JPH04262784A - C型肝炎ウイルスのcDNA配列および検出方法 - Google Patents
C型肝炎ウイルスのcDNA配列および検出方法Info
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- JPH04262784A JPH04262784A JP4285591A JP4285591A JPH04262784A JP H04262784 A JPH04262784 A JP H04262784A JP 4285591 A JP4285591 A JP 4285591A JP 4285591 A JP4285591 A JP 4285591A JP H04262784 A JPH04262784 A JP H04262784A
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- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるた
め要約のデータは記録されません。
め要約のデータは記録されません。
Description
【0001】
【産業上の利用分野】本発明は、配列番号:1に示され
るC型肝炎ウィルスのcDNA配列を有するDNA配列
に関するものである。本発明のDNA配列は、C型肝炎
ウィルスのRNA診断に用い るプローブやプライマー
の設定・合成に有用である。さらに、このDNA配列は
、C型肝炎の免疫診断に用いられるペプチドの遺伝子工
学的製造に有用である。さらにまた、このDNA配列を
用いて遺伝子工学的に製造されたペプチドは、C型肝炎
の免疫診断に用いられる抗体の製造に有用である。
るC型肝炎ウィルスのcDNA配列を有するDNA配列
に関するものである。本発明のDNA配列は、C型肝炎
ウィルスのRNA診断に用い るプローブやプライマー
の設定・合成に有用である。さらに、このDNA配列は
、C型肝炎の免疫診断に用いられるペプチドの遺伝子工
学的製造に有用である。さらにまた、このDNA配列を
用いて遺伝子工学的に製造されたペプチドは、C型肝炎
の免疫診断に用いられる抗体の製造に有用である。
【0002】本発明はさらに、配列番号:6に示される
DNA配列のうち少なくとも連続した15塩基を含む1
5〜40塩基からなるプライマーおよび配列番号:7に
示されるDNA配列のうち少なくとも連続した15塩基
を含む15〜40塩基からなるプライマーを用いること
を特徴とするPCR法に基づくC型肝炎ウィルスの検出
方法を提供する。
DNA配列のうち少なくとも連続した15塩基を含む1
5〜40塩基からなるプライマーおよび配列番号:7に
示されるDNA配列のうち少なくとも連続した15塩基
を含む15〜40塩基からなるプライマーを用いること
を特徴とするPCR法に基づくC型肝炎ウィルスの検出
方法を提供する。
【0003】
【従来の技術】A型肝炎は、直径27nmのRNAウィ
ルスによる予後良好な急性伝染病で、ウィルスは肝実質
細胞および星細胞に存在し、糞便内に排泄されるため、
経口により伝播される。ウィルスが血中に出現する期間
は極めて短いため、血液を介しての伝染はない。他の肝
炎ウィルスによる急性肝炎に比べ、38℃以上の発熱を
伴って発症することが多く、大多数は約40日で肝機能
が正常化するが、稀に、劇症肝炎となることもある。
ルスによる予後良好な急性伝染病で、ウィルスは肝実質
細胞および星細胞に存在し、糞便内に排泄されるため、
経口により伝播される。ウィルスが血中に出現する期間
は極めて短いため、血液を介しての伝染はない。他の肝
炎ウィルスによる急性肝炎に比べ、38℃以上の発熱を
伴って発症することが多く、大多数は約40日で肝機能
が正常化するが、稀に、劇症肝炎となることもある。
【0004】B型肝炎は、B型肝炎ウィルスの感染によ
るものであり、このウィルスはDNAウ ィルスで二重
構造を有し、外被にHBs抗原、芯にHBc抗原、さら
にその内部にHBe 抗原が存在する。B型肝炎には一
過性感染と持続感染がある。一過性感染は、B型肝炎ウ
ィルス感染後1〜6ケ月の潜伏期を経てから消化器系症
状を主とする肝炎症状と共に血清GOT、GPTの上昇
と黄疸が現れる。ほとんどの例では発症後3ケ月以 内
に肝機能は正常化するが、劇症肝炎となり速やかな経過
で死亡する例もある。持続感染には、B型肝炎ウィルス
の初感染から持続感染に移行する例と、無症侯 性キャ
リアの急性発症例がある。この場合は定型的な急性肝炎
を発症する例は少なく、大部分が潜行性に発症して、慢
性肝炎あるいは肝硬変で初めて発見されることが多い。
るものであり、このウィルスはDNAウ ィルスで二重
構造を有し、外被にHBs抗原、芯にHBc抗原、さら
にその内部にHBe 抗原が存在する。B型肝炎には一
過性感染と持続感染がある。一過性感染は、B型肝炎ウ
ィルス感染後1〜6ケ月の潜伏期を経てから消化器系症
状を主とする肝炎症状と共に血清GOT、GPTの上昇
と黄疸が現れる。ほとんどの例では発症後3ケ月以 内
に肝機能は正常化するが、劇症肝炎となり速やかな経過
で死亡する例もある。持続感染には、B型肝炎ウィルス
の初感染から持続感染に移行する例と、無症侯 性キャ
リアの急性発症例がある。この場合は定型的な急性肝炎
を発症する例は少なく、大部分が潜行性に発症して、慢
性肝炎あるいは肝硬変で初めて発見されることが多い。
【0005】非A非B型肝炎は、ウィルスが原因と考え
られる輸血後肝炎、散発性の急性肝炎のうち、A型なら
びにB型肝炎を除外した肝炎であり、未知のウィルスに
よる肝炎とされていた。日本では輸血後肝炎が13〜2
0%の確率で発症しており、その90%以上が非A非B
型肝炎である。しかも慢性化する傾向はB型に比べて強
い。症状は、A型ならびにB型肝炎に比べ無黄疸、自覚
症状を欠く例が多い(免疫学用語辞典第二版、最新医学
社)。
られる輸血後肝炎、散発性の急性肝炎のうち、A型なら
びにB型肝炎を除外した肝炎であり、未知のウィルスに
よる肝炎とされていた。日本では輸血後肝炎が13〜2
0%の確率で発症しており、その90%以上が非A非B
型肝炎である。しかも慢性化する傾向はB型に比べて強
い。症状は、A型ならびにB型肝炎に比べ無黄疸、自覚
症状を欠く例が多い(免疫学用語辞典第二版、最新医学
社)。
【0006】上記のとおり、非A非B型肝炎は未知のウ
ィルスによる肝炎とされていたが、最近Houghto
nらは、非A非B型肝炎患者の感染組織および血清から
得られたcDNAライブラリー由来の発現産物をスクリ
ーニングすることにより、非A非B型肝炎ウィルスゲノ
ムの一部のcDNAの単離に成功し、C型肝炎ウィルス
(HCV)と命名した(欧州 公開特許0 318 2
16)。さらに、Kuboらは、上記HCVとは異なる
HCVゲノムの一部のcDNAの単離に成功した(Nu
cleic Acids Research, 24(
1989) 10367−10372)。
ィルスによる肝炎とされていたが、最近Houghto
