JP6985344B2 - 電気的方法を用いた分子分析物のデジタル分析の方法 - Google Patents
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Description
本願は、その全体が参照により本明細書に組み入れられる、2013年8月22日に出願された米国特許仮出願第61/868,988号に係る優先権を主張する。本願はまた、米国特許仮出願第61/728,067号および国際特許出願第PCT/US2013/070797号を全て参照により組み入れる。
本開示は、分子の電気的検出に有用な組成物および方法に関し、さらに具体的には、標的分析物の複合混合物を特徴付けるためのデジタル化電気信号の使用および誤り訂正プロトコルの使用に関する。
分子分析物を同定および定量するために多数の分子的アプローチおよび生化学的アプローチを利用することができる。例として、一般的に用いられる核酸ベースのアッセイ、例えば、qPCR(定量ポリメラーゼ連鎖反応)およびDNAマイクロアレイならびにタンパク質ベースのアプローチ、例えば、イムノアッセイおよび質量分析法が挙げられる。しかしながら、現行の分析物分析技術には様々な制約がある。例えば、現行の方法には、特に、分析物が生物学的試料中に低コピー数または低濃度で存在する場合、感度の制約がある。核酸定量技術のほとんどは感度を高くするために試料増幅を必要とする。しかしながら、増幅法によって、定量にバイアスおよび間違いが導入される。さらに、タンパク質およびペプチドの場合、増幅は不可能である。感度の不足に起因して、検出および定量のためのアプローチは、比較的大きな試料量を必要とする場合が多い。
本発明は、標的分析物に特異的に結合するように構成されたプローブ領域;少なくとも25個の連続したヌクレオチドを含むホモポリマー塩基領域を含む、テール領域;および任意で、プローブ領域とテール領域との間に配置されたリンカー領域を含む、組成物であって、リンカー領域が、テール領域の一部に特異的に結合するように構成されたヌクレオチド配列を含み、任意のリンカー領域が存在するときにプローブ領域およびテール領域がそれぞれ別々の核酸分子を含む、組成物を提供する。
[本発明1001]
標的分析物に特異的に結合するように構成されたプローブ領域;
少なくとも25個の連続したヌクレオチドを含むホモポリマー塩基領域を含む、テール領域;および
任意で、プローブ領域とテール領域との間に配置されたリンカー領域
を含む、組成物であって、
リンカー領域が、テール領域の一部に特異的に結合するように構成されたヌクレオチド配列を含み、任意のリンカー領域が存在するときにプローブ領域およびテール領域がそれぞれ別々の核酸分子を含む、組成物。
[本発明1002]
標的分析物に特異的に結合するように構成されたプローブ領域;および
プローブ領域に付着された少なくとも1つのリンカー領域
を含む、組成物であって、
リンカー領域が、少なくとも1つのテール領域の一部に特異的に結合するように構成されたヌクレオチド配列を含み、テール領域が、少なくとも25個の連続したヌクレオチドを含むホモポリマー塩基領域を含み、プローブ領域およびテール領域がそれぞれ別々の核酸分子を含む、組成物。
[本発明1003]
少なくとも1つのテール領域をさらに含む本発明1002の組成物であって、それぞれのテール領域の一部が、別個のリンカー領域に特異的に結合するように構成されている、前記組成物。
[本発明1004]
テール領域およびプローブ領域が、核酸バックボーンを介して共有結合的に連結される、本発明1001の組成物。
[本発明1005]
テール領域が、ホモポリマー塩基領域内の塩基と異なる1個または複数個の塩基を含む1個または複数個のヌクレオチドをさらに含む、本発明1001または1003の組成物。
[本発明1006]
リンカー領域が、複数のテール領域の一部に特異的に結合するように構成されている、本発明1001または1002の組成物。
[本発明1007]
