JP6769072B2 - 識別対象の塩基が5−ヒドロキシメチルシトシンであるか否かを判定する方法 - Google Patents
識別対象の塩基が5−ヒドロキシメチルシトシンであるか否かを判定する方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP6769072B2 JP6769072B2 JP2016068016A JP2016068016A JP6769072B2 JP 6769072 B2 JP6769072 B2 JP 6769072B2 JP 2016068016 A JP2016068016 A JP 2016068016A JP 2016068016 A JP2016068016 A JP 2016068016A JP 6769072 B2 JP6769072 B2 JP 6769072B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- nucleic acid
- hydroxymethylcytosine
- base
- specific binding
- binding group
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Saccharide Compounds (AREA)
Description
[1]核酸試料中の識別対象の塩基が5−ヒドロキシメチルシトシンであるか否かを判定する方法であって、前記核酸試料である第一核酸と、5−ヒドロキシメチルシトシン特異的結合基を有する第二核酸と、前記第一核酸と相補的な領域及び前記第二核酸と相補的な領域を有する第三核酸とをハイブリダイズさせ、前記塩基と前記5−ヒドロキシメチルシトシン特異的結合基とを近接させる工程(a)と、前記塩基と前記5−ヒドロキシメチルシトシン特異的結合基との結合反応を行い、前記塩基が5−ヒドロキシメチルシトシンであった場合には、前記第一核酸と前記第二核酸とが結合した第四核酸が生成される工程(b)と、前記第四核酸を回収する工程(c)と、回収した前記第四核酸を前記第一核酸と前記第二核酸とに開裂させる工程(d)と、前記第一核酸又は前記第二核酸の存在を検出し、前記第一核酸又は前記第二核酸が検出された場合には前記塩基が5−ヒドロキシメチルシトシンであると判定し、前記第一核酸又は前記第二核酸が検出されなかった場合には前記塩基が5−ヒドロキシメチルシトシンではないと判定する工程(e)と、を備える方法。
[2]前記塩基と前記5−ヒドロキシメチルシトシン特異的結合基との結合がエステル結合である、[1]に記載の方法。
[3]前記5−ヒドロキシメチルシトシン特異的結合基が下記式(1)で表される基である、[1]又は[2]に記載の方法。
[4]前記第四核酸は、塩基性条件下で前記第一核酸及び前記第二核酸に開裂する、[1]〜[3]のいずれかに記載の方法。
[5]前記第二核酸が固相上に固定化されている、[1]〜[4]のいずれかに記載の方法。
[6]前記第一核酸又は前記第二核酸の存在が核酸増幅法により検出される、[1]〜[5]のいずれかに記載の方法。
[7]前記第一核酸又は前記第二核酸の存在が電気泳動を用いて検出される、[1]〜[5]のいずれかに記載の方法。
[8]下記式(2)で表される核酸誘導体。
[9]核酸試料中の識別対象の塩基が5−ヒドロキシメチルシトシンであるか否かの判定用キットであって、5−ヒドロキシメチルシトシン特異的結合基を有する第二核酸と、前記核酸試料である第一核酸と相補的な領域及び前記第二核酸と相補的な領域を有する第三核酸を備えるキット。
[10]前記5−ヒドロキシメチルシトシン特異的結合基が下記式(1)で表される基である、[9]に記載のキット。
[11]縮合剤を更に備える、[9]又は[10]に記載のキット。
1実施形態において、本発明は、核酸試料中の識別対象の塩基が5−ヒドロキシメチルシトシンであるか否かを判定する方法であって、前記核酸試料である第一核酸と、5−ヒドロキシメチルシトシン特異的結合基を有する第二核酸と、前記第一核酸と相補的な領域及び前記第二核酸と相補的な領域を有する第三核酸とをハイブリダイズさせ、前記塩基と前記5−ヒドロキシメチルシトシン特異的結合基とを近接させる工程(a)と、前記塩基と前記5−ヒドロキシメチルシトシン特異的結合基との結合反応を行い、前記塩基が5−ヒドロキシメチルシトシンであった場合には、前記第一核酸と前記第二核酸とが結合した第四核酸が生成される工程(b)と、前記第四核酸を回収する工程(c)と、回収した前記第四核酸を前記第一核酸と前記第二核酸とに開裂させる工程(d)と、前記第一核酸又は前記第二核酸の存在を検出し、前記第一核酸又は前記第二核酸が検出された場合には前記塩基が5−ヒドロキシメチルシトシンであると判定し、前記第一核酸又は前記第二核酸が検出されなかった場合には前記塩基が5−ヒドロキシメチルシトシンではないと判定する工程(e)と、を備える方法を提供する。
[工程(a)]
図1に示すように、本工程では、第一核酸と第二核酸と第三核酸とをハイブリダイズさせ、塩基Xと5−ヒドロキシメチルシトシン特異的結合基Yとを近接させる。
本工程では、近接させた塩基Xと5−ヒドロキシメチルシトシン特異的結合基Yとの結合反応を行う。その結果、塩基Xが5−ヒドロキシメチルシトシンであった場合には、第一核酸と第二核酸とが結合した第四核酸が生成される。また、塩基Xが5−ヒドロキシメチルシトシン以外の塩基であった場合には、第四核酸は生成されない。図1においては、塩基Xが5−ヒドロキシメチルシトシンであるため、第四核酸が生成される。図1中、Zは第一核酸と第二核酸との結合部位を表す。
