JP7361694B2 - Dnaポリメラーゼ - Google Patents
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Description
図5は、PB、BstおよびUbts DNAポリメラーゼのアラインメントを示している。鍵となるAsp残基は、それぞれの場合で位置422にある。
好ましいプライマー、レポーター鎖および鋳型鎖は、実施例に記載されている通りである。
さらなる態様において、本発明は、本発明のDNAポリメラーゼを含む分子(例えば、融合タンパク質などのタンパク質)を提供する。
特に好ましい核酸分子は、配列番号13、14または15に記載のヌクレオチド配列を含むか、またはそれからなる。
本発明の核酸分子は、好ましくは「単離」または「精製」される。
本発明のDNAポリメラーゼは、遺伝的にコードされたアミノ酸を含むが、1つ以上の非遺伝的にコードされたアミノ酸を含むこともある。
本発明の組換え発現ベクターはまた、本発明の組換え分子で形質転換または形質導入された宿主細胞の選択を容易にする選択マーカー遺伝子を含むことができる。
別の態様では、本発明は、核酸増幅または配列決定反応における本発明のDNAポリメラーゼの使用を提供する。
別の態様では、本発明は、分子ビーコンアッセイまたは鎖置換アッセイ、例えば、本明細書に記載されるような、本発明のDNAポリメラーゼの使用を提供する。
本発明のDNAポリメラーゼは、point-of-care分子診断プラットフォームにおいて使用され得る。
本発明のDNAポリメラーゼは、全ゲノム増幅に使用することができる。
本発明のDNAポリメラーゼに関するここでの引用文献は、文脈から明確でない限り、活性断片を包含する。
本発明の使用および方法は、典型的にはin vitroで実施される。
全てのヌクレオチド配列は、本技術分野における慣例に沿って、本明細書中で5'から3'に引用される。
配列番号1
配列番号2
配列番号3
配列番号4
配列番号5
配列番号7
配列番号8
配列番号9
配列番号10
配列番号11
配列番号12
配列番号13
配列番号14
配列番号15
配列のクローニング
PBポリメラーゼI野生型(大断片)およびD422A突然変異体
Geobacillus stearothermophilus (Bst)およびUreibacillus thermosphaericus (Ubts, Genbank accession nr.WP#016837139)由来のポリメラーゼI大断片をコードするコドン最適化遺伝子を、Thermo Fisher ScientificからInvitrogen GeneArt Gene Synthesis serviceから購入した。遺伝子(配列番号14および15)は、FastCloning (Li et al. (2011), BMC Biotechnology, 11:92)により、N末端His6タグをコードするベクターpTrc99Aにクローニングされた。位置422のAspからAlaへの対応する変異(PBポリメラーゼI大断片)をQuikChange II Site‐Directed Mutagenesis Kit (Agilent Technologies)を用いて導入し、配列解析により確認した。
PBポリメラーゼI野生型(大断片)およびD422A突然変異体
組換えタンパク質産生はRosetta 2 (DE3) 細胞(Novagen(登録商標))で行った。この細胞はテリフィックブロス培地で増殖し、0.1mMのIPTGを加えることによりOD600 nm1.0で遺伝子発現が誘導された。タンパク質産生は15℃で6~8時間行った。タンパク質精製のために、1-l培養のペレットを50mM HEPES、500mM NaCl、10mMイミダゾール、5%グリセロール、pH 7.5、0.15mg/mlリゾチーム、1プロテアーゼ阻害剤錠剤(cOmpleteTM、ミニ、EDTAフリープロテアーゼ阻害剤カクテル、ロシュ)に再懸濁し、氷上で30分間インキュベートした。細胞破壊はフレンチプレス(1.37 kbar)によって行われ、その後Sonics(登録商標)のVCX 750を用いて、ソニケーションにより行われた(パルス1.0/1.0、5分、振幅25%)。第一段階では、遠心分離(48384g、45分、4℃)後に存在するHis6標識タンパク質の可溶性部分を固定化Ni2+アフィニティークロマトグラフィーにより精製した。50mMのHEPES、500mMのNaCl、50mMのイミダゾール、5%のグリセロール、pH 7.5の洗浄工程の後、タンパク質を250mMのイミダゾール濃度で溶出し、さらに脱塩カラムの使用により50mMのHEPES、500mMのNaCl、10mMのMgCl2、5%のグリセロール、pH 7.5に移した。
