JP7234114B2 - 細胞区画内の生体分子への直交アクセスおよび細胞区画内の生体分子のタグ付けのための分析システム - Google Patents
細胞区画内の生体分子への直交アクセスおよび細胞区画内の生体分子のタグ付けのための分析システム Download PDFInfo
- Publication number
- JP7234114B2 JP7234114B2 JP2019535278A JP2019535278A JP7234114B2 JP 7234114 B2 JP7234114 B2 JP 7234114B2 JP 2019535278 A JP2019535278 A JP 2019535278A JP 2019535278 A JP2019535278 A JP 2019535278A JP 7234114 B2 JP7234114 B2 JP 7234114B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- nucleic acid
- nuclear
- target nucleic
- cell
- dna
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6804—Nucleic acid analysis using immunogens
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
- C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
- C12N15/1065—Preparation or screening of tagged libraries, e.g. tagged microorganisms by STM-mutagenesis, tagged polynucleotides, gene tags
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
- C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
- C12N15/1068—Template (nucleic acid) mediated chemical library synthesis, e.g. chemical and enzymatical DNA-templated organic molecule synthesis, libraries prepared by non ribosomal polypeptide synthesis [NRPS], DNA/RNA-polymerase mediated polypeptide synthesis
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
- C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
- C12N15/1089—Design, preparation, screening or analysis of libraries using computer algorithms
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
- C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
- C12N15/1093—General methods of preparing gene libraries, not provided for in other subgroups
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/10—Transferases (2.)
- C12N9/12—Transferases (2.) transferring phosphorus containing groups, e.g. kinases (2.7)
- C12N9/1241—Nucleotidyltransferases (2.7.7)
- C12N9/1252—DNA-directed DNA polymerase (2.7.7.7), i.e. DNA replicase
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/14—Hydrolases (3)
- C12N9/16—Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1)
- C12N9/22—Ribonucleases RNAses, DNAses
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2537/00—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature
- C12Q2537/10—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature the purpose or use of
- C12Q2537/143—Multiplexing, i.e. use of multiple primers or probes in a single reaction, usually for simultaneously analyse of multiple analysis
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
- C12Q2563/179—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties the label being a nucleic acid
Description
細胞質区画および核区画および/または核近接性を維持しつつ、核遺伝物質への効率的なアクセスを提供し、核および細胞質内容物を独立に検出することを可能にし、配列決定のための適した断片化DNAまたはRNAライブラリーを生成する、例えば、次世代配列決定によって細胞構成成分を解析するための試料調製方法の必要がある。本質的にCEとして核エンベロープを使用して、インタクトな核内で行われるための試料調製方法を提供する方法が、本明細書に記述されている。
(a)細胞核情報分子を含む細胞核を、核透過性増強剤および解析用生体分子と接触させるステップと、
(b)該解析用生体分子を該細胞核情報分子と反応させて、解析複合体をもたらすステップと、
(c)該解析複合体を解析し、これにより、該細胞核情報分子を検出するステップと
を含む方法が本明細書に記載されている。
(a)細胞核情報分子および細胞質情報分子を含む細胞を、核透過性増強剤、第1の解析用生体分子および第2の解析用生体分子と接触させるステップと、
(b)該第1の解析用生体分子を該細胞核情報分子と反応させて、第1の解析複合体をもたらすステップと、該第2の解析用生体分子を該細胞質情報分子と反応させて、第2の解析複合体をもたらすステップと、
(c)該第1の解析複合体を解析し、これにより、該細胞核情報分子を検出するステップと、必要に応じて、
(d)該第2の解析複合体を解析し、これにより、該細胞質情報分子を検出するステップと
を含む方法を対象にする。
(a)核を含む近接性保存エレメントをもたらすステップであって、該核が、細胞核情報分子を含む、ステップと、
(b)該近接性保存エレメントを、核透過性増強剤および解析用生体分子と接触させるステップと、
(c)該解析用生体分子を該細胞核情報分子と反応させて、解析複合体をもたらすステップと、
(d)該解析複合体を解析し、これにより、該細胞核情報分子を検出するステップと
を含む方法を対象にする。
(a)細胞を含む近接性保存エレメントをもたらすステップであって、該細胞が、細胞核情報分子および細胞質情報分子を含む、ステップと、
(b)該近接性保存エレメントを、核透過性増強剤、第1の解析用生体分子および第2の解析用生体分子と接触させるステップと、
(c)該第1の解析用生体分子を該細胞核情報分子と反応させて、第1の解析複合体をもたらすステップと、該第2の解析用生体分子を該細胞質情報分子と反応させて、第2の解析複合体をもたらすステップと、
