JP7765397B2 - 新規抗lilrb4抗体および派生産物 - Google Patents
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Description
[001]本出願は、2020年3月12日に提出された米国仮特許出願第62/988,892号に優先権を主張し、該文献の開示は本明細書に援用される。
配列表
[002]150,794バイト(Microsoft Windowsによって測定されるとおり)であり、そして2021年3月12日に作成された、「066564-8013WO01_ST25」と称されるファイルに含まれる配列表は、電子投稿によって本明細書と共に提出され、そして本明細書に援用される。
発明の分野
[003]本開示は、一般的に、医学、腫瘍学、および免疫学の分野に関する。より具体的には、本開示は、LILRB4に結合する抗体に関する。
[006]1つの側面において、本開示は、単離抗LILRB4抗体またはその抗原結合断片を提供する。いくつかの態様において、抗LILRB4抗体またはその抗原結合断片は:(a)配列番号5のアミノ酸配列を有する重鎖相補性決定領域(HC-CDR)1、配列番号6のアミノ酸配列を有するHC-CDR2、および配列番号7のアミノ酸配列を有するHC-CDR3を含む、重鎖可変領域;ならびに(b)アミノ酸残基NSで突然変異を含む配列番号8のアミノ酸配列を有する軽鎖相補性決定領域(LC-CDR)1、配列番号9のアミノ酸配列を有するLC-CDR2、および配列番号10のアミノ酸配列を有するLC-CDR3を含む、軽鎖可変領域を含む。
[008]特定の態様において、重鎖可変領域は、配列番号1に少なくとも約90%同一のアミノ酸配列を有し;そして軽鎖可変領域は、配列番号27に少なくとも約90%同一のアミノ酸配列を有する。
[0010]特定の態様において、抗体または抗原結合断片は、免疫グロブリン定常領域、任意選択でIgGの定常領域、または任意選択でヒトIgGの定常領域をさらに含む。
[0012]特定の態様において、抗体または抗原結合断片はヒト化されている。
[0016]特定の態様において、本明細書に提供される二重特異性抗体または抗原結合断片は:(a)第一の軽鎖可変(VL)ドメインおよび第一の重鎖可変(VH)ドメインを含む、第一の抗原結合領域;ならびに(b)第二のVLドメインおよび第二のVHドメインを含む、第二の抗原結合領域を含み、第一の抗原結合領域がLILRB4に結合可能であり、そして第二の抗原結合領域がCD3に結合可能であるか、またはその反対のものである。
[0021]特定の態様において、本明細書に提供される抗体または抗原結合断片は、第三のVLドメインおよび第三のVHドメインを含む第三の抗原結合領域をさらに含み、第三の抗原結合領域はLILRB4またはCD3に結合可能である。
[0026]別の側面において、本開示は、本明細書記載の抗体またはその抗原結合断片をコードする、単離ポリヌクレオチドを提供する。
[0028]別の側面において、本開示は、本明細書記載のベクターを含む宿主細胞を提供する。特定の態様において、宿主細胞は、哺乳動物細胞、例えばCHO細胞である。
[0030]別の側面において、本開示は、本明細書記載の抗体またはその抗原結合断片を発現する方法を提供する。いくつかの態様において、方法は、本明細書記載のベクターが発現される条件下で、本明細書記載の宿主細胞を培養する工程を含む。
[0035]いくつかの態様において、前記癌は、急性リンパ球性/リンパ芽球性白血病(ALL)、急性骨髄性白血病(AML)、B細胞白血病、芽細胞性形質細胞様樹状細胞新生物(BPDCN)、慢性リンパ芽球性白血病(CLL)、慢性骨髄単球性白血病(CMML)、慢性骨髄細胞性白血病(CML)、びまん性巨細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)、節外性NK/T細胞リンパ腫、毛様細胞白血病、HHV8関連原発性浸出リンパ腫、形質芽球性リンパ腫、プレB急性リンパ球性白血病(プレB ALL)、原発性CNSリンパ腫、原発性縦隔巨細胞型B細胞リンパ腫、T細胞/組織球リッチB細胞リンパ腫、重鎖病、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、ワルデンストレームマクログロブリン血症、多発性骨髄腫(MM)、骨髄異形成症候群(MDS)、骨髄増殖性新生物、および真性多血症を含む血液学的悪性腫瘍である。
[0039]特定の態様において、方法は、被験体に、トポイソメラーゼ阻害剤、アントラサイクリン・トポイソメラーゼ阻害剤、アントラサイクリン、ダウノルビシン、ヌクレオシド代謝阻害剤、シタラビン、低メチル化剤、低用量シタラビン(LDAC)、ダウノルビシンおよびシタラビンの組み合わせ、注射用ダウノルビシンおよびシタラビン・リポソーム、Vyxeos(登録商標)、アザシチジン、Vidaza(登録商標)、デシタビン、オールトランスレチノイン酸(ATRA)、ヒ素、亜ヒ酸、ヒスタミン二塩酸塩、Ceplene(登録商標)、インターロイキン-2、アルデスロイキン、Proleukin(登録商標)、ゲムツズマブ・オゾガマイシン、Mylotarg(登録商標)、FLT-3阻害剤、ミドスタウリン、Rydapt(登録商標)、クロファラビン、ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤、デシタビン、IDH1阻害剤、イボシデニブ、Tibsovo(登録商標)、IDH2阻害剤、エナシデニブ、Idhifa(登録商標)、スムーズンド(SMO)阻害剤、グラスデギブ、アルギナーゼ阻害剤、IDO阻害剤、エパカドスタット、BCL-2阻害剤、ベネトクラックス、Venclexta(登録商標)、白金複合体誘導体、オキサリプラチン、キナーゼ阻害剤