JP6712606B2 - ヌクレオチドのオルトゴナルな脱ブロッキング - Google Patents
ヌクレオチドのオルトゴナルな脱ブロッキング Download PDFInfo
- Publication number
- JP6712606B2 JP6712606B2 JP2017556955A JP2017556955A JP6712606B2 JP 6712606 B2 JP6712606 B2 JP 6712606B2 JP 2017556955 A JP2017556955 A JP 2017556955A JP 2017556955 A JP2017556955 A JP 2017556955A JP 6712606 B2 JP6712606 B2 JP 6712606B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- nucleic acid
- primer
- nucleotide
- different
- reversible blocking
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 title claims description 347
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 title claims description 118
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 266
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 253
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 253
- 230000000903 blocking effect Effects 0.000 claims description 169
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 163
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 claims description 152
- 238000011282 treatment Methods 0.000 claims description 66
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims description 64
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims description 38
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims description 30
- 238000003499 nucleic acid array Methods 0.000 claims description 28
- 108091093088 Amplicon Proteins 0.000 claims description 24
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims description 20
- -1 azidomethyl Chemical group 0.000 claims description 19
- 239000007787 solid Substances 0.000 claims description 19
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 16
- 239000000126 substance Substances 0.000 claims description 13
- 239000003446 ligand Substances 0.000 claims description 11
- 230000008569 process Effects 0.000 claims description 11
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 claims description 10
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims description 8
- XYFCBTPGUUZFHI-UHFFFAOYSA-N Phosphine Chemical compound P XYFCBTPGUUZFHI-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 6
- 238000010438 heat treatment Methods 0.000 claims description 3
- 229910000073 phosphorus hydride Inorganic materials 0.000 claims description 3
- 238000010306 acid treatment Methods 0.000 claims 2
- 241000894007 species Species 0.000 description 83
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 35
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 23
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 23
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 20
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 19
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 13
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 12
- 230000037452 priming Effects 0.000 description 12
- 238000003491 array Methods 0.000 description 11
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 11
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 11
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 11
- 239000001226 triphosphate Substances 0.000 description 11
- 235000011178 triphosphate Nutrition 0.000 description 11
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 10
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 10
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 10
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 description 10
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 9
- 229920002477 rna polymer Polymers 0.000 description 9
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 8
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 8
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 8
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 8
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 8
- UNXRWKVEANCORM-UHFFFAOYSA-N triphosphoric acid Chemical compound OP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O UNXRWKVEANCORM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 7
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 7
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 7
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 7
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 7
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 6
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 6
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 6
- 239000000178 monomer Substances 0.000 description 6
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 6
- 108090000626 DNA-directed RNA polymerases Proteins 0.000 description 5
- 102000004163 DNA-directed RNA polymerases Human genes 0.000 description 5
- 108091028664 Ribonucleotide Proteins 0.000 description 5
- PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N Ribose Natural products OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N 0.000 description 5
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N alpha-D-Furanose-Ribose Natural products OCC1OC(O)C(O)C1O HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 238000010348 incorporation Methods 0.000 description 5
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 5
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 5
- 239000002336 ribonucleotide Substances 0.000 description 5
- 108060002716 Exonuclease Proteins 0.000 description 4
- 239000012491 analyte Substances 0.000 description 4
- 239000003054 catalyst Substances 0.000 description 4
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 239000001177 diphosphate Substances 0.000 description 4
- 235000011180 diphosphates Nutrition 0.000 description 4
- 102000013165 exonuclease Human genes 0.000 description 4
- 238000001917 fluorescence detection Methods 0.000 description 4
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 239000000463 material Substances 0.000 description 4
- 238000011160 research Methods 0.000 description 4
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 4
- CSCPPACGZOOCGX-UHFFFAOYSA-N Acetone Chemical compound CC(C)=O CSCPPACGZOOCGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 3
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 3
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 description 3
- 125000002015 acyclic group Chemical group 0.000 description 3
- RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-N dCTP Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1O[C@H](CO[P@](O)(=O)O[P@](O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)C1 RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-N 0.000 description 3
- 150000002148 esters Chemical class 0.000 description 3
- 230000005284 excitation Effects 0.000 description 3
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 3
- 230000005291 magnetic effect Effects 0.000 description 3
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 3
- 239000012071 phase Substances 0.000 description 3
- 235000021317 phosphate Nutrition 0.000 description 3
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 3
- 230000001915 proofreading effect Effects 0.000 description 3
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 3
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 3
- 239000002342 ribonucleoside Substances 0.000 description 3
- 125000000548 ribosyl group Chemical group C1([C@H](O)[C@H](O)[C@H](O1)CO)* 0.000 description 3
- RMVRSNDYEFQCLF-UHFFFAOYSA-N thiophenol Chemical compound SC1=CC=CC=C1 RMVRSNDYEFQCLF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- ASJSAQIRZKANQN-CRCLSJGQSA-N 2-deoxy-D-ribose Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)CC=O ASJSAQIRZKANQN-CRCLSJGQSA-N 0.000 description 2
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 description 2
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 2
- 241000938605 Crocodylia Species 0.000 description 2
- HMFHBZSHGGEWLO-SOOFDHNKSA-N D-ribofuranose Chemical compound OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H]1O HMFHBZSHGGEWLO-SOOFDHNKSA-N 0.000 description 2
- 108010017826 DNA Polymerase I Proteins 0.000 description 2
- 102000004594 DNA Polymerase I Human genes 0.000 description 2
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 2
- KDLHZDBZIXYQEI-UHFFFAOYSA-N Palladium Chemical compound [Pd] KDLHZDBZIXYQEI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000235347 Schizosaccharomyces pombe Species 0.000 description 2
- VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N Silicium dioxide Chemical compound O=[Si]=O VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- PZBFGYYEXUXCOF-UHFFFAOYSA-N TCEP Chemical compound OC(=O)CCP(CCC(O)=O)CCC(O)=O PZBFGYYEXUXCOF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 2
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 description 2
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 2
- 238000006555 catalytic reaction Methods 0.000 description 2
- IJOOHPMOJXWVHK-UHFFFAOYSA-N chlorotrimethylsilane Chemical compound C[Si](C)(C)Cl IJOOHPMOJXWVHK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000001351 cycling effect Effects 0.000 description 2
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 description 2
- SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N dATP Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N 0.000 description 2
- NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N dTTP Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)C1 NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N 0.000 description 2
- XPPKVPWEQAFLFU-UHFFFAOYSA-J diphosphate(4-) Chemical compound [O-]P([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O XPPKVPWEQAFLFU-UHFFFAOYSA-J 0.000 description 2
- BFMYDTVEBKDAKJ-UHFFFAOYSA-L disodium;(2',7'-dibromo-3',6'-dioxido-3-oxospiro[2-benzofuran-1,9'-xanthene]-4'-yl)mercury;hydrate Chemical compound O.[Na+].[Na+].O1C(=O)C2=CC=CC=C2C21C1=CC(Br)=C([O-])C([Hg])=C1OC1=C2C=C(Br)C([O-])=C1 BFMYDTVEBKDAKJ-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- 150000002170 ethers Chemical class 0.000 description 2
- 238000000684 flow cytometry Methods 0.000 description 2
- 238000001506 fluorescence spectroscopy Methods 0.000 description 2
- 238000013467 fragmentation Methods 0.000 description 2
- 238000006062 fragmentation reaction Methods 0.000 description 2
- 238000003384 imaging method Methods 0.000 description 2
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 2
- 230000001788 irregular Effects 0.000 description 2
- 239000007791 liquid phase Substances 0.000 description 2
- 238000004020 luminiscence type Methods 0.000 description 2
- 229910052751 metal Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000002184 metal Substances 0.000 description 2
- 150000002739 metals Chemical class 0.000 description 2
- 239000003068 molecular probe Substances 0.000 description 2
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 2
- 150000004712 monophosphates Chemical class 0.000 description 2
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 2
- 150000002972 pentoses Chemical group 0.000 description 2
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 description 2
- 150000003003 phosphines Chemical class 0.000 description 2
- 238000006116 polymerization reaction Methods 0.000 description 2
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 2
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 2
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 2
- BBEAQIROQSPTKN-UHFFFAOYSA-N pyrene Chemical compound C1=CC=C2C=CC3=CC=CC4=CC=C1C2=C43 BBEAQIROQSPTKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 2
- 125000002652 ribonucleotide group Chemical group 0.000 description 2
- 238000005096 rolling process Methods 0.000 description 2
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 2
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000002264 triphosphate group Chemical class [H]OP(=O)(O[H])OP(=O)(O[H])OP(=O)(O[H])O* 0.000 description 2
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 2
- ARARQWKFKMWCDL-UHFFFAOYSA-N 1-nitro-2-[(2-nitrophenyl)methoxymethyl]benzene Chemical compound [O-][N+](=O)C1=CC=CC=C1COCC1=CC=CC=C1[N+]([O-])=O ARARQWKFKMWCDL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- YFEXZJKJPFNYKB-UHFFFAOYSA-N 2-(oxolan-2-yloxy)oxolane Chemical compound C1CCOC1OC1OCCC1 YFEXZJKJPFNYKB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000003903 2-propenyl group Chemical group [H]C([*])([H])C([H])=C([H])[H] 0.000 description 1
- GOLORTLGFDVFDW-UHFFFAOYSA-N 3-(1h-benzimidazol-2-yl)-7-(diethylamino)chromen-2-one Chemical compound C1=CC=C2NC(C3=CC4=CC=C(C=C4OC3=O)N(CC)CC)=NC2=C1 GOLORTLGFDVFDW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- XCJHDJAODLKGLG-UHFFFAOYSA-N 3-hydroxyxanthen-9-one Chemical group C1=CC=C2C(=O)C3=CC=C(O)C=C3OC2=C1 XCJHDJAODLKGLG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- VIIIJFZJKFXOGG-UHFFFAOYSA-N 3-methylchromen-2-one Chemical compound C1=CC=C2OC(=O)C(C)=CC2=C1 VIIIJFZJKFXOGG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000251468 Actinopterygii Species 0.000 description 1
- 229920000936 Agarose Polymers 0.000 description 1
- 108010014722 Alkyl and Aryl Transferases Proteins 0.000 description 1
- 102000002226 Alkyl and Aryl Transferases Human genes 0.000 description 1
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 1
- 241000269350 Anura Species 0.000 description 1
- 241000219195 Arabidopsis thaliana Species 0.000 description 1
- 241000239290 Araneae Species 0.000 description 1
- 241000203069 Archaea Species 0.000 description 1
- 235000007319 Avena orientalis Nutrition 0.000 description 1
- 244000075850 Avena orientalis Species 0.000 description 1