ホモポリマー塩基領域がポリAテール、ポリTテール、ポリCテール、またはポリGテールを含む、本発明1001または1002の組成物。
[本発明1008]
ホモポリマー塩基領域が、少なくとも100の連続したヌクレオチドを含む、本発明1001または1002の組成物。
[本発明1009]
ホモポリマー塩基領域が、少なくとも200個の連続したヌクレオチドを含む、本発明1001または1002の組成物。
[本発明1010]
標的分析物がタンパク質、ペプチド、または核酸を含む、本発明1001または1002の組成物。
[本発明1011]
プローブ領域がタンパク質、ペプチド、または核酸を含む、本発明1001または1002の組成物。
[本発明1012]
プローブ領域が抗体を含む、本発明1001または1002の組成物。
[本発明1013]
リンカー領域配列が少なくとも10個のヌクレオチドを含む、本発明1001または1002の組成物。
[本発明1014]
リンカー領域配列が20〜25個のヌクレオチドを含む、本発明1001または1002の組成物。
[本発明1015]
テール領域が、
ホモポリマー塩基領域に隣接し、ホモポリマー塩基領域内の塩基と異なる塩基を含む、ヌクレオチド;
該ヌクレオチドに隣接し、該ヌクレオチド塩基と異なる塩基を含む、第2のホモポリマー塩基領域;および
任意で、複数のさらなるホモポリマー塩基領域であって、それぞれのさらなるホモポリマー塩基領域が、介在ヌクレオチドによって、隣接するホモポリマー塩基領域と分けられており、介在ヌクレオチド塩基が、それぞれの隣接するホモポリマー塩基領域の塩基と異なる、複数のさらなるホモポリマー塩基領域
をさらに含む、本発明1001または1003の組成物。
[本発明1016]
それぞれのホモポリマー塩基領域が同じ塩基を含む、本発明1015の組成物。
[本発明1017]
前記ヌクレオチドおよびそれぞれの任意の介在ヌクレオチドが同じ塩基を含む、本発明1015の組成物。
[本発明1018]
本発明1015の組成物を複数含むライブラリーであって、(1)それぞれのプローブ領域が複数のリンカー領域と関連づけられ、(2)それぞれのリンカー領域が別個のテール領域の一部に特異的に結合する、ライブラリー。
[本発明1019]
ライブラリーにある全てのテール領域の長さが一定である、本発明1018のライブラリー。
[本発明1020]
少なくとも1つの標的分析物を特徴付ける方法であって、
複数の順序付けられたテール領域セットを入手する工程であって、該順序付けられたテール領域セットがそれぞれ、本発明1001および1003〜1018のいずれかの1つまたは複数のテール領域を含み、かつN個の別個の標的分析物の規定されたサブセットに向けられており、N個の別個の標的分析物が、支持体の空間的に分離した領域上に固定化されている、複数の順序付けられたテール領域セットを入手する工程;
本発明1001〜1018のいずれかのプローブ領域のプローブ領域と、固定化されたN個の別個の標的分析物の1つまたは複数との特異的結合を促進するように設計された条件下で、N個の別個の標的分析物を本発明1001〜1018のいずれかのプローブ領域と接触させる工程;
少なくともMサイクルを実行する工程であって、
(1)テール領域がプローブ領域に共有結合していない場合、結合されたプローブ領域をテール領域と接触させることを含むハイブリダイゼーション工程であって、それぞれのテール領域がプローブ領域のリンカー領域に特異的に結合する、ハイブリダイゼーション工程;
(2)テンプレートとしてテール領域を用いてポリヌクレオチド鎖の合成をもたらす条件下で、結合されたテール領域を、試薬を含む反応混合物と接触させることを含む、合成工程;および
(3)N個の別個の標的分析物からテール領域またはプローブ領域を取り除くことを含む、取り除き工程
を含む、少なくともMサイクルを実行する工程;
少なくともMサイクルのそれぞれの間に、支持体の空間的に分離した領域から複数の出力信号を検出する工程;ならびに
検出された複数の出力信号から、N個の別個の標的分析物の1つまたは複数について1サイクルにつき少なくともKビットの情報を決定する工程であって、L全ビットの情報を決定するために少なくともKビットの情報が用いられ、K x M = Lビットの情報およびL≧log 2 (N)であり、N個の別個の標的分析物の1つまたは複数を同定するためにLビットの情報が用いられる、工程
を含む、方法。
[本発明1021]
L>log 2 (N)であり、Lが、複数の信号における誤りを訂正するために用いられるビットの情報を含む、本発明1020の方法。
[本発明1022]
L>log 2 (N)であり、Lが、予め決められた順序で順序付けられたビットの情報を含む、本発明1020の方法。
[本発明1023]
予め決められた順序が、ランダムな順序である、本発明1022の方法。
[本発明1024]
L>log 2 (N)であり、Lが、N個の別個の標的分析物それぞれについて識別コードを決定するために用いられるビットの情報を含む、本発明1020の方法。
[本発明1025]
L>log 2 (N)であり、Lが、少なくともMサイクルのそれぞれのサイクルについて、順序付けられたテール領域セットの順序を復号するための鍵を含むビットの情報を含む、本発明1020の方法。
[本発明1026]
鍵を用いてN個の別個の標的分析物の1つまたは複数の同一性を復号する工程をさらに含む、本発明1020の方法。
[本発明1027]
複数の信号をデジタル化して該複数の信号の検出のダイナミックレンジを拡張する工程をさらに含む、本発明1020の方法。
[本発明1028]
N個の標的分析物について決定されたLビットの情報を、鍵によって提供された予想されたビットの情報と比較する工程であって、この比較を用いてN個の標的分析物の同一性を決定する、工程
をさらに含む、本発明1020の方法。
[本発明1029]
コンピュータにより実行される、本発明1020の方法。
[本発明1030]
Lビットの情報から複数の出力信号についての誤り訂正を決定する工程
をさらに含む、本発明1020の方法。
[本発明1031]
誤り訂正が、リード・ソロモン符号を使用する工程を含む、本発明1030の方法。
[本発明1032]
N個の別個の標的分析物の数に基づいて、順序付けられたテール領域セットの数を決定する工程をさらに含む、本発明1020の方法。
[本発明1033]
支持体が、複数の出力信号を検出する少なくとも1つのトランジスタを含む、本発明1020の方法。
[本発明1034]
トランジスタがイオン選択性電界効果トランジスタ(ISFET)構造である、本発明1033の方法。
[本発明1035]
少なくとも1つの標的分析物を特徴付けるためのキットであって、
それぞれのプローブ領域容器が、本発明1001のプローブ領域およびリンカー領域を含む別個の分子を収容している、複数のプローブ領域容器;
それぞれのテール領域容器が、本発明1001のテール領域を含む別個の核酸分子を収容している、複数の順序付けられたテール領域容器;
テール領域の1つからポリヌクレオチド鎖テンプレートを合成するのに用いられる酵素およびポリヌクレオチドを含む反応混合物を収容している、反応混合物容器;ならびに
ポリヌクレオチド鎖反応産物の合成をもたらす条件下で、標的分析物を、少なくとも1つのプローブ領域容器の内容物またはその一部、少なくとも1つのテール領域容器の内容物またはその一部、および反応混合物容器の内容物またはその一部と接触させるための説明書を含む、使用のための説明書
を含む、キット。
[本発明1036]
少なくとも1つの標的分析物を特徴付けるためのキットであって、
それぞれの組成物容器が、本発明1001〜1018のいずれかの別個の組成物を収容している、複数の組成物容器;
テール領域が存在する場合に、テール領域の1つからポリヌクレオチド鎖テンプレートを合成するのに用いられる酵素およびポリヌクレオチドを含む反応混合物を収容している、反応混合物容器;ならびに
ポリヌクレオチド鎖反応産物の合成をもたらす条件下で、標的分析物を、少なくとも1つのプローブ領域容器の内容物またはその一部、および反応混合物容器の内容物またはその一部と接触させるための説明書を含む、使用のための説明書
を含む、キット。
[本発明1037]
使用のための説明書が、
少なくともMサイクルを実行するための説明書であって、実行が、
(1)テール領域がプローブ領域に共有結合していない場合、結合されたプローブ領域をテール領域と接触させることを含むハイブリダイゼーション工程であって、それぞれのテール領域がプローブ領域のリンカー領域に特異的に結合する、ハイブリダイゼーション工程;
(2)テンプレートとしてテール領域を用いてポリヌクレオチド鎖の合成をもたらす条件下で、結合されたテール領域を、試薬を含む反応混合物と接触させることを含む、合成工程;および
(3)N個の別個の標的分析物からテール領域またはプローブ領域を取り除くことを含む、取り除き工程
を含む、少なくともMサイクルを実行するための説明書;
少なくともMサイクルのそれぞれの間に、支持体の空間的に分離した領域から複数の出力信号を検出するための説明書;ならびに
該複数の信号から、N個の別個の標的分析物の1つまたは複数について1サイクルにつき少なくともKビットの情報を決定するための説明書であって、L全ビットの情報を決定するために少なくともKビットの情報が用いられ、K x M = Lビットの情報およびL≧log 2 (N)であり、N個の別個の標的分析物の1つまたは複数の存在または非存在を決定するためにLビットの情報が用いられる、説明書
をさらに含む、本発明1035または1036のキット。
[本発明1038]
L>log 2 (N)である、本発明1037のキット。
[本発明1039]
Lビットの情報を用いてN個の別個の標的分析物それぞれの同定を決定するための説明書をさらに含む、本発明1037のキットであって、Lが、標的を同定するためのビットの情報を含む、前記キット。
[本発明1040]
Lビットの情報を用いて複数の順序付けられたプローブ試薬セットの順序を決定するための説明書をさらに含む、本発明1037のキットであって、Lが、予め決められた順序で順序付けられたビットの情報を含む、前記キット。
[本発明1041]
予め決められた順序が、ランダムな順序である、本発明1037のキット。
[本発明1042]
複数の順序付けられたプローブ試薬セットの順序を復号するための鍵を使用するための説明書をさらに含む、本発明1037のキット。
図面および以下の説明は本発明の様々な態様に関するが、例示にすぎない。以下の考察から、本明細書において開示された構造および方法の代わりの態様は、特許請求されているものの原理から逸脱することなく使用され得る実行可能な代案として容易に認められることに留意しなければならない。
「標的分析物」または「分析物」とは、同定される、定量される、および別の方法で特徴付けされる分子、化合物、物質、または成分を指す。標的分析物は、ポリペプチド、タンパク質(折り畳まれたタンパク質もしくは折り畳まれていないタンパク質)、オリゴヌクレオチド分子(RNAもしくはDNA)、その断片、またはその修飾された分子、例えば、修飾された核酸でもよい。一般的に、標的分析物は、任意の(例えば、ピコリットル範囲と少ない)量の溶液で、広範囲の濃度(例えば、mg/mL〜ag/mL範囲)のうちのどの濃度でもよい。例えば、血液、血清、ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織、唾液、または尿の試料が様々な標的分析物を含有する可能性がある。標的分析物はプローブによって認識され、プローブは、電気的検出方法または光学的検出方法を用いて標的分析物を同定および定量するのに用いられる。
電気的システムを用いた標的分析物の高多重単一分子同定および定量のための組成物および技法が開示される。一部の態様において、信号は、2つ以上の信号の大きさを比較することによって生じる示差的(differential)信号である。標的分析物には、修飾のある、および修飾のない、タンパク質、ペプチド、DNA、およびRNA分子が含まれる。電気的検出は、感度を高めるためにイオン選択性電界効果トランジスタ(ISFET)を用いて達成される。技法には、示差的停止(stop)のある、および示差的停止のないテール領域を用いて標的分析物を同定することが含まれる。テール領域の多様性および感度は標的分析物の詳細な特徴付けと高多重標的分析物同定を可能にする。さらに、標的分析物の検出および特徴付けにおいて潜在的な誤りを訂正する誤り訂正技法が開示される。
本発明による標的分析物は、同定しようとする、定量しようとする、および別の方法で特徴付けようとする任意の分子である。標的分析物は、通常、タンパク質(変性されたタンパク質もしくは折り畳まれたタンパク質)、ペプチド、または核酸で構成されるが、別のタイプの分子、例えば、アシル、蛍光体、またはメチル基を含む任意の低分子、ステロイド、または修飾された核酸でもよい。図1は、支持体上に固定化された標的分析物102の一例を示す。一般的に、標的分析物102は、広範囲の濃度のいずれにあってもよく(例えば、mg/mLからag/mLの範囲)、任意の量の溶液でよい(例えば、ピコリットル範囲と少なくてもよい)。例えば、血液、血清、ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織、唾液、または尿の試料が、様々な標的分析物102を含有する可能性がある。標的分析物102は組成物によって認識され、組成物は、電気的検出方法を用いて標的分析物102を同定および定量するのに用いられる。組成物は、関心対象の標的分析物102に特異的に結合するように構成されたプローブ領域104を含む。プローブ領域104は、タンパク質、ペプチド、または核酸で構成されてもよく、標的分析物102を認識し、標的分析物102に結合するのに用いられる。一態様では、プローブ領域104の少なくとも一部は抗体で構成される。
本発明の電気的検出方法では、溶液中で水素イオン濃度を測定するためにイオン選択性電界効果トランジスタ(ISFET、すなわちpHセンサー)が用いられる。一態様では、本明細書において開示された電気的検出方法はコンピュータによって行われる。溶液のイオン濃度をISFETの電極によって対数電位に変換することができ、電気的出力信号を検出および測定することができる。さらなる態様において、電気的出力信号はビットのデジタル情報に変換される。ISFETは、生体分子を同定および特徴付けするための感度がよく、かつ特異的な電気的検出システムを提供する。
多数の標的分析物102を同定する、および特徴付けるために、別個のテール領域106を含有するいくつかの組成物が用いられる場合もある。このような場合、示差的検出を用いてテール領域106を効率的に同定することができる。示差的検出では、同じ長さの複数のテール領域106が用いられ、それぞれのテール領域106は、同じヌクレオチドで構成されたホモポリマー塩基領域を含み、同じ数の停止塩基を含む。(1つのテール領域内にあり、停止塩基の間にある)2つ以上のホモポリマー塩基領域間のポリヌクレオチド合成からの電気的出力信号比によって示差的検出測定値が得られる。テール領域106に関連づけられた同定長(identification length)は、トランジスタによる検出のために、ある特定の水素イオン数が放出されるのに必要なテール領域106のヌクレオチド数に相当するように選択される。同定長が長ければ長いほど、1サイクルあたりに得られるビット情報は少なくなる。
図3は、一態様に従う、分子分析物の分析において使用するためのコンピュータ300の一例を図示したハイレベルブロック図である。チップセット304と連結された少なくとも1つのプロセッサ302を図示する。チップセット304は、メモリコントローラハブ320および入力/出力(I/O)コントローラハブ322を含む。メモリ306およびグラフィックスアダプタ312はメモリコントローラハブ322に連結され、ディスプレイ装置318はグラフィックスアダプタ312に連結される。記憶装置308、キーボード310、ポインティング装置314、およびネットワークアダプタ316はI/Oコントローラハブ322に連結される。コンピュータ300の他の態様は異なる構成を有する。例えば、メモリ306は一部の態様ではプロセッサ302に直接連結される。