BstおよびUbtsポリメラーゼI(大断片)およびそれらのD422A突然変異体の組換えタンパク質産生を、Rosetta 2(DE3)細胞(Novagen(登録商標))中で行った。細胞は37℃でルリア・ベルタン培地で増殖し、遺伝子発現は0.5mMのIPTGの添加によりOD600 nm0.5で誘導された。タンパク質生産は37℃で4時間行った。タンパク質精製のために、0.5l培養のペレットを50mM Tris pH 8.0、300mM NaCl、1mM EDTA、1mM DTT、10mMイミダゾール、0.15mg/mlリゾチーム、1プロテアーゼ阻害剤錠剤(cOmpleteTM、ミニ、EDTAフリープロテアーゼ阻害剤カクテル、ロシュ)に再懸濁し、氷上で30分間インキュベートした。細胞破壊はSonics(登録商標)のVCX 750を用いて、ソニケーションにより行われた(パルス1.0/1.0、15分、振幅25%)。遠心分離(48384g、45分、4℃)後に存在するHis6標識タンパク質の可溶性部分を、固定化Ni2+アフィニティークロマトグラフィーにより精製した。50mM Tris pH 8.0、300mM NaCl、1mM EDTA、1mM DTT、10mMイミダゾールによる洗浄工程の後、タンパク質はイミダゾールを500mMまで徐々に増加させながら溶出した。タンパク質を含む画分を採取し、脱塩により20mM Tris pH 7.1、100mM KCl、2mM DTT、0.2mM EDTAおよび0.2 Triton X-100に緩衝液交換を行った。最終タンパク質溶液を濃縮し、-20℃で50%グリセロールで保存した。
ポリメラーゼ活性
ポリメラーゼ活性アッセイは分子ビーコンアッセイ(Summerer (2008)、Methods Mol. biol.; 429: 225-235)より改変)に基づいている。分子ビーコン鋳型は23merループからなり、GCに富む8merのステム領域(配列はイタリックで示してある)と43merの3'延長部分によって連結されている。ステム-ループ構造のために、FAM (供与体)およびDabcyl (受容体、非蛍光消光剤)分子は近接しており、したがってFAM蛍光シグナルはクエンチされる。DNAポリメラーゼによるプライマー伸長に際して、ステムを開き、2つの色素の距離の増加を、485nmで励起し、518nmで放出を記録することにより、相対蛍光単位としてのFAM蛍光の回復により、適切な時間間隔で測定する。測定はSpectraMax(登録商標)M2eMicroplate Reader (Molecular Devices)で行った。
プライマー
50マイクロリットル反応液は200 nM基質と200μM dNTP(dATP, dGTP, dCTPとdTTPの等モル量)から構成された。50mM BIS-Trisプロパン(pH 8.5)、1mM DTT、0.2mg/ml BSAおよび2%グリセロール中の5mM MgCl2をさらに含有した。反応緩衝液中の最終塩濃度を、PBについては25mM、40mM、60mM、80mM、110mM、160mMおよび210mMのNaClまたはKCl、ならびにPB D422Aについては20mM、40mM、60mM、80mM、100mM、150mMおよび200mMのNaClまたはKClに調整した。活性アッセイは黒色96ウェル蛍光アッセイプレート(コーニング(登録商標))で25℃で行った。この反応は、タンパク質溶液の添加、すなわちポリメラーゼの添加によって開始された。
結果を図4に示す。
50マイクロリットル反応液は200 nM基質と200μM dNTP(dATP, dGTP, dCTPとdTTPの等モル量)から成った。50mM BIS-Trisプロパン(pH 8.5)、1mM DTT、0.2mg/ml BSAおよび2%グリセロール中の5mM MgCl2をさらに含有した。反応緩衝液中の最終塩濃度は、それぞれ100mM、150mMおよび200mMのNaClに調整されている。アッセイは黒色96ウェル蛍光アッセイプレート(コーニング(登録商標))で25℃で行った。この反応は、タンパク質溶液の添加、すなわちポリメラーゼの添加によって開始された。
結果を表3に示す(実施例の最後)。
アッセイのセットアップの概要を図2に示す。このアッセイは、DNAポリメラーゼの鎖置換活性によってのみ達成可能な、クエンチされたレポーター鎖の置換によって測定される蛍光シグナルの増加に基づいている。
50マイクロリットル反応液は200 nM基質と200μM dNTP(dATP, dGTP, dCTPとdTTPの等モル量)から成った。PBポリメラーゼIについては、50mM BIS-TRISプロパン(pH 8.5)、100mM NaCl、1mM DTT、0.2mg/ml BSAおよび2%グリセロール中の5mM MgCl2をさらに含んでいた。商業的に公知のポリメラーゼI(複数)については、ニューイングランド・バイオラボによって供給されるそれぞれの反応緩衝液が使用されている。反応緩衝液中の最終塩濃度を、それぞれのポリメラーゼに最適な塩に従って100mMに調整した。活性アッセイは黒色96ウェル蛍光アッセイプレート(コーニング(登録商標))で25℃で行った。この反応は、タンパク質溶液の添加(すなわちポリメラーゼの添加)によって開始された。
結果を図3に示す。
50マイクロリットル反応液は200 nM基質と200μM dNTP(dATP, dGTP, dCTPとdTTPの等モル量)から成った。50mM BIS-Trisプロパン(pH 8.5)、1mM DTT、0.2mg/ml BSAおよび2%グリセロール中の5mM MgCl2をさらに含有した。反応緩衝液中の最終塩濃度は、それぞれ100mM、150mMおよび200mMのNaClに調整されている。アッセイは黒色96ウェル蛍光アッセイプレート(コーニング(登録商標))で25℃で行った。この反応は、タンパク質溶液の添加、すなわちポリメラーゼの添加によって開始された。
結果を以下の表2に示す。
50マイクロリットル反応液は200 nM基質と200μM dNTP(dATP, dGTP, dCTPとdTTPの等モル量)から成った。さらに、20mM Tris pH 7.9(25℃)、10mM KCl、10mM(NH4)2 SO4、2mM MgSO4、0.1 % Triton X-100を含有した。
表1:wtPBおよびD422A突然変異体(25℃)の異なる酵素特性のまとめ
さらなるPsychrobacillus sp.(PB) DNAポリメラーゼ突然変異体も作製し、試験した:
位置指定突然変異誘発
位置422におけるAspからSer、Lys、Val、LeuおよびAsnへの対応する突然変異を、QuikChange II部位特異的突然変異誘発キット(Agilent Technologies)を用いて導入した。
D422VおよびD422L(異なる長さの疎水性残基)、
D422S(小さい親水性)、
D422N(大きい親水性)および
D422K(正荷電)。
出発点は、D422A突然変異体のプラスミドDNAであった。変異は塩基配列解析により確認した。
組換えタンパク質産生はRosetta 2(DE3)細胞(Novagen(登録商標))で行った。この細胞はテリフィックブロス培地で増殖し、0.1mMのIPTGを加えることによりOD600 nm1.0で遺伝子発現が誘導された。タンパク質産生は15℃で6~8時間行った。タンパク質精製のために、50ml培養のペレットを1mlの50mM HEPES、500mM NaCl、10mMイミダゾール、5%グリセロール、pH 7.5、0.15mg/mlリゾチームに再懸濁し、氷上で20分間インキュベートした。細胞破壊はSonics(登録商標)のVCX 750を用いて、ソニケーションにより行われた(パルス1.0/1.0、1分、振幅20%)。
鎖置換アッセイは、実施例1に記載したように実施した。
Claims (25)
- 配列番号2のアミノ酸配列、または配列番号2と少なくとも90%同一である変異体配列を含む、DNAポリメラーゼであって、配列番号2の位置422のアスパラギン酸残基または前記変異体配列において相当するアスパラギン酸残基がアラニンで置換されている、DNAポリメラーゼ。
- 前記DNAポリメラーゼが、配列番号2のアミノ酸配列、または配列番号2と少なくとも95%同一である変異体配列を含み、配列番号2の位置422のアスパラギン酸残基または前記変異体配列において相当するアスパラギン酸残基がアラニンで置換されている、請求項1に記載のDNAポリメラーゼ。
- 前記DNAポリメラーゼが、配列番号2のアミノ酸配列を含み、配列番号2の位置422のアスパラギン酸残基がアラニンで置換されている、請求項1に記載のDNAポリメラーゼ。
- 前記DNAポリメラーゼが、配列番号4のアミノ酸配列または配列番号4と少なくとも90%同一である変異体配列を含み、配列番号4の位置719のアスパラギン酸残基または前記変異体配列において相当するアスパラギン酸残基がアラニンで置換されている、請求項1に記載のDNAポリメラーゼ。
- 配列番号12のアミノ酸配列、または配列番号12と少なくとも90%同一である変異体配列を含む、DNAポリメラーゼであって、配列番号12の位置422のアスパラギン酸残基または前記変異体配列において相当するアスパラギン酸残基がアラニンで置換されている、DNAポリメラーゼ。
