JP7115756B2 - ヒトの皮膚の老化の新規バイオマーカー - Google Patents
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Description
Zouboulis, 2007, Dermatol. Basel Switz.
214, 352-360)。
伝子のみが共通して異常調節され、それらのうち4つが反対の様式で調節されるという、両方の性において加齢とともに著しく異なる反応があった。これらの結果から、WNTシグナル経路は両方の性において加齢とともに主要下方調節経路として現れた(Makrantonaki et al., 2012, PLoS ONE 7)。そして最近は、ヒトの表皮において年齢状況にしたがって異なって発現した75の遺伝子が同定された(Raddatz et al., 2013, Epigenetics Chromatin 6, 36)。経路分析は、これらの遺伝子が主に細胞移動、がん、皮膚疾患、及び細胞増殖に関与したことを明らかにした。また、表皮の形成に関与した遺伝子は有意に強化され、角化細胞の分化の全体の下方調節が観測された。
a)対象の皮膚サンプルにおいて、TUBB3、HMGA2及びHMGN1、好ましくはTUBB3及びHMGA2、より好ましくはTUBB3からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた第1のタンパク質の発現レベル、並びにHMGN1、HIST1H2BK、PPFIA2、COX5A、MT1E、HMGN2、EEA1、CDV3、ZC3H11A、HMGA1、PTMA、SERBP1、PDAP1、TMSB10、PSMD9、CALM1、MT1G、TPM4、SPRR1B、GBF1、HDGF、HSPE1、DBI、TRIM6、PTMS、IMUP、SH3BGRL3、RPS28、STMN1、AHSG、PFDN6、SUMO2、PFDN2、NEB、HMGB1、TMSB4X、CLTB、MYH11、SRSF7、TUBB3、HMGA2、ATP6V1A、SQRDL、IDH3A、PFKP、PRDX3、RPS13、PDIA4、GSTO1、GSTP1、ACTR3、SLC2A1、CCT5、PSMB2、PLS3、PSMD2、IGHG4、及びRPL13からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現レベルを判定し、
b)皮膚が生理的皮膚の老化の兆候を示すかどうかを判定する
工程を含む。
a)対象の皮膚サンプルにおいて、TUBB3、HMGA2及びHMGN1、好ましくはTUBB3及びHMGA2、より好ましくはTUBB3からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた第1のタンパク質の発現レベル、並びにHMGN1、HIST1H2BK、PPFIA2、COX5A、MT1E、HMGN2、EEA1、CDV3、ZC3H11A、HMGA1、PTMA、SERBP1、PDAP1、TMSB10、PSMD9、CALM1、MT1G、TPM4、SPRR1B、GBF1、HDGF、HSPE1、DBI、TRIM6、PTMS、IMUP、SH3BGRL3、RPS28、STMN1、AHSG、PFDN6、SUMO2、PFDN2、NEB、HMGB1、TMSB4X、CLTB、MYH11、SRSF7、TUBB3、HMGA2、ATP6V1A、SQRDL、IDH3A、PFKP、PRDX3、RPS13、PDIA4、GSTO1、GSTP1、ACTR3、SLC2A1、CCT5、PSMB2、PLS3、PSMD2、IGHG4、及びRPL13からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現レベルを判定し、
b)工程a)で判定した第1のタンパク質の発現レベル及び少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現レベルから皮膚が生理的皮膚の老化の兆候を示すかどうかを推定し、及び
c)皮膚が生理的老化の兆候を示すと判定されると、対象を生理的皮膚の老化の目に見える兆候を減少又は回復させる美容組成物で処置する
工程を含む。
a)皮膚サンプルを候補物質で処置し、
b)工程a)の皮膚サンプルにおいて、TUBB3、HMGA2及びHMGN1、好ましくはTUBB3及びHMGA2、より好ましくはTUBB3からなる遺伝子の群から選
択される遺伝子によってコードされた第1のタンパク質の発現レベル、並びにHMGN1、HIST1H2BK、PPFIA2、COX5A、MT1E、HMGN2、EEA1、CDV3、ZC3H11A、HMGA1、PTMA、SERBP1、PDAP1、TMSB10、PSMD9、CALM1、MT1G、TPM4、SPRR1B、GBF1、HDGF、HSPE1、DBI、TRIM6、PTMS、IMUP、SH3BGRL3、RPS28、STMN1、AHSG、PFDN6、SUMO2、PFDN2、NEB、HMGB1、TMSB4X、CLTB、MYH11、SRSF7、TUBB3、HMGA2、ATP6V1A、SQRDL、IDH3A、PFKP、PRDX3、RPS13、PDIA4、GSTO1、GSTP1、ACTR3、SLC2A1、CCT5、PSMB2、PLS3、PSMD2、IGHG4、及びRPL13からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現レベルを判定し、
c)第1のタンパク質及び少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現レベルを候補物質で処置されていない皮膚サンプルにおける第1のタンパク質及び少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現レベルと比較し、
d)生理的皮膚の老化の目に見える兆候を減少又は回復させる物質としての候補物質を同定する
工程を含む。
TUBB3、HMGA2及びHMGN1、好ましくはTUBB3及びHMGA2、より好ましくはTUBB3からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた第1のタンパク質の発現レベルを判定するための少なくとも1つの捕捉リガンド、並びに
HMGN1、HIST1H2BK、PPFIA2、COX5A、MT1E、HMGN2、EEA1、CDV3、ZC3H11A、HMGA1、PTMA、SERBP1、PDAP1、TMSB10、PSMD9、CALM1、MT1G、TPM4、SPRR1B、GBF1、HDGF、HSPE1、DBI、TRIM6、PTMS、IMUP、SH3BGRL3、RPS28、STMN1、AHSG、PFDN6、SUMO2、PFDN2、NEB、HMGB1、TMSB4X、CLTB、MYH11、SRSF7、TUBB3、HMGA2*、ATP6V1A、SQRDL、IDH3A、PFKP、PRDX3、RPS13、PDIA4、GSTO1、GSTP1、ACTR3、SLC2A1、CCT5、PSMB2、PLS3、PSMD2、IGHG4、及びRPL13からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現レベルを判定するための少なくとも1つの捕捉リガンド
を含むキットに言及する。
皮膚サンプルにおいて、TUBB3、HMGA2及びHMGN1、好ましくはTUBB3及びHMGA2、より好ましくはTUBB3からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた第1のタンパク質の発現レベル、並びに
HMGN1、HIST1H2BK、PPFIA2、COX5A、MT1E、HMGN2、EEA1、CDV3、ZC3H11A、HMGA1、PTMA、SERBP1、PDAP1、TMSB10、PSMD9、CALM1、MT1G、TPM4、SPRR1B、GBF1、HDGF、HSPE1、DBI、TRIM6、PTMS、IMUP、SH3BGRL3、RPS28、STMN1、AHSG、PFDN6、SUMO2、PFDN2、NEB、HMGB1、TMSB4X、CLTB、MYH11、SRSF7、TUBB3、HMGA2、ATP6V1A、SQRDL、IDH3A、PFKP、PRDX3、RPS13、PDIA4、GSTO1、GSTP1、ACTR3、SLC2A1、CCT5、PSMB2、PLS3、PSMD2、IGHG4、及びRPL13からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現レベルを判定するための、本明細書において上記で定義したキットの使用に言及する。
本発明の文脈における「老化」は皮膚の老化作用のことを言い、本明細書では「皮膚の老化」と称する。
)、及び先天性角化異常症(DC)を含むがこれらに限らない。
MGN1によってコードされたタンパク質である。本発明のバイオマーカーについては、本発明の方法の文脈において本明細書でさらに以下に記載する。
本発明の文脈において、「対象」は動物、好ましくは非ヒト又はヒト哺乳類のことを言う。非ヒト哺乳類の例としては、齧歯類及び霊長類が挙げられる。最も好ましくは、対象はヒトである。
本発明の文脈における「少なくとも1つのさらなるタンパク質」は、1つのさらなるタンパク質、2つのさらなるタンパク質、3つのさらなるタンパク質、4つのさらなるタンパク質、5つのさらなるタンパク質、6つのさらなるタンパク質、7つのさらなるタンパク質、8つのさらなるタンパク質、9つのさらなるタンパク質、又は10のさらなるタンパク質、好ましくは1つのさらなるタンパク質、2つのさらなるタンパク質、3つのさらなるタンパク質、4つのさらなるタンパク質のことを言う。
GN1によってコードされる。
CLTB、MYH11、SRSF7、TUBB3、HMGA2、ATP6V1A、SQRDL、IDH3A、PFKP、PRDX3、RPS13、PDIA4、GSTO1、GSTP1、ACTR3、SLC2A1、CCT5、PSMB2、PLS3、PSMD2、IGHG4、及びRPL13からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされる。
一実施形態において、対象の皮膚が生理的皮膚の老化の兆候を示すかどうかを判定するインビトロ法は、第1のタンパク質の発現レベルを参照レベルと比較し、少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現レベルを参照レベルと比較する工程をさらに含む。
a)対象の皮膚サンプルにおいて、TUBB3、HMGA2及びHMGN1、好ましくはTUBB3及びHMGA2、より好ましくはTUBB3からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた第1のタンパク質の発現レベル、並びにHMGN1、HIST1H2BK、PPFIA2、COX5A、MT1E、HMGN2、EEA1、CDV3、ZC3H11A、HMGA1、PTMA、SERBP1、PDAP1、TMSB10、PSMD9、CALM1、MT1G、TPM4、SPRR1B、GBF1、HDGF、HSPE1、DBI、TRIM6、PTMS、IMUP、SH3BGRL3、RPS28、STMN1、AHSG、PFDN6、SUMO2、PFDN2、NEB、HMGB1、TMSB4X、CLTB、MYH11、SRSF7、TUBB3、HMGA2、ATP6V1A、SQRDL、IDH3A、PFKP、PRDX3、RPS13、PDIA4、GSTO1、GSTP1、ACTR3、SLC2A1、CCT5、PSMB2、PLS3、PSMD2、IGHG4、及びRPL13からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現レベルを判定し、
b)第1のタンパク質の発現レベルを参照レベルと比較し、少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現レベルを参照レベルと比較し、及び
c)皮膚が生理的皮膚の老化の兆候を示すかどうかを判定する
工程を含む。
工程a)で得られた少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現レベルを参照発現レベルで割り少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現比を判定することにより、工程b)で少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現レベルを参照レベルと比較する。
a)対象の皮膚サンプルにおいて、TUBB3、HMGA2及びHMGN1、好ましくはTUBB3及びHMGA2、より好ましくはTUBB3からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた第1のタンパク質の発現レベル、並びにHMGN1、HIST1H2BK、PPFIA2、COX5A、MT1E、HMGN2、EEA1、CDV3、ZC3H11A、HMGA1、PTMA、SERBP1、PDAP1、TMSB10、PSMD9、CALM1、MT1G、TPM4、SPRR1B、GBF1、HDGF、HSPE1、DBI、TRIM6、PTMS、IMUP、SH3BGRL3、RPS28、STMN1、AHSG、PFDN6、SUMO2、PFDN2、NEB、HMGB1、TMSB4X、CLTB、MYH11、SRSF7、TUBB3、HMGA2、ATP6V1A、SQRDL、IDH3A、PFKP、PRDX3、RPS13、PDIA4、GSTO1、GSTP1、ACTR3、SLC2A1、CCT5、PSMB2、PLS3、PSMD2、IGHG4、及びRPL13からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現レベルを判定し、
b)工程a)で得られた第1のタンパク質の発現レベルを第1のタンパク質の参照発現レベルで割ることで第1のタンパク質の発現比を判定し、及び工程a)で得られた少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現レベルを少なくとも1つのさらなるタンパク質の参照発現レベルで割ることで少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現比を判定し、及び
c)皮膚が生理的皮膚の老化の兆候を示すかどうかを判定する
工程を含む。
HMGN1、HIST1H2BK、PPFIA2、COX5A、MT1E、HMGN2、EEA1、CDV3、ZC3H11A、HMGA1、PTMA、SERBP1、PDAP1、TMSB10、PSMD9、CALM1、MT1G、TPM4、SPRR1B、GBF1、HDGF、HSPE1、DBI、TRIM6、PTMS、IMUP、SH3BGRL3、RPS28、STMN1、AHSG、PFDN6、SUMO2、PFDN2、NEB、HMGB1、TMSB4X、CLTB、MYH11、SRSF7、TUBB3、HMGA2、ATP6V1A、SQRDL、IDH3A、PFKP、PRDX3、RPS13、PDIA4、GSTO1、GSTP1、ACTR3、SLC2A1、CCT5、PSMB2、PLS3、PSMD2、IGHG4、及びRPL13からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質に対し、工程b)で判定された比が1より高い又は低い場合、
対象の皮膚が老化の兆候を示す。
TUBB3、HMGA2、ATP6V1A、SQRDL、IDH3A、PFKP、PRDX3、RPS13、PDIA4、GSTO1、GSTP1、ACTR3、SLC2A1、CCT5、PSMB2、PLS3、PSMD2、IGHG4、及びRPL13からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質に対し、工程b)で判定された比が1より高い場合、又は
TUBB3及びHMGA2、好ましくはTUBB3からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた第1のタンパク質に対し、工程b)で判定された比が1より高く、及び
HMGN1、HIST1H2BK、PPFIA2、COX5A、MT1E、HMGN2、EEA1、CDV3、ZC3H11A、HMGA1、PTMA、SERBP1、PDAP1、TMSB10、PSMD9、CALM1、MT1G、TPM4、SPRR1B、GBF1、HDGF、HSPE1、DBI、TRIM6、PTMS、IMUP、SH3BGRL3、RPS28、STMN1、AHSG、PFDN6、SUMO2、PFDN2、NEB、HMGB1、TMSB4X、CLTB、MYH11、及びSRSF7からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質に対し、工程b)で判定された比が1より低い場合、又は
遺伝子HMGN1によってコードされた第1のタンパク質に対し、工程b)で判定された比が1より低く、及び
TUBB3、HMGA2、ATP6V1A、SQRDL、IDH3A、PFKP、PRDX3、RPS13、PDIA4、GSTO1、GSTP1、ACTR3、SLC2A1、CCT5、PSMB2、PLS3、PSMD2、IGHG4、及びRPL13からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質に対し、工程b)で判定された比が1より高い場合、又は
遺伝子HMGN1によってコードされた第1のタンパク質に対し、工程b)で判定された比が1より低く、及び
HMGN1、HIST1H2BK、PPFIA2、COX5A、MT1E、HMGN2、EEA1、CDV3、ZC3H11A、HMGA1、PTMA、SERBP1、PDAP1、TMSB10、PSMD9、CALM1、MT1G、TPM4、SPRR1B、GBF1、HDGF、HSPE1、DBI、TRIM6、PTMS、IMUP、SH3BGRL3、RPS28、STMN1、AHSG、PFDN6、SUMO2、PFDN2、NEB、HMGB1、TMSB4X、CLTB、MYH11、及びSRSF7からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質に対し、工程b)で判定された比が1より低い場合、
対象の皮膚が老化の兆候を示す。
a)対象の皮膚サンプルにおいて、TUBB3、HMGA2及びHMGN1、好ましくはTUBB3及びHMGA2、より好ましくはTUBB3からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた第1のタンパク質の発現レベルを判定し、対象の皮膚サンプルにおいて、HMGN1、HIST1H2BK、PPFIA2、COX5A、MT1E、HMGN2、EEA1、CDV3、ZC3H11A、HMGA1、PTMA、SERBP1、PDAP1、TMSB10、PSMD9、CALM1、MT1G、TPM4、SPRR1B、GBF1、HDGF、HSPE1、DBI、TRIM6、PTMS、IMUP、SH3BGRL3、RPS28、STMN1、AHSG、PFDN6、SUMO2、PFDN2、NEB、HMGB1、TMSB4X、CLTB、MYH11、SRSF7、
TUBB3、HMGA2、ATP6V1A、SQRDL、IDH3A、PFKP、PRDX3、RPS13、PDIA4、GSTO1、GSTP1、ACTR3、SLC2A1、CCT5、PSMB2、PLS3、PSMD2、IGHG4、及びRPL13からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現レベルを判定し、
b)工程a)で得られた第1のタンパク質の発現レベルを第1のタンパク質の参照発現レベルで割ることで第1のタンパク質の発現比を判定し、及び工程a)で得られた少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現レベルを少なくとも1つのさらなるタンパク質の参照発現レベルで割ることで少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現比を判定し、及び
c)皮膚が生理的皮膚の老化の兆候を示すかどうかを判定する
工程を含み、
TUBB3及びHMGA2、好ましくはTUBB3からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた第1のタンパク質に対し、工程b)で判定された発現比が1より高く、及び
TUBB3、HMGA2、ATP6V1A、SQRDL、IDH3A、PFKP、PRDX3、RPS13、PDIA4、GSTO1、GSTP1、ACTR3、SLC2A1、CCT5、PSMB2、PLS3、PSMD2、IGHG4、及びRPL13からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質に対し、工程b)で判定された比が1より高い場合、又は
TUBB3及びHMGA2、好ましくはTUBB3からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた第1のタンパク質に対し、工程b)で判定された比が1より高く、及び
HMGN1、HIST1H2BK、PPFIA2、COX5A、MT1E、HMGN2、EEA1、CDV3、ZC3H11A、HMGA1、PTMA、SERBP1、PDAP1、TMSB10、PSMD9、CALM1、MT1G、TPM4、SPRR1B、GBF1、HDGF、HSPE1、DBI、TRIM6、PTMS、IMUP、SH3BGRL3、RPS28、STMN1、AHSG、PFDN6、SUMO2、PFDN2、NEB、HMGB1、TMSB4X、CLTB、MYH11、及びSRSF7からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質に対し、工程b)で判定された比が1より低い場合、又は
遺伝子HMGN1によってコードされた第1のタンパク質に対し、工程b)で判定された比が1より低く、及び
TUBB3、HMGA2、ATP6V1A、SQRDL、IDH3A、PFKP、PRDX3、RPS13、PDIA4、GSTO1、GSTP1、ACTR3、SLC2A1、CCT5、PSMB2、PLS3、PSMD2、IGHG4、及びRPL13からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質に対し、工程b)で判定された比が1より高い場合、又は
遺伝子HMGN1によってコードされた第1のタンパク質に対し、工程b)で判定された比が1より低く、及び
HMGN1、HIST1H2BK、PPFIA2、COX5A、MT1E、HMGN2、EEA1、CDV3、ZC3H11A、HMGA1、PTMA、SERBP1、PDAP1、TMSB10、PSMD9、CALM1、MT1G、TPM4、SPRR1B、GBF1、HDGF、HSPE1、DBI、TRIM6、PTMS、IMUP、SH3BGRL3、RPS28、STMN1、AHSG、PFDN6、SUMO2、PFDN2、NEB、HMGB1、TMSB4X、CLTB、MYH11、及びSRSF7からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質に対し、工程b)で判定された比が1より低い場合、
対象の皮膚が老化の兆候を示す。
3A、PFKP、PRDX3、RPS13、PDIA4、GSTO1、GSTP1、ACTR3、SLC2A1、CCT5、PSMB2、PLS3、PSMD2、IGHG4、及びRPL13からなる群から選択される少なくとも1つのタンパク質に対し、工程b)で判定された比が1.4より高い場合、対象の皮膚が生理的老化の兆候を示す。
本発明はさらに、上記の「発明の概要」の項で定義した美容処置の方法に言及する。
a)対象の皮膚サンプルにおいて、TUBB3、HMGA2及びHMGN1、好ましくはTUBB3及びHMGA2、より好ましくはTUBB3からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた第1のタンパク質の発現レベル、並びにHMGN1、H
IST1H2BK、PPFIA2、COX5A、MT1E、HMGN2、EEA1、CDV3、ZC3H11A、HMGA1、PTMA、SERBP1、PDAP1、TMSB10、PSMD9、CALM1、MT1G、TPM4、SPRR1B、GBF1、HDGF、HSPE1、DBI、TRIM6、PTMS、IMUP、SH3BGRL3、RPS28、STMN1、AHSG、PFDN6、SUMO2、PFDN2、NEB、HMGB1、TMSB4X、CLTB、MYH11、SRSF7、TUBB3、HMGA2、ATP6V1A、SQRDL、IDH3A、PFKP、PRDX3、RPS13、PDIA4、GSTO1、GSTP1、ACTR3、SLC2A1、CCT5、PSMB2、PLS3、PSMD2、IGHG4、及びRPL13からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現レベルを判定し、
b)第1のタンパク質の発現レベルを参照レベルと比較し、少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現レベルを参照レベルと比較し、
c)工程b)の比較から皮膚が生理的皮膚の老化の兆候を示すかどうかを推定し、及び
d)皮膚が生理的老化の兆候を示すと判定されると、対象を生理的皮膚の老化の目に見える兆候を減少又は回復させる美容組成物で処置する
工程を含む。
工程a)で得られた少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現レベルを参照発現レベルで割り少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現比を判定することにより、工程b)で少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現レベルを参照レベルと比較する。
a)対象の皮膚サンプルにおいて、TUBB3、HMGA2及びHMGN1、好ましくはTUBB3及びHMGA2、より好ましくはTUBB3からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた第1のタンパク質の発現レベル、並びにHMGN1、HIST1H2BK、PPFIA2、COX5A、MT1E、HMGN2、EEA1、CDV3、ZC3H11A、HMGA1、PTMA、SERBP1、PDAP1、TMSB10、PSMD9、CALM1、MT1G、TPM4、SPRR1B、GBF1、HDGF、HSPE1、DBI、TRIM6、PTMS、IMUP、SH3BGRL3、RPS28、STMN1、AHSG、PFDN6、SUMO2、PFDN2、NEB、HMGB1、TMSB4X、CLTB、MYH11、SRSF7、TUBB3、HMGA2、ATP6V1A、SQRDL、IDH3A、PFKP、PRDX3、RPS13、PDIA4、GSTO1、GSTP1、ACTR3、SLC2A1、CCT5、PSMB2、PLS3、PSMD2、IGHG4、及びRPL13からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現レベルを判定し、
b)工程a)で得られた第1のタンパク質の発現レベルを第1のタンパク質の参照発現レベルで割ることで第1のタンパク質の発現比を判定し、及び工程a)で得られた少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現レベルを少なくとも1つのさらなるタンパク質の参照発現レベルで割ることで少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現比を判定し、
c)工程b)の比較から皮膚が生理的皮膚の老化の兆候を示すかどうかを推定し、及び
d)皮膚が生理的老化の兆候を示すと判定されると、対象を生理的皮膚の老化の目に見える兆候を減少又は回復させる美容組成物で処置する
工程を含む。
a)対象の皮膚サンプルにおいて、TUBB3、HMGA2及びHMGN1、好ましくはTUBB3及びHMGA2、より好ましくはTUBB3からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた第1のタンパク質の発現レベル、並びにHMGN1、HIST1H2BK、PPFIA2、COX5A、MT1E、HMGN2、EEA1、CDV3、ZC3H11A、HMGA1、PTMA、SERBP1、PDAP1、TMSB10、PSMD9、CALM1、MT1G、TPM4、SPRR1B、GBF1、HDGF、HSPE1、DBI、TRIM6、PTMS、IMUP、SH3BGRL3、RPS28、STMN1、AHSG、PFDN6、SUMO2、PFDN2、NEB、HMGB1、TMSB4X、CLTB、MYH11、SRSF7、TUBB3、HMGA2、ATP6V1A、SQRDL、IDH3A、PFKP、PRDX3、RPS13、PDIA4、GSTO1、GSTP1、ACTR3、SLC2A1、CCT5、PSMB2、PLS3、PSMD2、IGHG4、及びRPL13からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現レベルを判定し、
