JP7470107B2 - トランスサイレチン（ＴＴＲ）ｉＲＮＡ組成物及びＴＴＲ関連眼疾患を治療又は予防するためのその使用方法 - Google Patents

トランスサイレチン（ＴＴＲ）ｉＲＮＡ組成物及びＴＴＲ関連眼疾患を治療又は予防するためのその使用方法 Download PDF

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Description

関連出願
本出願は、２０１８年９月２８日に出願された米国仮特許出願第６２／７３８，２５６号、及び２０１９年５月７日に出願された米国仮特許出願第６２／８４４，１７４号に対する優先権の利益を主張し、そのそれぞれの全内容は、参照により本明細書に組み入れられる。
本出願は、２０１８年５月７日に出願された米国仮特許出願第６２／６６８，０７２号、２０１８年９月２８日に出願された米国仮特許出願第６２／７３８，７４７号、２０１８年１１月２９日に出願された米国仮特許出願第６２／７７３，０８２号、及び２０１９年５月７日に出願された国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０１９／０３１１７０号に関連し、これらのそれぞれの全内容は、参照により本明細書に組み入れられる。
本出願はまた、２０１２年３月２６日に出願された米国仮特許出願第６１／６１５，６１８号、２０１２年８月６日に出願された米国仮特許出願第６１／６８０，０９８号、２０１４年５月１６日に出願された米国特許出願第１４／３５８，９７２号、２０１６年７月２６日に発行された米国特許第９，３９９，７７５号、２０１６年６月２１日に出願された米国特許出願第１５／１８８，３１７号、及び２０１２年１１月１６日に出願され、２０１３年５月２３日に国際公開第２０１３／０７５０３５号として公開された国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０１２／０６５６９１号にも関連し、これらのそれぞれの全内容は、参照により本明細書に組み入れられる。
さらに、本出願は、２０１５年７月３１日に出願された米国仮特許出願第６２／１９９，５６３号、２０１６年１月２７日に出願された米国仮特許出願第６２／２８７，５１８号、２０１６年７月２８日に出願され、２０１７年２月９日に国際公開第２０１７／０２３６６０号として公開された国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０１６／０４４３５９号、２０１６年７月２８日に出願され、現在は、２０１９年２月１９日に発行された米国特許第１０，２０８，３０７号である米国特許出願第１５／２２１，６５１号、及び２０１８年１２月１８日に出願された米国特許出願第１６／２２３，３６２号に関連し、これらのそれぞれの全内容は、参照により本明細書に組み入れられる。
配列表
本出願は、ＡＳＣＩＩフォーマットで電子的に提出され、その全体が参照により本明細書に組み入れられる配列表を含む。２０１９年９月２５日に作成されたＡＳＣＩＩコピーは、１２１３０１＿０９３２０＿ＳＬ．ｔｘｔと命名され、サイズは３１，２５０バイトである。
トランスサイレチン（ＴＴＲ）（プレアルブミンとしても知られる）は、レチノール結合タンパク質（ＲＢＰ）及びチロキシン（Ｔ４）を輸送し、また、血中及びＣＳＦ中のＲＢＰとの結合を介してレチノール（ビタミンＡ）の担体として作用する。トランスサイレチンの名称は、チロキシン及びレチノールの輸送に由来する。ＴＴＲはまた、プロテアーゼとして機能し、ａｐｏＡ－Ｉ（主要なＨＤＬアポリポタンパク質）、アミロイドβ－ペプチド、及び神経ペプチドＹを含むタンパク質を切断し得る。Ｌｉｚ，Ｍ．Ａ．ｅｔ ａｌ．（２０１０）ＩＵＢＭＢ Ｌｉｆｅ，６２（６）：４２９－４３５を参照されたい。
ＴＴＲは、βシート構造に富む４つの同一の１２７アミノ酸サブユニット（モノマー）の四量体である。各モノマーは、２つの４本鎖βシート及び扁長楕円体の形状を有する。逆平行βシート相互作用は、モノマーを連結して二量体とする。各モノマーからの短いループは、主要な二量体－二量体相互作用を形成する。これらの２対のループは、二量体の対向する凸状βシートを分離して、内部チャネルを形成する。
肝臓は、ＴＴＲ発現の主要部位であるが、ＴＴＲは、脈絡叢、網膜（特に網膜色素上皮細胞（ＲＰＥ）及び毛様体上皮細胞（ＣＥ））及び膵臓を含む他の部位でも発現される。
トランスサイレチンは、アミロイド原線維の形成における前駆体タンパク質である少なくとも２７の異なるタイプのタンパク質のうちの１つである。Ｇｕａｎ，Ｊ．ｅｔ ａｌ．（Ｎｏｖ．４，２０１１）Ｃｕｒｒｅｎｔ ｐｅｒｓｐｅｃｔｉｖｅｓ ｏｎ ｃａｒｄｉａｃ ａｍｙｌｏｉｄｏｓｉｓ，Ａｍ Ｊ Ｐｈｙｓｉｏｌ Ｈｅａｒｔ Ｃｉｒｃ Ｐｈｙｓｉｏｌ，ｄｏｉ：１０．１１５２／ａｊｐｈｅａｒｔ．００８１５．２０１１を参照されたい。器官及び組織におけるアミロイド原線維の細胞外沈着は、アミロイドーシスの特徴である。アミロイド原線維は、誤って折り畳まれたタンパク質凝集体から構成され、これは前駆体タンパク質の過剰産生又は特異的突然変異のいずれかに起因し得る。ＴＴＲのアミロイド形成能は、その広範なβシート構造に関連している可能性があり；Ｘ線結晶学的研究は、特定のアミロイド形成突然変異がタンパク質の四量体構造を不安定化することを示している。例えば、Ｓａｒａｉｖａ Ｍ．Ｊ．Ｍ．（２００２）Ｅｘｐｅｒｔ Ｒｅｖｉｅｗｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，４（１２）：１－１１を参照されたい。
アミロイドーシスは、アミロイド沈着を特徴とするアミロイド疾患群の総称である。アミロイド疾患は、それらの前駆体タンパク質に基づいて分類され；例えば、名称は、アミロイドの「Ａ」で始まり、前駆体タンパク質の略語が続く（例えば、アミロイド形成トランスサイレチンの場合、ＡＴＴＲ）。同書。
多数のＴＴＲ関連疾患が存在し、そのほとんどはアミロイド疾患である。正常配列ＴＴＲは、高齢者の心アミロイドーシスと関連し、老人性全身性アミロイドーシス（ＳＳＡ）（老人性心アミロイドーシス（ＳＣＡ）又は心アミロイドーシスとも呼ばれる）と呼ばれる。ＳＳＡは、しばしば他の多くの器官における顕微鏡的な沈着物を伴う。ＴＴＲアミロイドーシスは、様々な形態で現れる。末梢神経系がより顕著に侵されている場合、この疾患は、家族性アミロイド性多発ニューロパチー（ＦＡＰ）と呼ばれる。心臓が主に侵されているが神経系が侵されていない場合、この疾患は、家族性アミロイド性心筋症（ＦＡＣ）と呼ばれる。ＴＴＲアミロイドーシスの第３の主なタイプは、軟髄膜アミロイドーシスであり、軟髄膜又は髄膜脳血管アミロイドーシス、中枢神経系（ＣＮＳ）アミロイドーシス、又はアミロイドーシスＶＩＩ型としても知られる。ＴＴＲの突然変異は、アミロイド性硝子体混濁、手根管症候群、及び甲状腺機能正常性高チロキシン血症も引き起こすことがあり、これは、チロキシンに対する親和性が増加した突然変異ＴＴＲ分子によるチロキシンとＴＴＲとの結合の増加に続発すると考えられる非アミロイド性疾患である。例えば、Ｍｏｓｅｓ ｅｔ ａｌ．（１９８２）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．，８６，２０２５－２０３３を参照されたい。
異常なアミロイド形成タンパク質は、遺伝する場合もあれば、体細胞突然変異によって獲得される場合もある。Ｇｕａｎ，Ｊ．ｅｔ ａｌ．（Ｎｏｖ．４，２０１１）Ｃｕｒｒｅｎｔ ｐｅｒｓｐｅｃｔｉｖｅｓ ｏｎ ｃａｒｄｉａｃ ａｍｙｌｏｉｄｏｓｉｓ，Ａｍ Ｊ Ｐｈｙｓｉｏｌ Ｈｅａｒｔ Ｃｉｒｃ Ｐｈｙｓｉｏｌ，ｄｏｉ：１０．１１５２／ａｊｐｈｅａｒｔ．００８１５．２０１１。トランスサイレチン関連ＡＴＴＲは、遺伝性全身性アミロイドーシスの最も頻度の高い形態である。Ｌｏｂａｔｏ，Ｌ．（２００３）Ｊ．Ｎｅｐｈｒｏｌ．，１６：４３８－４４２。ＴＴＲ突然変異は、ＴＴＲアミロイド形成のプロセスを加速し、ＡＴＴＲ発症の最も重要な危険因子である。８５を超えるアミロイド形成ＴＴＲ変異体が全身性家族性アミロイドーシスを引き起こすことが知られている。ＴＴＲ突然変異は、通常、特に末梢神経系に関与する全身性アミロイド沈着を生じるが、一部の突然変異は、心筋症又は硝子体混濁と関連している。同書。
Ｖ３０Ｍ突然変異は、最も多くみられるＴＴＲ突然変異である。例えば、Ｌｏｂａｔｏ，Ｌ．（２００３）Ｊ Ｎｅｐｈｒｏｌ、１６：４３８－４４２を参照されたい。Ｖ１２２Ｉ突然変異は、アフリカ系アメリカ人集団の３．９％に保有され、ＦＡＣの最も一般的な原因である。Ｊａｃｏｂｓｏｎ，Ｄ．Ｒ．ｅｔ ａｌ．（１９９７）Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３３６（７）：４６６－７３。ＳＳＡは、８０歳超の集団の２５％超に影響を及ぼすと推定されている。Ｗｅｓｔｅｒｍａｒｋ，Ｐ．ｅｔ ａｌ．（１９９０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８７（７）：２８４３－５。
肝ＴＴＲを標的とする二本鎖ＲＮＡｉ剤が最近認可されるまでは、パチシラン、肝臓移植がＴＴＲ関連疾患の治療のための唯一の治療法であった。しかしながら、興味深いことに、肝臓移植は、ＴＴＲ突然変異に関連した眼疾患を阻害しない（Ｈａｒａ，ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ａｒｃｈ Ｏｐｔｈａｍｏｌ １２８：２０６－２１０）。したがって、ｉｎ ｖｉｖｏでの細胞へのｉＲＮＡ剤の効率的な送達には、特異的な標的化及び細胞外環境、特に血清タンパク質からの実質的な防御が必要であるため、肝臓で産生されるＴＴＲを標的とするパチシランは、ＴＴＲ関連眼疾患を阻害しないであろう。したがって、肝外組織へのｓｉＲＮＡ送達は、依然として障害であり、ｓｉＲＮＡに基づく治療の使用を制限している。
上記の通り、ｉｎ ｖｉｖｏでのｉＲＮＡ剤の実験的及び治療的応用を制限する要因の１つは、インタクトなｓｉＲＮＡを効率的に送達する能力である。具体的な困難は、ｉｎ ｖｉｖｏでの網膜への非ウイルス遺伝子導入に関連している。難題の１つは、網膜のトランスフェクションを妨げる内境界膜を乗り越えることである。さらに、硝子体の負に帯電した糖が、陽性ＤＮＡ－トランスフェクション試薬複合体と相互作用して、それらの凝集を促進し、拡散及び細胞取り込みを妨げることが示されている。
したがって、ＴＴＲ関連眼疾患及び障害の治療のために、ｉｎ ｖｉｖｏで、肝外組織、例えば眼組織にｓｉＲＮＡ分子を送達するための新規な且つ改善された組成物及び方法が必要とされている。
本発明は、ＲＮＡｉ剤、例えば二本鎖ＲＮＡｉ剤、及びトランスサイレチン（ＴＴＲ）遺伝子を標的とする組成物を提供する。本発明はまた、本発明のＲＮＡｉ剤、例えば二本鎖ＲＮＡｉ剤を使用して、ＴＴＲの発現を阻害する方法、及び対象におけるＴＴＲ関連眼疾患を治療又は予防する方法を提供する。本発明は、少なくとも部分的に、親油性部分を、ＴＴＲを標的とする二本鎖ｉＲＮＡ剤の少なくとも１つの鎖上の１つ以上の内部位置に、又はＴＴＲを標的とする二本鎖ｉＲＮＡ剤の二本鎖領域内の少なくとも１つの鎖上の１つ以上の位置にコンジュゲートすることが、二本鎖ｉＲＮＡのｉｎ ｖｉｖｏ眼内送達に驚くほど良好な結果を提供し、眼組織への効率的な進入及び眼系の細胞への効率的な内在化をもたらすという発見に基づく。
したがって、一態様において、本発明は、アンチセンス鎖に相補的なセンス鎖を含む二本鎖ＲＮＡｉ剤を提供し、ここでアンチセンス鎖は、トランスサイレチン（ＴＴＲ）をコードするｍＲＮＡの一部に相補的な領域を含み、ここで各鎖は、独立に、１４～３０ヌクレオチドを有し、ここで二本鎖ＲＮＡｉ剤は、式（ＩＩＩ）により表される：
センス：５’ｎｐ－Ｎａ－（ＸＸＸ）ｉ－Ｎｂ－ＹＹＹ－Ｎｂ－（ＺＺＺ）ｊ－Ｎａ－ｎｑ３’
アンチセンス：３’ｎｐ’－Ｎａ’－（Ｘ’Ｘ’Ｘ’）ｋ－Ｎｂ’－Ｙ’Ｙ’Ｙ’－Ｎｂ’－（Ｚ’Ｚ’Ｚ’）ｌ－Ｎａ’－ｎｑ’５’ （ＩＩＩ）
ここで、ｉ、ｊ、ｋ、及びｌは、それぞれ独立に０又は１であるが、但しｉ、ｊ、ｋ、及びｌの少なくとも１つは１であり；ｐ、ｐ’、ｑ、及びｑ’は、それぞれ独立に０～６であり；Ｎａ及びＮａ’のそれぞれは、独立に、修飾された２～２０ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド配列を表し、各配列は少なくとも２つの異なるように修飾されたヌクレオチドを含み；Ｎｂ及びＮｂ’のそれぞれは、独立に、修飾された１～１０ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド配列を表し；ｎｐ、ｎｐ’、ｎｑ、及びｎｑ’のそれぞれは、独立に、オーバーハングヌクレオチドを表し；ＸＸＸ、ＹＹＹ、ＺＺＺ、Ｘ’Ｘ’Ｘ’、Ｙ’Ｙ’Ｙ’、Ｚ’Ｚ’Ｚ’は、それぞれ独立に、３つの連続したヌクレオチド上の３つの同一の修飾の１つのモチーフを表し；１つ以上の親油性部分が、少なくとも１つの鎖上の１つ以上の内部位置にコンジュゲートされる。
特定の実施形態では、親油性部分は、センス鎖の２０位、１５位、７位、６位、又は２位（鎖の５’末端から数えて）又はアンチセンス鎖の１６位（鎖の５’末端から数えて）にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、親油性部分は、センス鎖の２０位、１５位、又は７位（鎖の５’末端から数えて）にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、親油性部分は、センス鎖の２０位又は１５位（鎖の５’末端から数えて）にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、親油性部分は、アンチセンス鎖の１６位（鎖の５’末端から数えて）にコンジュゲートされる。
特定の実施形態では、二本鎖ＲＮＡｉ剤のアンチセンス鎖は、５’－ＴＧＧＧＡＴＴＴＣＡＴＧＴＡＡＣＣＡＡＧＡ－３’（配列番号１１）に相補的な配列を含む。
別の態様では、本発明は、アンチセンス鎖に相補的なセンス鎖を含む二本鎖ＲＮＡｉ剤を提供し、ここでアンチセンス鎖は、トランスサイレチン（ＴＴＲ）遺伝子（配列番号１）のヌクレオチド５０４～５２６に相補的な配列を含み、ここでセンス鎖は、２１ヌクレオチド長であり、アンチセンス鎖は、２３ヌクレオチド長であり、ここで二本鎖ＲＮＡｉ剤は、式（ＩＩＩ）により表される：
センス：５’ｎｐ－Ｎａ－（ＸＸＸ）ｉ－Ｎｂ－ＹＹＹ－Ｎｂ－（ＺＺＺ）ｊ－Ｎａ－ｎｑ３’
アンチセンス：３’ｎｐ’－Ｎａ’－（Ｘ’Ｘ’Ｘ’）ｋ－Ｎｂ’－Ｙ’Ｙ’Ｙ’－Ｎｂ’－（Ｚ’Ｚ’Ｚ’）ｌ－Ｎａ’－ｎｑ’５’ （ＩＩＩ）
ここで、ｊ’＝１であり；ｉ、ｋ、及びｌは、０であり；ｐ’は２であり；ｐ、ｑ、及びｑ’は、０であり；Ｎａ及びＮａ’のそれぞれは、独立に、修飾されたヌクレオチドである２～１０ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド配列を表し；Ｎｂ及びＮｂ’のそれぞれは、独立に、修飾されたヌクレオチドである０～７ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド配列を表し；ｎｐ’は、オーバーハングヌクレオチドを表し；ＹＹＹ、ＺＺＺ、Ｙ’Ｙ’Ｙ’は、それぞれ独立に、３つの連続したヌクレオチド上の３つの同一の修飾の１つのモチーフを表し、ここでＹヌクレオチドは、２’－フルオロ修飾を含み、Ｙ’ヌクレオチドは、２’－Ｏ－メチル修飾を含み、Ｚヌクレオチドは、２’－Ｏ－メチル修飾を含み；１つ以上の親油性部分が、少なくとも１つの鎖上の１つ以上の内部位置にコンジュゲートされる。
特定の実施形態では、親油性部分は、センス鎖の２０位、１５位、７位、６位、又は２位（鎖の５’末端から数えて）又はアンチセンス鎖の１６位（鎖の５’末端から数えて）にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、親油性部分は、センス鎖の２０位、１５位、又は７位（鎖の５’末端から数えて）にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、親油性部分は、センス鎖の２０位又は１５位（鎖の５’末端から数えて）にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、親油性部分は、センス鎖の６位（鎖の５’末端から数えて）にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、親油性部分は、アンチセンス鎖の１６位（鎖の５’末端から数えて）にコンジュゲートされる。
別の態様において、本発明は、細胞におけるＴＴＲの発現を阻害するための二本鎖ＲＮＡｉ剤を提供し、ここで二本鎖ＲＮＡｉ剤は、二本鎖領域を形成するセンス鎖及びアンチセンス鎖を含み；ここでセンス鎖は、ヌクレオチド配列５’－ＵＧＧＧＡＵＵＵＣＡＵＧＵＡＡＣＣＡＡＧＡ－３’（配列番号１２）を含み、アンチセンス鎖は、ヌクレオチド配列５’－ＵＣＵＵＧＧＵＵＡＣＡＵＧＡＡＡＵＣＣＣＡＵＣ－３’（配列番号１３）を含み；ここでセンス鎖のヌクレオチドの実質的に全て及びアンチセンス鎖のヌクレオチドの実質的に全ては、修飾を含み；１つ以上の親油性部分が、少なくとも１つの鎖上の１つ以上の内部位置にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、センス鎖は、２１ヌクレオチド長であり、親油性部分は、センス鎖の２０位、１５位、７位、６位、又は２位（鎖の５’末端から数えて）又はアンチセンス鎖の１６位（鎖の５’末端から数えて）にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、親油性部分は、センス鎖の２０位、１５位、又は７位（鎖の５’末端から数えて）にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、親油性部分は、センス鎖の２０位又は１５位（鎖の５’末端から数えて）にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、親油性部分は、センス鎖の６位（鎖の５’末端から数えて）にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、親油性部分は、アンチセンス鎖の１６位（鎖の５’末端から数えて）にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、二本鎖ＲＮＡｉ剤は、アンチセンス鎖の５’末端にリン酸塩又はリン酸塩模倣体をさらに含む。特定の実施形態では、リン酸塩模倣体は、５’－ビニルホスホネート（ＶＰ）である。
別の態様において、本発明は、５’－ｕｓｇｓｇｇａｕＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｇａ－３’（配列番号１０）のヌクレオチド配列と４修飾ヌクレオチド以下異なるセンス鎖と、ヌクレオチド配列５’－ｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（配列番号７）と４修飾ヌクレオチド以下異なるアンチセンス鎖とを含む、細胞におけるトランスサイレチン（ＴＴＲ）の発現を阻害する二本鎖リボ核酸（ＲＮＡｉ）剤を提供し、ここでａ、ｃ、ｇ、及びｕは、それぞれ、２’－Ｏ－メチルアデノシン－３’－リン酸、２’－Ｏ－メチルシチジン－３’－リン酸、２’－Ｏ－メチルグアノシン－３’－リン酸、及び２’－Ｏ－メチルウリジン－３’－リン酸であり；Ａｆ、Ｃｆ、Ｇｆ、及びＵｆは、それぞれ、２’－フルオロアデノシン－３’－リン酸、２’－フルオロシチジン－３’－リン酸、２’－フルオログアノシン－３’－リン酸、及び２’－フルオロウリジン－３’－リン酸であり；ｓは、ホスホロチオエート結合であり；１つ以上の親油性部分が、少なくとも１つの鎖上の１つ以上の内部位置にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、親油性部分は、センス鎖の２０位、１５位、７位、６位、又は２位（鎖の５’末端から数えて）又はアンチセンス鎖の１６位（鎖の５’末端から数えて）にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、親油性部分は、センス鎖の２０位、１５位、又は７位（鎖の５’末端から数えて）にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、親油性部分は、センス鎖の２０位又は１５位（鎖の５’末端から数えて）にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、親油性部分は、アンチセンス鎖の１６位（鎖の５’末端から数えて）にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、二本鎖ＲＮＡｉ剤は、アンチセンス鎖の５’末端にリン酸塩又はリン酸塩模倣体をさらに含む。特定の実施形態では、リン酸塩模倣体は、５’－ビニルホスホネート（ＶＰ）である。
別の態様において、本発明は、センス鎖及びアンチセンス鎖を含む二本鎖リボ核酸（ＲＮＡｉ）剤を提供し、ここでセンス鎖は、ヌクレオチド配列５’－ｕｓｇｓｇｇａｕＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｇａ－３’（配列番号１０）を含み、アンチセンス鎖は、ヌクレオチド配列５’－ｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（配列番号７）を含み、ここでａ、ｃ、ｇ、及びｕは、それぞれ、２’－Ｏ－メチルアデノシン－３’－リン酸、２’－Ｏ－メチルシチジン－３’－リン酸、２’－Ｏ－メチルグアノシン－３’－リン酸、及び２’－Ｏ－メチルウリジン－３’－リン酸であり；Ａｆ、Ｃｆ、Ｇｆ、及びＵｆは、それぞれ、２’－フルオロアデノシン－３’－リン酸、２’－フルオロシチジン－３’－リン酸、２’－フルオログアノシン－３’－リン酸、及び２’－フルオロウリジン－３’－リン酸であり；ｓは、ホスホロチオエート結合であり；１つ以上の親油性部分が、少なくとも１つの鎖上の１つ以上の内部位置にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、親油性部分は、センス鎖の２０位、１５位、７位、６位、又は２位（鎖の５’末端から数えて）又はアンチセンス鎖の１６位（鎖の５’末端から数えて）にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、親油性部分は、センス鎖の２０位、１５位、又は７位（鎖の５’末端から数えて）にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、親油性部分は、センス鎖の２０位又は１５位（鎖の５’末端から数えて）にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、親油性部分は、アンチセンス鎖の１６位（鎖の５’末端から数えて）にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、二本鎖ＲＮＡｉ剤は、アンチセンス鎖の５’末端にリン酸塩又はリン酸塩模倣体をさらに含む。特定の実施形態では、リン酸塩模倣体は、５’－ビニルホスホネート（ＶＰ）である。
別の態様において、本発明は、細胞におけるＴＴＲの発現を阻害するための二本鎖ＲＮＡｉ剤を提供し、ここで二本鎖ＲＮＡｉ剤は、二本鎖領域を形成するセンス鎖及びアンチセンス鎖を含み；ここでセンス鎖は、ヌクレオチド配列５’－ＵＧＧＧＡＵＵＵＣＡＵＧＵＡＡＣＣＡＡＧＡ－３’（配列番号１２）を含み、アンチセンス鎖は、ヌクレオチド配列５’－ＵＣＵＵＧＧＵＵＡＣＡＵＧＡＡＡＵＣＣＣＡＵＣ－３’（配列番号１３）を含み；ここでセンス鎖のヌクレオチドの実質的に全て及びアンチセンス鎖のヌクレオチドの実質的に全ては、修飾を含み；１つ以上の親油性部分は、二本鎖領域内の少なくとも１つの鎖上の１つ以上の位置にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、センス鎖は、２１ヌクレオチド長であり、親油性部分は、センス鎖の２１位、２０位、１５位、１位、７位、６位、又は２位（鎖の５’末端から数えて）又はアンチセンス鎖の１６位（鎖の５’末端から数えて）にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、親油性部分は、センス鎖の２１位、２０位、１５位、１位、又は７位（鎖の５’末端から数えて）にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、親油性部分は、センス鎖の２１位、２０位、又は１５位（鎖の５’末端から数えて）にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、親油性部分は、センス鎖の２０位又は１５位（鎖の５’末端から数えて）にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、親油性部分は、センス鎖の６位（鎖の５’末端から数えて）にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、アンチセンス鎖は、２３ヌクレオチド長であり、親油性部分は、アンチセンス鎖の１６位（鎖の５’末端から数えて）にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、二本鎖ＲＮＡｉ剤は、アンチセンス鎖の５’末端にリン酸塩又はリン酸塩模倣体をさらに含む。特定の実施形態では、リン酸塩模倣体は、５’－ビニルホスホネート（ＶＰ）である。
別の態様において、本発明は、５’－ｕｓｇｓｇｇａｕＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｇａ－３’（配列番号１０）のヌクレオチド配列と４修飾ヌクレオチド以下異なるセンス鎖と、ヌクレオチド配列５’－ｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（配列番号７）と４修飾ヌクレオチド以下異なるアンチセンス鎖とを含む、細胞におけるトランスサイレチン（ＴＴＲ）の発現を阻害する二本鎖リボ核酸（ＲＮＡｉ）剤を提供し、ここでａ、ｃ、ｇ、及びｕは、それぞれ、２’－Ｏ－メチルアデノシン－３’－リン酸、２’－Ｏ－メチルシチジン－３’－リン酸、２’－Ｏ－メチルグアノシン－３’－リン酸、及び２’－Ｏ－メチルウリジン－３’－リン酸であり；Ａｆ、Ｃｆ、Ｇｆ、及びＵｆは、それぞれ、２’－フルオロアデノシン－３’－リン酸、２’－フルオロシチジン－３’－リン酸、２’－フルオログアノシン－３’－リン酸、及び２’－フルオロウリジン－３’－リン酸であり；ｓは、ホスホロチオエート結合であり；１つ以上の親油性部分が、二本鎖領域内の少なくとも１つの鎖上の１つ以上の位置にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、親油性部分は、センス鎖の２１位、２０位、１５位、１位、７位、６位、又は２位（鎖の５’末端から数えて）又はアンチセンス鎖の１６位（鎖の５’末端から数えて）にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、親油性部分は、センス鎖の２１位、２０位、１５位、１位、又は７位（鎖の５’末端から数えて）にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、親油性部分は、センス鎖の２１位、２０位、又は１５位（鎖の５’末端から数えて）にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、親油性部分は、センス鎖の２０位又は１５位（鎖の５’末端から数えて）にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、親油性部分は、センス鎖の６位（鎖の５’末端から数えて）にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、親油性部分は、アンチセンス鎖の１６位（鎖の５’末端から数えて）にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、二本鎖ＲＮＡｉ剤は、アンチセンス鎖の５’末端にリン酸塩又はリン酸塩模倣体をさらに含む。特定の実施形態では、リン酸塩模倣体は、５’－ビニルホスホネート（ＶＰ）である。
別の態様において、本発明は、センス鎖及びアンチセンス鎖を含む二本鎖リボ核酸（ＲＮＡｉ）剤を提供し、ここでセンス鎖は、ヌクレオチド配列５’－ｕｓｇｓｇｇａｕＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｇａ－３’（配列番号１０）を含み、アンチセンス鎖は、ヌクレオチド配列５’－ｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（配列番号７）を含み、ここでａ、ｃ、ｇ、及びｕは、それぞれ、２’－Ｏ－メチルアデノシン－３’－リン酸、２’－Ｏ－メチルシチジン－３’－リン酸、２’－Ｏ－メチルグアノシン－３’－リン酸、及び２’－Ｏ－メチルウリジン－３’－リン酸であり；Ａｆ、Ｃｆ、Ｇｆ、及びＵｆは、それぞれ、２’－フルオロアデノシン－３’－リン酸、２’－フルオロシチジン－３’－リン酸、２’－フルオログアノシン－３’－リン酸、及び２’－フルオロウリジン－３’－リン酸であり；ｓは、ホスホロチオエート結合であり；１つ以上の親油性部分が、二本鎖領域内の少なくとも１つの鎖上の１つ以上の位置にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、親油性部分は、センス鎖の２１位、２０位、１５位、１位、７位、６位、又は２位（鎖の５’末端から数えて）又はアンチセンス鎖の１６位（鎖の５’末端から数えて）にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、親油性部分は、センス鎖の２１位、２０位、１５位、１位、又は７位（鎖の５’末端から数えて）にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、親油性部分は、センス鎖の２１位、２０位、又は１５位（鎖の５’末端から数えて）にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、親油性部分は、センス鎖の２０位又は１５位（鎖の５’末端から数えて）にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、親油性部分は、センス鎖の６位（鎖の５’末端から数えて）にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、親油性部分は、アンチセンス鎖の１６位（鎖の５’末端から数えて）にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、二本鎖ＲＮＡｉ剤は、アンチセンス鎖の５’末端にリン酸塩又はリン酸塩模倣体をさらに含む。特定の実施形態では、リン酸塩模倣体は、５’－ビニルホスホネート（ＶＰ）である。
特定の実施形態では、１つ以上の親油性部分は、リンカー又は担体を介して、二本鎖ＲＮＡｉ剤の少なくとも１つの鎖上の１つ以上の内部位置にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、１つ以上の親油性部分は、リンカー又は担体を介して、二本鎖領域内の少なくとも１つの鎖上の１つ以上の位置にコンジュゲートされる。
特定の実施形態では、ｌｏｇＫｏｗによって測定される親油性部分の親油性は、０を超える。
特定の実施形態では、二本鎖ｉＲＮＡ剤の血漿タンパク質結合アッセイにおいて非結合画分によって測定される、二本鎖ｉＲＮＡ剤の疎水性は、０．２を超える。
特定の実施形態では、血漿タンパク質結合アッセイは、ヒト血清アルブミンタンパク質を使用する電気泳動移動度シフトアッセイである。
特定の実施形態では、内部位置は、二本鎖ＲＮＡｉ剤の少なくとも１つの鎖の各末端からの末端の２つの位置を除く全ての位置を含む。
特定の実施形態では、内部位置は、二本鎖ＲＮＡｉ剤の少なくとも１つの鎖の各末端からの末端の３つの位置を除く全ての位置を含む。
特定の実施形態では、内部位置は、二本鎖ＲＮＡｉ剤のセンス鎖の切断部位領域を除外する。特定の実施形態では、二本鎖領域内の位置は、二本鎖ＲＮＡｉ剤のセンス鎖の切断部位領域を除外する。
特定の実施形態では、内部位置は、二本鎖ＲＮＡｉ剤のセンス鎖の５’末端から数えて、９～１２位を除く全ての位置を含む。
特定の実施形態では、内部位置は、二本鎖ＲＮＡｉ剤のセンス鎖の３’末端から数えて、１１～１３位を除く全ての位置を含む。
特定の実施形態では、内部位置は、二本鎖ＲＮＡｉ剤のアンチセンス鎖の切断部位領域を除外する。
特定の実施形態では、内部位置は、二本鎖ＲＮＡｉ剤のアンチセンス鎖の５’末端から数えて、１２～１４位を除く全ての位置を含む。
特定の実施形態では、内部位置は、３’末端から数えて二本鎖ＲＮＡｉ剤のセンス鎖上の１１～１３位、及び５’末端から数えてＲＮＡｉ剤のアンチセンス鎖上の１２～１４位を除く全ての位置を含む。
特定の実施形態では、１つ以上の親油性部分は、ＲＮＡｉ剤の各鎖の５’末端から数えて、センス鎖上の４～８位及び１３～１８位、並びにアンチセンス鎖上の６～１０位及び１５～１８位からなる群から選択される内部位置の１つ以上にコンジュゲートされる。
特定の実施形態では、１つ以上の親油性部分は、ＲＮＡｉ剤の各鎖の５’末端から数えて、センス鎖上の５、６、７、１５、及び１７位、並びにアンチセンス鎖上の１５及び１７位からなる群から選択される内部位置の１つ以上にコンジュゲートされる。
特定の実施形態では、親油性部分は、脂肪族、脂環式、又は多脂環式化合物である。
特定の実施形態では、親油性部分は、脂質、コレステロール、レチノイン酸、コリン酸、アダマンタン酢酸、１－ピレン酪酸、ジヒドロテストステロン、１，３－ビス－Ｏ（ヘキサデシル）グリセロール、ゲラニルオキシヘキシアノール（ｇｅｒａｎｙｌｏｘｙｈｅｘｙａｎｏｌ）、ヘキサデシルグリセロール、ボルネオール、メントール、１，３－プロパンジオール、ヘプタデシル基、パルミチン酸、ミリスチン酸、Ｏ３－（オレオイル）リトコール酸、Ｏ３－（オレオイル）コレン酸、ジメトキシトリチル、又はフェノキサジンからなる群から選択される。
特定の実施形態では、親油性部分は、飽和又は不飽和Ｃ４～Ｃ３０炭化水素鎖と、ヒドロキシル、アミン、カルボン酸、スルホネート、ホスフェート、チオール、アジド、及びアルキンからなる群から選択される任意選択の官能基とを含む。
特定の実施形態では、親油性部分は、飽和又は不飽和Ｃ６～Ｃ１８炭化水素鎖を含む。
特定の実施形態では、親油性部分は、飽和又は不飽和Ｃ１６炭化水素鎖を含む。
特定の実施形態では、飽和又は不飽和Ｃ１６炭化水素鎖は、二本鎖ＲＮＡｉ剤上の鎖の５’末端から数えて、６位にコンジュゲートされる。特定の実施形態では、飽和又は不飽和Ｃ１６炭化水素鎖は、二本鎖ＲＮＡｉ剤上のセンス鎖の５’末端から数えて、６位にコンジュゲートされる。
特定の実施形態では、親油性部分は、二本鎖ＲＮＡｉ剤の鎖上の内部位置の１つ以上のヌクレオチドを置換する担体を介してコンジュゲートされる。特定の実施形態では、親油性部分は、二本鎖領域内の１つ以上のヌクレオチドを置換する担体を介してコンジュゲートされる。
特定の実施形態では、担体は、ピロリジニル、ピラゾリニル、ピラゾリジニル、イミダゾリニル、イミダゾリジニル、ピペリジニル、ピペラジニル、［１，３］ジオキソラニル、オキサゾリジニル、イソオキサゾリジニル、モルホリニル、チアゾリジニル、イソチアゾリジニル、キノキサリニル、ピリダジノニル、テトラヒドロフラニル、及びデカリニルからなる群から選択される環状基であるか、又はセリノール骨格若しくはジエタノールアミン骨格に基づく非環状部分である。
特定の実施形態では、親油性部分は、エーテル、チオエーテル、尿素、カーボネート、アミン、アミド、マレイミド－チオエーテル、ジスルフィド、ホスホジエステル、スルホンアミド結合、クリック反応の生成物、又はカルバメートを含むリンカーを介して、二本鎖ｉＲＮＡ剤にコンジュゲートされる。
特定の実施形態では、親油性部分は、核酸塩基、糖部分、又はヌクレオシド間結合にコンジュゲートされる。
特定の実施形態では、二本鎖ＲＮＡｉ剤は、眼組織への送達を媒介するリガンドをさらに含む。
一部の実施形態では、眼組織への送達を媒介するリガンドは、眼組織への送達を媒介する受容体を標的とする標的化リガンドである。
特定の実施形態では、標的化リガンドは、トランスレチノール、ＲＧＤペプチド、ＬＤＬ受容体リガンド、及び糖質系リガンドからなる群から選択される。
特定の実施形態では、ＲＧＤペプチドは、Ｈ－Ｇｌｙ－Ａｒｇ－Ｇｌｙ－Ａｓｐ－Ｓｅｒ－Ｐｒｏ－Ｌｙｓ－Ｃｙｓ－ＯＨ（配列番号１４）又はＣｙｃｌｏ（－Ａｒｇ－Ｇｌｙ－Ａｓｐ－Ｄ－Ｐｈｅ－Ｃｙｓ）である。
特定の実施形態では、二本鎖ＲＮＡｉ剤は、肝臓組織を標的とする標的化リガンドをさらに含む。
特定の実施形態では、標的化リガンドは、ＧａｌＮＡｃコンジュゲートである。
特定の実施形態では、親油性部分又は標的化リガンドは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ジスルフィド、アミド、ガラクトサミン、グルコサミン、グルコース、ガラクトース、マンノースの官能化単糖又はオリゴ糖、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるバイオ切断可能リンカーを介して二本鎖ＲＮＡｉ剤にコンジュゲートされる。
特定の実施形態では、二本鎖ＲＮＡｉ剤のセンス鎖の３’末端は、アミンを有する環状基である末端キャップを介して保護され、この環状基は、ピロリジニル、ピラゾリニル、ピラゾリジニル、イミダゾリニル、イミダゾリジニル、ピペリジニル、ピペラジニル、［１，３］ジオキソラニル、オキサゾリジニル、イソオキサゾリジニル、モルホリニル、チアゾリジニル、イソチアゾリジニル、キノキサリニル、ピリダジノニル、テトラヒドロフラニル、及びデカリニルからなる群から選択される。
特定の実施形態では、ＲＮＡｉ剤は、Ｓｐ配置で結合リン原子を有する、アンチセンス鎖の３’末端における第１のヌクレオチド間結合において存在する末端キラル修飾；Ｒｐ配置で結合リン原子を有する、アンチセンス鎖の５’末端における第１のヌクレオチド間結合において存在する末端キラル修飾；及びＲｐ配置又はＳｐ配置のいずれかで結合リン原子を有する、センス鎖の５’末端における第１のヌクレオチド間結合において存在する末端キラル修飾を含む。
特定の実施形態では、ＲＮＡｉ剤は、Ｓｐ配置で結合リン原子を有する、アンチセンス鎖の３’末端における第１及び第２のヌクレオチド間結合において存在する末端キラル修飾；Ｒｐ配置で結合リン原子を有する、アンチセンス鎖の５’末端における第１のヌクレオチド間結合において存在する末端キラル修飾；及びＲｐ又はＳｐ配置のいずれかで結合リン原子を有する、センス鎖の５’末端における第１のヌクレオチド間結合において存在する末端キラル修飾を含む。
特定の実施形態では、ＲＮＡｉ剤は、Ｓｐ配置で結合リン原子を有する、アンチセンス鎖の３’末端における第１、第２、及び第３のヌクレオチド間結合において存在する末端キラル修飾；Ｒｐ配置で結合リン原子を有する、アンチセンス鎖の５’末端における第１のヌクレオチド間結合において存在する末端キラル修飾；及びＲｐ又はＳｐ配置のいずれかで結合リン原子を有する、センス鎖の５’末端における第１のヌクレオチド間結合において存在する末端キラル修飾を含む。
一実施形態では、二本鎖ｉＲＮＡ剤は、Ｓｐ配置で結合リン原子を有する、アンチセンス鎖の３’末端における第１及び第２のヌクレオチド間結合において存在する末端キラル修飾；Ｒｐ配置で結合リン原子を有する、アンチセンス鎖の３’末端における第３のヌクレオチド間結合において存在する末端キラル修飾；Ｒｐ配置で結合リン原子を有する、アンチセンス鎖の５’末端における第１のヌクレオチド間結合において存在する末端キラル修飾；及びＲｐ又はＳｐ配置のいずれかで結合リン原子を有する、センス鎖の５’末端における第１のヌクレオチド間結合において存在する末端キラル修飾をさらに含む。
一実施形態では、二本鎖ｉＲＮＡ剤は、アンチセンス鎖の３’末端における第１及び第２のヌクレオチド間結合において存在する末端キラル修飾、Ｓｐ配置で結合リン原子を有する、；Ｒｐ配置で結合リン原子を有する、アンチセンス鎖の５’末端における第１、及び第２のヌクレオチド間結合において存在する末端キラル修飾；及びＲｐ又はＳｐ配置のいずれかで結合リン原子を有する、センス鎖の５’末端における第１のヌクレオチド間結合において存在する末端キラル修飾をさらに含む。
特定の実施形態では、二本鎖ＲＮＡｉ剤は、式（ＩＩＩ）により表される：
センス：５’ｎｐ－Ｎａ－（ＸＸＸ）ｉ－Ｎｂ－ＹＹＹ－Ｎｂ－（ＺＺＺ）ｊ－Ｎａ－ｎｑ３’
アンチセンス：３’ｎｐ’－Ｎａ’－（Ｘ’Ｘ’Ｘ’）ｋ－Ｎｂ’－Ｙ’Ｙ’Ｙ’－Ｎｂ’－（Ｚ’Ｚ’Ｚ’）ｌ－Ｎａ’－ｎｑ’５’ （ＩＩＩ）
ここで、ｊは、１若しくは２であり；又はｌは１であり；又はｊ及びｌの両方は、１である。
特定の実施形態では、二本鎖ＲＮＡｉ剤は、式（ＩＩＩ）により表される：
センス：５’ｎｐ－Ｎａ－（ＸＸＸ）ｉ－Ｎｂ－ＹＹＹ－Ｎｂ－（ＺＺＺ）ｊ－Ｎａ－ｎｑ３’
アンチセンス：３’ｎｐ’－Ｎａ’－（Ｘ’Ｘ’Ｘ’）ｋ－Ｎｂ’－Ｙ’Ｙ’Ｙ’－Ｎｂ’－（Ｚ’Ｚ’Ｚ’）ｌ－Ｎａ’－ｎｑ’５’ （ＩＩＩ）
ここで、ＸＸＸは、Ｘ’Ｘ’Ｘ’に相補的であり、ＹＹＹは、Ｙ’Ｙ’Ｙ’に相補的であり、ＺＺＺは、Ｚ’Ｚ’Ｚ’に相補的である。
特定の実施形態では、ＹＹＹモチーフは、二重鎖ＲＮＡｉ剤のセンス鎖の切断部位に又はその付近に存在し；又はＹ’Ｙ’Ｙ’モチーフは、５’端からの二重鎖ＲＮＡｉ剤のアンチセンス鎖の１１、１２及び１３位に存在する。
一部の実施形態では、式（ＩＩＩ）は、式（ＩＩＩａ）として表され：
センス：５’ｎｐ－Ｎａ－ＹＹＹ－Ｎｂ－ＺＺＺ－Ｎａ－ｎｑ３’
アンチセンス：３’ｎｐ’－Ｎａ’－Ｙ’Ｙ’Ｙ’－Ｎｂ’－Ｚ’Ｚ’Ｚ’－Ｎａ’ｎｑ’５’
（ＩＩＩａ）
ここで、Ｎｂ及びＮｂ’のそれぞれは、独立に、１～５個の修飾ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド配列を表し；又は
式（ＩＩＩ）は、式（ＩＩＩｂ）として表され：
センス：５’ｎｐ－Ｎａ－ＸＸＸ－Ｎｂ－ＹＹＹ－Ｎａ－ｎｑ３’
アンチセンス：３’ｎｐ’－Ｎａ’－Ｘ’Ｘ’Ｘ’－Ｎｂ’－Ｙ’Ｙ’Ｙ’－Ｎａ’－ｎｑ’５’
（ＩＩＩｂ）
ここで、Ｎｂ及びＮｂ’のそれぞれは、独立に、１～５個の修飾ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド配列を表し；又は
式（ＩＩＩ）は、式（ＩＩＩｃ）として表され：
センス：５’ｎｐ－Ｎａ－ＸＸＸ－Ｎｂ－ＹＹＹ－Ｎｂ－ＺＺＺ－Ｎａ－ｎｑ３’
アンチセンス：３’ｎｐ’－Ｎａ’－Ｘ’Ｘ’Ｘ’－Ｎｂ’－Ｙ’Ｙ’Ｙ’－Ｎｂ’－Ｚ’Ｚ’Ｚ’－Ｎａ’－ｎｑ’５’
（ＩＩＩｃ）
ここで、Ｎｂ及びＮｂ’のそれぞれは、独立に、１～５個の修飾ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド配列を表し、Ｎａ及びＮａ’のそれぞれは、独立に、２～１０個の修飾ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド配列を表す。
特定の実施形態では、二本鎖ＲＮＡｉ剤のヌクレオチド上の修飾は、デオキシヌクレオチド、３’－末端デオキシチミン（ｄＴ）ヌクレオチド、２’－Ｏ－メチル修飾ヌクレオチド、２’－フルオロ修飾ヌクレオチド、２’－デオキシ修飾ヌクレオチド、ロックドヌクレオチド、アンロックヌクレオチド、立体配座制限ヌクレオチド、束縛エチルヌクレオチド、脱塩基ヌクレオチド、２’－アミノ修飾ヌクレオチド、２’－Ｏ－アリル修飾ヌクレオチド、２’－Ｃ－アルキル修飾ヌクレオチド、２’－メトキシエチル修飾ヌクレオチド、２’－Ｏ－アルキル修飾ヌクレオチド、モルホリノヌクレオチド、ホスホラミデート、ヌクレオチドを含む非天然塩基、テトラヒドロピラン修飾ヌクレオチド、１，５－アンヒドロヘキシトール修飾ヌクレオチド、シクロヘキシル修飾ヌクレオチド、ホスホロチオエート基を含むヌクレオチド、メチルホスホネート基を含むヌクレオチド、５’－リン酸を含むヌクレオチド、及び５’－リン酸模倣体を含むヌクレオチド、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。
特定の実施形態では、ヌクレオチド上の修飾は、２’－Ｏ－メチル、２’－フルオロ、又はその両方である。
特定の実施形態では、式（ＩＩＩ）のＹ’は、２’－Ｏ－メチルである。
特定の実施形態では、式（ＩＩＩ）のＺヌクレオチドは、２’－Ｏ－メチル修飾を含む。
特定の実施形態では、式（ＩＩＩ）のＮａ、Ｎａ’、Ｎｂ、及びＮｂ’ヌクレオチド上の修飾は、２’－Ｏ－メチル、２’－フルオロ、又はその両方である。
特定の実施形態では、ＲＮＡｉ剤のセンス鎖及びアンチセンス鎖は、長さが１５～３０ヌクレオチド対である二重鎖領域を形成する。
特定の実施形態では、二重鎖領域は、長さが１７～２５ヌクレオチド対である。
特定の実施形態では、ＲＮＡｉ剤のセンス鎖及びアンチセンス鎖は、それぞれ１５～３０ヌクレオチド長である。
特定の実施形態では、ＲＮＡｉ剤のセンス鎖及びアンチセンス鎖は、それぞれ１９～２５ヌクレオチド長である。
特定の実施形態では、ＲＮＡｉ剤のセンス鎖及びアンチセンス鎖のそれぞれは、独立に、２１～２３ヌクレオチドを有する。
特定の実施形態では、ＲＮＡｉ剤のセンス鎖は、合計２１ヌクレオチドを有し、ＲＮＡｉ剤のアンチセンス鎖は、合計２３ヌクレオチドを有する。
特定の実施形態では、ＲＮＡｉ剤は、少なくとも１つのホスホロチオエート又はメチルホスホネートヌクレオチド間結合をさらに含む。
特定の実施形態では、ホスホロチオエート又はメチルホスホネートヌクレオチド間結合は、１つの鎖の３’末端にある。
特定の実施形態では、ホスホロチオエート又はメチルホスホネートヌクレオチド間結合は、アンチセンス鎖の３’末端にある。特定の実施形態では、二本鎖ＲＮＡｉ剤は、式（ＩＩＩ）により表され、ここでｐ’＝２である。
特定の実施形態では、二本鎖ＲＮＡｉ剤は、式（ＩＩＩ）により表され、ここで少なくとも１つのｎｐ’は、ホスホロチオエート結合を介して隣接ヌクレオチドに連結される。
特定の実施形態では、二本鎖ＲＮＡｉ剤は、式（ＩＩＩ）により表され、ここで全てのｎｐ’は、ホスホロチオエート結合を介して隣接ヌクレオチドに連結される。
特定の実施形態では、二本鎖ＲＮＡｉ剤は、アンチセンス鎖の５’末端にリン酸塩又はリン酸塩模倣体をさらに含む。
特定の実施形態では、リン酸塩模倣体は、５’－ビニルホスホネート（ＶＰ）である。
特定の実施形態では、二本鎖ＲＮＡｉ二重鎖のアンチセンス鎖の５’末端の１位の塩基対は、ＡＵ塩基対である。
特定の実施形態では、二本鎖ＲＮＡｉ剤のセンス鎖は、ヌクレオチド配列５’－ＵＧＧＧＡＵＵＵＣＡＵＧＵＡＡＣＣＡＡＧＡ－３’（配列番号１２）を含む。
特定の実施形態では、ＲＮＡｉ剤のセンス鎖は、ヌクレオチド配列５’－ＵＧＧＧＡＵＵＵＣＡＵＧＵＡＡＣＣＡＡＧＡ－３’（配列番号１２）を含み、ＲＮＡｉ剤のアンチセンス鎖は、ヌクレオチド配列５’－ＵＣＵＵＧＧＵＵＡＣＡＵＧＡＡＡＵＣＣＣＡＵＣ－３’（配列番号１３）を含む。
特定の実施形態では、二本鎖ＲＮＡｉ剤のセンス鎖及びアンチセンス鎖は、ヌクレオチド配列５’－ｕｓｇｓｇｇａ（Ｕｈｄ）ＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｓｇｓａ－３’（配列番号１５）及び５’－ｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（配列番号１６）を含み、ここでａ、ｃ、ｇ、及びｕは、それぞれ、２’－Ｏ－メチルアデノシン－３’－リン酸、２’－Ｏ－メチルシチジン－３’－リン酸、２’－Ｏ－メチルグアノシン－３’－リン酸、及び２’－Ｏ－メチルウリジン－３’－リン酸であり；Ａｆ、Ｃｆ、Ｇｆ、及びＵｆは、それぞれ、２’－フルオロアデノシン－３’－リン酸、２’－フルオロシチジン－３’－リン酸、２’－フルオログアノシン－３’－リン酸、及び２’－フルオロウリジン－３’－リン酸であり；ｓは、ホスホロチオエート結合であり；（Ｕｈｄ）は、２’－Ｏ－ヘキサデシル－ウリジン－３’－リン酸である。
特定の実施形態では、二本鎖ＲＮＡｉ剤のセンス鎖は、ヌクレオチド配列５’－ｕｓｇｓｇｇａ（Ｕｈｄ）ＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｓｇｓａ－３’（配列番号１５）及び５’－ＶＰｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（配列番号１７）を含み、ここでａ、ｃ、ｇ、及びｕは、それぞれ、２’－Ｏ－メチルアデノシン－３’－リン酸、２’－Ｏ－メチルシチジン－３’－リン酸、２’－Ｏ－メチルグアノシン－３’－リン酸、及び２’－Ｏ－メチルウリジン－３’－リン酸であり；Ａｆ、Ｃｆ、Ｇｆ、及びＵｆは、それぞれ、２’－フルオロアデノシン－３’－リン酸、２’－フルオロシチジン－３’－リン酸、２’－フルオログアノシン－３’－リン酸、及び２’－フルオロウリジン－３’－リン酸であり；ｓは、ホスホロチオエート結合であり；（Ｕｈｄ）は、２’－Ｏ－ヘキサデシル－ウリジン－３’－リン酸であり；ＶＰは、ビニルホスホネートである。
別の態様において、本発明は、５’－ｕｓｇｓｇｇａ（Ｕｈｄ）ＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｓｇｓａ－３’（配列番号１５）のヌクレオチド配列と４修飾ヌクレオチド以下異なるセンス鎖と、ヌクレオチド配列５’－ｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（配列番号１６）と４修飾ヌクレオチド以下異なるアンチセンス鎖とを含む、細胞におけるトランスサイレチン（ＴＴＲ）の発現を阻害する二本鎖リボ核酸（ＲＮＡｉ）剤を提供し、ここでａ、ｃ、ｇ、及びｕは、それぞれ、２’－Ｏ－メチルアデノシン－３’－リン酸、２’－Ｏ－メチルシチジン－３’－リン酸、２’－Ｏ－メチルグアノシン－３’－リン酸、及び２’－Ｏ－メチルウリジン－３’－リン酸であり；Ａｆ、Ｃｆ、Ｇｆ、及びＵｆは、それぞれ、２’－フルオロアデノシン－３’－リン酸、２’－フルオロシチジン－３’－リン酸、２’－フルオログアノシン－３’－リン酸、及び２’－フルオロウリジン－３’－リン酸であり；ｓは、ホスホロチオエート結合であり；（Ｕｈｄ）は、２’－Ｏ－ヘキサデシル－ウリジン－３’－リン酸である。特定の実施形態では、二本鎖ＲＮＡｉ剤は、アンチセンス鎖の５’末端にリン酸塩又はリン酸塩模倣体をさらに含む。特定の実施形態では、リン酸塩模倣体は、５’－ビニルホスホネート（ＶＰ）である。
特定の実施形態では、二本鎖ＲＮＡｉ剤のセンス鎖は、５’－ｕｓｇｓｇｇａ（Ｕｈｄ）ＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｓｇｓａ－３’（配列番号１５）のヌクレオチド配列と３修飾ヌクレオチド以下異なり、アンチセンス鎖は、ヌクレオチド配列５’－ｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（配列番号１６）と３修飾ヌクレオチド以下異なる。特定の実施形態では、二本鎖ＲＮＡｉ剤は、アンチセンス鎖の５’末端にリン酸塩又はリン酸塩模倣体をさらに含む。特定の実施形態では、リン酸塩模倣体は、５’－ビニルホスホネート（ＶＰ）である。
特定の実施形態では、二本鎖ＲＮＡｉ剤のセンス鎖は、５’－ｕｓｇｓｇｇａ（Ｕｈｄ）ＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｓｇｓａ－３’（配列番号１５）のヌクレオチド配列と２修飾ヌクレオチド以下異なり、アンチセンス鎖は、ヌクレオチド配列５’－ｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（配列番号１６）と２修飾ヌクレオチド以下異なる。特定の実施形態では、二本鎖ＲＮＡｉ剤は、アンチセンス鎖の５’末端にリン酸塩又はリン酸塩模倣体をさらに含む。特定の実施形態では、リン酸塩模倣体は、５’－ビニルホスホネート（ＶＰ）である。
特定の実施形態では、二本鎖ＲＮＡｉ剤のセンス鎖は、５’－ｕｓｇｓｇｇａ（Ｕｈｄ）ＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｓｇｓａ－３’（配列番号１５）のヌクレオチド配列と１修飾ヌクレオチド以下異なり、アンチセンス鎖は、ヌクレオチド配列５’－ｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（配列番号１６）と１修飾ヌクレオチド以下異なる。特定の実施形態では、二本鎖ＲＮＡｉ剤は、アンチセンス鎖の５’末端にリン酸塩又はリン酸塩模倣体をさらに含む。特定の実施形態では、リン酸塩模倣体は、５’－ビニルホスホネート（ＶＰ）である。
特定の実施形態では、二本鎖ＲＮＡｉ剤のセンス鎖は、ヌクレオチド配列５’－ｕｓｇｓｇｇａ（Ｕｈｄ）ＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｓｇｓａ－３’（配列番号１５）を含み、アンチセンス鎖は、ヌクレオチド配列５’－ｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（配列番号１６）を含む。特定の実施形態では、二本鎖ＲＮＡｉ剤は、アンチセンス鎖の５’末端にリン酸塩又はリン酸塩模倣体をさらに含む。特定の実施形態では、リン酸塩模倣体は、５’－ビニルホスホネート（ＶＰ）である。
特定の実施形態では、二本鎖ＲＮＡｉ剤は、以下からなる群から選択されるセンス鎖及びアンチセンス鎖ヌクレオチドを含む、センス鎖及びアンチセンス鎖を含む。
５’－ｕｓｇｓｇｇａ（Ｕｈｄ）ＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｓｇｓａ－３’（配列番号１５）及び
５’－ｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（ＡＤ－２９１８４５）（配列番号１６）；
５’－ｕｓｇｓｇｇａｕＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｇｓａｄＴｄＴＬ１０－３’（配列番号５９）及び
５’－ＶＰｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（ＡＤ－７０１９１）（配列番号１７）；
５’－ｕｓｇｓｇｇａｕＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｇａＬ１０－３’（配列番号６０）及び
５’－ＶＰｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（ＡＤ７０５００）（配列番号１７）；
５’－ｕｓｇｓｇｇａｕＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｇａＬ５７－３’（配列番号６１）及び
５’－ＶＰｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（ＡＤ－２９０６７４）（配列番号１７）；
５’－ａｓａｓｃａｇｕＧｆｕＵｆＣｆＵｆｕｇｃｕｃｕａｕｓａｓ（Ａｈｄ）－３’（配列番号９６）及び
５’－ＶＰｕＵｆａｕａＧｆａｇｃａａｇａＡｆｃＡｆｃｕｇｕｕｓｕｓｕ－３’（ＡＤ－３０７５８６）（配列番号９８）；
５’－ａｓａｓｃａｇｕＧｆｕＵｆＣｆＵｆｕｇｃｕｃｕａｕｓ（Ａｈｄｓ）ａ－３’（配列番号９５）及び
５’－ＶＰｕＵｆａｕａＧｆａｇｃａａｇａＡｆｃＡｆｃｕｇｕｕｓｕｓｕ－３’（ＡＤ－３０７５８５）（配列番号９８）；
５’－ａｓａｓｃａｇｕＧｆｕＵｆＣｆＵｆｕｇｃｕｃｕａｕｓａｓａ－３（配列番号９７）’及び
５’－ＶＰｕＵｆａｕａＧｆａｇｃａａｇａＡｆｃ（Ａｈｄ）ｃｕｇｕｕｓｕｓｕ－３’（ＡＤ－３０７６０１）（配列番号１０１）；
５’－ａｓａｓｃａｇｕＧｆｕＵｆＣｆＵｆｕｇｃ（Ｕｈｄ）ｃｕａｕｓａｓａ－３’（配列番号９４）及び
５’－ＶＰｕＵｆａｕａＧｆａｇｃａａｇａＡｆｃＡｆｃｕｇｕｕｓｕｓｕ－３’（ＡＤ－３０７５８０）（配列番号９８）；
５’－（Ａｈｄｓ）ａｓｃａｇｕＧｆｕＵｆＣｆＵｆｕｇｃｕｃｕａｕｓａｓａ－３’（配列番号８７）及び
５’－ＶＰｕＵｆａｕａＧｆａｇｃａａｇａＡｆｃＡｆｃｕｇｕｕｓｕｓｕ－３’（ＡＤ－３０７５６６）（配列番号９８）；
５’－ａｓａｓｃａｇｕ（Ｇｈｄ）ｕＵｆＣｆＵｆｕｇｃｕｃｕａｕｓａｓａ－３’（配列番号９１）及び
５’－ＶＰｕＵｆａｕａＧｆａｇｃａａｇａＡｆｃＡｆｃｕｇｕｕｓｕｓｕ－３’（ＡＤ－３０７５７２）（配列番号９８）；
５’－ａｓａｓｃａｇ（Ｕｈｄ）ＧｆｕＵｆＣｆＵｆｕｇｃｕｃｕａｕｓａｓａ－３’（配列番号９０）及び
５’－ＶＰｕＵｆａｕａＧｆａｇｃａａｇａＡｆｃＡｆｃｕｇｕｕｓｕｓｕ－３’（ＡＤ－３０７５７１）（配列番号９８）；
５’－ａｓ（Ａｈｄｓ）ｃａｇｕＧｆｕＵｆＣｆＵｆｕｇｃｕｃｕａｕｓａｓａ－３’（配列番号８８）及び
５’－ＶＰｕＵｆａｕａＧｆａｇｃａａｇａＡｆｃＡｆｃｕｇｕｕｓｕｓｕ－３’（ＡＤ－３０７５６７）（配列番号９８）；
５’－ｕｓｇｓｇｇａ（Ｕｈｄ）ＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｓｇｓａ－３’（配列番号１５）及び
５’－ＶＰｕＣｆｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（ＡＤ－２９１８４６）（配列番号６２）；
５’－ｕｓｇｓｇｇａ（Ｕｈｄ）ＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｓｇｓａ－３’（配列番号１５）及び
５’－ＶＰｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆ（Ｔｇｎ）ｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（ＡＤ－５９２７４４）（配列番号１０２）；
５’－ｕｓｇｓｇｇａｕＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｓｇｓａ－３’（配列番号１０３）及び
５’－ＶＰｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（ＡＤ－５３８６９７）（配列番号１７）；並びに
５’－ｕｓｇｓｇｇａ（Ｕｈｄ）ＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｓｇｓａ－３’（配列番号１５）及び
５’－ｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（ＡＤ－５９７９７９）（配列番号１６）、
ここで、ａ、ｃ、ｇ、及びｕは、それぞれ、２’－Ｏ－メチルアデノシン－３’－リン酸、２’－Ｏ－メチルシチジン－３’－リン酸、２’－Ｏ－メチルグアノシン－３’－リン酸、及び２’－Ｏ－メチルウリジン－３’－リン酸であり；Ａｆ、Ｃｆ、Ｇｆ、及びＵｆは、それぞれ、２’－フルオロアデノシン－３’－リン酸、２’－フルオロシチジン－３’－リン酸、２’－フルオログアノシン－３’－リン酸、及び２’－フルオロウリジン－３’－リン酸であり；（Ａｈｄ）、（Ｇｈｄ）、及び（Ｕｈｄ）は、それぞれ、２’－Ｏ－ヘキサデシル－アデノシン－３’－リン酸、２’－Ｏ－ヘキサデシル－グアノシン－３’－リン酸、及び２’－Ｏ－ヘキサデシル－ウリジン－３’－リン酸であり；ｓは、ホスホロチオエート結合であり；ＶＰは、ビニルホスホネートであり；Ｌ１０は、鎖の３’末端にコンジュゲートされたＮ－（コレステリルカルボキサミドカプロイル）－４－ヒドロキシプロリノール（Ｈｙｐ－Ｃ６－Ｃｈｏｌ）であり；Ｌ５７は、鎖の３’末端にコンジュゲートされたＮ－（ステアリルカルボキサミドカプロイル）－４－ヒドロキシプロリノール（Ｈｙｐ－Ｃ６－Ｃ１８）である。特定の実施形態では、二本鎖ＲＮＡｉ剤は、二重鎖ＡＤ－２９１８４５のヌクレオチド配列を含む、センス鎖及びアンチセンス鎖を含む。
特定の実施形態では、二本鎖ＲＮＡｉ剤は、以下からなる群から選択されるセンス鎖及びアンチセンス鎖ヌクレオチドからなる、センス鎖及びアンチセンス鎖を含む。
５’－ｕｓｇｓｇｇａ（Ｕｈｄ）ＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｓｇｓａ－３’（配列番号１５）及び
５’－ｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（ＡＤ－２９１８４５）（配列番号１６）；
５’－ｕｓｇｓｇｇａｕＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｇｓａｄＴｄＴＬ１０－３’（配列番号５９）及び
５’－ＶＰｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（ＡＤ－７０１９１）（配列番号１７）；
５’－ｕｓｇｓｇｇａｕＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｇａＬ１０－３’（配列番号６０）及び
５’－ＶＰｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（ＡＤ７０５００）（配列番号１７）；
５’－ｕｓｇｓｇｇａｕＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｇａＬ５７－３’（配列番号６１）及び
５’－ＶＰｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（ＡＤ－２９０６７４）（配列番号１７）；
５’－ａｓａｓｃａｇｕＧｆｕＵｆＣｆＵｆｕｇｃｕｃｕａｕｓａｓ（Ａｈｄ）－３’（配列番号９６）及び
５’－ＶＰｕＵｆａｕａＧｆａｇｃａａｇａＡｆｃＡｆｃｕｇｕｕｓｕｓｕ－３’（ＡＤ－３０７５８６）（配列番号９８）；
５’－ａｓａｓｃａｇｕＧｆｕＵｆＣｆＵｆｕｇｃｕｃｕａｕｓ（Ａｈｄｓ）ａ－３’（配列番号９５）及び
５’－ＶＰｕＵｆａｕａＧｆａｇｃａａｇａＡｆｃＡｆｃｕｇｕｕｓｕｓｕ－３’（ＡＤ－３０７５８５）（配列番号９８）；
５’－ａｓａｓｃａｇｕＧｆｕＵｆＣｆＵｆｕｇｃｕｃｕａｕｓａｓａ－３’（配列番号９７）及び
５’－ＶＰｕＵｆａｕａＧｆａｇｃａａｇａＡｆｃ（Ａｈｄ）ｃｕｇｕｕｓｕｓｕ－３’（ＡＤ－３０７６０１）（配列番号１０１）；
５’－ａｓａｓｃａｇｕＧｆｕＵｆＣｆＵｆｕｇｃ（Ｕｈｄ）ｃｕａｕｓａｓａ－３’（配列番号９４）及び
５’－ＶＰｕＵｆａｕａＧｆａｇｃａａｇａＡｆｃＡｆｃｕｇｕｕｓｕｓｕ－３’（ＡＤ－３０７５８０）（配列番号９８）；
５’－（Ａｈｄｓ）ａｓｃａｇｕＧｆｕＵｆＣｆＵｆｕｇｃｕｃｕａｕｓａｓａ－３’（配列番号８７）及び
５’－ＶＰｕＵｆａｕａＧｆａｇｃａａｇａＡｆｃＡｆｃｕｇｕｕｓｕｓｕ－３’（ＡＤ－３０７５６６）（配列番号９８）；
５’－ａｓａｓｃａｇｕ（Ｇｈｄ）ｕＵｆＣｆＵｆｕｇｃｕｃｕａｕｓａｓａ－３’（配列番号９１）及び
５’－ＶＰｕＵｆａｕａＧｆａｇｃａａｇａＡｆｃＡｆｃｕｇｕｕｓｕｓｕ－３’（ＡＤ－３０７５７２）（配列番号９８）；
５’－ａｓａｓｃａｇ（Ｕｈｄ）ＧｆｕＵｆＣｆＵｆｕｇｃｕｃｕａｕｓａｓａ－３’（配列番号９０）及び
５’－ＶＰｕＵｆａｕａＧｆａｇｃａａｇａＡｆｃＡｆｃｕｇｕｕｓｕｓｕ－３’（ＡＤ－３０７５７１）（配列番号９８）；
５’－ａｓ（Ａｈｄｓ）ｃａｇｕＧｆｕＵｆＣｆＵｆｕｇｃｕｃｕａｕｓａｓａ－３’（配列番号８８）及び
５’－ＶＰｕＵｆａｕａＧｆａｇｃａａｇａＡｆｃＡｆｃｕｇｕｕｓｕｓｕ－３’（ＡＤ－３０７５６７）（配列番号９８）；
５’－ｕｓｇｓｇｇａ（Ｕｈｄ）ＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｓｇｓａ－３’（配列番号１５）及び
５’－ＶＰｕＣｆｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（ＡＤ－２９１８４６）（配列番号６２）；
５’－ｕｓｇｓｇｇａ（Ｕｈｄ）ＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｓｇｓａ－３’（配列番号１５）及び
５’－ＶＰｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆ（Ｔｇｎ）ｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（ＡＤ－５９２７４４）（配列番号１０２）；
５’－ｕｓｇｓｇｇａｕＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｓｇｓａ－３’（配列番号１０３）及び
５’－ＶＰｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（ＡＤ－５３８６９７）（配列番号１７）；並びに
５’－ｕｓｇｓｇｇａ（Ｕｈｄ）ＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｓｇｓａ－３’（配列番号１５）及び
５’－ｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（ＡＤ－５９７９７９）（配列番号１６）、
ここで、ａ、ｃ、ｇ、及びｕは、それぞれ、２’－Ｏ－メチルアデノシン－３’－リン酸、２’－Ｏ－メチルシチジン－３’－リン酸、２’－Ｏ－メチルグアノシン－３’－リン酸、及び２’－Ｏ－メチルウリジン－３’－リン酸であり；Ａｆ、Ｃｆ、Ｇｆ、及びＵｆは、それぞれ、２’－フルオロアデノシン－３’－リン酸、２’－フルオロシチジン－３’－リン酸、２’－フルオログアノシン－３’－リン酸、及び２’－フルオロウリジン－３’－リン酸であり；（Ａｈｄ）、（Ｇｈｄ）、及び（Ｕｈｄ）は、それぞれ、２’－Ｏ－ヘキサデシル－アデノシン－３’－リン酸、２’－Ｏ－ヘキサデシル－グアノシン－３’－リン酸、及び２’－Ｏ－ヘキサデシル－ウリジン－３’－リン酸であり；ｓは、ホスホロチオエート結合であり；ＶＰは、ビニルホスホネートであり；Ｌ１０は、鎖の３’末端にコンジュゲートされたＮ－（コレステリルカルボキサミドカプロイル）－４－ヒドロキシプロリノール（Ｈｙｐ－Ｃ６－Ｃｈｏｌ）であり；Ｌ５７は、鎖の３’末端にコンジュゲートされたＮ－（ステアリルカルボキサミドカプロイル）－４－ヒドロキシプロリノール（Ｈｙｐ－Ｃ６－Ｃ１８）である。特定の実施形態では、二本鎖ＲＮＡｉ剤は、二重鎖ＡＤ－２９１８４５のヌクレオチド配列からなる、センス鎖及びアンチセンス鎖を含む。
別の態様において、本発明は、センス鎖及びアンチセンス鎖を含む、細胞におけるトランスサイレチン（ＴＴＲ）の発現を阻害する二本鎖リボ核酸（ＲＮＡｉ）剤を提供し、ここでセンス鎖は、ＡＤ－２９１８４５、ＡＤ－７０１９１、ＡＤ７０５００、ＡＤ－２９０６７４、ＡＤ－３０７５８６、ＡＤ－３０７５８５、ＡＤ－３０７６０１、ＡＤ－３０７５８０、ＡＤ－３０７５６６、ＡＤ－３０７５７２、ＡＤ－３０７５７１、ＡＤ－３０７５６７、ＡＤ－２９１８４６ ＡＤ－５９２７４４、ＡＤ－５３８６９７、及びＡＤ－５９７９７９からなる群から選択される二重鎖のセンス鎖ヌクレオチド配列と４修飾ヌクレオチド以下異なるヌクレオチド配列を含み、アンチセンス鎖は、二重鎖の対応するアンチセンス鎖ヌクレオチド配列と４修飾ヌクレオチド以下異なるヌクレオチド配列を含む。特定の実施形態では、二重鎖は、ＡＤ－２９１８４５である。
別の態様において、本発明は、センス鎖及びアンチセンス鎖を含む、細胞におけるトランスサイレチン（ＴＴＲ）の発現を阻害する二本鎖リボ核酸（ＲＮＡｉ）剤を提供し、ここでセンス鎖は、ＡＤ－２９１８４５、ＡＤ－７０１９１、ＡＤ７０５００、ＡＤ－２９０６７４、ＡＤ－３０７５８６、ＡＤ－３０７５８５、ＡＤ－３０７６０１、ＡＤ－３０７５８０、ＡＤ－３０７５６６、ＡＤ－３０７５７２、ＡＤ－３０７５７１、ＡＤ－３０７５６７、ＡＤ－２９１８４６ ＡＤ－５９２７４４、ＡＤ－５３８６９７、及びＡＤ－５９７９７９からなる群から選択される二重鎖のセンス鎖ヌクレオチド配列と３修飾ヌクレオチド以下異なるヌクレオチド配列を含み、アンチセンス鎖は、二重鎖の対応するアンチセンス鎖ヌクレオチド配列と３修飾ヌクレオチド以下異なるヌクレオチド配列を含む。特定の実施形態では、二重鎖は、ＡＤ－２９１８４５である。
別の態様において、本発明は、センス鎖及びアンチセンス鎖を含む、細胞におけるトランスサイレチン（ＴＴＲ）の発現を阻害する二本鎖リボ核酸（ＲＮＡｉ）剤を提供し、ここでセンス鎖は、ＡＤ－２９１８４５、ＡＤ－７０１９１、ＡＤ７０５００、ＡＤ－２９０６７４、ＡＤ－３０７５８６、ＡＤ－３０７５８５、ＡＤ－３０７６０１、ＡＤ－３０７５８０、ＡＤ－３０７５６６、ＡＤ－３０７５７２、ＡＤ－３０７５７１、ＡＤ－３０７５６７、ＡＤ－２９１８４６ ＡＤ－５９２７４４、ＡＤ－５３８６９７、及びＡＤ－５９７９７９からなる群から選択される二重鎖のセンス鎖ヌクレオチド配列と２修飾ヌクレオチド以下異なるヌクレオチド配列を含み、アンチセンス鎖は、二重鎖の対応するアンチセンス鎖ヌクレオチド配列と２修飾ヌクレオチド以下異なるヌクレオチド配列を含む。特定の実施形態では、二重鎖は、ＡＤ－２９１８４５である。
別の態様において、本発明は、センス鎖及びアンチセンス鎖を含む、細胞におけるトランスサイレチン（ＴＴＲ）の発現を阻害する二本鎖リボ核酸（ＲＮＡｉ）剤を提供し、ここでセンス鎖は、ＡＤ－２９１８４５、ＡＤ－７０１９１、ＡＤ７０５００、ＡＤ－２９０６７４、ＡＤ－３０７５８６、ＡＤ－３０７５８５、ＡＤ－３０７６０１、ＡＤ－３０７５８０、ＡＤ－３０７５６６、ＡＤ－３０７５７２、ＡＤ－３０７５７１、ＡＤ－３０７５６７、ＡＤ－２９１８４６ ＡＤ－５９２７４４、ＡＤ－５３８６９７、及びＡＤ－５９７９７９からなる群から選択される二重鎖のセンス鎖ヌクレオチド配列と１修飾ヌクレオチド以下異なるヌクレオチド配列を含み、アンチセンス鎖は、二重鎖の対応するアンチセンス鎖ヌクレオチド配列と１修飾ヌクレオチド以下異なるヌクレオチド配列を含む。特定の実施形態では、二重鎖は、ＡＤ－２９１８４５である。
特定の実施形態では、二本鎖ＲＮＡｉ剤のセンス鎖は、ヌクレオチド配列５’－ｕｓｇｓｇｇａ（Ｕｈｄ）ＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｓｇｓａ－３’（配列番号１５）からなり、ＲＮＡｉ剤のアンチセンス鎖は、ヌクレオチド配列５’－ｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（配列番号１６）からなる。特定の実施形態では、二本鎖ＲＮＡｉ剤は、アンチセンス鎖の５’末端にリン酸塩又はリン酸塩模倣体をさらに含む。特定の実施形態では、リン酸塩模倣体は、５’－ビニルホスホネート（ＶＰ）である。
特定の実施形態では、二本鎖ＲＮＡｉ剤のセンス鎖及びアンチセンス鎖は、ヌクレオチド配列５’－ｕｓｇｓｇｇａ（Ｕｈｄ）ＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｓｇｓａ－３’（配列番号１５）及び５’－ＶＰｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（配列番号１７）からなり、ここでａ、ｃ、ｇ、及びｕは、それぞれ、２’－Ｏ－メチルアデノシン－３’－リン酸、２’－Ｏ－メチルシチジン－３’－リン酸、２’－Ｏ－メチルグアノシン－３’－リン酸、及び２’－Ｏ－メチルウリジン－３’－リン酸であり；Ａｆ、Ｃｆ、Ｇｆ、及びＵｆは、それぞれ、２’－フルオロアデノシン－３’－リン酸、２’－フルオロシチジン－３’－リン酸、２’－フルオログアノシン－３’－リン酸、及び２’－フルオロウリジン－３’－リン酸であり；ｓは、ホスホロチオエート結合であり；（Ｕｈｄ）は、２’－Ｏ－ヘキサデシル－ウリジン－３’－リン酸であり；ＶＰは、ビニルホスホネートである。
