JP6664381B2 - 核酸アッセイにおける改善された融解識別と多重化のためのプローブ - Google Patents
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Description
本出願は、2014年8月11日に出願された米国仮特許出願第62/035,783号の恩典を主張するものであり、その全体が参照により本明細書に組み入れられる。
2015年8月11日に作成された、8KB(Microsoft Windows(登録商標)で測定)である、「LUMNP0129WO_ST25.txt」と名付けられたファイルに含まれる配列表は、電子申請により本明細書と共に提出され、参照により本明細書に組み入れられる。
本発明は、一般に、分子生物学の分野に関する。より具体的には、核酸の検出に関する。
ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)は、生体を使用せずにDNAを酵素的に複製するための分子生物学的技術である。PCRは、遺伝病の検出、遺伝子フィンガープリントの同定、感染症の診断、遺伝子のクローニング、実父確定検査、DNAコンピューティングなど、さまざまなタスクのために医学および生物学の研究室でよく使用されている。PCRは、その比類なき増幅と精度の能力のため、分子生物学者によって核酸検出のための最適な方法として受け入れられている。DNAの検出は、典型的には、PCR反応のエンドポイントまたはプラトー相(plateau phase)で実施され、これは出発テンプレートの定量を困難にする。リアルタイムPCRまたはキネティックPCRは、反応が進行するにつれてアンプリコン濃度を記録することにより、エンドポイントPCR解析の能力を向上させる。アンプリコン濃度は、ほとんどの場合、増幅された標的に関連する蛍光シグナルの変化を介して記録される。リアルタイムPCRはまた、閉鎖系で実施することができるため汚染が限定的であるという点で、エンドポイント検出と比べて有利である。その他の利点としては、より良好な感度、ダイナミックレンジ、速度、および必要なプロセスの減少が挙げられる。
標的核酸の存在を検出するための方法であって、以下の段階:
(a)サンプルを第1の切断可能なプローブと接触させる段階であって、該プローブが、5'から3'の方向に、(i)レポーター-クエンチャー対の第1のメンバーで標識された少なくとも1個の非天然ヌクレオチドを含む第1の配列領域;(ii)第2の配列領域;(iii)第2の配列領域の逆相補体である配列;および(iv)標的核酸の第1鎖上の第1領域に相補的な1個以上のリボヌクレオチド塩基を含む配列、を含む、段階;
(b)該切断可能なプローブをエンドリボヌクレアーゼと接触させ、それによって標的核酸とハイブリダイズしているプローブを切断して、トランケートされた切断可能プローブを形成させる段階;
(c)トランケートされた切断可能プローブをそれ自体にハイブリダイズさせて、ヘアピンプローブを形成させる段階;
(d)第1の配列領域の少なくとも1個の非天然ヌクレオチドと塩基対合することができるレポーター-クエンチャー対の第2のメンバーで標識された非天然ヌクレオチドの存在下で、該ヘアピンプローブを伸長させる段階;ならびに
(e)切断可能プローブおよびヘアピンプローブ上の標識からのシグナルの変化を検出することによって標的核酸を検出する段階;
を含んでなる方法。
[本発明1002]
第2の配列領域(ii)の逆相補体である配列の一部は、標的核酸の第1鎖上の第1領域に対して相補的である、本発明1001の方法。
[本発明1003]
エンドリボヌクレアーゼがRNase Hである、本発明1001の方法。
[本発明1004]
RNase HがRNase HIIである、本発明1003の方法。
[本発明1005]
エンドリボヌクレアーゼが熱安定性RNase HII酵素である、本発明1001の方法。
[本発明1006]
エンドリボヌクレアーゼが好熱性ホットスタートRNase HII酵素である、本発明1001の方法。
[本発明1007]
切断可能なプローブが、第2の配列領域と、第2の配列領域の逆相補体である配列との間に、(v)1個以上のヌクレオチドのループ配列をさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1008]
ループ配列が4〜20、6〜15または10〜15ヌクレオチドの長さである、本発明1007の方法。
[本発明1009]
ループ配列が、少なくとも3〜5個連続したAヌクレオチドを含む、本発明1008の方法。
[本発明1010]
切断可能なプローブが、リボヌクレオチド塩基の3'側に位置する伸長ブロッキング修飾を含む、本発明1001の方法。
[本発明1011]
切断可能なプローブが、ループ配列中に伸長ブロッキング修飾を含む、本発明1007の方法。
[本発明1012]
第2の配列領域が6〜20ヌクレオチドの長さである、本発明1001の方法。
[本発明1013]
第1の配列領域が4〜20ヌクレオチドの長さである、本発明1001の方法。
[本発明1014]
標的核酸の第1鎖上の第1領域に相補的な配列が10〜50ヌクレオチドの長さである、本発明1001の方法。
[本発明1015]
切断可能なプローブの1個以上のリボヌクレオチド塩基が、第2の配列領域の逆相補体である配列のちょうど3'側に位置する、本発明1001の方法。
[本発明1016]
切断可能なプローブの1個以上のリボヌクレオチド塩基が、標的核酸の第1鎖上の第1領域に相補的な配列の3'末端から少なくとも4塩基に位置する、本発明1001の方法。
[本発明1017]
