JPH07507576A - 赤外染料で標識されたヌクレオチド及び核酸検出におけるそれらの使用 - Google Patents

赤外染料で標識されたヌクレオチド及び核酸検出におけるそれらの使用

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Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるため要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 赤外染料で標識されたヌクレオチド及び核酸検出におけるそれらの使用 本発明は、長波長領域に吸収をもつ蛍光残基を有するヌクレオシド−5°−三リ ン酸及びホスホルアミダイト、好ましくはその塩基部分またはリン原子にカルボ シアニン基を有するヌクレオシド−5°−三リン酸及びホスホルアミダイト、な らびに核酸の標識、検出および配列決定のためのそれらの使用に関する。
核酸は、遺伝情報の担体または伝達体として生物においてきわめて重要なもので ある。F、 Miescherによる核酸の発見以来、核酸は広範囲の科学的な 興味を刺激し、それらの機能、構造および作用のメカニズムの解明に至った。こ れらの基礎的な分子生物学的メカニズムの知識が増えるにしたがって、近年、遺 伝子の新しい組み合わせを追求することが可能になった。この技術は、例えば、 医学的診断および治療ならびに植物育種において新たな可能性を開いた。
これらの相互関係を理解し、そしてその問題を解くために必須の手段は、核酸の 検出、換言すれば核酸の特異的検出および核酸の配列すなわち核酸の一次構造に 関するものであったし、現在もそうである。
核酸の特異的検出性は、これらの分子が相互に作用する、すなわち、池の核酸と 水素結合を介して塩基対を形成することによりハイブリッドを形成するという特 性に基づく。従って、適切な手法で標識された、すなわち指示基(indica tor groups)を付与された核酸(プローブ)を用いることにより相補 的な核酸(ターゲット)を検出することができる。
核酸の一次構造(配列)の決定、すなわち複素環式塩基の配列の決定は、配列決 定技術によって行う。この配列の知識もまた、分子生物学的研究および作業技術 において、核酸の目標を定めた特異的な使用にとって必要条件である。また、最 終的に、配列決定は核酸相互の特異的ハイブリッド形成の原理をも利用する。ま た、上述したように、標識された核酸断片も配列決定に使用される。
以上のことから、核酸の適当な標識は、いずれの検出方法にとっても必須条件で あるということは明白である。
とりわけ、32Pまたは353などの適当な同位体を用いる放射性標識は、すで に早期の段階で配列決定に使用されていた。しかしながら、放射性試薬を使用す ることの欠点が明らかである:そのような操作には特別の部屋の設備および許可 ならびに放射性廃棄物の管理されたやっかいな処分が必要である。放射性標識用 の試薬は高価である。そのような標識された試料の長期保管は上記核種の半減期 が短いために不可能である。
したがって、近年、これらの重大な欠点を回避する、すなわち放射性標識から逃 れるための多くの試みがなされてきた。そうすることにおいて、かかるタイプの 標識の高い感度は可能なかぎり保持されなければならない。事実、この場合、大 きな改善がなされてきた〔例えば、Nonradioactive Label ing and Detection ofBiomolecules、 C, Kessler (編集者)、”Springer vertag Berli n、 Heidelberg″1992を参照のこと〕。
ハプテン(ビオチンまたはジゴキシゲニンなど)、酵素(アルカリホスファター ゼまたはペルオキシダーゼなど)または蛍光染料(フルオレセインまたはローダ ミンなど)は、特に数ある中で非放射性指示分子(non−radioacti ve 1ndicator molecules )として成功していることが 証明されている。
例えばジゴキシゲニンなどのハプテンでの標識は放射能の感度の範囲に達するが 、放射性標識に類似のハプテン標識核酸の直接的検出は不可能である。例えば、 抗体反応によって達成される次の検出反応が必要である。この間接的な検出には いくつかのステップ、すなわち多くの時間と、経済上の費用が必要である。その 検出反応のためにタンパク質を使用するので、非特異的結合を低減するために阻 止ステップおよび洗浄ステップによる固相(膜、マイクロタイタープレート)の 特別な処理が必要である。それにもかかわらず、非特異的タンパク質結合に起因 する妨害バックグラウンド染色(interferingbackground  colouration)が発生するため、この2ステツプ検出の感度は、通 常、制限される。根本的に同様のことが直接的酵素−標識核酸にあてはまる。