、チロシンキナーゼ阻害剤、PI3キナーゼ阻害剤、BTK阻害剤、イブルチニブ、IMBRUVICA(登録商標)、アカラブルチニブ、CALQUENCE(登録商標)、ザヌブルチニブ、PD-1抗体、PD-L1抗体、CTLA-4抗体、LAG3抗体、ICOS抗体、TIGIT抗体、TIM3抗体、CD40抗体、4-1BB抗体、CD47抗体、SIRP1α抗体または融合タンパク質、CD70抗体、CLL1抗体、CD123抗体、E-セレクチンのアンタゴニスト、腫瘍抗原に結合する抗体、T細胞表面マーカーに結合する抗体、骨髄細胞またはNK細胞表面マーカーに結合する抗体、アルキル化剤、ニトロソウレア剤、代謝拮抗剤、抗腫瘍抗生物質、植物由来のアルカロイド、ホルモン療法薬剤、ホルモンアンタゴニスト、アロマターゼ阻害剤、およびP-糖タンパク質阻害剤からなる群より選択される1つまたはそれより多い薬剤を投与する工程をさらに含む。
[0043]いくつかの態様において、検出は、免疫組織化学、フローサイトメトリー、イムノアッセイ(ELISA、RIA等を含む)またはウェスタンブロットを含む。
[0047]別の側面において、本開示は、LILRB4を検出する際に有用な、本明細書記載の抗体またはその抗原結合断片を含むキットを提供する。
[0054]いくつかの態様において、前記癌は、急性リンパ球性/リンパ芽球性白血病(ALL)、急性骨髄性白血病(AML)、B細胞白血病、芽細胞性形質細胞様樹状細胞新生物(BPDCN)、慢性リンパ芽球性白血病(CLL)、慢性骨髄単球性白血病(CMML)、慢性骨髄細胞性白血病(CML)、びまん性巨細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)、節外性NK/T細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、毛様細胞白血病、HHV8関連原発性浸出リンパ腫、形質芽球性リンパ腫、プレB急性リンパ球性白血病(プレB ALL)、原発性CNSリンパ腫、原発性縦隔巨細胞型B細胞リンパ腫、T細胞/組織球リッチB細胞リンパ腫、重鎖病、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、ワルデンストレームマクログロブリン血症、多発性骨髄腫(MM)、骨髄異形成症候群(MDS)、骨髄増殖性新生物、および真性多血症を含む血液学的悪性腫瘍である。
[0098]前述の一般的な説明および以下の詳細な説明のどちらも、例示でありそして説明のためのみであり、そして請求されるような発明を制限しないことが理解されるものとする。本出願において、別に明らかに記載されない限り、単数形の使用には複数形が含まれる。本開示において、用語「または」は、代替物のみを明確に指すよう示されるか、または代替物が互いに排除性である場合を除き、「および/または」を意味するよう用いられる。本明細書において、「別の(another)」は、少なくとも第二のまたはそれより多くを意味しうる。さらに、用語「含む(including)」ならびに他の形、例えば「含む(includes)」および「含んだ(included)」の使用は限定性ではない。また、用語、例えば「要素(element)」または「構成要素(component)」は、別に記載されない限り、1つの単位(unit)または要素を含む要素または構成要素、および1つより多いサブユニットを含む要素または構成要素の両方を含む。また、用語「一部(portion)」の使用には、部分(moiety)の一部(part)または部分全体が含まれうる。
[00100]用語「抗体」には、本明細書において、特定の抗原に結合する、任意の免疫グロブリン、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、多価抗体、二価抗体、一価抗体、多重特異性抗体、または二重特異性抗体が含まれる。天然の損なわれていない(intact)抗体は、2つの重(H)鎖および2つの軽(L)鎖を含む。哺乳動物重鎖は、アルファ、デルタ、イプシロン、ガンマ、およびミューと分類され、各重鎖は可変ドメイン(VH)、ならびに第一、第二、および第三の定常ドメイン(それぞれ、CH1、CH2、CH3)を含む定常領域からなり;哺乳動物軽鎖は、λまたはκと分類される一方、各軽鎖は可変ドメイン(VL)および定常ドメイン(CL)からなる。典型的なIgG抗体は、「Y」の形状を有し、Yのステムは、典型的には、ジスルフィド結合を通じて共に結合されている2つの重鎖の第二および第三の定常ドメインからなる。Yの各アームには、単一の軽鎖の可変および定常ドメインに結合された、単一の重鎖の可変ドメインおよび第一の定常ドメインが含まれる。軽鎖および重鎖の可変ドメインは、抗原結合に関与する。両鎖中の可変ドメインは、一般的に、相補性決定領域(CDR)と称される3つの非常に可変性のループを含有する(LCDR1、LCDR2、およびLCDR3を含む軽鎖CDR、HCDR1、HCDR2、HCDR3を含む重鎖CDR)。本明細書に開示される抗体および抗原結合断片のCDR境界は、Kabat、IMGT、Chothia、またはAl-Lazikaniの慣習によって定義されるかまたは同定されうる(Al-Lazikani, B., Chothia, C., Lesk, A. M., J. Mol. Biol., 273(4), 927 (1997); Chothia, C.ら, J Mol Biol. (1985) 186(3):651-63; Chothia, C.およびLesk, A.M., J.Mol.Biol. (1987) 196:901; Chothia, C.ら, Nature (1989) 342(6252):877-83; Marie-Paule Lefrancら, Developmental and Comparative Immunology (2003) 27: 55-77; Marie-Paule Lefrancら, Immunome Research (2005) 1(3); Marie-Paule Lefranc, Molecular Biology of B cells (第2版), chapter 26, 481-514, (2015))。3つのCDRは、フレームワーク領域(FR)として知られる隣接ストレッチ間に介在し、FRは、CDRよりもより高く保存され、そして超可変ループを支持する足場を形成する。重鎖および軽鎖の定常ドメインは、抗原結合には関与しないが、多様なエフェクター機能を示す。抗体は、その重鎖の定常領域のアミノ酸配列に基づいて、クラスに割り当てられる。抗体の5つの主要なクラスまたはアイソタイプは、IgA、IgD、IgE、IgG、およびIgMであり、それぞれ、アルファ、デルタ、イプシロン、ガンマ、およびミュー重鎖の存在によって特徴付けられる。主要な抗体クラスのいくつかは、サブクラス、例えばIgG1(ガンマ1重鎖)、IgG2(ガンマ2重鎖)、IgG3(ガンマ3重鎖)、IgG4(ガンマ4重鎖)、IgA1(アルファ1重鎖)、またはIgA2(アルファ2重鎖)に分けられる。
[00110]「dsFv」は、単一軽鎖の可変ドメインおよび単一重鎖の可変ドメイン間の連結がジスルフィド結合である、ジスルフィド安定化Fv断片を指す。いくつかの態様において、「(dsFv)2」または「(dsFv-dsFv’)」は3つのペプチド鎖:ペプチドリンカー(例えば長く柔軟なリンカー)によって連結され、そしてそれぞれジスルフィド架橋によって2つのVLドメインに結合された2つのVHドメインを含む。いくつかの態様において、dsFv-dsFv’は二重特異性であり、各ジスルフィド対形成重鎖および軽鎖は、異なる抗原特異性を有する。
[00113]「ディアボディ」または「dAb」には、断片が同じポリペプチド鎖中でVLドメインに連結されたVHドメインを含む(VH-VLまたはVL-VH)、2つの抗原結合部位を持つ小分子抗体断片が含まれる(例えばHolliger P.ら, Proc Natl Acad Sci U S A. Jul 15;90(14):6444-8 (1993); EP404097; WO93/11161を参照されたい)。同じ鎖上の2つのドメイン間での対形成を可能にするためには短すぎるリンカーを用いることによって、ドメインは、別の鎖の相補ドメインと対形成するよう強いられ、それによって、2つの抗原結合部位が生成される。抗原結合部位は、同じまたは異なる抗原(またはエピトープ)をターゲティングしうる。特定の態様において、「二重特異性dsディアボディ」は、2つの異なる抗原(またはエピトープ)をターゲティングするディアボディである。
[00128]用語「ヒト化」は、本明細書において、抗体または抗原結合断片が、非ヒト動物由来のCDR、ヒト由来のFR領域、および適用可能な場合、ヒト由来の定常領域を含むことを意味する。
[00133]「LILRB4関連」疾患または状態は、本明細書において、LILRB4の増加したまたは減少した発現または活性によって引き起こされるか、悪化するか、または別の方式でこれと関連する、任意の疾患または状態を指す。いくつかの態様において、LILRB4関連状態は、免疫関連障害、例えば癌、自己免疫疾患、炎症性疾患または感染性疾患である。
[00145]本開示は、1つの側面において、LILRB4への高い結合アフィニティを有する抗LILRB4抗体およびその抗原結合断片を提供する。いくつかの態様において、LILRB4に結合した際、こうした抗体は、LILRB4の活性化を調節する。特定の態様において、抗体または抗原結合断片は、LILRB4に結合した際、LILRB4の活性化を抑制する。特定の態様において、抗体または抗原結合断片は、LILRB4に結合した際、ApoEおよびLILRB4の間の相互作用に特異的に干渉するか、これをブロッキングするかまたは減少させることも可能である。特定の態様において、本明細書に提供される抗体または抗原結合断片は、LILRB4のApoE仲介活性を阻害可能である。特定の態様において、本明細書に提供される抗体または抗原結合断片は、ヒトLILRB4に特異的にまたは選択的に結合する。
[00149]本開示は、1つの側面において、本明細書に開示される抗LILRB4抗体の1つまたはそれより多い(例えば1、2、3、4、5、または6つの)CDR配列を含む、抗LILRB4抗体およびその抗原結合断片を提供する。CDRは、抗原結合に関与することが知られているが、6つのCDRすべてが不可欠であるかまたは変更不能であるわけではないことが見出されてきている。言い換えると、本明細書開示の抗LILRB4抗体中の1つまたはそれより多いCDRを置換させるかまたは変化させるかまたは修飾して、なお、実質的にLILRB4への特異的結合アフィニティを保持することが可能である。
[00154]表1. 抗LILRB4抗体のCDR配列
[00166]本明細書に提供される抗体およびその抗原結合断片はまた、その多様な変異体も含む。特定の態様において、抗体およびその抗原結合断片は、本明細書に提供される例示的な抗体の変異体の多様なタイプを含む。
[00170]アフィニティ変異体は、本明細書に提供される1つまたはそれより多いCDR配列、1つまたはそれより多いFR配列、あるいは重鎖または軽鎖可変領域における修飾または置換を含有してもよい。アフィニティ変異体は、親抗体のLILRB4に対する特異的結合アフィニティを保持するか、またはさらに親抗体を超える、改善されたLILRB4特異的結合アフィニティを有する。
[00176]さらに別の態様において、抗体は、特定のグリコシル化パターンを含む。例えば、無グリコシル化(aglycosylated)抗体を作製してもよい(すなわち抗体はグリコシル化を欠く)。抗体のグリコシル化パターンを改変して、例えば抗原に対する抗体のアフィニティまたはアビディティを増加させてもよい。こうした修飾は、例えば、抗体配列内のグリコシル化部位の1つまたはそれより多くを改変することによって達成されうる。例えば、可変領域フレームワークグリコシル化部位の1つまたはそれより多くの除去を生じ、それによってその部位でのグリコシル化を排除する、1つまたはそれより多いアミノ酸置換を行ってもよい。こうした無グリコシル化は、抗原に対する抗体のアフィニティまたはアビディティを増加させうる。例えば米国特許第5,714,350号および第6,350,861号を参照されたい。
[00187]本明細書に提供される抗LILRB4抗体および抗原結合断片はまた、1つまたはそれより多い導入された未結合(free)システインアミノ酸残基を含む、システイン操作変異体も含む。
[00190]本明細書に開示される抗体はまた、典型的には抗体の1つまたはそれより多い機能特性、例えば血清半減期、補体結合、Fc受容体結合、および/またはエフェクター機能(例えば抗原依存性細胞性細胞傷害)を改変するため、Fc領域内に修飾を含むように操作されてもよい。さらに、本明細書に開示される抗体は、やはり抗体の1つまたはそれより多い機能特性を改変するために化学的に修飾されてもよい(例えば、1つまたはそれより多い化学部分を抗体に付着させてもよい)し、またはそのグリコシル化を改変するために修飾されてもよい。これらの態様は各々、さらに詳細に以下に記載される。Fc領域中の残基の番号付けは、KabatのEUインデックスのものである。本明細書に開示される抗体にはまた、改変されたエフェクター機能を提供するため、修飾(またはブロッキング)されたFc領域を含む抗体も含まれる。例えば、米国特許第5,624,821号; WO2003/086310; US2004/0002587; US2005/0152894; US2005/0249723; WO2006/019447を参照されたい。こうした修飾を用いて、診断および療法において、ありうる有益な効果を伴い、免疫系の多様な反応を増進させるかまたは抑制してもよい。Fc領域の改変には、アミノ酸変化(置換、欠失および挿入)、グリコシル化または脱グリコシル化、および多数のFcの付加が含まれる。Fcへの変化はまた、療法抗体中の抗体の半減期を改変して、より頻繁でない投薬を可能にし、そしてこうして利便性を増加させ、そして物質の使用を減少させることも可能である。この突然変異は、ヒンジ領域中の重鎖間ジスルフィド架橋の不均一性を消失させると報告されてきている。
[00201]抗LILRB4抗原結合断片もまた、本明細書に提供される。多様なタイプの抗原結合断片が当該技術分野に知られ、そして例えば、そのCDRおよび可変配列が本明細書に提供される例示的な抗体、およびその異なる変異体(例えばアフィニティ変異体、グリコシル化変異体、Fc変異体、システイン操作変異体など)を含む、本明細書に提供される抗LILRB4抗体に基づいて、開発されてもよい。
[00218]特定の態様において、本明細書開示のLILRB4抗体は、二重特異性抗体である。特定の態様において、LILRB4二重特異性抗体は、T細胞またはNK細胞上の抗原および癌細胞上のLILRB4の両方と結合することによって、細胞傷害性T細胞またはNK細胞を癌細胞に向けなおすことを通じて、血液学的および固形悪性腫瘍を治療するために用いられうる。いくつかの態様において、抗LILRB4二重特異性抗体は、T細胞受容体、例えばCD3に対する。いくつかの態様において、抗LILRB4二重特異性抗体は、NK細胞受容体、例えばCD16Aに対する。
[00235]いくつかの態様において、抗LILRB4抗体およびその抗原結合断片は、コンジュゲート部分をさらに含む。コンジュゲート部分を抗体およびその抗原結合断片に連結させてもよい。コンジュゲート部分は、抗体またはその抗原結合断片に付着させうるタンパク質性または非タンパク質性部分である。多様なコンジュゲート部分を本明細書に提供される抗体または抗原結合断片に連結させてもよい(例えば、“Conjugate Vaccines”, Contributions to Microbiology and Immunology, J. M. CruseおよびR. E. Lewis, Jr.(監修), Carger Press, New York, (1989)を参照されたい)。これらのコンジュゲート部分を、他の方法の中でも、共有結合、アフィニティ結合、挿入(intercalation)、配位結合、複合体形成、会合、ブレンド、または添加によって、抗体または抗原結合断片に連結してもよい。
[00242]特定の態様において、本明細書に提供される抗体およびその抗原結合断片は、コンジュゲートの基部のために用いられる。
[00244]本開示は、抗LILRB4抗体およびその抗原結合断片をコードする単離ポリヌクレオチドを提供する。特定の態様において、単離ポリヌクレオチドは、本明細書に提供される例示的抗体の可変領域をコードする、配列番号2、4、および35に示されるような、1つまたはそれより多いヌクレオチド配列を含む。モノクローナル抗体をコードするDNAは、慣用法を用いて(例えば抗体の重鎖および軽鎖をコードする遺伝子に特異的に結合可能なオリゴヌクレオチドプローブを用いることによって)、容易に単離され、そして配列決定される。コードDNAはまた、合成法によっても得られうる。
[00258]特定の態様において、本開示の抗体を精製してもよい。用語「精製」は、本明細書において、タンパク質が、その天然に得られうる状態に比較して、任意の度合いまで精製されている、他の構成要素から単離可能な組成物を指すよう意図される。したがって、精製タンパク質はまた、該タンパク質が天然に存在しうる環境から遊離したタンパク質を指す。用語「実質的に精製された」を用いた際、この指定は、タンパク質またはペプチドが、組成物の主要構成要素を形成する、例えば組成物中のタンパク質の約50%、約60%、約70%、約80%、約90%、約95%またはそれより多くを構成する、組成物を指すであろう。
[00265]本開示は、抗LILRB4抗体またはその抗原結合断片および1つまたはそれより多い薬学的に許容されうるキャリアーを含む薬学的組成物をさらに提供する。
[00275]本開示はまた、本明細書に提供されるような抗体または抗原結合断片の療法的有効量を、治療の必要がある被験体に投与し、それによって、LILRB4関連状態または障害を治療するかまたは防止する工程を含む療法も提供する。いくつかの態様において、LILRB4関連状態または障害は、癌、自己免疫疾患、炎症性疾患、または感染性疾患である。
[00280]いくつかの態様において、骨髄細胞上のLILRB4のブロッキングはまた、LILRB4を発現する樹状細胞または骨髄性白血病細胞を含む、抗原提示細胞(APC)に対するその阻害性効果を解除しうる。特定のサイトカイン産生APCによる抗原提示活性の増加が観察される可能性があり、そしてこれはT細胞活性化、細胞傷害性およびT細胞サイトカイン産生を導きうる。
[00294]AMLは、予後が劣った侵襲性悪性腫瘍である。世界保健機構(WHO分類では、急性骨髄単球性白血病(フランス・アメリカ・イギリス[FAB]分類ではM4)および急性単芽球/単球性白血病(FAB分類ではM5)は、AML、特定不能(Not Otherwise Specified)(AML、NOS)のサブタイプである。
[00300]CMML診断分類は、臨床検査、形態学、細胞遺伝学、および可能な場合はいつでも、フローサイトメトリーに基づき、そして分子生物学を組み込んで、WHO 2016カテゴリーにしたがって患者を分類すべきである。WHO分類(Arberら、2016)には、末梢血中の<2%芽球およびBM中の<5%芽球を伴う症例に関するCMML-0;末梢血中の2%~4%芽球およびBM中の5%~9%芽球を伴う症例に関するCMML-1;ならびに末梢血中の5%~19%芽球、BM中の10%~19%芽球を伴う、および/またはアウエル小体が存在する場合の症例に関するCMML-2が含まれる。
[00309]本開示は、別の側面において、LILRB4に結合するキメラ抗原受容体(CAR)タンパク質(LILRB4 CARタンパク質)を提供する。特定の態様において、CARタンパク質は、抗原認識領域、すなわち本明細書に記載されるようなLILRB4を認識する抗体または抗原結合断片、ならびに他の膜および細胞内構成要素を含む。いくつかの態様において、LILRB4 CARタンパク質は、LILRB4抗原認識領域、膜貫通ドメインおよび細胞内共刺激性シグナルドメインを含む。特定の態様において、一本鎖LILRB4 CARタンパク質はまた、リーダーペプチド、スペーサー領域および細胞内T細胞シグナル伝達ドメインも含む。
[00311]いくつかの態様において、CARタンパク質は、抗体重鎖可変ドメインを含む第一のポリペプチド、および抗体軽鎖可変ドメインを含むポリペプチドを含み、ここで第一または第二のポリペプチドには膜貫通ドメインがさらに含まれ、そして抗体重鎖可変ドメインおよび抗体軽鎖可変ドメインが共に、抗原認識領域を形成する。
[00327]別の側面において、本開示は、本明細書記載のCARタンパク質を発現する操作免疫細胞を提供する。免疫細胞は、T細胞(例えば制御性T細胞、CD4+ T細胞、CD8+ T細胞、またはガンマ-デルタT細胞)、ナチュラルキラー(NK)細胞、インバリアントNK細胞、NKT細胞、またはマクロファージであってもよい。本明細書にやはり提供するのは、免疫細胞を産生しそして操作する方法、ならびに養子細胞療法のために細胞を使用しそして投与する方法であり、この場合、細胞は自己または同種であってもよい。したがって、操作免疫細胞は、免疫療法として、例えば癌細胞をターゲティングするために用いられてもよい。
[00336]材料および方法
[00337]SEC:サイズ排除クロマトグラフィー(SEC)の方法は以下の通りである。試料濃度が10.0mg/mLを超える場合、SEC分析前に可動相で試料を10.0mg/mLに希釈する。100μgの試料をカラム内に注入した。用いた装置は、TSKgel G3000SWXLカラム(7.8x300mm、5μm粒子サイズ)およびUV検出装置(検出波長:280nm)を備えたAgilent 1260 HPLC系であった。可動相は、300mM塩化ナトリウムを含む50mMリン酸緩衝液であった(pH6.8±0.1)。1.0mL/分の流速で20分間、均一濃度勾配を適用した。
[00357]本発明者らは以前、ヒトLILRB4に対する高い結合アフィニティを有し、そして異種移植AMLマウスモデルにおいて癌の発展を阻害可能である、B4-193と称されるウサギ抗LILRB4抗体を同定した(米国仮出願第62/730,715号を参照されたい。該文献の開示はその全体が本明細書に援用される)。
[00363]H7K3を再操作して、脱アミノ化および酸化傾向を修正するため、本発明者らは、潜在的な酸化部位および脱アミノ化部位で突然変異を有する一連の変異体を生成した。H7K3変異体の配列を表4に要約する。
[00373]本実施例は、H7K3m5の生物学的機能を例示する。
[00374]本発明者らはまず、H7K3m5が、細胞表面上に発現されたLILRB4に結合するかどうかを評価した。図3に示すように、H7K3m5は、THP-1-GFP細胞上に発現されたLILRB4を認識した。H7K3m5は、図4に示すように、in vitroでPBMCの存在下、THP-1細胞に対するADCC活性を誘導可能である。特に、無フコシル化H7K3m5は、野生型H7K3m5に比較して、増進された殺細胞を示し、EC50は100倍以上増進された。図5に示すように、H7K3m5はまた、ヒト単球および形質細胞様樹状細胞(pDC)上に発現されたLILRB4にも結合する。
[00377]図8Aおよび8Bに示すように、LILRB4は、in vitro分化ヒトマクロファージ上で発現される。in vitro単球由来ヒトマクロファージ上のLILRB4のコピー数は非常に高く、150,000コピー/細胞に近い。
[00386]抗LILRB4抗体はまた、腫瘍細胞に対するT細胞仲介性細胞傷害もまた増進させる。図18に示すように、抗LILRB4は、AML細胞株THP-1-GFPに対するT細胞細胞傷害性を誘導しうる一方、アイソタイプ対照抗体では、いかなるT細胞細胞傷害性も観察されなかった。H7K3m5処理は、用量依存方式で、ナイーブT細胞がTHP-1 AML細胞を殺すよう誘導した。平均EC50は、0.208±0.125nM(31.2±18.8ng/mL)(n=3)であった。
[00391]T細胞仲介性細胞傷害増進の提唱される機構は、抗LILRB4ブロッキング抗体でのLILRB4阻害性受容体シグナル伝達の遮断、THP-1細胞によるアルギナーゼ産生の減少、THP-1細胞によるサイトカインの産生(図19および20)、およびTHP-1の抗原提示能の増進(図21)からなる。図21に示すように、THP-1 AML細胞およびナイーブT細胞を、1.5μg/mL(10nM)のH7K3m5またはヒトIgG1の存在下で、4:1のE:T比で、37℃で48時間共培養した。フローサイトメトリーによって、T細胞およびTHP-1細胞活性化マーカーを評価した(図21)。THP-1 AML細胞上で、すべての実験において、共刺激分子CD83の穏やかな上方制御が検出された。各実験は、異なるドナー(n=4)由来の汎T細胞を用いた。MHCクラスII分子HLADR(n=3)、MHCクラスI分子(n=1)、および別の共刺激分子CD86(n=2)の穏やかな上方制御もまた、THP-1細胞上で検出された。これらのデータは、H7K3m5処理が、THP-1の抗原提示活性を増進させることを示す。T細胞活性化マーカーCD69は、H7K3m5処理によって中程度に誘導され(n=1)、これは細胞傷害活性の増加と一致する。総合すると、THP-1の抗原提示の増進は、T細胞活性化を誘発し、そして細胞傷害活性の増進を導きうる。
[00397]本実施例は、H7K3m5の重鎖および軽鎖可変ドメイン配列に基づくLILRB4/CD3二重特異性抗体、ならびにWO2019057099に開示される抗体の生成を例示する。重鎖ヘテロ二量体化を、操作ジスルフィド結合(Carter J Immunol Methods 2001, 248, 7-15)によって安定化されるノブおよびホール突然変異(Merchantら Nature Biotech 1998, 16, 677-681)によって制御した。軽鎖Cカッパまたは重鎖CH1を、以前記載されるような(WO2019057122A1)ヒトT細胞レポーターアルファ(TRAC)およびベータ(TRBC)定常ドメインで置換することによって、正しい軽鎖対形成を制御した。また、ヒトIgG1定常ドメイン内に突然変異を導入して、エフェクター機能を減少させ、安定性を改善し、そしてCHOにおける生産性を増加させた(Alegreら Transplantation 1994, 57 1537-43およびHuら Biotechnol Prog 2017, 33, 786-794)。
[00399]図28Aは、1+1または2+1立体配置の6つの第一世代のLILRB4/CD3二重特異性抗体の模式図を示す。1+1立体配置の二重特異性抗体(4-3abおよび4ab-3)は、CD3イプシロンおよびLILRB4の単一コピーに結合するよう操作された。2+1の二重特異性抗体(44-4ab、4ab4ab-3、43ab-4、および4ab3-4ab)立体配置は、CD3イプシロンの単一コピーおよびLILRB4の2コピーに結合するよう操作された。44-3abおよび4ab4ab-3立体配置は、二重特異性の1つのアーム上にタンデムに、両方のLILRB4結合部分を有する。43ab-4および4ab3-4ab立体配置は、二重特異性の両方のアーム上にLILRB4結合部分を有する。各第一世代二重特異性抗体のポリペプチド鎖およびそのアミノ酸配列を表9に列挙する。
[00409]FACSに基づくアプローチを用いて、LILRB4/CD3二重特異性抗体がT細胞によるターゲット細胞殺細胞を仲介する能力を決定した。THP-1およびMV4-11細胞のin vitro細胞傷害性:ヒトAMP細胞株THP-1およびMV-4-11細胞を操作して緑色蛍光タンパク質(GFP)を発現させた。Stanford Blood Centerによって収集された健康なドナーからヒト・バフィーコートを得た。Ficoll Paque Plus(GE Healthcareカタログ番号17-1440-03)密度勾配細胞分離によって、バフィーコートからヒト末梢血単核細胞(PBMC)を単離した。ヒト汎T細胞単離キット(Miltenyi Biotecカタログ番号130-096-535)を用いて、汎T細胞をPBMCからさらに単離した。5:1の比で、5x105新鮮単離ヒト汎T細胞をエフェクター細胞として用い、そして1x105 THP-1-GFPをターゲット細胞として用いた。MV4-11細胞殺細胞アッセイでは、9:1の比で、9x105新鮮単離ヒト汎T細胞をエフェクター細胞として用い、そして1x105 MV4-11-GFPをターゲット細胞として用いた。ヒト汎T細胞、THP-1-GFPまたはMV4-11-GFP細胞、および増加する濃度のIO-202またはアイソタイプ対照ヒトIgG1(BioXcellカタログ番号BE0297)を、総量200μL中、RPMI 1640(Gibcoカタログ番号61870-036)+10%熱不活化ウシ胎児血清(FBS;Gibcoカタログ番号10082-147)中、U型96ウェルプレート中で混合し、そして37℃で48時間インキュベーションした。インキュベーション終了時、7-アミノアクチノマイシンD(7-AAD;BD Pharmingenカタログ番号559925)を細胞に添加し、そしてFACS Celestaによって100μLの細胞を獲得し、そしてGFP陽性細胞の割合を測定した。Flowjoソフトウェア(Flowjo LLC)を用いて、フローサイトメトリーデータを分析し、そして細胞傷害性を:細胞傷害性パーセント=100-([T/NT]x100)、式中、TおよびNTはそれぞれ、試験抗体を含みまたは含まずに処理したGFP+細胞の割合である、として計算した。
**EC50は正確には測定不能である;4-3ab、4ab-3、および44-3abは、4ab4ab-3、43ab-4、および4ab3-4abよりもより弱い強度を有する。
[00416]組換えCD3e-CD3dヘテロ二量体タンパク質(Acro Biosystems)またはLILRB4組換えタンパク質(Sino Biological)に対する第一世代二重特異性抗体の結合アフィニティを、Biacore 8K装置を用いた表面プラズモン共鳴によって測定した。簡潔には、標準プロトコルにしたがって、EDCおよびNHSで、CD3e-CD3dまたはLILRB4タンパク質をCM5チップ上に固定した。次いで、二重特異性抗体分析物を、それぞれ、LILRB4およびCD3e-CD3dに関して、1xHBX-EP+(10mM HEPES、150mM NaCl、3mM EDTA、0.05%Tween20、pH7.4)中、6つの濃度(1.25、2.5、5、10、20、および40nM)または7つの濃度(20、2.5、5、10、20、40、および80nM)で注入した。再生緩衝液として、10mMグリシンpH1.5を用いてチップを再生した。参照チャネルFc1および緩衝液チャネルのセンソグラムを試験センソグラムから減じ、そして1:1結合モデルによって実験データを適合させた。アフィニティに関しては、表17を参照されたい。
[00419]Gator Bioの機器を用いて、Bio-Layerインターフェロメトリー(BLI)によって、組換えヒトCD3e(Acro、カタログ番号CDE-H5223)、cyno CD3e(Acro、カタログ番号CDE-C5226)、ヒトLILRB4(Sino Biological、カタログ番号16742-H08H)、およびcyno LILRB4(Acro、カタログ番号CDK-C5227)に対して、第二世代二重特異性抗体の結合アフィニティを測定した。5μg/mL装填の固定抗ヒトFc抗体(HFC)プローブ(Gator Bio、カタログ番号PL168-160003)を用いて、二重特異性抗体を捕捉した。それぞれ、ヒトCD3e、cyno CD3e、ヒトLILRB4、およびcyno LILRB4に関して、6つの濃度(0.6~159nM、0.7~164nM、0.8~200nM、および2.5~595nM)を用いて、結合アフィニティを測定した。Gatorのデータ分析ソフトウェア1.6.1.1203で、1:1適合モデル(Global Fit)を用いて結合アフィニティ定数を決定し、そして比、Kdis/Konを用いて、KDを計算した。アフィニティに関しては表18を参照されたい。
[00422]CD3またはLILRB4に対する第一世代および第二世代二重特異性抗体の結合を、Jurkat細胞またはTHP-1細胞上で、FACSによって測定した。THP-1細胞への二重特異性抗体の結合を測定するため、THP-1細胞をまず、100万細胞あたり10μgのヒトFcブロッカー(BD Pharmingenカタログ番号564220)と室温で10分間インキュベーションし、その後、連続希釈二重特異性抗体と氷上で30分間インキュベーションした。BSA染色緩衝液(BD Pharmingenカタログ番号554657)で細胞を2回洗浄し、そして5μg/mLの二次Alexa647コンジュゲート化抗ヒトIgG Fcモノクローナル抗体(Biolegendカタログ番号409306)と氷上で30分間インキュベーションした。最後の洗浄後、7-AADを適用して死んだ細胞を排除した。Jurkat細胞に対する第一世代二重特異性抗体の結合を測定するため、各二重特異性抗体を、1%BSAを含む緩衝液中で希釈し(5倍希釈シリーズ、400nMが最高濃度)、そして細胞と4℃で30分間インキュベーションした。次いで、二重特異性抗体を、5μg/mLのAlexa647抗ヒトIgG Fcで、4℃で0.5時間染色した後、分析した。CD3に関する結合は、アイソタイプ対照に比較して該細胞上で明らかに観察されたが、結合曲線がプラトーに到達しなかったため、EC50は計算できないか、または概算のみ可能であった。EC50値に関しては、表17および18を参照されたい。
[00423]本実施例は、H7K3m5の重鎖および軽鎖可変領域配列に基づくCARタンパク質を発現する、CAR-T細胞の生成を例示する。
[00431]本実施例は、第1相、ヒトでの最初の臨床試験の設計を示す。
[00432]図39Aに示すように、抗LILRB4の2週間の単独療法導入(「ウィンドウ」)を含む「ウィンドウ」設計は、単独療法として、LILRB4を特異的にターゲティングするモノクローナル抗体の影響の研究を可能にする。
[00437]図39Bおよび図39Cに示すように、抗LILRB4+アザシチジンの組み合わせに関するMTDおよび/またはRP2Dが同定され、そして安全審査委員会(SRC)によって認可が与えられたならば、2つの拡大アーム(図39Bおよび図39C)の一方への登録が、再発性および/または難治性単芽球性/単球性白血病患者において開始されるであろう。
Claims (27)
- a)配列番号5のアミノ酸配列を有する重鎖相補性決定領域(HC-CDR)1、配列番号6のアミノ酸配列を有するHC-CDR2、および配列番号7のアミノ酸配列を有するHC-CDR3を含む、重鎖可変領域;ならびに
b)配列番号28のアミノ酸配列を有する軽鎖相補性決定領域(LC-CDR)1、配列番号9のアミノ酸配列を有するLC-CDR2、および配列番号10のアミノ酸配列を有するLC-CDR3を含む、軽鎖可変領域
を含む、単離抗LILRB4抗体またはその抗原結合断片。 - 重鎖可変領域が、配列番号1のアミノ酸配列を有し、そして軽鎖可変領域が、配列番号27のアミノ酸配列を有する、請求項1の抗体またはその抗原結合断片。
- 免疫グロブリン定常領域をさらに含む、請求項1の抗体またはその抗原結合断片。
- ヒト化されている、請求項1の抗体またはその抗原結合断片。
- ディアボディ、scFv、scFv二量体、BsFv、dsFv、(dsFv)2、dsFv-dsFv’、Fv断片、Fab、Fab’、F(ab’)2、二重特異性抗体、dsディアボディ、ドメイン抗体、または二価抗体である、請求項1の抗体またはその抗原結合断片であって、該二重特異性抗体はLILRB4およびCD3に対する抗体である、抗体またはその抗原結合断片。
- 1つまたはそれより多いコンジュゲート部分に連結されている、請求項1の抗体またはその抗原結合断片であって、該コンジュゲート部分が、クリアランス修飾剤、毒素、検出可能標識、化学療法剤、サイトカイン、または精製部分を含む、抗体またはその抗原結合断片。
- 請求項1の抗体またはその抗原結合断片、および薬学的に許容されうるキャリアーを含む、薬学的組成物。
- 請求項1の抗体またはその抗原結合断片をコードする、単離ポリヌクレオチド。
- 請求項8の単離ポリヌクレオチドを含む、ベクター。
- 請求項9のベクターを含む、宿主細胞。
- 抗体またはその抗原結合断片を発現させる方法であって、請求項10の宿主細胞を、ベクターが発現される条件下で培養する工程を含む、前記方法。
- 被験体において、癌を治療するかまたはその影響を改善する方法であって、被験体に、療法的有効量の請求項1の抗体またはその抗原結合断片を投与する工程を含む、前記方法に用いるための、請求項7の薬学的組成物。
- 被験体における自己免疫または炎症性疾患を治療するかまたは改善するための方法であって、被験体に、療法的有効量の請求項1のいずれかの抗体またはその抗原結合断片を投与する工程を含む、前記方法に用いるための、請求項7の薬学的組成物。
- 被験体において細胞を殺す方法であって、請求項1の抗体またはその抗原結合断片を被験体に投与する工程を含む、前記方法に用いるための、請求項7の薬学的組成物。
- T細胞を請求項1の抗体またはその抗原結合断片と接触させる工程を含む、T細胞を活性化する方法であって、該T細胞はin vitroで培養される、方法。
- 請求項15の方法であって、T細胞を、癌性細胞の存在下で、請求項1の抗体またはその抗原結合断片と接触させる工程を含み、該癌性細胞は抗原提示活性を増加させる、方法。
- 試料または被験体において、癌細胞または癌幹細胞を検出する方法であって:
試料が体液または生検であり、
(a)被験体または被験体由来の試料を、請求項1の抗体またはその抗原結合断片と接触させ;そして
(b)前記被験体または試料における癌細胞または癌幹細胞への前記抗体の結合を検出する
工程を含む、前記方法。 - (c)工程(a)および(b)を二回またはさらなる回数行って、一回目に比較した際の検出レベルの変化を決定する
工程をさらに含む、請求項17の方法。 - キメラ抗原受容体(CAR)タンパク質であって:
a)配列番号5のアミノ酸配列を有するHC-CDR1、配列番号6のアミノ酸配列を有するHC-CDR2、および配列番号7のアミノ酸配列を有するHC-CDR3を含む、重鎖可変領域;ならびに
b)配列番号28のアミノ酸配列を有するLC-CDR1、配列番号9のアミノ酸配列を有するLC-CDR2、および配列番号10のアミノ酸配列を有するLC-CDR3を含む、軽鎖可変領域
を含む、前記CARタンパク質。 - 重鎖可変領域が、配列番号1のアミノ酸配列を有し;そして軽鎖可変領域が、配列番号27のアミノ酸配列を有する、請求項19のCARタンパク質。
- 配列番号66または68と同一、あるいは配列番号66または68に、少なくとも85%、90%、95%または99%同一であるアミノ酸配列を有する一本鎖可変断片(scFv)を含む、請求項19のCARタンパク質。
- CD8α膜貫通ドメインまたはCD28膜貫通ドメインをさらに含む、請求項19のCARタンパク質。
- 4-1BB細胞内共刺激シグナル伝達ドメイン、CD28細胞内共刺激シグナル伝達ドメイン、またはCD3ζ細胞内T細胞シグナル伝達ドメインをさらに含む、請求項19のCARタンパク質。
- 請求項19記載のCARタンパク質をコードする、ポリヌクレオチド分子。
- 請求項24のポリヌクレオチド分子を含む、操作細胞であって、該細胞はT細胞、NK細胞、またはマクロファージである、細胞。
- 治療の必要がある被験体において、癌を治療するかまたは改善する方法に用いるための薬学的組成物であって、該薬学的組成物は請求項25の細胞を含み、そして、該方法は、被験体に、請求項25にしたがった細胞の療法的有効量を含む細胞療法を投与する工程を含む、前記薬学的組成物。
- 被験体において自己免疫または炎症性疾患を治療するかまたは改善するための方法に用いるための薬学的組成物であって、該薬学的組成物は請求項25の細胞を含み、そして、該方法は、請求項25記載の細胞の療法的有効量を含む細胞療法を被験体に投与する工程を含む、前記薬学的組成物。
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