8個の別個の標的分析物102が、複数のトランジスタ(すなわち、ISFET)を含む集積回路チップ上に固定化されている。それぞれの標的分析物102は、1つまたは複数のリンカー領域108を含む別個のプローブ領域104に特異的であり、それぞれのリンカー領域108は特定のテール領域106に特異的である。本実施例では、8種類のポリAテール領域106を使用し、全て901ヌクレオチドの長さを有する。同定長は100ヌクレオチドであり、テールの中に1種類の停止塩基タイプ(シトシン)のうちの1個の停止塩基を挿入する。表1Aは、使用した様々なテール領域106を示す。「リーダー長」は停止塩基の上流にあるヌクレオチドの数を示し、「トレーラー長」は停止塩基の下流にあるヌクレオチドの数を示す。
16個の別個の標的分析物102が、複数のトランジスタを含む集積回路チップ上に固定化されている。それぞれの標的分析物102は、1つまたは複数のリンカー領域108を含む別個のプローブ領域104に特異的であり、それぞれのリンカー領域108は特定のテール領域106に特異的である。本実施例では、16種類のポリAテール領域106を使用し、全て701ヌクレオチドの長さを有する。同定長は100であり、テールの中に3種類の停止塩基タイプ(シトシン、グアニン、またはチミン)のうちの1個の停止塩基を挿入する。表2Aは、使用した様々なテール領域106を示す。「リーダー長」は停止塩基の上流にあるヌクレオチドの数を示し、「トレーラー長」は停止塩基の下流にあるヌクレオチドの数を示す。
256個の別個の標的分析物102が、複数のトランジスタを含む集積回路チップ上に固定化されている。それぞれの標的分析物102は、1つまたは複数のリンカー領域108を含む別個のプローブ領域104に特異的であり、それぞれのリンカー領域108は特定のテール領域106に特異的である。本実施例では、16種類のポリAテール領域106を使用し、全て402ヌクレオチドの長さを有する。同定長は100であり、テールの中に3種類の停止塩基タイプ(シトシン、グアニン、またはチミン)の組み合わせのうちの2個の停止塩基を挿入する。表3Aは、使用した様々なテール領域106を示す。「リーダー長」は停止塩基1番目の上流にあるヌクレオチドの数を示し、「中央長」は停止塩基2番目の上流にあるヌクレオチドの数を示し、「トレーラー長」は停止塩基2番目の下流にあるヌクレオチドの数を示す。
4,096個の別個の標的分析物102が、複数のトランジスタを含む集積回路チップ上に固定化されている。それぞれの標的分析物102は、1つまたは複数のリンカー領域108を含む別個のプローブ領域104に特異的であり、それぞれのリンカー領域108は特定のテール領域106に特異的である。本実施例では、64種類のポリAテール領域106(84種類のポリAテール領域106を表4Aに示したが、64種類しか使用しない)を使用し、全て802ヌクレオチドの長さを有する。同定長は100であり、テールの中に2種類の停止塩基タイプ(シトシンまたはグアニン)の組み合わせのうちの2個の停止塩基を挿入する。表4Aは、使用した様々なテール領域106を示す。「リーダー」は、停止塩基1番目の上流にあるヌクレオチドの数(x100)を示し、「中央」は停止塩基2番目の上流にあるヌクレオチドの数(x100)を示し、「トレーラー」は停止塩基2番目の下流にあるヌクレオチドの数(x100)を示す。
