JPH08163999A - サイトメガロウイルス増幅・検出用オリゴヌクレオチド - Google Patents
サイトメガロウイルス増幅・検出用オリゴヌクレオチドInfo
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- JPH08163999A JPH08163999A JP6312029A JP31202994A JPH08163999A JP H08163999 A JPH08163999 A JP H08163999A JP 6312029 A JP6312029 A JP 6312029A JP 31202994 A JP31202994 A JP 31202994A JP H08163999 A JPH08163999 A JP H08163999A
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Abstract
(57)【要約】 (修正有)
【目的】 直接的で簡便、迅速かつ確実なサイトメガロ
ウイルス(CMV)遺伝子を増幅または検出できる新規
なオリゴヌクレオチドを提供する。 【構成】 配列表・配列番号1〜6に示される核酸配列
または該配列に相補的な核酸配列を有するオリゴヌクレ
オチドであるCMV増幅用オリゴヌクレオチド及び前記
オリゴヌクレオチドを使用するCMV検出用修飾オリゴ
ヌクレオチド及びこれらのオリゴヌクレオチドと修飾オ
リゴヌクレオチドを用いたCMVの検出方法とその検出
用試薬キット。 配列番号:1 GCGTGCCGTT GTCAATCAGG 20 配列番号:2 TGGCCAGGTA GCTGAACATT 20 配列番号:3 TTCCAAGACG TGCGCTACAT 20 配列番号:4 TGTCTCTACA CCGTGTTCGT 20 配列番号:5 CAGGAGTGTG GTGTGATAGA TTA 23 配列番号:6 AGTATCAGCG AGCTGCGGAT GAC 23 【効果】 各種ヘルペスウイルス培養上清から、CMV
の遺伝子を増幅でき、また特異的に該遺伝子を検出で
き、CMVによる疾患の診断が可能となる。
ウイルス(CMV)遺伝子を増幅または検出できる新規
なオリゴヌクレオチドを提供する。 【構成】 配列表・配列番号1〜6に示される核酸配列
または該配列に相補的な核酸配列を有するオリゴヌクレ
オチドであるCMV増幅用オリゴヌクレオチド及び前記
オリゴヌクレオチドを使用するCMV検出用修飾オリゴ
ヌクレオチド及びこれらのオリゴヌクレオチドと修飾オ
リゴヌクレオチドを用いたCMVの検出方法とその検出
用試薬キット。 配列番号:1 GCGTGCCGTT GTCAATCAGG 20 配列番号:2 TGGCCAGGTA GCTGAACATT 20 配列番号:3 TTCCAAGACG TGCGCTACAT 20 配列番号:4 TGTCTCTACA CCGTGTTCGT 20 配列番号:5 CAGGAGTGTG GTGTGATAGA TTA 23 配列番号:6 AGTATCAGCG AGCTGCGGAT GAC 23 【効果】 各種ヘルペスウイルス培養上清から、CMV
の遺伝子を増幅でき、また特異的に該遺伝子を検出で
き、CMVによる疾患の診断が可能となる。
Description
【0001】
【産業上の利用分野】本発明はサイトメガロウイルス
(以下、CMVと略する)を簡便かつ迅速に検出するた
めのオリゴヌクレオチド、該オリゴヌクレオチドをプラ
イマーとして使用するCMV増幅法および該オリゴヌク
レオチドをプローブとして使用するCMV検出法および
それらの試薬に関する。
(以下、CMVと略する)を簡便かつ迅速に検出するた
めのオリゴヌクレオチド、該オリゴヌクレオチドをプラ
イマーとして使用するCMV増幅法および該オリゴヌク
レオチドをプローブとして使用するCMV検出法および
それらの試薬に関する。
【0002】
【従来の技術】CMVはヘルペス科に属するウイルスで
あり、宿主細胞、増殖サイクルおよび潜伏様式からβヘ
ルペスウイルスに属している。CMVは初感染後に生体
内に終生にわたり潜伏感染し、宿主の生理的変化によっ
て潜伏感染状態から活性化して感染ウイルスとなって、
回帰発症を繰り返すのが特徴である。CMVの場合、成
人の初感染はサイトメガロウイルス単核球症であり、妊
娠初期に妊婦が初感染すると、胎児は肝臓・脾臓の腫
脹、黄疸、血小板減少性紫班病または小頭症などで死産
となることが多い。生き残っても知能傷害、難聴または
小頭症が認められ、腎臓、肺、肝臓などの上皮細胞に核
内封入体を有する巨細胞があり、先天性巨細胞封入体症
といわれている。また、癌患者、エイズ患者または将来
増加すると見込まれている臓器移植患者にあっては、免
疫不全状態が、CMVの再燃の起因となり、間質性肺
炎、肝炎、網膜炎、脳炎または腎炎などが発症して重篤
になる。
あり、宿主細胞、増殖サイクルおよび潜伏様式からβヘ
ルペスウイルスに属している。CMVは初感染後に生体
内に終生にわたり潜伏感染し、宿主の生理的変化によっ
て潜伏感染状態から活性化して感染ウイルスとなって、
回帰発症を繰り返すのが特徴である。CMVの場合、成
人の初感染はサイトメガロウイルス単核球症であり、妊
娠初期に妊婦が初感染すると、胎児は肝臓・脾臓の腫
脹、黄疸、血小板減少性紫班病または小頭症などで死産
となることが多い。生き残っても知能傷害、難聴または
小頭症が認められ、腎臓、肺、肝臓などの上皮細胞に核
内封入体を有する巨細胞があり、先天性巨細胞封入体症
といわれている。また、癌患者、エイズ患者または将来
増加すると見込まれている臓器移植患者にあっては、免
疫不全状態が、CMVの再燃の起因となり、間質性肺
炎、肝炎、網膜炎、脳炎または腎炎などが発症して重篤
になる。
【0003】このように、CMVの感染や回帰発症は現
代病として大きな問題であり、早期診断法の確立が早期
治療のために重要である。従来、CMV感染の診断法と
しては、患者からCMVを分離するウイルス分離法があ
るが、数週間の期間を要して迅速性に欠ける。また、患
者血清中に抗CMV抗体を検出する血清診断法では、抗
体非特異反応が起きたり、高感度が得られないという問
題がある他、抗体価が変化するためにウイルスの消長を
追跡するのが難しいという欠点があった。
代病として大きな問題であり、早期診断法の確立が早期
治療のために重要である。従来、CMV感染の診断法と
しては、患者からCMVを分離するウイルス分離法があ
るが、数週間の期間を要して迅速性に欠ける。また、患
者血清中に抗CMV抗体を検出する血清診断法では、抗
体非特異反応が起きたり、高感度が得られないという問
題がある他、抗体価が変化するためにウイルスの消長を
追跡するのが難しいという欠点があった。
【0004】
【発明が解決しようとする課題】CMVは初期感染時や
免疫不全状態時に重篤な症状を招くため、迅速な診断方
法が必要であるにもかかわらず、従来の診断法は迅速性
・高感度の点で問題がある。したがって、CMVによる
疾病の診断に関して、短時間で正確にCMVを検出でき
る手法および体外診断薬の開発が望まれていた。本発明
の目的は簡便、迅速、特異的且つ高感度にCMVを検出
可能なオリゴヌクレオチドを提供することにある。
免疫不全状態時に重篤な症状を招くため、迅速な診断方
法が必要であるにもかかわらず、従来の診断法は迅速性
・高感度の点で問題がある。したがって、CMVによる
疾病の診断に関して、短時間で正確にCMVを検出でき
る手法および体外診断薬の開発が望まれていた。本発明
の目的は簡便、迅速、特異的且つ高感度にCMVを検出
可能なオリゴヌクレオチドを提供することにある。
【0005】
【課題を解決するための手段】すなわち本発明は、配列
表・配列番号1〜6(但し、Aはアデニン、Cはシトシ
ン、Gはグアニン、Tはチミンを表す。また、任意の位
置のTはウラシル(U)と置換されてもよい)に示され
る核酸配列もしくは該配列に相補的な核酸配列を有する
オリゴヌクレオドであることを特徴とするCMV増幅用
オリゴヌクレオチドである。(クレーム1)
表・配列番号1〜6(但し、Aはアデニン、Cはシトシ
ン、Gはグアニン、Tはチミンを表す。また、任意の位
置のTはウラシル(U)と置換されてもよい)に示され
る核酸配列もしくは該配列に相補的な核酸配列を有する
オリゴヌクレオドであることを特徴とするCMV増幅用
オリゴヌクレオチドである。(クレーム1)
【0006】また本発明は、配列表・配列番号1〜6
(但し、Aはアデニン、Cはシトシン、Gはグアニン、
Tはチミンを表す。また、任意の位置のTはウラシル
(U)と置換されてもよい)に示される核酸配列もしく
は該配列に相補的な核酸配列を有するオリゴヌクレオド
であることを特徴とするCMV検出用オリゴヌクレオチ
ドである。(クレーム2)
(但し、Aはアデニン、Cはシトシン、Gはグアニン、
Tはチミンを表す。また、任意の位置のTはウラシル
(U)と置換されてもよい)に示される核酸配列もしく
は該配列に相補的な核酸配列を有するオリゴヌクレオド
であることを特徴とするCMV検出用オリゴヌクレオチ
ドである。(クレーム2)
【0007】さらに本発明は、配列表・配列番号1〜6
(但し、Aはアデニン、Cはシトシン、Gはグアニン、
Tはチミンを表す。また、任意の位置のTはウラシル
(U)と置換されてもよい)に示される核酸配列もしく
は該配列に相補的な核酸配列を有するオリゴヌクレオド
が、修飾物により修飾されたオリゴヌクレオチドである
ことを特徴とするCMV増幅用修飾オリゴヌクレオチド
である。(クレーム3)
(但し、Aはアデニン、Cはシトシン、Gはグアニン、
Tはチミンを表す。また、任意の位置のTはウラシル
(U)と置換されてもよい)に示される核酸配列もしく
は該配列に相補的な核酸配列を有するオリゴヌクレオド
が、修飾物により修飾されたオリゴヌクレオチドである
ことを特徴とするCMV増幅用修飾オリゴヌクレオチド
である。(クレーム3)
【0008】本発明は、配列表・配列番号1〜6(但
し、Aはアデニン、Cはシトシン、Gはグアニン、Tは
チミンを表す。また、任意の位置のTはウラシル(U)
と置換されてもよい)に示される核酸配列もしくは該配
列に相補的な核酸配列を有するオリゴヌクレオドが、修
飾物により修飾されたオリゴヌクレオチドであることを
特徴とするCMV検出用修飾オリゴヌクレオチドであ
る。(クレーム5)
し、Aはアデニン、Cはシトシン、Gはグアニン、Tは
チミンを表す。また、任意の位置のTはウラシル(U)
と置換されてもよい)に示される核酸配列もしくは該配
列に相補的な核酸配列を有するオリゴヌクレオドが、修
飾物により修飾されたオリゴヌクレオチドであることを
特徴とするCMV検出用修飾オリゴヌクレオチドであ
る。(クレーム5)
【0009】また本発明は、配列表・配列番号1〜6
(但し、Aはアデニン、Cはシトシン、Gはグアニン、
Tはチミンを表す。また、任意の位置のTはウラシル
(U)と置換されてもよい)に示される核酸配列もしく
は該配列に相補的な核酸配列を有し、修飾物により修飾
されたCMV検出用修飾オリゴヌクレオチドをプローブ
として、試料中の核酸に交雑させ、交雑した結合体の修
飾物を測定することを特徴とする試料中のCMVの検出
方法である。(クレーム7)
(但し、Aはアデニン、Cはシトシン、Gはグアニン、
Tはチミンを表す。また、任意の位置のTはウラシル
(U)と置換されてもよい)に示される核酸配列もしく
は該配列に相補的な核酸配列を有し、修飾物により修飾
されたCMV検出用修飾オリゴヌクレオチドをプローブ
として、試料中の核酸に交雑させ、交雑した結合体の修
飾物を測定することを特徴とする試料中のCMVの検出
方法である。(クレーム7)
【0010】本発明の実施態様は、配列表・配列番号1
〜6(但し、Aはアデニン、Cはシトシン、Gはグアニ
ン、Tはチミンを表す。また、任意の位置のTはウラシ
ル(U)と置換されてもよい)に示される核酸配列もし
くは該配列に相補的な核酸配列を有するCMV検出用オ
リゴヌクレオチドを固相担体に結合し、試料中の核酸と
交雑させ、固定化された試料中の核酸を配列表・配列番
号1〜6(但し、Aはアデニン、Cはシトシン、Gはグ
アニン、Tはチミンを表す。また、任意の位置のTはウ
ラシル(U)と置換されてもよい)に示される核酸配列
もしくは該配列に相補的な核酸配列を有するオリゴヌク
レオドが、修飾物により修飾されたCMV検出用修飾オ
リゴヌクレオチドと交雑させ、交雑した結合体の修飾物
を測定することを特徴とする試料中のCMVの検出方法
である。(クレーム8)
〜6(但し、Aはアデニン、Cはシトシン、Gはグアニ
ン、Tはチミンを表す。また、任意の位置のTはウラシ
ル(U)と置換されてもよい)に示される核酸配列もし
くは該配列に相補的な核酸配列を有するCMV検出用オ
リゴヌクレオチドを固相担体に結合し、試料中の核酸と
交雑させ、固定化された試料中の核酸を配列表・配列番
号1〜6(但し、Aはアデニン、Cはシトシン、Gはグ
アニン、Tはチミンを表す。また、任意の位置のTはウ
ラシル(U)と置換されてもよい)に示される核酸配列
もしくは該配列に相補的な核酸配列を有するオリゴヌク
レオドが、修飾物により修飾されたCMV検出用修飾オ
リゴヌクレオチドと交雑させ、交雑した結合体の修飾物
を測定することを特徴とする試料中のCMVの検出方法
である。(クレーム8)
【0011】また本発明の別な実施態様は、配列表・配
列番号1〜6(但し、Aはアデニン、Cはシトシン、G
はグアニン、Tはチミンを表す。また、任意の位置のT
はウラシル(U)と置換されてもよい)に示される核酸
配列もしくは該配列に相補的な核酸配列を有するオリゴ
ヌクレオドが、修飾物により修飾されたCMV検出用修
飾オリゴヌクレオチドを第1の修飾物の性質を利用して
固相担体に結合し、試料中の核酸と交雑させ、固定化さ
れた試料中の核酸を配列表・配列番号1〜6(但し、A
はアデニン、Cはシトシン、Gはグアニン、Tはチミン
を表す。また、任意の位置のTはウラシル(U)と置換
されてもよい)に示される核酸配列もしくは該配列に相
補的な核酸配列を有するオリゴヌクレオドが、修飾物に
より修飾された第2のCMV検出用修飾オリゴヌと交雑
させ、交雑した結合体の第2の修飾物を測定することを
特徴とする試料中のCMVの検出方法。(クレーム9)
列番号1〜6(但し、Aはアデニン、Cはシトシン、G
はグアニン、Tはチミンを表す。また、任意の位置のT
はウラシル(U)と置換されてもよい)に示される核酸
配列もしくは該配列に相補的な核酸配列を有するオリゴ
ヌクレオドが、修飾物により修飾されたCMV検出用修
飾オリゴヌクレオチドを第1の修飾物の性質を利用して
固相担体に結合し、試料中の核酸と交雑させ、固定化さ
れた試料中の核酸を配列表・配列番号1〜6(但し、A
はアデニン、Cはシトシン、Gはグアニン、Tはチミン
を表す。また、任意の位置のTはウラシル(U)と置換
されてもよい)に示される核酸配列もしくは該配列に相
補的な核酸配列を有するオリゴヌクレオドが、修飾物に
より修飾された第2のCMV検出用修飾オリゴヌと交雑
させ、交雑した結合体の第2の修飾物を測定することを
特徴とする試料中のCMVの検出方法。(クレーム9)
【0012】さらに本発明の実施態様は、配列表・配列
番号1〜6(但し、Aはアデニン、Cはシトシン、Gは
グアニン、Tはチミンを表す。また、任意の位置のTは
ウラシル(U)と置換されてもよい)に示される核酸配
列もしくは該配列に相補的な核酸配列を有するCMV増
幅用オリゴヌクレオチドをプライマーとして、試料中の
核酸を増幅させ、得られた増幅産物に配列表・配列番号
1〜6(但し、Aはアデニン、Cはシトシン、Gはグア
ニン、Tはチミンを表す。また、任意の位置のTはウラ
シル(U)と置換されてもよい)に示される核酸配列も
しくは該配列に相補的な核酸配列を有し、修飾物により
修飾されたCMV検出用修飾オリゴヌクレオチドをプロ
ーブとして交雑させ、交雑した結合体の修飾物を測定す
ることを特徴とする試料中のCMVの検出方法である。
(クレーム11)
番号1〜6(但し、Aはアデニン、Cはシトシン、Gは
グアニン、Tはチミンを表す。また、任意の位置のTは
ウラシル(U)と置換されてもよい)に示される核酸配
列もしくは該配列に相補的な核酸配列を有するCMV増
幅用オリゴヌクレオチドをプライマーとして、試料中の
核酸を増幅させ、得られた増幅産物に配列表・配列番号
1〜6(但し、Aはアデニン、Cはシトシン、Gはグア
ニン、Tはチミンを表す。また、任意の位置のTはウラ
シル(U)と置換されてもよい)に示される核酸配列も
しくは該配列に相補的な核酸配列を有し、修飾物により
修飾されたCMV検出用修飾オリゴヌクレオチドをプロ
ーブとして交雑させ、交雑した結合体の修飾物を測定す
ることを特徴とする試料中のCMVの検出方法である。
(クレーム11)
【0013】また別な本発明は、配列表・配列番号1〜
6(但し、Aはアデニン、Cはシトシン、Gはグアニ
ン、Tはチミンを表す。また、任意の位置のTはウラシ
ル(U)と置換されてもよい)に示される核酸配列もし
くは該配列に相補的な核酸配列を有し、修飾物により修
飾されたCMV検出用修飾オリゴヌクレオチドを含有す
ることを特徴とするCMV検出用試薬キットである。
(クレーム12)
6(但し、Aはアデニン、Cはシトシン、Gはグアニ
ン、Tはチミンを表す。また、任意の位置のTはウラシ
ル(U)と置換されてもよい)に示される核酸配列もし
くは該配列に相補的な核酸配列を有し、修飾物により修
飾されたCMV検出用修飾オリゴヌクレオチドを含有す
ることを特徴とするCMV検出用試薬キットである。
(クレーム12)
【0014】本発明の実施態様は、配列表・配列番号1
〜6(但し、Aはアデニン、Cはシトシン、Gはグアニ
ン、Tはチミンを表す。また、任意の位置のTはウラシ
ル(U)と置換されてもよい)に示される核酸配列もし
くは該配列に相補的な核酸配列を有するCMV増幅用オ
リゴヌクレオチドおよび配列表・配列番号1〜6(但
し、Aはアデニン、Cはシトシン、Gはグアニン、Tは
チミンを表す。また、任意の位置のTはウラシル(U)
と置換されてもよい)に示される核酸配列もしくは該配
列に相補的な核酸配列を有し、修飾物により修飾された
CMV検出用修飾オリゴヌクレオチドを含有することを
特徴とするCMV増幅・検出用試薬キットである。(ク
レーム13)
〜6(但し、Aはアデニン、Cはシトシン、Gはグアニ
ン、Tはチミンを表す。また、任意の位置のTはウラシ
ル(U)と置換されてもよい)に示される核酸配列もし
くは該配列に相補的な核酸配列を有するCMV増幅用オ
リゴヌクレオチドおよび配列表・配列番号1〜6(但
し、Aはアデニン、Cはシトシン、Gはグアニン、Tは
チミンを表す。また、任意の位置のTはウラシル(U)
と置換されてもよい)に示される核酸配列もしくは該配
列に相補的な核酸配列を有し、修飾物により修飾された
CMV検出用修飾オリゴヌクレオチドを含有することを
特徴とするCMV増幅・検出用試薬キットである。(ク
レーム13)
【0015】本発明の別な実施態様は、配列表・配列番
号1〜6(但し、Aはアデニン、Cはシトシン、Gはグ
アニン、Tはチミンを表す。また、任意の位置のTはウ
ラシル(U)と置換されてもよい)に示される核酸配列
もしくは該配列に相補的な核酸配列を有するCMV増幅
用オリゴヌクレオチドおよび配列表・配列番号1〜6
(但し、Aはアデニン、Cはシトシン、Gはグアニン、
Tはチミンを表す。また、任意の位置のTはウラシル
(U)と置換されてもよい)に示される核酸配列もしく
は該配列に相補的な核酸配列を有し、修飾物により修飾
されたCMV検出用修飾オリゴヌクレオチド、核酸合成
酵素、dNTPおよび/またはrNTPおよび緩衝液を
含有することを特徴とする試料中のサイトメガロウイル
ス(CMV)増幅・検出用試薬キットである。(クレー
ム14)
号1〜6(但し、Aはアデニン、Cはシトシン、Gはグ
アニン、Tはチミンを表す。また、任意の位置のTはウ
ラシル(U)と置換されてもよい)に示される核酸配列
もしくは該配列に相補的な核酸配列を有するCMV増幅
用オリゴヌクレオチドおよび配列表・配列番号1〜6
(但し、Aはアデニン、Cはシトシン、Gはグアニン、
Tはチミンを表す。また、任意の位置のTはウラシル
(U)と置換されてもよい)に示される核酸配列もしく