b)工程a)で得られた第1のタンパク質の発現レベルを第1のタンパク質の参照発現レベルで割ることで第1のタンパク質の発現比を判定し、及び工程a)で得られた少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現レベルを少なくとも1つのさらなるタンパク質の参照発現レベルで割ることで少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現比を判定し、
c)工程b)で得られた比から皮膚が生理的皮膚の老化の兆候を示すかどうかを推定し、
ここで、TUBB3及びHMGA2、好ましくはTUBB3からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた第1のタンパク質に対し、工程b)で判定された比が1より高く、及び
TUBB3、HMGA2、ATP6V1A、SQRDL、IDH3A、PFKP、PRDX3、RPS13、PDIA4、GSTO1、GSTP1、ACTR3、SLC2A1、CCT5、PSMB2、PLS3、PSMD2、IGHG4、及びRPL13からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質に対し、工程b)で判定された比が1より高い場合、又は
TUBB3及びHMGA2、好ましくはTUBB3からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた第1のタンパク質に対し、工程b)で判定された比が1より高く、及び
HMGN1、HIST1H2BK、PPFIA2、COX5A、MT1E、HMGN2、EEA1、CDV3、ZC3H11A、HMGA1、PTMA、SERBP1、PDAP1、TMSB10、PSMD9、CALM1、MT1G、TPM4、SPRR1B、GBF1、HDGF、HSPE1、DBI、TRIM6、PTMS、IMUP、SH3BGRL3、RPS28、STMN1、AHSG、PFDN6、SUMO2、PFDN2、NEB、HMGB1、TMSB4X、CLTB、MYH11、及びSRSF7からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質に対し、工程b)で判定された比が1より低い場合、又は
遺伝子HMGN1によってコードされた第1のタンパク質に対し、工程b)で判定された比が1より低く、及び
TUBB3、HMGA2、ATP6V1A、SQRDL、IDH3A、PFKP、PRDX3、RPS13、PDIA4、GSTO1、GSTP1、ACTR3、SLC2A1、CCT5、PSMB2、PLS3、PSMD2、IGHG4、及びRPL13からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質に対し、工程b)で判定された比が1より高い場合、又は
遺伝子HMGN1によってコードされた第1のタンパク質に対し、工程b)で判定された比が1より低く、及び
HMGN1、HIST1H2BK、PPFIA2、COX5A、MT1E、HMGN2、EEA1、CDV3、ZC3H11A、HMGA1、PTMA、SERBP1、PDAP1、TMSB10、PSMD9、CALM1、MT1G、TPM4、SPRR1B、GBF1、HDGF、HSPE1、DBI、TRIM6、PTMS、IMUP、SH3BGRL3、RPS28、STMN1、AHSG、PFDN6、SUMO2、PFDN2、NEB、HMGB1、TMSB4X、CLTB、MYH11、及びSRSF7からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質に対し、工程b)で判定された比が1より低い場合、
皮膚が生理的皮膚の老化の兆候を示し、
d)皮膚が生理的老化の兆候を示すと判定されると、対象を生理的皮膚の老化の目に見える兆候を減少又は回復させる美容組成物で処置する
工程を含む。
及びSRSF7からなる群から選択される少なくとも1つのタンパク質に対し、工程b)で判定された比が0.7より低い場合、対象の皮膚が生理的老化の兆候を示す。
発明者らは、より若い皮膚における同じタンパク質の発現と比較して、老化すると、いろいろなタンパク質の発現が変化し上方又は下方調節されると証明した。
a)皮膚サンプルを候補物質で処置し、
b)皮膚サンプルにおいて、TUBB3、HMGA2及びHMGN1、好ましくはTUBB3及びHMGA2、より好ましくはTUBB3からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた第1のタンパク質の発現レベル、並びにHMGN1、HIST1H2BK、PPFIA2、COX5A、MT1E、HMGN2、EEA1、CDV3、ZC3H11A、HMGA1、PTMA、SERBP1、PDAP1、TMSB10、PSMD9、CALM1、MT1G、TPM4、SPRR1B、GBF1、HDGF、HSPE1、DBI、TRIM6、PTMS、IMUP、SH3BGRL3、RPS28、STMN1、AHSG、PFDN6、SUMO2、PFDN2、NEB、HMGB1、TMSB4X、CLTB、MYH11、SRSF7、TUBB3、HMGA2、ATP6V1A、SQRDL、IDH3A、PFKP、PRDX3、RPS13、PDIA4、GSTO1、GSTP1、ACTR3、SLC2A1、CCT5、PSMB2、PLS3、PSMD2、IGHG4、及びRPL13からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現レベルを判定し、
c)処置されていない皮膚サンプルにおいて判定した第1のタンパク質の発現レベルを工程b)で得られた第1のタンパク質の発現レベルで割り第1のタンパク質の発現比を判定し、及び処置されていない皮膚サンプルにおいて判定した少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現レベルを工程b)で得られた少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現レベルで割り少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現比を判定し、
d)生理的皮膚の老化の目に見える兆候を減少又は回復させる物質としての候補物質を同定する
工程を含む。
及びHMGA2、より好ましくはTUBB3からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた第1のタンパク質に対し、工程c)で判定された発現比が1より高く又は低く、
HMGN1、HIST1H2BK、PPFIA2、COX5A、MT1E、HMGN2、EEA1、CDV3、ZC3H11A、HMGA1、PTMA、SERBP1、PDAP1、TMSB10、PSMD9、CALM1、MT1G、TPM4、SPRR1B、GBF1、HDGF、HSPE1、DBI、TRIM6、PTMS、IMUP、SH3BGRL3、RPS28、STMN1、AHSG、PFDN6、SUMO2、PFDN2、NEB、HMGB1、TMSB4X、CLTB、MYH11、SRSF7、TUBB3、HMGA2、ATP6V1A、SQRDL、IDH3A、PFKP、PRDX3、RPS13、PDIA4、GSTO1、GSTP1、ACTR3、SLC2A1、CCT5、PSMB2、PLS3、PSMD2、IGHG4、及びRPL13からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質に対し、工程c)で判定された比が1より高い又は低い場合、
工程d)で生理的皮膚の老化の目に見える兆候を減少又は回復させることが可能であるとして物質が同定される。
TUBB3、HMGA2、ATP6V1A、SQRDL、IDH3A、PFKP、PRDX3、RPS13、PDIA4、GSTO1、GSTP1、ACTR3、SLC2A1、CCT5、PSMB2、PLS3、PSMD2、IGHG4、及びRPL13からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質に対し、工程c)で判定された比が1より高い場合、又は
TUBB3及びHMGA2、好ましくはTUBB3からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた第1のタンパク質に対し、工程c)で判定された比が1より高く、及び
HMGN1、HIST1H2BK、PPFIA2、COX5A、MT1E、HMGN2、EEA1、CDV3、ZC3H11A、HMGA1、PTMA、SERBP1、PDAP1、TMSB10、PSMD9、CALM1、MT1G、TPM4、SPRR1B、GBF1、HDGF、HSPE1、DBI、TRIM6、PTMS、IMUP、SH3BGRL3、RPS28、STMN1、AHSG、PFDN6、SUMO2、PFDN2、NEB、HMGB1、TMSB4X、CLTB、MYH11、及びSRSF7からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質に対し、工程c)で判定された比が1より低い場合、又は
遺伝子HMGN1によってコードされた第1のタンパク質に対し、工程c)で判定された比が1より低く、及び
TUBB3、HMGA2、ATP6V1A、SQRDL、IDH3A、PFKP、PRDX3、RPS13、PDIA4、GSTO1、GSTP1、ACTR3、SLC2A1、CCT5、PSMB2、PLS3、PSMD2、IGHG4、及びRPL13からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質に対し、工程c)で判定された比が1より高い場合、又は