本工程において、上記の第四核酸を回収する。なお、識別対象の塩基が5−ヒドロキシメチルシトシンでなかった場合には、前記第一核酸と前記第二核酸とが結合した第四核酸は生成されないため、本工程で第四核酸が回収されることはない。
続いて、本工程において、回収した前記第四核酸を前記第一核酸と前記第二核酸とに開裂させる。なお、識別対象の塩基が5−ヒドロキシメチルシトシンでなかった場合には、第四核酸が回収されることはないため、本工程において第一核酸及び第二核酸が生成されることはない。
続いて、本工程において、前記第一核酸又は前記第二核酸の存在を検出し、前記第一核酸又は前記第二核酸が検出された場合には前記塩基が5−ヒドロキシメチルシトシンであると判定し、前記第一核酸又は前記第二核酸が検出されなかった場合には前記塩基が5−ヒドロキシメチルシトシンではないと判定する。
1実施形態において、本発明は、下記式(2)で表される核酸誘導体を提供する。式(2)中、AはO、S又はNHを表し、R1はリボース又はデオキシリボースを表し、R4はデオキシリボースを表し、R2、R3及びR5はポリヌクレオチドを表す。
1実施形態において、本発明は、核酸試料中の識別対象の塩基が5−ヒドロキシメチルシトシンであるか否かの判定用キットであって、5−ヒドロキシメチルシトシン特異的結合基を有する第二核酸と、前記核酸試料である第一核酸と相補的な領域及び前記第二核酸と相補的な領域を有する第三核酸と、を備えるキットを提供する。
4つの反応チューブに、表1に示す塩基配列を有する、第一核酸(1)、第一核酸(2)、第二核酸、第三核酸、3−モルフォリノプロパンスルフォン酸溶液、MgCl2溶液及び蒸留水を、それぞれ表2に示す濃度となるように混合した。表1中、「hmC」は5−ヒドロキシメチルシトシンを表し、「CVU」は5−カルボキシビニルウラシルを表す。
Claims (6)
- 核酸試料中の識別対象の塩基が5−ヒドロキシメチルシトシンであるか否かを判定する方法であって、
前記核酸試料である第一核酸と、5−ヒドロキシメチルシトシン特異的結合基を有する第二核酸と、前記第一核酸と相補的な領域及び前記第二核酸と相補的な領域を有する第三核酸とをハイブリダイズさせ、前記塩基と前記5−ヒドロキシメチルシトシン特異的結合基とを近接させる工程(a)と、
前記塩基と前記5−ヒドロキシメチルシトシン特異的結合基との結合反応を行い、前記塩基が5−ヒドロキシメチルシトシンであった場合には、前記第一核酸と前記第二核酸とが結合した第四核酸が生成される工程(b)と、
前記第四核酸を回収する工程(c)と、
回収した前記第四核酸を前記第一核酸と前記第二核酸とに開裂させる工程(d)と、
前記第一核酸又は前記第二核酸の存在を検出し、前記第一核酸又は前記第二核酸が検出された場合には前記塩基が5−ヒドロキシメチルシトシンであると判定し、前記第一核酸又は前記第二核酸が検出されなかった場合には前記塩基が5−ヒドロキシメチルシトシンではないと判定する工程(e)と、を備え、
前記5−ヒドロキシメチルシトシン特異的結合基が下記式(1)で表される基であり、
前記結合反応が縮合剤を用いた脱水縮合である、方法。
- 前記塩基と前記5−ヒドロキシメチルシトシン特異的結合基との結合がエステル結合である、請求項1に記載の方法。
- 前記第四核酸を前記第一核酸と前記第二核酸とに開裂させる前記工程が、塩基性条件下で行われる、請求項1又は2に記載の方法。
- 前記第二核酸が固相上に固定化されている、請求項1〜3のいずれか一項に記載の方法。
- 前記第一核酸又は前記第二核酸の存在が核酸増幅法により検出される、請求項1〜4のいずれか一項に記載の方法。
- 前記第一核酸又は前記第二核酸の存在が電気泳動を用いて検出される、請求項1〜4のいずれか一項に記載の方法。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2016068016A JP6769072B2 (ja) | 2016-03-30 | 2016-03-30 | 識別対象の塩基が5−ヒドロキシメチルシトシンであるか否かを判定する方法 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2016068016A JP6769072B2 (ja) | 2016-03-30 | 2016-03-30 | 識別対象の塩基が5−ヒドロキシメチルシトシンであるか否かを判定する方法 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2017176031A JP2017176031A (ja) | 2017-10-05 |
JP6769072B2 true JP6769072B2 (ja) | 2020-10-14 |
Family
ID=60007952
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2016068016A Active JP6769072B2 (ja) | 2016-03-30 | 2016-03-30 | 識別対象の塩基が5−ヒドロキシメチルシトシンであるか否かを判定する方法 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
JP (1) | JP6769072B2 (ja) |
-
2016
- 2016-03-30 JP JP2016068016A patent/JP6769072B2/ja active Active
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
JP2017176031A (ja) | 2017-10-05 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US20200232016A1 (en) | Methods and Compositions for the Analysis of Biological Molecules | |
CN107429296B (zh) | 捕获、检测和定量小rna的方法、组合物与试剂盒 | |
EP3252174B1 (en) | Compositions, methods, systems and kits for target nucleic acid enrichment | |
US20100120034A1 (en) | Methylation analysis of mate pairs | |
US20170253921A1 (en) | Methods, kits & compositions for determining gene copy numbers | |
WO2018031760A1 (en) | Methods of preparing dual-indexed dna libraries for bisulfite conversion sequencing | |
CN105209639B (zh) | 在固相载体扩增核酸的方法 | |
US20090023151A1 (en) | Method For The Labeling And Detection Of Small Polynucleotides | |
JP5919602B2 (ja) | 核酸中の5−ヒドロキシメチルシトシンの検出方法及び検出キット | |
JP2008029333A (ja) | 新規遺伝子増幅法に用いられるプライマー | |
JP2005518216A5 (ja) | ||
CN110358817B (zh) | 脱氨酶辅助的dna中5-羧基胞嘧啶修饰单碱基分辨率定位分析方法 | |
JP6769072B2 (ja) | 識別対象の塩基が5−ヒドロキシメチルシトシンであるか否かを判定する方法 | |
US20020150943A1 (en) | Genotyping by mass spectrometric analysis of allelic fragments | |
JP2008029335A (ja) | 新規遺伝子増幅法に用いられるプライマーセットおよびキット | |
JP7043901B2 (ja) | 核酸検出方法及び核酸検出装置、並びに、核酸検出キット | |
JP6606948B2 (ja) | 識別対象の塩基が5−ヒドロキシメチルシトシンであるか否かを判定する方法、核酸誘導体及びキット | |
US6017739A (en) | Method and nucleic acid-concentratiing assay kit for concentrating mutant nucleic acid | |
KR20220063169A (ko) | 폴리뉴클레오타이드 분자 집단의 생성 방법 | |
JP4755973B2 (ja) | Dna断片を製造する方法およびその適用 | |
JP2017112932A (ja) | 識別対象の塩基が5−ヒドロキシメチルシトシンであるか否かを判定する方法、核酸誘導体及びキット | |
JP5618227B2 (ja) | 核酸の増幅方法および遺伝子変異の検出方法 | |
JP7490071B2 (ja) | シーケンシングのための新規核酸鋳型構造 | |
US6855500B2 (en) | Fluorescence-based genotyping | |
EP2660321A1 (en) | Method for detecting methylated cytosine |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821 Effective date: 20160331 |
|
RD03 | Notification of appointment of power of attorney |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A7423 Effective date: 20181102 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20190221 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A132 Effective date: 20200310 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20200422 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20200825 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20200907 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 6769072 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |