JP6832479B1 - 立体を形状の狭隘部で分割する画像処理方法、画像処理プログラム、及び画像処理装置 - Google Patents
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Abstract
Description
もう一つのアプローチは、臓器の形状に関する教師データを生成し、深層学習によって臓器のセグメントを生成する方法である。非特許文献1には深層学習を用いてCTの三次元データから肺のセグメントを生成する技術が開示されている。
一方、人体内において、消化器、呼吸器、循環器のように、系統を構成する一連の臓器はそれぞれ食物、空気、血液が通過するために連続している。このため、医用画像においても一連の臓器の境界には数値的な差が存在せず、数値的な差を探索する既存のセグメンテーション技術では系統を構成する一連の臓器を個別臓器に分割できないという問題点があった。
数値的な差を探索しないセグメンテーション技術には、確率モデルや教師データに基づいて臓器のセグメントを作成するものがある。しかし、こうした手法ではその性能を客観的に検証することが難しいという問題点があった。たとえば、こうした手法では確率モデルや教師データが前提としない入力を与えると異常な結果を出すことがあることが知られている。
本発明に係る画像処理方法は、前景領域と当該前景領域以外である背景領域を含み、前景領域と背景領域とを区別する二値三次元データから前景領域内の各ボクセルに対して背景領域との境界からの距離値を算出する距離変換工程と、距離値を整数化することにより、同じ整数値をもつボクセルによって構成される階層を形成する階層形成工程と、階層の内、周囲の階層より大きい整数値をもつ階層を極大値階層とする極大値階層検出工程と、極大値階層に個別番号を付与して核とする核生成工程と、核の外周の階層に属し、核に隣接するボクセルを順に核に追加することにより、前景領域を核と同数のセグメントに分割するセグメント生成工程とを有する。
本発明の実施形態に係る画像処理方法、画像処理プログラム、画像処理装置について、図面を参照して以下に説明する。
画像処理装置(200)は、PACS装置から受け取ったデータをDICOMデータ記憶部(210)にDICOM標準に則ったファイルとして記憶する。
三次元データは、各軸のピッチを1とする単位立方体のボクセルによって構成される。三次元データの単位立方体ボクセルへの変換は、物理ピッチに関わらず、X軸、Y軸、Z軸のピッチを1とする。あるいは、X軸、Y軸、Z軸の物理ピッチが同一になるようリサンプリング処理を施しても良い。また、X軸、Y軸の物理ピッチに対するZ軸の物理ピッチの比が一定となるようにリサンプリング処理を施しても良い。
三次元データのサイズは以後の処理において計算時間に対する影響が大きいため、必要とされる分解能を満たせばリサンプリングによってデータサイズを圧縮しても良い。
三次元データ生成部(220)は、後述する体外領域消去工程(SC1)における二値化の際のノイズの影響を避けるため、三次元データ生成部(220)の入力にガウスフィルタを適用したり、あるいは境界を際立たせるためにエッジ強調を行うなど、各種のフィルタを適用しても良い。フィルタは、アキシャル画像に対する二次元のフィルタでも良い。三次元のフィルタを適用するには、X軸、Y軸、Z軸の物理ピッチが同一になるようなリサンプリング処理を施すことが好ましい。
三次元データ生成部(220)と連結臓器形状抽出部(230)の処理は、結果が変わらない範囲で処理の順番を入れ替えても良い。
本実施形態においては狭隘分割部(240)が医用コンピューター断層撮影装置による三次元データから生成された二値三次元データを処理する一例を示すが、狭隘分割部(240)が処理するデータは、物体を3Dスキャナーによって計測したデータや、三次元CAD装置が出力するデータ等任意の二値三次元データであって良い。
部分断層画像生成部(272)は、臓器領域切出し部(260)が出力した個別臓器の領域について、アキシャル面、コロナル面、サジタル面として表示するための部分断層画像を生成する。
画像表示部(273)は、立体画像生成部(271)、部分断層画像生成部(272)が生成する画像を表示する。
距離変換工程(SA1)は、各前景領域のボクセルについて、背景領域との境界からの最短距離を算出する。ボクセルは単位立方体であるので、距離はボクセル間距離を1とするユークリッド距離である。
階層形成工程(SA2)は、整数化することによって前景領域を階段状の距離値をもつ階層に変換する。整数化は四捨五入によって行う。整数化により、階層は背景領域との境界から前景領域の内側に向かって値が大きくなる階段状の層を形成する。また、階層は前景領域の狭隘部では層数が少ないという性質を示す。
整数化は、切り捨て、切り上げを用いてもよい。また、階層の分解能は計算時間やセグメントの境界面の凹凸の程度に影響するので、距離を整数化する際の単位を1以外の値としても良い。
極大値階層検出工程(SA3)は、階層の内、隣接する階層より大きな整数値を有する階層を極大値階層として検出する。極大値階層は内部に他の階層を包含しない階層と言い換えても良い。階層は背景領域との境界から内部に向かって順次値が大きくなるので、極大値階層は前景領域のふくらみの中心付近に生ずる。
核生成工程(SA4)は、ラベリング処理によって極大値階層に固有の番号を付与し、次工程においてセグメントを生成するための核とする。
セグメント生成工程(SA5)は、核の外周の階層に属し、核に隣接するボクセルを順に核に追加することにより核を拡張し、前景領域を核と同数のセグメントに分割する。
SB1工程は、次工程で選択される所定の階層を示す整数距離値として、最大の整数値をもつ核を囲む階層の整数値である(最大整数値−1)をセットする。
SB2工程は、核の外周の階層に属し、核に隣接するボクセルを順に核に追加する階層ループ工程であり、以下に説明するSB21工程、SB22工程、SB23工程、SB24工程を含む。
SB21工程は、所定の階層を選択する。
SB22工程は、所定の階層の核に隣接するボクセルを順次核に追加するボクセルループ工程であり、以下に説明するSB221工程、SB222工程を含む。
SB221工程は、所定の階層に属し、核に隣接するボクセルを核に追加する。
SB222工程は、所定の階層のボクセルがすべて核に追加されたかどうかを判定し、追加されていないボクセルがあればSB221工程に戻る。
SB23工程は、所定の階層のボクセルがすべて核に追加されると到達する処理であり、所定の階層を示す整数距離値をデクリメントする。
SB24工程は、所定の階層を示す整数距離値が0になったかどうかを判定し、0でなければSB21工程に戻り、0であれば処理を終了する。
所定の階層を示す整数距離値が0となってセグメント生成工程(SA5)が終了すると、前景領域のすべてのボクセルは核と同数のセグメントに分割される。
図4は、三次元データにおいてボクセルが接触する様子を示す。あるボクセル(a)は、(b)に示す面で接触する6個のボクセル、(c)に示す線で接触する12個のボクセル、(d)に示す点で接触する8個のボクセルの、3種類26個のボクセルと接触している。
あるボクセルとこれに接触するボクセルとの中心間距離は、面で接触するボクセルでは1であり、線で接触するボクセルではルート2であり、点で接触するボクセルではルート3である。
核に隣接するボクセルを核に追加する際に、距離が近い順に、面接触ボクセル、線接触ボクセル、点接触ボクセルの順にボクセルループ処理を行うと、セグメントの分割面の凹凸を小さくすることができる。
また、面接触、線接触、点接触するボクセルをすべて隣接ボクセルとして一度に核に追加しても計算時間を短縮することができるが、前景領域の形状により点接触方向への核への追加の進行が面接触方向に比べて速くなることがある。このため、点接触方向に比べて面接触方向のボクセルの核への追加が遅れ、核が拡張される方向によりボクセルが追加される進展度が異なることにより、ボクセルの境界面にひずみが生ずることがある。
セグメントの分割面の凹凸の程度よりも処理時間の短縮を優先する用途においては、隣接を面接触のみとする、あるいは面接触、線接触、点接触のすべてとするとしてもよい。
図5は、X軸、Y軸、Z軸各50要素の三次元空間中に置かれた3つの球が結合した立体図形の場合について、データの中央断面図を示したものである。
(a)は3つの球が結合した二値三次元データである。これに距離変換工程(SA1)と階層化工程(SA2)を施すことにより階層が生成される。(b)は生成された階層を縞模様で表現したものである。(b)は、実際には階層ごとに異なる色彩を用いたカラー画像である。階層に極大値階層検出工程(SA3)を施すことにより、3つの球の中央部に極大値階層が検出される。核生成工程(SA4)により極大値階層には個別番号が付与されるので、(c)においては3つの核は個別番号に対応する異なる色彩で表示される。セグメント生成工程(SA5)により、核が順次拡張されて3つのセグメントが生成される。(d)は前景領域が3つのセグメントに分割されたことを示す。(c)、(d)は、実際は核に与えられた個別番号に対応する色彩を用いたカラー画像である。
(a)は3つのセグメントを同時に示したものである。(b)、(c)、(d)は3つのセグメントをそれぞれ独立に示したものである。これらの図から明らかなように、狭隘分割部(240)の処理は結合した3つの球を示す二値三次元データから凹凸の少ない境界面が生成され、それぞれの球に対応するセグメントに分割されたことを示している。(a)、(b)、(c)、(d)は、実際には核に与えられた個別番号に対応する色彩を用いたカラー画像である。
CTの三次元データにおける呼吸器系統に属する一連の臓器は、体内における最大サイズの空気近似領域として抽出することができる。空気近似領域とは、CT値がHU値(Haunsfiled Unit)で−1000と定義される空気のCT値に近似する値をもつ領域のことである。空気に近似する値とは、たとえばCT値が−200以下の範囲である。
体外領域消去工程(SC1)における二値化は固定しきい値の例を示したが、判別分析法やPタイル法など、他の手段を用いても良い。
図8は、三次元空間の8隅を示す。8隅はX軸、Y軸、Z軸それぞれの最大値と最小値の組み合わせによって得られ、図の小球で示す。直方体の枠内の立体図形は三次元データ空間のイメージを示すために配置した任意図形である。
多くの場合、第二のラベリング処理の結果から最大領域を抽出すれば体外領域が得られるが、三次元データの8隅と連続するラベルとした理由は、CTの三次元データにおいて体外空気近似領域が人体によって複数の領域に分断されることがあるためである。
体外領域のデータを反転させて体外領域を0、それ以外を1としたマスクデータを作り、三次元データ生成部(220)の出力データとボクセルごとの乗算を行うと、体外領域を水のCT値である0で置き換えた体外領域消去データを生成することができる。
最大領域抽出工程(SC3)は、体内空気近似領域に第三のラベリング処理を施し、最も大きい領域を選択する。これにより、呼吸器系統臓器の領域よりも小さい消化器系統臓器内の空気近似領域などが取り除かれ、呼吸器系統臓器の領域を示す二値三次元データを得ることができる。
(a)は入力データである。(b)は体外領域消去工程(SC1)により体外領域を水のCT値である0で置き換え、体外領域を消去したデータである。(c)は体内空気近似領域二値化工程(SC2)により体内空気近似領域を二値化し、最大領域抽出工程(SC3)において第三のラベリング処理により最大領域として抽出された呼吸器系統臓器のデータである。
なお、呼吸器系統臓器の二値三次元データを生成する際に、患者の体内組成、CTの撮影条件、三次元データ生成部や連結臓器形状抽出部における処理パラメーター等により、呼吸器系統臓器の一部が欠損し、あるいは呼吸器系統臓器以外の領域が追加されることがある。
図7に示した呼吸器系統臓器が連結された形状を示す二値三次元データの例においては、気管の径の変動や肺内部に樹枝状に入り込む気管支や細気管支により複雑な形状をしている。そのため、これに狭隘分割部(240)の処理を施すと多数のセグメントが得られる。臓器セグメント生成部(250)は、個別臓器の形状的な特徴を捉えた隣接セグメントの融合処理を行うことにより、個別臓器に対応するセグメントを生成する。
狭隘分割部(240)に与えられる二値三次元データが想定する臓器をすべて含んでいない場合、臓器セグメント生成部(250)の出力においてその臓器が欠損することがある。また、二値三次元データが想定する臓器以外の要素をすべて含んでいる場合、臓器セグメント生成部(250)の出力において想定する臓器以外の要素が生成されることがある。
小セグメント結合工程(SD2)は、小さなセグメントを隣接する大きなセグメントに融合する処理である。この処理を、この条件に該当するセグメント対がなくなるまで繰り返すことにより、小さなセグメントは隣接する大きなセグメントに吸収される。
小さなセグメントとは、たとえば他のセグメントとの隣接面におけるボクセルの総数がそのセグメントのボクセル数の0.1倍を超えるセグメントである。
大セグメント結合工程(SD3)は、セグメント表面形状の微妙な凹凸やセグメントの内部構造などによって、本来単一であるべきセグメントが複数に分割される場合の処理である。セグメントの拡張前の核の最大距離値が大きく、また隣接するセグメントとの接触面におけるボクセルの最大距離値が大きいセグメント対は融合される。この処理を、この条件に該当するセグメント対がなくなるまで繰り返すことにより、本来単一であるべきセグメントが生成される。
大きなセグメント対とは、たとえば隣接するセグメントとそのセグメントの拡張前の核の最大距離値の比が±40%以内のセグメントである。隣接するセグメントとの接触面におけるボクセルの最大距離値が大きいセグメント対とは、たとえば隣接するセグメントとの接触面におけるボクセルの最大距離値がセグメントの拡張前の核の最大距離値の50%を超えるようなセグメント対である。
(a)は狭隘分割部(240)の出力であり、この例においては148個のセグメントが生成されている。(b)はこのセグメントを臓器セグメント生成部(250)によって処理し、生成された臓器である気管、右肺、左肺のセグメントを着色半透明立体表示したものである。この立体表示は、キーボードやマウス等の操作により自由に回転、平行移動、拡大縮小を行うことができるので、呼吸器系統臓器相互の位置関係や詳細な内部構造を直感的に把握することができる。また、着色半透明立体表示された臓器のセグメントでは個別臓器が識別できるので、後述する個別臓器を表示する際に臓器を視覚的に選択する用途に用いることもできる。
(c)、(d)、(e)はそれぞれ右肺、左肺、気管を別個に立体表示したものである。これらの図から明らかなように、臓器セグメント生成部(250)は個別臓器の形状に相当するセグメントを生成する。
図(a)、(b)、(c)、(d)、(e)は白黒画像であるが、実際はセグメントごとに異なる色を用いたカラー画像である。
なお、医用画像では慣例として出力データの左右を反転して表示するので、右肺は左側に表示される。
まず、臓器セグメント生成部(250)から右肺のセグメントを選択する。個別臓器のセグメントの半透明立体表示(300)は、右肺のセグメントを、内部の構造や背面側の形状を可視化するために半透明で立体表示したものである。この立体表示は、キーボードやマウス等の操作により、自由に回転、平行移動、拡大縮小を行うことができるので、臓器の外形や内部構造を直感的に把握することができる。
臓器領域切出し部(260)は、右肺のセグメントに相当する直方体領域を三次元データ生成部(220)の出力から切り出す。断層表示(400)は、切り出された部分断層画像表示であり、アキシャル面(410)、コロナル面(420)、サジタル面(430)の部分断層画像が表示される。これら3種類の断層画像はキーボードやマウス等の操作により、それぞれの面に垂直な軸上の位置を変更することができるので、臓器内の任意の場所を詳細に観察することができる。
このように、本発明を医用画像に適用すると、選択した臓器を含む領域に限定した部分断層画像による診断を行うことができ、また、当該臓器のセグメントを立体表示することにより、医師は読影の際に直感的に立体形状を把握することができるという利点がある。
200 画像処理装置
210 DICOMデータ記憶部
220 三次元データ生成部
230 連結臓器形状抽出部
240 狭隘分割部
241 距離変換部
242 階層形成部
243 極大値階層検出部
244 核生成部
245 セグメント生成部
250 臓器セグメント生成部
260 臓器領域切出し部
270 表示部
271 立体画像生成部
272 部分断層画像生成部
273 画像表示部
SA1 距離変換工程
SA2 階層形成工程
SA3 極大値階層検出工程
SA4 核生成工程
SA5 セグメント生成工程
SB1 所定階層設定
SB2 階層ループ
SB21 所定階層選択
SB22 ボクセルループ
SB221 隣接ボクセル追加
SB223 全ボクセル追加済判定
SB23 所定階層番号デクリメント
SB24 所定階層番号0判定
SC1 体外領域消去工程
SC2 体内空気近似領域二値化工程
SC3 最大領域抽出工程