切断可能なプローブが、標的核酸配列の第1鎖上の第1領域に相補的な1〜5個のリボヌクレオチド塩基を含む配列を含む、本発明1001の方法。
[本発明1018]
切断可能なプローブが、標的核酸配列の第1鎖上の第1領域に相補的な3〜5個のリボヌクレオチド塩基を含む配列を含む、本発明1017の方法。
[本発明1019]
レポーター-クエンチャー対の第1のメンバーで標識された少なくとも1個の非天然ヌクレオチドが、切断可能なプローブの5'末端に位置する、本発明1001の方法。
[本発明1020]
切断可能なプローブが3'末端に伸長ブロッキング修飾を含む、本発明1001の方法。
[本発明1021]
切断可能なプローブの第2の配列領域が、少なくとも50%のG/C含量を含む、本発明1001の方法。
[本発明1022]
切断可能なプローブの第2の配列領域が6〜15ヌクレオチドの長さである、本発明1001の方法。
[本発明1023]
切断可能なプローブの第2の配列領域が1個以上の非天然塩基を含む、本発明1001の方法。
[本発明1024]
エンドリボヌクレアーゼ切断の後、トランケートされた切断可能プローブおよび標的核酸は、標的核酸への切断可能プローブのアニーリング温度より低い融解点を有する、本発明1001の方法。
[本発明1025]
エンドリボヌクレアーゼ切断の後、トランケートされた切断可能プローブおよび標的核酸は、55℃未満の融解点を有する、本発明1001の方法。
[本発明1026]
レポーター-クエンチャー対の第1のメンバーがレポーターである、本発明1001の方法。
[本発明1027]
レポーターがフルオロフォアである、本発明1026の方法。
[本発明1028]
シグナルの変化が蛍光シグナルの減少である、本発明1027の方法。
[本発明1029]
標識からのシグナルの変化を検出することが、サンプルの温度を変化させたときの、レポーターからのシグナルの変化を検出することを含む、本発明1001の方法。
[本発明1030]
レポーターからのシグナルの変化を検出することが、サンプルの温度をヘアピンプローブの融解点より高く上げたときの、レポーターからのシグナルの変化を検出することを含む、本発明1029の方法。
[本発明1031]
切断可能なプローブが固相支持体に結合されている、本発明1001の方法。
[本発明1032]
少なくとも1個の非天然ヌクレオチドまたはクエンチャー標識された非天然ヌクレオチドがisoGであり、他方がisoCである、本発明1001の方法。
[本発明1033]
さらに、以下の段階:
(a)該サンプルを第2の切断可能なプローブと接触させる段階であって、該プローブが、5'から3'の方向に、(i)レポーター-クエンチャー対の第1のメンバーで標識された少なくとも1個の非天然ヌクレオチドを含む第1の配列領域;(ii)第2の配列領域;(iii)第2の配列領域の逆相補体である配列;および(iv)第2の標的核酸の第1鎖上の第1領域に相補的な1個以上のリボヌクレオチド塩基を含む配列、を含む、段階;
(b)該切断可能なプローブをエンドリボヌクレアーゼと接触させ、それによって標的核酸とハイブリダイズしているプローブを切断して、トランケートされた切断可能プローブを形成させる段階;
(c)トランケートされた切断可能プローブをそれ自体にハイブリダイズさせて、ヘアピンプローブを形成させる段階;
(d)第1の配列領域の少なくとも1個の非天然ヌクレオチドと塩基対合することができるレポーター-クエンチャー対の第2のメンバーで標識された非天然ヌクレオチドの存在下で、該ヘアピンプローブを伸長させる段階;ならびに
(e)切断可能なプローブおよびヘアピンプローブ上の標識からのシグナルの変化を検出することによって、第2の標的核酸を検出する段階;
を含んでなる、本発明1001の方法。
[本発明1034]
さらに、以下の段階:
(a)前記サンプルを第3、第4、第5または第6の切断可能なプローブと接触させる段階であって、該プローブが、5'から3'の方向に、(i)レポーター-クエンチャー対の第1のメンバーで標識された少なくとも1個の非天然ヌクレオチドを含む第1の配列領域;(ii)第2の配列領域;(iii)第2の配列領域の逆相補体である配列;および(iv)第3、第4、第5または第6の標的核酸の第1鎖上の第1領域に相補的な1個以上のリボヌクレオチド塩基を含む配列、を含む、段階;
(b)該切断可能なプローブをエンドリボヌクレアーゼと接触させ、それによって標的核酸とハイブリダイズしているプローブを切断して、トランケートされた切断可能プローブを形成させる段階;
(c)トランケートされた切断可能プローブをそれ自体にハイブリダイズさせて、ヘアピンプローブを形成させる段階;
(d)第1の配列領域の少なくとも1個の非天然ヌクレオチドと塩基対合することができるレポーター-クエンチャー対の第2のメンバーで標識された非天然ヌクレオチドの存在下で、該ヘアピンプローブを伸長させる段階;ならびに
(e)切断可能なプローブおよびヘアピンプローブ上の標識からのシグナルの変化を検出することによって、第3、第4、第5または第6の標的核酸を検出する段階;
を含んでなる、本発明1033の方法。
[本発明1035]
第1および第2の標的核酸の存在を検出することが、本質的に同時に実施される、本発明1033の方法。
[本発明1036]
第1および第2の標的核酸の存在を検出することが、連続して実施される、本発明1033の方法。
[本発明1037]
第1および第2のプローブが、識別可能なレポーターを含む、本発明1033の方法。
[本発明1038]
第1および第2のプローブが、同じレポーターを含む、本発明1033の方法。
[本発明1039]
第1および第2のプローブによって形成されたヘアピンプローブが、識別可能な融解点を有する、本発明1038の方法。
