JPH10262676A

JPH10262676A - バクテロイデス・フラジリス菌に起因する感染症の診断用プローブ

Info

Publication number: JPH10262676A
Application number: JP9071079A
Authority: JP
Inventors: Hiroshi Kamiyama; 浩上山; Kanako Fukuda; 加奈子福田; Hiroyuki Karashi; 宏行芥子; Akio Matsuhisa; 明生松久
Original assignee: Fuso Pharmaceutical Industries Ltd
Current assignee: Fuso Pharmaceutical Industries Ltd
Priority date: 1997-03-25
Filing date: 1997-03-25
Publication date: 1998-10-06
Also published as: EP0995800A1; US6265568B1; AU6423098A; WO1998042844A1; CA2285691C; EP0995800A4; CA2285691A1; AU716843B2; KR100343106B1; KR20010005667A

Abstract

(57)【要約】【課題】感染症疾患起因菌であるバクテロイデス・フ
ラジリス菌を特異的に検出し、菌種を迅速に同定でき
る、感染症起因菌由来のプローブ、および感染症起因菌
由来のＤＮＡを増幅するＰＣＲ用プライマー作製のため
の指針として、また臨床検体に含まれるGenomic ＤＮＡ
との比較参照用に適した標準配列として有用な塩基配列
を提供する。【解決手段】バクテロイデス・フラジリス (Bacteroi
des fragilis)菌が保有するＤＮＡを抽出し、抽出した
ＤＮＡを制限酵素HindIIIで完全消化し、適当なベクタ
ーにクローニングして、バクテロイデス・フラジリス菌
が本質的に保有するＤＮＡ断片を含むプローブを選抜す
る。さらに、選抜したプローブの塩基配列を解明する。

Description

【発明の詳細な説明】

【０００１】

【発明の属する技術分野】本発明は、感染症疾患の原因
菌、特に、腹腔内感染や婦人性器感染、敗血症などの起
因菌であるバクテロイデス・フラジリス (Bacteroides
fragilis) 菌の検出および同定に有用なプローブに関す
る。

【０００２】

【従来の技術および発明が解決しようとする課題】病原
微生物の感染によって起こる疾患を総称して感染症とい
うが、病理学的に、感染とは病原性の微生物（以下、
「菌」と称する）が生体内に侵入し、増殖の足がかりを
確立することを指し、生体内での菌の増殖に起因する発
症は、宿主の抵抗力と菌の毒力との相互関係に依存する
ものである。

【０００３】ところで、各種の感染症から分離される全
菌株のうち約２０％は、嫌気性菌が占めている。なかで
も嫌気性グラム陰性桿菌は全嫌気性菌の３０〜５０％に
達するが、そのうち最も検出頻度の高い菌は、バクテロ
イデス・フラジリス(Bacteroides fragilis)菌であるこ
とが知られている。

【０００４】バクテロイデス・フラジリス菌は、細菌分
類学的には無胞芽嫌気性のグラム陰性桿菌に属し、ヒト
の下部消化管や外陰部、膣、尿道内などに常在してい
る。特に大腸内では糞便１ｇあたり１０⁹〜１０¹¹個も
存在し、その数は大腸菌よりも多いほどである。

【０００５】バクテロイデス・フラジリス菌による感染
は内因性感染であり、その病原的役割は日和見的であ
る。臨床的には、腹腔内感染症、婦人性器感染症、褥
創、糖尿病性潰瘍、骨髄炎、菌血症、腰から下部の軟部
組織感染症および膿から高率に検出される(Chemothrap
y、第３７巻、１２２９〜１２４４頁、１９８９年；臨
床科学、第２２巻、３２２〜３３３頁、１９８６年)。
また、腸管、特に大腸の外傷、手術、潰瘍、癌、憩室炎
や虫垂炎などで穿孔が起こると本菌が関与する腹腔内膿
瘍が惹起される。骨盤内膿瘍においては９０％の症例に
嫌気性菌が検出されるが、その約半数は本菌によるもの
である。さらに菌血症の原因菌の５〜１０％は嫌気性菌
であるが、これにも本菌の関与が大きいことが知られて
いる。

【０００６】一般に、バクテロイデス・フラジリス菌の
ような無胞芽性嫌気性菌はアミノグリコシド系およびポ
リミキシン系抗生物質に耐性を示すが、特に本菌はβ−
ラクタマーゼを産生することから、ペニシリンやセフェ
ム系などの多くのβ−ラクタム剤に耐性である。また、
他の嫌気性菌に比べて常用抗菌薬に対する耐性化が著し
く、セファマイシン系抗生物質やイミペネム系薬剤に対
する耐性株も検出されつつある(化学療法の領域、第６
巻、第９号、１９１５〜１９２５頁、１９９０年）。し
たがって、ひとたび本菌による感染が成立すると治療が
極めて困難になる。特に敗血症に至った症例では死亡率
が高いことが報告されている。また、抗生物質の術前投
与などでは菌交代症として、かえって本菌の感染を招来
することもある。

【０００７】このように、バクテロイデス・フラジリス
感染症については、的確な早期診断のもとに、適切な薬
剤選択を実施する必要があることから、迅速な診断方法
の確立が待望されている。

【０００８】嫌気性菌感染症は、局所の破綻によって常
在菌が組織内に侵入することに端を発する。

【０００９】そして、従来の診断においては、（１）臨
床症状、（２）検体の培養、（３）検体に含まれる菌の
グラム染色などの確認が必須であり、これらの項目が確
認されて初めて治療方針が決定される。具体的には、
直接グラム染色標本でグラム陰性桿菌を認める、検体
が悪臭を放つ、横隔膜より下部の感染症、ペニシリ
ン系、セファロスポリン系薬剤が無効の感染症、糖尿
病性潰瘍、褥創および菌血症患者、であれば一応、バク
テロイデス・フラジリス感染症が疑われるものの、正確
を期するためには、検体から起因菌を検索・確定した上
で、菌の種類に応じた適切な抗生物質を使用し、治療に
あたらねばならない。従って、臨床現場においては、迅
速かつ確実な原因菌の同定が望まれている。

【００１０】また、近年は、耐性株の出現もみられ、起
因菌検索の重要性はさらに増大してきている。

【００１１】しかしながら、実際には、起因菌の確定は
困難を伴うのが通常である。特に嫌気性菌の場合、常在
菌の混入、空気暴露および乾燥を極力避けなければなら
ない。すなわち、嫌気性菌感染症が疑われた患者の起因
菌の検索方法としては、血液、髄液、胸水、腹水、膿瘍
などの穿刺液、あるいは膿、分泌物などからの採取試料
を検体として使用するが、本菌はヒトの下部消化管や膣
内の常在菌であるので、これらの部位の感染症では常在
菌の混入をできうる限り避けて採取しなければならな
い。採取された検体は乾燥を防ぎ、直ちに酸素との接触
を避けることのできる嫌気性菌検査用の容器に保存し、
肉眼観察および悪臭の有無を確認した後、直接塗抹標本
のグラム染色を行う。次いで、選択培地を用いて嫌気性
条件下で４８時間培養することで、起因菌の同定が行わ
れるのが一般的な手順である。ところが、この方法によ
ると、菌の培養に長時間を有する上に、薬剤感受性成績
の結果を得るまでには、さらに３〜４日の培養が必要で
あり、また、本菌は単独で検出される場合は比較的少な
く、本菌検出例の約７０〜８０％は、他の好気性菌など
との複合菌感染例であるといわれており、好気性菌検出
のために、好気条件で検体を処理して本菌の存在を見逃
すおそれもある。加えて、感染症を疑われた時点で、大
量に抗生物質を投与されている場合には、たとえ検体中
に菌が含まれていても、増菌・増殖が抑えられている場
合があり、実際には、これらの検体からの菌の培養の極
めて低いものとなっている。

【００１２】さらに、サブルーチンとしての方法に、菌
体成分や菌の代謝産物の機器分析法（辨野義己、「ガス
クロマトグラフィーによる細菌同定の迅速化」、臨床検
査、vol.29, No.12, pp.1618-1623 、1985年11月、医学
書院参照）、特異抗体を利用した方法（特開昭60−2240
68号参照) 、さらには、ＤＮＡの特異性を利用したハイ
ブリダイゼーションによる方法（特表昭61−502376号)
等があるが、いずれも、菌の分離及び増菌培養が必須と
されている。

【００１３】一方、感染症における食細胞の機能に着目
したものとして、血液試料中の白血球成分が集中してい
るバフィーコート（Buffy coat）の塗抹染色標本を検鏡
する方法がある。一般にバフィーコート標本で菌が検出
される頻度は、成人菌血症では耳朶血の頻度と同様に30
％程度にとどまるが、新生児の場合、10例中７例（70
％）で菌を検出している報告もあり、塗抹標本の検鏡に
より末梢血中菌の有無に関する情報は治療における大き
な指針となっている。

【００１４】上記従来技術においては、その前処理操作
として、少なくとも検体からの菌の選択的分離に１〜２
日、増菌に１日、固定操作に１日以上、合計で３〜４日
は十分かかり、現実にはこの培養を菌が発育するまで続
けることになるので、前処理操作に一週間以上要する場
合が多く、さらに、菌の培養時に疾患の原因菌以外の菌
が混入しても区別できない場合もある。

【００１５】そして重要なことは、前述した事情から、
培養すべき検体中の多くの菌は食細胞に取り込まれ、抗
生物質投与のため死んでいるか静止状態にあるため、培
養条件下でも増殖できる菌の数は少なく、臨床検体を用
いた培養による実際の菌の検出率は10％前後と、非常に
低い。換言すれば、臨床的に感染症の可能性が疑われた
患者の血液をさらに一昼夜以上培養して検査しても結
局、その90％は菌の存在すら判明しないのが現状であ
る。

【００１６】このような状況から、現在は起因菌の確定
と、それに即した抗生物質の選択が要求されているにも
かかわらず、臨床的に感染症の可能性が疑われた段階
で、検出結果が出るのを待たずに治療、すなわち、起因
菌不明のまま、最も広範囲な種類の菌に有効な抗生物質
を投与し、１、２日間様子を見て、効果が現れないと別
の抗生物質に切換えるという試行錯誤的な方法に頼って
いるのである。また、こういった治療方法では、菌交代
症により、かえって本菌の感染を招来してしまうおそれ
もある。

【００１７】また、検体中の菌を染色により検出する方
法では、生体成分も菌と同様に染色されるため、検鏡し
て認められる形態によってのみ迅速に菌を判別するの
は、熟練が必要であり、判定が困難な場合もある。

【００１８】このように、バクテロイデス・フラジリス
菌による感染症は、迅速・確実な診断が求められる疾患
であるにもかかわらず、従来の診断方法では十分対応で
きていなかったのが実情である。

【００１９】

【課題を解決するための手段】本発明は上記当該技術分
野が抱えている課題に鑑みて完成されたものであり、そ
の要旨とするところは、感染症原因菌、特に、バクテロ
イデス・フラジリス菌が保有するＤＮＡまたはＲＮＡと
特異的な反応性を有するプローブ、および、当該プロー
ブに含まれるバクテロイデス・フラジリス菌が本質的に
保有している遺伝子部分の塩基配列を解明することにあ
る。

【００２０】すなわち、本発明のプローブにより、例え
ば、食細胞に取り込まれて破壊されつつある菌において
なお維持されている菌のＤＮＡを、ハイブリダイゼーシ
ョン法を用いて、その特異性に基づいて有為に検出で
き、これにより、菌を培養・増殖せずに、感染症疾患の
原因菌が迅速かつ確実に検出できる。また、これらのプ
ローブの塩基配列情報を参照してプライマーをデザイン
すれば、ハイブリダイゼーションを行わなくとも、ＰＣ
Ｒ法によるＤＮＡの増幅により、感染症原因菌を同定す
ることができる。

【００２１】また、ハイブリダイゼーションに用いるプ
ローブを非放射性のもの、例えば、ビオチン化したプロ
ーブを用いれば、放射性同位元素使用施設のない一般検
査室でも光学顕微鏡を用いて検出でき、検出作業が迅
速、簡便に行える。

【００２２】以下に、感染症疾患起因菌であるバクテロ
イデス・フラジリス菌に由来するプローブの実施例を示
す。

【００２３】

【実施例】

実施例１：バクテロイデス・フラジリス菌由来ＤＮＡプ
ローブ (1) バクテロイデス・フラジリス菌由来ＤＮＡプローブ
の調製臨床菌株バクテロイデス・フラジリス菌をBHI (Brain H
eart Infusion)培地にて嫌気性条件下（5％ CO₂）で一
晩培養し、培養菌体を集菌して、溶菌ステップでN-Acet
ylmuramidase SG を加えた、 Saito-Miura変法("Prepar
ation of transforming deoxyribonucleicacid by phen
ol treatment", Biochem. Biophys. Acta vol. 72, pp.
619-629 (1963))に準じて、Genomic ＤＮＡを抽出し
た。

【００２４】抽出したＤＮＡを、制限酵素HindIIIで完
全消化し、ベクターpGEM-3Zにランダムクローニング
し、得られたクローンからバクテロイデス・フラジリス
菌特有の、すなわち、天然のバクテロイデス・フラジリ
ス菌が保有するＤＮＡとの特異反応性を示したＤＮＡ断
片を含む６種のプローブを選抜した。

【００２５】そして選抜された各プローブを、プローブ
BF-7、プローブBF-17、プローブBF-21、プローブBF-2
8、プローブBF-34、およびプローブBF-35と命名した。

【００２６】(2) バクテロイデス・フラジリス菌由来Ｄ
ＮＡプローブの種特異性の検討各プローブと各種感染症原因菌株のＤＮＡとの反応性
を、以下の方法により検討した。

【００２７】まず、検討対象菌株として、下記表１に列
挙した臨床単離株および寄託菌株を準備した。なお、表
１中の、ヒト・ゲノミックＤＮＡおよび対照試料の入手
源として、４名の健康な成人男子から採取した白血球、
ならびにプラスミド pGEM-3Zを含んだ Escherichia col
i K-12, JM109形質転換体をそれぞれ準備した。

【００２８】

【表１】

【００２９】そして、各臨床菌株を実施例１(1)に記載
の方法に従って、各菌株が保有するＤＮＡを抽出し、こ
の抽出したＤＮＡの一定量（例えば、10〜100 ng）をナ
イロンフィルターにスポットし、アルカリ変性したもの
をドット・ブロット・ハイブリダイゼーションの試料と
した。なお、ヒト・ゲノミックＤＮＡ試料は、前出のSa
ito-Miura変法に、先に入手した白血球を適用すること
で調製した。一方、対照試料は、後述する実施例２(1)
に記載のプラスミドＤＮＡの調製方法に、先に入手した
プラスミド pGEM-3Zを含んだ Escherichia coli K-12,
JM109 形質転換体を適用することで調製した。次いで、
Digoxigenin-11-dUTP (BRL社製) でラベルしたバクテロ
イデス・フラジリス菌由来のＤＮＡプローブで、マニア
ティスのマニュアル（T. Maniatis,et al., "Molecular
Cloning (A Laboratory ManualSecond Edition)", Col
d Spring Harbour Laboratory (1989))に従い、45％ホ
ルムアミド、５×SSC、42℃の条件下で、終夜ハイブリ
ダイゼーションを実施した。

【００３０】終夜ハイブリダイゼーションを終えた試料
を、マニュアルに従い、55℃にて 0.1×SSC 、0.1%SDS
による20分間の洗浄を２回行った後に、 Anti-Dig-ALP
conjugates(BRL社製) で検出・発色させ、ハイブリダイ
ゼーションの状況を確認した。得られた結果は図１に示
すとおりである。図１(a)は、ドット・ブロット・ハイ
ブリダイゼーションを行った各フィルターにスポットし
ておいたＤＮＡの菌株の配置を示し、図１(b)は上記の
それぞれのプローブBF-7、BF-17、BF-21、BF-28、BF-34
およびプローブBF-35を用いてハイブリダイゼーション
を行ない発色させた後の結果を示す。

【００３１】各プローブと各臨床菌株のＤＮＡとの反応
性に関する実験結果を、下記表２に示した。

【００３２】

【表２】

【００３３】上記図１および表２から明らかなように、
いずれのプローブもバクテロイデス・フラジリス菌に由
来するＤＮＡに対してのみ反応性を示し、バクテロイデ
ス属以外の菌種由来のＤＮＡはもちろん、バクテロイデ
ス属の他の菌種由来のＤＮＡに対しても反応性（ハイブ
リッドの形成）が認められず、その種特異性が確認され
た。

【００３４】実施例２：塩基配列の解析実施例１にて種特異性が確認されたＤＮＡプローブ（計
６本）の塩基配列を下記の方法に従って決定した。

【００３５】(1) プラスミドＤＮＡの調製サブクローン化された（塩基配列を決定すべき）挿入断
片を pGEM-3Z（Promega)に含んだEscherichia coli K-1
2, JM109形質転換体を、５mlの Luria-BactaniMedium
(bacto-tryptone, 10g/1L; bacto-yeast extract, 5g/1
L; NaCl, 10g/1L; ５Ｎ NaOH でpH 7.0に調整）に植菌
し、一晩培養した。

【００３６】培養液を遠心分離(5,000rpm,５min.）して
集菌した。沈澱物に2.5mg/mlの濃度でリゾチーム(Sigm
a) を含む 50mM グルコース/50mM Tris-HCl(pH8.0)/10m
MEDTA 溶液を 100μl 加え、室温で５分間放置した。得
られた懸濁液に１％の濃度でドデシル硫酸ナトリウム(S
igma）を含む 0.2Ｍ水酸化ナトリウム水溶液を加えて混
合した。５Ｍ酢酸カリウム水溶液(pH4.8） 150μl をさ
らに加えて混合し、15分間氷冷した。

【００３７】そして、遠心分離（15,000rpm, 15min.)し
て得た上清を、フェノール/CHCl₃処理し、上清に２倍量
のエタノールを加え、さらに遠心分離(12,000rpm, ５mi
n.）して沈澱を得た。この沈澱物を、10mM Tris-HCl (p
H7.5)/0.1mM EDTA溶液 100μl に溶解し、10mg/ml RNas
eA（Sigma)溶液を加え、室温で15分間放置した。

【００３８】この調製物に 0.1M 酢酸ナトリウム水溶液
(pH4.8) を 300μl 加え、フェノール/CHCl₃処理し、上
清にエタノールを加えて沈澱を得た。この沈澱物を乾燥
し、10μl の蒸留水に溶解したものをＤＮＡ試料とし
た。

【００３９】(2) 塩基配列決定の前処理塩基配列決定の前処理を AutoRead(登録商標) Sequenci
ng Kit (Pharmacia)を用いて行った。

【００４０】すなわち、鋳型となるＤＮＡが32μl 溶液
中に５〜10μg の濃度になるように調整した。1.5mlの
ミニチューブ（エッペンドルフ）に、鋳型DNA 32μl を
移し、２Ｍ水酸化ナトリウム水溶液を８μl 加えて穏や
かに混合した。そして、軽く遠心した後、室温で10分間
放置した。

【００４１】３Ｍ酢酸ナトリウム(pH4.8) ７μl と蒸留
水４μl を加え、さらにエタノールを 120μl 加えて混
合し、エタノール・ドライアイス上で15分間放置した。
そして、15分間遠心分離して沈澱したＤＮＡを集め、注
意しながら上清を除去した。得られた沈澱物を70％エタ
ノールで洗浄し、10分間遠心分離した。そして、注意し
ながら再度上清を除去し、減圧条件下で沈澱物を乾燥し
た。

【００４２】沈澱物を蒸留水10μl に溶解し、螢光性の
プライマー〔Fluorescent Primer,Universal Primer;
5'-Fluorescein-d[CGACGTTGTAAAACGACGGCCAGT]-3'(1.6p
mol/μl; 0.42 A₂₆₀ unit/ml); Reverse Primer, 5'-Fl
uorescein-d[CAGGAAACAGCTATGAC]-3'(2.1pmol/μl; 0.4
2 A₂₆₀ unit/ml) 〕２μl (0.42 A₂₆₀ unit/ml, ４〜６
pmol）とアニーリング用緩衝液２μl を加え穏やかに混
合した。

【００４３】そして、軽く遠心した後、65℃で５分間熱
処理を行い、素早く37℃条件下に置き、そこで10分間保
温した。保温後10分以上室温で放置し、軽く遠心した。

【００４４】そして、延長用緩衝液１μl とジメチルス
ルホキシド３μl を加えたものを試料とした。

【００４５】４本のミニチューブにＡ、Ｃ、ＧおよびＴ
と記入し、それぞれのチューブにＡMix (ddATPをdATP、
dCTP、c⁷dGTPおよびdTTPと共に溶解したもの) 、Ｃ Mix
(ddCTP をdATP、dCTP、c⁷dGTPおよびdTTPと共に溶解し
たもの) 、Ｇ Mix (ddGTP をdATP、dCTP、c⁷dGTPおよび
dTTPと共に溶解したもの) およびＴ Mix(ddTTPをdATP、
dCTP、c⁷dGTPおよびdTTPと共に溶解したもの) を 2.5μ
l ずつ分注した。なお、それぞれの溶液は使用時までは
氷中で保存し、使用時には37℃で１分間以上保温してか
ら使用した。

【００４６】希釈したT7DNA ポリメラーゼ（Pharmacia;
６〜８units/２μl)２μl をＤＮＡ試料に加え、ピペッ
ティングもしくは穏やかな混合により、完全に混合し
た。

【００４７】混合後すぐに、この混合液を 4.5μl ずつ
保温しておいた４種の溶液に分注した。なお、分注に際
しては新しいチップを用いた。

【００４８】37℃で５分間保温し、停止溶液を５μl ず
つそれぞれの反応液に加えた。

【００４９】この分注においても、新しいチップを用い
た。90℃で２〜３分間保温し、すぐに氷中で冷却した。
電気泳動には１レーンあたり４〜６μl を泳動した。

【００５０】(3) 塩基配列の決定実施例１および２に開示した、バクテロイデス・フラジ
リス菌が保有するＤＮＡに対して特異性を有するプロー
ブそれぞれの塩基配列の決定を、泳動温度45℃、泳動時
間６時間として、A.L.F.DNA Sequencer システム(Pharm
acia) を用いて行った。各条流と下流から明らかになっ
た配列から順次プライマーをデザインし、上記の操作を
繰り返した。

