JP6929645B2 - マルチトレース定量化 - Google Patents
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Description
本願は、米国仮特許出願第61/985,335号(2014年4月28日出願)の利益を主張し、上記出願の内容は、その全体が参照により本明細書に引用される。
例えば、本願は以下の項目を提供する。
(項目1)
1つ以上の相関ピークプロファイルからの情報を使用して、ピークプロファイルの面積を計算するためのシステムであって、
混合物から1つ以上の化合物を経時的に分離する分離デバイスと、
前記分離中、前記1つ以上の化合物に対するトレースを監視し、前記1つ以上の化合物の複数の強度測定を経時的に生成するタンデム質量分析計と、
プロセッサと
を備え、
前記プロセッサは、
前記複数の強度測定を受信することと、
第1のトレースの前記複数の強度測定から着目化合物の第1のピークプロファイルを検出し、かつ1つ以上の他のトレースの前記複数の強度測定から前記着目化合物の1つ以上の相関ピークプロファイルを検出することと、
前記1つ以上の相関ピークプロファイルに基づいて、前記第1のピークプロファイルの面積を計算することと
を行う、システム。
(項目2)
トレースは、生成イオンへの前駆体イオンの断片化を含む、項目1のシステム。
(項目3)
トレースは、前記着目化合物の内部標準からの標識の分離を含む、項目1〜2の任意の組み合わせのシステム。
(項目4)
前記プロセッサは、第1のピークプロファイルの初期位置を選択することと、1つ以上の相関ピークプロファイルの各々の初期位置を選択することとによって、前記第1のピークプロファイルを検出し、かつ前記1つ以上の相関ピークプロファイルを検出する、項目1〜3の任意の組み合わせのシステム。
(項目5)
前記プロセッサは、
前記着目化合物のピークモデルに基づいて、前記第1のピークプロファイルに対する初期幅および初期強度を選択することと、
前記ピークモデルに基づいて、前記1つ以上の相関ピークプロファイルの各々に対する初期幅および初期強度を選択することと、
数理最適化基準が満たされるまで、前記第1のピークプロファイルおよび前記1つ以上の相関ピークプロファイルの各々に対する位置、幅、および強度の値を反復して変化させることと、
前記ピークモデルを使用して、前記第1のピークプロファイルの最終位置、幅、および強度から前記第1のピークプロファイルの面積を計算することと
によって、前記1つ以上の相関ピークプロファイルに基づいて、前記第1のピークプロファイルの面積を計算する、
項目1〜4の任意の組み合わせのシステム。
(項目6)
前記数理最適化基準は、より大量のピークが、任意のそれほど大量ではないピークよりも低い強度を有することがないように、前記第1のピークプロファイルおよび前記1つ以上の相関ピークプロファイルの各々の前記位置を制約することを含む、項目1〜5の任意の組み合わせのシステム。
(項目7)
前記プロセッサは、ブラインドデコンボリューション方法を行うことによって、第1のピークプロファイルを検出し、かつ1つ以上の相関ピークプロファイルを検出する、項目1〜6の任意の組み合わせのシステム。
(項目8)
前記プロセッサは、前記着目化合物の形状に基づいて前記デコンボリューション方法を制約することによって、前記1つ以上の相関ピークプロファイルに基づいて、前記第1のピークプロファイルの面積を計算する、項目1〜7の任意の組み合わせのシステム。
(項目9)
前記デコンボリューション方法は、非負行列因子分解(NNMF)を含む、項目1〜8の任意の組み合わせのシステム。
(項目10)
1つ以上の相関ピークプロファイルからの情報を使用して、ピークプロファイルの面積を計算する方法であって、
分離デバイスを使用して、混合物から1つ以上の化合物を経時的に分離することと、
タンデム質量分析計を使用して、前記分離中、前記1つ以上の化合物に対するトレースを監視し、前記1つ以上の化合物の複数の強度測定を経時的に生成することと、
