JPH05276949A - ヒトvntr配列およびその用途 - Google Patents
ヒトvntr配列およびその用途Info
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- JPH05276949A JPH05276949A JP35948291A JP35948291A JPH05276949A JP H05276949 A JPH05276949 A JP H05276949A JP 35948291 A JP35948291 A JP 35948291A JP 35948291 A JP35948291 A JP 35948291A JP H05276949 A JPH05276949 A JP H05276949A
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- Japan
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Abstract
(57)【要約】
【目的】 制限断片長多型を示す新規なVNTR配列を
提供すること。 【構成】 ヒト6番染色体のp21.3の位置に存在
し、PstI及びPvuIIにより制限断片長多型を示
し、PstIにおいて3.5kbから2.8kbの間に
少なくとも7個の対立遺伝子が存在し、PvuIIにおい
て1.8kbから1.2kbの間に少なくとも6個の対
立遺伝子が存在するヒトVNTR配列を含む8種類の新
規なヒトVNTR配列及びプローブを提供した。
提供すること。 【構成】 ヒト6番染色体のp21.3の位置に存在
し、PstI及びPvuIIにより制限断片長多型を示
し、PstIにおいて3.5kbから2.8kbの間に
少なくとも7個の対立遺伝子が存在し、PvuIIにおい
て1.8kbから1.2kbの間に少なくとも6個の対
立遺伝子が存在するヒトVNTR配列を含む8種類の新
規なヒトVNTR配列及びプローブを提供した。
Description
【0001】
【産業上の利用分野】本発明は、ヒトVNTR配列及び
その用途に関する。本発明のヒトVNTR配列は、親子
鑑定や犯罪捜査等における個人識別に利用することがで
きる。
その用途に関する。本発明のヒトVNTR配列は、親子
鑑定や犯罪捜査等における個人識別に利用することがで
きる。
【0002】
【従来の技術】染色体DNAは生物種ごとに固有の塩基
配列を持つが、詳細に見ると同一種内でも固体間でわず
かに違いが見られる。これはDNA多型と呼ばれるが、
この多型が制限酵素の認識部位に出現した場合には制限
酵素による切断断片の大きさ(長さ)の違いとしてサザ
ンブロット法等により容易に検出することができるの
で、特に制限断片長多型(restriction f
ragment length polymorphi
sm、RFLP)と呼ばれる。従って、この制限断片長
多型を利用して、個人の識別が可能であり、親子鑑定や
犯罪捜査における個人識別に利用されている。動物DN
Aのタンパク質非コード領域中には、繰り返し頻度が変
化し易い直列型繰り返し配列が存在する。この配列を含
む制限断片は繰り返し配列の反復回数の違いにより、制
限断片長の多型を示す。この型のものはVNTR(va
riable number of tandem r
epeat)と呼ばれ(Science 235,16
16(1987))、個人識別などのDNA診断におい
て有力なマーカーとなっている。従来よりマーカーとし
て利用できる制限断片長多型を示すVNTRは多数知ら
れているが、同時利用できるマーカーの数が増えれば、
それだけ検査の精度は高まるので有効である。
配列を持つが、詳細に見ると同一種内でも固体間でわず
かに違いが見られる。これはDNA多型と呼ばれるが、
この多型が制限酵素の認識部位に出現した場合には制限
酵素による切断断片の大きさ(長さ)の違いとしてサザ
ンブロット法等により容易に検出することができるの
で、特に制限断片長多型(restriction f
ragment length polymorphi
sm、RFLP)と呼ばれる。従って、この制限断片長
多型を利用して、個人の識別が可能であり、親子鑑定や
犯罪捜査における個人識別に利用されている。動物DN
Aのタンパク質非コード領域中には、繰り返し頻度が変
化し易い直列型繰り返し配列が存在する。この配列を含
む制限断片は繰り返し配列の反復回数の違いにより、制
限断片長の多型を示す。この型のものはVNTR(va
riable number of tandem r
epeat)と呼ばれ(Science 235,16
16(1987))、個人識別などのDNA診断におい
て有力なマーカーとなっている。従来よりマーカーとし
て利用できる制限断片長多型を示すVNTRは多数知ら
れているが、同時利用できるマーカーの数が増えれば、
それだけ検査の精度は高まるので有効である。
【0003】
【発明が解決しようとする課題】従って、本発明の目的
は、制限断片長多型を示す新規なVNTR配列を提供す
ることである。
は、制限断片長多型を示す新規なVNTR配列を提供す
ることである。
【0004】
【課題を解決するための手段】本願発明者らは、鋭意研
究の結果、ヒトの第6染色体中にRFLPを示す新規な
VNTR配列を見出し、本発明を完成した。
究の結果、ヒトの第6染色体中にRFLPを示す新規な
VNTR配列を見出し、本発明を完成した。
【0005】すなわち本発明は、ヒト6番染色体のp2
1.3の位置に存在し、PstI、及びPvuIIにより
制限断片長多型を示し、PstIにおいて3.5kbか
ら、2.8kbの間に少なくとも7個の対立遺伝子が存
在し、PvuIIにおいて1.8kbから1.2kbの間
に少くとも6個の対立遺伝子が存在するヒトVNTR配
列(以下、cCI6−7と呼ぶことがある)を提供す
る。
1.3の位置に存在し、PstI、及びPvuIIにより
制限断片長多型を示し、PstIにおいて3.5kbか
ら、2.8kbの間に少なくとも7個の対立遺伝子が存
在し、PvuIIにおいて1.8kbから1.2kbの間
に少くとも6個の対立遺伝子が存在するヒトVNTR配
列(以下、cCI6−7と呼ぶことがある)を提供す
る。
【0006】また本発明は、ヒト6番染色体のq27の
位置に存在し、MspI、TaqI、PstI、Pvu
IIにより制限断片長多型を示し、MspIにおいて、
1.4kbから0.6kbの間に少くとも7個の対立遺
伝子が存在し、TaqIにおいて2.3kbから2.1
kbの間に少くとも6個の対立遺伝子が存在し、Pst
Iにおいて2.3kbから2.1kbの間に少くとも7
個の対立遺伝子が存在し、PvuIIにおいて2.0kb
から1.3kbの間に少くとも8個の対立遺伝子が存在
するヒトVNTR配列(以下、cCI6−13と呼ぶこ
とがある)を提供する。
位置に存在し、MspI、TaqI、PstI、Pvu
IIにより制限断片長多型を示し、MspIにおいて、
1.4kbから0.6kbの間に少くとも7個の対立遺
伝子が存在し、TaqIにおいて2.3kbから2.1
kbの間に少くとも6個の対立遺伝子が存在し、Pst
Iにおいて2.3kbから2.1kbの間に少くとも7
個の対立遺伝子が存在し、PvuIIにおいて2.0kb
から1.3kbの間に少くとも8個の対立遺伝子が存在
するヒトVNTR配列(以下、cCI6−13と呼ぶこ
とがある)を提供する。
【0007】また、本発明は、ヒト6番染色体のq27
の位置に存在し、TaqI、RsaI、PstI、Pv
uIIにより制限断片長多型を示しTaqIにおいて2.