(d)該第1の解析複合体を解析し、これにより、該細胞核情報分子を検出するステップと、必要に応じて、
(e)該第2の解析複合体を解析し、これにより、該細胞質情報分子を検出するステップと
を含む方法を対象にする。
(a)標的核酸を含む細胞核を、核透過性増強剤および複数のトランスポソーム複合体と接触させるステップであって、各トランスポソーム複合体が、トランスポサーゼ、およびトランスポゾン末端配列を含む2個のトランスポゾン末端組成物を含む、ステップと、
(b)該標的核酸を該複数のトランスポソーム複合体と反応させるステップであって、それによって、該標的核酸が、二本鎖核酸断片へと断片化され、該トランスポゾン末端組成物由来の転移鎖(transferred strand)をタグ付けされて、タグ付けされた解析複合体が形成されるステップと、
(c)該タグ付けされた解析複合体を解析し、これにより、該タグ付けされた核酸断片を検出するステップと
を含む方法が本明細書に記載されている。
(a)単一の核を含む近接性保存エレメントをもたらすステップであって、該単一の核が、標的核酸を含む、ステップと、
(b)該近接性保存エレメントおよび単一の核を、核透過性増強剤および解析用生体分子と接触させるステップと、
(c)該解析用生体分子を細胞核情報分子と反応させて、解析複合体をもたらすステップと、
(d)該解析複合体を解析し、これにより、該細胞核情報分子を検出するステップと
を含む方法も、本明細書に記載されている。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目1)
細胞核情報分子を解析用生体分子と反応させる方法であって、該細胞核を核透過性増強剤と接触させるステップと、該情報分子を該解析用生体分子と反応させるステップとを含む方法。
(項目2)
細胞核情報分子を解析する方法であって、
(a)細胞核情報分子を含む細胞核を、核透過性増強剤および解析用生体分子と接触させるステップと、
(b)該解析用生体分子を該細胞核情報分子と反応させて、解析複合体をもたらすステップと、
(c)該解析複合体を解析し、これにより、該細胞核情報分子を検出するステップと
を含む方法。
(項目3)
近接性保存エレメントが、前記細胞核を含む、項目2に記載の方法。
(項目4)
前記細胞核情報分子が、DNA、RNA、タンパク質またはそれらの混合物である、項目1~3または25のいずれか一項に記載の方法。
(項目5)
前記細胞核情報分子が、DNAである、項目4に記載の方法。
(項目6)
前記解析用生体分子が、トランスポサーゼもしくはトランスポソーム複合体、または抗体、またはオリゴヌクレオチド、またはヌクレオチド、または逆転写プライマー、または酵素である、項目1~5のいずれか一項に記載の方法。
(項目7)
前記オリゴヌクレオチドまたはヌクレオチドが、少なくとも1個の標識されたヌクレオチドを含む、項目6に記載の方法。
(項目8)
前記酵素が、増幅酵素、ポリメラーゼ、DNAポリメラーゼ、RNAポリメラーゼ、PCR酵素、リガーゼ、Taq DNAポリメラーゼ、Pfu DNAポリメラーゼ、in
vitro転写を媒介する酵素、インテグラーゼまたはニッキング酵素である、項目6に記載の方法。
(項目9)
前記解析用生体分子が、トランスポソーム複合体である、項目6に記載の方法。
(項目10)
各トランスポソーム複合体が、トランスポサーゼ、およびトランスポゾン末端配列を含む2個のトランスポゾン末端組成物を含む、項目9に記載の方法。
(項目11)
前記細胞核情報分子が、標的核酸であり、前記反応させるステップが、該標的核酸を二本鎖核酸断片へと断片化し、前記トランスポゾン末端組成物由来の転移鎖をタグ付けして、タグ付けされた解析複合体を形成するステップを含む、項目10に記載の方法。
(項目12)
細胞核標的核酸からタグ付けされた核酸断片のライブラリーを調製する方法であって、(a)単一の核を含む近接性保存エレメントをもたらすステップであって、該単一の核が、標的核酸を含む、ステップと、
(b)該近接性保存エレメントおよび単一の核を、核透過性増強剤および解析用生体分子と接触させるステップと、
(c)該解析用生体分子を細胞核情報分子と反応させて、解析複合体をもたらすステップと、
(d)該解析複合体を解析し、これにより、該細胞核情報分子を検出するステップと
を含む方法。
(項目13)
先行する項目のいずれか一項に記載の方法であって、前記接触させるステップに先立ち、核膜孔遮断剤の存在下、核透過性増強剤の非存在下で、細胞質情報分子を第2の解析用生体分子と反応させるステップをさらに含み、該方法の反応させるステップが、該細胞質情報分子に第1のタグを、前記細胞核情報分子に第2のタグを導入する、方法。
(項目14)
少なくとも1種の情報分子が、タンパク質である、先行する項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目15)
前記細胞を第2の解析用生体分子と接触させ、該第2の解析用生体分子を前記細胞質情報分子と反応させて、第2の解析複合体をもたらすことにより、細胞質情報分子を解析するステップと、必要に応じて、該第2の解析複合体を解析し、これにより、該細胞質情報分子を検出するステップとをさらに含む、先行する項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目16)
前記解析用生体分子が、トランスポソーム複合体であり、前記方法が、ポリメラーゼで前記解析複合体を処理するステップをさらに含み、該ポリメラーゼが、必要に応じて、鎖置換ポリメラーゼである、先行する項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目17)
解析するステップが、断片化されタグ付けされた核酸またはそのアンプリコンまたはそのコピーを配列決定するステップを含む、先行する項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目18)
前記核透過性増強剤が、NPC疎水性相互作用を破壊する化合物、核フィラメントタンパク質に結合するおよび/またはこれを阻害する化合物、クラスリンに結合するおよび/またはこれを阻害する化合物、ならびに核局在化シグナルペプチド(NLS)からなる群から選択される、前記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目19)
前記核透過性増強剤が、クラスリン阻害剤である、またはピットストップ-2(N-[5-(4-ブロモベンジリデン)-4-オキソ-4,5-ジヒドロ-1,3-チアゾール-2-イル]ナフタレン-1-スルホンアミドとしても公知)、メチル-b-シクロデキストリン、フェノチアジン、モノダンシルカダベリン、クロロキン、モネンシン、高浸透圧性スクロースもしくはダイナソアまたはそれらの合成アナログである、またはピットストップ-2である、項目18に記載の方法。
(項目20)
前記核透過性増強剤が、疎水性破壊剤である、または脂肪族アルコールである、またはC 4~10 -アルキル-ジオールである、または環状ジオールである、またはシクロアルカン-ジオールである、または隣接ジオールである、またはトランス-1,2-シクロヘキサンジオール、n-ヘキサン-1,2-ジオールもしくは1,6-ヘキサン-ジオールである、項目18に記載の方法。
(項目21)
前記核透過性増強剤が、核局在化シグナルペプチド(NLS)である、またはSV40ラージT抗原(PKKKRKV)、ヌクレオプラスミンの該NLS(KR[PAATKKAGQA]KKKKまたはAVKRPAATKKAGQAKKKLD)、K-K/R-X-K/R、EGL-13(MSRRRKANPTKLSENAKKLAKEVEN)、c-Myc(PAAKRVKLD)、TUS-タンパク質(KLKIKRPVK)、hnRNP A1の酸性M9ドメイン、酵母転写リプレッサーMatα2由来のKIPIK、PY-NLS配列、もしくはインポーチンβ2の阻害剤である、またはSV40ラージT抗原である、項目18に記載の方法。
(項目22)
前記NLSが、前記解析用生体分子に共有結合により連結されている、項目21に記載の方法。
(項目23)
前記NLSが、前記解析用生体分子に共有結合により連結されていない、項目21に記載の方法。
(項目24)
1個もしくは複数の細胞および/または1個もしくは複数の細胞核、核透過性増強剤、ならびに解析用生体分子を含む組成物。
