JP7374249B2 - 植物調節エレメント及びその用途 - Google Patents

Description

関連出願の相互参照
本願は、２０１７年１月１９日に出願された米国仮特許出願第６２／４４８，０１９号の利益を主張するものであり、参照によりその全体を本明細書に援用する。

配列表の組込み
名前が「ＭＯＮＳ４３６ＷＯ－ｓｅｑｕｅｎｃｅ＿ｌｉｓｔｉｎｇ．ｔｘｔ」であるファイルの中に含まれているコンピュータ可読形態の配列表は５９，９１７バイト（Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ Ｗｉｎｄｏｗｓ（登録商標）で測定）であり、２０１８年１月１２日に作成されたものであり、本願と同時発生的に電子出願され、参照によりその全体が本明細書に援用される。

発明の分野
本発明は、植物分子生物学及び植物遺伝子工学の分野に関する。より具体的には、本発明は、植物における遺伝子発現を調節するのに有用なＤＮＡ分子に関する。

調節エレメントは、機能可能に繋げられている転写可能なＤＮＡ分子の転写を調節することによって遺伝子活性を調節する遺伝的エレメントである。そのようなエレメントは、プロモーター、リーダー、イントロン及び３’非翻訳領域を含み得、植物分子生物学及び植物遺伝子工学の分野において有用である。

本発明は、植物に使用するための新規合成遺伝子調節エレメントを提供する。本発明はさらに、調節エレメントを含む組換えＤＮＡ分子及び構築物を提供する。本発明はさらに、合成調節エレメントを含む遺伝子導入植物細胞、植物及び種子を提供する。一実施形態では、合成調節エレメントは異種転写可能ＤＮＡ分子に機能可能に繋げられる。本発明はさらに、合成調節エレメントを使用する方法ならびに、合成調節エレメントを含む組換えＤＮＡ分子を作製及び使用する方法ならびに、転写可能ＤＮＡ分子に機能可能に繋げられた合成調節エレメントを含む遺伝子導入植物細胞、植物及び種子を提供する。

ゆえに、一態様において本発明は、（ａ）配列番号１～２９及び配列番号４３～４５のいずれかとの少なくとも８５パーセントの配列同一性を有する配列、（ｂ）配列番号１～２９及び配列番号４３～４５のいずれかを含む配列、ならびに（ｃ）配列番号１～２９及び配列番号４３～４５のいずれかの断片であって遺伝子調節活性を有する当該断片からなる群から選択されるＤＮＡ配列を含む組換えＤＮＡ分子を提供し、ここで、当該配列は異種転写可能ＤＮＡ分子に機能可能に繋げられている。「異種転写可能ＤＮＡ分子」とは、転写可能ＤＮＡ分子が、それに機能可能に繋げられているポリヌクレオチド配列に関して異種であることを意味する。具体的な実施形態では、組換えＤＮＡ分子は、配列番号１～２９及び配列番号４３～４５のいずれかのＤＮＡ配列との少なくとも約９０パーセント、少なくとも９１パーセント、少なくとも９２パーセント、少なくとも９３パーセント、少なくとも９４パーセント、少なくとも９５パーセント、少なくとも９６パーセント、少なくとも９７パーセント、少なくとも９８パーセントまたは少なくとも９９パーセントの配列同一性を有するＤＮＡ配列を含む。詳しい実施形態では、ＤＮＡ配列は調節エレメントを含む。いくつかの実施形態では、調節エレメントはプロモーターを含む。さらに他の実施形態では、異種転写可能ＤＮＡ分子は、農業科学的関心対象の遺伝子、例えば、植物の除草剤耐性をもたらすことができる遺伝子、または植物の植物病虫害抵抗性をもたらすことができる遺伝子を含む。さらに他の実施形態では、本発明は、本明細書において提供される組換えＤＮＡ分子を含む構築物を提供する。

別の態様では、（ａ）配列番号１～２９及び配列番号４３～４５のいずれかとの少なくとも約８５パーセントの配列同一性を有する配列、（ｂ）配列番号１～２９及び配列番号４３～４５のいずれかを含む配列、ならびに（ｃ）配列番号１～２９及び配列番号４３～４５のいずれかの断片であって遺伝子調節活性を有する当該断片からなる群から選択されるＤＮＡ配列を含む組換えＤＮＡ分子を含む遺伝子導入植物細胞が本明細書において提供され、ここで、当該ＤＮＡ配列は異種転写可能ＤＮＡ分子に機能可能に繋げられている。特定の実施形態では、遺伝子導入植物細胞は単子葉植物細胞である。他の実施形態では、遺伝子導入植物細胞は双子葉植物細胞である。

さらに別の態様では、ａ）配列番号１～２９及び配列番号４３～４５のいずれかとの少なくとも８５パーセントの配列同一性を有する配列、ｂ）配列番号１～２９及び配列番号４３～４５のいずれかを含む配列、ならびにｃ）配列番号１～２９及び配列番号４３～４５のいずれかの断片であって遺伝子調節活性を有する当該断片からなる群から選択されるＤＮＡ配列を含む組換えＤＮＡ分子を含む遺伝子導入植物またはその部分が本明細書において提供され、ここで、当該配列は異種転写可能ＤＮＡ分子に機能可能に繋げられている。具体的な実施形態では、遺伝子導入植物は、組換えＤＮＡ分子を含む任意の世代の後代植物である。生育した場合にそのような遺伝子導入植物を産生する組換えＤＮＡ分子を含む遺伝子導入種子も本明細書に提供される。

別の態様では、本発明は、商品生産物を製造する方法であって、本発明の組換えＤＮＡ分子を含有する遺伝子導入植物またはその部分を得ること、及びそれから商品生産物を生産することを含む、当該方法を提供する。一実施形態では、商品生産物は、加工された種子、穀粒、植物部分、油及び粗挽き粉である。

さらに別の態様では、本発明は、本発明の組換えＤＮＡ分子で植物細胞を形質転換して形質転換植物細胞を生産すること、及び形質転換植物細胞から遺伝子導入植物を再生させることを含む、本発明の組換えＤＮＡ分子を含む遺伝子導入植物を生産する方法を提供する。

配列な簡単な説明
配列番号１は、イントロン（Ｉ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ：２）の５’側に機能可能に繋げられた合成リーダー（Ｌ－Ａｔ．ＧＳＰ４４２．ｎｎｏ：１）の５’側に機能可能に繋げられた合成プロモーター（Ｐ－Ａｔ．ＧＳＰ４４２．ｎｎｏ：２）を含む、合成調節発現エレメント群（ＥＸＰ）、ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ４４２．ｎｎｏ＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：３のＤＮＡ配列である。

配列番号２は、合成プロモーター配列、Ｐ－Ａｔ．ＧＳＰ４４２．ｎｎｏ：２である。

配列番号３は、合成リーダー配列、Ｌ－Ａｔ．ＧＳＰ４４２．ｎｎｏ：１である。

配列番号４は、合成リーダー（Ｌ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ：１）の５’側に機能可能に繋げられた合成プロモーター（Ｐ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ：５）を含む合成ＥＸＰ、ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１のＤＮＡ配列である。

配列番号５は、合成プロモーター配列、Ｐ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ：５である。

配列番号６は、合成リーダー配列、Ｌ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ：１である。

配列番号７は、イントロン（Ｉ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ：２）の５’側に機能可能に繋げられた合成リーダー（Ｌ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ：１）の５’側に機能可能に繋げられた合成プロモーター（Ｐ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ：５）を含む、合成調節発現エレメント群（ＥＸＰ）、ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：２のＤＮＡ配列である。

配列番号８は、合成イントロン（Ｉ－Ａｔ．ＧＳＩ２１．ｎｎｏ：２）の５’側に機能可能に繋げられた合成リーダー（Ｌ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ：１）の５’側に機能可能に繋げられた合成プロモーター（Ｐ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ：５）を含む、合成調節発現エレメント群（ＥＸＰ）、ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ２１．ｎｎｏ：１０のＤＮＡ配列である。

配列番号９は、合成イントロン配列、Ｉ－Ａｔ．ＧＳＩ２１．ｎｎｏ：２である。

配列番号１０は、合成イントロン（Ｉ－Ａｔ．ＧＳＩ１０２．ｎｎｏ：１）の５’側に機能可能に繋げられた合成リーダー（Ｌ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ：１）の５’側に機能可能に繋げられた合成プロモーター（Ｐ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ：５）を含む、合成ＥＸＰ、ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ１０２．ｎｎｏ：１のＤＮＡ配列である。

配列番号１１は、合成イントロン配列、Ｉ－Ａｔ．ＧＳＩ１０２．ｎｎｏ：１である。

配列番号１２は、合成リーダー（Ｌ－Ａｔ．ＧＳＰ５６４．ｎｎｏ：１）の５’側に機能可能に繋げられた合成プロモーター（Ｐ－Ａｔ．ＧＳＰ５６４．ｎｎｏ：３）を含む合成ＥＸＰ、ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５６４のＤＮＡ配列である。

配列番号１３は、合成プロモーター配列、Ｐ－Ａｔ．ＧＳＰ５６４．ｎｎｏ：３である。

配列番号１４は、合成リーダー配列、Ｌ－Ａｔ．ＧＳＰ５６４．ｎｎｏ：１である。

配列番号１５は、イントロン（Ｉ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ：２）の５’側に機能可能に繋げられた合成リーダー（Ｌ－Ａｔ．ＧＳＰ５６４．ｎｎｏ：１）の５’側に機能可能に繋げられた合成プロモーター（Ｐ－Ａｔ．ＧＳＰ５６４．ｎｎｏ：３）を含む、合成ＥＸＰ、ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５６４．ｎｎｏ＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：２のＤＮＡ配列である。

配列番号１６は、合成イントロン（Ｉ－Ａｔ．ＧＳＩ１７．ｎｎｏ：１）の５’側に機能可能に繋げられた合成リーダー（Ｌ－Ａｔ．ＧＳＰ５６４．ｎｎｏ：１）の５’側に機能可能に繋げられた合成プロモーター（Ｐ－Ａｔ．ＧＳＰ５６４．ｎｎｏ：３）を含む、合成ＥＸＰ、ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５６４．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ１７．ｎｎｏ：２のＤＮＡ配列である。

配列番号１７は、合成イントロン配列、Ｉ－Ａｔ．ＧＳＩ１７．ｎｎｏ：１である。

配列番号１８は、合成イントロン（Ｉ－Ａｔ．ＧＳＩ１０２．ｎｎｏ：１）の５’側に機能可能に繋げられた合成リーダー（Ｌ－Ａｔ．ＧＳＰ５６４．ｎｎｏ：１）の５’側に機能可能に繋げられた合成プロモーター（Ｐ－Ａｔ．ＧＳＰ５６４．ｎｎｏ：３）を含む、合成ＥＸＰ、ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５６４．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ１０２．ｎｎｏ：１のＤＮＡ配列である。

配列番号１９は、合成リーダー（Ｌ－Ａｔ．ＧＳＰ５７９．ｎｎｏ：１）の５’側に機能可能に繋げられた合成プロモーター（Ｐ－Ａｔ．ＧＳＰ５７９．ｎｎｏ：２）を含む合成ＥＸＰ、ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７９のＤＮＡ配列である。

配列番号２０は、合成プロモーター配列、Ｐ－Ａｔ．ＧＳＰ５７９．ｎｎｏ：２である。

配列番号２１は、合成リーダー配列、Ｌ－Ａｔ．ＧＳＰ５７９．ｎｎｏ：１である。

配列番号２２は、合成イントロン（Ｉ－Ａｔ．ＧＳＩ１０２．ｎｎｏ：１）の５’側に機能可能に繋げられた合成リーダー（Ｌ－Ａｔ．ＧＳＰ５７９．ｎｎｏ：１）の５’側に機能可能に繋げられた合成プロモーター（Ｐ－Ａｔ．ＧＳＰ５７９．ｎｎｏ：２）を含む、合成ＥＸＰ、ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７９．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ１０２．ｎｎｏ：３のＤＮＡ配列である。

配列番号２３は、イントロン（Ｉ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ：２）の５’側に機能可能に繋げられたリーダー（Ｌ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ－１：１：２）の５’側に機能可能に繋げられた合成リーダー（Ｌ－Ａｔ．ＧＳＰ４４２．ｎｎｏ：１）の５’側に機能可能に繋げられた合成キメラプロモーター（Ｐ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１／４４２。これは、合成プロモーター（Ｐ－Ａｔ．ＧＳＰ４４２．ｎｎｏ：２）の５’側に機能可能に繋げられた合成エンハンサー（Ｅ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ：１）からなる）を含む、合成ＥＸＰ、ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＰ４４２．ｎｎｏ＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：１のＤＮＡ配列である。

配列番号２４は、合成エンハンサー配列、Ｅ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ：１である。

配列番号２５は、合成プロモーター（Ｐ－Ａｔ．ＧＳＰ４４２．ｎｎｏ：２）の５’側に機能可能に繋げられた合成エンハンサー（Ｅ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ：１）からなる、合成キメラプロモーター、Ｐ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１／４４２のＤＮＡ配列である。

配列番号２６は、合成イントロン（Ｉ－Ａｔ．ＧＳＩ１７．ｎｎｏ：１）の５’側に機能可能に繋げられた合成リーダー（Ｌ－Ａｔ．ＧＳＰ５７６．ｎｎｏ：２）の５’側に機能可能に繋げられた合成プロモーター（Ｐ－Ａｔ．ＧＳＰ５７６．ｎｎｏ：４）を含む、合成ＥＸＰ、ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７６．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ１７．ｎｎｏ：３のＤＮＡ配列である。

配列番号２７は、合成プロモーター配列、Ｐ－Ａｔ．ＧＳＰ５７６．ｎｎｏ：４である。

配列番号２８は、合成リーダー配列、Ｌ－Ａｔ．ＧＳＰ５７６．ｎｎｏ：２である。

配列番号２９は、合成３’ＵＴＲ、Ｔ－Ｚｍ．ＧＳＴ５９．ｎｎｏ：１である。

配列番号３０は、イントロン（Ｉ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ：２）の５’側に機能可能に繋げられた合成リーダー（Ｌ－Ａｔ．ＧＳＰ２２１：１）の５’側に機能可能に繋げられた合成プロモーター（Ｐ－Ａｔ．ＧＳＰ２２１：３）を含む、合成ＥＸＰ、ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ２２１＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：３のＤＮＡ配列である。

配列番号３１は、合成プロモーター配列、Ｐ－Ａｔ．ＧＳＰ２２１：３である。

配列番号３２は、合成リーダー配列Ｌ－Ａｔ．ＧＳＰ２２１：１である。

配列番号３３は、Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓからのシトクロムｃ酸化酵素サブユニットＶＩａ遺伝子に由来するイントロン配列、Ｉ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ：２である。

配列番号３４は、Ｍｅｄｉｃａｇｏ ｔｒｕｎｃａｔｕｌａのＳａｌｉ３遺伝子に由来する３’ＵＴＲ配列、Ｔ－Ｍｔ．Ｓａｌｉ３－２－１：２：１である。

配列番号３５は、Ｍｅｄｉｃａｇｏ ｔｒｕｎｃａｔｕｌａからの推定上の酸化還元酵素（ＯＸＲ）タンパク質遺伝子に由来する３’ＵＴＲ配列、Ｔ－Ｍｔ．Ｏｘｒ－１：２：１である。

配列番号３６は、Ｇｏｓｓｙｐｉｕｍ ｂａｒｂａｄｅｎｓｅ ＦｂＬａｔｅ－２遺伝子に由来する３’ＵＴＲ配列、Ｔ－Ｇｂ．ＦｂＬ２：１である。

配列番号３７は、Ｍｅｄｉｃａｇｏ ｔｒｕｎｃａｔｕｌａからの脱水応答タンパク質ＲＤ２２遺伝子に由来する３’ＵＴＲ配列、Ｔ－Ｍｔ．ＲＤ２２－１：２：１である。

配列番号３８は、イントロン（Ｉ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ－１：１：１）の５’側に機能可能に繋げられたリーダー（Ｌ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ－１：１：２）の５’側に機能可能に繋げられたプロモーター（Ｐ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ－１：１：２）を含む、Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓからのシトクロムｃ酸化酵素サブユニットＶＩａ遺伝子に由来するＥＸＰ、ＥＸＰ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ：１：１のＤＮＡ配列である。

配列番号３９は、Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓからのシトクロムｃ酸化酵素サブユニットＶＩａ遺伝子に由来するプロモーター配列、Ｐ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ－１：１：２である。

配列番号４０は、Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓからのシトクロムｃ酸化酵素サブユニットＶＩａ遺伝子に由来するリーダー配列、Ｌ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ－１：１：２である。

配列番号４１は、Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓからのシトクロムｃ酸化酵素サブユニットＶＩａ遺伝子に由来するイントロン配列、Ｉ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ－１：１：１である。

配列番号４２は、ジャガイモ光誘導性組織特異的ＳＴ－ＬＳ１遺伝子（Ｇｅｎｂａｎｋ受託：Ｘ０４７５３）に由来するプロセシング可能なイントロンを有するβ－グルクロニダーゼ（ＧＵＳ）のコード配列である。

配列番号４３は、イントロンであるＩ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ：２の５’側に機能可能に繋げられたリーダーであるＬ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ－１：１：２の５’側に機能可能に繋げられた合成リーダーであるＬ－Ａｔ．ＧＳＰ４４２．ｎｎｏ：１の５’側に機能可能に繋げられた合成プロモーターであるＰ－Ａｔ．ＧＳＰ４４２．ｎｎｏ：２を含むＥＸＰ、ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ４４２＋Ｌ－Ｉ－Ａｔ．ＣｙｃｏのＤＮＡ配列である。

配列番号４４は、合成３’ＵＴＲ、Ｔ－Ｚｍ．ＧＳＴ７．ｎｎｏ：２のＤＮＡ配列である。

配列番号４５は、イントロンであるＩ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ：２の５’側に機能可能に繋げられた合成リーダーであるＬ－Ａｔ．ＧＳＰ５６４．ｎｎｏ：１の５’側に機能可能に繋げられた合成プロモーターであるＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５６４．ｎｎｏ：３を含むＥＸＰ、ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７６．ｎｎｏ＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：１のＤＮＡ配列である。

配列番号４６は、カリフラワーモザイクウイルスに由来する３５Ｓプロモーター及びリーダーを含むＥＸＰ、ＥＸＰ－ＣａＭＶ．３５ＳのＤＮＡ配列である。

配列番号４７は、Ｚｅａ ｍａｙｓの熱ショックタンパク質７０（Ｈｓｐ７０）遺伝子（ＤｎａＫ）に由来するイントロン、Ｉ－Ｚｍ．ＤｎａＫ：１のＤＮＡ配列である。

配列番号４８は、Ｏｒｙｚａ ｓａｔｉｖａからの脂質輸送タンパク質様遺伝子（ＬＴＰ）に由来する３’ＵＴＲ、Ｔ－Ｏｓ．ＬＴＰ：１のＤＮＡ配列である。

配列番号４９は、深海エビ（Ｏｐｌｏｐｈｏｒｕｓ ｇａｃｉｌｉｒｏｓｔｒｉｓ）ルシフェラーゼからの指向性進化によって操作されたＮａｎｏＬｕｃ（登録商標）ルシフェラーゼ蛍光タンパク質（Ｐｒｏｍｅｇａ，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ５３７１１）、Ｎｌｕｃのコード配列である。