[本発明1040]
第1、第2、第3、第4、第5および第6のプローブによって形成されたヘアピンプローブがそれぞれ、識別可能な標識または識別可能な融解点を有する、本発明1034の方法。
[本発明1041]
第1、第2、第3、第4、第5および第6の切断可能プローブがそれぞれ、同じ第1の配列領域、第2の配列領域および/または第2の配列領域と第2の配列領域の逆相補体である配列との間の同じループ配列を含む、本発明1034の方法。
[本発明1042]
等温増幅を用いて標的核酸を増幅することをさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1043]
シグナルを等温的に増幅するために切断可能なプローブを使用することをさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1044]
複数のポリメラーゼ連鎖反応サイクルを実施することをさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1045]
標識からのシグナルの変化を検出することが、複数のポリメラーゼ連鎖反応サイクルを実施する前と実施した後に、該シグナルを検出することを含む、本発明1044の方法。
[本発明1046]
標識からのシグナルの変化を検出することが、複数のポリメラーゼ連鎖反応サイクルを実施した後にのみ、該シグナルを検出することを含む、本発明1044の方法。
[本発明1047]
検出された標識からのシグナルを、ハイブリダイズしていないプローブ上の標識からの参照シグナルに対する該標識のシグナルの所定比率と比較することをさらに含む、本発明1046の方法。
[本発明1048]
サンプル中の標的核酸の量を定量化することをさらに含む、本発明1044の方法。
[本発明1049]
サンプル中の標的核酸の量を定量化することが、標準曲線を使用すること;核酸標的の相対量を決定すること;エンドポイント定量を使用すること;またはシグナルがバックグラウンドに対して検出可能であるPCRサイクル数を、存在する標的の量に関連付けることによって、核酸標的の量を決定すること;を含む、本発明1048の方法。
[本発明1050]
第1の切断可能なプローブを含む組成物であって、該プローブが、5'から3'の方向に、(i)レポーター-クエンチャー対の第1のメンバーで標識された少なくとも1個の非天然ヌクレオチドを含む第1の配列領域;(ii)第2の配列領域;(iii)第2の配列領域の逆相補体である配列;および(iv)標的核酸の第1鎖上の第1領域に相補的な1個以上のリボヌクレオチド塩基を含む配列、を含む、組成物。
[本発明1051]
第2の切断可能なプローブをさらに含み、該プローブが、5'から3'の方向に、(i)レポーター-クエンチャー対の第1のメンバーで標識された少なくとも1個の非天然ヌクレオチドを含む第1の配列領域;(ii)第2の配列領域;(iii)第2の配列領域の逆相補体である配列;および(iv)第2の標的核酸の第1鎖上の第1領域に相補的な1個以上のリボヌクレオチド塩基を含む配列、を含む、本発明1050の組成物。
[本発明1052]
第1および第2のプローブが、識別可能なレポーターを含むか、または識別可能な融解点を有するヘアピンプローブを形成する、本発明1051の組成物。
[本発明1053]
少なくとも4つのプローブを含む、本発明1051の組成物。
[本発明1054]
レポーター標識されたまたはクエンチャー標識された非天然ヌクレオチドをさらに含む、本発明1050の組成物。
[本発明1055]
ポリメラーゼ、エンドリボヌクレアーゼ酵素、参照プローブまたは遊離ヌクレオチドをさらに含む、本発明1050の組成物。
[本発明1056]
(a)第1の切断可能なプローブであって、5'から3'の方向に、(i)レポーター-クエンチャー対の第1のメンバーで標識された少なくとも1個の非天然ヌクレオチドを含む第1の配列領域;(ii)第2の配列領域;(iii)第2の配列領域の逆相補体である配列;および(iv)標的核酸の第1鎖上の第1領域に相補的な1個以上のリボヌクレオチド塩基を含む配列;を含むプローブ;ならびに
(b)レポーター標識された非天然ヌクレオチド;クエンチャー標識された非天然ヌクレオチド;またはエンドリボヌクレアーゼ酵素;
を含んでなるキット。
[本発明1057]
少なくとも4つのプローブを含む、本発明1056のキット。
[本発明1058]
前記プローブが、識別可能なレポーターを含み、かつ/または識別可能な融解点を有するヘアピンプローブを形成する、本発明1057のキット。
[本発明1059]
ポリメラーゼ、参照プローブ、遊離ヌクレオチド、参照サンプルまたはキットの使用説明書をさらに含む、本発明1056のキット。
[本発明1060]
標的核酸の存在を検出するための方法であって、以下の段階:
(a)サンプルを第1のセットのプローブと接触させる段階であって、該プローブのセットが切断可能なプローブと捕捉プローブとを含み、該切断可能なプローブが、5'から3'の方向に、(i)レポーター-クエンチャー対の第1のメンバーで標識された少なくとも1個の非天然ヌクレオチドを含む配列領域;(ii)捕捉配列;および(iii)標的核酸の第1鎖上の第1領域に相補的な1個以上のリボヌクレオチド塩基を含む配列;を含み、該捕捉プローブが、5'から3'の方向に、(i)切断可能なプローブからの該配列領域と同一である配列領域であって、かつ切断可能なプローブからの少なくとも1個の非天然ヌクレオチドと同一である少なくとも1個の未標識の非天然ヌクレオチドを含む、配列領域;および(ii)切断可能なプローブの捕捉配列に相補的な配列;を含む、段階;