【００５１】その結果、プローブBF-7（配列番号１）、
プローブBF-17 （配列番号２）、プローブBF-21（配列
番号３）、プローブBF-28（配列番号4）、プローブBF-3
4（配列番号５）、およびプローブBF-35（配列番号６）
それぞれの塩基配列の全容が明らかになった。

【００５２】

【発明の効果】本発明のプローブを用いれば、例えば、
食細胞に取り込まれた感染症原因菌をハイブリダイゼー
ション法を用いて、増殖することなく直接検出し、かつ
菌を迅速にしかも正確に同定できる。すなわち、本発明
のプローブを用いた診断では、１回分の検体で菌の同定
まで行え、診断に要する時間も従来法の３〜４日（検出
される率は低い) から、約１〜２日と飛躍的に短縮で
き、しかもその検出率は格段と高い。それ故、感染症の
治療に対して画期的な指針を与えるばかりでなく、感染
症患者に早期の内に有効な治療が実施でき、ひいては死
亡率の低減も期待される。

【００５３】また、感染症疾患起因菌の中でも、バクテ
ロイデス・フラジリス菌が保有するＤＮＡに特異的に反
応するプローブの塩基配列を明らかにしたことにより、
これらプローブを人工的に調製することを可能とした。
さらに、解析した塩基配列の情報の一部を利用して作製
したプライマーを用いて、臨床検体に含まれる感染症原
因菌のＤＮＡを、ＰＣＲ法によって増幅して、原因菌の
迅速な診断に役立てることができる。

【００５４】さらに、臨床検体に含まれるGenomic ＤＮ
Ａの塩基配列と本発明によって解析された塩基配列とを
比較参照することにより、感染症起因菌種の迅速な同定
が行える。

【００５５】上記したように、本発明は、所期の目的で
あった感染症診断用プローブを提供するのみならず、Ｐ
ＣＲ用プライマー作製の指針として、また臨床検体に含
まれるGenomic ＤＮＡとの比較参照用に適した標準配列
として優れた有用性が期待され、さらには感染症疾患起
因菌が保有するＤＮＡに特異的に反応するプローブの今
後の探究・開発における貴重な手がかりをもたらすなど
の優れた効果を奏するものである。

【００５６】また、本願出願にて開示した塩基配列は、
臨床分離株のGenomic ＤＮＡをランダムにクローニング
して得られたものであり、それ故、本発明の塩基配列の
有用性はその相補鎖にまで及ぶものである。

【００５７】さらに、野性株が保有するＤＮＡに変異部
分が存在することは当然考えられるが、上記実施例の開
示から明らかなように、当該ＤＮＡ変異部分が、感染症
診断のためのハイブリダイゼーションへ利用する際の本
発明プローブの特異性、あるいは本願出願にて開示した
塩基配列情報を感染症の迅速診断を目的としたＰＣＲ法
のプライマーをデザインするために利用できる等の、本
発明が奏する有用性には何ら影響を与えるものではな
い。

【００５８】

【配列表】

配列番号：１配列の長さ： 2184 配列の型：核酸鎖の数：二本鎖トポロジー：直鎖状配列の種類：Genomic DNA 起源生物名：バクテロイデス・フラジリス (Bacter oides fr
agilis) 株名：臨床分離株 BF-7 配列 AAGCTTCTAC ACGCTTCAAT TCTTGAAACA CAAGTTCTAC CGCAAGCTGC GGATTTACTT 60 TGGGCGTGGT GTCCTTTCTC TTTCGGGGGC TGTACTGCCC CTGCTTATAG GTGTAATCCT 120 CCGTCTTTGG GTTTGAGGGT GTTTCCATAA TTCCTGCTGA TTGAGTTATA CTTCAATTTT 180 TTCTGTGTCT TCTCGATATG GGCAAGCGTA TAGCCTTTCC CTATCTCGCT TGCCTTGTAT 240 TCCGTTCCGC TCCGGGCTTT CACGTAGTAG CCGTTGAGTT TGCCTGTACT TGCCCGGGCT 300 TCCCTTACCT TGAAGCCCAG TTTTCCGAGT TCCCGGCTGA ATCCGGCAAG GTCAAACCCC 360 TGCATCCGTA TAAGAACATC ATCCATAGCC TGTTTTATCT CTTCCCTGTT GGCTTTGCCT 420 ATATCCTTTG ACTGTACCAA GTTCCGTTCT CTGGCTATAC TGTTGGCAGC TTCCGTAGCT 480 CTCTTCCCTA TCCAGTTATC CTGGTATAGT TCTCCCGATA ACGACACACG GTTTGCCAGT 540 ATATGCAGGT GGGCTTGCCT GCGGTTCTTC TCCGTTCCGC TGTGCTTCAC AATGATGTAC 600 TGGTGGTTCA TCAAACCCAT GCGCTGCATG AAGTCATTAC CGAGCTTCGC CCAGTCCGCA 660 TCGGTCATGC CTGCACTTTC TTCCACTGAA GGGCTGACCT CAAACCGAAG CAGTTGTTCT 720 TTACGTTCGG AAAATCAACA AAGTAAGGTT TCATCTCCTG CACCATATCT TCGCCTGTGC 780 AGCCGAAAAG CTCATGGCGG TGTATCTCGG TGGCTGCTGC CTCTCCGTTT ATCTCTTTGG 840 CAAGGTCGTA CTCCAGTGCT GCCGTGCCAT GAGATATGCT CTTTCCTTTT GCTATCATCG 900 TGAAAGTATC TTTTTAAGTT CATTGATTAG TGCCTGGTTC TCCTCGAACA CTTCCCTGTA 960 CTGGCGCCCA CCGAAGTAGT TGTTCAGACG CTGGAGTGTT CCTTTCAGTC GGGCTATCTC 1020 CCGAAACAGT TCCCTTTCTT CTTCCGTGTA CCTCTCCTTG GGTCGTCCGC CCAGTGCGAG 1080 TGTACGGCAG TACTCCGATA TGCTGATGCC GCATCGGGCT GCCTGTTCCG CAAGTGCCGC 1140 CTTTTCAAGT GCGGTGCAGC GGAATGTTAT CTTCTCCGTT CGATTTACTT TCATGTCGCA 1200 AAGGTAATCT TAAAATTCTT TTGAGCAAAG CGAGAAAGGC AAGAATGTCC GACAAGGACA 1260 CTTCTTGCTA TATATACACA TTCCGCATGG GAATACACAC AGCGCTAACA CACTGCATAG 1320 CCACACACTT TTTTTTCTTT TTCCCTGCCA TTTCCACAAC GGAACACGGA GAGCGGTCAA 1380 GGGTTCGAGC GGAAAAAACC GCACAGCTTC ACTGTGCGGT TTTTTCCGCT CCGAACTTGC 1440 GAAGCCCTTG ACGGCTTCGG AGTGTGGAGT TACCTTTGCA GACCGAAAAG AGAAAAAACA 1500 CAGTTTCGCT TCACTAACGC TGACTGGTCA AAGGATACCC TGTTCAGATA TGATTTTTTT 1560 AAGAATAGAT ACACTTACGG TAGAGAAGTC TGACTTATCA TAGACATCCA CAAGATAAAC 1620 ACGACCTTCA CTCTCCGATG CACAAATCGT GTATGTGATA ACACGTGCTC CCCCAGACTT 1680 ACCCTTTCCC TTAGAAACAA TGGCAAGTCT TATTTTACGG ATACCAGGGC TTAGTTCATC 1740 CCCCTGCATG GGGTTCTTTT CCAATGACTC GATAAAATCC TTCATGTCAG CCTTAAAAGA 1800 CTTATACCTT TTTGCAAGGA TTTTCGCTTC CCTCTCAAAA TGTGGGGTGG TCTTTACTTC 1860 AAAGCTCATC AAGAAATGCG TTTGCGCTCT TGGCTGGCTG CTCACCAGCT TCGATTCGTT 1920 TCACTTCATT CAAGCCCTCT CTTATTCGAG TGGCTATTTT TTCTTCTACG GACACTGGCA 1980 CCAATTTAAA ATCACCGATA CGTGAAGTCA GAAAGACGGA TTCTCCCTGA ATAGCACGAA 2040 GAAGGGTCGC TGTCTGATTC GTCCGAAATT TGCTCAATGG AATTACTTGC ATATATCTTA 2100 AACTTTTTGA TTGTGATACA AATGTAACCA TTGTCACCGA TATTGTAACC AAATTAATAT 2160 ACTTTAACAC GCAAAAAAAA GCTT 2184 配列番号：２配列の長さ： 2163 配列の型：核酸鎖の数：二本鎖トポロジー：直鎖状配列の種類：Genomic DNA 起源生物名：バクテロイデス・フラジリス (Bacter oides fr
agilis) 株名：臨床分離株 BF-17 配列 AAGCTTACGG CAGCGGGCGG CGCTACTCCT TTCTTCTGCA CGACTGCTTC CGGATCCGGA 60 TCGGCCGGCA CGATGTCCCT GACGGATGGC GCTTTGTCCG GACTGGCCGC GGTGGGTGAA 120 ATCTCTTTTA CCCCATCGGC CCGTCCGCAA CAGGTCGGCA CCTCGGGCCC CGTTACAGTG 180 GCCTACGGGC TGGTGGCTCC GAAGCTGAGG CGGCTTCGGG CATGCGGGTG ACGTTGACGC 240 TGACACTGGG TGAACAAAGC TCGGACGCTA CCGAACGGGA TCTTACCCTC TCGACCGATG 300 CCTTCAACCC GGCATGGCAG AAAGGATACC GCTACGTCTA TACCTTGACG CTCGGCGAAC 360 GGGGAATCAG CCTGCAACCT GTCGATATAA AAGGGTGGAC GGAAGTTTCC GAGGAGAGCA 420 GTGACGTAGA TCCCGGCTGG CAATGAAACA AATGATTCAG AATGACAAAT GATTCAGAAC 480 AATAAATGGT TCAGAATGAC AAATGGTTCA GAATGACAAA TGACAAATGA TTCAGAATGA 540 ATGATTCAGT ATGAAAACAG ATAGATTATA CCAAACGGTT TTAGGCTGCC TGCTGCTTAC 600 CGCAGTTGTT CGGACAATGC GCTGACCCCT TCGTTGCCCG AAGACCTCCG CTTACGGTGT 660 CCGCCGCGAT CTGCGCTTCC GGTGAAGGCC GGGAGTCTGA GACCCGGGCG GCCGTGGCAG 720 CCGGGACCCG TGCCGTGGCA GCCGACAACG GTTACGACCG CAGCACCTTT GCCGCAGTGA 780 CAAAATCCGT ATCATCCGCT CGCGGAACGG CTCGTCATCC ACTCCGGTGG ACTATATATT 840 GAACTCCGCT TCTTCCGGCA ACAGTACGGG CGAGTGGAAA CCTTCGGTGA CGGGTACGGA 900 GCTGCTCGTT GAATCCGGTG CCACCTACCA GGCGAGTTAC CCTATCGAAT ACTCGGGTAT 960 CCGTGCCGAC CAGCGAAAGG CGGGAGGTGA GGACTACCGC CTGAGCAATC TGCTGGAGAC 1020 TCCTGAGAAG GTGGCGATCG GCCGTGACGG AACCCTCTCC TTTACAGGCG AAAGCCCTTT 1080 GTGCACAAAG GCGTGAAGCT GACCCTGAAA TTTTCGAGAA AGCATACACT GTCCAAGGAT 1140 TTTACGAGTA TGACCGTAAC CGGGAATGGG CTTTACTCCG GAGAAGCAAG CAAGGATGAA 1200 ACCGTCTACC TGTATCACCC CGGCGGTACA GACAAAGAGC AATATACCTG GCATGGCATT 1260 ATCGCCCCGC TTACCTTCCC AACAGTCGAT ACAGGTATCG GTGACGGATG CTAACGGAGT 1320 GGTCTATGAC GTCACCCTTA TTTGCGCAAG GGCGGCGAAC AGTCACTACA CCTATACGCT 1380 CACCCTGAAA AATGATGTGC TGGTTCCCAC CGGTCAGGAG ATCAAAGAGT GGCAAAGCGG 1440 GGATTCGCAT ACAGGAACCT TAAGTTGATG TAACTTAGTT TGATGTAATA TTAGTTGATG 1500 TAATATTAGT TTGATGTAAC CCCATGAAAA AGAAAAAGAA TAGAATCCTA TCGGTATCCG 1560 GCGCGGCTCT CTGCCTGTTC TTCCCGGTTC TGCTGGCCGC CTGCTCGCAA GAGGATGCTT 1620 TGCCCCGTCC GTTGGAAGTA TCGGCGGAGG TGGGGAATCC CGCTACCCGT GCGGCGGCAG 1680 ACTCGCATGC CGATGATTAT GATAAAAGTG AATTTGTAGC GGGTGATGTC ATCCGGATTA 1740 CGGACGGCAC GAAAACTGCC GACTACCAAC GGGTGGTCAC CGGCACAACC GGCACCTGGC 1800 AACCCGCAAG CGGACAAACA GCGCTCACCA CCACCGGTAG TGAAACGTTT ACGGCTTCGT 1860 ATCTACGGCG TTCACCCGGA TTCTAACCGA TCAGCGCACA GCCACCAATT TCTGGCAAAG 1920 CAACCAGCTG ACGGCTAAAG GAGTACTCGA TGGCAATAAG GCTACGTTCT CGTTCGCTCC 1980 GGAAGCGGCG AAGGTGACCT TGGTGGTGAA GTATGGAAAT AGTGATAGTG ACAAGAAGCT 2040 TCATTATGGC CAACAACGTT CCTGTTGTTT TAGACAGAGA AGCCAAATCA TAAATATCCG 2100 TCGGCTTCAC TTTCTCGCTA TTTGCATCTG TATGGTATCC GAAGCACCGG TCATACAAAG 2160 CTT 2163 配列番号：３配列の長さ： 1657 配列の型：核酸鎖の数：二本鎖トポロジー：直鎖状配列の種類：Genomic DNA 起源生物名：バクテロイデス・フラジリス (Bacter oides fr
agilis) 株名：臨床分離株ＢＦ−２１配列ＡＡＧＣＴＴＡＴＣＴＴＡＴＧＧＡＣＣＧＴＡＣＣＣＧＡＡＧＧＡＧＡＡ
ＴＴＧＣＴＴＧＡＡＧＡＡＧＣＧＡＴＴＧＡＡＴＧＧＴＧＣ６０ＣＧＣＣＡＡＣＧＧＧＧＡＧＴＣＴＴＴＴＴＣＴＡＴＴＣＴＧＴＣＡＡＣ
ＡＡＧＧＡＣＴＡＴＣＣＧＧＡＡＧＡＡＧＡＡＡＡＧＡＧＴ１２０ＣＡＴＡＡＣＧＧＡＴＴＣＴＣＣＣＧＴＡＡＡＣＴＧＡＡＡＧＣＡＧＡＣ
ＣＴＧＴＴＴＡＴＴＧＡＴＧＡＣＣＧＧＡＡＣＣＴＧＧＧＡ１８０ＧＧＴＴＴＧＣＣＴＧＡＣＴＧＧＧＧＡＡＣＣＡＴＣＴＡＣＣＡＧＡＴＧ
ＡＴＣＣＡＴＧＡＡＣＡＡＡＡＧＣＣＡＴＡＣＧＡＡＣＣＴ２４０ＧＴＴＣＴＡＴＧＴＧＡＣＡＧＧＣＡＧＡＡＡＣＣＧＡＣＣＧＧＣＧＡＴ
ＴＴＡＡＧＣＴＧＧＡＴＡＧＡＧＡＡＡＣＴＧＣＴＣＧＧＣ３００ＡＡＡＣＧＴＡＡＣＡＡＡＴＡＡＡＧＡＡＡＧＡＧＧＴＴＧＡＣＡＡＴＧ
ＡＡＣＡＡＴＣＡＴＧＴＡＧＴＡＡＴＴＡＴＧＧＣＣＧＧＴ３６０ＧＧＣＡＴＡＧＧＡＡＧＴＣＧＡＴＴＴＴＧＧＣＣＣＡＴＧＡＧＴＡＣＡ
ＣＣＧＧＡＡＴＧＴＣＣＣＡＡＡＣＡＡＴＴＣＡＴＡＧＡＴ４２０ＡＴＡＴＴＧＧＧＡＴＧＴＧＧＡＡＡＡＡＣＡＣＴＧＡＴＴＣＡＧＣＴＡ
ＡＣＴＧＴＡＧＡＧＡＧＡＴＴＣＧＧＴＡＡＴＧＴＴＴＧＴ４８０ＣＣＡＣＡＧＧＡＧＡＡＣＡＴＧＴＧＧＧＴＧＧＴＣＡＣＴＴＣＧＧＡＡ
ＡＡＧＴＡＴＡＧＡＧＡＴＡＣＴＡＴＴＣＧＧＧＡＧＣＡＡ５４０ＣＴＧＣＣＧＧＧＴＡＴＣＣＣＧＧＡＡＡＧＴＡＡＴＡＴＡＣＴＧＧＣＡ
ＧＡＡＣＣＣＴＧＴＣＣＣＡＧＡＡＡＴＡＣＡＧＣＴＣＣＣ６００ＴＧＣＡＴＴＧＣＧＴＡＴＧＣＣＴＧＣＴＧＧＡＡＡＡＴＡＡＡＡＡＡＧ
ＡＡＡＴＡＴＣＣＧＧＡＡＧＣＣＡＡＣＡＴＴＧＴＣＧＴＧ６６０ＡＣＴＣＣＴＴＣＣＧＡＴＣＡＡＧＴＧＧＴＡＡＴＣＧＡＴＡＣＣＡＣＴ
ＧＡＡＴＴＴＣＧＣＡＧＧＧＴＧＡＴＴＧＡＧＡＡＡＧＣＧ７２０ＣＴＴＴＴＧＴＴＣＡＣＴＧＡＴＡＡＡＡＧＣＡＧＴＧＣＴＡＴＣＡＴＣ
ＡＣＡＴＴＧＧＧＡＡＴＡＡＡＡＣＣＣＧＣＣＣＧＴＣＣＧ７８０ＧＡＡＡＣＣＧＧＡＴＡＴＧＧＡＴＡＴＡＴＣＧＣＣＧＣＡＧＧＴＧＡＡ
ＣＣＧＡＴＡＡＣＧＡＧＡＧＡＣＡＡＡＧＡＡＡＴＡＴＴＣ８４０ＣＡＣＧＴＡＧＡＡＧＣＡＴＴＣＡＡＧＧＡＡＡＡＧＣＣＴＧＡＴＡＡＡ
ＧＡＡＡＣＴＧＣＴＧＡＡＡＡＡＴＡＴＣＴＧＧＣＡＧＣＡ９００ＧＧＣＡＡＣＴＡＣＴＴＣＴＧＧＡＡＴＧＣＡＧＧＡＡＴＡＴＴＣＧＴＴ
ＴＧＧＡＡＴＧＴＧＡＧＡＡＣＧＡＴＣＡＣＡＧＣＣＧＴＡ９６０ＡＴＧＣＧＧＧＴＡＴＡＴＧＣＡＣＣＧＧＧＧＡＴＡＧＣＴＣＡＧＡＴＴ
ＴＴＣＧＡＣＣＧＧＡＴＡＴＡＴＣＣＣＧＡＣＴＴＴＴＡＴ１０２０ＡＣＡＧＡＡＣＧＣＧＡＧＧＡＡＧＡＡＡＧＴＧＴＧＡＡＧＡＡＧＣＴＡ
ＴＴＣＣＣＣＡＣＴＧＣＣＧＡＡＡＧＴＡＴＣＴＣＧＡＴＡ１０８０ＧＡＴＴＡＴＧＣＡＧＴＧＡＴＧＧＡＡＡＡＡＧＣＧＧＡＡＧＡＧＡＴＴ
ＴＡＴＧＴＡＴＴＡＣＣＴＧＣＣＣＡＡＡＴＧＧＧＧＴＧＧ１１４０ＴＣＧＧＡＣＴＴＡＧＧＴＡＣＣＴＧＧＧＧＡＧＣＡＴＴＡＣＡＣＡＣＣ
ＴＴＧＴＴＧＣＣＡＡＡＡＧＡＴＡＡＡＧＡＡＧＧＡＡＡＴ１２００ＧＣＡＡＣＡＧＴＡＧＧＡＣＣＧＧＡＴＡＴＣＣＧＧＡＴＧＴＡＴＧＡＡ
ＡＧＴＣＧＡＡＡＣＴＧＣＡＴＧＧＴＧＣＡＴＧＣＣＴＣＡ１２６０ＣＡＧＧＡＡＡＡＡＣＧＡＧＴＡＧＴＣＡＴＡＣＡＡＧＧＧＣＴＧＡＡＣ
ＧＡＴＴＡＣＡＴＣＡＴＡＧＣＣＧＡＡＡＡＡＧＡＣＡＡＴ１３２０ＡＴＡＴＴＡＴＴＡＡＴＡＴＧＣＣＡＧＴＴＡＴＣＡＧＡＡＧＡＧＣＡＡ
ＣＧＡＡＴＴＡＡＡＧＡＴＴＴＣＴＣＡＡＡＡＧＡＡＴＡＡ１３８０ＡＴＧＴＴＧＡＴＣＣＣＴＴＴＣＡＡＴＡＴＴＴＡＴＡＡＡＴＣＣＣＧＧ
ＴＴＡＴＡＡＴＡＣＣＧＧＧＴＧＴＡＧＧＧＧＣＧＴＣＣＣ１４４０ＧＡＴＧＣＧＡＡＴＣＧＴＧＡＣＴＧＣＴＴＴＴＡＴＴＴＧＴＴＴＴＧＴ
ＴＴＧＴＧＴＧＴＧＴＴＣＣＴＣＣＧＧＣＣＡＧＧＣＧＴＧ１５００ＧＴＣＧＧＡＧＧＡＡＣＡＴＴＴＴＴＴＴＡＴＧＣＣＣＧＴＡＴＴＣＴＡ
ＣＡＡＣＴＴＧＴＧＡＴＴＣＡＡＧＡＴＣＣＡＡＴＣＣＧＡ１５６０ＡＡＡＴＴＴＣＴＴＴＡＡＡＧＡＣＴＡＴＣＴＣＧＴＣＣＡＡＧＴＣＡＣ
ＣＡＡＴＣＴＣＡＡＣＣＴＴＡＡＡＡＴＧＡＡＡＧＡＴＴＣ１６２０ＡＴＡＣＣＡＡＡＴＧＴＴＴＣＡＡＣＧＡＴＡＡＡＧＴＡＴＡＡＡＡＡＡ
ＧＣＴＴ１６５７配列番号：４配列の長さ：２０７９配列の型：核酸鎖の数：二本鎖トポロジー：直鎖状配列の種類：Genomic DNA 起源生物名：バクテロイデス・フラジリス (Bacter oides fr
agilis) 株名：臨床分離株 BF-28 配列 AAGCTTTCCT TTCCTATCGT ATTTAAAAAC TCCTGCATCA CTACCGGCCA ATACGAAAAT 60 ATAGTCTTTA GTCACTGCCA TACTGAGTAT ACTGGCACGA ACCGGCAATT TCACAAAATT 120 ATCCAACTGG ACATACGAGA TGCTATCTAC CAATTCCTTC ACTGAGATGG AGTCCTCTCT 180 ATCTAAAACA CTGGTCATCT CAACAATCGG ACAATCAGAT GGCACCTGAG CTAACAAATC 240 AATCTTCTCT GAACGGGAAG AAGAGCAACC GATCAGATGC GTCAATATAC CACAATATAA 300 AACTAATCTA ATCTTGTTCA TTTTGATTTT ATATTTAAAT AAAAGTCCAA CATCTTATTT 360 CTAAATAAGT CAAAACCATA TAATTGTATA TACCGATTAA CCAAATAATC TTTAATACTT 420 TTTTTTTCTA ACAAATTCAT ACTCAAAGCA GTTATCATCT GCTGTGCTAA TATCTCAACA 480 TTAATAGAAC AAATCTCTTC CTGAGATATA TTAACTCTAA AAGGATAAGA TGGTCCAACC 540 ATTTCATTTA CTCCTGCTAC AGAAGTTGCT ACCAAAGGAA TTCCTCTCAT CATCATTTCA 600 ATCATTACAT AACTACATTG TTCTGTATAT GAAGCAATAA CCCCTAAGTC AGCCATAGAA 660 TAAATACAAT CCAATTTATC TTTCTCAACT CTACCAACAA ACGAAACTTT ATGCCATATT 720 CTTTCACACA GTTTCAAGTA AGTAGCGAAT TCACCATCTC CAACAATGAC TAAACGTACA 780 TTCTGTATTT TATCCTGTAC CATGCGAAAG GCTCGCAATA GTTCTTCTAT CCCTTTATTA 840 TGATCCAAGC GTCCTACAAA TAATATCAAA ATTTCTTTTT TACCTAGAAC CGGCTCCTTT 900 TCACATTCAT TATCTTGAAC AGATAGCTTA TGTGGCAAGC CATTTGCTAT ATATTTGAGT 960 TTAGCTATAG GGACTTGATA ATCATTTATC AGAATCTCTT TAGTACTTTT TGAAAGACAA 1020 ATAACATAGT CAACATAATT AAACATTTCT TTCTCAACCG TAAATGCATC AAACACATCT 1080 ATTTCCTTCA AACTCCTTTT GGTCGCATCT TGAGATAAAA TAAAATGGAA ATAAGTCCTA 1140 TTTCCCTTTA AAACAAAACA CCAATTAAGA TAATGCACGG TAAAACAAAC CACACATCTT 1200 ATCTGCCTGC TCCTCAATGA TCTTACAATT GCCACATCTT GGTAAAAATT CAAATGAAAT 1260 ACATTAATAT TAAATAAATC AATATACTCC TGAAGGATAT ATGATATATT TCGACAGTAC 1320 CTTTCATACA AAAAAGAATT ATCTTGAACA TCAACACTAG GAATAAGAAA TAGCCTTATA 1380 CCATTATTGG TTCTCATTTC AATATTTTCA ACATTTGCAC AAATCTGGAC TATTGTTAAA 1440 TTTAAGTCCG CACGTTCTCT TACCACTTTT GTCAACTGTT CAACATATGT TCCTACACCA 1500 TATTGTGAAG CTACACTTGA ATTATTAACG ATATAAATAT TCCTCATATC GAAGATTGAT 1560 CCCAAATTAT TTTTAATCCT TTTTTCCAAG ACAAATTATT ATCGCCATCA CTCCCTCTTA 1620 TGATCTCTGC CTGTATCTGT TGTATAGAAT AATTCACAGG ACAAGCTACA CATAATGCTT 1680 GAAGAAAAGC CGTATCAAAA AACGACTCTC TACCTATATC CAGTACTAAA CGAATACGTA 1740 TATATGAAGC TATACCAAGC AAGCCTGTTT CCAGAGAATG ATTATTCATT TTTTAAAAGA 1800 TTGTATTCCA ACAGCTTATT ATCAAGAGAT TTTAAAACGT CATCCACATT TCCATCTACA 1860 AATTTTTGCT GAAACAGATA TACTATTCCC CACCCAATGC CACATAAGCC ATCCGCAAAG 1920 TAAATCGGTA TATCTTCATG AACATCTTCA AAAACCTCAT CCAATAATTC ACCAGCAAAT 1980 TCCTCATATA AAGGGTTTTG TATATAACGG CTATAATGAA AGAAAAACAA GACAAGTCCC 2040 ATCTTGCCAT TAAAAAGTCC CAAACTTGGA AGGAAGCTT 2079 配列番号：５配列の長さ： 1847 配列の型：核酸鎖の数：二本鎖トポロジー：直鎖状配列の種類：Genomic DNA 起源生物名：バクテロイデス・フラジリス (Bacter oides fr
agilis) 株名：臨床分離株 BF-34 配列 AAGCTTATAA AGAAGATTAT ATCCAACGAT TATTCGTCTT TAAAATTATG GATTGGAGCT 60 GATGAATTCA AGGAATTGCT TTATCTGAAT CAGGAAGGCG GTTCAGAGGG CACTACAGAA 120 GTCTATGATT ATGATGGTAA CTATCAAGGA AATATTGCTG AATTGTATAA TATGCCATAT 180 CATTCTCAAT ATGTACATCG ACTGAATGAA AAATTCCTGG CTGCTTTTTC ACCATGGTGT 240 ATGCCATTGA CTGATAAGAA TTATTTTGGC GGAGCCGTAT TTTCAGAAAA GGGGGAAATG 300 GTACATCAGT TGAACTATTT TGTTCCGTCT GACACTTTGG CTTTATGTAA GGTTAGCTAT 360 TATAGTTTCA CTTATCAATC AGATGGAAGC ATGTTGGTTT GGAATAATGG GGGAAGTGGC 420 AGCCCAATTG TTCAGCCTTA TACCACTTTG TATAAGGTAA CTGTTGATTC TATTTTTCCG 480 GTGTATCATT TGTTTAATGG TAATACACGA GATAAAATAG ATCATGTTCA AGGAATTGGA 540 GTTAGTGGGA ACTCTTTGGC CATAGAAACA GATTCCAGTC TCTATTTATG TTGTTATCAT 600 CCAAAGGCTC CGCATCCGTG TCCAACTTTA TGCTTTATGC GATATGATAT AAAAAATAAG 660 GTTCTTCAGG GAGTCAATTA TCCTCCTAAT GGTATTTGGG GAGGATATGT AAACCATTTG 720 AATGGTGATA TTCCAATCCG TTTCCAGTAT TCGTTTCCTC TTCAAAAGGT TTATGTATCG 780 AGTATTAGTT CTGGCGAAAT AGAGCAATTG AGAAAGTCGG GGTATATCAA TGCAAATAGT 840 GATGAAACAT TAAGGAGTAA TAAATCTGGG GATAATCCCA TTTTGATATA TTATCATTAT 900 TAATTATTTA ACAAGGAGGT AAATATGAAA AAGCTAAAAG TTTTAAATCT CTCAAAAGGT 960 GAGCAGTTTA AGATTACGGG AGGGGCTGGT AGTTGTACCG GGCCTGGTAC TTGTCGCGAA 1020 AGTAACTGTA CATGTACAGG TTGGTTAGTA AGTAACCATG CATGGACAGA AACAGATGCA 1080 AGTAAAGAAA CGCAGATGTC TTCTAACAAG GACGTTTATT CTTGGCAAGG TAACCCTGGA 1140 GCTTAGTTTA ATGTAGGTGG TAGTTTACTA CCACCTCTTT TATGTAAATT ATGAAATGAA 1200 ATCTATTATA TTTAAGGATC AATATAATTA TTGCTATTTG TATAGCTTTG GTAAGAAAAA 1260 ACTTTTACAG ATAACTCCTG AGGTTTATAA TATGCTTGAT GTTTATTGGG CTGAAGGGGA 1320 ATGTTGGGAA GGGGATAGTA ATACGGCGCG AACATGCTCT TTTTTTGAGA AATATGGTTT 1380 TTTGGATTTT GACAATATAA AAGTTGGTGC GGGTATAGAT GTAGAGGATA TAGAATATTC 1440 CATTGCAAGT GTACCAGTTA TAACATTTGA GTTGACTCAG AAATGTAATC TTGGTTGCAA 1500 ATATTGTGTG TATGGAGATC TATATGAGAC CGAAAAAGAT TGTGTTGGGA ATGAATTATC 1560 TTTTGATGTA GCAAAATCTG TCATTGATTT TTGCTTGAAT AAGGGGATGA GAAACCAATT 1620 AAGTGGTTTA AAAAGAACTA TTACAATAGG CTTTTATGGT GGAGAGCCTT TGTTGCGATT 1680 TGATTTGGTA CAGCAAATAA TATCTTATAC AAAAAGTCGG GAATCTGAGT TTCTTACATT 1740 TACTTATAAT ATGACAACTA ATGCCGTATT ACTAGATAAA TATATGGATT ATATTGTTGA 1800 GCAGGATATT TCTCTTCTTA TTAGTCTTGA TGGTGATAAG AAAGCTT 1847 配列番号：６配列の長さ： 1673 配列の型：核酸鎖の数：二本鎖トポロジー：直鎖状配列の種類：Genomic DNA 起源生物名：バクテロイデス・フラジリス (Bacter oides fr
agilis) 株名：臨床分離株 BF-35 配列 AAGCTTTTCA TTATACCCCC CCAAGAAGGA AAGAAGGTCT TCATACCACC CAGATCATCT 60 ATAATCTGTT TCACCGCAAA TGTCTCACCC GTACGTTTAT TGTAAATGGC TGTTAATAGA 120 GGAGGCTTAG GCAGTTTACG CAGCTCCCAG TATGCCATAT ATTCATAGAC AGATAAAAAA 180 ACAAAACGCT CTGTTTCAAA AACACCGGAT ACTATATATT TGTGATCCAG CATTTTAATC 240 ATTTTTGCAT TTTCCAAGTT GCCCGATTCC CAACATTTAA AAGCATCAGA AAATAATCCA 300 TCTTCATATA GATACTGGGT AGGAAACCGT AATTCTTCAT CCAACTCCAC CACCCAGCGA 360 GGTACCAGGG AAGTGGGGGT AACAGTAAAA ACTGTATCCG TATAAAAATT ATAAAATAAG 420 GTCGTATCTT TATAGTAGCT CGTATACTTC ACACTCCCCA TGGACGGAGC GATCCCTTTC 480 CTGTTCCACG GCATCATACT GCGTTTGGCT ACAAACTCGT AATCCGTATT TATGAAATAA 540 ACCGTATCCG GAGAATTATA AAACATCAGG TTTTCTCCTG CCGGAGCAAA GCAGACCTGA 600 TTGACCAAAT GTCCAACCGG TGCAGTGTCC ATTGTTTTCT GGGTAAACCA GCTTAGCTCT 660 TTCCCCGTAC ACTTCCCCCG GTCATCATAT TCTATTATTT TAGAGGCATT CCCATAGAAA 720 TGATTATTCA AATATACTAT TTCGGCCACA TGCGCATAGA TATCTTCACA AGCCCCTTGA 780 CCCTGGCTCC CAATACGGAA CAAGAACTGC CCATTCCAAT CAAAACAATA GTTTAAGTAA 840 AATATGTATT GGGGAGAAAA GGTCAAACGC TGATAATTAC CTAACATACA ATTCGGATTC 900 GTTTCCAAAG GAATATAACT GACACTATCC ACCAGCTCCG AAAGCATCAT TTCCTCCCGA 960 ACATTCTTTA TCGCAGTTGA CAAATGAATA ATATTATCCC GAACAACAGG ATTAGGATCC 1020 ACTGTTTTTT TGTTACTACA AGCCGTGAAG CCCAATACCA TAACACCCAG TATCAATATC 1080 ATTCGCATAA AAAATTCCAT ATCCACCTAT TCTTTAAATT AGCAATTACA AGAACCGGAT 1140 TTTGCTCCTC ATCCAGTGAA TCGGTAAGCA TAACCAAACG CTCACTCACA ATTCCTCCCT 1200 TTTCTTTCTT CTCTTGAATA TATTCCTTCA ACTCAAACGG CCAAACCGAA GAAAAAAAAC 1260 TTTAGATTCA AAATAATAAT TCTTCTATTT TAAAGTTGCA ATCATCAAAA TCGGATTGCT 1320 ATCCTCAGTC GCACTTTCCA AAACTCGGAT TAGCTCCTTT TTCTTGGACT CATCTATTAC 1380 GGTAGATGAT TTTATTTGGT CGATATCAAT CCAGTTCTCA TCACCGCCGG GTTCTAATAT 1440 ATCTACCCAG TATTTACCGG AAGAACGGCT GTCAACAGTA AAATCACCTC CACCTAAATC 1500 ATTATCTAAC ACAAAATCAC GTTTCATTTG GCGCAAAGGA AAGCTAAACC AGGGGACATC 1560 ACGCTCGGTT ATTGCACTTT GTCGCTTCTG CAGTCTAACA TTTCCATCTT TTTTATTATA 1620 GCAATAGGTA TATACCTCCT CGCCTTTACT ACCCACCAAA TAAATGAAAG CTT 1673

【図面の簡単な説明】

【図１】(a)は、ドット・ブロット・ハイブリダイゼー
ションの各フィルターにおけるＤＮＡの菌株の配置を示
し、(b)は各プローブを用いてハイブリダイゼーション
を行ない発色させた後の結果を示す。

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.⁶ 識別記号ＦＩ (Ｃ１２Ｑ 1/68 Ｃ１２Ｒ 1:01） (72)発明者松久明生大阪府大阪市城東区森之宮２−３−30 扶桑薬品工業株式会社研究開発センター内

Claims

【特許請求の範囲】

【請求項１】感染症疾患起因菌であるバクテロイデス
・フラジリス (Bacteroides fragilis) 菌が保有するＤ
ＮＡを制限酵素HindIIIで処理して得ることができるＤ
ＮＡ断片を含み、およびバクテロイデス・フラジリス菌
が保有するＤＮＡと特異的にハイブリッド形成すること
を特徴とする感染症診断用プローブ。
【請求項２】前記感染症診断用プローブが、配列番号
１乃至６に記載の少なくとも一つの塩基配列を含む請求
項１に記載の感染症診断用プローブ。