配列番号５０は、イントロンであるＩ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ－１：１：１の５’側に機能可能に繋げられたＡｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ ｔｈａｌｉａｎａからのベータ－グルクロニダーゼ２１遺伝子のプロモーター及びリーダーを含むＥＸＰ、ＥＸＰ－Ａｔ．Ｂｇｌｕ２１＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：２のＤＮＡ配列である。

配列番号５１は、Ｐｅｔｕｎｉａ ｘ ｈｙｂｒｉｄからの熱ショックタンパク質７０（ＨＳＰ７０）のリーダーの５’側に機能可能に繋げられた強化型カリフラワーモザイクウイルス３５Ｓプロモーターを含むＥＸＰ、ＥＸＰ－ＣａＭＶ．３５Ｓ－ｅｎｈ＋Ｐｈ．ＤｎａＫ：１：３のＤＮＡ配列である。

配列番号５２は、ダイズの７Ｓアルファプライム遺伝子のプロモーター及びリーダーを含むＥＸＰ、ＥＸＰ－Ｇｍ．Ｓｐｈａｓ１：１：１のＤＮＡ配列である。

配列番号５３は、イントロンであるＩ－Ｚｍ．ＤｎａＫ：１の５’側に機能可能に繋げられた強化型カリフラワーモザイクウイルス３５Ｓプロモーターを含むＥＸＰ、ＥＸＰ－ＣａＭＶ．３５Ｓ－ｅｎｈ＋Ｚｍ．ＤｎａＫ：１：１のＤＮＡ配列である。

配列番号５４は、Ｐｈｏｔｉｎｕｓ ｐｙｒａｌｉｓ（ホタル）に由来するルシフェラーゼタンパク質をコードするＤＮＡ配列（ＬＵＣＩＦＥＲＡＳＥ：１：３）である。

配列番号５５は、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｍｅｆａｃｉｅｎｓノパリン合成酵素遺伝子に由来する３’ＵＴＲ、Ｔ－ＡＧＲｔｕ．ｎｏｓ－１：１：１３のＤＮＡ配列である。

配列番号５６は、Ｔｒｉｔｉｃｕｍ ａｅｓｔｉｖｕｍ（コムギ）の集光性複合体の葉緑素ａ／ｂ－結合遺伝子のリーダーの５’側に機能可能に繋げられた強化型カリフラワーモザイクウイルス３５Ｓプロモーターを含むＥＸＰ、ＥＸＰ－ＣａＭＶ．３５Ｓ－ｅｎｈ－Ｌｈｃｂ１のＤＮＡ配列である。

配列番号５７は、Ｒｅｎｉｌｌａ ｒｅｎｉｆｏｒｍｉｓ（ウミシイタケ）に由来するルシフェラーゼタンパク質をコードするＤＮＡ配列（ＣＲ－Ｒｅｎ．ｈＲｅｎｉｌｌａ Ｌｕｃｉｆｅ－０：０：１）である。

本発明は、植物における遺伝子調節活性を有する合成調節エレメントを提供する。これらの合成調節エレメントのヌクレオチド配列は配列番号１～３２及び配列番号４３～４５として提供される。これらの合成調節エレメントは、植物組織において機能可能に繋げられた転写可能ＤＮＡ分子の発現に影響を与えることができ、それゆえ、遺伝子導入植物において機能可能に繋げられた導入遺伝子の遺伝子発現を調節することができる。本発明はさらに、提供される合成調節エレメントを含有する組換えＤＮＡ分子を改変、製造及び使用する方法を提供する。本発明はさらに、本発明の組換えＤＮＡ分子を含有する遺伝子導入植物細胞、植物、植物部分及び種子を含む組成物、ならびにそれを調製及び使用する方法を提供する。

以下の定義及び方法は本発明をよりよく定義するため及び本発明の実施において当業者を手引きするために提供される。特に記さない限り、用語は従来の用法に則って当業者によって理解されるべきである。

ＤＮＡ分子
本明細書中で使用する場合、「ＤＮＡ」または「ＤＮＡ分子」という用語は、ゲノムまたは合成起源の二本鎖ＤＮＡ分子、すなわちデオキシヌクレオチド塩基のポリマー、または５’（上流）末端から３’（下流）末端へと読まれるＤＮＡ分子を指す。本明細書中で使用する場合、「ＤＮＡ配列」という用語はＤＮＡ分子のヌクレオチド配列を指す。本明細書において使用する命名法は、米国連邦規則集§１．８２２の第３７巻のそれならびに、ＷＩＰＯ標準ＳＴ．２５（１９９８）の付録２の表１及び表３に明記されているものに対応する。

本明細書中で使用する場合、「組換えＤＮＡ分子」は、人間による介入を伴わずして一緒に天然に発生することがないＤＮＡ分子の組み合わせを含むＤＮＡ分子である。例えば、組換えＤＮＡ分子は、互いにとって異種である少なくとも２つのＤＮＡ分子からなるＤＮＡ分子、天然に存在するＤＮＡ配列から逸脱するＤＮＡ配列を含むＤＮＡ分子、合成ＤＮＡ配列を含むＤＮＡ分子、または遺伝形質転換もしくは遺伝子編集によって宿主細胞のＤＮＡの中に組み込まれたＤＮＡ分子であってもよい。

本明細書中で使用する場合、「合成ヌクレオチド配列」または「人工ヌクレオチド配列」は、天然に存在するとは知られていない、天然に存在しない、または人間による介入がなければ発生しない、ヌクレオチド配列である。本発明の遺伝子調節エレメントは合成ヌクレオチド配列を含む。好ましくは、合成ヌクレオチド配列は天然配列との広範囲相同性をほとんどまたは全く共有しない。この文脈において広範囲相同性は一般に、連続配列の約２５ヌクレオチドを超えて広がる１００％の配列同一性を指す。

本願において「単離されたＤＮＡ分子」または等価な用語もしくは語句への言及は、ＤＮＡ分子が単独で存在するもの、または他の構成物と組み合わされて存在するがその天然の環境に存在していないものである、という意味を意図している。例えば、生物のゲノムのＤＮＡの中に天然にみられる核酸エレメント、例えば、コード配列、イントロン配列、非翻訳リーダー配列、プロモーター配列、転写停止配列などは、エレメントが生物のゲノム内、かつゲノム内でそれが天然にみられる位置にある限り、「単離された」とみなされない。他方、これらのエレメントの各々及びこれらのエレメントの小部分は、エレメントが生物のゲノム内、及びゲノム内でそれが天然にみられる位置にない限り、本開示の範囲内において「単離されている」ことになろう。一実施形態では、「単離された」という用語は、元来または天然の状態において両側に通常に存在する核酸のいくつかから少なくとも部分的に分離された、ＤＮＡ分子を指す。したがって、例えば組換え技術の結果として、通常一緒にはない調節またはコード配列と融合しているＤＮＡ分子は、本明細書において単離されているとみなされる。そのような分子は、宿主細胞の染色体の中に組み込まれているかまたは他のＤＮＡ分子と共に核酸溶液中に存在する場合、それらの元来の状態にないという点で単離されているとみなされる。本開示の目的のために、任意の遺伝子導入ヌクレオチド配列、すなわち植物もしくは細菌の細胞のゲノムの中に挿入されるかまたは染色体外ベクター中に存在するＤＮＡのヌクレオチド配列は、それが、細胞を形質転換するために使用するプラスミドもしくは同様の構造体の中、植物もしくは細菌のゲノムの中に存在するか、または植物もしくは細菌に由来する組織、子孫、生物学的試料もしくは商品生産物の中に検出可能な量で存在するかにかかわらず、単離されたヌクレオチド配列であるとみなされることになろう。

本明細書中で使用する場合、「配列同一性」という用語は、最適に整列された２つのポリヌクレオチド配列または最適に整列された２つのポリペプチドが同一である程度を指す。最適な配列アラインメントは、内側の適切なヌクレオチド挿入、欠失もしくはギャップを使用して配列アラインメントのヌクレオチド一致数を最大にすべく手作業で２つの配列、例えば基準配列と別の配列とを整列させることによって作り出される。本明細書中で使用する場合、「基準配列」という用語は、配列番号１～３２及び配列番号４３～４５として提供されるＤＮＡ配列を指す。

本明細書中で使用する場合、「配列同一性パーセント」または「同一性パーセント」または「同一性％」という用語は、同一性の割合に１００を掛けたものである。最適に基準配列と整列させた配列の「同一性の割合」は、最適なアラインメントにおけるヌクレオチド一致数を基準配列の総ヌクレオチド数、例えば基準配列全体の完全長の総ヌクレオチド数で割ったものである。したがって、本発明の一実施形態は、本明細書において配列番号１～３２及び配列番号４３～４５のいずれかとして提供される基準配列と最適に整列した場合に基準配列との少なくとも約８５パーセントの同一性、少なくとも約８６パーセントの同一性、少なくとも約８７パーセントの同一性、少なくとも約８８パーセントの同一性、少なくとも約８９パーセントの同一性、少なくとも約９０パーセントの同一性、少なくとも約９１パーセントの同一性、少なくとも約９２パーセントの同一性、少なくとも約９３パーセントの同一性、少なくとも約９４パーセントの同一性、少なくとも約９５パーセントの同一性、少なくとも約９６パーセントの同一性、少なくとも約９７パーセントの同一性、少なくとも約９８パーセントの同一性、少なくとも約９９パーセントの同一性または少なくとも約１００パーセントの同一性を有する配列を含むＤＮＡ分子を提供する。さらなる他の具体的な実施形態では、配列番号１～３２及び配列番号４３～４５のいずれかとの同一性パーセントを有する配列は、それの派生元である出発配列が有していたプロモーター活性を発揮するものとして定義され得る。配列番号１～３２及び配列番号４３～４５のいずれかとの同一性パーセントを有する配列はさらに、基礎レベルの転写を提供する、ならびに転写開始のためのＲＮＡポリメラーゼＩＩ複合体の認識及び結合のためのＴＡＴＡボックスまたは等価な配列からなる、「最小プロモーター」を含み得る。

調節エレメント
調節エレメント、例えば、プロモーター、リーダー（５’ＵＴＲとしても知られる）、エンハンサー、イントロン及び転写停止領域（または３’ＵＴＲ）は、生細胞における遺伝子の発現全体において必須の役割を果たす。「調節エレメント」という用語は、本明細書中で使用される場合、遺伝子調節活性を有するＤＮＡ分子を指す。「遺伝子調節活性」という用語は、本明細書中で使用される場合、例えば機能可能に繋げられた転写可能ＤＮＡ分子の転写及び／または翻訳に影響を与えることによって、機能可能に繋げられた転写可能ＤＮＡ分子の発現に影響を与える能力を指す。調節エレメント、例えば植物において機能するプロモーター、リーダー、エンハンサー、イントロン及び３’ＵＴＲは、遺伝子操作によって植物の表現型を改変する上で有用である。

本明細書中で使用する場合、「調節発現エレメント群」または「ＥＸＰ」配列は、機能可能に繋げられた調節エレメント、例えばエンハンサー、プロモーター、リーダー及びイントロンの群を指し得る。例えば、調節発現エレメント群は、例えばリーダー配列の５’側に機能可能に繋げられたプロモーターからなるものであってもよい。本発明を実施するのに有用なＥＸＰには、配列番号１、４、７、８、１０、１２、１５、１６、１８、１９、２２、２３、２６、３０、４３及び４５が含まれる。

調節エレメントは、その遺伝子発現様式、例えば正及び／または負の影響、例えば、恒常的発現または、一過的な、空間的な、発達上の、組織での、環境的な、生理的な、病的な、細胞周期的な、及び／または化学応答的な発現、ならびにそれらの任意の組み合わせによって特徴付けられ得るだけでなく、定量的または定性的適応によっても特徴付けられ得る。本明細書中で使用する場合、「遺伝子発現様式」は、機能可能に繋げられたＤＮＡ分子から転写ＲＮＡ分子への転写の任意の様式である。転写ＲＮＡ分子は、翻訳されてタンパク質分子となる場合もあるし、またはアンチセンスもしくはその他の調節ＲＮＡ分子、例えば、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、転移ＲＮＡ（ｔＲＮＡ）、リボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）などを提供する場合もある。

本明細書中で使用する場合、「タンパク質発現」という用語は、転写ＲＮＡ分子からタンパク質分子への翻訳の任意の様式である。タンパク質発現は、その一過的な、空間的な、発達上の、または形態学的な質によって特徴付けられ得るだけでなく、定量的または定性的適応によっても特徴付けられ得る。

プロモーターは、機能可能に繋げられた転写可能ＤＮＡ分子の発現を調節するための調節エレメントとして有用である。本明細書中で使用する場合、「プロモーター」という用語は、総じて、転写を開始するためのＲＮＡポリメラーゼＩＩ及びその他のタンパク質、例えばトランス作用性転写因子の認識及び結合に関与するＤＮＡ分子を指す。プロモーターは最初に遺伝子のゲノムコピーの５’非翻訳領域（５’ＵＴＲ）から単離され得る。あるいは、プロモーターは、合成製造または操作されたＤＮＡ分子であってもよい。プロモーターはまた、キメラであってもよい。キメラプロモーターは、２つ以上の異種ＤＮＡ分子の融合によって製造される。本発明を実施するのに有用なプロモーターには、配列番号２、５、１３、２０、２５、２７、３１及び３９またはそれらの断片もしくは変異型のいずれかに含まれているプロモーターエレメントが含まれる。本発明の具体的な実施形態では、特許請求されるＤＮＡ分子及び、本明細書に記載のその任意の変異型または誘導体は、プロモーター活性を含むもの、すなわち遺伝子導入植物などの宿主細胞においてプロモーターとして作用することができるものとしてさらに定義される。さらに他の具体的な実施形態では、断片は、その派生元である出発プロモーター分子が保有するプロモーター活性を発揮するものとして定義され得、または断片は、基礎レベルの転写を提供する、ならびに転写開始のためのＲＮＡポリメラーゼＩＩ複合体の認識及び結合のためのＴＡＴＡボックスまたは等価なＤＮＡ配列からなる、「最小プロモーター」を含み得る。

一実施形態では、本明細書において開示されるプロモーター配列の断片を提供する。プロモーター断片は上記のとおりプロモーター活性を含み得、単独で、または例えばキメラプロモーターを構築する場合に他のプロモーター及びプロモーター断片と組み合わさって、または他の発現エレメント及び発現エレメント断片と組み合わさって有用となり得る。具体的な実施形態では、本明細書において開示されるプロモーター活性を有するＤＮＡ分子の少なくとも約５０個、少なくとも約７５個、少なくとも約９５個、少なくとも約１００個、少なくとも約１２５個、少なくとも約１５０個、少なくとも約１７５個、少なくとも約２００個、少なくとも約２２５個、少なくとも約２５０個、少なくとも約２７５個、少なくとも約３００個、少なくとも約５００個、少なくとも約６００個、少なくとも約７００個、少なくとも約７５０個、少なくとも約８００個、少なくとも約９００個、少なくとも約１０００個またはそれより多い連続ヌクレオチドを含む、プロモーターの断片を提供する。特定の実施形態では、本発明は、本明細書において提供されるプロモーターの、完全長配列の活性を有する断片を提供する。出発プロモーター分子からそのような断片を製造する方法は当技術分野でよく知られている。

配列番号２、５、１３、２０、２５、２７、３１及び３９のいずれかの中に含まれているプロモーターエレメントのいずれかに由来する構成物は、例えば内側または５’の欠失のように、発現を改善または変化させるための当技術分野で知られている方法、例えば、発現に対して正か負かのどちらかの影響を与えるエレメントを除去すること、発現に対して正または負の影響を与えるエレメントを重複させること及び／または、発現に対して組織特異的もしくは細胞特異的な影響を与えるエレメントを重複させるかもしくは除去することによる方法を用いて製造されることができる。ＴＡＴＡボックスエレメントまたはその等価配列と下流配列とを除去する３’欠失からなる、配列番号２、５、１３、２０、２５、２７、３１及び３９のいずれかの中に含まれているプロモーターエレメントのいずれかに由来する構成物は、例えばエンハンサーエレメントを作るために使用されることができる。さらなる欠失を作って、正もしくは負の；組織特異的な；細胞特異的な；またはタイミング特異的な（例えば、限定されないが、概日リズム）影響を発現に対して与える任意のエレメントを除去することができる。配列番号２、５、１３、２０、２５、２７、３１及び３９のいずれかの中に含まれているプロモーターエレメントのいずれか及びそれに由来する断片またはエンハンサーを使用してキメラ転写調節エレメント構成物を作ることができる。

本発明によれば、プロモーターまたはプロモーター断片は、既知のプロモーターエレメント、すなわちＤＮＡ配列特質、例えばＴＡＴＡボックス及びその他の既知の転写因子結合部位モチーフの存在について分析され得る。当業者はそのような既知のプロモーターエレメントの同定を用いて、元のプロモーターに類似する発現様式を有するプロモーターの変異型を設計し得る。

本明細書中で使用する「リーダー」という用語は、遺伝子の非翻訳５’領域（５’ＵＴＲ）から単離された、転写開始部位（ＴＳＳ）とタンパク質コード配列開始部位との間のヌクレオチドセグメントとして一般に定義されるＤＮＡ分子を指す。あるいは、リーダーは合成製造または操作されたＤＮＡエレメントであってもよい。リーダーは、機能可能に繋げられた転写可能ＤＮＡ分子の発現を調節するための５’調節エレメントとして使用されることができる。リーダー分子を異種プロモーターまたはそれのネイティブプロモーターと共に使用してもよい。本発明を実施するのに有用なリーダーには、配列番号３、６、１４、２１、２８、３２及び４０または、配列番号１、４、７、８、１０、１２、１５、１６、１８、１９、２２、２３、２６、３０、４３及び４５またはそれらの断片もしくは変異型のいずれかに含まれているリーダーエレメントのいずれかが含まれる。具体的な実施形態では、そのようなＤＮＡ配列は、例えば遺伝子導入植物細胞を含めた宿主細胞においてリーダーとして作用できるものと定義され得る。一実施形態ではそのような配列は、リーダー活性を含むものとして解読される。

配列番号３、６、１４、２１、２８、３２及び４０または、配列番号１、４、７、８、１０、１２、１５、１６、１８、１９、２２、２３、２６、３０及び４３のいずれかに含まれているリーダーエレメントのいずれかとして示されるリーダー配列（５’ＵＴＲとも呼ぶ）は、調節エレメントからなり得るかまたは、機能可能に繋げられた転写可能ＤＮＡ分子の転写もしくは翻訳に影響を与えることができる二次構造を採り得る。配列番号３、６、１４、２１、２８、３２及び４０または、配列番号１、４、７、８、１０、１２、１５、１６、１８、１９、２２、２３、２６、３０、４３及び４５のいずれかに含まれているリーダーエレメントのいずれかとして示されるリーダー配列は、機能可能に繋げられた転写可能ＤＮＡ分子の転写または翻訳に影響を与えるキメラ調節エレメントを作るために本発明に従って使用されることができる。