(項目25)
前記解析用生体分子が、トランスポサーゼもしくはトランスポソーム複合体、または抗体、または少なくとも1個の標識されたヌクレオチドを必要に応じて含むオリゴヌクレオチド、または必要に応じて標識されたヌクレオチド、または逆転写プライマー、または酵素である、項目24に記載の組成物。
(項目26)
前記解析用生体分子が、トランスポソーム複合体である、項目24に記載の組成物。
(項目27)
前記解析用生体分子が、酵素であり、該酵素が、増幅酵素、ポリメラーゼ、DNAポリメラーゼ、RNAポリメラーゼ、PCR酵素、Taq DNAポリメラーゼ、Pfu DNAポリメラーゼ、in vitro転写を媒介する酵素、インテグラーゼまたはニッキング酵素である、項目24に記載の方法。
(項目28)
前記核透過性増強剤が、ピットストップ-2、脂肪族アルコール、C 4~10 -アルキル-ジオール、環状ジオール、シクロアルカン-ジオール、隣接ジオール、トランス-1,2-シクロヘキサンジオール、n-ヘキサン-1,2-ジオール、1,6-ヘキサン-ジオールまたはジギトニンである、項目24~27のいずれか一項に記載の組成物。
(項目29)
前記核透過性増強剤が、ピットストップ-2、シクロヘキサンジオールまたはジギトニンである、項目28に記載の組成物。
(項目30)
(a)細胞核情報分子を含む細胞核を、核透過性増強剤および解析用生体分子と接触させるステップと、
(b)該解析用生体分子を該細胞核情報分子と反応させて、修飾された細胞核情報分子をもたらすステップと、
(c)該修飾された細胞核情報分子を検出するステップと
を含む、項目1に記載の方法。
(項目31)
前記細胞核情報分子が、標的核酸であり、前記解析用生体分子が、トランスポソーム複合体であり、前記反応させるステップが、該トランスポソーム複合体および該細胞核情報分子の間で複合体を形成するステップを含み、該トランスポソーム複合体が、該標的核酸を断片化しない、項目30に記載の方法。
(項目32)
細胞における情報分子を差別的にタグ付けする方法であって、
細胞核、細胞質およびミトコンドリアからなる群から選択される第1の細胞区画に第1のタグを含む第1の解析用生体分子を選択的に送達するステップであって、該第1の細胞区画が、第1の情報生体分子を含む、ステップと、
該第1の解析用生体分子を該第1の情報分子と反応させて、タグ付けされた第1の情報分子をもたらすステップと、
細胞核、細胞質およびミトコンドリアからなる群から選択される第2の細胞区画に第2のタグを含む第2の解析用生体分子を選択的に送達するステップであって、該第2の細胞区画が、第2の情報分子を含み、該第1の細胞区画とは異なる、ステップと、
該第2の解析用生体分子を該第2の情報分子と反応させて、タグ付けされた第2の情報分子をもたらすステップであって、該第1および第2のタグが異なるステップと
を含む方法。
(項目33)
前記第1の細胞区画への前記第1の解析用生体分子の前記選択的な送達するステップが、該第1の細胞区画のための、透過性増強剤で前記細胞を処理するステップを含む、項目32に記載の方法。
(項目34)
前記第1の細胞区画への前記第1の解析用生体分子の前記選択的な送達するステップが、前記第2の細胞区画のための、透過性遮断剤で前記細胞を処理するステップを含む、項目32または項目33に記載の方法。
(項目35)
前記第2の細胞区画への前記第2の解析用生体分子の前記選択的な送達するステップが、該第2の細胞区画のための、透過性増強剤で前記細胞を処理するステップを含む、項目32~34のいずれか一項に記載の方法。
(項目36)
前記第1の解析用生体分子の前記選択的な送達するステップが、前記第2の細胞区画への前記第1の解析用生体分子の実質的送達なしで起こる、項目32~35のいずれか一項に記載の方法。
(項目37)
前記第1の細胞区画が、前記細胞質であり、前記第1の情報分子が、細胞質情報分子であり、(a)前記第2の細胞区画が、前記細胞核であり、前記第2の情報分子が、細胞核情報分子である、または(b)前記第2の細胞区画が、前記ミトコンドリアであり、前記第2の情報分子が、ミトコンドリア情報分子である、項目32~36のいずれか一項に記載の方法。
(項目38)
前記細胞質への前記第1の解析用生体分子の前記選択的な送達するステップが、核膜孔遮断剤および/またはミトコンドリアポア遮断剤の存在下で為される、項目37に記載の方法。
(項目39)
前記第2の解析用生体分子の前記送達が、核透過性増強剤またはミトコンドリア透過性増強剤の存在下で為される、項目37に記載の方法。
(項目40)
前記細胞質情報分子が、RNAである、項目37~39のいずれか一項に記載の方法。
(項目41)
前記細胞核情報分子が、DNAまたはゲノムDNA(gDNA)である、項目37~39のいずれか一項に記載の方法。
(項目42)
前記第1の解析用生体分子を選択的に送達するステップが、該第1の解析用生体分子をミトコンドリア情報分子と反応させて、タグ付けされたミトコンドリア情報分子を産生するステップを含み、
前記第2の解析用生体分子を選択的に送達するステップが、前記第2の解析用生体分子を細胞核情報分子と反応させて、タグ付けされた細胞核情報分子を産生するステップを含む、
項目32~36のいずれか一項に記載の方法。
(項目43)
前記ミトコンドリア情報分子が、DNAである、項目37~42のいずれか一項に記載の方法。
(項目44)
前記細胞核情報分子が、DNAである、またはゲノムDNA(gDNA)である、項目37~43のいずれか一項に記載の方法。
(項目45)
前記細胞を溶解して、前記タグ付けされた情報分子を放出させるステップをさらに含む、項目32~44のいずれか一項に記載の方法。
(項目46)
前記解析用生体分子が、トランスポサーゼもしくはトランスポソーム複合体、または抗体、または少なくとも1個の標識されたヌクレオチドを必要に応じて含むオリゴヌクレオチド、または必要に応じて標識されたヌクレオチド、または逆転写プライマー、または酵素である、先行する方法の項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目47)
前記酵素が、増幅酵素、ポリメラーゼ、DNAポリメラーゼ、RNAポリメラーゼ、PCR酵素、Taq DNAポリメラーゼ、Pfu DNAポリメラーゼ、in vitro転写を媒介する酵素、インテグラーゼまたはニッキング酵素である、項目45に記載の方法。
(項目48)
前記解析用生体分子が、トランスポソーム複合体である、項目32~46のいずれか一項に記載の方法。
(項目49)
前記タグ付けされた情報分子またはそのアンプリコンを検出するステップをさらに含み、該検出するステップが、該タグ付けされた情報分子またはアンプリコンの配列を検出するステップを必要に応じて含む、項目32~48のいずれか一項に記載の方法。
(項目50)
前記核透過性増強剤が、ジギトニンである、先行する項目のいずれか一項に記載の方法または組成物。
核透過性増強剤
鋳型核酸の調製
トランスポソーム
トランスポゾン配列
AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACAC(P5配列)
および
CAAGCAGAAGACGGCATACGAGAT(P7配列)
ならびにこれらの相補体。一部の実例では、上記プライマー配列は、隣接ジオールまたは8-オキソ-グアニン等、その後の酵素切断または化学的切断を可能にする修飾塩基を含む。
一部の実施形態では、タグは、鋳型核酸の調製において使用されるバーコードを含む。理解される通り、膨大な数の利用できるバーコードは、各鋳型核酸分子が、特有の同定を含むことを可能にする。鋳型核酸の混合物における各分子の特有の同定は、いくつかの適用において使用することができる。例えば、特有に同定された分子を適用して、例えば、ハプロタイプ配列決定において、親アレル識別において、メタゲノム配列決定において、およびゲノムの試料配列決定において、複数の染色体を有する試料における、ゲノムにおける、細胞における、細胞型における、細胞疾患状況における、および種における個々の核酸分子を同定することができる。例示的なバーコード配列として、TATAGCCT、ATAGAGGC、CCTATCCT、GGCTCTGA、AGGCGAAG、TAATCTTA、CAGGACGTおよびGTACTGACが挙げられるがこれらに限定されない。
近接性保存エレメント