(b)該切断可能なプローブをエンドリボヌクレアーゼと接触させ、それによって標的核酸とハイブリダイズしているプローブを切断して、トランケートされた切断可能プローブを形成させる段階;
(c)トランケートされた切断可能プローブを捕捉プローブとハイブリダイズさせる段階;
(d)捕捉プローブ中の少なくとも1個の未標識の非天然ヌクレオチドと塩基対合することができる、レポーター-クエンチャー対の第2のメンバーで標識された非天然ヌクレオチドの存在下で、トランケートされた切断可能プローブを伸長させて、伸長された切断可能プローブを形成させる段階;
(e)伸長された切断可能プローブをそれ自体にハイブリダイズさせて、ヘアピンプローブを形成させる段階;ならびに
(f)切断可能プローブおよびヘアピンプローブ上の標識からのシグナルの変化を検出することによって、標的核酸を検出する段階;
を含んでなる方法。
[本発明1061]
切断可能なプローブが、標的核酸配列の第1鎖上の第1領域に相補的な1〜5個のリボヌクレオチド塩基を含む配列を含む、本発明1060の方法。
[本発明1062]
エンドリボヌクレアーゼがRNase Hである、本発明1060の方法。
[本発明1063]
RNase HがRNase HIIである、本発明1062の方法。
[本発明1064]
エンドリボヌクレアーゼが熱安定性RNase HII酵素である、本発明1060の方法。
[本発明1065]
エンドリボヌクレアーゼが好熱性ホットスタートRNase HII酵素である、本発明1060の方法。
[本発明1066]
切断可能なプローブが、標的核酸配列の第1鎖上の第1領域に相補的な3〜5個のリボヌクレオチド塩基を含む配列を含む、本発明1061の方法。
[本発明1067]
切断可能なプローブ上の捕捉配列が1個以上の非天然塩基を含む、本発明1060の方法。
[本発明1068]
エンドリボヌクレアーゼ切断の前に、切断可能なプローブおよび捕捉プローブが55℃未満の融解点を有する、本発明1060の方法。
[本発明1069]
切断可能なプローブが、3'末端に伸長ブロッキング修飾を含む、本発明1060の方法。
[本発明1070]
切断可能なプローブが、リボヌクレオチド塩基の3'側に位置する伸長ブロッキング修飾を含む、本発明1060の方法。
[本発明1071]
レポーター-クエンチャー対の第1のメンバーがレポーターである、本発明1060の方法。
[本発明1072]
レポーターがフルオロフォアである、本発明1071の方法。
[本発明1073]
シグナルの変化が蛍光シグナルの減少である、本発明1072の方法。
[本発明1074]
標識からのシグナルの変化を検出することが、サンプルの温度を変化させたときの、レポーターからのシグナルの変化を検出することを含む、本発明1060の方法。
[本発明1075]
レポーターからのシグナルの変化を検出することが、サンプルの温度をヘアピンプローブの融解点より高く上げたときの、レポーターからのシグナルの変化を検出することを含む、本発明1074の方法。
[本発明1076]
捕捉プローブが固相支持体に結合されている、本発明1060の方法。
[本発明1077]
少なくとも1個の非天然ヌクレオチドまたはクエンチャー標識された非天然ヌクレオチドがisoGであり、他方がisoCである、本発明1060の方法。
[本発明1078]
さらに、以下の段階:
(a)該サンプルを第2のセットのプローブと接触させる段階であって、該プローブのセットが切断可能なプローブと捕捉プローブとを含み、該切断可能なプローブが、5'から3'の方向に、(i)レポーター-クエンチャー対の第1のメンバーで標識された少なくとも1個の非天然ヌクレオチドを含む配列領域;(ii)捕捉配列;および(iii)第2の標的核酸の第1鎖上の第1領域に相補的な1個以上のリボヌクレオチド塩基を含む配列;を含み、該捕捉プローブが、5'から3'の方向に、(i)切断可能なプローブからの該配列領域と同一であり、かつ切断可能なプローブからの少なくとも1個の非天然ヌクレオチドと同一である少なくとも1個の未標識の非天然ヌクレオチドを含む、配列領域;および(ii)切断可能なプローブの捕捉配列に相補的な配列;を含む、段階;
(b)該切断可能なプローブをエンドリボヌクレアーゼと接触させ、それによって第2の標的核酸とハイブリダイズしているプローブを切断して、トランケートされた切断可能プローブを形成させる段階;
(c)トランケートされた切断可能プローブを捕捉プローブとハイブリダイズさせる段階;
(d)捕捉プローブ中の少なくとも1個の未標識の非天然ヌクレオチドと塩基対合することができる、クエンチャー標識された非天然ヌクレオチドの存在下で、トランケートされた切断可能プローブを伸長させて、伸長された切断可能プローブを形成させる段階;
(e)伸長された切断可能プローブをそれ自体にハイブリダイズさせて、ヘアピンプローブを形成させる段階;ならびに
(f)切断可能プローブおよびヘアピンプローブ上の標識からのシグナルの変化を検出することによって、第2の標的核酸を検出する段階;
を含んでなる、本発明1060の方法。
[本発明1079]
さらに、以下の段階:
(a)サンプルを第3、第4、第5または第6のセットのプローブと接触させる段階であって、該プローブのセットが切断可能なプローブと捕捉プローブとを含み、該切断可能なプローブが、5'から3'の方向に、(i)レポーター-クエンチャー対の第1のメンバーで標識された少なくとも1個の非天然ヌクレオチドを含む配列領域;(ii)捕捉配列;および(iii)第3、第4、第5または第6の標的核酸の第1鎖上の第1領域に相補的な1個以上のリボヌクレオチド塩基を含む配列;を含み、該捕捉プローブが、5'から3'の方向に、(i)切断可能なプローブからの該配列領域と同一であり、かつ切断可能なプローブからの少なくとも1個の非天然ヌクレオチドと同一である少なくとも1個の未標識の非天然ヌクレオチドを含む、配列領域;および(ii)切断可能なプローブの捕捉配列に相補的な配列;を含む、段階;
