JP6793746B2 - 免疫療法有効性の臨床的相関物 - Google Patents

Description

本発明は、養子細胞移入（ＡＣＴ）による疾患の治療に関し、そして特に、患者から得た血液または血液由来試料における、長期生存の相関物の分析に基づく、ＡＣＴによる疾患治療に対する長期生存の予測に関する。

エプスタイン−バー・ウイルス（ＥＢＶ）陽性鼻咽頭癌（ＮＰＣ）は、東南アジアの重大な医療問題に相当する。東南アジアの男性におけるＮＰＣの発生率は、１０万人あたり１０〜２１．４人である（Ｃｈａｎｇら， Ｖｉｒｕｓ Ｒｅｓ（２００９）１４３：２０９−２２１）。現在の療法は、非転移性ＮＰＣを制御し、そして治癒させる際に有効であるが、転移性疾患に対する治療は限定されている。疾患の播種型を有する患者の生存時間中央値は、１１〜２２ヶ月の範囲である（Ｗｅｅら， Ｊ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ（２００５）２３：６７３０−６７３８）。化学療法に代わって台頭してきているのが、免疫療法戦略の使用であり、これは、ウイルス抗原に対する免疫反応を増加させることに焦点を置いてきている。

実験免疫療法には、樹状細胞（ＤＣ）ワクチン接種（Ｇｅｒｄｅｍａｎｎら， Ｍｏｌ Ｔｈｅｒ（２００９）１７：１６１６−１６２５； Ｃｈｉａら， Ａｎｎ Ｏｎｃｏｌ（２０１２）２３：９９７−１００５； Ｍｏｏｓｍａｎｎら， Ｂｌｏｏｄ（２０１０）１１５：２９６０−２９７０）、チェックポイント阻害剤遮断（ＮＣＣＴ０２４６０２２４； ＮＣＴ０２３３９５５８； Ｈａｍｉｄ Ｏ， Ｒｏｂｅｒｔ Ｃ， Ｄａｕｄ Ａら Ｓａｆｅｔｙ ａｎｄ ｔｕｍｏｒ ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ ｗｉｔｈ ｌａｍｂｒｏｌｉｚｕｍａｂ （ａｎｔｉ−ＰＤ−１） ｉｎ ｍｅｌａｎｏｍａ． Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ２０１３；３６９：１３４−４４）、細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）注入（Ｌｏｕｉｓら， Ｂｌｏｏｄ（２００９）１１３：２４４２−２４５０； Ｓｔｒａａｔｈｏｆら， Ｂｌｏｏｄ（２００５）１０５：１８９８−１９０４； Ｌｏｕｉｓら， Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ（２０１０）３３：９８３−９９０）または拡大（Ｓｍｉｔｈら， Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．（２０１２）７２：１１１６−１１２５）、およびＣＡＲ−Ｔ療法が含まれてきている。細胞戦略は、ウイルスに感染した腫瘍を直接殺すことが可能である、細胞傷害性Ｔ細胞反応を誘導する最終目的を有する。腫瘍に対するチェックポイント阻害剤遮断の適用には大きな進歩があったが、ＮＰＣに対するその使用は限定されている。ＮＰＣに対する療法ＰＤ−１抗体、ペムブロリズマブの有効性は、５．６ヶ月の無増悪生存率中央値を生じた（Ｈａｍｉｄ Ｏ， Ｒｏｂｅｒｔ Ｃ， Ｄａｕｄ Ａら Ｓａｆｅｔｙ ａｎｄ ｔｕｍｏｒ ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ ｗｉｔｈ ｌａｍｂｒｏｌｉｚｕｍａｂ （ａｎｔｉ−ＰＤ−１） ｉｎ ｍｅｌａｎｏｍａ． Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ２０１３；３６９：１３４−４４）。さらに、今日まで、チェックポイント阻害剤有効性を予測する信頼可能なバイオマーカーは同定されてきていない。ＣＡＲ−Ｔ療法は、黒色腫およびリンパ腫に対してかなり有望であることが示されてきているが、固形腫瘍の一掃には限定された有効性しか示されていない。チェックポイント阻害剤遮断と同様、この失敗に寄与する要因は明らかには同定されていない。患者がどの程度よく療法に反応するか、そしていつ反応に失敗するかの両方を同定可能である、一連のバイオマーカーの同定は、医療コミュニティには非常に有益であろう。

固形腫瘍に対するＣＡＲ−Ｔ療法の有効性のこの欠如は、腫瘍微小環境内の免疫抑制状態に部分的に起因しうると仮定されてきている。腫瘍の確立中、免疫抑制環境が誘導され、ここで、制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）は、この表現型の維持に寄与し、そして役割を果たす。多様なネズミ癌モデルにおける化学療法剤ゲムシタビンでの治療は、ＣＴＬ集団に影響を及ぼすことなく、Ｔｒｅｇ集団を選択的に枯渇させることが示されてきている（Ｓｕｚｕｋｉら， Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ（２００５）１１：６７１３−６７２１； Ｎｏｗａｋら， Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ（２００２）６２：２３５３−２３５８； Ｓｈｅｖｃｈｅｎｋｏら， Ｉｎｔ Ｊ Ｃａｎｃｅｒ（２０１３）１３３：９８−１０７）。ヒトにおけるＴｒｅｇ区画に対するゲムシタビンの影響の研究は、これまで限定されていたが、初期の報告は、治療が、ｉｎ ｖｉｔｒｏ（Ｋａｎら， Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ（２０１２）３２：５３６３−５３６９）およびｉｎ ｖｉｖｏ（Ｒｅｔｔｉｇら， Ｉｎｔ Ｊ Ｃａｎｃｅｒ（２０１１）１２９：８３２−８３８）の両方で、制御サブセットの類似の収縮を生じることを示している。

関心が増加している別の制御性細胞タイプは、骨髄由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）である。ＭＤＳＣは、多様な癌の存在下で拡大する骨髄細胞集団である。ヒトにおいて、ＭＤＳＣは、不均一集団であるが、広く、ＨＬＡ−ＤＲ−、ＣＤ１１ｂ＋、ＣＤ３３＋と定義されることが可能であり、この集団から、単球性（ＣＤ１４＋）または顆粒球性（ＣＤ１５＋）のいずれかとして、２つのサブセットが細分されうる（Ｗｅｓｏｌｏｗｓｋｉら， Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ Ｃａｎｃｅｒ（２０１３）１：１０； Ｄｕｍｉｔｒｕら， Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ（２０１２）６１：１１５５−１１６７； Ｆｉｌｉｐａｚｚｉら， Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ（２０１１）６１：２５５−２６３）。これらの細胞は、機能的に免疫抑制性であることが立証されてきているが、そのサブタイプおよび頻度は研究されている疾患に依存する。ゲムシタビンでのネズミ癌モデルの治療は、ＭＤＳＣの総数の減少を示す（Ｓｕｚｕｋｉら， Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ（２００５）１１：６７１３−６７２１； Ｄｉｎｇら， Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ（２０１４）７４（１３）：３４４１−３４５３； Ｈｕａｎｇら， Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ（２０１３）６２：１４３９−１４５１）。ＥＢＶ＋ ＮＰＣにおけるＭＤＳＣの役割はほとんど理解されていない。

Ｃｈａｎｇら， Ｖｉｒｕｓ Ｒｅｓ（２００９）１４３：２０９−２２１ Ｗｅｅら， Ｊ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ（２００５）２３：６７３０−６７３８ Ｇｅｒｄｅｍａｎｎら， Ｍｏｌ Ｔｈｅｒ（２００９）１７：１６１６−１６２５ Ｃｈｉａら， Ａｎｎ Ｏｎｃｏｌ（２０１２）２３：９９７−１００５ Ｍｏｏｓｍａｎｎら， Ｂｌｏｏｄ（２０１０）１１５：２９６０−２９７０ Ｈａｍｉｄ Ｏ， Ｒｏｂｅｒｔ Ｃ， Ｄａｕｄ Ａら Ｓａｆｅｔｙ ａｎｄ ｔｕｍｏｒ ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ ｗｉｔｈ ｌａｍｂｒｏｌｉｚｕｍａｂ （ａｎｔｉ−ＰＤ−１） ｉｎ ｍｅｌａｎｏｍａ． Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ２０１３；３６９：１３４−４４ Ｌｏｕｉｓら， Ｂｌｏｏｄ（２００９）１１３：２４４２−２４５０ Ｓｔｒａａｔｈｏｆら， Ｂｌｏｏｄ（２００５）１０５：１８９８−１９０４ Ｌｏｕｉｓら， Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ（２０１０）３３：９８３−９９０ Ｓｍｉｔｈら， Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．（２０１２）７２：１１１６−１１２５ Ｓｕｚｕｋｉら， Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ（２００５）１１：６７１３−６７２１ Ｎｏｗａｋら， Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ（２００２）６２：２３５３−２３５８ Ｓｈｅｖｃｈｅｎｋｏら， Ｉｎｔ Ｊ Ｃａｎｃｅｒ（２０１３）１３３：９８−１０７ Ｋａｎら， Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ（２０１２）３２：５３６３−５３６９ Ｒｅｔｔｉｇら， Ｉｎｔ Ｊ Ｃａｎｃｅｒ（２０１１）１２９：８３２−８３８ Ｗｅｓｏｌｏｗｓｋｉら， Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ Ｃａｎｃｅｒ（２０１３）１：１０ Ｄｕｍｉｔｒｕら， Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ（２０１２）６１：１１５５−１１６７ Ｆｉｌｉｐａｚｚｉら， Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ（２０１１）６１：２５５−２６３ Ｄｉｎｇら， Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ（２０１４）７４（１３）：３４４１−３４５３ Ｈｕａｎｇら， Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ（２０１３）６２：１４３９−１４５１

第一の側面において、本発明は、患者が養子細胞移入（ＡＣＴ）による疾患治療に対する長期生存者になるかどうかを予測するための方法であって：
（ｉ）ＡＣＴによる疾患治療に対する長期生存の１またはそれより多い予後マーカーに関して、患者から得た血液由来試料を分析し、そして；
（ｉｉ）工程（ｉ）の分析に基づいて、患者がＡＣＴによる疾患治療に対する長期生存者になるかどうかを予測する
工程を含む、前記方法を提供する。

いくつかの態様において、方法は、エフェクター免疫細胞および／または免疫制御免疫細胞集団のサイズおよび／または活性の１またはそれより多い相関物に関して、血液由来試料を分析する工程を含む。

別の側面において、本発明は、養子細胞移入（ＡＣＴ）により患者を治療する方法であって：
（ｉ）ＡＣＴによる疾患治療に対する長期生存の１またはそれより多い予後マーカーに関して、患者から得た血液由来試料を分析し；
（ｉｉ）工程（ｉｉ）の分析に基づいて、ＡＣＴによる疾患治療による患者の長期生存を予測し；そして
（ｉｉｉ）１またはそれより多い用量の細胞を患者に投与する
工程を含む、前記方法を提供する。

別の側面において、本発明は、養子細胞移入（ＡＣＴ）による疾患治療に関して患者を選択する方法であって：
（ｉ）ＡＣＴによる疾患治療に対する長期生存の１またはそれより多い予後マーカーに関して、患者から得た血液由来試料を分析し；
（ｉｉ）工程（ｉ）の分析に基づいて、患者がＡＣＴによる疾患治療に対する長期生存者になるかどうかを予測し；そして
（ｉｉｉ）ＡＣＴによる疾患治療のため、ＡＣＴによる疾患治療に対する長期生存者であると予測される患者を選択する
工程を含む、前記方法を提供する。

別の側面において、本発明は、養子細胞移入（ＡＣＴ）による疾患の連続治療に関して患者を選択する方法であって：
（ｉ）ＡＣＴによる疾患治療に対する長期生存の１またはそれより多い予後マーカーに関して、患者から得た血液由来試料を分析し；
（ｉｉ）工程（ｉ）の分析に基づいて、患者がＡＣＴによる疾患治療に対する長期生存者になるかどうかを予測し；そして
（ｉｉｉ）ＡＣＴによる疾患の連続治療のため、ＡＣＴによる疾患治療に対する長期生存者であると予測される患者を選択する
工程を含む、前記方法を提供する。

本発明の多様な側面にしたがったいくつかの態様において、方法は、１つの用量の細胞を患者に投与する最初の工程をさらに含む。いくつかの態様において、１つの用量の細胞を患者に投与する最初の工程の投与後、４週間の期間以内に患者から試料を得る。

本発明の多様な側面にしたがったいくつかの態様において、１またはそれより多い予後マーカーが：骨髄由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）数または活性のマーカー、制御性Ｔリンパ球数または活性のマーカー、ならびに／あるいはエフェクターＴリンパ球数または活性のマーカーを含む。

本発明の多様な側面にしたがったいくつかの態様において、１またはそれより多い予後マーカーが：疾患と関連する感染性病原体の量のマーカーを含む。
本発明の多様な側面にしたがったいくつかの態様において、血液由来試料の分析が：インターフェロンガンマ（ＩＦＮγ）のレベル、ＣＣＬ２２のレベル、ＩＬ−１０のレベル、ＩＬ−８のレベル、ＣＣＬ２０のレベルおよびＶＥＧＦのレベルの１またはそれより多くを決定する工程を含む。

本発明の多様な側面にしたがったいくつかの態様において、血液由来試料の分析は：
（ｉ）ＭＤＳＣ数または活性の１またはそれより多いマーカーのレベル、あるいは制御性Ｔリンパ球数または活性の１またはそれより多いマーカーのレベルの、エフェクターＴリンパ球数または活性の１またはそれより多いマーカーのレベルに対する比を決定し、そして／または
（ｉｉ）疾患と関連する感染性病原体の量のマーカーのレベルの、エフェクターＴリンパ球数または活性の１またはそれより多いマーカーのレベルに対する比を決定する
工程を含む。

いくつかの態様において、方法は、（ｉ）の比および（ｉｉ）の比の間の関連を決定する工程をさらに含む。
本発明の多様な側面にしたがったいくつかの態様において、血液由来試料の分析は：ＩＦＮγのレベルの決定、疾患と関連する感染性病原体の核酸のレベルの決定、ＣＸＣＬ１０のレベルの決定、および／またはＣＣＬ２０のレベルの決定を含む。

いくつかの態様において、ＭＤＳＣ数または活性ならびに／あるいは制御性Ｔリンパ球数または活性のマーカーは：ＣＸＣＬ１０、ＣＣＬ２０、ＭＤＳＣ数、生存細胞の比率としてのＭＤＳＣの割合、単球数、生存細胞の比率としての単球の割合、白血球数の比率としての単球の割合、ＣＤ３＋細胞の比率としてのＦｏｘＰ３＋ ＣＴＬＡ４＋制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）の割合、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）による骨髄細胞マーカー発現、およびＰＢＭＣによる免疫阻害因子発現からなる群より選択される。

いくつかの態様において、エフェクターＴリンパ球数または活性のマーカーは：ＩＦＮγ、リンパ球数、Ｔリンパ球数、白血球数の比率としてのリンパ球の割合、Ｔリンパ球数の比率としてのＣＤ８＋細胞の割合、Ｔリンパ球数の比率としてのＣＤ４＋細胞の割合からなる群より選択される。

いくつかの態様において、疾患と関連する感染性病原体の量のマーカーは：ウイルスＤＮＡ、ウイルスＲＮＡ、ウイルスタンパク質、ウイルスエンベロープタンパク質からなる群より選択される。

本発明の多様な側面にしたがったいくつかの態様において、血液由来試料の分析は：
（ｉ）ＩＦＮγレベルのＣＸＣＬ１０および／またはＣＣＬ２０のレベルに対する比を決定し、
（ｉｉ）疾患と関連する感染性病原体の量のマーカーのレベルの、ＩＦＮγのレベルに対する比を決定し、そして場合によって
（ｉｉｉ）（ｉ）の比および（ｉｉ）の比の間の関係を決定する
工程を含む。

さらなる側面において、本発明は、養子細胞移入（ＡＣＴ）による疾患治療法であって、患者に：骨髄由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）数または活性を減少させるための剤、制御性Ｔ細胞数または活性を減少させるための剤、エフェクターＴリンパ球数または活性を増加させるための剤、ならびに／あるいは疾患と関連する感染性病原体の量を減少させるための剤の１またはそれより多くを投与する工程を含む、前記方法を提供する。

関連する側面において、本発明は、養子細胞移入（ＡＣＴ）による疾患治療法において使用するための：骨髄由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）数または活性を減少させるための剤、制御性Ｔ細胞数または活性を減少させるための剤、エフェクターＴリンパ球数または活性を増加させるための剤、ならびに／あるいは疾患と関連する感染性病原体の量を減少させるための剤の１またはそれより多くを提供する。

さらなる関連する側面において、本発明は、養子細胞移入（ＡＣＴ）による疾患治療法において使用するための薬剤製造において使用するための：骨髄由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）数または活性を減少させるための剤、制御性Ｔ細胞数または活性を減少させるための剤、エフェクターＴリンパ球数または活性を増加させるための剤、ならびに／あるいは疾患と関連する感染性病原体の量を減少させるための剤の１またはそれより多くの使用を提供する。

多様な側面にしたがったいくつかの態様において、ＡＣＴによる治療の前に、患者に１またはそれより多い剤を投与する。いくつかの態様において、患者に１つの用量の細胞を投与した後に、患者に１またはそれより多い剤を投与する。

本発明の多様な側面にしたがったいくつかの態様において、ＡＣＴは細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）の養子移入を含む。いくつかの態様において、ＣＴＬは、疾患を引き起こすかまたは悪化させるウイルスに特異的である。

本発明の多様な側面にしたがったいくつかの態様において、疾患は癌である。
いくつかの態様において、ＣＴＬはエプスタイン−バーウイルス（ＥＢＶ）特異的ＣＴＬである。いくつかの態様において、ＣＴＬはヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）特異的ＣＴＬである。

いくつかの態様において、癌は鼻咽頭癌（ＮＰＣ）、場合によってＥＢＶ陽性ＮＰＣである。いくつかの態様において、癌は子宮頸癌、場合によってＨＰＶ陽性子宮頸癌である。

さらなる側面において、本発明は：骨髄由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）数もしくは活性のマーカーおよび／または制御性Ｔリンパ球数もしくは活性のマーカーを検出するための手段、ならびにエフェクターＴリンパ球数または活性のマーカーを検出するための手段を含み、場合によって、疾患と関連する感染性病原体の量のマーカーを検出するための手段をさらに含む、キットを提供する。

以下の段落は、本発明を記載するさらなる言及を含有する：
本発明者らは、ＣＴＬ療法を経ているＥＢＶ陽性ＮＰＣ患者における、最初の免疫療法注射後の末梢血清タンパク質の測定が、１および２年生存者を正確に同定可能であることを立証する。１年生存者への患者の階層化は、エオタキシン、ＭＩＰ−３ａ（ＣＣＬ２０）、およびＩＦＮγの測定、測定値のＩＦＮγ発現比への変換、ならびに互いに対する比のプロットによって達成可能である。２年生存者への患者の階層化は、ＥＢＶ ＤＮＡ、ＩＰ１０（ＣＸＣＬ１０）、およびＩＦＮγの測定、測定値のＩＦＮγ発現比への変換、ならびに互いに対する比のプロットによって達成可能である。

これらのパラメータを用いて、ＥＢＶ特異的ＣＴＬの養子移入によるＥＢＶ陽性ＮＰＣの治療のため、療法成功を経るであろう患者を同定し、そしてしたがって、下流分析の正しいパワリングを可能にすることも可能である。

単球性ＭＤＳＣの測定はまた、ＣＴＬ療法のための予後マーカーの基礎もまた形成する。この細胞タイプの測定は、患者階層化のためのマーカーとして作用しうる。これらの測定は、ウイルス性病原体に対する他のＣＴＬ免疫療法において使用を有しうる。

本発明の原理を例示する態様および実験は、ここで、付随する図を参照しながら論じられるであろう。
第ＩＩ相臨床試験全体の試料収集時点を示す模式図。 全体の生存に対する、最初のＣＴＬ注入の２週間後（すなわち時点Ｔ１）の末梢血白血球の数／割合を示すグラフ。（Ａ）白血球数、（Ｂ）白血球の割合としての好中球、（Ｃ）白血球の割合としてのリンパ球、および（Ｄ）白血球の割合としての単球。 全体の生存に対する、最初のＣＴＬ注入の２週間後（すなわち時点Ｔ１）の末梢血白血球の数／割合を示すグラフ。（Ａ）白血球数、（Ｂ）白血球の割合としての好中球、（Ｃ）白血球の割合としてのリンパ球、および（Ｄ）白血球の割合としての単球。 全体の生存に対する、最初のＣＴＬ注入の２週間後（すなわち時点Ｔ１）の末梢血白血球の数／割合を示すグラフ。（Ａ）白血球数、（Ｂ）白血球の割合としての好中球、（Ｃ）白血球の割合としてのリンパ球、および（Ｄ）白血球の割合としての単球。 異なる時点での全体の生存と、末梢血白血球数の相関の統計分析の結果を示す表１。 全体の生存に対する、最初のＣＴＬ注入の２週間後（すなわち時点Ｔ１）のサイトカイン／ケモカインおよびＥＢＶ ＤＮＡの血清レベルを示すグラフ。（Ａ）ＩＦＮγ、（Ｂ）ＥＢＶ ＤＮＡ、（Ｃ）ＣＣＬ２０、および（Ｄ）ＣＣＬ１０。 全体の生存に対する、最初のＣＴＬ注入の２週間後（すなわち時点Ｔ１）のサイトカイン／ケモカインおよびＥＢＶ ＤＮＡの血清レベルを示すグラフ。（Ａ）ＩＦＮγ、（Ｂ）ＥＢＶ ＤＮＡ、（Ｃ）ＣＣＬ２０、および（Ｄ）ＣＣＬ１０。 全体の生存に対する、最初のＣＴＬ注入の２週間後（すなわち時点Ｔ１）のサイトカイン／ケモカインおよびＥＢＶ ＤＮＡの血清レベルを示すグラフ。（Ａ）ＩＦＮγ、（Ｂ）ＥＢＶ ＤＮＡ、（Ｃ）ＣＣＬ２０、および（Ｄ）ＣＣＬ１０。 異なる時点での、全体の生存とサイトカイン／ケモカインおよびＥＢＶ ＤＮＡの血清レベルの相関の統計分析の結果を示す表２。 最初のＣＴＬ注入の２週間後（すなわち時点Ｔ１）の（Ａ）ＩＦＮγおよび（Ｂ）ＥＢＶ ＤＮＡの血清レベルの単一分析物分析を示すグラフ。 最初のＣＴＬ注入の２週間後（すなわち時点Ｔ１）の血清分析物比分析を示すグラフ。（Ａ）ＣＣＬ２０：ＩＦＮγ対ＥＢＶ ＤＮＡ：ＩＦＮγ、および（Ｂ）ＣＣＬ１０：ＩＦＮγ対ＥＢＶ ＤＮＡ：ＩＦＮγ。 時点Ｔ１での患者ＰＢＭＣから得たＲＮＡのナノストリング分析のベイジアンネットワークを示す模式図。 時点Ｔ１での全体の生存とＰＢＭＣ転写物レベルの相関の統計分析の結果を示す表３。 全体の生存に対する、最初のＣＴＬ注入の２週間後（すなわち時点Ｔ１）のＲＮＡ転写物のレベルを示すグラフ。（Ａ）ＣＤ６８、（Ｂ）Ｓ１００Ａ８、および（Ｃ）ＬＩＬＲＡ５。 全体の生存に対する、最初のＣＴＬ注入の２週間後（すなわち時点Ｔ１）のＲＮＡ転写物のレベルを示すグラフ。（Ａ）ＣＤ６８、（Ｂ）Ｓ１００Ａ８、および（Ｃ）ＬＩＬＲＡ５。 異なる時点での単球数を示すグラフ。（Ａ）白血球の割合としての単球、および（Ｂ）生存細胞総数の割合としての単球。 異なる時点での単球数を示すグラフ。（Ａ）白血球の割合としての単球、および（Ｂ）生存細胞総数の割合としての単球。 異なる時点での白血球の割合としての細胞タイプの比率を示すグラフ。（Ａ）白血球の割合としての好中球、および（Ｂ）白血球の割合としてのリンパ球。 異なる時点での白血球の割合としての細胞タイプの比率を示すグラフ。（Ａ）白血球の割合としての好中球、および（Ｂ）白血球の割合としてのリンパ球。 フローサイトメトリーのためのＭＤＳＣに関するゲート化戦略を示すスキャッタープロット。 異なる時点での生存細胞総数の割合としてのＭＤＳＣ数を示すグラフ。（Ａ）２年生存者および非生存者に関する平均＋／−標準偏差、および（Ｂ）各患者に関する個々のデータ点。 異なる時点でのＣＤ３＋細胞の割合としてのＦｏｘＰ３＋ ＣＴＬＡ４＋ Ｔｒｅｇの数を示すグラフ。 （Ａ）多数のＭＤＳＣを有する患者におけるＴ１でのＣＤ３＋細胞の割合としてのＦｏｘＰ３＋ ＣＴＬＡ４＋ Ｔｒｅｇ、および（Ｂ）全体の生存に対するＣＤ３＋細胞の割合としてのＦｏｘＰ３＋ ＣＴＬＡ４＋ Ｔｒｅｇを示すグラフ。 （Ａ）多数のＭＤＳＣを有する患者におけるＴ１でのＣＤ３＋細胞の割合としてのＦｏｘＰ３＋ ＣＴＬＡ４＋ Ｔｒｅｇ、および（Ｂ）全体の生存に対するＣＤ３＋細胞の割合としてのＦｏｘＰ３＋ ＣＴＬＡ４＋ Ｔｒｅｇを示すグラフ。 すべての時点に渡る非生存者および長期生存者（２年を超える）に関する血清サイトカインのレベルを示すグラフ。 Ｔ−１（化学療法前）およびＴ０（化学療法後）の間のＲＮＡ転写物のレベルを示すグラフ。（Ａ）ＮＬＲＰ３、（Ｂ）ＣＤ２７４（ＰＤ−Ｌ１）、および（Ｃ）ＳＴＡＴ４。 Ｔ−１（化学療法前）およびＴ０（化学療法後）の間のＲＮＡ転写物のレベルを示すグラフ。（Ａ）ＮＬＲＰ３、（Ｂ）ＣＤ２７４（ＰＤ−Ｌ１）、および（Ｃ）ＳＴＡＴ４。 時点Ｔ１での患者ＰＢＭＣから得たＲＮＡのナノストリング分析のベイジアンネットワークを示す模式図。 非生存者（円）および長期生存者（２年を超える；正方形）のＴ１での異なるマーカーに関するＲＮＡ転写物のレベルを示すグラフ。（Ａ）ＣＤ６８、（Ｂ）ＬＩＬＲＡ５、および（Ｃ）Ｓ１００Ａ９。 非生存者（円）および長期生存者（２年を超える；正方形）のＴ１での異なるマーカーに関するＲＮＡ転写物のレベルを示すグラフ。（Ａ）ＣＤ６８、（Ｂ）ＬＩＬＲＡ５、および（Ｃ）Ｓ１００Ａ９。 時点Ｔ１での生存とＰＢＭＣ転写物レベルの相関の統計分析の結果を示す表４。 時点Ｔ０での患者ＰＢＭＣから得たＲＮＡのナノストリング分析のベイジアンネットワークの模式図。 時点Ｔ０での生存とＰＢＭＣ転写物レベルの相関の統計分析の結果を示す表５。

本発明は、広く、エフェクターおよび免疫制御細胞集団のサイズおよび／または活性の相関物に関する、異なる時点での患者血液の分析に基づいて、患者が養子細胞移入（ＡＣＴ）による疾患治療の長期生存者となるかどうかを予測することが可能であるという発見に基づく。

養子細胞移入
本発明は、養子細胞移入（ＡＣＴ）による疾患の治療に関する。
ＡＣＴは、疾患治療のための療法特性を有する細胞の患者内への移入を伴う。患者に移入される細胞は、患者由来（すなわち自己）であってもよいし、または異なる被験体由来（同種）であってもよい。

細胞は免疫細胞であってもよい。いくつかの態様において、細胞はリンパ球であってもよい。いくつかの態様において、細胞はＴリンパ球であってもよい。
Ｔリンパ球の養子細胞移入は、一般的に、典型的には血液試料を抜き取り、そこからＴ細胞を単離することによって、被験体からＴ細胞を得ることを伴う。次いで、典型的には何らかの方式でＴ細胞を処理するかまたは改変し、そして次いで同じ被験体または異なる被験体のいずれかに投与する。養子Ｔ細胞移入は、典型的には、被験体に特定の所望の特性を持つＴ細胞集団を提供するか、またはその被験体においてこうした特性を持つＴ細胞の頻度を増加させることを目的とする。ウイルス特異的Ｔ細胞の養子移入は、例えば、本明細書にその全体が援用される、Ｃｏｂｂｏｌｄら， （２００５）Ｊ． Ｅｘｐ． Ｍｅｄ． ２０２：３７９−３８６およびＲｏｏｎｅｙら， （１９９８）， Ｂｌｏｏｄ ９２：１５４９−１５５５に記載される。

本発明のいくつかの態様において、ＡＣＴはＴ細胞、例えばＣＤ４＋またはＣＤ８＋ Ｔ細胞の養子移入を含む。
いくつかの態様において、ＡＣＴは、感染性病原体に特異的なＴ細胞の養子移入を含む。いくつかの態様において、Ｔ細胞は、例えばＭＨＣ分子による提示の背景において、感染性病原体由来の分子を認識する（すなわち該分子に結合する）ことが可能なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）をコードするかまたは発現する。いくつかの態様において、感染性病原体は、ＡＣＴによって治療しようとする疾患と関連する病原体である。いくつかの態様において、感染性病原体は、疾患を引き起こすかまたは悪化させる。感染性病原体は、例えばウイルス、細菌、真菌、原生動物であることも可能である。

Ｔ細胞が特異的であるウイルスは、ｄｓＤＮＡウイルス（例えばアデノウイルス、ヘルペスウイルス、ポックスウイルス）、ｓｓＲＮＡウイルス（例えばパルボウイルス）、ｄｓＲＮＡウイルス（例えばレオウイルス）、（＋）ｓｓＲＮＡウイルス（例えばピコルナウイルス、トガウイルス）、（−）ｓｓＲＮＡウイルス（例えばオルトミクソウイルス、ラブドウイルス）、ｓｓＲＮＡ−ＲＴウイルス（例えばレトロウイルス）またはｄｓＤＮＡ−ＲＴウイルス（例えばヘパドナウイルス）であることも可能である。本開示は、アデノウイルス科、ヘルペスウイルス科、パピローマウイルス科、ポリオーマウイルス科、ポックスウイルス科、ヘパドナウイルス科、パルボウイルス科、アストロウイルス科、カリシウイルス科、ピコルナウイルス科、コロナウイルス科、フラビウイルス科、トガウイルス科、ヘペウイルス科、レトロウイルス科、オルトミクソウイルス科、アレナウイルス科、ブニヤウイルス科、フィロウイルス科、パラミクソウイルス科、ラブドウイルス科およびレオウイルス科のウイルスを予期する。

疾患または障害に関連するウイルスに特に関心が持たれる。したがって、以下のウイルスが予期される：アデノウイルス、１型単純疱疹ウイルス、２型単純疱疹ウイルス、水痘帯状疱疹ウイルス、エプスタイン−バーウイルス、ヒトサイトメガロウイルス、ヒト８型ヘルペスウイルス、ヒトパピローマウイルス、ＢＫウイルス、ＪＣウイルス、天然痘、Ｂ型肝炎ウイルス、パルボウイルスＢ１９、ヒトアストロウイルス、ノーウォークウイルス、コクサッキーウイルス、Ａ型肝炎ウイルス、ポリオウイルス、ライノウイルス、重症急性呼吸器症候群ウイルス、Ｃ型肝炎ウイルス、黄熱病ウイルス、デング熱ウイルス、ウェストナイル熱ウイルス、ＴＢＥウイルス、風疹ウイルス、Ｅ型肝炎ウイルス、ヒト免疫不全ウイルス、インフルエンザウイルス、ラッサ熱ウイルス、クリミア・コンゴ出血熱ウイルス、ハンタンウイルス、エボラウイルス、マールブルグウイルス、麻疹ウイルス、ムンプスウイルス、パラインフルエンザウイルス、呼吸器合胞体ウイルス、狂犬病ウイルス、Ｄ型肝炎ウイルス、ロタウイルス、オルビウイルス、コルティウイルス、およびバンナウイルス。

いくつかの態様において、ウイルスは、エプスタイン−バーウイルス（ＥＢＶ）である。したがって、いくつかの態様において、ＡＣＴはＥＢＶ特異的Ｔ細胞（例えばＥＢＶ特異的ＣＴＬ）のものである。いくつかの態様において、ＥＢＶは、株Ｂ９５−８、Ｐ３ＨＲ−１、またはその派生物である。

いくつかの態様において、ウイルスは、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）である。したがって、いくつかの態様において、ＡＣＴはＨＰＶ特異的Ｔ細胞（例えばＨＰＶ特異的ＣＴＬ）のものである。いくつかの態様において、ＨＰＶは、ＨＰＶ１６またはＨＰＶ１８あるいはその派生物である。

いくつかの態様において、Ｔ細胞は、細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）である。ＣＴＬは、パーフォリン、グランザイム、グラニュライシンを含む細胞傷害性因子を放出することによって、そして／またはＴ細胞上に発現されるＦＡＳＬを通じて感染細胞上のＦＡＳと連結することにより、感染細胞のアポトーシスを誘導することによって、ウイルスに感染した細胞において細胞死を達成することが可能である（例えば、その全体が本明細書に援用される、Ｃｈａｖｅｚ−Ｇａｌａｎら， Ｃｅｌｌｕｌａｒ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（２００９）６（１）：１５−２５に記載される）。例えば、本明細書にその全体が援用される、Ｚａｒｉｔｓｋａｙａら， Ｅｘｐｅｒｔ Ｒｅｖ Ｖａｃｃｉｎｅｓ（２０１１）， ９（６）：６０１−６１６に概説される方法のいずれかを用いて、細胞傷害性を調べることも可能である。ターゲット細胞に対するＴ細胞の細胞傷害性に関するアッセイの一例は、^５１Ｃｒ放出アッセイであり、ここで、ターゲット細胞を^５１Ｃｒで処理し、細胞は^５１Ｃｒを取り込む。Ｔ細胞によるターゲット細胞の溶解は、放射活性^５１Ｃｒの細胞培養上清への放出を生じ、これを検出することが可能である。