細胞核、細胞質およびミトコンドリアからなる群から選択される第1の細胞区画に、第1のタグを含む第1の解析用生体分子を選択的に送達するステップであって、該第1の細胞区画が、第1の情報生体分子を含む、ステップと、
該第1の解析用生体分子を該第1の情報分子と反応させて、タグ付けされた第1の情報分子をもたらすステップと、
細胞核、細胞質およびミトコンドリアからなる群から選択される第2の細胞区画に、第2のタグを含む第2の解析用生体分子を選択的に送達するステップであって、該第2の細胞区画が、第2の情報分子を含み、該第1の細胞区画とは異なる、ステップと、
該第2の解析用生体分子を該第2の情報分子と反応させて、タグ付けされた第2の情報分子をもたらすステップであって、該第1および第2のタグが異なる、ステップと
を含む。
解析および配列決定
固体支持体
(実施例1)
細胞透過性クラスリン阻害剤による核DNAのタグ付き断片化
(実施例2)
鎖置換ポリメラーゼによるタグ付き断片化されたDNAからのトランスポサーゼの除去
(実施例3)
FAM標識複合体による核へのトランスポソームアクセスの可視化
(実施例4)
DNAライブラリー生成におけるピットストップ-2処理の効果
(実施例6)
ピットストップ-2の存在下での転位核DNAの指標付け
鎖置換ポリメラーゼによるトランスポサーゼの除去
(実施例8)
未精製核からのATAC-seqライブラリーの収量
(実施例9)
核からのRNAアウトプット
指標付けされたビーズの調製
(実施例11)
「オンザフライ」指標プライマー生成
(実施例12)
液滴生成
(実施例13)
酵素反応のための物理的区画としての核
(実施例14)
液滴中の単一細胞ATAC-seq測定基準におけるピットストップ-2の効果
Claims (32)
- 細胞核標的核酸をトランスポソーム複合体と反応させる方法であって、該トランスポソーム複合体が、トランスポサーゼ、およびトランスポゾン末端配列を含む2個のトランスポゾン末端組成物を含み、該方法が、該核標的核酸を含む細胞核を核透過性増強剤と接触させるステップと、該トランスポソーム複合体を該標的核酸と反応させるステップとを含み、該反応させるステップが、該標的核酸を二本鎖核酸断片へと断片化し、該トランスポゾン末端組成物由来の転移鎖をタグ付けして、タグ付けされた二本鎖核酸断片を形成するステップを含み、
該細胞核標的核酸がDNAであり、
該核透過性増強剤がクラスリン阻害剤であり、
該核透過性増強剤が、核膜を破壊することなく核エンベロープの透過性を増加させる、方法。 - 細胞核標的核酸を解析する方法であって、
(a)細胞核標的核酸を含む細胞核を、核透過性増強剤およびトランスポソーム複合体と接触させるステップであって、該トランスポソーム複合体が、トランスポサーゼ、およびトランスポゾン末端配列を含む2個のトランスポゾン末端組成物を含む、ステップと、
(b)該トランスポソーム複合体を該標的核酸と反応させて、解析複合体をもたらすステップであって、該反応させるステップが、該標的核酸を二本鎖核酸断片へと断片化し、該トランスポゾン末端組成物由来の転移鎖をタグ付けして、タグ付けされた二本鎖核酸断片を形成するステップを含む、ステップと、
(c)該解析複合体を解析し、これにより、該タグ付けされた二本鎖核酸断片を検出するステップと
を含み、
該細胞核標的核酸がDNAであり、
該核透過性増強剤がクラスリン阻害剤であり、
さらに該核透過性増強剤が、核膜を破壊することなく核エンベロープの透過性を増加させる、方法。 - 前記細胞が、前記細胞核を含む近接性保存エレメントを含む、請求項2に記載の方法。
- 前記細胞核標的核酸が、ゲノムDNAである、請求項1~3のいずれか一項に記載の方法。
- 前記細胞核標的核酸がcDNAである、請求項1~3のいずれか一項に記載の方法。
- 前記細胞核標的核酸が、オープンクロマチン状況におけるDNAである、請求項1~3のいずれか一項に記載の方法。
- 細胞核標的核酸からタグ付けされた核酸断片のライブラリーを調製する方法であって、(a)単一の細胞核を含む近接性保存エレメントをもたらすステップであって、該単一の細胞核が、該細胞核標的核酸を含む、ステップと、
(b)該近接性保存エレメントおよび単一の細胞核を、核透過性増強剤ならびにトランスポサーゼ、およびトランスポゾン末端配列を含む2個のトランスポゾン末端組成物を含むトランスポソーム複合体と接触させるステップと、
(c)該トランスポソーム複合体を該細胞核標的核酸と反応させて、解析複合体をもたらすステップであって、該反応させるステップが、該標的核酸を二本鎖核酸断片へと断片化し、該トランスポゾン末端組成物由来の転移鎖をタグ付けして、タグ付けされた二本鎖核酸断片を形成するステップを含む、ステップと、
(d)該解析複合体を解析し、これにより、該タグ付けされた二本鎖核酸断片を検出するステップと
を含み、
該細胞核標的核酸がDNAであり、
該核透過性増強剤がクラスリン阻害剤であり、
該核透過性増強剤が、核膜を破壊することなく核エンベロープの透過性を増加させる、方法。 - 請求項1~7のいずれか一項に記載の方法であって、前記接触させるステップに先立ち、核膜孔遮断剤の存在下、核透過性増強剤の非存在下で、細胞質標的核酸をトランスポサーゼ、および第1のタグを含むトランスポゾン末端配列を含む2個のトランスポゾン末端組成物を含む第1のトランスポソーム複合体と反応させるステップをさらに含み、ここで前記細胞核標的核酸と反応する前記トランスポソーム複合体は、トランスポサーゼ、および第2のタグを含むトランスポゾン末端配列を含む2個のトランスポゾン末端組成物を含む第2のトランスポソーム複合体であり、該反応させるステップが、(i)該第1のタグを含む細胞質二本鎖核酸断片対該第1のタグを含む核二本鎖核酸断片の相対的な割合を増加させること、および(ii)該第2のタグを含む核二本鎖核酸断片対該第2のタグを含む細胞質二本鎖核酸断片の相対的な割合を増加させることを含む、方法。
- 前記近接性保存エレメントが前記核膜を含む、請求項8に記載の方法。
- 前記方法が、ポリマーマトリックスにおける単一細胞由来の核酸を包埋するステップをさらに含む、請求項8に記載の方法。
- 前記ポリマーマトリックスが、アガロース、ポリアクリルアミド、またはアルギネートである、請求項10に記載の方法。
- ポリメラーゼで前記タグ付けされた二本鎖核酸断片を処理するステップをさらに含む、請求項1~11のいずれか一項に記載の方法。
- 前記ポリメラーゼが、鎖置換ポリメラーゼである、請求項12に記載の方法。
- 解析するステップが、前記二本鎖核酸断片またはそのアンプリコンまたはそのコピーを配列決定するステップを含む、請求項2~13のいずれか一項に記載の方法。
- 前記クラスリン阻害剤が、N-[5-(4-ブロモベンジリデン)-4-オキソ-4,5-ジヒドロ-1,3-チアゾール-2-イル]ナフタレン-1-スルホンアミド、メチル-b-シクロデキストリン、フェノチアジン、モノダンシルカダベリン、クロロキン、モネンシン、高浸透圧性スクロースもしくはダイナソアまたはそれらの合成アナログである、請求項1~14のいずれか一項に記載の方法。
- 1個もしくは複数の細胞および/または1個もしくは複数の細胞核、核透過性増強剤、ならびにトランスポソーム複合体を含む組成物であって、
a)該核透過性増強剤が、核膜を破壊することなく核エンベロープの透過性を増加させ、該核透過性増強剤がクラスリン阻害剤であり、および
b)該トランスポソーム複合体が、トランスポサーゼ、およびトランスポゾン末端配列を含む2個のトランスポゾン末端組成物を含み、
該トランスポソーム複合体が、細胞核標的核酸と反応し、
該細胞核標的核酸が、DNAである、
組成物。 - 細胞における標的核酸を差別的にタグ付けする方法であって、
第1のトランスポソーム複合体を選択的に送達するステップであって、該トランスポソーム複合体が、トランスポサーゼ、およびトランスポゾン末端配列を含む2個のトランスポゾン末端組成物を含み、細胞質またはミトコンドリアから選択される第1の細胞区画に第1のタグを含み、該第1の細胞区画が、第1の標的核酸を含み、該第1のトランスポソーム複合体の該第1の細胞区画への選択的送達が、核膜孔遮断剤で該細胞を処理することを含む、ステップと、
該第1のトランスポソーム複合体を該第1の標的核酸と反応させるステップであって、該反応させるステップが、該第1の標的核酸を二本鎖核酸断片へと断片化し、該トランスポゾン末端組成物由来の転移鎖をタグ付けして、第1のタグ付けされた二本鎖核酸断片を形成するステップを含み、該第1のトランスポソーム複合体の該選択的送達が、該第1のタグを含む細胞質またはミトコンドリア二本鎖核酸断片対該第1のタグを含む核二本鎖核酸断片の相対的な割合を増加させることを含む、ステップと、