本明細書中で使用する場合、「イントロン」という用語は、遺伝子から単離または同定され得る、翻訳前に伝令ＲＮＡ（ｍＲＮＡ）プロセシング中に切り出される領域として一般に定義され得るＤＮＡ分子を指す。あるいは、イントロンは合成製造または操作されたＤＮＡエレメントであってもよい。イントロンは、機能可能に繋げられた遺伝子の転写に影響を与えるエンハンサーエレメントを含有し得る。イントロンは、機能可能に繋げられた転写可能ＤＮＡ分子の発現を調節するための調節エレメントとして使用され得る。構築物はイントロンを含み得、イントロンは、転写可能ＤＮＡ分子に関して異種であってもなくてもよい。当技術分野で知られているイントロンの例としては、コメアクチンイントロン及びトウモロコシＨＳＰ７０イントロンが挙げられる。

植物では、遺伝子構築物中へのいくつかのイントロンの組込みは、当該イントロンを欠く構築物に比べてｍＲＮＡ及びタンパク質の蓄積が増加することにつながる。この効果は遺伝子発現の「イントロン媒介性増強」（ＩＭＥ）と呼ばれている。植物における発現を刺激することが知られているイントロンは、トウモロコシ遺伝子（例えば、ｔｕｂＡ１、Ａｄｈ１、Ｓｈ１及びＵｂｉ１）、コメ遺伝子（例えばｔｐｉ）ならびに双子葉植物遺伝子、例えば、ペチュニアから（例えばｒｂｃＳ）、ジャガイモから（例えば、ｓｔ－ｌｓ１）、及びＡｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ ｔｈａｌｉａｎａから（例えばｕｂｑ３及びｐａｔ１）の遺伝子において同定されている。イントロンのスプライシング部位内での欠失または突然変異は遺伝子発現を減少させることが示され、ＩＭＥにスプライシングが必要である可能性があることが示された。しかしながら、Ａ．ｔｈａｌｉａｎａからのｐａｔ１遺伝子のスプライシング部位内での点突然変異によって双子葉植物におけるＩＭＥが示された。１つの植物で同じイントロンを複数使用することは不都合を生じることが示された。その場合には、基礎的な制御エレメントをまとまって有することが、適切な組換えＤＮＡエレメントの構築に必要とされる。本発明を実施するのに有用な例示的なイントロンは、配列番号９、１１、１７、３３及び４１として示される。

本明細書中で使用する場合、「３’転写終結分子」、「３’非翻訳領域」または「３’ＵＴＲ」という用語は、ｍＲＮＡ分子の３’部分の非翻訳領域への転写の間に使用されるＤＮＡ分子を指す。ｍＲＮＡ分子の３’非翻訳領域は、特異的な切断、及びポリＡ鎖としても知られる３’ポリアデニル化によって生成し得る。３’ＵＴＲは、転写可能ＤＮＡ分子の下流に機能可能に繋げられ配置され得、ポリアデニル化シグナル及び、転写、ｍＲＮＡプロセシングまたは遺伝子発現に影響を与えることができる他の調節シグナルを含み得る。ポリＡ鎖はｍＲＮＡ安定性及び翻訳開始において機能すると考えられる。当技術分野において、３’転写終結分子の例は、ノパリン合成酵素３’領域、コムギｈｓｐ１７ ３’領域、ｐｅａｒｕｂｉｓｃｏ小サブユニット３’領域、ワタＥ６ ３’領域、及びコイキシン３’ＵＴＲである。

３’ＵＴＲは典型的には特定ＤＮＡ分子の組換え発現にとって有益な用途を有する。弱い３’ＵＴＲは読み過ごしを発生させる潜在能力を有するが、これは、隣接する発現カセットの中に配置されたＤＮＡ分子の発現に影響を与える可能性がある。転写終結の適切な制御は、下流に局在するＤＮＡ配列（例えば、他の発現カセット）内への読み過ごしを防ぐことができ、さらにはＲＮＡポリメラーゼの効率的な再利用を可能にして遺伝子発現を改善させることができる。効率的な転写終結（ＤＮＡからのＲＮＡポリメラーゼＩＩの遊離）は転写の再開の必須要件であり、それによって全体的な転写レベルに影響を与える。
転写終結の次には成熟ｍＲＮＡが合成及び鋳型の部位から遊離し、細胞質へと輸送される。真核生物ｍＲＮＡは生体内でポリ（Ａ）の形態で蓄積し、転写終結部位を従来の方法で検出することを難しくしている。しかしながら、バイオインフォマティクスによる機能的及び効率的な３’ＵＴＲの予測は、効果的な３’ＵＴＲの簡単な予測を可能にするであろう保存されたＤＮＡ配列が存在しないという点で困難である。

実用的見地からは、発現カセットに使用する３’ＵＴＲが以下の特質を有することが典型的に有益である。第一に、３’ＵＴＲは、効率的かつ効果的に導入遺伝子の転写を終結させること、ならびに１つのトランスファーＤＮＡ（Ｔ－ＤＮＡ）の中、またはＴ－ＤＮＡを挿入した隣接染色体ＤＮＡの中に複数の発現カセットが存在する場合のように、別の発現カセットからなるものであり得る何らかの隣接ＤＮＡ配列の中への転写産物の読み飛ばしを防ぐことができなければならない。第二に、３’ＵＴＲは、ＤＮＡ分子の発現を促すために使用されるプロモーター、リーダー、エンハンサー及びイントロンによって付与される転写活性の減弱を招いてはならない。最後に、植物バイオテクノロジーでは、３’ＵＴＲは、（１）植物染色体中に一旦組み込まれた発現カセットの転写活性または発現の評価、（２）植物ＤＮＡ中の挿入物のコピー数の評価、及び（３）育種後に得られた種子の接合性の評価に使用する、形質転換植物から抽出された逆転写ＲＮＡの増幅反応のプライミングのために使用されることが多い。３’ＵＴＲはまた、挿入カセットの完全性を評価するためにも、形質転換植物から抽出されたＤＮＡの増幅反応において使用される。本発明を実施するのに有用な３’ＵＴＲは配列番号２９、３４、３５、３６、３７及び４４として示される。

本明細書中で使用する場合、「エンハンサー」または「エンハンサーエレメント」という用語は、シスエレメントとしても知られるシス作用性調節エレメントを指し、これは、全体的な発現様式の一態様を付与するものであるが、単独では通常、機能可能に繋げられた転写可能ＤＮＡ分子の転写を促すのに不十分である。プロモーターとは違ってエンハンサーエレメントは通常、転写開始部位（ＴＳＳ）またはＴＡＴＡボックスまたは等価なＤＮＡ配列を含まない。プロモーターまたはプロモーター断片は天然には、機能可能に繋げられたＤＮＡ配列の転写に影響を与える１つ以上のエンハンサーエレメントを含み得る。
遺伝子発現の全体的調節の態様を付与するものであるキメラプロモーターシスエレメントを生成するようにエンハンサーエレメントをプロモーターと融合させてもよい。合成プロモーターであるＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ：５（配列番号５）に由来するエンハンサーエレメントの一例は配列番号２４（Ｅ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ：１）として提供される。

多くのプロモーターエンハンサーエレメントは、ＤＮＡ結合タンパク質に結合し、及び／またはＤＮＡトポロジーに影響を与え、結果としてＲＮＡポリメラーゼのＤＮＡ鋳型への接触を選択的に可能にするかもしくは制限する、または転写開始部位での二重螺旋の選択的開鎖を容易にする、と考えられる。エンハンサーエレメントは、転写を調節する転写因子に結合するように機能し得る。いくつかのエンハンサーエレメントは、１つより多い転写因子に結合し、転写因子は、異なる親和性で１つより多いエンハンサードメインと相互作用し得る。エンハンサーエレメントは、欠失解析、つまり、１つ以上のヌクレオチドをプロモーターの５’端部または内側から欠失させること；ＤＮアーゼＩフットプリント法を用いるＤＮＡ結合タンパク質分析；メチル化干渉；電気泳動移動度シフトアッセイ；ライゲーションによって媒介されるポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）による生体内ゲノムフットプリント法；及びその他の従来のアッセイを含めた多くの技術によって、または既知のシスエレメントモチーフもしくはエンハンサーエレメントを標的配列もしくは標的モチーフとして使用しＢＬＡＳＴなどの従来のＤＮＡ配列比較法を用いるＤＮＡ配列類似性解析によって、同定され得る。１つ以上のヌクレオチドの突然変異誘発（または置換）、または当技術分野で知られている他の従来の方法によって、エンハンサードメインの微細構造をさらに調べることができる。エンハンサーエレメントは、化学合成、またはそのようなエレメントを含んでいる調節エレメントからの単離によって得ることができ、また、結果として得られる配列の操作を容易にするのに有用な制限酵素部位を含有する追加隣接
ヌクレオチドを伴って合成されることができる。かくして、機能可能に繋げられた転写可能ＤＮＡ分子の発現を調節するための本明細書において開示される方法に係るエンハンサーエレメントの設計、構築及び使用は、本発明に包含される。本発明を実施するのに有用な例示的なエンハンサーは配列番号２４として示される。

本明細書中で使用する場合、「キメラ」という用語は、第１ＤＮＡ分子を第２ＤＮＡ分子と融合させることによって生成した単一のＤＮＡ分子であって、第１ＤＮＡ分子も第２ＤＮＡ分子も通常はその配置でみられない、つまり他方と融合していない、当該ＤＮＡ分子を指す。したがって、キメラＤＮＡ分子は、他では天然にみられることが通常ない、新規なＤＮＡ分子である。本明細書中で使用する場合、「キメラプロモーター」という用語は、ＤＮＡ分子のそのような操作によって生成したプロモーターを指す。キメラプロモーターは、２つ以上のＤＮＡ断片を組み合わせたもの、例えば、プロモーターをエンハンサーエレメントと融合させたものであり得る。かくして、機能可能に繋げられた転写可能ＤＮＡ分子の発現を調節するための本明細書において開示される方法によるキメラプロモーターの設計、構築及び使用は本発明に包含される。例示的なキメラプロモーターは本明細書において配列番号２５（Ｐ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１／４４２）として示される。

キメラ調節エレメントは、当技術分野で知られている様々な方法、例えば制限酵素による消化及びライゲーション、ライゲーションによらないクローニング、増幅中のＰＣＲ産物のモジュール式会合、または調節エレメントの直接化学合成、ならびに当技術分野で知られている他の方法によって機能的に繋げられ得る様々な構成要素を含むように設計されることができる。結果として得られる様々なキメラ調節エレメントは、同じ構成要素またはその変異型からなり得るが、構成部分を機能的に繋げることを可能にする１つまたは複数の連結ＤＮＡ配列を含む１つまたは複数のＤＮＡ配列が異なり得る。本発明では、配列番号１～３２及び配列番号４３～４５として提供されるＤＮＡ配列は調節エレメント基準配列を提供し得、ここで、基準配列を構成する構成要素は、当技術分野で知られている方法によって継ぎ合わされていてもよく、１つ以上のヌクレオチドの置換、欠失及び／または挿入、または細菌及び植物細胞形質転換において天然に起こる突然変異を含んでいてもよい。

本明細書中で使用する場合、「変異型」という用語は、組成が第１ＤＮＡ分子と同一ではないが類似している調節エレメントなどの第２ＤＮＡ分子であって、おおよその機能性、すなわち同じまたは類似した発現様式を例えば第１ＤＮＡ分子の幾分等価な転写活性によってなおも維持している当該第２ＤＮＡ分子を指す。変異型は第１ＤＮＡ分子よりも短いかもしくはそれを切り詰めた形態であってもよいし、または第１ＤＮＡ分子の配列の改変形態、例えば、異なる制限酵素部位及び／または内側の欠失、置換もしくは挿入を有するものであってもよい。「変異型」は、基準配列の１つ以上のヌクレオチドの置換、欠失または挿入を含むヌクレオチド配列を有する調節エレメントであって、対応する親調節分子に比べて幾分等価な転写または翻訳活性を有する、当該誘導体型調節エレメントも包含し得る。本発明では、配列番号１～３２及び配列番号４３～４５として提供されるポリヌクレオチド配列は、おおよその機能性、すなわち元の調節エレメントと同じまたは類似した発現パターンをなおも維持しながら、組成が元の調節エレメントのＤＮＡ配列と同一ではないが類似している変異型を作出するために、使用され得る。本発明のそのような変異型の製造は、本開示に鑑みれば十分に当業者の技量の範囲内であり、本発明の範囲に包含される。

特定の導入遺伝子の所望の発現態様に対する本明細書に記載の改変、重複または欠失の有効性は、実用実施例に記載されているような安定的及び一過的植物アッセイで結果を立証すべく経験的に試験され得るが、当該結果は、出発ＤＮＡ分子においてなされた変更、及び変更の目的に応じて様々であり得る。

構築物
本明細書中で使用する場合、「構築物」という用語は、任意の供給源に由来しゲノム組込みまたは自律的複製をすることができるプラスミド、コスミド、ウイルス、ファージまたは直鎖もしくは環状のＤＮＡもしくはＲＮＡ分子などの任意の組換えＤＮＡ分子を意味し、これには、少なくとも１つのＤＮＡ分子が別のＤＮＡ分子に機能的に働くように繋げられた、つまり機能可能に繋げられたＤＮＡ分子が含まれる。本明細書中で使用する場合、「ベクター」という用語は、形質転換、すなわち宿主細胞内への異種ＤＮＡまたはＲＮＡの導入という目的のために使用され得る任意の構築物を意味する。構築物は典型的には１つ以上の発現カセットを含む。本明細書中で使用する場合、「発現カセット」とは、１つ以上の調節エレメント、典型的には少なくともプロモーターと３’ＵＴＲとに機能可能に繋げられた転写可能ＤＮＡ分子を少なくとも含んでいるＤＮＡ分子を指す。

本明細書中で使用する場合、「機能可能に繋げられた」という用語は、第２ＤＮＡ分子に継ぎ合わされた第１ＤＮＡ分子であって、第１ＤＮＡ分子が第２ＤＮＡ分子の機能に影響を及ぼすように第１ＤＮＡ分子と第２ＤＮＡ分子とが配置されている、当該第１ＤＮＡ分子を指す。２つのＤＮＡ分子は単一の連続ＤＮＡ分子の一部であってもなくてもよく、隣り合っていてもいなくてもよい。例えば、プロモーターが細胞内の関心対象の転写可能ＤＮＡ分子の転写を調節するならば、当該プロモーターは転写可能ＤＮＡ分子に機能可能に繋げられている。例えばリーダーは、それがＤＮＡ配列の転写もしくは翻訳に影響を与えることができる場合、ＤＮＡ配列に機能可能に繋げられている。

本発明の構築物は、一実施形態では、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｍｅｆａｃｉｅｎｓ細胞によって提供される移入分子と一緒にＴ－ＤＮＡを植物細胞のゲノムの中に組み込むことを可能にする、Ｔ－ＤＮＡを含むＡ．ｔｕｍｅｆａｃｉｅｎｓから単離された二重腫瘍誘導性（Ｔｉ）プラスミドの右側境界（ＲＢまたはＡＧＲｔｕ．ＲＢ）及び左側境界（ＬＢまたはＡＧＲｔｕ．ＬＢ）領域を有するＴｉプラスミド境界構築物として提供され得る（例えば、米国特許第６，６０３，０６１号を参照のこと）。構築物はさらに、細菌細胞における複製機能及び抗生物質選択を提供するプラスミド主鎖ＤＮＡセグメント、例えば、ｏｒｉ３２２などのＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ複製起点、ｏｒｉＶまたはｏｒｉＲｉなどの広い宿主範囲の複製起点及び、スペクチノマイシンもしくはストレプトマイシンに対する耐性を付与するＴｎ７アミノグリコシドアデニルトランスフェラーゼ（ａａｄＡ）をコードするＳｐｅｃ／Ｓｔｒｐなどの選択マーカーまたはゲンタマイシン（Ｇｍ、Ｇｅｎｔ）選択マーカー遺伝子のコード領域を含有していてもよい。植物形質転換の場合、宿主細菌株はＡ．ｔｕｍｅｆａｃｉｅｎｓ ＡＢＩ、Ｃ５８またはＬＢＡ４４０４であることが多いが、植物形質転換の当業者に知られている他の株は本発明において機能し得る。

転写可能ＤＮＡ分子からタンパク質として翻訳及び発現される機能的ｍＲＮＡ分子に転写されるように細胞内に構築物を組み立てて導入するための方法は当業者に知られている。本発明の実施において、構築物を作製及び使用するための従来の構成物及び方法ならびに宿主細胞は当業者によく知られている。高等植物における核酸の発現のために有用な典型的なベクターは当技術分野でよく知られており、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｍｅｆａｃｉｅｎｓのＴｉプラスミドに由来するベクター、及びｐＣａＭＶＣＮ移入制御ベクターが含まれる。

本明細書において提供されるもののいずれかを含めて様々な調節エレメントが構築物中に含まれ得る。任意のそのような調節エレメントを他の調節エレメントと組み合わせて提供してもよい。そのような組み合わせは、所望の調節特性をもたらすように設計または修正され得る。一実施形態では、本発明の構築物は、３’ＵＴＲに機能可能に繋げられた転写可能ＤＮＡ分子に機能可能に繋げられた少なくとも１つの調節エレメントを含む。

本発明の構築物は、本明細書において提供されるかまたは当技術分野で知られている任意のプロモーターまたはリーダーを含み得る。例えば、本発明のプロモーターを異種非翻訳５’リーダー、例えば熱ショックタンパク質遺伝子に由来するものに機能可能に繋げてもよい。あるいは、本発明のリーダーを異種プロモーター、例えばカリフラワーモザイクウイルス３５Ｓ転写プロモーターに機能可能に繋げてもよい。

発現カセットはさらに、機能可能に繋げられたタンパク質を細胞内へ、詳しくは葉緑体、白色体またはその他の色素体オルガネラ；ミトコンドリア；ペルオキシソーム；液胞；または細胞外の場所へ指向するために有用なペプチドをコードする輸送ペプチドコード配列を含んでいてもよい。多くの葉緑体局在化タンパク質は核遺伝子から前駆体として発現され、葉緑体輸送ペプチド（ＣＴＰ）によって葉緑体へ指向される。そのような単離された葉緑体タンパク質の例としては、限定されないが、リブロース－１，５－ビスリン酸カルボキシラーゼの小サブユニット（ＳＳＵ）、フェレドキシン、フェレドキシンオキシドレダクターゼ、集光性複合体タンパク質Ｉ及びタンパク質ＩＩ、チオレドキシンＦならびにエノールピルビルシキミ酸リン酸合成酵素（ＥＰＳＰＳ）に関連するものが挙げられる。葉緑体輸送ペプチドについては例えば米国特許第７，１９３，１３３号に記載されている。非葉緑体タンパク質は、非葉緑体タンパク質をコードする導入遺伝子に機能可能に繋げられた異種ＣＴＰの発現によって葉緑体へと指向され得ることが実証された。

