JPH1189596A - Rna量の測定方法並びに測定キット - Google Patents

Rna量の測定方法並びに測定キット

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JPH1189596A
JPH1189596A JP9271993A JP27199397A JPH1189596A JP H1189596 A JPH1189596 A JP H1189596A JP 9271993 A JP9271993 A JP 9271993A JP 27199397 A JP27199397 A JP 27199397A JP H1189596 A JPH1189596 A JP H1189596A
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JP
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rna
mrna
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nucleic acid
pcr
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Application number
JP9271993A
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English (en)
Inventor
Sayuri Kishida
小百合 岸田
Kanako Usui
圭名子 碓井
Atsushi Shimada
敦 島田
Fumitsugu Hino
文嗣 日野
Ikunoshin Katou
郁之進 加藤
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Takara Shuzo Co Ltd
Original Assignee
Takara Shuzo Co Ltd
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Publication date
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Abstract

(57)【要約】 【課題】 簡便で操作性、再現性に優れ、かつ高感度
な、PCR法を利用したRNAの定量手段を提供する。 【解決手段】 RNAに相補的なcDNAの合成、並び
に該cDNAを鋳型としたPCRを用いてRNA量を測
定するとき、当該cDNAの合成、並びにPCRを、R
NA又はcDNA競合物の存在下に一つの反応容器中で
連続して行うRNA量の測定方法。逆転写活性を有する
酵素、耐熱性DNAポリメラーゼ、4種のデオキシリボ
ヌクレオチド三リン酸、少なくとも1対のプライマー
対、RNA又はcDNA競合物、リボヌクレアーゼ阻害
剤を含有する、上記RNA量の測定方法に使用される反
応液。該反応液を含有するRNA量の測定キット。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】
【発明の属する技術分野】本発明は、生体由来試料中に
存在する微量のRNAの定量を迅速、簡便、高感度に、
かつコンタミネーションの危険なく行うための方法、並
びに該方法に使用する試薬キットに関する。
【0002】
【従来の技術】今日、遺伝子増幅法は微量な核酸を検出
するための必須の技術として広範な分野で用いられてお
り、特に臨床診断の分野で著しい。そのような遺伝子増
幅法の代表例はポリメラーゼ・チェーン・リアクション
(PCR)法として広く知られている。現在、その利用
分野はRNA、特にmRNAの定量においても活発に利
用されるようになってきた。RNAの定量に通常使用さ
れる競合RT−PCR法は、RNA競合物の共存下でR
NAに逆転写酵素を作用させてcDNAを作製する反
応、更に目的遺伝子に特異的なプライマーを用いたPC
RによってcDNAを増幅する反応、という2工程を経
て行われている。また、この変法として、RNAに逆転
写酵素を作用させてcDNAを作製する反応、更にこの
cDNAにcDNA競合物を添加してのPCR、という
2工程からなるものがある。更に、高感度な検出を目的
として、上記方法のPCRの工程を2回行う、いわゆる
ネステッドPCR法という方法も取入れられてきた。し
かし、これらの古典的なRNA定量法には、いくつかの
問題があった。例えば、上記の各工程ごとに反応液を移
し変えなければならず、この操作は反応液の調製も含め
て繁雑でかつ時間を要し、クロスコンタミネーションを
引起こす原因となっていた。特にPCR工程にネステッ
ドPCR法を用いた場合には全体として3工程となり、
ますます上記問題は顕著になる。PCR法が広く応用さ
れる今日に至ってもこれらの問題を解決する技術は発表
されていない。なお、RNAからのcDNA合成、並び
にPCR反応を1つの反応容器で行う方法は既にバイオ
テクニクス(BioTechniques )、第18巻、第678 〜687
頁(1995)に報告されているが、これは競合RT−PC
Rではなく、RNAの定量を可能にしたものではなかっ
た。
【0003】
【発明が解決しようとする課題】本発明の目的は、PC
