JP7175371B2 - スタチンの応答および心血管疾患に関連する遺伝子多型、その検出方法ならびに使用 - Google Patents
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Description
(関連出願への相互参照)
本願は、2010年4月19日に出願された米国仮特許出願第61/325,689号、2010年5月7日に出願された米国仮特許出願第61/332,509号、および2010年10月22日に出願された米国仮特許出願第61/405,972号の利益を主張し、この米国仮特許出願の各々の全体の内容は、本明細書中に参考として援用される。
本願は、2010年4月19日に出願された米国仮特許出願第61/325,689号、2010年5月7日に出願された米国仮特許出願第61/332,509号、および2010年10月22日に出願された米国仮特許出願第61/405,972号の利益を主張し、この米国仮特許出願の各々の全体の内容は、本明細書中に参考として援用される。
(発明の分野)
本発明は、薬物応答および疾患の危険性、特に、スタチンへの応答に関連する遺伝子多型、特に心血管疾患(CVD)(例えば、冠動脈性心疾患(CHD)(これは、心筋梗塞(MI)のような冠動脈事象を含む)および脳血管事象(例えば、脳卒中))の予防もしくは処置に関する分野にある。特に、本発明は、ヒトゲノムにおける特定の一塩基多型(SNP)、およびこれらの、スタチン処置への応答性における、異なる個体間でCVDの危険性を低下させることにおける変動性との関連(予防的処置を含む)に関する。これらのSNPはまた、CVDを発症することに関して個体の危険性を評価するために有用である。本明細書で開示されるSNPは、例えば、診断試薬の標的として、および治療剤の開発のために、使用され得る。特に、本発明のSNPは、特に、CVD(特に、MIのようなCHD、および脳卒中)の処置もしくは予防のため、スタチンに対して鑑別的に陽性に応答する個体の尤度を評価することなど治療剤への個体の応答を予測すること、CVD(特に、MIのようなCHD、および脳卒中)を発症する危険性が増大したもしくは低下した個体を同定することなどの使用のために、上記疾患の早期検出のために、CVDの予防および/もしくは処置にとって臨床的に重要な情報を提供するために、CVDの再発を予測するために、ならびに治療剤をスクリーニングおよび選択するために、有用である。これらの多型の存在およびそれらのコードされる生成物を検出するための方法、アッセイ、キット、および試薬が、提供される。
本発明は、薬物応答および疾患の危険性、特に、スタチンへの応答に関連する遺伝子多型、特に心血管疾患(CVD)(例えば、冠動脈性心疾患(CHD)(これは、心筋梗塞(MI)のような冠動脈事象を含む)および脳血管事象(例えば、脳卒中))の予防もしくは処置に関する分野にある。特に、本発明は、ヒトゲノムにおける特定の一塩基多型(SNP)、およびこれらの、スタチン処置への応答性における、異なる個体間でCVDの危険性を低下させることにおける変動性との関連(予防的処置を含む)に関する。これらのSNPはまた、CVDを発症することに関して個体の危険性を評価するために有用である。本明細書で開示されるSNPは、例えば、診断試薬の標的として、および治療剤の開発のために、使用され得る。特に、本発明のSNPは、特に、CVD(特に、MIのようなCHD、および脳卒中)の処置もしくは予防のため、スタチンに対して鑑別的に陽性に応答する個体の尤度を評価することなど治療剤への個体の応答を予測すること、CVD(特に、MIのようなCHD、および脳卒中)を発症する危険性が増大したもしくは低下した個体を同定することなどの使用のために、上記疾患の早期検出のために、CVDの予防および/もしくは処置にとって臨床的に重要な情報を提供するために、CVDの再発を予測するために、ならびに治療剤をスクリーニングおよび選択するために、有用である。これらの多型の存在およびそれらのコードされる生成物を検出するための方法、アッセイ、キット、および試薬が、提供される。
(発明の背景)
本発明は、特に冠動脈性心疾患(CHD)(これは、心筋梗塞(MI)および他の冠動脈事象をさらに含む)および脳血管事象(例えば、脳卒中および一過性虚血発作(TIA))を含む心血管疾患(CVD)の予防もしくは処置のための、スタチンへの個体の応答におけるその個体間の変動性と関連するSNPに関する。これらのSNPはまた、CVD、特に、CHD(MIのような冠動脈事象を含む)ならびに脳血管事象(例えば、脳卒中およびTIA)を発症することに関する個体の危険性を決定するために有用である。
本発明は、特に冠動脈性心疾患(CHD)(これは、心筋梗塞(MI)および他の冠動脈事象をさらに含む)および脳血管事象(例えば、脳卒中および一過性虚血発作(TIA))を含む心血管疾患(CVD)の予防もしくは処置のための、スタチンへの個体の応答におけるその個体間の変動性と関連するSNPに関する。これらのSNPはまた、CVD、特に、CHD(MIのような冠動脈事象を含む)ならびに脳血管事象(例えば、脳卒中およびTIA)を発症することに関する個体の危険性を決定するために有用である。
(HMG-CoAレダクターゼインヒビター(スタチン))
HMG-CoAレダクターゼインヒビター(スタチン)は、CVD、特に、CHD(MIのような冠動脈事象を含む)および脳血管事象(例えば、脳卒中)の処置および予防に使用される。MI、脳卒中、ならびに他の冠動脈事象および脳血管事象の低下、ならびにHMG-CoAレダクターゼインヒビターでの処置による全死亡率の低下は、多くの無作為化二重盲検化プラセボ対照前向き臨床試験において実証されてきた(D.D.Waters, Clin Cardiol 24(8 Suppl):III3-7(2001); B.K.Singh and J.L.Mehta, Curr Opin Cardiol 17(5):503-11(2002))。これらの薬物は、代表的には、肝臓コレステロール合成の阻害を介して、上記薬物の主な効果を有し、それによって、上記肝臓におけるLDLレセプターをアップレギュレートすると考えられる。結果として生じる、LDL異化作用における増加は、低下した循環LDL(心血管疾患の主な危険因子)を生じる。
HMG-CoAレダクターゼインヒビター(スタチン)は、CVD、特に、CHD(MIのような冠動脈事象を含む)および脳血管事象(例えば、脳卒中)の処置および予防に使用される。MI、脳卒中、ならびに他の冠動脈事象および脳血管事象の低下、ならびにHMG-CoAレダクターゼインヒビターでの処置による全死亡率の低下は、多くの無作為化二重盲検化プラセボ対照前向き臨床試験において実証されてきた(D.D.Waters, Clin Cardiol 24(8 Suppl):III3-7(2001); B.K.Singh and J.L.Mehta, Curr Opin Cardiol 17(5):503-11(2002))。これらの薬物は、代表的には、肝臓コレステロール合成の阻害を介して、上記薬物の主な効果を有し、それによって、上記肝臓におけるLDLレセプターをアップレギュレートすると考えられる。結果として生じる、LDL異化作用における増加は、低下した循環LDL(心血管疾患の主な危険因子)を生じる。
スタチンの例としては、アトルバスタチン(リピトール(登録商標))、ロスバスタチン(クレストール(登録商標))、プラバスタチン(プラバコール(登録商標))、シンバスタチン(ゾコール(登録商標))、フルバスタチン(レスコール(登録商標))、およびロバスタチン(メバコール(登録商標))、ならびにスタチンを含む組み合わせ治療剤(例えば、シンバスタチン+エゼチミブ(バイトリン(登録商標))、ロバスタチン+ナイアシン(アドビコール(登録商標))、アトルバスタチン+ベシル酸アムロジピン(カデュエット(登録商標))、およびシンバスタチン+ナイアシン(シムコール(登録商標)))が挙げられるが、これらに限定されない。
スタチンは、それらの物理化学的および薬物動態特性に従って、2つのタイプに分けられ得る。スタチン(例えば、アトルバスタチン、シンバスタチン、ロバスタチン、およびセリバスタチン)は、本質的に親油性であり、よって、膜を通って拡散するので、非常に細胞透過性である。親水性スタチン(例えば、プラバスタチン)は、より極性が高く、その結果、それらは、細胞取り込みのために特定の細胞表面輸送体を必要とする。K.Ziegler and W.Stunkel, Biochim Biophys Acta 1139(3):203-9(1992); M.Yamazakiら,Am J Physiol 264(1 Pt 1):G36-44(1993); T.Komai et al., Biochem Pharmacol 43(4):667-70(1992)。後者のスタチンは、輸送体OATP2を利用し、OATP2の組織分布は、肝臓に制限され、従って、それらは、比較的肝特異的インヒビターである。B.Hsiang et al., J Biol Chem 274(52):37161-37168(1999)。前者のスタチンは、特異的輸送機構を必要とせず、すべての細胞に利用可能であり、それらは、細胞および組織の遙かにより広い範囲に直接影響を及ぼし得る。特性におけるこれらの差異は、各スタチンが有する活性の範囲に影響を及ぼし得る。例えば、プラバスタチンは、親油性スタチンと比較して、動物モデルおよび筋細胞培養物において低い筋障害性潜在能を有する。B.A.Masters et al., Toxicol Appl Pharmacol 131(1):163-174(1995); K.Nakahara et al., Toxicol Appl Pharmacol 152(1):99-106(1998); J.C.Reijneveld et al., Pediatr Res 39(6):1028-1035(1996)。スタチンは、are reviewed in Vaughan et al.,「Update on Statins: 2003」, Circulation 2004;110;886-892。
遺伝子関連研究の証拠が累積しつつあり、それらは、薬物への応答が、実際には、少なくとも部分的には遺伝子制御下にあることを示している。よって、薬理遺伝学(異なる集団において遺伝要因に帰する、薬物応答における変動性の研究)は、この難題に対処することへの解答を提供するのを大いに補助し得る。A.D.Roses, Nature 405(6788):857-865(2000); V.Mooser et al., J Thromb Haemost 1(7):1398-1402(2003); L.M.Humma and S.G.Terra, Am J Health Syst Pharm 59(13):1241-1252(2002)。SNPおよび他の遺伝子配列バリエーションによって規定されるような、特定の遺伝子型と、心血管薬への特異的応答との間の関連が報告されてきた。例えば、KIF6遺伝子における多型は、スタチン処置への応答と関連する(Iakoubova et al., 「Polymorphism in KIF6 gene and benefit from statins after acute coronary syndromes: results from the PROVE IT-TIMI 22 study」, J Am Coll Cardiol.2008 Jan 29;51(4):449-55; Iakoubova et al., 「Association of the 719Arg variant of KIF6 with both increased risk of coronary events and with greater response to statin therapy」, J Am Coll Cardiol.2008 Jun 3;51(22):2195; Iakoubova et al., 「KIF6 Trp719Arg polymorphism and the effect of statin therapy in elderly patients: results from the PROSPER study」, Eur J Cardiovasc Prev Rehabil. 2010 Apr 20;およびShiffman et al., 「Effect of pravastatin therapy on coronary events in carriers of the KIF6 719Arg allele from the cholesterol and recurrent events trial」, Am J Cardiol. 2010 May 1;105(9):1300-5)。
スタチンへの個体の応答性を予測するために使用され得る遺伝子マーカーが必要である。例えば、スタチンから利益を得る見込みが高い人々をおよび副作用を発生させる危険性が低い人々をよりよく同定する必要がますますある。例えば、重篤な筋障害は、患者集団のうちの低いパーセンテージにとって顕著な危険性を表し、これは、スタチンでより集中的処置される患者にとって特別な懸念事項であり得る。さらに、異なる患者は、有害事象に関して同じ危険性を有し得るが、薬物(例えば、スタチン)からより利益を受ける可能性があり、これは、より利益を受ける可能性がある個体において、上記薬物の使用を正当化し得る。同様に、薬物から利益を受ける可能性は低いが、有害事象の危険性がある個体において、これらの個体における上記薬物の使用は、優先順位を下げるかもしくは遅らせられ得る。
大集団においてCVDの危険性を低下させるための、スタチン処置の利益を分析した大規模臨床試験の例は、JUPITER研究(Ridker et al., 「Rosuvastatin to prevent vascular events in men and women with elevated C-reactive protein」, N Engl J Med.2008 Nov 20;359(21):2195-207に記載される)であった。この臨床試験は、ロスバスタチン(クレストール(登録商標))が、17,802名の個体の研究において、主要な心血管事象(MI、脳卒中、動脈の血管再生、不安定狭心症による入院、心血管が原因の死亡を含む)の発生率を顕著に低下することを実証した。
脳卒中に関してスタチンを使用する利益はまた、O’Regan et al., 「Statin therapy in stroke prevention: a meta-analysis involving 121,000 patients」, Am J Med. 2008 Jan;121(1):24-33およびEverett et al., 「Rosuvastatin in the prevention of stroke among men and women with elevated levels of C-reactive protein: justification for the Use of Statins in Prevention: an Intervention Trial Evaluating Rosuvastatin (JUPITER)」, Circulation.2010 Jan 5;121(1):143-50に記載されている。
(冠動脈性心疾患(CHD)および脳卒中を含む、心血管疾患(CVD))
心血管疾患(CVD)は、冠動脈性心疾患(CHD)(これは、心筋梗塞(MI)および他の冠動脈事象をさらに含む)および脳血管事象(例えば、脳卒中および一過性虚血発作(TIA))を含む。
心血管疾患(CVD)は、冠動脈性心疾患(CHD)(これは、心筋梗塞(MI)および他の冠動脈事象をさらに含む)および脳血管事象(例えば、脳卒中および一過性虚血発作(TIA))を含む。
冠動脈性心疾患(CHD)は、本明細書において、MI(致死的もしくは非致死的)および他の冠動脈事象、冠動脈疾患での死亡、狭心症(特に、不安定狭心症)、ならびに冠動脈狭窄を包含すると定義される。CHDの存在は、医療介入(例えば、経皮経管冠動脈形成術(PTCA)、冠動脈ステント留置、および冠動脈バイパス移植(CABG)を含み得る冠血管再生)の発生によって示され得る。心血管疾患(CVD)は、本明細書において、CHD、ならびに脳血管事象(例えば、脳卒中および一過性虚血発作(TIA))を包含すると定義される。
(心筋梗塞(MI))
心筋梗塞(MI)は、CHD内に包含される。MI(「心臓発作」ともいわれる)は、先進国において最も一般的な死亡原因である。MIの発生率は、現在利用可能な予防手段および治療介入にも関わらず、なお高い。米国において1,500,000名を超える人々が、毎年急性MIを経験し、多くが認識されていないMIに起因して、援助を求めずに、これらの人々うちの1/3が死亡する。40歳齢における冠動脈疾患事象の生涯リスク(lifetime risk)は、男性についてはほぼ2人に1人の42.4%であり、女性については、24.9%、すなわち4人に1人である(D.M.Lloyd-Jones, Lancet 353:89-92(1999))。
心筋梗塞(MI)は、CHD内に包含される。MI(「心臓発作」ともいわれる)は、先進国において最も一般的な死亡原因である。MIの発生率は、現在利用可能な予防手段および治療介入にも関わらず、なお高い。米国において1,500,000名を超える人々が、毎年急性MIを経験し、多くが認識されていないMIに起因して、援助を求めずに、これらの人々うちの1/3が死亡する。40歳齢における冠動脈疾患事象の生涯リスク(lifetime risk)は、男性についてはほぼ2人に1人の42.4%であり、女性については、24.9%、すなわち4人に1人である(D.M.Lloyd-Jones, Lancet 353:89-92(1999))。
MIは、アテローム発生、血栓形成および拡がりを伴う多因子性疾患である。血栓症は、冠動脈の完全もしくは部分的な閉塞を生じ得る。冠動脈の管腔狭窄もしくは閉塞は、心筋への酸素および栄養分の供給を低下させ(心虚血)、心筋壊死および/もしくは気絶心筋をもたらす。MI、不安定狭心症、および虚血性突然死(sudden ischemic death)は、心筋損傷の臨床的な発現である。3つのエンドポイントすべてが、急性冠症候群の一部である。なぜなら、急性のアテローム硬化症合併症の根底にある機構は、同じであると考えられるからである。
アテローム発生は、MIの病因の最初の段階であり、血液要素と、機械的な力、血流の障害、および血管の異常との間の相互作用であり、プラーク蓄積を生じる。不安定な(脆弱な)プラークは、動脈血栓事象およびMIの根底にある原因である。脆弱なプラークは、しばしば、狭窄性ではないが、崩壊かもしくは侵食を生じる可能性が高く、従って、血栓形成病巣を形成するプラークである。MIへの個体の「脆弱さ」は、脆弱なプラーク、血液の脆弱性(凝固亢進、血栓溶解低下(hypothrombolysis))、および心臓の脆弱性(虚血もしくは不整脈傾向への心臓の感受性)に起因し得る。再発性心筋梗塞(RMI)は、一般に、過激な血液凝固能と合わせて、破裂前もしくは侵食前の(pre-rupture or pre-erosive)状態を経験し得る複数の脆弱なプラークによって引き起こされるMI進行の重篤な形態とみなされ得る。
(MIが将来発生する可能性があるかを予測するよりむしろ)症状(presentation)を有するMIの現在の診断は、心筋の進行性壊死、心電図(ECG)の障害、および異常な心室壁運動の検出もしくは血管造影データ(急性血栓の存在)を示すトロポニンIもしくはトロポニンTのレベルに基づく。しかし、急性MIのうちの25%が無症候性である(非定型的胸痛がない、低ECG感度)ことに起因して、MIのかなりの割合が、診断されておらず、従って、適切に処置(例えば、再発性MIの予防)されていない。
MIの危険性評価および予後は、古典的危険因子もしくは近年導入されたフラミンガム危険因子指数を使用して、現在行われている。これらの評価はともに、予防処置を正当化するための、LDLレベルにかなりの重きを置いている。しかし、すべてのMIのうちの半数は、明白な高脂血症がない個体において起こることが十分に確立されている。
他の浮かび上がっているMIの危険因子は、炎症性生体マーカー(例えば、C反応性タンパク質(CRP)、ICAM-1、SAA、TNF α、ホモシステイン、空腹時血糖異常、新しい脂質マーカー(ox LDL、Lp-a、MAD-LDLなど)および血栓促進因子(フィブリノゲン、PAI-1)である。これらのマーカーは、顕著な制限、例えば、低い特異性および低い陽性予測値、ならびに複数の基準範囲が異なる人々の群(例えば、男性-女性群、喫煙者-非喫煙者群、ホルモン置換療法使用者群、異なる年齢群)のために使用されるべきであるという必要性、を有する。これらの制限は、MIスクリーニングのための独立した予後マーカーなどのマーカーの有用性を減少させる。
遺伝学は、MIの危険性において重要な役割を果たす。MIの家族歴陽性の家族は、一般的集団のうちの14%、早期MI(premature MI)のうちの72%、および全MIのうちの48%を占める(R.R.Williams, Am J Cardiology 87:129(2001))。遺伝子多型とMIの危険性との間の関連が報告された。例えば、KIF6、LPA、ならびに他の遺伝子および染色体領域における多型は、MIの危険性と関連する(Shiffman et al., 「Association of gene variants with incident myocardial infarction in the Cardiovascular Health Study」, Arterioscler Thromb Vasc Biol.2008 Jan;28(1):173-9; Bare et al., 「Five common gene variants identify elevated genetic risk for coronary heart disease”」, Genet Med. 2007 Oct;9(10):682-9; Iakoubova et al., 「Association of the Trp719Arg polymorphism in kinesin-like protein 6 with myocardial infarction and coronary heart disease in 2 prospective trials: the CARE and WOSCOPS trials」, J Am Coll Cardiol. 2008 Jan 29;51(4):435-43;およびShiffman et al., 「A kinesin family member 6 variant is associated with coronary heart disease in the Women’s Health Study」, J Am Coll Cardiol. 2008 Jan 29;51(4):444-8)。
遺伝子マーカー(例えば、一塩基多型(SNP))は、生体マーカーの他のタイプより好ましい。MIの予後予測となる(prognostic)遺伝子マーカーは、寿命の初期に遺伝子型特定され得、種々の危険因子への個体の応答を予測し得る。血清タンパク質レベルと、感受性遺伝子の遺伝子分析によって明らかにされた遺伝的素因との組み合わせは、遺伝子型と環境因子との間の相互作用の統合した評価を提供し得、診断試験の相乗作用的に増大した予後的価値を生じる。
従って、CHD(例えば、MI)に対する素因を予測する新規な遺伝子マーカーが、特に、MIに対する素因を有すると認識されていない個体にとって早急に必要である。このような遺伝子マーカーは、既存の危険因子および生体マーカーを使用することによって現在評価され得る集団と比較して、はるかにより大きな集団におけるMIの予後を可能にし得る。遺伝子試験の利用可能性は、例えば、影響を受けやすい個体に提供されるべき急性冠動脈事象のための適切な予防処置(このような予防処置としては、例えば、スタチン処置およびスタチン用量上昇、ならびに修正可能な危険因子への変更を含み得る)、ECGおよび血管造影試験の閾値の低下を可能にし得、有益な生体マーカーの適切なモニタリングを可能にし得る。さらに、MIと関連する遺伝子マーカーの発見は、MIの治療介入もしくは予防処置に関する新規な標的を提供し得、MIおよび他の心血管障害を処置もしくは予防するための新たな治療剤の開発を可能にし得る。
さらに、MIに対する素因を予測する新規な遺伝子マーカーは、早期発症MIの危険性がある個体を同定するために特に有用であり得る。「早期発症MI」とは、55歳齢未満の男性および65歳齢未満の女性におけるMIとして定義され得る(K.O.Akosah et al., 「Preventing myocardial infarction in the young adult in the first place: How do the National Cholesterol Education Panel III guidelines perform?」 JACC 41(9):1475-1479(2003))。早期発症MIを経験する個体は、現在のコレステロール処置ガイドライン(例えば、米国コレステロール教育プログラムによって示唆されるもの)によって有効に同定されていない可能性がある。ある研究において、例えば、早期の年齢(50歳以下)でMIに罹患したかなりの数の個体が、100mg/dl未満のLDLコレステロールレベルを有することが示された(K.O. Akosah et al., 「Myocardial infarction in young adults with low-density lipoprotein cholesterol levels less than or equal to 100 mg/dl. Clinical profile and 1-year outcomes.」 Chest 120:1953-1958(2001))。MIの危険性は、生活スタイルの変化によって、および修正な可能危険因子の処置によって、低下され得るので、早期発症MIの危険性がある個体を同定するためのよりよい方法が、予防処置を決定するために、特に、これらの患者が、従来の処置ガイドラインによる医療管理のために同定され得ないことを考慮すると、有用であり得る。早期発症MIの危険性に関する遺伝子マーカーは、これらが、任意の年齢において容易に検出されるという利点を有するので、潜在的に、個体の危険性評価プロトコルへと組み込まれ得る。
(脳卒中)
脳卒中は、一般的であり、かつ重篤な脳血管疾患である。米国において470万人の個体が罹患し、1年に500,000人が最初の発作を有し、そして200,000人が再発例である。男性の約4人に1人が、および45歳の女性の5人に1人が、彼らが85歳まで生きるとすれば、脳卒中を有する。脳卒中を有する人々のうちの約25%は、1年以内に死亡する。脳卒中は、米国において第3位の死亡原因であり、1年に170,000名の死亡の原因である。脳卒中発作を生き延びた人々の中で、30~50%は、機能的自立を回復しない。従って、脳卒中は、最も一般的な障害の原因であり、認知症の原因の第2位である(Heart Disease and Stroke Statistics-2004 Update, American Heart Association)。
脳卒中は、一般的であり、かつ重篤な脳血管疾患である。米国において470万人の個体が罹患し、1年に500,000人が最初の発作を有し、そして200,000人が再発例である。男性の約4人に1人が、および45歳の女性の5人に1人が、彼らが85歳まで生きるとすれば、脳卒中を有する。脳卒中を有する人々のうちの約25%は、1年以内に死亡する。脳卒中は、米国において第3位の死亡原因であり、1年に170,000名の死亡の原因である。脳卒中発作を生き延びた人々の中で、30~50%は、機能的自立を回復しない。従って、脳卒中は、最も一般的な障害の原因であり、認知症の原因の第2位である(Heart Disease and Stroke Statistics-2004 Update, American Heart Association)。
酸素および栄養分を脳に運ぶ動脈が、破裂して出血性脳卒中が生じるかまたは閉塞して虚血性脳卒中が生じるかのいずれかの場合に、脳卒中が発症する。虚血性脳卒中の原因は、アテローム性動脈硬化巣の破裂部位における血栓形成によって(この型の虚血性脳卒中は、血栓性脳卒中もしくはアテローム血栓性脳卒中と交換可能に呼ばれる)、または血管構造の別の部分から移動してきた塞栓(血餅)(この型の虚血性脳卒中は、塞栓性脳卒中と呼ばれる)であり得、後者の場合、塞栓は心臓から移動する場合が多い(この型の塞栓性脳卒中は、心塞栓性脳卒中と呼ばれ得る)。虚血性脳卒中および出血性脳卒中の両方において、虚血または頭蓋圧力の増加に起因する細胞変化のカスケードの結果、脳細胞の損傷または死滅に至る。米国内では、脳卒中症例の大部分(約80~90%)は、虚血性であり(Rathoreら、Stroke 33巻:2718~2721頁((2002年))、これには、大動脈血栓性(大動脈閉塞性疾患とも呼ばれる)30%、小血管血栓性(小血管閉塞性疾患とも呼ばれる)20%、および塞栓性または心原性(体内の他所、例えば、心房細動に起因する血液の貯留または頚動脈狭窄に由来する血餅によって引き起こされる)30%が含まれる。脳卒中の虚血性形態は、脳血管における血流の妨害の結果生じ、その病理学的病因は、アテローム動脈硬化症および血栓症と共通する。
脳卒中症例の約10~20%は、出血性であり(Rathoreら、Stroke 33巻:2718~2721頁((2002年))、脳の内部および周辺の出血が関与する。脳内部の出血は、脳出血として公知であり、これはしばしば、高血圧に結び付けられる。脳を囲む髄膜内への出血は、くも膜下出血として公知であり、これは、脳動脈瘤の破裂、動静脈奇形または頭部の損傷によって引き起こされる場合があろう。出血性脳卒中は、有病率はより低いが、その危険はより大きい。虚血性脳卒中症例の約8%が30日以内に死亡に至り、一方、出血性脳卒中症例の約38%は同じ期間以内に死亡に至る(Collinsら、J. Clin. Epidemiol. 56巻:81~87頁(2003年))。
一過性虚血発作(TIA)は、脳卒中に関連した状態である。国立神経障害・脳卒中研究所(NINDS)によれば、「一過性虚血発作(TIA)は、数分間持続するに過ぎない一過性の脳卒中である。それは、脳の一部への血液供給が短時間中断される場合に起こる。TIA症状は、通常突然起こり、脳卒中の症状と類似しているが、それほど長く持続しない。TIAの大部分の症状は1時間以内に消失するが、それらは、最大24時間まで持続し得る。症状としては、以下が挙げられ得る:顔面、腕、もしくは脚、特に身体の片側の麻痺もしくは虚弱;会話することもしくは言語を理解することにおいて混乱もしくは困難がある;片眼もしくは両眼でみることに困難がある;ならびに歩行に伴う困難、目眩、もしくは平衡および協調の喪失」。NINDSは、さらに以下のように述べている:「TIAは、しばしば、ある人に、より重篤でかつ消耗性の脳卒中の危険性があるという警告サインである。TIAを有する人々のうちの約1/3が、将来はいつか急性脳卒中を有する。多くの脳卒中は、TIAの警告サインに留意し、根底にある危険因子を処置することによって、予防され得る」。
脳卒中もしくはTIAの公知の危険因子は、修正可能な危険因子および修正不能な危険因子に分けられ得る。高齢、性別が男性、黒人もしくはスペイン系の民族性、および脳卒中の家族歴は、修正不能な危険因子である。修正可能な危険因子としては、高血圧症、喫煙、インスリンレベルの増大、無症候性頚動脈疾患、心血管疾患、および高脂血症が挙げられる。
双生児研究(Brass et al., Stroke.1992;23:221-223およびBak et al., Stroke.2002;33:769-774)および家族研究(Welin L, et al. N Engl J Med.1987;317:521-526およびJousilahti et al.,Stroke.1997;28:1361-136)に基づく多くの研究から、伝統的な危険因子とは無関係に、遺伝は、脳卒中の危険性に寄与することが示されてきた。多くの遺伝子マーカーは、脳卒中と関連すると報告されてきた。例えば、4q25領域におけるSNPは、脳卒中と(Gretarsdottir et al., 「Risk variants for atrial fibrillation on chromosome 4q25 associate with ischemic stroke」, Ann Neurol.2008;64:402-409)および心房細動(AF)と(Gudbjartsson et al., 「Variants conferring risk of atrial fibrillation on chromosome 4q25」, Nature.2007;448:353-357)と関連すると報告され、16q22領域におけるSNP(Gudbjartsson et al., 「A sequence variant in ZFHX3 on 16q22 associates with atrial fibrillation and ischemic stroke」, Nat Genet. 2009;41:876-878)および9p21領域におけるSNPは、非心塞栓性(noncardioembolic)脳卒中もしくはアテローム血栓性脳卒中と関連することが見いだされ(Luke et al., 「Polymorphisms associated with both noncardioembolic stroke and coronary heart disease: vienna stroke registry」, Cerebrovasc Dis.2009;28:499-504およびGschwendtner et al., 「Sequence variants on chromosome 9p21.3 confer risk for atherosclerotic stroke」, Ann Neurol.2009;65:531-539)、そして12p13領域における改変体(variant)は、一般に、脳卒中と、および特に、アテローム血栓性脳卒中と関連した(Ikram et al., 「Genomewide association studies of stroke」, N Engl J Med.2009;360:1718-1728)。
脳卒中の急性の性質は、脳損傷の荒廃した状態を予防もしくは減らす時間を医師にほとんど与えない。脳卒中の影響を減らすストラテジーは、血栓溶解剤、およびおそらく神経保護因子での予防および処置を含む。予防手段の成功は、個々の患者における危険因子の同定およびそれらの影響を調節する手段に依存する。
脳卒中もしくはTIAのいくつかの危険因子は修正不能である(例えば、年齢および家族歴)が、脳卒中もしくはTIAの他の根底にある病理もしくは危険因子(例えば、アテローム硬化症、高血圧症、喫煙、糖尿病、動脈瘤、および心房細動)は、長期にわたるものであり、有効な生活スタイルの変更、薬理学的介入、ならびに外科処置に影響を受けやすい。脳卒中と関連する遺伝子マーカーの非侵襲性試験を使用して、有用な危険因子を有する患者、および特に、家族歴を有する人々を早期に認識することは、医師が、最高に危険性のある個体を、積極的な危険性低下の対象とすることを可能にし得る。
従って、脳卒中もしくはTIA、および他の血管疾患に対する個体の素因を予測する遺伝子マーカーを同定することが必要である。さらに、脳卒中を有する危険性が増大した状態にある個体を同定するために有用な遺伝子マーカーの同定は、例えば、よりよい予防的および治療的ストラテジー、経済的モデル、およびヘルスケア方針決定をもたらし得る。
(一塩基多型(SNP))
全生物のゲノムが、彼らの連続的な進化の過程において自然変異を受け、先祖(progenitor)遺伝子配列の改変体形態を生じる。Gusella, Ann Rev Biochem 55:831-854(1986)。改変体形態は、先祖形態と比較して進化の利点もしくは欠点を付与し得、または中立であり得る。いくつかの場合において、改変体形態は、種の個々のメンバーに進化による利点を付与し、最終的には、その種の多くのもしくは大部分のメンバーのDNAへと組み込まれ、効率的に先祖形態になる。さらに、改変体形態の効果は、環境に依存して、有益でも不利益でもあり得る。例えば、ヘテロ接合性鎌状赤血球変異は、マラリアに対する耐性を付与するが、ホモ接合性鎌状赤血球変異は、通常、致死的である。多くの例において、先祖形態および改変体形態の両方が、生き延び、種の集団において共存する。かなりの頻度において分離する遺伝子配列の複数の形態の共存は、遺伝子多型として定義され、これは、一塩基多型(SNP)を含む。
全生物のゲノムが、彼らの連続的な進化の過程において自然変異を受け、先祖(progenitor)遺伝子配列の改変体形態を生じる。Gusella, Ann Rev Biochem 55:831-854(1986)。改変体形態は、先祖形態と比較して進化の利点もしくは欠点を付与し得、または中立であり得る。いくつかの場合において、改変体形態は、種の個々のメンバーに進化による利点を付与し、最終的には、その種の多くのもしくは大部分のメンバーのDNAへと組み込まれ、効率的に先祖形態になる。さらに、改変体形態の効果は、環境に依存して、有益でも不利益でもあり得る。例えば、ヘテロ接合性鎌状赤血球変異は、マラリアに対する耐性を付与するが、ホモ接合性鎌状赤血球変異は、通常、致死的である。多くの例において、先祖形態および改変体形態の両方が、生き延び、種の集団において共存する。かなりの頻度において分離する遺伝子配列の複数の形態の共存は、遺伝子多型として定義され、これは、一塩基多型(SNP)を含む。
ヒトのゲノムにおける全遺伝子多型のおよそ90%は、SNPである。SNPは、異なる対立遺伝子または代替的ヌクレオチドが集団内に存在するDNA中の一塩基の配置である。SNP位置(本明細書において、交換可能に、SNP、SNP部位、SNP座、SNPマーカーまたはマーカーと呼ばれる)には、通常、高度に保存された配列(例えば、集団のメンバーの1/100もしくは1/1000未満で異なる配列)が先行するか、または対立遺伝子の高度に保存された配列が後に続く。個体は、各SNP位置における対立遺伝子に関して、ホモ接合性またはヘテロ接合性であり得る。SNPは、いくつかの例において、「cSNP」と呼ばれ、そのSNPを含むヌクレオチド配列がアミノ酸をコードする配列であることを表し得る。
SNPは、多型部位における一ヌクレオチドの他への置換から生じ得る。置換は、転移または塩基転換であり得る。転移は、一プリンヌクレオチドの、他のプリンヌクレオチドによる置換、または一ピリミジンの他のピリミジンによる置換である。塩基転換は、ピリミジンによるプリンの置換またはその逆である。SNPはまた、「indel」(Weberら、「Human diallelic insertion/deletion polymorphisms」Am J Hum Genet 71(4):854-62(Oct.2002))と呼ばれる一塩基が挿入または欠失した改変体であり得る。
同義的コドン変化またはサイレント変異/SNP(「SNP」、「多型」、「変異」、「変異体」、「改変」、および「改変体」のような用語は、本明細書において、交換可能に使用される)は、遺伝暗号の縮重に起因する、アミノ酸の変化をもたらさないものである。一アミノ酸をコードするコドンを異なるアミノ酸をコードするコドンに変化させる置換(すなわち、非同義的コドン変化)は、ミスセンス変異と呼ばれる。ナンセンス変異は、非同義的コドン変化の一つの型を生じる。その中では、終止コドンが形成され、それによってポリペプチド鎖の早期終止および短縮型タンパク質を生じる。リードスルー変異は、停止コドンの破壊を引き起こし、それよって延長されたポリペプチド産物をもたらす、別の型の非同義的コドン変化である。SNPは、二対立遺伝子性(bi-allelic)、三対立遺伝子性(tri-allelic)、または四対立遺伝子性(tetra-allelic)であり得るが、大部分のSNPは、二対立遺伝子性であり、したがって、多くの場合、二対立遺伝子マーカーまたはジアレリック(di-allelic)マーカーと呼ばれる。
本明細書中で使用される場合、SNPおよびSNP遺伝子型への言及は、個別のSNPおよび/またはハプロタイプを含み、これらは、一般的に互いに遺伝するSNPの群である。ハプロタイプは、個別のSNPと比較して、疾患または他の表現型効果とより強い相関を有し得、したがって、いくつかの場合、診断精度の上昇を提供し得る(Stephensら、Science 293:489-493(Jul.2001))。
原因(Causative)SNPは、遺伝子発現または遺伝子産物の発現、構造、および/または機能における変化を生じるSNPであり、したがって、最も可能性のある臨床表現型として予測される。このような分類の一つとしては、ポリペプチド産物をコードする遺伝子領域に含まれるSNP(すなわち、cSNP)が挙げられる。これらのSNPは、ポリペプチド産物のアミノ酸配列の変化をもたらし得(すなわち、非同義的コドン変化)、そして欠損型または他の改変型タンパク質の発現を生じる。さらに、ナンセンス変異の場合、SNPは、ポリペプチド産物の早期終結を生じ得る。このような変異体産物は、病的状態(例えば、遺伝病)を生じ得る。コード配列中のSNPが遺伝病を引き起こす遺伝子の例としては、鎌形赤血球貧血および嚢胞性線維症が挙げられる。
原因SNPは、必ずしもコード領域に生じる必要はない;原因SNPは、例えば、最終的に核酸にコードされたタンパク質の発現、構造および/または活性に影響し得るあらゆる遺伝子領域に起こり得る。このような遺伝子領域としては、例えば、転写に関与する領域(例えば、転写因子結合ドメインにおけるSNP、プロモーター領域におけるSNP)、転写物のプロセシングに関する部位に関与する領域(例えば、不完全なスプライシングを引き起こし得るイントロン-エクソン境界におけるSNP、または、mRNAプロセシングシグナル配列(例えば、ポリアデニル化シグナル領域)におけるSNP)、が挙げられる。いくつかのSNPは、原因SNPではないが、やはり疾患を引き起こす配列に密接に関連し、したがって、疾患を引き起こす配列に分けられる。この状況において、SNPの存在は、疾患の存在、疾患の素因、または疾患発症の危険性の増加と関連する。これらのSNPはまた、原因SNPでなくとも、やはり診断、疾患の素因のスクリーニング、および他の用途に有用である。
SNPと特定の障害との関連性の研究は、目的の障害(例えば、CVD)を有する個体由来の生物学的サンプル中のSNP対立遺伝子の存在または頻度の決定、およびその情報と、好ましくは同様の年齢および人種のコントロール(すなわち、障害を有さない個体;コントロールは、「健康」個体、「正常」個体ともいわれる)との比較に関係する。患者およびコントロールの適切な選択は、SNPの関連性の研究の成功に重要である。したがって、十分特徴付けられた表現型を有する個体のプールが、非常に望ましい。
SNPは、疾患組織サンプルまたは疾患個体から得られた任意の生物サンプルにおいてスクリーニングされ得、コントロールサンプルと比較され得、特定の病的状態(例えば、CVDに関連する病気、特にCHD(例えば、MI))の発生の増加(または減少)について選択され得る。一旦統計学的に有意な関連が、一以上のSNPと目的の病的状態(または他の表現型)との間に確立された場合、このSNP周辺の領域は、必要に応じて十分にスクリーニングされて、この病的状態または表現型に影響する原因遺伝子座/配列(例えば、原因となるSNP/変異、遺伝子、調節領域など)を同定し得る。関連性の研究は、一般的な集団内で行われ得、罹患家系中の関係する個体において行われる研究(連鎖研究)に限定されない。
臨床試験は、医薬品による処置に応答する患者が、多くの場合、異種性であることを示した。医薬品の設計および治療を改善することへの必要性が引き続いて存在する。これに関して、SNPは、特定の医薬品による治療に最も適した患者を同定するために使用され得る(これは、多くの場合、薬理ゲノム科学と称される)。同様に、SNPは、患者が毒性の副作用を発現する可能性の増加、または患者がその処置に応答しない可能性に起因して、特定の処置から患者を除外するために使用され得る。薬理ゲノム科学はまた、薬学的研究に使用されて、薬物の開発および選択のプロセスを支援し得る。(Linderら,Clinical Chemistry 43:254(1997);Marshall,Nature Biotechnology 15:1249 (1997);国際特許出願WO97/40462,Spectra Biomedical; and Schaferら,Nature Biotechnology 16:3(1998))。
(発明の要旨)
本発明の例示的実施形態は、特に心血管疾患(CVD)の予防もしくは処置のための、スタチンへの個体の応答におけるその個体間の変動性と関連するSNPの同定、ならびにこのようなSNPの特有の組み合わせおよびSNPのハプロタイプに関する。上記CVDとしては、冠動脈性心疾患(CHD)(これは、心筋梗塞(MI)および他の冠動脈事象をさらに含む)および脳血管事象(例えば、脳卒中)が挙げられる。これらのSNPはまた、個体がCVD、特に、CHD(冠動脈事象(例えば、MI)が挙げられる)、ならびに脳血管事象(例えば、脳卒中)を発症する個体の危険性を決定するために有用である。本明細書で開示される多型は、診断試薬および予後判定試薬(prognostic reagent)の設計、ならびにCVD(特に、CHD(例えば、MI))の診断、予後、処置、および/もしくは予防において使用するための治療剤および予防剤の開発のための、ならびに治療剤(例えば、スタチン)への患者の応答を予測するための、特に、CVD(特に、CHD(例えば、MI))の処置もしくは予防のための標的として、直接的に有用である。
本発明の例示的実施形態は、特に心血管疾患(CVD)の予防もしくは処置のための、スタチンへの個体の応答におけるその個体間の変動性と関連するSNPの同定、ならびにこのようなSNPの特有の組み合わせおよびSNPのハプロタイプに関する。上記CVDとしては、冠動脈性心疾患(CHD)(これは、心筋梗塞(MI)および他の冠動脈事象をさらに含む)および脳血管事象(例えば、脳卒中)が挙げられる。これらのSNPはまた、個体がCVD、特に、CHD(冠動脈事象(例えば、MI)が挙げられる)、ならびに脳血管事象(例えば、脳卒中)を発症する個体の危険性を決定するために有用である。本明細書で開示される多型は、診断試薬および予後判定試薬(prognostic reagent)の設計、ならびにCVD(特に、CHD(例えば、MI))の診断、予後、処置、および/もしくは予防において使用するための治療剤および予防剤の開発のための、ならびに治療剤(例えば、スタチン)への患者の応答を予測するための、特に、CVD(特に、CHD(例えば、MI))の処置もしくは予防のための標的として、直接的に有用である。
スタチンへの個体の応答におけるその個体間の変動性と関連するSNPの同定に基づいて、特に、CVD(例えば、CHD(例えば、MI)および脳卒中)の危険性を低下させるために、本発明の例示的実施形態はまた、これらの改変体を検出する方法、ならびにこの課題を達成するために必要とされる検出試薬の設計および調製を提供する。本発明は、具体的には、以下を提供する:例えば、スタチン処置への応答性と関連したSNP、これらのSNPを含む単離された核酸分子(DNA分子およびRNA分子を含む)、このようなSNPを含む核酸分子によってコードされる改変体タンパク質、コードされる上記改変体タンパク質に対する抗体、新規なSNP情報を含むコンピューターベースのシステムおよびデータ保存システム、試験サンプルにおいてこれらのSNPを検出する方法、CVD(例えば、CHD(例えば、MI)もしくは脳卒中)を発症する危険性が変化した(すなわち、増大もしくは低下した)個体を同定する方法、個体がCVDを再発させる(例えば、再発性MI)危険性を決定するための方法、増大したCVDの危険性および/もしくはスタチン処置への応答の低下した可能性を有する個体を処置する方法、ならびに本明細書で開示される1つ以上のSNP部位における1種以上の特定のヌクレオチド(対立遺伝子)の存在もしくは非存在、または1種以上のコードされる改変体生成物(例えば、改変体mRNA転写物もしくは改変体タンパク質)の検出に基づく、薬物処置(特に、スタチン処置)、特に、CVDの薬物処置(例えば、CHD(例えば、MI)の予防もしくは処置)に応答する可能性が変化した(すなわち、増大もしくは低下した)個体を同定する(例えば、特定の個体の可能性を決定する)ための方法、CVDの処置もしくは予防において有用な化合物についてスクリーニングする方法、これらの方法によって同定される化合物、CVDを処置もしくは予防する方法など。
本発明の例示的実施形態は、以下をさらに提供する:処置レジメンを選択もしくは処方するための方法(例えば、CVDを有する個体、または将来CVDを発症する危険性があるか、またはCVDを以前に有した個体へスタチン処置を施すか否かを決定するための方法、特定のスタチンベースの処置レジメン(例えば、スタチンの投与の投与量および頻度、またはスタチンの特定の形態/タイプ(例えば、特定の薬学的処方物もしくはスタチン化合物)を選択するための方法、代替の非スタチンベースの処置(例えば、ナイアシン、フィブラート、もしくはエゼチミブ(例えば、ゼチーア(登録商標)もしくはエゼトロル(登録商標))を、スタチン処置に陽性に反応する可能性がないと予測される個体に(スタチンに加えて、もしくはスタチンの代わりに)施すための方法など)、およびスタチン処置から毒性もしくは他の望ましくない副作用を経験する可能性を決定するための方法など。本発明の種々の実施形態はまた、以下を提供する:個体の遺伝子型に基づいてスタチンもしくは他の治療剤が投与される個体を選択するための方法、および個体の遺伝子型に基づいて、スタチンもしくは他の治療剤の臨床試験のために上記個体を選択する(例えば、スタチン処置から陽性に応答する可能性が最も高い、臨床試験に参加する個体を選択する、および/もしくは個体のSNP遺伝子型(複数可)に基づいて、上記スタチン処置から陽性に応答する見込みのない個体を上記臨床試験から排除する、または個体に利益を与え得る別のタイプの薬物の臨床試験に参加させるために、個体のSNP遺伝子型(複数可)に基づいて、スタチンへ陽性に応答する見込みのない個体を選択する)ための方法。本発明のさらなる実施形態は、個体が、スタチン応答と関連すると、本明細書で同定される1種以上のSNPを有する場合に、スタチン処置を使用して、CVD(例えば、CHD(例えば、MI)もしくは脳卒中)を発症する上記個体の危険性を低下させる(スタチン処置を使用して、CVD(例えば、再発性MI)の再発を予防することを含む)ための方法を提供する。
表1および表2は、本願のSNPを含む、転写物配列(配列番号1~51)、コードされるアミノ酸配列(配列番号52~102)、ゲノム配列(配列番号177~622)、転写物ベースのコンテクスト配列(配列番号103~176)およびゲノムベースのコンテクスト配列(配列番号623~3661)の同定への言及である、遺伝子情報、ならびに観察された対立遺伝子、対立遺伝子頻度、対立遺伝子が観察された集団/人種群、SNPのタイプおよび対応する機能的効果についての情報、ならびにcSNPについてはコードされるポリペプチド産物についての情報を含む、広範なSNP情報を提供する。実際の転写物配列(配列番号1~51)、アミノ酸配列(配列番号52~102)、ゲノム配列(配列番号177~622)、転写物ベースのSNPコンテクスト配列(配列番号103~176)、およびゲノムベースのSNPコンテクスト配列(配列番号623~3661)が、配列表において提供される。
特定の例示的実施形態において、本発明は、スタチン処置に応答する可能性が変化したか、またはCVD(特に、CHDもしくは脳卒中)を発症する危険性(例えば、上記疾患の最初の発生および/もしくは上記疾患の再発(例えば、最初のもしくは再発性MI)を含む)が変化した個体を同定するための方法を提供し、ここで上記方法は、上記個体の核酸において、配列番号1~51、配列番号103~176、配列番号177~622、および配列番号623~3661のヌクレオチド配列のうちのいずれか1つにおける一塩基多型(SNP)を検出する工程であって、ここで上記SNPは、表1および/もしくは表2において特定され、上記SNPの存在は、上記個体における変化したCVDの危険性という、スタチン処置への変化した応答を示す工程を包含する。特定の実施形態において、上記CVDは、CHD、特に、MIである。特定の他の実施形態において、上記CVDは、脳卒中である。本発明の特定の例示的実施形態において、ヒトゲノムに天然に存在するSNPは、単離された核酸分子内に提供される。これらのSNPは、スタチン処置への応答と関連し、それによって、CVD(例えば、CHD(例えば、MI)もしくは脳卒中)の危険性を低下させ、その結果、上記SNPは、CVDの診断、予後、処置、および/もしくは予防において、ならびに特に、スタチンを使用するCVDの処置もしくは予防において、種々の用途を有し得る。特定の実施形態において、本発明の核酸は、増幅されたポリヌクレオチドであり、これは、SNP含有核酸テンプレートの増幅によって生成される。別の実施形態において、本発明は、本明細書で開示されるSNPを含む核酸分子によってコードされる改変体タンパク質を提供する。
本発明のさらなる実施形態において、その天然に存在する隣接するヌクレオチド配列(これは、例えば、DNAもしくはmRNAのいずれかであり得る)の関連においてSNPを検出するための試薬が提供される。特に、このような試薬は、例えば、目的のSNPの特異的検出において有用な、ハイブリダイゼーションプローブもしくは増幅プライマーの形態にあり得る。代替の実施形態において、タンパク質検出試薬は、本明細書で開示されるSNPを含む核酸分子によってコードされる改変体タンパク質を検出するために使用される。タンパク質検出試薬の好ましい実施形態は、抗体もしくは抗原反応性抗体フラグメントである。本発明の種々の実施形態はまた、SNP検出試薬を含むキット、および上記SNP検出試薬を使用することによって、本明細書で開示されるSNPを検出するための方法を提供する。本発明の例示的実施形態は、ヒトのCVDの危険性が、1種以上の本明細書で開示されるSNPの特定の対立遺伝子の存在もしくは非存在に基づいて、スタチンでの処置によって低下するかどうかを決定することにおいて使用するためのSNP検出試薬を含むキットを提供する。
種々の実施形態において、本発明は、1種以上の本明細書で開示されるSNP対立遺伝子の存在もしくは非存在を検出することによって、個体が、スタチン処置(特に、CVD(特に、CHD(例えば、MI)もしくは脳卒中)の危険性を低下させるためのスタチン処置)に応答する(すなわち、スタチン処置から利益を受ける)可能性がある(もしくは見込みがない)かどうかを評価するための方法を提供する。本発明はまた、1種以上の本明細書で開示されるSNP対立遺伝子の存在もしくは非存在を検出することによって、CVD(例えば、CHD(例えば、MI)もしくは脳卒中)を発症する危険性が増大もしくは低下した個体を同定する方法を提供する。
特定の実施形態において、表4~22において本明細書で開示されるスタチン応答対立遺伝子(CVDもしくはCHDの危険性を低下させるためのスタチン処置に対する増大した応答と関連する対立遺伝子)の存在は、検出され、個体が、CVD(例えば、CHD(例えば、MI)もしくは脳卒中)を発症する増大した危険性を有することを示す。同じ対立遺伝子が、CVDを発症する増大した危険性およびスタチン処置への増大した応答の両方と関連している(すなわち、同じ対立遺伝子が、危険性対立遺伝子かつ応答対立遺伝子の両方である)これらの実施形態において、CVDを発症するこの増大した危険性は、スタチン処置を、上記対立遺伝子を有する個体に施すことによって、低下させられ得る。
本発明の核酸分子は、発現ベクター中に、例えば、改変体タンパク質を宿主細胞において生成するために、挿入され得る。従って、本発明はまた、SNP含有核酸分子を含むベクター、上記ベクターを含む遺伝子操作された宿主細胞、およびこのような宿主細胞を使用して、組換え改変体タンパク質を発現させるための方法を提供する。別の具体的実施形態において、上記宿主細胞、SNP含有核酸分子、および/もしくは改変体タンパク質は、CVD(例えば、CHD(例えば、MI)もしくは脳卒中)の処置もしくは予防において有用な治療剤もしくは薬学的化合物をスクリーニングおよび同定するための方法において、標的として使用され得る。
本発明の一局面は、ヒト被験体において、CVD(例えば、CHDもしくは脳卒中)(例えば、上記疾患の最初の発生および/もしくは再発(例えば、最初のもしくは再発性MI)を含む)を処置もしくは予防するための方法であり、ここで上記ヒト被験体は、表1および表2において同定されるSNP、遺伝子、転写物、および/もしくはコードされるタンパク質を有し、上記方法は、上記ヒト被験体に、例えば、表1および表2に同定される遺伝子、転写物、および/もしくはコードされるタンパク質の活性を阻害する(もしくは刺激する)ことによって、上記疾患の作用を中和する、治療上もしくは予防上有効な量の1種以上の薬剤を投与する工程を包含する。
本発明の別の局面は、ヒト被験体においてCVD(特に、CHDもしくは脳卒中)を治療的にもしくは予防的に処置することにおいて有用な薬剤を同定するための方法であり、ここで上記ヒト被験体は、表1および表2において同定されるSNP、遺伝子、転写物、および/もしくはコードされるタンパク質を有し、上記方法は、上記遺伝子、転写物、もしくはコードされるタンパク質と、候補薬剤とを、上記遺伝子、転写物、もしくはコードされるタンパク質と、上記候補薬剤との間の結合複合体の形成を可能にするために適した条件下で接触させる工程、および上記結合複合体の形成を検出する工程であって、ここで上記複合体の存在は、上記薬剤を同定する工程を包含する。
本発明の別の局面は、ヒト被験体におけるCVD(例えば、CHD(例えば、MI)もしくは脳卒中)を処置もしくは予防するための方法であり、ここで上記方法は、
(i)上記ヒト被験体が、表1および表2において同定されるSNP、遺伝子、転写物、および/もしくはコードされるタンパク質を有することを決定する工程、ならびに
(ii)上記被験体に、治療上もしくは予防上有用な量の、上記疾患の作用を中和する、1種以上の薬剤(例えば、スタチン)を投与する工程、
を包含する。
(i)上記ヒト被験体が、表1および表2において同定されるSNP、遺伝子、転写物、および/もしくはコードされるタンパク質を有することを決定する工程、ならびに
(ii)上記被験体に、治療上もしくは予防上有用な量の、上記疾患の作用を中和する、1種以上の薬剤(例えば、スタチン)を投与する工程、
を包含する。
本発明の別の局面は、スタチン処置から利益を得る可能性があるヒトを同定するための方法であり、ここで上記方法は、上記ヒトの核酸において、1種以上の本明細書で開示されるSNPの対立遺伝子を検出する工程であって、ここで上記対立遺伝子の存在は、上記ヒトが、スタチン処置から利益を得る可能性があることを示す工程を包含する。
本発明の別の局面は、スタチン処置から利益を得る可能性があるヒトを同定するための方法であり、ここで上記方法は、上記ヒトの核酸において、1種以上の本明細書で開示されるSNPとLDにある1種以上のSNPの対立遺伝子を検出する工程であって、ここで上記LD SNPの対立遺伝子の存在は、上記ヒトは、スタチン処置から利益を得る可能性があることを示す工程を包含する。
本発明の多くの他の用途および利点は、本明細書における例示的実施形態の詳細な記載を精査することにより、当業者に明らかである。単に考察を明らかにするために、本発明は、非限定的な例によって、以下の節に記載される。
(EFS-WEBを介して電子化して提出されたテキスト(ASCII)ファイルの説明)
以下の3つのテキスト(ASCII)ファイルは、本願の一部として、EFS-Webを介して電子化して提出される:
1)ファイルSEQLIST_CD000027ORD.txtは、配列表を提供する。上記配列表は、1種以上の本発明のスタチン応答関連SNPを含む各遺伝子(もしくは遺伝子間SNPに関してはゲノム領域)について、表1に言及されるような、転写物配列(配列番号1~51)およびタンパク質配列(配列番号52~102)、および表2に言及されるような、ゲノム配列(配列番号177~622)を提供する。各SNPに隣接するコンテクスト配列(表1に言及されるように、転写物ベースのコンテクスト配列(配列番号103~176)および表2に言及されるように、ゲノムベースのコンテクスト配列(配列番号623~3661)の両方を含む)は、配列表にもまた、提供される。上記コンテクスト配列は、一般に、各々のSNPの100bp上流(5’)および100bp下流(3’)を提供し、各々のSNPの周りを囲むコンテクスト配列の合計200bpに関して、上記SNPを上記コンテクスト配列の中央部に有する。ファイルSEQLIST_CD000027ORD.txtは、63,960KBサイズであり、2011年4月5日に作成された。
以下の3つのテキスト(ASCII)ファイルは、本願の一部として、EFS-Webを介して電子化して提出される:
1)ファイルSEQLIST_CD000027ORD.txtは、配列表を提供する。上記配列表は、1種以上の本発明のスタチン応答関連SNPを含む各遺伝子(もしくは遺伝子間SNPに関してはゲノム領域)について、表1に言及されるような、転写物配列(配列番号1~51)およびタンパク質配列(配列番号52~102)、および表2に言及されるような、ゲノム配列(配列番号177~622)を提供する。各SNPに隣接するコンテクスト配列(表1に言及されるように、転写物ベースのコンテクスト配列(配列番号103~176)および表2に言及されるように、ゲノムベースのコンテクスト配列(配列番号623~3661)の両方を含む)は、配列表にもまた、提供される。上記コンテクスト配列は、一般に、各々のSNPの100bp上流(5’)および100bp下流(3’)を提供し、各々のSNPの周りを囲むコンテクスト配列の合計200bpに関して、上記SNPを上記コンテクスト配列の中央部に有する。ファイルSEQLIST_CD000027ORD.txtは、63,960KBサイズであり、2011年4月5日に作成された。
2)ファイルTABLE1_CD000027ORD.txtは、表1を提供し、これは、78KBサイズであり、2011年4月6日に作成された。
3)ファイルTABLE2_CD000027ORD.txtは、表2を提供し、これは、1,971KBサイズであり、2011年4月6日に作成された。
これらの3つのテキストファイルは、特許法施行規則(37 CFR) 1.77(b)(4)に従って、本明細書に参考として援用される。
(表1および表2の説明)
表1および表2(ともに、EFS-Webを介して、本願の一部として電子化して提出)は、上記SNPおよび関連する遺伝子/転写物/タンパク質情報、ならびに表4~22に開示されるSNPに関する配列、同様に表3に開示されるLD SNPに関する配列を開示する。表1は、転写物配列およびタンパク質配列に基づくのに対して、表2は、ゲノム配列に基づく。
表1および表2(ともに、EFS-Webを介して、本願の一部として電子化して提出)は、上記SNPおよび関連する遺伝子/転写物/タンパク質情報、ならびに表4~22に開示されるSNPに関する配列、同様に表3に開示されるLD SNPに関する配列を開示する。表1は、転写物配列およびタンパク質配列に基づくのに対して、表2は、ゲノム配列に基づく。
各遺伝子に関して、表1は、遺伝子、転写物およびタンパク質情報を含む見出し、続いて、転写物およびタンパク質配列識別子(配列番号)、続いて、その遺伝子/転写物(転写物コンテクスト配列を含む)において見いだされた各SNPに関するSNP情報を提供する。表2中の各遺伝子に関しては、遺伝子およびゲノム情報を含む見出しが提供され、続いて、ゲノム配列識別子(配列番号)、続いてその遺伝子において見いだされる各SNPに関するSNP情報(ゲノムコンテクスト配列を含む)が提供される。
SNPマーカーが、表1および表2の両方において含まれ得;表1は、それらの転写物配列およびコードされるタンパク質配列に関連するSNPを示すのに対して、表2は、それらのゲノム配列に関するSNPを示すことに注意する。いくつかの場合において、表2はまた、最後の遺伝子配列の後に、1種以上の遺伝子間領域のゲノム配列、ならびにSNPコンテクスト配列およびこれらの遺伝子間領域内に存在する任意のSNPに関する他のSNP情報を含み得る。さらに、表1もしくは表2のいずれかにおいて、「関連した、照合されたSNP」は、所定の検出力値(Power value)に従って、その照合されたSNPとLDにあると決定される以下のSNPに従って列挙され得る。SNPは、それらのCelera hCV(もしくは、いくつかの場合には、hDV)識別番号および/もしくは公のrs識別番号に基づくすべての表の間で、そして、それらの対応する配列番号に基づく配列表に対して、容易に相互参照され得る。
上記遺伝子/転写物/タンパク質情報は、以下を含む:
-遺伝子番号(1~n(ここでn=表中の遺伝子の総数)、
-遺伝子記号と、Entrez遺伝子識別番号(Entrez Gene database,National Center for Biotechnology Information(NCBI),National Library of Medicine(NLM),National Institutes of Health(NIH))、
-遺伝子名、
-上記転写物のアクセッション番号(RefSeq NM番号が利用可能でない場合には、例えば、RefSeq NM番号、もしくはCelera hCT識別番号)(表1のみ)、
-上記タンパク質のアクセッション番号(RefSeq NP番号が利用可能でない場合には、例えば、RefSeq NP番号、もしくはCelera hCP識別番号)(表1のみ)、
-遺伝子が位置する染色体の染色体番号、
-上記遺伝子のOMIM(「Online Mendelian Inheritance in Man」データベース,Johns Hopkins University/NCBI)公的参照番号、およびOMIM情報(例えば、OMIMエントリーにおける代替遺伝子/タンパク質名(複数可)および/もしくは記号(複数可))。
-遺伝子番号(1~n(ここでn=表中の遺伝子の総数)、
-遺伝子記号と、Entrez遺伝子識別番号(Entrez Gene database,National Center for Biotechnology Information(NCBI),National Library of Medicine(NLM),National Institutes of Health(NIH))、
-遺伝子名、
-上記転写物のアクセッション番号(RefSeq NM番号が利用可能でない場合には、例えば、RefSeq NM番号、もしくはCelera hCT識別番号)(表1のみ)、
-上記タンパク質のアクセッション番号(RefSeq NP番号が利用可能でない場合には、例えば、RefSeq NP番号、もしくはCelera hCP識別番号)(表1のみ)、
-遺伝子が位置する染色体の染色体番号、
-上記遺伝子のOMIM(「Online Mendelian Inheritance in Man」データベース,Johns Hopkins University/NCBI)公的参照番号、およびOMIM情報(例えば、OMIMエントリーにおける代替遺伝子/タンパク質名(複数可)および/もしくは記号(複数可))。
オルタナティブスプライス形態の存在に起因して、複数の転写物/タンパク質エントリーが、表1中の単一の遺伝子エントリーに関して提供され得る;すなわち、単一の遺伝子番号に関して、それらの転写物/タンパク質情報および配列において異なる複数のエントリーが、連続して提供され得ることに注意する。
上記遺伝子/転写物/タンパク質情報に続いて、その遺伝子内の各SNPに関して、転写物コンテクスト配列(表1)、もしくはゲノムコンテクスト配列(表2)がある。
最後の遺伝子配列の後に、表2は、遺伝子間領域のさらなるゲノム配列(このような場合には、これらの配列は、数字の識別番号が後続する「遺伝子間領域:」として同定される)、ならびにSNPコンテクスト配列および各遺伝子間領域内に存在する任意のSNPについての他のSNP情報(このようなSNPは、SNPタイプに関して「遺伝子間」と同定される)を含み得る。
上記転写物、タンパク質、および転写物ベースのSNPコンテクスト配列は、配列表にすべて提供されることに注意する。上記転写物ベースのSNPコンテクスト配列は、表1および配列表にも提供される。上記ゲノム配列およびゲノムベースのSNPコンテクスト配列は、配列表に提供される。上記ゲノムベースのSNPコンテクスト配列は、表2および配列表の両方に提供される。配列番号は、上記転写物ベースのコンテクスト配列(配列番号103~176)に関して表1に示され;配列番号は、表2において、上記ゲノムベースのコンテクスト配列(配列番号623~3661)に関して示される。
上記SNP情報は、以下を含む:
-そのIUBコードによって表されるSNPを有するコンテクスト配列(表1中の転写物配列、表2中のゲノム配列から得られる)は、上記SNP位置の100bp上流(5’)+上記SNP位置の100bp下流(3’)を含む(表1中の転写物ベースのSNPコンテクスト配列は、配列番号103~176として配列表に提供され;表2中のゲノムベースのSNPコンテクスト配列は、配列番号623~3661として配列表に提供される)。
-そのIUBコードによって表されるSNPを有するコンテクスト配列(表1中の転写物配列、表2中のゲノム配列から得られる)は、上記SNP位置の100bp上流(5’)+上記SNP位置の100bp下流(3’)を含む(表1中の転写物ベースのSNPコンテクスト配列は、配列番号103~176として配列表に提供され;表2中のゲノムベースのSNPコンテクスト配列は、配列番号623~3661として配列表に提供される)。
-上記SNPのCelera hCV内部識別番号(いくつかの場合には、「hDV」番号は、「hCV」番号の代わりに与えられる)。
-上記SNPについての対応する公的識別番号である,rs番号。
-「SNP染色体位置」は、NCBI Genome Build 36において提供される、上記染色体の完全配列に沿った、上記SNPのヌクレオチド位置を示す。
-SNP位置(所定の上記転写物配列(表1)内もしくは所定の上記ゲノム配列(表2)内の上記SNPのヌクレオチド位置)。
-「関連した、照合されたSNP」は、列挙された上記SNPが、所定の検出力値(value of Power)においてLDにある、照合されたSNPである。
-SNP源(上記SNPが観察された内部配列決定プロジェクトおよび/もしくは公的データベースに依存して、以下の5つのコードのうちの1つ以上の任意の組み合わせを含み得る:「Applera」=39名の個体の遺伝子および調節領域の再配列決定の間に観察されたSNP、「Celera」=Celeraヒトゲノム配列のショットガン配列決定およびアセンブリの間に観察されたSNP、「Celera Diagnostics」=疾患を有する個体に由来する核酸サンプルの再配列決定の間に観察されたSNP、「dbSNP」=dbSNP公的データベースにおいて観察されたSNP、「HGBASE」=HGBASE公的データベースにおいて観察されたSNP、「HGMD」=Human Gene Mutation Database(HGMD)公的データベースにおいて観察されたSNP、「HapMap」=International HapMap Project公的データベースにおいて観察されたSNP、「CSNP」=コードSNPS(cSNP)の内部Applied Biosystems(Foster City,CA)データベースにおいて観察されたSNP)。
単一のSNPに関する複数の「Applera」源エントリーは、同じSNPが、複数の重複する増幅生成物によって網羅され、これらの増幅生成物の各々からの再配列決定結果(例えば、観察された対立遺伝子数)が、提供されていることを示すことに注意する。
-[集団1(第一の対立遺伝子の数|第二の対立遺伝子の数)集団2(第一の対立遺伝子の数|第二の対立遺伝子の数)総数(第一の対立遺伝子の総数|第二の対立遺伝子の総数)]の形式における集団/対立遺伝子/対立遺伝子数の情報。この分野における情報は、集団/特定のSNP対立遺伝子が観察された人種群(「cau」=白人、「his」=ラテン系アメリカ人、「chn」=中国人、および「afr」=アフリカ系アメリカ人、「jpn」=日本人、「ind」=インド人、「mex」=メキシコ人、「ain」=アメリカインディアン、「cra」=Celeraドナー、「no_pop」=集団の情報が利用可能ではない)、同定されたSNP対立遺伝子、および観察された対立遺伝子数(各集団群内および総対立遺伝子数の内で)を含む、ここで以下が適用される;利用可能な[対立遺伝子の領域における「-」は、挿入/欠失(「indel」)多型の欠失対立遺伝子を表し、(この場合対応する挿入対立遺伝子は、一つ以上のヌクレオチドから構成され得るが、「|」の反対側の対立遺伝子の領域に示される);数領域における「-」は、対立遺伝子数情報が利用可能ではないことを示唆する]。公開dbSNPデータベースからの特定のSNPについて、集団/人種の情報を、以下に示す(この集団の情報は、dbSNPにおいて公開されている):「HISP1」=自称ラテン系アメリカ人の遺伝形質の23人由来のヒト個体DNA(匿名扱いのサンプル);「PAC1」=自称環太平洋地域遺伝形質の24人由来のヒト個体DNA(匿名扱いのサンプル);「CAUC1」=自称白人遺伝形質の31人のヒト個体DNA(匿名扱いのサンプル);「AFR1」=自称アフリカ人/アフリカ系アメリカ人遺伝形質の24人由来のヒト個体DNA(匿名扱いのサンプル);「P1」=自称遺伝形質の102人由来のヒト個体DNA(匿名扱いのサンプル);「PA130299515」;「SC_12_A」=Corielle cell repositoriesからのアジア人由来のSANGER 12 DNA、これらは、男性6人および女性6人である;「SC_12_C」=CEPH/UTAH library由来のCorielle cell repositoriesからの白人由来のSANGER 12 DNA。男性6人および女性6人;「SC_12_AA」=Corielle cell repositoriesからのアフリカ系アメリカ人由来のSANGER 12 DNA、これらは、男性6人および女性6人である;「SC_95_C」=CEPH/UTAH library由来のCorielle cell repositoriesからの白人由来のSANGER 95 DNA;ならびに「SC_12_CA」=CEPH/UTAH libraryに由来するCorielle cell repositoriesからの白人-12 DNA(男性6人および女性6人)。
以下に留意すること:「Applera」SNP源のSNPに関しては、39人の個体(20人の白人および19人のアフリカ系アメリカ人)の遺伝子/調節領域を再配列決定し、そして、各SNPの位置は、各個体の二つの染色体によって表される(男性のX染色体およびY染色体上のSNPを除く、これらについては、各SNPの染色体に対する位置は、一つの染色体によって代表される)ので、78本以下の染色体を、各SNP位置に関して遺伝子型特定した。従って、アフリカ系アメリカ人(「afr」)の対立遺伝子の数の合計は、38以下であり、白人の対立遺伝子の数の合計(「cau」)は、40以下であり、全ての対立遺伝子の数の合計は、78以下である。
以下に留意すること:セミコロンは、それぞれの示されたSNP源に対応する集団/対立遺伝子/数情報を分ける;すなわち、四つのSNP源(例えば、「Celera」、「dbSNP」、「HGBASE」および「HGMD」)が示される場合、集団/対立遺伝子/数情報は、セミコロンによって分けられる4つの群に提供され、SNP源の一覧と同じ順序で、列挙され、順序に基づくそれぞれのSNP源に対応する各集団/対立遺伝子/数情報群を伴なう;従って、この例において、第一の集団/対立遺伝子/数情報群は、第一の列挙したSNP源(Celera)に相当し、セミコロンによって分けられる第三の集団/対立遺伝子/数情報群は、第三の列挙したSNP源(HGBASE)に対応する;任意の特定のSNP源に対する集団/対立遺伝子/数情報が利用可能ではない場合、一対のセミコロンが、SNP源のリストと集団/対立遺伝子/数情報の対応するリストとの間の対応を維持するために、なおプレースホルダー(place-holder)として挿入される。
-SNP型(例えば、遺伝子/転写産物における位置および/または予測される機能効果)[「MIS-SENSE MUTATION」=SNPは、コードされたアミノ酸に変化を引き起こす(すなわち、コードSNPと同義語ではない);「SILENT MUTATION」=SNPは、コードされたアミノ酸に変化を引き起こさない(すなわち、コードSNPの同義語);「STOP CODON MUTATION」=SNPは、終止コドンに位置する;「NONSENSE MUTATION」=SNPは、終止コドンを作製するかまたは破壊する;「UTR 5」=SNPは、転写産物の5’UTRに位置する;「UTR3」=SNPは、転写産物の3’UTRに位置する;「PUTATIVE UTR 5」=SNPは、推定5’UTRに位置する;「PUTATIVE UTR 3’’=SNPは、推定3’UTRに位置する;「DONOR SPLICE SITE」=SNPは、ドナースプライシング部位(5’イントロン境界)に位置する;「ACCEPTOR SPLICE SITE」=SNPは、受容体スプライシング部位(3’イントロン境界)に位置する;「CODING REGION」=SNPは、転写産物のタンパク質コード領域に位置する;「EXON」=SNPは、エクソンに位置する;「INTRON」=SNPは、イントロンに位置する;「hmCS」=SNPは、ヒト-マウス保存セグメントに位置する;「TFBS」=SNPは、転写因子結合部位に位置する;「UNKNOWN」=SNP型は、定義されない;「INTERGENIC」=SNPは、遺伝子間である、すなわち、任意の遺伝子境界の外側である]。
-タンパク質コード情報(表1のみ)、関連する場合、[タンパク質配列番号、アミノ酸位置(アミノ酸-1、コドン1)(アミノ酸-2、コドン2)]の形式におけるタンパク質コード情報。この分野における情報としては、コードタンパク質配列の配列番号、SNPを含むコドンによってコードされる配列番号によって同定されるタンパク質内のアミノ酸残基の位置、代替的なSNP対立遺伝子によってコードされるアミノ酸(一文字アミノ酸コードによって表される)(終止コドンの場合には、一文字アミノ酸コードに対して、「X」が使用される)、およびアミノ酸残基をコードする代替的なSNPヌクレオチドを含む代替的なコドン(従って、例えば、ミスセンス変異型SNPに関しては、少なくとも二つの異なるアミノ酸および少なくとも二つの異なるコドンが、一般に示される;サイレント変異型SNPに関しては、一つのアミノ酸および少なくとも二つの異なるコドンが一般に示されるなど)が挙げられる。SNPがタンパク質コード領域の外側(例えば、UTR領域)に位置する例において、「None」は、タンパク質配列番号の後に示される。
(表3の説明)
表3は、特定の照合されたSNPに関連し、これらから得られる連鎖不均衡(LD) SNPのリストを提供する。上記照合されたSNP(これは、表4~22において提供されるそれらSNPである)は、本明細書で記載され示されるように、例えば、CVD/CHD危険性を低下させるためのスタチン処置への応答と統計的に有意に関連している。表3に提供されるLD SNPは、すべて0.9以上のr2値(これは、r2の閾値(threshold r2 value)として設定した)を有し、照合されたスタチン応答関連SNPと高いLDにあることに基づいて、例えば、CVD(特に、CHD(例えば、MIおよび他の冠動脈事象、ならびに脳血管事象(例えば、脳卒中))の危険性を低下させるためのスタチン処置への応答に関するマーカーとしても使用され得るSNPの例として提供される。
表3は、特定の照合されたSNPに関連し、これらから得られる連鎖不均衡(LD) SNPのリストを提供する。上記照合されたSNP(これは、表4~22において提供されるそれらSNPである)は、本明細書で記載され示されるように、例えば、CVD/CHD危険性を低下させるためのスタチン処置への応答と統計的に有意に関連している。表3に提供されるLD SNPは、すべて0.9以上のr2値(これは、r2の閾値(threshold r2 value)として設定した)を有し、照合されたスタチン応答関連SNPと高いLDにあることに基づいて、例えば、CVD(特に、CHD(例えば、MIおよび他の冠動脈事象、ならびに脳血管事象(例えば、脳卒中))の危険性を低下させるためのスタチン処置への応答に関するマーカーとしても使用され得るSNPの例として提供される。
表3において、「照合されたSNP(Interrogated SNP)」と表示される列は、その特有のhCVおよびrs識別番号によって同定されたように、各照合されたSNPを示す。「LD SNP」と表示された列は、それらの対応する照合されたSNPから得られるLD SNPのhCV番号およびrs番号を表す。「閾(Threshold) r2」と表示される列は、LD SNPが、表3に含まれるために、照合されたSNPに関して満たさねばならないr2の最小値を示す(上記閾値r2は、表3におけるすべてのSNPに関して0.9に設定される)。「r2」と表示される列は、関連する上記照合されたSNPに関して上記LD SNPの実際のr2値を表す(上記r2の閾値は、0.9に設定されるので、表3におけるすべてのSNPは、0.9以上のr2値を有する)。表3に提供されるLD SNPを選択するための基準は、以下の実施例4にさらに記載される。
表3に列挙されるLD SNPの各々について、配列、SNP情報、および関連する遺伝子/転写物/タンパク質情報は、表1~2に提供される。
(表4~22の説明)
表4~22は、表1および表2に開示されるSNPの分析の結果を提供する(SNPは、それらのhCVおよび/もしくはrs識別番号に基づいて、本明細書中のすべての表の間で相互参照され得る)。表4~22に示される結果は、これらのSNPと、例えば、CVD(特に、CHD(例えば、MI)および脳卒中)の危険性を低下させるためのスタチン処置への応答との関連の裏付けを提供する。
表4~22は、表1および表2に開示されるSNPの分析の結果を提供する(SNPは、それらのhCVおよび/もしくはrs識別番号に基づいて、本明細書中のすべての表の間で相互参照され得る)。表4~22に示される結果は、これらのSNPと、例えば、CVD(特に、CHD(例えば、MI)および脳卒中)の危険性を低下させるためのスタチン処置への応答との関連の裏付けを提供する。
(表4~8)
表4~8における分析は、以下の実施例1にさらに記載される。
表4~8における分析は、以下の実施例1にさらに記載される。
コホートおよび症例のみの研究設計を、CARE、WOSCOPS、およびPROVE-IT臨床試験(これらのサンプルセットと、対応する参照は、以下の実施例1に記載される)からのサンプルセットにおいて、スタチン処置への応答と関連するSNPを同定するために使用した。具体的には、分析を、これらの3つのサンプルセット(個々に、およびメタ分析と組み合わせて)からコホート全体(CHDの発生もしくはCVD事象ありもしくはなしの個体)もしくは症例のみ(CHDの発生もしくはCVD事象を有する個体のみ)を使用して行って、スタチン処置に応答した、CHDもしくはCVD(CVDは、CHDおよび脳卒中を含む)の危険性における低下と関連するSNPを同定した。そしてこれらの分析の結果を、表4~7に提供する(表8は、表5と表7に列挙されるSNPの対の間でのLDの程度(r2)を提供する)。
表4~7は、(上記CHDもしくはCVDのエンドポイントが、表4~7の最後の列(「エンドポイント(Endpoint)」と表示)に示され、任意の遺伝モデルが、表4~7の最後の列の次に(「モデル(Model)」と表示)示される)上記CHDもしくはCVDのエンドポイントのいずれかにおける、上記遺伝モデル(ドミナント、劣性、もしくは相加的)において、CAREおよびWOSCOPSを合わせたメタ分析(表4~5)で、またはCARE、WOSCOPS、およびPROVE-ITを合わせたメタ分析(表6~7)で、10-4より低いP値で相乗作用指数(オッズ比)を有したSNPを提供する。各分析に関して、表4~7は、上記データが、症例のみの分析(「源(Source)」の列において「症例のみ(CaseOnly)」)に、もしくはコホート全体の分析(「Source」の列において「コホート(cohort)」)に由来するかどうかを示す。コホートデータが利用可能であった場合には常に、それを、メタ分析において使用した。
表4~5は、2つのエンドポイント(CHDおよびCVD)および3つの遺伝モデル(ドミナント、劣性、および相加的)に関して、CAREおよびWOSCOPSを合わせたメタ分析(各表の第2節)、ならびに個々にCARE(各表の第3節)およびWOSCOPS(各表の第4節)のロジスティック回帰分析を提供する。
表6~7は、2つのエンドポイント(CHDおよびCVD)および3つの遺伝モデル(ドミナント、劣性、および相加的)に関してCARE、WOSCOPS、およびPROVE-ITを合わせたメタ分析(各表の第2節)、ならびに個々にCARE(各表の第3節)、WOSCOPS(各表の第4節)、およびPROVE-IT(各表の第5節)のロジスティック回帰分析を提供する。PROVE-ITに関しては、ただ1つのエンドポイント(本来のPROVE-IT研究の複合主要エンドポイント(いくつかの脳卒中症例を含む))があり、このエンドポイントは、CHDおよびCVDの両方のメタ分析において使用した。
表5および表7は、CAREおよびWOSCOPS(表5)において、ならびにCARE、WOSCOPS、およびPROVE-IT(表7)において、特定のLD SNPの分析を提供する。いくつかのSNPに関しては、症例のみのデータは、第1のSNPに関して利用可能であった一方で、コホートデータは、LDにあるSNPと第1のSNP(LD SNP)に関して利用可能であった(これは、作業kPCRアッセイが、上記第1のSNPに関して行えなかった場合に起こった)。これらのSNPに関して、症例のみの分析のデータおよび上記コホートに関して利用可能なデータが、報告される。上記メタ分析を、利用可能な場合に上記コホートデータを使用して行った。これらのSNPは、表5および表7に列挙され、LDにある2つのSNPを、一方の下に他方を列挙し、SNPのこれらの対の各々の間のLDの程度は、表8に提供される。
表4~7における注釈は、以下のとおりである:
表4~7において、「対立遺伝子A1(allele A1)」は、「非参照対立遺伝子(non-reference allele)」(「non-ref」)と交換可能に言及され得、対立遺伝子A2(「allele A2)」は、「参照対立遺伝子(reference allele)」(「ref」)と交換可能に言及され得る。表4~7に示されるORは、示される上記「non-reference allele」(「allele A1」)に対応する。従って、OR<1であれば、上記「non-reference allele」(「allele A1」)が、スタチン処置によるCVD/CHDの危険性の低下と関連するのに対して、OR>1であれば、上記SNPにおける他の代わりの対立遺伝子(上記「reference allele」もしくは「allele A2」)が、スタチン処置によるCVD/CHDの危険性の低下と関連する。
表4~7において、「対立遺伝子A1(allele A1)」は、「非参照対立遺伝子(non-reference allele)」(「non-ref」)と交換可能に言及され得、対立遺伝子A2(「allele A2)」は、「参照対立遺伝子(reference allele)」(「ref」)と交換可能に言及され得る。表4~7に示されるORは、示される上記「non-reference allele」(「allele A1」)に対応する。従って、OR<1であれば、上記「non-reference allele」(「allele A1」)が、スタチン処置によるCVD/CHDの危険性の低下と関連するのに対して、OR>1であれば、上記SNPにおける他の代わりの対立遺伝子(上記「reference allele」もしくは「allele A2」)が、スタチン処置によるCVD/CHDの危険性の低下と関連する。
計数は、以下の形式で示される:対立遺伝子A1ホモ接合体/ヘテロ接合体/対立遺伝子A2ホモ接合体。これらの計数は、対応する遺伝子型を有する、上記CARE、WOSCOPS、もしくはPROVE-IT臨床試験(示されるとおり)のプラバスタチン(「Prava」)、プラセボ、もしくはアトルバスタチン(「Atorva」)アームにおける個体数を示す。
表4~7において、「P値」は、p値を示し、「OR」は、オッズ比(相乗作用指数)を示し、「OR L95」および「OR U95」は、(それぞれ)上記オッズ比についての95%信頼区間より低いおよび高い、を示し、「Source」は、上記データが症例のみの分析(「CaseOnly」)に由来するのか、もしくはコホート全体の分析(「cohort」)に由来するのかを示す。
(表9~18)
表9~18は、CVD/CHDの危険性を低下させるためのスタチン処置への応答と関連するさらなるSNPを提供する。表9~18は、表9~18が補定(imputation)によって、および遺伝子型特定によって分析されるSNPを含むという点で表4~8とは異なるのに対して、表4~8におけるSNPのすべてを、遺伝子型特定することによって分析した。補定は、各個体に由来するサンプルにおいて上記SNPを直接遺伝子型特定することよりむしろ、各々の個体について、上記サンプルセット(CARE、WOSCOPS、およびPROVE-IT)におけるSNPに存在する対立遺伝子/遺伝子型を補定する工程を包含する。表9~18の各々における「Source」と表示される列は、各SNPについて提示されたデータが、補定もしくは遺伝子型特定することから得られたかどうかを示す。
表9~18は、CVD/CHDの危険性を低下させるためのスタチン処置への応答と関連するさらなるSNPを提供する。表9~18は、表9~18が補定(imputation)によって、および遺伝子型特定によって分析されるSNPを含むという点で表4~8とは異なるのに対して、表4~8におけるSNPのすべてを、遺伝子型特定することによって分析した。補定は、各個体に由来するサンプルにおいて上記SNPを直接遺伝子型特定することよりむしろ、各々の個体について、上記サンプルセット(CARE、WOSCOPS、およびPROVE-IT)におけるSNPに存在する対立遺伝子/遺伝子型を補定する工程を包含する。表9~18の各々における「Source」と表示される列は、各SNPについて提示されたデータが、補定もしくは遺伝子型特定することから得られたかどうかを示す。
具体的には、表4~8におけるように同じ3つのサンプルセット(CARE、WOSCOPS、およびPROVE-IT)を使用して分析を行って、上記CHDもしくはCVDの危険性の低下とも関連する、表4~8に提供されるものを超えるさらなるSNPを(遺伝子型特定および補定の両方によって)同定した。表9~18は、表4~8におけるものと同じ2つのエンドポイント(表9~13におけるCHD、および表14~18におけるCVD)についてのスタチン応答の分析の結果、ならびに4つの遺伝モデル(ドミナント、劣性、相加的、および遺伝子型の(genotypic)2df)を提供する。
表9~18は、CAREおよびWOSCOPSを合わせたメタ分析もしくはCARE、WOSCOPS、およびPROVE-ITを合わせたメタ分析のいずれかについて、CHDもしくはCVDエンドポイントのいずれかについて、ならびに任意の遺伝モデル(ドミナント、劣性、相加的もしくは遺伝子型の)について、無作為効果のp値が10-4より低かった、遺伝子型特定されかつ補定されたSNPを提供する。スタチン応答と、上記CHDもしくはCVD表現型のいずれかとの間の関連相互作用(association interaction)を行った。
表9~13は、エンドポイントとしてCHDを有するのに対して、表14~18は、エンドポイントとしてCVDを有する(CVDは、CHDおよび脳卒中を含む)。
表9および表14は、直接遺伝子型特定することによる、および遺伝子型を補定することによる、上記CAREサンプルセットのロジスティック回帰分析の結果を提供する。
表10および表15は、直接遺伝子型特定することによる、および遺伝子型を補定することによる、上記WOSCOPSサンプルセットのロジスティック回帰分析の結果を提供する。
表11および表16は、直接遺伝子型特定することによる、および遺伝子型を補定することによる、上記PROVE-ITサンプルセットのロジスティック回帰分析の結果を提供する。
表12および表17は、直接遺伝子型特定することによる、および遺伝子型を補定することによる、上記CAREおよびWOSCOPSサンプルセットを合わせたメタ分析の結果を提供する。
表13および表18は、直接遺伝子型特定することによる、および遺伝子型を補定することによる、上記CARE、WOSCOPS、およびPROVE-ITサンプルセットを合わせたメタ分析の結果を提供する。
表9~11および表14~16における注釈(個々に、CARE、WOSCOPS、およびPROVE-ITサンプルセットの分析に関して)は、以下のとおりである:
「SOURCE」は、各SNPが遺伝子型特定されたか(「遺伝子型特定された(Genotyped)」)もしくは補定されたか(「補定された(Imputed)」)を示す。
「SOURCE」は、各SNPが遺伝子型特定されたか(「遺伝子型特定された(Genotyped)」)もしくは補定されたか(「補定された(Imputed)」)を示す。
「対立遺伝子(ALLELE)」は、所定のデータ(例えば、上記OR)が対応する対立遺伝子(これは、本明細書で対立遺伝子「A1」ともいわれる)を示す(そして各SNPにおいて他の代わりの対立遺伝子(これは、表9~11および表14~16において示されないが、各SNPに関して表1~2に示される)は、対立遺伝子「A2」といわれる)。
「MODEL」は、上記モデルが相加的「ADD」、劣性(「REC」)、ドミナント(「DOM」)、もしくは遺伝子型の2df(「GEN」)であったかどうかを示す。
「NMISS」は、上記分析に存在する遺伝子型の数(非欠落遺伝子型の数)を示す。
「OR」は、オッズ比(相乗作用指数(SI))を示す。上記オッズ比が、示された上記対立遺伝子(すなわち、対立遺伝子A1)について1つより低い場合、これは、この対立遺伝子が、スタチン応答と関連する(スタチン処置から利益を得る)ことを示す。すなわち、より少ないCVD事象もしくはCHD事象(例えば、MI)が、CAREもしくはWOSCOPSのプラセボアーム、またはPROVE-ITのプラバスタチンアームにおいてこの対立遺伝子を有する個体と比較して、CAREもしくはWOSCOPSのプラバスタチンアーム、またはPROVE-ITのアトルバスタチンアームにおけるこの対立遺伝子を有する個体に観察された。上記オッズ比が、示された上記対立遺伝子について1つより大きい場合、これは、上記SNPにおける他の代わりの対立遺伝子(表9~11および表14~16に示されないが、表1~2に示される対立遺伝子(すなわち、対立遺伝子A2))が、スタチン応答と関連する(スタチン処置から利益を受ける)ことを示す。
「SE」は、上記相乗作用指数の自然対数の標準誤差を示す(上記相乗作用指数は、オッズ比であり、「OR」と表示される)。
「L95」および「U95」は、(それぞれ)上記オッズ比に関して95%信頼区間より低いおよび高いことを示す。
「STAT」は、ロジスティック回帰分析における関連の有意性を評価することにおいて使用される検定統計量である。上記統計量は、その標準誤差によって除算した上記相乗作用指数の自然対数に等しく、上記相乗作用指数が1に等しい帰無仮説の下でガウス分布に従う。
「P」は、p値(上記相乗作用指数が1に等しいかどうかの統計検定に対応する)を示し、「HW_PVALUE」は、上記研究における被験体の間での遺伝子型の分布が、Hardy-Weinberg平衡に従って予測される分布と一致するかどうかの統計検定に対応するp値を示す。
「ALLELE_FREQ」は、分析された上記サンプルセット(表9および表14においてはCARE;表10および表15においてはWOSCOPS;または表11および表16においてはPROVE-IT)における所定の対立遺伝子の対立遺伝子頻度を示す。
「PRAVA_ALLELE_FREQ」もしくは「ATORVA_ALLELE_FREQ」は、上記CARE、WOSCOPS、もしくはPROVE-IT臨床試験のプラバスタチン処置アームもしくはアトルバスタチン処置アーム(それぞれ)における所定の対立遺伝子の対立遺伝子頻度を示す。
「PRAVA_A1_HZ_COUNT」、「PRAVA_HET_COUNT」、および「PRAVA_A2_HZ_COUNT」(または、表11および表16においては、「ATORVA_A1_HZ_COUNT」、「ATORVA_HET_COUNT」、および「ATORVA_A2_HZ_COUNT」)は、それぞれ、上記表に示される対立遺伝子(対立遺伝子A1)のホモ接合体数、ヘテロ接合体数、および上記SNPにおける他の代わりの対立遺伝子(対立遺伝子A2)のホモ接合体数を示し、上記CARE臨床試験のプラバスタチンアームにおいて(表9および表14において)もしくは上記WOSCOPS臨床試験のプラバスタチンアームにおいて(表10および表15において)、または上記PROVE-IT臨床試験のアトルバスタチンアームにおいて(表11および表16において(ここで「アトルバスタチン」(「アトルバ」と表示される列の見出し)は、表9~10および表14~15において「プラバスタチン」(「プラバ」)と表示される列の見出しに類似である。
「PLACEBO_A1_HZ_COUNT」、「PLACEBO_HET_COUNT」、および「PLACEBO_A2_HZ_COUNT」(または、表11および表16において、「PRAVA_A1_HZ_COUNT」、「PRAVA_HET_COUNT」、および「PRAVA_A2_HZ_COUNT」)は、上記CARE臨床試験のプラセボアームにおいて(表9および表14において)もしくは上記WOSCOPS臨床試験のプラセボアームにおいて(表10および表15において)、または上記PROVE-IT臨床試験のプラバスタチンアームにおいて(表11および表16において(ここで「プラバスタチン」(「プラバ」)と表示された列の見出しは、表9~10および表14~15において「プラセボ」と表示された列の見出しに類似である)それぞれ、上記表中に示される対立遺伝子(対立遺伝子A1)のホモ接合体、ヘテロ接合体数、および上記SNPにおける他の代わりの対立遺伝子(対立遺伝子A2)のホモ接合体数を示す。
表12~13および表17~18における注釈(CAREおよびWOSCOPSを合わせた、ならびにCARE、WOSCOPS、およびPROVE-ITを合わせたメタ分析に関して)は、以下のとおりである:
「SOURCE」は、各SNPが、遺伝子型特定されたかまたは補定されたかを示す。
「SOURCE」は、各SNPが、遺伝子型特定されたかまたは補定されたかを示す。
「ALLELE」は、所定の上記データ(例えば、上記OR)が対応する対立遺伝子(これは、本明細書において対立遺伝子「A1」ともいわれる)を示す(そして各SNPにおける他の代わりの対立遺伝子(これは、表12~13および表17~18に示されないが、各SNPに関して表1~表2に示される)は、対立遺伝子「A2」といわれる)。
「MODEL」は、上記モデルが、相加的、劣性、ドミナント、もしくは遺伝子型の、であったかどうかを示す。
「P」は、p値を示し、「P(R)」(もしくは「P.R.」)は、p値無作為効果を示す。これらのうちの両方は合わせた上記相乗作用指数が、1に等しいが、上記p値を得るために異なる仮定を使用するかどうかの統計検定に対応するp値である。「P」は、等効果モデルを使用して計算され、「P(R)」は、無作為効果モデルを使用して計算される。
「OR」とは、等効果モデルから計算されたオッズ比(相乗作用指数)を示し、「OR(R)」(もしくは「OR.R.」)は、無作為効果モデルから計算されたオッズ比(相乗作用指数)を示す。上記オッズ比が、示された上記対立遺伝子(すなわち、対立遺伝子A1)について1より小さい場合、これは、この対立遺伝子がスタチン応答と関連する(スタチン処置から利益を得る)ことを示す。すなわち、より少ないCVD事象もしくはCHD事象(例えば、MI)が、CAREおよびWOSCOPSのプラセボアーム(表12および表17)ならびにPROVE-ITのプラバスタチンアーム(表13および表18)において、この対立遺伝子を有する個体と比較して、CAREおよびWOSCOPSのプラバスタチンアーム(表12および表17)ならびにPROVE-ITのアトルバスタチンアーム(表13および表18)の合わせたメタ分析において、この対立遺伝子を有する個体において観察された。上記オッズ比が、示された上記対立遺伝子について1より大きい場合、これは、上記SNPにおける、他の代わりの上記対立遺伝子(表12~13および表17~18に示されないが、表1~2に示される対立遺伝子(すなわち、対立遺伝子A2))がスタチン応答と関連する(スタチン処置から利益を得る)ことを示す。
「Q」は、コクランのQ検定p値を示し、これは、研究を横断して上記相乗作用指数の均質性の統計検定に対応するp値である(小さなp値は、研究間の異質性の程度がより大きいことを示す)。
「I」は、I2異質性指数を示し、これは、研究間の異質性に起因する効果予測における全体のバリエーションの割合として解釈され得る。
(表19)
表19における分析は、以下の実施例2においてさらに記載される。
表19における分析は、以下の実施例2においてさらに記載される。
表19における注釈は、表4~7に類似している。「P.R.」および「OR.R.」は、無作為効果モデル(等効果モデルではなく)から計算されたそれぞれ、p値およびオッズ比(相乗作用指数)を示す。
表19は、ZC3HC1遺伝子におけるSNP rs11556924(hCV31283062)が、CAREサンプルセットおよびWOSCOPSサンプルセットの両方において、プラバスタチン治療によるCHDの危険性の鑑別的な低下と関連することを示す。
(表20~22)
表20~22における分析は、以下の実施例3においてさらに記載される。
表20~22における分析は、以下の実施例3においてさらに記載される。
表20~22に示される結果は、これらのSNPと、CVDの危険性および/もしくはスタチン応答との関連、特に、脳卒中の危険性ならびに/もしくは脳卒中(表20~21)およびCHD(表22)の危険性を低下させるためのスタチン処置への応答との関連の裏付けを提供する。
表20~21は、上記CAREサンプルセットにおける脳卒中の危険性および/もしくは脳卒中のスタチン応答(スタチン処置による脳卒中の危険性の低下)と関連したSNPを提供する。上記CARE臨床試験と一致して、上記結果が表20~21に提供される分析における脳卒中エンドポイントは、脳卒中ならびに一過性虚血発作(TIA)を含んだ。
表22は、上記CAREサンプルセットにおいてCHDスタチン応答と関連したSNPを提供する。表22は、B4GALNT3遺伝子におけるSNP rs873134が、CHD、特に、再発性MIの危険性を低下させるためのスタチン処置への応答と関連することを示す。上記結果が表22に提供される分析において、上記エンドポイントは、再発性MIであり、上記分析は、年齢、性別、高血圧症、糖尿病、ベースのLDLおよびHDL、ならびに個体が現在喫煙者であるかどうかについて調節された。
表20~22における注釈は、以下のとおりである:
表20~22において、特定の列は、「RESP」、「プラセボ(PLACEBO)」、もしくは「ALL」と表示される。「RESP」は、プラバスタチン処置群における危険性(表20~21においては、脳卒中(TIAを含む)の危険性、および表22においては、CHD、特に、再発性MIの危険性)と、プラセボ処置群における危険性とを比較することによって測定される場合、スタチン応答に関するものであり、「PLACEBO」は、上記プラセボ処置群であり、「ALL」は、上記プラセボ処置群と上記プラバスタチン処置群の組み合わせである。「RESP」は、示された上記遺伝子型群におけるスタチン応答を評価するための分析である。
表20~22において、特定の列は、「RESP」、「プラセボ(PLACEBO)」、もしくは「ALL」と表示される。「RESP」は、プラバスタチン処置群における危険性(表20~21においては、脳卒中(TIAを含む)の危険性、および表22においては、CHD、特に、再発性MIの危険性)と、プラセボ処置群における危険性とを比較することによって測定される場合、スタチン応答に関するものであり、「PLACEBO」は、上記プラセボ処置群であり、「ALL」は、上記プラセボ処置群と上記プラバスタチン処置群の組み合わせである。「RESP」は、示された上記遺伝子型群におけるスタチン応答を評価するための分析である。
「MODE」は、上記モデルが相加的(「ADD」)、劣性(「REC」)、ドミナント(「DOM」)、もしくは遺伝子型の(「GEN」)、であったかどうかを示す。
「mAF CEU」(表20のみ)は、欧州人に関してHapMapにおける主要でない対立遺伝子の頻度を示す。
「GENO」は、遺伝子型を示す。
「スタチン(STATIN)」は、プラバスタチン処置(「プラバスタチン(Pravastatin)」)もしくはプラセボ処置(「Placebo」)群(すなわち、上記CARE臨床試験のアーム)のいずれかを示す。
「事象(EVENTS)」は、示された上記遺伝子型を有する個体における事象の総数(表20~21に関しては脳卒中もしくはTIA、および表22に関しては再発性MI)を示す。
「総(TOTAL)」は、示された上記遺伝子型を有する個体の総数を示す。
「HR」は、ハザード比を示す。
「L95」および「U95」は、上記ハザード比についての95%信頼区間より(それぞれ)低いおよび高いことを示す。
「P」は、p値を示し、「P_INT」は、p-相互作用を示し、「P_DF2」は、2つの自由度p値を示し、「HW(ALL)pExact」(表21のみ)は、上記ALL群のHardy Weinberg平衡についての正確なpを示す。
表4~22全体を通して、「OR」とは、オッズ比をいい、「HR」とは、ハザード比をいい、そして「OR L95」もしくは「OR U95」とは、上記オッズ比もしくはハザード比についての95%信頼区間より(それぞれ)低いおよび高いことを指す。薬物応答(例えば、スタチンへの応答)に関して、プラセボで処置された、特定の遺伝子型内にある(もしくは特定の遺伝子型を有する)個体と比較して、上記薬物(例えば、スタチン)で処置された個体の上記ORもしくはHRが、1より小さい場合、これは、この特定の遺伝子型もしくは対立遺伝子を有する個体が、上記薬物から利益を得ることを示す(1に等しいORもしくはHRは、上記薬物が何ら効果のないことを示す)。対照的に、薬物応答に関して、上記ORもしくはHRが、特定の対立遺伝子に関して1より大きい場合、これは、他の代わりの対立遺伝子を有する個体が、上記薬物から利益を得ることを示す。本明細書で示される場合、用語「利益を得る」(予防薬処置もしくは治療薬処置に関して)は、同じ遺伝子型に関して、上記薬物処置を受けていない(もしくは上記薬物処置の代わりにプラセボを受けている)上記疾患の危険性と比較して、上記薬物処置を施すことによって、上記薬物が、処置もしくは予防することを意図される疾患(例えば、CVD(例えば、CHD、特に、MI))に関して、低下した危険性を達成すると定義される。
疾患の危険性に関して、1より大きいORもしくはHRは、所定の対立遺伝子が、危険性対立遺伝子(これは、感受性の対立遺伝子ともいわれ得る)であることを示すのに対して、1より小さいORもしくはHRは、所定の対立遺伝子が、非危険性対立遺伝子(これは、防御的対立遺伝子ともいわれ得る)であることを示す。所定の危険性対立遺伝子に関して、上記SNP位置における他の代わりの対立遺伝子(これは、例えば、表1~2に提供される情報から得られ得る)は、非危険性対立遺伝子と考えられ得る。所定の非危険性対立遺伝子に関して、上記SNP位置における他の代わりの対立遺伝子は、危険性対立遺伝子と考えられ得る。従って、疾患の危険性に関して、あるSNP位置における特定の対立遺伝子のORもしくはHRが1より大きい場合、これは、この特定の対立遺伝子を有する個体が、上記SNP位置において他の対立遺伝子を有する個体より上記疾患の危険性が高いことを示す。対照的に、特定の対立遺伝子のORもしくはHRが1より小さい場合、これは、この特定の対立遺伝子を有する個体が、上記SNP位置において他の対立遺伝子を有する個体と比較して、上記疾患の危険性が低いことを示す。
本発明は、例えば以下の項目を提供する。
(項目1)
ヒトの心血管疾患(CVD)への危険性が、HMG-CoAレダクターゼインヒビターでの処置によって低下するかどうかを決定するための方法であって、該方法は、該ヒト由来の核酸を、配列番号623~3661もしくはその相補体のヌクレオチド配列のうちのいずれか1つの配列の101位によって表される多型において対立遺伝子の存在もしくは非存在について試験する工程を包含し、ここで該対立遺伝子の存在は、該ヒトのCVDへの危険性が、該HMG-CoAレダクターゼインヒビターでの処置によって低下することを示す、方法。
(項目2)
前記対立遺伝子の存在と、HMG-CoAレダクターゼインヒビターによるCVDへの前記危険性の低下とを相関させる工程をさらに包含する、項目1に記載の方法。
(項目3)
前記相関させる工程は、コンピューターソフトウェアによって行われる、項目2に記載の方法。
(項目4)
前記HMG-CoAレダクターゼインヒビターは、親水性スタチンである、項目1に記載の方法。
(項目5)
前記HMG-CoAレダクターゼインヒビターは、疎水性スタチンである、項目1に記載の方法。
(項目6)
前記HMG-CoAレダクターゼインヒビターは、アトルバスタチン(リピトール(登録商標))、ロスバスタチン(クレストール(登録商標))、プラバスタチン(プラバコール(登録商標))、シンバスタチン(ゾコール(登録商標))、フルバスタチン(レスコール(登録商標))、およびロバスタチン(メバコール(登録商標))、もしくはこれらの任意の組み合わせからなる群より選択される、項目1に記載の方法。
(項目7)
前記HMG-CoAレダクターゼインヒビターは、少なくとも1種のさらなる治療剤と組み合わせてHMG-CoAレダクターゼインヒビターを含む、項目1に記載の方法。
(項目8)
前記HMG-CoAレダクターゼインヒビターは、
エゼチミブと組み合わせたシンバスタチン(バイトリン(登録商標));
ナイアシンと組み合わせたロバスタチン(アドビコール(登録商標));
ベシル酸アムロジピンと組み合わせたアトルバスタチン(カデュエット(登録商標));および
ナイアシンと組み合わせたシンバスタチン(シムコール(登録商標))
からなる群より選択される、項目7に記載の方法。
(項目9)
前記核酸は、前記ヒトに由来する生物学的サンプルからの核酸抽出物である、項目1に記載の方法。
(項目10)
前記生物学的サンプルは、血液、唾液、もしくは口腔細胞である、項目9に記載の方法。
(項目11)
前記試験する工程の前に、前記核酸抽出物を、前記生物学的サンプルから調製する工程をさらに包含する、項目9に記載の方法。
(項目12)
前記調製する工程の前に、前記生物学的サンプルを前記ヒトから得る工程をさらに包含する、項目11に記載の方法。
(項目13)
前記試験する工程は、核酸増幅を含む、項目1に記載の方法。
(項目14)
前記核酸増幅は、ポリメラーゼ連鎖反応によって行われる、項目13に記載の方法。
(項目15)
前記試験する工程は、配列決定、5’ヌクレアーゼ消化、分子ビーコンアッセイ、オリゴヌクレオチド連結アッセイ、サイズ分析、一本鎖高次構造多型分析、もしくは変性勾配ゲル電気泳動(DGGE)を使用して行われる、項目1に記載の方法。
(項目16)
前記試験する工程は、対立遺伝子特異的方法を使用して行われる、項目1に記載の方法。
(項目17)
前記対立遺伝子特異的方法は、対立遺伝子特異的プローブハイブリダイゼーション、対立遺伝子特異的プライマー伸長、もしくは対立遺伝子特異的増幅である、項目16に記載の方法。
(項目18)
自動化方法である、項目1に記載の方法。
(項目19)
前記ヒトは、前記対立遺伝子に関してホモ接合性である、項目1に記載の方法。
(項目20)
前記ヒトは、前記対立遺伝子に関してヘテロ接合性である、項目1に記載の方法。
(項目21)
前記CVDは、冠動脈性心疾患(CHD)である、項目1に記載の方法。
(項目22)
前記CHDは、心筋梗塞(MI)である、項目21に記載の方法。
(項目23)
前記CVDは、脳卒中である、項目1に記載の方法。
(項目24)
前記ヒトは、前記試験する工程の前に、CVDを有しない、項目1に記載の方法。
(項目25)
前記ヒトは、前記試験する工程の前に、CVDを有している、項目1に記載の方法。
(項目26)
HMG-CoAレダクターゼインヒビターを、前記対立遺伝子を有する前記ヒトに投与する工程をさらに包含する、項目1に記載の方法。
(項目27)
HMG-CoAレダクターゼインヒビターでない治療剤を、前記対立遺伝子を有しない前記ヒトに投与する工程をさらに包含し、ここで該治療剤は、ナイアシン、フィブラート、およびエゼチミブ(ゼチーア(登録商標)もしくはエゼトロル(登録商標))からなる群より選択される、項目1に記載の方法。
(項目28)
ヒトの心血管疾患(CVD)への危険性が、HMG-CoAレダクターゼインヒビターでの処置によって低下するかどうかを決定するための方法であって、該方法は、
a)該ヒトに由来する核酸を、配列番号623~3661もしくはその相補体のヌクレオチド配列のうちのいずれか1つの配列の101位によって表される多型において対立遺伝子の存在もしくは非存在について試験する工程であって、ここで該対立遺伝子の存在は、該ヒトがCVDへの増大した危険性を有することを示す、工程;および
b)該対立遺伝子の存在と、HMG-CoAレダクターゼインヒビターによる、CVDへの該増大した危険性の低下とを相関させる工程、
を包含する、方法。
(項目29)
ヒトが、心血管疾患(CVD)への増大した危険性を有するかどうかを決定するための方法であって、該方法は、該ヒトに由来する核酸を、配列番号623~3661もしくはその相補体のヌクレオチド配列のうちのいずれか1つの配列の101位によって表される多型において対立遺伝子の存在もしくは非存在について試験する工程を包含し、ここで該対立遺伝子の存在は、該ヒトがCVDへの増大した危険性を有することを示す、方法。
(項目30)
HMG-CoAレダクターゼインヒビターを、CVDへの前記増大した危険性を有する前記ヒトに投与する工程をさらに包含する、項目29に記載の方法。
(項目31)
ヒトにおける心血管疾患(CVD)への危険性を低下させるための方法であって、該方法は、該ヒトに、有効量のHMG-CoAレダクターゼインヒビターを投与する工程を包含し、ここで該ヒトは、配列番号623~3661もしくはその相補体のヌクレオチド配列のうちのいずれか1つの配列の101位によって表される多型において対立遺伝子を有すると同定されており、そして該対立遺伝子の存在は、該ヒトのCVDへの危険性が、該HMG-CoAレダクターゼインヒビターでの処置によって低下することを示す、方法。
(項目32)
前記方法は、前記ヒトに由来する核酸を、前記対立遺伝子の存在もしくは非存在について試験する工程を包含する、項目31に記載の方法。
(項目33)
ヒトの心血管疾患(CVD)への危険性が、HMG-CoAレダクターゼインヒビターでの処置によって低下するかどうか、またはヒトが、CVDへの増大した危険性を有するかどうかを決定するための方法であって、該方法は、配列番号623~3661もしくはその相補体のヌクレオチド配列のうちのいずれか1つの配列の101位によって表される第1の多型と、r2=0.9~1の連鎖不均衡にあるLD多型において対立遺伝子の存在もしくは非存在について、該ヒトに由来する核酸を試験する工程を包含し、ここで該対立遺伝子の存在は、該ヒトのCVDへの危険性が、該HMG-CoAレダクターゼインヒビターでの処置によって低下するか、または該ヒトが、CVDへの増大した危険性を有することを示す、方法。
(項目34)
前記LD多型は、表3における多型からなる群より選択される、項目33に記載の方法。
(項目35)
項目1に記載の方法を行うための検出試薬であって、該検出試薬は、対立遺伝子特異的プローブもしくは対立遺伝子特異的プライマーである、検出試薬。
(項目36)
試験キットであって、項目35に記載の検出試薬および1種以上の成分を含む1個以上の容器ならびに、前記対立遺伝子の存在は、CVDに対する前記危険性が、前記HMG-CoAレダクターゼインヒビターでの処置によって低下することを伝える該試験キットを使用するための指示を含み、該1種以上の成分は、酵素、ポリメラーゼ酵素、リガーゼ酵素、バッファ、増幅プライマー対、dNTPs、ddNTPs、陽性コントロール核酸、陰性コントロール、核酸抽出試薬からなる群より選択される、試験キット。
(項目37)
治療剤の臨床試験において前記ヒトを登録する工程をさらに包含する、項目1に記載の方法。
(項目38)
前記治療剤は、臨床試験において評価されている、項目27に記載の方法。
本発明は、例えば以下の項目を提供する。
(項目1)
ヒトの心血管疾患(CVD)への危険性が、HMG-CoAレダクターゼインヒビターでの処置によって低下するかどうかを決定するための方法であって、該方法は、該ヒト由来の核酸を、配列番号623~3661もしくはその相補体のヌクレオチド配列のうちのいずれか1つの配列の101位によって表される多型において対立遺伝子の存在もしくは非存在について試験する工程を包含し、ここで該対立遺伝子の存在は、該ヒトのCVDへの危険性が、該HMG-CoAレダクターゼインヒビターでの処置によって低下することを示す、方法。
(項目2)
前記対立遺伝子の存在と、HMG-CoAレダクターゼインヒビターによるCVDへの前記危険性の低下とを相関させる工程をさらに包含する、項目1に記載の方法。
(項目3)
前記相関させる工程は、コンピューターソフトウェアによって行われる、項目2に記載の方法。
(項目4)
前記HMG-CoAレダクターゼインヒビターは、親水性スタチンである、項目1に記載の方法。
(項目5)
前記HMG-CoAレダクターゼインヒビターは、疎水性スタチンである、項目1に記載の方法。
(項目6)
前記HMG-CoAレダクターゼインヒビターは、アトルバスタチン(リピトール(登録商標))、ロスバスタチン(クレストール(登録商標))、プラバスタチン(プラバコール(登録商標))、シンバスタチン(ゾコール(登録商標))、フルバスタチン(レスコール(登録商標))、およびロバスタチン(メバコール(登録商標))、もしくはこれらの任意の組み合わせからなる群より選択される、項目1に記載の方法。
(項目7)
前記HMG-CoAレダクターゼインヒビターは、少なくとも1種のさらなる治療剤と組み合わせてHMG-CoAレダクターゼインヒビターを含む、項目1に記載の方法。
(項目8)
前記HMG-CoAレダクターゼインヒビターは、
エゼチミブと組み合わせたシンバスタチン(バイトリン(登録商標));
ナイアシンと組み合わせたロバスタチン(アドビコール(登録商標));
ベシル酸アムロジピンと組み合わせたアトルバスタチン(カデュエット(登録商標));および
ナイアシンと組み合わせたシンバスタチン(シムコール(登録商標))
からなる群より選択される、項目7に記載の方法。
(項目9)
前記核酸は、前記ヒトに由来する生物学的サンプルからの核酸抽出物である、項目1に記載の方法。
(項目10)
前記生物学的サンプルは、血液、唾液、もしくは口腔細胞である、項目9に記載の方法。
(項目11)
前記試験する工程の前に、前記核酸抽出物を、前記生物学的サンプルから調製する工程をさらに包含する、項目9に記載の方法。
(項目12)
前記調製する工程の前に、前記生物学的サンプルを前記ヒトから得る工程をさらに包含する、項目11に記載の方法。
(項目13)
前記試験する工程は、核酸増幅を含む、項目1に記載の方法。
(項目14)
前記核酸増幅は、ポリメラーゼ連鎖反応によって行われる、項目13に記載の方法。
(項目15)
前記試験する工程は、配列決定、5’ヌクレアーゼ消化、分子ビーコンアッセイ、オリゴヌクレオチド連結アッセイ、サイズ分析、一本鎖高次構造多型分析、もしくは変性勾配ゲル電気泳動(DGGE)を使用して行われる、項目1に記載の方法。
(項目16)
前記試験する工程は、対立遺伝子特異的方法を使用して行われる、項目1に記載の方法。
(項目17)
前記対立遺伝子特異的方法は、対立遺伝子特異的プローブハイブリダイゼーション、対立遺伝子特異的プライマー伸長、もしくは対立遺伝子特異的増幅である、項目16に記載の方法。
(項目18)
自動化方法である、項目1に記載の方法。
(項目19)
前記ヒトは、前記対立遺伝子に関してホモ接合性である、項目1に記載の方法。
(項目20)
前記ヒトは、前記対立遺伝子に関してヘテロ接合性である、項目1に記載の方法。
(項目21)
前記CVDは、冠動脈性心疾患(CHD)である、項目1に記載の方法。
(項目22)
前記CHDは、心筋梗塞(MI)である、項目21に記載の方法。
(項目23)
前記CVDは、脳卒中である、項目1に記載の方法。
(項目24)
前記ヒトは、前記試験する工程の前に、CVDを有しない、項目1に記載の方法。
(項目25)
前記ヒトは、前記試験する工程の前に、CVDを有している、項目1に記載の方法。
(項目26)
HMG-CoAレダクターゼインヒビターを、前記対立遺伝子を有する前記ヒトに投与する工程をさらに包含する、項目1に記載の方法。
(項目27)
HMG-CoAレダクターゼインヒビターでない治療剤を、前記対立遺伝子を有しない前記ヒトに投与する工程をさらに包含し、ここで該治療剤は、ナイアシン、フィブラート、およびエゼチミブ(ゼチーア(登録商標)もしくはエゼトロル(登録商標))からなる群より選択される、項目1に記載の方法。
(項目28)
ヒトの心血管疾患(CVD)への危険性が、HMG-CoAレダクターゼインヒビターでの処置によって低下するかどうかを決定するための方法であって、該方法は、
a)該ヒトに由来する核酸を、配列番号623~3661もしくはその相補体のヌクレオチド配列のうちのいずれか1つの配列の101位によって表される多型において対立遺伝子の存在もしくは非存在について試験する工程であって、ここで該対立遺伝子の存在は、該ヒトがCVDへの増大した危険性を有することを示す、工程;および
b)該対立遺伝子の存在と、HMG-CoAレダクターゼインヒビターによる、CVDへの該増大した危険性の低下とを相関させる工程、
を包含する、方法。
(項目29)
ヒトが、心血管疾患(CVD)への増大した危険性を有するかどうかを決定するための方法であって、該方法は、該ヒトに由来する核酸を、配列番号623~3661もしくはその相補体のヌクレオチド配列のうちのいずれか1つの配列の101位によって表される多型において対立遺伝子の存在もしくは非存在について試験する工程を包含し、ここで該対立遺伝子の存在は、該ヒトがCVDへの増大した危険性を有することを示す、方法。
(項目30)
HMG-CoAレダクターゼインヒビターを、CVDへの前記増大した危険性を有する前記ヒトに投与する工程をさらに包含する、項目29に記載の方法。
(項目31)
ヒトにおける心血管疾患(CVD)への危険性を低下させるための方法であって、該方法は、該ヒトに、有効量のHMG-CoAレダクターゼインヒビターを投与する工程を包含し、ここで該ヒトは、配列番号623~3661もしくはその相補体のヌクレオチド配列のうちのいずれか1つの配列の101位によって表される多型において対立遺伝子を有すると同定されており、そして該対立遺伝子の存在は、該ヒトのCVDへの危険性が、該HMG-CoAレダクターゼインヒビターでの処置によって低下することを示す、方法。
(項目32)
前記方法は、前記ヒトに由来する核酸を、前記対立遺伝子の存在もしくは非存在について試験する工程を包含する、項目31に記載の方法。
(項目33)
ヒトの心血管疾患(CVD)への危険性が、HMG-CoAレダクターゼインヒビターでの処置によって低下するかどうか、またはヒトが、CVDへの増大した危険性を有するかどうかを決定するための方法であって、該方法は、配列番号623~3661もしくはその相補体のヌクレオチド配列のうちのいずれか1つの配列の101位によって表される第1の多型と、r2=0.9~1の連鎖不均衡にあるLD多型において対立遺伝子の存在もしくは非存在について、該ヒトに由来する核酸を試験する工程を包含し、ここで該対立遺伝子の存在は、該ヒトのCVDへの危険性が、該HMG-CoAレダクターゼインヒビターでの処置によって低下するか、または該ヒトが、CVDへの増大した危険性を有することを示す、方法。
(項目34)
前記LD多型は、表3における多型からなる群より選択される、項目33に記載の方法。
(項目35)
項目1に記載の方法を行うための検出試薬であって、該検出試薬は、対立遺伝子特異的プローブもしくは対立遺伝子特異的プライマーである、検出試薬。
(項目36)
試験キットであって、項目35に記載の検出試薬および1種以上の成分を含む1個以上の容器ならびに、前記対立遺伝子の存在は、CVDに対する前記危険性が、前記HMG-CoAレダクターゼインヒビターでの処置によって低下することを伝える該試験キットを使用するための指示を含み、該1種以上の成分は、酵素、ポリメラーゼ酵素、リガーゼ酵素、バッファ、増幅プライマー対、dNTPs、ddNTPs、陽性コントロール核酸、陰性コントロール、核酸抽出試薬からなる群より選択される、試験キット。
(項目37)
治療剤の臨床試験において前記ヒトを登録する工程をさらに包含する、項目1に記載の方法。
(項目38)
前記治療剤は、臨床試験において評価されている、項目27に記載の方法。
(発明の詳細な説明)
本発明の例示的実施形態は、特に、CVD(特に、CHD(例えば、MIおよび他の冠動脈事象)、ならびに脳血管事象(例えば、脳卒中))の危険性を低下させるためのスタチン処置への応答と関連したSNP、ならびにそれらの使用法を提供する。本発明は、これらのSNPを含む核酸分子、本明細書で開示されるSNPの検出のための方法および試薬、検出試薬の開発のためのこれらのSNPの使用、ならびにこのような試薬を利用するアッセイもしくはキットをさらに提供する。上記スタチン応答関連の本明細書で開示されるSNPは、ヒトにおいて、スタチン処置への応答を予測、スクリーニング、および評価するために(特に、スタチンを使用して、CVD(特に、CHD(例えば、MIおよび他の冠動脈事象)、ならびに脳血管事象(例えば、脳卒中))の予防もしくは処置のために)特に有用である。本明細書で開示されるSNPはまた、ヒトにおいて、CVD(特に、CHD(例えば、MI)ならびに脳血管事象(例えば、脳卒中))を診断、予後判定、スクリーニング、および上記CVDに対する素因を評価するために有用である。さらに、このようなSNPおよびそれらのコードされる生成物は、治療剤および予防剤の開発のために特に有用である。
本発明の例示的実施形態は、特に、CVD(特に、CHD(例えば、MIおよび他の冠動脈事象)、ならびに脳血管事象(例えば、脳卒中))の危険性を低下させるためのスタチン処置への応答と関連したSNP、ならびにそれらの使用法を提供する。本発明は、これらのSNPを含む核酸分子、本明細書で開示されるSNPの検出のための方法および試薬、検出試薬の開発のためのこれらのSNPの使用、ならびにこのような試薬を利用するアッセイもしくはキットをさらに提供する。上記スタチン応答関連の本明細書で開示されるSNPは、ヒトにおいて、スタチン処置への応答を予測、スクリーニング、および評価するために(特に、スタチンを使用して、CVD(特に、CHD(例えば、MIおよび他の冠動脈事象)、ならびに脳血管事象(例えば、脳卒中))の予防もしくは処置のために)特に有用である。本明細書で開示されるSNPはまた、ヒトにおいて、CVD(特に、CHD(例えば、MI)ならびに脳血管事象(例えば、脳卒中))を診断、予後判定、スクリーニング、および上記CVDに対する素因を評価するために有用である。さらに、このようなSNPおよびそれらのコードされる生成物は、治療剤および予防剤の開発のために特に有用である。
従って、本発明の例示的実施形態は、以下を提供する:CVD(特に、CHD(例えば、MIおよび他の冠動脈事象)、ならびに脳血管事象(例えば、脳卒中))の危険性を低下させるためのスタチン処置への応答と関連する個々のSNP、ならびにSNPとハプロタイプの組み合わせ、多型/改変体転写物配列(配列番号1~51)およびSNPを含むゲノム配列(配列番号177~622)、コードされるアミノ酸配列(配列番号52~102)、ならびに転写物ベースのSNPコンテクスト配列(配列番号103~176)およびゲノムベースのSNPコンテクスト配列(配列番号623~3661)の両方(転写物配列、タンパク質配列、および転写物ベースのSNPコンテクスト配列は、表1および配列表に提供される;ゲノム配列およびゲノムベースのSNPコンテクスト配列は、表2および配列表に提供される)、試験サンプルにおいてこれらの多型を検出する方法、個体が特定の処置(例えば、スタチン(特に、CVD(例えば、CHDもしくは脳卒中)を処置もしくは予防するための)に応答する可能性があるかを決定する方法、個体がCVDを発症する危険性を決定する方法、CVDを処置するために有用な化合物をスクリーニングする方法、これらのスクリーニング法によって同定される化合物、開示される上記SNPを使用して、処置/予防ストラテジーもしくは治療剤を選択する方法、ならびにCVDを処置もしくは予防する方法。
本発明の例示的実施形態は、さらに以下を提供する:処置レジメンを選択もしくは処方するための方法(例えば、スタチン処置を、CVDを有するか、または将来CVDを発症する危険性があるか、または以前にCVDを有したことがある個体に施すか否かを決定するための方法、特定のスタチンベースの処置レジメン(例えば、スタチンの投与量および投与頻度)もしくはスタチンの特定の形態/タイプ(例えば、特定の薬学的処方物もしくはスタチン化合物)を選択するための方法、(スタチンに加えて、もしくはスタチンの代わりに、のいずれかで)代替の非スタチンベースの処置(例えば、ナイアシン、フィブラート、もしくはエゼチミブ(例えば、ゼチーア(登録商標)もしくはエゼトロル(登録商標)))を、スタチン処置に陽性に応答する見込みがないと予測される個体に施すための方法など)、ならびにスタチン処置などから毒性もしくは他の望ましくない副作用を経験する可能性を決定するための方法。本発明はまた、以下を提供する:個体の遺伝子型に基づいてスタチンもしくは他の治療剤が投与される個体を選択するための方法、および上記個体の遺伝子型に基づいて、スタチンもしくは他の治療剤の臨床試験について個体を選択する(例えば、上記スタチン処置から陽性に応答する可能性が最も高い、上記臨床試験に参加する個体を選択するか、そして/または個体のSNP遺伝子型(複数可)に基づいて、上記スタチン処置から陽性に応答する見込みがない個体を上記臨床試験から排除するか、または個体のSNP遺伝子型(複数可)に基づいて、スタチンに陽性に応答する見込みのない個体を選択して、その個体において利益を得る可能性がある別のタイプの薬物の臨床試験に参加させる)ための方法。
本発明の例示的実施形態は、スタチン処置への応答と関連した新規SNP、ならびに当該分野で既に公知であるが、スタチン処置への応答と関連することがこれまで公知でなかったSNPを含み得る。よって、本発明は、本明細書で開示される新規SNPに基づく新規な組成物および方法を提供し得、そしてまた、例えば、ある個体がスタチン処置(特に、スタチン処置(CVD(例えば、CHDもしくは脳卒中)の予防的処置を含む))に応答する可能性を評価すること、ある個体が、CVD(特に、CHDもしくは脳卒中)を有するかもしくは発症する可能性を評価すること、およびある個体がCVDの再発を経験する(例えば、再発性MIを経験する)可能性を予測することに関連する方法に関する方法において、公知であるが、これまで関連しなかったSNPを使用する新規な方法を提供し得る。表1および表2において、公知のSNPは、それらが観察され、以下のSNPタイプのうちの1つ以上として示される公的データベースに基づいて同定される:「dbSNP」=dbSNPにおいて観察されたSNP、「HGBASE」=HGBASEにおいて観察されたSNP、および「HGMD」=Human Gene Mutation Database(HGMD)において観察されたSNP。
本明細書で開示されるSNPの特定の対立遺伝子は、スタチン処置に応答する可能性が増大しているか(特に、CVD(例えば、CHD(例えば、MI)もしくは脳卒中)の危険性を低下させるため)、またはCVD(例えば、CHDもしくは脳卒中)を発症する危険性が増大しているか、またはスタチン処置に応答する可能性が低下しているか、またはCVDを発症する危険性が低下しているかのいずれかと関連し得る。従って、特定のSNP(もしくはそれらのコードされる生成物)が、ある個体がスタチン処置に応答する可能性が増大しているか、またはCVDを発症する危険性が増大していることを示すSNP対立遺伝子を有するかどうかを決定するためにアッセイされ得るのに対して、他のSNP(もしくはそれらのコードされる生成物)は、ある個体が、スタチン処置に応答する可能性が低下したか、またはCVDを発症する危険性が低下していることを示すSNP対立遺伝子を有するかどうかを決定するためにアッセイされ得る。同様に、本明細書で開示されるSNPの特定の対立遺伝子は、CVDの再発(例えば、再発性MI)などを有する可能性が増大したかしくは低下したかのいずれかと関連し得る。用語「変化した(altered)」とは、これらの2つの可能性のいずれか(例えば、増大したもしくは低下した可能性/危険性のいずれか)を包含するために本明細書で使用され得る。
CVDの危険性を低下させる(スタチン処置から利益を得る)ためのスタチン処置への増大した応答と関連するSNP対立遺伝子は、「応答」対立遺伝子と言及され得、スタチン処置への応答の欠如と関連したSNP対立遺伝子は、「非応答」対立遺伝子と言及され得る。CVDを有するかもしくは発症することの増大した危険性と関連するSNP対立遺伝子は、「危険性」対立遺伝子もしくは「感受性」対立遺伝子と言及され得、CVDを有するもしくは発症することの低下した危険性と関連するSNP対立遺伝子は、「非危険性」対立遺伝子もしくは「防御的」対立遺伝子と言及され得る。
特定の実施形態において、表4~22において本明細書で開示されるスタチン応答対立遺伝子(CVDもしくはCHDの危険性を低下させるためのスタチン処置への増大した応答と関連する対立遺伝子)の存在が検出され、このことは、個体がCVD(例えば、CHD(例えば、MI)もしくは脳卒中)を発症する増大した危険性を有することを示す。同じ対立遺伝子が、CVDを発症する増大した危険性およびスタチン処置への増大した応答の両方と関連する(すなわち、同じ対立遺伝子が、危険性および応答両方の対立遺伝子である)これらの実施形態において、CVDを発症するこの増大した危険性は、スタチン処置を、上記対立遺伝子を有する個体に施すことによって低下させられ得る。
当業者は、核酸分子が二本鎖分子であり得、一本鎖上の特定の部位に対する参照はまた、相補鎖上の対応する部位を参照するということを容易に認識する。SNP位置、SNP対立遺伝子またはヌクレオチド配列の規定において、核酸分子の一本鎖上の特定の部位におけるアデニン、チミン(ウリジン)、シトシン、グアニンに対する参照はまた、核酸分子の相補鎖上の対応する部位におけるチミン(ウリジン)、アデニン、グアニンまたはシトシン(それぞれ)を規定する。従って、参照は、特定のSNP位置、SNP対立遺伝子またはヌクレオチド配列を参照するために、どちらかの鎖上でなされ得る。プローブおよびプライマーは、どちらかの鎖にハイブリダイズするように設計され得、そして、本明細書中に開示されるSNP遺伝子型特定方法は、一般にどちらかの鎖を標的し得る。本明細書を通して、SNP位置を同定する工程において、参照は、便宜のために、一般に、タンパク質コード鎖に対してなされる。
本発明の改変体ペプチド、改変ポリペプチドまたは改変体タンパク質に対する参照は、当該分野で公知のペプチド/ポリペプチド/タンパク質の対応するアミノ酸配列とは異なる少なくとも一つのアミノ酸残基を含むペプチド、ポリペプチド、タンパク質またはこれらのフラグメントを含む(当該分野で公知のタンパク質は、相互変換可能に、「野生型」タンパク質、「参照」タンパク質または「正常」タンパク質と称され得る)。このような改変体ペプチド/ポリペプチド/タンパク質は、本発明により開示されるSNP位置をコードするタンパク質での非同義的ヌクレオチド置換(すなわち、ミスセンス変異)により引き起こされるコドン変化から生じ得る。本発明の改変体ペプチド/ポリペプチド/タンパク質はまた、ナンセンス変異(すなわち、早すぎる終止コドンを作製するSNP、終止コドンをなくすことによるリードスルー変異を作製するSNP)から、または他にタンパク質の構造、機能/活性、もしくは発現を変える、本発明により開示される任意のSNP(例えば、プロモーターまたはエンハンサーなどの調節領域におけるSNPまたは代替的なスプライシング、または不完全なスプライシングを生じるSNP(例えば、イントロン内のSNPもしくはエキソン/イントロン境界でのSNP))に起因して生じ得る。本明細書中で使用される場合、用語「ポリペプチド」、「ペプチド」、および「タンパク質」は相互変換可能に使用される。
本明細書中で使用される場合、「対立遺伝子」は、あるSNP位置におけるヌクレオチド(SNPの本来の定義に従って、少なくとも2つの代替のヌクレオチドが、集団内において、このSNP位置において存在する)を指してもよく、またはSNP位置を含むコドンによってコードされるアミノ酸残基(集団内において、このSNP位置において存在する代替のヌクレオチドが、異なるアミノ酸残基をコードする代替のコドンを形成する)を指してもよい。また、「対立遺伝子」は、本明細書においては、「改変体」とも呼ばれ得る。また、特定のSNPを含むコドンによってコードされるアミノ酸残基は単に、SNPによってコードされるとも呼び得る。
「~によって表されるとおり」、「~によって示されるとおり」、「~によって象徴されるとおり」もしくは「~によって明示されるとおり」のような語句は、配列内のSNP(例えば、SNPを取り囲むポリヌクレオチドコンテクスト配列)(例えば、「配列番号Xもしくはその相補体の101位によって示されるとおりの多型」の状況におけるもの)に言及するために、本明細書で使用され得る。代表的には、SNPを取り囲む上記配列は、SNPに言及する場合に記載され得るが、上記配列は、特定の上記SNP位置自体を超える構造的制限として意図されない。むしろ、上記配列は、上記SNPに言及する方法として記載されるに過ぎない(この例において、「配列番号Xもしくはその相補体」は、配列番号Xの101位に位置するSNPを指すために記載されるが、配列番号Xもしくはその相補体は、特定の上記SNP位置自体を超える構造的制限として意図されない)。言い換えると、この例における配列番号Xのコンテクスト配列は、101位の外側の1つ以上の多型ヌクレオチド位置を含み得、従って、配列番号Xの全長にわたる正確なマッチは、配列番号Xが配列番号Xの101位におけるSNPに言及するための状況を提供することを意味するに過ぎないので、重要でないことが認識される。同様に、コンテクスト配列の長さはまた、重要でない(SNP位置の各側にある100ヌクレオチドは、単に便宜上、コンテクスト配列の長さとして本願において随意に使用されており、そして全長の201ヌクレオチドが、所定のヌクレオチド配列を明白に同定するための十分な特有性を提供すると予測されるからである)。従って、SNPは単一のヌクレオチド位置におけるバリエーションであるので、特定のSNPを特有に同定しかつ言及するために、上記SNP位置を取り囲むコンテクスト配列(例えば、この例において配列番号X)に言及することは慣例的である。あるいは、SNPは、特有の識別番号(例えば、公的な「rs」識別番号もしくは内部の「hCV」識別番号(例えば、各SNP(例えば、表1~2において)に関して本明細書で提供される))によって言及され得る。例えば、本願において、「rs11556924」、「hCV31283062」、および「配列番号1074の101位」は、すべて同じSNPを指す。
本明細書で使用される場合、用語「利益を得る」(予防的もしくは治療的薬物処置(例えば、スタチン処置)に関して)は、同じ遺伝子型について上記薬物処置を受けていない(または、上記薬物処置の代わりにプラセボを受けている)場合の上記疾患についての危険性と比較して、上記薬物が、処置もしくは予防することが意図される疾患(例えば、CVD(例えば、CHD(特に、MI)もしくは脳卒中))の低下した危険性を、上記薬物処置を施すことによって達成するとして定義される。用語「利益を得る」は、「陽性に応答する(respond positively)」もしくは「陽性に応答する(positively respond)」のような用語と交換可能に本明細書で使用され得る。
本明細書で示される場合、用語「薬物」および「治療剤」は、交換可能に使用され、低分子化合物、生物製剤(例えば、抗体、タンパク質、タンパク質フラグメント、融合タンパク質、糖タンパク質など)、核酸因子(例えば、アンチセンス、RNAi/siRNA、およびミクロRNA分子など)、ワクチンなどが挙げられ得るが、これらに限定されず、これらは、疾患(例えば、CVD(例えば、CHDもしくは脳卒中))の治療的および/もしくは予防的処置のために使用され得る。
スタチンの例(HMG-CoAレダクターゼインヒビターとしても公知)としては、アトルバスタチン(リピトール(登録商標))、ロスバスタチン(クレストール(登録商標))、プラバスタチン(プラバコール(登録商標))、シンバスタチン(ゾコール(登録商標))、フルバスタチン(レスコール(登録商標))、およびロバスタチン(メバコール(登録商標))、ならびにスタチンを含む組み合わせ治療剤(例えば、シンバスタチン+エゼチミブ(バイトリン(登録商標))、ロバスタチン+ナイアシン(アドビコール(登録商標))、アトルバスタチン+ベシル酸アムロジピン(カデュエット(登録商標))、およびシンバスタチン+ナイアシン(シムコール(登録商標)))が挙げられるが、これらに限定されない。
本発明の特定の例示的実施形態は、以下の組成物および使用を提供する:(1)スタチン応答、特に、CVD(例えば、CHD(例えば、MI)もしくは脳卒中)の危険性を低下させるため(および/またはCVDを発症する危険性を決定するため)の診断因子もしくは予測因子として使用するための、試薬(例えば、対立遺伝子特異的プローブもしくはプライマー、または任意の他のオリゴヌクレオチドもしくは本明細書で開示される多型を検出するために適した他の試薬(これらは、上記多型の任意の対立遺伝子の検出を包含し得る);(2)スタチン応答を決定することにおいて使用するための、特に、CVDの危険性を低下させるための(および/もしくはCVDを発症する危険性を決定するための)、キット、デバイス、アレイ、または、上記(1)の試薬を含むかもしくはこれと結合されるアッセイ成分;(3)スタチン応答を決定するための、特に、CVDの危険性を低下させるための(および/もしくはCVDの危険性を決定するための)、キット、デバイス、アレイもしくはアッセイ成分の製造のための、上記(1)の試薬の使用;ならびに(4)スタチン応答を決定するための、特に、CVDの危険性を低下させるための(および/もしくはCVDを発症する危険性を決定するための)診断因子もしくは予測因子として使用するための試薬の製造のための、本明細書で開示される多型の使用。
本明細書に記載される種々の方法(例えば、多型の存在もしくは非存在と、特に、CVD(例えば、CHD(例えば、MI)もしくは脳卒中)の危険性を低下させるための薬物(例えば、スタチン)への個体の予測される応答とを、相関させること(および/もしくは多型の存在もしくは非存在と、CVDを発症する変化した(例えば、増大もしくは低下した)危険性(もしくは変化しない危険性)とを相関させること))は、自動化方法によって、例えば、本明細書に記載される方法のうちのいずれかを行うようにプログラムされたコンピューター(または他の装置/デバイス(例えば、生体医療デバイス、実験室機器、もしくはコンピュータープロセッサを有する他の装置/デバイス)を使用することによって、行われ得る。例えば、コンピューターソフトウェア(これは、コンピュータープログラムとして本明細書で交換可能に言及され得る)は、個体における多型の存在もしくは非存在と、特に、CVD(例えば、CHD(例えば、MI)もしくは脳卒中)の危険性を低下させるためのスタチン処置への変化した(例えば、増大もしくは低下した)応答(または変化しない応答)とを相関させる工程を行い得る。よって、本発明の特定の実施形態は、本明細書に記載される方法のうちのいずれかを行うようにプログラムされたコンピューター(もしくは他の装置/デバイス)を提供する。
(報告、プログラムされたコンピューター、ビジネス方法、およびシステム)
試験の結果(例えば、1種以上の本明細書で開示されるSNP、および/もしくは1種以上の本明細書で開示されるSNPにおける個体の対立遺伝子(複数可)/遺伝子型などをアッセイすることに基づいて、CVDの危険性を低下させるためのスタチン処置への個体の予測される応答性、または個体がCVDを発症する危険性)、および/または試験に関係する任意の他の情報は、「報告」として本明細書で言及され得る。有形の報告は、必要に応じて、試験プロセスの一部として生成され得る(これは、本明細書において、「報告する」、もしくは報告を「提供する」、報告を「作成する」、もしくは報告を「生成する」)と交換可能に言及され得る)。
試験の結果(例えば、1種以上の本明細書で開示されるSNP、および/もしくは1種以上の本明細書で開示されるSNPにおける個体の対立遺伝子(複数可)/遺伝子型などをアッセイすることに基づいて、CVDの危険性を低下させるためのスタチン処置への個体の予測される応答性、または個体がCVDを発症する危険性)、および/または試験に関係する任意の他の情報は、「報告」として本明細書で言及され得る。有形の報告は、必要に応じて、試験プロセスの一部として生成され得る(これは、本明細書において、「報告する」、もしくは報告を「提供する」、報告を「作成する」、もしくは報告を「生成する」)と交換可能に言及され得る)。
有形の報告の例として、これらに限定されないが、紙面による報告(例として、コンピューターが作成した試験結果のプリントアウト)、あるいはコンピューター可読媒体(例として、CD、USBフラッシュドライブもしくは他の取り外し可能な記憶装置、コンピューターハードドライブ、またはコンピューターネットワークサーバーなど)上に記憶させた同等のフォーマットもしくは報告を挙げることができる。報告、特に、コンピューター可読媒体上に記憶させたものは、データベースの一部であり得、これは、インターネットを介して場合によりアクセス可能であり得る(例として、コンピューターネットワークサーバー上に記憶させた患者記録または遺伝情報のデータベース、これは、セキュリティー機能を有する「安全なデータベース」であり得、セキュリティー機能は、例えば、患者および患者の医療従事者のみが報告を見ることを可能にし、かつ他の無許可の個体が報告を見ることを阻止するなど、報告へのアクセスを制限する。有形の報告を作成することに加え、またはそれに代わって、報告はまた、コンピュータースクリーン(または別の電子的な装置もしくは機器のディスプレイ)上にも表示され得る。
報告は、例えば、スタチン処置への個体の予測される応答性(例えば、上記個体が、彼らのCVD(特に、CHD(例えば、MI)もしくは脳卒中)の危険性を低下させることによって、スタチン処置から利益を得るかどうか)を含み得るか、または個体が1種以上の本明細書で開示されるSNPにおいて有する対立遺伝子(複数可)/遺伝子型(これは、必要に応じて、上記SNPにおいて対立遺伝子(複数可)/遺伝子型を有するという重要性に関する情報にリンクされ得る)をまさに含み得る(例えば、ネットワークサーバーなどのコンピューター可読媒体上の報告は、上記SNPにおける特定の対立遺伝子/遺伝子型を有する個体に関して、医学的/生物学的関係(例えば、スタチン応答および/もしくはCVDの危険性)を記載する1つ以上の学術雑誌出版物もしくはウェブサイトへのハイパーリンク(複数可)を含み得る)。従って、例えば、上記報告は、薬物応答性、疾患の危険性、および/または他の医学的/生物学的重要性を含み得る(ならびに必要に応じて、上記対立遺伝子/遺伝子型情報をも含む)か、あるいは上記報告は、薬物応答性も、疾患の危険性も、他の医学的/生物学的重要性も含まない対立遺伝子/遺伝子型情報をまさに含み得る(その結果、上記報告を調べる個体は、上記対立遺伝子/遺伝子型情報を使用して、関連する薬物応答、疾患の危険性、もしくは他の医学的/生物学的重要性を、上記報告自体以外の源から(例えば、医療従事者、刊行物、ウェブサイト(これらは、必要に応じて、上記報告に(例えば、ハイパーリンクによって)リンクされ得る)などから)決定し得る。
報告は、例えば、試験された個体、医療従事者(例えば、医師、看護師、臨床検査室従事者、遺伝カウンセラーなど)、ヘルスケア組織、臨床検査室、および/または任意の他の関係者もしくは上記報告を調べるか所有することを意図した要請者に、さらに「伝達」もしくは「連絡」され得る(これらの用語は、本明細書において交換可能に使用され得る)。報告を「伝達する」もしくは「連絡する」という行為は、上記報告の形式に基づいて、当該分野で公知の任意の手段によるものであり得る。さらに、報告を「伝達すること」もしくは「連絡すること」は、報告を送達すること/送ること(「出すこと」)および/もしくは報告を検索すること(「引き出すこと」)を包含し得る。例えば、報告は、種々の手段によって伝達/連絡され得、上記手段としては、関係者間で(例えば、紙形式の報告のために)物理的に移動されること(例えば、ある関係者から別の関係者へ物理的に送達されることによって)、あるいは電子化してもしくはシグナル形態で(例えば、eメールを介して、もしくはインターネットで、ファクシミリによって、および/または当該分野で公知の任意の有線もしくは無線の連絡法によって)伝達されることによって、例えば、コンピューターネットワークサーバー上に格納されたデータベースから検索されることによってなど、が挙げられる。
特定の例示的実施形態において、本発明は、本明細書に記載される方法を行うようにプログラムされたコンピューター(もしくは他の装置/デバイス(例えば、生体医療デバイスもしくは実験室機器)を提供する。例えば、特定の実施形態において、本発明は、1種以上の本明細書で開示されるSNPの正体(例えば、SNPにおける対立遺伝子(複数可)もしくは遺伝子型)を受容するように(すなわち、入力として)プログラムされたコンピューターを提供し、予測される薬物応答性もしくは疾患の危険性(例えば、個体の、予測されるスタチン応答性もしくはCVDを発症する危険性)または上記SNP(複数可)の正体に基づく他の結果を提供する(すなわち、出力として)。このような出力(例えば、疾患の危険性、疾患診断もしくは予後、薬物応答性などの連絡)は、例えば、コンピューター可読媒体上の、紙形式でプリントされた、および/またはコンピュータースクリーンもしくは他のディスプレイ上にディスプレイされた報告の形態にあり得る。
種々の例示的実施形態において、本発明は、ビジネスを行う方法さらに提供する(ビジネスを行うための方法に関して、用語「個体」および「顧客」は、本明細書で交換可能に使用される)。例えば、ビジネスを行う例示的方法は、1種以上の本明細書で開示されるSNPをアッセイする工程、および例えば、顧客の、予測されるスタチン処置への応答(例えば、彼らのCVD(特に、CHD(例えば、MI)もしくは脳卒中)の危険性または彼らのCVDを発症する危険性を低下させるために(どの対立遺伝子(複数可)/遺伝子型が、上記アッセイされるSNP(複数可)に存在するかに基づいて))を含む、そして/または必要に応じて、疾患の危険性もしくは他の生物学的/医学的重要性に関する情報(例えば、学術雑誌出版物、ウェブサイトなど)に、例えば、ハイパーリンクによってリンクされ得るアッセイされるSNP(複数可)における対立遺伝子(複数可)/遺伝子型を含む報告を提供する工程(上記報告は、例えば、インターネットにアクセス可能なコンピューターネットワークサーバーもしくは他のコンピューター可読媒体上に提供され得、上記報告は、上記顧客がそれら報告にアクセスすることを可能にする一方で、他の権限のない個体が上記報告を見られないようにする安全なデータベースに含まれ得る)、ならびに必要に応じて、上記報告を伝達する工程を包含し得る。顧客(もしくは上記顧客と関連する別の関係者(例えば、上記顧客の医師)は、上記試験を、例えば、インターネットを介してオンラインで(もしくは電話、メールオーダーによって、特約店(outlet)/店でなど)要請/注文(例えば、購入)し得る。そしてキットは、上記顧客から生物学的サンプルを集めるために、上記顧客(もしくは上記顧客に代わって別の関係者(例えば、上記顧客の医師)に発送/送達(もしくは別の方法で提供)され得、そして、上記顧客(もしくは上記顧客の生物学的サンプル(例えば、口腔細胞を集めるための口内スワブ)を集める関係者)は、それらの生物学的サンプルを、(例えば、検査室にもしくは上記検査室と関連する関係者(例えば、上記検査室の代わりに上記顧客のサンプルを受け取る関係者、上記検査室を管理している関係者(例えば、上記検査室が、上記関係者の要請によって、もしくは例えば、上記関係者との契約下で上記アッセイを行う)、および/または上記試験に関して上記顧客の支払いの少なくとも一部を受け取る関係者に)アッセイするために提出し得る。上記報告(例えば、例えば、上記顧客の疾患の危険性および/またはアッセイされたSNP(複数可)における対立遺伝子(複数可)/遺伝子型を含むアッセイの結果)は、上記顧客に、例えば、上記SNP(複数可)をアッセイする検査室もしくは上記検査室と関連する関係者(例えば、上記アッセイについて上記顧客の支払いの少なくとも一部を受け取る関係者、または上記アッセイを行うように上記検査室に要求するか、もしくは上記アッセイが行われるように上記検査室と契約する関係者)、または上記検査室と関連する医師もしくは他の医療従事者(例えば、雇用されているか、またはとりきめして診療もしくは契約している)または上記検査室と関連する関係者と関係する上記医師もしくは他の医療従事者によって提供され得るか、あるいは上記レポートは、上記顧客に上記報告を必要に応じて提供する第三者(例えば、医師、遺伝カウンセラー、病院など)に提供され得る。さらなる実施形態において、上記顧客は、医師もしくは他の医療従事者、または病院、検査室、医療保険組織、あるいは他の医療組織であって、他の個体(例えば、彼らの患者もしくは顧客)を1種以上の本明細書で開示されるSNPについてアッセイし、必要に応じて、上記アッセイ結果の報告を得る目的で、試験を要求/注文(例えば、購入)する他の医療組織であり得る。