転写可能ＤＮＡ分子
本明細書中で使用する場合、「転写可能ＤＮＡ分子」という用語は、ＲＮＡ分子に転写されることができる任意のＤＮＡ分子、例えば、限定されないが、タンパク質コード配列を有するもの、及び遺伝子抑制に有用な配列を有するＲＮＡ分子を生成するものを指す。
ＤＮＡ分子の種類には、限定されないが、同じ植物からのＤＮＡ分子、別の植物からのＤＮＡ分子、異なる生物からのＤＮＡ分子、または合成ＤＮＡ分子、例えば、遺伝子のアンチセンスメッセージを含有するＤＮＡ分子もしくは、導入遺伝子の人工、合成あるいは改変形態をコードするＤＮＡ分子が含まれ得る。本発明の構築物の中に組み込むための例示的な転写可能ＤＮＡ分子としては、例えば、ＤＮＡ分子を組み込む種以外の種からのＤＮＡ分子もしくは遺伝子または、同じ種を起源とするかもしくはそれに存在しているが古典的な育種技術ではなく遺伝子操作法によってレシピエント細胞の中に組み込まれる遺伝子が挙げられる。

「導入遺伝子」とは、宿主細胞にとって少なくとも宿主細胞ゲノム内でのその場所に関して異種である転写可能ＤＮＡ分子、及び／または細胞の現在もしくはそれに先立つ任意の世代の宿主細胞のゲノムの中に人工的に組み込まれた転写可能ＤＮＡ分子を指す。

本発明の調節エレメント、例えば合成プロモーターは異種転写可能ＤＮＡ分子に機能可能に繋げられ得る。本明細書中で使用する場合、「異種」という用語は、２つ以上のＤＮＡ分子の組み合わせであって、天然には通常みられない場合のそのような組み合わせを指す。例えば、２つのＤＮＡ分子は異なる種に由来するものであってもよいし、及び／または２つのＤＮＡ分子は、異なる遺伝子、例えば同じ種からの異なる遺伝子、もしくは異なる種からの同じ遺伝子に由来するものであってもよいし、またはＤＮＡ分子の１つが天然にみられず合成されたものである場合もある。調節エレメントは、機能可能に繋げられた転写可能ＤＮＡ分子に関して、そのような組み合わせが天然には通常みられない場合、つまり転写可能ＤＮＡ分子が調節エレメントに機能可能に繋げられた状態で天然に存在しない場合に異種である。

転写可能ＤＮＡ分子は、総じて転写産物の発現が望まれる任意のＤＮＡ分子であり得る。転写産物のそのような発現は、結果として得られるｍＲＮＡ分子の翻訳、したがってタンパク質の発現をもたらし得る。あるいは、転写可能ＤＮＡ分子は例えば最終的に特定の遺伝子またはタンパク質の発現の減少を引き起こすように設計され得る。これは、一実施形態では、アンチセンス方向に配向した転写可能ＤＮＡ分子を使用することによって成し遂げられ得る。当業者であればそのようなアンチセンス技術を用いることを熟知している。いかなる遺伝子をこのように負に調節してもよく、一実施形態では、転写可能ＤＮＡ分子はｄｓＲＮＡ、ｓｉＲＮＡまたはｍｉＲＮＡ分子の発現によって特定遺伝子を抑制するように設計され得る。

したがって、本発明の一実施形態は、構築物を遺伝子導入植物細胞のゲノムの中に組み込んだ場合に所望のレベルまたは所望の様式で転写可能ＤＮＡ分子の転写を調節するように異種転写可能ＤＮＡ分子に機能可能に繋げられた本発明の調節エレメント、例えば配列番号１～３２及び配列番号４３～４５として示されるものを含む、組換えＤＮＡ分子である。一実施形態では、転写可能ＤＮＡ分子は遺伝子のタンパク質コード領域を含み、別の実施形態では、転写可能ＤＮＡ分子は遺伝子のアンチセンス領域を含む。

農業科学的関心対象の遺伝子
転写可能ＤＮＡ分子は農業科学的関心対象の遺伝子であり得る。本明細書中で使用する場合、「農業科学的関心対象の遺伝子」という用語は、特定植物の組織、細胞または細胞種に発現した場合に所望の特質を付与する転写可能ＤＮＡ分子を指す。農業科学的関心対象の遺伝子の産物は、植物内で植物の形態、生理、生育、発達、収量、穀粒組成、栄養プロファイル、病害もしくは虫害への抵抗性、及び／または環境もしくは化学的耐性に影響をもたらすべく作用し得るかまたは、植物を摂食する害虫の食餌において殺虫剤として作用し得る。本発明の一実施形態では、本発明の調節エレメントは、農業科学的関心対象である転写可能ＤＮＡ分子に調節エレメントが機能可能に繋げられるように構築物の中に組み込まれる。そのような構築物を含有する遺伝子導入植物において農業科学的関心対象の遺伝子の発現は、好都合な農業科学的形質を付与することができる。好都合な農業科学的形質としては、限定されないが例えば、除草剤耐性、昆虫防除、修正された収量、耐病性、病原体抵抗性、修正された植物生育及び発達、修正された澱粉含有量、修正された油含有量、修正された脂肪酸含有量、修正されたタンパク質含有量、修正された果実登熟性、強化された動物栄養及びヒト栄養、バイオポリマー産生、環境ストレス耐性、医薬ペプチド、改善されたプロセシング質、改善された風味、雑種種子産生実用性、改善された繊維質産生、及び望ましいバイオ燃料産生が挙げられ得る。

当技術分野で知られている農業科学的関心対象の遺伝子の例としては、限定されないが、除草剤耐性に関するもの（米国特許第６，８０３，５０１号、第６，４４８，４７６号、第６，２４８，８７６号、第６，２２５，１１４号、第６，１０７，５４９号、第５，８６６，７７５号、第５，８０４，４２５号、第５，６３３，４３５号及び第５，４６３，１７５号）、増加した収量（米国特許第ＵＳＲＥ３８，４４６号、第６，７１６，４７４号、第６，６６３，９０６号、第６，４７６，２９５号、第６，４４１，２７７号、第６，４２３，８２８号、第６，３９９，３３０号、第６，３７２，２１１号、第６，２３５，９７１号、第６，２２２，０９８号及び第５，７１６，８３７号）、昆虫防除（米国特許第６，８０９，０７８号、第６，７１３，０６３号、第６，６８６，４５２号、第６，６５７，０４６号、第６，６４５，４９７号、第６，６４２，０３０号、第６，６３９，０５４号、第６，６２０，９８８号、第６，５９３，２９３号、第６，５５５，６５５号、第６，５３８，１０９号、第６，５３７，７５６号、第６，５２１，４４２号、第６，５０１，００９号、第６，４６８，５２３号、第６，３２６，３５１号、第６，３１３，３７８号、第６，２８４，９４９号、第６，２８１，０１６号、第６，２４８，５３６号、第６，２４２，２４１号、第６，２２１，６４９号、第６，１７７，６１５号、第６，１５６，５７３号、第６，１５３，８１４号、第６，１１０，４６４号、第６，０９３，６９５号、第６，０６３，７５６号、第６，０６３，５９７号、第６，０２３，０１３号、第５，９５９，０９１号、第５，９４２，６６４号、第５，９４２，６５８号、第５，８８０，２７５号、第５，７６３，２４５号及び第５，７６３，２４１号）、真菌病抵抗性（米国特許第６，６５３，２８０号、第６，５７３，３６１号、第６，５０６，９６２号、第６，３１６，４０７号、第６，２１５，０４８号、第５，５１６，６７１号、第５，７７３，６９６号、第６，１２１，４３６号、第６，３１６，４０７号及び第６，５０６，９６２号）、ウイルス抵抗性（米国特許第６，６１７，４９６号、第６，６０８，２４１号、第６，０１５，９４０号、第６，０１３，８６４号、第５，８５０，０２３号及び第５，３０４，７３０号）、線虫抵抗性（米国特許第６，２２８，９９２号）、細菌病抵抗性（米国特許第５，５１６，６７１号）、植物生育及び発達（米国特許第６，７２３，８９７号及び第６，５１８，４８８号）、澱粉産生（米国特許第６，５３８，１８１号、第６，５３８，１７９号、第６，５３８，１７８号、第５，７５０，８７６号、第６，４７６，２９５号）、修正された油産生（米国特許第６，４４４，８７６号、第６，４２６，４４７号及び第６，３８０，４６２号）、高い油産生量（米国特許第６，４９５，７３９号、第５，６０８，１４９号、第６，４８３，００８号及び第６，４７６，２９５号）、修正された脂肪酸含有量（米国特許第６，８２８，４７５号、第６，８２２，１４１号、第６，７７０，４６５号、第６，７０６，９５０号、第６，６６０，８４９号、第６，５９６，５３８号、第６，５８９，７６７号、第６，５３７，７５０号、第６，４８９，４６１号及び第６，４５９，０１８号）、高いタンパク質産生量（米国特許第６，３８０，４６６号）、果実登熟性（米国特許第５，５１２，４６６号）、強化された動物栄養及びヒト栄養（米国特許第６，７２３，８３７号、第６，６５３，５３０号、第６，５４１２，５９号、第５，９８５，６０５号及び第６，１７１，６４０号）、バイオポリマー（米国特許第ＵＳＲＥ３７，５４３号、第６，２２８，６２３号及び第５，９５８，７４５及び第６，９４６，５８８号）、環境ストレス耐性（米国特許第６，０７２，１０３号）、医薬ペプチド及び分泌性ペプチド（米国特許第６，８１２，３７９号、第６，７７４，２８３号、第６，１４０，０７５号及び第６，０８０，５６０号）、改善されたプロセシング形質（米国特許第６，４７６，２９５号）、改善された消化性（米国特許第６，５３１，６４８号）、低ラフィノース（米国特許第６，１６６，２９２号）、工業的酵素産生（米国特許第５，５４３，５７６号）、改善された風味（米国特許第６，０１１，１９９号）、窒素固定（米国特許第５，２２９，１１４号）、雑種種子産生（米国特許第５，６８９，０４１号）、繊維質産生（米国特許第６，５７６，８１８号、第６，２７１，４４３号、第５，９８１，８３４号及び第５，８６９，７２０号）、及びバイオ燃料産生（米国特許第５，９９８，７００）が挙げられる。

あるいは、農業科学的関心対象の遺伝子は、内在遺伝子の遺伝子発現の指向的調節を引き起こすＲＮＡ分子をコードすること、例えば、アンチセンス（例えば米国特許第５，１０７，０６５号参照）、抑制性ＲＮＡ（「ＲＮＡｉ」。例えば公開出願第Ｕ．Ｓ．２００６／０２００８７８号及び第Ｕ．Ｓ．２００８／００６６２０６号及び米国特許出願第１１／９７４，４６９号に記載されているようなｍｉＲＮＡ－、ｓｉＲＮＡ－、トランス作用性ｓｉＲＮＡ－及び位相ｓＲＮＡ－媒介性機序による遺伝子発現の調節を含む）または共抑制媒介性機序によって、上記の植物特質または表現型に影響を与えることができる。
ＲＮＡは、所望の内在ｍＲＮＡ産物を切断するように操作された触媒ＲＮＡ分子（例えばリボザイムまたはリボスイッチ。例えばＵ．Ｓ．２００６／０２００８７８参照）であってもよい。遺伝子抑制を引き起こすことができる分子に転写可能ＤＮＡ分子が転写されるように構築物を細胞内に構築及び導入する方法は当技術分野で知られている。

選択マーカー
選択マーカー導入遺伝子を本発明の調節エレメントと共に使用してもよい。本明細書中で使用する場合、「選択マーカー導入遺伝子」という用語は、遺伝子導入植物、組織もしくは細胞における発現またはその欠如が何らかの方法でスクリーニングまたはスコア化されることができる任意の転写可能ＤＮＡ分子を指す。本発明の実施に使用される選択マーカー遺伝子及びそれに関連する選択及びスクリーニング技術は当技術分野において既知であり、限定されないが例えば、β－グルクロニダーゼ（ＧＵＳ）、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、抗生物質耐性を付与するタンパク質、及び除草剤耐性を付与するタンパク質をコードする転写可能ＤＮＡ分子が挙げられる。選択マーカー導入遺伝子の一例は配列番号４２として提供される。

細胞形質転換
本発明はさらに、転写可能ＤＮＡ分子に機能可能に繋げられた１つ以上の調節エレメントを含む形質転換された細胞及び植物を生産する方法に関する。

「形質転換」という用語は、レシピエント宿主内へのＤＮＡ分子の導入を指す。本明細書中で使用する場合、「宿主」という用語は、細菌、真菌または植物の任意の細胞、組織、器官または子孫を含めた細菌、真菌または植物を指す。特定の関心対象の植物組織及び細胞には、プロトプラスト、カルス、根、塊茎、種子、茎、葉、苗、胚及び花粉が含まれる。

本明細書中で使用する場合、「形質転換された」という用語は、構築物などの外来ＤＮＡ分子が中に導入された細胞、組織、器官または生物を指す。導入されたＤＮＡ分子は、導入されたＤＮＡ分子が後の子孫に受け継がれるようにレシピエント細胞、組織、器官または生物のゲノムＤＮＡの中に組み込まれ得る。「遺伝子導入」または「形質転換された」細胞または生物には、細胞または生物の子孫ならびに、交配において親としてそのような遺伝子導入生物を採用する育種プログラムから生産され外来ＤＮＡ分子の存在の結果として生じる変化した表現型を呈する子孫も含まれ得る。導入されたＤＮＡ分子はまた、導入されたＤＮＡ分子が後の子孫に受け継がれないようにレシピエント細胞内に一過的に導入されたものであってもよい。「遺伝子導入」という用語は、１つ以上の異種ＤＮＡ分子を含有する細菌、真菌または植物を指す。

植物細胞内にＤＮＡ分子を導入するための、当業者によく知られている多くの方法が存在する。プロセスは一般に、好適な宿主細胞を選択するステップ、宿主細胞をベクターで形質転換するステップ、及び形質転換された宿主細胞を得るステップを含む。本発明の実施において植物構築物を植物ゲノム内に導入することによって植物細胞を形質転換するための方法及び材料には、よく知られ実証済みである任意の方法が含まれ得る。好適な方法としては、限定されないが、数ある中でも例えば、細菌感染（例えばＡｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、バイナリーＢＡＣベクター、（例えばＰＥＧ媒介性形質転換、乾燥／阻害媒介性ＤＮＡ取込み、電気穿孔、炭化ケイ素繊維による撹拌、及びＤＮＡ被覆粒子の加速による）ＤＮＡの直接送達、及び遺伝子編集（例えば、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓシステム）が挙げられる。

本開示は、当技術分野で知られている様々な遺伝子編集方法を用いることによって本開示の合成発現エレメントを植物内で操作することをさらに企図している。ゲノム編集のために用いられるそのような技術としては、限定されないが例えば、ＺＦＮ（亜鉛フィンガーヌクレアーゼ）、メガヌクレアーゼ、ＴＡＬＥＮ（転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ）及びＣＲＩＳＰＲ（規則的な間隔をもってクラスター化された短鎖反復回文配列）／Ｃａｓ（ＣＲＩＳＰＲ関連）システムが挙げられる。これらのゲノム編集方法を用いて植物細胞内で発現エレメント配列を異なる配列に変化させることができる。

宿主細胞は任意の細胞または生物、例えば、植物細胞、藻類細胞、藻類、真菌細胞、真菌、細菌細胞または昆虫細胞であり得る。具体的な実施形態では、宿主細胞及び形質転換細胞は作物植物からの細胞を含み得る。

遺伝子導入植物は後に本発明の遺伝子導入植物細胞から再生され得る。従来の育種技術または自家受粉を用いてこの遺伝子導入植物から種子が生産され得る。そのような種子及びそのような種子から生育した結果として得られる後代植物は、本発明の組換えＤＮＡ分子を含有することとなり、したがって遺伝子導入型となる。

本発明の遺伝子導入植物は、自家受粉して本発明の（組換えＤＮＡ分子に関してホモ接合体である）ホモ接合体遺伝子導入植物の種子を提供することができ、または、非遺伝子導入植物または異なる遺伝子導入植物と交配して本発明の（組換えＤＮＡ分子に関してヘテロ接合体である）ヘテロ接合体遺伝子導入植物の種子を提供することができる。そのようなホモ接合体及びヘテロ接合体遺伝子導入植物はどちらも本明細書では「後代植物」と呼ばれる。後代植物は、元の遺伝子導入植物の子孫であり本発明の組換えＤＮＡ分子を含有する遺伝子導入植物である。本発明の遺伝子導入植物を使用して生産された種子を採取して、本発明の構築物を含み農業科学的関心対象の遺伝子を発現する本発明の遺伝子導入植物の世代、すなわち後代植物を育てるために使用することができる。様々な作物に一般的に用いられる育種方法についての記載はいくつかの参考図書のうちの１つに見出すことができ、例えば、Ａｌｌａｒｄ，Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ｏｆ Ｐｌａｎｔ Ｂｒｅｅｄｉｎｇ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆Ｓｏｎｓ，ＮＹ，Ｕ．ｏｆ ＣＡ，Ｄａｖｉｓ，ＣＡ，５０－９８（１９６０）、Ｓｉｍｍｏｎｄｓ，Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ｏｆ Ｃｒｏｐ Ｉｍｐｒｏｖｅｍｅｎｔ，Ｌｏｎｇｍａｎ，Ｉｎｃ．，ＮＹ，３６９－３９９（１９７９）、Ｓｎｅｅｐ ａｎｄ Ｈｅｎｄｒｉｋｓｅｎ，Ｐｌａｎｔ ｂｒｅｅｄｉｎｇ Ｐｅｒｓｐｅｃｔｉｖｅｓ，Ｗａｇｅｎｉｎｇｅｎ（ｅｄ），Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ ａｎｄ Ｄｏｃｕｍｅｎｔａｔｉｏｎ（１９７９）、Ｆｅｈｒ，Ｓｏｙｂｅａｎｓ：Ｉｍｐｒｏｖｅｍｅｎｔ，Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ａｎｄ Ｕｓｅｓ，２ｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｍｏｎｏｇｒａｐｈ，１６：２４９（１９８７）、Ｆｅｈｒ，Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ｏｆ Ｖａｒｉｅｔｙ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ，Ｔｈｅｏｒｙ ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅ，（Ｖｏｌ．１）、及びＣｒｏｐ Ｓｐｅｃｉｅｓ Ｓｏｙｂｅａｎ（Ｖｏｌ．２），Ｉｏｗａ Ｓｔａｔｅ Ｕｎｉｖ．，Ｍａｃｍｉｌｌａｎ Ｐｕｂ．Ｃｏ．，ＮＹ，３６０－３７６（１９８７）を参照されたい。