蛍光標識核酸を用いると、上述した間接的検出の該欠点が生じない。原則として 蛍光を励起することにより直接的検出が可能であり、可視化して適当な装置(蛍 光顕微鏡、スキャナー)で測定することができる。しかしながら、この場合も細 胞および色素、脂肪、タンパク質といったような試験される生体材料の組織成分 の自己蛍光(autofluorescence)が妨害する。特に固体担体物 質(例えば、ナイロン膜)を使用すると、その固有の蛍光によりそのような妨害 が生じて、検出を複雑にするか、または妨げる。
原則としてこれらの問題を解決するには、励起および放出が680nmより大き い波長領域すなわち近赤外(NIR)領域で生ずる染料を使用することである。
上述の妨害蛍光はこれらの環境下では無意味である。さらに重要な利点は、かな り耐久性のある安価なレーザーダイオードを励起に使用することができるという ことである。
従って、例えば、DNA断片の蛍光標識後のレーザーおよびセンサーを用いた充 電測定によるDNA配列決定の技術がある出願(US 4,729,947)の 主題である。この方法では、IR染料で標識されたオリゴヌクレオチドがいわゆ るサンが一法におけるプライマーとして公知の手法で使用され、それらはかかる 方法においては新しい相補的核酸鎖の合成のためのスターターとして挙動する。
しかしながら、この方法の欠点はm−配列決定されるDNAに依存するがm−特 異的標識プライマーを各場合ごとに幾度も新たに合成しなければならない、すな わちそのような標識プライマーを多数合成しなければならないということである 。この標識されたオリゴマープライマーの合成は、第一に非標識オリゴヌクレオ チドを合成し、続いて第二の反応においてシグナル(レポーター)基を化学的に 結合しなければならないので、高価で時間もかかる。
従って、本発明の目的は、一般的で、簡単で、かつ特異的な核酸の標識を可能に する化合物を製造することにある。
今や、適切に標識されたヌクレオシド三リン酸をポリメラーゼを用いて取り込ま せることにより核酸を新たに合成し、それと同時に標識することができるという ことが判明した。デオキシリポ核酸(DNA)の分野においては、これは、ニッ クトランスレーション法[Rigby、 P、W、ら、(1977) J、 M o1. Biol、113.237 )およびランダムプライマー標識法[Fe inberg、A、P、 & Vogelstein、 B、 (1984)  Anal、 Biochem、 137.266)を用いてDNAポリメラーゼ により、デオキシヌクレオチドを取り込ませることによって達成され、リボ核酸 の場合は、翻訳のラインに沿ってRNAポリメラーゼおよびリボヌクレオチドを 用いることにより達成される。核酸を標識するさらなる方法は、ターミナルトラ ンスフェラーゼおよびリポまたはデオキシリボヌクレオシド三リン酸の補助を伴 ういわゆる3°テ一リング反応(tailing reaction)によるも のである。
しかしながら、フルオレセインまたはジゴキシゲニン(MW 332または39 0)などの指示分子を付与されたヌクレオシド三リン酸はm−それらの天然の基 質と対比するとm−ポリメラーゼによる基質としての受け取りが相対的に不完全 であり、新しく合成された核酸への取り込みが相対的に不完全である()Ioe ltke、 )1.−J、ら(1!1190) Biol、 Chem、 Ho ppe−3eyler 371.929)。
従って、さらにいっそう高分子量(800〜1ooo)の指示分子がポリメラー ゼにより基質として受け取られ、核酸に取り込まれることは期待できない。空間 的に要求のきびしい構造が付与されたこれらの分子は強い立体障害のためにポリ メラーゼによって転化されることはほとんど起こりそうもない。
驚くべきことに、今や、赤外染料で標識されたヌクレオシド三リン酸はT7 D NAポリメラーゼなどのポリメラーゼにより基質として受け取られ、核酸に取り 込まれることが見いだされた。
従って、本発明による化合物は新規である。
本発明のさらなる目的は、上述の本発明による標識核酸を用いて、そのように標 識された核酸を、例えばナイロン膜などの固体担体上、あるいは例えばマイクロ タイタープレート内などの溶液中で直接的に検出することを可能にする方法を見 いだすことであった。
