JP6833705B2 - Ｔｍｐｒｓｓ６発現を調節するための化合物及び方法 - Google Patents

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Description

配列表
本出願は、配列表とともに電子形式で出願されている。配列表は、２０１６年３月２３日に作成された１４８ＫｂのサイズのＢＩＯＬ０２７１ＷＯＳＥＱ＿ＳＴ２５．ｔｘｔという名前のファイルとして提供される。この配列表の電子形式の情報は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
技術分野
本発明は、動物における鉄蓄積を減少する目的で、ＴＭＰＲＳＳ６の発現を調節するための方法、化合物及び組成物を提供する。
ヒトにおける鉄バランスの維持は、鉄吸収及び分泌についてのヒトの生理機能が限定的であるため、デリケートである（Ｆｉｎｃｈ，Ｃ．Ａ．ａｎｄ Ｈｕｅｂｅｒｓ，Ｈ．Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．１９８２．３０６：１５２０−１５２８）。鉄欠乏は、広範囲にわたる障害であり、食事による鉄摂取では、身体の要求に応えられない条件から生じる。病的失血は、負の鉄バランスに起因することが多い。鉄過剰も高頻度に認められる病態であり、遺伝的原因、例えば、鉄代謝の異なる遺伝子の突然変異から生じ得る（Ｃａｍａｓｃｈｅｌｌａ，Ｃ．Ｂｌｏｏｄ．２００５．１０６：３７１０−３７１７）。肝臓ペプチドホルモンであるヘプシジンは、鉄吸収及びリサイクルを制御するために、身体の鉄代謝に重要な役割を担っている（Ｇａｎｚ，Ｔ．Ａｍ．Ｓｏｃ．Ｈｅｍａｔｏｌ．Ｅｄｕｃ．Ｐｒｏｇｒａｍ ２００６．５０７：２９−３５；Ｋｅｍｎａ，Ｅ．Ｈ．ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．２００７．５３：６２０−６２８）。ＨＦＥ（ヘモクロマトーシスタンパク質）（Ａｈｍａｄ，Ｋ．Ａ．ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ Ｃｅｌｌｓ Ｍｏｌ Ｄｉｓ．２００２．２９：３６１）、トランスフェリン受容体２（Ｋａｗａｂａｔａ，Ｈ．ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ ２００５．１０５：３７６）、及びｈｅｍｏｊｕｖｅｌｉｎ（Ｐａｐａｎｉｋｏｌａｏｕ，Ｇ．ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．２００４．３６：７７）を含むいくつかのタンパク質もまた、身体の鉄レベルを調節する。
膜貫通プロテアーゼ、セリン６（ＴＭＰＲＳＳ６）は、ＩＩ型膜貫通セリンプロテアーゼであり、肝臓で主に発現する（Ｖｅｌａｓｃｏ，Ｇ．ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２００２．２７７：３７６３７−３７６４６）。ＴＭＰＲＳＳ６における突然変異は、鉄欠乏貧血と関連し（Ｆｉｎｂｅｒｇ，Ｋ．Ｅ．ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．２００８．４０：５６９−５７１）、ヘプシジンのレベルが異常に増加することが分かった。小球性貧血を有するヒト集団の研究では、ＴＭＰＲＳＳ６遺伝子の機能喪失型突然変異は、ヘプシジンの過剰産生を導き、次に不完全な鉄吸収及び利用を導いてしまうことが分かった（Ｍｅｌｉｓ，Ｍ．Ａ．ｅｔ ａｌ．，Ｈｅｍａｔｏｌｏｇｉｃａ ２００８．９３：１４７３−１４７９）。ＴＭＰＲＳＳ６は、鉄欠損によって誘因される膜貫通シグナル伝達経路に関与し、ヘプシジンをコードする遺伝子であるＨａｍｐ活性の多様な経路を抑制する（Ｄｕ，Ｘ．ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２００８．３２０：１０８８−１０９２）。ＨＦＥ−／−マウスにおけるＴＭＰＲＳＳ６のヘテロ接合性欠損は、全身の鉄過剰を減少させ、ＨＦＥ−／−マウスにおけるＴＭＰＲＳＳ６のホモ接合欠損は、全身の鉄欠乏及びヘプシジンの肝臓発現の増加を引き起す（Ｆｉｎｂｅｒｇ，Ｋ．Ｅ．ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ ２０１１．１１７：４５９０−４５９９）。
鉄過剰障害の例は、ヘモクロマトーシスである。ヘモクロマトーシス（例えば、１型ヘモクロマトーシスまたは遺伝性ヘモクロマトーシス）は、消化器官からの食事性鉄の過剰な腸管吸収をもたらす障害である（Ａｌｌｅｎ，Ｋ．Ｊ．ｅｔ ａｌ．，Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．２００８．３５８：２２１−２３０）。結果として、全身の鉄貯蔵が病的に増加する。過剰な鉄は、組織及び臓器、特に肝臓、副腎、心臓、皮膚、生殖腺、関節及び膵臓に蓄積し、それらの正常な機能を破壊する。硬変（Ｒａｍｍ，Ｇ．Ａ． ａｎｄ Ｒｕｄｄｅｌｌ，Ｒ．Ｇ．Ｓｅｍｉｎ．Ｌｉｖｅｒ Ｄｉｓ．２０１０．３０：２７１−２８７）、多発性関節障害（Ｃａｒｒｏｌｌ，Ｇ．Ｊ．ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．２０１１．６３：２８６−２９４）、副腎不全、心不全、糖尿病（Ｈｕａｎｇ，Ｊ．ｅｔ ａｌ．，Ｄｉａｂｅｔｅｓ ２０１１．６０：８０−８７）等の副次的な合併症が高頻度に認められる。鉄過剰障害の別の例は、β‐サラセミアであり、患者は、β‐サラセミアを治療するために無効赤血球生成または輸血によって生じる鉄過剰を発現する場合がある。
これまで、鉄過剰障害を治療するための治療戦略は、限定的であった。ｓｉＲＮＡ及びアンチセンスオリゴヌクレオチド等の核酸阻害薬が、提示され、開発されてきたが、ＴＭＰＲＳＳ６（ＰＣＴ出願ＷＯ２０１４／０７６１９５、ＷＯ２０１２／１３５２４６、ＷＯ２０１４／１９０１５７、ＷＯ２００５／００３２７３３、ＷＯ２０１３／０７０７８６及びＷＯ２０１３／１７３６３５、米国特許第８，０９０，５４２号、Ｓｃｈｍｉｄｔ ｅｔ ａｌ．Ｂｌｏｏｄ．２０１３，１２１（７）：１２００−８）を直接標的とする化合物のいずれも、鉄過剰障害を治療するために承認されてこなかった。したがって、ＴＭＰＲＳＳ６を阻害するための非常に強力で忍容性のある化合物についての必要性は満たされていない。本明細書に開示される本発明は、ＴＭＰＲＳＳ６発現の新規の非常に強力な阻害薬の発見及び治療におけるその使用に関する。
本願に引用される全ての文書、または文書の一部には、特許、特許出願、記事、書籍、及び論文が含まれるがこれらに限定されず、本明細書で考察する文書の一部を参照することにより、その全体が本明細書に明示的に組み込まれる。
本明細書では、動物におけるＴＭＰＲＳＳ６ ｍＲＮＡ及び／またはタンパク質のレベルを調節するための組成物、化合物及び方法を提供する。本明細書では、ＴＭＰＲＳＳ６を減少させるための組成物、化合物及び方法を提供する。
本明細書に開示する特定の実施形態では、ＴＭＰＲＳＳ６をコードする核酸を標的とする修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物を提供する。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１〜６のいずれかの核酸配列に示されるように、ＴＭＰＲＳＳ６配列を標的とする。
本明細書に開示する特定の実施形態では、１２〜３０個の連結したヌクレオシドから成る修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号１の核酸塩基３１６２〜３１８４の等しい長さの部分と相補的な少なくとも８個の連続した核酸塩基の部分を含む核酸塩基配列を含む化合物を提供し、修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号１と少なくとも８０％相補的である。
本明細書に開示する特定の実施形態では、１２〜３０個の連結したヌクレオシドから成る修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号２３、３６、３７、６３、７７の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８個の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する化合物を提供する。
本明細書に開示する特定の実施形態では、以下の式を有する、修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物を提供する。
Figure 0006833705
本明細書に開示する特定の実施形態では、以下の式を有する、修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物を提供する。
Figure 0006833705
前述の一般的な説明及び以下の発明を実施するための形態はどちらも例示的かつ説明的なものであるにすぎず、特許請求される発明を限定するものではないと理解すべきである。本明細書において、単数形の使用は、別途明確に記述されない限り、複数形を含む。本明細書で使用されるとき、「ｏｒ（または）」の使用は、別途記述されない限り、「ａｎｄ／ｏｒ（及び／または）」を意味する。さらに、「ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ（〜を含む）」という用語、ならびに「ｉｎｃｌｕｄｅｓ（〜を含む）」及び「ｉｎｃｌｕｄｅｄ（含まれる）」等の他の形態の使用は、限定的なものではない。また、「要素」または「成分」等の用語は、別途明確に記述されない限り、１つのユニットを含む要素及び成分、ならびに２つ以上のサブユニットを含む要素及び成分の両方を包含する。
本明細書で使用される節の見出しは、単に構成目的のものであり、記載される主題を限定するものと解釈されるべきではない。本願に列挙される全ての文書、または文書の部分は、これらに限定されないが、特許、特許出願、記事、書籍、及び論文を含み、本明細書で考察する文書の部分を参照することにより、その全体が本明細書に明示的に組み込まれる。
定義
特別な定義が与えられない限り、本明細書に記載する分析化学、合成有機化学、ならびに医化学及び製薬化学に関連して用いられる命名法、ならびにそれらの手順及び技法は、周知であり、当技術分野で一般に使用されるものである。化学合成及び化学分析には、標準的技法を使用することができる。許可されている場合、本明細書出の開示全般で参照される全ての特許、出願、公開された出願及び他の刊行物、ＧＥＮＢＡＮＫ寄託番号及び国立バイオテクノロジー情報センター（ＮＣＢＩ）及び他のデータ等のデータベースにより得られる関連の配列情報は、本明細書で考察する文書の部分を参照することにより、その全体が本明細書に組み込まれる。別途示されない限り、以下の用語は、以下の意味を有する。
「２’−Ｏ−メトキシエチル」（２’−ＭＯＥ及び２’−Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３とも称される）とは、フロシル環の２’位のＯ−メトキシ−エチル修飾を指す。２’−Ｏ−メトキシエチル修飾糖は、修飾糖である。
「２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオチド」とは、２’−Ｏ−メトキシエチル修飾糖部分を含むヌクレオチドを意味する。
「５−メチルシトシン」とは、５’位に結合したメチル基で修飾されたシトシンを意味する。５−メチルシトシンは、修飾核酸塩基である。
「約」とは、値の±１０％以内を意味する。例えば、「マーカーが約５０％増加し得る」と述べられている場合、マーカーが４５％〜５５％増加し得るということを意味する。
「活性医薬品」または「医薬品」とは、個体に投与されたときに治療的利益を提供する医薬組成物中の１つの物質または複数の物質を意味する。例えば、特定の実施形態において、ＴＭＰＲＳＳ６を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドは、活性医薬品である。
「活性標的領域」または「標的領域」とは、１つまたは複数の活性アンチセンス化合物が標的とされる領域を意味する。
「活性アンチセンス化合物」とは、標的核酸レベルまたはタンパク質レベルを低下させるアンチセンス化合物を意味する。
「同時に投与される」とは、２つの薬剤の薬理学的効果が、患者に現れる任意の様式でのこれらの２つの薬剤を共投与することを指す。同時投与は、これら両方の薬剤が、単一の医薬組成物で、同一の剤形で、または同一の投与経路によって投与されることを必要としない。これら両方の薬剤の効果が同時に現われなくてもよい。効果は、ある期間の重複しか必要とせず、共に広範囲に及ぶ必要はない。
「投与」は、個体に医薬品を提供することを意味し、医療専門家及び自己投与による投与を含むが、これに限定されない。
「薬剤」とは、動物に投与したときに治療的利益を提供することができる活性物質を意味する。「第１の薬剤」とは、本発明で提供する治療化合物を意味する。例えば、第１の薬剤は、ＴＭＰＲＳＳ６を標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドである。「第２の薬剤」とは、本発明で記載する第２の治療化合物を意味する。例えば、第２の薬剤は、ＴＭＰＲＳＳ６を標的とする第２のアンチセンスオリゴヌクレオチドまたは非ＴＭＰＲＳＳ６標的であり得る。あるいは、第２の薬剤は、アンチセンスオリゴヌクレオチド以外の化合物であり得る。
「寛解」または「寛解する」とは、関連疾患、障害、及び／または病態の少なくとも１つの指標、兆候、または症状の軽減を指す。特定の実施形態では、寛解は、病態、障害及び／または疾患の１つまたは複数の指標の進行の遅延または緩徐化を含む。指標の重症度は、当業者に知られている主観的尺度または客観的尺度によって決定することができる。
「貧血」は、血中の赤血球細胞（赤血球）の正常な数より少ないことを特徴とする疾患であり、通常、ヘモグロビンの量の減少によって測定される。貧血の原因には、慢性炎症、慢性腎疾患、腎臓透析治療、遺伝的（遺伝性）障害、慢性感染症、急性感染症、がん及びがん治療が含まれ得る。これらの疾患、障害及び／または病態における鉄ホメオスタシスの変化及び／または赤血球生成は、赤血球の産生の減少を引き起こすこともある。貧血の臨床徴候として、低い血清鉄（低鉄血症）、低いヘモグロビンレベル、低いヘマトクリットレベル、赤血球細胞の減少、網状赤血球の減少、可溶性トランスフェリン受容体及び鉄拘束赤血球生成が挙げられる。貧血の例として、サラセミア（すなわち、α−サラセミア、β−サラセミア（軽症型、中間型、及び重症型）及びδ−サラセミア）、鎌状赤血球貧血、再生不良性貧血、ファンコニー貧血、ダイアモンド・ブラックファン貧血、シュワックマン・ダイアモンド症候群、赤血球膜障害、グルコース−６−リン酸脱水素酵素欠損症、または遺伝性出血性毛細血管拡張症、溶結性貧血、慢性疾患等の貧血が挙げられる。
「動物」とは、ヒト、またはマウス、ラット、ウサギ、イヌ、ネコ、ブタ、及び非ヒト霊長類（サル及びチンパンジーを含むが、これらに限定されない）を含むが、これらに限定されない非ヒト動物を指す。
「抗体」は、何らかの方法で抗原と特異的に反応することを特徴とする分子を指し、この場合、抗体及び抗原はそれぞれ互いの観点から定義される。
抗体は、完全な抗体分子、または重鎖、軽鎖、Ｆａｂ領域及びＦｃ領域等のその任意の断片もしくは領域を指してもよい。
「アンチセンス活性」とは、アンチセンス化合物のその標的核酸へのハイブリダイゼーションに起因する任意の検出可能または測定可能な活性を意味する。特定の実施形態において、アンチセンス活性は、標的核酸またはそのような標的核酸によってコードされるタンパク質の量または発現の減少である。
「アンチセンス化合物」とは、水素結合により標的核酸へのハイブリダイゼーションを経ることのできるオリゴマー化合物を意味する。
「アンチセンス阻害」とは、アンチセンス化合物の不在下における標的核酸レベルまたは標的タンパク質レベルと比較した、標的核酸に相補的なアンチセンス化合物の存在下における標的核酸レベルまたは標的タンパク質レベルの低下を意味する。
「アンチセンスオリゴヌクレオチド」とは、標的核酸の対応する領域またはセグメントへのハイブリダイゼーションを可能にする核酸塩基配列を有する一本鎖オリゴヌクレオチドを意味する。
「二環糖」とは、２個の非ジェミナル環原子の架橋により修飾されたフロシル環を意味する。二環糖は、修飾糖である。
「二環式核酸」または「ＢＮＡ」とは、ヌクレオシドまたはヌクレオチドを指し、ヌクレオシドまたはヌクレオチドのフラノース部分は、フラノース環上で２個の炭素原子をつなぎ、それにより二環式環系を形成する橋を含む。
「輸血」とは、静脈内の血行路で血液産物を受け取る過程を指す。輸血は、失われた血液成分を交換するために、様々な疾患、障害及び／または病態で使用される。
「キャップ構造」または「末端キャップ部分」とは、アンチセンス化合物のいずれかの末端に組み込まれている化学的修飾を意味する。
「ｃＥｔ」または「拘束エチル」は、４’−炭素及び２’−炭素を接続する架橋を含む二環糖部分を意味し、架橋は式４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’を有する。
「拘束エチルヌクレオシド」（ｃＥｔヌクレオシドとも呼ばれる）は、４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’架橋を含む二環糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
「化学的に異なる領域」とは、同一のアンチセンス化合物の別の領域とは何らかの点で化学的に異なるアンチセンス化合物の領域を指す。例えば、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオチドを有する領域は、２’−Ｏ−メトキシエチル修飾を有しないヌクレオチドを有する領域とは化学的に異なる。
「キメラアンチセンス化合物」とは、少なくとも２つの化学的に異なる領域を有するアンチセンス化合物を意味する。
「共投与」とは、個体への２つ以上の薬剤の投与を意味する。これらの２つ以上の薬剤は、単一の医薬組成物中に存在し得るか、または別個の医薬組成物中に存在し得る。これらの２つ以上の薬剤の各々は、同一または異なる投与経路で投与され得る。共投与は、同時投与、並行投与または連続投与を包含する。
「相補性」とは、第１の核酸及び第２の核酸の核酸塩基間で対合する能力を意味する。
特定の実施形態において、第１の核酸は、アンチセンス化合物であり、第２の核酸は、標的核酸である。
「連続した核酸塩基」とは、互いに直接隣接した核酸塩基を意味する。
「デオキシリボヌクレオチド」とは、ヌクレオチドの糖部分の２’位に水素を有するヌクレオチドを意味する。デオキシリボヌクレオチドは、様々な置換基のうちのいずれかで修飾され得る。
「希釈剤」とは、薬理学的活性を欠くが、薬学的に必要であるか、または望ましい組成物中の成分を意味する。例えば、注入された組成物中の希釈剤は、液体、例えば、リン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）であり得る。
「投薬単位」とは、医薬品が提供される形態、例えば、丸剤、錠剤、または当技術分野で既知の他の剤形を意味する。特定の実施形態において、剤形は、凍結乾燥されたアンチセンスオリゴヌクレオチドを含有するバイアルである。特定の実施形態において、剤形は、再構成されたアンチセンスオリゴヌクレオチドを含有するバイアルである。
「用量」とは、単回投与で提供されるか、または特定の期間に提供される医薬品の特定の量を意味する。特定の実施形態において、用量は、１、２、またはそれ以上のボーラス、錠剤、または注入で投与され得る。例えば、特定の実施形態において、皮下投与が所望される場合、所望の用量は、単回注入では容易に提供されない体積を必要とし、それ故に、２回以上注入して所望の用量を達成することができる。特定の実施形態において、医薬品は、輸液によって長期間にわたって、または連続して投与される。用量は、１時間、１日、１週間、または１ヵ月当たりの医薬品の量として記載してもよい。
「有効量」または「治療有効量」とは、薬剤を必要とする個体において所望の生理学的結果をもたらすのに十分な活性医薬品の量を意味する。有効量は、治療される個体の健康及び身体状態、治療される個体の分類群、組成物の製剤、個体の病状の評価、ならびに他の関連因子によって個体間で異なり得る。
「完全に相補的な」または「１００％相補的な」とは、第１の核酸の核酸塩基配列の各核酸塩基が、第２の核酸の第２の核酸塩基配列中に相補的な核酸塩基を有することを意味する。特定の実施形態において、第１の核酸は、アンチセンス化合物であり、第２の核酸は、標的核酸である。
「ギャップマー」とは、ＲＮａｓｅ Ｈ切断を支援する複数のヌクレオシドを有する内部領域が１個または複数個のヌクレオシドを有する外部領域間に位置付けられるキメラアンチセンス化合物を意味し、内部領域を含むヌクレオシドは、外部領域を含むヌクレオシドまたは複数のヌクレオシドとは化学的に異なる。内部領域は、「ギャップセグメント」と称され得、外部領域は、「ウイングセグメント」と称され得る。
「ギャップ拡大」は、１〜６個のヌクレオシドを有する５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間及びそれらのすぐ隣に位置する１２個以上の連続した２’−デオキシヌクレオシドのギャップセグメントを有するキメラアンチセンス化合物を意味する。
「ヘモクロマトーシス」は、消化器官から過剰な鉄を吸収する鉄代謝の障害であり、身体の様々な組織に、鉄を過剰に蓄積かつ沈着させてしまう。原発性または遺伝性または典型的なヘモクロマトーシスは、例えばＨＦＥ遺伝子における遺伝的突然変異によって引き起こされる。当該疾患の患者は、過剰な量の鉄を有し、これが、消化器官で吸収され、身体組織、特に肝臓で蓄積する。二次的または後天性ヘモクロマトーシスは、頻繁な輸血、鉄サプリメントの大量の経口もしくは非経口摂取、またはその他の疾患の二次影響によって生じる場合がある。
「造血発生」は、造血性幹細胞に由来する血液の細胞成分の形成を指す。これらの幹細胞は、骨髄の髄質に存在し、全ての異なる成熟した血液細胞型を生じさせる固有の能力を有する。
「溶血」は、赤血球または赤血球細胞が破壊され、その内容物が周囲の体液に放出されることを指す。動物における溶血は、微生物感染、寄生虫感染、自己免疫障害及び遺伝的障害を含む多数の医学的状態によって生じることがある。
「ヘプシジン」は、ｍＲＮＡ、及び炎症または血中の鉄レベルの上昇に反応して肝細胞によって産生されるｍＲＮＡによってコードされるタンパク質の両方を指す。ヘプシジンの主要な役割は、これらの血中鉄レベルの減少を促進することによって、血中鉄レベルを制御することである。ヘプシジンの発現は、赤血球生成について鉄利用性を減少させる急性及び慢性炎症の状態で増加する。「ヘプシジン」は、また、ヘプシジン抗菌ペプチド、ＨＡＭＰ、ＨＡＭＰ１、ＨＥＰＣ、ＨＦＥ２、ＬＥＡＰ−１、ＬＥＡＰ１及び肝発現抗菌ペプチドとも称される。
「遺伝性貧血」は、身体中の赤血球細胞を通常より速く死滅させてしまい、肺から身体の異なる部分へ酸素を送ることにおいて無効なものにするか、または赤血球細胞を全く作り出さない遺伝性病態によって生じる貧血を指す。例として、鎌状赤血球貧血、サラセミア、ファンコニー貧血、ダイアモンド・ブラックファン貧血、シュワックマン・ダイアモンド症候群、赤血球膜障害、グルコース−６−リン酸脱水素酵素欠損症、または遺伝性出血性毛細血管拡張症が挙げられるが、これらに限定されない。
「ＨＦＥ」は、ヒトヘモクロマトーシス遺伝子またはタンパク質を指す。
「ＨＦＥ遺伝子突然変異」は、遺伝性ヘモクロマトーシスを生じ得る、ＨＦＥ遺伝子における突然変異を指す。
「ハイブリダイゼーション」とは、相補的核酸分子のアニーリングを意味する。特定の実施形態において、相補的核酸分子には、アンチセンス化合物及び標的核酸が含まれる。
「鉄の過剰蓄積に関連する疾患、障害及び／もしくは病態のリスクがあるかまたはそれを有する動物を識別すること」は、鉄の過剰蓄積に関連する疾患、障害及び／もしくは病態と診断されている動物を識別すること、またはその疾患、障害及び／もしくは病態を発現しやすい動物を識別することを意味する。例えば、動物は、ヘモクロマトーシスの家族歴がある場合、鉄の過剰蓄積に関連する疾患、障害及び／または病態を発症しやすい場合がある。このような識別は、動物の病歴の評価及び標準的試験または評価を含む任意の方法によって達成することができる。
「すぐ隣に」は、すぐ隣の要素間で、介入する要素がないことを意味する。
「個体」または「対象」または「動物」とは、処置または療法のために選択されたヒトまたは非ヒト動物を意味する。
「発現または活性を阻害する」とは、ＲＮＡまたはタンパク質の発現または活性の減少または阻止を指し、必ずしも発現または活性の完全な排除を示すわけではない。
「ヌクレオシド間結合」とは、ヌクレオシド間の化学結合を指す。
「静脈内投与」とは、静脈への投与を意味する。
「鉄蓄積」または「鉄過剰」は、何らかの原因による、身体のおける鉄の蓄積及び沈着を示す。最も一般的な要因は、遺伝的要因、輸血の反復により生じ得る輸血による鉄過剰、または食事性鉄過剰摂取である。
「鉄サプリメント」は、患者における鉄欠乏を治療するために、医療的理由から処方されるサプリメントを指す。鉄は、経口経路で、または非経口で供給することができる。
「連結したヌクレオシド」とは、一緒に結合する隣接したヌクレオシドを意味する。
「マーカー」または「バイオマーカー」は、健康または生理関連評価のために、指標として機能する測定可能かつ定量可能な生物学的パラメータである。例えば、トランスフェリンの飽和度の増加、鉄レベルの増加、またはヘプシジンレベルの減少が、鉄過剰疾患、障害及び／または病態の考えられるマーカーである。
「ＭＣＨ」は、「平均赤血球血色素量」または「平均赤血球ヘモグロビン」、血液サンプル中の赤血球あたりのヘモグロビン（Ｈｂ）の平均質量を表す値を意味する。
「ＭＣＶ」は、「平均赤血球容積」または「平均赤血球容積」、赤血球細胞の平均サイズを表す値を指す。
「ミスマッチ」または「非相補的核酸塩基」または「ＭＭ」とは、第１の核酸の核酸塩基が第２の核酸または標的核酸の対応する核酸塩基と対合することができない場合を指す。
「修飾ヌクレオシド間結合」は、天然に存在するヌクレオシド間結合（ホスホジエステルヌクレオシド間結合）の置換または任意の変化を指す。
「修飾核酸塩基」とは、アデニン、シトシン、グアニン、チミジン、またはウラシル以外の任意の核酸塩基を指す。例えば、修飾核酸塩基は、５−メチルシトシンであり得る。「非修飾核酸塩基」とは、プリンが、アデニン（Ａ）及びグアニン（Ｇ）をベースとし、ピリミジンが、チミン（Ｔ）、シトシン（Ｃ）、及びウラシル（Ｕ）をベースとすることを意味する。
「修飾ヌクレオシド」は、独立して、修飾糖部分及び／または修飾核酸塩基を有するヌクレオシドを意味する。
「修飾ヌクレオチド」は、独立して、修飾糖部分、修飾ヌクレオシド間結合及び／または修飾核酸塩基を有するヌクレオチドを意味する。
「修飾オリゴヌクレオチド」は、修飾ヌクレオシド間結合、修飾糖、及び／または修飾核酸塩基を意味する。
「修飾糖」とは、天然糖の置換または変化を指す。例えば、修飾糖は、２’−ＭＯＥであり得る。
「調節する」は、細胞、組織、臓器または有機体の特徴を変化または調節することを指す。例えば、ＴＭＰＲＳＳ６レベルを調節することは、細胞、組織、臓器または有機体におけるＴＭＰＲＳＳ６ ｍＲＮＡまたはＴＭＰＲＳＳ６タンパク質のレベルを増加または減少させることを意味することができる。「調節剤」は、細胞、組織、臓器または有機体における変化に影響する。例えば、ＴＭＰＲＳＳ６アンチセンスオリゴヌクレオチドは、細胞、組織、臓器または有機体におけるＴＭＰＲＳＳ６ ｍＲＮＡまたはＴＭＰＲＳＳ６タンパク質の量を増加または減少させる調節剤であり得る。
「モノマー」は、オリゴマーの単一の単位である。モノマーは、天然であっても改変されたものであっても、ヌクレオシド及びヌクレオチドを含むが、これに限定されない。
「モチーフ」とは、アンチセンス化合物における化学的に異なる領域のパターンを意味する。
「突然変異」は、核酸配列の変化を指す。突然変異は、放射線照射、ウイルス、トランスポゾン及び変異原性化学物質、ならびに減数分裂、ＤＮＡ複製、ＲＮＡ転写及び転写後プロセッシングの最中に生じるエラーを含むがこれらに限定されない様々な方法で発生させることができる。突然変異によって、配列にいくつかの異なる変化が生じ、これらは、何ら影響を及ぼすことなく、遺伝子の産物を変化させるか、または遺伝子を適切にもしくは完全に機能することを阻止することができる。例えば、ＨＦＥ突然変異は、遺伝子産物の不適切な機能化を起こし、腸内の過剰な鉄吸収を引き起こす。
「骨髄異形成症候群」は、血液細胞の骨髄の種類の無効な産生を伴う血液学的疾患、障害及び／または病態の多様な集合を指す。症候群は、骨髄における幹細胞の障害によって生じる。骨髄異形成症候群において、造血発生は無効であり、血液細胞の数及び質が不可逆的に減少し、さらに血液産生を損なう。結果として、骨髄異形成症候群の患者は、重度の貧血を発症し、頻繁に輸血を必要とする。
「天然に存在するヌクレオシド間連結部」とは、３’〜５’ホスホジエステル連結部を意味する。
「天然糖部分」とは、ＤＮＡ（２’−Ｈ）またはＲＮＡ（２’−ＯＨ）に見られる糖を意味する。
「核酸」とは、モノマーヌクレオチドから成る分子を指す。核酸には、リボ核酸（ＲＮＡ）、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）、一本鎖核酸、二本鎖核酸、低分子干渉リボ核酸（ｓｉＲＮＡ）、及びマイクロＲＮＡｓ（ｍｉＲＮＡ）が含まれる。
「核酸塩基」とは、別の核酸塩基と対合することができる複素環部分を意味する。
「核酸塩基配列」とは、任意の糖、結合、または核酸塩基修飾から独立した連続した核酸塩基の順序を意味する。
「ヌクレオシド」とは、糖に連結された核酸塩基を意味する。
「ヌクレオシド模倣物」は、糖または糖と塩基を置換するために用いられる構造を含み、例えば、モルホリノ、シクロヘキセニル、シクロヘキシル、テトラヒドロピラニル、ビシクロ、またはトリシクロ糖模倣物、例えば、非フラノース糖単位を有するヌクレオシド模倣物等のオリゴマー化合物の１つまたは複数の位置での結合を必ずしも含むわけではない。
「ヌクレオチド」とは、ヌクレオシドの糖部分に共有結合したリン酸基を有するヌクレオシドを意味する。
「ヌクレオチド模倣物」は、ヌクレオシドを置換するために用いられる構造と、例えば、ペプチド核酸またはモルホリノ（−Ｎ（Ｈ）−Ｃ（＝Ｏ）−Ｏ−または他の非ホスホジエステル結合によって連結されたモルホリノ）等のオリゴマー化合物の１つまたは複数の位置での結合とを含む。
「オリゴマー化合物」または「オリゴマー」は、２つ以上の下部構造（モノマー）を含み、核酸分子の領域にハイブリダイズすることができるポリマー構造を指す。特定の実施形態において、オリゴマー化合物は、オリゴヌクレオシドである。特定の実施形態において、オリゴマー化合物は、オリゴヌクレオチドである。特定の実施形態において、オリゴマー化合物は、アンチセンス化合物である。特定の実施形態において、オリゴマー化合物は、アンチセンスオリゴヌクレオチドである。特定の実施形態において、オリゴマー化合物は、キメラオリゴヌクレオチドである。
「オリゴヌクレオチド」とは、各々が互いに独立して、修飾され得るかまたは修飾され得ない連結したヌクレオシドのポリマーを意味する。
「非経口投与」とは、注入または輸液を介する投与を意味する。非経口投与には、皮下投与、静脈内投与、筋肉内投与、動脈内投与、腹腔内投与、または頭蓋内投与、例えば、髄腔内もしくは脳室内投与が含まれる。投与は、連続投与、または長期投与、短期投与、または間欠投与であり得る。
「ペプチド」とは、アミド結合によって少なくとも２つのアミノ酸を連結することによって形成される分子を指す。ペプチドは、ポリペプチド及びタンパク質を指す。
「トランスフェリンの飽和度」は、合計の鉄結合能に対する血清鉄の比を１００で乗算したものを指す。この値により、臨床医は、鉄を結合するために利用可能なトランスフェリン分子のうち、どれくらいの血清鉄が実際に結合するのかが分かる。
「医薬組成物」とは、個体への投与に好適な物質の混合物を意味する。例えば、医薬組成物は、１つまたは複数の活性剤及び医薬担体、例えば滅菌水溶液を含み得る。
「薬学的に許容される担体」とは、オリゴヌクレオチドの構造を妨害しない媒体または希釈剤を意味する。ある特定のそのような担体は、医薬組成物を、例えば、対象による経口摂取のための丸剤、錠剤、糖衣錠、カプセル剤、液剤、ゲル、シロップ、スラリー、懸濁液、及びトローチ剤として製剤化することを可能にする。例えば、薬学的に許容される担体は、ＰＢＳ等の滅菌水溶液であり得る。
「薬学的に許容される誘導体」は、薬学的に許容される塩、共役体、プロドラッグまたは本明細書に記載の化合物の異性体を含む。
「薬学的に許容される塩」とは、アンチセンス化合物の生理学的にかつ薬学的に許容される塩、すなわち、親オリゴヌクレオチドの所望の生物学的活性を保持し、かつそれに望ましくない毒物学的影響を与えない塩を意味する。
「ホスホロチオエート結合」とは、ホスホジエステル結合が非架橋酸素原子のうちの１つを硫黄原子と置き換えることによって修飾されるヌクレオシド間の結合を意味する。
ホスホロチオエート結合は、修飾ヌクレオシド間結合である。
「赤血球増加症」は、赤血球細胞数の増加（絶対的赤血球増加症）または血漿量の減少（相対的赤血球増加症）のいずれかに起因する特定の量の赤血球細胞（ＲＢＣ）が増加する病態を指す。血液量対赤血球細胞の比率は、ヘマトクリット（Ｈｃｔ）レベルとして測定することができる。ＲＢＣの比率の増加により、血液が粘稠性となり、循環系を通る血流が遅くなり、血餅を形成される場合がある。血流がより遅くなると、細胞、組織及び／または臓器に輸送される酸素が減少する場合があり、アンギナまたは心不全等の疾患、障害または病態を引き起こされる場合がある。循環器において血餅が形成されると、細胞、組織及び／または臓器が損傷する場合があり、心筋梗塞または脳卒中等の疾患、障害または病態を引き起こされる場合がある。赤血球増加症の治療として、ＲＢＣ産生を減少させる静脈切開術または薬剤が挙げられる（例えば、ＩＮＦ−α、ヒドロキシ尿素、アナグレリド）。赤血球増加症の例として、真性多血症（ＰＣＶ）、真性一次性赤血球増加症（ＰＲＶ）及び赤血病が挙げられるが、これらに限定されない。特定の例において、赤血球増加症は対象における赤血球白血病に進行する場合がある。
「部分」とは、定義された数の核酸の連続した（すなわち、連結した）核酸塩基を意味する。特定の実施形態において、部分は、定義された数の標的核酸の連続した核酸塩基である。特定の実施形態において、部分は、定義された数のアンチセンス化合物の連続した核酸塩基である。
「予防する」とは、数分から無期限の期間、疾患、障害、もしくは病態の発生、発現もしくは進行を遅延させるか、または未然に防ぐことを指す。予防は、疾患、障害、または状態の発症のリスクを低下させることも意味する。
「プロドラッグ」は、内因性酵素または他の化学物質または条件の作用によって、体内または細胞内で活性形態に変換される不活性な形態で調製される治療薬を意味する。
「副作用」とは、所望の作用以外の治療に起因する生理学的応答を意味する。特定の実施形態において、副作用には、注入部位反応、肝機能検査異常、腎機能異常、肝臓毒性、腎臓毒性、中枢神経系異常、ミオパシー、及び倦怠感が含まれる。例えば、血清中のアミノトランスフェラーゼレベルの増加は、肝臓毒性または肝機能異常を示し得る。
「一本鎖オリゴヌクレオチド」とは、相補鎖にハイブリダイズされないオリゴヌクレオチドを意味する。
「特異的にハイブリダイズ可能な」とは、アンチセンス化合物が標的核酸に対して所望の効果を引き起こすのに十分な程度の相補性を有する一方で、特異的結合が所望される条件下、すなわち、ｉｎ ｖｉｖｏアッセイ及び治療処置の場合の生理学的条件下で非標的核酸にほとんどまたはまったく影響を及ぼさないことを指す。
「皮下投与」とは、皮膚の直下への投与を意味する。
「Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ（標的とする）」または「Ｔａｒｇｅｔｅｄ（標的にする）」とは、標的核酸に特異的にハイブリダイズし、かつ所望の効果を引き起こすアンチセンス化合物の設計及び選択のプロセスを意味する。
「標的核酸」、「標的ＲＮＡ」、及び「標的ＲＮＡ転写物」は全て、アンチセンス化合物によって標的にすることができる核酸を指す。
「標的セグメント」とは、アンチセンス化合物が標的とする標的核酸のヌクレオチドの配列を意味する。「５’標的部位」は、標的セグメントの５’末端のヌクレオチドを指す。「３’標的部位」は、標的セグメントの３’末端のヌクレオチドを指す。
「サラセミア」は、異常なヘモグロビン分子の形成によって生じる貧血の下位グループ（例えば、α−サラセミア、β−サラセミア、δ−サラセミア、非輸血依存性サラセミア（ＮＴＤＴ））を意味し、赤血球細胞を破壊または分解してしまう。サラセミアの合併症として、過剰鉄（サラセミア自体またはサラセミアを治療するための頻繁な輸血のいずれかによる血中の鉄過剰）、感染、骨の変形、脾臓の腫大（すなわち、脾腫）、成長の遅延、及び心臓の問題（例えば、うっ血性心不全及び不整脈）のリスクの増加が挙げられる。
「治療有効量」は、動物に治療利益をもたらす薬剤の量を意味する。
「ＴＭＰＲＳＳ６」（「マトリプターゼ−２」としても知られる）は、ＴＭＰＲＳＳ６の任意の核酸またはタンパク質を指す。
「ＴＭＰＲＳＳ６核酸」は、ＴＭＰＲＳＳ６をコードする核酸を意味する。例えば、特定の実施形態において、ＴＭＰＲＳＳ６は、ＴＭＰＲＳＳ６をコードするＤＮＡ配列、ＴＭＰＲＳＳ６をコードするＤＮＡ（イントロン及びエキソンを含むゲノムＤＮＡを含む）から転写されるＲＮＡ配列、及びＴＭＰＲＳＳ６をコードするｍＲＮＡ配列を含む。「ＴＭＰＲＳＳ６ ｍＲＮＡ」とは、ＴＭＰＲＳＳ６タンパク質をコードするｍＲＮＡを意味する。
「ＴＭＰＲＳＳ６特異的阻害剤」は、ＴＭＰＲＳＳ６遺伝子、ＴＭＰＲＳＳ６ ＲＮＡの発現及び／またはＴＭＰＲＳＳ６の発現を分子レベルで特異的に阻害することができる任意の薬剤を指す。例えば、ＴＭＰＲＳＳ６特異的阻害剤には、核酸（アンチセンス化合物を含む）、ペプチド、抗体、小分子、及びＴＭＰＲＳＳ６のレベルを阻害することができる他の薬剤が含まれる。特定の実施形態では、ＴＭＰＲＳＳ６を特異的に調節することによって、ＴＭＰＲＳＳ６特異的阻害剤は、鉄蓄積経路の成分に影響を与えることができる。
「治療する」とは、動物における疾患、障害または病態の変化または改善に影響を与えるために、医薬組成物を動物に投与することを指す。特定の実施形態では、１つまたは複数の医薬組成物を動物に投与することができる。
「非修飾ヌクレオチド」とは、天然に存在する核酸塩基、糖部分、及びヌクレオシド間結合から成るヌクレオチドを意味する。特定の実施形態において、非修飾ヌクレオチドは、ＲＮＡヌクレオチド（すなわち、β−Ｄ−リボヌクレオチド）またはＤＮＡヌクレオチド（すなわち、β−Ｄ−デオキシリボヌクレオチド）である。
特定の実施形態
本明細書に開示される特定の実施形態では、ＴＭＰＲＳＳ６は、以下に記載の配列を有する：ＧｅｎＢａｎｋ寄託番号ＮＭ＿１５３６０９．２（配列番号１として本明細書に組み込まれる）、１６８５００００〜１６８９７０００を切断したＧＥＮＢＡＮＫ寄託ＮＴ＿０１１５２０．１２の成分（配列番号２として本明細書に組み込まれる）、ＧＥＮＢＡＮＫ寄託番号ＣＲ４５６４４６．１（配列番号３として本明細書に組み込まれる）、ＧＥＮＢＡＮＫ寄託番号ＢＣ０３９０８２．１（配列番号４として本明細書に組み込まれる）、ＧＥＮＢＡＮＫ寄託番号ＡＹ３５８３９８．１（配列番号５として本明細書に組み込まれる）、及びＧＥＮＢＡＮＫ寄託番号ＤＢ０８１１５３．１（配列番号６として本明細書に組み込まれる）。
本明細書に開示される特定の実施形態では、ＴＭＰＲＳＳ６をコードする核酸を標的とする修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物を提供する。特定の実施形態では、化合物は、配列番号１〜６のいずれかの核酸配列に示されるように、ＴＭＰＲＳＳ６配列を標的とする。
本明細書に開示される特定の実施形態は、配列番号１〜６の等しい長さの部分と相補的な少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または２０個の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、１２〜３０個の連結したヌクレオシドから成る修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物を提供する。
本明細書に開示する特定の実施形態は、配列番号１の核酸塩基３１６２〜３１８４の等しい長さの部分と相補的な少なくとも８個の連続した核酸塩基の部分を含む核酸塩基配列を有する１２〜３０個の連結したヌクレオシドから成る修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物を提供し、修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号１と少なくとも８０％相補的である。
本明細書に開示する特定の実施形態は、配列番号１の核酸塩基１２８６〜１３０５の等しい長さの部分と相補的な少なくとも８個の連続した核酸塩基の部分を含む核酸塩基配列を有する１２〜３０個の連結したヌクレオシドから成る修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物を提供し、修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号１と少なくとも８０％相補的である。
本明細書に開示される特定の実施形態は、配列番号１の３１６２〜３１８４の等しい長さの部分と相補的な少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または２０個の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する１２〜３０個の連結したヌクレオシドから成る修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物を提供し、修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号１と少なくとも８０％相補的である。
本明細書に開示される特定の実施形態は、配列番号１の１２８６〜１３０５の等しい長さの部分と相補的な少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または２０個の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する１２〜３０個の連結したヌクレオシドから成る修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物を提供し、修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号１と少なくとも８０％相補的である。
本明細書に開示される特定の実施形態は、配列番号７〜８５の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または２０個の連続した核酸塩基配列を有する１２〜３０個の連結したヌクレオシドから成る修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物を提供する。
本明細書に開示される特定の実施形態は、配列番号２３、３６、３７、６３、７７の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または２０個の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する１２〜３０個の連結したヌクレオシドから成る修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物を提供する。
本明細書に開示される特定の実施形態は、配列番号３６の少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または２０個の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する１２〜３０個の連結したヌクレオシドから成る修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物を提供する。
本明細書に開示される特定の実施形態は、配列番号７７の少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または２０個の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する１２〜３０個の連結したヌクレオシドから成る修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物を提供する。
特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、配列番号１〜６のいずれかの等しい長さの部分と少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相補的である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１〜６のいずれかの等しい長さの部分と１００％相補的な核酸塩基配列を含む。
特定の実施形態において、化合物は、８〜８０、２０〜８０、１０〜５０、２０〜３５、１０〜３０、１２〜３０、１５〜３０、１６〜３０、２０〜３０、２０〜２９、２０〜２８、２０〜２７、２０〜２６、２０〜２５、２０〜２４、２０〜２３、２０〜２２、２０〜２１、１５〜２５、１６〜２５、１５〜２４、１６〜２４、１７〜２４、１８〜２４、１９〜２４、１９〜２２、１６〜２１、１８〜２１または１６〜２０の連結した核酸塩基から成る修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、１６個の連結したヌクレオシドから成る修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、２０個の連結したヌクレオシドから成る修飾オリゴヌクレオチドを含む。
特定の実施形態において、化合物は、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、または８０の長さの連結した核酸塩基、または上記の値のいずれか２つで定義される範囲の連結した核酸塩基から成る修飾オリゴヌクレオチドを含む。
特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、一本鎖である。
特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態において、修飾ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。特定の実施形態において、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。特定の実施形態において、修飾ヌクレオシド間結合のそれぞれは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。
特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾糖を含む少なくとも１つのヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、少なくとも１つの修飾糖は二環糖を含む。特定の実施形態では、少なくとも１つの修飾糖が、２’−Ｏ−メトキシエチル、拘束エチル、３’−フルオロ−ＨＮＡ、または４’−（ＣＨ２）ｎ−Ｏ−２’架橋を含み、ここでｎは、１または２である。
特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含む少なくとも１つのヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、該修飾核酸塩基は、５−メチル−シトシンである。
特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、共役基を含む。特定の実施形態において、共役体は炭水化物部分である。特定の実施形態において、共役体はＧａｌＮＡｃ部分である。特定の実施形態において、ＧａｌＮＡｃは、５’−トリスヘキシルアミノ−（ＴＨＡ）−Ｃ６ ＧａｌＮＡｃ３である。特定の実施形態において、共役体は、以下の式を有する。
Figure 0006833705
特定の実施形態において、化合物は、１２〜３０個の連結したヌクレオシドから成る修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号１の領域３１６２〜３１８４の等しい長さの部分を標的にするか、またはそれに相補的であり、修飾オリゴヌクレオチドは、（ａ）連結したデオキシヌクレオシドから成るギャップセグメント、（ｂ）連結したヌクレオシドから成る５’ウイングセグメント、及び（ｃ）連結したヌクレオシドから成る３’ウイングセグメントを含み、ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントに直接隣接してかつその間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは修飾糖を含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つのホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、ＧａｌＮＡｃ共役体をさらに含む。特定の実施形態において、共役体は、５’−トリスヘキシルアミノ−（ＴＨＡ）−Ｃ６ ＧａｌＮＡｃ３共役体である。
特定の実施形態において、化合物は、１２〜３０個の連結したヌクレオシドから成る修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号１の領域１２８６〜１３０５の等しい長さの部分を標的とするか、またはそれに相補的であり、修飾オリゴヌクレオチドは、（ａ）連結したデオキシヌクレオシドから成るギャップセグメント、（ｂ）連結したヌクレオシドから成る５’ウイングセグメント、及び（ｃ）連結したヌクレオシドから成る３’ウイングセグメントを含み、ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントに直接隣接してかつその間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは修飾糖を含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つのホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、ＧａｌＮＡｃ共役体をさらに含む。特定の実施形態において、共役体は、５’−トリスヘキシルアミノ−（ＴＨＡ）−Ｃ６ ＧａｌＮＡｃ３共役体である。
特定の実施形態において、化合物は、２０個の連結したヌクレオシドから成る修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号１の領域３１６２〜３１８１の等しい長さの部分を標的にするか、またはそれに相補的であり、修飾オリゴヌクレオチドは、（ａ）１０個の連結したデオキシヌクレオシドから成るギャップセグメント、（ｂ）５個の連結したヌクレオシドから成る５’ウイングセグメント、及び（ｃ）５個の連結したヌクレオシドから成る３’ウイングセグメントを含み、ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントに直接隣接してかつその間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは２’−Ｏ−メトキシエチル糖を含み、少なくとも１つのヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合であり、各シトシン残基は、５−メチルシトシンである。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、ＧａｌＮＡｃ共役体をさらに含む。特定の実施形態において、共役体は、５’−トリスヘキシルアミノ−（ＴＨＡ）−Ｃ６ ＧａｌＮＡｃ３共役体である。
特定の実施形態において、化合物は、１６個の連結したヌクレオシドから成る修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号１の領域３１６９〜３１８４の等しい長さの部分を標的にするか、またはそれに相補的であり、修飾オリゴヌクレオチドは、（ａ）９個の連結したデオキシヌクレオシドから成るギャップセグメント、（ｂ）３個の連結したヌクレオシドから成る５’ウイングセグメント、及び（ｃ）４個の連結したヌクレオシドから成る３’ウイングセグメントを含み、ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントに直接隣接してかつその間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは、修飾糖を含み、各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、各シトシン残基は、５−メチルシトシンである。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、ＧａｌＮＡｃ共役体をさらに含む。特定の実施形態において、共役体は、５’−トリスヘキシルアミノ−（ＴＨＡ）−Ｃ６ ＧａｌＮＡｃ３共役体である。
特定の実施形態において、化合物は、２０個の結合したヌクレオシドから成る修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号３６の少なくとも８個の連結した核酸塩基を含む核酸塩基配列を有し、修飾オリゴヌクレオチドは、（ａ）１０個の連結したデオキシヌクレオシドから成るギャップセグメント、（ｂ）５個の連結したヌクレオシドから成る５’ウイングセグメント、及び（ｃ）５個の連結したヌクレオシドから成る３’ウイングセグメントを含み、ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントに直接隣接してかつその間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは２’−Ｏ−メトキシエチル糖を含み、少なくとも１つのヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合であり、各シトシン残基は、５−メチルシトシンである。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、ＧａｌＮＡｃ共役体をさらに含む。特定の実施形態において、共役体は、５’−トリスヘキシルアミノ−（ＴＨＡ）−Ｃ６ ＧａｌＮＡｃ３共役体である。
特定の実施形態において、化合物は、１６個の連結したヌクレオシドから成る修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号７７の少なくとも８個の連結した核酸塩基を含む核酸塩基配列を有し、修飾オリゴヌクレオチドは、（ａ）９個の連結したデオキシヌクレオシドから成るギャップセグメント、（ｂ）３個の連結したヌクレオシドから成る５’ウイングセグメント、及び（ｃ）４個の連結したヌクレオシドから成る３’ウイングセグメントを含み、ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントに直接隣接してかつその間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドは修飾糖を含み、各ヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合であり、各シトシン残基は、５−メチルシトシンである。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、ＧａｌＮＡｃ共役体をさらに含む。特定の実施形態において、共役体は、５’−トリスヘキシルアミノ−（ＴＨＡ）−Ｃ６ ＧａｌＮＡｃ３共役体である。
本明細書に開示される特定の実施形態は、以下の式：ｍＣｅｓ Ｔｅｏ Ｔｅｏ Ｔｅｏ Ａｅｏ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ Ｇｄｓ Ｇｄｓ ｍＣｅｏ Ａｅｏ Ｇｅｓ ｍＣｅｓ Ｔｅ（配列番号３６）に従う修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物を提供するが、ここでＡはアデニンであり、ｍＣは５−メチルシトシンであり、Ｇはグアニンであり、Ｔはチミンであり、ｅは２’−Ｏ−メトキシエチル修飾ヌクレオシドであり、ｄは２’−デオキシヌクレオシドであり、ｓはホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、ＧａｌＮＡｃ共役体をさらに含む。特定の実施形態において、共役体は、５’−トリスヘキシルアミノ−（ＴＨＡ）−Ｃ６ ＧａｌＮＡｃ３共役体である。
本明細書に開示する特定の実施形態では、以下の式を有する修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物を提供する。
Figure 0006833705
本明細書に開示される特定の実施形態は、以下の式：ｍＣｋｓ Ａｅｓ Ｇｋｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ Ａｅｓ Ａｅｓ Ａｋｓ Ｇｋ（配列番号７７）に記載の修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物を提供するが、ここでＡはアデニンであり、ｍＣは５−メチルシトシンであり、Ｇはグアニンであり、Ｔはチミンであり、ｅは２’−Ｏ−メトキシエチル修飾ヌクレオシドであり、ｄは２’−デオキシヌクレオシドであり、ｓはホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、ｋはｃＥｔである。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、ＧａｌＮＡｃ共役体をさらに含む。特定の実施形態において、共役体は、５’−トリスヘキシルアミノ−（ＴＨＡ）−Ｃ６ ＧａｌＮＡｃ３共役体である。
本明細書に開示する特定の実施形態では、以下の式で修飾されたオリゴヌクレオチドを含む化合物を提供する。
Figure 0006833705
特定の実施形態では、本明細書に開示される化合物または組成物は、修飾オリゴヌクレオチドの塩を含む。
特定の実施形態では、本明細書に開示される化合物または組成物は、薬学的に許容される担体または希釈剤をさらに含む。
特定の実施形態において、動物はヒトである。
特定の実施形態は、本明細書に記載の修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物または組成物を提供し、ここで粘度は４０ｃＰ未満である。特定の実施形態では、組成物は１５ｃｐ未満の粘度を有する。特定の実施形態では、組成物は１２ｃｐ未満の粘度を有する。特定の実施形態では、組成物は１０ｃｐ未満の粘度を有する。
本明細書に開示される特定の実施形態は、細胞、組織、臓器または動物におけるＴＭＰＲＳＳ６を減少させる際に使用する、ＴＭＰＲＳＳ６を標的とする修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物及び組成物を提供する。
本明細書に開示される特定の実施形態は、細胞、組織、臓器または動物における鉄レベルを減少させる際に使用する、ＴＭＰＲＳＳ６を標的とする修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物及び組成物を提供する。特定の実施形態では、化合物及び組成物は、血清鉄レベルを減少させる。特定の実施形態では、化合物及び組成物は、肝鉄レベルを減少させる。特定の実施形態では、化合物及び組成物は、鉄吸収を減少させる。特定の実施形態では、化合物及び組成物は、鉄過剰または蓄積を減少させる。特定の実施形態では、鉄過剰／蓄積を減少することによって、鉄過剰に関連する疾患、障害または病態が寛解され、治療され、予防されるか、遅延する。
本明細書に開示される特定の実施形態は、動物におけるｍＲＮＡまたはタンパク質発現レベル等のプシジンレベルを増加させる際に使用する、ＴＭＰＲＳＳ６を標的とする修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物及び組成物を提供する。
本明細書に開示される特定の実施形態は、動物におけるトランスフェリンの飽和度を減少させる際に使用する、ＴＭＰＲＳＳ６を標的とする修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物及び組成物を提供する。特定の実施形態では、トランスフェリンの飽和度を減少させることによって、赤血球生成について鉄供給が減少する。特定の実施形態では、赤血球生成の減少は、動物における赤血球増加症またはその症状を治療、予防、発症を遅延し、寛解し、かつ／または減少させる。特定の実施形態において、赤血球増加症は真性多血症である。特定の実施形態では、ＴＭＰＲＳＳ６を標的とする修飾オリゴヌクレオチドでの治療は、赤血球増加症が赤血球白血病に進行するのを予防または遅延する。
本明細書に開示される特定の実施形態は、動物における鉄蓄積を減少させるための、ＴＭＰＲＳＳ６を標的とする修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物及び組成物を提供する。特定の実施形態では、ＴＭＰＲＳＳ６を標的とする修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物及び組成物は、動物における鉄の過剰蓄積に関連する疾患、障害及び／もしくは病態、またはその症状を治療し、予防し、その進行を遅らせ、その発症を遅延させ、寛解させ、かつ／または減少させるために使用される。
特定の実施形態では、鉄蓄積は、動物の疾患、障害または病態の結果または原因である。特定の実施形態では、疾患、障害または病態は、無効赤血球生成、赤血球増加症、ヘモクロマトーシスまたは貧血である。特定の実施形態において、ヘモクロマトーシスは遺伝性ヘモクロマトーシスである。特定の実施形態では、貧血は、遺伝性貧血、骨髄異形成症候群または重症慢性溶血である。特定の実施形態では、遺伝性貧血は、鎌状赤血球貧血、サラセミア、ファンコニー貧血、ダイアモンド・ブラックファン貧血、シュワックマン・ダイアモンド症候群、赤血球膜障害、グルコース−６−リン酸脱水素酵素欠損症、または遺伝性出血性毛細血管拡張症である。特定の実施形態において、サラセミアは、β−サラセミアである。特定の実施形態では、β−サラセミアは、重症型β−サラセミア、中間型β−サラセミアまたは軽症型β−サラセミアである。特定の実施形態では、疾患、障害または病態は、ＨＦＥ遺伝子の突然変異に関連する。他の実施形態では、疾患は、ｈｅｍｏｊｕｖｅｌｉｎ遺伝子の突然変異に関連する。他の実施形態では、疾患は、ヘプシジン遺伝子の突然変異に関連する。
特定の実施形態では、鉄蓄積は、動物の疾患、障害を治療するための治療の結果である。特定の実施形態では、治療は、静脈切開術または輸血治療である。特定の実施形態では、疾患、障害及び／または病態は、複数回の輸血に起因し得る。特定の実施形態では、複数回の輸血は、赤血球増加症をもたらし得る。特定の実施形態では、複数回の輸血は、動物が貧血を有することに関連する。複数回の輸血を必要とする貧血の例は、遺伝性貧血、遺伝性貧血及び重症慢性溶血である。
特定の実施形態では、疾患、障害及び／または病態は、非経口の鉄サプリメント摂取または過剰な食事性鉄摂取に関連する。
特定の実施形態では、治療に使用されるＴＭＰＲＳＳ６を標的とする修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物または組成物を提供する。特定の実施形態では、ＴＭＰＲＳＳ６を標的とする修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物または組成物は、治療有効量で動物に投与される。
特定の実施形態では、医薬品の調製のために使用されるＴＭＰＲＳＳ６を標的とする修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物または組成物を提供する。特定の実施形態では、医薬品は、動物における鉄の過剰蓄積に関連する疾患、障害及び／または病態を治療し、予防し、その進行を遅らせ、その発症を遅らせ、かつ／または減少させるために使用する。
特定の実施形態では、ＴＭＰＲＳＳ６を標的とする修飾オリゴヌクレオチドを含む組成物または化合物は、１つまたは複数の第２薬剤（複数可）と共に同時投与される。特定の実施形態では、第２薬剤は、鉄キレート剤またはヘプシジンアゴニストである。さらなる実施形態では、鉄キレート剤は、ＦＢＳ０７０１（ＦｅｒｒｏＫｉｎ）、エクジェイド、Ｄｅｓｆｅｒａｌまたはデスフェラール（ＤＦＰ）を含む。特定の実施形態において、第２薬剤は第２アンチセンス化合物である。さらなる実施形態では、第２アンチセンス化合物はＴＭＰＲＳＳ６を標的とする。他の実施形態では、第２アンチセンス化合物は、非ＴＭＰＲＳＳ６化合物を標的とする。他の実施形態では、ＴＭＰＲＳＳ６を標的とする修飾オリゴヌクレオチドを含む組成物または化合物は、静脈切開術または輸血治療の前、最中、または後に投与される。
アンチセンス化合物
オリゴマー化合物として、オリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオシド、オリゴヌクレオチド類似体、オリゴヌクレオチド模倣物、アンチセンス化合物、アンチセンスオリゴヌクレオチド、及びｓｉＲＮＡが挙げられるが、これらに限定されない。オリゴマー化合物は、標的核酸に対して「アンチセンス」であってもよく、これは、水素結合を介して標的核酸へのハイブリダイゼーションを受けることができることを意味する。
特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、５’から３’方向に書かれた場合に、標的とする標的核酸の標的セグメントの逆相補体を含む核酸塩基配列を有する。特定のそのような実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、５’から３’方向に書かれた場合、標的とする標的核酸の標的セグメントの逆相補体を含む核酸塩基配列を有する。
特定の実施形態において、ＴＭＰＲＳＳ６核酸を標的とするアンチセンス化合物は、長さが１０〜３０ヌクレオチドある。換言すれば、アンチセンス化合物は、１０〜３０個の連結した核酸塩基である。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、８〜８０、１０〜８０、１２〜５０、１５〜３０、１８〜２４、１９〜２２または２０個の連結した核酸塩基から成る修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定のそのような実施形態において、アンチセンス化合物は、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、または８０の長さの連結した核酸塩基、または上記の値のいずれか２つで定義される範囲の連結した核酸塩基から成る修飾オリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、アンチセンス化合物はアンチセンスオリゴヌクレオチドである。
特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、短縮または切断された修飾オリゴヌクレオチドを含む。短縮または切断された修飾オリゴヌクレオチドは、５’末端（５’切断）、中央部分またはあるいは３’末端（３’切断）から欠失された単一のヌクレオシドを有することができる。短縮または切断された修飾オリゴヌクレオチドは、５’末端から欠失された２以上のヌクレオシド、中央部分から欠失した２以上のヌクレオシドを有することができ、あるいは３’末端から欠失した２以上のヌクレオシドを有することができる。あるいは、欠失したヌクレオシドは、例えば、５’末端から欠失された１つまたは複数のヌクレオシド、中央部分から欠失された１つまたは複数のヌクレオシド、及び／または３’末端から欠失された１つまたは複数のヌクレオシドを有するアンチセンス化合物において、修飾オリゴヌクレオチド全体に分散してもよい。
単一の追加のヌクレオシドが伸長オリゴヌクレオチド中に存在する場合、追加のヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの５’末端、３’末端、または中央部分に位置し得る。２つ以上の追加のヌクレオシドが存在する場合、例えば、２つのヌクレオシドが、オリゴヌクレオチドの５’末端に付加されている（５’付加）、３’末端に付加されている（３’付加）、または中央部分に付加されているオリゴヌクレオチドでは、追加されたヌクレオシドは互いに隣接していてもよい。あるいは、追加されたヌクレオシドは、例えば、５’末端に付加された１つまたは複数のヌクレオチド、３’末端に付加された１つまたは複数のヌクレオシド、及び／または中央部分に付加された１つまたは複数のヌクレオシドを有するオリゴヌクレオチドにおいて、アンチセンス化合物全体に分散してもよい。
活性を排除することなく、アンチセンスオリゴヌクレオチド等のアンチセンス化合物の長さを増加しもしくは減少させ、かつ／またはミスマッチ塩基を導入することができる。例えば、Ｗｏｏｌｆ ｅｔ ａｌ．（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８９：７３０５−７３０９，１９９２）において、１３〜２５核酸塩基長の一連のアンチセンスオリゴヌクレオチドを、標的ＲＮＡの切断を誘導するその能力について、卵母細胞注入モデルで試験した。末端近くに８個または１１個のミスマッチ塩基を含む２５核酸塩基長のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ミスマッチを含まないアンチセンスオリゴヌクレオチドほどではなかったものの、標的ｍＲＮＡの特異的切断を導くことができた。同様に、標的特異的切断が、１３核酸塩基アンチセンスオリゴヌクレオチド（１つまたは３つのミスマッチを有するものを含む）を使用して達成された。
Ｇａｕｔｓｃｈｉ ｅｔ ａｌ（Ｊ．Ｎａｔｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ．９３：４６３−４７１，Ｍａｒｃｈ ２００１）は、ｂｃｌ−２ ｍＲＮＡに対して１００％の相補性を有し、かつｂｃｌ−ｘＬ ｍＲＮＡに対して３つのミスマッチを有するオリゴヌクレオチドが、ｉｎ ｖｉｔｒｏ及びｉｎ ｖｉｖｏでｂｃｌ−２とｂｃｌ−ｘＬ両方の発現を低減できることを実証した。さらに、このオリゴヌクレオチドはｉｎ ｖｉｖｏで強力な抗腫瘍活性も示した。
Ｍａｈｅｒ及びＤｏｌｎｉｃｋ（Ｎｕｃ．Ａｃｉｄ．Ｒｅｓ．１６：３３４１−３３５８，１９８８）は、一連のタンデム１４核酸塩基アンチセンスオリゴヌクレオチド、ならびにそれぞれ２つまたは３つの該タンデムアンチセンスオリゴヌクレオチドの配列で構成される２８核酸塩基アンチセンスオリゴヌクレオチド及び４２核酸塩基アンチセンスオリゴヌクレオチドを、ヒトＤＨＦＲの翻訳を停止させるその能力について、ウサギ網状赤血球アッセイで試験した。３つの１４核酸塩基アンチセンスオリゴヌクレオチドのそれぞれは単独で、２８核酸塩基アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは４２核酸塩基アンチセンスオリゴヌクレオチドよりもレベルは低かったものの、翻訳を阻害することができた。
特定のアンチセンス化合物モチーフ及びメカニズム
特定の実施形態において、アンチセンス化合物が、強化された阻害活性、標的核酸に対する増加した結合親和性、またはｉｎ ｖｉｖｏヌクレアーゼによる分解に対する耐性等といった性質が該アンチセンス化合物に付与されるようなパターンまたはモチーフで配置された化学修飾サブユニットを有する。
キメラアンチセンス化合物は、典型的には、ヌクレアーゼ分解に対する増加した耐性、増加した細胞取り込み、標的核酸に対する増加した結合親和性、及び／または増加した阻害活性が付与されるように修飾された少なくとも１つの領域を含有する。キメラアンチセンス化合物の第２の領域は、別の所望の特性を付与することができ、例えば、ＲＮＡ：ＤＮＡ二重鎖のＲＮＡ鎖を切断する細胞エンドヌクレアーゼＲＮａｓｅ Ｈの基質として役立つことができる。
アンチセンス活性は、標的核酸とのアンチセンス化合物（例えば、オリゴヌクレオチド）のハイブリダイゼーションに関与する任意のメカニズムから生じ得、ハイブリダイゼーションは最終的に生物学的効果をもたらす。特定の実施形態において、標的核酸の量及び／または活性が調節される。特定の実施形態において、標的核酸の量及び／または活性が低下する。特定の実施形態において、アンチセンス化合物の標的核酸へのハイブリダイゼーションは、最終的に標的核酸の分解をもたらす。特定の実施形態において、アンチセンス化合物の標的核酸へのハイブリダイゼーションは、標的核酸の分解をもたらさない。特定のそのような実施形態において、標的核酸とハイブリダイズしたアンチセンス化合物の存在（占有）は、アンチセンス活性の調節をもたらす。特定の実施形態において、特定の化学的モチーフまたは化学修飾のパターンを有するアンチセンス化合物は、１つまたは複数のメカニズムを利用するのに特に適している。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、１超のメカニズムを介して、かつ／または解明されていないメカニズムを介して機能する。したがって、本明細書に記載のアンチセンス化合物は、特定のメカニズムによって限定されない。
アンチセンスメカニズムは、これらに限定されることなく、ＲＮａｓｅ Ｈ媒介性アンチセンス、ＲＩＳＣ経路を利用し、ｓｉＲＮＡ、ｓｓＲＮＡ及びマイクロＲＮＡメカニズムを含むがこれらに限定されないＲＮＡｉメカニズム、及び占有ベースのメカニズムを含む。特定のアンチセンス化合物は、１つまたは複数のそのようなメカニズムを介してかつ／または追加のメカニズムを介して作用し得る。
ＲＮａｓｅ Ｈ媒介アンチセンス
特定の実施形態では、アンチセンス活性は、少なくとも部分的に、ＲＮａｓｅ Ｈによる標的ＲＮＡの分解から生じる。ＲＮａｓｅ Ｈは、ＲＮＡ：ＤＮＡ二重鎖のＲＮＡ鎖を切断する細胞エンドヌクレアーゼである。「ＤＮＡ様」の一本鎖アンチセンス化合物が哺乳類細胞におけるＲＮａｓｅ Ｈ活性を誘発することが当技術分野で既知である。したがって、ＤＮＡまたはＤＮＡ様ヌクレオシドの少なくとも一部を含むアンチセンス化合物は、ＲＮａｓｅ Ｈを活性化し得、標的核酸の切断をもたらす。特定の実施形態において、ＲＮａｓｅ Ｈを利用するアンチセンス化合物は、１つまたは複数の修飾ヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、そのようなアンチセンス化合物は、１〜８個の修飾ヌクレオシドの少なくとも１つのブロックを含む。特定のそのような実施形態において、修飾ヌクレオシドはＲＮａｓｅ Ｈ活性を支持しない。特定の実施形態において、このようなアンチセンス化合物は、本明細書に記載されるようなギャップマーである。特定のそのような実施形態において、ギャップマーのギャップはＤＮＡヌクレオシドを含む。特定のそのような実施形態において、ギャップマーのギャップはＤＮＡ様ヌクレオシドを含む。特定のそのような実施形態において、ギャップマーのギャップはＤＮＡヌクレオシド及びＤＮＡ様ヌクレオシドを含む。
ギャップマーモチーフを有する特定のアンチセンス化合物は、キメラアンチセンス化合物と考えられる。ギャップマーでは、ＲＮａｓｅＨ切断を支持する複数のヌクレオチドを有する内側領域が、内側領域のヌクレオシドとは化学的に異なる複数のヌクレオチドを有する外側領域の間に配置されている。ギャップマーモチーフを有するアンチセンスオリゴヌクレオチドの場合、ギャップセグメントは一般にエンドヌクレアーゼ切断の基質として機能し、一方、ウイングセグメントは修飾ヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、ギャップマーの領域は、各別個の領域を含む糖部分のタイプによって区別される。ギャップマーの領域を区別するために使用される糖部分のタイプとして、いくつかの実施形態において、β−Ｄ−リボヌクレオシド、β−Ｄ−デオキシリボヌクレオシド、２’−修飾ヌクレオシド（そのような２’−修飾ヌクレオシドとして、例えば２’−ＭＯＥ及び２’−Ｏ−ＣＨ３等を挙げることができる）、及び二環式糖修飾ヌクレオシド（そのような二環式糖修飾ヌクレオシドとして拘束エチルを有するものを挙げることができる）が挙げられる。特定の実施形態において、ウイング中のヌクレオシドは、例えば２’−ＭＯＥ及び拘束エチル（ｃＥｔ）またはＬＮＡ等の二環式糖部分を含む、いくつかの修飾糖部分を含み得る。特定の実施形態において、ウイングはいくつかの修飾糖部分と非修飾糖部分を含んでもよい。特定の実施形態において、ウイングには、２’−ＭＯＥヌクレオシド、拘束エチルヌクレオシドまたはＬＮＡヌクレオシド等の二環糖部分、及び２’−デオキシヌクレオシドの様々な組み合わせが含まれ得る。
異なる領域は、それぞれ均一な糖部分を含むか、異なった糖部分を含むか、または交互に並んだ糖部分を含み得る。ウイングギャップ−ウイングモチーフは、しばしば「Ｘ−Ｙ−Ｚ」と記載されるが、この場合、「Ｘ」は５’−ウイングの長さを表し、「Ｙ」はギャップの長さを表し、「Ｚ」は３’−ウイングの長さを表す。「Ｘ」及び「Ｚ」は、均一な糖部分を含むか、異なった糖部分を含むか、または交互に並んだ糖部分を含み得る。特定の実施形態において、「Ｘ」及び「Ｙ」が、１つまたは複数の２’−デオキシヌクレオシドを含み得る。「Ｙ」は２’−デオキシヌクレオシドを含み得る。本明細書で使用される「Ｘ−Ｙ−Ｚ」と記述されるギャップマーは、ギャップが５’−ウイング及び３’−ウイングのそれぞれと直接隣接して配置されるような構成を有する。したがって、５’−ウイングとギャップの間にも、ギャップと３’−ウイングの間にも、介在ヌクレオチドは存在しない。本明細書に記載するアンチセンス化合物はいずれもギャップマーモチーフを有することができる。特定の実施形態において、「Ｘ」及び「Ｚ」が同じであり、他の実施形態において、それらが異なる。特定の実施形態において、「Ｙ」は８〜１５個のヌクレオシドである。Ｘ、Ｙ、またはＺは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、３０個またはそれ以上のヌクレオシドのいずれかで有り得る。
特定の実施形態において、ＴＭＰＲＳＳ６核酸を標的とするアンチセンス化合物は、ギャップが６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５または１６個の連結したヌクレオシドから成るギャップマーモチーフを有する。
特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、次の式Ａ：（Ｊ）ｍ−（Ｂ）ｎ−（Ｊ）ｐ−（Ｂ）ｒ−（Ａ）ｔ−（Ｄ）ｇ−（Ａ）ｖ−（Ｂ）ｗ−（Ｊ）ｘ−（Ｂ）ｙ−（Ｊ）ｚで表される糖モチーフを有し、
式中、
各Ａは独立して２’−置換ヌクレオシドであり、
各Ｂは独立して二環式ヌクレオシドであり、
各Ｊは独立して２’−置換ヌクレオシドまたは２’−デオキシヌクレオシドのいずれかであり、
各Ｄは２’−デオキシヌクレオシドであり、
ｍは０〜４、ｎは０〜２、ｐは０〜２、ｒは０〜２、ｔは０〜２、ｖは０〜２、ｗは０〜４、ｘは０〜２、ｙは０〜２、ｚは０〜４、ｇは６〜１４であるが、
ただし、
ｍ、ｎ及びｒの少なくとも１つは０以外であり、
ｗ及びｙの少なくとも１つは０以外であり、
ｍ、ｎ、ｐ、ｒ及びｔの合計は２〜５であり、
ｖ、ｗ、ｘ、ｙ及びｚの合計は２〜５である。
ＲＮＡｉ化合物
特定の実施形態において、アンチセンス化合物は干渉ＲＮＡ化合物（ＲＮＡｉ）であり、これは二本鎖ＲＮＡ化合物（低分子干渉ＲＮＡまたはｓｉＲＮＡとも呼ばれる）及び一本鎖ＲＮＡｉ化合物（またはｓｓＲＮＡ）を含む。そのような化合物は、標的核酸（したがって、マイクロＲＮＡ／マイクロＲＮＡ模倣化合物を含む）を分解かつ／または隔離するために、ＲＩＳＣ経路を少なくとも部分的に介して働く。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、そのようなメカニズムに特に適した修飾を含む。
ｉ．ｓｓＲＮＡ化合物
特定の実施形態において、一本鎖ＲＮＡｉ化合物（ｓｓＲＮＡ）としての使用に特に適したものを含むアンチセンス化合物は、修飾された５’末端を含む。特定のそのような実施形態において、５’末端は修飾リン酸部分を含む。特定の実施形態において、このような修飾リン酸は安定化する（例えば、未修飾５’−リン酸と比較し、分解／切断に耐性がある）。特定の実施形態において、このような５’−末端ヌクレオシドは５’−リン部分を安定化させる。特定の修飾された５’−末端ヌクレオシドは、当該分野で、例えばＷＯ／２０１１／１３９７０２に見出され得る。
特定の実施形態において、ｓｓＲＮＡ化合物の５’−ヌクレオシドは式ＩＩｃ：
Figure 0006833705
 で表される糖モチーフを有し、式中、
Ｔ１は任意に保護されたリン部分であり、
Ｔ２は式ＩＩｃの化合物をオリゴマー化合物に連結するヌクレオシド間連結基であり、
Ａは次の式の１つを有する。
Figure 0006833705
 Ｑ１及びＱ２はそれぞれ、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、置換Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルまたはＮ（Ｒ３）（Ｒ４）であり、
Ｑ３は、Ｏ、Ｓ、Ｎ（Ｒ５）またはＣ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６及びＲ７はそれぞれ、独立してＨ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキルまたはＣ１−Ｃ６アルコキシであり、
Ｍ３は、Ｏ、Ｓ、ＮＲ１４、Ｃ（Ｒ１５）（Ｒ１６）、Ｃ（Ｒ１５）（Ｒ１６）Ｃ（Ｒ１７）（Ｒ１８）、Ｃ（Ｒ１５）＝Ｃ（Ｒ１７）、ＯＣ（Ｒ１５）（Ｒ１６）またはＯＣ（Ｒ１５）（Ｂｘ２）であり、
Ｒ１４は、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、置換Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニルまたは置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルであり、
Ｒ１５、Ｒ１６、Ｒ１７及びＲ１８はそれぞれ独立して、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、置換Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニルまたは置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルである。
Ｂｘ１は、複素環式塩基部分であり、
または、Ｂｘ２が存在する場合、Ｂｘ２は、複素環式塩基部分であり、Ｂｘ１は、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、置換Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニルまたは置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルであり、
Ｊ４、Ｊ５、Ｊ６及びＪ７はそれぞれ独立して、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、置換Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニルまたは置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルであり、
またはＪ４は、Ｊ５またはＪ７の１つと架橋を形成し、ここで、前記架橋は、Ｏ、Ｓ、ＮＲ１９、Ｃ（Ｒ２０）（Ｒ２１）、Ｃ（Ｒ２０）＝Ｃ（Ｒ２１）、Ｃ［＝Ｃ（Ｒ２０）（Ｒ２１）］及びＣ（＝Ｏ）から選択される１〜３個の連結されたビラジカル基を含み、他のＪ５、Ｊ６及びＪ７の２つはそれぞれ独立して、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、置換Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニルまたは置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルであり、
Ｒ１９、Ｒ２０及びＲ２１はそれぞれ独立して、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、置換Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニルまたは置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルである。
Ｇは、Ｈ、ＯＨ、ハロゲンまたはＯ−［Ｃ（Ｒ８）（Ｒ９）］ｎ−［（Ｃ＝Ｏ）ｍ−Ｘ１］ｊ−Ｚであり、
Ｒ８及びＲ９はそれぞれ独立して、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキルであり、
Ｘ１はＯ、ＳまたはＮ（Ｅ１）であり、
Ｚは、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルキニル、またはＮ（Ｅ２）（Ｅ３）であり、
Ｅ１、Ｅ２及びＥ３はそれぞれ独立して、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、または置換Ｃ１−Ｃ６アルキルであり、
ｎは１〜約６であり、
ｍは０または１であり、
ｊは０または１であり、
各置換基は、ハロゲン、ＯＪ１、Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）、＝ＮＪ１、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＮ、ＯＣ（＝Ｘ２）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ２）Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）及びＣ（＝Ｘ２）Ｎ（Ｊ１）（Ｊ２）から独立して選択される１つまたは複数の任意に保護される置換基を含み、
Ｘ２はＯ、ＳまたはＮＪ３であり、
Ｊ１、Ｊ２及びＪ３はそれぞれ独立して、ＨまたはＣ１−Ｃ６アルキルであり、
ｊが１である場合、ＺはハロゲンまたはＮ（Ｅ２）（Ｅ３）以外であり、
ここで、該オリゴマー化合物は、８〜４０個のモノマーサブユニットを含み、標的核酸の少なくとも一部とハイブリダイズ可能である。
特定の実施形態において、Ｍ３はＯ、ＣＨ＝ＣＨ、ＯＣＨ２またはＯＣ（Ｈ）（Ｂｘ２）である。特定の実施形態において、Ｍ３はＯである。
特定の実施形態では、はＪ４、Ｊ５、Ｊ６及びＪ７それぞれＨである。特定の実施形態では、Ｊ４は、Ｊ５またはＪ７の１つと架橋を形成する。
特定の実施形態において、Ａは次の式の１つを有する。
Figure 0006833705
 式中、
Ｑ１及びＱ２はそれぞれ独立して、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ１−Ｃ６アルコキシまたは置換Ｃ１−Ｃ６アルコキシである。特定の実施形態では、Ｑ１及びＱ２はそれぞれＨである。特定の実施形態では、Ｑ１及びＱ２はそれぞれ独立して、Ｈまたはハロゲンである。特定の実施形態では、Ｑ１及びＱ２はＨであり、Ｑ１及びＱ２の他は、Ｆ、ＣＨ３またはＯＣＨ３である。
特定の実施形態において、Ｔ１は以下の式を有する。
Figure 0006833705
 式中、
Ｒａ及びＲｃはそれぞれ独立して、保護ヒドロキシル、保護チオール、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ１−Ｃ６アルコキシまたは置換Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、保護アミノまたは置換アミノであり、
ＲｂはＯまたはＳである。特定の実施形態では、ＲｂはＯであり、Ｒａ及びＲｃはそれぞれ独立して、ＯＣＨ３、ＯＣＨ２ＣＨ３またはＣＨ（ＣＨ３）２である。
特定の実施形態では、Ｇは、ハロゲン、ＯＣＨ３、ＯＣＨ２Ｆ、ＯＣＨＦ２、ＯＣＦ３、ＯＣＨ２ＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２Ｆ、ＯＣＨ２ＣＨＦ２、ＯＣＨ２ＣＦ３、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ２、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＦ３、Ｏ（ＣＨ２）３−Ｎ（Ｒ１０）（Ｒ１１）、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＮ（Ｒ１０）（Ｒ１１）、Ｏ（ＣＨ２）２−Ｏ（ＣＨ２）２−Ｎ（Ｒ１０）（Ｒ１１）、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒ１０）（Ｒ１１）、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒ１２）−（ＣＨ２）２−Ｎ（Ｒ１０）（Ｒ１１）またはＯ（ＣＨ２）２−Ｎ（Ｒ１２）−Ｃ（＝ＮＲ１３）［Ｎ（Ｒ１０）（Ｒ１１）］であり、ここで、Ｒ１０、Ｒ１１、Ｒ１２及びＲ１３はそれぞれ独立して、ＨまたはＣ１−Ｃ６アルキルである。特定の実施形態では、Ｇは、ハロゲン、ＯＣＨ３、ＯＣＦ３、ＯＣＨ２ＣＨ３、ＯＣＨ２ＣＦ３、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ２、Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−Ｏ（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）ＣＨ３、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−（ＣＨ２）２−Ｎ（ＣＨ３）２またはＯＣＨ２−Ｎ（Ｈ）−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２である。特定の実施形態では、ＧはＦ、ＯＣＨ３またはＯ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３である。特定の実施形態では、ＧはＯ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３である。
特定の実施形態において、５’−末端ヌクレオシドは式ＩＩｅを有する。
Figure 0006833705
特定の実施形態において、ｓｓＲＮＡに特に適しているものを含むアンチセンス化合物は、定義されたパターンまたは糖修飾モチーフでオリゴヌクレオチドまたはその領域に沿って配置された１つまたは複数の型の修飾糖部分及び／または天然糖部分を含む。そのようなモチーフは、本明細書で考察される糖修飾及び／または他の既知の糖修飾のうちのいずれかを含み得る。
特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、均一な糖修飾を有する領域を含むか、またはそれから成る。特定のそのような実施形態において、領域の各ヌクレオシドは、同じＲＮＡ様糖修飾を含む。特定の実施形態において、領域の各ヌクレオシドは２’−Ｆヌクレオシドである。特定の実施形態において、領域の各ヌクレオシドは２’−ＯＭｅヌクレオシドである。特定の実施形態において、領域の各ヌクレオシドは２’−ＭＯＥヌクレオシドである。特定の実施形態において、領域の各ヌクレオシドはｃＥｔヌクレオシドである。特定の実施形態において、領域の各ヌクレオシドはＬＮＡヌクレオシドである。特定の実施形態において、均一な領域はオリゴヌクレオチドの全てまたは本質的に全てを構成する。特定の実施形態において、領域は１〜４個の末端ヌクレオシドを除きオリゴヌクレオチド全体を構成する。
特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ヌクレオシドが第１型の糖修飾を有するヌクレオチドと第２型の糖修飾を有するヌクレオチドとの間で交互に並ぶ１つまたは複数の交互糖修飾領域を含む。特定の実施形態において、両方の型のヌクレオシドはＲＮＡ様ヌクレオシドである。特定の実施形態において、交互ヌクレオシドは、２’−ＯＭｅ、２’−Ｆ、２’−ＭＯＥ、ＬＮＡ、及びｃＥｔから選択される。特定の実施形態において、交互の修飾は、２’−Ｆ及び２’−ＯＭｅである。そのような領域は、連続していてもよく、または異なる修飾ヌクレオシドまたは共役ヌクレオシドによって中断されていてもよい。
特定の実施形態において、交互修飾の交互領域はそれぞれ単一のヌクレオシドから成る（すなわち、パターンは（ＡＢ）ｘＡｙであり、ここで、Ａは第１の型の糖修飾を有するヌクレオシドであり、Ｂは第２の型の糖修飾を有するヌクレオシドであり、ｘは１〜２０であり、ｙは０または１である）。特定の実施形態において、交互のモチーフ内の１つまたは複数の交互領域は、１超の型のヌクレオシドを含む。例えば、オリゴヌクレオチドは、以下のヌクレオシドモチーフのいずれかの１つまたは複数の領域を含むことができ、：
ＡＡＢＢＡＡ、
ＡＢＢＡＢＢ、
ＡＡＢＡＡＢ、
ＡＢＢＡＢＡＡＢＢ、
ＡＢＡＢＡＡ、
ＡＡＢＡＢＡＢ、
ＡＢＡＢＡＡ、
ＡＢＢＡＡＢＢＡＢＡＢＡＡ、
ＢＡＢＢＡＡＢＢＡＢＡＢＡＡ、または
ＡＢＡＢＢＡＡＢＢＡＢＡＢＡＡ、
式中、Ａは第１の型のヌクレオシドであり、Ｂは第２の型のヌクレオシドでる。特定の実施形態において、Ａ及びＢはそれぞれ２’−Ｆ、２’−ＯＭｅ、ＢＮＡ、及びＭＯＥから選択される。
特定の実施形態において、そのような交互のモチーフを有するオリゴヌクレオチドは、修飾された５’末端ヌクレオシド、例えば、式ＩＩｃまたはＩＩｅのヌクレオシドも含む。
特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、２−２−３モチーフを有する領域を含む。
そのような領域は以下のモチーフ：
−（Ａ）２−（Ｂ）ｘ−（Ａ）２−（Ｃ）ｙ−（Ａ）３−を含み、
式中、Ａは第１型の修飾ヌクレオシドであり、
Ｂ及びＣは、Ａとは異なって修飾されたヌクレオシドであるが、Ｂ及びＣは、互いに同じまたは異なる修飾を有していてもよく、
ｘ及びｙは１〜１５である。
特定の実施形態において、Ａは２’−ＯＭｅ修飾ヌクレオシドである。特定の実施形態において、Ｂ及びＣは両方とも２’−Ｆ修飾ヌクレオシドである。特定の実施形態において、Ａは２’−ＯＭｅ修飾ヌクレオシドであり、Ｂ及びＣは両方とも２’−Ｆ修飾ヌクレオシドである。
特定の実施形態において、オリゴヌクレオシドは以下の糖モチーフ：
５’−（Ｑ）−（ＡＢ）ｘＡｙ−（Ｄ）ｚ
を有し、式中、
Ｑは、安定化リン酸部分を含むヌクレオシドである。
特定の実施形態において、Ｑは、式ＩＩｃまたはＩＩｅを有するヌクレオシドであり、
Ａは第１型の修飾ヌクレオシドであり、
Ｂは第２型の修飾ヌクレオシドであり、
Ｄは、それに隣接するヌクレオシドとは異なる修飾を含む修飾ヌクレオシドである。
したがって、ｙが０の場合、ＤにはＢとは異なる修飾をしなければならず、ｙが１の場合、ＤにはＡとは異なる修飾をしなければならない。
特定の実施形態では、Ｄは、ＡともＢとも異なる。
Ｘは５〜１５であり、
Ｙは０または１であり、
Ｚは０〜４である。
特定の実施形態において、オリゴヌクレオシドは以下の糖モチーフ：
５’−（Ｑ）−（Ａ）ｘ−（Ｄ）ｚ
を有し、式中、
Ｑは、安定化リン酸部分を含むヌクレオシドである。
特定の実施形態において、Ｑは、式ＩＩｃまたはＩＩｅを有するヌクレオシドであり、
Ａは第１型の修飾ヌクレオシドであり、
Ｄは、Ａとは異なる修飾を含む修飾ヌクレオシドである。
Ｘは１１〜３０であり、
Ｚは０〜４である。
特定の実施形態において、上記モチーフのＡ、Ｂ、Ｃ及びＤは、２’−ＯＭｅ、２’−Ｆ、２’−ＭＯＥ、ＬＮＡ、及びｃＥｔから選択される。特定の実施形態において、Ｄは末端ヌクレオシドを表す。特定の実施形態において、このような末端ヌクレオシドは、標的核酸にハイブリダイズするようには設計されていない（ただし、１つまたは複数は偶然にハイブリダイズし得る）。特定の実施形態において、各Ｄヌクレオシドの核酸塩基は、標的核酸の対応する位置における核酸塩基の同一性に関わらず、アデニンである。特定の実施形態において、各Ｄヌクレオシドの核酸塩基はチミンである。
特定の実施形態において、ｓｓＲＮＡとしての使用に特に適しているものを含むアンチセンス化合物は、定義されたパターンまたは修飾ヌクレオシド間結合モチーフでオリゴヌクレオチドまたはその領域に沿って配置された修飾ヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、交互のヌクレオシド間結合モチーフを有する領域を含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、均一に修飾されたヌクレオシド間結合の領域を含む。特定のそのような実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合によって均一に連結された領域を含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合によって均一に連結される。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル及びホスホロチオエートから選択される。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル及びホスホロチオエートから選択され、少なくとも１個のヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートである。
特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも６個のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも８個のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１０個のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも６個の連続したホスホロチオエートヌクレオシド間結合の少なくとも１個のブロックを含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも８個の連続したホスホロチオエートヌクレオシド間結合の少なくとも１個のブロックを含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１０個の連続したホスホロチオエートヌクレオシド間結合の少なくとも１個のブロックを含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの１２個の連続したホスホロチオエートヌクレオシド間結合の少なくとも１個のブロックを含む。特定のそのような実施形態において、少なくとも１個のそのようなブロックは、オリゴヌクレオチドの３’末端に位置する。特定のそのような実施形態において、少なくとも１個のそのようなブロックがオリゴヌクレオチドの３’末端から３ヌクレオシド以内に位置する。
本明細書に記載の種々の糖モチーフのいずれかを有するオリゴヌクレオチドは、任意の連結モチーフを有してもよい。例えば、上記のオリゴヌクレオチドを含むがそれらに限定されないオリゴヌクレオチドは、以下の表から非限定的に選択される結合モチーフを有してもよい。
Figure 0006833705
ｉｉ．ｓｉＲＮＡ化合物
特定の実施形態において、アンチセンス化合物は二本鎖ＲＮＡｉ化合物（ｓｉＲＮＡ）である。そのような実施形態おいて、一方または両方の鎖は、ｓｓＲＮＡについて上記の任意の修飾モチーフを含み得る。特定の実施形態において、ｓｓＲＮＡ化合物は非修飾ＲＮＡであってもよい。特定の実施形態において、ｓｉＲＮＡ化合物は、未修飾ＲＮＡヌクレオシドを含むが、修飾ヌクレオシド間結合を含み得る。
いくつかの実施形態は、各鎖が１つまたは複数の修飾されたまたは修飾されていないヌクレオシドの位置によって定義されるモチーフを含む二本鎖組成物に関する。特定の実施形態において、完全にまたは少なくとも部分的にハイブリダイズして二重鎖領域を形成し、さらに核酸標的に相補的であり、核酸標的にハイブリダイズする領域を含む第１及び第２のオリゴマー化合物を含む組成物が提供される。このような組成物は、核酸標的に対して完全または部分的相補性を有するアンチセンス鎖である第１のオリゴマー化合物と、第１のオリゴマー化合物と少なくとも１つの二本鎖領域を形成し、かつそれと相補性である１つまたは複数の領域を有するセンス鎖である第２のオリゴマー化合物と、を含むことが適切である。
いくつかの実施形態の組成物は、核酸標的にハイブリダイズすることによって遺伝子発現を調節し、その結果、その正常な機能が失われる。いくつかの実施形態において、標的核酸はＴＭＰＲＳＳ６である。特定の実施形態において、標的ＴＭＰＲＳＳ６の分解は、本発明の組成物で形成される活性化ＲＩＳＣ複合体によって促進される。
いくつかの実施形態は、鎖の１つが、例えば、ＲＩＳＣ（または切断）複合体への反対鎖の優先的ローディングに影響を及ぼすのに有用な二本鎖組成物に関する。組成物は、選択された核酸分子を標的化し、１つまたは複数の遺伝子の発現を調節するのに有用である。いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、標的ＲＮＡの一部にハイブリダイズし、その結果、標的ＲＮＡの正常な機能が失われる。
特定の実施形態は、両方の鎖がヘミマーモチーフ、完全修飾モチーフ、位置修飾モチーフまたは交互モチーフを含む二本鎖組成物を対象とする。本発明の組成物の各鎖は、例えばｓｉＲＮＡ経路において特定の役割を果たすように修飾することができる。各鎖において異なるモチーフを使用することにより、または各鎖において異なる化学修飾を有する同じモチーフを使用することにより、センス鎖の取り込みを阻害しながらＲＩＳＣ複合体に対するアンチセンス鎖を標的とすることが可能になる。このモデル内では、各鎖は、その特定の役割のために強化されるように、独立して修飾することができる。アンチセンス鎖は、ＲＩＳＣの１つの領域におけるその役割を強化するために５’末端で修飾することができ、３’末端にはＲＩＳＣの異なる領域におけるその役割を強化するために異なった修飾を行うことができる。
二本鎖オリゴヌクレオチド分子は、自己相補的センス領域及びアンチセンス領域を含む二本鎖ポリヌクレオチド分子で有り得、ここでアンチセンス領域は、標的核酸分子またはその一部のヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列、及び標的核酸配列またはその一部に対応するヌクレオチド配列を有するセンス領域を含む。二本鎖オリゴヌクレオチド分子は、一方のストランドがセンス鎖であり、他方がアンチセンス鎖である２つの別々のオリゴヌクレオチドから構築されてもよく、この場合、アンチセンス及びセンス鎖は、自己相補的であり（すなわち、各ストランドが、他方のストランドのヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列を含む）、例えば、アンチセンス鎖及びセンス鎖が二本鎖または二本鎖構造を形成する場合、例えば、二本鎖領域（ｄｏｕｂｌｅ−ｓｔｒａｎｄｅｄ ｒｅｇｉｏｎ）は、約１５〜約３０、例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９または３０塩基対であり、アンチセンス鎖は、標的核酸分子またはその一部分のヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列を含み、センス鎖は、標的核酸配列またはその一部分に対応するヌクレオチド配列を含む（例えば、二本鎖オリゴヌクレオチド分子の約１５〜約２５以上のヌクレオチドが、標的核酸またはその一部分に相補的である）。あるいは、二本鎖オリゴヌクレオチドは、単一のオリゴヌクレオチドから構築され、ここでｓｉＲＮＡの自己相補的センス領域及びアンチセンス領域は、核酸ベースまたは非核酸ベースのリンカー（単数または複数）によって連結される。
二本鎖オリゴヌクレオチドは、二本鎖、非対称二重鎖、ヘアピンまたは非対称ヘアピン二次構造を有するポリヌクレオチドであり得、自己相補的センス及びアンチセンス領域を有するが、この場合、アンチセンス領域は、別個の標的核酸分子またはその一部のヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列、及び標的核酸配列またはその一部に対応するヌクレオチド配列を有するセンス領域を含む。二本鎖オリゴヌクレオチドは、２つ以上のループ構造及び自己相補的なセンス及びアンチセンス領域を含む基部を有する環状単鎖ポリヌクレオチドであってもよく、アンチセンス領域は、標的核酸分子またはその一部分のヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列を含み、センス領域は、標的核酸配列またはその一部分に対応するヌクレオチド配列を有し、環状ポリヌクレオチドは、ＲＮＡｉを媒介することができる活性ｓｉＲＮＡ分子を生成するように、ｉｎ ｖｉｖｏまたはｉｎ ｖｉｔｒｏのいずれかでプロセッシングされ得る。
特定の実施形態において、二本鎖オリゴヌクレオチドは、別々のセンス及びアンチセンス配列または領域を含むが、この場合、センス及びアンチセンス領域は、当分野で知られているようにヌクレオチドまたは非ヌクレオチドリンカー分子によって共有結合的に連結されるか、または代替的にイオン性相互作用、水素結合、ファンデルワールス相互作用、疎水性相互作用、及び／またはスタッキング相互作用によって非共有結合的に連結される。特定の実施形態において、二本鎖オリゴヌクレオチドは、標的遺伝子のヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列を含む。別の実施形態において、二本鎖オリゴヌクレオチドは、標的遺伝子の発現の阻害を引き起こす様式で標的遺伝子のヌクレオチド配列と相互作用する。
本明細書で使用される二本鎖オリゴヌクレオチドは、ＲＮＡのみを含む分子に限定される必要はないが、化学的に修飾されたヌクレオチド及び非ヌクレオチドをさらに包含する。特定の実施形態において、短い干渉核酸分子は、２’−ヒドロキシ（２’−ＯＨ）含有ヌクレオチドを欠いている。特定の実施形態において、短い干渉核酸は、任意にいかなるリボヌクレオチド（例えば、２’−ＯＨ基を有するヌクレオチド）も含まない。しかし、ＲＮＡｉを支持するために分子内にリボヌクレオチドの存在を必要としないそのような二本鎖オリゴヌクレオチドは、２’−ＯＨ基を有する１つまたは複数のヌクレオチドを含む、結合した１つのリンカーもしくは複数のリンカー、または他の結合もしくは会合した基、部分、もしくは鎖を有してもよい。任意に、二本鎖オリゴヌクレオチドは、約５，１０，２０，３０，４０、または５０％のヌクレオチド位置でリボヌクレオチドを含み得る。本明細書で使用されるｓｉＲＮＡという用語は、配列特異的ＲＮＡｉ、例えば、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、短ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、低分子干渉オリゴヌクレオチド、低分子干渉核酸、低分子干渉修飾オリゴヌクレオチド、化学修飾ｓｉＲＮＡ、転写後遺伝子サイレンシングＲＮＡ（ｐｔｇｓＲＮＡ）、及びその他を媒介することが可能である核酸分子を説明するために使用される他の用語と同等であることを意味する。さらに、本明細書で使用されるＲＮＡｉという用語は、転写後遺伝子サイレンシング、翻訳阻害、またはエピジェネティクス等の配列特異的ＲＮＡ干渉を説明するために使用される他の用語と同等であることを意味する。例えば、二本鎖オリゴヌクレオチドを、転写後レベル及び転写前レベルの両方で後成的に沈黙化された遺伝子に使用することができる。非限定的な例において、本発明のｓｉＲＮＡ分子による遺伝子発現の後成的な調節は、遺伝子発現を変化させるためのクロマチン構造またはメチル化パターンのｓｉＲＮＡ媒介性修飾に起因し得る（例えば、Ｖｅｒｄｅｌ ｅｔ ａｌ．，２００４，Ｓｃｉｅｎｃｅ，３０３，６７２−６７６、Ｐａｌ−Ｂｈａｄｒａ ｅｔ ａｌ．，２００４，Ｓｃｉｅｎｃｅ，３０３，６６９−６７２、Ａｌｌｓｈｉｒｅ，２００２，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２９７，１８１８−１８１９、；Ｖｏｌｐｅ ｅｔ ａｌ．，２００２，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２９７，１８３３−１８３７、Ｊｅｎｕｗｅｉｎ，２００２，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２９７，２２１５−２２１８、及びＨａｌｌ ｅｔ ａｌ．，２００２，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２９７，２２３２−２２３７を参照）。
本明細書で提供されるいくつかの実施形態の化合物及び組成物は、例えば、自己相補的配列を有する単一のＲＮＡ鎖が二本鎖構造をとることのできる「ヘアピン」またはステムループ二本鎖ＲＮＡエフェクター分子または２つの別々のＲＮＡ鎖を含む二重鎖ｄｓＲＮＡエフェクター分子を含むｄｓＲＮＡ媒介遺伝子サイレンシングまたはＲＮＡｉメカニズムにより、ＴＭＰＲＳＳ６を標的とすることができることが企図される。様々な実施形態において、ｄｓＲＮＡは、完全にリボヌクレオチドから成るか、または例えば２０００年４月１９日に出願されたＷＯ００／６３３６４、もしくは１９９９年４月２１日に出願された米国特許出願第６０／１３０，３７７号により開示されるＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッド等のリボヌクレオチドとデオキシヌクレオチドとの混合物から成る。ｄｓＲＮＡまたはｄｓＲＮＡエフェクター分子は、分子の１つのセグメントのヌクレオチドが分子の別のセグメントのヌクレオチドと塩基対を形成するように、自己相補性の領域を有する単一の分子であってもよい。様々な実施形態において、単一分子から成るｄｓＲＮＡは、完全にリボヌクレオチドから成るか、またはデオキシリボヌクレオチドの領域に相補的なリボヌクレオチドの領域を含む。あるいは、ｄｓＲＮＡは、互いに相補的な領域を有する２つの異なる鎖を含み得る。
様々な実施形態において、両方の鎖は完全にリボヌクレオチドからなり、一方の鎖は完全にリボヌクレオチドからなり、一方の鎖は完全にデオキシリボヌクレオチドから成るか、または一方または両方の鎖はリボヌクレオチドとデオキシリボヌクレオチドとの混合物を含む。特定の実施形態において、相補性の領域は、互いに対してかつ標的核酸配列に対して、少なくとも７０、８０、９０、９５、９８、または１００％相補的である。特定の実施形態において、二本鎖構造内に存在するｄｓＲＮＡの領域は、少なくとも１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、５０、７５，１００、２００、５００、１０００、２０００または５０００ヌクレオチドを含むか、またはｄｓＲＮＡに表されるｃＤＮＡまたは他の標的核酸配列中の全てのヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、ｄｓＲＮＡは、一本鎖末端等のいかなる一本鎖領域を含有しないか、またはｄｓＲＮＡはヘアピンである。他の実施形態において、ｄｓＲＮＡは、１つまたは複数の一本鎖領域またはオーバーハングを有する。特定の実施形態において、ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドは、アンチセンス鎖または領域であるＤＮＡ鎖または領域（例えば、標的核酸に対して少なくとも７０、８０、９０、９５、９８、または１００％の相補性を有する）及びＲＮＡ鎖またはセンス鎖もしくは領域である領域（例えば、標的核酸に対して少なくとも７０、８０、９０、９５、９８、または１００％の同一性を有する）を含み、逆もまた同様である。
様々な実施形態において、ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドは、本明細書に記載のものまたは２０００年４月１９日に出願されたＷＯ００／６３３６４、または１９９９年４月２１日に出願された米国特許出願第６０／１３０，３７７号に記載されたもの等の酵素的または化学的合成方法を使用してｉｎ ｖｉｔｒｏで作製される。他の実施形態において、ｉｎ ｖｉｔｒｏで合成されたＤＮＡ鎖は、ｉｎ ｖｉｖｏまたはｉｎ ｖｉｔｒｏで作製されたＲＮＡ鎖と、ＤＮＡ鎖の細胞への形質転換の前、後または同時に複合化される。他の実施形態では、ｄｓＲＮＡは、センス及びアンチセンス領域を含む単一環状核酸であるか、ｄｓＲＮＡは、環状核酸、及び第２の環状核酸もしくは線状核酸のいずれかを含む（例えば、２０００年４月１９日に出願されたＷＯ００／６３３６４、または１９９９年４月２１日に出願された米国特許出願第６０／１３０，３７７号を参照のこと）。例示的な環状核酸には、ヌクレオチドの遊離５’ホスホリル基がループバック様式で別のヌクレオチドの２’ヒドロキシル基に連結されるラリアト構造が含まれる。
他の実施形態において、該ｄｓＲＮＡは、対応する２’位が水素またはヒドロキシル基を含有する対応するｄｓＲＮＡと比較して、糖の２’位がハロゲン（フッ素基等）を含むか、またはｉｎ ｖｉｔｒｏもしくはｉｎ ｖｉｖｏでｄｓＲＮＡの半減期を増加させるアルコキシ基（例えば、メトキシ基）を含む１つまたは複数の修飾ヌクレオチドを含む。さらに他の実施形態において、ｄｓＲＮＡは、天然に存在するホスホジエステル結合以外の隣接するヌクレオチド間に１つまたは複数の結合を含む。そのような結合の例には、ホスホラミド、ホスホロチオエート、及びホスホロジチオエート結合が含まれる。ｄｓＲＮＡはまた、米国特許第６，６７３，６６１号に教示されているような化学的に修飾された核酸分子であってもよい。他の実施形態において、ｄｓＲＮＡは、例えば２０００年４月１９日に出願されたＷＯ００／６３３６４、または１９９９年４月２１日に出願された米国特許出願第６０／１３０，３７７号で開示される通り、１つまたは２つのキャップ鎖を含有する。
他の実施形態において、ｄｓＲＮＡは、米国仮特許出願第６０／３９９，９９８号、米国仮特許出願第６０／４１９，５３２号、及びＰＣＴ／ＵＳ２００３／０３３４６６に記載のｄｓＲＮＡ分子と同様に、少なくとも部分的にＷＯ００／６３３６４に開示されるｄｓＲＮＡ分子のいずれかであり得、その教示は参照により本明細書に組み込まれる。該ｄｓＲＮＡのいずれかは、本明細書に記載の方法またはＷＯ００／６３３６４に記載されているような標準的方法を用いて、ｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｉｎ ｖｉｖｏで発現させることができる。
占有
特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、ＲＮａｓｅ Ｈを介して切断または標的核酸を生じさせる、またはＲＩＳＣ経路を介する切断または隔離をもたらすと予想されない。特定のそのような実施形態において、アンチセンス活性は、ハイブリダイズしたアンチセンス化合物の存在が標的核酸の活性を妨害する占有から生じ得る。特定のそのような実施形態において、アンチセンス化合物は均一に修飾されていてもよく、または修飾及び／または修飾ヌクレオシド及び未修飾ヌクレオシドの混合物を含んでいてもよい。
標的核酸、標的領域及びヌクレオチド配列
ＴＭＰＲＳＳ６をコードするヌクレオチド配列は、以下に記載の配列を有するが、これらに限定されない：ＧｅｎＢａｎｋ寄託番号ＮＭ＿１５３６０９．２（配列番号１として本明細書に組み込まれる）、１６８５００００〜１６８９７０００を切断したＧＥＮＢＡＮＫ寄託番号ＮＴ＿０１１５２０．１２の成分（配列番号２として本明細書に組み込まれる）、ＧＥＮＢＡＮＫ寄託番号ＣＲ４５６４４６．１（配列番号３として本明細書に組み込まれる）、ＧＥＮＢＡＮＫ寄託番号ＢＣ０３９０８２．１（配列番号４として本明細書に組み込まれる）、ＧＥＮＢＡＮＫ寄託番号ＡＹ３５８３９８．１（配列番号５として本明細書に組み込まれる）、またはＧＥＮＢＡＮＫ寄託番号ＤＢ０８１１５３．１（配列番号６として本明細書に組み込まれる）。特定の実施形態では、本明細書に記載のアンチセンス化合物は、ＴＭＰＲＳＳ６をコードする核酸を標的とする。特定の実施形態では、本明細書に記載のアンチセンス化合物は、配列番号１〜６のいずれかの配列を標的とする。
本明細書に含まれる例の各配列番号に記載される配列は、糖部分に対する任意の修飾、ヌクレオシド間結合、または核酸塩基に対する任意の修飾に依存しないことが理解される。このように、配列番号によって定義されたアンチセンス化合物は、独立して、糖部分に対する１つまたは複数の修飾、ヌクレオシド間結合、または核酸塩基を含むことができる。Ｉｓｉｓ番号（ＩＳＩＳ番号）によって定義されるアンチセンス化合物は、核酸塩基配列及びモチーフの組み合わせを示す。
特定の実施形態において、標的領域は、標的核酸の構造的に定義された領域である。例えば、標的領域は、３’ＵＴＲ、５’ＵＴＲ、エクソン、イントロン、エキソン／イントロン接合部、コーディング領域、翻訳開始領域、翻訳終結領域、または他の定義された核酸領域を含んでいてもよい。ＴＭＰＲＳＳ６の構造的に定義された領域は、ＮＣＢＩ等の配列データベースからの寄託番号によって得ることができ、そのような情報は、参照により本明細書に組み込まれる。特定の実施形態において、標的領域は、標的領域内の１つの標的セグメントの５’標的部位から、標的領域内の別の標的セグメントの３’標的部位までの配列を含んでいてもよい。
特定の実施形態において、「標的セグメント」は、核酸内の標的領域のより小さなサブ部分である。例えば、「標的セグメント」とは、１つまたは複数のアンチセンス化合物が標的とする標的核酸のヌクレオチドの配列で有り得る。「５’標的部位」は、標的セグメントの５’末端のヌクレオチドを指す。「３’標的部位」は、標的セグメントの３’末端のヌクレオチドを指す。
標的化は、所望の効果が生じるように、アンチセンス化合物がハイブリダイズする少なくとも１つの標的セグメントの決定を含む。特定の実施形態において、所望の効果は、ｍＲＮＡ標的核酸レベルの減少である。特定の実施形態において、所望の効果は、標的核酸または標的核酸に関連する表現型の変化によりコードされるタンパク質のレベルの減少である。
標的領域は、１つまたは複数の標的セグメントを含んでいてもよい。標的領域内の複数の標的セグメントは重複してもよい。あるいは、それらは重複していなくてもよい。特定の実施形態において、標的領域内の標的セグメントは、約３００個以下のヌクレオチドにより分離される。特定の実施形態において、標的領域内の標的セグメントは、いくつかのヌクレオチドによって分離され、すなわち、標的核酸上の約２５０、２００、１５０、１００、９０、８０、７０、６０、５０、４０、３０、２０、または１０個のヌクレオチド、２５０、２００、１５０、１００、９０、８０、７０、６０、５０、４０、３０、２０、または１０個以下のヌクレオチド、約２５０、２００、１５０、１００、９０、８０、７０、６０、５０、４０、３０、２０、または１０個以下のヌクレオチド、または前述の値のいずれか２つによって定義される範囲のヌクレオチドで分離される。特定の実施形態において、標的領域内の標的セグメントは、標的核酸上の５個以下のヌクレオチド、または約５個のヌクレオチドで分離される。特定の実施形態において、標的セグメントは連続する。本明細書に列挙される５’標的部位または３’標的部位のいずれかである開始核酸を有する範囲によって定義される標的領域が意図される。
適切な標的セグメントは、５’ＵＴＲ、コーディング領域、３’ＵＴＲ、イントロン、エキソン、またはエキソン／イントロン接合内に見出すことができる。開始コドンまたは終止コドンを含む標的セグメントも、適切な標的セグメントである。適切な標的セグメントは、特に、開始コドンまたは終始コドン等の特定の構造的に定義された領域を除外してもよい。
適切な標的セグメントの決定は、ゲノム全体にわたる、標的核酸の配列と他の配列との比較を含むことができる。例えば、ＢＬＡＳＴアルゴリズムは、異なる核酸間の類似性の領域を同定するために使用することができる。この比較により、選択された標的核酸（すなわち、非標的またはオフターゲット配列）以外の配列に非特異的にハイブリダイズし得るアンチセンス化合物配列を選択することを防ぐことができる。
活性標的領域内のアンチセンス化合物の（例えば、標的核酸レベルの減少率によって定義されているように）活性の変化があり得る。特定の実施形態において、ＴＭＰＲＳＳ６ｍＲＮＡレベルの減少は、ＴＭＰＲＳＳ６発現の阻害の指標となる。ＴＭＰＲＳＳ６タンパク質のレベルの減少は、ＴＭＰＲＳＳ６発現の阻害の指標にもなる。さらに、表現型の変化は、ＴＭＰＲＳＳ６発現の阻害の指標となる。例えば、ヘプシジン発現レベルの増加は、ＴＭＰＲＳＳ６発現の阻害を示すことができる。別の例では、組織中の鉄蓄積の減少は、ＴＭＰＲＳＳ６発現の阻害を示すことができる。別の例では、トランスフェリンの飽和度の減少は、ＴＭＰＲＳＳ６発現の阻害を示すことができる。
ハイブリダイゼーション
いくつかの実施形態において、本明細書に開示するアンチセンス化合物とＴＭＰＲＳＳ６核酸との間でハイブリダイゼーションが起こる。最も一般的なハイブリダイゼーションのメカニズムは、核酸分子の相補的核酸塩基間での水素結合形成（例えばワトソン−クリック型、フーグスティーン型または逆フーグスティーン型水素結合形成）を伴う。
ハイブリダイゼーションは、様々な条件下で起こり得る。ストリンジェントな条件は配列依存的であり、ハイブリダイズさせようとする核酸分子の性質及び組成によって決定する。
配列が標的核酸に特異的にハイブリダイズ可能であるかどうかを決定する方法は、当該業界において公知である（Ｓａｍｂｒｏｏｋ ａｎｄ Ｒｕｓｓｅｌｌ，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，３ｒｄ Ｅｄ．，２００１）。特定の実施形態において、本明細書中に提供するアンチセンス化合物は、ＴＭＰＲＳＳ６核酸と特異的にハイブリダイズする。
相補性
アンチセンス化合物の十分な数の核酸塩基が、標的核酸の対応する核酸塩基と水素結合することができ、それにより所望の効果（例えばＴＭＰＲＳＳ６核酸等の標的核酸のアンチセンス阻害）が生じることになる場合、そのアンチセンス化合物と標的核酸とは互いに相補的である。
アンチセンス化合物とＴＭＰＲＳＳ６核酸との間の非相補的な核酸塩基は、アンチセンス化合物が、依然としてＴＭＰＲＳＳ６核酸に特異的にハイブリダイズすることができれば、耐容性を示すことができる。さらにアンチセンス化合物は、介在セグメントまたは隣接セグメントがハイブリダイゼーション事象に関与しないように、ＴＭＰＲＳＳ６の１つまたは複数のセグメントにハイブリダイズしてもよい（例えばループ構造、ミスマッチ、またはヘアピン構造）。
特定の実施形態において、本明細書中に提供するアンチセンス化合物またはその特定部分は、ＴＭＰＲＳＳ６核酸、その標的領域、標的セグメント、または特定部分に対して、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的である。標的核酸に対するアンチセンス化合物の相補性パーセントは、常法を使って決定することができる。例えば、アンチセンス化合物の２０核酸塩基中１８核酸塩基が標的領域に相補的であり、それゆえに特異的にハイブリダイズするアンチセンス化合物は、９０パーセントの相補性を示す。この例では、残りの非相補的核酸塩基はクラスター化してもよいし、残りの非相補的核酸塩基に相補的核酸塩基が散在していてもよく、また、互いに連続している必要も、相補的核酸塩基と連続している必要もない。したがって、標的核酸と完全に相補的な２つの領域と隣接する４つの非相補的核酸塩基を有する１８核酸塩基長のアンチセンス化合物は、標的核酸に対して７７．８％の総相補性を有し、したがって本発明の範囲に包含される。
標的核酸の一領域に対するアンチセンス化合物の相補性パーセントは、通常当技術分野において知られているＢＬＡＳＴプログラム（ｂａｓｉｃ ｌｏｃａｌ ａｌｉｇｎｍｅｎｔ ｓｅａｒｃｈ ｔｏｏｌ）及びＰｏｗｅｒＢＬＡＳＴプログラム（ｂａｓｉｃ ｌｏｃａｌ ａｌｉｇｎｍｅｎｔ ｓｅａｒｃｈ ｔｏｏｌ）及びＰｏｗｅｒＢＬＡＳＴプログラム（Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９０，２１５，４０３ ４１０；Ｚｈａｎｇ ａｎｄ Ｍａｄｄｅｎ，Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．，１９９７，７，６４９ ６５６）を使用して決定することができる。相同性パーセント、配列同一性パーセントまたは配列相補性パーセントは、例えばＳｍｉｔｈとＷａｔｅｒｍａｎのアルゴリズム（Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．，１９８１，２，４８２４８９）を使用するＧａｐプログラム（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｐａｃｋａｇｅ，Ｖｅｒｓｉｏｎ ８ ｆｏｒ Ｕｎｉｘ，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｐａｒｋ，Ｍａｄｉｓｏｎ Ｗｉｓ．）により、デフォルト設定を使用して決定することができる。
特定の実施形態において、本明細書中に提供するアンチセンス化合物またはその特定部分が、標的核酸またはその特定部分に完全に相補的（すなわち１００％相補的）である。例えばアンチセンス化合物は、ＴＭＰＲＳＳ６核酸、またはその標的領域、またはその標的セグメントもしくは標的配列に完全に相補的であり得る。本明細書で使用される「完全に相補的」とは、アンチセンス化合物の各核酸塩基が、標的核酸の対応する核酸塩基と正確に塩基対合できることを意味する。例えば、２０核酸塩基アンチセンス化合物は、そのアンチセンス化合物に完全に相補的な標的核酸の対応する２０核酸塩基部分が存在する限り、４００核酸塩基長の標的配列に対して完全に相補的である。完全に相補的なものもまた、第１及び／または第２核酸の特定部分を参照して使用することもできる。例えば、３０核酸塩基アンチセンス化合物の２０核酸塩基部分は、４００核酸塩基長の標的配列に対して「完全に相補的」であることができる。３０核酸塩基オリゴヌクレオチドの２０核酸塩基部分は、標的配列が対応する２０核酸塩基部分（その各核酸塩基がアンチセンス化合物の該２０核酸塩基部分に相補的であるもの）を有する限り、標的配列に対して完全に相補的である。同時に、該３０核酸塩基アンチセンス化合物全体は、該アンチセンス化合物の残りの１０核酸塩基も標的配列に相補的であるかどうかに応じて、標的配列に対して完全に相補的である場合も、そうでない場合もある。
非相補的核酸塩基の場所は、アンチセンス化合物の５’末端または３’末端であることができる。あるいは、非相補的核酸塩基が、アンチセンス化合物の内部位置にあってもよい。２つ以上の非相補的核酸塩基が存在する場合、それらは連続して（すなわち連結されて）いてもよいし、不連続であってもよい。一実施形態において、非相補的核酸塩基が、ギャップマーアンチセンスオリゴヌクレオチドのウイングセグメント内に位置する。
特定の実施形態において、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０核酸塩基長のアンチセンス化合物または最長１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０核酸塩基長のアンチセンス化合物が、ＴＭＰＲＳＳ６核酸等の標的核酸またはその特定部分と比較して、４つ以下、３つ以下、２つ以下、または１つ以下の非相補的核酸塩基（複数可）を含む。
特定の実施形態において、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０核酸塩基長のアンチセンス化合物、または最長１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０核酸塩基長のアンチセンス化合物が、ＴＭＰＲＳＳ６核酸等の標的核酸またはその特定部分と比較して、６つ以下、５つ以下、４つ以下、３つ以下、２つ以下、または１つ以下の非相補的核酸塩基（複数可）を含む。
本明細書に提供するアンチセンス化合物には、標的核酸の一部分に相補的なものも含まれる。本明細書で使用される「一部分」とは、標的核酸の一領域または一セグメント内の定義された数の連続する（すなわち連結された）核酸塩基を指す。「一部分」は、アンチセンス化合物の、定義された数の連続する核酸塩基も指し得る。特定の実施形態において、アンチセンス化合物が、ある標的セグメントの少なくとも８核酸塩基部分に相補的である。特定の実施形態において、アンチセンス化合物が、ある標的セグメントの少なくとも１２核酸塩基部分に相補的である。特定の実施形態において、アンチセンス化合物が、ある標的セグメントの少なくとも１５核酸塩基部分に相補的である。ある標的セグメントの少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０核酸塩基部分もしくはそれ以上の核酸塩基部分、またはこれらの値のうちの任意の２つによって画定される範囲に相補的なアンチセンス化合物も企図される。
同一性
本明細書中に提供するアンチセンス化合物は、ある特定ヌクレオチド配列、配列番号、もしくは具体的なＩｓｉｓ番号によって表される化合物、またはその一部分に対して、定義された同一性パーセントも有し得る。本明細書で使用されるアンチセンス化合物は、同じ核酸塩基対合能を有する場合、本明細書に開示する配列と同一である。例えば、ウラシルとチミジンはどちらもアデニンと対合するので、開示したＤＮＡ配列中のチミジンの代わりにウラシルを含有するＲＮＡは、該ＤＮＡ配列と同一であるとみなされるであろう。本明細書に記載するアンチセンス化合物の短縮型及び延長型、ならびに本明細書中に提供するアンチセンス化合物と比較して非同一塩基を有する化合物も企図される。非同一塩基は互いに隣接してもよいし、アンチセンス化合物全体に散在していてもよい。アンチセンス化合物のパーセント同一性は、比較対象である配列と比較して同一塩基対合を有する塩基の数に従って計算される。
特定の実施形態において、アンチセンス化合物またはその一部分が、本明細書に開示するアンチセンス化合物もしくは配列番号、またはその一部分の１つまたは複数と、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一である。
修飾
ヌクレオシドは塩基−糖の組み合わせである。ヌクレオシドの核酸塩基（塩基としても知られる）部分は、通常、複素環式塩基部分である。ヌクレオチドは、ヌクレオシドの糖部分に共有結合で連結されたリン酸基をさらに含むヌクレオシドである。ペントフラノシル糖を含むヌクレオシドの場合は、リン酸基を、糖の２’、３’または５’ヒドロキシル部分に連結することができる。隣接するヌクレオシドを共有結合で互いに連結してオリゴヌクレオチド形成することにより、線状ポリマー状のオリゴヌクレオチドを形成する。一般に、オリゴヌクレオチド構造内では、リン酸基は、オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間連結部を形成しているとみなされている。
アンチセンス化合物の修飾には、ヌクレオシド間連結部、糖部分、または核酸塩基の置換または改変が包含される。修飾アンチセンス化合物は、例えば、強化された細胞取り込み、核酸標的に対する強化された親和性、ヌクレアーゼの存在下での増加した安定性、増加した阻害活性といった望ましい性質ゆえに、ネイティブ型より好ましいことが多い。
化学修飾ヌクレオシドは、短縮型または切断型アンチセンスオリゴヌクレオチドの、その標的核酸に対する結合親和性を増加させるために使用することもできる。結果として、そのような化学修飾ヌクレオシドを有する短いアンチセンス化合物で、匹敵する結果を得ることができる場合が多い。
修飾ヌクレオシド間結合
ＲＮＡ及びＤＮＡの天然に存在するヌクレオシド間連結部は、３’〜５’ホスホジエステル連結部である。１つまたは複数の修飾（すなわち天然に存在しない）ヌクレオシド間連結部を有するアンチセンス化合物は、例えば、強化された細胞取り込み、核酸標的に対する強化された親和性、及びヌクレアーゼの存在下での増加した安定性等といった望ましい性質ゆえに、天然に存在するヌクレオシド間連結部を有するアンチセンス化合物よりも選択されることが多い。
修飾ヌクレオシド間連結部を有するオリゴヌクレオチドには、リン原子が保持されているヌクレオシド間連結部と、リン原子を有さないヌクレオシド間連結部とが含まれる。代表的なリン含有ヌクレオシド間連結部には、ホスホジエステル、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ホスホラミデート、及びホスホロチオエートが含まれるが、これらに限定されない。リン含有連結部及び非リン含有連結部を調製する方法は、周知である。
特定の実施形態において、ＴＭＰＲＳＳ６核酸を標的とするアンチセンス化合物が、１つまたは複数の修飾ヌクレオシド間連結部を含む。特定の実施形態において、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間連結部がホスホロチオエート連結部である。特定の実施形態において、アンチセンス化合物の各ヌクレオシド間連結部がホスホロチオエートヌクレオシド間連結部である。
修飾糖部分
本発明のアンチセンス化合物は、場合によっては、糖基が修飾されているヌクレオシドを１つまたは複数含有し得る。そのような糖修飾ヌクレオシドは、強化されたヌクレアーゼ安定性、増加した結合親和性、または他の何らかの有益な生物学的性質を、アンチセンス化合物に付与し得る。特定の実施形態において、ヌクレオシドが化学修飾リボフラノース環部分を含む。化学修飾リボフラノース環の例には、置換基の付加（５’置換基、２’置換基、非ジェミナル環原子の架橋による二環式核酸（ＢＮＡ）の形成、Ｓ、Ｎ（Ｒ）、またはＣ（Ｒ１）（Ｒ２）（Ｒ，Ｒ１及びＲ２は、それぞれ独立してＨ、Ｃ１−Ｃ１２アルキルまたは保護基である）によるリボシル環酸素原子の置き換え、及びそれらの組み合わせ等があるが、これらに限定されない。化学修飾糖の例としては、２’−Ｆ−５’−メチル置換ヌクレオシド（開示されている他の５’，２’−ビス置換ヌクレオシドについては、ＰＣＴ国際出願ＷＯ２００８／１０１１５７（公開日２００８年８月２１日）を参照されたい）、またはＳによるリボシル環酸素原子の置き換え及び２’位におけるさらなる置換（米国特許出願公開ＵＳ２００５−０１３０９２３（公開日２００５年６月１６日）参照）、あるいはＢＮＡの５’−置換（ＰＣＴ国際出願ＷＯ２００７／１３４１８１（公開日２００７年１１月２２日）参照、この場合はＬＮＡが例えば５’−メチル基または５’−ビニル基で置換されている）等がある。
修飾された糖部分を有するヌクレオシドの例として、限定されることなく、５’−ビニル、５’−メチル（ＲまたはＳ）、４’−Ｓ、２’−Ｆ、２’−ＯＣＨ３、２’−ＯＣＨ２ＣＨ３、２’−ＯＣＨ２ＣＨ２Ｆ及び２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３置換基を含むヌクレオシドが挙げられる。２’位の置換基は、アリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ−アリル、Ｏ−Ｃ１−Ｃ１０アルキル、ＯＣＦ３、ＯＣＨ２Ｆ、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−Ｏ−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、Ｏ−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、及びＯ−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｌ）−（ＣＨ２）２−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）から選択することができ、Ｒｌ、Ｒｍ及びＲｎはそれぞれ独立して、Ｈまたは置換もしくは非置換Ｃ１−Ｃ１０アルキルである。
本明細書で使用される「二環式ヌクレオシド」とは、二環式糖部分を含む修飾ヌクレオシドを指す。二環式ヌクレオシド（ＢＮＡ）の例には、４’リボシル環原子と２’リボシル環原子の間に架橋を含むヌクレオシド等があるが、これらに限定されない。特定の実施形態では、本明細書で提供されるアンチセンス化合物は、１つまたは複数のＢＮＡヌクレオシドを含み、ここで、架橋は以下の式の１つを含む：４’−（ＣＨ２）−Ｏ−２’（ＬＮＡ）；４’−（ＣＨ２）−Ｓ−２’；４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’（ＥＮＡ）；４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’（ｃＥｔ）及び４’−ＣＨ（ＣＨ２ＯＣＨ３）−Ｏ−２’（及びその類似体、２００８年７月１５日に出願された米国特許第７，３９９，８４５号を参照のこと）；４’−Ｃ（ＣＨ３）（ＣＨ３）−Ｏ−２’（及びその類似体、２００９年１月８日に公開されたＷＯ／２００９／００６４７８として公開されたＰＣＴ／ＵＳ２００８／０６８９２２を参照のこと）；４’−ＣＨ２−Ｎ（ＯＣＨ３）−２’（及びその類似体、２００８年１２月１１日に公開されたＷＯ／２００８／１５０７２９として公開されたＰＣＴ／ＵＳ２００８／０６４５９１を参照のこと）；４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（ＣＨ３）−２’（２００４年９月２日に公開された米国特許第ＵＳ２００４−０１７１５７０を参照のこと）；４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’、ここでＲは、Ｈ、Ｃ１−Ｃ１２アルキルまたは保護基であり（２００８年９月２３日に公開された米国特許第７，４２７，６７２号を参照のこと）；４’−ＣＨ２−Ｃ（Ｈ）（ＣＨ３）−２’（Ｚｈｏｕ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００９，７４，１１８−１３４を参照のこと）；及び４’−ＣＨ２−Ｃ（＝ＣＨ２）−２’（及びその類似体、２００８年１２月８日に公開されたＷＯ ２００８／１５４４０１として公表されたＰＣＴ／ＵＳ２００８／０６６１５４を参照のこと）。
さらに二環式ヌクレオシドは、公開された文献に報告されている（例えば、Ｓｒｉｖａｓｔａｖａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，２００７，１２９（２６）８３６２−８３７９、Ｆｒｉｅｄｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００３，２１，６３６５−６３７２、Ｅｌａｙａｄｉ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ Ｉｎｖｅｎｓ．Ｄｒｕｇｓ，２００１，２，５５８−５６１、Ｂｒａａｓｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．，２００１，８，１−７、Ｏｒｕｍ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．，２００１，３，２３９−２４３、Ｗａｈｌｅｓｔｅｄｔ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，２０００，９７，５６３３−５６３８、Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．，１９９８，４，４５５−４５６、Ｋｏｓｈｋｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９８，５４，３６０７−３６３０、Ｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９８，８，２２１９−２２２２、Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，１９９８，６３，１００３５−１００３９、米国特許第７，３９９，８４５号、同第７，０５３，２０７号、同第７，０３４，１３３号、同第６，７９４，４９９号、同第６，７７０，７４８号、同第６，６７０，４６１号、同第６，５２５，１９１号、同第６，２６８，４９０号、米国特許出願公開第ＵＳ２００８−００３９６１８号、同第ＵＳ２００７−０２８７８３１号、同第ＵＳ２００４−０１７１５７０号、米国特許出願第１２／１２９，１５４号、同第６１／０９９，８４４号、同第６１／０９７，７８７号、同第６１／０８６，２３１号、同第６１／０５６，５６４号、同第６１／０２６，９９８号、同第６１／０２６，９９５号、同第６０／９８９，５７４号、国際出願第ＷＯ２００７／１３４１８１号、同第ＷＯ２００５／０２１５７０号、同第ＷＯ２００４／１０６３５６号、同第ＷＯ９９／１４２２６号、ならびにＰＣＴ国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ２００８／０６８９２２号、同第ＰＣＴ／ＵＳ２００８／０６６１５４号、及び同第ＰＣＴ／ＵＳ２００８／０６４５９１号を参照されたい）。例えばα−Ｌ−リボフラノース及びβ−Ｄ−リボフラノース等の１つまたは複数の立体化学的糖配置を有する前述の二環式ヌクレオシドのそれぞれを調製することができる（ＰＣＴ国際出願ＰＣＴ／ＤＫ９８／００３９３（１９９９年３月２５日に公開されたＷＯ９９／１４２２６）を参照されたい）。
本明細書で使用される「単環式ヌクレオシド」とは、二環式糖部分ではない修飾糖部分を含むヌクレオシドを指す。特定の実施形態において、ヌクレオシドの糖部分または糖部分類似体が、任意の位置で修飾または置換されていてもよい。
本明細書で使用される「４’−２’二環式ヌクレオシド」または「４’→２’二環式ヌクレオシド」とは、フラノース環の２つの炭素原子をつなぐ架橋を含むフラノース環を含み、該橋が糖環の２’炭素原子と４’炭素原子をつなぐ、二環式ヌクレオシドを指す。
特定の実施形態では、ＢＮＡヌクレオシドの二環式糖部分として、限定されないが、−［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ−、−Ｃ（Ｒａ）＝Ｃ（Ｒｂ）−、−Ｃ（Ｒａ）＝Ｎ−、−Ｃ（＝ＮＲａ）−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｓ）−、−Ｏ−、−Ｓｉ（Ｒａ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）ｘ−、及び−Ｎ（Ｒａ）−であり、ここで、ｘは０、１、または２であり；ｎは、１、２、３または４であり；Ｒａ及びＲｂはそれぞれ独立して、Ｈ、保護基、ヒドロキシル、Ｃ１−Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１−Ｃ１２アルキル、Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、Ｃ５−Ｃ２０アリール、置換Ｃ５−Ｃ２０アリール、複素環ラジカル、置換複素環ラジカル、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、Ｃ５−Ｃ７脂環式ラジカル、置換Ｃ５−Ｃ７脂環式ラジカル、ハロゲン、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＯＯＪ１、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換アシル、ＣＮ、スルホニル（Ｓ（＝Ｏ）２−Ｊ１）、またはスルホキシル（Ｓ（＝Ｏ）−Ｊ１）から独立して選択される１または１〜４個の結合基を含む、架橋を限定されることなく含むペントフラノシル糖部分の４’炭素原子と２’炭素原子との間の少なくとも１つの架橋を有する化合物が挙げられる。
Ｊ１及びＪ２はそれぞれ独立して、Ｈ、Ｃ１−Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１−Ｃ１２アルキル、Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、Ｃ５−Ｃ２０アリール、置換Ｃ５−Ｃ２０アリール、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換アシル、複素環ラジカル、置換複素環ラジカル、Ｃ１−Ｃ１２アミノアルキル、置換Ｃ１−Ｃ１２アミノアルキルまたは保護基である。
特定の実施形態において、二環式糖部分の架橋は、−［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ−、−［ＣＲａ）（Ｒｂ）］ｎ−Ｏ−、−Ｃ（ＲａＲｂ）−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−または−Ｃ（ＲａＲｂ）−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−である。特定の実施形態では、架橋は、４’−ＣＨ２−２’、４’−（ＣＨ２）２−２’、４’−（ＣＨ２）３−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−２’、４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’及び４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’−であり、Ｒはそれぞれ独立して、Ｈ、保護基またはＣ１−Ｃ１２アルキルである。
特定の実施形態において、二環式ヌクレオシドは、異性体構成によってさらに定義される。例えば、４’−（ＣＨ２）−Ｏ−２’架橋を含むヌクレオシドは、α−Ｌ配置またはβ−Ｄ配置で有り得る。従来、α−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡは、以前に、アンチセンスオリゴヌクレオチドに組み込まれており、そのアンチセンスオリゴヌクレオチドはアンチセンス活性を示した（Ｆｒｉｅｄｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００３，２１，６３６５−６３７２）。
特定の実施形態では、二環式ヌクレオシドは、４’〜２’架橋を有するヌクレオチドであり、ここで、当該架橋として、限定されないが、α−Ｌ−４’−（ＣＨ２）−Ｏ−２’、β−Ｄ−４’−ＣＨ２−Ｏ−２’、４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’、４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’、４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’、４’−ＣＨ２−Ｓ−２’、４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−２’、４’−ＣＨ２−ＣＨ（ＣＨ３）−２’、及び４’−（ＣＨ２）３−２’であり、ここでＲはＨ、保護基またはＣ１−Ｃ１２アルキルが挙げられる。
特定の実施形態において、二環式ヌクレオシドは以下の式を有する。
Figure 0006833705
 式中、
Ｂｘが、複素環式塩基部分であり、
−Ｑａ−Ｑｂ−Ｑｃ−は、−ＣＨ２−Ｎ（Ｒｃ）−ＣＨ２−、−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｃ）−ＣＨ２−、−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒｃ）−、−ＣＨ２−Ｎ（Ｒｃ）−Ｏ−または−Ｎ（Ｒｃ）−Ｏ−ＣＨ２であり、
ＲｃはＣ１−Ｃ１２アルキルまたはアミノ保護基であり、かつ
Ｔａ及びＴｂは、それぞれ独立して、Ｈ、ヒドロキシル保護基、共役基、反応性リン基、リン部分または支持媒体への共有結合である。
特定の実施形態において、二環式ヌクレオシドは以下の式を有する。
Figure 0006833705
 式中、
Ｂｘが、複素環式塩基部分であり、
Ｔａ及びＴｂは、それぞれ独立して、Ｈ、ヒドロキシル保護基、共役基、反応性リン基、リン部分または支持媒体への共有結合であり、
Ｚａは、Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルキニル、アシル、置換アシル、置換アミド、チオールまたは置換チオールである。
一実施形態では、置換基は、それぞれ独立して、ハロゲン、オキソ、ヒドロキシル、ＯＪｃ、ＮＪｃＪｄ、ＳＪｃ、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊｃ、及びＮＪｅＣ（＝Ｘ）ＮＪｃＪｄであり、ここで、Ｊｃ、Ｊｄ及びＪｅはそれぞれ独立して、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、または置換Ｃ１−Ｃ６アルキルであり、ＸはＯまたはＮＪｃである。
特定の実施形態において、二環式ヌクレオシドは以下の式を有する。
Figure 0006833705
 式中、
Ｂｘが、複素環式塩基部分であり、
Ｔａ及びＴｂは、それぞれ独立して、Ｈ、ヒドロキシル保護基、共役基、反応性リン基、リン部分または支持媒体への共有結合であり、
Ｚｂは、Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルキニル、または置換アシル（Ｃ（＝Ｏ）−）である。
特定の実施形態において、二環式ヌクレオシドは以下の式を有する。
Figure 0006833705
 式中、
Ｂｘが、複素環式塩基部分であり、
Ｔａ及びＴｂは、それぞれ独立して、Ｈ、ヒドロキシル保護基、共役基、反応性リン基、リン部分または支持媒体への共有結合であり、
Ｒｄは、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、または置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルであり、
ｑａ、ｑｂ、ｑｃ及びｑｄはそれぞれ独立して、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルキニル、Ｃ１−Ｃ６アルコキシル、置換Ｃ１−Ｃ６アルコキシル、アシル、置換アシル、Ｃ１−Ｃ６アミノアルキルまたは置換Ｃ１−Ｃ６アミノアルキルである。
特定の実施形態において、二環式ヌクレオシドは以下の式を有する。
Figure 0006833705
 式中、
Ｂｘが、複素環式塩基部分であり、
