JP7177076B2 - チロシン原栄養性 - Google Patents
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Description
本発明の実施は、特記しない限り、当業者の技術範囲内の、分子生物学(組換え技術を含む)、微生物学、細胞生物学、生化学および免疫学の従来技術を使用する。かかる技術は、文献、例えば、Molecular Cloning:A Laboratory Manual、第2版(Sambrookら、1989)Cold Spring Harbor Press;Oligonucleotide Synthesis(M.J.Gait編、1984);Methods in Molecular Biology、Humana Press;Cell Biology:A Laboratory Notebook(J.E.Cellis編、1998)Academic Press;Animal Cell Culture(R.I.Freshney編、1987);Introduction to Cell and Tissue Culture(J.P.MatherおよびP.E.Roberts、1998)Plenum Press;Cell and Tissue Culture:Laboratory Procedures(A.Doyle、J.B.GriffithsおよびD.G.Newell編、1993~1998)J.Wiley and Sons;Methods in Enzymology(Academic Press,Inc.);Handbook of Experimental Immunology(D.M.WeirおよびC.C.Blackwell編);Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells(J.M.MillerおよびM.P.Calos編、1987);Current Protocols in Molecular Biology(F.M.Ausubelら編、1987);PCR:The Polymerase Chain Reaction、(Mullisら編、1994);Current Protocols in Immunology(J.E.Coliganら編、1991);Short Protocols in Molecular Biology(Wiley and Sons、1999);Immunobiology(C.A.JanewayおよびP.Travers、1997);Antibodies(P.Finch、1997);Antibodies:a practical approach (D.Catty.編、IRL Press、1988~1989);Monoclonal antibodies:a practical approach(P.ShepherdおよびC.Dean編、Oxford University Press、2000);Using antibodies:a laboratory manual(E.HarlowおよびD.Lane(Cold Spring Harbor Laboratory Press、1999);The Antibodies(M.ZanettiおよびJ.D.Capra編、Harwood Academic Publishers、1995)中で、ならびに該当する場合には、上記参考文献の後続の版および対応するウェブサイト中で、十分に説明されている。
「抗体」は、免疫グロブリン分子の可変領域中に位置する少なくとも1つの抗原認識部位を介して、標的、例えば、炭水化物、ポリヌクレオチド、脂質、ポリペプチドなどへの特異的結合が可能な免疫グロブリン分子である。本明細書で使用する場合、この用語は、インタクトなポリクローナルまたはモノクローナル抗体だけでなく、特記しない限り、特異的結合についてインタクトな抗体と競合するその任意の抗原結合部分、抗原結合部分を含む融合タンパク質、および抗原認識部位を含む免疫グロブリン分子の任意の他の改変された構成もまた包含する。抗原結合部分には、例えば、Fab、Fab’、F(ab’)2、Fd、Fv、ドメイン抗体(dAb、例えば、サメおよびラクダ科抗体)、相補性決定領域(CDR)を含む断片、単鎖可変断片抗体(scFv)、マキシボディ(maxibody)、ミニボディ(minibody)、イントラボディ(intrabody)、ダイアボディ(diabody)、トリアボディ(triabody)、テトラボディ(tetrabody)、v-NARおよびbis-scFv、ならびにそのポリペプチドに特異的抗原結合を付与するのに十分な免疫グロブリンの少なくとも一部分を含むポリペプチドが含まれる。抗体には、任意のクラス、例えば、IgG、IgAまたはIgM(またはそのサブクラス)の抗体、および任意の特定のクラスである必要がない抗体が含まれる。その重鎖の定常領域の抗体アミノ酸配列に依存して、免疫グロブリンは、異なるクラスに割当てることができる。5つの主要なクラスの免疫グロブリン:IgA、IgD、IgE、IgGおよびIgMが存在し、これらのうちいくつかは、サブクラス(アイソタイプ)、例えば、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1およびIgA2へとさらに分割され得る。異なるクラスの免疫グロブリンに対応する重鎖定常領域は、それぞれ、アルファ、デルタ、イプシロン、ガンマおよびミューと呼ばれる。異なるクラスの免疫グロブリンのサブユニット構造および三次元構成は、周知である。
一部の実施形態では、チロシン選択可能なマーカー系が、本明細書で提供される。チロシン選択可能なマーカー系は、例えば、本明細書に記載されるPAHおよび/またはPCBD1遺伝子を含む組換え核酸構築物およびベクター、ならびにその使用を含む。チロシン選択可能なマーカー系には、宿主細胞中へのPAHおよびPCBD1遺伝子の導入が関与する。したがって、本明細書で提供されるチロシン選択可能なマーカー系の使用を介した1つまたは複数の外因性核酸を含む宿主細胞の選択には、PAHおよびPCBD1遺伝子の両方を受け取る宿主細胞が関与する。これらの遺伝子は、同じ核酸構築物上で宿主細胞中に導入され得、または別々の核酸構築物上で提供され得る。目的のヌクレオチド配列は、1つまたは複数の核酸構築物中でPAHおよびPCBD1遺伝子にカップリングされ得、したがって、目的のヌクレオチド配列を含む構築物(単数または複数)でトランスフェクトされた細胞は、PAHおよびPCBD1遺伝子を含む細胞の選択を介して選択され得る。かかる細胞は、次に、チロシン原栄養性を示す細胞の選択を介して選択され得る。