nらは、非A非B型肝炎患者の感染組織および血清から
得られたcDNAライブラリー由来の発現産物をスクリ
ーニングすることにより、非A非B型肝炎ウィルスゲノ
ムの一部のcDNAの単離に成功し、C型肝炎ウィルス
(HCV)と命名した(欧州 公開特許0 318 2
16)。さらに、Kuboらは、上記HCVとは異なる
HCVゲノムの一部のcDNAの単離に成功した(Nu
cleic Acids Research, 24(
1989) 10367−10372)。
【0007】
【発明が解決しようとする課題】上記のように、HCV
は単一のウィルスではなく、数多くの亜型(subty
pe)が存在することが示唆されており、地域により異
なる亜型が存在することが示唆されている。従って、C
型肝炎の正確な診断、予防・治療およびその解明のため
には、 さらなる亜型のHCVの単離が必要となる。ま
た、そのような亜型を検出可能な検 出方法が必要とな
る。
は単一のウィルスではなく、数多くの亜型(subty
pe)が存在することが示唆されており、地域により異
なる亜型が存在することが示唆されている。従って、C
型肝炎の正確な診断、予防・治療およびその解明のため
には、 さらなる亜型のHCVの単離が必要となる。ま
た、そのような亜型を検出可能な検 出方法が必要とな
る。
【0008】
【課題を解決するための手段】本発明の目的は、公知の
HCVとは異なる亜型HCVのcDNAを提供すること
にある。本発明のDNA配列は、配列番号:1に示され
るHCVのcDNA配列を含むものであり、詳細には、
配列番号:1に示されるDNA配列からなるものである
。本発明のDNA配列は、HCVのRNA診断に用いる
プローブやプライマーの設定・合成に有用であり、さら
に、C型肝炎の免疫診断に用いられるペプチドの遺伝子
工学的製造に有用で ある。さらにまた、このDNAを
用いて遺伝子工学的に製造されたペプチドは、C型肝炎
の免疫診断に用いられる抗体の製造に有用である。本発
明のDNA配列は、公 知のHCVのcDNAとは異な
るため、公知のHCVのcDNAを用いては検出され得
ないC型 肝炎の診断に特に有用である。さらには、本
発明のDNA配列と公知のcDNAとを比 較すること
により、より共通性の高いプライマーやプローブを作成
すればより広範なC型肝炎のRNA診断が可能になる。
HCVとは異なる亜型HCVのcDNAを提供すること
にある。本発明のDNA配列は、配列番号:1に示され
るHCVのcDNA配列を含むものであり、詳細には、
配列番号:1に示されるDNA配列からなるものである
。本発明のDNA配列は、HCVのRNA診断に用いる
プローブやプライマーの設定・合成に有用であり、さら
に、C型肝炎の免疫診断に用いられるペプチドの遺伝子
工学的製造に有用で ある。さらにまた、このDNAを
用いて遺伝子工学的に製造されたペプチドは、C型肝炎
の免疫診断に用いられる抗体の製造に有用である。本発
明のDNA配列は、公 知のHCVのcDNAとは異な
るため、公知のHCVのcDNAを用いては検出され得
ないC型 肝炎の診断に特に有用である。さらには、本
発明のDNA配列と公知のcDNAとを比 較すること
により、より共通性の高いプライマーやプローブを作成
すればより広範なC型肝炎のRNA診断が可能になる。
【0009】本発明のHCVのcDNAは以下の方法に
従い単離される。 (1)RNA抽出 肝癌患者の切除肝の正常組織をGIT緩衝液などの適当
な緩衝液中でホモジナイ ズした後超遠心し、得られた
ペレットをTE緩衝液などの適当な緩衝液に溶解し、フ
ェノール抽出/エタノール沈殿によりRNAを抽出する
。
従い単離される。 (1)RNA抽出 肝癌患者の切除肝の正常組織をGIT緩衝液などの適当
な緩衝液中でホモジナイ ズした後超遠心し、得られた
ペレットをTE緩衝液などの適当な緩衝液に溶解し、フ
ェノール抽出/エタノール沈殿によりRNAを抽出する
。
【0010】(2)逆転写
(1)で得られたRNAと、公知のHCVのcDNA配
列を基に合成されたアンチセンスプ ライマーとを、市
販の逆転写酵素と反応させ、逆転写を行なう。
列を基に合成されたアンチセンスプ ライマーとを、市
販の逆転写酵素と反応させ、逆転写を行なう。
【0011】(3)ポリメラーゼ・チェイン・リアクシ
ョン(PCR) (2)で得られた反応溶液に、公知のHCVのcDNA
配列を基に合成されたセンスプライマーと、Taq D
NA ポリメラーゼを加え、常法に従いポリメラーゼ・
チェイン・リアクション反応を行なう。
ョン(PCR) (2)で得られた反応溶液に、公知のHCVのcDNA
配列を基に合成されたセンスプライマーと、Taq D
NA ポリメラーゼを加え、常法に従いポリメラーゼ・
チェイン・リアクション反応を行なう。
【0012】(4)Second PCR(3)で用い
たプライマーとは別のセンス・アンチセンスプライマー
を用いて、(3)で得られたPCR産物をさらに2度目
のPCRにかける。
たプライマーとは別のセンス・アンチセンスプライマー
を用いて、(3)で得られたPCR産物をさらに2度目
のPCRにかける。
【0013】(5)電気泳動
2度目のPCR反応液をポリアクリルアミドゲルなどを
用いて電気泳動し、もちいたプライマーから推定される
鎖長を有するバンドを切りだし、目的の鎖長を有するD
NAを得る。
用いて電気泳動し、もちいたプライマーから推定される
鎖長を有するバンドを切りだし、目的の鎖長を有するD
NAを得る。
【0014】(6)クローニング
(5)で得られたDNAは、好ましくは5’末端をリン
酸化した後、適当な選択マー カーを有する市販のプラ
スミドに挿入し、得られたプラスミドを大腸菌などの適
切な宿主に導入する。形質転換体の有するプラスミドの
挿入DNAの鎖長を調べ、 目的の鎖長の挿入DNAを
有するクローンを陽性とする。
酸化した後、適当な選択マー カーを有する市販のプラ
スミドに挿入し、得られたプラスミドを大腸菌などの適
切な宿主に導入する。形質転換体の有するプラスミドの
挿入DNAの鎖長を調べ、 目的の鎖長の挿入DNAを
有するクローンを陽性とする。
【0015】(7) シーケンシング
陽性クローンの挿入DNAの塩基配列は、通常のジデオ
キシ鎖終止法により決定 する。本発明のcDNA塩基
配列を配列表の配列番号:1に示す。
キシ鎖終止法により決定 する。本発明のcDNA塩基
配列を配列表の配列番号:1に示す。
【0016】本発明はさらに、配列番号:6に示される
DNA配列のうち少なくとも連続した15塩基を含む1
5〜40塩基からなるプライマーおよび配列番号:7に
示されるDNA配列のうち少なくとも連続した15〜4
0塩基からなるプライマーを用いることを特徴とするP
CR法に基づくC型肝炎ウィルスの検出方法を提供する
。配列番号:6に示されるDNA配列は、配列番号:1
に示されるDNA配列の309〜328に対応するアン
チセンス配列であり、配列番号:7に示されるDNA配
列は、配列番号:1に示され るDNA配列の9〜28
に対応するセンス配列である。
DNA配列のうち少なくとも連続した15塩基を含む1
5〜40塩基からなるプライマーおよび配列番号:7に
示されるDNA配列のうち少なくとも連続した15〜4
0塩基からなるプライマーを用いることを特徴とするP
CR法に基づくC型肝炎ウィルスの検出方法を提供する
。配列番号:6に示されるDNA配列は、配列番号:1
に示されるDNA配列の309〜328に対応するアン
チセンス配列であり、配列番号:7に示されるDNA配
列は、配列番号:1に示され るDNA配列の9〜28
に対応するセンス配列である。
【0017】本発明のC型肝炎ウィルスの検出方法に用
いるプライマーは、配列番号:6お よび配列番号:7
に記載のDNA配列だけでなく、そのうち少なくとも連
続した15 塩基を含む15〜40塩基からなるものを
用いることができる。15〜40塩基とは、PCR法に
おけるプライマーとして用いられる通常の鎖長である。 また、配列番号: 6および配列番号:7に記載のDN
A配列に相補的なプライマーの組合わせも可能 である
。このようなプライマーのデザインおよび調製は、配列
番号:1に記載のDNA配列をPCR法により特異的に
検出し得るように、配列番号:1に記載のDNA配 列
に基づいて適宜行なうことができる。
いるプライマーは、配列番号:6お よび配列番号:7
に記載のDNA配列だけでなく、そのうち少なくとも連
続した15 塩基を含む15〜40塩基からなるものを
用いることができる。15〜40塩基とは、PCR法に
おけるプライマーとして用いられる通常の鎖長である。 また、配列番号: 6および配列番号:7に記載のDN
A配列に相補的なプライマーの組合わせも可能 である
。このようなプライマーのデザインおよび調製は、配列
番号:1に記載のDNA配列をPCR法により特異的に
検出し得るように、配列番号:1に記載のDNA配 列
に基づいて適宜行なうことができる。
【0018】本発明で用いるPCR法は、C型肝炎ウィ
ルスがRNAウィルスであるため、PCRを行なう前に
逆転写を行なう、RT−PCR(reverse tr
anscription−polymerase ch
ain reaction)法が好ましい。
ルスがRNAウィルスであるため、PCRを行なう前に
逆転写を行なう、RT−PCR(reverse tr
anscription−polymerase ch
ain reaction)法が好ましい。
【0019】PCR産物の検出は、ゲルを用いて電気泳
動した後、配列番号:1に対応するプ ローブ、例えば
配列番号:8に記載の配列を有するプローブを用いてサ
ザンブロットハイブリダイゼーションすることにより検
出することができる。配列番号:8に示されるDNA配
列は、配列番号:1に示されるDNA配列の83〜10
6に対応する 配列である。また、サザンブロットハイ
ブリダイゼーションの代わりに、PCR産 物をさらに
2度目のPCRにかける2重PCR法を行ない、その産
物をエチジウムブロミドを含むゲルを用いて電気泳動し
、紫外線下で検出してもよい。
動した後、配列番号:1に対応するプ ローブ、例えば
配列番号:8に記載の配列を有するプローブを用いてサ
ザンブロットハイブリダイゼーションすることにより検
出することができる。配列番号:8に示されるDNA配
列は、配列番号:1に示されるDNA配列の83〜10
6に対応する 配列である。また、サザンブロットハイ
ブリダイゼーションの代わりに、PCR産 物をさらに
2度目のPCRにかける2重PCR法を行ない、その産
物をエチジウムブロミドを含むゲルを用いて電気泳動し
、紫外線下で検出してもよい。
【0020】以下、実施例により本発明をさらに詳細に
説明するが、この実施例は本発明を限定するものではな
い。
説明するが、この実施例は本発明を限定するものではな
い。
【0021】
【実施例】1.C型肝炎ウィルスのcDNA配列の決定
(1)RNA抽出 単一患者(肝癌患者)の切除肝の正常組織1gをGIT
緩衝液(4.0M グアニジウム ・チオシアネート、
0.1M トリス−塩酸(pH 7.5)、1% β−
メルカプトエタノー ル)40mlに加え、ブレンダー
(KINEMATIC社製)を用いて最高速で約30秒
間ホモジナイズした。このホモジネート液に10% N
−ラウロイルサルコシンナトリウム塩溶液を最終濃度が
0.5%になるように加えた。
(1)RNA抽出 単一患者(肝癌患者)の切除肝の正常組織1gをGIT
緩衝液(4.0M グアニジウム ・チオシアネート、
0.1M トリス−塩酸(pH 7.5)、1% β−
メルカプトエタノー ル)40mlに加え、ブレンダー
(KINEMATIC社製)を用いて最高速で約30秒
間ホモジナイズした。このホモジネート液に10% N
−ラウロイルサルコシンナトリウム塩溶液を最終濃度が
0.5%になるように加えた。
【0022】この0.5%ホモジネート溶液20mlを
、5.7M CsCl−0.01M EDTA(pH
8.0)20mlにゆっくりと重層し、HITACHI
SRP−28SAローターを用いて、24000rp
m、15℃で24時間超遠心した。得られたペレットを
ジエチルピロカーボネート処理TE緩衝液(100mM
トリス−塩酸(pH 7.8),1mM EDTA)
に溶解し、フェノール/クロロホルム/イソアミルアル
コール(24:24:1)で抽出した後、エタノール沈
殿させた。
、5.7M CsCl−0.01M EDTA(pH
8.0)20mlにゆっくりと重層し、HITACHI
SRP−28SAローターを用いて、24000rp
m、15℃で24時間超遠心した。得られたペレットを
ジエチルピロカーボネート処理TE緩衝液(100mM
トリス−塩酸(pH 7.8),1mM EDTA)
に溶解し、フェノール/クロロホルム/イソアミルアル
コール(24:24:1)で抽出した後、エタノール沈
殿させた。
【0023】得られた沈殿をジエチルピロカーボネート
処理TE緩衝液300μlに溶解し、核酸濃度を測定し
たところ、RNA濃度は2.8μg/μl TE緩衝液
となっていた。
処理TE緩衝液300μlに溶解し、核酸濃度を測定し
たところ、RNA濃度は2.8μg/μl TE緩衝液
となっていた。
【0024】(2)逆転写
上記工程(1)で得られた全RNA(2.8μg/μl
)1μlを以下の組成の反応溶液と 混合した。
)1μlを以下の組成の反応溶液と 混合した。
【0025】
10×reaction buffer*
2μl滅菌蒸留水
12μlアンチセンスプライマー (10
pmol/μl)** 2μl*:10×re
action bufferの組成500mM KCl 100mM トリス−塩酸(pH 8.3)25℃15
mM MgCl2 0.1%(W/V) ゼラチン **:アンチセンスプライマーの配列 5’−AAGATAGAGAAAGAGCAACC−3
’ (配列番号:2)Japan. J. Exp.
Med. 60, (1990) 167−177参
照
2μl滅菌蒸留水
12μlアンチセンスプライマー (10
pmol/μl)** 2μl*:10×re
action bufferの組成500mM KCl 100mM トリス−塩酸(pH 8.3)25℃15
mM MgCl2 0.1%(W/V) ゼラチン **:アンチセンスプライマーの配列 5’−AAGATAGAGAAAGAGCAACC−3
’ (配列番号:2)Japan. J. Exp.
Med. 60, (1990) 167−177参
照
【0026】上記反応溶液を65℃で5分間予備加熱
してRNAの2次構造を解除した後、室温で2分間放置
してプライマーをアニールさせた。これに、以下の溶液
を加えて、42℃で60分間逆転写反応を行なった。 dNTP (それぞれ10mM)
2 μlRNase阻害剤(40
単位/μl)* 0.5μ
lMMuLV逆転写酵素(200単位/μl)**
0.5μl*:Promega社 **:Bethesda Research Labo
ratories
してRNAの2次構造を解除した後、室温で2分間放置
してプライマーをアニールさせた。これに、以下の溶液
を加えて、42℃で60分間逆転写反応を行なった。 dNTP (それぞれ10mM)
2 μlRNase阻害剤(40
単位/μl)* 0.5μ
lMMuLV逆転写酵素(200単位/μl)**
0.5μl*:Promega社 **:Bethesda Research Labo
ratories
【0027】(3) ポリメラーゼ・
チェイン・リアクション(PCR)上記工程(2)の反
応溶液20μlに以下の溶液を加えた。
チェイン・リアクション(PCR)上記工程(2)の反
応溶液20μlに以下の溶液を加えた。
【0028】
10×reaction buffer
8 μlセンスプライマ
ー(10 pmol/μl)* 2μ
l滅菌蒸留水
69.5μlTaq DNA ポリ
メラーゼ(5単位/μl)** 0.5μl*:
センスプライマーの配列 5’−GGCGACACTCCACCATAGAT−3
’ (配列番号:3)Japan. J. Exp.
Med. 60, (1990) 167−177参
照**:「Gene AmpTM」キット(宝酒造)
8 μlセンスプライマ
ー(10 pmol/μl)* 2μ
l滅菌蒸留水
69.5μlTaq DNA ポリ
メラーゼ(5単位/μl)** 0.5μl*:
センスプライマーの配列 5’−GGCGACACTCCACCATAGAT−3
’ (配列番号:3)Japan. J. Exp.
Med. 60, (1990) 167−177参
照**:「Gene AmpTM」キット(宝酒造)
【
0029】PCR反応は、 デナチュレーション工程 : 94℃ 30秒アニー
リング工程 : 55℃ 1分エクステ
ンション工程 : 72℃ 1分を1サイクルと
して、30サイクル行なった後、72℃ 15分間の反
応を追加した 。
0029】PCR反応は、 デナチュレーション工程 : 94℃ 30秒アニー
リング工程 : 55℃ 1分エクステ
ンション工程 : 72℃ 1分を1サイクルと
して、30サイクル行なった後、72℃ 15分間の反
応を追加した 。
【0030】(4)Second PCR上記工程(3
)のPCR反応産物5μlに以下の溶液を加えた。 10×reaction buffer
10 μldNTP(それぞれ10
mM) 2
μlセンスプライマー(10 pmol/μl)*
2μlアンチセンスプライマー(1
0 pmol/μl)** 2 μl滅菌蒸留水
78.5μlTaq DNA ポリメラーゼ***
0.5μl
)のPCR反応産物5μlに以下の溶液を加えた。 10×reaction buffer
10 μldNTP(それぞれ10
mM) 2
μlセンスプライマー(10 pmol/μl)*
2μlアンチセンスプライマー(1
0 pmol/μl)** 2 μl滅菌蒸留水
78.5μlTaq DNA ポリメラーゼ***
0.5μl
【0031
】*:センスプライマーの配列5’−GGCGACAC
TCCACCATAGAT−3’(配列番号:4)Ja
pan. J. Exp. Med. 60, (19
90) 167−177参照**:アンチセンスプライ
マーの配列 5’−CCGTGTTCCAGAACCCGGAC−3
’(配列番号:5)Japan. J. Exp. M
ed. 60, (1990) 167−177参照*
**:工程(2)で用いたものと同じ
】*:センスプライマーの配列5’−GGCGACAC
TCCACCATAGAT−3’(配列番号:4)Ja
pan. J. Exp. Med. 60, (19
90) 167−177参照**:アンチセンスプライ
マーの配列 5’−CCGTGTTCCAGAACCCGGAC−3
’(配列番号:5)Japan. J. Exp. M
ed. 60, (1990) 167−177参照*
**:工程(2)で用いたものと同じ
【0032】PC
R反応は、 デナチュレーション工程 : 94℃ 30秒ア
ニーリング工程 : 55℃ 1分
エクステンション工程 : 72℃ 1分を
1サイクルとして、30サイクル行なった後、72℃
15分間の反応を追加した。
R反応は、 デナチュレーション工程 : 94℃ 30秒ア
ニーリング工程 : 55℃ 1分
エクステンション工程 : 72℃ 1分を
1サイクルとして、30サイクル行なった後、72℃
15分間の反応を追加した。
【0033】(5)電気泳動
上記工程(4)のPCR反応産物60μlにブロモフェ
ノールブルー/キシレンシア ノール/シュクロース
20μlを加え、低融点アガロースゲル(Sea Pl
aque, FMC社)を用いて電気泳動した後、エチ
ジウムブロマイド染色し、二本鎖DNAを紫外線下で確
認した。同時に、サイズマーカーとして、Alu消化P
BR322(908, 659, 656, 521b
p断片を含む)を電気泳動し、それを参考にして目的の
長さに出た単一バンド を切りだし、Sambrook
らの方法(Molecular cloning, C
old Spring HarbourLaborat
ory(CSHL) Press)に従い、DNAを回
収した。
ノールブルー/キシレンシア ノール/シュクロース
20μlを加え、低融点アガロースゲル(Sea Pl
aque, FMC社)を用いて電気泳動した後、エチ
ジウムブロマイド染色し、二本鎖DNAを紫外線下で確
認した。同時に、サイズマーカーとして、Alu消化P
BR322(908, 659, 656, 521b
p断片を含む)を電気泳動し、それを参考にして目的の
長さに出た単一バンド を切りだし、Sambrook
らの方法(Molecular cloning, C
old Spring HarbourLaborat
ory(CSHL) Press)に従い、DNAを回
収した。
【0034】(6)クローニング
カイネーション(Kination)反応上記工程(5
)で回収したDNAをTE緩衝液で0.2μg/μlに
調製し、その10μl を以下の溶液と混合した。
)で回収したDNAをTE緩衝液で0.2μg/μlに
調製し、その10μl を以下の溶液と混合した。
【0035】
5×Kination buffer*
4μlATP(50
pmol/μl)
2μl滅菌蒸留水
2μl
T4ポリヌクレオチドキナーゼ(10単位/μl)**
2μl*:5×Kination bufferの組成
250mM トリス−塩酸(pH 9.5)50mM
MgCl2 25mM DTT 25% グリセリン **:Bio Labs社
4μlATP(50
pmol/μl)
2μl滅菌蒸留水
2μl
T4ポリヌクレオチドキナーゼ(10単位/μl)**
2μl*:5×Kination bufferの組成
250mM トリス−塩酸(pH 9.5)50mM
MgCl2 25mM DTT 25% グリセリン **:Bio Labs社
【0036】上記混合溶液を37℃で30分間反応させ
た後、T4ポリヌクレオチドキナーゼを2μl追加し、
更に37℃で30分間反応を行ないDNAの5’末端を
リン酸化した。 反応液をフェノール処理した後、エタノール沈殿させた
。
た後、T4ポリヌクレオチドキナーゼを2μl追加し、
更に37℃で30分間反応を行ないDNAの5’末端を
リン酸化した。 反応液をフェノール処理した後、エタノール沈殿させた
。
【0037】
ベクターへのライゲーション(ligation)反応
エタノール沈殿で得られたDNA沈殿物をTE緩衝液で
0.05μg/μlに調製し、その1μlを以下の溶液
と混合した。
エタノール沈殿で得られたDNA沈殿物をTE緩衝液で
0.05μg/μlに調製し、その1μlを以下の溶液
と混合した。
【0038】
5×ligation buffer*
2μlCIAP処理したSmaI消化pBl
uescript II SK(+)** 1μl
滅菌蒸留水
5μlT4DNAリガーゼ(5単位
/μl) 1μl*:5×lig
ation bufferの組成250mM トリス−
塩酸(pH 7.8)50mM MgCl2 50mM ジチオトレイトール 2.5mM ATP 500μg/ml 牛血清アルブミン
2μlCIAP処理したSmaI消化pBl
uescript II SK(+)** 1μl
滅菌蒸留水
5μlT4DNAリガーゼ(5単位
/μl) 1μl*:5×lig
ation bufferの組成250mM トリス−
塩酸(pH 7.8)50mM MgCl2 50mM ジチオトレイトール 2.5mM ATP 500μg/ml 牛血清アルブミン
【0039】**:Stratagene社のpBlu
escript II SK(+)をSmaIで完全消
化した後、Sambrookら(Molecular
cloning, CSHL Press)の方法に従
って、calf intestinal alkali
ne phosphataseにてdephospho
rylationしたものをTE緩衝液にて0.1μg
/μlに調製した。この混合液を16℃で24時間反応
させた。
escript II SK(+)をSmaIで完全消
化した後、Sambrookら(Molecular
cloning, CSHL Press)の方法に従
って、calf intestinal alkali
ne phosphataseにてdephospho
rylationしたものをTE緩衝液にて0.1μg
/μlに調製した。この混合液を16℃で24時間反応
させた。
【0040】形質転換
Ca++処理した大腸菌XL−1−B(100μl)と
上記ligation反応液(1μl)を混合し、氷中
0℃で30分間静置した後、40μg/mlのX−ge
l、40μg/mlのIPTGおよび50μg/mlの
アンピシリンを含有するL培地上で形質転換した。
上記ligation反応液(1μl)を混合し、氷中
0℃で30分間静置した後、40μg/mlのX−ge
l、40μg/mlのIPTGおよび50μg/mlの
アンピシリンを含有するL培地上で形質転換した。
【0041】形質転換された白色のコロニーをL培地5
ml中で一夜培養した。このうち1.5mlを7000
rpmで40秒間遠心した。得られたペレットを100
μlのSTET緩衝液(8%シュクロース、5%トライ
トンX−100、50mM EDTA、50mM トリ
ス−塩酸(pH 8.0)) に 懸濁した。これに1
0μg/μlのライソザイムを10μl加えた後40秒
間煮沸した。これを等量のフェノール/クロロホルム/
イソアミルアルコール(24:24:1)で抽出 した
後、得られた上清に等量のイソプロパノールを加え、−
20℃で30分間静置した。これを遠心(15000r
pm、4℃、10分間)後、得られたペレットを100
μlのTE緩 衝液に懸濁した。この懸濁液16μlに
、2μlの10×High buffer (500m
M トリス−塩酸(pH 7.5)、1000mM N
aCl、100mM MgCl2、10mM ジチオト
レイトール)、1μlのBamHI(12単位/μl)
、1μlのEcoRI(12単位/μl)を加え、37
℃で1時間インキュベ ートしてBamHIとEcoR
Iで二重消化した。
ml中で一夜培養した。このうち1.5mlを7000
rpmで40秒間遠心した。得られたペレットを100
μlのSTET緩衝液(8%シュクロース、5%トライ
トンX−100、50mM EDTA、50mM トリ
ス−塩酸(pH 8.0)) に 懸濁した。これに1
0μg/μlのライソザイムを10μl加えた後40秒
間煮沸した。これを等量のフェノール/クロロホルム/
イソアミルアルコール(24:24:1)で抽出 した
後、得られた上清に等量のイソプロパノールを加え、−
20℃で30分間静置した。これを遠心(15000r
pm、4℃、10分間)後、得られたペレットを100
μlのTE緩 衝液に懸濁した。この懸濁液16μlに
、2μlの10×High buffer (500m
M トリス−塩酸(pH 7.5)、1000mM N
aCl、100mM MgCl2、10mM ジチオト
レイトール)、1μlのBamHI(12単位/μl)
、1μlのEcoRI(12単位/μl)を加え、37
℃で1時間インキュベ ートしてBamHIとEcoR
Iで二重消化した。
【0042】この反応液20μlにブロモフェノールブ
ルー/キシレンシアノール/シュ クロース(5μl)
を加え、1.2%アガロースゲルを用いて電気泳動した
。サイズマーカーとしてAluI消化pBR322を用
いた。エチジウムブロミド染色後、紫外線下で、目的の
長さ付近にバンドのみえる陽性クローンを得た。
ルー/キシレンシアノール/シュ クロース(5μl)
を加え、1.2%アガロースゲルを用いて電気泳動した
。サイズマーカーとしてAluI消化pBR322を用
いた。エチジウムブロミド染色後、紫外線下で、目的の
長さ付近にバンドのみえる陽性クローンを得た。
【0043】(7)シーケンシング
前記工程(6)で得られた陽性クローンの1つであるM
642のDNAインサートの塩基配列を、ジデオキシ鎖
終止法により決定した。決定された塩基配列を配列番号
1に示す。
642のDNAインサートの塩基配列を、ジデオキシ鎖
終止法により決定した。決定された塩基配列を配列番号
1に示す。
【0044】
2.RT−PCR法を用いたC型肝炎ウィルスの検出臨
床的に非A非B型慢性肝疾患と診断された115例およ
びB型慢性肝疾患10例を対象とし、以下の工程で実験
を行なった。
床的に非A非B型慢性肝疾患と診断された115例およ
びB型慢性肝疾患10例を対象とし、以下の工程で実験
を行なった。
【0045】(1)RNA抽出
上記疾患患者の血清200μlに対し、21% PEG
6000−1.5M NaClを100μl加え た
。ボルテックスをかけ、簡単に遠心した後、氷中で1〜
2時間静置した。次いで、15000rpm、4℃で2
0分間遠心した後(トミー,アングルローター)、上清
を除去 し、沈殿にGTC緩衝液(4Mグアニジニウム
チオシアネイト、0.1M トリス−塩酸(pH7.5
)、1% β−メルカプトエタノール、0.5%サルコ
シル)を400μl加え、ピペッティングにより沈殿を
溶解して簡単に遠心した。次に、フェノール/クロロホ
ルム/イソアミルアルコール(24:24:1)を40
0μl加え、ボルテックスをかけ、12000rpm、
室温で20分間遠心し(トミー、スウィングローター)
、上清(水層)を採取し た。
6000−1.5M NaClを100μl加え た
。ボルテックスをかけ、簡単に遠心した後、氷中で1〜
2時間静置した。次いで、15000rpm、4℃で2
0分間遠心した後(トミー,アングルローター)、上清
を除去 し、沈殿にGTC緩衝液(4Mグアニジニウム
チオシアネイト、0.1M トリス−塩酸(pH7.5
)、1% β−メルカプトエタノール、0.5%サルコ
シル)を400μl加え、ピペッティングにより沈殿を
溶解して簡単に遠心した。次に、フェノール/クロロホ
ルム/イソアミルアルコール(24:24:1)を40
0μl加え、ボルテックスをかけ、12000rpm、
室温で20分間遠心し(トミー、スウィングローター)
、上清(水層)を採取し た。
【0046】もう一度フェノール/クロロホルム/イソ
アミルアルコール(24:24:1)を 上清の等量加
え、ボルテックスをかけて、12000rpm、室温で
20分間遠心し(トミ ー,スウィングローター)、上
清(水層)を300μl採取した。そこにtRNA(1
0μg/μl)を1μl加え、さらに1/10容量(3
0μl)の3M 酢酸ナトリウムと2.5容量(750
μl)の冷エタノールを加えて−80℃で1時間以上静
置した。15000rpm、4℃で15分間遠心し(ト
ミー、アングルローター)沈殿を得た。得られた沈殿に
70%エタノール200μlを加え、簡単にボルテック
スをかけてから15000rpm、4℃で10分間遠心
し(ト ミー,アングルローター)沈殿を得た。 得られた沈殿をデシケーター内で真空吸 引乾燥した後
、RT溶液I*で溶解し、65℃で10分間加熱し、氷
中で急冷した。
アミルアルコール(24:24:1)を 上清の等量加
え、ボルテックスをかけて、12000rpm、室温で
20分間遠心し(トミ ー,スウィングローター)、上
清(水層)を300μl採取した。そこにtRNA(1
0μg/μl)を1μl加え、さらに1/10容量(3
0μl)の3M 酢酸ナトリウムと2.5容量(750
μl)の冷エタノールを加えて−80℃で1時間以上静
置した。15000rpm、4℃で15分間遠心し(ト
ミー、アングルローター)沈殿を得た。得られた沈殿に
70%エタノール200μlを加え、簡単にボルテック
スをかけてから15000rpm、4℃で10分間遠心
し(ト ミー,アングルローター)沈殿を得た。 得られた沈殿をデシケーター内で真空吸 引乾燥した後
、RT溶液I*で溶解し、65℃で10分間加熱し、氷
中で急冷した。
【0047】
*:RT溶液Iの組成
アンチセンスプライマー(10pmol/μl
)** 2μl 滅菌
蒸留水
9μl
合計
11μl **:アンチセンスプライマーの配列 5’−CATGGTGCACGGTCTACGAG−3
’ (配列番号:6)
アンチセンスプライマー(10pmol/μl
)** 2μl 滅菌
蒸留水
9μl
合計
11μl **:アンチセンスプライマーの配列 5’−CATGGTGCACGGTCTACGAG−3
’ (配列番号:6)
【0048】(2)逆転写(cD
NAの合成)上記(1)で得られた溶液に、簡単にボル
テックスをかけ、RT溶液II*を加えて、37℃で3
0分間、さらに42℃で30分間反応させた後、簡単に
遠心した。 *:RT溶液IIの組成
5×M−MLV RT Buffer(BR
L)** 4 μ
l 0.1M DTT(BRL)
2 μl 10mM
dNTPs
2 μl
RNase阻害剤(Promega,40単位/
μl) 0.5μl
M−MLV逆転写酵素(BRL,200単位/
μl) 0.5μl
合計
9 μl **:5×M−MLV RT Buffer(BRL)
の組成250mM Tris−塩酸(pH 8.3,
25℃)375mM KCl 15 mM MgCl2
NAの合成)上記(1)で得られた溶液に、簡単にボル
テックスをかけ、RT溶液II*を加えて、37℃で3
0分間、さらに42℃で30分間反応させた後、簡単に
遠心した。 *:RT溶液IIの組成
5×M−MLV RT Buffer(BR
L)** 4 μ
l 0.1M DTT(BRL)
2 μl 10mM
dNTPs
2 μl
RNase阻害剤(Promega,40単位/
μl) 0.5μl
M−MLV逆転写酵素(BRL,200単位/
μl) 0.5μl
合計
9 μl **:5×M−MLV RT Buffer(BRL)
の組成250mM Tris−塩酸(pH 8.3,
25℃)375mM KCl 15 mM MgCl2
【0049】(3)PCR
0.5mlエッペンドルフチューブにPCR溶液*を加
え、上記(2)で合成したcDNA液(95℃で5分間
加熱し、氷中で急冷したもの)の20μlをそこに加え
た。 *:PCR溶液の組成
1×PCR buffer**
77.5μ
l センスプライマー(10pm
ol/μl)*** 2 μ
l Taq ポリメラーゼ(CE
TUS, 5単位/μl) 0.5μl
合計
80.0μl **:1×PCR bufferの組成45.16mM
KCl 1.16 mM MgCl2 0.01% ゼラチン ***:センスプライマーの配列 5’−ACTCCACCATAGATCACTCC−3
’ (配列番号:7)
え、上記(2)で合成したcDNA液(95℃で5分間
加熱し、氷中で急冷したもの)の20μlをそこに加え
た。 *:PCR溶液の組成
1×PCR buffer**
77.5μ
l センスプライマー(10pm
ol/μl)*** 2 μ
l Taq ポリメラーゼ(CE
TUS, 5単位/μl) 0.5μl
合計
80.0μl **:1×PCR bufferの組成45.16mM
KCl 1.16 mM MgCl2 0.01% ゼラチン ***:センスプライマーの配列 5’−ACTCCACCATAGATCACTCC−3
’ (配列番号:7)
【0050】この溶液を用いて
PCR反応を行なった。PCR反応は、CETUS社の
DNA Thermal Cyclerを使用し、デナ
チュレーション工程:94℃ 30秒アニーリング工程
:55℃ 1分エクステンション工程
:72℃ 1分を1サイクルとして、40サイクル行な
い、その後さらに72℃で10分間エクステン ション
反応を行なった。
PCR反応を行なった。PCR反応は、CETUS社の
DNA Thermal Cyclerを使用し、デナ
チュレーション工程:94℃ 30秒アニーリング工程
:55℃ 1分エクステンション工程
:72℃ 1分を1サイクルとして、40サイクル行な
い、その後さらに72℃で10分間エクステン ション
反応を行なった。
【0051】(4)サザンブロッティング上記(3)の
PCR産物を2%アガロースゲル(エチジウムブロミド
は含まず)を用いて電気泳動した後、0.5N NaO
H−1.5M NaCl溶液 200mlに浸し、ゆっ
くりと30分間 振盪した。次に、ゲル内DNAをメン
ブレン(Amersham,Hybond−N+)に一
晩アルカリブロッティングし(アルカリトランスバッフ
ァー:0.4N NaOH)、メンブレンを2×SSC
で、ゆっくり振盪しながら15分間ずつ室温で2回洗浄
、さらに50℃で30分間洗浄して室温で乾燥させ、そ
の後、−20℃で保存した。
PCR産物を2%アガロースゲル(エチジウムブロミド
は含まず)を用いて電気泳動した後、0.5N NaO
H−1.5M NaCl溶液 200mlに浸し、ゆっ
くりと30分間 振盪した。次に、ゲル内DNAをメン
ブレン(Amersham,Hybond−N+)に一
晩アルカリブロッティングし(アルカリトランスバッフ
ァー:0.4N NaOH)、メンブレンを2×SSC
で、ゆっくり振盪しながら15分間ずつ室温で2回洗浄
、さらに50℃で30分間洗浄して室温で乾燥させ、そ
の後、−20℃で保存した。
【0052】(5)32P標識HCV−cDNAを用い
たハイブリダイゼーション 上記(4)でサザンブロッティングしたメンブレンをプ
レハイブリダイゼーシ ョン溶液(5×SSPE,5×
Denhardt’s,0.5% SDS,100μg
/ml ssDNA)に浸し、55℃で2〜4時間処理
した。次いで、32P標識HCV−cDNAプローブ*
をハイブリダイゼーション溶液(プレハイブリダイゼー
ション溶液に同じ)に加え、55℃で一晩インキュベー
トした後、メンブレンを約100mlの0.1×SSC
/0.1% SDS溶液で、ゆっくり振盪しながら室温
で30分間洗浄した。さらに約100mlの0.1×S
SC/0.1% SDS溶液で、ゆっくり振盪しながら
50℃で30分間洗浄し、その後、−80℃でオートラ
ジオグラフィーを行ないHCV−RNAを検出した。 *:32P標識HCV−cDNAプローブの配列5’−
GAGTGTCGTGCAGCCTCCAGGTCC−
3’(配列番号:8)
たハイブリダイゼーション 上記(4)でサザンブロッティングしたメンブレンをプ
レハイブリダイゼーシ ョン溶液(5×SSPE,5×
Denhardt’s,0.5% SDS,100μg
/ml ssDNA)に浸し、55℃で2〜4時間処理
した。次いで、32P標識HCV−cDNAプローブ*
をハイブリダイゼーション溶液(プレハイブリダイゼー
ション溶液に同じ)に加え、55℃で一晩インキュベー
トした後、メンブレンを約100mlの0.1×SSC
/0.1% SDS溶液で、ゆっくり振盪しながら室温
で30分間洗浄した。さらに約100mlの0.1×S
SC/0.1% SDS溶液で、ゆっくり振盪しながら
50℃で30分間洗浄し、その後、−80℃でオートラ
ジオグラフィーを行ないHCV−RNAを検出した。 *:32P標識HCV−cDNAプローブの配列5’−
GAGTGTCGTGCAGCCTCCAGGTCC−
3’(配列番号:8)
【0053】(6)C−100抗
体の検出上記実験とは別に、同じ検体を用いてC−10
0抗体の検出を行なった。測定に は、Ortho社の
ELISA kitを使用した。
体の検出上記実験とは別に、同じ検体を用いてC−10
0抗体の検出を行なった。測定に は、Ortho社の
ELISA kitを使用した。
【0054】(7)成績
非A非B型慢性肝疾患においてC−100抗体は115
例中93例(81%)で陽性であった 。HCV−RN
Aは、C−100抗体陽性例では92%(86/93)
、C−100抗体陰性例では50%(11/22)に検
出されたが、B型慢性肝疾患例では検出されなかった。 また別に、C−100抗体陽性であるC型慢性肝炎患者
(20例)についても同様の実験を行なったところ、2
0例中20例(100%)ともHCV−RNA陽性を示
した。
例中93例(81%)で陽性であった 。HCV−RN
Aは、C−100抗体陽性例では92%(86/93)
、C−100抗体陰性例では50%(11/22)に検
出されたが、B型慢性肝疾患例では検出されなかった。 また別に、C−100抗体陽性であるC型慢性肝炎患者
(20例)についても同様の実験を行なったところ、2
0例中20例(100%)ともHCV−RNA陽性を示
した。
【0055】配列番号:1
配列の長さ:807
配列の型:核酸
トポロジー:直鎖状
配列の種類:他の核酸 ウィルスRNA由来のcDN
Aアンチセンス:No 起源 生物名:C型肝炎ウィルス 配列 CCGGCGACAC TCCACCATAG ATC
ACTCCCC TGTGAGGAAC TACTGT
CTTC ACGCAGAAAG 60CGT
CTAGCCA TGGCGTTAGT ATGAGT
GTCG TGCAGCCTCC AGGTCCCCC
C TCCCGGGAGA 120GCCATA
GAGG TCTGCGGAAC CGGTGAGTA
C ACCGGAATTG CCAGGACGAC C
GGGTCCTTT 180CTTGGATCA
A CCCGCTCAAT GCCTGGAGAT T
TGGGCGTGC CCCCGCGAGA CTGC
TAGCCG 240AGTAGTGTTG G
GTCGCGAAA GGCCTTGTGG TACT
GCCTGA TAGGGTGCTT GCGAGTG
CCC 300CGGGAGGTCT CGTA
GACCGT GCACCATGAG CACAAAT
CCT AAACCTCAAA GAAAAACCAA
360ACGTAACACC AACCGCC
GCC CACAGGACGT CAAGTTCCCG
GGCGGTGGTC AGATCGTTGG
420TGGAGTTTAC CTGTTGCCGC
GCAGGGGCCC CAGGTTGGGT GT
GCGCGCGA CTAGGAAGAC 48
0TTCCGAGCGG TCGCAACCTC GT
GGAAGGCG ACAACCTATC CCCAA
GGCTC GCCGGCCCGA 540GG
GCAGGGCC TGGGCTCAGC CCGGG
TACCC TTGGCCCCTC TATGGCAA
TG AGGGTCTTGG 600GTGGG
CAGGA TGGCTCCTGT CACCCCGA
GG CTCTCGGCCT AGCTGGGGCC
CCACTGACCC 660CCGGCGTA
GG TCGCGTAATT TGGGTAAGGT
CATCGATACC CTCACATGCG GCT
TCGCCGA 720CCTCATGGGG
TACATTCCGC TCGTCGGCGC CCC
CCTGGGA GGCGCTGCCA GGGCCC
TGGC 780GCATGGCGTC CGG
GTTCTGG AACACGG
807
Aアンチセンス:No 起源 生物名:C型肝炎ウィルス 配列 CCGGCGACAC TCCACCATAG ATC
ACTCCCC TGTGAGGAAC TACTGT
CTTC ACGCAGAAAG 60CGT
CTAGCCA TGGCGTTAGT ATGAGT
GTCG TGCAGCCTCC AGGTCCCCC
C TCCCGGGAGA 120GCCATA
GAGG TCTGCGGAAC CGGTGAGTA
C ACCGGAATTG CCAGGACGAC C
GGGTCCTTT 180CTTGGATCA
A CCCGCTCAAT GCCTGGAGAT T
TGGGCGTGC CCCCGCGAGA CTGC
TAGCCG 240AGTAGTGTTG G
GTCGCGAAA GGCCTTGTGG TACT
GCCTGA TAGGGTGCTT GCGAGTG
CCC 300CGGGAGGTCT CGTA
GACCGT GCACCATGAG CACAAAT
CCT AAACCTCAAA GAAAAACCAA
360ACGTAACACC AACCGCC
GCC CACAGGACGT CAAGTTCCCG
GGCGGTGGTC AGATCGTTGG
420TGGAGTTTAC CTGTTGCCGC
GCAGGGGCCC CAGGTTGGGT GT
GCGCGCGA CTAGGAAGAC 48
0TTCCGAGCGG TCGCAACCTC GT
GGAAGGCG ACAACCTATC CCCAA
GGCTC GCCGGCCCGA 540GG
GCAGGGCC TGGGCTCAGC CCGGG
TACCC TTGGCCCCTC TATGGCAA
TG AGGGTCTTGG 600GTGGG
CAGGA TGGCTCCTGT CACCCCGA
GG CTCTCGGCCT AGCTGGGGCC
CCACTGACCC 660CCGGCGTA
GG TCGCGTAATT TGGGTAAGGT
CATCGATACC CTCACATGCG GCT
TCGCCGA 720CCTCATGGGG
TACATTCCGC TCGTCGGCGC CCC
CCTGGGA GGCGCTGCCA GGGCCC
TGGC 780GCATGGCGTC CGG
GTTCTGG AACACGG
807
【0056】配列番号:2
配列の長さ:20
配列の型:核酸
鎖の数:一本鎖
トポロジー:直鎖状
配列の種類:他の配列 合成DNA
アンチセンス:Yes
配列
AAGATAGAGA AAGAGCAACC
20
20
【0057】配列番号:3
配列の長さ:20
配列の型:核酸
鎖の数:一本鎖
トポロジー:直鎖状
配列の種類:他の配列 合成DNA
アンチセンス:No
配列
GGCGACACTC CACCATAGAT
20
20
【0058】配列番号:4
配列の長さ:20
配列の型:核酸
鎖の数:一本鎖
トポロジー:直鎖状
配列の種類:他の配列 合成DNA
アンチセンス:No
配列
GGCGACACTC CACCATAGAT
20
20
【0059】配列番号:5
配列の長さ:20
配列の型:核酸
鎖の数:一本鎖
トポロジー:直鎖状
配列の種類:他の配列 合成DNA
アンチセンス:Yes
配列
CCGTGTTCCA GAACCCGGAC
20
20
【0060】配列番号:6
配列の長さ:20
配列の型:核酸
鎖の数:一本鎖
トポロジー:直鎖状
配列の種類:他の配列 合成DNA
アンチセンス:Yes
配列
CATGGTGCAC GGTCTACGAG
20
20
【0061】配列番号:7
配列の長さ:20
配列の型:核酸
鎖の数:一本鎖
トポロジー:直鎖状
配列の種類:他の配列 合成DNA
アンチセンス:No
配列
ACTCCACCAT AGATCACTCC
20
20
【0062】配列番号:8
配列の長さ:24
配列の型:核酸
鎖の数:一本鎖
トポロジー:直鎖状
配列の種類:他の配列 合成DNA
配列
Claims (3)
- 【請求項1】 配列番号:1に示されるDNA配列を
有するDNA配列。 - 【請求項2】 配列番号:1に示されるDNA配列で
ある請求項1記載のDNA配列。 - 【請求項3】 配列番号:6に示されるDNA配列の
うち少なくとも連続した15塩基を含む15〜40塩基
からなるプライマーおよび配列番号:7に示されるDN
A配列のうち少なくとも連続した15塩基を含む15〜
40塩基からなるプライマーを用いることを特徴とする
PCR法に基づくC型肝炎ウィルスの検出方法。
Priority Applications (8)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP4285591A JPH04262784A (ja) | 1991-02-14 | 1991-02-14 | C型肝炎ウイルスのcDNA配列および検出方法 |
AT91111413T ATE150086T1 (de) | 1990-07-11 | 1991-07-09 | Cdns-sequenz und detektion des hepatitis c-virus |
ES91111413T ES2100185T3 (es) | 1990-07-11 | 1991-07-09 | Secuencia de adnc y deteccion del virus de la hepatitis c. |
DK91111413.0T DK0469348T3 (da) | 1990-07-11 | 1991-07-09 | cDNA-sekvens og detektering af hepatitis C-virus |
DE69125066T DE69125066T2 (de) | 1990-07-11 | 1991-07-09 | cDNS-Sequenz und Detektion des Hepatitis C-Virus |
EP91111413A EP0469348B1 (en) | 1990-07-11 | 1991-07-09 | cDNA sequence and detection of hepatits C virus |
KR1019910011819A KR920002784A (ko) | 1990-07-11 | 1991-07-11 | C형 간염 비루스의 cDNA 서열 및 검출 |
GR970400916T GR3023251T3 (en) | 1990-07-11 | 1997-04-22 | cDNA sequence and detection of hepatits C virus |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
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JP4285591A JPH04262784A (ja) | 1991-02-14 | 1991-02-14 | C型肝炎ウイルスのcDNA配列および検出方法 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
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JPH04262784A true JPH04262784A (ja) | 1992-09-18 |
Family
ID=12647638
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
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JP4285591A Pending JPH04262784A (ja) | 1990-07-11 | 1991-02-14 | C型肝炎ウイルスのcDNA配列および検出方法 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
JP (1) | JPH04262784A (ja) |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JPH11103899A (ja) * | 1997-09-30 | 1999-04-20 | Tokyoto Rinshou Igaku Sogo Kenkyusho | リアルタイム検出pcr法によるhcv遺伝子の測定方法並びにそれに用いられるプライマー及びプローブ |
-
1991
- 1991-02-14 JP JP4285591A patent/JPH04262784A/ja active Pending
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JPH11103899A (ja) * | 1997-09-30 | 1999-04-20 | Tokyoto Rinshou Igaku Sogo Kenkyusho | リアルタイム検出pcr法によるhcv遺伝子の測定方法並びにそれに用いられるプライマー及びプローブ |
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