別の態様において、本発明は、本発明の二本鎖ＲＮＡｉ剤のいずれかを含む医薬組成物を提供する。
別の態様において、本発明は、眼細胞におけるトランスサイレチン（ＴＴＲ）発現を阻害する方法を提供し、この方法は、細胞を本発明の二本鎖ＲＮＡｉ剤と接触させ、それにより眼細胞におけるＴＴＲ遺伝子の発現を阻害することを含む。
特定の実施形態では、細胞は、対象内にある。
特定の実施形態では、対象は、ヒトである。
特定の実施形態では、対象は、ＴＴＲ関連眼疾患に罹患している。
さらに別の態様において、本発明は、治療有効量の本発明の二本鎖ＲＮＡｉ剤を対象に投与することを含む、ＴＴＲ関連眼疾患に罹患している対象を治療する方法を提供する。
特定の実施形態では、ＴＴＲ関連眼疾患又は障害は、ＴＴＲ関連緑内障、ＴＴＲ関連硝子体混濁、ＴＴＲ関連網膜異常、ＴＴＲ関連網膜アミロイド沈着、ＴＴＲ関連網膜血管障害、ＴＴＲ関連虹彩アミロイド沈着、ＴＴＲ関連スカラップ虹彩、及び水晶体上のＴＴＲ関連アミロイド沈着からなる群から選択される。
特定の実施形態では、対象は、ＴＴＲ関連疾患の発症に関連するＴＴＲ遺伝子変異を保有する。
特定の実施形態では、ＴＴＲ関連疾患は、老人性全身性アミロイドーシス（ＳＳＡ）、全身性家族性アミロイドーシス、家族性アミロイド性多発ニューロパチー（ＦＡＰ）、家族性アミロイド性心筋症（ＦＡＣ）、軟髄膜／中枢神経系（ＣＮＳ）アミロイドーシス、及び高チロキシン血症からなる群から選択される。
特定の実施形態では、二本鎖ＲＮＡｉ剤は、眼周囲、結膜、テノン嚢下、前房内、硝子体内、眼内、前部若しくは後部強膜近傍、網膜下、結膜下、眼球後、又は管内投与を介して対象に投与される。
特定の実施形態では、二本鎖ＲＮＡｉ剤は、ヒト対象に慢性的に投与される。
特定の実施形態では、本方法は、さらに、追加の治療剤を対象に投与することを含む。
特定の実施形態では、追加の治療剤は、ＴＴＲ四量体安定化剤及び／又は非ステロイド性抗炎症剤である。
特定の実施形態では、対象は、肝臓移植を受けているか、又は受けようとする。
特定の実施形態では、対象は、約０．０１ｍｇ～約１ｍｇの固定用量の二本鎖ＲＮＡｉ剤を投与される。特定の実施形態では、対象は、約０．００１ｍｇ～約１ｍｇの固定用量の二本鎖ＲＮＡｉ剤を投与される。特定の実施形態では、対象は、約０．００１ｍｇ～約０．１ｍｇの固定用量の二本鎖ＲＮＡｉ剤を投与される。
特定の実施形態では、対象への二本鎖ＲＮＡｉ剤の投与は、対象の眼の毛様体上皮（ＣＥ）及び網膜色素上皮（ＲＰＥ）におけるトランスサイレチン媒介アミロイドーシス（ＡＴＴＲアミロイドーシス）を減少させる。
本発明は、以下の詳細な説明及び図面によってさらに例示される。
示されたｄｓＲＮＡ剤の単一５０μｇ用量の硝子体内投与後のラット眼における眼のＴＴＲ発現の阻害を示すグラフである。 示されたｄｓＲＮＡ剤の単一５０μｇ用量の硝子体内投与後のラットの後部眼組織におけるＴＴＲの阻害を示すグラフである。 示されたｄｓＲＮＡ剤の単一５０μｇ用量の硝子体内投与後のラットの前部眼組織におけるＴＴＲ発現の阻害を示すグラフである。 対照としてのＰＢＳを硝子体内投与したラットにおける眼組織の組織病理学的分析の画像である。 示されたｄｓＲＮＡ剤の単一５０μｇ用量を硝子体内投与したラットにおける眼組織の組織病理学的分析の画像である。 単一２．５μｇ又は７．５μｇ用量のＡＤ－ＡＤ－７０１９１の硝子体内投与後のトランスジェニックマウス眼における眼のヒトＴＴＲ発現の阻害を示すグラフである。 単一２．５μｇ又は７．５μｇ用量のＡＤ－７０１９１の硝子体内投与後のトランスジェニックマウス眼における眼のマウスＴＴＲ発現の阻害を示すグラフである。 単一２．５μｇ又は７．５μｇ用量のＡＤ－７０１９１の硝子体内投与後のトランスジェニックマウス眼における眼のマウスコーン－ロッドホメオボックス発現の阻害を示すグラフである。 単一２．５μｇ又は７．５μｇ用量のＡＤ－７０１９１の硝子体内投与後のトランスジェニックマウス眼における眼のマウスロドプシン発現の阻害を示すグラフである。 単一３ｍｇ用量のＡＤ－２９１８４５又はＡＤ－７０５００の硝子体内投与後の非ヒト霊長類の網膜色素上皮（ＲＰＥ）及び毛様体上皮（ＣＥ）における眼のＴＴＲ発現の阻害を示すグラフである。 対照としてのＰＢＳの硝子体内投与後の非ヒト霊長類の眼組織におけるＴＴＲタンパク質発現の免疫組織化学（ＩＨＣ）分析の画像である。ＲＰＥは、画像の下部にあり、ＴＴＲ染色は暗及び中灰色である。 単一３ｍｇ用量のＡＤ－２９１８４５の硝子体内投与後の非ヒト霊長類の眼組織におけるＴＴＲタンパク質発現の免疫組織化学（ＩＨＣ）分析の画像である。ＲＰＥは、画像の下部にあり、ＴＴＲ染色は暗及び中灰色である。 ＰＢＳ又は単一０．１ｍｇ、０．３ｍｇ、１．０ｍｇ、又は３．０ｍｇ用量のＡＤ－２９１８４５の硝子体内投与後の、投与後２８日目の非ヒト霊長類の毛様体（ＣＥ）又は網膜色素上皮（ＲＰＥ）における眼のＴＴＲ ｍＲＮＡ発現の阻害を示すグラフである。 ＰＢＳ又は単一０．１ｍｇ、０．３ｍｇ、１．０ｍｇ、又は３．０ｍｇ用量のＡＤ－２９１８４５の硝子体内投与後の、投与後２８日目の非ヒト霊長類の硝子体液における眼のＴＴＲタンパク質発現の阻害を示すグラフである。 ＰＢＳ又は単一０．１ｍｇ、０．３ｍｇ、１．０ｍｇ、又は３．０ｍｇ用量のＡＤ－２９１８４５の硝子体内投与後の、投与後２８日目の非ヒト霊長類の房水における眼のＴＴＲタンパク質発現の阻害を示すグラフである。 ＰＢＳ又は単一１．０ｍｇ、又は３．０ｍｇ用量のＡＤ－２９１８４５の硝子体内投与後の、投与後８４日目の非ヒト霊長類の網膜色素上皮（ＲＰＥ）における眼のＴＴＲ ｍＲＮＡ発現の阻害を示すグラフである。 ＰＢＳ又は単一１．０ｍｇ、又は３．０ｍｇ用量のＡＤ－２９１８４５の硝子体内投与後の、投与後８４日目の非ヒト霊長類の毛様体（ＣＥ）における眼のＴＴＲ ｍＲＮＡ発現の阻害を示すグラフである。 投与後２８日目のＰＢＳ、単一０．１ｍｇ又は０．３ｍｇ用量のＡＤ－２９１８４５、又は投与後２８日目、５６日目、及び８４日目の単一１．０ｍｇ又は３．０ｍｇ用量のＡＤ－２９１８４５の硝子体内投与後の非ヒト霊長類の硝子体液における眼のＴＴＲタンパク質発現の阻害を示すグラフである。 投与後２８日目のＰＢＳ、単一０．１ｍｇ、又は０．３ｍｇ用量のＡＤ－２９１８４５、又は投与後２８日目、５６日目、及び８４日目の単一１．０ｍｇ又は３．０ｍｇ用量のＡＤ－２９１８４５の硝子体内投与後の非ヒト霊長類の房水における眼のＴＴＲタンパク質発現の阻害を示すグラフである。 ＰＢＳ又は単一０．００３ｍｇ、０．０３ｍｇ、０．１ｍｇ、又は０．３ｍｇ用量のＡＤ－２９１８４５の硝子体内投与後の、投与後２８日目の非ヒト霊長類の房水における眼のＴＴＲタンパク質発現の阻害を示すグラフである。 ＰＢＳ又は単一０．００３ｍｇ、０．０３ｍｇ、０．１ｍｇ、又は０．３ｍｇ用量のＡＤ－２９１８４５の硝子体内投与後の、投与後２８日目、８４日目、及び１６８日目の非ヒト霊長類の房水における眼のＴＴＲタンパク質発現の阻害を示すグラフである。 ＰＢＳ又は単一０．００３ｍｇ、０．０３ｍｇ、０．１ｍｇ、又は０．３ｍｇ用量のＡＤ－２９１８４５の硝子体内投与後の、投与後１６８日目の非ヒト霊長類の毛様体における眼のＴＴＲタンパク質発現の阻害を示すグラフである。 ＰＢＳ又は単一０．００３ｍｇ、０．０３ｍｇ、０．１ｍｇ、又は０．３ｍｇ用量のＡＤ－２９１８４５の硝子体内投与後の、投与後１６８日目の非ヒト霊長類の網膜色素上皮（ＲＰＥ）における眼のＴＴＲタンパク質発現の阻害を示すグラフである。 ＰＢＳ又は単一１．０ｍｇ用量のＡＤ－５９２７４４、ＡＤ－５３８６９７、又はＡＤ－５９７９７９の硝子体内投与後の、投与後２８日目、８４日目、及び１６８日目の非ヒト霊長類の房水における眼のＴＴＲタンパク質発現の阻害を示すグラフである。 ＰＢＳ又は単一１．０ｍｇ用量のＡＤ－５９２７４４、ＡＤ－５３８６９７、又はＡＤ－５９７９７９の硝子体内投与後の、投与後１６８日目の非ヒト霊長類の毛様体における眼のＴＴＲタンパク質発現の阻害を示すグラフである。 ＰＢＳ又は単一１．０ｍｇ用量のＡＤ－５９２７４４、ＡＤ－５３８６９７、又はＡＤ－５９７９７９の硝子体内投与後の、投与後１６８日目の非ヒト霊長類の網膜色素上皮（ＲＰＥ）における眼のＴＴＲタンパク質発現の阻害を示すグラフである。 ＰＢＳ又は示された用量での単回用量のＡＤ－５３８６９７、ＡＤ－５７９７９７、ＡＤ－２９１８４５、ＡＤ２９１８４６、又はＡＤ－５９２７４４の硝子体内投与後の非ヒト霊長類の房水における眼のＴＴＲタンパク質発現の阻害を示すグラフである。
本発明は、ＲＮＡｉ剤、例えば二本鎖ＲＮＡｉ剤、及びトランスサイレチン（ＴＴＲ）遺伝子を標的とする組成物を提供する。本発明はまた、本発明のＲＮＡｉ剤、例えば二本鎖ＲＮＡｉ剤を使用して、対象におけるＴＴＲの発現を阻害する方法、及びＴＴＲ関連眼疾患を治療又は予防する方法を提供する。本発明は、少なくとも部分的に、親油性部分を、ＴＴＲを標的とする二本鎖ｉＲＮＡ剤の少なくとも１つの鎖上の１つ以上の内部位置に、又はＴＴＲを標的とする二本鎖ｉＲＮＡ剤の二本鎖領域内の少なくとも１つの鎖上の１つ以上の位置にコンジュゲートすることが、二本鎖ｉＲＮＡのｉｎ ｖｉｖｏ硝子体内送達に驚くほど良好な結果を提供し、眼組織の効率的な進入及び眼系の細胞への効率的な内在化をもたらすという発見に基づく。
以下の詳細な説明は、眼細胞におけるＴＴＲ遺伝子の発現を選択的に阻害するためにｉＲＮＡを含む組成物を作製し、使用する方法、並びに眼細胞におけるＴＴＲの発現の阻害及び／又は低下により利益を得るであろうＴＴＲ関連眼疾患及び障害を有する対象を治療するための組成物、使用、及び方法を開示する。
Ｉ．定義
本発明をさらに容易に理解できるために、まず特定の用語を定義する。さらに、パラメータの値又は値の範囲が列挙されているときはいつでも、列挙された値の中間の値及び範囲も本発明の一部であることが意図されることに留意するべきである。
冠詞「ａ」及び「ａｎ」は、本明細書では、冠詞の文法的対象の１つ又は２つ以上（即ち、少なくとも１つ）を指すために使用される。例として、「要素」は、１つの要素又は２つ以上の要素、例えば複数の要素を意味する。
「含む」という用語は、本明細書では、「含むがこれに限定されない」という用語句を意味するために使用され、これと交換可能に使用される。
「又は」という用語は、本明細書では、文脈上別段の明確な指示がない限り、「及び／又は」という用語を意味するために使用され、これと交換可能に使用される。
「約」という用語は、本明細書では、当技術分野における典型的な許容範囲内にあることを意味する。例えば、「約」は、平均から約２標準偏差以内であると理解することができる。特定の実施形態では、約は、＋１０％を意味する。特定の実施形態では、約は、＋５％を意味する。一連の数字又は範囲の前に約が存在する場合、「約」は、一連の数字又は範囲内の数字のそれぞれを修正することができると理解される。
数字又は一連の数字の前の「少なくとも」という用語は、「少なくとも」という用語に隣接する数字、及び文脈から明らかなように論理的に含めることができる全ての後続の数字又は整数を含むと理解される。例えば、核酸分子中のヌクレオチドの数は、整数でなければならない。例えば、「２１ヌクレオチド核酸分子の少なくとも１９ヌクレオチド」は、１９、２０、又は２１ヌクレオチドが示された特性を有することを意味する。一連の数字又は範囲の前に少なくともが存在する場合、「少なくとも」は、一連の数字又は範囲内の数字のそれぞれを修正することができると理解される。
本明細書で使用される場合、「以下」又は「未満」は、文脈から論理的に、０に向かってこの語句に隣接する値、及び論理的なより小さい値又は整数として理解される。例えば、「２ヌクレオチド以下」のオーバーハングを有する二重鎖は、２、１、又は０ヌクレオチドのオーバーハングを有する。一連の数字又は範囲の後に以下が存在する場合、「以下」は、一連の数字又は範囲内の数字のそれぞれを修正することができると理解される。本明細書で使用される場合、範囲は、上限及び下限の両方を含む。
配列と転写物又は他の配列上のその示された部位との間に矛盾がある場合、明細書に引用されたヌクレオチド配列が優先する。
本明細書で使用される場合、「トランスサイレチン」（「ＴＴＲ」）は、周知の遺伝子及びタンパク質を指す。ＴＴＲは、プレアルブミン、ＨｓＴ２６５１、ＰＡＬＢ、及びＴＢＰＡとしても知られる。ＴＴＲは、レチノール結合タンパク質（ＲＢＰ）、チロキシン（Ｔ４）及びレチノールのトランスポーターとして機能し、プロテアーゼとしても作用する。肝臓はＴＴＲを血液中に分泌し、脈絡叢はＴＴＲを脳脊髄液中に分泌する。ＴＴＲは、膵臓及び網膜色素上皮でも発現している。ＴＴＲの最大の臨床的関連性は、正常及び突然変異ＴＴＲタンパク質の両方がアミロイド線維を形成し、それが凝集して細胞外沈着物となり、アミロイドーシスを引き起こし得ることである。例えば、Ｓａｒａｉｖａ Ｍ．Ｊ．Ｍ．（２００２）Ｅｘｐｅｒｔ Ｒｅｖｉｅｗｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，４（１２）：１－１１を考察のために参照されたい。ラットトランスサイレチンの分子クローニング及びヌクレオチド配列、並びにｍＲＮＡ発現の分布は、Ｄｉｃｋｓｏｎ，Ｐ．Ｗ．ｅｔ ａｌ．（１９８５）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６０（１３）８２１４－８２１９に記載された。ヒトＴＴＲのＸ線結晶構造は、Ｂｌａｋｅ，Ｃ．Ｃ．ｅｔ ａｌ．（１９７４）Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ８８，１－１２に記載された。ヒトＴＴＲ ｍＲＮＡ転写物の配列は、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（ＮＣＢＩ）ＲｅｆＳｅｑ受託番号ＮＭ＿０００３７１（例えば、配列番号１及び５）に見出すことができる。マウスＴＴＲ ｍＲＮＡの配列は、ＲｅｆＳｅｑ受託番号ＮＭ＿０１３６９７．２に見出すことができ、ラットＴＴＲ ｍＲＮＡの配列は、ＲｅｆＳｅｑ受託番号ＮＭ＿０１２６８１．に見出すことができる。ＴＴＲ ｍＲＮＡ配列のさらなる例は、公的に入手可能なデータベース、例えば、ＧｅｎＢａｎｋ、ＵｎｉＰｒｏｔ、及びＯＭＩＭを使用して容易に入手可能である。
本明細書で使用される場合、「標的配列」は、一次転写産物のＲＮＡプロセシングの生成物であるｍＲＮＡを含む、ＴＴＲ遺伝子の転写中に形成されるｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の連続部分を指す。一実施形態では、配列の標的部分は、ＴＴＲ遺伝子の転写中に形成されるｍＲＮＡのヌクレオチド配列のその部分における、又はその部分の付近の、ｉＲＮＡ指向性切断の基質としての役割を果たすのに少なくとも十分な長さを有するであろう。一実施形態では、標的配列は、ＴＴＲ遺伝子のタンパク質コード領域内にある。別の実施形態では、標的配列は、ＴＴＲ遺伝子の３’ＵＴＲ内にある。
標的配列は、約９～３６ヌクレオチド長、例えば、約１５～３０ヌクレオチド長であり得る。例えば、標的配列は、約１５～３０ヌクレオチド、１５～２９、１５～２８、１５～２７、１５～２６、１５～２５、１５～２４、１５～２３、１５～２２、１５～２１、１５～２０、１５～１９、１５～１８、１５～１７、１８～３０、１８～２９、１８～２８、１８～２７、１８～２６、１８～２５、１８～２４、１８～２３、１８～２２、１８～２１、１８～２０、１９～３０、１９～２９、１９～２８、１９～２７、１９～２６、１９～２５、１９～２４、１９～２３、１９～２２、１９～２１、１９～２０、２０～３０、２０～２９、２０～２８、２０～２７、２０～２６、２０～２５、２０～２４、２０～２３、２０～２２、２０～２１、２１～３０、２１～２９、２１～２８、２１～２７、２１～２６、２１～２５、２１～２４、２１～２３、又は２１～２２ヌクレオチド長であり得る。一部の実施形態では、標的配列は、約１９～約３０ヌクレオチド長である。他の実施形態では、標的配列は、約１９～約２５ヌクレオチド長である。さらに他の実施形態では、標的配列は、約１９～約２３ヌクレオチド長である。一部の実施形態では、標的配列は、約２１～約２３ヌクレオチド長である。上記に引用した範囲及び長さの中間の範囲及び長さも、本発明の一部であることが意図される。
本発明の一部の実施形態では、ＴＴＲ遺伝子の標的配列は、配列番号１のヌクレオチド６１５～６３７、又は配列番号５のヌクレオチド５０５～５２７（即ち、５’－ＧＡＴＧＧＧＡＴＴＴＣＡＴＧＴＡＡＣＣＡＡＧＡ－３’；配列番号４）を含む。
本明細書で使用される場合、「配列を含む鎖」という用語は、標準的なヌクレオチド命名法を使用して参照される配列により記載されるヌクレオチドの鎖を含むオリゴヌクレオチドを指す。
「Ｇ」、「Ｃ」、「Ａ」、「Ｔ」及び「Ｕ」はそれぞれ、一般に、それぞれ、グアニン、シトシン、アデニン、チミジン及びウラシルを塩基として含むヌクレオチドを表す。しかしながら、「リボヌクレオチド」又は「ヌクレオチド」という用語は、以下にさらに詳細するような修飾ヌクレオチド、又はサロゲート置換部分も指し得ることを理解するであろう（例えば、表３参照）。当業者は、グアニン、シトシン、アデニン、及びウラシルが、そのような置換部分を有するヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドの塩基対特性を実質的に変えることなく、他の部分で置換され得ることをよく知っている。例えば、非限定的に、その塩基としてイノシンを含むヌクレオチドは、アデニン、シトシン、又はウラシルを含むヌクレオチドと塩基対を形成し得る。したがって、ウラシル、グアニン、又はアデニンを含むヌクレオチドは、本発明を特徴付けるｄｓＲＮＡのヌクレオチド配列において、例えばイノシンを含むヌクレオチドで置換され得る。別の例では、オリゴヌクレオチドのいずれかの箇所のアデニン及びシトシンは、それぞれ、グアニン及びウラシルで置換されて、標的ｍＲＮＡとのＧ－Ｕゆらぎ塩基対を形成し得る。そのような置換部分を含む配列は、本発明を特徴付ける組成物及び方法に適している。
本明細書で交換可能に使用される「ｉＲＮＡ」、「ＲＮＡｉ剤」、「ｉＲＮＡ剤」、「ＲＮＡ干渉剤」という用語は、その用語が本明細書に定義されるＲＮＡを含む薬剤を指し、これはＲＮＡ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）経路を介してＲＮＡ転写物の標的化切断を媒介する。ｉＲＮＡは、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）として知られるプロセスを介して、ＲＮＡの配列特異的分解を指示する。ｉＲＮＡは、細胞、例えば、哺乳動物対象などの対象内の細胞におけるＴＴＲ遺伝子の発現を調節、例えば阻害する。
一実施形態では、本発明のＲＮＡｉ剤は、標的ＲＮＡの切断を指示するために、標的ＲＮＡ配列、例えばＴＴＲ標的ｍＲＮＡ配列と相互作用する一本鎖ＲＮＡを含む。理論に束縛されることを望むものではないが、細胞に導入された長い二本鎖ＲＮＡは、Ｄｉｃｅｒとして知られるＩＩＩ型エンドヌクレアーゼによって、センス鎖及びアンチセンス鎖を含む二本鎖の短い干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）に分解されると考えられる（Ｓｈａｒｐ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｇｅｎｅｓ Ｄｅｖ．１５：４８５）。リボヌクレアーゼＩＩＩ様酵素であるＤｉｃｅｒは、これらのｄｓＲＮＡを、特徴的な２塩基の３’オーバーハングを有する１９～２３塩基対の短い干渉ＲＮＡにプロセシングする（Ｂｅｒｎｓｔｅｉｎ，ｅｔ ａｌ．，（２００１）Ｎａｔｕｒｅ ４０９：３６３）。次いで、これらのｓｉＲＮＡは、ＲＮＡ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）に組み込まれ、そこで１つ以上のヘリカーゼがｓｉＲＮＡ二重鎖をほどき、相補的なアンチセンス鎖が標的認識を導くことを可能にする（Ｎｙｋａｎｅｎ，ｅｔ ａｌ．，（２００１）Ｃｅｌｌ １０７：３０９）。適切な標的ｍＲＮＡに結合すると、ＲＩＳＣ内の１つ以上のエンドヌクレアーゼが標的を切断してサイレンシングを誘導する（Ｅｌｂａｓｈｉｒ，ｅｔ ａｌ．，（２００１）Ｇｅｎｅｓ Ｄｅｖ．１５：１８８）。したがって、一態様において、本発明は、細胞内で生成され、標的遺伝子（即ち、ＴＴＲ遺伝子）のサイレンシングをもたらすためにＲＩＳＣ複合体の形成を促進する一本鎖ｓｉＲＮＡ（ｓｓＲＮＡ）（ｓｉＲＮＡ二重鎖のアンチセンス鎖）に関する。したがって、「ｓｉＲＮＡ」という用語はまた、本明細書では、上記のようなＲＮＡｉを指すために使用される。
別の実施形態では、ＲＮＡｉ剤は、標的ｍＲＮＡを阻害するために細胞又は生物に導入される一本鎖ＲＮＡであり得る。一本鎖ＲＮＡｉ剤は、ＲＩＳＣエンドヌクレアーゼであるＡｒｇｏｎａｕｔｅ ２に結合し、次いでそれが標的ｍＲＮＡを切断する。一本鎖ｓｉＲＮＡは、一般に１５～３０ヌクレオチドであり、化学的に修飾されている。一本鎖ｓｉＲＮＡの設計及び試験は、米国特許第８，１０１，３４８号明細書及びＬｉｍａ ｅｔ ａｌ．，（２０１２）Ｃｅｌｌ １５０：８８３－８９４に記載されており、これらのそれぞれの全内容は、参照により本明細書に組み入れられる。本明細書に記載されるアンチセンスヌクレオチド配列のいずれも、本明細書に記載されるような一本鎖ＲＮＡとして、又はＬｉｍａ ｅｔ ａｌ．，（２０１２）Ｃｅｌｌ １５０：８８３－８９４に記載される方法によって化学的に修飾されて使用され得る。
別の実施形態では、本発明の組成物、使用、及び方法で使用するための「ｉＲＮＡ」は、二本鎖ＲＮＡであり、本明細書では、「二本鎖ＲＮＡｉ剤」、「二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）分子」、「ｄｓＲＮＡ剤」、又は「ｄｓＲＮＡ」と呼ばれる。「ｄｓＲＮＡ」という用語は、標的ＲＮＡ、即ちＴＴＲ遺伝子に対して「センス」及び「アンチセンス」配向を有すると呼ばれる、２つの逆平行且つ実質的に相補的な核酸鎖を含む二重鎖構造を有する、リボ核酸分子の複合体を指す。本発明の一部の実施形態では、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）は、本明細書でＲＮＡ干渉又はＲＮＡｉと呼ばれる転写後遺伝子サイレンシング機構を介して、標的ＲＮＡ、例えばｍＲＮＡの分解を誘発する。
一般に、ｄｓＲＮＡ分子の各鎖のヌクレオチドの大部分は、リボヌクレオチドであるが、本明細書に詳細に記載されるように、それぞれ又は両方の鎖はまた、１つ以上の非リボヌクレオチド、例えばデオキシリボヌクレオチド及び／又は修飾ヌクレオチドを含み得る。さらに、本明細書で使用される場合、「ＲＮＡｉ剤」は、化学修飾を有するリボヌクレオチドを含み得；ＲＮＡｉ剤は、複数のヌクレオチドにおける実質的な修飾を含み得る。
本明細書で使用される場合、「修飾ヌクレオチド」という用語は、独立に、修飾糖部分、修飾ヌクレオチド間結合、及び／又は修飾核酸塩基を有するヌクレオチドを指す。したがって、修飾ヌクレオチドという用語は、ヌクレオシド間結合、糖部分、又は核酸塩基への、例えば官能基又は原子の置換、付加又は除去を包含する。本発明の薬剤での使用に適した修飾には、本明細書に開示された、又は当技術分野で公知の全てのタイプの修飾が含まれる。ｓｉＲＮＡタイプの分子に使用されるような任意のそのような修飾は、本明細書及び特許請求の範囲の目的のために、「ＲＮＡｉ剤」に包含される。
二重鎖領域は、ＲＩＳＣ経路を介した所望の標的ＲＮＡの特異的分解を可能にする任意の長さのものであり得、約９～３６塩基対の長さ、例えば、約１５～３０塩基対の長さの範囲、例えば、約９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、又は３６塩基対の長さ、例えば約１５～３０、１５～２９、１５～２８、１５～２７、１５～２６、１５～２５、１５～２４、１５～２３、１５～２２、１５～２１、１５～２０、１５～１９、１５～１８、１５～１７、１８～３０、１８～２９、１８～２８、１８～２７、１８～２６、１８～２５、１８～２４、１８～２３、１８～２２、１８～２１、１８～２０、１９～３０、１９～２９、１９～２８、１９～２７、１９～２６、１９～２５、１９～２４、１９～２３、１９～２２、１９～２１、１９～２０、２０～３０、２０～２９、２０～２８、２０～２７、２０～２６、２０～２５、２０～２４、２０～２３、２０～２２、２０～２１、２１～３０、２１～２９、２１～２８、２１～２７、２１～２６、２１～２５、２１～２４、２１～２３、又は２１～２２塩基対の長さであり得る。上記に引用した範囲及び長さの中間の範囲及び長さも、本発明の一部であることが意図される。
二重鎖構造を形成する２つの鎖は、１つのより大きいＲＮＡ分子の異なる部分であってもよく、又はそれらは別個のＲＮＡ分子であってもよい。２つの鎖が１つのより大きい分子の一部であり、したがって１つの鎖の３’末端と、対応する他方の鎖の５’末端との間の中断されていないヌクレオチド鎖によって接続されて、二重鎖構造を形成する場合、接続するＲＮＡ鎖は、「ヘアピンループ」と呼ばれる。ヘアピンループは、少なくとも１つの不対ヌクレオチドを含むことができる。一部の実施形態では、ヘアピンループは、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも２０、少なくとも２３以上の不対ヌクレオチドを含むことができる。一部の実施形態では、ヘアピンループは、１０以下のヌクレオチドであり得る。一部の実施形態では、ヘアピンループは、８以下の不対ヌクレオチドであり得る。一部の実施形態では、ヘアピンループは、４～１０の不対ヌクレオチドであり得る。一部の実施形態では、ヘアピンループは、４～８のヌクレオチドであり得る。
特定の実施形態では、二本鎖オリゴマー化合物の２つの鎖は、一緒に連結され得る。２つの鎖は、両端で、又は一方の端のみで互いに連結され得る。一方の端で連結することは、第１の鎖の５’末端が第２の鎖の３’末端に連結されるか、又は第１の鎖の３’末端が第２の鎖の５’末端に連結されることを意味する。２つの鎖が両端で互いに連結されると、第１の鎖の５’末端は、第２の鎖の３’末端に連結され、第１の鎖の３’末端は、第２の鎖の５’末端に連結される。２つの鎖は、（Ｎ）ｎを含むがこれに限定されないオリゴヌクレオチドリンカーによって一緒に連結され得；ここでＮは、独立に、修飾又は非修飾ヌクレオチドであり、ｎは、３～２３である。一部の実施形態では、ｎは、３～１０、例えば、３、４、５、６、７、８、９、又は１０である。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドリンカーは、ＧＮＲＡ、（Ｇ）４、（Ｕ）４、及び（ｄＴ）４からなる群から選択され、ここでＮは、修飾又は非修飾ヌクレオチドであり、Ｒは、修飾又は非修飾プリンヌクレオチドである。リンカー中のヌクレオチドのいくつかは、リンカー中の他のヌクレオチドとの塩基対相互作用に関与し得る。２つの鎖はまた、非ヌクレオシドリンカー、例えば、本明細書に記載されるリンカーによって一緒に連結され得る。当業者は、本明細書に記載の任意のオリゴヌクレオチド化学修飾又は変異をオリゴヌクレオチドリンカー中に使用できることを認識するであろう。
ヘアピン及びダンベル型オリゴマー化合物は、少なくとも１４、１５、１５、１６、１７、１８、１９、２９、２１、２２、２３、２４、又は２５ヌクレオチド対に等しいか又は少なくともそのようなヌクレオチド対の二重鎖領域を有する。二重鎖領域は、２００、１００、又は５０以下の長さであり得る。一部の実施形態では、二重鎖領域の範囲は、１５～３０、１７～２３、１９～２３、及び１９～２１ヌクレオチド対の長さである。
ヘアピンオリゴマー化合物は、一本鎖オーバーハング又は末端不対領域を、一部の実施形態では３’に、一部の実施形態では、ヘアピンのアンチセンス側に有することができる。一部の実施形態では、オーバーハングは、１～４、より一般的には２～３ヌクレオチド長である。ＲＮＡ干渉を誘導することができるヘアピンオリゴマー化合物は、本明細書では「ｓｈＲＮＡ」とも呼ばれる。
ｄｓＲＮＡの２つの実質的に相補的な鎖が別個のＲＮＡ分子に含まれる場合、これらの分子は、共有結合する必要はないが、共有結合することができる。２つの鎖が、１つの鎖の３’末端と、対応する他方の鎖の５’末端との間で、中断されていないヌクレオチド鎖以外の手段によって共有結合されて、二重鎖構造を形成する場合、接続する構造は、「リンカー」と呼ばれる。これらのＲＮＡ鎖は、同じ又は異なる数のヌクレオチドを有し得る。塩基対の最大数は、ｄｓＲＮＡの最も短い鎖から、二重鎖中に存在する任意のオーバーハングを引いたヌクレオチドの数である。二重鎖構造に加えて、ＲＮＡｉは、１つ以上のヌクレオチドオーバーハングを含み得る。
一実施形態では、本発明のＲＮＡｉ剤は、標的ＲＮＡ配列、例えばＴＴＲ標的ｍＲＮＡ配列と相互作用して標的ＲＮＡの切断を指示するｄｓＲＮＡであり、その各鎖は、２４～３０ヌクレオチド長である。理論に束縛されることを望むものではないが、細胞に導入された長い二本鎖ＲＮＡは、Ｄｉｃｅｒとして知られるＩＩＩ型エンドヌクレアーゼによって、ｓｉＲＮＡに分解される（Ｓｈａｒｐ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｇｅｎｅｓ Ｄｅｖ．１５：４８５）。リボヌクレアーゼＩＩＩ様酵素であるＤｉｃｅｒは、ｄｓＲＮＡを、特徴的な２塩基の３’オーバーハングを有する１９～２３塩基対の短い干渉ＲＮＡにプロセシングする（Ｂｅｒｎｓｔｅｉｎ，ｅｔ ａｌ．，（２００１）Ｎａｔｕｒｅ ４０９：３６３）。次いで、ｓｉＲＮＡは、ＲＮＡ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）に組み込まれ、そこで１つ以上のヘリカーゼがｓｉＲＮＡ二重鎖をほどき、相補的なアンチセンス鎖が標的認識を導くことを可能にする（Ｎｙｋａｎｅｎ，ｅｔ ａｌ．，（２００１）Ｃｅｌｌ １０７：３０９）。適切な標的ｍＲＮＡに結合すると、ＲＩＳＣ内の１つ以上のエンドヌクレアーゼが標的を切断してサイレンシングを誘導する（Ｅｌｂａｓｈｉｒ，ｅｔ ａｌ．，（２００１）Ｇｅｎｅｓ Ｄｅｖ．１５：１８８）。
一実施形態では、本発明のＲＮＡｉ剤は、ＴＴＲ ＲＮＡ配列と相互作用して標的ＲＮＡの切断を指示するｄｓＲＮＡ剤であり、その各鎖は、１９～２３ヌクレオチドである。理論に束縛されることを望むものではないが、細胞に導入された長い二本鎖ＲＮＡは、Ｄｉｃｅｒとして知られるＩＩＩ型エンドヌクレアーゼによって、ｓｉＲＮＡに分解される（Ｓｈａｒｐ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｇｅｎｅｓ Ｄｅｖ．１５：４８５）。リボヌクレアーゼＩＩＩ様酵素であるＤｉｃｅｒは、ｄｓＲＮＡを、特徴的な２塩基の３’オーバーハングを有する１９～２３塩基対の短い干渉ＲＮＡにプロセシングする（Ｂｅｒｎｓｔｅｉｎ，ｅｔ ａｌ．，（２００１）Ｎａｔｕｒｅ ４０９：３６３）。次いで、ｓｉＲＮＡは、ＲＮＡ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）に組み込まれ、そこで１つ以上のヘリカーゼがｓｉＲＮＡ二重鎖をほどき、相補的なアンチセンス鎖が標的認識を導くことを可能にする（Ｎｙｋａｎｅｎ，ｅｔ ａｌ．，（２００１）Ｃｅｌｌ １０７：３０９）。適切な標的ｍＲＮＡに結合すると、ＲＩＳＣ内の１つ以上のエンドヌクレアーゼが標的を切断してサイレンシングを誘導する（Ｅｌｂａｓｈｉｒ，ｅｔ ａｌ．，（２００１）Ｇｅｎｅｓ Ｄｅｖ．１５：１８８）。一実施形態では、本発明のＲＮＡｉ剤は、ＴＴＲ ＲＮＡ配列と相互作用して標的ＲＮＡの切断を指示する、２４～３０ヌクレオチドのｄｓＲＮＡである。
本明細書で使用される場合、「ヌクレオチドオーバーハング」という用語は、ｉＲＮＡ、例えばｄｓＲＮＡの二重鎖構造から突出する少なくとも１つの不対ヌクレオチドを指す。例えば、ｄｓＲＮＡの一方の鎖の３’末端が、他方の鎖の５’末端を越えて伸長する場合、又はその逆の場合、ヌクレオチドオーバーハングが存在する。ｄｓＲＮＡは、少なくとも１つのヌクレオチドのオーバーハングを含むことができ；或いは、オーバーハングは少なくとも２つのヌクレオチド、少なくとも３つのヌクレオチド、少なくとも４つのヌクレオチド、少なくとも５つのヌクレオチド又はそれ以上を含むことができる。ヌクレオチドオーバーハングは、デオキシヌクレオチド／ヌクレオシドを含むヌクレオチド／ヌクレオシド類似体を含むか、又はそれからなることができる。オーバーハングは、センス鎖、アンチセンス鎖、又はその任意の組み合わせ上にあってもよい。さらに、オーバーハングのヌクレオチドは、ｄｓＲＮＡのアンチセンス又はセンス鎖のいずれかの５’末端、３’末端、又は両端上に存在してもよい。ｄｓＲＮＡの一実施形態では、少なくとも１つの鎖は、少なくとも１ヌクレオチドの３’オーバーハングを含む。別の実施形態では、少なくとも１つの鎖は、少なくとも２ヌクレオチド、例えば、２、３、４、５、６、７、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５ヌクレオチドの３’オーバーハングを含む。他の実施形態では、ＲＮＡｉ剤の少なくとも１つの鎖は、少なくとも１ヌクレオチドの５’オーバーハングを含む。特定の実施形態では、少なくとも１つの鎖は、少なくとも２ヌクレオチド、例えば、２、３、４、５、６、７、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５ヌクレオチドの５’オーバーハングを含む。さらに他の実施形態では、ＲＮＡｉ剤の１つの鎖の３’末端及び５’末端の両方は、少なくとも１ヌクレオチドのオーバーハングを含む。
一実施形態では、ｄｓＲＮＡのアンチセンス鎖は、３’末端及び／又は５’末端に１～１０ヌクレオチド、例えば、０～３、１～３、２～４、２～５、４～１０、５～１０、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０ヌクレオチドのオーバーハングを有する。一実施形態では、ｄｓＲＮＡのセンス鎖は、３’末端及び／又は５’末端に１～１０ヌクレオチド、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０ヌクレオチドのオーバーハングを有する。別の実施形態では、オーバーハング中のヌクレオチドの１つ以上は、ヌクレオシドチオリン酸で置換される。
特定の実施形態では、センス鎖又はアンチセンス鎖又はその両方のオーバーハングは、１０ヌクレオチドより長い伸長した長さ、例えば、１～３０ヌクレオチド、２～３０ヌクレオチド、１０～３０ヌクレオチド、又は１０～１５ヌクレオチド長を含み得る。特定の実施形態では、伸長したオーバーハングは、二重鎖のセンス鎖上にある。特定の実施形態では、伸長したオーバーハングは、二重鎖のセンス鎖の３’末端に存在する。特定の実施形態では、伸長したオーバーハングは、二重鎖のセンス鎖の５’末端に存在する。特定の実施形態では、伸長したオーバーハングは、二重鎖のアンチセンス鎖上にある。特定の実施形態では、伸長したオーバーハングは、二重鎖のアンチセンス鎖の３’末端に存在する。特定の実施形態では、伸長したオーバーハングは、二重鎖のアンチセンス鎖の５’末端に存在する。特定の実施形態では、オーバーハング中のヌクレオチドの１つ以上は、ヌクレオシドチオリン酸で置換されている。特定の実施形態では、オーバーハングは、オーバーハングが生理学的条件下で安定なヘアピン構造を形成することができるように、自己相補的部分を含む。
「平滑」又は「平滑末端」は、二本鎖ＲＮＡｉ剤のその末端に不対ヌクレオチドが存在しないこと、即ち、ヌクレオチドオーバーハングが存在しないことを意味する。「平滑末端」ＲＮＡｉ剤は、その全長にわたって二本鎖であるｄｓＲＮＡであり、即ち、分子のいずれの末端にもヌクレオチドオーバーハングが存在しない。本発明のＲＮＡｉ剤は、一端にヌクレオチドオーバーハングを有する（即ち、１つのオーバーハング及び１つの平滑末端を有する薬剤）又は両端にヌクレオチドオーバーハングを有するＲＮＡｉ剤を含む。
「アンチセンス鎖」又は「ガイド鎖」という用語は、標的配列、例えばＴＴＲ ｍＲＮＡに実質的に相補的である領域を含むｉＲＮＡ、例えばｄｓＲＮＡの鎖を指す。本明細書で使用される場合、「相補性の領域」という用語は、配列、例えば本明細書に定義されるような標的配列、例えばＴＴＲヌクレオチド配列に実質的に相補的であるアンチセンス鎖上の領域を指す。相補性の領域が標的配列に完全に相補的でない場合、分子の内部領域又は末端領域にミスマッチが存在し得る。一般に、最も許容されるミスマッチは、末端領域、例えばｉＲＮＡの５’末端及び／又は３’末端の５、４、３、２、又は１ヌクレオチド以内にある。一実施形態では、本発明の二本鎖ＲＮＡｉ剤は、アンチセンス鎖にヌクレオチドミスマッチを含む。別の実施形態では、本発明の二本鎖ＲＮＡｉ剤は、センス鎖にヌクレオチドミスマッチを含む。一実施形態では、ヌクレオチドミスマッチは、例えば、ｉＲＮＡの３’末端から５、４、３、２、又は１ヌクレオチド以内である。別の実施形態では、ヌクレオチドミスマッチは、例えば、ｉＲＮＡの３’末端ヌクレオチドにある。
本明細書で使用される「センス鎖」又は「パッセンジャー鎖」という用語は、用語が本明細書で定義されるアンチセンス鎖の領域に実質的に相補的な領域を含むｉＲＮＡの鎖を指す。
本明細書で使用される場合、「切断領域」という用語は、切断部位に直接隣接して位置する領域を指す。切断部位は、切断が起こる標的上の部位である。一部の実施形態では、切断領域は、切断部位のいずれかの末端に、及び切断部位に直接隣接して、３つの塩基を含む。一部の実施形態では、切断領域は、切断部位のいずれかの末端に、及び切断部位に直接隣接して、２つの塩基を含む。一部の実施形態では、切断部位は、アンチセンス鎖のヌクレオチド１０及び１１によって結合される部位で特異的に生じ、切断領域は、ヌクレオチド１１、１２及び１３を含む。
本明細書で使用される場合、及び別段の指示がない限り、「相補的」という用語は、第２のヌクレオチド配列に関して第１のヌクレオチド配列を記載するために使用される場合、当業者によって理解されるように、第１のヌクレオチド配列を含むオリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドが、特定の条件下で、第２のヌクレオチド配列を含むオリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドとハイブリダイズし、二重鎖構造を形成する能力を指す。そのような条件は、例えば、ストリンジェントな条件であり得、ここでストリンジェントな条件は、以下を含み得る：４００ｍＭ ＮａＣｌ、４０ｍＭ ＰＩＰＥＳ ｐＨ６．４、１ｍＭ ＥＤＴＡ、５０℃又は７０℃で１２～１６時間、その後の洗浄（例えば、“Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｓａｍｂｒｏｏｋ，ｅｔ ａｌ．（１９８９）Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ参照）。生体内で遭遇し得る生理学的に関連する条件などの他の条件を適用することができる。当業者は、ハイブリダイズしたヌクレオチドの最終的な用途に従って、２つの配列の相補性の試験に最も適切な条件のセットを決定することができるであろう。
ｉＲＮＡ内、例えば本明細書に記載されるｄｓＲＮＡ内の相補的配列は、一方又は両方のヌクレオチド配列の全長にわたる、第１のヌクレオチド配列を含むオリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドの、第２のヌクレオチド配列を含むオリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドへの塩基対形成を含む。このような配列は、本明細書で互いに対して「完全に相補的」と呼ばれ得る。しかしながら、本明細書で第１の配列が第２の配列に対して「実質的に相補的」と呼ばれる場合、２つの配列は完全に相補的であり得るか、又はそれらは、それらの最終的な用途、例えばＲＩＳＣ経路を介した遺伝子発現の阻害に最も関連する条件下でハイブリダイズする能力を保持しながら、３０塩基対までの二重鎖についてのハイブリダイゼーションの際に、１つ以上であるが一般には５、４、３又は２以下のミスマッチ塩基対を形成し得る。しかしながら、２つのオリゴヌクレオチドが、ハイブリダイゼーションの際に１つ以上の一本鎖オーバーハングを形成するように設計される場合、このようなオーバーハングは、相補性の決定に関してミスマッチとみなされない。例えば、２１ヌクレオチド長の１つのオリゴヌクレオチドと、２３ヌクレオチド長の別のオリゴヌクレオチドとを含むｄｓＲＮＡであって、より長いオリゴヌクレオチドが、より短いオリゴヌクレオチドに対して完全に相補的である２１ヌクレオチドの配列を含む、ｄｓＲＮＡは、本明細書に記載される目的のために、なお「完全に相補的」と呼ぶことができる。
本明細書で使用される「相補的」配列はまた、ハイブリダイズする能力に関する上記の要件が満たされる限り、非ワトソン－クリック塩基対並びに／又は非天然ヌクレオチド及び修飾ヌクレオチドから形成される塩基対を含み得るか、又はそれらから完全に形成され得る。このような非ワトソン－クリック塩基対には、Ｇ：Ｕゆらぎ又はＨｏｏｇｓｔｅｉｎ塩基対が含まれるが、これらに限定されない。
本明細書の「相補的」、「完全に相補的」及び「実質的に相補的」という用語は、それらの使用の文脈から理解されるように、ｄｓＲＮＡのセンス鎖とアンチセンス鎖との間、又はｉＲＮＡ剤のアンチセンス鎖と標的配列との間の塩基マッチングに関して使用することができる。
本明細書で使用される場合、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）の「少なくとも一部に実質的に相補的である」ポリヌクレオチドは、目的のｍＲＮＡ（例えば、ＴＴＲ遺伝子をコードするｍＲＮＡ）の連続部分に実質的に相補的であるポリヌクレオチドを指す。例えば、配列がＴＴＲ遺伝子をコードするｍＲＮＡの非中断部分に実質的に相補的である場合、ポリヌクレオチドは、ＴＴＲ ｍＲＮＡの少なくとも一部に相補的である。
したがって、一部の実施形態では、本明細書に開示されるアンチセンスポリヌクレオチドは、標的ＴＴＲ配列に完全に相補的である。
別の実施形態では、本明細書に開示されるアンチセンスポリヌクレオチドは、標的ＴＴＲ配列に実質的に相補的であり、その全長にわたって、配列番号２のいずれか１つのヌクレオチド配列、又は配列番号１、２、及び５のいずれか１つの断片の等価領域に対して少なくとも約８０％相補的、例えば、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、又は約９９％相補的である連続ヌクレオチド配列を含む。
一実施形態では、本発明のＲＮＡｉ剤は、アンチセンスポリヌクレオチドに実質的に相補的なセンス鎖を含み、アンチセンスポリヌクレオチドは、標的ＴＴＲ配列に相補的であり、センス鎖ポリヌクレオチドは、その全長にわたって、表４の配列のいずれか１つのヌクレオチド配列の等価領域に対して少なくとも約８０％相補的、例えば、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、又は約９９％相補的である連続ヌクレオチド配列を含む。
別の実施形態では、本発明のＲＮＡｉ剤は、標的ＴＴＲ配列に実質的に相補的であり、その全長にわたって、表４の配列のいずれか１つのヌクレオチド配列の等価領域に対して少なくとも約８０％相補的、例えば、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、又は約９９％相補的である連続ヌクレオチド配列を含むアンチセンス鎖を含む。
一部の実施形態では、二本鎖ｉＲＮＡ剤の二本鎖領域は、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０若しくはそれ以上のヌクレオチド対の長さに等しいか又は少なくともそのようなヌクレオチド対の長さである。
一部の実施形態では、二本鎖ｉＲＮＡ剤のアンチセンス鎖は、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、若しくは３０ヌクレオチド対の長さに等しいか又は少なくともそのようなヌクレオチド対の長さである。
一部の実施形態では、二本鎖ｉＲＮＡ剤のセンス鎖は、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、若しくは３０ヌクレオチド対の長さに等しいか又は少なくともそのようなヌクレオチド対の長さである。
一実施形態では、二本鎖ｉＲＮＡ剤のセンス鎖及びアンチセンス鎖は、それぞれ１５～３０ヌクレオチド長である。
一実施形態では、二本鎖ｉＲＮＡ剤のセンス鎖及びアンチセンス鎖は、それぞれ１９～２５ヌクレオチド長である。
一実施形態では、二本鎖ｉＲＮＡ剤のセンス鎖及びアンチセンス鎖は、それぞれ２１～２３ヌクレオチド長である。
一実施形態では、ｉＲＮＡ剤のセンス鎖は、２１ヌクレオチド長であり、アンチセンス鎖は２３ヌクレオチド長であり、ここで鎖は、３’末端に２ヌクレオチド長の一本鎖オーバーハングを有する２１連続塩基対の二本鎖領域を形成する。
一部の実施形態では、各鎖のヌクレオチドの大部分は、リボヌクレオチドであるが、本明細書に詳細に記載されるように、それぞれ又は両方の鎖はまた、１つ以上の非リボヌクレオチド、例えばデオキシリボヌクレオチド及び／又は修飾ヌクレオチドを含み得る。さらに、「ｉＲＮＡ」は、化学修飾を有するリボヌクレオチドを含むことができる。そのような修飾は、本明細書に開示されているか、又は当技術分野で知られている全てのタイプの修飾を含むことができる。ｉＲＮＡ分子に使用されるような任意のそのような修飾は、本明細書及び特許請求の範囲の目的のために「ｉＲＮＡ」に包含される。
本発明の一態様において、本発明の方法及び組成物において使用するための薬剤は、アンチセンス阻害機構を介して標的ｍＲＮＡを阻害する一本鎖アンチセンス核酸分子である。一本鎖アンチセンスＲＮＡ分子は、標的ｍＲＮＡ内の配列に相補的である。一本鎖アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ｍＲＮＡへの塩基対形成及び翻訳機構を物理的に妨害することによって、化学量論的様式で翻訳を阻害し得、Ｄｉａｓ，Ｎ．ｅｔ ａｌ．，（２００２）Ｍｏｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒ １：３４７－３５５を参照されたい。一本鎖アンチセンスＲＮＡ分子は、約１５～約３０ヌクレオチド長であり、標的配列に相補的な配列を有することができる。例えば、一本鎖アンチセンスＲＮＡ分子は、本明細書に記載されるアンチセンス配列のいずれか１つからの少なくとも約１５、１６、１７、１８、１９、２０、又はそれ以上の連続ヌクレオチドである配列を含み得る。
本明細書で使用される「ＴＴＲ関連疾患」は、ＴＴＲ遺伝子又はタンパク質に関連する任意の疾患を含むことが意図される。このような疾患は、例えば、ＴＴＲタンパク質の過剰産生、ＴＴＲ遺伝子突然変異、ＴＴＲタンパク質の異常な切断、ＴＴＲと他のタンパク質又は他の内因性若しくは外因性物質との間の異常な相互作用によって引き起こされ得る。「ＴＴＲ関連疾患」は、ＴＴＲが異常な細胞外凝集体又はアミロイド沈着物の形成において役割を果たす任意のタイプのＴＴＲアミロイドーシス（ＡＴＴＲ）を含む。ＴＴＲ関連疾患には、老人性全身性アミロイドーシス（ＳＳＡ）、全身性家族性アミロイドーシス、家族性アミロイド性多発ニューロパチー（ＦＡＰ）、家族性アミロイド性心筋症（ＦＡＣ）、軟髄膜／中枢神経系（ＣＮＳ）アミロイドーシス、アミロイド性硝子体混濁、手根管症候群、及び高チロキシン血症が含まれるが、これらに限定されない。ＴＴＲアミロイドーシスの症状には、感覚性ニューロパチー（例えば、錯感覚、遠位肢における感覚鈍麻）、自律神経ニューロパチー（例えば、胃腸機能障害、例えば胃潰瘍、又は起立性低血圧）、運動ニューロパチー、てんかん発作、認知症、脊髄症、多発ニューロパチー、手根管症候群、自律神経機能不全、心筋症、硝子体混濁、腎不全、腎症、実質的に低下したｍＢＭＩ（修正された肥満度指数）、脳神経機能障害、及び角膜格子ジストロフィーが含まれる。
「ＴＴＲ関連眼疾患又は障害」は、眼内のＴＴＲ遺伝子又はタンパク質に関連した任意の疾患又は障害を含む。このような疾患は、例えば、眼内のＴＴＲタンパク質の過剰産生、ＴＴＲ遺伝子突然変異、ＴＴＲタンパク質の異常な切断、ＴＴＲと他のタンパク質又は他の内因性若しくは外因性物質との間の異常な相互作用によって引き起こされ得る。「ＴＴＲ関連眼疾患又は障害」は、ＴＴＲが眼内の異常な細胞外凝集体又はアミロイド沈着物の形成において役割を果たす任意のタイプのＴＴＲアミロイドーシス（ＡＴＴＲ）を含む。
ＴＴＲ関連眼疾患又は障害には、ＴＴＲ関連緑内障、ＴＴＲ関連硝子体混濁、ＴＴＲ関連網膜異常、ＴＴＲ関連網膜アミロイド沈着、ＴＴＲ関連網膜血管障害、ＴＴＲ関連虹彩アミロイド沈着、ＴＴＲ関連スカラップ虹彩、及び水晶体上のＴＴＲ関連アミロイド沈着が含まれるが、これらに限定されない。
ＩＩ．親油性部分
本発明は、ＴＴＲ遺伝子の一部を標的とする二本鎖領域を形成するセンス鎖及びアンチセンス鎖を含むｄｓＲＮＡ剤を提供し、ここで１つ以上の親油性部分が、任意選択でリンカー又は担体を介して、二本鎖ｉＲＮＡの少なくとも１つの鎖上の１つ以上の内部位置、又は二本鎖領域内の少なくとも１つの鎖上の１つ以上の位置にコンジュゲートされている。二本鎖ｉＲＮＡの少なくとも１つの鎖の１つ以上の内部ヌクレオチド、又は二本鎖領域内の少なくとも１つの鎖上の１つ以上の位置にコンジュゲートされた１つ以上の親油性部分を含む本発明のｄｓＲＮＡ剤は、眼細胞へのｄｓＲＮＡの増強されたｉｎ ｖｉｖｏ送達に最適な疎水性を有する。
「親油部」又は「親油性部分」という用語は、脂質に対する親和性を有する任意の化合物又は化学部分を広く指す。親油性部分の親油性を特徴付けるための一方法は、オクタノール－水分配係数、ｌｏｇＫｏｗによるものであり、ここで、Ｋｏｗは、平衡状態における二相系の水性相中の化学物質の濃度に対するオクタノール相中のその濃度の比率である。オクタノール－水分配係数は、物質の実験室で測定される特性である。しかしながら、それはまた、第１原理法又は経験的方法を用いて計算される化学物質の構成成分に起因する係数を用いることによって予測され得る（例えば、参照により全内容が本明細書に組み入れられる、Ｔｅｔｋｏ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｆ．Ｃｏｍｐｕｔ．Ｓｃｉ．４１：１４０７－２１（２００１）を参照されたい）。それは、水より非水性又は油性環境を好む物質の傾向の熱力学的な尺度を提供する（即ち、その親水性／親油性バランス）。原理的に、化学物質は、そのｌｏｇＫｏｗが０を超える場合に親油性である。典型的に、親油性部分は、１超、１．５超、２超、３超、４超、５超、又は１０超のｌｏｇＫｏｗを有する。例えば、６－アミノヘキサノールのｌｏｇＫｏｗは、例えば、約０．７であると予測される。同じ方法を用いて、コレステリルＮ－（ヘキサン－６－オール）カルバメートのｌｏｇＫｏｗは、１０．７であると予測される。
分子の親油性は、それが保有する官能基に対して変化し得る。例えば、ヒドロキシル基又はアミン基を、親油性部分の末端に付加すると、親油性部分の分配係数（例えば、ｌｏｇＫｏｗ）値を増加又は減少させ得る。
或いは、１つ以上の親油性部分にコンジュゲートされた二本鎖ｉＲＮＡ剤の疎水性は、そのタンパク質結合特性によって測定され得る。例えば、二本鎖ｉＲＮＡ剤の血漿タンパク質結合アッセイにおける非結合分画は、二本鎖ｉＲＮＡ剤のサイレンシング活性に正に相関し得る、二本鎖ｉＲＮＡ剤の相対的疎水性に相関すると決定され得る。
一実施形態では、決定される血漿タンパク質結合アッセイは、ヒト血清アルブミンタンパク質を用いた電気泳動移動度シフトアッセイ（ＥＭＳＡ）である。結合アッセイにおいて非結合ｓｉＲＮＡの分画によって測定される、二本鎖ｉＲＮＡ剤の疎水性は、ｓｉＲＮＡの向上したｉｎ ｖｉｖｏ送達のために、０．１５超、０．２超、０．２５超、０．３超、０．３５超、０．４超、０．４５超、又は０．５超である。
したがって、二本鎖ｉＲＮＡ剤の内部位置、又はＲＮＡｉ剤の二本鎖部分内の位置への親油性部分のコンジュゲートは、ｓｉＲＮＡの向上したｉｎ ｖｉｖｏ眼内送達に最適な疎水性を提供する。
特定の実施形態では、親油性部分は、脂肪族、環状、例えば脂環式、又は多環式、例えば多脂環式化合物、例えばステロイド（例えば、ステロール）又は直鎖若しくは分岐鎖脂肪族炭化水素である。親油性部分は、一般に、環状又は非環状であり得る炭化水素鎖を含み得る。炭化水素鎖は、様々な置換基及び／又は１個以上のヘテロ原子、例えば酸素又は窒素原子を含み得る。このような親油性脂肪族部分としては、限定されるものではないが、飽和又は不飽和Ｃ４～Ｃ３０炭化水素（例えば、Ｃ６～Ｃ１８炭化水素）、飽和又は不飽和脂肪酸、ワックス（例えば、脂肪酸及び脂肪ジアミドの一価アルコールエステル）、テルペン（例えば、Ｃ１０テルペン、Ｃ１５セスキテルペン、Ｃ２０ジテルペン、Ｃ３０トリテルペン、及びＣ４０テトラテルペン）、及び他の多脂環式炭化水素が挙げられる。例えば、親油性部分は、Ｃ４～Ｃ３０炭化水素鎖（例えば、Ｃ４～Ｃ３０アルキル又はアルケニル）を含有し得る。一部の実施形態では、親油性部分は、飽和又は不飽和Ｃ６～Ｃ１８炭化水素鎖（例えば、直鎖Ｃ６～Ｃ１８アルキル又はアルケニル）を含有する。一実施形態では、親油性部分は、飽和又は不飽和Ｃ１６炭化水素鎖（例えば、直鎖Ｃ１６アルキル又はアルケニル）を含有する。
親油性部分は、ヒドロキシ基（例えば、－ＣＯ－ＣＨ２－ＯＨ）などの、親油性部分中に既に存在するか又はｉＲＮＡ剤中に導入される官能基を介するなど、当技術分野で公知の任意の方法によって、ｉＲＮＡ剤に結合され得る。親油性部分中に既に存在するか又はｉＲＮＡ剤中に導入される官能基としては、限定されるものではないが、ヒドロキシル、アミン、カルボン酸、スルホネート、ホスフェート、チオール、アジド、及びアルキンが挙げられる。
ｉＲＮＡ剤及び親油性部分のコンジュゲーションは、例えば、ヒドロキシ及びアルキル基Ｒ－、アルカノイル基ＲＣＯ－又は置換カルバモイル基ＲＮＨＣＯ－の間の、エーテル又はカルボキシル又はカルバモイルエステル結合の形成によって起こり得る。アルキル基Ｒは、環状（例えば、シクロヘキシル）又は非環状（例えば、直鎖若しくは分岐鎖；及び飽和若しくは不飽和）であり得る。アルキル基Ｒは、ブチル、ペンチル、ヘキシル、ヘプチル、オクチル、ノニル、デシル、ウンデシル、ドデシル、トリデシル、テトラデシル、ペンタデシル、ヘキサデシル、ヘプタデシル又はオクタデシル基などであり得る。
一部の実施形態では、親油性部分は、エーテル、チオエーテル、尿素、カーボネート、アミン、アミド、マレイミド－チオエーテル、ジスルフィド、ホスホジエステル、スルホンアミド結合、クリック反応の生成物（例えば、アジド－アルキン環状付加からのトリアゾール）、又はカルバメートを含むリンカーを介して、二本鎖ｉＲＮＡ剤にコンジュゲートされる。
別の実施形態では、親油性部分は、ステロールなどのステロイドである。ステロイドは、ペルヒドロ－１，２－シクロペンタノフェナントレン環系を含有する多環式化合物である。ステロイドとしては、限定されるものではないが、胆汁酸（例えば、コール酸、デオキシコール酸及びデヒドロコール酸）、コルチゾン、ジゴキシゲニン、テストステロン、コレステロール、及びカチオン性ステロイド、例えばコルチゾンが挙げられる。「コレステロール誘導体」は、例えば、置換基の置換、付加、又は除去によって、コレステロールから誘導される化合物を指す。
別の実施形態では、親油性部分は、芳香族部分である。これに関連して、「芳香族」という用語は、単環及び多環芳香族炭化水素を広く指す。芳香族基としては、限定されるものではないが、任意選択で置換され得る１～３つの芳香環を含むＣ６～Ｃ１４アリール部分；そのいずれかが、独立に、任意選択で置換されていても又は置換されていなくてもよい、アルキル基に共有結合されたアリール基を含む「アラルキル」又は「アリールアルキル」基；及び「ヘテロアリール」基が挙げられる。本明細書で使用される「ヘテロアリール」という用語は、５～１４個の環原子、好ましくは、５、６、９、又は１０個の環原子を有し；環状の配置で共有された６、１０、又は１４個のπ電子を有し、且つ炭素原子に加えて、窒素（Ｎ）、酸素（Ｏ）、及び硫黄（Ｓ）からなる群から選択される１～約３個のヘテロ原子を有する基を指す。
本明細書で使用される「置換された」アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、又は複素環式基は、１～約４個、好ましくは、１～約３個、より好ましくは、１又は２個の、非水素置換基を有するものである。適切な置換基としては、限定されるものではないが、ハロ、ヒドロキシ、ニトロ、ハロアルキル、アルキル、アルカリール、アリール、アラルキル、アルコキシ、アリールオキシ、アミノ、アシルアミノ、アルキルカルバモイル、アリールカルバモイル、アミノアルキル、アルコキシカルボニル、カルボキシ、ヒドロキシアルキル、アルカンスルホニル、アレンスルホニル、アルカンスルホンアミド、アレンスルホンアミド、アラルキルスルホンアミド、アルキルカルボニル、アシルオキシ、シアノ、及びウレイド基が挙げられる。
一部の実施形態では、親油性部分は、アラルキル基、例えば、２－アリールプロパノイル部分である。アラルキル基の構造的特徴は、親油性部分が、少なくとも１つのタンパク質にｉｎ ｖｉｖｏで結合するように選択される。特定の実施形態では、アラルキル基の構造的特徴は、親油性部分が、血清、血管、又は細胞タンパク質に結合するように選択される。特定の実施形態では、アラルキル基の構造的特徴は、アルブミン、免疫グロブリン、リポタンパク質、α－２－マクログロブリン、又はα－１－糖タンパク質への結合を促進する。
特定の実施形態では、リガンドは、ナプロキセン又はナプロキセンの構造的誘導体である。ナプロキセンの合成のための手順が、参照によりその全内容が本明細書に組み入れられる、米国特許第３，９０４，６８２号明細書及び米国特許第４，００９，１９７号明細書に見出される。ナプロキセンは、化学名（Ｓ）－６－メトキシ－α－メチル－２－ナフタレン酢酸を有し、構造は、
である。
特定の実施形態では、リガンドは、イブプロフェン又はイブプロフェン構造的誘導体である。イブプロフェンの合成のための手順が、参照によりその全内容が本明細書に組み入れられる、米国特許第３，２２８，８３１号明細書に見出される。イブプロフェンの構造は、
である。
さらなる例示的なアラルキル基が、参照により全内容が本明細書に組み入れられる、米国特許第７，６２６，０１４号明細書に示されている。
別の実施形態では、適切な親油性部分としては、脂質、コレステロール、レチノイン酸、コール酸、アダマンタン酢酸、１－ピレン酪酸、ジヒドロテストステロン、１，３－ビス－Ｏ（ヘキサデシル）グリセロール、ゲラニルオキシヘキサノール、ヘキサデシルグリセロール、ボルネオール、メントール、１，３－プロパンジオール、ヘプタデシル基、パルミチン酸、ミリスチン酸、Ｏ３－（オレオイル）リトコール酸、Ｏ３－（オレオイル）コレン酸、イブプロフェン、ナプロキセン、ジメトキシトリチル、又はフェノキサジンが挙げられる。
特定の実施形態では、特に、親油性部分が、低い親油性又は疎水性を有する場合、２つ以上の親油性部分が、二本鎖ｉＲＮＡ剤に組み込まれ得る。一実施形態では、２つ以上の親油性部分が、二本鎖ｉＲＮＡ剤の同じ鎖に組み込まれる。一実施形態では、二本鎖ｉＲＮＡ剤の各鎖には、１つ以上の親油性部分が組み込まれる。一実施形態では、２つ以上の親油性部分が、二本鎖ｉＲＮＡ剤の同じ位置（即ち、同じ核酸塩基、同じ糖部分、又は同じヌクレオシド間結合）に組み込まれる。これは、例えば、担体を介して２つ以上の親油性部分をコンジュゲートすること、及び／又は分岐リンカーを介して２つ以上の親油性部分をコンジュゲートすること、及び／又は１つ以上のリンカーが親油性部分を連続して連結した状態で、１つ以上のリンカーを介して２つ以上の親油性部分をコンジュゲートすることによって達成され得る。
親油性部分は、ｉＲＮＡ剤のリボ糖への直接結合を介して、ｉＲＮＡ剤にコンジュゲートされ得る。或いは、親油性部分は、リンカー又は担体を介して、二本鎖ｉＲＮＡ剤にコンジュゲートされ得る。
特定の実施形態では、親油性部分は、１つ以上のリンカー（テザー）を介して、ｉＲＮＡ剤にコンジュゲートされ得る。
一実施形態では、親油性部分は、エーテル、チオエーテル、尿素、カーボネート、アミン、アミド、マレイミド－チオエーテル、ジスルフィド、ホスホジエステル、スルホンアミド結合、クリック反応の生成物（例えば、アジド－アルキン環状付加からのトリアゾール）、又はカルバメートを含有するリンカーを介して、二本鎖ｉＲＮＡ剤にコンジュゲートされる。いくつかの例示的な結合が、図１、実施例２、３、５、６、及び７に示される。
Ａ．リンカー／テザー
リンカー／テザーは、「テザー付着点（ｔｅｔｈｅｒｉｎｇ ａｔｔａｃｈｍｅｎｔ ｐｏｉｎｔ）（ＴＡＰ）」において親油性部分に連結される。リンカー／テザーは、任意のＣ１～Ｃ１００炭素含有部分、（例えばＣ１～Ｃ７５、Ｃ１～Ｃ５０、Ｃ１～Ｃ２０、Ｃ１～Ｃ１０；Ｃ１、Ｃ２、Ｃ３、Ｃ４、Ｃ５、Ｃ６、Ｃ７、Ｃ８、Ｃ９、又はＣ１０）を含んでもよく、少なくとも１つの窒素原子を有し得る。特定の実施形態では、窒素原子は、親油性部分のための連結点として働き得るリンカー／テザーにおいて末端アミノ又はアミド（ＮＨＣ（Ｏ）－）基の一部を成す。リンカー／テザー（下線）の非限定的な例としては、ＴＡＰ－（ＣＨ２）ｎＮＨ－；ＴＡＰ－Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｎＮＨ－；ＴＡＰ－ＮＲ’’’’（ＣＨ２）ｎＮＨ－、ＴＡＰ－Ｃ（Ｏ）－（ＣＨ２）ｎ－Ｃ（Ｏ）－；ＴＡＰ－Ｃ（Ｏ）－（ＣＨ２）ｎ－Ｃ（Ｏ）Ｏ－；ＴＡＰ－Ｃ（Ｏ）－Ｏ－；ＴＡＰ－Ｃ（Ｏ）－（ＣＨ２）ｎ－ＮＨ－Ｃ（Ｏ）－；ＴＡＰ－Ｃ（Ｏ）－（ＣＨ２）ｎ－；ＴＡＰ－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－；ＴＡＰ－Ｃ（Ｏ）－；ＴＡＰ－（ＣＨ２）ｎ－Ｃ（Ｏ）－；ＴＡＰ－（ＣＨ２）ｎ－Ｃ（Ｏ）Ｏ－；ＴＡＰ－（ＣＨ２）ｎ－；又はＴＡＰ－（ＣＨ２）ｎ－ＮＨ－Ｃ（Ｏ）－３が挙げられ；ここで、ｎは、１～２０（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、又は２０）であり、Ｒ’’’’は、Ｃ１～Ｃ６アルキルである。好ましくは、ｎは、５、６、又は１１である。他の実施形態では、窒素は、末端オキシアミノ基、例えば、－ＯＮＨ２、又はヒドラジノ基、－ＮＨＮＨ２の一部を成し得る。リンカー／テザーは、例えば、ヒドロキシ、アルコキシ、ペルハロアルキルで、任意選択で置換されてもよく、及び／又は１つ以上のさらなるヘテロ原子、例えば、Ｎ、Ｏ、若しくはＳが任意選択で挿入され得る。好ましい連結配位子は、例えば、ＴＡＰ－（ＣＨ２）ｎＮＨ（リガンド）；ＴＡＰ－Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｎＮＨ（リガンド）；ＴＡＰ－ＮＲ’’’’（ＣＨ２）ｎＮＨ（リガンド）；ＴＡＰ－（ＣＨ２）ｎＯＮＨ（リガンド）；ＴＡＰ－Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｎＯＮＨ（リガンド）；ＴＡＰ－ＮＲ’’’’（ＣＨ２）ｎＯＮＨ（リガンド）；ＴＡＰ－（ＣＨ２）ｎＮＨＮＨ２（リガンド）、ＴＡＰ－Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｎＮＨＮＨ２（リガンド）；ＴＡＰ－ＮＲ’’’’（ＣＨ２）ｎＮＨＮＨ２（リガンド）；ＴＡＰ－Ｃ（Ｏ）－（ＣＨ２）ｎ－Ｃ（Ｏ）（リガンド）；ＴＡＰ－Ｃ（Ｏ）－（ＣＨ２）ｎ－Ｃ（Ｏ）Ｏ（リガンド）；ＴＡＰ－Ｃ（Ｏ）－Ｏ（リガンド）；ＴＡＰ－Ｃ（Ｏ）－（ＣＨ２）ｎ－ＮＨ－Ｃ（Ｏ）（リガンド）；ＴＡＰ－Ｃ（Ｏ）－（ＣＨ２）ｎ（リガンド）；ＴＡＰ－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ（リガンド）；ＴＡＰ－Ｃ（Ｏ）（リガンド）；ＴＡＰ－（ＣＨ２）ｎ－Ｃ（Ｏ）（リガンド）；ＴＡＰ－（ＣＨ２）ｎ－Ｃ（Ｏ）Ｏ（リガンド）；ＴＡＰ－（ＣＨ２）ｎ（リガンド）；又はＴＡＰ－（ＣＨ２）ｎ－ＮＨ－Ｃ（Ｏ）（リガンド）を含み得る。一部の実施形態では、アミノ末端リンカー／テザー（例えば、ＮＨ２、ＯＮＨ２、ＮＨ２ＮＨ２）は、リガンドと共にイミノ結合（即ち、Ｃ＝Ｎ）を形成し得る。一部の実施形態では、アミノ末端リンカー／テザー（例えば、ＮＨ２、ＯＮＨ２、ＮＨ２ＮＨ２）は、例えば、Ｃ（Ｏ）ＣＦ３によりアシル化され得る。
一部の実施形態では、リンカー／テザーは、メルカプト基（即ち、ＳＨ）又はオレフィン（例えば、ＣＨ＝ＣＨ２）で終端し得る。例えば、テザーは、ＴＡＰ－（ＣＨ２）ｎ－ＳＨ、ＴＡＰ－Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｎＳＨ、ＴＡＰ－（ＣＨ２）ｎ－（ＣＨ＝ＣＨ２）、又はＴＡＰ－Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｎ（ＣＨ＝ＣＨ２）４であり得、ここで、ｎは、他の箇所に記載される通りであり得る。テザーは、例えば、ヒドロキシ、アルコキシ、ペルハロアルキルで、任意選択で置換されてもよく、及び／又は１つ以上のさらなるヘテロ原子、例えば、Ｎ、Ｏ、若しくはＳが任意選択で挿入され得る。二重結合は、シス又はトランス又はＥ又はＺであり得る。
他の実施形態では、リンカー／テザーは、好ましくは、リンカー／テザーの末端位置に求電子部分を含み得る。例示的な求電子部分としては、例えば、アルデヒド、ハロゲン化アルキル、メシレート、トシレート、ノシレート、若しくはブロシレート、又は活性カルボン酸エステル、例えばＮＨＳエステル、又はペンタフルオロフェニルエステルが挙げられる。好ましいリンカー／テザー（下線）としては、ＴＡＰ－（ＣＨ２）ｎＣＨＯ；ＴＡＰ－Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｎＣＨＯ；又はＴＡＰ－ＮＲ’’’’（ＣＨ２）ｎＣＨＯ５が挙げられ、ここで、ｎは、１～６であり、Ｒ’’’’は、Ｃ１～Ｃ６アルキル；又はＴＡＰ－（ＣＨ２）ｎＣ（Ｏ）ＯＮＨＳ；ＴＡＰ－Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｎＣ（Ｏ）ＯＮＨＳ；又はＴＡＰ－ＮＲ’’’’（ＣＨ２）ｎＣ（Ｏ）ＯＮＨＳ６であり、ここで、ｎは、１～６であり、Ｒ’’’’は、Ｃ１～Ｃ６アルキル；ＴＡＰ－（ＣＨ２）ｎＣ（Ｏ）ＯＣ６Ｆ５；ＴＡＰ－Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｎＣ（Ｏ）ＯＣ６Ｆ５；又はＴＡＰ－ＮＲ’’’’（ＣＨ２）ｎＣ（Ｏ）ＯＣ６Ｆ５７であり、ここで、ｎは、１～１１であり、Ｒ’’’’は、Ｃ１～Ｃ６アルキル；又は－（ＣＨ２）ｎＣＨ２ＬＧ；ＴＡＰ－Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｎＣＨ２ＬＧ；又はＴＡＰ－ＮＲ’’’’（ＣＨ２）ｎＣＨ２ＬＧ８であり、ここで、ｎは、他の箇所に記載される通りであり得、Ｒ’’’’は、Ｃ１～Ｃ６アルキルである（ＬＧは、脱離基、例えば、ハロゲン化物、メシレート、トシレート、ノシレート、ブロシレートであり得る）。連結（ｔｅｔｈｅｒｉｎｇ）は、リガンドの求核基、例えば、チオール又はアミノ基を、求電子基とテザー上でカップリングすることによって行われ得る。
他の実施形態では、モノマーが、リンカー／テザーの末端位置にフタルイミド基（Ｋ）を含むことが望ましいことがある。
他の実施形態では、他の保護アミノ基は、リンカー／テザーの末端位置、例えば、アロック、モノメトキシトリチル（ＭＭＴ）、トリフルオロアセチル、Ｆｍｏｃ、又はアリールスルホニルにあり得る（例えば、アリール部分は、オルト－ニトロフェニル又はオルト、パラ－ジニトロフェニルであり得る）。
本明細書に記載されるリンカー／テザーのいずれかは、１つ以上のさらなる連結基、例えば、－Ｏ－（ＣＨ２）ｎ－、－（ＣＨ２）ｎ－ＳＳ－、－（ＣＨ２）ｎ－、又は－（ＣＨ＝ＣＨ）－をさらに含み得る。
Ｂ．切断可能リンカー／テザー
一部の実施形態では、リンカー／テザーの少なくとも１つは、酸化還元性切断可能リンカー、酸性切断可能リンカー、エステラーゼ切断可能リンカー、ホスファターゼ切断可能リンカー、又はペプチダーゼ切断可能リンカーであり得る。
一実施形態では、リンカー／テザーの少なくとも１つは、還元的に切断可能なリンカー（例えば、ジスルフィド基）であり得る。
一実施形態では、リンカー／テザーの少なくとも１つは、酸性切断可能リンカー（例えば、ヒドラゾン基、エステル基、アセタール基、又はケタール基）であり得る。
一実施形態では、リンカー／テザーの少なくとも１つは、エステラーゼ切断可能リンカー（例えば、エステル基）であり得る。
一実施形態では、リンカー／テザーの少なくとも１つは、ホスファターゼ切断可能リンカー（例えば、リン酸基）であり得る。
一実施形態では、リンカー／テザーの少なくとも１つは、ペプチダーゼ切断可能リンカー（例えば、ペプチド結合）であり得る。
切断可能連結基は、切断剤、例えば、ｐＨ、酸化還元電位又は分解性分子の存在の影響を受けやすい。一般に、切断剤は、血清又は血液中よりも細胞内において、より行き渡る、又はより高いレベル若しくは活性で存在する。このような分解剤の例としては、還元によって酸化還元性切断可能連結基を分解することができる、例えば、細胞内に存在する、酸化酵素若しくは還元酵素又は還元剤、例えば、メルカプタンを含む、特定の基質に対して選択されるか、若しくは基質特異性を有さない酸化還元剤；エステラーゼ；酸性環境を生じさせる、例えば、５以下のｐＨにすることができるエンドソーム又は作用剤；一般酸、ペプチダーゼ（基質特異的であってもよい）、及びホスファターゼとしての機能を果たすことによって酸性切断可能連結基を加水分解又は分解することができる酵素が挙げられる。
切断可能連結基、例えば、ジスルフィド結合は、ｐＨの影響を受けやすい。ヒト血清のｐＨは、７．４であるが、平均細胞内ｐＨは、わずかに低く、約７．１～７．３の範囲である。エンドソームは、５．５～６．０の範囲のより酸性のｐＨを有し、リソソームは、約５．０のさらに酸性のｐＨを有する。いくつかのテザーは、好ましいｐＨで切断され、それによって、リガンド（例えば、標的化又は細胞透過性リガンド、例えばコレステロール）から細胞内へ、又は細胞の所望の区画内にｉＲＮＡ剤を放出する連結基を有する。
リガンドをｉＲＮＡ剤に連結する化学結合（例えば、連結基）は、ジスルフィド結合を含み得る。ｉＲＮＡ剤／リガンド複合体が、エンドサイトーシスによって細胞に取り込まれる場合、エンドソームの酸性環境は、ジスルフィド結合を切断させ、それによって、リガンドからｉＲＮＡ剤を放出する（Ｑｕｉｎｔａｎａ ｅｔ ａｌ．，Ｐｈａｒｍ Ｒｅｓ．１９：１３１０－１３１６，２００２；Ｐａｔｒｉ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｃｕｒｒ．Ｂｉｏｌ．６：４６６－４７１，２００２）。リガンドは、標的化リガンド又はｉＲＮＡ剤の治療効果を補完し得る二次治療剤であり得る。
テザーは、特定の酵素によって切断可能である連結基を含み得る。テザーに組み込まれる連結基の種類は、ｉＲＮＡ剤によって標的とされる細胞によって異なり得る。例えば、肝細胞内のｍＲＮＡを標的とするｉＲＮＡ剤は、エステル基を含むテザーにコンジュゲートされ得る。肝細胞は、エステラーゼが豊富であり、したがって、テザーは、エステラーゼが豊富でない細胞型よりも肝細胞でより効率的に切断される。テザーの切断は、テザーの遠心端に結合されたリガンドからｉＲＮＡ剤を放出し、それによって、ｉＲＮＡ剤のサイレンシング活性を潜在的に高める。エステラーゼが豊富な他の細胞型としては、肺、腎皮質、及び睾丸の細胞が挙げられる。
ペプチド結合を含むテザーは、ペプチダーゼが豊富な細胞型、例えば、肝細胞及び滑膜細胞を標的とするｉＲＮＡ剤にコンジュゲートされ得る。例えば、炎症性疾患（例えば、関節リウマチ）の治療のために、例えば、滑膜細胞に標的化されたｉＲＮＡ剤は、ペプチド結合を含むテザーにコンジュゲートされ得る。
一般に、候補の切断可能連結基の適合性は、候補連結基を切断する分解剤の能力（又は条件）を試験することによって評価することができる。血中での、又は他の非標的組織、例えば、対象に投与されるときにｉＲＮＡ剤が曝される組織と接触しているときの切断に抵抗する能力について候補の切断可能連結基を試験することも望ましい。したがって、第１の条件と第２の条件との間の相対的な切断のしやすさを決定することができ、この第１の条件は、標的細胞内の切断を示すために選択され、この第２の条件は、他の組織又は体液、例えば、血液若しくは血清中での切断を示すために選択される。無細胞系、細胞、細胞培養物、器官若しくは組織培養物、又は動物全体で評価を行うことができる。無細胞又は培養条件で最初の評価を行い、動物全体でのさらなる評価によって確認することが有用であり得る。好ましい実施形態では、有用な候補化合物は、血液若しくは血清（又は細胞外の条件を模倣するように選択されるｉｎ ｖｉｔｒｏでの条件下）と比較して細胞内（又は細胞内の条件を模倣するように選択されるｉｎ ｖｉｔｒｏでの条件下）で少なくとも２倍、４倍、１０倍又は１００倍速く切断される。
ｉ．酸化還元性切断可能連結基
切断可能連結基の１つのクラスは、還元又は酸化時に切断される酸化還元性切断可能連結基である。還元的に切断可能な連結基の一例は、ジスルフィド連結基（－Ｓ－Ｓ－）である。候補の切断可能連結基が、適切な「還元的に切断可能な連結基」であるか否か、又は例えば特定のｉＲＮＡ部分及び特定の標的作用剤と共に使用するのに適しているか否かを決定するために、本明細書に記載される方法を確認することができる。例えば、候補は、細胞、例えば、標的細胞で観察され得る切断速度を模倣する、当技術分野で公知の試薬を使用して、ジチオスレイトール（ＤＴＴ）、又は他の還元剤と共にインキュベートすることによって評価することができる。候補はまた、血液又は血清条件を模倣するために選択される条件下でも評価することができる。好ましい実施形態では、候補化合物は、血中では最大で１０％切断される。好ましい実施形態では、有用な候補化合物は、血液（又は細胞外の条件を模倣するように選択されるｉｎ ｖｉｔｒｏでの条件下）と比較して、細胞内（又は細胞内の条件を模倣するように選択されるｉｎ ｖｉｔｒｏでの条件下）では少なくとも２倍、４倍、１０倍又は１００倍速く分解される。候補化合物の切断速度は、細胞内培地を模倣するように選択される条件下で標準的な酵素反応速度アッセイを使用して決定して、細胞外培地を模倣するように選択される条件と比較することができる。
ｉｉ．リン酸塩系切断可能連結基
リン酸塩系連結基は、リン酸基を分解又は加水分解する作用剤によって切断される。細胞内のリン酸基を切断する作用剤の一例は、細胞内の酵素、例えば、ホスファターゼである。リン酸塩系の連結基の例は、－Ｏ－Ｐ（Ｏ）（ＯＲｋ）－Ｏ－、－Ｏ－Ｐ（Ｓ）（ＯＲｋ）－Ｏ－、－Ｏ－Ｐ（Ｓ）（ＳＲｋ）－Ｏ－、－Ｓ－Ｐ（Ｏ）（ＯＲｋ）－Ｏ－、－Ｏ－Ｐ（Ｏ）（ＯＲｋ）－Ｓ－、－Ｓ－Ｐ（Ｏ）（ＯＲｋ）－Ｓ－、－Ｏ－Ｐ（Ｓ）（ＯＲｋ）－Ｓ－、－Ｓ－Ｐ（Ｓ）（ＯＲｋ）－Ｏ－、－Ｏ－Ｐ（Ｏ）（Ｒｋ）－Ｏ－、－Ｏ－Ｐ（Ｓ）（Ｒｋ）－Ｏ－、－Ｓ－Ｐ（Ｏ）（Ｒｋ）－Ｏ－、－Ｓ－Ｐ（Ｓ）（Ｒｋ）－Ｏ－、－Ｓ－Ｐ（Ｏ）（Ｒｋ）－Ｓ－、－Ｏ－Ｐ（Ｓ）（Ｒｋ）－Ｓ－である。好ましい実施形態は、－Ｏ－Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）－Ｏ－、－Ｏ－Ｐ（Ｓ）（ＯＨ）－Ｏ－、－Ｏ－Ｐ（Ｓ）（ＳＨ）－Ｏ－、－Ｓ－Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）－Ｏ－、－Ｏ－Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）－Ｓ－、－Ｓ－Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）－Ｓ－、－Ｏ－Ｐ（Ｓ）（ＯＨ）－Ｓ－、－Ｓ－Ｐ（Ｓ）（ＯＨ）－Ｏ－、－Ｏ－Ｐ（Ｏ）（Ｈ）－Ｏ－、－Ｏ－Ｐ（Ｓ）（Ｈ）－Ｏ－、－Ｓ－Ｐ（Ｏ）（Ｈ）－Ｏ－、－Ｓ－Ｐ（Ｓ）（Ｈ）－Ｏ－、－Ｓ－Ｐ（Ｏ）（Ｈ）－Ｓ－、－Ｏ－Ｐ（Ｓ）（Ｈ）－Ｓ－である。好ましい実施形態は、－Ｏ－Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）－Ｏ－である。これらの候補は、上記の方法と類似した方法を使用して評価することができる。
ｉｉｉ．酸性切断可能連結基
酸性切断可能連結基は、酸性条件下で切断される連結基である。好ましい実施形態では、酸性切断可能連結基は、約６．５以下（例えば、約６．０、５．５、５．０、又はそれ以下）のｐＨの酸性環境において、又は一般酸として機能し得る作用剤、例えば、酵素剤によって切断される。細胞において、特定のｐＨの低い細胞小器官、例えば、エンドソーム及びリソソームは、酸性切断可能連結基に切断環境を提供することができる。酸性切断可能連結基の例としては、限定されるものではないが、ヒドラゾン、ケタール、アセタール、エステル、及びアミノ酸のエステルが挙げられる。酸性切断可能な基は、一般式－Ｃ＝ＮＮ－、Ｃ（Ｏ）Ｏ、又は－ＯＣ（Ｏ）を有し得る。好ましい実施形態は、エステル（アルコキシ基）の酸素に結合した炭素が、アリール基、置換アルキル基、又は第３級アルキル基、例えば、ジメチルペンチル若しくはｔ－ブチルである場合である。これらの候補は、上記の方法と類似した方法を使用して評価することができる。
ｉｖ．エステル系連結基
エステル系連結基は、細胞内の酵素、例えば、エステラーゼ及びアミダーゼによって切断される。エステル系切断可能連結基の例としては、限定されるものではないが、アルキレン基、アルケニレン基及びアルキニレン基のエステルが挙げられる。エステル切断可能連結基は、一般式－Ｃ（Ｏ）Ｏ－、又は－ＯＣ（Ｏ）－を有する。これらの候補は、上記の方法と類似した方法を用いて評価することができる。
ｖ．ペプチド系切断連結基
ペプチド系連結基は、細胞内の酵素、例えば、ペプチダーゼ及びプロテアーゼによって切断される。ペプチド系切断可能連結基は、オリゴペプチド（例えば、ジペプチド、トリペプチドなど）及びポリペプチドが生じる、アミノ酸間に形成されるペプチド結合である。ペプチド系切断可能基は、アミド基（－Ｃ（Ｏ）ＮＨ－）を含まない。アミド基は、任意のアルキレン、アルケニレン又はアルキニレン間で形成され得る。ペプチド結合は、ペプチド及びタンパク質が生じる、アミノ酸間に形成されるアミド結合の特別な種類である。ペプチド系切断基は、一般に、ペプチド及びタンパク質が生じる、アミノ酸間に形成されるペプチド結合（即ち、アミド結合）に限定され、アミド官能基全体を含むものではない。ペプチド切断可能連結基は、一般式－ＮＨＣＨＲ１Ｃ（Ｏ）ＮＨＣＨＲ２Ｃ（Ｏ）－を有し、ここで、Ｒ１及びＲ２は、２つの隣接するアミノ酸のＲ基である。これらの候補は、上記の方法と類似した方法を用いて評価することができる。
ｖｉ．バイオ切断可能リンカー／テザー
リンカーは、分子の２つの部分、例えば、ビス（ｓｉＲＮＡ）を生成する２つの個別のｓｉＲＮＡ分子の一方又は両方の鎖を連結する、ヌクレオチド及び非ヌクレオチドリンカー又はそれらの組み合わせであるバイオ切断可能リンカーも含み得る。一部の実施形態では、２つの個別のｓｉＲＮＡ間の単なる静電又はスタッキング相互作用が、リンカーを表し得る。非ヌクレオチドリンカーは、単糖類、二糖類、オリゴ糖、及びそれらの誘導体、脂肪族、脂環式、複素環式、及びそれらの組み合わせから誘導されるテザー又はリンカーを含む。
一部の実施形態では、リンカー（テザー）の少なくとも１つは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ジスルフィド、アミド、ガラクトサミン、グルコサミン、グルコース、ガラクトース、及びマンノースの官能化単糖又はオリゴ糖、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるバイオ切断可能リンカーである。
一実施形態では、バイオ切断可能糖質リンカーは、２つのｓｉＲＮＡ単位を連結することが可能な少なくとも１つの芳香族連結を有する１～１０の糖単位を有し得る。２つ以上の糖が存在する場合、これらの単位は、１～３、１～４、又は１～６の糖連結を介して、又はアルキル鎖を介して連結され得る。
例示的なバイオ切断可能リンカーとしては、
が挙げられる。
さらなる例示的なバイオ切断可能リンカーが、スキーム２８～３０に示される。
バイオ切断可能リンカーについてのさらなる説明は、参照により全内容が本明細書に組み入れられる、２０１８年１月１８日出願の、“Ｅｎｄｏｓｏｍａｌ Ｃｌｅａｖａｂｌｅ Ｌｉｎｋｅｒｓ”という名称のＰＣＴ出願番号ＰＣＴ／ＵＳ１８／１４２１３号明細書に見出され得る。
Ｃ．担体
特定の実施形態では、親油性部分は、１つ以上のヌクレオチドを置換する担体を介して、ｉＲＮＡ剤にコンジュゲートされる。
担体は、環状基又は非環状基であり得る。一実施形態では、環状基は、ピロリジニル、ピラゾリニル、ピラゾリジニル、イミダゾリニル、イミダゾリジニル、ピペリジニル、ピペラジニル、［１，３］ジオキソラン、オキサゾリジニル、イソキサゾリジニル、モルホリニル、チアゾリジニル、イソチアゾリジニル、キノキサリニル、ピリダジノニル、テトラヒドロフリル、及びデカリンからなる群から選択される。一実施形態では、非環状基は、セリノール骨格又はジエタノールアミン骨格に基づく部分である。
一部の実施形態では、担体は、二本鎖ｉＲＮＡ剤の内部位置において１つ以上のヌクレオチドを置換する。一部の実施形態では、担体は、二本鎖ｉＲＮＡ剤の二本鎖部分内の１つ以上のヌクレオチドを置換する。
他の実施形態では、担体は、センス鎖又はアンチセンス鎖の末端においてヌクレオチドを置換する。一実施形態では、担体は、センス鎖の３’末端において末端ヌクレオチドを置換し、それによって、センス鎖の３’末端を保護するエンドキャップとして機能する。一実施形態では、担体は、アミンを有する環状基であり、例えば、担体は、ピロリジニル、ピラゾリニル、ピラゾリジニル、イミダゾリニル、イミダゾリジニル、ピペリジニル、ピペラジニル、［１，３］ジオキソラニル、オキサゾリジニル、イソキサゾリジニル、モルホリニル、チアゾリジニル、イソチアゾリジニル、キノキサリニル、ピリダジノニル、テトラヒドロフラニル、又はデカリニルであり得る。
サブユニットのリボース糖がこのように置換されたリボヌクレオチドサブユニットは、リボース置換修飾サブユニット（ＲＲＭＳ）と呼ばれる。担体は、環状又は非環状部分であってもよく、２つの「骨格付着点」（例えば、ヒドロキシル基）及びリガンド（例えば、親油性部分）を含む。親油性部分は、担体に直接結合されるか、又は上述されるように、介在リンカー／テザーによって間接的に担体に結合され得る。
リガンド－コンジュゲートモノマーサブユニットは、ｉＲＮＡ分子の５’又は３’末端サブユニットであってもよく、即ち、２つの「Ｗ」基の一方が、ヒドロキシル基であり得、他方の「Ｗ」基が、２つ以上の非修飾又は修飾リボヌクレオチドの鎖であり得る。或いは、リガンド－コンジュゲートモノマーサブユニットは、内部位置又は二本鎖領域内の位置を占めてもよく、両方の「Ｗ」基は、１つ以上の非修飾又は修飾リボヌクレオチドであり得る。２つ以上のリガンド－コンジュゲートモノマーサブユニットが、ｉＲＮＡ剤中に存在し得る。
ｉ．糖置換に基づくモノマー、例えば、リガンド－コンジュゲートモノマー（環状）
環状糖置換に基づくモノマー、例えば、置換に基づくリガンド－コンジュゲートモノマーは、本明細書では、ＲＲＭＳモノマー化合物とも呼ばれる。担体は、以下に示される一般式（ＬＣＭ－２）を有し得る（その構造において、好ましい骨格付着点が、Ｒ１又はＲ２；Ｒ３又はＲ４；又はＹがＣＲ９Ｒ１０である場合Ｒ９及びＲ１０から選択され得る（２つの位置が、２つの骨格付着点、例えば、Ｒ１及びＲ４、又はＲ４及びＲ９を生じるように選択される））。好ましいテザー付着点は、Ｒ７；ＸがＣＨ２である場合Ｒ５又はＲ６を含む。担体は、鎖に組み込まれ得る物質として後述される。したがって、構造は、付着点の１つ（末端位置の場合）又は２つ（内部位置の場合）、例えば、Ｒ１又はＲ２；Ｒ３又はＲ４；又はＲ９又はＲ１０（ＹがＣＲ９Ｒ１０である場合）が、リン酸塩、又は修飾リン酸塩、例えば、硫黄含有骨格に連結される場合も包含することが理解される。例えば、上に挙げたＲ基の１つは、－ＣＨ２－であり得、ここで、１つの結合が、担体に連結され、１つが、骨格原子、例えば、連結酸素又は中央リン原子に連結される。
式中：
Ｘは、Ｎ（ＣＯ）Ｒ７、ＮＲ７又はＣＨ２であり；
Ｙは、ＮＲ８、Ｏ、Ｓ、ＣＲ９Ｒ１０であり；
Ｚは、ＣＲ１１Ｒ１２であるか又は存在せず；
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ９、及びＲ１０のそれぞれは、独立に、Ｈ、ＯＲａ、又は（ＣＨ２）ｎＯＲｂであり、ただし、Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ９、及びＲ１０のうちの少なくとも２つが、ＯＲａ及び／又は（ＣＨ２）ｎＯＲｂであり；
Ｒ５、Ｒ６、Ｒ１１、及びＲ１２のそれぞれは、独立に、リガンド、Ｈ、１～３つのＲ１３で、任意選択で置換されるＣ１～Ｃ６アルキル、又はＣ（Ｏ）ＮＨＲ７であり；又はＲ５及びＲ１１は、一緒に、Ｒ１４で、任意選択で置換されるＣ３～Ｃ８シクロアルキルであり；
Ｒ７は、リガンドであり得、例えば、Ｒ７は、Ｒｄであり得、又はＲ７は、例えば、テザー部分を介して、担体に間接的に連結されるリガンド、例えば、ＮＲｃＲｄで置換されるＣ１～Ｃ２０アルキル；又はＮＨＣ（Ｏ）Ｒｄで置換されるＣ１～Ｃ２０アルキルであり得；
Ｒ８は、Ｈ又はＣ１～Ｃ６アルキルであり；
Ｒ１３は、ヒドロキシ、Ｃ１～Ｃ４アルコキシ、又はハロであり；
Ｒ１４は、ＮＲｃＲ７であり；
Ｒ１５は、シアノで、任意選択で置換されるＣ１～Ｃ６アルキル、又はＣ２～Ｃ６アルケニルであり；
Ｒ１６は、Ｃ１～Ｃ１０アルキルであり；
Ｒ１７は、液相又は固相担体試薬であり；
Ｌは、－Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｑＣ（Ｏ）－、又は－Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｑＳ－であり；
Ｒａは、保護基、例えば、ＣＡｒ３；（例えば、ジメトキシトリチル基）又はＳｉ（Ｘ５’）（Ｘ５”）（Ｘ５”’）であり、ここで、（Ｘ５’），（Ｘ５”）、及び（Ｘ５”’）は、上述される通りである。
Ｒｂは、Ｐ（Ｏ）（Ｏ－）Ｈ、Ｐ（ＯＲ１５）Ｎ（Ｒ１６）２又はＬ－Ｒ１７であり；
Ｒｃは、Ｈ又はＣ１～Ｃ６アルキルであり；
Ｒｄは、Ｈ又はリガンドであり；
Ａｒのそれぞれは、独立に、Ｃ１～Ｃ４アルコキシで、任意選択で置換されるＣ６～Ｃ１０アリールであり；
ｎは、１～４であり；ｑは、０～４である。
例示的な担体としては、例えば、Ｘが、Ｎ（ＣＯ）Ｒ７又はＮＲ７であり、Ｙが、ＣＲ９Ｒ１０であり、Ｚが存在せず；又はＸが、Ｎ（ＣＯ）Ｒ７又はＮＲ７であり、Ｙが、ＣＲ９Ｒ１０であり、Ｚが、ＣＲ１１Ｒ１２であり；又はＸが、Ｎ（ＣＯ）Ｒ７又はＮＲ７であり、Ｙが、ＮＲ８であり、Ｚが、ＣＲ１１Ｒ１２であり；又はＸが、Ｎ（ＣＯ）Ｒ７又はＮＲ７であり、ＹがＯであり、Ｚが、ＣＲ１１Ｒ１２であり；又はＸが、ＣＨ２であり；Ｙが、ＣＲ９Ｒ１０であり；Ｚが、ＣＲ１１Ｒ１２であり、Ｒ５及びＲ１１が、一緒に、Ｃ６シクロアルキル（Ｈ、ｚ＝２）、又はインダン環系を形成し、例えば、Ｘが、ＣＨ２であり；Ｙが、ＣＲ９Ｒ１０であり；Ｚが、ＣＲ１１Ｒ１２であり、Ｒ５及びＲ１１が、一緒に、Ｃ５シクロアルキル（Ｈ、ｚ＝１）を形成するものが挙げられる。
特定の実施形態では、担体は、ピロリン環系又は４－ヒドロキシプロリン環系に基づいていてもよく、例えば、Ｘは、Ｎ（ＣＯ）Ｒ７又はＮＲ７であり、Ｙは、ＣＲ９Ｒ１０であり、Ｚは、存在しない（Ｄ）。
ＯＦＧ１は、好ましくは、５員環中の炭素（Ｄ中の－ＣＨ２ＯＦＧ１）の１つに連結された、一次炭素、例えば、環外アルキレン基、例えば、メチレン基に結合される。ＯＦＧ２は、好ましくは、５員環中の炭素（Ｄ中の－ＯＦＧ２）の１つに直接結合される。ピロリン系担体については、－ＣＨ２ＯＦＧ１は、Ｃ－２に結合されてもよく、ＯＦＧ２は、Ｃ－３に結合されてもよく；又は－ＣＨ２ＯＦＧ１は、Ｃ－３に結合されてもよく、ＯＦＧ２は、Ｃ－４に結合されてもよい。特定の実施形態では、ＣＨ２ＯＦＧ１及びＯＦＧ２は、上記の炭素の１つにジェミナルに置換され得る（ｇｅｍｉｎａｌｌｙ ｓｕｂｓｔｉｔｕｔｅｄ）。３－ヒドロキシプロリン系担体については、－ＣＨ２ＯＦＧ１は、Ｃ－２に結合されてもよく、ＯＦＧ２は、Ｃ－４に結合されてもよい。したがって、ピロリン系及び４－ヒドロキシプロリン系モノマーは、結合回転がその特定の結合の周りに制限される（例えば環の存在に起因する制限）結合（例えば、炭素－炭素結合）を含み得る。したがって、ＣＨ２ＯＦＧ１及びＯＦＧ２は、上で説明される対のいずれにおいても互いに対してシス又はトランスであり得る。したがって、全てのシス／トランス異性体が明示的に含まれる。モノマーはまた、１つ以上の不斉中心を含んでもよく、したがって、ラセミ化合物及びラセミ混合物、単一の鏡像異性体、個々のジアステレオマー及びジアステレオマー混合物として存在してもよい。モノマーの全てのこのような異性体が明示的に含まれる（例えば、ＣＨ２ＯＦＧ１及びＯＦＧ２を有する中心が両方ともＲ配置を有するか；又は両方ともＳ配置を有するか；又は一方の中心が、Ｒ配置を有し得、他方の中心が、Ｓ配置を有し得、逆もまた同様である）。テザー付着点は、好ましくは、窒素である。担体Ｄの好ましい例としては、以下：
が挙げられる。
特定の実施形態では、担体は、ピペリジン環系（Ｅ）に基づいていてもよく、例えば、Ｘは、Ｎ（ＣＯ）Ｒ７又はＮＲ７であり、Ｙは、ＣＲ９Ｒ１０であり、Ｚは、ＣＲ１１Ｒ１２である。
ＯＦＧ１は、好ましくは、六員環中の炭素［Ｅ中の－（ＣＨ２）ｎＯＦＧ１］の１つに連結された、一次炭素、例えば、環外アルキレン基、例えば、メチレン基（ｎ＝１）又はエチレン基（ｎ＝２）に結合される。ＯＦＧ２は、好ましくは、六員環中の炭素（Ｅ中の－ＯＦＧ２）の１つに直接結合される。－（ＣＨ２）ｎＯＦＧ１及びＯＦＧ２は、環上でジェミナルに配置されてもよく、即ち、両方の基が、同じ炭素に、例えば、Ｃ－２、Ｃ－３、又はＣ－４で結合され得る。或いは、－（ＣＨ２）ｎＯＦＧ１及びＯＦＧ２は、環上でビシナルに配置されてもよく、即ち、両方の基が、隣接する環炭素原子に結合されてもよく、例えば、－（ＣＨ２）ｎＯＦＧ１は、Ｃ－２に結合されてもよく、ＯＦＧ２は、Ｃ－３に結合されてもよく；－（ＣＨ２）ｎＯＦＧ１は、Ｃ－３に結合されてもよく、ＯＦＧ２は、Ｃ－２に結合されてもよく；－（ＣＨ２）ｎＯＦＧ１は、Ｃ－３に結合されてもよく、ＯＦＧ２は、Ｃ－４に結合されてもよく；又は－（ＣＨ２）ｎＯＦＧ１は、Ｃ－４に結合されてもよく、ＯＦＧ２は、Ｃ－３に結合されてもよい。したがって、ピペリジン系モノマーは、結合回転がその特定の結合の周りに制限される（例えば環の存在に起因する制限）結合（例えば、炭素－炭素結合）を含み得る。したがって、－（ＣＨ２）ｎＯＦＧ１及びＯＦＧ２は、上で説明される対のいずれにおいても互いに対してシス又はトランスであり得る。したがって、全てのシス／トランス異性体が明示的に含まれる。モノマーはまた、１つ以上の不斉中心を含んでもよく、したがって、ラセミ化合物及びラセミ混合物、単一の鏡像異性体、個々のジアステレオマー及びジアステレオマー混合物として存在してもよい。モノマーの全てのこのような異性体が明示的に含まれる（例えば、ＣＨ２ＯＦＧ１及びＯＦＧ２を有する中心が両方ともＲ配置を有するか；又は両方ともＳ配置を有するか；又は一方の中心が、Ｒ配置を有し得、他方の中心が、Ｓ配置を有し得、逆もまた同様である）。テザー付着点は、好ましくは、窒素である。
特定の実施形態では、担体は、ピペラジン環系（Ｆ）に基づいていてもよく、例えば、Ｘは、Ｎ（ＣＯ）Ｒ７又はＮＲ７であり、Ｙは、ＮＲ８であり、Ｚは、ＣＲ１１Ｒ１２、又はモルホリン環系（Ｇ）であり、例えば、Ｘは、Ｎ（ＣＯ）Ｒ７又はＮＲ７であり、Ｙは、Ｏであり、Ｚは、ＣＲ１１Ｒ１２である。
ＯＦＧ１は、好ましくは、六員環中の炭素（Ｆ又はＧ中の－ＣＨ２ＯＦＧ１）の１つに連結された、一次炭素、例えば、環外アルキレン基、例えば、メチレン基に結合される。ＯＦＧ２は、好ましくは、六員環中の炭素（Ｆ又はＧ中の－ＯＦＧ２）の１つに直接結合される。Ｆ及びＧの両方について、－ＣＨ２ＯＦＧ１は、Ｃ－２に結合されてもよく、ＯＦＧ２は、Ｃ－３に結合されてもよく；又は逆もまた同様である。特定の実施形態では、ＣＨ２ＯＦＧ１及びＯＦＧ２は、上記の炭素の１つにジェミナルに置換され得る。したがって、ピペラジン系及びモルホリン系モノマーは、結合回転がその特定の結合の周りに制限される（例えば環の存在に起因する制限）結合（例えば、炭素－炭素結合）を含み得る。したがって、ＣＨ２ＯＦＧ１及びＯＦＧ２は、上で説明される対のいずれにおいても互いに対してシス又はトランスであり得る。したがって、全てのシス／トランス異性体が明示的に含まれる。モノマーはまた、１つ以上の不斉中心を含んでもよく、したがって、ラセミ化合物及びラセミ混合物、単一の鏡像異性体、個々のジアステレオマー及びジアステレオマー混合物として存在してもよい。モノマーの全てのこのような異性体が明示的に含まれる（例えば、ＣＨ２ＯＦＧ１及びＯＦＧ２を有する中心が両方ともＲ配置を有するか；又は両方ともＳ配置を有するか；又は一方の中心が、Ｒ配置を有し得、他方の中心が、Ｓ配置を有し得、逆もまた同様である）。Ｒ’’’は、例えば、Ｃ１～Ｃ６アルキル、好ましくは、ＣＨ３であり得る。テザー付着点は、好ましくは、Ｆ及びＧの両方の中の窒素である。
特定の実施形態では、担体は、デカリン環系に基づいていてもよく、例えば、Ｘは、ＣＨ２であり；Ｙは、ＣＲ９Ｒ１０であり；Ｚは、ＣＲ１１Ｒ１２であり、Ｒ５及びＲ１１は、一緒に、Ｃ６シクロアルキル（Ｈ、ｚ＝２）、又はインダン環系を形成し、例えば、Ｘは、ＣＨ２であり；Ｙは、ＣＲ９Ｒ１０であり；Ｚは、ＣＲ１１Ｒ１２であり、Ｒ５及びＲ１１は、一緒に、Ｃ５シクロアルキル（Ｈ、ｚ＝１）を形成する。
ＯＦＧ１は、好ましくは、Ｃ－２、Ｃ－３、Ｃ－４、又はＣ－５［Ｈ中の－（ＣＨ２）ｎＯＦＧ１］の１つに連結された一次炭素、例えば、環外メチレン基（ｎ＝１）又はエチレン基（ｎ＝２）に結合される。ＯＦＧ２は、好ましくは、Ｃ－２、Ｃ－３、Ｃ－４、又はＣ－５（Ｈ中の－ＯＦＧ２）の１つに直接結合される。－（ＣＨ２）ｎＯＦＧ１及びＯＦＧ２は、環上でジェミナルに配置されてもよく、即ち、両方の基が、同じ炭素に、例えば、Ｃ－２、Ｃ－３、Ｃ－４、又はＣ－５で結合され得る。或いは、－（ＣＨ２）ｎＯＦＧ１及びＯＦＧ２は、環上でビシナルに配置されてもよく、即ち、両方の基が、隣接する環炭素原子に結合されてもよく、例えば、－（ＣＨ２）ｎＯＦＧ１は、Ｃ－２に結合されてもよく、ＯＦＧ２は、Ｃ－３に結合されてもよく；－（ＣＨ２）ｎＯＦＧ１は、Ｃ－３に結合されてもよく、ＯＦＧ２は、Ｃ－２に結合されてもよく；－（ＣＨ２）ｎＯＦＧ１は、Ｃ－３に結合されてもよく、ＯＦＧ２は、Ｃ－４に結合されてもよく；又は－（ＣＨ２）ｎＯＦＧ１は、Ｃ－４に結合されてもよく、ＯＦＧ２は、Ｃ－３に結合されてもよく；－（ＣＨ２）ｎＯＦＧ１は、Ｃ－４に結合されてもよく、ＯＦＧ２は、Ｃ－５に結合されてもよく；又は－（ＣＨ２）ｎＯＦＧ１は、Ｃ－５に結合されてもよく、ＯＦＧ２は、Ｃ－４に結合されてもよい。したがって、デカリン又はインダン系モノマーは、結合回転がその特定の結合の周りに制限される（例えば環の存在に起因する制限）結合（例えば、炭素－炭素結合）を含み得る。したがって、－（ＣＨ２）ｎＯＦＧ１及びＯＦＧ２は、上で説明される対のいずれにおいても互いに対してシス又はトランスであり得る。したがって、全てのシス／トランス異性体が明示的に含まれる。モノマーはまた、１つ以上の不斉中心を含んでもよく、したがって、ラセミ化合物及びラセミ混合物、単一の鏡像異性体、個々のジアステレオマー及びジアステレオマー混合物として存在してもよい。モノマーの全てのこのような異性体が明示的に含まれる（例えば、ＣＨ２ＯＦＧ１及びＯＦＧ２を有する中心が両方ともＲ配置を有するか；又は両方ともＳ配置を有するか；又は一方の中心が、Ｒ配置を有し得、他方の中心が、Ｓ配置を有し得、逆もまた同様である）。好ましい実施形態では、Ｃ－１及びＣ－６における置換基が、互いに対してトランスである。テザー付着点は、好ましくは、Ｃ－６又はＣ－７である。
他の担体は、３－ヒドロキシプロリン（Ｊ）に基づくものを含み得る。
したがって、－（ＣＨ２）ｎＯＦＧ１及びＯＦＧ２は、互いに対してシス又はトランスであり得る。したがって、全てのシス／トランス異性体が明示的に含まれる。モノマーはまた、１つ以上の不斉中心を含んでもよく、したがって、ラセミ化合物及びラセミ混合物、単一の鏡像異性体、個々のジアステレオマー及びジアステレオマー混合物として存在してもよい。モノマーの全てのこのような異性体が明示的に含まれる（例えば、ＣＨ２ＯＦＧ１及びＯＦＧ２を有する中心が両方ともＲ配置を有するか；又は両方ともＳ配置を有するか；又は一方の中心が、Ｒ配置を有し得、他方の中心が、Ｓ配置を有し得、逆もまた同様である）。テザー付着点は、好ましくは、窒素である。
より代表的な環状の糖置換に基づく担体についての詳細が、参照によりその全内容が本明細書に組み入れられる、米国特許第７，７４５，６０８号明細書及び同第８，０１７，７６２号明細書に見出される。
ｉｉ．糖置換に基づくモノマー（非環状）
非環状の糖置換に基づくモノマー、例えば、糖置換に基づくリガンド－コンジュゲートモノマーは、本明細書ではリボース置換モノマーサブユニット（ＲＲＭＳ）モノマー化合物とも呼ばれる。好ましい非環状担体は、式ＬＣＭ－３又はＬＣＭ－４：
を有し得る。
一部の実施形態では、ｘ、ｙ、及びｚのそれぞれは、互いに独立に、０、１、２、又は３であり得る。式ＬＣＭ－３において、ｙ及びｚが異なる場合、第３級炭素は、Ｒ又はＳ配置のいずれかを有し得る。好ましい実施形態では、式ＬＣＭ－３（例えば、セリノールに基づく）において、ｘは０であり、ｙ及びｚはそれぞれ、１であり、式ＬＣＭ－３において、ｙ及びｚはそれぞれ、１である。下式ＬＣＭ－３又はＬＣＭ－４のそれぞれは、例えば、ヒドロキシ、アルコキシ、ペルハロアルキルで、任意選択で置換され得る。
より代表的な非環状の糖置換に基づく担体についての詳細が、参照によりその全内容が本明細書に組み入れられる、米国特許第７，７４５，６０８号明細書及び同第８，０１７，７６２号明細書に見出される。
一部の実施形態では、二本鎖ｉＲＮＡ剤は、センス鎖の５’末端又はアンチセンス鎖の５’末端にコンジュゲートされた１つ以上の親油性部分を含む。
特定の実施形態では、親油性部分は、担体及び／又はリンカーを介して、鎖の５’末端にコンジュゲートされる。一実施形態では、親油性部分は、式：
の担体を介して、鎖の５’末端にコンジュゲートされる。Ｒは、親油性部分などのリガンドである。
一部の実施形態では、二本鎖ｉＲＮＡ剤は、センス鎖の３’末端又はアンチセンス鎖の３’末端にコンジュゲートされた１つ以上の親油性部分を含む。
特定の実施形態では、親油性部分は、担体及び／又はリンカーを介して、鎖の３’末端にコンジュゲートされる。一実施形態では、親油性部分は、式：
の担体を介して、鎖の３’末端にコンジュゲートされる。Ｒは、親油性部分などのリガンドである。
一部の実施形態では、二本鎖ｉＲＮＡ剤は、センス鎖の両端にコンジュゲートされた１つ以上の親油性部分を含む。
一部の実施形態では、二本鎖ｉＲＮＡ剤は、アンチセンス鎖の両端にコンジュゲートされた１つ以上の親油性部分を含む。
一部の実施形態では、二本鎖ｉＲＮＡ剤は、センス鎖の５’末端又は３’末端にコンジュゲートされた１つ以上の親油性部分、及びアンチセンス鎖の５’末端又は３’末端にコンジュゲートされた１つ以上の親油性部分を含む。
一部の実施形態では、親油性部分は、１つ以上のリンカー（テザー）及び／又は担体を介して、鎖の末端にコンジュゲートされる。
一実施形態では、親油性部分は、１つ以上のリンカー（テザー）を介して、鎖の末端にコンジュゲートされる。
一実施形態では、親油性部分は、環状担体、任意選択で、１つ以上の介在リンカー（テザー）を介して、センス鎖の５’末端又はアンチセンス鎖にコンジュゲートされる。
一部の実施形態では、親油性部分は、少なくとも１つの鎖上の１つ以上の内部位置にコンジュゲートされる。鎖の内部位置は、鎖の３’末端及び５’末端から末端の位置を除く（例えば、２つの位置：３’末端から数えて１位及び５’末端から数えて１位を除く）、鎖の任意の位置にあるヌクレオチドを指す。
一実施形態では、親油性部分は、鎖の各末端から末端の２つの位置を除く全ての位置を含む、少なくとも１つの鎖上の１つ以上の内部位置（例えば、４つの位置：３’末端から数えて１及び２位並びに５’末端から数えて１及び２位を除く）にコンジュゲートされる。一実施形態では、親油性部分は、鎖の各末端から末端の３つの位置を除く全ての位置を含む、少なくとも１つの鎖上の１つ以上の内部位置（例えば、６つの位置：３’末端から数えて１、２、及び３位並びに５’末端から数えて１、２、及び３位を除く）にコンジュゲートされる。
一実施形態では、親油性部分は、センス鎖の切断部位領域を除く、少なくとも１つの鎖上の１つ以上の内部位置にコンジュゲートされ、例えば、親油性部分は、センス鎖の５’末端から数えて９～１２位にコンジュゲートされない。或いは、内部位置は、センス鎖の３’末端から数えて１１～１３位を除く。
一実施形態では、親油性部分は、アンチセンス鎖の切断部位領域を除く、少なくとも１つの鎖上の１つ以上の内部位置にコンジュゲートされる。例えば、内部位置は、アンチセンス鎖の５’末端から数えて１２～１４位を除く。
一実施形態では、親油性部分は、３’末端から数えてセンス鎖上の１１～１３位、及び５’末端から数えてアンチセンス鎖上の１２～１４位を除く、少なくとも１つの鎖上の１つ以上の内部位置にコンジュゲートされる。
一実施形態では、１つ以上の親油性部分は、以下の内部位置の１つ以上：各鎖の５’末端から数えて、センス鎖上の４～８、及び１３～１８位、並びにアンチセンス鎖上の６～１０、及び１５～１８位にコンジュゲートされる。
一実施形態では、１つ以上の親油性部分は、以下の内部位置の１つ以上：各鎖の５’末端から数えて、センス鎖上の５、６、７、１５、及び１７位、並びにアンチセンス鎖上の１５及び１７位にコンジュゲートされる。
一部の実施形態では、親油性部分は、少なくとも１つの鎖上の二本鎖領域の１つ以上の位置にコンジュゲートされる。二本鎖領域は、一本鎖オーバーハング又はヘアピンループ領域を含まない。
一部の実施形態では、親油性部分は、二本鎖ｉＲＮＡ剤の核酸塩基、糖部分、又はヌクレオシド間結合にコンジュゲートされる。
プリン核酸塩基又はその誘導体へのコンジュゲーションは、環内及び環外原子を含む任意の位置で起こり得る。一部の実施形態では、プリン核酸塩基の２、６、７、又は８位が、コンジュゲート部分に結合される。ピリミジン核酸塩基又はその誘導体へのコンジュゲーションも、任意の位置で起こり得る。一部の実施形態では、ピリミジン核酸塩基の２、５、及び６位が、コンジュゲート部分で置換され得る。親油性部分が核酸塩基にコンジュゲートされる場合、好ましい位置は、ハイブリダイゼーションを妨害しない、即ち、塩基対形成に必要な水素結合相互作用を妨害しない位置である。一実施形態では、親油性部分は、アルキル、アルケニル又はアミド結合を含むリンカーを介して核酸塩基にコンジュゲートされ得る。核酸塩基への親油性部分の例示的なコンジュゲーションは、図１及び実施例７に例示されている。
ヌクレオシドの糖部分へのコンジュゲーションは、任意の炭素原子で起こり得る。親油性部分が結合し得る糖部分の例示的な炭素原子は、２’、３’、及び５’炭素原子を含む。親油性部分はまた、例えば脱塩基残基の１’位に結合され得る。一実施形態では、親油性部分は、リンカーを有し又は有さずに、２’－Ｏ修飾を介して糖部分にコンジュゲートされ得る。（２’－Ｏ修飾を介した）糖部分への親油性部分の例示的なコンジュゲーションは、図１並びに実施例１、２、３及び６に例示されている。
ヌクレオシド間結合も、親油性部分を有し得る。リン含有結合（例えば、ホスホジエステル、ホスホロチオエート、ホスホロジチオテート、ホスホロアミデートなど）の場合、親油性部分は、リン原子に、又はリン原子に結合したＯ、Ｎ、若しくはＳ原子に直接結合することができる。アミン又はアミド含有ヌクレオシド間結合（例えば、ＰＮＡ）の場合、親油性部分は、アミン若しくはアミドの窒素原子に、又は隣接する炭素原子に結合することができる。
オリゴヌクレオチドのコンジュゲートを調製するための多くの方法が存在する。一般に、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチド上の反応性基（例えば、ＯＨ、ＳＨ、アミン、カルボキシル、アルデヒドなど）をコンジュゲート部分上の反応性基と接触させることによって、コンジュゲート部分に結合される。一部の実施形態では、一方の反応性基は、求電子性であり、他方は求核性である。
例えば、求電子基は、カルボニル含有官能基であってもよく、求核基は、アミン又はチオールであってもよい。連結基を有する及び有さない核酸及び関連オリゴマー化合物のコンジュゲーションのための方法は、文献、例えば、Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｉｎ Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｃｒｏｏｋｅ ａｎｄ ＬｅＢｌｅｕ，ｅｄｓ．，ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，Ｂｏｃａ Ｒａｔｏｎ，Ｆｌａ．，１９９３，Ｃｈａｐｔｅｒ １７（全体が参照により本明細書に組み入れられる）に十分に記載されている。
一実施形態では、第１の（相補的）ＲＮＡ鎖と、第２の（センス）ＲＮＡ鎖とは、別々に合成され得、ＲＮＡ鎖の一方はペンダント親油性部分を含み、第１及び第２のＲＮＡ鎖は混合されてｄｓＲＮＡを形成し得る。ＲＮＡ鎖の合成ステップは、好ましくは固相合成を含み、ここで個々のヌクレオチドは、連続合成サイクルにおけるヌクレオチド間３’－５’ホスホジエステル結合の形成を介して、末端同志を連結される。
一実施形態では、ホスホラミダイト基を有する親油性分子は、最後の合成サイクルにおいて、第１の（相補的）又は第２の（センス）ＲＮＡ鎖のいずれかの３’末端又は５’末端に結合される。ＲＮＡの固相合成では、ヌクレオチドは、最初はヌクレオシドホスホラミダイトの形態である。各合成サイクルにおいて、さらなるヌクレオシドホスホラミダイトが、以前に組み込まれたヌクレオチドの－ＯＨ基に連結される。親油性分子がホスホラミダイト基を有する場合、ヌクレオシドホスホラミダイトと同様に、固相合成ですでに合成されたＲＮＡの遊離ＯＨ末端にこれを連結することができる。合成は、従来のＲＮＡ合成機を用いて、自動化及び標準化された方法で行うことができる。ホスホラミダイト基を有する親油性分子の合成は、ホスホラミダイト基を生成するための遊離ヒドロキシルのホスフィチル化を含み得る。
親油性部分がコンジュゲートしたホスホラミダイトの合成手順は、実施例１、２、４、５、６、及び７に例示されている。親油性部分又は他のリガンドの合成後コンジュゲーションの手順の例は、実施例３に例示されている。
一般に、オリゴヌクレオチドは、例えば、Ｃａｒｕｔｈｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ（１９９２）２１１：３－１９；国際公開第９９／５４４５９号パンフレット；Ｗｉｎｃｏｔｔ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（１９９５）２３：２６７７－２６８４；Ｗｉｎｃｏｔｔ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ．Ｂｉｏ．，（１９９７）７４：５９；Ｂｒｅｎｎａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．Ｂｉｏｅｎｇ．（１９９８）６１：３３－４５；及び米国特許第６，００１，３１１号明細書に記載されている当技術分野で公知のプロトコルを用いて合成することができ；これらのそれぞれは、その全体が参照により組み込まれる。一般に、オリゴヌクレオチドの合成は、５’末端のジメトキシトリチル、及び３’末端のホスホラミダイトなどの従来の核酸保護及びカップリング基を含む。非限定的な例では、ＣｈｅｍＧｅｎｅｓ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ（Ａｓｈｌａｎｄ、Ｍａｓｓ．）により販売されているリボヌクレオシドホスホラミダイトを使用して、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｉｎｃ．（Ｗｅｉｔｅｒｓｔａｄｔ、Ｇｅｒｍａｎｙ）により販売されているＥｘｐｅｄｉｔｅ ８９０９ ＲＮＡ合成機上で小規模合成が行われる。或いは、合成は、９６ウェルプレート合成機、例えばＰｒｏｔｏｇｅｎｅ（Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ、Ｃａｌｉｆ．）により製造されている機器上で、又はＵｓｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．（１９８７）１０９：７８４５；Ｓｃａｒｉｎｇｅ，ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（１９９０）１８：５４３３；Ｗｉｎｃｏｔｔ，ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（１９９０）２３：２６７７－２６８４；及びＷｉｎｃｏｔｔ，ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ．Ｂｉｏ．（１９９７）７４：５９に記載されている方法により行われてもよく、これらのそれぞれは、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本発明の核酸分子は、別々に合成され、例えばライゲーションによって合成後に一緒に連結され（Ｍｏｏｒｅ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ（１９９２）２５６：９９２３；国際公開第９３／２３５６９号パンフレット；Ｓｈａｂａｒｏｖａ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（１９９１）１９：４２４７；Ｂｅｌｌｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ ＆ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ（１９９７）１６：９５１；Ｂｅｌｌｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ Ｃｈｅｍ．（１９９７）８：２０４；又は合成及び／若しくは脱保護後のハイブリダイゼーションによって合成することができる。核酸分子は、従来の方法を使用するゲル電気泳動によって精製することができ、又は高圧液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ；前出のＷｉｎｃｏｔｔ ｅｔ ａｌ．（その全体は参照により本明細書に組み入れられる）参照）によって精製することができ、水中に再懸濁される。
ＩＩＩ．本発明のｉＲＮＡ
本発明は、１つ以上のＴＴＲ遺伝子の発現を選択的に阻害するｉＲＮＡを提供する。一実施形態では、ｉＲＮＡ剤は、眼細胞、例えば対象、例えば哺乳動物、例えばＴＴＲ関連眼疾患を有するヒト内の眼細胞におけるＴＴＲ遺伝子の発現を阻害するための二本鎖リボ核酸（ｄｓＲＮＡ）分子を含む。ｄｓＲＮＡは、ＴＴＲ遺伝子の発現において形成されるｍＲＮＡの少なくとも一部に相補的な相補性の領域を有するアンチセンス鎖を含む。相補性の領域は、約３０ヌクレオチド以下の長さ（例えば、約３０、２９、２８、２７、２６、２５、２４、２３、２２、２１、２０、１９、又は１８ヌクレオチド以下の長さ）である。ＴＴＲ遺伝子を発現している眼細胞と接触すると、ｉＲＮＡは、ＴＴＲ遺伝子（例えば、ヒト、霊長類、非霊長類、又は鳥類ＴＴＲ遺伝子）の発現を、例えば、ＰＣＲ若しくは分岐ＤＮＡ（ｂＤＮＡ）に基づく方法によって、又はタンパク質に基づく方法（例えば、ウェスタンブロッティング又はフローサイトメトリー技術を使用する免疫蛍光分析）によってアッセイして、少なくとも約１０％選択的に阻害する。
ｄｓＲＮＡは２つのＲＮＡ鎖を含み、これらは相補的であり、ｄｓＲＮＡが使用される条件下でハイブリダイズして二重鎖構造を形成する。ｄｓＲＮＡの一方の鎖（アンチセンス鎖）は、標的配列に対して実質的に相補的であり、一般に完全に相補的である相補性の領域を含む。標的配列は、ＴＴＲ遺伝子の発現中に形成されるｍＲＮＡの配列に由来し得る。他方の鎖（センス鎖）は、アンチセンス鎖に相補的な領域を含み、したがって、適切な条件下で組み合わせると２つの鎖がハイブリダイズし、二重鎖構造を形成する。本明細書の他の箇所に記載されるように、及び当技術分野で公知のように、ｄｓＲＮＡの相補的配列はまた、別個のオリゴヌクレオチド上に存在するのとは対照的に、単一の核酸分子の自己相補的領域として含まれ得る。
一般に、二重鎖構造は、１５～３０塩基対の長さ、例えば、１５～２９、１５～２８、１５～２７、１５～２６、１５～２５、１５～２４、１５～２３、１５～２２、１５～２１、１５～２０、１５～１９、１５～１８、１５～１７、１８～３０、１８～２９、１８～２８、１８～２７、１８～２６、１８～２５、１８～２４、１８～２３、１８～２２、１８～２１、１８～２０、１９～３０、１９～２９、１９～２８、１９～２７、１９～２６、１９～２５、１９～２４、１９～２３、１９～２２、１９～２１、１９～２０、２０～３０、２０～２９、２０～２８、２０～２７、２０～２６、２０～２５、２０～２４、２０～２３、２０～２２、２０～２１、２１～３０、２１～２９、２１～２８、２１～２７、２１～２６、２１～２５、２１～２４、２１～２３、又は２１～２２塩基対の長さである。上記に引用した範囲及び長さの中間の範囲及び長さも、本発明の一部であることが意図される。
同様に、標的配列に対する相補性の領域は、約１５～３０ヌクレオチド長、例えば、１５～２９、１５～２８、１５～２７、１５～２６、１５～２５、１５～２４、１５～２３、１５～２２、１５～２１、１５～２０、１５～１９、１５～１８、１５～１７、１８～３０、１８～２９、１８～２８、１８～２７、１８～２６、１８～２５、１８～２４、１８～２３、１８～２２、１８～２１、１８～２０、１９～３０、１９～２９、１９～２８、１９～２７、１９～２６、１９～２５、１９～２４、１９～２３、１９～２２、１９～２１、１９～２０、２０～３０、２０～２９、２０～２８、２０～２７、２０～２６、２０～２５、２０～２４、２０～２３、２０～２２、２０～２１、２１～３０、２１～２９、２１～２８、２１～２７、２１～２６、２１～２５、２１～２４、２１～２３、又は２１～２２ヌクレオチド長である。上記に引用した範囲及び長さの中間の範囲及び長さも、本発明の一部であることが意図される。
一部の実施形態では、ｄｓＲＮＡは、約１５～約２０ヌクレオチド長、又は約２５～約３０ヌクレオチド長である。一般に、ｄｓＲＮＡは、Ｄｉｃｅｒ酵素の基質としての役割を果たすのに十分な長さである。例えば、約２１～２３ヌクレオチド長より長いｄｓＲＮＡがＤｉｃｅｒの基質の役割を果たし得ることは、当技術分野で周知である。これもまた当業者が認識するように、切断に標的化されるＲＮＡの領域は、ほとんどの場合、より大きいＲＮＡ分子（しばしば、ｍＲＮＡ分子）の一部である。関連する場合、ｍＲＮＡ標的の「一部」は、ＲＮＡｉ指向性切断（即ち、ＲＩＳＣ経路を介した切断）の基質であるのに十分な長さのｍＲＮＡ標的の連続配列である。
当業者はまた、二重鎖領域、例えば、約９～３６塩基対、例えば、約１０～３６、１１～３６、１２～３６、１３～３６、１４～３６、１５～３６、９～３５、１０～３５、１１～３５、１２～３５、１３～３５、１４～３５、１５～３５、９～３４、１０～３４、１１～３４、１２～３４、１３～３４、１４～３４、１５～３４、９～３３、１０～３３、１１～３３、１２～３３、１３～３３、１４～３３、１５～３３、９～３２、１０～３２、１１～３２、１２～３２、１３～３２、１４～３２、１５～３２、９～３１、１０～３１、１１～３１、１２～３１、１３～３２、１４～３１、１５～３１、１５～３０、１５～２９、１５～２８、１５～２７、１５～２６、１５～２５、１５～２４、１５～２３、１５～２２、１５～２１、１５～２０、１５～１９、１５～１８、１５～１７、１８～３０、１８～２９、１８～２８、１８～２７、１８～２６、１８～２５、１８～２４、１８～２３、１８～２２、１８～２１、１８～２０、１９～３０、１９～２９、１９～２８、１９～２７、１９～２６、１９～２５、１９～２４、１９～２３、１９～２２、１９～２１、１９～２０、２０～３０、２０～２９、２０～２８、２０～２７、２０～２６、２０～２５、２０～２４、２０～２３、２０～２２、２０～２１、２１～３０、２１～２９、２１～２８、２１～２７、２１～２６、２１～２５、２１～２４、２１～２３、又は２１～２２塩基対の二重鎖領域が、ｄｓＲＮＡの主要機能部分であることを認めるであろう。したがって、一実施形態では、切断を所望されるＲＮＡを標的とする、例えば１５～３０塩基対の機能的二重鎖に処理される程度まで、３０塩基対を超える二重鎖領域を有するＲＮＡ分子又はＲＮＡ分子の複合体は、ｄｓＲＮＡである。したがって、当業者は、一実施形態では、ｍｉＲＮＡがｄｓＲＮＡであることを認めるであろう。別の実施形態では、ｄｓＲＮＡは、天然に存在するｍｉＲＮＡではない。別の実施形態では、ＴＴＲ遺伝子発現を標的化するために有用なｉＲＮＡ剤は、標的細胞において、より大きいｄｓＲＮＡの切断によって生成されない。
本明細書に記載されるｄｓＲＮＡは、１つ以上の一本鎖ヌクレオチドオーバーハング、例えば、１、２、３、又は４ヌクレオチドをさらに含み得る。少なくとも１つのヌクレオチドオーバーハングを有するｄｓＲＮＡは、それらの平滑末端対応物と比較して、予想外に優れた阻害特性を有することができる。ヌクレオチドオーバーハングは、デオキシヌクレオチド／ヌクレオシドを含むヌクレオチド／ヌクレオシド類似体を含むか、又はそれからなることができる。オーバーハングは、センス鎖、アンチセンス鎖、又はその任意の組み合わせ上にあってもよい。さらに、オーバーハングのヌクレオチドは、ｄｓＲＮＡのアンチセンス又はセンス鎖のいずれかの５’末端、３’末端、又は両端上に存在してもよい。特定の実施形態では、より長い、伸長されたオーバーハングが可能である。
ｄｓＲＮＡは、例えば、例えばＢｉｏｓｅａｒｃｈ，Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｉｎｃ．から市販されているような自動化ＤＮＡ合成機の使用によって、以下でさらに議論されるように、当技術分野で公知の標準的な方法によって合成することができる。
本発明のｉＲＮＡ化合物は、２段階手順を用いて調製することができる。まず、二本鎖ＲＮＡ分子の個々の鎖を別々に調製する。次に、成分鎖をアニールする。ｓｉＲＮＡ化合物の個々の鎖は、溶液相若しくは固相有機合成又はその両方を使用して調製することができる。有機合成は、非天然又は修飾ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド鎖を容易に調製することができるという利点を提供する。本発明の一本鎖オリゴヌクレオチドは、溶液相若しくは固相有機合成又はその両方を使用して調製することができる。
ｓｉＲＮＡは、多様な方法によって、例えばバルクで生成され得る。例示的な方法には、有機合成及びＲＮＡ切断、例えばｉｎ ｖｉｔｒｏ切断が含まれる。
ｓｉＲＮＡは、一本鎖ＲＮＡ分子又は二本鎖ＲＮＡ分子のそれぞれの鎖を別々に合成した後、成分鎖をアニールすることによって作製することができる。
大きいバイオリアクター、例えばＰｈａｒｍａｃｉａ Ｂｉｏｔｅｃ ＡＢ（Ｕｐｐｓａｌａ Ｓｗｅｄｅｎ）からのＯｌｉｇｏＰｉｌｏｔ ＩＩを使用して、所与のｓｉＲＮＡについて大量の特定のＲＮＡ鎖を生成することができる。ＯｌｉｇｏＰｉｌｏｔＩＩリアクターは、１．５モル過剰のホスホラミダイトヌクレオチドのみを使用して、ヌクレオチドを効率的にカップリングすることができる。ＲＮＡ鎖を作製するために、リボヌクレオチドアミダイトが使用される。モノマー付加の標準サイクルを用いて、ｓｉＲＮＡの２１～２３ヌクレオチド鎖を合成することができる。典型的には、２つの相補鎖が別々に生成され、次いで、例えば、固体支持体からの放出及び脱保護の後にアニールされる。
有機合成を用いて、異なるｓｉＲＮＡ種を生成することができる。ＴＴＲ遺伝子に対する種の相補性を正確に特定することができる。例えば、種は、多型、例えば一ヌクレオチド多型を含む領域に相補的であり得る。さらに、多型の位置を正確に定義することができる。一部の実施形態では、多型は、内部領域、例えば、末端の一方又は両方から少なくとも４、５、７、又は９ヌクレオチドに位置する。
一実施形態では、生成されたＲＮＡは、ｅｎｄｓｉＲＮＡを除去するために注意深く精製され、例えば、Ｄｉｃｅｒ又は同等のＲＮＡｓｅ ＩＩＩベースの活性を用いて、ｉｎ ｖｉｔｒｏでｓｉＲＮＡに切断される。例えば、ｄｓｉＲＮＡは、ショウジョウバエ（Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ）のｉｎ ｖｉｔｒｏ抽出物中で、又精製された成分、例えば精製されたＲＮＡｓｅ若しくはＲＩＳＣ複合体（ＲＮＡ誘導サイレンシング複合体）を使用して、インキュベートされ得る。例えば、Ｋｅｔｔｉｎｇ ｅｔ ａｌ．Ｇｅｎｅｓ Ｄｅｖ ２００１ Ｏｃｔ １５；１５（２０）：２６５４－９及びＨａｍｍｏｎｄ Ｓｃｉｅｎｃｅ ２００１ Ａｕｇ １０；２９３（５５３２）：１１４６－５０を参照されたい。
ｄｓｉＲＮＡ切断は、一般に、複数のｓｉＲＮＡ種を生成し、それぞれは、供給源ｄｓｉＲＮＡ分子の特定の２１～２３ｎｔ断片である。例えば、供給源ｄｓｉＲＮＡ分子の重複領域及び隣接領域に相補的な配列を含むｓｉＲＮＡが存在し得る。
合成方法にかかわらず、ｓｉＲＮＡ調製物は、製剤に適した溶液（例えば、水溶液及び／又は有機溶液）中で調製することができる。例えば、ｓｉＲＮＡ調製物は、純粋な２回蒸留水中で沈殿及び再溶解され、凍結乾燥され得る。次いで、乾燥ｓｉＲＮＡは、目的とする製剤化プロセスに適切な溶液中で再懸濁され得る。
一態様において、本発明のｄｓＲＮＡは、少なくとも２つのヌクレオチド配列、センス配列及びアンチセンス配列を含む。センス鎖は、表４に提供される配列の群から選択され、センス鎖の対応するアンチセンス鎖は、表４の配列の群から選択される。この態様では、２つの配列の一方は、２つの配列の他方と相補的であり、配列の一方は、ＴＴＲ遺伝子の発現において生じたｍＲＮＡの配列と実質的に相補的である。したがって、この態様では、ｄｓＲＮＡは、２つのオリゴヌクレオチドを含み、ここで１つのオリゴヌクレオチドは、表４においてセンス鎖として記載され、第２のオリゴヌクレオチドは、表４においてセンス鎖の対応するアンチセンス鎖として記載される。一実施形態では、ｄｓＲＮＡの実質的に相補的な配列は、別個のオリゴヌクレオチド上に含まれる。別の実施形態では、ｄｓＲＮＡの実質的に相補的な配列は、単一のオリゴヌクレオチド上に含まれる。
本明細書に提供される配列のいくつかは、修飾及び／又はコンジュゲート化配列として記載されるが、本発明のｉＲＮＡ、例えば本発明のｄｓＲＮＡのＲＮＡは、非修飾、非コンジュゲート化、並びに／又は、本明細書に記載されるものとは異なるように修飾及び／若しくはコンジュゲートされている本明細書に提供される配列のいずれか１つを含み得ることが理解されるであろう。
当業者は、約２０～２３塩基対、例えば２１塩基対の二重鎖構造を有するｄｓＲＮＡがＲＮＡ干渉を誘導する際に特に有効であると認められることを十分に認識している（Ｅｌｂａｓｈｉｒ ｅｔ ａｌ．，ＥＭＢＯ ２００１，２０：６８７７－６８８８）。しかしながら、他の者は、より短い又はより長いＲＮＡ二重鎖構造も有効であり得ることを見出した（Ｃｈｕ ａｎｄ Ｒａｎａ（２００７）ＲＮＡ １４：１７１４－１７１９；Ｋｉｍ ｅｔ ａｌ．（２００５）Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈ ２３：２２２－２２６）。上記の実施形態では、表４に提供されるオリゴヌクレオチド配列の性質のために、本明細書に記載されるｄｓＲＮＡは、最小２１ヌクレオチドの長さの少なくとも１つの鎖を含み得る。表４の配列の１つから、一方又は両方の末端のわずか数ヌクレオチドを引いたものを有するより短い二重鎖は、上記のｄｓＲＮＡと比較して同様に有効であり得ることが合理的に予想され得る。したがって、表４の配列の１つに由来する少なくとも１５、１６、１７、１８、１９、２０、又はそれ以上の連続ヌクレオチドの配列を有し、ＴＴＲ遺伝子の発現を阻害する能力が、完全配列を含むｄｓＲＮＡとは約５、１０、１５、２０、２５、又は３０％阻害以下異なるｄｓＲＮＡは、本発明の範囲内であると考えられる。
さらに、表４に提供されるＲＮＡは、ＲＩＳＣ媒介切断に感受性であるＴＴＲ転写物中の部位を特定する。したがって、本発明は、これらの部位の１つ内を標的とするｉＲＮＡをさらに特徴とする。本明細書で使用される場合、ｉＲＮＡは、このｉＲＮＡが特定の部位内のいずれかで転写物の切断を促進する場合、ＲＮＡ転写物の特定の部位内を標的とすると言われる。そのようなｉＲＮＡは、一般に、ＴＴＲ遺伝子の選択された配列に連続した領域からとられた追加のヌクレオチド配列に結合された、表４に提供される配列の１つからの少なくとも約１５連続ヌクレオチドを含むであろう。
標的配列は、一般に約１５～３０ヌクレオチド長であるが、この範囲内の特定の配列が、任意の所与の標的ＲＮＡの切断を指示するのに適しているか否かには大きな変動が存在する。本明細書に示される様々なソフトウェアパッケージ及びガイドラインは、任意の所与の遺伝子標的についての最適な標的配列の特定のためのガイダンスを提供するが、経験的手法もとることができ、そこでは所与のサイズ（非限定的な例として、２１ヌクレオチド）の「ウィンドウ」又は「マスク」が標的ＲＮＡ配列上に文字通り又は比喩的に（例えば、インシリコを含む）配置されて、標的配列として機能し得るサイズ範囲内の配列を特定する。配列「ウィンドウ」を、最初の標的配列位置の上流又は下流に１ヌクレオチドずつ漸進的に移動させることによって、選択された任意の所与の標的サイズについて可能な配列の完全なセットが特定されるまで、次の潜在的な標的配列が特定され得る。最適に実施される配列を特定するために、系統的な合成及び特定された配列の試験（本明細書に記載され又は当技術分野で公知のアッセイを用いた）と組み合わされたこのプロセスは、ｉＲＮＡ剤で標的化された場合に、標的遺伝子発現の最良の阻害を媒介するＲＮＡ配列を特定し得る。したがって、例えば表４に特定された配列は有効な標的配列を表すが、阻害効率のさらなる最適化は、等しいか又はより良好な阻害特性を有する配列を特定するために、所与の配列の上流又は下流に１ヌクレオチド漸進的に「ウィンドウをウォーキング」することによって達成され得ると考えられる。
さらに、例えば表４に特定される任意の配列について、さらなる最適化は、ヌクレオチドを系統的に追加又は除去して、より長い又はより短い配列を生成し、その点から標的ＲＮＡの上又は下に、より長い又はより短いサイズのウィンドウをウォーキングすることによって生成される配列を試験することによって達成され得る。再び、新しい候補標的を生成するためのこの手法を、当技術分野で公知の及び／又は本明細書に記載される阻害アッセイにおける標的配列に基づいたｉＲＮＡの有効性の試験と結合させることによって、阻害の効率のさらなる改善がもたらされ得る。またさらに、そのような最適化された配列は、分子をさらに最適化するために（例えば、血清安定性又は循環半減期の増加、熱安定性の増加、膜貫通送達の増強、特定の位置又は細胞型への標的化、サイレンシング経路酵素との相互作用の増加、エンドソームからの放出の増加）、例えば、本明細書に記載され若しく当技術分野で公知の修飾ヌクレオチドの導入、オーバーハングの追加若しくは変化、又は当技術分野で公知の及び／若しくは本明細書で議論される他の修飾により調整され得る、
本明細書に記載されるｉＲＮＡは、標的配列に対する１つ以上のミスマッチを含むことができる。一実施形態では、本明細書に記載されるｉＲＮＡは、３以下のミスマッチを含む。ｉＲＮＡのアンチセンス鎖が、標的配列に対するミスマッチを含む場合、ミスマッチの範囲は相補性の領域の中心部に位置しないことが好ましい。ｉＲＮＡのアンチセンス鎖が、標的配列に対するミスマッチを含む場合、ミスマッチは、相補性の領域の５’又は３’末端のいずれかからの最後の５ヌクレオチド以内に制限されることが好ましい。例えば、２３ヌクレオチドｉＲＮＡ剤の場合、ＴＴＲ遺伝子の領域に相補的な鎖は、一般に、中心部の１３ヌクレオチド内にいずれのミスマッチも含まない。本明細書に記載される方法、又は当技術分野で公知の方法を用いて、標的配列に対するミスマッチを含むｉＲＮＡが、ＴＴＲ遺伝子の発現を効果的に阻害するか否かを決定することができる。ＴＴＲ遺伝子の発現の阻害における、ミスマッチを有するｉＲＮＡの有効性を考慮することは、特にＴＴＲ遺伝子内の相補性の特定の領域が集団内で多型配列変動を有することが知られている場合に重要である。
Ａ．修飾ヌクレオチドを含む本発明のｉＲＮＡ
一部の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、本明細書に記載される少なくとも１つの核酸修飾を含む。例えば、少なくとも１つの修飾は、修飾ヌクレオシド間結合、修飾核酸塩基、修飾糖、及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される。非限定的に、そのような修飾は、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤の任意の箇所に存在し得る。例えば、修飾は、ＲＮＡ分子の１つに存在し得る。
ヌクレオシドの天然に存在する塩基部分は、典型的には複素環式塩基である。そのような複素環式塩基の２つの最も一般的なクラスは、プリン及びピリミジンである。ペントフラノシル糖を含むヌクレオシドの場合、リン酸基が、糖の２’、３’又は５’ヒドロキシル部分に連結され得る。オリゴヌクレオチドの形成において、これらのリン酸基は、隣接するヌクレオシドを互いに共有結合して直鎖ポリマー化合物を形成する。オリゴヌクレオチド内で、リン酸基は通常、オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間骨格を形成すると称される。ＲＮＡ及びＤＮＡの天然に存在する結合又は骨格は、３’から５’へのホスホジエステル結合である。
プリン核酸塩基、アデニン（Ａ）及びグアニン（Ｇ）、並びにピリミジン核酸塩基、チミン（Ｔ）、シトシン（Ｃ）及びウラシル（Ｕ）などの「非修飾」又は「天然」核酸塩基に加えて、当業者に公知の多くの修飾核酸塩基又は核酸塩基模倣体が、本明細書に記載される化合物に適している。非修飾又は天然核酸塩基は、修飾又は置換されて、改善された特性を有するｉＲＮＡを提供することができる。例えば、ヌクレアーゼ耐性オリゴヌクレオチドは、これらの塩基又は合成及び天然核酸塩基（例えば、イノシン、キサンチン、ヒポキサンチン、ヌブラリン（ｎｕｂｕｌａｒｉｎｅ）、イソグアニシン（ｉｓｏｇｕａｎｉｓｉｎｅ）、又はツベルシジン）並びに本明細書に記載されるオリゴマー修飾のいずれか１つを用いて調製することができる。或いは、上記塩基のいずれかの置換又は修飾類似体と、「ユニバーサル塩基」も使用され得る。天然塩基が非天然及び／又はユニバーサル塩基によって置換される場合、ヌクレオチドは、本明細書で修飾核酸塩基及び／又は核酸塩基修飾を含むと言われる。修飾核酸塩基及び／又は核酸塩基修飾は、コンジュゲート部分、例えば本明細書に記載されるリガンドを含む天然、非天然、及びユニバーサル塩基も含む。核酸塩基とのコンジュゲーションのための好ましいコンジュゲート部分は、適切なアルキル、アルケニル、又はアミド結合を有するリンカーを介して核酸塩基にコンジュゲートされ得るカチオン性アミノ基を含む。
本明細書に記載されるオリゴマー化合物は、核酸塩基（当技術分野では、単に「塩基」と呼ばれることが多い）修飾又は置換も含むことができる。本明細書で使用される場合、「非修飾」又は「天然」核酸塩基は、プリン塩基、アデニン（Ａ）及びグアニン（Ｇ）、並びにピリミジン塩基、チミン（Ｔ）、シトシン（Ｃ）及びウラシル（Ｕ）を含む。例示的な修飾核酸塩基には、他の合成及び天然核酸塩基、例えばイノシン、キサンチン、ヒポキサンチン、ヌブラリン、イソグアニシン、ツベルシジン、２－（ハロ）アデニン、２－（アルキル）アデニン、２－（プロピル）アデニン、２（アミノ）アデニン、２－（アミノアルキル（ａｍｉｎｏａｌｋｙｌｌ））アデニン、２（アミノプロピル）アデニン、２（メチルチオ）Ｎ６（イソペンテニル）アデニン、６（アルキル）アデニン、６（メチル）アデニン、７（デアザ）アデニン、８（アルケニル）アデニン、８－（アルキル）アデニン、８（アルキニル）アデニン、８（アミノ）アデニン、８－（ハロ）アデニン、８－（ヒドロキシル）アデニン、８（チオアルキル）アデニン、８－（チオール）アデニン、Ｎ６－（イソペンチル）アデニン、Ｎ６（メチル）アデニン、Ｎ６，Ｎ６（ジメチル）アデニン、２－（アルキル）グアニン、２（プロピル）グアニン、６－（アルキル）グアニン、６（メチル）グアニン、７（アルキル）グアニン、７（メチル）グアニン、７（デアザ）グアニン、８（アルキル）グアニン、８－（アルケニル）グアニン、８（アルキニル）グアニン、８－（アミノ）グアニン、８（ハロ）グアニン、８－（ヒドロキシル）グアニン、８（チオアルキル）グアニン、８－（チオール）グアニン、Ｎ（メチル）グアニン、２－（チオ）シトシン、３（デアザ）５（アザ）シトシン、３－（アルキル）シトシン、３（メチル）シトシン、５－（アルキル）シトシン、５－（アルキニル）シトシン、５（ハロ）シトシン、５（メチル）シトシン、５（プロピニル）シトシン、５（プロピニル）シトシン、５（トリフルオロメチル）シトシン、６－（アゾ）シトシン、Ｎ４（アセチル）シトシン、３（３アミノ－３カルボキシプロピル）ウラシル、２－（チオ）ウラシル、５（メチル）２（チオ）ウラシル、５（メチルアミノメチル）－２（チオ）ウラシル、４－（チオ）ウラシル、５（メチル）４（チオ）ウラシル、５（メチルアミノメチル）－４（チオ）ウラシル、５（メチル）２，４（ジチオ）ウラシル、５（メチルアミノメチル）－２，４（ジチオ）ウラシル、５（２－アミノプロピル）ウラシル、５－（アルキル）ウラシル、５－（アルキニル）ウラシル、５－（アリルアミノ）ウラシル、５（アミノアリル）ウラシル、５（アミノアルキル）ウラシル、５（グアニジニウムアルキル）ウラシル、５（１，３－ジアゾール－１－アルキル）ウラシル、５－（シアノアルキル）ウラシル、５－（ジアルキルアミノアルキル）ウラシル、５（ジメチルアミノアルキル）ウラシル、５－（ハロ）ウラシル、５－（メトキシ）ウラシル、ウラシル－５オキシ酢酸、５（メトキシカルボニルメチル）－２－（チオ）ウラシル、５（メトキシカルボニル－メチル）ウラシル、５（プロピニル）ウラシル、５（プロピニル）ウラシル、５（トリフルオロメチル）ウラシル、６（アゾ）ウラシル、ジヒドロウラシル、Ｎ３（メチル）ウラシル、５－ウラシル（即ち、シュードウラシル）、２（チオ）シュードウラシル、４（チオ）シュードウラシル、２，４－（ジチオ）シュードウラシル、５－（アルキル）シュードウラシル、５－（メチル）シュードウラシル、５－（アルキル）－２－（チオ）シュードウラシル、５－（メチル）－２－（チオ）シュードウラシル、５－（アルキル）－４（チオ）シュードウラシル、５－（メチル）－４（チオ）シュードウラシル、５－（アルキル）－２，４（ジチオ）シュードウラシル、５－（メチル）－２，４（ジチオ）シュードウラシル、１置換シュードウラシル、１置換２（チオ）－シュードウラシル、１置換４（チオ）シュードウラシル、１置換２，４－（ジチオ）シュードウラシル、１（アミノカルボニルエチレニル）－シュードウラシル、１（アミノカルボニルエチレニル）－２（チオ）－シュードウラシル、１（アミノカルボニルエチレニル）－４（チオ）シュードウラシル、１（アミノカルボニルエチレニル）－２，４－（ジチオ）シュードウラシル、１（アミノアルキルアミノカルボニルエチレニル）－シュードウラシル、１（アミノアルキルアミノ－カルボニルエチレニル）－２（チオ）－シュードウラシル、１（アミノアルキルアミノカルボニルエチレニル）－４（チオ）シュードウラシル、１（アミノアルキルアミノカルボニルエチレニル）－２，４－（ジチオ）シュードウラシル、１，３－（ジアザ）－２－（オキソ）－フェノキサジン－１－イル、１－（アザ）－２－（チオ）－３－（アザ）－フェノキサジン－１－イル、１，３－（ジアザ）－２－（オキソ）－フェンチアジン－１－イル、１－（アザ）－２－（チオ）－３－（アザ）－フェンチアジン－１－イル、７－置換１，３－（ジアザ）－２－（オキソ）－フェノキサジン－１－イル、７－置換１－（アザ）－２－（チオ）－３－（アザ）－フェノキサジン－１－イル、７－置換１，３－（ジアザ）－２－（オキソ）－フェンチアジン－１－イル、７－置換１－（アザ）－２－（チオ）－３－（アザ）－フェンチアジン－１－イル、７－（アミノアルキルヒドロキシ）－１，３－（ジアザ）－２－（オキソ）－フェノキサジン－１－イル、７－（アミノアルキルヒドロキシ）－１－（アザ）－２－（チオ）－３－（アザ）－フェノキサジン－１－イル、７－（アミノアルキルヒドロキシ）－１，３－（ジアザ）－２－（オキソ）－フェンチアジン－１－イル、７－（アミノアルキルヒドロキシ）－１－（アザ）－２－（チオ）－３－（アザ）－フェンチアジン－１－イル、７－（グアニジニウムアルキルヒドロキシ）－１，３－（ジアザ）－２－（オキソ）－フェノキサジン－１－イル、７－（グアニジニウムアルキルヒドロキシ）－１－（アザ）－２－（チオ）－３－（アザ）－フェノキサジン－１－イル、７－（グアニジニウムアルキル－ヒドロキシ）－１，３－（ジアザ）－２－（オキソ）－フェンチアジン－１－イル、７－（グアニジニウムアルキルヒドロキシ）－１－（アザ）－２－（チオ）－３－（アザ）－フェンチアジン－１－イル、１，３，５－（トリアザ）－２，６－（ジオキサ）－ナフタレン、イノシン、キサンチン、ヒポキサンチン、ヌブラリン、ツベルシジン、イソグアニシン、イノシニル、２－アザ－イノシニル、７－デアザ－イノシニル、ニトロイミダゾリル、ニトロピラゾリル、ニトロベンゾイミダゾリル、ニトロインダゾリル、アミノインドリル、ピロロピリミジニル、３－（メチル）イソカルボスチリリル、５－（メチル）イソカルボスチリリル、３－（メチル）－７－（プロピニル）イソカルボスチリリル、７－（アザ）インドリル、６－（メチル）－７－（アザ）インドリル、イミジゾピリジニル、９－（メチル）－イミジゾピリジニル、ピロロピリジニル、イソカルボスチリリル、７－（プロピニル）イソカルボスチリリル、プロピニル－７－（アザ）インドリル、２，４，５－（トリメチル）フェニル、４－（メチル）インドリル、４，６－（ジメチル）インドリル、フェニル、ナフタレニル、アントラセニル、フェナントラセニル、ピレニル、スチルベニル、テトラセニル、ペンタセニル、ジフルオロトリル、４－（フルオロ）－６－（メチル）ベンゾイミダゾール、４－（メチル）ベンゾイミダゾール、６－（アゾ）チミン、２－ピリジノン、５ニトロインドール、３ニトロピロール、６－（アザ）ピリミジン、２（アミノ）プリン、２，６－（ジアミノ）プリン、５置換ピリミジン、Ｎ２－置換プリン、Ｎ６－置換プリン、Ｏ６－置換プリン、置換１，２，４－トリアゾール、ピロロ－ピリミジン－２－オン－３－イル、６－フェニル－ピロロ－ピリミジン－２－オン－３－イル、パラ－置換－６－フェニル－ピロロ－ピリミジン－２－オン－３－イル、オルト－置換－６－フェニル－ピロロ－ピリミジン－２－オン－３－イル、ビス－オルト－置換－６－フェニル－ピロロ－ピリミジン－２－オン－３－イル、パラ－（アミノアルキルヒドロキシ）－６－フェニル－ピロロ－ピリミジン－２－オン－３－イル、オルト－（アミノアルキルヒドロキシ）－６－フェニル－ピロロ－ピリミジン－２－オン－３－イル、ビス－オルト－（アミノアルキルヒドロキシ）－６－フェニル－ピロロ－ピリミジン－２－オン－３－イル、ピリドピリミジン－３－イル、２－オキソ－７－アミノ－ピリドピリミジン－３－イル、２－オキソ－ピリドピリミジン－３－イル、又はその任意のＯ－アルキル化若しくはＮ－アルキル化誘導体が含まれるが、これらに限定されない。或いは、上記の塩基のいずれかの置換又は修飾類似体と、「ユニバーサル塩基」も使用され得る。
本明細書で使用される場合、ユニバーサル核酸塩基は、融解挙動、細胞内酵素による認識、又はｉＲＮＡ二重鎖の活性に実質的に影響を与えることなく、４つの天然に存在する核酸塩基の全てと塩基対合することができる任意の核酸塩基である。一部の例示的なユニバーサル核酸塩基には、２，４－ジフルオロトルエン、ニトロピロリル、ニトロインドリル、８－アザ－７－デアザデニン、４－フルオロ－６－メチルベンゾイミダゾール、４－メチルベンゾイミダゾール、３－メチルイソカルボスチリリル、５－メチルイソカルボスチリリル、３－メチル－７－プロピニルイソカルボスチリリル、７－アザインドリル、６－メチル－７－アザインドリル、イミジゾピリジニル、９－メチル－イミジゾピリジニル、ピロロピリジニル、イソカルボスチリリル、７－プロピニルイソカルボスチリリル、プロピニル－７－アザインドリル、２，４，５－トリメチルフェニル、４－メチルイノリル（ｉｎｏｌｙｌ）、４，６－ジメチルインドリル、フェニル、ナプタレニル（ｎａｐｔｈａｌｅｎｙｌ）、アントラセニル、フェナントラセニル、ピレニル、スチルベニル、テトラセニル、ペンタセニル、及びそれらの構造誘導体が含まれるがこれらに限定されない（例えば、Ｌｏａｋｅｓ，２００１，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２９，２４３７－２４４７参照）。
さらなる核酸塩基には、米国特許第３，６８７，８０８号明細書に開示されているもの；２００９年３月２６日出願の国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ０９／０３８４２５号に開示されているもの；“Ｃｏｎｃｉｓｅ Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ Ｏｆ Ｐｏｌｙｍｅｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ａｎｄ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，”ｐａｇｅｓ ８５８－８５９，Ｋｒｏｓｃｈｗｉｔｚ，Ｊ．Ｉ．，ｅｄ．Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，１９９０に開示されているもの；Ｅｎｇｌｉｓｈ ｅｔ ａｌ．，“Ａｎｇｅｗａｎｄｔｅ Ｃｈｅｍｉｅ，Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｅｄｉｔｉｏｎ，”１９９１，３０，６１３に開示されているもの；“Ｍｏｄｉｆｉｅｄ Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ ｉｎ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，”Ｈｅｒｄｅｗｉｊｉｎ，Ｐ．Ｅｄ．Ｗｉｌｅｙ－ＶＣＨ，２００８に開示されているもの；及びＳａｎｇｈｖｉ，Ｙ．Ｓ．，Ｃｈａｐｔｅｒ １５，ｄｓＲＮＡ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，ｐａｇｅｓ ２８９－３０２，Ｃｒｏｏｋｅ，Ｓ．Ｔ．ａｎｄ Ｌｅｂｌｅｕ，Ｂ．，Ｅｄｓ．，ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，１９９３に開示されているものが含まれる。上記の全ての内容は、参照により本明細書に組み入れられる。
