JP6997709B2 - 全身性炎症反応症候群(sirs)患者における合併症リスクを評価する方法 - Google Patents
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Description
上記患者から採取した生体サンプル、すなわち「試験サンプル」におけるタンパク質レベルでのsCD127の発現を測定する工程と、
sCD127の発現を参照値と比較してから、院内感染に対する易罹患性の増加について結論を下す工程とを含む方法を提案している。
上記患者から得た生体サンプル、別名「試験サンプル」におけるタンパク質レベルでのsCD127の発現を測定する工程と、
sCD127の発現を参照値と比較してから、死亡リスクの増加について結論を下す工程とを含む方法が記載されている。
i)試験サンプルと称される上記患者の生体サンプルにおける上記IL7R遺伝子の少なくとも1つの転写物の量を決定する工程と、
ii)上記生体サンプルについて決定された上記少なくとも1つの転写物の量又はこの量から導出された値と、所定の参照値とを比較する工程と、
iii)上記比較の結果から、合併症リスクが存在し得るかどうかについて結論を下す工程とを実施する。
i)上記患者の生体サンプルにおける上記IL7R遺伝子の複数の転写物の全量を決定する工程と、
ii)上記生体サンプルについて決定された上記転写物の全量又はこの量から導出された値と、所定の参照値とを比較する工程と、
iii)上記比較の結果から、合併症リスクが存在し得るかどうかについて結論を下す工程とを実施する。
・時間t(とりわけ敗血症性ショックの発症後3日以内又は3日目(D3))に採取されたサンプルに対応する診断される患者の生体サンプルについて決定された転写物の量と、時間t’(とりわけ敗血症性ショックの発症後24時間以内又は24時間後(D1))に採取されたサンプルに対応する上記患者の生体サンプルについて決定された転写物の量との比、及び
・時間t(とりわけ敗血症性ショックの発症後3日以内又は3日目(D3))に採取されたサンプルに対応する参照患者又は集団の生体サンプルについて決定された転写物の量と、時間t’(とりわけ敗血症性ショックの発症後24時間以内又は24時間後(D1))に採取されたサンプルに対応する上記参照患者又は集団の生体サンプルについて決定された転写物の量との比
の間で行われる。
・時間t(とりわけ集中治療への入院後3日以内又は3日目(D3))に採取されたサンプルに対応する診断される患者の生体サンプルについて決定された転写物の量と、時間t’(とりわけ集中治療への入院後24時間以内又は24時間後(D1))に採取されたサンプルに対応する上記患者の生体サンプルについて決定された転写物の量との比、及び
・時間t(とりわけ敗血症性ショックの発症後3日以内又は3日目(D3))に採取されたサンプルに対応する参照患者又は集団の生体サンプルについて決定された転写物の量と、時間t’(とりわけ敗血症性ショックの発症後24時間以内又は24時間後(D1))に採取されたサンプルに対応する上記参照患者又は集団の生体サンプルについて決定された転写物の量との比
の間で行われる。
・米国特許第4683195号、第4683202号、及び第4,800,159号明細書に記載されるようなPCR(ポリメラーゼ連鎖反応)
・欧州特許出願公開第0201184号明細書等に開示されるLCR(リガーゼ連鎖反応)
・国際公開第90/01069号に記載されるRCR(修復連鎖反応)
・国際公開第90/06995号における3SR(自家持続配列複製)
・国際公開第91/02818号におけるNASBA(核酸配列ベース増幅)
・米国特許第5399491号明細書におけるTMA(転写媒介性増幅)
・米国特許第6410278号明細書におけるLAMP(ループ介在等温増幅)
・まず、2つのプライマー間のプローブを使用する方法を用いることができる。特に、Espy et al.,2006、Heid et al.,1996、Holland et al.,1991に記載されるもの等のTaqMan(登録商標)プローブ;Espy et al.,2006、Mhlanga及びMalmberg,2001、Sigma,2008に記載されるもの等の分子ビーコンとしても知られる分子タグ;HybProbes(FRET)として知られる隣接ハイブリダイゼーションプローブ;又はDuck et al.,1990に記載されるようなCPT(「サイクリングプローブ技術」を指す)を用いることができる。