PAH遺伝子
本明細書で提供される実施形態は、PAH遺伝子を含み得る。PAH遺伝子は、酵素フェニルアラニンヒドロキシラーゼ(「PAH」)をコードする。PAHは、フェニルアラニンのチロシンへの変換を触媒する。例示的なPAH遺伝子およびポリペプチド配列は、GenBank受託番号BC013458(マウス)、BC026251(ヒト)およびBC078881(ラット)を介して提供される。例示的なチャイニーズハムスター(モンゴルキヌゲネズミ(Cricetulus griseus))PAH mRNA配列は、NCBI受託番号:XM_007640431.1およびXM_007621169.1の下で提供される。
(MAAVVLENGVLSRKLSDFGQETSYIEDNSNQNGAVSLIFSLKEEVGALAKVLRLFEENEINLTHIESRPSRLNKDEYEFFTYLDKRSKPVLGSIIKSLRNDIGATVHELSRDKEKNTVPWFPRTIQELDRFANQILSYGAELDADHPGFKDPVYRARRKQFADIAYNYRHGQPIPRVEYTEEERKTWGTVFRTLKALYKTHACYEHNHIFPLLEKYCGFREDNIPQLEDVSQFLQTCTGFRLRPVAGLLSSRDFLGGLAFRVFHCTQYIRHGSKPMYTPEPDICHELLGHVPLFSDRSFAQFSQEIGLASLGAPDEYIEKLATIYWFTVEFGLCKEGDSIKAYGAGLLSSFGELQYCLSDKPKLLPLELEKTACQEYTVTEFQPLYYVAESFNDAKEKVRTFAATIPRPFSVRYDPYTQRVEVLDNTQQLKILADSINSEVGILCHALQKIKS)
に示されるマウスPAHアミノ酸配列である。一部の実施形態では、PAHポリペプチドは、配列番号1に示されるアミノ酸配列と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%、80%、75%、70%、65%、60%、55%または50%の相同性を有するポリペプチドである。一部の実施形態では、PAHポリペプチドは、上記PAHポリペプチドのいずれかの触媒的に活性な断片である。
(ATGGCAGCTGTTGTCCTGGAGAACGGAGTCCTGAGCAGAAAACTCTCAGACTTTGGGCAGGAAACAAGTTACATCGAAGACAACTCCAATCAAAATGGTGCTGTATCTCTGATATTCTCACTCAAAGAGGAAGTTGGTGCCCTGGCCAAGGTCCTGCGCTTATTTGAGGAGAATGAGATCAACCTGACACACATTGAATCCAGACCTTCTCGTTTAAACAAAGATGAGTATGAGTTTTTCACCTATCTGGATAAGCGTAGCAAGCCCGTCCTGGGCAGCATCATCAAGAGCCTGAGGAACGACATTGGTGCCACTGTCCATGAGCTTTCCCGAGACAAGGAAAAGAACACAGTGCCCTGGTTCCCAAGGACCATTCAGGAGCTGGACAGATTCGCCAATCAGATTCTCAGCTATGGAGCCGAACTGGATGCAGACCACCCAGGCTTTAAAGATCCTGTGTACCGGGCGAGACGAAAGCAGTTTGCTGACATTGCCTACAACTACCGCCATGGGCAGCCCATTCCTCGGGTGGAATACACAGAGGAGGAGAGGAAGACCTGGGGAACGGTGTTCAGGACTCTGAAGGCCTTGTATAAAACACATGCCTGCTACGAGCACAACCACATCTTCCCTCTTCTGGAAAAGTACTGCGGTTTCCGTGAAGACAACATCCCGCAGCTGGAAGATGTTTCTCAGTTTCTGCAGACTTGTACTGGTTTCCGCCTCCGTCCTGTTGCTGGCTTACTGTCGTCTCGAGATTTCTTGGGTGGCCTGGCCTTCCGAGTCTTCCACTGCACACAGTACATTAGGCATGGATCTAAGCCCATGTACACACCTGAACCTGATATCTGTCATGAACTCTTGGGACATGTGCCCTTGTTTTCAGATAGAAGCTTTGCCCAGTTTTCTCAGGAAATTGGGCTTGCATCGCTGGGGGCACCTGATGAGTACATTGAGAAACTGGCCACAATTTACTGGTTTACTGTGGAGTTTGGGCTTTGCAAGGAAGGAGATTCTATAAAGGCATATGGTGCTGGGCTCTTGTCATCCTTTGGAGAATTACAGTACTGTTTATCAGACAAGCCAAAGCTCCTGCCCCTGGAGCTAGAGAAGACAGCCTGCCAGGAGTATACTGTCACAGAGTTCCAGCCCCTGTACTATGTGGCCGAGAGTTTCAATGATGCCAAGGAGAAAGTGAGGACTTTTGCTGCCACAATCCCCCGGCCCTTCTCCGTTCGCTATGACCCCTACACTCAAAGGGTTGAGGTCCTGGACAATACTCAGCAGTTGAAGATTTTAGCTGACTCCATTAATAGTGAGGTTGGAATCCTTTGCCATGCCCTGCAGAAAATAAAGTCATGA)
に示されるマウスPAH cDNA配列である。一部の実施形態では、PAH遺伝子配列は、配列番号2に示されるヌクレオチド配列と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%、80%、75%、70%、65%、60%、55%または50%の相同性を有するヌクレオチド配列である。一部の実施形態では、PAH遺伝子は、上記PAHポリペプチドのいずれかの触媒的に活性な断片をコードする。
