JP6976960B2 - 遺伝子改変された細胞およびその使用 - Google Patents
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Description
本発明は一般に、T細胞受容体、および複数の別個の抗原決定基、例えば2つの別個の腫瘍抗原決定基に指向されたキメラ抗原受容体をコードする核酸を含む幹細胞(例えば、iPSCまたはHSC)の集団に関する。本発明は、T細胞受容体および複数の別個の抗原決定基に指向されたキメラ抗原受容体、例えば2つの別個の腫瘍抗原決定基を共発現するT細胞の集団も対象とする。本発明の細胞は、そのHLA型が集団の有意なセクターに適合する選択されたドナーに由来し得、様々な用途で、特に新生物状態の治療的処置との関連で有用である。
本明細書において著者によって言及された刊行物の文献の詳細は、説明の終りにアルファベット順でまとめられる。
本発明に先行する仕事において、CAR−T細胞が、トランスフェクトされた胸腺細胞ではなく、トランスフェクトされた成体幹細胞などの幹細胞または他のトランスフェクトされた体細胞性細胞型に由来し得る場合、CAR−T技術の有効な治療適用に関して現在存在している一見異なる問題が解決可能であることが、とりわけ決定された。例えば、幹細胞(成人体細胞性細胞に由来する人工多能性幹細胞[「iPSC」]など)をキメラ抗原受容体でトランスフェクトすることにより、これらの自己新生するトランスフェクトされた幹細胞に由来する体細胞性T細胞の継続する供給のため、特定の腫瘍に指向されたCAR−T細胞の充分な存在および今後の供給を得る問題が解決される。またさらに、トランスフェクトされた幹細胞に由来するこれらのiPSC、それゆえCAR−T細胞は、ホモ接合性HLAハプロタイプ、特に集団内で広く発現されるHLA型にホモ接合性を発現しているドナーから事前に選択することができ、それにより幅広いドナー適合性を呈する細胞のバンクを生成する手段を得られる。またさらに、目的の抗原に指向されたT細胞受容体特異性を呈するT細胞からのiPSCの生成は、がん抗原に特異的なそのTCRに対する遺伝子再構成が、iPSCに組み込まれることになることを意味すると決定された。そのiPSCから誘導されるすべてのT細胞は、抗がんTCR特異性を保持することになる。これに続いて、CARでそのようなiPSCをトランスフェクトすることができ、その後CD4+またはCD8+T細胞などのT細胞へ前記iPSCを分化させることが可能であり、そのiPSCは、CARが指向された抗原および元来のT細胞が指向された抗原に指向されたTCRに対する二重特異性を安定して呈する。本発明をいずれか1つの理論または作用機序に制限するものではないが、これは後成的な記憶作用によると考えられる。またさらに、二重特異的NKT細胞を同じように生成し得ることも決定された。したがって、複数の別個の腫瘍抗原決定基など、複数の別個の抗原決定基に選択的かつ安定して指向されたTおよびNKT細胞の継続する供給を提供することができ、それによって、成すべきより治療的に有効な処置ステップが可能になる。
文脈が他に必要としない限り、後に続くこの明細書および請求項の全体を通じて、単語「comprise(含む)」、ならびに「comprises(含む)」および「comprising(含んでいる)」などの変形は、記載される整数(単数)もしくはステップ(単数)または整数(複数)もしくはステップ(複数)の群を含むが、他の任意の整数(単数)もしくはステップ(単数)または整数(複数)もしくはステップ(複数)の群を除外しないことを意味すると理解されよう。
特定の実施形態では、例えば、以下が提供される:
(項目1)
遺伝子改変された哺乳動物幹細胞であって、前記細胞が、第1の抗原決定基に指向されているT細胞受容体(TCR)を発現するT細胞に分化する能力を有し、抗原認識部分およびT細胞活性化部分を含むキメラ抗原受容体をコードする核酸分子を含み、前記抗原認識部分が、第2の抗原決定基に指向され、前記T細胞活性化部分に作動可能に連結されている、細胞。
(項目2)
少なくとも1つのホモ接合性HLAハプロタイプを発現する、遺伝子改変された幹細胞。
(項目3)
人工多能性幹細胞(iPSC)または造血幹細胞(HSC)である、項目1または2に記載の細胞。
(項目4)
前記iPSCまたはHSCが、CD4+T細胞またはCD8+T細胞に分化する能力を有する、項目3に記載の細胞。
(項目5)
前記T細胞が、αβTCRまたはγδTCRを発現する、項目3に記載の細胞。
(項目6)
前記iPSCが、T細胞または胸腺細胞に由来する、項目4に記載の細胞。
(項目7)
前記iPSCに由来する前記T細胞または胸腺細胞が、CD8+またはCD4+である、項目6に記載の細胞。
(項目8)
前記iPSCに由来する前記T細胞または胸腺細胞が、前記第1の抗原決定基に指向されているTCRを発現する、項目6または7に記載の細胞。
(項目9)
前記iPSCに由来する前記T細胞または胸腺細胞において発現される前記TCRが、αβTCRまたはγδTCRである、項目8に記載の細胞。
(項目10)
前記第1および第2の抗原決定基が、腫瘍抗原、微生物抗原または自己反応性免疫細胞抗原からなる群から選択される、項目1に記載の細胞。
(項目11)
前記第1の抗原決定基が、腫瘍抗原、例えば、WT−1から選択される、項目10に記載の細胞。
(項目12)
前記第2の抗原決定基が、腫瘍抗原、例えば、TAG72、CD19、MAGEおよびCD47から選択される、項目10または11に記載の細胞。
(項目13)
前記抗原認識部分が、scFvを含む、先行する項目のいずれか一項に記載の細胞。
(項目14)
前記抗原認識部分が、ヒンジ領域および膜貫通ドメインによって前記T細胞活性化部分に連結されている、先行する項目のいずれか一項に記載の細胞。
(項目15)
前記ヒンジ領域が、IgG1のヒンジ領域、CD8のヒンジ領域またはCD28のヒンジ領域に由来する、項目14に記載の細胞。
(項目16)
前記ヒンジ領域が、キメラ抗原受容体の二量体化を促進するシステインを含む、項目14に記載の細胞。
(項目17)
前記膜貫通ドメインが、前記T細胞受容体のアルファ、ベータもしくはゼータ鎖の前記膜貫通ドメイン、CD28、CD3イプシロン、CD45、CD4、CD5、CD8、CD9、CD16、CD22、CD33、CD37、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137、CD154またはIgG4などの免疫グロブリンに由来する、項目14に記載の細胞。
(項目18)
前記T細胞活性化部分が、TCRゼータ、FcRガンマ、FcRベータ、CD3ガンマ、CD3デルタ、CD3イプシロン、CD5、CD22、CD79a、CD79bおよびCD66dからなる群から選択される分子の細胞内シグナル伝達配列を含む、先行する項目のいずれか一項に記載の細胞。
(項目19)
前記T細胞活性化部分が、CD27、CD28、4−lBB(CD137)、OX40、CD30、CD40、PD−1、TIM−3、ICOS、リンパ球機能関連抗原−1(LFA−1)、CD2、CD7、LIGHT、NKG2C、B7−H3およびCD83と特異的に結合するリガンドからなる群から選択される共刺激分子の細胞内シグナル伝達配列をさらに含む、項目18に記載の細胞。
(項目20)
抗原認識部分およびT細胞活性化部分を含む追加のキメラ抗原受容体をコードする追加の核酸をさらに含み、前記追加のキメラ抗原受容体の前記抗原認識部分が、前記第1および第2の抗原決定基と異なる追加の抗原決定基に指向されている、先行する項目のいずれか一項に記載の細胞。
(項目21)
前記第1の抗原決定基およびキメラ抗原受容体が指向される抗原決定基と異なる抗原決定基に指向されている抗原認識部分を含む非シグナル伝達抗原結合受容体をコードする核酸をさらに含む、先行する項目のいずれか一項に記載の細胞。
(項目22)
前記抗原認識部分が、ヒンジ領域によって膜貫通ドメインに作動可能に連結されている、項目21に記載の細胞。
(項目23)
前記抗原結合受容体が、CD47に指向されている、項目21または22に記載の細胞。
(項目24)
前記抗原結合受容体が、CD47に指向されているscFvを含む、項目23に記載の細胞。
(項目25)
前記抗原結合受容体のヒンジおよび膜貫通領域が、CD28のヒンジおよび膜貫通領域である、項目24に記載の細胞。
(項目26)
キメラ受容体をコードする前記核酸が、自己切断性ペプチドをコードするヌクレオチド配列を介して前記追加のキメラ抗原受容体をコードする前記追加の核酸に作動可能に連結されている、項目20に記載の細胞。
(項目27)
前記キメラ受容体をコードする前記核酸が、自己切断性ペプチドをコードするヌクレオチド配列を介して前記抗原結合受容体をコードする前記核酸に作動可能に連結されている、項目21に記載の細胞。
(項目28)
遺伝子改変された哺乳動物幹細胞を作製する方法であって、
第1の抗原決定基に指向されているTCRを発現するT細胞に分化する能力を有する哺乳動物幹細胞を得るステップと;
前記幹細胞に、1つまたは複数のキメラ抗原受容体をコードする1つまたは複数の核酸分
子であって、各キメラ抗原受容体が、前記第1の抗原決定基と異なる抗原決定基に指向されている抗原認識部分を含み、前記抗原認識部分が、T細胞活性化部分に作動可能に連結されている、核酸分子;任意選択で、1つまたは複数の抗原結合受容体(例えば、非シグナル伝達抗原結合受容体)をコードする1つまたは複数の核酸分子であって、各抗原結合受容体が、前記第1の抗原決定基およびキメラ抗原受容体が指向される抗原決定基と異なる抗原決定基に指向されている抗原認識部分を含む、核酸分子を導入するステップと
を含む方法。
(項目29)
前記幹細胞が、少なくとも1つのホモ接合性HLAハプロタイプを発現する、項目28に記載の方法。
(項目30)
遺伝子改変された哺乳動物幹細胞を作製する方法であって、
第1の抗原決定基に指向されているTCRを発現するT細胞または胸腺細胞を得るステップであって、任意選択でT細胞または胸腺細胞がCD8+またはCD4+である、ステップと;
前記T細胞または胸腺細胞に、1つまたは複数のキメラ抗原受容体をコードする1つまたは複数の核酸分子であって、各キメラ抗原受容体が、前記第1の抗原決定基と異なる抗原決定基に指向されている抗原認識部分を含み、抗原認識部分が、T細胞活性化部分に作動可能に連結されている、核酸分子;任意選択で、1つまたは複数の抗原結合受容体(例えば、非シグナル伝達抗原結合受容体)をコードする1つまたは複数の核酸分子であって、各抗原結合受容体が、前記第1の抗原決定基およびキメラ抗原受容体が指向される抗原決定基と異なる抗原決定基に指向されている抗原認識部分を含む、核酸分子を導入するステップと;
T細胞または胸腺細胞から幹細胞を導き出すステップと
を含む方法。
(項目31)
前記T細胞または胸腺細胞が、少なくとも1つのホモ接合性HLAハプロタイプを発現する、項目30に記載の方法。
(項目32)
前記幹細胞がiPSCである、項目28から31のいずれか一項に記載の方法。
(項目33)
第1の抗原決定基に指向されているT細胞受容体(TCR)ならびに抗原認識部分およびT細胞活性化部分を含むキメラ抗原受容体を発現し、前記抗原認識部分が、第2の抗原決定基に指向され、前記T細胞活性化部分に作動可能に連結されている、T細胞。
(項目34)
前記T細胞が、少なくとも1つのホモ接合性HLAハプロタイプを発現する、項目33に記載のT細胞。
(項目35)
前記T細胞が、CD4+T細胞またはCD8+T細胞である、項目33または34に記載のT細胞。
(項目36)
前記TCRが、αβTCRまたはγδTCRである、項目33または34に記載のT細胞。
(項目37)
前記少なくとも1つのホモ接合性HLAハプロタイプを発現する幹細胞に由来する、項目33または34に記載のT細胞。
(項目38)
前記幹細胞が、iPSCまたはHSCである、項目37に記載のT細胞。
(項目39)
前記iPSCが、前記第1の抗原決定基に指向されているTCRを発現するT細胞また
は胸腺細胞に由来する、項目38に記載のT細胞。
(項目40)
前記iPSCに由来する前記T細胞または胸腺細胞において発現される前記TCRが、αβTCRまたはγδTCRである、項目39に記載のT細胞。
(項目41)
前記T細胞または胸腺細胞が、CD8+である、項目39に記載のT細胞。
(項目42)
前記iPSCまたはHSCが、前記キメラ抗原受容体をコードする核酸分子を含む、項目38に記載のT細胞。
(項目43)
前記第1および第2の抗原決定基が、腫瘍抗原、微生物抗原または自己反応性免疫細胞抗原からなる群から選択される、項目33に記載のT細胞。
(項目44)
前記第1の抗原決定基が、腫瘍抗原、例えば、WT−1およびEBVLMP2から選択される、項目43に記載のT細胞。
(項目45)
前記第2の抗原決定基が、腫瘍抗原、例えば、TAG72、CD19、MAGEおよびCD47から選択される、項目44に記載のT細胞。
(項目46)
前記抗原認識部分が、scFvを含む、項目33〜45のいずれか一項に記載のT細胞。
(項目47)
前記抗原認識部分が、ヒンジ領域および膜貫通ドメインによって前記T細胞活性化部分に連結されている、項目33から46のいずれか一項に記載のT細胞。
(項目48)
前記ヒンジ領域が、IgG1のヒンジ領域、CD8のヒンジ領域またはCD28のヒンジ領域に由来する、項目47に記載のT細胞。
(項目49)
前記ヒンジ領域が、キメラ抗原受容体の二量体化を促進するシステインを含む、項目47に記載のT細胞。
(項目50)
前記膜貫通ドメインが、前記T細胞受容体のアルファ、ベータもしくはゼータ鎖の前記膜貫通ドメイン、CD28、CD3イプシロン、CD45、CD4、CD5、CD8、CD9、CD16、CD22、CD33、CD37、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137、CD154またはIgG4などの免疫グロブリンに由来する、項目47に記載のT細胞。
(項目51)
前記T細胞活性化部分が、TCRゼータ、FcRガンマ、FcRベータ、CD3ガンマ、CD3デルタ、CD3イプシロン、CD5、CD22、CD79a、CD79bおよびCD66dからなる群から選択される分子の細胞内シグナル伝達配列を含む、項目33から50のいずれか一項に記載のT細胞。
(項目52)
前記T細胞活性化部分が、CD27、CD28、4−lBB(CD137)、OX40、CD30、CD40、PD−1、ICOS、リンパ球機能関連抗原−1(LFA−1)、CD2、CD7、LIGHT、NKG2C、B7−H3およびCD83と特異的に結合するリガンドからなる群から選択される共刺激分子の細胞内シグナル伝達配列をさらに含む、項目51に記載のT細胞。
(項目53)
抗原認識部分およびT細胞活性化部分を含む追加のキメラ抗原受容体をさらに発現し、前記追加のキメラ抗原受容体の前記抗原認識部分が、前記第1および第2の抗原決定基と
異なる追加の抗原決定基に指向されている、項目33から52のいずれか一項に記載のT細胞。
(項目54)
前記第1の抗原決定基およびキメラ抗原受容体が指向される抗原決定基と異なる抗原決定基に指向されている抗原認識部分を含む非シグナル伝達抗原結合受容体をさらに発現する、項目33から53のいずれか一項に記載のT細胞。
(項目55)
前記抗原認識部分が、ヒンジ領域によって膜貫通ドメインに作動可能に連結されている、項目54に記載のT細胞。
(項目56)
前記抗原結合受容体が、CD47に指向されている、項目54または55に記載のT細胞。
(項目57)
前記抗原結合受容体が、CD47に指向されているscFvを含む、項目56に記載のT細胞。
(項目58)
前記抗原結合受容体のヒンジおよび膜貫通領域が、CD28のヒンジおよび膜貫通領域である、項目57に記載のT細胞。
(項目59)
最初に翻訳されたときには前記キメラ受容体および前記追加のキメラ抗原受容体が、自己切断性ペプチドを介して互いに連結されており、前記自己切断性ペプチドの切断の結果としてその後分離される、項目53に記載のT細胞。
(項目60)
最初に翻訳されたときには前記キメラ受容体および前記抗原結合受容体が、自己切断性ペプチドを介して互いに連結されており、前記自己切断性ペプチドの切断の結果としてその後分離される、項目54に記載のT細胞。
(項目61)
項目1から27のいずれか一項に記載の幹細胞に由来するT細胞。
(項目62)
T細胞を作製する方法であって、
項目1から27のいずれか一項に記載の遺伝子改変された幹細胞を提供するステップと、
前記遺伝子改変された幹細胞をT細胞に分化させるステップと
を含む方法。
(項目63)
T細胞を作製する方法であって、
第1の抗原決定基に指向されているTCRを発現するT細胞に分化する能力を有する幹細胞を得るステップと;
前記幹細胞をT細胞に分化させるステップと;
前記T細胞に1つまたは複数のキメラ抗原受容体をコードする1つまたは複数の核酸であって、各キメラ抗原受容体が第1の抗原決定基と異なる抗原決定基に指向されている、核酸、任意選択で、1つまたは複数の抗原結合受容体をコードする1つまたは複数の核酸であって、各抗原結合受容体が、前記第1の抗原決定基およびキメラ抗原受容体が指向される抗原決定基と異なる抗原決定基に指向されている、核酸を導入するステップと
を含む方法。
(項目64)
前記幹細胞が、少なくとも1つのホモ接合性HLAハプロタイプを発現する、項目63に記載の方法。
(項目65)
前記幹細胞がiPSCまたはHSCである、項目62から64のいずれか一項に記載
の方法。
(項目66)
前記iPSCが、T細胞または胸腺細胞に由来する、項目65に記載の方法。
(項目67)
前記T細胞または胸腺細胞が、CD8+またはCD4+である、項目66に記載の方法。
(項目68)
前記iPSCが、前記iPSCに由来する前記T細胞において発現されるTCRが指向されるのと同じ抗原決定基に指向されている前記TCRを発現するT細胞または胸腺細胞に由来する、項目65に記載の方法。
(項目69)
哺乳動物において細胞の所望されない集団の存在によって特徴付けられる状態を処置する方法であって、前記哺乳動物に項目33から61のいずれか一項に記載のT細胞の有効数を投与するステップを含む、方法。
(項目70)
前記状態が、新生物状態、微生物感染(HIV、STDまたは抗生物質耐性細菌など)または自己免疫性状態である、項目69に記載の方法。
(項目71)
前記状態が、新生物状態であり、前記TCRが、第1の腫瘍抗原決定基に指向され、前記CARが、第2の腫瘍抗原決定基に指向されている、項目69に記載の方法。
(項目72)
前記第1の腫瘍抗原決定基が、WT1である、項目71に記載の方法。
(項目73)
前記第2の腫瘍抗原決定基が、TAG72である、項目71または72に記載の方法。
(項目74)
前記哺乳動物に投与された前記細胞が、非シグナル伝達CD47結合受容体をコードする核酸分子を含む、項目71から73のいずれか一項に記載の方法。
本発明は、例えば、目的の抗原決定基に指向されたTCR特異性を呈するT細胞に由来するiPSCにCARカセットをトランスフェクトすることにより2つの別個の抗原決定基に指向されたTCR/CAR二重発現T細胞を、一貫してかつ安定して生成できるという決定に一部基づく。後成的記憶の作用によって、このiPSCから分化したT細胞が、iPSCが由来した体細胞性T細胞のTCR特異性および別個の抗原決定基に指向されたCARの両方を安定して発現することが見出された。追加の抗原決定基に対する特異性は、細胞にそのような追加の抗原決定基に結合する分子をコードする追加の核酸を導入することによって達成することができる。それによりそのような複数特異性細胞は、現在利用可能な細胞より有効な治療転帰を提供する。したがってこれらの決定は、新生物状態、ウイルス感染、細菌感染または自己免疫性状態など所望されない細胞の集団によって特徴付けられる任意の疾患状態との関連で使用するための、安定して形質転換された二重抗原特異的T細胞、特に細胞傷害性CD8+αβTCR T細胞の継続する供給の開発を今や可能にした。この発見およびそれに基づく細胞の生成は、そのような状態、特に、転移性疾患を含めた固形腫瘍または血液がん(例えば、白血病)などの新生物状態を処置することを目的とする治療的処置レジメの改善を今や容易にした。
(1)生物のMHCレパートリーは、通常多遺伝子性である(複数の、相互作用する遺伝子による);
(2)MHC発現は、共優性である(遺伝性対立遺伝子の両方の組による);
(3)MHC遺伝子バリアントは、高度に多様性である(種内の生物と生物の間で多様に異なる)。
(i)Cre−Loxに媒介される導入遺伝子切除を含む単一カセットリプログラミングベクター;
(ii)アデノウイルスまたはセンダイウイルスなどの非組み込み型ウイルスによるリプログラミングがあるが、これに限定されない。別法として、タンパク質としてのリプログラミング因子の発現は、生殖細胞系に導入されるベクターDNAの組み込みを受けないiPSCを生成する手段を提供する。
(i)mRNAトランスフェクション−mRNAとしてリプログラミング因子を発現する能力は、ウイルスベクターの染色体組み込みが起こらないiPSCを作製する方法を提供する。Warrenらは、mRNAを転写して、効率的にリプログラミング因子を発現させる(Warrenら(2010年))。Yamanakaリプログラミング因子プロトコールにLin28を加え、5% O2で培養し、細胞培養培地にバルプロ酸を含めることにより、効率を増加させることができる。リプログラミング因子mRNAは市販されている。
(ii)miRNA感染/トランスフェクション−いくつかのmiRNAクラスターは、胚性幹細胞において強く発現される。成熟miR−302bおよび/またはmiR−372+4つのレンチウイルスYamanaka因子の合成模倣体が、MRC5およびBJ−1線維芽細胞に添加される場合、4つのレンチウイルス因子単独と比較してリプログラミング効率に10倍から15倍の増加がある(Subramanyamら(2011年))。ある特定のmiRNAが、Yamanaka因子なしで、高効率で細胞をリプログラムできることも見出された。
(iii)PiggyBac−PiggyBacは、トランスポーゼースの存在下で染色体TTAA部位に組み込まれ、トランスポーゼースの再発現によりその後ゲノムから切除され得る可動性遺伝的エレメント(トランスポゾン)である。piggyBacベクターにクローニングし、MEFに共トランスフェクトした場合、Yamanaka因子は、トランスフェクション後14から25日で細胞をリプログラムすることができる(Kajiら(2009年);Woltjenら(2009年))。piggyBacベクターは、トランスポーゼースの再発現によりiPSCから切除され得る。
(iv)小環状ベクター−小環状ベクターは、真核生物プロモーターおよび発現されることになるcDNAだけを含有する最小のベクターである。ヒト脂肪間質細胞において発現されるLin28、GFP、Nanog、Sox2およびOct4小環状ベクターは、細胞をリプログラムすることができる(Narsinhら(2011年))。
(v)エピソーム性プラスミド−エピソーム性プラスミドとしてのリプログラミング因子の一過性の発現は、iPSCの生成を可能にする。例えばoriP/EBNAベクターは、1つのカセット中のYamanaka因子+Lin28で構築することができ、別のoriP/EBNAベクターは、SV40ラージT抗原を含有する(Chuoら(2011年))。これらのベクターは、酪酸ナトリウムで補充された培地中でCD34+臍帯血、末梢血および骨単核細胞において発現され、14日目にiPSCコロニーを得られることが示された。トランスフェクトされたプラスミドは、最終的に失われる
が含まれる。
(i)プラスミド:プラスミドは、細胞質性DNAの非依存的に複製する小片であり、一般に原核細胞において見出され、自律的に複製する能力を有する。プラスミドは、1つの生物から別のものに移行するそれらの能力によって分子クローニングとの関連で一般に使用されている。本発明をいかなる理論または作用様式に限定することなく、プラスミドはエピソームのままである場合があり、またはそれらは宿主のゲノムに組み込まれる場合がある。利用できるプラスミドの例として、細菌由来pBR322およびpUCが挙げられる、
(ii)バクテリオファージ:バクテリオファージは、細菌に感染し、複製するウイルスである。一般にそれらは、タンパク質コート(カプシドと呼ばれる)内に封入された核酸のコアからなる。ファージの種類に応じて核酸は、DNA(1本鎖もしくは2本鎖)またはRNA(1本鎖)のいずれかであってよく、それらは直鎖状または環状のいずれかであってよい。ファージは、線維状、多角体またはテールが付いた多角体である場合があり、管状のテールに1つまたは複数の管状のテール線維が付着している。一般にファージは、例えばプラスミドよりも、外来DNAの長い断片を収容できる。ファージの例として、これだけに限らないがE.coliラムダファージ、P1バクテリオファージおよびT偶数ファージ(例えばT4)が挙げられる、
(iii)バキュロウイルス:無脊椎動物においてだけ増殖する様々なDNAウイルスの群があり、一般にバキュロウイルス科に分類される。それらのゲノムは2本鎖環状DNAからなる、
(iv)哺乳動物ウイルス:哺乳動物に感染するそのようなウイルスの例として、レンチウイルス、センダイウイルス、レトロウイルスおよびワクチニアウイルスが挙げられる、
(v)人工染色体:酵母人工染色体または細菌性人工染色体などの人工染色体、
(vi)コスミド、ファージミドおよびファスミドなどのハイブリッドベクター:一般にコスミドは、プラスミド由来だが、ラムダファージのためのcos部位も含み、一方ファージミドはキメラファージプラスミドベクターを表す。ファスミドは、一般にプラスミドファージキメラも表すが、両方の機能性複製の起源を含有するという事実によって定義される。ファスミドは、したがってプラスミドまたはファージのいずれかとして適切な宿主株において増殖され得る、
(vii)完全に合成により生成されたものまたはウイルスベクターなどの天然に存在するベクターの改変バージョンであるとされる商業的に入手できるベクター、
を含む。
血液由来がんペプチド抗原特異的T細胞の濃縮
WT−1特異的TCR T細胞刺激および増大
WT−1特異的T細胞は、正常ヒト血液中では非常に稀であるが、検出するために増大および濃縮できる。これに関連して、末梢血単核細胞(PBMC)は、Ficoll−Hypaque密度勾配遠心分離を使用して単離した。新鮮分離したPBMCを、ヒトAB血清を補充した組織培養培地中に再懸濁し、WT−1が存在する場合にT細胞の共刺激因子として作用する、L−グルタミンおよびCD28モノクローナル抗体を添加した;抗CD28単独は、T細胞を活性化しない。次いでPBMCをウイルムス腫瘍1(WT−1)ペプチド、主なHLAクラスI結合モチーフを表す4つのWT−1ペプチド:WT−137(VLDFAPPGA、配列番号22)、WT−1126(RMFPNAPYL、配列番号23)、WT−1187(SLGEQQYSV、配列番号24)およびWT−1235(CMTWNQMNL、配列番号25)のそれぞれについて0.6nmol/mlを用いて一晩刺激した。本出願の実施例に示すデータは、WT−1ペプチド1−37をWT−1ペプチドのこのファミリーの代表として使用した。WT−1特異的T細胞は、HLA WT−1特異的四量体を用いて、または刺激されたが静止していないT細胞上での表面分子CD137の早期誘導によって同定できる。CD137は、腫瘍壊死因子(TNF)受容体ファミリーのメンバーである。それは4−1BBとしても公知である。24〜36時間後、CD137陽性細胞(これは、WT−1で刺激されたT細胞である)を磁気細胞分離機を使用して磁気的に分離した。CD137陽性(WT−1特異的TCR)細胞を、ヒトAB−血清、組換えインターロイキン7、インターロイキン15およびインターロイキン21を補充したX−Vivo−15ベース培地からなるT細胞増大培地中で培養した。対応するCD137陰性細胞をCD3磁気分離にさらに供した。CD3陰性細胞(主にB細胞)をマイトマイシンC処置に供し、CD137陽性集団を誘導するためにWT−1ペプチドロード抗原提示フィーダー細胞として使用し、一方残りのCD3陽性細胞(非WT−1特異的)を下流の機能アッセイのための対照T細胞型として作用させるために培養で成長させた。組換えサイトカインを含む培地を1日おきに継ぎ足した。
in vitro増大T細胞を自己抗原提示細胞(EBVを用いて形質転換したB細胞)を用いて追加に刺激し、広範なWT−1ペプチド:WT−137(VLDFAPPGA)、WT−1126(RMFPNAPYL)、WT−1187(SLGEQQYSV)およびWT−1235(CMTWNQMNL)を用いて予備刺激した。T細胞をインターフェロンガンマ(IFNγ)産生について蛍光ベースアッセイを使用してフローサイトメトリーによって検討した。細胞をWT−1ペプチド特異性についてWT−1ペプチド−HLA四量体への結合を介して二重標識した(図2を参照されたい)。
ヒト血液T細胞由来iPSCの生成
ヒト血液T細胞からのiPSCの誘導のために、元来のT細胞の特性を様々なレベルで正確に維持する多数のアプローチがある。iPSCは、健常なヒト由来の末梢血Tリンパ球プール(T−iPSC)の幅広いレパートリーから産生された。T細胞は、例えば、マイトジェンPHAまたは抗CD3および抗CD28抗体を用いて予め活性化した。それぞれ2個のヤマナカリプログラミング因子(Oct4、Sox2、KLF、cMyc)を含有する二重レトロウイルスベクターカセットを使用して、複数のT−iPSCクローンを生成し、Nanog、Oct3/4、SSEA3,4、TRA−1−60およびTRA−1−81を含む広範なマーカーについてのフローサイトメトリーおよびqRT−PCRを含めて、細胞および分子レベルで検証した。それらの多能性をNOD−SCID−IL共通ガンマ鎖−/−(NSGマウス)への注射後のテラトーマ形成によって確認した。T細胞源の確認は、再構成されたTCR遺伝子を示すことによって確認した。
iPSC由来ヒトT細胞の誘導
本実施例は、iPSC由来の真正のT細胞の生成を示している。これらのT細胞は、胸腺によって通常産生されるような典型的T細胞の重要な特性を発現することが示された。それらは、メインストリームT細胞αβTCRならびにβおよびα鎖の両方を有するCD8を発現することが示された。
−8日目:マイトマイシン処置マウス胚性線維芽細胞フィーダー層を0.1%ゼラチンコートTCプレートに3mLのMEF培地(DMEM+15%FCS+1%pen/strep L−グルタミン)中、0.3×106(細胞14,250個/cm2)で蒔き、一晩インキュベートした。OP9細胞を0.1%ゼラチンコート10cm TCプレートにOP9培地(αMEM+20%FCS+1%pen/strep)11mL中細胞0.25×106個で蒔くことによって予備調製した。
0日目:造血特殊分化の開始。iPSコロニーを分離させ、HSC分化のためにOP9に蒔いた。コロニー懸濁物をOP9プレートへの均一な分配のために滴下で添加した。新鮮分化培地を1、5および9日目に添加した。
13日目:T細胞分化の誘導:13日目のOP9馴化(造血誘導された)細胞のOP9DL−L1細胞への移行
CAR構築物の開発
キメラ抗原受容体(CAR)−T細胞の構成要素は、CD8またはCD28ヒンジによってアンカリングされ膜貫通(TM)領域を含む1本鎖Fv(scFv)によって表されるscFv外部ドメインによって媒介されるCARの抗原認識構成要素、およびCD28、4−1BBおよびCD3ゼータ(CD3ζ)鎖によって表される細胞質性エンドドメインを介するCARのシグナル伝達である。2つの好適なウイルス送達系−レトロウイルスおよびレンチウイルスもある。例示的CARおよびCD47結合受容体構築物を図11に示す。
キメラ抗原受容体ベクタークローニング戦略
例示的キメラ抗原受容体ベクタークローニング戦略を図12〜13に例示する。図14は、本発明者らの第2世代CARおよび非シグナル伝達抗CD47構築物のための戦略を示している。キメラ抗原受容体、非シグナル伝達抗原結合受容体およびそれらの種々のドメインの例示的配列を配列番号1〜20に提供する。
T細胞のキメラ抗原受容体形質導入
レンチウイルス産生
293T細胞をポリ−L−リシン(Sigma)コート175cm2フラスコに蒔いた。トランスフェクションの2時間前に培地を10%FCSを補充したDMEMで置き換えた。レンチウイルス移入ベクターDNAを、パッケージングおよびエンベローププラスミドDNAと合わせ、リポフェクタミン2000と混合した。溶液を短時間ボルテックスし、室温、30分間インキュベートした。これに続いて溶液を再度混合し、次いで細胞に滴下で添加した。フラスコをインキュベーターに戻した。6時間後、新鮮成長培地を添加した。48時間後にウイルス上清を回収し、1500rpm、5分間、4℃での遠心分離によって透明化し、次いで0.45μmポアPVDF Millex−HV filter(Millipore)に通した。超遠心分離法を使用するレンチウイルスの濃縮をAH−629ローターを使用してSorval Discovery 100 SE遠心分離機を用いて実施した。ろ過したウイルス上清30mLを36mLポリアロマーコニカルチューブ(Beckman)に添加した。遠心分離を90分間、20,000gで実施した。上清を完全に除去し、ウイルス沈殿を300μL PBSに再懸濁し、使用まで−80℃で保存した。
図11および配列番号1〜6は、開発したキメラ抗原受容体(CAR)およびCD47結合受容体構築物のパネルを、TAG72またはCD19(陽性対照として)のいずれかに特異的なscFvと共に示している。これらの構築物は、ヒンジ領域としてヒトCD8またはCD28のいずれかおよびCD28、CD3ζ鎖または4−1BB細胞質性活性化シグナル伝達ドメインを使用する。CARおよびCD47結合受容体構築物を上の章に記載のレンチウイルスベクターにクローニングする。
TAG72 CAR−T細胞(正常PBMCから作った)を、TAG72発現標的がん細胞をin vitroで死滅させるそれらの能力について検討した。リアルタイム細胞モニタリングシステム(xCELLigence)をin vitroでのCAR−T細胞の死滅効率を決定するために用いた。標的細胞(例えばTAG72+卵巣がん細胞株CaOV4)10,000〜2×106個/100μLをRTCAプレートに入れた。いくつかの場合では、抗hCD40による、もしくはプレートのヒトフィブロネクチンプレコーティングによる標的細胞のテザリングは、必要である場合がある。細胞付着を可能にするように標的細胞を37℃、5%CO2で3〜12時間維持する。標的細胞の付着に続いて、CAR−Tエフェクター細胞を種々のエフェクター:標的比で添加した(1:1から10:1の範囲)。一部の実験では、CAR−Tのエフェクター細胞は、CAR−T細胞のGFP発現に基づいて使用前にFACSを介して単離した。共培養は、最適な成長条件で少なくとも12時間維持された。細胞インピーダンスを全体を通じてモニターし;インピーダンスでの減少は、細胞脱離および最終的には細胞死の指標である。
iPSCのキメラ抗原受容体形質導入
多重特異性CAR−T細胞の産生は、既存の血液T細胞のCAR形質導入(図15)または次にT細胞に誘導されるiPSCの形質導入(がん特異的TCRおよびCARを発現している)(例えば、配列番号1〜6)によるものを含む複数のアプローチによって達成できる。複数のiPSC株は、CAR−T形質導入を進行するために使用されている。これらのiPSCは、非T細胞由来、または、TCR遺伝子再構成を保持しているがん抗原特異的T細胞由来(例えば、WT−1)であってよい。これらのiPSCは、成体線維芽細胞由来または特異的がん抗原(WT−1ペプチド)に特異的な内在性TCRを有するT細胞由来のいずれかであった。
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米国特許第5,350,674号
米国特許第5,585,362号
WO 2001/96584
WO 2001/29058
米国特許第6,326,193号
米国特許出願第14/656,431号、US 20150183874 A1として公開
Claims (16)
- 抗原認識部分、ヒンジ領域、膜貫通ドメイン、および、T細胞活性化部分を含むキメラ抗原受容体(CAR)をコードする核酸であって、
(1)前記抗原認識部分が、前記T細胞活性化部分に作動可能に連結されており、かつ配列番号8のアミノ酸配列を含み;
(2)前記ヒンジ領域がCD8ヒンジおよびCD28ヒンジから選択され;
(3)前記膜貫通ドメインがCD8膜貫通ドメインまたはCD28膜貫通ドメインから選択され;かつ
(4)前記T細胞活性化部分が、
(a)4−1BBシグナル伝達ドメインおよびCD28シグナル伝達ドメインから選択されるシグナル伝達ドメインと;
(b)TCRゼータシグナル伝達ドメインと
を含む、核酸。 - 請求項1に記載の核酸を含むT細胞。
- 前記T細胞が、少なくとも1つのホモ接合性HLAハプロタイプを発現する、請求項2に記載のT細胞。
- 前記T細胞が、
(i)第1の抗原決定基に指向されているT細胞受容体(TCR)、ならびに
(ii)第2の抗原決定基に指向されている抗原認識部分およびT細胞活性化部分を含むCARであって、前記CARは請求項1に記載の核酸によってコードされる、CAR
を発現する、請求項2または請求項3のいずれかに記載のT細胞。 - 前記T細胞が、第3の抗原決定基に指向されている抗原認識部分を含む非シグナル伝達抗原結合受容体を発現する、請求項4に記載のT細胞。
- 前記第1の抗原決定基、前記第2の抗原決定基および前記第3の抗原決定基が、すべて互いに異なる、請求項5に記載のT細胞。
- 前記第1の抗原決定基が、腫瘍抗原から選択される、請求項4から6のいずれかに記載のT細胞。
- 前記CARにおける前記抗原認識部分が、ヒンジ領域および膜貫通ドメインによって前記T細胞活性化部分に作動可能に連結されており、前記ヒンジ領域が、必要に応じて、前記CARの二量体化を促進するシステインを含む、請求項4から7のいずれかに記載のT細胞。
- 前記非シグナル伝達抗原結合受容体が、CD47に指向される抗原認識部分を含む、請求項5から8のいずれかに記載のT細胞。
- 前記非シグナル伝達抗原結合受容体の前記抗原認識部分が、ヒンジ領域によって膜貫通領域に作動可能に連結されている、請求項9に記載のT細胞。
- 前記ヒンジ領域が、二量体化を促進するシステイン残基を含む、請求項10に記載のT細胞。
- 前記非シグナル伝達抗原結合受容体が、二量体を形成しない、請求項10に記載のT細胞。
- 医薬として使用するための、請求項2から12のいずれかに記載のT細胞を含む組成物。
- 哺乳動物において、新生物状態、微生物感染(HIV、STDまたは抗生物質耐性細菌など)または自己免疫性状態から選択される、細胞の所望されない集団の存在によって特徴付けられる状態の処置において使用するための、請求項2から12のいずれかに記載のT細胞を含む組成物。
- 遺伝子改変された哺乳動物幹細胞を作製する方法であって、前記方法は、哺乳動物幹細胞に請求項1に記載の核酸を導入するステップを含み、前記哺乳動物幹細胞は、第1の抗原決定基に指向されているTCRを発現するT細胞に分化する能力を有する、方法。
- T細胞を作製する方法であって、前記方法は、
請求項15に記載の方法によって入手可能な遺伝子改変された幹細胞を提供するステップと、
前記遺伝子改変された幹細胞をT細胞に分化させるステップと
を含む方法。
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