遺伝子HMGN1によってコードされた第1のタンパク質に対し、工程c)で判定された比が1より低く、及び
HMGN1、HIST1H2BK、PPFIA2、COX5A、MT1E、HMGN2、EEA1、CDV3、ZC3H11A、HMGA1、PTMA、SERBP1、PDAP1、TMSB10、PSMD9、CALM1、MT1G、TPM4、SPRR1B、GBF1、HDGF、HSPE1、DBI、TRIM6、PTMS、IMUP、SH3BGRL3、RPS28、STMN1、AHSG、PFDN6、SUMO2、PFDN2、N
EB、HMGB1、TMSB4X、CLTB、MYH11、及びSRSF7からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質に対し、工程c)で判定された比が1より低い場合、
工程d)で生理的皮膚の老化の目に見える兆候を減少又は回復させることが可能であるとして物質が同定される。
a)皮膚サンプルを候補物質で処置し、
b)皮膚サンプルにおいて、TUBB3、HMGA2及びHMGN1、好ましくはTUBB3及びHMGA2、より好ましくはTUBB3からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた第1のタンパク質の発現レベル、並びにHMGN1、HIST1H2BK、PPFIA2、COX5A、MT1E、HMGN2、EEA1、CDV3、ZC3H11A、HMGA1、PTMA、SERBP1、PDAP1、TMSB10、PSMD9、CALM1、MT1G、TPM4、SPRR1B、GBF1、HDGF、HSPE1、DBI、TRIM6、PTMS、IMUP、SH3BGRL3、RPS28、STMN1、AHSG、PFDN6、SUMO2、PFDN2、NEB、HMGB1、TMSB4X、CLTB、MYH11、SRSF7、TUBB3、HMGA2、ATP6V1A、SQRDL、IDH3A、PFKP、PRDX3、RPS13、PDIA4、GSTO1、GSTP1、ACTR3、SLC2A1、CCT5、PSMB2、PLS3、PSMD2、IGHG4、及びRPL13からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現レベルを判定し、
c)処置されていない皮膚サンプルにおいて判定した第1のタンパク質の発現レベルを工程b)で得られた第1のタンパク質の発現レベルで割り第1のタンパク質の発現比を判定し、及び処置されていない皮膚サンプルにおいて判定した少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現レベルを工程b)で得られた少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現レベルで割り少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現比を判定し、
d)TUBB3及びHMGA2、好ましくはTUBB3からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた第1のタンパク質に対し、工程c)で判定された比が1より高く、及び
TUBB3、HMGA2、ATP6V1A、SQRDL、IDH3A、PFKP、PRDX3、RPS13、PDIA4、GSTO1、GSTP1、ACTR3、SLC2A1、CCT5、PSMB2、PLS3、PSMD2、IGHG4、及びRPL13からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質に対し、工程c)で判定された比が1より高い場合、又は
TUBB3及びHMGA2、好ましくはTUBB3からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた第1のタンパク質に対し、工程c)で判定された比が1より高く、及び
HMGN1、HIST1H2BK、PPFIA2、COX5A、MT1E、HMGN2、EEA1、CDV3、ZC3H11A、HMGA1、PTMA、SERBP1、PDAP1、TMSB10、PSMD9、CALM1、MT1G、TPM4、SPRR1B、GBF1、HDGF、HSPE1、DBI、TRIM6、PTMS、IMUP、SH3BGRL3、RPS28、STMN1、AHSG、PFDN6、SUMO2、PFDN2、NEB、HMGB1、TMSB4X、CLTB、MYH11、及びSRSF7からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質に対し、工程c)で判定された比が1より低い場合、又は
遺伝子HMGN1によってコードされた第1のタンパク質に対し、工程c)で判定された比が1より低く、及び
TUBB3、HMGA2、ATP6V1A、SQRDL、IDH3A、PFKP、PR
DX3、RPS13、PDIA4、GSTO1、GSTP1、ACTR3、SLC2A1、CCT5、PSMB2、PLS3、PSMD2、IGHG4、及びRPL13からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質に対し、工程c)で判定された比が1より高い場合、又は
遺伝子HMGN1によってコードされた第1のタンパク質に対し、工程c)で判定された比が1より低く、及び
HMGN1、HIST1H2BK、PPFIA2、COX5A、MT1E、HMGN2、EEA1、CDV3、ZC3H11A、HMGA1、PTMA、SERBP1、PDAP1、TMSB10、PSMD9、CALM1、MT1G、TPM4、SPRR1B、GBF1、HDGF、HSPE1、DBI、TRIM6、PTMS、IMUP、SH3BGRL3、RPS28、STMN1、AHSG、PFDN6、SUMO2、PFDN2、NEB、HMGB1、TMSB4X、CLTB、MYH11、及びSRSF7からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質に対し、工程c)で判定された比が1より低い場合、
生理的皮膚の老化の目に見える兆候を減少又は回復させる物質としての候補物質を同定する
工程を含む。
「捕捉リガンド」は、TUBB3、HMGA2及びHMGN1、好ましくはTUBB3及びHMGA2、より好ましくはTUBB3からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた第1のタンパク質を結合することのできるリガンド、又はHMGN1、HIST1H2BK、PPFIA2、COX5A、MT1E、HMGN2、EEA1、CDV3、ZC3H11A、HMGA1、PTMA、SERBP1、PDAP1、TMSB10、PSMD9、CALM1、MT1G、TPM4、SPRR1B、GBF1、HDGF、HSPE1、DBI、TRIM6、PTMS、IMUP、SH3BGRL3、RPS28、STMN1、AHSG、PFDN6、SUMO2、PFDN2、NEB、HMGB1、TMSB4X、CLTB、MYH11、SRSF7、TUBB3、HMGA2、ATP6V1A、SQRDL、IDH3A、PFKP、PRDX3、RPS13、PDIA4、GSTO1、GSTP1、ACTR3、SLC2A1、CCT5、PSMB2、PLS3、PSMD2、IGHG4、及びRPL13からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質を結合することのできるリガンドを意味する。
TUBB3、HMGA2及びHMGN1、好ましくはTUBB3及びHMGA2、より好ましくはTUBB3からなる群から選択される遺伝子によってコードされた第1のタンパク質の発現レベルを判定するための少なくとも1つの捕捉リガンド、並びに
HMGN1、HIST1H2BK、PPFIA2、COX5A、MT1E、HMGN2、EEA1、CDV3、ZC3H11A、HMGA1、PTMA、SERBP1、PDAP1、TMSB10、PSMD9、CALM1、MT1G、TPM4、SPRR1B、GBF1、HDGF、HSPE1、DBI、TRIM6、PTMS、IMUP、SH3BGRL3、RPS28、STMN1、AHSG、PFDN6、SUMO2、PFDN2、NEB、HMGB1、TMSB4X、CLTB、MYH11、SRSF7、TUBB3、HMGA2、ATP6V1A、SQRDL、IDH3A、PFKP、PRDX3、RPS13、PDIA4、GSTO1、GSTP1、ACTR3、SLC2A1、CCT5、PSMB2、PLS3、PSMD2、IGHG4、及びRPL13からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現レベルを判定するための少なくとも1つの捕捉リガンド
を含む。
特定のいくつかの実施形態において、キットは、
TUBB3によってコードされた1つのさらなるタンパク質の発現レベルを判定するための少なくとも1つの捕捉リガンド、
HMGA2によってコードされた1つのさらなるタンパク質の発現レベルを判定するための少なくとも1つの捕捉リガンド、及び/又は
HMGN1によってコードされた1つのさらなるタンパク質の発現レベルを判定するための少なくとも1つの捕捉リガンド
を含む。
いられるように、「含む」という用語の使用は、具体的に述べられた特徴以外の特徴が存在しない(すなわち「からなる」)実施形態も開示する。
1.材料及び方法
1.1 細胞培養