- 前記DNAポリメラーゼが、配列番号12のアミノ酸配列、または配列番号12と少なくとも95%同一である変異体配列を含み、配列番号12の位置422のアスパラギン酸残基または前記変異体配列において相当するアスパラギン酸残基がアラニンで置換されている、請求項5に記載のDNAポリメラーゼ。
- 前記DNAポリメラーゼが、配列番号12のアミノ酸配列を含み、配列番号12の位置422のアスパラギン酸残基がアラニンで置換されている、請求項5に記載のDNAポリメラーゼ。
- 配列番号11のアミノ酸配列を含み、配列番号11の位置422のアスパラギン酸残基がアラニンで置換されている、DNAポリメラーゼ。
- 前記DNAポリメラーゼが、配列番号2に対して正確に同じ配列を有するが位置422においてまたは前記変異体配列において相当する位置においてアスパラギン酸を有するDNAポリメラーゼよりも、少なくとも30%高い鎖置換活性を有する、請求項1から8のいずれか一項に記載のDNAポリメラーゼ。
- 20mMから200mMのNaClもしくはKClまたはそれらの混合物の濃度範囲にわたりDNAポリメラーゼがその最大ポリメラーゼ活性の少なくとも40%を示す、請求項1から9のいずれか一項に記載のDNAポリメラーゼ。
- 請求項1から10のいずれか1項に記載のDNAポリメラーゼと緩衝液を含む組成物。
- 請求項1から10のいずれか1項に記載のDNAポリメラーゼをコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子。
- 前記ヌクレオチド配列が、配列番号13、14または15と少なくとも90%の配列同一性を有する、請求項12に記載の核酸分子。
- 請求項12または13に記載の核酸分子と、前記核酸分子によってコードされるタンパク質配列の転写および翻訳に必要な調節配列とを含む発現ベクター。
- 請求項14に記載の1以上の発現ベクターまたは請求項12または13に記載の1以上の核酸分子を含む宿主細胞またはウイルス。
- 請求項1から10のいずれか一項に記載のDNAポリメラーゼを製造する方法であって、以下の工程を含む方法:
(i)コードされたDNAポリメラーゼの発現に適した条件下で、請求項14に記載の組換え発現ベクターの1以上または請求項12または13に記載の核酸分子の1以上を含む宿主細胞を増殖培地で培養すること;および、任意選択で、
(ii)宿主細胞から、または増殖培地または増殖培地に由来する上清からDNAポリメラーゼを単離または取得すること。 - ヌクレオチド重合のための、請求項1から10のいずれか一項に記載のDNAポリメラーゼの使用。
- 核酸増幅反応または配列決定反応における、請求項1から10のいずれか一項に記載のDNAポリメラーゼの使用。
- 前記DNAポリメラーゼが一定温度で使用される、請求項17または18に記載の使用。
- 前記反応が等温核酸増幅反応である、請求項18または19に記載の使用。
- 請求項1から10のいずれか1項に記載のDNAポリメラーゼを用いたヌクレオチド重合の方法であって、以下を含む方法:
(i)請求項1から10のいずれか一項に記載のDNAポリメラーゼ、鋳型核酸分子、鋳型核酸分子の一部にアニーリング可能なオリゴヌクレオチドプライマー、および1以上のヌクレオチドを含む反応混合物を提供すること;
(ii)オリゴヌクレオチドプライマーが鋳型核酸分子にアニールし、前記DNAポリメラーゼが1以上のヌクレオチドを重合化することによって前記オリゴヌクレオチドプライマーを伸長する条件下で、前記反応混合物をインキュベートすること。 - 請求項1から10のいずれか一項に記載のDNAポリメラーゼを用いて核酸を増幅する方法であって、以下を含む方法:
(i) 請求項1から10のいずれか一項に記載のDNAポリメラーゼ、鋳型核酸分子、鋳型核酸分子の一部にアニーリング可能なオリゴヌクレオチドプライマー、およびヌクレオチドを含む反応混合物を提供すること;
(ii) オリゴヌクレオチドプライマーが鋳型核酸分子にアニールし、前記DNAポリメラーゼが1以上のヌクレオチドを重合化してポリヌクレオチドを生成することによって前記オリゴヌクレオチドプライマーを伸長する条件下で、前記反応混合物をインキュベートすること。 - 前記方法が一定温度で実施される、請求項21または22に記載の方法。
- 前記一定温度が、0℃から42℃の範囲内で選択される、請求項19に記載の使用または請求項23に記載の方法。
- 前記一定温度が、10℃から25℃の範囲内で選択される、請求項24に記載の使用または請求項24に記載の方法。
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