JPH05252959A - リグニンパーオキシダーゼ遺伝子 - Google Patents

リグニンパーオキシダーゼ遺伝子

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JPH05252959A
JPH05252959A JP5364792A JP5364792A JPH05252959A JP H05252959 A JPH05252959 A JP H05252959A JP 5364792 A JP5364792 A JP 5364792A JP 5364792 A JP5364792 A JP 5364792A JP H05252959 A JPH05252959 A JP H05252959A
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JP
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ala
lpo
gene
leu
pro
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JP5364792A
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Akira Tsukamoto
塚本  晃
Yuki Kawai
由紀 河合
Yukio Kita
幸雄 喜多
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New Oji Paper Co Ltd
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New Oji Paper Co Ltd
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  • Enzymes And Modification Thereof (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)

Abstract

(57)【要約】 【目的】 リグニンパーオキシダーゼ遺伝子を提供す
る。 【構成】 アラゲカワラタケのcDNAライブラリーよ
りリグニンパーオキシダーゼ遺伝子をクローニングし、
その塩基配列を決定した。本DNA断片は全く新規なも
のであった。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】
【産業上の利用分野】本発明は、リグニンパーオキシダ
ーゼ(以下LPOと略す)遺伝子、それを含む組換えプ
ラスミド及び当該組換えプラスミドを含む形質転換体に
関する。LPOはリグニンに作用して、これを低分子化
または分解する機能を有するため、木材等のリグノセル
ロース材料を原料とする紙パルプ製造において種々の工
程に利用できる。即ちパルプ化工程、パルプ漂白工程、
排水処理工程等におけるリグニンの低分子化または分解
に利用できる。さらに、いわゆるセルロース系バイオマ
ス利用の分野において、セルロースの糖化の前処理とし
てリグニンを分解することにより、糖化効率を高める目
的にも利用できる。
【0002】
【従来の技術】LPOはリグニンを分解する酵素とし
て、ファネロカエテ・クリソスポリウム(Phaner
ochaete chrysosporium)から最
初に単離精製され、ヘムを補欠分子族として含むこと、
分子量が約42,000であること、酵素作用に過酸化
水素が必要であること、およびリグニンモデル化合物の
4位のフェノール性水酸基がメトキシル基になった化合
物に対して作用することが明らかになっている〔FEBS L
ett.169, 247(1984)」。
【0003】LPOは近年ファネロカエテ・クリソスポ
リウム以外の白色腐朽菌、例えばアラゲカワラタケ(C
oriolus hirsutus)〔特開昭64−2
7468参照〕、ヤケイロタケ(Bjerkander
a adusutus)〔特開平2−303483参
照〕、カワラタケ(Coriolus versico
lor)〔Acta Chem.Scand., B41, 766(1987)参照〕、
コガネシワウロコタケ(Phlebia radiat
a)〔Biochem.J., 254, 877(1988)参照〕等の培養物中
から見い出されているが、LPOの具体的な生産が確認
されている菌株の種類は少なく、また精製された例は上
記の菌株の他に知られていない。
【0004】これらのいずれの菌についてもその培養物
中にいくつかのLPOアイソザイムを見い出すことがで
き、リグニン分解においても多種の酵素が関与している
と考えることができる。ファネロカエテ・クリソスポリ
ウム、カワラタケ、コガネシワウロコタケ及びヤケイロ
タケのいずれの菌株においても、野生株を用いてLPO
を生産せしめる場合、培地中の窒素源濃度を低濃度に抑
えること、培養器中の酸素分圧を高くすることなどの制
約があり、LPOの大量生産は困難であった。
【0005】これまでに、高窒素源濃度下、また大気と
同レベルの酸素分圧下でLPOを生産する変異株の取得
が試みられている〔特開昭64−27469、特開平2
−72875〕が未だ実用化には至っていない。また、
上述のLPO生産菌の中で、その遺伝子が単離されてい
るのはファネロカエテ・クリソスポリウム〔Nature,32
6, 520(1987)〕、カワラタケ〔B.B.R.C., 179, 428(199
1)〕、ヤケイロタケ〔特願平3−59284〕、コガネ
シワウロコタケ〔Gene, 85, 343,(1989)〕の他にはな
く、これらの菌のLPO遺伝子を利用した工業生産も未
だ行なわれていない。
【0006】アラゲカワラタケにおいても上記菌株と同
様に静置培養によりLPOを生産する〔特開昭64−2
7468〕が、その生産量は少なく、実用化するために
さらに生産方法の改善が望まれている。
【0007】
【発明が解決しようとする課題】従って本発明は、LP
Oの実用的な製造のために有用なLPO遺伝子を提供し
ようとするものである。
【0008】
【課題を解決するための手段】本発明者らはLPOを生
産するアラゲカワラタケの菌体から単離したmRNAを
基に作製したcDNAライブラリーより新規なLPO遺
伝子をクローニングすることに成功し、本発明を完成す
るに至った。すなわち本発明は、配列番号2のアミノ酸
配列をコードするDNAからなるリグニンパーオキシダ
ーゼ遺伝子を提供する。その具体例として本発明は配列
番号1の塩基配列を有するリグニンパーオキシダーゼ遺
伝子を提供する。さらに、本発明は、配列番号1を有す
るか、又は配列番号2のアミノ酸配列をコードするリグ
ニンパーオキシダーゼ遺伝子を含む組換えベクターを提
供する。さらに、本発明は、前記組換えベクターを含む
形質転換体を提供する。以下、本発明を詳細に説明す
る。
【0009】構造遺伝子 本発明のLPOの構造遺伝子は、配列番号1における1
番目のTG(Met)から1116番目のTT(P
he)の塩基配列からなる。この塩基配列は372アミ
ノ酸をコードするものであって、N末端から26アミノ
酸のリーダー配列と346アミノ酸のリグニンパーオキ
シダーゼをそれぞれコードするものである。
【0010】推定される成熟タンパク質のN末端アミノ
酸であるバリンから数えて103番目のアスパラギン
は、N−グリコシル化されたアミノ酸残基と考えられ
る。また、パーオキシダーゼに認められるヘム鉄が配位
するプロキシマルヒスチジンが179番目のヒスチジン
であり、過酸化水素の分解に関与するディスタルヒスチ
ジンが48番目のヒスチジンであると考えられ、これら
上流、下流のアミノ酸配列は他のパーオキシダーゼと高
いホモロジーを有していた(表1参照)。
【0011】
【表1】
【0012】本発明のLPO遺伝子はファネロカエテ・
クリソスポリウムのLPO H8遺伝子とは表2に示し
たように種々の点で異なっており、その相同性は塩基配
列において70%、アミノ酸配列において60%であ
り、ファネロカエテ・クリソスポリウムのLPO H8
遺伝子とは全く異なるものである。また、表1からわか
る様に既知のパーオキシダーゼとはアミノ酸配列が異な
り、新規なLPO遺伝子である。
【0013】
【表2】 本発明のLPO遺伝子はアラゲカワラタケのmRNAに
基いて合成したcDNAライブラリーから以下のように
して得ることができる。
【0014】cDNAライブラリーの作製 アラゲカワラタケのLPO遺伝子を含むmRNAからの
cDNAライブラリー作製は以下のようにして行なう。
アラゲカワラタケはいずれの株を用いてもよいが、例え
ばIFO4917株を用いることができる。該菌体のc
DNAライブラリー作製に適した菌体はLPO生産中の
ものであればいずれでも良く、例えば特開平2−303
483に示した方法で培養し、得ることができる。この
ようにして得た菌体を直ちに液体窒素で凍結し、例えば
乳鉢、ワーリングブレンダー等を用いて粉砕し、植物細
胞からRNAを抽出する常法〔Sambrookら著、"Molecul
arCloning A Laboratory Manual/2nd Edition(1989)
〕に従ってRNAを抽出する。
【0015】得られたRNA中のmRNAはオリゴdT
セルロース等のアフィニティカラムを通して濃縮、精製
し、次いでこの一部を使用してcDNAを合成し、適当
なリンカーまたはアダプターを介して、大腸菌のクロー
ニングベクター、例えばλgt10に連結してcDNA
ライブラリーを作製することができる。
【0016】これらの操作は、一般的に知られた方法、
例えば前述の"Molecular Cloning ALaboratory Manual"
によって行なうことができる。また市販のmRNA抽
出キット、cDNA合成キット、cDNAクローニング
キット、ライゲーションキット等のキット類を適宜用い
ることにより簡便に行なうことができる。
【0017】ライブラリーからのLPO遺伝子の単離及
びその塩基配列の決定 精製したアラゲカワラタケのリグニンパーオキシダーゼ
をリシルエンドペプチダーゼ等のタンパク質分解酵素で
処理し、いくつかのペプチド断片のアミノ酸配列を決定
し、そのアミノ酸配列を基にしていくつかの合成DNA
プローブを作成し、これらを〔γ−32P〕ATPで末
端ラベルし、これをプローブとして前述のcDNAライ
ブラリーからプラーク・ハイブリダイゼーションにより
選抜できる。
【0018】また、上記方法で単離したLPO遺伝子の
塩基配列は、Sangerらの方法〔Proc.Natl.Acad.S
ci.USA, 74, 5463,(1977) 〕により決定できる。mRN
AからcDNAを合成し、λgt10で作製したcDN
Aライブラリーから選抜したクローンを大腸菌ベクター
pBluescriptIISK+にサブクローニング
して得た株、大腸菌XL−1 Blue/pBSLPO
C4aは工業技術院微生物工業技術研究所に微工研菌寄
第12681号(FERM P−12681)として寄
託されている。
【0019】組換えDNA、形質転換体 配列番号1の塩基配列で表わされるLPO遺伝子は、適
当なベクター例えばプラスミドベクターに連結し、発現
組換えベクターを得ることができる。この場合ベクター
としては特に限定されるものではなく、λファージ、コ
スミドベクター、pUC、pBluescript等が
適宜用いられる。さらに酵母や枯草菌のベクターも用い
られる。また、上記組換えプラスミドを所望の宿主細胞
に導入して形質転換体が得られる。宿主細胞としては大
腸菌、枯草菌及び酵母が用いられる。
【0020】
【実施例】
以下、実施例により本発明を詳細に説明する。実施例1.cDNAライブラリーの作成 アラゲカワラタケを特開昭64−27468で示す条件
で培養を行ない、集菌、洗浄後、液体窒素で凍結し、ワ
ーリングブレンダーで粉砕した。以下に使用する器具、
試薬類は常法により〔Sambrookら著、"Molecular Cloni
ng A Laboratory Manual/2nd" Edition(1989)〕ジエチ
ルピロカーボネート処理したものを用いた。粉砕した菌
体約5gからアマシャム社製RNA抽出キットを用い、
そのマニュアルに従って全RNAを抽出した。
【0021】2mgの該全RNAからファルマシア社製の
mRNA Purification Kit を用い、そのマニュアルに従っ
てpoly(A)RNA画分を調製した。次に5μgの
poly(A)RNAからアマシャム社製のcDNA合
成キットを用いて、そのマニュアルに従って2本鎖cD
NAを合成した。合成した2本鎖cDNAからアマシャ
ム社製のcDNAクローニングキットを用い、そのマニ
ュアルに従ってλgt10でのcDNAライブラリーを
以下のように作製した。cDNAにEcoRIアダプタ
ーを連結し、ゲル濾過カラムにより未反応のアダプター
を除去し、0.5kb以上のcDNA断片を含む画分を取
り出した。さらに上記cDNA断片画分をキナーゼ処理
後、フェノール、クロロホルム処理、エタノール沈澱に
より回収し、風乾後、10μlのTE溶液に溶解した。
【0022】λgt10アーム1μgとcDNA100
ngとを混合し、T4DNAリガーゼ2.5ユニットを含
む附属のライゲーションバッファー中で16℃16時間
連結反応させた。次に、マニュアルに従ってin vi
troでパッケージを行ない、cDNAライブラリーと
した。上記cDNAライブラリーから組換え体λファー
ジを大腸菌NM514に感染せしめ、LB寒天プレート
上でプラークを形成させた。その結果、5x107 プラ
ーク/μgインサートcDNAの力価を有するcDNA
ライブラリーを得ることができた。
【0023】実施例2.cDNAライブラリーからのL
POcDNA遺伝子の単離 上記cDNAライブラリーからのLPO遺伝子の単離は
常法通り〔Sambrookら著、"Molecular Cloning A Labor
atory Manual/2nd" Edition(1989)〕プラークハイブリ
ダイゼーションにより行なった。直径90mmのシャーレ
に2,000〜3,000のプラークが出現するように
E.coli NM514にファージを感染させ、プラ
ークが0.5mm〜1mm位の大きさの時にナイロンメンブ
ランを2分間プレートにのせてメンブランにプラークを
移した。続いてアマシャム社製のブロッティング・メン
ブランのマニュアルに従って、アルカリ変性液による変
性操作を1回、中和液による中和操作を2回、さらに2
xSSCによる洗浄を行ない風乾後、紫外線照射により
組換え体DNAをメンブラに固定した。
【0024】続いて、一枚のナイロンメンブランあた
り、5mlのプレハイブリダイゼーション溶液(5×SS
C,1×デンハート溶液、1%SDS,100μg/ml
のサケ変性DNA)中で65℃一晩振盪した。プレハイ
ブリダイゼーション終了後、一枚あたり新たに2mlのハ
イブリダイゼーション溶液(5×SSC,1×デンハー
ト溶液、1%SDS,100μg/mlサケ変性DNA)
を加え、さらに1×10 6 cpm/mlとなるように合成DN
Aプローブを添加し、40℃で24時間ハイブリダイゼ
ーションを行なった。
【0025】ハイブリダイゼーション後のメンブランは
常法に従い、1%SDSを含む2×SSC及び0.1×
SSCで時間を変えて数回洗浄し、乾燥後増感紙を用い
たオートラジオグラフィーにより後述する2つの合成D
NAプローブが共通にハイブリダイズする陽性プラーク
をたんりした。上記LPO遺伝子の単離に用いたDNA
プローブは以下の表3に示すにアミノ酸配列の解析に基
づきDNA合成機により作製した。表3に示した合成D
NAを常法通り、T4DNAキナーゼにより[γ−
32P]ATPを用いて端末標識した。
【0026】
【表3】
【0027】陽性プラークから常法に従って、液体培養
によりファージDNAを調製し、制限酵素BamHIで
切断後、1%アガロースゲル電気泳動により分画して
1.3kbp のcDNA断片を得た。該断片を常法に従っ
てStratagene社製のpBluescript II SK
+のBamHIサイトにサブクローニングし、大腸菌X
L−1Blueを形質転換した。
【0028】サブクローニングしたDNAを大量調製
し、超遠心分離法(50,000rpm,16hr,20℃)
で精製して塩基配列を決定した。塩基配列の決定は宝酒
造社製のデリーションキット及びUnited States Bioche
mical 社製のシーケナーゼのキットを用いて行った。結
果は配列番号1に示した通りである。なお、BamHI
で切断後の断片を、Stratagene社製のプラスミドpBl
uescriptIIK+のBamHIサイトに連結
し、大腸菌E.coli XL−1 Blueを形質転
換して得た株E.coli XL−1Blue/pBS
LPOC4aは、工業技術院微生物工業研究所に微工研
菌寄第12681号(FERM P−12681)とし
て寄託されている。
【0029】LPO遺伝子の構造 配列番号1のmRNAに由来する遺伝子と他のアラゲカ
ワラタケから単離されたリグニンパーオキシダーゼ遺伝
子との比較から分泌に関与するリーダー配列の存在が明
らかとなった。配列番号2に示されるアミノ酸配列にお
いて、1番目のメチオニンから始まりアルギニンまでの
26個のアミノ酸配列がリーダー配列であり、成熟蛋白
質としてはアミノ末端のバリンから、カルボキシル末端
のフェニルアラニンまで346個のアミノ酸から成って
いる。
【0030】配列番号2で示される成熟蛋白質の103
番目のアスパラギンはAsn−X−Ser配列からN−
グリコシル化されていると考えられる。また、多くのパ
ーオキシダーゼに共通してみられるヘム鉄が配位するプ
ロキシマルヒスチジンが179番目、過酸化水素の分解
に関与するディスタルヒスチジンが48番目に見られ、
これらの周辺のアミノ酸配列は他のパーオキシダーゼと
比較的高いホモロジーを有していた。しかしながら、既
知のLPO遺伝子の配列とは全く異なっており、新規な
配列であった。
【0031】
【発明の効果】本発明により、新規なLPO遺伝子、そ
の組換えプラスミド及び形質転換体を提供することがで
きた。これにより、遺伝子組換え技術を用いたリグニン
パーオキシダーゼ生産を行なうことができる。
【0032】
【配列表】
配列番号:1 配列の長さ:1239 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:cDNA 起源 生物名:アラゲカワラタケ(Coriolus hirsutus) 株名:IFO4917 配列の特徴 1-1116 P CDS 1-78 P sig peptide 79-1116 P mat peptide
【0033】 配列: ATGGCCTTCG GTAGTCTCCT CACCATCGTC TCCCTCGCTG CGACCCTCAC 50 GGGCACCAAC GCTGCGCTGA CGCGCCGCGT CGCCTGCCCC GACGGCGTCA 100 ACACCGCGAC CAACGCCGCC TGCTGCCAGC TCTTCGCCGT CCGCGAGGAT 150 CTCCAGCAAA ACCTCTTCCA CGGTGGTCTG TGCACCGCTG AGGGGCACGA 200 CTCCCTCCGC CTGACCTTCC ACGACGGTAT CGCCATCTCG CCCGCGCTGG 250 AGGCGCAAGG CAAGTTCGGC GGCGGCGGTG CCGACGGCTC GATTTCGATC 300 TTCCCCGAGA TCGAGACGGC GTTCCACCCC AACATCGGTC TCGACGAGAT 350 CGTTGCTCTC CAGAAGCCCC TCCAGGCACG CCACAACCTC TCGCACGCTG 400 ACTTCCTGCA CTTCGCCGGT GCCATCGCCG CCTCGAACTG CGCGGGTGCC 450 GCCCAGCTCG CCGCCTTCGT CGGCCGCAAG GACGCCACCC AGCCCGCCCC 500 CGACGGCCTT GTCCCCGAGC CGTTCCACAC CCCCGACCAG ATCTTCGACC 550 GCCTCGGACC GCGGTCCCAG GGCGAGTTCG ACCCAATCCT CACCGTCTGG 600 CTCCTGACCG CGCACACCGT CGCGGCGGCC AACGACGTCG ACCCGACCAA 650 GGCCGGCCTT CCCTTCGACT CGACGCCGGA GCTGTGGGAC ACGCAGTTCT 700 TCGTGGAGAC GCAGCTGCGC GGGACCGTGT TCCCCGGCTC GGGCGGGAAC 750 CAGGGCGAGG TGGAGAGCCC GCTCGAGGGG GAGATCCGCC TGCAGAGCGA 800 CCACACGATC GCGCGCGACC CGGGCACGGC GTGCGAGTGG CAGCTGTTCG 850 TGGACAACCA GCCGAAGGCG CAGCAGATGT TCCAGTTCGT GTTCCAGGTG 900 CTCACGACGC TCGGGCAGAA CCAGGACGAC CTCGTCGACT GCACTGAAGT 950 TGTACCCATC CCCCGCCCCG CCCAGGGCCG TACTCACCTC CCCGCCGGCA 1000 TGACCCACAC CGACATCGAG CAGGCGTGCG CCGACACCCC CTTCCCCACC 1050 CTCCCCATCG ACCCCGGTCC GAAGACCGCC GTCGCCCCTG TCGTCCCCCC 1100 TCCGAAGGCC ACTTTCTGAG CACGTGGATT TTGGACTATG GTTAGAGCCT 1150 TATGCCAGCT AGACACGCGC TGTTTTGTTG AGTAAGCTAT CCCTGAACGA 1200 ATCGCATGTT CCTTGAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAA 1239
【0034】配列番号:2 配列の長さ:372 配列の型:アミノ酸 鎖の数:一本鎖 起源 生物名:アラゲカワラタケ(Coriolus hirsutus) 株名:IFO4917 配列の特徴 1-26 P sig peptide 27-372 P mat peptide 配列: Met Ala Phe Gly Ser Leu Leu Thr Ile Val Ser Leu Ala Ala Thr 5 10 15 Leu Thr Gly Thr Asn Ala Ala Leu Thr Arg Arg Val Ala Cys Pro 20 25 30 Asp Gly Val Asn Thr Ala Thr Asn Ala Ala Cys Cys Gln Leu Phe 35 40 45 Ala Val Arg Glu Asp Leu Gln Gln Asn Leu Phe His Gly Gly Leu 50 55 60 Cys Thr Ala Glu Gly His Asp Ser Leu Arg Leu Thr Phe His Asp 65 70 75 Gly Ile Ala Ile Ser Pro Ala Leu Glu Ala Gln Gly Lys Phe Gly 80 85 90 Gly Gly Gly Ala Asp Gly Ser Ile Ser Ile Phe Pro Glu Ile Glu 95 100 105 Thr Ala Phe His Pro Asn Ile Gly Leu Asp Glu Ile Val Ala Leu 110 115 120 Gln Lys Pro Leu Gln Ala Arg His Asn Leu Ser His Ala Asp Phe 125 130 135 Leu His Phe Ala Gly Ala Ile Ala Ala Ser Asn Cys Ala Gly Ala 140 145 150 Ala Gln Leu Ala Ala Phe Val Gly Arg Lys Asp Ala Thr Gln Pro 155 160 165 Ala Pro Asp Gly Leu Val Pro Glu Pro Phe His Thr Pro Asp Gln 170 175 180 Ile Phe Asp Arg Leu Gly Pro Arg Ser Gln Gly Glu Phe Asp Pro 185 190 195 Ile Leu Thr Val Trp Leu Leu Thr Ala His Thr Val Ala Ala Ala 200 205 210 Asn Asp Val Asp Pro Thr Lys Ala Gly Leu Pro Phe Asp Ser Thr 215 220 225 Pro Glu Leu Trp Asp Thr Gln Phe Phe Val Glu Thr Gln Leu Arg 230 235 240 Gly Thr Val Phe Pro Gly Ser Gly Gly Asn Gln Gly Glu Val Glu 245 250 255 Ser Pro Leu Glu Gly Glu Ile Arg Leu Gln Ser Asp His Thr Ile 260 265 270 Ala Arg Asp Pro Gly Thr Ala Cys Glu Trp Gln Leu Phe Val Asp 275 280 285 Asn Gln Pro Lys Ala Gln Gln Met Phe Gln Phe Val Phe Gln Val 290 295 300 Leu Thr Thr Leu Gly Gln Asn Gln Asp Asp Leu Val Asp Cys Thr 305 310 315 Glu Val Val Pro Ile Pro Arg Pro Ala Gln Gly Arg Thr His Leu 320 325 330 Pro Ala Gly Met Thr His Thr Asp Ile Glu Gln Ala Cys Ala Asp 335 340 345 Thr Pro Phe Pro Thr Leu Pro Ile Asp Pro Gly Pro Lys Thr Ala 350 355 360 Val Ala Pro Val Val Pro Pro Pro Lys Ala Thr Phe 365 370
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.5 識別記号 庁内整理番号 FI 技術表示箇所 (C12N 15/53 C12R 1:645) (C12N 1/21 C12R 1:19)

Claims (4)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 配列番号2で表わされるアミノ酸配列を
    コードするDNAからなるリグニンパーオキシダーゼ遺
    伝子。
  2. 【請求項2】 配列番号1の塩基配列で表わされるリグ
    ニンパーオキシダーゼ遺伝子。
  3. 【請求項3】 請求項1または2に定義するリグニンパ
    ーオキシダーゼ遺伝子を含む組換えプラスミド。
  4. 【請求項4】 請求項3記載の組換えプラスミドを含む
    形質転換体。
JP5364792A 1992-03-12 1992-03-12 リグニンパーオキシダーゼ遺伝子 Pending JPH05252959A (ja)

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