初代角化細胞の単離及び培養:健康な人の承諾書を受けて、乳房の形成手術後、皮膚生検を得た。提供者は、以下、それぞれ高齢及び若年を意図する2つの年齢層に分類された60及び65歳(n=2)と27及び32歳(n=2)のヨーロッパの白人女性である(Codecoh(Conservation D’Element du Corps Humain)からの承諾番号DC-2008-444)。皮膚生検は太陽から保護され太陽にさらされていない皮膚である。ヒト初代角化細胞を25μg/mLのBPEと0.9ng/mLのEGFが補充されたKSFM培地で培養した。
凍結細胞ペレットを30分間、4°で、40mMのHEPES ph7.4、100mMのNaCl、1mMのEDTA、0.02%のトリトン、0.02%のデオキシコール酸ナトリウム、0.2mMのTCEP、及びロシュ製のプロテアーゼ及びフォスファターゼの阻害剤混合物(PhosSTOP)を含む溶液中で溶解した。溶解は氷上での短時間の超音波処理で達成され、溶解物は、14000rpm、20分間、4°での遠心分離により除去された。タンパク質抽出物の濃度は、BCAタンパク質定量キット(サーモフィッシャーサイエンティフィック、イリノイ州、アメリカ合衆国)を用いて判定した。
製造業者の説明書に従って8プレックスセットのiTRAQ試薬(iTRAQ試薬8プレックスアプリケーションキット;エービー・サイエックス、フレーミングハム、マサチューセッツ州、アメリカ合衆国)でタンパク質サンプルを標識した。手短に言うと、若年提供者由来の細胞から得られたタンパク質抽出物の等量を計100μgとするためプールした。同じ手順を高齢提供者からの細胞に適用した。サンプルを37℃で1時間、20mMのTCEP(トリス-(2-カルボキシエチル)ホスフィン)で還元し、システイン残基を室温で10分間、10mMのMMTS(メタンチオスルホン酸メチル)でブロックし、続いて37℃で一晩中、1:10(トリプシン:タンパク質)の割合でトリプシン(プロメガ)消化を行った。それぞれのペプチド溶液を1つのiTRAQ試薬で標識した:iTRAQレポーターイオンのm/zは若年者が113.1、高齢者が117.1であった。iTRAQ標識は全ての反応に対して検証され、OFFGELペプチド分画の前にサンプルを1:1の割合でプールし真空遠心分離で乾燥した。
製造業者の説明書の通り、pIに従ったペプチド分画を3100 OFFGEL分画装置及びOFFGEL Kit linear pH3-10(アジレント・テクノロジー)で24ウェルの構成で行った。24のフラクションの分離のために3~10までの直線的なpH勾配を有する24cmの長さのIPGゲル片を用いて装置を構成した。iTRAQで標識したペプチド混合物を真空遠心分離で乾燥し、24のウェルそれぞれへのローディング前にfocusing OFFGEL緩衝液で再懸濁した。50kVhに達するま
でペプチドを50μAの定電流で泳動した。分画完了後、ペプチドサンプルを各ウェルから回収し、真空濃縮器内で乾燥した後、C18ZipTips(ミリポア、マサチューセッツ州、アメリカ合衆国)を用いて脱塩した。
Chromeleon v. 6.80ソフトウェア(ダイオネクス/サーモサイエンティフィック/LCパッキング、アムステルダム、オランダ)により制御され、μCarrier 2.0ソフトウェア(ダイオネクス/サーモサイエンティフィック/LCパッキング、アムステルダム、オランダ)により制御されたPROBOT MALDIスポッティング装置と連動したUltimate 3000 C18逆相ナノ液体クロマトグラフィー(RP-nanoLC)システム(Ultimate 3000、ダイオネクス/サーモサイエンティフィック)でさらなるペプチド分離を行った。
ナノLC-オフラインスポットしたペプチドサンプルのMS及びMS/MS分析を4000 Series Explorerソフトウェア v. 3.5により制御された4800 MALDI-TOF/TOF Analyzer(エービー・サイエックス、レ・ジュリス、フランス)を用いて行った。質量分析計をポジティブリフレクターモードで操作した。各スペクトルをPeptide Calibration Standard
II(ブルカー・ダルトニクス、ブレーメン、ドイツ)を用いて外部較正し、ペプチド質量公差を50ppmに設定した。MSスペクトルはm/z700~4000の範囲で得た。MS/MS分析のために、40より高いS/N(信号/雑音)比を特徴とするスポット位置ごとに30までの最も強いイオンが選択された。これらのペプチドの配列を判定しそれらを定量化するのに必要な対応するMS/MSスペクトルを得るためにCID(衝突誘起解離)活性化モードを用いて選択されたイオンを断片化した。
同定及び相対定量のために、Paragon(商標)アルゴリズムを有するProteinPilot(商標)ソフトウェア v 4.0(エービー・サイエックス、レ・ジュリス、フランス)及びMascotを用いることでMS及びMS/MSスペクトルを用いた。分析はUniProtKB release 2015_06-June, 2015のヒトデータベース/Swiss-Prot(欧州バイオインフォマティクス研究所、ヒンクストン、イギリス)で行った。ProteinPilot検索に関しては、search effortを「Thorough ID」に設定し、1%の偽発見率分析(F
DR)を適用した。定量化のため、バイアス及びバックグラウンド補正を適用し、ペプチド信頼度が95%の少なくとも1つのペプチドを有する定量化されたタンパク質のみを含めた。Mascot検索に対しては、FDRを1%より低く設定し、30より高いスコアを有するペプチドのみを考慮した。ProteinPilot及びMascot分析の後、データをペプチドレベルで併合した。定量的分析での高い品質を得るために、発明者らはデータをタンパク質/ペプチド調節の統計的有意性の判定を可能にするRパッケージアイソバー(Breitwieser et al., 2011, J. Proteome Res. 10, 2758-2766)で分析した。ノーマルフィットを用い、その後、p値比及びp値サンプル<0.05の比を有するタンパク質のみを年齢によって有意に異なって発現したものとみなした。我々の定量的iTRAQの結果の出力には、タンパク質の相対的定量化比を表すために全てのタンパク質比を若年者分の高齢者(117:113)として表した。質量データ分析に適用されたパラメータの要約を本明細書において下記の表1に示す。
PANTHER(http://www.pantherdb.org/)(Mi et al., 2013, Nucleic Acids Res. 41, D377-D386)を用いて異常調節されたタンパク質のリストを取り込むことにより遺伝子オントロジー及び経路分析を行い、タンパク質をPANTHERファミリー;タンパク質クラス;GO-Slim分子機能、生物学的プロセス、及び細胞の構成要素、及び経路に関する1つ又はいくつかのカテゴリーに分類した(データ示さず)。
8人の若年提供者(年齢:18;21;24;26;27(2人の提供者);30;32)及び10人の高齢提供者(57;59;60;62(2人);65(2人);66;68;71)の皮膚生検からヒト初代角化細胞を採取し培養した。初期継代(2回又は3回、細胞がまだ増殖型である時)で、プロテアーゼ阻害剤(Complete Miniプロテアーゼ阻害剤混合物、ロシュ、スイス)、1mMのDTT、及び100μMのPMSFを含むRIPA緩衝液(シグマアルドリッチ)内で振とうすることにより細胞を溶解した。その後、サンプルを15分間、14000rpmで遠心分離し、上清を回収した。MicroBC Assay(インターチム)でタンパク質濃度を判定し、20μgの総タンパク質をTGX Stain-Free(商標)FastCast(商標)12%アクリルアミドゲル(バイオラッド)にロードした。タンパク質をTrans-Blot(登録商標)Turbo(商標)転写システム(バイオラッド)を用いてニトロセルロース膜上に移した。5%の無脂肪乳を含むTBS-Tween0.5%で膜をブロックした。一次抗体を5%の無脂肪乳を含むTBS-Tween0.5%内、一晩中4℃で以下の希釈:チューブリンβ-3鎖抗体(MA1-118;サーモサイエンティフィック)に対し1/1000及びコーニフィン-B抗体(PA5-26062;サーモサイエンティフィック)に対し1/1000、でインキュベートした。TBS-Tween0.5%で洗浄後、膜を1時間室温でHRP結合二次抗体(アマシャムECL抗マウス及び抗ウサギIgG HRP結合、全抗体、GEヘルスケア)でインキュベートした。その後、膜をTBS-Tween0.5%で洗浄し、ブロットの画像をMolecular Imager Gel Doc XR+及びChemidoc XRS+システム(バイオラッド)上で得た。特定の検出されたバンドをImage LAb 2.0ソフトウェア(バイオラッド)で定量化し、対応する強度を総タンパク質含有量で正規化し、比として表した。
2.1 プロテオミクス分析による年齢状況により異なって発現した58のタンパク質の同定
高齢及び若年提供者由来の角化細胞の定量的なプロテオミクスマップを得るため、前に述べたようにOFFGEL分画及びオフラインナノLC/MS/MSと併用したiTRAQ標識を用いた(Martin-Bernabe et al., 2014, J. Proteome Res. 13, 4695-470)。ProteinPilot及びMascotを用いた生物情報分析では、1%のFDRを用い、信頼度が≧95%及びスコアが>30の少なくとも1つのペプチドを有するタンパク質のみを考慮して、517の固有のタンパク質の同定という結果となった。アイソバーパッケージと定量化された446のタンパク質を用いた統計的分析が行われた。高齢者の細胞をiTRAQm/z117タグで標識し、若年者の細胞をiTRAQm/z113タグで標識した。したがって、比117:113(高齢者:若年者)は、高齢者と若年者の細胞サンプル間のタンパク質の相対存在度を示している。UniProtKBアクセッション番号、ID、タンパク質及び遺伝子の名前、ペプチド数、スペクトル数、配列包括度、高齢者の細胞対若年者の細胞に対するiTRAQ比、p値比、及びp値サンプルを含む、同定されたタンパク質を網羅したリストを捕捉データに提供する(データ示さず)。
調節された(表2及び表3)。
すでに同定された58のタンパク質をPANTHER(Mi et al., 2013, Nucleic Acids Res. 41, D377-D386)を用いて分析し、以下の遺伝子オントロジー及びPANTHERのカテゴリー:タンパク質ファミリー;タンパク質クラス;分子機能;生物学的プロセス;細胞の構成要素及び経路に分類した(データ示さず)。主に代表的な生物学的プロセスのカテゴリーは、代謝(30%)、細胞プロセス(21%)、細胞の構成要素の組織化及び生物学的調節(10%)、局在化及び発達プロセス(8%)、刺激に対する反応(4%)、多細胞生物プロセス及び免疫システムプロセス(3%)、及び生物学的接着(1%)である。タンパク質クラスに関しては、異常調節されたタンパク質は主に以下のタンパク質クラス:核酸結合(25%)、細胞骨格タンパク質(13%)、酵素調節因子(12%)、酸化還元酵素及びシグナル伝達分子(8%)、シャペロン(6%)、トランスフェラーゼ及び転写因子(4%)、細胞外基質タンパク質、加水分解酵素、キャリアタンパク質、膜輸送タンパク質、細胞間結合タンパク質、キナーゼ、イソメラーゼ及び受容体(2%)に属する(グラフ表示せず)。
個人間変動を排除しより多くの提供者のプロテオミクスの結果を有効にするため、同じ提供者のみならずさらに10人の他の提供者からのヒト初代角化細胞で、対象の2つの候補タンパク質をウエスタンブロットによりさらに分析した。プロテオミクスの実験により得られた対応する比を有する選択されたタンパク質は、比が2.6のチューブリンβ-3鎖(TBB3_HUMAN)及び比が0.52の高移動度グループタンパク質HMGI-C(HMGA2_HUMAN)である。ウエスタンブロットの画像及び定量化の結果はそれぞれ図2及び図4に示す。
皮膚の老化は、定量的プロテオミクスなどの新たな技術的アプローチを用いて解明することのできる多元的な原因を持つ複雑なプロセスである。若年及び高齢提供者からのヒト初代角化細胞プロテオームにおける変化を同定し定量化するため、iTRAQ-MALDI-TOF/TOF MS及びMS/MS分析を行った。517のタンパク質が、コーニフィン-Bや角化細胞の活性化、増殖、及び角質化に関連するケラチン-2eなどの角化細胞で主に見られるタンパク質を含むと同定された(Collin et al., 1992, Exp. Cell Res. 202, 132-141)。ロバスト統計的分析を適用した後、58のタンパク質が年齢状況により有意に異なって発現したことが分かり、そのうち加齢とともに40が下方調節され18が上方調節された。
2, 9-15)を用いた2つのトランスクリプトミクス研究において以前に報告されたように、コーニフィン-Bが加齢とともに下方調節されることが分かってきた。コーニフィン-Bは角化細胞の分化のマーカーであり(Tesfaigzi and Carlson, 1999, Cell Biochem. Biophys. 30, 243-265)、加齢に伴う角化細胞の分化の下方調節はすでに観察されている(Radd
atz et al., 2013, Epigenetics Chromatin 6, 36)。
32, 245-255)。よって、観察されたPFKAPの上方調節は初代角化細胞における解糖の増加と関連している。
上記の実施例1に開示した方法を用い、発明者らは、本発明のマーカーの組み合わせを用いた場合に得られた感度及び特異性の改善をさらに証明した。
組み合わせて用いた場合、1の曲線下面積に対応する100%の感度及び特異性を達成することができる。そのような感度及び特異性を得るために用いられるモデル方程式は以下の通りであった。
予測=83.76-(992.91×チューブリン)-(4936.61×HMGA2)+(273.40×HMGN1)
Claims (10)
- 対象の皮膚が生理的皮膚の老化の兆候を示すかどうかを判定するインビトロ法であって、
a)前記対象の皮膚サンプルにおいて、TUBB3遺伝子によってコードされた第1のタンパク質の発現レベル、並びにHMGN1、HIST1H2BK、PPFIA2、COX5A、MT1E、HMGN2、EEA1、CDV3、ZC3H11A、HMGA1、PTMA、SERBP1、PDAP1、TMSB10、PSMD9、CALM1、MT1G、TPM4、SPRR1B、GBF1、HDGF、HSPE1、DBI、TRIM6、PTMS、IMUP、SH3BGRL3、RPS28、STMN1、AHSG、PFDN6、SUMO2、PFDN2、NEB、HMGB1、TMSB4X、CLTB、MYH11、SRSF7、HMGA2、ATP6V1A、SQRDL、IDH3A、PFKP、PRDX3、RPS13、PDIA4、GSTO1、GSTP1、ACTR3、SLC2A1、CCT5、PSMB2、PLS3、PSMD2、IGHG4、及びRPL13からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現レベルを判定する工程であって、前記少なくとも1つのさらなるタンパク質が、少なくともHMGN1遺伝子によってコードされたタンパク質及びHMGA2遺伝子によってコードされたタンパク質を含むものである、工程、
b)工程a)で得られた第1のタンパク質の発現レベルを第1のタンパク質の参照発現レベルで割ることで第1のタンパク質の発現比を判定し、及び工程a)で得られた少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現レベルを少なくとも1つのさらなるタンパク質の参照発現レベルで割ることで少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現比を判定する工程であって、前記参照発現レベルが若年対象の皮膚サンプルにおける同じ遺伝子によってコードされるタンパク質のレベルである、工程、及び
c)皮膚が生理的皮膚の老化の兆候を示すかどうかを判定する工程であって、
TUBB3遺伝子によってコードされた第1のタンパク質に対し、工程b)で判定された発現比が1より高く、並びにHMGN1、HIST1H2BK、PPFIA2、COX5A、MT1E、HMGN2、EEA1、CDV3、ZC3H11A、HMGA1、PTMA、SERBP1、PDAP1、TMSB10、PSMD9、CALM1、MT1G、TPM4、SPRR1B、GBF1、HDGF、HSPE1、DBI、TRIM6、PTMS、IMUP、SH3BGRL3、RPS28、STMN1、AHSG、PFDN6、SUMO2、PFDN2、NEB、HMGB1、TMSB4X、CLTB、MYH11、
及びSRSF7からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質に対し、工程b)で判定された発現比が1より低い、及び/又はHMGA2、ATP6V1A、SQRDL、IDH3A、PFKP、PRDX3、RPS13、PDIA4、GSTO1、GSTP1、ACTR3、SLC2A1、CCT5、PSMB2、PLS3、PSMD2、IGHG4、及びRPL13からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質に対し、工程b)で判定された発現比が1より高い場合であって、前記少なくとも1つのさらなるタンパク質が、少なくともHMGN1遺伝子によってコードされたタンパク質及びHMGA2遺伝子によってコードされたタンパク質を含むものである場合、
皮膚が老化の兆候を示すと判定されるものである工程、
を含む、方法。 - 対象の生理的皮膚の老化の目に見える兆候を減少又は回復させることが可能な美容処置の方法であって、
a)前記対象の皮膚サンプルにおいて、TUBB3遺伝子によってコードされた第1のタンパク質の発現レベル、並びにHMGN1、HIST1H2BK、PPFIA2、COX5A、MT1E、HMGN2、EEA1、CDV3、ZC3H11A、HMGA1、PTMA、SERBP1、PDAP1、TMSB10、PSMD9、CALM1、MT1G、TPM4、SPRR1B、GBF1、HDGF、HSPE1、DBI、TRIM6、PTMS、IMUP、SH3BGRL3、RPS28、STMN1、AHSG、PFDN6、SUMO2、PFDN2、NEB、HMGB1、TMSB4X、CLTB、MYH11、SRSF7、HMGA2、ATP6V1A、SQRDL、IDH3A、PFKP、PRDX3、RPS13、PDIA4、GSTO1、GSTP1、ACTR3、SLC2A1、CCT5、PSMB2、PLS3、PSMD2、IGHG4、及びRPL13からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現レベルを判定する工程であって、前記少なくとも1つのさらなるタンパク質が、少なくともHMGN1遺伝子によってコードされたタンパク質及びHMGA2遺伝子によってコードされたタンパク質を含むものである、工程、
b)工程a)で得られた第1のタンパク質の発現レベルを第1のタンパク質の参照発現レベルで割ることで第1のタンパク質の発現比を判定し、及び工程a)で得られた少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現レベルを少なくとも1つのさらなるタンパク質の参照発現レベルで割ることで少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現比を判定する工程であって、前記参照発現レベルが若年対象の皮膚サンプルにおける同じ遺伝子によってコードされるタンパク質のレベルである、工程、
c)皮膚が生理的皮膚の老化の兆候を示すかどうかを推定する工程であって、
TUBB3遺伝子によってコードされた第1のタンパク質に対し、工程b)で判定された発現比が1より高く、並びにHMGN1、HIST1H2BK、PPFIA2、COX5A、MT1E、HMGN2、EEA1、CDV3、ZC3H11A、HMGA1、PTMA、SERBP1、PDAP1、TMSB10、PSMD9、CALM1、MT1G、TPM4、SPRR1B、GBF1、HDGF、HSPE1、DBI、TRIM6、PTMS、IMUP、SH3BGRL3、RPS28、STMN1、AHSG、PFDN6、SUMO2、PFDN2、NEB、HMGB1、TMSB4X、CLTB、MYH11、及びSRSF7からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質に対し、工程b)で判定された発現比が1より低い、及び/又はHMGA2、ATP6V1A、SQRDL、IDH3A、PFKP、PRDX3、RPS13、PDIA4、GSTO1、GSTP1、ACTR3、SLC2A1、CCT5、PSMB2、PLS3、PSMD2、IGHG4、及びRPL13からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質に対し、工程b)で判定された発現比が1より高い場合であって、前記少なくとも1つのさらなるタンパク質が、少なくともHMGN1遺伝子によってコードされたタンパク質及びHM
GA2遺伝子によってコードされたタンパク質を含むものである場合、
皮膚が生理的皮膚の老化の兆候を示すと推定されるものである工程、及び
d)皮膚が生理的老化の兆候を示すと判定されると、前記対象を生理的皮膚の老化の目に見える兆候を減少又は回復させる美容組成物で処置する工程、
を含む、方法。 - 生理的皮膚の老化の目に見える兆候を減少又は回復させることが可能な物質を同定する方法であって、
a)皮膚サンプルを候補物質で処置する工程、
b)工程a)の前記皮膚サンプルにおいて、TUBB3遺伝子によってコードされた第1のタンパク質の発現レベル、並びにHMGN1、HIST1H2BK、PPFIA2、COX5A、MT1E、HMGN2、EEA1、CDV3、ZC3H11A、HMGA1、PTMA、SERBP1、PDAP1、TMSB10、PSMD9、CALM1、MT1G、TPM4、SPRR1B、GBF1、HDGF、HSPE1、DBI、TRIM6、PTMS、IMUP、SH3BGRL3、RPS28、STMN1、AHSG、PFDN6、SUMO2、PFDN2、NEB、HMGB1、TMSB4X、CLTB、MYH11、SRSF7、HMGA2、ATP6V1A、SQRDL、IDH3A、PFKP、PRDX3、RPS13、PDIA4、GSTO1、GSTP1、ACTR3、SLC2A1、CCT5、PSMB2、PLS3、PSMD2、IGHG4、及びRPL13からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現レベルを判定する工程であって、前記少なくとも1つのさらなるタンパク質が、少なくともHMGN1遺伝子によってコードされたタンパク質及びHMGA2遺伝子によってコードされたタンパク質を含むものである、工程、
c)処置されていない皮膚サンプルにおいて判定した第1のタンパク質の発現レベルを工程b)で得られた第1のタンパク質の発現レベルで割り第1のタンパク質の発現比を判定し、及び処置されていない皮膚サンプルにおいて判定した少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現レベルを工程b)で得られた少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現レベルで割り少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現比を判定する工程、
d)TUBB3遺伝子によってコードされた第1のタンパク質に対し、工程c)で判定された発現比が1より高く、並びにHMGN1、HIST1H2BK、PPFIA2、COX5A、MT1E、HMGN2、EEA1、CDV3、ZC3H11A、HMGA1、PTMA、SERBP1、PDAP1、TMSB10、PSMD9、CALM1、MT1G、TPM4、SPRR1B、GBF1、HDGF、HSPE1、DBI、TRIM6、PTMS、IMUP、SH3BGRL3、RPS28、STMN1、AHSG、PFDN6、SUMO2、PFDN2、NEB、HMGB1、TMSB4X、CLTB、MYH11、及びSRSF7からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質に対し、工程c)で判定された発現比が1より低い、及び/又はHMGA2、ATP6V1A、SQRDL、IDH3A、PFKP、PRDX3、RPS13、PDIA4、GSTO1、GSTP1、ACTR3、SLC2A1、CCT5、PSMB2、PLS3、PSMD2、IGHG4、及びRPL13からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質に対し、工程c)で判定された発現比が1より高い場合であって、前記少なくとも1つのさらなるタンパク質が、少なくともHMGN1遺伝子によってコードされたタンパク質及びHMGA2遺伝子によってコードされたタンパク質を含むものである場合、
生理的皮膚の老化の目に見える兆候を減少又は回復させる物質としての前記候補物質を同定する工程、
を含む、方法。 - 工程a)の前記皮膚サンプル及び工程c)の前記候補物質で処置されていない前記皮膚サンプルを皮膚の老化を引き起こす環境にさらす、請求項3に記載の方法。
- 前記皮膚サンプルが角化細胞を含む、請求項1~4のいずれか一項に記載の方法。
- 前記対象が白人である、請求項1~5のいずれか一項に記載の方法。
- 前記対象が女性である、請求項1~6のいずれか一項に記載の方法。
- TUBB3遺伝子によってコードされた第1のタンパク質の発現レベルを判定するための捕捉リガンド、並びに
HMGN1、HIST1H2BK、PPFIA2、COX5A、MT1E、HMGN2、EEA1、CDV3、ZC3H11A、HMGA1、PTMA、SERBP1、PDAP1、TMSB10、PSMD9、CALM1、MT1G、TPM4、SPRR1B、GBF1、HDGF、HSPE1、DBI、TRIM6、PTMS、IMUP、SH3BGRL3、RPS28、STMN1、AHSG、PFDN6、SUMO2、PFDN2、NEB、HMGB1、TMSB4X、CLTB、MYH11、SRSF7、HMGA2、ATP6V1A、SQRDL、IDH3A、PFKP、PRDX3、RPS13、PDIA4、GSTO1、GSTP1、ACTR3、SLC2A1、CCT5、PSMB2、PLS3、PSMD2、IGHG4、及びRPL13からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現レベルを判定するための少なくとも1つの捕捉リガンドであって、前記少なくとも1つのさらなるタンパク質が、少なくともHMGN1遺伝子によってコードされたタンパク質及びHMGA2遺伝子によってコードされたタンパク質を含むものであり、前記少なくとも1つの捕捉リガンドが、少なくともHMGN1遺伝子によってコードされたタンパク質の発現レベルを判定するための捕捉リガンド及びHMGA2遺伝子によってコードされたタンパク質の発現レベルを判定するための捕捉リガンドを含むものである、捕捉リガンド
を含む、皮膚の老化の兆候を示すかどうかを判定するためのキット。 - 前記捕捉リガンドが抗体である、請求項8に記載のキット。
- 皮膚サンプルにおいて、
TUBB3遺伝子によってコードされた第1のタンパク質の発現レベル、並びに
HMGN1、HIST1H2BK、PPFIA2、COX5A、MT1E、HMGN2、EEA1、CDV3、ZC3H11A、HMGA1、PTMA、SERBP1、PDAP1、TMSB10、PSMD9、CALM1、MT1G、TPM4、SPRR1B、GBF1、HDGF、HSPE1、DBI、TRIM6、PTMS、IMUP、SH3BGRL3、RPS28、STMN1、AHSG、PFDN6、SUMO2、PFDN2、NEB、HMGB1、TMSB4X、CLTB、MYH11、SRSF7、HMGA2、ATP6V1A、SQRDL、IDH3A、PFKP、PRDX3、RPS13、PDIA4、GSTO1、GSTP1、ACTR3、SLC2A1、CCT5、PSMB2、PLS3、PSMD2、IGHG4、及びRPL13からなる遺伝子の群から選択される遺伝子によってコードされた少なくとも1つのさらなるタンパク質の発現レベルであって、前記少なくとも1つのさらなるタンパク質が、少なくともHMGN1遺伝子によってコードされたタンパク質及びHMGA2遺伝子によってコードされたタンパク質を含むものである、発現レベル
を判定するための、請求項8又は9に記載のキットの使用であって、
前記キットが、前記少なくとも1つのさらなるタンパク質として、少なくともHMGN1遺伝子によってコードされたタンパク質の発現レベル及びHMGA2遺伝子によってコードされたタンパク質の発現レベルを判定するために用いられるものである、使用。
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