JP6982452B2 - 遺伝的に操作された微生物による1,5−ペンタンジオールの製造方法 - Google Patents
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Description
(1)5−アミノ−1−ペンタノールまたは1,5−ペンタンジオール生産能を有する組換微生物。
(2)前記組換微生物が、L−リジンデカルボキシラーゼ(EC:4.1.1.18)、プトレシンアミノトランスフェラーゼ(EC:2.6.1.82)及びアルデヒドレダクターゼ(EC:1.1.1.2)からなる群から選択される少なくとも1つの酵素の過剰生産を誘導するための1つ以上の遺伝子的操作であって、宿主微生物に該酵素をコードする外来性遺伝子を導入すること、宿主微生物内の該酵素の内因性遺伝子のコピー数を増加させること、宿主微生物内の該酵素の内因性遺伝子の発現調整領域に変異を導入すること、宿主微生物内の該酵素の内因性遺伝子の発現調整領域を高発現可能な外来調整領域で置換すること及び宿主微生物内の該酵素の内因性遺伝子の調整領域を欠失させることからなる群から選択される遺伝子的操作を有することを特徴とする、上記(1)の組換微生物。
(2−1)前記操作の対象となる酵素の遺伝子が、L−リジンデカルボキシラーゼ遺伝子、1又は2個のプトレシンアミノトランスフェラーゼ遺伝子及び1又は2個のアルデヒドレダクターゼ遺伝子である、上記(2)の組換微生物。
(2−2)前記操作の対象となる酵素の遺伝子が、L−リジンデカルボキシラーゼ遺伝子、1個のプトレシンアミノトランスフェラーゼ遺伝子及び1個のアルデヒドレダクターゼ遺伝子である、上記(2)の組換微生物。
(2−3)前記操作の対象となる酵素の遺伝子が、L−リジンデカルボキシラーゼ遺伝子、2個のプトレシンアミノトランスフェラーゼ遺伝子及び1個のアルデヒドレダクターゼ遺伝子である、上記(2)の組換微生物。
(2−4)主に、5−アミノ−1−ペンタノールを生産する、上記(2−2)の組換微生物。
(2−5)主に、1,5−ペンタンジオールを生産するする、上記(2−3)の組換微生物。
(2−6)前記遺伝子的操作が、宿主微生物にL−リジンデカルボキシラーゼ、1又は2種類のプトレシンアミノトランスフェラーゼ及び1又は2種類のアルデヒドレダクターゼ遺伝子をコードする外来性遺伝子を導入することである、上記(2−1)の組換微生物。
(2−7)前記遺伝子的操作が、宿主微生物にL−リジンデカルボキシラーゼ、1種類のプトレシンアミノトランスフェラーゼ及び1種類のアルデヒドレダクターゼ遺伝子をコードする外来性遺伝子を導入することである、上記(2−2)の組換微生物。
(2−8)前記遺伝子的操作が、宿主微生物にL−リジンデカルボキシラーゼ、2種類のプトレシンアミノトランスフェラーゼ及び1種類のアルデヒドレダクターゼ遺伝子をコードする外来性遺伝子を導入することである、上記(2−3)の組換微生物。
(2−9)主に、5−アミノ−1−ペンタノールを生産する、上記(2−7)の組換微生物。
(2−10)主に、1,5−ペンタンジオールを生産するする、上記(2−8)の組換微生物。
(4)前記突然変異または遺伝子組換により、アスパルトキナーゼIII(EC:2.7.2.4)または4−ヒドロキシ−テトラヒドロジピコリン酸シンターゼ(EC:4.3.3.7)またはその両方に対するリジンによるフィードバック阻害が解除される、上記(3)の組換微生物。
(4−1)更に、内因性のN−アセチルトランスフェラーゼ遺伝子が破壊されていることを特徴とする、上記(2)、(2−1)乃至(2−10)、(3)及び(4)のいずれかの組換微生物。
(5)前記宿主微生物が、コリネバクテリウム・グルタミクム(Corynebacterium glutamicum)である上記(1)、(2)、(2−1)乃至(2−10)、(3)、(4)及び(4−1)のいずれかの組換微生物。
(6−1)前記組換微生物を、糖(好ましくはグルコース)及び/または糖を含有するバイオマスとともに、該組換微生物の生育に適した条件下で培養し、得られた培養物から5−アミノ−1−ペンタノールまたは1,5−ペンタンジオール或いはその双方を分離することを特徴とする上記(6)の製造方法。
(7)前記組換微生物の宿主微生物が、コリネバクテリウム・グルタミクム(Corynebacterium glutamicum)である上記(6)または(6−1)の製造方法。
(8)炭素構成成分となる原料の一部または全部に植物由来の炭素を含む化合物を用いることによる5−アミノ−1−ペンタノール、または1,5−ペンタンジオールの製造方法。
(9)炭素構成成分となる原料の一部または全部に植物由来の炭素を含む5−アミノ−1−ペンタノール、または1,5−ペンタンジオール。
(9−1)上記(8)の方法により製造される5−アミノ−1−ペンタノール、または1,5−ペンタンジオール。
(2)人為的な変異処理、例えばN−メチル−N’−ニトロ−N−ニトロソグアニジン(NTG)やエタンスルホン酸メチル(EMS)などの化合物による変異処理、高熱処理、UV照射処理などにより人為的な方法で突然変異を誘発し、L−リジン生産能を付与された微生物。このような微生物のスクリーニング方法としては、リジンの構造アナログである、S−(2−アミノエチル)システイン(AEC)に対し耐性を示す変異株を取得する方法などが挙げられる。
(3)遺伝子組換操作により、L−リジン生産能を付与された微生物。例えば、L−リジンによるフィードバック阻害が解除された変異型アスパルトキバーゼ、変異型ジヒドロジピコリン酸シンターゼを細胞内で発現させた微生物、及び/またはL−リジン代謝経路に関わる各酵素、例えばアスパルトキナーゼ、アスパラギン酸セミアルデヒドデヒドロゲナーゼ、ジヒドロジピコリン酸シンターゼ、ジヒドロジピコリン酸レダクターゼ、テトラヒドロジピコリン酸スクシニラーゼ、スクシニル−アミノ−ケトピメレートトランスアミナーゼ、スクシニル−ジアミノ−ピメレートデスクシニラーゼ、ジアミノピメレートエピメラーゼ、ジアミノピメレートデヒドロゲナーゼ、アルギニル−tRNAシンテターゼ、ジアミノピメレートデカルボキシラーゼなどを高発現させた微生物等が挙げられる。それらの酵素高発現は、自身の染色体上に存在する内在性の遺伝子上流のプロモーターを発現量が最適化されるように置換することや、該当遺伝子を最適に発現できるプラスミドを細胞内に導入することで達成され得る。
コリネバクテリウム・グルタミクム株(NBRC12168)をLB培地中(2ml)で30℃にて振盪培養した。培養終了後、培養液から菌体を回収し、Nucleo Spin Tissue(製品名、MACHEREY−NAGEL社製)を使用してゲノムDNAを抽出した。コリネバクテリウム・グルタミクムの伸長因子プロモーター(EF−tuf)領域を、配列番号5、配列番号6記載のプライマーセットによりPCR増幅した。反応条件は98℃(10sec),55℃(5sec),72℃(30sec),30cycleとした。大腸菌とコリネバクテリウム・グルタミクムのシャトルベクターであるpCHのHCEプロモーター配列を削除するために、配列番号7、配列番号8記載のプライマーセットによりインバースPCRした。pCHのPCR増幅断片をベクター断片、EF−tufプロモーター増幅断片をインサート断片とし、infuion HD cloning kit(製品名、タカラバイオ製)にてライゲーションし、大腸菌JM109株に形質転換した。出現コロニーからプラスミドを抽出し、コリネバクテリウム・グルタミクム用発現用ベクターとしてpCHP(tuf)を取得した。
大腸菌株W3110(NBRC12713)をLB培地中(2ml)で37℃にて振盪培養した。培養終了後、培養液から菌体を回収し、Nucleo Spin Tissueを使用してゲノムDNAを抽出した。抽出したゲノムDNAを鋳型にPCR増幅した。cadA遺伝子増幅のためには配列番号9、10記載のプライマーセットを使用した。ygjG遺伝子増幅のためには配列番号11、12記載のプライマーセットを使用した。yjgB遺伝子増幅のためには配列番号13、14記載のプライマーセットを使用した。反応条件は98℃(10sec),55℃(5sec),72℃(30sec),30cycleとした。以上より、cadA、ygjG、ygjB遺伝子断片を取得した。pCHを配列番号15、配列番号16記載のプライマーセットによりインバースPCRした。pCHのPCR増幅断片をベクター断片、各遺伝子配列をインサート断片とし、infuion HD cloning kitにてライゲーションし、大腸菌JM109株に形質転換した。出現コロニーからプラスミドを抽出し、ygjG発現プラスミドとしてpCCD01、cadA発現プラスミドとしてpCCD02、yjgB発現プラスミドとしてpCCD03を取得した。
ygjG遺伝子とcadA遺伝子を同時に発現させるための共発現プラスミドを構築した。即ち、pCCD02プラスミドを鋳型とし、構造遺伝子の20bp上流領域を含む断片を配列番号21、配列番号22記載のプライマーセットによりPCR増幅した。反応条件は98℃(10sec),55℃(5sec),72℃(30sec),30cycleとした。pCCD01プラスミドを鋳型とし、配列番号23、配列番号24記載のプライマーセットによりインバースPCRした。反応条件は98℃(10sec),55℃(5sec),72℃(1min30sec),30cycleとした。上記2つの断片をinfuion HD cloning kitにてライゲーションし、大腸菌JM109株に形質転換した。出現コロニーからプラスミドを抽出し、ygjG−cadA発現プラスミドとしてpCCD05を取得した。
コリネバクテリウム・グルタミクム株(NBRC12168)からリジン生産株を構築するため、染色体DNA上のアスパルトキナーゼ遺伝子(lysC)への点変異T311Iの導入を薬剤耐性マーカー遺伝子とカウンターマーカー(sacB遺伝子)を使用して実施した。すなわち、pCHプラスミドを鋳型とし、配列番号33、34記載のプライマーセットにてインバースPCRした。反応条件は98℃(10sec),55℃(5sec),72℃(1min),30cycleとした。得られたPCR断片をMighty Cloning Reagent Set(Takara社製)にてリン酸化、ライゲーションし、大腸菌JM109株に形質転換した。出現コロニーからプラスミドを抽出し、温度感受性プラスミドとしてpCHTSを取得した。Bacillus subcilis由来染色体DNAを鋳型とし、配列番号35、36記載のプライマーセットにてPCRした。反応条件は98℃(10sec),55℃(5sec),72℃(30sec),30cycleとした。pCHTSプラスミドを鋳型とし、配列番号37、38記載のプライマーセットにてPCRした。反応条件は98℃(10sec),55℃(5sec),72℃(1min),30cycleとした。上記2つの断片をinfuion HD cloning kitにてライゲーションし、大腸菌JM109株に形質転換した。出現コロニーからプラスミドを抽出し、pCHTSsacBを取得した。コリネバクテリウム・グルタミクム株(NBRC12168)染色体DNAを鋳型とし、配列番号39、40記載のプライマーセットにてPCRした。反応条件は98℃(10sec),55℃(5sec),72℃(30sec),30cycleとした。pCHTSsacBプラスミドを鋳型とし、配列番号41、42記載のプライマーセットにてインバースPCRした。反応条件は98℃(10sec),55℃(5sec),72℃(1min),30cycleとした。上記2つの断片をinfuion HD cloning kitにてライゲーションし、大腸菌JM109株に形質転換した。出現コロニーからプラスミドを抽出し、pCHD01を取得した。pCHD01プラスミドを鋳型とし、配列番号43、44記載のプライマーセットにてインバースPCRした。反応条件は98℃(10sec),55℃(5sec),72℃(1min),30cycleとした。得られたPCR断片をMighty Cloning Reagent Setにてリン酸化、ライゲーションし、大腸菌JM109株に形質転換した。出現コロニーからプラスミドを抽出し、pCHD02を取得した。NBRC12168株にpCHD02を形質転換し、カナマイシンを含む平板培地にて30℃培養しコロニーを取得した。得られたコロニーを液体培地に稙菌し、44℃にて一晩培養した。培養液を10%スクロースを含む平板培地に塗布して30℃培養し、複数のコロニーを取得した。複数のコロニーのlysC遺伝子配列を解析し、lysC遺伝子上に正しく変異が導入された株としてAKC102株を取得した。LysCアミノ酸配列の311番目のスレオニンがイソロイシンに置換された変異型LysCはリジンによるフィードバック阻害が解除されている。