(b)該切断可能なプローブをエンドリボヌクレアーゼと接触させ、それによって第3、第4、第5または第6の標的核酸とハイブリダイズしているプローブを切断して、トランケートされた切断可能プローブを形成させる段階;
(c)トランケートされた切断可能プローブを捕捉プローブとハイブリダイズさせる段階;
(d)捕捉プローブ中の少なくとも1個の未標識の非天然ヌクレオチドと塩基対合することができる、クエンチャー標識された非天然ヌクレオチドの存在下で、トランケートされた切断可能プローブを伸長させて、伸長された切断可能プローブを形成させる段階;
(e)伸長された切断可能プローブをそれ自体にハイブリダイズさせて、ヘアピンプローブを形成させる段階;ならびに
(f)切断可能プローブおよびヘアピンプローブ上の標識からのシグナルの変化を検出することによって、第3、第4、第5または第6の標的核酸を検出する段階;
を含んでなる、本発明1078の方法。
[本発明1080]
第1および第2の標的核酸の存在を検出することが、本質的に同時に実施される、本発明1078の方法。
[本発明1081]
第1および第2の標的核酸の存在を検出することが、連続して実施される、本発明1078の方法。
[本発明1082]
第1および第2のセットのプローブが識別可能なレポーターを含む、本発明1078の方法。
[本発明1083]
第1および第2のセットのプローブが同じレポーターを含む、本発明1078の方法。
[本発明1084]
第1および第2のセットのプローブによって形成されたヘアピンプローブが識別可能な融解点を有する、本発明1083の方法。
[本発明1085]
第1、第2、第3、第4、第5および第6のセットのプローブによって形成されたヘアピンプローブが、それぞれ、識別可能なレポーターまたは識別可能な融解点を有する、本発明1079の方法。
[本発明1086]
等温増幅を用いて標的核酸を増幅することをさらに含む、本発明1060の方法。
[本発明1087]
複数のポリメラーゼ連鎖反応サイクルを実施することをさらに含む、本発明1060の方法。
[本発明1088]
標識からのシグナルの変化を検出することが、複数のポリメラーゼ連鎖反応サイクルを実施する前と実施した後に、該シグナルを検出することを含む、本発明1087の方法。
[本発明1089]
標識からのシグナルの変化を検出することが、複数のポリメラーゼ連鎖反応サイクルを実施した後にのみ、該シグナルを検出することを含む、本発明1087の方法。
[本発明1090]
検出された標識からのシグナルを、ハイブリダイズしていないプローブ上の標識からの参照シグナルに対する該標識のシグナルの所定比率と比較することをさらに含む、本発明1089の方法。
[本発明1091]
サンプル中の標的核酸の量を定量化することをさらに含む、本発明1087の方法。
[本発明1092]
サンプル中の標的核酸の量を定量化することが、標準曲線を使用すること;核酸標的の相対量を決定すること;エンドポイント定量を使用すること;またはシグナルがバックグラウンドに対して検出可能であるPCRサイクル数を、存在する標的の量に関連付けることによって、核酸標的の量を決定すること;を含む、本発明1091の方法。
[本発明1093]
第1のセットのプローブを含む組成物であって、該プローブのセットが切断可能なプローブと捕捉プローブとを含み、該切断可能なプローブが、5'から3'の方向に、(i)レポーター-クエンチャー対の第1のメンバーで標識された少なくとも1個の非天然ヌクレオチドを含む配列領域;(ii)捕捉配列;および(iii)標的核酸の第1鎖上の第1領域に相補的な1個以上のリボヌクレオチド塩基を含む配列;を含み、該捕捉プローブが、5'から3'の方向に、(i)切断可能なプローブからの該配列領域と同一である配列領域であって、かつ切断可能なプローブからの少なくとも1個の非天然ヌクレオチドと同一である少なくとも1個の未標識の非天然ヌクレオチドを含む、配列領域;および(ii)切断可能なプローブの捕捉配列に相補的な配列;を含む、組成物。
[本発明1094]
第2のセットのプローブをさらに含み、該プローブのセットが切断可能なプローブと捕捉プローブとを含み、該切断可能なプローブが、5'から3'の方向に、(i)レポーター-クエンチャー対の第1のメンバーで標識された少なくとも1個の非天然ヌクレオチドを含む配列領域;(ii)捕捉配列;および(iii)第2の標的核酸の第1鎖上の第1領域に相補的な1個以上のリボヌクレオチド塩基を含む配列;を含み、該捕捉プローブが、5'から3'の方向に、(i)切断可能なプローブからの該配列領域と同一である配列領域であって、かつ切断可能なプローブからの少なくとも1個の非天然ヌクレオチドと同一である少なくとも1個の未標識の非天然ヌクレオチドを含む、配列領域;および(ii)切断可能なプローブの捕捉配列に相補的な配列;を含む、本発明1093の組成物。
[本発明1095]
第1および第2のセットのプローブが、識別可能なレポーターを含むか、または識別可能な融解点を有するヘアピンプローブを形成する、本発明1094の組成物。
[本発明1096]
少なくとも4セットのプローブを含む、本発明1094の組成物。
[本発明1097]
レポーター標識されたまたはクエンチャー標識された非天然ヌクレオチドをさらに含む、本発明1093の組成物。
[本発明1098]
ポリメラーゼ、参照プローブまたは遊離ヌクレオチドをさらに含む、本発明1093の組成物。
[本発明1099]
