレオチドからなり、更に以下の(a)乃至(d)に示される特徴を有する、(1)に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩:
5’−(γ−β)−γ−λ−3’(II)
5’−X−β−(γ−β)−υ−3’(III)
(a)γはRNA、βは2’−OMeRNA、λ及びυはDNAを示す;
(b)m及びnは同一又は異なって、0〜5のいずれかの整数を示す。;
(c)式(III)で示されるポリヌクレオチドのうち、(γ−β)−γは標的遺伝子と同一のヌクレオチド配列からなる;
(d)式(II)における(γ−β)−γと式(III)におけるβ―(γ−β)は互いに相補的なヌクレオチド配列からなる:
を挙げることができる。
5’−Ar−2本鎖ポリヌクレオチドの他の一例としては、センス鎖ポリヌクレオチドが以下の式(IV)に示すポリヌクレオチドからなり、アンチセンス鎖ポリヌクレオチドが以下の式(V)に示すポリヌクレオチドからなり、更に以下の(a)乃至(d)に示される特徴を有する、(1)に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩:
5’−(α−β)−α−λ−3’(IV)
5’−X−δ−(α−β)−υ−3’(V)
(a)α及びβは異なってDNA又は2’−OMeRNA、δ及びλは同一又は異なってDNA又は2’−OMeRNA、υは同一又は異なってはDNA、RNA及び2’−OMeRNAから選択されるいずれかのヌクレオチドを示す;
(b)pは0又は1の整数を示し、mはpが0のときは0であり、pが1のときは0〜5のいずれかの整数を示す。sは0又は1の整数を示し、nは0〜5のいずれかの整数を示す。;
(c)式(IV)で示されるポリヌクレオチドのうち、(α−β)−αは標的遺伝子と同一のヌクレオチド配列からなる;
(d)式(IV)における(α−β)と式(V)における(α−β)は互いに相補的なヌクレオチド配列からなる、
を挙げることができる。
5’−Ar−2本鎖ポリヌクレオチドの他の一例としては、センス鎖ポリヌクレオチドが以下の式(VI)に示すポリヌクレオチドからなり、アンチセンス鎖ポリヌクレオチドが以下の式(VII)に示すポリヌクレオチドからなり、更に、以下の(a)乃至(d)に示される特徴を有する、(1)に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩:
5’β−(α−β)−α−λ−3’(VI)
5’−X−δ−(α−β)−(α―β)−υ−3’(VII)
(a)α及びβは異なってDNA又は2’−OMeRNA、δ及びλは同一又は異なってDNA又は2’−OMeRNA、υは同一又は異なってはDNA、RNA及び2’−OMeRNAから選択されるいずれかのヌクレオチドを示す;
(b)pは0又は1の整数を示し、mはpが0のときは0であり、pが1のときは0〜5のいずれかの整数を示す。sは0又は1の整数を示し、nは0〜5のいずれかの整数を示す;
(c)式(VI)で示されるポリヌクレオチドのうち、β−(α−β)−αは標的遺伝子と同一のヌクレオチド配列からなる;
(d)式(VI)における(α−β)と式(VII)における(α−β)は互いに相補的なヌクレオチド配列からなる、
を挙げることができる。
糖修飾ヌクレオチドには、本発明の属する技術分野で知られている糖修飾の全ての様式を含む。糖修飾ヌクレオチドは、あらゆる複素環塩基部位及びインターヌクレオシド結合を保持することができ、さらに前記糖修飾とは独立したグループを含む。糖修飾ヌクレオチドのグループは、2’−修飾ヌクレオシド、4’−チオ修飾ヌクレオシド、4’−チオ−2’−修飾ヌクレオシド及び二環式糖修飾ヌクレオシドを含む。
2’−修飾ヌクレオチドの例としては、ハロ、アリル、アミノ、アジド、O−アリル、O−C−C10アルキル、OCF、O−(CH−O−CH、2’−O(CHSCH、O−(CH−O−N(R)(R)、またはO−CH−C(=O)−N(R)(R)であり、各RとRが個別にH、アミノ保護基、または置換あるいは非置換C−C10アルキルである。好ましい2’−修飾は−F、−OCH、又は−O−(CH−O−CHである。さらに好ましくは−OCHである。
4’−チオ修飾ヌクレオシドの例としては、4’−酸素原子が硫黄原子で置換されたβ−D−リボヌクレオシドを挙げることができる(Hoshika,S. et al. FEBS Lett.579,p.3115−3118,(2005); Dande, P. et al. J.Med.Chem.49, p.1624−1634(2006);Hoshika, S. et al. ChemBioChem. 8, p.2133−2138,(2007))。
4’−チオ−2’−修飾ヌクレオシドの例としては、2’−H、または、2’−O−メチルを保持する4’−チオ−2’−修飾ヌクレオシドを挙げることができ(Matsugami, et al. Nucleic Acids Res. 36, 1805 (2008))。
二環式糖修飾ヌクレオシドの例としては、リボース環の2原子を架橋することによって形成された第二の環を保持するヌクレオシドを挙げることができ、そのようなヌクレオシドの例としては、2’−酸素原子と4’−炭素原子をメチレン鎖で架橋した2’,4’−BNA/LNA(bridged nucleic acids/locked nucleic acids)(Obika, S. et al. Tetrahedron Lett., 38, p.8735− (1997).; Obika, S. et al.,Tetrahedron Lett., 39, p.5401− (1998).; A. A. Koshkin, A.A. et al.Tetrahedron, 54, p.3607(1998).; Obika, S. Bioorg. Med. Chem., 9,p.1001(2001).)、2’,4’−BNA/LNAのメチレン鎖を一炭素延ばしたエチレン鎖で架橋したENA(2’−O,4’−C−ethylene−bridged nucleic acids)を挙げることができる(Morita, K. et al. Bioorg. Med. Chem. Lett., 12, p.73(2002).; Morita, K. et al. Bioorg. Med. Chem., 11,p.2211(2003).)。
5’−Ar−2本鎖ポリヌクレオチド中の2’−OMeRNAの任意の1〜4残基が糖修飾ヌクレオチドで置換されている場合に、より好ましい糖修飾ヌクレオチドは上記の糖修飾ヌクレオチドのうち、同一又は異なってENA又は2’,4’−BNA/LNAである。
5’−Ar−2本鎖ポリヌクレオチドには、ポリヌクレオチド中のDNAの1〜4残基が同一又は異なって、RNA、ENA又は2’,4’−BNA/LNAに置換されている2本鎖ポリヌクレオチドも含まれる。
2−2 5’−Ar−2本鎖ポリヌクレオチドセンス鎖の合成方法
5’−Ar−2本鎖ポリヌクレオチドを構成するセンス鎖ポリヌクレオチドの調製方法としては所望のポリヌクレオチドが合成できる限り特に制限はないが、既知の化学合成法(リン酸トリエステル法、ホスホロアミダイト法、又は、H−ホスホネート法等)を用いることができる。例えば、市販の核酸合成機を用いて、市販のDNA/RNA合成に使われる試薬を用いて合成することが出来る。
2−3 5’−Ar−2本鎖ポリヌクレオチド5’フェニルリン酸修飾アンチセンス鎖の合成方法
5’−Ar−2本鎖ポリヌクレオチドを構成する5’フェニルリン酸修飾アンチセンス鎖ポリヌクレオチドは5’フェニルリン酸修飾アンチセンス鎖を合成できる限り特に制限されないが、例えば、以下に示すA法(図20)又はB法(図21)により合成することができる。
2−3−1 A法
2−3−1−1 A−1工程
本工程は、所望のヌクレオシドが結合した市販のCPG(1)(コントロールド ポアグラス、A法中、Y−CPGと表す。)を用いて、所望のヌクレオチド配列からなるオリゴヌクレオチド類縁体である化合物2を製造する工程である(A法中、HO−W−Y−CPG)と表す。)。
化合物2を製造するのに必要なホスホロアミダイト試薬等を使用して、DNA自動合成機を用いた通常のホスホロアミダイト法により、化合物(2)を製造する。所望のヌクレオチド配列を持つオリゴヌクレオチド類縁体は、DNA合成機、例えばパーキンエルマー社のホスホロアミダイト法によるモデル392などを用いて文献(Nucleic Acids Research, 12, 4539(1984))記載の方法に準じて合成することが出来る。
また所望により、オリゴヌクレオチド類縁体をチオエート化する場合は、硫黄のほかテトラエチルチウラムジスルフィド(TETD、アプライドバイオシステムズ社)、Beaucage試薬、フェニルアセチルジスルフィド/ピリジン−アセトニトリル(1:1 v/v)溶液(Ravikumar, V.T. et al. Bioorg.Med.Chem.Lett.(2006) 16,p.2513−2517)等の試薬を用い、文献(Tetarhedron Letters, 32, 3005(1991)、J. Am. Chem. Soc., 112, 1253(1990))記載の方法に準じてチオエート誘導体を得る事ができる。
2−3−2 A−2工程
本工程は、不活性溶剤中、上記A−1工程で製造される化合物(2)に、トリス−(1,2,4−トリアゾリル)ホスファイト、或いは、2−Chloro−4H−1,3,2−benzodioxaphosphorin−4−oneを反応した後、水を加えて、H−ホスホネート化して、化合物(3)を製造する工程である。
使用される溶剤としては、反応に影響を与えないものであれば、特に限定はないが、好適には、テトラヒドロフラン、ジエチルエーテル、ジオキサンのようなエーテル類;メチレンクロリド、クロロホルム、四塩化炭素、ジクロロエタン、クロロベンゼン、ジクロロベンゼンのようなハロゲン化炭化水素類を挙げることができる。
2−Chloro−4H−1,3,2−benzodioxaphosphorin−4−oneを用いる場合には、脱酸剤が使用され、その場合に、使用される脱酸剤としては、ピリジン、ジメチルアミノピリジンのような複素環アミン類、トリメチルアミン、トリエチルアミン、ジイソプロピルアミンのような脂肪族アミン類があげられるが、好適には、脂肪族アミン類(特にトリエチルアミン)である。
反応温度は、特に限定はないが、通常−20乃至100℃であり、好適には、10乃至40℃である。
反応時間は、使用する原料、試薬、温度等により異なるが、通常、5分から30時間であり、好適には、室温で反応した場合、30分である。
反応終了後、濾過により反応液とCPGを分離することができる。ピリジン、アセトニトリル等の有機溶媒で洗浄後、トリエチルアミン炭酸塩/水溶液を加え、再度アセトニトリルで洗浄し、乾燥することによって化合物(3)が得られる。
2−3−3 A−3工程
本工程は上記A−2工程で製造される化合物(3)と水酸基を有する化合物(A法中、X−Hと表す。)を、例えばピバロイルクロリドのような縮合剤と脱酸剤の存在下に縮合させてH−ホスホン酸ジエステル結合を形成させ、化合物(4)を製造する工程である。
本工程に用いられる溶媒としては反応を阻害しないものであれば特に限定はないが、好適には無水アセトニトリル、無水ピリジン、またはそれらの混液が使用される。
縮合剤として使用される試薬としては、カルボン酸やリン酸の酸塩化物を挙げることができるが好適にはピバロイルクロリド又はアダマンタン酸クロリドが使用される。
使用される脱酸剤としては、ピリジン、ジメチルアミノピリジンのような複素環アミン類、トリメチルアミン、トリエチルアミン、ジイソプロピルエチルアミンのような脂肪族アミン類が挙げられるが好適には脂肪族アミン類(特にトリエチルアミン)である。
反応温度は、特に限定はないが、通常−50乃至50℃であり、好適には室温である。
反応時間は、使用する原料、試薬、温度等により異なるが、通常、5分から30時間であり、好適には、室温で反応した場合、30分である。
反応終了後、濾過により反応液とCPGを分離することができる。ピリジン、アセトニトリル等の有機溶媒で洗浄後、乾燥するによって化合物(4)が得られる。
2−3−4 A−4工程
本工程は、酸化剤を用いて上記A−3工程で製造される化合物(4)のH−ホスホン酸結合をリン酸ジエステル結合に変換し、化合物(5)を製造する工程である。
H−ホスホン酸結合を酸化する酸化剤としては、通常、酸化反応に使用されるものであれば特に限定はなく、過マンガン酸カリウム、二酸化マンガンのような酸化マンガン類;四酸化ルテニウムのような酸化ルテニウム類;二酸化ゼレンのようなゼレン化合物;塩化鉄のような鉄化合物;四酸化オスミウムのようなオスミウム化合物;酸化銀のような銀化合物;酢酸水銀のような水銀化合物、酸化鉛、四酸化鉛のような酸化鉛化合物;クロム酸カリウム、クロム酸−硫酸錯体、クロム酸−ピリジン錯体のようなクロム酸化合物、セリウムアンモニウムナイトレイト(CAN)のようなセリウム化合物等の無機金属酸化剤;塩素分子、臭素分子、沃素分子のようなハロゲン分子;過沃素酸ナトリウムのような過沃素酸類;オゾン;過酸化水素水;亜硝酸のような亜硝酸化合物;亜塩素酸カリウム、亜塩素酸ナトリウムのような亜塩素酸化合物;過硫酸カリウム、過硫酸ナトリウムのような過硫酸化合物等の無機酸化剤;DMSO酸化に使用される試薬類(ジメチルスルホキシドとジシクロヘキシルカルボジイミド、オキザリルクロリド、無水酢酸若しくは五酸化燐との錯体又はピリジン−無水酢酸の錯体);t−ブチルヒドロパーオキシドのようなパーオキシド類;トリフェニルメチルカチオンのような安定なカチオン類;N−ブロモコハク酸イミドのようなコハク酸イミド類、次亜塩素酸t−ブチルのような次亜塩素酸化合物;アゾジカルボン酸メチルのようなアゾジカルボン酸化合物;ジメチルジスルフィド、ジフェニルジスルフィド、ジピリジルジスルフィドのようなジスルフィド類とトリフェニルホスフィン;亜硝酸メチルのような亜硝酸エステル類;四臭化メタンのようなテトラハロゲン化炭素、2,3−ジクロロ−5,6−ジシアノ−p−ベンゾキノン(DDQ)のようなキノン化合物等の有機酸化剤を挙げることができ、好適にはよう素分子である。
使用される脱酸剤としては、ピリジン、ジメチルアミノピリジンのような複素環アミン類、トリメチルアミン、トリエチルアミン、ジイソプロピルエチルアミンのような脂肪族アミン類があげられるが好適にはピリジンである。
反応温度は、特に限定はないが、通常−50乃至50℃であり、好適には室温である。
反応時間は、使用する原料、試薬、温度等により異なるが、通常、5分から30時間であり、好適には、室温で反応した場合、30分である。
反応終了後、濾過により反応液とCPGを分離することができる。ピリジン、アセトニトリル等の有機溶媒で洗浄後、乾燥するによって化合物(5)は得られる。
2−3−5 A−5工程
本工程は、上記A−4工程で製造される化合物(5)のCPG より切り出し、および、保護基の除去を行い、最終化合物(6)を製造する工程である(A、B法中、―W’−Y’−は、5’ ―水酸基、及び、3’―水酸基を除いたオリゴヌクレオチドの構造を表す。)。
用いる塩基としては、濃アンモニア水、メタノール性アンモニア、エタノール性アンモニア、濃アンモニア水―エタノール(3:1V/V)混液を挙げることができ、好適には濃アンモニア水、濃アンモニア水―エタノール混液(3:1V/V)である。
反応温度は、特に限定はないが、通常−50乃至80℃であり、好適には室温乃至60℃である。
反応時間は、使用する原料、試薬、温度等により異なるが、通常、5分から30時間であり、好適には、60℃で反応した場合、5時間である。このようにして得られる化合物(6)を含む反応混合物を、逆相およびイオン交換クロマトグラフィー(高速液体クロマトグラフィーを含む。)等の各種クロマトグラフィーなど、通常の核酸の精製に用いられる精製操作で精製することにより、化合物(6)を得ることができる。
A法の概要を図20に示す。
2−4 B工程
2−4−1 B−1工程
本工程は、不活性溶剤中、水酸基をする化合物(B法中、X−Hと表す。)に、アミダイト化に通常用いるモノ置換−クロロ(アルコキシ)ホスフィン類又はジ置換−アルコキシホスフィン類を反応して、化合物(7)を製造する工程である。
使用される溶剤としては、反応に影響を与えないものであれば、特に限定はないが、好適には、テトラヒドロフラン、ジエチルエーテル、ジオキサンのようなエーテル類;メチレンクロリド、クロロホルム、四塩化炭素、ジクロロエタン、クロロベンゼン、ジクロロベンゼンのようなハロゲン化炭化水素類が挙げられる。
B法中のRは、シアノエチル基、メチル基、メタンスルホニルエチル基、2,2,2−トリクロロエチル基をあげることができ、好適には、シアノエチル基、メチル基である。
使用されるモノ置換−クロロ(アルコキシ)ホスフィン類としては、例えば、クロロ(モルホリノ)メトキシホスフィン、クロロ(モルホリノ)シアノエトキシホスフィン、クロロ(ジメチルアミノ)メトキシホスフィン、クロロ(ジメチルアミノ)シアノエトキシホスフィン、クロロ(ジイソプロピルアミノ)メトキシホスフィン、クロロ(ジイソプロピルアミノ)シアノエトキシホスフィンのようなホスフィン類があげられ、好適には、クロロ(モルホリノ)メトキシホスフィン、クロロ(モルホリノ)シアノエトキシホスフィン、クロロ(ジイソプロピルアミノ)メトキシホスフィン、クロロ(ジイソプロピルアミノ)シアノエトキシホスフィンである。
モノ置換−クロロ(アルコキシ)ホスフィン類を用いる場合には、脱酸剤が使用され、その場合に、使用される脱酸剤としては、ピリジン、ジメチルアミノピリジンのような複素環アミン類、トリメチルアミン、トリエチルアミン、ジイソプロピルエチルアミンのような脂肪族アミン類があげられるが、好適には、脂肪族アミン類(特にジイソプロピルエチルアミン)である。
使用されるジ置換−アルコキシホスフィン類としては、例えば、ビス(ジイソプロピルアミノ)シアノエトキシホスフィン、ビス(ジエチルアミノ)メタンスルホニルエトキシホスフィン、ビス(ジイソプロピルアミノ)(2,2,2−トリクロロエトキシ)ホスフィン、ビス(ジイソプロピルアミノ)(4−クロロフェニルメトキシ)ホスフィンのようなホスフィン類をあげることができ、好適には、ビス(ジイソプロピルアミノ)シアノエトキシホスフィンである。
ジ置換−アルコキシホスフィン類を用いる場合には、酸が使用され、その場合に、使用される酸としては、好適には、テトラゾール、酢酸又はp−トルエンスルホン酸である。
反応温度は、特に限定はないが、通常0乃至80℃であり、好適には、室温である。
反応時間は、使用する原料、試薬、温度等により異なるが、通常、5分乃至30時間であり、好適には、室温で反応した場合、30分乃至10時間である。
反応終了後、本反応の目的化合物(7)は、例えば、反応混合物を適宜中和し、又、不溶物が存在する場合には、濾過により除去した後、水と酢酸エチルのような混和しない有機溶媒を加え、水洗後、目的化合物を含む有機層を分離し、無水硫酸マグネシウム等で乾燥後、溶剤を留去することによって得られる。
得られた目的化合物は必要ならば、常法、例えば、再結晶、再沈殿又はクロマトグラフィ−等によって更に精製できる。
2−4−2 B−2工程
本工程は、A−1で製造される化合物(2)にB−1で製造される化合物(7)のホスホロアミダイト体を、DNA自動合成機を用いた通常のホスホロアミダイト法により化合物(8)を製造する工程である。
所望の化合物(8)は、DNA合成機、例えばパーキンエルマー社のホスホロアミダイト法によるモデル392などを用いて文献(Nucleic Acids Research, 12, 4539(1984))記載の方法に準じて合成することが出来る。
また所望により、チオエート化する場合は、硫黄のほかテトラエチルチウラムジスルフィド(TETD、アプライドバイオシステムズ社)、Beaucage試薬、フェニルアセチルジスルフィド/ピリジン−アセトニトリル(1:1 v/v)溶液(Ravikumar, V.T. et al. Bioorg.Med.Chem.Lett.(2006) 16,p.2513−2517)等の試薬を用い、文献(Tetarhedron Letters, 32, 3005(1991)、J. Am. Chem. Soc., 112, 1253(1990))記載の方法に準じてチオエート誘導体を得る事ができる。