第2のトランスポソーム複合体を選択的に送達するステップであって、該トランスポソーム複合体が、トランスポサーゼ、およびトランスポゾン末端配列を含む2個のトランスポゾン末端組成物を含み、該細胞核に第2のタグを含み、該細胞核が、第2の標的核酸を含み、該第2のトランスポソーム複合体の該細胞核への選択的送達が、核膜を破壊することなく核エンベロープの透過性を増加させる核透過性増強剤で該細胞を処理することを含み、該核透過性増強剤がクラスリン阻害剤である、ステップと、
該第2のトランスポソーム複合体を該第2の標的核酸と反応させるステップであって、該反応させるステップが、該第2の標的核酸を二本鎖核酸断片へと断片化し、該トランスポゾン末端組成物由来の転移鎖をタグ付けして、第2のタグ付けされた二本鎖核酸断片を形成するステップを含み、該第1および第2のタグが異なり、該第2のトランスポソーム複合体の該選択的送達が、該第2のタグを含む核二本鎖核酸断片対該第2のタグを含む細胞質またはミトコンドリア二本鎖核酸断片の相対的な割合を増加させることを含む、ステップと
を含む方法であって、該第1の標的核酸および該第2の標的核酸がDNAである、方法。 - 二本鎖核酸断片またはそのアンプリコンを検出するステップをさらに含む、請求項17に記載の方法。
- 前記検出するステップが、前記二本鎖核酸断片またはアンプリコンの配列を検出することを含む、請求項18に記載の方法。
- 前記第1のトランスポソーム複合体の前記選択的な送達が、前記細胞核への前記第1のトランスポソーム複合体の実質的送達なしで起こる、請求項17~19のいずれか一項に記載の方法。
- 前記第1の細胞区画が、前記細胞質であり、前記第1の標的核酸が、細胞質標的核酸であり、前記第2の細胞区画が、前記細胞核であり、前記第2の標的核酸が、核標的核酸である、請求項17~20のいずれか一項に記載の方法。
- 前記第2のトランスポソーム複合体の前記選択的送達が、前記核透過性増強剤の存在下で為される、請求項21に記載の方法。
- 前記細胞質標的核酸がDNAである、請求項21または22に記載の方法。
- 前記細胞質標的核酸がcDNAである、請求項21または22に記載の方法。
- 前記細胞核標的核酸が、DNAまたはゲノムDNA(gDNA)である、請求項17~24のいずれか一項に記載の方法。
- 前記細胞核標的核酸が、オープンクロマチン状況におけるDNAである、請求項17~24のいずれか一項に記載の方法。
- 前記細胞核標的核酸がcDNAである、請求項17~24のいずれか一項に記載の方法。
- 前記第1のトランスポソーム複合体を選択的に送達するステップが、該第1のトランスポソーム複合体をミトコンドリア標的核酸と反応させて、タグ付けされたミトコンドリア二本鎖核酸断片を産生するステップを含み、
前記第2のトランスポソーム複合体を選択的に送達するステップが、前記第2のトランスポソーム複合体を細胞核標的核酸と反応させて、タグ付けされた核二本鎖核酸断片を産生するステップを含む、
請求項17~20のいずれか一項に記載の方法。 - 前記ミトコンドリア標的核酸が、DNAである、請求項28に記載の方法。
- 前記細胞核標的核酸が、DNAである、またはゲノムDNA(gDNA)である、請求項28または29に記載の方法。
- 前記細胞を溶解して、前記タグ付けされた二本鎖核酸断片を放出させるステップをさらに含む、請求項17~30のいずれか一項に記載の方法。
- 前記クラスリン阻害剤が、N-[5-(4-ブロモベンジリデン)-4-オキソ-4,5-ジヒドロ-1,3-チアゾール-2-イル]ナフタレン-1-スルホンアミド、メチル-b-シクロデキストリン、フェノチアジン、モノダンシルカダベリン、クロロキン、モネンシン、高浸透圧性スクロースもしくはダイナソアまたはそれらの合成アナログである、請求項16に記載の組成物。
Priority Applications (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2022051494A JP7455886B2 (ja) | 2016-12-29 | 2022-03-28 | 細胞区画内の生体分子への直交アクセスおよび細胞区画内の生体分子のタグ付けのための分析システム |
JP2024016433A JP2024054221A (ja) | 2016-12-29 | 2024-02-06 | 細胞区画内の生体分子への直交アクセスおよび細胞区画内の生体分子のタグ付けのための分析システム |
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US201662440089P | 2016-12-29 | 2016-12-29 | |
US62/440,089 | 2016-12-29 | ||
PCT/US2017/068672 WO2018125982A1 (en) | 2016-12-29 | 2017-12-28 | Analysis system for orthogonal access to and tagging of biomolecules in cellular compartments |
Related Child Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2022051494A Division JP7455886B2 (ja) | 2016-12-29 | 2022-03-28 | 細胞区画内の生体分子への直交アクセスおよび細胞区画内の生体分子のタグ付けのための分析システム |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2020506671A JP2020506671A (ja) | 2020-03-05 |
JP7234114B2 true JP7234114B2 (ja) | 2023-03-07 |
Family
ID=61007854
Family Applications (3)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2019535278A Active JP7234114B2 (ja) | 2016-12-29 | 2017-12-28 | 細胞区画内の生体分子への直交アクセスおよび細胞区画内の生体分子のタグ付けのための分析システム |
JP2022051494A Active JP7455886B2 (ja) | 2016-12-29 | 2022-03-28 | 細胞区画内の生体分子への直交アクセスおよび細胞区画内の生体分子のタグ付けのための分析システム |
JP2024016433A Pending JP2024054221A (ja) | 2016-12-29 | 2024-02-06 | 細胞区画内の生体分子への直交アクセスおよび細胞区画内の生体分子のタグ付けのための分析システム |
Family Applications After (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2022051494A Active JP7455886B2 (ja) | 2016-12-29 | 2022-03-28 | 細胞区画内の生体分子への直交アクセスおよび細胞区画内の生体分子のタグ付けのための分析システム |
JP2024016433A Pending JP2024054221A (ja) | 2016-12-29 | 2024-02-06 | 細胞区画内の生体分子への直交アクセスおよび細胞区画内の生体分子のタグ付けのための分析システム |
Country Status (9)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US20190323003A1 (ja) |
EP (1) | EP3565904A1 (ja) |
JP (3) | JP7234114B2 (ja) |
KR (2) | KR102551666B1 (ja) |
CN (1) | CN110431237A (ja) |
AU (1) | AU2017386533A1 (ja) |
CA (1) | CA3048863A1 (ja) |
SG (1) | SG10201911905QA (ja) |
WO (1) | WO2018125982A1 (ja) |
Families Citing this family (37)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US10323279B2 (en) | 2012-08-14 | 2019-06-18 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US20150376609A1 (en) | 2014-06-26 | 2015-12-31 | 10X Genomics, Inc. | Methods of Analyzing Nucleic Acids from Individual Cells or Cell Populations |
US11591637B2 (en) | 2012-08-14 | 2023-02-28 | 10X Genomics, Inc. | Compositions and methods for sample processing |
US10752949B2 (en) | 2012-08-14 | 2020-08-25 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US9701998B2 (en) | 2012-12-14 | 2017-07-11 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10400280B2 (en) | 2012-08-14 | 2019-09-03 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US9951386B2 (en) | 2014-06-26 | 2018-04-24 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10533221B2 (en) | 2012-12-14 | 2020-01-14 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
CA2894694C (en) | 2012-12-14 | 2023-04-25 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
CA2900481A1 (en) | 2013-02-08 | 2014-08-14 | 10X Genomics, Inc. | Polynucleotide barcode generation |
SG11201705615UA (en) | 2015-01-12 | 2017-08-30 | 10X Genomics Inc | Processes and systems for preparing nucleic acid sequencing libraries and libraries prepared using same |
EP3262407B1 (en) | 2015-02-24 | 2023-08-30 | 10X Genomics, Inc. | Partition processing methods and systems |
US11371094B2 (en) | 2015-11-19 | 2022-06-28 | 10X Genomics, Inc. | Systems and methods for nucleic acid processing using degenerate nucleotides |
US10550429B2 (en) | 2016-12-22 | 2020-02-04 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
US10815525B2 (en) | 2016-12-22 | 2020-10-27 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for processing polynucleotides |
EP4029939B1 (en) | 2017-01-30 | 2023-06-28 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for droplet-based single cell barcoding |
US10995333B2 (en) | 2017-02-06 | 2021-05-04 | 10X Genomics, Inc. | Systems and methods for nucleic acid preparation |
US10400235B2 (en) | 2017-05-26 | 2019-09-03 | 10X Genomics, Inc. | Single cell analysis of transposase accessible chromatin |
CN116064732A (zh) | 2017-05-26 | 2023-05-05 | 10X基因组学有限公司 | 转座酶可接近性染色质的单细胞分析 |
SG11201913654QA (en) | 2017-11-15 | 2020-01-30 | 10X Genomics Inc | Functionalized gel beads |
US10829815B2 (en) | 2017-11-17 | 2020-11-10 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for associating physical and genetic properties of biological particles |
WO2019157529A1 (en) | 2018-02-12 | 2019-08-15 | 10X Genomics, Inc. | Methods characterizing multiple analytes from individual cells or cell populations |
SG11202009889VA (en) | 2018-04-06 | 2020-11-27 | 10X Genomics Inc | Systems and methods for quality control in single cell processing |
EP4269618A3 (en) * | 2018-06-04 | 2024-01-10 | Illumina, Inc. | Methods of making high-throughput single-cell transcriptome libraries |
US20200032335A1 (en) | 2018-07-27 | 2020-01-30 | 10X Genomics, Inc. | Systems and methods for metabolome analysis |
US11459607B1 (en) | 2018-12-10 | 2022-10-04 | 10X Genomics, Inc. | Systems and methods for processing-nucleic acid molecules from a single cell using sequential co-partitioning and composite barcodes |
US11845983B1 (en) | 2019-01-09 | 2023-12-19 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for multiplexing of droplet based assays |
TW202100247A (zh) | 2019-01-29 | 2021-01-01 | 美商伊路米納有限公司 | 流通槽 |
TW202043486A (zh) | 2019-01-29 | 2020-12-01 | 美商伊路米納有限公司 | 定序套組 |
TW202045709A (zh) | 2019-01-29 | 2020-12-16 | 美商伊路米納有限公司 | 流體槽 |
