JPH04218376A - C型肝炎ウィルスのcDNA配列 - Google Patents

C型肝炎ウィルスのcDNA配列

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JPH04218376A
JPH04218376A JP41217790A JP41217790A JPH04218376A JP H04218376 A JPH04218376 A JP H04218376A JP 41217790 A JP41217790 A JP 41217790A JP 41217790 A JP41217790 A JP 41217790A JP H04218376 A JPH04218376 A JP H04218376A
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JP
Japan
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hepatitis
virus
dna
pcr
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JP41217790A
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Takenobu Kamata
鎌田 武信
Norio Hayashi
紀夫 林
Eiji Mita
英治 三田
Keiji Ueda
啓次 上田
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Shionogi and Co Ltd
Original Assignee
Shionogi and Co Ltd
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Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるた
め要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】
【産業上の利用分野】本発明は、配列番号1に示される
C型肝炎ウィルスのcDNA配列を有するDNA配列に
関するものである。本発明のDNA配列は、C型肝炎ウ
ィルスのRNA診断に用いる プロ−ブやプライマ−の
設定・合成に有用である。さらに、このDNA配列は、
C型肝炎の免疫診断に用いられるペプチドの遺伝子工学
的製造に有用である。さらにまた、このDNA配列を用
いて遺伝子工学的に製造されたペプチドは、C型肝炎の
免疫診断に用いられる抗体の製造に有用である。
【0002】
【従来の技術】A型肝炎は、直径27nmのRNAウィ
ルスによる予後良好な急性伝染病で、ウィルスは肝実質
細胞および星細胞に存在し、糞便内に排泄されるため、
経口により伝播される。ウィルスが血中に出現する期間
は極めて短いため、血液を介しての伝染はない。他の肝
炎ウィルスによる急性肝炎に比べ、38℃以上の発熱を
伴って発症することが多く、大多数は約40日で肝機能
が正常化するが、稀に、劇症肝炎となることもある。
【0003】B型肝炎は、B型肝炎ウィルスの感染によ
るものであり、このウィルスはDNAウ ィルスで二重
構造を有し、外被にHBs抗原、芯にHBc抗原、さら
にその内部にHBe 抗原が存在する。B型肝炎には一
過性感染と持続感染がある。一過性感染は、B型肝炎ウ
ィルス感染後1〜6ケ月の潜伏期を経てから消化器系症
状を主とする肝炎症状と共に血清GOT、GPTの上昇
と黄疸が現れる。ほとんどの例では発症後3ケ月以 内
に肝機能は正常化するが、劇症肝炎となり速やかな経過
で死亡する例もある。持続感染には、B型肝炎ウィルス
の初感染から持続感染に移行する例と、無症侯 性キャ
リアの急性発症例がある。この場合は定型的な急性肝炎
を発症する例は少なく、大部分が潜行性に発症して、慢
性肝炎あるいは肝硬変で初めて発見されることが多い。
【0004】非A非B型肝炎は、ウィルスが原因と考え
られる輸血後肝炎、散発性の急性肝炎のうち、A型なら
びにB型肝炎を除外した肝炎であり、未知のウィルスに
よる肝炎とされていた。日本では輸血後肝炎が13〜2
0%の確率で発症しており、その90%以上が非A非B
型肝炎である。しかも慢性化する傾向はB型に比べて強
い。症状は、A型ならびにB型肝炎に比べ無黄疸、自覚
症状を欠く例が多い(免疫学用語辞典第二版、最新医学
社)。
【0005】上記のとおり、非A非B型肝炎は未知のウ
ィルスによる肝炎とされていたが、最近Houghto
nらは、非A非B型肝炎患者の感染組織および血清から
得られたcDNAライブラリ−由来の発現産物をスクリ
−ニングすることにより、非A非B型肝炎ウィルスゲノ
ムの一部のcDNAの単離に成功し、C型肝炎ウィルス
(HCV)と命名した(欧州 公開特許0 318 2
16)。さらに、Koboらは、上記HCVとは異なる
HCVゲノムの一部のcDNAの単離に成功した(Nu
cleic Acids Research, 24(
1989) 10367−10372)。
【0006】
【発明が解決しようとする課題】上記のように、HCV
は単一のウィルスではなく、数多くの亜型(subty
pe)が存在することが示唆されている。従って、C型
肝炎の正確な診断、予防・治療および その解明のため
には、さらなる亜型のHCVの単離が必要となる。
【0007】
【課題を解決するための手段】本発明の目的は、公知の
HCVとは異なる亜型HCVのcDNAを提供すること
にある。本発明のDNA配列は、配列番号1に示される
HCVのcDNA配列を含むものであり、詳細には、配
列番号1に示されるDNA配列からなるものである。本
発明のDNA配列は、HCVのRNA診断に用いるプロ
−ブやプライマ−の設定・合成に有用であり、さらに、
C型肝炎の免疫診断に用いられるペプチドの遺伝子工学
的製造に有用である 。さらにまた、このDNAを用い
て遺伝子工学的に製造されたペプチドは、C型肝炎の免
疫診断に用いられる抗体の製造に有用である。本発明の
DNA配列は、公知のHCVのcDNAとは異なるため
、公知のHCVのcDNAを用いては検出され得ないC
型肝炎の診断に特に有用である。さらには、本発明のD
NA配列と公知のcDNAとを比較する ことにより、
より共通性の高いプライマ−やプロ−ブを作成すればよ