本明細書で提供される実施形態は、PCBD1遺伝子を含み得る。PCBD1遺伝子は、肝細胞核因子1アルファの二量体化補因子1としても公知の酵素プテリン-4-アルファ-カルビノールアミンデヒドラターゼ(「PCBD1」)をコードする。PCBD1は、分子テトラヒドロビオプテリン(「BH4」)の代謝に関与する。例示的なPCBD1遺伝子およびポリペプチド配列は、GenBank受託番号BC024354(マウス)およびBC006324(ヒト)を介して提供される。例示的なチャイニーズハムスター(モンゴルキヌゲネズミ(Cricetulus griseus))PCBD1 mRNA配列は、NCBI受託番号:XM_007613612.2およびXM_003499899.3の下で提供される。
(MAGKAHRLSAEERDQLLPNLRAVGWNEVEGRDAIFKQFHFKDFNRAFGFMTRVALQAEKLDHHPEWFNVYNKVHITLSTHECAGLSERDINLASFIEQVAVSMT)
に示されるマウスPCBD1アミノ酸配列である。一部の実施形態では、PCBD1ポリペプチドは、配列番号3に示されるアミノ酸配列と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%、80%、75%、70%、65%、60%、55%または50%の相同性を有するポリペプチドである。一部の実施形態では、PCBD1ポリペプチドは、上記PCBD1ポリペプチドのいずれかの触媒的に活性な断片である。
(ATGGCCGGCAAGGCACACAGGCTGAGCGCCGAGGAGCGAGACCAGCTGCTGCCAAACCTGAGGGCTGTGGGGTGGAATGAAGTAGAAGGCCGAGATGCTATCTTCAAGCAGTTCCATTTTAAAGACTTCAACAGGGCTTTTGGCTTCATGACAAGAGTAGCCCTGCAGGCTGAAAAGCTGGACCACCATCCCGAGTGGTTTAACGTGTACAACAAGGTCCATATCACCTTGAGCACCCATGAATGTGCCGGTCTTTCGGAACGGGATATAAACCTGGCCAGCTTCATCGAACAAGTCGCCGTGTCTATGACATAG)
に示されるマウスPCBD1 cDNA配列である。一部の実施形態では、PCBD1遺伝子配列は、配列番号4に示されるヌクレオチド配列と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%、80%、75%、70%、65%、60%、55%または50%の相同性を有するヌクレオチド配列である。一部の実施形態では、PCBD1遺伝子は、上記PCBD1ポリペプチドのいずれかの触媒的に活性な断片をコードする。
本明細書で提供される実施形態は、目的のヌクレオチド配列を含み得る。本明細書で使用する場合、「目的のヌクレオチド配列」は、人が宿主細胞中に導入することまたはベクター中に存在させることを望み得る、任意のヌクレオチド配列を指す。最も一般的には、目的のヌクレオチド配列は、目的のポリペプチドをコードする、または目的のRNA分子の生成のための鋳型である、DNA配列である。しかし、あるいは、目的のヌクレオチド配列は、例えば、調節性もしくは構造的機能を提供する配列(例えば、プロモーターまたはエンハンサー配列)、またはクローニング目的のための制限酵素配列など、異なる目的を果たす配列(例えば、目的のヌクレオチド配列は、マルチクローニング部位であり得る)であり得る。目的のヌクレオチド配列は、任意のヌクレオチド長のものであり得る。目的のヌクレオチド配列は、DNA配列またはRNA配列であり得る。一部の実施形態では、目的のヌクレオチド配列は、宿主細胞中に内因性に存在しない配列である。一部の実施形態では、目的のヌクレオチド配列は、宿主細胞中に内因性に別々に存在する(即ち、この配列はまた、宿主細胞中に導入された目的のヌクレオチド配列を含む組換え核酸構築物とは別に、宿主細胞中に存在する)。かかる実施形態では、目的のヌクレオチド配列は、例えば、対応する内因性ヌクレオチド配列の比較的低い発現が存在する場合、および細胞におけるヌクレオチド配列の増加した発現を有することが望ましい場合、宿主細胞中に導入され得る。
一部の態様では、核酸構築物が、本明細書で提供される。本明細書で提供される「核酸構築物」は、上記ポリヌクレオチドまたは核酸の1つの型である。「核酸構築物」は、上記ポリヌクレオチドまたは核酸の特徴のいずれかを有し得る。典型的には、本明細書で提供される「核酸構築物」は、ポリヌクレオチドを構成するヌクレオチドの鎖内に2つ以上の機能的単位を含む。ヌクレオチド配列中の機能的単位は、特定の機能を有する任意の型の別個のヌクレオチド配列、例えば、目的のヌクレオチド配列、ポリペプチドをコードする遺伝子、調節性配列、組換え配列、または阻害性RNA分子のための鋳型などであり得る。したがって、例えば、本明細書で提供される「核酸構築物」の一部の実施形態は、以下:
i)PAHおよび/またはPCBD1遺伝子、
ii)任意の数の目的のヌクレオチド配列、例えば、1、2、3、4、5またはそれよりも多くの目的のヌクレオチド配列、
iii)任意の数の組換え標的配列、例えば、1、2、3、4、5またはそれよりも多くの組換え標的配列、
iv)任意の数の発現制御配列、例えば、1、2、3、4、5またはそれよりも多くの発現制御配列
のうち1つまたは複数を含み得る。任意選択により、各目的のヌクレオチド配列およびPAHまたはPCBD1遺伝子は、少なくとも1つの発現制御配列に作動可能に連結される。
本明細書で使用する場合、用語「宿主細胞」は、本明細書で提供される組換え核酸構築物を有する、またはかかる核酸構築物のレシピエントであり得る、細胞または細胞培養物を指す。宿主細胞には、単一の宿主細胞の子孫が含まれ、この子孫は、天然の、偶発的なまたは計画的な変異に起因して、元の親細胞に対して(形態学的にまたはゲノムDNA補完的に)必ずしも完全に同一でない場合がある。
本明細書で提供されるポリヌクレオチド(例えば、核酸構築物、ベクターなど)は、例えば、エレクトロポレーション、塩化カルシウム、塩化ルビジウム、リン酸カルシウム、DEAE-デキストランまたは他の物質を使用するトランスフェクション、微粒子銃、リポフェクション、および感染(例えば、ベクターが、ワクシニアウイルスなどの感染性因子である場合)を含むいくつかの適切な手段のいずれかによって、宿主細胞中に導入され得る。宿主細胞中へのポリヌクレオチドの導入のための方法の選択は、宿主細胞の特色に依存する場合が多い。
ポリヌクレオチドが宿主細胞中に安定に導入される本明細書で提供される実施形態(例えば、ポリヌクレオチドが宿主細胞染色体中に組み込まれる状況)では、ポリヌクレオチドは、宿主細胞の染色体中にランダムに組み込まれ得、またはポリヌクレオチドは、宿主細胞の染色体中の特定の位置において組み込まれ得る。これらのアプローチは、本明細書で、それぞれ、「ランダム組み込み」または「部位特異的組み込み(「SSI」)」と呼ばれ得る。
別の態様では、本明細書で提供される組成物および方法を介して産生される組換えポリペプチドが、本明細書で提供される。例えば、本明細書で提供される組換え核酸構築物の構成成分である目的のヌクレオチド配列によってコードされる組換えポリペプチドが、本明細書で提供される。
医薬品または他の市販の薬剤として現在使用されているまたは調査中の多数の抗体を考慮すると、抗体の産生は、本発明に従って特に目的とされる。抗体は、特定の抗原に特異的に結合する能力を有するタンパク質である。宿主細胞において発現され得る任意の抗体が、本発明に従って産生され得、本発明の方法に従って、または本発明の細胞によって産生され得る。
一般に、本発明に従って発現されたタンパク質を単離および/または精製することが、典型的には望ましい。ある特定の実施形態では、発現されたタンパク質は、培地中に分泌され、したがって、細胞および他の固形物は、例えば、精製プロセス中の第1のステップとして、遠心分離または濾過などによって除去され得る。あるいは、発現されたタンパク質は、細胞中に残存し得、または宿主細胞の表面に結合され得る。かかる状況では、培地は除去され得、タンパク質を発現する宿主細胞は、精製プロセス中の第1のステップとして溶解される。哺乳動物宿主細胞の溶解は、ガラスビーズによる物理的破壊および高pH条件への曝露を含む、当業者に周知の任意の数の手段によって達成され得る。
用語「培地(medium)」、「培地(media)」などは、本明細書で使用する場合、成長中の哺乳動物細胞に栄養分を与える構成成分または栄養素を含む溶液を指す。典型的には、栄養素には、最低限の成長および/または生存のために細胞が必要とする、必須および非必須アミノ酸、ビタミン、エネルギー源、脂質ならびに微量元素が含まれる。かかる溶液は、ホルモンおよび/もしくは他の増殖因子、特定のイオン(例えば、ナトリウム、塩化物、カルシウム、マグネシウムおよびリン酸)、緩衝液、ビタミン、ヌクレオシドもしくはヌクレオチド、微量元素(非常に低い最終濃度で通常存在する無機化合物)、高い最終濃度で存在する無機化合物、アミノ酸、脂質ならびに/またはグルコースもしくは他のエネルギー源が含まれるがこれらに限定されない、最小速度を上回って成長および/または生存を増強するさらなる栄養素または補足的構成成分もまた含み得る。一部の実施形態では、培地は、有利には、細胞の生存および増殖にとって最適なpHおよび塩濃度になるように製剤化される。一部の実施形態では、培地は、細胞培養の開始後に添加される供給培地である。
一部の態様では、本明細書で提供される核酸および組成物を使用する方法が、本明細書で提供される。例えば、一部の実施形態では、目的のヌクレオチド配列を含む宿主細胞を取得するための方法が提供され、本明細書で開示されるチロシン選択マーカー系は、目的のヌクレオチド配列を取得した細胞について選択するために使用される。本明細書の他の箇所に記載されるように、これは、例えば、目的のヌクレオチド配列を、核酸構築物中でPAHおよびPCBD1遺伝子のうち一方または両方にカップリングすることによって達成され得る。PAHおよびPCBD1遺伝子を含む核酸構築物を受け取った細胞は、チロシン欠乏培地中で成長するその能力に基づいて選択され得る。一部の実施形態では、PAHおよびPCBD1遺伝子は、同じ核酸構築物中に一緒に含まれる:この形式を用いると、宿主細胞は、チロシン栄養要求体からチロシン原栄養体へと変換されるために、単一の構築物を受け取る必要があるだけである(それは、PAHおよびPCBD1遺伝子が共に、同じ構築物上で宿主細胞に進入するからである)。一部の他の実施形態では、PAHおよびPCBD1遺伝子は、異なる核酸構築物上に存在する。この形式を用いると、宿主細胞は、チロシン栄養要求体からチロシン原栄養体へと変換されるために、両方の構築物を受け取る必要がある。異なる核酸構築物上にPAHおよびPCBD1遺伝子を含む形式は、チロシン栄養要求体からチロシン原栄養体へと変換される宿主細胞を取得することの困難さを増加させ得るが、例えば、細胞中に、別々のベクター中で第1および第2の目的のヌクレオチド配列を導入することが望ましい場合には、これは有用である。2つの異なる核酸構築物中で、第1の目的のヌクレオチド配列をPAH遺伝子にカップリングし、第2の目的のヌクレオチド配列をPCBD1遺伝子にカップリングすることによって、第1および第2の両方の目的のヌクレオチド配列を取得した細胞が、チロシン原栄養性に基づいて選択され得る。
一部の実施形態では、本明細書で提供される組換え核酸構築物、ベクター、宿主細胞、ポリペプチドまたは培地のうち1つまたは複数を含むキットもまた、本明細書で提供される。例えば、一部の実施形態では、A)i)目的のヌクレオチド配列およびii)PAH遺伝子を含む組換え核酸構築物、ならびにB)i)目的のヌクレオチド配列およびii)PCBD1遺伝子を含む組換え核酸構築物を含むキットが、本明細書で提供される。一部の実施形態では、A)PAH遺伝子を含む組換え核酸構築物およびB)PCBD1遺伝子を含む組換え核酸構築物を含むキットが、本明細書で提供される。任意選択により、キットの構成成分は、キット中に、異なる容器(即ち、第1の容器および第2の容器)中で提供される。容器には、例えば、バイアル、ビン、ジャー、可撓性梱包材料(例えば、密封Mylarまたはプラスチックバッグ)などが含まれる。任意選択により、キットは、本明細書に記載される本発明の方法のいずれかに従うキット中の物品の使用のための指示書を含む。キットは、さらなる構成成分、例えば、緩衝液および解釈情報を提供してもよい。
一部の態様では、以下の例示的な実施形態が、本明細書で提供される。
a)細胞の集団を、目的のヌクレオチド配列を含む外因性核酸構築物に曝露させるステップであって、外因性核酸構築物が、i)PAH遺伝子およびii)PCBD1遺伝子をさらに含む、ステップ、
b)チロシン欠乏培地中で、外因性核酸構築物に曝露された細胞の集団を培養するステップ、ならびに
c)外因性核酸構築物に曝露された細胞の集団から、目的の外因性ヌクレオチド配列を含む宿主細胞を取得するステップであって、目的の外因性ヌクレオチド配列を含む宿主細胞が、外因性核酸構築物を含み、外因性核酸構築物を含む宿主細胞が、その外因性核酸構築物を含まない対応する細胞よりも、チロシン欠乏細胞培養培地中で増殖するより高い能力を有する、ステップ、を含む方法。
a)細胞の集団を、I)i)第1の目的の外因性ヌクレオチド配列およびii)PAH遺伝子を含む第1の外因性核酸構築物、ならびにII)i)第2の目的の外因性ヌクレオチド配列およびii)PCBD1遺伝子を含む第2の外因性核酸構築物に曝露させるステップ、ならびに
b)チロシン欠乏培地中で、第1の外因性核酸構築物および第2の外因性核酸構築物に曝露された細胞の集団を培養するステップ、ならびに
c)第1の外因性核酸構築物および第2の外因性核酸構築物に曝露された細胞の集団から、第1の目的の外因性ヌクレオチド配列および第2の目的の外因性ヌクレオチド配列を含む宿主細胞を取得するステップであって、第1の目的の外因性ヌクレオチド配列および第2の目的の外因性ヌクレオチド配列を含む宿主細胞が、第1の外因性核酸構築物および第2の外因性核酸構築物を含み、第1の外因性核酸構築物および第2の外因性核酸構築物を含む宿主細胞が、その第1の外因性核酸構築物および第2の外因性核酸構築物を含まない対応する細胞よりも、チロシン欠乏細胞培養培地中で増殖するより高い能力を有する、ステップ
を含む、方法。
a)宿主細胞中に、目的のヌクレオチド配列を含む外因性核酸構築物を導入するステップであって、外因性核酸構築物が、i)PAH遺伝子およびii)PCBD1遺伝子をさらに含む、ステップ、
b)チロシン欠乏培地中で、外因性核酸構築物を含む宿主細胞を培養するステップであって、外因性核酸構築物を含む宿主細胞が、その外因性核酸構築物を欠くこと以外は同一の対応する宿主細胞よりも、チロシン欠乏培地中で迅速に増殖する、ステップ
を含む、方法。
a)宿主細胞中に、I)i)第1の目的の外因性ヌクレオチド配列およびii)PAH遺伝子を含む第1の外因性核酸構築物、ならびにII)i)第2の目的の外因性ヌクレオチド配列およびii)PCBD1遺伝子を含む第2の外因性核酸構築物を導入するステップ、ならびに
b)チロシン欠乏培地中で、第1の外因性核酸構築物および第2の外因性核酸構築物を含む宿主細胞を培養するステップであって、第1の外因性核酸構築物および第2の外因性核酸構築物を含む宿主細胞が、その第1の外因性核酸構築物および第2の外因性核酸構築物を欠くこと以外は同一の対応する宿主細胞よりも、チロシン欠乏培地中で迅速に増殖する、ステップ
を含む、方法。
チロシン原栄養性を付与できる代謝操作性標的を同定するための、CHO細胞株におけるフェニルアラニン/チロシン経路の酵素の発現レベルの決定
この実験は、IgG抗体を発現するCHO細胞株においてチロシン原栄養性の付与に関与し得る酵素の遺伝子発現レベル、およびさらには酵素活性を決定するために実施した。フェニルアラニン/チロシン経路の酵素の遺伝子発現を、リアルタイム定量ポリメラーゼ連鎖反応(「RT-qPCR」)アッセイを使用して探索した。
RT-qPCRアッセイを使用して、フェニルアラニン/チロシン代謝経路の酵素の相対的遺伝子発現レベルを評価した。RT-qPCRは、検出試薬(即ち、SYBR Green)と組み合わせてPCRを使用して標的cDNA配列を増幅することによって、転写物存在量、およびしたがって遺伝子発現を測定する。SYBR greenは、二本鎖DNAに結合した場合に蛍光を発する分子であり、この蛍光は、RT-qPCRアッセイの間にリアルタイムで測定され得る。蛍光の量は、反応中の二本鎖PCR産物(アンプリコンとも呼ばれる)の量と正比例する。相対的遺伝子発現レベルは、SYBR greenの蛍光が背景蛍光を凌ぎ、対数的に増加するために必要とされるPCRサイクルの数を測定することによって決定される。このサイクル数は、CT(閾値サイクル)と一般に呼ばれる。高い存在量の転写物は、より低いCT値を有するが、それは、蛍光が背景蛍光を凌ぐためにより少ないPCRサイクルを必要とするからであり、逆に、より低い存在量の転写物は、より高いCT値を有するが、それは、蛍光が背景レベルを凌ぐためにより多くのPCRサイクルを必要とするからである。
CHO細胞株についてのフェニルアラニン/チロシン経路の遺伝子についてのCTおよびΔCT値は、表1に示される。表1に列挙した遺伝子は、以下の通りである:PAH(フェニルアラニンヒドロキシラーゼ);HPD(4-ヒドロキシフェニルピルビン酸ジオキシゲナーゼ);HGD(ホモゲンチジン酸1,2-ジオキシゲナーゼ);PCBD1(プテリン-4-アルファ-カルビノールアミンデヒドラターゼ/肝細胞核因子1アルファの二量体化補因子(TCF1)1);GCH1(GTPシクロヒドロラーゼ1);SPR(セピアプテリンレダクターゼ);QDPR(キノイドジヒドロプテリジンレダクターゼ);GOT1(グルタミン酸オキサロ酢酸トランスアミナーゼ1、可溶性);GOT2(グルタミン酸オキサロ酢酸トランスアミナーゼ2、ミトコンドリア);GSTZ1(グルタチオントランスフェラーゼゼータ1(マレイルアセト酢酸イソメラーゼ));FAH(フマリルアセト酢酸ヒドラーゼ);MIF(マクロファージ遊走阻害因子);BCAT1(分岐鎖アミノトランスフェラーゼ1、細胞質ゾル);BCAT2(分岐鎖アミノトランスフェラーゼ2、ミトコンドリア);およびPTS(6-ピルボイルテトラヒドロプテリンシンターゼ)。
選択圧として無チロシン培地を使用して外因性PAHおよびPCBD1を発現する細胞を選択するというコンセプトを評価するための実験であって、PAHおよびPCBD1遺伝子は、別々のベクター上で細胞に導入される
この実験の目的は、遺伝子PAHおよびPCBD1を過剰発現する細胞について選択するための選択圧として無チロシン培地を使用するというコンセプトを試験することであった。また、この実験のさらなる目的は、別々のベクター上で宿主細胞に導入された外因性PAHおよびPCBD1遺伝子を過剰発現する細胞について選択するというコンセプトを具体的に試験することであった。