US11851683B1 (en) | 2019-02-12 | 2023-12-26 | 10X Genomics, Inc. | Methods and systems for selective analysis of cellular samples |
WO2021030268A2 (en) | 2019-08-09 | 2021-02-18 | Nutcracker Therapeutics, Inc. | Microfluidic apparatus and methods of use thereof |
CN115698282A (zh) | 2020-01-13 | 2023-02-03 | 福路伦特生物科学公司 | 单细胞测序 |
EP4106769A4 (en) * | 2020-02-17 | 2024-03-27 | Universal Sequencing Tech Corporation | METHOD FOR BARCODING NUCLEIC ACIDS FOR DETECTION AND SEQUENCING |
EP4121016A1 (en) | 2020-03-16 | 2023-01-25 | Fluent Biosciences Inc. | Multi-omic analysis in monodisperse droplets |
CA3189597A1 (en) * | 2020-07-15 | 2022-01-20 | Fluent Biosciences Inc. | Tiered ligation oligos |
WO2022118894A1 (ja) * | 2020-12-02 | 2022-06-09 | 国立研究開発法人理化学研究所 | 核可溶性タンパク質の新規分画方法 |
Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2015200609A1 (en) | 2014-06-26 | 2015-12-30 | Illumina, Inc. | Library preparation of tagged nucleic acid using single tube add-on protocol |
JP2016518860A (ja) | 2013-05-23 | 2016-06-30 | ザ ボード オブ トラスティーズ オブ ザ レランド スタンフォード ジュニア ユニバーシティー | 個別的エピゲノミクスのための天然クロマチンへの転移 |
WO2016130704A3 (en) | 2015-02-10 | 2016-10-06 | Illumina, Inc. | Methods and compositions for analyzing cellular components |
Family Cites Families (14)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CA2256128A1 (en) | 1998-12-29 | 2000-06-29 | Stephen William Davies | Coded dna processing |
US20060134629A1 (en) * | 2000-03-20 | 2006-06-22 | Link Charles J | Methods and compositions for elucidating protein expression profiles in cells |
US7574305B2 (en) | 2003-07-15 | 2009-08-11 | Bioarray Solutions Ltd. | Concurrent optimization in selection of primer and capture probe sets for nucleic acid analysis |
CA2700162C (en) * | 2007-09-25 | 2018-08-14 | Pastoral Greenhouse Gas Research Ltd | Cell-permeabilising peptides and polypeptides for microbial cells |
US9080211B2 (en) | 2008-10-24 | 2015-07-14 | Epicentre Technologies Corporation | Transposon end compositions and methods for modifying nucleic acids |
WO2010062913A2 (en) | 2008-11-26 | 2010-06-03 | Illumina, Inc. | Methods and systems for analysis of sequencing data |
US20100323348A1 (en) | 2009-01-31 | 2010-12-23 | The Regents Of The University Of Colorado, A Body Corporate | Methods and Compositions for Using Error-Detecting and/or Error-Correcting Barcodes in Nucleic Acid Amplification Process |
US8829171B2 (en) | 2011-02-10 | 2014-09-09 | Illumina, Inc. | Linking sequence reads using paired code tags |
US9074251B2 (en) | 2011-02-10 | 2015-07-07 | Illumina, Inc. | Linking sequence reads using paired code tags |
EP2635679B1 (en) | 2010-11-05 | 2017-04-19 | Illumina, Inc. | Linking sequence reads using paired code tags |
US9365897B2 (en) | 2011-02-08 | 2016-06-14 | Illumina, Inc. | Selective enrichment of nucleic acids |
US9683230B2 (en) | 2013-01-09 | 2017-06-20 | Illumina Cambridge Limited | Sample preparation on a solid support |
KR101484042B1 (ko) | 2014-07-23 | 2015-01-19 | 국방과학연구소 | 박막형 메탈폼 및 컵을 적용한 열활성화 방식 비축형전지 음극 제조방법 |
EP4239067A3 (en) * | 2014-11-05 | 2023-10-25 | Illumina, Inc. | Transposase compositions for reduction of insertion bias |
-
2017
- 2017-12-28 CA CA3048863A patent/CA3048863A1/en active Pending
- 2017-12-28 EP EP17832699.7A patent/EP3565904A1/en active Pending
- 2017-12-28 WO PCT/US2017/068672 patent/WO2018125982A1/en unknown
- 2017-12-28 AU AU2017386533A patent/AU2017386533A1/en active Pending
- 2017-12-28 JP JP2019535278A patent/JP7234114B2/ja active Active
- 2017-12-28 CN CN201780087116.5A patent/CN110431237A/zh active Pending
- 2017-12-28 SG SG10201911905QA patent/SG10201911905QA/en unknown
- 2017-12-28 KR KR1020197021415A patent/KR102551666B1/ko active IP Right Grant