SD1 単一隣接セグメント結合工程
SD2 小セグメント結合工程
SD3 大セグメント結合工程
300 個別臓器の半透明立体表示
400 個別臓器の断層画像表示
410 アキシャル面部分断層表示
420 コロナル面部分断層表示
430 サジタル面部分断層表示
Claims (8)
- 前景領域と当該前景領域以外である背景領域を含み、前記前景領域と前記背景領域とを区別する二値三次元データから前記前景領域内の各ボクセルに対して前記背景領域との境界からの距離値を算出する距離変換工程と、
前記距離値を整数化することにより、同じ整数値をもつボクセルによって構成される階層を形成する階層形成工程と、
前記階層の内、周囲の階層より大きい整数値をもつ階層を極大値階層とする極大値階層検出工程と、
前記極大値階層に個別番号を付与して核とする核生成工程と、
前記核の外周の前記階層に属し、前記核に隣接するボクセルを順に核に追加することにより、前記前景領域を前記核に対応する複数のセグメントに分割するセグメント生成工程とを有し、
前記セグメント生成工程において、前記複数のセグメントのそれぞれは、狭隘部を境界として分割されていることを特徴とする画像処理方法。 - 前記セグメント生成工程は、所定の整数値を有する階層のボクセルを追加する隣接ボクセル追加工程を含み、前記整数値が、(最大整数値−1)からスタートして、1になるまで繰り返し行うことを特徴とする請求項1に記載の画像処理方法。
- 前記隣接ボクセル追加工程は、前記所定の整数値を有する階層のボクセルは核のボクセルと面接触、線接触、及び点接触する順に核に追加することを特徴とする請求項2に記載の画像処理方法。
- 前景領域と当該前景領域以外である背景領域を含み、前記前景領域と前記背景領域とを区別する二値三次元データから前記前景領域内の各ボクセルに対して前記背景領域との境界からの距離値を算出する距離変換処理と、
前記距離値を整数化することにより、同じ整数値をもつボクセルによって構成される階層を形成する階層形成処理と、
前記階層の内、周囲の階層より大きい整数値をもつ階層を極大値階層とする極大値階層検出処理と、
前記極大値階層に個別番号を付与して核とする核生成処理と、
前記核の外周の前記階層に属し、前記核に隣接するボクセルを順に核に追加することにより、前記前景領域を前記核に対応する複数のセグメントに分割するセグメント生成処理とを有し、
前記セグメント生成工程において、前記複数のセグメントのそれぞれは、狭隘部を境界として分割されていることを特徴とする画像処理プログラム。 - 前景領域と当該前景領域以外である背景領域を含み、前記前景領域と前記背景領域とを区別する二値三次元データから前記前景領域内の各ボクセルに対して前記背景領域との境界からの距離値を算出する距離変換部と、
前記距離値を整数化することにより、同じ整数値をもつボクセルによって構成される階層を形成する階層形成部と、
前記階層の内、周囲の階層より大きい整数値をもつ階層を極大値階層とする極大値階層検出部と、
前記極大値階層に個別番号を付与して核とする核生成部と、
前記核の外周の前記階層に属し、前記核に隣接するボクセルを順に核に追加することにより、前記前景領域を前記核に対応する複数のセグメントに分割するセグメント生成部とを有し、
前記セグメント生成工程において、前記複数のセグメントのそれぞれは、狭隘部を境界として分割されていることを特徴とする画像処理装置。 - 医用コンピューター断層撮影装置による三次元データから一連の臓器に対応する前記二値三次元データを生成する連結臓器形状抽出部と、
前記セグメント生成部から出力される複数の前記セグメントを融合して個別臓器のセグメントを生成する臓器セグメント生成部と、を備えることを特徴とする請求項5に記載の画像処理装置。 - 臓器セグメント生成部から出力された前記個別臓器のセグメントから、臓器ごとに外表面及び内部構造を識別可能な立体画像を生成する立体画像生成部を備えた請求項6に記載の画像処理装置。
- 医用コンピューター断層撮影装置による三次元データから前記個別臓器のセグメントに相当する部分領域を切り出し、当該部分領域からアキシャル面、コロナル面、サジタル面として断層画像を生成する部分断層画像生成部を備えた請求項6に記載の画像処理装置。
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