形質転換植物は、関心対象の１つまたは複数の遺伝子の存在ならびに本発明の調節エレメントによって付与される発現レベル及び／またはプロファイルについて分析され得る。
当業者であれば、形質転換植物の分析に利用可能な多くの方法を認知している。例えば、植物分析方法としては、限定されないが、サザンブロットまたはノーザンブロット、ＰＣＲに基づく手法、生化学的分析、表現型スクリーニング法、圃場評価、及び免疫診断アッセイが挙げられる。転写可能ＤＮＡ分子の発現は、ＴａｑＭａｎ（登録商標）（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ）試薬、及び製造元が記載している方法、及びＴａｑＭａｎ（登録商標）Ｔｅｓｔｉｎｇ Ｍａｔｒｉｘを使用して決定されるＰＣＲサイクル時間を用いて測定することができる。あるいは、Ｉｎｖａｄｅｒ（登録商標）（Ｔｈｉｒｄ Ｗａｖｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）試薬及び製造元が記載している方法を用いて導入遺伝子発現を評価することができる。

本発明はさらに、本発明の植物の部分を提供する。植物部分には、限定されないが、葉、茎、根、塊茎、種子、胚乳、胚珠及び花粉が含まれる。本発明の植物部分は、生存能を有するもの、生存能を有しないもの、再生可能なもの、及び／または再生不可能なものであり得る。本発明はさらに、本発明のＤＮＡ分子を含む形質転換植物細胞を含む、及び提供する。本発明の形質転換または遺伝子導入植物細胞には、再生可能及び／または再生不可能な植物細胞が含まれる。

本発明はさらに、本発明の組換えＤＮＡ分子を含有する遺伝子導入植物またはその部分から生産される商品生産物を提供する。本発明の商品生産物は、配列番号１～３２及び配列番号４３～４５からなる群から選択されるＤＮＡ配列を含む検出可能な量のＤＮＡを含有する。本明細書中で使用する場合、「商品生産物」とは、本発明の組換えＤＮＡ分子を含有する遺伝子導入植物、種子、植物細胞または植物部分に由来する材料からなる任意の構成物または生産物を指す。商品生産物としては、限定されないが例えば、加工された種子、穀粒、植物部分及び粗挽き粉が挙げられる。本発明の商品生産物は、本発明の組換えＤＮＡ分子に対応する検出可能な量のＤＮＡを含有することになる。試料中のこのＤＮＡの１つ以上の検出を商品生産物の含有量または供給源の判定に用いてもよい。本明細書において開示される検出方法を含めてＤＮＡ分子の任意の標準的検出方法を用いてよい。

本発明は以下の実施例を参照することによってより容易に理解され得るが、これは例示として提供されているものであり、本発明を限定することは明記がない限り意図されない。以下の実施例に開示する技術が、本発明者らによって発見され本発明の実施において十分に機能する技術を表していることは、当業者であれば認識するはずである。しかしながら、本開示に鑑みて、開示されている具体的な実施形態に多くの変更を行ってなおも本発明の趣旨及び範囲から逸脱することなく同様の結果または類似した結果を得ることができることは、当業者であれば認識するはずであり、したがって、添付の図面に提示される、または示される全ての事柄は、例示的なものであり、限定する意味を有していない、と解釈されるべきである。

実施例１
合成調節エレメントの設計、合成及びクローニング
表１に示す調節エレメントは、アルゴリズム法によって設計された新規合成発現エレメントである。これらのコンピュータ設計された合成調節エレメントを化学合成及びクローニングして合成調節発現エレメント群（ＥＸＰ）を作った。１，０００個を優に上回る合成調節エレメントを設計し、ダイズプロトプラスト及び安定的に形質転換されたダイズ植物で試験して所望のタンパク質発現レベル及び発現様式などの特質を提供する合成調節エレメントを同定した。表１に記載の合成調節エレメントは、農業科学的関心対象の多様なコード配列及び干渉ＲＮＡの発現を促すのに有用な様々な様式の発現を提供する。

コンピュータ設計された合成調節エレメントは、天然に存在する何らかの既知の核酸配列との広範囲の相同性を有さない。合成ＥＸＰ及び対応するプロモーター、リーダー、イントロン及び３’ＵＴＲを表１に示す。当技術分野で知られている方法を用いて、β－グルクロニダーゼ（ＧＵＳ）コード配列に機能可能に繋げられたバイナリー植物形質転換ベクターに合成ＥＸＰをクローニングし、ベクターを使用して、安定的に形質転換されたダイズ、ワタ及びトウモロコシ植物において合成ＥＸＰによって提供される発現のレベル及び様式を評価した。

合成調節エレメントの転写開始部位（ＴＳＳ）及びイントロン／エクソンスプライスジャンクションの分析は形質転換植物組織を使用して実施することができる。手短に述べると、異種転写可能ＤＮＡ分子に機能可能に繋げられたクローンＤＮＡ断片を含む植物発現ベクターで植物を形質転換する。次に、ｃＤＮＡ端部の高速増幅のための５’ＲＡＣＥシステム、Ｖｅｒｓｉｏｎ ２．０（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ ９２００８）を使用して、生成したｍＲＮＡ転写産物のＤＮＡ配列を分析することによって合成調節エレメントのＴＳＳ及びイントロン／エクソンスプライスジャンクションを確認する。

実施例２
安定的に形質転換されたダイズ植物においてＧＵＳ発現を促す合成ＥＸＰであるＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ４４２．ｎｎｏ＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：３及びＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ２２１＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：３の分析
β－グルクロニダーゼ（ＧＵＳ）導入遺伝子の発現を促す調節エレメント群を含有するベクター、具体的には植物発現ベクターでダイズ植物を形質転換した。結果として得られた植物をＧＵＳタンパク質発現について分析して、選択された調節エレメント群が発現に対して及ぼす影響を評価した。

内在ＥＸＰであるＥＸＰ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ：１：１（配列番号３８）ならびに２つの合成ＥＸＰであるＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ４４２．ｎｎｏ＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：３（配列番号１）及びＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ２２１＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：３（配列番号３０）を含む植物ＧＵＳ発現構築物でダイズ植物を形質転換した。ＥＸＰ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ：１：１（配列番号３８）はＡｒａｂｉｄｏｐｓｉｓからのシトクロムｃ酸化酵素サブユニットＶＩａ遺伝子に由来するものであり、イントロンであるＩ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ－１：１：１（配列番号４１）の５’側に機能可能に繋げられたリーダーであるＬ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ－１：１：２（配列番号４０）の５’側に機能可能に繋げられたプロモーターであるＰ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ－１：１：２（配列番号３９）からなる。ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ４４２．ｎｎｏ＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：３（配列番号１）及びＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ２２１＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：３（配列番号３０）は各々、イントロンであるＩ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ：２（配列番号３３）の５’側に機能可能に繋げられた合成プロモーター及びリーダーを含んでいた。Ｉ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ：２（配列番号３３）の配列は、Ｉ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ－１：１：１の配列にはイントロンスプライス部位の後ろに２つのヌクレオチドが含まれているということを除けば、Ｉ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ－１：１：１（配列番号４１）の配列と同一である。どちらのＩ－Ａｔ．Ｃｙｃｏイントロンも同じスプライシングをする。

当技術分野で知られている標準的方法を用いて基本植物発現ベクターに調節エレメントをクローニングした。結果として得られた植物発現ベクターは、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｍｅｆａｃｉｅｎｓからの右側境界領域（Ｂ－ＡＧＲｔｕ．ｒｉｇｈｔ境界）と、抗生物質スペクチノマイシンに対する耐性を付与する形質転換植物細胞を選択するために使用する第１導入遺伝子選択カセットと、Ｇｏｓｓｙｐｉｕｍ ｂａｒｂａｄｅｎｓｅのＦｂＬａｔｅ－２遺伝子（Ｔ－Ｇｂ．ＦｂＬ２：１、配列番号３６）からの３’ＵＴＲの５’側に機能可能に繋げられたジャガイモ光誘導性組織特異的ＳＴ－ＬＳ１遺伝子（Ｇｅｎｂａｎｋ受託：Ｘ０４７５３）に由来するプロセシング可能なイントロンを含有するβ－グルクロニダーゼのコード配列（ＧＵＳ、ＧＯＩ－Ｅｃ．ｕｉｄＡ＋Ｓｔ．ＬＳ１：１：１、配列番号４２）の５’側に機能可能に繋げられたＥＸＰ配列を含むものである、調節エレメントの活性を評価するための第２導入遺伝子カセットと、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｍｅｆａｃｉｅｎｓからの左側境界領域（Ｂ－ＡＧＲｔｕ．ｌｅｆｔ境界）とを含有していた。

当技術分野でよく知られているようにこれらのバイナリー形質転換ベクター構築物を使用してＡｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ媒介形質転換によってダイズ植物細胞を形質転換した。結果として得られた形質転換植物細胞を誘導して完全なダイズ植物を形成させた。

形質転換植物の定性的及び定量的な発現分析のために組織化学的ＧＵＳ分析を用いた。
全組織切片をＧＵＳ染色溶液Ｘ－Ｇｌｕｃ（５－ブロモ－４－クロロ－３－インドリル－ｂ－グルクロニド）（１ミリグラム／ミリリットル）と共に適切な長さの時間にわたってインキュベートし、すすぎ、青色着色を目視検査した。選択された植物の器官及び組織を使用して直接的目視検査または顕微鏡下検査によってＧＵＳ活性を定性的に決定した。

ＧＵＳ発現の定量的分析のために、形質転換ダイズ植物の選択された組織から全タンパク質を抽出した。５０マイクロリットルの合計反応体積で発蛍光基質４－メチルウンベリフェリル－β－Ｄ－グルクロニド（ＭＵＧ）と共に全タンパク質を１マイクログラム使用した。反応生成物である４－メチルウンベリフェロン（４－ＭＵ）は、ヒドロキシル基がイオン化される高ｐＨにおいて蛍光が最大となる。炭酸ナトリウムの塩基性溶液の添加はアッセイを停止すると同時にｐＨを蛍光生成物の定量のために調整する。蛍光は、励起を３６５ｎｍとし発光を４４５ｎｍとしてＦｌｕｏｒｏｍａｘ－３を使用してＭｉｃｒｏｍａｘリーダーで、スリット幅を励起２ｎｍ及び発光３ｎｍに設定して測定した。値はｎｍｏｌ ＧＵＳ／時／全タンパク質ｍｇの単位で提供する。

Ｒ_０世代でのＧＵＳ発現のために以下の組織を試料採取した。Ｖ５段階の根、葉－シン
ク、及びソース－葉；Ｒ１段階の根、葉－葉柄、葉－ソース、及び花；Ｒ３段階の種子－未熟及び莢；Ｒ５段階の種子－子葉；ならびにＲ８段階の種子－胚、及び種子－子葉。表２は、試験ＥＸＰ調節エレメント群によって促される試料採取された各組織の平均定量的ＧＵＳ発現を示し、表中の「ＮＤ」は、特定組織における発現が決定されなかったことを示す。
表２．合成調節エレメント群及び内在ＥＸＰであるＥＸＰ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ：１：１によって促される安定的に形質転換されたダイズ植物における平均定量的ＧＵＳ発現。

表２から分かるように、試料採取された組織において合成調節エレメント群の各々は、内在ＥＸＰに比べて独特の発現様式を有する。例えば、ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ４４２．ｎｎｏ＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：３（配列番号１）の、合成Ａｔ．ＧＳＰ４４２プロモーターであるＰ－Ａｔ．ＧＳＰ４４２．ｎｎｏ：２（配列番号２）及びリーダーであるＬ－Ａｔ．ＧＳＰ４４２．ｎｎｏ：１（配列番号３）は、アッセイされた全ての器官において、同一のイントロン配列を含んでいる内在ＥＸＰ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ：１：１（配列番号３８）に比べてより高いレベルのＧＵＳ発現をもたらす。ＴＳＳの分析は、一貫したＴＳＳを実証した。結果として得られたｍＲＮＡではイントロンは予想どおり適切に取り除かれていた。
さらに、ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ２２１＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：３（配列番号３０）の、合成Ａｔ．ＧＳＰ２２１プロモーターであるＰ－Ａｔ．ＧＳＰ２２１：３（配列番号３１）及びリーダーであるＬ－Ａｔ．ＧＳＰ２２１：１（配列番号３２）も、アッセイされたほとんどの器官において内在ＥＸＰ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ：１：１に比べてより高いレベルの恒常的発現をもたらし、一貫したＴＳＳを実証する。しかしながら、ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ２２１＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：３のＴＳＳは予測した場所に位置していなかった－複数のＴＡＴＡエレメントが存在する可能性があった。これは、複数のコード配列を生じる可能性がある複数の転写産物についての潜在的懸念を生む。このことから、ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ２２１＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：３は、安定的に形質転換された双子葉植物において導入遺伝子発現を促すために使用されることが容認可能であるとはみなされなかった。これは、合成発現エレメントを設計する上での複雑さの１つを明示している。合成発現エレメントの開発及び同定において多くの合成エレメントをアッセイしたが、小さいサブセットのみが望ましい特質及び調節活性をもたらし、有効な合成転写調節エレメントを設計する上での複雑さが例証された。

表２から分かるように、ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ４４２．ｎｎｏ＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：３（配列番号１）の中に含まれている合成プロモーターであるＰ－Ａｔ．ＧＳＰ４４２．ｎｎｏ：２（配列番号２）及びＬ－Ａｔ．ＧＳＰ４４２．ｎｎｏ：１（配列番号３）は、安定的に形質転換されたダイズ植物において、機能可能に繋げられた導入遺伝子の恒常的な導入遺伝子発現を促すことができる。

実施例３
安定的に形質転換されたダイズ植物においてＧＵＳ発現を促す合成Ａｔ．ＧＳＰ５７１プロモーター及びリーダーならびに合成Ａｔ．ＧＳＩ２１及びＡｔ．ＧＳＩ１０２イントロンの分析
β－グルクロニダーゼ（ＧＵＳ）導入遺伝子の発現を促す調節エレメント群を含有するベクター、具体的には植物発現ベクターでダイズ植物を形質転換した。結果として得られた植物をＧＵＳタンパク質発現について分析して、選択された調節エレメント群が発現に対して及ぼす影響を評価した。

合成ＥＸＰであるＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１（配列番号４）、ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：２（配列番号７）、ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ２１．ｎｎｏ：１０（配列番号８）及びＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ１０２．ｎｎｏ：１（配列番号１０）を含む植物ＧＵＳ発現構築物でダイズ植物を形質転換した。合成ＥＸＰの各々は、合成Ａｔ．ＧＳＰ５７１プロモーター（配列番号５）及びリーダー（配列番号６）を含んでいた。ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：２は、内在ＡｒａｂｉｄｏｐｓｉｓイントロンであるＩ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ：２（配列番号３３）を含んでいた。ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ２１．ｎｎｏ：１０及びＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ１０２．ｎｎｏ：１はそれぞれ合成イントロンであるＩ－Ａｔ．ＧＳＩ２１．ｎｎｏ：２（配列番号９）及びＩ－Ａｔ．ＧＳＩ１０２．ｎｎｏ：１（配列番号１１）を含んでいた。バイナリー植物形質転換ベクターは、Ｍｅｄｉｃａｇｏ ｔｒｕｎｃａｔｕｌａのＳａｌｉ３遺伝子に由来する３’ＵＴＲであるＴ－Ｍｔ．Ｓａｌｉ３－２－１：２：１（配列番号３４）をＡｔ．ＧＳＰ５７１ＥＸＰベクターの各々が含んでいたことを除けば、実施例２に記載したものに類似していた。

定量的及び定性的ＧＵＳ発現分析を実施例２に記載されているように実施した。分析に使用した組織試料は実施例２に記載したものと同じであった。表３は、試験した合成ＥＸＰ調節エレメントによって促される試料採取された各組織の平均定量的ＧＵＳ発現を示し、表中の「ＮＤ」は、特定組織における発現が決定されなかったことを示す。

表３から分かるように、合成Ａｔ．ＧＳＰ５７１プロモーター及びリーダーは、アッセイされた全ての器官において恒常的発現をもたらす。発現は葉及び種子において最も高かった。ＴＳＳの分析は一貫したＴＳＳを実証した。イントロン配列を機能可能に繋げることによって多くの器官で発現が変化し、恒常的発現を「微調整」する手段がもたらされた。合成イントロンであるＩ－Ａｔ．ＧＳＩ２１．ｎｎｏ：２（配列番号９）及びＩ－Ａｔ．ＧＳＩ１０２．ｎｎｏ：１（配列番号１１）を機能可能に繋げた場合、発現の差が認められた。合成イントロンはいくつかの組織において発現を増強したが、増強のレベルは器官ごとに異なっていた。例えば、合成イントロンＩ－Ａｔ．ＧＳＩ２１．ｎｎｏ：２を使用したときのＲ３の莢における増強は、合成イントロンＩ－Ａｔ．ＧＳＩ１０２．ｎｎｏ：１を使用したときにみられた増強よりも強く、内在イントロンＩ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ：２では、ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１のときよりも強くなった。Ｒ１の葉柄では、３つの機能可能に繋げられたイントロンによって発現がごく僅かに増強された。Ｒ１の花では、Ｉ－Ａｔ．ＧＳＩ２１．ｎｎｏ：２及びＩ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ：２は発現を増強し、Ｉ－Ａｔ．ＧＳＩ２１．ｎｎｏ：２は高レベルの発現増強をもたらし、Ｉ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ：２は中レベルの増強をもたらした。興味深いことに、Ｉ－Ａｔ．ＧＳＩ１０２．ｎｎｏ：１はＲ１の花における発現を減少させた。

結果として得られたｍＲＮＡの分析から、イントロンエレメントの適切な一貫したプロセシングが示された。

ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１（配列番号４）の中に含まれている合成プロモーターであるＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ：５（配列番号５）及びリーダーＬ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ：１（配列番号６）は、安定的に形質転換されたダイズ植物において、機能可能に繋げられた導入遺伝子の恒常的発現をもたらす。ＡｒａｂｉｄｏｐｓｉｓイントロンＩ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ：２（配列番号３３）を含むＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：２（配列番号７）ならびに、合成イントロンＩ－Ａｔ．ＧＳＩ２１．ｎｎｏ：２（配列番号９）及びＩ－Ａｔ．ＧＳＩ１０２．ｎｎｏ：１（配列番号１１）をそれぞれ含むＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ２１．ｎｎｏ：１０（配列番号８）及びＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ１０２．ｎｎｏ：１（配列番号１０）は、合成ＥＸＰであるが、安定的に形質転換されたダイズ植物において独特の恒常的発現様式をもたらす。合成イントロンであるＩ－Ａｔ．ＧＳＩ２１．ｎｎｏ：２（配列番号９）及びＩ－Ａｔ．ＧＳＩ１０２．ｎｎｏ：１（配列番号１１）は、ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１（配列番号４）に機能可能に繋げられた場合、植物器官の多くにおいて増強または調節された発現をもたらす。これらの独特の発現様式を用いて、４つのＡｔ．ＧＳＰ５７１ＥＸＰのうちの１つが最も望ましい固有発現様式を有している特定の導入遺伝子を導くことができる。

実施例４
安定的に形質転換されたダイズ植物においてＧＵＳ発現を促す合成Ａｔ．ＧＳＰ５６４プロモーター及びリーダーならびに合成Ａｔ．ＧＳＩ１７及びＡｔ．ＧＳＩ１０２イントロンの分析
β－グルクロニダーゼ（ＧＵＳ）導入遺伝子の発現を促す調節エレメント群を含有するベクター、具体的には植物発現ベクターでダイズ植物を形質転換した。結果として得られた植物をＧＵＳタンパク質発現について分析して、選択された調節エレメント群が発現に対して及ぼす影響を評価した。