- 2017-12-28 KR KR1020237022198A patent/KR20230104772A/ko not_active Application Discontinuation
-
2019
- 2019-06-28 US US16/456,763 patent/US20190323003A1/en active Pending
-
2022
- 2022-03-28 JP JP2022051494A patent/JP7455886B2/ja active Active
-
2024
- 2024-02-06 JP JP2024016433A patent/JP2024054221A/ja active Pending
Patent Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2016518860A (ja) | 2013-05-23 | 2016-06-30 | ザ ボード オブ トラスティーズ オブ ザ レランド スタンフォード ジュニア ユニバーシティー | 個別的エピゲノミクスのための天然クロマチンへの転移 |
WO2015200609A1 (en) | 2014-06-26 | 2015-12-30 | Illumina, Inc. | Library preparation of tagged nucleic acid using single tube add-on protocol |
WO2016130704A3 (en) | 2015-02-10 | 2016-10-06 | Illumina, Inc. | Methods and compositions for analyzing cellular components |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
JP2020506671A (ja) | 2020-03-05 |
KR102551666B1 (ko) | 2023-07-04 |
JP7455886B2 (ja) | 2024-03-26 |
KR20190097239A (ko) | 2019-08-20 |
WO2018125982A1 (en) | 2018-07-05 |
EP3565904A1 (en) | 2019-11-13 |
AU2017386533A1 (en) | 2019-07-18 |
SG10201911905QA (en) | 2020-01-30 |
RU2019123065A (ru) | 2021-02-01 |
JP2022088511A (ja) | 2022-06-14 |
CA3048863A1 (en) | 2018-07-05 |
KR20230104772A (ko) | 2023-07-10 |
US20190323003A1 (en) | 2019-10-24 |
CN110431237A (zh) | 2019-11-08 |
RU2019123065A3 (ja) | 2021-10-13 |
JP2024054221A (ja) | 2024-04-16 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP7234114B2 (ja) | 細胞区画内の生体分子への直交アクセスおよび細胞区画内の生体分子のタグ付けのための分析システム | |
EP3887540B1 (en) | Analysis of multiple analytes using a single assay | |
US11519033B2 (en) | Method for transposase-mediated spatial tagging and analyzing genomic DNA in a biological sample | |
JP2022105000A (ja) | 単一細胞を封入する方法、封入された細胞およびその使用 | |
US20240084383A1 (en) | Methods for spatial analysis using rolling circle amplification and detection probes | |
US20220195498A1 (en) | Methods and compositions for analyte detection | |
CN114051534A (zh) | 单细胞染色质免疫沉淀测序测定 | |
US20220195507A1 (en) | Methods and means for preparing a library for sequencing | |
RU2771892C2 (ru) | Система анализа для ортогонального доступа к биомолекулам и их мечения в клеточных компартментах | |
US20230095295A1 (en) | Phi29 mutants and use thereof | |
US20230304072A1 (en) | Methods and compositions related to microsphere surface gelation | |
WO2024073510A2 (en) | Methods and compositions for fixed sample analysis | |
WO2024076908A1 (en) | Compositions and methods for analyzing genomic insertion sites of exogenous nucleic acids |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20190829 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20201225 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20211228 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20220328 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20220721 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20221121 |
|
C60 | Trial request (containing other claim documents, opposition documents) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C60 Effective date: 20221121 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821 Effective date: 20221121 |
|
A911 | Transfer to examiner for re-examination before appeal (zenchi) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A911 Effective date: 20221213 |
|
C21 | Notice of transfer of a case for reconsideration by examiners before appeal proceedings |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C21 Effective date: 20221214 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20230213 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20230222 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 7234114 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |