JP7150739B2 - サンプル分析機器の自動品質管理およびスペクトル誤差補正 - Google Patents
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Description
本願は、2017年2月17日に出願された米国仮特許出願第62/460,700号および2017年2月24日に出願された米国仮特許出願第62/463,551号の利益を主張する。これらの上記出願の内容は、参照により本明細書に組み込まれる。
●2014年3月7日に出願された米国特許出願第15/124,013号。
●2014年3月7日に出願された米国特許出願第15/124,129号。
●2014年3月7日に出願された米国特許出願第15/124,168号。
●2017年1月19日に出願された米国意匠特許出願第29/591,445号。
●2017年1月24日に出願された米国意匠特許出願第29/591,865号。
●2017年1月24日に出願された米国意匠特許出願第29/591,867号。
●2017年2月24日に出願された米国仮特許出願第62/463,528号(Thermo Fisher Scientific、Inc.整理番号LT01213PRO)。
●2017年2月24日に提出された米国仮特許出願第62/463,467号(Thermo Fisher Scientific、Inc.整理番号LT01225PRO)。
上記出願の内容は参照により本明細書に組み込まれる。
本願明細書は、例えば、以下の項目も提供する。
(項目1)
サンプルに対して実施されるプロセスの品質管理方法であって、
複数のキャピラリーを提供することと、
ポリマー溶液源を提供することと、
前記ポリマー溶液源に圧力を印加し、ポリマー溶液の少なくとも一部を前記キャピラリーの中に移動させることと、
前記圧力を印加しながら、圧力値を取得するために、圧力の検知値を示す少なくとも1つのパラメータを経時的に測定することと、
前記圧力値の少なくとも一部の分析を実施することと、
前記分析に基づいて動作を実施することと、を含む、方法。
(項目2)
前記分析が、前記圧力値を表すトレース中のノイズレベルを判定することを含む、項目1に記載の方法。
(項目3)
前記分析が、前記圧力が印加されていた間に前記圧力値がしきい値を超えたままであったかどうかを判定することを含む、項目1に記載の方法。
(項目4)
サンプル溶液を前記複数のキャピラリーに提供することであって、前記サンプル溶液が1種以上の生体分子を含む、提供することと、
前記サンプル溶液が前記複数のキャピラリー中にある間、前記1種以上の生体分子を検出することと、
検出する間、電流トレースを判定するために、前記生体サンプルが電流によって移動している1つ以上のキャピラリーの電流を経時的に測定することと、
前記電流トレースの分析を実施することと、
前記分析に基づいて動作を実施することと、をさらに含む、項目1に記載の方法。
(項目5)
経時的に圧力を測定することが、複数の離散時間で圧力を測定することを含む、項目1に記載の方法。
(項目6)
経時的に電流を測定することが、複数の離散時間で電流を測定することを含む、項目4に記載の方法。
(項目7)
前記分析が、前記電流トレースにおける信号ノイズに対応するノイズ測定基準を判定することを含み、さらに、前記分析に基づいて動作を実施することが、前記ノイズ測定基準の値に基づいて動作を実施することを含む、項目4に記載の方法。
(項目8)
様々な長さの生体分子を含むサンプルを含む容器を提供することと、
前記サンプルの少なくとも一部を少なくとも1つのキャピラリーに移動させるために、ポンプを使用して、前記容器内に圧力を印加することと、
前記圧力の検知値を示す少なくとも1つのパラメータを測定することと、
前記測定されたパラメータの1つ以上の値に基づいて動作を実施することと、を含む、方法。
(項目9)
前記ポンプがシリンジである、項目8に記載の方法。
(項目10)
前記動作を実施することが、
前記印加された圧力を維持すること、
フラグを設定すること、
警告信号を送信すること、
サービスコール信号を送信すること、
チェックカートリッジ信号を送信すること、
前記圧力を下げること、
前記圧力を上げること、
前記容器と前記ポンプとの間のバルブを閉鎖すること、
移動を中断すること、または
実行条件を変更すること、のうちの1つ以上を含む、項目1に記載の方法。
(項目11)
前記動作を実施することが、
前記印加された圧力を維持すること、
フラグを設定すること、
警告信号を送信すること、
サービスコール信号を送信すること、
チェックカートリッジ信号を送信すること、
前記圧力を下げること、
前記圧力を上げること、
前記容器と前記ポンプとの間のバルブを閉鎖すること、
移動を中断すること、または
実行条件を変更すること、のうちの1つ以上を含む、項目8に記載の方法。
(項目12)
前記実行条件の変更が、タイマーの調整、電流の調整、または電圧の調整、のうちの1つ以上を含む、項目10または11のいずれか一項に記載の方法。
(項目13)
検出前または検出中に、少なくとも1つの温度を測定することをさらに含む、項目1~9のいずれか一項に記載の方法。
(項目14)
前記少なくとも1つの温度が、
ポリマー温度、
キャピラリー温度、
キャピラリー出口における気流温度、
キャピラリー入口における気流温度、
ヒートシンク温度、
キャピラリーヒーター温度、
バッファー温度、
スナウト温度、
機器の温度、および
レーザーヒートシンク温度、のうちの1つ以上を含む、項目13に記載の方法。
(項目15)
前記少なくとも1つのパラメータが、
ポリマーバルブ位置、
ポリマーバルブ圧力、
バッファーバルブ位置、
バッファーバルブ圧力、
シリンジ位置、および
シリンジ圧力、のうちの1つ以上を含む、項目8に記載の方法。
(項目16)
1種以上の生体分子を含有するサンプルを提供することと、
前記サンプルについてプロセスまたはアッセイを実施することと、
前記プロセスまたはアッセイを実施している間に、検出ゾーン内の前記1種以上の生体分子を検出することと、
検出前または検出中に、前記プロセスまたはアッセイに関連する2つ以上のパラメータを測定することと、
前記2つ以上のパラメータの1つ以上の測定値に基づいて動作を実施することと、を含む方法であって、
前記2つ以上のパラメータが、前記プロセスまたはアッセイに関連する圧力の検知値を示すパラメータ、前記検出ゾーン内の少なくとも1つの生体分子のスペクトルの検知値を示すパラメータ、前記プロセスまたはアッセイに関連する温度の検知値を示すパラメータ、および前記少なくとも1種の生体分子を運ぶ媒体に関連する電流を示すパラメータのうちの2つ以上を含む、方法。
(項目17)
前記2つ以上のパラメータのうちの少なくとも1つの測定値がオフスケール値の所定量内にある場合に、前記動作が実施される、項目16に記載の方法。
(項目18)
前記2つ以上のパラメータが、
ポリマー温度、
キャピラリー温度、
キャピラリー出口における気流温度、
キャピラリー入口における気流温度、
ヒートシンク温度、
キャピラリーヒーター温度、
バッファー温度、
スナウト温度、
機器の温度、および
レーザーヒートシンク温度、のうちの1つ以上を含む、項目16に記載の方法。
(項目19)
前記2つ以上のパラメータが、
ポリマーバルブ位置、
ポリマーバルブ圧力、
バッファーバルブ位置、
バッファーバルブ圧力、
シリンジ位置、および
シリンジ圧力、のうちの1つ以上を含む、項目16に記載の方法。
(項目20)
前記2つ以上のパラメータのうちの少なくとも1つのパラメータが、前記検出ゾーン内で前記1種以上の生体分子を検出する間または前記検出した後に生成される光信号を含む、項目16に記載の方法。
(項目21)
前記2つ以上のパラメータのうちの少なくとも1つに対応する1つ以上の値を含むデータ構造を提供することと、
検出中または検出した後に、更新されたデータ構造を提供するために、前記1つ以上の測定値に基づいて前記データ構造を修正することと、をさらに含み、
前記動作が前記更新されたデータ構造に基づく、項目16に記載の方法。
(項目22)
前記データ構造が色素マトリックスである、項目21に記載の方法。
(項目23)
前記サンプルが様々な長さの生体分子を含み、前記方法が、
前記サンプルを、第1の端部、第2の端部、および前記検出ゾーン内に位置する部分を含む少なくとも1つのキャピラリーに装填することと、
前記第1の端部に電気的に連結された第1の電極、および前記第2の端部に電気的に連結された第2の電極を提供することと、をさらに含み、
プロセスを実施することが、前記第1の電極と前記第2の電極との間に電位を生成することにより、前記サンプル中の前記生体分子を分離することを含む、項目16に記載の方法。
(項目24)
1つ以上の生体サンプル分子を含有するサンプル溶液を提供することと、
前記サンプル溶液に対してプロセスまたはアッセイを実施することと、
前記プロセスまたはアッセイを実施している間に、前記1種以上の生体分子を検出することと、
検出前または検出中に、第1のシステムパラメータを測定することと、
検出前または検出中に、第2のシステムパラメータを測定することと、
前記第1のシステムパラメータおよび前記第2のシステムパラメータのうちの少なくとも一方の少なくともいくつかの測定値の分析を実施することと、
検出前または検出中に、前記分析に基づいて動作を実施することと、を含む、方法。
(項目25)
前記サンプル溶液が、様々な長さの1種以上の生体分子を含み、前記方法が、
前記サンプル溶液を、検出ゾーンを含む前記少なくとも1つのキャピラリーに装填することと、
第1の電極と第2の電極との間に電位を生成することにより、前記少なくとも1つのキャピラリー内の前記生体分子を分離することを含むプロセスを実施することと、
前記検出ゾーン内の少なくとも1種の生体分子を照射することにより生成される第1の光信号を測定することと、
前記少なくとも1種の生体分子が前記検出ゾーンにないときに、前記検出ゾーンを照射することにより生成される第2の光信号を測定することと、
前記第1の光信号に対応する信号対ノイズ比を判定するために、少なくとも前記第1の光信号および前記第2の光信号を使用することと、
検出中、前記信号対ノイズ比に基づいてプロセスパラメータの値を変更することと、をさらに含む、項目24記載の方法。
(項目26)
サンプル溶液が、様々な長さの1種以上の生体分子を含み、前記方法が、
前記サンプル溶液を、少なくとも1つのキャピラリーに装填することであって、前記少なくとも1つのキャピラリーが検出ゾーンを含む、装填することと、
第1の電極と第2の電極との間に電位を生成することにより、前記少なくとも1つのキャピラリー内の前記生体分子を分離することを含むプロセスを実施することと、
前記少なくとも1つのキャピラリーを通る電流を測定することと、をさらに含む、項目24記載の方法。
(項目27)
複数の測定にわたり、前記少なくとも1つのキャピラリーを通る電流が所定のパターンに一致するかどうかを判定することと、
判定の結果に基づいて動作を実施することと、をさらに含む、項目26に記載の方法。
(項目28)
検出する間、電流トレースを判定するために、前記少なくとも1つのキャピラリーの電流を経時的に測定することと、
前記電流トレースの分析を実施することと、
前記分析に基づいて動作を実施することと、をさらに含む、項目26記載の方法。
(項目29)
前記分析が、前記電流トレースにおける信号ノイズに対応するノイズ測定基準を判定することを含み、さらに、前記分析に基づいて動作を実施することが、前記ノイズ測定基準の値に基づいて動作を実施することを含む、項目28に記載の方法。
(項目30)
前記第1のシステムパラメータが圧力を含み、前記第2のシステムパラメータが温度を含む、項目24に記載の方法。
(項目31)
温度パラメータが、
ポリマー温度、
キャピラリー温度、
キャピラリー出口における気流温度、
キャピラリー入口における気流温度、
ヒートシンク温度、
キャピラリーヒーター温度、
バッファー温度、
スナウト温度、
機器の温度、および
レーザーヒートシンク温度、のうちの1つ以上を含む、項目30に記載の方法。
(項目32)
前記動作が、
警告または条件フラグを設定または送信すること、
警告信号を送信すること、
再サービス信号を送信すること、
実行品質測定基準を提供すること、
色素マトリックス成分を変更すること、
注入パラメータを変更すること、
プロセス呼び出しパラメータを設定すること、
ポストラン分析または補正測定基準を設定または修正すること、
前記プロセスを停止すること、
所定の期間、前記プロセスを一時停止すること、
前記プロセスの状態が所定の量だけ変化するまで前記プロセスを一時停止すること、
1つ以上のキャピラリーをフラッシュすること、
前記プロセスの品質についてユーザーに通知すること、
前記少なくとも2つのパラメータのうちの1つ以上の値を記録することであって、前期値が検出中に記録された分光データを補正または修正するのに適している、記録すること、
チェックカートリッジ信号を送信すること、および
実行条件または実行測定基準を変更すること、のうちの少なくとも1つを含む、項目16~31のいずれか一項に記載の方法。
(項目33)
前記実行条件または実行測定基準を変更することが、タイマーを調整すること、電流を調整すること、電圧を調整すること、または色素マトリックスの値を変更すること、のうちの1つ以上を含む、項目32に記載の方法。
(項目34)
前記動作を実施することは、前記プロセス中の複数の異なる時間、所定の範囲外にある値を有するパラメータに基づく、項目24に記載の方法。
(項目35)
前記実行条件または前記実行測定基準を変更することが、タイマー、電流、電圧、システムコンポーネントの温度、または前記サンプルの温度のうちの1つ以上を調整することを含む、項目32に記載の方法。
(項目36)
前記方法が、機器によって実施された以前のプロセスの履歴データを含む前記機器を使用して実施され、前記動作が、前記測定された1つ以上の値に基づいて前記データベースを修正することを含む、項目16~31のいずれか一項に記載の方法。
(項目37)
ポリマーを装填する間であるが、サンプル装填および検出前に、1つ以上のシステムパラメータを検出するための第1の複数のセンサと、
サンプルの装填およびサンプルの検出のうちの少なくとも1つの間に、1つ以上のシステムパラメータを検出するための第2の複数のセンサと、
プロセッサと、
前記プロセッサに連結され、サンプル検出の終了前に、動作を実施するかどうかおよび前記分析に基づいてその動作を実施することを判定するために、前記第1の複数のセンサおよび前記第2の複数のセンサからのデータを分析する前記プロセッサを構成するためのコンピュータプログラム命令を含むメモリと、を備える、サンプル分析システム。
(項目38)
色素標識サンプルの分析に使用するためのシステムであって、
サンプル処理機器と、
プロセッサと、
上記項目1~36のいずれか一項において参照される分析ステップを実行するための命令がエンコードされたメモリと、を備える、システム。
(項目39)
色素標識サンプルの分析に使用するためのシステムであって、
サンプル分離機器と、
プロセッサと、
上記項目1~36のいずれか一項において参照される分析ステップを実行するための命令がエンコードされたメモリと、を備える、システム。
(項目40)
色素標識サンプルの分析に使用するためのシステムであって、
複数のキャピラリーを備える、キャピラリー電気泳動機器と、
プロセッサと、
上記項目1~36のいずれか一項において参照される分析ステップを実行するための命令がエンコードされたメモリと、を備える、システム。
(項目41)
色素標識サンプルについての色素データにおけるスペクトル誤差の自動補正のためのサンプル処理機器とともに使用するための方法であって、
前記サンプル処理機器を介して実行される、色素標識サンプルに対応する色素データを生成することであって、前記色素データが、第1の色素で標識された第1のサンプルに対応する第1の色素データ、および第2の色素で標識された第2のサンプルに対応する第2の色素データを少なくとも含み、前記第2の色素が前記第1の色素とは異なっている、生成することと、
第1の色素データのスペクトル誤差と相関する相関データを取得するために、少なくとも第1の色素データおよび第2の色素データの非微分値を使用することと、
前記相関データを使用して補正された色素データを生成するために、補正関数を適用することと、を含む、方法。
(項目42)
前記補正された色素データのスペクトル誤差の測定値を取得することをさらに含む、項目41に記載の方法。
(項目43)
前記補正された色素データのスペクトル誤差が、しきい値量だけ前記第1の色素データのスペクトル誤差より低いかどうかを判定することをさらに含む、項目42に記載の方法。
(項目44)
前記補正された色素データの前記スペクトル誤差が、前記しきい値量だけ前記第1の色素データのスペクトル誤差より低くはない場合、前記補正関数を調整するまたは破棄することをさらに含む、項目43に記載の方法。
(項目45)
前記補正された色素データのスペクトル誤差の前記測定値が、前記補正された色素データのスペクトル誤差と相関する第2の相関データを識別することにより取得される、項目42に記載の方法。
(項目46)
さらに補正された色素データを取得するように、補正関数を前記色素データに適用するために前記第2の相関データを使用することをさらに含む、項目45に記載の方法。
(項目47)
前記さらに補正された色素データが、スペクトル誤差を低減するための特定の性能要件を満たすかどうかを判定することをさらに含む、項目46に記載の方法。
(項目48)
前記相関データが、前記色素標識サンプルを標識するために使用された色素セットに含まれる2つの色素間のクロストーク値を含む、項目41に記載の方法。
(項目49)
前記相関データが線形回帰データを含む、項目41に記載の方法。
(項目50)
前記線形回帰データが、前記第2の色素標識サンプルの蛍光に対してプロットされた前記第1の色素標識サンプルの蛍光を含むクロスプロットデータの線形回帰分析を実施することにより取得される、項目49に記載の方法。
(項目51)
前記第1の色素データが、前記サンプル処理機器を通して前記色素標識サンプルを実行することから生成されたスペクトルデータに、既存の色素マトリックスを適用することにより取得される、項目41に記載の方法。
(項目52)
前記相関データがスペクトルクロストーク値を含み、前記補正関数が前記スペクトルクロストーク値の関数に基づいて前記既存の色素マトリックスを修正することを含む、項目51に記載の方法。
(項目53)
前記補正関数が、候補最適化色素マトリックスを取得するために、前記既存の色素マトリックスの値に前記スペクトルクロストーク値もしくはそれらの値の一部を加算するか、または、前記既存の色素マトリックスの値から、前記スペクトルクロストーク値もしくはそれらの値の一部を減算することと、前記補正された色素データを取得するために、前記候補最適化色素マトリックスを使用することと、を含む、項目52に記載の方法。
(項目54)
前記補正関数を適用することが、既存の色素マトリックスに対する変化の少なくとも一部を判定するために、ランダム化関数を実行することを含む、項目51に記載の方法。
(項目55)
前記補正関数を適用することが、前記スペクトルクロストーク値およびスペクトルクロストーク標準誤差値のうちの1つ以上の関数に基づき、かつランダム化関数を実行することに部分的に基づいて、前記既存の色素マトリックスを修正することを含む、項目52に記載の方法。
(項目56)
第1の相関値が、前記色素標識サンプルを標識するために使用された色素セットにおける第1の色素および第2の色素のスペクトルデータを含む、項目41に記載の方法。
(項目57)
前記補正関数が、前記第1の色素および第2の色素のうちの1つについてのスペクトラデータの正または負の分数を、前記第1の色素および前記第2の色素の別のものからのスペクトルデータに加えることを含む、項目56に記載の方法。
(項目58)
前記補正関数が、スキャン番号に基づいて変化する、項目41に記載の方法。
(項目59)
前記スキャン番号に基づく補正関数の変動が、色素スペクトル対スキャン番号の線形回帰から取得される一次線形変動項を含む、項目58に記載の方法。
(項目60)
前記スキャン番号に基づく補正関数の変動が、色素スペクトル対スキャン番号の線形回帰から取得される二次線形変動項をさらに含む、項目59に記載の方法。
(項目61)
少なくとも前記第1の色素データおよび前記第2の色素データの非微分値を使用することが、そのような非微分値を使用すること、ならびに少なくとも前記第1の色素データおよび前記第2の色素データの一次および/またはより高次の微分値を使用することも含む、項目61に記載の方法。
(項目62)
サンプル処理機器によって処理された色素標識サンプルにおける特定の色素の存在の識別に使用する方法であって、前記方法が、前記サンプル処理機器の実行期間中に、
スペクトルデータを生成するために光検出器を使用することであって、前記スペクトルデータが、光源から前記光検出器までの光路内の色素標識サンプルにおいて経時的に実行された複数の光検出器スキャンのそれぞれについて、様々なスペクトルにおける強度測定に対応する、使用することと、
最適化色素マトリックス(ODM)を判定するように構成されたプロセッサに前記スペクトルデータを受信することと、
実行期間中、前記サンプル処理機器を、少なくとも、
色素データを生成するために、候補最適化色素マトリックス(CODM)および前記スペクトルデータを使用すること、
前記色素標識サンプルの色素間のスペクトルクロストークに対応するスペクトルクロストーク値を判定するために、前記色素データを使用すること、および
ODMを判定するために、前記スペクトルクロストーク値および前記CODMを使用すること、によって較正または再較正するために、前記プロセッサを使用することと、を含む、方法。
(項目63)
前記CODMが既存の色素マトリックスである、項目62に記載の方法。
(項目64)
前記CODMが第1のCODMであり、前記実施形態が、
第2のCODMを生成することをさらに含む処理を実施するように構成されている、項目62に記載の方法。
(項目65)
色素データを生成するために、前記第2のCODMおよび前記スペクトルデータを使用することと、
前記第1のCODMを使用して生成された色素データが、前記第2のCODMを使用して生成された色素データよりもスペクトル誤差が少ないかどうかを判定することと、をさらに含む、項目64に記載の方法。
(項目66)
複数の蛍光種のうちのある蛍光種で標識された複数のサンプルを処理するサンプル処理機器において、スペクトル誤差の低減に使用するための方法であって、前記複数のサンプルが、第1の蛍光種で標識された第1のサンプルおよび第2の蛍光種で標識された第2のサンプルを少なくとも含み、前記方法が、
前記サンプルの蛍光種を、励起源を用いて励起することと、
得られる蛍光を、光学システムを用いて検出することと、
少なくとも2つの異なる蛍光種の蛍光データから前記スペクトル誤差を判定することと、
補正関数のパラメータ値を判定することと、
前記誤差を低減するために、前記蛍光に前記補正関数を適用することと、を含む、方法。
(項目67)
前記蛍光をモデルに対して比較することを含む、処理を実施するために構成されている、項目66に記載の方法。
(項目68)
サンプル処理機器によって処理されたサンプルの分析されたトレースからスペクトル誤差の除去に使用するための方法であって、前記複数のサンプルの各々が、複数の蛍光種のうちのある蛍光種で標識され、前記複数のサンプルが、少なくとも第1の蛍光種で標識された第1のサンプル、および第2の蛍光種で標識された第2のサンプルを含み、前記方法が、
励起源を用いて前記蛍光種を励起することと、
光学システムを用いて蛍光を検出することと、
前記第1の色素および前記第2の色素に対応する蛍光データを使用して、前記蛍光種間の前記スペクトル誤差を推定することと、を含む、方法。
(項目69)
蛍光種で標識されたサンプルを処理するサンプル処理機器において、蛍光種を使用する核酸検出に使用するための方法であって、前記方法が、
励起源を用いて蛍光種を励起することと、
光学システムを用いて蛍光を検出することと、
各蛍光種のスペクトル表示において前記蛍光種間の誤差を判定することと、を含む、方法。
(項目70)
前記処理が、前記サンプル処理機器のサンプル実行操作期間中に実行される、項目41に記載の方法。
(項目71)
前記処理が、前記サンプル処理機器のサンプル実行操作間で実行される、項目41に記載の方法。
(項目72)
前記サンプル処理機器がサンプル分離機器を含む、項目41~71のいずれか一項に記載の方法。
(項目73)
前記サンプル処理機器が、
キャピラリー電気泳動機器、
CE-SDS機器、
ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)機器、
リアルタイムPCR機器、
デジタルPCR機器、
サンガーシーケンシング機器、
パイロシーケンシング機器、
ライゲーションによるシーケンシング用に構成された機器、
次世代シーケンシング(NGS)機器、
シーケンシング機器、
質量分析機器、
フローサイトメトリー機器、
ゲル電気泳動機器、
分光測光機器、または
蛍光分光機器、のうちの少なくとも1つを含む、項目41~71のいずれか一項に記載の方法。
(項目74)
前記色素標識サンプルが、
核酸分子、
DNA分子、
RNA分子、
タンパク質分子、
細胞分子、または
糖分子、のうちの少なくとも1つを含む、項目41~71のいずれか一項に記載の方法。
●キャピラリー101の陰極103端部を、洗浄/廃棄物緩衝液141を含有する洗浄/廃棄物緩衝液容器140に配置する。
●バッファーバルブ135を閉じ、ポリマーバルブ125を開く。
●ポリマー溶液123をポリマーリザーバ122からシリンジ128に吸引(引き出し)する。
●ポリマーバルブ125を閉じる(バッファーバルブ135は閉じたままである)。
●シリンジ128を使用してポリマー123をキャピラリー101に分配(送達)する。
●キャピラリー101の陰極103端をサンプル源容器105に配置する。
●陰極103から陽極104への電流の流れを誘導することにより、キャピラリー101の陰極103端にサンプル溶液107の少なくとも一部を引き込む(動電学的注入と呼ばれる)。
●キャピラリー101の陰極103端を、実行バッファー溶液146を含む実行バッファー容器145に配置する。
●バッファーバルブ135を開いて、陽極104とキャピラリー101との間に電気的結合を提供する(ポリマーバルブ125は閉じたままである)。
●キャピラリー電気泳動アッセイを実行する。
●キャピラリー101の陰極103端を洗浄/廃棄バッファー容器140に配置する。
●バッファーバルブ135を閉じる。
●任意にポリマーバルブ125を開く。
●任意に、ポリマーリザーバ122からシリンジ128にポリマー溶液123を吸引(引き出し)する。
●ポリマーバルブ125が開いている場合は、任意に閉じる。
●シリンジ128を使用して、キャピラリー101にポリマー123を分配(送達)することにより、キャピラリー101を清掃する。
●新しいCEアッセイについて上記の手順を繰り返す。
dyeData=scanData*inv(DM)
式中:
dyeData=色素データ、マトリックス次元はnumScans x numDyesであり、
scanData=スペクトルビンデータ、マトリックス次元はnumScans x numBinsであり、
DM=色素マトリックス、マトリックス次元はnumDyes x numBinsであり、
inv(DM)は、色素マトリックスの逆マトリックスを指し、寸法はnumBins x numDyesであり(ここで使用されるように、色素マトリックスの逆は、逆または疑似逆を意味し得ることに留意のこと)、
およびnumScans=スキャンの数、
numDyes=色素の数、
numBins=スペクトルビンの数である。
DM(scanNum)=DM0+DM1*scanNumber
または:
DM(scanNum)=DM0+DM1*scanNumber+DM2*scanNumber^2
式中:
DM(scanNumber)は、スキャン番号scanNumberの色素マトリックスであり、
DM0は、色素マトリックスの定数部分であり(以前の仮定と同様)、
DM1は、スキャン番号(適切な線形回帰から取得)に基づいた色素マトリックスの一次線形変動項を表すマトリックスであり、
そして、必要に応じて:
DM2は、スキャン番号(適切な線形回帰から取得された)に基づいた色素マトリックスの二次線形変動項を表すマトリックスである。
dyeData=scanData*inv(DM)(ここで、「*」は行列の乗算を示す)。
この方程式の代替バリエーションには次のものが含まれる。
dyeData=k*scanData*inv(DM)、kは定数の倍数、
dyeData=DK *scanData*inv(DM)であり、ここでDKは(異なる色素バランス)定数倍を有する対角行列であり、および色素バランスと色素レベルの偏りのための他の同様のスキームである。
crossData=scanDataUseT*scanDataUse
ここで、上付きのTは、行列の転置を示すために使用される(つまり、この場合、scanDataUseの転置にscanDataUseが乗算される)。
crossDataMeanShifted=scanDataUseMeanShiftedT*scanDataUseMeanShifted
secondDerivNoiseThresh=max(peakAmps0)*secondDerivNoiseThreshFraction
ここで、好ましい実施形態において、secondDerivNoiseThreshFractionは1.0e-3のオーダーである。
unNormalizedDyeMatrixSpectra=unNormalizedDyeMatrixSpectra0である。
●カートリッジが所定の位置に設定された時間(12分など)の後、ポリマークーラーの温度が設定値外のしきい値を超えている場合
●カートリッジの温度を管理するために使用される、カートリッジ上の気流のキャピラリー入口/出口温度の「いいえ」条件:
○カートリッジの入口における温度が設定温度にない場合、またはその温度の上下の事前に定義されたマージン内にある場合(または、一部の実施形態において、その温度の時間微分が設定量の所定のマージン内にない場合)
○カートリッジ出口における温度が設定温度ではない場合、またはその温度の上下の事前に定義されたマージン内にある場合(または、一部の実施形態において、その温度の時間微分が設定量の所定のマージン内にない場合)
○温度管理システムの入口における温度(または温度の導関数)と温度管理システムの出口における温度(または温度の導関数)の差が設定量よりも大きい場合。
●規定の範囲外の正規化されたキャピラリーヒーター電力
●所定の範囲外の供給電圧
●所定の範囲外のスナウトヒーター温度
●所定の範囲外の内部周囲温度
ステップ1145において、動作が実行される。ステップ1145で実行される動作の例には、以警告または条件フラグを設定または送信警告信号を送信すること、再サービス信号を送信すること、実行品質測定基準(例えば、緑色のフラグ、黄色のフラグ、赤色のフラグ、および/または実行に関連する特定の数値)を供給すること、色素マトリックス成分を変更すること、注入パラメータを変更すること、ポストラン分析または修正測定基準を設定または変更すること、プロセスを停止すること、所定の期間、プロセスを一時停止すること、プロセスの状態が所定の量だけ変化するまでプロセスを一時停止すること、1つ以上のキャピラリーをフラッシュすること、または、少なくとも2つのパラメータの1つ以上の値を記録することが含まれるが、必ずしもこれらに限定されず、これらの値は、検出の間に記録された分光データを修正または修正するために適している。動作には、前述の動作のいずれかを実行するサブルーチンを呼び出すためのプロセス呼び出しパラメータの設定もまた含まれてもよい。動作にはまた、チェックカートリッジ信号を送信すること、印加された圧力を維持すること、フラグを設定すること、警告信号を送信すること、サービスコール信号を送信すること、チェックカートリッジ信号を送信すること、圧力を下げること、圧力を上げること、容器とポンプとの間のバルブを閉じること、漏れをチェックすること、サンプル溶液の移動を中断すること、または実行条件を変更することが含まれてもよいが、必ずしもこれらに限定されない。動作には、前述の動作のいずれかを行うためのサブルーチンを呼び出すためのプロセス呼び出しパラメータの設定もまた含まれてもよい。実行条件の変更の例には、時間を調整すること、電流または電圧を調整すること、色素マトリックスの値の変更すること、または温度を変更することが含まれるが、必ずしもこれらに限定されない。
ステップ1460において動作が実行された後、ステップ1465は、動作が有効であったかどうかを判定する。例えば、実行を継続または再開するために十分な効果があったか。いいえの場合、ステップ1499は実行を終了させる。はいである場合、処理はステップ1430に戻る。場合によっては、動作は単なる警告であり、実行を終了するかどうかを判定するのはユーザー次第である。その場合、警告は単に発生し、図示された処理フローの目的のために、根底にある問題がさらに注目に値し得る場合でも「有効」とみなされる。
実施形態1:方法;プロセッサおよびメモリを備えたシステム;またはプロセッサ実行可能命令(非一時的なコンピュータ読み取り可能媒体にある命令);前述のいずれか1つは、色素標識サンプルについての色素データにおけるスペクトル誤差の自動補正のためのサンプル処理機器とともに使用するためのものであり、この実施形態は、以下を含む処理を実施するように構成されている:サンプル処理機器を通して実施される色素標識サンプルに対応する色素データを生成することであって、この色素データは、第1の色素で標識された第1のサンプルに対応する少なくとも第1の色素データ、および第2の色素で標識された第2のサンプルに対応する第2の色素データを少なくとも含み、第2の色素は第1の色素とは異なる、生成すること、少なくとも第1の色素データおよび第2色素データの非微分値を使用して、第1の色素データのスペクトル誤差と相関する相関データを取得すること、および相関データを使用して補正関数を適用して、補正された色素データを生成すること。
Claims (8)
- サンプルに対して実施されるプロセスの品質管理方法であって、前記方法が、
複数のキャピラリーを提供することと、
ポリマー溶液源を提供することと、
前記ポリマー溶液源に圧力を印加し、前記ポリマー溶液源からのポリマー溶液の少なくとも一部を前記複数のキャピラリーの中に移動させることと、
前記圧力を印加しながら、圧力値を取得するために、圧力の検知値を示す少なくとも1つのパラメータを経時的に測定することと、
前記圧力値の少なくとも一部の分析を実施することと、
前記分析に基づいて動作を実施することと
を含み、
前記分析は、前記圧力値を表すトレース中のノイズレベルを判定することを含み、
前記動作を実施することは、
印加した前記圧力を維持すること、
フラグを設定すること、
警告信号を送信すること、
サービスコール信号を送信すること、
チェックカートリッジ信号を送信すること、
前記圧力を下げること、
前記圧力を上げること、
ポリマー溶液の容器と前記圧力の印加に使用するポンプとの間のバルブを閉鎖すること、
移動を中断すること、および
実行条件を変更すること、のうちの1つ以上を含む、方法。 - サンプルに対して実施されるプロセスの品質管理方法であって、前記方法が、
複数のキャピラリーを提供することと、
ポリマー溶液源を提供することと、
前記ポリマー溶液源に圧力を印加し、前記ポリマー溶液源からのポリマー溶液の少なくとも一部を前記複数のキャピラリーの中に移動させることと、
前記圧力を印加しながら、圧力値を取得するために、圧力の検知値を示す少なくとも1つのパラメータを経時的に測定することと、
前記圧力値の少なくとも一部の分析を実施することと、
前記分析を使用して、サンプルに対するキャピラリー電気泳動の実行が進むべきかどうかを判断することと
を含み、
前記判断がはいである場合、次に前記キャピラリー電気泳動の実行を進めることと、
前記判断がいいえである場合、次に動作を実施し、前記動作が有効であったかどうかを判定することと、
前記動作が有効であると判断される場合、前記ポリマー溶液に圧力を印加するステップから前記方法を繰り返すこととを含み、
前記動作を実施することは、
印加した前記圧力を維持すること、
フラグを設定すること、
警告信号を送信すること、
サービスコール信号を送信すること、
チェックカートリッジ信号を送信すること、
前記圧力を下げること、
前記圧力を上げること、
ポリマー溶液の容器と前記圧力の印加に使用するポンプとの間のバルブを閉鎖すること、
移動を中断すること、および
実行条件を変更すること、のうちの1つ以上を含む、方法。 - サンプルに対して実施されるプロセスの品質管理方法であって、前記方法が、
複数のキャピラリーを提供することと、
ポリマー溶液源を提供することと、
前記ポリマー溶液源に圧力を印加し、前記ポリマー溶液源からのポリマー溶液の少なくとも一部を前記複数のキャピラリーの中に移動させることと、
前記圧力を印加しながら、圧力値を取得するために、圧力の検知値を示す少なくとも1つのパラメータを経時的に測定することと、
前記圧力値の少なくとも一部の分析を実施することと、
前記分析を使用して、サンプルに対するキャピラリー電気泳動の実行が進むべきかどうかを判断することと
を含み、
前記分析が、前記圧力値を表すトレース中のノイズレベルを判定することを含む、方法。 - 前記分析が、前記圧力が印加されていた間に前記圧力値がしきい値を超えたままであったかどうかを判定することを含む、請求項1または2に記載の方法。
- サンプル溶液を前記複数のキャピラリーに提供することであって、前記サンプル溶液が
1種以上の生体分子を含む、提供することと、
前記サンプル溶液が前記複数のキャピラリー中にある間、前記1種以上の生体分子を検出することと、
前記1種以上の生体分子を検出する間、電流トレースを判定するために、前記サンプル溶液が電流によって移動している1つ以上のキャピラリーの電流を経時的に測定することと、
前記電流トレースの分析を実施することと、
前記電流トレースの前記分析に基づいて動作を実施することと
をさらに含む、請求項1または2に記載の方法。 - 経時的に圧力を測定することが、複数の離散時間で圧力を測定することを含む、請求項1または2に記載の方法。
- 経時的に電流を測定することが、複数の離散時間で電流を測定することを含む、請求項5に記載の方法。
- 前記電流トレースの前記分析が、前記電流トレースにおける信号ノイズに対応するノイズ測定基準を判定することを含み、さらに、前記分析に基づいて動作を実施することが、前記ノイズ測定基準の値に基づいて動作を実施することを含む、請求項5に記載の方法。
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