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 description 1
- 235000014698 Brassica juncea var multisecta Nutrition 0.000 description 1
- 235000006008 Brassica napus var napus Nutrition 0.000 description 1
- 240000000385 Brassica napus var. napus Species 0.000 description 1
- 235000006618 Brassica rapa subsp oleifera Nutrition 0.000 description 1
- 235000004977 Brassica sinapistrum Nutrition 0.000 description 1
- 241000244203 Caenorhabditis elegans Species 0.000 description 1
- 241000282472 Canis lupus familiaris Species 0.000 description 1
- 241000283707 Capra Species 0.000 description 1
- 241000700198 Cavia Species 0.000 description 1
- 241000195597 Chlamydomonas reinhardtii Species 0.000 description 1
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 description 1
- 108091028732 Concatemer Proteins 0.000 description 1
- 241000195493 Cryptophyta Species 0.000 description 1
- 102000012410 DNA Ligases Human genes 0.000 description 1
- 108010061982 DNA Ligases Proteins 0.000 description 1
- 238000001712 DNA sequencing Methods 0.000 description 1
- 230000006820 DNA synthesis Effects 0.000 description 1
- 241000252212 Danio rerio Species 0.000 description 1
- MYMOFIZGZYHOMD-UHFFFAOYSA-N Dioxygen Chemical compound O=O MYMOFIZGZYHOMD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000255925 Diptera Species 0.000 description 1
- 241000255601 Drosophila melanogaster Species 0.000 description 1
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 description 1
- 241000283086 Equidae Species 0.000 description 1
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 1
- 108090000371 Esterases Proteins 0.000 description 1
- 241000282326 Felis catus Species 0.000 description 1
- 241000233866 Fungi Species 0.000 description 1
- 108010010803 Gelatin Proteins 0.000 description 1
- 244000068988 Glycine max Species 0.000 description 1
- 235000010469 Glycine max Nutrition 0.000 description 1
- NYHBQMYGNKIUIF-UUOKFMHZSA-N Guanosine Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O NYHBQMYGNKIUIF-UUOKFMHZSA-N 0.000 description 1
- 241000711549 Hepacivirus C Species 0.000 description 1
- 241000238631 Hexapoda Species 0.000 description 1
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 1
- 241000725303 Human immunodeficiency virus Species 0.000 description 1
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 description 1
- 229910013063 LiBF 4 Inorganic materials 0.000 description 1
- 102000003960 Ligases Human genes 0.000 description 1
- 108090000364 Ligases Proteins 0.000 description 1
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 1
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 1
- 108060004795 Methyltransferase Proteins 0.000 description 1
- 102000016397 Methyltransferase Human genes 0.000 description 1
- 241000699670 Mus sp. Species 0.000 description 1
- 241000202934 Mycoplasma pneumoniae Species 0.000 description 1
- 239000000020 Nitrocellulose Substances 0.000 description 1
- 241000283973 Oryctolagus cuniculus Species 0.000 description 1
- 240000007594 Oryza sativa Species 0.000 description 1
- 235000007164 Oryza sativa Nutrition 0.000 description 1
- 241001494479 Pecora Species 0.000 description 1
- 108010002747 Pfu DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 108050008598 Phosphoesterases Proteins 0.000 description 1
- 108090000608 Phosphoric Monoester Hydrolases Proteins 0.000 description 1
- 102000004160 Phosphoric Monoester Hydrolases Human genes 0.000 description 1
- 108010004729 Phycoerythrin Proteins 0.000 description 1
- 241000224016 Plasmodium Species 0.000 description 1
- 108010021757 Polynucleotide 5'-Hydroxyl-Kinase Proteins 0.000 description 1
- 102000008422 Polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase Human genes 0.000 description 1
- 241000288906 Primates Species 0.000 description 1
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 241000700159 Rattus Species 0.000 description 1
- 241000283984 Rodentia Species 0.000 description 1
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 description 1
- 241000235343 Saccharomycetales Species 0.000 description 1
- 240000006394 Sorghum bicolor Species 0.000 description 1
- 235000011684 Sorghum saccharatum Nutrition 0.000 description 1
- 241000295644 Staphylococcaceae Species 0.000 description 1
- PJANXHGTPQOBST-VAWYXSNFSA-N Stilbene Natural products C=1C=CC=CC=1/C=C/C1=CC=CC=C1 PJANXHGTPQOBST-VAWYXSNFSA-N 0.000 description 1
- 241000282887 Suidae Species 0.000 description 1
- 241001441722 Takifugu rubripes Species 0.000 description 1
- 108010006785 Taq Polymerase Proteins 0.000 description 1
- 241000255588 Tephritidae Species 0.000 description 1
- 235000021307 Triticum Nutrition 0.000 description 1
- 244000098338 Triticum aestivum Species 0.000 description 1
- 238000005411 Van der Waals force Methods 0.000 description 1
- 241000726445 Viroids Species 0.000 description 1
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 1
- 241000269368 Xenopus laevis Species 0.000 description 1
- 240000008042 Zea mays Species 0.000 description 1
- 235000005824 Zea mays ssp. parviglumis Nutrition 0.000 description 1
- 235000002017 Zea mays subsp mays Nutrition 0.000 description 1
- FJWGYAHXMCUOOM-QHOUIDNNSA-N [(2s,3r,4s,5r,6r)-2-[(2r,3r,4s,5r,6s)-4,5-dinitrooxy-2-(nitrooxymethyl)-6-[(2r,3r,4s,5r,6s)-4,5,6-trinitrooxy-2-(nitrooxymethyl)oxan-3-yl]oxyoxan-3-yl]oxy-3,5-dinitrooxy-6-(nitrooxymethyl)oxan-4-yl] nitrate Chemical compound O([C@@H]1O[C@@H]([C@H]([C@H](O[N+]([O-])=O)[C@H]1O[N+]([O-])=O)O[C@H]1[C@@H]([C@@H](O[N+]([O-])=O)[C@H](O[N+]([O-])=O)[C@@H](CO[N+]([O-])=O)O1)O[N+]([O-])=O)CO[N+](=O)[O-])[C@@H]1[C@@H](CO[N+]([O-])=O)O[C@@H](O[N+]([O-])=O)[C@H](O[N+]([O-])=O)[C@H]1O[N+]([O-])=O FJWGYAHXMCUOOM-QHOUIDNNSA-N 0.000 description 1
- 238000002835 absorbance Methods 0.000 description 1
- 238000010521 absorption reaction Methods 0.000 description 1
- 150000001241 acetals Chemical class 0.000 description 1
- 230000002378 acidificating effect Effects 0.000 description 1
- OIRDTQYFTABQOQ-KQYNXXCUSA-N adenosine Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O OIRDTQYFTABQOQ-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 1
- 229960005305 adenosine Drugs 0.000 description 1
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 description 1
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 1
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 1
- 230000000712 assembly Effects 0.000 description 1
- 238000000429 assembly Methods 0.000 description 1
- 238000000889 atomisation Methods 0.000 description 1
- SIKJAQJRHWYJAI-UHFFFAOYSA-N benzopyrrole Chemical group C1=CC=C2NC=CC2=C1 SIKJAQJRHWYJAI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 1