いくつかの態様において、ＡＣＴはＥＢＶ特異的ＣＴＬのものである。いくつかの態様において、ＡＣＴはＥＢＶはＨＰＶ特異的ＣＴＬのものである。
治療すべき疾患
ＡＣＴによって治療すべき疾患は、ＡＣＴが療法的治療である任意の疾患であることも可能である。

いくつかの態様において、疾患は、感染性病原体、例えば本明細書に記載する感染性病原体に関連する（例えば該病原体によって引き起こされるかまたは悪化する）疾患である。いくつかの態様において、疾患は、ウイルス、例えば本明細書に記載するウイルスでの感染によって引き起こされるかまたは悪化する疾患であることも可能である。

いくつかの態様において、疾患はＥＢＶ感染に関連する（例えばＥＢＶによって引き起こされるかまたは悪化する）疾患であることも可能である。ＥＢＶ感染に関連する、そして／またはＥＢＶ感染によって引き起こされる／悪化する疾患は、Ｔａｙｌｏｒら， Ａｎｎ Ｒｅｖ Ｉｍｍｕｎｏｌ（２０１５）３３：７８７−８２１に記載され、そしてこれには、鼻咽頭癌、感染性単球核症、バーキットリンパ腫、ホジキンリンパ腫、胃癌、多発性硬化症、リンパ腫様肉芽腫症、ジアノッティ−クロスティ症候群、多形性紅斑、急性外陰部潰瘍、口腔毛状白板症、およびアルファ−シヌクレイン凝集に関連する障害（例えばパーキンソン病、レビー小体型認知症および多系統萎縮症）が含まれる。

いくつかの態様において、疾患は癌であることも可能である。いくつかの態様において、癌はＥＢＶ陽性癌であることも可能である。癌は、当業者に周知である任意の適切な手段によって、ＥＢＶ陽性癌であることを決定可能である。

いくつかの態様において、癌は鼻咽頭癌である。いくつかの態様において、疾患はＥＢＶ陽性鼻咽頭癌である。
いくつかの態様において、癌は肝癌／肝臓癌（例えば肝細胞癌、肝芽腫）である。いくつかの態様において、疾患はＥＢＶ陽性肝癌／肝臓癌である。

いくつかの態様において、癌は肺癌（例えば非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ））である。いくつかの態様において、疾患はＥＢＶ陽性肺癌である。
いくつかの態様において、癌は胃癌（例えば非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ））である。いくつかの態様において、疾患はＥＢＶ陽性胃癌である。

いくつかの態様において、疾患はＨＰＶでの感染と関連する（例えばＨＰＶによって引き起こされるかまたは悪化する）疾患であることも可能である。
ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）は、皮膚または粘膜の角化細胞における生産性感染を確立するＤＮＡウイルスである。１７０タイプを越えるＨＰＶがあり、このＨＰＶタイプのサブセットは発癌性であり、これには例えば子宮頸部上皮内新生物（ＣＩＮ）、外陰部上皮内新生物（ＶＩＮ）、陰茎上皮内新生物（ＰＩＮ）、および／または肛門上皮内新生物（ＡＩＮ）を含む、生殖器新生物に発展しうる、高リスク性感染症タイプが含まれる。ＨＰＶ誘導癌は、ウイルス配列が宿主細胞の細胞ＤＮＡ内に組み込まれた際に生じる。ＨＰＶ「初期」遺伝子のいくつか、例えばＥ６およびＥ７は、腫瘍増殖および悪性形質転換を促進する癌遺伝子として作用する。

ＨＰＶ感染と関連する、そして／またはＨＰＶ感染によって引き起こされる／悪化する疾患は、Ｄｏｏｒｂａｒら Ｒｅｖ Ｍｅｄ Ｖｉｒｏｌ（２０１６）；２５：２−２３に記載され、そしてこれには、尖圭コンジローマ、局所上皮過形成、子宮頸部新生物、肛門生殖器癌（例えば子宮頸癌（例えば子宮頸部上皮内新生物（ＣＩＮ）、ＬＳＩＬ）、例えば角化ＳＣＣ、例えば外陰部（例えば外陰部上皮内新生物（ＶＩＮ））、膣、陰茎（陰茎上皮内新生物（ＰＩＮ））、肛門のもの（肛門上皮内新生物（ＡＩＮ）））、口腔パピローマおよび頭頸部癌（例えば中咽頭のもの（例えば中咽頭癌）、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ））が含まれる。

いくつかの態様において、疾患は癌であることも可能である。いくつかの態様において、癌はＨＰＶ陽性癌、例えばＨＰＶ１６またはＨＰＶ１８陽性であることも可能である。癌は、当業者に周知の任意の適切な手段によって、ＨＰＶ陽性癌であると決定可能である。

いくつかの態様において、癌は肛門生殖器癌である。いくつかの態様において、疾患はＨＰＶ陽性肛門生殖器癌である。いくつかの態様において、癌は子宮頸癌である。いくつかの態様において、疾患はＨＰＶ陽性子宮頸癌である。

いくつかの態様において、癌は頭頸部癌である。いくつかの態様において、疾患はＨＰＶ陽性頭頸部癌である。いくつかの態様において、癌は中咽頭癌である。いくつかの態様において、疾患はＨＰＶ陽性中咽頭癌である。いくつかの態様において、癌はＨＮＳＣＣである。いくつかの態様において、疾患はＨＰＶ陽性ＨＮＳＣＣである。

癌は、任意の望ましくない細胞増殖（または望ましくない細胞増殖によって現れる任意の疾患）、新生物または腫瘍、あるいは望ましくない細胞増殖、新生物または腫瘍に対するリスクまたは素因の増加であることも可能である。癌は、良性または悪性であってもよく、そして原発性または続発性（転移性）であってもよい。新生物または腫瘍は、細胞の任意の異常な成長または増殖であってもよく、そして任意の組織に位置していてもよい。組織の例には、副腎、副腎髄質、肛門、虫垂、膀胱、血液、骨、骨髄、脳、乳房、盲腸、中枢神経系（脳を含むまたは除く）、小脳、子宮頸部、結腸、十二指腸、子宮内膜、上皮細胞（例えば腎上皮）、胆嚢、食道、グリア細胞、心臓、回腸、空腸、腎臓、涙腺、喉頭、肝臓、肺、リンパ、リンパ節、リンパ芽球、上顎骨、縦隔、腸間膜、子宮筋、鼻咽頭、頤、口腔、卵巣、膵臓、耳下腺、末梢神経系、腹膜、胸膜、前立腺、唾液腺、Ｓ状結腸、皮膚、小腸、柔組織、脾臓、胃、精巣、胸腺、甲状腺、舌、扁桃腺、気管、子宮、外陰部、白血球が含まれる。

試料
本発明は、ＡＣＴによる治療に対する生存の１またはそれより多い予後マーカーに関して試料を分析する工程を伴う。

試料は、患者から得られ、そして例えば血液または組織試料であることも可能である。いくつかの態様において、試料は血液または血液由来試料である。すなわち、試料は患者から得られる全血であることも可能であり、または患者から得られるある量の血液から得られることも可能である。いくつかの態様において、血液由来試料は、被験体の血液から得られるある量の血漿または血清であることも可能である。これは、フィブリン塊および血球の除去後に得られる、血液の液体部分を含むことも可能である。試料は、血液試料から得られる細胞の調製物（例えば有核細胞、ＰＢＭＣ等）であることも可能である。

いくつかの態様において、試料は被験体から得られている。いくつかの態様において、方法をｉｎ ｖｉｔｒｏで実行する。いくつかの態様において、方法をヒトまたは動物の体に対して実施する。

いくつかの態様において、方法は、被験体から試料を得る工程を含む。いくつかの態様において、試料を得て、そして次いで、例えば−８０℃で保存することも可能である。保存した試料を融解し、そして本発明の方法にしたがって分析することも可能である。

いくつかの態様において、疾患治療の提唱されたまたは同時期の経過に関連して、あらかじめ決定した時点で、患者から試料を得る。いくつかの態様において、疾患治療の提唱されたまたは同時期の経過に関連して、１より多い時点で、患者から試料を得る。

いくつかの態様において、疾患を治療する療法的介入の前に、患者から試料を得るかまたは得ている。疾患を治療する療法的介入は、例えば化学療法、免疫療法、放射線療法、手術、ワクチン接種および／またはホルモン療法であることも可能である。疾患を治療する療法的介入は、ＡＣＴ、例えばＣＴＬ、例えば疾患を引き起こすかまたは悪化させる感染性病原体に特異的なＣＴＬの養子移入であることも可能である。

いくつかの態様において、試料は、疾患を治療する療法的介入の最大１日前、２日前、３日前、４日前、５日前、６日前、７日前、８日前、９日前、１０日前、１１日前、１２日前、１３日前、２週間前、３週間前、２ヶ月前、３ヶ月前、４ヶ月前、５ヶ月前、６ヶ月前または１年前に患者から得られるかまたは得られている。いくつかの態様において、試料は、疾患を治療する療法的介入の１年、６ヶ月、５ヶ月、４ヶ月、３ヶ月、２ヶ月、４週間、３週間、２週間、１３日、１２日、１１日、１０日、９日、８日、７日、６日、５日、４日、３日、２日または１日より前ではなく得られるかまたは得られている。

いくつかの態様において、試料は、疾患を治療する療法的介入の経過中に患者から得られるかまたは得られている。いくつかの態様において、試料は、疾患を治療する療法的介入の開始後に患者から得られるかまたは得られている。

いくつかの態様において、試料は、疾患を治療する療法的介入の（好ましくは療法的介入の開始後、すなわち最初の投与後）最大１日後、２日後、３日後、４日後、５日後、６日後、７日後、８日後、９日後、１０日後、１１日後、１２日後、１３日後、２週間後、３週間後、４週間後、２ヶ月後、３ヶ月後、４ヶ月後、５ヶ月後、６ヶ月後または１年後に患者から得られるかまたは得られている。いくつかの態様において、試料は、疾患を治療する療法的介入の（好ましくは療法的介入の開始後、すなわち最初の投与後）１年、６ヶ月、５ヶ月、４ヶ月、３ヶ月、２ヶ月、４週間、３週間、２週間、１３日、１２日、１１日、１０日、９日、８日、７日、６日、５日、４日、３日、２日または１日より後ではなく患者から得られるかまたは得られている。

いくつかの態様において、試料は、疾患を治療する療法的介入の経過の完了時または完了後に、例えば化学療法または放射線療法の経過の完了時または完了後に、患者から得られるかまたは得られている。いくつかの態様において、化学療法は、ゲムシタビンおよび／またはカルボプラチンでの治療を含む。

いくつかの態様において、試料は、疾患を治療する療法的介入の経過の完了の最大１日後、２日後、３日後、４日後、５日後、６日後、７日後、８日後、９日後、１０日後、１１日後、１２日後、１３日後、２週間後、３週間後、４週間後、２ヶ月後、３ヶ月後、４ヶ月後、５ヶ月後、６ヶ月後または１年後までに患者から得られるかまたは得られている。いくつかの態様において、試料は、疾患を治療する療法的介入の経過の完了の１年、６ヶ月、５ヶ月、４ヶ月、３ヶ月、２ヶ月、４週間、３週間、２週間、１３日、１２日、１１日、１０日、９日、８日、７日、６日、５日、４日、３日、２日または１日より後ではなく患者から得られるかまたは得られている。

いくつかの態様において、試料は、患者への細胞の投与前に患者から得られるかまたは得られている。いくつかの特定の態様において、試料は、ＡＣＴによる患者の治療の開始前に、患者から得られるかまたは得られている。

いくつかの態様において、試料は、患者に細胞が投与された後に、患者から得られるかまたは得られている。いくつかの態様において、試料は、ＡＣＴによる疾患の治療法にしたがって、患者に細胞が投与された後に得られるかまたは得られている。いくつかの態様において、試料は、患者がＡＣＴによる疾患治療に対する長期生存者であるかどうかを決定するスクリーニング工程にしたがって、患者に細胞が投与された後に得られるかまたは得られている。

本明細書において、「長期生存」は、６ヶ月より長い期間のＡＣＴによる疾患治療に対する生存、例えば６、７、８、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、または３６ヶ月より長い期間に渡る生存を意味する。いくつかの態様において、長期生存は、少なくとも１２ヶ月、少なくとも１８ヶ月、少なくとも２４ヶ月、または少なくとも２６ヶ月の１つに渡る生存と分類されうる。いくつかの態様において、長期生存は、少なくとも２４ヶ月に渡る生存と分類されうる。

ＡＣＴによる「治療に対する」生存は、例えば本明細書に記載するような、ＡＣＴによる疾患治療法にしたがった、細胞投与による治療の経過中の生存を意味する。ＡＣＴでの治療に対する患者の生存期間は、患者に対する療法の投与、例えば最初の投与、例えばＡＣＴによる１つの用量の細胞の投与の日から測定可能である。

本明細書において、「増加した」生存は、参照生存期間に比較して、より長い期間（すなわちより長期間）に渡る生存を指す。参照期間は、例えば、ＡＣＴによる治療に対する患者の平均（例えば平均、中央値または最頻値）生存期間、またはＡＣＴによる疾患治療に対する長期生存者ではない患者の生存期間であることも可能である。

いくつかの態様において、試料は、単回用量の細胞の投与後に患者から得られるかまたは得られている。いくつかの態様において、試料は、患者に、１より多い用量の細胞を投与した後、例えば２、３、４、５、６、７、８、９、または１０の用量の細胞を投与した後に、得られるかまたは得られている。

いくつかの態様において、試料は、患者に細胞が投与されている定義された期間内に、患者から得られるかまたは得られている。いくつかの態様において、試料は、患者に細胞が投与された、最大１日後、２日後、３日後、４日後、５日後、６日後、７日後、８日後、９日後、１０日後、１１日後、１２日後、１３日後、２週間後、３週間後、４週間後、２ヶ月後、３ヶ月後、４ヶ月後、５ヶ月後、６ヶ月後または１年後までに患者から得られるかまたは得られている。いくつかの態様において、試料は、患者に細胞が投与された、１年、６ヶ月、５ヶ月、４ヶ月、３ヶ月、２ヶ月、４週間、３週間、２週間、１３日、１２日、１１日、１０日、９日、８日、７日、６日、５日、４日、３日、２日または１日より後ではなく患者から得られるかまたは得られている。

いくつかの態様において、試料は、患者に細胞が投与された、１日〜６週間、１日〜４週間、５日〜３週間、または１週間〜２週間の間に、患者から得られるかまたは得られている。

いくつかの態様において、方法は、異なる時点で得られた試料の分析を含むことも可能である。例えば、いくつかの態様において、方法は、疾患を治療する療法的介入の前に得られた試料の分析、および疾患を治療する療法的介入の後の分析を含むことも可能である。

予後マーカーの分析
本発明の方法は、１またはそれより多い予後マーカーに関して試料を分析する工程を伴う。

方法をｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｅｘ ｖｉｖｏで実行することも可能である。いくつかの態様において、方法を、ヒトまたは動物の体に対しては行わない。
方法は、エフェクター免疫細胞および／または免疫制御免疫細胞集団のサイズおよび／または活性の１またはそれより多い相関物に関して、血液由来試料（単数または複数）を分析する工程を含む。

いくつかの態様において、分析は、所定のマーカーの存在、またはレベル（すなわち量）を決定する工程を含む。いくつかの態様において、分析は、マーカーのレベルを測定するかまたは定量化する工程を含む。

いくつかの態様において、方法は、試料において、所定の分子の存在／非存在を決定するかまたは所定の分子のレベル（例えば量）を測定する工程を含む。いくつかの態様において、分子は、核酸（例えばＤＮＡ、ＲＮＡ）、タンパク質、ペプチド、炭水化物（例えば糖）または脂質であることも可能である。

いくつかの態様において、タンパク質のレベルは、タンパク質をコードする核酸に関して血液由来試料を分析することによって決定可能である。いくつかの態様において、タンパク質のレベルは、タンパク質またはその断片に関して、血液由来試料を分析することによって決定可能である。いくつかの態様において、タンパク質のレベルは、タンパク質の存在／活性の相関物に関して、血液由来試料を分析することによって決定可能である。

いくつかの態様において、所定の細胞タイプに関する単数または複数のマーカー（例えば核酸／タンパク質／ペプチドマーカー（単数または複数））の発現に関して、血液由来試料を分析することによって、その細胞タイプの数を決定することも可能である。いくつかの態様において、所定の細胞タイプの存在／活性の相関物に関して、血液由来試料を分析することによって、その細胞タイプの数を決定することも可能である。

当業者に知られる多様な手段によって、核酸を検出し、そして／または測定することも可能である。例えば、定量的リアルタイムＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、ナノストリング分析等によって、ｍＲＮＡのレベルを測定することにより、遺伝子発現を分析することも可能である。病原体のＲＮＡ／ＤＮＡを、例えばｑＰＣＲによって測定することも可能である。

当該技術分野に周知の多様な方法によって、例えば抗体に基づく方法によって、例えばウェスタンブロット、免疫組織化学、免疫細胞化学、フローサイトメトリー、ＥＬＩＳＡ、ＥＬＩＳＰＯＴ、レポーターに基づく方法等によって、タンパク質を検出し、そして／または測定することも可能である。

所定の活性、例えば所定の細胞タイプに関連する活性を、例えばその活性に関するアッセイ（例えばｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイ）によって測定することも可能である。いくつかの態様において、活性の相関物に関して、例えばその活性に関連する核酸、タンパク質またはその断片に関して、試料を分析することによって、活性を測定することも可能である。例えば、ＩＦＮγタンパク質またはＩＦＮγをコードするＲＮＡ／ＤＮＡのレベルは、エフェクターＴリンパ球（例えばＣＴＬ）活性の相関物である。

いくつかの態様において、方法は、試料における所定の細胞タイプまたは細胞クラスの存在を検出するか、その数または比率（例えばパーセンテージとして表してもよい）を決定する工程を含む。これは、例えば細胞タイプの区別を可能にするマーカーに関して特異的な抗体で細胞を標識した後、フローサイトメトリーによる試料から得られた細胞の分析を含む、多様な方法によって達成可能である。

本発明者らは、表Ａに要約される、ＡＣＴによる疾患治療に対して、患者の生存と正にまたは負に関連する、複数のマーカーを同定してきている。
いかなる疑問も回避するため、以下の表Ａの「正の」関連は、より高い数／レベル／割合が、ＡＣＴによる疾患治療に対する患者の増加したおよびまたは長期の生存と関連することを示す。以下の表Ａの「負の」関連は、より低い数／レベル／割合が、ＡＣＴによる疾患治療に対する患者の増加したおよびまたは長期の生存と関連することを示す。

表Ａ：

したがって、本発明のいくつかの態様において、ＡＣＴによる疾患治療に対する長期生存の１またはそれより多い予後マーカーは：
（ａ）ＭＤＳＣ数のマーカー；
（ｂ）ＭＤＳＣ活性のマーカー；
（ｃ）制御性Ｔリンパ球数のマーカー；
（ｄ）制御性Ｔリンパ球活性のマーカー；
（ｅ）リンパ球数のマーカー；
（ｆ）白血球数の比率としてのリンパ球の割合；
（ｇ）エフェクターＴリンパ球数のマーカー；
（ｈ）エフェクターＴリンパ球活性のマーカー；
（ｉ）疾患と関連する感染性病原体の量のマーカー；
（ｊ）ＣＸＣＬ１０のレベル；
（ｋ）ＣＣＬ２０のレベル；
（ｌ）ＣＣＬ２２のレベル；
（ｍ）ＩＬ−１０のレベル；
（ｎ）ＩＬ−８のレベル；
（ｏ）ＶＥＧＦのレベル；
（ｐ）疾患と関連する感染性病原体の核酸のレベル；
（ｑ）ＩＦＮγのレベル；
（ｒ）白血球数；
（ｓ）好中球数；
（ｔ）白血球数の比率としての好中球の割合；
（ｕ）単球数；
（ｖ）白血球数の比率としての単球の割合；
（ｗ）Ｔリンパ球数の比率としてのＣＤ８＋細胞の割合；
（ｘ）Ｔリンパ球数の比率としてのＣＤ４＋細胞の割合；
（ｙ）生存細胞の比率としての単球の割合；
（ｚ）生存細胞の比率としての骨髄由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）の割合；
（ａａ）ＣＤ３＋細胞の比率としてのＦｏｘＰ３＋ ＣＴＬＡ４＋制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）の割合；
（ｂｂ）末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）による１またはそれより多い骨髄細胞マーカーの発現のレベル；および／または
（ｃｃ）ＰＢＭＣによる１またはそれより多い免疫阻害因子の発現のレベル
を含む。

いくつかの態様において、方法は、ＡＣＴによる疾患治療に対する長期生存の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、または１９の予後マーカーに関して、患者から得た血液由来試料を分析する工程を含む。

本発明のいくつかの態様において、血液由来試料の分析は：
（ａ）骨髄由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）数の決定；
（ｂ）骨髄由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）活性レベルの決定；
（ｃ）制御性Ｔリンパ球数の決定；
（ｄ）制御性Ｔリンパ球活性レベルの決定；
（ｅ）リンパ球数の決定；
（ｆ）白血球数の比率としてのリンパ球の割合の決定；
（ｇ）エフェクターＴリンパ球数の決定；
（ｈ）エフェクターＴリンパ球活性レベルの決定；
（ｉ）疾患と関連する感染性病原体の量の決定；
（ｊ）ＣＸＣＬ１０のレベルの決定；
（ｋ）ＣＣＬ２０のレベルの決定；
（ｌ）ＣＣＬ２２のレベルの決定；
（ｍ）ＩＬ−１０のレベルの決定；
（ｎ）ＩＬ−８のレベルの決定；
（ｏ）ＶＥＧＦのレベルの決定；
（ｐ）疾患と関連する感染性病原体の核酸のレベルの決定；
（ｑ）ＩＦＮγのレベルの決定；
（ｒ）白血球数の決定；
（ｓ）好中球数の決定；
（ｔ）白血球数の比率としての好中球の割合の決定；
（ｕ）単球数の決定；
（ｖ）白血球数の比率としての単球の割合の決定；
（ｗ）Ｔリンパ球数の比率としてのＣＤ８＋細胞の割合の決定；
（ｘ）Ｔリンパ球数の比率としてのＣＤ４＋細胞の割合の決定；
（ｙ）生存細胞の比率としての単球の割合の決定；
（ｚ）生存細胞の比率としての骨髄由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）の割合の決定；
（ａａ）ＣＤ３＋細胞の比率としてのＦｏｘＰ３＋ ＣＴＬＡ４＋制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）の割合の決定；
（ｂｂ）末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）による１またはそれより多い骨髄細胞マーカーの発現のレベルの決定；および／または
（ｃｃ）ＰＢＭＣによる１またはそれより多い免疫阻害因子の発現のレベルの決定
の１またはそれより多くを含む。

いくつかの態様において、１またはそれより多い予後マーカーは：骨髄由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）数または活性のマーカー、制御性Ｔリンパ球数または活性のマーカー、ならびに／あるいはエフェクターＴリンパ球数または活性のマーカーを含む。いくつかの態様において、１またはそれより多い予後マーカーは：疾患と関連する感染性病原体の量のマーカーを含む。

ＭＤＳＣ数または活性は、例えば、どちらもその全体が本明細書に援用される、Ｇｒｅｔｅｎら， Ｉｎｔ． Ｉｍｍｕｎｏｐｈａｒｍａｃｏｌ（２０１１）１１：８０２−８０７、ならびにＧａｂｒｉｌｏｖｉｃｈおよびＮａｇａｒａｊ， Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｉｍｍｕｎｏｌ（２００９）９：１６２−１７４に記載されるＭＤＳＣの１またはそれより多くの特性の分析によって決定可能である。いくつかの態様において、ＭＤＳＣは、以下の表面マーカー：ＣＤ３３＋、ＣＤ１１ｂ＋、ＣＤ１４＋、ＣＤ１６−、ＣＤ１５−、ＨＬＡＤＲ^低の１またはそれより多くを参照することによって同定可能である。

いくつかの態様において、骨髄由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）数または活性のマーカー、あるいは制御性Ｔリンパ球数または活性のマーカーは：ＣＸＣＬ１０、ＣＣＬ２０、ＣＣＬ２２、ＩＬ−１０、ＩＬ−８、ＭＤＳＣ数、生存細胞の比率としてのＭＤＳＣの割合、単球数、生存細胞の比率としての単球の割合、白血球数の比率としての単球の割合、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）による骨髄細胞マーカー発現、ＰＢＭＣによる免疫阻害因子発現、およびＣＤ３＋細胞の比率としてのＦｏｘＰ３＋ ＣＴＬＡ４＋制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）の割合からなる群より選択されることも可能である。

いくつかの態様において、本発明にしたがった骨髄細胞マーカーおよび／または免疫阻害因子／マーカーは、表３（図９）から選択されることも可能である。いくつかの態様において、骨髄細胞マーカーおよび／または免疫阻害因子／マーカーは、ＣＤ６８、ＬＩＬＲＡ５、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ１２、ＬＩＬＲＢ４、ＭＳＲ１、ＣＸＣＬ１６、ＣＬＥＣ７ＡおよびＴＲＥＭ１の１またはそれより多くより選択されることも可能である。いくつかの態様において、骨髄細胞マーカーおよび／または免疫阻害因子／マーカーは、ＣＤ６８、ＬＩＬＲＡ５、Ｓ１００Ａ８およびＳ１００Ａ９の１またはそれより多くより選択されることも可能である。

いくつかの態様において、骨髄細胞マーカーおよび／または免疫阻害因子／マーカーは、ＮＬＲＰ３、ＰＤ−Ｌ１およびＳＴＡＴ４の１またはそれより多くより選択されることも可能である。

いくつかの態様において、本発明にしたがった骨髄細胞マーカーおよび／または免疫阻害因子／マーカーは、ＩＬ−１０、ＣＣＬ２２、ＩＬ−ＩＬ−８、ＶＥＧＦおよびＣＣＬ２０の１またはそれより多くより選択されることも可能である。

Ｔリンパ球数または活性は、当業者に周知である、Ｔリンパ球の１またはそれより多い特性の分析によって決定可能である。Ｔリンパ球マーカーには、ＣＤ３ポリペプチド（例えばＣＤ３γ ＣＤ３ε ＣＤ３ζまたはＣＤ３δ）、ＴＣＲポリペプチド（ＴＣＲαまたはＴＣＲβ）、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ４およびＣＤ８が含まれる。

本明細書において、「制御性Ｔリンパ球」は、免疫調節活性を有するＴリンパ球を指す。制御性Ｔリンパ球（Ｔｒｅｇ）は、一般的に、エフェクターＴ細胞の誘導、増殖および／または機能を抑制する／下方制御する。Ｔｒｅｇ表現型および機能は、その全体が本明細書に援用される、Ｖｉｇｎａｌｉら， Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｉｍｍｕｎｏｌ（２００８）８（７）：５２３−５３２によって概説される。Ｔｒｅｇのマーカーには、ＦｏｘＰ３およびＣＴＬＡ４発現が含まれる。

本明細書において、「エフェクターＴリンパ球」は、エフェクター機能を有するＴリンパ球を指す。エフェクターＴリンパ球（Ｔｅｆｆ）の例には、Ｔヘルパー細胞、細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）およびメモリーＴ細胞が含まれる。Ｔｅｆｆ表現型および機能は、Ｊａｎｅｗａｙ， Ｉｍｍｕｎｏｂｉｏｌｏｇｙ： Ｔｈｅ Ｉｍｍｕｎｅ Ｓｙｓｔｅｍ ｉｎ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｄｉｓｅａｓｅ；第５版 ２００１、第８章（その全体が本明細書に援用される）に概説される。

いくつかの態様において、エフェクターＴ細胞数または活性のマーカーは；ＩＦＮγ、リンパ球数、Ｔリンパ球数、白血球数の比率としてのリンパ球の割合、エフェクターＴリンパ球数、Ｔリンパ球数の比率としてのＣＤ８＋細胞の割合、およびＴリンパ球数の比率としてのＣＤ４＋細胞の割合からなる群より選択される。

疾患と関連する感染性病原体の量は、例えば感染性病原体のマーカーの量の分析によって決定可能である。例えば、感染性病原体のマーカーは、感染性病原体の核酸（例えばＲＮＡまたはＤＮＡ）または感染性病原体のタンパク質／ペプチドであることも可能である。いくつかの態様において、疾患と関連する感染性病原体の量のマーカーは：ウイルスＤＮＡ（例えばウイルスゲノムＤＮＡ）、ウイルスＲＮＡ（例えばウイルスゲノムＲＮＡ）、ウイルスタンパク質、およびウイルスエンベロープタンパク質からなる群より選択される。

いくつかの態様において、血液由来試料の分析は：ＩＦＮγのレベルの決定、疾患と関連する感染性病原体の核酸のレベルの決定、ＣＸＣＬ１０のレベルの決定、および／またはＣＣＬ２０のレベルの決定を含む。

いくつかの態様において、血液由来試料の分析は、ＡＣＴによる疾患治療に対する長期生存の予後マーカーの決定したレベル間の１またはそれより多い比を決定する工程を含む。レベルおよび／または比を変換して（例えばｌｏｇ_１０またはｌｏｇ_ｅ変換して）分析を補助することも可能である。

いくつかの態様において、分析は、疾患と関連する感染性病原体の量のマーカーのレベルの、ＭＳＤＣ数または活性の１またはそれより多いマーカーならびに／あるいは制御性Ｔリンパ球数または活性の１またはそれより多いマーカーのレベルに対する比を決定し、そして／または疾患と関連する感染性病原体の量のマーカーのレベルの、エフェクターＴリンパ球数または活性の１またはそれより多いマーカーのレベルに対する比を決定する工程を含む。

いくつかの態様において、分析は、疾患と関連する感染性病原体由来の１またはそれより多い分子のレベルの、ＭＤＳＣによって産生される１またはそれより多い因子ならびに／あるいは制御性Ｔリンパ球によって産生される１またはそれより多い因子のレベルに対する比を決定し、そして／または疾患と関連する感染性病原体由来の１またはそれより多い分子のレベルの、エフェクターＴリンパ球によって産生される１またはそれより多い因子のレベルに対する比を決定する工程を含む。

いくつかの態様において、血液試料の分析は：ＣＣＬ２０のレベルのＩＦＮγのレベルに対する比を決定し、ＣＸＣＬ１０のレベルのＩＦＮγのレベルに対する比を決定し、そして／または疾患と関連する感染性病原体の核酸のレベルの、ＩＦＮγのレベルに対する比を決定する工程を含む。

本発明の方法のいくつかの態様において、血液由来試料の分析は、長期生存の１またはそれより多い予後マーカーの決定されたレベル／数／割合を、該マーカーに関する参照値（単数または複数）に比較する工程を含む。いくつかの態様において、参照値は、ＡＣＴによる疾患治療に対する、患者の長期生存または非生存の指標となる、そのマーカーに関する値である。

いくつかの態様において、参照値は、関心対象の被験体から得られる匹敵する試料におけるそのマーカーに関する値である。いくつかの態様において、被験体は健康な対照個体である。いくつかの態様において、被験体は疾患を有する患者である。いくつかの態様において、被験体はＡＣＴによる疾患治療に対して平均（例えば中央値または平均、最頻値）時間量よりも長く生存している患者（すなわちＡＣＴによる疾患治療に対して、患者の平均生存よりも長い時間量に渡って生存している患者）である。いくつかの態様において、被験体は、ＡＣＴによる疾患治療の長期生存者である。いくつかの態様において、被験体は、ＡＣＴによる疾患治療に対して、平均時間量よりも短い期間生存している患者（すなわちＡＣＴによる疾患治療に対して、患者の平均生存よりも短い時間量に渡って生存している患者）である。いくつかの態様において、被験体は、ＡＣＴによる疾患治療の長期生存者ではない。

いくつかの態様において、値は、複数の被験体、例えば先行する段落の態様にしたがった複数の被験体のマーカーに関する平均値（例えば平均、中央値、最頻値）であってもよい。

いくつかの態様において、ＡＣＴによる疾患治療に対して平均時間量よりも短く生存する患者、ＡＣＴによる疾患治療に対する長期生存者でない患者、またはＡＣＴによる疾患治療に対して平均時間量に渡って生存する患者に関する参照値と関連した以下の１またはそれより多くの決定は、ＡＣＴによる疾患治療に対する増加したおよび／または長期生存を予測しうる：
（１）より少数のＭＤＳＣ；
（２）より低いＭＤＳＣ活性；
（３）より少数の制御性Ｔリンパ球；
（４）より低い制御性Ｔリンパ球活性；
（５）より多数のリンパ球；
（６）白血球数の比率としてのリンパ球のより高い割合；
（７）より多数のエフェクターＴリンパ球；
（８）より高いエフェクターＴリンパ球活性；
（９）疾患に関連する感染性病原体のより少ない量；
（１０）より低いＣＸＣＬ１０；
（１１）より低いＣＣＬ２０；
（１２）より低いＣＣＬ２２；
（１３）より低いＩＬ−１０；
（１４）より低いＩＬ−８；
（１５）より低いＶＥＧＦ；
（１６）疾患と関連する感染性病原体の核酸のより少ない量；
（１７）より高いＩＦＮγ；
（１８）より多数の白血球；
（１９）より少数の好中球；
（２０）白血球数の比率としての好中球のより低い割合；
（２１）より少数の単球；
（２２）白血球数の比率としての単球のより低い割合；
（２３）Ｔリンパ球数の比率としてのＣＤ８＋細胞のより高い割合；
（２４）Ｔリンパ球数の比率としてのＣＤ４＋細胞のより高い割合；
（２５）生存細胞数の比率としての単球のより低い割合；
（２６）生存細胞数の比率としてのＭＤＳＣのより低い割合；
（２７）ＣＤ３＋細胞数の比率としてのＦｏｘＰ３＋ ＣＴＬＡ４＋ Ｔｒｅｇのより低い割合；
（２８）ＰＢＭＣによる１またはそれより多い骨髄細胞マーカーのより低い発現レベル；
（２９）ＰＢＭＣによる１またはそれより多い免疫阻害因子のより低い発現レベル。

いくつかの態様において、ＡＣＴによる疾患治療に対して平均時間量よりも長く生存する患者、またはＡＣＴによる疾患治療に対する長期生存者に関する参照値と関連して以下の１またはそれより多くの決定は、ＡＣＴによる疾患治療に対する増加したおよび／または長期生存を予測しうる：
（１）匹敵するかまたはより少数のＭＤＳＣ；
（２）匹敵するかまたはより低いＭＤＳＣ活性；
（３）匹敵するかまたはより少数の制御性Ｔリンパ球；
（４）匹敵するかまたはより低い制御性Ｔリンパ球活性；
（５）匹敵するかまたはより多数のリンパ球；
（６）白血球数の比率としての匹敵するかまたはより多数のリンパ球；
（７）匹敵するかまたはより多数のエフェクターＴリンパ球；
（８）匹敵するかまたはより高いエフェクターＴリンパ球活性；
（９）疾患に関連する感染性病原体の匹敵するかまたはより少ない量；
（１０）匹敵するかまたはより低いＣＸＣＬ１０；
（１１）匹敵するかまたはより低いＣＣＬ２０；
（１２）匹敵するかまたはより低いＣＣＬ２２；
（１３）匹敵するかまたはより低いＩＬ−１０；
（１４）匹敵するかまたはより低いＩＬ−８；
（１５）匹敵するかまたはより低いＶＥＧＦ；
（１６）疾患と関連する感染性病原体の核酸の匹敵するかまたはより少ない量；
（１７）匹敵するかまたはより高いＩＦＮγ；
（１８）匹敵するかまたはより多数の白血球；
（１９）匹敵するかまたはより少数の好中球；
（２０）白血球数の比率としての好中球の匹敵するかまたはより低い割合；
（２１）匹敵するかまたはより少数の単球；
（２２）白血球数の比率としての単球の匹敵するかまたはより低い割合；
（２３）Ｔリンパ球数の比率としてのＣＤ８＋細胞の匹敵するかまたはより高い割合；
（２４）Ｔリンパ球数の比率としてのＣＤ４＋細胞の匹敵するかまたはより高い割合；
（２５）生存細胞数の比率としての単球の匹敵するかまたはより低い割合；
（２６）生存細胞数の比率としてのＭＤＳＣの匹敵するかまたはより低い割合；
（２７）ＣＤ３＋細胞数の比率としてのＦｏｘＰ３＋ ＣＴＬＡ４＋ Ｔｒｅｇの匹敵するかまたはより低い割合；
（２８）ＰＢＭＣによる１またはそれより多い骨髄細胞マーカーの匹敵するかまたはより低い発現レベル；
（２９）ＰＢＭＣによる１またはそれより多い免疫阻害因子の匹敵するかまたはより低い発現レベル。

いくつかの態様において、こうした分析のための試料は、１つの用量（例えば最初の用量）の細胞がＡＣＴによって患者に投与された後、例えば細胞投与の４週間以内に、患者から得られる／得られている。いくつかの態様において、こうした分析のための試料は、試薬を治療するための療法的介入（例えば化学療法および／またはＡＣＴ）の前に患者から得られる／得られている。いくつかの態様において、こうした分析のための試料は、疾患を治療するための療法的介入（例えば化学療法）の完了後に、そして患者への細胞の投与前に、患者から得られる／得られている。

いくつかの態様において、参照値に比較した際のより低いレベル／数／割合は、参照値のレベル／数／割合の１倍未満、０．９５倍未満、０．９倍未満、０．８５倍未満、０．８倍未満、０．７５倍未満、０．７倍未満、０．６５倍未満、０．６倍未満、０．５５倍未満、０．５倍未満、０．４５倍未満、０．４倍未満、０．３５倍未満、０．３倍未満、０．２５倍未満、０．２倍未満、０．１５倍未満、または０．１倍未満の１つである。

いくつかの態様において、参照値に比較した際のより高いレベル／数／割合は、参照値のレベル／数／割合の１倍より高い、１．１倍より高い、１．２倍より高い、１．３倍より高い、１．４倍より高い、１．５倍より高い、１．６倍より高い、１．７倍より高い、１．８倍より高い、１．９倍より高い、２倍より高い、２．１倍より高い、２．２倍より高い、２．３倍より高い、２．４倍より高い、２．５倍より高い、２．６倍より高い、２．７倍より高い、２．８倍より高い、２．９倍より高い、３倍より高い、３．１倍より高い、３．２倍より高い、３．３倍より高い、３．４倍より高い、３．５倍より高い、３．６倍より高い、３．７倍より高い、３．８倍より高い、３．９倍より高い、４倍より高い、４．１倍より高い、４．２倍より高い、４．３倍より高い、４．４倍より高い、４．５倍より高い、４．６倍より高い、４．７倍より高い、４．８倍より高い、４．９倍より高い、または５倍より高い値の１つである。

いくつかの態様において、約７ｘ１０^９／Ｌ、６．５ｘ１０^９／Ｌ、６ｘ１０^９／Ｌ、５．５ｘ１０^９／Ｌ、５ｘ１０^９／Ｌ、４．５ｘ１０^９／Ｌ、４ｘ１０^９／Ｌ、またはそれより低い値の１つの白血球数は、増加したおよび／または長期生存を予測する。いくつかの態様において、こうした分析のための試料は、１つの用量（例えば最初の用量）の細胞がＡＣＴによって患者に投与された後、例えば細胞投与の４週間以内に、患者から得られる／得られている。

いくつかの態様において、例えば１つの用量（例えば最初の用量）の細胞がＡＣＴによって患者に投与された後、例えば細胞投与の４週間以内に、患者から得られた試料において、７０％、６５％、６０％、５５％、５０％、４５％、４０％またはそれより低い値の１つの白血球の比率としての好中球の割合は、増加したおよび／または長期生存を予測する。

いくつかの態様において、例えば１つの用量（例えば最初の用量）の細胞がＡＣＴによって患者に投与された後、例えば細胞投与の４週間以内に、患者から得られた試料において、約１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％またはそれより高い値の１つの白血球の比率としてのリンパ球の割合は、増加したおよび／または長期生存を予測する。

いくつかの態様において、例えば１つの用量（例えば最初の用量）の細胞がＡＣＴによって患者に投与された後、例えば細胞投与の４週間以内に、患者から得られた試料において、約０．２５ｐｇ／ｍｌ、０．３ｐｇ／ｍｌ、０．３５ｐｇ／ｍｌ、０．４ｐｇ／ｍｌ、０．４５ｐｇ／ｍｌ、０．５ｐｇ／ｍｌ、０．５５ｐｇ／ｍｌ、０．６ｐｇ／ｍｌ、０．６５ｐｇ／ｍｌ、０．７ｐｇ／ｍｌ、０．７５ｐｇ／ｍｌ、０．８ｐｇ／ｍｌ、０．８５ｐｇ／ｍｌ、０．９ｐｇ／ｍｌ、０．９５ｐｇ／ｍｌ、または１．０ｐｇ／ｍｌまたはそれより高い値の１つのＩＦＮγのｌｏｇ１０変換レベルは、増加したおよび／または長期生存を予測する。

いくつかの態様において、例えば１つの用量（例えば最初の用量）の細胞がＡＣＴによって患者に投与された後、例えば細胞投与の４週間以内に、患者から得られた試料において、例えば疾患を治療するための療法的介入（例えば化学療法および／またはＡＣＴ）の前に患者から得られた試料において、または疾患を治療するための療法的介入（例えば化学療法）の完了後に、そして患者への細胞の投与の前に患者から得られた試料において、約４．０ｐｇ／ｍｌ、３．５ｐｇ／ｍｌ、３．０ｐｇ／ｍｌ、２．５ｐｇ／ｍｌ、２．０ｐｇ／ｍｌ、１．５ｐｇ／ｍｌまたはそれより低い値の１つのＥＢＶ ＤＮＡのｌｏｇ１０変換レベルは、増加したおよび／または長期生存を予測する。

いくつかの態様において、例えば１つの用量（例えば最初の用量）の細胞がＡＣＴによって患者に投与された後、例えば細胞投与の４週間以内に、患者から得られた試料において、約１．０ｐｇ／ｍｌ、０．９ｐｇ／ｍｌ、０．８ｐｇ／ｍｌ、０．７ｐｇ／ｍｌ、０．６ｐｇ／ｍｌ、０．５ｐｇ／ｍｌ、０．４ｐｇ／ｍｌ、０．３ｐｇ／ｍｌ、０．２ｐｇ／ｍｌ、０．１またはそれより低い値の１つのＣＣＬ２０のｌｏｇ１０変換レベルは、増加したおよび／または長期生存を予測する。

いくつかの態様において、約２．０ｐｇ／ｍｌ、１．９ｐｇ／ｍｌ、１，８ｐｇ／ｍｌ、１．７ｐｇ／ｍｌ、１．６ｐｇ／ｍｌ、１．５ｐｇ／ｍｌ、またはそれより低い値の１つのＣＣＬ２２のｌоｇ１０変換レベルは、増加したおよび／または長期生存を予測する。

いくつかの態様において、約０．５ｐｇ／ｍｌ、０．４ｐｇ／ｍｌ、０．３ｐｇ／ｍｌ、０．２ｐｇ／ｍｌ、０．１ｐｇ／ｍｌまたはそれより低い値の１つのＩＬ−１０のｌｏｇ１０変換レベルは、増加したおよび／または長期生存を予測する。

いくつかの態様において、約１．０ｐｇ／ｍｌ、０．９ｐｇ／ｍｌ、０．８ｐｇ／ｍｌ、０．７ｐｇ／ｍｌ、０．６ｐｇ／ｍｌ、０．５ｐｇ／ｍｌ、０．４ｐｇ／ｍｌ、０．３ｐｇ／ｍｌ、０．２ｐｇ／ｍｌ、０．１ｐｇ／ｍｌ、またはそれより低い値の１つのＩＬ−８のｌｏｇ１０変換レベルは、増加したおよび／または長期生存を予測する。

いくつかの態様において、約２．０ｐｇ／ｍｌ、１．９ｐｇ／ｍｌ、１．８ｐｇ／ｍｌ、１．７ｐｇ／ｍｌ、１．６ｐｇ／ｍｌ、１．５ｐｇ／ｍｌ、１．４ｐｇ／ｍｌ、１．３ｐｇ／ｍｌ、１．２ｐｇ／ｍｌ、１．１ｐｇ／ｍｌ、１．０ｐｇ／ｍｌ、またはそれより低い値の１つのＶＥＧＦのｌｏｇ１０変換レベルは、増加したおよび／または長期生存を予測する。

いくつかの態様において、例えば１つの用量（例えば最初の用量）の細胞がＡＣＴによって患者に投与された後、例えば細胞投与の４週間以内に、患者から得られた試料において、約２．６ｐｇ／ｍｌ、２．５５ｐｇ／ｍｌ、２．５ｐｇ／ｍｌ、２．４５ｐｇ／ｍｌ、２．４ｐｇ／ｍｌ、２．３５ｐｇ／ｍｌ、２．３ｐｇ／ｍｌ、２．２５ｐｇ／ｍｌ、２．２ｐｇ／ｍｌ、２．１５ｐｇ／ｍｌ、２．１ｐｇ／ｍｌ、２．０５ｐｇ／ｍｌ、２．０ｐｇ／ｍｌ、またはそれより低い値の１つのＣＸＣＬ１０のｌｏｇ１０変換レベルは、増加したおよび／または長期生存を予測する。

いくつかの態様において、例えば１つの用量（例えば最初の用量）の細胞がＡＣＴによって患者に投与された後、例えば細胞投与の４週間以内に、患者から得られた試料において、約４．０、３．９、３．８、３．７、３．６、３．５、３．４、３．３、３．２、３．１、３．０、２．９、２．８、２．７、２．６、２．５、２．４、２．３、２．２、２．１、または２．０未満の１つのＩＦＮγのｌｏｇ１０変換レベルに対するＥＢＶ ＤＮＡのｌｏｇ１０変換レベルの比は、増加したおよび／または長期生存を予測する。いくつかの態様において、約３．０未満のＩＦＮγのｌｏｇ１０変換レベルに対するＥＢＶ ＤＮＡのｌｏｇ１０変換レベルの比は、増加したおよび／または長期生存を予測する。

いくつかの態様において、例えば１つの用量（例えば最初の用量）の細胞がＡＣＴによって患者に投与された後、例えば細胞投与の４週間以内に、患者から得られた試料において、約２．０、１．９、１．８、１．７、１．６、１．５、１．４、１．３、１．２、１．１、１．０、０．９、０．８、０．７、０．６、０．５、０．４、０．３、０．２、または０．１未満の１つのＩＦＮγのｌｏｇ１０変換レベルに対するＣＣＬ２０のｌｏｇ１０変換レベルの比は、増加したおよび／または長期生存を予測する。

いくつかの態様において、例えば１つの用量（例えば最初の用量）の細胞がＡＣＴによって患者に投与された後、例えば細胞投与の４週間以内に、患者から得られた試料において、約３．０、２．９、２．８、２．７、２．６、２．５、２．４、２．３、２．２、２．１、２．０、１．９、１．８、１．７、１．６、１．５、１．４、１．３、１．２、１．１または１．０未満の１つのＩＦＮγのｌｏｇ１０変換レベルに対するＣＸＣＬ１０のｌｏｇ１０変換レベルの比は、増加したおよび／または長期生存を予測する。いくつかの態様において、約２．５未満のＩＦＮγのｌｏｇ１０変換レベルに対するＣＸＣＬ１０のｌｏｇ１０変換レベルの比は、増加したおよび／または長期生存を予測する。

いくつかの態様において、例えば１つの用量（例えば最初の用量）の細胞がＡＣＴによって患者に投与された後、例えば細胞投与の４週間以内に、患者から得られた試料において、約４．０、３．９、３．８、３．７、３．６、３．５、３．４、３．３、３．２、３．１、３．０、２．９、２．８、２．７、２．６、２．５、２．４、２．３、２．２、２．１、または２．０未満の１つのＩＦＮγのｌｏｇ１０変換レベルに対するＥＢＶ ＤＮＡのｌｏｇ１０変換レベルの比、および約２．０、１．９、１．８、１．７、１．６、１．５、１．４、１．３、１．２、１．１、１．０、０．９、０．８、０．７、０．６、０．５、０．４、０．３、０．２、または０．１未満の１つのＩＦＮγのｌｏｇ１０変換レベルに対するＣＣＬ２０のｌｏｇ１０変換レベルの比は、増加したおよび／または長期生存を予測する。

いくつかの態様において、例えば１つの用量（例えば最初の用量）の細胞がＡＣＴによって患者に投与された後、例えば細胞投与の４週間以内に、患者から得られた試料において、約４．０、３．９、３．８、３．７、３．６、３．５、３．４、３．３、３．２、３．１、３．０、２．９、２．８、２．７、２．６、２．５、２．４、２．３、２．２、２．１、または２．０未満の１つのＩＦＮγのｌｏｇ１０変換レベルに対するＥＢＶ ＤＮＡのｌｏｇ１０変換レベルの比、および約３．０、２．９、２．８、２．７、２．６、２．５、２．４、２．３、２．１、２．０、１．９、１．８、１．７、１．６、１．５、１．４、１．３、１．２、１．１または１．０未満の１つのＩＦＮγのｌｏｇ１０変換レベルに対するＣＸＣＬ２０のｌｏｇ１０変換レベルの比は、増加したおよび／または長期生存を予測する。いくつかの態様において、約３．０未満のＩＦＮγのｌｏｇ１０変換レベルに対するＥＢＶ ＤＮＡのｌｏｇ１０変換レベルの比および約２．５未満のＩＦＮγのｌｏｇ１０変換レベルに対するＣＸＣＬ１０のｌｏｇ１０変換レベルの比は、増加したおよび／または長期生存を予測する。

いくつかの態様において、例えば１つの用量（例えば最初の用量）の細胞がＡＣＴによって患者に投与された後、例えば細胞投与の４週間以内に、患者から得られた試料において、約２００、１９５、１９０、１８５、１８０、１７５、１７０、１６５、１６０、１５５、１５０、１４５、１４０、１３５、１３０、１２５、１２０、１１５、１１０、１０５、１００、９５、９０またはそれ未満のＣＤ６８ ＲＮＡコピー数（例えばナノストリング分析によって決定したようなもの）の基準化されたカウントは、増加したおよび／または長期生存を予測する。

いくつかの態様において、例えば１つの用量（例えば最初の用量）の細胞がＡＣＴによって患者に投与された後、例えば細胞投与の４週間以内に、患者から得られた試料において、約３５００、３２５０、３０００、２７５０、２５００、２２５０、２０００、１７５０、１５００、１２５０、１０００またはそれ未満のＳ１００Ａ８ ＲＮＡコピー数（例えばナノストリング分析によって決定したようなもの）の基準化されたカウントは、増加したおよび／または長期生存を予測する。

いくつかの態様において、例えば１つの用量（例えば最初の用量）の細胞がＡＣＴによって患者に投与された後、例えば細胞投与の４週間以内に、患者から得られた試料において、約４５００、４２５０、４０００、３７５０、３５００、３２５０、３０００、２７５０、２５００、２２５０、２０００、１７５０、１５００、１２５０、１０００またはそれ未満のＳ１００Ａ９ ＲＮＡコピー数（例えばナノストリング分析によって決定したようなもの）の基準化されたカウントは、増加したおよび／または長期生存を予測する。

いくつかの態様において、例えば１つの用量（例えば最初の用量）の細胞がＡＣＴによって患者に投与された後、例えば細胞投与の４週間以内に、患者から得られた試料において、約９０、８５、８０、７５、７０、６５、６０、５５、５０、４５、４０、３５、３０またはそれ未満のＬＩＬＲ５Ａ ＲＮＡコピー数（例えばナノストリング分析によって決定したようなもの）の基準化されたカウントは、増加したおよび／または長期生存を予測する。

いくつかの態様において、例えば疾患を治療するための療法的介入（例えば化学療法および／またはＡＣＴ）の前に患者から得られた試料において、または疾患を治療するための療法的介入（例えば化学療法）の完了後に、そして患者への細胞の投与の前に患者から得られた試料において、１５％、１４％、１３％、または１２％未満の１つの白血球の比率としての単球の割合は、増加したおよび／または長期生存を予測する。

いくつかの態様において、例えば疾患を治療するための療法的介入（例えば化学療法および／またはＡＣＴ）の前に患者から得られた試料において、または疾患を治療するための療法的介入（例えば化学療法）の完了後に、そして患者への細胞の投与の前に患者から得られた試料において、７０％、６５％、６０％、５５％、５０％、または４５％未満の１つの生存細胞の比率としての単球の割合は、増加したおよび／または長期生存を予測する。

いくつかの態様において、例えば１つの用量（例えば最初の用量）の細胞がＡＣＴによって患者に投与された後、例えば細胞投与の４週間以内に、患者から得られた試料において、６０％、５５％、５０％、４５％、４０％、または３５％未満の１つの生存細胞の比率としての単球の割合は、増加したおよび／または長期生存を予測する。

いくつかの態様において、例えば１つの用量（例えば最初の用量）の細胞がＡＣＴによって患者に投与された後、例えば細胞投与の４週間以内に、患者から得られた試料において、８０％、７５％、７０％、または６５％未満の１つの白血球の比率としての好中球の割合は、増加したおよび／または長期生存を予測する。

いくつかの態様において、例えば疾患を治療するための療法的介入（例えば化学療法）の完了後に、そして患者への細胞の投与前に患者から得られた試料、または１つの用量（例えば最初の用量）の細胞がＡＣＴによって患者に投与された後、例えば細胞投与の４週間以内に、患者から得られた試料において、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、または２０％より大きい値の１つの白血球数の比率としてのリンパ球数は、増加したおよび／または長期生存を予測する。

いくつかの態様において、例えば疾患を治療するための療法的介入（例えば化学療法）の完了後に、そして患者への細胞の投与の前に患者から得られた試料において、１５％、１４％、１３％、１２％、１１％、１０％、９％、８％、７％、６％または５％未満の値の１つの生存細胞の比率としてのＭＤＳＣの割合は、増加したおよび／または長期生存を予測する。

いくつかの態様において、例えば疾患を治療するための療法的介入（例えば化学療法および／またはＡＣＴ）の前に患者から得られた試料において、６％、５．５％、５％、４．５％、４％、３．５％、または３％未満の１つのＣＤ３＋細胞の比率としてのＦｏｘＰ３＋、ＣＴＬＡ４＋ Ｔｒｅｇの割合は、増加したおよび／または長期生存を予測する。

患者がＡＣＴによる治療に対する長期生存者になるかどうかの予測
本発明の方法は、患者から得られる血液由来試料の分析に基づいて、患者がＡＣＴによる疾患治療に対する長期生存者になるかどうかを予測する工程を伴う。

いくつかの態様において、患者は、本明細書に記載するような、増加したおよび／または長期生存の１またはそれより多い正の予測因子の決定に基づいて、ＡＣＴによる疾患の治療に対する長期生存者であると予測される。いくつかの態様において、患者は、増加したおよび／または長期生存の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれより多い正の予測因子の決定に基づいて、ＡＣＴによる疾患の治療に対する長期生存者であると予測される。いくつかの態様において、患者は、増加したおよび／または長期生存の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０の正の予測因子の決定に基づいて、ＡＣＴによる疾患の治療に対する長期生存者であると予測される。

ＡＣＴによる疾患の治療
本発明は、免疫療法の１つの型であるＡＣＴによって患者を治療する方法を提供する。ＡＣＴは、被験体から少なくとも１つの細胞を単離し；少なくとも１つの細胞を処理し、そして；被験体に処理した細胞を投与する工程を伴うことも可能である。いくつかの態様において、細胞を単離する被験体は、処理した細胞を投与する被験体である（すなわち養子移入は自己細胞のものである）。いくつかの態様において、細胞を単離する被験体は、処理した細胞を投与する被験体とは異なる被験体である（すなわち養子移入は同種Ｔ細胞のものである）。

いくつかの態様において、処理は、細胞数を拡大するためである。いくつかの態様において、処理は、疾患を治療するために有効な細胞タイプを生成するかまたはその数を拡大することである。例えば、疾患がＥＢＶでの感染によって引き起こされるかまたは悪化する疾患である場合、細胞の処理は、次いで患者に導入するＥＢＶ特異的細胞（例えばＥＢＶ特異的Ｔ細胞、例えばＥＢＶ特異的ＣＴＬ）を生成するかまたはその数を拡大するためのものであることも可能である。処理をｉｎ ｖｉｔｒｏで実行することも可能である。処理は、ＥＢＶ感染細胞、例えばＥＢＶ形質転換リンパ芽球性細胞株（ＬＣＬ）細胞での刺激を含むことも可能である。

疾患がＨＰＶでの感染によって引き起こされるかまたは悪化する疾患である場合、細胞の処理は、次いで患者に導入するＨＰＶ特異的細胞（例えばＨＰＶ特異的Ｔ細胞、例えばＨＰＶ特異的ＣＴＬ）を生成するかまたはその数を拡大するためのものであることも可能である。処理をｉｎ ｖｉｔｒｏで実行することも可能である。処理は、ＨＰＶ感染細胞での刺激を含むことも可能である。

ウイルス特異的Ｔ細胞を拡大するための方法は、当業者に周知である。典型的な培養条件（すなわち細胞培地、添加物、温度、気体雰囲気）、刺激細胞に対する反応細胞の比、刺激工程のための培養期間等は、例えばどちらもその全体が本明細書に援用されるＢｏｌｌａｒｄら， Ｊ Ｅｘｐ Ｍｅｄ（２００４）， ２００（１２）：１６２３−１６３３およびＳｔｒａａｔｈｏｆら， Ｂｌｏｏｄ（２００５）， １０５（５）：１８９８−１９０４を参照することによって容易に決定可能である。

いくつかの態様において、方法は、以下の工程：被験体から血液試料を得る工程；血液試料から少なくとも１つのＴ細胞を単離しそして／または拡大する工程；ｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｅｘ ｖｉｖｏ細胞培養において少なくとも１つのＴ細胞を培養する工程；少なくとも１つのＴ細胞を刺激する工程；少なくとも１つのＴ細胞を収集する工程；修飾されたＴ細胞をアジュバント、希釈剤、またはキャリアーと混合する工程；少なくとも１つのＴ細胞を被験体に投与する工程の１またはそれより多くを含むことも可能である。

本発明にしたがって治療しようとする被験体は、任意の動物またはヒトであってもよい。被験体は、好ましくは哺乳動物、より好ましくはヒトである。被験体は、非ヒト哺乳動物であってもよいが、より好ましくはヒトである。被験体は男性または女性であってもよい。被験体は患者であってもよい。被験体は、治療が必要な疾患または状態であると診断されていてもよいし、こうした疾患または状態を有すると推測されていてもよいし、あるいはこうした疾患または状態を発展させるリスクがあってもよい。

本発明にしたがった細胞の投与は、好ましくは「療法的に有効」または「予防的に有効」である量であり、これは、被験体に有益であることを示すために十分な量である。投与する実際の量、ならびに投与の速度および時間経過は、疾患または障害の性質および重症度に応じるであろう。治療の処方、例えば投薬量の決定等は、開業医および他の医師の責任の範囲内であり、そして典型的には、治療しようとする疾患／障害、個々の被験体の状態、送達部位、投与法、および医師に知られる他の要因が考慮される。ウイルス特異的Ｔ細胞の養子移入は、例えば、本明細書に援用される、Ｃｏｂｂｏｌｄら， （２００５） Ｊ． Ｅｘｐ． Ｍｅｄ． ２０２：３７９−３８６およびＲｏｏｎｅｙら， （１９９８）， Ｂｌｏｏｄ ９２：１５４９−１５５５に記載される。

いくつかの態様において、方法は、さらなる療法的または予防的介入を含む。いくつかの態様において、療法的または予防的介入は、化学療法、免疫療法、放射線療法、手術、ワクチン接種および／またはホルモン療法より選択される。いくつかの態様において、さらなる療法的または予防的介入を、ＡＣＴによる疾患治療と同時に行い、そして／またはＡＣＴによる疾患治療前および／または後に実行することも可能である。

１つの側面において、本発明は、養子細胞移入（ＡＣＴ）によって患者を治療する方法であって：
（ｉ）１つの用量の細胞を患者に投与し；
（ｉｉ）ＡＣＴによる疾患治療に対する長期生存の１またはそれより多い予後マーカーに関して、患者から得た血液由来試料を分析し；
（ｉｉｉ）工程（ｉｉ）の分析に基づいて、ＡＣＴによる疾患治療による患者の長期生存を予測し；そして
（ｉｖ）１またはそれより多いさらなる用量の細胞を患者に投与する
工程を含む、前記方法を提供する。

いくつかの態様において、患者がＡＣＴによる疾患治療に対する長期生存者であるかどうかの分析／予測は、ＡＣＴによって疾患を治療するかまたは治療し続けるかどうかに関する決定に影響を及ぼす。

いくつかの態様において、方法を用いて、ＡＣＴによる治療が長期生存と関連するとは予測されない患者に比較した際、ＡＣＴによる治療が長期生存と関連すると予測される患者を階層化する。

すなわち、本発明を使用して、（ｉ）ＡＣＴによる治療が長期生存と関連すると予測される、ＡＣＴによって治療しようとする疾患を患う患者の下位集団、および／または（ｉｉ）ＡＣＴによる治療が長期生存と関連するとは予測されない、ＡＣＴによって治療しようとする疾患を患う患者の下位集団を同定および／または選択することも可能である。

したがって、関連する側面において、本発明は、養子細胞移入（ＡＣＴ）による疾患治療に関して、患者を選択する方法であって：
（ｉ）ＡＣＴによる疾患治療に対する長期生存の１またはそれより多い予後マーカーに関して、患者から得た血液由来試料を分析し；
（ｉｉ）工程（ｉ）の分析に基づいて、患者がＡＣＴによる疾患治療に対する長期生存者になるかどうかを予測し；そして
（ｉｉｉ）ＡＣＴによる疾患治療のため、ＡＣＴによる疾患治療に対する長期生存者であると予測される患者を選択する
工程を含む、前記方法を提供する。

いくつかの態様において、方法は、患者に１つの用量の細胞を投与する最初の工程をさらに含む。ＡＣＴによる疾患治療法にしたがって、ある用量の細胞を投与してもよいし、またはＡＣＴによる疾患治療に対する患者のありうる反応を評価するための最初のスクリーニング工程として投与してもよい。

さらなる関連する側面において、本発明は、養子細胞移入（ＡＣＴ）による疾患の連続治療に関して患者を選択する方法であって：
（ｉ）ＡＣＴによる疾患治療にしたがって、患者に１つの用量の細胞を投与し；
（ｉｉ）ＡＣＴによる疾患治療に対する長期生存の１またはそれより多い予後マーカーに関して、患者から得た血液由来試料を分析し；
（ｉｉｉ）工程（ｉｉ）の分析に基づいて、患者がＡＣＴによる疾患治療に対する長期生存者になるかどうかを予測し；そして
（ｉｖ）ＡＣＴによる疾患の連続治療のため、ＡＣＴによる疾患治療に対する長期生存者であると予測される患者を選択する
工程を含む、前記方法を提供する。

方法は、工程（ｖ）（ｉｖ）で選択した患者に１またはそれより多い用量の細胞を投与する工程をさらに含むことも可能である。
ＡＣＴによる疾患治療に対する患者の長期生存の改善
本発明はまた、ＡＣＴによる疾患の治療法、および／またはＡＣＴによる疾患治療の有効性を増進するための方法であって、ＡＣＴによる疾患治療に対する長期生存の１またはそれより多い予後マーカーのレベルを修飾するための１またはそれより多い剤を患者に投与する工程を含む、前記方法も提供する。

いくつかの態様において、方法は、ＭＤＳＣ数または活性を減少させ、そして／または制御性Ｔリンパ球数または活性を減少させるための、エフェクターＴリンパ球数または活性を増加させるための、そして／または疾患と関連する感染性病原体の量を減少させるための、１またはそれより多い剤を投与する工程を含む。

いくつかの態様において、本明細書に記載するような、患者がＡＣＴによる疾患治療に対する長期生存者になるかどうかを予測するための方法、ＡＣＴによって患者を治療する方法、またはＡＣＴによる疾患治療のために患者を選択する方法にしたがった分析の後、１またはそれより多い剤を患者に投与する。いくつかの態様において、患者がＡＣＴによる疾患治療に対する長期生存者ではないという予測に基づいて、１またはそれより多い剤を投与する。

いくつかの態様において、患者への１つの用量の細胞の投与前に、１またはそれより多い剤を投与する。いくつかの態様において、患者に１つの用量の細胞を投与した後に、１またはそれより多い剤を投与する。いくつかの態様において、ＡＣＴによる疾患治療と同時に、１またはそれより多い剤を投与する。

本発明がやはり提供するのは、本明細書記載の方法において使用するための剤、本明細書記載の方法において使用するための薬剤製造における剤の使用、および本明細書記載の方法における剤の使用である。

当業者は、ＭＤＳＣ数または活性を減少させ、そして／または制御性Ｔリンパ球数または活性を減少させるための、エフェクターＴリンパ球数または活性を増加させるための、そして／または疾患と関連する感染性病原体の量を減少させるための剤を同定することが十分に可能である。

いくつかの態様において、剤は、転写、ｍＲＮＡプロセシング（例えばスプライシング）、ｍＲＮＡ安定性、翻訳、翻訳後プロセシング、タンパク質安定性、タンパク質分解および／またはタンパク質機能／活性に影響を及ぼすことによって、遺伝子／タンパク質発現および／または機能の減少または増加を達成可能である。剤の例には、アンタゴニスト／アゴニスト抗原結合分子、核酸（例えばｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ）、小分子阻害剤／アゴニスト等が含まれる。

キット
本発明はまた、本明細書記載の方法にしたがった使用のためのキットも提供する。
いくつかの態様において、キットは、ＡＣＴによる疾患治療に対する長期生存の１またはそれより多い予後マーカーに関して、本明細書に記載するような血液由来試料を分析するために適したものでありうる。キットを使用して、患者がＡＣＴによる疾患治療に対する長期生存者になるかどうかを予測することも可能である。

したがって、本発明は、ＭＤＳＣ数もしくは活性のマーカーおよび／または制御性Ｔリンパ球数もしくは活性のマーカーを検出するための手段、ならびにエフェクターＴリンパ球数もしくは活性のマーカーを検出するための手段を含み、場合によって、疾患と関連する感染性病原体の量のマーカーを検出するための手段をさらに含む、キットを提供する。

キットは、あらかじめ決定した量の：ＭＤＳＣ数もしくは活性の１もしくはそれより多いマーカーおよび／または制御性Ｔリンパ球数もしくは活性の１もしくはそれより多いマーカーのレベルを検出するための１もしくはそれより多い試薬、エフェクターＴリンパ球数もしくは活性の１もしくはそれより多いマーカーのレベルを検出するための１もしくはそれより多い試薬、および／または疾患と関連する感染性病原体の量の１もしくはそれより多いマーカーを検出するための１もしくはそれより多い試薬を有する、少なくとも１つの容器を有することも可能である。

当業者は、試料中の適切な遺伝子／タンパク質発現または活性のレベルを決定するために適した試薬を同定することが容易に可能である。適切な試薬には、例えばオリゴヌクレオチドプライマー、ＥＬＩＳＡ抗体対、アプタマー等が含まれることも可能である。適切な試薬には、検出および定量化のための検出可能な標識が含まれることも可能である。

いくつかの態様において、キットは、患者がＡＣＴによる疾患治療に対する長期生存者になるかどうかを予測するため、血液由来試料に対するアッセイを実行するために必要でそして／または十分な構成要素のすべてを含有し、これには、すべての対照、アッセイを実行するための使用説明書／指示、ならびに結果の分析および提示のために必要な任意のソフトウェアが含まれる。

本発明には、組み合わせが明らかに許容されえないかまたは明らかに回避される場合を除いて、記載する側面および好ましい特徴の組み合わせが含まれる。
本明細書に用いるセクション見出しは、構成上の目的のみのためであり、そして記載する主題を限定するとは意図されないものとする。

本発明の側面および態様はここで、例として、付随する図を参照しながら例示されるであろう。さらなる側面および態様は、当業者には明らかであろう。本文中に言及するすべての文書が本明細書に援用される。

本明細書全体に渡って、続く請求項を含めて、背景が別であることを必要としない限り、単語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」、ならびに変形、例えば「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」および「含んでいる（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」は、言及する整数または工程、あるいは整数または工程の群の包含を意味するが、いかなる他の整数または工程、あるいは整数または工程の群も排除しないことが理解されるであろう。

本明細書および付随する請求項において、単数形「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」には、背景が明らかに別のように示さない限り、複数の指示対象が含まれることに留意しなければならない。範囲は、本明細書において、「約」１つの特定の値から、そして／または「約」別の特定の値までとして表されることも可能である。こうした範囲を示した場合、別の態様には、１つの特定の値から、そして／または他の特定の値までが含まれる。同様に、値を近似値で表した場合、先行する「約」を使用することによって、特定の値が別の態様を形成することが理解されるであろう。

以下の実施例において、本発明者らは、エプスタイン−バーウイルス（ＥＢＶ）陽性鼻咽頭癌（ＮＰＣ）患者をゲムシタビンおよびカルボプラチンで４サイクル治療した後、自己、ｉｎ ｖｉｔｒｏ拡大、ＥＢＶ特異的ＣＤ８^＋ Ｔ細胞の養子移入によって治療する、第ＩＩ相臨床試験から収集した試料の分析を記載する。

本発明者らは、多因子分析を行って、療法の成功に影響を及ぼし、そしてこれを決定する全身免疫血清相関物を決定し、そして化学療法前および後、ならびに免疫療法全体で収集した試料由来の凍結保存ＰＢＭＣを用いて、細胞免疫環境を調べて、患者の免疫抑制状態を評価した。

本発明者らは、Ｔエフェクター；Ｔｒｅｇ比に関して、非生存者および長期生存者の間の重要な相違を示し、そして骨髄由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）区画の拡大または収縮があるかどうかを示す。

実施例１：実験法
１．１ 免疫療法試験および試料収集
エプスタイン−バーウイルス（ＥＢＶ）陽性鼻咽頭癌（ＮＰＣ）患者をゲムシタビンおよびカルボプラチンで４サイクル治療した後、自己、ｉｎ ｖｉｔｒｏ拡大、ＥＢＶ特異的ＣＤ８^＋ Ｔ細胞の養子移入によって治療する、第ＩＩ相臨床試験を行った。

結果は、前例のない有効性を示した。２年の全体の生存率は６２．９％であり、そして３年の全体の生存率は３７．１％であった。これらの２および３年全体生存率は、進行したＮＰＣの治療に関する最適生存率の１つである。

第ＩＩ相試験データの分析によって、長期生存者およびそのＣＴＬがＬＭＰ２抗原提示に反応してＩＦＮ−γを産生する能力の間に正の相関があったことが示された。
免疫療法試験の全体で、患者から末梢血を試料採取した。調べた時点は：
化学療法前（Ｔ−１）；
化学療法後、免疫療法前（Ｔ０）；
最初のＣＴＬ注入後（Ｔ１）；
第二のＣＴＬ注入後（Ｔ２）；および
第三のＣＴＬ注入後（Ｔ３）
であった。

１．２ 血清サイトカイン分析
２７重ヒトサイトカインおよびケモカインｌｕｍｉｎｅｘ多重ビーズアレイアッセイキット（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ；カリフォルニア州カールスバッド）を用いて、試料から得た希釈血漿において、以下のサイトカインのレベルを測定した：ＩＬ−３、ＩＬ−４、ＩＬ−６、ＩＬ−８、ＩＬ−９、ＩＬ−１０、ＩＬ−１５、ＩＬ−１７、ＩＬ−２１、（ＣＸＣＬ１０）、ＩＰ−１０、ＣＣＬ３（ＭＩＰ−１α）、ＣＣＬ４（ＭＩＰ−１β）、ＣＣＬ２０（ＭＩＰ−３ｓα）、ＭＣＰ−１、ＩＦＮ−α２、ＩＦＮ−γ、ＥＧＦ、ＦＧＦ−２、ＶＥＧＦ、ＴＧＦＡ、ＣＤ４０Ｌ、フラクタルカイン、ＧＭ−ＣＳＦ、Ｇ−ＣＳＦ、ＧＲＯ、ＭＤＣ、およびエオタキシン。

Ｂｉｏｔｅｋ ＥＬｘ４０５洗浄装置（Ｂｉｏｔｅｋ、米国）を用いてプレートを洗浄し、そして製造者の指示にしたがって、Ｆｌｅｘｍａｐ ３Ｄ系（Ｌｕｍｉｎｅｘ社、米国テキサス州オースティン）で「読み取った」。５パラメータ曲線適合アルゴリズムを標準曲線計算のために適用して、Ｂｉｏ−Ｐｌｅｘマネージャー６．０ソフトウェアを用いて、データを分析する。

１．３ ＰＢＭＣの免疫表現型決定
時点Ｔ−１〜Ｔ３で収集した凍結患者試料から得たＰＢＭＣを、２つの異なる蛍光標識モノクローナル抗体パネル（ＴｒｅｇパネルまたはＭＤＳＣパネル）で染色して、細胞系譜および活性化状態を決定した。

Ｔｒｅｇパネル： ＢＵＶ ３９５抗ＣＤ２５、パシフィックブルー抗ＦｏｘＰ３、ＢＶ ７１１抗ＣＤ１２７、ＦＩＴＣ抗ＣＤ４、ＰＥ抗ＣＴＬＡ４、ＰＥＣＦ５９４抗ＣＤ４５ＲＡ、ＰＥＣｙ５抗ＣＤ３、ＰＥ Ｃｙ７抗ＣＣＲ７、近赤外生存／死亡細胞染色。

単細胞ゲート、生存／死亡細胞陰性、ＣＤ３陽性、ＣＤ４陽性、ＣＤ２５陽性、ＣＤ１２７陰性、ＦＯＸＰ３陽性、ＣＴＬＡ４陽性ゲート化戦略を用いて、Ｔｒｅｇを同定した。

ＭＤＳＣパネル： ＢＵＶ ３９５抗ＣＤ１５、ＦＩＴＣ抗ＣＤ１６、ＰＥ抗ＣＤ３３、ＰＥＣＦ５９４抗ＣＤ３４、ＰＥ Ｃｙ７抗ＣＤ１１ｂ、ＡＰＣ抗ＣＤ１４、ＡＰＣ Ｈ７抗ＨＬＡ−ＤＲ、バイオレット生存／死亡細胞染色。

単細胞ゲート、生存／死亡細胞陰性、ＣＤ１６陰性、ＣＤ１５陰性、ＣＤ３４陰性、ＣＤ１１ｂ陽性、ＣＤ３３陽性、ＣＤ１４中程度、ＨＬＡ−ＤＲ陰性−低ゲート化戦略を用いて、単球性ＭＤＳＣを同定した。ＬＳＲＩＩ（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）フローサイトメーターを用いて、細胞を獲得した。Ｄｉｖａ（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）およびＦｌｏｗｊｏ（Ｔｒｅｅｓｔａｒ）ソフトウェアを用いて、データを分析した。

１．４ ＲＮＡ単離
時点Ｔ−１、Ｔ０、Ｔ１、Ｔ２およびＴ３からの１ｘ１０^５融解ＰＢＭＣを、エッペンドルフチューブ中の遠心分離によってペレットにした。ＱＩＡＧＥＮ ＲＮＡＥａｓｙマイクロキットを用いて、試料を続いてＲＮＡ抽出に供した。製造者の指針にしたがって試料をプロセシングした。最終溶出体積は１５μｌ ＲＮアーゼ不含水中であった。

１．５ ナノストリングプロセシング
ナノストリングＰａｎＣａｎｃｅｒ免疫パネルを用いて、遺伝子発現を分析した。製造者の指針にしたがって、１００ｎｇの各患者試料を調製した。ｎＣｏｕｎｔｅｒプラットホームを用いて遺伝子発現の定量化を決定し、ｎＳｏｌｖｅｒを用いて生カウントをプロセシングした。ＣｏｍＢａｔ法を用いて、カウントを標準化した。

１．６ ベイジアンネットワーク分析
各別個の時点に関する組み合わせたｌｕｍｉｎｅｘおよびナノストリングデータのベイジアンネットワークを、ＢａｙｅｓｉａＬａｂを用いて計算した。２年生存状態を最初のネットワークから排除し、最大スパンツリーアルゴリズム（構造係数＝１）を用いてこれを形成した。次いで、可変クラスタリング関数を用いて、ノードをクラスター化した。２年生存を含めたタブー学習を利用して、最終ネットワークを形成した。

１．７ 統計分析
スピアマンの順位相関を用いた分析によって、全体の生存との相関を評価した。ボンフェローニ補正を伴う２方向ＡＮＯＶＡを用いて、２年生存との相関を分析した。

実施例２：長期生存者は、ＣＴＬ免疫療法後、リンパ球の増加を経験するが、骨髄数の減少を経験する
免疫療法試験を通じて、末梢血を患者からサンプリングした。免疫療法の影響を評価するため、最初の免疫療法注入の２週間後の時点に分析を集中させた（Ｔ１；図１を参照されたい）。

時点Ｔ１での末梢血白血球数を評価して、免疫療法の結果としての免疫系のいかなる大規模な変化も検出した。結果を図２Ａ〜２Ｅに示す。
白血球数および全体の生存の間には、有意な負の相関があった（ｒ＝−０．４３；図２Ａ）。好中球数（白血球の比率としてのもの）もまた、生存と有意に負に関連したが、相関は劣っていた（ｒ＝−０．３２；図２Ｂ）。逆に、リンパ球数（白血球の比率としてのもの）および全体の生存の間には、有意な正の相関があった（ｒ＝０．４６；図２Ｃ）。単球数（白血球の比率としてのもの）および全体の生存の間には相関は観察されなかった（図２Ｄ）。免疫療法前（Ｔ０）または化学療法前（Ｔ−１）の時点での白血球数の分析は、全体の生存との統計的に有意な相関を明らかにしなかった（図３；表１）。

総合すると、結果によって、長期生存者は最初の免疫療法注射後の２週間以内に白血球組成のシフトを経験し、骨髄細胞数の減少およびエフェクターＴリンパ球数の増加を生じることが示唆された。また、結果によって、免疫細胞集団のこの変化は、免疫療法の直接の結果として生じ、そして化学療法には起因されないことも立証される。

実施例３： ＣＴＬ免疫療法の成功は、ＩＦＮγ増加を生じる
リンパ球数の増加がまた、ウイルス負荷およびサイトカイン産生にも影響を及ぼすかどうかを評価するため、ｌｕｍｉｎｅｘアッセイによるサイトカイン産生に関して、患者血清を分析し、そしてＥＢＶ ＤＮＡをｑＰＣＲによって定量化した。分析結果を図４Ａ〜４Ｆに示す。図４Ａ〜４Ｄ、５、６ならびに７Ａおよび７Ｂに示すデータは、時点Ｔ１、すなわちＥＢＶ特異的ＣＴＬの最初の注入の２週間後に単離された試料から得た血清の分析に基づく。

免疫療法注入後２週間以内に、ＩＦＮγ産生および生存の間に有意な正の相関があった（図４Ａ）。免疫療法前（すなわちＴ０）、生存および血清中のＩＦＮγの間には、相関はまったく観察されなかった（表２、図５）。逆に、生存は、ＥＢＶウイルス負荷の有意な減少と強く相関した（図４Ｂ）。骨髄で発現されるケモカイン、例えばＣＣＬ２０の産生は、長期生存者で同様に減少した。（図４Ｃ）。一方、骨髄細胞によって産生される他のサイトカイン、例えばＣＣＬ１０は、生存に有意には関連しなかった（図４Ｄ）。

自己ＥＢＶ特異的ＣＴＬでの治療と関連する生存に関してバイオマーカーとして働くか、これらの相関を調べるため、患者を２年間生存した患者（２年生存者）および２年生存しなかった患者（非生存者）の群にソーティングした。ＥＢＶ＋病期ＩＶのＮＰＣ患者が１１〜２２ヶ月の生存中央値範囲を有するという事実のため、２年生存をカットオフとして選択した。

単一分析物の分析は、非生存者対２年生存者を十分には階層化しなかった（図６Ａおよび６Ｂ）。したがって、本発明者らは、生存に正に相関する唯一のサイトカイン、ＩＦＮγに、いくつかの異なるサイトカインおよびＥＢＶ ＤＮＡの血清レベルの比を分析した。ＩＦＮγを結果として用い、そして非生存に相関する分析物を前提（ａｎｔｅｃｅｄｅｎｔ）として用いた。

結果を図７Ａおよび７Ｂに示す。ＥＢＶ ＤＮＡ：ＩＦＮγ対ＣＣＬ２０：ＩＦＮγ、またはＥＢＶ ＤＮＡ：ＩＦＮγ対ＣＣＬ１０：ＩＦＮγの組み合わせを用いて、本発明者らは、８５％の真の陽性率で、２年生存者を正しく同定することが可能であった。したがって、本発明者らは、自己ＥＢＶ特異的ＣＴＬでの治療を開始した２週間後の、マーカーの組み合わせの血清レベルが、患者の長期生存を予測可能であることを立証した。

この知見を検証するため、比率計測値をＷｅｋａ機械学習ソフトウェアアルゴリズムに入力した。ロジスティック回帰方法論はまた、８５％の成功率で患者を正しく分類可能であった。実際の値の代わりに比の有効性を評価するため、同じデータを入力して、比を単一分析物測定で置き換えた。比から分析物の１つを除去すると、正しく分類される比率は５７％に減少した。

総合すると、結果は、免疫療法成功が、長期生存者において、より多量のＩＦＮγ産生を誘導する一方、骨髄細胞によって産生されるケモカインの産生レベルが減少することを示す。

実施例４：非生存者は、骨髄細胞に関連する転写物増加を示す
本発明者らは、次に、生存が２年未満であった個体において、療法失敗の理由を調べることを決意した。

時点Ｔ１で得た患者ＰＢＭＣを、転写物定量化のため、ナノストリング分析に供した。ＲＮＡカウントを基準化し、有意性に関してフィルタリングし、そして続いて、ベイジアンネットワークを用いて分析した（図８）。このネットワークの検査は、骨髄細胞マーカーおよび免疫阻害マーカーと関連する転写物の濃縮を明らかにした。スピアマンの順位相関を用いて、さらにフィルタリングし、そして療法失敗との関連を同定した。全体の生存で観察された最強の相関は、ＣＤ６８、ＬＩＬＲＡ５、およびＳ１００Ａ８転写物であり、これらはすべて、骨髄細胞および阻害性マーカー発現と関連する（図１０Ａ、１０Ｂ、および１０Ｃ）。

さらに、ＣＤ８転写もまた、全体の生存と有意に関連することが見出された（表３、図９）。
図１８Ａ〜１８Ｃは、非生存者および長期生存者に関する、Ｔ−１（化学療法前）およびＴ０（化学療法後）の時点のインフラマソームならびに阻害性マーカー、ＮＬＲＰ３、ＣＤ２７４（ＰＩ−Ｌ１）およびＳＴＡＴ４の転写のナノストリング分析を示す。

図１９〜２１は、時点Ｔ１で患者ＰＢＭＣから得たＲＮＡのさらなるナノストリングおよびベイジアンネットワーク分析の結果を示す。このネットワークを調べると、骨髄と関連する転写物および阻害性マーカーの濃縮が明らかになった。スピアマンの順位相関を用いて、さらにフィルタリングし、そして療法失敗との関連を同定した。全体の生存で観察された最強の相関は、ＣＤ６８、ＬＩＬＲＡ５、およびＳ１００Ａ９転写物であり、これらはすべて、骨髄細胞および阻害性マーカー発現と関連する（図２０Ａ、２０Ｂ、および２０Ｃ）。さらに、ＣＤ８Ｂ転写もまた、全体の生存と有意に関連することが見出された（表４、図２１）。

総合すると、これらの結果は、末梢血中の骨髄／阻害性白血球シグネチャーの存在が、潜在的に、ＣＴＬ注入効率に負に影響を及ぼす阻害性環境を生成することによって、長期患者生存に負に影響を及ぼすことを示唆する。

実施例５： 非生存者は、化学療法後、骨髄由来サプレッサー細胞の増加を経験する
生存に対するこの骨髄／阻害性シグネチャーの影響をさらに調べるため、本発明者らは、免疫療法前の時点（すなわちＴ−１およびＴ０）まで全血カウントの分析を拡張し、これは、Ｔ細胞ワクチン接種成功が、骨髄区画の消耗に頼ることが最近示されてきているためである（Ｗｅｌｔｅｒｓ， Ｍ． Ｊ．， ｖａｎ ｄｅｒ Ｓｌｕｉｓ， Ｔ． Ｃ．， ｖａｎ Ｍｅｉｒ， Ｈ．， Ｌｏｏｆ， Ｎ． Ｍ．， ｖａｎ Ｈａｍ， Ｖ． Ｊ．， ｖａｎ Ｄｕｉｋｅｒｅｎ， Ｓ．ら（２０１６）． Ｖａｃｃｉｎａｔｉｏｎ ｄｕｒｉｎｇ ｍｙｅｌｏｉｄ ｃｅｌｌ ｄｅｐｌｅｔｉｏｎ ｂｙ ｃａｎｃｅｒ ｃｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｙ ｆｏｓｔｅｒｓ ｒｏｂｕｓｔ Ｔ ｃｅｌｌ ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ． Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ， ８（３３４）， ３３４ｒａ５２−３３４ｒａ５２． ｈｔｔｐ：／／ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１１２６／ｓｃｉｔｒａｎｓｌｍｅｄ．ａａｄ８３０７）。

化学療法後の時点（すなわちＴ０）のベイジアンネットワーク分析は、ＣＤ６８発現が２年生存に負に相関することを明らかにした。これは、骨髄細胞の存在の増加が、免疫細胞消耗後の患者生存減少に寄与することを示唆する（図２２；表５、図２３）。

２年生存に基づく患者の離散化（非生存者および２年生存者）は、化学療法前に比較した際の化学療法後の群の両方において（すなわちＴ−１に比較した際のＴ０時）、単球数（白血球の比率としてのもの）が増加し、非生存者がより大きな増加を示すことを示した（図１１Ａ）。これらの結果は、フローサイトメトリー分析によって確認されたが、２年生存者の増加率は、臨床的全血カウントによって観察されるよりはるかにより少なかった（図１１Ｂ）。どちらの分析においても、両群の単球数は最初の免疫療法の２週後（Ｔ１）に類似であった。

逆に、２年生存による好中球区画の経時的分析は、好中球数（白血球の比率としてのもの）の大幅な減少を示し、これは群間で統計的に異ならなかった（図１２Ａ）。リンパ球区画においてもまた相違が観察され、非生存者に比較した際、時間経過全体で、２年生存者のリンパ球数（白血球の比率としてのもの）は増加していた（図１２Ｂ）。

本発明者らは次に、特に単球性ＭＤＳＣおよび制御性Ｔ細胞に注目して、末梢凍結保存白血球の表現型を調べた（図１３）。調べた時点は、化学療法前（Ｔ−１）、化学療法後、免疫療法前（Ｔ０）、最初のＣＴＬ注入後（Ｔ１）、第二のＣＴＬ注入後（Ｔ２）、および第三のＣＴＬ注入後（Ｔ３）であった。

生存細胞総数の比率としての異なる時点でのＭＤＳＣの比率を図１４Ａおよび１４Ｂに示す。化学療法前（すなわちＴ−１）、２年生存者および非生存者の間で、ＭＤＳＣ数の相違は観察されなかった。Ｔ０の化学療法治療後、ＭＤＳＣ数の有意な増加が非生存者で観察され、一方、長期生存者は、小さいが有意でない増加を示した。次いで、非生存者のＭＤＳＣ数は減少したが、長期生存者のＭＤＳＣ数より高いレベルのままだった（Ｔ１）。より後の時点では、２つの患者群は、匹敵するＭＤＳＣ数を示し、これは化学療法前の時点より低いレベルであった（図１４Ａおよび１４Ｂ）。結果は、最初のＣＴＬ注入時、免疫療法治療の成功を経ていない個体が、増加した数の単球を所持し、その大部分は、単球性ＭＤＳＣで構成されることを示す。最初の注入時での増加したＭＤＳＣ数は、阻害性環境を提供し、それによって注入ＣＴＬの機能を阻害する可能性もある。

実施例６： 多数のＭＤＳＣを有する長期生存者は、減少した数の活性化Ｔｒｅｇを所持する
ＭＤＳＣ分析から、２年生存者のサブセットは、化学療法後、多数のＭＤＳＣを有する（生存細胞の＞５．１２％；例えば図１４Ｂを参照されたい）が、これらの個体は、なお、免疫療法治療の成功を経たことが注目された。この相違の原因になりうる他の阻害性白血球サブセットの役割を調べるため、凍結保存ＰＢＭＣを、異なる時点での制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）数に関してもまた調べた。

結果を図１５に示す。臨床試験中、活性化Ｔｒｅｇ数は、非生存者および２年生存者の間で有意に異ならなかった。しかし、非生存者は、化学療法前（すなわちＴ−１）に、より多数のＣＴＬＡ４＋ Ｔｒｅｇを示した。これらの数は、化学療法後（Ｔ０）、両群で減少し、非生存者は調べた時間経過全体で、わずかにより多数のＴｒｅｇを所持した（図１５）。多数のＭＤＳＣを有する個体のサブセットを調べると、長期生存および時点Ｔ０でのＴｒｅｇ数の間に負の相関が明らかになり、これは多数のＭＤＳＣを有する２年生存者のサブセットにおいて療法成功の原因となっている可能性もある（図１６Ａおよび１６Ｂ）。

総合すると、これらの結果は、２年間生存した患者が、化学療法後、減少した数のＭＤＳＣおよびＴｒｅｇを有し、これが増加したレベルのＩＦＮγによって明らかであるように、強力なＣＴＬ反応の確立を可能にしたことを示す。

実施例７： すべての時点に渡るデータ
臨床試験の経過に渡って、異なる時点で、患者から得た試料中で検出される、非生存者および長期生存者（すなわち２年を超える）から得た試料中で決定したＩＦＮγ、ＣＣＬ２２、ＩＬ−１０、ＩＬ−８、ＣＣＬ２０（すなわちＭＩＰ３α）およびＶＥＧＦを、混合して、そして分析した。

結果を図１７に示し、そして結果は、ＩＦＮγのレベルは、長期生存と正に相関し、一方、ＣＣＬ２２、ＩＬ１０、ＩＬ８、ＭＩＰ３αおよびＶＥＧＦの各々のレベルは、長期生存と負に相関することを示す。非限定的に、本発明は以下の態様を含む。
［態様１］
患者が養子細胞移入（ＡＣＴ）による疾患治療に対する長期生存者になるかどうかを予測するための方法であって：
（ｉ）ＡＣＴによる疾患治療に対する長期生存の１またはそれより多い予後マーカーに関して、患者から得た血液由来試料を分析し、そして；
（ｉｉ）工程（ｉ）の分析に基づいて、患者がＡＣＴによる疾患治療に対する長期生存者になるかどうかを予測する
工程を含む、前記方法。
［態様２］
養子細胞移入（ＡＣＴ）により患者を治療する方法であって：
（ｉ）ＡＣＴによる疾患治療に対する長期生存の１またはそれより多い予後マーカーに関して、患者から得た血液由来試料を分析し；
（ｉｉ）工程（ｉｉ）の分析に基づいて、ＡＣＴによる疾患治療による患者の長期生存を予測し；そして
（ｉｉｉ）１またはそれより多い用量の細胞を患者に投与する
工程を含む、前記方法。
［態様３］
養子細胞移入（ＡＣＴ）による疾患治療に関して患者を選択する方法であって：
（ｉ）ＡＣＴによる疾患治療に対する長期生存の１またはそれより多い予後マーカーに関して、患者から得た血液由来試料を分析し；
（ｉｉ）工程（ｉ）の分析に基づいて、患者がＡＣＴによる疾患治療に対する長期生存者になるかどうかを予測し；そして
（ｉｉｉ）ＡＣＴによる疾患治療のため、ＡＣＴによる疾患治療に対する長期生存者であると予測される患者を選択する
工程を含む、前記方法。
［態様４］
１つの用量の細胞を患者に投与する最初の工程をさらに含む、態様１〜３のいずれか一項記載の方法。
［態様５］
１つの用量の細胞を患者に投与する最初の工程の投与後、４週間の期間以内に患者から試料を得る、態様４記載の方法。
［態様６］
１またはそれより多い予後マーカーが：骨髄由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）数または活性のマーカー、制御性Ｔリンパ球数または活性のマーカー、ならびに／あるいはエフェクターＴリンパ球数または活性のマーカーを含む、態様１〜５のいずれか一項記載の方法。
［態様７］
１またはそれより多い予後マーカーが：疾患と関連する感染性病原体の量のマーカーを含む、態様１〜６のいずれか一項記載の方法。
［態様８］
血液由来試料の分析が：ＩＦＮγのレベル、ＣＣＬ２２のレベル、ＩＬ−１０のレベル、ＩＬ−８のレベル、ＣＣＬ２０のレベルおよびＶＥＧＦのレベルの１またはそれより多くを決定する工程を含む、態様１〜７のいずれか一項記載の方法。
［態様９］
血液由来試料の分析が：
（ｉ）ＭＤＳＣ数または活性の１またはそれより多いマーカーのレベル、あるいは制御性Ｔリンパ球数または活性の１またはそれより多いマーカーのレベルの、エフェクターＴリンパ球数または活性の１またはそれより多いマーカーのレベルに対する比を決定し、そして／または
（ｉｉ）疾患と関連する感染性病原体の量のマーカーのレベルの、エフェクターＴリンパ球数または活性の１またはそれより多いマーカーのレベルに対する比を決定する
工程を含む、態様１〜８のいずれか一項記載の方法。
［態様１０］
（ｉ）の比および（ｉｉ）の比の間の関連を決定する工程をさらに含む、態様８の方法。
［態様１１］
血液由来試料の分析が：ＩＦＮγのレベルの決定、疾患と関連する感染性病原体の核酸のレベルの決定、ＣＸＣＬ１０のレベルの決定、および／またはＣＣＬ２０のレベルの決定を含む、態様１〜１０のいずれか一項記載の方法。
［態様１２］
ＭＤＳＣ数または活性ならびに／あるいは制御性Ｔリンパ球数または活性のマーカーが：ＣＸＣＬ１０、ＣＣＬ２０、ＭＤＳＣ数、生存細胞の比率としてのＭＤＳＣの割合、単球数、生存細胞の比率としての単球の割合、白血球数の比率としての単球の割合、ＣＤ３＋細胞の割合としてのＦｏｘＰ３＋ ＣＴＬＡ４＋制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）の割合、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）による骨髄細胞マーカー発現、およびＰＢＭＣによる免疫阻害因子発現からなる群より選択される、態様６〜１１のいずれか一項記載の方法。
［態様１３］
エフェクターＴリンパ球数または活性のマーカーが：ＩＦＮγ、リンパ球数、Ｔリンパ球数、白血球数の比率としてのリンパ球の割合、Ｔリンパ球数の比率としてのＣＤ８＋細胞の割合、Ｔリンパ球数の比率としてのＣＤ４＋細胞の割合からなる群より選択される、態様６〜１２のいずれか一項記載の方法。
［態様１４］
疾患と関連する感染性病原体の量のマーカーが：ウイルスＤＮＡ、ウイルスＲＮＡ、ウイルスタンパク質、ウイルスエンベロープタンパク質からなる群より選択される、態様７〜１３のいずれか一項記載の方法。
［態様１５］
血液由来試料の分析が：
（ｉ）ＩＦＮγレベルのＣＸＣＬ１０および／またはＣＣＬ２０のレベルに対する比を決定し、
（ｉｉ）疾患と関連する感染性病原体の量のマーカーのレベルの、ＩＦＮγのレベルに対する比を決定し、そして場合によって
（ｉｉｉ）（ｉ）の比および（ｉｉ）の比の間の関係を決定する
工程を含む、態様１〜１３のいずれか一項記載の方法。
［態様１６］
養子細胞移入（ＡＣＴ）による疾患治療法であって、患者に：骨髄由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）数または活性を減少させるための剤、制御性Ｔ細胞数または活性を減少させるための剤、エフェクターＴリンパ球数または活性を増加させるための剤、ならびに／あるいは疾患と関連する感染性病原体の量を減少させるための剤の１またはそれより多くを投与する工程を含む、前記方法。
［態様１７］
ＡＣＴによる治療の前に、患者に１またはそれより多い剤を投与する、態様１６記載の方法。
［態様１８］
患者に１つの用量の細胞を投与した後に、患者に１またはそれより多い剤を投与する、態様１６または態様１７記載の方法。
［態様１９］
ＡＣＴが細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）の養子移入を含む、態様１〜１８のいずれか一項記載の方法。
［態様２０］
ＣＴＬが、疾患を引き起こすかまたは悪化させるウイルスに特異的である、態様１９記載の方法。
［態様２１］
疾患が癌である、態様１〜２０のいずれか一項記載の方法。
［態様２２］
ＣＴＬがエプスタイン−バーウイルス（ＥＢＶ）特異的ＣＴＬである、態様１９〜２１のいずれか一項記載の方法。
［態様２３］
癌が鼻咽頭癌（ＮＰＣ）、場合によってＥＢＶ陽性ＮＰＣである、態様２１または態様２２記載の方法。
［態様２４］
骨髄由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）数もしくは活性のマーカーおよび／または制御性Ｔリンパ球数もしくは活性のマーカーを検出するための手段、ならびにエフェクターＴリンパ球数または活性のマーカーを検出するための手段を含み、場合によって、疾患と関連する感染性病原体の量のマーカーを検出するための手段をさらに含む、キット。

参考文献

Claims (8)

1. 患者が、エプスタイン−バーウイルス（ＥＢＶ）特異的細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬｓ）の養子細胞移入（ＡＣＴ）による、エプスタイン−バーウイルス（ＥＢＶ）陽性癌の治療に対する長期生存者になるかどうかを予測するための方法であって：
   （ｉ）患者から得た血液由来試料において：ａ）ＩＦＮγレベルに対する、ＣＸＣＬ１０および／またはＣＣＬ２０のレベルに対する比、並びに、ｂ）ＩＦＮγレベルに対する、ＥＢＶウイルスの核酸のレベルの比、を決定し、そして；
   （ｉｉ）工程（ｉ）の分析に基づいて、患者がＥＢＶ特異的ＣＴＬｓのＡＣＴによる癌の治療に対する長期生存者になるかどうかを予測する
   工程を含む、前記方法。
2. 患者におけるエプスタイン−バーウイルス（ＥＢＶ）陽性癌を、ＥＢＶ特異的細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬｓ）の養子細胞移入（ＡＣＴ）により治療する方法において使用するための、ＥＢＶ特異的細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬｓ）を含む薬剤であって、当該方法は、
   （ｉ）患者から得た血液由来試料において：ａ）ＩＦＮγレベルに対する、ＣＸＣＬ１０および／またはＣＣＬ２０のレベルに対する比、並びに、ｂ）ＩＦＮγレベルに対する、ＥＢＶウイルスの核酸のレベルの比、を決定し、そして；
   （ｉｉ）（ａ）ＩＦＮγのｐｇ／ｍｌにおけるｌｏｇ１０変換レベルに対する、ＣＸＣＬ１０のｐｇ／ｍｌにおけるｌｏｇ１０変換レベルの比が、２．５未満である、及び／又は、ＩＦＮγのｐｇ／ｍｌにおけるｌｏｇ１０変換レベルに対する、ＣＸＣＬ２０のｐｇ／ｍｌにおけるｌｏｇ１０変換レベルのが、１．０未満である、並びに、（ｂ）ＩＦＮγのｐｇ／ｍｌにおけるｌｏｇ１０変換レベルに対する、ＥＢＶ核酸のｐｇ／ｍｌにおけるｌｏｇ１０変換レベルの比が、３．０未満である、と決定された患者に、１またはそれより多い用量のＥＢＶ特異的ＣＴＬｓを投与する
   工程を含む、
   前記薬剤。
3. エプスタイン−バーウイルス（ＥＢＶ）特異的細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬｓ）の養子細胞移入（ＡＣＴ）による、エプスタイン−バーウイルス（ＥＢＶ）陽性癌の治療に関して患者を選択する方法であって：
   （ｉ）患者から得た血液由来試料において：ａ）ＩＦＮγレベルに対する、ＣＸＣＬ１０および／またはＣＣＬ２０のレベルに対する比、並びに、ｂ）ＩＦＮγレベルに対する、ＥＢＶウイルスの核酸のレベルの比、を決定し、そして；
   （ｉｉ）ＥＢＶ特異的ＣＴＬｓのＡＣＴによる癌の治療に対する長期生存者であると予測される患者を選択する、ここにおいて、当該患者は（ａ）ＩＦＮγのｐｇ／ｍｌにおけるｌｏｇ１０変換レベルに対する、ＣＸＣＬ１０のｐｇ／ｍｌにおけるｌｏｇ１０変換レベルの比が、２．５未満である、及び／又は、ＩＦＮγのｐｇ／ｍｌにおけるｌｏｇ１０変換レベルに対する、ＣＸＣＬ２０のｐｇ／ｍｌにおけるｌｏｇ１０変換レベルのが、１．０未満である、並びに、（ｂ）ＩＦＮγのｐｇ／ｍｌにおけるｌｏｇ１０変換レベルに対する、ＥＢＶ核酸のｐｇ／ｍｌにおけるｌｏｇ１０変換レベルの比が、３．０未満である、と決定される、
   工程を含む、前記方法。
4. 方法が、１用量の、エプスタイン−バーウイルス（ＥＢＶ）特異的ＣＴＬｓを患者に投与する最初の工程をさらに含む、請求項２に記載の薬剤。
5. １用量の、エプスタイン−バーウイルス（ＥＢＶ）特異的ＣＴＬｓを患者に投与する最初の工程の投与後、４週間の期間以内に患者から試料を得る、請求項４記載の薬剤。
6. 工程（ｉ）の分析がさらに：
   （ｃ）（ａ）の比と（ｂ）の比の間の関係を決定する
   工程を含む、
   請求項２、４−５のいずれか一項記載の薬剤。
7. 癌が、ＥＢＶ陽性鼻咽頭癌（ＮＰＣ）、ＥＢＶ陽性肝臓癌、ＥＢＶ陽性肺癌、および、ＥＢＶ陽性胃癌から選択される、請求項２、４−６のいずれか一項記載の薬剤。
8. ＥＢＶ陽性癌がＥＢＶ陽性ＮＰＣである、請求項２、４−７のいずれか一項記載の薬剤。