は該配列に相補的な核酸配列を有し、修飾物により修飾
されたCMV検出用修飾オリゴヌクレオチド、核酸合成
酵素、dNTPおよび/またはrNTPおよび緩衝液を
含有することを特徴とする試料中のサイトメガロウイル
ス(CMV)増幅・検出用試薬キットである。(クレー
ム14)
【0016】以下に、本発明に使用される用語を説明す
る。「修飾」とはオリゴヌクレオチドの配列部分に他の
ヌクレオチドを付加または置換することを意味する。付
加とはビオチン、リンカーアーム、蛍光物質等を有する
ヌクレオチドをオリゴヌクレオチド配列の5’末端また
は3’末端に結合することである。またRNAポリメラ
ーゼ用のプロモーター配列等をオリゴヌクレオチド配列
の5’末端または3’末端に結合することも含む。置換
とはビオチン、リンカーアーム、蛍光物質等を有するヌ
クレオチドをオリゴヌクレオチド配列中のヌクレオチド
の代わりに導入することである。また、放射性物質や酵
素、蛍光物質など公知のオリゴヌクレオチドの標識物を
導入することも含まれる。また、放射性物質や酵素、蛍
光物質などの公知の標識物を導入する方法も含まれる。
る。「修飾」とはオリゴヌクレオチドの配列部分に他の
ヌクレオチドを付加または置換することを意味する。付
加とはビオチン、リンカーアーム、蛍光物質等を有する
ヌクレオチドをオリゴヌクレオチド配列の5’末端また
は3’末端に結合することである。またRNAポリメラ
ーゼ用のプロモーター配列等をオリゴヌクレオチド配列
の5’末端または3’末端に結合することも含む。置換
とはビオチン、リンカーアーム、蛍光物質等を有するヌ
クレオチドをオリゴヌクレオチド配列中のヌクレオチド
の代わりに導入することである。また、放射性物質や酵
素、蛍光物質など公知のオリゴヌクレオチドの標識物を
導入することも含まれる。また、放射性物質や酵素、蛍
光物質などの公知の標識物を導入する方法も含まれる。
【0017】「第1の修飾物で修飾されたCMV検出用
修飾オリゴヌクレオチド」とはCMV検出用オリゴヌク
レオチドの固相担体への固定を容易にするための修飾を
施されたCMV検出用オリゴヌクレオチドである。第1
の修飾物としては、好ましくはリンカーアーム、ビオチ
ンなどが挙げられる。
修飾オリゴヌクレオチド」とはCMV検出用オリゴヌク
レオチドの固相担体への固定を容易にするための修飾を
施されたCMV検出用オリゴヌクレオチドである。第1
の修飾物としては、好ましくはリンカーアーム、ビオチ
ンなどが挙げられる。
【0018】「第2の修飾物で修飾されたCMV検出用
修飾オリゴヌクレオチド」とは検出を容易にするための
修飾物であるラジオアイソトープ、蛍光物質、酵素等で
修飾されたCMV検出用修飾オリゴヌクレオチドを用い
ればよい。第2の修飾物としては、好ましくはラジオア
イソトープ、蛍光物質、酵素等が挙げられる。
修飾オリゴヌクレオチド」とは検出を容易にするための
修飾物であるラジオアイソトープ、蛍光物質、酵素等で
修飾されたCMV検出用修飾オリゴヌクレオチドを用い
ればよい。第2の修飾物としては、好ましくはラジオア
イソトープ、蛍光物質、酵素等が挙げられる。
【0019】「試料」とは全ての核酸含有物のことを意
味する。臨床検体やウイルス感染細胞培養物なども試料
に含まれる。場合によっては、交雑、検出、固定などを
しやすくするための処理、例えば蛋白分解酵素処理、フ
ェノール・クロロホルム処理、エタノール沈殿等を行
い、混入タンパク質を分解除去したものでよい。また、
ここで使用される試料は、検出感度を上げるために、D
NAポリメラーゼにより増幅させる方法(特開昭61-274
697 号公報、以下、「PCR法」と略す)やRNAポリ
メラーゼにより増幅させる方法(特開平2-5864号公報、
特開平4-501057号公報など、以下「NASBA法」と略
す)を用いて、遺伝子増幅したものであってもよい。
味する。臨床検体やウイルス感染細胞培養物なども試料
に含まれる。場合によっては、交雑、検出、固定などを
しやすくするための処理、例えば蛋白分解酵素処理、フ
ェノール・クロロホルム処理、エタノール沈殿等を行
い、混入タンパク質を分解除去したものでよい。また、
ここで使用される試料は、検出感度を上げるために、D
NAポリメラーゼにより増幅させる方法(特開昭61-274
697 号公報、以下、「PCR法」と略す)やRNAポリ
メラーゼにより増幅させる方法(特開平2-5864号公報、
特開平4-501057号公報など、以下「NASBA法」と略
す)を用いて、遺伝子増幅したものであってもよい。
【0020】本発明のオリゴヌクレオチドとは、配列表
・配列番号1〜6に示される核酸配列もしくは該配列に
相補的な核酸配列を含有する。オリゴヌレオチドの数は
約15塩基〜30塩基であることが好ましい。該オリゴ
ヌクレオチドは通常、化学合成により調製できる。本発
明のオリゴヌクレオチドはデオキシリボ核酸(DNA)
でもリボ核酸(RNA)でもよい。リボ核酸の場合はチ
ミジン残基(T)をウリジン残基(U)と読み替えるこ
とは言うまでもない。また合成に際して任意の位置のT
をUに変えて合成を行ない、ウリジン残基を含むDNA
であってもよい。同様に任意の位置のUをTに変えたチ
ミジン残基を含むRNAであってもよい。またオリゴヌ
クレオチド中に欠失、挿入あるいは置換といった点突然
変異や、修飾ヌクレオチドがあってもよい。本発明のオ
リゴヌクレオチドは合成物であるから、クローン化した
オリゴヌクレオチドに比べ、容易、大量且つ安価に一定
品質のオリゴヌクレオチドを得ることが可能である。
・配列番号1〜6に示される核酸配列もしくは該配列に
相補的な核酸配列を含有する。オリゴヌレオチドの数は
約15塩基〜30塩基であることが好ましい。該オリゴ
ヌクレオチドは通常、化学合成により調製できる。本発
明のオリゴヌクレオチドはデオキシリボ核酸(DNA)
でもリボ核酸(RNA)でもよい。リボ核酸の場合はチ
ミジン残基(T)をウリジン残基(U)と読み替えるこ
とは言うまでもない。また合成に際して任意の位置のT
をUに変えて合成を行ない、ウリジン残基を含むDNA
であってもよい。同様に任意の位置のUをTに変えたチ
ミジン残基を含むRNAであってもよい。またオリゴヌ
クレオチド中に欠失、挿入あるいは置換といった点突然
変異や、修飾ヌクレオチドがあってもよい。本発明のオ
リゴヌクレオチドは合成物であるから、クローン化した
オリゴヌクレオチドに比べ、容易、大量且つ安価に一定
品質のオリゴヌクレオチドを得ることが可能である。
【0021】本発明のCMV増幅用オリゴヌクレオチド
とは、上記配列表・配列番号1〜6に示される核酸配列
もしくは該配列に相補的な核酸配列を有する。また本発
明のCMV増幅用修飾オリゴヌクレオチドとは、上記配
列表・配列番号1〜6に示される核酸配列もしくは該配
列に相補的な核酸配列が修飾物で修飾されたものであ
る。
とは、上記配列表・配列番号1〜6に示される核酸配列
もしくは該配列に相補的な核酸配列を有する。また本発
明のCMV増幅用修飾オリゴヌクレオチドとは、上記配
列表・配列番号1〜6に示される核酸配列もしくは該配
列に相補的な核酸配列が修飾物で修飾されたものであ
る。
【0022】本発明のCMV検出用オリゴヌクレオチド
とは、上記配列表・配列番号1〜6に示される核酸配列
もしくは該配列に相補的な核酸配列を有する。また本発
明のCMV検出用修飾オリゴヌクレオチドとは、上記配
列表・配列番号1〜6に示される核酸配列もしくは該配
列に相補的な核酸配列が修飾物で修飾されたものであ
る。
とは、上記配列表・配列番号1〜6に示される核酸配列
もしくは該配列に相補的な核酸配列を有する。また本発
明のCMV検出用修飾オリゴヌクレオチドとは、上記配
列表・配列番号1〜6に示される核酸配列もしくは該配
列に相補的な核酸配列が修飾物で修飾されたものであ
る。
【0023】修飾物としては、ラジオアイソトープ、蛍
光物質、酵素、リンカーアームを有するヌクレオチド、
ビオチンまたはRNAポリメラーゼのプロモーター配列
などが挙げられる。修飾物のうち、ラジオアイソトー
プ、蛍光物質、酵素などは標識として直接的に測定が可
能である。リンカーアームを有するヌクレオチド、ビオ
チンなどは捕捉物質として利用される。またRNAポリ
メラーゼのプロモーター配列などは、増幅手段のひとつ
として利用される。
光物質、酵素、リンカーアームを有するヌクレオチド、
ビオチンまたはRNAポリメラーゼのプロモーター配列
などが挙げられる。修飾物のうち、ラジオアイソトー
プ、蛍光物質、酵素などは標識として直接的に測定が可
能である。リンカーアームを有するヌクレオチド、ビオ
チンなどは捕捉物質として利用される。またRNAポリ
メラーゼのプロモーター配列などは、増幅手段のひとつ
として利用される。
【0024】例えばオリゴヌクレオチドを酵素標識する
場合、特開昭60-500717 号公報に開示された合成法によ
りリンカーアームを有するヌクレオチドをデオキシウリ
ジンから化学合成し、オリゴヌクレオチド配列の一員と
して、該ヌクレオチドを置換または付加後、文献 (Nucl
eic Acids Research; 14巻6115頁1986年)に従って、得
られたオリゴヌクレオチドを酵素標識すればよい。
場合、特開昭60-500717 号公報に開示された合成法によ
りリンカーアームを有するヌクレオチドをデオキシウリ
ジンから化学合成し、オリゴヌクレオチド配列の一員と
して、該ヌクレオチドを置換または付加後、文献 (Nucl
eic Acids Research; 14巻6115頁1986年)に従って、得
られたオリゴヌクレオチドを酵素標識すればよい。
【0025】本発明ではCMV増幅用オリゴヌクレオチ
ドを用いて検出感度を向上のため、CMV遺伝子の増幅
が可能である。増幅法は特に限定されない。増幅法を実
施するには、まず、増幅対象である試料(臨床検体や、
ウイルス感染細胞培養物など)から、核酸を抽出する。
抽出方法については一般的な方法を用いればよく、例え
ば蛋白分解酵素処理、フェノール・クロロホルム処理、
エタノール沈澱等を行えば良い。続いて、本発明のCM
V増幅用オリゴヌクレオチドをプライマーとして、試料
中の核酸を増幅させる。代表的な増幅法にひとつである
PCR法では、試料中の核酸(DNA)を一本鎖DNA
として鋳型とし、2種のプライマー(フォワード側プラ
イマー、リバース側プライマー)をアニールさせ、DN
Aポリメラーゼによりプライマーの伸長反応を行い、得
られた二本鎖を温度変化により分離し、得られた伸長反
応生成物をさらなる鋳型として、2種のプライマーをア
ニールし、伸長反応、分離反応の各工程を繰り返す。こ
の増幅法の一例としては、配列表・配列番号1または配
列番号2の配列を有するオリゴヌクレオチドをフォワー
ド側プライマー、配列表・配列番号3または配列番号4
の配列をオリゴヌクレオチドをリバース側プライマーと
して用いれば良い。また、nested PCR法を行
う場合には、例えば配列表・配列番号1と配列番号4を
有する2種のオリゴヌクレオチドでまずPCR増幅を行
い、続いて配列表・配列番号2と配列番号3を有する2
種のオリゴヌクレオチドで再びPCR増幅を行えばよ
い。
ドを用いて検出感度を向上のため、CMV遺伝子の増幅
が可能である。増幅法は特に限定されない。増幅法を実
施するには、まず、増幅対象である試料(臨床検体や、
ウイルス感染細胞培養物など)から、核酸を抽出する。
抽出方法については一般的な方法を用いればよく、例え
ば蛋白分解酵素処理、フェノール・クロロホルム処理、
エタノール沈澱等を行えば良い。続いて、本発明のCM
V増幅用オリゴヌクレオチドをプライマーとして、試料
中の核酸を増幅させる。代表的な増幅法にひとつである
PCR法では、試料中の核酸(DNA)を一本鎖DNA
として鋳型とし、2種のプライマー(フォワード側プラ
イマー、リバース側プライマー)をアニールさせ、DN
Aポリメラーゼによりプライマーの伸長反応を行い、得
られた二本鎖を温度変化により分離し、得られた伸長反
応生成物をさらなる鋳型として、2種のプライマーをア
ニールし、伸長反応、分離反応の各工程を繰り返す。こ
の増幅法の一例としては、配列表・配列番号1または配
列番号2の配列を有するオリゴヌクレオチドをフォワー
ド側プライマー、配列表・配列番号3または配列番号4
の配列をオリゴヌクレオチドをリバース側プライマーと
して用いれば良い。また、nested PCR法を行
う場合には、例えば配列表・配列番号1と配列番号4を
有する2種のオリゴヌクレオチドでまずPCR増幅を行
い、続いて配列表・配列番号2と配列番号3を有する2
種のオリゴヌクレオチドで再びPCR増幅を行えばよ
い。
【0026】または別なる増幅法であるNASBA法で
は、試料中の標的核酸配列(RNA)に相補的な配列
(配列表・配列番号1〜6に示される核酸配列もしくは
それらの相補的な核酸配列)およびその5’末端側にR
NAポリメラーゼのプロモーター配列を有する第1プラ
イマーを試料中の標的核酸(RNA)にハイブリダイズ
させ、逆転写酵素によりDNAを合成し(工程1)、R
NA/DNAハイブリッドのRNAのみをリボヌクレア
ーゼHにより分離して一本鎖DNA(第2鋳型)を得
(工程2)、次いで該一本鎖DNA(第2鋳型)に標的
核酸配列(DNA)に相補的な配列(配列表・配列番号
1〜6に示される核酸配列もしくはそれらの相補的な核
酸配列)を有する第2プライマーをハイブリダイズさ
せ、DNAポリメラーゼにより伸長反応を行い、二本鎖
DNAを得る(工程3)。次いでプロモーター配列を認
識するRNAポリメラーゼを用いて、RNAのコピー
(第3鋳型)を多数合成する(工程4)。得られたRN
A(第3鋳型)を鋳型とし、逆転写酵素を使用した第2
プライマーによるRNA/DNAハイブリッドの合成
(工程5)、リボヌクレアーゼHによるRNAのみを分
離する一本鎖DNA(第4鋳型)の合成(工程6)、得
られた一本鎖DNA(第4鋳型)を鋳型として、DNA
ポリメラーゼを使用した第1プライマーによる二本鎖D
NAの合成(工程7)、RNAポリメラーゼを使用した
該二本鎖DNAからRNAの多数コピー(第3鋳型)の
合成(工程8)を行う。これらの工程(工程5〜8)を
繰り返すことにより、試料中の核酸を増幅させることが
できる。
は、試料中の標的核酸配列(RNA)に相補的な配列
(配列表・配列番号1〜6に示される核酸配列もしくは
それらの相補的な核酸配列)およびその5’末端側にR
NAポリメラーゼのプロモーター配列を有する第1プラ
イマーを試料中の標的核酸(RNA)にハイブリダイズ
させ、逆転写酵素によりDNAを合成し(工程1)、R
NA/DNAハイブリッドのRNAのみをリボヌクレア
ーゼHにより分離して一本鎖DNA(第2鋳型)を得
(工程2)、次いで該一本鎖DNA(第2鋳型)に標的
核酸配列(DNA)に相補的な配列(配列表・配列番号
1〜6に示される核酸配列もしくはそれらの相補的な核
酸配列)を有する第2プライマーをハイブリダイズさ
せ、DNAポリメラーゼにより伸長反応を行い、二本鎖
DNAを得る(工程3)。次いでプロモーター配列を認
識するRNAポリメラーゼを用いて、RNAのコピー
(第3鋳型)を多数合成する(工程4)。得られたRN
A(第3鋳型)を鋳型とし、逆転写酵素を使用した第2
プライマーによるRNA/DNAハイブリッドの合成
(工程5)、リボヌクレアーゼHによるRNAのみを分
離する一本鎖DNA(第4鋳型)の合成(工程6)、得
られた一本鎖DNA(第4鋳型)を鋳型として、DNA
ポリメラーゼを使用した第1プライマーによる二本鎖D
NAの合成(工程7)、RNAポリメラーゼを使用した
該二本鎖DNAからRNAの多数コピー(第3鋳型)の
合成(工程8)を行う。これらの工程(工程5〜8)を
繰り返すことにより、試料中の核酸を増幅させることが
できる。
【0027】または別なNASBA法では、試料中の標
的核酸配列(DNA)に相補的な配列(配列表・配列番
号1〜6に示される核酸配列もしくはそれらの相補的な
核酸配列)およびその5’末端側にRNAポリメラーゼ
のプロモーター配列を有する第1プライマーを試料中の
標的核酸(DNA)にハイブリダイズさせ、DNAポリ
メラーゼにより伸長させて二本鎖DNAを合成し(工程
1)、二本鎖DNAを分離して一本鎖DNA(第2鋳
型)を得(工程2)、次いで該一本鎖DNA(第2鋳
型)に標的核酸配列(DNA)に相補的な配列(配列表
・配列番号1〜6に示される核酸配列もしくはそれらの
相補的な核酸配列)を有する第2プライマーをハイブリ
ダイズさせ、DNAポリメラーゼにより伸長反応を行
い、二本鎖DNAを得る(工程3)。次いでプロモータ
ー配列を認識するRNAポリメラーゼを用いて、RNA
のコピー(第3鋳型)を多数合成する(工程4)。得ら
れたRNA(第3鋳型)を鋳型とし、逆転写酵素を使用
した第2プライマーによるRNA/DNAハイブリッド
の合成(工程5)、リボヌクレアーゼHによりRNAの
みを分離する一本鎖DNA(第4鋳型)の合成(工程
6)、得られた一本鎖DNA(第4鋳型)を鋳型とし
て、DNAポリメラーゼを使用した第1プライマーによ
る二本鎖DNAの合成(工程7)、RNAポリメラーゼ
を使用した該二本鎖DNAからRNAの多数コピー(第
3鋳型)の合成(工程8)を行う。これらの工程(工程
5〜8)を繰り返すことにより、試料中の核酸を増幅さ
せることができる。本発明の増幅法は上記方法に限られ
ない。
的核酸配列(DNA)に相補的な配列(配列表・配列番
号1〜6に示される核酸配列もしくはそれらの相補的な
核酸配列)およびその5’末端側にRNAポリメラーゼ
のプロモーター配列を有する第1プライマーを試料中の
標的核酸(DNA)にハイブリダイズさせ、DNAポリ
メラーゼにより伸長させて二本鎖DNAを合成し(工程
1)、二本鎖DNAを分離して一本鎖DNA(第2鋳
型)を得(工程2)、次いで該一本鎖DNA(第2鋳
型)に標的核酸配列(DNA)に相補的な配列(配列表
・配列番号1〜6に示される核酸配列もしくはそれらの
相補的な核酸配列)を有する第2プライマーをハイブリ
ダイズさせ、DNAポリメラーゼにより伸長反応を行
い、二本鎖DNAを得る(工程3)。次いでプロモータ
ー配列を認識するRNAポリメラーゼを用いて、RNA
のコピー(第3鋳型)を多数合成する(工程4)。得ら
れたRNA(第3鋳型)を鋳型とし、逆転写酵素を使用
した第2プライマーによるRNA/DNAハイブリッド
の合成(工程5)、リボヌクレアーゼHによりRNAの
みを分離する一本鎖DNA(第4鋳型)の合成(工程
6)、得られた一本鎖DNA(第4鋳型)を鋳型とし
て、DNAポリメラーゼを使用した第1プライマーによ
る二本鎖DNAの合成(工程7)、RNAポリメラーゼ
を使用した該二本鎖DNAからRNAの多数コピー(第
3鋳型)の合成(工程8)を行う。これらの工程(工程
5〜8)を繰り返すことにより、試料中の核酸を増幅さ
せることができる。本発明の増幅法は上記方法に限られ
ない。
【0028】本発明では、本発明のCMV検出用オリゴ
ヌクレオチドまたはCMV検出用修飾オリゴヌクレオチ
ドを用いて、試料中のCMV遺伝子の検出が可能であ
る。本発明のCMV検出用オリゴヌクレオチドとは、配
列表・配列番号1〜6に示される核酸配列もしくは該核
酸配列に相補的な核酸配列を有するオリゴヌクレオチド
である。またCMV検出用修飾オリゴヌクレオチドと
は、配列表・配列番号1〜6に示される核酸配列もしく
は該核酸配列に相補的な核酸配列を有するオリゴヌクレ
オチドが、修飾物により修飾されたオリゴヌクレオチド
である。修飾物としては、ラジオアイソトープ、蛍光物
質、酵素等の標識物、ビオチンなどの標識物質と結合し
得る化合物である。修飾物の修飾法は特に限定されな
い。本発明では、例えば、配列表・配列番号5または配
列番号6の配列もしくは該配列に相補的な核酸配列をC
MV検出用修飾オリゴヌクレオチドとして用いることに
より、CMV遺伝子を検出することができる。
ヌクレオチドまたはCMV検出用修飾オリゴヌクレオチ
ドを用いて、試料中のCMV遺伝子の検出が可能であ
る。本発明のCMV検出用オリゴヌクレオチドとは、配
列表・配列番号1〜6に示される核酸配列もしくは該核
酸配列に相補的な核酸配列を有するオリゴヌクレオチド
である。またCMV検出用修飾オリゴヌクレオチドと
は、配列表・配列番号1〜6に示される核酸配列もしく
は該核酸配列に相補的な核酸配列を有するオリゴヌクレ
オチドが、修飾物により修飾されたオリゴヌクレオチド
である。修飾物としては、ラジオアイソトープ、蛍光物
質、酵素等の標識物、ビオチンなどの標識物質と結合し
得る化合物である。修飾物の修飾法は特に限定されな
い。本発明では、例えば、配列表・配列番号5または配
列番号6の配列もしくは該配列に相補的な核酸配列をC
MV検出用修飾オリゴヌクレオチドとして用いることに
より、CMV遺伝子を検出することができる。
【0029】本発明の試料中のCMVの検出法は、具体
的にはCMV遺伝子もしくはCMV遺伝子からの増幅産
物をアガロースゲル電気泳動後、サザンブロット法によ
り、膜に固定し、本発明のCMV検出用修飾オリゴヌク
レオチドとハイブリダイゼーションを行い、修飾物の性
質に応じた既知の検出操作を行えば良い。また、増幅産
物を膜上にそのまま固定し、アルカリ変性後、上記の方
法で検出操作を行っても良い。修飾物の性質に応じた既
知の検出操作とは、ラジオアイソトープの場合にはオー
トラジオグラフィー、蛍光物質の場合には、蛍光光度計
等を用いて蛍光強度を測定する操作を意味する。酵素が
アルカリホスファターゼの場合には、例えば基質とし
て、3-(2'-スピロアダマンタン)-4-メトキシ-(3-ホスホ
リルオキシ) フェニル 1,2- ジオキセタン(AMPPD) 等を
用いて化学発光させるか、あるいは5-ブロモ-4- クロロ
-3- インドリルホスフェート(BCIP)とニトロブル- テト
ラゾリウムクロリド(NBT) 等を用いて化学発色させ、そ
の強度を測定する。ビオチンの場合には、例えばアビジ
ンと反応させ、次いでビオチン標識したアルカリホスフ
ァターゼと反応させ、上記アルカリホスファターゼをそ
の基質を用いて、化学発光あるいは化学発色させ、その
強度を測定する。
的にはCMV遺伝子もしくはCMV遺伝子からの増幅産
物をアガロースゲル電気泳動後、サザンブロット法によ
り、膜に固定し、本発明のCMV検出用修飾オリゴヌク
レオチドとハイブリダイゼーションを行い、修飾物の性
質に応じた既知の検出操作を行えば良い。また、増幅産
物を膜上にそのまま固定し、アルカリ変性後、上記の方
法で検出操作を行っても良い。修飾物の性質に応じた既
知の検出操作とは、ラジオアイソトープの場合にはオー
トラジオグラフィー、蛍光物質の場合には、蛍光光度計
等を用いて蛍光強度を測定する操作を意味する。酵素が
アルカリホスファターゼの場合には、例えば基質とし
て、3-(2'-スピロアダマンタン)-4-メトキシ-(3-ホスホ
リルオキシ) フェニル 1,2- ジオキセタン(AMPPD) 等を
用いて化学発光させるか、あるいは5-ブロモ-4- クロロ
-3- インドリルホスフェート(BCIP)とニトロブル- テト
ラゾリウムクロリド(NBT) 等を用いて化学発色させ、そ
の強度を測定する。ビオチンの場合には、例えばアビジ
ンと反応させ、次いでビオチン標識したアルカリホスフ
ァターゼと反応させ、上記アルカリホスファターゼをそ
の基質を用いて、化学発光あるいは化学発色させ、その
強度を測定する。
【0030】また、別の検出法として、液相でラジオア
イソトープ、蛍光物質、酵素等の標識で修飾したCMV
検出用修飾オリゴヌクレオチドと捕捉可能な化合物で修
飾した捕捉用修飾オリゴヌクレオチドを反応させた後、
担体に結合した捕捉剤で、該捕捉用修飾オリゴヌクレオ
チドを捕捉する液相サンドイッチ法(特開昭61-195699
号公報、同61-274699 号公報、同62-229068 号公報、特
開平1-104200号公報、同1-501399号公報等)がある。
イソトープ、蛍光物質、酵素等の標識で修飾したCMV
検出用修飾オリゴヌクレオチドと捕捉可能な化合物で修
飾した捕捉用修飾オリゴヌクレオチドを反応させた後、
担体に結合した捕捉剤で、該捕捉用修飾オリゴヌクレオ
チドを捕捉する液相サンドイッチ法(特開昭61-195699
号公報、同61-274699 号公報、同62-229068 号公報、特
開平1-104200号公報、同1-501399号公報等)がある。
【0031】また担体に直接結合した捕捉用オリゴヌク
レオチドとラジオアイソトープ、蛍光物質、酵素等の標
識で修飾したCMV検出用修飾オリゴヌクレオチドを用
いる固相サンドイッチ法(特開昭60-188100 号公報、同
60-188397 号公報、同61-264240 号公報、同62-81564号
公報等)などがある。
レオチドとラジオアイソトープ、蛍光物質、酵素等の標
識で修飾したCMV検出用修飾オリゴヌクレオチドを用
いる固相サンドイッチ法(特開昭60-188100 号公報、同
60-188397 号公報、同61-264240 号公報、同62-81564号
公報等)などがある。
【0032】これらの方法としては、例えば、配列表・
配列番号5を示す核酸配列または該配列に相補的な核酸
配列を有するオリゴヌクレオチドにラジオアイソトー
プ、蛍光物質、酵素等で修飾したCMV検出用修飾オリ
ゴヌクレオチドと、配列表・配列番号6または該配列に
相補的な核酸配列を有するオリゴヌクレオチドにビオチ
ン、リンカーアーム等で修飾した捕捉用修飾オリゴヌク
レオチドを用いれば良い。
配列番号5を示す核酸配列または該配列に相補的な核酸
配列を有するオリゴヌクレオチドにラジオアイソトー
プ、蛍光物質、酵素等で修飾したCMV検出用修飾オリ
ゴヌクレオチドと、配列表・配列番号6または該配列に
相補的な核酸配列を有するオリゴヌクレオチドにビオチ
ン、リンカーアーム等で修飾した捕捉用修飾オリゴヌク
レオチドを用いれば良い。
【0033】また、CMV検出用修飾オリゴヌクレオチ
ドの配列として、配列表・配列番号6に示される核酸配
列または該配列に相補的な核酸配列を、捕捉用修飾オリ
ゴヌクレオチドの配列として、配列表・配列番号5の配
列または該配列に相補的な核酸配列を用いても良い。
ドの配列として、配列表・配列番号6に示される核酸配
列または該配列に相補的な核酸配列を、捕捉用修飾オリ
ゴヌクレオチドの配列として、配列表・配列番号5の配
列または該配列に相補的な核酸配列を用いても良い。
【0034】本発明のCMV試薬キットは、配列表・配
列番号1〜6(但し、Aはアデニン、Cはシトシン、G
はグアニン、Tはチミンを表す。また、任意の位置のT
はウラシル(U)と置換されてもよい)に示される核酸
配列もしくは該配列に相補的な核酸配列を有し、修飾物
により修飾されたCMV検出用修飾オリゴヌクレオチド
を含有する。
列番号1〜6(但し、Aはアデニン、Cはシトシン、G
はグアニン、Tはチミンを表す。また、任意の位置のT
はウラシル(U)と置換されてもよい)に示される核酸
配列もしくは該配列に相補的な核酸配列を有し、修飾物
により修飾されたCMV検出用修飾オリゴヌクレオチド
を含有する。
【0035】一実施態様では、配列表・配列番号1〜6
(但し、Aはアデニン、Cはシトシン、Gはグアニン、
Tはチミンを表す。また、任意の位置のTはウラシル
(U)と置換されてもよい)に示される核酸配列もしく
は該配列に相補的な核酸配列を有するCMV増幅用オリ
ゴヌクレオチドおよび配列表・配列番号1〜6(但し、
Aはアデニン、Cはシトシン、Gはグアニン、Tはチミ
ンを表す。また、任意の位置のTはウラシル(U)と置
換されてもよい)に示される核酸配列もしくは該配列に
相補的な核酸配列を有し、修飾物により修飾されたCM
V検出用修飾オリゴヌクレオチドを含有する。
(但し、Aはアデニン、Cはシトシン、Gはグアニン、
Tはチミンを表す。また、任意の位置のTはウラシル
(U)と置換されてもよい)に示される核酸配列もしく
は該配列に相補的な核酸配列を有するCMV増幅用オリ
ゴヌクレオチドおよび配列表・配列番号1〜6(但し、
Aはアデニン、Cはシトシン、Gはグアニン、Tはチミ
ンを表す。また、任意の位置のTはウラシル(U)と置
換されてもよい)に示される核酸配列もしくは該配列に
相補的な核酸配列を有し、修飾物により修飾されたCM
V検出用修飾オリゴヌクレオチドを含有する。
【0036】別な実施態様では、配列表・配列番号1〜
6(但し、Aはアデニン、Cはシトシン、Gはグアニ
ン、Tはチミンを表す。また、任意の位置のTはウラシ
ル(U)と置換されてもよい)に示される核酸配列もし
くは該配列に相補的な核酸配列を有するCMV増幅用オ
リゴヌクレオチドおよび配列表・配列番号1〜6(但
し、Aはアデニン、Cはシトシン、Gはグアニン、Tは
チミンを表す。また、任意の位置のTはウラシル(U)
と置換されてもよい)に示される核酸配列もしくは該配
列に相補的な核酸配列を有し、修飾物により修飾された
CMV検出用修飾オリゴヌクレオチド、核酸合成酵素、
dNTPおよび/またはrNTPおよび緩衝液を含有す
る。
6(但し、Aはアデニン、Cはシトシン、Gはグアニ
ン、Tはチミンを表す。また、任意の位置のTはウラシ
ル(U)と置換されてもよい)に示される核酸配列もし
くは該配列に相補的な核酸配列を有するCMV増幅用オ
リゴヌクレオチドおよび配列表・配列番号1〜6(但
し、Aはアデニン、Cはシトシン、Gはグアニン、Tは
チミンを表す。また、任意の位置のTはウラシル(U)
と置換されてもよい)に示される核酸配列もしくは該配
列に相補的な核酸配列を有し、修飾物により修飾された
CMV検出用修飾オリゴヌクレオチド、核酸合成酵素、
dNTPおよび/またはrNTPおよび緩衝液を含有す
る。
【0037】修飾物は、ラジオアイソトープ、蛍光物
質、酵素、リンカーアームを有するヌクレオチド、ビオ
チン、またはRNAポリメラーゼのプロモーター配列で
ある。核酸合成酵素としては、DNAポリメラーゼ、ま
たは逆転写酵素、リボヌクレアーゼH、DNAポリメラ
ーゼおよびRNAポリメラーゼの組み合わせが例示され
る。これらの核酸合成酵素は耐熱性酵素であることが望
ましい。dNTPとは、dATP、dCTP、dGT
P、dTTPを意味する。またdTTPの代わりにdU
TPが含まれることがある。rNTPとは、rATP、
rCTP、rGTP、rUTPを意味する。またrGT
Pの代わりにrITPが含まれることがある。緩衝液と
しては、従来から知られたものを使用できる。
質、酵素、リンカーアームを有するヌクレオチド、ビオ
チン、またはRNAポリメラーゼのプロモーター配列で
ある。核酸合成酵素としては、DNAポリメラーゼ、ま
たは逆転写酵素、リボヌクレアーゼH、DNAポリメラ
ーゼおよびRNAポリメラーゼの組み合わせが例示され
る。これらの核酸合成酵素は耐熱性酵素であることが望
ましい。dNTPとは、dATP、dCTP、dGT
P、dTTPを意味する。またdTTPの代わりにdU
TPが含まれることがある。rNTPとは、rATP、
rCTP、rGTP、rUTPを意味する。またrGT
Pの代わりにrITPが含まれることがある。緩衝液と
しては、従来から知られたものを使用できる。
【0038】
【実施例】以下に、本発明を実施例と比較例により詳細
に説明する。比較例1 特開平3-65200 号公報に記載のプライマーを用いて、試
料中のCMVの検出を行った。 (1)CMV増幅用オリゴヌクレオチドの合成 ABI社DNAシンセサイザー392型を用いて、ホス
ホアミダイト法にて配列(配列表に記載なし):TTG CAG
GCC ACG AAC AAC GT 及び配列(配列表に記載なし):G
TC TAC GGA TTG CTG ACG CTを有するオリゴヌクレオチ
ドを合成した。それぞれ、比較プライマー1、2と呼
ぶ。合成手法はABI社マニュアルに従い、各種オリゴ
ヌクレオチドの脱保護はアンモニア水で55℃一夜実施
した。精製はファルマシア社製FPLCで陰イオン交換
カラムにて実施した。
に説明する。比較例1 特開平3-65200 号公報に記載のプライマーを用いて、試
料中のCMVの検出を行った。 (1)CMV増幅用オリゴヌクレオチドの合成 ABI社DNAシンセサイザー392型を用いて、ホス
ホアミダイト法にて配列(配列表に記載なし):TTG CAG
GCC ACG AAC AAC GT 及び配列(配列表に記載なし):G
TC TAC GGA TTG CTG ACG CTを有するオリゴヌクレオチ
ドを合成した。それぞれ、比較プライマー1、2と呼
ぶ。合成手法はABI社マニュアルに従い、各種オリゴ
ヌクレオチドの脱保護はアンモニア水で55℃一夜実施
した。精製はファルマシア社製FPLCで陰イオン交換
カラムにて実施した。
【0039】(2)検体の調製 CMV培養上清に、5倍量の5x Protainase K buffer
(50 mM Tris-HCl (pH7.5), 50 mM EDTA, 750 mM NaCl,
2% SDS, 0.5mg/ml proteinaseK)を添加し、混合後、65
℃で一晩放置した。フェノール・クロロホルム液で夾雑
タンパク質を除去し、エタノール沈澱後、TE緩衝液に再
溶解した。
(50 mM Tris-HCl (pH7.5), 50 mM EDTA, 750 mM NaCl,
2% SDS, 0.5mg/ml proteinaseK)を添加し、混合後、65
℃で一晩放置した。フェノール・クロロホルム液で夾雑
タンパク質を除去し、エタノール沈澱後、TE緩衝液に再
溶解した。
【0040】(3)PCR法 反応液組成は、比較プライマー1を1μM、比較プライ
マー2を1μM、 10mM Tris-HCl (pH8.9), 1.5mM MgCl
2 , 80mM KCl, 500μg/ml BSA, 0.1%コール酸ナトリウ
ム, 0.1% TritonX-100, それぞれ0.2mM のdATP, dCTP,
dGTP, dTTPおよびTth DNA ポリメラーゼ(東洋紡製)40
単位/ml、CMV遺伝子抽出産物の段階希釈液1μlで
あった。反応条件は次の通りであり、30回繰り返し
た。 熱変性: 94℃、1分 アニーリング:55℃、2分 重合反応: 75℃、1.5分 これらの操作はパーキン−エルマー/シータス(Perkin-
Elmer/Cetus)社のDNAサーマルサイクラーを用いて行
った。
マー2を1μM、 10mM Tris-HCl (pH8.9), 1.5mM MgCl
2 , 80mM KCl, 500μg/ml BSA, 0.1%コール酸ナトリウ
ム, 0.1% TritonX-100, それぞれ0.2mM のdATP, dCTP,
dGTP, dTTPおよびTth DNA ポリメラーゼ(東洋紡製)40
単位/ml、CMV遺伝子抽出産物の段階希釈液1μlで
あった。反応条件は次の通りであり、30回繰り返し
た。 熱変性: 94℃、1分 アニーリング:55℃、2分 重合反応: 75℃、1.5分 これらの操作はパーキン−エルマー/シータス(Perkin-
Elmer/Cetus)社のDNAサーマルサイクラーを用いて行
った。
【0041】(4)電気泳動による核酸増幅の確認 PCR法により得られた各種ウイルスゲノムからの増幅
産物を、2%アガロースゲルを用いて電気泳動後、エチ
ジウムブロマイドで染色し、核酸増幅の様子を確認し
た。 (5)結果 電気泳動の結果を図1に示す。この結果から特開平3-65
200 号公報に記載のプライマーの検出限界は、10-3希
釈までであった。
産物を、2%アガロースゲルを用いて電気泳動後、エチ
ジウムブロマイドで染色し、核酸増幅の様子を確認し
た。 (5)結果 電気泳動の結果を図1に示す。この結果から特開平3-65
200 号公報に記載のプライマーの検出限界は、10-3希
釈までであった。
【0042】実施例1 (1)CMV増幅用オリゴヌクレオチドの合成 ABI社DNAシンセサイザー392型を用いて、ホス
ホアミダイト法にて、配列表・配列番号1〜4に示され
る配列を有する4種のオリゴヌクレオチド1〜4を合成
した。それぞれプライマー1〜4と呼ぶ。合成手法はA
BI社マニュアルに従い、各種オリゴヌクレオチドの脱
保護はアンモニア水で55℃一夜実施した。精製はファ
ルマシア社製FPLCで陰イオン交換カラムにて実施し
た。
ホアミダイト法にて、配列表・配列番号1〜4に示され
る配列を有する4種のオリゴヌクレオチド1〜4を合成
した。それぞれプライマー1〜4と呼ぶ。合成手法はA
BI社マニュアルに従い、各種オリゴヌクレオチドの脱
保護はアンモニア水で55℃一夜実施した。精製はファ
ルマシア社製FPLCで陰イオン交換カラムにて実施し
た。
【0043】(2)PCR法 反応液組成は、プライマー1またはプライマー2を1μ
M、プライマー3またはプライマー4を1μM、 10mM
Tris-HCl(pH8.9), 1.5mM MgCl2, 80mM KCl, 500μg/ml
BSA, 0.1%コール酸ナトリウム, 0.1% TritonX-100, そ
れぞれ0.2mM のdATP, dCTP, dGTP, dTTPおよびTth DNA
ポリメラーゼ(東洋紡製)40単位/ml 、CMV遺伝子抽
出産物の段階希釈液1μl(比較例1で調製済み)であ
った。反応条件は次の通りであり、30回繰り返した。 熱変性: 94℃、1分 アニーリング:55℃、2分 重合反応: 75℃、1.5分 これらの操作はパーキン−エルマー/シータス(Perkin-
Elmer/Cetus)社のDNAサーマルサイクラーを用いて行
った。
M、プライマー3またはプライマー4を1μM、 10mM
Tris-HCl(pH8.9), 1.5mM MgCl2, 80mM KCl, 500μg/ml
BSA, 0.1%コール酸ナトリウム, 0.1% TritonX-100, そ
れぞれ0.2mM のdATP, dCTP, dGTP, dTTPおよびTth DNA
ポリメラーゼ(東洋紡製)40単位/ml 、CMV遺伝子抽
出産物の段階希釈液1μl(比較例1で調製済み)であ
った。反応条件は次の通りであり、30回繰り返した。 熱変性: 94℃、1分 アニーリング:55℃、2分 重合反応: 75℃、1.5分 これらの操作はパーキン−エルマー/シータス(Perkin-
Elmer/Cetus)社のDNAサーマルサイクラーを用いて行
った。
【0044】(3)電気泳動による増幅の確認 PCR法により得られた各種ウイルスゲノムからの増幅
産物を、2%アガロースゲルを用いて電気泳動後、エチ
ジウムブロマイドで染色し増幅の様子を確認した。 (4)結果 電気泳動の結果を図2のB1〜B4に示す。これらの結
果から本発明のプライマーの検出限界は10-4希釈まで
であった。従って、比較例1よりも1桁検出感度が良か
った。
産物を、2%アガロースゲルを用いて電気泳動後、エチ
ジウムブロマイドで染色し増幅の様子を確認した。 (4)結果 電気泳動の結果を図2のB1〜B4に示す。これらの結
果から本発明のプライマーの検出限界は10-4希釈まで
であった。従って、比較例1よりも1桁検出感度が良か
った。
【0045】実施例2 増幅用オリゴヌクレオチドの特異性の検討 (1)検体の調製 各種ヘルペスウイルス(HSV-1 、HSV-2 、VZV 、EBV 、
CMV 、HHV-6A、HHV-6B、HHV-7 )培養上清に、5倍量の
5x Protainase K buffer(50 mM Tris-HCl (pH7.5), 50
mM EDTA, 750 mM NaCl, 2% SDS, 0.5mg/ml proteinase
K)を添加し、混合後、65℃で一晩放置した。フェノール
・クロロホルム液で夾雑タンパク質を除去し、エタノー
ル沈澱後、TE緩衝液に再溶解した。
CMV 、HHV-6A、HHV-6B、HHV-7 )培養上清に、5倍量の
5x Protainase K buffer(50 mM Tris-HCl (pH7.5), 50
mM EDTA, 750 mM NaCl, 2% SDS, 0.5mg/ml proteinase
K)を添加し、混合後、65℃で一晩放置した。フェノール
・クロロホルム液で夾雑タンパク質を除去し、エタノー
ル沈澱後、TE緩衝液に再溶解した。
【0046】(2)PCR法 反応液組成は、実施例1で合成したプライマー1または
プライマー2を1μM、プライマー3またはプライマー
4を1μM、 10mM Tris-HCl(pH8.9), 1.5mM MgCl2, 80
mM KCl, 500μg/ml BSA, 0.1%コール酸ナトリウム, 0.
1% TritonX-100, それぞれ0.2mM のdATP, dCTP, dGTP,
dTTPおよびTth DNA ポリメラーゼ(東洋紡製)40単位/m
l 、各種ヘルペス遺伝子抽出産物の希釈液1μl(比較
例で調製済み)であった。反応条件は次の通りであり、
30回繰り返した。 熱変性: 94℃、1分 アニーリング:55℃、2分 重合反応: 75℃、1.5分 これらの操作はパーキン−エルマー/シータス(Perkin-
Elmer/Cetus)社のDNAサーマルサイクラーを用いて行
った。
プライマー2を1μM、プライマー3またはプライマー
4を1μM、 10mM Tris-HCl(pH8.9), 1.5mM MgCl2, 80
mM KCl, 500μg/ml BSA, 0.1%コール酸ナトリウム, 0.
1% TritonX-100, それぞれ0.2mM のdATP, dCTP, dGTP,
dTTPおよびTth DNA ポリメラーゼ(東洋紡製)40単位/m
l 、各種ヘルペス遺伝子抽出産物の希釈液1μl(比較
例で調製済み)であった。反応条件は次の通りであり、
30回繰り返した。 熱変性: 94℃、1分 アニーリング:55℃、2分 重合反応: 75℃、1.5分 これらの操作はパーキン−エルマー/シータス(Perkin-
Elmer/Cetus)社のDNAサーマルサイクラーを用いて行
った。
【0047】(3)結果 プライマー1またはプライマー2をフォワード側プライ
マー、プライマー3またはプライマー4をリバース側プ
ライマーとして、合計4種類の組み合わせで、PCR増
幅を行った。得られた増幅産物の電気泳動結果を図3に
示す。その結果から、4種類の組み合わせのうち、いか
なるプライマーペアを用いても、CMVの遺伝子のみが
増幅された。
マー、プライマー3またはプライマー4をリバース側プ
ライマーとして、合計4種類の組み合わせで、PCR増
幅を行った。得られた増幅産物の電気泳動結果を図3に
示す。その結果から、4種類の組み合わせのうち、いか
なるプライマーペアを用いても、CMVの遺伝子のみが
増幅された。
【0048】実施例3 修飾オリゴヌクレオチドを用いたCMVの検出 (1)CMV遺伝子を検出するためのCMV検出用修飾
オリゴヌクレオチドの合成 ABI社DNAシンセサイザー392型を用いて、ホス
ホアミダイト法にて配列表・配列番号5の配列、配列表
・配列番号6の配列をそれぞれ有するオリゴヌクレオチ
ド(以下、それぞれプローブ1、プローブ2と呼ぶ)と
該配列に相補的な配列を有するオリゴヌクレオチド(以
下、それぞれプローブ1R、プローブ2Rと呼ぶ)を合
成した。この際、特表昭60-500717 号公報に記載された
合成法により、デオキシウリジンから化学合成により調
製した5位にリンカーアームを有するウリジンを5’末
端へ導入した。合成された各プローブはアンモニア水で
50℃、一夜脱保護処理を施した後、ファルマシア社製
FPLCで陰イオン交換カラムを用いて精製した。
オリゴヌクレオチドの合成 ABI社DNAシンセサイザー392型を用いて、ホス
ホアミダイト法にて配列表・配列番号5の配列、配列表
・配列番号6の配列をそれぞれ有するオリゴヌクレオチ
ド(以下、それぞれプローブ1、プローブ2と呼ぶ)と
該配列に相補的な配列を有するオリゴヌクレオチド(以
下、それぞれプローブ1R、プローブ2Rと呼ぶ)を合
成した。この際、特表昭60-500717 号公報に記載された
合成法により、デオキシウリジンから化学合成により調
製した5位にリンカーアームを有するウリジンを5’末
端へ導入した。合成された各プローブはアンモニア水で
50℃、一夜脱保護処理を施した後、ファルマシア社製
FPLCで陰イオン交換カラムを用いて精製した。
【0049】(2)アルカリ性ホスファターゼによる標
識 上記各プローブと、そのリンカーアームを介してのアル
カリ性ホスファターゼとの結合を、文献 (Nucleic Acid
s Research; 14巻6115頁1986年)に従って行なった。す
なわちプローブ 1.5 A260 を 0.2M NaHCO3 12.5 μlに
溶解し、ここへ10mg/ml スベリン酸ジスクシニミジル
(DSS)25μlを加えて、室温、2分間反応させた。反応
液を1mM CH3COONa (pH5.0) で平衡化したSephadex G-2
5(ファマシア社製)カラム(1cmφx30cm)で、ゲル濾過し
て過剰のDSS を除去した。末端のアミノ基が活性化され
た各プローブをモル比で2倍量のアルカリホスファター
ゼ(100mM NaHCO3, 3MNaCl に溶解したもの)と室温、16
時間反応させてアルカリホスファターゼ標識された各プ
ローブを得た。得られた各酵素標識プローブは、ファル
マシア社製FPLCで陰イオン交換カラムを用いて精製
した。
識 上記各プローブと、そのリンカーアームを介してのアル
カリ性ホスファターゼとの結合を、文献 (Nucleic Acid
s Research; 14巻6115頁1986年)に従って行なった。す
なわちプローブ 1.5 A260 を 0.2M NaHCO3 12.5 μlに
溶解し、ここへ10mg/ml スベリン酸ジスクシニミジル
(DSS)25μlを加えて、室温、2分間反応させた。反応
液を1mM CH3COONa (pH5.0) で平衡化したSephadex G-2
5(ファマシア社製)カラム(1cmφx30cm)で、ゲル濾過し
て過剰のDSS を除去した。末端のアミノ基が活性化され
た各プローブをモル比で2倍量のアルカリホスファター
ゼ(100mM NaHCO3, 3MNaCl に溶解したもの)と室温、16
時間反応させてアルカリホスファターゼ標識された各プ
ローブを得た。得られた各酵素標識プローブは、ファル
マシア社製FPLCで陰イオン交換カラムを用いて精製
した。
【0050】(3)検体の調製及びPCR法 実施例2の(1)及び(2)と同様にして、検体の調製
およびPCR法を行った。 (4)検出 上記実施例2と同様にして調製した各種ヘルペス遺伝子
からの増幅産物をナイロン膜にドロップし、アルカリ条
件で固定した。なお、コントロールとしてヒト胎盤から
の遺伝子1μgを同様にナイロン膜に固定した。この膜
を中和後、ハイブリダイゼーションバック(BRL社)に該
膜を移し、アルカリホスファターゼ標識された各々のプ
ローブを含むハイブリダイゼーションバッファー(5xSS
C,0.5%ウシ血清アルブミン、0.5% ポリビニールピロリ
ドン、1%ドデシル硫酸ナトリウム)を加えて、ポリシー
ラーでシールし、50℃15分間ハイブリダイゼーショ
ンを行なった。
およびPCR法を行った。 (4)検出 上記実施例2と同様にして調製した各種ヘルペス遺伝子
からの増幅産物をナイロン膜にドロップし、アルカリ条
件で固定した。なお、コントロールとしてヒト胎盤から
の遺伝子1μgを同様にナイロン膜に固定した。この膜
を中和後、ハイブリダイゼーションバック(BRL社)に該
膜を移し、アルカリホスファターゼ標識された各々のプ
ローブを含むハイブリダイゼーションバッファー(5xSS
C,0.5%ウシ血清アルブミン、0.5% ポリビニールピロリ
ドン、1%ドデシル硫酸ナトリウム)を加えて、ポリシー
ラーでシールし、50℃15分間ハイブリダイゼーショ
ンを行なった。
【0051】ハイブリダイゼーション膜をポリバッグか
ら取り出し、洗浄液1(1xSSC, 1%ドデシル硫酸ナトリウ
ム)で50℃、10分間振とう洗浄した。更に洗浄液2
(1xSSC, 0.5%, TritonX-100)で室温、10分間振とう洗
浄した。最後に洗浄液3(1xSSC)で室温5分間振とう洗
浄した。膜を新しいハイブリダイゼーションバッグに移
し、基質液(0.1M Tris-HCl, 0.1MNaCl, 0.1M MgCl2, 0.
3mg/ml ニトロテトラゾリウムブルー 0.3mg/ml 、ブロ
ムクロロインドフェリールホスフェート pH7.5)を入
れ、ポリシーラーでシールし、37℃で1時間インキュベ
ートした。
ら取り出し、洗浄液1(1xSSC, 1%ドデシル硫酸ナトリウ
ム)で50℃、10分間振とう洗浄した。更に洗浄液2
(1xSSC, 0.5%, TritonX-100)で室温、10分間振とう洗
浄した。最後に洗浄液3(1xSSC)で室温5分間振とう洗
浄した。膜を新しいハイブリダイゼーションバッグに移
し、基質液(0.1M Tris-HCl, 0.1MNaCl, 0.1M MgCl2, 0.
3mg/ml ニトロテトラゾリウムブルー 0.3mg/ml 、ブロ
ムクロロインドフェリールホスフェート pH7.5)を入
れ、ポリシーラーでシールし、37℃で1時間インキュベ
ートした。
【0052】(5)結果 ドロップブロットの結果を表1に示す。アルカリホスフ
ァターゼにより生じる紫色色素のスポットを目視により
判定した。スポットの確認できたものを陽性とした。合
計4種類の組み合わせでPCR増幅を行って得られた増
幅産物から、各プローブで検出操作を行ったところ、全
て同様の結果が得られたので、まとめて表1に示した。
各プローブともCMVのみを選択的に検出し、これらの
オリゴヌクレオチド配列が正常に機能していることがわ
かる。陽性は+、陰性は−と表示した。
ァターゼにより生じる紫色色素のスポットを目視により
判定した。スポットの確認できたものを陽性とした。合
計4種類の組み合わせでPCR増幅を行って得られた増
幅産物から、各プローブで検出操作を行ったところ、全
て同様の結果が得られたので、まとめて表1に示した。
各プローブともCMVのみを選択的に検出し、これらの
オリゴヌクレオチド配列が正常に機能していることがわ
かる。陽性は+、陰性は−と表示した。
【0053】
【表1】
【0054】
【発明の効果】本発明では、本発明のCMV増幅用(修
飾)オリゴヌクレオチドおよび/またはCMV検出用
(修飾)オリゴヌクレオチドを使用して、試料中のCM
V遺伝子の存在を直接的で簡便、迅速かつ確実に検出可
能となった。従来の免疫法と比較し、大幅に時間を短縮
することができ、簡便で、且つ再現性のある結果が得ら
れるので、その臨床的意義は大きい。
飾)オリゴヌクレオチドおよび/またはCMV検出用
(修飾)オリゴヌクレオチドを使用して、試料中のCM
V遺伝子の存在を直接的で簡便、迅速かつ確実に検出可
能となった。従来の免疫法と比較し、大幅に時間を短縮
することができ、簡便で、且つ再現性のある結果が得ら
れるので、その臨床的意義は大きい。
【0055】
配列番号:1 配列の長さ:20 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 配列 GCGTGCCGTT GTCAATCAGG 20
【0056】配列番号:2 配列の長さ:20 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 配列 TGGCCAGGTA GCTGAACATT 20
【0057】配列番号:3 配列の長さ:20 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 配列 TTCCAAGACG TGCGCTACAT 20
【0058】配列番号:4 配列の長さ:20 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 配列 TGTCTCTACA CCGTGTTCGT 20
【0059】配列番号:5 配列の長さ:23 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 配列 CAGGAGTGTG GTGTGATAGA TTA 23
【0060】配列番号:6 配列の長さ:23 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 配列 AGTATCAGCG AGCTGCGGAT GAC 23
【図1】本発明の比較例1の電気泳動の結果を示す図面
である。
である。
【図2】本発明の実施例1の電気泳動の結果を示す図面
である。
である。
【図3】本発明のオリゴヌクレオチドを用いたPCR法
により、得られた各種ウイルスゲノムからの増幅産物を
2%アガロースゲルで電気泳動した後、エチジウムブロ
マイドで染色した図面を示す。
により、得られた各種ウイルスゲノムからの増幅産物を
2%アガロースゲルで電気泳動した後、エチジウムブロ
マイドで染色した図面を示す。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.6 識別記号 庁内整理番号 FI 技術表示箇所 C12Q 1/70 9453−4B
Claims (17)
- 【請求項1】 配列表・配列番号1〜6(但し、Aはア
デニン、Cはシトシン、Gはグアニン、Tはチミンを表
す。また、任意の位置のTはウラシル(U)と置換され
てもよい)に示される核酸配列もしくは該配列に相補的
な核酸配列を有するオリゴヌクレオドであることを特徴
とするサイトメガロウイルス(CMV)増幅用オリゴヌ
クレオチド。 - 【請求項2】 配列表・配列番号1〜6(但し、Aはア
デニン、Cはシトシン、Gはグアニン、Tはチミンを表
す。また、任意の位置のTはウラシル(U)と置換され
てもよい)に示される核酸配列もしくは該配列に相補的
な核酸配列を有するオリゴヌクレオドであることを特徴
とするCMV検出用オリゴヌクレオチド。 - 【請求項3】 配列表・配列番号1〜6(但し、Aはア
デニン、Cはシトシン、Gはグアニン、Tはチミンを表
す。また、任意の位置のTはウラシル(U)と置換され
てもよい)に示される核酸配列もしくは該配列に相補的
な核酸配列を有するオリゴヌクレオドが、修飾物により
修飾されたオリゴヌクレオチドであることを特徴とする
CMV増幅用修飾オリゴヌクレオチド。 - 【請求項4】 修飾物が、ラジオアイソトープ、蛍光物
質、酵素、リンカーアームを有するヌクレオチド、ビオ
チン、またはRNAポリメラーゼのプロモーター配列で
あることを特徴とする請求項3に記載のCMV増幅用修
飾オリゴヌクレオチド。 - 【請求項5】 配列表・配列番号1〜6(但し、Aはア
デニン、Cはシトシン、Gはグアニン、Tはチミンを表
す。また、任意の位置のTはウラシル(U)と置換され
てもよい)に示される核酸配列もしくは該配列に相補的
な核酸配列を有するオリゴヌクレオドが、修飾物により
修飾されたオリゴヌクレオチドであることを特徴とする
CMV検出用修飾オリゴヌクレオチド。 - 【請求項6】 修飾物が、ラジオアイソトープ、蛍光物
質、酵素、リンカーアームを有するヌクレオチド、ビオ
チン、またはRNAポリメラーゼのプロモーター配列で
あることを特徴とする請求項5に記載のCMV検出用修
飾オリゴヌクレオチド。 - 【請求項7】 配列表・配列番号1〜6(但し、Aはア
デニン、Cはシトシン、Gはグアニン、Tはチミンを表
す。また、任意の位置のTはウラシル(U)と置換され
てもよい)に示される核酸配列もしくは該配列に相補的
な核酸配列を有し、修飾物により修飾されたCMV検出
用修飾オリゴヌクレオチドをプローブとして、試料中の
核酸に交雑させ、交雑した結合体の修飾物を測定するこ
とを特徴とする試料中のCMVの検出方法。 - 【請求項8】 配列表・配列番号1〜6(但し、Aはア
デニン、Cはシトシン、Gはグアニン、Tはチミンを表
す。また、任意の位置のTはウラシル(U)と置換され
てもよい)に示される核酸配列もしくは該配列に相補的
な核酸配列を有するCMV検出用オリゴヌクレオチドを
固相担体に結合し、試料中の核酸と交雑させ、固定化さ
れた試料中の核酸を配列表・配列番号1〜6(但し、A
はアデニン、Cはシトシン、Gはグアニン、Tはチミン
を表す。また、任意の位置のTはウラシル(U)と置換
されてもよい)に示される核酸配列もしくは該配列に相
補的な核酸配列を有するオリゴヌクレオドが修飾物によ
り修飾されたCMV検出用修飾オリゴヌクレオチドと交
雑させ、交雑した結合体の修飾物を測定することを特徴
とする試料中のCMVの検出方法。 - 【請求項9】 配列表・配列番号1〜6(但し、Aはア
デニン、Cはシトシン、Gはグアニン、Tはチミンを表
す。また、任意の位置のTはウラシル(U)と置換され
てもよい)に示される核酸配列もしくは該配列に相補的
な核酸配列を有するオリゴヌクレオドが、修飾物により
修飾されたCMV検出用修飾オリゴヌクレオチドを第1
の修飾物の性質を利用して固相担体に結合し、試料中の
核酸と交雑させ、固定化された試料中の核酸を配列表・
配列番号1〜6(但し、Aはアデニン、Cはシトシン、
Gはグアニン、Tはチミンを表す。また、任意の位置の
Tはウラシル(U)と置換されてもよい)に示される核
酸配列もしくは該配列に相補的な核酸配列を有するオリ
ゴヌクレオドが、修飾物により修飾された第2のCMV
検出用修飾オリゴヌクレオチドと交雑させ、交雑した結
合体の第2の修飾物を測定することを特徴とする試料中
のCMVの検出方法。 - 【請求項10】 第1の修飾物がリンカーアームを有す
るヌクレオチドであり、第2の修飾物がラジオアイソト
ープ、蛍光物質、酵素またはビオチンであることを特徴
とする請求項9記載の試料中のCMVの検出方法。 - 【請求項11】 配列表・配列番号1〜6(但し、Aは
アデニン、Cはシトシン、Gはグアニン、Tはチミンを
表す。また、任意の位置のTはウラシル(U)と置換さ
れてもよい)に示される核酸配列もしくは該配列に相補
的な核酸配列を有するCMV増幅用オリゴヌクレオチド
をプライマーとして、試料中の核酸を増幅させ、得られ
た増幅産物に配列表・配列番号1〜6(但し、Aはアデ
ニン、Cはシトシン、Gはグアニン、Tはチミンを表
す。また、任意の位置のTはウラシル(U)と置換され
てもよい)に示される核酸配列もしくは該配列に相補的
な核酸配列を有し、修飾物により修飾されたCMV検出
用修飾オリゴヌクレオチドをプローブとして交雑させ、
交雑した結合体の修飾物を測定することを特徴とする試
料中のCMVの検出方法。 - 【請求項12】 配列表・配列番号1〜6(但し、Aは
アデニン、Cはシトシン、Gはグアニン、Tはチミンを
表す。また、任意の位置のTはウラシル(U)と置換さ
れてもよい)に示される核酸配列もしくは該配列に相補
的な核酸配列を有し、修飾物により修飾されたCMV検
出用修飾オリゴヌクレオチドを含有することを特徴とす
るCMV検出用試薬キット。 - 【請求項13】 配列表・配列番号1〜6(但し、Aは
アデニン、Cはシトシン、Gはグアニン、Tはチミンを
表す。また、任意の位置のTはウラシル(U)と置換さ
れてもよい)に示される核酸配列もしくは該配列に相補
的な核酸配列を有するCMV増幅用オリゴヌクレオチド
および配列表・配列番号1〜6(但し、Aはアデニン、
Cはシトシン、Gはグアニン、Tはチミンを表す。ま
た、任意の位置のTはウラシル(U)と置換されてもよ
い)に示される核酸配列もしくは該配列に相補的な核酸
配列を有し、修飾物により修飾されたCMV検出用修飾
オリゴヌクレオチドを含有することを特徴とするCMV
増幅・検出用試薬キット。 - 【請求項14】 配列表・配列番号1〜6(但し、Aは
アデニン、Cはシトシン、Gはグアニン、Tはチミンを
表す。また、任意の位置のTはウラシル(U)と置換さ
れてもよい)に示される核酸配列もしくは該配列に相補
的な核酸配列を有するCMV増幅用オリゴヌクレオチド
および配列表・配列番号1〜6(但し、Aはアデニン、
Cはシトシン、Gはグアニン、Tはチミンを表す。ま
た、任意の位置のTはウラシル(U)と置換されてもよ
い)に示される核酸配列もしくは該配列に相補的な核酸
配列を有し、修飾物により修飾されたCMV検出用修飾
オリゴヌクレオチド、核酸合成酵素、dNTPおよび/
またはrNTPおよび緩衝液を含有することを特徴とす
る試料中のCMV増幅・検出用試薬キット。 - 【請求項15】 修飾物が、ラジオアイソトープ、蛍光
物質、酵素、リンカーアームを有するヌクレオチド、ビ
オチン、またはRNAポリメラーゼのプロモーター配列
であることを特徴とする請求項14に記載のCMV増幅
・検出用試薬キット。 - 【請求項16】核酸合成酵素がDNAポリメラーゼであ
る請求項14記載のCMV増幅・検出用試薬キット。 - 【請求項17】核酸合成酵素が、逆転写酵素、リボヌク
レアーゼH、DNAポリメラーゼおよびRNAポリメラ
ーゼである請求項14記載のCMV増幅・検出用試薬キ
ット。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP6312029A JPH08163999A (ja) | 1994-12-15 | 1994-12-15 | サイトメガロウイルス増幅・検出用オリゴヌクレオチド |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP6312029A JPH08163999A (ja) | 1994-12-15 | 1994-12-15 | サイトメガロウイルス増幅・検出用オリゴヌクレオチド |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JPH08163999A true JPH08163999A (ja) | 1996-06-25 |
Family
ID=18024370
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP6312029A Pending JPH08163999A (ja) | 1994-12-15 | 1994-12-15 | サイトメガロウイルス増幅・検出用オリゴヌクレオチド |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
JP (1) | JPH08163999A (ja) |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US10578106B2 (en) | 2014-12-12 | 2020-03-03 | Samsung Electronics Co., Ltd. | Compressor |
-
1994
- 1994-12-15 JP JP6312029A patent/JPH08163999A/ja active Pending
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US10578106B2 (en) | 2014-12-12 | 2020-03-03 | Samsung Electronics Co., Ltd. | Compressor |
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