R法を利用したRNAの定量法に関する上記の問題点を
克服し、簡便で操作性、再現性に優れ、かつ高感度なR
NAの定量手段を提供することにある。
【0004】
【課題を解決するための手段】本発明を概説すれば、本
発明の第1の発明はRNA量の測定方法に関し、RNA
に相補的なcDNAの合成、並びに該cDNAを鋳型と
したPCRを用いてRNA量を測定する方法において、
当該cDNAの合成、並びにPCRを、RNA又はcD
NA競合物の存在下に一つの反応容器中で連続して行う
ことを特徴とする。本発明の第2の発明は第1の発明の
RNA測定方法に使用される反応液に関し、逆転写活性
を有する酵素、耐熱性DNAポリメラーゼ、4種のデオ
キシリボヌクレオチド三リン酸、少なくとも1対のプラ
イマー対、RNA又はcDNA競合物、リボヌクレアー
ゼ阻害剤を含有することを特徴とする。更に、本発明の
第3の発明はRNA量の測定キットに関し、第2の発明
の反応液、又は該反応液が分注された反応容器を含有す
ることを特徴とする。
【0005】本発明者らは鋭意研究を重ね、驚くべきこ
とにある条件下ではこれらの複数の分断された工程を連
続した1工程で、しかも1つの反応容器の中で実施可能
であることを発見し、上記問題点を解決し、高感度、迅
速、簡便にクロスコンタミネーションの危険性なく行
う、連続競合RT−PCR(CCRP)法、並びに該方
法に使用する試薬キットを開発し、本発明を完成するに
至った。
【0006】
【発明の実施の形態】以下、本発明を具体的に説明す
る。本発明の方法を適応することができる試料には特に
限定はないが、例えば細胞、組織、血液、喀痰、糞便、
尿のような生体試料、食品、土壌、排水のような生物を
含有する可能性のある試料から公知の方法で処理するこ
とで得られる全RNA、あるいは特定のRNA分子、例
えばmRNAを富化した試料等が本発明に使用できる。
RNA試料は水溶液、あるいは適切な固相に吸着又は固
定化した状態で用いられる。全RNA量としては反応液
100μl当り0.01ng〜1μgが適している。
【0007】本発明において連続競合RT−PCR(C
CRP)法に使用される反応用緩衝液としては、逆転写
活性を有する酵素、並びにDNAポリメラーゼが活性を
示すのに適した水溶性緩衝液であればよく、例えばpH
7〜10のトリス緩衝液が挙げられ、好ましくはpH8
〜9のものが良い。更にこの緩衝液の中には逆転写活性
を有する酵素並びにDNAポリメラーゼの活性に必要な
種々のイオンを含む。中でもNa、Kイオンは塩の形で
5〜50mMの濃度で添加される。Mgイオンは塩の形で
1〜10mMで添加される。その他、必要に応じて界面活
性剤、ウシ血清アルブミン(BSA)、ゼラチン等、逆
転写活性を有する酵素並びにDNAポリメラーゼの活性
を促進、安定化する薬剤が添加される。また、試料中の
RNA及びRNA競合物の分解を抑制するためにリボヌ
クレアーゼ阻害剤が添加されていてもよい。
【0008】逆転写活性を有する酵素としてはトリ骨芽
球症ウイルス由来逆転写酵素(AMV)、ラウス関連ウ
イルス由来逆転写酵素(RAV2)、モロニー・ネズミ
白血病ウイルス由来逆転写酵素(MMLV)、サーマス
・サーモフィルス(Thermusthermophilus)由来DNA
ポリメラーゼ(Tth)、バチルス・カルドテナクス
(Bacillus cardotenax )由来DNAポリメラーゼ(B
ca)、並びにそれらの誘導体が挙げられるが、中でも
AMVが最も本発明に適している。なお、これらの酵素
はその本来の起源より精製して取得されたもの、あるい
は遺伝子工学的に生産された組み換え蛋白質のいずれで
あってもよい。
【0009】PCR法に用いる耐熱性DNAポリメラー
ゼとしては、種々の耐熱性DNAポリメラーゼ、例えば
サーマス・アクアティカス(Thermus aquaticus )由来
DNAポリメラーゼ(Taq)、上記のTth、ピロコ
ッカス・フリオサス(Pyrococcus furiosus )由来DN
Aポリメラーゼ(Pfu)、ピロコッカス・ボウゼイ
(Pyrococcus wosei)由来DNAポリメラーゼ(Pw
o)、ピロコッカス KOD1株(Pyrococcus sp. str
ain KOD1)由来DNAポリメラーゼ(KOD)、クレン
タックDNAポリメラーゼ(KlenTaq)等が使用
できる。これらの酵素はその本来の起源より精製して取
得されたもの、あるいは遺伝子工学的に生産された組換
え蛋白質のいずれであってもよく、またその活性を失わ
ない範囲で適当な修飾がなされた誘導体酵素であっても
よい。
【0010】本発明では、好ましくは校正活性、すなわ
ち3’→5’エキソヌクレアーゼ活性を有する耐熱性D
NAポリメラーゼと校正活性を持たない耐熱性DNAポ
リメラーゼとを混合して使用される。校正活性を有する
耐熱性DNAポリメラーゼとしてはPfu、Pwo、K
OD等が挙げられるが、中でもPfuが最も適してい
る。校正活性を持たない耐熱性DNAポリメラーゼとし
てはTaq、KlenTaq等が挙げられるが、中でも
Taqが最も適している。これらの酵素を混合して使用
することにより、PCRの効率、例えば増幅効率を向上
させることができる。
【0011】本発明のRNAの定量方法では逆転写活性
を有する酵素と耐熱性DNAポリメラーゼの両方を含む
反応液が使用される。逆転写活性を有する酵素は反応液
に十分量添加されなければならず、DNAポリメラーゼ
と同等又はより過剰である必要がある。具体的には10
0μlの反応系で5〜200Uが適しており、特にAM
Vでは5〜50Uが適している。また、DNAポリメラ
ーゼとの比率は1:1〜5:1、さらに好ましくは2:
1〜4:1が適している。また、本発明では逆転写活性
を有する酵素、校正活性を有する耐熱性DNAポリメラ
ーゼ、校正活性を有しない耐熱性DNAポリメラーゼの
3種を含む反応液も使用される。逆転写活性を有する酵
素としてAMV、校正活性を有するDNAポリメラーゼ
としてPfu、校正活性を有しないDNAポリメラーゼ
としてTaqをそれぞれ使用する場合、特に限定するも
のではないが、各々の活性比率としてAMV、Pfu、
Taqを24:1:6の割合で含む反応液が特に本発明
に好適である。
【0012】反応液にはcDNA合成並びにPCRにお
いて基質となる4種のデオキシヌクレオチド三リン酸
(dATP、dCTP、dGTP、dTTP;本明細書
ではこの4種を総称してdNTPと記載する)が添加さ
れる。また、dNTPはそのすべて、又は一部が、プラ
イマーから合成されるDNA鎖の伸長を可能とする範囲
で修飾及び/又は標識されたdNTPに置き換えること
もできる。
【0013】本発明において標的RNAからのcDNA
合成に用いられるプライマーとしては、例えば標的RN
Aに相補的な塩基配列を有するオリゴヌクレオチドがあ
り、使用される反応条件において標的RNAに対してア
ニールするものであれば特に限定されるものではない。
長さは、6〜100ヌクレオチド、好ましくは10〜3
0ヌクレオチドの長さのものが使用される。また修飾及
び/又は標識されたプライマーも使用できる。該プライ
マーは、例えば公知方法により化学的に合成することが
できる。また、PCRにおいて使用されるプライマー
も、標的RNA由来のcDNAを鋳型としたDNAの増
幅が可能であれば特に限定はない。上記の標的RNAか
らのcDNA合成に使用されるプライマーをDNAの増
幅反応に使用しても差支えない。
【0014】本発明において使用されるRNA競合物並
びにcDNA競合物は公知の方法で作製することができ
る。例えば、プロシーディングズ オブ ザ ナショナ
ルアカデミー オブ サイエンシーズ オブ ザ US
A(Proc. Natl. Acad. Sci. USA)、第87巻、第2725〜
2729頁(1990)、クリニカル ケミストリー(Clin. Ch
em. )、第41巻、第819 〜825 頁(1995)、ブラッド
(Blood )、第82巻、第1929〜1936頁(1993)等に記載
の方法がある。これら競合物は標的RNA由来の塩基配
列を有していてもよく、またこれとは全く関係ない塩基
配列、例えばγ−グロビン遺伝子の塩基配列から作製さ
れてもよい。また、競合物はその増幅産物が標的RNA
由来のものと区別できるよう、標的RNAとは異なる鎖
長の増幅産物を与えるように設計すべきである。両者の
差は適切な分析方法、分析機器によって明確に区別でき
るものであればよく、通常の電気泳動法では10〜20
0bpの差が用いられる。好ましくは競合物由来の増幅産
物の鎖長が標的RNA由来のものの75〜125%の範
囲であればよい。
【0015】上記の競合物はその既知量を試料と共に反
応液中に添加し、逆転写反応、PCRを実施して使用さ
れる。この際、通常は試料あるいは競合物を数段階に希
釈して使用し、できるだけこの両者からの増幅産物量が
近い反応を観察できるようにする。反応終了後、反応液
中に生成した標的RNA並びに競合物由来の増幅産物量
を比較し、競合物由来増幅産物に対する標的RNA由来
増幅産物の割合と添加された競合物の量とを基に試料中
の標的RNA量を知ることができる。例えば両増幅産物
の量比が1:1である場合には標的RNAの量は添加さ
れた競合物の量に等しい。増幅産物量は、例えば通常の
電気泳動法によって測定することができる。例えばアガ
ロースゲル電気泳動によって増幅産物量を測定する場合
には、泳動後のゲルを適当な核酸染色試薬、例えばエチ
ジウムブロマイド等で染色した後にゲルの写真を撮る
か、又は適当な画像解析装置を使用して泳動結果を解析
すればよい。
【0016】以下、本発明による競合連続RT−PCR
(CCRP)の反応条件を以下に示す。反応容器内にd
NTP、Mg塩、リボヌクレアーゼ阻害剤、逆転写活性
を有する酵素、耐熱性DNAポリメラーゼ、RNA又は
cDNA競合物、プライマー等を含む反応液を加え反応
開始までは4℃以下で保冷しておく。これに測定しよう
とする試料を添加し45〜70℃、好ましくは50〜6
0℃で5〜30分、好ましくは10〜20分反応させc
DNA合成を行う。引続き90〜99℃で1〜2分保温
し、RNA−cDNA複合体を変性させる。更に90〜
99℃の変性反応、45〜65℃のアニーリング反応、
60〜80℃のDNA伸長反応からなる温度サイクル反
応を2〜50サイクル行って標的RNA由来のDNA断
片を増幅する。更に感度及び/又は特異性を向上するた
めにネステッドPCRを行う場合には、1段階目、2段
階目のPCRに使用するプライマーを共に最初から反応
容器内に添加しておき、2段階のPCRを連続して行う
こともできる。この場合1段階目のPCR用プライマー
量は2段階目のPCR用プライマー量より少なくするこ
とが必要で、好ましくは100倍以下の量が適してい
る。
【0017】本発明の方法によりその量を測定される標
的RNAには何ら制限はなく、適当なプライマーを作製
可能な任意のRNA、すなわちその塩基配列若しくはそ
のcDNAの塩基配列、あるいはこれらの一部が既知で
あるRNAの定量を行うことができる。mRNAを標的
とした場合には、用いた試料中での該mRNAにコード
されるタンパクの発現量を知ることができる。また、例
えば該タンパクの発現量の変動が特定の疾病への罹患を
示唆するものであった場合には、本発明の方法をその診
断に利用することもできる。また、本発明の方法によ
り、ウイルスの測定を行うことができる。対象となるウ
イルスには特に限定はなく、例えばDNAウイルスの場
合にはゲノムDNAから転写されたRNAを、また、R
NAウイルスの場合にはゲノムRNA自体を標的として
試料中に存在するウイルスの量を知ることができる。例
えばヒトC型肝炎ウイルス(HCV)、ヒト免疫不全ウ
イルス(HIV)などが検出対象として挙げられる。
【0018】本発明の方法によりその発現量を測定され
る標的RNA、特にヒトのmRNAとしては、例えばW
T1 mRNA、β−アクチン mRNA、サイトケラ
チンmRNA、Flt3 mRNA、bcr/abl
mRNA、pml/rara mRNA、aml1/m
tg8 mRNA、e2a/pbx1 mRNA等が挙
げられる。これらのmRNAの塩基配列に関する情報
は、それぞれ下記の報文に記載されている。WT1:プ
ロシーディングズ オブ ザ ナショナル アカデミー
オブ サイエンシーズ オブ ザ USA、第88巻、
第9618〜9622頁(1991)。β−アクチン:ヌクレイック
アシッズ リサーチ(Nucl. Acids Res.)、第12巻、
第1687〜1696頁(1984)。サイトケラチン19:ヌクレ
イックアシッズ リサーチ、第15巻、第10058 頁(198
7)。サイトケラチン20:ディフェレンティエーショ
ン(Differentiation )、第53巻、第95〜104 頁(199
3)。Flt3:ブラッド、第82巻、第1110〜1119頁(1
993)。bcr/abl(ALL型):プロシーディン
グズ オブ ザ ナショナル アカデミー オブ サイ
エンシーズ オブ ザ USA、第83巻、第9768〜9772
頁(1986)。bcr/abl(CML型):モレキュラ
ー アンド セルラー バイオロジー(Mol. Cell. Bio
l.)、第6巻、第607 〜616 頁(1986)、セル(Cel
l)、第47巻、第277 〜284 頁(1986)。pml/ra
ra:セル、第66巻、第663 〜674 頁(1991)。aml
1/mtg8:ジ エンボ ジャーナル(The EMBO Jou
rnal)、第12巻、第2715〜2721頁(1993)。e2a/p
bx1:セル、第60巻、第535 〜545頁(1990)。
【0019】上記のような本発明の方法によるRNA量
の定量に使用される反応液、すなわち逆転写反応とPC
Rの2つの酵素反応に必要な各種成分(dNTP、Mg
塩、pH調整のための緩衝成分等)、逆転写活性を有す
る酵素、耐熱性DNAポリメラーゼ、上記の2反応に使
用されるプライマー、RNA又はcDNA競合物をすべ
て含有する反応液を作製することができる。更に酵素を
安定化するような成分やリボヌクレアーゼ阻害剤等が添
加されたものであってもよい。該反応液はその必要量を
適当な反応容器にとり、測定しようとする試料を添加す
るだけで反応を開始することができるため、RNA量の
測定を非常に簡便に行うことができ、特に多数の試料を
扱う場合に有用である。また、あらかじめ該反応液の1
回分の必要量が分注された反応容器を準備しておくこと
により、更に操作効率を改善することができる。本発明
のキットは上記の方法に従ってRNAの定量を簡便、迅
速に、かつクロスコンタミネーションの問題なく行える
キットである。該キットとしては、例えば上記方法に使
用する各種試薬を含有するキット、上記の本発明に使用
される反応液を含有するキット、該反応液の1回分が分
注された反応容器を含有するキット等が挙げられる。該
キットは特に種々の検査、中でも臨床診断用キットとし
て有用であり、白血病の検査、固型がんの微小転移の検
査、残存微小病変の検査、感染症の検査などに広く利用
できる。
【0020】
【実施例】以下、本発明を実施例をもって更に具体的に
説明するが、本発明はこれらの実施例によって限定され
るものではない。
【0021】実施例1 WT1 mRNAの定量測定 (1)RNA競合物の作製 ヒト白血病細胞であるK−562細胞(ATCC CC
L−243)よりTriZol試薬(ギブコBRL社
製)を用いて全RNAを調製した。次に、この全RNA
を鋳型とし、RNA PCRキット(AMV)Ver.
2.1(宝酒造社製)を使用したRT−PCRによって
WT1 cDNAを調製した。RT−PCRにはWT1
−F1、WT1−R1(配列表の配列番号1、2にそれ
ぞれプライマー WT1−F1、WT1−R1の塩基配
列を示す。)の2つのプライマーを使用した。これによ
って鎖長287bpのWT1 cDNAが得られた。上記
のWT1 cDNAを鋳型としたPCRを行い、その塩
基配列の一部を欠損した欠損cDNAを作製した。な
お、PCRにはPCRアンプリフィケーションキット
(宝酒造社製)、上記のプライマー WT1−F1及び
プライマー WT−Comp2(配列表の配列番号3にプラ
イマー WT−Comp2の塩基配列を示す)を使用した。
これによって鎖長253bpの欠損WT1 cDNAが得
られた。次に、この欠損WT1 cDNAを用いてRN
A競合物を作製した。まず、pT7BlueT ベクターキ
ット(ノバジェン社製)を使用したTA−クローニング
法により、該欠損cDNAのサブクローニングを行い、
プラスミドpT7BlueWT1Δ1を作製した。該プラス
ミドをBamHI(宝酒造社製)で消化後、アガロース
ゲル電気泳動を行い、Suprec−01(宝酒造社
製)を用いて3140bpの直鎖DNA(7×1011コピ
ー/μl)をゲルより回収した。得られた直鎖DNAは
cDNA競合物としてWT1 mRNAの定量に使用す
ることができる。更にこの直鎖DNAを鋳型とし、ラー
ジスケール T7トランスクリプションキット(ノバジ
ェン社製)を使用したイン・ビトロ転写反応を行い、R
NA競合物を作製した。得られたRNA競合物(WT1
cRNA)を260nmの吸光度により定量したところ、
その濃度は7×1012コピー/μlであった。
【0022】(2)連続競合RT−ネステッドPCR法
によるWT1 mRNAの定量 上記のK−562細胞由来全RNAを試料として、以下
に示す操作でWT1mRNAの定量を行った。以下の成
分を含む反応液を調製した;50mMのトリス−塩酸(p
H9.2、25℃)、1mMのMgCl2 、10mMのKC
l、14mMの(NH4 2 SO4 、各1mMのdNTP、
各0.4nMのプライマーWT1−F1及びWT1−R
1、各400nMのプライマーC及びプライマーD(配列
表の配列番号4、5にそれぞれプライマー C及びプラ
イマーDの塩基配列を示す。)、10Uのリボヌクレア
ーゼ阻害剤(宝酒造社製)、24UのAMV逆転写酵素
(宝酒造社製)、1UのPfu DNAポリメラーゼ
(ストラタジーン社製)、6UのTaq DNAポリメ
ラーゼ(宝酒造社製)、106 コピーの上記のRNA競
合物、上記のK−562細胞由来全RNA。なお、上記
のK−562細胞由来全RNAは0.01ng、0.1n
g、1ng、10ng、100ng、1000ngの6種のRN
A量で反応液に添加した。調製した反応液を下記〜
の条件で順次反応させた; 54℃、15分、 94℃、90秒、 94℃、15秒〜54℃、30秒〜72℃、30秒
を1サイクルとする10サイクル反応、 94℃、15秒〜50℃、30秒〜72℃、30秒
を1サイクルとする35サイクル反応。
【0023】反応終了後、反応液をアガロースゲル電気
泳動に供した。泳動後のゲルをエチジウムブロマイド染
色の後に蛍光イメージアナライザーFMBIOIIマルチ
−ビュー(宝酒造社製)を用いて解析することにより、
標的mRNA及びRNA競合物由来の増幅産物量を比較
し、試料中の標的mRNA(WT1 mRNA)量を求
めた。結果を図1に示す。図1は同一の試料を使用して
異なる日時に行った4回の測定の結果を示す。図中□、
◇、○、△はそれぞれ同じ日時の測定結果を示し、●は
それらの平均を示す。また図1中横軸は反応液に添加さ
れた全RNA量(ng)、縦軸は反応液中に検出されたW
T1 mRNAのコピー数を示す。図1に示されるよう
に、添加された全RNA量と測定された標的mRNA量
は良好な直線関係を示し、また、各測定日時毎の測定結
果の変動(日差変動)も見られず、本発明の方法が安定
した測定法であることが示された。また、今回の測定に
要した時間は、各工程を独立して行う従来法に比べて約
1/4に短縮された。
【0024】(3)添加回収試験 上記のK−562細胞由来全RNAを種々の比率で健常
人末梢血由来の全RNAと混合したものを試料として、
上記の方法によりWT1 mRNA量の測定を行った。
末梢血からの全RNAの調製にはTriZol試薬を用
いた。この結果、測定値は試料中に添加されたK−56
2細胞由来全RNAの量とよく一致しており、本測定方
法が十分な添加回収性を有していることが示された。
【0025】実施例2 連続競合RT−PCR法を利用
したβ−アクチン mRNA定量用反応液の作製 容量200μlのPCR用チューブに、下記表1の成分
を含む25μlのβ−アクチン mRNA定量用反応液
を調製した。この反応液は−20℃以下で安定に保存さ
れた。なお、プライマー AC−F1、BA−R1の塩
基配列をそれぞれ配列表の配列番号6、7に示す。
【0026】
【表1】 表 1 ────────────────────────────────── AMV逆転写真酵素 :2.5U Taq DNAポリメラーゼ :2.5U プライマー AC−F1 :5pmol プライマー BA−R1 :5pmol リボヌクレアーゼ阻害剤 :20U β−アクチンcDNA競合物(ヒトβ−アクチン コンペティティブPCRセット、宝酒造社製) :1×105 コピー トリス−塩酸(pH9.2、25℃) :終濃度50mM MgCl2 :終濃度5mM KCl :終濃度10mM (NH4 2 SO4 :終濃度14mM ウシ血清アルブミン(BSA) :終濃度0.01% dNTP :各1mM ──────────────────────────────────
【0027】U−937細胞(ATCC CRL−15
93)よりTriZol試薬を用いて調製した全RNA
を0.03〜100ng/μlの範囲で段階希釈した。こ
れらの1μlずつをそれぞれ上記の反応液に添加し、こ
れを下記〜の条件で順次反応させた; 45℃、15分、 94℃、90秒、 94℃、15秒〜54℃、30秒〜72℃、30秒
を1サイクルとする30サイクル反応、
【0028】反応終了後、反応液をアガロースゲル電気
泳動に供し、実施例1同様の操作で増幅産物の定量を行
った。測定結果を図2に示す。図2中横軸は反応液に添
加された全RNA量(ng)、縦軸は標的RNA由来増幅
産物量の競合物由来増幅産物量に対する割合(T/C
比)を示す。図2に示されるように、添加された全RN
A量と測定されたT/C比は良好な直線関係を示し、上
記の反応液を使用することによってβ−アクチン mR
NA量を簡便、かつ正確に定量できることが示された。
【0029】実施例3 種々のヒトmRNA測定キット
の作製 実施例1記載のヒトWT1 mRNA定量で使用された
反応液の組成を参考に、本発明の方法によって下記表2
記載のヒトmRNA量を測定するためのキットを作製し
た。各キット共AMV逆転写酵素、Pfu DNAポリ
メラーゼ、Taq DNAポリメラーゼの3種の酵素を
含むものとし、表2記載の各プライマー、並びに該プラ
イマーと各標的mRNA塩基配列とから実施例1記載の
方法で作製された競合物とをそれぞれのキットに添付し
た。各mRNAの測定に使用されるプライマーを表2に
示す。なお、表2中に4種のプライマーを示したもの
は、それぞれ1組のプライマー対を使用する2段階のP
CR(ネステッドPCR)を行うものである。また、3
種のプライマーを示したものは1つのプライマーがその
両方に共通して使用される2段階のPCRを行うもので
ある。
【0030】
【表2】 表 2 標的mRNA プライマー、及び配列表中の配列番号 サイトケラチン19 CK19−F2(配列番号9) CK19−R1(配列番号10) CK19−R2(配列番号11) サイトケラチン20 CK20−F1(配列番号12) CK20−R1(配列番号13) CK20−R2(配列番号14) Flt3 Flt3−F1(配列番号15) Flt3−F2(配列番号16) bcl/abl(CML型) ba−F1(配列番号17) ba−F2(配列番号18) ba−R1(配列番号19) bcl/abl(ALL型) ba−F3(配列番号20) ba−F4(配列番号21) ba−R3(配列番号22) ba−R4(配列番号23) pml/rara pr−F1(配列番号24) pr−F2(配列番号25) pr−R1(配列番号26) pr−R2(配列番号27) aml/mtg8 am−F1(配列番号28) am−F2(配列番号29) am−R1(配列番号30) am−R2(配列番号31) e2a/pbx ep−F1(配列番号32) ep−F2(配列番号33) ep−R1(配列番号34) ep−R2(配列番号35)
【0031】
【発明の効果】本発明により、従来技術では非常に繁雑
で、時間を要していたRNAの高感度定量を簡便、迅速
に行うことが可能になる。更に、これまでは各工程ごと
の反応液の移し換えの際に問題となったピペッティング
の誤差やコンタミネーションの危険もなく正確、かつ再
現性の高い測定を行うことができる。
【0032】
【配列表】
【0033】配列番号:1 配列の長さ:20 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸(合成DNA) 配列: ACAGATGCAC AGCAGGAAGC 20
【0034】配列番号:2 配列の長さ:20 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸(合成DNA) 配列: TGATGGCGGA CTAATTCATC 20
【0035】配列番号:3 配列の長さ:62 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸(合成DNA) 配列: TGTGATGGCG GACTAATTCA TCAACTTTTT CTGACAACTT GGACTTGTTT TACCTGTATG 60 AG 62
【0036】配列番号:4 配列の長さ:20 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸(合成DNA) 配列: AGCAGGAAGC ACACTGGTGA 20
【0037】配列番号:5 配列の長さ:20 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸(合成DNA) 配列: AACTTTTTCT GACAACTTGG 20
【0038】配列番号:6 配列の長さ:21 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸(合成DNA) 配列: CAAGAGATGG CCACGGCTGC T 21
【0039】配列番号:7 配列の長さ:21 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸(合成DNA) 配列: TCCTTCTGCA TCCTGTCGGC A 21
【0040】配列番号:8 配列の長さ:21 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸(合成DNA) 配列: GCGGGCAACG AGAAGCTAAC C 21
【0041】配列番号:9 配列の長さ:21 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸(合成DNA) 配列: ATGCAGAACC TCAACGACCG C 21
【0042】配列番号:10 配列の長さ:21 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸(合成DNA) 配列: TCTGCATCTC CAGGTCGGTC C 21
【0043】配列番号:11 配列の長さ:21 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸(合成DNA) 配列: CAGTGCCTGT TCCGTCTCAA A 21
【0044】配列番号:12 配列の長さ:21 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸(合成DNA) 配列: CAGACACACG GTGAACTATG G 21
【0045】配列番号:13 配列の長さ:22 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸(合成DNA) 配列: GATCAGCTTC CACTGTTAGA CG 22
【0046】配列番号:14 配列の長さ:21 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸(合成DNA) 配列: AAGTCCTCAG CAGCCAGTTT A 21
【0047】配列番号:15 配列の長さ:21 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸(合成DNA) 配列: TGTCGAGCAG TACTCTAAAC A 21
【0048】配列番号:16 配列の長さ:22 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸(合成DNA) 配列: ATCCTAGTAC CTTCCCAAAC TC 22
【0049】配列番号:17 配列の長さ:20 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸(合成DNA) 配列: AGATGCTGAC CAACTCGTGT 20
【0050】配列番号:18 配列の長さ:20 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸(合成DNA) 配列: TTCGCCTGAC CATCAATAAG 20
【0051】配列番号:19 配列の長さ:20 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸(合成DNA) 配列: GCCACAAAAT CATACAGTGC 20
【0052】配列番号:20 配列の長さ:21 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸(合成DNA) 配列: TGGCCCCGCA GGTCCTACTC C 21
【0053】配列番号:21 配列の長さ:21 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸(合成DNA) 配列: GCACTGCCCG GTTGTCGTGT C 21
【0054】配列番号:22 配列の長さ:20 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸(合成DNA) 配列: CATACAGTGC AACGAAAGGT 20
【0055】配列番号:23 配列の長さ:21 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸(合成DNA) 配列: CTGGGTCCAG CGAGAAGGTT T 21
【0056】配列番号:24 配列の長さ:21 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸(合成DNA) 配列: CCCCAGAGCC TGCAAGCTGC C 21
【0057】配列番号:25 配列の長さ:21 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸(合成DNA) 配列: TGGCTTCGAC GAGTTCAAGG T 21
【0058】配列番号:26 配列の長さ:20 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸(合成DNA) 配列: CATAGTGGTA GCCTGAGGAC 20
【0059】配列番号:27 配列の長さ:21 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸(合成DNA) 配列: CTGGGCACTA TCTCTTCAGA A 21
【0060】配列番号:28 配列の長さ:21 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸(合成DNA) 配列: GGCAATGATG AAAACTACTC G 21
【0061】配列番号:29 配列の長さ:21 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸(合成DNA) 配列: CGAAGTGGAA GAGGGAAAAG C 21
【0062】配列番号:30 配列の長さ:21 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸(合成DNA) 配列: TCCTATCTCG GGTGAAATGT C 21
【0063】配列番号:31 配列の長さ:21 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸(合成DNA) 配列: GGGGAGGTGG CATTGTTGGA G 21
【0064】配列番号:32 配列の長さ:21 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸(合成DNA) 配列: GCGCTGGCCT CAGGTTTCAC C 21
【0065】配列番号:33 配列の長さ:21 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸(合成DNA) 配列: GGAGGCAGCC ACCCCGAGGA C 21
【0066】配列番号:34 配列の長さ:21 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸(合成DNA) 配列: CGACCCTCCG CCCTTCTCAG G 21
【0067】配列番号:35 配列の長さ:21 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:他の核酸(合成DNA) 配列: GCCACGCCTT CCGCTAACAG C 21
【図面の簡単な説明】
【図1】本発明方法によるWT1 mRNAの定量の結
果を、添加全RNA量とWT1mRNAのコピー数と関
係で示したグラフである。
【図2】本発明方法によるβ−アクチン mRNAの定
量の結果を、添加全RNA量とT/C比との関係で示し
たグラフである。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (72)発明者 日野 文嗣 滋賀県大津市瀬田3丁目4番1号 寳酒造 株式会社中央研究所内 (72)発明者 加藤 郁之進 滋賀県大津市瀬田3丁目4番1号 寳酒造 株式会社中央研究所内

Claims (8)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 RNAに相補的なcDNAの合成、並び
    に該cDNAを鋳型としたポリメラーゼ・チェーン・リ
    アクション(PCR)を用いてRNA量を測定する方法
    において、当該cDNAの合成、並びにPCRを、RN
    A又はcDNA競合物の存在下に一つの反応容器中で連
    続して行うことを特徴とするRNA量の測定方法。
  2. 【請求項2】 PCRを、少なくとも1対のプライマー
    対を使用した2段階のPCRによって行うことを特徴と
    する請求項1記載のRNA量の測定方法。
  3. 【請求項3】 PCRを、校正活性を有する耐熱性DN
    Aポリメラーゼと、校正活性を有さない耐熱性DNAポ
    リメラーゼとの混合物によって実施することを特徴とす
    る請求項1あるいは2記載のRNA量の測定方法。
  4. 【請求項4】 WT1 mRNA、β−アクチン mR
    NA、サイトケラチン mRNA、Flt3 mRN
    A、bcr/abl mRNA、pml/rara m
    RNA、aml1/mtg8 mRNA、e2a/pb
    x1 mRNAから選択されるmRNAを測定対象とす
    る請求項1〜3のいずれか1項に記載のRNA量の測定
    方法。
  5. 【請求項5】 逆転写活性を有する酵素、耐熱性DNA
    ポリメラーゼ、4種のデオキシリボヌクレオチド三リン
    酸、少なくとも1対のプライマー対、RNA又はcDN
    A競合物、リボヌクレアーゼ阻害剤を含有する、請求項
    1〜3のいずれか1項に記載のRNA量の測定方法に使
    用される反応液。
  6. 【請求項6】 WT1 mRNA、β−アクチン mR
    NA、サイトケラチン mRNA、Flt3 mRN
    A、bcr/abl mRNA、pml/rara m
    RNA、aml1/mtg8 mRNA、e2a/pb
    x1 mRNAから選択されるmRNAを測定対象とす
    る請求項5記載の反応液。
  7. 【請求項7】 請求項5あるいは6記載の反応液の1反
    応分の必要量が分注されている反応容器。
  8. 【請求項8】 請求項5又は6記載の反応液、あるいは
    請求項7記載の反応容器を含有することを特徴とするR
    NA量の測定キット。
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