- ZGFNAANCITUJJM-UHFFFAOYSA-N carbonic acid;nitrobenzene Chemical compound OC(O)=O.[O-][N+](=O)C1=CC=CC=C1 ZGFNAANCITUJJM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CZPLANDPABRVHX-UHFFFAOYSA-N cascade blue Chemical compound C=1C2=CC=CC=C2C(NCC)=CC=1C(C=1C=CC(=CC=1)N(CC)CC)=C1C=CC(=[N+](CC)CC)C=C1 CZPLANDPABRVHX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 1
- 230000008859 change Effects 0.000 description 1
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 description 1
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 239000011248 coating agent Substances 0.000 description 1
- 238000000576 coating method Methods 0.000 description 1
- 230000021615 conjugation Effects 0.000 description 1
- 235000005822 corn Nutrition 0.000 description 1
- 229920006037 cross link polymer Polymers 0.000 description 1
- SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N dATP Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1CC(O)C(COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N dGTP Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N 0.000 description 1
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002637 deoxyribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 239000005546 dideoxynucleotide Substances 0.000 description 1
- 230000009699 differential effect Effects 0.000 description 1
- 230000004069 differentiation Effects 0.000 description 1
- 230000008034 disappearance Effects 0.000 description 1
- 238000006073 displacement reaction Methods 0.000 description 1
- 238000005868 electrolysis reaction Methods 0.000 description 1
- 239000000839 emulsion Substances 0.000 description 1
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 1
- YQGOJNYOYNNSMM-UHFFFAOYSA-N eosin Chemical compound [Na+].OC(=O)C1=CC=CC=C1C1=C2C=C(Br)C(=O)C(Br)=C2OC2=C(Br)C(O)=C(Br)C=C21 YQGOJNYOYNNSMM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- IINNWAYUJNWZRM-UHFFFAOYSA-L erythrosin B Chemical compound [Na+].[Na+].[O-]C(=O)C1=CC=CC=C1C1=C2C=C(I)C(=O)C(I)=C2OC2=C(I)C([O-])=C(I)C=C21 IINNWAYUJNWZRM-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 229940011411 erythrosine Drugs 0.000 description 1
- 235000012732 erythrosine Nutrition 0.000 description 1
- 239000004174 erythrosine Substances 0.000 description 1
- 125000001301 ethoxy group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])O* 0.000 description 1
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 1
- GVEPBJHOBDJJJI-UHFFFAOYSA-N fluoranthrene Natural products C1=CC(C2=CC=CC=C22)=C3C2=CC=CC3=C1 GVEPBJHOBDJJJI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N fluorescein Chemical compound O1C(=O)C2=CC=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000002875 fluorescence polarization Methods 0.000 description 1
- 239000008273 gelatin Substances 0.000 description 1
- 229920000159 gelatin Polymers 0.000 description 1
- 235000019322 gelatine Nutrition 0.000 description 1
- 235000011852 gelatine desserts Nutrition 0.000 description 1
- 230000007274 generation of a signal involved in cell-cell signaling Effects 0.000 description 1
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 description 1
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 1
- 235000012907 honey Nutrition 0.000 description 1
- 239000000017 hydrogel Substances 0.000 description 1
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 description 1
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000007062 hydrolysis Effects 0.000 description 1
- 238000006460 hydrolysis reaction Methods 0.000 description 1
- 230000002209 hydrophobic effect Effects 0.000 description 1
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 description 1
- 150000002466 imines Chemical class 0.000 description 1
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 1
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 1
- PZOUSPYUWWUPPK-UHFFFAOYSA-N indole Chemical group CC1=CC=CC2=C1C=CN2 PZOUSPYUWWUPPK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- RKJUIXBNRJVNHR-UHFFFAOYSA-N indolenine Chemical group C1=CC=C2CC=NC2=C1 RKJUIXBNRJVNHR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000007641 inkjet printing Methods 0.000 description 1
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 1
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 1
- 150000002500 ions Chemical class 0.000 description 1
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 1
- 230000000155 isotopic effect Effects 0.000 description 1
- 230000031700 light absorption Effects 0.000 description 1
- 125000005647 linker group Chemical group 0.000 description 1
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 1
- 238000000622 liquid--liquid extraction Methods 0.000 description 1
- DLBFLQKQABVKGT-UHFFFAOYSA-L lucifer yellow dye Chemical compound [Li+].[Li+].[O-]S(=O)(=O)C1=CC(C(N(C(=O)NN)C2=O)=O)=C3C2=CC(S([O-])(=O)=O)=CC3=C1N DLBFLQKQABVKGT-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 239000006249 magnetic particle Substances 0.000 description 1
- FDZZZRQASAIRJF-UHFFFAOYSA-M malachite green Chemical compound [Cl-].C1=CC(N(C)C)=CC=C1C(C=1C=CC=CC=1)=C1C=CC(=[N+](C)C)C=C1 FDZZZRQASAIRJF-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 229940107698 malachite green Drugs 0.000 description 1
- 238000007726 management method Methods 0.000 description 1
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 1
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 1
- 238000001823 molecular biology technique Methods 0.000 description 1
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 1
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 1
- 239000011807 nanoball Substances 0.000 description 1
- 239000002159 nanocrystal Substances 0.000 description 1
- 239000002105 nanoparticle Substances 0.000 description 1
- 150000005181 nitrobenzenes Chemical class 0.000 description 1
- 229920001220 nitrocellulos Polymers 0.000 description 1
- 238000002414 normal-phase solid-phase extraction Methods 0.000 description 1
- 239000012038 nucleophile Substances 0.000 description 1
- 125000003835 nucleoside group Chemical group 0.000 description 1
- 230000001590 oxidative effect Effects 0.000 description 1
- 239000001301 oxygen Substances 0.000 description 1
- 229910052760 oxygen Inorganic materials 0.000 description 1
- 229910052763 palladium Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000005298 paramagnetic effect Effects 0.000 description 1
- 230000002688 persistence Effects 0.000 description 1
- 238000005191 phase separation Methods 0.000 description 1
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K phosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 125000002467 phosphate group Chemical group [H]OP(=O)(O[H])O[*] 0.000 description 1
- UEZVMMHDMIWARA-UHFFFAOYSA-M phosphonate Chemical compound [O-]P(=O)=O UEZVMMHDMIWARA-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 150000003013 phosphoric acid derivatives Chemical class 0.000 description 1