Ｔａ及びＴｂは、それぞれ独立して、Ｈ、ヒドロキシル保護基、共役基、反応性リン基、リン部分または支持媒体への共有結合であり、
ｑａ、ｑｂ、ｑｅ及びｑｆはそれぞれ独立して、水素、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１−Ｃ１２アルキル、Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、Ｃ１−Ｃ１２アルコキシ、置換Ｃ１−Ｃ１２アルコキシ、ＯＪｊ、ＳＪｊ、ＳＯＪｊ、ＳＯ２Ｊｊ、ＮＪｊＪｋ、Ｎ３、ＣＮ、Ｃ（＝Ｏ）ＯＪｊ、Ｃ（＝Ｏ）ＮＪｊＪｋ、Ｃ（＝Ｏ）Ｊｊ、Ｏ−Ｃ（＝Ｏ）ＮＪｊＪｋ、Ｎ（Ｈ）Ｃ（＝ＮＨ）ＮＪｊＪｋ、Ｎ（Ｈ）Ｃ（＝Ｏ）ＮＪｊＪｋまたはＮ（Ｈ）Ｃ（＝Ｓ）ＮＪｊＪｋであり、
またはｑｅ及びｑｆは共に＝Ｃ（ｑｇ）（ｑｈ）であり、
ｑｇ及びｑｈはそれぞれ独立して、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ１２アルキル、または置換Ｃ１−Ｃ１２アルキルである。
オリゴマー化及び核酸認識特性と共に、４’−ＣＨ２−Ｏ−２’架橋を有するアデニン、シトシン、グアニン、５−メチル−シトシン、チミン及びウラシル二環式ヌクレオシドの合成及び調製が記載されている（Ｋｏｓｈｋｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９８，５４，３６０７−３６３０）。二環式ヌクレオシドの合成はまた、ＷＯ９８／３９３５２号及びＷＯ９９／１４２２６号に記載されている。
４’−ＣＨ２−Ｏ−２’及び４’−ＣＨ２−Ｓ−２’のような４’から２’への架橋基を有する種々の二環式ヌクレオシドの類似体も調製されている（Ｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９８，８，２２１９−２２２２）。核酸ポリメラーゼの基質として使用するための二環式ヌクレオシドを含むオリゴデオキシリボヌクレオチド二本鎖の調製も説明されている（Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，ＷＯ９９／１４２２６）。さらに、新規の構造的に制限された高親和性オリゴヌクレオチド類似体である２’−アミノ−ＢＮＡの合成は、当該技術分野において説明されている（Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，１９９８，６３，１００３５−１００３９）。加えて、２’−アミノ−及び２’−メチルアミノ−ＢＮＡも調製されており、相補的なＲＮＡ鎖及び相補的ＤＮＡ鎖を有するそれらの二重鎖の熱安定性が、以前に報告されている。
特定の実施形態において、二環式ヌクレオシドは以下の式を有する。
Figure 0006833705
 式中、
Ｂｘが、複素環式塩基部分であり、
Ｔａ及びＴｂは、それぞれ独立して、Ｈ、ヒドロキシル保護基、共役基、反応性リン基、リン部分または支持媒体への共有結合であり、
ｑｉ、ｑｊ、ｑｋ及びｑｌはそれぞれ独立して、水素、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１−Ｃ１２アルキル、Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、Ｃ１−Ｃ１２アルコキシル、置換Ｃ１−Ｃ１２アルコキシル、ＯＪｊ、ＳＪｊ、ＳＯＪｊ、ＳＯ２Ｊｊ、ＮＪｊＪｋ、Ｎ３、ＣＮ、Ｃ（＝Ｏ）ＯＪｊ、Ｃ（＝Ｏ）ＮＪｊＪｋ、Ｃ（＝Ｏ）Ｊｊ、Ｏ−Ｃ（＝Ｏ）ＮＪｊＪｋ、Ｎ（Ｈ）Ｃ（＝ＮＨ）ＮＪｊＪｋ、Ｎ（Ｈ）Ｃ（＝Ｏ）ＮＪｊＪｋまたはＮ（Ｈ）Ｃ（＝Ｓ）ＮＪｊＪｋであり、
ｑｉ及びｑｊまたはｑｌ及びｑｋは一緒に＝Ｃ（ｑｇ）（ｑｈ）であり、ここで、ｑｇ及びｑｈはそれぞれ独立して、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ１２アルキルまたは置換Ｃ１−Ｃ１２アルキルである。
４’−（ＣＨ２）３−２’架橋及びアルケニル類似体架橋４’−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨ２−２’を有する１つの炭素環式二環式ヌクレオシドが説明されている（Ｆｒｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１９９７，２５（２２），４４２９−４４４３、及びＡｌｂａｅｋ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００６，７１，７７３１−７７４０）。炭素環式二環式ヌクレオシドの合成及び調製も、それらのオリゴマー化及び生化学的研究と共に説明されている（Ｓｒｉｖａｓｔａｖａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．２００７，１２９（２６），８３６２−８３７９）。
特定の実施形態において、以下に示すように、二環式ヌクレオシドとして、（Ａ）α−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、（Ｂ）β−Ｄ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、（Ｃ）エチレンオキシ（４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、（Ｄ）アミノオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’）ＢＮＡ、（Ｅ）オキシアミノ（４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’）ＢＮＡ、（Ｆ）メチル（メチレンオキシ）（４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’）ＢＮＡ、（拘束エチルまたはｃＥｔとも呼ばれる）、（Ｇ）メチレン−チオ（４’−ＣＨ２−Ｓ−２’）ＢＮＡ、（Ｈ）メチレン−アミノ（４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−２’）ＢＮＡ、（Ｉ）メチル炭素環（４’−ＣＨ２−ＣＨ（ＣＨ３）−２’）ＢＮＡ、（Ｊ）プロピレン炭素環（４’−（ＣＨ２）３−２’）ＢＮＡ、及び（Ｋ）ビニルＢＮＡが挙げられるが、これらに限定されない。
Figure 0006833705
 式中、Ｂｘは塩基部分であり、Ｒは独立して、Ｈ、保護基、Ｃ１−Ｃ６アルキルまたはＣ１−Ｃ６アルコキシである。
本明細書で使用される「修飾テトラヒドロピランヌクレオシド」または「修飾ＴＨＰヌクレオシド」という用語は、通常のヌクレオシド中のペントフラノシル残基の代わりに六員テトラヒドロピラン「糖」が使用されているヌクレオシドを意味し、糖代用物と呼ばれる場合もある。
修飾ＴＨＰヌクレオシドには、当技術分野においてヘキシトール核酸（ＨＮＡ）、アニトール（ａｎｉｔｏｌ）核酸（ＡＮＡ）、マニトール（ｍａｎｉｔｏｌ）核酸（ＭＮＡ）（Ｌｅｕｍａｎｎ，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．，２００２，１０，８４１−８５４を参照されたい）またはフルオロＨＮＡ（Ｆ−ＨＮＡ）と呼ばれる、以下に示すテトラヒドロピラン環系を有するものが含まれるが、これらに限定されない。
Figure 0006833705
特定の実施形態において、以下の式を有する糖代用物が選択される。
Figure 0006833705
 式中、
Ｂｘが、複素環式塩基部分であり、
Ｔ３及びＴ４はそれぞれ、独立して、テトラヒドロピランヌクレオシド類似体をオリゴマー化合物に連結するヌクレオシド間連結基であり、またはＴ３及びＴ４のうちの１つはテトラヒドロピランヌクレオシド類似体をオリゴマー化合物またはオリゴヌクレオチドに連結するヌクレオシド間連結基であり、Ｔ３及びＴ４の他方は、Ｈ、ヒドロキシル保護基、連結共役基または５’もしくは３’末端基であり、
ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６及びｑ７はそれぞれ独立して、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニルまたは置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルであり、
Ｒ１及びＲ２の１つは水素であり、他方は、ハロゲン、置換または非置換アルコキシ、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２及びＣＮであり、ここでＸは、Ｏ、ＳまたはＮＪ１であり、Ｊ１、Ｊ２及びＪ３はそれぞれ独立して、ＨまたはＣ１−Ｃ６アルキルである。
特定の実施形態では、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６及びｑ７はそれぞれＨである。特定の実施形態では、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６及びｑ７の少なくとも１つは、Ｈ以外である。特定の実施形態では、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６及びｑ７の少なくとも１つは、メチルである。特定の実施形態では、ＴＨＰヌクレオシドを提供し、ここで、Ｒ１及びＲ２のつはＦである。特定の実施形態では、Ｒ１はフルオロであり、Ｒ２はＨであり、Ｒ１はメトキシであり、Ｒ２はＨであり、Ｒ１はメトキシエトキシであり、Ｒ２はＨである。
特定の実施形態において、糖代用物が、５超の原子及び１超のヘテロ原子を有する環を含む。例えば、モルホリノ糖部分を含むヌクレオシド、及びオリゴマー化合物におけるそれらの使用が説明されている（例えばＢｒａａｓｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２００２，４１，４５０３−４５１０、ならびに及び米国特許第５，６９８，６８５号、同第５，１６６，３１５号、同第５，１８５，４４４号、及び同第５，０３４，５０６号を参照されたい）。本明細書で使用される「モルホリノ」という用語は、以下の式を有する糖代用物を意味する。
Figure 0006833705
特定の実施形態において、例えば、上記モルホリノ構造の様々な置換基を付加するか改変することによって、モルホリノが修飾されていてもよい。そのような糖代用物を本明細書では「修飾モルホリノ」と称される。
２’−Ｆ−５’−メチル置換ヌクレオシド（他の開示された５’，２’−ビス置換ヌクレオシドについては、２００８年８月２１日に公開されたＰＣＴ国際出願第ＷＯ２００８／１０１１５７号を参照のこと）、ならびにリボシル環酸素原子のＳでの置換及び２’位でのさらなる置換（２００５年６月１６日に公開された米国特許出願第ＵＳ２００５−０１３０９２３号を参照のこと）、または代替として二環式核酸の５’−置換（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’二環式ヌクレオシドが５’位で５’−メチルまたは５’−ビニル基でさらに置換される、２００７年１１月２２日に公開されたＰＣＴ国際出願第ＷＯ２００７／１３４１８１号を参照のこと）等であるが、これらに限定されない修飾の組み合わせも提供される。炭素環式二環式ヌクレオシドの合成及び調製も、それらのオリゴマー化及び生化学的研究と共に説明されている（Ｓｒｉｖａｓｔａｖａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．２００７，１２９（２６），８３６２−８３７９を参照のこと）。
特定の実施形態において、アンチセンス化合物が、天然に存在するヌクレオシド中のペントフラノシル残基の代わりに六員シクロヘキセニルを有するヌクレオシドである修飾シクロヘキセニルヌクレオシドを１つまたは複数含む。修飾シクロヘキセニルヌクレオシドとして、当該技術分野において説明されているものが挙げられるが、これらに限定されない（例えば、権利者が共通である、２０１０年４月１０日公開の公開ＰＣＴ出願ＷＯ２０１０／０３６６９６号、Ｒｏｂｅｙｎｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，２００８，１３０（６），１９７９−１９８４、；Ｈｏｒｖａｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔｅｒｓ，２００７，４８，３６２１−３６２３、Ｎａｕｗｅｌａｅｒｔｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，２００７，１２９（３０），９３４０−９３４８、Ｇｕ ｅｔ ａｌ．，，Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ，Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ＆ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ，２００５，２４（５−７），９９３−９９８、Ｎａｕｗｅｌａｅｒｔｓ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００５，３３（８），２４５２−２４６３、Ｒｏｂｅｙｎｓ ｅｔ ａｌ．，Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒａｐｈｉｃａ，Ｓｅｃｔｉｏｎ Ｆ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｃｒｙｓｔａｌｌｉｚａｔｉｏｎ Ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎｓ，２００５，Ｆ６１（６），５８５−５８６、Ｇｕ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，２００４，６０（９），２１１１−２１２３、Ｇｕ ｅｔ ａｌ．，Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ，２００３，１３（６），４７９−４８９、Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００３，６８，４４９９−４５０５、Ｖｅｒｂｅｕｒｅ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００１，２９（２４），４９４１−４９４７、Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００１，６６，８４７８−８２、Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ，Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ＆ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ，２００１，２０（４−７），７８５−７８８、Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．，２０００，１２２，８５９５−８６０２、公開ＰＣＴ出願ＷＯ０６／０４７８４２号及び公開ＰＣＴ出願ＷＯ０１／０４９６８７号、また、各文献の本文は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）。特定の修飾シクロヘキセニルヌクレオシドは式Ｘを有する。
Figure 0006833705
 式中、該少なくとも１つの式Ｘのシクロヘキセニルヌクレオシド類似体のそれぞれについて、独立して、
Ｂｘが、複素環式塩基部分であり、
Ｔ３及びＴ４はそれぞれ、独立して、シクロヘキセニルヌクレオシド類似体をアンチセンス化合物に連結するヌクレオシド間連結基であり、またはＴ３及びＴ４のうちの１つはテトラヒドロピランヌクレオシド類似体をアンチセンス化合物に連結するヌクレオシド間連結基であり、Ｔ３及びＴ４の他方は、Ｈ、ヒドロキシル保護基、連結共役基または５’もしくは３’末端基であり、
ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６、ｑ７、ｑ８、及びｑ９はそれぞれ独立して、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニルまたは置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルまたはその他の糖置換基である。
多くの他の単環式、二環式及び三環式環系が当該分野で公知であり、本明細書で提供されるようなオリゴマー化合物への取り込みのためにヌクレオシドを修飾するために使用され得る糖代用物として適切である（例えば、総説については、Ｌｅｕｍａｎｎ，Ｃｈｒｉｓｔｉａｎ Ｊ．Ｂｉｏｏｒｇ．＆ Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．，２００２，１０，８４１−８５４を参照されたい）。そのような環系は、それらの活性をさらに増強するために様々な追加の置換を受けてもよい。
本明細書で使用される「２’−修飾糖」とは、２’位で修飾されたフラノシル糖を意味する。特定の実施形態において、そのような修飾が、ハライド、例えば、限定するわけではないが、置換及び無置換アルコキシ、置換及び無置換チオアルキル、置換及び無置換アミノアルキル、置換及び無置換アルキル、置換及び無置換アリル、ならびに置換及び無置換アルキニルから選択される置換基を含む。特定の実施形態では、２’修飾は、限定されないが、Ｏ［（ＣＨ２）ｎＯ］ｍＣＨ３，Ｏ（ＣＨ２）ｎＮＨ２，Ｏ（ＣＨ２）ｎＣＨ３，Ｏ（ＣＨ２）ｎＦ，Ｏ（ＣＨ２）ｎＯＮＨ２，ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｈ）ＣＨ３，及びＯ（ＣＨ２）ｎＯＮ［（ＣＨ２）ｎＣＨ３］２を含む置換基から選択され、ここでｎ及びｍは１〜約１０である。他の２’−置換基は、Ｃ１−Ｃ１２アルキル、置換アルキル、アルケニル、アルキニル、アルカリル、アラルキル、Ｏ−アルカリルまたはＯ−アラルキル、ＳＨ、ＳＣＨ３、ＯＣＮ、Ｃｌ、Ｂｒ、ＣＮ、Ｆ、ＣＦ３、ＯＣＦ３、ＳＯＣＨ３、ＳＯ２ＣＨ３、ＯＮＯ２、ＮＯ２、Ｎ３、ＮＨ２、ヘテロアルキル、ヘテロシクロアルキル、ヘテロシクロアルカリール、アミノアルキルアミノ、ポリアルキルアミノ、置換シリル、ＲＮＡ切断基、レポーター基、インターカレーター、アンチセンス化合物の薬物動態特性を改良するための基または薬力学的性質を改良するための基、及び類似する性質を有する他の置換基から選択することもできる。特定の実施形態において、修飾ヌクレオシドが２’−ＭＯＥ側鎖を含む（Ｂａｋｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，１９９７，２７２，１１９４４−１２０００）。そのような２’−ＭＯＥ置換は、非修飾ヌクレオシド、ならびに他の修飾ヌクレオシド、例えば２’−Ｏ−メチル、Ｏ−プロピル、及びＯ−アミノプロピルと比較して、改良された結合親和性を有するものであると説明されている。２’−ＭＯＥ置換基を有するオリゴヌクレオチドは、ｉｎ ｖｉｖｏ用途に有望な特徴を持つ遺伝子発現のアンチセンス阻害剤であることも示されている（Ｍａｒｔｉｎ，Ｈｅｌｖ．Ｃｈｉｍ．Ａｃｔａ，１９９５，７８，４８６−５０４；Ａｌｔｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｉｍｉａ，１９９６，５０，１６８−１７６；Ａｌｔｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．Ｔｒａｎｓ．，１９９６，２４，６３０−６３７；ａｎｄ Ａｌｔｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ，１９９７，１６，９１７−９２６）。
本明細書で使用される「２’−修飾」または「２’−置換」は、２’位にＨまたはＯＨ以外の置換基を含む糖を含むヌクレオシドを指す。２’−修飾ヌクレオシドとして、限定されないが、アリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ−アリル、Ｏ−Ｃ１−Ｃ１０アルキル、−ＯＣＦ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−ＣＨ３、２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、またはＯ−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）等の非架橋２’置換基を有するヌクレオシドが挙げられ、ここで、Ｒｍ及びＲｎはそれぞれ独立して、Ｈまたは置換もしくは非置換Ｃ１−Ｃ１０アルキルである。２’−修飾ヌクレオシドは、例えば糖の他の位置及び／または核酸塩基に、他の修飾をさらに含んでもよい。
本明細書で使用される「２’−Ｆ」とは、糖環の２’位にフルオロ基を含む糖を含むヌクレオシドを指す。
本明細書で使用される「２’−ＯＭｅ」または「２’−ＯＣＨ３」または「２’−Ｏ−メチル」または「２’−メトキシ」とは、それぞれ、糖環の２’位に−ＯＣＨ３基を含む糖を含むヌクレオシドを指す。
本明細書で使用される「ＭＯＥ」または「２’−ＭＯＥ」または「２’−ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３」または「２’−Ｏ−メトキシエチル」はそれぞれ、糖環の２’位に−ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３基を含む糖を含むヌクレオシドを指す。
修飾糖の調製方法は、当業者に公知である。修飾糖の調製方法は、当業者に公知である。そのような修飾糖の調製を教示する代表的な米国特許の一部には、例えば、限定するわけではないが、同４，９８１，９５７号、同５，１１８，８００号、同５，３１９，０８０号、同５，３５９，０４４号、同５，３９３，８７８号、同５，４４６，１３７号、同５，４６６，７８６号、同５，５１４，７８５号、同５，５１９，１３４号、同５，５６７，８１１号、同５，５７６，４２７号、同５，５９１，７２２号、同５，５９７，９０９号、同５，６１０，３００号、同５，６２７，０５３号、同５，６３９，８７３号、同５，６４６，２６５号、同５，６７０，６３３号、同５，７００，９２０号、同５，７９２，８４７号及び同６，６００，０３２号、ならびに国際出願ＰＣＴ／ＵＳ２００５／０１９２１９（出願日２００５年６月２日）（２００５年１２月２２日に公開されたＷＯ２００５／１２１３７１）等があり、これらはそれぞれ参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本明細書で使用される「オリゴヌクレオチド」とは、複数の連結されたヌクレオシドを含む化合物を指す。特定の実施形態において、該複数のヌクレオシドのうちの１つまたは複数が修飾されている。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドが、１つまたは複数のリボヌクレオシド（ＲＮＡ）及び／またはデオキシリボヌクレオシド（ＤＮＡ）を含む。
修飾糖部分を有するヌクレオチドにおいて、核酸塩基部分（天然、修飾またはそれらの組み合わせ）は、適切な核酸標的とのハイブリダイゼーションのために維持される。
特定の実施形態において、アンチセンス化合物が、修飾糖部分を有する１つまたは複数のヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、修飾糖部分が２’−ＭＯＥである。特定の実施形態において、２’−ＭＯＥ修飾ヌクレオシドがギャップマーモチーフで配置される。特定の実施形態において、修飾糖部分が、（４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’）架橋基を有する二環式ヌクレオシドである。特定の実施形態において、該（４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’）修飾ヌクレオシドが、ギャップマーモチーフのウイング全体にわたって配置される。
修飾核酸塩基
核酸塩基（または塩基）の修飾または置換は、天然に存在するまたは合成的に修飾されていない核酸塩基と構造的に区別可能であるが、さらに機能的に交換可能である。天然及び修飾核酸塩基の両方は、水素結合に関与することができる。そのような核酸塩基修飾は、ヌクレアーゼ安定性、結合親和性、または他の有益な生物学的特性をアンチセンス化合物に付与し得る。修飾核酸塩基は、例えば、５−メチルシトシン（５−ｍｅ−Ｃ）のような合成及び天然核酸塩基を含む。５メチル−シトシン置換を含む特定の核酸塩基置換は、標的核酸に対するアンチセンス化合物の結合親和性を増加させるのに特に有用である。例えば、５メチル−シトシン置換は、核酸二重鎖の安定性を０．６〜１．２℃増加させることが示されている（Ｓａｎｇｈｖｉ，Ｙ．Ｓ．，Ｃｒｏｏｋｅ，Ｓ．Ｔ．ａｎｄ Ｌｅｂｌｅｕ，Ｂ．，ｅｄｓ．，Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，Ｂｏｃａ Ｒａｔｏｎ，１９９３，ｐｐ．２７６−２７８）。
追加の非修飾核酸塩基としては、５−ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２−アミノアデニン、アデニン及びグアニンの６−メチル及び他のアルキル誘導体、アデニン及びグアニンの２−プロピル及び他のアルキル誘導体、２−チオウラシル、２−チオチミン及び２−チオシトシン、５−ハロウラシル及びシトシン、５−プロピニル−Ｃ≡Ｃ−ＣＨ３）ウラシル及びピリミジン塩基のシトシン及び他のアルキニル誘導体、６−アゾウラシル、シトシン及びチミン、５−ウラシル（プソイドウラシル）、４−チオウラシル、８−ハロ、８−アミノ、８−チオール、８−チオアルキル、８−ヒドロキシル及び他の８−置換アデニン及びグアニン、５−ハロ、特に５−ブロモ、５−トリフルオロメチル及び他の５−置換ウラシル及びシトシン、７−メチルグアニン及び７−メチルアデニン、２−Ｆ−アデニン、２−アミノ−アデニン、８−アザグアニン及び８−アザアデニン、７−デアザグアニン及び７−デアザアデニン及び３−デアザグアニン及び３−デアザアデニンが挙げられる。
複素環式塩基部分は、プリンまたはピリミジン塩基が、他の複素環、例えば、７−デアザ−アデニン、７−デアザグアノシン、２−アミノピリジン、及び２−ピリドンに置換されるものも含まれ得る。アンチセンス化合物の結合親和性を増加させるのに特に有用な核酸塩基は、２−アミノプロピルアデニン、５−プロピニルウラシル及び５−プロピニルシトシンを含む５−置換ピリミジン、６−アザピリミジン及びＮ−２、Ｎ−６及びＯ−６置換プリンを含む。
特定の実施形態において、ＴＭＰＲＳＳ６核酸を標的とするアンチセンス化合物が、１つまたは複数の修飾核酸塩基を含む。特定の実施形態において、ＴＭＰＲＳＳ６核酸を標的とするギャップ拡大アンチセンスオリゴヌクレオチドは、１つまたは複数の修飾核酸塩基を含む。特定の実施形態において、修飾核酸塩基の少なくとも１つは、５−メチルシトシンである。特定の実施形態において、各シトシンは５メチル−シトシンである。
医薬組成物を処方するための組成物及び方法
アンチセンスオリゴヌクレオチドは、医薬組成物または製剤の調製のために、薬学的に許容される活性物質または不活性物質と混合することができる。組成物及び医薬組成物を製剤化するための方法は、投与経路、疾患の程度、または投与される用量を含むが、これらに限定されないいくつかの基準に依存する。
ＴＭＰＲＳＳ６核酸を標的とするアンチセンス化合物は、アンチセンス化合物を適切な薬学的に許容される希釈剤または担体と組み合わせることによって、医薬組成物に利用することができる。薬学的に許容される希釈剤は水、例えば、注射用水（ＷＦＩ）を含む。薬学的に許容される希釈剤は、生理食塩水、例えば、リン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）を含む。水または生理食塩水は、非経口で送達される組成物における使用に適した希釈剤である。したがって、一実施形態において、本明細書に記載の方法で使用されるのは、ＴＭＰＲＳＳ６核酸を標的とするアンチセンス化合物及び薬学的に許容される希釈剤を含む医薬組成物である。特定の実施形態において、薬学的に許容される希釈剤は水または生理食塩水である。特定の実施形態において、アンチセンス化合物はアンチセンスオリゴヌクレオチドである。
アンチセンス化合物を含む医薬組成物は、ヒトを含む動物への投与時に、生物学的に活性な代謝産物またはその残基を（直接的または間接的に）提供することができる、そのようなエステルの任意の薬学的に許容される塩、エステルもしくはそのようなエステルの塩、または他のオリゴヌクレオチドを包含する。したがって、例えば、本開示は、アンチセンス化合物の薬学的に許容される塩、プロドラッグ、そのようなプロドラッグの薬学的に許容される塩、及び他の生物学的等価物を対象とする。好適な薬学的に許容される塩には、ナトリウム塩及びカリウム塩が含まれるが、これらに限定されない。
本明細書に記載の化合物の薬学的に許容可能な塩は、当該技術分野において周知の方法によって調製することができる。薬学的に許容可能な塩の総説については、Ｓｔａｈｌ ａｎｄ Ｗｅｒｍｕｔｈ、Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓａｌｔｓ：Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ、Ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ ａｎｄ Ｕｓｅ（Ｗｉｌｅｙ−ＶＣＨ、Ｗｅｉｎｈｅｉｍ、Ｇｅｒｍａｎｙ、２００２）を参照されたい。アンチセンスオリゴヌクレオチドのナトリウム塩が有用であり、ヒトへの治療的投与のために十分に許容されている。したがって、一実施形態において、本明細書に記載の化合物は、ナトリウム塩の形態である。
プロドラッグは、体内で内因性ヌクレアーゼによって切断されて活性アンチセンス化合物を形成するアンチセンス化合物の一方または両方の末端におけるさらなるヌクレオシドの組み込みを含み得る。
投薬
特定の実施形態において、医薬組成物は、所望の効果を達成するために投薬レジメンを選択することができる投薬レジメン（例えば、用量、投与頻度及び期間）に従って投与される。所望の効果は、例えばＴＭＰＲＳＳ６の減少、またはＴＭＰＲＳＳ６に関連する疾患または状態の予防、軽減、改善またはその進行の遅延であり得る。
特定の実施形態において、投薬レジメンの変数は、対象において所望の濃度の医薬組成物をもたらすように調整される。投与レジメンに関して使用される「濃度の医薬組成物」は、医薬組成物の化合物、オリゴヌクレオチド、または活性成分を指すことができる。例えば、特定の実施形態において、用量及び投与頻度は、所望の効果を達成するのに十分な量で医薬組成物の組織濃度または血漿濃度を提供するように調整される。
投薬は、処置される病態の重症度及び応答性に依存し、一連の治療は数日〜数ヵ月間、または治癒が達成されるまで、または病態の減少が達成されるまで継続する。投薬は薬物の効力及び代謝にも依存する。特定の実施形態において、投薬量は、体重１ｋｇあたり０．０１μｇ〜１００ｍｇ、または０．００１ｍｇ〜１０００ｍｇの投薬の範囲内であり、毎日、毎週、隔週、毎月、四半期、半年もしくは毎年１回以上、または２〜２０年に１回投与してもよい。治療が成功した後、病態の再発を防止するために患者は維持療法を受けることが望ましく、この場合、オリゴヌクレオチドは、１日１回以上〜２０年に１回、体重１ｋｇ当たり０．０１μｇ〜１００ｍｇの維持用量の範囲で、または０．００１ｍｇ〜１０００ｍｇの範囲で投与される。
投与
本発明の化合物または医薬組成物は、局所的または全身的治療が所望されるかどうか、及び治療される領域に応じて、多くの方法で投与することができる。吸収（すなわち肺）、経腸（すなわち腸）、非経口または局所で投与を行うことができる。
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物及び組成物は、非経口的に投与される。非経口投与として、限定されないが、静脈内、動脈内、皮下、腹腔内、筋肉内、頭蓋内、くも膜下腔内、髄内、脳室内または腫瘍内投与または注入が挙げられる。非経口投与として、鼻腔内投与も含む。
特定の実施形態において、非経口投与は輸液によるものである。輸液は、長期輸液、または、連続輸液、または短期輸液、または間欠輸液であり得る。特定の実施形態において、注入された医薬品はポンプで送達される。
特定の実施形態において、非経口投与は注射によるものである。注入物は注射器またはポンプで送達することできる。特定の実施形態において、注射はボーラス注射である。特定の実施形態において、注射は、組織または器官に直接投与される。
特定の実施形態において、非経口投与のための剤形は、緩衝剤、希釈剤、ならびに浸透増強剤、担体化合物及び他の薬学的に許容される担体または賦形剤を含むがこれらに限定されない、他の好適な添加剤をさらに含有する無菌水溶液を含んでもよい。
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物及び組成物は、経腸的に投与される。経腸投与として、限定されないが、経口、経粘膜的、腸管または直腸（例えば、座薬、浣腸）が挙げられる。特定の実施形態では、化合物または組成物の経腸投与のための製剤として、限定されないが、薬学的担体、賦形剤、粉末剤または粒剤、ナノ微粒子、水中の懸濁液または溶液または非水性培地、カプセル、ゲルカプセル、サッシェ剤、タブレットまたはミニタブレットを挙げることができる。増粘剤、香味剤、希釈剤、乳化剤、分散補助剤、または結合剤が所望され得る。特定の実施形態において、経腸製剤は、本発明で提供する化合物が１種以上の浸透増強剤、界面活性剤及びキレート剤と共に投与されるものである。
特定の実施形態では、投与は、肺投与を含む。特定の実施形態では、肺投与は、吸入によって、対象の肺に、エアゾール化されたオリゴヌクレオチドを送達することを含む。対象がエアゾール化されたオリゴヌクレオチドを吸収した後に、オリゴヌクレオチドは、肺胞マクロファージ、好酸球、上皮、血管内皮及び細気管支内皮を含む正常肺組織及び炎症を起こした組織の両方の細胞に分布する。修飾オリゴヌクレオチドを含む医薬組成物の送達に適した機器として、限定されないが、標準噴霧器が挙げられる。追加の適切な機器として、ドライパウダー吸入器または定量噴霧式吸入器が挙げられる。
特定の実施形態では、医薬組成物は、全身暴露より局所曝露を達成するために投与される。例えば、肺投与は、最小の全身暴露で、肺に医薬組成物を送達する。
共役アンチセンス化合物
特定の実施形態では、本明細書に提供されるオリゴヌクレオチドまたはオリゴマー化合物は、１つまたは複数の共役基の共有結合によって改変される。一般に、共役基は、限定されないが、薬力学、薬物動態、安定性、結合、吸収、細胞分布、細胞取込、負荷、及びクリアランスを含む結合したオリゴヌクレオチドまたはオリゴマー化合物の１つまたは複数の特性を改変する。本明細書で使用されるとき、「共役基」は、オリゴヌクレオチドまたはオリゴマー化合物に結合する原子の基を含むラジカル基を意味する。一般に、共役基は、限定されないが、薬力学、薬物動態、安定性、結合、吸収、細胞分布、細胞取込、負荷、及び／またはクリアランス特性を含む結合する化合物の１つまたは複数の特性を改変する。共役基は、化学分野で通常、使用され、共役基をオリゴヌクレオチドまたはオリゴマー化合物に共有結合させる共役リンカーを含むことができる。特定の実施形態では、共役基は、共役基をオリゴヌクレオチドまたはオリゴマー化合物に共有結合させる切断可能な部分を含む。特定の実施形態では、共役基は、共役基をオリゴヌクレオチドまたはオリゴマー化合物に共有結合させる共役リンカー及び開裂部位を含む。特定の実施形態において、共役基は、以下の式を有する。
Figure 0006833705
 ここで、ｎは、１〜約３であり、ｎが１のときｍは０であるか、またはｎが２もしくは３であるときｍは１であり、ｊは１もしくは０であり、ｋは１もしくは０であり、ｊとｋの合計は少なくとも１である。
特定の実施形態では、ｎが１であり、ｊが１であり、ｋが０である。特定の実施形態では、ｎが１であり、ｊが０であり、ｋが１である。特定の実施形態では、ｎが１であり、ｊが１であり、ｋが１である。特定の実施形態では、ｎが２であり、ｊが１であり、ｋが０である。特定の実施形態では、ｎが２であり、ｊが０であり、ｋが１である。特定の実施形態では、ｎが２であり、ｊが１であり、ｋが１である。特定の実施形態では、ｎが３であり、ｊが１であり、ｋが０である。特定の実施形態では、ｎが３であり、ｊが０であり、ｋが１である。特定の実施形態では、ｎが３であり、ｊが１であり、ｋが１である。
共役基は、ラジカルとして本明細書で示され、オリゴヌクレオチド等のオリゴマー化合物と共有結合を形成するための結合を提供する。特定の実施形態では、オリゴマー化合物の結合点は、３’末端ヌクレオシドまたは修飾ヌクレオシドである。特定の実施形態では、オリゴマー化合物の結合点は、３’末端ヌクレオシドまたは修飾ヌクレオシドの３’−ヒドロキシル基の３’−酸素原子である。特定の実施形態では、オリゴマー化合物の結合点は、５’末端ヌクレオシドまたは修飾ヌクレオシドである。特定の実施形態では、オリゴマー化合物の結合点は、５’末端ヌクレオシドまたは修飾ヌクレオシドの５’−ヒドロキシル基の５’−酸素原子である。特定の実施形態では、オリゴマー化合物の結合点は、ヌクレオシドの任意の反応部位、修飾ヌクレオシドまたはヌクレオシド間結合である。
本明細書で使用するとき、「開裂部位」及び「開裂結合」は、特定の生理学的条件下で、分裂または開裂することができる原子の開裂結合または開裂結合基を意味する。特定の実施形態では、開裂部位は開裂結合である。特定の実施形態では、開裂部位は開裂結合を含む。特定の実施形態では、開裂部位は原子の基である。特定の実施形態では、開裂部位は、細胞またはリソソーム等の細胞内区画の内部で選択的に開裂される。特定の実施形態では、開裂部位は、ヌクレアーゼ等の内在酵素によって、選択的に開裂される。特定の実施形態では、開裂部位は、１、２、３、４、または４つ以上の開裂結合を有する原子の基を含む。
特定の実施形態では、共役基は、開裂部位を含む。特定のそのような実施形態では、開裂部位は、オリゴマー化合物を共役リンカーと共有結合させる。特定のそのような実施形態では、開裂部位は、オリゴマー化合物を細胞標的部位と共有結合させる。
特定の実施形態では、開裂結合は、アミド、ポリアミド、エステル、エーテル、リン酸ジエステルの１つもしくは両方、リン酸エステル、カルバミン酸、ジスルフィド、またはペプチドから選択される。特定の実施形態では、開裂結合は、リン酸ジエステルのエステルの１つである。特定の実施形態では、開裂結合は、リン酸ジエステルのエステルの１つまたは両方である。特定の実施形態では、開裂部位は、オリゴマー化合物と共役基の残りとのリン酸ジエステル結合である。特定の実施形態では、開裂部位は、オリゴマー化合物と共役基の残りとの間に位置する、リン酸ジエステル結合を含む。特定の実施形態では、開裂部位はリン酸塩またはリン酸ジエステルを含む。特定の実施形態では、開裂部位は、リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合のいずれかによって、共役リンカーと結合する。特定の実施形態では、開裂部位は、リン酸ジエステル結合によって共役リンカーと結合する。特定の実施形態では、共役基は開裂部位を含まない。
特定の実施形態では、開裂部位は開裂ヌクレオシドまたは修飾ヌクレオシドである。特定の実施形態では、ヌクレオシドまたは修飾ヌクレオシドは、プリン、置換プリン、ピリミジンまたは置換ピリミジンから選択される任意に保護された複素環式塩基を含む。特定の実施形態では、開裂部位は、ウラシル、チミン、シトシン、４−Ｎ−ベンゾイルシトシン、５−メチルシトシン、４−Ｎ−ベンゾイル−５−メチルシトシン、アデニン、６−Ｎ−ベンゾイルアデニン、グアニン及び２−Ｎ−イソブチリルグアニンから選択されるヌクレオシドである。
特定の実施形態では、開裂部位は、リン酸ジエステル結合によって、オリゴマー化合物の３’末端または５’末端ヌクレオシドのいずれかに結合し、リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合によって、共役基の残りと共結合する、２’−デオキシヌクレオシドである。特定の実施形態では、開裂部位は、リン酸ジエステル結合によって、オリゴマー化合物の３’末端か５’末端ヌクレオシドのいずれかに結合し、リン酸ジエステルまたはホスホロチオエート結合によって、共役基の残りと共結合する、２’−デオキシアデノシンである。特定の実施形態では、開裂部位は、リン酸ジエステル結合によって、３’末端ヌクレオシドまたは修飾ヌクレオシドの３’−ヒドロキシル基の３’−酸素原子に結合する２’−デオキシアデノシンである。特定の実施形態では、開裂部位は、リン酸ジエステル結合によって、５’末端ヌクレオシドまたは修飾ヌクレオシドの５’−ヒドロキシル基の５’−酸素原子に結合する２’−デオキシアデノシンである。特定の実施形態では、開裂部位は、オリゴマー化合物のヌクレオシドまたは修飾ヌクレオシドの２’位に結合する。
本明細書で使用されるとき、共役基に関連する「共役リンカー」は、細胞標的部位を、直接または開裂部位を介してオリゴマー化合物に共有結合させる任意の原子または原子の基を含む共役基の部分を意味する。特定の実施形態では、共役リンカーは、アルキル、アミノ、オキソ、アミド、ジスルフィド、ポリエチレングリコール、エーテル、チオエーテル（−Ｓ−）及びヒドロキシルアミノ（−Ｏ−Ｎ（Ｈ）−）から選択される基を含む。特定の実施形態では、共役リンカーは、アルキル、アミノ、オキソ、アミド、及びエーテル基から選択される基を含む。特定の実施形態では、共役リンカーは、アルキル及びアミド基から選択される基を含む。特定の実施形態では、共役リンカーは、アルキル及びエーテル基から選択される基を含む。特定の実施形態では、共役リンカーは、少なくとも１つのリン酸結合基を含む。特定の実施形態では、共役リンカーは、少なくとも１つのリン酸ジエステル基を含む。特定の実施形態では、共役リンカーは、少なくとも１つの中性結合基を含む。
特定の実施形態では、共役リンカーは、オリゴマー化合物と共有結合する。特定の実施形態では、共役リンカーは、オリゴマー化合物及び分岐基と共有結合する。特定の実施形態では、共役リンカーは、オリゴマー化合物及びテザーリガンドと共有結合する。特定の実施形態では、共役リンカーは、開裂部位と共有結合する。特定の実施形態では、共役リンカーは、開裂部位及び分岐基と共有結合する。特定の実施形態では、共役リンカーは、開裂部位及びテザーリガンドと共有結合する。特定の実施形態では、共役リンカーは、１つまたは複数の開裂結合を含む。特定の実施形態では、共役基は共役リンカーを含まない。
本明細書で使用されるとき、「分岐基」は、２つ以上のテザーリガンド及び共役基の残りと共有結合を形成することができる少なくとも３つの部位を有する原子の基を意味する。一般に、分岐基は、テザーリガンドを、共役リンカー及び／または開裂部位によって、オリゴマー化合物に接続するために、複数の反応部位を提供する。特定の実施形態では、分岐基は、アルキル、アミノ、オキソ、アミド、ジスルフィド、ポリエチレングリコール、エーテル、チオエーテル及びヒドロキシルアミノ基から選択される基を含む。特定の実施形態では、分岐基は、アルキル、アミノ、オキソ、アミド、ジスルフィド、ポリエチレングリコール、エーテル、チオエーテル及びヒドロキシルアミノ基から選択される基を含む、分岐脂肪族基を含む。特定のそのような実施形態では、分岐脂肪族基は、アルキル、アミノ、オキソ、アミド、及びエーテル基から選択される基を含む。特定のそのような実施形態では、分岐脂肪族基は、アルキル、アミノ及びエーテル基から選択される基を含む。特定のそのような実施形態では、分岐脂肪族基は、アルキル及びエーテル基から選択される基を含む。特定の実施形態では、分岐基は単環式系または多環式環系を含む。
特定の実施形態では、分岐基は、共役リンカーと共有結合する。特定の実施形態では、分岐基は、開裂部位と共有結合する。特定の実施形態では、分岐基は、共役リンカー及びテザーリガンドのいずれかと共有結合する。特定の実施形態では、分岐基は、１つまたは複数の開裂結合を含む。特定の実施形態では、共役基は分岐基を含まない。
特定の実施形態では、本明細書で提供される共役基は、少なくとも１つのテザーリガンドを有する細胞標的部位を含む。特定の実施形態では、細胞標的部位は、分岐基と共有結合する２つのテザーリガンドを含む。特定の実施形態では、細胞標的部位は、分岐基と共有結合する３つのテザーリガンドを含む。
本明細書で使用されるとき、「テザー」は、リガンドを共役基の残りに接続させる原子の基を意味する。特定の実施形態では、テザーはそれぞれ、任意の組み合わせのアルキル、置換アルキル、エーテル、チオエーテル、ジスルフィド、アミノ、オキソ、アミド、リン酸ジエステル及びポリエチレングリコールから選択される１つまたは複数の基を含む直鎖脂肪族基である。特定の実施形態では、テザーはそれぞれ、任意の組み合わせのアルキル、エーテル、チオエーテル、ジスルフィド、アミノ、オキソ、アミド、及びポリエチレングリコール基から選択される１つまたは複数の基を含む直鎖脂肪族基である。特定の実施形態では、テザーはそれぞれ、任意の組み合わせのアルキル、置換アルキル、リン酸ジエステル、エーテル及びアミノ、オキソ、アミド基から選択される１つまたは複数の基を含む直鎖脂肪族基である。特定の実施形態では、テザーはそれぞれ、任意の組み合わせのアルキル、エーテル及びアミノ、オキソ、アミド基から選択される１つまたは複数の基を含む直鎖脂肪族基である。特定の実施形態では、テザーはそれぞれ、任意の組み合わせのアルキル、アミノ、及びオキソ基から選択される１つまたは複数の基を含む直鎖脂肪族基である。特定の実施形態では、テザーはそれぞれ、任意の組み合わせのアルキル、及びオキソ基から選択される１つまたは複数の基を含む直鎖脂肪族基である。特定の実施形態では、テザーはそれぞれ、任意の組み合わせのアルキル、及びリン酸ジエステルから選択される１つまたは複数の基を含む直鎖脂肪族基である。特定の実施形態では、テザーはそれぞれ少なくとも１つのリン酸結合基または中性結合基を含む。
特定の実施形態では、テザーは、１つまたは複数の開裂結合を含む。特定の実施形態では、テザーリガンドはそれぞれ分岐基と結合する。特定の実施形態では、テザーリガンドはそれぞれアミド基によって分岐基と結合する。特定の実施形態では、テザーリガンドはそれぞれエーテル基によって分岐基と結合する。特定の実施形態では、テザーリガンドはそれぞれリン酸結合基または中性結合基によって、分岐基と結合する。特定の実施形態では、テザーリガンドはそれぞれリン酸ジエステル基によって分岐基と結合する。特定の実施形態では、テザーはそれぞれアミドまたはエーテル基のいずれかによってリガンドと結合する。特定の実施形態では、テザーはそれぞれエーテル基によってリガンドと結合する。
特定の実施形態では、テザーはそれぞれ、リガンドと分岐基との間の鎖長が約８〜約２０個の原子を含む。特定の実施形態では、テザーはそれぞれ、リガンドと分岐基との間の鎖長が約１０〜約１８個の原子を含む。特定の実施形態では、テザーはそれぞれ、鎖長が約１３個の原子を含む。
特定の実施形態では、本開示は、各リガンドがテザーによって共役基の残りと共有結合する、リガンドを提供する。特定の実施形態では、各リガンドは、標的細胞上の少なくとも１つの種類の受容体について親和性を有するように選択される。特定の実施形態では、哺乳動物の肝細胞上の少なくとも１つの種類の受容体について親和性を有するリガンドが選択される。特定の実施形態では、肝臓アシアロ糖タンパク質レセプター（ｈｅｐａｔｉｃ ａｓｉａｌｏｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒ）（ＡＳＧＰ−Ｒ）について親和性を有するリガンドが選択される。特定の実施形態において、各リガンドは炭水化物である。特定の実施形態では、各リガンドは、独立して、ガラクトース、Ｎ−アセチルガラクトセアミン、マンノース、グルコース、グルコサモン及びフコースから選択される。特定の実施形態において、各リガンドは、Ｎ−アセチルガラクトセアミン（ＧａｌＮＡｃ）である。特定の実施形態では、標的部位は１〜３個のリガンドを含む。特定の実施形態では、標的部位は３個のリガンドを含む。特定の実施形態では、標的部位は２個のリガンドを含む。特定の実施形態では、標的部位は１個のリガンドを含む。特定の実施形態では、標的部位は３個のＮ−アセチルガラクトセアミンリガンドを含む。特定の実施形態では、標的部位は２個のＮ−アセチルガラクトセアミンリガンドを含む。特定の実施形態では、標的部位は１個のＮ−アセチルガラクトセアミンリガンドを含む。
特定の実施形態では、各リガンドは、炭水化物、炭水化物誘導体、修飾炭水化物、多価炭水化物クラスター、多糖、修飾多糖、または多糖誘導体である。特定の実施形態では、各リガンドはアミノ等またはチオ糖である。例えば、アミノ糖は、当該技術分野で既知の任意の数の化合物、例えば、グルコサミン、シアル酸、α−Ｄ−ガラクトサミン、Ｎ−アセチルガラクトサミン、２−アセトアミド−２−デオキシ−Ｄ−ガラクトピラノース（ＧａｌＮＡｃ）、２−アミノ−３−Ｏ−［（Ｒ）−１−カルボキシエチル］−２−デオキシ−β−Ｄ−グルコピラノース（β−ムラミン酸）、２−デオキシ−２−メチルアミノ−Ｌ−グルコピラノース、４，６−ジデオキシ−４−ホルムアミド−２，３−ジ−Ｏ−メチル−Ｄ−マンノピラノース、２−デオキシ−２−スルホアミノ−Ｄ−グルコピラノース及びＮ−スルホ−Ｄ−グルコサミン、及びＮ−グリコロイル−α−ノイラミン酸から選択することができる。例えば、チオ糖は、５−チオ−β−Ｄ−グルコピラノース、メチル２，３，４−トリ−Ｏ−アセチル−１−チオ−６−Ｏ−トリチル−α−Ｄ−グルコピラノシド、４−チオ−β−Ｄ−ガラクトピラノース及びエチル３，４，６，７−テトラ−Ｏ−アセチル−２−デオキシ−１，５−ジチオ−α−Ｄ−ｇｌｕｃｏ−ヘプトピラノシドから成る群から選択される。
特定の実施形態では、本明細書で提供される共役基は、炭水化物クラスターを含む。本明細書で使用されるとき、「炭水化物クラスター」は、２つ以上の炭水化物残基が、テザー基によって分岐基と結合する、共役基の部分を意味する。（例えば、炭水化物共役クラスターの例として、Ｍａｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，“Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ Ｃｏｎｊｕｇａｔｅｄ ｔｏ ａ Ｍｕｌｔｉｖａｌｅｎｔ Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ Ｃｌｕｓｔｅｒ ｆｏｒ Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ，” Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２００３，（１４）：１８−２９，ｗｈｉｃｈ ｉｓ ｉｎｃｏｒｐｏｒａｔｅｄ ｈｅｒｅｉｎ ｂｙ ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ ｉｎ ｉｔｓ ｅｎｔｉｒｅｔｙ、またはＲｅｎｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，“Ｄｅｓｉｇｎ ａｎｄ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ Ｎｏｖｅｌ Ｎ−Ａｃｅｔｙｌｇａｌａｃｔｏｓａｍｉｎｅ−Ｔｅｒｍｉｎａｔｅｄ Ｇｌｙｃｏｌｉｐｉｄｓ ｆｏｒ Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ｏｆ Ｌｉｐｏｐｒｏｔｅｉｎｓ ｔｏ ｔｈｅ Ｈｅｐａｔｉｃ Ａｓｉａｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ，” Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．２００４，（４７）：５７９８−５８０８を参照のこと）。
本明細書で使用されるとき、「修飾炭水化物」は、自然に存在する炭水化物に対して１つまたは複数の化学修飾を有する任意の炭水化物を意味する。
本明細書で使用されるとき、「炭水化物誘導体」は、出発物質または中間体として炭水化物を使用して合成することができる任意の化合物を意味する。
本明細書で使用されるとき、「炭水化物」は、自然に存在する炭水化物、修飾炭水化物、または炭水化物誘導体を意味する。
特定の実施形態では、細胞標的部位が以下の式を有する共役基を提供する。
Figure 0006833705
特定の実施形態では、細胞標的部位が以下の式を有する共役基を提供する。
Figure 0006833705
特定の実施形態では、細胞標的部位が以下の式を有する共役基を提供する。
Figure 0006833705
特定の実施形態において、共役基は以下の式を有する。
Figure 0006833705
上述の共役基、共役基、テザー、共役リンカー、分岐基、リガンド、開裂部位、及びその他の修飾物を含むアンチセンス化合物等の共役オリゴマー化合物のいくつかの調製を教示する代表的な米国特許、米国特許出願公開、及び国際特許出願公開として、限定されないが、米国特許第５，９９４，５１７号、同第６，３００，３１９号、同第６，６６０，７２０号、同第６，９０６，１８２号、同第７，２６２，１７７号、同第７，４９１，８０５号、同第８，１０６，０２２号、同第７，７２３，５０９号、同第２００６／０１４８７４０号、同第２０１１／０１２３５２０号、国際公開第ＷＯ２０１３／０３３２３０号、及び同第ＷＯ２０１２／０３７２５４号が含まれるが、これらに限定されず、これらの各々は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
上述の共役基、共役基、テザー、共役リンカー、分岐基、リガンド、開裂部位、及びその他の修飾物を含むアンチセンス化合物等の共役オリゴマー化合物のいくつかの調製を教示する代表的な出版物には、ＢＩＥＳＳＥＮ ｅｔ ａｌ．，“Ｔｈｅ Ｃｈｏｌｅｓｔｅｒｏｌ Ｄｅｒｉｖａｔｉｖｅ ｏｆ ａ Ｔｒｉａｎｔｅｎｎａｒｙ Ｇａｌａｃｔｏｓｉｄｅ ｗｉｔｈ Ｈｉｇｈ Ａｆｆｉｎｉｔｙ ｆｏｒ ｔｈｅ Ｈｅｐａｔｉｃ Ａｓｉａｌｏｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ：ａ Ｐｏｔｅｎｔ Ｃｈｏｌｅｓｔｅｒｏｌ Ｌｏｗｅｒｉｎｇ Ａｇｅｎｔ”Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．（１９９５）３８：１８４６−１８５２，ＢＩＥＳＳＥＮ ｅｔ ａｌ．，“Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ Ｃｌｕｓｔｅｒ Ｇａｌａｃｔｏｓｉｄｅｓ ｗｉｔｈ Ｈｉｇｈ Ａｆｆｉｎｉｔｙ ｆｏｒ ｔｈｅ Ｈｅｐａｔｉｃ Ａｓｉａｌｏｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ”Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．（１９９５）３８：１５３８−１５４６，ＬＥＥ ｅｔ ａｌ．，“Ｎｅｗ ａｎｄ ｍｏｒｅ ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ ｍｕｌｔｉｖａｌｅｎｔ ｇｌｙｃｏ−ｌｉｇａｎｄｓ ｆｏｒ ａｓｉａｌｏｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｏｆ ｍａｍｍａｌｉａｎ ｈｅｐａｔｏｃｙｔｅｓ”Ｂｉｏｏｒｇａｎｉｃ ＆ Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（２０１１）１９：２４９４−２５００，ＲＥＮＳＥＮ ｅｔ ａｌ．，“Ｄｅｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ Ｕｐｐｅｒ Ｓｉｚｅ Ｌｉｍｉｔ ｆｏｒ Ｕｐｔａｋｅ ａｎｄ Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ ｏｆ Ｌｉｇａｎｄｓ ｂｙ ｔｈｅ Ａｓｉａｌｏｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｏｎ Ｈｅｐａｔｏｃｙｔｅｓ ｉｎ Ｖｉｔｒｏ ａｎｄ ｉｎ Ｖｉｖｏ”Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（２００１）２７６（４０）：３７５７７−３７５８４，ＲＥＮＳＥＮ ｅｔ ａｌ．，“Ｄｅｓｉｇｎ ａｎｄ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ Ｎｏｖｅｌ Ｎ−Ａｃｅｔｙｌｇａｌａｃｔｏｓａｍｉｎｅ−Ｔｅｒｍｉｎａｔｅｄ Ｇｌｙｃｏｌｉｐｉｄｓ ｆｏｒ Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ｏｆ Ｌｉｐｏｐｒｏｔｅｉｎｓ ｔｏ ｔｈｅ Ｈｅｐａｔｉｃ Ａｓｉａｌｏｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ”Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．（２００４）４７：５７９８−５８０８，ＳＬＩＥＤＲＥＧＴ ｅｔ ａｌ．，“Ｄｅｓｉｇｎ ａｎｄ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ Ｎｏｖｅｌ Ａｍｐｈｉｐｈｉｌｉｃ Ｄｅｎｄｒｉｔｉｃ Ｇａｌａｃｔｏｓｉｄｅｓ ｆｏｒ Ｓｅｌｅｃｔｉｖｅ Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ｏｆ Ｌｉｐｏｓｏｍｅｓ ｔｏ ｔｈｅ Ｈｅｐａｔｉｃ Ａｓｉａｌｏｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ”Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．（１９９９）４２：６０９−６１８、及びＶａｌｅｎｔｉｊｎ ｅｔ ａｌ．，“Ｓｏｌｉｄ−ｐｈａｓｅ ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ ｌｙｓｉｎｅ−ｂａｓｅｄ ｃｌｕｓｔｅｒ ｇａｌａｃｔｏｓｉｄｅｓ ｗｉｔｈ ｈｉｇｈ ａｆｆｉｎｉｔｙ ｆｏｒ ｔｈｅ Ａｓｉａｌｏｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ”Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９７，５３（２），７５９−７７０が含まれるが、これらに限定されず、これらの各々は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
特定の実施形態では、共役基として、限定されないが、介入物、リポーター分子、ポリアミン、ポリアミド、ポリエチレングリコール、チオエーテル、ポリエーテル、コレステロール、チオコレステロール、コール酸部分、葉酸、脂質、リン脂質、ビオチン、フェナジン、フェナントリジン、アントラキノン、アダマンタン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン及び染料が挙げられる。特定の共役基、例えば、コレステロール部分（Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１９８９，８６，６５５３−６５５６）、コール酸（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔ．，１９９４，４，１０５３−１０６０）、チオエーテル、例えば、ヘキシル−Ｓ−トリチルチオール（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，１９９２，６６０，３０６−３０９；Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔ．，１９９３，３，２７６５−２７７０）、チオコレステロール（Ｏｂｅｒｈａｕｓｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１９９２，２０，５３３−５３８）、脂肪族鎖、例えば、ドデカンジオールまたはウンデシル残基（Ｓａｉｓｏｎ−Ｂｅｈｍｏａｒａｓ ｅｔ ａｌ．，ＥＭＢＯ Ｊ．，１９９１，１０，１１１１−１１１８；Ｋａｂａｎｏｖ ｅｔ ａｌ．，ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．，１９９０，２５９，３２７−３３０；Ｓｖｉｎａｒｃｈｕｋ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｉｍｉｅ，１９９３，７５，４９−５４）、リン脂質、例えば、ジ−ヘキサデシル−ｒａｃ−グリセリンまたはトリエチル−アンモニウム １，２−ジ−Ｏ−ヘキサデシル−ｒａｃ−グリセロ−３−Ｈ−ホスホン酸塩（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ．，１９９５，３６，３６５１−３６５４；Ｓｈｅａ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１９９０，１８，３７７７−３７８３）、ポリアミンまたはポリエチレングリコール鎖（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ＆Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ，１９９５，１４，９６９−９７３）、またはアダマンタン酢酸（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ．，１９９５，３６，３６５１−３６５４）、パルミチル部分（Ｍｉｓｈｒａ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ，１９９５，１２６４，２２９−２３７）、またはオクタデシルアミンまたはヘキシルアミノ−カルボニル−オキシコレステロール部分（Ｃｒｏｏｋｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｅｘｐ．Ｔｈｅｒ．，１９９６，２７７，９２３−９３７）については、以前に記述されている。
特定の実施形態では、共役基は、活性薬物質、例えば、アスピリン、ワルファリン、フェニルブタゾン、イブプロフェン、スプロフェン、フェンブフェン、ケトプロフェン、（Ｓ）−（＋）−プラノプロフェン、カルプロフェン、ダンシルサルコシン、２，３，５−トリヨード安息香酸、フルフェナム酸、ホリン酸、ベンゾサイアジアザイド、クロロチアジド、ジアゼピン、インドメチシン、バルビツール酸、セファロスポリン、サルファ剤、抗糖尿病薬、抗菌剤または抗生剤を含む。
共役リンカーの非限定的ないくつかの例として、ピロリジン、８−アミノ−３，６−ジオキサオクタン酸（ＡＤＯ）、スクシンイミジル４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１−カルボン酸（ＳＭＣＣ）及び６−アミノヘキサン酸（ＡＨＥＸまたはＡＨＡ）が挙げられる。その他のリンカーとして、限定されないが、置換Ｃ１−Ｃ１０アルキル、置換または非置換Ｃ２−Ｃ１０アルケニルまたは置換もしくは非置換Ｃ２−Ｃ１０アルキニルが挙げられ、ここで、好ましい置換基の非限定的なリストとして、ヒドロキシル、アミノ、アルコキシ、カルボキシ、ベンジル、フェニル、ニトロ、チオール、チオアルコキシ、ハロゲン、アルキル、アリール、アルケニル及びアルキニルが挙げられる。
共役基は、オリゴヌクレオチドの一方の端または両方の端（末端共役基）及び／または任意の内部位置に結合することができる。
特定の実施形態では、共役基は、オリゴマー化合物のオリゴヌクレオチドの３’末端にある。特定の実施形態において、共役基は３’末端の近くにある。特定の実施形態では、共役基は、オリゴマー化合物の３’末端であるが、１つまたは複数の末端基ヌクレオシドの前に結合する。特定の実施形態では、共役基は末端基の内部に置かれる。
細胞培養及びアンチセンス化合物処理
アンチセンス化合物がＴＭＰＲＳＳ６核酸のレベル、活性または発現に与える効果を、様々な細胞型でｉｎ ｖｉｔｒｏで試験することができる。このような分析に使用する細胞型は、商業供給業者（例えば、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ，Ｍａｎａｓｓｕｓ，ＶＡ、Ｚｅｎ−Ｂｉｏ，Ｉｎｃ．，Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｔｒｉａｎｇｌｅ Ｐａｒｋ，ＮＣ、Ｃｌｏｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｗａｌｋｅｒｓｖｉｌｌｅ，ＭＤ）から入手可能であり、市販の試薬（例えば、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）を使用して、供給業者の指示書に従って細胞を培養する。例示的な細胞型としては、ＨｅｐＧ２細胞、Ｈｅｐ３Ｂ細胞、Ｈｕｈ７細胞（肝細胞癌）、初代肝細胞、Ａ５４９細胞、ＧＭ０４２８１繊維芽細胞及びＬＬＣ−ＭＫ２細胞が挙げられるが、これらに限定されない。
アンチセンスオリゴヌクレオチドのｉｎ ｖｉｔｒｏ試験
本明細書では、アンチセンスオリゴヌクレオチドで細胞を処理する方法を記載し、その他のアンチセンス化合物で処理するために、適切に修飾することができる。
一般に、細胞が培養物中で約６０〜８０％コンフルエンスに達した時に、アンチセンスオリゴヌクレオチドで細胞を処理する。
培養細胞にアンチセンスオリゴヌクレオチドを導入するためによく使用される試薬の１つに、カチオン性脂質トランスフェクション試薬ＬＩＰＯＦＥＣＴＩＮ（登録商標）（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）がある。アンチセンスオリゴヌクレオチドをＯＰＴＩ−ＭＥＭ（登録商標）１中のＬＩＰＯＦＥＣＴＩＮ（登録商標）（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）と混合し、所望の最終濃度のアンチセンスオリゴヌクレオチド及び１００ｎＭのアンチセンスオリゴヌクレオチドにつき典型的には２〜１２ｕｇ／ｍＬのＬＩＰＯＦＥＣＴＩＮ（登録商標）濃度を達成する。
アンチセンスオリゴヌクレオチドを培養細胞に導入するために使用される別の試薬は、ＬＩＰＯＦＥＣＴＡＭＩＮＥ ２０００（登録商標）（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）を含む。アンチセンスオリゴヌクレオチドをＯＰＴＩ−ＭＥＭ（登録商標）１還元血清培地（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）中のＬＩＰＯＦＥＣＴＡＭＩＮＥ ２０００（登録商標）と混合し、所望の濃度のアンチセンスオリゴヌクレオチド及び１００ｎＭのアンチセンスオリゴヌクレオチドにつき典型的には２〜１２ｕｇ／ｍＬのＬＩＰＯＦＥＣＴＡＭＩＮＥ（登録商標）濃度を達成する。
培養細胞にアンチセンスオリゴヌクレオチドを導入するために使用される別の試薬は、Ｃｙｔｏｆｅｃｔｉｎ（登録商標）（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）を含む。アンチセンスオリゴヌクレオチドをＯＰＴＩ−ＭＥＭ（登録商標）１還元血清培地（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）中のＣｙｔｏｆｅｃｔｉｎ（登録商標）と混合し、所望の濃度のアンチセンスオリゴヌクレオチド及び１００ｎＭのアンチセンスオリゴヌクレオチドにつき典型的には２〜１２ｕｇ／ｍＬのＣｙｔｏｆｅｃｔｉｎ（登録商標）濃度を達成する。
培養細胞にアンチセンスオリゴヌクレオチドを導入するために使用される別の試薬は、Ｏｌｉｇｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ（商標）（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）である。アンチセンスオリゴヌクレオチドをＯｐｔｉ−ＭＥＭ（商標）−１還元血清培地（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）中でＯｌｉｇｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ（商標）と混合することで、オリゴヌクレオチドに対するＯｌｉｇｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ（商標）の比が、１００ｎＭあたり約０．２対０．８μＬを有する所望のオリゴヌクレオチド濃度を達成する。
アンチセンスオリゴヌクレオチドを培養細胞に導入するために使用される別の試薬は、ＦｕＧＥＮＥ６（Ｒｏｃｈｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ Ｃｏｒｐ．、Ｉｎｄｉａｎａｐｏｌｉｓ、ＩＮ）を含む。アンチセンスオリゴマー化合物を１ｍＬの無血清ＲＰＭＩ中のＦｕＧＥＮＥ６と混合し、１００ｎＭ当たり１〜４μＬのＦｕＧＥＮＥ６のＦｕＧＥＮＥ６対オリゴマー化合物比を有する所望の濃度のオリゴヌクレオチドを達成した。
アンチセンスオリゴヌクレオチドを培養細胞に導入するために使用される別の技術は、エレクトロポーション（Ｓａｍｂｒｏｏｋ ａｎｄ Ｒｕｓｓｅｌｌ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ．Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ．ｔｈｉｒｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ．Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ．２００１）を含む。
細胞は、常法により、アンチセンスオリゴヌクレオチドで処理される。細胞は、典型的にはアンチセンスオリゴヌクレオチド処理の１６〜２４時間後に採取され、その時点で、標的核酸のＲＮＡレベルまたはタンパク質レベルが、当技術分野に知られており、本明細書に記載する方法によって測定される（Ｓａｍｂｒｏｏｋ ａｎｄ Ｒｕｓｓｅｌｌ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ．Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ．ｔｈｉｒｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ．Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ．２００１）。一般に、複数の複製試料で処理を行う場合は、反復した処理の平均としてデータを表す。
使用されるアンチセンスオリゴヌクレオチドの濃度は、細胞株ごとに異なる。特定の細胞株について、最適なアンチセンスオリゴヌクレオチドの濃度を決定する方法は、当該技術分野で既知である（Ｓａｍｂｒｏｏｋ ａｎｄ Ｒｕｓｓｅｌｌ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ．Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ．ｔｈｉｒｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ．Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ．２００１）。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、典型的に、ＬＩＰＯＦＥＣＴＡＭＩＮＥ２０００（登録商標）、リポフェクチンまたはサイトフェクチンでトランスフェクトするときに、１ｎＭ〜３００ｎＭの範囲の濃度で使用される。エレクトロポレーションによるトランスフェクションの場合は、それより高い６２５ｎＭ〜２０，０００ｎＭの範囲の濃度で、アンチセンスオリゴヌクレオチドが使用される。
ＲＮＡ単離
ＲＮＡ分析は、全細胞ＲＮＡまたはポリ（Ａ）＋ｍＲＮＡで行うことができる。ＲＮＡ単離の方法は、当該技術分野で既知である（Ｓａｍｂｒｏｏｋ ａｎｄ Ｒｕｓｓｅｌｌ，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，３ｒｄ Ｅｄ．，２００１）。ＲＮＡは、当技術分野において周知の方法を使って、例えば、製造者が推奨するプロトコルに従って、ＴＲＩＺＯＬ（登録商標）試薬（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）を使用することによって、調製される。
標的レベルまたは発現の阻害の解析
ＴＭＰＲＳＳ６核酸のレベルまたは発現の阻害は、当該技術分野で既知の様々な方法でアッセイすることができる（Ｓａｍｂｒｏｏｋ ａｎｄ Ｒｕｓｓｅｌｌ，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，３ｒｄ Ｅｄ．，２００１）。例えば、標的核酸レベルは、例えばノーザンブロット分析、競合的ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、または定量的リアルタイムＰＣＲによって定量化することができる。ＲＮＡ分析は、全細胞ＲＮＡまたはポリ（Ａ）＋ｍＲＮＡに対して行うことができる。ＲＮＡ単離の方法は当技術分野では周知である。ノーザンブロット分析は、また当該技術分野では典型的なものである。定量的リアルタイムＰＣＲは、製造者の指示書に従って、ＰＥ−Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡから入手可能な市販のＡＢＩ ＰＲＩＳＭ（登録商標）７６００、７７００、または７９００配列検出システムを使用して好都合に達成することができる。
標的ＲＮＡレベルの定量的リアルタイムＰＣＲ分析
標的ＲＮＡレベルの定量化は、製造業者の説明書に従ってＡＢＩ ＰＲＩＳＭ（登録商標）７６００、７７００、または７９００配列検出システム（ＰＥ−Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ）を用いて定量的リアルタイムＰＣＲによって達成することができる。定量的リアルタイムＰＣＲの方法は当技術分野で周知である。
リアルタイムＰＣＲの前に、単離されたＲＮＡは、逆転写酵素（ＲＴ）反応に供され、リアルタイムＰＣＲ増幅のための基質として使用される相補的ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）を生成する。ＲＴ及びリアルタイムＰＣＲ反応は、同じサンプルウェル中で連続的に実施する。ＲＴ及びリアルタイムＰＣＲ試薬は、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ（Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）から入手する。ＲＴリアルタイムＰＣＲ反応は、当業者に周知の方法によって実施される。
リアルタイムＰＣＲによって得られる遺伝子（またはＲＮＡ）標的量は、シクロフィリンＡ等の、発現が一定である遺伝子の発現レベルのいずれかを用いて、またはＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｉｎｃ．Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）を用いて全ＲＮＡを定量することによって正規化される。シクロフィリンＡの発現は、リアルタイムＰＣＲによって、多重化を標的と同時にまたは別個に実行することによって定量化する。全ＲＮＡは、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）ＲＮＡ定量試薬（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｉｎｃ．Ｅｕｇｅｎｅ，ＯＲ）を用いて定量される。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によるＲＮＡ定量化の方法は、Ｊｏｎｅｓ，Ｌ．Ｊ．，ｅｔ ａｌ，（Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，１９９８，２６５，３６８−３７４）に教示されている。ＣＹＴＯＦＬＵＯＲ（登録商標）４０００機器（ＰＥ Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）は、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）蛍光を測定するために使用する。
プローブ及びプライマーは、ＴＭＰＲＳＳ６核酸にハイブリダイズするように設計する。リアルタイムＰＣＲプローブ及びプライマーの設計方法は、当該分野で周知であり、ＰＲＩＭＥＲ ＥＸＰＲＥＳＳ（登録商標）ソフトウェア（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ）等のソフトウェアの使用を含んでもよい。
タンパク質レベルの分析
ＴＭＰＲＳＳ６核酸のアンチセンス阻害は、ＴＭＰＲＳＳ６タンパク質レベルを測定することによって評価することができる。ＴＭＰＲＳＳ６のタンパク質レベルは、免疫沈降、ウエスタンブロット分析（イムノブロッティング）、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、定量タンパク質アッセイ、タンパク質活性アッセイ（例えば、カスパーゼ活性アッセイ）、免疫組織化学、免疫細胞化学または蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）等の当該技術分野で周知の様々な方法で評価または定量化することができる（Ｓａｍｂｒｏｏｋ ａｎｄ Ｒｕｓｓｅｌｌ，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，３ｒｄ Ｅｄ．，２００１）。標的に対する抗体を同定し、抗体のＭＳＲＳカタログ（Ａｅｒｉｅ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｂｉｒｍｉｎｇｈａｍ，ＭＩ）等の種々のソースから得ることができるか、または当該技術で周知の従来のモノクローナルまたはポリクローナル抗体生成法で調製することができる。
アンチセンス化合物のｉｎ ｖｉｖｏ試験
ＴＭＰＲＳＳ６の発現を阻害し、身体における鉄の蓄積を減少するといった表現型の変化を起こす能力を評価するために、アンチセンス化合物、例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドの試験を動物で行う。正常な動物、または実験的疾患モデルで、試験を実施してもよい。動物への投与では、アンチセンスオリゴヌクレオチドを、殺菌注射用水またはリン酸緩衝生理食塩水等の薬学的に許容される希釈剤中で製剤化する。投与として、腹腔内、静脈内及び皮下等の非経口経路による投与が挙げられる。アンチセンスオリゴヌクレオチドの投与量及び投薬頻度の計算は、投与経路及び動物の体重等の要因に依存する。１つの実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドを用いた治療期間の後、ＲＮＡを肝組織から単離し、ＴＭＰＲＳＳ６核酸発現の変化を測定する。ＴＭＰＲＳＳ６タンパク質レベルの変化も測定することができる。ＴＭＰＲＳＳ６発現の変化は、ヘプシジン発現レベル、鉄の血漿レベル、及び動物に存在するトランスフェリンの飽和度を決定することによって、測定することができる。
特定の適応症
個体に本明細書に記載の１つまたは複数の組成物または化合物を投与することを含む、個体を治療するための組成物、化合物及び方法を提供する。特定の実施形態では、個体におけるＴＭＰＲＳＳ６発現を減少させるための組成物、化合物及び方法を提供する。特定の実施形態では、ＴＭＰＲＳＳ６核酸を標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む治療有効量の組成物または化合物を個体に投与することによって、個体を治療するための組成物、化合物及び方法を提供する。特定の実施形態では、ＴＭＰＲＳＳ６を標的とするアンチセンス化合物は、ＴＭＰＲＳＳ６を減少させる。特定の実施形態では、ＴＭＰＲＳＳ６の減少を必要とする個体は、鉄蓄積疾患、障害または病態を有しているか、またはそれらに罹患するリスクにある。特定の実施形態では、個体における鉄レベルを減少させる際に使用するために、本明細書に記載の組成物、化合物及び方法を提供する。
特定の実施形態では、鉄蓄積は、個体の疾患、障害または病態を治療するための治療の結果である。特定の実施形態では、治療は、輸血治療である。特定の実施形態では、複数回の輸血は赤血球増加症を引き起こし得る。さらなる実施形態では、複数回の輸血は、動物が貧血を有することに関連する。複数回の輸血を必要とする貧血の例は、遺伝性貧血、遺伝性貧血及び重症慢性溶血である。遺伝性貧血の例として、限定されないが、鎌状赤血球貧血、サラセミア、ファンコニー貧血、ダイアモンド・ブラックファン貧血、シュワックマン・ダイアモンド症候群、赤血球膜障害、グルコース−６−リン酸脱水素酵素欠損症、または遺伝性出血性毛細血管拡張症が挙げられる。特定の実施形態において、サラセミアは、β−サラセミアである。特定の実施形態では、β−サラセミアは、ＨｂＥ／β−サラセミア、重症型β−サラセミア、中間型β−サラセミアまたは軽症型β−サラセミアである。
特定の実施形態では、鉄蓄積は、個体の疾患、障害または病態に起因する。特定の実施形態では、疾患、障害または病態は、遺伝性ヘモクロマトーシスまたはサラセミアである。特定の実施形態では、サラセミアは、非輸血依存性サラセミア（ＮＴＤＴ）またはβ−サラセミアである。特定の実施形態では、β−サラセミアは、ＨｂＥ／β−サラセミア、重症型β−サラセミア、中間型β−サラセミアまたは軽症型β−サラセミアである。
特定の実施形態では、疾患、障害及び／または病態は、過剰な非経口の鉄サプリメント摂取または過剰な食事性鉄摂取に関連する。
本明細書は、ｍＲＮＡまたはタンパク質発現レベル等のヘプシジンレベルを増加させるための組成物、化合物及び方法を提供する。特定の実施形態では、ｍＲＮＡまたはタンパク質発現レベル等のヘプシジンレベルを増加させるために使用される、本明細書に記載のＴＭＰＲＳＳ６を標的とするアンチセンス化合物を提供する。
本明細書は、動物におけるトランスフェリンの飽和度を減少させるための組成物、化合物及び方法を提供する。特定の実施形態では、動物におけるトランスフェリンの飽和度を減少させるために使用される、本明細書に記載のＴＭＰＲＳＳ６を標的とするアンチセンス化合物を提供する。特定の実施形態では、トランスフェリンの飽和度を減少させることによって、赤血球生成について鉄供給が減少する。特定の実施形態では、赤血球生成の減少は、動物における赤血球増加症またはその症状を治療し、予防し、その発症を遅延し、寛解し、かつ／または減少させる。特定の実施形態では、動物における赤血球増加症またはその症状を治療し、予防し、その発症を遅らせ、寛解し、かつ／または減少させる際に使用される、本明細書に記載のＴＭＰＲＳＳ６を標的とするアンチセンス化合物を提供する。特定の実施形態において、赤血球増加症は真性多血症である。特定の実施形態では、ＴＭＰＲＳＳ６を標的とするアンチセンス化合物での治療は、赤血球増加症が赤血球白血病に進行するのを予防または遅延する。
特定の実施形態において、個体におけるＴＭＰＲＳＳ６核酸を標的とする治療有効量のアンチセンス化合物の投与には、アンチセンス化合物に対する個体の応答を判定するために、ＴＭＰＲＳＳ６レベルのモニタリングを伴う。特定の実施形態において、個体におけるＴＭＰＲＳＳ６核酸を標的とする治療有効量のアンチセンス化合物の投与には、個体のヘプシジンレベルのモニタリングを伴う。特定の実施形態において、個体におけるＴＭＰＲＳＳ６核酸を標的とする治療有効量のアンチセンス化合物の投与には、個体の鉄レベルのモニタリングを伴う。特定の実施形態において、個体におけるＴＭＰＲＳＳ６核酸を標的とする治療有効量のアンチセンス化合物の投与には、個体のトランスフェリンの飽和度の評価を伴う。アンチセンス化合物の投与に対する個体の応答は、治療的介入の量及び期間を決定するために医師が使用する。
本明細書では、鉄蓄積疾患、障害または病態に罹患しているまたは罹患しやすい患者を治療するための医薬品を調製する際に使用されるＴＭＰＲＳＳ６を標的とするアンチセンス化合物を含む医薬組成物を提供する。
特定の実施形態では、本明細書に記載の方法は、ＴＭＰＲＳＳ６核酸に相補的な少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０個の連続した核酸塩基部分を有する修飾オリゴヌクレオチドを含むアンチセンス化合物を投与することを含む。
特定の併用療法
特定の実施形態において、本明細書で提供する組成物または化合物を含む第１の薬剤は、１つまたは複数の第２の薬剤と同時投与される。特定の実施形態において、そのような第２の薬剤は、本明細書に記載の第１の薬剤のように、鉄蓄積疾患、障害または病態を治療するように設計されている。特定の実施形態において、そのような第２の薬剤は、本明細書に記載の第１の薬剤のように異なる疾患、障害または病態を治療するように設計されている。特定の実施形態において、そのような第２の薬剤は、本明細書に記載の１つまたは複数の組成物または化合物の望ましくない副作用を治療するように設計される。特定の実施形態において、第１の薬剤は、第２の薬剤の望ましくない副作用を治療するように設計される。特定の実施形態において、第２の薬剤は、第１の薬剤の望ましくない効果を治療するために、第１の薬剤と同時投与される。特定の実施形態において、第２の薬剤を第１の薬剤と同時投与して組合せ効果をもたらす。特定の実施形態において、第２の薬剤を第１の薬剤と同時投与して相乗効果をもたらす。特定の実施形態において、第１及び第２の薬剤の共投与は、薬剤が独立した治療として投与された場合に治療効果または予防効果を達成するために必要とされる用量よりも低い用量の使用を可能にする。特定の実施形態では、同時投与される第２の薬剤の用量は、第２の薬剤が単独で投与される場合に投与される用量と同じである。特定の実施形態では、同時投与される第２の薬剤の用量は、第２の薬剤が単独で投与される場合に投与される用量より少ない。特定の実施形態では、同時投与される第２の薬剤の用量は、第２の薬剤が単独で投与される場合に投与される用量より多い。
特定の実施形態において、第１の薬剤及び１つまたは複数の第２の薬剤は、同時に投与される。特定の実施形態において、第１の薬剤及び１つまたは複数の第２の薬剤は、異なる時間に投与される。特定の実施形態において、第２の薬剤は、第１の薬剤を投与する前に投与される。特定の実施形態において、第２の薬剤は、第１の薬剤を投与した後に投与される。特定の実施形態において、第１の薬剤及び１つまたは複数の第２の薬剤は、単一の医薬製剤に一緒に調製される。特定の実施形態において、第１の薬剤及び１つまたは複数の第２の薬剤は、別々に調製される。
特定の実施形態では、第２の薬剤は、限定されないが、核酸化合物を含む。このような核酸化合物は、ｓｉＲＮＡ、リボザイムまたはＴＭＰＲＳＳ６または別の標的を標的とするアンチセンス化合物を含むことができる。
特定の実施形態では、第２の薬剤として、限定されないが、鉄キレート剤等の非アンチセンス化合物、トランスフェリン、骨形成タンパク質６（ＢＭＰ６）、ヘプシジンアゴニスト、幹細胞、ＴＭＰＲＳＳ６を標的とする抗体または胎児ヘモグロビン（ＨｂＦ）成長薬が挙げられる。さらなる実施形態では、鉄キレート剤は、限定されないが、ＦＢＳ０７０１（ＦｅｒｒｏＫｉｎ）、エクジェイド、デスフェラール、及びデフェリプロンから選択される。特定の実施形態では、ＨＢＦ成長薬として、５−ヒドロキシル尿素、短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）誘導体（例えば、ＨＱＫ１００１）、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ阻害薬（例えば、デシタビン）またはヒストンデアセチラーゼ（ＨＤＡＣ）阻害薬（例えば、Ｚｏｌｉｎａ、パノビノスタットが挙げられる。
特定の実施形態では、第２の薬剤は、限定されないが、静脈切開術または輸血治療を含む。特定の実施形態では、第１の薬剤は、静脈切開術または輸血治療時に同時に投与される。特定の実施形態では、第１の薬剤は、静脈切開術または輸血治療の前に投与される。特定の実施形態では、第１の薬剤は、静脈切開術または輸血治療の後に投与される。特定の実施形態では、本明細書で提供される組成物または化合物の投与によって、個体における静脈切開術または輸血治療の頻度が減少する。特定の実施形態では、本明細書で提供される組成物または化合物の投与によって、静脈切開術または輸血治療の頻度が増加する。特定の実施形態では、本明細書で提供される組成物または化合物の投与によって、静脈切開術または輸血治療に必要な時間が減少する。
特定の化合物
ヒトにおける治療薬としての使用を促進する有益な特性を有する好ましいアンチセンス化合物を、本明細書の例で説明する。簡略して、好ましいアンチセンス化合物の選択に寄与する試験のみを説明する。参照を容易にするために、例の非網羅的要約を以下に提供する。
ＭＯＥギャップマーモチーフを有する約２２００個のアンチセンス化合物またはヒトＴＭＰＲＳＳ６を標的とするモチーフを含むｃＥｔを設計し、細胞に単回投与した後のヒトＴＭＰＲＳＳ６ｍＲＮＡに与える効果について、Ｈｅｐ３Ｂ細胞においてスクリーニングした。実施例１は、さらなる試験のために選択された１００個以上の強力なアンチセンス化合物について、代表的な単回投与のスクリーニングのデータを示す。
ｉｎ ｖｉｔｒｏでの単回投与で試験を行った約２２００個のアンチセンス化合物のうち、約１００個のアンチセンス化合物を選択して用量依存性阻害試験を行い、Ｈｅｐ３Ｂ細胞における最大半量の阻害濃度（ＩＣ５０）を決定した（実施例２）。
ＣＤ−１マウスのおける試験のために、用量反応及び／または単回投与試験におけるその効力に基づいて、約７７個のアンチセンス化合物をさらに選択し、マウスのアンチセンス化合物の耐性（例えば、血漿化学マーカー、体重、臓器の重量）を決定した（実施例３〜４）。
ＣＤ−１マウスにおける耐性について試験を行った約７７個のアンチセンス化合物のうち、約４８個のアンチセンス化合物を選択してＳｐｒａｇｕｅ−Ｄａｗｌｅｙ系ラットにおける試験を行い、ラットの耐性を決定した（実施例５）。
ラットの耐性試験に基づいて、約３２個のアンチセンス化合物を選択して、ヒトＴＭＰＲＳＳ６トランスジェニック（ｈｕＴＭＰＲＳＳ６ ｔｇ）マウスにおける、ｉｎ ｖｉｖｏの効力試験を行った（実施例６）。
マウス試験において、効力及び耐性があると識別されたアンチセンス化合物を、アカゲザルＴＭＰＲＳＳ６遺伝子配列に対する交差反応性について、評価した（実施例７）。本明細書に記載の試験におけるアンチセンス化合物を、カニクイザルで試験を行ったが（実施例１１）、カニクイザルＴＭＰＲＳＳ６配列を、アンチセンス化合物の配列との比較に使用することができなかったため、アンチセンス化合物の配列を、近縁種のアカゲザルの配列と比較した。約７個のアンチセンス化合物が、アカゲザルＴＭＰＲＳＳ６遺伝子配列とミスマッチがないことがわかった。
マウスの効力及び耐性試験の結果、ならびにアカゲザルの配列との相同性に基づいて、先行試験の７個のアンチセンス化合物の配列（５８５７７４、５８５６８３、５８５７７５、６３０７１８、６４７４７７、６４７４４９、６４７４２０）の配列を選択して、より強力にＴＭＰＲＳＳ６レベルを減少させるために、さらなる化学修飾を行った。ＧａｌＮＡｃ共役体を有する８個の新たな化合物（７０２８４３、７０５０５１、７０５０５２、７０５０５３、７０６９４０、７０６９４１、７０６９４２、７０６９４３）を、７個の元のアンチセンス化合物に基づいて設計した（実施例７）。
８個のＧａｌＮＡｃ共役アンチセンス化合物を、ＣＤ−１マウスにおける耐性（例えば、体重、臓器の重量、肝代謝マーカー（例えば、ＡＬＴ、ＡＳＴ及びビリルビン）、腎代謝マーカー（例えば、ＢＵＮ及びクレアチニン）、組織学、血液学的パラメータ（例えば、血液細胞数及びヘマトクリット）等を測定した）について（実施例８）、及びヒトＴＭＰＲＳＳ６トランスジェニックマウスの効力について（実施例９）、マウスを用いて試験した。
８個のＧａｌＮＡｃ共役アンチセンス化合物も、粘度について評価し、８個のうち７個で好ましい粘度レベルを有することが分かり、１個はボーダーラインの許容可能な粘度レベルを有することがわかった（実施例１０）。
マウス及びｉｎ ｖｉｔｒｏの粘度試験において確認された好ましいプロファイルに基づいて、８個のＧａｌＮＡｃ共役アンチセンス化合物に、カニクイザルにおいて、ＴＭＰＲＳＳ６を減少させる効力、耐性、ならびに鉄パラメータ（例えば、ヘプシジンレベル、血清鉄及びトランスフェリン飽和）に対する効果について試験を行った（実施例１１）。８個のＧａｌＮＡｃ共役アンチセンス化合物は、概してカニクイザルにおいて、効力及び耐性があることが分かった。アンチセンス化合物７０５０５１、７０２８４３、７０６９４２及び７０６９４３は、特にＴＭＲＰＳＳ６、血清鉄及びトランスフェリン飽和を減少させる効力があることが分かった。
したがって、本明細書では、治療薬として使用することに有用な１つまたは複数の特徴を有するアンチセンス化合物を提供する。特定の実施形態では、本明細書では、配列番号１〜６のいずれかから選択されるヌクレオチドの領域を標的とする、またはそれに特異的にハイブリダイズすることが可能な、本明細書に記載の修飾オリゴヌクレオチドを含むアンチセンス化合物を提供する。
特定の実施形態では、本明細書に記載の特定のアンチセンス化合物は、ＴＭＰＲＳＳ６発現を阻害する能力を有するために有効である。特定の実施形態において、化合物または組成物は、ＴＭＰＲＳＳ６を少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％または少なくとも９５％阻害する。
特定の実施形態では、本明細書に記載の特定のアンチセンス化合物は、ヒト細胞、例えば、Ｈｅｐ３Ｂ細胞株（実施例２で説明される）において試験するときに、ｉｎ ｖｉｔｒｏのＩＣ５０が２０μＭ未満、１０μＭ未満、８μＭ未満、５μＭ未満、２μＭ未満、１μＭ未満、０．９μＭ未満、０．８μＭ未満、０．７μＭ未満、０．６μＭ未満、また０．５μＭ未満であるために有効である。
特定の実施形態では、本明細書に記載の特定のアンチセンス化合物は、ｉｎ ｖｉｖｏでの半有効量（ＥＤ５０）が≦５ｍｐｋ／ｗｋ、≦４ｍｐｋ／ｗｋ、≦３ｍｐｋ／ｗｋ、≦２ｍｐｋ／ｗｋまたは≦１ｍｐｋ／ｗｋであるために有効である。特定の実施形態では、≦１ｍｐｋ／ｗｋのＥＤ５０を有する好ましいアンチセンス化合物として、実施例８に記載されるアンチセンス化合物７０２８４３、７０６９４０、７０６９４２及び７０６９４３が挙げられる。
特定の実施形態では、本明細書に記載の特定のアンチセンス化合物は、実施例９に記載のように、４０ｃＰ未満、３５ｃＰ未満、３０ｃＰ未満、２５ｃＰ未満、２０ｃＰ未満、１５ｃＰ未満、または１０ｃＰ未満の粘度を有するために有効である。４０ｃＰ超の粘度を有するオリゴヌクレオチドは、最適粘度に満たない粘度を有する。
特定の実施形態では、本明細書に記載の特定のアンチセンス化合物は、例に記載されたｉｎ ｖｉｖｏの耐性の測定値によって示されるように、高い耐性を有する。特定の実施形態では、本明細書に記載の特定のアンチセンス化合物は、生理食塩水で処置された動物と比較したＡＬＴ及び／またはＡＳＴの３倍、２倍、１．５倍以下の増加が示すように、高い耐性を有する。
特定の実施形態では、本明細書に記載の特定のアンチセンス化合物は、５０％超の阻害能力、ＥＤ５０≦１ｍｐｋ／ｗｋ、４０ｃＰ未満の粘度、トランスジェニックマウスにおける３倍以下のＡＬＴ及び／またはＡＳＴの増加の１つまたは複数を有するために有効である。
特定の実施形態では、ＩＳＩＳ ７０２８４３（配列番号３６）が好ましい。当該化合物は、ＴＭＰＲＳＳ６トランスジェニックマウスにおいて強力な阻害薬であり、かつＣＤ−１マウスにおいて非常に耐性のあるアンチセンス化合物であることが分かった。マウスにおいて、当該化合物は、生理食塩水で処置された動物と比較した３倍未満のＡＬＴレベル及び／またはＡＳＴレベルの増加を有した。当該化合物は、ｈｕＴＭＰＲＳＳ６トランスジェニックマウスにおいて、約３３ｃＰの許容可能な粘度及びＥＤ５０≦１ｍｐｋ／ｗｋを有した。また、サルにおいて、当該化合物は、ＴＭＰＲＳＳ６の阻害に最も強力な化合物であった。
特定の実施形態では、ＩＳＩＳ ７０５０５１（配列番号３６）が好ましい。当該化合物は、ＴＭＰＲＳＳ６トランスジェニックマウスにおいて強力な阻害薬であり、かつＣＤ−１マウスにおいて非常に耐性のあるアンチセンス化合物であることが分かった。マウスにおいて、当該化合物は、生理食塩水で処置された動物と比較した３倍未満のＡＬＴレベル及び／またはＡＳＴレベルの増加を有した。当該化合物は、ｈｕＴＭＰＲＳＳ６トランスジェニックマウスにおいて、約２３ｃＰの許容可能な粘度及びＥＤ５０≦３ｍｐｋ／ｗｋを有した。また、サルにおいて、当該化合物は、ＴＭＰＲＳＳ６の阻害に最も強力な化合物であった。
特定の実施形態では、ＩＳＩＳ ７０６９４２（配列番号７７）が好ましい。当該化合物は、ＴＭＰＲＳＳ６トランスジェニックマウスにおいて強力な阻害薬であり、かつＣＤ−１マウスにおいて非常に耐性のあるアンチセンス化合物であることが分かった。マウスにおいて、当該化合物は、生理食塩水で処置された動物と比較した３倍未満のＡＬＴレベル及び／またはＡＳＴレベルの増加を有した。当該化合物は、ｈｕＴＭＰＲＳＳ６トランスジェニックマウスにおいて、約２０ｃＰの許容可能な粘度及びＥＤ５０≦１ｍｐｋ／ｗｋを有した。また、サルにおいて、当該化合物は、ＴＭＰＲＳＳ６の阻害に最も強力な化合物であった。
特定の実施形態では、ＩＳＩＳ ７０６９４３（配列番号７７）が好ましい。当該化合物は、ＴＭＰＲＳＳ６トランスジェニックマウスにおいて強力な阻害薬であり、かつＣＤ−１マウスにおいて非常に耐性のあるアンチセンス化合物であることが分かった。ｈｕＴＭＰＲＳＳ６トランスジェニックマウスにおいて、当該化合物は、生理食塩水で処置された動物と比較した３倍未満のＡＬＴレベル及び／またはＡＳＴレベルの増加を有した。当該化合物は、ｈｕＴＭＰＲＳＳ６トランスジェニックマウスにおいて、約１９ｃＰの許容可能な粘度及びＥＤ５０≦１ｍｐｋ／ｗｋを有した。また、サルにおいて、当該化合物は、ＴＭＰＲＳＳ６の阻害に最も強力な化合物であった。
実施例
参照による非限定的な開示及び組み込み
本明細書に記載されるある特定の化合物、組成物、及び方法が特定の実施形態に従って具体的に記載されているが、以下の実施例は、本明細書に記載される化合物を例証する役割のみを果たし、それを限定するようには意図されていない。本出願に記載の参考文献の各々は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
実施例１：ヒトＩＩ型膜貫通セリンプロテアーゼ６（ＴＭＰＲＳＳ６）を標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチド
約２２００個の新しく設計したキメラアンチセンスオリゴヌクレオチドを、５−１０−５ ＭＯＥギャップマーまたはｃＥＴ含有ギャップマーとして設計した。
５−１０−５ ＭＯＥギャップマーを２０ヌクレオシドの長さのオリゴヌクレオチドとして設計し、中央のギャップセグメントは、１０個の２’−デオキシヌクレオシドを含み、それぞれ５個のヌクレオシドを含む５’方向及び３’方向のウィングセグメントに隣接する。５’ウィングセグメントの各ヌクレオシド及び３’ウィングセグメントの各ヌクレオシドは、２’−ＭＯＥ修飾を有する。各ギャップマーにわたるヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート（Ｐ＝Ｓ）結合である。各ギャップマーにわたる全てのシトシン残基は、５−メチルシトシンである。
ｃＥＴ含有ギャップマーは、様々なデオキシ、ＭＯＥ、及び（Ｓ）−ｃＥｔギャップマーモチーフで設計した。デオキシ、ＭＯＥ、及び（Ｓ）−ｃＥｔオリゴヌクレオチドは、１６ヌクレオシドの長さであり、ヌクレオチドは、ＭＯＥ糖修飾、（Ｓ）−ｃＥｔ糖修飾またはデオキシリボースのいずれかを有する。表３の「化学物質」の列は、各オリゴヌクレオチドの糖修飾を記載している。「ｋ」は、（Ｓ）−ｃＥｔ糖修飾を示し、「ｄ」は、デオキシリボースを示し、「ｅ」は、ＭＯＥ修飾を示す。特に示されない限り、各ギャップマーにわたるヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート（Ｐ＝Ｓ）結合である。各ギャップマーにわたる全てのシトシン残基は、５−メチルシトシンである。
「開始部位」は、ギャップマーがヒト遺伝子配列において標的とされる５’末端ヌクレオシドを示す。「終了部位」は、ギャップマーがヒト遺伝子配列において標的とされる３’末端ヌクレオシドを示す。以下の表に挙げられる各ギャップマーは、配列番号１として本明細書で示されるヒトＴＭＰＲＳＳ６ ｍＲＮＡ（ＧＥＮＢＡＮＫ寄託番号ＮＭ＿１５３６０９．２）、または配列番号２として本明細書で示されるヒトＴＭＰＲＳＳ６ゲノム配列（ヌクレオチド１６８５００００〜１６８９７０００から切断したＧＥＮＢＡＮＫ寄託番号ＮＴ＿０１１５２０．１２の補体）のいずれかを標的とする。以下の表では、「ｎ／ａ」は、アンチセンスオリゴヌクレオチドが１００％の相補性を有する特定の遺伝子配列を標的としないことを示す。
２２００個のキメラアンチセンスオリゴヌクレオチドに、その単回投与がｉｎ ｖｉｔｒｏでＴＭＲＰＳＳ６ ｍＲＮＡに与える効果について試験を行った。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、同様の培養条件を有する一連の試験において少なくとも１回、試験を行った。
試験対象の２２００個のうち、約１１０の強力なアンチセンスオリゴヌクレオチドの代表的な結果を、以下の表１〜３に示す。これらの強力なアンチセンスオリゴヌクレオチドを以下に記載のさらなる試験のために選択した。
表１は、５−１０−５ ＭＯＥギャップマーによるＴＭＰＲＳＳ６ｍＲＮＡの阻害率を示す。ウェル当たり約２０，０００個の細胞の密度で培養されたＨｅｐ３Ｂ細胞を、４，５００ｎＭアンチセンスオリゴヌクレオチドで、エレクトロポレーションを使用してトランスフェクトした。約２４時間の処理時間の後、ＲＮＡを細胞から単離し、ＴＭＰＲＳＳ６ ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３８４０（配列番号９２として本明細書で示される正方向配列ＣＡＡＡＧＣＣＣＡＧＡＡＧＡＴＧＣＴＣＡＡ；配列番号９３としてとして本明細書で示される逆方向配列ＧＧＡＡＴＡＧＡＣＧＧＡＧＣＴＧＧＡＧＴＴＧ；配列番号９４としてとして本明細書で示されるプローブ配列ＡＣＣＡＧＣＡＣＣＣＧＣＣＴＧＧＧＡＡＣＴＴ）を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ＴＭＰＲＳＳ６ ｍＲＮＡレベルを、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定されるように、ＲＮＡ総含有量に従って調節した。未処理の対照細胞と比較して、ＴＭＰＲＳＳ６の阻害率として結果を示す。
Figure 0006833705
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表２は、追加の５−１０−５ ＭＯＥギャップマーによるＴＭＰＲＳＳ６ｍＲＮＡの阻害率を示す。ウェル当たり約２０，０００個の細胞の密度で培養されたＨｅｐ３Ｂ細胞を、５，０００ｎＭアンチセンスオリゴヌクレオチドで、エレクトロポレーションを使用してトランスフェクトした。約２４時間の処理時間の後、ＲＮＡを細胞から単離し、ＴＭＰＲＳＳ６ ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３８４０を使用して、ｍＲＮＡレベルを測定した。ＴＭＰＲＳＳ６ ｍＲＮＡレベルを、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定されるように、ＲＮＡ総含有量に従って調節した。未処理の対照細胞と比較して、ＴＭＰＲＳＳ６の阻害率として結果を示す。
Figure 0006833705
表３は、一連の実験のｃＥｔ含有ギャップマーによるＴＭＰＲＳＳ６ ｍＲＮＡの阻害率を示す。ウェル当たり約２０，０００個の細胞の密度で培養されたＨｅｐ３Ｂ細胞を、２，０００ｎＭアンチセンスオリゴヌクレオチドで、エレクトロポレーションを使用してトランスフェクトした。約２４時間の処理時間の後、ＲＮＡを細胞から単離し、ＴＭＰＲＳＳ６ ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３８４０を使用して、ｍＲＮＡレベルを測定した。ＴＭＰＲＳＳ６ ｍＲＮＡレベルを、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定されるように、ＲＮＡ総含有量に従って調節した。未処理の対照細胞と比較して、ＴＭＰＲＳＳ６の阻害率として結果を示す。
Figure 0006833705
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実施例２：Ｈｅｐ３Ｂ細胞におけるヒトＴＭＰＲＳＳ６を標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドの用量反応
実施例１に記載される単回投与実験において試験を行った約２２００個のアンチセンスオリゴヌクレオチドから選択した約１００個のアンチセンスオリゴヌクレオチドを、ヒトＴＭＰＲＳＳ６ ｍＲＮＡのｉｎ ｖｉｔｒｏ阻害の試験において、Ｈｅｐ３Ｂ細胞中で様々な用量で試験した。
以下の表４の実験では、ウェル当たり１２，０００個の細胞密度で細胞を置き、アンチセンスオリゴヌクレオチドの０．１５μＭ、０．４４μＭ、１．３３μＭ、４．００μＭ及び１２．００μＭの濃度でエレクトロポーションを使用してトランスフェクトした。約１６時間の処理時間の後、ＲＮＡを細胞から単離し、ＴＭＰＲＳＳ６ ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３８４０を使用して、ｍＲＮＡレベルを測定した。ＴＭＰＲＳＳ６ ｍＲＮＡレベルを、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定されるように、ＲＮＡ総含有量に従って調節した。未処理の対照細胞と比較して、ＴＭＰＲＳＳ６の阻害率として結果を示す。「０」は、アンチセンスオリゴヌクレオチドがＴＭＰＲＳＳ６ ｍＲＮＡレベルを減少させなかったことを示す。
各オリゴヌクレオチドの最大半量の阻害濃度（ＩＣ５０）も示す。アンチセンスオリゴヌクレオチドで処理した細胞において、ＴＭＰＲＳＳ６ ｍＲＮＡレベルが、用量依存的に有意に減少した。
Figure 0006833705
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以下の表５の実験では、ウェル当たり５，０００個の細胞密度で細胞を置き、アンチセンスオリゴヌクレオチドの０．１９μＭ、０．５６μＭ、１．６７μＭ及び５．０μＭの濃度でエレクトロポーションを使用してトランスフェクトした。約１６時間の処理時間の後、ＲＮＡを細胞から単離し、ＴＭＰＲＳＳ６ ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３８４０を再度使用して、ｍＲＮＡレベルを測定した。ＴＭＰＲＳＳ６ ｍＲＮＡレベルを、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定されるように、ＲＮＡ総含有量に従って調節した。未処理の対照細胞と比較して、ＴＭＰＲＳＳ６の阻害率として結果を示す。
各オリゴヌクレオチドの最大半量の阻害濃度（ＩＣ５０）も示す。アンチセンスオリゴヌクレオチドで処理した細胞において、ＴＭＰＲＳＳ６ ｍＲＮＡレベルが用量依存的に有意に減少した。
Figure 0006833705
以下の表６の実験では、ウェル当たり２０，０００個の細胞密度で細胞を置き、アンチセンスオリゴヌクレオチドの０．２２μＭ、０．６７μＭ、２．００μＭ及び６．０μＭの濃度でエレクトロポーションを使用してトランスフェクトした。約１６時間の処理時間の後、ＲＮＡを細胞から単離し、ＴＭＰＲＳＳ６ ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲによって測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３８４０を使用して、ｍＲＮＡレベルを測定した。ＴＭＰＲＳＳ６ ｍＲＮＡレベルを、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定されるように、ＲＮＡ総含有量に従って調節した。未処理の対照細胞と比較して、ＴＭＰＲＳＳ６の阻害率として結果を示す。
各オリゴヌクレオチドの最大半量の阻害濃度（ＩＣ５０）も示す。アンチセンスオリゴヌクレオチドで処理した細胞において、ＴＭＰＲＳＳ６ ｍＲＮＡレベルが用量依存的に有意に減少した。
Figure 0006833705
実施例３：ＣＤ１マウスにおけるヒトＴＭＰＲＳＳ６を標的とする５−１０−５ ＭＯＥギャップマーの耐性
ＣＤ１（登録商標）マウス（Ｃｈａｒｌｅｓ Ｒｉｖｅｒ、ＭＡ）は多目的マウスモデルであり、安全性及び有効性試験に頻繁に使用される。マウスを上述の表から選択した約２６個のＩＳＩＳ ５−１０−５ ＭＯＥギャップマーアンチセンスオリゴヌクレオチドで処理し、様々な血漿化学マーカーのレベルの変化を評価した。
処理
６週齢の雄ＣＤ１マウスの群に、５０ｍｇ／ｋｇのＩＳＩＳオリゴヌクレオチドを１週間に２回６週間にわって皮下注射した（１００ｍｇ／ｋｇ／週の用量）。雄ＣＤ１マウスの１つの群には、ＰＢＳを１週間に２回６週間にわたって皮下注射した。最後の投与から４８時間後にマウスを安楽死させ、臓器及び血漿を採取してさらに分析した。
血漿化学マーカー
ＩＳＩＳオリゴヌクレオチドが肝臓及び腎臓の機能に与える効果を評価するために、トランスアミナーゼの血漿レベル（ＡＬＴ及びＡＳＴ）、総ビリルビン（Ｔｂｉｌ）、アルブミン（Ａｌｂ）、クレアチニン（Ｃｒｅａｔ）、及びＢＵＮを、自動臨床化学分析器（Ｈｉｔａｃｈｉ Ｏｌｙｍｐｕｓ ＡＵ４００ｅ、Ｍｅｌｖｉｌｌｅ、ＮＹ）を使用して測定した。結果を表７に示す。アンチセンスオリゴヌクレオチドの予想される範囲外で、肝臓または腎臓機能マーカーいずれかのレベルの変化を引き起こしたＩＳＩＳオリゴヌクレオチドは、さらなる試験で除外した。
Figure 0006833705
体重及び臓器重量
全群のマウスの体重を、実験の開始時と試験終了まで毎週測定した。肝臓、膵臓、腎臓の重量は、試験の最後にも測定し、ベースラインのＰＢＳ対照群と比較した体重及び臓器重量の変化を表８に示す。アンチセンスオリゴヌクレオチドの予想される範囲外で、臓器重量を変化させたＩＳＩＳオリゴヌクレオチドは、さらなる試験から除外した。
Figure 0006833705
これらの耐性試験では、大部分の５−１０−５ ＭＯＥギャップマーアンチセンスオリゴヌクレオチドは、投与から６週間後、良好な耐性を示したことが観察された。
実施例４：ＣＤ１マウスにおけるヒトＴＭＰＲＳＳ６を標的とするｃＥｔ含有オリゴヌクレオチドの耐性
ＣＤ１（登録商標）マウス（Ｃｈａｒｌｅｓ Ｒｉｖｅｒ、ＭＡ）は多目的マウスモデルであり、安全性及び有効性試験に頻繁に使用される。マウスを、上述の表から選択した約５１個のｃＥｔ含有オリゴヌクレオチドで処理し、様々な血漿化学マーカーの変化について評価した。
処理
５〜６週齢の雄ＣＤ１マウスの群（処理群につきｎ＝４）に、２５ｍｇ／ｋｇのＩＳＩＳオリゴヌクレオチドを１週間に２回６週間にわたって皮下注射した（５０ｍｇ／ｋｇ／週の用量）。雄ＣＤ１マウスの１つの群には、ＰＢＳを１週間に２回６週間にわたって皮下注射した。最後の投与から４８時間後にマウスを安楽死させ、臓器及び血漿を採取してさらに分析した。肝臓、腎臓、及び膵臓を組織診断のために採取し、血漿を採取し、特定の血漿化学マーカーのレベルを測定した。
オリゴヌクレオチドを同じ条件で２つの試験群に分け、結果を以下の表に示す。
血漿化学マーカー
ＩＳＩＳオリゴヌクレオチドが肝臓及び腎臓の機能に与える効果を評価するために、トランスアミナーゼの血漿レベル、ビリルビン、アルブミン、クレアチニン、及びＢＵＮを、自動臨床化学分析器（Ｈｉｔａｃｈｉ Ｏｌｙｍｐｕｓ ＡＵ４００ｅ、Ｍｅｌｖｉｌｌｅ、ＮＹ）を使用して測定した。結果を表９〜１０に示す。アンチセンスオリゴヌクレオチドの予想される範囲外で、肝臓機能マーカーまたは腎臓機能マーカーのいずれかのレベルの変化を引き起こしたＩＳＩＳオリゴヌクレオチドは、さらなる試験から除外した。
Figure 0006833705
Figure 0006833705
体重及び臓器重量
全群のマウスの体重を、実験の開始時と試験終了まで毎週測定した。肝臓、膵臓、腎臓の重量は、試験の最後にも測定し、ベースラインであるＰＢＳ対照群と比較した体重及び臓器重量の変化を表１１〜１２に示す。アンチセンスオリゴヌクレオチドの予想される範囲外で、臓器の重量を変化させたＩＳＩＳオリゴヌクレオチドは、さらなる試験から除外した。
Figure 0006833705
Figure 0006833705
実施例５：Ｓｐｒａｇｕｅ−Ｄａｗｌｅｙ系ラットにおけるヒトＴＭＰＲＳＳ６を標的とするオリゴヌクレオチドの耐性
Ｓｐｒａｇｕｅ−Ｄａｗｌｅｙ系ラットは、安全性及び有効性評価に使用される多目的モデルである。ラットを４８個のアンチセンスオリゴヌクレオチドで処理して、上述の実施例に記載される試験のマウスにおけるｉｎ ｖｉｔｒｏでの効能及び耐性を示すことが分かり、様々な血漿化学マーカーのレベルの変化について評価した。
処理
雄Ｓｐｒａｇｕｅ−Ｄａｗｌｅｙ系ラット（およそ８週齢）を１２時間の明／暗周期に保持し、Ｐｕｒｉｎａ正常ラット固形飼料、食餌５００１を自由に摂取させた。４匹のＳｐｒａｇｕｅ−Ｄａｗｌｅｙ系ラットの群に、それぞれ、１００ｍｇ／ｋｇのＭＯＥギャップマーまたは５０ｍｇ／ｋｇのｃＥｔ含有アンチセンスオリゴヌクレオチドを、１週間に１回６週間にわたって皮下注射した。最後の投与から１〜２日後に、尿中タンパク質／クレアチニン比（Ｐ／Ｃ）をアッセイし、以下に記載の血液評価のために、最後の投与から３日後に血液を採取した。最後の投与から３日後に、ラットを安楽死させ、臓器及び血漿を採取してさらに分析した。
血漿化学マーカー
ＩＳＩＳオリゴヌクレオチドが肝臓及び腎臓の機能に与える効果を評価するために、トランスアミナーゼ（アラニントランスアミナーゼ（ＡＬＴ）及びアスパラギン酸トランスアミナーゼ（ＡＳＴ））の血漿レベル、総ビリルビン（Ｔｂｉｌ）、アルブミン（Ａｌｂ）、クレアチニン（Ｃｒｅａｔ）、及びＢＵＮを、自動臨床化学分析器（Ｈｉｔａｃｈｉ Ｏｌｙｍｐｕｓ ＡＵ４００ｅ、Ｍｅｌｖｉｌｌｅ、ＮＹ）を使用して測定した。結果を表１３に示す。アンチセンスオリゴヌクレオチドの予想される範囲外で、肝臓機能マーカーまたは腎臓機能マーカーのいずれかのレベルの変化を引き起こしたＩＳＩＳオリゴヌクレオチドは、さらなる試験で除外した。
Figure 0006833705
Figure 0006833705
血液アッセイ
約１．３ｍＬの血液の血液サンプルを、利用可能な試験動物それぞれからＫ２−ＥＤＴＡを含む管に採取し、赤血球数（ＲＢＣ）、白血球細胞（ＷＢＣ）の数、個別の白血球数、例えば、単球、好中球、リンパ球のもの、ならびに血小板数、総ヘモグロビン含有量及びヘマトクリット（ＨＣＴ）を測定して分析するために、ＩＤＥＸＸ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｉｎｃ．（Ｆｒｅｍｏｎｔ，ＣＡ）に送った。結果を表１５に示す。アンチセンスオリゴヌクレオチドの予想される範囲外で、血液マーカーのいずれかのレベルの変化を引き起こしたＩＳＩＳオリゴヌクレオチドは、さらなる試験で除外した。
Figure 0006833705
体重及び臓器重量
全群のラットの体重を、実験の開始時と試験終了まで毎週測定した。肝臓、膵臓、腎臓の重量は、試験の最後にも測定し、ベースラインであるＰＢＳ対照群と比較した体重及び臓器重量の変化を表１６に示す。アンチセンスオリゴヌクレオチドの予想される範囲外で、臓器重量を変化させたＩＳＩＳオリゴヌクレオチドは、さらなる試験から除外した。
Figure 0006833705
実施例６：トランスジェニックマウスモデルにおけるＴＭＰＲＳＳ６のアンチセンス阻害の効果
上記ラットの試験において耐性を確認した約３２個のアンチセンスオリゴヌクレオチドを、ヒトＴＭＰＲＳＳ６導入遺伝子（「ｈｕＴＭＰＲＳＳ６」または「Ｔｇ」マウス）を有するマウスのヒトＴＭＰＲＳＳ６ ｍＲＮＡ転写を減少させる能力についてさらに評価した。
処理
８〜１６週齢の雄及び雌ｈｕＴＭＰＲＳＳ６トランスジェニックマウスに、ＴＭＰＲＳＳ６を標的とするＩＳＩＳアンチセンスオリゴヌクレオチドを１回の投与につき６ｍｇ／ｋｇで２週間にわたって５回（合計３０ｍｇ／ｋｇ）皮下注射により投与するか、または対照としてＰＢＳを投与した。各処理群は４匹のマウスで構成した。最後の投与から４８時間後に、各マウスから血液を採取し、マウスを屠殺して、組織を回収した。
ＲＮＡ分析
試験の最後に、肝臓のＴＭＰＲＳＳ６ ｍＲＮＡ発現についてリアルタイムＰＣＲ分析を行うために、肝臓からＲＮＡを抽出した。結果は、ＰＢＳで処理された動物に対する阻害率として、表１７に示す。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ４５８６（配列番号８６として本明細書で示される正方向配列ＴＧＡＴＡＡＣＡＧＣＴＧＣＣＣＡＣＴＧ；配列番号８７として本明細書で示される逆方向配列ＴＣＡＣＣＴＴＧＡＡＧＧＡＣＡＣＣＴＣＴ；配列番号８８として本明細書で示されるプローブ配列ＡＧＴＴＣＴＧＣＣＡＣＡＣＣＴＴＧＣＣＣＡ）を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。ｍＲＮＡレベルを、ハウスキーピング遺伝子のシクロフィリンＡのレベルで正規化し、プライマープローブセットｍＣＹＣＬＯ＿２４（配列番号８９として本明細書で示される正方向プライマーＴＣＧＣＣＧＣＴＴＧＣＴＧＣＡ；配列番号９０として本明細書で示される逆方向プライマーＡＴＣＧＧＣＣＧＴＧＡＴＧＴＣＧＡ；配列番号９１として本明細書で示されるプローブＣＣＡＴＧＧＴＣＡＡＣＣＣＣＡＣＣＧＴＧＴＴＣ）を使用して測定した。
Figure 0006833705
実施例７：ＧａｌＮＡｃ３標的ＴＭＰＲＳＳ６と共役されるアンチセンス化合物
上記実施例において、効力及び耐性が確認されたＴＭＰＲＳＳ６を標的とする選択されたアンチセンスオリゴヌクレオチドの配列を親配列として選択して、ヒトＴＭＰＲＳＳ６を標的とする新たなＧａｌＮＡｃ３共役アンチセンス化合物を設計した。
以下の表１８を要約されているように、当該実施例に記述される、新たに設計されたアンチセンス化合物のそれぞれは、５’−トリスヘキシルアミノ−（ＴＨＡ）−Ｃ６ＧａｌＮＡｃ３エンドキャップを有した。ＩＳＩＳ ７０２８４３は、５’−トリスヘキシルアミノ−（ＴＨＡ）−Ｃ６ＧａｌＮＡｃ３エンドキャップと混合した（ホスホロチオエート及びリン酸ジエステル基）骨格を有する５−１０−５ ＭＯＥギャップマーであった。ＩＳＩＳ ７０５０５１、７０５０５２及び７０５０５３は、５’−トリスヘキシルアミノ−（ＴＨＡ）−Ｃ６ＧａｌＮＡｃ３エンドキャップを含むホスホロチオエート骨格を有する５−１０−５ ＭＯＥギャップマーであった。ＩＳＩＳ ７０６９４０は、全てのホスホロチオエートヌクレオシド間結合及び５’−トリスヘキシルアミノ−（ＴＨＡ）−Ｃ６ＧａｌＮＡｃ３エンドキャップを有する３−１０−３ｃＥｔギャップマーであり、ＩＳＩＳ ７０６９４１、７０６９４２及び７０６９４３はデオキシ、ＭＯＥ、及び５’−トリスヘキシルアミノ−（ＴＨＡ）−Ｃ６ＧａｌＮＡｃ３エンドキャップ含むホスホロチオエート骨格を有する（Ｓ）−ｃＥｔ含有ギャップマーである。
Figure 0006833705
表１８に記載のオリゴヌクレオチド配列は全て、ヒトとアカゲザル配列の両方に相補的であった。本明細書に記載の試験が行われたとき、ＴＭＰＲＳＳ６についてのカニクイザルゲノム子配列は、国立バイオテクノロジー情報センター（ＮＣＢＩ）で入手できなかったため、ヒトＴＭＰＲＳＳ６を標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドとカニクイザル遺伝子配列との交差反応を確認することができなかった。代わりに、相同性について、アンチセンスオリゴヌクレオチドの配列とアカゲザル配列とを比較した。アカゲザル配列と相同性を有するＩＳＩＳオリゴヌクレオチドは、カニクイザル配列とも完全に交差反応があることが予測される。
ＧａｌＮＡｃ共役について選択されたアンチセンスオリゴヌクレオチドは、アカゲザルゲノム配列と完全に相補的である（配列番号９５として本明細書で示される、ヌクレオチド３８００００〜４２２０００から切断したＧＥＮＢＡＮＫ寄託番号ＮＷ＿００１０９５１８０．１の補体）。アカゲザル配列に対する各オリゴヌクレオチドの開始部位及び終了部位を表１９に示し、ヒト配列に対する各オリゴヌクレオチドの開始部位及び終了部位を表２０に示す。「開始部位」は、ギャップマーがアカゲザルまたはヒト配列において標的とされる５’末端ヌクレオチドを示す。
Figure 0006833705
Figure 0006833705
実施例８：ＣＤ−１マウスにおけるヒトＴＭＰＲＳＳ６を標的とするＧａｌＮＡｃ３修飾アンチセンスオリゴヌクレオチドの耐性
ＣＤ１（登録商標）マウス（Ｃｈａｒｌｅｓ Ｒｉｖｅｒ、ＭＡ）を、上記表１８に記載されるＩＳＩＳ ＧａｌＮＡｃ３修飾アンチセンスオリゴヌクレオチドで処理し、様々な血漿化学マーカーのレベルの変化について評価した。
処理
６週齢の雄ＣＤ１マウスの群（処理群につきｎ＝４）に、４０ｍｇ／ｋｇのＩＳＩＳ ＭＯＥギャップマーＧａｌＮＡｃ３修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド（８０ｍｇ／ｋｇ／週の用量）、または上記表１４の２０ｍｇ／ｋｇのＩＳＩＳ（Ｓ）−ｃＥｔ含有ギャップマーＧａｌＮＡｃ３修飾アンチセンスオリゴヌクレオチド（４０ｍｇ／ｋｇ／週の用量）を１週間に２回６週間にわたって皮下注射した。雄ＣＤ１マウスの１つの群には、ＰＢＳを１週間に２回６週間にわたって皮下注射した。最後の投与から４８時間後にマウスを安楽死させ、臓器及び血漿を採取してさらに分析した。肝臓、腎臓、膵臓、心臓及び肺を組織診断のために採取し、血漿を採取して特定の血漿化学マーカーのレベルを測定した。
血漿化学マーカー
ＩＳＩＳ ＧａｌＮＡｃ３修飾アンチセンスオリゴヌクレオチドが肝臓及び腎臓の機能に与える効果を評価するために、トランスアミナーゼの血漿レベル、ビリルビン、アルブミン、クレアチニン、及びＢＵＮを、自動臨床化学分析器（Ｈｉｔａｃｈｉ Ｏｌｙｍｐｕｓ ＡＵ４００ｅ、Ｍｅｌｖｉｌｌｅ、ＮＹ）を使用して測定した。結果を表２１に示す。アンチセンスオリゴヌクレオチドの予想される範囲外で、肝臓機能マーカーまたは腎臓機能マーカーのいずれかのレベルの変化を引き起こしたＩＳＩＳオリゴヌクレオチドは、さらなる試験から除外した。
Figure 0006833705
体重及び臓器重量
全群のマウスの体重を、実験の開始時と試験終了まで毎週測定した。肝臓、腎臓及び膵臓の重量は、試験の最後にも測定し、ベースラインのＰＢＳ対照群と比較した体重及び臓器重量の変化を表２２に示す。アンチセンスオリゴヌクレオチドの予想される範囲外で、臓器の重量を変化させたＩＳＩＳオリゴヌクレオチドは、さらなる試験から除外した。
Figure 0006833705
血液検査
ＣＤ１マウスにおけるＩＳＩＳ ＧａｌＮＡｃ３修飾アンチセンスオリゴヌクレオチドが血液学的パラメータに与える効果について評価するために、約１．３ｍＬの血液の血液サンプルを、利用可能な試験動物それぞれからＫ２−ＥＤＴＡを含む管に採取した。サンプルは、赤血球（ＲＢＣ）の数、白血球細胞数（ＷＢＣ）、個別の白血球数、例えば、単球、好中球、リンパ球のもの、ならびに血小板数、ヘモグロビン含有量及びヘマトクリットについて、ＡＤＶＩＡ１２０血液分析器（Ｂａｙｅｒ、ＵＳＡ）を使用して分析した。結果を表２３に示す。
データは、オリゴヌクレオチドが、当該用量で、アンチセンスオリゴヌクレオチドについての予想範囲を超えて、血液学的パラメータを有意に変化させなかったことを示している。概して、ＩＳＩＳ ＧａｌＮＡｃ共役アンチセンスオリゴヌクレオチドは、マウスの血液学的パラメータの観点から耐性が良好であった。
Figure 0006833705
ＣＤ−１マウスの肝臓、腎臓、心臓及び肺におけるＧａｌＮＡｃ共役ＴＭＰＲＳＳ６アンチセンス化合物の組織学的評価を実施した。概して、ＧａｌＮＡｃ３共役アンチセンスオリゴヌクレオチドは、非共役オリゴヌクレオチドより腎臓において約８倍の活性を有する用量で投与したにもかかわらず、ＴＭＰＲＳＳ６の阻害に良好な耐性を有する有用な化合物であり、鉄蓄積疾患、障害または病態の治療の重要な候補である。
実施例９：ｈｕＴＭＰＲＳＳ６トランスジェニックマウスにおけるＴＭＰＲＳＳ６を標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドの用量反応
ＴＭＰＲＳＳ６（ＩＳＩＳ番号７０２８４３、７０５０５１、７０５０５２、７０５０５３、７０６９４０、７０６９４１、７０６９４２及び７０６９４３）を標的とする８個のＩＳＩＳＧａｌＮＡｃ３修飾アンチセンスオリゴヌクレオチドならびに２つの親化合物（ＩＳＩＳ５８５７７４及びＩＳＩＳ６３０７１８）に対して、ｈｕＴＭＰＲＳＳ６トランスジェニックマウスにおけるヒトＴＭＰＲＳＳ６ ｍＲＮＡ発現を阻害する能力について用量反応試験で試験を行い、評価した。
処理
ｈｕＴＭＰＲＳＳ６ Ｔｇマウスを１２時間の明／暗周期で保持し、正常ラット固形飼料を自由に摂取させた。マウスは、実験の開始前に研究施設で少なくとも７日間順応させた。アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）を緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）で調製し、０．２ミクロンのフィルターで濾過することによって無菌にした。オリゴヌクレオチドを０．９％のＰＢＳに、注射のために溶解した。
およそ３．５〜４．５週齢の雄及び雌ｈｕＴＭＰＲＳＳ６マウスを、それぞれ４匹のマウスの４４の群に分けた（各群、２匹の雄と２匹の雌の群）。マウスにＩＳＩＳオリゴヌクレオチドを１週間に２回３週間にわたって皮下注射した。マウスの１つの群に、ＰＢＳを、１週間に２回３週間にわたって皮下注射した。最後の投与から４８時間後に、各マウスから血液を採取し、マウスを屠殺し、組織を採取した。
ＲＮＡ分析
処理期間の最後に、ヒトＴＭＰＲＳＳ６ ｍＲＮＡ発現の定量的リアルタイムＰＣＲ分析及び測定を行うために、全ＲＮＡをトランスジェニックマウスの肝臓から抽出した。ＴＭＰＲＳＳ６ ｍＲＮＡレベルを、ハウスキーピング遺伝子のシクロフィリンＡのレベルで正規化し、ｍＣＹＣＬＯ＿２４プライマープローブセットを使用して、標準プロトコルに従って測定した。結果は、ＰＢＳ処理対照に正規化され、「％ＰＢＳ」として示される各処理群についてのＴＭＰＲＳＳ６ ｍＲＮＡレベルの平均パーセントとして、以下の表２４に示す。１００超の値は、単純に「１００」として示される。負の値は、単純に「０」として示される。
ヒトプライマープローブセットＲＴＳ４５８６（配列番号８６として本明細書で示される正方向配列ＴＧＡＴＡＡＣＡＧＣＴＧＣＣＣＡＣＴＧ；配列番号８７として本明細書で示される逆方向配列ＴＣＡＣＣＴＴＧＡＡＧＧＡＣＡＣＣＴＣＴ；配列番号８８として本明細書で示されるプローブ配列ＡＧＴＴＣＴＧＣＣＡＣＡＣＣＴＴＧＣＣＣＡ）を使用してｍＲＮＡレベルを測定した。
Figure 0006833705
血漿化学マーカー
ＩＳＩＳオリゴヌクレオチドが肝臓及び腎臓の機能に与える効果を評価するために、トランスアミナーゼの血清レベル、ビリルビン及びＢＵＮを、自動臨床化学分析器（Ｈｉｔａｃｈｉ Ｏｌｙｍｐｕｓ ＡＵ４００ｅ、Ｍｅｌｖｉｌｌｅ、ＮＹ）を使用して測定し、以下の表２５に示した。アンチセンスオリゴヌクレオチドの予想される範囲外で、肝臓機能マーカーまたは腎臓機能マーカーのいずれかのレベルの変化を引き起こしたＩＳＩＳオリゴヌクレオチドは、さらなる試験から除外した。
Figure 0006833705
全てのＧａｌＮＡｃ共役ＡＳＯは耐性が良好であり、臓器重量及び体重ならびに血清トランスアミナーゼレベルの大きな変化を示さなかった。
各ＡＳＯの最大半量有効用量（ＥＤ５０）を計算し、以下の表２６に表す。
Figure 0006833705
ＥＤ５０計算値は、ＧａｌＮＡｃ共役ＡＳＯが、非共役ＡＳＯより約１０倍もの効能があることを示した。ＩＳＩＳ ７０２８４３は、最も強力なＧａｌＮＡｃ共役５−１０−５ ＭＯＥギャップマー化合物であった。
実施例１０：ＴＭＰＲＳＳ６を標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドの粘度の評価
アンチセンスオリゴヌクレオチドの粘度を、４０ｃＰ超の粘度を有するアンチセンスオリゴヌクレオチドを排除するために測定した。４０ｃＰ超の粘度を有するオリゴヌクレオチドは、対象への投与に適してない。
ＩＳＩＳオリゴヌクレオチド（３２〜３５ｍｇ）を、ガラス製バイアルに加え、１２０μＬの水を添加し、アンチセンスオリゴヌクレオチドを５０℃でバイアルを加熱することによって、溶液に溶解させた。加熱前の試料の部分（７５μＬ）をマイクロ粘度計（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ）に分注した。マイクロ粘度計の温度を２５℃に設定し、試料の粘度を測定した。加熱前の試料の別の部分（２０μＬ）を、８５℃、２６０ｎＭでのＵＶ読み取り（Ｃａｒｙ ＵＶ ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔ）を行うために、１０ｍＬの水に分注した。結果は表２７に示されるが、大部分のＧａｌＮＡｃアンチセンスオリゴヌクレオチドの溶液は、前述の基準の下で粘度が最適であることを示している。アンチセンスオリゴヌクレオチド７０６９４１は、試験を行ったアンチセンスオリゴヌクレオチドの中で唯一、４０ｃＰ超の粘度レベルを有するものであった。
Figure 0006833705
実施例１１：カニクイザルにおける、ＧａｌＮＡｃ３共役体を含むＴＭＰＲＳＳ６を標的とするオリゴヌクレオチドによるｉｎ ｖｉｖｏでのアンチセンス阻害
当該試験が行われたとき、ＴＭＰＲＳＳ６についてのカニクイザルゲノム配列は、国立バイオテクノロジー情報センター（ＮＣＢＩ）のデータベースで入手できなかったため、ヒトＴＭＰＲＳＳ６を標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドとカニクイザル遺伝子配列との交差反応を確認することができなかった。代わりに、上記実施例６に記載されるように、相同性について、アンチセンスオリゴヌクレオチドの配列をアカゲザル配列と比較した。アカゲザル配列に対する相同性を有するＩＳＩＳオリゴヌクレオチドは、カニクイザル配列とも完全に交差反応があることが予測される。
カニクイザルにおいて試験するために選択された１０個のヒトＴＭＰＲＳＳ６アンチセンスオリゴヌクレオチドは、上記実施例６に記載されるアカゲザルゲノム配列（配列番号９５）と０のミスマッチを有した。
試験デザイン
１０個のアンチセンスオリゴヌクレオチドを、有効性及び耐性について、ならびに肝臓及び腎臓の薬物動態プロファイルについて、雄カニクイザルにおけるＴＭＰＲＳＳ６ｍＲＮＡのアンチセンス阻害の１３週にわたる試験で評価した。サルを、８個のＩＳＩＳ ＧａｌＮＡｃ３修飾ＡＳＯ、及び表２８に示されるＴＭＰＲＳＳ６を標的とする２個の非共役親アンチセンスオリゴヌクレオチドアンチセンスオリゴヌクレオチドを皮下投与することによって処理した。
Figure 0006833705
ＧａｌＮＡｃ共役ＡＳＯの高用量（３０ｍｐｋ）の群により毒性を評価した。ＧａｌＮＡｃ共役ＡＳＯの低用量（５ｍｐｋ）の群と、対応する非共役親配列とを比較して活性を評価した。群２、３、６、７及び８は、同じ配列であり、混合された骨格（ＭＢＢ）化合物ＩＳＩＳ番号７０２８４３を、低用量と高用量の両方で試験し、さらに完全なホスホロチオエート化合物ＩＳＩＳ第７０５０５１と比較した（同様に低用量と高用量の両方で試験した）。群９、１０、１１及び１４は、同じ配列であり、ＩＳＩＳ番号７０６９４０を、低用量と高用量の両方で試験した。
処理
試験の前に、サルを隔離し、その間、総体的な健康を毎日観察した。サルは２〜４歳であり、体重が２〜４ｋｇであった。５６匹のカニクイザルを、１群につき４匹のサルの１４の処理群にランダムに割り付けた。サルに、ＩＳＩＳオリゴヌクレオチドまたはＰＢＳを、適切な大きさのステンレス鋼投与針及びシリンジを使用して、最初の週は１日おきに、その後は１週間に１回の合計１５回を１１週間にわたって皮下注射した。最初の投与の前１週目、その後９日目、１６日目、３０日目、４４日目、５８日目、７２日目、及び８６日目に再び尾を出血させた。
試験期間中、病気または苦痛の兆候について、サルを１日２回観察した。処理、怪我または病気による瞬間的なまたはわずかな痛みまたは苦痛より大きな痛みまたは苦痛を経験している動物に対して、獣医学のスタッフが、試験責任者との相談の後、承認された鎮痛薬または薬剤を使用して治療を行い、痛みを取り除いた。健康状態が良くないまたは瀕死状態であると考えられる動物を特定して、さらなるモニタリングを行い、安楽死を想定した。動物の安楽死を計画して８６日目に実行した。実施例に記載のプロトコルは、動物実験委員会（Ｉｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌ Ａｎｉｍａｌ Ｃａｒｅ ａｎｄ Ｕｓｅ Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ（ＩＡＣＵＣ））によって承認された。
最初の投与の前、及びその後の様々な時点で、臨床病理エンドポイント（血液検査、臨床化学、凝固、補体Ｂｂ及びＣ３、サイトカイン及びケモカイン分析）のために血液を採取し、尿中の化学的性質を測定した。実験期間のベースライン及び最後に、肝臓のＴＭＰＲＳＳ６ ｍＲＮＡ発現、血清ヘプシジン（Ｉｎｔｒｉｎｓｉｃ ＬｉｆｅＳｃｉｅｎｃｅｓ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）、血清鉄及び血清トランスフェリン飽和等の特定の薬理学的エンドポイントを測定した。試験の最後に、体重及び臓器重量、組織の組織病理、ならびに肝臓及び腎臓のＰＫ分析値を測定した。体重、サイトカインまたはアルブミンレベルの有意な変化は観察されなかった。
ＴＭＰＲＳＳ６ ＲＮＡ分析
試験の最後に、様々なプライマープローブセットを使用する、ＴＭＰＲＳＳ６のｍＲＮＡ発現の測定のリアルタイムＰＣＲ分析のために、肝臓からＲＮＡを抽出した。プライマープローブセットＲＴＳ３８４０を使用した代表的なデータを以下の表に示す。表２９の結果は、生理食塩水対照と比較したＴＭＰＲＳＳ６ ｍＲＮＡの阻害率として表され、シクロフィリン（ｍＣＹＣＬＯ＿２４プライマープローブセット）で正規化した。
Figure 0006833705
ＩＳＩＳ番号７０５０５１、７０２８４３、７０６９４２及び７０６９４３はかなり有効性があり、１３週の投与後に３０ｍｐｋで、≧８９％の標的減少を示した。
ヘプシジン分析
血清ヘプシジンレベルを、以下の表３０に示される時点で測定した。結果をパーセント生理食塩水対照として表す。「−７日目」は、最初の投与が行われる１週間前を示す。
Figure 0006833705
表は、試験期間中に血清ヘプシジンレベルが増加したことを示す。
血清鉄及びトランスフェリン飽和分析
１４の処理群のそれぞれの４匹の対象の平均値を以下の表３１に示す。表３１に示されるように、血清鉄レベル及びトランスフェリン飽和（「Ｔｆ ｓａｔ」）は、対照群と比較して、処理群において８６日目に減少した。
Figure 0006833705
 ある態様において、本発明は以下であってもよい。
［態様１］配列番号１の核酸塩基３１６２〜３１８４の等しい長さの部分と相補的な少なくとも８個の連続した核酸塩基の部分を含む核酸塩基配列を有する１２〜３０個の連結したヌクレオシドから成る修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号１と少なくとも８０％相補的である、前記化合物。
［態様２］前記修飾オリゴヌクレオチドが、１５〜３０、１５〜２５、１５〜２４、１６〜２４、１７〜２４、１８〜２４、１９〜２４、２０〜２４、１９〜２２、２０〜２２、１６〜２０、１６または２０個の連結したヌクレオシドから成る、態様１に記載の化合物。
［態様３］前記修飾オリゴヌクレオチドが、配列番号１の等しい長さの部分と相補的な少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０の連続した核酸塩基の部分を含む核酸塩基配列を含む、態様１に記載の化合物。
［態様４］前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、配列番号１と少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または１００％相補的である、先行態様のいずれかに記載の化合物。
［態様５］配列番号６３、７７の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６個の連続した核酸塩基を含む、核酸塩基配列を有する１２〜３０個の連結したヌクレオシドから成る修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物。
［態様６］配列番号２３、３６、３７の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または２０個の連続した核酸塩基を含む、核酸塩基配列を有する１２〜３０個の連結したヌクレオシドから成る修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物。
［態様７］１２〜３０個の連結したヌクレオシドから成り、配列番号３６の核酸塩基配列の少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または２０個の連続した核酸塩基を含む、核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む、化合物。
［態様８］前記修飾オリゴヌクレオチドが、一本鎖である、前記態様のいずれかに記載の化合物。
［態様９］少なくとも１つのヌクレオシド間結合が、修飾ヌクレオシド間結合である、先行態様のいずれかに記載の化合物。
［態様１０］少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、態様９に記載の化合物。
［態様１１］修飾ヌクレオシド間結合のそれぞれが、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、態様９に記載の化合物。
［態様１２］前記修飾オリゴヌクレオチドが、少なくとも１つの修飾糖を含む、先行態様のいずれかに記載の化合物。
［態様１３］少なくとも１つの修飾糖が、二環糖である、態様１２に記載の化合物。
［態様１４］少なくとも１つの修飾糖が、２’−Ｏ−メトキシエチル、拘束エチル、３’−フルオロ−ＨＮＡ、または４’−（ＣＨ２）ｎ−Ｏ−２’架橋を含み、ここでｎが１または２である、態様１２に記載の化合物。
［態様１５］少なくとも１つのヌクレオシドが、修飾核酸塩基を含む、先行態様のいずれかに記載の化合物。
［態様１６］前記核酸塩基が、５−メチルシトシンである、態様１５に記載の化合物。
［態様１７］前記修飾オリゴヌクレオチドが、１２〜３０個の連結したヌクレオシドから成り、
ａ． 連結したデオキシヌクレオシドから成るギャップセグメント、
ｂ． 連結したヌクレオシドから成る５’ウイングセグメント、及び
ｃ． 連結したヌクレオシドから成る３’ウイングセグメントを含み、
前記ギャップセグメントが、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドが修飾糖を含む、先行態様のいずれかに記載の化合物。
［態様１８］前記修飾オリゴヌクレオチドが、１６〜２０個の連結したヌクレオシドから成る、態様１７に記載の方法。
［態様１９］前記修飾オリゴヌクレオチドが、２０個の連結したヌクレオシドから成り、
ａ．１０個の連結したデオキシヌクレオシドから成るギャップセグメント、
ｂ．５個の連結したヌクレオシドから成る５’ウイングセグメント、及び
ｃ．５個の連結したヌクレオシドから成る３’ウイングセグメントを含み、
前記ギャップセグメントが、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドが、２’−Ｏ−メトキシエチル糖を含み、少なくとも１つのヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエート結合であり、各シトシン残基が、５−メチルシトシンである、態様１７に記載の化合物。
［態様２０］配列番号３６の少なくとも８個の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する２０個の連結したヌクレオシドから成る修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドが、
ａ．１０個の連結したデオキシヌクレオシドから成るギャップセグメント、
ｂ．５個の連結したヌクレオシドから成る５’ウイングセグメント、
ｃ．５個の連結したヌクレオシドから成る３’ウイングセグメント、及び
ｄ．ＧａｌＮＡｃ共役体を含み、
前記ギャップセグメントが５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドが２’−Ｏ−メトキシエチル糖を含み、少なくとも１つのヌクレオシド間結合がホスホロチオエート結合であり、各シトシン残基が５−メチルシトシンである、前記化合物。
［態様２１］配列番号７７の少なくとも８個の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する１６個の連結したヌクレオシドから成る修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドが、
ａ．９個の連結したデオキシヌクレオシドから成るギャップセグメント、
ｂ．３個の連結したヌクレオシドから成る５’ウイングセグメント、
ｃ．４個の連結したヌクレオシドから成る３’ウイングセグメント、及び
ｄ．ＧａｌＮＡｃ共役体を含み、
前記ギャップセグメントが５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に位置し、各ウイングセグメントの各ヌクレオシドが修飾糖を含み、各ヌクレオシド間結合がホスホロチオエート結合であり、各シトシン残基が５−メチルシトシンである、前記化合物。
［態様２２］以下の式：ｍＣｅｓ Ｔｅｏ Ｔｅｏ Ｔｅｏ Ａｅｏ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ Ｇｄｓ Ｇｄｓ ｍＣｅｏ Ａｅｏ Ｇｅｓ ｍＣｅｓ Ｔｅ（配列番号３６）に従う修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物であって、式中、
Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５−メチルシトシン、
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチル修飾ヌクレオシド、
ｄ＝２’−デオキシヌクレオシド、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、前記化合物。
［態様２３］以下の式：ｍＣｋｓ Ａｅｓ Ｇｋｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ Ａｅｓ Ａｅｓ Ａｋｓ Ｇｋ（配列番号７７）に従う修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物であって、式中、
Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５−メチルシトシン、
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチル修飾ヌクレオシド、
ｄ＝２’−デオキシヌクレオシド、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、
ｋ＝拘束エチルである、前記化合物。
［態様２４］共役ＧａｌＮＡｃ部分をさらに含む、先行態様のいずれかに記載の化合物。
［態様２５］以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチド。
Figure 0006833705
 ［態様２６］以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチド。
Figure 0006833705
 ［態様２７］先行態様のいずれかに記載の化合物もしくは修飾オリゴヌクレオチド、またはその塩、及び薬学的に許容可能な担体もしくは希釈剤を含む、組成物。
［態様２８］治療に使用するための、先行態様のいずれかに記載の化合物または修飾オリゴヌクレオチドを含む、組成物。
［態様２９］医薬品の調製に使用するための、先行態様のいずれかに記載の化合物または修飾オリゴヌクレオチドを含む、組成物。
［態様３０］細胞、組織、臓器または動物におけるＴＭＰＲＳＳ６を減少させる際に使用するための、先行態様のいずれかに記載の化合物または修飾オリゴヌクレオチド。
［態様３１］動物における、鉄蓄積を減少し、ヘプシジン発現レベルを増加し、かつ／またはトランスフェリンの飽和度を減少するために使用するための、先行態様のいずれかに記載の化合物または修飾オリゴヌクレオチド。
［態様３２］動物における過剰鉄蓄積に関連する疾患、障害または病態を治療し、予防し、またはその進行を遅らせる際に使用するための、先行態様のいずれかに記載の化合物または修飾オリゴヌクレオチド。
［態様３３］前記疾患、障害または病態が、赤血球増加症、ヘモクロマトーシスまたは貧血である、態様３２に記載の化合物または修飾オリゴヌクレオチド。
［態様３４］前記貧血が、遺伝性貧血、骨髄異形成症候群または重症慢性溶血である、態様３３に記載の化合物または修飾オリゴヌクレオチド。
［態様３５］前記遺伝性貧血が、鎌状赤血球貧血、サラセミア、ファンコニー貧血、ダイアモンド・ブラックファン貧血、シュワックマン・ダイアモンド症候群、赤血球膜傷害、グルコース−６−リン酸脱水素酵素欠損症、または遺伝性出血性毛細血管拡張症である、態様３４に記載の化合物または修飾オリゴヌクレオチド。
［態様３６］前記サラセミアが、β‐サラセミアである、態様３５に記載の化合物または修飾オリゴヌクレオチド。

Claims (19)

  1. 共役基、及び以下の式：ｍＣｅｓ Ｔｅｏ Ｔｅｏ Ｔｅｏ Ａｅｏ Ｔｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ Ｇｄｓ Ｇｄｓ ｍＣｅｏ Ａｅｏ Ｇｅｓ ｍＣｅｓ Ｔｅ（配列番号３６）に従う修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物であって、式中、
    Ａ＝アデニン、
    ｍＣ＝５−メチルシトシン、
    Ｇ＝グアニン、
    Ｔ＝チミン、
    ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチル修飾ヌクレオシド、
    ｄ＝２’−デオキシヌクレオシド、
    ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、
    ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合であり、
    該共役基が、細胞標的部位、共役リンカー、及び開裂部位を含み、
    該細胞標的部位及び該共役リンカーが、以下の化学構造：
    Figure 0006833705
     を有する、上記化合物。
  2. 共役基が、修飾オリゴヌクレオチドの５’末端ヌクレオシドの５’−ヒドロキシル基の５’−酸素原子に結合する、請求項１に記載の化合物。
  3. アニオンの形態が以下の化学構造：
    Figure 0006833705
     （配列番号３６）
    を有する、化合物。
  4. 化合物が塩の形態であり、該塩がナトリウム塩又はカリウム塩である、請求項３に記載の化合物。
  5. 以下の化学構造：
    Figure 0006833705
     （配列番号３６）
    を有する、又はその塩の形態である、化合物。
  6. 塩が、ナトリウム塩又はカリウム塩である、請求項５に記載の化合物。
  7. 請求項１〜６のいずれか１項に記載の化合物を含む、医薬組成物。
  8. 薬学的に許容可能な担体もしくは希釈剤をさらに含む、請求項７に記載の医薬組成物。
  9. 薬学的に許容可能な希釈剤がリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）である、請求項８に記載の組成物。
  10. 請求項１〜６のいずれか１項に記載の化合物及びリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）からなる、請求項９に記載の医薬組成物。
  11. 医薬品の調製に使用するための、請求項１〜６のいずれか１項に記載の化合物を含む、医薬組成物。
  12. 細胞、組織、臓器または動物におけるＴＭＰＲＳＳ６を減少させるための、請求項７〜１０のいずれか１項に記載の医薬組成物。
  13. 動物における、鉄蓄積を減少し、ヘプシジン発現レベルを増加し、かつ／またはトランスフェリンの飽和度を減少するための、請求項７〜１０のいずれか１項に記載の医薬組成物。
  14. 動物における過剰鉄蓄積に関連する疾患、障害または病態を治療し、または予防するための、請求項７〜１０のいずれか１項に記載の医薬組成物。
  15. 疾患、障害または病態が、赤血球増加症、ヘモクロマトーシス、及び貧血から選択される、請求項１４に記載の医薬組成物。
  16. 遺伝性貧血、骨髄異形成症候群、及び重症慢性溶血から選択される疾患、障害または病態を治療し、または予防するための、請求項７〜１０のいずれか１項に記載の医薬組成物。
  17. 遺伝性貧血が、鎌状赤血球貧血、サラセミア、ファンコニー貧血、ダイアモンド・ブラックファン貧血、シュワックマン・ダイアモンド症候群、赤血球膜傷害、グルコース−６−リン酸脱水素酵素欠損症、及び遺伝性出血性毛細血管拡張症から選択される、請求項１６に記載の医薬組成物。
  18. サラセミアを治療し、または予防するための、請求項７〜１０のいずれか１項に記載の医薬組成物。
  19. 前記サラセミアが、α−サラセミア、β−サラセミア（軽症型、中間型、及び重症型）及びδ−サラセミアから選択される、請求項１８に記載の医薬組成物。
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