・さらに、標識プライマーを使用する方法を用いることもできる。この種のプライマーとしては、Sigma,2008に記載されるようなスコーピオンプライマー又はScorpion(登録商標);Buh Gasparic et al.,2010に記載されるようなPlexorプライマー;Bio-Rad Laboratories,2006、Nazarenko et al.,1997に記載されるようなAmpliFluor(登録商標)法において用いられるプライマー;Bio-Rad Laboratories,2006、Buh Gasparic et al.,2010、Nazarenko et al.,2002に記載されるようなLUX(light upon extension)プライマー;又はBio-Rad Laboratories,2006、Clontech,2003に記載されるようなBD Qzyme(商標)プライマーが挙げられる。
●患者の細胞に含まれる核酸を遊離させるための生体サンプルに存在する細胞の溶解工程。例として、以下の特許出願に記載されるような溶解方法を用いることもできる。
・磁気的及び機械的溶解の組合せに関する国際公開第00/05338号
・電気的溶解に関する国際公開第99/53304号
・機械的溶解に関する国際公開第99/15321号
・転写物IL7R-001、IL7R-002、IL7R-003、IL7R-005、及びIL7R-007、並びにこれらの変異体を検出するために使用できる配列番号12を有するフォワードプライマー及び配列番号13を有するリバースプライマー、並びに必要に応じて、配列番号14を有するプローブ、
・転写物IL7R-001及びその変異体を検出するために使用できる配列番号15を有するフォワードプライマー及び配列番号16を有するリバースプライマー、並びに必要に応じて、配列番号17を有するプローブ、
・転写物IL7R-001及びその変異体を検出するために使用できる配列番号18を有するフォワードプライマー及び配列番号19を有するリバースプライマー、並びに必要に応じて、配列番号20を有するプローブ
のうち少なくとも1つを用いて測定される。
・上記生体サンプルにおける上記IL7R遺伝子の少なくとも1つの転写物の量を測定するための特異的な試薬又は手段と、
・全身性炎症反応症候群を引き起こす侵襲若しくは感染を受けた患者であって、合併症を患わなかったことが分かっており、好ましくは生存できたことが分かっている患者のサンプルのプールにおいて測定された平均量に対応する上記IL7R遺伝子の少なくとも1つの転写物の量を含有するように調整されたサンプルである対照サンプル、及び/又は、全身性炎症反応症候群を引き起こす侵襲若しくは感染を受けた患者であって、合併症を患ったことが分かっており、好ましくは生存できなかったことが分かっている患者のサンプルのプールにおいて測定された平均量に対応する上記IL7R遺伝子の少なくとも1つの転写物の量を含有するように調整されたサンプルである対照サンプルと
を含むキットに関する。
・配列番号12を有するフォワードプライマー及び配列番号13を有するリバースプライマー、並びに必要に応じて、配列番号14を有するプローブ、
・配列番号15を有するフォワードプライマー及び配列番号16を有するリバースプライマー、並びに必要に応じて、配列番号17を有するプローブ、
・配列番号18を有するフォワードプライマー及び配列番号19を有するリバースプライマー、並びに必要に応じて、配列番号20を有するプローブ
のうち少なくとも1つを含む。
患者及び生体サンプル
敗血症性ショックの発症後1日目(D1)及び3日目(D3)の敗血症性ショック患者30名について、全血サンプルをPAXgene管(PreAnalytix社)に入れてから保管した(後向きコホート)。
RNAの抽出及び逆転写
PAXgene Blood RNA(PreAnalytix社)キットを用いてメーカーの推奨に従ってRNAを抽出した。RNA6000ナノチップを使用し、Bioanalyzer(Agilent Technologies社、カリフォルニア州サンタクララ)によって、抽出したRNAの品質を検査した。RNA溶出工程の前に、DNAseの作用によって残留ゲノムDNAを除去した。次いで、Bioanalyzer(Agilent Technologies社)を用いてRNA6000ナノキットによりRNAの品質を検査した。RIN(RNA Integrity Number)が6より大きいサンプルを良好な品質とみなした。最後に、RNAの濃度を蛍光定量法(QubitのRNAアッセイキット、Life Technologies社)により決定した。