(a)第1のセットのプローブであって、該プローブのセットが切断可能なプローブと捕捉プローブとを含み、該切断可能なプローブが、5'から3'の方向に、(i)レポーター-クエンチャー対の第1のメンバーで標識された少なくとも1個の非天然ヌクレオチドを含む配列領域;および(iii)標的核酸の第1鎖上の第1領域に相補的な1個以上のリボヌクレオチド塩基を含む配列;を含み、該捕捉プローブが、5'から3'の方向に、(i)切断可能なプローブからの該配列領域と同一である配列領域であって、かつ切断可能なプローブからの少なくとも1個の非天然ヌクレオチドと同一である少なくとも1個の未標識の非天然ヌクレオチドを含む、配列領域;および(ii)切断可能なプローブの捕捉配列に相補的な配列;を含む、第1のセットのプローブ;ならびに
(b)レポーター標識された非天然ヌクレオチド;クエンチャー標識された非天然ヌクレオチド;またはエンドリボヌクレアーゼ酵素;
を含んでなるキット。
[本発明1100]
少なくとも4セットのプローブを含む、本発明1099のキット。
[本発明1101]
前記セットのプローブが、識別可能なレポーターを含み、かつ/または識別可能な融解点を有するヘアピンプローブを形成する、本発明1100のキット。
[本発明1102]
ポリメラーゼ、参照プローブ、遊離ヌクレオチド、参照サンプルまたはキットの使用説明書をさらに含む、本発明1099のキット。
[本発明1103]
標的核酸の存在を検出するための方法であって、以下の段階:
(a)サンプルを第1のセットのプローブと接触させる段階であって、該プローブのセットが切断可能なプローブと捕捉プローブとを含み、該切断可能なプローブが、5'から3'の方向に、(i)レポーター-クエンチャー対の第1のメンバーで標識された少なくとも1個の非天然ヌクレオチドを含む配列領域;(ii)捕捉配列;および(iii)標的核酸の第1鎖上の第1領域に相補的な1個以上のリボヌクレオチド塩基を含む配列;を含み、該捕捉プローブが、5'から3'の方向に、(i)切断可能なプローブからの該配列領域の一部と同一の配列領域;および(ii)切断可能なプローブの捕捉配列に相補的な配列;を含む、段階;
(b)該切断可能なプローブをエンドリボヌクレアーゼと接触させ、それによって標的核酸とハイブリダイズしている切断可能プローブを切断して、トランケートされた切断可能プローブを形成させる段階;
(c)トランケートされた切断可能プローブを捕捉プローブとハイブリダイズさせる段階;
(d)トランケートされた切断可能プローブを伸長させて、伸長されたプローブを形成させる段階;
(e)伸長された切断可能プローブをそれ自体にハイブリダイズさせて、ヘアピンプローブを形成させる段階;
(f)切断可能なプローブの5'側で少なくとも1個の標識された非天然ヌクレオチドと塩基対合することができる、レポーター-クエンチャー対の第2のメンバーで標識された非天然ヌクレオチドの存在下で、該ヘアピンプローブをさらに伸長させる段階;ならびに
(g)切断可能プローブおよびヘアピンプローブ上の標識からのシグナルの変化を検出することによって標的核酸を検出する段階;
を含んでなる方法。
[本発明1104]
切断可能なプローブが、標的核酸配列の第1鎖上の第1領域に相補的な1〜5個のリボヌクレオチド塩基を含む配列を含む、本発明1103の方法。
[本発明1105]
エンドリボヌクレアーゼがRNase Hである、本発明1103の方法。
[本発明1106]
RNase HがRNase HIIである、本発明1105の方法。
[本発明1107]
エンドリボヌクレアーゼが熱安定性RNase HII酵素である、本発明1103の方法。
[本発明1108]
エンドリボヌクレアーゼが好熱性ホットスタートRNase HII酵素である、本発明1103の方法。
[本発明1109]
切断可能なプローブが、標的核酸配列の第1鎖上の第1領域に相補的な3〜5個のリボヌクレオチド塩基を含む配列を含む、本発明1104の方法。
[本発明1110]
切断可能なプローブ上の捕捉配列が1個以上の非天然塩基を含む、本発明1103の方法。
[本発明1111]
エンドリボヌクレアーゼ切断の前に、切断可能なプローブと捕捉プローブが55℃未満の融解点を有する、本発明1103の方法。
[本発明1112]
切断可能なプローブが、その3'末端に伸長ブロッキング修飾を含む、本発明1103の方法。
[本発明1113]
切断可能なプローブが、リボヌクレオチド塩基の3'側に位置する伸長ブロッキング修飾を含む、本発明1103の方法。
[本発明1114]
レポーター-クエンチャー対の第1のメンバーがレポーターである、本発明1103の方法。
[本発明1115]
レポーターがフルオロフォアである、本発明1114の方法。
[本発明1116]
シグナルの変化が蛍光シグナルの減少である、本発明1115の方法。
[本発明1117]
標識からのシグナルの変化を検出することが、サンプルの温度を変化させたときの、レポーターからのシグナルの変化を検出することを含む、本発明1103の方法。
[本発明1118]
レポーターからのシグナルの変化を検出することが、サンプルの温度をヘアピンプローブの融解点より高く上げたときの、レポーターからのシグナルの変化を検出することを含む、本発明1117の方法。
[本発明1119]
捕捉プローブが固相支持体に結合されている、本発明1103の方法。
[本発明1120]
少なくとも1個の非天然ヌクレオチドまたはクエンチャー標識された非天然ヌクレオチドがisoGであり、他方がisoCである、本発明1103の方法。
[本発明1121]
さらに、以下の段階:
(a)前記サンプルを第2のセットのプローブと接触させる段階であって、該プローブのセットが切断可能なプローブと捕捉プローブとを含み、該切断可能なプローブが、5'から3'の方向に、(i)レポーター-クエンチャー対の第1のメンバーで標識された少なくとも1個の非天然ヌクレオチドを含む配列領域;(ii)捕捉配列;および(iii)第2の標的核酸の第1鎖上の第1領域に相補的な1個以上のリボヌクレオチド塩基を含む配列;を含み、該捕捉プローブが、5'から3'の方向に、(i)切断可能なプローブからの該配列領域の一部と同一の配列領域;および(ii)切断可能なプローブの捕捉配列に相補的な配列;を含む、段階;
(b)該切断可能なプローブをエンドリボヌクレアーゼと接触させ、それによって標的核酸とハイブリダイズしている切断可能プローブを切断して、トランケートされた切断可能プローブを形成させる段階;
(c)トランケートされた切断可能プローブを捕捉プローブとハイブリダイズさせる段階;
(d)トランケートされた切断可能プローブを伸長させて、伸長されたプローブを形成させる段階;
(e)伸長された切断可能プローブをそれ自体にハイブリダイズさせて、ヘアピンプローブを形成させる段階;
(f)切断可能なプローブの5'側で少なくとも1個の標識された非天然ヌクレオチドと塩基対合することができる、レポーター-クエンチャー対の第2のメンバーで標識された非天然ヌクレオチドの存在下で、該ヘアピンプローブをさらに伸長させる段階;ならびに
(g)切断可能プローブおよびヘアピンプローブ上の標識からのシグナルの変化を検出することによって第2の標的核酸を検出する段階;
を含んでなる、本発明1103の方法。
[本発明1122]
さらに、以下の段階:
(a)前記サンプルを第3、第4、第5または第6のセットのプローブと接触させる段階であって、該プローブのセットが切断可能なプローブと捕捉プローブとを含み、該切断可能なプローブが、5'から3'の方向に、(i)レポーター-クエンチャー対の第1のメンバーで標識された少なくとも1個の非天然ヌクレオチドを含む配列領域;(ii)捕捉配列;および(iii)第3、第4、第5または第6の標的核酸の第1鎖上の第1領域に相補的な1個以上のリボヌクレオチド塩基を含む配列;を含み、該捕捉プローブが、5'から3'の方向に、(i)切断可能なプローブからの該配列領域の一部と同一の配列領域;および(ii)切断可能なプローブの捕捉配列に相補的な配列;を含む、段階;
(b)該切断可能なプローブをエンドリボヌクレアーゼと接触させ、それによって標的核酸とハイブリダイズしている切断可能プローブを切断して、トランケートされた切断可能プローブを形成させる段階;
(c)トランケートされた切断可能プローブを捕捉プローブとハイブリダイズさせる段階;
(d)トランケートされた切断可能プローブを伸長させて、伸長されたプローブを形成させる段階;
(e)伸長された切断可能プローブをそれ自体にハイブリダイズさせて、ヘアピンプローブを形成させる段階;
(f)切断可能なプローブの5'側で少なくとも1個の標識された非天然ヌクレオチドと塩基対合することができる、レポーター-クエンチャー対の第2のメンバーで標識された非天然ヌクレオチドの存在下で、該ヘアピンプローブをさらに伸長させる段階;ならびに
(g)切断可能プローブおよびヘアピンプローブ上の標識からのシグナルの変化を検出することによって、第3、第4、第5または第6の標的核酸を検出する段階;
を含んでなる、本発明1121の方法。
[本発明1123]
第1および第2の標的核酸の存在を検出することが、本質的に同時に実施される、本発明1121の方法。
[本発明1124]
第1および第2の標的核酸の存在を検出することが、連続して実施される、本発明1121の方法。
[本発明1125]
第1および第2のセットのプローブが識別可能なレポーターを含む、本発明1121の方法。
[本発明1126]
第1および第2のセットのプローブが同じレポーターを含む、本発明1121の方法。
[本発明1127]
第1および第2のセットのプローブによって形成されたヘアピンプローブが、識別可能な融解点を有する、本発明1126の方法。
[本発明1128]
第1、第2、第3、第4、第5および第6のセットのプローブによって形成されたヘアピンプローブがそれぞれ、識別可能なレポーターおよび/または識別可能な融解点を有する、本発明1122の方法。
[本発明1129]
等温増幅を用いて標的核酸を増幅することをさらに含む、本発明1103の方法。
[本発明1130]
複数のポリメラーゼ連鎖反応サイクルを実施することをさらに含む、本発明1103の方法。
[本発明1131]
標識からのシグナルの変化を検出することが、複数のポリメラーゼ連鎖反応サイクルを実施する前と実施した後に、該シグナルを検出することを含む、本発明1130の方法。
[本発明1132]
標識からのシグナルの変化を検出することが、複数のポリメラーゼ連鎖反応サイクルを実施した後にのみ、該シグナルを検出することを含む、本発明1130の方法。
[本発明1133]
検出された標識からのシグナルを、ハイブリダイズしていないプローブ上の標識からの参照シグナルに対する該標識のシグナルの所定比率と比較することをさらに含む、本発明1132の方法。
[本発明1134]
サンプル中の標的核酸の量を定量化することをさらに含む、本発明1130の方法。
[本発明1135]
サンプル中の標的核酸の量を定量化することが、標準曲線を使用すること;核酸標的の相対量を決定すること;エンドポイント定量を使用すること;またはシグナルがバックグラウンドに対して検出可能であるPCRサイクル数を、存在する標的の量に関連付けることによって、核酸標的の量を決定すること;を含む、本発明1134の方法。
[本発明1136]