1kbから1.6kbの間に少なくとも3個の対立遺伝
子が存在し、RsaIにおいて3.1kbから2.4k
bの間に少なくとも4個の対立遺伝子が存在し、Pst
Iにおいて2.3kbから2.1kbの間に少くとも3
個の対立遺伝子が存在し、PvuIIにおいて1.5kb
から0.8kbの間に少くとも3個の対立遺伝子が存在
するヒトVNTR配列(以下cCI6−24と呼ぶこと
がある)を提供する。
の位置に存在し、TaqI、RsaI、PstI、Pv
uIIにより制限断片長多型を示しTaqIにおいて2.
1kbから1.6kbの間に少なくとも3個の対立遺伝
子が存在し、RsaIにおいて3.1kbから2.4k
bの間に少なくとも4個の対立遺伝子が存在し、Pst
Iにおいて2.3kbから2.1kbの間に少くとも3
個の対立遺伝子が存在し、PvuIIにおいて1.5kb
から0.8kbの間に少くとも3個の対立遺伝子が存在
するヒトVNTR配列(以下cCI6−24と呼ぶこと
がある)を提供する。
【0008】また、本発明は、ヒト6番染色体のq27
の位置に存在し、MspI、RsaI、TaqI、Bg
lII、PstI、PvuIIにより制限断片長多型を示
し、MspIにおいて4.4kbから2.6kbの間に
少くとも6個の対立遺伝子が存在し、RsaIにおいて
5.2kbから3.0kbの間に少くとも6個の対立遺
伝子が存在し、TaqIにおいて5.0kbから3.0
kbの間に少くとも7個の対立遺伝子が存在し、Bgl
IIにおいて10kbから3.0kbの間に少くとも4個
の対立遺伝子が存在し、PstIにおいて、6.0kb
から3.0kbの間に少くとも8個の対立遺伝子が存在
し、PvuIIにおいて5.0kbから3.3kbの間に
少くとも5個の対立遺伝子が存在するヒトVNTR配列
(以下cCI6−49と呼ぶことがある)を提供する。
の位置に存在し、MspI、RsaI、TaqI、Bg
lII、PstI、PvuIIにより制限断片長多型を示
し、MspIにおいて4.4kbから2.6kbの間に
少くとも6個の対立遺伝子が存在し、RsaIにおいて
5.2kbから3.0kbの間に少くとも6個の対立遺
伝子が存在し、TaqIにおいて5.0kbから3.0
kbの間に少くとも7個の対立遺伝子が存在し、Bgl
IIにおいて10kbから3.0kbの間に少くとも4個
の対立遺伝子が存在し、PstIにおいて、6.0kb
から3.0kbの間に少くとも8個の対立遺伝子が存在
し、PvuIIにおいて5.0kbから3.3kbの間に
少くとも5個の対立遺伝子が存在するヒトVNTR配列
(以下cCI6−49と呼ぶことがある)を提供する。
【0009】また、本発明は、ヒト6番染色体のq27
の位置に存在し、MspI、RsaI、TaqI、Ps
tIにより制限断片長多型を示しMspIにおいて4.
2kbから2.3kbの間に少くとも6個の対立遺伝子
が存在し、RsaIにおいて3.0kbから2.2kb
の間に少くとも4個の対立遺伝子が存在し、TaqIに
おいて10kbから6.0kbの間に少くとも5個の対
立遺伝子が存在し、PstIにおいて6.0kbから
4.3kbの間に少くとも6個の対立遺伝子が存在する
ヒトNVTR配列(以下cCI6−78と呼ぶことがあ
る)を提供する。
の位置に存在し、MspI、RsaI、TaqI、Ps
tIにより制限断片長多型を示しMspIにおいて4.
2kbから2.3kbの間に少くとも6個の対立遺伝子
が存在し、RsaIにおいて3.0kbから2.2kb
の間に少くとも4個の対立遺伝子が存在し、TaqIに
おいて10kbから6.0kbの間に少くとも5個の対
立遺伝子が存在し、PstIにおいて6.0kbから
4.3kbの間に少くとも6個の対立遺伝子が存在する
ヒトNVTR配列(以下cCI6−78と呼ぶことがあ
る)を提供する。
【0010】また本発明は、ヒト6番染色体のq26の
位置に存在し、MspI、RsaI、TaqI、Pst
Iにより制限断片長多型を示しMspIにおいて2.5
kbから1.8kbの間に少くとも5個の対立遺伝子が
存在し、RsaIにおいて、1.5kbから1.3kb
の間に少くとも3個の対立遺伝子が存在し、TaqIに
おいて1.8kbから1.3kbの間に少くとも5個の
対立遺伝子が存在し、PstIにおいて1.5kbから
1.1kbの間に少くとも7個の対立遺伝子が存在する
ヒトVNTR配列(以下cCI6−91と呼ぶことがあ
る)を提供する。
位置に存在し、MspI、RsaI、TaqI、Pst
Iにより制限断片長多型を示しMspIにおいて2.5
kbから1.8kbの間に少くとも5個の対立遺伝子が
存在し、RsaIにおいて、1.5kbから1.3kb
の間に少くとも3個の対立遺伝子が存在し、TaqIに
おいて1.8kbから1.3kbの間に少くとも5個の
対立遺伝子が存在し、PstIにおいて1.5kbから
1.1kbの間に少くとも7個の対立遺伝子が存在する
ヒトVNTR配列(以下cCI6−91と呼ぶことがあ
る)を提供する。
【0011】また、本発明は、ヒト6番染色体のq27
の位置に存在しMspI、RsaIにおいて制限断片長
多型を示しMspIにより10kbから4.0kbの間
に少くとも6個の対立遺伝子が存在し、RsaIにおい
て7.0kbから5.5kbの間に少くとも4個の対立
遺伝子が存在するヒトVNTR配列(以下、cCI6−
107と呼ぶことがある)を提供する。
の位置に存在しMspI、RsaIにおいて制限断片長
多型を示しMspIにより10kbから4.0kbの間
に少くとも6個の対立遺伝子が存在し、RsaIにおい
て7.0kbから5.5kbの間に少くとも4個の対立
遺伝子が存在するヒトVNTR配列(以下、cCI6−
107と呼ぶことがある)を提供する。
【0012】また、本発明は、ヒト6番染色体のq27
の位置に存在し、MspI、RsaI、TaqI、Bg
lII、PstI、PvuIIにより制限断片長多型を示
し、MspIにより4.4kbから1.8kbの間に少
くとも9個の対立遺伝子が存在し、RsaIにおいて
5.5kbから1.7kbの間に少くとも11個の対立
遺伝子が存在し、TaqIにおいて8.5kbから2.
6kbの間に少くとも12個の対立遺伝子が存在し、B
glIIにおいて10kbから2.1kbの間に少くとも
12個の対立遺伝子が存在し、PstIにおいて5.2
kbから0.5kbの間に少くとも11個の対立遺伝子
が存在し、PvuIIにおいて10kbから2.3kbの
間に少くとも10個の対立遺伝子が存在するヒトVNT
R配列(以下、cCI6−111と呼ぶことがある)を
提供する。
の位置に存在し、MspI、RsaI、TaqI、Bg
lII、PstI、PvuIIにより制限断片長多型を示
し、MspIにより4.4kbから1.8kbの間に少
くとも9個の対立遺伝子が存在し、RsaIにおいて
5.5kbから1.7kbの間に少くとも11個の対立
遺伝子が存在し、TaqIにおいて8.5kbから2.
6kbの間に少くとも12個の対立遺伝子が存在し、B
glIIにおいて10kbから2.1kbの間に少くとも
12個の対立遺伝子が存在し、PstIにおいて5.2
kbから0.5kbの間に少くとも11個の対立遺伝子
が存在し、PvuIIにおいて10kbから2.3kbの
間に少くとも10個の対立遺伝子が存在するヒトVNT
R配列(以下、cCI6−111と呼ぶことがある)を
提供する。
【0013】さらに、本発明は、上記本発明のヒトVN
TR配列を有するプローブを提供する。
TR配列を有するプローブを提供する。
【0014】上述のように、本発明は、上記した各特徴
を有するcCI6−7、cCI6−13、cCI6−2
4、cCI6−49、cCI6−78、cCI6−9
1、cCI6−107及びcCI6−111の8種類の
ヒトVNTR配列を提供したものである。
を有するcCI6−7、cCI6−13、cCI6−2
4、cCI6−49、cCI6−78、cCI6−9
1、cCI6−107及びcCI6−111の8種類の
ヒトVNTR配列を提供したものである。
【0015】上記8種類のヒトVNTR配列は、後述の
実施例において示すように、公知の方法(Am.J.H
um.Genet.48,258(1991); Ge
nomics 9,536(1991))により、ヒト
6番染色体を分析し、発見されたVNTRマーカーをク
ローニングして得られたものである。
実施例において示すように、公知の方法(Am.J.H
um.Genet.48,258(1991); Ge
nomics 9,536(1991))により、ヒト
6番染色体を分析し、発見されたVNTRマーカーをク
ローニングして得られたものである。
【0016】本発明のヒトVNTR配列は、そのDNA
鎖をプローブとして利用することにより固体識別等に用
いることができる。その利用方法は従来法と全く同様で
あり、該DNA鎖に周知の方法により標識を付すことに
より、サザンブロット法におけるプローブとして利用で