り広範なC 型肝炎のRNA診断が可能になる。本発明
のHCVのcDNAは以下の方法に従い単離される。
【0008】(1)RNA抽出 肝癌患者の切除肝の正常組織をGIT緩衝液などの適当
な緩衝液中でホモジナイ ズした後超遠心し、得られた
ペレットをTE緩衝液などの適当な緩衝液に溶解し、フ
ェノ−ル抽出/エタノ−ル沈殿によりRNAを抽出する
【0009】(2)逆転写 (1)で得られたRNAと、公知のHCVのcDNA配
列を基に合成されたアンチセンスプ ライマ−とを、市
販の逆転写酵素と反応させ、逆転写を行なう。
【0010】(3)ポリメラ−ゼ・チェイン・リアクシ
ョン(PCR) (2)で得られた反応溶液に、公知のHCVのcDNA
配列を基に合成されたセンスプライマ−と、Taq D
NA ポリメラ−ゼを加え、常法に従いポリメラ−ゼ・
チェイン・リアクション反応を行なう。
【0011】(4)Second PCR(3)で用い
たプライマ−とは別のセンス・アンチセンスプライマ−
を用いて、(3)で得られたPCR産物をさらに2度目
のPCRにかける。
【0012】(5)電気泳動 2度目のPCR反応液をポリアクリルアミドゲルなどを
用いて電気泳動し、もちいたプライマ−から推定される
鎖長を有するバンドを切りだし、目的の鎖長を有するD
NAを得る。
【0013】(6)クロ−ニング (5)で得られたDNAは、好ましくは5’末端をリン
酸化した後、適当な選択マ−カ−を有する市販のプラス
ミドに挿入し、得られたプラスミドを大腸菌などの適切
な宿主に導入する。形質転換体の有するプラスミドの挿
入DNAの鎖長を調べ、目 的の鎖長の挿入DNAを有
するクロ−ンを陽性とする。
【0014】(7)シ−ケンシング 陽性クロ−ンの挿入DNAの塩基配列は、通常のジデオ
キシ鎖終止法により決定 した。本発明のcDNA塩基
配列を配列番号1に示す。以下、実施例により本発明を
さらに詳細に説明するが、この実施例は本発明を限定す
るものではない。
【0015】
【実施例】(1)RNA抽出 単一患者(肝癌患者)の切除肝の正常組織1gをGIT
緩衝液(4.0M グアニジウム・チオシアネ−ト、0
.1M トリス−塩酸 (pH 7.8)、1% β−
メルカプトエタノ−ル)40mlに加え、ブレンダ−(
KINEMATIC社製)を用いて最高速で約30秒間
ホモジナイズした。このホモジネ−ト液に10% N−
ラウロイルサルコシンナトリウム塩溶液を最終濃度が0
.5%になるように加えた。
【0016】この0.5%ホモジネ−ト溶液20mlを
、5.7M CsCl−0.01M EDTA (pH
 8.0) 20mlにゆっくりと重層し、HITAC
HI SRP−28SAロ−タ−を用いて、24000
rpm、15℃で24時間超遠心した。得られたペレッ
トをジエチルピロカ−ボネ−ト処理TE緩衝液(100
mM トリス−塩酸 (pH 7.8), 1mM E
DTA)に溶解し、フェノ−ル/クロロホルム/ イソ
アミルアルコ−ル(24:24:1)で抽出した後、エ
タノ−ル沈殿させた。
【0017】得られた沈殿をジエチルピロカ−ボネ−ト
処理TE緩衝液300μlに溶解し、核酸濃度を測定し
たところ、RNA濃度は2.8μg/μl TE緩衝液
となっていた。
【0018】(2)逆転写 上記工程(1)で得られた全RNA(2.8μg/μl
)1μlを以下の組成の反応溶液と 混合した。
【0019】         10×reaction buffe
r*                      2
μl        滅菌蒸留水          
                      12μ
l        アンチセンスプライマ− (10 
pmol/μl)**    2μl        
*: 10×reaction bufferの組成 
          500mM KCl      
     100mM トリス−塩酸 (pH 8.3
) 25℃           15mM MgCl
2           0.1%(W/V) ゼラチ
ン        **: アンチセンスプライマ−の
配列            5’−AAGATAGA
GAAAGAGCAACC−3’ (配列番号 2) 
           Japan. J. Exp.
 Med., 60 (1990) 167−177 
参照
【0020】上記反応溶液を65℃で5分間予備加熱し
てRNAの2次構造を解除した後、室温で2分間放置し
てプライマ−をアニ−ルさせた。これに、以下の溶液を
加えて、42℃で60分間逆転写反応を行なった。 dNTP (それぞれ10mM)          
    2μlRNase阻害剤(40単位/μl)*
         0.5μlMMuLV逆転写酵素(
200単位/μl)**   0.5μl*: Pro
mega社 **: Bethesda Research Lab
oratories
【0021】(3)ポリメラ−ゼ・
チェイン・リアクション(PCR)上記工程(2)の反
応溶液20μlに以下の溶液を加えた。
【0022】10×reaction buffer 
               8μl センスプライマ−(10 pmol/μl)*    
 2μl滅菌蒸留水                
         69.5μlTaq DNA ポリ
メラ−ゼ(4単位/μl)**0.5μl*: センス
プライマ−の配列 5’−CTCGTAGACCGTGCACCATG−3
’ (配列番号 3)Japan. J. Exp. 
Med., 60 (1990) 167−177 参
照**: 「Gene AmpTM」キット(宝酒造)
【0023】PCR反応は、 デナチュレ−ション工程  : 94℃ 30秒アニ−
リング工程        : 55℃ 1分エクステ
ンション工程    : 72℃ 1分を1サイクルと
して、30サイクル行なった後、72℃ 15分間の反
応を追加した 。
【0024】(4)Second PCR上記工程(3
)のPCR反応産物5μlに以下の溶液を加えた。 10×reaction buffer       
             10μldNTP(それぞ
れ10mM)                   
  2μlセンスプライマ−(10 pmol/μl)
*         2μlアンチセンスプライマ−(
10 pmol/μl)**  2μl滅菌蒸留水  
                         
  78.5μlTaq DNA ポリメラ−ゼ***
                0.5μl
【002
5】*: センスプライマ−の配列5’−ACCAAA
CGTAACACCAACCG−3’ (配列番号 4
)Japan. J. Exp. Med., 60 
(1990) 167−177 参照**: アンチセ
ンスプライマ−の配列5’−GTTGCATAGTTC
ACGCCGTC−3’ (配列番号 5)Japan
. J. Exp. Med., 60 (1990)
 167−177 参照***: 工程(2)で用いた
ものと同じ
【0026】PCR反応は、 デナチュレ−ション工程  : 94℃ 30秒アニ−
リング工程        : 55℃ 1分エクステ
ンション工程    : 72℃ 1分を1サイクルと
して、30サイクル行なった後、72℃ 15分間の反
応を追加した 。
【0027】(5)電気泳動 上記工程(4)のPCR反応産物60μlにブロモフェ
ノ−ルブル−/キシレンシア ノ−ル/シュクロ−ス 
20μlを加え、低融点アガロ−スゲル(Sea Pl
aque, FMC社)を用いて電気泳動した後、エチ
ジウムブロマイド染色し、二本鎖DNAを紫外線下で確
認した。同時に、サイズマ−カ−として、Alu消化P
BR322(908, 659, 656, 521b
p断片を含む)を電気泳動し、それを参考にして目的の
長さに出た単一バンド を切りだし、Sambrook
らの方法(Molecular cloning, C
old Spring HarbourLaborat
ory(CSHL) Press)に従い、DNAを回
収した。
【0028】(6)クロ−ニング カイネ−ション(Kination)反応上記工程(5
)で回収したDNAをTE緩衝液で0.2μg/μlに
調製し、その10μl を以下の溶液と混合した。
【0029】5×Kination buffer* 
        4μlATP(50 pmol/μl
)                        
    2μl滅菌蒸留水             
                     2μlT
4ポリヌクレオチドキナ−ゼ(10単位/μl)** 
   2μl*: 5×Kination buffe
rの組成250mM トリス−塩酸(pH 9.5)5
0mM MgCl2 25mM DTT 25% グリセリン **: Bio Labs社
【0030】上記混合溶液を37℃で30分間反応させ
た後、T4ポリヌクレオチドキナ−ゼを2μl追加し、
更に37℃で30分間反応を行ないDNAの5’末端を
リン酸化した。 反応液をフェノ−ル処理した後、エタノ−ル沈殿させた
【0031】 ベクタ−へのライゲ−ション(ligation)反応
エタノ−ル沈殿で得られたDNA沈殿物をTE緩衝液で
0.05μg/μlに調製し、その1μlを以下の溶液
と混合した。
【0032】 5×ligation buffer*       
                2μlCIAP処理
したSmaI消化pBluescript II SK
(+)**  1μl滅菌蒸留水          
                        5
μlT4DNAリガ−ゼ(5単位/μl)      
          1μl*: 5×ligatio
n bufferの組成250mM トリス−塩酸(p
H 7.8)50mM MgCl2 50mM ジチオトレイト−ル 2.5mM ATP 500μg/ml 牛血清アルブミン
【0033】**: Stratagene社のpBl
uescriptII SK(+)をSmaIで完全消
化した後、Sambrookら (Molecular
 cloning, CSHL Press) の方法
に従って、calf intesti−nal alk
aline phosphataseにてdephos
phorylationしたものをTE緩衝液にて0.
1μg/μlに調製した。この混合液を16℃で24時
間反応させた。
【0034】形質転換 Ca++処理した大腸菌XL−1−B(100μl)と
上記ligation反応液(1μl)を混合し、氷中
0℃で30分間静置した後、40μg/mlのX−ge
l、40μg/mlのIPTGおよび50μg/mlの
アンピシリンを含有するL培地上で形質転換した。
【0035】形質転換された白色のコロニ−をL培地5
ml中で一夜培養した。このうち1.5mlを7000
rpmで40秒間遠心した。得られたペレットを100
μlのSTET緩衝液(8%シュクロ−ス、5%トライ
トンX−100、50mM EDTA、50mM トリ
ス−塩酸(pH 8.0) )に 懸濁した。これに1
0μg/μlのライソザイムを10μl加えた後40秒
間煮沸した。これを等量のフェノ−ル/クロロホルム/
イソアミルアルコ−ル(24:24:1)で抽出 した
後、得られた上清に等量のイソプロパノ−ルを加え、−
20℃で30分間静置した。これを遠心(15000r
pm、4℃、10分間)後、得られたペレットを100
μlのTE緩 衝液に懸濁した。この懸濁液16μlに
、2μlの10×High buffer (500m
M トリス−塩酸(pH 7.5)、1000mM N
aCl、100mM MgCl2、10mM ジチオト
レイト−ル)、1μlのBamHI(12単位/μl)
、1μlのEcoRI(12単位/μl)を加え、37
℃で1時間インキュベ −トしてBamHIとEcoR
Iで二重消化した。
【0036】この反応液20μlにブロモフェノ−ルブ
ル−/キシレンシアノ−ル/シュ クロ−ス(5μl)
を加え、1.2%アガロ−スゲルを用いて電気泳動した
。サイズマ−カ−としてAluI消化pBR322を用
いた。エチジウムブロミド染色後、紫外線下で、目的の
長さ付近にバンドのみえる陽性クロ−ンを得た。
【0037】(7)シ−ケンシング 前記工程(6)で得られた陽性クロ−ンの1つであるM
20のDNAインサ−トの塩 基配列を、ジデオキシ鎖
終止法により決定した。決定された塩基配列を配列番号
1に示す。
【配列表】
【0038】配列番号: 1 配列の長さ: 467 配列の型: 核酸 トポロジ−: 直鎖状 配列の種類: 他の核酸  ウィルスRNA由来のcD
NAアンチセンス:No 起源 生物名: C型肝炎ウィルス 配列 ACCAAACGTA ACACCAACCG TCG
CCCACAG GACGTCAAGT TCCCGG
GCGG TGGTCAGATC     60GTT
GGTGGAG TTTACCTGTT GCCGCG
CAGG GGCCCCAGGT TGGGTGTGC
G CGCGACTAGG    120AAGACT
TCCG AGCGGTCGCA ACCTCGTGG
A AGGCGACAAC CTATCCCCAA G
GCTCGCCGG    180CCCGAGGGC
A GGGCCTGGGC TCAGCCCGGG T
ACCCTTGGC CCCTCTATGG CAAT
GAGGGT    240CTTGGGTGGG C
AGGATGGCT CCTGTCACCC CGAG
GCTCTC GGCCTAGTTG GGGCCCC
ACT    300GACCCCCGGC GTAG
GTCGCG TAATTTGGGT AAGGTCA
TCG ATACCCTCAC ATGCGGCTTC
    360GCCGACCTCA TGGGGTA
CAT TCCGCTCGTC GGCGCCCCCC
 TGGGAGGCGC TGCCAGGGCC   
 420CTGGCGCATG GCGTCCGGGT
 TCTGGAGGAC GGCGTGAACT AT
GCAAC                  46
【0039】配列番号: 2 配列の長さ: 20 配列の型: 核酸 鎖の数: 一本鎖 トポロジ−: 直鎖状 配列の種類: 他の配列  合成DNAアンチセンス:
Yes 配列 AAGATAGAGA AAGAGCAACC    
                         
                    20
【0040】配列番号: 3 配列の長さ: 20 配列の型: 核酸 鎖の数: 一本鎖 トポロジ−: 直鎖状 配列の種類: 他の配列  合成DNAアンチセンス:
No 配列 CTCGTAGACC GTGCACCATG    
                         
                    20
【0041】配列番号: 4 配列の長さ: 20 配列の型: 核酸 鎖の数: 一本鎖 トポロジ−: 直鎖状 配列の種類: 他の配列  合成DNAアンチセンス:
No 配列 ACCAAACGTA ACACCAACCG    
                         
                    20
【0042】配列番号: 5 配列の長さ: 20 配列の型: 核酸 鎖の数: 一本鎖 トポロジ−: 直鎖状 配列の種類: 他の配列  合成DNAアンチセンス:
Yes 配列

Claims (2)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】  配列番号1に示されるDNA配列を有
    するDNA配列。
  2. 【請求項2】  配列番号1に示されるDNA配列であ
    る請求項1記載のDNA配列。
JP41217790A 1990-07-11 1990-12-18 C型肝炎ウィルスのcDNA配列 Pending JPH04218376A (ja)

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DK91111413.0T DK0469348T3 (da) 1990-07-11 1991-07-09 cDNA-sekvens og detektering af hepatitis C-virus
DE69125066T DE69125066T2 (de) 1990-07-11 1991-07-09 cDNS-Sequenz und Detektion des Hepatitis C-Virus
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KR1019910011819A KR920002784A (ko) 1990-07-11 1991-07-11 C형 간염 비루스의 cDNA 서열 및 검출
GR970400916T GR3023251T3 (en) 1990-07-11 1997-04-22 cDNA sequence and detection of hepatits C virus

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JP41217790A Pending JPH04218376A (ja) 1990-07-11 1990-12-18 C型肝炎ウィルスのcDNA配列

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JP (1) JPH04218376A (ja)

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