JPH10507643A - C型肝炎ウイルス遺伝子型の新規配列、ならびにそれらの予防薬、治療薬および診断薬としての使用 - Google Patents
C型肝炎ウイルス遺伝子型の新規配列、ならびにそれらの予防薬、治療薬および診断薬としての使用Info
- Publication number
- JPH10507643A JPH10507643A JP8514299A JP51429995A JPH10507643A JP H10507643 A JPH10507643 A JP H10507643A JP 8514299 A JP8514299 A JP 8514299A JP 51429995 A JP51429995 A JP 51429995A JP H10507643 A JPH10507643 A JP H10507643A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- subtype
- seq
- hcv
- type
- amino acid
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 title abstract description 13
- 230000000069 prophylactic effect Effects 0.000 title abstract description 8
- 241000711549 Hepacivirus C Species 0.000 title description 205
- 239000003814 drug Substances 0.000 title description 5
- 239000000032 diagnostic agent Substances 0.000 title description 2
- 229940039227 diagnostic agent Drugs 0.000 title description 2
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 title description 2
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 72
- 150000001413 amino acids Chemical group 0.000 claims abstract description 59
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims abstract description 11
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims abstract description 8
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims abstract description 7
- 230000002265 prevention Effects 0.000 claims abstract description 7
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims description 164
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 claims description 100
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 claims description 82
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 70
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 69
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 68
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 68
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 claims description 68
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 claims description 68
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 65
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 65
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 claims description 47
- 239000007787 solid Substances 0.000 claims description 45
- 239000000427 antigen Substances 0.000 claims description 39
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 claims description 38
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 claims description 38
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 claims description 37
- 238000009007 Diagnostic Kit Methods 0.000 claims description 29
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 29
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims description 28
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims description 28
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims description 24
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims description 24
- 239000012528 membrane Substances 0.000 claims description 23
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 claims description 21
- 239000013598 vector Substances 0.000 claims description 21
- 229960005486 vaccine Drugs 0.000 claims description 20
- 239000000758 substrate Substances 0.000 claims description 19
- 101710159910 Movement protein Proteins 0.000 claims description 17
- 101710144117 Non-structural protein 4 Proteins 0.000 claims description 17
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 claims description 17
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 claims description 15
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 15
- 239000008194 pharmaceutical composition Substances 0.000 claims description 13
- 108020005187 Oligonucleotide Probes Proteins 0.000 claims description 12
- 108010076039 Polyproteins Proteins 0.000 claims description 12
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 claims description 12
- 101800001554 RNA-directed RNA polymerase Proteins 0.000 claims description 11
- 239000002253 acid Substances 0.000 claims description 11
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 claims description 11
- 101710144121 Non-structural protein 5 Proteins 0.000 claims description 10
- QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N Acetic acid Natural products CC(O)=O QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 8
- -1 HCV nucleic acid Chemical class 0.000 claims description 8
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 claims description 8
- 230000001681 protective effect Effects 0.000 claims description 8
- 239000003937 drug carrier Substances 0.000 claims description 7
- 230000003053 immunization Effects 0.000 claims description 7
- 239000000546 pharmaceutical excipient Substances 0.000 claims description 7
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 claims description 4
- 239000003085 diluting agent Substances 0.000 claims description 4
- 239000013604 expression vector Substances 0.000 claims description 4
- 238000002649 immunization Methods 0.000 claims description 4
- 239000001630 malic acid Substances 0.000 claims description 4
- 238000003259 recombinant expression Methods 0.000 claims description 4
- 241000282693 Cercopithecidae Species 0.000 claims description 3
- 230000005867 T cell response Effects 0.000 claims description 3
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims description 3
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 claims description 3
- 239000004311 natamycin Substances 0.000 claims description 3
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 claims description 2
- 238000012258 culturing Methods 0.000 claims description 2
- 150000004676 glycans Chemical class 0.000 claims description 2
- 238000003306 harvesting Methods 0.000 claims description 2
- 229920001282 polysaccharide Polymers 0.000 claims description 2
- 239000005017 polysaccharide Substances 0.000 claims description 2
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 claims description 2
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 claims description 2
- 230000004044 response Effects 0.000 claims description 2
- 238000013519 translation Methods 0.000 claims description 2
- 230000006656 viral protein synthesis Effects 0.000 claims description 2
- 230000006490 viral transcription Effects 0.000 claims description 2
- 239000013615 primer Substances 0.000 claims 12
- 238000011321 prophylaxis Methods 0.000 claims 2
- 239000003155 DNA primer Substances 0.000 claims 1
- 210000001744 T-lymphocyte Anatomy 0.000 claims 1
- 239000012895 dilution Substances 0.000 claims 1
- 238000010790 dilution Methods 0.000 claims 1
- 108010091748 peptide A Proteins 0.000 claims 1
- 229940023041 peptide vaccine Drugs 0.000 claims 1
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 abstract description 5
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 abstract description 5
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 abstract description 4
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 59
- 229940024606 amino acid Drugs 0.000 description 51
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 32
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 27
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 27
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 16
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 12
- 238000003018 immunoassay Methods 0.000 description 11
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 11
- 239000000047 product Substances 0.000 description 10
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 9
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 9
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 9
- 241000206602 Eukaryota Species 0.000 description 8
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 8
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 8
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 7
- 230000002163 immunogen Effects 0.000 description 7
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 7
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 7
- 238000013081 phylogenetic analysis Methods 0.000 description 7
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 7
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 7
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 7
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 7
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 6
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 6
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 description 6
- 235000014680 Saccharomyces cerevisiae Nutrition 0.000 description 6
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 6
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 6
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 6
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 6
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 6
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 6
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 6
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 6
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 6
- 101710144111 Non-structural protein 3 Proteins 0.000 description 5
- 101710185720 Putative ethidium bromide resistance protein Proteins 0.000 description 5
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 5
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 5
- 230000002860 competitive effect Effects 0.000 description 5
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 5
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 5
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 5
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 5
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 5
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 5
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 5
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 4
- DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N Glycine Chemical compound NCC(O)=O DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 241000238631 Hexapoda Species 0.000 description 4
- KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N Lysine Natural products NCCCCC(N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 239000004472 Lysine Substances 0.000 description 4
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 4
- 241000235648 Pichia Species 0.000 description 4
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 4
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 4
- 230000028993 immune response Effects 0.000 description 4
- 239000002244 precipitate Substances 0.000 description 4
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 4
- 230000008569 process Effects 0.000 description 4
- 230000009257 reactivity Effects 0.000 description 4
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 description 4
- 241000894007 species Species 0.000 description 4
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 3
- 108090001008 Avidin Proteins 0.000 description 3
- 101710132601 Capsid protein Proteins 0.000 description 3
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 3
- HNDVDQJCIGZPNO-YFKPBYRVSA-N L-histidine Chemical group OC(=O)[C@@H](N)CC1=CN=CN1 HNDVDQJCIGZPNO-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 3
- 239000004677 Nylon Substances 0.000 description 3
- 108010076504 Protein Sorting Signals Proteins 0.000 description 3
- 241000700618 Vaccinia virus Species 0.000 description 3
- 239000002671 adjuvant Substances 0.000 description 3
- 238000002820 assay format Methods 0.000 description 3
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 3
- 239000003623 enhancer Substances 0.000 description 3
- HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N histidine Chemical group OC(=O)C(N)CC1=CN=CN1 HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 230000002209 hydrophobic effect Effects 0.000 description 3
- 210000003734 kidney Anatomy 0.000 description 3
- 229930182817 methionine Natural products 0.000 description 3
- 229920001778 nylon Polymers 0.000 description 3
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 3
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 3
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 3
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 3
- 241000701447 unidentified baculovirus Species 0.000 description 3
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 3
- 239000004475 Arginine Substances 0.000 description 2
- 239000003298 DNA probe Substances 0.000 description 2
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 2
- 239000004471 Glycine Substances 0.000 description 2
- 241000235058 Komagataella pastoris Species 0.000 description 2
- ODKSFYDXXFIFQN-BYPYZUCNSA-P L-argininium(2+) Chemical compound NC(=[NH2+])NCCC[C@H]([NH3+])C(O)=O ODKSFYDXXFIFQN-BYPYZUCNSA-P 0.000 description 2
- KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N L-lysine Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 2
- 241000186660 Lactobacillus Species 0.000 description 2
- 241000194036 Lactococcus Species 0.000 description 2
- 108091026898 Leader sequence (mRNA) Proteins 0.000 description 2
- 241000699666 Mus <mouse, genus> Species 0.000 description 2
- 239000000020 Nitrocellulose Substances 0.000 description 2
- 241000320412 Ogataea angusta Species 0.000 description 2
- 239000004793 Polystyrene Substances 0.000 description 2
- 108020004511 Recombinant DNA Proteins 0.000 description 2
- 241000235070 Saccharomyces Species 0.000 description 2
- 241000607142 Salmonella Species 0.000 description 2
- 241000235346 Schizosaccharomyces Species 0.000 description 2
- MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N Serine Natural products OCC(N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000194017 Streptococcus Species 0.000 description 2
- 241000187747 Streptomyces Species 0.000 description 2
- 208000037065 Subacute sclerosing leukoencephalitis Diseases 0.000 description 2
- 206010042297 Subacute sclerosing panencephalitis Diseases 0.000 description 2
- 206010046865 Vaccinia virus infection Diseases 0.000 description 2
- 241000235017 Zygosaccharomyces Species 0.000 description 2
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N adenyl group Chemical group N1=CN=C2N=CNC2=C1N GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 2
- 230000001745 anti-biotin effect Effects 0.000 description 2
- 230000000890 antigenic effect Effects 0.000 description 2
- 239000003443 antiviral agent Substances 0.000 description 2
- ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N arginine Natural products OC(=O)C(N)CCCNC(N)=N ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 210000003719 b-lymphocyte Anatomy 0.000 description 2
- 230000008859 change Effects 0.000 description 2
- 238000012790 confirmation Methods 0.000 description 2
- 230000008878 coupling Effects 0.000 description 2
- 238000010168 coupling process Methods 0.000 description 2
- 238000005859 coupling reaction Methods 0.000 description 2
- 238000011161 development Methods 0.000 description 2
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 2
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 2
- 210000003743 erythrocyte Anatomy 0.000 description 2
- 125000002485 formyl group Chemical group [H]C(*)=O 0.000 description 2
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 2
- 230000013595 glycosylation Effects 0.000 description 2
- 238000006206 glycosylation reaction Methods 0.000 description 2
- 230000035931 haemagglutination Effects 0.000 description 2
- 230000036541 health Effects 0.000 description 2
- 239000012456 homogeneous solution Substances 0.000 description 2
- 210000005104 human peripheral blood lymphocyte Anatomy 0.000 description 2
- 230000001965 increasing effect Effects 0.000 description 2
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 2
- 230000002458 infectious effect Effects 0.000 description 2
- 229940039696 lactobacillus Drugs 0.000 description 2
- 239000004816 latex Substances 0.000 description 2
- 229920000126 latex Polymers 0.000 description 2
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 2
- 244000005700 microbiome Species 0.000 description 2
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 2
- 229920001220 nitrocellulos Polymers 0.000 description 2
- 210000004940 nucleus Anatomy 0.000 description 2
- 229910052698 phosphorus Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000004033 plastic Substances 0.000 description 2
- 229920003023 plastic Polymers 0.000 description 2
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 2
- 229920002223 polystyrene Polymers 0.000 description 2
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 2
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 2
- 150000003839 salts Chemical group 0.000 description 2
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 2
- 230000004936 stimulating effect Effects 0.000 description 2
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 2
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 2
- 229940021747 therapeutic vaccine Drugs 0.000 description 2
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 2
- 230000009261 transgenic effect Effects 0.000 description 2
- 208000007089 vaccinia Diseases 0.000 description 2
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 description 2
- HDTRYLNUVZCQOY-UHFFFAOYSA-N α-D-glucopyranosyl-α-D-glucopyranoside Natural products OC1C(O)C(O)C(CO)OC1OC1C(O)C(O)C(O)C(CO)O1 HDTRYLNUVZCQOY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- MTCFGRXMJLQNBG-REOHCLBHSA-N (2S)-2-Amino-3-hydroxypropansäure Chemical compound OC[C@H](N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- SBKVPJHMSUXZTA-MEJXFZFPSA-N (2S)-2-[[(2S)-2-[[(2S)-1-[(2S)-5-amino-2-[[2-[[(2S)-1-[(2S)-6-amino-2-[[(2S)-2-[[(2S)-5-amino-2-[[(2S)-2-[[(2S)-2-[[(2S)-2-[[(2S)-2-amino-3-(1H-indol-3-yl)propanoyl]amino]-3-(1H-imidazol-4-yl)propanoyl]amino]-3-(1H-indol-3-yl)propanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]-5-oxopentanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]pyrrolidine-2-carbonyl]amino]acetyl]amino]-5-oxopentanoyl]pyrrolidine-2-carbonyl]amino]-4-methylsulfanylbutanoyl]amino]-3-(4-hydroxyphenyl)propanoic acid Chemical group C([C@@H](C(=O)N[C@@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)C1=CNC=N1 SBKVPJHMSUXZTA-MEJXFZFPSA-N 0.000 description 1
- DRHZYJAUECRAJM-DWSYSWFDSA-N (2s,3s,4s,5r,6r)-6-[[(3s,4s,4ar,6ar,6bs,8r,8ar,12as,14ar,14br)-8a-[(2s,3r,4s,5r,6r)-3-[(2s,3r,4s,5r,6s)-5-[(2s,3r,4s,5r)-4-[(2s,3r,4r)-3,4-dihydroxy-4-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]oxy-3,5-dihydroxyoxan-2-yl]oxy-3,4-dihydroxy-6-methyloxan-2-yl]oxy-5-[(3s,5s, Chemical compound O([C@H]1[C@H](O)[C@H](O[C@H]([C@@H]1O[C@H]1[C@@H]([C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O1)O)O[C@H]1CC[C@]2(C)[C@H]3CC=C4[C@@H]5CC(C)(C)CC[C@@]5([C@@H](C[C@@]4(C)[C@]3(C)CC[C@H]2[C@@]1(C=O)C)O)C(=O)O[C@@H]1O[C@H](C)[C@@H]([C@@H]([C@H]1O[C@H]1[C@@H]([C@H](O)[C@@H](O[C@H]2[C@@H]([C@@H](O[C@H]3[C@@H]([C@@](O)(CO)CO3)O)[C@H](O)CO2)O)[C@H](C)O1)O)O)OC(=O)C[C@@H](O)C[C@H](OC(=O)C[C@@H](O)C[C@@H]([C@@H](C)CC)O[C@H]1[C@@H]([C@@H](O)[C@H](CO)O1)O)[C@@H](C)CC)C(O)=O)[C@@H]1OC[C@@H](O)[C@H](O)[C@H]1O DRHZYJAUECRAJM-DWSYSWFDSA-N 0.000 description 1
- YHQZWWDVLJPRIF-JLHRHDQISA-N (4R)-4-[[(2S,3R)-2-[acetyl-[(3R,4R,5S,6R)-3-amino-4-[(1R)-1-carboxyethoxy]-5-hydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-2-yl]amino]-3-hydroxybutanoyl]amino]-5-amino-5-oxopentanoic acid Chemical compound C(C)(=O)N([C@@H]([C@H](O)C)C(=O)N[C@H](CCC(=O)O)C(N)=O)C1[C@H](N)[C@@H](O[C@@H](C(=O)O)C)[C@H](O)[C@H](O1)CO YHQZWWDVLJPRIF-JLHRHDQISA-N 0.000 description 1
- YYGNTYWPHWGJRM-UHFFFAOYSA-N (6E,10E,14E,18E)-2,6,10,15,19,23-hexamethyltetracosa-2,6,10,14,18,22-hexaene Chemical compound CC(C)=CCCC(C)=CCCC(C)=CCCC=C(C)CCC=C(C)CCC=C(C)C YYGNTYWPHWGJRM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UKAUYVFTDYCKQA-UHFFFAOYSA-N -2-Amino-4-hydroxybutanoic acid Natural products OC(=O)C(N)CCO UKAUYVFTDYCKQA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BRMWTNUJHUMWMS-UHFFFAOYSA-N 3-Methylhistidine Natural products CN1C=NC(CC(N)C(O)=O)=C1 BRMWTNUJHUMWMS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical group C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 description 1
- 229940117976 5-hydroxylysine Drugs 0.000 description 1
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 description 1
- 241000272525 Anas platyrhynchos Species 0.000 description 1
- DCXYFEDJOCDNAF-UHFFFAOYSA-N Asparagine Natural products OC(=O)C(N)CC(N)=O DCXYFEDJOCDNAF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241001203868 Autographa californica Species 0.000 description 1
- 244000063299 Bacillus subtilis Species 0.000 description 1
- 235000014469 Bacillus subtilis Nutrition 0.000 description 1
- 208000006154 Chronic hepatitis C Diseases 0.000 description 1
- 206010010099 Combined immunodeficiency Diseases 0.000 description 1
- 108091035707 Consensus sequence Proteins 0.000 description 1
- 241000938605 Crocodylia Species 0.000 description 1
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 1
- 108020003215 DNA Probes Proteins 0.000 description 1
- 108090000626 DNA-directed RNA polymerases Proteins 0.000 description 1
- SHIBSTMRCDJXLN-UHFFFAOYSA-N Digoxigenin Natural products C1CC(C2C(C3(C)CCC(O)CC3CC2)CC2O)(O)C2(C)C1C1=CC(=O)OC1 SHIBSTMRCDJXLN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000012286 ELISA Assay Methods 0.000 description 1
- 101710091045 Envelope protein Proteins 0.000 description 1
- 241000233866 Fungi Species 0.000 description 1
- 108010010803 Gelatin Proteins 0.000 description 1
- 108700028146 Genetic Enhancer Elements Proteins 0.000 description 1
- 108700007698 Genetic Terminator Regions Proteins 0.000 description 1
- 108010044091 Globulins Proteins 0.000 description 1
- 102000006395 Globulins Human genes 0.000 description 1
- WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N Glutamic acid Chemical group OC(=O)C(N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000005176 Hepatitis C Diseases 0.000 description 1
- 108700008783 Hepatitis C virus E1 Proteins 0.000 description 1
- 108010001336 Horseradish Peroxidase Proteins 0.000 description 1
- PMMYEEVYMWASQN-DMTCNVIQSA-N Hydroxyproline Chemical compound O[C@H]1CN[C@H](C(O)=O)C1 PMMYEEVYMWASQN-DMTCNVIQSA-N 0.000 description 1
- 241000519695 Ilex integra Species 0.000 description 1
- 108060003951 Immunoglobulin Proteins 0.000 description 1
- 229930010555 Inosine Natural products 0.000 description 1
- UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N Inosine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C2=NC=NC(O)=C2N=C1 UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 1
- 101710125507 Integrase/recombinase Proteins 0.000 description 1
- 241001138401 Kluyveromyces lactis Species 0.000 description 1
- AHLPHDHHMVZTML-BYPYZUCNSA-N L-Ornithine Chemical compound NCCC[C@H](N)C(O)=O AHLPHDHHMVZTML-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N L-alanine Chemical compound C[C@H](N)C(O)=O QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- DCXYFEDJOCDNAF-REOHCLBHSA-N L-asparagine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O DCXYFEDJOCDNAF-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N L-aspartic acid Chemical group OC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N L-glutamic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N 0.000 description 1
- UKAUYVFTDYCKQA-VKHMYHEASA-N L-homoserine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCO UKAUYVFTDYCKQA-VKHMYHEASA-N 0.000 description 1
- AGPKZVBTJJNPAG-WHFBIAKZSA-N L-isoleucine Chemical group CC[C@H](C)[C@H](N)C(O)=O AGPKZVBTJJNPAG-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N L-leucine Chemical group CC(C)C[C@H](N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 1
- FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N L-methionine Chemical compound CSCC[C@H](N)C(O)=O FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N L-valine Chemical group CC(C)[C@H](N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N Leucine Chemical group CC(C)CC(N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000699670 Mus sp. Species 0.000 description 1
- JDHILDINMRGULE-LURJTMIESA-N N(pros)-methyl-L-histidine Chemical compound CN1C=NC=C1C[C@H](N)C(O)=O JDHILDINMRGULE-LURJTMIESA-N 0.000 description 1
- 108700015872 N-acetyl-nor-muramyl-L-alanyl-D-isoglutamine Proteins 0.000 description 1
- 108091061960 Naked DNA Proteins 0.000 description 1
- 101800001014 Non-structural protein 5A Proteins 0.000 description 1
- 108091092724 Noncoding DNA Proteins 0.000 description 1
- 206010029719 Nonspecific reaction Diseases 0.000 description 1
- 108020004711 Nucleic Acid Probes Proteins 0.000 description 1
- 108010036939 Occlusion Body Matrix Proteins Proteins 0.000 description 1
- 108010038807 Oligopeptides Proteins 0.000 description 1
- 102000015636 Oligopeptides Human genes 0.000 description 1
- 108700026244 Open Reading Frames Proteins 0.000 description 1
- AHLPHDHHMVZTML-UHFFFAOYSA-N Orn-delta-NH2 Natural products NCCCC(N)C(O)=O AHLPHDHHMVZTML-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UTJLXEIPEHZYQJ-UHFFFAOYSA-N Ornithine Natural products OC(=O)C(C)CCCN UTJLXEIPEHZYQJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000283973 Oryctolagus cuniculus Species 0.000 description 1
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000002033 PVDF binder Substances 0.000 description 1
- 108091093037 Peptide nucleic acid Proteins 0.000 description 1
- OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N Phosphorus Chemical compound [P] OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010035226 Plasma cell myeloma Diseases 0.000 description 1
- 229920000954 Polyglycolide Polymers 0.000 description 1
- 241000288906 Primates Species 0.000 description 1
- 101710188315 Protein X Proteins 0.000 description 1
- 108010066717 Q beta Replicase Proteins 0.000 description 1
- 108091034057 RNA (poly(A)) Proteins 0.000 description 1
- 238000002123 RNA extraction Methods 0.000 description 1
- 102000007056 Recombinant Fusion Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108010008281 Recombinant Fusion Proteins Proteins 0.000 description 1
- 108091028664 Ribonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 241001123227 Saccharomyces pastorianus Species 0.000 description 1
- 229920005654 Sephadex Polymers 0.000 description 1
- 239000012507 Sephadex™ Substances 0.000 description 1
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 1
- 241000256251 Spodoptera frugiperda Species 0.000 description 1
- 108091081024 Start codon Proteins 0.000 description 1
- 102100021696 Syncytin-1 Human genes 0.000 description 1
- BHEOSNUKNHRBNM-UHFFFAOYSA-N Tetramethylsqualene Natural products CC(=C)C(C)CCC(=C)C(C)CCC(C)=CCCC=C(C)CCC(C)C(=C)CCC(C)C(C)=C BHEOSNUKNHRBNM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108091036066 Three prime untranslated region Proteins 0.000 description 1
- 108700009124 Transcription Initiation Site Proteins 0.000 description 1
- HDTRYLNUVZCQOY-WSWWMNSNSA-N Trehalose Natural products O[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O1 HDTRYLNUVZCQOY-WSWWMNSNSA-N 0.000 description 1
- 241001199012 Usta Species 0.000 description 1
- KZSNJWFQEVHDMF-UHFFFAOYSA-N Valine Chemical group CC(C)C(N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010003533 Viral Envelope Proteins Proteins 0.000 description 1
- 241000235013 Yarrowia Species 0.000 description 1
- GELXFVQAWNTGPQ-UHFFFAOYSA-N [N].C1=CNC=N1 Chemical compound [N].C1=CNC=N1 GELXFVQAWNTGPQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000002159 abnormal effect Effects 0.000 description 1
- 230000005856 abnormality Effects 0.000 description 1
- 230000021736 acetylation Effects 0.000 description 1
- 238000006640 acetylation reaction Methods 0.000 description 1
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 1
- 239000012190 activator Substances 0.000 description 1
- 238000007792 addition Methods 0.000 description 1
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 description 1
- 238000007818 agglutination assay Methods 0.000 description 1
- 230000002776 aggregation Effects 0.000 description 1
- 238000004220 aggregation Methods 0.000 description 1
- 235000004279 alanine Nutrition 0.000 description 1
- 125000001931 aliphatic group Chemical group 0.000 description 1
- 239000003513 alkali Substances 0.000 description 1
- NWMHDZMRVUOQGL-CZEIJOLGSA-N almurtide Chemical compound OC(=O)CC[C@H](C(N)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)CO[C@@H]([C@H](O)[C@H](O)CO)[C@@H](NC(C)=O)C=O NWMHDZMRVUOQGL-CZEIJOLGSA-N 0.000 description 1
- HDTRYLNUVZCQOY-LIZSDCNHSA-N alpha,alpha-trehalose Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 HDTRYLNUVZCQOY-LIZSDCNHSA-N 0.000 description 1
- 229940037003 alum Drugs 0.000 description 1
- WNROFYMDJYEPJX-UHFFFAOYSA-K aluminium hydroxide Chemical compound [OH-].[OH-].[OH-].[Al+3] WNROFYMDJYEPJX-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 150000003862 amino acid derivatives Chemical class 0.000 description 1
- 125000003277 amino group Chemical group 0.000 description 1
- BFNBIHQBYMNNAN-UHFFFAOYSA-N ammonium sulfate Chemical class N.N.OS(O)(=O)=O BFNBIHQBYMNNAN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 1
- 235000009582 asparagine Nutrition 0.000 description 1
- 229960001230 asparagine Drugs 0.000 description 1
- 235000003704 aspartic acid Nutrition 0.000 description 1
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 1
- OQFSQFPPLPISGP-UHFFFAOYSA-N beta-carboxyaspartic acid Natural products OC(=O)C(N)C(C(O)=O)C(O)=O OQFSQFPPLPISGP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000013060 biological fluid Substances 0.000 description 1
- 230000005540 biological transmission Effects 0.000 description 1
- 230000000903 blocking effect Effects 0.000 description 1
- 239000010836 blood and blood product Substances 0.000 description 1
- 229940125691 blood product Drugs 0.000 description 1
- 230000036770 blood supply Effects 0.000 description 1
- 210000000988 bone and bone Anatomy 0.000 description 1
- 238000010804 cDNA synthesis Methods 0.000 description 1
- 125000002843 carboxylic acid group Chemical group 0.000 description 1
- 210000005056 cell body Anatomy 0.000 description 1
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 1
- 210000002421 cell wall Anatomy 0.000 description 1
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 1
- 125000002668 chloroacetyl group Chemical group ClCC(=O)* 0.000 description 1
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 230000000052 comparative effect Effects 0.000 description 1
- 230000009918 complex formation Effects 0.000 description 1
- 230000001143 conditioned effect Effects 0.000 description 1
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 1
- YSMODUONRAFBET-UHFFFAOYSA-N delta-DL-hydroxylysine Natural products NCC(O)CCC(N)C(O)=O YSMODUONRAFBET-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 1
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 1
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002637 deoxyribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 1
- 238000013461 design Methods 0.000 description 1
- 125000004177 diethyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- QONQRTHLHBTMGP-UHFFFAOYSA-N digitoxigenin Natural products CC12CCC(C3(CCC(O)CC3CC3)C)C3C11OC1CC2C1=CC(=O)OC1 QONQRTHLHBTMGP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- SHIBSTMRCDJXLN-KCZCNTNESA-N digoxigenin Chemical compound C1([C@@H]2[C@@]3([C@@](CC2)(O)[C@H]2[C@@H]([C@@]4(C)CC[C@H](O)C[C@H]4CC2)C[C@H]3O)C)=CC(=O)OC1 SHIBSTMRCDJXLN-KCZCNTNESA-N 0.000 description 1
- 239000000539 dimer Substances 0.000 description 1
- 238000006073 displacement reaction Methods 0.000 description 1
- 238000009826 distribution Methods 0.000 description 1
- PMMYEEVYMWASQN-UHFFFAOYSA-N dl-hydroxyproline Natural products OC1C[NH2+]C(C([O-])=O)C1 PMMYEEVYMWASQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- PRAKJMSDJKAYCZ-UHFFFAOYSA-N dodecahydrosqualene Natural products CC(C)CCCC(C)CCCC(C)CCCCC(C)CCCC(C)CCCC(C)C PRAKJMSDJKAYCZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000000839 emulsion Substances 0.000 description 1
- 230000002708 enhancing effect Effects 0.000 description 1
- YSMODUONRAFBET-UHNVWZDZSA-N erythro-5-hydroxy-L-lysine Chemical compound NC[C@H](O)CC[C@H](N)C(O)=O YSMODUONRAFBET-UHNVWZDZSA-N 0.000 description 1
- 150000002148 esters Chemical class 0.000 description 1
- 125000004494 ethyl ester group Chemical group 0.000 description 1
- 210000003527 eukaryotic cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000001747 exhibiting effect Effects 0.000 description 1
- 238000009472 formulation Methods 0.000 description 1
- 230000008014 freezing Effects 0.000 description 1
- 238000007710 freezing Methods 0.000 description 1
- 125000000524 functional group Chemical group 0.000 description 1
- 229920000159 gelatin Polymers 0.000 description 1
- 239000008273 gelatin Substances 0.000 description 1
- 235000019322 gelatine Nutrition 0.000 description 1
- 235000011852 gelatine desserts Nutrition 0.000 description 1
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 1
- 239000003292 glue Substances 0.000 description 1
- 229930195712 glutamate Natural products 0.000 description 1
- 235000013922 glutamic acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000004220 glutamic acid Chemical group 0.000 description 1
- 125000000291 glutamic acid group Chemical group N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)* 0.000 description 1
- 208000006454 hepatitis Diseases 0.000 description 1
- 231100000283 hepatitis Toxicity 0.000 description 1
- 208000002672 hepatitis B Diseases 0.000 description 1
- 208000010710 hepatitis C virus infection Diseases 0.000 description 1
- 230000006801 homologous recombination Effects 0.000 description 1
- 238000002744 homologous recombination Methods 0.000 description 1
- 229920001519 homopolymer Polymers 0.000 description 1
- 210000005260 human cell Anatomy 0.000 description 1
- 210000004408 hybridoma Anatomy 0.000 description 1
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 description 1
- 229960002591 hydroxyproline Drugs 0.000 description 1
- 230000008105 immune reaction Effects 0.000 description 1
- 210000000987 immune system Anatomy 0.000 description 1
- 230000009851 immunogenic response Effects 0.000 description 1
- 102000018358 immunoglobulin Human genes 0.000 description 1
- 229940072221 immunoglobulins Drugs 0.000 description 1
- 239000002955 immunomodulating agent Substances 0.000 description 1
- 230000002584 immunomodulator Effects 0.000 description 1
- 229940121354 immunomodulator Drugs 0.000 description 1
- 238000001114 immunoprecipitation Methods 0.000 description 1
- 230000036046 immunoreaction Effects 0.000 description 1
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 1
- 230000000977 initiatory effect Effects 0.000 description 1
- 238000002347 injection Methods 0.000 description 1
- 239000007924 injection Substances 0.000 description 1
- 229960003786 inosine Drugs 0.000 description 1
- 239000000138 intercalating agent Substances 0.000 description 1
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 1
- 229960000310 isoleucine Drugs 0.000 description 1
- AGPKZVBTJJNPAG-UHFFFAOYSA-N isoleucine Natural products CCC(C)C(N)C(O)=O AGPKZVBTJJNPAG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000000155 isotopic effect Effects 0.000 description 1
- 238000005304 joining Methods 0.000 description 1
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 1
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 1
- 238000007834 ligase chain reaction Methods 0.000 description 1
- 230000000670 limiting effect Effects 0.000 description 1
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 1
- 210000004698 lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 229920002521 macromolecule Polymers 0.000 description 1
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 1
- 210000004779 membrane envelope Anatomy 0.000 description 1
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 1
- 150000002741 methionine derivatives Chemical class 0.000 description 1
- 125000001360 methionine group Chemical group N[C@@H](CCSC)C(=O)* 0.000 description 1
- 125000002496 methyl group Chemical group [H]C([H])([H])* 0.000 description 1
- 239000004005 microsphere Substances 0.000 description 1
- JMUHBNWAORSSBD-WKYWBUFDSA-N mifamurtide Chemical compound CCCCCCCCCCCCCCCC(=O)OC[C@@H](OC(=O)CCCCCCCCCCCCCCC)COP(O)(=O)OCCNC(=O)[C@H](C)NC(=O)CC[C@H](C(N)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](C)O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)OC(O)[C@@H]1NC(C)=O JMUHBNWAORSSBD-WKYWBUFDSA-N 0.000 description 1
- 229960005225 mifamurtide Drugs 0.000 description 1
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 1
- 229940035032 monophosphoryl lipid a Drugs 0.000 description 1
- 229940126619 mouse monoclonal antibody Drugs 0.000 description 1
- 201000000050 myeloid neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 1
- 238000006386 neutralization reaction Methods 0.000 description 1
- 239000002853 nucleic acid probe Substances 0.000 description 1
- 238000002515 oligonucleotide synthesis Methods 0.000 description 1
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 1
- 229960003104 ornithine Drugs 0.000 description 1
- 201000008968 osteosarcoma Diseases 0.000 description 1
- 125000005740 oxycarbonyl group Chemical group [*:1]OC([*:2])=O 0.000 description 1
- 238000010647 peptide synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- 210000005105 peripheral blood lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 239000000575 pesticide Substances 0.000 description 1
- 239000012071 phase Substances 0.000 description 1
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 description 1
- 150000004713 phosphodiesters Chemical class 0.000 description 1
- 239000011574 phosphorus Substances 0.000 description 1
- 230000026731 phosphorylation Effects 0.000 description 1
- 238000006366 phosphorylation reaction Methods 0.000 description 1
- 238000002862 phylogeny inference package Methods 0.000 description 1
- 229920000747 poly(lactic acid) Polymers 0.000 description 1
- 239000004633 polyglycolic acid Substances 0.000 description 1
- 239000004626 polylactic acid Substances 0.000 description 1
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 1
- 235000010482 polyoxyethylene sorbitan monooleate Nutrition 0.000 description 1
- 229920000053 polysorbate 80 Polymers 0.000 description 1
- 239000004800 polyvinyl chloride Substances 0.000 description 1
- 229920000915 polyvinyl chloride Polymers 0.000 description 1
- 229920002981 polyvinylidene fluoride Polymers 0.000 description 1
- 239000013641 positive control Substances 0.000 description 1
- 230000004481 post-translational protein modification Effects 0.000 description 1
- 230000003449 preventive effect Effects 0.000 description 1
- 229940021993 prophylactic vaccine Drugs 0.000 description 1
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 1
- 230000003252 repetitive effect Effects 0.000 description 1
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 1
- 230000004043 responsiveness Effects 0.000 description 1
- 239000002336 ribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002652 ribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 230000028327 secretion Effects 0.000 description 1
- 230000011218 segmentation Effects 0.000 description 1
- 230000000405 serological effect Effects 0.000 description 1
- 238000011895 specific detection Methods 0.000 description 1
- 210000000952 spleen Anatomy 0.000 description 1
- 230000002269 spontaneous effect Effects 0.000 description 1
- 229940031439 squalene Drugs 0.000 description 1
- TUHBEKDERLKLEC-UHFFFAOYSA-N squalene Natural products CC(=CCCC(=CCCC(=CCCC=C(/C)CCC=C(/C)CC=C(C)C)C)C)C TUHBEKDERLKLEC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000000829 suppository Substances 0.000 description 1
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 1
- 125000000999 tert-butyl group Chemical group [H]C([H])([H])C(*)(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K thiophosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=S RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 1
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 1
- 241000701161 unidentified adenovirus Species 0.000 description 1
- 241000701366 unidentified nuclear polyhedrosis viruses Species 0.000 description 1
- 238000002255 vaccination Methods 0.000 description 1
- 239000004474 valine Chemical group 0.000 description 1
- 210000003501 vero cell Anatomy 0.000 description 1
- 125000000391 vinyl group Chemical group [H]C([*])=C([H])[H] 0.000 description 1
- 210000002845 virion Anatomy 0.000 description 1
- 210000005253 yeast cell Anatomy 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/005—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from viruses
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P1/00—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system
- A61P1/16—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system for liver or gallbladder disorders, e.g. hepatoprotective agents, cholagogues, litholytics
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
- A61P31/12—Antivirals
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
- A61P31/12—Antivirals
- A61P31/14—Antivirals for RNA viruses
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
- A61P37/02—Immunomodulators
- A61P37/04—Immunostimulants
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K2039/51—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising whole cells, viruses or DNA/RNA
- A61K2039/525—Virus
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2770/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssRNA viruses positive-sense
- C12N2770/00011—Details
- C12N2770/24011—Flaviviridae
- C12N2770/24211—Hepacivirus, e.g. hepatitis C virus, hepatitis G virus
- C12N2770/24222—New viral proteins or individual genes, new structural or functional aspects of known viral proteins or genes
Abstract
(57)【要約】
本発明は、新規ゲノムヌクレオチド配列およびこれらのゲノムの暗号領域に対応するアミノ酸配列に関する。本発明は、既知のHCVタイプおよびサブタイプ配列とは異なる新規HCVタイプおよびサブタイプ配列に関する。さらに詳しくは、本発明は、新規HCVタイプ7配列、新規HCVタイプ9配列、新規HCVタイプ10および新規HCVタイプ11配列に関する。また、本発明は、サブタイプ1d、1e、1fおよび1gの新規HCVタイプ1配列;サブタイプ2e、2f、2g、2h、2i、2kおよび2lの新規HCVタイプ2配列;サブタイプ3gの新規HCVタイプ3配列;サブタイプ4k、4lおよび4mの新規HCVタイプ4配列;それらの製造方法、および診断、予防および治療のためのそれらの使用に関する。さらに詳しくは、本発明は、新規HCVタイプ7、9、10および11ならびにHCVタイプ1、2、3および4の新規変異体(サブタイプ)のコア領域、E1領域およびNS5領域の新規タイプ特異的配列を提供するものである。これらの新規HCV配列は、生物学的試料中のHCVタイプ1、および/またはタイプ2、および/またはタイプ3、および/またはタイプ4、および/またはタイプ7、および/またはタイプ9、および/またはタイプ10、および/またはタイプ11遺伝子型または血清型の存在を診断するのに有用である。さらにまた、これらの新規タイプ特異的配列の利用能は、HCV検出の全体的な感度を高めることができ、予防および治療目的のために有用であることも証明する。
Description
【発明の詳細な説明】
C型肝炎ウイルス遺伝子型の新規配列、ならびにそれらの予防薬、治療薬およ
び診断薬としての使用
本発明は、C型肝炎ウイルス(HCV)遺伝子型の新規配列、ならびにそれら
の予防薬、治療薬および診断薬としての使用に関する。
本発明は、新規ゲノムヌクレオチド配列およびこれらのゲノムの暗号領域に対
応するアミノ酸配列に関する。本発明は、既知のHCVタイプおよびサブタイプ
配列と異なる新規HCVタイプおよびサブタイプ配列に関する。さらに詳しくは
、本発明は、新規HCVタイプ7配列、新規HCVタイプ9配列、新規HCVタ
イプ10および新規HCVタイプ11配列に関する。さらに、本発明は、サブタ
イプ1d、1e、1fおよび1gの新規HCVタイプ1配列;サブタイプ2e、
2f、2g、2h、2i、2kおよび2lの新規HCVタイプ2配列;サブタイ
プ3gの新規HCVタイプ3配列;サブタイプ4k、4lおよび4mの新規HC
Vタイプ4配列;それらの調製方法、ならびに診断、予防および治療のためのそ
れらの使用に関する。
本発明の根本的な技術的課題は、現在知られていないHCVタイプおよび/ま
たはサブタイプからの新規HCV配列を提供することである。さらに詳しくは、
本発明は、新規HCVタイプ7、9、10および11の、ならびにHCVタイプ
1、2、3および4の新規変異株(サブタイプ)の、コア領域、E1領域および
NS5領域の新規タイプ特異的配列を提供するものである。これらの新規HCV
配列は、生物学的試料中のHCVタイプ1、および/またはタイプ2、および/
またはタイプ3、および/またはタイプ4、および/またはタイプ7、および/
またはタイプ9、および/またはタイプ10、および/またはタイプ11遺伝子
型または血清型の存在を診断するのに有用である。さらにまた、これらの新規タ
イプ特異的配列の利用能は、HCV検出の全体的な感度を高めることができ、予
防目的および治療目的のために有用であることも証明する。
C型肝炎ウイルス(HCV)は、非A・非B型肝炎の主な原因であることが判
明した。いくつかの始原型単離体の完全なゲノムを包含するcDNAクローンの
配列が決定された(Kato et al.,1990; Choo et al.,1991; Okamoto et al.,
1991; Okamoto et al.,1992)。これらの単離体の比較により、ヌクレオチド配
列における変異性を用いて、約68%の平均ホモロジーを有する少なくとも2種
類の遺伝子型、タイプ1(HCV−1およびHCV−J)およびタイプ2(HC
−J6およびHC−J8)を識別できることが判明する。各タイプ内には、約7
9%の平均ホモロジーを有する少なくとも2つのサブタイプ(例えば、HCV−
1およびHCV−Jによって表される)が存在する。同一サブタイプに属するH
CVゲノムは、90%を超える平均ホモロジーを示す(Okamoto et al.,1992)
。しかしながら、HCV−T単離体のNS5領域の部分ヌクレオチド配列は、従
前に公表されている配列と多くて67%のホモロジーを示し、なおも別のHCV
タイプの存在を示した(Mori et al.,1992)。このタイプ3の5'未翻訳領域(
UR)、コア領域、NS3領域およびNS5領域の一部は、公表されており、さ
らに、3つの主な遺伝子型とそれらのサブタイプとの間の類似した進化の距離を
確立した(Chan et al.,1992)。続いて、タイプ4が発見された(Stuyver et al.
,1993b; Simmonds et al.,1993a; Bukh et al.,1993; Stuyver et al.,1994
a)。同様にタイプ5(Stuyver et al.,1993b; Simmonds et al.,1993c; Bukh
et al.,1993; Stuyver et al.,1994b)およびタイプ6(Bukh et al.,1993;
Simmonds et al.,1993c)HCVグループも発見された。HCV遺伝子型に関す
る当該技術の現状の概観を第3表に示す。本発明者らによって提案された命名シ
ステムは、現在、世界中の科学者によって受け入れられている(Simmonds et al
.,1994)。
本発明の目的は、HCV感染の検出を可能にする新規HCVヌクレオチドおよ
びアミノ酸配列を提供することである。
本発明の別の目的は、感染した生物学的液体の異なる血清学上のグループへの
分類を可能にする新規ヌクレオチドおよびアミノ酸HCV配列を提供することで
ある。
本発明の別の目的は、全HCV検出速度を改良する新規ヌクレオチドおよびア
ミノ酸HCV配列を提供することである。
本発明の別の目的は、HCV予防用または治療用ワクチン組成物の設計に有用
な新規HCV配列を提供することである。
本発明の別の目的は、これらの新規HCV配列によってコードされるポリペプ
チドに対して生じる抗体からなる治療用または診断用医薬組成物を提供すること
である。
本発明の全ての目的は、本発明の以下の具体例により達成される。
本発明は、さらに詳しくは、位置7932〜8271(アミノ酸のナンバリン
グは、第1表に示されている)にわたるNS5遺伝子ヌクレオチド配列の一部の
比較によって第3表に示すとおり分類されるHCVサブタイプ1a、1b、1c
、2a、2b、2c、2d、3a、3b、3c、3d、3e、3f、4a、4b
、4c、4d、4e、4f、4g、4h、4i、4j、5aまたは6aとは異な
るこれまでに未確認のHCVタイプまたはサブタイプに固有であるヌクレオチド
配列を有すること、および該既知のHCVヌクレオチド配列と異なる少なくとも
1つのヌクレオチドを含有することを特徴とするHCVポリ核酸、またはその相
補体(complement)に関する。公知のHCV単離体の配列は、当該技術分野で知
られているヌクレオチド配列データベース(例えば、EMBLデータベースなど
)において見いだすことができる。
したがって、本発明は、前記において定義されたと同様に分類されるHCVサ
ブタイプ1d、1e、1f、1g、2e、2f、2g、2h、2i、2k、2l
、3g、4k、4l、4m、7a、7cまたは7dのうち少なくとも1つに固有
であるヌクレオチド配列を有するポリ核酸に関する。
したがって、本発明は、前記において定義されたと同様に分類されるHCVタ
イプ9、10または11のうち少なくとも1つに固有であるヌクレオチド配列を
有するポリ核酸にも関する。
本発明のポリ核酸におけるヌクレオチド差異は、該ポリ核酸によってコードさ
れる対応するアミノ酸配列におけるアミノ酸差異を含むことに注意すべきである
。
本発明の組成物は、ポリ核酸配列のみ、または診断、予防もしくは治療の分野に
おいて知られている賦形剤と混合したポリ核酸配列を含有する。
好ましい具体例によると、本発明は、アミノ酸配列において以下のアミノ酸残
基のうち少なくとも1つを含有してなるHCVポリタンパクをコードするポリ核
酸、または第5表に示されているHCVサブタイプまたはタイプのうち少なくと
も1つに固有であり、かつ、既知のHCVヌクレオチド配列と異なる少なくとも
1つのヌクレオチドを含有する該ポリ核酸の一部、またはその相補体に関する:
I15、C38、V44、A49、Q43、P49、Q55、A58、S60ま
たはD60、E68またはV68、H70、A71またはQ71またはN71、
D72、H81、H101、D106、S110、L130、I134、E13
5、L140、S148、T150またはE150、Q153、F155、D1
57、G160、E165、I169、F181、L186、T190、T19
2またはI192またはH192、I193、A195、S196、R197ま
たはN197またはK197、Q199またはD199またはH199またはN
199、F200またはT200、A208、I213、M216またはS21
6、N217またはS217またはG217またはK217、T218、I21
9、A222、Y223、I230、W2311またはL231、S232また
はH232またはA232、Q233、E235またはL235、F236また
はT236、F237、L240またはM240、A242、N244、N24
9、I250またはK250またはR250、A252またはC252、A25
4、I255またはV255、D256またはM256、E257、E260ま
たはK260、R261、V268、S272またはR272、I285、G2
90またはF290、A291、A293またはL293またはW293、T2
94またはA294、S295またはH295、K296またはE296、Y2
97またはM297、I299またはY299、I300、S301、P316
、S2646、A2648、G2649、A2650、V2652、Q2653
、H2656またはL2656、D2657、F2659、K2663またはQ
2663、A2667またはV1667、D2677、L2681、M2686
ま
たはQ2686またはE2686、A2692またはK2692、H2697、
I2707、L2708またはY2708、A2709、A2719またはM2
719、F2727、T2728またはD2728、E2729、F2730ま
たはY2730、I2741、I2745、V2746またはE2746または
L2746またはK2746、A2748、S2749またはP2749、R2
750、E2751、D2752またはN2752またはS2752またはT2
752またはV2752またはI2752またはQ2752、S2753または
D2753またはG2753、D2754、A2755、L2756またはQ2
756、R2757(ここで、表記法は、アミノ酸残基をその1文字コードによ
って表す文字、および第1表に示すKato et al.,(1980)によるアミノ酸ナンバ
リングを表す番号からなる)。
前記残基の各々は、コア/E1領域について、HCVの別のタイプまたはサブ
タイプの既知の配列と並べた本発明の新規アミノ酸配列を示す第2図、第4図ま
たは第6図において見ることができる。
もう1つの好ましい具体例によると、本発明は、アミノ酸配列において以下の
リストから選択される少なくとも1つのアミノ酸配列を含有してなるHCVポリ
タンパクをコードするポリ核酸、または第5表に示されているHCVサブタイプ
またはタイプのうち少なくとも1つに固有であり、かつ、既知のHCVヌクレオ
チド配列と異なる少なくとも1つのヌクレオチドを含有する該ポリ核酸の一部、
またはその相補体に関する:
サブタイプ1dに関してはARQSDGRSWAQまたはARRSEGRSW
AQ (配列番号107および108)
サブタイプ1eに関してはERRPEGRSWAQ (配列番号109)
サブタイプ1fに関してはARRPEGRSWAQ (配列番号110)
サブタイプ2kに関してはDRRTTGKSWGR (配列番号111)
サブタイプ2eに関してはDRRATGRSWGR (配列番号112)
サブタイプ2fに関してはDRRATGKSWGR (配列番号113)
タイプ9に関してはVRQPTGRSWGQ (配列番号114)
サブタイプ7aおよび7cに関してはVRHQTGRTWAQ
(配列番号115)
サブタイプ7dに関してはVRQNQGRTWAQ (配列番号116)
タイプ10に関してはARRTEGRSWAQ (配列番号117)
タイプ11に関してはVRRTTGRXXXXまたは
VRRTTGRTWAQ (配列番号118および119)
サブタイプ1dに関してはHEVRNASGVYHVまたは
HEVRNASGVYHL (配列番号120および121)
サブタイプ1fに関してはYEVHSTTDGYHV (配列番号122)
サブタイプ2eに関してはVEVKNTSQAYMA (配列番号123)
サブタイプ2fに関してはIQVKNNSHFYMA (配列番号124)
サブタイプ2gに関してはVQVKNTSTMYMA (配列番号125)
サブタイプ2hに関してはVQVKNTSHSYMV (配列番号126)
サブタイプ2iに関してはVQVANRSGSYMV (配列番号127)
サブタイプ2kに関してはVEIKNTXNTYVLまたは
VEIKNTSNTYVL (配列番号128および129)
サブタイプ4kに関してはINYRNVSGIYYVまたは
INYRNTSGIYHVまたはINYHNTSGIYHI
またはTNYRNVSGIYHV
(配列番号130、131、132または133)
サブタイプ41に関してはQHYRNVSGIYHV (配列番号134)
タイプ9に関してはIQVKNASGIYHL (配列番号135)
サブタイプ7cに関してはAHYTNKSGLYHL (配列番号136)
サブタイプ7dに関してはLNYANKSGLYHL (配列番号137)
タイプ10に関してはLEYRNASGLYMV (配列番号138)
サブタイプ1dに関してはIYEMDGMIMHYまたは
IYEMSGMILHA (配列番号139および140)
サブタイプ1fに関してはVYEAKDIILHT (配列番号141)
サブタイプ2eに関してはVWQLXDAVLHV (配列番号142)
サブタイプ2fに関してはVWQLRDAVLHV (配列番号143)
サブタイプ2gに関してはIWQMQGAVLHV (配列番号144)
サブタイプ2hに関してはVWQLKDAVLHV (配列番号145)
サブタイプ2iに関してはVWQLEEAVLHV (配列番号146)
サブタイプ2kに関してはTWQLXXAVLHV (配列番号147)
サブタイプ4kに関してはVYEADHHILHLまたは
VYEADHHILALまたはVFEADHHILHL
(配列番号148、149および150)
サブタイプ41に関してはVYESDHHILHL (配列番号151)
タイプ9に関してはVFEAETMILHL (配列番号152)
サブタイプ7cに関してはVYEAETLILHL (配列番号153)
サブタイプ7dに関してはVYEANGMILHL (配列番号154)
タイプ10に関してはVYEAGDIILHL (配列番号155)
サブタイプ1dに関してはVREDNHLRCWMAL
またはVRENNSSRCWMAL (配列番号156および157)
サブタイプ1fに関してはIREGNISRCWVPL(配列番号158)
サブタイプ2eに関してはENSSGRFHCWIPI(配列番号159)
サブタイプ2fに関してはERSGNRTFCWTAV(配列番号160)
サブタイプ2gに関してはELQGNKSRCWIPV(配列番号162)
サブタイプ2hに関してはERHQNQSRCWIPV(配列番号163)
サブタイプ2iに関してはEWKDNTSRCWIPV(配列番号164)
サブタイプ2kに関してはEREGNSSRCWIPV(配列番号165)
サブタイプ4kに関してはVREGNQSRCWVALまたは
VRTGNQSRCWVALまたはVRVGNQSSCWVAL
またはVRVGNQSRCWVALまたはVKEGNHSRCWVAL
(配列番号166、167、168または169)
サブタイプ41に関してはVKTGNTSRCWVAL(配列番号170)
タイプ9に関してはIKAGNESRCWLPV (配列番号171)
サブタイプ7cに関してはVKEGNQSRCWVQA(配列番号172)
サブタイプ7dに関してはVKXXNLTKCWLSA(配列番号173)
タイプ10に関してはVRSGNTSRCWIPV (配列番号174)
サブタイプ1dに関してはVKNASVPTAAまたは
VKDANVPTAA (配列番号175および176)
サブタイプ1fに関してはARIANAPIDE (配列番号177)
サブタイプ2eに関してはVSKPGALTKG (配列番号178)
サブタイプ2fに関してはVSRPGALTRG (配列番号179)
サフタイプ2gに関してはVNQPGALTRG (配列番号180)
サフタイプ2hに関してはVSQPGALTRG (配列番号181)
サブタイプ2iに関してはVSQPGALTKG (配列番号182)
サブタイプ2kに関してはVSRPGALTEG (配列番号183)
サブタイプ4kに関してはAPYIGAPLESまたは
APYTAAPLES (配列番号184および185)
サブタイプ41に関してはAPILSAPLMS (配列番号186)
タイプ9に関してはVPNSSVPIHG (配列番号187)
サブタイプ7cに関してはVPNASTPVTG (配列番号188)
サブタイプ7dに関してはVQNASVSIRG (配列番号189)
タイプ10に関してはVKSPCAATAS (配列番号190)
サブタイプ1dに関してはSPRMHHTTQEまたは
SPRLYHTTQE (配列番号191および192)
サブタイプ1fに関してはTSRRHWTVQD (配列番号193)
サブタイプ2eに関してはAPKRHYFVQE (配列番号194)
サブタイプ2fに関してはSPQYHTFVQE (配列番号195)
サブタイプ2gに関してはSPQHHNFSQD (配列番号196)
サブタイプ2hに関してはSPQHHIFVQD (配列番号197)
サブタイプ2kに関してはSPEHHHFVQD (配列番号198)
サブタイプ4kに関してはRPRRHWTTQDまたは
RPRRHWTAQDまたはQPRRHWTTQDまたは
RPRRHWTTQE (配列番号199、200、201または202)
サブタイプ41に関してはQPRRHWTVQD (配列番号203)
タイプ9に関してはRPKYHQVTQD (配列番号204)
サブタイプ7cに関してはRPRMHQVVQE (配列番号205)
サブタイプ7dに関してはRPRMYEIAQD (配列番号206)
タイプ10に関してはRHRQHWTVQD (配列番号207)。
5'非コード化LiPA系(Stuyver et al.,1993)およびコア領域から誘導さ
れたサブタイプ1a、1b、1c、2a、2bまたは2cに対する複数のプロー
ブを含む新規コアLiPA系(Stuyver et al.,1995)を用いて、ベネルクス、カ
メルーン、フランスおよびベトナムからの試料を、それらの異常反応性のために
選択した(単離体CAM1078、FR2、FR1、VN4、VN12、VN1
3、NE98)。いくつかの試料を、多くの他の試料と一緒に、分類するための
対照体として配列決定した。しかしながら、配列決定の結果は、新規サブタイプ
(単離体BNL1、BNL2、BNL3、FR4、BNL4、BNL5、BNL
6、BNL7、BNL8、BNL9、BNL10、BNL11およびBNL12
)の発見を示した。本発明のフレームにおいて、以前に報告されたことがないコ
アおよびE1領域におけるヌクレオチド配列を分析した。サブタイプ1d、1e
、1f、1g、2e、2f、2g、2h、2i、2k、2l、3g、4k、4l
、4m、7a、7c、7dならびにタイプ9、10および11単離体のゲノム配
列は、本発明において初めて報告される。NS5B領域も分析した。
「ポリ核酸」なる用語は、完全ヌクレオチド配列と共通の少なくとも5つの隣
接するヌクレオチドを含有する一本鎖または二本鎖核酸配列を意味する(例えば
、少なくとも6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、1
7、18、19、20、21、22、23、24、25、30、35、40、4
5、50、60、75またはそれ以上の隣接するヌクレオチド)。約100ヌク
レオチドまでの長さのポリ核酸は、しばしば、オリゴヌクレオチドとも称される
。ポ
リ核酸は、デオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチド、ヌクレオチド類
似体または修飾ヌクレオチドからなるか、あるいは、治療目的に適応させられる
。ポリ核酸は、また、クローニングのために、またはin vivo治療もしくは予防
のために用いることができる二本鎖cDNAクローンからなってもよい。
プライマーまたはプローブとして用いられる本発明のオリゴヌクレオチドは、
チオリン酸化物(Matsukura et al.,1987)、アルキルリン酸化物(Miller et
al.,1979)またはペプチド核酸(Nielsen et al.,1991; Nielsen et al.,199
3)などのヌクレオチド類似体を含有するかまたは該ヌクレオチド類似体からな
るか、あるいは、挿入剤(Asseline et al.,1984)を含有してもよい。
本発明の最初のDNA中に導入されたほとんどの他の変異または修飾の場合、
これらの変異は、所望の特異性および感受性を得るために該オリゴヌクレオチド
を用いる条件に関する適応を必要とするであろう。しかしながら、実際の結果は
、実質的には、非修飾オリゴヌクレオチドを用いて得られたものと同一であろう
。
これらの修飾の導入は、ハイブリダイゼーション速度、ハイブリッド−形成の
可逆性、オリゴヌクレオチド分子の生物学的安定性などの特徴に明確に影響を及
ぼすために好都合である。
本発明のポリ核酸は、ある種の組成物に含まれる。該組成物は、診断用、治療
用または予防用であってよい。
「HCVタイプまたはサブタイプに固有である配列」なる表現は、HCVの他
のタイプまたはサブタイプによって共有されていない配列を意味し、したがって
、これを用いて、HCVタイプまたはサブタイプを固有に検出することができる
。本発明では、新しく見いだされたHCVタイプおよびサブタイプ(第5表を参
照)と既知のHCVタイプおよびサブタイプ(第3表を参照)との間で配列変異
性が示され、したがって、特に、配列変異性を有するこれらの領域から、タイプ
特異的またはサブタイプ特異的ポリ核酸、オリゴヌクレオチド、ポリペプチドお
よびペプチドが得られる。「タイプ特異的またはサブタイプ特異的」なる用語は
、配列が、含まれるHCVタイプまたはサブタイプに固有であるということを意
味する。
「〜に対応するヌクレオチド」なる表現は、特異的HCV配列内の所定のヌク
レオチド配列または領域と相同または相補的であるヌクレオチドを意味する。
「暗号領域」なる用語は、HCVポリタンパクをコードするHCVゲノムの領
域に相当する。実際、5'未翻訳領域および3'未翻訳領域を除いては完全ゲノム
からなる。
「HCVポリタンパク」なる用語は、HCV−J単離体(Kato et al.,1990
)のHCVポリタンパクを意味する。330位のアデニン残基(Kato et al.,1
990)は、HCV−Jおよび他のタイプ1b単離体における3010個のアミノ
酸、およびHCV−1および他のタイプ1a単離体における3011個のアミノ
酸、およびタイプ2単離体HC−J6およびHC−J8(Okamoto et al.,1992
)における3033個のアミノ酸からなる長いHCVポリタンパクを開始するA
TGコドンの第1残基である。
本発明では、このアデニンは、核酸レベルで1位と記され、このメチオニンは
、アミノ酸レベルで1位と記される。タイプ1a単離体は、NS5A領域におい
て1個の余分なアミノ酸を含有するので、タイプ1aおよび1bの暗号配列は、
コア領域、E1領域、NS3領域およびNS4領域において同一のナンバリング
を有するが、第1表に示すようにNS5Bにおいては異なるであろう。タイプ2
単離体は、タイプ1単離体と比較してE2領域において4個の余分なアミノ酸を
有し、NS5領域において17個または18個の余分なアミノ酸を有し、第1表
に示すようにNS3/4領域およびNS5b領域においてタイプ1単離体とはナ
ンバリングが異なるであろう。タイプ1と比較して同様の挿入がタイプ3a配列
において観察されることができ、したがって、該挿入は、タイプ3aアミノ酸の
ナンバリングに影響を及ぼす。既知のHCV配列と並べると、タイプ1、2、3
、4、5、6、7、8、9、10および11配列において、他の挿入または欠失
を容易に観察することができる。
「遺伝子型」なる用語は、本発明で用いる場合、タイプおよび/またはサブタ
イプの両方を示す。
「HCVタイプ」なる用語は、グループの他の単離体のポリタンパクに対して
、完全ゲノムが核酸レベルで73%を超える、好ましくは74%を超えるホモロ
ジーを示すか、または、ヌクレオチド位置7932〜8271間のNS5領域が
核酸レベルで75.4%を超えるホモロジーを示すか、または、完全HCVポリ
タンパクがアミノ酸レベルで78%を超えるホモロジーを示すか、または、アミ
ノ酸位置2645〜2757間のNS5領域がアミノ酸レベルで80%を超える
ホ
モロジーを示すHCV単離体のグループに対応する(ここで、該ナンバリングは
、HCV−J単離体(Kato et al.,1990)の長いHCVポリタンパクの最初の
ATGコドンまたは最初のメチオニンで始まる)。HCVの異なるタイプに属す
る単離体は、完全ゲノムに関して、核酸レベルで74%未満、好ましくは73%
未満、アミノ酸レベルで78%未満のホモロジーを示す。同一タイプに属する単
離体は、通常、同一サブタイプに属する場合、核酸レベルで約90〜99%、ア
ミノ酸レベルで95〜96%のホモロジーを示し、同一タイプに属するが異なる
サブタイプに属する単離体は、好ましくは、核酸レベルで約76%〜82%(さ
らに詳しくは、約77%〜80%)、アミノ酸レベルで85〜86%のホモロジ
ーを示す。さらに好ましくは、HCVタイプの定義は、以下に詳述するように、
算出されたヌクレオチド距離に従ってHCV単離体の分類により推断される:
(1)ヌクレオチド7935〜8274間(Choo et al.,1991)または82
61〜8600間(Kato et al.,1990)または8342〜8681間(Okamoto
et al.,1991)のNS5B領域における核酸配列の系統発生的分析に基づいて
、同一HCVタイプに属する単離体は、0.34未満、一般的には0.33未満、
さらに一般的には0.32未満のヌクレオチド距離を示し、同一サブタイプに属
する単離体は、0.135未満、一般的には0.13未満、さらに一般的には0.
125未満、一般的には0.0003〜0.1151の範囲のヌクレオチド距離を
示し、その結果、同一タイプに属するが異なるサブタイプに属する単離体は、0
.135〜0.34の範囲、一般的には0.1384〜0.2977の範囲、さらに
一般的には0.15〜0.32の範囲のヌクレオチド距離を示し、異なるHCVタ
イプに属する単離体は、0.34より大きい、一般的には0.35より大きい、さ
らに一般的には0.358より大きい、さらに一般的には0.3581〜0.66
70の範囲のヌクレオチド距離を示す。
(2)ヌクレオチド378〜957間のコア/E1領域における核酸配列の系
統発生的分析に基づいて、同一HCVタイプに属する単離体は、0.38未満、
一般的には0.37未満、さらに一般的には0.364未満のヌクレオチド距離を
示し、同一サブタイプに属する単離体は、0.17未満、一般的には0.16未満
、
さらに一般的には0.15未満、さらに一般的には0.135未満、さらに一般的
には0.134未満のヌクレオチド距離を示し、その結果、同一タイプに属する
が異なるサブタイプに属する単離体は、0.15〜0.38の範囲、一般的には0
.16〜0.37の範囲、さらに0.17〜0.36の範囲、さらに一般的には0.
133〜0.379の範囲のヌクレオチド距離を示し、異なるHCVタイプに属
する単離体は、0.34、0.35、0.36より大きい、一般的には0.365よ
り大きい、さらに一般的には0.37より大きいヌクレオチド距離を示す。
入手可能な配列の比較系統発生的分析において、ゲノムの種々の領域について
の分子進化距離の範囲を、系統発生推論パッケージPHYLIPバージョン3.
5cのDNADISTプログラム(Felsenstein,1993)による19,781ペア
ワイズ比較に基づいて算出した。結果は、第2表に示されており、各領域におい
て得られた距離の大部分がある種の単離体の分類に適合しているが、340bp
NS5B領域において得られた範囲のみが重複せず、したがって決定的であるこ
とを示す。しかしながら、本発明で行われたように、所定の単離体の最終分類前
に少なくとも2つの領域から配列情報を得るのが好ましい。
HCVの種々のタイプへの番号の付与およびHCV命名は、種々のタイプの発
見年代順に基づいている。本発明において用いられるナンバリングシステムは、
国際的な協定またはガイドラインによって変動するかもしれない。例えば、「タ
イプ4」が「タイプ5」または「タイプ6」に変わるかもしれない。タイプおよ
びサブタイプおよび単離体の間の任意に選択された境界距離もまた、国際的なガ
イドラインまたは協定によって変わる対象である。したがって、タイプ7a、8
a、8b、9aは、例えば、将来、6b、6c、6dおよび6dと称されるかも
しれない;遺伝子型3との関係を示すタイプ10aは、10aの代わりに3gと
記されるかもしれない。
「サブタイプ」なる用語は、同一グループの他の単離体のゲノムの対応する部
分に対して、完全ポリタンパクが核酸およびアミノ酸レベルで共に90%より大
きなホモロジーを示すか、またはヌクレオチド位置7932〜8271間のNS
5領域が核酸レベルで90%より大きなホモロジーを示すHCV単離体のグルー
プに対応する(ここで、ナンバリングは、HCVポリタンパクの開始コドンのア
デニン残基で始まる)。HCVの同一タイプに属するが異なるサブタイプに属す
る単離体は、核酸レベルで74%より大きく、アミノ酸レベルで78%より大き
なホモロジーを示す。
E1領域、E2領域およびNS4領域などの非常に変化し得る領域がポリタン
パクの完全ゲノムの平均ホモロジーよりも低いホモロジーを示すことが分かる。
これらの基準を用いて、HCV単離体を少なくとも11種類のタイプに分類す
ることができる。タイプ1、2、3、4および7において、いくつかのサブタイ
プを明確に識別できる;5'UR領域および暗号領域のホモロジーに基づいて1
a、1b、1c、1d、1e、1f、1g、2a、2b、2c、2d、2e、2
f、2g、2h、2i、2k、2l、3a、3b、3c、3d、3f、3g、4
a、4b、4c、4d、4e、4f、4g、4h、4i、4j、4k、4l、4
m、7a、7cおよび7d。報告された単離体および本発明の分類システムによ
るそれらの提案された分類ならびに他の提案された分類のほとんどの概観を第3
表に示す。
「相補体(complement)」なる用語は、所定の配列と相補的であり、かつ、所
定の配列にハイブリダイズすることができるヌクレオチド配列を表す。
本発明の組成物は、多くの組合せからなり得る。例えば、本発明の組成物は、
同一領域からの2つ(またはそれ以上)の核酸または、
同一単離体についてまたは異なる単離体について、各々異なる領域からの2つ
(またはそれ以上)の核酸、
または同一領域および少なくとも2つの異なる領域からの核酸(同一単離体に
ついてまたは異なる単離体について)
からなり得る。
本発明は、特に、配列番号1、3、5、7、9、11、13、15、17、1
9、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、4
3、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、6
7、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、9
1、93、95、97、99、101、103〜105から選択された配列を有
する前記定義のポリ核酸、または、第5表に示しているHCVサブタイプまたは
タイプに固有であり、かつ、既知のHCVポリ核酸と異なる少なくとも1つのヌ
クレオチドを含有する該ポリ核酸の一部、またはその相補体に関する。
さらに詳しくは、本発明は、5'UR領域、コア/E1領域、NS4領域また
はNS5B領域をコードする前記定義のポリ核酸またはその一部に関する。
さらに詳しくは、本発明は、cDNA配列である前記定義のポリ核酸に関する
。
主にオリゴヌクレオチドの末端(3'または5'のいずれか)での1以上のヌク
レオチドの欠失および/または挿入、特に、1以上のコドンの挿入または欠失、
またはいくつかの可欠ヌクレオチド(すなわち、HCVの異なる遺伝子型間で識
別するのに不可欠ではないヌクレオチド)の他のヌクレオチド(修飾ヌクレオチ
ドおよび/またはイノシンを含む)による置換(例えば、タイプ1または2配列
は、例えば図1および2に示されるようにタイプ1または2配列のいくつかのヌ
クレオチドをタイプ7のタイプ特異的ヌクレオチドと置換することによってタイ
プ7配列に修飾される)を含有する、前記配列番号で与えられるヌクレオチド配
列から選択されるポリ核酸の配列変異体も本発明の範囲内に含まれる。
本発明の特に好ましい変異体ポリ核酸としては、ストリンジェントな条件下、
本発明のポリ核酸配列とハイブリダイズする配列が挙げられる。特に、前記のよ
うな本発明のポリ核酸と高いホモロジー(類似性)を示す配列、特に、本発明の
ポリ核酸配列と少なくとも80%、85%、90%、95%またはそれ以上相同
である配列が挙げられる。好ましくは、該配列は、ポリ核酸配列の初期ヌクレオ
チドの20%未満、15%未満、10%未満または5%未満の変異を有するであ
ろう。
配列番号によって示される配列と相同である本発明のポリ核酸配列は、配列特
異的プライマーによる増幅、多少ストリンジェントな条件下での配列特異的プロ
ーブとのハイブリダイゼーション、血清スクリーニング方法またはLiPA分類
システムを介してなどの当該技術分野で知られている技術に従って特徴付けられ
、単離することができる。
本発明の他の好ましい変異体ポリ核酸としては、本発明の前記ポリ核酸と比較
して遺伝子コードの縮重の結果として余分である配列が挙げられる。したがって
、これらの変異体ポリ核酸配列は、それらが誘導されるポリ核酸と同一のアミノ
酸配列をコードするであろう。
本明細書に記載のタイプ1サブタイプ1d、1e、1fまたは1g単離体;タ
イプ2サブタイプ2e、2f、2g、2h、2i、2kまたは2l単離体;タイ
プ3サブタイプ3g単離体;タイプ4サブタイプ4k、4lまたは4m単離体;
タイプ7サブタイプ7a、7cまたは7d単離体;タイプ9、タイプ10または
タイプ11単離体から容易に得ることができる5'非暗号領域配列も本発明の範
囲内に含まれる。かかる配列は、Stuyver et al.(1993)によって開示されてい
るようなタイプ特異的および/またはサブタイプ特異的ハイブリダイゼーション
アッセイのために用いることができるタイプ特異的またはサブタイプ特異的モチ
ーフを含有してよい。
本実施例、図面および配列リストに記載されていない領域からの前記ゲノムの
ポリ核酸配列は、本発明の図1に示されるこれらの新規ゲノムの配列から適切な
プライマーを用いる増幅技術などの当該技術分野で知られている技術のいずれに
よっても得ることができる。
本発明は、前記定義のポリ核酸の一部からなるオリゴヌクレオチドプライマー
であって、該プライマーが誘導される遺伝子型に属するあるHCV単離体の核酸
を特異的に増幅させるためのプライマーとして機能することができるオリゴヌク
レオチドプライマーにも関する。
「プライマー」なる用語は、コピーしようとする核酸鎖と相補的であるプライ
マー伸長産生物の合成のための開始点として作用する能力を有する一本鎖DNA
オリゴヌクレオチド配列を意味する。該プライマーの長さおよび配列は、該伸長
産生物の合成をプライムさせるようなものでなければならない。好ましくは、該
プライマーは、約5〜50ヌクレオチドである。特異的な長さおよび配列は、必
要とされるDNAまたはRNA標的の複雑さならびに温度およびイオン強度など
のプライマーの使用条件に依存するであろう。
増幅プライマーが適正な増幅を保証するために対応する鋳型配列と正確に適合
しなくてよいということは、文献(Kwok et al.,1990)に詳細に開示されてい
る。
用いられる増幅法は、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR; Saiki et al.,1988)
、リガーゼ連鎖反応(LCR; Landgren et al.,1988; Wu & Wallace,1989; B
arany,1991)、核酸配列をベースとする増幅(NASBA; Guatelli et al.,
1990; Compton,1991)、転写をベースとする増幅システム(TAS; Kwoh et a
l.,1989)、鎖置換増幅(SDA; Duck,1990; Walker et al.,1992)または
Qβレプリカーゼによる増幅(Lizardi et al.,1988; Lomeli et al.,1989)
またはプライマー伸長を用いて核酸分子を増幅させるための他の適切な方法であ
ってもよい。増幅の間、増幅産生物は、好都合には、標識プライマーを用いるか
または標識ヌクレオチドを取り込むことによって標識することができる。標識は
、同位体(32P、35Sなど)であってもまたは非同位体(ビオチン、ジゴキシゲ
ニンなど)であってもよい。増幅反応は、20〜70回、好都合には、25〜4
5回繰り返す。
本発明は、前記ポリ核酸の一部からなるオリゴヌクレオチドプローブであって
、該ヌクレオチド配列を含有するHCV核酸の特異的検出および/またはそのタ
イプおよび/またはサブタイプへの分類のためのハイブリダイゼーションプロー
ブとして機能することができ、出来る限り標識化されているかまたは固体基質に
結合することができるオリゴヌクレオチドプローブにも関する。
「プローブ」なる用語は、検出しようとするHCV遺伝子型の標的配列と相補
的である配列を有する一本鎖配列特異的オリゴヌクレオチドを意味する。
好ましくは、これらのプローブは、約5〜50ヌクレオチド長、より好ましく
は約10〜25ヌクレオチドである。
「固体支持体」なる用語は、オリゴヌクレオチドプローブを結合することがで
きる基質を意味することができる。ただし、そのハイブリダイゼーション特徴を
保持し、ハイブリダイゼーションのバックグラウンドレベルは低いままである。
通常、固体基質は、マイクロタイタープレート、膜(例えば、ナイロンまたはニ
トロセルロース)またはマイクロスフェア(ビーズ)であろう。該膜への適用ま
たは固定前に、固定を容易にするかまたはハイブリダイゼーション効率を改良す
るために核酸プローブを修飾するのが好都合である。かかる修飾は、ホモポリマ
ーテーリング、脂肪族基、NH2基、SH基、カルボン酸基のような種々の反応
性基とのカップリング、またはビオチンもしくはハプテンとのカップリングを包
含する。
本発明は、前記定義のプライマーを含有してなることを特徴とするHCVの遺
伝子型の決定に用いるための診断用キットに関する。
本発明は、前記定義のプローブを含有してなることを特徴とするHCVの遺伝
子型の決定に用いるための診断用キットに関する。
本発明は、プローブが固体基質に結合されている、前記定義の診断用キットに
も関する。
本発明は、プローブのある範囲が固体基質上で特異的な位置に結合される、前
記定義の診断用キットにも関する。
本発明は、固体支持体が膜ストリップであり、プローブが平行線の形で膜に結
合されている前記定義の診断用キットにも関する。
本発明は、また、
(i)試料核酸を出来る限り抽出し、
(ii)該核酸を、前記定義の少なくとも1つのプライマーを用いて増幅させ、
(iii)増幅した核酸を検出すること
からなることを特徴とする、生物学的試料中に存在するHCV核酸の検出方法に
も関する。
本発明は、また、
(i)試料核酸を出来る限り抽出し、
(ii)該核酸を、前記定義の少なくとも1つのプライマーまたはユニバーサル
HCVプライマーを用いて出来る限り増幅させ、
(iii)該生物学的試料の核酸を、出来る限り変性条件下、前記定義の1つ以
上のプローブを用いて適切な条件下でハイブリダイズさせ(ここで、該プローブ
は、好ましくは、固体基質に結合されている)、
(iv)適切な条件下で出来る限り洗浄し、
(v)形成されたハイブリッドを検出すること
からなることを特徴とする、生物学的試料中に存在するHCV核酸の検出方法に
も関する。
本発明は、また、
(i)試料核酸を出来る限り抽出し、
(ii)該核酸を、前記定義の少なくとも1つのプライマーを用いて特異的に増
幅させ、
(iii)増幅した核酸を検出すること
からなる、生物学的試料中に存在する1以上のHCV遺伝子型の存在の検出方法
にも関する。
本発明は、また、
(i)試料核酸を出来る限り抽出し、
(ii)該核酸を、前記定義の少なくとも1つのプライマーまたはユニバーサル
HCVプライマーを用いて出来る限り増幅させ、
(iii)該生物学的試料の核酸を、出来る限り変性条件下で、前記定義の1以
上のプライマーを用いて適切な条件下でハイブリダイズさせ(ここで、該プロー
ブは、好ましくは、固体基質に結合されている)、
(iv)適切な条件下で出来る限り洗浄し、
(v)形成されたハイブリッドを検出し、
(vi)観察されたハイフリダイゼーションパターンから存在する1以上のHC
V遺伝子型の存在を推断すること
からなることを特徴とする、生物学的試料中に存在する1以上のHCV遺伝子型
の存在の検出方法にも関する。
本発明は、プローブが前記定義のようにさらに特徴付けられる、前記定義の方
法にも関する。
本発明は、核酸が増幅の間または後に標識される、前記定義の方法にも関する
。
好ましくは、この技術は、5'非暗号領域、コア領域またはNS5B領域にお
いて行われる。
「核酸」なる用語は、分析鎖と記されることもあり、一本鎖または二本鎖核酸
分子に相当する。この分析鎖は、好ましくは、正または負のストランドRNA、
cDNAまたは増幅cDNAである。
「生物学的試料」なる用語は、HCV核酸配列を含有する生物学的試料(組織
または液体)を意味し、特に、血清試料または血漿試料を意味する。
「ユニバーサルHCVプライマー」なる用語は、HCVゲノムの保存される領
域に相補的なオリゴヌクレオチド配列を意味する。
「適切な」ハイブリダイゼーションおよび洗浄条件は、ストリンジェントであ
ると解され、当該技術分野で一般に知られている(例えば、Maniatis et al.,M
olecular Cloning: A Laboratory Manual,New York,Cold Spring Harbor Labo
ratory,1982)。
しかしながら、これらのプローブは、充分な特異性を得るために、ハイブリダ
イゼーション溶液(SSC、SSPEなど)に従って、それらの適切な温度でハ
イブリダイズされるべきである。
「標識された」なる用語は、標識核酸の使用を意味する。これは、Saiki et a
l.(1988)またはBej et al.(1990)によって開示されているような増幅のポリメ
ラーゼ工程の間に取り込まれる標識ヌクレオチドの使用、または当業者に知られ
ている他の方法による標識プライマーの使用を含む。
本発明の方法は、前記定義のプローブを以下の素子:
核酸がハイブリダイゼーションのために利用され得る生物学的試料、
または生物学的試料に含有される精製した核酸、
または精製した核酸から誘導された単一コピー、
または精製した核酸から誘導された増幅コピー
のうちの1つと接触させる工程からなる(ここで、該素子または該プローブは、
固体基質に結合されている)。
「観察されたハイブリダイゼーションパターンから存在する1以上のHCV遺
伝子型の存在を推断すること」なる表現は、オリゴヌクレオチドプローブのパネ
ルの結合パターンを分析することによる試料中のHCVゲノムの存在の同定を意
味する。単一プローブは、試料中のHCVゲノムの存在または不在に関する有用
な情報を提供する。他方、HCVゲノムの変異は、自然に分散されており、非常
に稀に、特異的HCVゲノムを固有に同定できるいずれか1つのプローブである
。むしろ、HCV遺伝子型の同一性は、異なるHCVゲノムの(異なる)セグメ
ントに対して特異的であるオリゴヌクレオチドプローブのパネルの結合パターン
から推断される。これらのオリゴヌクレオチドプローブの選択に依存して、各既
知のHCV遺伝子型は、プローブの特異的組合せの使用による特異的なハイブリ
ダイゼーションパターンに対応するであろう。各HCV遺伝子型は、オリゴヌク
レオチドプローブの選択に依存して、同一プライマーを用いて増幅された他のH
CV遺伝子型と区別され得るであろう。1以上の未知のHCV配列を含有する試
料についての有効にハイブリダイズするプローブの発生パターンの、予想される
ハイブリダイゼーションパターンのスキームとの比較により、該試料中に存在す
るHCV遺伝子型が明らかに推断される。
したがって、本発明は、1以上のハイブリダイゼーションプローブが配列番号
1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27
、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51
、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75
、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99
、101、103もしくは105または前記定義のその配列変異体から選択され
る前記定義の方法に関する。
増幅HCVゲノムをお互いに区別するために、標的ポリ核酸を、HCVポリ核
酸中に位置するHCV遺伝子型領域(固有の領域)を標的とする1組の配列特異
的DNAプローブにハイブリダイズさせる。
これらのプローブのほとんどは、HCV遺伝子型のほとんどのタイプまたはサ
ブタイプ特異的領域を標的とするが、いくつかは、2以上のHCV遺伝子型への
ハイブリダイゼーションを生じることができる。
これらのプローブは、充分な特異性を得るためには、ハイブリダイゼーション
溶液(SSC、SSPEなど)に従って、それらの適切な温度でストリンジェン
トにハイブリタイズされるべきである。しかしながら、DNAプローブをわずか
に修飾することによって、それらの末端(3'または5'のいずれか)で1個また
は数個のヌクレオチドを付加または欠失するかまたはいくつかの可欠ヌクレオチ
ド(すなわち、タイプ間で識別するのに不可欠ではないヌクレオチド)を他のヌ
クレオチド(すなわち、修飾ヌクレオチドまたはイノシンを含む)によって置換
することによって、これらのプローブまたはその変異体は、同一ハイブリダイゼ
ーション条件(すなわち、同一温度および同一ハイブリダイゼーション溶液)下
で特異的なハイブリダイゼーションを生じることができる。プローブの使用量(
濃度)を変化させることもまた、より特異的なハイブリダイゼーション結果を得
るのに有益である。これに関連して、同一の長さのプローブは、それらのGC含
量に関係なく、TMACI溶液(Jacobs et al.,1988)中でほぼ同一温度で特
異的にハイブリダイズするであろう。
試料中、オリゴヌクレオチドプローブと核酸配列との間で形成されたハイブリ
ッ
ドを検出するという本発明の目的のための好適なアッセイ方法は、例えば、慣用
のドット−ブロット・フォーマット、サンドイッチハイブリダイゼーションまた
はリバースハイブリダイゼーションなどの当該技術分野で知られているアッセイ
フォーマットからなる。例えば、該検出は、ドット・ブロット・フォーマットを
用い、非標識増幅試料を膜に結合させ、該膜を好適なハイブリダイゼーション条
件および洗浄条件下で少なくとも1つの標識プローブと一体化させ、結合したプ
ローブの存在をモニターすることによって行うことができる。
別の好ましい方法は、増幅配列が標識を含有する「リバース」ドット−ブロッ
ト・フォーマットである。このフォーマットでは、非標識オリゴヌクレオチドプ
ローブは、固体支持体に結合され、適当なストリンジェントハイブリダイゼーシ
ョン条件および次なる洗浄条件下で標識試料に暴露される。試料の核酸と本発明
のオリゴヌクレオチドプローブとの間のハイブリッドの形成を頼みにする他のア
ッセイも用いることができると解されるべきである。
好都合な具体例によると、生物学的試料中に含有される1以上のHCV遺伝子
型を検出するプロセスは、生物学的試料から誘導された増幅HCV核酸コピーを
、固体支持体上に平行線の状態に固定したオリゴヌクレオチドプローブと接触さ
せる工程からなる。
この好都合な方法によると、該プローブは、ライン・プローブ・アッセイ(L
iPA)フォーマットにおいて固定される。これは、好都合にはいくつかのオリ
ゴヌクレオチドプローブ(負または正の対照オリゴヌクレオチドを含む)を平行
線状に適用することができる膜ストリップを用いるリバースハイブリダイゼーシ
ョンフォーマット(Saiki et al.,1989)である。
したがって、本発明は、平行線の形に支持体上に結合した1以上の前記プロー
ブを表面上に担持する固体支持体、好ましくは膜ストリップに関する。
LiPAは、非常に迅速かつ使用者にやさしいハイブリダイゼーション試験で
ある。結果は、増幅開始から4時間後に測定することができる。通常非同位体標
識を増幅産生物中に取り込む増幅、およびアルカリ変性の後、増幅産生物を膜上
でプローブと接触させ、約1〜1.5時間、ハイブリダイゼーションを行い、ハ
イブリダイズしたポリ核酸を検出する。生じたハイブリダイゼーションパターン
から、視覚的に、しかし好ましくは専用のソフトウエアを用いて、HCVタイプ
を導き出すことができる。LiPAフォーマットは、市販のスキャニング装置と
完全に互換性があり、したがって、非常に信頼できる結果の自動解釈を非常に信
頼できるものにする。これらの利点全ては、ルーチン設定においてLiPAフォ
ーマットをHCV検出に使用し易いものにしている。該LiPAフォーマットは
、異なるHCV遺伝子型の存在を検出するのに特に優れている。
本発明は、また、以下の工程:
前記定義のプロセスにより生物学的試料中に存在するヌクレオチドがいずれの
HCV遺伝子型に属するかを決定し、
第3表において定義されるものと互換性のあるハイブリダイゼーションパター
ンを生じない試料が見られる場合、決定しようとする新規HCV遺伝子型の異常
にハイブリダイズするプローブに対応するHCVゲノム配列の部分を配列決定す
ること
からなる、既知のHCVゲノムとは異なる新規HCV遺伝子型の検出および同定
方法にも関する。
本発明は、本発明のポリ核酸の製造方法にも関する。これらの方法としては、
ポリ核酸を製造するための当該技術分野で知られている方法が挙げられる(例え
ば、Agarwal e tal.1972,Agnew.Chem.Int.Ed.Engl.11:451によって開示
されているオリゴヌクレオチド合成のためのホスホジエステル法、Hsiung et al
.1979,Nucleic Acid Res.6:1371のホスホトリエステル法、またはBaeucage e
t al.1981,Tetrahedron Letters 22:1859-1862の自動ジエチルホスホロアミダ
イト法)。別法としては、本発明のポリ核酸は、天然またはクローン化DNAま
たはRNAの単離フラグメントである。さらに、本発明のオリゴヌクレオチドは
、種々の製造会社によって販売されている市販の装置で自動的に合成してもよい
。
本発明は、特に、前記ポリ核酸によってコードされたアミノ酸配列を有するポ
リペプチド、または、第5表において定義されたHCVサブタイプもしくはタイ
プのうちの少なくとも1つに固有であり、かつ、既知のHCVタイプまたはサブ
タイプと異なる少なくとも1つのアミノ酸を含有するその一部、または、実質的
に相同であり生物学的に等価であるその類似体にも関する。
「ポリペプチド」なる用語は、アミノ酸のポリマーを意味し、産生物の特定の
長さを意味しない;したがって、ペプチド、オリゴペプチドおよびタンパクは、
該ポリペプチドの定義の範囲内に含まれる。この用語は、ポリペプチドの発現後
修飾、例えば、グリコシル化、アセチル化、リン酸化などを意味しないかまたは
除外する。例えば、アミノ酸の1以上の類似体(例えば、非天然アミノ酸、PN
Aなどを含む)を含有するポリペプチド、天然および非天然の置換された結合お
よび当該技術分野で知られている他の修飾を有するポリペプチドは、この定義の
範囲内に含まれる。
「固有」なる用語は、前記されている。
本明細書および請求の範囲の全体にわたって用いる場合、「生物学的に等価」
とは、組成物が前記および以下に定義する本発明のタンパク(ポリペプチド)ま
たはペプチドと免疫学的に等価であることを意味する。
タンパクおよびペプチドの記載を確実にするために本明細書および請求の範囲
の全体にわたって用いる場合、「実質的に相同」とは、アミノ酸配列における本
発明のタンパクまたはペプチドに対するホモロジーの程度を意味する。好ましく
は、ホモロジーの程度は、90を超え、好ましくは95を超え、タンパクの特に
好ましいグループは、本発明のタンパクまたはペプチドと99を超えて相同であ
る。
本発明のタンパクまたはペプチドを記載するために本明細書または請求の範囲
の全体にわたって用いる場合、「類似体」としては、1以上の残基が生物学的に
等価な残基で保存的に置換された本明細書に詳細に示される配列と実質的に同一
のアミノ酸残基配列を有するタンパクまたはペプチドが挙げられる。保存的置換
の例としては、イソロイシン、バリン、ロイシンまたはメチオニンなどの1つの
極性(疎水性)残基の他の残基との置換、アルギニンとリシンとの間、グルタミ
ンとアスパラギンとの間、グリシンとセリンとの間のような1つの極性(親水性
)残基の他の残基との置換、リシン、アルギニンまたはヒスチジンなどの1つの
塩
基性残基の他の残基との置換、またはアスパラギン酸またはグルタミン酸などの
1つの酸残基の他の残基との置換が挙げられる。本発明の突然変異の例は、第4
表に見ることができる。
「保存的置換」なるフレーズは、得られたタンパクまたはペプチドが本発明の
タンパクまたはペプチドと生物学的に等価であることを条件に、非誘導残基の代
わりに化学的に誘導された残基の使用を含む。
「化学的誘導体」とは、官能性側鎖基の反応によって化学的に誘導された1以
上の残基を有するタンパクまたはペプチドを意味する。このように誘導された分
子の例としては、限定されないが、遊離アミノ基が誘導されてアミン塩酸塩を形
成する分子、p−トルエンスルホニル基、カルボベンゾオキシ基、t−ブチルオ
キシカルボニル基、クロルアセチル基またはホルミル基が挙げられる。遊離カル
ボキシル基は、誘導されて、塩、メチルおよびエチルエステルもしくは他のタイ
プのエステルまたはヒドラジドを形成する。遊離ヒドロキシル基は、誘導されて
、O−アシルまたはO−アルキル誘導体を形成する。ヒスチジンのイミダゾール
窒素は、誘導されて、N−イムベンジルヒスチジンを形成する。20の標準的な
アミノ酸の1以上の天然アミノ酸誘導体を含有するタンパクまたはペプチドも化
学的誘導体として挙げられる。例えば:4−ヒドロキシプロリンは、プロリンの
代わりに用いられる;5−ヒドロキシリシンは、リシンの代わりに用いられる;
3−メチルヒスチジンは、ヒスチジンの代わりに用いられる;ホモセリンは、セ
リンの代わりに用いられる;オルニチンは、リシンの代わりに用いられる。本発
明のタンパクまたはペプチドとしては、配列が本明細書に示されているペプチド
の配列と比較して1以上の付加および/または欠失または残基を有するタンパク
またはペプチドも、該ペプチドが本発明のタンパクまたはペプチドと生物学的に
等価である限り含まれる。
アミノ酸配列のレベルで、少なくとも1つのアミノ酸差異(既知のアミノ酸配
列に関する)は、充分に本発明の一部であり、これが、本発明のポリペプチドが
、コードされたポリタンパクにおけるアミノ酸差異を含む少なくとも1つのヌク
レオチド差異(既知のHCVポリ核酸配列に関する)を有するポリ核酸に対応す
る
ことを意味する。
NS4領域およびコア領域は、例えば特許出願EP-A-0 489 968において特徴付
けられているいくつかのエピトープを含有することが知られており、E1タンパ
クは、ウイルスエンベロープの一部として免疫攻撃されると予想され、かつ、エ
ピトープを含有すると予想され、本明細書に記載している新しいタイプおよびサ
ブタイプのNS4エピトープ、コアエピトープおよびE1エピトープは、従前に
知られている遺伝子型に存在するエピトープとは一貫して異なるであろう。これ
は、Simmonds et al.(1993c)およびStuyver et al.(1993b)およびPCT/EP94/01
323に開示されているNS4合成ペプチドのタイプ特異性およびMaertens et al
.(1994)に開示されている組換えE1タンパクのタイプ特異性によって例示され
る。
本発明のペプチドは、好ましくは、少なくとも3個、好ましくは、4個、5個
の隣接するHCVアミノ酸、6個、7個、好ましくは少なくとも8個の隣接する
HCVアミノ酸、少なくとも10個または少なくとも15個(例えば、少なくと
も9個、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、
19個、20個、21個、22個、23個、24個、25個、30個、35個、
40個、45個、50個またはそれ以上)のアミノ酸を含有する。
本発明のポリペプチド、特に該フラグメントは、古典的な化学合成によって製
造することができる。
該合成は、均質溶液または固相において行うことができる。
例えば、用いることができる均質溶液における合成技術は、E.Wunshによって
編集された「Methode der organischen chemie」なる題名の本(vol.15-1 et ll
.THIEME,Stuttgart 1974)においてHoubenweylによって開示されているもので
ある。
本発明のポリペプチドは、「Solid phase peptide synthesis」なる題名の本
(IRL Press,Oxford,1989)においてAthertonおよびShepardによって開示され
ている方法に従って固相において製造することもできる。
本発明のポリペプチドは、Maniatis et al.(Molecular Cloning: A Laborato
ry Manual,New York,Cold Spring Harbor Laboratory,1982)によって開示さ
れている組換えDNA技術によって製造することができる。
本発明は、特に、アミノ酸配列において以下のアミノ酸残基のうち少なくとも
1つを含有してなる前記定義のポリペプチド、または第5表において定義される
HCVサブタイプまたはタイプのうち少なくとも1つに固有であり、かつ、既知
のHCVタイプまたはサブタイプと異なる少なくとも1つのアミノ酸を含有する
その一部、または、該ポリペプチドもしくはその一部と実質的に相同であり生物
学的に等価であるその類似体に関する:I15、C38、V44、A49、Q4
3、P49、Q55、A58、S60またはD60、E68またはV68、H7
0、A71またはQ71またはN71、D72、H81、H101、D106、
S110、L130、I134、E135、L140、S148、T150また
はE150、Q153、F155、D157、G160、E165、I169、
F181、L186、T190、T192またはI192またはH192、I1
93、A195、S196、R197またはN197またはK197、Q199
またはD199またはH199、N199、F200またはT200、A208
、I213、M216またはS216、N217またはS217またはG217
またはK217、T218、I219、A222、Y223、I230、W23
1またはL231、S232またはH232またはA232、Q233、E23
5またはL235、F236またはT236、F237、L240またはM24
0、A242、N244、N249、I250またはK250またはR250、
A252またはC252、A254、I255またはV255、D256または
M256、E257、E260またはK260、R261、V268、S272
またはR272、I285、G290またはF290、A291、A293また
はL293またはW293、T294またはA294、S295、H295、K
296またはE296、Y297またはM297、I299またはY299、I
30
0、S301、P316、S2646、A2648、G2649、A2650、
V2652、Q2653、H2656またはL2656、D2657、F265
9、K2663またはQ2663、A2667またはV2667、D2677、
L2681、M2686またはQ2686またはE2686、A2692または
K2692、H2697、12707、L2708またはY2708、A270
9、A2719またはM2719、F2727、T2728またはS2728、
E2729、F2730またはY2730、I2741、I2745、V274
6またはE2746またはL2746またはK2746、A2748、S274
9またはP2749、R2750、E2751、D2752またはN2752ま
たはS2752またはT2752またはV2752またはI2752またはQ2
752、S2753またはD2753またはG2753、D2754、A275
5、L2756またはQ2756、またはR2757(ここで、表記は、アミノ
酸残基を1文字コードによって表す文字および第1表に示すKato et al.,1990
によるアミノ酸ナンバリングを表す数字からなる)。
これらの固有のアミノ酸残基は、図3に示されているように新規HCVアミノ
酸配列を全ての既知のHCV配列と整列させることにより推断することができる
。配列番号1〜106で示される新規配列との整列は、例えば、図2、図4およ
び図6において示される。これらの図面に示された整列が全ての既知のHCV配
列と共に完成されて、前記固有の残基は、本発明の新規HCV配列のうち少なく
とも1つについて実際に固有であるということを説明することは明らかである。
本発明の固有の新規アミノ酸残基のグループの範囲内で、本発明において用い
られるHCV分類システムによりHCVの以下の新規タイプ(サブタイプ)に対
して特異的である固有の残基が見いだされる:タイプ1サブタイプ1d、1e、
1fまたは1g単離体;タイプ2サブタイプ2e、2f、2g、2h、2i、2
kまたは2l単離体;タイプ3サブタイプ3g単離体;タイプ4サブタイプ4k
、4lまたは4m単離体;タイプ7サブタイプ7a、7cまたは7d単離体、タ
イプ9、タイプ10またはタイプ11単離体。これらの残基を得るために、図2
、図4および図6に示される整列を用いて、前記の固有の残基のタイプ特異性お
よ
び/またはサブタイプ特異性を推断することができる。
例えば、T190(サブタイプ1dにおいて検出された)は、190位のトレ
オニンを表す(図2を参照)。別の配列においては、唯一セリン(S190)ま
たは例外的にアラニン(タイプ10aにおけるA190)を検出することができ
る。
本発明のこの具体例によるポリペプチドは、出来る限り標識されているか、ま
たは固体基質に結合されているか、またはビオチンなどの担体分子に結合されて
いるか、または当該技術分野において知られており所定の用途(診断、治療また
は予防)による全ての適正なアジュバントと混合される。
本発明は、アミノ酸配列において、前記で挙げた配列番号107〜207によ
って表される配列のうち少なくとも1つを含有してなる前記ポリペプチド、また
は第5表において定義されるHCVサブタイプもしくはタイプのうち少なくとも
1つに固有であるその一部、または該ポリペプチドもしくはその一部に実質的に
相同であり生物学的に等価であるその類似体にも関する。
本発明は、配列番号1〜106によって表されるアミノ配列を有するポリペプ
チド、または第5表において定義されるHCVサブタイプもしくはタイプのうち
少なくとも1つに固有であるその一部、または該ポリペプチドもしくはその一部
に実質的に相同であり生物学的に等価であるその類似体にも関する。
コアタンパクにおける可変領域(図2におけるV−コア)は、血清型を分類す
るのに有用であることが示された(Machida et al.,1992)。本発明のタイプ1
サブタイプ1d、1e、1fまたは1g配列;タイプ2サブタイプ2e、2f、
2g、2h、2i、2kおよび2l配列;タイプ3サブタイプ3g;タイプ4サ
ブタイプ4k、4lまたは4m配列;タイプ7(サブタイプ7a、7cおよび7
d配列)、9、10または11配列は、この領域においてタイプ特異的な特徴を
示す。アミノ酸68から78までのペプチド(V−コア領域)は、本発明の配列
に対して以下の固有の配列を示す(図2を参照):
サブタイプ1dに関してはARQSDGRSWAQまたはARRSEGRS
WAQ (配列番号107および108)
サブタイプ1eに関してはERRPEGRSWAQ (配列番号109)
サブタイプ1fに関してはARRPEGRSWAQ (配列番号110)
サブタイプ2kに関してはDRRTTGKSWGR (配列番号111)
サブタイプ2eに関してはDRRATGRSWGR (配列番号112)
サブタイプ2fに関してはDRRATGKSWGR (配列番号113)
タイプ9に関してはVRQPTGRSWGQ (配列番号114)
サブタイプ7aおよび7cに関してはVRHQTGRTWAQ
(配列番号115)
サブタイプ7dに関してはVRQNQGRTWAQ (配列番号116)
タイプ10に関してはARRTEGRSWAQ (配列番号117)
タイプ11に関してはVRRTTGRXXXXまたは
VRRTTGRTWAQ (配列番号118および119)。
5つのタイプ特異的可変領域(V1〜V5)は、図2に示すように本発明の遺
伝子型のE1アミノ酸配列を既に知られている遺伝子型と整列させた後に同定す
ることができる。
領域V1は、アミノ酸192〜203を包含し、これは、E1タンパクのアミ
ノ末端の10アミノ酸である。図2に示す以下の固有の配列を推断することがで
きる:
サブタイプ1dに関してはHEVRNASGVYHVまたは
HEVRNASGVYHL (配列番号120および121)
サブタイプ1fに関してはYEVHSTTDGYHV (配列番号122)
サブタイプ2eに関してはVEVKNTSQAYMA (配列番号123)
サブタイプ2fに関してはIQVKNNSHFYMA (配列番号124)
サブタイプ2gに関してはVQVKNTSTMYMA (配列番号125)
サブタイプ2hに関してはVQVKNTSHSYMV (配列番号126)
サブタイプ2iに関してはVQVANRSGSYMV (配列番号127)
サブタイプ2kに関してはVEIKNTXNTYVLまたは
VEIKNTSNTYVL (配列番号128および129)
サブタイプ4kに関してはINYRNVSGIYYVまたは
INYRNTSGIYHVまたはINYHNTSGIYHIまたは
TNYRNVSGIYHV(配列番号130、131、132または133)
サブタイプ41に関してはQHYRNVSGIYHV (配列番号134)
タイプ9に関してはIQVKNASGIYHL (配列番号135)
サブタイプ7cに関してはAHYTNKSGLYHL (配列番号136)
サブタイプ7dに関してはLNYANKSGLYHL (配列番号137)
タイプ10に関してはLEYRNASGLYMV (配列番号138)。
領域V2は、アミノ酸213〜223を包含する。図2に示すV2領域におい
て、以下の固有の配列を見いだすことができる:
サブタイプ1dに関してはIYEMDGMIMHYまたは
IYEMSGMILHA (配列番号139および140)
サブタイプ1fに関してはVYEAKDIILHT (配列番号141)
サブタイプ2eに関してはVWQLXDAVLHV (配列番号142)
サブタイプ2fに関してはVWQLRDAVLHV (配列番号143)
サブタイプ2gに関してはIWQMQGAVLHV (配列番号144)
サブタイプ2hに関してはVWQLKDAVLHV (配列番号145)
サブタイプ2iに関してはVWQLEEAVLHV (配列番号146)
サブタイプ2kに関してはTWQLXXAVLHV (配列番号147)
サブタイプ4kに関してはVYEADHHILHLまたは
VYEADHHILALまたはVFEADHHILHL
(配列番号148、149および150)
サブタイプ41に関してはVYESDHHILHL (配列番号151)
タイプ9に関してはVFEAETMILHL (配列番号152)
サブタイプ7cに関してはVYEAETLILHL (配列番号153)
サブタイプ7dに関してはVYEANGMILHL (配列番号154)
タイプ10に関してはVYEAGDIILHL (配列番号155)。
領域V3は、アミノ酸230〜242を包含する。図2から以下の固有のV3
領域配列を推断することができる:
サブタイプ1dに関してはVREDNHLRCWMALまたは
VRENNSSRCWMAL (配列番号156および157)
サブタイプ1fに関してはIREGNISRCWVLP(配列番号158)
サブタイプ2eに関してはENSSGRFHCWIPI(配列番号159)
サブタイプ2fに関してはERSGNRTFCWTAV(配列番号160)
サブタイプ2gに関してはELQGNKSRCWIPV(配列番号162)
サブタイプ2hに関してはERHQNQSRCWIPV(配列番号163)
サブタイプ2iに関してはEWKDNTSRCWIPV(配列番号164)
サブタイプ2kに関してはEREGNSSRCWIPV(配列番号165)
サブタイプ4kに関してはVREGNQSRCWVALまたは
VRTGNQSRCWVALまたはVRVGNQSSCWVAL
またはVRVGNQSRCWVALまたはVKEGNHSRCWVAL
(配列番号166、167、168または169)
サブタイプ41に関してはVKTGNTSRCWVAL(配列番号170)
タイプ9に関してはIKAGNESRCWLPV (配列番号171)
サブタイプ7cに関してはVKXXNQSRCWVQA(配列番号172)
サブタイプ7dに関してはVKTGNLTKCWLSA(配列番号173)
タイプ10に関してはVRSGNTSRCWIPV (配列番号174)。
領域V4は、アミノ酸248〜257を包含する。図2から以下の固有のV4
領域配列を推断することができる:
サブタイプ1dに関してはVKNASVPTAAまたは
VKDANVPTAA (配列番号175および176)
サブタイプ1fに関してはARIANAPIDE (配列番号177)
サブタイプ2eに関してはVSKPGALTKG (配列番号178)
サブタイプ2fに関してはVSRPGALTRG (配列番号179)
サブタイプ2gに関してはVNQPGALTRG (配列番号180)
サブタイプ2hに関してはVSQPGALTRG (配列番号181)
サブタイプ2iに関してはVSQPGALTKG (配列番号182)
サブタイプ2kに関してはVSRPGALTEG (配列番号183)
サブタイプ4kに関してはAPYIGAPLESまたは
APYTAAPLES (配列番号184および185)
サブタイプ4lに関してはAPILSAPLMS (配列番号186)
タイプ9に関してはVPNSSVPIHG (配列番号187)
サブタイプ7cに関してはVPNASTPVTG (配列番号188)
サブタイプ7dに関してはVQNASVSIRG (配列番号189)
タイプ10に関してはVKSPCAATAS (配列番号190)。
領域V5は、アミノ酸294〜303を包含する。図2から以下の固有のV5
領域配列を推断することができる:
サブタイプ1dに関してはSPRMHHTTQEまたは
SPRLYHTTQE (配列番号191および192)
サブタイプ1fに関してはTSRRHWTVQD (配列番号193)
サブタイプ2eに関してはAPKRHYFVQE (配列番号194)
サブタイプ2fに関してはSPQYHTFVQE (配列番号195)
サブタイプ2gに関してはSPQHHNFSQD (配列番号196)
サフタイプ2hに関してはSPQHHIFVQD (配列番号197)
サブタイプ2kに関してはSPEHHHFVQD (配列番号198)
サブタイプ4Kに関してはRPRRHWTTQDまたは
RPRRHWTAQDまたはQPRRHWTTQDまたは
RPRRHWTTQE (配列番号199、200、201または202)
サブタイプ4lに関してはQPRRHWTVQD (配列番号203)
タイプ9に関してはRPKYHQVTQD (配列番号204)
サブタイプ7cに関してはRPRMHQVVQE (配列番号205)
サブタイプ7dに関してはRPRMYEIAQD (配列番号206)
タイプ10に関してはRHRQHWTVQD (配列番号207)。
ペプチドの前記リストは、治療およびワクチンおよび診断開発に特に有用であ
る。
ペプチド鎖において少なくとも前記ペプチドから誘導されたエピトープを含有
する合成ペプチド(以下を参照)またはポリペプチドも本発明を構成する。それ
らのペプチド鎖において前記ペプチドから誘導される少なくとも6個、7個、8
個または9個の隣接するアミノ酸からなる合成ペプチドまたはポリペプチドも本
発明を構成する。
本明細書で用いる場合、「エピトープ」または「抗原決定因子」とは、免疫反
応性であるアミノ酸配列を意味する。一般的に、エピトープは、少なくとも3個
〜4個のアミノ酸からなり、より一般的には、少なくとも5個または6個のアミ
ノ酸からなり、しばしば、該エピトープは、約7個〜8個のアミノ酸からなり、
または約10個のアミノ酸からもなる。
本発明は、特に、配列番号2、4、7、9、12、14、16、18、20、
22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、
46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、
70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、
94、96、98、100、102、104または106で表されるアミノ酸配
列に含有されるペプチド(以下を参照)またはポリペプチドに関する(第5表お
よび図3、実施例を参照)。
本発明は、前記ポリ核酸によってコードされた組換えポリペプチド、第5表に
おいて定義されるHCVサブタイプまたはタイプに固有であるその一部、または
該ポリペプチドと実質的に相同であり生物学的に等価であるその類似体にも関す
る。
本発明は、原核生物性、真核生物性またはウイルス性転写および翻訳制御素子
に操作可能に結合した前記定義のポリ核酸またはその一部を含有することを特徴
とする組換え発現ベクターにも関する。
一般に、組換えベクターは、ベクター配列、適切な原核生物性、真核生物性ま
たはウイルス性プロモーター配列、次いで前記ヌクレオチド配列からなるであろ
う。ここで、該組換えベクターは、原核宿主もしくは真核宿主において、または
裸のDNAとして注入される場合は生きている哺乳動物において、前記ポリペプ
チドのうちいずれか1つを発現させ、さらに詳しくは、組換えベクターは、特に
以下のアミノ酸位置にわたる本発明の新規HCV配列を発現させる:
1〜10位の間の領域で開始し、70〜420位の間の領域のいずれかの位置
で終わるポリペプチド、さらに詳しくは、コアタンパクの発現については、1〜
70位、1〜85位、1〜120位、1〜150位、1〜191位または1〜2
00位にわたるポリペプチド、およびコアタンパクおよびE1タンパクの発現に
ついては、1〜263位、1〜326位、1〜383位、または1〜420位に
わたるポリペプチド;
E1または欠失した疎水性領域(264〜293位置プラスまたはマイナス8
アミノ酸)を有する形態の発現については、117〜192位の間の領域で開始
し、263〜420位の間の領域で終わるポリペプチド;
NS4の発現については、1556〜1688位の間の領域のいずれかの位置
で開始し、1739〜1764位の間の領域のいずれかの位置で終わるポリペプ
チド;さらに詳しくは、NS4a抗原の発現については、1658位で開始し、
1711位で終わるポリペプチド、さらに詳しくは、NS4b抗原の発現につい
ては、1712位で開始し、1743〜1972位の間の領域で終わるポリペプ
チド(例えば、1712〜1743、1712〜1764、1712〜1782
、1712〜1972、1712〜1782、1712〜1902)またはその
一部。
本発明の組換えポリペプチドのために、当該技術分野で知られている他のHC
Vベクター構築を用いてもよい。
本発明の組換えポリペプチドの産生のために、組換えタンパクのための公知の
精製方法、特に、Innogenetics N.V.の名義のPCT/EP95/03031に開示されている
HCV組換えポリペプチド精製方法を用いてもよい。
「ベクター」なる用語は、プラスミド、コスミド、ファージまたはウイルスま
たはトランスジェニック動物からなる。BCGまたはアデノウイルスベクターな
らびにアビポックス組換えウイルスは、ワクチン開発に特に有用である。
本発明は、
適切な細胞宿主を、前記定義のポリ核酸またはその一部が適切な調節素子の制
御下で挿入された組換えベクターと形質転換させ、
挿入体の発現を可能にする条件下、該形質転換した細胞宿主を培養し、
該ポリペプチドを収穫すること
からなることを特徴とする、前記組換えポリペプチドの製造方法にも関する。
本発明の範囲内で用いられる「組換え的に発現される」なる用語は、本発明の
タンパクが、以下に詳述する原核生物または下等もしくは高等真核生物における
組換え発現方法によって産生されるということを意味する。
「下等真核生物」なる用語は、酵母、真菌類などの宿主細胞を意味する。下等
真核生物は、一般に(必ずではないが)、単細胞である。好ましい下等真核生物
は、酵母、特に、サッカロミセス(Saccharomyces)、シゾサッカロミセス(S chizosaccharomyces
)、クルベロミセス(Kluveromyces)、ピチア(Pichia)
(例えば、ピチア・パストリス(Pichia pastoris))、ハンゼヌラ(Hansenula
)(例えば、ハンゼヌラ・ポリモルファ(Hansenula polymorpha))、ヤロウィア
(Yarowia)、シュワニオミセス(Schwaniomyces)、シゾサッカロミセス(S chizosaccharomyces
)、ザイゴサッカロミセス(Zygosaccharomyces)などの範
囲内の種である。サッカロミセス・セレビシエ(Saccharomyces cerevisiae)
、エス・カールスベルゲンシス(S. carlsbergensis)およびケイ・ラクティス
(K. lactis)は、もっとも一般的に用いられる酵母宿主であり、好都合な真菌
類宿主である。
「原核生物」なる用語は、エシェリキア・コリ(E. coli)、ラクトバシラス
(Lactobacillus)、ラクトコッカス(Lactococcus)、サルモネラ(Salmone lla
)、ストレプトコッカス(Streptococcus)、バシラス・サチリス(Bacill us
subtilis)またはストレプトマイセス(Streptomyces)などの宿主を表す。
また、これらの宿主は、本発明の範囲内である。
「高等真核生物」なる用語は、哺乳動物、爬虫類、昆虫などの高等動物由来の
宿主細胞を表す。現在、好ましい高等真核生物宿主細胞は、チャイニーズハムス
ター(例えば、CHO)、サル(例えば、COSおよびベロ細胞)、ベビーハム
スター腎臓(BHK)、ブタ腎臓(PK15)、ウサギ腎臓13細胞(RK13)
、ヒト骨肉腫細胞系143B、ヒト細胞系HeLaおよびヒトヘパトーム細胞系H
ep G2、および昆虫細胞系(例えば、スポドプテラ・フルギペルダ(Spodopter a
frugiperda))から誘導される。宿主細胞は、懸濁またはフラスコ培養、組織
培養、臓器培養などにおいて提供される。別法としては、宿主細胞は、トランス
ジェニック動物であってもよい。
「組換えポリヌクレオチドまたは核酸」なる用語は、起源または操作によって
は(1)自然に結合されるポリヌクレオチドの全部または一部と結合されないか
、または(2)自然に結合されるもの以外のポリヌクレオチドに結合されるか、
または(3)自然には生じない、ゲノム、cDNA、半合成または合成起源のポ
リヌクレオチドまたは核酸を意味する。
「組換え宿主細胞」、「宿主細胞」、「細胞」、「細胞株」、「細胞培養」な
る用語、および単細胞体として培養される微生物または高等真核細胞を示す他の
かかる用語は、組換えベクターまたは他のトランスファーポリヌクレオチドにつ
いての受容体として用いることができるかまたは用いられた細胞を表し、トラン
スフェクトされた初期細胞の子孫を含む。単一の親細胞の子孫は、自然の突然変
異、偶発的な突然変異または故意の突然変異のために、形態において、または相
補的なゲノムもしくは全DNAにおいて初期親と完全に同一である必要はない。
「レプリコン」なる用語は、細胞内で自律的ポリヌクレオチド複製の単位とし
て機能する、すなわち、自体制御下で複製可能な、遺伝的素子、例えば、プラス
ミド、染色体、ウイルス、コスミドなどである。
「ベクター」なる用語は、さらに、所望のオープンリーディングフレームの複
製および/または発現を提供する配列からなるレプリコンである。
「制御配列」なる用語は、それらがライゲートされる暗号配列の発現に影響を
及ぼすのに必要とされるポリヌクレオチド配列を表す。かかる制御配列の性質は
、宿主微生物に依存して異なる;原核生物においては、かかる制御配列としては
、一般に、プロモーター、リボソーム結合部位、スプライシング部位およびター
ミ
ネーターが挙げられ;真核生物においては、一般的に、かかる制御配列としては
、プロモーター、スプライシング部位、ターミネーター、および場合によっては
エンハンサーが挙げられる。「制御配列」なる用語は、最小でも、発現のために
存在が必要である全ての成分を含み、存在が好都合であるさらなる成分、例えば
、分泌を制御するリーダー配列を含むことを意図する。
「プロモーター」なる用語は、隣接する構造遺伝子のための正常な転写開始部
位でmRNA産生が始まるような方法で、DNA鋳型にRNAポリメラーゼを結
合させるコンセンサス配列からなるヌクレオチド配列である。
「操作可能に結合される」なる表現は、このように記載された成分が所定の方
法でそれらを機能させる関係にある並列を表す。制御配列に「操作可能に結合さ
れる」制御配列は、暗号配列の発現が制御配列と適合可能な条件下で行われるよ
うな方法でライゲートされる。
ベクター配列中に挿入される所望の配列をコードするHCVcDNAのセグメ
ントは、シグナル配列に結合される。該シグナル配列は、非HCV供給源由来の
ものであり、例えば、哺乳動物における発現のためのIgGまたは組織プラスミ
ノーゲン活性化因子(tpa)リーダー配列、または酵母細胞中への発現のため
のα−接合因子配列であるが、本発明の特に好ましい構築物は、タンパクの個々
の開始点の前のHCVゲノムにおいて出現するシグナル配列を含有する。
種々のベクターを用いて、本発明のHCV単一または特異的オリゴマーエンベ
ロープタンパクの組換え発現を得ることができる。酵母およびグリコシル化突然
変異株などの下等真核生物は、典型的には、プラスミドで形質転換されるか、ま
たは、組換えウイスルで形質転換される。該ベクターは、独立して、宿主内で複
製されるか、または宿主細胞ゲノム中に取り込まれる。
高等真核生物は、ベクターで形質転換されるか、または、組換えウイルス、例
えば組換えワクシニアウイルスに感染する。外来DNAのワクシニアウイルス中
への挿入のための技術およびベクターは、当該技術分野においてよく知られてお
り、例えば、相同的組換えを利用する。種々のウイルスプロモーター配列、でき
る限りターミネーター配列およびポリ(A)−付加配列、エンハンサー配列ならび
に増幅配列(全て、哺乳動物発現のために必要とされる)は、当該技術分野で入
手可能である。ワクシニアは、宿主細胞タンパクの発現を停止させるので、特に
好ましい。ワクシニアは、例えば生きている組換えワクシニアウイルスで免疫さ
れる細胞または個体中のHCVのE1およびE2タンパクを発現させるので非常
に好ましい。ヒトの予防接種については、アビポックスおよびアンカラ修飾ウイ
ルス(Ankara Modified Virus)(AMV)は、特に有用なベクターである。
ヘルパー独立ウイルス発現ベクターであるバキュロウイルス、オートグラファ
・カリフォルニカ(Autographa californica)核ポリヘドロシスウイルス(Ac
NPV)由来の昆虫発現伝達ベクターも知られている。この系由来の発現ベクタ
ーは、通常、強いウイルスポリヘドリン遺伝子プロモーターを用いて、異種遺伝
子の発現を駆動する。バキュロウイルスの所望の部位中に異種DNAを導入する
ための異なるベクターおよび方法は、バキュロウイルス発現についての当該技術
分野における当業者に利用可能である。昆虫細胞によって認識される翻訳後修飾
のための異なるシグナルも知られている。
本発明は、前記定義の組換えベクターで形質転換した宿主細胞にも関する。
本発明は、
(i)HCVの存在について分析しようとする生物学的試料を前記定義のポリ
ペプチドと接触させ、
(ii)抗体と該ポリペプチドとの間で形成された免疫複合体を検出すること
からなることを特徴とする、生物学的試料中に存在するHCVに対する抗体の検
出方法にも関する。
本発明は、
(i)HCVの存在について分析しようとする生物学的試料を前記定義のポリ
ペプチドと接触させ、
(ii)抗体と該ポリペプチドとの間で形成された免疫複合体を検出すること
からなることを特徴とするHCV分類方法にも関する。
本発明は、好ましくは固体支持体に結合されている前記定義の少なくとも1つ
のポリペプチドを含有してなることを特徴とする、HCVの存在の検出に用いる
ための診断用キットにも関する。
本発明は、好ましくは固体支持体に結合されている前記定義の少なくとも1つ
のポリペプチドを含有してなることを特徴とする、HCV分類のための診断用キ
ットにも関する。
本発明は、固体基質上の特異的な位置に結合されるポリペプチドの範囲を含有
してなる、前記定義の診断用キットにも関する。
本発明は、固体支持体が膜ストリップであり、ポリペプチドが平行線の形で膜
に結合されている、前記定義の診断用キットにも関する。
本発明のイムノアッセイ方法は、HCVに感染した個体由来の血清中で抗体に
よって認識される直線状エピトープ(ペプチドの場合)および高次構造エピトー
プ(ポリペプチドの場合)を維持する本発明の新規および固有のポリペプチド配
列の異なるドメインからの抗原を利用する。例えば、単一または特異的オリゴマ
ー抗原、二量体抗原、ならびに単一または特異的オリゴマー抗原の組換え体を使
用することは、本発明の範囲内である。本発明のHCV抗原は、実質的には、抗
体を検出するために既知の抗原を用いるアッセイフォーマットにおいて用いられ
る。もちろん、HCV高次構造エピトープを変性させるフォーマットは、回避さ
れるかまたは適合させるべきである。これらのアッセイの全ての一般的な特徴は
、抗原を、体成分中に存在する抗体に抗原を結合させる条件下でHCV抗体を含
有すると推測される体成分と接触させることである。かかる条件は、典型的には
、過剰の抗原を用いる生理学的温度、pHおよびイオン強度である。抗原の検体
とのインキュベーションの後、抗原からなる免疫複合体を検出する。
イムノアッセイの設計は、かなり変形され、多くのフォーマットが当該技術分
野において知られている。プロトコールは、例えば、固体支持体またはイムノプ
レシピテーションを用いてもよい。ほとんどのアッセイは、標識抗体またはポリ
ペプチドの使用を含む;該標識は、例えば、酵素分子、蛍光分子、化学発光分子
、放射性分子または色素分子であってよい。免疫複合体からのシグナルを増幅す
るアッセイは、知られていない;例えば、ビオチンおよびアビジンまたはストレ
プトアビシンを用いるアッセイ、ならびにELISAアッセイのような酵素標識
お
よび媒介イムノアッセイである。
イムノアッセイは、限定されないが、異種フォーマットまたは同種フォーマッ
トであってもよく、標準的タイプまたは競合的タイプのものであってもよい。異
種フォーマットでは、ポリペプチドは、典型的には、固体マトリックスまた支持
体に結合されて、インキュベーション後、試料をポリペプチドから分離し易くす
る。用いることができる固体支持体の例としては、ニトロセルロース(例えば、
膜またはマイクロタイターウエル形態で)、ポリビニルクロリド(例えば、シー
トまたはマイクロタイターウエルで)、ポリスチレンラテックス(例えば、ビー
ズまたはマイクロタイタープレートで)、ポリビニリジンフルオリド(イムノロ
ン(ImmunolonTM)として知られている)、ジアゾ化紙、ナイロン膜、活性化ビ
ーズおよびタンパクAビーズが挙げられる。例えば、ダイナテック(Dynatech
)・イムノロン(ImmunolonTM)1またはイムノロン(ImmunolonTM)2マイク
ロタイタープレートまたは0.25インチのポリスチレンビーズ(プリシジョン
・プラスチック・ボール(Precision Plastic Ball))は、異種フォーマッ
トで用いることができる。抗原ポリペプチドを含有する固体支持体は、典型的に
は、試験試料から分離した後、結合した抗体を検出する前に洗浄される。標準的
なフォーマットおよび競合的フォーマットは、共に、当該技術分野で知られてい
る。
同種フォーマットでは、溶液中、試験試料を抗原混合物と一緒にインキュベー
トする。例えば、これは、形成される抗原−抗体複合体を沈殿する条件下であっ
てよい。これらのアッセイのための標準的なフォーマットおよび競合的なフォー
マットは、共に、当該技術分野で知られている。
標準的なフォーマットでは、抗体−抗原複合体におけるHCV抗体の量は、直
接的にモニターされる。これは、抗HCV抗体上でエピトープを認識する標識抗
異種(例えば、抗ヒト)抗体が複合体形成により結合するかを決定することによ
って行われる。競合的フォーマットでは、試料中のHCV抗体の量は、複合体に
おける既知の量の標識抗体(または他の競合するリガンド)の結合に対する競合
的効果をモニターすることによって導き出される。
抗HCV抗体からなる形成された複合体(競合アッセイの場合、競合する抗体
の量)は、フォーマットに依存して、多くの公知技術によって検出される。例え
ば、複合体における非標識HCV抗体は、複合化された抗異種Igの標識とのコ
ンジュゲートを用いて検出される。
イムノプレシピテーションまたは凝集アッセイフォーマットでは、HCV抗原
と抗体との間の反応は、溶液または懸濁液から沈降するネットワークを形成し、
目視できる沈殿物の層またはフィルムを形成する。抗HCV抗体が試験検体中に
存在しない場合、目視できる沈殿物は、形成されない。
現在、粒子凝集(PA)アッセイの3つの特異的なタイプが存在する。これら
のアッセイは、支持体に被覆する場合、種々の抗原に対する抗体の検出のために
用いられる。このアッセイの1つのタイプは、赤血球(RBC)に抗原(または
抗体)を受身的に吸着させることによって感作されるRBCを用いる血球凝集ア
ッセイである。体成分中に存在する特異的な抗原の抗体への付加は、たとえある
としても、精製した抗原で被覆したRBCを凝集させる。
血球凝集アッセイにおける有効な非特異的反応を排除するために、PAにおけ
るPBCの代わりに2つの人工担体を用いてもよい。これらのうち最も一般的な
ものは、ラテックス粒子である。しかしながら、ゼラチン粒子を用いてもよい。
これらの担体のいずれかを用いるアッセイは、精製した抗原で被覆した粒子の受
身凝集に基づいている。
高次構造エピトープからなる本発明のHCV抗原は、これらのイムノアッセイ
において用いるキットの形態で包装されるであろう。該キットは、通常、別々の
容器中に、天然HCV抗原、対照抗体製剤(正および/または負)、アッセイフ
ォーマットが標識が直接シグナルを発生しない場合に同一のシグナル発生剤(例
えば、酵素基質)を必要とする場合には標識抗体を収容するであろう。天然HC
V抗原は、既に固体マトリックスに結合されているか、または、該抗原を該マト
リックスに結合させるための試薬と別々にする。該アッセイを行うための指示(
例えば、書面、テープ、CD−ROMなど)がキットに含まれるであろう。
天然HCV抗原を用いるイムノアッセイは、有効に感染HCVが欠落している
供給物の調製のための血液スクリーニングに有用である。血液供給物の調製方法
は、以下の工程からなる。個体供血由来の体成分、好ましくは、血液または血液
成分を本発明のHCVポリペプチドと反応させることは、HCV抗体および存在
する場合のHCV抗原との間の免疫学的反応させることである。該反応の結果と
して抗HCV抗体−HCV抗原複合体が形成されるかを検出する。供血に寄与す
る血液は、天然HCV抗原に対する抗体を示さないドナーからである。
HCV抗原に対する陽性反応性の場合、イムノアッセイを繰り返して、擬陽性
の可能性を減少させるのが好ましい。例えば、血液製剤(例えば、輸血、血漿、
第VIII因子、イムノグロブリンなど)の製造のための大規模な血液スクリーニン
グにおいて、「スクリーニング」試験は、典型的には、特異性を犠牲にして感度
を高めるように(汚染血液が全く通過しないことを保証にするように)フォーマ
ット化される;すなわち、擬陽性率が増大する。したがって、単に反復反応性の
;すなわち、供血試料についてイムノアッセイの2回以上のランにおいて陽性の
ドナーをさらに試験するために譲歩することが典型的である。しかしながら、H
CV陽性の確認のために、「確認」試験は、典型的には、感度を犠牲にして特異
性を高めるように(擬陽性試料が全く確認されないのを保証にするように)フォ
ーマット化される。
選択された固相としては、重合体ビーズまたはガラスビーズ、ニトロセルロー
ス、微粒子、反応トレーのマイクロウエル、試験管および磁気ビーズを挙げるこ
とができる。シグナル発生化合物としては、酵素、発光性化合物、色素原、放射
性素子および化学発光性化合物を挙げることができる。酵素の例としては、アル
カリホスファターゼ、ホースラディッシュペルオキシダーゼおよびベータ−ガラ
クトシダーゼが挙げられる。エンハンサー化合物の例としては、ビオチン、抗−
ビオチンおよびアビジンが挙げられる。エンハンサー化合物結合メンバーの例と
しては、ビオチン、抗−ビオチンおよびアビジンが挙げられる。リウマチ因子様
物質の影響を遮断するために、試験試料は、リウマチ因子様物質の影響を遮断す
るのに充分な条件に付される。これらの条件は、該試料を、多量の抗ヒトIgG
と接触させて、混合物を形成し、リウマチ因子様物質を実質的に含まない反応混
合生成物を形成するのに充分な条件下でしばらくの間、混合物をインキュベート
することからなる。
本発明は、特に、本発明のポリペプチド(またはペプチド)が平行に膜に結合
されるイムノアッセイフォーマットに関する。このアッセイフォーマットは、特
に、HCV分類のために好都合である。
本発明は、前記の少なくとも1つの(組換え)ポリペプチドおよび好適な賦形
剤、希釈剤または担体からなる医薬組成物にも関する。
本発明は、前記医薬組成物を、防御抗体または防御T−細胞応答の産生を刺激
するのに有効な量で哺乳動物に投与することからなる、HCV感染の予防方法に
も関する。
本発明は、HCV感染の予防方法における前記組成物の使用に関する。
本発明は、さらに、医薬的に許容される担体における前記の少なくとも1つの
(組換え)ポリペプチドからなるHCV感染に対して哺乳動物を免疫するための
ワクチンに関する。
「免疫原性」なる用語は、アジュバントの存在下または不在下で、単独の場合
または担体に結合した場合のいずれであっても、物質の体液性および/または細
胞性応答を生じる能力を意味する。「中和」とは、病原菌の感染性を一部または
完全に遮断する免疫応答を表す。「ワクチン」とは、HCVに対する保護を一部
または完全に引き出す能力を有する免疫原性組成物である。ワクチンは、個体の
治療にも有用であり、この場合、治療用ワクチンと称される。
「治療用」なる用語は、HCV感染を治療する能力を有する組成物を意味する
。「有効量」なる用語は、投与される個体において免疫原性反応を誘発するのに
充分であるか、または、所定の系(例えば、イムノアッセイ)において検出可能
に免疫反応させるのに充分なエピトープ担持ポリペプチドの量を意味する。好ま
しくは、有効量は、前記治療に効果を与えるのに充分である。正確な必要量は、
用途によって変化するであろう。ワクチン用またはポリクローナル抗血清/抗体
の発生のためには、例えば、有効量は、個体の種、年齢および一般的な健康状態
、治療される症状の重篤度、選択された特定のポリペプチド、ならびに投与形態
などに依存して変化する。有効量は、比較的大きな非限界的な範囲内にあると思
わ
れる。適切な有効量は、慣用的な実験のみを用いて容易に決定することができる
。HCV疾患の予防のためのタンパクの好ましい範囲は、0.01〜100μg/
用量、好ましくは0.1〜50μg/用量である。充分な免疫応答およびHCV疾
患に対する次なる保護を達成するために、個体当たり数回の投与を必要とする。
本発明は、前記定義の少なくとも1つの(組換え)ポリペプチドからなり、該
ポリペプチドが前記定義のサブタイプまたはタイプのうち少なくとも1つについ
て固有であるワクチンにも関する。
該ワクチン組成物は、予防用および治療用ワクチン組成物を含む。
医薬的に許容される担体としては、該組成物を投与される個体に対して有害な
抗体の産生を自体誘発しない担体が挙げられる。好適な担体は、典型的には、タ
ンパク、多糖類、ポリ乳酸、ポリグリコール酸、高分子アミノ酸、アミノ酸コポ
リマーなどのゆっくりと代謝される巨大分子;および不活性ウイルス粒子である
。かかる担体は、当業者によく知られている。
該組成物の有効性を増強するために好ましいアジュバントとしては、限定され
ないが、水酸化アルミニウム(alum)、U.S.特許第4,606,918号に開示されてい
るN−アセチル−ムラミル−L−トレオニル−D−イソグルタミン(thr−MD
P)、N−アセチル−ノルムラミル−L−アラニル−D−イソグルタミン(nor
−MDP)、N−アセチルムラミル−L−アラニル−D−イソグルタミニル−L
−アラニン−2−(1'−2'−ジパルミトイル−sn−グリセロ−3−ヒドロキシ
ホスホリルオキシ)−エチルアミン(MTP−PE)、および、2%スクアレン
/トゥイーン(Tween)80エマルジョン中の細菌から抽出された3つの成分、
すなわち、モノホスホリル脂質A、トレハロース・ジミコール酸および細胞壁骨
格(MPL+TDM+CWS)を含有するRIBIが挙げられる。3つの成分M
PL、TDMまたはCWSのいずれも、単独で、または、2つずつ組み合わせて
用いてもよい。さらに、スティムロン(Stimulon)(マサチューセッツ州ウスタ
ーのケンブリッジ・バイオサイエンス(Cambridge Bioscience))などのアジ
ュバントが挙げられる。
ワクチンとして用いられる免疫原性組成物は、本発明のタンパクの「充分な量
」
または「免疫学的に有効な量」および所望により前記成分からなっている。「免
疫学的に有効な量」とは、その量を、単投与において、または、シリーズの一部
として、個体に投与することが前記治療に有効であることを意味する。この量は
、治療しようとする個体の健康および身体的状態、治療しようとする個体の分類
学的グループ(例えば、非ヒト霊長類、霊長類など)、個体の免疫系の抗体合成
能、所望の保護の程度、ワクチンの製剤、治療する医者の医学的状況の評価、感
染するHCVの菌株、および他の関連する因子に依存して変化する。この量は、
慣用的な試験を介して決定することができる比較的広い範囲内にあると予想され
る。通常、この量は、0.01から100μg/用量まで、特に、0.1から10
0μg/用量まで変化するであろう。
本発明のタンパクは、B型肝炎表面抗原(欧州特許出願174,444を参照)と同
一の方法で、存在する同種(例えば、コア領域、E1領域、E2領域、NS2領
域、NS3領域、NS4領域またはNS5領域など由来のT細胞エピトープまた
はB細胞エピトープ)または異種(非HCV)ハプテンに対するワクチン担体と
しても供される。この用途では、エンベロープタンパクは、凝集体にコンジュゲ
ートされるハプテンまたは抗原に対する免疫応答を刺激する能力を有する免疫原
性担体を提供する。該抗原は、慣用の化学的方法によってコンジュゲートされる
か、または、タンパクの親水性領域に対応する位置でE1および/またはE2を
コードする遺伝子中にクローン化されてもよい。かかる親水性領域としては、V
1領域(アミノ酸位置191〜202を包含する)、V2領域(アミノ酸位置2
13〜223を包含する)、V3領域(アミノ酸位置230〜242を包含する
)V4領域(アミノ酸位置230〜242を包含する)、V5領域(アミノ酸位
置294〜303を包含する)およびV6領域(アミノ酸位置329〜336を
包含する)が挙げられる。ハプテンの挿入に有用なもう1つの位置は、疎水性領
域(おおよそのアミノ酸位置364〜293を包含する)である。本発明におい
て、この領域は、欠失したE1タンパクの抗血清との反応性に影響を及ぼさずに
欠失させることができることを示している。したがって、ハプテンは、欠失の部
位で挿入される。
免疫原性組成物は、好都合には非経口投与され、典型的には、例えば皮下また
は筋肉内などの注射によって投与される。他の投与方法に適しているさらなる製
剤としては、経口製剤および坐剤が挙げられる。投与治療法は、単投与スケジュ
ールであってもまたは多投与スケジュールであつてもよい。該ワクチンは、他の
免疫調整剤と共に投与されてもよい。
本発明の免疫原の投与は、予防目的であってもまたは治療目的であってもよい
。予防的に投与される場合、免疫原は、HCVへの暴露に先立って、またはHC
V感染により症状に先立って投与される。免疫原の予防的投与は、哺乳動物にお
けるHCVの次なる感染を予防または弱毒化するのに役立つ。治療的に投与する
場合、該免疫原は、感染の発症時(または直後)またはHCVを原因とする感染
もしくは疾患の症状の発症時に投与される。免疫原の治療的投与は、感染または
疾患を弱毒化するのに役立つ。
ワクチンとしての使用に加えて、該組成物は、HCV(E1)タンパクに対す
る抗体を調製するために用いることができる。該抗体は、抗ウイルス剤として直
接用いることができる。抗体を調製するために、宿主動物は、ワクチンについて
前記した担体に結合したウイルス粒子に対する天然E1タンパクを用いて免疫化
される。宿主血清または血漿は、適当な時間の後に回収されて、ウイルス粒子の
該(E1)タンパクとの反応性を有する抗体からなる組成物を提供する。ガンマ
グロブリンフラクションまたはIgG抗体は、飽和硫酸アンモニウムまたはDE
AEセファデックス(Sephadex)の使用によって、または当業者に知られてい
る他の技術によって得ることができる。該抗体は、実質的には、薬物のような他
の抗ウイルス剤に関連する副作用の多くを含まない。
本発明は、特に、第5表において定義されるHCVサブタイプまたはタイプに
対して固有であり、かつ、既知のHCVタイプまたはサブタイプとは異なる少な
くとも1つのアミノ酸を含有する、前記HCVゲノム配列のうち少なくとも1つ
によってコードされるアミノ酸配列に対応するペプチド、または実質的に同種で
あり生物学的に等価であるその類似体にも関する。
本発明は、配列番号1〜106で示される本発明の新規配列の少なくとも1つ
の固有のエピトープからなるペプチドに関する。
本発明は、配列において前記本発明の固有のアミノ酸残基からなるペプチドに
も関する。
本発明は、特に、WO 93/18054に開示されているようなビオチニル化されるペ
プチドに関する。
前記本発明のポリペプチドについて説明された具体例(イムノアッセイフォー
マット、組成物、用途など)の全てもまた、本発明のペプチドに関係する。
本発明は、また、
(i)HCVの存在について分析しようとする生物学的試料を前記ペプチドと
接触させ、
(ii)抗体と該ペプチドとの間で形成された免疫複合体を検出すること
からなることを特徴とする、生物学的試料中に存在するHCVに対する抗体の検
出方法にも関する。
本発明は、また、
(i)HCVの存在について分析しようとする生物学的試料を前記定義のペプ
チドと接触させ、
(ii)抗体と該ペプチドとの間で形成された免疫複合体を検出すること
からなることを特徴とする、HCV分類方法にも関する。
本発明は、好ましくは固体支持体に結合した前記の少なくとも1つのペプチド
を含有してなることを特徴とする、HCVの存在の検出に用いるための診断用キ
ットにも関する。
本発明は、好ましくは固体支持体に結合した前記の少なくとも1つのペプチド
を含有してなることを特徴とする、HCV分類のための診断用キットにも関する
。
本発明は、ペプチドが
少なくとも1つのNS4ペプチド、
少なくとも1つのNS4ペプチドおよび少なくとも1つのコアペプチド、
少なくとも1つのNS4ペプチドおよび少なくとも1つのコアペプチドおよび
少なくとも1つのE1ペプチド、
少なくとも1つのNS4ペプチドおよび少なくとも1つのE1ペプチド
から選択される前記定義の診断用キットにも関する。
本発明は、固体基質上の特異的な位置に結合されるペプチドの範囲を含有して
なる前記診断用キットにも関する。
本発明は、また、固体支持体が膜ストリップであり、ペプチドが平行線の形で
膜に結合されているる前記診断用キットにも関する。
本発明は、また、前記の少なくとも1つペプチドおよび好適な賦形剤、希釈剤
または担体からなる医薬組成物にも関する。
本発明は、また、前記医薬組成物を、防御抗体の産生または防御T細胞応答を
刺激するのに有効な量で哺乳動物に投与することからなる、HCV感染の予防方
法にも関する。
本発明は、また、HCV感染の予防方法における前記組成物の使用にも関する
。
本発明は、また、医薬的に許容される担体において前記の少なくとも1つのペ
プチドを含有してなることを特徴とする、HCV感染に対して哺乳動物を免疫化
するためのワクチンにも関する。
本発明は、第5表において定義されるサブタイプまたはタイプのうち少なくと
も1つについて固有である前記定義の少なくとも1つのペプチドを含有してなる
ことを特徴とする、前記ワクチンにも関する。
本発明は、前記定義の少なくとも1つのポリペプドまたはペプチドによる免疫
化後に生じる抗体に関する。ここで、該抗体は、該ポリペプチドまたはペプチド
と特異的に反応し、該抗体は、好ましくはモノクローナル抗体である。
本発明のモノクローナル抗体は、一方では前記定義の本発明HCVポリペプチ
ドに対して免疫化された哺乳動物(特にマウスまたはラット)の脾臓からの、他
方では骨髄腫細胞株の細胞の分類方法によって形成され、ハイブリドーマの、動
物の免疫化のために最初に用いられたポリペプチドを認識するモノクローナル抗
体を産生する能力によって選択されるハイブリドーマによって産生され得る。
本発明に関係する抗体は、酵素タイプ、蛍光タイプまたは放射性タイプの適当
な標識によって標識することができる。
本発明の好ましい具体例によるモノクローナル抗体は、H鎖およびL鎖をコー
ドするマウスおよび/またはヒトゲノムDNA配列からまたはH鎖およびL鎖を
コードするcDNAクローンから出発して、組換えDNA技術によって調製され
たマウスモノクローナル抗体の人体適応バージョンである。
別法としては、本発明の好ましい具体例によるモノクローナル抗体は、ヒトモ
ノクローナル抗体である。本発明の具体例によるこれらの抗体は、HCVタイプ
1サブタイプ1d、1e、1fまたは1g;HCVタイプ2サブタイプ2e、2
f、2g、2h、2i、2kまたは2l;HCVタイプ3サブタイプ3g;HC
Vタイプ4サブタイプ4k、4lまたは4m;および/またはHCVタイプ7(
サブタイプ7a、7cまたは7d)、9、10または11に感染したかまたはH
CVに対してワクチン接種された患者のヒト末梢血液リンパ球から誘導すること
もできる。かかるヒトモノクローナル抗体は、例えば、重症複合型免疫不全症(
SCID)マウスのヒト末梢血液リンパ球(PBL)再増殖によって(最近のリ
ビューについて、Duchosal et al.1992を参照)、または本発明の抗原によって
反応性B細胞の存在について、感染したかまたはワクチン接種された個体のエプ
スタイン・バー−ウイルス−形質転換リンパ球をスクリーニングすることによっ
て調製される。
本発明は、また、レパートリークローニングのプロセスによる組換え抗体の選
択のための、本発明のタンパク、そのミューテイン(mutein)、またはそれから
誘導されたペプチドの使用にも関する(Persson et al.,1991)。
ある種の遺伝子型から誘導されたペプチドに指向される抗体は、かかるHCV
遺伝子型の検出のための、または治療薬として用いられる。
本発明は、
(i)生物学的試料を前記抗体と接触させ、
(ii)HCV抗原と該抗体との間で形成された免疫複合体を検出すること
からなることを特徴とする、生物学的試料中に存在するHCV抗原の検出方法に
も関する。
本発明は、
(i)生物学的試料を前記抗体と接触させ、
(ii)HCV抗原と該抗体との間で形成された免疫複合体を検出すること
からなることを特徴とするHCV分類方法にも関する。
本発明は、好ましくは固体支持体に結合される前記定義の少なくとも1つの抗
体を含有してなることを特徴とする、HCVの存在を検出に用いるための診断用
キットにも関する。
本発明は、好ましくは固体支持体に結合される前記定義の少なくとも1つの抗
体を含有してなることを特徴とする、HCV分類のための診断用キットにも関す
る。
本発明は、固体支持体上の特異的な位置に結合される抗体の範囲を含有してな
る前記定義の診断用キットにも関する。
本発明は、また、前記定義の少なくとも1つの抗体および好適な賦形剤、希釈
剤または担体からなることを特徴とする医薬組成物に関する。
本発明は、哺乳動物に前記医薬組成物を有効量で投与することからなる、HC
V感染の予防または治療方法にも関する。
本発明は、HCV感染の予防または治療方法における前記組成物の使用に関す
る。
遺伝子型は、形成された免疫複合体を検出するために後にPCRによって増幅
することができるポリヌクレオチド配列に結合されてもよい前記タイプ特異的抗
体によっても検出される(Immuno-PCR、Sano et al.,1992)。
本明細書に引用している文献または特許出願は、出典明示により本明細書の一
部とする。以下の実施例は、本発明の態様を説明するが、如何なる場合も本発明
の範囲を限定するものではない。
図面の説明
図面の説明
図1
本発明の新しく同定されたタイプおよびサブタイプの単離体のいくつかのコア
/E1領域のヌクレオチド配列と、サブタイプの他の既知の始原型単離体との整
列。
図2
本発明の新しく同定されたタイプおよびサブタイプの単離体のいくつかのコア
/E1領域のヌクレオチド配列と、サブタイプの他の既知の始原型単離体との整
列。
図3
本発明の新規HCV単離体から得られたヌクレオチドおよびアミノ酸配列(配
列番号1〜106)。
図4
本発明の新しく同定されたタイプおよびサブタイプの単離体のいくつかのコア
/E1領域のアミノ酸配列と、他の既知のサブタイプの始原型単離体との整列。
図5
本発明の新しく同定されたタイプおよびサブタイプの単離体のいくつかのNS
5b領域のアミノ酸配列と、他の既知のサブタイプの始原型単離体との整列。
図6
本発明の新しく同定されたタイプおよびサブタイプの単離体のいくつかのNS
5b領域のアミノ酸配列と、他の既知のサブタイプの始原型単離体との整列。
第5表
本発明の新規サブタイプおよびタイプならびに配列決定された領域の概観。括
弧の間のサブタイプは、Tokita et al.(1994)の分類の後に括弧を付していない
サブタイプと置き換えられた。
実施例
血清試料
カメルーン人供血者(CAM)からの血清試料をイノテスト(Innotest)H
CV Ab IIIを用いてHCV抗体についてスクリーニングし、INNO−LIA
HCV III(イノジェネティクス(Innogenetics)、ベルギー国アントワープ
)によって確認した。慢性C型肝炎の患者からの血清試料をベネルクス3国(B
NL)の種々のセンターから、フランス(FR)から、パキスタン(PAK)か
ら、
エジプト(EG)から、およびベトナム(VN)から得た。
ベネルクス、カメルーン、フランスおよびベトナムからの試料をその異常型反
応性のために選択した(単離体CAM1078、FR2、FR1、VN4、VN
12、VN13、NE98など(第5表を参照))。
cPCR、LiPA、クローニングおよび配列決定
RNA単離、cDNA合成、PCR、クローニング、およびビオチニル化した
5'UR増幅産生物を用いるLiPA遺伝子型分類(genotyping)は、開示に従っ
て行った(Stuyver et al.,1994c)。直接配列決定のために5'UR、コア/E
1、およびNS5B PCR産生物を用いた。ユニバーサル5'URプライマーH
CPr95、HCPr96、HCPr98、およびHCPr29の配列は、従前に開
示されていた(Stuyver et al.,1993b)。以下のプライマーも開示されていた
(Stuyver et al.,1994c):HCPr41、コア領域の増幅のためのセンスプラ
イマー;コア/E1領域の増幅のためのHCPr52およびHCPr54;ならび
に340−bp NS5B領域の増幅のためのHCPr206およびHCPr20
7。
直接配列決定によって、コア/E1領域において、血清試料BNL1、BNL
2、BNL3、BNL4、BNL5、BNL6、BNL7、BNL8、BNL9
、BNL10、BNL11、BNL12、CAM1078、FR2、FR16、
FR4、FR13、VN13、VN4、VN12、FR1、NE98、およびF
R19を分析した。直接配列決定によって、NS5B領域において、血清試料B
NL1、BNL2、FR17、CAM1078、FR2、FR16、BNL3、
FR4、BNL5、FR13、FR18、PAK64、BNL8、BNL12、
EG81、VN13、VN4、VN12、FR1、NE98、FR14、FR1
5およびFR19もまた分析した。部分的な5'UR、コア、E1およびNS5
B配列を得た。得られた配列の長さは、得られた配列を、既知の配列に対する系
統発生的距離に基づいて、新規タイプまたはサブタイプに分類するのに充分であ
る。以下の配列を得ることができた(ヌクレオチド配列は、奇数番号の配列番号
を有しており、アミノ酸配列は、偶数番号の配列番号を有している):配列番号
1、
3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、2
9、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、5
3、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、7
7、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、1
01、103および105。それらから推断されるアミノ酸配列は、配列番号2
、4、7、9、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30
、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54
、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78
、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、1
02、104および106で示される。第5表は、これらの配列の概観を示す。
系統発生的分析
EMBL/Genbankデータベースから従前に公表された配列を得た。プログラ
ムHCVALIGN(Stuyer et al.1994c)を用いて整列させた。連続フォー
マットにおいて、ファイロジェニー・インフェレンス・パッケージ(Phylogeny
Inference Package)(PHYLIP)バージョン3.5c(アメリカ合衆国
シアトルのユニバーシティ・オブ・ワシントン(University of Washington)
から自由に入手できる公共のドメインプログラム)に配列を与えた。距離マトリ
ックスを、Kimura 2−パラメーター設定を用いてDNADISTによって得、
さらに隣接設定(neighbor-joining setting)を用いてNEIGHBORにおい
て分析した。プログラムDRAWTREEを用いて、図表的アウトプットを得た
。
新規サブタイプの同定
これらの分析により、BNL1、BNL2、CAM1078、FR2、FR1
6およびFR17のタイプ1単離体とのクラスター形成が判明したが、これらの
配列のいずれも既知のタイプ1サブタイプ1a、1bまたは1cとはクラスター
形成しなかった。BNL1、BNL2およびFR17は、明らかに一緒にクラス
ター形成し、新しいタイプ1サブタイプ1dと称され、CAM1078は、別の
新しいサブタイプ1eに分類され、FR2は、別のタイプ1サブタイプ1fに分
類され、FR16は、別のタイプ1サブタイプ1gに分類される。興味深いこと
に、3つのタイプ1d単離体(BNL1、BNL2およびFR17)および1g
単離体FR16の全ては、ヨーロッパに住むモロッコ人種血統の患者から得た。
単離体の別のグループは、他のタイプ2配列とホモロジーを示すが、単離体B
NL3、FR4、BNL4、BNL5、BNL6、FR13またはFR18は、
既知のタイプ2サブタイプ2a、2b、2c(Bukh et al.,1993)または2d
(Stuyver et al.,1994c)のうちの1つには全く分類されない。タイプ2単離
体および該グループの他の単離体に対する系統発生的距離に基づいて、これらの
単離体の各々は、新しいタイプ2サブタイプに分類される。BNL3は、サブタ
イプ2eと称され、FR4は、サブタイプ2fと称され、BNL4は、サブタイ
プ2gと称され、BNL5は、サブタイプ2hと称され、BNL6は、別のタイ
プ2サブタイプ2iに分類される。従前に公表された単離体HN4は、2jと分
類され、FR13およびFR18は、新しいタイプ2サブタイプ2kおよび2l
に分類される。しかしながら、FR13およびFR18がサブタイプ2gまたは
2iに属する可能性は、除外されていなかった。明確な分類は、各々サブタイプ
2gおよび2iに属する単離体BNL4およびBNL6のNS5B配列を決定す
ることによって得ることができる。
単離体PAK64は、タイプ3配列とホモロジーを示すが、既知のタイプ3サ
ブタイプ3a〜fのうちの1つに分類することができなかった。他のタイプ3単
離体に対する系統発生的距離に基づいて、PAK64は、新しいタイプ3サブタ
イプに分類することができた。PAK64は、タイプ3gと称された。しかしな
がら、PAK64が既知のタイプ3サブタイプに属する可能性は、ゲノムの1つ
の領域が配列決定されただけなので、厳密に言えば除外することができない。明
確な分類は、プライマーHcPr52およびHcPr54による増幅の後、単離体P
AK64のコア/E1配列を決定することによって得ることができる。
分析されたベネルクス人およびエジプト人の試料のうち、いくつかの配列は、
従前に定義されたタイプ4サブタイプ4cおよび4dとクラスター形成した。し
かしながら、BNL7、BNL8、BNL9、BNL10、BNL11、BNL
12およびEG81は、タイプ4の新しいサブタイプにクラスター形成した。単
離体BNL7、BNL8、BNL9、BNL10およびBNL11は、BNL1
2およびEG81と別に、新しいサブタイプ4kに再度クラスター形成した。こ
のサブタイプは、ベネルクス3国において優勢なサブタイプであった。BNL1
2およびEG81は、別々のサブタイプに分離した。BNL12は、別の新しい
サブタイプ41と称され、EG81は、別の新しいサブタイプ4mと称された。
新しいHCVメジャータイプの同定
単離体FR1、VN4、VN12、VN13、NE98、FR14、FR15
およびFR19は、HCVの既知の6つのメジャータイプのいずれともクラスタ
ー形成しなかった。VN4、VN12およびVN13は、遺伝子型6と非常に離
れた関係にあったが、系統発生的分析により、これらの単離体が新しいメジャー
タイプを示すことが判明した。VN13、VN4およびVN12は、サブタイプ
レベルで関係しており、各々、7a、7cおよび7dと称された。FR1は、既
知の単離体と関係しておらず、遺伝子型9aと称された。NE98は、タイプ3
配列と遠い関係を示し、系統発生的分析は、新しいメジャータイプ10aへの分
類を示した。タイプおよびサブタイプレベルを割り当てるための国際ガイドライ
ンに依存して、NE98は、別のタイプサブタイプに分類される。FR14、F
R15およびFR19は、タイプ2配列と非常に遠い関係にあることを示し、系
統発生的分析は、これらの単離体が新しいメジャータイプ11に分類されるべき
であることを示した(全て、11aと称される同一サブタイプに属する)。タイ
プおよびサブタイプレベルを割り当てるための国際ガイドラインに依存して、F
R14、FR15およびFR19は、別のタイプ2サブタイプに分類される。
─────────────────────────────────────────────────────
フロントページの続き
(51)Int.Cl.6 識別記号 FI
C07K 14/18 C07K 16/10
16/10 C12P 21/02 C
C12P 21/02 C12Q 1/68 A
C12Q 1/68 G01N 33/576 Z
G01N 33/576 A61K 37/02
(81)指定国 EP(AT,BE,CH,DE,
DK,ES,FR,GB,GR,IE,IT,LU,M
C,NL,PT,SE),OA(BF,BJ,CF,CG
,CI,CM,GA,GN,ML,MR,NE,SN,
TD,TG),AP(KE,LS,MW,SD,SZ,U
G),AL,AM,AT,AU,BB,BG,BR,B
Y,CA,CH,CN,CZ,DE,DK,EE,ES
,FI,GB,GE,HU,IS,JP,KE,KG,
KP,KR,KZ,LK,LR,LS,LT,LU,L
V,MD,MG,MK,MN,MW,MX,NO,NZ
,PL,PT,RO,RU,SD,SE,SG,SI,
SK,TJ,TM,TT,UA,UG,US,UZ,V
N
Claims (1)
- 【特許請求の範囲】 1.位置7932〜8271(アミノ酸ナンバリングは、第1表に示されてい る)にわたるNS5遺伝子ヌクレオチド配列の一部の比較によって第3表に示す とおり分類されるHCVサブタイプ1a、1b、1c、2a、2b、2c、2d 、3a、3b、3c、3d、3e、3f、4a、4b、4c、4d、4e、4f 、4g、4h、4i、4j、5aまたは6aとは異なるこれまでに未確認のHC Vタイプまたはサブタイプに固有であるヌクレオチド配列を有すること、および 該既知のHCVヌクレオチド配列と異なる少なくとも1つのヌクレオチドを含有 することを特徴とするHCVポリ核酸、またはその相補体。 2.請求項1において定義されたと同様に分類されるHCVサブタイプ1d、 1e、1f、1g、2e、2f、2g、2h、2i、2k、2l、3g、4k、 41、4m、7a、7cまたは7dのうち少なくとも1つに固有であるヌクレオ チド配列を有する請求項1記載のポリ核酸。 3.請求項1において定義されたと同様に分類されるHCVタイプ9、10ま たは11のうち少なくとも1つに固有であるヌクレオチド配列を有する請求項1 記載のポリ核酸。 4.アミノ酸配列において以下のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含有し てなるHCVポリタンパクをコードする請求項1〜3のいずれか1項記載のポリ 核酸、または請求項2または3におけるHCVサブタイプまたはタイプのうち少 なくとも1つに固有であり、かつ、既知のHCVヌクレオチド配列と異なる少な くとも1つのヌクレオチドを含有する該ポリ核酸の一部、またはその相補体:I 15、C38、V44、A49、Q43、P49、Q55、A58、S60また はD60、E68またはV68、H70、A71またはQ71またはN71、D 72、H81、H101、D106、S110、L130、1134、E135 、L140、S148、T150またはE150、Q153、F155、D15 7、G160、E165、1169、F181、L186、T190、T192 または1192またはH192、1193、A195、S196、R197また はN 197またはK197、Q199またはD199またはH199またはN199 、F200またはT200、A208、1213、M216またはS216、N 217またはS217またはG217またはK217、T218、1219、A 222、Y223、I230、W231またはL231、S232またはH23 2またはA232、Q233、E235またはL235、F236またはT23 6、F237、L240またはM240、A242、N244、N249、12 50またはK250またはR250、A252またはC252、A254、12 55またはV255、D256またはM256、E257、E260またはK2 60、R261、V268、S272またはR272、1285、G290また はF290、A291、A293またはL293またはW293、T294また はA294、S295またはH295、K296またはE296、Y297また はM297、1299またはY299、I300、S301、P316、S26 46、A2648、G2649、A2650、V2652、Q2653、H26 56またはL2656、D2657、F2659、K2663またはQ2663 、A2667またはV1667、D2677、L2681、M2686またはQ 2686またはE2686、A2692またはK2692、H2697、127 07、L2708またはY2708、A2709、A2719またはM2719 、F2727、T2728またはD2728、E2729、F2730またはY 2730、12741、12745、V2746またはE2746またはL27 46またはK2746、A2748、S2749またはP2749、R2750 、E2751、D2752またはN2752またはS2752またはT2752 またはV2752または12752またはQ2752、S2753またはD27 53またはG2753、D2754、A2755、L2756またはQ2756 、R2757(ここで、表記法は、アミノ酸残基をその1文字コードによって表 す文字、および第1表に示すアミノ酸ナンバリングを表す番号からなる)。 5.アミノ酸配列において以下のリストから選択される少なくとも1つのアミ ノ酸配列を含有してなるHCVポリタンパクをコードする請求項1〜4のいずれ か1項記載のポリ核酸、または請求項2または3におけるHCVサブタイプまた はタイプのうち少なくとも1つに固有であり、かつ、既知のHCVヌクレオチド 配列と異なる少なくとも1つのヌクレオチドを含有する該ポリ核酸の一部、また はその相補体: サブタイプ1dに関してはARQSDGRSWAQまたはARRSEGRSW AQ (配列番号107および108) サブタイプ1eに関してはERRPEGRSWAQ (配列番号109) サブタイプ1fに関してはARRPEGRSWAQ (配列番号110) サブタイプ2kに関してはDRRTTGKSWGR (配列番号111) サブタイプ2eに関してはDRRATGRSWGR (配列番号112) サブタイプ2fに関してはDRRATGKSWGR (配列番号113) タイプ9に関してはVRQPTGRSWGQ (配列番号114) サブタイプ7aおよび7cに関してはVRHQTGRTWAQ (配列番号115) サブタイプ7dに関してはVRQNQGRTWAQ (配列番号116) タイプ10に関してはARRTEGRSWAQ (配列番号117) タイプ11に関してはVRRTTGRXXXXまたは VRRTTGRTWAQ (配列番号118および119) サブタイプ1dに関してはHEVRNASGVYHVまたは HEVRNASGVYHL (配列番号120および121) サブタイプ1fに関してはYEVHSTTDGYHV (配列番号122) サブタイプ2eに関してはVEVKNTSQAYMA (配列番号123) サブタイプ2fに関してはIQVKNNSHFYMA (配列番号124) サブタイプ2gに関してはVQVKNTSTMYMA (配列番号125) サブタイプ2hに関してはVQVKNTSHSYMV (配列番号126) サブタイプ2iに関してはVQVANRSGSYMV (配列番号127) サブタイプ2kに関してはVEIKNTXNTYVLまたは VEIKNTSNTYVL (配列番号128および129) サブタイプ4kに関してはINYRNVSGIYYVまたは INYRNTSGIYHVまたはINYHNTSGIYHI またはTNYRNVSGIYHV (配列番号130、131、132または133) サブタイプ41に関してはQHYRNVSGIYHV (配列番号134) タイプ9に関してはIQVKNASGIYHL (配列番号135) サブタイプ7cに関してはAHYTNKSGLYHL (配列番号136) サブタイプ7dに関してはLNYANKSGLYHL (配列番号137) タイプ10に関してはLEYRNASGLYMV (配列番号138) サブタイプ1dに関してはIYEMDGMIMHYまたは IYEMSGMILHA (配列番号139および140) サブタイプ1fに関してはVYEAKDIILHT (配列番号141) サブタイプ2eに関してはVWQLXDAVLHV (配列番号142) サブタイプ2fに関してはVWQLRDAVLHV (配列番号143) サブタイプ2gに関してはIWQMQGAVLHV (配列番号144) サブタイプ2hに関してはVWQLKDAVLHV (配列番号145) サブタイプ21に関してはVWQLEEAVLHV (配列番号146) サブタイプ2kに関してはTWQLXXAVLHV (配列番号147) サブタイプ4kに関してはVYEADHHILHLまたは VYEADHHILALまたはVFEADHHILHL (配列番号148、149および150) サブタイプ41に関してはVYESDHHILHL (配列番号151) タイプ9に関してはVFEAETMILHL (配列番号152) サブタイプ7cに関してはVYEAETLILHL (配列番号153) サブタイプ7dに関してはVYEANGMILHL (配列番号154) タイプ10に関してはVYEAGDIILHL (配列番号155) サブタイプ1dに関してはVREDNHLRCWMAL またはVRENNSSRCWMAL (配列番号156および157) サブタイプ1fに関してはIREGNISRCWVPL(配列番号158) サブタイプ2eに関してはENSSGRFHCWIPI(配列番号159) サブタイプ2fに関してはERSGNRTFCWTAV(配列番号160) サブタイプ2gに関してはELQGNKSRCWIPV(配列番号162) サブタイプ2hに関してはERHQNQSRCWIPV(配列番号163) サブタイプ2iに関してはEWKDNTSRCWIPV(配列番号164) サブタイプ2kに関してはEREGNSSRCWIPV(配列番号165) サブタイプ4kに関してはVREGNQSRCWVALまたは VRTGNQSRCWVALまたはVRVGNQSSCWVAL またはVRVGNQSRCWVALまたはVKEGNHSRCWVAL (配列番号166、167、168または169) サブタイプ41に関してはVKTGNTSRCWVAL(配列番号170) タイプ9に関してはIKAGNESRCWLPV (配列番号171) サブタイプ7cに関してはVKEGNQSRCWVQA(配列番号172) サブタイプ7dに関してはVKXXNLTKCWLSA(配列番号173) タイプ10に関してはVRSGNTSRCWIPV (配列番号174) サブタイプ1dに関してはVKNASVPTAAまたは VKDANVPTAA (配列番号175および176) サブタイプ1fに関してはARIANAPIDE (配列番号177) サブタイプ2eに関してはVSKPGALTKG (配列番号178) サブタイプ2fに関してはVSRPGALTRG (配列番号179) サブタイプ2gに関してはVNQPGALTRG (配列番号180) サブタイプ2hに関してはVSQPGALTRG (配列番号181) サブタイプ2iに関してはVSQPGALTKG (配列番号182) サブタイプ2kに関してはVSRPGALTEG (配列番号183) サブタイプ4kに関してはAPYIGAPLESまたは APYTAAPLES (配列番号184および185) サブタイプ41に関してはAPILSAPLMS (配列番号186) タイプ9に関してはVPNSSVPIHG (配列番号187) サブタイプ7cに関してはVPNASTPVTG (配列番号188) サブタイプ7dに関してはVQNASVSIRG (配列番号189) タイプ10に関してはVKSPCAATAS (配列番号190) サブタイプ1dに関してはSPRMHHTTQEまたは SPRLYHTTQE (配列番号191および192) サブタイプ1fに関してはTSRRHWTVQD (配列番号193) サブタイプ2eに関してはAPKRHYFVQE (配列番号194) サブタイプ2fに関してはSPQYHTFVQE (配列番号195) サブタイプ2gに関してはSPQHHNFSQD (配列番号196) サブタイプ2hに関してはSPQHHIFVQD (配列番号197) サブタイプ2kに関してはSPEHHHFVQD (配列番号198) サブタイプ4kに関してはRPRRHWTTQDまたは RPRRHWTAQDまたはQPRRHWTTQDまたは RPRRHWTTQE (配列番号199、200、201または202) サブタイプ41に関してはQPRRHWTVQD (配列番号203) タイプ9に関してはRPKYHQVTQD (配列番号204) サブタイプ7cに関してはRPRMHQVVQE (配列番号205) サブタイプ7dに関してはRPRMYEIAQD (配列番号206) タイプ10に関してはRHRQHWTVQD (配列番号207) 。 6.配列番号1〜105から選択される配列を有する請求項1〜5のいずれか 1項記載のポリ核酸、または請求項2または3におけるHCVサブタイプまたは タイプのうち少なくとも1つに固有であり、かつ、既知のHCVヌクレオチド配 列と異なる少なくとも1つのヌクレオチドを含有するポリ核酸の一部、またはそ の相補体。 7.5'UR領域、コア/E1領域、NS4領域もしくはNS5B領域または その一部をコードする請求項1〜6のいずれか1項記載のポリ核酸。 8.cDNA配列である請求項1〜7のいずれか1項記載のポリ核酸。 9.請求項1〜8のいずれか1項記載のポリ核酸の一部からなるオリゴヌクレ オチドプライマーであって、該プライマーが誘導される遺伝子型に属するある単 離体の核酸を特異的に増幅させるためのプライマーとして機能することができる オリゴヌクレオチドプライマー。 10.請求項1〜8のいずれか1項記載のポリ核酸の一部からなるオリゴヌク レオチドプローブであって、該ヌクレオチド配列を含有するHCV核酸の特異的 検出および/またはそのタイプおよび/またはサブタイプへの分類のためのハイ ブリダイゼーションプローブとして機能することができ、出来る限り標識化され ているかまたは固体基質に結合されているオリゴヌクレオチドプローブ。 11.請求項9記載のプライマーを含有してなることを特徴とする、HCVの 遺伝子型の決定に用いるための診断用キット。 12.請求項10記載のプローブを含有してなることを特徴とする、HCVの 遺伝子型の決定に用いるための診断用キット。 13.プローブが固体基質に結合されている請求項12記載の診断用キット。 14.プローブのある範囲が固体基質上の特異的な位置に結合されている請求 項13記載の診断用キット。 15.固体支持体が膜ストリップであり、プローブが平行線の形で膜に結合さ れている請求項14記載の診断用キット。 16.(i)試料核酸を出来る限り抽出し、 (ii)該核酸を、請求項9記載の少なくとも1つのプライマーを用いて増幅さ せ、 (iii)増幅した核酸を検出すること からなることを特徴とする、生物学的試料中に存在するHCV核酸の検出方法。 17.(i)試料核酸を出来る限り抽出し、 (ii)該核酸を、請求項9記載の少なくとも1つのプライマーまたはユニバー サルHCVプライマーを用いて出来る限り増幅させ、 (iii)該生物学的試料の核酸を、出来る限り変性条件下で、請求項10記載 の1つ以上のプローブを用いて適切な条件下でハイブリダイズさせ(ここで、該 プローブは、出来る限り固体基質に結合されている)、 (iv)適切な条件下で出来る限り洗浄し、 (v)形成されたハイブリッドを検出すること からなることを特徴とする、生物学的試料中に存在するHCV核酸の検出方法。 18.(i)試料核酸を出来る限り抽出し、 (ii)該核酸を、請求項9記載の少なくとも1つのプライマーを用いて特異的 に増幅させ、 (iii)増幅した核酸を検出し、 (iv)増幅したフラグメントの観察されたパターンから存在するHCVの1以 上の遺伝子型の存在を推断すること からなることを特徴とする、生物学的試料中に存在する1以上のHCV遺伝子型 の存在の検出方法。 19.(i)試料核酸を出来る限り抽出し、 (ii)該核酸を、請求項9記載の少なくとも1つのプライマーまたはユニバー サルHCVプライマーを用いて出来る限り増幅させ、 (iii)該生物学的試料の核酸を、出来る限り変性条件下で、請求項10記載 の1以上のプライマーを用いて適切な条件下でハイブリダイズさせ(ここで、該 プローブは、出来る限り固体基質に結合されている)、 (iv)適切な条件下で出来る限り洗浄し、 (v)形成されたハイブリッドを検出し、 (vi)観察されたハイブリダイゼーションパターンから存在する1以上のHC V遺伝子型の存在を推断すること からなることを特徴とする、生物学的試料中に存在する1以上のHCV遺伝子型 の存在の検出方法。 20.プローブがさらに請求項13〜15のいずれか1項におけるように特徴 付けられる請求項19記載の方法。 21.核酸が増幅の間または後に標識される請求項16〜18のいずれか1項 記載の方法。 22.請求項1〜8のいずれか1項記載のポリ核酸によってコードされたアミ ノ酸配列を有するポリペプチド、または、請求項2または3におけるHCVサブ タイプまたはタイプのうちの少なくとも1つに固有であり、かつ、既知のHCV タイプまたはサブタイプアミノ酸配列と異なる少なくとも1つのアミノ酸を含有 するその一部、または、実質的に相同であり生物学的に等価であるその類似体。 23.アミノ酸配列において以下のアミノ酸残基のうち少なくとも1つを含有 してなる請求項22記載のポリペプチド、または請求項2または3におけるHC Vサブタイプまたはタイプのうち少なくとも1つに固有であり、かつ、既知のH CVタイプまたはサブタイプアミノ酸配列と異なる少なくとも1つのアミノ酸を 含有する該ポリペプチドの一部、または該ポリペプチドと実質的に相同であり生 物学的に等価であるその類似体:I15、C38、V44、A49、Q43、P 49、Q55、A58、S60またはD60、E68またはV68、H70、A 71またはQ71またはN71、D72、H81、H101、D106、S11 0、L130、I134、E135、L140、S148、T150またはE1 50、Q153、F155、D157、G160、E165、I169、F18 1、L186、T190、T192またはI192またはH192、I193、 A195、S196、R197またはN197またはK197、Q199または D199またはH199またはN199、F200またはT200、A208、 I213、M216またはS216、N217またはS217またはG217ま たはK217、T218、I219、A222、Y223、I230、W231 またはL231、S232またはH232またはA232、Q233、E235 またはL235、F236またはT236、F237、L240またはM240 、A242、N244、N249、I250またはK250またはR250、A 252またはC252、A254、I255またはV255、D256またはM 256、E257、E260またはK260、R261、V268、S272ま たはR272、I285、G290またはF290、A291、A293または L293またはW293、T294またはA294、S295またはH295、 K296またはE296、Y297またはM297、I299またはY299、 I300、S301、P316、S2646、A2648、G2649、A26 5 0、V2652、Q2653、H2656またはL2656、D2657、F2 659、K2663またはQ2663、A2667またはV2667、D267 7、L2681、M2686またはQ2686またはE2686、A2692ま たはK2692、H2697、I2707、L2708またはY2708、A2 709、A2719またはM2719、F2727、T2728またはD272 8、E2729、F2730またはY2730、I2741、I2745、V2 746またはE2746またはL2746またはK2746、A2748、S2 749またはP2749、R2750、E2751、D2752またはN275 2またはS2752またはT2752またはV2752またはI2752または Q2752、S2753またはD2753またはG2753、D2754、A2 755、L2756またはQ2756、またはR2757(ここで、表記は、ア ミノ酸残基を1文字コードによって表す文字および第1表に示すアミノ酸ナンバ リングを表す数字からなる)。 24.アミノ酸配列において請求項5における配列番号107〜207によっ て表される配列のうち少なくとも1つを含有してなる請求項22記載のポリペプ チド、または、請求項2または3におけるHCVサブタイプまたはタイプのうち 少なくとも1つに固有であり、かつ、既知のHCVタイプまたはサブタイプアミ ノ酸配列と異なる少なくとも1つのアミノ酸を含有する該ポリペプチドの一部、 または、該ポリペプチドと実質的に相同であり生物学的に等価であるその類似体 。 25.配列番号1〜106において表されるアミノ配列を有するポリペプチド 、または、請求項2または3におけるHCVサブタイプまたはタイプのうち少な くとも1つに固有であり、かつ、既知のHCVタイプまたはサブタイプアミノ酸 配列と異なる少なくとも1つのアミノ酸を含有するその一部、または該ポリペプ チドと実質的に相同であり生物学的に等価であるその類似体。 26.請求項1〜8のいずれか1項記載のポリ核酸によってコードされる組換 えポリペプチド、または、請求項2または3におけるHCVサブタイプまたはタ イプの少なくとも1つに固有であり、かつ、既知のHCVタイプまたはサブタイ プアミノ酸配列と異なる少なくとも1つのアミノ酸を含有するその一部、または 、 該ポリペプチドと実質的に相同であり生物学的に等価であるその類似体。 27.適切な細胞宿主を、請求項1〜8のいずれか1項記載のポリ核酸または その一部が適切な調節素子の制御下で挿入された組換えベクターと形質転換させ 、 挿入体の発現を可能にする条件下、該形質転換した細胞宿主を培養し、 該ポリペプチドを収穫すること からなることを特徴とする、請求項26記載の組換えポリペプチドの製造方法。 28.原核生物性、真核生物性またはウイルス性転写および翻訳制御素子に操 作可能に結合された請求項1〜8のいずれか1項記載のポリ核酸またはその一部 を含有することを特徴とする組換え発現ベクター。 29.請求項28記載の組換えベクターにより形質転換された宿主細胞。 30.(i)HCVの存在について分析しようとする生物学的試料を請求項2 2〜26のいずれか1項記載のポリペプチドと接触させ、 (ii)抗体と該ポリペプチドとの間で形成された免疫複合体を検出すること からなることを特徴とする、生物学的試料中に存在するHCVに対する抗体の検 出方法。 31.(i)HCVの存在について分析しようとする生物学的試料を請求項2 2〜26のいずれか1項記載のポリペプチドと接触させ、 (ii)抗体と該ポリペプチドとの間で形成された免疫複合体を検出すること からなることを特徴とするHCV分類方法。 32.出来る限り固体支持体に結合されている請求項22〜26のいずれか1 項記載の少なくとも1つのポリペプチドを含有してなることを特徴とする、HC Vの存在の検出に用いるための診断用キット。 33.出来る限り固体支持体に結合されている請求項22〜26のいずれか1 項記載の少なくとも1つのポリペプチドを含有してなることを特徴とする、HC V分類のための診断用キット。 34.固体基質上の特異的な位置に結合されるポリペプチドのある範囲を含有 してなる、請求項32または33記載の診断用キット。 35.固体支持体が膜ストリップであり、ポリペプチドが平行線の形で膜に結 合されている、請求項32〜34のいずれか1項記載の診断用キット。 36.請求項22〜26のいずれか1項記載の少なくとも1つのポリペプチド および好適な賦形剤、希釈剤または担体からなることを特徴とする医薬組成物。 37.請求項36記載の医薬組成物を、防御抗体の産生または防御T−細胞応 答を刺激するのに有効な量で哺乳動物に投与することからなる、HCV感染の予 防方法。 38.請求項37記載のHCV感染の予防方法における請求項36記載の組成 物の使用。 39.医薬的に許容される担体中、請求項22〜26のいずれか1項記載の少 なくとも1つのポリペプチドを含有してなることを特徴とする、HCV感染に対 して哺乳動物を免疫化するためのワクチン。 40.請求項2または3におけるHCVサブタイプのうち少なくとも1つに固 有である請求項22〜26のいずれか1項記載の少なくとも1つのポリペプドを 含有してなる請求項39記載のワクチン。 41.請求項2または3におけるHCVサブタイプまたはタイプのうち少なく とも1つに固有であるエピトープを含有してなり、かつ、既知のHCVタイプま たはサブタイプアミノ酸配列と異なる少なくとも1つのアミノ酸を含有すること を特徴とする、請求項1〜8のいずれか1項記載のHCVポリ核酸のうち少なく とも1つによってコードされるアミノ酸配列に対応するペプチド、または、実質 的に相同であり生物学的に等価であるその類似体。 42.(i)HCVの存在について分析しようとする生物学的試料を請求項4 1記載のペプチドと接触させ、 (ii)抗体と該ペプチドとの間で形成された免疫複合体を検出すること からなることを特徴とする、生物学的試料中に存在するHCVに対する抗体の検 出方法。 43.(i)HCVの存在について分析しようとする生物学的試料を請求項4 1記載のペプチドと接触させ、 (ii)抗体と該ペプチドとの間で形成された免疫複合体を検出すること からなることを特徴とする、HCV分類方法。 44.出来る限り固体支持体に結合した請求項41記載の少なくとも1つのペ プチドを含有してなることを特徴とする、HCVの存在の検出に用いるための診 断用キット。 45.出来る限り固体支持体に結合した請求項41記載の少なくとも1つのペ プチドを含有してなることを特徴とする、HCV分類のための診断用キット。 46.ペプチドが 少なくとも1つのNS4ペプチド、 少なくとも1つのNS4ペプチドおよび少なくとも1つのコアペプチド、 少なくとも1つのNS4ペプチドおよび少なくとも1つのコアペプチドおよび 少なくとも1つのE1ペプチド、 少なくとも1つのNS4ペプチドおよび少なくとも1つのE1ペプチド から選択される請求項44または45記載の診断用キット。 47.固体基質上の特異的な位置に結合されるペプチドのある範囲を含有して なる請求項44〜46のいずれか1項記載の診断用キット。 48.固体支持体が膜ストリップであり、ペプチドが平行線の形で膜に結合さ れている請求項44〜47のいずれか1項記載の診断用キット。 49.請求項41記載の少なくとも1つのペプチドおよび好適な賦形剤、希釈 剤または担体からなることを特徴とする医薬組成物。 50.請求項49記載の医薬組成物を、防御抗体の産生または防御T細胞応答 を刺激するのに有効な量で哺乳動物に投与することからなる、HCV感染の予防 方法。 51.請求項50記載のHCV感染の予防方法における請求項49記載の組成 物の使用。 52.医薬的に許容される担体において請求項41記載の少なくとも1つのペ プチドを含有してなることを特徴とする、HCV感染に対して哺乳動物を免疫化 するためのワクチン。 53.請求項2または3におけるサブタイプまたはタイプのうち少なくとも1 つに固有である請求項41記載の少なくとも1つのペプチドを含有してなる、請 求項52記載のワクチン。 54.請求項22〜26のいずれか1項または請求項41記載の少なくとも1 つのポリペプチドまたはペプチドによる免疫化により生じる抗体(ここで、該抗 体は、該ポリペプチドまたはペプチドと特異的に反応し、該抗体は、好ましくは モノクローナル抗体である)。 55.(i)生物学的試料を請求項54記載の抗体と接触させ、 (ii)HCV抗原と該抗体との間て形成された免疫複合体を検出すること からなることを特徴とする、生物学的試料中に存在するHCV抗原の検出方法。 56.(i)生物学的試料を請求項54記載の抗体と接触させ、 (ii)HCV抗原と該抗体との間で形成された免疫複合体を検出すること からなることを特徴とする、HCV分類方法。 57.出来る限り固体支持体に結合される請求項54記載の少なくとも1つの 抗体を含有してなることを特徴とする、HCVの存在の検出に用いるための診断 用キット。 58.出来る限り固体支持体に結合される請求項54記載の少なくとも1つの 抗体を含有してなることを特徴とする、HCV分類のための診断用キット。 59.固体基質上の特異的な位置に結合される抗体のある範囲を含有してなる 請求項57または58記載の診断用キット。 60.請求項54記載の少なくとも1つの抗体および好適な賦形剤、希釈剤ま たは担体からなることを特徴とする医薬組成物。 61.請求項62記載の医薬組成物を有効量で哺乳動物に投与することからな る、HCV感染の予防または治療方法。 62.請求項61記載のHCV感染の予防または治療方法における請求項60 記載の組成物の使用。
Applications Claiming Priority (5)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
EP94870166 | 1994-10-21 | ||
EP94870166.9 | 1994-10-21 | ||
EP95870076.7 | 1995-06-28 | ||
EP95870076 | 1995-06-28 | ||
PCT/EP1995/004155 WO1996013590A2 (en) | 1994-10-21 | 1995-10-23 | New sequences of hepatitis c virus genotypes and their use as prophylactic, therapeutic and diagnostic agents |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JPH10507643A true JPH10507643A (ja) | 1998-07-28 |
Family
ID=26137782
Family Applications (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP8514299A Pending JPH10507643A (ja) | 1994-10-21 | 1995-10-23 | C型肝炎ウイルス遺伝子型の新規配列、ならびにそれらの予防薬、治療薬および診断薬としての使用 |
JP2004305574A Pending JP2005118044A (ja) | 1994-10-21 | 2004-10-20 | C型肝炎ウイルス遺伝子型の新規配列、ならびにそれらの予防薬、治療薬および診断薬としての使用 |
Family Applications After (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2004305574A Pending JP2005118044A (ja) | 1994-10-21 | 2004-10-20 | C型肝炎ウイルス遺伝子型の新規配列、ならびにそれらの予防薬、治療薬および診断薬としての使用 |
Country Status (12)
Country | Link |
---|---|
US (2) | US7129337B1 (ja) |
EP (2) | EP1076092A3 (ja) |
JP (2) | JPH10507643A (ja) |
AT (1) | ATE218617T1 (ja) |
AU (1) | AU702436B2 (ja) |
BR (1) | BR9509421A (ja) |
CA (1) | CA2201703A1 (ja) |
DE (1) | DE69526973T3 (ja) |
DK (1) | DK0804584T3 (ja) |
ES (1) | ES2176342T5 (ja) |
PT (1) | PT804584E (ja) |
WO (1) | WO1996013590A2 (ja) |
Families Citing this family (56)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
GB9620075D0 (en) * | 1996-09-26 | 1996-11-13 | Dynal As | Method |
US7078500B1 (en) * | 1998-01-30 | 2006-07-18 | The General Hospital Corporation | Genetic immunization with nonstructural proteins of hepatitis C virus |
CA2658218C (en) | 1998-04-17 | 2014-10-28 | Innogenetics N.V. | Improved immunodiagnostic assays using reducing agents |
WO1999055385A2 (de) * | 1998-04-28 | 1999-11-04 | Wolfgang Bergter | Radioimmunpharmaka zur therapie der hepatitis c |
ES2237115T5 (es) * | 1998-06-24 | 2008-05-16 | Innogenetics N.V. | Particulas de proteinas de la envoltura del hcv: uso para la vacunacion. |
US6858590B2 (en) * | 2000-08-17 | 2005-02-22 | Tripep Ab | Vaccines containing ribavirin and methods of use thereof |
CA2419418A1 (en) * | 2000-08-17 | 2002-02-21 | Tripep Ab | Vaccines containing ribavirin and methods of use thereof |
US7022830B2 (en) * | 2000-08-17 | 2006-04-04 | Tripep Ab | Hepatitis C virus codon optimized non-structural NS3/4A fusion gene |
US6680059B2 (en) * | 2000-08-29 | 2004-01-20 | Tripep Ab | Vaccines containing ribavirin and methods of use thereof |
US7101561B2 (en) | 2000-12-01 | 2006-09-05 | Innogenetics N.V. | Purified hepatitis C virus envelope proteins for diagnostic and therapeutic use |
GB0126782D0 (en) * | 2001-11-07 | 2002-01-02 | Medical Res Council | Assay |
US8124747B2 (en) * | 2003-08-29 | 2012-02-28 | Innogenetics | HCV clade and prototype sequences thereof |
JP5138230B2 (ja) | 2004-01-07 | 2013-02-06 | サード・ウェーブ・テクノロジーズ・インク | C型肝炎ウイルスの遺伝子型の決定方法 |
RU2267496C2 (ru) | 2004-01-15 | 2006-01-10 | Сергей Иванович Черныш | Противоопухолевые и антивирусные пептиды |
WO2007031867A2 (en) * | 2005-05-25 | 2007-03-22 | Tripep Ab | A hepatitis c virus non-stru tural ns3/4a fusion gene |
US8067208B2 (en) | 2005-06-30 | 2011-11-29 | Roche Molecular Systems, Inc. | Probes and methods for hepatitis C virus typing using multidimensional probe analysis |
PT2361638E (pt) | 2005-12-12 | 2014-04-17 | Ac Immune Sa | Anticorpos monoclonais específicos beta 1-42 com propriedades terapêuticas |
CA2657681C (en) | 2006-07-14 | 2019-03-19 | Ac Immune S.A. | Humanized antibodies against beta amyloid protein |
RS56986B1 (sr) | 2006-07-14 | 2018-05-31 | Ac Immune Sa | Humanizovana antitela na beta amiloid |
KR101500017B1 (ko) * | 2006-08-25 | 2015-03-09 | 더 맥파레인 버넷 인스티튜트 포 메디칼 리서치 앤드 퍼블릭 헬스 리미티드 | 재조합 hcv e2 당단백질 |
EP2463389A1 (en) | 2006-10-20 | 2012-06-13 | Innogenetics N.V. | Methodology for analysis of sequence variations within the HCV NS5B genomic region |
EP2121991A2 (en) | 2006-10-20 | 2009-11-25 | Innogenetics N.V. | Methodology for analysis of sequence variations within the hcv ns3/4a genomic region |
CN102838532A (zh) | 2006-11-24 | 2012-12-26 | Ac免疫有限公司 | 用于治疗与淀粉样物质或淀粉样蛋白有关的疾病的吡唑胺和噻唑胺衍生物 |
CN101802007B (zh) | 2007-06-12 | 2017-08-25 | Ac免疫有限公司 | 抗β淀粉样蛋白单克隆抗体 |
TWI557136B (zh) | 2007-06-12 | 2016-11-11 | Ac免疫公司 | 特異性結合β-類澱粉蛋白之抗體及相關核酸分子、表現載體、細胞、組合物、套組、方法及用途 |
EP2236624B1 (en) * | 2007-08-09 | 2012-11-07 | Federalnoe Gosudarstvennoe Byudzhetnoe Uchrezhdenie Nauki Institut Molekulyarnoi Biologi Im. V.A. Engelgardta Rossiiskoi Akademii Nauk | Method for identifying the genotype and subtype of hepatitis c virus on a biological microchip |
US8071561B2 (en) | 2007-08-16 | 2011-12-06 | Chrontech Pharma Ab | Immunogen platform |
ES2609918T3 (es) | 2007-10-05 | 2017-04-25 | Genentech, Inc. | Uso de anticuerpo anti-amiloide beta en enfermedades oculares |
WO2009130588A2 (en) * | 2008-04-22 | 2009-10-29 | Tripep Ab | Immunogen platform |
EP2311823A1 (en) | 2009-10-15 | 2011-04-20 | AC Immune S.A. | 2,6-Diaminopyridine compounds for treating diseases associated with amyloid proteins or for treating ocular diseases |
AU2011239966B2 (en) | 2010-04-16 | 2014-05-08 | Ac Immune S.A. | Novel compounds for the treatment of diseases associated with amyloid or amyloid-like proteins |
US20110256064A1 (en) | 2010-04-16 | 2011-10-20 | Ac Immune, S.A. | Novel Compounds for the Treatment of Diseases Associated with Amyloid or Amyloid-like Proteins |
US8962241B2 (en) * | 2010-07-20 | 2015-02-24 | California Institute Of Technology | Triggered molecular geometry based bioimaging probes |
EP2598882B1 (en) | 2010-07-30 | 2017-07-26 | AC Immune S.A. | Safe and functional humanized antibodies for use in treating an amyloidosis |
DK2625198T3 (en) | 2010-10-07 | 2015-09-28 | Ac Immune Sa | Antibodies that recognize the phosphorylated tau |
AU2011322553B2 (en) | 2010-10-26 | 2015-07-02 | Ac Immune S.A. | Liposome-based construct comprising a peptide modified through hydrophobic moieties |
AR092779A1 (es) | 2011-10-07 | 2015-05-06 | Ac Immune Sa | Composicon farmaceutica que comprende anticuerpos que se unen a conformeros de proteinas tau |
EP2834270B1 (en) | 2012-04-05 | 2019-10-30 | AC Immune S.A. | Humanized tau antibody |
PL2859017T3 (pl) | 2012-06-08 | 2019-07-31 | Sutro Biopharma, Inc. | Przeciwciała zawierające swoiste dla miejsca, niewystępujące naturalnie reszty aminokwasowe, sposoby ich wytwarzania i sposoby ich zastosowania |
EP3135690A1 (en) | 2012-06-26 | 2017-03-01 | Sutro Biopharma, Inc. | Modified fc proteins comprising site-specific non-natural amino acid residues, conjugates of the same, methods of their preparation and methods of their use |
CN102766701B (zh) * | 2012-07-04 | 2016-05-04 | 福州泰普生物科学有限公司 | 丙型肝炎病毒基因分型的试剂盒及方法 |
CN104981254B (zh) | 2012-08-31 | 2018-05-22 | 苏特罗生物制药公司 | 含有叠氮基的经修饰的氨基酸 |
US9598485B2 (en) | 2013-03-15 | 2017-03-21 | Ac Immune S.A. | Anti-tau antibodies and methods of use |
US9891225B2 (en) * | 2013-05-10 | 2018-02-13 | The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services | Compositions and methods for simultaneous detection of HCV antigen/antibody |
ES2865473T3 (es) | 2013-07-10 | 2021-10-15 | Sutro Biopharma Inc | Anticuerpos que comprenden múltiples residuos de aminoácidos no naturales sitio-específicos, métodos para su preparación y métodos de uso |
WO2015032932A1 (en) | 2013-09-05 | 2015-03-12 | Ab2 Bio Sa | Il-18 binding protein (il-18bp) in inflammatory diseases |
EP3055298B1 (en) | 2013-10-11 | 2020-04-29 | Sutro Biopharma, Inc. | Modified amino acids comprising tetrazine functional groups, methods of preparation, and methods of their use |
MX2017010919A (es) | 2015-03-05 | 2017-12-07 | Ab2 Bio Sa | Proteina de union il-18 (il-18bp) y anticuerpos en enfermedades inflamatorias. |
EP3472197A1 (en) | 2016-06-15 | 2019-04-24 | Sutro Biopharma, Inc. | Antibodies with engineered ch2 domains, compositions thereof and methods of using the same |
GB201807367D0 (en) | 2018-05-04 | 2018-06-20 | Univ Newcastle | Biomarker |
WO2021178597A1 (en) | 2020-03-03 | 2021-09-10 | Sutro Biopharma, Inc. | Antibodies comprising site-specific glutamine tags, methods of their preparation and methods of their use |
WO2021224432A1 (en) | 2020-05-06 | 2021-11-11 | Ab2 Bio Sa | Il-18 binding protein (il-18bp) in respiratory diseases |
EP3943097A1 (en) | 2020-07-24 | 2022-01-26 | AB2 Bio SA | Car-t cell therapy |
WO2023166206A1 (en) | 2022-03-04 | 2023-09-07 | Ab2 Bio Sa | Il-18 binding protein (il-18bp) in the treatment of vexas |
WO2024006563A1 (en) | 2022-07-01 | 2024-01-04 | Sutro Biopharma, Inc. | Il-12 mutants with reduced toxicity, compositions thereof and methods of using the same |
WO2024044780A1 (en) | 2022-08-26 | 2024-02-29 | Sutro Biopharma, Inc. | Interleukin-18 variants and uses thereof |
Family Cites Families (13)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
HU225068B1 (en) † | 1989-03-17 | 2006-05-29 | Chiron Corp | Process for producing diagnostics and vaccine of nanbh |
US5372928A (en) | 1989-09-15 | 1994-12-13 | Chiron Corporation | Hepatitis C virus isolates |
CA2065287C (en) | 1989-09-15 | 1999-12-21 | Tatsuo Miyamura | New hcv isolates |
ES2029171A6 (es) | 1989-12-18 | 1992-07-16 | Wellcome Found | Un procedimiento para preparar un polipeptido virico de hepatitis no a y no b post-transfusional (pt-nanbh) |
FI913068A (fi) | 1990-06-25 | 1991-12-26 | Univ Osaka Res Found | Non-a-, non-b-hepatitisviruspartiklar. |
ES2207633T3 (es) | 1991-05-08 | 2004-06-01 | Chiron Corporation | Secuencias genomicas del vhc para diagnostico y tratamiento. |
JP3516681B2 (ja) * | 1991-06-24 | 2004-04-05 | カイロン コーポレイション | C型肝炎ウイルス(hcv)ポリペプチド |
EP0532167A3 (en) | 1991-08-09 | 1993-03-31 | Immuno Japan Inc. | Non-a, non-b hepatitis virus genome, polynucleotides, polypeptides, antigen, antibody and detection systems |
JPH06511149A (ja) | 1991-09-13 | 1994-12-15 | カイロン コーポレイション | 免疫反応性c型肝炎ウイルスのポリペプチド組成物 |
JP3688290B2 (ja) | 1991-11-21 | 2005-08-24 | コモン サーヴィシス エージェンシー | C型肝炎ウイルス検査 |
US6762024B2 (en) * | 1993-04-27 | 2004-07-13 | Innogenetics, S.A. | Sequences of hepatitis C virus genotypes and their use as therapeutic and diagnostic agents |
JPH06319563A (ja) * | 1993-05-13 | 1994-11-22 | Imuno Japan:Kk | C型肝炎ウイルス遺伝子、オリゴヌクレオチド、並びにc型 肝炎ウイルス遺伝子型判定方法 |
US5514539A (en) | 1993-06-29 | 1996-05-07 | The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services | Nucleotide and deduced amino acid sequences of the envelope 1 gene of 51 isolates of hepatitis C virus and the use of reagents derived from these sequences in diagnostic methods and vaccines |
-
1995
- 1995-10-23 EP EP00118731A patent/EP1076092A3/en not_active Withdrawn
- 1995-10-23 JP JP8514299A patent/JPH10507643A/ja active Pending
- 1995-10-23 EP EP95936537A patent/EP0804584B2/en not_active Expired - Lifetime
- 1995-10-23 US US08/836,075 patent/US7129337B1/en not_active Expired - Fee Related
- 1995-10-23 WO PCT/EP1995/004155 patent/WO1996013590A2/en active IP Right Grant
- 1995-10-23 PT PT95936537T patent/PT804584E/pt unknown
- 1995-10-23 AT AT95936537T patent/ATE218617T1/de not_active IP Right Cessation
- 1995-10-23 DK DK95936537T patent/DK0804584T3/da active
- 1995-10-23 ES ES95936537T patent/ES2176342T5/es not_active Expired - Lifetime
- 1995-10-23 AU AU38440/95A patent/AU702436B2/en not_active Ceased
- 1995-10-23 DE DE69526973T patent/DE69526973T3/de not_active Expired - Lifetime
- 1995-10-23 BR BR9509421A patent/BR9509421A/pt not_active Application Discontinuation
- 1995-10-23 CA CA002201703A patent/CA2201703A1/en not_active Abandoned
-
2001
- 2001-05-09 US US09/851,138 patent/US6974864B2/en not_active Expired - Fee Related
-
2004
- 2004-10-20 JP JP2004305574A patent/JP2005118044A/ja active Pending
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
AU702436B2 (en) | 1999-02-18 |
DK0804584T3 (da) | 2002-09-23 |
EP0804584B1 (en) | 2002-06-05 |
CA2201703A1 (en) | 1996-05-09 |
AU3844095A (en) | 1996-05-23 |
PT804584E (pt) | 2002-11-29 |
ATE218617T1 (de) | 2002-06-15 |
JP2005118044A (ja) | 2005-05-12 |
ES2176342T5 (es) | 2010-02-09 |
EP1076092A2 (en) | 2001-02-14 |
EP0804584A1 (en) | 1997-11-05 |
EP0804584B2 (en) | 2008-07-09 |
US20020183508A1 (en) | 2002-12-05 |
WO1996013590A3 (en) | 1996-08-15 |
EP1076092A3 (en) | 2001-03-28 |
DE69526973T3 (de) | 2010-01-07 |
BR9509421A (pt) | 1997-09-30 |
ES2176342T3 (es) | 2002-12-01 |
WO1996013590A2 (en) | 1996-05-09 |
DE69526973T2 (de) | 2003-01-02 |
US7129337B1 (en) | 2006-10-31 |
DE69526973D1 (de) | 2002-07-11 |
US6974864B2 (en) | 2005-12-13 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JPH10507643A (ja) | C型肝炎ウイルス遺伝子型の新規配列、ならびにそれらの予防薬、治療薬および診断薬としての使用 | |
EP0651807B1 (en) | New sequences of hepatitis c virus genotypes and their use as therapeutic and diagnostic agents | |
CA2065287C (en) | New hcv isolates | |
US7348011B2 (en) | Hepatitis C virus vaccine | |
IE83377B1 (en) | New HCV isolate J-1 | |
US7855052B2 (en) | Sequences of hepatitis C virus genotypes and their use as therapeutic and diagnostic agents | |
MAERTENS et al. | Patent 2201703 Summary |