PAHおよびPCBD1遺伝子のための発現ベクターを、Mammalian Gene Collection(MGC、http://genecollections.nci.nih.gov/MGC/)からのマウスcDNA配列を使用して構築した。cDNA配列は、標的遺伝子のcDNAを有するシャトルベクターを含む大腸菌(E.coli)のグリセロールストックとして、GE Dharmacon(Lafayette、CO)によって提供された。PCRプライマーを、プルーフリーディングポリメラーゼPfu Turbo HotStart 2X Master Mix(Agilent)を用いる反応においてcDNAのコード領域を増幅するために、Primer3アルゴリズム(http://bioinfo.ut.ee/primer3-0.4.0/primer3/)を使用して設計した。PCR産物を、異なる抗生物質耐性遺伝子(この実施例では、抗生物質#1および2と呼ぶ)と共に市販の構成的発現ベクター中にクローニングして、発現プラスミドの個々の選択を可能にした。さらに、対照ベクターもまた、陰性対照(トランスフェクション対照)として機能するように提供した。ベクターを、WyzerBiosciences(Cambridge、MA)によって配列確認した。発現および対照プラスミドを、GenePulser XCellエレクトロポレーター(BioRad、Hercules、CA)を使用してCHO細胞株中にトランスフェクトし、選択圧として、抗生物質、またはチロシンを欠く培地の存在下で回復させた。トランスフェクトされた細胞の生存細胞密度およびパーセント生存度を、トランスフェクションの後数日モニタリングした。
細胞を、PAH発現ベクター(抗生物質耐性遺伝子#1もまた含む)、PCBD1発現ベクター(抗生物質耐性遺伝子#2もまた含む)、PAHおよびPCBD1発現ベクター(2つの別々のベクター)、PAH発現ベクターについての対照ベクター(抗生物質耐性遺伝子#1を含むが、PAH遺伝子を含まない)、PCBD1発現ベクターについての対照ベクター(抗生物質耐性遺伝子#2を含むが、PCBD1遺伝子を含まない)、またはPAH発現ベクターおよびPCBD1発現ベクターの両方についての対照ベクターを含む発現ベクターでトランスフェクトした。トランスフェクトされた細胞プールを、選択的抗生物質を補充したチロシンを含む培地中で(トランスフェクトされたプラスミドによって付与される抗生物質耐性)、またはチロシンを欠く培地中で(PAHおよびPCBD1によって付与される原栄養性)選択した。使用したトランスフェクション条件および選択圧の説明は、表2に列挙される。表2は、実験からの異なる条件についての細胞回復の結果もまとめている。図1および2は、無チロシンまたは抗生物質選択圧におけるトランスフェクトされた細胞の回復プロファイルを示す。チロシンおよび適切な抗生物質を含む培地中で選択された全ての細胞が、予測通り、選択から回復した(図2および表2)。しかし、無チロシン培地中で選択された条件のうち、PAH発現ベクターおよびPCBD1発現ベクターの両方(したがって、PAHおよびPCBD1酵素活性)でトランスフェクトされた細胞のみが、回復することが観察された(図1および表2)。これらの細胞はまた、トランスフェクトされていない細胞と比較した場合、PAHおよびPCBD1のマウスオルソログの高い発現レベルを有した(表3)。表3中では、記号CTおよびΔCTは、実施例1に記載した通りの意味を有する。ΔΔCTは、野生型細胞株条件における遺伝子のΔCTと、無チロシン培地で選択された細胞株中のそれぞれの遺伝子のΔCTとの間の差異を指す。
単一のランディングパッドを有する細胞株を使用する、1つまたは複数の目的の外因性ヌクレオチド配列を含む細胞を選択するためのチロシン原栄養体性選択圧としてのPAHおよびPCBD1酵素の使用を実証するための実験
2つのランディングパッドを有する細胞株を使用する、1つまたは複数の目的の外因性ヌクレオチド配列を含む細胞を選択するためのチロシン原栄養体性選択圧としてのPAHおよびPCBD1酵素の使用を実証するための実験
選択圧として無チロシン培地を使用して外因性PAHおよびPCBD1を発現する細胞を選択するというコンセプトを評価するための実験であって、PAHおよびPCBD1遺伝子は、同じベクター上で細胞に導入される
この実験の目的は、遺伝子PAHおよびPCBD1を過剰発現する細胞について選択するための選択圧として無チロシン培地を使用するというコンセプトを試験することであった。また、この実験のさらなる目的は、同じベクター上で宿主細胞に導入された外因性PAHおよびPCBD1遺伝子を過剰発現する細胞について選択するというコンセプトを具体的に試験することであった。
IRESエレメントに隣接するPAHおよびPCDB1遺伝子のマウスオルソログを含む2つのDNA発現カセットを構築した。単一のバイシストロニックなメッセージの発現のために意図した構築物を、PAH-IRES-PCDB1またはPCBD1-IRES-PAHのいずれかのコンフォメーションで作製した。マウスオルソログDNA配列は、Mammalian Gene Collection(MGC、http://genecollections.nci.nih.gov/MGC/)からのcDNA配列に基づいた。cDNA配列は、標的遺伝子のcDNAを有するプラスミドを含む大腸菌(E.coli)のグリセロールストックとして、GE Dharmacon(Lafayette、CO)によって提供された。ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)オリゴヌクレオチドを、プルーフリーディングポリメラーゼPfu Turbo HotStart 2X Master Mix(Agilent Technologies、Santa Clara、CA)を用いるPCR反応においてcDNAのコード領域を増幅するために設計した。PAHおよびPCBD1配列を有するPCR産物を、上述の配向でIRESエレメントと組み合わせ、抗生物質耐性マーカーを有する市販の発現ベクター中でバイシストロニックな発現カセットへとアセンブルした。プラスミド1(抗生物質耐性遺伝子、ならびに以下の順序の、IRESによって分離されたPAHおよびPCBD1遺伝子を含む:PAH-IRES-PCDB1)、プラスミド2(抗生物質耐性遺伝子、ならびに以下の順序の、IRESによって分離されたPAHおよびPCBD1遺伝子を含む:PCBD1-IRES-PAH)と名付けた得られた発現プラスミドまたは対照プラスミド(抗生物質耐性遺伝子を含むが、PAHもPCBD1も含まない)を、GenePulser XCellエレクトロポレーター(Bio-Rad、Hercules、CA)を用いて、IgG抗体を産生するCHO細胞株中にトランスフェクトした。トランスフェクトされたプールを、選択圧として、ベクター中の抗生物質耐性遺伝子に対応する抗生物質の存在下で、またはチロシンを欠く培地中で回復させた。トランスフェクトされた細胞の生存細胞密度およびパーセント生存度を、トランスフェクションの後数日モニタリングして、チロシン原栄養性を確認した。細胞を、RT qPCRによってPAHおよびPCBD1遺伝子発現について探索し、ウエスタンブロット分析によってPAHおよびPCBD1タンパク質の存在について探索した。
細胞を、プラスミド1、プラスミド2または対照プラスミドでトランスフェクトした。トランスフェクション後、トランスフェクトされた細胞を、チロシン含有(1mMのチロシン)無抗生物質成長培地中で2日間回復させた。2日後、各トランスフェクション(プラスミド1、プラスミド2または対照プラスミド)からの細胞を、無チロシン培地(チロシン原栄養体が選択できるように)または抗生物質および1mMのチロシンを含む培地(抗生物質耐性を有する細胞が選択できるように)のいずれかに移した。
ランダム組み込み様式でトランスフェクトされた1つまたは複数の目的の外因性ヌクレオチド配列を含む細胞を選択するためのチロシン原栄養体性選択圧としてのPAHおよびPCBD1酵素の使用を実証するための実験
この実験の目的は、目的の外因性ヌクレオチド配列でトランスフェクトされたCHO細胞について選択するための選択圧として無チロシン培地を使用するというコンセプトを試験することであり、ここで、目的のヌクレオチド配列は、PAHおよびPCBD1遺伝子と、組換え核酸構築物中でカップリングされる。この実験では、目的のヌクレオチド配列は、抗体軽鎖をコードする第1の目的のヌクレオチド配列および抗体重鎖をコードする第2の目的のヌクレオチド配列を含んだ。
IRESエレメントに隣接するPAHおよびPCDB1遺伝子のマウスオルソログを含む2つのDNA発現カセットを構築した。単一のバイシストロニックなメッセージの発現のために意図された構築物を、PAH-IRES-PCDB1またはPCBD1-IRES-PAHのいずれかのコンフォメーションで作製した。マウスオルソログDNA配列は、Mammalian Gene Collection(MGC、http://genecollections.nci.nih.gov/MGC/)からのcDNA配列に基づいた。cDNA配列は、標的遺伝子のcDNAを有するプラスミドを含む大腸菌(E.coli)のグリセロールストックとして、Dharmacon(Lafayette、CO)によって提供された。ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)オリゴヌクレオチドを、プルーフリーディングポリメラーゼPfu Turbo HotStart 2X Master Mix(Agilent Technologies、Santa Clara、CA)を用いるPCR反応においてcDNAのコード領域を増幅するために設計した。PAHおよびPCBD1配列を有するPCR産物を、上述の配向でIRESエレメントと組み合わせ、治療的タンパク質(IgG抗体)をコードする発現ベクター中でバイシストロニックな発現カセットへとアセンブルした。プラスミド3(PAH-IRES-PCDB1+IgG遺伝子)およびプラスミド4(PCBD1-IRES-PAH+IgG遺伝子)と名付けた得られた発現プラスミドを、GenePulser XCellエレクトロポレーター(Bio-Rad、Hercules、CA)を用いて、目的のヌクレオチド配列を発現しないCHO宿主細胞株中にトランスフェクトし、トランスフェクトされたプールを、選択圧として、チロシンを欠く培地の存在下で回復させた。トランスフェクトされた細胞の生存細胞密度およびパーセント生存度を、トランスフェクションの後数日モニタリングしたところ、宿主細胞染色体中への目的のヌクレオチド配列ならびにPAHおよびPCBD1遺伝子の組み込み、ならびにチロシン原栄養体である細胞の生成を示唆する、成長の成功が決定された。さらに、順化培養培地を、BioHT(Roche Diagnostics、Indianapolis、IN)のIgGモジュールを使用して、コードされたIgG抗体の存在についてアッセイして、トランスフェクトされた細胞による目的のヌクレオチド配列によってコードされるタンパク質(IgG抗体)の産生を確認した。
CHO宿主細胞株を、異なる配向(プラスミド3:PAH-IRES-PCBD1またはプラスミド4:PCBD1-IRES-PAH)ではあるが、IRESエレメントに隣接するPAHおよびPCBD1遺伝子配列のバイシストロニックなカセットを含み、この場合には抗体(IgG)である目的のタンパク質をコードするDNA配列もまた含むプラスミド3またはプラスミド4のいずれかでトランスフェクトした。細胞を、プラスミド3またはプラスミド4でトランスフェクトし、チロシンを欠く成長培地中での成長について選択した。細胞の成長は、両方の条件で観察された(図6)。引き続いて、両方の条件から回復した細胞集団を使用して、pH制御した5日間の流加培養を実施した。5日目からの収集培地を、IgGタンパク質レベルについて試験した。IgGタンパク質が両方の条件で検出された。これは、両方の条件の選択された細胞集団が、それらのゲノム中に組み込まれたIgG分子をコードする目的のヌクレオチド配列(ならびに外因性PAHおよびPCBD1遺伝子)を含むプラスミドを有すること、ならびに目的のヌクレオチド配列が宿主細胞によって発現されることを示唆している。
Claims (22)
- 目的のヌクレオチド配列、ならびにi)フェニルアラニンヒドロキシラーゼ(PAH)遺伝子およびii)プテリン-4-アルファ-カルビノールアミンデヒドラターゼ(PCBD1)遺伝子を含む組換え核酸構築物を含む、チャイニーズハムスター卵巣(CHO)宿主細胞。
- 組換え標的配列をさらに含む、請求項1に記載のCHO宿主細胞。
- 前記組換え標的配列が、FLP認識標的(「FRT」)、loxまたはBxb1配列である、請求項1または2のいずれか一項に記載のCHO宿主細胞。
- 前記目的のヌクレオチド配列が、目的のポリペプチドをコードする、目的のRNA分子をコードする、または制限酵素部位を含む、請求項1から3のいずれか一項に記載のCHO宿主細胞。
- 前記目的のヌクレオチド配列が、第1の目的のヌクレオチド配列であり、前記組換え核酸構築物が、第2の目的のヌクレオチド配列をさらに含む、請求項1から4のいずれか一項に記載のCHO宿主細胞。
- 前記第1の目的のヌクレオチド配列および前記第2の目的のヌクレオチド配列が、内部リボソーム進入部位(IRES)をコードする配列によって前記構築物中で接続されている、請求項5に記載のCHO宿主細胞。
- 前記第1の目的のヌクレオチド配列および第2の目的のヌクレオチド配列が、それぞれ第1のポリペプチドおよび第2のポリペプチドをコードする、請求項6に記載のCHO宿主細胞。
- 前記第1の目的のヌクレオチド配列が、抗体可変軽鎖(VL)領域を含む第1のポリペプチドをコードし、前記第2の目的のヌクレオチド配列が、抗体可変重鎖(VH)領域を含む第2のポリペプチドをコードする、請求項5から7のいずれか一項に記載のCHO宿主細胞。
- 請求項1から8のいずれか一項に記載の組換え核酸構築物を含むベクターを含む、CHO宿主細胞。
- 前記目的のヌクレオチド配列によってコードされるポリペプチドまたはRNA分子の産生のための、請求項1から9のいずれか一項に記載のCHO宿主細胞の使用。
- 請求項1から9のいずれか一項に記載のCHO宿主細胞、および細胞培養培地を含む、組成物。
- 前記細胞培養培地がチロシン欠乏である、請求項11に記載の組成物。
- 前記細胞培養培地が、1mM未満のチロシンを含む、請求項12に記載の組成物。
- 目的の外因性ヌクレオチド配列を含むCHO宿主細胞を産生する方法であって、 a)CHO宿主細胞中に、目的のヌクレオチド配列を含む外因性核酸構築物を導入するステップであって、前記外因性核酸構築物が、i)PAH遺伝子およびii)PCBD1遺伝子をさらに含む、ステップ、 b)チロシン欠乏培地中で、前記外因性核酸構築物を含む前記CHO宿主細胞を培養するステップであって、前記外因性核酸構築物を含む前記CHO宿主細胞が、前記外因性核酸構築物を欠くこと以外は同一の対応するCHO宿主細胞よりも、前記チロシン欠乏培地中で迅速に増殖する、ステップを含む、方法。
- 前記外因性核酸構築物が、前記CHO宿主細胞の染色体中に安定に組み込まれている、請求項14に記載の方法。
- 第1の目的の外因性ヌクレオチド配列および第2の目的の外因性ヌクレオチド配列を含むCHO宿主細胞を産生する方法であって、 a)CHO宿主細胞中に、I)i)前記第1の目的の外因性ヌクレオチド配列およびii)PAH遺伝子を含む第1の外因性核酸構築物、ならびにII)i)前記第2の目的の外因性ヌクレオチド配列およびii)PCBD1遺伝子を含む第2の外因性核酸構築物を導入するステップ、ならびに b)チロシン欠乏培地中で、前記第1の外因性核酸構築物および前記第2の外因性核酸構築物を含む前記CHO宿主細胞を培養するステップであって、前記第1の外因性核酸構築物および前記第2の外因性核酸構築物を含む前記CHO宿主細胞が、前記第1の外因性核酸構築物および第2の外因性核酸構築物を欠くこと以外は同一の対応するCHO宿主細胞よりも、前記チロシン欠乏培地中で迅速に増殖する、ステップを含む、方法。
- 前記第1の外因性核酸構築物および前記第2の外因性核酸構築物が共に、前記CHO宿主細胞の第1の染色体中に安定に組み込まれ、または前記第1の外因性核酸構築物が、前記CHO宿主細胞の第1の染色体中に安定に組み込まれ、前記第2の外因性核酸構築物が、前記CHO宿主細胞の第2の染色体中に安定に組み込まれている、請求項16に記載の方法。
- 前記チロシン欠乏培地が、1mM未満のチロシンを含む、請求項14から17のいずれか一項に記載の方法。
- 請求項9に記載のCHO宿主細胞であって、 i)前記PAH遺伝子が、配列番号1に示されるアミノ酸配列を含むポリペプチド、もしくはその少なくとも90%の同一性を有する配列をコードすること、 ii)前記PAH遺伝子が、配列番号2に示されるDNA配列、もしくはその少なくとも90%の同一性を有する配列を含むこと、 iii)前記PCBD1遺伝子が、配列番号3に示されるアミノ酸配列を含むポリペプチド、もしくはその少なくとも90%の同一性を有する配列をコードすること、または iv)前記PCBD1遺伝子が、配列番号4に示されるDNA配列、もしくはその少なくとも90%の同一性を有する配列を含むことのうち少なくとも1つである、CHO宿主細胞。
- 請求項10に記載のCHO宿主細胞の使用であって、 i)前記PAH遺伝子が、配列番号1に示されるアミノ酸配列を含むポリペプチド、もしくはその少なくとも90%の同一性を有する配列をコードすること、 ii)前記PAH遺伝子が、配列番号2に示されるDNA配列、もしくはその少なくとも90%の同一性を有する配列を含むこと、 iii)前記PCBD1遺伝子が、配列番号3に示されるアミノ酸配列を含むポリペプチド、もしくはその少なくとも90%の同一性を有する配列をコードすること、または iv)前記PCBD1遺伝子が、配列番号4に示されるDNA配列、もしくはその少なくとも90%の同一性を有する配列を含むことのうち少なくとも1つである、CHO宿主細胞の使用。
- 請求項11から13のいずれか一項に記載の組成物であって、 i)前記PAH遺伝子が、配列番号1に示されるアミノ酸配列を含むポリペプチド、もしくはその少なくとも90%の同一性を有する配列をコードすること、 ii)前記PAH遺伝子が、配列番号2に示されるDNA配列、もしくはその少なくとも90%の同一性を有する配列を含むこと、 iii)前記PCBD1遺伝子が、配列番号3に示されるアミノ酸配列を含むポリペプチド、もしくはその少なくとも90%の同一性を有する配列をコードすること、または iv)前記PCBD1遺伝子が、配列番号4に示されるDNA配列、もしくはその少なくとも90%の同一性を有する配列を含むことのうち少なくとも1つである、組成物。
- 請求項14から18のいずれか一項に記載の方法であって、 i)前記PAH遺伝子が、配列番号1に示されるアミノ酸配列を含むポリペプチド、もしくはその少なくとも90%の同一性を有する配列をコードすること、 ii)前記PAH遺伝子が、配列番号2に示されるDNA配列、もしくはその少なくとも90%の同一性を有する配列を含むこと、 iii)前記PCBD1遺伝子が、配列番号3に示されるアミノ酸配列を含むポリペプチド、もしくはその少なくとも90%の同一性を有する配列をコードすること、または iv)前記PCBD1遺伝子が、配列番号4に示されるDNA配列、もしくはその少なくとも90%の同一性を有する配列を含むことのうち少なくとも1つである、方法。
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