特定の実施形態では、修飾核酸塩基は、親核酸塩基と構造がかなり類似している核酸塩基、例えば、７－デアザプリン、５－メチルシトシン、又はＧ－クランプである。特定の実施形態では、核酸塩基模倣体は、より複雑な構造、例えば三環式フェノキサジン核酸塩基模倣体を含む。上記の修飾核酸塩基の調製方法は、当業者に周知である。
本明細書に提供される本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、修飾糖部分を有する１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５以上）のモノマー（ヌクレオシド又はヌクレオチドを含む）を含み得る。例えば、ヌクレオシドのフラノシル糖環は、置換基の付加、２つの非ジェミナル環原子を架橋して、ロックド核酸又は二環状核酸を形成すること、を含むがこれに限定されない多数の方法で修飾され得る。特定の実施形態では、オリゴマー化合物は、ＬＮＡである１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５以上）のモノマーを含む。
ロックド核酸の一部の実施形態では、フラノシルの２’位が、－［Ｃ（Ｒ１）（Ｒ２）］ｎ－、－［Ｃ（Ｒ１）（Ｒ２）］ｎ－Ｏ－、－［Ｃ（Ｒ１）（Ｒ２）］ｎ－Ｎ（Ｒ１）－、－［Ｃ（Ｒ１）（Ｒ２）］ｎ－Ｎ（Ｒ１）－Ｏ－、－［Ｃ（Ｒ１Ｒ２）］ｎ－Ｏ－Ｎ（Ｒ１）－、－Ｃ（Ｒ１）＝Ｃ（Ｒ２）－Ｏ－、－Ｃ（Ｒ１）＝Ｎ－、－Ｃ（Ｒ１）＝Ｎ－Ｏ－、－Ｃ（＝ＮＲ１）－、－Ｃ（＝ＮＲ１）－Ｏ－、－Ｃ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｏ）Ｏ－、－Ｃ（＝Ｓ）－、－Ｃ（＝Ｓ）Ｏ－、－Ｃ（＝Ｓ）Ｓ－、－Ｏ－、－Ｓｉ（Ｒ１）２－、－Ｓ（＝Ｏ）ｘ－及び－Ｎ（Ｒ１）－から独立に選択されるリンカーによって４’位に接続され、
式中：
ｘは、０、１、又は２であり；
ｎは、１、２、３、又は４であり；
各Ｒ１及びＲ２は、独立に、Ｈ、保護基、ヒドロキシル、Ｃ１～Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１～Ｃ１２アルキル、Ｃ２～Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２～Ｃ１２アルケニル、Ｃ２～Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２～Ｃ１２アルキニル、Ｃ５～Ｃ２０アリール、置換Ｃ５～Ｃ２０アリール、複素環基、置換複素環基、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、Ｃ５～Ｃ７脂環式基、置換Ｃ５～Ｃ７脂環式基、ハロゲン、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＯＯＪ１、アシル（Ｃ（＝Ｏ）－Ｈ）、置換アシル、ＣＮ、スルホニル（Ｓ（＝Ｏ）２－Ｊ１）、又はスルホキシル（Ｓ（＝Ｏ）－Ｊ１）であり；
各Ｊ１及びＪ２は、独立に、Ｈ、Ｃ１～Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１～Ｃ１２アルキル、Ｃ２～Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２～Ｃ１２アルケニル、Ｃ２～Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２～Ｃ１２アルキニル、Ｃ５～Ｃ２０アリール、置換Ｃ５～Ｃ２０アリール、アシル（Ｃ（＝Ｏ）－Ｈ）、置換アシル、複素環基、置換複素環基、Ｃ１～Ｃ１２アミノアルキル、置換Ｃ１～Ｃ１２アミノアルキル又は保護基である。
一部の実施形態では、ＬＮＡ化合物のリンカーのそれぞれは、独立に、－［Ｃ（Ｒ１）（Ｒ２）］ｎ－、－［Ｃ（Ｒ１）（Ｒ２）］ｎ－Ｏ－、－Ｃ（Ｒ１Ｒ２）－Ｎ（Ｒ１）－Ｏ－又は－Ｃ（Ｒ１Ｒ２）－Ｏ－Ｎ（Ｒ１）－である。別の実施形態では、前記リンカーのそれぞれは、独立に、４’－ＣＨ２－２’、４’－（ＣＨ２）２－２’、４’－（ＣＨ２）３－２’、４’－ＣＨ２－Ｏ－２’、４’－（ＣＨ２）２－Ｏ－２’、４’－ＣＨ２－Ｏ－Ｎ（Ｒ１）－２’及び４’－ＣＨ２－Ｎ（Ｒ１）－Ｏ－２’－であり、ここで各Ｒ１は、独立に、Ｈ、保護基又はＣ１～Ｃ１２アルキルである。
特定のＬＮＡ’は、特許文献及び科学文献（Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．，１９９８，４，４５５－４５６；Ｋｏｓｈｋｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９８，５４，３６０７－３６３０；Ｗａｈｌｅｓｔｅｄｔ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，２０００，９７，５６３３－５６３８；Ｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９８，８，２２１９－２２２２；国際公開第９４／１４２２６号パンフレット；国際公開第２００５／０２１５７０号パンフレット；Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，１９９８，６３，１００３５－１００３９にて調製及び開示されている；ＬＮＡを開示している発行された米国特許及び公開出願には、例えば、米国特許第７，０５３，２０７号明細書；同第６，２６８，４９０号明細書；同第６，７７０，７４８号明細書；同第６，７９４，４９９号明細書；同第７，０３４，１３３号明細書；及び同第６，５２５，１９１号明細書；並びに米国付与前公開第２００４－０１７１５７０号明細書；同第２００４－０２１９５６５号明細書；同第２００４－００１４９５９号明細書；同第２００３－０２０７８４１号明細書；同第２００４－０１４３１１４号明細書；及び同第２００３００８２８０７号明細書が含まれる。
リボシル糖環の２’－ヒドロキシル基が糖環の４’炭素原子に連結され、それによりメチレンオキシ（４’－ＣＨ２－Ｏ－２’）結合を形成してニ環式糖部分を形成するＬＮＡも本明細書に提供される（Ｅｌａｙａｄｉ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ Ｉｎｖｅｎｓ．Ｄｒｕｇｓ，２００１，２，５５８－５６１；Ｂｒａａｓｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．，２００１，８ １－７；及びＯｒｕｍ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．，２００１，３，２３９－２４３に考察されている；米国特許第６，２６８，４９０号明細書及び米国特許第６，６７０，４６１号明細書も参照されたい）。結合は、２’酸素原子と４’炭素原子を架橋するメチレン（－ＣＨ２－）基であってもよく、その場合、メチレンオキシ（４’－ＣＨ２－Ｏ－２’）ＬＮＡという用語が二環式部分に使用され；エチレン基がその位置に存在する場合、エチレンオキシ（４’－ＣＨ２ＣＨ２－Ｏ－２’）ＬＮＡという用語が使用される（Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．，１９９８，４，４５５－４５６：Ｍｏｒｉｔａ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇａｎｉｃ Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２００３，１１，２２１１－２２２６）。メチレンオキシ（４’－ＣＨ２－Ｏ－２’）ＬＮＡ及び他の二環式糖類似体は、相補的ＤＮＡ及びＲＮＡと、３’－エキソクレアーゼ分解に対する非常に高い二重鎖熱安定性（Ｔｍ＝＋３～＋１０℃）、及び良好な溶解特性を示す。ＢＮＡを含む強力且つ非毒性のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、記載されている（Ｗａｈｌｅｓｔｅｄｔ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，２０００，９７，５６３３－５６３８）。
議論されているメチレンオキシ（４’－ＣＨ２－Ｏ－２’）ＬＮＡの異性体は、α－Ｌ－メチレンオキシ（４’－ＣＨ２－Ｏ－２’）ＬＮＡであり、これは３’－エキソヌクレアーゼに対する優れた安定性を有することが示されている。α－Ｌ－メチレンオキシ（４’－ＣＨ２－Ｏ－２’）ＬＮＡ’は、強力なアンチセンス活性を示すアンチセンスギャップマー及びキメラに組み込まれた（Ｆｒｉｅｄｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００３，２１，６３６５－６３７２）。
メチレンオキシ（４’－ＣＨ２－Ｏ－２’）ＬＮＡモノマー、アデニン、シトシン、グアニン、５－メチル－シトシン、チミン及びウラシルの合成及び調製（それらのオリゴマー化と共に）、並びに核酸認識特性は、記載されている（Ｋｏｓｈｋｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９８，５４，３６０７－３６３０）。ＢＮＡ及びその調製は、国際公開第９８／３９３５２号パンフレット及び国際公開第９９／１４２２６号パンフレットにも記載されている。
メチレンオキシ（４’－ＣＨ２－Ｏ－２’）ＬＮＡ、ホスホロチオエート－メチレンオキシ（４’－ＣＨ２－Ｏ－２’）ＬＮＡ及び２’－チオ－ＬＮＡの類似体も調製されている（Ｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９８，８，２２１９－２２２２）。核酸ポリメラーゼの基質としてのオリゴデオキシリボヌクレオチド二重鎖を含むロックドヌクレオシド類似体の調製も記載されている（Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．、国際公開第９９／１４２２６号パンフレット）。さらに、２’－アミノ－ＬＮＡ、新規な立体配座的に制限された高親和性オリゴヌクレオチド類似体の合成も記載されている（Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，１９９８，６３，１００３５－１００３９）。さらに、２’－アミノ－及び２’－メチルアミノ－ＬＮＡ’が調製されており、相補的ＲＮＡ及びＤＮＡ鎖を有するそれらの二重鎖の熱安定性が以前に報告されている。
修飾糖部分は周知であり、アンチセンス化合物のその標的に対する親和性を変化させ、典型的には増大させ、及び／又はヌクレアーゼ耐性を増大させるのに使用され得る。好ましい修飾糖の代表的なリストには、メチレンオキシ（４’－ＣＨ２－Ｏ－２’）ＬＮＡ及びエチレンオキシ（４’－（ＣＨ２）２－Ｏ－２’架橋）ＥＮＡを含む二環式糖；置換糖、特に、２’－Ｆ、２’－ＯＣＨ３又は２’－Ｏ（ＣＨ２）２－ＯＣＨ３置換基を有する２’－置換糖；並びに４’－チオ修飾糖が含まれるがこれらに限定されない。糖は、中でも糖模倣体で置換され得る。修飾糖の調製方法は、当業者に周知である。このような修飾糖の調製を教示する一部の代表的な特許及び刊行物としては、米国特許第４，９８１，９５７号明細書；同第５，１１８，８００号明細書；同第５，３１９，０８０号明細書；同第５，３５９，０４４号明細書；同第５，３９３，８７８号明細書；同第５，４４６，１３７号明細書；同第５，４６６，７８６号明細書；同第５，５１４，７８５号明細書；同第５，５１９，１３４号明細書；同第５，５６７，８１１号明細書；同第５，５７６，４２７号明細書；同第５，５９１，７２２号明細書；同第５，５９７，９０９号明細書；同第５，６１０，３００号明細書；同第５，６２７，０５３号明細書；同第５，６３９，８７３号明細書；同第５，６４６，２６５号明細書；同第５，６５８，８７３号明細書；同第５，６７０，６３３号明細書；同第５，７９２，７４７号明細書；同第５，７００，９２０号明細書；同第６，５３１，５８４号明細書；及び同第６，６００，０３２号明細書；及び国際公開第２００５／１２１３７１号パンフレットが挙げられるが、これらに限定されない。
「オキシ」－２’ヒドロキシル基修飾の例としては、アルコキシ又はアリールオキシ（ＯＲ、例えば、Ｒ＝Ｈ、アルキル、シクロアルキル、アリール、アラルキル、ヘテロアリール又は糖）；ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、Ｏ（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｎＣＨ２ＣＨ２ＯＲ、ｎ＝１～５０；ヌクレオシドのフラノース部分が、フラノース環上の２つの炭素原子を接続する架橋を含み、それによって二環式環系を形成する「ロックド」核酸（ＬＮＡ）；Ｏ－ＡＭＩＮＥ又はＯ－（ＣＨ２）ｎＡＭＩＮＥ（ｎ＝１～１０、ＡＭＩＮＥ＝ＮＨ２；アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、ヘテロシクリル、アリールアミノ、ジアリールアミノ、ヘテロアリールアミノ、ジヘテロアリールアミノ、エチレンジアミン又はポリアミノ）；及びＯ－ＣＨ２ＣＨ２（ＮＣＨ２ＣＨ２ＮＭｅ２）２が挙げられる。
「デオキシ」修飾には、水素（即ち、一本鎖オーバーハングと特に関連するデオキシリボース糖）；ハロ（例えば、フルオロ）；アミノ（例えばＮＨ２；アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、ヘテロシクリル、アリールアミノ、ジアリールアミノ、ヘテロアリールアミノ、ジヘテロアリールアミノ、又はアミノ酸）；ＮＨ（ＣＨ２ＣＨ２ＮＨ）ｎＣＨ２ＣＨ２－ＡＭＩＮＥ（ＡＭＩＮＥ＝ＮＨ２；アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、ヘテロシクリル、アリールアミノ、ジアリールアミノ、ヘテロアリールアミノ、又はジヘテロアリールアミノ）；－ＮＨＣ（Ｏ）Ｒ（Ｒ＝アルキル、シクロアルキル、アリール、アラルキル、ヘテロアリール又は糖）；シアノ；メルカプト；アルキル－チオ－アルキル；チオアルコキシ；チオアルキル；アルキル；シクロアルキル；アリール；アルケニル及びアルキニルが含まれ、これらは、例えばアミノ官能基で任意選択で置換され得る。
他の適切な２’－修飾、例えば、修飾ＭＯＥが、参照によりその内容が本明細書に組み入れられる、米国特許出願公開第２０１３０１３０３７８号明細書に記載されている。
２’の修飾は、アラビノース立体配置に存在し得る。「アラビノース立体配置」という用語は、アラビノースにおける２’－ＯＨと同じ立体配置でのリボースのＣ２’上の置換基の配置を指す。
糖は、糖の同じ炭素に２つの異なる修飾、例えば、ｇｅｍ修飾を含み得る。糖基は、リボースにおける対応する炭素の立体化学配置と反対の立体化学配置を有する１つ以上の炭素も含み得る。したがって、オリゴマー化合物は、例えば、糖としてアラビノースを含有する１つ以上のモノマーを含み得る。モノマーは、糖の１’位にα結合、例えば、α－ヌクレオシドを有し得る。モノマーはまた、４’位に反対の立体配置を有してもよく、例えば、Ｃ５’及びＨ４’又はそれらを置換する置換基が、相互に交換される。Ｃ５’及びＨ４’又はそれらを置換する置換基が、相互に交換される場合、糖は、４’位で修飾されていると言われる。
本明細書に開示される本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、脱塩基糖、即ち、Ｃ－１’に核酸塩基が欠如しているか又はＣ１’に核酸塩基の代わりに他の化学基を有する糖も含み得る。例えば、その全内容が本明細書に組み入れられる、米国特許第５，９９８，２０３号明細書を参照されたい。これらの脱塩基糖はまた、構成糖原子の１つ以上に修飾をさらに含み得る。本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、Ｌ異性体である１つ以上の糖、例えばＬ－ヌクレオシドも含み得る。糖基に対する修飾は、硫黄、任意選択で置換される窒素又はＣＨ２基による４’－Ｏの置換も含み得る。一部の実施形態では、Ｃ１’と核酸塩基との連結は、α立体配置にある。
糖修飾は、非環状ヌクレオチドも含むことができ、ここでリボース炭素間のＣ－Ｃ結合（例えば、Ｃ１’－Ｃ２’、Ｃ２’－Ｃ３’、Ｃ３’－Ｃ４’、Ｃ４’－Ｏ４’、Ｃ１’－Ｏ４’）は存在しないか、及び／又はリボース炭素若しくは酸素（例えば、Ｃ１’、Ｃ２’、Ｃ３’、Ｃ４’又はＯ４’）の少なくとも１つが、独立に又は組み合わせで、ヌクレオチドに存在しない。一部の実施形態では、非環状ヌクレオチドは、
であり、式中、Ｂは、修飾又は非修飾核酸塩基であり、Ｒ１及びＲ２は、独立に、Ｈ、ハロゲン、ＯＲ３、又はアルキルであり；Ｒ３は、Ｈ、アルキル、シクロアルキル、アリール、アラルキル、ヘテロアリール又は糖である）。
一部の実施形態では、糖修飾は、２’－Ｈ、２’－Ｏ－Ｍｅ（２’－Ｏ－メチル）、２’－Ｏ－ＭＯＥ（２’－Ｏ－メトキシエチル）、２’－Ｆ、２’－Ｏ－［２－（メチルアミノ）－２－オキソエチル］（２’－Ｏ－ＮＭＡ）、２’－Ｓ－メチル、２’－Ｏ－ＣＨ２－（４’－Ｃ）（ＬＮＡ）、２’－Ｏ－ＣＨ２ＣＨ２－（４’－Ｃ）（ＥＮＡ）、２’－Ｏ－アミノプロピル（２’－Ｏ－ＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＯＥ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノプロピル（２’－Ｏ－ＤＭＡＰ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエチルオキシエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＥＯＥ）及びｇｅｍ２’－ＯＭｅ／２’Ｆ（２’－Ｏ－Ｍｅはアラビノース立体配置である）からなる群から選択される。
特定のヌクレオチドがその２’位を介して次のヌクレオチドに連結される場合、本明細書に記載される糖修飾は、その特定のヌクレオチド、例えば、その２’位を介して連結されたヌクレオチドについては、糖の３’位に配置され得ることを理解するべきである。３’位における修飾は、キシロース立体配置で存在することができる。「キシロース立体配置」という用語は、キシロース糖における３’－ＯＨと同じ立体配置でのリボースのＣ３’上の置換基の配置を指す。
Ｃ４’及び／又はＣ１’に結合した水素は、直鎖又は分岐鎖の、任意選択で置換されるアルキル、任意選択で置換されるアルケニル、任意選択で置換されるアルキニルで置換することができ、ここでアルキル、アルケニル及びアルキニルの骨格は、Ｏ、Ｓ、Ｓ（Ｏ）、ＳＯ２、Ｎ（Ｒ’）、Ｃ（Ｏ）、Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ、ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）、ＣＨ（Ｚ’）、リン含有結合、任意選択で置換されるアリール、任意選択で置換されるヘテロアリール、任意選択で置換される複素環式又は任意選択で置換されるシクロアルキルの１つ以上を含むことができ、ここでＲ’は、水素、アシル又は任意選択で置換される脂肪族であり、Ｚ’は、ＯＲ１１、ＣＯＲ１１、ＣＯ２Ｒ１１、
ＮＲ２１Ｒ３１、ＣＯＮＲ２１Ｒ３１、ＣＯＮ（Ｈ）ＮＲ２１Ｒ３１、ＯＮＲ２１Ｒ３１、ＣＯＮ（Ｈ）Ｎ＝ＣＲ４１Ｒ５１、Ｎ（Ｒ２１）Ｃ（＝ＮＲ３１）ＮＲ２１Ｒ３１、Ｎ（Ｒ２１）Ｃ（Ｏ）ＮＲ２１Ｒ３１、Ｎ（Ｒ２１）Ｃ（Ｓ）ＮＲ２１Ｒ３１、ＯＣ（Ｏ）ＮＲ２１Ｒ３１、ＳＣ（Ｏ）ＮＲ２１Ｒ３１、Ｎ（Ｒ２１）Ｃ（Ｓ）ＯＲ１１、Ｎ（Ｒ２１）Ｃ（Ｏ）ＯＲ１１、Ｎ（Ｒ２１）Ｃ（Ｏ）ＳＲ１１、Ｎ（Ｒ２１）Ｎ＝ＣＲ４１Ｒ５１、ＯＮ＝ＣＲ４１Ｒ５１、ＳＯ２Ｒ１１、ＳＯＲ１１、ＳＲ１１、及び置換又は非置換の複素環式からなる群から選択され；Ｒ２１及びＲ３１は、存在ごとに独立して、水素、アシル、非置換又は置換の脂肪族、アリール、ヘテロアリール、複素環式、ＯＲ１１、ＣＯＲ１１、ＣＯ２Ｒ１１、又はＮＲ１１Ｒ１１’であり；又はＲ２１及びＲ３１は、それらが結合する原子と一緒になって、複素環式環を形成し；Ｒ４１及びＲ５１は、存在ごとに独立して、水素、アシル、非置換又は置換の脂肪族、アリール、ヘテロアリール、複素環式、ＯＲ１１、ＣＯＲ１１、又はＣＯ２Ｒ１１、又はＮＲ１１Ｒ１１’であり；Ｒ１１及びＲ１１’は、独立に水素、脂肪族、置換脂肪族、アリール、ヘテロアリール、又は複素環式である。一部の実施形態では、５’末端ヌクレオチドのＣ４’に結合した水素は、置換される。
一部の実施形態では、Ｃ４’及びＣ５’は一緒になって、任意選択で置換される複素環式を形成し、これは好ましくは少なくとも１つの－ＰＸ（Ｙ）－を含み、式中、Ｘは、Ｈ、ＯＨ、ＯＭ、ＳＨ、任意選択で置換されるアルキル、任意選択で置換されるアルコキシ、任意選択で置換されるアルキルチオ、任意選択で置換されるアルキルアミノ又は任意選択で置換されるジアルキルアミノであり、Ｍは、各存在について独立に、＋１の総電荷を有するアルカリ金属又は遷移金属であり；Ｙは、Ｏ、Ｓ、又はＮＲ’であり、ここでＲ’は、水素、任意選択で置換される脂肪族である。好ましくは、この修飾は、ｉＲＮＡの５’末端にある。
特定の実施形態では、ＬＮＡ’は、以下の式を有する二環式ヌクレオシドを含む：
式中：
Ｂｘは、複素環式塩基部分であり；
Ｔ１は、Ｈ又はヒドロキシル保護基であり；
Ｔ２は、Ｈ、ヒドロキシル保護基又は反応性リン基であり；
Ｚは、Ｃ１～Ｃ６アルキル、Ｃ２～Ｃ６アルケニル、Ｃ２～Ｃ６アルキニル、置換Ｃ１～Ｃ６アルキル、置換Ｃ２～Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２～Ｃ６アルキニル、アシル、置換アシル、又は置換アミドである。
一部の実施形態では、置換基のそれぞれは、独立に、ハロゲン、オキソ、ヒドロキシル、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２及びＣＮから独立に選択される、任意選択で保護された置換基で一又は多置換され、ここで各Ｊ１、Ｊ２及びＪ３は、独立に、Ｈ又はＣ１～Ｃ６アルキルであり、Ｘは、Ｏ、Ｓ又はＮＪ１である。
特定のそのような実施形態では、置換基のそれぞれは、独立に、ハロゲン、オキソ、ヒドロキシル、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、及びＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２から独立に選択される置換基で一又は多置換され、ここで各Ｊ１、Ｊ２及びＪ３は、独立に、Ｈ、Ｃ１～Ｃ６アルキル、又は置換Ｃ１～Ｃ６アルキルであり、Ｘは、Ｏ又はＮＪ１である。
特定の実施形態では、Ｚ基は、１つ以上のＸｘで置換されたＣ１～Ｃ６アルキルであり、各Ｘｘは、独立にＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２又はＣＮであり；ここで各Ｊ１、Ｊ２及びＪ３は、独立に、Ｈ又はＣ１～Ｃ６アルキルであり、Ｘは、Ｏ、Ｓ又はＮＪ１である。別の実施形態では、Ｚ基は、１つ以上のＸｘで置換されたＣ１～Ｃ６アルキルであり、各Ｘｘは、独立にハロ（例えば、フルオロ）、ヒドロキシル、アルコキシ（例えば、ＣＨ３Ｏ－）、置換アルコキシ又はアジドである。
特定の実施形態では、Ｚ基は－ＣＨ２Ｘｘであり、ここでＸｘは、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２又はＣＮであり；ここで各Ｊ１、Ｊ２及びＪ３は、独立に、Ｈ又はＣ１～Ｃ６アルキルであり、Ｘは、Ｏ、Ｓ又はＮＪ１である。別の実施形態では、Ｚ基は－ＣＨ２Ｘｘであり、ここでＸｘは、ハロ（例えば、フルオロ）、ヒドロキシル、アルコキシ（例えば、ＣＨ３Ｏ－）又はアジドである。
特定の実施形態では、Ｚ基は、（Ｒ）－配置にある：
特定の実施形態では、Ｚ基は、（Ｓ）－配置にある：
特定の実施形態では、各Ｔ１及びＴ２は、ヒドロキシル保護基である。ヒドロキシル保護基の好ましいリストには、ベンジル、ベンゾイル、２，６－ジクロロベンジル、ｔ－ブチルジチルシリル、ｔ－ブチルジフェニルシリル、メシレート、トシレート、ジメトキシトリチル（ＤＭＴ）、９－フェニルキサンチン－９－イル（Ｐｉｘｙｌ）及び９－（ｐ－メトキシフェニル）キサンチン－９－イル（ＭＯＸ）が含まれる。特定の実施形態では、Ｔ１は、アセチル、ベンジル、ｔ－ブチルジメチルシリル、ｔ－ブチルジフェニルシリル及びジメトキシトリチルから選択されるヒドロキシル保護基であり、より好ましいヒドロキシル保護基はＴ１が４，４’－ジメトキシトリチルである。
特定の実施形態では、Ｔ２は、反応性リン基であり、好ましい反応性リン基は、ジイソプロピルシアノエトキシホスホラミダイト及びＨ－ホスホネートを含む。特定の実施形態では、Ｔ１は、４，４’－ジメトキシトリチルであり、Ｔ２は、ジイソプロピルシアノエトキシホスホラミダイトである。
特定の実施形態では、本発明の化合物は、式：
又は式：
又は式：
の少なくとも１つのモノマーを含み、ここで
Ｂｘは、複素環式塩基部分であり；
Ｔ３は、Ｈ、ヒドロキシル保護基、ヌクレオシド、ヌクレオチド、オリゴヌクレオシド、オリゴヌクレオチド、モノマーサブユニット又はオリゴマー化合物に結合した結合コンジュゲート基又はヌクレオシド間連結基であり；
Ｔ４は、Ｈ、ヒドロキシル保護基、ヌクレオシド、ヌクレオチド、オリゴヌクレオシド、オリゴヌクレオチド、モノマーサブユニット又はオリゴマー化合物に結合した結合コンジュゲート基又はヌクレオシド間連結基であり；
Ｔ３及びＴ４の少なくとも一方は、ヌクレオシド、ヌクレオチド、オリゴヌクレオシド、オリゴヌクレオチド、モノマーサブユニット又はオリゴマー化合物に結合したヌクレオシド間連結基であり；
Ｚは、Ｃ１～Ｃ６アルキル、Ｃ２～Ｃ６アルケニル、Ｃ２～Ｃ６アルキニル、置換Ｃ１～Ｃ６アルキル、置換Ｃ２～Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２～Ｃ６アルキニル、アシル、置換アシル、又は置換アミドである。
一部の実施形態では、置換基のそれぞれは、独立に、ハロゲン、オキソ、ヒドロキシル、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２及びＣＮから独立に選択される、任意選択で保護された置換基で一又は多置換され、ここで各Ｊ１、Ｊ２及びＪ３は、独立に、Ｈ又はＣ１～Ｃ６アルキルであり、Ｘは、Ｏ、Ｓ又はＮＪ１である。
一部の実施形態では、置換基のそれぞれは、独立に、ハロゲン、オキソ、ヒドロキシル、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、及びＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２から独立に選択される置換基で一又は多置換され、ここで各Ｊ１、Ｊ２及びＪ３は、独立に、Ｈ、又はＣ１～Ｃ６アルキルであり、Ｘは、Ｏ又はＮＪ１である。
特定のそのような実施形態では、少なくとも１つのＺは、Ｃ１～Ｃ６アルキル又は置換Ｃ１～Ｃ６アルキルである。特定の実施形態では、各Ｚは、独立に、Ｃ１～Ｃ６アルキル又は置換Ｃ１～Ｃ６アルキルである。特定の実施形態では、少なくとも１つのＺは、Ｃ１～Ｃ６アルキルである。特定の実施形態では、各Ｚは、独立に、Ｃ１～Ｃ６アルキルである。特定の実施形態では、少なくとも１つのＺは、メチルである。特定の実施形態では、各Ｚは、メチルである。特定の実施形態では、少なくとも１つのＺは、エチルである。特定の実施形態では、各Ｚは、エチルである。特定の実施形態では、少なくとも１つのＺは、置換Ｃ１～Ｃ６アルキルである。特定の実施形態では、各Ｚは、独立に、置換Ｃ１～Ｃ６アルキルである。特定の実施形態では、少なくとも１つのＺは、置換メチルである。特定の実施形態では、各Ｚは、置換メチルである。特定の実施形態では、少なくとも１つのＺは、置換エチルである。特定の実施形態では、各Ｚは、置換エチルである。
特定の実施形態では、少なくとも１つの置換基は、Ｃ１～Ｃ６アルコキシである（例えば、少なくとも１つのＺは、１つ以上のＣ１～Ｃ６アルコキシで置換されたＣ１～Ｃ６アルキルである）。別の実施形態では、各置換基は、独立に、Ｃ１～Ｃ６アルコキシである（例えば、各Ｚは、独立に、１つ以上のＣ１～Ｃ６アルコキシで置換されたＣ１～Ｃ６アルキルである）。
特定の実施形態では、少なくとも１つのＣ１～Ｃ６アルコキシ置換基は、ＣＨ３Ｏ－である（例えば、少なくとも１つのＺは、ＣＨ３ＯＣＨ２－である）。別の実施形態では、各Ｃ１～Ｃ６アルコキシ置換基は、ＣＨ３Ｏ－である（例えば、各Ｚは、ＣＨ３ＯＣＨ２－である）。
特定の実施形態では、少なくとも１つの置換基は、ハロゲンである（例えば、少なくとも１つのＺは、１つ以上のハロゲンで置換されたＣ１～Ｃ６アルキルである）。特定の実施形態では、各置換基は、独立に、ハロゲンである（例えば、各Ｚは、独立に、１つ以上のハロゲンで置換されたＣ１～Ｃ６アルキルである）。特定の実施形態では、少なくとも１つのハロゲン置換基はフルオロである（例えば、少なくとも１つのＺは、ＣＨ２ＦＣＨ２－、ＣＨＦ２ＣＨ２－又はＣＦ３ＣＨ２－である）。特定の実施形態では、各ハロ置換基はフルオロである（例えば、各Ｚは、独立に、ＣＨ２ＦＣＨ２－、ＣＨＦ２ＣＨ２－又はＣＦ３ＣＨ２－である）。
特定の実施形態では、少なくとも１つの置換基はヒドロキシルである（例えば、少なくとも１つのＺは、１つ以上のヒドロキシルで置換されたＣ１～Ｃ６アルキルである）。特定の実施形態では、各置換基は、独立に、ヒドロキシルである（例えば、各Ｚは、独立に、１つ以上のヒドロキシルで置換されたＣ１～Ｃ６アルキルである）。特定の実施形態では、少なくとも１つのＺはＨＯＣＨ２－である。別の実施形態では、各ＺはＨＯＣＨ２－である。
特定の実施形態では、少なくとも１つのＺは、ＣＨ３－、ＣＨ３ＣＨ２－、ＣＨ２ＯＣＨ３－、ＣＨ２Ｆ－又はＨＯＣＨ２－である。特定の実施形態では、各Ｚは、独立に、ＣＨ３－、ＣＨ３ＣＨ２－、ＣＨ２ＯＣＨ３－、ＣＨ２Ｆ－又はＨＯＣＨ２－である。
特定の実施形態では、少なくとも１つのＺ基は、１つ以上のＸｘで置換されたＣ１～Ｃ６アルキルであり、ここで各Ｘｘは、独立に、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２又はＣＮであり、ここで各Ｊ１、Ｊ２及びＪ３は、独立に、Ｈ又はＣ１～Ｃ６アルキルであり、ＸはＯ、Ｓ又はＮＪ１である。別の実施形態では、少なくとも１つのＺ基は、１つ以上のＸｘで置換されたＣ１～Ｃ６アルキルであり、各Ｘｘは、独立にハロ（例えば、フルオロ）、ヒドロキシル、アルコキシ（例えば、ＣＨ３Ｏ－）又はアジドである。
特定の実施形態では、各Ｚ基は、独立に、１つ以上のＸｘで置換されたＣ１～Ｃ６アルキルであり、各Ｘｘは、独立にＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２又はＣＮであり；ここで各Ｊ１、Ｊ２及びＪ３は、独立に、Ｈ又はＣ１～Ｃ６アルキルであり、Ｘは、Ｏ、Ｓ又はＮＪ１である。別の実施形態では、各Ｚ基は、独立に、１つ以上のＸｘで置換されたＣ１～Ｃ６アルキルであり、各Ｘｘは、独立にハロ（例えば、フルオロ）、ヒドロキシル、アルコキシ（例えば、ＣＨ３Ｏ－）又はアジドである。
特定の実施形態では、少なくとも１つのＺ基は－ＣＨ２Ｘｘであり、ここでＸｘはＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２又はＣＮであり；各Ｊ１、Ｊ２及びＪ３は、独立に、Ｈ又はＣ１～Ｃ６アルキルであり、ＸはＯ、Ｓ又はＮＪ１である。特定の実施形態では、少なくとも１つのＺ基は－ＣＨ２Ｘｘであり、ここでＸｘは、ハロ（例えば、フルオロ）、ヒドロキシル、アルコキシ（例えば、ＣＨ３Ｏ－）又はアジドである。
特定の実施形態では、各Ｚ基は、独立に、－ＣＨ２Ｘｘであり、各Ｘｘは、独立に、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２又はＣＮであり、ここで各Ｊ１、Ｊ２及びＪ３は、独立に、Ｈ又はＣ１～Ｃ６アルキルであり、ＸはＯ、Ｓ又はＮＪ１である。別の実施形態では、各Ｚ基は、独立に－ＣＨ２Ｘｘであり、ここで各Ｘｘは、独立に、ハロ（例えば、フルオロ）、ヒドロキシル、アルコキシ（例えば、ＣＨ３Ｏ－）又はアジドである。
特定の実施形態では、少なくとも１つのＺは、ＣＨ３－である。別の実施形態では、各Ｚは、ＣＨ３－である。
特定の実施形態では、少なくとも１つのモノマーのＺ基は、式：
又は式：
又は式：
で表される（Ｒ）－配置にある。
特定の実施形態では、式の各モノマーのＺ基は、（Ｒ）－配置にある。
特定の実施形態では、少なくとも１つのモノマーのＺ基は、式：
又は式：
又は式：
で表される（Ｓ）－配置にある。
特定の実施形態では、式の各モノマーのＺ基は、（Ｓ）－配置にある。
特定の実施形態では、Ｔ３は、Ｈ又はヒドロキシル保護基である。特定の実施形態では、Ｔ４は、Ｈ又はヒドロキシル保護基である。さらなる実施形態では、Ｔ３は、ヌクレオシド、ヌクレオチド又はモノマーサブユニットに結合したヌクレオシド間連結基である。特定の実施形態では、Ｔ４は、ヌクレオシド、ヌクレオチド又はモノマーサブユニットに結合したヌクレオシド間連結基である。特定の実施形態では、Ｔ３は、オリゴヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドに結合したヌクレオシド間連結基である。特定の実施形態では、Ｔ４は、オリゴヌクレオシド又はオリゴヌクレオチドに結合したヌクレオシド間連結基である。特定の実施形態では、Ｔ３は、オリゴマー化合物に結合したヌクレオシド間連結基である。特定の実施形態では、Ｔ４は、オリゴマー化合物に結合したヌクレオシド間連結基である。特定の実施形態では、Ｔ３及びＴ４の少なくとも一方は、ホスホジエステル又はホスホロチオエートから選択されるヌクレオシド間連結基を含む。
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、式：
又は式：
又は式：
の少なくとも２つの連続モノマーの少なくとも１つの領域を含む。
特定の実施形態では、ＬＮＡは、以下に示すような（Ａ）α－Ｌ－メチレンオキシ（４’－ＣＨ２－Ｏ－２’）ＬＮＡ、（Ｂ）β－Ｄ－メチレンオキシ（４’－ＣＨ２－Ｏ－２’）ＬＮＡ、（Ｃ）エチレンオキシ（４’－（ＣＨ２）２－Ｏ－２’）ＬＮＡ、（Ｄ）アミノオキシ（４’－ＣＨ２－Ｏ－Ｎ（Ｒ）－２’）ＬＮＡ及び（Ｅ）オキシアミノ（４’－ＣＨ２－Ｎ（Ｒ）－Ｏ－２’）ＬＮＡを含むが、これらに限定されない：
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、上記の式の少なくとも２つの連続モノマーの少なくとも２つの領域を含む。特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、ギャップモチーフを含む。特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、約８～約１４連続β－Ｄ－２’－デオキシリボフラノシルヌクレオシドの少なくとも１つの領域を含む。特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、約９～約１２連続β－Ｄ－２’－デオキシリボフラノシルヌクレオシドの少なくとも１つの領域を含む。
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、式：
の少なくとも１つの（Ｓ）－ｃＥｔモノマーを含む少なくとも１つ（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５以上）を含み、式中、Ｂｘは、複素環式塩基部分である。
特定の実施形態では、モノマーは、糖模倣体を含む。特定の実施形態では、模倣体は、糖又は糖－ヌクレオシド間結合の組み合わせの代わりに使用され、核酸塩基は、選択された標的に対するハイブリダイゼーションのために維持される。糖模倣体の代表的な例としては、シクロヘキセニル又はモルホリノが挙げられるが、これらに限定されない。糖－ヌクレオシド間結合の組み合わせの模倣体の代表的な例としては、ペプチド核酸（ＰＮＡ）及び非荷電アキラル結合によって連結されたモルホリノ基が挙げられるが、これに限定されない。場合によっては、核酸塩基の代わりに模倣体が使用される。代表的な核酸塩基模倣体は、当技術分野で周知であり、三環式フェノキサジン類似体及びユニバーサル塩基が挙げられるが、これに限定されない（（Ｂｅｒｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃ Ａｃｉｄ Ｒｅｓ．２０００，２８：２９１１－１４、参照により本明細書に組み入れられる）。糖、ヌクレオシド及び核酸塩基模倣体の合成方法は、当業者に周知である。
モノマー（修飾及び非修飾ヌクレオシド及びヌクレオチドを含むが、これらに限定されない）を一緒に連結し、それによってオリゴマー化合物、例えばオリゴヌクレオチドを形成する連結基を本明細書に記載する。このような連結基は、糖間結合とも呼ばれる。連結基の２つの主なクラスは、リン原子の存在又は非存在により規定される。代表的なリン含有結合としては、ホスホジエステル（Ｐ＝Ｏ）、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ホスホラミデート及びホスホロチオエート（Ｐ＝Ｓ）が挙げられるが、これらに限定されない。代表的な非リン含有連結基としては、メチレンメチルイミノ（－ＣＨ２－Ｎ（ＣＨ３）－Ｏ－ＣＨ２－）、チオジエステル（－Ｏ－Ｃ（Ｏ）－Ｓ－）、チオノカルバメート（－Ｏ－Ｃ（Ｏ）（ＮＨ）－Ｓ－）；シロキサン（－Ｏ－Ｓｉ（Ｈ）２－Ｏ－）；及びＮ，Ｎ’－ジメチルヒドラジン（－ＣＨ２－Ｎ（ＣＨ３）－Ｎ（ＣＨ３）－が挙げられるが、これらに限定されない。天然ホスホジエステル結合と比較して、修飾された結合は、オリゴヌクレオチドのヌクレアーゼ耐性を変化させ、典型的には増加させるために使用され得る。特定の実施形態では、キラル原子を有する結合は、別個の鏡像異性体として、ラセミ混合物として調製され得る。代表的なキラル結合としては、アルキルホスホネート及びホスホロチオエートが挙げられるがこれらに限定されない。リン含有及び非リン含有結合の調製方法は、当業者に周知である。
連結基中のリン酸基は、酸素の１つを異なる置換基で置換することによって修飾され得る。この修飾の１つの結果は、核酸分解に対するオリゴヌクレオチドの耐性の増加であり得る。修飾リン酸基の例としては、ホスホロチオエート、ホスホロセレネート、ボラノリン酸塩、ボラノリン酸エステル、水素ホスホネート、ホスホロアミデート、アルキル又はアリールホスホネート及びホスホトリエステルが挙げられる。一部の実施形態では、連結における非架橋リン酸塩酸素原子の１つは、以下のいずれかで置換され得る：Ｓ、Ｓｅ、ＢＲ３（Ｒは、水素、アルキル、アリールである）、Ｃ（即ち、アルキル基、アリール基など）、Ｈ、ＮＲ２（Ｒは、水素、任意選択で置換されるアルキル、アリールである）、又はＯＲ（Ｒは、任意選択で置換されるアルキル又はアリールである）。非修飾リン酸基中のリン原子は、アキラルである。しかしながら、非架橋酸素の１つを、上記の原子又は原子団の１つで置換することにより、リン原子がキラルとなり；換言すれば、このように修飾されたリン酸基のリン原子は、立体中心である。立体中心のリン原子は、「Ｒ」配置（本明細書では、Ｒｐ）又は「Ｓ」配置（本明細書では、Ｓｐ）のいずれかを有し得る。
ホスホロジチオエートは、硫黄で置換された両方の非架橋酸素を有する。ホスホロジチオエート中のリン中心は、オリゴヌクレオチドジアステレオマーの形成を妨げるアキラルである。したがって、理論に束縛されることを望むものではないが、キラル中心、例えばホスホロジチオエート形成を排除する、両方の非架橋酸素への修飾は、それらがジアステレオマー混合物を生成できないという点で望ましい可能性がある。したがって、非架橋酸素は、独立にＯ、Ｓ、Ｓｅ、Ｂ、Ｃ、Ｈ、Ｎ、又はＯＲ（Ｒは、アルキル又はアリールである）の任意の１つであり得る。
リン酸塩リンカーはまた、架橋酸素（即ち、リン酸塩をモノマーの糖に連結する酸素）を、窒素（架橋ホスホロアミデート）、硫黄（架橋ホスホロチオエート）、及び炭素（架橋メチレンホスホネート）で置換することによっても修飾され得る。置換は、連結酸素の一方又は連結酸素の両方のいずれかで行われ得る。架橋酸素がヌクレオシドの３’－酸素である場合、炭素による置換が好ましい。架橋酸素がヌクレオシドの５’－酸素である場合、窒素による置換が好ましい。
リン酸塩に連結された酸素の少なくとも１つが置換され、又はリン酸基が非リン基で置換されている修飾リン酸塩結合は、「非ホスホジエステル糖間結合」又は「非ホスホジエステルリンカー」とも呼ばれる。
特定の実施形態では、リン酸基は、非リン含有コネクター、例えばデホスホリンカーで置換され得る。デホスホリンカーは、本明細書で非ホスホジエステルリンカーとも呼ばれる。理論に束縛されることを望むものではないが、荷電ホスホジエステル基は核酸分解の反応中心であるため、その中性構造模倣体による置換は、増強したヌクレアーゼ耐性を付与する筈であると考えられる。再び、理論に束縛されることを望むものではないが、一部の実施形態では、荷電リン酸基が中性部分で置換される改変を導入することが望ましい場合がある。
リン酸基を置換し得る部分の例としては、アミド（例えば、アミド－３（３’－ＣＨ２－Ｃ（＝Ｏ）－Ｎ（Ｈ）－５’）及びアミド－４（３’－ＣＨ２－Ｎ（Ｈ）－Ｃ（＝Ｏ）－５’））、ヒドロキシルアミノ、シロキサン（ジアルキルシロキサン（ｄｉａｌｋｙｌｓｉｌｏｘｘａｎｅ））、カルボキサミド、カーボネート、カルボキシメチル、カルバメート、カルボン酸エステル、チオエーテル、エチレンオキシドリンカー、スルフィド、スルホネート、スルホンアミド、スルホン酸エステル、チオホルムアセタール（３’－Ｓ－ＣＨ２－Ｏ－５’）、ホルムアセタール（３’－Ｏ－ＣＨ２－Ｏ－５’）、オキシム、メチレンイミノ、メチケンカルボニルアミノ（ｍｅｔｈｙｋｅｎｅｃａｒｂｏｎｙｌａｍｉｎｏ）、メチレンメチルイミノ（ＭＭＩ、３’－ＣＨ２－Ｎ（ＣＨ３）－Ｏ－５’）、メチレンヒドラゾ、メチレンジメチルヒドラゾ、メチレンオキシメチルイミノ、エーテル（Ｃ３’－Ｏ－Ｃ５’）、チオエーテル（Ｃ３’－Ｓ－Ｃ５’）、チオアセトアミド（Ｃ３’－Ｎ（Ｈ）－Ｃ（＝Ｏ）－ＣＨ２－Ｓ－Ｃ５’、Ｃ３’－Ｏ－Ｐ（Ｏ）－Ｏ－ＳＳ－Ｃ５’、Ｃ３’－ＣＨ２－ＮＨ－ＮＨ－Ｃ５’、３’－ＮＨＰ（Ｏ）（ＯＣＨ３）－Ｏ－５’及び３’－ＮＨＰ（Ｏ）（ＯＣＨ３）－Ｏ－５’並びに混合Ｎ、Ｏ、Ｓ及びＣＨ２成分部分を含む非イオン性結合が挙げられるが、これらに限定されない。例えば、Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ ｉｎ Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ；Ｙ．Ｓ．Ｓａｎｇｈｖｉ ａｎｄ Ｐ．Ｄ．Ｃｏｏｋ Ｅｄｓ．ＡＣＳ Ｓｙｍｐｏｓｉｕｍ Ｓｅｒｉｅｓ５８０；Ｃｈａｐｔｅｒｓ３ ａｎｄ ４，（ｐｐ．４０－６５）を参照されたい。好ましい実施形態は、メチレンメチルイミノ（ＭＭＩ）、メチレンカルボニルアミノ、アミド、カルバメート及びエチレンオキシドリンカーを含む。
当業者は、特定の場合、非架橋酸素の置換は、隣接する２’－ＯＨによる糖間結合の切断の増強をもたらし得、したがって、多くの場合、非架橋酸素の修飾は、２’－ＯＨの修飾、例えば、隣接する糖間結合の切断に関与しない修飾、例えば、アラビノース糖、２’－Ｏ－アルキル、２’－Ｆ、ＬＮＡ及びＥＮＡを必要とし得ることを十分に認識している。
好ましい非ホスホジエステル糖間結合には、ホスホロチオエート、少なくとも１％、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％ ９５％以上の鏡像体過剰率のＳｐ異性体を含むホスホロチオエート、少なくとも１％、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％ ９５％以上の鏡像異性体過剰率のＲｐ異性体を含むホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、アルキル－ホスホネーター（ｐｈｏｓｐｈｏｎａｔｅｒ）（例えば、メチル－ホスホネート）、セレノホスフェート、ホスホラミデート（例えば、Ｎ－アルキルホスホラミデート）、及びボラノホスホネートが含まれる。
一部の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、少なくとも１つ（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５以上、及び最大で全てを含む）の修飾又は非ホスホジエステル結合を含む。一部の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、少なくとも１つ（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５以上、及び最大で全てを含む）のホスホロチオエート結合を含む。
リン酸塩リンカー及び糖がヌクレアーゼ耐性ヌクレオシド又はヌクレオチドサロゲートで置換されている本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤も構成することができる。理論に束縛されることを望むものではないが、繰り返し荷電された骨格の非存在は、ポリアニオンを認識するタンパク質（例えば、ヌクレアーゼ）への結合を弱めると考えられる。再び、理論に束縛されることを望むものではないが、一部の実施形態では、塩基が中性サロゲート骨格によって連結される改変を導入するのが望ましい場合がある。例としては、モルホリノ、シクロブチル、ピロリジン、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、アミノエチルグリシルＰＮＡ（ａｅｇＰＮＡ）及びバックノン（ｂａｃｋｎｏｎｅ）伸長ピロリジンＰＮＡ（ｂｅｐＰＮＡ）ヌクレオシド代用物が挙げられる。好ましいサロゲートは、ＰＮＡサロゲートである。
本明細書に記載の本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、１つ以上の不斉中心を含んでもよく、したがって鏡像異性体、ジアステレオマー、及び他の立体異性体配置を生じ、他の立体異性体配置は、絶対立体化学に関して、糖アノマーなどの場合、（Ｒ）若しくは（Ｓ）として、又はアミノ酸などの場合、（Ｄ）若しくは（Ｌ）として規定され得る。本明細書に提供される本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤には、そのような可能な異性体の全て、並びにそれらのラセミ体及び光学的に純水な形態が含まれる。
一部の実施形態では、二本鎖ｉＲＮＡ剤は、アンチセンス鎖の５’末端にリン酸塩又はリン酸塩模倣体をさらに含む。一実施形態では、リン酸塩模倣体は、５’－ビニルホスホネート（ＶＰ）である。
一部の実施形態では、二本鎖ｉＲＮＡ剤のアンチセンス鎖の５’末端は、５’－ビニルホスホネート（ＶＰ）を含まない。
本発明のｉＲＮＡ剤のそれぞれは、修飾されてもよい。そのような修飾は、一端又は両端にあり得る。例えば、ｉＲＮＡの３’及び／又は５’末端は、標識部分、例えばフルオロフォア（例えば、ピレン、ＴＡＭＲＡ、フルオレセイン、Ｃｙ３又はＣｙ５染料）又は保護基（例えば、硫黄、ケイ素、ホウ素又はエステルに基づく）のような他の機能分子実体にコンジュゲートされ得る。機能分子実体は、リン酸基及び／又はリンカーを介して糖に結合することができる。リンカーの末端原子は、リン酸基の連結原子又は糖のＣ－３’若しくはＣ－５’Ｏ、Ｎ、Ｓ若しくはＣ基に連結するか、又はそれを置換することができる。或いは、リンカーは、ヌクレオチドサロゲート（例えば、ＰＮＡ）の末端原子に連結するか、又はそれを置換することができる。
リンカー／リン酸塩－機能分子実体－リンカー／リン酸塩アレイが二本鎖オリゴマー化合物の２つ鎖の間に配置される場合、このアレイは、ヘアピン型オリゴマー化合物中のヘアピンループの代わりになり得る。
活性を調節するのに有用な末端修飾には、リン酸塩又はリン酸塩類似体によるｉＲＮＡの５’末端の修飾を含む。特定の実施形態では、ｉＲＮＡの５’末端は、リン酸化され又はホスホリル類似体を含む。例示的な５’－リン酸修飾には、ＲＩＳＣ媒介遺伝子サイレンシングと適合する修飾が含まれる。５’末端における修飾は、対象の免疫系の刺激又は阻害にも有用であり得る。一部の実施形態では、オリゴマー化合物の５’末端は、修飾
を含み、式中、Ｗ、Ｘ及びＹは、それぞれ独立にＯ、ＯＲ（Ｒは、水素、アルキル、アリールである）、Ｓ、Ｓｅ、ＢＲ３（Ｒは、水素、アルキル、アリールである）、ＢＨ３ －、Ｃ（即ち、アルキル基、アリール基など）、Ｈ、ＮＲ２（Ｒは、水素、アルキル、アリールである）、又はＯＲ（Ｒは、水素、アルキル又はアリールである）からなる群から選択され；Ａ及びＺは、存在ごとに独立して、存在しないか、Ｏ、Ｓ、ＣＨ２、ＮＲ（Ｒは、水素、アルキル、アリールである）、又は任意選択で置換されるアルキレンであり、アルキレンの骨格は、Ｏ、Ｓ、ＳＳ及びＮＲ（Ｒは、水素、アルキル、アリールである）の１つ以上を内部に及び／又は末端に含み得；ｎは０～２である。一部の実施形態では、ｎは１又は２である。Ａは、糖の５’炭素に連結された酸素を置換することが理解される。ｎが０の場合、Ｗ及びＹは、それらが結合するＰと一緒になって、任意選択で置換される５～８員の複素環式を形成し得、Ｗ及びＹは、それぞれ独立にＯ、Ｓ、ＮＲ’又はアルキレンである。好ましくは、複素環式は、アリール又はヘテロアリールで置換される。一部の実施形態では、５’末端ヌクレオチドのＣ５’上の一方又は両方の水素は、ハロゲン、例えばＦで置換される。
例示的な５’－修飾としては、５’－一リン酸（（ＨＯ）２（Ｏ）Ｐ－Ｏ－５’）；５’－二リン酸（（ＨＯ）２（Ｏ）Ｐ－Ｏ－Ｐ（ＨＯ）（Ｏ）－Ｏ－５’）；５’－三リン酸（（ＨＯ）２（Ｏ）Ｐ－Ｏ－（ＨＯ）（Ｏ）Ｐ－Ｏ－Ｐ（ＨＯ）（Ｏ）－Ｏ－５’）；５’－モノチオリン酸（ホスホロチオエート；（ＨＯ）２（Ｓ）Ｐ－Ｏ－５’）；５’－モノジチオリン酸（ホスホロジチオエート；（ＨＯ）（ＨＳ）Ｐ－Ｏ－５’）、５’－ホスホロチオレート（（ＨＯ）２（Ｏ）Ｐ－Ｓ－５’）；５’－α－チオ三リン酸；５’－β－チオ三リン酸；５’－γ－チオ三リン酸；５’－ホスホロアミデート（（ＨＯ）２（Ｏ）Ｐ－ＮＨ－５’、（ＨＯ）（ＮＨ２）（Ｏ）Ｐ－Ｏ－５’）が挙げられるがこれらに限定されない。他の５’－修飾には、５’－アルキルホスホネート（Ｒ（ＯＨ）（Ｏ）Ｐ－Ｏ－５’、Ｒ＝アルキル、例えば、メチル、エチル、イソプロピル、プロピルなど）、５’－アルキルエーテルホスホネート（Ｒ（ＯＨ）（Ｏ）Ｐ－Ｏ－５’、Ｒ＝アルキルエーテル、例えば、メトキシメチル（ＣＨ２ＯＭｅ）、エトキシメチルなど）が含まれる。他の例示的な５’－修飾には、Ｚが少なくとも１回任意選択で置換されるアルキル、例えば、（（ＨＯ）２（Ｘ）Ｐ－Ｏ［－（ＣＨ２）ａ－Ｏ－Ｐ（Ｘ）（ＯＨ）－Ｏ］ｂ－５’、（（ＨＯ）２（Ｘ）Ｐ－Ｏ［－（ＣＨ２）ａ－Ｐ（Ｘ）（ＯＨ）－Ｏ］ｂ－５’、（（ＨＯ）２（Ｘ）Ｐ－［－（ＣＨ２）ａ－Ｏ－Ｐ（Ｘ）（ＯＨ）－Ｏ］ｂ－５’；ジアルキル末端リン酸塩及びリン酸塩模倣体：ＨＯ［－（ＣＨ２）ａ－Ｏ－Ｐ（Ｘ）（ＯＨ）－Ｏ］ｂ－５’、Ｈ２Ｎ［－（ＣＨ２）ａ－Ｏ－Ｐ（Ｘ）（ＯＨ）－Ｏ］ｂ－５’、Ｈ［－（ＣＨ２）ａ－Ｏ－Ｐ（Ｘ）（ＯＨ）－Ｏ］ｂ－５’、Ｍｅ２Ｎ［－（ＣＨ２）ａ－Ｏ－Ｐ（Ｘ）（ＯＨ）－Ｏ］ｂ－５’、ＨＯ［－（ＣＨ２）ａ－Ｐ（Ｘ）（ＯＨ）－Ｏ］ｂ－５’、Ｈ２Ｎ［－（ＣＨ２）ａ－Ｐ（Ｘ）（ＯＨ）－Ｏ］ｂ－５’、Ｈ［－（ＣＨ２）ａ－Ｐ（Ｘ）（ＯＨ）－Ｏ］ｂ－５’、Ｍｅ２Ｎ［－（ＣＨ２）ａ－Ｐ（Ｘ）（ＯＨ）－Ｏ］ｂ－５’、（ここでａ及びｂは、それぞれ独立に１～１０である）が含まれる。他の実施形態は、酸素及び／又は硫黄のＢＨ３、ＢＨ３ －及び／又はＳｅによる置換を含む。
末端修飾はまた、分布の監視に有用であり得、その場合、追加するのに好ましい基には、フルオロフォア、例えば、フルオロセイン又はＡｌｅｘａ染料、例えばＡｌｅｘａ ４８８が含まれる。末端修飾はまた、取り込みの増強に有用であり得、これに有用な修飾には、標的化リガンドが含まれる。末端修飾はまた、オリゴヌクレオチドを別の部分に架橋するのに有用であり得、これに有用な修飾には、マイトマイシンＣ、ソラレン、及びそれらの誘導体が含まれる。
ｉＲＮＡ又はｄｓＲＮＡ剤などの本発明の化合物は、アンチセンス鎖のｓｅｅｄ領域と反対の部位（即ち、アンチセンス鎖の５’末端の２～８位）でセンス鎖に熱的に不安定化する修飾を導入することによって、ｉＲＮＡ二重鎖が解離又は融解する傾向を増加させる（二重鎖結合の自由エネルギーを減少させる）ことによって、ＲＮＡ干渉について最適化され得る。この修飾は、アンチセンス鎖のｓｅｅｄ領域において二重鎖が解離又は融解する傾向を増加させることができる。
熱的に不安定化する修飾は、脱塩基修飾；対向する鎖における対向するヌクレオチドとのミスマッチ；及び糖修飾、例えば２’－デオキシ修飾又は非環状ヌクレオチド、例えばアンロック核酸（ＵＮＡ）又はグリセロール核酸（ｎｕｃｅｌｔｉｃ ａｃｉｄ）（ＧＮＡ）を含むことができる。
例示的な脱塩基修飾は、以下である：
例示的な糖修飾は、以下である：
「非環状ヌクレオチド」という用語は、非環状リボース糖を有する任意のヌクレオチドを指し、例えば、リボース炭素の間の結合（例えば、Ｃ１’－Ｃ２’、Ｃ２’－Ｃ３’、Ｃ３’－Ｃ４’、Ｃ４’－Ｏ４’、又はＣ１’－Ｏ４’）のいずれかが存在せず、及び／又はリボース炭素若しくは酸素の少なくとも１つ（例えばＣ１’、Ｃ２’、Ｃ３’、Ｃ４’又はＯ４’）が、独立に又は組み合わせて、ヌクレオチドに存在しない。一部の実施形態では、非環状ヌクレオチドは、
であり、式中、Ｂは、修飾又は非修飾核酸塩基であり、Ｒ１及びＲ２は、独立にＨ、ハロゲン、ＯＲ３、又はアルキルであり；Ｒ３は、Ｈ、アルキル、シクロアルキル、アリール、アラルキル、ヘテロアリール又は糖である）。「ＵＮＡ」という用語は、アンロック非環状核酸を指し、糖の結合のいずれかが除去されてアンロック「糖」残基を形成している。一例において、ＵＮＡは、Ｃ１’－Ｃ４’間の結合（即ち、Ｃ１’及びＣ４’炭素の間の炭素－酸素－炭素共有結合）が除去されているモノマーも包含する。別の例では、糖のＣ２’－Ｃ３’結合（即ち、Ｃ２’及びＣ３’炭素の間の炭素－炭素共有結合）が除去されている（全体が参照により本明細書に組み入れられるＭｉｋｈａｉｌｏｖ ｅｔ．ａｌ．、Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔｅｒｓ、２６（１７）：２０５９（１９８５）；及びＦｌｕｉｔｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｂｉｏｓｙｓｔ．、１０：１０３９（２００９）参照）。非環状誘導体は、ワトソン－クリック対形成に影響を及ぼすことなく、より大きい骨格柔軟性を提供する。非環状ヌクレオチドは、２’－５’又は３’－５’結合を介して連結され得る。
「ＧＮＡ」という用語は、ＤＮＡ又はＲＮＡに類似したポリマーであるが、ホスホジエステル結合によって連結された繰り返しグリセロール単位からなる点で「骨格」の組成が異なるグリコール核酸を指す：
熱不安定化修飾は、熱不安定化ヌクレオチドとｄｓＲＮＡ二重鎖内の対向する鎖の対向するヌクレオチドとの間のミスマッチ（即ち、非相補的塩基対）であり得る。例示的なミスマッチ塩基対としては、Ｇ：Ｇ、Ｇ：Ａ、Ｇ：Ｕ、Ｇ：Ｔ、Ａ：Ａ、Ａ：Ｃ、Ｃ：Ｃ、Ｃ：Ｕ、Ｃ：Ｔ、Ｕ：Ｕ、Ｔ：Ｔ、Ｕ：Ｔ、又はそれらの組み合わせが挙げられる。当技術分野で公知の他のミスマッチ塩基対合も、本発明に適している。ミスマッチは、天然に存在するヌクレオチド又は修飾ヌクレオチドのいずれかであるヌクレオチド間で生じ得、即ち、ミスマッチ塩基対合は、ヌクレオチドのリボース糖上の修飾とは無関係に、それぞれのヌクレオチドからの核酸塩基間で生じ得る。特定の実施形態では、ｓｉＲＮＡ又はｉＲＮＡ剤などの本発明の化合物は、ミスマッチ対合中に、２’－デオキシ核酸塩基である少なくとも１つの核酸塩基を含み；例えば、２’－デオキシ核酸塩基は、センス鎖中にある。
脱塩基ヌクレオチド、非環状ヌクレオチド修飾（ＵＮＡ及びＧＮＡを含む）、及びミスマッチ修飾のさらなる例は、その全体が参照により本明細書に組み入れられる国際公開第２０１１／１３３８７６号パンフレットに詳細に記載されている。
熱不安定化修飾はまた、対向する塩基と水素結合を形成する能力が低下又は消失したユニバーサル塩基、及びリン酸修飾を含んでもよい。
対向する鎖の塩基と水素結合を形成する能力が損なわれ又は完全に消失した核酸塩基修飾は、その全体が参照により本明細書に組み入れられる国際公開第２０１０／００１１８９５号パンフレットに記載されているように、ｄｓＲＮＡ二重鎖の中心領域の不安定化について評価されている。例示的な核酸塩基修飾は、以下である：
天然のホスホジエステル結合と比較してｄｓＲＮＡ二重鎖の熱安定性を低下させることが知られている例示的なリン酸修飾は、以下である：
一部の実施形態では、本発明の化合物は、２’－５’結合（２’－Ｈ、２’－ＯＨ及び２’－ＯＭｅを伴う、且つＰ＝Ｏ又はＰ＝Ｓを伴う）を含むことができる。例えば、２’－５’結合の修飾は、ヌクレアーゼ耐性を高めるため、若しくはセンス鎖のアンチセンス鎖への結合を阻害するために使用され得、又はＲＩＳＣによるセンス鎖の活性化を避けるためにセンス鎖の５’末端で使用され得る。
別の実施形態では、本発明の化合物は、Ｌ糖（例えば、Ｌリボース、２’－Ｈ、２’－ＯＨ及び２’－ＯＭｅを有するＬ－アラビノース）を含むことができる。例えば、これらのＬ糖修飾は、ヌクレアーゼ耐性を高めるため、若しくはセンス鎖のアンチセンス鎖への結合を阻害するために使用され得、又はＲＩＳＣによるセンス鎖の活性化を避けるためにセンス鎖の５’末端で使用され得る。
一実施形態では、本発明のｉＲＮＡ剤は、担体を介してリガンドにコンジュゲートされ、ここで担体は、環状基又は非環状基であり得；好ましくは、環状基はピロリジニル、ピラゾリニル、ピラゾリジニル、イミダゾリニル、イミダゾリジニル、ピペリジニル、ピペラジニル、［１，３］ジオキソラン、オキサゾリジニル、イソオキサゾリジニル、モルホリニル、チアゾリジニル、イソチアゾリジニル、キノキサリニル、ピリダジノニル、テトラヒドロフリル及びデカリンから選択され；好ましくは、非環状基は、セリノール骨格又はジエタノールアミン骨格から選択される。
一部の実施形態では、本明細書に開示される本発明のｉＲＮＡ剤の少なくとも１つの鎖は、５’リン酸化されるか、又は５’プライム末端にホスホリル類似体を含む。５’－リン酸修飾には、ＲＩＳＣ媒介遺伝子サイレンシングに適合する修飾が含まれる。適切な修飾としては：５’－一リン酸（（ＨＯ）２（Ｏ）Ｐ－Ｏ－５’）；５’－二リン酸（（ＨＯ）２（Ｏ）Ｐ－Ｏ－Ｐ（ＨＯ）（Ｏ）－Ｏ－５’）；５’－三リン酸（（ＨＯ）２（Ｏ）Ｐ－Ｏ－（ＨＯ）（Ｏ）Ｐ－Ｏ－Ｐ（ＨＯ）（Ｏ）－Ｏ－５’）；５’－グアノシンキャップ（７－メチル化又は非メチル化）（７ｍ－Ｇ－Ｏ－５’－（ＨＯ）（Ｏ）Ｐ－Ｏ－（ＨＯ）（Ｏ）Ｐ－Ｏ－Ｐ（ＨＯ）（Ｏ）－Ｏ－５’）；５’－アデノシンキャップ（Ａｐｐｐ）、及び任意の修飾又は非修飾ヌクレオチドキャップ構造（Ｎ－Ｏ－５’－（ＨＯ）（Ｏ）Ｐ－Ｏ－（ＨＯ）（Ｏ）Ｐ－Ｏ－Ｐ（ＨＯ）（Ｏ）－Ｏ－５’）；５’－モノチオリン酸（ホスホロチオエート；（ＨＯ）２Ｐ－Ｏ－５’）；５’－モノジチオリン酸（ホスホロジチオエート；（ＨＯ）（ＨＳ）Ｐ－Ｏ－５’）、５’－ホスホロチオレート（（ＨＯ）２（Ｏ）Ｐ－Ｓ－５’）；酸素／硫黄置換一リン酸、二リン酸及び三リン酸の任意の追加の組み合わせ（例えば、５’－α－チオ三リン酸、５’－γ－チオ三リン酸など）、５’－ホスホロアミデート（（ＨＯ）２（Ｏ）Ｐ－ＮＨ－５’、（ＨＯ）（ＮＨ２）（Ｏ）Ｐ－Ｏ－５’）、５’－アルキルホスホネート（Ｒ＝アルキル＝メチル、エチル、イソプロピル、プロピルなど、例えばＲＰ（ＯＨ）（Ｏ）－Ｏ－５’－、５’－アルケニルホスホネート（即ち、ビニル、置換ビニル）、（ＯＨ）２（Ｏ）Ｐ－５’－ＣＨ２－）、５’－アルキルエーテルホスホネート（Ｒ＝アルキルエーテル＝メトキシメチル（ＭｅＯＣＨ２－）、エトキシメチルなど、例えばＲＰ（ＯＨ）（Ｏ）－Ｏ－５’－）が挙げられる。
Ｂ．本発明のモチーフを含む修飾ｉＲＮＡ
本発明の特定の態様において、本発明の二本鎖ＲＮＡｉ剤は、例えば、２０１２年１１月１６日に出願された国際公開第２０１３／０７５０３５号パンフレット（その全内容は、参照により本明細書に組み入れられる）に開示されるような化学修飾を有する薬剤を含む。
したがって、本発明は、ｉｎ ｖｉｖｏでの眼細胞における標的遺伝子（即ち、ＴＴＲ）の発現を阻害し得る二本鎖ＲＮＡｉ剤を提供する。ＲＮＡｉ剤は、センス鎖及びアンチセンス鎖を含む。ＲＮＡｉ剤の各鎖は、１２～３０ヌクレオチド長の範囲であり得る。例えば、各鎖は、１４～３０ヌクレオチド長、１７～３０ヌクレオチド長、２５～３０ヌクレオチド長、２７～３０ヌクレオチド長、１７～２３ヌクレオチド長、１７～２１ヌクレオチド長、１７～１９ヌクレオチド長、１９～２５ヌクレオチド長、１９～２３ヌクレオチド長、１９～２１ヌクレオチド長、２１～２５ヌクレオチド長、又は２１ ２３ヌクレオチド長であり得る。
センス鎖及びアンチセンス鎖は、典型的には、本明細書で「ＲＮＡｉ剤」とも呼ばれる二重鎖の二本鎖ＲＮＡ（「ｄｓＲＮＡ」）を形成する。ＲＮＡｉ剤の二重鎖領域は、１２～３０ヌクレオチド対の長さであり得る。例えば、二重鎖領域は、１４～３０ヌクレオチド対の長さ、１７～３０ヌクレオチド対の長さ、２７～３０ヌクレオチド対の長さ、１７～２３ヌクレオチド対の長さ、１７～２１ヌクレオチド対の長さ、１７～１９ヌクレオチド対の長さ、１９～２５ヌクレオチド対の長さ、１９～２３ヌクレオチド対の長さ、１９～２１ヌクレオチド対の長さ、２１～２５ヌクレオチド対の長さ、又は２１～２３ヌクレオチド対の長さであり得る。別の例では、二重鎖領域は、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、及び２７ヌクレオチド長から選択される。
一実施形態では、ＲＮＡｉ剤は、一方又は両方の鎖の３’末端、５’末端、又は両末端に、１つ以上のオーバーハング領域及び／又はキャッピング基を含み得る。オーバーハングは、１～６ヌクレオチド長、例えば２ ６ヌクレオチド長、１～５ヌクレオチド長、２～５ヌクレオチド長、１～４ヌクレオチド長、２～４ヌクレオチド長、１～３ヌクレオチド長、２～３ヌクレオチド長、又は１～２ヌクレオチド長であり得る。オーバーハングは、一方の鎖が他方の鎖よりも長い結果、又は同じ長さの２つの鎖が互い違いになった結果であり得る。オーバーハングは、標的ｍＲＮＡとミスマッチを形成し得るか、又は標的化される遺伝子配列に相補的であり得るか、又は別の配列であり得る。第１及び第２の鎖はまた、例えば、ヘアピンを形成するための追加の塩基によって、又は他の非塩基リンカーによって結合され得る。
一実施形態では、ＲＮＡｉ剤のオーバーハング領域のヌクレオチドは、それぞれ独立に、２’－糖修飾、例えば、２－Ｆ、２’－Ｏメチル、チミジン（Ｔ）、２’－Ｏ－メトキシエチル－５－メチルウリジン（Ｔｅｏ）、２’－Ｏ－メトキシエチルアデノシン（Ａｅｏ）、２’－Ｏ－メトキシエチル－５－メチルシチジン（ｍ５Ｃｅｏ）、及びそれらの任意の組み合わせを含むがこれらに限定されない修飾又は非修飾ヌクレオチドであり得る。例えば、ＴＴは、いずれかの鎖上のいずれかの末端についてのオーバーハング配列であり得る。オーバーハングは、標的ｍＲＮＡとミスマッチを形成し得るか、又は標的化される遺伝子配列に相補的であり得るか、又は別の配列であり得る。
ＲＮＡｉ剤のセンス鎖、アンチセンス鎖又は両鎖における５’－又は３’オーバーハングは、リン酸化され得る。一部の実施形態では、オーバーハング領域は、２つのヌクレオチド間にホスホロチオエートを有する２つのヌクレオチドを含み、この２つのヌクレオチドは、同じであっても異なっていてもよい。一実施形態では、オーバーハングは、センス鎖、アンチセンス鎖、又は両鎖の３’末端に存在する。一実施形態では、この３’－オーバーハングは、アンチセンス鎖に存在する。一実施形態では、この３’－オーバーハングは、センス鎖に存在する。
ＲＮＡｉ剤は、１つのみのオーバーハングを含み得、これは、その全体的な安定性に影響を与えることなく、ＲＮＡｉの干渉活性を強化することができる。例えば、一本鎖オーバーハングは、センス鎖の３’末端に位置してもよく、又は代替的にアンチセンス鎖の３’末端に位置してもよい。ＲＮＡｉはまた、アンチセンス鎖の５’末端（又はセンス鎖の３’末端）、又はその逆に位置する平滑末端を有し得る。一般に、ＲＮＡｉのアンチセンス鎖は、３’末端にヌクレオチドオーバーハングを有し、５’末端は平滑である。理論に束縛されることを望むものではないが、アンチセンス鎖の５’末端の非対称平滑末端及びアンチセンス鎖の３’末端オーバーハングは、ＲＩＳＣプロセスへのガイド鎖のローディングに有利である。
一実施形態では、ＲＮＡｉ剤は、１９ヌクレオチド長の平滑末端二本鎖（ｄｏｕｂｌｅ ｅｎｄｅｄ ｂｌｕｎｔｍｅｒ）であり、ここでセンス鎖は、５’末端から７、８、９位に３連続ヌクレオチドにおける３つの２’－Ｆ修飾の少なくとも１つのモチーフを含む。アンチセンス鎖は、５’末端から１１、１２、１３位の３連続ヌクレオチド上に３つの２’－Ｏ－メチル修飾の少なくとも１つのモチーフを含む。
別の実施形態では、ＲＮＡｉ剤は、２０ヌクレオチド長の平滑末端二本鎖であり、ここでセンス鎖は、５’末端から８、９、１０位に３連続ヌクレオチドにおける３つの２’－Ｆ修飾の少なくとも１つのモチーフを含む。アンチセンス鎖は、５’末端から１１、１２、１３位の３連続ヌクレオチド上に３つの２’－Ｏ－メチル修飾の少なくとも１つのモチーフを含む。
さらに別の実施形態では、ＲＮＡｉ剤は、２１ヌクレオチド長の平滑末端二本鎖であり、ここでセンス鎖は、５’末端から９、１０、１１位に３連続ヌクレオチドにおける３つの２’－Ｆ修飾の少なくとも１つのモチーフを含む。アンチセンス鎖は、５’末端から１１、１２、１３位に３連続ヌクレオチド上に３つの２’－Ｏ－メチル修飾の少なくとも１つのモチーフを含む。
一実施形態では、ＲＮＡｉ剤は、２１ヌクレオチドのセンス鎖及び２３ヌクレオチドのアンチセンス鎖を含み、センス鎖は、５’末端から９、１０、１１位の３連続ヌクレオチド上に３つの２’－Ｆ修飾の少なくとも１つのモチーフを含み；アンチセンス鎖は、５’末端から１１、１２、１３位の３連続ヌクレオチド上に３つ２’－Ｏ－メチル修飾の少なくとも１つのモチーフを含み、ＲＮＡｉ剤の一方の末端は平滑であると共に、他方の末端は２ヌクレオチドオーバーハングを含む。好ましくは、２ヌクレオチドオーバーハングは、アンチセンス鎖の３’末端にある。
２ヌクレオチドオーバーハングがアンチセンス鎖の３’末端にある場合、末端の３つのヌクレオチドの間に２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合が存在し得、ここで３つのヌクレオチドのうちの２つは、オーバーハングヌクレオチドであり、第３のヌクレオチドは、オーバーハングヌクレオチドの隣の対合ヌクレオチドである。一実施形態では、ＲＮＡｉ剤は、さらに、センス鎖の５’末端及びアンチセンス鎖の５’末端の両方の末端の３つのヌクレオチドの間に２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合を有する。一実施形態では、モチーフの一部であるヌクレオチドを含む、ＲＮＡｉ剤のセンス鎖及びアンチセンス鎖中の全てのヌクレオチドが修飾ヌクレオチドである。一実施形態では、各残基は、独立に、２’－Ｏ－メチル又は３’－フルオロで、例えば交互モチーフで修飾される。任意選択で、ＲＮＡｉ剤は、さらにリガンド（好ましくは、ＧａｌＮＡｃ３）を含む。
一実施形態では、ＲＮＡｉ剤は、センス鎖及びアンチセンス鎖を含み、ここで、センス鎖は、２５～３０ヌクレオチド残基長であり、５’末端ヌクレオチド（１位）を起点として、第１の鎖の１～２３位が、少なくとも８つのリボヌクレオチドを含み；アンチセンス鎖は、３６～６６のヌクレオチド残基長であり、３’末端ヌクレオチドを起点として、センス鎖の１～２３位と対合される位置に少なくとも８つのリボヌクレオチドを含んで、二重鎖を形成し；ここで、アンチセンス鎖の少なくとも３’末端ヌクレオチドが、センス鎖と対合されず、最大で６連続の３’末端ヌクレオチドが、センス鎖と対合されず、それによって、１～６つのヌクレオチドの３’一本鎖オーバーハングを形成し；ここで、アンチセンス鎖の５’末端は、センス鎖と対合されない１０～３０連続ヌクレオチドを含み、それによって、１０～３０ヌクレオチド一本鎖５’オーバーハングを形成し；ここで、少なくともセンス鎖５’末端及び３’末端ヌクレオチドは、センス鎖及びアンチセンス鎖が最大の相補性のために整列される場合、アンチセンス鎖のヌクレオチドと対合される塩基であり、それによって、センス鎖とアンチセンス鎖との間に実質的に二重鎖の領域を形成し；アンチセンス鎖は、二本鎖核酸が哺乳動物眼細胞中に導入されたときに標的遺伝子発現を低下させるように、アンチセンス鎖長の少なくとも１９個のリボヌクレオチドに沿って標的ＲＮＡに十分に相補的であり；ここで、センス鎖は、３連続ヌクレオチドにおける３つの２’－Ｆ修飾の少なくとも１つのモチーフを含み、ここで、モチーフの少なくとも１つは、切断部位又はその近傍に存在する。アンチセンス鎖は、切断部位又はその近傍に３連続ヌクレオチドにおける３つの２’－Ｏ－メチル修飾の少なくとも１つのモチーフを含む。
一実施形態では、ＲＮＡｉ剤は、センス鎖及びアンチセンス鎖を含み、ここで、ＲＮＡｉ剤は、少なくとも２５且つ２９以下のヌクレオチド長を有する第１の鎖と、５’末端から１１、１２、１３位に３連続ヌクレオチドにおける３つの２’－Ｏ－メチル修飾の少なくとも１つのモチーフを含む、３０ヌクレオチド長以下を有する第２の鎖とを含み；ここで、第１の鎖の３’末端及び第２の鎖の５’末端は、平滑末端を形成し、第２の鎖は、その３’末端で第１の鎖より１～４ヌクレオチド長く、二重鎖領域は、少なくとも２５ヌクレオチド長であり、第２の鎖は、ＲＮＡｉ剤が哺乳動物細胞中に導入されたときに標的遺伝子発現を低下させるように、第２の鎖長の少なくとも１９ヌクレオチドに沿って標的ｍＲＮＡに十分に相補的であり、ＲＮＡｉ剤のダイサー切断（ｄｉｃｅｒ ｃｌｅａｖａｇｅ）が、第２の鎖の３’末端を含むｓｉＲＮＡを優先的にもたらし、それによって、哺乳動物における標的遺伝子の発現を低下させる。任意選択で、ＲＮＡｉ剤は、リガンドをさらに含む。
一実施形態では、ＲＮＡｉ剤のセンス鎖は、３連続ヌクレオチド上に３つの同一の修飾の少なくとも１つのモチーフを含み、モチーフの１つは、センス鎖の切断部位に存在する。
一実施形態では、ＲＮＡｉ剤のアンチセンス鎖も、３連続ヌクレオチド上に３つの同一の修飾の少なくとも１つのモチーフを含み得、モチーフの１つは、アンチセンス鎖の切断部位に又は切断部位の付近に存在する。
１７～２３ヌクレオチド長の二重鎖領域を有するＲＮＡｉ剤については、アンチセンス鎖の切断部位は、典型的に、５’末端から１０、１１及び１２位の付近である。したがって、３つの同一の修飾のモチーフは、アンチセンス鎖の５’末端から１つ目のヌクレオチドから数え始めて、又は、アンチセンス鎖の５’末端から、二重鎖領域内の１つ目の対合ヌクレオチドから数え始めて、アンチセンス鎖の９、１０、１１位；１０、１１、１２位；１１、１２、１３位；１２、１３、１４位；又は１３、１４、１５位に存在し得る。アンチセンス鎖中の切断部位はまた、５’末端からＲＮＡｉの二重鎖領域の長さに応じて変化し得る。
ＲＮＡｉ剤のセンス鎖は、鎖の切断部位の３連続ヌクレオチド上に３つの同一の修飾の少なくとも１つのモチーフを含むことができ、アンチセンス鎖は、鎖の切断部位又はその付近の３連続ヌクレオチド上に３つの同一の修飾の少なくとも１つのモチーフを有することができる。センス鎖及びアンチセンス鎖がｄｓＲＮＡ二重鎖を形成する場合、センス鎖及びアンチセンス鎖は、センス鎖上の３つのヌクレオチドのうちの１つのモチーフ及びアンチセンス鎖上の３つのヌクレオチドのうちの１つのモチーフが少なくとも１つのヌクレオチド重複を有する、即ち、センス鎖中のモチーフの３つのヌクレオチドのうちの少なくとも１つが、アンチセンス鎖中のモチーフの３つのヌクレオチドのうちの少なくとも１つと塩基対を形成するように整列させることができる。或いは、少なくとも２つのヌクレオチドが重複していてもよく、又は３つのヌクレオチド全てが重複していてもよい。
一実施形態では、ＲＮＡｉ剤のセンス鎖は、３連続ヌクレオチド上に３つの同一の修飾の２つ以上のモチーフを含んでもよい。第１のモチーフは、鎖の切断部位に又はその付近に存在してもよく、他のモチーフは、ウィング修飾であってもよい。本明細書の「ウィング修飾」という用語は、同じ鎖の切断部位又はその付近のモチーフから分離された鎖の別の部分に存在するモチーフを指す。ウィング修飾は、第１のモチーフに隣接するか、又は少なくとも１つ以上のヌクレオチドで分離される。モチーフが互いに直接隣接している場合、モチーフの化学は、互いに異なり、モチーフが１つ以上のヌクレオチドによって分離されている場合、化学は、同じであっても異なっていてもよい。２つ以上のウィング修飾が存在してもよい。例えば、２つのウィング修飾が存在する場合、各ウィング修飾は、切断部位又はその付近の第１のモチーフに対して一方の末端で、又はリードモチーフのいずれかの側に存在し得る。
センス鎖と同様に、ＲＮＡｉ剤のアンチセンス鎖は、３連続ヌクレオチド上に３つの同一の修飾の２つ以上のモチーフを含んでもよく、モチーフの少なくとも１つは、鎖の切断部位に又はその付近に存在する。このアンチセンス鎖はまた、センス鎖上に存在し得るウィング修飾に類似したアラインメントにおいて、１つ以上のウィング修飾を含み得る。
一実施形態では、ＲＮＡｉ剤のセンス鎖又はアンチセンス鎖上のウィング修飾は、典型的には、鎖の３’末端、５’末端又は両末端の最初の１つ又は２つの末端ヌクレオチドを含まない。
別の実施形態では、ＲＮＡｉ剤のセンス鎖又はアンチセンス鎖上のウィング修飾は、典型的には、鎖の３’末端、５’末端又は両末端の二重鎖領域内の最初の１つ又は２つの対合ヌクレオチドを含まない。
ＲＮＡｉ剤のセンス鎖及びアンチセンス鎖が、それぞれ、少なくとも１つのウィング修飾を含む場合、ウィング修飾は、二重鎖領域の同じ末端に位置し、１、２又は３つのヌクレオチドの重複を有し得る。
ＲＮＡｉ剤のセンス鎖及びアンチセンス鎖が、それぞれ、少なくとも２つのウィング修飾を含む場合、センス鎖及びアンチセンス鎖は、１つの鎖からの２つの修飾のそれぞれが、１、２又は３つのヌクレオチドの重複を有する二重鎖領域の一端に位置し；１つの鎖からの２つの修飾のそれぞれが、１、２又は３つのヌクレオチドの重複を有する二重鎖領域の他方の端に位置し；２つの修飾１つの鎖が、二重鎖領域に１、２又は３つのヌクレオチドの重複を有するリードモチーフの各側に位置するように整列され得る。
一実施形態では、モチーフの一部であるヌクレオチドを含む、ＲＮＡｉ剤のセンス鎖及びアンチセンス鎖中の全てのヌクレオチドが修飾され得る。各ヌクレオチドは、同じ又は異なる修飾で修飾されてもよく、この修飾は、非連結リン酸塩酸素の一方若しくは両方の、及び／又は連結リン酸塩酸素の１つ以上の、１つ以上の改変；リボース糖の成分、例えば、リボース糖の２ ヒドロキシルの改変；リン酸塩部分の「デホスホ」リンカーによる大規模な置換；天然に存在する塩基の修飾又は置換；及びリボース－リン酸骨格の置換又は修飾を含み得る。
核酸はサブユニットのポリマーであるため、修飾の多くは、核酸内で繰り返される位置に存在し、例えば、塩基、又はリン酸塩部分、又はリン酸塩部分の非連結Ｏの修飾である。いくつかの場合、修飾は、核酸内の対象位置の全てに存在するであろうが、多くの場合、全てに存在しないであろう。例として、修飾は、３’又は５’末端位置のみに存在してもよく、末端領域、例えば、末端ヌクレオチド上の位置のみ、又は鎖の最後の２、３、４、５、若しくは１０ヌクレオチドに存在してもよい。修飾は、二本鎖領域、一本鎖領域、又はその両方に存在してもよい。修飾は、ＲＮＡの二本鎖領域のみに存在してもよく、又はＲＮＡの一本鎖領域のみに存在してもよい。例えば、非連結Ｏ位置のホスホロチオエート修飾は、一方又は両方の末端のみに存在してもよく、末端領域、例えば、末端ヌクレオチド上の位置、又は鎖の最後の２、３、４、５、若しくは１０ヌクレオチドのみに存在してもよく、又は二本鎖及び一本鎖領域、特に末端に存在してもよい。５’末端は、リン酸化され得る。
例えば、安定性を増強すること、オーバーハングに特定の塩基を含めること、又は修飾ヌクレオチド若しくはヌクレオチドサロゲートを、一本鎖オーバーハングに、例えば５’若しくは３’オーバーハングに、又はその両方に含めることが可能であり得る。例えば、プリンヌクレオチドをオーバーハングに含めることが望ましい場合がある。一部の実施形態では、３’又は５’オーバーハングにおける塩基の全て又はいくつかは、例えば、本明細書に記載される修飾を用いて修飾され得る。修飾は、例えば、当技術分野で公知の修飾を使用する、リボース糖の２’位の修飾の使用、例えば、核酸塩基のリボ糖に代わるデオキシリボヌクレオチド、２’－デオキシ－２’－フルオロ（２’－Ｆ）又は２’－Ｏ－メチル修飾の使用、及びリン酸基の修飾、例えば、ホスホロチオエート修飾を含むことができる。オーバーハングは、標的配列と相同である必要はない。
一実施形態では、センス鎖及びアンチセンス鎖の各残基は、独立に、ＬＮＡ、ＣＲＮ、ｃＥＴ、ＵＮＡ、ＨＮＡ、ＣｅＮＡ、２’－メトキシエチル、２’－Ｏ－メチル、２’－Ｏ－アリル、２’－Ｃ－アリル、２’－デオキシ、２’－ヒドロキシル、又は２’－フルオロで修飾される。鎖は、２つ以上の修飾を含むことができる。一実施形態では、センス鎖及びアンチセンス鎖の各残基は、２’Ｏ－メチル又は２’－フルオロで独立に修飾される。
少なくとも２つの異なる修飾が、典型的には、センス鎖及びアンチセンス鎖上に存在する。これらの２つの修飾は、２’Ｏ－メチル又は２’－フルオロ修飾、又は他のものであり得る。
一実施形態では、Ｎａ及び／又はＮｂは、交互パターンの修飾を含む。本明細書で使用される「交互モチーフ」という用語は、１つ以上の修飾を有するモチーフを指し、各修飾は、１つの鎖の交互ヌクレオチド上に存在する。交互ヌクレオチドは、１つおきのヌクレオチドにつき１つ、又は３つのヌクレオチドにつき１つ、又は同様のパターンを指し得る。例えば、Ａ、Ｂ及びＣがそれぞれ、ヌクレオチドに対する１つのタイプの修飾を表す場合、交互モチーフは、「ＡＢＡＢＡＢＡＢＡＢＡＢ．．．」、「ＡＡＢＢＡＡＢＢＡＡＢＢ．．．」、「ＡＡＢＡＡＢＡＡＢＡＡＢ．．．」、「ＡＡＡＢＡＡＡＢＡＡＡＢ．．．」、「ＡＡＡＢＢＢＡＡＡＢＢＢ．．．」又は「ＡＢＣＡＢＣＡＢＣＡＢＣ．．．」などであり得る。
交互モチーフに含まれる修飾のタイプは、同じであっても異なっていてもよい。例えば、Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄがそれぞれ、ヌクレオチド上の１つのタイプの修飾を表す場合、交互パターン、即ち、１つおきのヌクレオチド上の修飾は同じであり得るが、センス鎖又はアンチセンス鎖のそれぞれは、「ＡＢＡＢＡＢ．．．」、「ＡＣＡＣＡＣ．．．」、「ＢＤＢＤＢＤ．．．」又は「ＣＤＣＤＣＤ．．．」などの交互モチーフ内の修飾のいくつかの可能性から選択され得る。
一実施形態では、本発明のＲＮＡｉ剤は、アンチセンス鎖上の交互モチーフについての修飾パターンに対する、センス鎖上の交互モチーフについての修飾パターンを含み、これはシフトされている。このシフトは、センス鎖のヌクレオチドの修飾群が、アンチセンス鎖のヌクレオチドの異なるように修飾された群に対応し、またその逆であるようなものであり得る。例えば、ｄｓＲＮＡ二重鎖においてセンス鎖がアンチセンス鎖と対合した場合、センス鎖内の交互モチーフは、二重鎖領域内の鎖の５’３’から「ＡＢＡＢＡＢ」で開始し、アンチセンス鎖内の交互モチーフは、鎖の５’－３’から「ＢＡＢＡＢＡ」で開始し得る。別の例として、センス鎖内の交互モチーフは、二重鎖領域内の鎖の５’３’から「ＡＡＢＢＡＡＢＢ」で開始し、アンチセンス（ａｎｔｉｓｅｎｅｓｅ）鎖内の交互モチーフは、鎖の５’－３’から「ＢＢＡＡＢＢＡＡ」で開始し得、それによりセンス鎖とアンチセンス鎖との間に修飾パターンの完全又は部分的シフトが存在する。
一実施形態では、ＲＮＡｉ剤は、最初に、センス鎖上の２’－Ｏ－メチル修飾及び２’－Ｆ修飾の交互モチーフのパターンを含み、これは、最初に、アンチセンス鎖上の２’－Ｏ－メチル修飾及び２’－Ｆ修飾の交互モチーフのパターンに対してシフトを有し、即ち、センス鎖上の２’－Ｏ－メチル修飾ヌクレオチドは、アンチセンス鎖上の２’－Ｆ修飾ヌクレオチドと対合し、その逆も同様である。センス鎖の１位は２’－Ｆ修飾で開始し、アンチセンス鎖の１位は２’－Ｏ－メチル修飾で開始する。
３連続ヌクレオチド上の３つの同一の修飾の１つ以上のモチーフのセンス鎖及び／又はアンチセンス鎖への導入は、センス鎖及び／又はアンチセンス鎖に存在する最初の修飾パターンを中断する。センス鎖及び／又はアンチセンス鎖に３連続ヌクレオチド上の３つの同一の修飾の１つ以上のモチーフを導入することによるセンス鎖及び／又はアンチセンス鎖の修飾パターンのこの中断は、標的遺伝子に対する遺伝子サイレンシング活性を驚くほど高める。
一実施形態では、３連続ヌクレオチド上の３つの同一の修飾のモチーフが鎖のいずれかに導入される場合、モチーフの隣のヌクレオチドの修飾は、モチーフの修飾とは異なる修飾である。例えば、モチーフを含む配列の部分は、「．．．ＮａＹＹＹＮｂ．．．」であり、ここで「Ｙ」は、３連続ヌクレオチド上の３つの同一の修飾のモチーフの修飾を表し、「Ｎａ」及び「Ｎｂ」は、Ｙの修飾とは異なるモチーフ「ＹＹＹ」の隣のヌクレオチドに対する修飾を表し、Ｎａ及びＮｂは、同じ又は異なる修飾であり得る。或いは、Ｎａ及び／又はＮｂは、ウィング修飾が存在する場合に存在しても存在しなくてもよい。
ＲＮＡｉ剤は、少なくとも１つのホスホロチオエート又はメチルホスホネートヌクレオチド間結合をさらに含むことができる。ホスホロチオエート又はメチルホスホネートヌクレオチド間結合修飾は、鎖のいずれかの位置のセンス鎖又はアンチセンス鎖又は両鎖の任意のヌクレオチドに存在し得る。例えば、ヌクレオチド間結合修飾は、センス鎖及び／又はアンチセンス鎖における全てのヌクレオチドに存在してもよく；各ヌクレオチド間結合修飾は、センス鎖及び／又はアンチセンス鎖において交互のパターンで存在してもよく；又はセンス鎖若しくはアンチセンス鎖は、交互のパターンで両方のヌクレオチド間結合修飾を含み得る。センス鎖上のヌクレオチド間結合の修飾の交互パターンは、アンチセンス鎖と同じでも異なってもよく、センス鎖上のヌクレオチド間結合の修飾の交互パターンは、アンチセンス鎖上のヌクレオチド間結合の修飾の交互パターンに対してシフトを有してもよい。一実施形態では、二本鎖ＲＮＡｉ剤は、６～８つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む。一実施形態では、アンチセンス鎖は、５’末端に２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合、３’末端に２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含み、センス鎖は、５’末端又は３’末端のいずれかに少なくとも２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む。
一実施形態では、ＲＮＡｉは、オーバーハング領域にホスホロチオエート又はメチルホスホネートヌクレオチド間結合修飾を含む。例えば、オーバーハング領域は、２つのヌクレオチド間にホスホロチオエート又はメチルホスホネートのヌクレオチド間結合を有する２つのヌクレオチドを含み得る。ヌクレオチド間結合修飾は、オーバーハングヌクレオチドを二重鎖領域内の末端の塩基対形成ヌクレオチドに結合させるために形成することもできる。例えば、少なくとも２つ、３つ、４つ、又は全てのオーバーハングヌクレオチドを、ホスホロチオエート又はメチルホスホネートのヌクレオチド間結合によって結合することができ、任意選択で、オーバーハングヌクレオチドをその次の塩基対形成ヌクレオチドに結合する追加的なホスホロチオエート又はメチルホスホネートのヌクレオチド間結合が存在してもよい。例えば、末端の３つのヌクレオチド間に少なくとも２つのホスホチオエートのヌクレオチド間結合が存在しても良く、この３つのヌクレオチドのうちの２つは、オーバーハングヌクレオチドであり、第３のヌクレオチドは、オーバーハングヌクレオチドの次の塩基対形成ヌクレオチドである。これらの末端の３つのヌクレオチドは、アンチセンス鎖の３’末端、センス鎖３’末端、アンチセンス鎖の５’末端、及び／又はアンチセンス鎖の５’末端にあってもよい。
一実施形態では、２ヌクレオチドオーバーハングは、アンチセンス鎖の３’末端にあり、末端の３つのヌクレオチドの間に２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合が存在し、ここで３つのヌクレオチドのうちの２つは、オーバーハングヌクレオチドであり、第３のヌクレオチドは、オーバーハングヌクレオチドの隣の塩基対形成ヌクレオチドである。任意選択で、ＲＮＡｉ剤は、さらに、センス鎖の５’末端及びアンチセンス鎖の５’末端の両方の末端３ヌクレオチド間に２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合を有することができる。
一実施形態では、ＲＮＡｉ剤は、標的とのミスマッチ、二重鎖内のミスマッチ、又はそれらの組み合わせを含む。ミスマッチは、オーバーハング領域又は二重鎖領域に生じ得る。塩基対は、解離又は融解（例えば、特定の対合の結合又は解離の自由エネルギーに対するものであり、最も簡単な手法は、個々の対ごとに対を調べることであるが、類似の又は同様の分析も使用され得る）を促進するそれらの傾向に基づいて評価され得る。解離の促進に関して：Ａ：Ｕが、Ｇ：Ｃより好ましく；Ｇ：Ｕが、Ｇ：Ｃより好ましく；Ｉ：Ｃが、Ｇ：Ｃより好ましい（Ｉ＝イノシン）。ミスマッチ、例えば、非正準又は正準以外の対合（本明細書の他の箇所に記載される）が、正準な（Ａ：Ｔ、Ａ：Ｕ、Ｇ：Ｃ）対合より好ましく；ユニバーサル塩基を含む対合が、正準な対合より好ましい。
一実施形態では、ＲＮＡｉ剤は、Ａ：Ｕ、Ｇ：Ｕ、Ｉ：Ｃの群から独立に選択されるアンチセンス鎖の５’末端から二重鎖領域内の最初の１、２、３、４、又は５つの塩基対のうちの少なくとも１つ、及び二重鎖の５’末端におけるアンチセンス鎖の解離を促進するためのミスマッチ対、例えば、非正準又は正準以外の対合又はユニバーサル塩基を含む対合を含む。
一実施形態では、アンチセンス鎖の５’末端から二重鎖領域内の１位におけるヌクレオチドは、Ａ、ｄＡ、ｄＵ、Ｕ、及びｄＴからなる群から選択される。或いは、アンチセンス鎖の５’末端から二重鎖領域内の最初の１、２又は３つの塩基対のうちの少なくとも１つは、ＡＵ塩基対である。例えば、アンチセンス鎖の５’末端から二重鎖領域内の最初の塩基対は、ＡＵ塩基対である。
別の実施形態では、センス鎖の３’末端のヌクレオチドは、デオキシ－チミン（ｄＴ）である。別の実施形態では、アンチセンス鎖３’末端のヌクレオチドは、デオキシ－チミン（ｄＴ）である。一実施形態では、センス及び／又はアンチセンス鎖の３’末端上にデオキシ－チミンヌクレオチドの短い配列、例えば、２つのｄＴヌクレオチドが存在する。
一実施形態では、センス鎖配列は、式（Ｉ）で表すことができる：
５’ｎｐ－Ｎａ－（ＸＸＸ）ｉ－Ｎｂ－ＹＹＹ－Ｎｂ－（ＺＺＺ）ｊ－Ｎａ－ｎｑ３’ （Ｉ）
式中：
ｉ及びｊは、それぞれ独立に０又は１であり；
ｐ及びｑは、それぞれ独立に０～６であり；
各Ｎａは、独立に、０～２５修飾ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド配列を表し、各配列は、少なくとも２つの異なるように修飾されたヌクレオチドを含み；
各Ｎｂは、独立に、０～１０修飾ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド配列を表し；
各ｎｐ及びｎｑは、独立にオーバーハングヌクレオチドを表し；
Ｎｂ及びＹは、同じ修飾を有さず；
ＸＸＸ、ＹＹＹ及びＺＺＺは、それぞれ独立に、３連続ヌクレオチド上の３つの同一の修飾の１つのモチーフを表す。好ましくは、ＹＹＹは、全て２’－Ｆ修飾ヌクレオチドである。
一実施形態では、Ｎａ及び／又はＮｂは、交互パターンの修飾を含む。
一実施形態では、ＹＹＹモチーフは、センス鎖の切断部位に又は切断部位の付近に存在する。例えば、ＲＮＡｉ剤が１７～２３ヌクレオチド長の二重鎖領域を有する場合、ＹＹＹモチーフは、センス鎖の切断部位に又は切断部位の近傍に存在し得（例えば、６、７、８、７、８、９、８、９、１０、９、１０、１１、１０、１１、１２又は１１、１２、１３位に存在し得）、カウントは、５’末端から、第１のヌクレオチドから開始し；又は任意選択で、カウントは、５’末端から、二重鎖領域内の第１の塩基対形成ヌクレオチドで開始する。
一実施形態では、ｉは１であり、ｊは０であり、又はｉは０であり、ｊは１であり、又はｉ及びｊの両方が１である。したがって、センス鎖は以下の式で表すことができる：
５’ｎｐ－Ｎａ－ＹＹＹ－Ｎｂ－ＺＺＺ－Ｎａ－ｎｑ３’ （Ｉｂ）；
５’ｎｐ－Ｎａ－ＸＸＸ－Ｎｂ－ＹＹＹ－Ｎａ－ｎｑ３’ （Ｉｃ）；又は
５’ｎｐ－Ｎａ－ＸＸＸ－Ｎｂ－ＹＹＹ－Ｎｂ－ＺＺＺ－Ｎａ－ｎｑ３’ （Ｉｄ）。
センス鎖が式（Ｉｂ）で表される場合、Ｎｂは、０～１０、０～７、０～５、０～４、０～２又は０個の修飾ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド配列を表す。各Ｎａは、独立に、２～２０、２～１５、又は２～１０個の修飾ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド配列を表すことができる。
センス鎖が式（Ｉｃ）として表される場合、Ｎｂは、０～１０、０～７、０～１０、０～７、０～５、０～４、０～２又は０個の修飾ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド配列を表す。各Ｎａは、独立に、２～２０、２～１５、又は２～１０個の修飾ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド配列を表すことができる。
センス鎖が式（Ｉｄ）として表される場合、各Ｎｂは、独立に、０～１０、０～７、０～５、０～４、０～２又は０個の修飾ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド配列を表す。好ましくは、Ｎｂは０、１、２、３、４、５又は６である。各Ｎａは、独立に、２～２０、２～１５、又は２～１０個の修飾ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド配列を表すことができる。
Ｘ、Ｙ、Ｚのそれぞれは、同じであり、又は互いに異なり得る。
他の実施形態では、ｉは０であり、ｊは０であり、センス鎖は、以下の式で表すことができる：
５’ｎｐ－Ｎａ－ＹＹＹ－Ｎａ－ｎｑ３’ （Ｉａ）。
センス鎖が式（Ｉａ）で表される場合、各Ｎａは、独立に、２～２０、２～１５、又は２～１０個の修飾ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド配列を表すことができる。
一実施形態では、ＲＮＡｉのアンチセンス鎖配列は、式（ＩＩ）で表すことができる：
５’ｎｑ’－Ｎａ’－（Ｚ’Ｚ’Ｚ’）ｋ－Ｎｂ’－Ｙ’Ｙ’Ｙ’－Ｎｂ’－（Ｘ’Ｘ’Ｘ’）ｌ－Ｎ’ａ－ｎｐ’３’ （ＩＩ）
式中：
ｋ及びｌは、それぞれ独立に０又は１であり；
ｐ’及びｑ’は、それぞれ独立に０～６であり；
各Ｎａ’は、独立に、０～２５修飾ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド配列を表し、各配列は、少なくとも２つの異なるように修飾されたヌクレオチドを含み；
各Ｎｂ’は、独立に、０～１０修飾ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド配列を表し；
各ｎｐ’及びｎｑ’は、独立にオーバーハングヌクレオチドを表し；
Ｎｂ’及びＹ’は、同じ修飾を有さず；
Ｘ’Ｘ’Ｘ’、Ｙ’Ｙ’Ｙ’及びＺ’Ｚ’Ｚは、それぞれ独立に、３連続ヌクレオチド上の３つの同一の修飾の１つのモチーフを表す。
一実施形態では、Ｎａ’及び／又はＮｂ’は、交互パターンの修飾を含む。
Ｙ’Ｙ’Ｙ’モチーフは、アンチセンス鎖の切断部位に又は切断部位の付近に存在する。例えば、ＲＮＡｉ剤が１７～２３ヌクレオチド長の二重鎖領域を有する場合、Ｙ’Ｙ’Ｙ’モチーフは、アンチセンス鎖の９、１０、１１；１０、１１、１２；１１、１２、１３；１２、１３、１４；又は１３、１４、１５位に存在し得、カウントは、５’末端から、第１のヌクレオチドから開始し；又は任意選択で、カウントは、５’末端から、二重鎖領域内の第１の塩基対形成ヌクレオチドで開始する。好ましくは、Ｙ’Ｙ’Ｙ’モチーフは、１１、１２、１３位に存在する。
一実施形態では、Ｙ’Ｙ’Ｙ’モチーフは、全て２’－ＯＭｅ修飾ヌクレオチドである。
一実施形態では、ｋは１であり、ｌは０であり、又はｋは０であり、ｌは１であり、又はｋ及びｌの両方が１である。
したがって、アンチセンス鎖は、以下の式で表すことができる：
５’ｎｑ’－Ｎａ’－Ｚ’Ｚ’Ｚ’－Ｎｂ’－Ｙ’Ｙ’Ｙ’－Ｎａ’－ｎｐ’３’ （ＩＩｂ）；
５’ｎｑ’－Ｎａ’－Ｙ’Ｙ’Ｙ’－Ｎｂ’－Ｘ’Ｘ’Ｘ’－ｎｐ’３’ （ＩＩｃ）；又は
５’ｎｑ’－Ｎａ’－Ｚ’Ｚ’Ｚ’－Ｎｂ’－Ｙ’Ｙ’Ｙ’－Ｎｂ’－Ｘ’Ｘ’Ｘ’－Ｎａ’－ｎｐ’３’ （ＩＩｄ）。
アンチセンス鎖が式（ＩＩｂ）で表される場合、Ｎｂ’は、０～１０、０～７、０～１０、０～７、０～５、０～４、０～２又は０個の修飾ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド配列を表す。各Ｎａ’は、独立に、２～２０、２～１５、又は２～１０個の修飾ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド配列を表す。
アンチセンス鎖が式（ＩＩｃ）として表される場合、Ｎｂ’は、０～１０、０～７、０～１０、０～７、０～５、０～４、０～２又は０個の修飾ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド配列を表す。各Ｎａ’は、独立に、２～２０、２～１５、又は２～１０個の修飾ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド配列を表す。
アンチセンス鎖が式（ＩＩｄ）として表される場合、各Ｎｂ’は、独立に、０～１０、０～７、０～１０、０～７、０～５、０～４、０～２又は０個の修飾ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド配列を表す。各Ｎａ’は、独立に、２～２０、２～１５、又は２～１０個の修飾ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド配列を表す。好ましくは、Ｎｂは０、１、２、３、４、５又は６である。
他の実施形態では、ｋは０であり、ｌは０であり、アンチセンス鎖は、以下の式で表すことができる：
５’ｎｐ’－Ｎａ’－Ｙ’Ｙ’Ｙ’－Ｎａ’－ｎｑ’３’ （Ｉａ）。
アンチセンス鎖が式（ＩＩａ）として表される場合、各Ｎａ’は、独立に、２～２０、２～１５、又は２～１０個の修飾ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド配列を表す。
Ｘ’、Ｙ’及びＺのそれぞれは、同じであり、又は互いに異なり得る。
センス鎖及びアンチセンス鎖の各ヌクレオチドは、独立に、ＬＮＡ、ＣＲＮ、ＵＮＡ、ｃＥｔ、ＨＮＡ、ＣｅＮＡ、２’－メトキシエチル、２’－Ｏ－メチル、２’－Ｏ－アリル、２’－Ｃ－アリル、２’－ヒドロキシル、又は２’－フルオロで修飾され得る。例えば、センス鎖及びアンチセンス鎖の各ヌクレオチドは、２’－Ｏ－メチル又は２’－フルオロで独立に修飾される。各Ｘ、Ｙ、Ｚ、Ｘ’、Ｙ’及びＺ’は、特に、２’－Ｏ－メチル修飾又は２’－フルオロ修飾を表すことができる。
一実施形態では、ＲＮＡｉ剤のセンス鎖は、二重鎖領域が２１ｎｔである場合、鎖の９、１０及び１１位にＹＹＹモチーフを含むことができ、カウントは、５’末端から、第１のヌクレオチドから開始し、又は任意選択で、カウントは、５’末端から、二重鎖領域内の第１の塩基対形成ヌクレオチドで開始し；Ｙは、２’－Ｆ修飾を表す。センス鎖は、二重鎖領域の反対側の末端に、ウィング修飾としてＸＸＸモチーフ又はＺＺＺモチーフをさらに含んでもよく；ＸＸＸ及びＺＺＺは、それぞれ独立に、２’－ＯＭｅ修飾又は２’－Ｆ修飾を表す。
一実施形態では、アンチセンス鎖は、鎖の１１、１２、１３位に存在するＹ’Ｙ’Ｙ’モチーフを含んでもよく、カウントは、５’末端から、第１のヌクレオチドから開始し、又は任意選択で、カウントは、５’末端から、二重鎖領域内の第１の塩基対形成ヌクレオチドで開始し；Ｙ’は、２’－Ｏ－メチル修飾を表す。アンチセンス鎖は、二重鎖領域の反対側の末端に、ウィング修飾としてＸ’Ｘ’Ｘ’モチーフ又はＺ’Ｚ’Ｚ’モチーフをさらに含んでもよく；Ｘ’Ｘ’Ｘ’及びＺ’Ｚ’Ｚ’は、それぞれ独立に、２’－ＯＭｅ修飾又は２’－Ｆ修飾を表す。
上記の式（Ｉａ）、（Ｉｂ）、（Ｉｃ）、及び（Ｉｄ）のいずれか１つで表されるセンス鎖は、それぞれ、式（ＩＩａ）、（ＩＩｂ）、（ＩＩｃ）、及び（ＩＩｄ）のいずれか１つで表されるアンチセンス鎖と二重鎖を形成する。
したがって、本発明の方法で使用されるＲＮＡｉ剤は、センス鎖及びアンチセンス鎖を含み得、各鎖は１４～３０ヌクレオチドを有し、ＲＮＡｉ二重鎖は、式（ＩＩＩ）で表される：
センス：５’ｎｐ－Ｎａ－（ＸＸＸ）ｉ－Ｎｂ－ＹＹＹ－Ｎｂ－（ＺＺＺ）ｊ－Ｎａ－ｎｑ３’
アンチセンス：３’ｎｐ’－Ｎａ’－（Ｘ’Ｘ’Ｘ’）ｋ－Ｎｂ’－Ｙ’Ｙ’Ｙ’－Ｎｂ’－（Ｚ’Ｚ’Ｚ’）ｌ－Ｎａ’－ｎｑ’５’ （ＩＩＩ）
式中：
ｉ、ｊ、ｋ、及びｌは、それぞれ独立に０又は１であり；
ｐ、ｐ’、ｑ、及びｑ’は、それぞれ独立に０～６であり；
各Ｎａ及びＮａ’は、独立に、０～２５修飾ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド配列を表し、各配列は、少なくとも２つの異なるように修飾されたヌクレオチドを含み；
各Ｎｂ及びＮｂ’は、独立に、０～１０修飾ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド配列を表し；
それぞれ存在してもしなくてもよい各ｎｐ’、ｎｐ、ｎｑ’、及びｎｑは、独立に、オーバーハングヌクレオチドを表し；
ＸＸＸ、ＹＹＹ、ＺＺＺ、Ｘ’Ｘ’Ｘ’、Ｙ’Ｙ’Ｙ’、及びＺ’Ｚ’Ｚ’は、それぞれ独立に、３連続ヌクレオチド上の３つの同一の修飾の１つのモチーフを表す。
一実施形態では、ｉは０であり、ｊは０であり；又はｉは１であり、ｊは０であり；又はｉは０であり、ｊは１であり；又はｉ及びｊの両方は０であり；又はｉ及びｊの両方は１である。別の実施形態では、ｋは０であり、ｌは０であり；又はｋは１であり、ｌは０であり；ｋは０であり、ｌは１であり；又はｋ及びｌの両方は０であり；又はｋ及びｌの両方は１である。
ＲＮＡｉ二重鎖を形成しているセンス鎖及びアンチセンス鎖の例示的な組み合わせは、以下の式を含む：
５’ｎｐ－Ｎａ－ＹＹＹ－Ｎａ－ｎｑ３’
３’ｎｐ’－Ｎａ’－Ｙ’Ｙ’Ｙ’－Ｎａ’ｎｑ’５’
（ＩＩＩａ）
５’ｎｐ－Ｎａ－ＹＹＹ－Ｎｂ－ＺＺＺ－Ｎａ－ｎｑ３’
３’ｎｐ’－Ｎａ’－Ｙ’Ｙ’Ｙ’－Ｎｂ’－Ｚ’Ｚ’Ｚ’－Ｎａ’ｎｑ’５’
（ＩＩＩｂ）
５’ｎｐ－Ｎａ－ＸＸＸ－Ｎｂ－ＹＹＹ－Ｎａ－ｎｑ３’
３’ｎｐ’－Ｎａ’－Ｘ’Ｘ’Ｘ’－Ｎｂ’－Ｙ’Ｙ’Ｙ’－Ｎａ’－ｎｑ’５’
（ＩＩＩｃ）
５’ｎｐ－Ｎａ－ＸＸＸ－Ｎｂ－ＹＹＹ－Ｎｂ－ＺＺＺ－Ｎａ－ｎｑ３’
３’ｎｐ’－Ｎａ’－Ｘ’Ｘ’Ｘ’－Ｎｂ’－Ｙ’Ｙ’Ｙ’－Ｎｂ’－Ｚ’Ｚ’Ｚ’－Ｎａ－ｎｑ’５’
（ＩＩＩｄ）
ＲＮＡｉ剤が式（ＩＩＩａ）で表される場合、各Ｎａは、独立に、２～２０、２～１５、又は２～１０個の修飾ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド配列を表す。
ＲＮＡｉ剤が式（ＩＩＩｂ）で表される場合、各Ｎｂは、独立に、１～１０、１～７、１～５又は１～４個の修飾ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド配列を表す。各Ｎａは、独立に、２～２０、２～１５、又は２～１０個の修飾ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド配列を表す。
ＲＮＡｉ剤が式（ＩＩＩｃ）として表される場合、各Ｎｂ、Ｎｂ’は、独立に、０～１０、０～７、０～１０、０～７、０～５、０～４、０～２又は０個の修飾ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド配列を表す。各Ｎａは、独立に、２～２０、２～１５、又は２～１０個の修飾ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド配列を表す。
ＲＮＡｉ剤が式（ＩＩＩｄ）として表される場合、各Ｎｂ、Ｎｂ’は、独立に、０～１０、０～７、０～１０、０～７、０～５、０～４、０～２又は０個の修飾ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド配列を表す。各Ｎａ、Ｎａ’は、独立に、２～２０、２～１５、又は２～１０個の修飾ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド配列を表す。Ｎａ、Ｎａ’、Ｎｂ及びＮｂ’のそれぞれは、独立に、交互パターンの修飾を含む。
式（ＩＩＩ）、（ＩＩＩａ）、（ＩＩＩｂ）、（ＩＩＩｃ）、及び（ＩＩＩｄ）のＸ、Ｙ及びＺのそれぞれは、同じであり、又は互いに異なり得る。
ＲＮＡｉ剤が式（ＩＩＩ）、（ＩＩＩａ）、（ＩＩＩｂ）、（ＩＩＩｃ）、及び（ＩＩＩｄ）で表される場合、Ｙヌクレオチドの少なくとも１つは、Ｙ’ヌクレオチドの少なくとも１つと塩基対を形成し得る。或いは、Ｙヌクレオチドの少なくとも２つは、対応するＹ’ヌクレオチドと塩基対を形成し；又はＹヌクレオチドの３つの全ては、全て、対応するＹ’ヌクレオチドと塩基対を形成する。
ＲＮＡｉ剤が式（ＩＩＩｂ）又は（ＩＩＩｄ）で表される場合、Ｚヌクレオチドの少なくとも１つは、Ｚ’ヌクレオチドの１つと塩基対を形成し得る。或いは、Ｚヌクレオチドの少なくとも２つは、対応するＺ’ヌクレオチドと塩基対を形成し；又はＺヌクレオチドの３つの全ては、全て、対応するＺ’ヌクレオチドと塩基対を形成する。
ＲＮＡｉ剤が式（ＩＩＩｃ）又は（ＩＩＩｄ）として表される場合、Ｘヌクレオチドの少なくとも１つは、Ｘ’ヌクレオチドの少なくとも１つと塩基対を形成し得る。或いは、Ｘヌクレオチドの少なくとも２つは、対応するＸ’ヌクレオチドと塩基対を形成し；又はＸヌクレオチドの３つの全ては、全て、対応するＸ’ヌクレオチドと塩基対を形成する。
一実施形態では、Ｙヌクレオチド上の修飾は、Ｙ’ヌクレオチド上の修飾とは異なり、Ｚヌクレオチド上の修飾は、Ｚ’ヌクレオチド上の修飾とは異なり、及び／又はＸヌクレオチド上の修飾は、Ｘ’ヌクレオチド上の修飾とは異なる。
一実施形態では、ＲＮＡｉ剤が式（ＩＩＩｄ）で表される場合、Ｎａ修飾は、２’－Ｏ－メチル又は２’－フルオロ修飾である。別の実施形態では、ＲＮＡｉ剤が式（ＩＩＩｄ）で表される場合、Ｎａ修飾は、２－Ｏ－メチル又は２－フルオロ修飾であり、ｎｐ’＞０であり、少なくとも１つのｎｐ’は、ホスホロチオエート結合を介して隣接ヌクレオチドに連結される。さらに別の実施形態では、ＲＮＡｉ剤が式（ＩＩＩｄ）で表される場合、Ｎａ修飾は、２－Ｏ－メチル又は２－フルオロ修飾であり、ｎｐ’＞０であり、少なくとも１つのｎｐ’は、ホスホロチオエート結合を介して隣接ヌクレオチドに連結され、センス鎖は、二価又は三価分岐リンカー（上述した）を介して結合した１つ以上のＧａｌＮＡｃ誘導体にコンジュゲートされる。別の実施形態では、ＲＮＡｉ剤が式（ＩＩＩｄ）で表される場合、Ｎａ修飾は、２－Ｏ－メチル又は２－フルオロ修飾であり、ｎｐ’＞０であり、少なくとも１つのｎｐ’は、ホスホロチオエート結合を介して隣接ヌクレオチドに連結され、センス鎖は、少なくとも１つのホスホロチオエート結合を含み、センス鎖は、二価又は三価分岐リンカーを介して結合した１つ以上のＧａｌＮＡｃ誘導体にコンジュゲートされる。
一実施形態では、ＲＮＡｉ剤が式（ＩＩＩａ）で表される場合、Ｎａ修飾は、２－Ｏ－メチル又は２－フルオロ修飾であり、ｎｐ’＞０であり、少なくとも１つのｎｐ’は、ホスホロチオエート結合を介して隣接ヌクレオチドに連結され、センス鎖は、少なくとも１つのホスホロチオエート結合を含み、センス鎖は、二価又は三価分岐リンカーを介して結合した１つ以上のＧａｌＮＡｃ誘導体にコンジュゲートされる。
一実施形態では、ＲＮＡｉ剤は、式（ＩＩＩ）、（ＩＩＩａ）、（ＩＩＩｂ）、（ＩＩＩｃ）、及び（ＩＩＩｄ）で表される少なくとも２つの二重鎖を含む多量体であり、ここで二重鎖は、リンカーによって連結されている。リンカーは、切断可能であっても、切断不可能であってもよい。任意選択で、多量体は、リガンドをさらに含む。二重鎖のそれぞれは、同じ遺伝子若しくは２つの異なる遺伝子を標的とすることができ；又は二重鎖のそれぞれは、２つの異なる標的部位において同じ遺伝子を標的とすることができる。
一実施形態では、ＲＮＡｉ剤は、式（ＩＩＩ）、（ＩＩＩａ）、（ＩＩＩｂ）、（ＩＩＩｃ）、及び（ＩＩＩｄ）で表される３、４、５、６以上の二重鎖を含む多量体であり、ここで二重鎖は、リンカーによって連結されている。リンカーは、切断可能であっても、切断不可能であってもよい。任意選択で、多量体は、リガンドをさらに含む。二重鎖のそれぞれは、同じ遺伝子若しくは２つの異なる遺伝子を標的とすることができ；又は二重鎖のそれぞれは、２つの異なる標的部位において同じ遺伝子を標的とすることができる。
一実施形態では、式（ＩＩＩ）、（ＩＩＩａ）、（ＩＩＩｂ）、（ＩＩＩｃ）、及び（ＩＩＩｄ）で表される２つのＲＮＡｉ剤は、５’末端、及び３’末端の一方又は両方において互いに連結され、任意選択でリガンドにコンジュゲートされる。薬剤のそれぞれは、同じ遺伝子若しくは２つの異なる遺伝子を標的とすることができ；又は薬剤のそれぞれは、２つの異なる標的部位において同じ遺伝子を標的とすることができる。
特定の実施形態では、本発明のＲＮＡｉ剤は、２’－フルオロ修飾を含む少数のヌクレオチド、例えば、２’－フルオロ修飾を有する１０個以下のヌクレオチドを含むことができる。例えば、ＲＮＡｉ剤は、２’－フルオロ修飾を有する１０、９、８、７、６、５、４、３、２、１又は０個のヌクレオチドを含むことができる。特定の実施形態では、本発明のＲＮＡｉ剤は、２’－フルオロ修飾を有する１０個のヌクレオチド、例えば、２’－フルオロ修飾を有する４個のヌクレオチドをセンス鎖に、及び２’－フルオロ修飾を有する６個のヌクレオチドをアンチセンス鎖に含む。別の特定の実施形態では、本発明のＲＮＡｉ剤は、２’－フルオロ修飾を有する６個のヌクレオチド、例えば、２’－フルオロ修飾を有する４個のヌクレオチドをセンス鎖に、及び２’－フルオロ修飾を有する２個のヌクレオチドをアンチセンス鎖に含む。
他の実施形態では、本発明のＲＮＡｉ剤は、２’－フルオロ修飾を含む極少数のヌクレオチド、例えば、２’－フルオロ修飾を含む２個以下のヌクレオチドを含むことができる。例えば、ＲＮＡｉ剤は、２’－フルオロ修飾を有する、２、１又は０ヌクレオチドを含むことができる。特定の実施形態では、ＲＮＡｉ剤は、２’－フルオロ修飾を有する２個のヌクレオチド、例えば、２－フルオロ修飾を有する０個のヌクレオチドをセンス鎖に、及び２’－フルオロ修飾を有する２個のヌクレオチドをアンチセンス鎖に含むことができる。
様々な刊行物が、本発明の方法に使用できる多量体ＲＮＡｉ剤を記載している。このような刊行物としては、参照により全内容が本明細書に組み入れられる、国際公開第２００７／０９１２６９号パンフレット、米国特許第７８５８７６９号明細書、国際公開第２０１０／１４１５１１号パンフレット、国際公開第２００７／１１７６８６号パンフレット、国際公開第２００９／０１４８８７号パンフレット及び国際公開第２０１１／０３１５２０号パンフレットが挙げられる。
以下により詳細に記載するように、ＲＮＡｉ剤への１つ以上の糖質部分のコンジュゲーションを含むＲＮＡｉ剤は、ＲＮＡｉ剤の１つ以上の特性を最適化することができる。多くの場合、糖質部分は、ＲＮＡｉ剤の修飾サブユニットに結合されるであろう。例えば、ｄｓＲＮＡ剤の１つ以上のリボヌクレオチドサブユニットのリボース糖は、別の部分、例えば、糖質リガンドが結合した非糖質（好ましくは環状の）担体で置換され得る。サブユニットのリボース糖がこのように置換されたリボヌクレオチドサブユニットは、リボース置換修飾サブユニット（ＲＲＭＳ）と呼ばれる。環状担体は、炭素環式環系であってもよく、即ち、全ての環原子が炭素原子であり、又は複素環式環系であってもよく、即ち、１つ以上の環原子がヘテロ原子、例えば、窒素、酸素、硫黄であってもよい。環状担体は、単環式環系であってもよく、又は２つ以上の環を含んでもよく、例えば縮合環であってもよい。環状担体は、完全飽和環系であってもよく、又は１つ以上の二重結合を含んでもよい。
リガンドは、担体を介してポリヌクレオチドに結合してもよい。担体は、（ｉ）少なくとも１つの「骨格付着点」、好ましくは、２つの「骨格付着点」及び（ｉｉ）少なくとも１つの「テザー付着点」を含む。本明細書で使用される「骨格付着点」は、官能基、例えばヒドロキシル基、又は一般に、リボ核酸の骨格、例えば、リン酸塩の骨格、若しくは例えば、硫黄を含有する修飾リン酸塩の骨格への担体の組み込みに利用可能であり、且つ適した結合を指す。「テザー付着点」（ＴＡＰ）は、一部の実施形態では、選択された部分を接続する環状担体の構成要素の環原子、例えば、炭素原子又はヘテロ原子（骨格付着点を提供する原子とは異なる）を指す。この部分は、例えば、糖質、例えば単糖、二糖、三糖、四糖、オリゴ糖及び多糖であり得る。任意選択で、選択された部分は、介在テザーによって環状担体に接続される。したがって、環状担体は、しばしば、官能基、例えば、アミノ基を含む、又は一般に、別の化学物質（ｃｈｅｍｉｃａｌ ｅｎｔｉｔｙ）、例えば、リガンドの構成環への組み込み又は連結に適した結合を可能にする。
ＲＮＡｉ剤は、担体を介してリガンドにコンジュゲートされてもよく、ここで担体は、環状基又は非環状基であり得；好ましくは、環状基はピロリジニル、ピラゾリニル、ピラゾリジニル、イミダゾリニル、イミダゾリジニル、ピペリジニル、ピペラジニル、［１，３］ジオキソラン、オキサゾリジニル、イソオキサゾリジニル、モルホリニル、チアゾリジニル、イソチアゾリジニル、キノキサリニル、ピリダジノニル、テトラヒドロフリル及びデカリンから選択され；好ましくは、非環状基は、セリノール骨格又はジエタノールアミン骨格から選択される。
別の態様において、ｄｓＲＮＡ剤は、センス鎖及びアンチセンス鎖を含み、各鎖は、１４～４０のヌクレオチドを有する。ｄｓＲＮＡ剤は、式（Ｉ）によって表される：
式（Ｉ）では、Ｂ１、Ｂ２、Ｂ３、Ｂ１’、Ｂ２’、Ｂ３’、及びＢ４’は、それぞれ独立に、２’－Ｏ－アルキル、２’－置換アルコキシ、２’－置換アルキル、２’－ハロ、ＥＮＡ、及びＢＮＡ／ＬＮＡからなる群から選択される修飾を含むヌクレオチドである。一実施形態では、Ｂ１、Ｂ２、Ｂ３、Ｂ１’、Ｂ２’、Ｂ３’、及びＢ４’はそれぞれ、２’－ＯＭｅ修飾を含む。一実施形態では、Ｂ１、Ｂ２、Ｂ３、Ｂ１’、Ｂ２’、Ｂ３’、及びＢ４’はそれぞれ、２’－ＯＭｅ修飾又は２’－Ｆ修飾を含む。一実施形態では、Ｂ１、Ｂ２、Ｂ３、Ｂ１’、Ｂ２’、Ｂ３’、及びＢ４’の少なくとも１つは、２’－Ｏ－Ｎ－メチルアセトアミド（２’－Ｏ－ＮＭＡ）修飾を含む。
Ｃ１は、アンチセンス鎖のｓｅｅｄ領域（即ち、アンチセンス鎖の５’末端の２位～８位）の反対側の部位にある熱不安定化ヌクレオチドである。例えば、Ｃ１は、アンチセンス鎖の５’末端の２位～８位のヌクレオチドと対を形成するセンス鎖の位置にある。一例では、Ｃ１は、センス鎖の５’末端の１５位にある。Ｃ１ヌクレオチドは、脱塩基修飾；二重鎖の対向するヌクレオチドとのミスマッチ；及び糖修飾、例えば、２’－デオキシ修飾又は非環状ヌクレオチド、例えば、アンロック核酸（ＵＮＡ）又はグリセロール核酸（ＧＮＡ）を含み得る熱不安定化修飾を有する。一実施形態では、Ｃ１は、（ｉ）アンチセンス鎖の対向するヌクレオチドとのミスマッチ；（ｉｉ）以下からなる群から選択される脱塩基修飾：
；及び（ｉｉｉ）以下からなる群から選択される糖修飾：
（式中、Ｂは、修飾又は非修飾核酸塩基であり、Ｒ１及びＲ２は独立に、Ｈ、ハロゲン、ＯＲ３、又はアルキルであり；Ｒ３は、Ｈ、アルキル、シクロアルキル、アリール、アラルキル、ヘテロアリール、又は糖である）からなる群から選択される熱不安定化修飾を有する。一実施形態では、Ｃ１の熱不安定化修飾は、Ｇ：Ｇ、Ｇ：Ａ、Ｇ：Ｕ、Ｇ：Ｔ、Ａ：Ａ、Ａ：Ｃ、Ｃ：Ｃ、Ｃ：Ｕ、Ｃ：Ｔ、Ｕ：Ｕ、Ｔ：Ｔ、及びＵ：Ｔからなる群から選択されるミスマッチであり；任意選択により、ミスマッチ対における少なくとも１つの核酸塩基が、２’－デオキシ－核酸塩基である。一例では、Ｃ１における熱不安定化修飾は、ＧＮＡ又は
である。
Ｔ１、Ｔ１’、Ｔ２’、及びＴ３’は、それぞれ独立に、２’－ＯＭｅ修飾の立体的嵩高さ以下の立体的嵩高さをヌクレオチドに提供する修飾を含むヌクレオチドを表す。立体的嵩高さは、修飾の立体効果の総計を指す。ヌクレオチドの修飾の立体効果を決定する方法は、当業者に公知である。この修飾は、ヌクレオチドのリボース糖の２’位置での修飾、又は非リボースヌクレオチド、非環状ヌクレオチド、若しくはリボース糖の２’位置と同様又は同等のヌクレオチドの主鎖の修飾であり得、且つ２’－ＯＭｅ修飾の立体的嵩高さ以下の立体嵩高さをヌクレオチドに提供する。例えば、Ｔ１、Ｔ１’、Ｔ２’、及びＴ３’は、それぞれ独立に、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＬＮＡ、２’－Ｆ、及び２’－Ｆ－５’－メチルから選択される。一実施形態では、Ｔ１はＤＮＡである。一実施形態では、Ｔ１’は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、又はＬＮＡである。一実施形態では、Ｔ２’は、ＤＮＡ又はＲＮＡである。一実施形態では、Ｔ３’は、ＤＮＡ又はＲＮＡである。
ｎ１、ｎ３、及びｑ１は独立に、４～１５ヌクレオチド長である。
ｎ５、ｑ３、及びｑ７は独立に、１～６ヌクレオチド長である。
ｎ４、ｑ２、及びｑ６は独立に、１～３ヌクレオチド長である；或いは、ｎ４は０である。
ｑ５は独立に、０～１０ヌクレオチド長である。
ｎ２及びｑ４は独立に、０～３ヌクレオチド長である。
或いは、ｎ４は、０～３ヌクレオチド長である。
一実施形態では、ｎ４は０であり得る。一例では、ｎ４は０であり、ｑ２及びｑ６は１である。別の例では、ｎ４は０であり、ｑ２及びｑ６は１であり、センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。
一実施形態では、ｎ４、ｑ２、及びｑ６はそれぞれ１である。
一実施形態では、ｎ２、ｎ４、ｑ２、ｑ４、及びｑ６はそれぞれ１である。
一実施形態では、センス鎖が１９～２２ヌクレオチド長である場合は、Ｃ１は、センス鎖の５’末端の１４位～１７位にあり、ｎ４は１である。一実施形態では、Ｃ１は、センス鎖の５’末端の１５位にある。
一実施形態では、Ｔ３’は、アンチセンス鎖の５’末端の２位で始まる。一例では、Ｔ３’は、アンチセンス鎖の５’末端の２位にあり、ｑ６は１に等しい。
一実施形態では、Ｔ１’は、アンチセンス鎖の５’末端の１４位で始まる。一例では、Ｔ１’は、アンチセンス鎖の５’末端の１４位にあり、ｑ２は１に等しい。
例示的な実施形態では、Ｔ３’は、アンチセンス鎖の５’末端の２位から始まり、Ｔ１’は、アンチセンス鎖の５’末端の１４位から始まる。一例では、Ｔ３’は、アンチセンス鎖の５’末端の２位から始まり、ｑ６は１に等しく、Ｔ１’は、アンチセンス鎖の５’末端の１４位から始まり、ｑ２は１に等しい。
一実施形態では、Ｔ１’及びＴ３’は、１１ヌクレオチド長離間している（即ち、Ｔ１’とＴ３’ヌクレオチドは数えていない）。
一実施形態では、Ｔ１’は、アンチセンス鎖の５’末端の１４位にある。一例では、Ｔ１’は、アンチセンス鎖の５’末端の１４位にあり、ｑ２は１に等しく、修飾は、２’位にある、又は２’－ＯＭｅリボースよりも小さい立体的嵩高さを提供する非リボース、非環状、若しくは主鎖の位置にある。
一実施形態では、Ｔ３’は、アンチセンス鎖の５’末端の２位にある。一例では、Ｔ３’は、アンチセンス鎖の５’末端の２位にあり、ｑ６は１に等しく、修飾は、２’位にある、又は２’－ＯＭｅリボースの立体的嵩高さ以下の立体的嵩高さを提供する非リボース、非環状、若しくは主鎖の位置にある。
一実施形態では、Ｔ１は、センス鎖の切断部位にある。一例では、センス鎖が１９～２２ヌクレオチド長である場合は、Ｔ１は、センス鎖の５’末端の１１位にあり、ｎ２は１である。例示的な一実施形態では、センス鎖が１９～２２ヌクレオチド長である場合は、Ｔ１は、センス鎖の５’末端の１１位にあるセンス鎖の切断部位にあり、ｎ２は１である。
一実施形態では、Ｔ２’は、アンチセンス鎖の５’末端の６位から始まる。一例では、Ｔ２’は、アンチセンス鎖の５’末端の６位～１０位であり、ｑ４は１である。
例示的な一実施形態では、Ｔ１は、センス鎖が１９～２２ヌクレオチド長である場合は、例えばセンス鎖の５’末端の１１位にある、センス鎖の切断部位にあり、ｎ２は１であり；Ｔ１’は、アンチセンス鎖の５’末端の１４位にあり、ｑ２は１に等しく、そしてＴ１’の修飾は、リボース糖の２’位置にある、又は２’－ＯＭｅリボースよりも小さい立体的嵩高さを提供する非リボース、非環状、若しくは主鎖の位置にあり；Ｔ２’は、アンチセンス鎖の５’末端の６位～１０位に位置し、ｑ４は１であり；そしてＴ３’は、アンチセンス鎖の５’末端の２位にあり、ｑ６は１に等しく、そしてＴ３’の修飾は、２’位置にある、又は２’－ＯＭｅリボースの立体的嵩高さ以下の立体的嵩高さを提供する非リボース、非環状、若しくは主鎖の位置にある。
一実施形態では、Ｔ２’は、アンチセンス鎖の５’末端の８位で始まる。一例では、Ｔ２’は、アンチセンス鎖の５’末端の８位で始まり、ｑ４は２である。
一実施形態では、Ｔ２’は、アンチセンス鎖の５’末端の９位で始まる。一例では、Ｔ２’は、アンチセンス鎖の５’末端の９位で始まり、ｑ４は１である。
一実施形態では、Ｂ１’は、２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、Ｔ２’は２’－Ｆであり、ｑ４は１であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は６であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－ＯＭｅであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。
一実施形態では、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、Ｔ２’は２’－Ｆであり、ｑ４は１であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は６であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－ＯＭｅであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、Ｔ２’は２’－Ｆであり、ｑ４は２であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は５であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－ＯＭｅであり、ｑ７は１である。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、Ｔ２’は２’－Ｆであり、ｑ４は２であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は５であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－ＯＭｅであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は６であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は７であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、Ｔ２’は２’－Ｆであり、ｑ４は２であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は５であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－ＯＭｅであり、ｑ７は１である。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は６であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は７であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、Ｔ２’は２’－Ｆであり、ｑ４は２であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は５であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－ＯＭｅであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、Ｔ２’は２’－Ｆであり、ｑ４は１であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は６であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－ＯＭｅであり、ｑ７は１である。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、Ｔ２’は２’－Ｆであり、ｑ４は１であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は６であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－ＯＭｅであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は５であり、Ｔ２’は２’－Ｆであり、ｑ４は１であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は５であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－ＯＭｅであり、ｑ７は１であり；任意選択により、アンチセンス鎖の３’末端に少なくとも２つの追加のＴＴを有する。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は５であり、Ｔ２’は２’－Ｆであり、ｑ４は１であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は５であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－ＯＭｅであり、ｑ７は１であり；任意選択により、アンチセンス鎖の３’末端に少なくとも２つの追加のＴＴを有し；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、ｑ４は０であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は７であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－ＯＭｅであり、ｑ７は１である。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、ｑ４は０であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は７であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－ＯＭｅであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、Ｔ２’は２’－Ｆであり、ｑ４は２であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は５であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－Ｆであり、ｑ７は１である。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、Ｔ２’は２’－Ｆであり、ｑ４は２であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は５であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－Ｆであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、ｑ４は０であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は７であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－Ｆであり、ｑ７は１である。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、ｑ４は０であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は７であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－Ｆであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。
このｄｓＲＮＡ剤は、センス鎖又はアンチセンス鎖の５’末端にリン含有基を含み得る。５’末端リン含有基は、５’末端リン酸（５’－Ｐ）、５’末端ホスホロチオエート（５’－ＰＳ）、５’末端ホスホロジチオエート（５’－ＰＳ２）、５’末端ビニルホスホネート（５’－ＶＰ）、５’末端メチルホスホネート（ＭｅＰｈｏｓ）、又は５’デオキシ５’－Ｃ－マロニル
であり得る。５’末端リン含有基が５’末端ビニルホスホネート（５－ＶＰ）である場合は、５’－ＶＰは、５’－Ｅ－ＶＰ異性体（即ち、トランス－ビニルホスフェート、
）、又は５’－Ｚ－ＶＰ異性体（即ち、シス－ビニルホスフェート、
）のいずれか、又はこれらの混合物であり得る。
一実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、センス鎖の５’末端にリン含有基を含む。一実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、アンチセンス鎖の５’末端にリン含有基を含む。
一実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、５’－Ｐを含む。一実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、アンチセンス鎖に５’－Ｐを含む。
一実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、５’－ＰＳを含む。一実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、アンチセンス鎖に５’－ＰＳを含む。
一実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、５’－ＶＰを含む。一実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、アンチセンス鎖に５’－ＶＰを含む。一実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、アンチセンス鎖に５’－Ｅ－ＶＰを含む。一実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、アンチセンス鎖に５’－Ｚ－ＶＰを含む。
一実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、５’－ＰＳ２を含む。一実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、アンチセンス鎖に５’－ＰＳ２を含む。
一実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、５’－ＰＳ２を含む。一実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、アンチセンス鎖に５’デオキシ５’－Ｃ－マロニルを含む。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、Ｔ２’は２’－Ｆであり、ｑ４は２であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は５であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－ＯＭｅであり、ｑ７は１である。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－ＰＳも含む。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、Ｔ２’は２’－Ｆであり、ｑ４は２であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は５であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－ＯＭｅであり、ｑ７は１である。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－Ｐも含む。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、Ｔ２’は２’－Ｆであり、ｑ４は２であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は５であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－ＯＭｅであり、ｑ７は１である。ｄｓＲＮＡ剤はまた、５’－ＶＰを含む。５’－ＶＰは、５’－Ｅ－ＶＰ、５’－Ｚ－ＶＰ、又はそれらの組み合わせであり得る。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、Ｔ２’は２’－Ｆであり、ｑ４は２であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は５であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－ＯＭｅであり、ｑ７は１である。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－ＰＳ２も含む。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、Ｔ２’は２’－Ｆであり、ｑ４は２であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は５であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－ＯＭｅであり、ｑ７は１である。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－デオキシ－５’－Ｃ－マロニルも含む。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、Ｔ２’は２’－Ｆであり、ｑ４は２であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は５であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－ＯＭｅであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－Ｐも含む。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、Ｔ２’は２’－Ｆであり、ｑ４は２であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は５であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－ＯＭｅであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－ＰＳも含む。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、Ｔ２’は２’－Ｆであり、ｑ４は２であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は５であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－ＯＭｅであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－ＶＰも含む。５’－ＶＰは、５’－Ｅ－ＶＰ、５’－Ｚ－ＶＰ、又はこれらの組み合わせであり得る。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、Ｔ２’は２’－Ｆであり、ｑ４は２であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は５であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－ＯＭｅであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－ＰＳ２も含む。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、Ｔ２’は２’－Ｆであり、ｑ４は２であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は５であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－ＯＭｅであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－デオキシ－５’－Ｃ－マロニルも含む。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、ｑ４は０であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は７であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－ＯＭｅであり、ｑ７は１である。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－Ｐも含む。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、ｑ４は０であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は７であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－ＯＭｅであり、ｑ７は１である。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－ＰＳも含む。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、ｑ４は０であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は７であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－ＯＭｅであり、ｑ７は１である。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－ＶＰも含む。５’－ＶＰは、５’－Ｅ－ＶＰ、５’－Ｚ－ＶＰ、又はこれらの組み合わせであり得る。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、ｑ４は０であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は７であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－ＯＭｅであり、ｑ７は１である。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－ＰＳ２も含む。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、ｑ４は０であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は７であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－ＯＭｅであり、ｑ７は１である。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－デオキシ－５’－Ｃ－マロニルも含む。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、ｑ４は０であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は７であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－ＯＭｅであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－Ｐも含む。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、ｑ４は０であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は７であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－ＯＭｅであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－ＰＳも含む。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、ｑ４は０であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は７であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－ＯＭｅであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－ＶＰも含む。５’－ＶＰは、５’－Ｅ－ＶＰ、５’－Ｚ－ＶＰ、又はこれらの組み合わせであり得る。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、ｑ４は０であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は７であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－ＯＭｅであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－ＰＳ２も含む。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、ｑ４は０であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は７であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－ＯＭｅであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－デオキシ－５’－Ｃ－マロニルも含む。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、Ｔ２’は２’－Ｆであり、ｑ４は２であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は５であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－Ｆであり、ｑ７は１である。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－Ｐも含む。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、Ｔ２’は２’－Ｆであり、ｑ４は２であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は５であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－Ｆであり、ｑ７は１である。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－ＰＳも含む。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、Ｔ２’は２’－Ｆであり、ｑ４は２であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は５であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－Ｆであり、ｑ７は１である。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－ＶＰも含む。５’－ＶＰは、５’－Ｅ－ＶＰ、５’－Ｚ－ＶＰ、又はこれらの組み合わせであり得る。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、Ｔ２’は２’－Ｆであり、ｑ４は２であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は５であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－Ｆであり、ｑ７は１である。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－ＰＳ２も含む。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、Ｔ２’は２’－Ｆであり、ｑ４は２であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は５であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－Ｆであり、ｑ７は１である。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－デオキシ－５’－Ｃ－マロニルも含む。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、Ｔ２’は２’－Ｆであり、ｑ４は２であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は５であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－Ｆであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－Ｐも含む。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、Ｔ２’は２’－Ｆであり、ｑ４は２であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は５であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－Ｆであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－ＰＳも含む。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、Ｔ２’は２’－Ｆであり、ｑ４は２であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は５であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－Ｆであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－ＶＰも含む。５’－ＶＰは、５’－Ｅ－ＶＰ、５’－Ｚ－ＶＰ、又はこれらの組み合わせであり得る。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、Ｔ２’は２’－Ｆであり、ｑ４は２であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は５であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－Ｆであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－ＰＳ２も含む。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、Ｔ２’は２’－Ｆであり、ｑ４は２であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は５であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－Ｆであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－デオキシ－５’－Ｃ－マロニルも含む。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、ｑ４は０であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は７であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－Ｆであり、ｑ７は１である。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－Ｐも含む。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、ｑ４は０であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は７であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－Ｆであり、ｑ７は１である。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－ＰＳも含む。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、ｑ４は０であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は７であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－Ｆであり、ｑ７は１である。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－ＶＰも含む。５’－ＶＰは、５’－Ｅ－ＶＰ、５’－Ｚ－ＶＰ、又はこれらの組み合わせであり得る。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、ｑ４は０であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は７であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－Ｆであり、ｑ７は１である。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－ＰＳ２も含む。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、ｑ４は０であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は７であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－Ｆであり、ｑ７は１である。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－デオキシ－５’－Ｃ－マロニルも含む。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、ｑ４は０であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は７であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－Ｆであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－Ｐも含む。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、ｑ４は０であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は７であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－Ｆであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－ＰＳも含む。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、ｑ４は０であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は７であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－Ｆであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－ＶＰも含む。５’－ＶＰは、５’－Ｅ－ＶＰ、５’－Ｚ－ＶＰ、又はこれらの組み合わせであり得る。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、ｑ４は０であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は７であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－Ｆであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－ＰＳ２も含む。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、ｑ４は０であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は７であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－Ｆであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－デオキシ－５’－Ｃ－マロニルも含む。