ビジネスを行う特定の例示的方法において、生物学的サンプルを集めるためのキット(例えば、口腔細胞を集めるための口内スワブ、または他のサンプル収集デバイス)は、医療従事者(例えば、医師)に提供され、これは、上記医療従事者がサンプル(例えば、口腔細胞、唾液、血液など)を患者から得るために使用し、上記サンプルは、次いで、検査室(例えば、CLIA認定検査室)もしくは1種以上の本明細書で開示されるSNPについて上記サンプルを試験する他の施設に、(例えば、1種以上の本明細書で開示されるSNPの遺伝子型を決定するために(例えば、上記患者のCVD(特に、CHD(例えば、MI)もしくは脳卒中)の危険性、および/または上記患者のCVDを発症する危険性を)低下させるためのスタチン処置への上記患者の予測される応答を決定するために)送られ、上記試験の結果(例えば、1種以上の本明細書で開示されるSNPにおける上記患者の遺伝子型および/または彼らのSNP遺伝子型に基づく、上記患者の予測されるスタチン応答もしくはCVDの危険性)は、上記患者に上記結果を提供するかもしくは別の方法で伝え得る上記医療従事者に(および/または上記患者に直接、および/または別の関係者(例えば、病院、医療保険会社、遺伝カウンセラーなど))に戻される。上記結果は、代表的には、例えば、上記に記載されるように、報告の形態で提供される。
ビジネスを行う特定のさらなる例示的方法において、生物学的サンプルを顧客から集めるためのキット(例えば、口腔細胞を集めるための口内スワブ、または他のサンプル収集デバイス)が、提供される(例えば、販売される)(例えば、特約店(例えば、ドラッグ・ストア、薬局、雑貨店、もしくは任意の他の望ましい特約店)において、インターネットを介してオンラインで、メールオーダーによってなど)。それによって、顧客は、上記キットを得る(例えば、購入する)ことができ、彼ら自身の生物学的サンプルを集め、彼らのサンプルを検査室(例えば、CLIA認定検査室)もしくは1種以上の本明細書で開示されるSNPに関して上記サンプルを試験する他の施設に、(例えば、1種以上の本明細書で開示されるSNPの遺伝子型を決定するために(例えば、上記顧客のCVD(特に、CHD(例えば、MI)もしくは脳卒中)の危険性、および/もしくは上記顧客のCVDを発症する危険性を低下させるためのスタチン処置への上記顧客の予測される応答を決定するために)提出(例えば、発送/メールを介して送達)し得、そして、上記試験の結果(例えば、1種以上の本明細書で開示されるSNPにおける上記顧客の遺伝子型の、および/または上記顧客のSNP遺伝子型に基づく上記顧客のスタチン応答もしくはCVDの危険性の)を、上記顧客および/もしくは第3者(例えば、医師もしくは他の医療従事者、病院、医療保険会社、遺伝カウンセラーなど)に戻して提供する。上記結果は、代表的には、報告の形態(例えば、上記に記載される)において提供される。上記試験の結果が第3者に提供される場合、そのときは、この第3者は、必要に応じて、上記試験の結果に基づいて、上記顧客に別の報告を提供し得る(例えば、上記検査室からの上記試験の結果は、スタチン応答の情報も、CVDの危険性の情報もない、1種以上の本明細書で開示されるSNPにおける上記顧客の遺伝子型を提供し得、そして、上記第3者は、この遺伝子型結果に基づいて、上記顧客のスタチン応答もしくはCVDの危険性の報告を提供し得る)。
本発明の特定のさらなる実施形態は、個体が、CVDの危険性(特に、CHD(例えば、MI)もしくは脳卒中の危険性)を低下させることにおいて、スタチン処置(もしくは他の治療)から利益を得るかどうかを決定するための、または個体のCVDを発症する危険性を決定するためのシステムを提供する。特定の例示的システムは、個体(もしくは彼らの医療従事者)が、このような個体の予測されるスタチン応答(もしくはCVDの危険性など)の決定を要求する一体化した「ループ」を含み、この決定は、上記個体由来のサンプルを試験することによって行われ、次いで、この決定の結果は、その要請者に戻して提供される。例えば、特定のシステムにおいて、サンプル(例えば、口腔細胞、唾液、血液など)は、試験のために個体から得られ(上記サンプルは、上記個体によって、もしくは例えば、医療従事者によって得られ得る)、上記サンプルは、試験する(例えば、1種以上の本明細書で開示されるSNPの遺伝子型を決定する)ために、検査室(もしくは他の施設)に提出され、次いで、上記試験の結果は、上記患者に送られ(これは、必要に応じて、上記結果を、仲介人(例えば、次に、上記個体に上記結果を提供するかもしくは別の方法で伝達し、そして/または上記結果に対して行動を起こす医療従事者)に最初に送ることによって行われ得る)、それによって、個体の予測されるスタチン応答(もしくはCVDの危険性など)を決定するための一体化したループシステムが形成される。上記結果が(例えば、試験施設、医療従事者、および/もしくは上記個体のうちのいずれかの間で)伝達される上記システムの一部は、電子的な伝達もしくはシグナル伝達によって(例えば、コンピューターによって(例えば、eメールもしくはインターネットを介して)、上記結果を、ウェブサイトもしくは必要に応じて安全なデータベースであり得るコンピューターネットワークサーバー上で提供することによって、電話もしくはファックスによって、または当該分野で公知の任意の他の有線もしくは無線による伝達法によって)、行われ得る。必要に応じて、上記システムは、上記一体化したループ(疾患管理システムの例に関しては、米国特許第6,770,029号,「Disease management system and method including correlation assessment」を参照のこと)の一部として、危険性低下成分(すなわち、疾患管理システム)をさらに含み得る。例えば、上記試験の結果は、例えば、予防的治療レジメン(例えば、CVDの危険性を低下させるためのスタチンもしくは他の薬物の投与)を実施すること、上記個体の食事を修正すること、運動を増やすこと、ストレスを減らすこと、そして/または疾患の危険性を低下させるという目的で上記個体において任意の他の生理学的もしくは行動的な修正を実行することによって、試験された個体における上記疾患の危険性を低下させるために使用され得る。CVDの危険性を低下させるために、これは、CVDの危険性を低下させることに関する個体の健康の局面を改善するために、当該分野で使用される任意の手段を含み得る。従って、例示的実施形態において、上記個体および/または彼らの医療従事者は、上記試験を要請し、上記試験結果を受け取り、そして(必要に応じて)上記試験結果に対して行動を起こして上記個体の疾患の危険性を、例えば、疾患管理システムを実施することによって低下させるという点で、上記システムは、上記個体および/もしくはその個体の医療従事者によって管理される。
(単離された核酸分子ならびにSNP検出試薬およびキット)
表1および表2は、特に、個体のCVD(例えば、CHD(例えば、MI)もしくは脳卒中)の危険性を低下させるためのスタチン処置への応答と関連する、本発明の各SNPについての種々の情報を提供する(その情報には、上記転写物配列(配列番号1~51)、ゲノム配列(配列番号177~622)、および上記コードされる遺伝子生成物のタンパク質配列(配列番号52~102)(上記SNPは、上記核酸配列におけるIUBコードによって示される)が含まれる)。さらに、表1および表2は、SNPコンテクスト配列(これは、一般に、各SNP位置の100ヌクレオチド上流(5’)と100ヌクレオチド下流(3’)を含む(配列番号103~176は、表1に開示される転写物ベースのSNPコンテクスト配列に対応し、配列番号623~3661は、表2に開示されるゲノムベースのコンテクスト配列に対応する))、各SNP位置における代替のヌクレオチド(対立遺伝子)、および上記改変体に関するさらなる情報(関連する、例えば、SNPタイプ(コード、ミスセンス、スプライス部位、UTRなど)、上記SNPが観察されたヒト集団、観察された対立遺伝子頻度、コードされるタンパク質についての情報など)を含む。
表1および表2は、特に、個体のCVD(例えば、CHD(例えば、MI)もしくは脳卒中)の危険性を低下させるためのスタチン処置への応答と関連する、本発明の各SNPについての種々の情報を提供する(その情報には、上記転写物配列(配列番号1~51)、ゲノム配列(配列番号177~622)、および上記コードされる遺伝子生成物のタンパク質配列(配列番号52~102)(上記SNPは、上記核酸配列におけるIUBコードによって示される)が含まれる)。さらに、表1および表2は、SNPコンテクスト配列(これは、一般に、各SNP位置の100ヌクレオチド上流(5’)と100ヌクレオチド下流(3’)を含む(配列番号103~176は、表1に開示される転写物ベースのSNPコンテクスト配列に対応し、配列番号623~3661は、表2に開示されるゲノムベースのコンテクスト配列に対応する))、各SNP位置における代替のヌクレオチド(対立遺伝子)、および上記改変体に関するさらなる情報(関連する、例えば、SNPタイプ(コード、ミスセンス、スプライス部位、UTRなど)、上記SNPが観察されたヒト集団、観察された対立遺伝子頻度、コードされるタンパク質についての情報など)を含む。
(単離された核酸分子)
本発明の例示的実施形態は、1種以上の本明細書で開示されるSNP(特に、表1および/もしくは表2に開示されるSNP)を含む単離された核酸分子を提供する。1種以上の本明細書で開示されるSNP(例えば、表1および表2のうちの少なくとも一方にあるもの)を含む単離された核酸分子は、「SNP含有核酸分子」として本文全体を通して交換可能に言及され得る。単離された核酸分子は、必要に応じて、全長改変体タンパク質もしくはそのフラグメントをコードし得る。本発明の単離された核酸分子はまた、開示される上記SNPをアッセイするために使用され得るプローブおよびプライマー(これらは、「SNP検出試薬」という見出しの節において以下でより詳細に記載される)および単離された全長遺伝子、転写物、cDNA分子、ならびにそのフラグメント(これらは、コードされるタンパク質を発現するような目的で使用され得る)を含む。
本発明の例示的実施形態は、1種以上の本明細書で開示されるSNP(特に、表1および/もしくは表2に開示されるSNP)を含む単離された核酸分子を提供する。1種以上の本明細書で開示されるSNP(例えば、表1および表2のうちの少なくとも一方にあるもの)を含む単離された核酸分子は、「SNP含有核酸分子」として本文全体を通して交換可能に言及され得る。単離された核酸分子は、必要に応じて、全長改変体タンパク質もしくはそのフラグメントをコードし得る。本発明の単離された核酸分子はまた、開示される上記SNPをアッセイするために使用され得るプローブおよびプライマー(これらは、「SNP検出試薬」という見出しの節において以下でより詳細に記載される)および単離された全長遺伝子、転写物、cDNA分子、ならびにそのフラグメント(これらは、コードされるタンパク質を発現するような目的で使用され得る)を含む。
本明細書中で使用される場合、「単離された核酸分子」は、一般に、本発明のSNPを含む核酸分子、またはこのような分子(例えば、相補的配列を有する核酸)にハイブリダイズする核酸分子を含み、そして、核酸分子の天然供給源に存在するほとんどの他の核酸から分離される。さらに、「単離された」核酸分子(例えば、本発明のSNPを含むcDNA分子)は、他の細胞物質、または組換え技術によって産生される場合、培養培地、または化学合成される場合、化学的前駆物質もしくは他の化学物質を、実質的に含み得ない。核酸分子は、他のコード配列または調節配列に融合され得、それでもなお、「単離された」と考えられ得る。非ヒトトランスジェニック動物に存在する核酸分子は、動物には、天然には存在しないが、やはり「単離された」と考えられる。例えば、ベクター中に含まれる組換えDNA分子は、「単離された」と考えられる。「単離された」DNA分子のさらなる例としては、異種宿主細胞内で維持される組換えDNA分子、および溶液中の(部分的に、または実質的に)精製されたDNA分子が挙げられる。単離されたRNA分子はとしては、本発明の単離されたSNP含有DNA分子のインビボRNA転写産物またはインビトロRNA転写産物が挙げられる。本発明に従う単離された核酸分子としては、さらに、合成により生成されたこのような分子が挙げられる。
一般に、単離されたSNP含有核酸分子は、本発明によって開示される一以上のSNP位置を含み、それらのSNP位置の両側の隣接ヌクレオチド配列を有する。隣接配列は、上記SNP部位と天然で結合しているヌクレオチド残基および/または非相同ヌクレオチド配列を含み得る。好ましくは、上記隣接配列は、特に上記SNP含有核酸分子が、タンパク質またはタンパク質フラグメントを産生するために使用される場合、SNP位置の両側の約500ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約100ヌクレオチド、約60ヌクレオチド、約50ヌクレオチド、約30ヌクレオチド、約25ヌクレオチド、約20ヌクレオチド、約15ヌクレオチド、約10ヌクレオチド、約8ヌクレオチドまたは約4ヌクレオチド(もしくはこれらの間の任意の他の長さ)、あるいは全長遺伝子または全タンパク質コード配列(またはエクソンのようなその任意の一部分)までである。
全長遺伝子および全タンパク質コード配列について、SNP隣接配列は、例えば、SNPの両側の約5KB、約4KB、約3KB、約2KB、約1KBまでである。さらに、この場合には、単離核酸分子は、エクソンの配列を含む(タンパク質をコードするエクソン配列および/または非コードエクソン配列を含む)が、イントロンの配列も含み得る。従って、任意のタンパク質コード配列は、隣接しているか、またはイントロンによって分離され得る。重要な点は、核酸が、遠く離れかつ重要ではない隣接配列から単離され、および適切な長さであり、その結果、特定の処置または組換えタンパク質の発現、SNP位置をアッセイするためのプローブおよびプライマーの調製、およびSNP含有核酸配列特異的な他の用途のような本明細書中で所望される用途に供され得る。
単離されたSNP含有核酸分子は、例えば、全長遺伝子もしくは転写物(例えば、ゲノムDNAから(例えば、クローニングもしくはPCR増幅によって)単離された遺伝子、cDNA分子、もしくはmRNA転写物分子)を含み得る。多型転写物配列は、表1において言及され、配列表において提供され(配列番号1~51)、そして多型ゲノム配列は、表2において言及され、配列表において提供される(配列番号177~622)。さらに、1種以上の本明細書で開示されるSNPを含むこのような全長遺伝子および転写物のフラグメントはまた、本発明によって包含され、そして、このようなフラグメントは、例えば、タンパク質の任意の部分(例えば、特定の機能的ドメインもしくは抗原性エピトープ)を発現するために使用され得る。
従って、本発明はまた、表1および表2に開示される核酸配列(転写物配列は、表1において配列番号1~51として言及され、ゲノム配列は、表2において配列番号177~622として言及され、転写物ベースのSNPコンテクスト配列は、表1において配列番号103~176として言及され、ゲノムベースのSNPコンテクスト配列は、表2において配列番号623~3661として言及される)のフラグメントおよびそれらの相補体を包含する。上記表において言及される実際の配列は、配列表に提供される。フラグメントは、代表的には、少なくとも約8個以上のヌクレオチド、より好ましくは、少なくとも約12個以上のヌクレオチド、およびさらにより好ましくは、少なくとも約16個以上のヌクレオチドの連続するヌクレオチド配列を含む。さらに、フラグメントは、長さが少なくとも約18個、20個、22個、25個、30個、40個、50個、60個、80個、100個、150個、200個、250個もしくは500個のヌクレオチド(もしくはその間の任意の他の数)を含み得る。上記フラグメントの長さは、その意図された使用に基づく。例えば、上記フラグメントは、改変体ペプチドのエピトープを有する領域もしくは正常の/野生型タンパク質とは異なる改変体ペプチドの領域をコードし得るか、またはポリヌクレオチドプローブもしくはプライマーとして有用であり得る。このようなフラグメントは、ポリヌクレオチドプローブの合成のために、表1および/もしくは表2において提供されるヌクレオチド配列を使用して単離され得る。標識されたプローブは、次いで、例えば、cDNAライブラリー、ゲノムDNAライブラリー、もしくはmRNAをスクリーニングして、上記コード領域に対応する核酸を単離するために使用され得る。さらに、プライマーは、例えば、1種以上のSNP部位をアッセイする目的で、もしくは遺伝子の特定の領域をクローニングするために、増幅反応において使用され得る。
本発明の単離核酸分子はさらに、核酸サンプル中の目的のポリヌクレオチドのコピー数を増加するために使用される種々の核酸増幅方法のうちの一つの産物である、SNP含有ポリヌクレオチドをさらに含む。このような増幅方法は、当該分野において周知であり、そしてこれらとしては、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)(米国特許第4,683,195号および同第4,683,202号、PCR Technology、Principles and Applications for DNA Amplification,H.A.Erlich編,Freeman Press,NY,NY,1992)、リガーゼ連鎖反応(LCR)(WuおよびWallace,Genomics 4:560,1989;Landegrenら、Science 241:1077,1988)、鎖置換増幅(SDA)(米国特許第5,270,184号;および同第5,422,252号)、転写媒介性増幅(TMA)(米国特許出願第5,399,491号)、連鎖直線増幅(linked linear amplification)(LLA)(米国特許第6,027,923号)など、ならびに等温増幅方法[例えば、核酸配列ベースの増幅(NASBA)ならびに自己維持配列複製(self-sustained sequence replication)のような(Guatelliら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 87:1874,1990)]が挙げられるがこれらに限定されない。このような方法論に基づいて、当業者は、本明細書中に開示されるSNPの5’側および3’側の領域任意の適切なにプライマーを容易に設計し得る。このようなプライマーは、その配列中に目的のSNPを含む限り任意の長さのDNAを増幅するために使用され得る。
本明細書中で使用される場合、本発明の「増幅ポリヌクレオチド」は、SNP含有核酸分子であり、その量は、試験サンプル中のその開始量と比較した場合、インビトロで実施された任意の核酸増幅方法によって少なくとも2倍に増加している。他の好ましい実施形態において、増幅ポリヌクレオチドは、試験サンプル中のその開始量と比較した場合、少なくとも10倍、50倍、100倍、1000倍、または10,000倍もの増加の結果である。代表的なPCR増幅において、目的のポリヌクレオチドは、増幅されないゲノムDNAの少なくとも50,000倍の量上まってしばしば増幅されるが、アッセイのために必要とされる増幅の正確な量は、その後使用される検出方法の感度に依存する。
一般に、増幅ポリヌクレオチドは、少なくとも約16ヌクレオチドの長さである。より代表的には、増幅ポリヌクレオチドは、少なくとも約20ヌクレオチドの長さである。本発明の好ましい実施形態において、増幅ポリヌクレオチドは、少なくとも約30ヌクレオチドの長さである。本発明のより好ましい実施形態において、増幅ポリヌクレオチドは、少なくとも約32ヌクレオチド、約40ヌクレオチド、約45ヌクレオチド、約50ヌクレオチド、または約60ヌクレオチドの長さである。本発明のさらに別の好ましい実施形態において、増幅ポリヌクレオチドは、少なくとも約100ヌクレオチド、約200ヌクレオチド、約300ヌクレオチド、約400ヌクレオチドまたは約500ヌクレオチドの長さである。本発明の増幅ポリヌクレオチドの全長は、目的のSNPが存在するエクソン、イントロン、または遺伝子全体程度の長さであり得るが、増幅産物は、代表的には約1,000ヌクレオチドまでの長さである(しかし、特定の増幅方法は、1000ヌクレオチドの長さよりも長い増幅産物を生じ得る)。より好ましくは、増幅ポリヌクレオチドは、約600~700ヌクレオチド以下の長さである。増幅ポリヌクレオチドの長さに関わらず、目的のSNPは、その配列に沿って至る所に位置し得ることが理解される。
本発明の具体的な実施形態において、増幅産物は、少なくとも約201ヌクレオチドの長さであり、表1および2に示される転写ベースのコンテクスト配列またはゲノムベースのコンテクスト配列の一つを含む。このような産物は、その5’末端もしくは3’末端またはその両方に付加的な配列を有し得る。別の実施形態において、増幅産物は、約101ヌクレオチドの長さであり、そして本明細書中に開示されるSNPを含む。好ましくは、そのSNPは、増幅産物の中央に位置する(例えば、201ヌクレオチドの長さである増幅産物において101位、または101ヌクレオチドの長さである増幅産物において51位)か、または増幅産物の中央から1ヌクレオチド、2ヌクレオチド、3ヌクレオチド、4ヌクレオチド、5ヌクレオチド、6ヌクレオチド、7ヌクレオチド、8ヌクレオチド、9ヌクレオチド、10ヌクレオチド、12ヌクレオチド、15ヌクレオチド、もしくは20ヌクレオチド以内に位置するが、しかしながら、上に示したように、目的のSNPは、増幅産物の長さに沿って至る所に位置し得る。
本発明は、本明細書中に開示される一以上のSNP、その相補体およびそのSNP含有フラグメントを含む、一以上のポリヌクレオチド配列を含むか、このポリヌクレオチドからなるか、または本質的にこのポリヌクレオチドから構成される単離核酸分子を提供する。
従って、本発明は、表1および/もしくは表2に示されるヌクレオチド配列(転写物配列は、表1において配列番号1~51として言及され、ゲノム配列は、表2において配列番号177~622として言及され、転写物ベースのSNPコンテクスト配列は、表1において配列番号103~176として言及され、ゲノムベースのSNPコンテクスト配列は、表2において配列番号623~3661として言及される)のうちのいずれかからなる核酸分子、または表1において言及される改変体タンパク質(配列番号52~102)のうちのいずれかをコードする任意の核酸分子を提供する。上記表において言及される実際の配列は、配列表において提供される。核酸分子は、ヌクレオチド配列が、上記核酸分子の完全なヌクレオチド配列である場合の上記ヌクレオチド配列からなる。
本発明はさらに、表1および/もしくは表2において言及されるヌクレオチド配列(転写物配列は、表1において配列番号1~51として言及され、ゲノム配列は、表2において配列番号177~622として言及され、転写物ベースのSNPコンテクスト配列は、表1において配列番号103~176として言及され、ゲノムベースのSNPコンテクスト配列は、表2において配列番号623~3661として言及される)のうちのいずれか、または表1において言及される上記改変体タンパク質(配列番号52~102)のうちのいずれかをコードする任意の核酸分子から本質的になる核酸分子を提供する。上記表において言及される実際の配列は、配列表において提供される。核酸分子は、ヌクレオチド配列が最終的な核酸分子におけるわずか数個のさらなるヌクレオチド残基を有して存在する場合のそのようなヌクレオチド配列から本質的になる。
本発明はさらに、表1および/もしくは表2に示されるヌクレオチド配列のうちのいずれかまたはそのSNP含有フラグメント(転写物配列は、表1において配列番号1~51として言及され、ゲノム配列は、表2において配列番号177~622として言及され、転写物ベースのSNPコンテクスト配列は、表1において配列番号103~176として言及され、ゲノムベースのSNPコンテクスト配列は、表2において配列番号623~3661として言及される)、または表1に提供される上記改変体タンパク質(配列番号52~102)のうちのいずれかをコードする任意の核酸分子を含む核酸分子を提供する。上記表において言及される実際の配列は、配列表において提供される。核酸分子は、ヌクレオチド配列が、上記核酸分子の最終的なヌクレオチド配列の少なくとも一部である場合の上記ヌクレオチド配列を含む。このような様式において、上記核酸分子は、上記ヌクレオチド配列のみであり得るか、またはさらなるヌクレオチド残基(例えば、それと天然に関連づけられる残基である)もしくは異種ヌクレオチド配列を有し得る。このような核酸分子は、1から数個のさらなるヌクレオチドを有し得るか、またはさらに多くのさらなるヌクレオチドを含み得る。これらの核酸分子の種々のタイプが、どのように容易に作製され、単離され得るかの簡潔な記載は、以下に提供され、このような技術は、当業者に周知である。Sambrook and Russell, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Press, N.Y.(2000)。
単離核酸分子は、成熟タンパク質に加え付加的なアミノ末端アミノ酸もしくはカルボキシル末端アミノ酸またはその両方、あるいは成熟ペプチド内のアミノ酸をコードし得る(成熟形態が、例えば、一より多くのペプチド鎖を有する場合)。このような配列は、前駆体から成熟形態へのタンパク質のプロセッシングにおいて一定の役割を果たし得、タンパク質の輸送を容易にすること、タンパク質の半減期を伸長もしくは短縮し得、またはアッセイもしくは産生のためにタンパク質の操作を容易にし得る。一般的なインサイチュの場合と同様に、一般的であるように、付加的なアミノ酸は、細胞の酵素によって成熟タンパク質からプロセッシングされ除去され得る。
従って、単離核酸分子としては、ペプチドをコードする配列のみを有する核酸分子、成熟ペプチドをコードする配列およびさらなるコード配列(例えば、リーダー配列または分泌配列(例えば、プレ-プロタンパク質配列またはプロタンパク質配列))を有する核酸分子、付加的なコード配列を有する成熟ペプチドをコードする配列または付加的なコード配列を有さない成熟ペプチドをコードする配列に加えて付加的な非コード配列(例えば、mRNAの転写、mRNAプロセッシング(スプライシングシグナル、およびポリアデニル化シグナルを含む)リボソーム結合、および/または安定性において一定の役割を果たす、転写されるが翻訳されない配列のような、例えば、イントロンおよび非コード5’配列および非コード3’配列)、が挙げられるが、これらに限定されない。さらに、核酸分子は、例えば、精製を容易にするペプチドをコードする異種マーカー配列へ融合され得る。
単離核酸分子は、mRNAのようなRNAの形態、またはcDNAおよびゲノムDNAを含むDNA形態であり得、例えば、分子クローニングによって得られ得るかまたは化学合成技術による産生またはその組合せにより産生され得る(SambrookおよびRussell,2000,Molecular Cloning:A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Press,NY)。さらに、単離核酸分子(特にプローブおよびプライマーのようなSNP検出試薬)はまた、部分的または全体的にペプチド核酸(PNA)のような一以上の型の核酸アナログ形態(米国特許第5,539,082号;同第5,527,675号;同第5,623,049号;同第5,714,331号)であり得る。核酸、特にDNAは、二本鎖であってもまたは一本鎖であってもよい。一本鎖核酸は、コード鎖(センス鎖)または相補的非コード鎖(アンチセンス鎖)であり得る。DNAセグメント、RNAセグメント、またはPNAセグメントは、例えば、ヒトゲノムのフラグメント(DNAまたはRNAの場合)、または単一のヌクレオチド、短いオリゴヌクレオチドリンカーから、あるいは一連のオリゴヌクレオチドから構築され、合成核酸分子を提供し得る。核酸分子は、参考として本明細書中に提供される配列を使用して容易に合成され得、オリゴヌクレオチドおよびPNAオリゴマーの合成技術は、当該分野で周知である(例えば、Corey、「Peptide nucleic acids:expanding the scope of nucleic acid recognition」、Trends Biotechnol.1997年6月;15(6):224-9、およびHyrupら、「Peptide nucleic acids(PNA):synthesis,properties and potential applications」、Bioorg Med Chem.1996年1月;4(1):5-23を参照のこと)。さらに、大規模な自動化オリゴヌクレオチド/PNA合成(アレイまたはビーズ表面または他の固体支持体上での合成を含む)が、市販の核酸合成機(例えば、Applied Biosystems(Foster City,CA)3900 High-Throughput DNA SynthesizerまたはExpedite 8909 Nucleic Acid Synthesis System)、および本明細書中に提供される配列情報を使用して容易に達成され得る。
本発明は、当該分野で公知の改変されたヌクレオチド、合成ヌクレオチド、もしくは天然に生じないヌクレオチド、または改変された構造エレメント、合成の構造エレメント、もしくは天然に生じない構造エレメント、または他の代替的な/改変された核酸化学を含む、核酸アナログを含む。このような核酸アナログは、例えば、表1および/または表2において同定される一以上のSNPを検出するための検出試薬(例えば、プライマー/プローブ)として有用である。さらに、これらのアナログを含むキット/系(例えば、ビーズ、アレイなど)もまた、本発明に含まれる。例えば、本発明の多型配列に基づくPNAオリゴマーは、特に企図される。PNAオリゴマーは、DNAのアナログであり、そのリン酸骨格は、ペプチド様骨格で置換されている(Lagriffoulら、Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters,4:1081-1082(1994)、Petersenら、Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters,6:793-796(1996)、Kumarら、Organic Letters 3(9):1269-1272(2001)、WO96/04000)。PNAは、従来のオリゴヌクレオチドおよびオリゴヌクレオチドアナログよりも、高い親和性および特異性で、相補的なRNAまたはDNAとハイブリダイズする。このPNAの特性は、従来のオリゴヌクレオチドおよびペプチドを用いては達成し得ない新規な分子生物学適用および生化学の適用を可能とする。
核酸の結合特性および/または安定性を改善する核酸改変のさらなる例は、イノシンのような塩基アナログ、インターカレーター(米国特許第4,835,263号)および副溝の結合体(米国特許第5,801,115号)の使用を含む。従って、核酸分子、SNP含有核酸分子、SNP検出試薬(例えば、プローブおよびプライマー)、オリゴヌクレオチド/ポリヌクレオチドに対する本明細書中における言及は、PNAオリゴマーおよび他の核酸アナログを含む。当該分野で公知の核酸アナログおよび選択的核酸化学/改変核酸化学の他の例は、Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry,John Wiley & Sons,N.Y.(2002)に記載される。
本発明はさらに、本明細書中に開示される改変体ポリペプチドのフラグメントをコードする核酸分子および改変体ポリペプチドの明白な改変体をコードする核酸分子を提供する。このような核酸分子は、パラログ(paralog)(異なる遺伝子座)およびオーソログ(ortholog)(異なる生物体)のように、天然に生じ得るか、または組換えDNA方法もしくは化学合成によって構築され得る。天然に生じない改変体は、核酸分子、細胞、または生物への適用されるものを含む、変異誘発技術によって作製され得る。従って、その改変体は、ヌクレオチドの置換、欠失、転位、および挿入を含み得る(表1および2において開示されるSNPに加えて)。改変体は、コード領域および非コード領域のいずれかまたは両方に生じ得る。この改変体は、保存的および/または非保存的なアミノ酸置換を生じ得る。
さらに、天然に生じる対立遺伝子改変体(ならびにオルソログおよびパラログ)ならびに変異誘発技術によって産生される合成改変体のような、表1~2に開示される核酸分子の改変体は、当該分野において周知の方法を使用して同定および/または産生され得る。さらにこのような改変体は、表1および/または表2において開示される核酸配列(またはそのフラグメント)と少なくとも、70%~80%、80%~85%、85%~90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%の配列同一性を共有し、かつ表1および/または表2に開示される新規SNP対立遺伝子を含む、ヌクレオチド配列を含み得る。さらに、改変体は、表1に開示されたポリペプチド配列(またはそのフラグメント)と少なくとも70%~80%、80%~85%、85%~90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%の配列同一性を共有し、かつ表1および/または表2に開示される新規SNP対立遺伝子を含む、ヌクレオチド配列を含み得る。従って、本発明の一つの局面は、表1~2において示される配列と比較した場合ある程度の配列改変体を有するが、本明細書中に開示される新規SNP対立遺伝子を含む、単離核酸分子を特に企図する。言い換えれば、単離核酸分子が、本明細書中に開示された新規SNP対立遺伝子を含む限り、この新規SNP対立遺伝子に隣接する核酸分子の他の部分は、表1および2で言及され、かつ示される特定の転写物配列、ゲノム配列、およびコンテクスト配列からある程度変化し得、表1で言及される特定のポリペプチド配列からある程度変化したポリペプチにコードし得る。
配列相同性を共有する二つの分子の二つのアミノ酸配列または二つのヌクレオチド配列の同一性のパーセントを決定するために、これらの配列は、最適な比較を目的としてアライメントされる(例えば、ギャップが、最適なアライメントのために第一および第二のアミノ酸配列または核酸配列の一方または両方に導入され得、そして非相同性配列は、比較目的のために、無視され得る)。好ましい実施形態において、参照配列の長さの少なくとも30%、40%、50%、60%、70%、80%、または90%以上は、比較の目的でアライメントされる。次いで対応するアミノ酸位置またはヌクレオチド位置でのアミノ酸残基またはヌクレオチドが、比較される。第一の配列におけるある位置が、第二の配列における対応する位置と同じアミノ酸残基またはヌクレオチドによって占められている場合、その分子は、その位置で同一である(本明細書中で使用される場合、アミノ酸または核酸の「同一性」は、アミノ酸または核酸の「相同性」と等しい)。二つの配列の間の同一性のパーセントは、二つの配列の最適なアライメントのために導入される必要性があるギャップの数および各ギャップの長さを考慮して、それらの配列により共有される同一位置の数の関数である。
二つの配列間の配列の比較および同一性のパーセントの決定は、数学的アルゴリズムを用いて達成され得る。(Computational Molecular Biology, A.M. Lesk, ed., Oxford University Press, N.Y (1988); Biocomputing: Informatics and Genome Projects, D.W. Smith, ed., Academic Press, N.Y. (1993); Computer Analysis of Sequence Data, Part 1, A.M. Griffin and H.G. Griffin, eds., Humana Press, N.J.(1994);Sequence Analysis in Molecular Biology, G. von Heinje, ed., Academic Press, N.Y. (1987); and Sequence Analysis Primer, M. Gribskov and J. Devereux, eds., M. Stockton Press, N.Y. (1991).)。好ましい実施形態において、二つのアミノ酸配列間の同一性のパーセントは、Blossom 62マトリックスまたはPAM250マトリックスのいずれか、ギャップウェート(gap weight)16、14、12、10、8、6または4、長さウェート(length weight)1、2、3、4、5または6)を使用して、NeedlemanおよびWunschのアルゴリズム(J.Mol.Biol.(48):444-453 1970))を用いて決定され、これは、GCGソフトウェアパッケージ内のGAPプログラムへ組み込まれている。
さらに別の好ましい実施形態においては、二つのヌクレオチド配列間の同一性のパーセントは、NWSgapdna.CMPマトリックスならびにギャップウェート(40、50、60、70、または80)および長さウェート(1、2、3、4、5、または6)を使用してGCGソフトウェアパッケージ内のGAPプログラム(Devereux,J.ら、Nucleic Acids Res.12(1):387(1984))を用いて決定される。別の実施形態において、二つのアミノ酸配列または二つのヌクレオチド配列の間の同一性のパーセントは、PAM120ウェート残基表、ギャップ長ペナルティー12およびギャップペナルティー4を用いて、ALIGNプログラム(バージョン2.0)へ組み込まれているE.MyersおよびW.Millerのアルゴリズム(CABIOS,4:11-17(1989))を使用して決定される。
本発明のヌクレオチド配列およびアミノ酸配列は、さらに「照合配列」として使用され、例えば、他のファミリーメンバーまたはコンテクスト配列を同定するために、配列データベースに対して検索を実施し得る。このような検索は、Altschulら(J.Mol.Biol.215:403-10(1990))のNBLASTプログラムおよびXBLASTプログラム(バージョン2.0)を使用して実施し得る。BLASTヌクレオチド検索は、NBLASTプログラム(スコア=100、ワード長(wordlength)=12)を用いて実施し、本発明の核酸分子に相同なヌクレオチド配列を得ることが可能である。BLASTのタンパク質検索は、XBLASTプログラム(スコア=50、ワード長=3)を用いて実施し、本発明のタンパク質に相同なアミノ酸配列を得ることが可能である。比較目的のためにギャップをいれたアライメントを得るために、Gapped BLASTが、Altschulら(Nucleic Acids Res.25(17):3389-3402(1997))で利用され得る。BLASTおよびgapped BLASTプログラムを利用した場合、それぞれのプログラム(例えば、XBLASTおよびNBLAST)のデフォルトパラメーターが、使用され得る。BLASTに加えて、当該分野で使用される他の検索プログラムおよび配列比較プログラムの例としては、FASTA(Pearson,Methods Mol.Biol.25,365-389(1994))およびKERR(Dufresneら、Nat Biotechnol 2002 Dec;20(12):1269-71)が挙げられるが、これらに限定されない。生命情報科学技術に関するさらなる情報については、Current Protocols in Bioinformatics,John Wiley & Sons,Inc.,N.Y.を参照のこと。
本発明はさらに、表1および/または表2に開示される核酸分子の非コードフラグメントを提供する。好ましい非コードフラグメントとしては、プロモーター配列、エンハンサー配列、イントロン配列、5’非翻訳領域(UTR)、3’非翻訳領域、遺伝子調節配列および遺伝子終止配列が挙げられるが、これらに限定されない。このようなフラグメントは、例えば、異種遺伝子の発現を制御することおよび遺伝子調節剤を同定するためにスクリーニングを開発することにおいて有用である。
(SNP検出試薬)
本発明の特定の局面において、表1および/または表2に開示されたSNPおよびその関連転写物配列(配列番号1~51として表1で言及される)、ゲノム配列(配列番号177~622として表2で言及される)およびコンテクスト配列(転写物ベースのコンテクスト配列が、配列番号103~176として表1で言及され、ゲノムベースのコンテクスト配列が、配列番号623~3661として表2で言及される)は、SNP検出試薬の設計のために使用され得る。これらの表で言及される配列は、配列表において提供される。本明細書中で使用される場合、「SNP検出試薬」は、本明細書中に開示される特定の標的SNP位置を特異的に検出し、好ましくは、標的SNP位置の特定のヌクレオチド(対立遺伝子)に対して特異的である(すなわち、検出試薬は、好ましくは、標的SNP位置にある異なる選択的ヌクレオチドを区別し得、これによって標的SNP位置に存在するヌクレオチドの正体を決定することを可能とする)。代表的に、このような検出試薬は、標的SNP含有核酸分子に対して配列特異的様式の相補的な塩基対合によってハイブリダイズし、試験サンプル中において当該分野で公知の形態のような他の核酸配列から標的改変体の配列を区別する。検出試薬の例は、表1および/または表2で言及される一以上のSNPを含有する標的核酸にハイブリダイズするプローブである。好ましい実施形態において、このようなプローブは、同一の標的SNP位置において異なるヌクレオチドを有する他の核酸から標的SNP位置で特定のヌクレオチド(対立遺伝子)を有する核酸を区別し得る。さらに、検出試薬は、SNP位置に対して5’側および/または3’側にある特定の領域にハイブリダイズし得、特に表1および/または表2に提供されるコンテクスト配列(転写物ベースのコンテクスト配列が、配列番号103~176として表1で言及され;ゲノムベースのコンテクスト配列が、配列番号623~3661として表2で言及される)に対応している領域にハイブリダイズし得る。検出試薬の別の例は、標的ポリヌクレオチドの相補鎖に沿うヌクレオチドの伸長の開始点として作用するプライマーである。本明細書中に提供されるSNP配列の情報はまた、本発明の任意のSNPを(例えば、PCRを使用に)増幅するためのプライマー(例えば、対立遺伝子特異的プライマー)を設計するためにも有用である。
本発明の特定の局面において、表1および/または表2に開示されたSNPおよびその関連転写物配列(配列番号1~51として表1で言及される)、ゲノム配列(配列番号177~622として表2で言及される)およびコンテクスト配列(転写物ベースのコンテクスト配列が、配列番号103~176として表1で言及され、ゲノムベースのコンテクスト配列が、配列番号623~3661として表2で言及される)は、SNP検出試薬の設計のために使用され得る。これらの表で言及される配列は、配列表において提供される。本明細書中で使用される場合、「SNP検出試薬」は、本明細書中に開示される特定の標的SNP位置を特異的に検出し、好ましくは、標的SNP位置の特定のヌクレオチド(対立遺伝子)に対して特異的である(すなわち、検出試薬は、好ましくは、標的SNP位置にある異なる選択的ヌクレオチドを区別し得、これによって標的SNP位置に存在するヌクレオチドの正体を決定することを可能とする)。代表的に、このような検出試薬は、標的SNP含有核酸分子に対して配列特異的様式の相補的な塩基対合によってハイブリダイズし、試験サンプル中において当該分野で公知の形態のような他の核酸配列から標的改変体の配列を区別する。検出試薬の例は、表1および/または表2で言及される一以上のSNPを含有する標的核酸にハイブリダイズするプローブである。好ましい実施形態において、このようなプローブは、同一の標的SNP位置において異なるヌクレオチドを有する他の核酸から標的SNP位置で特定のヌクレオチド(対立遺伝子)を有する核酸を区別し得る。さらに、検出試薬は、SNP位置に対して5’側および/または3’側にある特定の領域にハイブリダイズし得、特に表1および/または表2に提供されるコンテクスト配列(転写物ベースのコンテクスト配列が、配列番号103~176として表1で言及され;ゲノムベースのコンテクスト配列が、配列番号623~3661として表2で言及される)に対応している領域にハイブリダイズし得る。検出試薬の別の例は、標的ポリヌクレオチドの相補鎖に沿うヌクレオチドの伸長の開始点として作用するプライマーである。本明細書中に提供されるSNP配列の情報はまた、本発明の任意のSNPを(例えば、PCRを使用に)増幅するためのプライマー(例えば、対立遺伝子特異的プライマー)を設計するためにも有用である。
本発明の一つの好ましい実施形態において、SNP検出試薬は、単離もしくは合成されたDNA、あるいはRNAのポリヌクレオチドプローブはプライマー、またはPNAオリゴマーまたはDNA、RNAおよび/もしくはPNAの組合せであり、表1および/または表2に同定されたSNPを含有する標的核酸分子のセグメントに対してハイブリダイズする。ポリヌクレオチドの形態の検出試薬は必要に応じて、改変塩基アナログ、インターカレート剤、または副溝に結合体を含み得る。プローブのような複数の検出試薬は、SNP検出キットを形成するために、例えば、固体支持体(例えば、アレイもしくはビーズ)に付着させられるか、または溶液中にて供給され得る(例えば、PCR、RT-PCR、TaqManアッセイ、もしくはプライマー伸長反応のような酵素反応のためのプローブ/プライマーセット)。
プローブまたはプライマーは代表的には、精製されたオリゴヌクレオチドまたはPNAオリゴマーである。このようなオリゴヌクレオチドは、代表的に、ストリンジェントな条件下で、標的核酸分子の少なくとも約8個、約10個、約12個、約16個、約18個、約20個、約22個、約25個、約30個、約40個、約50個、約55個、約60個、約65個、約70個、約80個、約90個、約100個、約120個(またはこれらの間のいずれか他の個数)連続するヌクレオチドに対してハイブリダイズする、相補的なヌクレオチド配列の領域を含む。特定のアッセイに依存して、その連続するヌクレオチドは、標的SNP位置を含み得るかあるいは所望されるアッセイを実施するためにSNP位置に十分に近い、5’側および/または3’側の特定の領域含み得るかいずれかである。
他の好ましいプライマー配列およびプローブ配列は、配列表および表1および2に開示される転写物配列(配列番号1~51)、ゲノム配列(配列番号177~622)およびSNPコンテクスト配列(転写物ベースのコンテクスト配列か、配列番号103~176として表1で言及され、ゲノムベースのコンテクスト配列か、配列番号623~3661として表2で言及される)を使用して容易に決定される。これらの表で言及される配列は、配列表において提供される。このようなプライマーおよびプローブが、本発明のSNPの遺伝子型分類のための試薬として直接的に有用であり、任意のキット/システム形態へ組込まれ得ることは、当業者に明らかである。
標的SNP含有配列に特異的なプローブまたはプライマーを作製するために、そのヌクレオチド配列の5’末端または3’末端において開始する、目的のSNP周辺の遺伝子配列/転写物配列および/またはコンテクスト配列が代表的には、コンピューターアルゴリズムを使用して調べられる。次いで代表的なアルゴリズムは、その遺伝子配列/SNPコンテクスト配列に特有であり、このオリゴマーは、ハイブリダイゼーションのために適切な範囲内のGC含量を有し、ハイブリダイゼーションを妨げ得る推定二次構造を有さず、かつ/または所望される他の特性を保有するか、あるいは、所望されない他の特質を欠く、規定された長さのオリゴマーを同定する。
本発明のプライマ-またはプロ-ブは、代表的には、少なくとも約8ヌクレオチド長である。本発明の一実施形態において、プライマ-またはプロ-ブは、少なくとも約10ヌクレオチド長である。好ましい実施形態において、プライマ-またはプロ-ブは、少なくとも約12ヌクレオチド長である。より好ましい実施形態において、プライマ-またはプロ-ブは、少なくとも約16ヌクレオチド長、17ヌクレオチド長、18ヌクレオチド長、19ヌクレオチド長、20ヌクレオチド長、21ヌクレオチド長、22ヌクレオチド長、23ヌクレオチド長、24ヌクレオチド長、または25ヌクレオチド長である。プロ-ブの最大の長さは、使用されるアッセイの型に依存して、標的配列が検出される限りであり得るが、その最大長は、代表的には、約50ヌクレオチド長未満、60ヌクレオチド長未満、65ヌクレオチド長未満、または70ヌクレオチド長未満である。プライマ-の場合には、その最大長は、代表的には、約30ヌクレオチド長未満である。本発明の具体的な好ましい実施形態において、プライマ-またはプロ-ブは、約18ヌクレオチド長~約28ヌクレオチド長の範囲内にある。しかし、他の実施形態(例えば、核酸アレイ、およびプロ-ブが基材に付着する他の実施形態)において、上記プロ-ブは、より長い(例えば、約30~70ヌクレオチド長、75ヌクレオチド長、80ヌクレオチド長、90ヌクレオチド長、100ヌクレオチド長以上)ものであり得る(以下の「SNP検出キットおよびシステム」と題する節を参照のこと)。
SNPを分析するために、選択的SNP対立遺伝子に特異的なオリゴヌクレオチドを使用することが、適切であり得る。標的配列における単一ヌクレオチド変化を検出するそのようなオリゴヌクレオチドは、「対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド」、「対立遺伝子特異的プロ-ブ」または「対立遺伝子特異的プライマ-」のような用語によって呼ばれ得る。多型を分析するための対立遺伝子特異的プロ-ブの設計および使用は、例えば、Mutation Detection A Practical Approach,Cottonら編,Oxford University Press,1998;Saikiら,Nature 324,163~166(1986);Dattagupta,EP235,726;およびSaiki,WO89/11548に記載される。
各々の対立遺伝子特異的プライマ-または対立遺伝子特異的プロ-ブの設計は、変数(例えば、標的核酸分子中のSNP位置に隣接するヌクレオチド配列の正確な組成、ならびにそのプライマ-またはプロ-ブの長さ)に依存するが、プライマ-およびプロ-ブの使用における別の要因は、そのプロ-ブまたはプライマ-と、標的配列との間のハイブリダイゼ-ションが実施される条件のストリンジェンシ-である。より高いストリンジェンシ-条件は、より低いイオン強度の緩衝液および/またはより高い反応温度を利用し、そして安定な二重鎖を形成するためには、プロ-ブ/プライマ-と標的配列との間のより完全な一致を必要とする傾向がある。しかし、そのストリンジェンシ-が高すぎる場合、ハイブリダイゼ-ションは、全く生じないかもしれない。対照的に、より低いストリンジェンシ-条件は、より高いイオン強度の緩衝液および/またはより低い反応温度を利用し、そしてプロ-ブ/プライマ-と標的配列との間のよりミスマッチした塩基による安定な二重鎖の形成を可能にする。例としてであって限定としてではないが、対立遺伝子特異的プロ-ブを使用する高ストリンジェンシ-ハイブリダイゼ-ション条件についての例示的な条件は、以下の通りである:5×標準的生理食塩水リン酸EDTA(SSPE)、0.5% NaDodSO4(SDS)を含む溶液を用いる55℃でのプレハイブリダイゼ-ション;同じ溶液中にある標的核酸分子とともに同じ温度でプロ-ブをインキュベ-トすること、その後、2×SSPEおよび0.1% SDSを含む溶液を用いて55℃または室温で洗浄すること。
中程度のストリンジェンシ-のハイブリダイゼ-ション条件が、例えば、約50mM KClを含む溶液を用いて、約46℃にて、対立遺伝子特異的プライマ-伸長反応のために使用され得る。あるいは、上記反応は、高温(例えば、60℃)にて実行され得る。別の実施形態において、オリゴヌクレオチド連結アッセイ(OLA)反応(この反応において、2つのプロ-ブが、それらが標的配列と完全に相補的な場合に連結される)のために適切な中程度にストリンジェントなハイブリダイゼ-ション条件は、約100mM KClの溶液を、温度46℃にて利用し得る。
ハイブリダイゼ-ションベ-スのアッセイにおいて、ある個体由来の標的DNAのセグメントにハイブリダイズするが、別の個体由来の対応するセグメントには、その2つの個体由来の個々のDNAセグメントにおける異なる多型形態(例えば、選択的SNP対立遺伝子/ヌクレオチド)の存在に起因してハイブリダイズしない、対立遺伝子特異的プロ-ブが、設計され得る。ハイブリダイゼ-ション条件は、対立遺伝子間のハイブリダイゼ-ション強度における検出可能な有意な差異が存在し、好ましくは、本質的には二元の応答が存在し、それによって、プロ-ブが対立遺伝子のうちの一方のみにハイブリダイズするかまたは一方の対立遺伝子に対して有意により強くハイブリダイズするに充分に、ストリンジェントであるべきである。プロ-ブは、SNP部位を含む標的配列にハイブリダイズしてそのSNP部位がそのプロ-ブの配列に沿ったどこかに整列するように設計され得るが、そのプロ-ブは、好ましくは、標的配列のセグメントにハイブリダイズして、そのSNP部位が、そのプロ-ブの中心位置(例えば、そのプロ-ブのいずれかの末端から少なくとも3ヌクレオチド離れているそのプロ-ブ内の位置)と整列するように設計される。このプロ-ブ設計は、一般的には、異なる対立遺伝子形態間でのハイブリダイゼ-ションにおける良好な識別を達成する。
別の実施形態において、プロ-ブまたはプライマ-は、標的DNAのセグメントにハイブリダイズして、そのSNPがそのプロ-ブまたはプライマ-の最も5’側の末端または最も3’側の末端のいずれかと整列するように、設計され得る。オリゴヌクレオチド連結アッセイ(米国特許第4,988,617号)における使用のために特に適切な具体的な好ましい実施形態において、上記プロ-ブの最も3’側のヌクレオチドは、その標的配列中のSNP位置と整列する。
オリゴヌクレオチドプロ-ブおよびオリゴヌクレオチドプライマーは、当該分野で周知の方法によって調製され得る。化学合成方法としては、Narangら、1979、Methods in Enzymology 68:90により記載されるホスホトリエステル法;Brownら、1979,Methods in Enzymology 68:109により記載されるホスホジエステル法;Beaucageら、1981、Tetrahedron Letters 22:1859により記載されるジエチルホスホロアミデ-ト法;および米国特許第4,458,066号に記載される固体支持体法が挙げられるが、これらに限定されない。
対立遺伝子特異的プロ-ブは、しばしば、対の状態で(または、より一般的ではないが、3個または4個の組の状態で(例えば、SNP位置がそれぞれ3個または4個の対立遺伝子を有することが公知である場合、あるいは、標的SNP対立遺伝子の核酸分子の両方の鎖をアッセイするために))使用され、そのような対は、そのSNP位置で対立遺伝子改変体を示す1ヌクレオチドミスマッチ以外は同一であり得る。一般的に、1つの対のうちの一方のメンバ-は、より一般的なSNP対立遺伝子(すなわち、標的集団中においてより頻繁である対立遺伝子)を有する標的配列参照形態と完全に一致し、その対のうちのもう一方のメンバ-は、より一般的ではないSNP対立遺伝子(すなわち、その標的集団において稀な対立遺伝子)を有する標的配列形態と完全に一致する。アレイの場合には、複数のプロ-ブ対が、複数の異なる多型を同時に分析するために同じ支持体上に固定され得る。
ある型のPCRベ-スのアッセイにおいて、対立遺伝子特異的プライマ-は、SNP位置と重複し、そのプライマ-が完全相補性を示す対立遺伝子形態の増幅のみをプライミングする、標的核酸分子上の領域にハイブリダイズする(Gibbs,1989,Nucleic Acid Res.17:2427~2448)。代表的には、それらのプライマ-の最も3’側のヌクレオチドは、その標的核酸分子のSNP位置と整列し、かつそのSNP位置と相補的である。このプライマ-は、遠位部位にてハイブリダイズする第二のプライマ-と整列の結合に使用される。増幅は、これらの2つのプライマ-から進行し、どの対立遺伝子形態が試験サンプル中に存在するかを示す検出可能な産物を生じる。コントロ-ルが、通常、第二のプライマ-対を用いて実施される。この第二のプライマ-対のうちの一方は、その多型部位で一塩基ミスマッチを示し、この第二のプライマ-対のうちのもう一方は、遠位部位に対して完全相補性を示す。この一塩基ミスマッチは、増幅を防止するかまたは増幅効率を実質的に減少させ、その結果、検出可能な産物が形成されないか、または検出可能な産物がより低量もしくはより低速度で形成される。上記の方法は、一般的には、そのミスマッチがそのオリゴヌクレオチドの最も3’側の位置にある(すなわち、そのオリゴヌクレオチドの最も3’側の位置が、標的SNP位置と整列する)場合に、最も効率的に作用する。なぜなら、この位置は、上記プライマ-からの伸長に対して最も不安定であるからである(例えば、WO93/22456参照)。このPCRベ-スアッセイは、下記のTaqManアッセイの一部として利用され得る。
本発明の具体的実施形態において、本発明のプライマ-は、標的SNPを含む核酸分子のセグメントに対して実質的に相補的な配列を含み、但し、そのプライマ-は、そのプライマ-の最も3’側の末端にある3つのヌクレオチド位置のうちの1つにおいてミスマッチヌクレオチドを有し、その結果、そのミスマッチヌクレオチドは、そのSNP部位において特定の対立遺伝子と塩基対形成しない。好ましい実施形態において、上記プライマ-中のミスマッチヌクレオチドは、そのプライマ-の最も3’側の位置にある最後のヌクレオチドから2番目にある。より好ましい実施形態において、上記プライマ-中のミスマッチヌクレオチドは、そのプライマ-の最も3’側の位置にある最後のヌクレオチドである。
本発明の別の実施形態において、本発明のSNP検出試薬は、検出可能なシグナルを発する蛍光発生レポ-タ-色素で標識される。好ましいレポ-タ-色素は、蛍光色素であるが、検出試薬(例えば、オリゴヌクレオチドまたはプライマ-)に結合され得る任意のレポ-タ-色素が、本発明における使用のために適切である。そのような色素としては、アクリジン、AMCA,BODIPY、カスケ-ドブル-、Cy2、Cy3、Cy5、Cy7、ダブシル、エダンス、エオシン、エリスロシン、フルオレセイン、6-Fam、Tet、Joe、Hex、オレゴングリ-ン、ロ-ダミン、Rhodol Green、Tamra、Rox、およびテキサスレッドが挙げられるが、これらに限定されない。
本発明のなお別の実施形態において、その検出試薬は、特に、その試薬が自己クエンチングプロ-ブ(例えば、TaqMan)(米国特許第5,210,015号および同第5,538,848号)または分子ビ-コンプロ-ブ(米国特許第5,118,801号および同第5,312,728号)または他のステムレスプロ-ブもしくは直鎖状ビ-コンプロ-ブ(Livakら、1995、PCR Method Appl.4:357~362;Tyagiら、1996、Nature Biotechnology 14:303~308;Nazarenkoら、1997、Nucl.Acids Res.25:2516~2521;米国特許第5,866,336号および同第6,117,635号)として使用される場合に、クエンチャ-色素(例えば、Tamra)でさらに標識され得る。
本発明の検出試薬はまた、他の標識(ストレプトアビジン結合のためのビオチン、抗体結合のためのハプテン、および別の相補的オリゴヌクレオチド(例えば、ジップコ-ドの対)に結合するためのオリゴヌクレオチドが挙げられるが、これらに限定されない)を含み得る。
本発明はまた、本明細書中で同定されたSNPヌクレオチドを含まない(またはそのSNPヌクレオチドと相補的である)が、本明細書中に開示される1つ以上のSNPをアッセイするために使用される、試薬も企図する。例えば、本明細書中に提供される標的SNP位置に隣接はするが直接的にはハイブリダイズしないプライマ-が、それらのプライマ-が、その標的SNP位置と近接する(すなわち、その標的SNP部位から1ヌクレオチド以上以内にある)領域にハイブリダイズプライマ-伸長反応において、有用である。そのプライマ-伸長反応の間に、プライマ-は、代表的には、特定のヌクレオチド(対立遺伝子)が標的SNP部位に存在する場合にはその標的SNP部位を過ぎては伸長できず、そのプライマ-伸長産物は、SNP対立遺伝子がどの標的SNP部位に存在するかを決定するために検出され得る。例えば、特定のddNTPが、一旦ddNTPが上記伸長産物(その最も3’側の末端にddNTPを含み、そのddNTPが本明細書中に開示されるSNPのヌクレオチドである、プライマ-伸長産物は、本発明により特に企図される組成物である)に組み込まれるとプライマ-伸長を終結させるために、上記プライマ-伸長反応において使用される。従って、SNP部位に近接する領域中の核酸分子に結合し、SNP部位のアッセイのために使用される試薬は、結合した配列はそのSNP部位自体を必ずしも含まないけれども、これもまた本発明によって企図される。
(SNP検出キットおよびSNP検出システム)
当業者は、本明細書中に開示されるSNPおよび関連する配列情報に基づいて、検出試薬が、本発明の任意のSNPを個別にかまたは組み合わせてアッセイするために開発および使用され得、そのような検出試薬は、当該分野で周知である確立されたキット形態またはシステム形態のうちの1つに容易に組み込まれ得ることを、認識する。用語「キット」および「システム」とは、本明細書中でSNP検出試薬の文脈で使用される場合、複数のSNP検出試薬の組み合わせ、または1つ以上の他の型のエレメントまたは構成要素(例えば、他の型の生化学試薬、容器、パッケ-ジ(例えば、市販用に意図されるパッケ-ジング)、SNP検出試薬が結合している基材、電子ワ-ドウェア構成要素など)と組み合わせた1種以上のSNP検出試薬のようなものを指す。従って、本発明は、SNP検出キットおよびSNP検出システム(パッケ-ジされたプロ-ブとプライマ-との組(例えば、TaqManプロ-ブ/プライマ-の組)、核酸分子のアレイ/マイクロアレイ、および本発明の1種以上のSNPを検出するための1種以上のプロ-ブ、プライマ-、または他の検出試薬を含むビ-ズが挙げられるが、これらに限定されない)をさらに提供する。上記キット/システムは、種々の電子ハ-ドウェア構成要素を必要に応じて含み得る。例えば、種々の製造業者により提供されるアレイ(「DNAチップ」)および微小流体システム(「ラブ・オン・ア・チップ(lab-on-a-chip)」システム)は、代表的には、ハ-ドウェア構成要素を含む。上記キット/システム(例えば、プロ-ブ/プライマ-の組)は、電子ハ-ドウェア構成要素を含まないかもしれないが、例えば、1つ以上の容器中にパッケ-ジングされた1種以上のSNP検出試薬を(必要に応じて、他の生化学試薬とともに)含み得る。
当業者は、本明細書中に開示されるSNPおよび関連する配列情報に基づいて、検出試薬が、本発明の任意のSNPを個別にかまたは組み合わせてアッセイするために開発および使用され得、そのような検出試薬は、当該分野で周知である確立されたキット形態またはシステム形態のうちの1つに容易に組み込まれ得ることを、認識する。用語「キット」および「システム」とは、本明細書中でSNP検出試薬の文脈で使用される場合、複数のSNP検出試薬の組み合わせ、または1つ以上の他の型のエレメントまたは構成要素(例えば、他の型の生化学試薬、容器、パッケ-ジ(例えば、市販用に意図されるパッケ-ジング)、SNP検出試薬が結合している基材、電子ワ-ドウェア構成要素など)と組み合わせた1種以上のSNP検出試薬のようなものを指す。従って、本発明は、SNP検出キットおよびSNP検出システム(パッケ-ジされたプロ-ブとプライマ-との組(例えば、TaqManプロ-ブ/プライマ-の組)、核酸分子のアレイ/マイクロアレイ、および本発明の1種以上のSNPを検出するための1種以上のプロ-ブ、プライマ-、または他の検出試薬を含むビ-ズが挙げられるが、これらに限定されない)をさらに提供する。上記キット/システムは、種々の電子ハ-ドウェア構成要素を必要に応じて含み得る。例えば、種々の製造業者により提供されるアレイ(「DNAチップ」)および微小流体システム(「ラブ・オン・ア・チップ(lab-on-a-chip)」システム)は、代表的には、ハ-ドウェア構成要素を含む。上記キット/システム(例えば、プロ-ブ/プライマ-の組)は、電子ハ-ドウェア構成要素を含まないかもしれないが、例えば、1つ以上の容器中にパッケ-ジングされた1種以上のSNP検出試薬を(必要に応じて、他の生化学試薬とともに)含み得る。
いくつかの実施形態において、SNP検出キットは、代表的には、1種以上の検出試薬と、アッセイまたは反応(例えば、SNP含有核酸分子の増幅および/または検出)を実行するための必要な他の構成要素(例えば、緩衝液、酵素(例えば、DNAポリメラ-ゼもしくはリガ-ゼ)、鎖伸長ヌクレオチド(例えば、デオキシヌクレオチド三リン酸)、Sanger型DNA配列決定反応の場合には鎖終結ヌクレオチド、ポジティブコントロ-ル配列、ネガティブコントロ-ル配列など)を含む。キットは、標的核酸の量を決定するための手段、およびその量を標準物と比較するための手段をさらに含み得る。キットは、そのキットを使用して目的のSNP含有核酸分子を検出するための指示書を含み得る。本発明の一実施形態において、1種以上のアッセイを実行して本明細書中に開示される1種以上のSNPを検出するための必要試薬を含むキットが、提供される。本発明の好ましい実施形態において、SNP検出キット/システムは、核酸アレイの形態、または区画分けされたキット(微小流体システム/ラブ・オン・ア・チップ(lab-on-a-chip)システムを含む)の形態である。
本発明の例示的なキットは、本明細書で開示されるSNPを検出するSNP検出試薬を含む容器を含み得、上記容器は、必要に応じて、パッケージ(例えば、商業販売のためのボックス)中に封入され得、上記パッケージは、以下のもののうちのいずれかもしくはすべてを含む他の容器をさらに含み得る:酵素(例えば、ポリメラーゼもしくはリガーゼ(これらのうちのいずれかは、熱安定性であり得る))、dNTPおよび/もしくはddNTP(これらは、必要に応じて、検出可能に標識され得(例えば、蛍光標識もしくは質量タグで)、そして、このような標識は、これらのdNTPおよび/もしくはddNTPの各々が、上記標識の検出によって互いから区別され得るように、およびこれらのdNTPおよび/もしくはddNTPのうちのいずれかが、必要に応じて、同じ容器の中にもしくは各々別個の容器の中に保存され得るように、必要に応じて、上記dATP、dCTP、dGTP、dTTP、ddATP、ddCTP、ddGTP、および/もしくはddTTPのうちのいずれかの間で異なり得る)、バッファ、コントロール(例えば、陽性コントロールの核酸、もしくは陰性コントロール)、試験サンプルから核酸を抽出するための試薬(複数可)、および上記キットを使用するための指示(例えば、特定の対立遺伝子もしくは遺伝子型の存在もしくは非存在と、疾患(例えば、CVD)の増大したもしくは低下した危険性とを、またはスタチンのような薬物へ応答する増大したもしくは低下した可能性とを相関させるための指示)。上記SNP検出試薬は、例えば、少なくとも1個のプライマーおよび/もしくはプローブを含み得、これらのうちのいずれかは、必要に応じて、対立遺伝子特異的であり得、これらのうちのいずれかは、必要に応じて、検出可能に標識され得る(例えば、蛍光標識で)。
SNP検出キット/システムは、例えば、各標的SNP位置またはその付近にある拡散分子にハイブリダイズする1つ以上のプロ-ブまたはプロ-ブ対を含み得る。複数の対立遺伝子特異的プロ-ブ対が、多数のSNPを同時にアッセイするためにこのキット/システム中に含まれ得る。上記多数のSNPのうちの少なくとも1つは、本発明のSNPである。いくつかのキット/システムにおいて、上記対立遺伝子特異的プロ-ブは、基材(例えば、アレイまたはビ-ズ)に固定される。例えば、同じ基材は、表1および/または表2に示されるSNPのうちの少なくとも1個、10個、100個、1000個、10,000個、100,000個(もしくはこれらの間の他の任意の個数)または実質的にすべてを検出するための、対立遺伝子特異的プロ-ブを含み得る。
用語「アレイ」、「マイクロアレイ」、および「DNAチップ」とは、基材(例えば、ガラス、プラスチック、紙、ナイロン、または他の型の膜、フィルタ-、チップ、もしくは他の適切な固体支持体)に付着された、別個のポリヌクレオチド群を指すために本明細書中で互換可能に使用される。上記ポリヌクレオチドは、上記基材上で直接合成され得るか、または上記基材とは別個に合成された後で上記基材に付着される。一実施形態において、上記マイクロアレイは、米国特許第5,837,832号、CheeらのPCT出願WO95/11995(Cheeら)、Lockhart,D.J.ら(1996;Nat.Biotech.14:1675~1680)およびSchena,M.ら(1996;Proc.Natl.Acad.Sci.93:10614~10619)(これらすべては、その全体が参考として本明細書中に援用される)に記載される方法に従って、調製されそして使用される。他の実施形態において、このようなアレイは、Brownら、米国特許第5,807,522号により記載される方法により生成される。
核酸アレイは、以下の参考文献中に概説されている:Zammatteoら「New chips for molecular biology and diagnostics」Biotechnol Annu Rev.2002;8:85~101;Sosnowskiら「Active microelectronic array system for DNA hybridization,genotyping and pharmacogenomic applications」Psychiatr Genet.2002 Dec;12(4):181~92;Heller「DNA microarray technology:devices,systems,and applications」Annu Rev Biomed Eng.2002;4:129~53、Epub 2002 Mar 22;Kolchinskyら「Analysis of SNPs and other genomic variations using gel-based chips」Hum Mutat.2002 Apr;19(4):343~60;およびMcGallら「High-density genechip oligonucleotide probe arrays」Adv Biochem Eng Biotechnol.2002;77:21~42。
多数のプロ-ブ(例えば、対立遺伝子特異的プロ-ブ)が、アレイにおいて実施され得、各プロ-ブまたはプロ-ブ対は、異なるSNP位置にハイブリダイズし得る。ポリヌクレオチドプロ-ブの場合、これらのプロ-ブは、光指向性化学プロセスを使用して、基材上の指定領域で合成され得る(かまたは、別個に合成され得、その後、指定領域に付着され得る)。各DNAチップは、格子様パタ-ンで整列され(例えば、10セント銀貨の大きさまで)小型化された、例えば、数千~数億個の個々の合成ポリヌクレオチドプロ-ブを含み得る。好ましくは、プロ-ブは、順序立ったアドレス指定可能なアレイ状に固体支持体に付着される。
マイクロアレイは、固体支持体に付着した多数の独特の一本鎖ポリヌクレオチド(通常は、合成アンチセンスポリヌクレオチドまたはcDNAフラグメントのいずれか)から構成され得る。代表的なポリヌクレオチドは、好ましくは、約6~60ヌクレオチド長、より好ましくは約15~30ヌクレオチド長、最も好ましくは約18~25ヌクレオチド長である。特定の型のマイクロアレイまたは他の検出キット/システムについて、ほんの約7~20ヌクレオチド長であるオリゴヌクレオチドを使用することが、好ましくあり得る。他の型のアレイ(例えば、化学発光検出技術と組み合わせて使用されるアレイ)において、好ましいプロ-ブの長さは、例えば、約15~80ヌクレオチド長、好ましくは約50~70ヌクレオチド長、より好ましくは約55~65ヌクレオチド長、最も好ましくは約60ヌクレオチドであり得る。このマイクロアレイまたは検出キットは、遺伝子/転写物または標的SNP部位の既知の5’配列または3’配列を網羅するポリヌクレオチド;遺伝子/転写物の全長配列を網羅する連続するポリヌクレオチド;または標的遺伝子/転写物配列の長さに沿った特定の領域(特に、表・および/または表2に開示される1つ以上のSNPに対応する領域)から選択される独特のポリヌクレオチドを含み得る。上記マイクロアレイまたは検出キットにおいて使用されるポリヌクレオチドは、目的のSNPに対して特異的(例えば、標的SNP部位の特定のSNP対立遺伝子に対して特異的、または複数の異なるSNP部位にある特定のSNP対立遺伝子に対して特異的)であり得るか、あるいは目的の多型遺伝子/転写物に対して特異的であり得る。
ポリヌクレオチドアレイに基づくハイブリダイゼ-ションアッセイは、完全一致標的配列改変体およびミスマッチ標的配列改変体に対する、上記プロ-ブのハイブリダイゼ-ション安定性の差異に依存する。SNP遺伝子型決定のために、ハイブリダイゼ-ションアッセイにおいて使用されるストリンジェンシ-条件は、1SNP位置程度にしか互いと異ならない核酸分子が区別され得るのに充分に高いことが、一般的には好ましい(例えば、代表的SNPハイブリダイゼ-ションアッセイが、1つの特定のヌクレオチドがSNP位置に存在する場合にハイブリダイゼ-ションが生じるが、代替的ヌクレオチドがそのSNP位置に存在する場合にはハイブリダイゼ-ションは生じないように、設計される)。そのような高いストリンジェンシ-の条件は、例えば、SNP検出のために対立遺伝子特異的プロ-ブの核酸アレイを使用する場合に、好ましくあり得る。そのような高いストリンジェンシ-の条件は、先の節において記載されており、当業者にとって周知であり、そして例えば、Current Protocols in Molecular Biology,John Wiley & Sons,N.Y.(1989)6.3.1~6.3.6において見出され得る。
他の実施形態において、上記アレイは、化学発光検出技術と組み合わせて使用される。以下の特許および特許出願(これらはすべて、本明細書により参考として援用される)は、化学発光検出に関するさらなる情報を提供する:米国特許出願10/620332および同10/620333は、マイクロアレイ検出のための化学発光アプロ-チを記載し、米国特許第6124478号、同第6107024号、同第5994073号、同第5981768号、同第5871938号、同第5843681号、同第5800999号、および同第5773628号は、化学発光検出を実施するためのジオキセタンの方法および組成物を記載し;公開された米国出願US2002/0110828は、マイクロアレイコントロ-ルのための方法および組成物を開示する。
本発明の一実施形態において、核酸アレイは、約15~25ヌクレオチド長のプロ-ブのアレイを含み得る。さらなる実施形態において、核酸アレイは、多数のプロ-ブを含み得、ここで、少なくとも1つのプロ-ブは、表1および/もしくは表2において開示される1つ以上のSNPを検出可能であり、かつ/または少なくとも1つのプロ-ブは、表1、表2、配列表、およびそれらの相補的な配列に開示される配列からなる群より選択される配列のうちの1つのフラグメントを含み、そのフラグメントは、少なくとも約8個連続するヌクレオチド(好ましくは、10個、12個、15個、16個、18個、20個、より好ましくは22個、25個、30個、40個、47個、50個、55個、60個、65個、70個、80個、90個、100個(またはこれらの間の他の任意の個数)以上連続するヌクレオチドを含み、かつ表1および/または表2において開示される新規なSNP対立遺伝子を含む。いくつかの実施形態において、上記SNP部位に対して相補的なヌクレオチドは、上記プロ-ブの中心から5ヌクレオチド内、4ヌクレオチド内、3ヌクレオチド内、2ヌクレオチド内、または1ヌクレオチド内、より好ましくは上記プロ-ブの中心にある。
ポリヌクレオチドプロ-ブは、PCT出願WO95/251116(Baldeschweilerら)(これは、本明細書中にその全体が参考として援用される)に記載されるように、化学カップリング手順およびインクジェット適用装置を使用することによって、基材表面上で合成され得る。別の局面において、ドット(またはスロット)ブロットと類似する「格子状」アレイが、真空系、熱的結合手順、UV結合手順、機械的結合手順、または化学結合手順を使用して、基材表面にcDNAフラグメントまたはオリゴヌクレオチドを整列させて結合するために使用され得る。アレイ(例えば、上記のアレイ)は、手によってか、あるいは利用可能なデバイス(スロットブロット装置またはドットブロット装置)、材料(適切な任意の固体支持体)、および機器(ロボット機器を含む)を使用することによって、生成され得、そして8個、24個、96個、384個、1535個、6144個以上のポリヌクレオチド、または市販の機器の効率的使用のために適する他の任意の数のポリヌクレオチドを含み得る。
そのようなアレイまたは他のキット/システムを使用して、本発明は、試験サンプル中にある本明細書中に開示されるSNPを同定するための方法を提供する。そのような方法は、代表的には、試験核酸サンプルを、本発明の少なくとも1つのSNP位置に対応する1つ以上のプロ-ブを含むアレイとともにインキュベ-トする工程、ならびに上記試験サンプル由来の核酸と上記プロ-ブのうちの1つ以上との結合についてアッセイする工程を包含する。SNP検出試薬(またはそのような1種以上のSNP検出試薬を使用する、キット/システム)を、インキュベ-ション条件は、上記アッセイにおいて使用される形式、使用される検出方法、ならびに上記アッセイにおいて使用される検出試薬の型および性質に依存する。当業者は、市販のハイブリダイゼ-ション形式、増幅形式、およびアレイアッセイ形式のうちのいずれか1つが、本明細書中に開示されるSNPを検出するために容易に適合され得ることを、認識する。
本発明のSNP検出キット/システムは、SNP含有核酸分子の後の増幅および/または検出のために、試験サンプルから核酸を調製するために使用される構成要素を含み得る。そのようなサンプル調製構成要素は、任意の体液(例えば、血液、血清、血漿、尿、唾液、粘液質、胃液、精液、涙、汗など)、皮膚、毛髪、細胞(特に、有核細胞)(例えば、(例えば、口腔スワブによって得られるような)口腔細胞)、生検、または組織標本からの、核酸抽出物(DNAおよび/またはRNAを含む)、タンパク質抽出物もしくは膜抽出物を生成するために使用され得る。上記の方法において使用される試験サンプルは、上記アッセイ形式、上記検出方法の性質、およびアッセイされるべき試験サンプルとして使用される具体的な組織、細胞、または抽出物に基づいて、変化する。核酸抽出物、タンパク質抽出物、および細胞抽出物を調製する方法は、当該分野で周知であり、利用されるシステムと適合するサンプルを得るために容易に適合され得る。試験サンプルから核酸を抽出するための自動サンプル調製システムは、市販されており、その例は、QiagenのBioRobot 9600、Applied BiosystemsのPRISMTM 6700サンプル調製システム、およびRoche Molecular SystemsのCOBAS AmpliPrep Systemである。
本発明により企図される別の形態のキットは、区画分けされたキットである。区画分けされたキットは、試薬が別個の容器中に含まれる任意のキットを包含する。そのような容器としては、例えば、小さいガラス容器、プラスチック容器、プラスチック片、ガラス片、または紙片、またはアレイ形成材料(例えば、シリカ)が挙げられる。そのような容器によって、試験サンプルおよび試薬が相互混入しないようにある区画から別の区画へと試薬を効率的に移動することが可能であるか、またはある区画からそのキット中に含まれない別の容器に移動することが可能であり、各容器の薬剤または溶液は、ある区画から別の区画または別の容器へと、定量的様式で添加され得る。そのような容器としては、例えば、試験サンプルを受容する1つ以上の容器、本発明の1つ以上のSNPを検出するための少なくとも1つのプロ-ブまたは他のSNP検出試薬を含む1つ以上の容器、洗浄試薬(例えば、リン酸緩衝化生理食塩水、Tris緩衝液など)を含む1つ以上の容器、および結合したプロ-ブまたは他のSNP検出試薬の存在を明らかにするために使用される試薬を含む1つ以上の容器が、挙げられ得る。上記キットは、例えば、核酸増幅反応または他の酵素反応(例えば、プライマ-伸長反応)、ハイブリダイゼ-ション、ライゲ-ション、電気泳動(好ましくは、キャピラリ-電気泳動)、質量分析法、および/またはレ-ザ-誘導蛍光検出のための、区画および/もしくは試薬を必要に応じてさらに含み得る。上記キットはまた、そのキットを使用するための指示書を備え得る。例示的な区画分けされたキットとしては、当該分野で公知の微小流体デバイス(例えば、Weiglら「Lab-on-a-chip for drug development」Adv Drug Deliv Rev.2003 Feb;55(3):349~77参照)が挙げられる。そのような微小流体デバイスにおいて、上記容器は、例えば、微小流体「容器」、微小流体「チャンバ」、または微小流体「チャネル」と呼ばれ得る。
マイクロ流体デバイスは、「ラボオンチップ(lab-on-a-chip)」系とも称され得、生物医学的なマイクロ電気機械系(bioMEM)または多構成の集積系は、SNPを分析するための本発明の典型的なキット/系である。このような系は、単一の機能性デバイスにおいてプローブ/標的ハイブリダイゼーション、核酸増幅、およびキャピラリー電気泳動法の反応のような過程を縮小化および分画化する。このようなマイクロ流体デバイスは代表的に、系の少なくとも一つの局面において検出試薬を利用し、そしてこのような検出試薬は使用され、本発明の一以上のSNPを検出し得る。マイクロ流体系の一つの例は、米国特許第5,589,136号に開示され、この開示はチップにおいてPCR増幅の統合およびキャピラリー電気泳動が記載される。典型的なマイクロ流体系は、マイクロチップ上に含まれるガラス、シリコン、石英、またはプラスチックのウエハ上に設計されるマイクロチャネルのパターンを含む。サンプルの移動は、電気、電気浸透性、または流体静力学の力によって制御され得、この力は、機能的顕微鏡バルブおよび可動部分を伴わないポンプを作成するためにマイクロチップの異なる範囲にわたって適用される。電圧の変化は、マイクロ機械加工チャンネル間の交点で液体の流動を制御する方法およびマイクロチップの異なるセクションにわたりポンプ注入するための液体流量を変化させるための方法として使用され得る。例えば、米国特許第6,153,073号(Dubrowら)および同第6,156,181号(Parceら)を参照のこと。
SNPの遺伝子型を特定するために、典型的なマイクロ流動系は、例えば、核酸増幅、プライマー伸長、キャピラリー電気泳動、およびレーザー光誘導蛍光検出のような検出方法を統合し得る。このような典型的な系を使用するための典型的なプロセスの最初の工程において、核酸サンプルは、好ましくはPCRによって増幅される。次いで、増幅産物は、ddNTP(各ddNTPに対して特異的な蛍光)および適切なオリゴヌクレオチドプライマーを使用する自動プライマー伸長反応に供され標的SNPのちょうど上流にハイブリダイズするプライマー伸長反応を実施する。3’末端において伸長が一旦完了すると、このプライマーは、キャピラリー電気泳動によって組込まれていない蛍光ddNTPから分離される。キャピラリー電気泳動に使用される分離培地は、例えば、ポリアクリルアミド、ポリエチレングリコールまたはデキストランであり得る。単一のヌクレオチドプライマーの伸長産物中に組込まれたddNTPは、レーザー光誘導蛍光検出によって同定される。このような典型的なマイクロチップが、使用され例えば、少なくとも96サンプル~384サンプル、またはそれ以上が同時に処理され得る。
(核酸分子の使用)
本発明の核酸分子は、特に、個体が、スタチン処置から、上記スタチン処置に応答して彼らのCVD(特に、CHD(例えば、MI))の危険性を低下させることによって利益を得るかどうかを予測するための、ならびにCVD(特に、CHD(例えば、MI))の診断、予後、処置、および予防のための、種々の用途を有する。例えば、本発明の核酸分子は、現在もしくは以前に、CVDを有するもしくは有したことがある個体(例えば、MIを以前に有したことがある個体)、またはCVDを発症する危険性が増大した個体(例えば、MIをまだ有したことはないが、将来MIを有する危険性が増大している個体)の(例えば、最初のもしくは再発性のCVD(例えば、MI)を将来発症する彼らの危険性を低下させることによって)スタチンでのCVDの処置(もしくは予防)に応答する可能性を決定する、上記個体が、上記スタチン処置から毒性もしくは他の望ましくない副作用を経験する可能性を予測する、およびCVDを発症する個体の危険性(特に、CHD(例えば、MI)の危険性)を予測するなどのために有用である。例えば、上記核酸分子は、ハイブリダイゼーションプローブとして(例えば、メッセンジャーRNA、転写物、cDNA、ゲノムDNA、増幅されたDNAもしくは他の核酸分子においてSNPを遺伝子型特定するために、および表1に開示される改変体ペプチドをコードする全長cDNAおよびゲノムクローン、ならびにそれらのオルソログを単離するために)有用である。
本発明の核酸分子は、特に、個体が、スタチン処置から、上記スタチン処置に応答して彼らのCVD(特に、CHD(例えば、MI))の危険性を低下させることによって利益を得るかどうかを予測するための、ならびにCVD(特に、CHD(例えば、MI))の診断、予後、処置、および予防のための、種々の用途を有する。例えば、本発明の核酸分子は、現在もしくは以前に、CVDを有するもしくは有したことがある個体(例えば、MIを以前に有したことがある個体)、またはCVDを発症する危険性が増大した個体(例えば、MIをまだ有したことはないが、将来MIを有する危険性が増大している個体)の(例えば、最初のもしくは再発性のCVD(例えば、MI)を将来発症する彼らの危険性を低下させることによって)スタチンでのCVDの処置(もしくは予防)に応答する可能性を決定する、上記個体が、上記スタチン処置から毒性もしくは他の望ましくない副作用を経験する可能性を予測する、およびCVDを発症する個体の危険性(特に、CHD(例えば、MI)の危険性)を予測するなどのために有用である。例えば、上記核酸分子は、ハイブリダイゼーションプローブとして(例えば、メッセンジャーRNA、転写物、cDNA、ゲノムDNA、増幅されたDNAもしくは他の核酸分子においてSNPを遺伝子型特定するために、および表1に開示される改変体ペプチドをコードする全長cDNAおよびゲノムクローン、ならびにそれらのオルソログを単離するために)有用である。
プローブは、表1および/または表2で言及される核酸分子の全長に沿って任意のヌクレオチド配列にハイブリダイズし得る。好ましくは本発明のプローブは、表1および/または表2に示されるSNP位置を含む標的配列の領域にハイブリダイズする。より好ましくは、プローブは、配列特異的様式でSNP含有標的配列にハイブリダイズし、その結果、標的配列を、どのヌクレオチドがSNP部位に存在するかによって標的配列と異なる他のヌクレオチド配列とを識別する。このようなプローブは、試験サンプル中のSNP含有核酸の存在を検出するために、またはどのヌクレオチド(対立遺伝子)が、特定のSNP部位に存在するかを決定する(すなわち、SNP部位の遺伝子型決定)ために特に有用である。
核酸のハイブリダイゼーションプローブは、核酸発現の存在、レベル、形態、および/または分布を決定するために使用され得る。レベルが決定される核酸は、DNAまたはRNAであり得る。従って、本明細書中に記載されるSNPに特異的なプローブが、使用され所定の細胞、組織、または生物において存在、発現および/または遺伝子のコピー数を調べ得る。これらの用途は、正常レベルに対する遺伝子発現の増加または減少に関与する障害の診断に関連する。mRNA検出のためのインビトロ技術としては、例えば、ノーザンブロットハイブリダイゼーションおよびインサイチュハイブリダイゼーションが挙げられる。DNAを検出するためのインビトロ技術としては、サザンブロットハイブリダイゼーションおよびインサイチュハイブリダイゼーションが挙げられる(SambrookおよびRussell、2000、Molecular Cloning:A Laboratory Manual、Cold Spring Harbor Press,NY)。
プローブは、例えば、被験体に由来する細胞のサンプルにおいて改変体タンパク質コード核酸(例えば、mRNA)のレベルを測定することのよって、またはポリヌクレオチドが、目的のSNPを含有するか否かを決定することによって、改変体タンパク質が発現される細胞または組織を同定するための診断試験キットの一部として使用され得る。
従って、本発明の核酸分子は、本明細書で開示されるSNPを検出し、それによって、個体がCVD(特に、CHD(例えば、MI))の危険性を低下させるためのスタチン処置に陽性に応答する可能性、または上記多型(複数可)を有する個体が、CVDを発症する危険性にある(もしくは既に初期段階のCVDを発症した)かどうかを決定するための、ハイブリダイゼーションプローブとして使用され得る。疾患表現型と関連するSNPの検出は、活動性の疾患および/もしくは上記疾患に対する遺伝的素因のための診断ツールを提供する。
さらに、従って、本発明の核酸分子は、本明細書において開示されるSNPを含む遺伝子(遺伝子情報は、例えば、表2に開示される)、および/またはそのような遺伝子の産物、例えば、発現したmRNA転写物分子(転写物情報は、例えば、表1に開示される)を検出するために有用であり、従って、遺伝子の発現を検出するために有用である。核酸分子は場合により、遺伝子発現の検出において使用するために、例えば、アレイまたはキットのフォーマットで実装され得る。
本発明の核酸分子はまた、核酸分子の任意の所定領域、特に表1および/または表2に同定されるSNP含有領域を増幅するためのプライマーとしても有用である。
本発明の核酸分子はまた、組換えベクターを構築するためにも有用である(以下により詳細に記載される)。このようなベクターとしては、表1で言及される任意の改変体ペプチド配列の一部または全体を発現する発現ベクターが挙げられる。ベクターはまた、例えば細胞のゲノムのような別の核酸分子配列へ組み込むために使用され、遺伝子および/または遺伝子産物のインサイチュでの発現を変化させる、挿入ベクターも含む。例えば、内因性のコード配列は、相同組換えを介して、一以上の特異的に導入されたSNPを含有するコード領域の全体または一部分と置換され得る。
本発明の核酸分子はまた、改変体タンパク質の抗原部分、特に、表1および/または表2に開示されるSNPによって生じる改変体アミノ酸配列(例えば、アミノ酸置換)を含む抗原部分を発現するのにも有用である。
本発明の核酸分子はまた、本発明の核酸分子の遺伝子調節領域を含むベクターを構築するのにも有用である。
本発明の核酸分子はまた、本明細書中に記載されるSNP含有核酸分子に由来する発現されたmRNA分子の全体または一部分に対応するリボザイムを設計するのにも有用である。
本発明の核酸分子はまた核酸分子および改変体ペプチドの一部分または全体を発現する宿主細胞を構築するのにも有用である。
本発明の核酸分子はまた、核酸分子および改変体ペプチドの全体または一部分を発現するトランスジェニック動物を構築するためにも有用である。表1および/または表2に開示されるSNPを含有する核酸分子を有する組換え細胞およびトランスジェニック動物の産生は、例えば、処置化合物および投薬レジメンの効果的な臨床設計を可能とする。
本発明の核酸分子はまた、例えば、核酸の発現を調節する化合物を同定するための薬物スクリーニングのアッセイにおいても有用である。
本発明の核酸分子はまた、細胞が異常な遺伝子発現をしている患者の遺伝子治療においても有用である。従って、エキソビボで操作されそして患者に戻された患者の細胞を含む組換え細胞は、個体へ導入され、ここで組換え細胞は、所望されるタンパク質を産生し個体を処置する。
(SNPを遺伝子型特定する方法)
対立遺伝子のいずれかかもしくは両方に関して、どのヌクレオチド(複数可)が、1種以上のSNP位置(例えば、表1および/もしくは表2に開示されるSNP位置)の各々に存在するかを決定するプロセスは、SNPを遺伝子型特定する、SNPの「正体」を決定する、SNPの「含有量」を決定する、もしくはどのヌクレオチド(複数可)/対立遺伝子(複数可)が、あるSNP位置に存在するかを決定する、のような語句によって言及され得る。従って、これらの用語は、SNP位置において単一の対立遺伝子(ヌクレオチド)を検出することを指し得るか、またはSNP位置において両方の対立遺伝子(ヌクレオチド)を検出することを包含し得る(例えば、SNP位置におけるホモ接合性もしくはヘテロ接合性の状態を決定するために)。さらに、これらの用語はまた、SNPによってコードされるアミノ酸残基(例えば、ミスセンスSNP位置において代替のヌクレオチドによって作られる異なるコドンによってコードされる代替のアミノ酸残基のような)を検出することを指す。
対立遺伝子のいずれかかもしくは両方に関して、どのヌクレオチド(複数可)が、1種以上のSNP位置(例えば、表1および/もしくは表2に開示されるSNP位置)の各々に存在するかを決定するプロセスは、SNPを遺伝子型特定する、SNPの「正体」を決定する、SNPの「含有量」を決定する、もしくはどのヌクレオチド(複数可)/対立遺伝子(複数可)が、あるSNP位置に存在するかを決定する、のような語句によって言及され得る。従って、これらの用語は、SNP位置において単一の対立遺伝子(ヌクレオチド)を検出することを指し得るか、またはSNP位置において両方の対立遺伝子(ヌクレオチド)を検出することを包含し得る(例えば、SNP位置におけるホモ接合性もしくはヘテロ接合性の状態を決定するために)。さらに、これらの用語はまた、SNPによってコードされるアミノ酸残基(例えば、ミスセンスSNP位置において代替のヌクレオチドによって作られる異なるコドンによってコードされる代替のアミノ酸残基のような)を検出することを指す。
本発明は、例えば、CVDを発症する増大した感受性(例えば、CHD(例えば、MI)の増大した危険性および/もしくはCVDの危険性を減少させるためのスタチン処置から利益を受ける増大した可能性を有する個体に基づいて、個体の予防的もしくは処置レジメンを実施することにおいて、スタチン処置(特に、CVDを処置もしくは予防するための)へ応答する個体の可能性を評価することにおいて、処置もしくは予防的レジメンを選択することにおいて(例えば、スタチン処置を、CVDを有するか、または将来CVD(例えば、MI)を発症する危険性が増大している個体に施すか否かを決定することにおいて)、あるいは処方するまたは特定のスタチンベースの処置レジメンもしくは予防的レジメン(例えば、スタチン処置の施行の投与量および/もしくは頻度)を選択するまたはどの形態/タイプスタチンが投与されるべきか(例えば、特定の薬学的組成物もしくは化合物など)を選択することにおいて、スタチン処置から毒性もしくは他の望ましくない副作用を経験する可能性を決定することにおいて、あるいはスタチンの臨床試験のために個体を選択する(例えば、上記スタチン処置から陽性に応答する可能性が最も高い、上記臨床試験に参加する個体を選択する、および/または彼らのSNP遺伝子型(複数可)に基づいて、上記スタチン処置から陽性に応答する見込みがない、上記臨床試験から個体を除外する、あるいは彼らのSNP遺伝子型(複数可)に基づいて、スタチンに陽性に応答する見込みのない個体を選択して、利益を得る可能性がある別のタイプの薬物の臨床試験に参加させる)などにおいて使用するための、SNP遺伝子型特定の方法を提供する。本発明のSNPを遺伝子型特定する方法はまた、個体がCVD(特に、CHD(例えば、MI))を発症する危険性を評価するために、およびCVDを以前に有したことがある個体が将来再びCVDの再発(例えば、再発性MI)を有する可能性を予測するために有用であり得る。
核酸サンプルは、当該分野において周知の方法によって遺伝子特定され、どの対立遺伝子が、目的の任意の所定遺伝子領域(例えば、SNP位置)に存在するかを決定し得る。隣接する配列が、オリゴヌクレオチドプローブのようなSNP検出試薬を設計するために使用され得、このプローブは必要に応じてキットフォーマット中に与えられ得る。代表的なSNP遺伝子特定方法は、Chenら、「Single nucleotide polymorphism genotyping:biochemistry,protocol,cost and throughput」、Pharmacogenomics J.2003;3(2):77-96;Kwokら、「Detection of single nucleotide polymorphisms」、Curr Issues Mol Biol.2003 Apr;5(2):43-60;Shi、「Technologies for individual genotyping: detection of genetic polymorphisms in drug targets and disease genes」、Am J Pharmacogenomics.2002;2(3):197-205;およびKwok、「Methods for genotyping single nucleotide polymorphisms」、Annu Rev Genomics Hum Genet 2001;2:235-58に記載される。高処理のSNP遺伝子型特定についての代表的な技術は、Marnellos、「High-throughput SNP analysis for genetic association studies」、Curr Opin Drug Discov Devel.2003 May;6(3):317-21に記載される。一般のSNP遺伝子特定方法としては、TaqManアッセイ、分子ビーコンアッセイ、核酸アレイ、対立遺伝子特異的プライマー伸長、対立遺伝子特異的PCR、配列されたプライマー伸長、均質なプライマーの伸長アッセイ、質量分析法による検出を伴うプライマー伸長、高熱配列決定(pyrosequencing)、遺伝子アレイで選別される複合プライマーの伸長、周期的増幅(rolling circle)を伴うライゲーション、同質のライゲーション、OLA(米国特許第4,988,167号)、遺伝子アレイで選別される複合ライゲーション反応、制限断片長の多型、一塩基の伸長タグアッセイおよびインベーダーアッセイが挙げられるが、これらに限定されない。このような方法は、例えば、発光または化学発光の検出、蛍光検出、時間分解型蛍光検出、蛍光共鳴エネルギー伝達、蛍光偏光、質量分析、および電気検出のような検出機構と組み合わせて用いられ得る。
多型を検出するための種々の方法としては、切断因子からの保護がRNA/RNA二重鎖またはRNA/DNA二重鎖において不一致の塩基を検出する方法(Myersら、Science 230:1242(1985);Cottonら、PNAS 85:4397(1988)およびSaleebaら、Meth.Enzymol.217:286-295(1992))、改変体および野生型の核酸分子の電気泳動の移動度の比較(Oritaら、PNAS 86:2766(1989);Cottonら、Mutat.Res.285:125-144(1993);およびHayashiら、Genet.Anal.Tech.Appl.9:73-79(1992))ならびに変性勾配ゲル電気泳動(DGGE)を用いる変性剤の勾配を含むポリアクリルアミドゲルにおいて多型フラグメントまたは野生型フラグメントの移動をアッセイすること(Myersら、Nature 313:495(1985))が挙げられるが、これらに限定されない。特定の位置での配列変動はまた、RNase保護およびS1保護のような、ヌクレアーゼプロテクションアッセイまたは化学切断方法によっても調べられ得る。
好ましい実施形態において、SNP遺伝子型特定は、5’ヌクレアーゼアッセイとしても公知であるTaqManアッセイを用いて実施される(米国特許第5,210,015号および同第5,538,848号)。TaqManアッセイは、PCRの間に特定の増幅産物の蓄積を検出する。TaqManアッセイは、蛍光レポーター色素およびクエンチャー色素を用いて標識されたオリゴヌクレオチドプローブを利用する。レポーター色素は、適切な波長での放射線照射によって励起され、蛍光共鳴エネルギー伝達(FRET)と呼ばれるプロセスを介して同一のプローブ中のクエンチャー色素へエネルギーを伝達する。このプローブへ取り付けられた場合、励起されたレポーター色素は、シグナルを放射しない。インタクトのプローブにおいてクエンチャー色素とレポーター色素の近さは、レポーターについての減少した蛍光を維持する。レポーター色素およびクエンチャー色素は、それぞれ最も5’の末端および最も3’の末端に有り得るか、またはその逆であり得る。あるいは、レポーター色素は、最も5’の末端または最も3’の末端にあり得るが、クエンチャー色素は、内部のヌクレオチドに取り付けられる(またはこの逆)。さらに別の実施形態において、レポーターおよびクエンチャーの両方、互いに離れて内部のヌクレオチドへ取り付けられ得、その結果レポーターの蛍光は、減少される。
PCRの間、DNAポリメラーゼの5’ヌクレアーゼ活性がプローブを切断し、それによってレポーター色素とクエンチャー色素とを分離し、そして結果として、レポーターの蛍光の上昇を生じる。PCR産物の蓄積は、レポーター色素の蛍光の上昇を直接モニタリングすることにより検出される。DNAポリメラーゼは、プローブがPCRの間に増幅される標的SNP含有鋳型にハイブリダイズする場合にのみ、レポーター色素とクエンチャー色素との間のプローブを切断し、かつプローブは、特定のSNP対立遺伝子が存在する場合にのみ、標的SNP部位にハイブリダイズするように設計されている。
好ましいTaqManプライマーおよびプローブ配列は、本明細書て提供される上記SNPおよび関連する核酸配列情報を使用して、容易に決定され得る。多くのコンピュータープログラム(例えば、Primer Express (Applied Biosystems,Foster City,CA))は、最適なプライマー/プローブセットを迅速に得るために使用され得る。本発明のSNPを検出するためのこのようなプライマーおよびプローブは、例えば、スタチン処置へ個体が応答する(すなわち、スタチン処置から利益を受ける)可能性について個体を、特に、CVD(特に、CHD(例えば、MI))を有するかもしくは罹りやすい個体をスクリーニングすることにおいて、またはCVDを発症させやすい個体についてスクリーニングすることにおいて、有用であることは、当業者に明らかである。これらのプローブおよびプライマーは、キット形式へと容易に組み込まれ得る。本発明はまた、当該分野で周知のTaqmanアッセイの改変(例えば、Molecular Beaconプローブ(米国特許第5,118,801号および同第5,312,728号)および他の改変体形式(米国特許第5,866,336号および同第6,117,635号)の使用)を含む。
本発明のSNPの遺伝型を決定するための別の好ましい方法は、OLAにおける二つのオリゴヌクレオチドプローブの使用である(例えば、米国特許第4,988,617号を参照)。この方法において、一つのプローブは、その最も3’末端にSNP部位が整列した、標的核酸のセグメントにハイブリダイズする。第二のプローブは、標的核酸分子の第一のプローブのすぐ3’に隣接するセグメントにハイブリダイズする。二つの並列したプローブは、標的核酸分子にハイブリダイズし、そして、もし第一のプローブの最も3’のヌクレオチドとSNP部位との間に完全な相補性があれば、リガーゼのような結合剤の存在下で連結される。ミスマッチがある場合、連結は起こらない。反応後、連結されたプローブは、標的核酸分子から分離され、そしてSNPの存在の指標として検出される。
以下の特許、特許出願、および公開されている国際特許出願は、全て、本明細書で参考により援用され、種々の形式のOLAを実施するための技術に関するさらなる情報を提供する:米国特許第6027889号、同第6268148号、同第5494810号、同第5830711号、および同第6054564号は、SNP検出を実施するためのOLAストラテジーを記載する;WO 97/31256およびWO 00/56927は、ユニバーサルアレイを用いたSNP検出を実施するためのOLAストラテジーを記載し、ここで、ジップコード配列は、ハイブリダイゼーションプローブの一つに導入され得、かつ結果として生じた産物(もしくは増幅産物)は、ユニバーサルジップコードアレイにハイブリダイズし得る;米国特許出願US01/17329(および09/584,905)は、OLA(もしくはLDR)、続いてPCRを記載し、ここで、ジップコードはOLAプローブに組み込まれ、かつ増幅されたPCR産物は、電気泳動もしくはユニバーサルジップコードアレイ読み出し装置により決定される;米国特許出願60/427818、同60/445636および同60/445494は、SNPlex法およびOLAに続くPCRを用いた多重SNP検出のためのソフトウェアを記載し、ここで、ジップコードは、OLAプローブに組み込まれ、かつ増幅されたPCR産物は、ジップシュート(zipchute)試薬とハイブリダイズし、かつSNPの同定は、ジップシュートの電気泳動読み出し装置により決定される。いくつかの実施形態において、OLAは、PCR(もしくは別の核酸増幅方法)の前に実施される。他の実施形態において、PCR(もしくは他の核酸増幅方法)は、OLAの前に実施される。
SNPを遺伝子型決定するための別の方法は、質量分析に基づく。質量分析は、DNAの4種のヌクレオチドの各々の固有の質量を利用する。SNPは、代替的なSNP対立遺伝子を有する核酸の質量の差異を測定することにより、質量分析によって明白に遺伝子型決定され得る。MALDI-TOF(Matrix Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight)質量分析技術が、SNPのような分子質量のきわめて正確な決定のために好ましい。SNP分析に対する数多くのアプローチが、質量分析に基づいて開発されている。好ましい質量分析に基づくSNPを遺伝子型決定する方法は、プライマー伸長アッセイを含み、これも、従来のゲルに基づく形式およびマイクロアレイのような他の適用と組み合わせて利用され得る。
代表的に、プライマー伸長アッセイは、標的SNP部位から(5’)上流の鋳型PCRアプリコンに対する、プライマーの設計およびアニールを含む。ジデオキシヌクレオチド三リン酸(ddNTP)および/もしくはデオキシヌクレオチド三リン酸(dNTP)の混合物を、鋳型(例えば、PCRなどにより代表的に増幅されている、SNP含有核酸分子)、プライマー、およびDNAポリメラーゼを含有する反応混合物に添加する。プライマーの伸長は、混合物中のddNTPのうちの一つに対して相補的なヌクレオチドが生じる鋳型中の最初の部位で、終結する。プライマーは、SNP部位に直接隣接する(すなわち、プライマーの3’末端のヌクレオチドは、標的SNP部位の隣のヌクレオチドにハイブリダイズする)か、もしくはSNP部位から二つ以上のヌクレオチド離れているかのどちらかであり得る。プライマーが、標的SNP部位から数ヌクレオチド離れている場合、唯一の制限は、プライマーの3’末端とSNP部位との間の鋳型配列が、検出されるべきものと同じ型のヌクレオチドを含まないこと、またはこのことが、伸長プライマーの未完成な終結を引き起こすことである。あるいは、全ての4種のddNTPのみが、dNTPなしで反応混合物に添加される場合、プライマーは常に、標的SNP部位に対応するただ一つのヌクレオチドにより伸長される。この場合、プライマーは、SNP部位より一つ上流のヌクレオチドに結合するために設計される(すなわち、プライマーの3’末端のヌクレオチドは、標的SNP部位の5’側で標的SNP部位に直接隣接するヌクレオチドにハイブリダイズする)。ただ一つのヌクレオチドによる伸長は、伸長されるプライマーの全体の質量を最小にし、それにより、代替的なSNPヌクレオチドの間の質量の差異の分解能を上昇させるので、ただ一つのヌクレオチドによる伸長が好ましい。さらに、非改変ddNTPのプライマー伸長反応に代えて、質量標識されたddNTPが用いられ得る。このことは、これらのddNTPにより伸長されたプライマーの間の質量の差異を上昇させ、それにより、上昇する感度および精度を提供し、そして特に、ヘテロ接合の塩基部位を決定するために有用である。質量標識はまた、集中的なサンプル調製手順の必要性を軽減し、そして質量分析の必要とされる分解能を低下させる。
伸長されたプライマーは、次に精製され得、そして、標的SNP部位に存在しているヌクレオチドの同一性を決定するために、MALDI-TOF質量分析により分析され得る。分析の一つの方法において、プライマー伸長反応からの生成物は、マトリックスを形成する光吸収結晶と組み合わせられる。次に、このマトリックスは、核酸分子をイオン化し、そして気体相に脱着するために、レーザーのようなエネルギー源により打ち付けられる。次に、イオン化された分子は、飛行管内に放射され、そして加速されて検出器に向かってこの管を下る。レーザーパルスのようなイオン化現象と分子が検出器と衝突する間の時間は、その分子の飛行時間である。飛行時間は、イオン化された分子の電荷に対する質量比(m/z)と正確に相関する。より小さいm/zを有するイオンは、より大きいm/zを有するイオンよりも早くこの管を下って進行し、そしてそのため、このより軽いイオンは、より重いイオンの前に検出器に到達する。したがって、飛行時間は、対応する、かつ非常に正確なm/zに変換される。この様式で、SNPは、一塩基部分に異なるヌクレオチドを有する核酸分子において固有の、質量のわずかな差異、および対応する飛行時間の差異に基づいて同定され得る。SNP遺伝子型決定のための、MALDI-TOF質量分析と関連するプライマー伸長反応アッセイの使用に関するさらなる情報については、例えば、Wiseら、「A standard protocol for single nucleotide primer extension in the human genome using matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry」、Rapid Commun Mass Spectrom.2003;17(11):1195-202を参照のこと。
以下の参考は、SNP遺伝子型決定のための質量分析に基づく方法を記載する、さらなる情報を提供する:Bocker、「SNP and mutation discovery using base-specific cleavage snd MALDI-TOF mass spectrometry」、Bioinformatics.2003年7月;19補遺1:I44-I53;Stormら、「MALDI-TOF mass spectrometry-based SNP genotyping」、Methods Mol Biol.2003;212:241-62;Jurinkeら、「The use of MassARRAY technology for high throughput genotyping」、Adv Biochem Eng Biotechnol.2002;77:57-74;およびJurinkeら、「Automated genotyping using the DNA MassArray technology」、Methods Mol Biol.2002;187:179-92。
SNPはまた、直接のDNA配列決定によっても評価され得る。種々の自動化配列決定手順が利用され得((1995)Biotechniques 19:448)、これらとしては、質量分析による配列決定が挙げられる(例えば、PCT国際公開番号WO94/16101;Cohenら、Adv.Chromatogr.36:127-162(1996);およびGriffinら、Appl.Biochem.Biotechnol.38:147-159(1993)を参照のこと)。本発明の核酸配列は、当業者がこのような自動化配列決定手順のための配列決定プライマーを容易に設計することを可能にする。Applied Biosystems 377、3100、3700、3730、および3730xl DNA Analyzers(Foster City、CA)のような商業的な機器が、自動化配列決定のために、当該分野において一般的に使用される。
本発明のSNPの遺伝子型を決定するために使用され得る他の方法としては、一本鎖高次構造多型(SSCP)および変性勾配ゲル電気泳動(DGGE)が挙げられる(Myersら、Nature 313:495(1985))。SSCPは、Oritaら、Proc.Nat.Acad.に記載のように、一本鎖PCR産物の電気泳動移動度の変化により、塩基の差異を識別する。一本鎖PCR産物は、二本鎖PCR産物を加熱するか、もしくはそれ以外で変性させることにより生成され得る。一本鎖核酸は、塩基配列に部分的に依存する二次構造を、再び折りたたむか、もしくは形成し得る。一本鎖増幅産物の異なる電気泳動移動度は、SNP部位の塩基配列の差異に関連する。DGGEは、多型DNAに固有の異なる配列依存的安定性および融解特性、ならびに変性勾配ゲルにおける電気泳動移動度パターンの対応する差異に基づいて、SNP対立遺伝子を識別する(Erlich、編、PCR Technology、Principles and Applications for DNA Amplification、W.H.Freeman and Co、New York、1992、7章)。
配列特異的リボザイム(米国特許第5,498,531号)はまた、リボザイム切断部位の発生もしくは消失に基づいてSNPを評価するために、使用され得る。完全にマッチする配列は、ヌクレアーゼ切断消化アッセイによるか、もしくは融解温度の差異により、ミスマッチ配列と区別され得る。SNPが制限酵素切断部位に影響する場合、SNPは、制限酵素消化パターンの変化、およびゲル電気泳動により決定される核酸フラグメントの長さの対応する変化により確認され得る。
SNP遺伝子型決定は、例えば、ヒト被験体から生物学的サンプル(例えば、組織、細胞、流体、分泌物などのサンプル)を収集する工程、サンプルの細胞から核酸(例えば、ゲノムDNA、mRNAもしくは両方)を単離する工程、標的核酸領域のハイブリダイゼーションおよび増幅が生じるような条件下で、標的SNPを含む単離された核酸の領域に特異的にハイブリダイズする一つ以上のプライマーに、核酸を接触させる工程、そして、本発明のSNP部位に存在するヌクレオチドを決定する工程、または、いくつかのアッセイにおいては、増幅産物の存在もしくは非存在を検出する工程(アッセイは、特定のSNP対立遺伝子が存在するか、もしくは存在しない場合にのみ、ハイブリダイゼーションおよび/もしくは増幅が生じるように設計され得る)を包含し得る。いくつかのアッセイにおいて、増幅産物の大きさは、検出され、そしてコントロールサンプルの長さと比較される;例えば、欠損および挿入は、正常な遺伝子型と比較した増幅産物の大きさの変化により検出され得る。
SNP遺伝子型決定は、以下に記載のような数多くの実用的な適用のために有用である。このような適用の例としては、SNP-疾患関連分析、疾患素因スクリーニング、疾患診断、疾患予後判断、疾患経過モニタリング、個体の遺伝子型に基づく治療ストラテジーの決定(薬理ゲノミクス)、疾患もしくは薬物に対する応答の見込みに関連したSNP遺伝子型に基づく治療剤の開発、治療薬、予防薬、または診断薬の臨床試験のための患者母集団の階層化、ならびに個体が治療剤により有害な副作用を経験する可能性の予測が挙げられるが、これらに限定されない。
(SNPと表現型形質との間の遺伝子型関連の分析)
疾患診断、疾患素因スクリーニング、疾患予後、薬物反応性の決定(薬理ゲノム学)、薬物毒性スクリーニングおよび本明細書中に記載される他の用途のためのSNP遺伝子型特定は、代表的に、1種以上の特定のSNPと目的の特定の表現型形質との間の遺伝的関連を最初に確立することに依存する。
疾患診断、疾患素因スクリーニング、疾患予後、薬物反応性の決定(薬理ゲノム学)、薬物毒性スクリーニングおよび本明細書中に記載される他の用途のためのSNP遺伝子型特定は、代表的に、1種以上の特定のSNPと目的の特定の表現型形質との間の遺伝的関連を最初に確立することに依存する。
異なる研究設計が、遺伝的関連研究のために使用され得る(Modern Epidemiology,Lippincott Williams & Wilkins(1998),609-622)。観察研究は最も頻繁に実施され、この研究において、患者の応答は妨害されない。第1の型の観察研究は、疾患の予測される原因が存在する人のサンプルと、予測される原因が存在しない人の別のサンプルを同定し、次いで、2つのサンプルにおける疾患の発症頻度が比較される。これらの標本抽出された集団はコホートと呼ばれ、この研究は、前向き研究である。他の型の観察研究は、ケース-コントロールまたは後向き研究である。代表的なケース-コントロール研究において、サンプルは、疾患の特定の徴候のような目的の表現型を有する個体(ケース)、および、結論が導かれる集団(標的集団)における表現型(コントロール)を有さない個体から、収集される。次いで、疾患の可能な原因が、過去に遡って調査される。ケース-コントロール研究においてサンプルを収集する時間および費用が、前向き研究にかかるものよりもかなり少ないので、ケース-コントロール研究は、少なくとも、探索および発見の段階の間、遺伝的関連の研究において、最も一般的に使用される研究設計である。
症例のみの研究は、遺伝子-環境相互作用が目的の関連である場合に、ケース-コントロール研究の代替である(Piegorsch et al., 「Non-hierarchical logistic models and case-only designs for assessing susceptibility in population-based case-control studies」, Statistics in Medicine 13 (1994)pp153-162)。遺伝子-環境相互作用の代表的な症例のみの研究において、遺伝子型は、既存のコホート研究からしばしば選択される症例からのみ得られる。遺伝子型と環境因子との間の関連は、次いで、評価され、顕著な関連は、上記目的のエンドポイントに対する上記環境因子の効果(症例定義)が、遺伝子型によって異なることを意味する。症例のみの研究における関連の試験の根底にある第1の仮説は、目的の環境効果が、遺伝子型とは無関係である(例えば、スタチン治療への割り当ては、遺伝子型とは無関係である)ことであり、この仮設が上記集団において真である場合に、上記症例のみ設計が、遺伝子-環境相互作用を検出するために、上記ケースコントロール設計より高い検出力(power)を有することが示された(Yang et al., 「Sample Size Requirements in Case-Only Designs to Detect Gene-Environment Interaction」, American Journal of Epidemiology 146:9 (1997)pp713-720)。無作為化臨床試験から症例を選択することは、遺伝子型が、設計によって処置とは無関係であるので、症例のみの研究を行うための理想的な設定であり得る。
症例のみの研究は、遺伝子-環境相互作用が目的の関連である場合に、ケース-コントロール研究の代替である(Piegorsch et al., 「Non-hierarchical logistic models and case-only designs for assessing susceptibility in population-based case-control studies」, Statistics in Medicine 13 (1994)pp153-162)。遺伝子-環境相互作用の代表的な症例のみの研究において、遺伝子型は、既存のコホート研究からしばしば選択される症例からのみ得られる。遺伝子型と環境因子との間の関連は、次いで、評価され、顕著な関連は、上記目的のエンドポイントに対する上記環境因子の効果(症例定義)が、遺伝子型によって異なることを意味する。症例のみの研究における関連の試験の根底にある第1の仮説は、目的の環境効果が、遺伝子型とは無関係である(例えば、スタチン治療への割り当ては、遺伝子型とは無関係である)ことであり、この仮設が上記集団において真である場合に、上記症例のみ設計が、遺伝子-環境相互作用を検出するために、上記ケースコントロール設計より高い検出力(power)を有することが示された(Yang et al., 「Sample Size Requirements in Case-Only Designs to Detect Gene-Environment Interaction」, American Journal of Epidemiology 146:9 (1997)pp713-720)。無作為化臨床試験から症例を選択することは、遺伝子型が、設計によって処置とは無関係であるので、症例のみの研究を行うための理想的な設定であり得る。
観察研究において、考慮されるべき強力な交絡因子が存在し得る。交絡因子は、疾患の実際の原因および疾患自体の両方に関連するものであり、そして、年齢、性別、民族性ならびに環境因子のような人口統計学的情報を含む。研究において、交絡因子がケースおよびコントロールで適合せず、そして、適切に制御されない場合、偽の関連結果が生じ得る。強力な交絡因子が同定される場合、これらは、以下に説明される分析方法により制御されるべきである。
遺伝的関連研究において、試験されるべき目的の原因は、特定の対立遺伝子またはSNP、またはいくつかのSNPからの対立遺伝子もしくはハプロタイプの組合せである。従って、標本抽出された個体からの組織生検(例えば、全血)が収集され得、ゲノムDNAが、目的のSNPについて遺伝子型を特定される。目的の表現型形質に加えて、人口統計学的情報(例えば、年齢、性別、民族性など)、臨床的情報および環境的情報のような、形質の出現に影響を及ぼし得る他の情報が収集されて、サンプルセットをさらに特徴付け、そして定義し得る。多くの場合、これらの因子は、疾患および/またはSNP対立遺伝子頻度に関連することが知られている。見込みのある遺伝子-環境および/または遺伝子-遺伝子の相互作用もまた存在する。遺伝子-環境および遺伝子-遺伝子の相互作用に取り組むための分析方法(例えば、2つの異なる遺伝子における両方の感受性対立遺伝子の存在の効果が、2つの遺伝子における個々の対立遺伝子の効果を合わせたものよりも大きい可能性がある)は、以下に議論される。
全ての関連する表現型および遺伝子型情報が得られた後、統計的分析を実施して、対立遺伝子または遺伝子型の存在と個体の表現型特徴との間に任意の有意な相関があるかどうかを決定する。好ましくは、遺伝的関連についての統計的試験を実施する前に、データの検査および精選がまず実施される。サンプルの疫学的および臨床的データは、表およびグラフを用いて、記述統計学によりまとめられ得る。データの評価は、好ましくは、データの完成性、矛盾したエントリーおよび異常値についてチェックするために実施される。次いで、χ二乗検定およびt検定(分布が正常でない場合は、ウィルソン順位和検定)を用いて、それぞれ、離散型変数および連続型変数についてのケースとコントロールとの間の有意差についてチェックし得る。遺伝子型の質を保証するために、Hardy-Weinberg不均衡検定がケースおよびコントロールについて別個に実施され得る。個々のマーカーについてのケースおよびコントロールの両方におけるHardy-Weinberg不均衡(HWE)からの有意な偏差は、遺伝子型の誤差の指標であり得る。HWEがマーカーの大半で違反される場合、これは、さらに調査されるべき集団下部構造の指標である。さらに、ケースのみにおいて、Hardy-Weinberg不均衡は、マーカーの疾患との遺伝的関連を示唆し得る(Genetic Data Analysis,Weir B.,Sinauer(1990))。
単一のSNPの対立遺伝子が、表現型形質のケースまたはコントロールの状態に関連するかどうかを試験するために、当業者は、ケースおよびコントロールにおける対立遺伝子の頻度を比較し得る。標準的なχ二乗検定およびフィッシャーの正確検定が、2×2の表(2つのSNP対立遺伝子×2つの目的の分類形質における結果)について実施され得る。SNPの遺伝子型が関連するかどうかを試験するために、χ二乗検定が、3×2の表(3つの遺伝子型×2つの結果)について実施され得る。スコア検定がまた、遺伝子型関連について実施され、ケースおよびコントロールにおける3つの遺伝子型頻度(主なホモ接合型、ヘテロ接合型および少数のホモ接合型)を対照させ、そして、遺伝の3つの異なる様式、すなわち、優性(対比係数2,-1,-1)、相加的(対比係数1,0,-1)および劣性(対比係数1,1,-2)を用いて、傾向を探索する。少数の対立遺伝子 対 主要な対立遺伝子についてのオッズ比、ならびに、ヘテロ接合性改変体およびホモ接合性改変体 対 野生型の遺伝子型についてのオッズ比が、所望の信頼限界(通常は95%)を用いて算出される。
混同(confounder)を制御し、交互作用および効果モディファイアを試験するために、人口統計学的情報(例えば、年齢、民族および性別)または交互作用要素もしくは効果モディファイア(例えば、公知の主要遺伝子(例えば、アルツハイマー病についてのAPOE、または自己免疫疾患についてのHLA))または環境因子(例えば、肺癌における喫煙)を含む、混乱を生じる可能性のある階層化した因子を用いて、階層化した分析が実施され得る。階層化した関連試験は、0、1および2の改変体の対立遺伝子を有する遺伝子型の序数的性質を考慮に入れるCochran-Mantel-Haenszel検定を用いて実施され得る。StatXactによる完全検定(exact test)がまた、計算的に可能な場合実施され得る。混乱モディファイア効果を調節し、交互作用について試験するための別の方法は、SASまたはRのような統計的パッケージを用いて、逐次重ロジスティック回帰分析を実施することである。ロジスティック回帰は、モデル構築技術であり、ここで、最もフィットし、かつ最も倹約な(parsimonious)モデルが構築され、二分法の結果(例えば、特定の疾患を有するか否か)と、一連の独立した変数(例えば、別個の関連する遺伝子の遺伝子型、ならびに関連す得る人口統計学因子および環境因子)との間の関連を記述する。最も一般的なモデルは、オッズ比のロジット変換が、変数(主要効果)とそのクロス積項(cross-product terms)(交互作用)との一次結合(linear combination)として表されるものである(Applied Logistic Regression,Hosmer and Lemeshow,Wiley(2000))。特定の変数または交互作用が、結果と有意に関連するかどうかを試験するために、このモデルにおける係数をまず推定し、次いで、ゼロからのその逸脱(departure)の統計的有意差について試験される。
1つのマーカーについての関連の検定を同時に実施することに加え、ハプロタイプ関連分析がまた、互いに密接に連鎖される多数のマーカーを調べるために実施され得る。試験されるマーカーが、それ自体疾患を生じる変異ではないが、このような変異と連鎖不均衡である場合、ハプロタイプ関連試験は、遺伝子型関連試験または対立遺伝子関連試験よりも強力であり得る。この試験は、なお、疾患が、実際に、ハプロタイプに関する対立遺伝子の組み合わせにより生じる場合により強力である(例えば、APOEは、互いに非常に密接している2つのSNPにより形成されたハプロタイプである)。ハプロタイプ関連を効果的に実施するために、マーカー-マーカー連鎖不均衡の指標(D’およびr2の両方)が、代表的には、ハプロタイプ構造を明らかにするために、遺伝子内のマーカーについて算出される。連鎖不均衡における最近の研究(Dalyら、Nature Genetics,29,232-235,2001)は、遺伝子内のSNPが、ブロックパターンで組織化され、ブロック内に高い程度の連鎖不均衡が存在し、そして、ごくわずかの連鎖不均衡しかブロック間に存在しないことを示している。一旦これらが明らかにされると、疾患状態とのハプロタイプ関連が、このようなブロックを用いて実施され得る。
ハプロタイプ関連試験は、対立遺伝子関連試験および遺伝子型関連試験と同じ様式で実施され得る。遺伝子における各ハプロタイプは、多対立遺伝子マーカーにおける対立遺伝子と類似する。当業者は、ケースおよびコントロールにおけるハプロタイプの頻度を比較するか、または、異なる対のハプロタイプとの遺伝子関連を試験し得る。プログラム「haplo.score」を用いて、ハプロタイプについてスコア試験がなされ得ることが提案されている(Schaidら、Am.J.Hum.Genet.,70,425-434,2002)。この方法において、ハプロタイプはまず、EMアルゴリズムによって推測され、そして、他の因子の調節を可能にする一般化線形モデル(GLM)フレームワークを用いて、スコア試験が実施される。
遺伝子関連試験の実施における重要な決定は、有意なレベルの決定であり、試験のp値がそのレベルに到達するときに、有意な関連が示され得る。正のヒットがその後の確認試験において追跡される、探索分析において、調節されていないP値<0.2(寛大な側の有意差レベル)が、例えば、SNPの、疾患の特定の表現型特徴との有意な関連についての仮説を作成するために使用され得る。SNPが疾患と関連を有するとみなされるためには、p値<0.05(当該分野で従来使用されている有意差レベル)が達成されることが好ましい。関連が示されるためには、p値<0.01(厳密な側の有意差レベル)が達成されることがより好ましい。ヒットが、同じ供給源のより多くのサンプル、または、異なる供給源の異なるサンプルにおける確認分析において追跡される場合、複数の試験についての調節が、実験誤差率(experiment-wide error rate)を0.05に維持しつつ、過剰数のヒットを避けるように実施される。異なる種類の誤差率をコントロールするための複数の試験について調節するための異なる方法が存在するが、一般に使用されるがやや保守的な方法は、実験-ワイズ誤差率またはファミリー-ワイズ誤差率を制御するためのBonferroni補正である(Multiple comparisons and multiple tests,Westfallら、SAS Institute(1999))。誤り発見率(FDR)を制御するための並べ替え検定が、より強力であり得る(Benjamini and Hochberg,Journal of the Royal Statistical Society,Series B 57,1289-1300,1995,Resampling-based Multiple Testing,Westfall and Young,Wiley(1993))。多様性を制御するためのこのような方法は、試験が依存的である場合に好まれ、誤り発見率の制御は、実験-ワイズ誤差率の制御と対抗するのに十分である。
統計学的に有意なマーカーが探索段階で同定された後の異なる集団に由来するサンプルを用いる複製研究において、次いで、メタ分析が異なる研究の証拠を合わせることによって実施され得る(Modern Epidemiology,Lippincott Williams & Wilkins,1998,643-673)。利用可能な場合、同じSNPについての当該分野で公知の関連結果がメタ分析に包含され得る。
遺伝子型の特定と疾患状態の分類の両方が、誤りを含み得るので、オッズ比およびp値が、遺伝子型の特定および疾患分類の誤差率についての種々の推定の際にどのように変化するかを見るために、感度分析を実施し得る。
疾患の有病率が異なる下位集団群と関連する場合、ケースとコントロールとの間の下位集団ベースの標本抽出の偏りが、ケース-コントロール関連研究における偽の結果をもたらし得ることは周知である(EwensおよびSpielman,Am.J.Hum.Genet.62,450-458,1995)。このような偏りはまた、遺伝的関連研究における統計学的な力の消失をもたらし得る。集団の層化を検出するために、PritchardおよびRosenbergは、疾患と連鎖しないマーカーを分類し、これらのマーカーに関する関連試験の結果を使用して、任意の集団層化が存在するかどうかを決定することを示唆した(Pritchardら、Am.J.Hum.Gen.1999,65:220-228)。層化が検出される場合、DevlinおよびRoederに提案されたようなゲノムコントロール(GC)法(Devlinら、Biometrics 1999,55:997-1004)が、集団層化に起因する試験統計のインフレーションを調節するために使用され得る。GC法は、集団構造レベルの変化に対して堅固であり、かつ、DNAプール設計に適用可能である(Devlinら、Genet.Epidem.2001,21:273-284)。
15~20のリンクしないマイクロサテライトマーカーを用いる、Pritchard法が推奨されるが、集団層化を検出するのに十分な力を得るために、30以上の二対立遺伝子マーカーを使用することを示唆した。GC法については、約60~70の二対立遺伝子マーカーが、集団層化に起因する試験統計についてのインフレーション因子を推定するために十分であることが示されている(Bacanuら、Am.J.Hum.Genet.2000,66:1933-1944)。従って、70の遺伝子間のSNPは、ゲノムスキャンにおいて示されるものとリンクしない領域において選択され得る(Kehoeら、Hum.Mol.Genet.1999,8:237-245)。
一旦、個々の危険因子(遺伝的または非遺伝的)が、疾患に対する素因について見出されると、次の工程は、カテゴリー(例えば、疾患または疾患なし)を予測するための分類/予測スキームを設定することであり、このカテゴリーは、個体がその関連するSNPの遺伝子型および他の非遺伝的危険因子に依存しているかということである。別個の形質についてのロジスティック回帰、および、連続的な形質についての線形回帰は、このような仕事についての標準的な技術である(Applied Regression Analysis,Draper and Smith,Wiley(1998))。さらに、他の技術がまた、分類を設定するために使用され得る。このような技術としては、異なる方法の性能の比較における用途に適切なMART、CART、神経ネットワークおよび判別分析が挙げられるが、これらに限定されない(The Elements of Statistical Learning,Hastie,Tibshirani & Friedman,Springer(2002))。
遺伝子関連研究におけるさらなる情報は、Balding,「A tutorial on statistical methods for population association studies」, Nature Reviews Genetics 7, 781 (2006)を参照のこと。
(疾患の診断および素因のスクリーニング)
遺伝子型と疾患に関連する表現型との間の関連/相関に関する情報は、いくつかの方法で活用され得る。例えば、1つ以上のSNPと、処置が利用可能な疾患に対する素因との間の高度に統計的に有意な関連の場合は、個体におけるこのような遺伝子型パターンの検出は、処置の即時管理、または、少なくとも、個体の定期的なモニタリングの制度を正当化し得る。子供をもうけようと意図している夫婦における、深刻な疾患に関連する感受性対立遺伝子の検出はまた、その生殖決定において、夫婦に価値あるものであり得る。SNPとヒトの疾患との間の、弱いが、なお統計学的に有意な関連の場合、即時の治療的介入またはモニタリングは、感受性対立遺伝子またはSNPを検出した後に正当化されないこともある。それにもかかわらず、被験体は、単純なライフスタイルの変化(例えば、食事、運動)を始めることを動機付けされ得、このライフスタイルの変化は、個体がほとんど、または全く費用をかけずに達成され得るが、個体が危険対立遺伝子を有することによって危険性が増加し得る、状態を発症する危険性を減少するという、強力な利点を与え得る。
遺伝子型と疾患に関連する表現型との間の関連/相関に関する情報は、いくつかの方法で活用され得る。例えば、1つ以上のSNPと、処置が利用可能な疾患に対する素因との間の高度に統計的に有意な関連の場合は、個体におけるこのような遺伝子型パターンの検出は、処置の即時管理、または、少なくとも、個体の定期的なモニタリングの制度を正当化し得る。子供をもうけようと意図している夫婦における、深刻な疾患に関連する感受性対立遺伝子の検出はまた、その生殖決定において、夫婦に価値あるものであり得る。SNPとヒトの疾患との間の、弱いが、なお統計学的に有意な関連の場合、即時の治療的介入またはモニタリングは、感受性対立遺伝子またはSNPを検出した後に正当化されないこともある。それにもかかわらず、被験体は、単純なライフスタイルの変化(例えば、食事、運動)を始めることを動機付けされ得、このライフスタイルの変化は、個体がほとんど、または全く費用をかけずに達成され得るが、個体が危険対立遺伝子を有することによって危険性が増加し得る、状態を発症する危険性を減少するという、強力な利点を与え得る。
本発明のSNPは、異なる方法において、スタチン処置への個体の応答性に、もしくはCVD(例えば、CHD(例えば、MI))の発症に寄与し得る。いくつかの多型は、タンパク質コード配列内で起こり、タンパク質構造に影響を及ぼすことによって、疾患表現型に寄与する。他の多型は、非コード領域に存在するが、例えば、複製、転写、および/もしくは翻訳に対する影響を介して、間接的に表現型効果を発揮し得る。単一のSNPは、1個より多くの表現型形質に影響を及ぼし得る。同様に、単一の表現型形質は、異なる遺伝子において複数のSNPによって影響を及ぼされ得る。
本明細書で示される場合、用語「診断する」、「診断」、および「診断剤」とは、以下のもののうちのいずれかを含むが、これらに限定されない:個体が現在有し得るCVD(例えば、CHD(例えば、MI))の検出、素因/感受性/予測スクリーニング(すなわち、個体が、将来CVDを発症する増大したかもしくは低下した危険性を有するかどうかを決定する)、個体におけるCVDの再発(例えば、再発性MI)を予測すること、現在もしくは以前にCVDを有した個体におけるCVDの特定のタイプもしくはサブクラスを決定すること、CVDの以前に行った診断を確認もしくは補強すること、特定の処置もしくは治療剤(例えば、スタチン処置)(特に、スタチンを使用する、CVD(特に、CHD(例えば、MI))の処置もしくは予防)に陽性に応答する(すなわち、利益を受ける)個体の可能性を評価すること、個体が陽性に応答する可能性が最も高い治療ストラテジーもしくは予防ストラテジーを決定もしくは選択すること(例えば、特定の治療剤(例えば、スタチン)、もしくは治療剤の組み合わせを選択すること、または他のスタチンの中から特定のスタチンを選択すること、あるいは投与レジメンを決定すること、または投与処方物を選択することなど)、薬物処置(例えば、スタチン処置)への個体の応答に関して、上記個体を応答者/非応答者として分類(または確認/補強)すること(または応答者/非応答者の特定のサブタイプを決定すること)、および患者が特定の処置もしくは治療化合物に由来する毒性作用を経験する可能性があるかどうかを予測すること。このような診断的使用は、上記SNPに個々に、または本明細書で開示されるSNP、およびSNPハプロタイプの特有の組み合わせに基づき得る。
ハプロタイプは、例えば、特定のゲノム領域が、特定の表現型に影響を与える遺伝子座を有するかどうかを決定するために、より少ない数のSNPが遺伝子型を特定され得る点で、特に有用である(例えば、連鎖不均衡ベースのSNP関連分析)。
連鎖不均衡(LD)とは、所定の集団における各対立遺伝子の存在の別個の頻度から予測されるものよりも多い頻度での、2つ以上の異なるSNP部位における対立遺伝子の同時遺伝(例えば、選択的なヌクレオチド)をいう。独立して遺伝される2つの対立遺伝子の同時遺伝の予測される頻度は、第1の対立遺伝子の頻度に第2の対立遺伝子の頻度を乗じたものである。予測された頻度で同時に生じる対立遺伝子は、「連鎖不均衡」であると言われる。対照的に、LDは、2つ以上の異なるSNP部位における対立遺伝子の間の任意の非ランダムな遺伝的関連をいい、この遺伝的関連は一般に、染色体に沿う2つの遺伝子座の物理的な近接性に起因する。LDは、2つ以上のSNP部位が、所定の染色体上で互いに密接に物理的に近接している場合に生じ得、従って、これらのSNP部位における対立遺伝子は、1つのSNP部位における特定のヌクレオチド(対立遺伝子)が、近くに位置する異なるSNP部位における特定のヌクレオチド(対立遺伝子)と非ランダムな関連を示す結果のために、複数の世代について分離されていないままである傾向がある。従って、SNP部位の1つの遺伝子型を特定することにより、LDにおける他のSNPの遺伝子型を特定したものとほとんど同じ情報が生じる。
種々の程度のLDが、いくつかのSNPが他よりもより密接に関連している(すなわち、LDにおいてより強い)という結果を有する2つ以上のSNPの間で遭遇され得る。さらに、染色体に沿ってLDが延びる物理的な距離は、ゲノムの異なる領域間で異なり、従って、LDが生じるために必要とされる2つ以上のSNP部位の間の物理的分離の程度は、ゲノムの異なる領域の間で異なり得る。
診断目的および類似の使用に関して、特定のSNP部位が、例えば、スタチン処置への個体の応答もしくはCVDに対する個体の感受性を予測するために有用であることが見いだされた場合、そのときは、当業者は、このSNP部位とLDにある他のSNP部位がまた、同じ目的のために有用であることを認識する。従って、実際の疾患を引き起こす(原因となる)多型ではないが、このような原因となる多型とLDにある多型(例えば、SNPおよび/もしくはハプロタイプ)は、同様に有用である。このような場合において、上記原因となる多型とLDにある上記多型(複数可)の遺伝子型は、上記原因となる多型の遺伝子型を予測し、結論として、上記原因SNP(複数可)によって影響を及ぼされるその表現型(例えば、スタチン処置への応答もしくはCVDを発症する危険性)を予測する。従って、原因となる多型とLDにある多型マーカーは、診断マーカーとして有用であり、上記実際の原因となる多型(複数可)が未知である場合に、特に有用である。
1つ以上の原因となる多型を有するLD中(および/またはある状態と有意な統計学的関連性がある1つ以上の多型を有するLD中)にあり、したがって、診断のために使用される、原因となる/関連性のある(1種以上の)SNPと同じ状態を診断するために有用であり得る多型の例として、原因となる/関連性のあるSNPと同じ遺伝子領域、タンパク質コード領域またはmRNA転写物コード領域の中の他のSNP、原因となる/関連性のあるSNPと同じエクソンまたは同じイントロンの中の他のSNP、原因となる/関連性のあるSNPと同じハプロタイプブロック中の他のSNP、原因となる/関連性のあるSNPと同じ遺伝子間領域中の他のSNP、原因となる/関連性のあるSNPを有する遺伝子の外側ではあるがそれに近いSNP(例えば、遺伝子の境界の5’側または3’側のいずれかの6kb以内)が挙げられる。そのような有用なLD SNPは、例えば、表3に開示されるSNPの間から選択され得る。
ヒトのゲノムにおける連鎖不均衡は、以下の文献で総説されている
上記で考察されるように、本発明の一局面は、照合されたSNPとLDにあり、個体がスタチン処置から利益を受ける可能性を決定するための有効なマーカーとして使用され得るSNP、または個体が、CVDを有するかもしくは発症する、増大もしくは低下した危険性を有するかどうかに関する。本明細書で使用される場合、用語「照合されたSNP」とは、遺伝子型特定の結果および分析、または本願において記載される作業実施例に例示されるとおりの他の適切な実験法を使用して、スタチン応答(特に、CVDの危険性を低下させるために)と関連することが見いだされたSNPを指す。本明細書で使用される場合、用語「LD SNP」とは、本願において記載される計算法の下で「照合されたSNP」とそれらがLDにあることに起因して、スタチン応答、または増大したもしくは低下したCVDの危険性と関連したSNPとして特徴付けられたSNPを指す。以下に、出願人は、当業者が、特定のSNPが照合されたSNPとLDにあるかを決定し得る計算法を記載する。そのパラメーターr2は、マーカー間の連鎖不均衡の程度を特徴付けるために、遺伝学分野において一般に使用されている(Hudson,2001)。本明細書で使用される場合、用語「~とLDにある」とは、照合されたSNPを用いて、パラメーター(例えば、r2)の閾(threshold)を上回って測定される特定のSNPを指す。
現在、ある集団から得られた染色体のサンプルにおいて遺伝子の改変を直接観察することは、通常行われていることである。マーカーAおよびBについて、同じ染色体上に位置する2つの遺伝子マーカーにおいて、遺伝子型のデータを有すると仮定する。さらに、2つの対立遺伝子が、これらの2つのマーカーの各々において分離しており、その結果、対立遺伝子A1およびA2がマーカーAにおいて見出され得、そして、対立遺伝子B1およびB2がマーカーBにおいて見出され得ると仮定する。また、これらの2つのマーカーが、ヒトの常染色体上にあると推定する。特定の個体について試験し、そして、これらの対立遺伝子が、両方のマーカーにおいてヘテロ接合性であることを見出し、その結果、その2つのマーカーの遺伝子型がA1A2B1B2である場合、2つの可能な構成が存在する:問題の個体が、1つの染色体上に対立遺伝子A1B1を有し得、そして、残りの染色体上に対立遺伝子A2B2を有し得る;あるいは、個体は、一方の染色体上に対立遺伝子A1B2を有し得、そして、もう一方の染色体上に対立遺伝子A2B1を有し得る。染色体上の対立遺伝子の配列は、ハプロタイプと呼ばれる。この例において、個体は、ハプロタイプA1B1/A2B2またはA1B2/A2B1を有し得る(より完全な説明については、HartlおよびClark(1989)を参照のこと)。連鎖平衡の概念は、ハプロタイプの頻度を、対立遺伝子の頻度に対して関連付ける。
個体のサンプルが、より大きな集団から選択されると推定する。各々が2つの対立遺伝子を有する上記2つのマーカーを考慮すると、以下の4つの可能なハプロタイプが存在する:A1B1、A1B2、A2B1およびA2B2。以下の式を用いて、これらの4つのハプロタイプの頻度を表す:
P11=freq(A1B1) (1)
P12=freq(A1B2) (2)
P21=freq(A2B1) (3)
P22=freq(A2B2) (4)。
P11=freq(A1B1) (1)
P12=freq(A1B2) (2)
P21=freq(A2B1) (3)
P22=freq(A2B2) (4)。
2つのマーカーにおける対立遺伝子の頻度は、異なるハプロタイプの頻度の合計であり、単一のマーカーの対立遺伝子の頻度を2つのマーカーのハプロタイプの頻度に対して関連付ける、類似の式のセットを記述することは簡単である:
p1=freq(A1)=P11+P12 (5)
p2=freq(A2)=P21+P22 (6)
q1=freq(B1)=P11+P21 (7)
q2=freq(B2)=P12+P22 (8)。
p1=freq(A1)=P11+P12 (5)
p2=freq(A2)=P21+P22 (6)
q1=freq(B1)=P11+P21 (7)
q2=freq(B2)=P12+P22 (8)。
各マーカーにおける4つのハプロタイプの頻度と、対立遺伝子の頻度とは、合計して1の頻度にならなければならないことに注意されたい:
P11+P12+P21+P22=1 (9)
p1+p2=1 (10)
q1+q2=1 (11)。
P11+P12+P21+P22=1 (9)
p1+p2=1 (10)
q1+q2=1 (11)。
2つのマーカーにおける対立遺伝子の間に相関がない場合、ハプロタイプの頻度は、複合対立遺伝子の積に近似することを予想する。したがって、
となる。
これらの近似式(12)~(15)は、2つのマーカーの間に独立した組み合わせが存在する、すなわち、2つのマーカーにおける対立遺伝子は、一緒に、不規則に生じる、という連鎖平衡の概念を表す。これらは、近似値として表される。なぜならば、連鎖平衡および連鎖不均衡は、代表的には、染色体のサンプルの特性と考えられる概念であり;したがって、これらは、サンプル収集のプロセスに起因して、確率変動に対して感度が高いからである。経験的に、多くの対の遺伝子マーカーが、連鎖平衡であるが、確実に、全ての対が連鎖平衡であるわけではない。
上記の連鎖平衡の概念を確立したので、出願人は、連鎖不均衡(LD)の概念を説明し得る。LDは、連鎖平衡からの逸脱である。A1B1ハプロタイプの頻度が、(12)において数学的に記述された連鎖平衡の仮定の下のA1およびB1についての対立遺伝子の積に近似するので、連鎖平衡からの偏差の量についての単純な指標は、これら2つの量における差、D
D=P11-p1q1 (16)
であり、D=0は、完全な連鎖平衡を示す。D=0からの実質的な偏差は、試験される染色体のサンプルにおけるLDを示す。Dがとり得る最大値および最小値を含めた、Dの多くの特性が、Lewontin(1964)において考察される。数学的には、基本的な代数学を用いて、Dがハプロタイプの観点だけから記述され得ることが示され得る:
D=P11P22-P12P21 (17)。
D=P11-p1q1 (16)
であり、D=0は、完全な連鎖平衡を示す。D=0からの実質的な偏差は、試験される染色体のサンプルにおけるLDを示す。Dがとり得る最大値および最小値を含めた、Dの多くの特性が、Lewontin(1964)において考察される。数学的には、基本的な代数学を用いて、Dがハプロタイプの観点だけから記述され得ることが示され得る:
D=P11P22-P12P21 (17)。
Dを二乗し、その後、A1、A2、B1およびB2の対立遺伝子の頻度の積で割ることによってDを変換すると、その結果得られるr2と呼ばれる量は、統計学において一般に使用されるピアソンの相関係数の二乗と等価である(例えば、Hoel,1954)。
Dについて、0に近いr2の値は、サンプルセットにおいて試験される2つのマーカー間の連鎖平衡を示す。r2の値が増加するにつれて、これら2つのマーカーは連鎖不均衡であるといわれる。r2がとり得る値の範囲は、0~1である。r2=1のとき、これら2つのマーカーにおける対立遺伝子の間には完全な相関が存在する。
さらに、上述の量はサンプル特異的なものである。従って、研究されるサンプルに特異的な表記を公式化する必要がある。ここで考察されるアプローチにおいて、主要な関心となるのは以下の3つの型のサンプルである:(i)疾患に関連する表現型により影響を受ける個体からの染色体のサンプル(症例)、(ii)疾患に関連する表現型により影響を受けない個体から得られた染色体のサンプル(対照)、ならびに(iii)ハプロタイプの構築およびペアワイズの連鎖不均衡の計算のために使用される標準的なサンプルセット。以下に記載される方法の展開において使用される対立遺伝子の頻度について、症例または対照のいずれかのサンプルセットを示すために、さらなるサブスクリプトが追加される。
p1,cs=freq(症例におけるA1) (19)
p2,cs=freq(症例におけるA2) (20)
q1,cs=freq(症例におけるB1) (21)
q2,cs=freq(症例におけるB2) (22)
同様に、
p1,ct=freq(対照におけるA1) (23)
p2,ct=freq(対照におけるA2) (24)
q1,ct=freq(対照におけるB1) (25)
q2,ct=freq(対照におけるB2) (26)。
p2,cs=freq(症例におけるA2) (20)
q1,cs=freq(症例におけるB1) (21)
q2,cs=freq(症例におけるB2) (22)
同様に、
p1,ct=freq(対照におけるA1) (23)
p2,ct=freq(対照におけるA2) (24)
q1,ct=freq(対照におけるB1) (25)
q2,ct=freq(対照におけるB2) (26)。
ロバストな連鎖不均衡の計算には、十分に容認されるサンプルセットが必要であるので、International HapMap Project(The International HapMap Consortium 2003,2005;Thorissonら、2005;McVeanら、2005)から得られるデータが、ペアワイズのr2値の計算のために使用され得る。実際、国際HapMapプロジェクトのために遺伝子型決定されたサンプルは、観察される遺伝的バリエーションのパターンから、十分な数の染色体が試験して有意義かつロバストな結論を導くように、種々のヒト部分集団からの代表例として選択された。Internationa HapMap Projectのウェブサイト(hapmap.org)は、プロジェクトの説明、利用された方法および試験されたサンプルを含む。このようなデータ中に存在するパターンの意味を得るために経験的なデータを試験することも有用である。
ハプロタイプの頻度は、上記の式(18)においては明白な独立変数であった。しかし、2マーカーのハプロタイプの頻度を知るためには、位相が二重ヘテロ接合性サンプルについて決定されることを必要とする。試験されるデータにおいて位相が未知であるとき、遺伝子型データから位相を推定するために種々のアルゴリズムが使用され得る。この問題は、以前に考察されており、その考察においては、A1A2B1B2の2つのSNP遺伝子型を有する二重ヘテロ接合性の個体は、以下の2つの異なる染色体セットのうちの1つを有し得る:A1B1/A2B2またはA1B2/A2B1。ハプロタイプの頻度を推定するための1つのこのようなアルゴリズムは、Dempsterら(1977)によって最初に公式化された、期待値最大化(EM)アルゴリズムである。このアルゴリズムは、しばしば、遺伝子型データからハプロタイプの頻度を推定するために、遺伝学において使用される(例えば、ExcoffierおよびSlatkin、1995;Tregouetら、2004)。2つのSNPについての場合がここで検査されているが、EMアルゴリズムは、対立遺伝子の頻度とサンプルサイズとが小さ過ぎないという条件で、誤差がほとんどないということに注意すべきである。r2値に対するインパクトは、代表的には無視できる。
相関する遺伝子マーカーは情報を共有するので、疾患に関連するSNPマーカーを用いたLDにおけるSNPマーカーの照合もまた、疾患の関連を検出するために十分な検出力を有し得る(LongおよびLangley、1999)。疾患に関連する対立遺伝子を直接見出す検出力と、疾患との関連性を間接的に検出する検出力との間の関係性は、PritchardおよびPrzeworski(2001)によって調査された。真っ直ぐに向かう(straight-forward)偏差において、疾患に関連する遺伝子座と比較して、サンプルサイズが係数
(式(18)の逆数)によって増加される場合、疾患に関連する遺伝子座と連鎖不均衡であるマーカーの遺伝子座において疾患との関連性を間接的に検出する検出力は、疾患に関連する遺伝子座において疾患との関連性を直接検出する検出力とほぼ同じであることが示され得る。
従って、N個のサンプルを有する実験を用いて、疾患との関連性を間接的に検出する検出力を計算した場合、(実際の疾患に感受性のある遺伝子座において)疾患との関連性を直接検出するのと等価な検出力は、およそr2N個のサンプルを用いる実験を必要とする。検出力、サンプルサイズおよび連鎖不均衡の間のこの基本的な関係性を用いて、疾患状態に直接関連するSNPマーカーと連鎖不均衡状態にある遺伝子型決定マーカーが、疾患との関連性を間接的に検出する十分な検出力を有するかどうかを決定する際に有用なr2閾値を導出し得る。
間接的なプロセスによる疾患に関連するマーカーを検出する検出力の導出を開始するために、以下のように有効な染色体サンプルサイズを規定する:
上記式において、NcsおよびNctは、それぞれ、二倍体の症例および対照の数である。この式は、症例と対照の数が等価ではない状況を扱うために必要となる。症例と対照のサンプルサイズが等しい場合、すなわち、Ncs=Nct=Nである場合、染色体の有効数の値は、予想通り、単に、n=2Nである。検出力を、有意性レベルαについて計算させる(その結果、αを下回る従来のP値が、統計的に有意であるとみなされる)。標準的なガウス分布の関数を
として定義する。数学的には、
である。あるいは、以下の誤差関数表記(Erf)
がまた使用され得る。
例えば、Φ(1.644854)=0.95である。r2の値は、間接的な照合により疾患との関連性を検出する検出力の予め特定された最小量を得るために導出され得る。LD SNPマーカーが、疾患に関連する対立遺伝子を有するものであり得、それゆえ、このアプローチが、全ての間接的なプロセスによる検出力の結果が少なくとも照合したSNPマーカーと同程度に大きいと予測されるような、下界モデルを構成することに注意されたい。
βにより、本当に疾患に関連するマーカーを検出しない誤り率を示す。従って、1-βは、統計学的な検出力の古典的な定義である。Pritchard-Pzreworskiの結果をサンプルサイズへと代入すると、αの有意性レベルにおいて疾患との関連性を検出する検出力は、以下の近似
により与えられ、上記式において、Zuは、u(u∈(0,1))において評価した標準的な正規累積分布の逆数である。Zu=Φ-1(u)(ここで、Φ(Φ-1(u))=Φ-1(Φ(u))=uである)。例えば、α=0.05に設定し、従って、1-α/2=0.975である場合、Z0.975=1.95996が得られる。次に、Tの最小検出力の閾値に等しい検出力を設定し、
そして、r2について解くと、以下の閾値r2が得られる:
あるいは、
r2が、照合SNPと、この照合SNPと種々のレベルのLDにある他の多数のSNPとの間で計算されると仮定する。閾値
は、照合SNPと、潜在的なLD SNPとの間の連鎖不均衡の最小値であり、その結果、LD SNPは、依然として、疾患との関連性を検出するためのT以上の検出力を保持する。例えば、SNP rs200がケースコントロールの疾患-関連性研究において遺伝子型決定され、SNP rs200が疾患の表現型と関連することが見出されると仮定する。さらに、1,000個の症例の染色体においては、少数の対立遺伝子の頻度が16%であると見出され、1,000個の対照の染色体においては、少数の対立遺伝子の頻度が10%であると見出されたと仮定する。これらの測度を考慮すると、0.05の有意性レベルにおいて疾患との関連性を検出する検出力は、極めて高い、すなわち、対立遺伝子関連性試験を用いて、およそ98%であったことを、実験前に、推測し得る。式(32)を適用すると、r2の最小値を計算して、疾患との関連性を間接的に評価し、検出力の閾値レベルについて、SNP rs200における少数の対立遺伝子が、本当に疾患に対する素因であると考えることができる。検出力の閾値レベルを80%に設定するとき、
=0.489は、上記のものと同じ有意性レベルおよび染色体の数を与える。従って、rs200が0.489よりも大きいペアワイズのr2値を有するあらゆるSNPは、80%より大きい疾患との関連性を検出する検出力を有すると期待される。さらに、この結果は、LD SNPが、照合SNP rs200との連鎖不均衡によってのみ疾患に関連付けられるような保存的なモデルを考慮する。
(補定)
SNPの遺伝子型は、実際に、直接、遺伝子型特定される必要性がなしに、公知のハプロタイプ情報を使用することによって補定され得る(「補定(imputation)」といわれる)。補定は、「失われている」データ(失われている個々の遺伝子型(対立遺伝子)もしくは失われているSNPおよび付随する遺伝子型のいずれか)(これらは、直接には遺伝子型特定されていない(すなわち、アッセイされた))を提供するためのプロセスである。補定は、上記失われている遺伝子型を特定の遺伝子型特定されていないSNPへと推定することによって、これらの遺伝子型特定されていないSNPについての疾患関連性を同定するために特に有用である。上記プロセスは、LDと類似の情報を使用するが、相決定(phasing)および補定プロセスは、同時に複数のSNPからの情報(相決定されたハプロタイプ)を使用するので、上記遺伝子型を推定し、高い同定可能な正確性を達成することができる。遺伝子型情報(例えば、The International HapMap Consortium、NCBI、NLM、NIHによるHapMapプロジェクトから)は、ハプロタイプの相を推定し、遺伝子型を、所定の個体もしくはサンプルセットにおいて直接遺伝子型特定されないSNPに関して(例えば、疾患関連性研究に関して)補定するために使用され得る。一般に、補定は、疾患関連性に関して試験されるべき潜在的SNPの遺伝子型が、複数の個体において決定された参照のデータセット(例えば、HapMapにおいて)を使用し;上記参照のデータセットにおける個体は、次いで、ハプロタイプが相決定される。この相決定は、独立したプログラム(例えば、fastPHASE(Sheet and Stephens, Am J Hum Genet(2006) 76:629-644))もしくは組み合わせプログラム(例えば、上記相決定および上記補定の両方を行うBEAGLE)で行われ得る。上記参照の相決定されたハプロタイプおよびプロセスは、他の機構の中でも、上記HapMapの個々の両親の子供を使用してチェックされ得る。上記参照の相決定されたハプロタイプがいったん作られると、遺伝子型特定されたSNPもしくは直接遺伝子型特定されなかったSNPの完全なセットに関するさらなる個体の補定が、次いで、進められ得る。上記HapMapデータセットは、上記参照のデータセットとして特に有用であるが、他のデータセットも使用され得る。上記補定が、上記関連性研究において個体についての新たな付随した相決定されたハプロタイプを作りだし、これらはゲノム領域内に他のSNPを含むので、これらの遺伝子型特定されていないが、補定されたSNPはまた、疾患関連性(もしくは他の形質)について試験され得る。ハプロタイプの相推定のための特定の例示的方法および失われている遺伝子型の補定は、BEAGLE遺伝学分析プログラムを利用する(Browning, Hum Genet (2008)124:439-450)。
SNPの遺伝子型は、実際に、直接、遺伝子型特定される必要性がなしに、公知のハプロタイプ情報を使用することによって補定され得る(「補定(imputation)」といわれる)。補定は、「失われている」データ(失われている個々の遺伝子型(対立遺伝子)もしくは失われているSNPおよび付随する遺伝子型のいずれか)(これらは、直接には遺伝子型特定されていない(すなわち、アッセイされた))を提供するためのプロセスである。補定は、上記失われている遺伝子型を特定の遺伝子型特定されていないSNPへと推定することによって、これらの遺伝子型特定されていないSNPについての疾患関連性を同定するために特に有用である。上記プロセスは、LDと類似の情報を使用するが、相決定(phasing)および補定プロセスは、同時に複数のSNPからの情報(相決定されたハプロタイプ)を使用するので、上記遺伝子型を推定し、高い同定可能な正確性を達成することができる。遺伝子型情報(例えば、The International HapMap Consortium、NCBI、NLM、NIHによるHapMapプロジェクトから)は、ハプロタイプの相を推定し、遺伝子型を、所定の個体もしくはサンプルセットにおいて直接遺伝子型特定されないSNPに関して(例えば、疾患関連性研究に関して)補定するために使用され得る。一般に、補定は、疾患関連性に関して試験されるべき潜在的SNPの遺伝子型が、複数の個体において決定された参照のデータセット(例えば、HapMapにおいて)を使用し;上記参照のデータセットにおける個体は、次いで、ハプロタイプが相決定される。この相決定は、独立したプログラム(例えば、fastPHASE(Sheet and Stephens, Am J Hum Genet(2006) 76:629-644))もしくは組み合わせプログラム(例えば、上記相決定および上記補定の両方を行うBEAGLE)で行われ得る。上記参照の相決定されたハプロタイプおよびプロセスは、他の機構の中でも、上記HapMapの個々の両親の子供を使用してチェックされ得る。上記参照の相決定されたハプロタイプがいったん作られると、遺伝子型特定されたSNPもしくは直接遺伝子型特定されなかったSNPの完全なセットに関するさらなる個体の補定が、次いで、進められ得る。上記HapMapデータセットは、上記参照のデータセットとして特に有用であるが、他のデータセットも使用され得る。上記補定が、上記関連性研究において個体についての新たな付随した相決定されたハプロタイプを作りだし、これらはゲノム領域内に他のSNPを含むので、これらの遺伝子型特定されていないが、補定されたSNPはまた、疾患関連性(もしくは他の形質)について試験され得る。ハプロタイプの相推定のための特定の例示的方法および失われている遺伝子型の補定は、BEAGLE遺伝学分析プログラムを利用する(Browning, Hum Genet (2008)124:439-450)。
従って、遺伝子型が補定されるSNPは、これらのSNPが直接遺伝子型特定されないとしても、疾患もしくは他の形質との関連性について試験され得る。遺伝子型が補定される上記SNPは、上記参照のデータベース(例えば、HapMap個体であるが、彼らは、特定の個体のもしくはサンプルセットにおいて(例えば、特定の疾患関連研究において)直接遺伝子型特定されない)において利用可能な遺伝子型データを有する。
参照のデータセット(例えば、HapMap)を使用して、研究において直接遺伝子型特定されないSNPの遺伝子型を補定することに加えて、補定は、研究において直接遺伝子型特定されたが、上記遺伝子型が、いくつかの理由で(例えば、それらが品質管理に合格しなかったことが理由で)上記個体のうちのいくらかもしくは大部分において失われているSNPの遺伝子型を提供し得る。補定はまた、異なるセットのSNPが遺伝子型特定されて、完全なメタ分析を構築した複数の研究からの遺伝子型特定の結果を組み合わせるために使用され得る。例えば、複数の異なる研究から遺伝子型特定されかつ補定された、遺伝子型特定されたSNPの結果は、組み合わされ得、そして、その重複するSNP遺伝子型(例えば、1つの研究において遺伝子型特定されたか、別の研究において補定されたか、または両方の研究において補定もしくは両方の研究において遺伝子型特定された)は、上記研究のすべてにわたって分析され得る(Browning, Hum Genet (2008) 124:439-450)。
補定(ならびに上記BEAGLEプログラム)の概説に関しては、Browning, 「Missing data imputation and haplotype phase inference for genome-wide association studies」, Hum Genet (2008) 124:439-450およびBrowning et al. 「A unified approach to genotype imputation and haplotype-phase inference for large data sets of trios and unrelated individuals」, Am J Hum Genet.(2009) Feb;84(2):210-23(これらの各々は、その全体が本明細書に参考として援用される)を参照のこと。
特定のSNPの、スタチン応答もしくは疾患表現型(例えば、CVD)に関する寄与もしくは関連性は、本発明のSNPが特定の遺伝子型の結果として、スタチン処置に応答して検出可能な形質(例えば、低下したCVD(特に、CHD(例えば、MI)の危険性)を発現する個体、または個体の遺伝子型がその遺伝子型を有しない個体と比較して、後に検出可能な形質を発症する増大したもしくは低下した危険に彼らを置く、その個体を同定し得る優れた診断試験を開発するために使用されることを可能にする。本明細書で記載される場合、診断は、単一のSNPもしくはSNPの群に基づき得る。複数のSNPの合わされた検出は、(例えば、表1および/もしくは表2に提供されるSNPのうちの2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個、20個、24個、25個、30個、32個、48個、50個、64個、96個、100個、もしくはその間の任意の他の数、またはそれより多い数)は、代表的には、正確な診断の確率を増大させる。例えば、CVDと相関することが公知の単一のSNPの存在は、個体がCVDを有するかもしくはCVDを発症する危険にある確率が20%であることを示し得るのに対して、5個のSNP(その各々は、CVDと相関する)の検出は、個体がCVDを有するかもしくはCVDを発症する危険にある確率が80%であることを示し得る。診断もしくは素因スクリーニングの正確性をさらに増すために、本発明のSNPの分析は、他の多型もしくはCVDの他の危険因子(例えば、疾患症状、病理的特徴、家族歴、食事、環境因子、もしくはライフ・スタイル因子)の分析と組み合わされ得る。
本発明は、一般に、スタチン処置から利益を得る個体もしくはCVDを発症する危険にある(もしくはより少ない危険にある)個体の絶対的な同定を提供することは意図しないが、むしろスタチン治療に応答する、または統計的に有意な関連結果に基づいて、CVDを発症する、特定の増大した(もしくは低下した)程度もしくは可能性を示すことを意図することは、CVDの処置もしくは診断の当業者によって理解される。しかし、この情報は、例えば、個体を、彼らの医師によって処方された場合に彼らのスタチンレジメンに従うように促して(たとえスタチン治療を維持するという利益が、明白に明らかであるとは限らないにしても、これにより、しばしば、処方されたスタチン処置の遵守の不足をもたらす)、予防処置を開始するために、または1個以上の重要なSNPもしくはSNPハプロタイプを有する個体が警告サイン(例えば、重大でない臨床的症状)を予見することを可能にするために、もしくは、初期ステージで状態を同定し処置を始めるため、計画された身体検査を定期的に行って、その状態の出現をモニターするために、使用され得る場合には、極めて価値がある。特に、時間通りに処置されない場合に、極めて衰弱するかもしくは致死的である疾患では、潜在的素因の知識は、たとえこの素因が絶対的ではないにしても、処置効力に非常に重大な様式で寄与する可能性がある。
本発明の診断技術は、種々の方法論を使用して、試験被験体が、検出可能な形質を発症する増大したもしくは低下した危険性と関連するSNPもしくはSNPの組み合わせを有するかどうか、または上記個体が、特定の多型/変異の結果として検出可能な形質に罹患しているかどうかを決定し得る(例えば、ハプロタイプ決定のために個々の染色体の分析を可能にする方法、家族研究、単一精子のDNA分析、もしくは体細胞ハイブリッドを含む)。本発明の診断を使用して分析される形質は、CVDもしくは薬物応答に関する病理もしくは障害において一般に観察される任意の検出可能な形質であり得る。
本発明の別の局面は、個体が、1つ以上の形質を発症する危険性がある(または危険性が低い)かどうか、または、個体が、特定の形質が原因となる対立遺伝子もしくは形質が影響を与える対立遺伝子を保有する結果として、1つ以上の形質を発現するかどうかを決定する方法に関連する。これらの方法は一般に、個体から核酸サンプルを得る工程、および、この核酸サンプルをアッセイして、1つ以上のSNP位置にどのヌクレオチドが存在するかを決定する工程を包含し、ここで、アッセイされるヌクレオチドは、形質を発症する危険性の増加もしくは減少の指標、または、個体が、特定の形質が原因となる対立遺伝子もしくは形質が影響を与える対立遺伝子を保有する結果として、1つ以上の形質を発現することの指標である。
別の実施形態において、本発明のSNP検出試薬を用いて、個体が、遺伝子発現(集合的に、細胞もしくは体液の「遺伝子応答」)のレベル(例えば、サンプル中のmRNAもしくはタンパク質の濃度など)またはパターン(例えば、発現の反応速度論、分解速度、安定性プロフィール、Km、Vmaxなど)に影響を及ぼす、1つ以上のSNP対立遺伝子を有するかどうかを決定する。このような決定は、(例えば、核酸アレイ、RT-PCR、TaqManアッセイもしくは質量分析を用いることによって)mRNAもしくはタンパク質の発現をスクリーニングすること、個体において変更された発現を有する遺伝子を同定すること、変更された発現を有する遺伝子の発現に影響を与え得る、表1および/もしくは表2に開示されるSNPの遺伝子型(例えば、変更された発現を有する遺伝子内および/もしくはその周囲にあるSNP、調節/制御領域にあるSNP、変更された発現を有する遺伝子の発現に影響を与え得る経路に関与する他の遺伝子内および/もしくはその周囲にあるSNP、または、遺伝子型が特定され得る全てのSNP)を特定すること、ならびに、SNP遺伝子型を変更された遺伝子発現と相関させることによって達成され得る。この様式において、特定のSNP部位における特定のSNP対立遺伝子は、遺伝子発現に影響を与えると同定され得る。
(治療剤、薬理ゲノム学、および薬物開発)
(治療法および組成物)
本発明の特定の局面において、個体の核酸において、本発明によって提供される1種以上のSNPをアッセイする(すなわち、試験する)方法、および上記個体が治療剤もしくは予防剤から利益を受け得ることが示された上記SNP(複数可)に存在する対立遺伝子(複数可)に基づいて、上記治療剤もしくは予防剤を上記個体に投与する方法が提供される。
(治療法および組成物)
本発明の特定の局面において、個体の核酸において、本発明によって提供される1種以上のSNPをアッセイする(すなわち、試験する)方法、および上記個体が治療剤もしくは予防剤から利益を受け得ることが示された上記SNP(複数可)に存在する対立遺伝子(複数可)に基づいて、上記治療剤もしくは予防剤を上記個体に投与する方法が提供される。
本発明のさらなる局面において、個体の核酸において、本発明によって提供される1種以上のSNPをアッセイする方法、および診断剤もしくは診断手順が、上記個体において正当と理由づけられることが示されたSNP(複数可)に存在する対立遺伝子(複数可)に基づいて、上記診断剤(例えば、画像化剤)を投与するか、または上記個体にさらなる診断手順を別の方法で実行する方法が提供される。
本発明のさらに他の局面において、治療剤(例えば、低分子薬物、抗体、ペプチド、アンチセンスもしくはRNAi核酸分子など)、および上記治療剤を、本発明によって提供される1種以上のSNPについて試験された個体に投与するための指示のセットを含む薬学的パックが提供される。
(薬理ゲノム学)
本発明は、特定の治療剤もしくは薬学的化合物、またはこのような化合物のクラスに対して、特定のSNP対立遺伝子もしくはハプロタイプを有する被験体の薬理ゲノム学を評価するための方法を提供する。薬理ゲノム学は、臨床的に有意な遺伝性のバリエーション(例えば、SNP)が、影響を受けた人における変化した薬物の性質および/または異常作用に起因する薬物に対する応答において機能する役割を扱う。例えば、Roses、Nature 405、857-865(2000);Gould Rothberg、Nature Biotechnology 19、209-211(2001);Eichelbaum、Clin.Exp.Pharmacol.Physiol.23(10-11):983-985(1996);およびLinder、Clin.Chem.43(2):254-266(1997)を参照のこと。こららのバリエーションの臨床結果は、代謝における個々のバリエーションの結果として、特定の個体における治療用薬物の重篤な毒性、または特定の個体における薬物の治療不全を生じ得る。従って、個体のSNP遺伝子型は、治療用化合物が身体に作用する様式、または身体がその化合物を代謝する様式を決定し得る。例えば、薬物代謝酵素におけるSNPは、これらの酵素の活性に影響を与え得、これは次々に薬物作用の強度および期間の両方、ならびに薬物代謝および薬物浄化に影響を与え得る。
本発明は、特定の治療剤もしくは薬学的化合物、またはこのような化合物のクラスに対して、特定のSNP対立遺伝子もしくはハプロタイプを有する被験体の薬理ゲノム学を評価するための方法を提供する。薬理ゲノム学は、臨床的に有意な遺伝性のバリエーション(例えば、SNP)が、影響を受けた人における変化した薬物の性質および/または異常作用に起因する薬物に対する応答において機能する役割を扱う。例えば、Roses、Nature 405、857-865(2000);Gould Rothberg、Nature Biotechnology 19、209-211(2001);Eichelbaum、Clin.Exp.Pharmacol.Physiol.23(10-11):983-985(1996);およびLinder、Clin.Chem.43(2):254-266(1997)を参照のこと。こららのバリエーションの臨床結果は、代謝における個々のバリエーションの結果として、特定の個体における治療用薬物の重篤な毒性、または特定の個体における薬物の治療不全を生じ得る。従って、個体のSNP遺伝子型は、治療用化合物が身体に作用する様式、または身体がその化合物を代謝する様式を決定し得る。例えば、薬物代謝酵素におけるSNPは、これらの酵素の活性に影響を与え得、これは次々に薬物作用の強度および期間の両方、ならびに薬物代謝および薬物浄化に影響を与え得る。
薬物代謝酵素、薬物輸送体、製剤用のタンパク質、および他の薬物標的におけるSNPの発見は、なぜ数名の患者が期待された薬物効果を得ず、過度の薬物効果を示すのか、またはなぜ標準的な薬物投薬量から重篤な毒性を受けるのかを説明してきた。SNPは、代謝の速い人(extensive metabolizer)の遺伝子型、および代謝の遅い人(poor metabolizer)の表現型において発現し得る。従って、SNPは、タンパク質の対立遺伝子改変体をもたらし得、その改変体において、ある集団の1以上のタンパク質機能が、別の集団におけるタンパク質機能と異なる。従って、SNPおよびコードされる改変体ペプチドは、処置様式に影響を与え得る遺伝的素因を確認するための標的を提供する。例えば、リガンドベースの処置において、SNPは、リガンド結合においてほぼ活性なアミノ末端細胞外ドメインおよび/またはレセプターの他のリガンド結合領域に対する上昇を与え得、それによって、その後のタンパク質活性化に影響を与える。従って、リガンド投薬量は、必然的に特定のSNP対立遺伝子もしくはハプロタイプを含む所定の集団内の治療効果を最大化するように修正される。
遺伝子タイピング(genotyping)の代替として、代替のSNP対立遺伝子によってコードされる改変アミノ酸配列を含む特定の改変体タンパク質が同定され得る。従って、個体の薬理ゲノム的特徴付けは、個々のSNP遺伝子型に基づく予防的用途または治療的用途のために有効な化合物およびそのような化合物の有効投薬量の選択を可能にし、それによって、治療の有効性を増強および最適化する。さらに、特定のSNP/ハプロタイプを含む組み換え細胞およびトランスジェニック動物の作製は、有効な臨床設計ならびに処置化合物および投薬レジメンの試験を可能にする。例えば、トランスジェニック動物は、ヒト疾患感受性遺伝子に対してオルソログな遺伝子における特定のSNP対立遺伝子のみが異なるように作製され得る。
本発明のSNPの薬理ゲノム学的使用は、患者のケアのために、特に、スタチン処置への個体の応答性(特に、CVD(特に、CHD(例えば、MI))の危険性を低下させるために)を予測することにおいて、およびCVD(例えば、CHD(例えば、MI))への個体の素因を予測することにおいて、いくつかの重要な利点を提供する。個体のSNP遺伝子型に基づく、個体の薬理ゲノム学的特徴付けは、特定の薬物投与(medication)での処置に応答する見込みのない個体を同定し、それによって、医師が、それらの個体へ無効な薬物投与を処方するのを回避することを可能にし得る。他方で、個体のSNPの遺伝子型特定は、医師が個体のSNP遺伝子型に基づいて最も有効である適切な薬物投与および投与レジメンを選択することを可能にし得る。この情報は、薬物投与を処方することにおいて医師の確信を増大させ、患者が彼らの薬物レジメンに従うように動機づける。さらに、薬理ゲノム学は、特定の薬物もしくは薬物投与量に対して毒性および有害反応の素因を有する患者を同定し得る。有害な薬物反応は、米国だけで1年あたり100,000名を超える回避可能な死亡を引き起こし、従って、入院および死亡の重大な原因、ならびにヘルスケアシステムに対する重大な経済的負担を表す(Pfost et al., Trends in Biotechnology, Aug.2000.)。従って、本明細書で開示されるSNPに基づく薬理ゲノム学は、命を救いかつヘルスケアコストを実質的に低下させる潜在力を有する。
薬理ゲノム学は、一般に、Rose et al.,「Pharmacogenetic analysis of clinically relevant genetic polymorphisms」,Methods Mol Med 85:225-37(2003)においてさらに考察されている。薬理ゲノム学は、アルツハイマー病および他の神経変性障害に関する場合は、Cacabelos,「Pharmacogenomics for the treatment of dementia」, Ann Med 34(5):357-79 (2002); Maimone et al.,「Pharmacogenomics of neurodegenerative diseases」,Eur J Pharmacol 413(1):11-29(Feb.2001);およびPoirier,「Apolipoprotein E: a pharmacogenetic target for the treatment of Alzheimer’s disease」,Mol Diagn 4(4):335-41(Dec.1999)において考察されている。薬理ゲノム学は、心血管障害に関する場合は、Siest et al.,「Pharmacogenomics of drugs affecting the cardiovascular system」,Clin Chem Lab Med 41(4):590-9(Apr.2003); Mukherjee et al.,「Pharmacogenomics in cardiovascular diseases」,Prog Cardiovasc Dis 44(6):479-98(May-Jun.2002);およびMooser et al.,「Cardiovascular pharmacogenetics in the SNP era」,J Thromb Haemost 1(7):1398-402(Jul.2003)において考察されている。薬理ゲノム学は、癌に関する場合には、McLeod et al.,「Cancer pharmacogenomics: SNPs, chips, and the individual patient」,Cancer Invest 21(4):630-40(2003);およびWatters et al.,「Cancer pharmacogenomics: current and future applications」,Biochim Biophys Acta 1603(2):99-111(Mar.2003)において考察されている。
(臨床試験)
本発明の特定の局面において、本明細書で開示されるSNPを使用して、患者集団を、治療剤、予防剤、もしくは診断剤の臨床試験のために同定もしくは層化する方法が提供される。
本発明の特定の局面において、本明細書で開示されるSNPを使用して、患者集団を、治療剤、予防剤、もしくは診断剤の臨床試験のために同定もしくは層化する方法が提供される。
例えば、本発明の一局面は、個体のSNP遺伝子型に基づいて、臨床試験のために個体を選択すること(例えば、臨床試験に含めるための個体を選択することおよび/もしくは個体を臨床試験内の特定の群(例えば、上記臨床試験の「アーム」)に割り当てること)を含む。例えば、個体が薬物に陽性に応答する可能性があることを示すSNP遺伝子型を有する個体は、上記臨床試験に含められ得るのに対して、彼らのSNP遺伝子型が、彼らが上記薬物に応答する可能性が低いかもしくは応答しないことを示すか、または毒性作用もしくは他の有害反応を被る危険性にある個体は、上記臨床試験から排除され得る。このことは、臨床試験の安全性を改善し得るのみならず、上記臨床試験が統計学的に有意な効力を実証する機会をも増大させ得る。さらに、異なるSNP改変体を有する患者での前向き試験を層化して、鑑別的な薬物処置の影響が決定され得る。
従って、本発明の特定の実施形態は、ヒトが臨床試験に含めるために選択され、そして/または1種以上の本明細書で開示されるSNPの存在もしくは非存在に基づいて、臨床試験内の特定の群に割り当てられる、治療剤の臨床試験を行うための方法を提供する。特定の実施形態において、上記治療剤は、スタチンである。
特定の例示的実施形態において、本発明のSNPは、彼らのSNP遺伝子型(複数可)に基づいて、特定の治療剤(もしくは治療剤のクラス)に陽性に応答する見込みのない個体を選択して、彼らが利益を受け得る別のタイプの薬物の臨床試験に参加させるために使用され得る。従って、特定の実施形態において、本発明のSNPは、現在の処置に適切に応答せず、従って、新たな治療の必要性がある患者集団を同定するために使用され得る。このことは、上記患者自身に利益を与えるのみならず、新薬の市場を示す集団の同定を可能にすることによって製薬会社のような組織にも利益を及ぼし、これらの新薬の効力が、これらの市場内の個体において直接臨床試験の間に試験されることを可能にする。
本発明のSNP含有核酸分子はまた、改変体遺伝子の発現もしくは活性、または、コードされる生成物に対して調節する化合物の効果をモニターする(特に、処置レジメンもしくは臨床試験において)ために有用である。従って、上記遺伝子発現パターンは、上記化合物での(特に、患者が耐性を発生させる化合物での)処置の有効性を持続させるためのインジケーターとして、ならびに毒性のインジケーターとして働き得る。上記遺伝子発現パターンはまた、罹患した細胞の上記化合物への生理学的応答を示すマーカーとして働き得る。よって、このようなモニタリングは、上記化合物の増大した投与もしくは上記患者が耐性にならない代替の化合物の投与のいずれかを可能にする。
さらに、本発明のSNPは、以前に開発した特定の薬物が、臨床試験においてなぜ十分に機能しなかったかを決定することにおいて有用性を有し得、そして、以前、臨床試験において十分に機能しなかった薬物から利益を得る集団のサブセットを同定し、それによって以前に開発された薬物を「救い出」し、上記薬物が、これから利益を得ることができる特定の患者集団(例えば、特定のCVD患者)に利用されるようにすることを可能にする。
(同定、スクリーニング、および治療剤の使用)
本発明のSNPはまた、CVD(特に、CHD(例えば、MI)、もしくは脳卒中)の新規な治療標的を同定するために使用され得る。例えば、上記疾患関連改変体を含む遺伝子(「改変体遺伝子」)もしくはそれらの生成物、ならびにこれらの改変体遺伝子もしくはそれらの生成物によって直接的もしくは間接的に調節されるかまたはこれらの改変体遺伝子もしくはそれらの生成物と相互作用する遺伝子またはそれらの生成物は、例えば、上記疾患を処置するか、または疾患の発症を予防もしくは遅らせる治療剤の開発のために標的とされ得る。上記治療剤は、上記標的遺伝子もしくは遺伝子生成物の機能もしくはレベルを調節する、例えば、低分子、タンパク質、タンパク質フラグメントもしくはペプチド、抗体、核酸、またはそれらの誘導体もしくは摸倣物から構成され得る。
本発明のSNPはまた、CVD(特に、CHD(例えば、MI)、もしくは脳卒中)の新規な治療標的を同定するために使用され得る。例えば、上記疾患関連改変体を含む遺伝子(「改変体遺伝子」)もしくはそれらの生成物、ならびにこれらの改変体遺伝子もしくはそれらの生成物によって直接的もしくは間接的に調節されるかまたはこれらの改変体遺伝子もしくはそれらの生成物と相互作用する遺伝子またはそれらの生成物は、例えば、上記疾患を処置するか、または疾患の発症を予防もしくは遅らせる治療剤の開発のために標的とされ得る。上記治療剤は、上記標的遺伝子もしくは遺伝子生成物の機能もしくはレベルを調節する、例えば、低分子、タンパク質、タンパク質フラグメントもしくはペプチド、抗体、核酸、またはそれらの誘導体もしくは摸倣物から構成され得る。
本発明はさらに、CVD、特にCHD(例えば、MI)を処置するために使用され得る化合物または薬剤を同定するための方法を提供する。本明細書中で開示されるSNPは、治療剤の同定および/または開発のための標的として有用である。治療剤または治療用化合物を同定するための方法は、代表的には、その薬剤または化合物がSNP含有核酸またはコードされる産物の活性および/または発現を調節する能力をアッセイする工程、そしてSNP含有核酸またはコードされる産物の所望でない活性または発現によって特徴付けられる障害を処置するために使用され得る薬剤または化合物を同定する工程を包含する。そのアッセイは、細胞ベースのシステムおよび細胞を含まないシステムで実施され得る。細胞ベースのアッセイは、目的の核酸分子を天然に発現する細胞、または特定の核酸分子を発現するように遺伝的に操作された組換え細胞を含み得る。
CVD患者における改変体遺伝子発現としては、例えば、SNP含有核酸配列(例えば、SNPを含むmRNA転写物分子に転写され得るSNPを含み、順に改変体タンパク質に翻訳され得る遺伝子)、または1以上のSNPに起因して発現が変化する正常/野生型核酸配列(例えば、正常な転写物の発現レベルまたは発現パターンに影響を与えるSNPを含み得る調節/制御領域)の発現のいずれかが挙げられ得る。
改変体遺伝子発現のためのアッセイは、核酸レベル(例えば、mRNAレベル)、発現したタンパク質レベル、またはシグナル伝達経路に関連する対応化合物の直接アッセイを含み得る。さらに、シグナル伝達経路に応じてアップレギュレートもしくはダウンレギュレートする遺伝子の発現もまた、アッセイされ得る。この実施形態において、これらの遺伝子の調節領域は、レポーター遺伝子(例えば、ルシフェラーゼ)に対して作動可能に連結され得る。
改変体遺伝子発現の調節因子は、例えば、細胞が候補化合物/薬剤と接触され、そしてmRNAの発現が決定される方法において同定され得る。候補化合物の存在下でのmRNAの発現のレベルは、その候補化合物の非存在下でのmRNAの発現のレベルと比較される。次いで、候補化合物は、この比較に基づいて改変体遺伝子発現の調節因子として同定され得、そして本発明の1以上のSNPに起因する改変体遺伝子発現(例えば、SNP含有核酸の発現、または核酸分子の発現に影響を与える1以上のSNPに起因する正常/野生型核酸分子の発現の変化のいずれか)によって特徴付けられる障害(例えば、CVD)を処置するために使用され得る。mRNAの発現が、候補化合物の非存在下よりもその存在下において統計的に有意に大きい場合、その候補化合物は、核酸発現の刺激物質として同定される。核酸発現が候補化合物の非存在下よりもその存在下において統計的に有意に小さい場合、その候補化合物は、核酸発現のインヒビターとして同定される。
本発明はさらに、標的として、改変体核酸発現を調節する遺伝子として薬物をスクリーニングすることを通して同定される化合物を使用して、SNPまたは関連する核酸ドメイン(例えば、触媒ドメイン、リガンド/基質結合ドメイン、調節/制御領域など)または遺伝子、あるいはコードされるmRNA転写物を用いる処置方法を提供する。調節としては、核酸発現のアップレギュレーション(すなわち、活性化または作動化(agonization))あるいはダウンレギュレーション(すなわち、抑制または拮抗化(antagonization))のいずれかが挙げられ得る。
mRNA転写物およびコードされるタンパク質の発現は、野生型でも改変体でも、調節/制御エレメント(例えば、発現を調節するプロモーターまたは転写調節因子結合ドメイン)中の特定のSNP対立遺伝子に伴って個々に変更され得る。この状況において、処置方法および化合物は、本明細書中で議論されるように、改変体調節/制御エレメントを調節または克服し、それによって、野生型タンパク質もしくは改変体タンパク質のいずれかの正常または健常な発現レベルを生じることを確認する。
(薬学的組成物およびその投与)
本明細書中に開示される任意のスタチン応答関連タンパク質(およびコードする核酸分子)は、CVDを処置または予防するための治療標的として用いられ得(またはそれ自体が治療用化合物として直接用いられ得)、そして本開示は、これらの治療標的のいずれかを標的とする(またはそれらから構成される)治療用化合物(例えば、低分子、抗体、治療タンパク質、RNAiおよびアンチセンス分子など)が開発されることを可能にする。
本明細書中に開示される任意のスタチン応答関連タンパク質(およびコードする核酸分子)は、CVDを処置または予防するための治療標的として用いられ得(またはそれ自体が治療用化合物として直接用いられ得)、そして本開示は、これらの治療標的のいずれかを標的とする(またはそれらから構成される)治療用化合物(例えば、低分子、抗体、治療タンパク質、RNAiおよびアンチセンス分子など)が開発されることを可能にする。
一般に、治療用化合物は、類似の有用性を果たす薬剤についての受け入れられた投与形態のいずれかによって、治療有効量で投与される。本発明の治療用化合物の実際の量、すなわち、有効成分は、多数の要因(例えば、処置すべき疾患の重篤度、被験体の年齢および関連の健康状態、用いられる化合物の効力、投与経路および投与形態、ならびに他の要因)に依存する。
治療有効量の治療用化合物は、例えば、1日あたりレシピエントの体重1kgあたり約0.01~50mg(好ましくは約0.1~20mg/kg/日)の範囲であり得る。従って、一例として、70kgのヒトに対する投与については、投薬範囲は、最も好ましくは、1日あたり約7mg~1.4gである。
一般に、治療用化合物は、以下の経路のうちの任意の1つによって薬学的組成物として投与される:経口投与、全身投与(例えば、経皮投与、鼻腔内投与または坐剤投与)、または非経口投与(例えば、筋肉内投与、静脈内投与または皮下投与)。好ましい投与様式は、苦痛の程度に従って調整され得る、従来の毎日の投薬レジメンを用いた、経口投与様式または非経口投与様式である。経口用組成物は、錠剤、丸剤、カプセル剤、半固体、散剤、徐放性処方物、液剤、懸濁剤、エリキシル剤、エアロゾル剤または任意の他の適切な組成物の形態を採り得る。
処方物の選択は、種々の要因(例えば、薬物の投与形態(例えば、経口投与については、錠剤、丸剤またはカプセル剤の形態の処方物が好ましい)および薬物物質のバイオアベイラビリティ)に依存する。近年、薬学的処方物は、表面積を増大させる、すなわち、粒子サイズを減少させることによってバイオアベイラビリティが増大し得るという原理に基づいて、より乏しいバイオアベイラビリティを示す薬物について特に開発されている。例えば、米国特許第4,107,288号は、活性な物質が高分子の架橋マトリクス上に保持される、10nm~1,000nmの~サイズ範囲の粒子を有する薬学的処方物を記載する。米国特許第5,145,684号は、薬物物質が、表面モディファイヤの存在下でナノ粒子(400nmの平均粒子サイズ)まで粉砕され、次いで、液体媒体中に分散されて、顕著に高いバイオアベイラビリティを示す薬学的処方物が得られる、薬学的処方物の生産を記載する。
薬学的組成物は、一般に、少なくとも1つの薬学的に受容可能な賦形剤と組み合わせた治療用化合物から構成される。受容可能な賦形剤は、無毒性であり、投与を補助し、そしてこの治療用化合物の治療的利益に対して有害には影響を与えない。このような賦形剤は、任意の固体、液体、半固体、またはエアロゾル組成物の場合は気体の、当業者に一般的に入手可能である賦形剤であり得る。
固体の薬学的賦形剤としては、デンプン、セルロース、滑石、グルコース、ラクトース、スクロース、ゼラチン、麦芽、イネ、粉、チョーク、シリカゲル、ステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸ナトリウム、モノステアリン酸グリセロール、塩化ナトリウム、脱脂粉乳などが挙げられる。液体賦形剤および半固体賦形剤は、グリセロール、プロピレングリコール、水、エタノールおよび種々の油(石油起源、動物起源、植物起源もしくは合成起源の油(例えば、落花生油、大豆油、鉱油、胡麻油など)を含む)から選択され得る。(特に注射可能溶液用に)好ましい液体キャリアとしては、水、生理食塩水、水性デキストロースおよびグリコールが挙げられる。
圧縮ガスは、エアロゾル形態で本発明の化合物を分散させるために使用され得る。この目的で適切な不活性ガスは、窒素、二酸化炭素などである。
他の適切な薬学的賦形剤およびそれらの処方物は、Remington’s Pharmaceutical Sciences,E.W.Martin編(Mack Publishing Company,第18版,1990)に記載される。
処方物中のその治療化合物の量は、当業者によって採用される十分な範囲内で変化し得る。代表的には、その処方物は、重量%(wt%)ベースで、処方物全体に基づいて、約0.01~99.99wt%の治療化合物を含み、そのバランスをとるものは、1種以上の適切な薬学的賦形剤である。好ましくは、その化合物は、約1~80wt%のレベルで存在する。
治療化合物は、単独で、または他の治療化合物もしくは1種以上の他の活性成分と組み合わせて投与され得る。例えば、CVD関連タンパク質のインヒビターまたは刺激剤は、同じCVD関連タンパク質または異なるCVD関連タンパク質の活性を阻害するかまたは刺激する別の薬剤と組み合わせて投与されて、それによりCVDの影響に対抗し得る。
薬理学に関するさらなる情報については、Current Protocols in Pharmacology,John Wiley&Sons,Inc.,N.Y.を参照のこと。
(核酸ベースの治療剤)
本明細書で開示されるSNP含有核酸分子、およびそれらの相補的核酸分子は、細胞、組織、および生物における遺伝子発現を制御するためにアンチセンス構築物として使用され得る。アンチセンス技術は、当該分野において十分確立されており、Antisense Drug Technology: Principles, Strategies, and Applications, Crooke, ed., Marcel Dekker, Inc., N.Y.(2001)において広く総説されている。アンチセンス核酸分子は、一般に、遺伝子によって発現されるmRNAの領域に相補的であるように設計され、その結果、上記アンチセンス分子は、上記mRNAにハイブリダイズし、それによって、mRNAをタンパク質へ翻訳することをブロックする。種々のクラスのアンチセンスオリゴヌクレオチドが、当該分野で使用されており、そのうちの2つは、クリーバー(cleaver)とブロッカー(blocker)である。クリーバーは、標的RNAへ結合することによって、上記標的RNAを切断する細胞内ヌクレアーゼ(例えば、RNaseHもしくはRNase L)を活性化する。ブロッカーは、同様に、標的RNAに結合し、リボソームの立体障害を介してタンパク質翻訳を阻害する。例示的ブロッカーとしては、ペプチド核酸、モルホリノ、ロックされた(locked)核酸、およびメチルホスホネートが挙げられる。例えば、Thompson, Drug Discovery Today 7(17):912-917(2002)を参照のこと。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、治療剤として直接有用であり、そしてまた、遺伝子機能を決定および確認するために(例えば、遺伝子ノックアウトもしくはノックダウン実験において)有用である。
本明細書で開示されるSNP含有核酸分子、およびそれらの相補的核酸分子は、細胞、組織、および生物における遺伝子発現を制御するためにアンチセンス構築物として使用され得る。アンチセンス技術は、当該分野において十分確立されており、Antisense Drug Technology: Principles, Strategies, and Applications, Crooke, ed., Marcel Dekker, Inc., N.Y.(2001)において広く総説されている。アンチセンス核酸分子は、一般に、遺伝子によって発現されるmRNAの領域に相補的であるように設計され、その結果、上記アンチセンス分子は、上記mRNAにハイブリダイズし、それによって、mRNAをタンパク質へ翻訳することをブロックする。種々のクラスのアンチセンスオリゴヌクレオチドが、当該分野で使用されており、そのうちの2つは、クリーバー(cleaver)とブロッカー(blocker)である。クリーバーは、標的RNAへ結合することによって、上記標的RNAを切断する細胞内ヌクレアーゼ(例えば、RNaseHもしくはRNase L)を活性化する。ブロッカーは、同様に、標的RNAに結合し、リボソームの立体障害を介してタンパク質翻訳を阻害する。例示的ブロッカーとしては、ペプチド核酸、モルホリノ、ロックされた(locked)核酸、およびメチルホスホネートが挙げられる。例えば、Thompson, Drug Discovery Today 7(17):912-917(2002)を参照のこと。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、治療剤として直接有用であり、そしてまた、遺伝子機能を決定および確認するために(例えば、遺伝子ノックアウトもしくはノックダウン実験において)有用である。
アンチセンス技術は、以下においてさらに総説されている:Lavery et al., 「Antisense and RNAi: powerful tools in drug target discovery and validation」, Curr Opin Drug Discov Devel 6(4):561-9(Jul.2003); Stephens et al.,「Antisense oligonucleotide therapy in cancer」, Curr Opin Mol Ther 5(2):118-22(Apr.2003); Kurreck,「Antisense technologies. Improvement through novel chemical modifications」, Eur J Biochem 270(8):1628-44(Apr.2003); Dias et al., 「Antisense oligonucleotides: basic concepts and mechanisms,」 Mol Cancer Ther 1(5):347-55(Mar.2002); Chen, 「Clinical development of antisense oligonucleotides as anti-cancer therapeutics」, Methods Mol Med 75:621-36(2003); Wang et al.,「Antisense anticancer oligonucleotide therapeutics」,Curr Cancer Drug Targets 1(3):177-96(Nov.2001);およびBennett, 「Efficiency of antisense oligonucleotide drug discovery」, Antisense Nucleic Acid Drug Dev 12(3):215-24(Jun.2002)。
本発明のSNPは、特定の核酸改変体に対して特異的なアンチセンス試薬を設計するために特に有用である。本明細書で開示されるSNP情報に基づいて、アンチセンスオリゴヌクレオチドが生成され得、これは、1種以上の特定のSNPヌクレオチドを含むmRNA分子を特異的に標的とする。この様式において、1種以上の望ましくない多型(例えば、触媒ドメインにおいてアミノ酸置換のような欠陥タンパク質をもたらすSNPヌクレオチド)を含むmRNA分子の発現は、阻害され得るかもしくは完全にブロックされ得る。従って、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、特定の多型形態(例えば、欠陥タンパク質をコードするSNP対立遺伝子)を特異的に結合し、それによって、この形態の翻訳を阻害するために使用され得るが、これは、代替の多型形態(例えば、正常機能を有するタンパク質をコードする代替のSNPヌクレオチド)を結合しない。
アンチセンス分子は、欠陥タンパク質の遺伝子発現および生成を阻害するために、mRNAを不活化するために使用され得る。よって、これらの分子は、異常なもしくは望ましくない遺伝子発現または特定の欠陥タンパク質の発現によって特徴付けられる障害(例えば、CVD)を処置するために使用され得る。この技術は、翻訳されるべきmRNAの能力を弱める、mRNAにおける1つ以上の領域に相補的なヌクレオチド配列を含むリボザイムによる切断を包含し得る。考えられるmRNA領域としては、例えば、タンパク質コード領域および特に、触媒活性、基質/リガンド結合、もしくはタンパク質の他の機能的活性に対応するタンパク質コード領域が挙げられる。
本発明のSNPはまた、特定のSNP改変体を有する核酸分子を特異的に標的とするRNA干渉試薬を設計するために有用である。RNA干渉(RNAi)は、遺伝子サイレンシングともいわれ、二本鎖RNA(dsRNA)分子を使用して、遺伝子をオフにすることに基づく。細胞に導入される場合、dsRNAは、細胞によって、相補的RNAを認識しかつ破壊する配列特異的様式で上記細胞が使用する低分子干渉RNA(siRNA)として公知の短いフラグメント(一般に、長さが約21ヌクレオチド、22ヌクレオチド、もしくは23ヌクレオチド)へと処理される。Thompson, Drug Discovery Today 7(17):912-917(2002)。よって、本発明の一局面は、長さが約18~26ヌクレオチド、好ましくは、長さが19~25ヌクレオチド、およびより好ましくは、長さが20ヌクレオチド、21ヌクレオチド、22ヌクレオチド、もしくは23ヌクレオチドである単離された核酸分子、ならびにこれらの核酸分子をRNAiのために使用することを具体的に企図する。RNAi分子(siRNAを含む)は、配列特異的様式で作用するので、本発明のSNPは、特定のSNP対立遺伝子/ヌクレオチド(例えば、欠陥タンパク質の生成をもたらす有害な対立遺伝子)を有する核酸分子を認識しかつ破壊する一方で、代替のSNP対立遺伝子(例えば、正常機能を有するタンパク質をコードする対立遺伝子)を有する核酸分子には影響を及ぼさないRNAi試薬を設計するために使用され得る。アンチセンス試薬のように、RNAi試薬は、治療剤として(例えば、欠陥のある、疾患原因遺伝子をオフにするために)直接有用であり得、そしてまた、遺伝子機能を(例えば、遺伝子ノックアウトもしくはノックダウン実験において)特徴付けおよび確認するために有用である。
以下の参考文献は、RNAiのさらなる総説を提供する: Reynolds et al.,「Rational siRNA design for RNA interference」, Nat Biotechnol 22(3):326-30(Mar.2004); Epub Feb.1,2004; Chi et al.,「Genomewide view of gene silencing by small interfering RNAs」, PNAS 100(11):6343-6346(2003); Vickers et al.,「Efficient Reduction of Target RNAs by Small Interfering RNA and RNase H-dependent Antisense Agents」, J Biol Chem 278:7108-7118(2003); Agami, 「RNAi and related mechanisms and their potential use for therapy」, Curr Opin Chem Biol 6(6):829-34(Dec.2002); Lavery et al.,「Antisense and RNAi: powerful tools in drug target discovery and validation」, Curr Opin Drug Discov Devel 6(4):561-9(Jul.2003); Shi,「Mammalian RNAi for the masses」, Trends Genet 19(1):9-12(Jan.2003); Shuey et al.,「RNAi: gene-silencing in therapeutic intervention」,Drug Discovery Today 7(20):1040-1046(Oct.2002);McManus et al., Nat Rev Genet 3(10):737-47(Oct.2002); Xia et al., Nat Biotechnol 20(10):1006-10(Oct.2002); Plasterk et al., Curr Opin Genet Dev 10(5):562-7(Oct.2000); Bosher et al., Nat Cell Biol 2(2):E31-6(Feb.2000);およびHunter, Curr Biol 17; 9(12):R440-2(Jun.1999)。
(他の治療的局面)
SNPは、創薬、スクリーニング、および開発において多くの重要な用途を有するので、本発明のSNPは、薬物開発プロセスの多くの異なる局面を改善するために有用である。
SNPは、創薬、スクリーニング、および開発において多くの重要な用途を有するので、本発明のSNPは、薬物開発プロセスの多くの異なる局面を改善するために有用である。
例えば、潜在的薬物標的として選択された任意の遺伝子/タンパク質に関して、その遺伝子/タンパク質の改変体は、患者集団に存在するという高い見込みが存在する。従って、治療剤の選択および送達における遺伝子/タンパク質改変体の影響を決定することは、創薬および薬物開発プロセスの必要不可欠な局面であるはずである。Jazwinska, A Trends Guide to Genetic Variation and Genomic Medicine S30-S36(Mar.2002)。
特定の治療標的(例えば、遺伝子、mRNA転写物、もしくはタンパク質)の改変体(例えば、SNPおよび任意の対応するアミノ酸多型)の知識は、改変体にわたって効力を示す治療候補(例えば、低分子化合物、抗体、アンチセンスもしくはRNAi核酸化合物など)を同定するために、上記改変体の並行スクリーニングを可能にする。Rothberg, Nat Biotechnol 19(3):209-11(Mar.2001)。このような治療候補は、上記患者集団のより大きなセグメントにわたって等しい効力を示し、それによって、上記治療候補のより大きな潜在的市場をもたらすことが予測される。
さらに、潜在的な治療標的の改変体を同定することにより、上記標的の最も一般的な形態が治療候補の選択のために使用されることが可能となり、それによって、上記選択された候補について観察される実験による活性が、患者集団の最大割合において推測される実際の活性を反映することを確実にする助けとなる。Jazwinska, A Trends Guide to Genetic Variation and Genomic Medicine S30-S36(Mar.2002)。
さらに、治療候補を、標的のすべての公知の改変体に対してスクリーニングすることは、特定の改変体に関する潜在的な毒性および有害反応の早い同定を可能にし得る。例えば、例えば、治療標的もしくは薬物代謝遺伝子におけるSNPによって引き起こされる薬物吸収、分布、代謝および排泄(ADME)の変動は、同定され得、そして、この情報は、薬物の性質における変動を最小限にし、より広い範囲の患者集団にわたってより安全である治療剤を開発するために薬物開発プロセスの間に利用され得る。本発明のSNP(表1および表2に提供される改変体タンパク質およびコード多型核酸分子を含む)は、当該分野で確立された種々の毒物学方法(例えば、Current Protocols in Toxicology, John Wiley & Sons, Inc.,N.Y.に記載されるもの)に関連して有用である。
さらに、任意の当該分野で公知のタンパク質(または核酸分子(RNAもしくはDNAのいずれか))を標的とする治療剤は、表1で開示される改変体タンパク質(もしくは多型核酸分子)と交叉反応し得、それによって、上記薬物の薬物動態特性に顕著に影響を及ぼす。結果として、表1および表2に開示されるタンパク質改変体およびSNP含有核酸分子は、対応する当該分野で公知のタンパク質形態(もしくは核酸分子)を標的とする治療剤を開発し、スクリーニングし、評価することにおいて有用である。さらに、上記で考察されるように、特定の薬物標的のすべての多型形態の知識は、上記薬物標的の大部分のもしくはすべてのこのような多型形態に対して有効な治療剤の設計を可能にする。
SNPに帰せられる病的状態(例えば、CVD)に罹患している被験体は、その遺伝的欠陥を修正するように処置され得る。Kren et al., Proc Natl Acad Sci USA 96:10349-10354(1999)を参照のこと。このような被験体は、上記被験体から引き抜かれた生物学的サンプルにおいて上記多型を検出し得る任意の方法によって同定され得る。このような遺伝的欠陥は、このような被験体に、上記SNPの位置において正常/野生型ヌクレオチドを与える修復配列を組み込む核酸フラグメントを投与することによって、恒久的に修正され得る。この部位特異的修復配列は、被験体のゲノムDNAの内因性の修復を促進するように機能するRNA/DNAオリゴヌクレオチドを包含し得る。上記部位特異的修復配列は、適切なビヒクル(例えば、ポリエチレンイミンとの複合体、アニオン性リポソームの中に被包される、ウイルスベクター(例えば、アデノウイルス)、もしくは上記投与される核酸の細胞内とりこみを促進する他の薬学的組成物)において投与される。生来の病状をもたらす遺伝的欠陥は、その後克服され得る。なぜなら、キメラオリゴヌクレオチドが、上記被験体のゲノムの中への正常配列の組み込みを誘導するからである。組み込まれると、その正常な遺伝子生成物は発現され、その置換は拡がり、それによって、上記被験体の臨床状態の恒久的な修復および治療的増強を生む。
cSNPが、病的状態の原因に帰せられるか、もしくは病的状態への寄与因子であるるとされる改変体タンパク質を生じる場合において、このような状態を処置する方法は、上記病状を経験している被験体に、上記改変体タンパク質の野生型/正常の同族(cognate)を投与する工程を包含し得る。有効な投与レジメンでいったん投与されると、上記野生型同族は、上記病的状態の補完もしくは改善(remediation)を提供する。
(改変体タンパク質、抗体、ベクターおよび宿主細胞、ならびにその使用)
(SNP含有核酸分子によりコードされる改変体タンパク質)
本発明は、SNP含有核酸分子を提供し、その多くは、当該分野で公知の(すなわち、野生型)タンパク質と比較して、改変体アミノ酸配列をコードするタンパク質をコードする。本発明の多型核酸分子によりコードされるアミノ酸配列は、表1において配列番号52~102と言及され、配列表で提供される:これらの改変体は、一般に、本発明の改変体タンパク質/ペプチド/ポリペプチド、または多型タンパク質/ペプチド/ポリペプチドといわれる。用語「タンパク質」、「ペプチド」、および「ポリペプチド」は、交換可能に本明細書中で使用される。
(SNP含有核酸分子によりコードされる改変体タンパク質)
本発明は、SNP含有核酸分子を提供し、その多くは、当該分野で公知の(すなわち、野生型)タンパク質と比較して、改変体アミノ酸配列をコードするタンパク質をコードする。本発明の多型核酸分子によりコードされるアミノ酸配列は、表1において配列番号52~102と言及され、配列表で提供される:これらの改変体は、一般に、本発明の改変体タンパク質/ペプチド/ポリペプチド、または多型タンパク質/ペプチド/ポリペプチドといわれる。用語「タンパク質」、「ペプチド」、および「ポリペプチド」は、交換可能に本明細書中で使用される。
本発明の改変体タンパク質は、例えば、本明細書中に開示されるcSNP位置のいずれか1つにおいて非類似のヌクレオチド置換によってコードされ得る。さらに、改変体タンパク質はまた、発現、構造、および/または機能が本明細書中で開示されるSNP(例えば、終止コドンを作り出すまたは破壊するSNP、スプライシングに影響を及ぼすSNP、および制御エレメント/調節エレメント(例えば、プロモーター、エンハンサー、または転写因子結合ドメイン)におけるSNP)によって改変されるタンパク質が挙げられ得る。
本明細書中で使用される場合、タンパク質またはペプチドは、細胞物質も化学的前駆物質も他の化学物質も実質的に含まない場合に、「単離される」または「精製される」といわれる。本発明の改変体タンパク質は、均質にまで、または他のより低い純度まで精製され得る。精製のレベルは、意図される用途に基づく。その重要な特徴は、その調製物が、他の成分のかなりの量が存在しても、改変体タンパク質の望ましい機能を与えることである。
本明細書中で使用される場合、「細胞物質を実質的に含まない」とは、約30%(乾燥重量で)の他のタンパク質(すなわち、夾雑タンパク質)、約20%未満の他のタンパク質、約10%未満の他のタンパク質、または約5%未満の他のタンパク質を有する、その改変体タンパク質の調製物を包含する。その改変体タンパク質が組換え生成される場合、それはまた、培養培地を実質的に含まないことであり得る(すなわち、培養培地は、そのタンパク質調製物の容量の約20%未満を表す)。
語句「化学前駆物質も他の化学物質も実質的に含まない」は、改変体タンパク質の合成に関与する化学前駆物質または他の化学物質から分離されている、その改変体タンパク質の調製物を包含する。一実施形態において、語句「化学前駆物質も他の化学物質も実質的に含まない」は、約30%(乾燥重量で)未満の化学前駆物質もしくは他の化学物質または約20%未満の化学前駆物質もしくは他の化学物質、約10%未満の化学前駆物質または他の化学物質、または約5%未満の化学前駆物質もしくは他の化学物質を有する、その改変体タンパク質の調製物を包含する。
単離された改変体タンパク質は、その改変体タンパク質を天然に発現する細胞から精製され得るか、これを発現するように改変された細胞(組換え宿主細胞)から精製され得るか、または公知のタンパク質合成方法を使用して合成され得る。例えば、SNPを含有する、改変体タンパク質をコードする核酸分子は、発現ベクターにクローニングされ得、その発現ベクターは、宿主細胞に導入され得、およびその改変体タンパク質は、その宿主細胞において発現され得る。次いで、その改変体タンパク質は、標準的なタンパク質精製技術を使用して、任意の適切な精製スキームによってその細胞から単離され得る。これらの技術の例は、以下に詳細に記載される(Sambrook and Russell,2000,Molecular Cloning:A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Laboratory Press,NY)。
本発明は、本発明のSNPを含む1以上のコドンによってコードされる1以上の改変体アミノ酸を含むアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなるか、またはこれらから本質的になる単離された改変体タンパク質を提供する。
従って、本発明は、表1および/または表2に提供されるSNPによってコードされる1以上のアミノ酸多型(または終止コドンの生成または破壊にそれぞれ起因する、短縮または伸長)を含むアミノ酸配列からなる改変体タンパク質を提供する。タンパク質は、そのアミノ酸配列は、そのタンパク質のアミノ酸配列全体である場合に、アミノ酸配列からなる。
本発明は、表1および/または表2に提供されるSNPによってコードされる1以上のアミノ酸多型(または終止コドンの生成もしくは破壊にそれぞれ起因する、短縮もしくは伸長)を含むアミノ酸配列から本質的になる改変体タンパク質をさらに提供する。タンパク質は、アミノ酸配列が、最終的なタンパク質中にわずか数個のさらなるアミノ酸残基とともに存在する場合、このようなアミノ酸配列から本質的になる。
本発明は、表1および/または表2に提供されるSNPによってコードされる1以上のアミノ酸多型(または終止コドンの生成または破壊にそれぞれ起因する短縮または伸長)を含むアミノ酸配列を含む改変体タンパク質をさらに提供する。タンパク質は、アミノ酸配列が、そのタンパク質の最終的なアミノ酸配列の少なくとも一部である場合に、そのアミノ酸配列を含む。このようにして、そのタンパク質は、その改変体アミノ酸配列のみを含んでいてもよいし、さらなるアミノ酸残基(例えば、そのタンパク質と天然に関連しているか、または異種アミノ酸残基である、連続したコードされる配列)を有していてもよい。このようなタンパク質は、数個のさらなるアミノ酸残基を有し得るか、または多くのさらなるアミノ酸を含み得る。これらのタンパク質のどの程度種々の型が作製されかつ単離され得るかの簡単な説明は、以下に提供される。
本発明の改変体タンパク質は、キメラタンパク質または融合タンパク質を形成するために、異種配列に結合され得る。このようなキメラタンパク質および融合タンパク質は、改変体タンパク質に実質的に相同でないアミノ酸配列を有する異種タンパク質に作動可能に連結されたその改変体タンパク質を含む。「作動可能に連結される」とは、その改変体タンパク質およびその異種タンパク質についてのコード配列が、インフレームで連結されることを示す。その異種タンパク質は、その改変体タンパク質のN末端またはC末端に融合され得る。別の実施形態において、その融合タンパク質は、自動化DNA合成機を含む従来の技術によって合成される融合ポリヌクレオチドによってコードされる。あるいは、遺伝子フラグメントのPCR増幅は、2つの連続した遺伝子フラグメントの間に相補的な突出部(overhang)を生じる別のプライマーを使用して行われ得、これらのフラグメントは、その後、キメラ遺伝子配列を生成するためにアニールおよび再増幅され得る(Ausubelら,Current Protocols in Molecular Biology,1992を参照のこと)。さらに、多くの発現ベクターが、市販されており、これらはすでに融合部分(例えば、GSTタンパク質)をコードしている。改変体タンパク質をコードする核酸は、その融合部分がその改変体タンパク質にインフレームで連結されるように、このような発現ベクターにクローニングされ得る。
多くの場合、その融合タンパク質は、その改変体タンパク質の活性に影響を及ぼさない。その融合タンパク質としては、酵素融合タンパク質(例えば、β-ガラクトシダーゼ融合物)、酵母ツーハイブリッドGAL融合物、ポリ-His融合物、MYCタグ化融合物、HIタグ化融合物およびIg融合物が挙げられるが、これらに限定されない。このような融合タンパク質(特に、ポリ-His融合物)は、組換え発現後のそれらの精製を容易にし得る。特定の宿主細胞(例えば、哺乳動物宿主細胞)において、タンパク質の発現および/または分泌は、異種シグナル配列を使用することで増大され得る。融合タンパク質は、例えば、Terpe,「Overview of tag protein fusions:from molecular and biochemical fundamentals to commercial systems」,Appl Microbiol Biotechnol.2003 Jan;60(5):523-33.Epub 2002 Nov 07;Graddisら,「Designing proteins that work using recombinant technologies」,Curr Pharm Biotechnol.2002 Dec;3(4):285-97;およびNilssonら,「Affinity fusion strategies for detection,purification,and immobilization of recombinant proteins」,Protein Expr Purif.1997 Oct;11(1):1-16にさらに記載される。
特定の実施形態において、本発明の新規組成物はまた、本発明の改変体ポリペプチドのさらに明らかな改変体(例えば、天然に存在する成熟形態(例えば、対立遺伝子改変体)、天然に存在しない組換え由来改変体、ならびに配列相同性を共有するこのようなタンパク質のオルソログおよびパラログ)に関する。このような改変体は、組換え核酸技術およびタンパク質生化学の分野における分野で公知の技術を使用して容易に生成され得る。
表1に開示される改変体ポリペプチドのさらなる改変体は、表1に開示されるアミノ酸配列(またはそれらのフラグメント)と少なくとも70~80%、80~85%、85~90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%の配列同一性を共有し、かつ表1に開示される新規なアミノ酸残基(対立遺伝子)(新規SNP対立遺伝子によってコードされる)を含むアミノ酸配列を包含し得る。従って、本発明の一局面は、表1に示されるポリペプチド配列と比較して、ある程度の配列の変化を有するが、本明細書中に開示される新規SNP対立遺伝子によってコードされる新規アミノ酸残基(対立遺伝子)を含む、ポリペプチドを具体的に企図する。言い換えると、ポリペプチドが本明細書中に開示される新規なアミノ酸残基を含む限りにおいて、その新規なアミノ酸残基に隣接するポリペプチドの他の部分は、表1に示されるポリペプチド配列からある程度変化し得る。
本明細書中に開示されるアミノ酸配列のうちの1つを含むタンパク質の全長の予めプロセシングされた形態、ならびに成熟プロセシング形態は、本発明の改変体タンパク質のうちの1つに対して完全な配列同一性を有し、本明細書中に提供される改変体タンパク質と同じ遺伝子座によってコードされると容易に同定され得る。
改変体ペプチドのオルソログは、改変体ペプチドの少なくとも一部に対してある程度有意な配列相同性/同一性を有し、別の生物に由来する遺伝子によってコードされると容易に同定され得る。好ましいオルソログは、ヒト治療標的および因子の開発のために、非ヒト哺乳動物(好ましくは、霊長類)から単離される。このようなオルソログは、そのオルソログタンパク質を生じる2つの生物の関連性の程度に依存して、中程度からストリンジェントな条件下で、改変体ペプチドコード核酸分子にハイブリダイズする核酸配列によってコードされ得る。
改変体タンパク質としては、本発明のSNPによって引き起こされる、アミノ酸配列における欠失、付加および置換を含むタンパク質が挙げられるが、これらに限定されない。1つのクラスの置換は、ポリペプチド中の所定のアミノ酸が類似の特性の別のアミノ酸で置換される、保存的アミノ酸置換である。代表的な保存的置換は、脂肪族アミノ酸の中では、Ala、Val、Leu、およびIleの1つを別のアミノ酸で置換すること;ヒドロキシル残基SerとThrとの交換;酸性残基AspとGluとの交換;アミド残基AsnとGlnとの間の置換;塩基性残基LysとArgとの交換;ならびに芳香族残基PheとTyrとの置換である。どのアミノ酸変化が表現系的にサイレントであり得るかに関してのガイダンスは、例えば、Bowieら,Science 247:1306-1310(1990)において見出される。
改変体タンパク質は、1つ以上の活性(例えば、別の分子に結合する能力、基質に触媒作用を及ぼす能力、シグナル伝達を媒介する能力など)において十分に機能的であり得るか、またはこれらの活性において機能を欠き得る。十分に機能的な改変体は、代表的には、保存的改変または重要でない残基または重要でない領域における改変を含む。機能的な改変体はまた、機能において何の変化ももたらさないか、またはわずかな変化しかもたらさない、類似のアミノ酸の置換を含み得る。あるいは、このような置換は、ある程度まで、機能に正にまたは負に影響を及ぼし得る。非機能的改変体は、代表的には、1つ以上の非保存的アミノ酸置換、欠失、挿入、逆位、短縮もしくは伸長、または重要な残基もしくは重要な領域における置換、挿入、逆位、もしくは欠失を含む。
タンパク質の機能のために必要不可欠なアミノ酸は、当該分野で公知の方法(例えば、部位特異的変異誘発またはアラニン走査変異誘発(Cunninghamら、Science 244:1081-1085(1989)))によって、特に、表1に提供されるアミノ酸配列および多型情報を用いて同定され得る。後者の手順は、分子中の全ての残基において単一のアラニン変異を誘発する。次いで、生じる変異体分子は、生物活性(例えば、酵素活性)について試験されるか、またはアッセイ(例えば、インビトロ増殖活性)で試験される。結合パートナー/基質結合について重要な部位はまた、構造分析(例えば、結晶化、核磁気共鳴または光アフィニティーラベリング)によって決定され得る(Smithら、J.Mol.Biol.224:899-904(1992);de Vosら、Science 255:306-312(1992))。
ポリペプチドは、20種の天然に生ずるアミノ酸と一般的に言われる20種のアミノ酸以外のアミノ酸を含み得る。さらに、多くのアミノ酸(末端アミノ酸を含む)は、天然のプロセス(例えば、プロセシングおよび他の翻訳後修飾)によって、または当該分野で周知の化学的修飾技術によって修飾され得る。従って、本発明の変異タンパク質はまた、誘導体またはアナログを含み、この誘導体またはアナログにおいては、置換されたアミノ酸残基は、遺伝暗号によってコードされるものでないか、置換基が含まれるか、成熟ポリペプチドが別の化合物(例えば、ポリペプチドの半減期を増加させる化合物(例えば、ポリエチレングリコール))と融合されるか、または、さらなるアミノ酸がこの成熟ポリペプチド(例えば、リーダー配列もしくは分泌配列またはこの成熟ポリペプチドの精製のための配列あるいはプロタンパク質配列)に融合される。
公知のタンパク質修飾としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない:アセチル化、アシル化、ADPリボシル化、アミド化、フラビンの共有結合、ヘム部分の共有結合、ヌクレオチドまたはヌクレオチド誘導体の共有結合、脂質または脂質誘導体の共有結合、ホスファチジルイノシトールの共有結合、架橋、環化、ジスルフィド結合形成、脱メチル化、共有結合架橋の形成、シスチンの形成、ピログルタメートの形成、ホルミル化、γカルボキシル化、グリコシル化、GPIアンカー形成、ヒドロキシル化、ヨウ素化、メチル化、ミリストイル化、酸化、タンパク質分解プロセシング、ホスホリル化、プレニル化、ラセミ化、セレノイル化、硫酸化、タンパク質へのアミノ酸の転移RNA媒介性付加(例えば、アルギニル化)、およびユビキチン化。
このようなタンパク質修飾は、当業者に周知であり、科学文献に非常に詳細に記載されている。特に一般的な修飾、例えば、グリコシル化、脂質結合、硫酸化、グルタミン酸残基のγカルボキシル化、ヒドロキシル化およびADPリボシル化は、以下の最も基本的な教科書に記載される:例えば、Proteins-Structure and Molecular Properties 2nd Ed., T.E. Creighton, W.H. Freeman and Company, N.Y. (1993); F. Wold, Posttranslational Covalent Modification of Proteins 1-12, B.C. Johnson, ed., Academic Press, N.Y. (1983); Seifter et al., Meth Enzymol 182:626-646 (1990); and Rattan et al., Ann NY Acad Sci 663:48~62(1992)。
本発明は、変異タンパク質のフラグメントをさらに提供する。このフラグメントは、本明細書中に開示される1つ以上のSNPによってコードされる、1つ以上のアミノ酸配列改変体(例えば、置換、または停止コドンの作製もしくは破壊に起因する切断または伸長)を含む。しかし、本発明が関係するフラグメントは、本発明の前の先行技術で開示されているフラグメントを包含するようには解釈されない。
本明細書中で使用される場合、フラグメントは、改変体タンパク質由来の、少なくとも約4、少なくとも約8、少なくとも約10、少なくとも約12、少なくとも約14、少なくとも約16、少なくとも約18、少なくとも約20、少なくとも約25、少なくとも約30、少なくとも約50、少なくとも約100(もしくは合間の任意の他の数)またはそれ以上連続するアミノ酸残基を含み得る。ここで、少なくとも1つのアミノ酸残基(例えば、本発明によって提供されるcSNP位での非同義ヌクレオチド置換によってコードされる改変体アミノ酸残基)は、本発明のSNPによって影響を受ける。cSNPによってコードされる改変体アミノ酸は、フラグメントの配列に沿って任意の残基位置を占め得る。このようなフラグメントは、改変体タンパク質の1つ以上の生物活性を保持する能力、または機能を行う(例えば、免疫原として作用する)能力に基づいて選択され得る。特別に重要なフラグメントは、生物活性フラグメントである。このようなフラグメントは、代表的には、本発明の改変体タンパク質のドメインもしくはモチーフ(例えば、活性部位、膜貫通ドメイン、またはリガンド/基質結合ドメイン)を含む。他のフラグメントとしては、ドメイン含有フラグメントまたはモチーフ含有フラグメント、可溶性ペプチドフラグメント、および免疫原構造を含むフラグメントが挙げられるが、これらに限定されない。予想されるドメインおよび機能的部位は、当業者に周知のコンピュータープログラムによって容易に同定可能である(例えば、PROSITE分析)(Current Protocols in Protein Science,John Wiley & Sons,N.Y.(2002))。.
(改変体タンパク質の使用)
本発明の改変体タンパク質は、種々の方法で使用され得る以下が挙げられるが、これらに限定されない:改変体タンパク質の生物活性を決定するためのアッセイ(例えば、高処理能力スクリーニングのための複数タンパク質の一団におけるアッセイ)において使用され得る;抗体を産生させるか、または別の型の免疫応答を誘発するため使用され得る;生体液中の改変体タンパク質(またはその結合パートナー)のレベルを定量的に決定するために設計されたアッセイにおける試薬(標識された試薬を含む)として使用され得る;細胞または組織に対するマーカーとして(この細胞または組織において、このマーカーは、(構成的に、または組織分化もしくは組織発生の特定の段階で、あるいは疾患状態でのいずれかで)優先的に発現される);治療剤のスクリーニングのための標的として使用され得る;およびヒト被験体に投与される直接的治療剤として使用され得る。本明細書中に開示される任意の改変体タンパク質は、研究用製品としての商品化のために試薬等級またはキット型へと開発され得る。上記で列挙された用途を実行するための方法は、当業者に周知である(例えば、Molecular Cloning:A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Laboratory Press,SambrookおよびRussell,2000,ならびにMethods in Enzymology:Guide to Molecular Cloning Techniques,Academic Press,Berger,S.L.およびA.R.Kimmel(編),1987を参照のこと)。
(改変体タンパク質の使用)
本発明の改変体タンパク質は、種々の方法で使用され得る以下が挙げられるが、これらに限定されない:改変体タンパク質の生物活性を決定するためのアッセイ(例えば、高処理能力スクリーニングのための複数タンパク質の一団におけるアッセイ)において使用され得る;抗体を産生させるか、または別の型の免疫応答を誘発するため使用され得る;生体液中の改変体タンパク質(またはその結合パートナー)のレベルを定量的に決定するために設計されたアッセイにおける試薬(標識された試薬を含む)として使用され得る;細胞または組織に対するマーカーとして(この細胞または組織において、このマーカーは、(構成的に、または組織分化もしくは組織発生の特定の段階で、あるいは疾患状態でのいずれかで)優先的に発現される);治療剤のスクリーニングのための標的として使用され得る;およびヒト被験体に投与される直接的治療剤として使用され得る。本明細書中に開示される任意の改変体タンパク質は、研究用製品としての商品化のために試薬等級またはキット型へと開発され得る。上記で列挙された用途を実行するための方法は、当業者に周知である(例えば、Molecular Cloning:A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Laboratory Press,SambrookおよびRussell,2000,ならびにMethods in Enzymology:Guide to Molecular Cloning Techniques,Academic Press,Berger,S.L.およびA.R.Kimmel(編),1987を参照のこと)。
本発明の特定の実施形態において、本発明の方法は、本明細書中に開示される1つ以上の改変体タンパク質の検出を含む。改変体タンパク質は、配列番号52~102として、表1および配列表に開示される。このようなタンパク質の検出は、例えば、抗体、低分子化合物、アプタマー、リガンド/基質、他のタンパク質もしくはタンパク質フラグメント、または他のタンパク質結合剤を用いて達成され得る。好ましくは、タンパク質検出剤は、本発明の改変体タンパク質に特異的であり、従って、本発明の改変体タンパク質と野生型のタンパク質または別の改変体形態との間を識別し得る。これは、一般的には、例えば、改変体タンパク質と野生型タンパク質との間で異なるタンパク質の領域(例えば、本発明の非同義cSNPによってコードされた1つ以上のアミノ酸置換を含む、タンパク質の領域、または、停止コドンを作製し、それによってより短いポリペプチドをもたらすナンセンス改変体型SNPに従うタンパク質の領域、または、停止コドンを破壊し、それによってより長いポリペプチドをもたらす読み通し改変体型SNPに従うタンパク質の領域(ここで、このポリペプチドの部分は、このポリペプチドのうちの1つのバージョンでは存在するが、他のバージョンでは存在しない))に結合する検出薬剤を選択するか、または設計することによって達成され得る。
本発明の別の局面において、本発明の改変体タンパク質は、スタチン処置(特に、CVD(特に、CHD(例えば、MI))の危険性を低下させるため、CVD(特に、CHD(例えば、MI))の素因を決定するため、CVDを診断するため、またはCVDを処置および/もしくは予防するため、など)への個体の応答を予測するための標的として使用され得る。従って、本発明は、細胞、組織、または生体における本発明の1つ以上の改変体タンパク質の存在もしくはレベルを検出するための方法を提供する。このような方法は、代表的には、試験サンプルと薬剤(例えば、抗体、低分子化合物、またはペプチド)とを接触させる工程を包含する。この薬剤は、改変体タンパク質と相互作用することが可能であり、その結果、改変体タンパク質への薬剤の特異的な結合が検出され得る。このようなアッセイは、単一検出フォーマットまたはアレイのような複数検出形式(例えば、抗体アレイまたはアプタマーアレイ(タンパク質検出のためのアレイはまた、「タンパク質チップ」とも呼べれ得る))で提供され得る。目的の改変体タンパク質は、試験サンプルから単離され得、そして本発明によって開示される1つ以上のSNPによってコードされた改変体アミノ酸配列の存在についてアッセイされ得る。このSNPは、タンパク質および対応するタンパク質機能/活性に対して、(例えば、アミノ酸の置換、欠失、挿入および/もしくは再配列をもたらし得るタンパク質コード領域における非同義置換;停止コドンの形成もしくは破壊;またはプロモーターのような制御要素の変更を介して)変化を引き起こし得る。SNPはまた、非適切な翻訳後修飾をもたらし得る。
サンプルにおける改変体タンパク質を検出するための1つの好ましい薬剤は、タンパク質の改変体形態に選択的に結合することが可能な抗体である(抗体は、次節でより詳細に記載される)。このようなサンプルとしては、例えば、被験体から単離された組織、細胞、および生体液、ならびに被験体内に存在する組織、細胞、および液体が挙げられる。
本明細書中に開示される脳卒中に関連する改変体タンパク質およびそのフラグメントの検出のためのインビトロ法としては、酵素結合イムノソルベントアッセイ(ELISA)、ラジオイムノアッセイ(RIA)、ウエスタンブロット法、免疫沈降、免疫蛍光、およびタンパク質アレイ/チップ(例えば、抗体またはアプタマーのアレイ)が挙げられるが、これらに限定されない。イムノアッセイおよび関連するタンパク質検出法に関するさらなる情報については、Current Protocols in Immunology,John Wiley & Sons,N.Y.,およびHage,「Immunoassays」,Anal Chem.1999 Jun 15;71(12):294R-304Rを参照のこと。
アミノ酸改変体を検出するさらなる分析法としては、電気泳動移動度の変化、トリプシンペプシド消化の変化、細胞ベースのまたは細胞フリーのアッセイにおけるタンパク質活性の変化、リガンドまたは抗体結合パターンにおける変化、等電点の変化、および直接アミノ酸シークエンシングが挙げられるが、これらに限定されない。
あるいは、改変体タンパク質は、改変体タンパク質に特異的な標識抗体(または他の型の検出試薬)を被験体に導入することによって、その被験体においてインビボで検出され得る。例えば、この抗体は、放射性マーカーで標識され得る。被験体におけるこの放射性マーカーの存在および位置は、標準画像化技術によって検出され得る。
本発明の改変体タンパク質の他の使用は、そのタンパク質の分類または作用に基づく。例えば、ヒトから単離されたタンパク質およびそれらの哺乳動物相同分子種は、特に、このタンパク質を発現する細胞または組織における生物学的応答または病理学的応答を調節するための治療用途での使用のための薬剤(例えば、低分子薬または抗体)を同定するための標的として作用する。薬学的薬剤は、タンパク質活性を調節するように開発され得る。
遺伝子発現を調節するための代替物として、治療化合物が、タンパク質機能を調節するように開発され得る。例えば、本明細書中に開示される多くのSNP(例えば、非同義cSNPおよびナンセンス変異型SNP)は、コードされたタンパク質のアミノ酸配列に影響を与える。コードされたアミノ酸配列におけるこのような変化は、特に、このようなアミノ酸配列改変体が機能的タンパク質ドメイン(例えば、触媒ドメイン、ATP結合ドメイン、またはリガンド/基質結合ドメイン)において起こる場合、タンパク質機能に影響を与え得る。機能的ドメインにアミノ酸配列の変化を有する改変体タンパク質が、病理学的状態を引き起こし得るか、または病状学的状態に影響を与え得るということは当該分野で確立されている。このような例において、化合物(例えば、低分子薬または抗体)は、改変体タンパク質を標的にするように開発され得、そしてタンパク質機能/活性を調節(例えば、アップレギュレーションまたはダウンレギュレーション)し得る。
本発明の治療方法は、本発明の1つ以上の改変体タンパク質を標的にする方法をさらに含む。改変体タンパク質は、例えば、低分子化合物、抗体、アプタマー、リガンド/基質、他のタンパク質、または他のタンパク質結合剤を用いて、標的され得る。さらに、当業者は、表1に開示される新規のタンパク質改変体(および多型核酸分子)が、対応する当該分野で公知のタンパク質(またはmRNA分子のような核酸分子)の競合的インヒビターとして作用することによって、それら自身で治療剤として直接的に使用され得ることを認識する。
本発明の改変体タンパク質は、薬物スクリーニングアッセイ、細胞ベース系または細胞フリー系において特に有用である。細胞ベース系は、タンパク質を自然に発現する、生検標本、または細胞培養物細胞を利用し得る。1つの実施形態において、細胞ベースのアッセイは、改変体タンパク質を発現する組換え宿主細胞を含む。細胞フリーのアッセイは、改変体タンパク質またはその改変体タンパク質をコードする対応するSNP含有核酸フラグメントに直接結合する化合物の能力を検出するために使用され得る。
本発明の改変体タンパク質、およびその適切なフラグメントは、高処理能力スクリーニングアッセイにおいて使用され、この改変体タンパク質を結合する能力および/またはこの改変体タンパク質の活性を調節する能力について候補化合物を試験し得る。これらの候補化合物は、正常機能(例えば、野生型/非改変体タンパク質)を有するタンパク質に対してさらにスクリーニングされ、タンパク質活性に対する化合物の効果をさらに決定し得る。さらに、これらの化合物は、インビボ活性/有効性を決定するために、動物系または無脊椎動物系において試験され得る。化合物は、この改変体タンパク質を活性化する(アゴニスト)か、または不活性化(アンタゴニスト)すると同定され得、そして異なる化合物は、この改変体タンパク質の種々の程度の活性化または不活性化を引き起こすと同定され得る。
さらに、改変体タンパク質は、この改変体タンパク質とこのタンパク質と正常に相互作用する標的分子との間の相互作用を刺激するか、または阻害する能力について化合物をスクリーニングするために使用され得る。標的は、リガンド、基質、またはこのタンパク質が正常に相互作用する結合パートナー(例えば、エピネフリンまたはノルエピネフリン)であり得る。このようなアッセイは、代表的に、改変体タンパク質またはそのフラグメントをこの標的分子と相互作用させ、そしてこのタンパク質とこの標的との間の複合体の形成を検出するか、またはこの改変体タンパク質とこの標的との相互作用の生化学的因果関係(例えば、シグナル伝達の任意の関連する効果)を決定することを可能にする条件下で、この改変体タンパク質と候補化合物とを組み合わせる工程を包含する。
候補化合物としては、例えば、以下が挙げられる:1)可溶性ペプチドのようなペプチド(Igテイル融合ペプチド、ならびにランダムペプチドライブラリーのメンバー(例えば、Lamら,Nature 354:82-84(1991);Houghtenら,Nature 354:84-86(1991)を参照のこと)、およびD-立体配置アミノ酸および/またはL-立体配置アミノ酸から作製されるコンビナトリアルケミストリー由来の分子ライブラリーのメンバーを含む);2)リンペプチド(例えば、ランダムかつ部分的に変性した、リンペプチドライブラリーに指向するメンバー(例えば、Songyangら,Cell 72:767-778(1993)を参照のこと));3)抗体(例えば、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、ヒト化抗体、抗イディオタイプ抗体、キメラ抗体、および単鎖抗体、ならびにFab、F(ab’)2、Fab発現ライブラリーフラグメント、および抗体のエピトープ結合フラグメント);そして4)有機低分子および無機低分子(例えば、コンビナトリアルライブラリーおよび天然産物ライブラリーから得られる分子)。
1つの候補化合物は、リガンド結合に対して競合する改変体タンパク質の可溶性フラグメントである。他の候補化合物としては、変異体タンパク質、または改変体タンパク質機能に影響を与え、従ってリガンドに対して競合する変異を含む適切なフラグメントが挙げられる。従って、リガンドに対して(例えば、より高い親和性で)競合するフラグメント、またはリガンドに結合するが、放出させないフラグメントは、本発明によって包含される。
本発明は、改変体タンパク質活性を調節する(刺激するか、または阻害する)化合物を同定するための他の終点アッセイをさらに含む。このアッセイは、代表的に、タンパク質活性を示すシグナル伝達経路における現象のアッセイを包含する。従って、改変体タンパク質依存性シグナルカスケードに応答してアップレギュレーションされるか、またはダウンレギュレーションされる遺伝子の発現が、アッセイされ得る。1つの実施形態において、このような遺伝子の調節領域は、容易に検出可能なマーカー(例えば、ルシフェラーゼ)に作動可能に連結され得る。あるいは、この改変体タンパク質のリン酸化、または改変体タンパク質の標的もまた、測定され得る。この改変体タンパク質によって媒介される生物学的機能および生化学的機能のいずれ、終点アッセイとして使用され得る。これらは、本明細書中、本明細書中で引用される参考文献(これらの終点アッセイの標的および当業者に公知の他の機能について、参考として援用される)に記載される生化学的現象または生物学的現象の全てを含む。
結合化合物および/または活性化化合物もまた、キメラ改変体タンパク質を用いることによってスクリーニングされ得る。ここで、アミノ末端細胞外ドメインもしくはその部分、膜貫通ドメインの全体もしくは部分領域、および/またはカルボキシル末端細胞内ドメインもしくはその部分は、異種ドメインまたは部分領域によって置換され得る。例えば、基質結合領域は、改変体タンパク質によって正常に認識される基質とは異なる基質と相互作用するように使用され得る。従って、異なる一組のシグナル伝達成分は、活性化についての終点アッセイとして利用可能である。これは、アッセイが、改変体タンパク質が誘導される特異的宿主細胞以外において実行されることを可能にする。
改変体タンパク質はまた、この改変体タンパク質と相互作用する化合物を発見するために設計された方法での競合的結合アッセイにおいて有用である。従って、化合物は、化合物を改変体タンパク質に結合させるか、または別に改変体タンパク質と相互作用させる条件下で、この改変体タンパク質に曝露され得る。この改変体タンパク質と正常に相互作用する結合パートナー(例えば、リガンド)もまた、混合物に添加される。試験化合物が、この改変体タンパク質またはその結合パートナーと相互作用する場合、この改変体タンパク質から形成される複合体の量、またはこの改変体タンパク質由来の活性を減少させる。この型のアッセイは、改変体タンパク質の特定領域と相互作用する化合物についてスクリーニングすることに特に有用である(Hodgson,Bio/technology,1992,Sept 10(9),973-80)。
細胞フリーの薬物スクリーニングアッセイを実行するために、改変体タンパク質もしくはそのフラグメントのいずれか、またはその標的分子を固定化して、1つまたは両方のタンパク質の非複合形態からの複合体の分離を促進すること、およびアッセイの自動化を適応することが、時に所望される。マトリックスにタンパク質を固定化するための任意の方法が、薬物スクリーニングアッセイにおいて使用され得る。1つの実施形態において、さらなるドメインを含む融合タンパク質が、タンパク質をマトリックスに結合させる。例えば、グルタチオン-S-トランスフェラーゼ/125I融合タンパク質は、グルタチオンセファロースビーズ(Sigma Chemical,St.Louis,MO)、またはグルタチオン誘導化マイクロタイタープレートに吸着され得、これは次いで、細胞溶解物(例えば、35S標識化)および候補化合物(例えば、薬物候補)と組み合わされ、そしてこの混合物は、複合体形成をもたらす条件下で(例えば、塩およびpHについて生理学的な条件で)インキュベートされる。インキュベーションに続いて、このビーズは任意の未結合標識を取り除くために洗浄され、そして固定化されたマトリックスおよび放射標識が直接的に、またはこの複合体が解離された後の上清において、決定され得る。あるいは、この複合体は、マトリックスから解離され得、SDS-PAGEによって分離され得、そしてビーズ画分に見出される結合物質のレベルは、標準的な電気泳動技術を用いてゲルから定量され得る。
改変体タンパク質またはその標的分子のいずれかは、ビオチンおよびストレプトアビジンの結合を利用して固定化され得る。あるいは、改変体タンパク質と反応するが、この改変体タンパク質のその標的分子への結合を妨害しない抗体が、プレートのウェルへと誘導体化され、そして、改変体タンパク質が抗体結合によってこのウェルにトラップされ得る。標的分子および候補化合物の調製物は、この改変体タンパク質が存在するウェル中でインキュベートされ、そしてこのウェルにトラップされた複合体の量が、定量され得る。GST-固定化複合体について上記された方法に加えて、このような複合体を検出するための方法としては、タンパク質標的分子と反応する抗体、または改変体タンパク質と反応して標的分子と競合する抗体を用いた複合体の免疫検出、および標的分子に関する酵素活性を検出することに依存する酵素結合アッセイが挙げられる。
これらの薬物スクリーニングアッセイに従って同定される改変体タンパク質活性の調節因子は、このタンパク質経路によって媒介される障害(例えば、CVD)を有する被験体を処置するために使用され得る。これらの処置方法は、代表的には、このような処置を必要とする被験体に、薬学的組成物におけるタンパク質活性の調節因子を投与する工程を包含する。
本明細書中に開示される改変体タンパク質、またはそのフラグメントは、この改変体タンパク質の発現もしくは活性の不適切な欠如、またはこの改変体タンパク質の所望しない発現もしくは活性によって特徴付けられる障害を処置するために、それ自身直接的に使用され得る。従って、処置するための方法は、本明細書中に開示される改変体タンパク質またはそのフラグメントの使用を包含する。
本発明のさらに別の局面において、改変体タンパク質は、2-ハイブリッドアッセイまたは3-ハイブリッドアッセイで「おとり(bait)タンパク質」として使用され、この改変体タンパク質に結合するか、またはこの改変体タンパク質と相互作用し、そして改変体タンパク質活性に関係している他のタンパク質を同定し得る(例えば、米国特許第5,283,317号;Zervosら(1993)Cell 72:223-232;Maduraら(1993)J.Biol.Chem.268:12046-12054;Bartelら(1993)Biotechniques 14:920-924;Iwabuchiら(1993)Oncogene 8:1693-1696;およびBrent W094/10300を参照のこと)。このような改変体タンパク質結合タンパク質はまた、例えば、タンパク質媒介シグナル伝達経路の要素として改変体タンパク質または改変体タンパク質標的によるシグナルの伝達に関係している可能性がある。あるいは、このような改変体タンパク質結合タンパク質は、改変体タンパク質のインヒビターである。
2-ハイブリッド系は、大部分の転写因子(代表的に、別個のDNA結合ドメインおよび活性化ドメインからなる)のモジュール的性質に基づく。簡単に言うと、このアッセイは、代表的に、2つの異なるDNA構築物を利用する。1つの構築物において、改変体タンパク質をコードする遺伝子は、公知の転写因子(例えば、GAL-4)のDNA結合ドメインをコードする遺伝子に融合される。他の構築物において、DNA配列のライブラリーに由来し、非同定タンパク質(「おとり(prey)」または「サンプル」)をコードするDNA配列は、公知の転写因子の活性化ドメインをコードする遺伝子に融合される。「おとり(bait)」タンパク質および「おとり(prey)」タンパク質がインビボで相互作用し、改変体タンパク質依存性複合体を形成し得る場合、この転写因子のDNA結合ドメインおよび活性化ドメインは、極めて近接する。この近接は、この転写因子に対応する転写調節部位に作動可能に連結されるレポーター遺伝子(例えば、LacZ)の転写を可能にする。レポーター遺伝子の発現が検出され得、そして機能的転写因子を含む細胞コロニーが単離され得、改変体タンパク質と相互作用するタンパク質をコードするクローン化遺伝子を得るために使用され得る。
(改変体タンパク質に対する抗体)
本発明はまた、本明細書中に開示される改変体タンパク質およびそのフラグメントに選択的に結合する抗体を提供する。このような抗体は、本発明の改変体タンパク質を定量的に、または定性的に検出するために使用され得る。本明細書中で使用される場合、抗体が改変体タンパク質に結合するが、非改変体タンパク質に有意に結合しない場合(すなわち、抗体が、本発明の1つ以上のSNPに起因する改変体アミノ酸配列を含まない、正常タンパク質、野生型タンパク質、または当該分野で公知のタンパク質に有意に結合しない場合)、この抗体は、標的改変体タンパク質に選択的に結合する(改変体アミノ酸配列は、例えば、非同義的cSNP、停止コドンを作製し、それによってポリペプチドの短縮を引き起こすナンセンスSNP、またはポリペプチドの伸長をもたらす読み通し変異を引き起こすSNPに起因し得る)。
本発明はまた、本明細書中に開示される改変体タンパク質およびそのフラグメントに選択的に結合する抗体を提供する。このような抗体は、本発明の改変体タンパク質を定量的に、または定性的に検出するために使用され得る。本明細書中で使用される場合、抗体が改変体タンパク質に結合するが、非改変体タンパク質に有意に結合しない場合(すなわち、抗体が、本発明の1つ以上のSNPに起因する改変体アミノ酸配列を含まない、正常タンパク質、野生型タンパク質、または当該分野で公知のタンパク質に有意に結合しない場合)、この抗体は、標的改変体タンパク質に選択的に結合する(改変体アミノ酸配列は、例えば、非同義的cSNP、停止コドンを作製し、それによってポリペプチドの短縮を引き起こすナンセンスSNP、またはポリペプチドの伸長をもたらす読み通し変異を引き起こすSNPに起因し得る)。
本明細書中で使用される場合、抗体は、当該分野で認識される用語と一致した用語において定義される:抗体は、抗原初回刺激に応答して生体より産生される、複数サブユニットのタンパク質である。本発明の抗体は、モノクローナル抗体およびポリクローナル抗体の両方、ならびにこのような抗体の抗原応答性のタンパク質分解性フラグメント(例えば、Fabフラグメント、F(ab)’2フラグメント、およびFvフラグメント)を含む。さらに、本発明の抗体は、任意の種々の操作された抗原結合分子(例えば、キメラ抗体(米国特許第4,816,567号、同第4,816,397号;Morrisonら,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,81:6851,1984;Neubergerら,Nature 312:604,1984)、ヒト化抗体(米国特許第5,693,762号;同第5,585,089号;および同第5,565,332号)、単鎖Fv(米国特許第4,946,778号;Wardら,Nature 334:544,1989)、2つの結合特異的部位を有する二重特異性抗体(bispecific antibody)(Segalら,J.Immunol.Methods 248:1,2001;Carter,J.Immunol.Methods 248:7,2001)、ダイアボディ(diabody)、トリアボディ(triabody)、およびテトラボディ(tetrabody)(Todorovskaら,J.Immunol.Methods,248:47,2001))、ならびにFab接合体(ダイマーまたはトリマー)、およびミニボディ(minibody)をさらに含む。
多くの方法が、所定の標的抗原に対する抗体を産生するか、および/または同定するために、当該分野で公知である(Harlow,Antibodies,Cold Spring Harbor Press,N.Y.(1989))。一般的に、単離されたペプチド(例えば、本発明の改変体タンパク質)が、免疫原として使用され、そして哺乳動物生物体(例えば、ラット、ウサギ、ハムスター、またはマウス)に投与される。全長タンパク質、抗原性ペプチドフラグメント(例えば、改変体タンパク質と対応する野生型タンパク質との間で変動する領域を含むペプチドフラグメント)、または融合タンパク質のいずれかが使用され得る。免疫原として使用されるタンパク質は、天然に存在し得るか、合成または組換えで産生され得、そしてアジュバントと組み合わせて投与され得る。このアジュバントとしては、以下が挙げられるが、これらに限定されない:フロイントアジュバント(フロイント完全アジュバントおよびフロイント不完全アジュバント)、鉱物ゲル(例えば、水酸化アルミニウム)、界面活性物質(例えば、リソレクチン、プルロニック(pluronic)ポリオール、ポリアニオン、ペプチド、油性乳濁液、スカシ貝(keyhole limpet)ヘモシアニン、ジニトロフェノールなど)。
モノクローナル抗体は、ハイブリドーマ技術によって産生され得る(KohlerおよびMilstein,Nature,256:495,1975)。ハイブリドーマ技術は、特異的モノクローナル抗体を分泌する細胞を不死化させる。この不死化細胞株は、2つの異なる細胞型(代表的には、リンパ球、および腫瘍細胞)を融合させることによってインビトロで作製され得る。ハイブリドーマ細胞は、インビトロまたはインビボで培養され得る。さらに、全てのヒト抗体は、トランスジェニック動物によって産生され得る(Heら,J.Immunol.,169:595,2002)。FdファージおよびFdファージミド技術は、インビトロで組換え抗体を産生し、選択するために使用され得る(HoogenboomおよびChames,Immunol.Today 21:371,2000;Liuら,J.Mol.Biol.315:1063,2002)。抗体の相補決定領域が同定され得、そしてこのような領域に対応する合成ペプチドが、抗原結合を媒介するために使用され得る(米国特許第5,637,677号)。
抗体は、好ましくは、対応する野生型タンパク質と比較して、改変体アミノ酸配列を含む改変体タンパク質の領域または別個のフラグメント(例えば、非同意語(nonsynonymous)的cSNPによってコードされるアミノ酸を含む改変体タンパク質の領域、停止コドンを作製するナンセンスSNPによってもたらされる短縮によって影響を受ける領域、またはSNPによってもたらされる読み過ごし変異(read-through mutation)に起因する停止コドンの破壊から生じる領域)に対して調製される。さらに、好ましい領域は、機能/活性および/またはタンパク質/結合パートナー相互作用に関与する領域を含む。このようなフラグメントは、タンパク質の表面に位置する領域に対応するフラグメント(例えば、親水性領域)のような物理的特性について選択され得るか、あるいは配列のユニークさに基づいてまたは本発明によって提供されるSNPによってコードされる改変体アミノ酸残基の位置に基づいて選択され得る。抗原性フラグメントは、代表的に、少なくとも約8~10個の連続したアミノ酸残基を含み、ここで、このアミノ酸残基の少なくとも1つは、本明細書中に開示されるSNPによって影響を受けるアミノ酸である。しかし、抗原性ペプチドは、少なくとも、12個、14個、16個、20個、25個、50個、100個(もしくはこれらの間の任意の他の数)またはそれ以上のアミノ酸残基を含み得、但し、少なくとも1つのアミノ酸は、本明細書中に開示されるSNPによって影響を受ける。
本発明の抗体の検出は、抗体またはその抗原反応性フラグメントを検出可能物質に結合する(すなわち、物理的に連結する)ことによって促進され得る。検出可能物質としては、種々の酵素、補欠分子団、蛍光物質、発光物質、生物発光物質、および放射性物質が挙げられるが、これらに限定されない。適切な酵素の例としては、セイヨウワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、β-ガラクトシダーゼ、またはアセチルコリンエステラーゼが挙げられ;適切な補欠分子団複合体の例としては、ストレプトアビジン/ビオチンおよびアビジン/ビオチンが挙げられ;適切な蛍光物質の例としては、ウンベリフェロン、フルオロセイン、フルオロセインイソチオシアネート、ローダミン、ジクロロトリアジニルアミンフルオレセイン、ダンシルクロリドまたはフィコエリトリンが挙げられ;発光物質の例としては、ルミノールが挙げられ;生物発光物質の例としては、ルシフェラーゼ、ルシフェリン、およびエクオリンが挙げられ、そして適切な放射性物質の例としては、125I、131I、35Sまたは3Hが挙げられる。
抗体(特に、治療剤としての抗体の使用)は、以下で概説される:Morgan,「Antibody therapy for Alzheimer’s disease,」Expert Rev Vaccines (1):53-9 (Feb. 2003); Ross et al.,「Anticancer antibodies,」Am J Clin Pathol 119(4):472-85 (Apr. 2003); Goldenberg,「Advancing role of radiolabeled antibodies in the therapy of cancer,」Cancer Immunol Immunother 52(5):281-96 (May 2003); Epub Mar. 11, 2003; Ross et al.,「Antibody-based therapeutics in oncology,」Expert Rev Anticancer Ther 3(1):107-21 (Feb. 2003); Cao et al.,「Bispecific antibody conjugates in therapeutics,」Adv Drug Deliv Rev 55(2):171-97 (Feb. 2003); von Mehren et al.,「Monoclonal antibody therapy for cancer,」Annu Rev Med 54:343-69 (2003); Epub Dec. 3, 2001; Hudson et al.,「Engineered antibodies,」Nat Med 9(1):129-34 (Jan. 2003); Brekke et al.,「Therapeutic antibodies for human diseases at the dawn of the twenty-first century,」Nat Rev Drug Discov 2(1):52-62 (Jan. 2003); Erratum in: Nat Rev Drug Discov 2(3):240 (Mar. 2003); Houdebine,「Antibody manufacture in transgenic animals and comparisons with other systems,」Curr Opin Biotechnol 13(6):625-9 (Dec. 2002); Andreakos et al.,「Monoclonal antibodies in immune and inflammatory diseases,」Curr Opin Biotechnol 13(6):615-20 (Dec. 2002); Kellermann et al.,「Antibody discovery: the use of transgenic mice to generate human monoclonal antibodies for therapeutics,」Curr Opin Biotechnol 13(6):593-7 (Dec. 2002); Pini et al.,「Phage display and colony filter screening for high-throughput selection of antibody libraries,」Comb Chem High Throughput Screen 5(7):503-10 (Nov. 2002); Batra et al.,「Pharmacokinetics and biodistribution of genetically engineered antibodies,」Curr Opin Biotechnol 13(6):603-8 (Dec. 2002);およびTangri et al.,「Rationally engineered proteins or antibodies with absent or reduced immunogenicity,」Curr Med Chem 9(24):2191-9 (Dec.2002)。
(抗体の使用)
抗体は、標準的な技術(例えば、アフィニティークロマトグラフィーまたは免疫沈降)によって天然の細胞供給源からまたは組換え宿主細胞から、本発明の改変体タンパク質を単離するために使用され得る。さらに、抗体は、生物の種々の組織の間、および正常な発生または疾患の進行の過程にわたって、種々のタンパク質の発現のパターンを決定するために、細胞または組織において本発明の改変体タンパク質の存在を検出するために有用である。さらに、抗体は、発現の量およびパターンを評価するためにに、インサイチュ、インビトロ、体液中、または細胞溶解物もしくは懸濁液において、改変体タンパク質を検出するために使用され得る。また、抗体は、異常な組織分布、発生の間の異常な発現、または異常な状態(例えば、CVD)、またはスタチン処置の間における発現を評価するために使用され得る。さらに、全長改変体タンパク質の循環するフラグメントの抗体検出は、代謝回転を同定するために使用され得る。
抗体は、標準的な技術(例えば、アフィニティークロマトグラフィーまたは免疫沈降)によって天然の細胞供給源からまたは組換え宿主細胞から、本発明の改変体タンパク質を単離するために使用され得る。さらに、抗体は、生物の種々の組織の間、および正常な発生または疾患の進行の過程にわたって、種々のタンパク質の発現のパターンを決定するために、細胞または組織において本発明の改変体タンパク質の存在を検出するために有用である。さらに、抗体は、発現の量およびパターンを評価するためにに、インサイチュ、インビトロ、体液中、または細胞溶解物もしくは懸濁液において、改変体タンパク質を検出するために使用され得る。また、抗体は、異常な組織分布、発生の間の異常な発現、または異常な状態(例えば、CVD)、またはスタチン処置の間における発現を評価するために使用され得る。さらに、全長改変体タンパク質の循環するフラグメントの抗体検出は、代謝回転を同定するために使用され得る。
本発明の改変体タンパク質に対する抗体はまた、遺伝薬理学の分析において有用である。従って、代替のSNP対立遺伝子によってコードされる改変体タンパク質に対する抗体は、改変された処置の様式を必要とする個体を同定するために使用され得る。
さらに、抗体は、疾患状態において(例えば、上記疾患の活動的なステージにおいて、もしくは上記タンパク質の機能に関する疾患(例えば、CVD)への素因を有する個体において)、または処置レジメンの過程の間に(例えば、スタチン処置の間に)、上記改変体タンパク質の発現を評価するために使用され得る。本発明のSNP含有核酸分子によってコードされる改変体タンパク質に特異的な抗体は、例えば、個体のスタチン処置への応答(特に、彼らのCVD(特に、CHD(例えば、MI)、もしくは脳卒中)の危険性を低下させるために)を決定するために、または上記改変体タンパク質の存在によって示される場合、CVDを診断する、もしくはCVDへの素因/感受性を診断するため、上記改変体タンパク質の存在についてアッセイするために使用され得る。
さらに、抗体は、疾患状態において(例えば、上記疾患の活動的なステージにおいて、もしくは上記タンパク質の機能に関する疾患(例えば、CVD)への素因を有する個体において)、または処置レジメンの過程の間に(例えば、スタチン処置の間に)、上記改変体タンパク質の発現を評価するために使用され得る。本発明のSNP含有核酸分子によってコードされる改変体タンパク質に特異的な抗体は、例えば、個体のスタチン処置への応答(特に、彼らのCVD(特に、CHD(例えば、MI)、もしくは脳卒中)の危険性を低下させるために)を決定するために、または上記改変体タンパク質の存在によって示される場合、CVDを診断する、もしくはCVDへの素因/感受性を診断するため、上記改変体タンパク質の存在についてアッセイするために使用され得る。
抗体はまた、電気泳動度、等電点、トリプシンペプチド消化、および当該分野で周知の他の物理的アッセイによる分析とともに、改変体タンパク質を評価するための診断ツールとして有用である。
抗体はまた、組織型別のために有用である。従って、特定の改変体タンパク質が特定の組織における発現と相関している場合、このタンパク質に対して特異的な抗体は、組織型を同定するために使用され得る。
抗体はまた、種々の組織における細胞内の改変体タンパク質の異常な細胞内局在化を評価するために使用され得る。診断的使用は、遺伝的試験だけではなく、処置様式をモニタリングする際にも適用され得る。従って、処置が、改変体タンパク質の発現レベルまたは存在、あるいは改変体タンパク質の異常な組織分布または発展的な発現を直すことを最終的な目標とする場合、改変体タンパク質または関連するフラグメントに対する抗体は、治療効力をモニターするために使用され得る。
抗体はまた、例えば、結合パートナーに対する改変体タンパク質の結合を遮断することによって、改変体タンパク質の機能を阻害するために有用である。これらの使用はまた、処置が改変体タンパク質の機能を阻害することを包含する治療的文脈において適用され得る。抗体は、例えば、結合を遮断するかまたは競合的に阻害し、従って、改変体タンパク質の活性を調節する(作用するかまたは拮抗する)ために使用され得る。抗体は、機能に必要とされる部位を含む特異的改変体タンパク質フラグメントに対して、または細胞もしくは細胞膜と関連するインタクトな改変体タンパク質に対して調製され得る。インビボ投与について、抗体は、放射性核種、酵素、免疫原性エピトープ、または細胞傷害性剤のようなさらなる治療的ペイロードと連結され得る。適切な細胞傷害性剤としては、ジフテリアのような細菌性毒素、およびリシンのような植物性毒素が挙げられるが、これらに限定されない。抗体またはそのフラグメントのインビボ半減期は、ポリエチレングリコールに対する結合を介するペグ化によって延長され得る(Leongら、Cytokine 16:106,2001)。
本発明はまた、抗体を使用するためのキット(例えば、試験サンプル中の改変体タンパク質の存在を検出するためのキット)を包含する。例示的なキットは、抗体(例えば、標識された抗体または標識可能な抗体)および生物学的サンプル中の改変体タンパク質を検出するための化合物または薬剤;サンプル中の改変体タンパク質の量、または存在/非存在を決定するための手段;サンプル中の改変体タンパク質の量と標準とを比較するための手段;および使用のための指示を含み得る。
(ベクターおよび宿主細胞)
本発明はまた、本明細書中に記載されるSNP含有核酸分子を含むベクターを提供する。用語「ベクター」は、ビヒクル、好ましくは、核酸分子をいい、これは、SNP含有核酸分子を輸送し得る。このベクターが核酸分子である場合、SNP含有核酸分子は、ベクター核酸に共有結合的に連結され得る。このようなベクターとしては、プラスミド、一本鎖ファージもしくは二本鎖ファージ、一本鎖RNAウイルスベクターもしくは二本鎖RNAウイルスベクター、または一本鎖DNAウイルスベクターもしくは二本鎖DNAウイルスベクター、あるいは人工染色体(例えば、BAC、PAC、YAC、またはMAC)が挙げられるが、これらに限定されない。
本発明はまた、本明細書中に記載されるSNP含有核酸分子を含むベクターを提供する。用語「ベクター」は、ビヒクル、好ましくは、核酸分子をいい、これは、SNP含有核酸分子を輸送し得る。このベクターが核酸分子である場合、SNP含有核酸分子は、ベクター核酸に共有結合的に連結され得る。このようなベクターとしては、プラスミド、一本鎖ファージもしくは二本鎖ファージ、一本鎖RNAウイルスベクターもしくは二本鎖RNAウイルスベクター、または一本鎖DNAウイルスベクターもしくは二本鎖DNAウイルスベクター、あるいは人工染色体(例えば、BAC、PAC、YAC、またはMAC)が挙げられるが、これらに限定されない。
ベクターは、染色体外エレメントとして宿主細胞内で維持され得、ここで、このベクターは、SNP含有核酸分子を複製し、そしてそのさらなるコピーを産生する。あるいは、ベクターは、宿主細胞ゲノム内に組み込まれ得、宿主細胞が複製する場合にSNP含有核酸分子のさらなるコピーを産生し得る。
本発明は、SNP含有核酸分子の維持のためのベクター(クローニングベクター)または発現のためのベクター(発現ベクター)を提供する。ベクターは、原核生物細胞または真核生物細胞あるいはその両方(シャトルベクター)において機能し得る。
発現ベクターは、代表的に、SNP含有核酸分子の転写が宿主細胞において許容されるように、SNP含有核酸分子に対してベクター内で作動可能に連結されるシス作用性調節領域を含む。SNP含有核酸分子はまた、転写に影響し得る別の核酸分子を用いて、宿主細胞中に導入され得る。従って、第2の核酸分子は、ベクターからのSNP含有核酸分子の転写を可能にするために、シス調節制御領域と相互作用するトランス作用因子を提供し得る。あるいは、トランス作用因子は、宿主細胞によって供給され得る。最終的に、トランス作用因子は、ベクター自体から産生され得る。しかし、いくつかの実施形態において、核酸分子の転写および/または翻訳が無細胞系において行われ得ることが理解される。
本明細書中に記載されるSNP含有核酸分子が作動可能に連結され得る調節配列は、mRNA転写を指向するためのプロモーターを含む。これらの調節配列には、バクテリオファージλ由来の左プロモーター、E.coli由来のlacプロモーター、TRPプロモーター、およびTACプロモーター、SV40由来の初期プロモーターおよび後期プロモーター、CMV最初期プロモーター、アデノウイルス初期プロモーターおよびアデノウイルス後期プロモーター、ならびにレトロウイルス末端反復配列が挙げられるがこれらに限定されない。
転写を促進する制御領域に加えて、発現ベクターはまた、転写を調節する領域(例えば、リプレッサー結合部位およびエンハンサー)を含み得る。例としては、SV40エンハンサー、サイトメガロウイルス最初期エンハンサー、ポリオーマエンハンサー、アデノウイルスエンハンサー、およびレトロウイルスLTRエンハンサーが挙げられる。
転写開始および制御のための部位を含むことに加えて、発現ベクターはまた、転写終結に必要な配列、および転写される領域において、翻訳のためのリボソーム結合部位を含み得る。発現のための他の調節制御エレメントとしては、開始コドンおよび終止コドンならびにポリアデニル化シグナルが挙げられる。当業者は、発現ベクターにおいて有用な多くの調節配列を知っている(例えば、SambrookおよびRussell、2000,Molecular Cloning:A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Laboratory Press,NYを参照のこと)。
種々の発現ベクターは、SNP含有核酸分子を発現するために使用され得る。このようなベクターとしては、染色体ベクター、エピソームベクター、およびウイルス由来のベクター(例えば、細菌性プラスミド由来、バクテリオファージ由来、酵母エピソーム由来、酵素染色体エレメント(酵母人工染色体を含む)由来、バキュロウイルス、パポバウイルス(例えば、SV40)、ワクシニアウイルス、アデノウイルス、ポックスウイルス、偽狂犬病ウイルス、およびレトロウイルスのようなウイルス由来のベクター)が挙げられる。ベクターはまた、プラスミド由来のものおよびバクテリオファージ遺伝子エレメント(例えば、コスミドおよびファージミド)由来のもののようなこれらの供給源の組み合わせ由来であり得る。原核生物宿主および真核生物宿主に対する適切なクローニングベクターおよび発現ベクターは、SambrookおよびRussell、2000,Molecular Cloning:A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Laboratory Press,NYに記載されている。
ベクター中の調節配列は、1つ以上の宿主細胞における構成的発現(例えば、組織特異的発現)を提供し得るか、または例えば、温度、栄養添加剤、または外来因子(例えば、ホルモンもしくは他のリガンド)によって、1つ以上の細胞型における誘導性発現を提供し得る。原核生物宿主細胞および真核生物宿主細胞における核酸配列の構成的発現または誘導性発現を提供する種々のベクターは、当業者に周知である。
SNP含有核酸分子は、当該分野で周知の方法論によってベクター中に挿入され得る。一般的に、最終的に発現されるSNP含有核酸分子は、SNP含有核酸分子および発現ベクターを、1つ以上の制限酵素を用いて切断し、次いで、フラグメントを一緒に連結することによって、発現ベクターに連結される。制限酵素消化および連結についての手順は、当業者に周知である。
適切な核酸分子を含むベクターは、周知の技術を使用して、増殖または発現のための適切な宿主細胞内に導入され得る。細菌宿主細胞としては、大腸菌、Streptomyces種、およびSalmonella typhimuriumが挙げられるが、これらに限定されない。真核生物宿主としては、酵母、昆虫細胞(例えば、Drosophila種)、動物細胞(例えば、COS細胞およびCHO細胞)、ならびに植物細胞が挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書中に記載されるように、融合タンパク質として改変体ペプチドを発現することが望ましくあり得る。従って、本発明は、改変体ペプチドの産生を可能にする融合ベクターを提供する。融合ベクターは、例えば、組換えタンパク質の発現を増加し得、組換えタンパク質の溶解性を増加し得、そして例えば、アフィニティー精製のためのリガンドとして作用することによってタンパク質の精製を補助し得る。タンパク質分解性切断部位は、融合部分の接合において導入され得、その結果、所望の改変体ペプチドが、最終的に、融合部分から分離され得る。このような使用に適切なタンパク質分解性酵素としては、Xa因子、トロンビン、およびエンテロキナーゼが挙げられるが、これらに限定されない。代表的な融合発現ベクターとしては、pGEX(Smithら,Gene 67;31-40(1988))、pMAL(New England Biolabs,Beverly,マサチューセッツ州)およびpRIT5(Pharmacia,Piscataway,NJ)(これらは、それぞれグルタチオンS-トランスフェラーゼ(GST)、マルトースE結合タンパク質、またはプロテインAを標的組換えタンパク質に融合する)が挙げられる。適切な誘導性非融合E.coli発現ベクターの例としては、pTrc(Amannら,Gene 69:301-315(1988))およびpET 11d(Studierら,Gene Expression Technology:Methods in Enzymology 185:60-89(1990))が挙げられる。
組換えタンパク質発現は、遺伝子的背景を提供することによって細菌宿主において最大化され得、ここで、宿主細胞は、組換えタンパク質をタンパク質分解的に切断する能力を損なっている(S.Gottesman,Gene Expression Technology:Methods in Enzymology 185,Academic Press,カリフォルニア州(1990)119-128)。あるいは、目的のSNP含有核酸分子の配列は、特定の宿主細胞(例えば、E.coli)についての優先的なコドン利用を提供するように変更され得る(Wadaら,Nucleic Acids Res.20:2111-2118(1992))。
SNP含有核酸分子はまた、酵母において作動する発現ベクターによって発現され得る。酵母(例えば、S.cerevisiae)における発現のためのベクターの例としては、pYepSec1(Baldariら,EMBO J.6:229-234(1987))、pMFa(Kurjanら,Cell 30:933-943(1982))、pJRY88(Schultzら,Gene 54:113-123(1987))、およびpYES2(Invitrogen Corporation,San Diego,カリフォルニア州)が挙げられる。
SNP含有核酸分子はまた、例えば、バキュロウイルス発現ベクターを使用して、昆虫細胞中で発現され得る。培養された昆虫細胞(例えば、Sf9細胞)中のタンパク質の発現に利用可能なバキュロウイルスベクターとしては、pAcシリーズ(Smithら,Mol.Cell Biol.3:2156-2165(1983))およびpVLシリーズ(Lucklowら,Virology 170:31-39(1989)が挙げられる。
本発明の特定の実施形態において、本明細書中に記載されるSNP含有核酸分子は、哺乳動物発現ベクターを使用して哺乳動物細胞において発現される。哺乳動物発現ベクターの例としては、pCDM8(B.Seed,Nature 329:840(1987))およびpMT2PC(Kaufmanら,EMBO J.6:187-195(1987))が挙げられる。
本発明はまた、本明細書中に記載されるSNP含有核酸分子が逆方向でベクター中にクローニングされるが、アンチセンスRNAの転写を可能にする調節配列に作動可能に連結されるベクターを包含する。従って、アンチセンス転写は、本明細書中に記載されるSNP含有核酸配列(コード領域および非コード領域の両方を含む)に対して産生され得る。このアンチセンスRNAの発現は、センスRNAの発現に関連する上記のパラメーター(調節配列、構成的発現または誘導性発現、組織特異的発現)のそれぞれに供される。
本発明はまた、本明細書中に記載されるベクターを含む組換え宿主細胞に関連する。従って、宿主細胞としては、例えば、原核生物細胞、下等真核生物細胞(例えば、酵母)、他の真核生物細胞(例えば、昆虫細胞)、および高等真核生物細胞(例えば、哺乳動物細胞)が挙げられる。
組換え宿主細胞は、当業者が容易に利用可能な技術によって、本明細書中に記載のベクター構築物を細胞に導入することによって調製され得る。これらには、リン酸カルシウムトランスフェクション、DEAE-デキストラン媒介トランスフェクション、カチオン性脂質媒介トランスフェクション、エレクトロポレーション、形質導入、感染、リポフェクション、およびSambrookおよびRussell,2000,Molecular Cloning:A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Laboratory,Cold Spring Harbor Laboratory Press,NY)に記載されるような他の技術が挙げられるがこれらに限定されない。
宿主細胞は、1つより多くのベクターを含み得る。従って、異なるSNP含有ヌクレオチド配列が、同じ細胞中に、異なるベクターで導入され得る。同様に、SNP含有核酸分子は、単独で、またはSNP含有核酸分子に関連しない他の核酸分子(例えば、発現ベクターにトランス作用因子を提供する核酸分子)のいずれかで導入され得る。1つより多くのベクターが細胞内に導入される場合、ベクターは、独立して導入され得るか、同時に導入され得るか、または核酸分子ベクターに連結され得る。
バクテリオファージおよびウイルスベクターの場合、これらは、感染および形質導入のための標準的な手順によって、パッケージされたウイルスまたはカプセル化されたウイルスとして細胞に導入され得る。ウイルスベクターは、複製コンピテントであり得るかまたは複製欠損であり得る。ウイルス複製が欠損である場合、複製は、欠損を補う機能を提供する宿主細胞中で行われ得る。
ベクターは、一般的に、組換えベクター構築物を含む細胞の亜集団の選択を可能にする選択マーカーを含む。マーカーは、本明細書中に記載されるSNP含有核酸分子を含む同じベクター中に挿入され得るか、または別のベクター内であり得る。マーカーとしては、例えば、原核宿主細胞についてのテトラサイクリン耐性遺伝子またはアンピシリン耐性遺伝子、および真核生物宿主細胞についてのジヒドロ葉酸レダクターゼ耐性遺伝子またはネオマイシン耐性遺伝子が挙げられる。しかし、発現型の特性についての選択を提供する任意のマーカーが有効であり得る。
成熟改変体タンパク質が、適切な調節配列の制御下で、細菌、酵母、哺乳動物細胞および他の細胞において産生され得る場合、無細胞転写および翻訳系がまた、本明細書中に記載されるDNA構築物由来のRNAを使用して、これらの改変体タンパク質を産生するために使用され得る。
改変体タンパク質(Gタンパク質共役レセプター(GPCR)のようなタンパク質を含む複数膜貫通ドメインを用いて達成することが困難である)の分泌が所望される場合、適切な分泌シグナルは、ベクター中に組み込まれ得る。シグナル配列は、ペプチドに対して内因性であり得るかまたはこれらのペプチドに対して異種であり得る。
改変体タンパク質が媒体中に分泌されない場合、タンパク質は、標準的な破壊手順(凍結/解凍、超音波、機械的破壊、溶解剤の使用などを含む)によって、宿主細胞から単離され得る。次いで、改変体タンパク質は、回収され得、例えば、硫酸アンモニウム沈殿、酸抽出、アニオン交換クロマトグラフィーまたはカチオン交換クロマトグラフィー、ホスホセルロースクロマトグラフィー、疎水性相互作用クロマトグラフィー、アフィニティークロマトグラフィー、ヒドロキシアパタイトクロマトグラフィー、レクチンクロマトグラフィー、または高速液体クロマトグラフィーを含む周知の精製方法によって精製され得る。
本明細書中に記載される改変体タンパク質の組換え産生が行われる宿主細胞に依存して、これらは、種々のグリコシル化パターンを有し得るか、または細菌において産生される場合、非グリコシル化であり得ることもまた理解される。さらに、改変体タンパク質は、宿主媒介プロセスの結果として、いくらかの場合で、初期改変メチオニンを含み得る。
ベクターおよび宿主細胞に関するさらなる情報について、Current Protocols in Molecular Biology,John Wiley & Sons,N.Y.を参照のこと。
(ベクターおよび宿主細胞の使用、ならびにトランスジェニック動物)
本明細書中に記載される改変体タンパク質を発現する組換え宿主細胞は、種々の用途を有する。例えば、細胞は、所望量の改変体タンパク質またはそのフラグメントの調製物に精製され得る改変体タンパク質を産生するために有用である。従って、発現ベクターを含む宿主細胞は、改変体タンパク質産生に有用である。
本明細書中に記載される改変体タンパク質を発現する組換え宿主細胞は、種々の用途を有する。例えば、細胞は、所望量の改変体タンパク質またはそのフラグメントの調製物に精製され得る改変体タンパク質を産生するために有用である。従って、発現ベクターを含む宿主細胞は、改変体タンパク質産生に有用である。
宿主細胞はまた、改変体タンパク質または改変体タンパク質フラグメントを含む細胞ベースのアッセイ(例えば、上記のものおよび当該分野で公知の他の形式)を行うために有用である。従って、改変体タンパク質を発現する組換え宿主細胞は、改変体タンパク質機能を刺激するかまたは阻害する化合物をアッセイするために有用である。改変体タンパク質の機能を調節する化合物のこのような能力は、ネイティブ/野生型タンパク質に対する化合物のアッセイから、または化合物の無細胞アッセイから明らかではないかもしれない。組換え宿主細胞はまた、公知の機能と比較して、改変体タンパク質における機能的変化をアッセイするために有用である。
遺伝的に操作された宿主細胞は、非ヒトトランスジェニック動物を作製するためにさらに使用され得る。トランスジェニック動物は、好ましくは、動物の1つ以上の細胞が導入遺伝子である非ヒト哺乳動物(例えば、齧歯類動物(例えば、ラットまたはマウス))である。導入遺伝子は、トランスジェニック動物が発生する細胞のゲノム内に組み込まれ、そしてその細胞型または組織の1つ以上において成熟動物のゲノムに残る本発明のSNPを含む外来DNAである。このような動物は、インビボで改変体タンパク質の機能を研究するため、ならびに改変体タンパク質活性のモジュレーターを同定および評価するために有用である。トランスジェニック動物の他の例としては、非ヒト霊長類、ヒツジ、イヌ、ウシ、ヤギ、ニワトリ、および両生類が挙げられるが、これらに限定されない。トランスジェニック非ヒト哺乳動物(例えば、ウシおよびヤギ)は、動物の乳に分泌され得、次いで回収され得る改変体タンパク質を産生するように使用され得る。
トランスジェニック動物は、SNP含有核酸分子を受精された卵母細胞の雄性前核内に導入し(例えば、マイクロインジェクションまたはレトロウイルス感染によって)、そして偽妊娠した雌性養育動物において卵母細胞を発生させることによって作製され得る。本発明の1つ以上のSNPを含む任意の核酸分子は、潜在的に、非ヒト動物のゲノム内に導入遺伝子として導入され得る。
発現ベクターにおいて有用な調節配列または他の配列のいずれも、トランスジェニック配列の一部分を形成し得る。これは、まだ含まれていない場合、イントロン配列およびポリアデニル化シグナルを含む。組織特異的調節配列は、特定の細胞または組織中の改変体タンパク質の発現を指向するために、導入遺伝子に作動可能に連結され得る。
胚操作およびマイクロインジェクションによりトランスジェニック動物(特に、マウスのような動物)を作製するための方法は、当該分野において慣用的であり、例えば、両方ともLederらによる、米国特許第4,736,866号および同第4,870,009号、Wagnerらによる米国特許第4,873,191号、ならびにHogan,B.,Manipulating the Mouse Embryo,(Cold Spring Harbor Laboratory Press,N.Y.1986)に記載される。同様の方法は、他のトランスジェニック動物の作製に使用される。トランスジェニック創始動物は、そのゲノム中の導入遺伝子の存在、および/または動物の組織または細胞におけるトランスジェニックmRNAの発現に基づいて、同定され得る。次いで、トランスジェニック創始動物は、導入遺伝子を保有するさらなる動物を繁殖させるために使用され得る。さらに、導入遺伝子を保有するトランスジェニック動物は、さらに、他の導入遺伝子を保有する他のトランスジェニック動物に繁殖され得る。トランスジェニック動物はまた、動物全体または動物の組織が本明細書中に記載される相同組換え宿主細胞を使用して作製されている非ヒト動物を含む。
別の実施形態において、導入遺伝子の調節された発現を可能にする選択された系を含むトランスジェニック非ヒト動物が作製され得る。このような系の1つの例は、バクテリオファージP1のcre/loxPリコンビナーゼ系である(Laksoら、PNAS89:6232-6236(1992))。リコンビナーゼ系の別の例は、S.cerevisiaeのFLPリコンビナーゼ系である(O’Gormanら、Science 251:1351-1355(1991))。cre/loxPリコンビナーゼ系が導入遺伝子の発現を調節するために使用される場合、Creリコンビナーゼおよび選択されたタンパク質の両方をコードする導入遺伝子を含む動物が一般的に必要とされる。このような動物は、例えば、2匹のトランスジェニック動物を交配することにより、「二重」トランスジェニック動物を構築することによって提供され得、一方は、選択された改変体タンパク質をコードする導入遺伝子を含み、他方は、リコンビナーゼをコードする導入遺伝子を含む。
本明細書中に記載される非ヒトトランスジェニック動物のクローンもまた、例えば、I.Wilmutら、Nature 385:810-813(1997)およびPCT国際公開番号WO 97/07668およびWO 97/07669に記載される方法に従って作製され得る。簡単に述べると、トランスジェニック動物由来の細胞(例えば、体細胞)は、単離され、増殖周期を出て、G0期に入るように誘導され得る。次いで、静止細胞は、静止細胞が単離される同じ種の動物由来の除核された卵母細胞に、例えば、電気パルスの使用によって、融合され得る。次いで、再構築された卵母細胞は、桑実胚または胚盤胞まで発生するように培養され、次いで、偽妊娠雌性養育動物に移される。この雌性養育動物から生まれた子孫は、細胞(例えば、体細胞)が単離される動物のクローンである。
本明細書中に記載される改変体タンパク質を発現する組換え細胞を含むトランスジェニック動物は、インビボの文脈で、本明細書中に記載されるアッセイを行うために有用である。従って、インビボで存在し、リガンドまたは基質の結合、改変体タンパク質活性化、シグナル伝達、または他のプロセスもしくは相互作用に影響し得る種々の生理学的因子は、インビトロ無細胞アッセイまたは細胞ベースのアッセイから明らかではないかもしれない。従って、本発明の非ヒトトランスジェニック動物は、インビトロ改変体タンパク質機能および改変体タンパク質機能/活性もしくは発現を調節する治療剤または化合物の活性をアッセイするために使用され得る。このような動物はまた、ヌル変異(null mutation)(すなわち、1つ以上の改変体タンパク質を実質的にまたは完全に排除する変異)の効果を評価するために適切である。
トランスジェニック動物に関するさらなる情報について、Houdebine, “Antibody manufacture in transgenic animals and comparisons with other systems,” Curr Opin Biotechnol 13(6):625-9 (Dec. 2002); Petters et al., “Transgenic animals as models for human disease,” Transgenic Res 9(4-5):347-51, discussion 345-6 (2000); Wolf et al., “Use of transgenic animals in understanding molecular mechanisms of toxicity,” J Pharm Pharmacol 50(6):567-74 (Jun. 1998); Echelard, “Recombinant protein production in transgenic animals,” Curr Opin Biotechnol 7(5):536-40 (Oct. 1996); Houdebine, “Transgenic animal bioreactors,” Transgenic Res 9(4-5):305-20 (2000); Pirity et al., “Embryonic stem cells, creating transgenic animals,” Methods Cell Biol 57:279-93 (1998); and Robl et al., “Artificial chromosome vectors and expression of complex proteins in transgenic animals,” Theriogenology 59(1):107-13 (Jan. 2003)を参照のこと。
以下の実施例は、特許請求された発明を例示するために提供されるが、限定しない。
(実施例1:CARE、WOSCOPS、およびPROVE IT-TIMI 22におけるスタチン応答と関連したSNP)
(概説)
本明細書で実施例1に記載される研究において、コホート研究および症例のみの研究の設計を、スタチン処置への応答と関連するSNPを同定するために使用した。上記コホート全体(付随するCHD事象もしくはCVD事象ありもしくはなしの個体)もしくは症例のみ(付随するCHD事象もしくはCVD事象ありの個体のみ)は、上記CARE、WOSCOPS、およびPROVE ITからのサンプルセットにおいて分析した。具体的には、分析を、これらの3つのサンプルセットを使用して行って、CHDもしくはCVD(CVDは、CHDおよび脳卒中を含む)の危険性における低下と関連するSNPを同定した。その結果は、表4~7および表9~18において提供される(表9~18は、さらなる遺伝子型特定されたSNPおよび補定されたSNPを提供する)。
(概説)
本明細書で実施例1に記載される研究において、コホート研究および症例のみの研究の設計を、スタチン処置への応答と関連するSNPを同定するために使用した。上記コホート全体(付随するCHD事象もしくはCVD事象ありもしくはなしの個体)もしくは症例のみ(付随するCHD事象もしくはCVD事象ありの個体のみ)は、上記CARE、WOSCOPS、およびPROVE ITからのサンプルセットにおいて分析した。具体的には、分析を、これらの3つのサンプルセットを使用して行って、CHDもしくはCVD(CVDは、CHDおよび脳卒中を含む)の危険性における低下と関連するSNPを同定した。その結果は、表4~7および表9~18において提供される(表9~18は、さらなる遺伝子型特定されたSNPおよび補定されたSNPを提供する)。
表4~7は、3種の遺伝モデル(ドミナント、劣性、および相加的)において、CHD低下もしくはCVD低下のいずれかに関するスタチン応答の分析の結果を提供する。表4~7は、CAREおよびWOSCOPSを合わせたメタ分析(表4~5)において、もしくはCARE、WOSCOPS、およびPROVE-ITを合わせたメタ分析(表6~7)において、上記CHDエンドポイントもしくはCVDエンドポイントのいずれかにおける任意の遺伝モデルにおいて、10-4より小さいP値で相乗作用指数(オッズ比)を有したSNPを提供する。表4~5は、CAREおよびWOSCOPSを合わせたメタ分析、ならびに各サンプルセットのロジスティック回帰分析を個々に提供する。表6~7は、CARE、WOSCOPS、およびPROVE-ITを合わせたメタ分析、ならびに各サンプルセットのロジスティック回帰分析を個々に提供する。
表5および表7は、CAREおよびWOSCOPSにおける特定のLD SNPの分析(表5)、ならびにCARE、WOSCOPS、およびPROVE-ITにおける特定のLD SNPの分析(表7)を提供する。いくつかのSNPに関しては、症例のみのデータは、第1のSNPについて利用可能であった一方で、コホートデータは、上記第1のSNP(LD SNP)とともにLDにあるSNPについて利用可能であった。このことは、作業kPCRアッセイが上記第1のSNPについて行えなかった場合に、起こった。これらのSNPに関して、症例のみの分析についてのデータおよび上記コホートに関して利用可能なデータを報告する。上記メタ分析を、利用可能な場合には、上記コホートデータを用いて行った。これらのSNPを、表5および表7に列挙し(LDにある上記2つのSNPは、一方の下に他方を列挙する)、そして、SNPのこれらの対の各々の間のLDの程度(r2)を、表8に提供する。
(CARE、WOSCOPS、およびPROVE IT-TIMI 22のサンプルセット)
上記CARE(「コレステロールおよび再発性事象」)研究およびWOSCOPS(「スコットランド西部冠動脈予防研究」)研究は、MIおよびCHDの予防におけるプラバスタチン(40mg/日)の効果を評価した前向き試験であった。CAREは、二次予防試験であり、WOSCOPSは、一次予防試験であった。上記PROVE IT-TIMI 22(「プラバスタチンもしくはアトルバスタチン評価および感染治療: 心筋梗塞における血栓溶解 22」;これは、「PROVE-IT」と本明細書で交換可能に言及される)試験は、最近の急性冠症候群を有する患者における死亡もしくは心血管事象の予防において、高用量アトルバスタチン(80mg/日)での集中療法の効果 対 標準用量のプラバスタチン(40mg/日(これは、上記CAREおよびWOSCOPS試験において使用された用量であった))での穏やかな治療の効果を評価した。
上記CARE(「コレステロールおよび再発性事象」)研究およびWOSCOPS(「スコットランド西部冠動脈予防研究」)研究は、MIおよびCHDの予防におけるプラバスタチン(40mg/日)の効果を評価した前向き試験であった。CAREは、二次予防試験であり、WOSCOPSは、一次予防試験であった。上記PROVE IT-TIMI 22(「プラバスタチンもしくはアトルバスタチン評価および感染治療: 心筋梗塞における血栓溶解 22」;これは、「PROVE-IT」と本明細書で交換可能に言及される)試験は、最近の急性冠症候群を有する患者における死亡もしくは心血管事象の予防において、高用量アトルバスタチン(80mg/日)での集中療法の効果 対 標準用量のプラバスタチン(40mg/日(これは、上記CAREおよびWOSCOPS試験において使用された用量であった))での穏やかな治療の効果を評価した。
これらの試験およびこれらの試験からの上記サンプルセット(例えば、参加者の包含基準)は、以下の参考文献に記載される。上記CARE、WOSCOPS、およびPROVE-IT試験およびサンプルセットに関する以下の参考文献の各々の部分は、本明細書に参考として援用される。CAREは、Sacks et al.,「Cholesterol and Recurrent Events Trial Investigators. The effect of pravastatin on coronary events after myocardial infarction in patients with average cholesterol levels」,N Engl J Med 1996;335:1001-9において記載され、WOSCOPSは、Shepherd et al.,「West of Scotland Coronary Prevention Study Group. Prevention of coronary heart disease with pravastatin in men with hypercholesterolemia」,N Engl J Med 1995;333:1301-7に記載される。PROVE-ITは、Iakoubova et al.,「Polymorphism in KIF6 gene and benefit from statins after acute coronary syndromes: results from the PROVE IT-TIMI 22 study」,J Am Coll Cardiol.2008 Jan 29;51(4):449-55およびCannon et al.,「Intensive versus moderate lipid lowering with statins after acute coronary syndromes」,N Engl J Med 2004;350:1495-504に記載される。
(エンドポイント)
CARE、WOSCOPS、およびPROVE-ITのこれらの分析(それらの結果は、表4~7に提供される)において使用されるエンドポイントの定義は、以下のとおりであった。上記CHDエンドポイントを、致死的CHD、明確な非致死的MI、もしくは血管再生の複合エンドポイントとして、CAREの本明細書での分析において定義し、CHDからの死亡、非致死的MI、もしくは血管再生の複合エンドポイントとして、WOSCOPSの本明細書での分析において定義した。本明細書でのCARE分析およびWOSCOPS分析の両方において、上記CVDエンドポイントを、CHDもしくは脳卒中の複合エンドポイントとして定義した。PROVE-ITの本明細書での分析は、血管再生(無作為化の少なくとも30日後に行われた場合)、入院を要する不安定狭心症、MI、すべての死亡原因、もしくは脳卒中の複合エンドポイントであったPROVE-ITの主要エンドポイントを分析した。従って、PROVE-ITに関しては、唯一のエンドポイントがあり(元のPROVE-IT研究の上記複合主要エンドポイント(これは、いくつかの脳卒中症例を含む))、このエンドポイントを、表6~7に提供されるCHDおよびCVDの両方に関するメタ分析において使用した。脳卒中に関しては、CAREおよびPROVE-ITの本明細書での分析においては、脳卒中を、脳卒中もしくは一過性虚血発作(TIA)として定義し、WOSCOPSの本明細書での分析においては、脳卒中を、致死的もしくは非致死的脳卒中として定義した。血管再生(これは、経皮的冠動脈形成術(PTCA)、ステント留置、および冠動脈バイパス移植(CABG)を含み得る)は、CHDの存在を示す医療介入である。
CARE、WOSCOPS、およびPROVE-ITのこれらの分析(それらの結果は、表4~7に提供される)において使用されるエンドポイントの定義は、以下のとおりであった。上記CHDエンドポイントを、致死的CHD、明確な非致死的MI、もしくは血管再生の複合エンドポイントとして、CAREの本明細書での分析において定義し、CHDからの死亡、非致死的MI、もしくは血管再生の複合エンドポイントとして、WOSCOPSの本明細書での分析において定義した。本明細書でのCARE分析およびWOSCOPS分析の両方において、上記CVDエンドポイントを、CHDもしくは脳卒中の複合エンドポイントとして定義した。PROVE-ITの本明細書での分析は、血管再生(無作為化の少なくとも30日後に行われた場合)、入院を要する不安定狭心症、MI、すべての死亡原因、もしくは脳卒中の複合エンドポイントであったPROVE-ITの主要エンドポイントを分析した。従って、PROVE-ITに関しては、唯一のエンドポイントがあり(元のPROVE-IT研究の上記複合主要エンドポイント(これは、いくつかの脳卒中症例を含む))、このエンドポイントを、表6~7に提供されるCHDおよびCVDの両方に関するメタ分析において使用した。脳卒中に関しては、CAREおよびPROVE-ITの本明細書での分析においては、脳卒中を、脳卒中もしくは一過性虚血発作(TIA)として定義し、WOSCOPSの本明細書での分析においては、脳卒中を、致死的もしくは非致死的脳卒中として定義した。血管再生(これは、経皮的冠動脈形成術(PTCA)、ステント留置、および冠動脈バイパス移植(CABG)を含み得る)は、CHDの存在を示す医療介入である。
(研究設計)
コホート研究および症例のみの研究の設計を、スタチン処置への応答と関連するSNPを同定するために使用した。コホート全体(付随するCHD事象もしくはCVD事象ありもしくはなしの個体;表4~7の「Source」列において「cohort」として同定される)、または付随するCHD事象もしくはCVD事象ありの個体のみ(表4~7の「Source」列において「CaseOnly」として同定される)を、上記CARE、WOSCOPS、およびPROVE-IT試験に由来するサンプルセットにおいて分析して、スタチン治療によるCHD/CVD事象の低下(CARE研究およびWOSCOPS研究に関して)、または高用量アトルバスタチン治療によるCHD/CVD事象の低下(上記PROVE IT研究に関して)が、上記研究において評価される各SNPに関する遺伝子型(SNP相互作用による処置)に従って異なるかどうかを試験した。
コホート研究および症例のみの研究の設計を、スタチン処置への応答と関連するSNPを同定するために使用した。コホート全体(付随するCHD事象もしくはCVD事象ありもしくはなしの個体;表4~7の「Source」列において「cohort」として同定される)、または付随するCHD事象もしくはCVD事象ありの個体のみ(表4~7の「Source」列において「CaseOnly」として同定される)を、上記CARE、WOSCOPS、およびPROVE-IT試験に由来するサンプルセットにおいて分析して、スタチン治療によるCHD/CVD事象の低下(CARE研究およびWOSCOPS研究に関して)、または高用量アトルバスタチン治療によるCHD/CVD事象の低下(上記PROVE IT研究に関して)が、上記研究において評価される各SNPに関する遺伝子型(SNP相互作用による処置)に従って異なるかどうかを試験した。
各SNPに関して、従属変数として処置状態を、および独立予測子変数としてSNPを有するロジスティック回帰モデルを、共変数として上記モデルに含められる年齢、性別および人種についての項を用いて、行った。上記SNPに対応する回帰係数の逆対数は、上記相乗作用指数(SI)の予測値である(Davis et al.,「Imputing gene-treatment interactions when the genotype distribution is unknown using case-only and putative placebo analyses-a new method for the Genetics of Hypertension Associated Treatment (GenHAT) study」,Statistics in Medicine 23:(2004),pages 2413-2427)。上記SIは、オッズ比という比であり:例えば、上記CAREおよびWOSCOPS研究において、上記SIは、ヘテロ接合性個体の中での処置 対 プラセボのオッズ比を得るために、主要なホモ接合性個体の中でのプラセボと比較したスタチン処置のオッズ比が乗算される;そして、マイナーなホモ接合性個体において処置 対 プラセボのオッズ比を得るために、再度乗算される係数(factor)を表す。上記症例のみの研究設計は、遺伝子型および処置が上記集団において独立であるという仮定の下に、上記SIの妥当な予測値を生じる。無作為化臨床試験において、遺伝子型および処置は、設計によって無関係である。上記SNPに対応する回帰係数についてのp値は、上記回帰係数がゼロに等しく(SIは、1に等しい)、従って、小さなp値は、上記SIが1に等しい見込みはなく、処置の効果は、遺伝子型によって異なる可能性があることを示すという帰無仮説の検定から生じる。
上記ロジスティック回帰モデルを、研究特異的結果を得るために、CARE、WOSCOPS、およびPROVE-ITの各々について別個に行った。次いで、メタ分析を使用して、上記CAREおよびWOSCOPS研究のいずれか(表4~5)、もしくは3つすべての研究(CARE、WOSCOPS、およびPROVE-IT)(表6~7)を考慮する場合に、相互作用について合わせた証拠を推定した。上記メタ分析は、逆分散法(Rothman et al.,1998; Modern Epidemiology, 2nd edition, Lippincott Williams & Wilkins, Philadelphia, PA, pages 660-661)を使用して、上記合わせたSIを、各研究からの逆分散に等しい重みで上記個々の研究の効果の重み付け平均を使用して、計算した。
上記ロジスティック回帰およびメタ分析を、PLINKバージョン1.07(Purcell et al.(2007),「PLINK: A tool set for whole-genome association and population-based linkage analyses」,Am.J.Hum.Genet.81,559-575)を使用して行った。
具体的に症例のみの研究設計に関しては、これらの研究設計についてのさらなる情報は、Piegorsch et al.,「Non-hierarchical logistic models and case-only designs for assessing susceptibility in population-based case-control studies」,Statistics in Medicine 13(1994)(pages 153-162); Khoury et al.,「Nontraditional Epidemiologic Approaches in the Analysis of Gene-Environment Interaction: Case-Control Studies with No Controls!」, American Journal of Epidemiology 144:3(1996)(pages 207-213); Pierce et al.,「Case-only genome-wide interaction study of disease risk, prognosis and treatment」,Genet Epidemiol. 2010 Jan;34(1):7-15; Begg et al.,「Statistical analysis of molecular epidemiology studies employing case-series」,Cancer Epidemiology Biomarkers and Prevention 3(1994) pp173-175; Yang et al.,「Sample Size Requirements in Case-Only Designs to Detect Gene-Environment Interaction」,American Journal of Epidemiology 146:9 (1997) pp713-720; Albert et al.,「Limitations of the Case-only Design for Identifying Gene-Environment Interactions」, American Journal of Epidemiology 154:8(2001) pp687-693;およびWang et al.,「Population Stratification Bias in the Case-Only Study for Gene-Environment Interactions」,American Journal of Epidemiology 168:2(2008) pp197-201(これらの各々は、それら全体が本明細書に参考として援用される)に提供される。全ゲノム関連研究についてのさらなる情報は、Wellcome Trust Case Control Consortium,「Genome-wide association study of 14,000 cases of seven common diseases and 3,000 shared controls」,Nature.2007 Jun 7;447(7145):661-78およびIkram et al.,「Genomewide association studies of stroke」,N Engl J Med.2009 Apr 23;360(17):1718-28に提供される。
(補定および遺伝子型特定によるさらなるスタチン応答関連SNPの同定)
さらなる遺伝子型特定されかつ補定されたSNPは、上記CARE、WOSCOPS、およびPROVE-ITサンプルセットにおいてスタチン応答と関連すると同定された。そしてこれらのさらなるSNPは、表9~18に提供される。これらのSNPの特定のものとスタチン応答との関連は、遺伝子型特定することによって同定されたのに対して、特定の他のSNPとスタチン応答との関連は、補定によって同定された。補定は、上記個体に由来するサンプルにおいて上記SNPを直接遺伝子型特定することよりむしろ、上記サンプルセット(CARE、WOSCOPS、およびPROVE-IT)における各個体についてのSNPに存在する対立遺伝子/遺伝子型を補定することを包含する。従って、表9~18は、補定によって同定されるSNP、および遺伝子型特定することによって同定されるSNPを含み、表9~18において「Source」と表示される列は、各SNPが、遺伝子型特定されたかもしくは補定されたかを示す(表4~7に提供されるSNPのすべては、遺伝子型特定することによって同定された)。
さらなる遺伝子型特定されかつ補定されたSNPは、上記CARE、WOSCOPS、およびPROVE-ITサンプルセットにおいてスタチン応答と関連すると同定された。そしてこれらのさらなるSNPは、表9~18に提供される。これらのSNPの特定のものとスタチン応答との関連は、遺伝子型特定することによって同定されたのに対して、特定の他のSNPとスタチン応答との関連は、補定によって同定された。補定は、上記個体に由来するサンプルにおいて上記SNPを直接遺伝子型特定することよりむしろ、上記サンプルセット(CARE、WOSCOPS、およびPROVE-IT)における各個体についてのSNPに存在する対立遺伝子/遺伝子型を補定することを包含する。従って、表9~18は、補定によって同定されるSNP、および遺伝子型特定することによって同定されるSNPを含み、表9~18において「Source」と表示される列は、各SNPが、遺伝子型特定されたかもしくは補定されたかを示す(表4~7に提供されるSNPのすべては、遺伝子型特定することによって同定された)。
具体的には、表9~18は、無作為効果に関するp値が、CAREおよびWOSCOPSを合わせたメタ分析もしくはCARE、WOSCOPS、およびPROVE-ITを合わせたメタ分析のいずれかに関して、上記CHDもしくはCVDエンドポイントのいずれかに関して、ならびに任意の遺伝モデル(ドミナント、劣性、相加的、もしくは遺伝子型の)に関して、10-4より低かったSNPを提供する。スタチン応答と、上記CHDもしくはCVD表現型のいずれかとの間の関連相互作用(association interaction)を、行った。SNPは、補定されたか、もしくは遺伝子型特定されたかのいずれかであった。
補定を、BEAGLE遺伝分析プログラムを使用して行って、HapMapプロジェクト(The International HapMap Consortium、NCBI、NLM、NIH)からの遺伝子型特定データを分析した。補定および上記BEAGLEプログラム(BEAGLEが利用するモデリングアルゴリズムを含む)は、以下の参考文献に記載される: Browning,「Missing data imputation and haplotype phase inference for genome-wide association studies」,Hum Genet(2008)124:439-450(これは、補定およびBEAGLEを総説する); B L Browning and S R Browning (2009)「A unified approach to genoype imputation and haplotype phase inference for large data sets of trios and unrelated individuals」. Am J Hum Genet 84:210-223(これは、遺伝子型特定されていないマーカーを補定し、親-子孫三つ組を相決定するためのBEAGLEの方法を記載する); S R Browning and B L Browning (2007)「Rapid and accurate haplotype phasing and missing data inference for whole genome association studies using localized haplotype clustering」. Am J Hum Genet 81:1084-1097(これは、関連しない個体においてハプロタイプの相もしくは散発性の失われているデータを推定するためのBEAGLEの方法を記載する); B L Browning and S R Browning (2007)「Efficient multilocus association mapping for whole genome association studies using localized haplotype clustering」. Genet Epidemiol 31:365-375(これは、関連試験のためのBEAGLEの方法を記載する); S R Browning (2006) 「Multilocus association mapping using variable-length Markov chains」. Am J Hum Genet 78:903-13(これは、BEAGLEのハプロタイプ頻度モデルを記載する);およびB L Browning and S R Browning (2008)「Haplotypic analysis of Wellcome Trust Case Control Consortium data」. Human Genetics 123:273-280(これは、BEAGLEを大きな全ゲノム関連研究を分析するために使用した例を記載する)。補定およびBEAGLEプログラムに関するこれらの参考文献の各々は、それら全体が本明細書に参考として援用される。
(実施例2:ZC3HC1遺伝子における多型rs11556924は、CAREおよびWOSCOPSにおけるスタチン治療による鑑別的なCHDの危険性の低下と関連する)
症例のみの研究設計を、スタチン治療(CAREおよびWOSCOPS研究に関して)によるCHD事象の低下が、上記研究において評価された各SNPに関して、遺伝子型に従って異なるかどうかを試験するために使用した(SNP相互作用による処置)。
症例のみの研究設計を、スタチン治療(CAREおよびWOSCOPS研究に関して)によるCHD事象の低下が、上記研究において評価された各SNPに関して、遺伝子型に従って異なるかどうかを試験するために使用した(SNP相互作用による処置)。
本明細書で、実施例2において、冠動脈疾患と関連すると以前に報告されたSNP(Schunkert et al.,「Large-scale association analysis identifies 13 new susceptibility loci for coronary artery disease」,Nat Genet.2011 Mar 6;およびPeden et al.,「A genome-wide association study in Europeans and South Asians identifies five new loci for coronary artery disease」,Nat Genet. 2011 Mar 6)を、これらのSNPのうちのいずれかが、CAREおよびWOSCOPSの症例の中で行われた全ゲノム関連研究におけるスタチン治療によって鑑別的なCHDの危険性低下と関連するかどうかを決定するために、上記の実施例1に記載されるものと同じ方法論を使用して分析した。
ZC3HC1遺伝子におけるSNP rs11556924(hCV31283062)が、CAREおよびWOSCOPSの両方において、プラバスタチン治療によるCHDの危険性の鑑別的低下と関連することは、この分析から決定された(表19を参照のこと)。
(実施例3:脳卒中のスタチン応答および/もしくは脳卒中の危険性と関連する染色体位置9p21および12p13(NINJ2およびB4GALNT3の遺伝子領域)の周りのSNP)
実施例3は、脳卒中の危険性および/もしくは脳卒中のスタチン応答(スタチン処置による脳卒中の危険性の低下)(表20~21)、ならびにCHDのスタチン応答(表22)と関連する遺伝子多型に関する。
実施例3は、脳卒中の危険性および/もしくは脳卒中のスタチン応答(スタチン処置による脳卒中の危険性の低下)(表20~21)、ならびにCHDのスタチン応答(表22)と関連する遺伝子多型に関する。
表20は、上記CAREサンプルセットにおいて脳卒中の危険性および/もしくは脳卒中のスタチン応答と関連するSNPを提供する。例えば、染色体位置9p21にあるSNPであるrs10757278およびrs1333049は、CAREにおいて、特に、ヘテロ接合体に関して、スタチン処置による脳卒中事象の低下と関連していた(表20を参照のこと)。さらに、NINJ2遺伝子付近の染色体位置12p13にあるSNPであるrs12425791およびrs11833579は、CAREのプラセボアームにおける脳卒中の危険性と関連していた(表20を参照のこと)。SNPであるrs12425791およびrs11833579は、これらのSNPのいずれかのホモ接合性およびヘテロ接合性キャリア(すなわち、rs12425791もしくはrs11833579のいずれかについて「A」対立遺伝子のキャリア)が、非キャリアと比較して、スタチン処置で、脳卒中事象のより大きな低下を有した(表20を参照のこと)という点で、脳卒中のスタチン応答とも関連していた。上記CARE試験と一致して、結果が表20~21に提供される分析での上記脳卒中エンドポイントは、脳卒中および一過性虚血発作(TIA)を含んだ。
染色体12p13遺伝子座の詳細なマッピングは、NINJ2遺伝子および他の遺伝子を網羅した染色体12p13遺伝子座の400kb領域から77個のタグ化するSNPを選択し、これらの77種のSNPを遺伝子型特定し、上記CARE研究における個体に関して、約250種のさらなるSNPの上記遺伝子型をこの領域においてさらに補定することによって、行った。CAREのプラセボアームにおける脳卒中の危険性との関連に関して、およびCAREにおける脳卒中のスタチン応答に関して、これらの詳細なマッピングSNPを分析することから、NINJ2付近の染色体12p13領域にあるB4GALNT3遺伝子におけるSNP rs873134を同定した(表21を参照のこと)。
表22は、CAREにおけるCHDのスタチン応答の分析の結果を提供する。表22は、SNPであるrs873134が、CHDの危険性の低下のための(ならびに表21に示されるように、脳卒中の危険性の低下のための)スタチン処置への応答と関連することを示す。具体的には、表22は、SNPであるrs873134が、スタチンで処置した上記CARE研究における個体での再発性MIの発生の低下と関連することを示す。従って、SNPであるrs873134は、脳卒中およびCHDの両方の危険性を低下させるためのスタチン応答と関連するSNPの例である。結果が表22に提供される分析において、そのエンドポイントは、再発性MIであり、上記分析を、年齢、性別、高血圧症、糖尿病、ベースのLDLおよびHDL、ならびに個体が、現在喫煙者であるかどうかについて調節した。
(実施例4:スタチン応答およびCVDと関連するLD SNP)
別の調査を行って、スタチン処置(特に、CVD(特に、CHD(例えば、MI))の危険性を低下させるための)への応答と関連することが見いだされた特定の「照合されたSNP」と、高い連鎖不均衡(LD)にあるさらなるSNPを同定した。上記「照合されたSNP」は、表4~22に提供されるSNPであり(上記照合されたSNPは、表3の列1~2に示され、これは、各照合されたSNPのhCV識別番号およびrs識別番号を示す)、高いLDにあると同定された上記LD SNPは、表3に提供される(「LD SNP」と表示された列において、これは、各LD SNPのhCV識別番号およびrs識別番号を示す)。
別の調査を行って、スタチン処置(特に、CVD(特に、CHD(例えば、MI))の危険性を低下させるための)への応答と関連することが見いだされた特定の「照合されたSNP」と、高い連鎖不均衡(LD)にあるさらなるSNPを同定した。上記「照合されたSNP」は、表4~22に提供されるSNPであり(上記照合されたSNPは、表3の列1~2に示され、これは、各照合されたSNPのhCV識別番号およびrs識別番号を示す)、高いLDにあると同定された上記LD SNPは、表3に提供される(「LD SNP」と表示された列において、これは、各LD SNPのhCV識別番号およびrs識別番号を示す)。
具体的には、表3は、照合されたSNPと連鎖不均衡の少なくとも0.9のr2値(r2の閾値(これは、rT
2と指定されることもある))を有する上記HapMapデータベース(NCBI、NLM、NIH)からのLD SNPを提供する。上記HapMapデータベースからのこれらのLD SNPの各々は、そのそれぞれの照合されたSNPの500kb以内にあり、上記r2値を、HapMap白人被験体の遺伝子型に基づいて計算する。照合されたSNPが、上記HapMapデータベースになければ、いかなるLD SNPも、その照合されたSNPに関して表3に列挙されない。
表3における例として、上記照合されたSNPであるrs688358(hCV1056543)を、r2値1(これは、r2の閾値0.9を上回る)においてrs675163(hCV1056544)とLDにあると計算したので、後者のSNPをスタチン応答とも関連するマーカーとして確認した。
この例において、上記r2の閾値を、0.9に設定した。しかし、上記r2の閾値は、他の値に設定され得る。その結果、当業者は、上記r2の閾値以上のr2値を有する任意の2種のSNPが、互いと十分LDにあると考え、その結果、いずれかのSNPが、同じ有用性(例えば、個体のスタチン処置への応答を決定すること)に有用である。例えば、種々の実施形態において、SNPを、照合されたSNPと十分LDにある(その結果、これらのLD SNPは、例えば、上記照合されたSNPと同じ有用性のために使用され得る)と分類するために使用した上記r2の閾値を、例えば、0.7、0.75、0.8、0.85、0.95、0.96、0.97、0.98、0.99、1など(もしくはこれらの値の間の任意の他のr2の閾値)に設定し得る。r2の閾値は、検出力もしくは他の計算を考慮しても考慮しなくても、利用され得る。
表3に列挙されるLD SNPの各々についての配列、SNP情報、および関連する遺伝子/転写物/タンパク質情報は、表1~2に提供される。従って、表3に列挙される任意のLD SNPに関して、配列および対立遺伝子情報(もしくは他の情報)は、目的の上記LD SNPのhCV識別番号もしくはrs識別番号を使用して、表1~2を検索することによって見いだされ得る。
本明細書において引用されるすべての刊行物および特許は、それらの全体が本明細書に参考として援用される。上記記載される組成物、本発明の方法およびシステムの改変およびバリエーションは、本発明の範囲および趣旨から逸脱することなく、当業者にとって明らかである。本発明は、具体的な好ましい実施形態および特定の作業実施例に関連して記載されてきたが、特許請求される本発明は、このような具体的実施形態に過度に限定されるべきではないことは、理解されるべきである。実際に、分子生物学、遺伝学および関連分野の当業者に明らかである、本発明を実施するための上記の様式の種々の改変は、以下の特許請求の範囲の範囲内にあるものとする。
(表1)
遺伝子番号: 6
遺伝子記号CXXC6- 80312
遺伝子名:CXXCfinger 6
公開転写産物アクセッション: NM_030625
公開タンパク質アクセッション: NP_085128
染色体: 10
OMIM 番号: 607790
OMIM 情報:
転写産物配列 (配列番号8):
タンパク質配列 (配列番号59):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号112):
AAGTCACATGAATATTCAAAAGTCACAAATTCATTATCTCTTTTTATACCAAAATCAAATTCATCCAAGATTGACACCAATAAAAGTATTGCTCAAGGGA
R
AATTACTCTTGACAATTGTTCCAATGATTTGCATCAGTTGCCACCAAGAAATAATGAAGTGGAGTATTGCAACCAGTTACTGGACAGCAGCAAAAAATTG
Celera SNPID:hCV2719530
公開 SNPID:rs3998860
SNP 染色体位置:70075861
転写産物配列内のSNP配列番号8
SNP位置転写産物: 3579
SNP源:dbSNP;Celera; HapMap; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(A,47|G,179)
SNP 型: ミスセンス変異
タンパク質コーディング: 配列番号59, 位置 1123,(I,ATA) (M,ATG)
遺伝子番号: 7
遺伝子記号DAP- 1611
遺伝子名:death-associatedprotein
公開転写産物アクセッション: NM_004394
公開タンパク質アクセッション: NP_004385
染色体: 5
OMIM 番号: 600954
OMIM 情報:
転写産物配列 (配列番号9):
タンパク質配列 (配列番号60):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号114):
GAGATGGGGGATCCTGTGCAGGCTGATGAGGCACCCATGAGAAAAGCCGAAAAAGCATGCATCTTAGAAATAGCCCCTCAATTCCAGGAGTCAACATGCC
R
AAGAATGAGGCTGGAGACAGGTAGCTCCGAGGGAGGACTTCTGGCATGAGATCTCGGCACGGCAAGCCCAGCATCGCCTCAGCCCAGACAGGCTCCACCA
Celera SNPID:hCV8793528
公開 SNPID:rs9857
SNP 染色体位置:10733547
転写産物配列内のSNP配列番号9
SNP位置転写産物: 1137
SNP源:dbSNP;HapMap; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(A,169|G,55)
SNP 型: UTR3
遺伝子番号: 9
遺伝子記号DISC1- 27185
遺伝子名:disruptedin schizophrenia 1
公開転写産物アクセッション: NM_001012957
公開タンパク質アクセッション: NP_001012975
染色体: 1
OMIM 番号: 605210
OMIM 情報:{Schizophrenia,susceptibility to}, 181500 (3); {Schizoaffective/diso
r
der,susceptibilityto}, 181500 (3)
転写産物配列 (配列番号11):
タンパク質配列 (配列番号62):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号122):
GCCGAGGCTGTTGGAACCCACTGCTCAGGACAGCTTGCACGTGTCCATCACGAGACGAGACTGGCTTCTTCAGGAAAAGCAGCAGCTACAGAAAGAAATC
Y
AAGCTCTCCAAGCAAGGATGTTTGTGCTGGAAGCCAAAGATCAACAGCTGAGAAGGGAAATAGAGGAGCAAGAGCAGCAACTCCAGTGGCAGGGCTGCGA
Celera SNPID:hCV25641936
公開 SNPID:rs2492367
SNP 染色体位置:229973212
転写産物配列内のSNP配列番号11
SNP位置転写産物: 1461
SNP源: Applera
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,29|T,7) アフリカ系アメリカ人 (C,29|T,7)
総計(C,58|T,14)
SNP 型: ESE
タンパク質コーディング: 配列番号62, 位置なし
SNP源:dbSNP;HapMap; ABI_Val; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,194|T,30)
SNP 型: ESE
タンパク質コーディング: 配列番号62, 位置なし
遺伝子番号: 9
遺伝子記号DISC1- 27185
遺伝子名:disruptedin schizophrenia 1
公開転写産物アクセッション: NM_001012959
公開タンパク質アクセッション: NP_001012977
染色体: 1
OMIM 番号: 605210
OMIM 情報:{Schizophrenia,susceptibility to}, 181500 (3); {Schizoaffective/diso
r
der,susceptibilityto}, 181500 (3)
転写産物配列 (配列番号12):
タンパク質配列 (配列番号63):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号123):
GCCGAGGCTGTTGGAACCCACTGCTCAGGACAGCTTGCACGTGTCCATCACGAGACGAGACTGGCTTCTTCAGGAAAAGCAGCAGCTACAGAAAGAAATC
Y
AAGCTCTCCAAGCAAGGATGTTTGTGCTGGAAGCCAAAGATCAACAGCTGAGAAGGGAAATAGAGGAGCAAGAGCAGCAACTCCAGTGGCAGGGCTGCGA
Celera SNPID:hCV25641936
公開 SNPID:rs2492367
SNP 染色体位置:229973212
転写産物配列内のSNP配列番号12
SNP位置転写産物: 1461
SNP源: Applera
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,29|T,7) アフリカ系アメリカ人 (C,29|T,7)
総計(C,58|T,14)
SNP 型: ESE
タンパク質コーディング: 配列番号63, 位置なし
SNP源: dbSNP;HapMap;ABI_Val; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,194|T,30)
SNP 型: ESE
タンパク質コーディング: 配列番号63, 位置なし
遺伝子番号: 9
遺伝子記号DISC1- 27185
遺伝子名:disruptedin schizophrenia 1
公開転写産物アクセッション: NM_018662
公開タンパク質アクセッション: NP_061132
染色体: 1
OMIM 番号: 605210
OMIM 情報:{Schizophrenia,susceptibility to}, 181500 (3); {Schizoaffective/diso
r
der,susceptibilityto}, 181500 (3)
転写産物配列 (配列番号13):
タンパク質配列 (配列番号64):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号124):
GCCGAGGCTGTTGGAACCCACTGCTCAGGACAGCTTGCACGTGTCCATCACGAGACGAGACTGGCTTCTTCAGGAAAAGCAGCAGCTACAGAAAGAAATC
Y
AAGCTCTCCAAGCAAGGATGTTTGTGCTGGAAGCCAAAGATCAACAGCTGAGAAGGGAAATAGAGGAGCAAGAGCAGCAACTCCAGTGGCAGGGCTGCGA
Celera SNPID:hCV25641936
公開 SNPID:rs2492367
SNP 染色体位置:229973212
転写産物配列内のSNP配列番号13
SNP位置転写産物: 1461
SNP源: Applera
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,29|T,7) アフリカ系アメリカ人 (C,29|T,7)
総計(C,58|T,14)
SNP 型: ESE
タンパク質コーディング: 配列番号64, 位置なし
SNP源:dbSNP;HapMap; ABI_Val; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,194|T,30)
SNP 型: ESE
タンパク質コーディング: 配列番号64, 位置なし
遺伝子番号: 27
遺伝子記号QTRTD1- 79691
遺伝子名:queuinetRNA-ribosyltransferase domain containing 1公開転写産物アクセ
ッション:NM_024638
公開タンパク質アクセッション: NP_078914
染色体: 3
OMIM 番号:
OMIM 情報:
転写産物配列 (配列番号35):
タンパク質配列 (配列番号86):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号153):
CAAATACAAGTCTCACTCTTCACACTGAGCCTGTACCACTGTTGTAACATGGGAAGACGTGAAGAAGAAATAATCTGAGCTTTAATTATTTATATTTGGA
Y
ATAAGGTCTGCTTAAATAAAGAATCTTTGTACCAAACTGCCCACATGAGGGTGAAGAGATTTCCTCAAAAGACTTAAATGACCTGGATTGATCAGAGAGA
Celera SNPID:hCV27488494
公開 SNPID:rs3732788
SNP 染色体位置:115287549
転写産物配列内のSNP配列番号35
SNP位置転写産物: 1586
SNP源:dbSNP;HapMap; ABI_Val; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,201|C,25)
SNP 型: UTR3
(表2)
遺伝子番号: 6
遺伝子記号:CXXC6- 80312
遺伝子名:CXXCfinger 6
染色体: 10
OMIM 番号: 607790
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号182):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号644):
TCAATTATATAAAACCAGAGGACAAAAAAGTTGAAAGTACACCAACAAGCCTTGTCACATGTAATGTACAGCAAAAATACAATCAGGAGAAGGGCACAAT
R
CAACAGAAACCACCTTCAAGTGTACACAATAATCATGGTTCATCATTAACAAAACAAAAGAACCCAACCCAGAAAAAGACAAAATCCACCCCATCAAGAG
Celera SNPID:hCV2719530
公開 SNPID:rs3998860
SNP 染色体位置:70075861
ゲノム配列中のSNP:配列番号182
ゲノムにおけるSNP位置:95442
SNP源:dbSNP;Celera; HapMap; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(A,47|G,179)
SNP 型: ミスセンス変異
コンテクスト (配列番号647):
TAGTGGCCTCTCATAGCAATGGAAGACACCTGAGAAATCACAGAGCTCAATCACTGGGGCCCAGAGAGCAGATCTTAATGCTAGATTGTAATTAGAATTTM
AATAGATGAAGGCCACTTTGTGTTGAGAACTGTAGGGAAACTTGATTTTCTTACCCAAAGGGTATTTTATCACTGGGAAATAAACAAGTATCAGATGCTT
Celera SNPID:hCV2719433
公開 SNPID:rs7901888
SNP 染色体位置:70125496
ゲノム配列中のSNP:配列番号182
ゲノムにおけるSNP位置:145077
SNP源:dbSNP;Celera; HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(A,46|C,178)
SNP 型:INTERGENIC;未知
コンテクスト (配列番号648):
ATTCTTATTGGAAAGTGAGGCTATCTGAAAAGGCATAGCTGTAGGCAAATTATTGCAACATGTTTACATCTTAAATAACTTTCCAACATCTTTGTTACTC
M
GTCTGCATGTTGATAATTTCATTTATTAAATATAGAACTTCAACTAGATGAGATCCATAAGTAATTTACTTAAGACATAAACTCAATACATATTTAATTG
Celera SNPID:hCV2719434
公開 SNPID:rs10740308
SNP 染色体位置:70124902
ゲノム配列中のSNP:配列番号182
ゲノムにおけるSNP位置:144483
SNP源:dbSNP;Celera
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(A,48|C,176)
SNP 型:INTERGENIC;未知
コンテクスト (配列番号656):
CCAGTAATGGGATTGGAAGAGCATACAGTTTTATAACTACAAGAAGAATATATGGTACTTTCGTTGTCATTCTTAGCATATAGTTTAGTTTAAGGCTTTA
K
AAATGCCCTAAAAGTTATACACTTAAGATTTAATTAAATGTAACCGGTTTTCTGCTCCATTTTTTTCTATTATGCACTTTTTAAAGTTTTTAAAATTCAG
Celera SNPID:hCV30874939
公開 SNPID:rs10762236
SNP 染色体位置:70101426
ゲノム配列中のSNP:配列番号182
ゲノムにおけるSNP位置:121007
SNP源:dbSNP;HapMap; ABI_Val
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,24|T,88)
SNP 型: 転写因子結合部位;イントロン
コンテクスト (配列番号658):
TTCTTACTACACATGAGTCTAAGGGGCCAAGTTAAAAATAGCATTTTTTAAGAAACATAAAATTCATGCTCACAAAAATTCAAGTGGTGCAGAAATACGA
Y
GCAAACATCTTCCTATACTCCCATTCTATACAAAAGAACATTATTGATTTTAATTTTGTTTCCATTTTTACAAAAATTTAAAACAATCTTTCTACTTGGT
Celera SNPID:hCV30876057
公開 SNPID:rs7913568
SNP 染色体位置:70080636
ゲノム配列中のSNP:配列番号182
ゲノムにおけるSNP位置:100217
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,48|T,178)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号: 7
遺伝子記号:DAP- 1611
遺伝子名:death-associatedprotein
染色体: 5
OMIM 番号: 600954
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号183):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号674):
TGGTGGAGCCTGTCTGGGCTGAGGCGATGCTGGGCTTGCCGTGCCGAGATCTCATGCCAGAAGTCCTCCCTCGGAGCTACCTGTCTCCAGCCTCATTCTT
Y
GGCATGTTGACTCCTGGAATTGAGGGGCTATTTCTAAGATGCATGCTTTTTCGGCTTTTCTCATGGGTGCCTCATCAGCCTGCACAGGATCCCCCATCTC
Celera SNPID:hCV8793528
公開 SNPID:rs9857
SNP 染色体位置:10733547
ゲノム配列中のSNP:配列番号183
ゲノムにおけるSNP位置:11141
SNP源:dbSNP;HapMap; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,169|C,55)
SNP 型: ミスセンス変異;ESE;MICRORNA;UTR3
遺伝子番号: 9
遺伝子記号:DISC1- 27185
遺伝子名:disruptedin schizophrenia 1
染色体: 1
OMIM 番号: 605210
OMIM 情報:{Schizophrenia,susceptibility to}, 181500 (3); {Schizoaffective/diso
r
der,susceptibilityto}, 181500 (3)
ゲノム配列 (配列番号185):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号691):
GGCCAATTCTCATTTAAACGAGTCATTATCCTCAGAGCAGTTTGCCATGAGCAGGGTTAATTTATAAAATCTTGTCTCCTCATTCTCTACAGAAAGAAAT
YGAAGCTCTCCAAGCAAGGATGTTTGTGCTGGAAGCCAAAGATCAACAGCTGAGAAGGGAAATAGAGGAGCAAGAGCAGCAACTCCAGTGGCAGGGCTGCG
Celera SNP ID:hCV25641936
公開 SNPID:rs2492367
SNP 染色体位置:229973212
ゲノム配列中のSNP:配列番号185
ゲノムにおけるSNP位置:154028
SNP源: Applera
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,29|T,7) アフリカ系アメリカ人 (C,29|T,7)
総計(C,58|T,14)
SNP 型:ESE;ESESYNONYMOUS;サイレント変異
SNP源:dbSNP;HapMap; ABI_Val; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,194|T,30)
SNP 型:ESE;ESESYNONYMOUS;サイレント変異
遺伝子番号: 20
遺伝子記号:MELK- 9833
遺伝子名:maternalembryonic leucine zipper kinase
染色体: 9
OMIM 番号: 607025
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号196):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号778):
ATACAGAACCCAGAAGCCCATCTTGAATTCACATGCCCTGGCATACAGGTTCAAGGCAGGAAGAAAGGCCAGGTGTCTATAATTCGAAGGATCTGCACCT
M
CTTAGGAGTTAGGCTACACAGGACTATACAAGTGTTGCAAATCGGGTCTTTTGGTGTTGGGCACAACACAGCGCACCTGGGCAAAGAGCAGAACTCCTGA
Celera SNPID:hCV29338209
公開 SNPID:rs7863577
SNP 染色体位置:36529122
ゲノム配列中のSNP:配列番号196
ゲノムにおけるSNP位置:30080
SNP源: dbSNP
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(A,27|C,199)
SNP 型:INTERGENIC;未知
コンテクスト (配列番号785):
GGAGTGCAATGGCACGATCTTGGCTGACTACAACCTCCGCCTCCCAGTTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCACCCGATTAGTTGGGATTACAGCCGCC
K
GCTACAACGTTTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGATTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAGGTGGTCCGCCTGC
Celera SNPID:hCV30070947
公開 SNPID:rs2265346
SNP 染色体位置:36625409
ゲノム配列中のSNP:配列番号196
ゲノムにおけるSNP位置:126367
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,97|G,13)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号: 27
遺伝子記号:QTRTD1- 79691
遺伝子名:queuinetRNA-ribosyltransferase domain containing 1染色体: 3
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号203):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号902):
ATGGTATAGGAACTCAATGGAGTATTATACACATCCCAGGACTCCAGGCAATGTGTTAATTACAACAAGCAGAATTACAAATTAAATGTACTTTATGGTT
R
TATAATTAAGTATGGAAAGGGACCACGTCAGGAGGAACATGGAAATATGAAATTAGTTAATTTGTTAAGATGGTGGAATAGTGAGTGATTTCTCTTCTAT
Celera SNP ID:hCV16071656
公開 SNPID:rs2129571
SNP 染色体位置:115236261
ゲノム配列中のSNP:配列番号203
ゲノムにおけるSNP位置:12040
SNP源:dbSNP;Celera; HapMap; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,200|A,26)
SNP 型: 転写因子結合部位;イントロン
コンテクスト (配列番号903):
CAAATACAAGTCTCACTCTTCACACTGAGCCTGTACCACTGTTGTAACATGGGAAGACGTGAAGAAGAAATAATCTGAGCTTTAATTATTTATATTTGGA
Y
ATAAGGTCTGCTTAAATAAAGAATCTTTGTACCAAACTGCCCACATGAGGGTGAAGAGATTTCCTCAAAAGACTTAAATGACCTGGATTGATCAGAGAGA
Celera SNPID:hCV27488494
公開 SNPID:rs3732788
SNP 染色体位置:115287549
ゲノム配列中のSNP:配列番号203
ゲノムにおけるSNP位置:39248
SNP源:dbSNP;HapMap; ABI_Val; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,201|C,25)
SNP 型:MICRORNA;UTR3;PSEUDOGENE
コンテクスト (配列番号904):
ACAGAGAGAATTGCCCTCATTTTACTCCTGAGGAAGCAGAGGCATAGAGACATTTACTCCTTAGAGTTTGTCAGCTGAAAAAGGTAGACTTTAATTGAAGK
CGATAGAAGCAGGACAGTTAGGAAACGGAAAAGCCCGGCTGCCAGGGGTTACGGACACAGGCAATTCCCTATGAAAGTGCTTTCTTCACTTGCCTTCACT
Celera SNPID:hCV27892870
公開 SNPID:rs4682522
SNP 染色体位置:115312036
ゲノム配列中のSNP:配列番号203
ゲノムにおけるSNP位置:63735
SNP源:dbSNP;HapMap; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,23|T,203)
SNP 型:INTERGENIC;未知
コンテクスト (配列番号905):
TAGCCAGATTATCCAAGTAATCTTTAGCTTAAAGAAGGGTGTGTTCCTCTCCTTACTCCTTTCATAAGTAGCCTGTAGCAAGAGGCTTTCTCATCTTACC
Y
AGATCAGGGATCTTGTTTGGCCCAATAAAAACTGAAGGTTAAAAAATCTGACTTCTACTGTTTTACAAAGCAGAAAATATAAATTTCCACCCAGATCAGT
Celera SNPID:hCV30018186
公開 SNPID:rs10155047
SNP 染色体位置:115255642
ゲノム配列中のSNP:配列番号203
ゲノムにおけるSNP位置:7341
SNP源:dbSNP;HapMap; ABI_Val
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,107|T,13)
SNP 型: イントロン
コンテクスト (配列番号907):
CATTGCTCCCTCTCCTGTACTTGTTTCACTCTGGTGCACATAACACTTCAGCACCAGTATTTCTAGACATTTTCTGGACTTCTTCATGTTAAGTGCTCAC
R
GATGTCTGTTACTGAATTTGAAAGCTGGATTGTTTTTCTTTCTATAAGTGTGTAGAAATGCCAGCTTCAGTTGGATAGGAGTTCTAAAACATTACATCAC
Celera SNPID:hCV32078713
公開 SNPID:rs13314266
SNP 染色体位置:115279807
ゲノム配列中のSNP:配列番号203
ゲノムにおけるSNP位置:31506
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(A,205|G,21)
SNP 型:MICRORNA;UTR3;イントロン
コンテクスト (配列番号908):
ACATTTTCTCTTATTATCACCTTGTTCTCTGCCTGCCTTGGATGGTTTCAGCTTGTCTCTTAACATCAAGATGTTGCTATTAACAGTCTTCTCTTTCTTA
R
CAGCTTACAGTCACTTCCTTTTATTCAGTCCTTTTCCTTTTCCCTCCCAAACCACGTAATCATCTCTTTCAGCCTCAAATAAAAGTTGTATAACCATTTC
Celera SNPID:hCV32078798
公開 SNPID:rs13318232
SNP 染色体位置:115294378
ゲノム配列中のSNP:配列番号203
ゲノムにおけるSNP位置:46077
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(A,200|G,26)
SNP 型:INTERGENIC;未知
コンテクスト (配列番号915):
TCTCAGTTATTCCCACGATCTTATAAATGCTCAATATGTGTTCCTTGTGTCCCACAGCAGACATCAATCCCATGGTCCACTACAGATCCTTTGTAGCCTA
K
CAACATGGATGGCAGAGACAGCAGTTACAATGTCATCCTTCATTTCCTCAAAACCAGTGGATACAAACATGAGCTTCTTGACATACTGCATGCTCATATA
Celera SNPID:hCV29566793
公開 SNPID:rs9859901
SNP 染色体位置:115251787
ゲノム配列中のSNP:配列番号203
ゲノムにおけるSNP位置:3486
SNP源: dbSNP;HapMap;ABI_Val
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,201|T,25)
SNP 型: イントロン
コンテクスト (配列番号918):
TACCTATCTCACTGTAACCATGGATAAGATCTTAACTTTTAAAATAAATGACTGGTCAGTGAACATTTGTTGAGTGCCCACTGTGAGCAGAGCATCCTAC
Y
ACCATTAAACGTTACTTGTTTTCACAATTTATTTTAGGTCAACCTAGTTTTTCCAGGGCTTGGGAGCAATATGAAAAGCAAGGCTGACCTTAGAAAGAAC
Celera SNPID:hDV70694203
公開 SNPID:rs16861467
SNP 染色体位置:115235190
ゲノム配列中のSNP:配列番号203
ゲノムにおけるSNP位置:13111
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,200|C,26)
SNP 型: イントロン
コンテクスト (配列番号919):
ATTAGTCTTTCTAATTCTGTTCTTTCATTTGTTTGGTTTTCATCAGCTCAGACAAAAATTCCATGACTAAATTTAAAATTAGTTGATGCCAATATGTGGT
K
CTGGGACCTTAGGGAAGATGTCTTATTCTCTTTATGTCTTTTCCCATTCCCCCGTTCCTGATATCTATGAAAATATTTAGACTGGAAGCAGTAATAAGCA
Celera SNPID:hDV70694208
公開 SNPID:rs16861476
SNP 染色体位置:115266573
ゲノム配列中のSNP:配列番号203
ゲノムにおけるSNP位置:18272
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,201|G,25)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号: 41
遺伝子記号:hCG2039367
遺伝子名:
染色体: 6
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号217):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号1113):
GGGGGGATAACTTAAGGTCACTAGAACCCAAATGCAGGGAAGAGTTGGGTGCTCTTTGGCAAATAAACATTCCTGACTTAGCATTTTTCTTAAACCCGAA
Y
GTGCCAGCTGTTTTTTTGTTTTTTTGTTTTTTTGTTTTGTGACCTCAGCCAGGCTTGCGTGTTTATTCATCACATATTCTAAGCTCATATACAACTGTGA
Celera SNPID:hDV71966205
公開 SNPID:rs7751843
SNP 染色体位置:22309573
ゲノム配列中のSNP:配列番号217
ゲノムにおけるSNP位置:427733
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,209|T,17)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号: 49
遺伝子記号:AKAP11- 11215
遺伝子名:Akinase (PRKA) anchor protein 11
染色体: 13
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号225):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号1132):
AAGTTAGTAATACATGTAAATCCCTTAGAACAATGCCTGGTAACTATTCAATACATATGAACTATTATTTGCTGTTACCAAAAGTGTTCAGAGCAGAAAC
Y
GGGTTGTCAATTCTTTGAATTCTAAGGCCTAGCACCTTGCCTGGCTCATGGGCTGGCATTTAGTAAAAGGTTGAGGAGCTGAATTAAAAATTATAATTAA
Celera SNPID:hCV931663
公開 SNPID:rs238272
SNP 染色体位置:41831855
ゲノム配列中のSNP:配列番号225
ゲノムにおけるSNP位置:97566
SNP源:dbSNP;HapMap;HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,29|C,91)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号: 58
遺伝子記号:ATXN7L1- 222255
遺伝子名:ataxin7-like 1
染色体: 7
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号234):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号1169):
ATCTTGTCTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAGAAGAGTGACTATTGTGTGAACTTTCAGAGTCCCCAGTCTTCAGAGAAAAAAAACTGGA
Y
GTGTGCAAAGAAATGATAATCAGAAAAATATTAAACTTCTTGATAAAATTTTCAATGTTACAAGTCAATGAAAAAATGTCTTCAAAATTCTGTAGGGAAA
Celera SNPID:hCV2697120
公開 SNPID:rs1615197
SNP 染色体位置:105060694
ゲノム配列中のSNP:配列番号234
ゲノムにおけるSNP位置:117361
SNP源:dbSNP;Celera; HapMap; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,46|T,68)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号: 63
遺伝子記号:BRUNOL5- 60680
遺伝子名:bruno-like5, RNA binding protein (Drosophila)
染色体: 19
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号239):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号1178):
CCCAAAGCTCCTGGGAGATGTGGCTAAATGTAGCTACTTTGGTGTATCAGTCAGCACTGCTGAGTAACAAACTACTCCAGTCATTGTATTTGTTCTCGAT
Y
CTGCAAAGCTTGGTCTGGGCTCAGCTGGACGGCTCTTCTGTTGGGCTCTCCTGGGGTCGCTCAAGCAGCTGCAGTCAGCTGAGACTTGACTGGGCTTAGC
Celera SNPID:hCV964229
公開 SNPID:rs312929
SNP 染色体位置:3224188
ゲノム配列中のSNP:配列番号239
ゲノムにおけるSNP位置:58487
SNP源:dbSNP;HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,144|C,82)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号: 65
遺伝子記号:C14orf119- 55017
遺伝子名:chromosome14 open reading frame 119
染色体: 14
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号241):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号1184):
CTCAAAGTGCTGAGATTACTTTGGAAGTGCAAGAACCACCGCGTCTGGCCCATACTAAATATTAAGGACAATTGTTTAAAGACATGGATTGTCATAAAAT
R
GTATAACACTTGTTAGATCTCTAAGCCAACAAACCAACTGGACTCTTTTTTAAGAACGTCTCAAACACCCGGGCTTCTGGTTCTTTCATGCGTTACCTTA
Celera SNPID:hCV27497025
公開 SNPID:rs3759607
SNP 染色体位置:22635983
ゲノム配列中のSNP:配列番号241
ゲノムにおけるSNP位置:11355
SNP源:dbSNP;HapMap; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(A,105|G,7)
SNP 型: UTR5;イントロン
遺伝子番号: 80
遺伝子記号:COL19A1- 1310
遺伝子名:collagen,type XIX, alpha 1
染色体: 6
OMIM 番号: 120165
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号256):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号1249):
CCCTTTATGGTCTCCACACATTGTGATGAGCACACATTCTGTCCCTATAACCTGCACCAACATTTGGGAACCAGCAATGCCTGGCCAGTGAGGGACCAGG
R
GGAGAGTCAGAACTGCTCTTTTTTTCTCAGGAGAGCAATTGGATCAATTTGTGACTTCAGCCAAATCACTCAAGACTCTAGTCTAAATTTATCTGTTTTA
Celera SNPID:hCV1292203
公開SNPID:rs9446187
SNP 染色体位置:70843187
ゲノム配列中のSNP:配列番号256
ゲノムにおけるSNP位置:220018
SNP源:dbSNP;Celera; HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,108|A,10)
SNP 型: イントロン
コンテクスト (配列番号1251):
TAACAGGTGATATGATTGTCTTCTTATCTTTATGTGTCAAAACTGACAATGACCTTTAAAATGCACGATGAGTGTTTCATAATTCTGCTCTCACTAAAAC
K
ATGACTGGTGTCCTTCCACCAGGAATTTGTATTACTAGCAAGAAAAAGTCAAAAATTACTTTAAATAATAGTTTTAACTCTGGTCGTAGGTAGAAAAAAA
Celera SNPID:hCV1292205
公開 SNPID:rs3793048
SNP 染色体位置:70841467
ゲノム配列中のSNP:配列番号256
ゲノムにおけるSNP位置:218298
SNP源:dbSNP;Celera; HapMap; ABI_Val; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,199|T,25)
SNP 型: イントロン
コンテクスト (配列番号1267):
AGAAGTTTAAGAGAGTTGAATGTGGAGAATGAGTTCTAGATTTCTGGCATGAGCATGAAGAGAGTGTGGTATGGATTTATTGATTTGGGGCATGGTGGAA
R
AGGATCCAGTTCTGGAGGGAGGATCCTGAGTTCAGCATTTGATGGGGTAAACTGTGGATGCCTGTGAGGTAGCAGTGGTTCCATCAAGCACGTCGTGGGT
Celera SNPID:hCV29325340
公開 SNPID:rs7742508
SNP 染色体位置:70834071
ゲノム配列中のSNP:配列番号256
ゲノムにおけるSNP位置:210902
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,203|A,21)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号: 84
遺伝子記号:DNAJC5B- 85479
遺伝子名:DnaJ(Hsp40) homolog, subfamily C, member 5 beta
染色体: 8
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号260):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号1284):
CAAGGAGGCATTCAGGTGGCTTCGGGGAGTGGCAGCCTGTGGGGGCGCAGCCGAGCCCCTTCCTGAGGGCTTTCCTTTGCTTCCTGGCCCACTGCGCTGT
Y
CCAGCAGAGCACTGCAGCCTCACAGACAGTAGTTCCCTTGCTGCTTTTCTGCCTCTCCCATTCCATCAGTTCCTTGAGGGCAGACACTGTGCCTGGTCTC
Celera SNPID:hCV26495319
公開 SNPID:rs13279522
SNP 染色体位置:67136806
ゲノム配列中のSNP:配列番号260
ゲノムにおけるSNP位置:50461
SNP源:dbSNP;Celera; HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,88|C,8)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号:103
遺伝子記号:FRMD4A- 55691
遺伝子名:FERMdomain containing 4A
染色体: 10
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号279):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号1362):
TGACTGTGGCCACTGGGTGTGTACTTTAGGCATCTGCTTTCCTTACTACTGAATAATGCATGCTGCTTCCTTTGATCTTTGAGAAATGGTATGGAAAGAC
R
AACCGTGACCGTCTGCAGGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGAACGTGCTCTGAGTAGGGGTGGGAAGGGCTGCCCCACTTCCTCCCACGCCGTGTT
Celera SNPID:hCV32113220
公開 SNPID:rs7910196
SNP 染色体位置:13850065
ゲノム配列中のSNP:配列番号279
ゲノムにおけるSNP位置:134347
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,29|A,197)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号:109
遺伝子記号:GRM7- 2917
遺伝子名:glutamatereceptor, metabotropic 7
染色体: 3
OMIM 番号: 604101
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号285):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号1377):
GGGAGAAAATCAAGAATCCCAATTGGGATTATTATATATGTGAGACTTCTTAAATATACTACAGCCAAAATGAAATGGGTATAGGTCTGAAGCTCAGACA
R
CAGTTGTGAATCATAATTATAAAACAATGTAAACAACCTATAAATGGTCTTTAAATTCATTACAAAGAGAGATAAGAGAA
GAGCAGAGAACCCAAGGCCT
Celera SNPID:hCV7623100
公開 SNPID:rs1450092
SNP 染色体位置:7481105
ゲノム配列中のSNP:配列番号285
ゲノムにおけるSNP位置:613178
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(A,92|G,20)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号:112
遺伝子記号:HMP19- 51617
遺伝子名:HMP19protein
染色体: 5
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号288):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号1394):
CTTCGTGGACTTTTCTTTCACCGTGCTTATCGTGGATTGCAGCCACGCACGTGTCTGTGTGATGATTCGATACCCGTCTGTCTCTCTCACTAGGCCATAG
Y
GTCGTAAGAGCACTTGGTACACTTGTCTTTAGCTTGGAGCCTTGCACATAGGAGGTCTCATTAAGCATTTGTTAATTAAATGAGTGAGTGAGTTACTGAC
Celera SNPID:hCV9454444
公開 SNPID:rs7705993
SNP 染色体位置:173552892
ゲノム配列中のSNP:配列番号288
ゲノムにおけるSNP位置:157562
SNP源:dbSNP;Celera; HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,122|C,104)
SNP 型: イントロン
コンテクスト (配列番号1396):
GCTGGACACACACCTTCTGCTGGTTGGACCTCCAAATCAGCAAGGAAGGGCCCGATCCCCTAAGGGTCCTAAGGCTGCTGTGGAGACCGCGCACTGTCTG
Y
AGAGTGAGAGATGCACCTCTTTGGCTGGGGAGCCTCTTCTTTGTTCCCCAGAATATGTGGCAAGCTGGGAGGCTGCACGGAAGCTTGTTTATGCTTCCTC
Celera SNPID:hDV70851374
公開 SNPID:rs17076974
SNP 染色体位置:173552550
ゲノム配列中のSNP:配列番号288
ゲノムにおけるSNP位置:157220
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,122|T,104)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号:121
遺伝子記号:KCNQ1- 3784
遺伝子名:potassiumvoltage-gated channel, KQT-like subfamily, member 1
染色体: 11
OMIM 番号: 607542
OMIM 情報: LongQTsyndrome-1, 192500 (3); Jervell and Lange-Nielsen
syndrome,/22
0400 (3);Atrialfibrillation, familial, 607554 (3)
ゲノム配列 (配列番号297):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号1443):
AAAGTCATTTTTGCAGTGTTTGTGTTCTATGAAGAGTGGGTAGAAGGAAGCAGGAGAGTATTCCTGCCTCCCCAGGAGAGAGCTTCACTTTCTCCCTATA
Y
CTTCCTGTCCTACCAGCCCACCTGGTTCTCTGTCTCTCTCCAACTGTGACCGTCTTTTCCTTGTAGCTCCCTGCTCACTCCATGTGGAGGATGGCTCTTG
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公開 SNPID:rs231358
SNP 染色体位置:2659089
ゲノム配列中のSNP:配列番号297
ゲノムにおけるSNP位置:246292
SNP源: dbSNP;HapMap;ABI_Val; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,119|T,107)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号:123
遺伝子記号:KIAA1407- 57577
遺伝子名:KIAA1407
染色体: 3
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号299):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号1451):
ATGGTATAGGAACTCAATGGAGTATTATACACATCCCAGGACTCCAGGCAATGTGTTAATTACAACAAGCAGAATTACAAATTAAATGTACTTTATGGTTR
TATAATTAAGTATGGAAAGGGACCACGTCAGGAGGAACATGGAAATATGAAATTAGTTAATTTGTTAAGATGGTGGAATAGTGAGTGATTTCTCTTCTAT
Celera SNPID:hCV16071656
公開 SNPID:rs2129571
SNP 染色体位置:115236261
ゲノム配列中のSNP:配列番号299
ゲノムにおけるSNP位置:80587
SNP源:dbSNP;Celera; HapMap; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,200|A,26)
SNP 型: 転写因子結合部位;イントロン
コンテクスト (配列番号1452):
TAGCCAGATTATCCAAGTAATCTTTAGCTTAAAGAAGGGTGTGTTCCTCTCCTTACTCCTTTCATAAGTAGCCTGTAGCAAGAGGCTTTCTCATCTTACC
Y
AGATCAGGGATCTTGTTTGGCCCAATAAAAACTGAAGGTTAAAAAATCTGACTTCTACTGTTTTACAAAGCAGAAAATATAAATTTCCACCCAGATCAGT
Celera SNPID:hCV30018186
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SNP 染色体位置:115255642
ゲノム配列中のSNP:配列番号299
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SNP源:dbSNP;HapMap; ABI_Val
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,107|T,13)
SNP 型: イントロン
コンテクスト (配列番号1457):
TCTCAGTTATTCCCACGATCTTATAAATGCTCAATATGTGTTCCTTGTGTCCCACAGCAGACATCAATCCCATGGTCCACTACAGATCCTTTGTAGCCTA
K
CAACATGGATGGCAGAGACAGCAGTTACAATGTCATCCTTCATTTCCTCAAAACCAGTGGATACAAACATGAGCTTCTTGACATACTGCATGCTCATATA
Celera SNPID:hCV29566793
公開 SNPID:rs9859901
SNP 染色体位置:115251787
ゲノム配列中のSNP:配列番号299
ゲノムにおけるSNP位置:96113
SNP源:dbSNP;HapMap; ABI_Val
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,201|T,25)
SNP 型: イントロン
コンテクスト (配列番号1459):
TACCTATCTCACTGTAACCATGGATAAGATCTTAACTTTTAAAATAAATGACTGGTCAGTGAACATTTGTTGAGTGCCCACTGTGAGCAGAGCATCCTAC
Y
ACCATTAAACGTTACTTGTTTTCACAATTTATTTTAGGTCAACCTAGTTTTTCCAGGGCTTGGGAGCAATATGAAAAGCAAGGCTGACCTTAGAAAGAAC
Celera SNPID:hDV70694203
公開 SNPID:rs16861467
SNP 染色体位置:115235190
ゲノム配列中のSNP:配列番号299
ゲノムにおけるSNP位置:79516
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,200|C,26)
SNP 型: イントロン
コンテクスト (配列番号1460):
ATTAGTCTTTCTAATTCTGTTCTTTCATTTGTTTGGTTTTCATCAGCTCAGACAAAAATTCCATGACTAAATTTAAAATTAGTTGATGCCAATATGTGGT
K
CTGGGACCTTAGGGAAGATGTCTTATTCTCTTTATGTCTTTTCCCATTCCCCCGTTCCTGATATCTATGAAAATATTTAGACTGGAAGCAGTAATAAGCA
Celera SNPID:hDV70694208
公開 SNPID:rs16861476
SNP 染色体位置:115266573
ゲノム配列中のSNP:配列番号299
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SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,201|G,25)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号:143
遺伝子記号:MAGI1- 9223
遺伝子名:membraneassociated guanylate kinase, WW and PDZ domain containing 1
染色体: 3
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号319):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号1625):
TTCTCTATTTTCAAATGGTCAGTCATTGCTGAAGCTACACCTTGTAGCAAGAGAGTGAATGCCTCCAGACTGTCAAAGAAAGGACGCTATCCACTGCCTT
Y
CTTCTCATAATCCAGGTGCTACAGAGTCACGTGCAAGCATCCTCCAAGAATTCATTACTACAACTTGGACAGGAGGAGATAAAGGGGCTGCAAGATGTTC
Celera SNPID:hCV8800735
公開 SNPID:rs1524962
SNP 染色体位置:65559721
ゲノム配列中のSNP:配列番号319
ゲノムにおけるSNP位置:254775
SNP源:dbSNP;HapMap; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,168|T,58)
SNP 型: イントロン
コンテクスト (配列番号1628):
ACTAAATGAACAGAATTTTGTTATGCAAATACAGTTGCAAAGAAAAAGAAATATCTGCAGTATTCTGATGGGGGGGTGTCTTTTGATTTAGCTTTTTCTA
K
TACTATCAACTCTATATTTACTTTCAGCTTTAGAAACCCTTTTACCTTCAGTGCTCAGTGTCTCCCAAATTCTATTCCATGCAAGCCTAATAAGCCAACA
Celera SNPID:hCV11971733
公開 SNPID:rs1917527
SNP 染色体位置:65555538
ゲノム配列中のSNP:配列番号319
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SNP源:dbSNP;Celera; HapMap; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,134|T,92)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号:162
遺伝子記号:PCSK2- 5126
遺伝子名:proproteinconvertase subtilisin/kexin type 2
染色体: 20
OMIM 番号: 162151
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号338):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号1753):
GGTCCCTGAATATGAATGAGAGACTTGCTCTCAGCCTGTGGCCACCCTATAATGTTAAAACAGTCAGAAGATTAATACACATCCACTCTGAGGTTCTTGC
R
CAGCACAGAGGGAGCCCATGAAGGTGATAAGAGCTGCAAAGAGGAAGAGGGTTCAAGGCACAGCTGGAAGTGCCATGCACCAGCCCTGGCAAAATCCAGG
Celera SNPID:hCV30075052
公開 SNPID:rs6075209
SNP 染色体位置:17363219
ゲノム配列中のSNP:配列番号338
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SNP源:dbSNP;HapMap; ABI_Val
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,136|A,90)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号:194
遺伝子記号:TNS3- 64759
遺伝子名:tensin3
染色体: 7
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号370):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号1907):
CAGCCTGGCCAACTCTGATGGGCAAAGGGGCTGCCCAGAGAATGCTGAGAGGATCACCCCAACTCAGACCAGGACCATACCTGCCTCCACACCCAGAAGG
R
CACAGCAGGGCTTTTGCTTTAGAATGAAGAGCTAATGAATTGCACTGACACTGACAGAGCAGCCTTAACCTGGAGTTTATCCCACAATAATCAGATTCAT
Celera SNPID:hCV11230728
公開 SNPID:rs2941528
SNP 染色体位置:47461484
ゲノム配列中のSNP:配列番号370
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SNP源:dbSNP;Celera; HapMap; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,171|A,53)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号:196
遺伝子記号:TUBA1C- 84790
遺伝子名:tubulin,alpha 1c
染色体: 12
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号372):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号1919):
CGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATCGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGTGAGACTCCATCTCAAAAAAACAAACAAACAAAAAAAA
M
CCTAAGCTTTAGTTATAAGCACTGACTTGGAAAATCAGGGACCTGCCTTTAGGACAAATAAACCTAGTAGCTATTTAGGGTTCTGGAACGTGAGGTTTAT
Celera SNPID:hCV26829690
公開 SNPID:rs2335451
SNP 染色体位置:47951053
ゲノム配列中のSNP:配列番号372
ゲノムにおけるSNP位置:47220
SNP源:dbSNP;Celera; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,170|A,56)
SNP 型: イントロン
コンテクスト (配列番号1920):
GGTGACGGAGACCCCTGACTCTCAAATTTAAAAACAAAATGCAGGTTCTAATTCTATAGGCTTGAGGTGAGGCTTCAGACACGTCTTAAATTTTTTTTCT
Y
TGAGATGGTCTCTTTCCCAGGCTGCAGTGCAATGGCACCATCATAGCTCACCCCCACCTTGACCTGGGCTAAGCCATCCTCCCACCTCAGCCTCCCAAGT
Celera SNPID:hCV31644603
公開 SNPID:rs10875941
SNP 染色体位置:47954188
ゲノム配列中のSNP:配列番号372
ゲノムにおけるSNP位置:50355
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,168|C,56)
SNP 型:INTERGENIC;未知
遺伝子番号:205
遺伝子記号:ZNF610- 162963
遺伝子名:zincfinger protein 610
染色体: 19
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号381):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号1963):
TTCCTAATTATGAAGGAAAAGCCTTCATTATTTCAACACTGAGTATGATGTTACCTTTTGGCTTTTTATATAAGGCTTCTGTATGTAAAGTAGATTCCTC
R
TATTCCTAATGTGTAGAGTGTTTCTATCATCAGTAGTTGTTGATGTTTTTCAAATGTTTTTTCTGCATCTGATGAGCCTATCAAGTGGGTTTTTGTTTTT
Celera SNPID:hCV26639007
公開 SNPID:rs2657940
SNP 染色体位置:57555648
ゲノム配列中のSNP:配列番号381
ゲノムにおけるSNP位置:25154
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,169|A,57)
SNP 型: ナンセンス変異;ESE;イントロン
コンテクスト (配列番号1964):
CAGTAGTTGTTGATGTTTTTCAAATGTTTTTTCTGCATCTGATGAGCCTATCAAGTGGGTTTTTGTTTTTATTCTGTTTTTGTGGAGTATTGCAGGGATC
R
ATGTTCCTAAGTTGCAACATCGTTGCATTCCAGGAGTGACTTTCACATGATCATAGTGTGTGGTCCATTTTAATATACTGCTGAACTTGCTTGCTAGCAT
Celera SNPID:hCV26639008
公開 SNPID:rs2263901
SNP 染色体位置:57555779
ゲノム配列中のSNP:配列番号381
ゲノムにおけるSNP位置:25285
SNP源: dbSNP
母集団(対立遺伝子、数):no_pop(A,-|G,-)
SNP 型: ミスセンス変異;イントロン
遺伝子番号:207
遺伝子記号:ZPLD1- 131368
遺伝子名:zonapellucida-likedomain containing 1
染色体: 3
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号383):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号1971):
GGAGTTCAAGAAGGTTTTTGTTCTATTTGGACACTTGCTTTTTTCTGACATCAGCTGAAATCTCAATGACTTCACAACCTTCCCTCCCTCCCCTACTCAT
Y
AACCTGGGTGCCAATTGATTCCAAGTCCTCTGAAGAATTCTGTCGTCTTTCTTTGCCTTCTTTTAGATTTTTTTCCTTACCCTCTCTCTAATGTTTGTGT
Celera SNPID:hCV29281430
公開 SNPID:rs7625204
SNP 染色体位置:103541577
ゲノム配列中のSNP:配列番号383
ゲノムにおけるSNP位置:84972
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,180|T,46)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号:211
遺伝子記号:hCG1660466
遺伝子名:
染色体: 6
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号387):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号2079):
GGGGGGATAACTTAAGGTCACTAGAACCCAAATGCAGGGAAGAGTTGGGTGCTCTTTGGCAAATAAACATTCCTGACTTAGCATTTTTCTTAAACCCGAA
Y
GTGCCAGCTGTTTTTTTGTTTTTTTGTTTTTTTGTTTTGTGACCTCAGCCAGGCTTGCGTGTTTATTCATCACATATTCTAAGCTCATATACAACTGTGA
Celera SNPID:hDV71966205
公開 SNPID:rs7751843
SNP 染色体位置:22309573
ゲノム配列中のSNP:配列番号387
ゲノムにおけるSNP位置:544929
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,209|T,17)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号:226
遺伝子記号:hCG2038106
遺伝子名:
染色体: 12
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号402):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号2167):
CGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATCGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGTGAGACTCCATCTCAAAAAAACAAACAAACAAAAAAAA
M
CCTAAGCTTTAGTTATAAGCACTGACTTGGAAAATCAGGGACCTGCCTTTAGGACAAATAAACCTAGTAGCTATTTAGGGTTCTGGAACGTGAGGTTTAT
Celera SNPID:hCV26829690
公開 SNPID:rs2335451
SNP 染色体位置:47951053
ゲノム配列中のSNP:配列番号402
ゲノムにおけるSNP位置:1950
SNP源:dbSNP;Celera; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,170|A,56)
SNP 型: イントロン
コンテクスト (配列番号2168):
GGTGACGGAGACCCCTGACTCTCAAATTTAAAAACAAAATGCAGGTTCTAATTCTATAGGCTTGAGGTGAGGCTTCAGACACGTCTTAAATTTTTTTTCT
Y
TGAGATGGTCTCTTTCCCAGGCTGCAGTGCAATGGCACCATCATAGCTCACCCCCACCTTGACCTGGGCTAAGCCATCCTCCCACCTCAGCCTCCCAAGT
Celera SNPID:hCV31644603
公開 SNPID:rs10875941
SNP 染色体位置:47954188
ゲノム配列中のSNP:配列番号402
ゲノムにおけるSNP位置:5085
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,168|C,56)
SNP 型:INTERGENIC;未知
遺伝子番号:228
遺伝子記号:hCG2038213
遺伝子名:
染色体: 12
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号404):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号2181):
TTTTCTGTTTAGGAGAGAAGAAAAAATTGAATCTGTCTGTATAGCACCCACTGAGTTTCTCACTGTATTGATCAATCTGTCTGCATGGATGGAAACCTAA
Y
CATGCATTAAATTTCAATCCCATCACCCTGCCTTTGACCTAAGAAATGTGCTACTAAGGTAGAAGAGAGAAAAGCTACAGAATCAGATGGTGTGTCTCTT
Celera SNPID:hCV15917685
公開 SNPID:rs2656824
SNP 染色体位置:126381039
ゲノム配列中のSNP:配列番号404
ゲノムにおけるSNP位置:16385
SNP源:dbSNP;HapMap; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,163|T,63)
SNP 型: イントロン
コンテクスト (配列番号2184):
AAACCTAACCATGCATTAAATTTCAATCCCATCACCCTGCCTTTGACCTAAGAAATGTGCTACTAAGGTAGAAGAGAGAAAAGCTACAGAATCAGATGGT
R
TGTCTCTTACAAATATACTAAAAAAGCAGACTTTCTAATTTAGGAAAAGGGAAAAAAGTATCTATGTGGCCTAAAAAGTTGATAATTAGTTGGTCATCAG
Celera SNPID:hCV16048710
公開 SNPID:rs2593270
SNP 染色体位置:126381131
ゲノム配列中のSNP:配列番号404
ゲノムにおけるSNP位置:16477
SNP源:dbSNP;HapMap; ABI_Val; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,162|A,64)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号:231
遺伝子記号:hCG2040078
遺伝子名:
染色体: 18
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号407):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号2204):
GCCCTCCTCTGGAAAACCTCCCTGTCCCCGTGGGTTGGGGCCTCTTGCCTGTGCCTCCTCCATGTTCTGAAGCTCTGCTTATGTCACTGGGATTGCTTGT
Y
TTAGGTGCCTCTTTCTCCTATTAGAACTGGAGACATCGGAGGGCAGGAATGGCCGTGCATCTCTAGCTCTGGTTATAGTGCCTGTCATATAGCACTGTTC
Celera SNPID:hCV1726983
公開SNPID:rs3861810
SNP 染色体位置:43118120
ゲノム配列中のSNP:配列番号407
ゲノムにおけるSNP位置:82723
SNP源:dbSNP;Celera; HapMap; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,50|T,176)
SNP 型: イントロン
コンテクスト (配列番号2215):
TTAATAAATTACTCAACCTCAGGTATTTCTTTGTAGCAGTTTGAGAACAGACTAATACAGCAACATTGTACTAAGGAAGAGTCCAGCTCAGAAGAAAGTT
Y
CTAAGATTTTCCTTTTCCTTTTCTCTTCTGTGCAATCAGAGAATGCACTGAAAGGTCACTCCTCAGATAAGTAGCACATTACGGAGGTCAGCGTGGCTGG
Celera SNPID:hCV11962771
公開 SNPID:rs2060411
SNP 染色体位置:43172562
ゲノム配列中のSNP:配列番号407
ゲノムにおけるSNP位置:137165
SNP源:dbSNP;HapMap; ABI_Val; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,49|C,173)
SNP 型: 転写因子結合部位;イントロン
コンテクスト (配列番号2216):
TTTTGGTGGATACACACTTGCATATAAGCACCATGTTCTCTGCCAATACACAGAACATCAAAATACAAATAAGGTTGTTCTTTTTTTTTCCCTGTAAATT
Y
GGTGAAGTTGGGGCTAGATCTGTCTACTTCATCTGGTATTCCCAGGACCTAATACATAGTAGGTCCTTAAAAAGTATTTGTTGAATGAATAAATGTATGG
Celera SNPID:hCV15936104
公開 SNPID:rs2196180
SNP 染色体位置:43115260
ゲノム配列中のSNP:配列番号407
ゲノムにおけるSNP位置:79863
SNP源:dbSNP;HapMap; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,24|C,96)
SNP 型: イントロン
コンテクスト (配列番号2218):
GCTTTGATTTTCGTTTGTTTCAGGAAATTGTTGATTTTCTTTCTAATTTTTTTTGACTCAATTCAGGAGCCTGCTGTTTAATTTCCATGTATCTTGTACC
R
TTTCCAGAGTTCCTCTCATTATTGTTTTCTAATTTTATTCCACTGTGGTCTGAGAAGATACTTAATATGATTTTGATTTTTAATTATTTGTTCGGATTTG
Celera SNPID:hCV26581962
公開 SNPID:rs1594887
SNP 染色体位置:43146367
ゲノム配列中のSNP:配列番号407
ゲノムにおけるSNP位置:110970
SNP源:dbSNP;HapMap; ABI_Val; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,50|A,176)
SNP 型: イントロン
コンテクスト (配列番号2232):
TTTGCAAAGATAAAGGCAGGATAGAAATGCGGGCCTTTTTTAAACAAAAAACCAGGAATCCCTGATTCCACTTTATGCCAGAGAAAATGGCAGAGAATGG
K
TGTGTAAGTGTGAGTGTGTGTGCGTGTGAATAATCACTTCTCCCTAAGGAATAAGAAACTCTTCCACCAAATTGATACACAGTAAGAAACTCTATACCTG
Celera SNPID:hCV30298710
公開 SNPID:rs9807521
SNP 染色体位置:43189744
ゲノム配列中のSNP:配列番号407
ゲノムにおけるSNP位置:154347
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,49|G,177)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号:236
遺伝子記号:Chr1:61484355..61550065
遺伝子名:
染色体: 1
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号412):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号2249):
AGGATGACTTCATGGCCCTGGAATTTTGAAAAGCCAGGATTCTCAGTACACTGTGGCCAGCCTTAGAGTCTTTGGGTGTGAAAACCACTCTCAGTTACCC
R
GACTGATTTTTGGTTCCTGTTGCAGTGCTGCAGAATCTATTAAAATCCGGCAGCTGAATTGTCCTGGCTCTGCCACAAAGCTCAGCTGCCGGGTCCACTA
Celera SNPID:hCV11281901
公開 SNPID:rs7521242
SNP 染色体位置:61576477
ゲノム配列中のSNP:配列番号412
ゲノムにおけるSNP位置:92122
SNP源:dbSNP;Celera; HapMap; ABI_Val
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,113|A,113)
SNP 型:TFBSSYNONYMOUS;イントロン
コンテクスト (配列番号2251):
ATTCAGTTATCTCCACCTGGTCCCACCCTTGACATGTGGAAATTACAATTCAAGGTGAGATTTGGGTGGGGACACAGAGCCAAACCATATCAGTTGCCTT
R
TGATTGTTCCCAGGTCCACAGTGATCTTATCACTTCCCTATTCAGAAACTGTCCTGGATCCCACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGT
CeleraSNPID:hCV30632090
公開 SNPID:rs9436636
SNP 染色体位置:61585361
ゲノム配列中のSNP:配列番号412
ゲノムにおけるSNP位置:101006
SNP源: dbSNP
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,141|A,85)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号:256
遺伝子記号:Chr11:11184418..11224418
遺伝子名:
染色体: 11
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号432):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号2451):
GGCTCAGGGCAAGGGCGTGTGCTCTGGCGTGAGACAAATCTTGGTTCTTGGCTCCAACACTCACTCCCATTTCTGAGTCTTGGTTTCCTCAGCTGTAAAA
Y
GGGTTTGGATGATGATGCTTTTCTCAAGGTTGGTGCATATGTGCACAAGGCCCAGGGCATGAAGGATGGCATAGGGGTTTCTTGCCCGTTCCCTTCCTTT
Celera SNPID:hDV70941876
公開 SNPID:rs17347854
SNP 染色体位置:11204418
ゲノム配列中のSNP:配列番号432
ゲノムにおけるSNP位置:20000
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,188|C,34)
SNP 型:INTERGENIC;未知
遺伝子番号:262
遺伝子記号:Chr11:79023970..79063970
遺伝子名:
染色体: 11
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号438):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号2459):
TCATCCATCCGTCTACCCACCCACTCACTCCTCCCTTTCCCCACTGACCCATCCACTTGTCCAGTCAACCAGTCTCTACAGGCAGGCTCATTTCTAGCCA
YGAAGTATACAGAGATGAATGAGGAAATACAGACACATGAACAAGCCAATTAGGATACACTATATCTACAGCAATAGAGACATGAGGGAGCTGCTGAGAAA
Celera SNPID:hDV70895292
公開 SNPID:rs17138705
SNP 染色体位置:79043970
ゲノム配列中のSNP:配列番号438
ゲノムにおけるSNP位置:20000
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,191|T,35)
SNP 型:INTERGENIC;未知
遺伝子番号:264
遺伝子記号:Chr11:95086868..95138616
遺伝子名:
染色体: 11
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号440):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号2463):
TTGAACATGCAAAGTGGAACCCACAGGCAATGATCTCAGTATATATTTTGACTCATCATCCAAAGAAATCAGAGATGAAAGCAACATCTAATGGCTGAGA
R
TACATAAATAGCCATTTCCACTCACTTTCAATTACCCTGCAGAGGAATCTGGTCACAGATGAGCTCAGTAAATTCACAATATGTTATCCTCAATAGCTAA
Celera SNPID:hCV1725942
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SNP 染色体位置:95112341
ゲノム配列中のSNP:配列番号440
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SNP源:Celera;HGBASE;dbSNP
母集団(対立遺伝子、数):no_pop(A,-|G,-)
SNP 型:INTERGENIC;未知
コンテクスト (配列番号2467):
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R
AAGAAGGAAAAAAGGAAGAAAGGAAGGAAGGAAGGGAGGGAGGGAGGGAAGGAGGGAAGGAGGGAAGGAGGGAGGGAGGGAGGGGCCAAGAGGCAATGAA
Celera SNPID:hCV26226969
公開 SNPID:rs10831415
SNP 染色体位置:95105807
ゲノム配列中のSNP:配列番号440
ゲノムにおけるSNP位置:18939
SNP源:dbSNP;Celera; HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(A,75|G,43)
SNP 型:INTERGENIC;未知
遺伝子番号:275
遺伝子記号:Chr12:99272958..99323627
遺伝子名:
染色体: 12
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号451):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号2536):
GCCCACAGCTCCTTCTTTCAGGGCTTTCCCTTTGATCGTTACTTTCCCCTTCTTTCTCCCCATCTCCCATACTGTATGTCTTCCCTCTGGAAAGTCTCGG
R
ATGTCTAAGATGACACTGTGCACACAGAGGGTGCTTGTGTTGGTTCAGGTCTTCCAAGAAAGCAGATACCAAGACAGGACTCGGCACATACGAGATATGG
Celera SNPID:hCV30866402
公開 SNPID:rs10778050
SNP 染色体位置:99292958
ゲノム配列中のSNP:配列番号451
ゲノムにおけるSNP位置:20000
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,128|A,98)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号:283
遺伝子記号:Chr13:49182057..49202057
遺伝子名:
染色体: 13
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号459):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号2601):
CTGAGGAAAGAAAATAAACAATACTTAACATTAGTTAATTAATATGTCTGTAAAAATGAACAACTTTGACATAAAAAGCGGTAAATATGGTTTGTAGGGC
R
AGAAAGACAATGTTAAATTTGTCTGAATATCTTTTAGGAAAATGAAAACCTGATAAATTCAATCTAAAAAAACCAAAAACATATCTCAAATGTTAAACTG
Celera SNPID:hCV16179979
公開 SNPID:rs2273816
SNP 染色体位置:49192057
ゲノム配列中のSNP:配列番号459
ゲノムにおけるSNP位置:10000
SNP源:dbSNP;HapMap;ABI_Val; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,180|A,42)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号:330
遺伝子記号:Chr19:34259070..34279070
遺伝子名:
染色体: 19
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号506):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号2875):
GTGGCTCCAGCCTGGCTCCTGGGATGGTGGCAGCCCCAGGGGACTGCCTCATTCTGCCACCTGCCCATTCCCTGGCTCTCCTTCACCTTTGTCCCTCACC
R
GCAGCAGAAGCACAGATGGCTGTTCCGTCATCCAGCACGTGCTGCGGTGCATGTCACAGGGCAAGGTGCTGAGCAGCTGTCTGGTCCCCAACACCTGGTG
Celera SNPID:hDV70994774
公開 SNPID:rs17716275
SNP 染色体位置:34269070
ゲノム配列中のSNP:配列番号506
ゲノムにおけるSNP位置:10000
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,209|A,15)
SNP 型:INTERGENIC;未知
遺伝子番号:348
遺伝子記号:Chr2:199377355..199397355
遺伝子名:
染色体: 2
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号524):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号2931):
CAACAACAATAATAAAACCTCACAAAGCTTCTACAAAGAAACAGTAATAATAATAATAATAATAATAATAGCACCAGAAATACCCAACTTTGATAAGCAG
K
CATGTTTTAGTCCTCAGTTTTTCTTCTCCTTGCAATTTCTCAAAAGATAATGCCCAGAAATTTAGGCTTCTTGTCAGGGTCCTGCCCCCAGTGAAAAATA
Celera SNPID:hCV29826974
公開 SNPID:rs10189905
SNP 染色体位置:199387355
ゲノム配列中のSNP:配列番号524
ゲノムにおけるSNP位置:10000
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,204|G,22)
SNP 型:INTERGENIC;未知
遺伝子番号:364
遺伝子記号:Chr3:22603305..22758388
遺伝子名:
染色体: 3
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号540):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号3011):
TTTCCCCTGTGGCCTCCCTCTGGGTAGAAAAGACTTCTCAATTCTATTGACTTTGAACTTGCCCATGTGATTTCATTTGGCTAACGAACTGTAAGTGGAT
R
TGGCTTGAACAGAGGTCTTAAATGTGCTTGCATGTATTGCTTTGGCCTCTAGAGGTACGGAATTTTATGAGTTCAGAATGAAACTGTCATGTTTCCAGAA
Celera SNPID:hCV1306684
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SNP 染色体位置:22623095
ゲノム配列中のSNP:配列番号540
ゲノムにおけるSNP位置:19790
SNP源:dbSNP;Celera; HapMap; ABI_Val; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,139|A,87)
SNP 型:INTERGENIC;未知
遺伝子番号:370
遺伝子記号:Chr3:103478086..103591808
遺伝子名:
染色体: 3
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号546):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号3153):
GGAGTTCAAGAAGGTTTTTGTTCTATTTGGACACTTGCTTTTTTCTGACATCAGCTGAAATCTCAATGACTTCACAACCTTCCCTCCCTCCCCTACTCAT
Y
AACCTGGGTGCCAATTGATTCCAAGTCCTCTGAAGAATTCTGTCGTCTTTCTTTGCCTTCTTTTAGATTTTTTTCCTTACCCTCTCTCTAATGTTTGTGT
Celera SNPID:hCV29281430
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SNP 染色体位置:103541577
ゲノム配列中のSNP:配列番号546
ゲノムにおけるSNP位置:63491
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,180|T,46)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号:376
遺伝子記号:Chr4:11054073..11132702
遺伝子名:
染色体: 4
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号552):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号3235):
GACTTTTAACTGAAATACACTGTTTTTTTACCCCCTGAATCTTAGTTACCCATTTGTGAAATAAATATGACATCTACTCATGAGACCCTTGTCGAGTCCA
R
TTATATTTATATAAAGGGAAGGCACTCCTCTTTCCATGGTGAGACCCGGGATGTCTGGGTGCTTTCAATCTCCCAAGCCACTCCTCCCAAAACCTCAGTT
Celera SNPID:hCV2976996
公開 SNPID:rs13137776
SNP 染色体位置:11074073
ゲノム配列中のSNP:配列番号552
ゲノムにおけるSNP位置:20000
SNP源:dbSNP;Celera; HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(A,78|G,40)
SNP 型:INTERGENIC;未知
遺伝子番号:379
遺伝子記号:Chr4:34014410..34054410
遺伝子名:
染色体: 4
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号555):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号3252):
CCACAACACACAGTGGTTTAAAACAACAGACCTTTATTCTCTAACACTTTAGAGGCCAGAAGTCCAAGATGGAAATAATGGCAAAATTGCTTCTTTCTTG
R
GGGCTCAGTAAGATAACTTATCTCATGCCTCTCTCCCCATTTCCCATCATTTCTAATCATCCTTGGCATTTCATGGTGTGTGACAGCATGACTCCGATCT
Celera SNPID:hCV31280218
公開 SNPID:rs7671659
SNP 染色体位置:34029943
ゲノム配列中のSNP:配列番号555
ゲノムにおけるSNP位置:15533
SNP源: dbSNP
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,182|A,44)
SNP 型:INTERGENIC;未知
遺伝子番号:395
遺伝子記号:Chr5:34270064..34332672
遺伝子名:
染色体: 5
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号571):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号3308):
TTAATATTGTAACAGCAAATATGTGGAGGGGCTTCACTAAATGAATACAGGTGGACCTTGTCCCAGAACTGAATGATTGTTTTAATACGTGAGTTTGTGG
M
GATGAACTGAGAATGTAGGAATCCTATTCTTTTTTGCCGAACCTGCTCGATTGCTGGAGACACACTCTCTGTGTCTCAAAAGCTATTACAGTCTCTGCCT
Celera SNPID:hDV76979406
公開 SNPID:rs4242084
SNP 染色体位置:34295117
ゲノム配列中のSNP:配列番号571
ゲノムにおけるSNP位置:25053
SNP源: CDX;dbSNP
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(A,6|C,110)
SNP 型:INTERGENIC;未知
コンテクスト (配列番号3310):
CATCACAGTAATCTCAAGAGGAATAGGAAAAACATGAAAGAAAAAAGGAATAAGCCACTGATACAGTGGGCTTAAGCTTTGATGTGCAATGTGGAATGCT
Y
ACTGTGATATTTATTCTCTGTCCCAATGAACTGGGAAATGGGGATGGAGTCCATAAATCTACGTGGTTTTAAACCACCTCAAAGGTGAGAGATAATTTAA
Celera SNPID:hDV77026147
公開 SNPID:rs4626316
SNP 染色体位置:34314183
ゲノム配列中のSNP:配列番号571
ゲノムにおけるSNP位置:44119
SNP源: CDX;dbSNP
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,4|C,222)
SNP 型:INTERGENIC;未知
遺伝子番号:401
遺伝子記号:Chr5:134501880..134541880
遺伝子名:
染色体: 5
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号577):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号3398):
AAAGGACTGAATTTCTATCCGGGTGGGAAAGAAAGATAAAGCTCTGTCAACTGAGGCATCTTATGGTGGACCTACCACTGCTACTTCCACGTCATCTATA
Y
CAGCCCTGGGTACTCTTGACCACTTCACCTGTGTAGATCCTCATCTTGGCCTCATTGGTTGTTCTGTCCCAGGGAAGAAATGTTGACTTAAAAAATAGGC
Celera SNPID:hCV3199616
公開 SNPID:rs12659030
SNP 染色体位置:134518247
ゲノム配列中のSNP:配列番号577
ゲノムにおけるSNP位置:16367
SNP源:dbSNP;Celera; HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,87|T,33)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号:405
遺伝子記号:Chr5:173532226..173587869
遺伝子名:
染色体: 5
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号581):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号3423):
CTTCGTGGACTTTTCTTTCACCGTGCTTATCGTGGATTGCAGCCACGCACGTGTCTGTGTGATGATTCGATACCCGTCTGTCTCTCTCACTAGGCCATAG
Y
GTCGTAAGAGCACTTGGTACACTTGTCTTTAGCTTGGAGCCTTGCACATAGGAGGTCTCATTAAGCATTTGTTAATTAAATGAGTGAGTGAGTTACTGAC
Celera SNPID:hCV9454444
公開 SNPID:rs7705993
SNP 染色体位置:173552892
ゲノム配列中のSNP:配列番号581
ゲノムにおけるSNP位置:20666
SNP源:dbSNP;Celera; HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,122|C,104)
SNP 型: イントロン
コンテクスト (配列番号3425):
GCTGGACACACACCTTCTGCTGGTTGGACCTCCAAATCAGCAAGGAAGGGCCCGATCCCCTAAGGGTCCTAAGGCTGCTGTGGAGACCGCGCACTGTCTG
Y
AGAGTGAGAGATGCACCTCTTTGGCTGGGGAGCCTCTTCTTTGTTCCCCAGAATATGTGGCAAGCTGGGAGGCTGCACGGAAGCTTGTTTATGCTTCCTC
Celera SNPID:hDV70851374
公開 SNPID:rs17076974
SNP 染色体位置:173552550
ゲノム配列中のSNP:配列番号581
ゲノムにおけるSNP位置:20324
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,122|T,104)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号:407
遺伝子記号:Chr6:16041934..16126347
遺伝子名:
染色体: 6
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号583):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号3433):
AGTCATTTCTGCCATCAGAAAACATACAGGCTCAAGACAAACACTCAATTCAGGACAAAACAAAGAATGCCCCATATTTGGTACTCCTGAGTTAAGAGCA
Y
GAGAAATTTGAATTTGCTACAGAATTGTATATCATCTAGCTTATTAAAAAACACTGGGCTTTACATCTATCTGAATGAAACAGTAAAAGGAAGATGCTAT
Celera SNPID:hCV132726
公開 SNPID:rs1544214
SNP 染色体位置:16098895
ゲノム配列中のSNP:配列番号583
ゲノムにおけるSNP位置:56961
SNP源:dbSNP;Celera; HapMap; ABI_Val; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,131|T,93)
SNP 型:INTERGENIC;未知
遺伝子番号:413
遺伝子記号:Chr6:110392597..110481257
遺伝子名:
染色体: 6
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号589):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号3468):
TAAAAAATGGCTAAAGATGATGTCATGTGTATGTCATTGGTGAACTTGACAAGAAAAGCTTCAGGAGAGAGAGAGAAAAAAAAAGCCTGACTGTAGAAGA
Y
ACAAGAGAAAATATATGAGCAATCTAGTCTCCAGCAACTCGCAACAGAACGGTGACCTTTTCAACACTATAAAACACACTACATTTTATAGATGTAGAGT
Celera SNPID:hCV364260
公開 SNPID:rs2505039
SNP 染色体位置:110412597
ゲノム配列中のSNP:配列番号589
ゲノムにおけるSNP位置:20000
SNP源:dbSNP;Celera; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,137|T,89)
SNP 型:INTERGENIC;未知
遺伝子番号:414
遺伝子記号:Chr6:130285284..130325284
遺伝子名:
染色体: 6
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号590):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号3495):
AGGTCTCCTCTGAACTGTGTTGCTTTGCTTCCCCAAGTAGTCCCTTCTCCAAAGCAAGACCTAATTGTGTGCTATATAAAGTCGGCAGGGCATTCTGACC
R
CCAAGTTCCATTCTGAGCAGGAAGAAGTCAGGCAGGCTGGTGACCTCCCCTGTCCAGTTACCAAAATCGAGAGGGCTTTAATCTGGGGTGTAGCCCATTG
Celera SNPID:hCV7422169
公開 SNPID:rs1538185
SNP 染色体位置:130309446
ゲノム配列中のSNP:配列番号590
ゲノムにおけるSNP位置:24162
SNP源:dbSNP;Celera; HapMap; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,185|A,39)
SNP 型:INTERGENIC;未知
コンテクスト (配列番号3500):
TCCAACCTTTACTGAGCACCTACTGTATGCTTTAGCATGTTGTCCCCATCATTTTGGAGAGGACATAGTCAATCTAGTACATGGTACAATCTTTTTTCCT
YCCACTCAGCAACAGCAAAATACATCTGGCTCCCGAAACAGTATGGTTTTCCCTCAGATATTTTTCTAAATCACATTGATTTGAATTAAATAGTTCAGAAA
Celera SNPID:hCV29948033
公開 SNPID:rs9375683
SNP 染色体位置:130305284
ゲノム配列中のSNP:配列番号590
ゲノムにおけるSNP位置:20000
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,178|C,44)
SNP 型:INTERGENIC;未知
遺伝子番号:421
遺伝子記号:Chr7:105040694..105080694
遺伝子名:
染色体: 7
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号597):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号3530):
ATCTTGTCTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAGAAGAGTGACTATTGTGTGAACTTTCAGAGTCCCCAGTCTTCAGAGAAAAAAAACTGGA
Y
GTGTGCAAAGAAATGATAATCAGAAAAATATTAAACTTCTTGATAAAATTTTCAATGTTACAAGTCAATGAAAAAATGTCTTCAAAATTCTGTAGGGAAA
Celera SNPID:hCV2697120
公開 SNPID:rs1615197
SNP 染色体位置:105060694
ゲノム配列中のSNP:配列番号597
ゲノムにおけるSNP位置:20000
SNP源: dbSNP;Celera;HapMap; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,46|T,68)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号:426
遺伝子記号:Chr8:58845796..58885796
遺伝子名:
染色体: 8
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号602):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号3565):
ATGTACATTGTCTGTGTGATGGTTATACTAAAAGCCCAGATTTCACCACTATTCAATATAATCATGTAACAAAACCTCAGTTGCACACCATAAATTTATA
Y
GAAAAAAAGCATGCTGTCCAAAGCAATCTACAGATGCAATGCAATTCCTATAAAAACACCAATGTCATTTTTGACAGAATTAAGAAAAACAATTCTAAAA
Celera SNPID:hCV31779530
公開 SNPID:rs12155847
SNP 染色体位置:58865083
ゲノム配列中のSNP:配列番号602
ゲノムにおけるSNP位置:19287
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,81|T,145)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号:445
遺伝子記号:Chr9:117548554..117618930
遺伝子名:
染色体: 9
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号621):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号3653):
AGGGTTCAATAATTATGTAATCATTGCTCCCATAGGTATCCCCATTATATTTTTCAACAATTCCAATAATCAAAATGCCAGTCCTAATATTCAGTGCCAC
Y
TGCCTTGCTACAATTCTGGTCCTCTTCCATACTAATCTTCCCTCTATACAGATGATAGCCCTTCAAGAATTGAAAATGCTGATTATTTCTGTCCCTCTGT
Celera SNPID:hCV2436415
公開 SNPID:rs2418412
SNP 染色体位置:117580889
ゲノム配列中のSNP:配列番号621
ゲノムにおけるSNP位置:32335
SNP源:dbSNP;Celera; HapMap; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,129|C,97)
SNP 型:INTERGENIC;未知
コンテクスト (配列番号3656):
TAATAATTTTCAGGGAACAGACAAAAAGAGTTCATATAAAAATATTGAGATTTATGATGTTATCACTGCTCTCAACACAACATCAGACACCAGAAGAAAA
Y
AGAGTGGTCTTTAACATTGTAAAAAGAAAGTATTTCTAACAACTAATTTCTAGACTGTCATTCAAATTTAAAGATAAAATAAGGAAAAGATTAAAATATG
Celera SNPID:hCV16141210
公開 SNPID:rs2157673
SNP 染色体位置:117598930
ゲノム配列中のSNP:配列番号621
ゲノムにおけるSNP位置:50376
SNP源:dbSNP;Celera;HapMap; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,156|C,68)
SNP 型:INTERGENIC;未知
コンテクスト (配列番号3657):
GCAAGAAGGAAGGAACTTGGAGTGGGAAAGAAAGATGGATAGAGGGGCCAGTCTGGGAGCATAACTGAAATGCAGACAGGTGATTAACCAACACTGAAAA
R
CTCTGGAAGTTTCTAAAGGAAGTGGGGCTATTCTGTCTAAGAAAACTGAGGGTAGAAAATAAAGGGAAATATCCTAAATCAAAAGATTGCTTCAGGTTGG
Celera SNPID:hCV29744545
公開 SNPID:rs10429616
SNP 染色体位置:117558554
ゲノム配列中のSNP:配列番号621
ゲノムにおけるSNP位置:10000
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(A,126|G,100)
SNP 型:INTERGENIC;未知
遺伝子番号: 6
遺伝子記号CXXC6- 80312
遺伝子名:CXXCfinger 6
公開転写産物アクセッション: NM_030625
公開タンパク質アクセッション: NP_085128
染色体: 10
OMIM 番号: 607790
OMIM 情報:
転写産物配列 (配列番号8):
タンパク質配列 (配列番号59):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号112):
AAGTCACATGAATATTCAAAAGTCACAAATTCATTATCTCTTTTTATACCAAAATCAAATTCATCCAAGATTGACACCAATAAAAGTATTGCTCAAGGGA
R
AATTACTCTTGACAATTGTTCCAATGATTTGCATCAGTTGCCACCAAGAAATAATGAAGTGGAGTATTGCAACCAGTTACTGGACAGCAGCAAAAAATTG
Celera SNPID:hCV2719530
公開 SNPID:rs3998860
SNP 染色体位置:70075861
転写産物配列内のSNP配列番号8
SNP位置転写産物: 3579
SNP源:dbSNP;Celera; HapMap; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(A,47|G,179)
SNP 型: ミスセンス変異
タンパク質コーディング: 配列番号59, 位置 1123,(I,ATA) (M,ATG)
遺伝子番号: 7
遺伝子記号DAP- 1611
遺伝子名:death-associatedprotein
公開転写産物アクセッション: NM_004394
公開タンパク質アクセッション: NP_004385
染色体: 5
OMIM 番号: 600954
OMIM 情報:
転写産物配列 (配列番号9):
タンパク質配列 (配列番号60):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号114):
GAGATGGGGGATCCTGTGCAGGCTGATGAGGCACCCATGAGAAAAGCCGAAAAAGCATGCATCTTAGAAATAGCCCCTCAATTCCAGGAGTCAACATGCC
R
AAGAATGAGGCTGGAGACAGGTAGCTCCGAGGGAGGACTTCTGGCATGAGATCTCGGCACGGCAAGCCCAGCATCGCCTCAGCCCAGACAGGCTCCACCA
Celera SNPID:hCV8793528
公開 SNPID:rs9857
SNP 染色体位置:10733547
転写産物配列内のSNP配列番号9
SNP位置転写産物: 1137
SNP源:dbSNP;HapMap; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(A,169|G,55)
SNP 型: UTR3
遺伝子番号: 9
遺伝子記号DISC1- 27185
遺伝子名:disruptedin schizophrenia 1
公開転写産物アクセッション: NM_001012957
公開タンパク質アクセッション: NP_001012975
染色体: 1
OMIM 番号: 605210
OMIM 情報:{Schizophrenia,susceptibility to}, 181500 (3); {Schizoaffective/diso
r
der,susceptibilityto}, 181500 (3)
転写産物配列 (配列番号11):
タンパク質配列 (配列番号62):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号122):
GCCGAGGCTGTTGGAACCCACTGCTCAGGACAGCTTGCACGTGTCCATCACGAGACGAGACTGGCTTCTTCAGGAAAAGCAGCAGCTACAGAAAGAAATC
Y
AAGCTCTCCAAGCAAGGATGTTTGTGCTGGAAGCCAAAGATCAACAGCTGAGAAGGGAAATAGAGGAGCAAGAGCAGCAACTCCAGTGGCAGGGCTGCGA
Celera SNPID:hCV25641936
公開 SNPID:rs2492367
SNP 染色体位置:229973212
転写産物配列内のSNP配列番号11
SNP位置転写産物: 1461
SNP源: Applera
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,29|T,7) アフリカ系アメリカ人 (C,29|T,7)
総計(C,58|T,14)
SNP 型: ESE
タンパク質コーディング: 配列番号62, 位置なし
SNP源:dbSNP;HapMap; ABI_Val; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,194|T,30)
SNP 型: ESE
タンパク質コーディング: 配列番号62, 位置なし
遺伝子番号: 9
遺伝子記号DISC1- 27185
遺伝子名:disruptedin schizophrenia 1
公開転写産物アクセッション: NM_001012959
公開タンパク質アクセッション: NP_001012977
染色体: 1
OMIM 番号: 605210
OMIM 情報:{Schizophrenia,susceptibility to}, 181500 (3); {Schizoaffective/diso
r
der,susceptibilityto}, 181500 (3)
転写産物配列 (配列番号12):
タンパク質配列 (配列番号63):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号123):
GCCGAGGCTGTTGGAACCCACTGCTCAGGACAGCTTGCACGTGTCCATCACGAGACGAGACTGGCTTCTTCAGGAAAAGCAGCAGCTACAGAAAGAAATC
Y
AAGCTCTCCAAGCAAGGATGTTTGTGCTGGAAGCCAAAGATCAACAGCTGAGAAGGGAAATAGAGGAGCAAGAGCAGCAACTCCAGTGGCAGGGCTGCGA
Celera SNPID:hCV25641936
公開 SNPID:rs2492367
SNP 染色体位置:229973212
転写産物配列内のSNP配列番号12
SNP位置転写産物: 1461
SNP源: Applera
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,29|T,7) アフリカ系アメリカ人 (C,29|T,7)
総計(C,58|T,14)
SNP 型: ESE
タンパク質コーディング: 配列番号63, 位置なし
SNP源: dbSNP;HapMap;ABI_Val; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,194|T,30)
SNP 型: ESE
タンパク質コーディング: 配列番号63, 位置なし
遺伝子番号: 9
遺伝子記号DISC1- 27185
遺伝子名:disruptedin schizophrenia 1
公開転写産物アクセッション: NM_018662
公開タンパク質アクセッション: NP_061132
染色体: 1
OMIM 番号: 605210
OMIM 情報:{Schizophrenia,susceptibility to}, 181500 (3); {Schizoaffective/diso
r
der,susceptibilityto}, 181500 (3)
転写産物配列 (配列番号13):
タンパク質配列 (配列番号64):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号124):
GCCGAGGCTGTTGGAACCCACTGCTCAGGACAGCTTGCACGTGTCCATCACGAGACGAGACTGGCTTCTTCAGGAAAAGCAGCAGCTACAGAAAGAAATC
Y
AAGCTCTCCAAGCAAGGATGTTTGTGCTGGAAGCCAAAGATCAACAGCTGAGAAGGGAAATAGAGGAGCAAGAGCAGCAACTCCAGTGGCAGGGCTGCGA
Celera SNPID:hCV25641936
公開 SNPID:rs2492367
SNP 染色体位置:229973212
転写産物配列内のSNP配列番号13
SNP位置転写産物: 1461
SNP源: Applera
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,29|T,7) アフリカ系アメリカ人 (C,29|T,7)
総計(C,58|T,14)
SNP 型: ESE
タンパク質コーディング: 配列番号64, 位置なし
SNP源:dbSNP;HapMap; ABI_Val; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,194|T,30)
SNP 型: ESE
タンパク質コーディング: 配列番号64, 位置なし
遺伝子番号: 27
遺伝子記号QTRTD1- 79691
遺伝子名:queuinetRNA-ribosyltransferase domain containing 1公開転写産物アクセ
ッション:NM_024638
公開タンパク質アクセッション: NP_078914
染色体: 3
OMIM 番号:
OMIM 情報:
転写産物配列 (配列番号35):
タンパク質配列 (配列番号86):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号153):
CAAATACAAGTCTCACTCTTCACACTGAGCCTGTACCACTGTTGTAACATGGGAAGACGTGAAGAAGAAATAATCTGAGCTTTAATTATTTATATTTGGA
Y
ATAAGGTCTGCTTAAATAAAGAATCTTTGTACCAAACTGCCCACATGAGGGTGAAGAGATTTCCTCAAAAGACTTAAATGACCTGGATTGATCAGAGAGA
Celera SNPID:hCV27488494
公開 SNPID:rs3732788
SNP 染色体位置:115287549
転写産物配列内のSNP配列番号35
SNP位置転写産物: 1586
SNP源:dbSNP;HapMap; ABI_Val; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,201|C,25)
SNP 型: UTR3
(表2)
遺伝子番号: 6
遺伝子記号:CXXC6- 80312
遺伝子名:CXXCfinger 6
染色体: 10
OMIM 番号: 607790
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号182):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号644):
TCAATTATATAAAACCAGAGGACAAAAAAGTTGAAAGTACACCAACAAGCCTTGTCACATGTAATGTACAGCAAAAATACAATCAGGAGAAGGGCACAAT
R
CAACAGAAACCACCTTCAAGTGTACACAATAATCATGGTTCATCATTAACAAAACAAAAGAACCCAACCCAGAAAAAGACAAAATCCACCCCATCAAGAG
Celera SNPID:hCV2719530
公開 SNPID:rs3998860
SNP 染色体位置:70075861
ゲノム配列中のSNP:配列番号182
ゲノムにおけるSNP位置:95442
SNP源:dbSNP;Celera; HapMap; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(A,47|G,179)
SNP 型: ミスセンス変異
コンテクスト (配列番号647):
TAGTGGCCTCTCATAGCAATGGAAGACACCTGAGAAATCACAGAGCTCAATCACTGGGGCCCAGAGAGCAGATCTTAATGCTAGATTGTAATTAGAATTTM
AATAGATGAAGGCCACTTTGTGTTGAGAACTGTAGGGAAACTTGATTTTCTTACCCAAAGGGTATTTTATCACTGGGAAATAAACAAGTATCAGATGCTT
Celera SNPID:hCV2719433
公開 SNPID:rs7901888
SNP 染色体位置:70125496
ゲノム配列中のSNP:配列番号182
ゲノムにおけるSNP位置:145077
SNP源:dbSNP;Celera; HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(A,46|C,178)
SNP 型:INTERGENIC;未知
コンテクスト (配列番号648):
ATTCTTATTGGAAAGTGAGGCTATCTGAAAAGGCATAGCTGTAGGCAAATTATTGCAACATGTTTACATCTTAAATAACTTTCCAACATCTTTGTTACTC
M
GTCTGCATGTTGATAATTTCATTTATTAAATATAGAACTTCAACTAGATGAGATCCATAAGTAATTTACTTAAGACATAAACTCAATACATATTTAATTG
Celera SNPID:hCV2719434
公開 SNPID:rs10740308
SNP 染色体位置:70124902
ゲノム配列中のSNP:配列番号182
ゲノムにおけるSNP位置:144483
SNP源:dbSNP;Celera
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(A,48|C,176)
SNP 型:INTERGENIC;未知
コンテクスト (配列番号656):
CCAGTAATGGGATTGGAAGAGCATACAGTTTTATAACTACAAGAAGAATATATGGTACTTTCGTTGTCATTCTTAGCATATAGTTTAGTTTAAGGCTTTA
K
AAATGCCCTAAAAGTTATACACTTAAGATTTAATTAAATGTAACCGGTTTTCTGCTCCATTTTTTTCTATTATGCACTTTTTAAAGTTTTTAAAATTCAG
Celera SNPID:hCV30874939
公開 SNPID:rs10762236
SNP 染色体位置:70101426
ゲノム配列中のSNP:配列番号182
ゲノムにおけるSNP位置:121007
SNP源:dbSNP;HapMap; ABI_Val
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,24|T,88)
SNP 型: 転写因子結合部位;イントロン
コンテクスト (配列番号658):
TTCTTACTACACATGAGTCTAAGGGGCCAAGTTAAAAATAGCATTTTTTAAGAAACATAAAATTCATGCTCACAAAAATTCAAGTGGTGCAGAAATACGA
Y
GCAAACATCTTCCTATACTCCCATTCTATACAAAAGAACATTATTGATTTTAATTTTGTTTCCATTTTTACAAAAATTTAAAACAATCTTTCTACTTGGT
Celera SNPID:hCV30876057
公開 SNPID:rs7913568
SNP 染色体位置:70080636
ゲノム配列中のSNP:配列番号182
ゲノムにおけるSNP位置:100217
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,48|T,178)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号: 7
遺伝子記号:DAP- 1611
遺伝子名:death-associatedprotein
染色体: 5
OMIM 番号: 600954
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号183):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号674):
TGGTGGAGCCTGTCTGGGCTGAGGCGATGCTGGGCTTGCCGTGCCGAGATCTCATGCCAGAAGTCCTCCCTCGGAGCTACCTGTCTCCAGCCTCATTCTT
Y
GGCATGTTGACTCCTGGAATTGAGGGGCTATTTCTAAGATGCATGCTTTTTCGGCTTTTCTCATGGGTGCCTCATCAGCCTGCACAGGATCCCCCATCTC
Celera SNPID:hCV8793528
公開 SNPID:rs9857
SNP 染色体位置:10733547
ゲノム配列中のSNP:配列番号183
ゲノムにおけるSNP位置:11141
SNP源:dbSNP;HapMap; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,169|C,55)
SNP 型: ミスセンス変異;ESE;MICRORNA;UTR3
遺伝子番号: 9
遺伝子記号:DISC1- 27185
遺伝子名:disruptedin schizophrenia 1
染色体: 1
OMIM 番号: 605210
OMIM 情報:{Schizophrenia,susceptibility to}, 181500 (3); {Schizoaffective/diso
r
der,susceptibilityto}, 181500 (3)
ゲノム配列 (配列番号185):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号691):
GGCCAATTCTCATTTAAACGAGTCATTATCCTCAGAGCAGTTTGCCATGAGCAGGGTTAATTTATAAAATCTTGTCTCCTCATTCTCTACAGAAAGAAAT
YGAAGCTCTCCAAGCAAGGATGTTTGTGCTGGAAGCCAAAGATCAACAGCTGAGAAGGGAAATAGAGGAGCAAGAGCAGCAACTCCAGTGGCAGGGCTGCG
Celera SNP ID:hCV25641936
公開 SNPID:rs2492367
SNP 染色体位置:229973212
ゲノム配列中のSNP:配列番号185
ゲノムにおけるSNP位置:154028
SNP源: Applera
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,29|T,7) アフリカ系アメリカ人 (C,29|T,7)
総計(C,58|T,14)
SNP 型:ESE;ESESYNONYMOUS;サイレント変異
SNP源:dbSNP;HapMap; ABI_Val; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,194|T,30)
SNP 型:ESE;ESESYNONYMOUS;サイレント変異
遺伝子番号: 20
遺伝子記号:MELK- 9833
遺伝子名:maternalembryonic leucine zipper kinase
染色体: 9
OMIM 番号: 607025
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号196):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号778):
ATACAGAACCCAGAAGCCCATCTTGAATTCACATGCCCTGGCATACAGGTTCAAGGCAGGAAGAAAGGCCAGGTGTCTATAATTCGAAGGATCTGCACCT
M
CTTAGGAGTTAGGCTACACAGGACTATACAAGTGTTGCAAATCGGGTCTTTTGGTGTTGGGCACAACACAGCGCACCTGGGCAAAGAGCAGAACTCCTGA
Celera SNPID:hCV29338209
公開 SNPID:rs7863577
SNP 染色体位置:36529122
ゲノム配列中のSNP:配列番号196
ゲノムにおけるSNP位置:30080
SNP源: dbSNP
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(A,27|C,199)
SNP 型:INTERGENIC;未知
コンテクスト (配列番号785):
GGAGTGCAATGGCACGATCTTGGCTGACTACAACCTCCGCCTCCCAGTTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCACCCGATTAGTTGGGATTACAGCCGCC
K
GCTACAACGTTTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGATTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAGGTGGTCCGCCTGC
Celera SNPID:hCV30070947
公開 SNPID:rs2265346
SNP 染色体位置:36625409
ゲノム配列中のSNP:配列番号196
ゲノムにおけるSNP位置:126367
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,97|G,13)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号: 27
遺伝子記号:QTRTD1- 79691
遺伝子名:queuinetRNA-ribosyltransferase domain containing 1染色体: 3
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号203):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号902):
ATGGTATAGGAACTCAATGGAGTATTATACACATCCCAGGACTCCAGGCAATGTGTTAATTACAACAAGCAGAATTACAAATTAAATGTACTTTATGGTT
R
TATAATTAAGTATGGAAAGGGACCACGTCAGGAGGAACATGGAAATATGAAATTAGTTAATTTGTTAAGATGGTGGAATAGTGAGTGATTTCTCTTCTAT
Celera SNP ID:hCV16071656
公開 SNPID:rs2129571
SNP 染色体位置:115236261
ゲノム配列中のSNP:配列番号203
ゲノムにおけるSNP位置:12040
SNP源:dbSNP;Celera; HapMap; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,200|A,26)
SNP 型: 転写因子結合部位;イントロン
コンテクスト (配列番号903):
CAAATACAAGTCTCACTCTTCACACTGAGCCTGTACCACTGTTGTAACATGGGAAGACGTGAAGAAGAAATAATCTGAGCTTTAATTATTTATATTTGGA
Y
ATAAGGTCTGCTTAAATAAAGAATCTTTGTACCAAACTGCCCACATGAGGGTGAAGAGATTTCCTCAAAAGACTTAAATGACCTGGATTGATCAGAGAGA
Celera SNPID:hCV27488494
公開 SNPID:rs3732788
SNP 染色体位置:115287549
ゲノム配列中のSNP:配列番号203
ゲノムにおけるSNP位置:39248
SNP源:dbSNP;HapMap; ABI_Val; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,201|C,25)
SNP 型:MICRORNA;UTR3;PSEUDOGENE
コンテクスト (配列番号904):
ACAGAGAGAATTGCCCTCATTTTACTCCTGAGGAAGCAGAGGCATAGAGACATTTACTCCTTAGAGTTTGTCAGCTGAAAAAGGTAGACTTTAATTGAAGK
CGATAGAAGCAGGACAGTTAGGAAACGGAAAAGCCCGGCTGCCAGGGGTTACGGACACAGGCAATTCCCTATGAAAGTGCTTTCTTCACTTGCCTTCACT
Celera SNPID:hCV27892870
公開 SNPID:rs4682522
SNP 染色体位置:115312036
ゲノム配列中のSNP:配列番号203
ゲノムにおけるSNP位置:63735
SNP源:dbSNP;HapMap; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,23|T,203)
SNP 型:INTERGENIC;未知
コンテクスト (配列番号905):
TAGCCAGATTATCCAAGTAATCTTTAGCTTAAAGAAGGGTGTGTTCCTCTCCTTACTCCTTTCATAAGTAGCCTGTAGCAAGAGGCTTTCTCATCTTACC
Y
AGATCAGGGATCTTGTTTGGCCCAATAAAAACTGAAGGTTAAAAAATCTGACTTCTACTGTTTTACAAAGCAGAAAATATAAATTTCCACCCAGATCAGT
Celera SNPID:hCV30018186
公開 SNPID:rs10155047
SNP 染色体位置:115255642
ゲノム配列中のSNP:配列番号203
ゲノムにおけるSNP位置:7341
SNP源:dbSNP;HapMap; ABI_Val
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,107|T,13)
SNP 型: イントロン
コンテクスト (配列番号907):
CATTGCTCCCTCTCCTGTACTTGTTTCACTCTGGTGCACATAACACTTCAGCACCAGTATTTCTAGACATTTTCTGGACTTCTTCATGTTAAGTGCTCAC
R
GATGTCTGTTACTGAATTTGAAAGCTGGATTGTTTTTCTTTCTATAAGTGTGTAGAAATGCCAGCTTCAGTTGGATAGGAGTTCTAAAACATTACATCAC
Celera SNPID:hCV32078713
公開 SNPID:rs13314266
SNP 染色体位置:115279807
ゲノム配列中のSNP:配列番号203
ゲノムにおけるSNP位置:31506
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(A,205|G,21)
SNP 型:MICRORNA;UTR3;イントロン
コンテクスト (配列番号908):
ACATTTTCTCTTATTATCACCTTGTTCTCTGCCTGCCTTGGATGGTTTCAGCTTGTCTCTTAACATCAAGATGTTGCTATTAACAGTCTTCTCTTTCTTA
R
CAGCTTACAGTCACTTCCTTTTATTCAGTCCTTTTCCTTTTCCCTCCCAAACCACGTAATCATCTCTTTCAGCCTCAAATAAAAGTTGTATAACCATTTC
Celera SNPID:hCV32078798
公開 SNPID:rs13318232
SNP 染色体位置:115294378
ゲノム配列中のSNP:配列番号203
ゲノムにおけるSNP位置:46077
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(A,200|G,26)
SNP 型:INTERGENIC;未知
コンテクスト (配列番号915):
TCTCAGTTATTCCCACGATCTTATAAATGCTCAATATGTGTTCCTTGTGTCCCACAGCAGACATCAATCCCATGGTCCACTACAGATCCTTTGTAGCCTA
K
CAACATGGATGGCAGAGACAGCAGTTACAATGTCATCCTTCATTTCCTCAAAACCAGTGGATACAAACATGAGCTTCTTGACATACTGCATGCTCATATA
Celera SNPID:hCV29566793
公開 SNPID:rs9859901
SNP 染色体位置:115251787
ゲノム配列中のSNP:配列番号203
ゲノムにおけるSNP位置:3486
SNP源: dbSNP;HapMap;ABI_Val
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,201|T,25)
SNP 型: イントロン
コンテクスト (配列番号918):
TACCTATCTCACTGTAACCATGGATAAGATCTTAACTTTTAAAATAAATGACTGGTCAGTGAACATTTGTTGAGTGCCCACTGTGAGCAGAGCATCCTAC
Y
ACCATTAAACGTTACTTGTTTTCACAATTTATTTTAGGTCAACCTAGTTTTTCCAGGGCTTGGGAGCAATATGAAAAGCAAGGCTGACCTTAGAAAGAAC
Celera SNPID:hDV70694203
公開 SNPID:rs16861467
SNP 染色体位置:115235190
ゲノム配列中のSNP:配列番号203
ゲノムにおけるSNP位置:13111
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,200|C,26)
SNP 型: イントロン
コンテクスト (配列番号919):
ATTAGTCTTTCTAATTCTGTTCTTTCATTTGTTTGGTTTTCATCAGCTCAGACAAAAATTCCATGACTAAATTTAAAATTAGTTGATGCCAATATGTGGT
K
CTGGGACCTTAGGGAAGATGTCTTATTCTCTTTATGTCTTTTCCCATTCCCCCGTTCCTGATATCTATGAAAATATTTAGACTGGAAGCAGTAATAAGCA
Celera SNPID:hDV70694208
公開 SNPID:rs16861476
SNP 染色体位置:115266573
ゲノム配列中のSNP:配列番号203
ゲノムにおけるSNP位置:18272
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,201|G,25)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号: 41
遺伝子記号:hCG2039367
遺伝子名:
染色体: 6
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号217):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号1113):
GGGGGGATAACTTAAGGTCACTAGAACCCAAATGCAGGGAAGAGTTGGGTGCTCTTTGGCAAATAAACATTCCTGACTTAGCATTTTTCTTAAACCCGAA
Y
GTGCCAGCTGTTTTTTTGTTTTTTTGTTTTTTTGTTTTGTGACCTCAGCCAGGCTTGCGTGTTTATTCATCACATATTCTAAGCTCATATACAACTGTGA
Celera SNPID:hDV71966205
公開 SNPID:rs7751843
SNP 染色体位置:22309573
ゲノム配列中のSNP:配列番号217
ゲノムにおけるSNP位置:427733
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,209|T,17)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号: 49
遺伝子記号:AKAP11- 11215
遺伝子名:Akinase (PRKA) anchor protein 11
染色体: 13
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号225):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号1132):
AAGTTAGTAATACATGTAAATCCCTTAGAACAATGCCTGGTAACTATTCAATACATATGAACTATTATTTGCTGTTACCAAAAGTGTTCAGAGCAGAAAC
Y
GGGTTGTCAATTCTTTGAATTCTAAGGCCTAGCACCTTGCCTGGCTCATGGGCTGGCATTTAGTAAAAGGTTGAGGAGCTGAATTAAAAATTATAATTAA
Celera SNPID:hCV931663
公開 SNPID:rs238272
SNP 染色体位置:41831855
ゲノム配列中のSNP:配列番号225
ゲノムにおけるSNP位置:97566
SNP源:dbSNP;HapMap;HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,29|C,91)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号: 58
遺伝子記号:ATXN7L1- 222255
遺伝子名:ataxin7-like 1
染色体: 7
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号234):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号1169):
ATCTTGTCTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAGAAGAGTGACTATTGTGTGAACTTTCAGAGTCCCCAGTCTTCAGAGAAAAAAAACTGGA
Y
GTGTGCAAAGAAATGATAATCAGAAAAATATTAAACTTCTTGATAAAATTTTCAATGTTACAAGTCAATGAAAAAATGTCTTCAAAATTCTGTAGGGAAA
Celera SNPID:hCV2697120
公開 SNPID:rs1615197
SNP 染色体位置:105060694
ゲノム配列中のSNP:配列番号234
ゲノムにおけるSNP位置:117361
SNP源:dbSNP;Celera; HapMap; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,46|T,68)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号: 63
遺伝子記号:BRUNOL5- 60680
遺伝子名:bruno-like5, RNA binding protein (Drosophila)
染色体: 19
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号239):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号1178):
CCCAAAGCTCCTGGGAGATGTGGCTAAATGTAGCTACTTTGGTGTATCAGTCAGCACTGCTGAGTAACAAACTACTCCAGTCATTGTATTTGTTCTCGAT
Y
CTGCAAAGCTTGGTCTGGGCTCAGCTGGACGGCTCTTCTGTTGGGCTCTCCTGGGGTCGCTCAAGCAGCTGCAGTCAGCTGAGACTTGACTGGGCTTAGC
Celera SNPID:hCV964229
公開 SNPID:rs312929
SNP 染色体位置:3224188
ゲノム配列中のSNP:配列番号239
ゲノムにおけるSNP位置:58487
SNP源:dbSNP;HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,144|C,82)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号: 65
遺伝子記号:C14orf119- 55017
遺伝子名:chromosome14 open reading frame 119
染色体: 14
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号241):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号1184):
CTCAAAGTGCTGAGATTACTTTGGAAGTGCAAGAACCACCGCGTCTGGCCCATACTAAATATTAAGGACAATTGTTTAAAGACATGGATTGTCATAAAAT
R
GTATAACACTTGTTAGATCTCTAAGCCAACAAACCAACTGGACTCTTTTTTAAGAACGTCTCAAACACCCGGGCTTCTGGTTCTTTCATGCGTTACCTTA
Celera SNPID:hCV27497025
公開 SNPID:rs3759607
SNP 染色体位置:22635983
ゲノム配列中のSNP:配列番号241
ゲノムにおけるSNP位置:11355
SNP源:dbSNP;HapMap; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(A,105|G,7)
SNP 型: UTR5;イントロン
遺伝子番号: 80
遺伝子記号:COL19A1- 1310
遺伝子名:collagen,type XIX, alpha 1
染色体: 6
OMIM 番号: 120165
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号256):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号1249):
CCCTTTATGGTCTCCACACATTGTGATGAGCACACATTCTGTCCCTATAACCTGCACCAACATTTGGGAACCAGCAATGCCTGGCCAGTGAGGGACCAGG
R
GGAGAGTCAGAACTGCTCTTTTTTTCTCAGGAGAGCAATTGGATCAATTTGTGACTTCAGCCAAATCACTCAAGACTCTAGTCTAAATTTATCTGTTTTA
Celera SNPID:hCV1292203
公開SNPID:rs9446187
SNP 染色体位置:70843187
ゲノム配列中のSNP:配列番号256
ゲノムにおけるSNP位置:220018
SNP源:dbSNP;Celera; HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,108|A,10)
SNP 型: イントロン
コンテクスト (配列番号1251):
TAACAGGTGATATGATTGTCTTCTTATCTTTATGTGTCAAAACTGACAATGACCTTTAAAATGCACGATGAGTGTTTCATAATTCTGCTCTCACTAAAAC
K
ATGACTGGTGTCCTTCCACCAGGAATTTGTATTACTAGCAAGAAAAAGTCAAAAATTACTTTAAATAATAGTTTTAACTCTGGTCGTAGGTAGAAAAAAA
Celera SNPID:hCV1292205
公開 SNPID:rs3793048
SNP 染色体位置:70841467
ゲノム配列中のSNP:配列番号256
ゲノムにおけるSNP位置:218298
SNP源:dbSNP;Celera; HapMap; ABI_Val; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,199|T,25)
SNP 型: イントロン
コンテクスト (配列番号1267):
AGAAGTTTAAGAGAGTTGAATGTGGAGAATGAGTTCTAGATTTCTGGCATGAGCATGAAGAGAGTGTGGTATGGATTTATTGATTTGGGGCATGGTGGAA
R
AGGATCCAGTTCTGGAGGGAGGATCCTGAGTTCAGCATTTGATGGGGTAAACTGTGGATGCCTGTGAGGTAGCAGTGGTTCCATCAAGCACGTCGTGGGT
Celera SNPID:hCV29325340
公開 SNPID:rs7742508
SNP 染色体位置:70834071
ゲノム配列中のSNP:配列番号256
ゲノムにおけるSNP位置:210902
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,203|A,21)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号: 84
遺伝子記号:DNAJC5B- 85479
遺伝子名:DnaJ(Hsp40) homolog, subfamily C, member 5 beta
染色体: 8
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号260):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号1284):
CAAGGAGGCATTCAGGTGGCTTCGGGGAGTGGCAGCCTGTGGGGGCGCAGCCGAGCCCCTTCCTGAGGGCTTTCCTTTGCTTCCTGGCCCACTGCGCTGT
Y
CCAGCAGAGCACTGCAGCCTCACAGACAGTAGTTCCCTTGCTGCTTTTCTGCCTCTCCCATTCCATCAGTTCCTTGAGGGCAGACACTGTGCCTGGTCTC
Celera SNPID:hCV26495319
公開 SNPID:rs13279522
SNP 染色体位置:67136806
ゲノム配列中のSNP:配列番号260
ゲノムにおけるSNP位置:50461
SNP源:dbSNP;Celera; HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,88|C,8)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号:103
遺伝子記号:FRMD4A- 55691
遺伝子名:FERMdomain containing 4A
染色体: 10
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号279):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号1362):
TGACTGTGGCCACTGGGTGTGTACTTTAGGCATCTGCTTTCCTTACTACTGAATAATGCATGCTGCTTCCTTTGATCTTTGAGAAATGGTATGGAAAGAC
R
AACCGTGACCGTCTGCAGGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGAACGTGCTCTGAGTAGGGGTGGGAAGGGCTGCCCCACTTCCTCCCACGCCGTGTT
Celera SNPID:hCV32113220
公開 SNPID:rs7910196
SNP 染色体位置:13850065
ゲノム配列中のSNP:配列番号279
ゲノムにおけるSNP位置:134347
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,29|A,197)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号:109
遺伝子記号:GRM7- 2917
遺伝子名:glutamatereceptor, metabotropic 7
染色体: 3
OMIM 番号: 604101
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号285):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号1377):
GGGAGAAAATCAAGAATCCCAATTGGGATTATTATATATGTGAGACTTCTTAAATATACTACAGCCAAAATGAAATGGGTATAGGTCTGAAGCTCAGACA
R
CAGTTGTGAATCATAATTATAAAACAATGTAAACAACCTATAAATGGTCTTTAAATTCATTACAAAGAGAGATAAGAGAA
GAGCAGAGAACCCAAGGCCT
Celera SNPID:hCV7623100
公開 SNPID:rs1450092
SNP 染色体位置:7481105
ゲノム配列中のSNP:配列番号285
ゲノムにおけるSNP位置:613178
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(A,92|G,20)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号:112
遺伝子記号:HMP19- 51617
遺伝子名:HMP19protein
染色体: 5
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号288):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号1394):
CTTCGTGGACTTTTCTTTCACCGTGCTTATCGTGGATTGCAGCCACGCACGTGTCTGTGTGATGATTCGATACCCGTCTGTCTCTCTCACTAGGCCATAG
Y
GTCGTAAGAGCACTTGGTACACTTGTCTTTAGCTTGGAGCCTTGCACATAGGAGGTCTCATTAAGCATTTGTTAATTAAATGAGTGAGTGAGTTACTGAC
Celera SNPID:hCV9454444
公開 SNPID:rs7705993
SNP 染色体位置:173552892
ゲノム配列中のSNP:配列番号288
ゲノムにおけるSNP位置:157562
SNP源:dbSNP;Celera; HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,122|C,104)
SNP 型: イントロン
コンテクスト (配列番号1396):
GCTGGACACACACCTTCTGCTGGTTGGACCTCCAAATCAGCAAGGAAGGGCCCGATCCCCTAAGGGTCCTAAGGCTGCTGTGGAGACCGCGCACTGTCTG
Y
AGAGTGAGAGATGCACCTCTTTGGCTGGGGAGCCTCTTCTTTGTTCCCCAGAATATGTGGCAAGCTGGGAGGCTGCACGGAAGCTTGTTTATGCTTCCTC
Celera SNPID:hDV70851374
公開 SNPID:rs17076974
SNP 染色体位置:173552550
ゲノム配列中のSNP:配列番号288
ゲノムにおけるSNP位置:157220
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,122|T,104)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号:121
遺伝子記号:KCNQ1- 3784
遺伝子名:potassiumvoltage-gated channel, KQT-like subfamily, member 1
染色体: 11
OMIM 番号: 607542
OMIM 情報: LongQTsyndrome-1, 192500 (3); Jervell and Lange-Nielsen
syndrome,/22
0400 (3);Atrialfibrillation, familial, 607554 (3)
ゲノム配列 (配列番号297):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号1443):
AAAGTCATTTTTGCAGTGTTTGTGTTCTATGAAGAGTGGGTAGAAGGAAGCAGGAGAGTATTCCTGCCTCCCCAGGAGAGAGCTTCACTTTCTCCCTATA
Y
CTTCCTGTCCTACCAGCCCACCTGGTTCTCTGTCTCTCTCCAACTGTGACCGTCTTTTCCTTGTAGCTCCCTGCTCACTCCATGTGGAGGATGGCTCTTG
Celera SNPID:hCV812399
公開 SNPID:rs231358
SNP 染色体位置:2659089
ゲノム配列中のSNP:配列番号297
ゲノムにおけるSNP位置:246292
SNP源: dbSNP;HapMap;ABI_Val; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,119|T,107)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号:123
遺伝子記号:KIAA1407- 57577
遺伝子名:KIAA1407
染色体: 3
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号299):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号1451):
ATGGTATAGGAACTCAATGGAGTATTATACACATCCCAGGACTCCAGGCAATGTGTTAATTACAACAAGCAGAATTACAAATTAAATGTACTTTATGGTTR
TATAATTAAGTATGGAAAGGGACCACGTCAGGAGGAACATGGAAATATGAAATTAGTTAATTTGTTAAGATGGTGGAATAGTGAGTGATTTCTCTTCTAT
Celera SNPID:hCV16071656
公開 SNPID:rs2129571
SNP 染色体位置:115236261
ゲノム配列中のSNP:配列番号299
ゲノムにおけるSNP位置:80587
SNP源:dbSNP;Celera; HapMap; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,200|A,26)
SNP 型: 転写因子結合部位;イントロン
コンテクスト (配列番号1452):
TAGCCAGATTATCCAAGTAATCTTTAGCTTAAAGAAGGGTGTGTTCCTCTCCTTACTCCTTTCATAAGTAGCCTGTAGCAAGAGGCTTTCTCATCTTACC
Y
AGATCAGGGATCTTGTTTGGCCCAATAAAAACTGAAGGTTAAAAAATCTGACTTCTACTGTTTTACAAAGCAGAAAATATAAATTTCCACCCAGATCAGT
Celera SNPID:hCV30018186
公開 SNPID:rs10155047
SNP 染色体位置:115255642
ゲノム配列中のSNP:配列番号299
ゲノムにおけるSNP位置:99968
SNP源:dbSNP;HapMap; ABI_Val
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,107|T,13)
SNP 型: イントロン
コンテクスト (配列番号1457):
TCTCAGTTATTCCCACGATCTTATAAATGCTCAATATGTGTTCCTTGTGTCCCACAGCAGACATCAATCCCATGGTCCACTACAGATCCTTTGTAGCCTA
K
CAACATGGATGGCAGAGACAGCAGTTACAATGTCATCCTTCATTTCCTCAAAACCAGTGGATACAAACATGAGCTTCTTGACATACTGCATGCTCATATA
Celera SNPID:hCV29566793
公開 SNPID:rs9859901
SNP 染色体位置:115251787
ゲノム配列中のSNP:配列番号299
ゲノムにおけるSNP位置:96113
SNP源:dbSNP;HapMap; ABI_Val
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,201|T,25)
SNP 型: イントロン
コンテクスト (配列番号1459):
TACCTATCTCACTGTAACCATGGATAAGATCTTAACTTTTAAAATAAATGACTGGTCAGTGAACATTTGTTGAGTGCCCACTGTGAGCAGAGCATCCTAC
Y
ACCATTAAACGTTACTTGTTTTCACAATTTATTTTAGGTCAACCTAGTTTTTCCAGGGCTTGGGAGCAATATGAAAAGCAAGGCTGACCTTAGAAAGAAC
Celera SNPID:hDV70694203
公開 SNPID:rs16861467
SNP 染色体位置:115235190
ゲノム配列中のSNP:配列番号299
ゲノムにおけるSNP位置:79516
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,200|C,26)
SNP 型: イントロン
コンテクスト (配列番号1460):
ATTAGTCTTTCTAATTCTGTTCTTTCATTTGTTTGGTTTTCATCAGCTCAGACAAAAATTCCATGACTAAATTTAAAATTAGTTGATGCCAATATGTGGT
K
CTGGGACCTTAGGGAAGATGTCTTATTCTCTTTATGTCTTTTCCCATTCCCCCGTTCCTGATATCTATGAAAATATTTAGACTGGAAGCAGTAATAAGCA
Celera SNPID:hDV70694208
公開 SNPID:rs16861476
SNP 染色体位置:115266573
ゲノム配列中のSNP:配列番号299
ゲノムにおけるSNP位置:110899
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,201|G,25)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号:143
遺伝子記号:MAGI1- 9223
遺伝子名:membraneassociated guanylate kinase, WW and PDZ domain containing 1
染色体: 3
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号319):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号1625):
TTCTCTATTTTCAAATGGTCAGTCATTGCTGAAGCTACACCTTGTAGCAAGAGAGTGAATGCCTCCAGACTGTCAAAGAAAGGACGCTATCCACTGCCTT
Y
CTTCTCATAATCCAGGTGCTACAGAGTCACGTGCAAGCATCCTCCAAGAATTCATTACTACAACTTGGACAGGAGGAGATAAAGGGGCTGCAAGATGTTC
Celera SNPID:hCV8800735
公開 SNPID:rs1524962
SNP 染色体位置:65559721
ゲノム配列中のSNP:配列番号319
ゲノムにおけるSNP位置:254775
SNP源:dbSNP;HapMap; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,168|T,58)
SNP 型: イントロン
コンテクスト (配列番号1628):
ACTAAATGAACAGAATTTTGTTATGCAAATACAGTTGCAAAGAAAAAGAAATATCTGCAGTATTCTGATGGGGGGGTGTCTTTTGATTTAGCTTTTTCTA
K
TACTATCAACTCTATATTTACTTTCAGCTTTAGAAACCCTTTTACCTTCAGTGCTCAGTGTCTCCCAAATTCTATTCCATGCAAGCCTAATAAGCCAACA
Celera SNPID:hCV11971733
公開 SNPID:rs1917527
SNP 染色体位置:65555538
ゲノム配列中のSNP:配列番号319
ゲノムにおけるSNP位置:250592
SNP源:dbSNP;Celera; HapMap; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,134|T,92)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号:162
遺伝子記号:PCSK2- 5126
遺伝子名:proproteinconvertase subtilisin/kexin type 2
染色体: 20
OMIM 番号: 162151
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号338):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号1753):
GGTCCCTGAATATGAATGAGAGACTTGCTCTCAGCCTGTGGCCACCCTATAATGTTAAAACAGTCAGAAGATTAATACACATCCACTCTGAGGTTCTTGC
R
CAGCACAGAGGGAGCCCATGAAGGTGATAAGAGCTGCAAAGAGGAAGAGGGTTCAAGGCACAGCTGGAAGTGCCATGCACCAGCCCTGGCAAAATCCAGG
Celera SNPID:hCV30075052
公開 SNPID:rs6075209
SNP 染色体位置:17363219
ゲノム配列中のSNP:配列番号338
ゲノムにおけるSNP位置:260467
SNP源:dbSNP;HapMap; ABI_Val
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,136|A,90)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号:194
遺伝子記号:TNS3- 64759
遺伝子名:tensin3
染色体: 7
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号370):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号1907):
CAGCCTGGCCAACTCTGATGGGCAAAGGGGCTGCCCAGAGAATGCTGAGAGGATCACCCCAACTCAGACCAGGACCATACCTGCCTCCACACCCAGAAGG
R
CACAGCAGGGCTTTTGCTTTAGAATGAAGAGCTAATGAATTGCACTGACACTGACAGAGCAGCCTTAACCTGGAGTTTATCCCACAATAATCAGATTCAT
Celera SNPID:hCV11230728
公開 SNPID:rs2941528
SNP 染色体位置:47461484
ゲノム配列中のSNP:配列番号370
ゲノムにおけるSNP位置:190207
SNP源:dbSNP;Celera; HapMap; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,171|A,53)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号:196
遺伝子記号:TUBA1C- 84790
遺伝子名:tubulin,alpha 1c
染色体: 12
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号372):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号1919):
CGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATCGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGTGAGACTCCATCTCAAAAAAACAAACAAACAAAAAAAA
M
CCTAAGCTTTAGTTATAAGCACTGACTTGGAAAATCAGGGACCTGCCTTTAGGACAAATAAACCTAGTAGCTATTTAGGGTTCTGGAACGTGAGGTTTAT
Celera SNPID:hCV26829690
公開 SNPID:rs2335451
SNP 染色体位置:47951053
ゲノム配列中のSNP:配列番号372
ゲノムにおけるSNP位置:47220
SNP源:dbSNP;Celera; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,170|A,56)
SNP 型: イントロン
コンテクスト (配列番号1920):
GGTGACGGAGACCCCTGACTCTCAAATTTAAAAACAAAATGCAGGTTCTAATTCTATAGGCTTGAGGTGAGGCTTCAGACACGTCTTAAATTTTTTTTCT
Y
TGAGATGGTCTCTTTCCCAGGCTGCAGTGCAATGGCACCATCATAGCTCACCCCCACCTTGACCTGGGCTAAGCCATCCTCCCACCTCAGCCTCCCAAGT
Celera SNPID:hCV31644603
公開 SNPID:rs10875941
SNP 染色体位置:47954188
ゲノム配列中のSNP:配列番号372
ゲノムにおけるSNP位置:50355
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,168|C,56)
SNP 型:INTERGENIC;未知
遺伝子番号:205
遺伝子記号:ZNF610- 162963
遺伝子名:zincfinger protein 610
染色体: 19
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号381):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号1963):
TTCCTAATTATGAAGGAAAAGCCTTCATTATTTCAACACTGAGTATGATGTTACCTTTTGGCTTTTTATATAAGGCTTCTGTATGTAAAGTAGATTCCTC
R
TATTCCTAATGTGTAGAGTGTTTCTATCATCAGTAGTTGTTGATGTTTTTCAAATGTTTTTTCTGCATCTGATGAGCCTATCAAGTGGGTTTTTGTTTTT
Celera SNPID:hCV26639007
公開 SNPID:rs2657940
SNP 染色体位置:57555648
ゲノム配列中のSNP:配列番号381
ゲノムにおけるSNP位置:25154
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,169|A,57)
SNP 型: ナンセンス変異;ESE;イントロン
コンテクスト (配列番号1964):
CAGTAGTTGTTGATGTTTTTCAAATGTTTTTTCTGCATCTGATGAGCCTATCAAGTGGGTTTTTGTTTTTATTCTGTTTTTGTGGAGTATTGCAGGGATC
R
ATGTTCCTAAGTTGCAACATCGTTGCATTCCAGGAGTGACTTTCACATGATCATAGTGTGTGGTCCATTTTAATATACTGCTGAACTTGCTTGCTAGCAT
Celera SNPID:hCV26639008
公開 SNPID:rs2263901
SNP 染色体位置:57555779
ゲノム配列中のSNP:配列番号381
ゲノムにおけるSNP位置:25285
SNP源: dbSNP
母集団(対立遺伝子、数):no_pop(A,-|G,-)
SNP 型: ミスセンス変異;イントロン
遺伝子番号:207
遺伝子記号:ZPLD1- 131368
遺伝子名:zonapellucida-likedomain containing 1
染色体: 3
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号383):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号1971):
GGAGTTCAAGAAGGTTTTTGTTCTATTTGGACACTTGCTTTTTTCTGACATCAGCTGAAATCTCAATGACTTCACAACCTTCCCTCCCTCCCCTACTCAT
Y
AACCTGGGTGCCAATTGATTCCAAGTCCTCTGAAGAATTCTGTCGTCTTTCTTTGCCTTCTTTTAGATTTTTTTCCTTACCCTCTCTCTAATGTTTGTGT
Celera SNPID:hCV29281430
公開 SNPID:rs7625204
SNP 染色体位置:103541577
ゲノム配列中のSNP:配列番号383
ゲノムにおけるSNP位置:84972
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,180|T,46)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号:211
遺伝子記号:hCG1660466
遺伝子名:
染色体: 6
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号387):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号2079):
GGGGGGATAACTTAAGGTCACTAGAACCCAAATGCAGGGAAGAGTTGGGTGCTCTTTGGCAAATAAACATTCCTGACTTAGCATTTTTCTTAAACCCGAA
Y
GTGCCAGCTGTTTTTTTGTTTTTTTGTTTTTTTGTTTTGTGACCTCAGCCAGGCTTGCGTGTTTATTCATCACATATTCTAAGCTCATATACAACTGTGA
Celera SNPID:hDV71966205
公開 SNPID:rs7751843
SNP 染色体位置:22309573
ゲノム配列中のSNP:配列番号387
ゲノムにおけるSNP位置:544929
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,209|T,17)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号:226
遺伝子記号:hCG2038106
遺伝子名:
染色体: 12
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号402):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号2167):
CGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATCGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGTGAGACTCCATCTCAAAAAAACAAACAAACAAAAAAAA
M
CCTAAGCTTTAGTTATAAGCACTGACTTGGAAAATCAGGGACCTGCCTTTAGGACAAATAAACCTAGTAGCTATTTAGGGTTCTGGAACGTGAGGTTTAT
Celera SNPID:hCV26829690
公開 SNPID:rs2335451
SNP 染色体位置:47951053
ゲノム配列中のSNP:配列番号402
ゲノムにおけるSNP位置:1950
SNP源:dbSNP;Celera; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,170|A,56)
SNP 型: イントロン
コンテクスト (配列番号2168):
GGTGACGGAGACCCCTGACTCTCAAATTTAAAAACAAAATGCAGGTTCTAATTCTATAGGCTTGAGGTGAGGCTTCAGACACGTCTTAAATTTTTTTTCT
Y
TGAGATGGTCTCTTTCCCAGGCTGCAGTGCAATGGCACCATCATAGCTCACCCCCACCTTGACCTGGGCTAAGCCATCCTCCCACCTCAGCCTCCCAAGT
Celera SNPID:hCV31644603
公開 SNPID:rs10875941
SNP 染色体位置:47954188
ゲノム配列中のSNP:配列番号402
ゲノムにおけるSNP位置:5085
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,168|C,56)
SNP 型:INTERGENIC;未知
遺伝子番号:228
遺伝子記号:hCG2038213
遺伝子名:
染色体: 12
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号404):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号2181):
TTTTCTGTTTAGGAGAGAAGAAAAAATTGAATCTGTCTGTATAGCACCCACTGAGTTTCTCACTGTATTGATCAATCTGTCTGCATGGATGGAAACCTAA
Y
CATGCATTAAATTTCAATCCCATCACCCTGCCTTTGACCTAAGAAATGTGCTACTAAGGTAGAAGAGAGAAAAGCTACAGAATCAGATGGTGTGTCTCTT
Celera SNPID:hCV15917685
公開 SNPID:rs2656824
SNP 染色体位置:126381039
ゲノム配列中のSNP:配列番号404
ゲノムにおけるSNP位置:16385
SNP源:dbSNP;HapMap; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,163|T,63)
SNP 型: イントロン
コンテクスト (配列番号2184):
AAACCTAACCATGCATTAAATTTCAATCCCATCACCCTGCCTTTGACCTAAGAAATGTGCTACTAAGGTAGAAGAGAGAAAAGCTACAGAATCAGATGGT
R
TGTCTCTTACAAATATACTAAAAAAGCAGACTTTCTAATTTAGGAAAAGGGAAAAAAGTATCTATGTGGCCTAAAAAGTTGATAATTAGTTGGTCATCAG
Celera SNPID:hCV16048710
公開 SNPID:rs2593270
SNP 染色体位置:126381131
ゲノム配列中のSNP:配列番号404
ゲノムにおけるSNP位置:16477
SNP源:dbSNP;HapMap; ABI_Val; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,162|A,64)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号:231
遺伝子記号:hCG2040078
遺伝子名:
染色体: 18
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号407):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号2204):
GCCCTCCTCTGGAAAACCTCCCTGTCCCCGTGGGTTGGGGCCTCTTGCCTGTGCCTCCTCCATGTTCTGAAGCTCTGCTTATGTCACTGGGATTGCTTGT
Y
TTAGGTGCCTCTTTCTCCTATTAGAACTGGAGACATCGGAGGGCAGGAATGGCCGTGCATCTCTAGCTCTGGTTATAGTGCCTGTCATATAGCACTGTTC
Celera SNPID:hCV1726983
公開SNPID:rs3861810
SNP 染色体位置:43118120
ゲノム配列中のSNP:配列番号407
ゲノムにおけるSNP位置:82723
SNP源:dbSNP;Celera; HapMap; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,50|T,176)
SNP 型: イントロン
コンテクスト (配列番号2215):
TTAATAAATTACTCAACCTCAGGTATTTCTTTGTAGCAGTTTGAGAACAGACTAATACAGCAACATTGTACTAAGGAAGAGTCCAGCTCAGAAGAAAGTT
Y
CTAAGATTTTCCTTTTCCTTTTCTCTTCTGTGCAATCAGAGAATGCACTGAAAGGTCACTCCTCAGATAAGTAGCACATTACGGAGGTCAGCGTGGCTGG
Celera SNPID:hCV11962771
公開 SNPID:rs2060411
SNP 染色体位置:43172562
ゲノム配列中のSNP:配列番号407
ゲノムにおけるSNP位置:137165
SNP源:dbSNP;HapMap; ABI_Val; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,49|C,173)
SNP 型: 転写因子結合部位;イントロン
コンテクスト (配列番号2216):
TTTTGGTGGATACACACTTGCATATAAGCACCATGTTCTCTGCCAATACACAGAACATCAAAATACAAATAAGGTTGTTCTTTTTTTTTCCCTGTAAATT
Y
GGTGAAGTTGGGGCTAGATCTGTCTACTTCATCTGGTATTCCCAGGACCTAATACATAGTAGGTCCTTAAAAAGTATTTGTTGAATGAATAAATGTATGG
Celera SNPID:hCV15936104
公開 SNPID:rs2196180
SNP 染色体位置:43115260
ゲノム配列中のSNP:配列番号407
ゲノムにおけるSNP位置:79863
SNP源:dbSNP;HapMap; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,24|C,96)
SNP 型: イントロン
コンテクスト (配列番号2218):
GCTTTGATTTTCGTTTGTTTCAGGAAATTGTTGATTTTCTTTCTAATTTTTTTTGACTCAATTCAGGAGCCTGCTGTTTAATTTCCATGTATCTTGTACC
R
TTTCCAGAGTTCCTCTCATTATTGTTTTCTAATTTTATTCCACTGTGGTCTGAGAAGATACTTAATATGATTTTGATTTTTAATTATTTGTTCGGATTTG
Celera SNPID:hCV26581962
公開 SNPID:rs1594887
SNP 染色体位置:43146367
ゲノム配列中のSNP:配列番号407
ゲノムにおけるSNP位置:110970
SNP源:dbSNP;HapMap; ABI_Val; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,50|A,176)
SNP 型: イントロン
コンテクスト (配列番号2232):
TTTGCAAAGATAAAGGCAGGATAGAAATGCGGGCCTTTTTTAAACAAAAAACCAGGAATCCCTGATTCCACTTTATGCCAGAGAAAATGGCAGAGAATGG
K
TGTGTAAGTGTGAGTGTGTGTGCGTGTGAATAATCACTTCTCCCTAAGGAATAAGAAACTCTTCCACCAAATTGATACACAGTAAGAAACTCTATACCTG
Celera SNPID:hCV30298710
公開 SNPID:rs9807521
SNP 染色体位置:43189744
ゲノム配列中のSNP:配列番号407
ゲノムにおけるSNP位置:154347
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,49|G,177)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号:236
遺伝子記号:Chr1:61484355..61550065
遺伝子名:
染色体: 1
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号412):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号2249):
AGGATGACTTCATGGCCCTGGAATTTTGAAAAGCCAGGATTCTCAGTACACTGTGGCCAGCCTTAGAGTCTTTGGGTGTGAAAACCACTCTCAGTTACCC
R
GACTGATTTTTGGTTCCTGTTGCAGTGCTGCAGAATCTATTAAAATCCGGCAGCTGAATTGTCCTGGCTCTGCCACAAAGCTCAGCTGCCGGGTCCACTA
Celera SNPID:hCV11281901
公開 SNPID:rs7521242
SNP 染色体位置:61576477
ゲノム配列中のSNP:配列番号412
ゲノムにおけるSNP位置:92122
SNP源:dbSNP;Celera; HapMap; ABI_Val
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,113|A,113)
SNP 型:TFBSSYNONYMOUS;イントロン
コンテクスト (配列番号2251):
ATTCAGTTATCTCCACCTGGTCCCACCCTTGACATGTGGAAATTACAATTCAAGGTGAGATTTGGGTGGGGACACAGAGCCAAACCATATCAGTTGCCTT
R
TGATTGTTCCCAGGTCCACAGTGATCTTATCACTTCCCTATTCAGAAACTGTCCTGGATCCCACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGT
CeleraSNPID:hCV30632090
公開 SNPID:rs9436636
SNP 染色体位置:61585361
ゲノム配列中のSNP:配列番号412
ゲノムにおけるSNP位置:101006
SNP源: dbSNP
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,141|A,85)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号:256
遺伝子記号:Chr11:11184418..11224418
遺伝子名:
染色体: 11
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号432):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号2451):
GGCTCAGGGCAAGGGCGTGTGCTCTGGCGTGAGACAAATCTTGGTTCTTGGCTCCAACACTCACTCCCATTTCTGAGTCTTGGTTTCCTCAGCTGTAAAA
Y
GGGTTTGGATGATGATGCTTTTCTCAAGGTTGGTGCATATGTGCACAAGGCCCAGGGCATGAAGGATGGCATAGGGGTTTCTTGCCCGTTCCCTTCCTTT
Celera SNPID:hDV70941876
公開 SNPID:rs17347854
SNP 染色体位置:11204418
ゲノム配列中のSNP:配列番号432
ゲノムにおけるSNP位置:20000
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,188|C,34)
SNP 型:INTERGENIC;未知
遺伝子番号:262
遺伝子記号:Chr11:79023970..79063970
遺伝子名:
染色体: 11
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号438):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号2459):
TCATCCATCCGTCTACCCACCCACTCACTCCTCCCTTTCCCCACTGACCCATCCACTTGTCCAGTCAACCAGTCTCTACAGGCAGGCTCATTTCTAGCCA
YGAAGTATACAGAGATGAATGAGGAAATACAGACACATGAACAAGCCAATTAGGATACACTATATCTACAGCAATAGAGACATGAGGGAGCTGCTGAGAAA
Celera SNPID:hDV70895292
公開 SNPID:rs17138705
SNP 染色体位置:79043970
ゲノム配列中のSNP:配列番号438
ゲノムにおけるSNP位置:20000
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,191|T,35)
SNP 型:INTERGENIC;未知
遺伝子番号:264
遺伝子記号:Chr11:95086868..95138616
遺伝子名:
染色体: 11
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号440):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号2463):
TTGAACATGCAAAGTGGAACCCACAGGCAATGATCTCAGTATATATTTTGACTCATCATCCAAAGAAATCAGAGATGAAAGCAACATCTAATGGCTGAGA
R
TACATAAATAGCCATTTCCACTCACTTTCAATTACCCTGCAGAGGAATCTGGTCACAGATGAGCTCAGTAAATTCACAATATGTTATCCTCAATAGCTAA
Celera SNPID:hCV1725942
公開 SNPID:rs1016030
SNP 染色体位置:95112341
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ゲノムにおけるSNP位置:25473
SNP源:Celera;HGBASE;dbSNP
母集団(対立遺伝子、数):no_pop(A,-|G,-)
SNP 型:INTERGENIC;未知
コンテクスト (配列番号2467):
TTTTTTTAAAAAATCTCTGCTGTGCATTAATAAGTCAACATTGCCTAGAACAGTGCCTGACACTTAAGTAGAAAGTCATAAATAATTGCTAAATGGAAGG
R
AAGAAGGAAAAAAGGAAGAAAGGAAGGAAGGAAGGGAGGGAGGGAGGGAAGGAGGGAAGGAGGGAAGGAGGGAGGGAGGGAGGGGCCAAGAGGCAATGAA
Celera SNPID:hCV26226969
公開 SNPID:rs10831415
SNP 染色体位置:95105807
ゲノム配列中のSNP:配列番号440
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SNP源:dbSNP;Celera; HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(A,75|G,43)
SNP 型:INTERGENIC;未知
遺伝子番号:275
遺伝子記号:Chr12:99272958..99323627
遺伝子名:
染色体: 12
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号451):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号2536):
GCCCACAGCTCCTTCTTTCAGGGCTTTCCCTTTGATCGTTACTTTCCCCTTCTTTCTCCCCATCTCCCATACTGTATGTCTTCCCTCTGGAAAGTCTCGG
R
ATGTCTAAGATGACACTGTGCACACAGAGGGTGCTTGTGTTGGTTCAGGTCTTCCAAGAAAGCAGATACCAAGACAGGACTCGGCACATACGAGATATGG
Celera SNPID:hCV30866402
公開 SNPID:rs10778050
SNP 染色体位置:99292958
ゲノム配列中のSNP:配列番号451
ゲノムにおけるSNP位置:20000
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,128|A,98)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号:283
遺伝子記号:Chr13:49182057..49202057
遺伝子名:
染色体: 13
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号459):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号2601):
CTGAGGAAAGAAAATAAACAATACTTAACATTAGTTAATTAATATGTCTGTAAAAATGAACAACTTTGACATAAAAAGCGGTAAATATGGTTTGTAGGGC
R
AGAAAGACAATGTTAAATTTGTCTGAATATCTTTTAGGAAAATGAAAACCTGATAAATTCAATCTAAAAAAACCAAAAACATATCTCAAATGTTAAACTG
Celera SNPID:hCV16179979
公開 SNPID:rs2273816
SNP 染色体位置:49192057
ゲノム配列中のSNP:配列番号459
ゲノムにおけるSNP位置:10000
SNP源:dbSNP;HapMap;ABI_Val; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,180|A,42)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号:330
遺伝子記号:Chr19:34259070..34279070
遺伝子名:
染色体: 19
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号506):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号2875):
GTGGCTCCAGCCTGGCTCCTGGGATGGTGGCAGCCCCAGGGGACTGCCTCATTCTGCCACCTGCCCATTCCCTGGCTCTCCTTCACCTTTGTCCCTCACC
R
GCAGCAGAAGCACAGATGGCTGTTCCGTCATCCAGCACGTGCTGCGGTGCATGTCACAGGGCAAGGTGCTGAGCAGCTGTCTGGTCCCCAACACCTGGTG
Celera SNPID:hDV70994774
公開 SNPID:rs17716275
SNP 染色体位置:34269070
ゲノム配列中のSNP:配列番号506
ゲノムにおけるSNP位置:10000
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,209|A,15)
SNP 型:INTERGENIC;未知
遺伝子番号:348
遺伝子記号:Chr2:199377355..199397355
遺伝子名:
染色体: 2
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号524):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号2931):
CAACAACAATAATAAAACCTCACAAAGCTTCTACAAAGAAACAGTAATAATAATAATAATAATAATAATAGCACCAGAAATACCCAACTTTGATAAGCAG
K
CATGTTTTAGTCCTCAGTTTTTCTTCTCCTTGCAATTTCTCAAAAGATAATGCCCAGAAATTTAGGCTTCTTGTCAGGGTCCTGCCCCCAGTGAAAAATA
Celera SNPID:hCV29826974
公開 SNPID:rs10189905
SNP 染色体位置:199387355
ゲノム配列中のSNP:配列番号524
ゲノムにおけるSNP位置:10000
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,204|G,22)
SNP 型:INTERGENIC;未知
遺伝子番号:364
遺伝子記号:Chr3:22603305..22758388
遺伝子名:
染色体: 3
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号540):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号3011):
TTTCCCCTGTGGCCTCCCTCTGGGTAGAAAAGACTTCTCAATTCTATTGACTTTGAACTTGCCCATGTGATTTCATTTGGCTAACGAACTGTAAGTGGAT
R
TGGCTTGAACAGAGGTCTTAAATGTGCTTGCATGTATTGCTTTGGCCTCTAGAGGTACGGAATTTTATGAGTTCAGAATGAAACTGTCATGTTTCCAGAA
Celera SNPID:hCV1306684
公開 SNPID:rs1349282
SNP 染色体位置:22623095
ゲノム配列中のSNP:配列番号540
ゲノムにおけるSNP位置:19790
SNP源:dbSNP;Celera; HapMap; ABI_Val; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,139|A,87)
SNP 型:INTERGENIC;未知
遺伝子番号:370
遺伝子記号:Chr3:103478086..103591808
遺伝子名:
染色体: 3
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号546):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号3153):
GGAGTTCAAGAAGGTTTTTGTTCTATTTGGACACTTGCTTTTTTCTGACATCAGCTGAAATCTCAATGACTTCACAACCTTCCCTCCCTCCCCTACTCAT
Y
AACCTGGGTGCCAATTGATTCCAAGTCCTCTGAAGAATTCTGTCGTCTTTCTTTGCCTTCTTTTAGATTTTTTTCCTTACCCTCTCTCTAATGTTTGTGT
Celera SNPID:hCV29281430
公開SNPID:rs7625204
SNP 染色体位置:103541577
ゲノム配列中のSNP:配列番号546
ゲノムにおけるSNP位置:63491
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,180|T,46)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号:376
遺伝子記号:Chr4:11054073..11132702
遺伝子名:
染色体: 4
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号552):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号3235):
GACTTTTAACTGAAATACACTGTTTTTTTACCCCCTGAATCTTAGTTACCCATTTGTGAAATAAATATGACATCTACTCATGAGACCCTTGTCGAGTCCA
R
TTATATTTATATAAAGGGAAGGCACTCCTCTTTCCATGGTGAGACCCGGGATGTCTGGGTGCTTTCAATCTCCCAAGCCACTCCTCCCAAAACCTCAGTT
Celera SNPID:hCV2976996
公開 SNPID:rs13137776
SNP 染色体位置:11074073
ゲノム配列中のSNP:配列番号552
ゲノムにおけるSNP位置:20000
SNP源:dbSNP;Celera; HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(A,78|G,40)
SNP 型:INTERGENIC;未知
遺伝子番号:379
遺伝子記号:Chr4:34014410..34054410
遺伝子名:
染色体: 4
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号555):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号3252):
CCACAACACACAGTGGTTTAAAACAACAGACCTTTATTCTCTAACACTTTAGAGGCCAGAAGTCCAAGATGGAAATAATGGCAAAATTGCTTCTTTCTTG
R
GGGCTCAGTAAGATAACTTATCTCATGCCTCTCTCCCCATTTCCCATCATTTCTAATCATCCTTGGCATTTCATGGTGTGTGACAGCATGACTCCGATCT
Celera SNPID:hCV31280218
公開 SNPID:rs7671659
SNP 染色体位置:34029943
ゲノム配列中のSNP:配列番号555
ゲノムにおけるSNP位置:15533
SNP源: dbSNP
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,182|A,44)
SNP 型:INTERGENIC;未知
遺伝子番号:395
遺伝子記号:Chr5:34270064..34332672
遺伝子名:
染色体: 5
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号571):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号3308):
TTAATATTGTAACAGCAAATATGTGGAGGGGCTTCACTAAATGAATACAGGTGGACCTTGTCCCAGAACTGAATGATTGTTTTAATACGTGAGTTTGTGG
M
GATGAACTGAGAATGTAGGAATCCTATTCTTTTTTGCCGAACCTGCTCGATTGCTGGAGACACACTCTCTGTGTCTCAAAAGCTATTACAGTCTCTGCCT
Celera SNPID:hDV76979406
公開 SNPID:rs4242084
SNP 染色体位置:34295117
ゲノム配列中のSNP:配列番号571
ゲノムにおけるSNP位置:25053
SNP源: CDX;dbSNP
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(A,6|C,110)
SNP 型:INTERGENIC;未知
コンテクスト (配列番号3310):
CATCACAGTAATCTCAAGAGGAATAGGAAAAACATGAAAGAAAAAAGGAATAAGCCACTGATACAGTGGGCTTAAGCTTTGATGTGCAATGTGGAATGCT
Y
ACTGTGATATTTATTCTCTGTCCCAATGAACTGGGAAATGGGGATGGAGTCCATAAATCTACGTGGTTTTAAACCACCTCAAAGGTGAGAGATAATTTAA
Celera SNPID:hDV77026147
公開 SNPID:rs4626316
SNP 染色体位置:34314183
ゲノム配列中のSNP:配列番号571
ゲノムにおけるSNP位置:44119
SNP源: CDX;dbSNP
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,4|C,222)
SNP 型:INTERGENIC;未知
遺伝子番号:401
遺伝子記号:Chr5:134501880..134541880
遺伝子名:
染色体: 5
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号577):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号3398):
AAAGGACTGAATTTCTATCCGGGTGGGAAAGAAAGATAAAGCTCTGTCAACTGAGGCATCTTATGGTGGACCTACCACTGCTACTTCCACGTCATCTATA
Y
CAGCCCTGGGTACTCTTGACCACTTCACCTGTGTAGATCCTCATCTTGGCCTCATTGGTTGTTCTGTCCCAGGGAAGAAATGTTGACTTAAAAAATAGGC
Celera SNPID:hCV3199616
公開 SNPID:rs12659030
SNP 染色体位置:134518247
ゲノム配列中のSNP:配列番号577
ゲノムにおけるSNP位置:16367
SNP源:dbSNP;Celera; HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,87|T,33)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号:405
遺伝子記号:Chr5:173532226..173587869
遺伝子名:
染色体: 5
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号581):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号3423):
CTTCGTGGACTTTTCTTTCACCGTGCTTATCGTGGATTGCAGCCACGCACGTGTCTGTGTGATGATTCGATACCCGTCTGTCTCTCTCACTAGGCCATAG
Y
GTCGTAAGAGCACTTGGTACACTTGTCTTTAGCTTGGAGCCTTGCACATAGGAGGTCTCATTAAGCATTTGTTAATTAAATGAGTGAGTGAGTTACTGAC
Celera SNPID:hCV9454444
公開 SNPID:rs7705993
SNP 染色体位置:173552892
ゲノム配列中のSNP:配列番号581
ゲノムにおけるSNP位置:20666
SNP源:dbSNP;Celera; HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,122|C,104)
SNP 型: イントロン
コンテクスト (配列番号3425):
GCTGGACACACACCTTCTGCTGGTTGGACCTCCAAATCAGCAAGGAAGGGCCCGATCCCCTAAGGGTCCTAAGGCTGCTGTGGAGACCGCGCACTGTCTG
Y
AGAGTGAGAGATGCACCTCTTTGGCTGGGGAGCCTCTTCTTTGTTCCCCAGAATATGTGGCAAGCTGGGAGGCTGCACGGAAGCTTGTTTATGCTTCCTC
Celera SNPID:hDV70851374
公開 SNPID:rs17076974
SNP 染色体位置:173552550
ゲノム配列中のSNP:配列番号581
ゲノムにおけるSNP位置:20324
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,122|T,104)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号:407
遺伝子記号:Chr6:16041934..16126347
遺伝子名:
染色体: 6
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号583):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号3433):
AGTCATTTCTGCCATCAGAAAACATACAGGCTCAAGACAAACACTCAATTCAGGACAAAACAAAGAATGCCCCATATTTGGTACTCCTGAGTTAAGAGCA
Y
GAGAAATTTGAATTTGCTACAGAATTGTATATCATCTAGCTTATTAAAAAACACTGGGCTTTACATCTATCTGAATGAAACAGTAAAAGGAAGATGCTAT
Celera SNPID:hCV132726
公開 SNPID:rs1544214
SNP 染色体位置:16098895
ゲノム配列中のSNP:配列番号583
ゲノムにおけるSNP位置:56961
SNP源:dbSNP;Celera; HapMap; ABI_Val; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,131|T,93)
SNP 型:INTERGENIC;未知
遺伝子番号:413
遺伝子記号:Chr6:110392597..110481257
遺伝子名:
染色体: 6
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号589):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号3468):
TAAAAAATGGCTAAAGATGATGTCATGTGTATGTCATTGGTGAACTTGACAAGAAAAGCTTCAGGAGAGAGAGAGAAAAAAAAAGCCTGACTGTAGAAGA
Y
ACAAGAGAAAATATATGAGCAATCTAGTCTCCAGCAACTCGCAACAGAACGGTGACCTTTTCAACACTATAAAACACACTACATTTTATAGATGTAGAGT
Celera SNPID:hCV364260
公開 SNPID:rs2505039
SNP 染色体位置:110412597
ゲノム配列中のSNP:配列番号589
ゲノムにおけるSNP位置:20000
SNP源:dbSNP;Celera; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,137|T,89)
SNP 型:INTERGENIC;未知
遺伝子番号:414
遺伝子記号:Chr6:130285284..130325284
遺伝子名:
染色体: 6
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号590):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号3495):
AGGTCTCCTCTGAACTGTGTTGCTTTGCTTCCCCAAGTAGTCCCTTCTCCAAAGCAAGACCTAATTGTGTGCTATATAAAGTCGGCAGGGCATTCTGACC
R
CCAAGTTCCATTCTGAGCAGGAAGAAGTCAGGCAGGCTGGTGACCTCCCCTGTCCAGTTACCAAAATCGAGAGGGCTTTAATCTGGGGTGTAGCCCATTG
Celera SNPID:hCV7422169
公開 SNPID:rs1538185
SNP 染色体位置:130309446
ゲノム配列中のSNP:配列番号590
ゲノムにおけるSNP位置:24162
SNP源:dbSNP;Celera; HapMap; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(G,185|A,39)
SNP 型:INTERGENIC;未知
コンテクスト (配列番号3500):
TCCAACCTTTACTGAGCACCTACTGTATGCTTTAGCATGTTGTCCCCATCATTTTGGAGAGGACATAGTCAATCTAGTACATGGTACAATCTTTTTTCCT
YCCACTCAGCAACAGCAAAATACATCTGGCTCCCGAAACAGTATGGTTTTCCCTCAGATATTTTTCTAAATCACATTGATTTGAATTAAATAGTTCAGAAA
Celera SNPID:hCV29948033
公開 SNPID:rs9375683
SNP 染色体位置:130305284
ゲノム配列中のSNP:配列番号590
ゲノムにおけるSNP位置:20000
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,178|C,44)
SNP 型:INTERGENIC;未知
遺伝子番号:421
遺伝子記号:Chr7:105040694..105080694
遺伝子名:
染色体: 7
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号597):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号3530):
ATCTTGTCTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAGAAGAGTGACTATTGTGTGAACTTTCAGAGTCCCCAGTCTTCAGAGAAAAAAAACTGGA
Y
GTGTGCAAAGAAATGATAATCAGAAAAATATTAAACTTCTTGATAAAATTTTCAATGTTACAAGTCAATGAAAAAATGTCTTCAAAATTCTGTAGGGAAA
Celera SNPID:hCV2697120
公開 SNPID:rs1615197
SNP 染色体位置:105060694
ゲノム配列中のSNP:配列番号597
ゲノムにおけるSNP位置:20000
SNP源: dbSNP;Celera;HapMap; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,46|T,68)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号:426
遺伝子記号:Chr8:58845796..58885796
遺伝子名:
染色体: 8
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号602):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号3565):
ATGTACATTGTCTGTGTGATGGTTATACTAAAAGCCCAGATTTCACCACTATTCAATATAATCATGTAACAAAACCTCAGTTGCACACCATAAATTTATA
Y
GAAAAAAAGCATGCTGTCCAAAGCAATCTACAGATGCAATGCAATTCCTATAAAAACACCAATGTCATTTTTGACAGAATTAAGAAAAACAATTCTAAAA
Celera SNPID:hCV31779530
公開 SNPID:rs12155847
SNP 染色体位置:58865083
ゲノム配列中のSNP:配列番号602
ゲノムにおけるSNP位置:19287
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(C,81|T,145)
SNP 型: イントロン
遺伝子番号:445
遺伝子記号:Chr9:117548554..117618930
遺伝子名:
染色体: 9
OMIM 番号:
OMIM 情報:
ゲノム配列 (配列番号621):
SNP 情報
コンテクスト (配列番号3653):
AGGGTTCAATAATTATGTAATCATTGCTCCCATAGGTATCCCCATTATATTTTTCAACAATTCCAATAATCAAAATGCCAGTCCTAATATTCAGTGCCAC
Y
TGCCTTGCTACAATTCTGGTCCTCTTCCATACTAATCTTCCCTCTATACAGATGATAGCCCTTCAAGAATTGAAAATGCTGATTATTTCTGTCCCTCTGT
Celera SNPID:hCV2436415
公開 SNPID:rs2418412
SNP 染色体位置:117580889
ゲノム配列中のSNP:配列番号621
ゲノムにおけるSNP位置:32335
SNP源:dbSNP;Celera; HapMap; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,129|C,97)
SNP 型:INTERGENIC;未知
コンテクスト (配列番号3656):
TAATAATTTTCAGGGAACAGACAAAAAGAGTTCATATAAAAATATTGAGATTTATGATGTTATCACTGCTCTCAACACAACATCAGACACCAGAAGAAAA
Y
AGAGTGGTCTTTAACATTGTAAAAAGAAAGTATTTCTAACAACTAATTTCTAGACTGTCATTCAAATTTAAAGATAAAATAAGGAAAAGATTAAAATATG
Celera SNPID:hCV16141210
公開 SNPID:rs2157673
SNP 染色体位置:117598930
ゲノム配列中のSNP:配列番号621
ゲノムにおけるSNP位置:50376
SNP源:dbSNP;Celera;HapMap; HGBASE
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(T,156|C,68)
SNP 型:INTERGENIC;未知
コンテクスト (配列番号3657):
GCAAGAAGGAAGGAACTTGGAGTGGGAAAGAAAGATGGATAGAGGGGCCAGTCTGGGAGCATAACTGAAATGCAGACAGGTGATTAACCAACACTGAAAA
R
CTCTGGAAGTTTCTAAAGGAAGTGGGGCTATTCTGTCTAAGAAAACTGAGGGTAGAAAATAAAGGGAAATATCCTAAATCAAAAGATTGCTTCAGGTTGG
Celera SNPID:hCV29744545
公開 SNPID:rs10429616
SNP 染色体位置:117558554
ゲノム配列中のSNP:配列番号621
ゲノムにおけるSNP位置:10000
SNP源:dbSNP;HapMap
母集団(対立遺伝子、数):白人人種(A,126|G,100)
SNP 型:INTERGENIC;未知
Claims (31)
- 配列番号908もしくはその相補体の101位によって表される多型における対立遺伝子の存在もしくは非存在を、ヒトの冠動脈性心疾患(CHD)への危険性が、HMG-CoAレダクターゼインヒビターでの処置によって低下するかどうかの指標とする方法であって、該方法は、該ヒト由来の核酸を、該対立遺伝子の存在もしくは非存在について試験する工程を包含し、ここで配列番号908の101位におけるGの存在、または、その相補体の101位におけるCの存在は、該ヒトのCHDへの危険性が、該HMG-CoAレダクターゼインヒビターでの処置によって低下することの指標となる、方法。
- 前記対立遺伝子の存在は、HMG-CoAレダクターゼインヒビターによるCHDへの前記危険性の低下と相関付けられる、請求項1に記載の方法。
- 前記相関付けは、コンピューターソフトウェアによって行われる、請求項2に記載の方法。
- 前記HMG-CoAレダクターゼインヒビターは、親水性スタチンである、請求項1に記載の方法。
- 前記HMG-CoAレダクターゼインヒビターは、疎水性スタチンである、請求項1に記載の方法。
- 前記HMG-CoAレダクターゼインヒビターは、アトルバスタチン、ロスバスタチン、プラバスタチン、シンバスタチン、フルバスタチン、およびロバスタチン、もしくはこれらの任意の組み合わせからなる群より選択される、請求項1に記載の方法。
- 前記HMG-CoAレダクターゼインヒビターは、少なくとも1種のさらなる治療剤と組み合わせたHMG-CoAレダクターゼインヒビターを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記HMG-CoAレダクターゼインヒビターは、
エゼチミブと組み合わせたシンバスタチン;
ナイアシンと組み合わせたロバスタチン;
ベシル酸アムロジピンと組み合わせたアトルバスタチン;および
ナイアシンと組み合わせたシンバスタチン
からなる群より選択される、請求項7に記載の方法。 - 前記核酸は、前記ヒトに由来する生物学的サンプル由来の核酸抽出物である、請求項1に記載の方法。
- 前記生物学的サンプルは、血液、唾液、もしくは口腔細胞である、請求項9に記載の方法。
- 前記試験する工程の前に、前記生物学的サンプル由来の前記核酸抽出物が調製される、請求項9に記載の方法。
- 前記調製の前に、前記ヒトに由来する前記生物学的サンプルが得られる、請求項11に記載の方法。
- 前記試験する工程は、核酸増幅を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記核酸増幅は、ポリメラーゼ連鎖反応によって行われる、請求項13に記載の方法。
- 前記試験する工程は、配列決定、5’ヌクレアーゼ消化、分子ビーコンアッセイ、オリゴヌクレオチド連結アッセイ、一本鎖高次構造多型分析、もしくは変性勾配ゲル電気泳動(DGGE)を使用して行われる、請求項1に記載の方法。
- 前記試験する工程は、対立遺伝子特異的方法を使用して行われる、請求項1に記載の方法。
- 前記対立遺伝子特異的方法は、対立遺伝子特異的プローブハイブリダイゼーション、対立遺伝子特異的プライマー伸長、もしくは対立遺伝子特異的増幅である、請求項16に記載の方法。
- 自動化方法である、請求項1に記載の方法。
- 前記ヒトは、前記Gまたは前記Cに関してホモ接合性である、請求項1に記載の方法。
- 前記ヒトは、前記Gまたは前記Cに関してヘテロ接合性である、請求項1に記載の方法。
- 前記CHDは、心筋梗塞(MI)である、請求項1に記載の方法。
- 前記ヒトは、前記試験する工程の前に、CHDを有しない、請求項1に記載の方法。
- 前記ヒトは、前記試験する工程の前に、CHDを有している、請求項1に記載の方法。
- 前記対立遺伝子を有する前記ヒトは、HMG-CoAレダクターゼインヒビターの投与のために適切である、請求項1に記載の方法。
- 前記対立遺伝子を有しない前記ヒトは、HMG-CoAレダクターゼインヒビターでない治療剤の投与のために適切であり、ここで該治療剤は、ナイアシン、フィブラート、およびエゼチミブからなる群より選択される、請求項1に記載の方法。
- 配列番号908もしくはその相補体の101位によって表される多型における対立遺伝子の存在もしくは非存在を、ヒトの冠動脈性心疾患(CHD)への危険性が、HMG-CoAレダクターゼインヒビターでの処置によって低下するかの指標とする方法であって、該方法は、
該ヒトに由来する核酸を、該対立遺伝子の存在もしくは非存在について試験する工程を包含し、
ここで、配列番号908の101位におけるGの存在、または、その相補体の101位におけるCの存在は、該ヒトがCHDへの増大した危険性を有することの指標となり、
該対立遺伝子の存在が、HMG-CoAレダクターゼインヒビターによる、CHDへの該増大した危険性の低下と相関付けられる、方法。 - 配列番号908もしくはその相補体の101位によって表される多型における対立遺伝子の存在もしくは非存在を、ヒトが、冠動脈性心疾患(CHD)への増大した危険性を有するかどうかの指標とする方法であって、該方法は、該ヒトに由来する核酸を、該対立遺伝子の存在もしくは非存在について試験する工程を包含し、ここで配列番号908の101位におけるGの存在、または、その相補体の101位におけるCの存在は、該ヒトがCHDへの増大した危険性を有することの指標となる、方法。
- CHDへの前記増大した危険性を有する前記ヒトは、HMG-CoAレダクターゼインヒビターの投与のために適切である、請求項27に記載の方法。
- 請求項1に記載の方法を行うための検出試薬であって、該検出試薬は、対立遺伝子特異的プローブもしくは対立遺伝子特異的プライマーである、検出試薬。
- 試験キットであって、該試験キットは、
請求項29に記載の検出試薬および1種以上の成分を含む1個以上の容器、ならびに
前記対立遺伝子の存在が、CHDに対する前記危険性が前記HMG-CoAレダクターゼインヒビターでの処置によって低下することの指標となることを伝える、該試験キットを使用するための指示
を含み、該1種以上の成分は、酵素、ポリメラーゼ酵素、リガーゼ酵素、バッファ、増幅プライマー対、dNTPs、ddNTPs、陽性コントロール核酸、核酸抽出試薬からなる群より選択される、試験キット。 - 前記ヒトは、治療剤の臨床試験における登録のために適切である、請求項1に記載の方法。
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