合成ＥＸＰであるＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５６４（配列番号１２）、ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５６４．ｎｎｏ＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：２（配列番号１５）、ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５６４．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ１７．ｎｎｏ：２（配列番号１６）及びＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５６４．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ１０２．ｎｎｏ：１（配列番号１８）を含む植物ＧＵＳ発現構築物でダイズ植物を形質転換した。合成ＥＸＰの各々は、合成Ｐ－Ａｔ．ＧＳＰ５６４．ｎｎｏ：３プロモーター（配列番号１３）及び合成Ｌ－Ａｔ．ＧＳＰ５６４．ｎｎｏ．１リーダー（配列番号１４）を含んでいた。ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５６４．ｎｎｏ＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：２は、ＡｒａｂｉｄｏｐｓｉｓイントロンであるＩ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ：２（配列番号３３）を含んでいた。ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５６４．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ１７．ｎｎｏ：２及びＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５６４．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ１０２．ｎｎｏ：１はそれぞれ合成イントロンであるＩ－Ａｔ．ＧＳＩ１７．ｎｎｏ：１（配列番号１７）及びＩ－Ａｔ．ＧＳＩ１０２．ｎｎｏ：１（配列番号１１）を含んでいた。バイナリー植物形質転換ベクターは、Ｍｅｄｉｃａｇｏ ｔｒｕｎｃａｔｕｌａからの想定上の酸化還元酵素（ＯＸＲ）タンパク質遺伝子に由来する３’ＵＴＲであるＴ－Ｍｔ．Ｏｘｒ－１：２：１（配列番号３５）をＡｔ．ＧＳＰ５６４ＥＸＰベクターの各々が含んでいたことを除けば、実施例２に記載したものに類似していた。

定量的及び定性的ＧＵＳ発現分析を実施例２に記載されているように実施した。分析に使用した組織試料は実施例２に記載したものと同じであった。表４は、試験した合成ＥＸＰ調節エレメントによって促される試料採取された各組織の平均定量的ＧＵＳ発現を示し、表中の「ＮＤ」は、特定組織における発現が決定されなかったことを示す。

表４から分かるように、合成Ａｔ．ＧＳＰ５６４プロモーター及びリーダーは、アッセイされた全ての器官において恒常的発現をもたらす。発現は葉及び種子において最も高かった。ＴＳＳの分析は一貫したＴＳＳを実証した。イントロン配列を機能可能に繋げることによって多くの器官で発現が変化し、恒常的発現を「微調整」する手段がもたらされた。合成イントロンであるＩ－Ａｔ．ＧＳＩ１７．ｎｎｏ：１（配列番号１７）及びＩ－Ａｔ．ＧＳＩ１０２．ｎｎｏ：１（配列番号１１）を機能可能に繋げた場合、発現の差が認められた。いくつかの組織において合成イントロンはＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５６４に比べて発現を増強したが、増強のレベルは器官ごとに異なっていた。例えば、合成イントロンＩ－Ａｔ．ＧＳＩ１０２．ｎｎｏ：１を使用したときのＶ５のソース葉における増強は、合成イントロンＩ－Ａｔ．ＧＳＩ１７．ｎｎｏ：１を使用したときにみられた増強よりも強くなった。Ｒ１の根では、合成イントロンＩ－Ａｔ．ＧＳＩ１７．ｎｎｏ：１を使用したときの増強が、合成イントロンＩ－Ａｔ．ＧＳＩ１０２．ｎｎｏ：１によって付与された増強よりも強くなった。どちらの合成イントロンも、内在イントロンであるＩ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ：２に比べてＲ１のソース葉における発現のより大きな増強をもたらした。

結果として得られたｍＲＮＡの分析から、イントロンエレメントの適切な一貫したプロセシングが示された。

ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５６４（配列番号１２）を構成する、合成Ａｔ．ＧＳＰ５６４プロモーターであるＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５６４．ｎｎｏ．３（配列番号１３）及びリーダーであるＬ－Ａｔ．ＧＳＰ５６４．ｎｎｏ：１（配列番号１４）は、安定的に形質転換されたダイズ植物において、機能可能に繋げられた導入遺伝子の恒常的発現をもたらす。ＡｒａｂｉｄｏｐｓｉｓイントロンＩ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ：２（配列番号３３）を含むＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５６４．ｎｎｏ＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：２（配列番号１５）ならびに、合成イントロンＩ－Ａｔ．ＧＳＩ１７．ｎｎｏ：１（配列番号１７）及びＩ－Ａｔ．ＧＳＩ１０２．ｎｎｏ：１（配列番号１１）をそれぞれ含むＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５６４．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ１７．ｎｎｏ：２（配列番号１６）及びＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５６４．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ１０２．ｎｎｏ：１（配列番号１８）は、合成ＥＸＰであるが、安定的に形質転換されたダイズ植物において独特の恒常的発現様式をもたらす。合成イントロンであるＩ－Ａｔ．ＧＳＩ１７．ｎｎｏ：１（配列番号１７）及びＩ－Ａｔ．ＧＳＩ１０２．ｎｎｏ：１（配列番号１１）は、ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５６４（配列番号１２）に機能可能に繋げられた場合、植物器官の多くにおいて増強または調節された発現をもたらす。これらの独特の発現様式を用いて、４つのＡｔ．ＧＳ５６４ＥＸＰのうちの１つが最も望ましい固有発現様式を有している特定の導入遺伝子を導くことができる。

実施例５
安定的に形質転換されたダイズ植物においてＧＵＳ発現を促す合成ＥＸＰであるＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７９．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ１０２．ｎｎｏ：３の分析
β－グルクロニダーゼ（ＧＵＳ）導入遺伝子の発現を促す合成調節エレメント群を含有するベクター、具体的には植物発現ベクターでダイズ植物を形質転換した。結果として得られた植物をＧＵＳタンパク質発現について分析して、選択された合成調節エレメント群が発現に対して及ぼす影響を評価した。

合成ＥＸＰであるＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７９．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ１０２．ｎｎｏ：３（配列番号２２）を含む植物ＧＵＳ発現構築物でダイズ植物を形質転換した。ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７９．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ１０２．ｎｎｏ：３は、合成イントロンであるＩ－Ａｔ．ＧＳＩ１０２．ｎｎｏ：１（配列番号１１）の５’側に機能可能に繋げられたＡｔ．ＧＳＰプロモーター及びリーダー（それぞれ配列番号２０及び２１）からなるＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７９（配列番号１９）を含む。ＧＵＳ導入遺伝子カセットはさらに、Ｍｅｄｉｃａｇｏ ｔｒｕｎｃａｔｕｌａからの脱水応答タンパク質ＲＤ２２遺伝子に由来する３’ＵＴＲ配列であるＴ－Ｍｔ．ＲＤ２２－１：２：１（配列番号３７）も含む。

定量的及び定性的ＧＵＳ発現分析を実施例２に記載されているように実施した。分析に使用した組織試料は実施例２に記載したものと同じであった。表５は、合成ＥＸＰであるＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７９．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ１０２．ｎｎｏ：３によって促される試料採取された各組織の平均定量的ＧＵＳ発現を示し、表中の「ＮＤ」は、特定組織における発現が決定されなかったことを示す。
表５．ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７９．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ１０２．ｎｎｏ：３によって促される安定的に形質転換されたダイズ植物における平均定量的ＧＵＳ発現。

表５から分かるように、ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７９．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ１０２．ｎｎｏ：３（配列番号２２）は、安定的に形質転換されたダイズ植物において恒常的発現をもたらす。ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７９（配列番号１９）の中に含まれている合成プロモーターＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７９．ｎｎｏ：２（配列番号２０）及びリーダーＬ－Ａｔ．ＧＳＰ５７９．ｎｎｏ：１（配列番号２１）は、機能可能に繋げられた導入遺伝子の恒常的発現を促す。合成イントロンであるＩ－Ａｔ．ＧＳＩ１０２．ｎｎｏ：１（配列番号１１）が他の恒常的合成プロモーターに機能可能に繋げられていた先の実施例からは、試料採取された器官の少なくともいくつかにおいてＩ－Ａｔ．ＧＳＩ１０２．ｎｎｏ：１が、ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７９によって付与される恒常的発現を増強または調節した、と推察することができる。

実施例６
安定的に形質転換されたワタ植物においてＧＵＳ発現を促す合成ＥＸＰであるＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：２の分析
β－グルクロニダーゼ（ＧＵＳ）導入遺伝子の発現を促す合成調節エレメント群を含有するベクター、具体的には植物発現ベクターでワタ植物を形質転換した。結果として得られた植物をＧＵＳタンパク質発現について分析して、合成調節エレメント群が発現に対して及ぼす影響を評価した。

実施例３に記載したものに類似する、合成ＥＸＰであるＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：２（配列番号７）を含む植物バイナリーベクターを使用してワタ植物を安定的に形質転換した。ＧＵＳ導入遺伝子カセットは、Ｇｏｓｓｙｐｉｕｍ ｂａｒｂａｄｅｎｓｅのＦｂＬａｔｅ－２遺伝子（Ｔ－Ｇｂ．ＦｂＬ２：１、配列番号３６）からの３’ＵＴＲの５’側に機能可能に繋げられたジャガイモ光誘導性組織特異的ＳＴ－ＬＳ１遺伝子（Ｇｅｎｂａｎｋ受託：Ｘ０４７５３）に由来するプロセシング可能なイントロンを含有するβ－グルクロニダーゼ（ＧＵＳ、ＧＯＩ－Ｅｃ．ｕｉｄＡ＋Ｓｔ．ＬＳ１：１：１、配列番号４２）のコード配列の５’側に機能可能に繋げられたＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：２を含んでいた。結果として得られた形質転換ワタ事象を生育させ、第４節目の葉；第８節目の葉柄、シンク葉及びソース葉；受粉前の蕾の苞葉及び蕾；開花期の葯及び花の胚珠；ならびに受粉後日数（ＤＡＰ）８日目の莢壁に由来する組織試料を試料採取し、定性的及び定量的ＧＵＳ発現についてアッセイした。

表６は、合成ＥＸＰであるＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：２によって促される試料採取された各組織の平均定量的ＧＵＳ発現を示す。
表６．ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：２によって促される安定的に形質転換されたワタ植物における平均定量的ＧＵＳ発現。

表６から分かるように、ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：２は、試料採取された全ての組織において発現した。発現は第４節目の葉において最も高く、開花期の葯において最も低かった。第８節目のシンク及びソースの葉における発現は相対的に同じであり、第４節目の葉における発現の約半分であった。発現は莢壁においても高かった。表６は、プロモーターであるＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ：５（配列番号５）も、安定的に形質転換されたワタ植物における恒常的発現を促すことができるということを実証している。ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：２の中のイントロンであるＩ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ：２（配列番号３３）は、実施例３に示したように、安定的に形質転換されたダイズ植物においてＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ：５プロモーターの発現を増強した。

実施例７
安定的に形質転換されたダイズ植物においてＧＵＳ発現を促す合成キメラプロモーターＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１／４４２の分析
β－グルクロニダーゼ（ＧＵＳ）導入遺伝子の発現を促す調節エレメント群を含有するベクター、具体的には植物発現ベクターでダイズ植物を形質転換した。結果として得られた植物をＧＵＳタンパク質発現について分析して、選択された合成調節エレメント群が発現に対して及ぼす影響を評価した。

イントロンであるＩ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ：２（配列番号３３）の５’側に機能可能に繋げられたリーダーであるＬ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ－１：１：２（配列番号４０）の５’側に機能可能に繋げられた合成プロモーターＰ－Ａｔ．ＧＳＰ４４２．ｎｎｏ：２（配列番号２）の５’側に機能可能に繋げられかつ合成リーダーであるＬ－Ａｔ．ＧＳＰ４４２．ｎｎｏ：１（配列番号３）の５’側に機能可能に繋げられた合成プロモーターＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ：５（配列番号５）に由来する合成エンハンサーＥ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ：１（配列番号２４）を含む合成キメラプロモーターＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１／４４２（配列番号２５）からなる合成ＥＸＰであるＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＰ４４２．ｎｎｏ＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：１（配列番号２３）を含む植物バイナリーベクターでダイズ植物を形質転換した。ＧＵＳ導入遺伝子カセットは、合成３’ＵＴＲであるＴ－Ｚｍ．ＧＳＴ５９．ｎｎｏ：１（配列番号２９）の５’側に機能可能に繋げられたジャガイモ光誘導性組織特異的ＳＴ－ＬＳ１遺伝子（Ｇｅｎｂａｎｋ受託：Ｘ０４７５３）に由来するプロセシング可能なイントロンを含有するβ－グルクロニダーゼ（ＧＵＳ、ＧＯＩ－Ｅｃ．ｕｉｄＡ＋Ｓｔ．ＬＳ１：１：１、配列番号４２）のコード配列の５’側に機能可能に繋げられたＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＰ４４２．ｎｎｏ＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：１を含んでいた。

キメラプロモーターの活性を比較するために使用する植物バイナリーベクターも構築した。ベクターは、ＥＸＰであるＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ４４２＋Ｌ－Ｉ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ（配列番号４３）を含むものであったが、これは、イントロンであるＩ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ：２（配列番号３３）の５’側に機能可能に繋げられたリーダーであるＬ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ－１：１：２（配列番号４０）の５’側に機能可能に繋げられた合成リーダーであるＬ－Ａｔ．ＧＳＰ４４２．ｎｎｏ：１（配列番号３）の５’側に機能可能に繋げられた合成プロモーターであるＰ－Ａｔ．ＧＳＰ４４２．ｎｎｏ：２（配列番号２）からなる。バイナリーベクターは、ＧＵＳコード配列の３’側に機能可能に繋げられた合成３’ＵＴＲであるＴ－Ｚｍ．ＧＳＴ５９．ｎｎｏ：１（配列番号２９）を各ＧＵＳ導入遺伝子カセットが有していることを除けば、実施例２～６に記載したものに類似している。

ダイズ植物を２つのバイナリーベクターで形質転換した。選択された器官の組織試料を特定の発達段階で採取し、定性的及び定量的ＧＵＳ発現についてアッセイした。表７は、合成ＥＸＰであるＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＰ４４２．ｎｎｏ＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：１及びＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ４４２＋Ｌ－Ｉ－Ａｔ．Ｃｙｃｏによって促される試料採取された各組織の平均定量的ＧＵＳ発現を示す。
表７．ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＰ４４２．ｎｎｏ＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：１及びＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ４４２＋Ｌ－Ｉ－Ａｔ．Ｃｙｃｏによって促される安定的に形質転換されたダイズ植物における平均定量的ＧＵＳ発現。

表７から分かるように、合成エンハンサーＥ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ：１の追加は、試料採取された組織の多くにおいて発現を増強した。どちらのＥＸＰも、安定的に形質転換されたダイズ植物において恒常的発現をもたらした。合成３’ＵＴＲであるＴ－Ｚｍ．ＧＳＴ５９．ｎｎｏ：１は、転写産物の適切な終結及びポリアデニル化をもたらす際、天然３’ＵＴＲと同じような機能をした。

実施例８
安定的に形質転換されたワタ植物においてＧＵＳ発現を促す合成キメラプロモーターＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１／４４２の分析
β－グルクロニダーゼ（ＧＵＳ）導入遺伝子の発現を促す合成調節エレメント群を含有するベクター、具体的には植物発現ベクターでワタ植物を形質転換した。結果として得られた植物をＧＵＳタンパク質発現について分析して、選択された合成調節エレメント群が発現に対して及ぼす影響を評価した。

イントロンであるＩ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ：２（配列番号３３）の５’側に機能可能に繋げられたリーダーであるＬ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ－１：１：２（配列番号４０）の５’側に機能可能に繋げられた合成リーダーであるＬ－Ａｔ．ＧＳＰ４４２．ｎｎｏ：１（配列番号３）の５’側に機能可能に繋げられた合成プロモーターＰ－Ａｔ．ＧＳＰ４４２．ｎｎｏ：２（配列番号２）５’側に機能可能に繋げられた合成プロモーターＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ：５（配列番号５）に由来する合成エンハンサーＥ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ：１（配列番号２４）を含む合成キメラプロモーターＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１／４４２（配列番号２５）からなる合成ＥＸＰであるＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＰ４４２．ｎｎｏ＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：１（配列番号２３）を含む植物バイナリーベクターでワタ植物を形質転換した。ＧＵＳ導入遺伝子カセットは、合成３’ＵＴＲであるＴ－Ｚｍ．ＧＳＴ５９．ｎｎｏ：１（配列番号２９）の５’側に機能可能に繋げられたジャガイモ光誘導性組織特異的ＳＴ－ＬＳ１遺伝子（Ｇｅｎｂａｎｋ受託：Ｘ０４７５３）に由来するプロセシング可能なイントロンを含有するβ－グルクロニダーゼ（ＧＵＳ、ＧＯＩ－Ｅｃ．ｕｉｄＡ＋Ｓｔ．ＬＳ１：１：１、配列番号４２）のコード配列の５’側に機能可能に繋げられたＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＰ４４２．ｎｎｏ＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：１を含んでいた。結果として得られた形質転換ワタ事象を生育させ、第４節目の葉；第８節目の葉柄、シンク葉及びソース葉；受粉前の蕾の苞葉及び蕾；開花期の葯及び花の胚珠；ならびに受粉後日数（ＤＡＰ）８日目の莢壁に由来する組織試料を試料採取し、定性的及び定量的ＧＵＳ発現についてアッセイした。

表８は、合成ＥＸＰであるＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＰ４４２．ｎｎｏ＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：１によって促される試料採取された各組織の平均定量的ＧＵＳ発現を示し、表中の「ｂｄｌ」は検出限界未満を意味する。
表８．ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＰ４４２．ｎｎｏ＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：１によって促される安定的に形質転換されたワタ植物における平均定量的ＧＵＳ発現。

表８から分かるように、ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＰ４４２．ｎｎｏ＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：１（配列番号２３）は、試料採取された組織において恒常的ＧＵＳ発現を促すことができた。葉柄での発現は検出限界未満であると決定された。発現は第８節目のソース葉において最も高かった。発現は開花期の葯と花の胚珠とで相対的に等しかった。さらに、合成３’ＵＴＲであるＴ－Ｚｍ．ＧＳＴ５９．ｎｎｏ：１（配列番号２９）は、転写産物の適切な終結及びポリアデニル化をもたらす際、天然３’ＵＴＲと同じような機能をした。

実施例９
安定的に形質転換されたダイズ植物においてＧＵＳ発現を促す合成ＥＸＰであるＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７６．ｎｎｏ＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：１の分析
β－グルクロニダーゼ（ＧＵＳ）導入遺伝子の発現を促す合成調節エレメント群を含有するベクター、具体的には植物発現ベクターでダイズ植物を形質転換した。結果として得られた植物をＧＵＳタンパク質発現について分析して、選択された合成調節エレメント群が発現に対して及ぼす影響を評価した。

合成ＥＸＰであるＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７６．ｎｎｏ＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：１（配列番号４５）を含む植物バイナリーベクターでダイズ植物を形質転換した。ＧＵＳ導入遺伝子カセットはさらに、ＧＵＳコード配列の３’側に機能可能に繋げられた、Ｇｏｓｓｙｐｉｕｍ ｂａｒｂａｄｅｎｓｅのＦｂＬａｔｅ－２遺伝子（Ｔ－Ｇｂ．ＦｂＬ２：１、配列番号３６）からの３’ＵＴＲも含んでいた。結果として得られた形質転換ダイズ事象を生育させ、いくつかの発達段階からの選択された器官の組織試料を試料採取し、定性的及び定量的ＧＵＳ発現についてアッセイした。ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７６．ｎｎｏ＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：１によって促される安定的に形質転換されたダイズ植物におけるＧＵＳの発現を表９に示す。
表９．ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７６．ｎｎｏ＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：１によって促される安定的に形質転換されたダイズ植物における平均定量的ＧＵＳ発現。

表９から分かるように、ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７６．ｎｎｏ＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：１（配列番号４５）は、安定的に形質転換されたダイズ植物において恒常的発現をもたらした。合成プロモーターＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７６．ｎｎｏ：４（配列番号２７）及びリーダーＬ－Ａｔ．ＧＳＰ５７６．ｎｎｏ：２（配列番号２８）は、機能可能に繋げられた導入遺伝子の恒常的発現を促す。イントロンであるＩ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ：２（配列番号３３）が他の恒常的合成プロモーターに機能可能に繋げられていた先の実施例からは、試料採取された器官の少なくともいくつかにおいてＩ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ：２が、Ｐ－Ａｔ．ＧＳＰ５７６．ｎｎｏ：４によって付与される恒常的発現を増強または調節した、と推察することができる。

実施例１０
安定的に形質転換されたダイズ植物においてＧＵＳ発現を促す合成ＥＸＰであるＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７６．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ１７．ｎｎｏ：３の分析
β－グルクロニダーゼ（ＧＵＳ）導入遺伝子の発現を促す調節エレメント群を含有する
ベクター、具体的には植物発現ベクターでダイズ植物を形質転換した。結果として得られた植物をＧＵＳタンパク質発現について分析して、選択された調節エレメント群が発現に対して及ぼす影響を評価した。

合成ＥＸＰであるＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７６．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ１７．ｎｎｏ：３（配列番号２６）か、ＥＸＰであるＥＸＰ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ：１：１（配列番号３８）かのどちらかを含む植物バイナリーベクターでダイズ植物を形質転換する。ＧＵＳ導入遺伝子カセットはさらに、ＧＵＳコード配列の３’側に機能可能に繋げられた、Ｇｏｓｓｙｐｉｕｍ ｂａｒｂａｄｅｎｓｅのＦｂＬａｔｅ－２遺伝子（Ｔ－Ｇｂ．ＦｂＬ２：１、配列番号３６）からの３’ＵＴＲを含む。結果として得られた形質転換ダイズ事象を生育させ、いくつかの発達段階からの選択された器官の組織試料を試料採取し、定性的及び定量的ＧＵＳ発現についてアッセイした。ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７６．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ１７．ｎｎｏ：３によって促される安定的に形質転換されたダイズ植物におけるＧＵＳの発現を、ＥＸＰ－Ａｔ．Ｃｙｃｏ：１：１によって促される発現と比較する。ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７６．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ１７．ｎｎｏ：３によって促される安定的に形質転換されたダイズ植物におけるＧＵＳの発現は、機能可能に繋げられた導入遺伝子の恒常的発現を促す合成プロモーターＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７６．ｎｎｏ：４（配列番号２７）及びリーダーＬ－Ａｔ．ＧＳＰ５７６．ｎｎｏ：２（配列番号２８）の能力を実証する。

実施例９及び１１で実証されたように、合成プロモーターＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７６．ｎｎｏ：４（配列番号２７）及びリーダーＬ－Ａｔ．ＧＳＰ５７６．ｎｎｏ：２（配列番号２８）は、機能可能に繋げられた導入遺伝子の恒常的発現を促す。実施例４で実証されたように、合成イントロンであるＩ－Ａｔ．ＧＳＩ１７．ｎｎｏ：１（配列番号１７）は、ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５６４（配列番号１２）に機能可能に繋げられた場合、植物器官の多くにおいて導入遺伝子発現を増強または調節した。同様に、合成プロモーターＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７６．ｎｎｏ：４及びリーダーＬ－Ａｔ．ＧＳＰ５７６．ｎｎｏ：２の発現は同じように増強または調節されると合理的に予測することができる。

実施例１１
安定的に形質転換されたワタ植物においてＧＵＳ発現を促す合成ＥＸＰであるＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７６．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ１７．ｎｎｏ：３の分析
β－グルクロニダーゼ（ＧＵＳ）導入遺伝子の発現を促す合成調節エレメント群を含有するベクター、具体的には植物発現ベクターでワタ植物を形質転換した。結果として得られた植物をＧＵＳタンパク質発現について分析して、選択された合成調節エレメント群が発現に対して及ぼす影響を評価した。

合成ＥＸＰであるＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７６．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ１７．ｎｎｏ：３（配列番号２６）を含むバイナリーベクターでワタ植物を、先に実施例１０で記載したように形質転換した。ＧＵＳ導入遺伝子カセットはさらに、ＧＵＳコード配列の３’側に機能可能に繋げられた、Ｇｏｓｓｙｐｉｕｍ ｂａｒｂａｄｅｎｓｅのＦｂＬａｔｅ－２遺伝子（Ｔ－Ｇｂ．ＦｂＬ２：１、配列番号３６）からの３’ＵＴＲも含んでいた。結果として得られた形質転換ワタ事象を生育させ、第４節目の葉；第８節目の葉柄、シンク葉及びソース葉；受粉前の蕾の苞葉及び蕾；開花期の葯及び花の胚珠；ならびに受粉後日数（ＤＡＰ）８日目の莢壁に由来する組織試料を試料採取し、定性的及び定量的ＧＵＳ発現についてアッセイした。

表１０は、合成ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７６．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ１７．ｎｎｏ：３によって促される試料採取された各組織における平均定量的ＧＵＳ発現を示す。
表１０．ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７６．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ１７．ｎｎｏ：３によって促される安定的に形質転換されたワタ植物における平均定量的ＧＵＳ発現。

表１０から分かるように、ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７６．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ１７．ｎｎｏ：３（配列番号２６）は、安定的に形質転換されたワタ植物においてＧＵＳ導入遺伝子の恒常的発現を促した。発現は、第４節目の葉、第８節目のソース葉、及び８ＤＡＰの莢壁において最も高かった。合成プロモーターＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７６．ｎｎｏ：４（配列番号２７）及びリーダーＬ－Ａｔ．ＧＳＰ５７６．ｎｎｏ：２（配列番号２８）は、安定的に形質転換されたワタ植物において、機能可能に繋げられた導入遺伝子の恒常的発現を促すことができる。実施例４で実証されたとおり、合成イントロンであるＩ－Ａｔ．ＧＳＩ１７．ｎｎｏ：１（配列番号１７）は、ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５６４（配列番号１２）に機能可能に繋げられた場合、植物器官の多くにおいて導入遺伝子発現を増強または調節した。同様に、安定的に形質転換されたワタ植物において合成プロモーターＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７６．ｎｎｏ：４及びリーダーＬ－Ａｔ．ＧＳＰ５７６．ｎｎｏ：２の発現は同じように増強または調節されると合理的に予測することができる。

実施例１２
調節エレメントに由来するエンハンサーエレメント
エンハンサーは、配列番号２、５、１３、２０、２５、２７、３１及び３９として示されるプロモーターエレメントから得られる。エンハンサーエレメントは、プロモーターエレメントの５’側もしくは３’側に機能可能に繋げられているかまたはプロモーターに機能可能に繋げられた追加のエンハンサーエレメントの５’側もしくは３’側に機能可能に繋げられている場合に転写可能ＤＮＡ分子の発現レベルを増強または調節することができる、あるいは転写可能ＤＮＡ分子の発現を特定の細胞種もしくは植物器官または発達もしくは概日リズムの特定の時点でもたらすことができる、１つ以上のシス調節エレメントからなり得る。エンハンサーは、配列番号２、５、１３、２０、２５、２７、３１及び３９またはそれらの断片として示されるプロモーターからの転写を開始させるプロモーターから、ＴＡＴＡボックスまたは機能的に類似したエレメント、及び任意の下流配列を除去することによって作られる。例えば、合成エンハンサー、Ｅ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ：１（配列番号２４）は、合成プロモーターであるＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ：５（配列番号５）から得られたものであり、やはり合成プロモーターのＴＡＴＡボックスを含有する３’下流配列を排除してＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ：５のヌクレオチド１～４２２からなる。

エンハンサーエレメントのさらなる精製が必要とされることがあり、それは経験的に立証される。加えて、キメラ調節エレメント群の中でのエンハンサーエレメントの他エレメントに関する位置も経験的に決定される、というのも、キメラ調節エレメント群の中の各エレメントの順序は各エレメントの相対位置に応じて様々な影響を与える可能性があるからである。いくつかのプロモーターエレメントは複数のＴＡＴＡボックスまたはＴＡＴＡボックス様エレメント及び潜在的に複数個ある転写開始部位を有するであろう。そういった状況下では、推定上のエンハンサーエレメントの中で潜在的な転写開始が起こるのを防ぐために、第１ＴＳＳがどこに位置しているかをまず特定してそれから第１ＴＳＳを使用してエンハンサーを設計し始めることが必要となり得る。

配列番号２、５、１３、２０、２５、２７、３１及び３９として示される合成プロモーターエレメントに由来するエンハンサーエレメントは、当技術分野で知られている方法を用いてクローニングされて、プロモーターエレメントの５’側もしくは３’側に機能可能に繋げられるかまたは、プロモーターに機能可能に繋げられた追加のエンハンサーエレメントの５’側もしくは３’側に機能可能に繋げられる。あるいは、エンハンサーエレメントは、当技術分野で知られている方法を用いてクローニングされてエンハンサーの２つ以上のコピーからなるより大きなエンハンサーエレメントを提供することができ、そして、当技術分野で知られている方法を用いてクローニングされてプロモーターエレメントの５’側もしくは３’側に機能可能に繋げられるかまたは、プロモーターに機能可能に繋げられた追加のエンハンサーエレメントの５’側もしくは３’側に機能可能に繋げられてキメラ転写調節エレメントを生成することができる。エンハンサーエレメントも、当技術分野で知られている方法を用いてクローニングされて属の異なる生物に由来するプロモーターエレメントの５’側に機能可能に繋げられるかまたは、同じか異なるかのどちらかの属の生物に由来するプロモーターに機能可能に繋げられた他属の生物に由来する追加のエンハンサーエレメントの５’側もしくは３’側に機能可能に繋げられることができ、その結果としてキメラ調節エレメントが得られる。ＧＵＳ発現植物形質転換ベクターは、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｍｅｆａｃｉｅｎｓからの右側境界領域（Ｂ－ＡＧＲｔｕ．ｒｉｇｈｔ境界）と、抗生物質スペクチノマイシンに対する耐性を付与する形質転換植物細胞を選択するために使用する第１導入遺伝子選択カセットと、３’終結領域に機能可能に繋げられたジャガイモ光誘導性組織特異的ＳＴ－ＬＳ１遺伝子（Ｇｅｎｂａｎｋ受託：Ｘ０４７５３）に由来するプロセシング可能なイントロンを含有するβ－グルクロニダーゼのコード配列（ＧＵＳ、ＧＯＩ－Ｅｃ．ｕｉｄＡ＋Ｓｔ．ＬＳ１：１：１、配列番号４２）に機能可能に繋げられた、プロモーターエレメントの５’側もしくは３’側に機能可能に繋げられているまたはリーダーエレメントの５’側に機能可能に繋げられたプロモーターに機能可能に繋げられた追加のエンハンサーエレメントの５’側もしくは３’側に機能可能に繋げられているエンハンサーエレメントからなる、エンハンサーエレメントを試験するための第２導入遺伝子カセットと、Ａ．ｔｕｍｅｆａｃｉｅｎｓからの左側境界領域（Ｂ－ＡＧＲｔｕ．ｌｅｆｔ境界）とを含有する植物発現ベクターが結果として得られる実施例２に記載されている構築物に類似して、当技術分野で知られている方法を用いて構築され得る。結果として得られるプラスミドは、実施例に記載の方法によってダイズ植物または他属の植物を形質転換するために使用される。あるいは、当技術分野で知られている方法を用いてダイズまたはその他の属の植物に由来するプロトプラスト細胞を形質転換して一過的アッセイを実施する。

１つ以上のエンハンサーを含む調節エレメントによって促されるＧＵＳ発現を安定的または一過的植物アッセイで評価して、エンハンサーエレメントが転写可能ＤＮＡ分子の発現に及ぼす影響を決定する。１つ以上のエンハンサーエレメントに対する改変または１つ以上のエンハンサーエレメントの重複は、経験的実験、及びその結果として各調節エレメント組成を用いて観察される遺伝子発現調節に基づいて実施され得る。結果として得られる調節またはキメラ調節エレメントにおける１つ以上のエンハンサーの相対位置の変化は、調節またはキメラ調節エレメントの転写活性または特異性に影響を与える可能性があり、経験的に決定されて、ダイズ植物または多属の植物の中での所望の導入遺伝子発現プロファイルのための最良のエンハンサーが同定される。

実施例１３
安定的に形質転換されたダイズ植物において合成３’ＵＴＲであるＴ－Ｚｍ．ＧＳＴ７．ｎｎｏ：２がＧＵＳ発現に対して与える影響の分析
β－グルクロニダーゼ（ＧＵＳ）導入遺伝子の発現を促す調節エレメント群を含有するベクター、具体的には植物発現ベクターでダイズ植物を形質転換した。結果として得られた植物をＧＵＳタンパク質発現について分析して、選択された調節エレメントが発現に対して及ぼす影響を評価した。

ＧＵＳ発現を促すＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１（配列番号４）を含む２つのバイナリーベクターでダイズ植物を形質転換した。ＧＵＳ導入遺伝子カセットはさらに、内在３’ＵＴＲ Ｔ－Ｍｔ．Ｓａｌｉ３－２－１：２：１（配列番号３４）か、合成３’ＵＴＲであるＴ－Ｚｍ．ＧＳＴ７．ｎｎｏ：２（配列番号４４）かのどちらかも含んでいた。２つの構築物で形質転換された、安定的に形質転換されたダイズ植物の器官において、ＧＵＳタンパク質発現を定量的に測定した。ＧＵＳの発現を構築物同士で比較した。以下の表１１は、合成３’ＵＴＲであるＴ－Ｚｍ．ＧＳＴ７．ｎｎｏ：２によって調節された平均ＧＵＳ発現を、内在３’ＵＴＲであるＴ－Ｍｔ．Ｓａｌｉ３－２－１：２：１と比較して示し、表中の「ｎｄ」は未決定を意味し、「ｂｄｌ」は検出限界未満を意味する。
表１１．安定的に形質転換されたダイズ植物における平均定量的ＧＵＳ発現。

表１１から分かるように、合成３’ＵＴＲであるＴ－Ｚｍ．ＧＳＴ７．ｎｎｏ：２は、アッセイした全ての組織において、３’ＵＴＲであるＴ－Ｍｔ．Ｓａｌｉ３－２－１：２：１に比べて発現を減弱させた。減弱の程度は、Ｒ１の根での１．５倍からＶ５シンク葉での７．４倍まで、組織ごとに変動した。安定的に形質転換された植物において発現を減弱させるための３’ＵＴＲの使用は非常に有用である。例えば、３’ＵＴＲを他の調節エレメント、例えば、プロモーター、リーダー及びイントロンと組み合わせて使用して導入遺伝子、特に、高発現が形質転換植物にとって有害な表現型逸脱影響を招く可能性がある導入遺伝子の発現を微調整することができる。結果として得られたＧＵＳ転写産物の分析から、合成３’ＵＴＲであるＴ－Ｚｍ．ＧＳＴ７．ｎｎｏ：２によって転写産物の適切な終結が付与されたことが確認された。合成３’ＵＴＲであるＴ－Ｚｍ．ＧＳＴ７．ｎｎｏ：２は、安定的に形質転換されたダイズ植物において発現を調節すること及び転写を適切に終結させることができる。

実施例１４
トウモロコシプロトプラスト細胞におけるＧＵＳ発現に関する合成３’ＵＴＲであるＴ－Ｚｍ．ＧＳＴ７．ｎｎｏ：２及びＴ－Ｚｍ．ＧＳＴ５９．ｎｎｏ：１の分析
β－グルクロニダーゼ（ＧＵＳ）導入遺伝子の発現を促す試験調節エレメントを含有するベクター、具体的には発現ベクターでトウモロコシ葉プロトプラストを形質転換した。
結果として得られた形質転換トウモロコシ葉プロトプラストをＧＵＳタンパク質発現について分析して、選択された調節エレメントが発現に対して及ぼす影響を評価した。

葉組織に由来するトウモロコシプロトプラストを、合成発現エレメントを含む発現ベクターで形質転換し、当技術分野で知られている発現エレメントと比較した。２つの発現ベクターを構築して合成３’ＵＴＲであるＴ－Ｚｍ．ＧＳＴ７．ｎｎｏ：２（配列番号４４）及びＴ－Ｚｍ．ＧＳＴ５９．ｎｎｏ：１（配列番号２９）の活性を評価し、２つの構築物発現ベクターも構築した。４つの構築物の各々は、ＧＵＳコード配列であるＧＯＩ－Ｅｃ．ｕｉｄＡ＋Ｓｔ．ＬＳ１：１：１（配列番号４２）の５’側に機能可能に繋げられたイントロンＩ－Ｚｍ．ＤｎａＫ：１（配列番号４７）の５’側に機能可能に繋げられた恒常的プロモーター及びリーダーであるＥＸＰ－ＣａＭＶ．３５Ｓ（配列番号４６）を含む導入遺伝子カセットを含んでいた。合成３’ＵＴＲを評価するために使用した発現ベクターは、ＧＵＳコード配列の３’側に機能可能に繋げられたＴ－Ｚｍ．ＧＳＴ７．ｎｎｏ：２かＴ－Ｚｍ．ＧＳＴ５９．ｎｎｏ：１かのどちらかを含んでいた。一方の対照ベクターは、ＧＵＳコード配列の３’側に機能可能に繋げられた３’ＵＴＲ Ｔ－Ｏｓ．ＬＴＰ：１（配列番号４８）を含んでいた。他方の対照ベクターは３’ＵＴＲを欠いていた。

プロトプラストの共形質転換及びデータの正規化に使用するプラスミドも、当技術分野で知られている方法を用いて構築した。それは、３’ＵＴＲであるＴ－Ｏｓ．ＬＴＰ：１（配列番号４８）の５’側に機能可能に繋げられたＮａｎｏＬｕｃ（登録商標）ルシフェラーゼ蛍光タンパク質（Ｐｒｏｍｅｇａ，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ５３７１１）Ｎｌｕｃ（配列番号４９）をコードするコード配列の５’側に機能可能に繋げられたＥＸＰ－ＣａＭＶ．３５Ｓ（配列番号４６）からなる導入遺伝子カセットを含んでいた。

当技術分野で知られているものに類似するＰＥＧに基づく形質転換方法を用いてトウモロコシ葉プロトプラストを形質転換した。プロトプラスト細胞は９６ウェル型で形質転換した。１２マイクログラムの試験ベクターＤＮＡまたは対照ベクターＤＮＡ、及び６マイクログラムのＮａｎｏＬｕｃ（登録商標）ベクターＤＮＡを使用して１ウェルあたり３．２×１０^５個のプロトプラストを形質転換した。形質転換後にプロトプラストを２５℃で暗所にて１６～２０時間インキュベートした。インキュベート後にプロトプラストを溶解させ、溶解物をルシフェラーゼ及びＧＵＳ発現の測定のために使用した。細胞を溶解させるためには、プレート内の細胞を遠心分離によってペレット化し、洗浄し、より小さい体積に再懸濁させ、ストリップウェルチューブに移した。チューブを再び遠心分離機に掛け、上清を吸引して、プロトプラスト細胞ペレットが後に残った。細胞ペレットをＱＢ緩衝液（１００ｍＭのＫＰＯ_４、ｐＨ７．８、１ｍＭのＥＤＴＡ、１％のＴｒｉｔｏｎ Ｘ－１００、１０％のグリセロール、１ｍＭのＤＴＴ）中に再懸濁させた。細胞をピペット操作で数回激しく混合することによって細胞を溶解させ、チューブを渦流撹拌し、チューブを氷上で５分間インキュベートしておいた。その後、溶解物を遠心分離して細胞残屑をペレット化した。その後、結果として得られた溶解物を清浄なプレートに移した。

ＱＢ緩衝液中のＮａｎｏ－Ｇｌｏ（登録商標）ルシフェラーゼアッセイ基質（Ｐｒｏｍｅｇａ，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ５３７１１）を使用してルシフェラーゼ活性を評価した。
手短に述べると、小さい体積の溶解物、ＱＢ緩衝液及びＮａｎｏ－Ｇｌｏ（登録商標）ルシフェラーゼアッセイ基質／ＱＢ溶液を白い９６ウェルプレート内で混ぜ合わせた。その後、ＰＨＥＲＡｓｔａｒ（登録商標）プレートリーダー（ＢＭＧ ＬＡＢＴＥＣＨ Ｉｎｃ．，Ｃａｒｙ，ＮＣ２７５１３）を使用して蛍光を測定した。

５０マイクロリットルの合計反応体積で発蛍光基質４－メチルウンベリフェリル－β－Ｄ－グルクロニド（ＭＵＧ）を使用してＧＵＳ活性を評価した。反応生成物である４－メチルウンベリフェロン（４－ＭＵ）は、ヒドロキシ基がイオン化される高ｐＨにおいて蛍光が最大となる。炭酸ナトリウムの塩基性溶液の添加はアッセイを停止すると同時にｐＨを蛍光生成物の定量のために調整する。溶解物のアリコートを、ＱＢ緩衝液中に溶解させたＭＵＧのアリコートと混合し、３７℃でインキュベートした。溶解物／ＭＵＧ反応混合物の小アリコートを取り出し、（１）「時間ゼロ分」としての、溶解物／ＭＵＧ反応系を混合した直後と、（２）２０分目と、（３）６０分目との３つの異なる時点で停止用緩衝液に添加した。励起を３５５ｎｍとし発光を４６０ｎｍとしてＰＨＥＲＡｓｔａｒ（登録商標）プレートリーダー（ＢＭＧ ＬＡＢＴＥＣＨ Ｉｎｃ．，Ｃａｒｙ，ＮＣ２７５１３）を使用して蛍光を測定した。

少なくとも２つのプレートを形質転換に使用し、各発現ベクターについてプレート１枚あたり４～８つの形質転換とした。プレート１枚につき各構築物を４～８ウェルで形質転換する。ＭＵＧアッセイのために各形質転換からアリコートを取り出し、「加水分解されたＭＵＧのｎＭ」をプレートでの標準曲線から導き出す。ＮａｎｏＬｕｃ（登録商標）読取り（ＮａｎｏＬｕｃ（登録商標）ＲＬＵ）のために各形質転換からさらにアリコートを取り出す。各発現ベクターについて、加水分解されたＭＵＧの平均ｎＭ／ＮａｎｏＬｕｃ（登録商標）ＲＬＵを、１００％に定めるＥＸＰ－ＣａＭＶ．３５Ｓ／Ｉ－Ｚｍ．ＤｎａＫ：１／Ｔ－Ｏｓ．ＬＴＰ：１発現ベクターに関して正規化する。表１２は、合成３’ＵＴＲ Ｔ－Ｚｍ．ＧＳＴ７．ｎｎｏ：２及びＴ－Ｚｍ．ＧＳＴ５９．ｎｎｏ：１ならびに対照を含む各発現ベクターについて形質転換に使用した全プレートの平均値の平均を示す。
表１２．各発現ベクターについての加水分解されたＭＵＧの平均ｎＭ値の平均／ＮａｎｏＬｕｃ（登録商標）ＲＬＵ。

表１２から分かるように、３’ＵＴＲを有さない発現ベクターはＴ－Ｏｓ．ＬＴＰ：１対照よりも低い発現を示した。Ｔ－Ｏｓ．ＬＴＰ：１対照と比較して、発現は合成３’ＵＴＲ Ｔ－Ｚｍ．ＧＳＴ７．ｎｎｏ：２及びＴ－Ｚｍ．ＧＳＴ５９．ｎｎｏ：１によって増強された。転写産物の分析から、合成３’ＵＴＲ Ｔ－Ｚｍ．ＧＳＴ７．ｎｎｏ：２及びＴ－Ｚｍ．ＧＳＴ５９．ｎｎｏ：１によって付与される適切な終結が実証された。合成３’ＵＴＲ Ｔ－Ｚｍ．ＧＳＴ７．ｎｎｏ：２及びＴ－Ｚｍ．ＧＳＴ５９．ｎｎｏ：１は、形質転換されたトウモロコシ葉プロトプラスト細胞において発現を調節し転写を適切に終結させることができる。

実施例１５
ワタ葉プロトプラストにおいてＧＵＳを促す調節エレメントの分析
β－グルクロニダーゼ（ＧＵＳ）導入遺伝子の発現を促す調節エレメント群を含有するベクター、具体的には発現ベクターでワタ葉プロトプラストを形質転換した。結果として得られた形質転換ワタ葉プロトプラストをＧＵＳタンパク質発現について分析して、選択された調節エレメント群が発現に対して及ぼす影響を評価した。

合成発現エレメントを含む発現ベクターで、葉組織に由来するワタプロトプラストを形質転換し、当技術分野で知られている発現エレメントと比較した。別個の実験を行って、ＥＸＰであるＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１（配列番号４）、ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ２１．ｎｎｏ：１０（配列番号８）、ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ１０２．ｎｎｏ：１（配列番号１０）、ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５６４．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ１７．ｎｎｏ：２（配列番号１６）及びＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７９．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ１０２．ｎｎｏ：３（配列番号２２）の活性を評価した。発現エレメントを発現ベクターにクローニングし、プロセシング可能なイントロンを含んでいるＧＵＳコード配列であるＧＯＩ－Ｅｃ．ｕｉｄＡ＋Ｓｔ．ＬＳ１：１：１（配列番号４２）に機能可能に繋げた。対照発現ベクターは、配置の異なる既知の発現エレメントを含んでいた。

当技術分野で知られている方法を用いて、共形質転換及びデータの正規化に使用するための２つのプラスミドも構築した。各プラスミドは、恒常的ＥＸＰ配列によって導かれる特異的ルシフェラーゼコード配列を含有していた。植物ベクターｐＦＬＵＣは、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｍｅｆａｃｉｅｎｓノパリン合成酵素遺伝子（Ｔ－ＡＧＲｔｕ．ｎｏｓ－１：１：１３、配列番号５５）からの３’ＵＴＲの５’側に機能可能に繋げられたホタル（Ｐｈｏｔｉｎｕｓ ｐｙｒａｌｉｓ）ルシフェラーゼコード配列（ＬＵＣＩＦＥＲＡＳＥ：１：３、配列番号５４）の５’側に機能可能に繋げられたイントロン（ＥＸＰ－ＣａＭＶ．３５Ｓ－ｅｎｈ＋Ｚｍ．ＤｎａＫ：１：１、配列番号５３）の５’側に機能可能に繋げられた恒常的プロモーターを有する導入遺伝子カセットを含んでいた。植物ベクターｐＲＬＵＣは、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｍｅｆａｃｉｅｎｓノパリン合成酵素遺伝子（Ｔ－ＡＧＲｔｕ．ｎｏｓ－１：１：１３、配列番号５５）からの３’ＵＴＲの５’側に機能可能に繋げられたウミシイタケ（Ｒｅｎｉｌｌａ ｒｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）ルシフェラーゼコード配列（ＣＲ－Ｒｅｎ．ｈＲｅｎｉｌｌａ Ｌｕｃｉｆｅ－０：０：１、配列番号５７）の５’側に機能可能に繋げられた恒常的ＥＸＰ配列（ＥＸＰ－ＣａＭＶ．３５Ｓ－ｅｎｈ－Ｌｈｃｂ１、配列番号５６）を有する導入遺伝子カセットを含んでいた。

当技術分野で知られているＰＥＧに基づく形質転換方法を用いてワタ葉プロトプラストを形質転換した。プロトプラスト細胞を、プラスミド、ｐＦＬＵＣ及びｐＲＬＵＣならびに等モル量のＥＸＰ発現ベクターで形質転換した。上記のとおりに形質転換された細胞の溶解調製物のアリコートを２つの異なる小ウェルトレイ内に配置することによってＧＵＳ及びルシフェラーゼの両方の測定を行った。１つのトレイをＧＵＳ測定のために使用し、もう１つのトレイは、デュアルルシフェラーゼレポーターアッセイシステム（Ｐｒｏｍｅｇａ Ｃｏｒｐ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ；例えばＰｒｏｍｅｇａ Ｎｏｔｅｓ Ｍａｇａｚｉｎｅ，Ｎｏ：５７，１９９６，ｐ．０２を参照）を使用してデュアルルシフェラーゼアッセイを実施するために使用した。試料測定は、実施例１４で示したのと類似する複数の形質転換に基づくものであった。平均ＧＵＳ／ＦＬＵＣ値は実施例１４の場合と同じように算出したが対照ＥＸＰベクターに対する正規化をしなかった。

ＥＸＰであるＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１（配列番号４）、ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ２１．ｎｎｏ：１０（配列番号８）及びＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ１０２．ｎｎｏ：１（配列番号１０）を、３’ＵＴＲであるＴ－Ｍｔ．Ｓａｌｉ３－２－１：２：１（配列番号３４）の５’側に機能可能に繋げられたＧＵＳコード配列（配列番号４２）の５’側に機能可能に繋げられた植物発現ベクターにクローニングした。ワタ葉プロトプラストにおける発現が乏しいことが知られているＥＸＰであるＥＸＰ－Ａｔ．Ｂｇｌｕ２１＋Ａｔ．Ｃｙｃｏ：２（配列番号５０）、及びワタ葉プロトプラストにおいて良好に発現することが知られているＥＸＰであるＥＸＰ－ＣａＭＶ．３５Ｓ－ｅｎｈ＋Ｐｈ．ＤｎａＫ：１：３（配列番号５１）によって２つの対照植物発現ベクターを構築した。対照ＥＸＰは同じＧＵＳ及び３’ＵＴＲ配列に機能可能に繋げた。さらに、ＧＵＳに機能可能に繋げられたＥＸＰであるＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１（配列番号４）を含むＧＵＳ導入遺伝子カセットを含んでいる植物発現ベクターは、合成３’ＵＴＲの活性を評価するために、合成３’ＵＴＲであるＴ－Ｚｍ．ＧＳＴ７．ｎｎｏ：２（配列番号４４）を含んでいた。複数の形質転換の平均ＧＵＳ／ＦＬＵＣ値を表１３に示す。
表１３．形質転換されたワタ葉プロトプラストからの平均ＧＵＳ／ＦＬＵＣ値

表１３から分かるように、ＥＸＰであるＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１（配列番号４）、ＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ２１．ｎｎｏ：２（配列番号８）及びＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７１．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ１０２．ｎｎｏ：１（配列番号１０）は、ワタ葉プロトプラスト細胞における発現を実証した。合成３’ＵＴＲであるＴ－Ｚｍ．ＧＳＴ７．ｎｎｏ：１０（配列番号４４）は、内在３’ＵＴＲであるＴ－Ｍｔ．Ｓａｌｉ３－２－１：２：１と同じように機能した。

ＥＸＰであるＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５６４．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ１７．ｎｎｏ：２（配列番号１６）を、内在３’ＵＴＲであるＴ－Ｍｔ．Ｏｘｒ－１：２：１（配列番号３５）の５’側に機能可能に繋げられたＧＵＳコード配列（配列番号４２）の５’側に機能可能に繋げられた植物発現ベクターにクローニングした。ワタ葉プロトプラストにおける発現が乏しいことが知られているＥＸＰであるＥＸＰ－Ｇｍ．Ｓｐｈａｓ１：１：１（配列番号５２）、及びワタ葉プロトプラストにおいて良好に発現することが知られているＥＸＰであるＥＸＰ－ＣａＭＶ．３５Ｓ－ｅｎｈ＋Ｐｈ．ＤｎａＫ：１：３（配列番号５１）によって２つの対照植物発現ベクターを構築した。対照ＥＸＰは同じＧＵＳ及び３’ＵＴＲ配列に機能可能に繋げた。複数の形質転換の平均ＧＵＳ／ＦＬＵＣ値を表１４に示す。
表１４．形質転換されたワタ葉プロトプラストからの平均ＧＵＳ／ＦＬＵＣ値

表１４から分かるように、合成ＥＸＰであるＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５６４．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ１７．ｎｎｏ：１（配列番号１６）は、ワタ葉細胞プロトプラストにおける発現を実証した。

ＥＸＰであるＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７９．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ１０２．ｎｎｏ：３（配列番号２２）を、内在３’ＵＴＲであるＴ－Ｍｔ．ＲＤ２２－１：２：１（配列番号３７）の５’側に機能可能に繋げられたＧＵＳコード配列（配列番号４２）の５’側に機能可能に繋げられた植物発現ベクターにクローニングした。ワタ葉プロトプラストにおける発現が乏しいことが知られているＥＸＰであるＥＸＰ－Ｇｍ．Ｓｐｈａｓ１：１：１（配列番号５２）、及びワタ葉プロトプラストにおいて良好に発現することが知られているＥＸＰであるＥＸＰ－ＣａＭＶ．３５Ｓ－ｅｎｈ＋Ｐｈ．ＤｎａＫ：１：３（配列番号５１）によって２つの対照植物発現ベクターを構築した。対照ＥＸＰは同じＧＵＳ及び３’ＵＴＲ配列に機能可能に繋げた。複数の形質転換の平均ＧＵＳ／ＦＬＵＣ値を表１５に示す。
表１５．形質転換されたワタ葉プロトプラストからの平均ＧＵＳ／ＦＬＵＣ値

表１５から分かるように、合成ＥＸＰであるＥＸＰ－Ａｔ．ＧＳＰ５７９．ｎｎｏ＋Ａｔ．ＧＳＩ１０２．ｎｎｏ：３（配列番号２２）は、ワタ葉細胞プロトプラストにおける発現を実証した。

本発明の原理を例説及び記載してきたが、当業者にとっては、そのような原理から逸脱することなく本発明の構成及び詳細を改変することができることが明らかであるはずである。本発明者らは、請求項の趣旨及び範囲に含まれるあらゆる改変形態の権利を主張する。本明細書中で引用される全ての刊行物及び公開特許は、これをもって参照により、個々の刊行物または特許出願を参照により組み込むことを具体的かつ個別に示す場合と同じ程度に組み込まれる。

Claims (18)

1. （ａ）配列番号２４、２５または２と少なくとも９０パーセントの配列同一性を有し、且つ、遺伝子調節活性を有する配列、ならびに
   （ｂ）配列番号２３、２４、２５、２及び３のいずれかを含む配列、
   からなる群から選択されるＤＮＡ配列を含み、且つ、遺伝子調節活性を有する組換えＤＮＡ分子。
2. 前記ＤＮＡ配列が異種転写可能ＤＮＡ分子に機能可能に繋げられている、請求項１に記載の組換えＤＮＡ分子。
3. 前記ＤＮＡ配列が配列番号２４、２５または２の前記ＤＮＡ配列との少なくとも９５パーセントの配列同一性を有する、請求項１に記載の組換えＤＮＡ分子。
4. 前記ＤＮＡ配列が配列番号２４、２５または２の前記ＤＮＡ配列との少なくとも９７パーセントの配列同一性を有する、請求項１に記載の組換えＤＮＡ分子。
5. 前記異種転写可能ＤＮＡ分子が農業科学的関心対象の遺伝子を含む、請求項２に記載の組換えＤＮＡ分子。
6. 農業科学的関心対象の前記遺伝子が植物の除草剤耐性を付与する、請求項５に記載の組換えＤＮＡ分子。
7. 農業科学的関心対象の前記遺伝子が植物の病虫害抵抗性を付与する、請求項５に記載の組換えＤＮＡ分子。
8. 請求項１に記載の組換えＤＮＡ分子を含む遺伝子導入植物細胞。
9. 前記ＤＮＡ配列が異種転写可能ＤＮＡ分子に機能可能に繋げられている、請求項８に記載の遺伝子導入植物細胞。
10. 前記遺伝子導入植物細胞が単子葉植物細胞である、請求項８に記載の遺伝子導入植物細胞。
11. 前記遺伝子導入植物細胞が双子葉植物細胞である、請求項８に記載の遺伝子導入植物細胞。
12. 請求項１に記載の組換えＤＮＡ分子を含む遺伝子導入植物またはその部分。
13. 請求項１２に記載の遺伝子導入植物の後代植物またはその部分であって、前記組換えＤＮＡ分子を含む、前記後代植物またはその部分。
14. 遺伝子導入種子であって、請求項１に記載の組換えＤＮＡ分子を含む、前記種子。
15. 商品生産物を製造する方法であって、請求項１２に記載の遺伝子導入植物またはその部分を得ること、及びそれから前記商品生産物を生産することを含む、前記方法。
16. 前記商品生産物がタンパク質濃縮物、タンパク質単離物、穀粒、澱粉、種子、粗挽き粉、細粉、バイオマスまたは種子油である、請求項１５に記載の方法。
17. 転写可能ＤＮＡ分子を発現させる方法であって、請求項１２に記載の遺伝子導入植物を得ること、及び前記植物を栽培することを含み、前記転写可能ＤＮＡが発現する、前記方法。
18. 前記ＤＮＡ配列が、配列番号２３のＤＮＡ配列と少なくとも９０パーセントの配列同一性を有し、且つ、配列番号２５と少なくとも９０パーセントの配列同一性を有する第一の部分、及び配列番号３と少なくとも１００パーセントの配列同一性を有する第二の部分を含む、請求項１に記載の組換えＤＮＡ分子。