2−4−3 B−3工程
本工程は、上記B−2工程で製造される化合物(8)のCPG よりの切り出し、および、保護基の除去を行い、最終化合物(6)を製造する工程である。
本工程は、A−5工程と同様の方法で行うことができる。
B法の概要を図21に示す。
2−5 2本鎖ポリヌクレオチドの作製
相補性を有するセンス鎖、アンチセンス鎖の各1本鎖ポリヌクレオチドを別個に合成し、これを適当な方法で会合させることにより2本鎖とすることが出来る。会合の方法としては具体的には例えば、合成した1本鎖ポリヌクレオチドを好ましくは少なくとも約3:7のモル比で、より好ましくは約4:6のモル比で、最も好ましくは等モル量(5:5のモル比)で混合し、2本鎖が解離する温度にまで加熱し、その後徐々に冷却する方法等が挙げられる。会合した2本鎖ポリヌクレオチドは、必要に応じてそれ自体公知の通常用いられる方法により精製される。精製方法としては、例えばアガロースゲル等を用いて会合を確認し、残存する1本鎖ポリヌクレオチドを適当な酵素により分解する等して除去する方法を用いることができる。本方法により、5’−Ar−2本鎖ポリヌクレオチド及び5’末端のリン酸が修飾されていない2本鎖ポリヌクレオチドを取得することができる。
5’−Ar−2本鎖ポリヌクレオチドには、5’−Ar−2本鎖ポリヌクレオチドにコレステロールユニット、脂質ユニットまたは、ビタミンEユニットを導入したもの(例えば、Lorenz, C. et al. Bioorg. Med. Chem. Lett.,14,p.4975−4977(2004);Soutschek, J., et al. Nature,432,p.173−178, (2004); Wolfrum, C. et al. Nature Biotech. 25,p.1149−1157,(2007))Kubo, T. et al. Oligonucleotides, 17, p.1−20,(2007); Kubo, T., et al. Biochem. Biophys. Res. Comm. 365,p.54−61,(2008); Nishina, K., et al., Mol. Ther. 16,p.734−740,(2008)参照。)、及び5’−Ar−2本鎖ポリヌクレオチドの末端に、タンパク質に結合する核酸分子であるアプタマー(aptamer)を結合したものも含む。
5’−Ar−2本鎖ポリヌクレオチドには、5’−Ar−2本鎖ポリヌクレオチドとモノクローナル抗体(又はその適切な結合部分)や、タンパク質(又はその適切なオリゴペプチドフラグメント)が結合したものも含む(例えば、Song, et al. Nature Biotech. 23,p.709−717(2005); Xia et al. Pharm. Res. 24,p.2309−2316(2007)、Kumar, et al. Nature,448,p.39−43(2007)参照。)。
また、5’−Ar−2本鎖ポリヌクレオチドには、5’−Ar−2本鎖ポリヌクレオチドにカチオニックポリマーを加えることで、正電荷を帯びた複合体としたものも含む(臓器及び細胞への分布を達成することができた例として、Leng et al. J. Gen. Med. 7,p.977−986(2005),Baigude et al.2,p.237−241, ACS Chem. Biol.(2007),Yadava et al. Oligonucleotide 17,p.213−222(2007)参照)。
5’−Ar−2本鎖ポリヌクレオチドには、上記5’−Ar−2本鎖ポリヌクレオチドのあらゆる薬学的に許容可能な塩類、エステル、またはそのようなエステルの塩類を含む。
5’−Ar−2本鎖ポリヌクレオチドの薬学的に許容可能な塩類としては、好適にはナトリウム塩、カリウム塩、リチウム塩のようなアルカリ金属塩、カルシウム塩、マグネシウム塩のようなアルカリ土類金属塩、アルミニウム塩、鉄塩、亜鉛塩、銅塩、ニッケル塩、コバルト塩等の金属塩;アンモニウム塩のような無機塩、t−オクチルアミン塩、ジベンジルアミン塩、モルホリン塩、グルコサミン塩、フェニルグリシンアルキルエステル塩、エチレンジアミン塩、N−メチルグルカミン塩、グアニジン塩、ジエチルアミン塩、トリエチルアミン塩、ジシクロヘキシルアミン塩、N,N’−ジベンジルエチレンジアミン塩、クロロプロカイン塩、プロカイン塩、ジエタノールアミン塩、N−ベンジル−フェネチルアミン塩、ピペラジン塩、テトラメチルアンモニウム塩、トリス(ヒドロキシメチル)アミノメタン塩のような有機塩等のアミン塩;弗化水素酸塩、塩酸塩、臭化水素酸塩、ヨウ化水素酸塩のようなハロゲン原子化水素酸塩、硝酸塩、過塩素酸塩、硫酸塩、リン酸塩等の無機酸塩;メタンスルホン酸塩、トリフルオロメタンスルホン酸塩、エタンスルホン酸塩のような低級アルカンスルホン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、p−トルエンスルホン酸塩のようなアリ−ルスルホン酸塩、酢酸塩、リンゴ酸塩、フマ−ル酸塩、コハク酸塩、クエン酸塩、酒石酸塩、蓚酸塩、マレイン酸塩等の有機酸塩;及び、グリシン塩、リジン塩、アルギニン塩、オルニチン塩、グルタミン酸塩、アスパラギン酸塩のようなアミノ酸塩を挙げることができる。
5’−Ar−2本鎖ポリヌクレオチドを含有する組成物は、例えばリポソーム、受容体標的分子、経口、直腸、局所的または取り込み、分配および/または吸収を補助するための他の処方として、他の分子、分子構造または化合物の混合物と混合される、封入される、共役される。
5’−Ar−2本鎖ポリヌクレオチドを、疾患の予防薬又は治療薬として使用する場合には、前記ポリヌクレオチド、又は、その薬理学上許容される塩を、それ自体あるいは適宜の薬理学的に許容される、賦形剤、希釈剤等と混合し、錠剤、カプセル剤、顆粒剤、散剤若しくはシロップ剤等により経口的に、又は、注射剤、坐剤、貼付剤、若しくは、外用剤等により非経口的に投与することができる。
これらの製剤は、賦形剤(例えば、乳糖、白糖、葡萄糖、マンニトール、ソルビトールのような糖誘導体;トウモロコシデンプン、バレイショデンプン、α澱粉、デキストリンのような澱粉誘導体;結晶セルロースのようなセルロース誘導体;アラビアゴム;デキストラン;プルランのような有機系賦形剤;及び、軽質無水珪酸、合成珪酸アルミニウム、珪酸カルシウム、メタ珪酸アルミン酸マグネシウムのような珪酸塩誘導体;燐酸水素カルシウムのような燐酸塩;炭酸カルシウムのような炭酸塩;硫酸カルシウムのような硫酸塩等の無機系賦形剤を挙げることができる。)、滑沢剤(例えば、ステアリン酸、ステアリン酸カルシウム、ステアリン酸マグネシウムのようなステアリン酸金属塩;タルク;コロイドシリカ;ビーズワックス、ゲイ蝋のようなワックス類;硼酸;アジピン酸;硫酸ナトリウムのような硫酸塩;グリコール;フマル酸;安息香酸ナトリウム;DLロイシン;ラウリル硫酸ナトリウム、ラウリル硫酸マグネシウムのようなラウリル硫酸塩;無水珪酸、珪酸水和物のような珪酸類;及び、上記澱粉誘導体を挙げることができる。)、結合剤(例えば、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、ポリビニルピロリドン、マクロゴール、及び、前記賦形剤と同様の化合物を挙げることができる。)、崩壊剤(例えば、低置換度ヒドロキシプロピルセルロース、カルボキシメチルセルロース、カルボキシメチルセルロースカルシウム、内部架橋カルボキシメチルセルロースナトリウムのようなセルロース誘導体;カルボキシメチルスターチ、カルボキシメチルスターチナトリウム、架橋ポリビニルピロリドンのような化学修飾されたデンプン・セルロース類を挙げることができる。)、乳化剤(例えば、ベントナイト、ビーガムのようなコロイド性粘土;水酸化マグネシウム、水酸化アルミニウムのような金属水酸化物;ラウリル硫酸ナトリウム、ステアリン酸カルシウムのような陰イオン界面活性剤;塩化ベンザルコニウムのような陽イオン界面活性剤;及び、ポリオキシエチレンアルキルエーテル、ポリオキシエチレンソルビタン脂肪酸エステル、ショ糖脂肪酸エステルのような非イオン界面活性剤を挙げることができる。)、安定剤(メチルパラベン、プロピルパラベンのようなパラオキシ安息香酸エステル類;クロロブタノール、ベンジルアルコール、フェニルエチルアルコールのようなアルコール類;塩化ベンザルコニウム;フェノール、クレゾールのようなフェノール類;チメロサール;デヒドロ酢酸;及び、ソルビン酸を挙げることができる。)、矯味矯臭剤(例えば、通常使用される、甘味料、酸味料、香料等を挙げることができる。)、希釈剤等の添加剤を用いて周知の方法で製造される。

3.2本鎖ポリヌクレオチドの細胞、組織あるいは個体への導入、及び標的遺伝子の発現調節
上記のように調製された5’−Ar−2本鎖ポリヌクレオチドを導入する被導入体としては、標的遺伝子がその細胞内でRNAに転写、またはタンパク質に翻訳され得るものであれば、特に制限されない。被導入体としては細胞、組織、あるいは個体を意味する。
5’−Ar−2本鎖ポリヌクレオチドが用いられる細胞としては、生殖系列細胞、体性細胞、分化全能性細胞、多分化能細胞、分割細胞、非分割細胞、実質組織細胞、上皮細胞、不滅化細胞、形質転換細胞、神経細胞又は免疫細胞のいずれのものであってもよい。
組織としては単一細胞胚または構成性細胞、または多重細胞胚、胎児組織等を含む。また、上記分化細胞としては、例えば、脂肪細胞、線維芽細胞、筋細胞、心筋細胞、内皮細胞、神経細胞、グリア、血液細胞、巨核球、リンパ球、マクロファージ、好中球、好酸球、好塩基球、マスト細胞、白血球、顆粒球、ケラチン生成細胞、軟骨細胞、骨芽細胞、破骨細胞、肝細胞および内分泌線または外分泌腺の細胞等が挙げられる。このような細胞の例としては、CHO−K1細胞(RIKEN Cell bank)、ショウジョウバエS2細胞(Schneider, l. et al., J. Embryol. Exp. Morph., 27,p.353−365(1972)、ヒトHeLa細胞(ATCC:CCL−2)、あるいは、ヒトHEK293細胞(ATCC:CRL−1573)等が好ましく用いられる。
さらに5’−Ar−2本鎖ポリヌクレオチドの被導入体として用いられる個体として、具体的には、植物、動物、原生動物、ウイルス、バクテリア、または真菌類に属するもの等が挙げられる。植物は単子葉植物、双子葉植物または裸子植物であってよく、動物は、脊椎動物または無脊椎動物であってもよい。脊椎動物としてはマウス、ラット、サル、イヌ及びヒトを含む哺乳類が好ましい。
被導入体への5’−Ar−2本鎖ポリヌクレオチドの導入方法としては、被導入体が細胞、あるいは組織の場合は、カルシウムフォスフェート法、エレクトロポレーション法、リポフェクション法、ウイルス感染、2本鎖ポリヌクレオチド溶液への浸漬、あるいは形質転換法等が用いられる。また、胚に導入する方法としては、マイクロインジェクション、エレクトロポレーション法、あるいはウイルス感染等が挙げられる。被導入体が植物の場合には植物体の体腔または間質細胞等への注入または灌流、あるいは噴霧による方法が用いられる。また、動物個体の場合には、経口、局所、皮下、筋肉内及び静脈内投与、非経口、経膣、経直腸、経鼻、経眼、経膜内投与等によって全身的に導入する方法、あるいはエレクトロポレーション法やウイルス感染等が用いられる。経口導入の方法としては、2本鎖ポリヌクレオチドを生物の食物と直接混合する方法を使うこともできる。
5’−Ar−2本鎖ポリヌクレオチドを患者へ導入する方法については、上記に加えてコロイド分散系を用いることができる。
コロイド分散系は化合物の生体内の安定性を高める効果や、特定の臓器、組織又は細胞へ化合物を効率的に輸送する効果が期待される。
コロイド分散系は、通常用いられるものであれば限定しないが、高分子複合体、ナノカプセル、ミクロスフェア、ビーズ、及び水中油系の乳化剤、ミセル、混合ミセル及びリポソームを包含する脂質をベースとする分散系を挙げる事ができ、好ましくは、特定の臓器、組織又は細胞へ化合物を効率的に輸送する効果のある、複数のリポソーム、人工膜の小胞である(Mannino et al.,Biotechniques,1988,6,p.682−;Blume and Cevc,Biochem.et Biophys.Acta,1990,1029,p.91−;Lappalainen et al.,Antiviral Res.,1994,23,p.119−;Chonn and Cullis,Current Op.Biotech.,1995,6,p.698−)。
0.2−0.4μmのサイズ範囲をとる単膜リポソームは、巨大分子を含有する水性緩衝液のかなりの割合を被包化し得、化合物はこの水性内膜に被胞化され、生物学的に活性な形態で脳細胞へ輸送される(Fraley et al.,Trends Biochem.Sci.,1981,6,p.77−)。
リポソームの組成は、通常、脂質、特にリン脂質、とりわけ相転移温度の高いリン脂質を1種又はそれ以上のステロイド、特にコレステロールと通常複合したものである。
リポソーム生産に有用な脂質の例は、ホスファチジルグリセロール、ホスファチジルコリン、ホスファチジルセリン、スフィンゴ脂質、ホスファチジルエタノールアミン、セレブロシド及びガングリオシドのようなホスファチジル化合物を包含する。
特に有用なのはジアシルホスファチジルグリセロールであり、ここでは脂質部分が14−18の炭素原子、特に16−18の炭素原子を含有し、飽和している(14−18の炭素原子鎖の内部に二重結合を欠いている)。
代表的なリン脂質は、ホスファチジルコリン、ジパルミトイルホスファチジルコリン及びジステアロイルホスファチジルコリンを包含する。
リポソームを包含するコロイド分散系の標的化は、受動的又は能動的のいずれかであってもよい。
受動的な標的化は、洞様毛細血管を含有する臓器の網内系細胞へ分布しようとするリポソーム本来の傾向を利用することによって達成される。
一方、能動的な標的化は、例えば、ウイルスのタンパク質コート(Morishita et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.(U.S.A.),1993,90,p.8474−)、モノクローナル抗体(又はその適切な結合部分)、糖、糖脂質又はタンパク質(又はその適切なオリゴペプチドフラグメント)のような特定のリガンドをリポソームへ結合させること、又は天然に存在する局在部位以外の臓器及び細胞型への分布を達成するためにリポソームの組成を変えることによってリポソームを修飾する手法等を挙げることができる。
標的化されたコロイド分散系の表面は様々なやり方で修飾され得る。
リポソームで標的したデリバリーシステムでは、脂質二重層との緊密な会合において標的リガンドを維持するために、リポソームの脂質二重層へ脂質基が取込まれ得る。
脂質鎖を標的リガンドと結びつけるために様々な連結基が使用され得る。
5’−Ar−2本鎖ポリヌクレオチドのデリバリーが所望される細胞の上に支配的に見出される特定の細胞表面分子に結合する標的リガンドは、例えば、(1)デリバリーが所望される細胞によって支配的に発現される特定の細胞受容体と結合している、ホルモン、成長因子又はその適切なオリゴペプチドフラグメント、又は(2)標的細胞上で支配的に見出される抗原性エピトープと特異的に結合する、ポリクローナル又はモノクローナル抗体、又はその適切なフラグメント(例えば、Fab;F(ab’)2)、であり得る。
2種又はそれ以上の生物活性剤は、単一のリポソーム内部で複合し、投与することもできる。
内容物の細胞内安定性及び/又は標的化を高める薬剤をコロイド分散系へ追加することも可能である。
5’−Ar−2本鎖ポリヌクレオチド又はその薬理学上許容される塩の使用量は症状、年齢等により異なるが、経口投与の場合には、1回当り下限1mg(好適には、30mg)、上限2000mg(好適には、1500mg)を、静脈内投与の場合には、1回当り下限0.5mg(好適には、5mg)、上限500mg(好適には、250mg)を成人に対して、1日当り1乃至6回症状に応じて投与することが望ましい。
局所的投与に対する薬学的組成物および処方は、経皮的パッチ、軟膏、ローション、クリーム、ゲル、飴、坐薬、スプレー、液体および粉末を含む。
以下、実施例、参考例及び試験例にて本発明をさらに具体的に説明するが、本発明はこれらに限定されるものではない。なお、下記実施例において、遺伝子操作に関する各操作は特に明示がない限り、「モレキュラークローニング(Molecular Cloning)」[Sambrook, J.,Fritsch, E.F.およびManiatis, T. 著、Cold Spring Harbor Laboratory Pressより1989年に発刊]に記載の方法により行うか、または、市販の試薬やキットを用いる場合には市販品の指示書に従って使用した。実施例で合成された各ポリヌクレオチドのXの構造式、質量分析計で測定された各ポリヌクレオチドの分子量の測定値、を表1に示した。
(実施例1)
HO−G−Cm1p−A−Cm1p−A−Am1p−G−Am1p−A−Um1p−G−Gm1p−A−Um1p−C−Am1p−C−Am1t−H(配列表の配列番号1)(CT−169)の合成
核酸自動合成機(パーキンエルマー社製 ABI model 394 DNA/RNA synthesizer)を用い、0.2μmolスケールのRNA合成プログラムに従って行った。各合成サイクルにおける溶媒、試薬、ホスホロアミダイトの濃度は天然オリゴデオキシヌクレオチド合成の場合と同じものを用いた。
デオキシヌクレオシドホスホロアミダイトを用いる場合は、5’−O−ジメトキシトリチル−6−N−ベンゾイル−2’−デオキシアデノシン−3’−O−(2−シアノエチル N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト、5’−O−ジメトキシトリチル−2−N−イソブチリル−2’−デオキシグアノシン−3’−O−(2−シアノエチル N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト、5’−O−ジメトキシトリチル−4−N−ベンゾイル−2’−デオキシシチジン−3’−O−(2−シアノエチル N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト、5’−O−ジメトキシトリチルチミジン−3’−O−(2−シアノエチル N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイトをProligo社より購入し適宜調整し用いた。
2’−O−メチルヌクレオシドホスホロアミダイトを用いる場合は、5’−O−ジメトキシトリチル−6−N−ベンゾイル−2’−O−メチルアデノシン−3’−O−(2−シアノエチル N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト、5’−O−ジメトキシトリチル−2−N−イソブチリル−2’−O−メチルグアノシン−3’−O−(2−シアノエチル N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト、5’−O−ジメトキシトリチル−4−N−アセチル−2’−O−メチルシチジン−3’−O−(2−シアノエチル N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト、5’−O−ジメトキシトリチル−2’−O−メチルウリジン−3’−O−(2−シアノエチル N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイトをGlen Researchより購入し適宜調製し用いた。
リボヌクレオシドホスホロアミダイトを用いる場合は、5’−O−ジメトキシトリチル−6−N−ベンゾイル−2’−O−(tert−ブチルジメチルシリル)アデノシン−3’−O−(2−シアノエチル N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト、5’−O−ジメトキシトリチル−2−N−ジメチルホルムアミジン−2’ −O−(tert−ブチルジメチルシリル)グアノシン−3’−O−(2−シアノエチル N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト、5’−O−ジメトキシトリチル−4−N−アセチル−2’−O−(tert−ブチルジメチルシリル)シチジン−3’−O−(2−シアノエチル N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト、5’−O−ジメトキシトリチル−2’−O−(tert−ブチルジメチルシリル)ウリジン−3’−O−(2−シアノエチル N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイトをProligo社より購入し適宜調製し用いた。
2’−O,4’−C−エチレンヌクレオシドホスホロアミダイトを用いる場合は、特許3420984号の実施例14(5’−O−ジメトキシトリチル−2’−O,4’−C−エチレン−6−N−ベンゾイルアデノシン−3’−O−(2−シアノエチル N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト)、実施例27(5’−O−ジメトキシトリチル−2’−O,4’−C−エチレン−2−N−イソブチリルグアノシン−3’−O−(2−シアノエチル N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト)、実施例22(5’−O−ジメトキシトリチル−2’−O,4’−C−エチレン−4−N−ベンゾイル−5−メチルシチジン−3’−O−(2−シアノエチル N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト)、実施例9(5’−O−ジメトキシトリチル−2’−O,4’−C−エチレン−5−メチルウリジン−3’−O−(2−シアノエチル N,N−ジイソプロピル)ホスホロアミダイト)、の化合物を適宜調製し用いた。
5’−末端にリン酸基部分がある場合は、フォスファリンク(ABI製)を適宜調製し用いた。
ホスホロアミダイトは、適宜核酸自動合成機に取り付け、所望の配列を有するポリヌクレオチドを合成した。固相担体として、所望のヌクレオシドが結合したCPG(コントロールド ポア グラス;アプライドバイオシステム製、または、Glen Research製)0.5μmolを用い、表記のポリヌクレオチドを合成した。核酸自動合成機の最終工程で、酸処理をしなかった(ジメトキシトリチル基がオリゴヌクレオチド上に結合している)。本ポリヌクレオチドにおいては、アンモニア水で処理した後、逆相HPLC(島津製作所製LC−10VP、カラム(Merck, Chromolith Performance RP−18e (4.6×100mm))、A溶液:5%アセトニトリル、0.1M 酢酸トリエチルアミン水溶液(TEAA), pH7.0、B溶液:アセトニトリル、B%:10%→60%(10min, linear gradient);60℃;2ml/min;260nm)にて精製し、ジメトキシトリチル基を有する目的物のピークを集めた。水を加え、減圧下留去することで、TEAAを除いた。ジメトキシトリチル基が結合している場合は、80%酢酸水溶液(2mL)を加え、20分放置することで、ジメトキシトリチル基の脱保護を行った。溶媒を留去したのち、残渣を500μlの水に溶解し、酢酸エチルで洗浄し、凍結乾燥後、目的とするオリゴヌクレオチドを得た。また必要に応じて、7M尿素を含む20%ポリアクリルアミドゲル電気泳動(1x TBE、600V、4時間)で精製した。電気泳動後、UVランプを用いてバンドを可視化し、ナイフを使ってバンドを切り出し、1mLの0.2M NaCl、10mM EDTA(pH7.2)の溶液を加えて、一晩放置し、ポリヌクレオチドをゲル片から溶出させた。エタノールを加え、オリゴヌクレオチドを沈殿させ、遠心し回収した。本ポリヌクレオチドの分子量は、負イオンESI質量分析により同定した。
分子量:計算値:5767.86、測定値:5767.78
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3156の配列を含む。
(実施例2)
X−P(=O)(OH)−O−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号2)(CT−259)の合成
実施例1と同様にCT−259を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、核酸自動合成機の最終工程で酸処理をし、X部分をマニュアルにて縮合した。即ち、核酸部分が結合したCPGを核酸自動合成機から取り外し、そのCPGに対して、2−Chloro−4H−1,3,2−benzodioxaphosphorin−4−one (20.2mg、 100μmol)をTHF1mL、トリエチルアミン10μL溶液に溶解し、その1/6量を加え、室温で30分反応させた。CPGをアセトニトリル 2mL、50mMトリエチルアミン炭酸塩/水溶液 2mLで洗浄し、再度アセトニトリルで洗浄し、乾燥した。N−benzyloxycarbonyl−L−tyrosine ethyl ester(2mg、Journal of Organic Chemistry 59; 9; 1994; 2304 − 2313)、ピバロイルクロリド(5μL、40μmol)をピリジン:アセトニトリル(1:1v/v、150μL)に溶解し、CPGに室温で30分反応させた。アセトニトリルで洗浄後、核酸合成機用試薬のヨウ素溶液(プロリゴ社製)を30秒、核酸合成機を用いて送液し、5分間放置した。再度アセトニトリルで洗浄し、乾燥し、実施例1と同様に脱保護、精製を行った。
分子量:計算値:6687.20、測定値:6686.22
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3156に相補的な配列を含む。
(実施例3)
X−P(=O)(OH)−O−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号2)(CT−260)の合成
実施例2と同様にCT−260を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、methyl 2−(2−furylcarbonylamino)−3−(4−hydroxyphenyl)propanoate (Journal of Medicinal Chemistry; 16; 1973; 281)を最終工程で縮合した。
(実施例4)
X−P(=O)(OH)−O−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号2)(CT−261)の合成
実施例2と同様にCT−261を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、methyl (S)−3−(4−Hydroxy−phenyl)−2−[(pyridine−2−carbonyl)−amino]−propionic acid ethyl ester(Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters; 11; 11; 2001; 1441 − 1444)を最終工程で縮合した。
(実施例5)
X−P(=O)(OH)−O−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号2)(CT−263)の合成
実施例2と同様にCT−263を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、4−プロピルフェノールを最終工程で縮合した。
(実施例6)
X−P(=O)(OH)−O−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号2)(CT−268)の合成
実施例1と同様にCT−268を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分に以下のように調製したアミダイト試薬を縮合した。p―クレゾール(20mg)をアセトニトリル:塩化メチレン(1:1v/v)2mLに溶解し、2−cyanoethyl tetraisopropylphosphorodiamidite (74μL、0.23mmol)、1H Tetrazole 0.45Mアセトニトリル溶液360μLを加え2時間攪拌した。TLCで反応の進行を確認後、フィルターろ過を行い、アミダイト試薬を調製した。
(実施例7)
X−P(=O)(OH)−O−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号2)(CT−269)の合成
実施例6と同様にCT−269を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、4−エチルフェノール(20mg)を用いて調製した。
(実施例8)
X−P(=O)(OH)−O−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号2)(CT−270)の合成
実施例6と同様にCT−270を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、4−イソプロピルフェノール(20mg)を用いて調製した。
(実施例9)
X−P(=O)(OH)−O−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号2)(CT−271)の合成
実施例6と同様にCT−271を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、4−sec−ブチルフェノール(20mg)を用いて調製した。
(実施例10)
X−P(=O)(OH)−O−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号2)(CT−272)の合成
実施例6と同様にCT−272を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、4−ブチルフェノール(20mg)を用いて調製した。
(実施例11)
X−P(=O)(OH)−O−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号2)(CT−273)の合成
実施例6と同様にCT−273を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、4−アミルフェノール(20mg)を用いて調製した。
(実施例12)
X−P(=O)(OH)−O−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号2)(CT−274)の合成
実施例6と同様にCT−274を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、4−オクチルフェノール(20mg)を用いて調製した。
(実施例13)
X−P(=O)(OH)−O−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号2)(CT−275)の合成
実施例6と同様にCT−275を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、4−シクロヘキシルフェノール(20mg)を用いて調製した。
(実施例14)
X−P(=O)(OH)−O−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号2)(CT−276)の合成
実施例6と同様にCT−276を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、5,6,7,8−テトラヒドロ−2−ナフトール(20mg)を用いて調製した。
(実施例15)
X−P(=O)(OH)−O−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号2)(CT−277)の合成
実施例6と同様にCT−277を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、5−ヒドロキシインダン(20mg)を用いて調製した。
(実施例16)
X−P(=O)(OH)−O−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号2)(CT−290)の合成
実施例6と同様にCT−290を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、3−エチルフェノール(20mg)を用いて調製した。
(実施例17)
X−P(=O)(OH)−O−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号2)(CT−292)の合成
実施例6と同様にCT−292を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、4−フェニルフェノール(20mg)を用いて調製した。
(実施例18)
X−P(=O)(OH)−O−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号2)(CT−293)の合成
実施例6と同様にCT−293を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、3−フェニルフェノール(20mg)を用いて調製した。
(実施例19)
X−P(=O)(OH)−O−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号2)(CT−295)の合成
実施例6と同様にCT−295を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、4−(ベンジルオキシ)フェノール(20mg)を用いて調製した。
(実施例20)
X−P(=O)(OH)−O−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号2)(CT−296)の合成
実施例6と同様にCT−296を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、3−(ベンジルオキシ)フェノール(20mg)を用いて調製した。
(実施例21)
X−P(=O)(OH)−O−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号2)(CT−299)の合成
実施例6と同様にCT−299を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、2−ナフトール(20mg)を用いて調製した。
(実施例22)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−300)の合成
実施例6と同様にCT−300を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、4−エチルフェノール(20mg)を用いて調製した。
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例23)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−312)の合成
実施例6と同様にCT−312を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、4−フェニルフェノール(20mg)を用いて調製した。
(実施例24)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−313)の合成
実施例6と同様にCT−313を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、4−フェノキシフェノール(20mg)を用いて調製した。
(実施例25)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−314)の合成
実施例6と同様にCT−314を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、4−メトキシフェノール(20mg)を用いて調製した。
(実施例26)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−315)の合成
実施例6と同様にCT−315を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、4−(トリフルオロメトキシ)フェノール(20mg)を用いて調製した。
(実施例27)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−316)の合成
実施例6と同様にCT−316を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、4−(トリフルオロメチル)フェノール(20mg)を用いて調製した。
(実施例28)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−317)の合成
実施例6と同様にCT−317を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、4−フルオロフェノール(20mg)を用いて調製した。
(実施例29)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−318)の合成
実施例6と同様にCT−318を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、4−クロロフェノール(20mg)を用いて調製した。
分子量:計算値:6820.28、測定値:6820.67
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例30)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−319)の合成
実施例6と同様にCT−319を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、4−アセチルフェノール(20mg)を用いて調製した。
(実施例31)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−321)の合成
実施例6と同様にCT−321を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、4−(メチルスルホニル)フェノール(20mg)を用いて調製した。
(実施例32)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−325)の合成
実施例6と同様にCT−325を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、4−メチルフェノール(20mg)を用いて調製した。
(実施例33)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−331)の合成
実施例6と同様にCT−331を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、2−ナフトール(20mg)を用いて調製した。
(実施例34)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−336)の合成
実施例6と同様にCT−336を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、2−ヒドロキシ−9−フルオレノン(20mg)を用いて調製した。
(実施例35)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−337)の合成
実施例6と同様にCT−337を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、3−フェニルフェノール(20mg)を用いて調製した。
(実施例36)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−338)の合成
実施例6と同様にCT−338を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、2−ヒドロキシジベンゾフラン(20mg)を用いて調製した。
(実施例37)
X−P(=O)(OH)−O−Urp−Urp−Grp−Urp−Grp−Arp−Urp−Crp−Crp−Arp−Urp−Urp−Crp−Urp−Urp−Grp−Urp−Grp−Crp−Urp−Urt−H(配列表の配列番号4)(CT−339)の合成
実施例1と同様にCT−339を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、3−フェニルフェノール(20mg)を用いて調製した。本ポリヌクレオチドにおいては、目的配列を有する保護されたポリヌクレオチド類縁体をアンモニア水:エタノール溶液(3:1v/v)2 mLで55℃、16時間処理することによってオリゴマーを支持体から切り出すとともに、リン酸基の保護基のシアノエチル基と核酸塩基上の保護基をはずした。CPGをろ過して除き、エタノールで洗浄し、ろ液と洗液と合わせて、溶媒を減圧下留去した。残った残渣に、Triethylamine trihydrofluorideを0.3mL加え、室温で19時間放置した。HO 60μL、n−ブタノール3mLを加え、−20℃で1時間放置後、遠心して沈殿を回収した。得られた沈殿を200μLのHOに溶解し、7M尿素を含む20%ポリアクリルアミドゲル電気泳動(1x TBE、600V、4時間)で精製した。電気泳動後、UVランプを用いてバンドを可視化し、ナイフを使ってバンドを切り出し、1mLの0.2M NaCl、10mM EDTA(pH7.2)の溶液を加えて、一晩放置し、ポリヌクレオチドをゲル片から溶出させた。エタノールを加え、オリゴヌクレオチドを沈殿させ、遠心し回収した。
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例38)
HO−G−Cm1s−A−Cm1s−A−Am1s−G−Am1s−A−Um1s−G−Gm1s−A−Um1s−C−Am1s−C−Am1t−H(配列表の配列番号5)(CT−310)の合成
実施例1と同様にCT−310を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、ホスホロチオエート結合部分は、0.2Mフェニルアセチルジスルフィド/ピリジン−アセトニトリル(1:1 v/v)溶液3分間処理することで調製した。
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3156の配列を含む。
(実施例39)
X−P(=S)(OH)−O−Um1s−T−Gm1s−T−Gm1s−A−Um1s−C−Cm1s−A−Um1s−T−Cm1s−T−Um1s−G−Um1s−G−Cm1s−T−Um1t−H(配列表の配列番号6)(CT−330)の合成
実施例1と同様にCT−330を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、ホスホロチオエート結合部分は、0.2Mフェニルアセチルジスルフィド/ピリジン−アセトニトリル(1:1 v/v)溶液3分間処理することで調製した。また、本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、4−フェニルフェノール(20mg)を用いて調製した。
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例40)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−320)の合成
実施例2と同様にCT−320を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、4−ヒドロキシベンズアミドを最終工程で縮合した。
(実施例41)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−322)の合成
実施例2と同様にCT−322を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、4−(イミダゾール−1−イル)フェノールを最終工程で縮合した。
(実施例42)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−323)の合成
実施例2と同様にCT−323を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、4−(1,2,4−トリアゾール−1−イル)フェノールを最終工程で縮合した。
(実施例43)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−332)の合成
実施例2と同様にCT−332を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、6−ヒドロキシキノリンを最終工程で縮合した。
(実施例44)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−335)の合成
実施例2と同様にCT−335を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、3,4−DIHYDRO−6−HYDROXY−2(1H)−QUINOLINONEを最終工程で縮合した。
(実施例45)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−352)の合成
実施例2と同様にCT−352を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、4−ヒドロキシ−4’−メトキシビフェニル(20mg)を用いて調製した。
(実施例46)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−353)の合成
実施例2と同様にCT−353を合成する。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、4−フルオロ−4’−ヒドロキシビフェニル(20mg)を用いて調製した。
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例47)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−354)の合成
実施例2と同様にCT−354を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、4−ベンジルフェノール(20mg)を用いて調製した。
(実施例48)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−355)の合成
実施例2と同様にCT−355を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、4−α−クミルフェノール(20mg)を用いて調製した。
(実施例49)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−359)の合成
実施例2と同様にCT−359を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、3−(4−Hydroxyphenyl)−N−benzylpropionamide(20mg)を用いて調製した。
(実施例50)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−360)の合成
実施例2と同様にCT−360を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、4−ヒドロキシフェニル ベンゾエート(20mg)を用いて調製した。
(実施例51)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−365)の合成
実施例6と同様にCT−365を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、3−フルオロフェノール(20mg)を用いて調製した。
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例52)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−366)の合成
実施例6と同様にCT−366を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、3−クロロフェノール(20mg)を用いて調製した。
(実施例53)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−367)の合成
実施例6と同様にCT−367を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、4−(トリフルオロメチル)フェノール(20mg)を用いて調製した。
(実施例54)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−368)の合成
実施例6と同様にCT−368を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、3−アセチルフェノール(20mg)を用いて調製した。
(実施例55)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−369)の合成
実施例6と同様にCT−369を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、3、4−ジフルオロフェノール(20mg)を用いて調製した。
(実施例56)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−370)の合成
実施例6と同様にCT−370を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、3−フルオロ−4−クロロフェノール(20mg)を用いて調製した。
(実施例57)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−371)の合成
実施例6と同様にCT−371を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、3−(トリフルオロメチル)−4−フルオロフェノール(20mg)を用いて調製した。
(実施例58)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−373)の合成
実施例6と同様にCT−373を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、3、5−ジクロロフェノール(20mg)を用いて調製した。
(実施例59)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−374)の合成
実施例6と同様にCT−374を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、3−フルオロ−4−アセチルフェノール(20mg)を用いて調製した。
(実施例60)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−375)の合成
実施例6と同様にCT−375を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、3,4,5−トリフルオロフェノール(20mg)を用いて調製した。
(実施例61)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−Urp−Gm1p−Urp−Gm1p−Arp−Um1p−Crp−Cm1p−Arp−Um1p−Urp−Cm1p−Urp−Um1p−Grp−Um1p−Grp−Cm1p−T−T−H(配列表の配列番号8)(CT−377)の合成
実施例37と同様にCT−377を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、4−(トリフルオロメトキシ)フェノール(20mg)を用いて調製した。
(実施例62)
HO−Grp−Grp−Arp−Crp−Arp−Arp−Grp−Grp−Arp−Arp−Grp−Crp−Urp−Grp−Crp−Arp−Grp−Arp−Arp−T−T−H(配列表の配列番号13)(CT−165)の合成
実施例37と同様にCT−165を合成した。
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号2137−2155の配列を含む。
(実施例63)
HO−G−Gm1p−A−Cm1p−A−Am1p−G−Gm1p−A−Am1p−G−Cm1p−T−Gm1p−C−Am1p−G−Am1t−H(配列表の配列番号14)(CT−278)の合成
実施例1と同様にCT−278を合成した。
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号2137−2154の配列を含む。
(実施例64)
X−P(=O)(OH)−O−Urp−Urp−Crp−Urp−Grp−Crp−Arp−Grp−Crp−Urp−Urp−Crp−Crp−Urp−Urp−Grp−Urp−Crp−Crp−T−T−H(配列表の配列番号15)(CT−378)の合成
実施例37と同様にCT−378を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、4−(トリフルオロメトキシ)フェノール(20mg)を用いて調製した。
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号2137−2155に相補的な配列を含む。
(実施例65)
X−P(=O)(OH)−O−T−T−Cm1p−T−Gm1p−C−Am1p−G−Cm1p−T−Um1p−C−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−C−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号16)(CT−379)の合成
実施例6と同様にCT−379を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、4−(トリフルオロメトキシ)フェノール(20mg)を用いて調製した。
(実施例66)
HO−Crp−Crp−Grp−Crp−Crp−Grp−Arp−Arp−Urp−Urp−Crp−Arp−Urp−Urp−Arp−Arp−Urp−Urp−Urp−T−T−H(配列表の配列番号17)(MC−006)の合成
実施例37と同様にMC−006を合成した。
塩基配列:Myeloid Cell Leukemia Sequence 1(MCL1)遺伝子(GenBank accession No.NM_021960)のヌクレオチド番号1544−1562の配列を含む。
(実施例67)
HO−C−Cm1p−G−Cm1p−C−Gm1p−A−Am1p−T−Um1p−C−Am1p−T−Um1p−A−Am1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号18)(MC−008)の合成
実施例1と同様にMC−008を合成した。
塩基配列:MCL1遺伝子(GenBank accession No.NM_021960)のヌクレオチド番号1544−1561の配列を含む。
(実施例68)
X−P(=O)(OH)−O−Arp−Arp−Arp−Urp−Urp−Arp−Arp−Urp−Grp−Arp−Arp−Urp−Urp−Crp−Grp−Grp−Crp−Grp−Grp−G−T−H(配列表の配列番号19)(MC−015)の合成
実施例37と同様にMC−015を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、4−(トリフルオロメトキシ)フェノール(20mg)を用いて調製した。
塩基配列:MCL1遺伝子(GenBank accession No.NM_021960)のヌクレオチド番号1544−1562に相補的な配列を含む。
(実施例69)
X−P(=O)(OH)−O−Am1p−A−Am1p−T−Um1p−A−Am1p−T−Gm1p−A−Am1p−T−Um1p−C−Gm1p−G−Cm1p−G−Gm1p−G−Um1t−H(配列表の配列番号20)(MC−016)の合成
実施例6と同様にMC−016を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、4−(トリフルオロメトキシ)フェノール(20mg)を用いて調製した。
(実施例70)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号21)(CT−380)の合成
実施例6と同様にCT−380を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、4−n−オクチルフェノール(20mg)を用いて調製した。
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例71)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号21)(CT−381)の合成
実施例6と同様にCT−381を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、4−n−オクチルオキシフェノール(20mg)を用いて調製した。
(実施例72)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号21)(CT−382)の合成
実施例6と同様にCT−382を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、4’−ヒドロキシオクタフェノン(20mg)を用いて調製した。
(実施例73)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号21)(CT−383)の合成
実施例6と同様にCT−383を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、4’−ヒドロキシバレロフェノン(20mg)を用いて調製した。
(実施例74)
HO−G−Ce2s−A−Cm1s−A−Am1s−G−Am1s−A−Um1s−G−Gm1s−A−Um1s−C−Am1s−C−Am1t−H(配列表の配列番号22)(CT−342)の合成
実施例1と同様にCT−342を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、ホスホロチオエート結合部分は、0.2Mフェニルアセチルジスルフィド/ピリジン−アセトニトリル(1:1 v/v)溶液3分間処理することで調製した。
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3156の配列を含む。
(実施例75)
HO−G−Ce2s−A−Ce2s−A−Am1s−G−Am1s−A−Um1s−G−Gm1s−A−Um1s−C−Am1s−C−Am1t−H(配列表の配列番号23)(CT−343)の合成
実施例1と同様にCT−343を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、ホスホロチオエート結合部分は、0.2Mフェニルアセチルジスルフィド/ピリジン−アセトニトリル(1:1 v/v)溶液3分間処理することで調製した。
(実施例76)
HO−G−Ce2s−A−Ce2s−A−Ae2s−G−Am1s−A−Um1s−G−Gm1s−A−Um1s−C−Am1s−C−Am1t−H(配列表の配列番号24)(CT−344)の合成
実施例1と同様にCT−344を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、ホスホロチオエート結合部分は、0.2Mフェニルアセチルジスルフィド/ピリジン−アセトニトリル(1:1 v/v)溶液3分間処理することで調製した。
(実施例77)
HO−G−Ce2s−A−Ce2s−A−Ae2s−G−Ae2s−A−Um1s−G−Gm1s−A−Um1s−C−Am1s−C−Am1t−H(配列表の配列番号25)(CT−345)の合成
実施例1と同様にCT−345を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、ホスホロチオエート結合部分は、0.2Mフェニルアセチルジスルフィド/ピリジン−アセトニトリル(1:1 v/v)溶液3分間処理することで調製した。
(実施例78)
HO−G−Ce2s−A−Ce2s−A−Ae2s−G−Ae2s−A−Ue2s−G−Gm1s−A−Um1s−C−Am1s−C−Am1t−H(配列表の配列番号26)(CT−346)の合成
実施例1と同様にCT−346を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、ホスホロチオエート結合部分は、0.2Mフェニルアセチルジスルフィド/ピリジン−アセトニトリル(1:1 v/v)溶液3分間処理することで調製した。
(実施例79)
HO−G−Ce2s−A−Ce2s−A−Ae2s−G−Ae2s−A−Ue2s−G−Ge2s−A−Um1s−C−Am1s−C−Am1t−H(配列表の配列番号27)(CT−347)の合成
実施例1と同様にCT−347を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、ホスホロチオエート結合部分は、0.2Mフェニルアセチルジスルフィド/ピリジン−アセトニトリル(1:1 v/v)溶液3分間処理することで調製した。
(実施例80)
HO−G−Ce2s−A−Ce2s−A−Ae2s−G−Ae2s−A−Ue2s−G−Ge2s−A−Ue2s−C−Am1s−C−Am1t−H(配列表の配列番号28)(CT−348)の合成
実施例1と同様にCT−348を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、ホスホロチオエート結合部分は、0.2Mフェニルアセチルジスルフィド/ピリジン−アセトニトリル(1:1 v/v)溶液3分間処理することで調製した。
(実施例81)
HO−G−Ce2s−A−Ce2s−A−Ae2s−G−Ae2s−A−Ue2s−G−Ge2s−A−Ue2s−C−Ae2s−C−Am1t−H(配列表の配列番号29)(CT−349)の合成
実施例1と同様にCT−349を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、ホスホロチオエート結合部分は、0.2Mフェニルアセチルジスルフィド/ピリジン−アセトニトリル(1:1 v/v)溶液3分間処理することで調製した。
(実施例82)
HO−G−Ce2s−A−Ce2s−A−Ae2s−G−Ae2s−A−Ue2s−G−Ge2s−A−Ue2s−C−Ae2s−C−Ae2t−H(配列表の配列番号30)(CT−350)の合成
実施例1と同様にCT−350を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、ホスホロチオエート結合部分は、0.2Mフェニルアセチルジスルフィド/ピリジン−アセトニトリル(1:1 v/v)溶液3分間処理することで調製した。
(実施例83)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−387)の合成
実施例6と同様にCT−387を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、4’−ヒドロキシアセトアニリド(20mg)を用いて調製した。
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(実施例84)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−388)の合成
実施例6と同様にCT−388を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、4−ヒドロキシ安息香酸メチル(20mg)を用いて調製した
(実施例85)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−389)の合成
実施例6と同様にCT−389を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、フェノール(20mg)を用いて調製した。
(実施例86)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−390)の合成
実施例6と同様にCT−390を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、レソルシノール・モノアセタート(20mg)を用いて調製した。
(実施例87)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−391)の合成
実施例6と同様にCT−391を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、3−ブロモフェノール(20mg)を用いて調製した。
(実施例88)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−392)の合成
実施例6と同様にCT−392を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、3−ヨードフェノール(20mg)を用いて調製した。
(実施例89)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−438)の合成
実施例6と同様にCT−438を合成した。但し、最終工程で酸処理を行った。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、参考例22(20mg)を用いて調製した。
(実施例90)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−439)の合成
実施例6と同様にCT−439を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、3−ヒドロキシピリジン(20mg)を用いて調製した。
(実施例91)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−457)の合成
実施例6と同様にCT−457を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、参考例34(20mg)を用いて調製した。
(実施例92)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−458)の合成
実施例6と同様にCT−458を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、メチル 5−ヒドロキシ−3−ピリジンカルボキシレート(20mg)を用いて調製した。
同様に参考例で合成された各ポリヌクレオチドのXの構造式、質量分析計で測定された各ポリヌクレオチドの分子量の測定値、を表2に示した。
(参考例1)
HO−Grp−Cm1p−Arp−Cm1p−Arp−Am1p−Grp−Am1p−Arp−Um1p−Grp−Gm1p−Arp−Um1p−Crp−Am1p−Crp−Am1p−Arp−T−T−H(配列表の配列番号7)(CT−001)の合成
実施例1と同様にCT−001を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、目的配列を有する保護されたポリヌクレオチド類縁体をアンモニア水:エタノール溶液(3:1v/v)2 mLで55℃、16時間処理することによってオリゴマーを支持体から切り出すとともに、リン酸基の保護基のシアノエチル基と核酸塩基上の保護基をはずした。CPGをろ過して除き、エタノールで洗浄し、ろ液と洗液と合わせて、溶媒を減圧下留去した。残った残渣に、Triethylamine trihydrofluorideを0.3mL加え、室温で19時間放置した。HO 60μL、n−ブタノール3mLを加え、−20℃で1時間放置後、遠心して沈殿を回収した。得られた沈殿を200μLのHOに溶解し、7M尿素を含む20%ポリアクリルアミドゲル電気泳動(1x TBE、600V、4時間)で精製した。電気泳動後、UVランプを用いてバンドを可視化し、ナイフを使ってバンドを切り出し、1mLの0.2M NaCl、10mM EDTA(pH7.2)の溶液を加えて、一晩放置し、ポリヌクレオチドをゲル片から溶出させた。エタノールを加え、オリゴヌクレオチドを沈殿させ、遠心し回収した。
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157の配列を含む。
(参考例2)
HO−Um1p−Urp−Gm1p−Urp−Gm1p−Arp−Um1p−Crp−Cm1p−Arp−Um1p−Urp−Cm1p−Urp−Um1p−Grp−Um1p−Grp−Cm1p−T−T−H(配列表の配列番号8)(CT−005)の合成
参考例1と同様にCT−005を合成した。
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(参考例3)
HO−Grp−Crp−Arp−Crp−Arp−Arp−Grp−Arp−Arp−Urp−Grp−Grp−Arp−Urp−Crp−Arp−Crp−Arp−Arp−Urp−Urt−H(配列表の配列番号9)(CT−106)の合成
参考例1と同様にCT−106を合成した。
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157の配列を含む。
(参考例4)
HO−Urp−Urp−Grp−Urp−Grp−Arp−Urp−Crp−Crp−Arp−Urp−Urp−Crp−Urp−Urp−Grp−Urp−Grp−Crp−Urp−Urt−H(配列表の配列番号10)(CT−041)の合成
参考例1と同様にCT−041を合成した。
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(参考例5)
HO−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号11)(CT−157)の合成
実施例1と同様にCT−157を合成した。
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(参考例6)
X−P(=O)(OH) −O−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号2)(CT−225)の合成
実施例2と同様にCT−225を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、Methyl 3−(4−hydroxyphenyl)propionateを最終工程で縮合した。
(参考例7)
X−P(=O)(OH)−O−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号2)(CT−291)の合成
実施例6と同様にCT−291を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、2−エチルフェノール(20mg)を用いて調製した。
(参考例8)
X−P(=O)(OH)−O−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号2)(CT−294)の合成
実施例6と同様にCT−294を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、2−フェニルフェノール(20mg)を用いて調製した。
(参考例9)
X−P(=O)(OH)−O−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号2)(CT−297)の合成
実施例6と同様にCT−297を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、2−(ベンジルオキシ)フェノール(20mg)を用いて調製した。
(参考例10)
X−P(=O)(OH)−O−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号2)(CT−298)の合成
実施例6と同様にCT−298を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、1−ナフトール(20mg)を用いて調製した。
(参考例11)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−186)の合成
実施例6と同様にCT−186を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分は、特開平11−246592 実施例8aの化合物を用いて調製した。
(参考例12)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−327)の合成
実施例6と同様にCT−327を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、4−メチルフェネニルアルコール(20mg)を用いて調製した。
(参考例13)
HO−P(=O)(OH)−O−Um1s−T−Gm1s−T−Gm1s−A−Um1s−C−Cm1s−A−Um1s−T−Cm1s−T−Um1s−G−Um1s−G−Cm1s−T−Um1t−H(配列表の配列番号6)(CT−311)の合成
実施例1と同様にCT−311を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、ホスホロチオエート結合部分は、0.2Mフェニルアセチルジスルフィド/ピリジン−アセトニトリル(1:1 v/v)溶液3分間処理することで調製した。
(参考例14)
HO−P(=O)(OH) −O−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号12)(CT−203)の合成
実施例1と同様にCT−203を合成した。
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No. NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3156に相補的な配列を含む。
(参考例15)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−351)の合成
実施例2と同様にCT−351を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、3−ペンタデシルフェノール(20mg)を用いて調製した。
(参考例16)
X−P(=O)(OH)−O−Um1p−T−Gm1p−T−Gm1p−A−Um1p−C−Cm1p−A−Um1p−T−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−G−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号3)(CT−326)の合成
実施例2と同様にCT−326を合成した。本ポリヌクレオチドにおいては、X部分のアミダイト試薬は、4−メチルベンジルアルコールを用いて調製した。
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号3139−3157に相補的な配列を含む。
(参考例17)
HO−Urp−Urp−Crp−Urp−Grp−Crp−Arp−Grp−Crp−Urp−Urp−Crp−Crp−Urp−Urp−Grp−Urp−Crp−Crp−T−T−H(配列表の配列番号31)(CT−166)の合成
実施例37と同様にCT−166を合成した。
塩基配列:ヒトβ−カテニン遺伝子(GenBank accession No.NM_001904.3)のヌクレオチド番号2137−2155に相補的な配列を含む。
(参考例18)
HO−P(=O)(OH)−O−T−T−Cm1p−T−Gm1p−C−Am1p−G−Cm1p−T−Um1p−C−Cm1p−T−Um1p−G−Um1p−C−Cm1p−T−Um1t−H(配列表の配列番号32)(CT−280)の合成
実施例1と同様にCT−280を合成した。
分子量:計算値:6629.26、測定値:6629.51
(参考例19)
HO−Arp−Arp−Arp−Urp−Urp−Arp−Arp−Urp−Grp−Arp−Arp−Urp−Urp−Crp−Grp−Grp−Crp−Grp−Grp−G−T−H(配列表の配列番号33)(MC−007)の合成
実施例37と同様にMC−007を合成した。
塩基配列:MCL1遺伝子(GenBank accession No.NM_021960)のヌクレオチド番号1544−1562に相補的な配列を含む。
(参考例20)
HO−P(=O)(OH)−O−Am1p−A−Am1p−T−Um1p−A−Am1p−T−Gm1p−A−Am1p−T−Um1p−C−Gm1p−G−Cm1p−G−Gm1p−G−Um1t−H(配列表の配列番号34)(MC−009)の合成
実施例1と同様にMC−009を合成した。
(参考例22)
6−(4,4’−dimethoxytrityloxy)hexanoic acid(722 mg, 1.67 mmol, J. Org. Chem., 1995, 60, 3358-3364)をメチレンクロリド2mLに溶解し、4−アミノフェノール(200 mg、1.84 mmol)、EDC(288 mg、2.5 mmol)、HOBT(225 mg, 2.5 mmol)、トリエチルアミン(260μL)を加え、一晩撹拌した。反応の終結をTLCで確認後、メチレンクロリド、5%炭酸水素ナトリウム水溶液で分液し、有機相を飽和食塩水で洗浄した。有機相を硫酸ナトリウムで乾燥後、溶媒を減圧下濃縮した。残渣をシリカゲルカラム(30g、2%メタノール/メチレンクロリド)で精製し、アモルファス状の参考例22の化合物を得た(649mg)。
H−NMR(400MHz、CDCl)7.43−6.75(17H,m), 3.78(6H,s), 3.05(2H,m),2.30(2H,m), 1.73−1.59(4H,m), 1.49−1.38(2H,m)
FAB−MAS(mNBA): 525 M
(参考例23)
8−hydroxyoctanoic acid (100mg, 0.59 mmol)をピリジン1.5mLに溶解し、4,4’−dimethoxytrityl chloride (237mg, 0.7 mmol)を加え、一晩撹拌した。反応の終結をTLCで確認後、メチレンクロリド、水で分液し、有機相を硫酸ナトリウムで乾燥後、溶媒を減圧下濃縮した。残渣をシリカゲルカラム(4g、メチレンクロリド)で精製し、アモルファス状の8−(4,4’−dimethoxytrityloxy)octanoic acidを得た(348mg)。得られた8−(4,4’−dimethoxytrityloxy)octanoic acidをメチレンクロリド1mLに溶解し、4−アミノフェノール(70.9 mg、0.64 mmol)、EDC(101.6 mg、0.88 mmol)、HOBT(79 mg, 0.886 mmol)、トリエチルアミン(92 μL)を加え、一晩撹拌した。反応の終結をTLCで確認後、シリカゲルカラム(5 g、30%→50%酢酸エチル/n−ヘキサン)で精製し、アモルファス状の参考例23の化合物を得た(148mg)。
H−NMR(400MHz、CDCl)7.52−6.59(17H,m), 3.79(6H,s), 3.05−3.01(2H,m),2.28(2H,m), 1.71−1.58(4H,m), 1.35−1.24(6H,m)
FAB−MAS(mNBA+KI): 592 (M+K)
(参考例24)
10−(4,4’−dimethoxytrityloxy)decanoic acid(0.707 g, 1.19 mmol, Tetrahedron Letters, 1994, 35, 2353−2356)を メチレンクロリド2mLに溶解し、4−アミノフェノール(141.8 mg、1.28 mmol)、EDC(203 mg、1.76 mmol)、HOBT(158 mg, 1.76 mmol)、トリエチルアミン(183μL)を加え、一晩撹拌した。反応の終結をTLCで確認後、シリカゲルカラム(7.5 g、30%→50%酢酸エチル/n−ヘキサン)で精製し、アモルファス状の参考例24の化合物を得た(485mg)。
H−NMR(400MHz、CDCl)7.52−6.59(17H,m), 3.78(6H,s), 3.02(2H,m),2.31(2H,m), 1.74−1.56(4H,m), 1.33−1.24(10H,m)
FAB−MAS(mNBA): 580 (M−H)
(参考例25)
4−アミノ−1−ブタノール(160.45 mg、1.8 mmol)、4−ヒドロキシ安息香酸(207.18 mg、1.5 mmol)に対して、EDC(383 mg、2 mmol)、HOBT(67.5 mg, 0.5 mmol)がメチレンクロリド3 mLに溶解した溶液を加え、さらにトリエチルアミン(260 μL)を加え、一晩振とうした。反応の終結をTLCで確認後、シリカゲルカラム(5 g、メチレンクロリド→酢酸エチルで溶出)で精製し、オイル状のアミド化合物を得た(0.20 g)。これをピリジン1.5 mLに溶解し、4,4’−dimethoxytrityl chloride (500 mg, 1.5 mmol)を加え、室温で3時間撹拌した。反応の終結をTLCで確認後、メタノール0.5 mLを加え、酢酸エチル、5%炭酸水素ナトリウム水溶液で分液し、有機相の溶媒を減圧下濃縮した。残渣をシリカゲルカラム(10g、40%→50%酢酸エチル/n−ヘキサン)で精製し、アモルファス状の参考例25の化合物を得た(325mg)。
H−NMR(400MHz、CDCl)7.70−6.78(17H,m), 6.11(1H, brs), 5.69(1H, s), 3.78(6H,s), 3.42(2H,m), 3.11(2H,m), 1.69(4H,m)
FAB−MAS(mNBA): 511 M
(参考例26)
6−アミノ−1−ヘキサノール(210.94 mg、1.8 mmol)、4−ヒドロキシ安息香酸(207.18 mg、1.5 mmol)を用いて参考例25と同様に合成し、アモルファス状の参考例26の化合物を得た(445mg)。
H−NMR(400MHz、CDCl)7.67−6.79(17H,m), 5.97(1H, brs), 5.56(1H, s), 3.78(6H,s), 3.43−3.38(2H,m), 3.06−3.02(2H,m), 1.63−1.55(4H,m), 1.45−1.34(4H,m)
FAB−MAS(mNBA): 539 M
(参考例27)
8−アミノ−1−オクタノール(261.43 mg、1.8 mmol)、4−ヒドロキシ安息香酸(207.18 mg、1.5 mmol)を用いて参考例25と同様に合成し、アモルファス状の参考例27の化合物を得た(486mg)。
H−NMR(400MHz、CDCl)7.68−6.80(17H,m), 5.98(1H, brs), 5.54(1H, s), 3.79(6H,s), 3.44−3.39(2H,m), 3.03(2H,m), 1.62−1.55(4H,m), 1.34−1.24(8H,m)
FAB−MAS(mNBA): 567 M
(参考例28)
4−アミノ−1−ブタノール(160.45 mg、1.8 mmol)、3−ヒドロキシ安息香酸(207.18 mg、1.5 mmol)を用いて参考例25と同様に合成し、アモルファス状の参考例28の化合物を得た(566mg)。
H−NMR(400MHz、CDCl)7.52−6.79(17H,m), 6.25(1H, brs), 6.06(1H, s), 3.78(6H,s), 3.47−3.42(2H,m), 3.13(2H,m), 1.72−1.66(4H,m)
FAB−MAS(mNBA): 511 M
(参考例29)
6−アミノ−1−ヘキサノール(210.94 mg、1.8 mmol)、3−ヒドロキシ安息香酸(207.18 mg、1.5 mmol)を用いて参考例25と同様に合成し、アモルファス状の参考例29の化合物を得た(580mg)。
H−NMR(400MHz、CDCl)7.52−6.80(17H,m), 6.08(1H, brs), 6.04(1H, s), 3.78(6H,s), 3.45−3.40(2H,m), 3.06−3.03(2H,m), 1.65−1.56(4H,m), 1.45−1.34(4H,m)
FAB−MAS(mNBA): 539 M
(参考例30)
8−アミノ−1−オクタノール(261.43 mg、1.8 mmol)、3−ヒドロキシ安息香酸(207.18 mg、1.5 mmol)を用いて参考例25と同様に合成し、アモルファス状の参考例30の化合物を得た(675mg)。
H−NMR(400MHz、CDCl)7.52−6.80(17H,m), 6.21(1H, brs), 6.11(1H, s), 3.78(6H,s), 3.46−3.41(2H,m), 3.04−3.01(2H,m), 1.63−1.58(4H,m), 1.39−1.33(8H,m)
FAB−MAS(mNBA): 566 (M−H)
(参考例31)
4−アミノ−1−ブタノール(160.45 mg、1.8 mmol)、3−(4−ヒドロキシフェニル)プロピオン酸
(249.26 mg、1.5 mmol)を用いて参考例25と同様に合成し、アモルファス状の参考例31の化合物を得た(540mg)。
H−NMR(400MHz、CDCl)7.52−6.68(17H,m), 5.37(1H, brs), 4.87(1H, s), 3.78(6H,s), 3.18(2H,m), 3.04(2H,m), 2.86(2H,t,J=7.56Hz), 2.35(2H,t,J=7.56Hz), 1.54−1.48(4H,m)
FAB−MAS(mNBA): 540 (M+H)
(参考例32)
6−アミノ−1−ヘキサノール(210.94 mg、1.8 mmol)、3−(4−ヒドロキシフェニル)プロピオン酸(249.26 mg、1.5 mmol)を用いて参考例25と同様に合成し、アモルファス状の参考例32の化合物を得た(559mg)。
H−NMR(400MHz、CDCl)7.44−6.70(17H,m), 5.21(1H, brs), 5.03(1H, s), 3.79(6H,s), 3.15(2H,m), 3.03(2H,m), 2.87(2H,t,J=7.33Hz), 2.39(2H,t,J=7.56Hz), 1.59−1.13(8H,m)
FAB−MAS(mNBA): 568 (M+H)
(参考例33)
8−アミノ−1−オクタノール(261.43 mg、1.8 mmol)、3−(4−ヒドロキシフェニル)プロピオン酸(249.26 mg、1.5 mmol)を用いて参考例25と同様に合成し、あめ状の参考例33の化合物を得た(720mg)。
H−NMR(400MHz、CDCl)7.52−6.71(17H,m), 5.26(1H, brs), 5.10(1H, s), 3.78(6H,s), 3.18(2H,m), 3.03(2H,m), 2.88(2H,t,J=7.56Hz), 2.41(2H,t,J=7.56Hz), 1.62−1.17(12H,m)
FAB−MAS(mNBA): 594 (M−H)
(参考例34)
N−(4−methoxytrityl)−L−tyrosine ethyl ester
L−チロシン エチル(418mg, 2mmol)をピリジン5 mLに溶解し、4−methoxytrityl chloride (741 mg, 2.4 mmol)を加え、室温で5時間撹拌した。反応の終結をTLCで確認後、酢酸エチル、5%炭酸水素ナトリウム水溶液で分液し、有機相を硫酸ナトリウムで乾燥後、有溶媒を減圧下濃縮した。残渣をシリカゲルカラム(30g、30%酢酸エチル/n−ヘキサン)で精製し、アモルファス状の参考例34の化合物を得た(687mg)。
H−NMR(400MHz、CDCl)7.42−6.72(18H,m), 4.69(1H, s), 3.76(3H,s), 3.53−3.33(3H,m), 2.94−2.81(2H,m), 2.58(1H, d), 0.84(3H,m)
FAB−MAS(mNBA): 482 (M+H)
(参考例35)
3−(4−methoxytrityloxy)−2−acetylamino−propionic acid (Ac−Ser(MMTr)−OH)
N−アセチル−D,L−セリン(1.775g, 12mmol)をピリジン20 mLに溶解し、4−methoxytrityl chloride (4.1g, 13.2 mmol)を加え、室温で一晩撹拌した。反応の終結をTLCで確認後、酢酸エチル、5%炭酸水素ナトリウム水溶液で分液し、有機相を硫酸ナトリウムで乾燥後、溶媒を減圧下濃縮した。残渣をシリカゲルカラム(120g、30%アセトン/n−ヘキサン)で精製し、アモルファス状の参考例35の化合物を得た(3.93g)。
H−NMR(400MHz、CDCl)7.41−6.81(14H,m), 6.15(1H, d, J=7.33Hz), 4.70−4.66(1H, m), 3.78(3H,s), 3.75−3.74(1H,m), 3.42−3.38(1H,m), 2.02(3H, s)
FAB−MAS(mNBA): 419 M
(参考例36)
Ac−Ser(MMTr)−Tyr−OEt
参考例35の化合物(629 mg, 1.5 mmol Ac−Ser(MMTr)−OH)をメチレンクロリド3mLに溶解し、L−チロシン エチル(334mg, 1.6mmol)、EDC(383 mg、2 mmol)、HOBT(67.5 mg, 0.5 mmol)、トリエチルアミン(260μL)を加え、4時間撹拌した。反応液をシリカゲルカラム(15g、40%→50%酢酸エチル/n−ヘキサン)で精製し、アモルファス状の参考例36の化合物を得た(460mg)。
H−NMR(400MHz、CDCl)7.52−6.61(18H,m), 6.08(1H, m), 4.87−4.77(1H,m), 4.52(1H,m), 4.19−4.05(2H, m), 3.79(3H,s), 3.70−3.59(1H,m), 3.19−2.96(3H,m), 1.93,1.91 (1H, ds), 1.28−1.22(3H,m)
FAB−MAS(mNBA): 611 (M+H)
(参考例37)
t−Boc−βAla−Tyr−OEt
N−t−Boc−β−Alanine(283mg, 1.5mmol, t−Boc−βAla−OH)、L−チロシン エチル(376 mg、1.8 mmol, H−Tyr−OEt)を用いて参考例36と同様に合成し、アモルファス状の参考例37の化合物を得た(497mg)。
H−NMR(400MHz、CDCl)6.97−6.74(4H,m), 6.03(1H, brs), 5.11(1H, brs), 4.80(1H,q, J=6.72Hz), 4.22−4.15(2H,m), 3.36(2H,m), 3.10−3.01(2H,m), 2.38(2H,m), 1.41(9H,s), 1.29−1.23(3H,m)
FAB−MAS(mNBA): 381 (M+H)
(参考例38)
t−Boc−Ala−Tyr−OEt
N−t−Boc−Alanine(283mg, 1.5mmol, t−Boc−Ala−OH)、L−チロシン エチル(376 mg、1.8 mmol)を用いて参考例36と同様に合成し、アモルファス状の参考例38の化合物を得た(490mg)。
H−NMR(400MHz、CDCl)6.98−6.71(4H,m), 6.49(1H, d), 5.16(1H, s), 4.95−4.76(1H,m), 4.20−4.13(3H,m), 3.05(2H,m), 1.41(9H,s), 1.33,1.31(3H,ds), 1.28−1.21(3H,m)
FAB−MAS(mNBA): 381 (M+H)
(参考例39)
t−Boc−Gly−Tyr−OEt
N−t−Boc−Glycine(263 mg、1.5 mmol)、L−チロシン エチル(376 mg、1.8 mmol)を用いて参考例36と同様に合成し、アモルファス状の参考例39の化合物を得た(434mg)。
H−NMR(400MHz、CDCl)6.98−6.72(4H,m), 6.46(1H, d), 5.06(1H, brs), 4.82(1H,m), 4.21−4.13(2H,m), 3.85−3.72(2H,m), 3.05(2H,m), 1.41(9H,s), 1.29−1.24(3H,m), 1.28−1.21(3H,m)
FAB−MAS(mNBA): 367 (M+H)
(参考例40)
Ac−Ser(MMTr)−βAla−Tyr−OEt
参考例37の化合物(490mg, 1.29mmol)をメチレンクロリド4mLに溶解し、TFA4mLを加え、室温で15分放置後、溶媒を減圧下濃縮した。残渣をメチレンクロリド3mL、トリエチルアミン(260μL)に溶解し、参考例35の化合物(544mg, 1.3mmol)、EDC(383 mg、2 mmol)、HOBT(67.5 mg, 0.5 mmol)、トリエチルアミン(260μL)を加え、一晩撹拌した。反応液をシリカゲルカラム(20g、80%酢酸エチル/n−ヘキサン→酢酸エチル)で精製し、アモルファス状の参考例40の化合物を得た(469mg)。
H−NMR(400MHz、CDCl)7.41−6.71(18H,m), 4.81−4.75(1H,m), 4.54−4.44(1H,m), 4.26−4.15(2H,m), 3.78(3H,s), 3.46−2.20(8H,m), 2.02,1.98(3H,ds), 1.34−1.24(3H,m)
FAB−MAS(mNBA): 682 (M+H)
(参考例41)
Ac−Ser(MMTr)−Ala−Tyr−OEt
参考例38の化合物(485mg, 1.26mmol)、参考例35の化合物(544mg, 1.3mmol)を用いて、参考例40と同様に合成し、白色固体の参考例41の化合物を得た(448mg)
H−NMR(400MHz、CDCl)7.41−6.49(18H,m), 4.79(1H,m), 4.54−4.44(2H,m), 4.20−4.15(2H,m), 3.78(3H,s), 3.46−2.85(4H,m), 2.01,1.94(3H,ds), 1.37−1.17(6H,m)
FAB−MAS(mNBA): 682 (M+H)
(参考例42)
Ac−Ser(MMTr)−Gly−Tyr−OEt
参考例39の化合物(430mg, 1.17mmol)、参考例35の化合物(544mg, 1.3mmol)を用いて、参考例40と同様に合成し、白色固体の参考例42の化合物を得た(486mg)
H−NMR(400MHz、DMSO−d)9.22(1H,s), 8.41−8.34(1H,m), 8.23(1H,m), 8.08−8.05(1H,m), 7.38−6.63(18H,m), 4.60(1H, m), 4.36(1H, m), 4.04−3.97(2H,m), 3.92−3.61(2H,m), 3.74(3H,s), 3.09(1H,m), 2.83(1H,m), 1.85(3H,s), 1.11−1.06(3H,m)
FAB−MAS(mNBA): 668 (M+H)
参考例22〜33、36及び40〜42に記載の化合物の構造を図36に示す。
(実施例93)2本鎖ポリヌクレオチド形成のためのアニーリング
上記、実施例及び参考例において合成したポリヌクレオチドを表3〜表6に示す組み合わせで、センス鎖及びアンチセンス鎖を300pmolずつ1つのチューブに入れて、減圧下乾燥し、30μLのsiRNA suspension buffer(QIAGEN)を加え、65℃、1分間加温した後、室温に5分間放置し、センス鎖及びアンチセンス鎖をアニーリングさせ、10μMの2本鎖ポリヌクレオチド溶液を得た。
2本鎖ポリヌクレオチドは、センス鎖、アンチセンス鎖の組み合わせのみで表すこともある。すなわち、例えば、CT−001/CT−0005の組み合わせからなる2本鎖ポリヌクレオチドは、単に、「CT−001/CT−005」とも表す。)
本方法により、表3〜8に示す、2本鎖ポリヌクレオチド及びアンチセンス鎖の5’リン酸に芳香族置換基が付加している5’−Ar−2本鎖ポリヌクレオチドを取得することができる。
(試験例1)
(1)トランスフェクション
ヒト大腸癌SW480細胞株(ヒト大腸腺癌由来)を、10% Fetal bovine serumを含むRPMI1640培地(Invitrogen)で培養した。100000cells/wellの濃度になるように、SW480の培養液を12穴プレートに播種し、一晩培養した。次に各ウェルにリポフェクション試薬HiPerFect Transfection Reagent(QIAGEN)を最終濃度0.5%、2本鎖ポリヌクレオチド溶液を最終濃度が、30、3、0.3、および0.03nM(または、3、1、0.3、0.1、および0.03nM等、図内に表示)となるよう添加して、更に3日間培養を継続した。その後、培地を除いてPBS(Phosphate buffered saline)で細胞を洗浄後、5% 2−メルカプトエタノール含有Laemmli Sample Buffer 100μLを直接添加して細胞を溶解させた。細胞溶解液をチューブに回収後、100℃で5分間加熱して蛋白質を変性させた。2本鎖ポリヌクレオチドの構造及びそのヌクレオチド配列は図1、図2、図4、図6、図8、図10、図16、図18、図19、図24、図26、図27、図29、図31、図32、図34、図37及び図39に示している。
(2)ウエスタンブロット解析
各サンプル(蛋白質量として1μg分)をポリアクリルアミドゲル電気泳動(5−20% グラジエントゲル)によって分離し、ニトロセルロース膜に電気的に転写した。5%スキムミルク液でブロッキング後、一次抗体としてウサギ抗β−カテニン抗体(Cell Signaling)を二次抗体としてHRP標識抗ウサギIgG抗体(GE Healthcare Life Sciences)を用いてβ−カテニン蛋白質を検出した。陰性対象としてβ−アクチン蛋白質を抗β−アクチンモノクローナル抗体(GE Healthcare Life Sciences)およびHRP標識抗マウスIgG抗体(GE Healthcare Life Sciences)を用いて検出した。各蛋白質の検出は、Western Lightning(PerkinElmer Life Sciences)を基質として使用した時に生じた化学発光によってHigh Performance Chemiluminescence Film(GE Healthcare Life Sciences)を感光させることで可視化して実施した。
(3)ウエスタンブロット解析結果
(a)参考例として合成した2本鎖ポリヌクレオチドの遺伝子発現抑制活性
2本鎖ポリヌクレオチドの全てのヌクレオチドがRNAからなるCT−106/CT−041の組み合わせからなる2本鎖ポリヌクレオチド(以下、2本鎖ポリヌクレオチドは、センス鎖、アンチセンス鎖の組み合わせのみで表すこともある。すなわち、例えば、CT−106/CT−041の組み合わせからなる2本鎖ポリヌクレオチドは、単に、「CT−106/CT−041」とも表す。)及び、RNAを1つおきに2’−O−メチルRNAに置き換え、overhang部分はDNAとしたCT−001/CT−005について実験を行った。これらの2本鎖ポリヌクレオチドの構造は図1に示している。CT−001/CT−005は、全てのヌクレオチドがRNAからなるCT−106/CT−041と同程度にヒトβ−カテニン遺伝子の発現を抑制していた(図1)。以後の実験では、CT−001/CT−005またはCT−106/CT−041を、対照として利用した。
(b)2本鎖ポリヌクレオチドの遺伝子抑制活性解析1
2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−157のアンチセンス鎖5’末端に、4−エチルフェニルリン酸基が結合したCT−169/CT−300、及び、2−ヒドロキシエチルリン酸基が結合したCT−169/CT−186(構造は図2参照。)の遺伝子発現抑制活性を調べた。図3に示すように、CT−169/CT−300は、CT−169/CT−157と同程度にヒトβ−カテニン遺伝子の発現を強く抑制した。しかし、CT−169/CT−186では、ヒトβ−カテニン遺伝子発現の抑制は見られなかった。また、2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−203のアンチセンス鎖5’末端に、4−エチルフェニルリン酸基が結合したCT−169/CT−269、及び、4−フェニルフェニルリン酸基が結合したCT−169/CT−292(図2参照。)の遺伝子発現抑制活性を調べた。図3に示すように、CT−169/CT−269、及び、CT−169/CT−292は、ヒトβ−カテニン遺伝子の発現を強く抑制した。このことは、アンチセンス鎖5’末端に置換基を有するフェニルリン酸基が結合した2本鎖ポリヌクレオチドが強い遺伝子の発現抑制活性を有することを示す。
(c)2本鎖ポリヌクレオチドの遺伝子抑制活性解析2
2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−203のアンチセンス鎖5’末端に、置換基を有するフェニルリン酸基が結合したCT−169/CT−263、CT−169/CT−268、CT−169/CT−269、CT−169/CT−270、CT−169/CT−271、CT−169/CT−272、CT−169/CT−273、CT−169/CT−274、CT−169/CT−275、CT−169/CT−276、及び、CT−169/CT−277(構造は図4参照。)のβ−カテニン遺伝子発現抑制活性を調べた。
図5に示すように、2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−263、CT−169/CT−268、CT−169/CT−269、CT−169/CT−270、CT−169/CT−271、CT−169/CT−272、CT−169/CT−273、CT−169/CT−274、CT−169/CT−275、CT−169/CT−276、及び、CT−169/CT−277は、β−カテニン遺伝子の発現を強く抑制した。このことは、アンチセンス鎖5’末端に置換基を有するフェニルリン酸基を有している2本鎖ポリヌクレオチドが強い遺伝子の発現抑制活性を有することを示す。
(d)2本鎖ポリヌクレオチドの遺伝子抑制活性解析3
2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−203のアンチセンス鎖5’末端に、置換基を有するフェニルリン酸基が結合したCT−169/CT−269、CT−169/CT−290、CT−169/CT−291、CT−169/CT−292、CT−169/CT−293、CT−169/CT−294、CT−169/CT−295、CT−169/CT−296、CT−169/CT−297、CT−169/CT−298、及び、CT−169/CT−299(構造は図6参照。)のβ−カテニン遺伝子発現抑制活性を調べた。
図7に示すように、2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−269、CT−169/CT−290、CT−169/CT−292、CT−169/CT−293、CT−169/CT−295、CT−169/CT−296、及び、CT−169/CT−299は、β−カテニン遺伝子の発現を強く抑制した。それらと比較して、CT−169/CT−291、CT−169/CT−294、CT−169/CT−297、及び、CT−169/CT−298は、β−カテニン遺伝子発現抑制活性が低かった。このことは、アンチセンス鎖5’末端のフェニルリン酸基上の置換位置としてオルト位よりもメタ位、或いはパラ位が好ましく、エチル基、フェニル基、或いはベンジルオキシ基を有している2本鎖ポリヌクレオチドが強い遺伝子の発現抑制活性を有することを示す。
(e)2本鎖ポリヌクレオチドの遺伝子抑制活性解析4
2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−203のアンチセンス鎖5’末端に、置換を有するフェニルリン酸基が結合したCT−169/CT−225、CT−169/CT−259、CT−169/CT−260、CT−169/CT−261、及び、CT−169/CT−263(構造は図8参照。)のβ−カテニン遺伝子発現抑制活性を調べた。
図9に示すように、2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−259、CT−169/CT−260、CT−169/CT−261、及び、CT−169/CT−263は、β−カテニン遺伝子の発現を強く抑制した。それらと比較して、CT−169/CT−225は、β−カテニン遺伝子発現抑制活性が低かった。アンチセンス鎖5’末端に4−プロピルフェニルリン酸基を有している2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−263は強い遺伝子の発現抑制活性を有するが、CT−169/CT−263に対してカルボン酸を導入したCT−169/CT−225は、β−カテニン遺伝子発現抑制活性が低下した。しかし、CT−169/CT−259、CT−169/CT−260、CT−169/CT−261のように、CT−169/CT−225にさらに置換基を導入した場合は、強い遺伝子の発現抑制活性を有することを示めしている。
(f)2本鎖ポリヌクレオチドの遺伝子抑制活性解析5
2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−157のアンチセンス鎖5’末端に、置換を有するフェニルリン酸基が結合したCT−169/CT−312、CT−169/CT−313、CT−169/CT−314、CT−169/CT−315、CT−169/CT−316、CT−169/CT−317、CT−169/CT−318、及び、CT−169/CT−319(構造は図10参照。)のβ−カテニン遺伝子発現抑制活性を調べた。
図11に示すように、2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−312、CT−169/CT−313、CT−169/CT−314、CT−169/CT−315、CT−169/CT−316、CT−169/CT−317、CT−169/CT−318、及び、CT−169/CT−319は、CT−001/CT−005及びCT−169/CT−157と同程度にβ−カテニン遺伝子の発現を強く抑制した。
(g)2本鎖ポリヌクレオチドの遺伝子抑制活性解析6
天然型2本鎖ポリヌクレオチドCT−106/CT−041のアンチセンス鎖5’末端に、3−フェニルフェニルリン酸基が結合したCT−106/CT−339(構造は図16参照。)のβ−カテニン遺伝子発現抑制活性を調べた。
図17に示すように、2本鎖ポリヌクレオチドCT−106/CT−339は、天然型2本鎖ポリヌクレオチドCT−106/CT−041と同程度にβ−カテニン遺伝子の発現を強く抑制した。このことは、アンチセンス鎖5’末端に置換基を有するフェニルリン酸基を有している天然型2本鎖ポリヌクレオチドが強い遺伝子の発現抑制活性を有することを示す。
(h)2本鎖ポリヌクレオチドの遺伝子抑制活性解析7
2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−157のアンチセンス鎖5’末端に、置換を有するフェニルリン酸基またはが4−メチルフェネニルリン酸基が結合したCT−169/CT−321、CT−169/CT−325、CT−169/CT−327、CT−169/CT−331、CT−169/CT−312、CT−169/CT−336、CT−169/CT−337、及び、CT−169/CT−338(構造は図16参照。)のβ−カテニン遺伝子発現抑制活性を調べた。
図17に示すように、2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−321、CT−169/CT−325、CT−169/CT−331、CT−169/CT−312、CT−169/CT−336、CT−169/CT−337、及び、CT−169/CT−338は、CT−169/CT−157と同程度にβ−カテニン遺伝子の発現を強く抑制した。それらと比較して、CT−169/CT−327は、β−カテニン遺伝子発現抑制活性が低かった。このことは、アンチセンス鎖5’末端に置換基を有するフェニルリン酸基を有している天然型2本鎖ポリヌクレオチドが強い遺伝子の発現抑制活性を有することを示す。
(i)2本鎖ポリヌクレオチドの遺伝子抑制活性解析8
2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−157のリン酸ジエステル結合をphosphorothioate結合にした2本鎖ポリヌクレオチドCT−310/CT−311のアンチセンス鎖5’末端に、3−フェニルフェニルチオリン酸基が結合したCT−310/CT−330(構造は図18参照。)のβ−カテニン遺伝子発現抑制活性を調べた。
図18に示すように、2本鎖ポリヌクレオチドCT−310/CT−330は、CT−310/CT−311と同程度にβ−カテニン遺伝子の発現を抑制した。このことは、アンチセンス鎖5’末端に置換基を有するフェニルチオリン酸基を有している2本鎖ポリヌクレオチドが強い遺伝子の発現抑制活性を有することを示す。
(試験例2)ホスファターゼに対する安定性試験
ポリヌクレオチド、CT−203及びCT−292(図2参照。)のそれぞれ400pmolを Shrimp Alkaline phosphatase buffer (50mM Tris−HCl pH9.0、 5mM MgCl、タカラバイオ)で総容量を49μLとし、1U Shrimp Alkaline phosphatase(SAP、1μL、タカラバイオ)を加え、37℃で15分加温した。さらに60℃で15分加温後、逆相HPLC(島津製作所製LC−10VP、カラム(Merck, Chromolith Performance RP−18e (4.6×100mm))、A溶液:5%アセトニトリル、0.1M 酢酸トリエチルアミン水溶液(TEAA), pH7.0、B溶液:アセトニトリル、B%:0%→10%(10min、 linear gradient、CT−203の場合);60℃;2ml/min;260nm)にて分析した。但し、CT−292の場合は、B%:0%→30%(10min、 linear gradient)で分析した。
ポリヌクレオチドCT−203は、SAPで速やかに脱リン酸化され、脱リン酸体であるCT−328と同じ保持時間を与えた(図12A、B、C参照)。一方、4−フェニルフェニルリン酸基を有しているポリヌクレオチドCT−292は、SAPで処理しても脱リン酸化されることがなく、SAPに対して耐性であった(図13A、B、C参照)。
(試験例3)エキソヌクレアーゼに対する安定性試験
ポリヌクレオチド、CT−203及びCT−292(図2参照。)のそれぞれ400pmolを buffer (50mM Tris−HCl pH8.0、 2mM MgCl、0.1M NaCl、Epicentre)で総容量を19μLとし、1U 5’−phosphate−dependent exonuclease(1μL、Epicentre)を加え、30℃で加温した。15、30、45分後に5μLずつサンプルを停止溶液(120mM EDTA 0.2μL、HO 7μL)に加え、逆相HPLC(島津製作所製LC−10VP、カラム(Merck, Chromolith Performance RP−18e (4.6×100mm))、A溶液:5%アセトニトリル、0.1M 酢酸トリエチルアミン水溶液(TEAA)、 pH7.0、B溶液:アセトニトリル、B%:0%→10%(10min、 linear gradient、CT−203の場合);60℃;2ml/min;260nm)で反応液を分析した。但し、CT−292の場合は、B%:0%→30%(10min、 linear gradient)で分析した。
ポリヌクレオチドCT−203は、exonucleaseで分解され、鎖長の短くなったものと考えられるピークが観察された(図14参照)。一方、4−フェニルフェニルリン酸基を有しているポリヌクレオチドCT−292は、exonucleaseで処理してもピークの変化がなかった。このことは、CT−292は分解されることがなく、exonucleaseに非常に耐性であることを示している(図15参照)。
(試験例4)
試験例1と同様の方法で、以下のように2本鎖ポリヌクレオチドの遺伝子発現抑制活性の強さを比較した。
(a)2本鎖ポリヌクレオチドの遺伝子発現抑制活性解析1
2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−157のアンチセンス鎖5’末端に、置換を有するフェニルリン酸基または4−メチルベンジルリン酸基が結合したCT−169/CT−320、CT−169/CT−322、CT−169/CT−323、CT−169/CT−326、CT−169/CT−332、及び、CT−169/CT−335(構造は図19参照。)のβ−カテニン遺伝子発現抑制活性を調べた。
図22に示すように、2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−320、CT−169/CT−322、CT−169/CT−323、CT−169/CT−332、及び、CT−169/CT−335は、CT−169/CT−157と同様にβ−カテニン遺伝子の発現を強く抑制した。それらと比較して、CT−169/CT−326は、β−カテニン遺伝子発現抑制活性が低かった。このことは、アンチセンス鎖5’末端に置換基を有するフェニルリン酸基を有している天然型2本鎖ポリヌクレオチドが強い遺伝子の発現抑制活性を有することを示す。
(b)2本鎖ポリヌクレオチドの遺伝子発現抑制活性解析2
2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−157のアンチセンス鎖5’末端に、置換を有するフェニルリン酸基が結合したCT−169/CT−351、CT−169/CT−352、CT−169/CT−353、CT−169/CT−354、CT−169/CT−355、CT−169/CT−359、及び、CT−169/CT−360(構造は図19参照。)のβ−カテニン遺伝子発現抑制活性を調べた。
図23に示すように、2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−352、CT−169/CT−353、CT−169/CT−354、CT−169/CT−355、CT−169/CT−359、及び、CT−169/CT−360は、CT−106/CT−041と同様にβ−カテニン遺伝子の発現を強く抑制した。それらと比較して、CT−169/CT−351は、β−カテニン遺伝子発現抑制活性が低かった。このことは、アンチセンス鎖5’末端に置換基を有するフェニルリン酸基を有している天然型2本鎖ポリヌクレオチドが強い遺伝子の発現抑制活性を有することを示す。
(c)2本鎖ポリヌクレオチドの遺伝子発現抑制活性解析3
2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−157のアンチセンス鎖5’末端に、置換を有するフェニルリン酸基が結合したCT−169/CT−365、CT−169/CT−366、CT−169/CT−367、CT−169/CT−368、CT−169/CT−369、CT−169/CT−370、CT−169/CT−371、CT−169/CT−373、CT−169/CT−374、及び、CT−169/CT−375(構造は図24参照。)のβ−カテニン遺伝子発現抑制活性を調べた。
図25に示すように、2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−365、CT−169/CT−366、CT−169/CT−367、CT−169/CT−368、CT−169/CT−369、CT−169/CT−370、CT−169/CT−371、CT−169/CT−373、CT−169/CT−374、及び、CT−169/CT−375は、CT−169/CT−157と同様にβ−カテニン遺伝子の発現を強く抑制した。このことは、アンチセンス鎖5’末端に置換基を有するフェニルリン酸基を有している天然型2本鎖ポリヌクレオチドが強い遺伝子の発現抑制活性を有することを示す。
(d)2本鎖ポリヌクレオチドの遺伝子抑制活性解析4
DNA及び2’−OMeRNAからなる2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−157のアンチセンス鎖5’末端に4−(トリフルオロメトキシ)フェニルリン酸基が結合したCT−169/CT−315、RNA、DNA及び2’−OMeRNAからなる2本鎖ポリヌクレオチドCT−001/CT−005のアンチセンス鎖5’末端に4−(トリフルオロメトキシ)フェニルリン酸基が結合したCT−001/CT−377、RNA及びDNA2本鎖ポリヌクレオチドCT−165/CT−166のアンチセンス鎖5’末端に4−(トリフルオロメトキシ)フェニルリン酸基が結合したCT−165/CT−378、DNA及び2’−OMeRNAからなる2本鎖ポリヌクレオチドCT−278/CT−280のアンチセンス鎖5’末端に4−(トリフルオロメトキシ)フェニルリン酸基が結合したCT−278/CT−379(構造は図26参照。)のβ−カテニン遺伝子発現抑制活性を調べた。
図28に示すように、2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−315は、CT−169/CT−157と同様にβ−カテニン遺伝子の発現を強く抑制した。2本鎖ポリヌクレオチドCT−001/CT−377は、CT−001/CT−005と同様にβ−カテニン遺伝子の発現を強く抑制した。2本鎖ポリヌクレオチドCT−165/CT−378は、CT−165/CT−166と同様にβ−カテニン遺伝子の発現を強く抑制した。
2本鎖ポリヌクレオチドCT−278/CT−379は、CT−278/CT−280と同様にβ−カテニン遺伝子の発現を強く抑制した。これらのことは、アンチセンス鎖5’末端に置換基を有するフェニルリン酸基を持つDNA及び2’−OMeRNAからなる2本鎖ポリヌクレオチド、RNAからなる2本鎖ポリヌクレオチド、RNA及び2’−OMeRNAからなる2本鎖ポリヌクレオチドが強い遺伝子の発現抑制活性を有することを示す。
(試験例5)
試験例1と同様の方法で、以下のように2本鎖ポリヌクレオチドの遺伝子発現抑制活性の強さを比較した。但し、ウエスタンブロット解析は以下のように行った。
(1)ウエスタンブロット解析
各サンプル(蛋白質量として5μg分)をポリアクリルアミドゲル電気泳動(5−20% グラジエントゲル)によって分離し、ニトロセルロース膜に電気的に転写した。5%スキムミルク液でブロッキング後、一次抗体としてウサギ抗MCL1抗体(Santa Cruz Biotechnology)を二次抗体としてHRP標識抗ウサギIgG抗体(GE Healthcare Life Sciences)を用いてMCL1蛋白質を検出した。陰性対象としてβ−カテニン蛋白質を抗β−カテニン抗体(Cell Signaling)およびHRP標識抗ウサギIgG抗体(GE Healthcare Life Sciences)を用いて検出した。各蛋白質の検出は、Western Lightning(PerkinElmer Life Sciences)を基質として使用した時に生じた化学発光によってHigh Performance Chemiluminescence Film(GE Healthcare Life Sciences)を感光させることで可視化して実施した。
(2)2本鎖ポリヌクレオチドの遺伝子抑制活性解析1
RNA及びDNA2本鎖ポリヌクレオチドMC−006/MC−007のアンチセンス鎖5’末端に4−(トリフルオロメトキシ)フェニルリン酸基が結合したMC−006/MC−015、DNA及び2’−OMeRNAからなる2本鎖ポリヌクレオチドMC−008/MC−009のアンチセンス鎖5’末端に4−(トリフルオロメトキシ)フェニルリン酸基が結合したMC−008/MC−016(構造は図27参照。)のMCL1遺伝子発現抑制活性を調べた。
図30に示すように、2本鎖ポリヌクレオチドMC−006/MC−015は、MC−006/MC−007と同様にβ−カテニン遺伝子の発現を強く抑制した。2本鎖ポリヌクレオチドMC−008/MC−016は、MC−008/MC−009と同様にβ−カテニン遺伝子の発現を強く抑制した。これらのことは、アンチセンス鎖5’末端に置換基を有するフェニルリン酸基を持つRNAからなる2本鎖ポリヌクレオチド、DNA及び2’−OMeRNAからなる2本鎖ポリヌクレオチドが強い遺伝子の発現抑制活性を有することを示す。
(試験例6)
試験例1と同様の方法で、以下のように2本鎖ポリヌクレオチドの遺伝子発現抑制活性の強さを比較した。
(a)2本鎖ポリヌクレオチドの遺伝子抑制活性解析1
2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−157のアンチセンス鎖5’末端に、置換を有するフェニルリン酸基が結合したCT−169/CT−380、CT−169/CT−381、CT−169/CT−382、及び、CT−169/CT−383(構造は図31参照。)のβ−カテニン遺伝子発現抑制活性を調べた。
図33に示すように、2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−380、CT−169/CT−381、CT−169/CT−382、及び、CT−169/CT−383は、CT−169/CT−157と同様にβ−カテニン遺伝子の発現を強く抑制した。このことは、アンチセンス鎖5’末端に置換基を有するフェニルリン酸基を有している2本鎖ポリヌクレオチドが強い遺伝子の発現抑制活性を有することを示す。
(b)2本鎖ポリヌクレオチドの遺伝子抑制活性解析2
2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−157のアンチセンス鎖5’末端に、置換を有するフェニルリン酸基が結合したCT−169/CT−387、CT−169/CT−388、CT−169/CT−389、CT−169/CT−390、CT−169/CT−391、及び、CT−169/CT−392(構造は図34参照。)のβ−カテニン遺伝子発現抑制活性を調べた。
図35に示すように、2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−387、CT−169/CT−388、CT−169/CT−389、CT−169/CT−390、CT−169/CT−391、及び、CT−169/CT−392は、CT−169/CT−157と同様にβ−カテニン遺伝子の発現を強く抑制した。このことは、アンチセンス鎖5’末端に置換基を有するフェニルリン酸基を有している2本鎖ポリヌクレオチドが強い遺伝子の発現抑制活性を有することを示す。
(試験例7)
以下のように1本鎖または2本鎖ポリヌクレオチドによるヒトβ−カテニン遺伝子発現抑制活性の強さを比較した。
(1)トランスフェクション
ヒト大腸癌SW480細胞株(ヒト大腸腺癌由来)を、10% Fetal bovine serumを含むRPMI1640培地(Invitrogen社製)中に100000cells/mLの濃度に調製した。そして、12穴平底プレート(Corning社製)に1mLずつ播種し、37℃、5.0%炭酸ガス下で1日間培養した。リポフェクション試薬Lipofectamine RNAiMAX(Invitrogen社製)を7.5μL、1本鎖または2本鎖ポリヌクレオチド溶液を最終濃度が、0.3、0.03、および0.003nMとなるようにOPTI−MEM培地中で混合し、20分室温で静置した。各ウェルに混合液を添加して、さらに3日間培養を継続した。
(2)リアルタイムPCR
トランスフェクション後、ウェルより培養上清を除いて、RNeasy Mini kit(QIAGEN社製)でmRNAを抽出した。得られたmRNAをiScriptTMcDNA Synthesis kit(QIAGEN社製)にて説明書の記載に従い0.5μgRNAよりcDNAを調製した。次に、リアルタイムPCRのためにヒトβ−カテニン遺伝子PCRプライマー(primer set ID: HA135664、タカラバイオ社製)、内部標準としてヒト−GAPDH遺伝子に対するPCRプライマー(primer set ID: HA067812、タカラバイオ社製)及びPCRに必要な薬剤を含むリアルタイムPCRキット(QIAGEN社製)を用いて次のようにmRNAの定量を行った。96穴PCRプレート(Applied Biosystems社製)1ウェルあたり、リアルタイムPCRキットに含まれる2×QuantiTect SYBR GREEN PCR Master Mixを25μL、RNase―Free Waterを18μL、各PCRプライマーを5μL(最終濃度 0.3μM)、調製したcDNA溶液を2μL添加して総量を50μLとし、Mx3000P(STRATAGENE社製)にセットし、以下の条件でPCRを実施した。
PCR初期活性化 95℃、15分間
PCR 94℃、15秒間
56℃、30秒
72℃、30秒
このPCRサイクルは40回繰り返した。検量線は、リポフェクション試薬のみで処理した細胞(=NC)から抽出したmRNAより調製したcDNA5倍希釈列したものを用いた。検量線を元に、各トランスフェクタントのヒトβ−カテニンとヒトGAPDHを定量し、ヒトβ−カテニン遺伝子量をヒトGAPDH量で割った相対量をグラフにプロットした。リアルタイムPCRはN=2で実施し、グラフにはその平均を示した(2本鎖ポリヌクレオチドの構造及びそのヌクレオチド配列は図37及び図39に示している。)
(3)リアルタイムPCR解析
(a)2本鎖ポリヌクレオチドの遺伝子抑制活性解析1
2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−157のアンチセンス鎖5’末端に、置換を有するピリジルリン酸基が結合したCT−169/CT−439、及び、CT−169/CT−458、また2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−157のアンチセンス鎖5’末端に、チロシンが結合したCT−169/CT−457(構造は図37及び39参照。)のβ−カテニン遺伝子発現抑制活性を調べた。
図38、40に示すように、2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−439、CT−169/CT−457、及び、CT−169/CT−458は、CT−169/CT−157と同様にβ−カテニン遺伝子の発現を強く抑制した。このことは、アンチセンス鎖5’末端に置換基を有するピリジルリン酸基、または、チロシンを有している2本鎖ポリヌクレオチドが強い遺伝子の発現抑制活性を有することを示す。
(b)2本鎖ポリヌクレオチドの遺伝子抑制活性解析2
2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−157のアンチセンス鎖5’末端を芳香族置換基を用いて修飾した2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−438(構造は図37参照。)のβ−カテニン遺伝子発現抑制活性を調べた。
図38に示すように、2本鎖ポリヌクレオチドCT−169/CT−438は、CT−169/CT−157と同様にβ−カテニン遺伝子の発現を強く抑制した。
本発明により、RNA干渉作用及び/又は遺伝子発現抑制作用を有する2本鎖ポリヌクレオチドを提供することができた。また、本発明により、RNA分解酵素に対して安定で、RNA干渉作用及び/又は遺伝子発現抑制作用を有する2本鎖ポリヌクレオチドを提供することができた。
該2本鎖ポリヌクレオチドは遺伝子の機能解析、医薬品等に利用することが可能であるが、本2本鎖ポリヌクレオチドが利用できる限りにおいてその産業分野は制限されない。
配列番号1:センス鎖
配列番号2:アンチセンス鎖
配列番号3:アンチセンス鎖
配列番号4:アンチセンス鎖
配列番号5:センス鎖
配列番号6:アンチセンス鎖
配列番号7:センス鎖
配列番号8:アンチセンス鎖
配列番号9:センス鎖
配列番号10:アンチセンス鎖
配列番号11:アンチセンス鎖
配列番号12:アンチセンス鎖
配列番号13:センス鎖
配列番号14:センス鎖
配列番号15:アンチセンス鎖
配列番号16:アンチセンス鎖
配列番号17:センス鎖
配列番号18:センス鎖
配列番号19:アンチセンス鎖
配列番号20:アンチセンス鎖
配列番号21:アンチセンス鎖
配列番号22:センス鎖
配列番号23:センス鎖
配列番号24:センス鎖
配列番号25:センス鎖
配列番号26:センス鎖
配列番号27:センス鎖
配列番号28:センス鎖
配列番号29:センス鎖
配列番号30:センス鎖
配列番号31:アンチセンス鎖
配列番号32:アンチセンス鎖
配列番号33:アンチセンス鎖
配列番号34:アンチセンス鎖

Claims (16)

  1. 標的遺伝子中の標的配列に相補的な塩基配列からなるセンス鎖ポリヌクレオチド、及び該センス鎖ポリヌクレオチドに相補的な塩基配列を有するアンチセンス鎖ポリヌクレオチドを有する2本鎖ポリヌクレオチドであって、該アンチセンス鎖ポリヌクレオチドの5’末端のリン酸基に、下記の式Xで示される置換基が結合してリン酸ジエステル構造を形成している、2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩:
    Xは、
    (a) 式(I)

    式中、Aは、窒素原子またはC−Rを示し、
    およびRは、各々独立に、
    水素原子、
    置換基を有していてもよい炭素数1から8のアルキル基、
    置換基を有していてもよい炭素数1から8のアルコキシ基、
    置換基を有していてもよい炭素数3から6の環状アルキル基、
    ハロゲン原子、
    置換基を有していてもよい炭素数1から8のアルキル基を含むアルキルカルボニル基、
    置換基を有していてもよいフェニル基、
    置換基を有していてもよいフェニルオキシ基、
    置換基を有していてもよい、窒素原子、酸素原子、及び硫黄原子からなる群の複素原子から選らばれる1から3の複素原子を含有し、飽和でも不飽和でもよい、5員環もしくは6員環の複素環基、
    フェニル基部分に置換基を有していてもよいアラルキル基、
    フェニル基部分に置換基を有していてもよいアラルキルオキシ基、
    炭素数1から6のアルキルスルホニル基、
    水酸基、
    炭素数1から9のアルキル基を有するアルキルカルボニルアミノ基
    炭素数1から9のアルキル基を有し、該アルキル基の末端の炭素原子に水酸基が置換したヒドロキシアルキルカルボニルアミノ基、
    炭素数1から8のアルキル基を有するN−アルキルカルバモイル基、
    炭素数1から9のアルキル基を有し、該アルキル基の末端の炭素原子に水酸基が置換したN−(ヒドロキシアルキル)カルバモイル基、
    炭素数1から8のアルキル基を有し、1から4の炭素原子を含むアルキレン基で芳香環と結合する、N−アルキルカルバモイルアルキレン基、
    炭素数1から9のアルキル基を有し、該アルキル基の末端の炭素原子に水酸基が置換した、1から4の炭素原子を含むアルキレン基で芳香環と結合する、N−(ヒドロキシアルキル)カルバモイルアルキレン基、
    カルボキシ基、もしくは、
    式:−(CH)k−CONR
    式中、R及びRは、各々独立に、水素原子、置換基を有していてもよい炭素数1から6のアルキル基、またはフェニル基部分に置換基を有していてもよいアラルキル基を示し、kは0から3の整数を示す、
    で示される基、
    であるか、または、
    とRとは一体化して、RとRとが結合している芳香環とで、置換基を有していてもよい、二環性または三環性の環状構造を形成してもよく、該環状構造は、飽和でも不飽和でもよく、さらに該環状構造には1または1以上の複素原子を環の構成原子として含んでいてもよく、オキソ基を有していてもよい。
    で示される置換基を示し、
    は、
    ハロゲン原子、
    炭素数1から6のアルキル基、
    炭素数1から6のアルコキシ基、
    ハロゲノメチル基、
    水酸基、もしくは
    水素原子を示す。
    であるか、あるいは
    (b) アミノ基上に置換基を有していてもよい、フェニル基上の水酸基が結合部位であるチロシン残基を示す。
  2. 式(I)において、Aが、C−Rである請求項1に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩。
  3. が、水素原子である、請求項2に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩。
  4. センス鎖ポリヌクレオチドが以下の式(II)に示すポリヌクレオチドからなり、アンチセンス鎖ポリヌクレオチドが以下の式(III)に示すポリヌクレオチドからなり、更に以下の(a)乃至(d)に示される特徴を有する、請求項1乃至3のいずれか1項に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩:
    5’−(γ−β)−γ−λ−3’(II)
    5’−X−β−(γ−β)−υ−3’(III)
    (a)γはRNA、βは2’−OMeRNA、λ及びυはDNAを示す;
    (b)m及びnは同一又は異なって、0〜5のいずれかの整数を示す。;
    (c)式(II)で示されるポリヌクレオチドのうち、(γ−β)−γは標的遺伝子と同一のヌクレオチド配列からなる;
    (d)式(II)における(γ−β)−γと式(III)におけるβ―(γ−β)は互いに相補的なヌクレオチド配列からなる:
  5. センス鎖ポリヌクレオチドが以下の式(IV)に示すポリヌクレオチドからなり、アンチセンス鎖ポリヌクレオチドが以下の式(V)に示すポリヌクレオチドからなり、更に以下の(a)乃至(d)に示される特徴を有する、請求項1乃至3のいずれか1項に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩:
    5’−(α−β)−α−λ−3’(IV)
    5’−X−δ−(α−β)−υ−3’(V)
    (a)α及びβは異なってDNA又は2’−OMeRNA、δ及びλは同一又は異なってDNA又は2’−OMeRNA、υは同一又は異なってはDNA、RNA及び2’−OMeRNAから選択されるいずれかのヌクレオチドを示す;
    (b)pは0又は1の整数を示し、mはpが0のときは0であり、pが1のときは0〜5のいずれかの整数を示す。sは0又は1の整数を示し、nは0〜5のいずれかの整数を示す。;
    (c)式(IV)で示されるポリヌクレオチドのうち、(α−β)−αは標的遺伝子と同一のヌクレオチド配列からなる;
    (d)式(IV)における(α−β)と式(V)における(α−β)は互いに相補的なヌクレオチド配列からなる。
  6. センス鎖ポリヌクレオチドが以下の式(VI)に示すポリヌクレオチドからなり、アンチセンス鎖ポリヌクレオチドが以下の式(VII)に示すポリヌクレオチドからなり、更に、以下の(a)乃至(d)に示される特徴を有する、請求項1乃至3のいずれか1項に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩:
    5’−β−(α−β)−α−λ−3’(VI)
    5’−X−δ−(α−β)−(α―β)−υ−3’(VII)
    (a)α及びβは異なってDNA又は2’−OMeRNA、δ及びλは同一又は異なってDNA又は2’−OMeRNA、υは同一又は異なってはDNA、RNA及び2’−OMeRNAから選択されるいずれかのヌクレオチドを示す;
    (b)pは0又は1の整数を示し、mはpが0のときは0であり、pが1のときは0〜5のいずれかの整数を示す。sは0又は1の整数を示し、nは0〜5のいずれかの整数を示す;
    (c)式(VI)で示されるポリヌクレオチドのうち、β−(α−β)−αは標的遺伝子と同一のヌクレオチド配列からなる;
    (d)式(VI)における(α−β)と式(VII)における(α−β)は互いに相補的なヌクレオチド配列からなる。
  7. αがDNA、βが2’−OMeRNAであることを特徴とする、請求項5又は6に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩。
  8. λ及びυが同一又は異なってチミン塩基、アデニン塩基又はグアニン塩基を有するDNA、又は、ウラシル塩基、アデニン塩基又はグアニン塩基を有する2’−OMeRNAのいずれかであることを特徴とする、請求項4乃至7のいずれか1項に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩。
  9. mが0、nが2であることを特徴とする、請求項4乃至8のいずれか1項に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩。
  10. p及びmが0、sが1、nが2であることを特徴とする、請求項5乃至9のいずれか1項に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩。
  11. p及びmが0、sが0又は1、nが2であり、υがDNA又は2’−OMeRNAであることを特徴とする、請求項5乃至9のいずれか1項に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩。
  12. 2’−OMeRNAの任意の1〜4残基がENA又は2’,4’−BNA/LNAに置換されていることを特徴とする、請求項4乃至11のいずれか1項に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩。
  13. DNAの任意の1〜4残基がRNA、ENA又は2’,4’−BNA/LNAに置換されていることを特徴とする、請求項4乃至12のいずれか1項に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩。
  14. 各ヌクレオチドがリン酸ジエステル結合又はホスホロチオエート結合で結合していることを特徴とする、請求項1乃至13のいずれか1項に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩。
  15. 請求項1乃至14のいずれか1項に記載の2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩を有効成分として含有する医薬。
  16. 請求項1乃至15から選択される2本鎖ポリヌクレオチド又はその塩を哺乳動物に投与することによる、標的遺伝子の発現抑制方法。
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