プロセッサを使用して、前記複数の強度測定を受信することと、
前記プロセッサを使用して、第1のトレースの前記複数の強度測定から着目化合物の第1のピークプロファイルを検出し、かつ1つ以上の他のトレースの前記複数の強度測定から前記着目化合物の1つ以上の相関ピークプロファイルを検出することと、
前記プロセッサを使用して、前記1つ以上の相関ピークプロファイルに基づいて、前記第1のピークプロファイルの面積を計算することと
を含む、方法。
(項目11)
第1のピークプロファイルを検出し、かつ1つ以上の相関ピークプロファイルを検出することは、前記第1のピークプロファイルの初期位置を選択することと、前記1つ以上の相関ピークプロファイルの各々の初期位置を選択することとを含む、項目10に記載の方法。
(項目12)
前記1つ以上の相関ピークプロファイルに基づいて、前記第1のピークプロファイルの面積を計算することは、
前記着目化合物のピークモデルに基づいて、前記第1のピークプロファイルに対する初期幅および初期強度を選択することと、
前記ピークモデルに基づいて、前記1つ以上の相関ピークプロファイルの各々に対する初期幅および初期強度を選択することと、
数理最適化基準が満たされるまで、前記第1のピークプロファイルおよび前記1つ以上の相関ピークプロファイルの各々に対する位置、幅、および強度の値を反復して変化させることと、
前記ピークモデルを使用して、前記第1のピークプロファイルの最終位置、幅、および強度から前記第1のピークプロファイルの前記面積を計算することと
を含む、項目10〜11の任意の組み合わせの方法。
(項目13)
第1のピークプロファイルを検出し、かつ1つ以上の相関ピークプロファイルを検出することは、ブラインドデコンボリューション方法を行うことを含む、項目10〜12の任意の組み合わせの方法。
(項目14)
前記1つ以上の相関ピークプロファイルに基づいて、前記第1のピークプロファイルの面積を計算することは、前記着目化合物の形状に基づいて前記デコンボリューション方法を制約することを含む、項目10〜13の任意の組み合わせの方法。
(項目15)
非一過性の有形コンピュータ読み取り可能な記憶媒体を備えているコンピュータプログラム製品であって、前記記憶媒体のコンテンツは、プロセッサ上で実行される命令を伴うプログラムを含み、前記プロセッサは、1つ以上の相関ピークプロファイルからの情報を使用して、ピークプロファイルの面積を計算する方法を行い、前記方法は、
システムを提供することであって、前記システムは、1つ以上の別個のソフトウェアモジュールを備え、前記別個のソフトウェアモジュールは、測定モジュールと、分析モジュールとを備えている、ことと、
前記測定モジュールを使用して、複数の強度測定を受信することであって、1つ以上の化合物が、分離デバイスを使用して混合物から経時的に分離され、前記分離中、タンデム質量分析計を使用して、前記1つ以上の化合物に対するトレースが監視され、前記1つ以上の化合物の前記複数の強度測定を経時的に生成する、ことと、
前記分析モジュールを使用して、第1のトレースの前記複数の強度測定から着目化合物の第1のピークプロファイルを検出し、かつ1つ以上の他のトレースの前記複数の強度測定から前記着目化合物の1つ以上の相関ピークプロファイルを検出することと、
前記分析モジュールを使用して、前記1つ以上の相関ピークプロファイルに基づいて、前記第1のピークプロファイルの面積を計算することと
を含む、コンピュータプログラム製品。
図1は、本教示の実施形態が実装され得る、コンピュータシステム100を図示するブロック図である。コンピュータシステム100は、情報を通信するためのバス102または他の通信機構と、情報を処理するためにバス102と結合されたプロセッサ104とを含む。コンピュータシステム100は、プロセッサ104によって実行される命令を記憶するために、バス102に結合されるランダムアクセスメモリ(RAM)または他の動的記憶デバイスであり得るメモリ106も含む。メモリ106は、プロセッサ104によって実行される命令の実行中、一時的変数または他の中間情報を記憶するためにも使用され得る。コンピュータシステム100は、プロセッサ104のための静的情報および命令を記憶するために、バス102に結合された読み取り専用メモリ(ROM)108または他の静的記憶デバイスをさらに含む。磁気ディスクまたは光ディスク等の記憶デバイス110は、情報および命令を記憶するために提供され、バス102に結合される。
上で説明されるように、抽出イオンクロマトグラム(XIC)は、時間の関数としての特定の質量値の強度のプロットである。XICは、定量化のために使用される。しかしながら、多くの場合、2つ以上の質量が、相関XICピークプロファイルと呼ばれる同じXICを実際には有する。従来、ユーザは、望ましくない積分を見つけるために、そのような相関XICピークプロファイルを手動で重ね合せる。本質的に、ユーザは、関連ピークの面積比を比較する。XICピークプロファイルは、例えば、1つ以上のLCピークから作製されることができる。
図10は、種々の実施形態による、1つ以上の相関ピークプロファイルからの情報を使用して、ピークプロファイルの面積を計算するためのシステム1000を示す、概略図である。システム1000は、分離デバイス1010と、タンデム質量分析計1020と、プロセッサ1030とを含む。分離デバイス1010は、液体クロマトグラフィ、ガスクロマトグラフィ、キャピラリー電気泳動、またはイオン移動度を含むが、それらに限定されない、分離技法を行うことができる。分離デバイス1010は、混合物から1つ以上の化合物を経時的に分離する。
図11は、種々の実施形態による、1つ以上の相関ピークプロファイルからの情報を使用して、ピークプロファイルの面積を計算する方法1100を示す、フローチャートである。
(ピークプロファイルの面積を計算するためのコンピュータプログラム製品)
種々の実施形態では、コンピュータプログラム製品は、そのコンテンツが、1つ以上の相関ピークプロファイルからの情報を使用して、ピークプロファイルの面積を計算する方法を行うよう、プロセッサ上で実行される命令を伴うプログラムを含む、有形コンピュータ読み取り可能な記憶媒体を含む。本方法は、1つ以上の別個のソフトウェアモジュールを含むシステムによって行われる。
Claims (13)
- 着目化合物の第1の生成イオンの第1の抽出イオンクロマトグラム(XIC)ピークプロファイルの面積を、前記着目化合物の1つ以上の他の生成イオンの1つ以上の相関XICピークプロファイルからの情報を使用して、計算するためのシステムであって、
混合物から1つ以上の化合物を経時的に分離する分離デバイスと、
前記分離中、前記1つ以上の化合物に対するトレースを監視し、前記1つ以上の化合物の生成イオンの複数の強度測定を経時的に生成するタンデム質量分析計であって、前記トレースは、生成イオンへの前記1つ以上の化合物の前駆体イオンの断片化を含む、タンデム質量分析計と、
プロセッサと
を備え、
前記プロセッサは、
前記複数の強度測定を受信することと、
第1のトレースの前記複数の強度測定から前記着目化合物の前記第1の生成イオンの前記第1のXICピークプロファイルを検出し、かつ、1つ以上の他のトレースの前記複数の強度測定から前記着目化合物の前記1つ以上の他の生成イオンの前記1つ以上の相関XICピークプロファイルを検出することであって、前記第1のトレースは、前記第1の生成イオンへの前記着目化合物の前駆体イオンの断片化を含み、前記1つ以上の他のトレースは、前記1つ以上の他の生成イオンへの前記着目化合物の前駆体イオンの断片化を含む、ことと、
数理最適化基準が満たされるまで、前記第1のXICピークプロファイルおよび前記1つ以上の相関XICピークプロファイルの各々の形状に対するパラメータを反復して変化させることによって、前記1つ以上の相関XICピークプロファイルに基づいて、前記第1のXICピークプロファイルの面積を計算することと
を行う、システム。 - 前記プロセッサは、第1のXICピークプロファイルの初期位置を選択することと、1つ以上の相関XICピークプロファイルの各々の初期位置を選択することとによって、前記第1のXICピークプロファイルを検出し、かつ、前記1つ以上の相関XICピークプロファイルを検出する、請求項1に記載のシステム。
- 前記プロセッサは、
前記着目化合物のピークモデルに基づいて、前記第1のXICピークプロファイルに対する初期幅および初期強度を選択することと、
前記ピークモデルに基づいて、前記1つ以上の相関XICピークプロファイルの各々に対する初期幅および初期強度を選択することと、
数理最適化基準が満たされるまで、前記第1のXICピークプロファイルおよび前記1つ以上の相関XICピークプロファイルの各々に対する位置、幅、および強度の値を反復して変化させることと、
前記ピークモデルを使用して、前記第1のXICピークプロファイルの最終位置、幅、および強度から前記第1のXICピークプロファイルの面積を計算することと
によって、前記1つ以上の相関ピークプロファイルに基づいて、前記第1のXICピークプロファイルの面積を計算する、
請求項1および請求項2のいずれか一項に記載のシステム。 - 前記数理最適化基準は、第1のイオンを表す任意のXICピークプロファイルに対する強度が第2のイオンを表す任意のXICピークプロファイルに対する強度よりも低くないように前記第1のXICピークプロファイルおよび前記1つ以上の相関XICピークプロファイルの各々の前記位置を制約することを含み、前記第1のイオンの量は、前記第2のイオンの量よりも多い、請求項3に記載のシステム。
- 前記プロセッサは、ブラインドデコンボリューション方法を行うことによって、第1のXICピークプロファイルを検出し、かつ、1つ以上の相関XICピークプロファイルを検出する、請求項1〜4のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記プロセッサは、前記着目化合物の形状に基づいて前記ブラインドデコンボリューション方法を制約することによって、前記1つ以上の相関XICピークプロファイルに基づいて、前記第1のXICピークプロファイルの面積を計算する、請求項5に記載のシステム。
- 前記ブラインドデコンボリューション方法は、非負行列因子分解(NNMF)を含む、請求項5および請求項6のいずれか一項に記載のシステム。
- 着目化合物の第1の生成イオンの第1の抽出イオンクロマトグラム(XIC)ピークプロファイルの面積を、前記着目化合物の1つ以上の他の生成イオンの1つ以上の相関XICピークプロファイルからの情報を使用して、計算する方法であって、
分離デバイスを使用して、混合物から1つ以上の化合物を経時的に分離することと、
タンデム質量分析計を使用して、前記分離中、前記1つ以上の化合物に対するトレースを監視し、前記1つ以上の化合物の生成イオンの複数の強度測定を経時的に生成することであって、前記トレースは、生成イオンへの前記1つ以上の化合物の前駆体イオンの断片化を含む、ことと、
プロセッサを使用して、前記複数の強度測定を受信することと、
前記プロセッサを使用して、第1のトレースの前記複数の強度測定から前記着目化合物の前記第1の生成イオンの前記第1のXICピークプロファイルを検出し、かつ、1つ以上の他のトレースの前記複数の強度測定から前記着目化合物の前記1つ以上の他の生成イオンの前記1つ以上の相関XICピークプロファイルを検出することであって、前記第1のトレースは、前記第1の生成イオンへの前記着目化合物の前駆体イオンの断片化を含み、前記1つ以上の他のトレースは、前記1つ以上の他の生成イオンへの前記着目化合物の前駆体イオンの断片化を含む、ことと、
数理最適化基準が満たされるまで、前記第1のXICピークプロファイルおよび前記1つ以上の相関XICピークプロファイルの各々の形状に対するパラメータを反復して変化させることによって、前記プロセッサを使用して、前記1つ以上の相関XICピークプロファイルに基づいて、前記第1のXICピークプロファイルの面積を計算することと
を含む、方法。 - 第1のXICピークプロファイルを検出し、かつ、1つ以上の相関XICピークプロファイルを検出することは、前記第1のXICピークプロファイルの初期位置を選択することと、前記1つ以上の相関XICピークプロファイルの各々の初期位置を選択することとを含む、請求項8に記載の方法。
- 前記1つ以上の相関XICピークプロファイルに基づいて、前記第1のXICピークプロファイルの面積を計算することは、
前記着目化合物のピークモデルに基づいて、前記第1のXICピークプロファイルに対する初期幅および初期強度を選択することと、
前記ピークモデルに基づいて、前記1つ以上の相関XICピークプロファイルの各々に対する初期幅および初期強度を選択することと、
数理最適化基準が満たされるまで、前記第1のXICピークプロファイルおよび前記1つ以上の相関XICピークプロファイルの各々に対する位置、幅、および強度の値を反復して変化させることと、
前記XICピークモデルを使用して、前記第1のXICピークプロファイルの最終位置、幅、および強度から前記第1のXICピークプロファイルの前記面積を計算することと
を含む、請求項8および請求項9のいずれか一項に記載の方法。 - 第1のXICピークプロファイルを検出し、かつ、1つ以上の相関XICピークプロファイルを検出することは、ブラインドデコンボリューション方法を行うことを含む、請求項8〜10のいずれか一項に記載の方法。
- 前記1つ以上の相関XICピークプロファイルに基づいて、前記第1のXICピークプロファイルの面積を計算することは、前記着目化合物の形状に基づいて前記ブラインドデコンボリューション方法を制約することを含む、請求項11に記載の方法。
- 非一過性の有形コンピュータ読み取り可能な記憶媒体を備えているコンピュータプログラム製品であって、前記記憶媒体のコンテンツは、プロセッサ上で実行される命令を伴うプログラムを含み、前記プロセッサは、着目化合物の第1の生成イオンの第1の抽出イオンクロマトグラム(XIC)ピークプロファイルの面積を、前記着目化合物の1つ以上の他の生成イオンの1つ以上の相関XICピークプロファイルからの情報を使用して、計算する方法を行い、前記方法は、
システムを提供することであって、前記システムは、1つ以上の別個のソフトウェアモジュールを備え、前記別個のソフトウェアモジュールは、測定モジュールと、分析モジュールとを備えている、ことと、
前記測定モジュールを使用して、複数の強度測定を受信することであって、1つ以上の化合物が、分離デバイスを使用して混合物から経時的に分離され、前記分離中、タンデム質量分析計を使用して、前記1つ以上の化合物に対するトレースが監視され、前記1つ以上の化合物の生成イオンの前記複数の強度測定を経時的に生成し、前記トレースは、生成イオンへの前記1つ以上の化合物の前駆体イオンの断片化を含む、ことと、
前記分析モジュールを使用して、第1のトレースの前記複数の強度測定から前記着目化合物の前記第1の生成イオンの前記第1のXICピークプロファイルを検出し、かつ、1つ以上の他のトレースの前記複数の強度測定から前記着目化合物の前記1つ以上の他の生成イオンの前記1つ以上の相関XICピークプロファイルを検出することであって、前記第1のトレースは、前記第1の生成イオンへの前記着目化合物の前駆体イオンの断片化を含み、前記1つ以上の他のトレースは、前記1つ以上の他の生成イオンへの前記着目化合物の前駆体イオンの断片化を含む、ことと、
前記分析モジュールを使用して、数理最適化基準が満たされるまで、前記第1のXICピークプロファイルおよび前記1つ以上の相関XICピークプロファイルの各々の形状に対するパラメータを反復して変化させることによって、前記1つ以上の相関XICピークプロファイルに基づいて、前記第1のXICピークプロファイルの面積を計算することと
を含む、コンピュータプログラム製品。
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