- 229920003023 plastic Polymers 0.000 description 1
- 239000004033 plastic Substances 0.000 description 1
- 229920002401 polyacrylamide Polymers 0.000 description 1
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 1
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 1
- 239000002096 quantum dot Substances 0.000 description 1
- 230000005855 radiation Effects 0.000 description 1
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 1
- 239000000376 reactant Substances 0.000 description 1
- 230000009257 reactivity Effects 0.000 description 1
- 230000000717 retained effect Effects 0.000 description 1
- PYWVYCXTNDRMGF-UHFFFAOYSA-N rhodamine B Chemical compound [Cl-].C=12C=CC(=[N+](CC)CC)C=C2OC2=CC(N(CC)CC)=CC=C2C=1C1=CC=CC=C1C(O)=O PYWVYCXTNDRMGF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000009566 rice Nutrition 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 238000010008 shearing Methods 0.000 description 1
- 239000000377 silicon dioxide Substances 0.000 description 1
- 238000004557 single molecule detection Methods 0.000 description 1
- 238000000638 solvent extraction Methods 0.000 description 1
- 238000000527 sonication Methods 0.000 description 1
- PJANXHGTPQOBST-UHFFFAOYSA-N stilbene Chemical compound C=1C=CC=CC=1C=CC1=CC=CC=C1 PJANXHGTPQOBST-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000021286 stilbenes Nutrition 0.000 description 1
- 238000003860 storage Methods 0.000 description 1
- DHCDFWKWKRSZHF-UHFFFAOYSA-N sulfurothioic S-acid Chemical compound OS(O)(=O)=S DHCDFWKWKRSZHF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 1
- 125000004213 tert-butoxy group Chemical group [H]C([H])([H])C(O*)(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- WGTODYJZXSJIAG-UHFFFAOYSA-N tetramethylrhodamine chloride Chemical compound [Cl-].C=12C=CC(N(C)C)=CC2=[O+]C2=CC(N(C)C)=CC=C2C=1C1=CC=CC=C1C(O)=O WGTODYJZXSJIAG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- MPLHNVLQVRSVEE-UHFFFAOYSA-N texas red Chemical compound [O-]S(=O)(=O)C1=CC(S(Cl)(=O)=O)=CC=C1C(C1=CC=2CCCN3CCCC(C=23)=C1O1)=C2C1=C(CCC1)C3=[N+]1CCCC3=C2 MPLHNVLQVRSVEE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 description 1
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 description 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6869—Methods for sequencing
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6869—Methods for sequencing
- C12Q1/6874—Methods for sequencing involving nucleic acid arrays, e.g. sequencing by hybridisation
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2523/00—Reactions characterised by treatment of reaction samples
- C12Q2523/10—Characterised by chemical treatment
- C12Q2523/107—Chemical cleaving agents
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2523/00—Reactions characterised by treatment of reaction samples
- C12Q2523/30—Characterised by physical treatment
- C12Q2523/313—Irradiation, e.g. UV irradiation
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2525/00—Reactions involving modified oligonucleotides, nucleic acids, or nucleotides
- C12Q2525/10—Modifications characterised by
- C12Q2525/155—Modifications characterised by incorporating/generating a new priming site
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2525/00—Reactions involving modified oligonucleotides, nucleic acids, or nucleotides
- C12Q2525/10—Modifications characterised by
- C12Q2525/186—Modifications characterised by incorporating a non-extendable or blocking moiety
Landscapes
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Zoology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Immunology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Medicines Containing Material From Animals Or Micro-Organisms (AREA)
- Ultra Sonic Daignosis Equipment (AREA)
- Compounds Of Unknown Constitution (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Toxicology (AREA)
- Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
Description
Claims (83)
- (a)複数の部位を含むアレイを提供する工程であって、各部位は第1の核酸テンプレートおよび第2の核酸テンプレートを含み、
前記第1の核酸テンプレートは前記第2の核酸テンプレートの配列とは異なる配列を有し、
第1のプライマーが前記第1の核酸テンプレートに結合し、可逆的ブロッキング部分が前記第1のプライマーに付着しており、
第2のプライマーが前記第2の核酸テンプレートに結合し、可逆的ブロッキング部分が前記第2のプライマーに付着しており、
前記第1のプライマーに付着している可逆的ブロッキング部分は前記第2のプライマーに付着している可逆的ブロッキング部分とは異なる、アレイ提供工程;
(b)前記第2のプライマーに付着している可逆的ブロッキング部分を保持しつつ、前記第1のプライマーに付着している可逆的ブロッキング部分を選択的に除去する工程;
(c)可逆的ブロッキング部分を含む第1のヌクレオチド類似体を付加することにより前記第1のプライマーを伸長する工程;
(d)前記第1のプライマーに付加された前記第1のヌクレオチド類似体の可逆的ブロッキング部分を保持しつつ、前記第2のプライマーに付着している可逆的ブロッキング部分を選択的に除去する工程;
(e)可逆的ブロッキング部分を含む第2のヌクレオチド類似体を付加して前記第2のプライマーを伸長する工程であって、前記第1のヌクレオチド類似体の可逆的ブロッキング部分は前記第2のヌクレオチド類似体の可逆的ブロッキング部分とは異なる、プライマー伸長工程;および、
(f)各部位において、前記第1のプライマーに付加された前記ヌクレオチド類似体および前記第2のプライマーに付加された前記ヌクレオチド類似体を検出することにより、各部位において、前記第1の核酸テンプレートおよび前記第2の核酸テンプレートのそれぞれ異なる配列を、ヌクレオチドの選択的な脱ブロッキングを使用することによりオルトゴナルに決定する工程、を含む、核酸テンプレートのシーケンシング方法。 - (g)前記第2のプライマーに付加された前記第2のヌクレオチド類似体の可逆的ブロッキング部分を保持しつつ、前記第1のプライマーに付加された前記第1のヌクレオチド類似体の可逆的ブロッキング部分を選択的に除去する工程;
(h)前記工程(g)の後、可逆的ブロッキング部分を含む第3のヌクレオチド類似体を付加して前記第1のプライマーを伸長する工程;
(i)前記第1のプライマーに付加された前記第1のヌクレオチド類似体の可逆的ブロッキング部分を保持しつつ、前記第2のプライマーに付加された前記第2のヌクレオチド類似体の可逆的ブロッキング部分を選択的に除去する工程;
(j)前記工程(i)の後、可逆的ブロッキング部分を含む第4のヌクレオチド類似体を付加して前記第2のプライマーを伸長する工程であって、前記第3のヌクレオチド類似体の可逆的ブロッキング部分は前記第4のヌクレオチド類似体の可逆的ブロッキング部分とは異なる、プライマー伸長工程;および、
(k)各部位において、前記工程(h)で前記第1のプライマーに付加された前記ヌクレオチド類似体、および、前記工程(j)で前記第2のプライマーに付加された前記ヌクレオチド類似体を検出することにより、各部位において、前記第1の核酸テンプレートおよび前記第2の核酸テンプレートのそれぞれ異なる配列を、ヌクレオチドの選択的な脱ブロッキングを使用することによりオルトゴナルに決定する工程を更に含む、請求項1に記載の方法。 - 前記工程(g)〜工程(k)を繰り返す工程を更に含む、請求項2に記載の方法。
- 前記検出は、各部位で前記第1のプライマーと前記第2のプライマーとの間の間隔に等しい距離で点同士を分離するには空間分解能が低すぎる検出器を使用する、請求項1または2に記載の方法。
- 前記検出は光学検出器を用いて行われる、請求項1〜4のいずれか一項に記載の方法。
- 前記ヌクレオチド類似体は光標識を有する、請求項1〜5のいずれか一項に記載の方法。
- 前記第1のヌクレオチド類似体は、ヌクレオチド類似体の第1のセットに由来し、前記第2のヌクレオチド類似体はヌクレオチド類似体の第2のセットに由来し、ヌクレオチド類似体の前記第1のセットの光標識はヌクレオチド類似体の前記第2のセットの光標識とは異なる、請求項6に記載の方法。
- 前記第1のヌクレオチド類似体は、ヌクレオチド類似体の第1のセットに由来し、前記第2のヌクレオチド類似体はヌクレオチド類似体の第2のセットに由来し、ヌクレオチド類似体の前記第1のセットにおけるヌクレオチド類似体のサブセットは光標識を有する、請求項1〜7のいずれか一項に記載の方法。
- ヌクレオチド類似体の前記第2のセットにおけるヌクレオチド類似体のサブセットは光標識を有する、請求項8に記載の方法。
- ヌクレオチド類似体の前記第1のセットにおけるヌクレオチド類似体の前記サブセットは、ヌクレオチド類似体の前記第2のセットにおけるヌクレオチド類似体の前記サブセットの光標識とは異なる光標識を含む、請求項9に記載の方法。
- 前記第1のヌクレオチド類似体は、ヌクレオチド類似体の第1のセットに由来し、前記第2のヌクレオチド類似体はヌクレオチド類似体の第2のセットに由来し、ヌクレオチド類似体の前記第1のセットは前記工程(f)で検出される1種類の光標識のみを含み、ヌクレオチド類似体の前記第2のセットは前記工程(f)で検出される1種類の光標識のみを含む、請求項1〜7のいずれか一項に記載の方法。
- 前記1種類の光標識は、前記第1のセットにおける第1の種のヌクレオチド類似体の実質的に全てに付着し、
前記1種類の光標識は、前記第1のセットにおける第2の種のヌクレオチド類似体のサブセットに付着し、
前記第1のセットにおける第3の種のヌクレオチド類似体の実質的に全てがリガンドに付着し、かつ
前記第1のセットにおける第4の種のヌクレオチド類似体の実質的に全てが前記1種類の光標識にも前記リガンドにも付着していない、請求項11に記載の方法。 - 前記第1のヌクレオチド類似体は、ヌクレオチド類似体の第1のセットに由来し、前記第2のヌクレオチド類似体はヌクレオチド類似体の第2のセットに由来し、ヌクレオチド類似体の前記第1のセットは前記工程(f)で検出される2種類の光標識のみを含み、ヌクレオチド類似体の前記第2のセットは前記工程(f)で検出される2種類の光標識のみを含む、請求項1〜7のいずれか一項に記載の方法。
- 前記2種類の光標識のうちの第1の光標識のみが、前記第1のセットにおける第1の種のヌクレオチド類似体の実質的に全てに付着し、
前記2種類の光標識のうちの第2の光標識のみが、前記第1のセットにおける第2の種のヌクレオチド類似体の実質的に全てに付着し、
前記2種類の光標識のうちの第1の光標識および前記2種類の光標識のうちの第2の光標識が前記第1のセットにおける第3の種のヌクレオチド類似体に付着し、かつ
前記第1のセットにおける第4の種のヌクレオチド類似体の実質的に全てが、前記2種類の光標識のうちの第1の光標識または前記2種類の光標識のうちの第2の光標識に付着していない、請求項13に記載の方法。 - 前記検出は検出器を用いて行われ、前記検出器のピクセルは前記第1のプライマーおよび前記第2のプライマーの両方から信号を同時に取得する、請求項1〜14のいずれか一項に記載の方法。
- 前記第1の核酸テンプレートは、前記第2の核酸テンプレート中の塩基部分と同じ種である少なくとも1つの塩基部分を含む、請求項1〜15のいずれか一項に記載の方法。
- 前記工程(b)および工程(d)は連続的に行われる、請求項1〜16のいずれか一項に記載の方法。
- 前記工程(c)および工程(e)は連続的に行われる、請求項1〜17のいずれか一項に記載の方法。
- 単一の核酸分子が前記第1の核酸テンプレートおよび前記第2の核酸テンプレートを含む、請求項1〜18のいずれか一項に記載の方法。
- 前記第1の核酸テンプレートおよび前記第2の核酸テンプレートは、それぞれ異なる核酸分子上に存在する、請求項1〜18のいずれか一項に記載の方法。
- 前記アレイの複数の部位の各部位は100μm2以下の面積を有する、請求項1〜20のいずれか一項に記載の方法。
- 前記アレイの複数の部位の各部位は、前記第1の核酸テンプレートの複数のアンプリコンおよび前記第2の核酸テンプレートの複数のアンプリコンを含む、請求項1〜21のいずれか一項に記載の方法。
- 前記複数のアンプリコンは核酸クラスターを含む、請求項22に記載の方法。
- 前記アレイの複数の部位は10μm以下のピッチを有する、請求項1〜23のいずれか一項に記載の方法。
- 前記アレイは少なくとも1×106個の部位を有する、請求項1〜24のいずれか一項に記載の方法。
- 各部位は、前記アレイ中の他の全ての部位の核酸配列に対して固有である核酸配列を含む、請求項1〜25のいずれか一項に記載の方法。
- 前記第1のプライマーは第1のユニバーサルプライマー配列を含み、前記アレイの各部位における前記第1の核酸テンプレートは、前記第1のユニバーサルプライマー配列に相補的な第1のユニバーサルプライマー結合配列を含む、請求項1〜26のいずれか一項に記載の方法。
- 前記第2のプライマーは第2のユニバーサルプライマー配列を含み、各部位における前記第2の核酸テンプレートは、前記第2のユニバーサルプライマー配列に相補的な第2のユニバーサルプライマー結合配列を含み、前記第1のユニバーサルプライマー結合配列は前記第2のユニバーサルプライマー結合配列とは異なる、請求項27に記載の方法。
- 前記工程(c)および工程(e)は、同じポリメラーゼまたは同じ種のポリメラーゼによって行われる、請求項1〜28のいずれか一項に記載の方法。
- アジドメチルおよびtert−ブトキシ−エトキシが可逆的ブロッキング部分として使用される、請求項1〜29のいずれか一項に記載の方法。
- 前記アジドメチルはホスフィン処理によって選択的に除去され、前記tert−ブトキシ−エトキシは酸処理によって選択的に除去される、請求項30に記載の方法。
- 可逆的ブロッキング部分の選択的除去は化学的処理、熱処理、光照射または電気的処理を含む、請求項1〜29のいずれか一項に記載の方法。
- 前記第1のプライマーに付着している可逆的ブロッキング部分は、前記第1のヌクレオチド類似体に付着している可逆的ブロッキング部分と同じ種である、請求項1〜32のいずれか一項に記載の方法。
- 前記第2のプライマーに付着している可逆的ブロッキング部分は、前記第2のヌクレオチド類似体に付着している可逆的ブロッキング部分と同じ種である、請求項33に記載の方法。
- (a)複数の部位のアレイであって、各部位は少なくとも2つの異なる核酸テンプレートの混合物を含むアレイを提供する工程;
(b)各部位において、異なる可逆的ブロッキング部分をそれぞれ含む複数の異なるヌクレオチド類似体で、前記異なる核酸テンプレートにハイブリダイズしたそれぞれのプライマーを伸長することにより、各部位において異なるプライマー伸長産物を生成する工程;
(c)前記異なるプライマー伸長産物を検出して、各部位において前記複数の異なるヌクレオチド類似体を識別する工程;
(d)前記異なる可逆的ブロッキング部分の第1に対して選択的な第1の処理、および、前記異なる可逆的ブロッキング部分の第2に対して選択的な第2の処理を使用して、各部位において、前記プライマー伸長産物から前記異なる可逆的ブロッキング部分を除去する工程;および
(e)前記工程(b)〜(d)を繰り返し、各部位において、複数の伸長産物のそれぞれに付加された複数の異なるヌクレオチド類似体の配列をオルトゴナルに決定する工程、を含む、核酸テンプレートのシーケンシング方法。 - 前記異なる核酸テンプレートにそれぞれハイブリダイズした前記プライマーは、前記工程(b)における伸長中に同時に存在する、請求項35に記載の方法。
- 前記異なるプライマー伸長産物は、前記工程(c)における検出中に同時に存在する、請求項35または36に記載の方法。
- 前記異なる可逆的ブロッキング部分の第1および前記異なる可逆的ブロッキング部分の第2は、前記工程(d)における除去中、前記プライマー伸長生成物に同時に存在する、請求項35〜37のいずれか一項に記載の方法。
- 前記異なる核酸テンプレートの第1にハイブリダイズした前記プライマーの第1は、前記異なる核酸テンプレートの第2にハイブリダイズした前記プライマーの第2を伸長する前に、前記部位のアレイから除去される、請求項35に記載の方法。
- 前記異なるプライマー伸長産物の第1は、前記異なるプライマー伸長産物の第2を検出する前に前記部位のアレイから除去される、請求項35に記載の方法。
- 前記異なるプライマー伸長産物の第1は、前記第2の処理前に前記部位のアレイから除去される、請求項35に記載の方法。
- 前記工程(c)は前記工程(d)の後に行われる、請求項35〜41のいずれか一項に記載の方法。
- 前記検出は、各部位で前記異なるプライマー伸長産物の間の間隔に等しい距離で点同士を分離するには空間分解能が低すぎる検出器を使用する、請求項35〜41のいずれか一項に記載の方法。
- 前記検出は光学検出器を用いて行われる、請求項35〜43のいずれか一項に記載の方法。
- 前記ヌクレオチド類似体は光標識を有する、請求項35〜44のいずれか一項に記載の方法。
- ヌクレオチド類似体の第1のセットが前記異なるプライマー伸長産物の第1に付加され、ヌクレオチド類似体の第2のセットが前記異なるプライマー伸長産物の第2に付加され、ヌクレオチド類似体の前記第1のセットはヌクレオチド類似体の前記第2のセットの光標識とは異なる光標識を含む、請求項35〜45のいずれか一項に記載の方法。
- 前記検出は検出器を用いて行われ、前記検出器のピクセルは第1のプライマー伸長産物および第2のプライマー伸長産物の両方から信号を同時に取得する、請求項35〜46のいずれか一項に記載の方法。
- 前記第1の核酸テンプレートは前記第2の核酸テンプレート中の塩基部分と同じ種である少なくとも1つの塩基部分を含む、請求項35〜47のいずれか一項に記載の方法。
- 単一の核酸分子が少なくとも2つの前記異なる核酸テンプレートを含む、請求項35〜48のいずれか一項に記載の方法。
- 少なくとも2つの前記異なる核酸テンプレートの第1の核酸テンプレートおよび第2の核酸テンプレートはそれぞれ異なる核酸分子上に存在する、請求項35〜48のいずれか一項に記載の方法。
- 前記アレイの複数の部位の各部位は100μm2以下の面積を有する、請求項35〜50のいずれか一項に記載の方法。
- 前記アレイの複数の部位の各部位は、少なくとも2つの前記異なる核酸テンプレートのそれぞれの複数のアンプリコンを含む、請求項35〜51のいずれか一項に記載の方法。
- 前記複数のアンプリコンは核酸クラスターを含む、請求項52に記載の方法。
- 前記アレイの複数の部位は10μm以下のピッチを有する、請求項35〜53のいずれか一項に記載の方法。
- 前記アレイは少なくとも1×106個の部位を有する、請求項35〜54のいずれか一項に記載の方法。
- 各部位は前記アレイにおける他の全ての部位の核酸配列に対して固有である核酸配列を含む、請求項35〜55のいずれか一項に記載の方法。
- 同じポリメラーゼまたは同種のポリメラーゼが、各部位において、前記異なる核酸テンプレートにそれぞれハイブリダイズした前記プライマーの伸長を行う、請求項35〜56のいずれか一項に記載の方法。
- 選択的な前記処理は、ホスフィン処理を用いてアジドメチルを含む可逆的ブロッキング部分を選択的に除去すること、および、酸処理を用いてtert−ブトキシ−エトキシを含む可逆的ブロッキング部分を選択的に除去することを含む、請求項35〜57のいずれか一項に記載の方法。
- 前記可逆的ブロッキング部分の選択的除去は化学的処理、熱処理、光照射または電気的処理を含む、請求項35〜57のいずれか一項に記載の方法。
- 固体支持体上に複数の部位を含む核酸アレイであって、
各部位は第1の核酸テンプレートおよび第2の核酸テンプレートを含み、
前記第1の核酸テンプレートは前記第2の核酸テンプレートの配列とは異なる配列を有し、
第1のプライマーが前記第1の核酸テンプレートに結合し、第1の可逆的ブロッキング部分が前記第1のプライマーに付着しており、
第2のプライマーが前記第2の核酸テンプレートに結合し、第2の可逆的ブロッキング部分が前記第2のプライマーに付着しており、
前記第1の可逆的ブロッキング部分は前記第2の可逆的ブロッキング部分とは異なり、
前記第1の可逆的ブロッキング部分は第1の脱ブロッキング処理により脱ブロック可能であり、前記第2の可逆的ブロッキング部分は第2の脱ブロッキング処理により脱ブロック可能であり、前記第1の脱ブロッキング処理は前記第2の可逆的ブロッキング部分に比べて前記第1の可逆的ブロッキング部分に対して選択であり、前記第2の脱ブロッキング処理は前記第1の可逆的ブロッキング部分に比べて前記第2の可逆的ブロッキング部分に対して選択である、核酸アレイ。 - 各部位は固体支持体上の100μm2以下の面積を占める、請求項60に記載の核酸アレイ。
- 前記複数の部位は10μm以下のピッチを有する、請求項60または61に記載の核酸アレイ。
- 前記複数の部位は少なくとも1×106個である、請求項60〜62のいずれか一項に記載の核酸アレイ。
- 各部位は他の全ての部位の核酸配列に対して固有である核酸配列を含む、請求項63に記載の核酸アレイ。
- 前記第1の可逆的ブロッキング部分は前記第1のプライマーの3’ヌクレオチドに付着している、請求項60〜64のいずれか一項に記載の核酸アレイ。
- 前記第1のプライマーの3’ヌクレオチドは第1の光標識に付着している、請求項65に記載の核酸アレイ。
- 前記第2の可逆的ブロッキング部分は前記第2のプライマーの3’ヌクレオチドに付着している、請求項65または66に記載の核酸アレイ。
- 前記第2のプライマーの3’ヌクレオチドは第2の光標識に付着しており、前記第2の光標識は前記第1の光標識と光学的に区別可能である、請求項67に記載の核酸アレイ。
- 前記第1の光標識および前記第2の光標識はフルオロフォアを含む、請求項65〜68のいずれか一項に記載の核酸アレイ。
- 前記第1の核酸テンプレートおよび前記第2の核酸テンプレートはDNAを含む、請求項60〜69のいずれか一項に記載の核酸アレイ。
- 単一の核酸分子が前記第1の核酸テンプレートおよび前記第2の核酸テンプレートを含む、請求項60〜70のいずれか一項に記載の核酸アレイ。
- 前記第1の核酸テンプレートおよび前記第2の核酸テンプレートはそれぞれ異なる核酸分子上に存在する、請求項60〜71のいずれか一項に記載の核酸アレイ。
- 前記複数の部位は、前記第1の核酸テンプレートの複数のアンプリコンおよび前記第2の核酸テンプレートの複数のアンプリコンを含む、請求項60〜72のいずれか一項に記載の核酸アレイ。
- 前記複数のアンプリコンは核酸クラスターを含む、請求項73に記載の核酸アレイ。
- 前記第1のプライマーは第1のユニバーサルプライマー配列を含み、前記複数の部位の各部位における前記第1の核酸テンプレートは、前記第1のユニバーサルプライマー配列に相補的な第1のユニバーサルプライマー結合配列を含む、請求項60〜74のいずれか一項に記載の核酸アレイ。
- 前記第2のプライマーは第2のユニバーサルプライマー配列を含み、前記複数の部位の各部位における前記第2の核酸テンプレートは、前記第2のユニバーサルプライマー配列に相補的な第2のユニバーサルプライマー結合配列を含み、前記第1のユニバーサルプライマー結合配列は前記第2のユニバーサルプライマー結合配列とは異なる、請求項75に記載の核酸アレイ。
- 第1のポリメラーゼが前記第1のプライマーおよび前記第1の核酸テンプレートに結合している、請求項60〜76のいずれか一項に記載の核酸アレイ。
- 第2のポリメラーゼが前記第2のプライマーおよび前記第2の核酸テンプレートに結合しており、前記第1のポリメラーゼおよび前記第2のポリメラーゼは同種のポリメラーゼである、請求項77に記載の核酸アレイ。
- 前記第1の可逆的ブロッキング部分はアジドメチルを含み、前記第2の可逆的ブロッキング部分はtert−ブトキシ−エトキシを含む、請求項60〜78のいずれか一項に記載の核酸アレイ。
- 請求項60〜79のいずれか一項に記載の核酸アレイと、
複数の部位を検出するように配置された検出器と、を備える、検出装置。 - 前記検出器は、各部位で第1のプライマーと第2のプライマーとの間の間隔に等しい距離で点同士を分離するには空間分解能が低すぎる、請求項80に記載の検出装置。
- 前記検出器は光学検出器である、請求項80または81に記載の検出装置。
- 前記検出器のピクセルは前記第1のプライマーおよび前記第2のプライマーの両方から信号を同時に取得するように構成されている、請求項80または81に記載の検出装置。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US201562198947P | 2015-07-30 | 2015-07-30 | |
US62/198,947 | 2015-07-30 | ||
PCT/US2016/041568 WO2017019278A1 (en) | 2015-07-30 | 2016-07-08 | Orthogonal deblocking of nucleotides |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2018518947A JP2018518947A (ja) | 2018-07-19 |
JP6712606B2 true JP6712606B2 (ja) | 2020-06-24 |
Family
ID=56418645
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2017556955A Active JP6712606B2 (ja) | 2015-07-30 | 2016-07-08 | ヌクレオチドのオルトゴナルな脱ブロッキング |
Country Status (13)
Country | Link |
---|---|
US (2) | US11155864B2 (ja) |
EP (1) | EP3329007B1 (ja) |
JP (1) | JP6712606B2 (ja) |
KR (1) | KR102189965B1 (ja) |
CN (2) | CN114634976A (ja) |
AU (1) | AU2016298541B2 (ja) |
CA (1) | CA2984702A1 (ja) |
DK (1) | DK3329007T3 (ja) |
ES (1) | ES2864677T3 (ja) |
HK (1) | HK1249148A1 (ja) |
IL (3) | IL305561A (ja) |
RU (1) | RU2742955C2 (ja) |
WO (1) | WO2017019278A1 (ja) |
Families Citing this family (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP3802874A1 (en) * | 2018-05-31 | 2021-04-14 | Omniome, Inc. | Increased signal to noise in nucleic acid sequencing |
US20210332351A1 (en) * | 2018-07-23 | 2021-10-28 | Dna Script | Massively Parallel Enzymatic Synthesis of Nucleic Acid Strands |
CA3198842A1 (en) | 2020-10-21 | 2022-04-28 | Illumina, Inc. | Sequencing templates comprising multiple inserts and compositions and methods for improving sequencing throughput |
EP4294920A1 (en) * | 2021-04-27 | 2023-12-27 | Singular Genomics Systems, Inc. | High density sequencing and multiplexed priming |
WO2023114392A1 (en) * | 2021-12-16 | 2023-06-22 | Ultima Genomics, Inc. | Systems and methods for sequencing with multi-priming |
WO2023154712A1 (en) * | 2022-02-08 | 2023-08-17 | Reticula, Inc. | Methods, compositions, and systems for long read single molecule sequencing |
WO2023175042A1 (en) * | 2022-03-15 | 2023-09-21 | Illumina, Inc. | Parallel sample and index sequencing |
Family Cites Families (68)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5547839A (en) * | 1989-06-07 | 1996-08-20 | Affymax Technologies N.V. | Sequencing of surface immobilized polymers utilizing microflourescence detection |
EP0450060A1 (en) | 1989-10-26 | 1991-10-09 | Sri International | Dna sequencing |
US5552278A (en) | 1994-04-04 | 1996-09-03 | Spectragen, Inc. | DNA sequencing by stepwise ligation and cleavage |
US5641658A (en) | 1994-08-03 | 1997-06-24 | Mosaic Technologies, Inc. | Method for performing amplification of nucleic acid with two primers bound to a single solid support |
US5750341A (en) | 1995-04-17 | 1998-05-12 | Lynx Therapeutics, Inc. | DNA sequencing by parallel oligonucleotide extensions |
WO1998030575A1 (en) | 1997-01-08 | 1998-07-16 | Proligo Llc | Bioconjugation of macromolecules |
US6023540A (en) | 1997-03-14 | 2000-02-08 | Trustees Of Tufts College | Fiber optic sensor with encoded microspheres |
US6327410B1 (en) | 1997-03-14 | 2001-12-04 | The Trustees Of Tufts College | Target analyte sensors utilizing Microspheres |
US7622294B2 (en) | 1997-03-14 | 2009-11-24 | Trustees Of Tufts College | Methods for detecting target analytes and enzymatic reactions |
JP2001517948A (ja) | 1997-04-01 | 2001-10-09 | グラクソ、グループ、リミテッド | 核酸配列決定法 |
JP2002508664A (ja) | 1997-06-25 | 2002-03-19 | オーキッド・バイオサイエンシーズ・インコーポレイテッド | 複数の単一ヌクレオチド多型を単一の反応で検出する方法 |
US7427678B2 (en) | 1998-01-08 | 2008-09-23 | Sigma-Aldrich Co. | Method for immobilizing oligonucleotides employing the cycloaddition bioconjugation method |
US6159736A (en) | 1998-09-23 | 2000-12-12 | Wisconsin Alumni Research Foundation | Method for making insertional mutations using a Tn5 synaptic complex |
AR021833A1 (es) | 1998-09-30 | 2002-08-07 | Applied Research Systems | Metodos de amplificacion y secuenciacion de acido nucleico |
ATE553219T1 (de) | 1999-04-20 | 2012-04-15 | Illumina Inc | Erkennung von nukleinsäurereaktionen auf bead- arrays |
US20030108867A1 (en) | 1999-04-20 | 2003-06-12 | Chee Mark S | Nucleic acid sequencing using microsphere arrays |
US6355431B1 (en) | 1999-04-20 | 2002-03-12 | Illumina, Inc. | Detection of nucleic acid amplification reactions using bead arrays |
US20030207295A1 (en) | 1999-04-20 | 2003-11-06 | Kevin Gunderson | Detection of nucleic acid reactions on bead arrays |
US7611869B2 (en) | 2000-02-07 | 2009-11-03 | Illumina, Inc. | Multiplexed methylation detection methods |
US7582420B2 (en) | 2001-07-12 | 2009-09-01 | Illumina, Inc. | Multiplex nucleic acid reactions |
US6770441B2 (en) | 2000-02-10 | 2004-08-03 | Illumina, Inc. | Array compositions and methods of making same |
EP2100971A3 (en) | 2000-07-07 | 2009-11-25 | Visigen Biotechnologies, Inc. | Real-time sequence determination |
CA2425112C (en) | 2000-10-06 | 2011-09-27 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Massive parallel method for decoding dna and rna |
WO2002044425A2 (en) | 2000-12-01 | 2002-06-06 | Visigen Biotechnologies, Inc. | Enzymatic nucleic acid synthesis: compositions and methods for altering monomer incorporation fidelity |
AR031640A1 (es) | 2000-12-08 | 2003-09-24 | Applied Research Systems | Amplificacion isotermica de acidos nucleicos en un soporte solido |
GB0127564D0 (en) | 2001-11-16 | 2002-01-09 | Medical Res Council | Emulsion compositions |
US7057026B2 (en) | 2001-12-04 | 2006-06-06 | Solexa Limited | Labelled nucleotides |
US20040002090A1 (en) | 2002-03-05 | 2004-01-01 | Pascal Mayer | Methods for detecting genome-wide sequence variations associated with a phenotype |
ES2346646T5 (es) | 2002-05-30 | 2018-02-15 | The Scripps Research Institute | Ligación catalizada con cobre de azidas y acetilenos |
JP2006509040A (ja) | 2002-08-23 | 2006-03-16 | ソレックサ リミテッド | 修飾されたヌクレオチド |
EP2159285B1 (en) * | 2003-01-29 | 2012-09-26 | 454 Life Sciences Corporation | Methods of amplifying and sequencing nucleic acids |
US20050181394A1 (en) | 2003-06-20 | 2005-08-18 | Illumina, Inc. | Methods and compositions for whole genome amplification and genotyping |
EP1636337A4 (en) | 2003-06-20 | 2007-07-04 | Illumina Inc | METHODS AND COMPOSITIONS USEFUL FOR THE AMPLIFICATION AND GENOTYPING OF THE GENOME |
EP1641809B2 (en) | 2003-07-05 | 2018-10-03 | The Johns Hopkins University | Method and compositions for detection and enumeration of genetic variations |
US7259258B2 (en) | 2003-12-17 | 2007-08-21 | Illumina, Inc. | Methods of attaching biological compounds to solid supports using triazine |
EP3673986A1 (en) | 2004-01-07 | 2020-07-01 | Illumina Cambridge Limited | Improvements in or relating to molecular arrays |
US7264934B2 (en) * | 2004-06-10 | 2007-09-04 | Ge Healthcare Bio-Sciences Corp. | Rapid parallel nucleic acid analysis |
US7315019B2 (en) | 2004-09-17 | 2008-01-01 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Arrays of optical confinements and uses thereof |
US8623628B2 (en) | 2005-05-10 | 2014-01-07 | Illumina, Inc. | Polymerases |
EP3492602A1 (en) | 2005-06-15 | 2019-06-05 | Complete Genomics, Inc. | Single molecule arrays for genetic and chemical analysis |
GB0514910D0 (en) | 2005-07-20 | 2005-08-24 | Solexa Ltd | Method for sequencing a polynucleotide template |
US7405281B2 (en) | 2005-09-29 | 2008-07-29 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Fluorescent nucleotide analogs and uses therefor |
GB0522310D0 (en) | 2005-11-01 | 2005-12-07 | Solexa Ltd | Methods of preparing libraries of template polynucleotides |
US7329860B2 (en) | 2005-11-23 | 2008-02-12 | Illumina, Inc. | Confocal imaging methods and apparatus |
CN101415839B (zh) | 2006-02-08 | 2012-06-27 | 亿明达剑桥有限公司 | 对多核苷酸模板进行测序的方法 |
WO2007107710A1 (en) | 2006-03-17 | 2007-09-27 | Solexa Limited | Isothermal methods for creating clonal single molecule arrays |
CN101460953B (zh) | 2006-03-31 | 2012-05-30 | 索雷克萨公司 | 用于合成分析的序列的系统和装置 |
US8399188B2 (en) | 2006-09-28 | 2013-03-19 | Illumina, Inc. | Compositions and methods for nucleotide sequencing |
US7754429B2 (en) * | 2006-10-06 | 2010-07-13 | Illumina Cambridge Limited | Method for pair-wise sequencing a plurity of target polynucleotides |
AU2007309504B2 (en) | 2006-10-23 | 2012-09-13 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Polymerase enzymes and reagents for enhanced nucleic acid sequencing |
US8262900B2 (en) | 2006-12-14 | 2012-09-11 | Life Technologies Corporation | Methods and apparatus for measuring analytes using large scale FET arrays |
US8349167B2 (en) | 2006-12-14 | 2013-01-08 | Life Technologies Corporation | Methods and apparatus for detecting molecular interactions using FET arrays |
EP2092322B1 (en) | 2006-12-14 | 2016-02-17 | Life Technologies Corporation | Methods and apparatus for measuring analytes using large scale fet arrays |
EP4310194A2 (en) | 2007-10-19 | 2024-01-24 | The Trustees of Columbia University in the City of New York | Design and synthesis of cleavable fluorescent nucleotides as reversible terminators for dna sequencing by synthesis |
WO2009086353A1 (en) * | 2007-12-26 | 2009-07-09 | Helicos Biosciences Corporation | Improved two-primer sequencing for high-throughput expression analysis |
US8039817B2 (en) | 2008-05-05 | 2011-10-18 | Illumina, Inc. | Compensator for multiple surface imaging |
GB2461026B (en) * | 2008-06-16 | 2011-03-09 | Plc Diagnostics Inc | System and method for nucleic acids sequencing by phased synthesis |
US8383345B2 (en) | 2008-09-12 | 2013-02-26 | University Of Washington | Sequence tag directed subassembly of short sequencing reads into long sequencing reads |
US20100137143A1 (en) | 2008-10-22 | 2010-06-03 | Ion Torrent Systems Incorporated | Methods and apparatus for measuring analytes |
WO2012050920A1 (en) * | 2010-09-29 | 2012-04-19 | Illumina, Inc. | Compositions and methods for sequencing nucleic acids |
CN107083421A (zh) * | 2010-12-17 | 2017-08-22 | 纽约哥伦比亚大学理事会 | 使用经修饰的核苷酸和纳米孔检测的dna边合成边测序 |
US8951781B2 (en) | 2011-01-10 | 2015-02-10 | Illumina, Inc. | Systems, methods, and apparatuses to image a sample for biological or chemical analysis |
US10457936B2 (en) | 2011-02-02 | 2019-10-29 | University Of Washington Through Its Center For Commercialization | Massively parallel contiguity mapping |
WO2012162429A2 (en) | 2011-05-23 | 2012-11-29 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Dna sequencing by synthesis using raman and infrared spectroscopy detection |
EP2768972B2 (en) | 2011-09-23 | 2020-07-22 | Illumina, Inc. | Methods and compositions for nucleic acid sequencing |
US10378051B2 (en) * | 2011-09-29 | 2019-08-13 | Illumina Cambridge Limited | Continuous extension and deblocking in reactions for nucleic acids synthesis and sequencing |
US9012022B2 (en) | 2012-06-08 | 2015-04-21 | Illumina, Inc. | Polymer coatings |
EP3241913B1 (en) | 2013-07-03 | 2019-02-20 | Illumina, Inc. | System for sequencing by orthogonal synthesis |
-
2016
- 2016-07-08 DK DK16739665.4T patent/DK3329007T3/da active
- 2016-07-08 CA CA2984702A patent/CA2984702A1/en active Pending
- 2016-07-08 IL IL305561A patent/IL305561A/en unknown
- 2016-07-08 CN CN202210207353.3A patent/CN114634976A/zh active Pending
- 2016-07-08 CN CN201680036416.6A patent/CN107771223B/zh active Active
- 2016-07-08 US US15/739,587 patent/US11155864B2/en active Active
- 2016-07-08 IL IL294145A patent/IL294145B2/en unknown
- 2016-07-08 WO PCT/US2016/041568 patent/WO2017019278A1/en active Application Filing
- 2016-07-08 KR KR1020177037553A patent/KR102189965B1/ko active IP Right Grant
- 2016-07-08 IL IL255445A patent/IL255445B/en unknown
- 2016-07-08 RU RU2017137776A patent/RU2742955C2/ru active
- 2016-07-08 EP EP16739665.4A patent/EP3329007B1/en active Active
- 2016-07-08 JP JP2017556955A patent/JP6712606B2/ja active Active
- 2016-07-08 ES ES16739665T patent/ES2864677T3/es active Active
- 2016-07-08 AU AU2016298541A patent/AU2016298541B2/en active Active
-
2018
- 2018-07-10 HK HK18108938.8A patent/HK1249148A1/zh unknown
-
2021
- 2021-10-13 US US17/500,673 patent/US20220033898A1/en active Pending
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
EP3329007B1 (en) | 2021-02-24 |
CN107771223A (zh) | 2018-03-06 |
IL305561A (en) | 2023-10-01 |
IL294145B1 (en) | 2023-10-01 |
IL294145B2 (en) | 2024-02-01 |
IL294145A (en) | 2022-08-01 |
US11155864B2 (en) | 2021-10-26 |
AU2016298541A1 (en) | 2017-11-16 |
EP3329007A1 (en) | 2018-06-06 |
CN114634976A (zh) | 2022-06-17 |
HK1249148A1 (zh) | 2018-10-26 |
CA2984702A1 (en) | 2017-02-02 |
AU2016298541B2 (en) | 2019-10-31 |
RU2017137776A3 (ja) | 2019-08-29 |
IL255445B (en) | 2022-07-01 |
WO2017019278A1 (en) | 2017-02-02 |
KR102189965B1 (ko) | 2020-12-11 |
JP2018518947A (ja) | 2018-07-19 |
DK3329007T3 (da) | 2021-04-26 |
RU2017137776A (ru) | 2019-08-29 |
US20220033898A1 (en) | 2022-02-03 |
ES2864677T3 (es) | 2021-10-14 |
KR20180014054A (ko) | 2018-02-07 |
CN107771223B (zh) | 2022-03-22 |
IL255445A0 (en) | 2017-12-31 |
RU2742955C2 (ru) | 2021-02-12 |
BR112017023418A2 (pt) | 2018-07-24 |
US20180312917A1 (en) | 2018-11-01 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP6712606B2 (ja) | ヌクレオチドのオルトゴナルな脱ブロッキング | |
US9982294B2 (en) | Sequencing by orthogonal synthesis | |
US9909121B2 (en) | Expanded radix for polymeric tags | |
CN107257862B (zh) | 从多个引物测序以增加数据速率和密度 | |
JP2021518165A (ja) | 単一分子シーケンシングの方法 | |
US10711300B2 (en) | Methods and compositions for delivery of molecules and complexes to reaction sites | |
JP7332235B2 (ja) | ポリヌクレオチドを配列決定する方法 | |
US20220195516A1 (en) | Methods, systems and compositions for nucleic acid sequencing | |
BR112017023418B1 (pt) | Desbloqueio ortogonal de nucleotídeos | |
WO2022204685A1 (en) | Methods for sequencing nucleic acid molecules with sequential barcodes |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20171222 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20181127 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20190226 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20190326 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20190827 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20191108 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20200519 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20200601 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 6712606 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |