JPH10506276A - ヒト転写因子iia - Google Patents

ヒト転写因子iia

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JPH10506276A JP8510834A JP51083496A JPH10506276A JP H10506276 A JPH10506276 A JP H10506276A JP 8510834 A JP8510834 A JP 8510834A JP 51083496 A JP51083496 A JP 51083496A JP H10506276 A JPH10506276 A JP H10506276A
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Abstract

(57)【要約】 ヒト転写因子IIAの小さな(γ)サブユニット、およびそのようなポリペプチドをコードするDNA(RNA)、およびそのようなポリペプチドを組換え技術により製造する方法。そのようなポリペプチドを、遺伝子に特異的な、および全体的な転写を調節するために利用する方法もまた開示する。そのようなポリペプチドに対するアンタゴニスト、および転写を阻害するための、それらの使用もまた開示する。

Description

【発明の詳細な説明】 ヒト転写因子IIA 本発明は、新たに同定されたポリヌクレオチド、そのようなポリヌクレオチド によりコードされるポリペプチド、そのようなポリヌクレオチドおよびポリペプ チドの使用、さらにはまた、そのようなポリヌクレオチドおよびポリペプチドの 製造に関する。とりわけ、本発明のポリペプチドは、時として以下で、「小さな サブユニット」と呼ぶ、ヒト転写因子IIAの小さな(γ)サブユニットである。本 発明はまた、そのようなポリペプチドの作用を阻害することにも関する。 原核生物では、精製RNAポリメラーゼ、プロモーターを有するテンプレート 、ヌクレオシドトリフォスフェート、並びに適当な緩衝液および塩を単に混合す るだけで、正しい部位で開始される、インビトロにおける特異的遺伝子転写を得 るのに十分である。しかし、真核生物から得られる精製RNAポリメラーゼは、 全く不十分に、また実質的には、アトランダムに転写を開始する。従って、真核 生物での正確な転写の開始には、補助因子が必要とされる。これらの転写因子の 中には、全てのプロモーターでの開始に必要とされる一般因子もあれば、遺伝子 に特異的であって、あるプロモーターにのみ必要とされるものもある。一般因子 のうち、転写因子IID「TFIID」と呼ばれるタンパク質は、プロモーターにお けるTATA配列(ここで、Tはチミジンを示し、またAはアデノシンを示す) に結合する。他の一般因子もまた、プロモーターでの多成分タンパク質複合体の 構築に関与する。 一般には、転写因子は2つの機能ドメインを含み、1つはDNA結合のための 機能ドメインであり、1つは転写活性化のための機能ドメインであることが見い 出されている。これらの機能は、それらの天然の環境(natural context)から除 去された場合でも、それらの機能を保持する制限された構造ドメイン内に存する ことが多い。転写因子のDNA結合ドメインは、それらの一次アミノ酸配列に基 づいて、幾つかの構造ファミリーに分かれる。 遺伝子発現を制御する特異的ヌクレオチドを同定するために、コード領域に隣 接する遺伝子の領域を配列決定し得る。これらの配列の比較により、様々な遺伝 子の5'および3'末端付近に共通パターンが明らかになる。これらは、RNAポ リメラーゼによる適切な転写に重要であると予想される。最も一般的なモチーフ は、転写開始部位から約30bp辺りのTATA配列である。他の保存配列は、転 写開始部位の約50〜100bp上流に見い出されている。 真核生物の転写活性化は、一般転写因子およびコアクチベーターと呼ばれる、 幾つかのマルチプロテイン複合体の特徴付けを必要とする1.2。異側性の(hetero meric)一般転写因子TFIIAは、TATA結合タンパク質(TBP)に直接結合し3.4 、また転写活性化の過程に関係している5-8。TFIIAのγサブユニットは、 TATA結合タンパク質に弱く結合するが、TFIIAの大きなサブユニット(α β)のTBPへの結合を強く安定化する。組換えヒトTFIIAは、少なくとも3 つの異なったアクチベーターにより媒介される転写活性化に機能的である。αβ およびγサブユニットは両方とも、プロモーターDNAへ結合することによるT FIIDのアクチベーター依存性刺激に必須であり、従って、複合体形成開始前の 第一段階を促進する。このことは、TFIIAが、アクチベーターにより調節され る転写に重要な、進化的に保存された一般転写因子であることを実証する。 TFIIAの一般転写因子IID(TFIID)との相互作用は、転写活性化過程にお ける律速段階であることが示されている5。TFIIAは、TBP3.4、マルチプロ テインTFIID複合体のDNA結合サブユニット12に直接結合する。転写の活性 化に必須であるTBP関連因子(TAF)12-14もまた、TFIIA−TFIID−プ ロモーター複合体のアクチベーター依存性刺激に必要とされる6。TFIIAは、 調節されていない基礎転写において未知の機能を有するが15、TFIIAは、TF IIDのインヒビターが転写を妨げないようにするという役割を担うと仮定されて いる16-19。 TFIIA同族体は、酵母において同定されており9.10、また2つのサブユニッ トをコードする遺伝子は、生存能力に必須である11。ヒトTFIIAは、3つのポ リペプチド(α、β、γ)からなるが、2つの最も大きなサブユニットは、酵母T FIIAの大きなサブユニットに対して相同性を共有する単一遺伝子から得られる7.20.21 。ヒトおよび酵母タンパク質は両方とも、TBPの進化的に保存された ドメインに結合して22、TFIIDで再構築された転写を刺激するが、TBPで再 構築された転写は刺激しない17.19。 本発明のポリペプチドは、TFIIAのγサブユニットとして推定的に同定され た。この同定は、アミノ酸配列の相同性の結果として為された。 本発明の一態様により、TFIIAの小さなサブユニットである新規成熟ポリペ プチド、さらにはまた、そのフラグメント、アナログおよび誘導体を提供する。 本発明のポリペプチドは、ヒト起源である。 本発明の別の態様により、そのようなポリペプチドをコードするポリヌクレオ チド(DNAまたはRNA)を提供する。 本発明のまたさらなる態様により、そのようなポリペプチドを組換え技術によ り製造する方法を提供する。 本発明のまたさらなる態様により、そのようなポリペプチド、またはそのよう なポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを、治療目的に、例えば、遺伝子 に特異的な、または全体的な転写を調節するために、またTFIID複合体のリプ レッサーを妨害するために利用する方法を提供する。 本発明のまたさらなる態様により、そのようなポリペプチドに対する抗体を提 供する。 本発明のまた別の態様により、そのようなポリペプチドの作用を阻害するため に、例えば、望ましくない細胞の転写、例えば、悪性腫瘍を阻害するために使用 することができる、そのようなポリペプチドに対するアンタゴニストを提供する 。 本発明のこれらの態様および他の態様は、本明細書中の教示から当業者に明ら かであろう。 以下の図面は、本発明の態様を説明するものであって、請求の範囲により包含 される本発明の範囲を限定しようとするものではない。 第1(A)図は、ヒトTFIIAの小さなサブユニットのcDNA配列および対応 する推定アミノ酸配列を示す。示した小さなサブユニットのポリペプチドは、成 熟型のポリペプチドである。アミノ酸に関する標準的な1文字略号を使用する。 第1(B)図は、ヒトTFIIAの小さなサブユニットおよび酵母(TOA2)TF IIAの小さなサブユニットのアミノ酸組成の比較を説明する。 第1(C)図は、ヒトTFIIAサブユニットを示す模式図である。TFIIAは、 2つの遺伝子、αβおよびγによりコードされる。αβタンパク質は、翻訳後に プロセッシングされて、各々、約35および19kDaの2つのポリペプチド(α およびβ)となる。組換えαおよびβポリペプチドは、アミノ酸残基251に切 断点をもって設計されたが、これは、天然に存在するタンパク質切断部位に正確 には対応しないかもしれない。 第2図は、組換えヒト、酵母およびヘテロロガスな(heterologous)TFIIAの 機能活性を説明する。第2(A)図は、ポリアクリルアミドゲルEMSA(電気泳 動移動度シフトアッセイ)により検出された、DNAに結合したD−A複合体(T FIIAの小さなサブユニットのTBPへの添加の結果として生ずる)の形成を説 明する。各々のレーンの上に示したように、酵母TBP10ngの不存在下(−)ま たは存在下(+)、アデノウイルスE1B TATA因子を含む、29bpのオリゴ ヌクレオチドプローブを、TFIIAの様々な調製物と共にインキュベートした。 各々の反応において、組換えTFIIA約50ngをインキュベートした。部分的に 精製されたヒトTFIIA(hIIA、レーン3、4)、組換えヒトサブユニットの組 合せ(αβ、α、β、γ、レーン6−16)、酵母γをもつ組換え酵母αβ(hαβ /yγ、レーン19、20)を各々のレーンの上に示す。 第2(B)図は、エプスタイン−バールウイルスによりコードされるアクチベー ター、Zta転写アクチベーターによる転写活性化の再構築におけるTFIIA活性 の必要条件を説明する。転写反応物を、免疫親和性により精製されたTFIID、 組換えTFIIB、部分的に精製されたRNAポリメラーゼII、TFIIE、TFII F、およびZtaを含む(+)、または含まない(−)USAで再構築した。各々のレ ーンの上に示したように、様々なTFIIA調製物を反応物に加えた。左側の矢印 は、正しく開始された転写を示す。 第3(A)図は、TFIIAサブユニットのTBPとの相互作用を説明する。各々 のレーンの上に示したように、35Sで標識化されたTFIIA γ(レーン 1−3 )、αβ(レーン 4−6)、αβ+γ(レーン 7−9)、またはT3 ルシフェラー ゼ対照(レーン 10−12)タンパク質を、グルタチオンセファロースビーズ上 に固定化されたGST(レーン 2、5、8、11)またはGST−TBP(レーン 3、6、9、12)と共にインキュベートした。インプットと記されたレーン( レーン 1、4、7、10)は、約2.5%の反応インプットを示す。 第3(B)図は、TFIIAサブユニットの相互作用により、TFIIA γの強い 同型(homotypic)結合が明らかになることを説明する。35Sで標識化されたTFI IA γ(レーン 1−4)、αβ(レーン 5−8)、TBP(レーン 9−12)、ま たはT3 ルシフェラーゼ(レーン 13−16)を、グルタチオンセファロースビ ーズ上に固定されたGST(レーン 2、6、10、14)、GST−αβ(レーン 3、7、11、15)、またはGST−γ(レーン 4、8、12、16)と共に インキュベートした。 第4(A)図は、組換えTFIIAが、TFIIAが減損した(depleted)核抽出物に おいて、3つの異なった活性化ドメインが機能する能力を回復させることを説明 する。インビトロにおける転写反応において、転写アクチベータータンパク質Z ta(レーン 2、4、6、7、8、9)、GAL4−AH(レーン 10、12、1 4)、またはVP16(レーン 16、18、20)を、未処理のヒーラー細胞核抽 出物(レーン 1、2、9、10、15、16)と共に、またはTFIIAが減損し たヒーラー細胞核抽出物(レーン 3−9、11−14、17−20)と共にイン キュベートした。組換えTFIIA αβ+γ(レーン 5、6、13、14、19 、20)、TFIIA αβ(レーン 7)、またはTFIIA γ(レーン 8)50ngを 、減損した抽出物に補った。ZtaおよびGAL4テンプレートに関して正しく開 始されたプライマー伸長産物を各々、左側および右側の矢印で示す。 第4(B)図は、部分的に精製された一般転写因子をもつ酸性アクチベーターに よる転写活性化の再構築におけるTFIIAの必要条件を説明する。転写反応物は 、GAL−AHアクチベーターおよびG5E1BTCATテンプレートを使用し たことを除き、実質的には、第2(B)図に記載した転写反応物と同じであった。 第4(C)図は、組換えTFIIAが、アクチベーターおよびTAF依存性TFII Dプロモーター複合体を促進することを示す。免疫精製されたTFIID(レーン 3−12)、Zta(偶数のレーン、および13)、およびZ7E4TCATプロモ ーターから得られる250bpのプローブをもつDNA結合反応物のMgアガロー スゲルEMSA。Zta(20ng)、組換えTFIIA(50ng)、および0.1フット プリント法単位のTFIIDを、約1fmoleの放射能標識化されたプロモーターD NAと共に室温で15分間インキュベートした。 配列決定の不正確さが、ポリヌクレオチド配列を決定しようとする場合の共通 の問題である。従って、第1A図の配列は、幾つかの配列決定実験に基づいてお り、また配列決定の正確さは、少なくとも97%であると考えられる。 本発明の一態様により、第1A図の推定アミノ酸配列を有する成熟ポリペプチ ド、または1994年6月10日にATCC寄託番号第75809号として寄託 されたクローンのcDNAによりコードされる成熟ポリペプチドをコードする、 単離された核酸(ポリヌクレオチド)を提供する。 本発明のポリヌクレオチドは、T細胞ライブラリー中で発見された。それは、 構造上、酵母(TOA2)の小さなサブユニットに関係がある。それは、109個 のアミノ酸残基のタンパク質をコードするオープンリーディングフレームを含む 。そのタンパク質は、酵母TOA2に対し、アミノ酸範囲(stretch)全体にわた り、40%の同一性および50%の類似性をもって、最も高い程度の相同性を示 す。 本発明のポリヌクレオチドは、RNAの形で、またはDNAの形であり得、こ のDNAには、cDNA、ゲノムDNA、および合成DNAが含まれる。該DN Aは、二本鎖または一本鎖であり得、また一本鎖であるなら、コード鎖または非 コード(アンチ−センス)鎖であり得る。成熟ポリペプチドをコードするコード配 列は、第1A図に示すコード配列または寄託されたクローンのコード配列と同じ であってよく、あるいは遺伝コードの重複または縮重の結果として、第1A図の DNAまたは寄託されたcDNAと同じ成熟ポリペプチドをコードする異なった コード配列であってもよい。 第1A図の成熟ポリペプチドまたは寄託されたcDNAによりコードされる成 熟ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドには、該ポリペプチドが細胞の外 側に排出されない核タンパク質であることから、成熟ポリペプチドのコード配列 のみが含まれる。 従って、「ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド」という用語は、ポリ ペプチドのコード配列のみが含まれるポリヌクレオチド、さらにはまた、付加的 コードおよび/または非コード配列が含まれるポリヌクレオチドを包含する。 本発明はさらに、第1A図の推定アミノ酸配列を有するポリペプチドまたは寄 託されたクローンのcDNAによりコードされるポリペプチドのフラグメント、 アナログおよび誘導体をコードする、上記のポリヌクレオチドの変異体に関する 。ポリヌクレオチドの変異体は、ポリヌクレオチドの天然に存在するアレル変異 体またはポリヌクレオチドの天然には存在しない変異体であり得る。 従って、本発明には、第1A図に示すのと同じ成熟ポリペプチドまたは寄託さ れたクローンのcDNAによりコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードする ポリヌクレオチド、さらにはまた、そのようなポリヌクレオチドの変異体が含ま れ、これらの変異体は、第1A図のポリペプチドまたは寄託されたクローンのc DNAによりコードされるポリペプチドのフラグメント、誘導体またはアナログ をコードする。そのようなヌクレオチド変異体には、欠失変異体、置換変異体並 びに付加および挿入変異体が含まれる。 先に示したように、該ポリヌクレオチドは、第1A図に示すコード配列の天然 に存在するアレル変異体または寄託されたクローンのコード配列の天然に存在す るアレル変異体であるコード配列を有し得る。当業界で知られているように、ア レル変異体は、1つまたはそれ以上のヌクレオチドの置換、欠失または付加を有 し得る別の形のポリヌクレオチド配列であり、これは、コードされるポリペプチ ドの機能を実質的には変えない。 本発明のポリヌクレオチドはまた、本発明のポリペプチドの精製を可能とする マーカー配列に枠内で融合したコード配列も有し得る。細菌宿主の場合には、そ のマーカー配列は、マーカーに融合した成熟ポリペプチドの精製を提供するため の、pQE−9ベクターにより与えられるヘキサ−ヒスチジンタグ(tag)であって よく、または、例えば、哺乳動物宿主、例えば、COS−7細胞を使用する場合 には、そのマーカー配列は、赤血球凝集素(HA)タグであってよい。HAタグは 、インフルエンザ赤血球凝集素タンパク質から得られるエピトープに対応する( Wilson,I.ら、Cell、37:767(1984))。 本発明はさらに、配列間に少なくとも50%、また好ましくは70%の同一性 がある場合に、上記の配列にハイブリダイズするポリヌクレオチドに関する。本 発明は特に、ストリンジェント条件下、上記のポリヌクレオチドにハイブリダイ ズするポリヌクレオチドに関する。本明細書中で使用する場合、「ストリンジェ ント条件」という用語は、配列間に少なくとも95%、また好ましくは少なくと も97%の同一性がある場合にのみ、ハイブリダイゼーションが起こるであろう ことを意味する。好ましい態様では、上記のポリヌクレオチドにハイブリダイズ するポリヌクレオチドは、第1A図のcDNAまたは寄託されたcDNAによりコ ードされる成熟ポリペプチドと実質的に同じ生物学的機能または活性を保持する ポリペプチドをコードする。 本明細書中で言う寄託は、特許手続上の微生物の寄託の国際承認に関するブダ ペスト条約の条件の下に保持されるであろう。これらの寄託は、単に当業者への 便宜として与えられるものであって、寄託が35 U.S.C.§112下に要求 されることを承認するものではない。寄託された物質中に含まれるポリヌクレオ チドの配列、さらにはまた、それによりコードされるポリペプチドのアミノ酸配 列は、本明細書の一部を構成して、本明細書中の配列のいずれかの記載と矛盾す る際はいつでも照合している。寄託された物質を製造し、使用し、または販売す るには、実施許諾が必要であり、またそのような実施許諾は、ここでは付与され ない。 本発明はさらに、第1A図の推定アミノ酸配列を有する、または寄託されたc DNAによりコードされるアミノ酸配列を有する、TFIIAポリペプチドの小さ なサブユニット、さらにはまた、そのようなポリペプチドのフラグメント、アナ ログおよび誘導体に関する。 第1A図のポリペプチドまたは寄託されたcDNAによりコードされるポリペ プチドを示す場合、「フラグメント」、「誘導体」および「アナログ」という用 語は、そのようなポリペプチドと実質的に同じ生物学的機能または活性を保持す るポリペプチドを意味する。従って、アナログには、プロプロテイン部分を切断 することにより活性化して、活性な成熟ポリペプチドを製造することができるプ ロプロテインが含まれる。 本発明のポリペプチドは、組換えポリペプチド、天然ポリペプチドまたは合成 ポリペプチドであってよく、好ましくは組換ポリペプチドである。 第1A図のポリペプチドまたは寄託されたcDNAによりコードされるポリペ プチドのフラグメント、誘導体またはアナログは、(i)1つまたはそれ以上の アミノ酸残基が同型または非同型アミノ酸残基(好ましくは、同型アミノ酸残基) で置換されており、またそのような置換アミノ酸残基が遺伝コードによりコード されるものであってもよく、またはコードされたものでなくてもよいもの、(ii) 1つまたはそれ以上のアミノ酸残基に置換基が含まれるもの、または(iii)成 熟ポリペプチドが、該ポリペプチドの半減期を増加させる化合物(例えば、ポリ エチレングリコール)のような、他の化合物と融合しているもの、または(iv) 成熟ポリペプチドの精製に使用される、付加的アミノ酸が成熟ポリペプチドに融 合しているものであり得る。そのようなフラグメント、誘導体およびアナログは 、本明細書中の教示から当業者の範囲内であると思われる。 本発明のポリペプチドおよびポリヌクレオチドは、単離された形で提供される のが好ましく、好ましくは、均一となるまで精製される。 「単離された」という用語は、物質がその元の環境(例えば、それが天然に存 在するなら、天然の環境)から除去されていることを意味する。例えば、生きて いる動物にある天然に存在するポリヌクレオチドまたはポリペプチドは単離され ていないが、天然の系における共存物質のいくつかまたは全てから分離された同 じポリヌクレオチドまたはポリペプチドは単離されている。そのようなポリヌク レオチドはベクターの部分となり得、および/またはそのようなポリヌクレオチ ドまたはポリペプチドは組成物の部分となり得、またそのようなベクターまたは 組成物はその天然の環境の部分ではないという点で、なお単離されている。 本発明はまた、本発明のポリヌクレオチドが含まれるベクター、本発明のベク ターで遺伝的に操作された宿主細胞、および本発明のポリペプチドの組換え技術 による製造にも関する。 宿主細胞は、例えば、クローニングベクターまたは発現ベクターであり得る本 発明のベクターで遺伝的に操作される(トランスデュースされ、またはトランス フォームされ、またはトランスフェクトされる)。該ベクターは、例えば、プラ スミド、ウイルス粒子、ファージ等の形であり得る。操作された宿主細胞は、プ ロモーターを活性化し、トランスフォーマントを選択し、またはTFIIA遺伝子 を増幅するのに適するよう改変された従来の栄養培地で培養することができる。 温度、pH等といったような培養条件は、発現用に選択された宿主細胞で先に使 用した培養条件であって、当業者に明らかであろう。 本発明のポリヌクレオチドは、ペプチドを組換え技術により製造するのに使用 することができる。従って、例えば、該ポリヌクレオチドを、ポリペプチドを発 現するための様々な発現ベクターのいずれか1つに含ませることができる。その ようなベクターには、染色体、非染色体および合成DNA配列、例えば、SV4 0の誘導体;細菌プラスミド;ファージDNA;バキュロウイルス;酵母プラス ミド;プラスミドとファージDNAとの組合せから得られるベクター;ワクシニ ア、アデノウイルス、鶏痘ウイルス、仮性狂犬病といったようなウイルスDNA が含まれる。しかし、他のいずれのベクターも、それが宿主中で複製可能であっ て、生存可能である限り、使用することができる。 適当なDNA配列を様々な方法によりベクターに挿入することができる。一般 には、DNA配列を当業界で既知の方法により適当な制限エンドヌクレアーゼ部 位に挿入する。そのような方法および他の方法は、当業者の範囲内であると思わ れる。 発現ベクターのDNA配列を、適当な発現制御配列(プロモーター)に作動可能 に結合し、mRNA合成を行わせる。そのようなプロモーターの代表例として、 以下のものが挙げられる:LTRまたはSV40プロモーター、E.coli. lacま たはtrp、ファージラムダPLプロモーター、および原核もしくは真核細胞または それらのウイルスでの遺伝子の発現を制御することが知られている他のプロモー ター。発現ベクターはまた、翻訳開始のためのリボソーム結合部位および転写終 結区も含む。該ベクターはまた、発現を増幅するのに適当な配列も含み得る。 さらに、発現ベクターは、真核細胞培養の場合にはジヒドロフォレートレダク ターゼまたはネオマイシン耐性といったような、またはE.coliではテトラサイ クリンまたはアンピシリン耐性といったような、トランスフォームされた宿主細 胞の選択のための表現型特性を与えるために、1つまたはそれ以上の選択可能な マーカー遺伝子を含むのが好ましい。 上記のような適当なDNA配列、さらにはまた、適当なプロモーターまたは制 御配列を含むベクターを、適当な宿主をトランスフォームするために使用して、 その宿主がタンパク質を発現するのを可能にすることができる。 適当な宿主の代表例として、以下のものが挙げられる:E.coliStreptomyc esSalmonella typhimuriumといったような細菌細胞;酵母のような真菌細胞 ;DrosophilaおよびSf9といったような昆虫細胞;CHO、COSまたはBow esメラノーマといったような動物細胞;植物細胞等。適当な宿主の選択は、本明 細書中の教示から当業者の範囲内であると思われる。 とりわけ、本発明にはまた、先に広く記載した配列を1つまたはそれ以上含ん でなる組換え構築物も含まれる。その構築物は、本発明の配列が順または逆方向 で挿入されている、プラスミドまたはウイルスベクターといったようなベクター を含んでなる。この実施態様の好ましい態様では、該構築物はさらに、例えば、 該配列に作動可能に結合したプロモーターを含め、制御配列を含んでなる。適当 なベクターおよびプロモーターが多数、当業者に知られていて、市販されている 。以下のベクターを例として挙げる。細菌用:pQE70、pQE60、pQE− 9(Qiagen)、pbs、pD10、ファージスクリプト(phagescript)、psiX174 、pbluescript SK、pbsks、pNH8A、pNH16a、pNH18A、pNH46 A(Stratagene);ptrc99a、pKK223−3、pKK233−3、pDR54 0、pRIT5(Pharmacia)。真核生物用:pWLNEO、pSV2CAT、pOG 44、pXT1、pSG(Stratagene)、pSVK3、pBPV、pMSG、pSVL( Pharma cia)。しかし、他のいずれのプラスミドまたはベクターも、それらが宿主中で複 製可能であって、生存可能である限り、使用することができる。 プロモーター領域は、CAT(クロラムフェニコールトランスフェラーゼ)ベク ターまたは選択マーカーを有する他のベクターを用いて、いずれかの所望の遺伝 子から選択することができる。2つの適当なベクターは、PKK232−8およ びPCM7である。個々に名付けられた細菌プロモーターには、lacI、lacZ、 T3、T7、gpt、ラムダPR、PLおよびtrpが含まれる。真核プロモーターには 、CMV即時初期(immediate early)、HSVチミジンキナーゼ、初期および後 期SV40、レトロウイルス由来のLTR、およびマウスのメタロチオネイン− Iが含まれる。適当なベクターおよびプロモーターの選択は、十分、当業者のレ ベルの範囲内である。 さらなる態様では、本発明は、上記の構築物を含む宿主細胞に関する。その宿 主細胞は、哺乳動物細胞のような高等真核細胞、酵母細胞のような低等真核細胞 であり得、または該宿主細胞は、細菌細胞のような原核細胞であり得る。構築物 の宿主細胞への導入は、リン酸カルシウムトランスフェクション、DEAE−デ キストラン媒介トランスフェクションまたはエレクトロポレーションにより行う ことができる。(Davis,L.、Dibner,M.、Battey,L.、Basic Methods in Molecular Biology(1986))。 宿主細胞中の構築物を通常の方法で使用して、組換え配列によりコードされる 遺伝子産物を製造することができる。あるいはまた、本発明のポリペプチドは、 従来のペプチド合成装置により合成的に製造することができる。 成熟タンパク質は、適当なプロモーターの制御下、哺乳動物細胞、酵母、細菌 、または他の細胞中で発現させることができる。そのようなタンパク質を、本発 明のDNA構築物から得られるRNAを用いて製造するために、無細胞翻訳系も また使用することができる。原核および真核宿主で使用するのに適当なクローニ ングおよび発現ベクターは、Sambrookら、Molecular Cloning:A Laborato ry Manual,第2版、Cold Spring Harbor、ニューヨーク、(1989)に より記載されており、この開示は、本明細書の一部を構成する。 本発明のポリペプチドをコードするDNAの高等真核生物による転写は、エン ハンサー配列をベクターに挿入することにより増加する。エンハンサーは、プロ モーターに作用してその転写を増加させる、通常、約10〜300bpの、DNA のシス作用性要素である。例には、bp100〜270の、複製開始点の後期側に あるSV40エンハンサー、サイトメガロウイルス初期プロモーターエンハンサ ー、複製開始点の後期側にあるポリオーマエンハンサー、およびアデノウイルス エンハンサーが含まれる。 通例、組換え発現ベクターには、複製開始点、および宿主細胞のトランスフォ ーメーションを可能にする選択可能なマーカー、例えば、E.coliのアンピシリ ン耐性遺伝子およびS.cerevisiae TRP1遺伝子、並びに下流の構造配列の転 写を行わせるために高度に発現される遺伝子から得られるプロモーターが含まれ るであろう。そのようなプロモーターは、とりわけ、3−ホスホグリセリン酸キ ナーゼ(PGK)のような解糖系酵素、α因子、酸性ホスファターゼ、または熱シ ョックタンパク質をコードするオペロンから得ることができる。ヘテロロガスな 構造配列は、翻訳開始および終結配列、また好ましくは、翻訳されたタンパク質 の細胞周辺腔または細胞外媒体への分泌を行わせることができるリーダー配列と 共に、適当な相(phase)で構築される。場合により、そのヘテロロガスな配列は 、所望の特性、例えば、発現された組換え生成物の安定化または精製の簡易化を 与えるN−末端同定ペプチドが含まれる融合タンパク質をコードすることができ る。 細菌で使用するのに有用な発現ベクターは、所望のタンパク質をコードする構 造DNA配列を、適当な翻訳開始および終結シグナルと共に、機能的なプロモー ターを有する作動可能なリーディング相に挿入することにより構築される。その ベクターは、ベクターの維持を確実なものとするために、また所望により、宿主 内での増幅を与えるために、1つまたはそれ以上の表現型の選択可能なマーカー および複製開始点を含んでなるであろう。トランスフォーメーションに適当な原 核宿主には、E.coliBacillus subtilisSalmonella typhimurium、並びに Pseudomonas属、Streptomyces属、およびStaphylococcus属の範囲内の様々な 種が含まれるが、他のものもまた、選択物質として使用することができる。 代表的であるが、非限定的な例として、細菌で使用するのに有用なベクターは 、周知のクローニングベクター pBR322(ATCC 37017)の遺伝要素 を含んでなる市販のプラスミドから得られる、選択可能なマーカーおよび細菌の 複製開始点を含んでなり得る。そのような市販のベクターには、例えば、pKK 223−3(Pharmacia Fine Chemicals、Uppsala、スウエーデン)およびG EM1(Promega Biotec、Madison、WI、米国)が含まれる。これらのpBR 322「骨核」部分を適当なプロモーターおよび発現されるべき構造配列と組み 合わせる。 適当な宿主株をトランスフォーメーションして、その宿主株を適当な細胞密度 まで増殖させた後、選択されたプロモーターを適当な方法(例えば、温度シフト または化学誘導)により誘導して、細胞をさらなる期間培養する。 細胞を、一般的には、遠心分離により収集し、物理的または化学的方法により 破壊して、その結果得られた粗製の抽出物を更なる精製のために保持する。 タンパク質の発現に使用される微生物細胞は、凍結−解凍サイクル、音波処理 、機械的破壊、または細胞溶解剤の使用を含め、いずれの従来法によっても破壊 でき、そのような方法は、当業者に周知である。 組換えタンパク質を発現させるために、様々な哺乳動物細胞培養系もまた使用 することができる。哺乳動物発現系の例には、Gluzman、Cell、23:175 (1981)により記載されている、サルの腎臓線維芽細胞のCOS−7系、お よび適合可能なベクターを発現させることができる他の細胞系、例えば、C12 7、3T3、CHO、HeLaおよびBHK細胞系が含まれる。哺乳動物発現ベク ターは、複製開始点、適当なプロモーターおよびエンハンサー、またいずれかの 必要なリボソーム結合部位、ポリアデニル化部位、スプライスドナーおよびアク セプター部位、転写終結配列、および5'に隣接する非転写配列もまた含んでな るであろう。SV40のスプライシングから得られるDNA配列、およびポリア デニル化部位を使用して、必要とされる非転写遺伝要素を与えることができる。 TFIIAの小さなサブユニットのポリペプチドは、硫酸アンモニウムまたはエ タノール沈降、酸抽出、陰イオンまたは陽イオン交換クロマトグラフィー、ホス ホセルロースクロマトグラフィー、疎水的相互作用クロマトグラフィー、アフィ ニティークロマトグラフィー、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィー、お よびレクチンクロマトグラフィーが含まれる方法により、組換え細胞培養物から 回収して、精製することができる。必要に応じて、タンパク質の再生工程を、成 熟タンパク質の立体配置を完成するのに使用することができる。最後に、高性能 液体クロマトグラフィー(HPLC)を最終精製工程に使用することができる。 本発明のポリペプチドは、天然に精製された産物、もしくは化学合成法の産物 であり得るか、または原核もしくは真核宿主から(例えば、培養物中の細菌、酵 母、高等植物、昆虫および哺乳動物細胞によって)組換え技術により製造するこ とができる。組換え製造方法で使用する宿主により、本発明のポリペプチドは、 グリコシル化され得るか、またはグルコシル化され得ない。本発明のポリペプチ ドにはまた、最初のメチオニンアミノ酸残基が含まれ得る。 出願人は、本発明における科学的推論を、いずれかの特定の理論に限定するこ とを欲しないが、以下の手順は、全体としてのTFIIA、または特に小さな(γ) サブユニットの機能的態様の説明である。 TFIIA活性を、ポリアクリルアミドゲルEMSAで、TATAボックスを含 むオリゴヌクレオチドプローブへのTBP結合の安定化に関して最初にアッセイ した(第2A図)。TFIIAの不存在下では、酵母TBPは、TATAボックスを 含むオリゴヌクレオチドと安定な複合体を形成しない(レーン 2)。部分的に精 製されたヒトTFIIA(hIIA)のTBPへの添加は、安定な複合体(D−A)の形 成を引き起こした(レーン 4)。組換えαβ+γもまた、安定なD−A複合体を 産生した(レーン 6)。αβまたはγサブユニットが個別に添加される場合、T BPは、安定なD−A複合体を形成しなかった(レーン 8および10)。天然の TFIIAは、3つのポリペプチドとして存在することから、αβタンパク質は、 2つの独立したサブユニットとして発現した(第1C図)。TBP結合に関して、 α+γには効果がなかった(レーン 12)が、β+γには僅かに効果があった(レ ーン 14)。対照的に、α、βおよびγサブユニットの組合せ(αβ+γ)は、T BP結合の強い刺激を引き起こしたが、電気泳動移動度は、天然のヒトTFIIA タンパク質と非常によく似ていた(レーン 16)。さらに、酵母γサブユニット もまた、ヒトαβサブユニットと混合した場合に、安定なD−A複合体を形成す ることができたが、このことは、αβおよびγサブユニットの間の相互作用が進 化的に保存されていることを示している(レーン 20)。D−A複合体の電気泳 動移動度は、TFIIAの様々なαβγ型により影響を受けたが、このことは、T FIIAが、結合した複合体において保持されていることを示唆している。 様々なTFIIA複合体を、部分的に精製された一般転写因子、コアクチベータ ーUSA25、およびエプスタイン−バールウイルスによりコードされるアクチベ ーター、Zta6で再構築された反応物における転写活性を支持する、それらの能 力に関して分析した。γサブユニットは転写活性化に必須であり、またαおよび βサブユニットを、単一αβポリペプチドとして、または2つの異なったポリペ プチド(α+β)として補うことができた(第2B図)。全ての場合において、EM SAにおけるD−A複合体の形成は、Ztaによる転写活性化を支持するTFIIA の能力と関連があった。 放射能標識化されたαβ、γ、またはαβ+γタンパク質を、グルタチオンア ガロース上に固定化されたグルタチオン−S−トランスフェラーゼ(GST)また はGST−TBP融合タンパク質と相互作用する、それらの能力に関して試験し た(第3A図)。γサブユニットは、αβサブユニットがそうであったように(レ ーン 6)、GST−TBPに弱くだが、特異的に結合した(レーン 3)。重要な ことには、αβ+γサブユニットの組合せが、GST−TBPへの結合を著しく 増大させた(レーン 9)。GST−γおよびGST−αβに結合する、放射能標 識化されたTBPの能力もまた試験した(第3B図)。TBPは、GST−αβタ ンパク質に結合したが、GST−γタンパク質とは相互作用しなかった(第3B 図、レーン 11および12)。γのTBPへの結合に関する矛盾は、γのアミノ 末端に融合したGSTの立体障害の部分的結果であり得る。αβおよびγは両方 とも、TBPと直接接触することが可能であるが、ヘテロダイマーは、明らかに 、より高い親和性で結合する。 γのαβポリペプチドとの相互作用もまた、GST融合タンパク質結合アッセ イにより試験した。放射能標識化されたγ、αβ、またはT3対照を、GST− γ、GST−αβ、またはGST単独と共にインキュベートした(第3B図)。予 期されるように、αβサブユニットはGST−γに結合し、またγサブユニット はGST−αβに結合した。γサブユニットはまた、GST−γにも強く結合し たが、αβはGST−αβを結合せず、このことは、γサブユニットの同型会合 (association)がTFIIAのオリゴマー化状態の原因となることを示唆している 。T3対照タンパク質は、試験した、いずれのGSTタンパク質とも相互作用し なかった。 TFIIAが、Ztaとは異なるアクチベーターによる転写活性化に必要とされる かどうかを決定するために、酸性アクチベーターGAL4−AH26およびヘルペ スウイルスから得られるアクチベーターGAL4−VP1627によるTFIIAの 必要性を試験した。Ztaは、AHと同様、酸性アクチベーターではなく、またV P16活性化モジュールに対する明らかな相同性は共有していない。TFIIAが 減損したヒーラー細胞核抽出物を、TFIIAのαβサブユニットに特異的に結合 するニッケルアガロースで連続的に通すことにより調製した7.20。Ztaの、減損 した抽出物への添加は、有意な転写レベルをもたらさなかった(第3A図、レー ン4)。TFIIA αβ+γサブユニットの添加は、減損した抽出物の活性化を、 減損していない抽出物において観察されるレベルまで回復させた(レーン2およ び6を比較する)。αβまたはγサブユニット単独では、これらの減損した抽出 物におけるZta活性化を回復させることができなかったが、このことは、両方の サブユニットがニッケルアガロースにより等しく減損されたことを示している。 同様に、GAL4−AH(レーン 9−14)およびGAL4−VP16(レーン 15−20)は、TFIIAが減損した抽出物において機能しなかった。組換えα β+γサブユニットの添加は、全ての3つの異なったアクチベーターについてア クチベーター依存性転写を回復させた。GAL4−AHはまた、Ztaがそうであ ったように(第2B図)、再構築された転写アッセイにおいて、TFIIAを必要と することも示した(第4B図)。これらの結果は、両方の粗製の核抽出物において 、さらにはまた、より精製された再構築システムにおいて、異なった活性化 ドメインが転写の活性化にTFIIAを必要とすることを示す。 部分的に精製されたTFIIAは、プロモーターDNAに結合するTFIIDの活 性化ドメイン刺激に必要とされる6。MgアガロースゲルEMSAを利用すること により、この機能において、組換えTFIIAが、部分的に精製されたTFIIAの 代わりをすることが見い出された(第4C図)。TFIIAの不存在下では、Ztaは 、TFIID−DNA複合体の形成を刺激しない(第4C図、レーン4)。しかし、 部分的に精製されたTFIIA(レーン 6)、またはαβ+γ(レーン 12)の添加 であって、αβもしくはγ単独(レーン 7−10)ではない添加は、プロモータ −DNAに結合するTFIIDのZta刺激を可能とする。これらの結果は、TFII AがアクチベーターおよびTFIIDの間の相互作用を媒介し、このことが、プロ モーターDNAに対するTFIIDの親和性の増大を引き起こすことを実証する。 ヒトTFIIAのγサブユニットの単離は、インビトロにおける転写の活性化の 再構築での、高度に精製されたTFIIAの必要条件に関して試験すること可能と した。幾つかの異なった活性化ドメインは、それらの能力が機能するために、T FIIAを必要とする。組換えヒトγサブユニットはまた、インビトロにおける転 写およびTBP結合アッセイで、機能上、相互交換できることも示された。 TFIIAの小さなサブユニットのポリペプチドは、TFIIDのインヒビターが 転写を妨げないようにするのに使用することができ、このことは、ある特定の遺 伝子産物が望ましく、またTFIID複合体の阻害により所望のレベルで産生され ることのない場合に有用である。 最も重要なことには、TFIIAの小さなサブユニットのポリペプチドは、所望 の濃度の特定のタンパク質を得るために、転写を全体的に、または遺伝子に特異 的な方法で調節するのに使用することができる。例えば、悪性腫瘍の場合には、 TFIIAの小さなサブユニットを抑制して転写を防いでもよく、またタンパク質 、例えば、成長ホルモンが望ましい場合には、TFIIAの小さなサブユニットは 、遺伝子産物の転写および産生を高めることができる。 本発明のポリペプチドはまた、同様の生物学的活性を有する他の分子を同定す るのにも有用である。このことに関するスクリーニングの例は、既知のDNA配 列を使用してオリゴヌクレオチドプローブを合成することにより、TFIIA遺伝 子の小さなサブユニットのコード領域を単離することである。本発明の遺伝子の 配列に相補的な配列を有する標識化オリゴヌクレオチドを、ヒトのcDNA、ゲ ノムDNAまたはmRNAのライブラリーをスクリーニングするために使用して 、ライブラリーのどのメンバーにプローブがハイブリダイズするかを決定する。 本発明は、TFIIAの小さなサブユニットの、TFIIDとの相互作用を高める (アゴニスト)、またはブロックする(アンタゴニスト)化合物を同定するために、 化合物をスクリーニングする方法を提供する。アゴニストは、TFIIAの小さな サブユニットの天然の生物学的機能を増大させる化合物であり、一方、アンタゴ ニストは、そのような機能を排除する。例として、転写が通常行われるであろう 条件の下、精製RNAポリメラーゼ、プロモーターを有するテンプレート、ヌク レオシドトリフォスフェート、並びに適当な緩衝液および塩を、該化合物の存在 下に、TFIIAおよびTFIIDと混合することができる。次いで、TFIIAのテ ンプレートDNAへの結合を高める、またはブロックする、その化合物の能力は 、転写産物のレベルを測定することにより決定することができるであろう。 あるいはまた、そのアッセイは、TFIIA誘導性プロモーターがマーカー遺伝 子の発現を駆動する、細胞に基づいたアッセイであり得る。次いで、TFIIAお よびスクリーニングすべき化合物を加えて、マーカー遺伝子の産生レベルを測定 する。さらに、この細胞に基づいたアッセイは、転写に対する作用がTFIIAア ゴニズムまたはアンタゴニズムに特異的であるかどうかを決定するために、結合 アッセイと並行して使用することができる。 可能性のあるアンタゴニストには、抗体、また幾つかの場合には、TFIIAの 小さなサブユニットに結合するオリゴヌクレオチドが含まれる。あるいはまた、 可能性のあるアンタゴニストは、TFIID複合体のTBPタンパク質に結合する が、転写は開始しない、密接に関係するタンパク質であり得る。そのような密接 に関係するタンパク質の一例は、TFIIAの2つのサブユニットが突然変異して 、機能を保持していない、負の(negative)優性突然変異体である。しかし、その 負の優性突然変異体は、それでもなお基質を認識するが、転写は開始しない。 別の可能性のあるアンタゴニストは、アンチセンス技術を利用して製造された アンチセンス構築物である。アンチセンス技術を利用して、三重らせん形成また はアンチセンスDNAもしくはRNAによって遺伝子発現を制御することができ 、この方法は両方とも、ポリヌクレオチドのDNAまたはRNAへの結合に基づ く。例えば、本発明の成熟ポリペプチドをコードする、ポリヌクレオチド配列の 5’ コード部分を使用して、長さ約10〜40塩基対のアンチセンスRNAオリゴヌ クレオチドを設計する。DNAオリゴヌクレオチドを、転写に関与する遺伝子領 域に対して相補的であるよう設計し(三重らせん−Leeら、Nucl.Acids Res. 、6:3073(1979);Cooneyら、Science、241:456(198 8);およびDervanら、Science、251:1360(1991)を参照)、そ のことによって、転写およびTFIIAの小さなサブユニットの産生を妨げる。ア ンチセンスRNAオリゴヌクレオチドは、インビボにおいてmRNAにハイブリ ダイズして、mRNA分子の、TFIIAの小さなサブユニットへの翻訳をブロッ クする(アンチセンス−Okano、J.Neurochem.、56:560(1991); Oligodeoxynucleotides as Antisense Inhibitors of Gene Expression、 CRC Press、Boca Raton、FL(1988))。上記のオリゴヌクレオチド を細胞に送り込んで、アンチセンスRNAまたはDNAをインビボにおいて発現 させて、TFIIAの小さなサブユニットの産生を阻害することもできる。 可能性のあるアンタゴニストには、ポリペプチドの活性部位に結合して占有し 、そのため、TFIIAがTFIIDを活性化して転写を開始することができない小 さな分子が含まれる。小さな分子の例には、これらに限定されるものではないが 、小さなペプチドまたはペプチド様分子が含まれる。 該アンタゴニストは、望ましくないポリペプチドの転写を阻害するのに使用す ることができる。例えば、ある特定のポリペプチドが、ある望ましくない状態を もたらす場合には、上述のアンタゴニストを使用して、そのポリペプチドの転写 を妨げることができる。この一例は、癌細胞の転写および分化である。該アンタ ゴニストはまた、薬学上許容され得る担体、例えば、以下に記載するような担体 と共に、組成物中で使用することもできる。 本発明のポリペプチドは、適当な薬学的担体と組み合わせて使用することがで きる。そのような組成物は、治療上有効な量のポリペプチド、および薬学上許容 され得る担体または賦形剤を含んでなる。そのような担体には、これに限定され るものではないが、生理食塩水、緩衝化生理食塩水、デキストロース、水、グリ セロール、エタノール、およびそれらの組み合わせが含まれる。その製剤は、投 与方法に適合すべきである。 本発明はまた、本発明の医薬組成物の成分を1つまたはそれ以上充填した、1 つまたはそれ以上の容器を含んでなる医薬品パックまたはキットも提供する。そ のような容器に関連して、薬学的または生物学的製品の製造、使用または販売を 規制する政府当局により規定された形の通知を付してもよく、この通知は、ヒト への投与のための製造、使用または販売の、該当局による承認を表わす。さらに 、本発明のポリペプチドは、他の治療化合物と共に使用することができる。 該医薬組成物は、局所、静脈内、腹腔内、筋肉内、皮下、鼻腔内または皮内経 路といったような、便利な方法で投与することができる。該医薬組成物は、具体 的な徴候を治療および/または予防するのに有効な量で投与される。一般に、そ れらは、少なくとも約10μg/kg(体重)の量で投与され、最も多くの場合、そ れらは、1日当り約8mg/kg(体重)を超えない量で投与されるであろう。最も多 くの場合、投与経路および症状等を考慮に入れて、投薬量は、毎日約10μg/k g〜約1mg/kg(体重)である。 TFIIAの小さなサブユニットのポリペプチド、並びにポリペプチドであるア ゴニストおよびアンタゴニストはまた、「遺伝子治療」と呼ばれることが多い、 そのようなポリペプチドのインビボにおける発現により、本発明に従って使用す ることもできる。 従って、例えば、患者由来の細胞を、エクスビボにおいて、あるポリペプチド をコードするポリヌクレオチド(DNAまたはRNA)で操作した後、操作した細 胞を該ペプチドで処置すべき患者に与える。そのような方法は、当業界で周知で ある。例えば、本発明のポリペプチドをコードするRNAを含むレトロウイルス 粒子の使用によって、細胞を当業界で既知の方法により操作することができる。 同様に、例えば、当業界で既知の方法により、ポリペプチドのインビボにおけ る発現のために、細胞をインビボにおいて操作することができる。当業界で知ら れているように、細胞をインビボにおいて処理して、ポリペプチドをインビボに おいて発現させるために、本発明のポリペプチドをコードするRNAを含むレト ロウイルス粒子を製造するための産生細胞を患者に投与することができる。その ような方法により本発明のポリペプチドを投与するためのこれらの方法および他 の方法は、本発明の教示から当業者に明らかであろう。例えば、細胞を操作する ための発現ビヒクルは、レトロウイルス以外のもの、例えば、適当な運搬ビヒク ルと組み合わせた後、細胞をインビボにおいて操作するために使用することがで きるアデノウイルスであってもよい。 完全な長さのTFIIAの小さなサブユニット遺伝子のフラグメントは、完全な 長さのTFIIAの小さなサブユニット遺伝子を単離するために、またその遺伝子 に対して高い配列類似性を有する他の遺伝子を単離するために、cDNAライブ ラリーのハイブリダイゼーションプローブとして使用することができる。この種 類のプローブは、例えば、30、40、50、75、90、100、または15 0塩基であり得る。しかし、好ましくは、該プローブは、30〜50の間の塩基 対を有する。該プローブはまた、完全な長さの転写物に対応するcDNAクロー ン、並びに調節およびプロモーター領域、エキソン、およびイントロンが含まれ る完全な遺伝子を含むゲノムクローンを同定するのに使用することもできる。該 プローブは、ハイブリダイゼーションの同定を容易にするために、例えば、放射 能により標識化するのがよい。 本発明の配列はまた、染色体同定にも有益である。その配列を個々のヒト染色 体上の特定の位置に対して具体的に標的化して、ハイブリダイズさせることがで きる。そのうえ、現在、染色体上の特定の部位を同定する必要がある。実際の配 列データ(反復多型性)に基づいた染色体マーキング試薬は、現在、染色体位置を マークするのにはほとんど利用できない。本発明によるDNAの染色体へのマッ ピングは、それらの配列を病気と関連する遺伝子と関係づける重要な第一段階で ある。 簡単に言えば、cDNA由来のPCRプライマー(好ましくは、15−25bp) を調製することにより、配列を染色体にマップすることができる。cDNAのコ ンピューター分析を使用して、ゲノムDNA中の1つ以上のエクソンをスパン(s pan)しないプライマーを迅速に選択することから、増幅過程を複雑なものとする 。次いで、これらのプライマーを、個々のヒト染色体を含む体細胞ハイブリッド の PCRスクリーニングに使用する。プライマーに対応するヒト遺伝子を含む、そ れらのハイブリッドのみが、増幅されたフラグメントを与えるであろう。 体細胞ハイブリッドのPCRマッピングは、特定のDNAを特定の染色体に帰 属させるための迅速な方法である。同じオリゴヌクレオチドプライマーを用いて の本発明を利用して、サブローカリゼーションは、具体的な染色体または大きい ゲノムクローンのプール由来のフラグメントのパネルを用いる類似の方法で達成 することができる。その染色体へマップするのに同様に利用することができる他 のマッピング方法には、in situ ハイブリダイゼーション、標識化フロー−ソー ティッド(flow−sorted)染色体を用いてのプレスクリーニング、および染色体特 異的cDNAライブラリーを構築するためのハイブリダイゼーションによるプレ セレクションが含まれる。 cDNAクローンの、中期染色体スプレッドへの蛍光 in situ ハイブリダイゼ ーション(FISH)を利用して、正確な染色体位置を一工程で与えることができ る。この技術は、500または600塩基という短いcDNAで利用することが できる;しかし、2,000bpより大きいクローンは、簡単な検出に十分なシグ ナル強度を有する独自の染色体位置へ結合する可能性が高い。FISHは、ES Tが得られるクローンの使用を必要とし、また長ければ長いほどよい。例えば、 2,000bpが良好であり、4,000はより良好であって、4,000以上は、 恐らく、良好な結果を妥当な時間割合で得るのに必要ない。この技術の復習には 、Vermaら、Human Chromosomes:a Manual of Basic Techniques、Perga mon Press、ニューヨーク(1988)を参照。 ある配列が正確な染色体位置に一度マップされると、染色体上の配列の物理的 位置を遺伝マップデータと関連付けることができる。そのようなデータは、例え ば、V.McKusick、Mendelian Inheritance in Man(Johns Hopkins Univ ersity Welch Medical Libraryを介してオンラインで利用できる)に見い出さ れる。次いで、同じ染色体領域にマップされている遺伝子と疾患との間の関係を 結合分析(物理的に隣接した遺伝子の共遺伝(coinheritance))によって確認する 。 次に、病気に冒された個体と冒されていない個体との間のcDNAまたはゲノ ム配列の相違を決定する必要がある。変異が、冒された個体のいくつかまたは全 てにおいて認められるが、いずれの正常な個体においても認められないなら、そ の変異は疾患の原因となるものであるらしい。 現在、物理的マッピングおよび遺伝的マッピングの分析から、疾患と関連する 染色体領域に正確に局在化したcDNAは、50〜500の可能な原因となる遺 伝子の1つとなり得るであろう。(これは、1メガベースのマッピング分析およ び20kb当り1つの遺伝子を仮定する)。 ポリペプチド、それらのフラグメントもしくは他の誘導体、もしくはそれらの アナログ、またはそれらを発現する細胞を免疫源として使用して、それらに対す る抗体を製造することができる。これらの抗体は、例えば、ポリクローナルまた はモノクローナル抗体であり得る。本発明にはまた、キメラ、単鎖、およびヒト 化抗体、さらにはまた、Fabフラグメント、またはFab発現ライブラリーの生成 物も含まれる。当業界で既知の様々な方法を、そのような抗体およびフラグメン トの製造に使用することができる。 本発明の配列に対応するポリペプチドに対して生成される抗体は、ポリペプチ ドを動物に直接注入することにより、またはポリペプチドを動物、好ましくはヒ トでない動物に投与することにより得ることができる。次いで、そのようにして 得られた抗体は、そのポリペプチド自体に結合するであろう。この方法では、ポ リペプチドのフラグメントのみをコードする配列さえも、完全な天然のポリペプ チドを結合する抗体を製造するのに使用することができる。次いで、そのような 抗体を使用して、そのポリペプチドを発現する組織からポリペプチドを単離する ことができる。 モノクローナル抗体を調製するには、連続的な細胞系培養により産生される抗 体を与える技術を全て使用することができる。例には、ハイブリドーマ技術(Ko hlerおよびMilstein、1975、Nature、256:495−497)、トリオー マ(trioma)技術、ヒトB細胞ハイブリドーマ技術(Kozborら、1983、Immun ology Today 4:72)、およびヒトモノクローナル抗体を製造するためのEB V−ハイブリドーマ技術(Coleら、1985、Monoclonal Antibodies and C ancer Therapy、Alan R.Liss,Inc.、77−96頁において)が含まれる。 単鎖抗体の産生に関して記載されている技術(米国特許第4,946,778号) は、本発明の免疫原性ポリペプチド産生物に対する単鎖抗体を製造するのに適合 し得る。 本発明をさらに、以下の実施例に関して記載する;しかし、本発明は、そのよ うな実施例に限定されないことを理解すべきである。部または量は全て、特にこ とわらない限り、重量単位である。 以下の実施例の理解を容易にするために、幾つかの頻繁に出てくる方法および /または用語を記載する。 「プラスミド」は、前置きする小文字のpおよび/または続けて大文字および /または数字により示す。本明細書中の出発プラスミドは、市販されていて、限 定されない基盤の下に公に入手可能であるか、または公開された方法により入手 可能なプラスミドから構築できる。さらに、記載したプラスミドと同等のプラス ミドは、当業界で既知であって、当業者に明らかであろう。 DNAの「消化」は、DNAのある配列にのみ作用する制限酵素でDNAを触 媒切断することを示す。本明細書中で使用する様々な制限酵素は市販されており 、それらの反応条件、補因子および他の必要条件は、当業者に知られているよう に使用した。分析目的には、一般的に、緩衝溶液約20μl中、1μgのプラスミ ドまたはDNAフラグメントを約2単位の酵素と共に使用する。プラスミド構築 のためのDNAフラグメントを単離する目的には、一般的に、より多量の体積中 、DNA5〜50μgを20〜250単位の酵素で消化する。特定の制限酵素に 適当な緩衝液および基質量は、製造者により指定されている。37℃で約1時間 のインキュベーション時間が通常利用されるが、供給者の指示に従って変えるこ とができる。消化後、Sambrookら、Molecular Cloning:A laboratory Man ual、第2版、Cold Spring Harbor、ニューヨーク(1989)に記載されて いるように、その反応物をポリアクリルアミドゲル(またはアガロースゲル)で直 接電気泳動して、所望のフラグメントを単離する。 「オリゴヌクレオチド」は、化学的に合成することができる、一本鎖ポリデオ キシヌクレオチド、または2つの相補的ポリヌクレオチド鎖を示す。そのような 合成オリゴヌクレオチドは5'ホスフェートを有さないことから、キナーゼの存 在下、ATPでホスフェートを加えることなしには、別のオリゴヌクレオチドに ライゲートしないであろう。合成オリゴヌクレオチドは、脱リン酸化されていな いフラグメントにライゲートするであろう。 「ライゲーション」は、2つの二本鎖核酸フラグメントの間にホスホジエステ ル結合を形成する過程をいう(Maniatis,T.ら、同上、146頁)。特にことわ らない限り、ライゲーションは、ライゲートさせるべきDNAフラグメントのほ ぼ等モル量の0.5μg当り10単位のT4DNAリガーゼ(「リガーゼ」)と共 に、既知の緩衝液および条件を用いて成し遂げることができる。 特にことわらない限り、トランスフォーメーションは、Graham,F.およびVa n der Eb,A.、Virology、52:456−457(1973)の方法に記載さ れているようにして行った。 実施例1 小さなTFIIAのサブユニットの細菌発現および精製 最初に、小さなTFIIAのサブユニットをコードするDNA配列、ATCC第 75809号を、プロセシングされたTFIIAのサブユニットタンパク質の5' および配列、並びにTFIIA遺伝子の小さなサブユニットの3'側のベクター配 列に対応するPCRオリゴヌクレオチドプライマーを利用して増幅する。TFII Aの小さなサブユニットに対応する付加的ヌクレオチドを各々、5'および3'配 列に付加した。γサブユニットの場合、5'オリゴヌクレオチドプライマーは、 配列: を有し、BamHI制限酵素部位、続いて、プロセシングされたタンパク質コドン の推定される末端アミノ酸から始まる18ヌクレオチドのTFIIA(下線部)コー ド配列の小さなサブユニットを含む。3'配列: は、HindIII部位に対する相補的配列、続いて、13ヌクレオチドのTFIIA( 下線部)の小さなサブユニットを含む。その制限酵素部位は、細菌発現ベクターp QE−9(Qiagen,Inc.9259 Eton Ave.、Chatsworth、CA 9131 1)上の制限酵素部位に対応する。pQE−9は、抗生物質耐性(Ampr)、細菌の 複製開始点(ori)、IPTG−調節可能なプロモーターオペレーター(P/O)、 リボソーム結合部位(RBS)、6−Hisタグおよび制限酵素部位をコードする。 次いで、pQE−9をBamHIおよびHindIIIで消化した。増幅された配列をpQ E−9にライゲートして、アミノ末端に融合した6つのHis残基と共に枠内に挿 入した。次いで、そのライゲーション混合物を使用して、Sambrook,J.ら、Mo lecular Cloning:A Laboratory Manual、Cold Spring Laboratory Pre ss(1989)に記載されている手順により、Qiagenから商標 M15/rep4 で入手可能なE.coli.株をトランスフォームした。M15/rep4はプラスミドp REP4の多重コピーを含み、これは、lacIリプレッサーを発現して、またカ ナマイシン耐性(Kanr)も与える。トランスフォーマントを、それらがLBプレ ートで増殖する能力により同定して、アンピシリン/カナマイシン耐性コロニー を選択した。プラスミドDNAを単離して、制限分析により確認した。 所望の構築物を含むコロニーを、Amp(100ug/ml)とKan(25ug/ml)の両 方を補ったLB培地中での液体培養で一晩増殖させた(O/N)。そのO/N培養 物を使用して、大きな培養物を1:100〜1:250の割合で播種した。細胞 が、0.4〜0.6の光学密度600(O.D.600)まで増殖した。次いで、IPT G(「イソプロピル−B−D−チオガラクトピラノシド」)を、最終濃度が1mM となるまで加えた。IPTGは、lacIリプレッサーを不活性化することにより 、P/Oのクリアリングを誘導し、遺伝子発現を増加させる。細胞をさらに3〜 4時間増殖させた。次いで、細胞を遠心分離により収集した。細胞ペレットをカ オトロピック剤である6モルのグアニジンHCl中で可溶化した。清澄後、この 溶液から、6−ヒスチジンタグを含むタンパク質による強固な結合を可能にする 条件下、ニッケル−アガロースカラムでのクロマトグラフィーにより、可溶化し たTFIIAのサブユニットを精製した(Hochuli,E.ら、J.Chromatography 4 1 1:177−184(1984))。6モルのグアニジンHCl(pH 5.0)中、 TFIIAの小さなサブユニット(純度 95%)をカラムから溶出させ、指定され たタンパク質と化学量論的に組合せて、それら自体により再生すること可能にし た(第2図参照)。図に示すように、ゲル移動度シフトアッセイを利用して、転写 産物を分離した。 実施例2 TFIIAの小さなサブユニットの、グルタチオン−S−トランスフェラーゼ またはGST−TBP融合タンパク質との相互作用 GSTまたはGST融合タンパク質の細菌抽出物を、グルタチオンセファロー ス−4Bビーズ(GST融合タンパク質6−9μg/ビーズ20μl)と共に振盪し ながら4℃でインキュベートした。2時間後、そのビーズを冷緩衝液A(20mM NaH2PO4(pH 7.0)、150mM NaCl、1mM DTT、1mM PMSF) 50カラム体積で洗浄した。次いで、洗浄したビーズ(20μl)を、タンパク質 結合緩衝液(PBB)300μl中、2×104cpmの35Sで標識化されたタンパク 質を含む網状赤血球ライゼートと共に室温で1時間インキュベートした。PBB は、20mM Hepes(pH 7.9)、20%グリセロール、0.5mM EDTA、6 0mM KCl、5mM MgCl2、0.1% NP40、および5mM β−メルカプト エタノールを含んでいた。続いて、そのビーズをPBB中で4回洗浄して、標識 化タンパク質を1M KClで溶出させた。試料を15% SDSポリアクリルア ミドゲルで分析し、サリチル酸ナトリウムで高めて(enhanced)、オートラジオグ ラフィーにより視覚化した。 実施例3 TFIIAを利用する転写反応 転写反応物は、最終反応体積50μl中、Z7E4TCAT29またはG5E1 BTCAT26テンプレート100ng、アクチベータータンパク質約200ng、お よび核抽出物40μgを含んでいた。500mM KClを含む、20mM Hepes(p H 7.9)、20% グリセロール、5mM β−メルカプトエタノール、1mM PM SF中の緩衝液D中、ヒーラー細胞核抽出物を透析した後、ニッケルアガロース ビーズ(充填ビーズ150ul/核抽出物1mg)と共に2回続けてインキュベーショ ンすることにより、TFIIAが減損した核抽出物を調製した。減損した抽出物を 、100mM KClを含むD緩衝液中に透析した。再構築された転写反応物およ びMgアガロースEMSAは、先に記載した。 先の教示から見て、本発明の多数の変更および変化が可能であることから、後 記する請求の範囲内で、特に記載した以外の方法で、本発明を行うことができる 。
【手続補正書】特許法第184条の8 【提出日】1996年4月11日 【補正内容】 のレーンの上に示したように、35Sで標識化されたTFIIA γ(レーン 1−3) 、αβ(レーン 4−6)、αβ+γ(レーン 7−9)、またはT3 ルシフェラー ゼ対照(レーン 10−12)タンパク質を、グルタチオンセファロースビーズ上 に固定化されたGST(レーン 2、5、8、11)またはGST−TBP(レーン 3、6、9、12)と共にインキュベートした。インプットと記されたレーン( レーン 1、4、7、10)は、約2.5%の反応インプットを示す。 第3(B)図は、TFIIAサブユニットが活性化ドメインに依存的な方法でZta に結合することを説明する。Zta、ΔZta、TFIIA αβまたはγの精製GS T融合タンパク質(先に示した)を、インビトロにおいて翻訳された、35Sで標識 化されたγ(上段のパネル)、αβ(中段のパネル)、またはルシフェラーゼ対照( Luc;下段のパネル)と共にインキュベートした。(レーン 1)5%のインプット された標識化タンパク質。 第4(A)図は、組換えTFIIAが、TFIIAが減損した(depleted)核抽出物に おいて、転写の活性化を回復させることを説明する。インビボにおける転写反応 において、アクチベータ−タンパク質GAL4−AH、GAL4−VP16、G AL4−CTF、およびZtaを、(+)で示したように、未処理のヒーラー細胞核 抽出物(40ug;レーン 1、2)と共に、またはTFIIAが減損したヒーラー細 胞核抽出物(40ug;レーン 3−10)と共にインキュベートした。最終濃度の 0.2umの組換えαβ+γ(レーン 5、6)、αβ(レーン 7)、γ(レーン 8)、 または2.4ugの部分的に精製されたhIIA(DE−IIA)(レーン 9、10)を、 減損した抽出物に補った。プライマー伸長産物に対するアクチベーターを、各々 のパネルの左側に示す。 第4(B)図は、部分的に精製された一般転写因子をもつ酸性アクチベーターに よる転写活性化の再構築におけるTFIIAの必要条件を説明する。転写反応物は 、GAL−AHアクチベーターおよびG5E1BTCATテンプレートを使用し たことを除き、実質的には、第2(B)図に記載した転写反応物と同じであった。 イにより試験した。放射能標識化されたγ、αβ、またはT3対照を、GST− γ、GST−αβ、またはGST単独と共にインキュベートした(第3B図)。予 期されるように、αβサブユニットはGST−γに結合し、またγサブユニット はGST−αβに結合した。γサブユニットはまた、GST−γにも強く結合し たが、αβはGST−αβを結合せず、このことは、γサブユニットの同型会合 (association)がTFIIAのオリゴマー化状態の原因となることを示唆している 。T3対照タンパク質は、試験した、いずれのGSTタンパク質とも相互作用し なかった。 TFIIAが、Ztaとは異なるアクチベーターによる転写活性化に必要とされる かどうかを決定するために、酸性アクチベーター GAL4−AH26およびヘル ペスウイルスから得られるアクチベーター GAL4−VP1627によるTFII Aの必要性を試験した。Ztaは、AHと同様、酸性アクチベーターではなく、ま たVP16活性化モジュールに対する明らかな相同性は共有していない。TFII Aが減損したヒーラー細胞核抽出物を、TFIIAのαβサブユニットに特異的に 結合するニッケルアガロースで連続的に通すことより調製した7.20。GAL4− AH、GAL4−VP16、GAL4−CTFまたはZtaの、減損した抽出物へ の添加は、有意な転写レベルをもたらさなかった(第4A図、各々のアクチベー ターに関する各々のパネルのレーン 4)。αβまたはγサブユニット単独では、 これらの減損した抽出物についてのGAL4−AHまたはGAL4−VP16活 性化を回復させることができなかったが、このことは、両方のサブユニットがニ ッケルアガロースにより等しく減損されたことを示している。しかし、両方の組 換えサブユニットの添加は、全ての4つの異なったアクチベーターについてのア クチベーター依存性転写を回復させた(第4A図、各々のアクチベーターに関す るレーン 6)。組換えαβ+γサブユニットの添加は、全ての3つの異なったア クチベーターについてのアクチベーター依存性転写を回復させた。GAL4−A Hはまた、Ztaがそうであったように(第2B図)、再構築された転写アッセイに おいて、TFIIAを必要とすることも示した(第4B図)。これらの結果は、両方 の粗製の核抽出物において、さらにはまた、より精製された再構築システムにお い て、異なった活性化 【図3】 【図4】
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.6 識別記号 FI A61K 48/00 ADU C07K 14/47 C07K 14/47 C12N 1/21 C12N 1/21 C12P 21/02 C C12P 21/02 21/08 21/08 G01N 33/53 D G01N 33/53 A61K 37/02 AED //(C12N 1/21 C12R 1:19) (C12P 21/02 C12R 1:19)

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 1.(a)第1A図の推定アミノ酸配列を有する小さなサブユニットのポリペ プチド、または該ポリペプチドのフラグメント、アナログもしくは誘導体をコー ドするポリヌクレオチド;および (b)ATCC寄託番号第75809号に含まれるcDNAによりコードされる アミノ酸配列を有する小さなサブユニットのポリペプチド、または該ポリペプチ ドのフラグメント、アナログもしくは誘導体をコードするポリヌクレオチド; よりなる群から選択される、単離されたポリヌクレオチド。 2.ポリヌクレオチドがDNAである、請求項1に記載のポリヌクレオチド。 3.ポリヌクレオチドがRNAである、請求項1に記載のポリヌクレオチド。 4.ポリヌクレオチドがゲノムDNAである、請求項1に記載のポリヌクレオ チド。 5.該ポリヌクレオチドが、第1A図の推定アミノ酸配列を有する小さなサブ ユニットをコードする、請求項2に記載のポリヌクレオチド。 6.該ポリヌクレオチドが、ATCC寄託番号第75809号のcDNAによ りコードされる小さなサブユニットのポリペプチドをコードする、請求項2に記 載のポリヌクレオチド。 7.第1A図に示す小さなサブユニットのコード配列を有する、請求項1に記 載のポリヌクレオチド。 8.ATCC寄託番号第75809号として寄託された小さなサブユニットの コード配列を有する、請求項2に記載のポリヌクレオチド。 9.請求項2に記載のDNAを含むベクター。 10.請求項9に記載のベクターで遺伝的に操作された宿主細胞。 11.ポリペプチドを製造する方法であって、該DNAによりコードされるポ リペプチドを請求項10に記載の宿主細胞から発現させることを含んでなる方法 。 12.ポリペプチドを発現させることができる細胞を製造する方法であって、 細胞を請求項9に記載のベクターで遺伝的に操作することを含んでなる方法。 13.請求項2に記載のDNAにハイブリダイズすることが可能であって、小 さなサブユニットの活性を有するポリペプチドをコードする、単離されたDNA 。 14.(i)第1A図の推定アミノ酸配列を有する小さなサブユニットのポリ ペプチド、並びにそのフラグメント、アナログおよび誘導体;および (ii)ATCC寄託番号第75809号のcDNAによりコードされる小さなサ ブユニットのポリペプチド、並びに該ポリペプチドのフラグメント、アナログお よび誘導体; よりなる群から選択されるポリペプチド。 15.ポリペプチドが、第1A図の推定アミノ酸配列を有する小さなサブユニ ットである、請求項14に記載のポリペプチド。 16.請求項14に記載のポリペプチドに対する抗体。 17.請求項14に記載のポリペプチドのアゴニスト。 18.請求項14に記載のポリペプチドに対するアンタゴニスト。 19.高レベルの転写が必要である患者を治療する方法であって、治療上有効 な量の、請求項14に記載のポリペプチドを患者に投与することからなる方法。 20.高レベルの転写が必要である患者を治療する方法であって、治療上有効 な量の、請求項17に記載のアゴニストを患者に投与することからなる方法。 21.転写を阻害する必要がある患者を治療する方法であって、治療上有効な 量の、請求項18に記載のアンタゴニストを患者に投与することからなる方法。 22.該ポリペプチドをコードするDNAを患者に与えて、該ポリペプチドを インビボにおいて発現させることにより、治療上有効な量の該ポリペプチドを投 与する、請求項19に記載の方法。 23.小さなサブユニットのポリペプチドに特異的なアンタゴニストおよびア ゴニストを同定する方法であって、 マーカー遺伝子の発現を駆動するTFIIA誘導性プロモーターを有する細胞を 調製し; その細胞をTFIIAおよびスクリーニングすべき化合物と接触させ;および マーカー遺伝子の発現レベルを測定する ことからなる方法。
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