AKC102株からカダベリン生産株を構築するため、染色体DNA上のN−アセチルトランスフェラーゼ遺伝子を破壊しつつ、pCCD02由来のcadA発現カセットを挿入した株を構築した。すなわち、コリネバクテリウム・グルタミクム株(NBRC12168)染色体DNAを鋳型とし、配列番号45、46記載のプライマーセットにてPCRした。反応条件は98℃(10sec),55℃(5sec),72℃(30sec),30cycleとした。pCHTSsacBプラスミドを鋳型とし、配列番号41、42記載のプライマーセットにてインバースPCRした。反応条件は98℃(10sec),55℃(5sec),72℃(1min),30cycleとした。上記2つの断片をinfuion HD cloning kitにてライゲーションし、大腸菌JM109株に形質転換した。出現コロニーからプラスミドを抽出し、pCHD03を取得した。pCHD03プラスミドを鋳型とし、配列番号47、48記載のプライマーセットにてインバースPCRした。反応条件は98℃(10sec),55℃(5sec),72℃(1min),30cycleとした。一方、pCCD02プラスミドを鋳型とし、配列番号49、50記載のプライマーセットにてPCRした。反応条件は98℃(10sec),55℃(5sec),72℃(30sec),30cycleとした。上記2つのPCR断片をMighty Cloning Reagent Setにてリン酸化、ライゲーションし、大腸菌JM109株に形質転換した。出現コロニーからプラスミドを抽出し、pCHD04を取得した。AKC102株にpCHD04を形質転換し、カナマイシンを含む平板培地にて30℃培養しコロニーを取得した。得られたコロニーを液体培地に稙菌し、44℃にて一晩培養した。培養液を10%スクロースを含む平板培地に塗布して30℃培養し、複数のコロニーを取得した。複数のコロニーのN−アセチルトランスフェラーゼ遺伝子周辺配列を解析し、N−アセチルトランスフェラーゼ遺伝子を分断する形で、pCCD02に由来するcadA遺伝子発現カセット配列が正しく変異が導入された株としてAKC103株を取得した。
上記AKC103株にygjG−cadA−yjgB発現プラスミドであるpCCD06を形質転換し、AKC103/pCCD06株を取得した。また、AKC103株にygjG−cadA−yjgB−spuC発現プラスミドであるpCCD07を形質転換し、AKC103/pCCD07株を取得した。なお、spuCのコード化領域の塩基配列を以下に示す。
前培養として、形質転換体から1コロニーを90mLの改変LSS1培地(500mL容三角フラスコ)に植菌し、30℃、振とう速度180rpmで24時間培養した。改変LSS1培地組成を表1に示す。
Claims (7)
- 1,5−ペンタンジオール生産能を有する組換微生物であって、少なくともL−リジンデカルボキシラーゼ(EC:4.1.1.18)、プトレシンアミノトランスフェラーゼ(EC:2.6.1.82)及びアルデヒドレダクターゼ(EC:1.1.1.2)の3種の酵素をコードする外来性遺伝子が導入され、且つ前記プトレシンアミノトランスフェラーゼ(EC:2.6.1.82)をコードする外来性遺伝子がygjG及びspuCの2種であることを特徴とする、前記組換微生物。
- 前記宿主微生物が、リジン産生能を向上させるための突然変異または遺伝子組換を更に有することを特徴とする、請求項1記載の組換微生物。
- 前記突然変異または遺伝子組換により、アスパルトキナーゼIII(EC:2.7.2.4)または4−ヒドロキシ−テトラヒドロジピコリン酸シンターゼ(EC:4.3.3.7)またはその両方に対するリジンによるフィードバック阻害が解除される、請求項2記載の組換微生物。
- 前記宿主微生物が、コリネバクテリウム・グルタミクム(Corynebacterium glutamicum)である請求項1乃至3のいずれか1項に記載の組換微生物。
- 請求項1乃至3のいずれか1項に記載の組換微生物を用いることを特徴とする1,5−ペンタンジオールの製造方法。
- 前記組換微生物の宿主微生物が、コリネバクテリウム・グルタミクム(Corynebacterium glutamicum)である請求項5記載の製造方法。
- 炭素構成成分となる原料の一部または全部に植物由来の炭素を含む化合物を用いることによる請求項5または6に記載の製造方法。
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