PCR反応は、0.5モル(M)のプライマー及び0.1Mのプローブを含有する20マイクロリットル(μL)の最終量にてTaqman Fast Advanced Master Mix PCRキット(Roche社)を用いてLightCycler480(Roche Molecular Biochemicals社、スイス国バーゼル)により行った。PCR反応では、最初の変性工程を95℃で10分間行った後、「タッチダウンPCR」の45回の増幅サイクル(95℃で10秒、1回目のサイクルでは68℃で29秒とし、58℃に到達するまで各サイクル毎に0.5℃ずつ下げる、72℃で1秒間の伸長)を行った。LightCyclerソフトウェアを用いて2次導関数最大値法によって各サンプルのCp(「交点(crossing point)」)を自動的に決定した。既知の濃度の増幅産物の標準保存液の8段階の10倍希釈系列を作製して検量線を得た。用いたプライマー対及びプローブを表2に列挙する。
統計分析は、RStudioソフトウェア(バージョン0.98.501)を用いて行った。観察された差異は、p値が0.05未満の場合に有意であるとみなした。
IL7R遺伝子の転写物の発現レベルの比較は、敗血症性ショック患者でのD1とD3との比較では対応のあるWilcoxon検定を用いて行った以外は、Mann-Whitney検定を用いて行った。
ROC(受信者動作特性曲線)グラフを作製し、曲線下面積及びその信頼区間を算出した。
健常対象及び敗血症性ショック患者におけるIL7R遺伝子の転写物の検出
30名の敗血症性ショック患者及び19名の健常ボランティア対象の全血サンプルにおいて、上記のようにIL7R遺伝子の転写物の発現レベルを測定した。結果を図2に示す。
図3に示されるように、膜型をコードする転写物(転写物IL7R-001)及び可溶型の可能性がある転写物(転写物IL7R-007)を含むIL7R遺伝子の各種転写物の発現レベルは、合併症(図3中、「有」に対応する確認された院内感染又は死亡)を患う患者においてD3で有意に低い。この所見は、発現レベルの比D3/D1についても当てはまる。
研究対象の事象、すなわち合併症の発症に関して、IL7R遺伝子の各種転写物の発現レベルの測定の予測能を研究した。結果を表3に示す。表3は、ROC(受信者動作特性曲線)曲線下面積すなわちAUC(曲線下面積)及びその95%信頼区間をまとめて示す。
図4に示されるように、膜型をコードする転写物(転写物IL7R-001)及び可溶型の可能性がある転写物(転写物IL7R-007)を含むIL7R遺伝子の各種転写物の発現レベルは、28日より長く生存することになる患者(図4中、「生存者」と表記される)と比較して、敗血症性ショック後28日以内に死亡することになる患者(図4中、「非生存者」と表記される)においてD3で有意に低い。この所見は、発現レベルの比D3/D1についても当てはまる。
敗血症性ショックの発症後28日以内の死亡の発生に関して、IL7R遺伝子の各種転写物の発現レベルの測定の予測能を研究した。結果を表4に示す。表4は、ROC曲線下面積及びその95%信頼区間をまとめて示す。
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ATCTAAGCTTCTCTGTCTTCCTCCCTCCCTCCCTTCCTCTTACTCTCATTCATTTCATACACACTGGCTCACACATCTACTCTCTCTCTCTATCTCTCTCAGAATGACAATTCTAGGTACAACTTTTGGCATGGTTTTTTCTTTACTTCAAGTCGTTTCTGGAGAAAGTGGCTATGCTCAAAATGGTGAGTCATTTCTAAGTTTTCTTATGGATTTTGGATTATCTGTAGCATGGTTTCAGGTTATTCAGTTCCCTAACAGACCTGAGTCAGGCACTGGGTTTGAATGCAGTTTGAGAATTTCCCACATATTCAGTCATTTTTTTTAATGTTTAACCACCATGACAGGGGGCAGGGGATCAATACTATGGGTGGTTTATAAGACCTCAGTATTCTCAAGAAGGAATGCATTTCACTCCCAAGTGTAGATCTTAAATGTTGAATGATTACTCTGCTCTTACAAAAAGAATGCTCATGTAGATGCTATGACTGTACTTGTAGGAAAATGTCCAAAGTAATTTTACCTTGTCAGGAGATCAAACTGGATTCATTTTGTTTGACTTTTTAAGAAATCCTGAAAGCATAACTTTCAGGATAAGGTAATGTACAGAAGCAATAGCTTTGTCTTCAGTGACCAGTGCTATATCCTCAGCACCTAAATCAGTGGCTAGAATATAGTAGACATCCAATAACTTTTGAAAGTGTTTTCAAAATACTTTAGTTTTGAGAGATTTATGTGAGATTTTAAGTAAATAACTGACTAGAGAAAGATCTAAATGAGTTTACTCATTGAAATACACTGAATTGCCTCCACACCAACAAATTGGCCATATGTAATAATTCTTTTTGGGATCTAAAAAACTTAGTACCGAGAAGCCAACCCTGCCCATACATAAACACATTGTAATTATAACAAAACTAGGCAGAAGCTTCTAACAGCAGCAGGAGGCATGTGGGAATTTAGACCATCAACTTGCTCCTGCAAATTAAGCCCTTTCTCTTTAAGAGTTAAAAACTATTTGGCTATAGACAATATCAAACACATCAGCCTAATGACTCAGCTTATGCATTTTGAGTCATGTAATTACGAAGGATGGAAATCCCTAGAATTTTCTCATTAAGGGAATTGTCAGAGAGTTTGACATTTTTTACAGTATATGACTCACTTTATGGGGGATGATTATTATTCTATGCTAAACTTTGCCTTGGATTTCCACAAAGACTGATGGGAGGCAGGAAACATAAATCTTACTCTCTTTCATGTCATCTATACTCACTAGTTCACCCTGGTGATCATACTATTTTTAAAATATATAAGAATGCTAGTTGAAAGCTGGGTTTTCACTCCAACTTTTTAAGTTTCAGATTTTTTAGAAGATGTATAATTACCCTATTCACATGATTACGTCAAAATACTTCCCAGTTTGGGGTATAGGAATTCACATTCAGTTGCTGCTTGTTGAAAGTTGTCAATTTTCTGATCATCACAAGGATGATCAAGAGAAGAAAGGGATACTTTTTAAAAATCCAAATCATTTACACTATTAATCAACTAACTCCATTCAGTAGGAAGAAGACTTCTAGATGACACTGGCTTGCCTATGATACATATTCCACACAATTTAAATTTTTATGGATAAATATGTCTAGATACCTATTTAAATATGAATAATATTAATTATTGAGCATTTAAAGAATAATAGATTAACTCATTATTCAAAAGCTCTATGTAATTTCAAAACCATAGTAATTATAACACCGTCAATTGACATAAACTTTTTAAAGAGAAGCTCAAATGTTTCATGTATATTTTCAGAATTAGAATTCTTATTTTACCTTTTCATTACTTATTTCTCAGAAAATATTATACTCATAGCTAATCCCTATTAAATCCTTACTGTGTTCTAAGCTACCTCTTTGTAAATATCCATTCAGTGATTGCTCATAGCACGAGTTTACATATTAGAACACATGTCTTAGAGAAGTTGCCTACCTGACAGAGGACCACAGGTAGAGTATCCAGAATTTAAACGCACATCTGTCCAGCTCTAACACCACAGGTCTTAACCACTGTGTACATTAACTACTCTTAGCCAAGAATTTTTCAGCTCACGTCATGTAGAATATTCTTTTTGTAAAATGCCATCACATTTTATAAGTCATTGAAGGGAATTTTTCTTGGTTACAAAGCAACTCTGCCCCATAATATCTACTGAAAAGCCAGTGAGCTGCTTCCTAAAACACAGCCATTTTAGGTGCAGGAAACAGTGTATAAATGGCTCATTGTATATTGTATGCTTTGCCAGACTGAGTGGCAGTGGGAGTCCTTTGTTATGTGGGTGCTGACATCTGCTAGAGTGTGCTGTCTCTATTGAAGAATCGTGAAGACAAAGCCGACCCACAGGATGTCTGAATCCAAATAATAATACATGTTCTGTGTATAGAATTGGTGGAAGAGAAAATGTCAGGACAGTGTGAGGACTGCCATGTAAGGTCAGAACCACTGCATTTAGAAAGCTACCACTGCACAGGGAAGAAATCTAAGTCTACAAAATTAGTGGGCTGTCTCTCATTATTTCGTGCTGTCATCAGAAGGAGGGCCATACCCTGCTGAAACTACATAAAGAGCTTTTGCTGGTGGCAGAACTGTGAACTGGATGGATTCTGGGAATGGCCAGAAAAACAAATGCCTGTGGTTGTGAGCAGTGCCCACACCCATGGTCTAGCTAGGGCTGTTTGAGATTTGTTGCTTTGACTGAACCAACCTGTCATTCAACTGGTTGGTCCATTCACAGTCAGCTTTATTAACTTTCCCATTTTCCCTACTGAGTTATTTAAGTAAAGAAAGTGCTATTCGGACAGCCCTTGGTCTCTGGGACAATCAACTGGGATTTGATTTTAGTATATTCTGTCTCCAGTGTAAAGCCTTGGAAGCATCTAATTTCTAGTACTGATGAACCAAAAATACATGGAAGCAGTCCTAGGCTCACACTTGAGCACTCTGAGAATGGCTTTGCTTACTCCAGATTTTCTCAGGTCCCAGTGGGTGTATATTTTCTGACATATTTATTCCAGCCTCACTTTCTATCATGTAAAACATACATACAAAATGTAGATTTCATTATAGGGTCTACAAAACAGCTTAAGAAACCAAATACTATGTGTGACAGATCACACTTTCCAAAAGTAATAGCAAAAAAAAAAAAAATCTGGTTCCCCACTTTCTTCCAGCATCCTGCTAGAATCTATCAGATACTGCGTCTATAGAAGAATCTATAAGAACAGAAGCAGTATGTACAACATTCACAGGAAGTTTCACCAAATCGGAGTCCTGCCAGATCTAATTTTTTTTCCCTAATCACGTTTGTCTCAGTCAGTAGCTTAAGACAATGGAAATAATCAGTGCCACTTTTAATTGGGATGCCTTTTTAGGCAAGGGAAAGTGACCTCTTAAAAAAGCAAAATTCTGACTGCAAGATAGCTATCATTGTCCTTCATTTAAGACAAAAAAAATACTAGGGAGGGAATAAATTATGATTTGTAATAAAGTGAAAAGTGAGATTAGGTAGCATGGGGATAATGGAAATAAAGTGTCTCTTCTTTGAAATAATATGAACAATCAATGTAACAAATGTAGCAGAAAAAACTCCAGTTTAAATACAGAAAAGAATGTGTTCAATGCCTCTGGTTCTTTAACTCAGAAATATTTGGAGGTTACTTACTCATTATGATGGATTTTTTTTTTCTATTGGAAAACTCTGTTAGCATTGAGCGTTTTTGTTTTTTGTTTTTTGTTGGTTGGTTGGTTTTGAAGCATTTTTCTTGTCTTTGCCCTTGGGCTTTTCTTCCTTGAATACTACATAATCCATTACTATTTCATGTCTGCCACAGAGTCTGCTATTTTATTAAGGTCATGCCATATTTCAAAAGGATGCATTTATTTGTTTCATTAACAGCTGCATGTTTGTTCCTCCCCAGGAGACTTGGAAGATGCAGAACTGGATGACTACTCATTCTCATGCTATAGCCAGTTGGAAGTGAATGGATCGCAGCACTCACTGACCTGTGCTTTTGAGGACCCAGATGTCAACATCACCAATCTGGAATTTGAAATATGGTGAGGGATGGTGGTTTTAATGGTTGCTTAGACATCCTCTGTCTCTCTTTTCATATGCTCTTTTTAATAGCCACAAAAGAAAGAATATGTGGCCTAATTAACAAATGTTAACATCTAAGGAATTCCCAAAGGCCTCCTGAAACTCCTTGTCCTTCACCAAAAACACTCATACAAATCTCCTCTCACGGTTCAGCTTTCAGACCCTGAGACTCAGTCAAATGATGCTCTGGATCTTGGGGATCCCACATCCCTCCCAACTTCATATCAGAATTTAAATCCTGCGTCTCCTACAACACTTCTCACCAAAAATCTGTTTGCCCAACACGAGACAATCCAGTGTCTTCAAGTTGCATCTGAGAGTTAAACTGCCTTGTTTCCAATCCCAATACCAGTGCTTACTAGTTTTTTGACCTAGAGAAAGTTATGTAATGTATCTATGCCTCAGTTTCCTCACCTGTAAAATGAGATAACCTGCCTCACAGGAAGGCTGTGATGGTTAAATAATTTCATCATATAAATCATTCCAAATAGTCGGCCAGTGAATAACGAGTAATGGGGAAGCAACATTAAATTATAATTCTGTGAATATTGACCTAACTTCTACCATCTTGACACAATTTGACTTCAGATGATCCTCTCAATGTAAATTTTCCAAAAATCCACAGGAATAAGTTGGCATTTTGTTTCACAAGGTCTCACAGAAAAGACAAAGGAAAAGAGTCTGGTTTGAAAGTTTACTAAAGGTCTCAGGGAACTTTATCTTCTCCTTCTCCTTCATCCATAAGTCATCTCTTGTTGCCAAGGGTTACTATCTCTGGTGATTTGAGAAACTACTCTAGCTTGAAATTCTGACCTGAGGCTATCTCCAAATTCATATCCGAATG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CAGAATGTCCAGACACAGTG
CTGTGCTTTTGAGGACCCAGAT
Claims (17)
- 生体試験サンプルが採取された時点で敗血症性ショック状態にある患者、又は生体試験サンプルを採取する前の3日以内に敗血症性ショック状態にあった患者の生体試験サンプルから該患者における合併症リスクのin vitro又はex vivo評価を行う方法であって、
i)上記患者の敗血症性ショックの発症後3日目に得られた生体試験サンプルにおけるIL7R遺伝子の少なくとも1つの転写物の量を決定する工程であって、
上記IL7R遺伝子の少なくとも1つの転写物が、配列番号2の転写物IL7R-001、配列番号3の転写物IL7R-002、配列番号4の転写物IL7R-003、配列番号6の転写物IL7R-005、及び配列番号8の転写物IL7R-007、並びにこれらの変異体から選択され、変異体の配列が、上記配列の1つと少なくとも99%の同一性を有する工程と、
ii)上記生体試験サンプルについて決定された上記少なくとも1つの転写物の量と、敗血症性ショックを受けたが合併症を患わなかったことが分かっている参照個体又は参照集団の生体参照サンプルから得られる外部参照値との比較を、
上記生体試験サンプルの場合及び上記外部参照値を決定する場合の両方において敗血症性ショックの発症後3日目に測定した上記IL7R遺伝子の少なくとも1つの転写物の量を直接比較するか、あるいは、
上記生体試験サンプルの場合及び上記外部参照値を決定する場合の両方において敗血症性ショックの発症後3日目に得られた生体試験サンプルから測定した上記IL7R遺伝子の少なくとも1つの転写物の量と、上記生体試験サンプルの場合及び上記外部参照値を決定する場合の両方において敗血症性ショック後24時間以内に得られた生体試験サンプルから測定した量との比を比較することで行う工程と、
iii)上記生体試験サンプルについての量または比が対応する外部参照値と比較して減少している場合に、合併症リスクがあると結論を下す工程と
を実施することを特徴とする方法。 - 上記合併症リスクが、上記患者の死亡リスクであることを特徴とする、請求項1に記載の方法。
- 上記IL7R遺伝子の少なくとも1つの転写物が、CD127の膜貫通領域の少なくとも一部、又はさらには膜貫通領域全体を含む転写物から選択されることを特徴とする、請求項1又は2に記載の方法。
- 上記IL7R遺伝子の少なくとも1つの転写物が、配列番号2の転写物IL7R-001、または配列番号2と少なくとも99%の同一性を有する変異体であることを特徴とする、請求項1~3のいずれか一項に記載の方法。
- 上記少なくとも1つの転写物の量が、上記生体試験サンプルおよび上記生体参照サンプルにおける上記IL7R遺伝子の複数の転写物の全量であることを特徴とする、請求項1~4のいずれか一項に記載の方法。
- 上記IL7R遺伝子の少なくとも1つの転写物がmRNAであることを特徴とする、請求項1~5のいずれか一項に記載の方法。
- 上記IL7R遺伝子の少なくとも1つの転写物の量が、定量RT-PCRにより測定されることを特徴とする、請求項1~6のいずれか一項に記載の方法。
- 上記IL7R遺伝子の少なくとも1つの転写物の量が、以下のハイブリダイゼーションプローブを伴った又は伴わない以下の増幅プライマー対:
配列番号12を有するフォワードプライマー及び配列番号13を有するリバースプライマー、並びに必要に応じて配列番号14を有するプローブ;
配列番号15を有するフォワードプライマー及び配列番号16を有するリバースプライマー、並びに必要に応じて配列番号17を有するプローブ;
配列番号18を有するフォワードプライマー及び配列番号19を有するリバースプライマー、並びに必要に応じて配列番号20を有するプローブ
のうち少なくとも1つを用いて測定されることを特徴とする、請求項7に記載の方法。 - 上記患者から得られた生体試験サンプルが、全血又はPBMCのサンプルであることを特徴とする、請求項1~8のいずれか一項に記載の方法。
- 生体試験サンプルが採取された時点で敗血症性ショック状態にある患者、又は上記生体試験サンプルを採取する前の3日以内に敗血症性ショック状態にあった患者における合併症リスクを評価するための、上記患者の敗血症性ショックの発症後3日目に得られた生体試験サンプルにおけるIL7R遺伝子の少なくとも1つの転写物の量のin vitro又はex vivo測定の使用であって、
上記IL7R遺伝子の少なくとも1つの転写物が、配列番号2の転写物IL7R-001、配列番号3の転写物IL7R-002、配列番号4の転写物IL7R-003、配列番号6の転写物IL7R-005、及び配列番号8の転写物IL7R-007、並びにこれらの変異体から選択され、変異体の配列が、上記配列の1つと少なくとも99%の同一性を有することを特徴とする、使用。 - 上記IL7R遺伝子の少なくとも1つの転写物が、CD127の膜貫通領域の少なくとも一部、又はさらには膜貫通領域全体を含む転写物から選択されることを特徴とする、請求項10に記載の使用。
- 上記IL7R遺伝子の少なくとも1つの転写物がmRNAであることを特徴とする、請求項10又は11に記載の使用。
- 合併症リスクが死亡リスクである、請求項10~12のいずれか一項に記載の使用。
- 上記IL7R遺伝子の少なくとも1つの転写物が、配列番号2の転写物IL7R-001、または配列番号2と少なくとも99%の同一性を有する変異体であることを特徴とする、請求項10~13のいずれか一項に記載の使用。
- 生体試験サンプルにおいてIL7R遺伝子の少なくとも1つの転写物の量をin vitro又はex vivoで測定するためのキットであって、
上記生体試験サンプルにおける上記IL7R遺伝子の少なくとも1つの転写物の量を測定するための特異的な試薬又は手段であって、
上記IL7R遺伝子の少なくとも1つの転写物が、配列番号2の転写物IL7R-001、配列番号3の転写物IL7R-002、配列番号4の転写物IL7R-003、配列番号6の転写物IL7R-005、及び配列番号8の転写物IL7R-007、並びにこれらの変異体から選択され、変異体の配列が、上記配列の1つと少なくとも99%の同一性を有する、試薬又は手段と、
敗血症ショックを受けた患者であって、合併症を患わなかったことが分かっている患者の敗血症性ショックの発症後3日目に得られた生体試験サンプルのプールにおいて測定された平均量に対応する上記IL7R遺伝子の少なくとも1つの転写物の量を含有するように調整されたサンプルである対照サンプルと
を含むキット。 - 生体試験サンプルにおいてIL7R遺伝子の少なくとも1つの転写物の量をin vitro又はex vivoで測定するためのキットであって、
上記生体試験サンプルにおける上記IL7R遺伝子の少なくとも1つの転写物の量を測定するための特異的な試薬又は手段であって、
上記IL7R遺伝子の少なくとも1つの転写物が、配列番号2の転写物IL7R-001、配列番号3の転写物IL7R-002、配列番号4の転写物IL7R-003、配列番号6の転写物IL7R-005、及び配列番号8の転写物IL7R-007、並びにこれらの変異体から選択され、変異体の配列が、上記配列の1つと少なくとも99%の同一性を有する、試薬又は手段と、
敗血症ショックを受けた患者であって、生存できたことが分かっている患者の敗血症性ショックの発症後3日目に得られた生体試験サンプルのプールにおいて測定された平均量に対応する上記IL7R遺伝子の少なくとも1つの転写物の量を含有するように調整されたサンプルである対照サンプルと
を含むキット。 - 上記生体試験サンプルにおける上記IL7R遺伝子の少なくとも1つの転写物の量を測定するための特異的な試薬として、以下のプローブを伴った又は伴わない以下の増幅プライマー対:
配列番号12を有するフォワードプライマー及び配列番号13を有するリバースプライマー、並びに必要に応じて配列番号14を有するプローブ;
配列番号15を有するフォワードプライマー及び配列番号16を有するリバースプライマー、並びに必要に応じて配列番号17を有するプローブ;
配列番号18を有するフォワードプライマー及び配列番号19を有するリバースプライマー、並びに必要に応じて配列番号20を有するプローブ
のうち少なくとも1つを含むことを特徴とする、請求項15又は16に記載のキット。
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