きる。また試料を予め遺伝子増幅法により増幅し、この
ようにして増幅したDNAを検出するプローブとしても
利用できる。
鎖をプローブとして利用することにより固体識別等に用
いることができる。その利用方法は従来法と全く同様で
あり、該DNA鎖に周知の方法により標識を付すことに
より、サザンブロット法におけるプローブとして利用で
きる。また試料を予め遺伝子増幅法により増幅し、この
ようにして増幅したDNAを検出するプローブとしても
利用できる。
【0017】
【発明の効果】本発明により新規なヒトVNTR配列が
提供された。本発明は、これをプローブとして使用する
ことにより、固体識別等を従来よりも高精度に行なうこ
とに寄与する。
提供された。本発明は、これをプローブとして使用する
ことにより、固体識別等を従来よりも高精度に行なうこ
とに寄与する。
【0018】
【実施例】ヒト第6染色体のみを含むヒト×マウス雑種
細胞A9(neo6/t)よりDNAを抽出し、制限酵
素Sau3AIにて部分的に切断した後、ショ糖密度勾
配遠心を行ない、35−42kb分画を分取した。35
−42kbDNA断片は、Klenow酵素を用い、d
CTP、dTTPにて部分的に挿入した。
細胞A9(neo6/t)よりDNAを抽出し、制限酵
素Sau3AIにて部分的に切断した後、ショ糖密度勾
配遠心を行ない、35−42kb分画を分取した。35
−42kbDNA断片は、Klenow酵素を用い、d
CTP、dTTPにて部分的に挿入した。
【0019】コスミドベクターはpWEX15を用い
た。これはpWE15(Proc.Natl.Aca
d.Sci.USA 84,2160(1987))の
BamHI部位をKlenow酵素を用いて挿入した
後、リンカー(5´−CCTCGCGAGG−3´)を
用いて制限酵素XhoIの認識部位に変換したものであ
る。pWEX15は制限酵素XhoIにて切断した後、
Klenow酵素を用い、dCTP、dTTPにて部分
的に挿入した。
た。これはpWE15(Proc.Natl.Aca
d.Sci.USA 84,2160(1987))の
BamHI部位をKlenow酵素を用いて挿入した
後、リンカー(5´−CCTCGCGAGG−3´)を
用いて制限酵素XhoIの認識部位に変換したものであ
る。pWEX15は制限酵素XhoIにて切断した後、
Klenow酵素を用い、dCTP、dTTPにて部分
的に挿入した。
【0020】35−42kbDNA断片とベクターDN
A(pWEX15)を66mM Tris−HCl(p
H7.5)、6.6mM MgCl2 、0.1mM A
TP、10mM DTT、T4DNAリガーゼ存在下1
6℃で1晩ライゲーションを行ないin vitro
packaging extracts (Gigap
ack Gold)を用い、パッケージングを行なっ
た。
A(pWEX15)を66mM Tris−HCl(p
H7.5)、6.6mM MgCl2 、0.1mM A
TP、10mM DTT、T4DNAリガーゼ存在下1
6℃で1晩ライゲーションを行ないin vitro
packaging extracts (Gigap
ack Gold)を用い、パッケージングを行なっ
た。
【0021】コスミドクローンを50μg/mlアンピ
シリンを含むLBアガープレート上に、10−15コロ
ニー/cm2 の密度になるように合計160,000個
まいた。32P標識したヒトDNAをプローブとしてコロ
ニーハイブリダイゼーションを行ない、ヒトDNAを含
んでいるコロニーを選択し、96穴マイクロプレートに
保存した。
シリンを含むLBアガープレート上に、10−15コロ
ニー/cm2 の密度になるように合計160,000個
まいた。32P標識したヒトDNAをプローブとしてコロ
ニーハイブリダイゼーションを行ない、ヒトDNAを含
んでいるコロニーを選択し、96穴マイクロプレートに
保存した。
【0022】各々のコスミドクローンから自動プラスミ
ド抽出システム(PI−100)を用いてDNA抽出し
た。このDNAをrandom hexanucleo
tide−priming法(Anal.Bioche
m.137,266(1984))にて32P標識し、プ
ローブとした。
ド抽出システム(PI−100)を用いてDNA抽出し
た。このDNAをrandom hexanucleo
tide−priming法(Anal.Bioche
m.137,266(1984))にて32P標識し、プ
ローブとした。
【0023】互いに無関係な6人のヒトより抽出したD
NAを各々制限酵素MspI、TaqI、RsaI、B
glII、PstI、PvuIIにて切断し、サザンブロッ
トした。
NAを各々制限酵素MspI、TaqI、RsaI、B
glII、PstI、PvuIIにて切断し、サザンブロッ
トした。
【0024】プレハイブリダイゼーションは10%SD
S−7%ポリエチレングリコール(8000)、200
μg/mlヒト胎盤DNAを含む溶液にて65℃1晩行
なった。ハイブリダイゼーションは32P標識したDNA
プローブにて65℃16〜24hr行なった。ハイブリ
ダイゼーション後、フィルターを0.1×SSC−0.
1%SDS溶液で65℃2回洗浄後、Kodak XA
Rフィルムを用い、オートラジオグラフィーを行なっ
た。
S−7%ポリエチレングリコール(8000)、200
μg/mlヒト胎盤DNAを含む溶液にて65℃1晩行
なった。ハイブリダイゼーションは32P標識したDNA
プローブにて65℃16〜24hr行なった。ハイブリ
ダイゼーション後、フィルターを0.1×SSC−0.
1%SDS溶液で65℃2回洗浄後、Kodak XA
Rフィルムを用い、オートラジオグラフィーを行なっ
た。
【0025】RFLPを示したコスミドクローンについ
ては、ビオチン標識プローブによる蛍光in situ
ハイブリダイゼーションを行ない、染色体上の位置を決
定した。染色体標本は70%ホルムアミド−2×SSC
溶液中で70℃2分間処理した後、70%エタノール中
に入れ5分間、さらに100%エタノール中に入れ5分
間静置し脱水した。
ては、ビオチン標識プローブによる蛍光in situ
ハイブリダイゼーションを行ない、染色体上の位置を決
定した。染色体標本は70%ホルムアミド−2×SSC
溶液中で70℃2分間処理した後、70%エタノール中
に入れ5分間、さらに100%エタノール中に入れ5分
間静置し脱水した。
【0026】コスミドDNAは、ニックトランスレーシ
ョンにより、ビオチン16−dUTP標識した。超音波
処理したニシン精子DNA、E.coli tRNAを
各々20μg加え、エタノール沈殿した後、ホルムアミ
ド溶液に溶解し、5−10倍量のヒト胎盤DNAを加え
75℃、10分間変性した。ビオチン標識したプローブ
を染色体標本上に滴下し、37℃で1晩ハイブリダイゼ
ーションを行なった。
ョンにより、ビオチン16−dUTP標識した。超音波
処理したニシン精子DNA、E.coli tRNAを
各々20μg加え、エタノール沈殿した後、ホルムアミ
ド溶液に溶解し、5−10倍量のヒト胎盤DNAを加え
75℃、10分間変性した。ビオチン標識したプローブ
を染色体標本上に滴下し、37℃で1晩ハイブリダイゼ
ーションを行なった。
【0027】標本は50%ホルムアミド−1×SSC、
2×SSCで各々37℃1回洗浄した後、1×SSCで
室温で15分間洗浄した。4×SSC、15μgFIT
C−アビジン/ml、1%BSA溶液下、37℃で45
分間処理し、4×SSC、4×SSC−0.1%Tri
tonX、4×SSCで各々10分間室温で洗浄した。
2×SSCで各々37℃1回洗浄した後、1×SSCで
室温で15分間洗浄した。4×SSC、15μgFIT
C−アビジン/ml、1%BSA溶液下、37℃で45
分間処理し、4×SSC、4×SSC−0.1%Tri
tonX、4×SSCで各々10分間室温で洗浄した。
【0028】標本はpropidium iodide
処理した後、顕微鏡にて観察した。
処理した後、顕微鏡にて観察した。
【0029】VNTRを示したコスミドについては、T
7 Sequencing Kit(Pharmaci
a)を用い、塩基配列の決定を行なった。
7 Sequencing Kit(Pharmaci
a)を用い、塩基配列の決定を行なった。
【0030】結果 cCI6−7をプローブとしてハイブリダイズした時の
結果を図1に示した。PstIにおいては、3.5kb
から2.8kbの間に7個の対立遺伝子が存在し、6例
中4例で異型接合性を示した。PvuIIにおいては1.
8kbから1.2kbの間に6個の対立遺伝子が存在
し、6例中5例で異型接合性を示した。
結果を図1に示した。PstIにおいては、3.5kb
から2.8kbの間に7個の対立遺伝子が存在し、6例
中4例で異型接合性を示した。PvuIIにおいては1.
8kbから1.2kbの間に6個の対立遺伝子が存在
し、6例中5例で異型接合性を示した。
【0031】cCI6−13をプローブとしてハイブリ
ダイズした時の結果を図2に示した。MspIにおいて
は1.4kbから0.6kbの間に7個の対立遺伝子が
存在し、6例中4例で異型接合性を示した。TaqIに
おいては2.3kbから2.1kbの間に6個の対立遺
伝子が存在し、6例中4例で異型接合性を示した。Ps
tIにおては、2.3kbから2.1kbの間に7個の
対立遺伝子が存在し、6例中3例で異型接合性を示し
た。PvuIIにおいては、2.0kbから1.3kbの
間に8個の対立遺伝子が存在し、6例中4例で異型接合
性を示した。
ダイズした時の結果を図2に示した。MspIにおいて
は1.4kbから0.6kbの間に7個の対立遺伝子が
存在し、6例中4例で異型接合性を示した。TaqIに
おいては2.3kbから2.1kbの間に6個の対立遺
伝子が存在し、6例中4例で異型接合性を示した。Ps
tIにおては、2.3kbから2.1kbの間に7個の
対立遺伝子が存在し、6例中3例で異型接合性を示し
た。PvuIIにおいては、2.0kbから1.3kbの
間に8個の対立遺伝子が存在し、6例中4例で異型接合
性を示した。
【0032】cCI6−24をプローブとしてハイブリ
ダイズした時の結果を図3に示した。TaqIにおいて
は2.1kbから1.6kbの間に3個の対立遺伝子が
存在し、6例中3例で異型接合性を示した。RsaIに
おいては、3.1kbから2.4kbの間に4個の対立
遺伝子が存在し、6例中3例で異型接合性を示した。P
stIにおいては、2.3kbから2.1kbの間に3
個の対立遺伝子が存在し、6例中6例で異型接合性を示
した。PvuIIにおいては、1.5kbから0.8kb
の間に3個の対立遺伝子が存在し、6例中6例で異型接
合性を示した。
ダイズした時の結果を図3に示した。TaqIにおいて
は2.1kbから1.6kbの間に3個の対立遺伝子が
存在し、6例中3例で異型接合性を示した。RsaIに
おいては、3.1kbから2.4kbの間に4個の対立
遺伝子が存在し、6例中3例で異型接合性を示した。P
stIにおいては、2.3kbから2.1kbの間に3
個の対立遺伝子が存在し、6例中6例で異型接合性を示
した。PvuIIにおいては、1.5kbから0.8kb
の間に3個の対立遺伝子が存在し、6例中6例で異型接
合性を示した。
【0033】cCI6−49をプローブとしてハイブリ
ダイズした時の結果を図4に示した。MspIにおいて
は、4.4kbから2.6kbの間に6個の対立遺伝子
が存在し、6例中6例で異型接合性を示した。RsaI
においては、5.2kbから3.0kbの間に6個の対
立遺伝子が存在し、6例中5例で異型接合性を示した。
TaqIにおいては5.0kbから3.0kbの間に7
個の対立遺伝子が存在し、6例中5例で異型接合性を示
した。BglIIにおいては、10kbから3.0kbの
間に4個の対立遺伝子が存在し、6例中5例で異型接合
性を示した。PstIにおいては、6.0kbから3.
0kbの間に8個の対立遺伝子が存在し、6例中6例で
異型接合性を示した。RvuIIにおいては、5.0kb
から3.3kbの間に、5個の対立遺伝子が存在し、6
例中6例で異型接合性を示した。
ダイズした時の結果を図4に示した。MspIにおいて
は、4.4kbから2.6kbの間に6個の対立遺伝子
が存在し、6例中6例で異型接合性を示した。RsaI
においては、5.2kbから3.0kbの間に6個の対
立遺伝子が存在し、6例中5例で異型接合性を示した。
TaqIにおいては5.0kbから3.0kbの間に7
個の対立遺伝子が存在し、6例中5例で異型接合性を示
した。BglIIにおいては、10kbから3.0kbの
間に4個の対立遺伝子が存在し、6例中5例で異型接合
性を示した。PstIにおいては、6.0kbから3.
0kbの間に8個の対立遺伝子が存在し、6例中6例で
異型接合性を示した。RvuIIにおいては、5.0kb
から3.3kbの間に、5個の対立遺伝子が存在し、6
例中6例で異型接合性を示した。
【0034】cCI6−78をプローブとしてハイブリ
ダイズした時の結果を図5に示した。MspIにおいて
は、4.2kbから2.3kbの間に6個の対立遺伝子
が存在し、6例中6例で異型接合性を示した。RsaI
においては、3.0kbから2.2kbの間に4個の対
立遺伝子が存在し、6例中5例で異型接合性を示した。
TaqIにおいては、10kbから6.0kbの間に5
個の対立遺伝子が存在し6例中5例で異型接合性を示し
た。PstIにおいては、6.0kbから4.3kbの
間に6個の対立遺伝子が存在し、6例中5例で異型接合
性を示した。
ダイズした時の結果を図5に示した。MspIにおいて
は、4.2kbから2.3kbの間に6個の対立遺伝子
が存在し、6例中6例で異型接合性を示した。RsaI
においては、3.0kbから2.2kbの間に4個の対
立遺伝子が存在し、6例中5例で異型接合性を示した。
TaqIにおいては、10kbから6.0kbの間に5
個の対立遺伝子が存在し6例中5例で異型接合性を示し
た。PstIにおいては、6.0kbから4.3kbの
間に6個の対立遺伝子が存在し、6例中5例で異型接合
性を示した。
【0035】cCI6−91をプローブとしてハイブリ
ダイズした時の結果を図6に示した。MspIにおいて
は、2.5kbから1.8kbの間に5個の対立遺伝子
が存在し、6例中2例で異型接合性を示した。RsaI
においては1.5kbから1.3kbの間に3個の対立
遺伝子が存在し、6例中1例で異型接合性を示した。T
aqIにおいては1.8kbから1.3kbの間に5個
の対立遺伝子が存在し、6例中3例で異型接合性を示し
た。PstIにおいては、1.5kbから1.1kbの
間に7個の対立遺伝子が存在し、6例中6例で異型接合
性を示した。
ダイズした時の結果を図6に示した。MspIにおいて
は、2.5kbから1.8kbの間に5個の対立遺伝子
が存在し、6例中2例で異型接合性を示した。RsaI
においては1.5kbから1.3kbの間に3個の対立
遺伝子が存在し、6例中1例で異型接合性を示した。T
aqIにおいては1.8kbから1.3kbの間に5個
の対立遺伝子が存在し、6例中3例で異型接合性を示し
た。PstIにおいては、1.5kbから1.1kbの
間に7個の対立遺伝子が存在し、6例中6例で異型接合
性を示した。
【0036】cCI6−107をプローブとしてハイブ
リダイズした時の結果を図7に示した。MspIにおい
ては、10kbから4.0kbの間に6個の対立遺伝子
が存在し、6例中4例で異型接合性を示した。RsaI
においては7.0kbから5.5kbの間に4個の対立
遺伝子が存在し、6例中2例で異型接合性を示した。
リダイズした時の結果を図7に示した。MspIにおい
ては、10kbから4.0kbの間に6個の対立遺伝子
が存在し、6例中4例で異型接合性を示した。RsaI
においては7.0kbから5.5kbの間に4個の対立
遺伝子が存在し、6例中2例で異型接合性を示した。
【0037】cCI6−111をプローブとしてハイブ
リダイズした時の結果を図8に示した。MspIにおい
ては4.4kbから1.8kbの間に9個の対立遺伝子
が存在し、6例中4例で異型接合性を示した。RsaI
においては5.5kb1.7kbの間に11個の対立遺
伝子が存在し、6例中6例で異型接合性を示した。Ta
qIにおいては8.5kbから2.6kbの間に12個
の対立遺伝子が存在し、6例中6例で異型接合性を示し
た。BglIIにおいては10kbから2.1kbの間に
12個の対立遺伝子が存在し、6例中6例で異型接合性
を示した。PstIにおいては、5.2kbから0.5
kbの間に11個の対立遺伝子が存在し、6例中6例で
異型接合性を示した。PvuIIにおいては、10kbか
ら2.3kbの間に10個の対立遺伝子が存在し、6例
中6例で異型接合性を示した。
リダイズした時の結果を図8に示した。MspIにおい
ては4.4kbから1.8kbの間に9個の対立遺伝子
が存在し、6例中4例で異型接合性を示した。RsaI
においては5.5kb1.7kbの間に11個の対立遺
伝子が存在し、6例中6例で異型接合性を示した。Ta
qIにおいては8.5kbから2.6kbの間に12個
の対立遺伝子が存在し、6例中6例で異型接合性を示し
た。BglIIにおいては10kbから2.1kbの間に
12個の対立遺伝子が存在し、6例中6例で異型接合性
を示した。PstIにおいては、5.2kbから0.5
kbの間に11個の対立遺伝子が存在し、6例中6例で
異型接合性を示した。PvuIIにおいては、10kbか
ら2.3kbの間に10個の対立遺伝子が存在し、6例
中6例で異型接合性を示した。
【0038】cCI6−7については、シーケンシング
を行ない、繰り返し領域の塩基配列を決定した(図
9)。繰り返し領域の共通配列は下記に示した。
を行ない、繰り返し領域の塩基配列を決定した(図
9)。繰り返し領域の共通配列は下記に示した。
【化1】
【0039】cCI6−24についてはシーケンシング
を行ない、繰り返し領域の塩基配列を決定した(図1
0)。繰り返し領域の共通配列は下記に示した。
を行ない、繰り返し領域の塩基配列を決定した(図1
0)。繰り返し領域の共通配列は下記に示した。
【化2】
【0040】cCI6−49については、シーケンシン
グを行ない、繰り返し領域の塩基配列を決定した(図1
1)。繰り返し領域の共通配列は下記に示した。
グを行ない、繰り返し領域の塩基配列を決定した(図1
1)。繰り返し領域の共通配列は下記に示した。
【化3】
【0041】cCI6−111についてはシーケンシン
グを行ない、繰り返し領域の塩基配列を決定した(図1
2)。繰り返し領域の共通配列は下記に示した。
グを行ない、繰り返し領域の塩基配列を決定した(図1
2)。繰り返し領域の共通配列は下記に示した。
【化4】
【図1】cCI6−7をプローブとしてハイブリダイズ
した時の結果を示すオートラジオグラムの模式図。
した時の結果を示すオートラジオグラムの模式図。
【図2】cCI6−13をプローブとしてハイブリダイ
ズした時の結果を示すオートラジオグラムの模式図。
ズした時の結果を示すオートラジオグラムの模式図。
【図3】cCI6−24をプローブとしてハイブリダイ
ズした時の結果を示すオートラジオグラムの模式図。
ズした時の結果を示すオートラジオグラムの模式図。
【図4】cCI6−49をプローブとしてハイブリダイ
ズした時の結果を示すオートラジオグラムの模式図。
ズした時の結果を示すオートラジオグラムの模式図。
【図5】cCI6−78をプローブとしてハイブリダイ
ズした時の結果を示すオートラジオグラムの模式図。
ズした時の結果を示すオートラジオグラムの模式図。
【図6】cCI6−91をプローブとしてハイブリダイ
ズした時の結果を示すオートラジオグラムの模式図。
ズした時の結果を示すオートラジオグラムの模式図。
【図7】cCI6−91をプローブとしてハイブリダイ
ズした時の結果を示すオートラジオグラムの模式図。
ズした時の結果を示すオートラジオグラムの模式図。
【図8】cCI6−107をプローブとしてハイブリダ
イズした時の結果を示すオートラジオグラムの模式図。
イズした時の結果を示すオートラジオグラムの模式図。
【図9】cCI6−7の繰り返し領域の塩基配列を示す
図。
図。
【図10】cCI6−24の繰り返し領域の塩基配列を
示す図。
示す図。
【図11】cCI6−49の繰り返し領域の塩基配列を
示す図。
示す図。
【図12】cCI6−111の繰り返し領域の塩基配列
を示す図。
を示す図。
Claims (9)
- 【請求項1】 ヒト6番染色体のp21.3の位置に存
在し、PstI及びPvuIIにより制限断片長多型を示
し、PstIにおいて3.5kbから2.8kbの間に
少なくとも7個の対立遺伝子が存在し、PvuIIにおい
て1.8kbから1.2kbの間に少なくとも6個の対
立遺伝子が存在するヒトVNTR配列。 - 【請求項2】 ヒト6番染色体のq27の位置に存在し
MspI、TaqI、PstI、PvuIIにより制限断
片長多型を示し、MspIにおいて1.4kbから0.
6kbの間に少なくとも7個の対立遺伝子が存在し、T
aqIにおいて2.3kbから2.1kbの間に少なく
とも6個の対立遺伝子が存在し、PstIにおいて2.
3kbから2.1kbの間に少なくとも7個の対立遺伝
子が存在し、PvuIIにおいて2.0kbから1.3k
bの間に少なくとも8個の対立遺伝子が存在するヒトV
NTR配列。 - 【請求項3】 ヒト6番染色体のq27の位置に存在
し、TaqI、RsaI、PstI、PvuIIにより制
限断片長多型を示し、TaqIにおいて2.1kbから
1.6kbの間に少なくとも3個の対立遺伝子が存在
し、RsaIにおいて3.1kbから2.4kbの間に
少なくとも4個の対立遺伝子が存在し、PstIにおい
て2.3kbから2.1kbの間に少なくとも3個の対
立遺伝子が存在し、PvuIIにおいて1.5kbから
0.8kbの間に少なくとも3個の対立遺伝子が存在す
るヒトVNTR配列。 - 【請求項4】 ヒト6番染色体のq27の位置に存在
し、MspI、RsaI、TaqI、BglII、Pst
I、PvuIIにより制限断片長多型を示し、MspIに
おいて4.4kbから2.6kbの間に少なくとも6個
の対立遺伝子が存在し、RsaIにおいて5.2kbか
ら3.0kbの間に少なくとも6個の対立遺伝子が存在
し、TaqIにおいて5.0kbから3.0kbの間に
少なくとも7個の対立遺伝子が存在し、BglIIにおい
て10kbから3.0kbの間に少なくとも4個の対立
遺伝子が存在し、PstIにおいて6.0kbから3.
0kbの間に少なくとも8個の対立遺伝子が存在し、P
vuIIにおいて5.0kbから3.3kbの間に少なく
とも5個の対立遺伝子が存在するヒトVNTR配列。 - 【請求項5】 ヒト6番染色体のq27の位置に存在
し、MspI、RsaI、TaqI、PstIにより制
限断片長多型を示し、MspIにおいて4.2kbから
2.3kbの間に少くとも6個の対立遺伝子が存在し、
RsaIにおいて3.0kbから2.2kbの間に少く
とも4個の対立遺伝子が存在しTaqIにおいて10k
bから6.0kbの間に少くとも5個の対立遺伝子が存
在し、PstIにおいて6.0kbから4.3kbの間
に少くとも6個の対立遺伝子が存在するヒトVNTR配
列。 - 【請求項6】 ヒト6番染色体のq26の位置に存在
し、MspI、RsaI、TaqI、PstIにより制
限断片長多型を示し、MspIにおいて2.5kbから
1.8kbの間に少くとも5個の対立遺伝子が存在し、
RsaIにおいて1.5kbから1.3kbの間に少く
とも3個の対立遺伝子が存在し、TaqIにおいて1.
8kbから1.3kbの間に少くとも5個の対立遺伝子
が存在し、PstIにおいて1.5kbから1.1kb
の間に少くとも7個の対立遺伝子が存在するヒトVNT
R配列。 - 【請求項7】 ヒト6番染色体のq27の位置に存在
し、MspI、RsaIにおいて制限断片長多型を示
し、MspIにおいて10kbから4.0kbの間に少
くとも6個の対立遺伝子が存在し、RsaIにおいて
7.0kbから5.5kbの間に少くとも4個の対立遺
伝子が存在するヒトVNTR配列。 - 【請求項8】 ヒト6番染色体のq27の位置に存在
し、MspI、RsaI、TaqI、BglII、Pst
I、PvuIIにより制限断片長多型を示し、MspIに
より4.4kbから1.8kbの間に少くとも9個の対
立遺伝子が存在し、RsaIにおいて5.5kbから
1.7kbの間に少くとも11個の対立遺伝子が存在
し、TaqIにおいて8.5kbから2.6kbの間に
少くとも12個の対立遺伝子が存在し、BglIIにおい
て10kbから2.1kbの間に少なくとも12個の対
立遺伝子が存在し、PstIにおいて5.2kbから
0.5kbの間に少くとも11個の対立遺伝子が存在
し、PvuIIにおいて10kbから2.3kbの間に少
くとも10個の対立遺伝子が存在するヒトVNTR配
列。 - 【請求項9】 請求項1ないし8に記載のヒトVNTR
配列を有するプローブ。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP35948291A JP2534597B2 (ja) | 1991-12-27 | 1991-12-27 | プロ―ブ |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP35948291A JP2534597B2 (ja) | 1991-12-27 | 1991-12-27 | プロ―ブ |
Related Child Applications (4)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP7189877A Division JPH089998A (ja) | 1995-07-03 | 1995-07-03 | プローブ |
JP7337988A Division JP2810888B2 (ja) | 1995-12-01 | 1995-12-01 | プローブ |
JP7337729A Division JP2810886B2 (ja) | 1995-12-01 | 1995-12-01 | プローブ |
JP7337731A Division JP2810887B2 (ja) | 1995-12-01 | 1995-12-01 | プローブ |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JPH05276949A true JPH05276949A (ja) | 1993-10-26 |
JP2534597B2 JP2534597B2 (ja) | 1996-09-18 |
Family
ID=18464730
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP35948291A Expired - Fee Related JP2534597B2 (ja) | 1991-12-27 | 1991-12-27 | プロ―ブ |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
JP (1) | JP2534597B2 (ja) |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US8597877B2 (en) | 1998-12-08 | 2013-12-03 | Seattle Children's Hospital | Polymorphic loci that differentiate Escherichia coli O157:H7 from other strains |
-
1991
- 1991-12-27 JP JP35948291A patent/JP2534597B2/ja not_active Expired - Fee Related
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US8597877B2 (en) | 1998-12-08 | 2013-12-03 | Seattle Children's Hospital | Polymorphic loci that differentiate Escherichia coli O157:H7 from other strains |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
JP2534597B2 (ja) | 1996-09-18 |
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