65,536個の別個の標的分析物102が、複数のトランジスタを含む集積回路チップ上に固定化されている。それぞれの標的分析物102は、1つまたは複数のリンカー領域108を含む別個のプローブ領域104に特異的であり、それぞれのリンカー領域108は特定のテール領域106に特異的である。本実施例では、256種類のポリAテール領域106(324種類のポリAテール領域106を表5Aに示したが、256種類だけ使用した)を使用し、全て1002ヌクレオチドの長さを有する。同定長は100であり、テールの中に3種類の停止塩基タイプ(シトシン、グアニン、またはチミン)の組み合わせのうちの2個の停止塩基を挿入する。表5Aは、使用した様々なテール領域106を示す。例えば、1C1C8は、1x100個のポリAヌクレオチド、1個のシトシン停止塩基、1x100個のポリAヌクレオチド、第2のシトシン停止塩基、および8x100個のポリAヌクレオチドからなるテール領域106を示す。
本発明の態様の前述の説明は例示目的で提示された。前述の説明は網羅的であることも、本発明を、開示された正確な形に限定することも意図しない。関連分野の当業者は、前記の開示を考慮すれば多くの変更および変形が可能なことを理解することができる。
Claims (12)
- 以下の工程(a)−(d)を含む、分析物を特徴付ける方法:
(a) 支持体上に前記分析物を配置する工程であって、ここで、前記分析物が、テール領域が連結されているプローブ領域に連結されており、かつ、前記テール領域が、複数の連続したヌクレオチドを含む第1のホモポリマー塩基領域を含む、前記工程;
(b) 前記第1のホモポリマー塩基領域に相補的なポリヌクレオチド鎖を合成するために十分な条件下で、前記テール領域を、複数のヌクレオチドおよび重合酵素を含む反応混合物と接触させる工程;
(c) 前記前記第1のホモポリマー塩基領域に相補的なポリヌクレオチド鎖が合成された時に、1つまたは複数の信号を検出する工程;ならびに
(d) 工程(c)で検出された前記1つまたは複数の信号を用いて、前記分析物を特徴付ける工程であって、前記1つまたは複数の信号が、トランジスタで検出される、工程。 - 前記第1のホモポリマー塩基領域が、少なくとも25個の連続したヌクレオチドを含む、請求項1記載の方法。
- 前記テール領域が、第2のホモポリマー塩基領域をさらに含む、請求項1または2記載の方法。
- 前記第1のホモポリマー塩基領域および前記第2のホモポリマー塩基領域に、少なくとも1個の停止塩基が介在する、請求項3記載の方法。
- 前記少なくとも1個の停止塩基が、前記第1のホモポリマー塩基領域および前記第2のホモポリマー塩基領域のヌクレオチドと異なるヌクレオチドを、少なくとも1個含む、請求項4記載の方法。
- 前記第1のホモポリマー塩基領域が、ポリA、ポリT、ポリC、またはポリGの配列を含む、請求項1〜5のいずれか一項記載の方法。
- 前記トランジスタが、イオン選択性電界効果トランジスタ(ISFET)構造を含む、請求項1記載の方法。
- 前記1つまたは複数の信号をデジタル化して該1つまたは複数の信号の検出のダイナミックレンジを拡張する工程をさらに含む、請求項1〜7のいずれか一項記載の方法。
- 前記工程(a)−(d)が、Mサイクルのサイクルで実行され、
前記1つまたは複数の信号が、前記分析物についての1サイクルにつき少なくともKビットの情報を含み、
前記少なくともKビットの情報が、1サイクルについての情報を含み、
前記少なくともKビットの情報が、L全ビットの情報を決定するために用いられ、
K x M = L全ビットの情報、およびL>log 2 (N)であり、ならびに
前記L全ビットの情報が、前記分析物を特徴付けるために用いられる、
請求項1〜8のいずれか一項記載の方法。 - 前記L全ビットの情報から、前記1つまたは複数の信号における誤りの訂正を決定する工程をさらに含む、請求項9記載の方法。
- 前記プローブ領域が、タンパク質、ペプチド、または核酸を含む、請求項1〜10のいずれか一項記載の方法。
- 前記分析物が、タンパク質、ペプチド、または核酸を含む、請求項1〜11のいずれか一項記載の方法。
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