一実施形態では、本発明のｄｓＲＮＡ剤の１００％、９５％、９０％、８５％、８０％、７５％、７０％、６５％、６０％、５５％、５０％、４５％、４０％、３５％、又は３０％が修飾される。例えば、ｄｓＲＮＡ剤の５０％が修飾される場合は、ｄｓＲＮＡ剤中に存在する全てのヌクレオチドの５０％が、本明細書に記載のように修飾を含む。
一実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤のセンス鎖及びアンチセンス鎖は、それぞれ独立に、非環状ヌクレオチド、ＬＮＡ、ＨＮＡ、ＣｅＮＡ、２’－メトキシエチル、２’Ｏ－メチル、２’－Ｏ－アリル、２’－Ｃ－アリル、２’－デオキシ、２’－フルオロ、２’－Ｏ－Ｎ－メチルアセトアミド（２’－Ｏ－ＮＭＡ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエトキシエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＥＯＥ）、２’－Ｏ－アミノプロピル（２’－Ｏ－ＡＰ）、又は２’－ａｒａ－Ｆで修飾されている。
一実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤のセンス鎖及びアンチセンス鎖のそれぞれは、少なくとも２つの異なる修飾を含む。
一実施形態では、式（Ｉ）のｄｓＲＮＡ剤は、１～１０ヌクレオチド長の３’及び／又は５’オーバーハングをさらに含む。一例では、式（Ｉ）のｄｓＲＮＡ剤は、アンチセンス鎖の３’末端における３’オーバーハング及びアンチセンス鎖の５’末端における平滑末端を含む。別の例では、ｄｓＲＮＡ剤は、センス鎖の５’末端に５’オーバーハングを有する。
一実施形態では、本発明のｄｓＲＮＡ剤は、２’－Ｆ修飾を一切含まない。
一実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤のセンス鎖及び／又はアンチセンス鎖は、ホスホロチオエート又はメチルホスホネートヌクレオチド間結合の１つ以上のブロックを含む。一例では、センス鎖は、２つのホスホロチオエート又はメチルホスホネートヌクレオチド間結合の１つのブロックを含む。一例では、アンチセンス鎖は、２つのホスホロチオエート又はメチルホスホネートヌクレオチド間結合の２つのブロックを含む。例えば、ホスホロチオエート又はメチルホスホネートヌクレオチド間結合の２つのブロックは、１６～１８のリン酸ヌクレオチド間結合によって分離されている。
一実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤のセンス鎖及びアンチセンス鎖のそれぞれは、１５～３０のヌクレオチドを有する。一例では、センス鎖は、１９～２２のヌクレオチドを有し、アンチセンス鎖は、１９～２５のヌクレオチドを有する。別の例では、センス鎖は、２１のヌクレオチドを有し、アンチセンス鎖は、２３のヌクレオチドを有する。
一実施形態では、二重鎖におけるアンチセンス鎖の５’末端の１位のヌクレオチドは、Ａ、ｄＡ、ｄＵ、Ｕ、及びｄＴからなる群から選択される。一実施形態では、アンチセンス鎖の５’末端からの第１、第２、及び第３の塩基対の少なくとも１つが、ＡＵ塩基対である。
一実施形態では、本発明のｄｓＲＮＡ剤のアンチセンス鎖は、標的ＲＮＡにハイブリダイズしてその発現をＲＮＡ干渉によって阻害するための標的ＲＮＡに対して１００％相補的である。別の実施形態では、本発明のｄｓＲＮＡ剤のアンチセンス鎖は、標的ＲＮＡに対して少なくとも９５％、少なくとも９０％、少なくとも８５％、少なくとも８０％、少なくとも７５％、少なくとも７０％、少なくとも６５％、少なくとも６０％、少なくとも５５％、又は少なくとも５０％相補的である。
一態様では、本発明は、標的遺伝子の発現を阻害することができる、本明細書で定義されるｄｓＲＮＡ剤に関する。ｄｓＲＮＡ剤は、センス鎖及びアンチセンス鎖を含み、各鎖は、１４～４０のヌクレオチドを有する。センス鎖は、少なくとも１つの熱不安定化ヌクレオチドを含み、前記熱不安定化ヌクレオチドの少なくとも１つは、アンチセンス鎖のｓｅｅｄ領域（即ち、アンチセンス鎖の５’末端の２位～８位）の反対側の部位又はその近傍に存在する。式（Ｉ）によって表されるｄｓＲＮＡに関連する本明細書に記載の実施形態及び態様のそれぞれは、熱不安定化ヌクレオチドを含むｄｓＲＮＡにも適用することができる。
熱不安定化ヌクレオチドは、例えば、センス鎖が２１ヌクレオチド長である場合は、センス鎖の５’末端の１４位～１７位の間に存在し得る。アンチセンス鎖は、立体的要求が高い２’－ＯＭｅ修飾よりも小さい少なくとも２つの修飾核酸を含む。好ましくは、立体的要求が高い２’－ＯＭｅよりも小さい２つの修飾核酸は、１１ヌクレオチド長離間している。例えば、２つの修飾核酸は、アンチセンス鎖の５’末端の２位及び１４位にある。
一実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、少なくとも１つのＡＳＧＰＲリガンドをさらに含む。例えば、ＡＳＧＰＲリガンドは、二価又は三価の分岐リンカー、例えば：
によって付加された１つ以上のＧａｌＮＡｃ誘導体である。一例では、ＡＳＧＰＲリガンドは、センス鎖の３’末端に付加される。
例えば、本明細書に記載のｄｓＲＮＡ剤は、（ｉ）センス鎖又はアンチセンス鎖の５’末端におけるリン含有基；（ｉｉ）センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾；並びに（ｉｉｉ）センス鎖又はアンチセンス鎖の５’末端又は３’末端におけるリガンド、例えば、ＡＳＧＰＲリガンド（例えば、１つ以上のＧａｌＮＡｃ誘導体）を含み得る。例えば、このリガンドは、センス鎖の３’末端に存在し得る。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、Ｔ２’は２’－Ｆであり、ｑ４は２であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は５であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－ＯＭｅであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－Ｐ及び標的リガンドも含む。一実施形態では、５’－Ｐは、アンチセンス鎖の５’末端にあり、標的リガンドは、センス鎖の３’末端にある。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、Ｔ２’は２’－Ｆであり、ｑ４は２であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は５であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－ＯＭｅであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－ＰＳ及び標的リガンドも含む。一実施形態では、５’－ＰＳは、アンチセンス鎖の５’末端にあり、標的リガンドは、センス鎖の３’末端にある。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、Ｔ２’は２’－Ｆであり、ｑ４は２であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は５であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－ＯＭｅであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－ＶＰ（例えば、５’－Ｅ－ＶＰ、５’－Ｚ－ＶＰ、又はこれらの組み合わせ）及び標的リガンドも含む。一実施形態では、５’－ＶＰは、アンチセンス鎖の５’末端にあり、標的リガンドは、センス鎖の３’末端にある。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、Ｔ２’は２’－Ｆであり、ｑ４は２であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は５であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－ＯＭｅであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－ＰＳ２及び標的リガンドも含む。一実施形態では、５’－ＰＳ２は、アンチセンス鎖の５’末端にあり、標的リガンドは、センス鎖の３’末端にある。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、Ｔ２’は２’－Ｆであり、ｑ４は２であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は５であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－ＯＭｅであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－デオキシ－５’－Ｃ－マロニル及び標的リガンドも含む。一実施形態では、５’－デオキシ－５’－Ｃ－マロニルは、アンチセンス鎖の５’末端にあり、標的リガンドは、センス鎖の３’末端にある。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、ｑ４は０であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は７であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－ＯＭｅであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－Ｐ及び標的リガンドも含む。一実施形態では、５’－Ｐは、アンチセンス鎖の５’末端にあり、標的リガンドは、センス鎖の３’末端にある。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、ｑ４は０であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は７であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－ＯＭｅであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－ＰＳ及び標的リガンドも含む。一実施形態では、５’－ＰＳは、アンチセンス鎖の５’末端にあり、標的リガンドは、センス鎖の３’末端にある。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、ｑ４は０であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は７であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－ＯＭｅであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－ＶＰ（例えば、５’－Ｅ－ＶＰ、５’－Ｚ－ＶＰ、又はこれらの組み合わせ）及び標的リガンドも含む。一実施形態では、５’－ＶＰは、アンチセンス鎖の５’末端にあり、標的リガンドは、センス鎖の３’末端にある。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、ｑ４は０であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は７であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－ＯＭｅであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－ＰＳ２及び標的リガンドも含む。一実施形態では、５’－ＰＳ２は、アンチセンス鎖の５’末端にあり、標的リガンドは、センス鎖の３’末端にある。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、ｑ４は０であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は７であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－ＯＭｅであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－デオキシ－５’－Ｃ－マロニル及び標的リガンドも含む。一実施形態では、５’－デオキシ－５’－Ｃ－マロニルは、アンチセンス鎖の５’末端にあり、標的リガンドは、センス鎖の３’末端にある。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、Ｔ２’は２’－Ｆであり、ｑ４は２であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は５であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－Ｆであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－Ｐ及び標的リガンドも含む。一実施形態では、５’－Ｐは、アンチセンス鎖の５’末端にあり、標的リガンドは、センス鎖の３’末端にある。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、Ｔ２’は２’－Ｆであり、ｑ４は２であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は５であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－Ｆであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－ＰＳ及び標的リガンドも含む。一実施形態では、５’－ＰＳは、アンチセンス鎖の５’末端にあり、標的リガンドは、センス鎖の３’末端にある。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、Ｔ２’は２’－Ｆであり、ｑ４は２であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は５であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－Ｆであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－ＶＰ（例えば、５’－Ｅ－ＶＰ、５’－Ｚ－ＶＰ、又はこれらの組み合わせ）及び標的リガンドも含む。一実施形態では、５’－ＶＰは、アンチセンス鎖の５’末端にあり、標的リガンドは、センス鎖の３’末端にある。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、Ｔ２’は２’－Ｆであり、ｑ４は２であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は５であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－Ｆであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－ＰＳ２及び標的リガンドも含む。一実施形態では、５’－ＰＳ２は、アンチセンス鎖の５’末端にあり、標的リガンドは、センス鎖の３’末端にある。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、Ｔ２’は２’－Ｆであり、ｑ４は２であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は５であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－Ｆであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－デオキシ－５’－Ｃ－マロニル及び標的リガンドも含む。一実施形態では、５’－デオキシ－５’－Ｃ－マロニルは、アンチセンス鎖の５’末端にあり、標的リガンドは、センス鎖の３’末端にある。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、ｑ４は０であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は７であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－Ｆであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－Ｐ及び標的リガンドも含む。一実施形態では、５’－Ｐは、アンチセンス鎖の５’末端にあり、標的リガンドは、センス鎖の３’末端にある。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、ｑ４は０であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は７であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－Ｆであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－ＰＳ及び標的リガンドも含む。一実施形態では、５’－ＰＳは、アンチセンス鎖の５’末端にあり、標的リガンドは、センス鎖の３’末端にある。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、ｑ４は０であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は７であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－Ｆであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－ＶＰ（例えば、５’－Ｅ－ＶＰ、５’－Ｚ－ＶＰ、又はこれらの組み合わせ）及び標的リガンドも含む。一実施形態では、５’－ＶＰは、アンチセンス鎖の５’末端にあり、標的リガンドは、センス鎖の３’末端にある。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、ｑ４は０であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は７であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－Ｆであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－ＰＳ２及び標的リガンドも含む。一実施形態では、５’－ＰＳ２は、アンチセンス鎖の５’末端にあり、標的リガンドは、センス鎖の３’末端にある。
一実施形態では、Ｂ１は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｎ１は８であり、Ｔ１は２’Ｆであり、ｎ２は３であり、Ｂ２は２’－ＯＭｅであり、ｎ３は７であり、ｎ４は０であり、Ｂ３は２’－ＯＭｅであり、ｎ５は３であり、Ｂ１’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ１は９であり、Ｔ１’は２’－Ｆであり、ｑ２は１であり、Ｂ２’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ３は４であり、ｑ４は０であり、Ｂ３’は２’－ＯＭｅ又は２’－Ｆであり、ｑ５は７であり、Ｔ３’は２’－Ｆであり、ｑ６は１であり、Ｂ４’は２’－Ｆであり、ｑ７は１であり；センス鎖の１位～５位（センス鎖の５’末端から数えて）の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾、並びにアンチセンス鎖の１位及び２位（アンチセンス鎖の５’末端から数えて）にある２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾及び１８位～２３位の範囲内の２つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合の修飾を有する。ｄｓＲＮＡ剤は、５’－デオキシ－５’－Ｃ－マロニル及び標的リガンドも含む。一実施形態では、５’－デオキシ－５’－Ｃ－マロニルは、アンチセンス鎖の５’末端にあり、標的リガンドは、センス鎖の３’末端にある。
特定の一実施形態では、本発明のｄｓＲＮＡ剤は：
センス鎖であって：
２１ヌクレオチド長；
（ｉｉ）任意選択で三価分岐リンカーによって付加された３つのＧａｌＮＡｃ誘導体を含む３’末端に付加されたＡＳＧＰＲリガンド；及び
（ｉｉｉ）１位、３位、５位、７位、９位～１１位、１３位、１７位、１９位、及び２１位（５’末端から数えて）における２’－Ｆ修飾、並びに２位、４位、６位、８位、１２位、１４位～１６位、１８位、及び２０位における２’－ＯＭｅ修飾を有する、センス鎖；
並びに
（ｂ）アンチセンス鎖であって：
２３ヌクレオチド長；
（ｉｉ）１位、３位、５位、９位、１１位～１３位、１５位、１７位、１９位、２１位、及び２３位（５’末端から数えて）における２’－ＯＭｅ修飾、並びに２位、４位、６位～８位、１０位、１４位、１６位、１８位、２０位、及び２２位における２’Ｆ修飾；並びに
（ｉｉｉ）ヌクレオチド２１位と２２位（５’末端から数えて）との間及びヌクレオチド２２位と２３位との間のホスホロチオエートヌクレオチド間結合を有する、アンチセンス鎖を含み；
このｄｓＲＮＡ剤は、アンチセンス鎖の３’末端における２つのヌクレオチドオーバーハング、及びアンチセンス鎖の５’末端における平滑末端を有する、アンチセンス鎖を有する。
別の特定の実施形態では、本発明のｄｓＲＮＡ剤は：
センス鎖であって：
２１ヌクレオチド長；
（ｉｉ）任意選択で三価分岐リンカーによって付加された３つのＧａｌＮＡｃ誘導体を含む、３’末端に付加されたＡＳＧＰＲリガンド；
（ｉｉｉ）１位、３位、５位、７位、９位～１１位、１３位、１５位、１７位、１９位、及び２１位（５’末端から数えて）における２’－Ｆ修飾、並びに２位、４位、６位、８位、１２位、１４位、１６位、１８位、及び２０位における２’－ＯＭｅ修飾；並びに
（ｉｖ）ヌクレオチド１位と２位（５’末端から数えて）との間及びヌクレオチド２位と３位との間のホスホロチオエートヌクレオチド間結合を有する、センス鎖；
並びに
（ｂ）アンチセンス鎖であって：
２３ヌクレオチド長；
（ｉｉ）１位、３位、５位、７位、９位、１１位～１３位、１５位、１７位、１９位、及び２１位～２３位（５’末端から数えて）における２’－ＯＭｅ修飾、並びに２位、４位、６位、８位、１０位、１４位、１６位、１８位、及び２０位における２’－Ｆ修飾；並びに
（ｉｉｉ）ヌクレオチド１位と２位（５’末端から数えて）との間、ヌクレオチド２位と３位との間、ヌクレオチド２１位と２２位との間、及びヌクレオチド２２位と２３位との間のホスホロチオエートヌクレオチド間結合を有する、アンチセンス鎖を含み；
このｄｓＲＮＡ剤は、アンチセンス鎖の３’末端における２つヌクレオチドのオーバーハング、及びアンチセンス鎖の５’末端における平滑末端を有する、アンチセンス鎖を含む。
別の特定の実施形態では、本発明のｄｓＲＮＡ剤は：
センス鎖であって：
２１ヌクレオチド長；
（ｉｉ）任意選択で三価分岐リンカーによって付加された３つのＧａｌＮＡｃ誘導体を含む、３’末端に付加されたＡＳＧＰＲリガンド；
（ｉｉｉ）１位～６位、８位、１０位、及び１２位～２１位（５’末端から数えて）における２’－ＯＭｅ修飾、７位及び９位における２’－Ｆ修飾、並びに１１位におけるデオキシ－ヌクレオチド（例えば、ｄＴ）；並びに
（ｉｖ）ヌクレオチド１位と２位（５’末端から数えて）との間及びヌクレオチド２位と３位との間のホスホロチオエートヌクレオチド間結合を有する、センス鎖；
並びに
（ｂ）アンチセンス鎖であって：
２３ヌクレオチド長；
（ｉｉ）１位、３位、７位、９位、１１位、１３位、１５位、１７位、及び１９位～２３位（５’末端から数えて）における２’－ＯＭｅ修飾、並びに２位、４位～６位、８位、１０位、１２位、１４位、１６位、及び１８位における２’－Ｆ修飾；並びに
（ｉｉｉ）ヌクレオチド１位と２位（５’末端から数えて）との間、ヌクレオチド２位と３位との間、ヌクレオチド２１位と２２位との間、及びヌクレオチド２２位と２３位との間のホスホロチオエートヌクレオチド間結合を有する、アンチセンス鎖を含み；
このｄｓＲＮＡ剤は、アンチセンス鎖の３’末端における２つのヌクレオチドオーバーハング、及びアンチセンス鎖の５’末端における平滑末端を有する。
別の特定の実施形態では、本発明のｄｓＲＮＡ剤は：
センス鎖であって：
２１ヌクレオチド長；
（ｉｉ）任意選択で三価分岐リンカーによって付加された３つのＧａｌＮＡｃ誘導体を含む、３’末端に付加されたＡＳＧＰＲリガンド；
（ｉｉｉ）１位～６位、８位、１０位、１２位、１４位、及び１６位～２１位における２’－ＯＭｅ修飾、並びに７位、９位、１１位、１３位、及び１５位における２’－Ｆ修飾；並びに
（ｉｖ）ヌクレオチド１位と２位（５’末端から数えて）との間及びヌクレオチド２位と３位との間のホスホロチオエートヌクレオチド間結合を有する、センス鎖；
並びに
（ｂ）アンチセンス鎖であって：
２３ヌクレオチド長；
（ｉｉ）１位、５位、７位、９位、１１位、１３位、１５位、１７位、１９位、及び２１位～２３位（５’末端から数えて）における２’－ＯＭｅ修飾、並びに２位～４位、６位、８位、１０位、１２位、１４位、１６位、１８位、及び２０位における２’－Ｆ修飾；並びに
（ｉｉｉ）ヌクレオチド１位と２位（５’末端から数えて）との間、ヌクレオチド２位と３位との間、ヌクレオチド２１位と２２位との間、及びヌクレオチド２２位と２３位との間のホスホロチオエートヌクレオチド間結合を有する、アンチセンス鎖を含み；
このｄｓＲＮＡ剤は、アンチセンス鎖の３’末端における２つのヌクレオチドオーバーハング、及びアンチセンス鎖の５’末端における平滑末端を有する。
別の特定の実施形態では、本発明のｄｓＲＮＡ剤は：
センス鎖であって：
２１ヌクレオチド長；
（ｉｉ）任意選択で三価分岐リンカーによって付加された３つのＧａｌＮＡｃ誘導体を含む、３’末端に付加されたＡＳＧＰＲリガンド；
（ｉｉｉ）１位～９位及び１２位～２１位における２’－ＯＭｅ修飾、並びに１０位及び１１位における２’－Ｆ修飾；並びに
（ｉｖ）ヌクレオチド１位と２位（５’末端から数えて）との間及びヌクレオチド２位と３位との間のホスホロチオエートヌクレオチド間結合を有する、センス鎖；
並びに
（ｂ）アンチセンス鎖であって：
２３ヌクレオチド長；
（ｉｉ）１位、５位、７位、９位、１１位～１３位、１５位、１７位、１９位、及び２１位～２３位（５’末端から数えて）における２’－ＯＭｅ修飾、並びに２位、４位、６位、８位、１０位、１４位、１６位、１８位、及び２０位における２’－Ｆ修飾；並びに
（ｉｉｉ）ヌクレオチド１位と２位（５’末端から数えて）との間、ヌクレオチド２位と３位との間、ヌクレオチド２１位と２２位との間、及びヌクレオチド２２位と２３位との間のホスホロチオエートヌクレオチド間結合を有する、アンチセンス鎖を含み；
このｄｓＲＮＡ剤は、アンチセンス鎖の３’末端における２つのヌクレオチドオーバーハング、及びアンチセンス鎖の５’末端における平滑末端を有する。
別の特定の実施形態では、本発明のｄｓＲＮＡ剤は：
センス鎖であって：
２１ヌクレオチド長；
（ｉｉ）任意選択で三価分岐リンカーによって付加された３つのＧａｌＮＡｃ誘導体を含む、３’末端に付加されたＡＳＧＰＲリガンド；
（ｉｉｉ）１位、３位、５位、７位、９位～１１位、及び１３位における２’－Ｆ修飾、並びに２位、４位、６位、８位、１２位、１４位～２１位における２’－ＯＭｅ修飾；並びに
（ｉｖ）ヌクレオチド１位と２位（５’末端から数えて）との間及びヌクレオチド２位と３位との間のホスホロチオエートヌクレオチド間結合を有する、センス鎖；
並びに
（ｂ）アンチセンス鎖であって：
２３ヌクレオチド長；
（ｉｉ）１位、３位、５位～７位、９位、１１位～１３位、１５位、１７位～１９位、及び２１位～２３位（５’末端から数えて）における２’－ＯＭｅ修飾、並びに２位、４位、８位、１０位、１４位、１６位、及び２０位における２’－Ｆ修飾；並びに
（ｉｉｉ）ヌクレオチド１位と２位（５’末端から数えて）との間、ヌクレオチド２位と３位との間、ヌクレオチド２１位と２２位との間、及びヌクレオチド２２位と２３位との間のホスホロチオエートヌクレオチド間結合を有する、アンチセンス鎖を含み；
このｄｓＲＮＡ剤は、アンチセンス鎖の３’末端における２つのヌクレオチドオーバーハング、及びアンチセンス鎖の５’末端における平滑末端を有する。
別の特定の実施形態では、本発明のｄｓＲＮＡ剤は：
センス鎖であって：
２１ヌクレオチド長；
（ｉｉ）任意選択で三価分岐リンカーによって付加された３つのＧａｌＮＡｃ誘導体を含む、３’末端に付加されたＡＳＧＰＲリガンド；
（ｉｉｉ）１位、２位、４位、６位、８位、１２位、１４位、１５位、１７位、及び１９位～２１位における２’－ＯＭｅ修飾、並びに３位、５位、７位、９位～１１位、１３位、１６位、及び１８位における２’－Ｆ修飾；並びに
（ｉｖ）ヌクレオチド１位と２位（５’末端から数えて）との間及びヌクレオチド２位と３位との間のホスホロチオエートヌクレオチド間結合を有する、センス鎖；
並びに
（ｂ）アンチセンス鎖であって：
２５ヌクレオチド長；
（ｉｉ）１位、４位、６位、７位、９位、１１位～１３位、１５位、１７位、及び１９位～２３位（５’末端から数えて）における２’－ＯＭｅ修飾、２位、３位、５位、８位、１０位、１４位、１６位、及び１８位における２’－Ｆ修飾、並びに２４位及び２５位におけるデオキシ－ヌクレオチド（例えば、ｄＴ）；並びに
（ｉｉｉ）ヌクレオチド１位と２位（５’末端から数えて）との間、ヌクレオチド２位と３位との間、ヌクレオチド２１位と２２位との間、及びヌクレオチド２２位と２３位との間のホスホロチオエートヌクレオチド間結合を有する、アンチセンス鎖を含み；
このｄｓＲＮＡ剤は、アンチセンス鎖の３’末端における４つのヌクレオチドオーバーハング、及びアンチセンス鎖の５’末端における平滑末端を有する。
別の特定の実施形態では、本発明のｄｓＲＮＡ剤は：
センス鎖であって：
２１ヌクレオチド長；
（ｉｉ）任意選択で三価分岐リンカーによって付加された３つのＧａｌＮＡｃ誘導体を含む、３’末端に付加されたＡＳＧＰＲリガンド；
（ｉｉｉ）１位～６位、８位、及び１２位～２１位における２’－ＯＭｅ修飾、並びに７位及び９位～１１位における２’－Ｆ修飾；並びに
（ｉｖ）ヌクレオチド１位と２位（５’末端から数えて）との間及びヌクレオチド２位と３位との間のホスホロチオエートヌクレオチド間結合を有する、センス鎖；
並びに
（ｂ）アンチセンス鎖であって：
２３ヌクレオチド長；
（ｉｉ）１位、３位～５位、７位、８位、１０位～１３位、１５位、及び１７位～２３位（５’末端から数えて）における２’－ＯＭｅ修飾、並びに２位、６位、９位、１４位、及び１６位における２’－Ｆ修飾；並びに
（ｉｉｉ）ヌクレオチド１位と２位（５’末端から数えて）との間、ヌクレオチド２位と３位との間、ヌクレオチド２１位と２２位との間、及びヌクレオチド２２位と２３位との間のホスホロチオエートヌクレオチド間結合を有する、アンチセンス鎖を含み；
このｄｓＲＮＡ剤は、アンチセンス鎖の３’末端における２つのヌクレオチドオーバーハング、及びアンチセンス鎖の５’末端における平滑末端を有する。
別の特定の実施形態では、本発明のｄｓＲＮＡ剤は：
センス鎖であって：
２１ヌクレオチド長；
（ｉｉ）任意選択で三価分岐リンカーによって付加された３つのＧａｌＮＡｃ誘導体を含む、３’末端に付加されたＡＳＧＰＲリガンド；
（ｉｉｉ）１位～６位、８位、及び１２位～２１位における２’－ＯＭｅ修飾、並びに７位及び９～１１位における２’－Ｆ修飾；並びに
（ｉｖ）ヌクレオチド１位と２位（５’末端から数えて）との間及びヌクレオチド２位と３位との間のホスホロチオエートヌクレオチド間結合を有する、センス鎖；
並びに
（ｂ）アンチセンス鎖であって：
２３ヌクレオチド長；
（ｉｉ）１、３～５、７、１０～１３、１５、及び１７～２３位（５’末端から数えて）における２’－ＯＭｅ修飾、並びに２、６、８、９、１４、及び１６位における２’－Ｆ修飾；並びに
（ｉｉｉ）ヌクレオチド１位と２位（５’末端から数えて）との間、ヌクレオチド２位と３位との間、ヌクレオチド２１位と２２位との間、及びヌクレオチド２２位と２３位との間のホスホロチオエートヌクレオチド間結合を有する、アンチセンス鎖を含み；
このｄｓＲＮＡ剤は、アンチセンス鎖の３’末端における２つのヌクレオチドオーバーハング、及びアンチセンス鎖の５’末端における平滑末端を有する。
別の特定の実施形態では、本発明のｄｓＲＮＡ剤は：
センス鎖であって：
１９ヌクレオチド長；
（ｉｉ）任意選択で三価分岐リンカーによって付加された３つのＧａｌＮＡｃ誘導体を含む、３’末端に付加されたＡＳＧＰＲリガンド；
（ｉｉｉ）１位～４位、６位、及び１０位～１９位における２’－ＯＭｅ修飾、並びに５位及び７～９位における２’－Ｆ修飾；並びに
（ｉｖ）ヌクレオチド１位と２位（５’末端から数えて）との間及びヌクレオチド２位と３位との間のホスホロチオエートヌクレオチド間結合を有する、センス鎖；
並びに
（ｂ）アンチセンス鎖であって：
２１ヌクレオチド長；
（ｉｉ）１、３～５、７、１０～１３、１５、及び１７～２１位（５’末端から数えて）における２’－ＯＭｅ修飾、並びに２、６、８、９、１４、及び１６位における２’－Ｆ修飾；並びに
（ｉｉｉ）ヌクレオチド１位と２位（５’末端から数えて）との間、ヌクレオチド２位と３位との間、ヌクレオチド１９位と２０位との間、及びヌクレオチド２０位と２１位との間のホスホロチオエートヌクレオチド間結合を有する、アンチセンス鎖を含み；
このｄｓＲＮＡ剤は、アンチセンス鎖の３’末端における２つのヌクレオチドオーバーハング、及びアンチセンス鎖の５’末端における平滑末端を有する。
様々な刊行物に、多量体ｓｉＲＮＡが記載されており、これらは全て本発明のｉＲＮＡと共に使用され得る。このような刊行物としては、参照により全内容が本明細書に組み入れられる、国際公開第２００７／０９１２６９号パンフレット、米国特許第７８５８７６９号明細書、国際公開第２０１０／１４１５１１号パンフレット、国際公開第２００７／１１７６８６号パンフレット、国際公開第２００９／０１４８８７号パンフレット及び国際公開第２０１１／０３１５２０号パンフレットが挙げられる。
一部の実施形態では、本発明のｉＲＮＡ剤の１００％、９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９４％、９３％、０２％、９１％、９０％、８５％、８０％、７５％、７０％、６５％、６０％、５５％、５０％、４５％、４０％、３５％又は３０％が修飾される。
一部の実施形態では、ｉＲＮＡ剤のセンス鎖及びアンチセンス鎖のそれぞれは、独立に、非環状ヌクレオチド、ＬＮＡ、ＨＮＡ、ＣｅＮＡ、２’－メトキシエチル、２’－Ｏ－メチル、２’－Ｏ－アリル、２’－Ｃ－アリル、２’－デオキシ、２’－フルオロ、２’－Ｏ－Ｎ－メチルアセトアミド（２’－Ｏ－ＮＭＡ）、２’－Ｏ－ジメチルアミノエトキシエチル（２’－Ｏ－ＤＭＡＥＯＥ）、２’－Ｏ－アミノプロピル（２’－Ｏ－ＡＰ）、又は２’－ａｒａ－Ｆで修飾される。
一部の実施形態では、ｉＲＮＡ剤のセンス鎖及びアンチセンス鎖のそれぞれは、少なくとも２つの異なる修飾を含む。
一部の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、任意の２’－Ｆを含まない。
一部の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０、１１又は１２の２’－Ｆ修飾を含む。一例では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、９つ又は１０の２’－Ｆ修飾を含む。
本発明のｉＲＮＡ剤は、少なくとも１つのホスホロチオエート又はメチルホスホネートヌクレオチド間結合をさらに含み得る。ホスホロチオエート又はメチルホスホネートヌクレオチド間結合修飾は、鎖のいずれかの位置のセンス鎖又はアンチセンス鎖又は両方の任意のヌクレオチドに存在し得る。例えば、ヌクレオチド間結合修飾は、センス鎖又はアンチセンス鎖における全てのヌクレオチドに存在してもよく；各ヌクレオチド間結合修飾は、センス鎖又はアンチセンス鎖において交互のパターンで存在してもよく；又はセンス鎖又はアンチセンス鎖は、交互のパターンで両方のヌクレオチド間結合修飾を含み得る。センス鎖におけるヌクレオチド間結合の修飾の交互パターンは、アンチセンス鎖と同じでも異なっても良く、センス鎖におけるヌクレオチド間結合の修飾の交互パターンは、アンチセンス鎖におけるヌクレオチド間結合の修飾の交互パターンに対してシフトを有しても良い。
一実施形態では、ｉＲＮＡ剤は、オーバーハング領域にホスホロチオエート又はメチルホスホネートのヌクレオチド間結合の修飾を含む。例えば、オーバーハング領域は、２つのヌクレオチド間にホスホロチオエート又はメチルホスホネートのヌクレオチド間結合を有する２つのヌクレオチドを含有し得る。ヌクレオチド間結合の修飾は、オーバーハングヌクレオチドを二重鎖領域内の末端の塩基対形成ヌクレオチドに結合させるために形成することもできる。例えば、少なくとも２つ、３つ、４つ、又は全てのオーバーハングヌクレオチドを、ホスホロチオエート又はメチルホスホネートのヌクレオチド間結合によって結合することができ、任意選択で、オーバーハングヌクレオチドをその次の塩基対形成ヌクレオチドに結合する追加的なホスホロチオエート又はメチルホスホネートのヌクレオチド間結合が存在しても良い。例えば、末端の３つのヌクレオチド間に少なくとも２つのホスホチオエートのヌクレオチド間結合が存在しても良く、この末端の３つのヌクレオチドのうちの２つは、オーバーハングヌクレオチドであり、第３のヌクレオチドは、オーバーハングヌクレオチドの次の塩基対形成ヌクレオチドである。好ましくは、これらの末端の３つのヌクレオチドは、アンチセンス鎖の３’末端に存在し得る。
一部の実施形態では、ｉＲＮＡ剤のセンス鎖及び／又はアンチセンス鎖は、ホスホロチオエート又はメチルホスホネートヌクレオチド間結合の１つ以上のブロックを含む。一例では、センス鎖は、２つのホスホロチオエート又はメチルホスホネートヌクレオチド間結合の１つのブロックを含む。一例では、アンチセンス鎖は、２つのホスホロチオエート又はメチルホスホネートヌクレオチド間結合の２つのブロックを含む。例えば、ホスホロチオエート又はメチルホスホネートヌクレオチド間結合の２つのブロックは、１６～１８のリン酸塩ヌクレオチド間結合によって隔てられる。
一部の実施形態では、本発明のｉＲＮＡ剤のアンチセンス鎖は、標的ＲＮＡにハイブリダイズするために及びＲＮＡ干渉によってその発現を阻害するために標的ＲＮＡに対して１００％相補的である。別の実施形態では、本発明のｉＲＮＡ剤のアンチセンス鎖は、標的ＲＮＡに対して少なくとも９５％、少なくとも９０％、少なくとも８５％、少なくとも８０％、少なくとも７５％、少なくとも７０％、少なくとも６５％、少なくとも６０％、少なくとも５５％、又は少なくとも５０％相補的である。
一態様では、本発明は、標的遺伝子の発現を阻害することが可能なｉＲＮＡ剤に関する。ｉＲＮＡ剤は、センス鎖及びアンチセンス鎖を含み、各鎖は、１４～４０のヌクレオチドを有する。センス鎖は、少なくとも１つの熱不安定化ヌクレオチドを含み、ここで、少なくとも１つの前記熱不安定化ヌクレオチドは、アンチセンス鎖のｓｅｅｄ領域（即ち、アンチセンス鎖の５’末端の２～８位）の反対側の部位又はその近傍に存在し、例えば、熱不安定化ヌクレオチドは、センス鎖が２１ヌクレオチド長である場合、センス鎖の５’末端の１４～１７位に存在する。アンチセンス鎖は、立体的に嵩高い２’－ＯＭｅ修飾より小さい少なくとも２つの修飾核酸を含む。好ましくは、立体的に嵩高い２’－ＯＭｅより小さい２つの修飾核酸は、１１ヌクレオチド長だけ隔てられている。例えば、２つの修飾核酸は、アンチセンス鎖の５’末端の２及び１４位にある。
ＩＶ．リガンドにコンジュゲートされたｉＲＮＡ
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、１つ以上のコンジュゲート基の共有結合によってさらに修飾される。一般に、コンジュゲート基は、限定されるものではないが、薬力学、薬物動態、結合、吸収、細胞分布、細胞取り込み、電荷及びクリアランスを含む、本発明の結合された二本鎖ｉＲＮＡ剤の１つ以上の特性を調節する。コンジュゲート基は、化学分野で日常的に使用されており、オリゴマー化合物などの親化合物に、直接又は任意選択の連結部分若しくは連結基を介して連結される。コンジュゲート基の好ましいリストには、限定されるものではないが、挿入剤、レポーター分子、ポリアミン、ポリアミド、ポリエチレングリコール、チオエーテル、ポリエーテル、コレステロール、チオコレステロール、コール酸部分、葉酸塩、脂質、リン脂質、ビオチン、フェナジン、フェナントリジン、アントラキノン、アダマンタン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン及び色素が含まれる。
一部の実施形態では、二本鎖ｉＲＮＡ剤は、特定の中枢神経系組織への送達を媒介する受容体を標的とする標的化リガンドをさらに含む。これらの標的化リガンドは、特異的な髄腔内及び全身送達を可能にするために、親油性部分と組み合わせてコンジュゲートされ得る。
中枢神経系組織への受容体媒介性送達を標的とする例示的な標的化リガンドは、Ａｎｇｉｏｐｅｐ－２などのペプチドリガンド、リポタンパク質受容体関連タンパク質（ＬＲＰ）リガンド、ｂＥｎｄ．３細胞結合リガンド；トランスフェリン受容体（ＴｆＲ）リガンド（脳内の鉄輸送系及び脳実質へのカーゴ輸送を用いることができる）；マンノース受容体リガンド（嗅神経鞘細胞を標的とする）、グルコーストランスポータータンパク質、及びＬＤＬ受容体リガンドである。
一部の実施形態では、二本鎖ｉＲＮＡ剤は、特定の眼組織への送達を媒介する受容体を標的とする標的化リガンドをさらに含む。これらの標的化リガンドは、特異的な硝子体内及び全身送達を可能にするために、親油性部分と組み合わせてコンジュゲートされ得る。眼組織への受容体媒介性送達を標的とする例示的な標的化リガンドは、オールトランスレチノール（レチノイン酸受容体を標的とする）などの親油性リガンド；Ｈ－Ｇｌｙ－Ａｒｇ－Ｇｌｙ－Ａｓｐ－Ｓｅｒ－Ｐｒｏ－Ｌｙｓ－Ｃｙｓ－ＯＨ（配列番号１４）又はＣｙｃｌｏ（－Ａｒｇ－Ｇｌｙ－Ａｓｐ－Ｄ－Ｐｈｅ－ＣｙｓなどのＲＧＤペプチド（網膜色素上皮細胞を標的とする）；ＬＤＬ受容体リガンド；及び糖質系リガンド（後眼部の内皮細胞を標的とする）である。
本発明に適した好ましいコンジュゲート基としては、コレステロール部分などの脂質部分（Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１９８９，８６，６５５３）；コール酸（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９４，４，１０５３）；チオエーテル、例えば、ヘキシル－Ｓ－トリチルチオール（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，１９９２，６６０，３０６；Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔ．，１９９３，３，２７６５）；チオコレステロール（Ｏｂｅｒｈａｕｓｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１９９２，２０，５３３）；脂肪族鎖、例えば、ドデカンジオール又はウンデシル残基（Ｓａｉｓｏｎ－Ｂｅｈｍｏａｒａｓ ｅｔ ａｌ．，ＥＭＢＯ Ｊ．，１９９１，１０，１１１；Ｋａｂａｎｏｖ ｅｔ ａｌ．，ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．，１９９０，２５９，３２７；Ｓｖｉｎａｒｃｈｕｋ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｉｍｉｅ，１９９３，７５，４９）；リン脂質、例えば、ジ－ヘキサデシル－ｒａｃ－グリセロール又はトリエチルアンモニウム－１，２－ジ－Ｏ－ヘキサデシル－ｒａｃ－グリセロ－３－Ｈ－ホスホネート（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ．，１９９５，３６，３６５１；Ｓｈｅａ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１９９０，１８，３７７７）；ポリアミン又はポリエチレングリコール鎖（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ ＆ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ，１９９５，１４，９６９）；アダマンタン酢酸（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ．，１９９５，３６，３６５１）；パルミチル部分（Ｍｉｓｈｒａ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ，１９９５，１２６４、２２９）；又はオクタデシルアミン又はヘキシルアミノ－カルボニル－オキシコレステロール部分（Ｃｒｏｏｋｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｅｘｐ．Ｔｈｅｒ．，１９９６，２７７，９２３）が挙げられる。
一般に、多種多様な実体、例えば、リガンドが、本明細書に記載されるオリゴマー化合物に結合され得る。リガンドは、天然に存在する分子、又は組換え若しくは合成分子を含み得る。例示的なリガンドとしては、限定されるものではないが、ポリリジン（ＰＬＬ）、ポリＬ－アスパラギン酸、ポリＬ－グルタミン酸、スチレン－無水マレイン酸コポリマー、ポリ（Ｌ－ラクチド－コ－グリコリド）コポリマー、ジビニルエーテル－無水マレイン酸コポリマー、Ｎ－（２－ヒドロキシプロピル）メタクリルアミドコポリマー（ＨＭＰＡ）、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ、例えば、ＰＥＧ－２Ｋ、ＰＥＧ－５Ｋ、ＰＥＧ－１０Ｋ、ＰＥＧ－１２Ｋ、ＰＥＧ－１５Ｋ、ＰＥＧ－２０Ｋ、ＰＥＧ－４０Ｋ）、ＭＰＥＧ、［ＭＰＥＧ］２、ポリビニルアルコール（ＰＶＡ）、ポリウレタン、ポリ（２－エチルアクリル酸）、Ｎ－イソプロピルアクリルアミドポリマー、ポリホスファジン、ポリエチレンイミン、カチオン性基、スペルミン、スペルミジン、ポリアミン、擬似ペプチド－ポリアミン、ペプチド模倣ポリアミン、デンドリマーポリアミン、アルギニン、アミジン、プロタミン、カチオン性脂質、カチオン性ポルフィリン、ポリアミンの第四級塩、サイロトロピン、メラノトロピン、レクチン、糖タンパク質、サーファクタントタンパク質Ａ、ムチン、グリコシル化ポリアミノ酸、トランスフェリン、ビスホスホネート、ポリグルタミン酸塩、ポリアスパラギン酸塩、アプタマー、アシアロフェチュイン、ヒアルロナン、プロコラーゲン、免疫グロブリン（例えば、抗体）、インスリン、トランスフェリン、アルブミン、糖－アルブミンコンジュゲート、挿入剤（例えば、アクリジン）、架橋剤（例えばソラレン、マイトマイシンＣ）、ポルフィリン（例えば、ＴＰＰＣ４、テキサフィリン、サフィリン）、多環式芳香族炭化水素（例えば、フェナジン、ジヒドロフェナジン）、人工エンドヌクレアーゼ（例えば、ＥＤＴＡ）、親油性分子（例えば、ステロイド、胆汁酸、コレステロール、コール酸、アダマンタン酢酸、１－ピレン酪酸、ジヒドロテストステロン、１，３－ビス－Ｏ（ヘキサデシル）グリセロール、ゲラニルオキシヘキシル基、ヘキサデシルグリセロール、ボルネオール、メントール、１，３－プロパンジオール、ヘプタデシル基、パルミチン酸、ミリスチン酸、Ｏ３－（オレオイル）リトコール酸、Ｏ３－（オレオイル）コレン酸、ジメトキシトリチル、若しくはフェノキサジン）、ペプチド（例えば、αらせんペプチド、両親媒性ペプチド、ＲＧＤペプチド、細胞透過ペプチド、エンドソーム溶解／融合ペプチド）、アルキル化剤、リン酸塩、アミノ、メルカプト、ポリアミノ、アルキル、置換アルキル、放射性標識マーカー、酵素、ハプテン（例えばビオチン）、輸送／吸収促進剤（例えば、ナプロキセン、アスピリン、ビタミンＥ、葉酸）、合成リボヌクレアーゼ（例えば、イミダゾール、ビスイミダゾール、ヒスタミン、イミダゾールクラスター、アクリジン－イミダゾールコンジュゲート、テトラアザマクロ環のＥｕ３＋複合体）、ジニトロフェニル、ＨＲＰ、ＡＰ、抗体、ホルモン及びホルモン受容体、レクチン、糖質、多価糖質、ビタミン（例えば、ビタミンＡ、ビタミンＥ、ビタミンＫ、ビタミンＢ、例えば、葉酸、Ｂ１２、リボフラビン、ビオチン及びピリドキサール）、ビタミン補因子、リポ多糖、ｐ３８ ＭＡＰキナーゼの活性化因子、ＮＦ－κＢの活性化因子、タキソン、ビンクリスチン、ビンブラスチン、サイトカラシン、ノコダゾール、ジャスプラキノリド、ラトルンクリンＡ、ファロイジン、スウィンホリドＡ、インダノシン、ミオセルビン、腫瘍壊死因子α（ＴＮＦα）、インターロイキン－１β、γインターフェロン、天然若しくは組換え低密度リポタンパク（ＬＤＬ）、天然若しくは組換え高密度リポタンパク質（ＨＤＬ）、及び細胞透過剤（例えば、αらせん状細胞透過剤）が挙げられる。
ペプチド及びペプチド模倣リガンドとしては、天然又は修飾ペプチド、例えば、Ｄ若しくはＬペプチド；α、β、若しくはγペプチド；Ｎ－メチルペプチド；アザペプチド；１つ以上のアミドを有するペプチド、即ち、ペプチド、１つ以上の尿素、チオ尿素、カルバメート、又はスルホニル尿素結合で置換された結合；又は環状ペプチドを有するものが挙げられる。ペプチド模倣体（本明細書では、オリゴペプチド模倣体とも呼ばれる）は、天然ペプチドに類似した明確な３次元構造にフォールディングすることが可能な分子である。ペプチド又はペプチド模倣リガンドは、約５～５０アミノ酸長、例えば、約５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、又は５０アミノ酸長であり得る。
例示的な両親媒性ペプチドとしては、限定されるものではないが、セクロピン、リコトキシン（ｌｙｃｏｔｏｘｉｎ）、パラダキシン（ｐａｒａｄａｘｉｎ）、ブフォリン、ＣＰＦ、ボンビニン－様ペプチド（ＢＬＰ）、カテリシジン、セラトトキシン（ｃｅｒａｔｏｔｏｘｉｎ）、エボヤ（Ｓ．ｃｌａｖａ）ペプチド、メクラウナギ腸抗菌ペプチド（ＨＦＩＡＰ）、マガイニン、ブレビニン－２、デルマセプチン、メリチン、プレウロシジン、Ｈ２Ａペプチド、アフリカツメガエルペプチド、エスクレンチニス－１（ｅｓｃｕｌｅｎｔｉｎｉｓ－１）、及びカエリンが挙げられる。
本明細書で使用される「エンドソーム溶解リガンド」という用語は、エンドソーム溶解特性を有する分子を指す。エンドソーム溶解リガンドは、本発明の組成物、若しくはその成分の溶解及び／又は本発明の組成物、若しくはその成分の、エンドソーム、リソソーム、小胞体（ＥＲ）、ゴルジ体、微小管、ペロキシソーム、又は細胞内の他の小胞体などの細胞区画から、細胞の細胞質への輸送を促進する。いくつかの例示的なエンドソーム溶解リガンドとしては、限定されるものではないが、イミダゾール、ポリ又はオリゴイミダゾール、直鎖若しくは分岐鎖ポリエチレンイミン（ＰＥＩ）、直鎖若しくは分岐鎖ポリアミン、例えばスペルミン、カチオン性直鎖及び分岐鎖ポリアミン、ポリカルボキシレート、ポリカチオン、マスクオリゴ若しくはポリカチオン又はアニオン、アセタール、ポリアセタール、ケタール／ポリケタール、オルトエステル、マスク若しくは非マスクカチオン又はアニオン電荷を有する直鎖若しくは分岐鎖ポリマー、マスク若しくは非マスクカチオン又はアニオン電荷を有するデンドリマー、ポリアニオン性ペプチド、ポリアニオン性ペプチド模倣薬、ｐＨ感受性ペプチド、天然及び合成融合性脂質、天然及び合成カチオン性脂質が挙げられる。
例示的なエンドソーム溶解／融合性ペプチドとしては、限定されるものではないが、ＡＡＬＥＡＬＡＥＡＬＥＡＬＡＥＡＬＥＡＬＡＥＡＡＡＡＧＧＣ（ＧＡＬＡ）（配列番号１８）；ＡＡＬＡＥＡＬＡＥＡＬＡＥＡＬＡＥＡＬＡＥＡＬＡＡＡＡＧＧＣ（ＥＡＬＡ）（配列番号１９）；ＡＬＥＡＬＡＥＡＬＥＡＬＡＥＡ（配列番号２０）；ＧＬＦＥＡＩＥＧＦＩＥＮＧＷＥＧＭＩＷＤＹＧ（ＩＮＦ－７）（配列番号２１）；ＧＬＦＧＡＩＡＧＦＩＥＮＧＷＥＧＭＩＤＧＷＹＧ（Ｉｎｆ ＨＡ－２）（配列番号２２）；ＧＬＦＥＡＩＥＧＦＩＥＮＧＷＥＧＭＩＤＧＷＹＧＣＧＬＦＥＡＩＥＧＦＩＥＮＧＷＥＧＭＩＤ ＧＷＹＧＣ（ｄｉＩＮＦ－７）（配列番号２３）；ＧＬＦＥＡＩＥＧＦＩＥＮＧＷＥＧＭＩＤＧＧＣＧＬＦＥＡＩＥＧＦＩＥＮＧＷＥＧＭＩＤＧＧＣ（ｄｉＩＮＦ－３）（配列番号２４）；ＧＬＦＧＡＬＡＥＡＬＡＥＡＬＡＥＨＬＡＥＡＬＡＥＡＬＥＡＬＡＡＧＧＳＣ（ＧＬＦ）（配列番号２５）；ＧＬＦＥＡＩＥＧＦＩＥＮＧＷＥＧＬＡＥＡＬＡＥＡＬＥＡＬＡＡＧＧＳＣ（ＧＡＬＡ－ＩＮＦ３）（配列番号２６）；ＧＬＦ ＥＡＩ ＥＧＦＩ ＥＮＧＷ ＥＧｎＩ ＤＧ Ｋ ＧＬＦ ＥＡＩ ＥＧＦＩ ＥＮＧＷ ＥＧｎＩ ＤＧ（ＩＮＦ－５、ｎはノルロイシンである）（配列番号２７）；ＬＦＥＡＬＬＥＬＬＥＳＬＷＥＬＬＬＥＡ（ＪＴＳ－１）（配列番号２８）；ＧＬＦＫＡＬＬＫＬＬＫＳＬＷＫＬＬＬＫＡ（ｐｐＴＧ１）（配列番号２９）；ＧＬＦＲＡＬＬＲＬＬＲＳＬＷＲＬＬＬＲＡ（ｐｐＴＧ２０）（配列番号３０）；ＷＥＡＫＬＡＫＡＬＡＫＡＬＡＫＨＬＡＫＡＬＡＫＡＬＫＡＣＥＡ（ＫＡＬＡ）（配列番号３１）；ＧＬＦＦＥＡＩＡＥＦＩＥＧＧＷＥＧＬＩＥＧＣ（ＨＡ）（配列番号３２）；ＧＩＧＡＶＬＫＶＬＴＴＧＬＰＡＬＩＳＷＩＫＲＫＲＱＱ（Ｍｅｌｉｔｔｉｎ）（配列番号３３）；Ｈ５ＷＹＧ（配列番号３４）；及びＣＨＫ６ＨＣ（配列番号３５）が挙げられる。
理論に拘束されることを望むものではないが、融合性脂質は、膜と融合し、その結果、膜を不安定化する。融合性脂質は、通常、小さい頭部基及び不飽和アシル鎖を有する。例示的な融合性脂質としては、限定されるものではないが、１，２－ジオレオイル－ｓｎ－３－ホスホエタノールアミン（ＤＯＰＥ）、ホスファチジルエタノールアミン（ＰＯＰＥ）、パルミトイルオレオイルホスファチジルコリン（ＰＯＰＣ）、（６Ｚ，９Ｚ，２８Ｚ，３１Ｚ）－ヘプタトリアコンタ－６，９，２８，３１－テトラエン－１９－オール（Ｄｉ－Ｌｉｎ）、Ｎ－メチル（２，２－ジ（（９Ｚ，１２Ｚ）－オクタデカ－９，１２－ジエニル）－１，３－ジオキソラン－４－イル）メタンアミン（ＤＬｉｎ－ｋ－ＤＭＡ）及びＮ－メチル－２－（２，２－ジ（（９Ｚ，１２Ｚ）－オクタデカ－９，１２－ジエニル）－１，３－ジオキソラン－４－イル）エタンアミン（本明細書では、ＸＴＣとも呼ばれる）が挙げられる。
本発明に適したエンドソーム溶解活性を有する合成ポリマーが、参照により全内容が本明細書に組み入れられる、米国特許出願公開第２００９／００４８４１０号明細書；同第２００９／００２３８９０号明細書；同第２００８／０２８７６３０号明細書；同第２００８／０２８７６２８号明細書；同第２００８／０２８１０４４号明細書；同第２００８／０２８１０４１号明細書；同第２００８／０２６９４５０号明細書；同第２００７／０１０５８０４号明細書；同第２００７００３６８６５号明細書；及び同第２００４／０１９８６８７号明細書に記載されている。
例示的な細胞透過性ペプチドとしては、限定されるものではないが、ＲＱＩＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＷＫＫ（ペネトラチン）（配列番号３６）；ＧＲＫＫＲＲＱＲＲＲＰＰＱＣ（Ｔａｔ断片４８～６０）（配列番号３７）；ＧＡＬＦＬＧＷＬＧＡＡＧＳＴＭＧＡＷＳＱＰＫＫＫＲＫＶ（シグナル配列ベースのペプチド）（配列番号３８）；ＬＬＩＩＬＲＲＲＩＲＫＱＡＨＡＨＳＫ（ＰＶＥＣ）（配列番号３９）；ＧＷＴＬＮＳＡＧＹＬＬＫＩＮＬＫＡＬＡＡＬＡＫＫＩＬ（トランスポルタン）（配列番号４０）；ＫＬＡＬＫＬＡＬＫＡＬＫＡＡＬＫＬＡ（両親媒性モデルペプチド）（配列番号４１）；ＲＲＲＲＲＲＲＲＲ（Ａｒｇ９）（配列番号４２）；ＫＦＦＫＦＦＫＦＦＫ（細菌細胞壁透過性ペプチド）（配列番号４３）；ＬＬＧＤＦＦＲＫＳＫＥＫＩＧＫＥＦＫＲＩＶＱＲＩＫＤＦＬＲＮＬＶＰＲＴＥＳ（ＬＬ－３７）（配列番号４４）；ＳＷＬＳＫＴＡＫＫＬＥＮＳＡＫＫＲＩＳＥＧＩＡＩＡＩＱＧＧＰＲ（セクロピンＰ１）（配列番号４５）；ＡＣＹＣＲＩＰＡＣＩＡＧＥＲＲＹＧＴＣＩＹＱＧＲＬＷＡＦＣＣ（α－デフェンシン）（配列番号４６）；ＤＨＹＮＣＶＳＳＧＧＱＣＬＹＳＡＣＰＩＦＴＫＩＱＧＴＣＹＲＧＫＡＫＣＣＫ（β－デフェンシン）（配列番号４７）；ＲＲＲＰＲＰＰＹＬＰＲＰＲＰＰＰＦＦＰＰＲＬＰＰＲＩＰＰＧＦＰＰＲＦＰＰＲＦＰＧＫＲ－ＮＨ２（ＰＲ－３９）（配列番号４８）；ＩＬＰＷＫＷＰＷＷＰＷＲＲ－ＮＨ２（インドリシジン）（配列番号４９）；ＡＡＶＡＬＬＰＡＶＬＬＡＬＬＡＰ（ＲＦＧＦ）（配列番号５０）；ＡＡＬＬＰＶＬＬＡＡＰ（ＲＦＧＦ類似体）（配列番号５１）；及びＲＫＣＲＩＶＶＩＲＶＣＲ（バクテネシン）（配列番号５２）が挙げられる。
例示的なカチオン性基としては、限定されるものではないが、例えば、Ｏ－ＡＭＩＮＥ（ＡＭＩＮＥ＝ＮＨ２；アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、ヘテロシクリル、アリールアミノ、ジアリールアミノ、ヘテロアリールアミノ、又はジヘテロアリールアミノ、エチレンジアミン、ポリアミノ）；アミノアルコキシ、例えば、Ｏ（ＣＨ２）ｎＡＭＩＮＥ、（例えば、ＡＭＩＮＥ＝ＮＨ２；アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、ヘテロシクリル、アリールアミノ、ジアリールアミノ、ヘテロアリールアミノ、又はジヘテロアリールアミノ、エチレンジアミン、ポリアミノ）；アミノ（例えばＮＨ２；アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、ヘテロシクリル、アリールアミノ、ジアリールアミノ、ヘテロアリールアミノ、ジヘテロアリールアミノ、又はアミノ酸）；及びＮＨ（ＣＨ２ＣＨ２ＮＨ）ｎＣＨ２ＣＨ２－ＡＭＩＮＥ（ＡＭＩＮＥ＝ＮＨ２；アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、ヘテロシクリル、アリールアミノ、ジアリールアミノ、ヘテロアリールアミノ、又はジヘテロアリールアミノ）から得られるプロトン化アミノ基が挙げられる。
本明細書で使用される「標的化リガンド」という用語は、選択された標的、例えば、細胞、細胞型、組織、器官、体の領域、又は区画、例えば、細胞、組織若しくは器官の区画に対する増大した親和性を提供する任意の分子を指す。いくつかの例示的な標的化リガンドとしては、限定されるものではないが、抗体、抗原、葉酸塩、受容体リガンド、糖質、アプタマー、インテグリン受容体リガンド、ケモカイン受容体リガンド、トランスフェリン、ビオチン、セロトニン受容体リガンド、ＰＳＭＡ、エンドセリン、ＧＣＰＩＩ、ソマトスタチン、ＬＤＬ及びＨＤＬリガンドが挙げられる。
糖質系標的化リガンドとしては、限定されるものではないが、Ｄ－ガラクトース、多価ガラクトース、Ｎ－アセチル－Ｄ－ガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）、多価ＧａｌＮＡｃ、例えばＧａｌＮＡｃ２及びＧａｌＮＡｃ３（ＧａｌＮＡｃ及び多価ＧａｌＮＡｃは、本明細書では、ＧａｌＮＡｃコンジュゲートと総称される）；Ｄ－マンノース、多価マンノース、多価ラクトース、Ｎ－アセチル－グルコサミン、グルコース、多価グルコース、多価フコース、グリコシル化ポリアミノ酸及びレクチンが挙げられる。多価という用語は、２つ以上の単糖単位が存在することを示す。このような単糖サブユニットは、グリコシド結合を介して互いに連結されるか、又は骨格分子に連結され得る。
リガンドとして、本発明に適したいくつかの葉酸塩及び葉酸塩類似体が、参照によりその全内容が本明細書に組み入れられる、米国特許第２，８１６，１１０号明細書；同第５，５５２，５４５号明細書；同第６，３３５，４３４号明細書及び同第７，１２８，８９３号明細書に記載されている。
本明細書で使用される「ＰＫ調節リガンド」及び「ＰＫモジュレーター」という用語は、本発明の組成物の薬剤動態を調節し得る分子を指す。いくつかの例示的なＰＫモジュレーターとしては、限定されるものではないが、親油性分子、胆汁酸、ステロール、リン脂質類似体、ペプチド、タンパク質結合剤、ビタミン、脂肪酸、フェノキサジン、アスピリン、ナプロキセン、イブプロフェン、スプロフェン、ケトプロフェン、（Ｓ）－（＋）－プラノプロフェン、カルプロフェン、ＰＥＧ、ビオチン、及びトランスサイレチン結合リガンド（例えば、テトラヨードチロ酢酸、２、４、６－トリヨードフェノール及びフルフェナム酸）が挙げられる。いくつかのホスホロチオエート糖間結合を含むオリゴマー化合物は、血清タンパク質と結合することも知られており、したがって、短いオリゴマー化合物、例えば、約５～３０ヌクレオチド（例えば、５～２５ヌクレオチド、好ましくは、５～２０ヌクレオチド、例えば、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、又は２０ヌクレオチド）を含み、骨格に複数のホスホロチオエート結合を含むオリゴヌクレオチドも、リガンドとして（例えば、ＰＫ調節リガンドとして）本発明に適している。ＰＫ調節オリゴヌクレオチドは、少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５又はそれ以上のホスホロチオエート及び／又はホスホロジチオエート結合を含み得る。一部の実施形態では、ＰＫ調節オリゴヌクレオチド中の全てのヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート及び／又はホスホロジチオエート結合である。さらに、血清成分（例えば血清タンパク質）に結合するアプタマーも、ＰＫ調節リガンドとして、本発明に適している。血清成分（例えば、血清タンパク質）への結合は、Ｏｒａｖｃｏｖａ，ｅｔ ａｌ．，Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ Ｂ（１９９６），６７７：１－２７に記載されるものなどのアルブミン結合アッセイから予測され得る。
２つ以上のリガンドが存在する場合、リガンドは、全て同じ特性を有してもよく、全てが異なる特性を有するか、又は一部のリガンドが、同じ特性を有する一方、他のリガンドは、異なる特性を有してもよい。例えば、リガンドは、標的化特性を有するか、エンドソーム溶解活性を有するか、又はＰＫ調節特性を有し得る。好ましい実施形態では、リガンドは全て、異なる特性を有する。
リガンド又は連結配位子は、モノマーが、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤の構成要素（例えば、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤又はリンカー）に組み込まれる場合、前記モノマー上に存在し得る。一部の実施形態では、リガンドは、「前駆体」モノマーが、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤の構成要素（例えば、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤又はリンカー）に組み込まれた後、カップリングによって前記「前駆体」モノマーに組み込まれ得る。例えば、アミノ末端テザー（即ち、リガンドが結合していない）を有するモノマー、例えば、モノマー－リンカー－ＮＨ２は、本発明の化合物の構成要素（例えば、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤又はリンカー）に組み込まれ得る。次の操作において、即ち、本発明の化合物の構成要素（例えば、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤又はリンカー）への前駆体モノマーの組み込みの後、求電子基、例えば、ペンタフルオロフェニルエステル又はアルデヒド基を有するリガンドが、リガンドの求電子基と前駆体モノマーのテザーの末端求核基とのカップリングによって、前駆体モノマーに結合され得る。
別の例では、クリック化学反応に参加するのに適した化学基を有するモノマーを、例えば、末端がアジド又はアルキンのテザー／リンカーに組み込むことができる。これに続く作業、即ち、前駆体モノマーが鎖に組み込まれた後で、相補的な化学基、例えば、アルキン又はアジドを有するリガンドを、アルキン及びアジドを共に結合することによって前駆体モノマーに結合することができる。
一部の実施形態では、リガンドは、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤の核酸塩基、糖部分、又はヌクレオシド間結合にコンジュゲートすることができる。プリン核酸塩基又はその誘導体に対するコンジュゲーションは、環内原子及び環外原子を含む任意の位置に生じ得る。一部の実施形態では、プリン核酸塩基の２位、６位、７位、又は８位が、コンジュゲート部分に結合している。また、ピリミジン核酸塩基又はその誘導体に対するコンジュゲーションは、どの位置で生じても良い。一部の実施形態では、ピリミジン核酸塩基の２位、５位、及び６位を、コンジュゲート部分と置換することができる。リガンドが、核酸塩基にコンジュゲートされる場合、好ましい位置は、ハイブリダイゼーションを妨げない、即ち、塩基対合に必要な水素結合相互作用を妨げない位置である。
ヌクレオシドの糖部分に対するコンジュゲーションは、どの炭素原子で生じても良い。コンジュゲート部分に結合することができる糖部分の炭素原子の例には、２’、３’、及び５’炭素原子が挙げられる。１’位も、コンジュゲート部分、例えば、脱塩基残基に結合することができる。ヌクレオシド間結合も、コンジュゲート部分を保持することができる。リン含有結合（例えば、ホスホジエステル、ホスホロチオエート、ホスホロジチオテート、及びホスホロアミデートなど）の場合、コンジュゲート部分は、リン原子に直接結合する、又はリン原子に結合しているＯ、Ｎ、又はＳ原子に結合することができる。アミン又はアミドを含有するヌクレオシド間結合（例えば、ＰＮＡ）の場合、コンジュゲート部分は、アミン又はアミドの窒素原子に、又は隣接する炭素原子に結合することができる。
オリゴヌクレオチドのコンジュゲートを調製するための多くの方法がある。一般に、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの反応性基（例えば、ＯＨ、ＳＨ、アミン、カルボキシル、アルデヒドなど）をコンジュゲート部分の反応性基と接触させることによって、コンジュゲート部分に結合される。一部の実施形態では、一方の反応性基が求電子性であり、他方が求核性である。
例えば、求電子基は、カルボニル含有官能基であってよく、求核基は、アミン又はチオールであり得る。連結基を用いる及び用いない核酸及び関連オリゴマー化合物のコンジュゲーションのための方法は、例えば、参照により全内容が本明細書に組み入れられる、Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｉｎ Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｃｒｏｏｋｅ ａｎｄ ＬｅＢｌｅｕ，ｅｄｓ．，ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，Ｂｏｃａ Ｒａｔｏｎ，Ｆｌａ．，１９９３，Ｃｈａｐｔｅｒ １７などの文献に十分に記載されている。
リガンドは、リンカー又は担体モノマー、例えば、リガンド担体を介して、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤に結合される。担体は、（ｉ）少なくとも１つの「骨格付着点」、好ましくは、２つの「骨格付着点」及び（ｉｉ）少なくとも１つの「テザー付着点」を含む。本明細書で使用される「骨格付着点」は、官能基、例えばヒドロキシル基、又は一般に、オリゴヌクレオチドの骨格、例えば、リン酸塩の骨格、若しくは例えば、硫黄を含有する修飾リン酸塩の骨格への担体モノマーの組み込みに利用可能であり、且つ適した結合を指す。「テザー付着点」（ＴＡＰ）は、選択された部分を接続する担体モノマーの原子、例えば、炭素原子又はヘテロ原子（骨格付着点を提供する原子とは異なる）を指す。選択された部分は、例えば、糖質、例えば単糖、二糖、三糖、四糖、オリゴ糖及び多糖であり得る。任意選択で、選択された部分は、介在テザーによって担体モノマーに接続される。したがって、担体は、しばしば、官能基、例えば、アミノ基を含む、又は一般に、別の化学物質、例えば、リガンドの構成原子への組み込み又は連結に適した結合を可能にする。
核酸のコンジュゲートの調製を教示する代表的な米国特許としては、限定されるものではないが、参照によりその全内容が本明細書に組み入れられる、米国特許第４，８２８，９７９号明細書；同第４，９４８，８８２号明細書；同第５，２１８，１０５号明細書；同第５，５２５，４６５号明細書；同第５，５４１，３１３号明細書；同第５，５４５，７３０号明細書；同第５，５５２，５３８号明細書；同第５，５７８，７１７号明細書、同第５，５８０，７３１号明細書；同第５，５８０，７３１号明細書；同第５，５９１，５８４号明細書；同第５，１０９，１２４号明細書；同第５，１１８，８０２号明細書；同第５，１３８，０４５号明細書；同第５，４１４，０７７号明細書；同第５，４８６，６０３号明細書；同第５，５１２，４３９号明細書；同第５，５７８，７１８号明細書；同第５，６０８，０４６号明細書；同第４，５８７，０４４号明細書；同第４，６０５，７３５号明細書；同第４，６６７，０２５号明細書；同第４，７６２，７７９号明細書；同第４，７８９，７３７号明細書；同第４，８２４，９４１号明細書；同第４，８３５，２６３号明細書；同第４，８７６，３３５号明細書；同第４，９０４，５８２号明細書；同第４，９５８，０１３号明細書；同第５，０８２，８３０号明細書；同第５，１１２，９６３号明細書；同第５，２１４，１３６号明細書；同第５，０８２，８３０号明細書；同第５，１１２，９６３号明細書；同第５，１４９，７８２号明細書；同第５，２１４，１３６号明細書；同第５，２４５，０２２号明細書；同第５，２５４，４６９号明細書；同第５，２５８，５０６号明細書；同第５，２６２，５３６号明細書；同第５，２７２，２５０号明細書；同第５，２９２，８７３号明細書；同第５，３１７，０９８号明細書；同第５，３７１，２４１号明細書、同第５，３９１，７２３号明細書；同第５，４１６，２０３号明細書、同第５，４５１，４６３号明細書；同第５，５１０，４７５号明細書；同第５，５１２，６６７号明細書；同第５，５１４，７８５号明細書；同第５，５６５，５５２号明細書；同第５，５６７，８１０号明細書；同第５，５７４，１４２号明細書；同第５，５８５，４８１号明細書；同第５，５８７，３７１号明細書；同第５，５９５，７２６号明細書；同第５，５９７，６９６号明細書；同第５，５９９，９２３号明細書；同第５，５９９，９２８号明細書；同第５，６７２，６６２号明細書；同第５，６８８，９４１号明細書；同第５，７１４，１６６号明細書；同第６，１５３，７３７号明細書；同第６，１７２，２０８号明細書；同第６，３００，３１９号明細書；同第６，３３５，４３４号明細書；同第６，３３５，４３７号明細書；同第６，３９５，４３７号明細書；同第６，４４４，８０６号明細書；同第６，４８６，３０８号明細書；同第６，５２５，０３１号明細書；同第６，５２８，６３１号明細書；同第６，５５９，２７９号明細書が挙げられる。
一部の実施形態では、二本鎖ｉＲＮＡ剤は、肝組織を標的とする標的化リガンドをさらに含む。一部の実施形態では、標的化リガンドは、糖質系リガンドである。一実施形態では、標的化リガンドは、ＧａｌＮＡｃコンジュゲートである。
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、以下に示される構造を有するリガンド：
をさらに含み、
式中：
ＬＧは存在ごとに独立して、リガンド、例えば、糖質、例えば単糖、二糖、三糖、四糖、多糖であり；
Ｚ’、Ｚ”、Ｚ”’及びＺ””はそれぞれ、存在ごとに独立して、Ｏ又はＳである。
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、式（ＩＩ）、（ＩＩＩ）、（ＩＶ）又は（Ｖ）：
のリガンドを含み、
式中：
ｑ２Ａ、ｑ２Ｂ、ｑ３Ａ、ｑ３Ｂ、ｑ４Ａ、ｑ４Ｂ、ｑ５Ａ、ｑ５Ｂ及びｑ５Ｃは存在ごとに独立して、０～２０を表し、反復単位は、同じか又は異なっていてもよく；
Ｑ及びＱ’はそれぞれ、存在ごとに独立して、存在しないか、－（Ｐ７－Ｑ７－Ｒ７）ｐ－Ｔ７－又は－Ｔ７－Ｑ７－Ｔ７’－Ｂ－Ｔ８’－Ｑ８－Ｔ８であり；
Ｐ２Ａ、Ｐ２Ｂ、Ｐ３Ａ、Ｐ３Ｂ、Ｐ４Ａ、Ｐ４Ｂ、Ｐ５Ａ、Ｐ５Ｂ、Ｐ５Ｃ、Ｐ７、Ｔ２Ａ、Ｔ２Ｂ、Ｔ３Ａ、Ｔ３Ｂ、Ｔ４Ａ、Ｔ４Ｂ、Ｔ４Ａ、Ｔ５Ｂ、Ｔ５Ｃ、Ｔ７、Ｔ７’、Ｔ８及びＴ８’はそれぞれ、存在ごとに独立して、存在しないか、ＣＯ、ＮＨ、Ｏ、Ｓ、ＯＣ（Ｏ）、ＮＨＣ（Ｏ）、ＣＨ２、ＣＨ２ＮＨ又はＣＨ２Ｏであり；
Ｂは、－ＣＨ２－Ｎ（ＢＬ）－ＣＨ２－であり；
ＢＬは、－ＴＢ－ＱＢ－ＴＢ’－Ｒｘであり；
Ｑ２Ａ、Ｑ２Ｂ、Ｑ３Ａ、Ｑ３Ｂ、Ｑ４Ａ、Ｑ４Ｂ、Ｑ５Ａ、Ｑ５Ｂ、Ｑ５Ｃ、Ｑ７、Ｑ８及びＱＢは存在ごとに独立して、存在しないか、アルキレン、置換アルキレンであり、１つ以上のメチレンは、Ｏ、Ｓ、Ｓ（Ｏ）、ＳＯ２、Ｎ（ＲＮ）、Ｃ（Ｒ’）＝Ｃ（Ｒ’）、Ｃ≡Ｃ又はＣ（Ｏ）の１つ以上によって中断又は終了させることができ；
ＴＢ及びＴＢ’はそれぞれ、存在ごとに独立して、存在しないか、ＣＯ、ＮＨ、Ｏ、Ｓ、ＯＣ（Ｏ）、ＯＣ（Ｏ）Ｏ、ＮＨＣ（Ｏ）、ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ、ＮＨＣ（Ｏ）Ｏ、ＣＨ２、ＣＨ２ＮＨ又はＣＨ２Ｏであり；
Ｒｘは、親油部（例えば、コレステロール、コール酸、アダマンタン酢酸、１－ピレン酪酸、ジヒドロテストステロン、１，３－ビス－Ｏ（ヘキサデシル）グリセロール、ゲラニルオキシヘキシル基、ヘキサデシルグリセロール、ボルネオール、メントール、１，３－プロパンジオール、ヘプタデシル基、パルミチン酸、ミリスチン酸、Ｏ３－（オレオイル）リトコール酸、Ｏ３－（オレオイル）コレン酸、ジメトキシトリチル、又はフェノキサジン）、ビタミン（例えば、葉酸塩、ビタミンＡ、ビタミンＥ、ビオチン、ピリドキサール）、ペプチド、糖質（例えば、単糖、二糖、三糖、四糖、オリゴ糖、多糖）、エンドソーム溶解成分、ステロイド（例えば、ウバオール、ヘシゲニン、ジオスゲニン）、テルペン（例えば、トリテルペン、例えば、サルササポゲニン、フリーデリン、エピフリーデラノール誘導体化リトコール酸）、又はカチオン性脂質であり；
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ２Ａ、Ｒ２Ｂ、Ｒ３Ａ、Ｒ３Ｂ、Ｒ４Ａ、Ｒ４Ｂ、Ｒ５Ａ、Ｒ５Ｂ、Ｒ５Ｃ、Ｒ７はそれぞれ、存在ごとに独立して、存在しないか、ＮＨ、Ｏ、Ｓ、ＣＨ２、Ｃ（Ｏ）Ｏ、Ｃ（Ｏ）ＮＨ、ＮＨＣＨ（Ｒａ）Ｃ（Ｏ）、－Ｃ（Ｏ）－ＣＨ（Ｒａ）－ＮＨ－、ＣＯ、ＣＨ＝Ｎ－Ｏ、
、又はヘテロシクリルであり；
Ｌ１、Ｌ２Ａ、Ｌ２Ｂ、Ｌ３Ａ、Ｌ３Ｂ、Ｌ４Ａ、Ｌ４Ｂ、Ｌ５Ａ、Ｌ５Ｂ及びＬ５Ｃはそれぞれ、存在ごとに独立して、糖質、例えば、単糖、二糖、三糖、四糖、オリゴ糖及び多糖であり；
Ｒ’及びＲ”は、それぞれ、独立に、Ｈ、Ｃ１～Ｃ６アルキル、ＯＨ、ＳＨ、又はＮ（ＲＮ）２であり；
ＲＮは存在ごとに独立して、Ｈ、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル又はベンジルであり；
Ｒａは、Ｈ又はアミノ酸側鎖であり；
Ｚ’、Ｚ”、Ｚ”’及びＺ””はそれぞれ、存在ごとに独立して、Ｏ又はＳであり；
ｐは存在ごとに独立して、０～２０を表す。
上述されるように、リガンドが、リンカー又は担体を介してｉＲＮＡ剤にコンジュゲートされ得るため、及びリンカー又は担体が、分岐リンカーを含み得るため、ｉＲＮＡ剤は、担体への同じか若しくは異なる骨格付着点を介して、又は分岐リンカーを介して、複数のリガンドを含み得る。例えば、分岐リンカーの分岐点は、二価、三価、四価、五価、若しくは六価の原子、又はそのような多価を示す基であってもよい。特定の実施形態では、分岐点は、－Ｎ、－Ｎ（Ｑ）－Ｃ、－Ｏ－Ｃ、－Ｓ－Ｃ、－ＳＳ－Ｃ、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｑ）－Ｃ、－ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｑ）－Ｃ、－Ｎ（Ｑ）Ｃ（Ｏ）－Ｃ、又は－Ｎ（Ｑ）Ｃ（Ｏ）Ｏ－Ｃであり；ここで、Ｑは存在ごとに独立して、Ｈ又は任意選択で置換されるアルキルである。他の実施形態では、分岐点は、グリセロール又はグリセロール誘導体である。
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、以下の構造のリガンドを含む：
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、以下の構造のリガンドを含む：
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、以下の構造のリガンドを含む：
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、以下の構造のリガンドを含む：
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、以下の構造のリガンドを含む：
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、以下の構造のリガンドを含む：
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、以下の構造のリガンドを含む：
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、以下の構造のリガンドを含む：
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、以下の構造のリガンドを含む：
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、以下の構造のリガンドを含む：
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、以下の構造のリガンドを含む：
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、以下の構造のモノマーを含む：
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、以下の構造のリガンドを含む：
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、以下の構造のモノマーを含む：
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、以下の構造のモノマーを含む：
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、以下の構造のモノマーを含む：
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、以下の構造のモノマーを含む：
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、以下の構造のモノマーを含む：
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、以下の構造のモノマーを含む：
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、以下の構造のリガンドを含む：
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、以下の構造のリガンドを含む：
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、以下の構造のリガンドを含む：
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、以下の構造のリガンドを含む：
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、以下の構造のリガンドを含む：
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、以下の構造のリガンドを含む：
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、以下の構造のリガンドを含む：
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、以下の構造のリガンドを含む：
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、以下の構造のリガンドを含む：
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、以下の構造のモノマーを含む：
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、以下の構造のモノマーを含む：
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、以下の構造のモノマーを含む：
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、以下の構造のモノマーを含む：
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、以下の構造のモノマーを含む：
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、以下の構造のモノマーを含む：
一部の実施形態では、Ｌ２Ａ及びＬ２Ｂの両方は、異なる。
一部の好ましい実施形態では、Ｌ３Ａ及びＬ３Ｂの両方は、同じである。
一部の実施形態では、Ｌ３Ａ及びＬ３Ｂの両方は、異なる。
一部の好ましい実施形態では、Ｌ４Ａ及びＬ４Ｂの両方は、同じである。
一部の実施形態では、Ｌ４Ａ及びＬ４Ｂの両方は、異なる。
一部の好ましい実施形態では、Ｌ５Ａ、Ｌ５Ｂ及びＬ５Ｃの全ては、同じである。
一部の実施形態では、Ｌ５Ａ、Ｌ５Ｂ及びＬ５Ｃの２つは、同じである。
一部の実施形態では、Ｌ５Ａ及びＬ５Ｂは、同じである。
一部の実施形態では、Ｌ５Ａ及びＬ５Ｃは、同じである。
一部の実施形態では、Ｌ５Ｂ及びＬ５Ｃは、同じである。
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、以下の構造のモノマーを含む：
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、以下の構造のモノマーを含む：
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、以下の構造のモノマーを含む：
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、構造：
のモノマーを含み、式中、Ｙは、Ｏ又はＳであり、ｎは、１～６である。
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、構造：
のモノマーを含み、式中、Ｙは、Ｏ又はＳであり、ｎは、１～６であり、Ｒは、水素又は核酸であり、Ｒ’は核酸である。
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、構造：
のモノマーを含み、式中、Ｙは、Ｏ又はＳであり、ｎは、１～６である。
特定の実施形態では、限定されるものではないが、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤を含む、本明細書に記載されるオリゴマー化合物は、構造：
のモノマーを含み、式中、Ｙは、Ｏ又はＳであり、ｎは、２～６であり、ｘは、１～６であり、Ａは、Ｈ又はリン酸塩結合である。
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、構造：
の少なくとも１、２、３又は４つのモノマーを含む。
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、構造：
のモノマーを含み、式中、Ｘは、Ｏ又はＳである。
特定の実施形態では、限定されるものではないが、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤を含む、本明細書に記載されるオリゴマー化合物は、構造：
のモノマーを含み、式中、ｘは、１～１２である。
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、構造：
のモノマーを含み、式中、Ｒは、ＯＨ又はＮＨＣＯＣＨ３である。
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、構造：
のモノマーを含み、式中、Ｒは、ＯＨ又はＮＨＣＯＣＨ３である。
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、構造：
のモノマーを含み、式中、Ｒは、Ｏ又はＳである。
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、構造：
のモノマーを含み、式中、Ｒは、ＯＨ又はＮＨＣＯＣＨ３である。
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、構造：
のモノマーを含む。
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、構造：
のモノマーを含み、式中、Ｒは、ＯＨ又はＮＨＣＯＣＨ３である。
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、構造：
のモノマーを含み、式中、Ｒは、ＯＨ又はＮＨＣＯＣＨ３である。
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、構造：
のモノマーを含み、式中、Ｒは、ＯＨ又はＮＨＣＯＣＨ３である。
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、構造：
のモノマーを含み、式中、Ｒは、ＯＨ又はＮＨＣＯＣＨ３である。
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、構造：
のモノマーを含む。
上述したモノマーにおいて、Ｘ及びＹはそれぞれ、存在ごとに独立して、Ｈ、保護基、リン酸基、ホスホジエステル基、活性化リン酸基、活性化亜リン酸基、ホスホラミダイト、固体担体、－Ｐ（Ｚ’）（Ｚ”）Ｏ－ヌクレオシド、－Ｐ（Ｚ’）（Ｚ”）Ｏ－オリゴヌクレオチド、脂質、ＰＥＧ、ステロイド、ポリマー、ヌクレオチド、ヌクレオシド、又はオリゴヌクレオチドであり；Ｚ’及びＺ”はそれぞれ、存在ごとに独立して、Ｏ又はＳである。
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、構造：
のリガンドにコンジュゲートされる。
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、構造：
のリガンドを含む。
特定の実施形態では、本発明の二本鎖ｉＲＮＡ剤は、構造：
のモノマーを含む。
上述したリガンド及びモノマーの合成は、例えば、参照により全内容が本明細書に組み入れられる、米国特許第８，１０６，０２２号明細書に記載されている。
Ｖ．眼内送達に適した医薬組成物
本発明は、本発明のｉＲＮＡを含む医薬組成物及び製剤も含む。一実施形態では、本明細書に記載されるようなｉＲＮＡ、及び薬学的に許容され得る担体を含む、眼内送達に適した医薬組成物を本明細書に提供する。ｉＲＮＡを含む医薬組成物は、ＴＴＲ遺伝子の発現又は活性、例えば、対象の眼におけるＴＴＲ遺伝子の発現に関連する眼疾患又は障害を治療するのに有用である。本発明の医薬組成物は、眼細胞におけるＴＴＲ遺伝子の発現を阻害するのに十分な投与量で投与することができる。
眼内投与のために、軟膏又は点滴液体が、アプリケーター又は点眼器などの、当技術分野で公知の眼内送達システムによって送達され得る。このような組成物は、ヒアルロン酸、コンドロイチン硫酸、ヒドロキシプロピルメチルセルロース又はポリ（ビニルアルコール）などの粘液模倣物、ソルビン酸、ＥＤＴＡ又は塩化ベンジルクロニウムなどの防腐剤、並びに通常の量の希釈剤及び／又は担体を含むことができる。
眼内投与のために、本発明のｓｉＲＮＡ、二本鎖ＲＮＡ剤は、眼の表面又は近くの組織、例えば眼瞼の内側に適用され得る。それらは、局所的に、例えば、噴霧により、点眼剤で、洗眼剤として、又は軟膏として適用され得る。投与は、対象又は別の人、例えば、医療提供者により提供され得る。薬物は、測定された用量で、又は計量された用量を送達するディスペンサーで提供され得る。薬物はまた、眼の内部に投与され得、薬物を選択された範囲又は構造に導入し得る針又は他の送達デバイスによって導入され得る。
一実施形態では、本発明のｓｉＲＮＡ、二本鎖ＲＮＡ剤は、局所投与経路によって医薬組成物中で眼細胞に投与される。
一実施形態では、眼内送達に適した医薬組成物は、局所送達剤と混合されたｓｉＲＮＡ化合物を含み得る。局所送達剤は、複数の顕微鏡的小胞であり得る。顕微鏡的小胞は、リポソームであり得る。一部の実施形態では、リポソームは、カチオン性リポソームである。
別の実施形態では、ｄｓＲＮＡ剤は、局所浸透促進剤と混合される。一実施形態では、局所浸透促進剤は、脂肪酸である。脂肪酸は、アラキドン酸、オレイン酸、ラウリン酸、カプリル酸、カプリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、リノール酸、リノレン酸、ジカプレート、トリカプレート、モノレイン、ジラウリン、グリセリル１－モノカプレート、１－ドデシルアザシクロヘプタン－２－オン、アシルカルニチン、アシルコリン、若しくはＣ１～１０アルキルエステル、モノグリセリド、ジグリセリド又はそれらの薬学的に許容される塩であり得る。
別の実施形態では、局所浸透促進剤は、胆汁酸塩である。胆汁酸塩は、コール酸、デヒドロコール酸、デオキシコール酸、グルコール酸、グリコール酸、グリコデオキシコール酸、タウロコール酸、タウロデオキシコール酸、ケノデオキシコール酸、ウルソデオキシコール酸、タウロ－２４，２５－ジヒドロ－フシジン酸ナトリウム、グリコジヒドロフシジン酸ナトリウム、ポリオキシエチレン－９－ラウリルエーテル又はそれらの薬学的に許容される塩であり得る。
別の実施形態では、浸透促進剤は、キレート剤である。キレート剤は、ＥＤＴＡ、クエン酸、サリチレート、コラーゲンのＮ－アシル誘導体、ラウレス－９、β－ジケトンのＮ－アミノアシル誘導体又はそれらの混合物であり得る。
別の実施形態では、浸透促進剤は、界面活性剤、例えば、イオン性又は非イオン性界面活性剤である。界面活性剤は、ラウリル硫酸ナトリウム、ポリオキシエチレン－９－ラウリルエーテル、ポリオキシエチレン－２０－セチルエーテル、ペルフルオロケミカルエマルション又はそれらの混合物であり得る。
別の実施形態では、浸透促進剤は、不飽和環状尿素、１－アルキル－アルコン、１－アルケニルアザシクロ－アラカノン、ステロイド性抗炎症薬及びそれらの混合物からなる群から選択され得る。さらに別の実施形態では、浸透促進剤は、グリコール、ピロール、アゾン、又はテルペンであり得る。
一態様では、本発明は、ｓｉＲＮＡ化合物及び送達ビヒクルを含む医薬組成物眼内投与を特徴とする。一実施形態では、ｓｉＲＮＡ化合物は、（ａ）１９～２５ヌクレオチド長、例えば、２１～２３ヌクレオチドであり、（ｂ）内因性標的ＲＮＡに相補的であり、且つ、任意選択で、（ｃ）１～５ヌクレオチド長の少なくとも１つの３’オーバーハングを含む。
一実施形態では、送達ビヒクルは、局所投与経路によって、ｓｉＲＮＡ化合物、例えば、二本鎖ｓｉＲＮＡ化合物、又はｓｓｉＲＮＡ化合物（例えば、前駆体、例えば、ｓｓｉＲＮＡ化合物へとプロセシングされ得る、より大きいｓｉＲＮＡ化合物、又はｓｉＲＮＡ化合物、例えば、二本鎖ｓｉＲＮＡ化合物、又はｓｓｉＲＮＡ化合物、又はその前駆体をコードするＤＮＡ）を眼細胞に送達することができる。送達ビヒクルは、微細小胞であり得る。一例では、微細小胞は、リポソームである。一部の実施形態では、リポソームは、カチオン性リポソームである。別の例では、微細小胞は、ミセルである。一態様では、本発明は、注射可能な剤形で、ｓｉＲＮＡ化合物、例えば、二本鎖ｓｉＲＮＡ化合物、又はｓｓｉＲＮＡ化合物（例えば、前駆体、例えば、ｓｓｉＲＮＡ化合物へとプロセシングされ得る、より大きいｓｉＲＮＡ化合物、又はｓｉＲＮＡ化合物、例えば、二本鎖ｓｉＲＮＡ化合物、又はｓｓｉＲＮＡ化合物、又はその前駆体をコードするＤＮＡ）を含む医薬組成物を特徴とする。一実施形態では、医薬組成物の注射可能な剤形は、滅菌水溶液又は分散液及び滅菌粉末を含む。一部の実施形態では、滅菌溶液は、水；生理食塩溶液；固定油、ポリエチレングリコール、グリセロール、又はプロピレングリコールなどの希釈剤を含み得る。
本発明のｉＲＮＡ分子は、眼内投与に適した医薬組成物に含めることができる。このような組成物は、典型的には、１種以上のｉＲＮＡ及び薬学的に許容され得る担体を含む。本明細書で使用される「薬学的に許容され得る担体」という用語は、眼細胞への医薬品投与に適合したあらゆる溶媒、分散媒、コーティング、抗菌剤、抗真菌剤、等張剤、及び吸収遅延剤などを含むものとする。薬学的に活性な物質用のこのような媒体及び作用剤の使用は、当技術分野で周知である。あらゆる従来の媒体又は作用剤が活性化合物と適合性でない場合を除き、その組成物中での使用が想定される。補助活性化合物を組成物に含めても良い。
特定の実施形態では、二本鎖ｉＲＮＡ剤は、眼組織注入、例えば、周囲、結膜、テノン嚢下、前房内、硝子体内、眼内、前部若しくは後部強膜近傍（ａｎｔｅｒｉｏｒ ｏｒ ｐｏｓｔｅｒｉｏｒ ｊｕｘｔａｓｃｌｅｒａｌ）、網膜下、結膜下、眼球後、若しくは管内注入によって、眼に直接送達されるか；カテーテル又は他の留置デバイス例えば、網膜ペレット（ｒｅｔｉｎａｌ ｐｅｌｌｅｔ）、眼内挿入物、坐剤又は多孔質、非多孔質、若しくはゼラチン状材料を含むインプラントを用いた、眼への直接適用によって；局所点眼剤若しくは軟膏によって；又は結膜嚢における持続放出デバイスによって送達されるか、又は強膜に隣接して（経強膜）若しくは強膜の中に（強膜内）若しくは眼内に埋め込まれ得る。前房内注入は、角膜を介して、前眼房へと行われ、薬剤を小柱網に到達させ得る。管内注入は、静脈集合路（ｖｅｎｏｕｓ ｃｏｌｌｅｃｔｏｒ ｃｈａｎｎｅｌ）内へと行われ、シュレム管から又はシュレム管からへと排液することができる。
一実施形態では、二本鎖ｉＲＮＡ剤は、眼内に、例えば、医療関係者による使用のために注射の準備が整った形態の予め充填された注射器などによる硝子体内注入によって眼の硝子体腔に投与され得る。
眼内送達のために、二本鎖ｉＲＮＡ剤は、眼科学的に許容される防腐剤、共溶媒、界面活性剤、粘度向上剤、浸透促進剤、緩衝剤、塩化ナトリウム、又は水と組み合わされて、水性、滅菌眼用懸濁剤又は液剤を形成し得る。液剤は、生理学的に許容される等張性の水性緩衝液にコンジュゲートを溶解させることによって調製され得る。さらに、液剤は、二本鎖ｉＲＮＡ剤を溶解させるのを助けるために許容される界面活性剤を含み得る。ヒドロキシメチルセルロース、ヒドロキシエチルセルロース、メチルセルロース、ポリビニルピロリドンなどの粘度向上剤が、二本鎖ｉＲＮＡ剤の滞留性を改善するために医薬組成物に添加され得る。
滅菌眼用軟膏製剤を調製するために、二本鎖ｉＲＮＡ剤は、適切なビヒクル、例えば、鉱油、液体ラノリン、又は白色ワセリン中で防腐剤と組み合わされる。滅菌眼用ゲル製剤は、当技術分野で公知の方法にしたがって、例えば、ＣＡＲＢＯＰＯＬ（登録商標）－９４０（ＢＦ Ｇｏｏｄｒｉｃｈ，Ｃｈａｒｌｏｔｔｅ，Ｎ．Ｃ．）などの組み合わせから調製される親水性基剤中で二本鎖ｉＲＮＡ剤を懸濁させることによって調製され得る。
医薬組成物は、１日１回投与されてもよく、又はｉＲＮＡは、２回、３回、若しくはそれ以上のサブ用量として、１日を通して適切な間隔で投与され、又は制御放出製剤を介して送達され得る。その場合、各サブ用量に含まれるｉＲＮＡは、総１日投与量を達成するために、それに応じてより少なくなければならない。投与単位はまた、例えば、数日間にわたるｉＲＮＡの持続放出を提供する従来の持続放出製剤を使用して、数日間にわたる送達のために配合され得る。持続放出製剤は、当技術分野で周知であり、本発明の薬剤と共に使用され得るような特定の部位での薬剤の送達に特に有用である。この実施形態では、投与単位は、１日用量の対応する倍数を含む。
他の実施形態では、医薬組成物の単回用量は、長期間持続することができる。本発明の一部の実施形態では、本発明の医薬組成物の単回用量は、月２回投与される。他の実施形態では、本発明の医薬組成物の単回用量は、毎月投与される。さらに他の実施形態では、本発明の医薬組成物の単回用量は、年４回投与される。さらに他の実施形態では、本発明の医薬組成物の単回用量は、年２回投与される。
当業者は、疾患又は障害の重症度、以前の治療、対象の一般的な健康及び／又は年齢、並びに存在する他の疾患を含むがこれらに限定されない、特定の因子が、対象を効果的に治療するために必要とされる投与量及びタイミングに影響し得ることを認識するであろう。さらに、治療有効量の組成物による対象の治療は、単一の治療又は一連の治療を含み得る。本発明に包含される個々のｉＲＮＡについての有効投与量及びｉｎ ｖｉｖｏ半減期の推定は、本明細書の他の箇所に記載されるように、従来の方法論を使用して、又は適切な動物モデルを使用するｉｎ ｖｉｖｏ試験に基づいてなされ得る。
ＶＩ．眼細胞におけるＴＴＲ発現の阻害方法
本発明はまた、眼細胞におけるトランスサイレチン（ＴＴＲ）の発現を阻害する方法を提供する。本方法は、眼細胞を、眼細胞におけるＴＴＲの発現を阻害するのに有効な量のＲＮＡｉ剤、例えば、二本鎖ＲＮＡｉ剤と接触させることによって、眼細胞におけるＴＴＲの発現を阻害することを含む。
眼細胞とＲＮＡｉ剤、例えば二本鎖ＲＮＡｉ剤との接触は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ又はｉｎ ｖｉｖｏで行うことができる。眼細胞をｉｎ ｖｉｖｏでＲＮＡｉ剤と接触させることは、対象、例えばヒト対象内の眼細胞又は眼細胞の群を、ＲＮＡｉ剤と接触させることを含む。眼細胞又は眼細胞群を接触させるｉｎ ｖｉｔｒｏ及びｉｎ ｖｉｖｏ方法の組み合わせも可能である。眼細胞又は眼細胞の群の接触は、上記に議論したように、直接又は間接的であり得る。さらに、眼細胞又は眼細胞群の接触は、ｄｓＲＮＡ剤の少なくとも１つの鎖上の１つ以上の内部位置にコンジュゲートされた、又はｄｓＲＮＡ剤の二本鎖領域の少なくとも１つの鎖上の１つ以上の位置にコンジュゲートされた、１つ以上の親油性部分を介して、及び／又は本明細書に記載されるか若しくは当技術分野で公知の任意のリガンドを含む標的化リガンドを介して達成され得る。一実施形態では、標的化リガンドは、ＲＮＡｉ剤を目的の部位、例えば、対象の眼細胞に指向させるリガンドである。
本明細書で使用される「阻害する」という用語は、「低下させる」、「サイレンシングする」、「下方制御する」、「抑制する」、及び他の同様の用語と交換可能に使用され、任意のレベルの阻害を含む。好ましくは、阻害は、統計的に有意な又は臨床的に有意な阻害を含む。
「ＴＴＲの発現を阻害する」という句は、任意のＴＴＲ遺伝子（例えば、マウスＴＴＲ遺伝子、ラットＴＴＲ遺伝子、サルＴＴＲ遺伝子、又はヒトＴＴＲ遺伝子など）、及びＴＴＲ遺伝子の変異体又は突然変異体の発現の阻害を指すことを意図する。したがって、ＴＴＲ遺伝子は、野生型ＴＴＲ遺伝子、突然変異ＴＴＲ遺伝子（アミロイド沈着を生じる突然変異ＴＴＲ遺伝子など）、又は遺伝的に操作された眼細胞、眼細胞群、又は生物との関連におけるトランスジェニックＴＴＲ遺伝子であり得る。
「ＴＴＲ遺伝子の発現を阻害する」は、ＴＴＲ遺伝子の任意のレベルの阻害、例えば、ＴＴＲ遺伝子の発現の少なくとも部分的な抑制を含む。ＴＴＲ遺伝子の発現は、ＴＴＲ遺伝子発現に関連する任意の変数、例えばＴＴＲ ｍＲＮＡレベル、ＴＴＲタンパク質レベル、又はアミロイド沈着の数若しくは程度のレベル又はレベルの変化に基づいて評価され得る。このレベルは、例えば、対象に由来するサンプルを含む、個々の眼細胞又は眼細胞群において評価され得る。
阻害は、対照レベルと比較して、眼におけるＴＴＲ発現と関連した１つ以上の変数の絶対的又は相対的レベルの低下によって評価され得る。対照レベルは、当技術分野で利用される任意のタイプの対照レベル、例えば、投与前ベースラインレベル、又は同様の対象、眼細胞、若しくは未処理若しくは対照（例えば、緩衝液のみの対照又は不活性薬剤対照）で処理されたサンプルから決定されたレベルであってもよい。
本発明の方法の一部の実施形態では、眼細胞におけるＴＴＲ遺伝子の発現は、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％％、又はアッセイの検出レベルを下回って阻害される。一部の実施形態では、ＴＴＲ遺伝子の発現の阻害は、治療前のレベルと正常対照レベルとの間の差が少なくとも３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、又は９５％減少するように、ＴＴＲ遺伝子のレベルの正常化をもたらす。一部の実施形態では、阻害は、臨床的に関連する阻害である。
ＴＴＲ遺伝子の発現の阻害は、ＴＴＲ遺伝子が転写され、ＴＴＲ遺伝子の発現が、第１の細胞又は眼細胞群と実質的に同一であるが処理されていない第２の細胞又は眼細胞群（対照細胞）と比較して阻害されるように、処理されている（例えば、眼細胞を本発明のＲＮＡｉ剤と接触させることによって、又は本発明のＲＮＡｉ剤を、その中に細胞が存在する若しくは存在した対象に投与することによって）第１の細胞又は眼細胞群（そのような細胞は、例えば対象に由来するサンプル中に存在し得る）により発現されるｍＲＮＡの量の減少によって明らかにされ得る。好ましい実施形態では、阻害は、処理細胞におけるｍＲＮＡのレベルを、以下の式を使用して、対照細胞におけるｍＲＮＡのレベルの百分率として表すことによって評価される：
或いは、ＴＴＲ遺伝子の発現の阻害は、ＴＴＲ遺伝子発現に機能的に関連するパラメータ、例えば、ＴＴＲタンパク質発現、レチノール結合タンパク質レベル、ビタミンＡレベル、又はＴＴＲを含むアミロイド沈着物の存在の減少に関して評価され得る。ＴＴＲ遺伝子サイレンシングは、構成的に、又はゲノム工学によって、及び当技術分野で公知の任意のアッセイによって、ＴＴＲを発現する任意の眼細胞において決定され得る。
ＴＴＲタンパク質の発現の阻害は、眼細胞又は眼細胞群によって発現されるＴＴＲタンパク質のレベル（例えば、対象に由来するサンプルにおいて発現されるタンパク質のレベル）の低下によって明らかにされ得る。ｍＲＮＡ抑制の評価に関して上述したように、処理された眼細胞又は眼細胞群におけるタンパク質発現レベルの阻害は、同様に、対照の眼細胞又は眼細胞群におけるタンパク質レベルの百分率として表され得る。
ＴＴＲ遺伝子の発現の阻害を評価するために使用することができる対照眼細胞又は眼細胞群には、本発明のＲＮＡｉ剤と未だ接触していない眼細胞又は眼細胞群が含まれる。例えば、対照眼細胞又は眼細胞群は、ＲＮＡｉ剤で対象を治療する前に、個々の対象（例えば、ヒト又は動物対象）から獲得されてもよい。
眼細胞又は眼細胞群によって発現されるＴＴＲ ｍＲＮＡのレベル、又は循環ＴＴＲ ｍＲＮＡのレベルは、ｍＲＮＡ発現を評価するための当技術分野で公知の任意の方法を使用して決定することができる。一実施形態では、サンプル中のＴＴＲの発現レベルは、転写されたポリヌクレオチド又はその一部、例えばＴＴＲ遺伝子のｍＲＮＡを検出することによって決定される。ＲＮＡは、例えば、酸フェノール／グアニジンイソチオシアネート抽出（ＲＮＡｚｏｌ Ｂ；Ｂｉｏｇｅｎｅｓｉｓ）、ＲＮｅａｓｙ ＲＮＡ調製キット（Ｑｉａｇｅｎ）又はＰＡＸｇｅｎｅ（ＰｒｅＡｎａｌｙｔｉｘ、Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ）を使用することを含むＲＮＡ抽出技術を使用して細胞から抽出され得る。リボ核酸ハイブリダイゼーションを利用する典型的なアッセイ形式には、核ランオンアッセイ、ＲＴ－ＰＣＲ、ＲＮａｓｅ保護アッセイ（Ｍｅｌｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１２：７０３５）、ノーザンブロッティング、ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション、及びマイクロアレイ分析が含まれる。循環ＴＴＲ ｍＲＮＡは、その全内容が参照により本明細書に組み入れられるＰＣＴ／ＵＳ２０１２／０４３５８４号明細書に記載される方法を使用して検出され得る。
一実施形態では、ＴＴＲの発現レベルは、核酸プローブを用いて決定される。「プローブ」という用語は、本明細書で使用される場合、特異的ＴＴＲに選択的に結合することができる任意の分子を指す。プローブは、当業者によって合成され得るか、又は適切な生物学的調製物から誘導され得る。プローブは、標識されるように特に設計され得る。プローブとして利用することができる分子の例には、ＲＮＡ、ＤＮＡ、タンパク質、抗体、及び有機分子が含まれるが、これらに限定されない。
単離されたｍＲＮＡは、サザン又はノーザン分析、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）分析及びプローブアレイを含むがこれらに限定されないハイブリダイゼーション又は増幅アッセイに使用することができる。ｍＲＮＡレベルの決定のための１つの方法は、単離されたｍＲＮＡを、ＴＴＲ ｍＲＮＡにハイブリダイズし得る核酸分子（プローブ）と接触させることを含む。一実施形態では、ｍＲＮＡを固体表面上に固定化し、例えば、単離されたｍＲＮＡをアガロースゲル上に流すことによってプローブと接触させ、ｍＲＮＡをゲルからニトロセルロースなどの膜に転写する。代替的な実施形態では、プローブを固体表面上に固定化し、ｍＲＮＡを、例えば、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ遺伝子チップアレイにおいて、プローブと接触させる。当業者は、ＴＴＲ ｍＲＮＡのレベルの決定に使用するために、公知のｍＲＮＡ検出方法を容易に適合させることができる。
サンプル中のＴＴＲの発現レベルを決定するための代替的な方法は、例えば、ＲＴ－ＰＣＲ（実験実施形態は、Ｍｕｌｌｉｓ，１９８７、米国特許第４，６８３，２０２号明細書に示される）、リガーゼ連鎖反応（Ｂａｒａｎｙ（１９９１）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８８：１８９－１９３）、自家持続配列複製法（Ｇｕａｔｅｌｌｉ ｅｔ ａｌ．（１９９０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８７：１８７４－１８７８）、転写増幅システム（Ｋｗｏｈ ｅｔ ａｌ．（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：１１７３－１１７７）、Ｑ－ベータレプリカーゼ（（Ｌｉｚａｒｄｉ ｅｔ ａｌ．（１９８８）Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ６：１１９７）、ローリングサークル複製（Ｌｉｚａｒｄｉ ｅｔ ａｌ．、米国特許第５，８５４，０３３号明細書）又は任意の他の核酸増幅方法による、例えばサンプル中のｍＲＮＡの核酸増幅及び／又は逆転写酵素（ｃＤＮＡを調製するための）のプロセスと、当技術分野で周知の技術を使用した、その後の増幅分子の検出を含む。これらの検出スキームは、そのような分子が非常に少ない数で存在する場合、核酸分子の検出に特に有用である。本発明の特定の態様では、ＴＴＲの発現レベルは、定量的蛍光発生ＲＴ－ＰＣＲ（即ち、ＴａｑＭａｎ（商標）システム）によって決定される。
ＴＴＲ ｍＲＮＡの発現レベルは、膜ブロット（例えば、ノーザン、サザン、ドットなどのハイブリダイゼーション分析において使用される）、又はマイクロウェル、サンプルチューブ、ゲル、ビーズ若しくは繊維（又は結合した核酸を含む任意の固体支持体）を使用して監視され得る。参照により本明細書に組み入れられる米国特許第５，７７０，７２２号明細書、同第５，８７４，２１９号明細書、同第５，７４４，３０５号明細書、同第５，６７７，１９５号明細書及び同第５，４４５，９３４号明細書を参照されたい。ＴＴＲ発現レベルの決定はまた、溶液中で核酸プローブを使用することを含み得る。
好ましい実施形態では、ｍＲＮＡ発現のレベルは、分岐ＤＮＡ（ｂＤＮＡ）アッセイ又はリアルタイムＰＣＲ（ｑＰＣＲ）を使用して評価される。
ＴＴＲタンパク質発現のレベルは、タンパク質レベルの測定のための当技術分野で公知の任意の方法を使用して決定することができる。そのような方法としては、例えば、電気泳動、キャピラリー電気泳動、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）、薄層クロマトグラフィー（ＴＬＣ）、超拡散クロマトグラフィー、流体又はゲル沈殿反応、吸収分光法、比色アッセイ、分光光度アッセイ、フローサイトメトリー、免疫拡散（シングル又はダブル）、免疫電気泳動、ウェスタンブロッティング、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、酵素結合イムノソルベントアッセイ（ＥＬＩＳＡ）、免疫蛍光アッセイ、電気化学発光アッセイなどが挙げられる。
一部の実施形態では、本発明の方法の有効性は、アミロイドＴＴＲ沈着物の減少を検出又はモニリングすることによってモニリングされ得る。本明細書で使用されるアミロイドＴＴＲ沈着物の減少とは、当技術分野で公知の任意の方法を使用してｉｎ ｖｉｔｒｏ又はｉｎ ｖｉｖｏで評価され得る、対照の眼（ｅｙ）又は眼の範囲内のＴＴＲ沈着物のサイズ、数、若しくは重症度の任意の減少、又はＴＴＲ沈着物の形成の予防若しくは減少を含む。例えば、アミロイド沈着を評価するいくつかの方法は、Ｇｅｒｔｚ、Ｍ．Ａ．＆ Ｒａｊｕｋｕｍａｒ、Ｓ．Ｖ．（Ｅｄｉｔｏｒｓ）（２０１０）、Ａｍｙｌｏｉｄｏｓｉｓ：Ｄｉａｇｎｏｓｉｓ ａｎｄ Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ、ＮｅｗＹｏｒｋ：Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓに記載されている。アミロイド沈着の評価方法は、生化学分析、並びに、例えば、免疫組織化学染色、蛍光標識、光学顕微鏡法、電子顕微鏡法、蛍光顕微鏡法、又は他のタイプの顕微鏡法を使用して可視化されるような、アミロイド沈着の視覚的又はコンピューター化された評価を含み得る。例えば、ＣＴ、ＰＥＴ、又はＮＭＲ／ＭＲＩ画像を含む侵襲性又は非侵襲性イメージングモダリティを用いて、アミロイド沈着を評価することができる。
本明細書で使用される「サンプル」という用語は、対象から単離された類似の眼液、眼細胞、又は眼組織、及び対象内に存在する眼液、眼細胞、又は眼組織の集合を指す。生体液の例には、眼液などが含まれる。組織サンプルは、組織、器官又は局所領域からのサンプルを含み得る。例えば、サンプルは、特定の器官、器官の一部、又はそれらの器官内の流体若しくは細胞に由来し得る。特定の実施形態では、サンプルは、網膜又は網膜の一部（例えば、網膜色素上皮及び／又は毛様体上皮）に由来し得る。好ましい実施形態では、「対象に由来するサンプル」は、対象に由来する網膜組織を指す。
本発明の方法の一部の実施形態では、ＲＮＡｉ剤は、ＲＮＡｉ剤が対象内の特定の部位に送達されるように、対象に投与される。ＴＴＲの発現の阻害は、対象内の特定の部位からの流体又は組織に由来するサンプル中のＴＴＲ ｍＲＮＡ又はＴＴＲタンパク質のレベル又はレベルの変化の測定を用いて評価することができる。一実施形態では、部位は、網膜である。別の実施形態では、部位は、肝臓である。部位はまた、前述の部位のいずれか１つ（例えば、肝細胞又は網膜色素上皮）からの細胞のサブセクション又はサブグループであり得る。部位はまた、特定のタイプの受容体を発現する細胞（例えば、アシアロ糖タンパク質（ａｓｉａｌｏｇｙｃｌｏｐｒｏｔｅｉｎ）受容体を発現する肝細胞）を含み得る。
ＶＩＩ．ＴＴＲ関連眼疾患を治療又は予防するための方法
本発明はまた、対象におけるＴＴＲ関連眼疾患を治療又は予防するための方法を提供する。本方法は、治療有効量又は予防有効量の本発明のＲＮＡｉ剤を対象に眼内投与することを含む。
本明細書で使用される場合、「対象」は、霊長類（例えばヒト、非ヒト霊長類、例えば、サル及びチンパンジー）、非霊長類（例えば、ウシ、ブタ、ラクダ、ラマ、ウマ、ヤギ、ウサギ、ヒツジ、ハムスター、モルモット、ネコ、イヌ、ラット、マウス、ウマ及びクジラ）を含む哺乳動物、又は鳥類（例えば、アヒル又はガチョウ）などの動物である。対象は、トランスジェニック生物も含み得る。
一実施形態では、対象は、ヒト、例えば、本明細書に記載されるように、眼細胞におけるＴＴＲ遺伝子発現の低下から利益を得るであろう眼疾患、障害又は状態について治療又は評価されているヒト；眼細胞におけるＴＴＲ遺伝子発現の低下から利益を得るであろう疾患、障害又は状態のリスクにあるヒト；眼細胞におけるＴＴＲ遺伝子発現の低下から利益を得るであろう眼疾患、障害又は状態を有するヒト；及び／又は眼細胞におけるＴＴＲ遺伝子発現の低下から利益を得るであろう疾患、障害又は状態について治療されているヒトである。
一部の実施形態では、対象は、ＴＴＲ関連眼疾患に罹患しており、例えば、対象は、ＴＴＲ突然変異の他の症状について治療されたか又は治療されているＴＴＲ突然変異を有し、例えば、対象は、ＴＴＲ関連疾患、例えば老人性全身性アミロイドーシス（ＳＳＡ）；全身性家族性アミロイドーシス；家族性アミロイド性多発ニューロパチー（ＦＡＰ）；家族性アミロイド心筋症（ＦＡＣ）；及び軟髄膜又は髄膜脳血管アミロイドーシス、中枢神経系（ＣＮＳ）アミロイドーシス、又はアミロイドーシスＶＩＩ型としても知られる軟髄膜アミロイドーシスを有する。
一実施形態では、本発明のＲＮＡｉ剤は、家族性アミロイド心筋症（ＦＡＣ）に罹患している対象に投与される。別の実施形態では、本発明のＲＮＡｉ剤は、混合表現型を有するＦＡＣに罹患している対象、即ち、心臓障害及び神経障害の両方を有する対象に投与される。さらに別の実施形態では、本発明のＲＮＡｉ剤は、混合表現型を有するＦＡＰに罹患している対象、即ち、神経障害及び心臓障害の両方を有する対象に投与される。一実施形態では、本発明のＲＮＡｉ剤は、同所性肝移植（ＯＬＴ）で治療されたＦＡＰに罹患している対象に投与される。別の実施形態では、本発明のＲＮＡｉ剤は、老人性全身性アミロイドーシス（ＳＳＡ）に罹患している対象に投与される。本発明の方法の他の実施形態では、本発明のＲＮＡｉ剤は、家族性アミロイド心筋症（ＦＡＣ）及び老人性全身性アミロイドーシス（ＳＳＡ）に罹患している対象に投与される。正常配列ＴＴＲは、高齢者の心アミロイドーシスを引き起こし、老人性全身性アミロイドーシス（ＳＳＡ）（老人性心アミロイドーシス（ＳＣＡ）又は心アミロイドーシスとも呼ばれる）と呼ばれる。ＳＳＡは、しばしば他の多くの器官における顕微鏡的な沈着物を伴う。ＴＴＲ突然変異は、ＴＴＲアミロイド形成プロセスを加速し、臨床的に有意なＴＴＲアミロイドーシス（ＡＴＴＲ（アミロイドーシス－トランスサイレチン型）とも呼ばれる）の発症の最も重要な危険因子である。８５種類を超えるアミロイド形成性ＴＴＲ変異体が全身性家族性アミロイドーシスを引き起こすことが知られている。
本発明の方法の一部の実施形態では、本発明のＲＮＡｉ剤は、トランスサイレチン（ＴＴＲ）関連家族性アミロイドポリニューロパチー（ＦＡＰ）に罹患している対象に投与される。
他の実施形態では、対象は、ＴＴＲ関連眼疾患を発症するリスクにある対象、例えば、ＴＴＲ関連眼疾患の発症に関連するＴＴＲ遺伝子突然変異を有する対象（例えば、ＴＴＲ眼アミロイドーシスの発症を示唆する徴候又は症状の開始前）、ＴＴＲ関連眼疾患の家族歴を有する対象（例えば、ＴＴＲ眼アミロイドーシスの発症を示唆する徴候又は症状の開始前）、又はＴＴＲ眼アミロイドーシスの発症を示唆する徴候又は症状を有する対象である。
「ＴＴＲ関連眼疾患」は、ＴＴＲが眼内の異常な細胞外凝集体又はアミロイド沈着物の形成において役割を果たす任意のタイプのＴＴＲアミロイドーシス（ＡＴＴＲ）を含む。ＴＴＲ関連眼疾患又は障害には、ＴＴＲ関連緑内障、ＴＴＲ関連硝子体混濁、ＴＴＲ関連網膜異常、ＴＴＲ関連網膜アミロイド沈着、ＴＴＲ関連網膜血管障害、ＴＴＲ関連虹彩アミロイド沈着、ＴＴＲ関連スカラップ虹彩、及び水晶体上のＴＴＲ関連アミロイド沈着が含まれるが、これらに限定されない。
一態様において、本発明のＲＮＡｉ剤は、ＴＴＲ関連緑内障、ＴＴＲ関連硝子体混濁、ＴＴＲ関連網膜異常、ＴＴＲ関連網膜アミロイド沈着、ＴＴＲ関連網膜血管障害、ＴＴＲ関連虹彩アミロイド沈着、ＴＴＲ関連スカラップ虹彩、及び水晶体上のＴＴＲ関連アミロイド沈着などのＴＴＲ関連眼疾患に罹患している対象に眼内投与される。
眼内投与は、眼周囲、結膜、テノン下、前房内、硝子体内、眼内、前部又は後部傍強膜、網膜下、結膜下、眼球後、又は管内注射を介してもよい。
一部の実施形態では、ＲＮＡｉ剤は、対象内のＲＰＥ及び／又はＣＥ細胞などの眼細胞におけるＴＴＲ発現を阻害するのに有効な量で対象に投与される。対象内の眼細胞におけるＴＴＲ発現を阻害するのに有効な量は、ＴＴＲ ｍＲＮＡ、ＴＴＲタンパク質、又はアミロイド沈着などの関連変数の阻害の評価を含む方法を含む、上述の方法を使用して評価することができる。
一部の実施形態では、ＲＮＡｉ剤は、治療又は予防有効量で対象に投与される。
「治療有効量」は、本明細書で使用される場合、ＴＴＲ関連眼疾患を治療するために患者に投与される場合、疾患の治療（例えば、既存の疾患又は疾患の１つ以上の症状を減少させ、改善し、又は維持することによって）を行うのに十分であるＲＮＡｉ剤の量を含むことが意図される。「治療有効量」は、ＲＮＡｉ剤、薬剤が投与される方法、疾患及びその重症度、並びに病歴、年齢、体重、家族歴、遺伝的構成、ＴＴＲ発現によって媒介される病理学的プロセスの段階、もしあれば、先行する又は付随する治療のタイプ、並びに治療される患者の他の個々の特徴に応じて変化し得る。
「予防有効量」は、本明細書で使用される場合、ＴＴＲ関連疾患の症状を未だ経験していないか又は呈さないが、この疾患に罹りやすい可能性がある対象に投与される場合、疾患又は疾患の１つ以上の症状を予防又は改善するのに十分なＲＮＡｉ剤の量を含むことが意図される。改善され得る症状としては、視力低下、夜間視力低下、周辺視力低下、網膜血管の減弱、網膜血管の蛇行、角膜過敏症、網膜静脈閉塞症、及び格子状角膜ジストロフィー、及びＴＴＲ関連眼障害に関連した他の検眼鏡症状又は状態が挙げられる。一実施形態では、ＲＮＡｉ剤は、硝子体アミロイドーシスに罹患している対象に投与される。一実施形態では、ＲＮＡｉ剤は、毛様体上皮（ＣＥ）における眼アミロイドーシスに罹患している対象に投与される。別の実施形態では、ＲＮＡｉ剤は、網膜色素上皮（ＲＰＥ）における眼アミロイドーシスに罹患している対象に投与される。疾患の改善には、疾患の進行を遅らせること、又は後に発症する病気の重症度を軽減することが含まれる。「予防有効量」は、ＲＮＡｉ剤、薬剤が投与される方法、疾患のリスクの程度、及び病歴、年齢、体重、家族歴、遺伝的構成、もしあれば、先行する又は付随する治療のタイプ、及び治療される患者の他の個々の特徴に応じて変化し得る。
「治療有効量」又は「予防有効量」はまた、いずれの治療にも適用可能な理想的な利益／リスク比で、いくつかの所望の局所又は全身効果を生じるＲＮＡｉ剤の量を含む。本発明の方法に使用されるＲＮＡｉ剤は、そのような治療に適用可能な理想的な利益／リスク比を生じるのに十分な量で投与され得る。
本明細書で使用される場合、「治療有効量」及び「予防有効量」という句はまた、ＴＴＲ発現により媒介される病理過程又は病理過程の症状の治療、予防、又は管理において利益を提供する量を含む。眼ＴＴＲアミロイドーシスの症状としては、視力低下、夜間視力低下、周辺視力低下、網膜血管の減弱、網膜血管の蛇行、角膜過敏症、網膜静脈閉塞症、及び格子状角膜ジストロフィー、及びＴＴＲ関連眼障害に関連した他の検眼鏡症状又は状態が挙げられる。
対象に投与されるＲＮＡｉ剤の用量は、例えば、所望のレベルのＴＴＲ遺伝子抑制（例えば、上記に定義したような、ＴＴＲ ｍＲＮＡ抑制、ＴＴＲタンパク質発現、又はアミロイド沈着物の減少に基づいて評価して）、又は所望の治療若しくは予防効果を達成する一方で、同時に望ましくない副作用を回避するために、特定の用量のリスクと利益が均衡するように調整され得る。
一部の実施形態では、薬剤は、対象に硝子体内投与される。一部の実施形態では、皮下投与のためのＲＮＡｉ剤の用量は、例えば、薬学的に許容され得る担体の１ｍｌ以下の容量に含まれる。
一部の実施形態では、投与は、デポー注射を介する。デポー注射は、長期間にわたって一貫してＲＮＡｉ剤を放出することができる。したがって、デポー注射は、所望の効果、例えば、ＴＴＲの所望の阻害、又は治療若しくは予防効果を得るために必要な投与の頻度を減少させ得る。
一部の実施形態では、投与は、ポンプを介する。ポンプは、外部ポンプ又は外科的に埋め込まれたポンプであってもよい。
一部の実施形態では、ＲＮＡｉ剤は、対象内の眼細胞におけるＴＴＲ発現を阻害するのに有効な量で対象に投与される。対象内の眼細胞におけるＴＴＲ発現を阻害するのに有効な量は、ＴＴＲ ｍＲＮＡ、ＴＴＲタンパク質、又はアミロイド沈着などの関連変数の阻害の評価を含む方法を含む、上述の方法を使用して評価することができる。
本発明の方法は、治療されている対象の予後も改善し得る。例えば、本発明の方法は、治療期間中の臨床悪化イベントの可能性の減少を対象に提供する。
対象に投与されるＲＮＡｉ剤の用量は、例えば、所望のレベルのＴＴＲ遺伝子抑制（例えば、上記に定義したような、ＴＴＲ ｍＲＮＡ抑制、ＴＴＲタンパク質発現、又はアミロイド沈着物の減少に基づいて評価して）、又は所望の治療若しくは予防効果を達成する一方で、同時に望ましくない副作用を回避するために、特定の用量のリスクと利益が均衡するように調整され得る。
一実施形態では、本発明のｉＲＮＡ剤は、体重ベースの用量として対象に投与される。「体重ベースの用量」（例えば、ｍｇ／ｋｇでの用量）は、対象の体重に応じて変化するｉＲＮＡ剤の用量である。別の実施形態では、ｉＲＮＡ剤は、固定用量として対象に投与される。「固定用量」（例えば、ｍｇでの容量）は、体重のような特定の対象に関連する因子にかかわらず、ｉＲＮＡ剤の１用量が全対象に使用されることを意味する。特定の一実施形態では、本発明のｉＲＮＡ剤の固定用量は、所定の体重又は年齢に基づく。
対象は、治療量のｉＲＮＡ、例えば約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約５０ｍｇ／ｋｇのｄｓＲＮＡを投与され得る。引用した値の中間の値及び範囲も、本発明の一部であることが意図される。
一部の実施形態では、ＲＮＡｉ剤は、約０．０１ｍｇ～約１ｍｇの固定用量として投与される。特定の実施形態では、対象は、約０．００１ｍｇ～約１ｍｇの固定用量の二本鎖ＲＮＡｉ剤を投与される。特定の実施形態では、対象は、約０．００１ｍｇ～約０．１ｍｇの固定用量の二本鎖ＲＮＡｉ剤を投与される。特定の実施形態では、薬剤は、約１ヶ月に１回送達される。特定の実施形態では、薬剤は、四半期に１回（即ち、約３ヶ月に１回）投与される。特定の実施形態では、薬剤は、半年毎に（即ち、約６ヶ月に１回）投与される。
特定の実施形態では、ＲＮＡｉ剤は、約０．００１、０．００３、０．０１、０．０２、０．０３、０．０４、０．０５、０．０６、０．０７、０．０８、０．０９、０．１、０．１、０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９、又は約１ｍｇの固定用量で、毎月１回、２ヵ月に１回、３ヵ月に１回（即ち、四半期に１回）、４ヵ月に１回、５ヵ月に１回、６ヵ月に１回（即ち、半年ごと）、又は１年に１回、対象に投与される。
一部の実施形態では、ＲＮＡｉ剤は、２以上の用量で投与される。反復又は頻繁な注入を容易にすることが所望される場合、リザーバの埋め込みが推奨され得る。一部の実施形態では、その後の用量の数又は量は、所望の効果の達成、例えば、ＴＴＲ遺伝子の抑制、又は治療若しくは予防効果の達成、例えば、アミロイド沈着物の減少又はＴＴＲ関連眼疾患の症状の減少に依存する。
一部の実施形態では、ＲＮＡｉ剤は、他の治療剤又は他の治療レジメンと共に投与される。例えば、ＴＴＲ関連疾患を治療するのに適した他の薬剤又は他の治療レジメンは、体内の突然変異体ＴＴＲレベルを低下させることができる肝臓移植；パチシラン（ＯＮＰＡＴＴＲＯ（商標））；ＴＴＲ四量体を動力学的に安定化させ、ＴＴＲアミロイド形成に必要な四量体解離を防止するタファミジス（Ｖｙｎｄａｑｅｌ）；例えば、心臓病変を伴うＴＴＲアミロイドーシスにおける浮腫を減少させるために使用することができる利尿薬を含むことができる。
一実施形態では、対象は、ＲＮＡｉ剤の初回用量及び１つ以上の維持用量が投与される。維持用量は、初回用量と同じ又はそれより少なくてもよく、例えば、初回用量の半分であってもよい。さらに、治療レジメンは、特定の疾患の性質、その重症度及び患者の全体的な状態に応じて変化するであろう一定期間続くことができる。治療後に、患者の状態の変化を監視することができる。ＲＮＡｉ剤の投与量は、患者が現在の投与量レベルに著しく反応しない場合に増加させるか、又は病態の症状の軽減が観察された場合、病態がアブレーションされた場合、又は望ましくない副作用が観察された場合に減少させることができる。
ＶＩＩＩ．本発明のキット
本発明はまた、本発明の方法のいずれかを実施するためのキットを提供する。そのようなキットは、１つ以上のＲＮＡｉ剤及び使用説明書、例えば、眼細胞におけるＴＴＲの発現を阻害するのに有効な量で、眼細胞をＲＮＡｉ剤と接触させることによって、眼細胞におけるＴＴＲの発現を阻害するための説明書を含む。キットは、任意選択で、眼細胞をＲＮＡｉ剤と接触させるための手段（例えば、注射デバイス又は注入ポンプ）、又はＴＴＲの阻害を測定するための手段（例えば、ＴＴＲ ｍＲＮＡ又はＴＴＲタンパク質の阻害を測定するための手段）をさらに含んでもよい。ＴＴＲの抑制を測定するためのこのような手段は、対象からサンプルを得るための手段を含み得る。本発明のキットは、任意選択で、ＲＮＡｉ剤を対象に投与するための手段、又は治療有効量若しくは予防有効量を決定するための手段をさらに含んでもよい。
ＲＮＡｉ剤は、注射用滅菌水中の溶液などの、任意の便利な形態で提供され得る。
本発明は、以下の実施例によってさらに例示されるが、これらの実施例は、さらなる限定と解釈されるべきものではない。本出願で言及される全ての参照文献、出願中の特許出願及び公開特許の内容は、参照により本明細書に明確に組み入れられるものとする。
以下の実験は、眼細胞におけるＴＴＲを標的とするＲＮＡｉ剤のサイレンシング活性に対する、１つ以上の親油性部分を二本鎖ＲＮＡｉ剤の少なくとも１つの鎖上の１つ以上の内部部分又は二本鎖領域内にコンジュゲートすることの有益な効果を示す。
実施例１ ラットにおける眼のＴＴＲ発現の阻害
眼細胞送達のために最適化されたｄｓＲＮＡ剤、例えば、眼細胞への送達を媒介するリガンドを含むｄｓＲＮＡ剤（ＯＣコンジュゲート；ＡＤ－６７１７５）、又は部分的に修飾された、例えば、センス鎖及びアンチセンス鎖のヌクレオチドの全てがヌクレオチド修飾を含むわけではない（ＡＤ－２３０４３）、又は肝送達のために最適化された、例えば、肝細胞へのｄｓＲＮＡ剤への送達を標的とするリガンドを含むｄｓＲＮＡ剤（ＥＳＣ；ＡＤ－６５８０８）を、ラットに硝子体内投与して、これらの薬剤による眼ＴＴＲ阻害の有効性を決定した。
これらの薬剤の修飾センス鎖及びアンチセンス鎖ヌクレオチド配列を以下の表に提供する。
眼細胞送達に最適化された単一５０μｇ用量のｄｓＲＮＡ剤（ＯＣコンジュゲート化）、又は部分的に修飾された単一５０μｇ用量のｄｓＲＮＡ剤、又は肝送達に最適化された単一５０μｇ用量のｄｓＲＮＡ剤（ＥＳＣ）、又はＰＢＳ（対照として）を、硝子体内注射を介して各ラットの片眼に投与した。
治療の有効性は、投与１４日後の眼におけるＴＴＲ ｍＲＮＡレベルの測定により評価した。簡単に述べると、眼を回収し、硝子体液を除去した。組織溶解物は、Ｆｏｓｔｅｒ Ｄ．Ｊ．，ｅｔ ａｌ．（２０１８）Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．２６：７０８に記載されているプロトコルと同様のプロトコルを用いて調製した。眼ｍＲＮＡレベルを、定量的ｂＤＮＡアッセイ（Ｐａｎｏｍｉｃｓ）を用いてアッセイした。ｍＲＮＡレベルを各群について計算し、未治療組織サンプルに対して正規化して、未治療組織と比較して残留している％メッセージとして相対ＴＴＲ ｍＲＮＡを得た。
図１に示すように、ＯＣコンジュゲート化（ｃｏｎｊｕａｇｔｅｄ）剤は、部分的に修飾された薬剤又はＥＳＣ修飾を有する薬剤のいずれかと比較して、ラット眼組織におけるＴＴＲのｍＲＮＡレベルを有意に低下させた。
ＴＴＲタンパク質は、眼内で網膜色素上皮細胞（ＲＰＥ）及び繊毛上皮細胞（ＣＥ）において主に生成されることが以前に示されている（例えば、Ｈａｒａ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ａｒｃｈ Ｏｐｈｔｈａｌｍａｌ １２８：２０６、及びＫａｗａｊｉ ｅｔ ａｌ．Ｅｘｐ Ｅｙｅ Ｒｅｓ，８１，２００５，３０６参照）。
したがって、ＯＣコンジュゲート化剤が、ＲＰＥ及びＣＥにおけるＴＴＲ発現を特異的に阻害することを示すために、単一５０μｇ硝子体内用量のＯＣコンジュゲート化ｄｓＲＮＡ剤（ＡＤ－６７１７５）又は非コンジュゲート化ｄｓＲＮＡ剤（非コンジュゲート化；ＡＤ－７７７４５）を投与されたラット眼の後部組織（網膜、網膜色素上皮、脈絡膜、及び強膜）及び前部組織（毛様体上皮、角膜、水晶体、虹彩、及び房水）を単離し、これらの組織中のＴＴＲ ｍＲＮＡレベルを上述したように決定した。
これらの薬剤の修飾センス鎖及びアンチセンス鎖ヌクレオチド配列を以下の表に提供する。
図２Ａ及び２Ｂに示すように、ＯＣコンジュゲート化剤は、後部組織及び前部組織の両方において、ＴＴＲの発現を有意に低下させた。
さらに、図２Ｄに示すように、後部及び前部眼組織の病理組織学的分析により、ＯＣコンジュゲート化剤の硝子体内投与は、治療関連の病理学的微小所見と関連しないことが示された。
実施例２ トランスジェニックマウスにおけるヒト眼ＴＴＲ発現の阻害
眼内送達に最適化された、ヒトＴＴＲ発現を阻害するＲＮＡｉ剤の特異性を評価するために、眼内送達用のＯＣコンジュゲート化ＲＮＡｉ剤、ＡＤ－７０１９１を、Ｖ３０Ｍ突然変異を有するヒトＴＴＲを発現するトランスジェニックマウスに投与した（Ｓａｎｔｏｓ，ＳＤ．，Ｆｅｒｎａａｎｄｅｓ，Ｒ．，ａｎｄ Ｓａｒａｉｖａ，ＭＪ．（２０１０）Ｎｅｕｒｏｂｉｏｌｏｇｙ ｏｆ Ａｇｉｎｇ，３１，２８０－２８９参照）。Ｖ３０Ｍ突然変異は、ヒトにおいて家族性アミロイド性多発ニューロパチーＩ型を引き起こすことが知られている。例えば、Ｌｏｂａｔｏ，Ｌ．（２００３）Ｊ Ｎｅｐｈｒｏｌ．，１６（３）：４３８－４２を参照されたい。
単一２．５μｇ又は７．５μｇ用量のＡＤ－７０１９１は、０日目にトランスジェニックマウスに硝子体内投与された。７日目に、眼組織を回収し、ＴＴＲのｍＲＮＡレベルを上述したように決定した。比較のために、マウスＴＴＲ、マウスコーンロッドホメオボックス、及びマウスロドプシンのｍＲＮＡレベルも決定した。
ＡＤ－７０１９１の修飾センス鎖及びアンチセンス鎖ヌクレオチド配列を以下の表に提供する。
図３Ａに示すように、単一２．５μｇ又は７．５μｇ用量のＡＤ－７０１９１は、トランスジェニックマウスにおいてｈＴＴＲの発現を有意に低下させた。７．５μｇ用量は２．５μｇ用量よりも有効であった。対照的に、図３Ｂ～３Ｄに示すように、マウスＴＴＲ、コーンロッドホメオボックス及びロドプシンのｍＲＮＡレベルは減少せず、ＡＤ－ＡＤ－７０１９１はヒトＴＴＲを特異的に標的とすることが示された。
実施例３ 非ヒト霊長類における眼のＴＴＲ発現の阻害
眼内送達用に様々に修飾したｄｓＲＮＡ剤、ＡＤ－２９１８４５、ＡＤ－７０５００、ＡＤ－２９０６７４、ＡＤ－２９０６７６、及びＡＤ－２９０６７５の有効性を、非ヒト霊長類の眼において評価した。雄のカニクイザル（ｎ＝３）に、０日目に、単一１ｍｇ又は３ｍｇ用量のＡＤ－２９１８４５、ＡＤ－７０５００、ＡＤ－２９０６７４、ＡＤ－２９０６７６、又はＡＤ－２９０６７５を硝子体内投与した。投与から３１日後に眼を収集した。組織（ＲＰＥ及びＣＥ）を解剖し、組織から溶解物を調製した。ＴＴＲ ｍＲＮＡレベルを上述したように決定した。
これらの薬剤の修飾及び非修飾センス鎖及びアンチセンス鎖ヌクレオチド配列を以下の表に提供する。
図４に示すように、単一３ｍｇ用量のＡＤ－２９１８４５又はＡＤ－７０５００は、毛様体上皮（ＣＥ）及び網膜色素上皮（ＲＰＥ）の両方において、ＴＴＲのｍＲＮＡレベルを有意に低下させた。
さらに、図５Ｂに示すように、免疫組織化学（ＩＨＣ）分析により、単一３ｍｇ用量のＡＤ－２９１８５の投与が、３１日目にＴＴＲタンパク質を有意に低下させることが示された。
注射した眼の－７、３、８、及び３０日目の検眼鏡検査（表１）及び３１日目の組織病理学的検査（表２）は、ＡＤ－２９１８５の硝子体内投与に関連した有意な治療関連の病理学的所見を明らかにしなかった。
これらのデータは、ＡＤ－２９１８４５が眼組織内のＴＴＲ ｍＲＮＡ及びタンパク質を特異的に及び効果的に減少させることを示す。
以下の表は、実施例１～３で使用した非修飾及び修飾センス鎖及びアンチセンス鎖ヌクレオチド配列を概略する。
実施例４ 非ヒト霊長類における眼のＴＴＲ発現の用量応答阻害
用量応答研究において、眼ＴＴＲ発現をノックダウンするｄｓＲＮＡ剤ＡＤ－２９１８４５の有効性を、非ヒト霊長類の眼において評価した。雄のカニクイザル（グループ当たりｎ＝２）に、０日目に単一０．１ｍｇ、０．３ｍｇ、１ｍｇ、又は３ｍｇ用量のＡＤ－２９１８４５を５０μｌの総容積で硝子体内投与した。硝子体液及び房水を眼から収集した。眼組織（ＲＰＥ及びＣＥ）を解剖した。眼組織、肝臓、及び腎臓から溶解物を調製した。ＴＴＲ ｍＲＮＡレベルを上述したように決定する。ＴＴＲタンパク質レベルをＥＬＩＳＡ及び免疫組織化学（ＩＨＣ）により決定した。
図６Ａに示すように、単一０．１ｍｇ、０．３ｍｇ、１ｍｇ、又は３ｍｇ用量のＡＤ－２９１８４５は、２８日目に、毛様体上皮及び網膜色素上皮の両方におけるＴＴＲのｍＲＮＡレベルを有意に低下させた。結果をＩＨＣにより確認した。最も低い用量のＡＤ－２９１８５４の投与でさえも、ＥＬＩＳＡにより決定して、硝子体液（図６Ｂ）及び房水（図６Ｃ）中のＴＴＲタンパク質のほぼ完全な減少を２８日目にもたらした。
さらに、試験した全ての時点で、ＴＴＲの強力なノックダウンが観察された。単一１ｍｇ又は３ｍｇ用量のＡＤ－２９１８４５は、毛様体上皮（図７Ａ）及び網膜色素上皮（図７Ｂ）の両方におけるＴＴＲのｍＲＮＡレベルを２８、５６、及び８４日目に有意に低下させた。単一１ｍｇ又は３ｍｇ用量のＡＤ－２９１８４５は、ＥＬＩＳＡにより決定して、単一０．１ｍｇ又は０．３ｍｇ用量で２８日目に、又は単一１ｍｇ又は３ｍｇ用量で２８、５６、及び８４日目に、硝子体液（図７Ｃ）及び房水（図７Ｄ）中のＴＴＲタンパク質のほぼ完全な減少をもたらした。
これらのデータは、ＡＤ－２９１８４５が眼組織内のＴＴＲ ｍＲＮＡ及びタンパク質を強力に及び永続的に減少させることを示す。
実施例５ 非ヒト霊長類における眼のＴＴＲ発現の低用量阻害
０．１ｍｇ／眼という低い用量でのＡＤ－２９１８４５の硝子体内投与による、ＴＴＲ ｍＲＮＡ及びタンパク質の両方の強力及び永続的なノックダウンが示されたが、より低い用量のＡＤ－２９１８４５を、非ヒト霊長類において別個の研究で試験した。
雌のカニクイザル（グループ当たりｎ＝２）に、０日目に単一０．００３ｍｇ、０．０３ｍｇ、０．１ｍｇ、又は０．３ｍｇ用量のＡＤ－２９１８４５を５０μｌの総容積で硝子体内投与した。房水を２８日目に収集した。眼、肝臓、及び腎臓を投与後の１６８日目に収集した。硝子体液及び房水を眼から収集した。眼組織（ＲＰＥ及びＣＥ）を解剖した。眼組織、肝臓、及び腎臓から溶解物を調製した。ＴＴＲ ｍＲＮＡレベルを上述したように決定した。ＴＴＲタンパク質レベルをＥＬＩＳＡ及び免疫組織化学（ＩＨＣ）により決定した。
図８Ａに示すように、単一０．００３ｍｇ、０．０３ｍｇ、０．１ｍｇ、又は０．３ｍｇ用量のＡＤ－２９１８４５は、ＥＬＩＳＡにより決定して、ＰＢＳ治療対照と比較して、２８日目に房水中のＴＴＲタンパク質のほぼ完全な減少をもたらした。４用量のそれぞれにおける注射後の２８、８４、及び１６８日目の、ＰＢＳ対照と比較した、房水中に残留するパーセントＴＴＲタンパク質を示すグラフを、図８Ｂに提供する。この結果は、より高い用量のＡＤ－２９１８４５が房水においてより高いレベル及びより持続的なＴＴＲのノックダウンを提供する、用量応答を示す。
１６８日間の最終時点で、眼を回収し、毛様体及び網膜色素上皮（ＲＰＥ）を単離し、ＰＢＳ治療対照と比較した残留するＴＴＲメッセージのレベルを決定した。結果を、それぞれ、図８Ｃ及び８Ｄに示す。再び、この結果は、より高い用量のＡＤ－２９１８４５が毛様体及びＲＰＥの両方でより高いレベルのＴＴＲ ｍＲＮＡノックダウンを提供する、用量応答を示す。
これらのデータは、ＡＤ－２９１８４５が低い用量においてさえも、眼組織内のＴＴＲ ｍＲＮＡ及びタンパク質発現を強力に及び永続的に減少させることを示す。
実施例６ マウスにおける眼のＴＴＲ発現の阻害
様々な位置にＣ１６修飾を有する、上記に提供したＡＤ－６５８０８及びＡＤ－６７１７５と同じヌクレオチド配列を有するさらなるｄｓＲＮＡ剤を設計した。これらの薬剤を表５に示す。
雌のＣ５７ＢＬ／６マウス（ｎ＝３マウス、グループ当たり６個の眼）に、０日目に、表５に列挙した二重鎖の１つの単一の７．５μｇ／眼又はＰＢＳ対照を硝子体内投与した。１３日目に、眼を回収し、ＰＢＳ対照と比較した残留するマウスＴＴＲ ｍＲＮＡのパーセント。結果を表６に示す。
これらのデータは、Ｃ１６修飾の位置が、マウス眼におけるｍＴＴＲサイレンシングのレベルを変化させ得ることを示す。
実施例７ 非ヒト霊長類における眼のＴＴＲ発現の阻害
さらなるｄｓＲＮＡ剤を、非ヒト霊長類におけるＴＴＲ発現の阻害について試験した。雌のカニクイザル（グループ当たりｎ＝２）に、０日目に単一１ｍｇ用量のＡＤ－５９２７４４、ＡＤ－５３８６９７、又はＡＤ－５９７９７９を５０μｌの総容積で硝子体内投与した。房水を投与後の２８、８４、及び１６８日目に収集した。眼を投与後の１６８日目に収集した。眼組織（ＲＰＥ及びＣＥ）を解剖した。眼組織から溶解物を調製した。ＴＴＲ ｍＲＮＡレベルを上述したように決定した。ＴＴＲタンパク質レベルをＥＬＩＳＡ及び免疫組織化学（ＩＨＣ）により決定した。
結果を図９Ａ～９Ｃに示す。３つのｄｓＲＮＡ剤のそれぞれの注射後の２８、８４、及び１６８日目の、ＰＢＳ対照と比較した、房水中に残留するパーセントＴＴＲタンパク質を示すグラフを、図９Ａに提供する。
１６８日間の最終時点で、眼を回収し、毛様体及び網膜色素上皮（ＲＰＥ）を単離し、ＰＢＳ治療対照と比較した残留するＴＴＲメッセージのレベルを決定した。結果を、それぞれ、図９Ｂ及び９Ｃに示す。結果は、３つの全ｄｓＲＮＡ剤による、毛様体及びＲＰＥの両方における有効なｍＲＮＡノックダウンを示す。
これらのデータは、ＡＤ－５９２７４４、ＡＤ－５３８６９７、及びＡＤ－５９７９７９が全て、眼組織内のＴＴＲ ｍＲＮＡ及びタンパク質発現を強力に及び永続的に減少させることを示す。
実施例８ 非ヒト霊長類における眼のＴＴＲ発現の阻害
さらなるｄｓＲＮＡ剤を、非ヒト霊長類におけるＴＴＲ発現の阻害について試験した。雌のカニクイザル（グループ当たりｎ＝２）に、以下の表に示すように、０日目に単回用量のｄｓＲＮＡ剤を５０μｌの総容積で硝子体内投与した。
房水を投与後の２８日目に収集した。房水を投与後の５６及び８５日目にも収集する。投与後の８５日目に眼を収集して、ＴＴＲノックダウン及び組織学を評価する。３つのｄｓＲＮＡ剤のそれぞれの注射後の、２８日目の、ＰＢＳ対照と比較した、房水中に残留するパーセントＴＴＲタンパク質を示すグラフを、図１０に提供する。
これらのデータは、ＮＨＰの眼におけるｄｓＲＮＡ剤（低い用量においてさえも）による、特にＣ１６親油性部分を含むｄｓＲＮＡコンジュゲートによる、ＴＴＲ発現の効率的なノックダウンを示す。
均等物
当業者は、本明細書に記載される特定の実施形態及び方法の多くの均等物を認識し、又は日常的な実験のみを用いて確認することができるであろう。そのような均等物は、以下の特許請求の範囲により包含されるものとする。
さらに、本発明は次の態様を包含する。
１. アンチセンス鎖に相補的なセンス鎖を含む二本鎖ＲＮＡｉ剤であって、前記アンチセンス鎖は、トランスサイレチン（ＴＴＲ）をコードするｍＲＮＡの一部に相補的な領域を含み、ここで各鎖は、独立に、１４～３０ヌクレオチドを有し、前記二本鎖ＲＮＡｉ剤は、式（ＩＩＩ）：
センス：５’ｎ ｐ －Ｎ ａ －（ＸＸＸ） ｉ －Ｎ ｂ －ＹＹＹ－Ｎ ｂ －（ＺＺＺ） ｊ －Ｎ ａ －ｎ ｑ ３’
アンチセンス：３’ｎ ｐ ’－Ｎ ａ ’－（Ｘ’Ｘ’Ｘ’） ｋ －Ｎ ｂ ’－Ｙ’Ｙ’Ｙ’－Ｎ ｂ ’－（Ｚ’Ｚ’Ｚ’） ｌ －Ｎ ａ ’－ｎ ｑ ’５’
（ＩＩＩ）
（式中：
ｉ、ｊ、ｋ、及びｌは、それぞれ独立に０又は１であり、但しｉ、ｊ、ｋ、及びｌの少なくとも１つは、１であることを条件とし；
ｐ、ｐ’、ｑ、及びｑ’は、それぞれ独立に０～６であり；
各Ｎ ａ 及びＮ ａ ’は、独立に、修飾されている２～２０ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド配列を表し、各配列は、少なくとも２つの異なるように修飾されたヌクレオチドを含み；
各Ｎ ｂ 及びＮ ｂ ’は、独立に、修飾されている１～１０ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド配列を表し；
各ｎ ｐ 、ｎ ｐ ’、ｎ ｑ 、及びｎ ｑ ’は、独立に、オーバーハングヌクレオチドを表し；
ＸＸＸ、ＹＹＹ、ＺＺＺ、Ｘ’Ｘ’Ｘ’、Ｙ’Ｙ’Ｙ’、及びＺ’Ｚ’Ｚ’は、それぞれ独立に、３連続ヌクレオチド上の３つの同一の修飾の１つのモチーフを表し；
１つ以上の親油性部分が、少なくとも１つの鎖上の１つ以上の内部部分にコンジュゲートされる）
により表される、二本鎖ＲＮＡｉ剤。
２. 前記アンチセンス鎖が、５’－ＴＧＧＧＡＴＴＴＣＡＴＧＴＡＡＣＣＡＡＧＡ－３’（配列番号１１）に相補的な配列を含む、項１に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
３. アンチセンス鎖に相補的なセンス鎖を含む二本鎖ＲＮＡｉ剤であって、前記アンチセンス鎖は、前記トランスサイレチン（ＴＴＲ）遺伝子（配列番号１）のヌクレオチド５０４～５２６に相補的な配列を含み、前記センス鎖は２１ヌクレオチド長であり、前記アンチセンス鎖は２３ヌクレオチド長であり、前記二本鎖ＲＮＡｉ剤は、式（ＩＩＩ）：
センス：５’ｎｐ－Ｎ ａ －（ＸＸＸ） ｉ －Ｎ ｂ －ＹＹＹ－Ｎ ｂ －（ＺＺＺ） ｊ －Ｎ ａ －ｎ ｑ ３’
アンチセンス：３’ｎｐ’－Ｎ ａ ’－（Ｘ’Ｘ’Ｘ’） ｋ －Ｎ ｂ ’－Ｙ’Ｙ’Ｙ’－Ｎ ｂ ’－（Ｚ’Ｚ’Ｚ’） ｌ －Ｎ ａ ’－ｎ ｑ ’５’
（ＩＩＩ）
（式中、
ｊ＝１；及びｉ、ｋ、及びｌは０であり；
ｐ’は２であり；ｐ、ｑ、及びｑ’は０であり；
各Ｎ ａ 及びＮ ａ ’は、独立に、修飾ヌクレオチドである２～１０ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド配列を表し；
各Ｎ ｂ 及びＮ ｂ ’は、独立に、修飾ヌクレオチドである０～７ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド配列を表し；
ｎ ｐ ’は、オーバーハングヌクレオチドを表し；
ＹＹＹ、ＺＺＺ、及びＹ’Ｙ’Ｙ’は、それぞれ独立に、３連続ヌクレオチド上の３つの同一の修飾の１つのモチーフを表し、前記Ｙヌクレオチドは２’－フルオロ修飾を含み、前記Ｙ’ヌクレオチドは２’－Ｏ－メチル修飾を含み、前記Ｚヌクレオチドは２’－Ｏ－メチル修飾を含み；
１つ以上の親油性部分が、少なくとも１つの鎖上の１つ以上の内部部分にコンジュゲートされる）
により表される、二本鎖ＲＮＡｉ剤。
４. 細胞におけるＴＴＲの発現を阻害するための二本鎖ＲＮＡｉ剤であって、
前記二本鎖ＲＮＡｉ剤は、二本鎖領域を形成しているセンス鎖及びアンチセンス鎖を含み；
前記センス鎖は、ヌクレオチド配列５’－ＵＧＧＧＡＵＵＵＣＡＵＧＵＡＡＣＣＡＡＧＡ－３’（配列番号１２）を含み、前記アンチセンス鎖は、ヌクレオチド配列５’－ＵＣＵＵＧＧＵＵＡＣＡＵＧＡＡＡＵＣＣＣＡＵＣ－３’（配列番号１３）を含み；
前記センス鎖の前記ヌクレオチドの実質的に全部と、前記アンチセンス鎖の前記ヌクレオチドの実質的に全部とが、修飾を含み；
１つ以上の親油性部分が、少なくとも１つの鎖上の１つ以上の内部部分にコンジュゲートされる、二本鎖ＲＮＡｉ剤。
５. ５’－ｕｓｇｓｇｇａｕＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｇａ－３’（配列番号１０）のヌクレオチド配列と４修飾ヌクレオチド以下異なるセンス鎖と、ヌクレオチド配列５’－ｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（配列番号７）と４修飾ヌクレオチド以下異なるアンチセンス鎖とを含む、細胞におけるトランスサイレチン（ＴＴＲ）の発現を阻害する二本鎖リボ核酸（ＲＮＡｉ）剤であって、
ａ、ｃ、ｇ、及びｕは、それぞれ、２’－Ｏ－メチルアデノシン－３’－リン酸、２’－Ｏ－メチルシチジン－３’－リン酸、２’－Ｏ－メチルグアノシン－３’－リン酸、及び２’－Ｏ－メチルウリジン－３’－リン酸であり；Ａｆ、Ｃｆ、Ｇｆ、及びＵｆは、それぞれ、２’－フルオロアデノシン－３’－リン酸、２’－フルオロシチジン－３’－リン酸、２’－フルオログアノシン－３’－リン酸、及び２’－フルオロウリジン－３’－リン酸であり；ｓは、ホスホロチオエート結合であり；１つ以上の親油性部分が、少なくとも１つの鎖上の１つ以上の内部部分にコンジュゲートされる、二本鎖リボ核酸（ＲＮＡｉ）剤。
６. センス鎖及びアンチセンス鎖を含む二本鎖リボ核酸（ＲＮＡｉ）剤であって、前記センス鎖は、ヌクレオチド配列５’－ｕｓｇｓｇｇａｕＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｇａ－３’（配列番号１０）を含み、前記アンチセンス鎖は、ヌクレオチド配列５’－ｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（配列番号７）を含み、
ａ、ｃ、ｇ、及びｕは、それぞれ、２’－Ｏ－メチルアデノシン－３’－リン酸、２’－Ｏ－メチルシチジン－３’－リン酸、２’－Ｏ－メチルグアノシン－３’－リン酸、及び２’－Ｏ－メチルウリジン－３’－リン酸であり；Ａｆ、Ｃｆ、Ｇｆ、及びＵｆは、それぞれ、２’－フルオロアデノシン－３’－リン酸、２’－フルオロシチジン－３’－リン酸、２’－フルオログアノシン－３’－リン酸、及び２’－フルオロウリジン－３’－リン酸であり；ｓは、ホスホロチオエート結合であり；
１つ以上の親油性部分が、少なくとも１つの鎖上の１つ以上の内部部分にコンジュゲートされる、二本鎖リボ核酸（ＲＮＡｉ）剤。
７. 前記１つ以上の親油性部分が、リンカー又は担体を介して、少なくとも１つの鎖上の１つ以上の内部部分にコンジュゲートされる、項１～６のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
８. 細胞におけるＴＴＲの発現を阻害するための二本鎖ＲＮＡｉ剤であって、
前記二本鎖ＲＮＡｉ剤は、二本鎖領域を形成しているセンス鎖及びアンチセンス鎖を含み；
前記センス鎖は、ヌクレオチド配列５’－ＵＧＧＧＡＵＵＵＣＡＵＧＵＡＡＣＣＡＡＧＡ－３’（配列番号１２）含み、前記アンチセンス鎖は、ヌクレオチド配列５’－ＵＣＵＵＧＧＵＵＡＣＡＵＧＡＡＡＵＣＣＣＡＵＣ－３’（配列番号１３）を含み；
前記センス鎖の前記ヌクレオチドの実質的に全部と、前記アンチセンス鎖の前記ヌクレオチドの実質的に全部とが、修飾を含み；
１つ以上の親油性部分が、少なくとも１つの鎖上の前記二本鎖領域内の１つ以上の位置にコンジュゲートされる、二本鎖ＲＮＡｉ剤。
９. ５’－ｕｓｇｓｇｇａｕＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｇａ－３’（配列番号１０）のヌクレオチド配列と４修飾ヌクレオチド以下異なるセンス鎖と、ヌクレオチド配列５’－ｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（配列番号７）と４修飾ヌクレオチド以下異なるアンチセンス鎖とを含む、細胞におけるトランスサイレチン（ＴＴＲ）の発現を阻害する二本鎖リボ核酸（ＲＮＡｉ）剤であって、
ａ、ｃ、ｇ、及びｕは、それぞれ、２’－Ｏ－メチルアデノシン－３’－リン酸、２’－Ｏ－メチルシチジン－３’－リン酸、２’－Ｏ－メチルグアノシン－３’－リン酸、及び２’－Ｏ－メチルウリジン－３’－リン酸であり；Ａｆ、Ｃｆ、Ｇｆ、及びＵｆは、それぞれ、２’－フルオロアデノシン－３’－リン酸、２’－フルオロシチジン－３’－リン酸、２’－フルオログアノシン－３’－リン酸、及び２’－フルオロウリジン－３’－リン酸であり；ｓは、ホスホロチオエート結合であり、
１つ以上の親油性部分が、少なくとも１つの鎖上の前記二本鎖領域の１つ以上の位置にコンジュゲートされる、二本鎖リボ核酸（ＲＮＡｉ）剤。
１０. センス鎖及びアンチセンス鎖を含む二本鎖リボ核酸（ＲＮＡｉ）剤であって、前記センス鎖は、ヌクレオチド配列５’－ｕｓｇｓｇｇａｕＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｇａ－３’（配列番号１０）を含み、前記アンチセンス鎖は、ヌクレオチド配列５’－ｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（配列番号７）を含み、
ａ、ｃ、ｇ、及びｕは、それぞれ、２’－Ｏ－メチルアデノシン－３’－リン酸、２’－Ｏ－メチルシチジン－３’－リン酸、２’－Ｏ－メチルグアノシン－３’－リン酸、及び２’－Ｏ－メチルウリジン－３’－リン酸であり；Ａｆ、Ｃｆ、Ｇｆ、及びＵｆは、それぞれ、２’－フルオロアデノシン－３’－リン酸、２’－フルオロシチジン－３’－リン酸、２’－フルオログアノシン－３’－リン酸、及び２’－フルオロウリジン－３’－リン酸であり；ｓは、ホスホロチオエート結合であり、
１つ以上の親油性部分が、少なくとも１つの鎖上の前記二本鎖領域の１つ以上の位置にコンジュゲートされる、二本鎖リボ核酸（ＲＮＡｉ）剤。
１１. 前記１つ以上の親油性部分が、リンカー又は担体を介して少なくとも１つの鎖上の前記二本鎖領域の１つ以上の位置にコンジュゲートされる、項８～１０のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
１２. ｌｏｇＫ ｏｗ により測定される前記親油性部分の親油性が、０を超える、項１～１１のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
１３. 前記二本鎖ＲＮＡｉ剤の血漿タンパク質結合アッセイにおいて非結合分画によって測定される、前記二本鎖ｉＲＮＡ剤の疎水性が、０．２を超える、項１～１２のいずれか一項に記載の二本鎖ｉＲＮＡ剤。
１４. 前記血漿タンパク質結合アッセイが、ヒト血清アルブミンタンパク質を用いた電気泳動移動度シフトアッセイである、項１３に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
１５. 前記内部位置が、前記少なくとも１つの鎖の各末端から前記末端の２つの位置を除く全ての位置を含む、項１～７及び１２～１４のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
１６. 前記内部位置が、前記少なくとも１つの鎖の各末端から前記末端の３つの位置を除く全ての位置を含む、項１５に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
１７. 前記内部位置が、前記センス鎖の切断部位領域を除く、項１５又は１６に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
１８. 前記内部位置が、前記センス鎖の５’末端から数えて９～１２位を除く全ての位置を含む、項１７に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
１９. 前記内部位置が、前記センス鎖の３’末端から数えて１１～１３位を除く全ての位置を含む、項１７に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
２０. 前記内部位置が、前記アンチセンス鎖の切断部位領域を除く、項１５又は１６に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
２１. 前記内部位置が、前記アンチセンス鎖の５’末端から数えて１２～１４位を除く全ての位置を含む、項２０に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
２２. 前記内部位置が、３’末端から数えて、前記センス鎖の１１～１３位、及び５’末端から数えて、前記アンチセンス鎖の１２～１４位を除く全ての位置を含む、項１５又は１６に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
２３. １つ以上の前記親油性部分が、各鎖の５’末端から数えて、前記センス鎖上の４～８及び１３～１８位、並びに前記アンチセンス鎖上の６～１０及び１５～１８位からなる群から選択される内部位置のうちの１つ以上にコンジュゲートされる、項１～７及び１２～１４のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
２４. １つ以上の前記親油性部分が、各鎖の５’末端から数えて、前記センス鎖上の５、６、７、１５、及び１７位、並びに前記アンチセンス鎖上の１５及び１７位からなる群から選択される内部位置のうちの１つ以上にコンジュゲートされる、項２３に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
２５. 前記二本鎖領域内の前記位置が、前記センス鎖の切断部位領域を除外する、項８～１４のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
２６. 前記親油性部分が、脂肪族、脂環式、又は多脂環式化合物である、項１～２５のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
２７. 前記親油性部分が、脂質、コレステロール、レチノイン酸、コール酸、アダマンタン酢酸、１－ピレン酪酸、ジヒドロテストステロン、１，３－ビス－Ｏ（ヘキサデシル）グリセロール、ゲラニルオキシヘキサノール、ヘキサデシルグリセロール、ボルネオール、メントール、１，３－プロパンジオール、ヘプタデシル基、パルミチン酸、ミリスチン酸、Ｏ３－（オレオイル）リトコール酸、Ｏ３－（オレオイル）コレン酸、ジメトキシトリチル、又はフェノキサジンからなる群から選択される、項２６に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
２８. 前記親油性部分が、飽和又は不飽和Ｃ ４ ～Ｃ ３０ 炭化水素鎖、並びにヒドロキシル、アミン、カルボン酸、スルホネート、ホスフェート、チオール、アジド、及びアルキンからなる群から選択される任意選択の官能基を含有する、項２７に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
２９. 前記親油性部分が、飽和又は不飽和Ｃ ６ ～Ｃ １８ 炭化水素鎖を含有する、項２８に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
３０. 前記親油性部分が、飽和又は不飽和Ｃ １６ 炭化水素鎖を含有する、項２９に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
３１. 前記飽和又は不飽和Ｃ１６炭化水素鎖が、前記センス鎖の５’末端から数えて、６位にコンジュゲートされる、項３０に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
３２. 前記親油性部分が、前記内部位置又は前記二本鎖領域における１つ以上のヌクレオチドを置換する担体を介してコンジュゲートされる、項１～３１のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
３３. 前記担体が、ピロリジニル、ピラゾリニル、ピラゾリジニル、イミダゾリニル、イミダゾリジニル、ピペリジニル、ピペラジニル、［１，３］ジオキソラニル、オキサゾリジニル、イソキサゾリジニル、モルホリニル、チアゾリジニル、イソチアゾリジニル、キノキサリニル、ピリダジノニル、テトラヒドロフラニル、及びデカリニルからなる群から選択される環状基であるか；又はセリノール骨格若しくはジエタノールアミン骨格に基づく非環状部分である、項３２に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
３４. 前記親油性部分が、エーテル、チオエーテル、尿素、カーボネート、アミン、アミド、マレイミド－チオエーテル、ジスルフィド、ホスホジエステル、スルホンアミド結合、クリック反応の生成物、又はカルバメートを含むリンカーを介して、前記二本鎖ｉＲＮＡ剤にコンジュゲートされる、項１～３１のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
３５. 前記親油性部分が、核酸塩基、糖部分、又はヌクレオシド間結合にコンジュゲートされる、項１～３４のいずれか一項に記載の二本鎖ｉＲＮＡ剤。
３６. 眼組織への送達を媒介するリガンドをさらに含む、項１～３５のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
３７. 前記眼組織への送達を媒介する前記リガンドが、前記眼組織への送達を媒介する受容体を標的とする標的化リガンドである、項３６に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
３８. 前記標的化リガンドが、トランスレチノール、ＲＧＤペプチド、ＬＤＬ受容体リガンド、及び糖質系リガンドからなる群から選択される、項３７に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
３９. 前記ＲＧＤペプチドが、Ｈ－Ｇｌｙ－Ａｒｇ－Ｇｌｙ－Ａｓｐ－Ｓｅｒ－Ｐｒｏ－Ｌｙｓ－Ｃｙｓ－ＯＨ又はＣｙｃｌｏ（－Ａｒｇ－Ｇｌｙ－Ａｓｐ－Ｄ－Ｐｈｅ－Ｃｙｓ）（配列番号１４）である、項３８に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
４０. 肝組織を標的とする標的化リガンドをさらに含む、項１～３９のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
４１. 前記標的化リガンドが、ＧａｌＮＡｃコンジュゲートである、項４０に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
４２. 前記親油性部分又は標的化リガンドが、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ジスルフィド、アミド、ガラクトサミン、グルコサミン、グルコース、ガラクトース、マンノースの官能化単糖又はオリゴ糖、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるバイオ切断可能リンカーを介してコンジュゲートされる、項１～４１のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
４３. 前記センス鎖の３’末端が、アミンを有する環状基であるエンドキャップを介して保護され、前記環状基が、ピロリジニル、ピラゾリニル、ピラゾリジニル、イミダゾリニル、イミダゾリジニル、ピペリジニル、ピペラジニル、［１，３］ジオキソラニル、オキサゾリジニル、イソキサゾリジニル、モルホリニル、チアゾリジニル、イソチアゾリジニル、キノキサリニル、ピリダジノニル、テトラヒドロフラニル、及びデカリニルからなる群から選択される、項１～４２のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
４４. ｊが、１若しくは２であり；又はｌが１であり；又はｊ及びｌの両方が、１である、項１～３、７及び１２～４３のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
４５. ＸＸＸが、Ｘ’Ｘ’Ｘ’に相補的であり、ＹＹＹが、Ｙ’Ｙ’Ｙ’に相補的であり、ＺＺＺが、Ｚ’Ｚ’Ｚ’に相補的である、項１～３、７及び１２～４４のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
４６. 前記ＹＹＹモチーフが、前記センス鎖の前記切断部位に若しくは部位の付近に存在し；又は前記Ｙ’Ｙ’Ｙ’モチーフが、前記５’末端から前記アンチセンス鎖の１１、１２及び１３位に存在する、項１～３、７及び１２～４５のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
４７. 前記ヌクレオチド上の前記修飾が、デオキシヌクレオチド、３’－末端デオキシチミン（ｄＴ）ヌクレオチド、２’－Ｏ－メチル修飾ヌクレオチド、２’－フルオロ修飾ヌクレオチド、２’－デオキシ修飾ヌクレオチド、ロックドヌクレオチド、アンロックヌクレオチド、立体配座制限ヌクレオチド、束縛エチルヌクレオチド、脱塩基ヌクレオチド、２’－アミノ修飾ヌクレオチド、２’－Ｏ－アリル修飾ヌクレオチド、２’－Ｏ－アルキル修飾ヌクレオチド、２’－メトキシエチル修飾ヌクレオチド、２’－Ｏ－アルキル修飾ヌクレオチド、モルホリノヌクレオチド、ホスホロアミデート、ヌクレオチドを含む非天然塩基、テトラヒドロピラン修飾ヌクレオチド、１，５－アンヒドロヘキシトール修飾ヌクレオチド、シクロヘキシル修飾ヌクレオチド、ホスホロチオエート基を含むヌクレオチド、メチルホスホネート基を含むヌクレオチド、５’－リン酸を含むヌクレオチド、及び５’－リン酸模倣体を含むヌクレオチド、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、項１～４及び７～４６のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
４８. 前記ヌクレオチド上の前記修飾が、２’－Ｏ－メチル、２’－フルオロ、又はその両方である、項１～４、７及び１２～４７のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
４９. 前記Ｙ’が２’－Ｏ－メチルである、項１～３、７及び１２～４８のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
５０. 前記Ｚヌクレオチドが、２’－Ｏ－メチル修飾を含む、項１～３、７及び１２～４９のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
５１. 前記Ｎ ａ 、Ｎ ａ ’、Ｎ ｂ、 及びＮ ｂ ’ヌクレオチド上の前記修飾が、２’－Ｏ－メチル、２’－フルオロ又はその両方である、項１～３、７及び１２～５０のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
５２. 前記センス鎖及び前記アンチセンス鎖が、１５～３０ヌクレオチド対の長さの二重鎖領域を形成する、項１～５１のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
５３. 前記二重鎖領域が、１７～２５ヌクレオチド対の長さである、項５２に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
５４. 前記センス鎖及びアンチセンス鎖が、それぞれ、１５～３０ヌクレオチド長である、項１～５３のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
５５. 前記センス鎖及びアンチセンス鎖が、それぞれ、１９～２５ヌクレオチド長である、項１～５４のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
５６. 前記センス鎖及び前記アンチセンス鎖のそれぞれが、独立に２１～２３ヌクレオチドを有する、項１～５５のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
５７. 前記センス鎖が、合計で２１ヌクレオチドを有し、前記アンチセンス鎖が、合計で２３ヌクレオチドを有する、項１～５６のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
５８. さらに少なくとも１つのホスホロチオエート又はメチルホスホネートヌクレオチド間結合を含む、項１～５７のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
５９. 前記ホスホロチオエート又はメチルホスホネートヌクレオチド間結合が、一方の鎖の３’末端にある、項５８に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
６０. 前記鎖が、アンチセンス鎖である、項５９に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
６１. さらに
Ｓｐ配置で結合リン原子を有する、前記アンチセンス鎖の３’末端における第１のヌクレオチド間結合において存在する末端キラル修飾、
Ｒｐ配置で結合リン原子を有する、前記アンチセンス鎖の５’末端における第１のヌクレオチド間結合において存在する末端キラル修飾、及び
Ｒｐ配置又はＳｐ配置のいずれかで結合リン原子を有する、前記センス鎖の５’末端における第１のヌクレオチド間結合において存在する末端キラル修飾
を含む、項１～６０のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
６２. さらに
Ｓｐ配置で結合リン原子を有する、前記アンチセンス鎖の３’末端における第１及び第２のヌクレオチド間結合において存在する末端キラル修飾、
Ｒｐ配置で結合リン原子を有する、前記アンチセンス鎖の５’末端における第１のヌクレオチド間結合において存在する末端キラル修飾、並びに
Ｒｐ又はＳｐ配置のいずれかで結合リン原子を有する、前記センス鎖の５’末端における第１のヌクレオチド間結合において存在する末端キラル修飾
を含む、項１～６０のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
６３. さらに
Ｓｐ配置で結合リン原子を有する、前記アンチセンス鎖の３’末端における第１、第２及び第３のヌクレオチド間結合において存在する末端キラル修飾、
Ｒｐ配置で結合リン原子を有する、前記アンチセンス鎖の５’末端における第１のヌクレオチド間結合において存在する末端キラル修飾、並びに
Ｒｐ又はＳｐ配置のいずれかで結合リン原子を有する、前記センス鎖の５’末端における第１のヌクレオチド間結合において存在する末端キラル修飾
を含む、項１～６０のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
６４. さらに
Ｓｐ配置で結合リン原子を有する、前記アンチセンス鎖の３’末端における第１及び第２のヌクレオチド間結合において存在する末端キラル修飾、
Ｒｐ配置で結合リン原子を有する、前記アンチセンス鎖の３’末端における第３のヌクレオチド間結合において存在する末端キラル修飾、
Ｒｐ配置で結合リン原子を有する、前記アンチセンス鎖の５’末端における第１のヌクレオチド間結合において存在する末端キラル修飾、並びに
Ｒｐ又はＳｐ配置のいずれかで結合リン原子を有する、前記センス鎖の５’末端における第１のヌクレオチド間結合において存在する末端キラル修飾
を含む、項１～６０のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
６５. さらに
Ｓｐ配置で結合リン原子を有する、前記アンチセンス鎖の３’末端における第１及び第２のヌクレオチド間結合において存在する末端キラル修飾、
Ｒｐ配置で結合リン原子を有する、前記アンチセンス鎖の５’末端における第１及び第２のヌクレオチド間結合において存在する末端キラル修飾、並びに
Ｒｐ又はＳｐ配置のいずれかで結合リン原子を有する、前記センス鎖の５’末端における第１のヌクレオチド間結合において存在する末端キラル修飾
を含む、項１～６０のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
６６. 前記センス鎖が２１ヌクレオチド長であり、前記アンチセンス鎖が２３ヌクレオチド長であり、前記親油性部分が前記センス鎖の２１位、２０位、１５位、１位、７位、６位、若しくは２位、又は前記アンチセンス鎖の１６位にコンジュゲートされる、項７～１１のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
６７. 前記親油性部分が、前記センス鎖の２１位、２０位、１５位、１位、又は７位にコンジュゲートされる、項６６に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
６８. 前記親油性部分が、前記センス鎖の２１位、２０位、又は１５位にコンジュゲートされる、項６６に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
６９. 前記親油性部分が、前記センス鎖の２０位又は１５位にコンジュゲートされる、項６６に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
７０. 前記親油性部分が、前記アンチセンス鎖の１６位にコンジュゲートされる、項６６に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
７１. ｐ’＝２である、項１～３、７及び１２～７０のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
７２. 少なくとも１つのｎｐ’が、ホスホロチオエート結合を介して隣接ヌクレオチドに連結される、項１～３、７及び１２～７１のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
７３. 全てのｎｐ’が、ホスホロチオエート結合を介して隣接ヌクレオチドに連結される、項７２に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
７４. 前記アンチセンス鎖の５’末端にリン酸塩又はリン酸塩模倣体をさらに含む、項１～７３のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
７５. 前記リン酸塩模倣体が、５’－ビニルホスホネート（ＶＰ）である、項７４に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
７６. 前記二重鎖の前記アンチセンス鎖の５’末端の１位の塩基対が、ＡＵ塩基対である、項１～７５のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
７７. 前記センス鎖が、ヌクレオチド配列５’－ＵＧＧＧＡＵＵＵＣＡＵＧＵＡＡＣＣＡＡＧＡ－３’（配列番号１２）を含む、項１～３、７、及び１２～７６のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
７８. 前記センス鎖が、ヌクレオチド配列５’－ＵＧＧＧＡＵＵＵＣＡＵＧＵＡＡＣＣＡＡＧＡ－３’（配列番号１２）を含み、前記アンチセンス鎖が、ヌクレオチド配列５’－ＵＣＵＵＧＧＵＵＡＣＡＵＧＡＡＡＵＣＣＣＡＵＣ－３’（配列番号１３）を含む、項７７に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
７９. 前記センス鎖及び前記アンチセンス鎖が
５’－ｕｓｇｓｇｇａ（Ｕｈｄ）ＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｓｇｓａ－３’（配列番号１５）及び
５’－ｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（ＡＤ－２９１８４５）（配列番号１６）；
５’－ｕｓｇｓｇｇａｕＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｇｓａｄＴｄＴＬ１０－３’（配列番号５９）及び
５’－ＶＰｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（ＡＤ－７０１９１）（配列番号１７）；
５’－ｕｓｇｓｇｇａｕＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｇａＬ１０－３’（配列番号６０）及び
５’－ＶＰｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（ＡＤ７０５００）（配列番号１７）；
５’－ｕｓｇｓｇｇａｕＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｇａＬ５７－３’（配列番号６１）及び
５’－ＶＰｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（ＡＤ－２９０６７４）（配列番号１７）；
５’－ａｓａｓｃａｇｕＧｆｕＵｆＣｆＵｆｕｇｃｕｃｕａｕｓａｓ（Ａｈｄ）－３’（配列番号９６）及び
５’－ＶＰｕＵｆａｕａＧｆａｇｃａａｇａＡｆｃＡｆｃｕｇｕｕｓｕｓｕ－３’（ＡＤ－３０７５８６）（配列番号９８）；
５’－ａｓａｓｃａｇｕＧｆｕＵｆＣｆＵｆｕｇｃｕｃｕａｕｓ（Ａｈｄｓ）ａ－３’（配列番号９５）及び
５’－ＶＰｕＵｆａｕａＧｆａｇｃａａｇａＡｆｃＡｆｃｕｇｕｕｓｕｓｕ－３’（ＡＤ－３０７５８５）（配列番号９８）；
５’－ａｓａｓｃａｇｕＧｆｕＵｆＣｆＵｆｕｇｃｕｃｕａｕｓａｓａ－３’（配列番号９７）及び
５’－ＶＰｕＵｆａｕａＧｆａｇｃａａｇａＡｆｃ（Ａｈｄ）ｃｕｇｕｕｓｕｓｕ－３’（ＡＤ－３０７６０１）（配列番号１０１）；
５’－ａｓａｓｃａｇｕＧｆｕＵｆＣｆＵｆｕｇｃ（Ｕｈｄ）ｃｕａｕｓａｓａ－３’（配列番号９４）及び
５’－ＶＰｕＵｆａｕａＧｆａｇｃａａｇａＡｆｃＡｆｃｕｇｕｕｓｕｓｕ－３’（ＡＤ－３０７５８０）（配列番号９８）；
５’－（Ａｈｄｓ）ａｓｃａｇｕＧｆｕＵｆＣｆＵｆｕｇｃｕｃｕａｕｓａｓａ－３’（配列番号８７）及び
５’－ＶＰｕＵｆａｕａＧｆａｇｃａａｇａＡｆｃＡｆｃｕｇｕｕｓｕｓｕ－３’（ＡＤ－３０７５６６）（配列番号９８）；
５’－ａｓａｓｃａｇｕ（Ｇｈｄ）ｕＵｆＣｆＵｆｕｇｃｕｃｕａｕｓａｓａ－３’（配列番号９１）及び
５’－ＶＰｕＵｆａｕａＧｆａｇｃａａｇａＡｆｃＡｆｃｕｇｕｕｓｕｓｕ－３’（ＡＤ－３０７５７２）（配列番号９８）；
５’－ａｓａｓｃａｇ（Ｕｈｄ）ＧｆｕＵｆＣｆＵｆｕｇｃｕｃｕａｕｓａｓａ－３’（配列番号９０）及び
５’－ＶＰｕＵｆａｕａＧｆａｇｃａａｇａＡｆｃＡｆｃｕｇｕｕｓｕｓｕ－３’（ＡＤ－３０７５７１）（配列番号９８）；
５’－ａｓ（Ａｈｄｓ）ｃａｇｕＧｆｕＵｆＣｆＵｆｕｇｃｕｃｕａｕｓａｓａ－３’（配列番号８８）及び
５’－ＶＰｕＵｆａｕａＧｆａｇｃａａｇａＡｆｃＡｆｃｕｇｕｕｓｕｓｕ－３’（ＡＤ－３０７５６７）（配列番号９８）；
５’－ｕｓｇｓｇｇａ（Ｕｈｄ）ＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｓｇｓａ－３’（配列番号１５）及び
５’－ＶＰｕＣｆｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（ＡＤ－２９１８４６）（配列番号６２）；
５’－ｕｓｇｓｇｇａ（Ｕｈｄ）ＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｓｇｓａ－３’（配列番号１５）及び
５’－ＶＰｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆ（Ｔｇｎ）ｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（ＡＤ－５９２７４４）（配列番号１０２）；
５’－ｕｓｇｓｇｇａｕＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｓｇｓａ－３’（配列番号１０３）及び
５’－ＶＰｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（ＡＤ－５３８６９７）（配列番号１７）；並びに
５’－ｕｓｇｓｇｇａ（Ｕｈｄ）ＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｓｇｓａ－３’（配列番号１５）及び
５’－ｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（ＡＤ－５９７９７９）（配列番号１６）
からなる群から選択されるセンス鎖及びアンチセンス鎖ヌクレオチド配列を含み、
ａ、ｃ、ｇ、及びｕは、それぞれ、２’－Ｏ－メチルアデノシン－３’－リン酸、２’－Ｏ－メチルシチジン－３’－リン酸、２’－Ｏ－メチルグアノシン－３’－リン酸、及び２’－Ｏ－メチルウリジン－３’－リン酸であり；Ａｆ、Ｃｆ、Ｇｆ、及びＵｆは、それぞれ、２’－フルオロアデノシン－３’－リン酸、２’－フルオロシチジン－３’－リン酸、２’－フルオログアノシン－３’－リン酸、及び２’－フルオロウリジン－３’－リン酸であり；（Ａｈｄ）、（Ｇｈｄ）、及び（Ｕｈｄ）は、それぞれ、２’－Ｏ－ヘキサデシル－アデノシン－３’－リン酸、２’－Ｏ－ヘキサデシル－グアノシン－３’－リン酸、及び２’－Ｏ－ヘキサデシル－ウリジン－３’－リン酸であり；ｓは、ホスホロチオエート結合であり；ＶＰは、ビニルホスホネートであり；Ｌ１０は、前記鎖の３’末端にコンジュゲートされたＮ－（コレステリルカルボキサミドカプロイル）－４－ヒドロキシプロリノール（Ｈｙｐ－Ｃ６－Ｃｈｏｌ）であり；Ｌ５７は、前記鎖の３’末端にコンジュゲートされたＮ－（ステアリルカルボキサミドカプロイル）－４－ヒドロキシプロリノール（Ｈｙｐ－Ｃ６－Ｃ１８）である、項７８に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
８０. センス鎖及びアンチセンス鎖を含む、細胞におけるトランスサイレチン（ＴＴＲ）の発現を阻害する二本鎖リボ核酸（ＲＮＡｉ）剤であって、
前記センス鎖及び前記アンチセンス鎖のそれぞれが、独立に、
５’－ｕｓｇｓｇｇａ（Ｕｈｄ）ＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｓｇｓａ－３’（配列番号１５）及び
５’－ｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（ＡＤ－２９１８４５）（配列番号１６）；
５’－ｕｓｇｓｇｇａｕＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｇｓａｄＴｄＴＬ１０－３’（配列番号５９）及び
５’－ＶＰｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（ＡＤ－７０１９１）（配列番号１７）；
５’－ｕｓｇｓｇｇａｕＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｇａＬ１０－３’（配列番号６０）及び
５’－ＶＰｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（ＡＤ７０５００）（配列番号１７）；
５’－ｕｓｇｓｇｇａｕＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｇａＬ５７－３’（配列番号６１）及び
５’－ＶＰｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（ＡＤ－２９０６７４）（配列番号１７）；
５’－ａｓａｓｃａｇｕＧｆｕＵｆＣｆＵｆｕｇｃｕｃｕａｕｓａｓ（Ａｈｄ）－３’（配列番号９６）及び
５’－ＶＰｕＵｆａｕａＧｆａｇｃａａｇａＡｆｃＡｆｃｕｇｕｕｓｕｓｕ－３’（ＡＤ－３０７５８６）（配列番号９８）；
５’－ａｓａｓｃａｇｕＧｆｕＵｆＣｆＵｆｕｇｃｕｃｕａｕｓ（Ａｈｄｓ）ａ－３’（配列番号９５）及び
５’－ＶＰｕＵｆａｕａＧｆａｇｃａａｇａＡｆｃＡｆｃｕｇｕｕｓｕｓｕ－３’（ＡＤ－３０７５８５）（配列番号９８）；
５’－ａｓａｓｃａｇｕＧｆｕＵｆＣｆＵｆｕｇｃｕｃｕａｕｓａｓａ－３’（配列番号９７）及び
５’－ＶＰｕＵｆａｕａＧｆａｇｃａａｇａＡｆｃ（Ａｈｄ）ｃｕｇｕｕｓｕｓｕ－３’（ＡＤ－３０７６０１）（配列番号１０１）；
５’－ａｓａｓｃａｇｕＧｆｕＵｆＣｆＵｆｕｇｃ（Ｕｈｄ）ｃｕａｕｓａｓａ－３’（配列番号９４）及び
５’－ＶＰｕＵｆａｕａＧｆａｇｃａａｇａＡｆｃＡｆｃｕｇｕｕｓｕｓｕ－３’（ＡＤ－３０７５８０）（配列番号９８）；
５’－（Ａｈｄｓ）ａｓｃａｇｕＧｆｕＵｆＣｆＵｆｕｇｃｕｃｕａｕｓａｓａ－３’（配列番号８７）及び
５’－ＶＰｕＵｆａｕａＧｆａｇｃａａｇａＡｆｃＡｆｃｕｇｕｕｓｕｓｕ－３’（ＡＤ－３０７５６６）（配列番号９８）；
５’－ａｓａｓｃａｇｕ（Ｇｈｄ）ｕＵｆＣｆＵｆｕｇｃｕｃｕａｕｓａｓａ－３’（配列番号９１）及び
５’－ＶＰｕＵｆａｕａＧｆａｇｃａａｇａＡｆｃＡｆｃｕｇｕｕｓｕｓｕ－３’（ＡＤ－３０７５７２）（配列番号９８）；
５’－ａｓａｓｃａｇ（Ｕｈｄ）ＧｆｕＵｆＣｆＵｆｕｇｃｕｃｕａｕｓａｓａ－３’（配列番号９０）及び
５’－ＶＰｕＵｆａｕａＧｆａｇｃａａｇａＡｆｃＡｆｃｕｇｕｕｓｕｓｕ－３’（ＡＤ－３０７５７１）（配列番号９８）；
５’－ａｓ（Ａｈｄｓ）ｃａｇｕＧｆｕＵｆＣｆＵｆｕｇｃｕｃｕａｕｓａｓａ－３’（配列番号８８）及び
５’－ＶＰｕＵｆａｕａＧｆａｇｃａａｇａＡｆｃＡｆｃｕｇｕｕｓｕｓｕ－３’（ＡＤ－３０７５６７）（配列番号９８）；
５’－ｕｓｇｓｇｇａ（Ｕｈｄ）ＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｓｇｓａ－３’（配列番号１５）及び
５’－ＶＰｕＣｆｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（ＡＤ－２９１８４６）（配列番号６２）；
５’－ｕｓｇｓｇｇａ（Ｕｈｄ）ＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｓｇｓａ－３’（配列番号１５）及び
５’－ＶＰｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆ（Ｔｇｎ）ｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（ＡＤ－５９２７４４）（配列番号１０２）；
５’－ｕｓｇｓｇｇａｕＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｓｇｓａ－３’（配列番号１０３）及び
５’－ＶＰｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（ＡＤ－５３８６９７）（配列番号１７）；並びに
５’－ｕｓｇｓｇｇａ（Ｕｈｄ）ＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｓｇｓａ－３’（配列番号１５）及び
５’－ｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（ＡＤ－５９７９７９）（配列番号１６）
からなる群から選択される二重鎖のセンス鎖及びアンチセンス鎖ヌクレオチド配列と４修飾ヌクレオチド以下異なるヌクレオチド配列を含み、
ａ、ｃ、ｇ、及びｕは、それぞれ、２’－Ｏ－メチルアデノシン－３’－リン酸、２’－Ｏ－メチルシチジン－３’－リン酸、２’－Ｏ－メチルグアノシン－３’－リン酸、及び２’－Ｏ－メチルウリジン－３’－リン酸であり；Ａｆ、Ｃｆ、Ｇｆ、及びＵｆは、それぞれ、２’－フルオロアデノシン－３’－リン酸、２’－フルオロシチジン－３’－リン酸、２’－フルオログアノシン－３’－リン酸、及び２’－フルオロウリジン－３’－リン酸であり；（Ａｈｄ）、（Ｇｈｄ）、及び（Ｕｈｄ）は、それぞれ、２’－Ｏ－ヘキサデシル－アデノシン－３’－リン酸、２’－Ｏ－ヘキサデシル－グアノシン－３’－リン酸、及び２’－Ｏ－ヘキサデシル－ウリジン－３’－リン酸であり；ｓは、ホスホロチオエート結合であり；ＶＰは、ビニルホスホネートであり；Ｌ１０は、前記鎖の３’末端にコンジュゲートされたＮ－（コレステリルカルボキサミドカプロイル）－４－ヒドロキシプロリノール（Ｈｙｐ－Ｃ６－Ｃｈｏｌ）であり；Ｌ５７は、前記鎖の３’末端にコンジュゲートされたＮ－（ステアリルカルボキサミドカプロイル）－４－ヒドロキシプロリノール（Ｈｙｐ－Ｃ６－Ｃ１８）である、二本鎖リボ核酸（ＲＮＡｉ）剤。
８１. 前記センス鎖及び前記アンチセンス鎖のそれぞれが、独立に、前記二重鎖の前記センス鎖及びアンチセンス鎖ヌクレオチド配列と３修飾ヌクレオチド以下異なるヌクレオチド配列を含む、項８０に記載の二本鎖リボ核酸（ＲＮＡｉ）剤。
８２. 前記センス鎖及び前記アンチセンス鎖のそれぞれが、独立に、前記二重鎖の前記センス鎖及びアンチセンス鎖ヌクレオチド配列と２修飾ヌクレオチド以下異なるヌクレオチド配列を含む、項８０に記載の二本鎖リボ核酸（ＲＮＡｉ）剤。
８３. 前記センス鎖及び前記アンチセンス鎖のそれぞれが、独立に、前記二重鎖の前記センス鎖及びアンチセンス鎖ヌクレオチド配列と１修飾ヌクレオチド以下異なるヌクレオチド配列を含む、項８０に記載の二本鎖リボ核酸（ＲＮＡｉ）剤。
８４. 前記センス鎖が、ヌクレオチド配列５’－ｕｓｇｓｇｇａ（Ｕｈｄ）ＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｓｇｓａ－３’（配列番号１５）を含み、前記アンチセンス鎖が、ヌクレオチド配列５’－ｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（配列番号１６）を含む、項８０に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
８５. 前記センス鎖が、ヌクレオチド配列５’－ｕｓｇｓｇｇａ（Ｕｈｄ）ＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｓｇｓａ－３’（配列番号１５）からなり、前記アンチセンス鎖が、ヌクレオチド配列５’－ｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（配列番号１６）からなる、項８０に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
８６. 前記アンチセンス鎖の５’末端にリン酸塩又はリン酸塩模倣体をさらに含む、項８０～８５のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
８７. 前記リン酸塩模倣体が、５’－ビニルホスホネート（ＶＰ）である、項８６に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
８８. アンチセンス鎖に相補的なセンス鎖を含む二本鎖ＲＮＡｉ剤であって、前記センスは、ヌクレオチド配列５’－ｕｓｇｓｇｇａ（Ｕｈｄ）ＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｓｇｓａ－３’（配列番号１５）を含み、前記アンチセンス鎖は、ヌクレオチド配列５’－ＶＰｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’（配列番号１７）を含み、
ａ、ｃ、ｇ、及びｕは、それぞれ、２’－Ｏ－メチルアデノシン－３’－リン酸、２’－Ｏ－メチルシチジン－３’－リン酸、２’－Ｏ－メチルグアノシン－３’－リン酸、及び２’－Ｏ－メチルウリジン－３’－リン酸であり；Ａｆ、Ｃｆ、Ｇｆ、及びＵｆは、それぞれ、２’－フルオロアデノシン－３’－リン酸、２’－フルオロシチジン－３’－リン酸、２’－フルオログアノシン－３’－リン酸、及び２’－フルオロウリジン－３’－リン酸であり；ｓは、ホスホロチオエート結合であり；（Ｕｈｄ）は、２’－Ｏ－ヘキサデシル－ウリジン－３’－リン酸であり；ＶＰは、ビニルホスホネートである、二本鎖ＲＮＡｉ剤。
８９. 項１～８８のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤を含む医薬組成物。
９０. 眼細胞におけるトランスサイレチン（ＴＴＲ）の阻害方法であって：
前記細胞を項１～８８のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤と接触させることによって、前記眼細胞における前記ＴＴＲ遺伝子の発現を阻害することを含む、方法。
９１. 前記細胞が対象内にある、項９０に記載の方法。
９２. 前記対象がヒトである、項９１に記載の方法。
９３. 前記対象が、ＴＴＲ関連眼疾患に罹患している、項９２に記載の方法。
９４. ＴＴＲ関連眼疾患に罹患している対象の治療方法であって、前記対象に治療有効量の項１～８８のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤を投与することによって、前記対象を治療することを含む、方法。
９５. 前記ＴＴＲ関連眼疾患又は障害が、ＴＴＲ関連緑内障、ＴＴＲ関連硝子体混濁、ＴＴＲ関連網膜異常、ＴＴＲ関連網膜アミロイド沈着、ＴＴＲ関連網膜血管障害、ＴＴＲ関連虹彩アミロイド沈着、ＴＴＲ関連スカラップ虹彩、及び水晶体上のＴＴＲ関連アミロイド沈着からなる群から選択される、項９４に記載の方法。
９６. 前記対象が、ＴＴＲ関連疾患の発症に関連するＴＴＲ遺伝子変異を有する、項９４又は９５に記載の方法。
９７. 前記ＴＴＲ関連疾患が、老人性全身性アミロイドーシス（ＳＳＡ）、全身性家族性アミロイドーシス、家族性アミロイド性多発ニューロパチー（ＦＡＰ）、家族性アミロイド性心筋症（ＦＡＣ）、軟髄膜／中枢神経系（ＣＮＳ）アミロイドーシス、及び高チロキシン血症からなる群から選択される、項９６に記載の方法。
９８. 前記二本鎖ＲＮＡｉ剤が、眼周囲、結膜、テノン嚢下、前房内、硝子体内、眼内、前部若しくは後部強膜近傍、網膜下、結膜下、眼球後、又は管内投与を介して前記対象に投与される、項９４～９７のいずれか一項に記載の方法。
９９. 前記二本鎖ＲＮＡｉ剤が、前記ヒト対象に慢性的に投与される、項９４～９８のいずれか一項に記載の方法。
１００. 前記対象に追加の治療剤を投与することをさらに含む、項９４～９９のいずれか一項に記載の方法。
１０１. 前記追加の治療剤が、ＴＴＲ四量体安定化剤及び／又は非ステロイド性抗炎症剤である、項１００に記載の方法。
１０２. 前記対象が、肝臓移植を受けているか、又は受けようとする、項９０～１０１のいずれか一項に記載の方法。
１０３. 前記対象が、約０．０１ｍｇ～約１ｍｇの固定用量の前記二本鎖ＲＮＡｉ剤を投与される、項９０～１０２のいずれか一項に記載の方法。
１０４. 前記対象への前記二本鎖ＲＮＡｉ剤の投与が、前記対象の眼の毛様体上皮（ＣＥ）及び網膜色素上皮（ＲＰＥ）におけるトランスサイレチン媒介アミロイドーシス（ＡＴＴＲアミロイドーシス）を減少させる、項９０～１０３のいずれか一項に記載の方法。

Claims (28)

  1. 細胞におけるトランスサイレチン（ＴＴＲ）発現を阻害するための二本鎖ＲＮＡｉ剤であって、二本鎖領域を形成するセンス鎖およびアンチセンス鎖を含み、
    前記センス鎖は配列番号１２のヌクレオチド配列５’－ＵＧＧＧＡＵＵＵＣＡＵＧＵＡＡＣＣＡＡＧＡ－３’を含み、前記アンチセンス鎖は配列番号１３のヌクレオチド配列５’－ＵＣＵＵＧＧＵＵＡＣＡＵＧＡＡＡＵＣＣＣＡＵＣ－３を含み’、センス鎖の全ヌクレオチドおよびアンチセンス鎖の全ヌクレオチドが修飾を含み；かつ
    １つ以上の親油性部分が、少なくとも１つの鎖上の１つ以上の内部部分または少なくとも１つの鎖上の前記二本鎖領域内の１つ以上の位置にコンジュゲートされる、
    二本鎖ＲＮＡｉ剤。
  2. センス鎖が配列番号１０の５’－ｕｓｇｓｇｇａｕＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｇａ－３’のヌクレオチド配列と４修飾ヌクレオチド以下異なるセンス鎖を含み、アンチセンス鎖が配列番号７のヌクレオチド配列５’－ｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’と４修飾ヌクレオチド以下異なるアンチセンス鎖とを含み、ここで、
    ａ、ｃ、ｇ、及びｕは、それぞれ、２’－Ｏ－メチルアデノシン－３’－リン酸、２’－Ｏ－メチルシチジン－３’－リン酸、２’－Ｏ－メチルグアノシン－３’－リン酸、及び２’－Ｏ－メチルウリジン－３’－リン酸であり；Ａｆ、Ｃｆ、Ｇｆ、及びＵｆは、それぞれ、２’－フルオロアデノシン－３’－リン酸、２’－フルオロシチジン－３’－リン酸、２’－フルオログアノシン－３’－リン酸、及び２’－フルオロウリジン－３’－リン酸であり；ｓは、ホスホロチオエート結合である、
    請求項１に記載の二本鎖リボ核酸（ＲＮＡｉ）剤。
  3. 前記１つ以上の親油性部分が、リンカー又は担体を介して、少なくとも１つの鎖上の１つ以上の内部部分にコンジュゲートされる、請求項１または２に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
  4. 前記１つ以上の親油性部分が、リンカー又は担体を介して少なくとも１つの鎖上の前記二本鎖領域の１つ以上の位置にコンジュゲートされる、請求項１～３のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
  5. 前記１つ以上の内部位置が、前記少なくとも１つの鎖の各末端から前記末端の２つの位置を除く全ての位置を含む、請求項１～４のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
  6. 前記１つ以上の内部位置が、少なくとも１つの鎖の各末端から前記末端の２つの位置ならびに３’末端から数えて、前記センス鎖の１１～１３位、及び５’末端から数えて、前記アンチセンス鎖の１２～１４位を除く全ての位置を含む、請求項５に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
  7. １つ以上の前記親油性部分が、各鎖の５’末端から数えて、前記センス鎖上の４～８及び１３～１８位、並びに前記アンチセンス鎖上の６～１０及び１５～１８位からなる群から選択される内部位置のうちの１つ以上にコンジュゲートされる、請求項１～４のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
  8. １つ以上の前記親油性部分が、各鎖の５’末端から数えて、前記センス鎖上の５、６、７、１５、及び１７位、並びに前記アンチセンス鎖上の１５及び１７位からなる群から選択される内部位置のうちの１つ以上にコンジュゲートされる、請求項７に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
  9. 前記親油性部分が、脂肪族、脂環式、又は多脂環式化合物である、請求項１～８のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
  10. 前記親油性部分が、脂質、コレステロール、レチノイン酸、コール酸、アダマンタン酢酸、１－ピレン酪酸、ジヒドロテストステロン、１，３－ビス－Ｏ（ヘキサデシル）グリセロール、ゲラニルオキシヘキサノール、ヘキサデシルグリセロール、ボルネオール、メントール、１，３－プロパンジオール、ヘプタデシル基、パルミチン酸、ミリスチン酸、Ｏ３－（オレオイル）リトコール酸、Ｏ３－（オレオイル）コレン酸、ジメトキシトリチル、又はフェノキサジンからなる群から選択される、請求項９に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
  11. 前記親油性部分が、飽和又は不飽和Ｃ４～Ｃ３０炭化水素鎖、並びにヒドロキシル、アミン、カルボン酸、スルホネート、ホスフェート、チオール、アジド、及びアルキンからなる群から選択される任意選択の官能基を含有する、請求項１０に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
  12. 前記親油性部分が、飽和又は不飽和Ｃ６～Ｃ１８炭化水素鎖を含有する、請求項１１に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
  13. 前記親油性部分が、飽和又は不飽和Ｃ１６炭化水素鎖を含有する、請求項１２に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
  14. 前記親油性部分が、核酸塩基、糖部分、又はヌクレオシド間結合にコンジュゲートされる、請求項１～１３のいずれか一項に記載の二本鎖ｉＲＮＡ剤。
  15. さらに少なくとも１つのホスホロチオエート又はメチルホスホネートヌクレオチド間結合を含む、請求項１～１４のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
  16. 前記センス鎖及び前記アンチセンス鎖が
    配列番号１５の５’－ｕｓｇｓｇｇａ（Ｕｈｄ）ＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｓｇｓａ－３’及び
    配列番号１７の５’－ＶＰｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’；
    配列番号１５の５’－ｕｓｇｓｇｇａ（Ｕｈｄ）ＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｓｇｓａ－３’及び
    配列番号６２の５’－ＶＰｕＣｆｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’；
    配列番号１５の５’－ｕｓｇｓｇｇａ（Ｕｈｄ）ＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｓｇｓａ－３’及び
    配列番号１０２の５’－ＶＰｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆ（Ｔｇｎ）ｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’；並びに
    配列番号１５の５’－ｕｓｇｓｇｇａ（Ｕｈｄ）ＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｓｇｓａ－３’及び
    配列番号１６の５’－ｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’
    からなる群から選択されるセンス鎖及びアンチセンス鎖ヌクレオチド配列を含み、
    ａ、ｃ、ｇ、及びｕは、それぞれ、２’－Ｏ－メチルアデノシン－３’－リン酸、２’－Ｏ－メチルシチジン－３’－リン酸、２’－Ｏ－メチルグアノシン－３’－リン酸、及び２’－Ｏ－メチルウリジン－３’－リン酸であり；Ａｆ、Ｃｆ、Ｇｆ、及びＵｆは、それぞれ、２’－フルオロアデノシン－３’－リン酸、２’－フルオロシチジン－３’－リン酸、２’－フルオログアノシン－３’－リン酸、及び２’－フルオロウリジン－３’－リン酸であり；（Ｕｈｄ）は、２’－Ｏ－ヘキサデシル－ウリジン－３’－リン酸であり；（Ｔｇｎ）は、チミジン－グリコール核酸（ＧＮＡ）Ｓ－異性体であり；ｓは、ホスホロチオエート結合であり；そしてＶＰは、ビニルホスホネートである、請求項１または２に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
  17. 二本鎖領域を形成するセンス鎖及びアンチセンス鎖を含む、細胞におけるトランスサイレチン（ＴＴＲ）の発現を阻害する二本鎖リボ核酸（ＲＮＡｉ）剤であって、
    前記センス鎖及び前記アンチセンス鎖のそれぞれが、独立に、
    配列番号１５の５’－ｕｓｇｓｇｇａ（Ｕｈｄ）ＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｓｇｓａ－３’及び
    配列番号１７の５’－ＶＰｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’；
    配列番号１５の５’－ｕｓｇｓｇｇａ（Ｕｈｄ）ＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｓｇｓａ－３’及び
    配列番号６２の５’－ＶＰｕＣｆｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’；
    配列番号１５の５’－ｕｓｇｓｇｇａ（Ｕｈｄ）ＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｓｇｓａ－３’及び
    配列番号１０２の５’－ＶＰｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆ（Ｔｇｎ）ｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’；並びに
    配列番号１５の５’－ｕｓｇｓｇｇａ（Ｕｈｄ）ＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｓｇｓａ－３’及び
    配列番号１６の５’－ｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’
    からなる群から選択される二重鎖のセンス鎖及びアンチセンス鎖ヌクレオチド配列と４修飾ヌクレオチド以下異なるヌクレオチド配列を含み、
    ａ、ｃ、ｇ、及びｕは、それぞれ、２’－Ｏ－メチルアデノシン－３’－リン酸、２’－Ｏ－メチルシチジン－３’－リン酸、２’－Ｏ－メチルグアノシン－３’－リン酸、及び２’－Ｏ－メチルウリジン－３’－リン酸であり；Ａｆ、Ｃｆ、Ｇｆ、及びＵｆは、それぞれ、２’－フルオロアデノシン－３’－リン酸、２’－フルオロシチジン－３’－リン酸、２’－フルオログアノシン－３’－リン酸、及び２’－フルオロウリジン－３’－リン酸であり；（Ｕｈｄ）は、２’－Ｏ－ヘキサデシル－ウリジン－３’－リン酸であり；（Ｔｇｎ）は、チミジン－グリコール核酸（ＧＮＡ）Ｓ異性体であり；ｓは、ホスホロチオエート結合であり；そしてＶＰは、ビニルホスホネートである、二本鎖リボ核酸（ＲＮＡｉ）剤。
  18. 前記センス鎖が配列番号１５のヌクレオチド配列５’－ｕｓｇｓｇｇａ（Ｕｈｄ）ＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｓｇｓａ－３’を含み、前記アンチセンス鎖が配列番号１６のヌクレオチド配列５’－ｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’を含む、請求項１７に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
  19. 前記センス鎖が配列番号１５のヌクレオチド配列５’－ｕｓｇｓｇｇａ（Ｕｈｄ）ＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｓｇｓａ－３’からなり、前記アンチセンス鎖が配列番号１６のヌクレオチド配列５’－ｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’からなる、請求項１７に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
  20. 前記アンチセンス鎖の５’末端にリン酸塩又はリン酸塩模倣体をさらに含む、請求項１７～１９のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤。
  21. 細胞におけるトランスサイレチン（ＴＴＲ）発現を阻害するための二本鎖ＲＮＡｉ剤であって、二本鎖領域を形成するセンス鎖およびアンチセンス鎖を含み、前記センス鎖は配列番号１５のヌクレオチド配列５’－ｕｓｇｓｇｇａ（Ｕｈｄ）ＵｆｕＣｆＡｆＵｆｇｕａａｃｃａａｓｇｓａ－３’を含み、前記アンチセンス鎖は配列番号１７のヌクレオチド配列５’－ＶＰｕｓＣｆｓｕｕｇＧｆｕｕＡｆｃａｕｇＡｆａＡｆｕｃｃｃａｓｕｓｃ－３’を含み、
    ａ、ｃ、ｇ、及びｕは、それぞれ、２’－Ｏ－メチルアデノシン－３’－リン酸、２’－Ｏ－メチルシチジン－３’－リン酸、２’－Ｏ－メチルグアノシン－３’－リン酸、及び２’－Ｏ－メチルウリジン－３’－リン酸であり；Ａｆ、Ｃｆ、Ｇｆ、及びＵｆは、それぞれ、２’－フルオロアデノシン－３’－リン酸、２’－フルオロシチジン－３’－リン酸、２’－フルオログアノシン－３’－リン酸、及び２’－フルオロウリジン－３’－リン酸であり；ｓは、ホスホロチオエート結合であり；（Ｕｈｄ）は、２’－Ｏ－ヘキサデシル－ウリジン－３’－リン酸であり；ＶＰは、ビニルホスホネートである、二本鎖ＲＮＡｉ剤。
  22. 請求項１～２１のいずれか一項に記載の二本鎖ＲＮＡｉ剤を含む医薬組成物。
  23. 眼細胞におけるトランスサイレチン（ＴＴＲ）を阻害するための、請求項２２に記載の医薬組成物。
  24. 前記細胞が対象内にある、請求項２３に記載の医薬組成物。
  25. 前記対象が、ＴＴＲ関連眼疾患に罹患しており、ＴＴＲ関連眼疾患又は障害が、ＴＴＲ関連緑内障、ＴＴＲ関連硝子体混濁、ＴＴＲ関連網膜異常、ＴＴＲ関連網膜アミロイド沈着、ＴＴＲ関連網膜血管障害、ＴＴＲ関連虹彩アミロイド沈着、ＴＴＲ関連スカラップ虹彩、及び水晶体上のＴＴＲ関連アミロイド沈着からなる群から選択される、請求項２４に記載の医薬組成物。
  26. ＴＴＲ関連眼疾患に罹患している対象を治療するための、請求項２２に記載の医薬組成物。
  27. 前記対象が、ＴＴＲ関連疾患の発症に関連するＴＴＲ遺伝子変異を有する、請求項２６に記載の医薬組成物。
  28. 前記ＴＴＲ関連疾患が、老人性全身性アミロイドーシス（ＳＳＡ）、全身性家族性アミロイドーシス、家族性アミロイド性多発ニューロパチー（ＦＡＰ）、家族性アミロイド性心筋症（ＦＡＣ）、軟髄膜／中枢神経系（ＣＮＳ）アミロイドーシス、及び高チロキシン血症からなる群から選択される、請求項２７に記載の医薬組成物。
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