JP7083862B2 - 抗体の挿入可能な可変フラグメントおよびnkg2dリガンドの改変α1-α2ドメイン - Google Patents

抗体の挿入可能な可変フラグメントおよびnkg2dリガンドの改変α1-α2ドメイン Download PDF

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Description

本出願は、概して、Fvドメインの特異的な抗原結合性特性を有するポリペプチド、例えば抗体の挿入可能な可変フラグメント、およびNKG2Dリガンドの改変α1-α2ドメインの製造に関する。
ヒトを含めた多くの哺乳動物において、免疫グロブリン(Ig)としても知られている図1の抗体(Ab)は、細菌やウイルスなどの異物を同定して、中和するために免疫系によって使用される、大きくてY形のタンパク質である(Charles Janeway (2001). Immunobiology. (5th ed.), Chapter 3. Garland Publishing. ISBN 0-8153-3642-X.(NCBI Bookshelfを通した電子テキスト全文))。抗体は、抗原と呼ばれる外来標的の独特な部分を認識する。抗体の「Y」の2本のアームの各先端は、抗原結合部位、またはパラトープ(錠前に対する構造類似物)(抗原の1つの特定のエピトープ(同様に鍵に対する類似物)に特異的であり、これらの2つの構造物が厳密に一つに結合することを可能にする)を含んでいる。この結合機構を使用することで、抗体は、免疫系の他の部分による攻撃のために微生物または感染細胞にタグを付与できるか、または例えば、その侵襲および生存に不可欠な微生物の一部分をブロックすることによって、その標的を直接中和できる。抗体の産生は、液性、または「適応」、免疫系の主要な機能である。抗体は形質細胞によって分泌される。天然の抗体は、細胞から分泌される可溶性型、およびYの「ステム」によってB細胞の表面に結合している膜結合型の2つの物理的形態で生じる。
抗体は、免疫グロブリンスーパーファミリーに属する糖タンパク質であり、一般的に、それぞれ2つの大きい重鎖および2つの小さい軽鎖を有する-基本的な構造単位からできている。いくつかの異なったタイプの抗体重鎖、およびいくつかの異なった種類の抗体が存在し、そしてそれらは、それらがどの重鎖を有しているかに基づいて異なったアイソタイプに分類される。哺乳動物では5つの異なった抗体アイソタイプが知られている(Market E, Papavasiliou FN (October 2003). "V(D)J recombination and the evolution of the adaptive immune system". PLoS Biol. 1 (1): E16. doi:10.1371/journal.pbio.0000016. PMC 212695. PMID 14551913)。すべての抗体の一般構造は非常に似ているが、Y形タンパク質のそれぞれのアームの先端における小領域は非常に可変であり、わずかに異なった先端構造、または抗原結合部位を有する何百万もの抗体が存在することを可能にする。この領域は、超可変または可変領域として知られている。これらの天然の変異型のそれぞれが、異なった抗原に結合する。抗体のこの莫大な多様性が、免疫系が同様に幅広く異なった抗原に適合し、認識することを可能にしている(Hozumi N, Tonegawa S (1976). "Evidence for somatic rearrangement of immunoglobulin genes coding for variable and constant regions". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 73 (10): 3628-3632. doi:10.1073/pnas.73.10.3628. PMC 431171. PMID 824647.)。
天然の「Y」形Ig分子は4個のポリペプチド鎖;ジスルフィド結合によって接続された2つの同一の重鎖および2個の同一の軽鎖、から成る、図1。各重鎖には、2つの主要領域、定常領域(CH)および可変領域(VH)がある。定常領域は、同じアイソタイプの抗体すべてで実質的に同一であるが、しかし、異なったアイソタイプの抗体において異なる。また、軽鎖にも、2つの連続するドメイン:より小さい定常領域(CL)および可変領域(VL)がある(Woof J, Burton D (2004). "Human antibody-Fc receptor interactions illuminated by crystal structures." Nat Rev Immunol 4 (2): 89-99. doi:10.1038/nril266. PMID 15040582)。
抗体のいくつかの部分は同じ機能を有する。例えば、Yの2つのアームのそれぞれは、抗原に結合できる部位を含み、そのため、特定の異物を認識する。抗体のこの領域はFv(フラグメント、可変)領域と呼ばれる。それは、抗体の重鎖の1つの可変領域(VH)および軽鎖の1つの可変ドメイン(VL)で構成される(Hochman J, Inbar D, Givol D (1973). An active antibody fragment (Fv) composed of the variable portions of heavy and light chains. Biochemistry 12 (6): 1130-1135. doi:10.1021 bi00730a018. PMID 4569769)。パラトープは、Fvの一端にて形作られるので、抗原に結合するための領域である。それには、それぞれVL上およびVH上の3つのβ鎖の可変ループが含まれて、抗原への結合に関与する、図2。これらの6個のループは、相補性決定領域(CDR)とも呼ばれる(North B, Lehmann A, Dunbrack RL (2010). "A new clustering of antibody CDR loop conformations". J Mol Biol 406 (2): 228-256. doi:10.1016/j.jmb.2010.10.030. PMC 3065967. PMID 21035459)。
特異的な抗原結合機能を有する有用なポリペプチドは、抗体の可変領域のCDRから得られる。それぞれ3つのCDRを有するこれらの2つの抗体可変領域、軽鎖の1つ(VL)と重鎖(VH)の1つは、10~約25アミノ酸から成る単一の、短いリンカーペプチドを使用して、タンデムで、いずれかの順序で融合されて、重鎖および軽鎖可変ドメインのそれぞれ1つを含む直鎖一本鎖可変フラグメント(scFv)ポリペプチドを作成できる、図3(Bird, R. E., Hardman, K. D., Jacobson, J. W., Johnson, S., Kaufman, B. M., Lee, S. M., Lee, T., Pope, S. H., Riordan, G. S., and Whitlow, M. (1988) Single-chain antigen-binding proteins, Science 242, 423-426; Huston, J. S., Levinson, D, Mudgett-Hunter, M, Tai, M-S, Novotny, J, Margolies, M.N., Ridge, R., Bruccoleri, RE., Haber, E., Crea, R., and Opperman, H. (1988). Protein engineering of antibody binding sites: Recovery of specific activity in an anti-digoxin single- chain Fv analogue produced in Escherichia coli. PNAS 85: 5879-5883)。
リンカーは、通常、柔軟性のためにグリシンが多く、ならびに溶解性のためにセリン、トレオニン、または荷電アミノ酸が多く、かつ、VHのN末端をVLのC末端と接続するか、またはその逆のいずれかであり得る。このタンパク質は、定常領域の除去と一つのリンカーの導入にもかかわらず、本来の免疫グロブリンの特異性を維持している。この形式は、scFvの抗原結合特性を親タンパク質に与えるために、組換えDNA技術の当業者が親タンパク質のNまたはC末端に直鎖scFvを遺伝的に融合することを可能にする。数多くの他の多価およびタンデムscFv領域の配置の提案または作製が存在するが、重要なことには、以下で記載するように、すべてが少なくとも2つの空間的に離れた末端を有する、図4(Le Gall, F.; Kipriyanov, SM; Moldenhauer, G; Little, M (1999). "Di-, tri- and tetramenc single chain Fv antibody fragments against human CD 19: effect of valency on cell binding". FEBS Letters 453 (1): 164-168. doi:10.1016/S0014-5793(99)00713-9. PMID 10403395)。
今の開示は、ポリペプチドに付加した、いくつかの実施形態において、抗体または抗体のフラグメントに付加したNKG2Dリガンドの改変α1-α2ドメインに関する。いくつかの態様において、本開示は、軽鎖および重鎖抗体可変領域から得られた抗原結合性ペプチドに関し、そしてそれは、2つのリンカー領域と分割された可変ドメインを含む。
そのY形の構造と構造成分を示す典型的な哺乳類の抗体のコンピューター画像プリントアウト(cartoon)。
Hの3つの標識された(相補性決定領域)CDRおよびVL CDRの3つの非標識ループ(それらはパラトープまたは抗原結合部位を形成する)を示す天然の哺乳類の抗体のFv領域の構造のコンピューター画像プリントアウト。
左側にN末端および右側にC末端を含んでいる抗原結合部位を有する一本鎖可変フラグメント(scFv)の2種類の可能な構造のコンピューター画像プリントアウト。各scFvの単一リンカー領域、またはリンカーペプチドが矢印として示されている。
(scFvの)多価の一本鎖可変フラグメント。二価(上部)および三価(下部)scFvs、タンデム(左側)および二量化/三量化形式(右側)の構造。それぞれが2以上の空間的に離れた自由端を有することに注意する。
挿入可能な可変フラグメント、iFvの略図。挿入可能な可変フラグメント、iFvの略図。(A)iFv形式のドメイントポロジーを示す、FGFR3結合抗体からの可変軽(VL)および可変重(VH)ドメインの構造。灰色の矢印は2つのリンカー領域(LR)を表しているが、そのうちの一方のみが、伝統的にVLとVHの末端を接続するのに使用されて、scFvを作り出す。点線の縁を有するLRは、VH(分子の後ろに見える)のN末端にVLのC末端を接続した。棒線の縁を有するLRは、VHのC末端をVLのN末端に接続した。分割されたVLドメインのセグメントが、テキストで記載したようにNtおよびCtと標識される。鎖1(SI)および鎖2(S2)の間のN末端とC末端の非天然対の作成の結果として、VLがN末端セグメント(VLN)とC末端セグメント(VLC)に分割された。VLおよびVHの6つのCDRが図面上部にループとして表されている。(B)スペーサー領域(SR)の有無に関わらずMICA-α3のループ1(LI)内にiFvを挿入するためのドメインレイアウトのスキーム。また、iFvは同様にループ2(L2)および/またはループ3(L3)内にも挿入される場合がある。
改変sMICA分子のFGFR3コートウェルへの結合に関する滴定曲線。結合したsMICAを、NKG2D-Fcを使用したELISAによって検出して、二重特異性活性を確認した。両バージョンの挿入可変フラグメント(MICA-α3-iFv.1およびMICA-α3-iFv.2)が、scFvのC末端融合物(MICA-scFv)に匹敵するくらいFGFR3を結合した。
MICA-α3-iFv.2の熱安定性。表示した温度(摂氏度)に1時間晒した後の、FGFR3コートウェルに結合したMICA-scFv(A)またはMICA-α3-iFv.2(B)のELISA滴定曲線。MICA-α3-iFvは80℃に晒した後にFGFR3への強い結合を示したが、MICA-scFvは70℃に晒した後に著しく活性を失った。
NK媒介標的細胞溶解アッセイ。NKLエフェクター細胞を、15:1のエフェクター:標的比にてカルセイン添加FGFR3発現P815標的細胞と共にインキュベートした。陰性対照MICA(sMICA)の濃度増大は標的細胞溶解に対して効果がなかったが、表示したFGFR3結合MICA-α3-iFv変異型は、標的細胞溶解を刺激した。MICA-scFvと比較して、両MICA-α3-iFv変異型は、より多くの標的細胞溶解を誘導した。
CD20特異的sMICA変異型の標的結合活性および細胞溶菌活性。MICA-α3-iFv.3は、ELISAにおいてCD20コートウェルへの滴定可能な結合を示し(A)、かつ、CD20発現Ramos細胞のNK媒介性細胞溶解も促進した(B)。(B)では、NKLエフェクター細胞を、15:1のエフェクター:標的比にてカルセイン添加CD20発現Ramos細胞と共にインキュベートし、そして、陰性対照(sMICA)またはMICA-α3-iFv.3のいずれかの濃度を高めた。
FGFR3コートウェルに結合するNKG2DL-α3-iFv.2タンパク質に関する滴定曲線。結合タンパク質を、NKG2D-Fcを使用したELISAによって検出して、二重特異性活性を確認した。試験したNKG2DL-α3-iFv.2タンパク質のすべてのバージョン(OMCP、ULBP1、2、3、4、6)が同様にFGFR3に結合した。
NK媒介性標的細胞溶解アッセイ。NKLエフェクター細胞を、15:1のエフェクター:標的比にてカルセイン添加FGFR3発現P815標的細胞と共にインキュベートした。陰性対照MICA(sMICA)の濃度増大は標的細胞溶解に対して効果がなかったが、それぞれ表示したNKG2DL-α3-iFv.2タンパク質は標的細胞溶解を刺激した。
NKG2D親和性を促進するためのMICAのα1-α2ドメインの構造特異的突然変異。(A)NKG2D結合表面を有するMICA(PDB1HYR)のα1-α2ドメインの構造を、暗灰色に色づけされた57個の残基に対してマッピングした。(B)6つの位置が、NKG2D親和性突然変異のために重要な位置と同定された。野生型アミノ酸残基を標識し、それらの側鎖を暗灰色の球で示した。
α1-α2変異型を親和性で格付けするためのNKG2D-Fc競合ELISA。(A)ヒトNKG2D-FcのMICAをコートしたプレートへの結合を阻害するα1-α2親和性変異型(15~18)、野生型(WT)、またはWED可溶性MICAタンパク質のパネルに関する滴定データ。(B)(A)と同じタンパク質セットをマウスNKG2D-Fcに対して滴定した。両アッセイにおいて、変異型15、16、17、および18が、WTおよびWEDタンパク質の両方より有意に少ないIC50値を示した。平衡状態のIC50値が表3に示されている。
Octet機器によるバイオレイヤー干渉法によって計測されるように、NKG2Dへのα1-α2変異型の結合に関する結合速度および解離速度の分析。反応速度をα1-α2変異型のパネルに関して追跡する。結合相と解離相を、単一指数1:1結合方程式を使用して適合させ、その適合から得られた結合および解離速度定数が表3に示されている。
α1-α2変異型標的FGFR3発現細胞に関するNK媒介性標的細胞殺滅アッセイ。NKLエフェクター細胞を、15:1のエフェクター:標的比にてカルセイン添加FGFR3発現P815標的細胞と共にインキュベートした。陰性対照MICA(sMICA)の濃度増大は標的細胞溶解に対して効果がなかったが、表紙したα1-α2変異型は標的細胞溶解を刺激した。WTおよびWED-MICAに対して、変異型16、17、および18は低濃度にて著しく増強された殺滅を示した。
Octet機器によるバイオレイヤー干渉法によって計測されるように、NKG2Dへのα1-α2変異型20、25、および48の結合に関する結合速度および解離速度の分析。結合相と解離相を、単一指数1:1結合方程式を使用して適合させ、その適合から得られた結合および解離速度定数が表5に示されている。
α1-α2変異型16、25およびWED標的FGFR3発現P815標的細胞に関するNK媒介性標的細胞殺滅の、カルセインベースのアッセイ。
MICAおよびULBPからのα1-α2ドメインのタンパク質配列アラインメント(配列番号77~83)。灰色で強調したアミノ酸が、ULBP2(60個のアミノ酸)およびULBP3(36個のアミノ酸)におけるNNK突然変異誘発のために選択された。黒色で強調した残基は、NKG2Dに対する結合親和性を調節する突然変異と選択および同定されるのに重要な位置と同定された(表6および7)。
NKG2Dに結合するULBP変異型のファージELISA力価測定。(A)ファージ上に提示されたULBP2変異型が、NKG2Dに対して滴定され、そして、相対的結合親和性が天然ULBP2(WT、黒丸)に対して計測された。(B)ファージ上に提示されたULBP3変異型が、NKG2Dに対して滴定され、そして、相対的結合親和性が天然ULBP3(WT、黒丸)に対して計測された。
FGFR3特異的抗体の重鎖(A)または軽鎖(B)への天然(WT)、改変された変異型WED、25または48α1-α2ドメイン融合物が、NK依存性標的細胞殺滅に影響を及ぼした。重鎖(C)または軽鎖(D)のいずれかと変異型25および48との融合が、WED変異型および天然(WT)融合物と比較して、殺滅の程度および殺滅の効果を有意に高めた。
ヒトEGFR(A)、HER2(B)、またはPDL1(C)を標的とする抗体の重鎖または軽鎖と変異型25α1-α2ドメインとの融合が、NKL細胞媒介性標的細胞殺滅をそれぞれ高めた。それぞれの親抗体、セツキシマブ(A)、トラスツズマブ(B)、および抗PDL1(C)によるわずかな殺滅または殺滅の欠如が示されている。
変異型25α1-α2ドメインのトラスツズマブベースの融合物は、生体内においてNK細胞を作動状態にする。親トラスツズマブ、トラスツズマブHC_25融合物、およびトラスツズマブLC_25融合物を、Alexa Fluorと結合させた。3匹のC57BL/6マウスから成る群に、単回投与の100μgの親、HC融合物またはLC融合物を注射し;そして、血液を、血漿PK ELIS As(A)および末梢NK細胞に結合した蛍光標識分子のフローサイトメトリー分析(B)のための表示した時間にて各動物から抜いた。
変異型25と融合したトラスツズマブ親(A)、トラスツズマブベースのHC(B)およびトラスツズマブ-LC(C)を投与した、実施例7および図21に記載したのと同じ動物で生じた抗薬物抗体。対照(Ctrl)血漿は、どの抗体含有剤も投与しなかったマウス由来の血漿であった。
実施例7および図21~22に記載のように、トラスツズマブ-HCおよび-LCと融合した変異型25α1-α2ドメインを投与した動物で産生される抗体は、親抗体(A)およびα1-α2ドメイン(B)の両方に結合した。
変異型25への抗PDL1融合物の抗腫瘍活性。同種同系MC38腫瘍をC57BL/6マウスに皮下移植し、そして、腫瘍を平均100mm3まで増殖させた後に処置を開始した。処置開始時に、1群あたり10匹のマウスから成る4つのコホートを、1、4、および7日目にビヒクル、抗CTLA4(100μg i.p.)、親抗PDL1(300μg i.v.)、または抗PDL1 HC_25融合物(300μg i.v.)で非経口的に処置した。腫瘍体積(立方mm)を表示した時点にて各動物で計測した。 発明の詳細な説明
いくつかの態様において、本発明は、挿入可能な可変フラグメント(iFv)ペプチドに関する。多価scFv構造を含むscFv分子のC末端およびN末端は空間的に離れているので、(単数もしくは複数の)その折り畳みを乱すかまたは不安定化することなしに、および/またはそれらの抗原結合性特性を維持するためにCDRまたは超可変領域を適切に配置するのに必要とされるFvフレームワークを乱すことなしに、親または受容タンパク質のタンパク質折り畳み内に埋め込まれたループ領域内に、scFv構造を挿入できない。
可変フラグメントまたは親タンパク質の構造的な折り畳みを乱すことなく初期の親タンパク質分子の1もしくは複数のループ領域内に最大6つのCDRを含む抗体の可変フラグメントを挿入するために、我々は、軽鎖およびと重鎖抗体可変ドメインから得られた新しいクラスの抗原結合ペプチドを発明した。新構造は、分割された可変ドメインに加えて、scFv構造の従来の一つのリンカーよりむしろ、2つのリンカー領域を含む。概念的に、可変軽(VL)重(VH)ドメインの標準的な末端を、連続または「円形」ペプチド内に融合した。次に、Fvの6つのCDRのすべてを含むその円形ペプチド構造を、いくつかの可能な新規部位の1つにて概念的に分割して、挿入可能なFv(iFv)を作成する。非天然の分割された部位が、ループの先端または湾曲部にまたはその付近にて軽鎖または重鎖可変ドメインのいずれかの中に作成されて、構造、安定性、または望ましい機能を乱すことなく他の(親または受容)タンパク質またはポリペプチドのループ内に挿入可能なように、互いに空間的に近位に、好ましくは0.5~1.5nm以内に新しく、独特なNまたはC末端を作り出すことができる。ペプチドのこの新しいクラスは、挿入可能な可変フラグメント(iFv)と呼ばれる。iFvによって受容分子に伝えらる結合または標的化特異性は、異なった抗体もしくはscFvベースの別のまたは異なったiFVの受容個体への挿入、あるいは、既存の挿入可能なiFvの1つ以上のCDRを置換することによって変更できる。
他のタンパク質内にFvドメインの特異的な抗原結合特性を示す1もしくは複数のiFvポリペプチドを挿入し、その結果新規な結合特性を与えることは、複数の有用性を有する。斯かる用途としては、これだけに限定されるものではないが、親タンパク質が特定の抗原に結合すること、抗原を標的化すること、抗原の存在を検出すること、抗原を取り除くこと、抗原または抗原を発現する細胞にペイロードを送達するために抗原と接触するかまたは近づくこと、抗原を動員すること、および抗原の存在を画像化することを可能にすることが挙げられる。ペイロードは、iFvのアミノ末端とカルボキシ末端の一方にまたはその両方に直接結合されても、または親タンパク質またはペプチドを介して間接的に結合されてもよい。ペイロードの例としては、これだけに限定されるものではないが、発色団、フルオロフォア、ファルマコホア、原子、重同位体または放射性同位体、造影剤、化学療法薬、または毒素が挙げられる。ペイロードを添加したiFvは、iFvが特異的に結合する標的分子の場所を突き止めおよび存在を同定し、そして、小さくて、安定した試験管内または生体内における造影剤または診断薬としての役目を果たす。加えて、例えば、悪性腫瘍または感染の処置としてiFv-薬剤コンジュゲートを作成するために、化学療法薬または毒性分子を、iFvペプチドのアミノ末端とカルボキシ末端の一方または両方に結合させる。一つのペイロードは、2つの末端にまたがるかまたは接続するようにiFvペプチドのアミノ末端とカルボキシ末端の両方に結合されてもよい;斯かるまたがりは、エクソペプチダーゼ溶解から末端をブロックするかまたは変性またはアンフォールディングからiFvを保護することによってiFvをさらに安定化させ得る。
iFvペプチドの挿入の候補である親または受容タンパク質またはポリペプチドの例としては、これだけに限定されるものではないが、抗体、Ig折り畳みまたはIgドメインから成るタンパク質、グロブリン、アルブミン、フィブロネクチンおよびフィブロネクチンドメイン、インテグリン、蛍光タンパク質、酵素、外膜タンパク質、受容体タンパク質、T細胞受容体、キメラ抗原受容体、ウイルス抗原、ウイルスカプシド、細胞受容体のウイルス性リガンド、高分子量バクテリオシン、ヒストン、ホルモン、ノッティン(knottins)、環状ペプチドまたはポリペプチド、主要組織適合性(MHC)ファミリータンパク質、MICタンパク質、レクチン、およびレクチンのリガンドが挙げられる。また、iFv構造を、例えば多糖質、デンドリマー、ポリグリコール、ペプチドグリカン、抗生物質、およびポリケチドなどの非タンパク質受容分子の中に挿入することも可能である。
免疫系のナチュラルキラー(NK)細胞および特定の(CD8+αβおよびγδ)T細胞は、ヒトおよび他の哺乳動物において、新生細胞およびウイルス感染細胞に対する最前線の先天性防御としての重要な役割を有する(Cerwenka, A., and L.L. Lanier. 2001. NK cells, viruses and cancer.Nat.Rev.Immunol.1:41-49)。NK細胞および特定のT細胞は、それらの表面上に、標的細胞を認識して病的細胞に対する先天性防御を活性化させることに寄与する、優れたホモ二量体の表面免疫受容体であるNKG2Dを示す(Lanier,LL,1998.NK cell receptors.Ann.Rev.Immunol.16:359-393;Houchins JP et al.1991.DNA sequence analysis of NKG2,a family of related cDNA clones encoding type II integral membrane proteins on human NK cells.J.Exp.Med.173:1017-1020;Bauer,S et al.,1999.Activation of NK cells and T cells by NKG2D,a receptor for stress-inducible MICA. Science 285:727-730)。ヒトNKG2D分子は、配列が84%同一または相同な同族リガンドである単量体MICAおよびMICB(主要組織適合遺伝子複合体(MHC)クラスI鎖関連糖タンパク質(MIC)の多形類似体)に結合するC型レクチン様細胞外ドメインを有する(Weis et al.1998.The C-type lectin superfamily of the immune system.Immunol.Rev.163:19-34; Bahram et al.1994.A second lineage of mammalian MHC class I genes. PNAS 91:6259-6263; Bahram et al.1996a.Nucleotide sequence of the human MHC class I MICA gene. Immunogentics 44:80-81; Bahram and Spies TA.1996.Nucleotide sequence of human MHC class I MICB cDNA. Immunogenetics 43:230-233)。MICAおよびMICBの非病的発現は、腸上皮、ケラチノサイト、内皮細胞、および単球に限定されているが、増殖、酸化、および心ショック等の多くの種類の細胞ストレスに応答して、これらのMICタンパク質の異常な表面発現が起こり、その細胞を病的であると特徴付ける(Groh et al. 1996. Cell stress-regulated human MHC class I gene expressed in GI epithelium. PNAS 93:12445-12450; Groh et al.1998.Recognition of stress-induced MHC molecules by intestinal γδΤ cells.Science 279:1737-1740; Zwirner et al.1999.Differential expression of MICA by endothelial cells, fibroblasts, keratinocytes and monocytes. Human Immunol.60:323-330)。また、MICタンパク質の病的発現も、いくつかの自己免疫疾患に関与していると考えられる(Ravetch, JV and Lanier LL. 2000. Immune Inhibitory Receptors. Science 290:84-89; Burgess, SJ. 2008. Immunol. Res. 40:18-34)。不要な攻撃から健康な細胞を保護する一方で、様々な緊急の合図を同定してそれに応答するための手段を免疫系に提供するために、例えば多形MICAおよびMICBなどのNKG2Dリガンドの特異的制御は重要である(Stephens HA,(2001)MICA and MICB genes: can the enigma of their polymorphism be resolved? Trends Immunol.22:378-85; Spies, T.2008. Regulation of NKG2D ligands: a purposeful but delicate affair. Nature Immunol.9:1013-1015)。
ウイルス感染は、MICタンパク質の発現の一般的な誘導因子であり、NK細胞またはT細胞の攻撃のためにウイルスに感染した細胞を同定する(Groh et al.1998;Groh et al. 2001. Co-stimulation of CD8+αβΤ-cells by NKG2D via engagement by MIC induced on virus-infected cells. Nat. Immunol. 2: 255-260; Cerwenka, A., and L.L. Lanier. 2001)。実際、宿主細胞に対するそのような攻撃を回避するために、サイトメガロウイルスおよび他のウイルスは、先天性免疫系の逆襲から逃れるために、それらが感染する細胞の表面上のMICタンパク質の発現を防止する機構を発達させた(Lodoen, M., K. Ogasawara, J. A. Hamerman, H. Arase, J.P. Houchins, E.S. Mocarski, and L.L. Lanier. 2003. NKG2D-mediated NK cell protection against cytomegalovirus is impaired by gp40 modulation of RAE-1 molecules.J.Exp.Med.197:1245-1253; Stern-Ginossar et al,(2007)Host immune system gene targeting by viral miRNA. Science 317:376-381;Stern-Ginossar et al,(2008)Human micro RNAs regulate stress-induced immune responses mediated by the receptor NKG2D. Nature Immunology 9:1065-73;Slavuljica,I A Busche, M Babic, M Mitrovic, I Gasparovic, D Cekinovic, E Markova Car, EP Pugel, A Cikovic, VJ Lisnic, WJ Britt, U Koszinowski, M Messerle, A Krmpotic and S Jonjic.2010.Recombinant mouse cytomegalovirus expressing a ligand for the NKG2D receptor is attenuated and has improved vaccine properties. J. Clin. Invest. 120: 4532-4545)。
肺癌および神経膠芽腫脳腫瘍等の悪性細胞等の多くの悪性細胞も、それらのストレスにもかかわらず、MICタンパク質の発現を回避し、その結果、それらも先天性免疫系を逃れるため、ことさら悪性度が高くなり得る(Busche, A et al. 2006, NK cell mediated rejection of experimental human lung cancer by genetic over expression of MHC class I chain-related gene A. Human Gene Therapy 17:135-146; Doubrovina, ES, MM Doubrovin, E Vider, RB Sisson, RJ O’Reilly, B Dupont, and YM Vyas, 2003. Evasion from NK Cell Immunity by MHC Class I Chain-Related Molecules Expressing Colon Adenocarcinoma(2003) J. Immunology 6891-99; Friese, M. et al. 2003. MICA/NKG2D-mediated immunogene therapy of experimental gliomas. Cancer Research 63:8996-9006;Fuertes, MB, MV Girart, LL Molinero, CI Domaica, LE Rossi, MM Barrio, J Mordoh, GA Rabinovich and NW Zwirner. (2008) Intracellular Retention of the NKG2D Ligand MHC Class I Chain-Related Gene A in Human Melanomas Confers Immune Privilege and Prevents NK Cell-Mediated Cytotoxicity.J.Immunology,180:4606-4614)。
NKG2Dに結合したヒトMICAの高分解能構造が解明されており、MICAのα3ドメインは、NKG2Dと直接的には相互作用しないことが示されている(Li et al. 2001. Complex structure of the activating immunoreceptor NKG2D and its MHC class I-like ligand MICA. Nature Immunol.2:443-451;Protein Data Bank accession code 1HYR)。MICAのα3ドメインは、MICBのα3ドメインと同様に、短い可撓性のリンカーペプチドによってα1-α2プラットフォームドメインに接続され、それ自体がプラットフォームと、MICを発現する細胞の表面との間の「スペーサー」として天然に位置する。ヒトMICAおよびMICBのα3ドメインの三次元構造は、ほぼ同一であり(94C-αα’s上で平均二乗距離の平方根<1Å)、機能的に交換可能である(Holmes et al. 2001. Structural Studies of Allelic Diversity of the MHC Class I Homolog MICB, a Stress-Inducible Ligand for the Activating Immunoreceptor NKG2D.J Immunol.169:1395-1400)。
本明細書で使用される場合、「可溶性MICタンパク質」、「可溶性MICA」、および「可溶性MICB」は、MICタンパク質のα1、α2、およびα3ドメインを含むが、貫通膜または細胞内ドメインを含まないMICタンパク質を指す。
可溶性MICタンパク質のα1-α2プラットフォームドメインは、α3ドメインに繋ぎ止められ、哺乳動物の細胞間または血管内の空間において拡散性である。好ましくは、本発明の非天然MICタンパク質のα1-α2プラットフォームドメインは、ヒトMICAまたはMICBタンパク質の野生型または天然のα1-α2ドメインと少なくとも80%同一または相同であり、NKG2Dに結合する。いくつかの実施形態において、α1-α2プラットフォームドメインは、ヒトMICAまたはMICBタンパク質の野生型または天然のα1-α2プラットフォームドメインと80%同一であり、NKG2Dに結合する。他の実施形態において、α1-α2プラットフォームドメインは、ヒトMICAまたはMICBタンパク質の野生型または天然のα1-α2プラットフォームドメインと90%、95%、96%、97%、98%、または99%同一であり、NKG2Dに結合する。
いくつかの実施形態において、異種ペプチドタグは、可溶性MICタンパク質の精製を補助するために、α1-α2ドメインまたは可溶性MICタンパク質のN末端またはC末端に融合されてもよい。タグ配列は、ポリヒスチジン、myc-ペプチド、またはFLAGタグ等のペプチドを含む。そのようなタグは、当業者に既知の方法によってMIC分子の単離後に除去されてもよい。
本明細書中で使用される場合、「ペプチド」、「ポリペプチド」、および「タンパク質」は互換的に使用され;「異種分子」、「異種ペプチド」、「異種配列」または「異種原子」は、それぞれ天然にまたは通常、対象分子との物理的な関連が見られない分子、ペプチド、核酸、アミノ酸配列、または原子である。
「~を含む(including)」、「~を含む(containing)」、または「~によって特徴付けられる」と交換可能に使用される「含む(comprising)」という用語は、包括的または開放型言語であり、追加の列挙されていない要素または方法ステップを除外しない。「~からなる」という句は、特許請求の範囲に規定されていないあらゆる要素、ステップ、または成分を除外する。「~から本質的になる」という句は、特許請求の範囲の範囲を、規定される材料またはステップ、および請求される発明の基盤および新規特徴に大きな影響を及ぼすことのないものに限定する。本発明の開示は、これらの句の各々の範囲に対応する本発明の実施形態、組成物、および方法を企図する。よって、列挙される要素またはステップを含む組成物または方法は、組成物または方法が、これらの要素またはステップから本質的になるかまたはなる具体的な実施形態を企図する。
本明細書に列挙される全ての参考文献は、以前に明示的に組み込まれているかまはいないかにかかわらず、参照によって、それらの全体が本明細書に組み込まれる。本明細書で使用される場合、「a」、「an」、および「any」という用語は、各々、単数形および複数形の両方を含むことを意図する。
本発明について十分に説明してきたが、当業者は、本発明の主旨および範囲から逸脱することなく、また過度な実験を行うことなく、様々な同等のパラメータ、濃度、および条件においてそれを実施することができることを理解するであろう。本発明は、その特定の実施形態に関連して説明されてきたが、さらなる変更が可能であることを理解されたい。本出願は、一般に本発明の原理に従い、また本発明が関連する技術における既知のまたは一般的な慣行に属するような、本発明の開示からのそのような逸脱を含む、本発明のいかなる変形、使用、または改作も包含することを意図し、上文に記載される本質的な特徴に適用されてもよい。
iFvおよびNKG2Dリガンドの改変α1-α2ドメインに関する実施例
実施例1(iFv).具体例として、我々は、以下の順:(親ペプチドとして)ヒトMICAのα3ドメインの第182アミノ酸~第194アミノ酸(α3ドメインのループ1の始まり)、スペーサーなしまたはGGSアミノ酸スペーサー領域(SR)、線維芽細胞増殖因子受容体3(FGFR3)結合抗体の構造に基づくiFvペプチド(MAbR3; Qing, J., Du, X., Chen, Y., Chan, P., Li, H., Wu, P., Marsters, S., Stawicki, S., Tien, J., Totpal, K., Ross, S., Stinson, S., Dornan, D., French, D., Wang, Q. R., Stephan, J. P., Wu, Y., Wiesmann, C, and Ashkenazi, A. (2009) Antibody-based targeting of FGFR3 in bladder carcinoma and t(4;14)-positive multiple myeloma in mice, The Journal of clinical investigation 119, 1216-1229)、スペーサーなしまたは別のGGSスペーサー領域、第196アミノ酸で始まるα3ドメインのループ1の遠位部、でコードし、かつ、可溶性MICA分子の第276アミノ酸までのα3ドメインの残りのカルボキシ末端部分を含む、1126bpおよび1144bpのDNA断片を合成した(それぞれ配列番号1および2)。次に、それぞれの合成の、二本鎖DNAポリヌクレオチドはMICAのα3ドメインのループ1内に挿入されたiFvの形態で6つのCDRを含むポリペプチドをコードした。
配列番号4によってコードされるこのiFvペプチド(配列番号3)自体は、残基GGSSRSSSSGGGGSGGGG(配列番号5)に相当する2つの同一の典型的なリンカー領域(LR)を含んだ(Andris-Widhopf, J., Steinberger, P., Fuller, R., Rader, C, and Barbas, C. F., 3rd. (2011) Generation of human Fab antibody libraries: PCR amplification and assembly of light- and heavy-chain coding sequences, Cold Spring Harbor protocols 2011)。1つのLRがVLのC末端をVHドメインのN末端につなぎ合わせ、そして、第二のLRが、VHドメインのC末端をVLのN末端につなぎ合わせた。概念的に、この新構造は、先に参照した連続または「円形」ペプチドであり、始めのFvの6つのCDRが含まれた。抗体の可変のVL鎖は、β鎖1と2(S1とS2)の間のループ領域内で効果的に分割され、その結果、付随する一対の新規、非天然C末端およびN末端のそれぞれを有する新しいN末端セグメント(VLN)および新しいC末端セグメント(VLC)を作り出した、図5A。末端のこの対は、例えばタンパク質などの受容分子へのiFvの付加または結合のための1つの部位を作り出した。親α3ドメイン内に挿入されたiFvの図解を図5Bに示す。
α3ドメイン内に挿入された異種iFvペプチドを用いて可溶性MICAタンパク質を作製するために、我々は、それぞれα3-iFv.1(配列番号6)およびα3-iFv.2(配列番号7)をコードするDNA配列(配列番号1および2)が入ったバキュロウイルス発現ベクターを作り出した。DNA断片を、PCRによって増幅し、NcolおよびEcoRI制限酵素を使用して消化し、バキュロウイルス発現ベクター、SW403内にサブクローニングし、そして、野生型α3ドメインを置換した。SW403は、その中に野生型sMICA(第1~276残基)が5’BamHIおよび3’EcoRI部位を使用してあらかじめクローニングされた、pVL1393(Invitrogen, Inc.)由来のバキュロウイルス発現ベクターである。新しい発現ベクターを、バキュロウイルスDNAと共にSF9昆虫細胞内に形質移入し、バキュロウイルスを、2増幅サイクルにわたり培養し、そして、製造業者のプロトコール(Invitrogen)に従って、T.ni昆虫細胞におけるHisタグ付与MICA-α3-iFvタンパク質の発現に使用した。発現を、100mLの体積中で3日間実施し、そして、Ni親和性クロマトグラフィーを使用した分泌可溶性タンパク質の精製のために、成長培地を採集した。SDS-PAGEによてt決定した場合に、60.9kDaの予想分子量を有する>90%の純度まで、単量体MICA-α3-iFvを精製した。機能の特徴づけを、結合ELISAおよび試験管内における標的細胞殺滅アッセイを使用して実施した。
精製したMICA-α3-iFvタンパク質をFGFR3結合ELISAで試験して、FGFR3標的およびNKG2D受容体への同時結合を確認した。リン酸緩衝生理食塩水(PBS)中のFGFR3を、2μg/mlの濃度でMaxisorpプレート上にコートした。それぞれのMICAタンパク質を、滴定し、1時間FGFR3に結合させ、そして、洗浄して、非結合sMICAタンパク質を取り除いた。結合したMICA-α3-iFvタンパク質を、NKG2D-Fcおよび抗Fc-HRPコンジュゲートを使用して検出した。図6は、FGFR3へのMICA-α3-iFv.1およびMICAα3-iFv.2の両方の結合が、MAbR3から構築された従来のscFvを可溶性MICAのC末端と融合することによって作られたMICA-scFvの結合に匹敵していたことを示す。これらのELISA結果はまた、それぞれ、scFvおよびα1-α2ドメインのFGFR3およびNKG2D結合特異性の両方が、改変したMICAによって維持され、そして、異なったスペーサー形式を使用して挿入されたiFvペプチドが機能的であったことを実証した。
我々は、sMICA-α3-iFv.2の熱安定性を試験し、そして、sMICA-scFvのものと比較した。両方のタンパク質を、60-90℃の高温に1時間さらし、次に、1時間室温と平衡状態にさせ、その後、ELISAによって結合特性についてアッセイした。図7の結果は、MICA-α3-iFv.2がFGFR3に対する特異的結合を失うことなく80℃程度の高い温度にさらされ得ることを示した。従来のMICA-scFvは70℃にて結合活性を失った。この結果は、本発明のiFv形式を含む可溶性MICAが、従来のscFv末端融合物より有意に安定していることを示した(Miller, B. R., Demarest, S. J., Lugovskoy, A., Huang, F., Wu, X., Snyder, W. B., Croner, L. J., Wang, N., Amatucci, A., Michaelson, J. S., and Glaser, S. M. (2010) Stability engineering of scFvs for the development of bispecific and multivalent antibodies, Protein engineering, design & selection : PEDS 23, 549-557; Weatherill, E. E., Cain, K. L., Heywood, S. P., Compson, J. E., Heads, J. T., Adams, R., and Humphreys, D. P. (2012) Towards a universal disulphide stabilised single chain Fv format: importance of interchain disulphide bond location and vL-vH orientation, Protein engineering, design & selection : PEDS 25, 321-329)。
FGFR3発現標的細胞のNK細胞媒介性溶解を再誘導するMICA-α3-iFvの能力を、試験管内におけるカルセイン遊離アッセイで実証した。ナチュラルキラー(NK)細胞株、NKLを、FGFR3を異所的に発現するカルセイン添加P815標的細胞と共に培養した。図8の結果は、従来のMICA-scFv融合物と比較して、2つのMICA-α3-iFv分子がした有意に多量のNK媒介性溶解を誘発し、その一方で、非標的可溶性MICA対照が殺滅活性を有しなかったことを示した。これらの結果は、本発明のiFvが、標的細胞上のFGFR3を結合し、そして、完全な親タンパク質分子、可溶性MICAに照らして、強力なNK細胞媒介性溶解を引き起こしたことを確認した。
他の抗体可変領域へのiFv形式の適用性を、CD20特異的抗体から得られたiFvを含んだα3-iFv.3(配列番号8)を同様に構築することによって実証した(Du, J., Wang, H., Zhong, C, Peng, B., Zhang, M., Li, B., Huo, S., Guo, Y., and Ding, J. (2007) Structural basis for recognition of CD20 by therapeutic antibody Rituximab, The Journal of biological chemistry 282, 15073-15080)。図9は、MICA-α3-iFv.3が、先に記載したプレートベースのELISAにおいてCD20でコートしたウェルに特異的に結合でき、さらに、カルセイン遊離アッセイにおいて、CD20を発現しているRamos細胞のNK媒介性溶解も誘発したことを示す。
実施例2(NKG2Dリガンドの改変α1-α2ドメイン)
ULBP-1からULBP-6で示されるヒトタンパク質は、MICAやMICBのように、天然の、ストレス誘発性であって、その上にNKG2D受容体を結合し、そして、ヒトNK細胞および特定のT細胞を活性化する細胞表面リガンドである(15; Cerwenka A, Lanier LL (2004). NKG2D ligands: unconventional MHC class I-like molecules exploited by viruses and cancer. Tissue Antigens 61 (5): 335-43. doi.T0.1034/j.l399-0039.2003.00070.x. PMID 12753652)。加えて、牛痘ウイルスタンパク質OMCPは、MICタンパク質のα1-α2ドメインのようにNKG2Dに結合する分泌ドメインである。OMCPはNKG2Dに対して非常に高い親和性を示し、NKG2Dがその感染宿主細胞においてウイルスによって誘発される天然ストレスリガンドを認識するのを妨げるほどである(Eric Lazear, Lance W. Peterson, Chris A. Nelson, David H. Fremont. J Virol. 2013 January; 87(2): 840-850. doi: 10.1128/JVI.01948-12)。ULBPおよびOMCPは標準的α1-α2ドメイン構造を共有するNKG2Dリガンド(NKG2DL)であると考えられるが、MICAα1-α2との配列相同性は27%未満であるので、それらは皆、標的化ドメインをつなぎ留めるα3ドメインを天然には欠いている。我々は、その中に標的化iFvが挿入されたMICAの改変α3ドメインの、ULBP-1、ULBP-2、ULBP-3、ULBP-4、ULBP-6およびOMCPのそれぞれとの融合の結果として、FGFR3発現細胞を特異的に標的とし、殺滅した異種ポリペプチドを付加することによって、一連の非天然ULBおよびOMCPタンパク質を構築した。加えて、我々は、MICAのα1-α2ドメインを改変して、NKG2Dに対するα1-α2ドメインの親和性を高め、次に、ポリペプチドなどの異種分子に改変α1-α2ドメインを付加した。改変α3-iFvドメインに付加したULBPおよびOMCPα1-α2ドメインから成るタンパク質を作製するために、我々は、ULBP-1、ULBP-2、ULBP-3、ULBP-4、ULBP-6、およびOMCP(それぞれ配列番号15~20)の異なるα1-α2ドメインをコードしたDNA断片(配列番号9~14)の入ったバキュロウイルス発現ベクターを作り出した。DNA断片を、PCRによって増幅し、BlpIおよびNcoI制限酵素を使用して消化し、バキュロウイルス発現ベクター、KLM44内に個別にサブクローニングし、そして、MICAα1-α2ドメインを置換した。KLM44は、その中にMICA-α3-iFv.2があらかじめクローニングされた、SW403由来のバキュロウイルス発現ベクターである。α3-iFv.2(ULBPl-α3-iFv.2、ULBP2-α3-iFv.2、ULBP3-α3-iFv.2、ULBP4-α3-iFv.2、ULBP6-α3-iFv.2、およびOMCP-α3-iFv.2;それぞれ配列番号21~26)に融合したULBPおよびOMCPα1-α2ドメインを含む新しいNKG2DL-α3-iFv.2構築物を、バキュロウイルスDNAと共にSF9昆虫細胞内に形質移入した。バキュロウイルスを、2増幅サイクルにわたり培養し、そして、製造業者のプロトコール(Invitrogen)に従って、T.ni昆虫細胞におけるHisタグ付与NKG2DL-α3-iFv.2タンパク質の発現に使用した。発現を、100mLの体積中で3日間実施し、そして、Ni親和性クロマトグラフィーを使用した分泌可溶性タンパク質の精製のために、成長培地を採集した。正しい分子量の単量体タンパク質を、SDS-PAGEによてt決定した場合に>90%の純度まで精製した。機能の特徴づけを、結合ELISAおよび試験管内における標的細胞殺滅アッセイを使用して実施した。
6種類の精製NKG2DL-α3-iFv.2タンパク質を、FGFR3結合ELISAで試験して、FGFR3標的およびNKG2D受容体への同時結合を確認した。リン酸緩衝生理食塩水(PBS)中のFGFR3を、2μg/mlの濃度でMaxisorpプレート上にコートした。それぞれのNKG2DL-α3-iFv.2タンパク質を、滴定し、1時間FGFR3に結合させ、そして、洗浄して、非結合タンパク質を取り除いた。結合したNKG2DL-α3-iFv.2タンパク質を、NKG2D-Fcおよび抗Fc-HRPコンジュゲートを使用して検出した。図10は、iFv.2ドメインとの相互作用で予想されるように、6種類のNKG2DL-α3-iFv.2タンパク質のすべてがFGFR3に強力に結合し、そして、NKG2D結合活性は、結合させたNKG2DLα1-α2ドメインによって維持されたことを示し、そしてそれは、付加したα3-iFvドメインが、MICタンパク質のようにNKG2Dを結合する機能的なFGFR3結合活性をULBPおよびOMPCタンパク質に与えたことを実証した。
FGFR3発現標的細胞のNK細胞媒介性溶解を再誘導するNKG2DL-α3-iFv.2タンパク質の能力を、試験管内におけるカルセイン遊離アッセイで実証した。ナチュラルキラー(NK)細胞株、NKLを、FGFR3を異所的に発現するカルセイン添加P815標的細胞と共に培養した。図11の結果は、OMCP-α3-iFv.2が最大のNK媒介性溶解を引き起こすことを示した、一方で、他のNKG2DL-α3-iFv.2タンパク質はすべて、溶解の効果および量の程度がさまざまな特異的殺滅活性を示した。これらの結果は、本発明のiFvが、それら自身の機能的特性を維持した他のタンパク質に特異的結合活性を与え、そして、iFv標的細胞の異なったレベルの細胞媒介性溶解を誘発したことを確認した。
実施例3(NKG2Dリガンドの改変α1-α2ドメイン)
これらは、ヒトNKG2D受容体へのそれらの結合親和性を有意に高めるために改変したNKG2DLへのポリペプチドの付加に関する実施例である。MICタンパク質のα1-α2ドメインは、NKG2D受容体に対するNKG2DLである。この親和性は、NK細胞の生理的活性化に十分であり、「標的細胞」の二次元的血漿細胞膜表面に不可逆的につなぎ留められた天然の完全長MICタンパク質を発現する細胞の溶解を刺激する(Bauer S, Groh V, Wu J, Steinle A, Phillips JH, Lanier LL, Spies T., Science. 1999 Jul 30;285(5428):727-9.)。しかしながら、本発明の遺伝子操作した可溶性MICタンパク質が標的細胞表面の標的抗原に可逆的に特異的に結合するので、NKG2Dに対する遺伝子操作した可溶性MICタンパク質の結合親和性は、NK細胞と標的抗原を発現する細胞との間で形成された可溶性MIC依存性複合体の安定性に直接影響する。特に、sMICAとNKG2Dとの間の親和性が、NKG2Dから改変したsMICAの実質的に遅い分離速度または解離速度によって増強されている場合、NK細胞ベースの殺滅は、標的細胞に結合した可溶性MIC分子の密度が低いほどより優れていると予想される。本発明以前には、可溶性MICタンパク質の殺滅活性を有意に変更するか、またはNKG2Dに対するMICタンパク質の親和性を高めるために結合の解離速度を低減するどんなα1-α2突然変異も同定されていなかった。コンピューター設計の取り組みは、組み合わせた状態で、野生型MICAのα1-α2ドメインの3つの突然変異:N69W、K152E、およびK154D(WED-MICA)が、非結合MICAの安定性に影響することによってNKG2D結合親和性に適度に影響し、その結果、会合速度またはNKG2Dへの結合の結合速度に適度に影響すること(Lengyel CS, Willis LJ, Mann P, Baker D, Kortemme T, Strong RK, McFarland BJ.J Biol Chem. 2007 Oct 19;282(42):30658-66. Epub 2007 Aug 8);公開された構造作図に従った、理論的にNKG2Dに接触するMICAの22個のアミノ酸位置の繰り返し計算により同じ群を走査することによるその後の大規模なコンピューター設計は(Li P, Morris DL, Willcox BE, Steinle A, Spies T, Strong RK., Nat Immunol. 2001 May;2(5):443-451)、より以前に設計された3種類の変更と組み合わせたとき、MICAの更なる合理的で、繰り返しのコンピューター設計が、NKG2Dに対するその親和性を弱いもの(Kd~2.5μΜ)から合計で7つの組み合わせられ突然変異を有する中程度にしっかりしたもの(Kd=51nM)へと質的に変化させたことを実験的に示した(Henager, Samuel H., Melissa A. Hale, Nicholas J. Maurice, Erin C. Dunnington, Carter J. Swanson, Megan J. Peterson, Joseph J. Ban, David J. Culpepper, Luke D. Davies, Lisa K. Sanders, and Benjamin J. McFarland, 2102, Combining different design strategies for rational affinity maturation of the MICA-NKG2D interface. Protein Science 21:1396-1402)。対照的に、本発明に記載した実験的なアプローチは、MICAのα1-α2ドメインとNKG2Dとの間の解離速度を遅くしたMICAのアミノ酸修飾を実験的に選択し、Lengyelら(Lengyel CS, Willis LJ, Mann P, Baker D, Kortemme T, Strong RK, McFarland BJ., J Biol Chem. 2007 Oct 19;282(42):30658-66. Epub 2007 Aug 8)の3つのWED変更によって安定化させたMICAを用いて開始した。
本発明のこの実施例は、解離速度の結合速度論に影響を及ぼして、その結果、本発明の非天然、標的MIC分子のNK細胞媒介性殺滅活性を変更するα1-α2ドメイン内の選択したアミノ酸位置における特異的突然変異を遺伝子操作することによって可溶性MICタンパク質のNKG2D結合親和性を改変することに関する。
NKG2Dに対する変更された親和性を有する可溶性の非天然α1-α2ドメインを遺伝子操作するために、α1-α2ドメイン内の57個の残基を大規模な突然変異誘発のために選択した(図12)。α1-α2ドメインをコードし、および57個のアミノ酸位置のそれぞれにNNK変異原性コドンを入れるための合成DNAライブラリを合成し、Ml3ファージのpIIIマイナーコートタンパク質との融合物として個別にクローニングし、そして、α1-α2変異型を提示する突然変異誘発ファージ粒子を、標準的な方法論に従ってSS320 E.コリ(E. coli)細胞に産生させた(Andris-Widhopf, J., Steinberger, P., Fuller, R., Rader, C, and Barbas, C. F., 3rd. (2011) Generation of human Fab antibody libraries: PCR amplification and assembly of light- and heavy-chain coding sequences, Cold Spring Harbor protocols 2011)。α1-α2ファージライブラリーを、標的抗原として遺伝子組み換え型ビオチン化NKG2Dを使用して高い結合親和性に関して選別し、そして、遅い分解または解離速度について高められた高親和性変異型を選択するために、意図的に長い結合、延長された洗浄、そして、ファージクローンの溶解の繰り返しラウンドを反復した。1セットの特定のアミノ酸突然変異が、α1-α2内の6つに位置において高頻度で起こったので、高いNKG2D結合親和性を有する好ましいアミノ酸置換と選定した(図12、表1)。
表1.MICのα1-α2ドメインの表示した6つのアミノ酸位置にて選択された親和性突然変異。それぞれの6つの位置における配列番号35のアミノ酸を、表の最初の行にボールド体で示す。同定した親和性突然変異を上から下に向かって頻度が低くなるように列挙する。すべてのアミノ酸を一文字IUPAC略記によって表す。
Figure 0007083862000001
我々は、特定の発見した突然変異の異なった組み合わせを含んだ4つの代表的な変異型15、16、17、18のα1-α2ドメインをコードするDNAポリヌクレオチド(配列番号27~30)を合成した(表2)。
表2.特定のα1-α2ドメイン変異型の配列。変異型15、16、17、および18(それぞれ配列番号31~34)に関する特定のアミノ酸置換を、ボールド体で配列番号35のアミノ酸に対して列挙する。すべてのアミノ酸を一文字IUPAC略記によって表す。
Figure 0007083862000002
上記の実施例におけるNKG2DLに対して、我々は、リンカーペプチドを使用してこれらの4つの改変α1-α2NKG2DLのそれぞれに対して、例えばポリペプチドなどの異種分子を直接付加した。付加した異種分子を伴った改変NKG2DLから成る4つのHisタグ付与タンパク質(配列番号31~34)を昆虫細胞で発現させ、それらのNKG2D結合親和性および速度論的結合パラメータを特徴づけるために精製した。競合結合ELISAを使用して、我々は、4つの改変α1-α2変異型の相対NKG2D結合親和性を測定した。可溶性の野性型(WT)NKG2DLであるsMICAタンパク質をmaxisorp ELISAプレートのすべてのウェルにコートして、ヒトNKG2D-Fc試薬に結合パートナーを提供した。4つのα1-α2変異型、ならびにWTおよびWEDα1-α2ドメイン(配列番号35)の溶液を、ELISAウェル内で滴定し、2nMのヒトNKG2D-Fcのプレート上にコートしたWT sMICAへの結合を拮抗阻害させた。プレート上のWT NKG2DLに結合したヒトNKG2D-Fcのレベルを、抗Fc-HRP抗体を使用して検出した。図13Aは、変異型16、17、および18が0.7、0.6、0.5nMのIC50値を示し、一方で、変異型15が1.7nMのIC50値を示し、すべてが、それぞれWT NKG2DLに比べて、27、32、38、および11倍良好なNKG2Dに対する有意に優れた結合を有し、ならびに実質的にWED-MICA(表3)より良好であったことを示す。
表3.α1-α2変異型に関する平衡および速度論的結合パラメータ。IC50値を競合結合力価測定に対する4パラメータ適合から得(図12)、そして、速度論的結合パラメータを結合速度論に対する単一指数の適合から得た(図13)。平衡結合定数(Kd)を、方程式Kd=kOFF/kONを使用して速度論的結合パラメータから得た。
Figure 0007083862000003
重要なことには、相対IC50の違いはまた、マウスNKG2D-Fcへのより優れた結合にも移されたので(図13B)、可溶性の、改変α1-α2ドメインの結合を改善する能力が、ヒトとヒト以外のNKG2D受容体を超えた、発症前医薬品の開発にとって重要な特性であることを実証した。
変更された親和性に関する速度論的な基礎を理解するために、ビオチン化ヒトNKG2Dをコートした表面に結合するα1-α2変異型NKG2DLの結合速度および解離速度の両方を、100nMのそれぞれ改変α1-α2タンパク質にてバイオレイヤー干渉法(Octet)を使用して計測した。IC50 ELISAの結果と一致して、変異型16、17、および18のそれぞれが、解離速度の有意な低減を示し(WTに対して18倍)、そしてそれは、親和性の増強に大きく関与した(WTα1-α2に対して~30倍)(図14;表3)。変異型15は16、17、および18と同様の遅い解離速度を示したが、その結合速度は低下し、WTよりより強い親和性をもたらしたが、変異型16、17、および18より弱かった。変異型15(配列番号31)と16(配列番号32)の唯一の相違点はK125N対K125Lであったので、125位の突然変異は結合速度を明らかに変化させ、一方で、解離速度の減少はHI61R突然変異の結果と考えられた。そのため、NKG2DL突然変異の選択したセット(表1)は、解離速度の有意な低減によってNKG2Dに対するα1-α2親和性を増強するのに使用されたが、特定の置換はまた、結合速度も変化させ、以下で記載するように、NK細胞媒介性殺滅アッセイにおける活性の差分を有することを本願発明において我々が示した親和性増大の増分範囲をもたらした。
FGFR3を発現する標的細胞のNK細胞媒介性溶解を再誘導するα1-α2親和性変異型の能力を、カルセイン遊離アッセイによって試験管内において実証した。ヒトナチュラルキラー(NK)細胞株であるNKLを、FGFR3を異所的に発現しているカルセイン添加P815標的細胞と共に培養し、可溶性改変MICタンパク質で滴定した。図15の結果は、FGFR3特異的可溶性MIC変異型の殺滅活性が、それらの遺伝子操作したα1-α2親和性と相関したことを示した。具体的には、変異型16、17、および18は、0.78nMにてWTに比べて~15倍超の殺滅を示した。WED-MICA(配列番号35)はWTよりわずかだけ良かった。そのため、本発明は、ヒトNKG2Dに結合する可溶性MICタンパク質の解離速度を低減することによってNKG2D結合親和性を増強し、そして、結果的に予想どおりに殺滅効果の増強につながったα1-α2ドメイン内のアミノ酸置換に記載する。解離速度を低減するよりむしろ結合速度を増強することによってNKG2Dに対するWT MICA(図13A)よりいくらか強い親和性を示した(図14)WED-MICAは、標的細胞殺滅(図15)の実質的な改善を示さなかった。さらに、図13Bに示したように、WED-MICAが、WT MICAよりさらに実質的に乏しいマウスNKG2Dに対する結合を示したが、一方、それぞれ変異型15、16、17、および18は、ヒトおよびマウスの両方のNKG2Dに対してより優れた親和性を示した、図13A~B。
これらのα1-α2NKG2DL親和性変異型15、16、17、および18は、NKG2D受容体に対して付加したポリペプチドの結合親和性を高め、その結果、標的細胞のNK細胞媒介性溶解を高めた、図15。
実施例4(NKG2Dリガンドの改変α1-α2ドメイン)
本発明のこの実施形態は、実施例3に記載したとおり、可溶性MIC分子のα1-α2ドメイン内の選択したアミノ酸位置における特異的突然変異を操作することによって得られた追加のNKG2DL親和性変異型α1-α2ドメインに関し(表1)、そしてそれはまた、解離速度の結合速度論にも影響を及ぼし、その結果、非天然α1-αのNK細胞媒介性殺滅活性が変化する。変異型15~18が、S20、G68、K125、およびH161位に見出された特異的突然変異に注目する一方で、別の変異型セットを、E152、H158、およびQ166位における追加の変異を用いて単離した(表4)。
表4.具体的なα1-α2ドメイン変異型の配列。変異型20、25、および48の特異的アミノ酸置換を、表の最初の行にボールド体で示した配列番号35のアミノ酸に対して列挙する。すべてのアミノ酸を一文字IUPAC略記によって表す。
Figure 0007083862000004
特定の発見した突然変異の異なった組み合わせ(表4)を含んだ3つの代表的な変異型20、25、48(それぞれ配列番号39~41)のα1-α2ドメインをコードするDNAポリヌクレオチド(配列番号36~38)を合成した。上記の実施例のNKG2DLに対して、例えばFGFR3結合ポリペプチドなどの異種分子を、リンカーペプチドを使用して、これらの3つの改変α1-α2NKG2DLのそれぞれに直接付加した。構築物を、pD2509、CMVベースの哺乳動物細胞発現ベクターのXbaIおよびBamHI部位内にクローニングした。FGFR3に結合する異種分子を付加した改変NKG2DLから成る3つのHisタグ付与タンパク質(配列番号39~41)を、製造業者のプロトコール(Life Technologies)に従ってExpi293発現系を使用してHEK293細胞において一過性に発現させ、Ni親和性クロマトグラフィーを使用して精製して、生化学および活性ベースの分析のための単離タンパク質を得た。
NKG2D結合親和性を特徴づけるために、表面コートしたビオチン化ヒトNKG2Dに結合する3つのα1-α2変異型NKG2DLの結合速度および解離速度の両方を、バイオレイヤー干渉法(Octet)を使用して計測した。結合力価測定を、1~100nMの力価測定範囲を使用して各タンパク質について実施し、そして、速度データを適合させて、結合速度、解離速度、および平衡結合定数を得た。
変異型25(配列番号40)は、変異型16(配列番号32)に対してQ166S突然変異の付加だけを含み(表2)、そして、主に減少する解離速度によって62pMのNKG2D結合親和性を示した(図16および表5)。これは、Q166S突然変異による平衡結合親和性の8倍の向上を表し(表3と表5を比較)、そして、Q166における特異的突然変異が解離速度の減少によって結合親和性に影響を及ぼしたことを実証した。
表5.α1-α2変異型に関する速度論的結合パラメータ。速度論的結合パラメータを、結合速度論に対する単一指数の適合から得た(図16)。平衡結合定数(Kd)を、方程式Kd=kOFF/kONを使用して速度論的結合パラメータから得た。
Figure 0007083862000005
変異型20(配列番号39)は、特異的突然変異G68A、E152Q、H158RおよびQ166Fを含み、かつ、変異型25と同様のパラメータを維持し(表5)、そして、特異的突然変異のこの独特な組み合わせもまた、解離速度の低減によりNKG2D結合親和性を改善したことを示唆する。
変異型48(配列番号41)は変異型16に見られるK125LおよびH161R突然変異を含むが(表2);しかしながら、突然変異El52A、HI581、およびQ166A(表4)の付加は、解離速度を有意に増強し、そして、NKG2D結合親和性の250倍の低減をもたらした(図16および表5)。Q166A突然変異は、Q166位について選択される好まれる親和性向上突然変異の1つではく(表1)、観察した解離速度の低減に貢献し得る。これらのデータは、α1-α2ドメイン内の規定された位置にて選択および同定された、独特な組み合わせの操作された、突然変異が、解離速度の修飾によってNKG2D結合親和性を調整したことを明確に実証した。
ポリペプチドを付加した非天然α1-α2親和性変異型は、カルセイン遊離アッセイにおいて試験管内において実証されたように、FGFR3発現標的細胞のNK細胞媒介性溶解を再誘導した。ヒトナチュラルキラー(NK)細胞株であるNKLを、FGFR3を異所的に発現しているカルセイン添加P815標的細胞と共に培養し、可溶性改変NKG2Dリガンドα1-α2タンパク質で滴定した。図17の結果は、FGFR3標的可溶性MIC変異型の殺滅効果が、それらの遺伝子操作α1-α2親和性と相関したことを示した。具体的には、変異型25は、0.2nMにて変異型16より~3倍多い殺滅を示し、細胞殺滅に関してEC50において~5倍の改善を示した。加えて、データは、変異型25>16>WEDの順で代表的な可溶性MIC変異型の間で好ましい殺滅活性を明確に示した(図17)。
実施例5(NKG2Dリガンドのを改変α1-α2ドメイン)
この実施形態は、ULBPタンパク質のα1-α2ドメインを遺伝子操作することによって得られた追加のα1-α2NKG2DL親和性変異型に関する。ULBPタンパク質はα1-α2ドメインを含み、そしてそれは、NKG2D受容体に結合することができるNKG2Dリガンドである(Cerwenka A, Lanier LL (2004). NKG2D ligands: unconventional MHC class I-like molecules exploited by viruses and cancer. Tissue Antigens 61 (5): 335-43. doi:10.1034/j.l399-0039.2003.00070.x.PMID 12753652)。NKG2D結合のこの親和性は、NK細胞の生理的活性化に十分であり、「標的細胞」の二次元的血漿細胞膜表面に不可逆的につなぎ留められた天然の、天然完全長ULBPタンパク質を発現する細胞の溶解を刺激する(Cerwenka A, Lanier LL (2004). NKG2D ligands: unconventional MHC class I-like molecules exploited by viruses and cancer. Tissue Antigens 61 (5): 335-43. doi:10.1034/j.l399-0039.2003.00070.x. PMID 12753652)。しかしながら、異種ポリペプチドと融合した遺伝子操作した可溶性α1-α2ドメインが、本発明の特定の実施形態において、標的細胞表面の標的抗原に可逆的に特異的に結合するので、遺伝子操作した可溶性MICタンパク質によって既に示したように(実施例2~4)、NKG2Dに対する遺伝子操作したULBPα1-α2ドメインの結合親和性は、NK細胞と標的抗原を発現する細胞との間で形成された人工シナプスの安定性に直接影響する。NKG2Dリガンドとしての遺伝子操作した非天然α1-α2ドメインのレパートリーを多様化させるために、ULBPタンパク質を、それらのNKG2D結合親和性についてファージディスプレイベースの遺伝子操作のための基質または出発点として使用した。ULBPとMICAとの間で観察された構造上の相同性にもかかわらず(Radaev, S., Rostra, B., Brooks, AG., Colonna, M., Sun, PD. (2001) Conformational plasticity revealed by the cocrystal structure of NKG2D and its class I MHC- like Ligand ULBP3. Immunity 15, 1039-49.)、MICAに対するULBPα1-α2ドメインに関して、配列相同性は<50%であった(図18)。これにより、我々は、NKG2D結合親和性を改善するULBPα1-α2ドメイン内のコドン位置の同一性を求めた。
ULBPタンパク質からの可溶性、非天然α1-α2ドメインを遺伝子操作するために、ULBP2およびULBP3を、ファージディスプレイおよび高親和性NKG2D結合を有する突然変異の選択により選択した。ULBP2のα1-α2ドメイン(配列番号16)中の60個のアミノ酸位置、およびULBP3のα1-α2ドメイン(配列番号17)中の36個のアミノ酸位置を大規模な突然変異誘発に選択した(図18)。加えて、ファージパンニングを妨げる場合がある不対遊離システインを取り除くために、保存的な
システインからセリンへの突然変異を、ULBP2中のC103S(配列番号16)およびULBP3中のC8S(配列番号17)で実施した。これらのα1-α2ドメインをコードし、および選択されたアミノ酸位置のそれぞれにNNK変異原性コドンを入れるための合成DNAライブラリを合成し、Ml3ファージのpIIIマイナーコートタンパク質との融合物として個別にクローニングし、そして、α1-α2ULBP2またはULBP3変異型を提示する突然変異誘発ファージ粒子を、標準的な方法論に従ってSS320 E.コリ(E. coli)細胞に産生させた(Andris-Widhopf, J., Steinberger, P., Fuller, R., Rader, C, and Barbas, C. F., 3rd. (2011) Generation of human Fab antibody libraries: PCR amplification and assembly of light- and heavy-chain coding sequences, Cold Spring Harbor protocols 2011)。α1-α2ファージディスプレイライブラリーを、標的タンパク質としてヒトNKG2D-Fcを使用してNKG2Dに対する高い結合親和性に関して選別し、そして、遅い分解または解離速度について高められた高親和性変異型を選択するために、意図的に長い結合、延長された洗浄、そして、ファージクローンの溶解の繰り返しラウンドを反復した。ULBP2に関して、特定のアミノ酸突然変異が、α1-α2内のR80、V151、V152、およびA153位において高頻度で見られたので、高いNKG2D結合親和性を有する好ましいアミノ酸置換と見なした(図19Aおよび表6)。
表6.ULBP3のα1-α2ドメインの表示した4つのアミノ酸位置にて選択された親和性突然変異。それぞれの4つの位置における配列番号16のアミノ酸を、表の最初の行にボールド体で示す。同定した親和性突然変異を上から下に向かって頻度が低くなるように列挙する。すべてのアミノ酸を一文字IUPAC略記によって表す。
Figure 0007083862000006
ULBP3に関して、特異的アミノ酸突然変異が、ULBP2に対して別の場所にて高頻度で見られた(図18)。ULBP3のα1-α2ドメインのR162およびK165位は、高いNKG2D結合親和性を有する好ましいアミノ酸置換として同定された特異的突然変異を含んでいた(図19Bおよび表7)。ULBP2およびULBP3から得た改変された非天然α1-α2ドメインは、単独のタンパク質または異種ペプチドもしくはポリペプチドとの融合物として複数の治療学的な形式で高められたNKG2D結合のために使用できる。
表7.ULBP3のα1-α2ドメインの表示した2つのアミノ酸位置にて選択された親和性突然変異。それぞれの2つの位置における配列番号17のアミノ酸を、表の最初の行にボールド体で示す。同定した親和性突然変異を上から下に向かって頻度が低くなるように列挙する。すべてのアミノ酸を一文字IUPAC略記によって表す。
Figure 0007083862000007
実施例6(抗体ペプチドと融合させた改変α1-α2ドメイン)
これらは、ヒトNKG2D受容体へのそれらの結合親和性を有意に高めるために改変したNKG2DLへの抗体ポリペプチドの付加に関する実施例である。MICタンパク質のα1-α2ドメインは、NKG2D受容体に対するNKG2DLである。抗体は、2本の大きい重鎖および2本の小さい軽鎖からできた非常に安定した糖タンパク質である(図1)。可変ドメインのCDR領域内で作り出すことができる多くの多様性は、特異的抗体が特異的抗原標的に対して産生されることを可能にする(Hozumi N, Tonegawa S (1976). "Evidence for somatic rearrangement of immunoglobulin genes coding for variable and constant regions". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 73 (10): 3628-3632. doi:10.1073/pnas.73.10.3628. PMC 431171. PMID 824647.)。抗体は、医薬品開発のための重要な治療薬プラットフォームになり、標的の結合および中和の両方を媒介でき、ならびに補体およびFc受容体結合を通じて免疫系を調節できる(Vidarsson, G., Dekkers, G., Rispens, T. (2014) IgG subclasses and allotypes: from structure to effector functions. Frontiers in Immunology 5, 520.)。本発明以前に、NKG2D受容体に対して天然NKG2DLより厳密に結合する非天然α1-α2ドメインを使用して免疫細胞を直接活性化するIgG抗体形式は存在しなかった。先行研究は、マウスNKG2DリガンドであるRaelβが、マウスにおける抗腫瘍薬として使用するために抗Her2抗体と融合できることが実証した(Cho, HM., Rosenblatt, JD., Tolba, K., Shin, SJ., Shin, D., Calfa, C, Zhang, Y., Shin, SU. (2010) Delivery of NKG2D ligand using and anti-Her2 antibody-NKG2D ligand fusion protein results in an enhanced innate and adaptive antitumor response. Cancer Research 70, 10121- 30.)。しかしながら、マウスNKG2DリガンドはヒトNKG2Dに結合しないので、ヒトおよびマウスNKG2Dに対して高親和性を有する天然ヒトNKG2Dリガンドは存在しない。本発明の遺伝子操作したα1-α2NKG2DリガンドとIgG抗体の重鎖または軽鎖との間の融合(図20AおよびB)は、これらの限界を克服し、そして、改変α1-α2ドメインの異種タンパク質またはペプチドとの融合物の多用途性を際立たせた。
抗体への変異型α1-α2ドメイン融合物を作り出すために、MIC WT、変異型WED、25、および48のα1-α2ドメインをコードするDNA配列を合成し、FGFR3特異的抗体からの重鎖(HC_WT、HC_WED、HC_25、HC_48)または軽鎖(LC_WT、LC_WED、LC_25、LC_48)配列のいずれかとのC末端融合物としてクローニングした(Qing, J., Du, X., Chen, Y., Chan, P., Li, H., Wu, P., Marsters, S., Stawicki, S., Tien, J., Totpal, K., Ross, S., Stinson, S., Dornan, D., French, D., Wang, Q. R., Stephan, J. P., Wu, Y., Wiesmann, C, and Ashkenazi, A. (2009) Antibody-based targeting of FGFR3 in bladder carcinoma and t(4;14)-positive multiple myeloma in mice, The Journal of clinical investigation 119, 1216-1229.)(それぞれ配列番号42~49)。得られた融合物を、哺乳動物発現ベクターpD2509内にクローニングし、改変したα1-α2ドメインの重鎖または軽鎖融合物のいずれかと対合した完全IgG抗体として発現させた(それぞれ配列番号50~57)。一過性の発現を、製造業者のプロトコール(Life Technologies)に従ってExpi293発現系を使用してHEK293細胞において実施し、そして、標準的なプロテインA親和性クロマトグラフィーを使用して精製した。FGFR3発現標的細胞のNK細胞媒介性溶解を再誘導する非天然α1-α2-抗体融合物の能力を、カルセイン遊離アッセイによって試験管内において実証した。ヒトナチュラルキラー(NK)細胞株であるNKLを、FGFR3を異所的に発現しているカルセイン添加P815標的細胞と共に培養し、遺伝子操作した抗体融合物タンパク質で滴定した。図20Cおよび20Dの結果は、FGFR3特異的非天然α1-α2-抗体融合物の殺滅活性が、それらの遺伝子操作したNKG2D親和性と相関したことを示した。具体的には、非天然変異型25および48の重鎖または軽鎖融合物(HC_25、HC_48およびLC_25、LC_48)のいずれかを含む抗体が、WTまたはWEDα1-α2ドメインのいずれかを含む抗体融合物より効果的にFGFR3発現細胞を殺滅した。
これは、変異型25のα1-α2ドメインをEGFR特異的抗体セツキシマブ(米国特許第6217866号)、Her2特異的抗体トラスツズマブ(Carter, P., Presta, L., Gorman, CM., Ridgway, JB., Henner, D., Wong, WL., Rowland, AM., Kotts, C, Carver, ME., Shepard, HM. (1992) Proc Natl Acad Sci 15, 4285-9)、または抗PDL1抗体(米国特許第20140341917号)の重鎖または軽鎖のいずれかのC末端と融合することによって改変α1-α2ドメインを抗体に融合するために一般的かつ有用なアプローチであることをさらに実証した(それぞれ配列番号58~63)。得られた融合物を、変異型25のα1-α2ドメインの重鎖または軽鎖融合物のいずれかと対合した完全IgG抗体の重鎖または軽鎖として発現させた。一過性の発現を、製造業者のプロトコール(Life Technologies)に従ってExpi293発現系を使用してHEK293細胞において実施し、そして、標準的なプロテインA親和性クロマトグラフィーを使用して精製した。標的発現細胞のNK細胞媒介性溶解を再誘導する変異型25のα1-α2-抗体融合物の能力を、カルセイン遊離アッセイによって試験管内において実証した。ヒトナチュラルキラー(NK)細胞株であるNKLを、カルセイン添加A431 EGFR発現標的細胞、SKBR3 Her2発現標的細胞、またはPDL1発現B16細胞と共に培養し、それぞれの標的特異的な遺伝子操作した抗体融合タンパク質で滴定した。図21A、21B、および21Cの結果は、標的特異的な変異型25-抗体融合物の殺滅活性が、あらゆる場合において、非融合親抗体を超えて抜本的に改善され、サブナノモル濃度のEC50値を伴い非常に強力であることを示した。これらのデータは、改変α1-α2変異型-抗体融合物が、IgG抗体がNKG2Dに強く結合し、抗原特異的細胞溶解を導くことを可能にするための普遍的なプラットフォームであることを示す。
実施例7(トラスツズマブは、生体内においてα1-α2変異型25結合NK細胞と融合し、そして、強力な抗原提示を誘発する)
高い親和性でNKG2Dに結合するα1-α2ドメイン変異型を含む融合物タンパク質は、生体内においてNK細胞と結合する。これにより、改変したα1-α2融合物を含む抗原特異的抗体は、NKG2Dに強く結合し、その結果、特定の抗原を発現する標的細胞を捜し出すために、生体内において抗体を用いてNK細胞表面を効果的に作動状態にする。この活性は、遺伝子操作したCAR細胞と同様であったが(Gill, S., and June, CH. (2015) Going viral: chimeric antigen receptor T-cell therapy for hematological malignancies. Immunol Rev 263, 68-89.)、しかし、NKG2D発現細胞型の遺伝的修飾を必要としなかった。
改変したα1-α2融合物を含む抗体が生体内においてNK細胞に結合するか実証するために、トラスツズマブと変異型25の対応する重鎖および軽鎖の融合物を、血清薬物動態学的(PK)プロファイルおよびNK細胞標識の薬力学(PD)について生体内において分析した。3つの抗体:親トラスツズマブ;トラスツズマブ_HC25融合物;およびトラスツズマブ_LC25融合物のすべてを、製造業者のプロトコール(Life Technologies)に従ってAlexa Fluor647と結合させた。3匹のC57BL/6マウスから成る群に、100μgのそれぞれの抗体の単回投与を注射し、そして、血漿PK ELISAおよび末梢NK細胞のフローサイトメトリーのために表示した時点にて採血した。親トラスツズマブ抗体のPKプロファイルは、マウスにおける抗体の24時間以内の典型的なアルファ相分布、および1週間を超える半減期と一致するベータ相消失を示した(図22A)。変異型25を用いた重鎖および軽鎖融合物の両方に関しては、初期アルファ相は、親抗体に対してはるかに大きい分布を示し、NKG2D低下と一致したが、一方で、ベータ相消失もマウスにおける典型的な抗体クリアランスと一致していた(図22A)。マウス血液からの末梢NK細胞のフローサイトメトリーを使用することで、Alexa Fluor647で染色したNK細胞のレベルは、抗体融合物で標識したNK細胞のパーセントにおいて、明らかな時間依存性増大を示したが、親抗体ではそうでなかった(図22B)。融合による標識の増大は24時間以内にピークを迎え、融合物に関するPKプロファイルで観察された低下と一致し、そして、注射後、少なくとも3日間安定していた。PKデータとPDデータの組み合わせは、変異型25のα1-α2融合物を含むトラスツズマブ抗体が生体内においてNK細胞上でNKG2Dとの安定な複合体を形成したことを実証する。
ヒトIgGトラスツズマブ抗体に対して抗薬物抗体(ADA)の外観を評価するために、PK/PD試験からの血漿サンプルをADAについてELISAを使用して評価した。図23A~Cでは、3種類のそれぞれの用量の抗体でコートしたウェルへのマウスIgG結合に関するELISAは、変異型25と融合した抗体だけが、抗体の単回投与後7日以内にADAを誘導したことを明らかにした。親トラスツズマブ抗体はADAシグナルを与えなかった。トラスツズマブ抗体自体が免疫応答を誘発しなかったとき、抗体融合物がα1-α2ドメインおよび抗体(トラスツズマブ)成分の両方に対して免疫(ADA)応答を誘発したかどうか判定するために、抗体融合物からのADA陽性血漿を、親抗体および変異型25のα1-α2ドメインに対して個別に試験し;両部分を血漿からのADAと反応させた(図24Aおよび24B)。これらのデータは、親抗体との高親和性変異型25の融合が、NKG2D依存性取り込みおよび抗原提示を媒介して、親抗体に対する強力かつ急速な免疫応答を誘発することを実証したが、マウスにおいて単独でそれほど免疫原性はなかった。これにより、抗原または免疫原に付加された高親和性変異型α1-α2ドメインが、強力な抗原提示およびエピトープ拡大を提供して、免疫化のための強力なアジュバントとして効果的に役目を果たした。
誘発される標的細胞溶解のために循環NK細胞を作動状態にする、および抗原提示を促進する実証された組み合わせ効果は、治療効果を提供する改変されたα1-α2ドメインと抗体融合物の重要な活性である。
実施例8(α1-α2変異型25との抗体重鎖融合物は、生体内において抗腫瘍活性を示した)
改変したα1-α2と融合した抗原特異的抗体について抗標的細胞活性を有する可能性を調べるために、変異型25のα1-α2と抗PDL1抗体重鎖との融合を、同種同系MC38腫瘍モデルで評価した。MC38腫瘍を、C57BL/6マウスの皮下に移植し、そして、腫瘍を平均100mm3まで増殖させた後に処置した。処置開始時に、1群あたり10匹のマウスから成る4つのコホートを、ビヒクル、抗CTLA4(100μg i.p.)、親抗PDL1(300μg i.v.)、または抗PDL1 HC_25融合物(300μg i.v.)で1、4、および7日目に処置した。図25では、腫瘍増殖曲線は、抗PDL1 HC_25が処置の最初の2週間以内に最も効果的な抗腫瘍活性を媒介したことを示した。腫瘍増殖阻害は、処置開始後から最初の12日間にわたって確立した抗CTLA4処置および親抗PDL1抗体よりも有意に良好であった。16日目までに、抗PDL1 HC25処置は、トラスツズマブ融合物に関して観察したADA応答の出現と一致して(実施例7)、有効性を失い始めた。有意な抗腫瘍活性は、親抗体および標準的な抗CTLA4処置の両方と比較して変異型25との抗体重鎖融合物で観察され、高親和性NKG2Dリガンドとしての役目を果たした改変α1-α2ドメインとの抗体融合物の印象的な治療効果を実証した。

Claims (18)

  1. 非天然、改変α1-α2ドメイン分子であって、配列番号17に対して少なくとも90%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、該ドメイン分子が、配列番号17の162位に対応する位置でG残基を有し、そして前記ドメイン分子が、配列番号17と比較してヒトNKG2Dに対して高い結合親和性を示す、改変α1-α2ドメイン分子。
  2. 前記ドメイン分子が、配列番号17の165位に対応する位置に、S、P、A、T、H、N、Q、又はG残基を有する、請求項1に記載の改変α1-α2ドメイン分子。
  3. 前記ドメイン分子が、配列番号17の165位に対応する位置に、A、P、S、T又はH残基を有する、請求項2に記載の改変α1-α2ドメイン分子。
  4. 前記ドメイン分子が、配列番号17の165位に対応する位置に、P又はH残基を有する、請求項3に記載の改変α1-α2ドメイン分子。
  5. 前記ドメイン分子が、配列番号17の103位に対応する位置に、S残基を有する、請求項1~4のいずれか一項に記載の改変α1-α2ドメイン分子。
  6. NKG2D発現細胞の亢進された活性化をもたらし、当該細胞が高い標的細胞殺傷能力を有する、請求項1~5のいずれか一項に記載の改変α1-α2ドメイン分子。
  7. 付加された異種ペプチドをさらに含む、請求項1~6のいずれか一項に記載の改変α1-α2ドメイン分子。
  8. 前記付加された異種ペプチドが、抗体、抗体軽鎖、抗体重鎖、又はそれらのフラグメントである、請求項7に記載の改変α1-α2ドメイン分子。
  9. 前記異種ペプチドが、前記ドメイン分子を、標的細胞の標的分子へと結合せしめ、それにより前記ドメイ分子を前記標的細胞にデリバリーする、請求項7又は8に記載の改変α1-α2ドメイン分子。
  10. 前記改変α1-α2ドメイン分子が、抗体、抗体軽鎖、抗体重鎖、又はそれらのフラグメントに結合された天然のα1-α2ドメインと比較して、高い標的細胞殺傷効力を示す、請求項9に記載の改変α1-α2ドメイン分子。
  11. 前記分子が、インビボにおいて高い標的細胞殺傷効力を示す、請求項10に記載の改変α1-α2ドメイン分子。
  12. 請求項1~11のいずれか一項に記載の改変α1-α2ドメイン分子、及び担体又は賦形剤を含む、組成物。
  13. 治療薬又は診断薬をさらに含む、請求項12に記載の組成物。
  14. 前記治療薬又は診断薬が、改変α1-α2ドメイン分子に結合される、請求項13に記載の組成物。
  15. 請求項1~11のいずれか一項に記載の改変α1-α2ドメイン分子をコードする、核酸分子。
  16. 請求項15に記載の核酸分子を含む、発現カセット。
  17. 悪性腫瘍又はウイルス感染を患うと疑われる哺乳動物を治療するための医薬組成物であって、有効量の請求項1~11のいずれか一項に記載の改変α1-α2ドメイン分子を含み、前記標的細胞が悪性細胞又はウイルス感染細胞である、前記医薬組成物。
  18. 悪性腫瘍又はウイルス感染を患うと疑われる哺乳動物を治療するための医薬組成物であって、有効量の請求項1~11のいずれか一項に記載の改変α1-α2ドメイン分子を含む、前記医薬組成物。
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