すでに上記したように、フルオレセインまたはテトラメチルローダミンなどの発 蛍光団をもちいて核酸を標識することの欠点は、担体物質の固有の蛍光が、その 発蛍光団の蛍光の測定を妨害することである。
しかしながら、本発明によるIR染料で標識したヌクレオシド三リン酸を核酸の 標識に使用すると、測定波長が近赤外領域にあるのでそのような妨害はもはや無 意味である。
本来の位置のハイブリッド形成による核酸検出の利点は公知である。かかる方法 において、標識試料またはプローブは、蛍光顕微鏡で直接的に検出されるか、あ るいはハプテン標識の場合、さらなる操作ステップによって免疫学的反応(BL ISA)において検出される。このような可視化は、通常、試料を、例えばナイ ロン膜上にまたはマイクロタイタープレート内の液体均一相中で固定化すること により達成される。この追加のステップはかなり時間がかかり、高価である。し たがって、このステップを省略することが望まれている。
適当なレーザーダイオードによるIR−蛍光標識核酸を直接的に励起することの 可能性および上述の担体物質の自己蛍光に対する検出の不感受性により、簡単で 費用に対して最も効率のよい装置を使用することができる。免疫学的検出反応は 省略することができる。IR−標識核酸は、適当なスキャナーまたはマイクロタ イタープレートリーダーの補助を伴うレーザー/検出器の併用によって光学的手 段で簡単に検出される。
要約すると、本発明による赤外発蛍光団で標識したヌクレオシド5°−三リン酸 をポリメラーゼ基質として使用すると、核酸への直接的な酵素的取り込み、なら びに配列決定のためにこのように標識された核酸を検出することが可能となり、 そして、その使用はまた、この組み合わせにおいて新規であり、同時に本発明の 一部をなすin 5ituハイブリツド形成をも許容する。
本発明の一般式: で表されるヌクレオシド5′−三リン酸は、修飾されていないヌクレオシドから 出発して周知の方法により製造される。これら、すなわちピリミジンヌクレオシ ドの場合はウリジン、チミジンおよびンチジン、およびプリンヌクレオシドの場 合はアデノシンおよびグアノシン、ならびにそれに対応する7−デアザニブリン および7−ジアザ−8−アザプリンヌクレオシドは、適当な手法でC−5または C−6(ピリミジン)、C−8(プリン) 、C−8(3−デアザ−プリン)  、C−7またはC−8(7−ジアザ−プリン)の位置で化学的に修飾され、そし て最終的に5−リン酸化される。
修飾基は適当な長さのスペーサーおよび適当な活性化された蛍光染料(例えば、 イソチオシアン酸塩またはN−ヒドロキシスクシンイミドエステルの形)で置換 され得る末端第一級または第二級アミノ基から構成されることが都合がよい。
そのような蛍光染料は活性化された形、すなわち、例えば、アミノ基とよく反応 する形、好ましくはイソチオシアン酸塩として使用される。その反応が完了した 後、その発蛍光団はヌクレオチドの修飾基にNHC3基を介して共有結合される 。
このようにして修飾されたヌクレオシドのリン酸化は、文献〔すなわち、Yos hikawa、 M、ら(1967) Tetrah、 Lett、 50.5 065〕に記載された公知の方法にしたがって三塩化リンと反応させて−リン酸 塩を生成させ、次いでピロリン酸と反応させて所望の5“−三リン酸塩を生成さ せることにより行われる。またそれに代わる方法として、予め生成させたヌクレ オシド5−三リン酸の直接修飾も可能である。
発蛍光団は近赤外領域、すなわち600〜800nmの間に吸収をもつ化合物で ある。例えば、カルボシアニンなどの630nm〜780nmの化合物が好まし い。
すでに上記したように、ポリメラーゼを用いて標識ヌクレオシドを取り込ませる ための上記の方法に加えて、標識オリゴヌクレオチド、いわゆるプライマーの使 用に基づくさらなる方法が一般的である。すでに言及したように、多段階反応に おけるこれらの分子の通常の合成はきわめて時間がかかる。この方法において、 オリゴヌクレオチド合成が完了した後、追加のステップにおいてシグナル基をオ リゴマーの5゛−末端に結合させなければならない。
実際のオリゴヌクレオチド合成は自動合成装置で行われるので、シグナル基の結 合のステップもすてにその合成装置内で行うことが可能になることも強く望まれ ている。該オリゴヌクレオチド合成は単量体構成単位を少しずつ結合させること 、いわゆるヌクレオシドホスホルアミダイトから構成されるので、本発明のさら なる目的は自動オリゴヌクレオチド合成における最終ステップとしてシグナル基 の直接取り込みを可能にする発蛍光団ホスホルアミダイトを開発することであっ た。そのようなNIR−染料−ホスホルアミダイトは今まで知られておらず、発 明的に新規である。
本発明を下記の実施例によってさらに詳細に説明する。
実施例1 5−(3−アミノアリル)−2“−デオキシ−ウリジン−5−三リン酸この誘導 体はLangerらのProc、 Natl、 Acad、 Sci、 tls A (1981) 78.6635の記載にしたがって合成した。
実施例2 ジメチルホルムアミド1ml中の無水−11−フェノキシ−10,12−プロピ レン−3,3,3’ 、 3’−テトラメチル−4,5−ベンズインド=l−( 4−スルホブチル)−1“=(3−イソチオシアノプロピル)−インドトリカル ボシアニンNa塩50mgの溶液を、0.1Mホウ酸ナナトリウム緩衝液pH8 ゜5)2ml中の5−アミノアリル−dUTP−Lit 33mg(60μmo りの溶液に添加して、その反応混合物を遮光しながら室温で約15時間放置した 。その後、濾紙電気泳動(0,05Mクエン酸ナトリウム緩衝液、pH5)によ れば、出発物質の大部分が反応していた。所望の物質を単離するために、反応混 合物を本釣5h+1で希釈して、深緑色の溶液を塩化物型のDEAE 5eph adex A−25を含むイオン交換カラムに注いだ。生成物を、IMLiCI に対する水の直線グラジェントでカラムから溶離し、生成物画分を減圧で濃縮し て、RP18物質上物質相クロマトグラフィーによって脱塩した。凍結乾燥後、 所望の三リン酸塩6μmol(10%)を得た。
スペクトルデータ: Emission、、、 786 nm、720 nm  (肩)、38 nm 実施例3 この誘導体は、8−アミノペンチルアミノ−dATP 38mg (60μmo l)および無水−10,12−プロピレン−3,3,3’ 、 3’−テトラメ チル−1,1’−ビス(3−スルホブチル)−11−(4−イソチオシアノ)− フェノキシ−インドトリカルボシアニンNa塩50mg (60μmol)から 、実施例2で述べた方法にしたがって調製した。化合物3μmolが得られた。
スペクトルデータ: Emissionm、、 770 nm、 697 nm  (肩)、279 nm 実施例4 鋳型DNA3μgを、反応緩衝液(200mMトリス−HCl、 pH7,5, 100mM MgCl2.250mM NaCl ) 2 u l 、 M13 /pUcブライ77−1pおよびH2O7μlの混合物中で37℃で15分間イ ンキュベートした。
DTT 1 μm(100mM)、標識混合物(IRD 4O−dATP 10 μM 、 dCTP、dGTPおよびdTTPをそれぞれlμM)2μl 、  H2O1μmおよびT7−DNAポリメラーゼ2μ+ (2,50/μl)を標 識反応のために添加して、室温で10分間インキュベートした。
続いて、DNA配列決定に使用するために、終止混合物(ddATP、 ddG TP、 ddCTP、 ddTTP)を添加することにより終止反応を行った。
実施例5 この化合物は5−アミノアリル−〇TP (実施例1にしたがって調製した)お よび対応するイソチオシアン酸塩から実施例2と同様にして合成した。
スペクトルデータは実施例2の2°−デオキシ化合物と一致する。
実施例6 ステツプ1:2’、3°−ジデオキシ−ウリジン−5°−三リン酸この誘導体は 、市販の2’ 、 3’−ジデオキシ−シチジン−5°−三リン酸(ベーリンガ ー マンハイム)をNaNO2/酢酸で脱アミノ化することから出発する不安定 なジアゾニウム誘導体を介して合成した。
この化合物は、Langerらにしたがって、2゛、3“−ジデオキシ刊TPの 5−水銀誘導体を介して実施例1と同様にして調製した。
ステップ3 : rlRD−ddUTP Jこのジデオキシ誘導体は、実施例2 にしたがって5−アミノアリル−ddUTPとそれに対応するイソチオシアン酸 塩とを反応させることにより得られた。
そのスペクトルデータは実施例3の2゛−デオキシ化合物のものと一致する。
実施例7 50m1丸底フラスコ中で、無水−11−(4−ヒドロキシエチル)フェノキシ −10,12−プロピレン−3,3,3°、3°−テトラメチル−1,1−ビス (3−スルホプロピル)−インドトリカルボシアニン−ハイドロオキサイドのN a塩425mg(0,5mmol)を、乾燥アセトニトリル5mlに溶解し、エ チルジイソプロピルアミン0.275m1 (1,6mmol)を添加した。次 いて、クロロ−β−ンアノエトキシーN、N−ジイソプロピルアミノホスファン 0.125m1を窒素下、攪拌しながら約3分以内に滴下添加した。さらに室温 で30分間攪拌し、次に、5%NaHCO3水溶液10m1を添加し、続いてジ クロロメタン約10m1をそれぞれ用いて2回抽出を行った。溜まった有機相を 硫酸ナトリウム上で乾燥し、溶媒を蒸留により除去して、残留物を移動溶媒ジク ロロメタン/酢酸エチル/トリエチルアミン45:45:10を用いてシリカゲ ルにおけるクロマトグラフィーにかけた。
収量は480mg (理論値に対して88.7%)であった。
TLC(シリカゲル、上記の移動溶媒)R,=0.4” ’ P −N M R (d、oMso) :149および153ppm (2ジアステレオマフロント ページの続き (51) Int、 C1,6識別記号 庁内整理番号GOIN 331533  7055−2J331566 7055−2J 33158 A 7055−2J // C12N 15109 GOIN 21/78 C8310−2J(72)発明者 ビルクナー、クリス チャンドイツ連邦共和国 ディー−82449ラフインク ヴイリンクシュトラ ーセ 9番地I (72)発明者 フォノ デル エルツ、バーバートドイツ連邦共和国 ディー −82362ヴアイルハイム、イン デル アオ 21番地

Claims (15)

    【特許請求の範囲】
  1. 1.一般式: ▲数式、化学式、表等があります▼ (式中、Bは複素環式塩基であるアデニン、グアニン、ヒポキサンチン、7−デ アザーアデニン、7−デアザーグアニン、7−デアザーヒポキサンチン、7−デ アザ−8−アザーアデニン、7−デアザ−8−アザーグアニン、7−デアザ−8 −アザーヒポキサンチン、ならびにチミン、シトシンおよびウラシルを示し、 Xはn=4〜20原子の結合基を表し、Sigは650〜800nmの励起波長 をもつ蛍光分子を表し、R1およびR2は、それぞれHおよび/またはOHを表 す。)で表されるヌクレオシド−5′−三リン酸。
  2. 2.Bは上述したとおりであり、Xは好ましくはn=10〜15原子の結合基を 表し、Sigは一般式: ▲数式、化学式、表等があります▼ (式中、R1およびR2は、Hまたは共にフェニル残基を表し、R3は、ヌクレ オチドとの結合がR4部位を介する場合はHであり、結合がR3部位を介する場 合は−NHCS−であり、R4およびR5は、それぞれn=3〜5のアルキルス ルホニルを示し、または、結合がR4部位を介する場合はR4はn=3〜8の− NHCS−、R5は、n=3〜5のアルキルスルホニルを示す。)で示されるカ ルボシアニンを表す、請求項1に記載の化合物。
  3. 3.DNAポリメラーゼの基質としての請求項1または2に記載の化合物および それらの使用。
  4. 4.RNAポリメラーゼの基質としての請求項1または2に記載の化合物および それらの使用。
  5. 5.核酸を標識するための請求項1または2に記載の化合物の使用。
  6. 6.核酸を検出するための請求項1または2に記載の化合物の使用。
  7. 7.DNA配列決定における請求項1または2に記載の化合物の使用。
  8. 8.insituハイブリッド形成において使用される請求項1または2に記載 の化合物の使用。
  9. 9.ハイブリッド形成を膜上で行う、請求項8に記載の化合物の使用。
  10. 10.ハイブリッド形成を溶液中で行う、請求項8に記載の化合物の使用。
  11. 11.ハイブリッド形成をマイクロタイタープレート内の溶液中で行う、請求項 10に記載の化合物の使用。
  12. 12.標識されたハイブリッドが適切なレーザーダイオードおよび検出器により 検出される、請求項6に記載の化合物の使用。
  13. 13.一般式: ▲数式、化学式、表等があります▼ (式中、R1およびR2はHまたは共にフェニル残基を表し、R3およびR4は それぞれn=3〜5のアルキルスルホニルを示し、 R5はメトキシまたは2−シアノエトキシを示し、R′およびR′′はそれぞれ エチルまたはイソプロピルを示し、Xは1〜10を示す。 ) で表される化合物。
  14. 14.ホスホルアミダイト法によるオリゴヌクレオチド合成に使用する、請求項 13に記載の化合物の使用。
  15. 15.オリゴヌクレオチドの5′−標識のための請求項14に記載の化合物の使 用。
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