第1のセットのプローブを含む組成物であって、該プローブのセットが切断可能なプローブと捕捉プローブとを含み、該切断可能なプローブが、5'から3'の方向に、(i)レポーター-クエンチャー対の第1のメンバーで標識された少なくとも1個の非天然ヌクレオチドを含む配列領域;(ii)捕捉配列;および(iii)標的核酸の第1鎖上の第1領域に相補的な1個以上のリボヌクレオチド塩基を含む配列;を含み、該捕捉プローブが、5'から3'の方向に、(i)切断可能なプローブからの該配列領域の一部と同一の配列領域;および(ii)切断可能なプローブの捕捉配列に相補的な配列;を含む、組成物。
[本発明1137]
第2のセットのプローブをさらに含み、該プローブのセットが切断可能なプローブと捕捉プローブとを含み、該切断可能なプローブが、5'から3'の方向に、(i)レポーター-クエンチャー対の第1のメンバーで標識された少なくとも1個の非天然ヌクレオチドを含む配列領域;(ii)捕捉配列;および(iii)第2の標的核酸の第1鎖上の第1領域に相補的な1個以上のリボヌクレオチド塩基を含む配列;を含み、該捕捉プローブが、5'から3'の方向に、(i)切断可能なプローブからの該配列領域の一部と同一の配列領域;および(ii)切断可能なプローブの捕捉配列に相補的な配列;を含む、本発明1136の組成物。
[本発明1138]
第1および第2のセットのプローブが、識別可能なレポーターを含み、かつ/または識別可能な融解点を有するヘアピンプローブを形成する、本発明1137の組成物。
[本発明1139]
少なくとも4セットのプローブを含む、本発明1137の組成物。
[本発明1140]
レポーター標識されたまたはクエンチャー標識された非天然ヌクレオチドをさらに含む、本発明1136の組成物。
[本発明1141]
ポリメラーゼ、参照プローブまたは遊離ヌクレオチドをさらに含む、本発明1136の組成物。
[本発明1142]
(a)第1のセットのプローブであって、該プローブのセットが切断可能なプローブと捕捉プローブとを含み、該切断可能なプローブが、5'から3'の方向に、(i)レポーター-クエンチャー対の第1のメンバーで標識された少なくとも1個の非天然ヌクレオチドを含む配列領域;(ii)捕捉配列;および(iii)標的核酸の第1鎖上の第1領域に相補的な1個以上のリボヌクレオチド塩基を含む配列;を含み、該捕捉プローブが、5'から3'の方向に、(i)切断可能なプローブからの該配列領域の一部と同一の配列領域;および(ii)切断可能なプローブの捕捉配列に相補的な配列;を含む、第1のセットのプローブ;ならびに
(b)レポーター標識された非天然ヌクレオチド;クエンチャー標識された非天然ヌクレオチド;またはエンドリボヌクレアーゼ酵素;
を含んでなるキット。
[本発明1143]
少なくとも4セットのプローブを含む、本発明1142のキット。
[本発明1144]
前記セットのプローブが、識別可能なレポーターを含み、かつ/または識別可能な融解点を有するヘアピンプローブを形成する、本発明1143のキット。
[本発明1145]
ポリメラーゼ、参照プローブ、遊離ヌクレオチド、参照サンプルまたはキットの使用説明書をさらに含む、本発明1142のキット。
[本発明1146]
標的核酸の存在を検出するための方法であって、以下の段階:
(a)サンプルを切断可能なプローブと接触させる段階であって、該プローブが、5'から3'の方向に、(i)レポーター-クエンチャー対で標識された第1の配列領域;(ii)第2の配列領域;(iii)第2の配列領域の逆相補体である配列;および(iv)標的核酸の第1鎖上の第1領域に相補的な1個以上のリボヌクレオチド塩基を含む配列、を含む、段階;
(b)該切断可能なプローブをエンドリボヌクレアーゼと接触させ、それによって標的核酸とハイブリダイズしている切断可能プローブを切断して、トランケートされたプローブを形成させる段階;
(c)トランケートされたプローブをそれ自体にハイブリダイズさせて、トランケートされたヘアピンプローブを形成させる段階;
(d)フルオロフォアおよびクエンチャーが物理的に分離されるように、トランケートされたヘアピンプローブを第1の配列領域上に伸長させる段階;ならびに
(f)該レポーターからのシグナルの変化を検出することによって標的核酸を検出する段階;
を含んでなる方法。
[本発明1147]
レポーター-クエンチャー対の一方のメンバーが、切断可能なプローブの5'末端にある、本発明1146の方法。
[本発明1148]
さらに、以下の段階:
(a)該サンプルを少なくとも第2の切断可能なプローブと接触させる段階であって、該プローブが、5'から3'の方向に、(i)レポーター-クエンチャー対を含む第1の配列領域;(ii)第2の配列領域;(iii)第2の配列領域の逆相補体である配列;および(iv)第2の(またはさらなる)標的核酸の第1鎖上の第1領域に相補的な1個以上のリボヌクレオチド塩基を含む配列、を含む、段階;
(b)該切断可能なプローブをエンドリボヌクレアーゼと接触させ、それによって標的核酸とハイブリダイズしているプローブを切断して、トランケートされた切断可能プローブを形成させる段階;
(c)トランケートされた切断可能プローブをそれ自体にハイブリダイズさせて、ヘアピンプローブを形成させる段階;
(d)ヘアピンプローブを第1の配列領域上に伸長させる段階;ならびに
(e)該レポーターからのシグナルの変化を検出することによって第2の標的核酸を検出する段階;
を含んでなる、本発明1146の方法。
[本発明1149]
第1の切断可能なプローブと第2の切断可能なプローブが、(i)同じレポーターを有し、かつ(2)第1および第2の切断可能なプローブの切断と伸長の後に異なる融解温度(Tm)を有する、本発明1148の方法。
[本発明1150]
標的核酸の存在を検出するための方法であって、以下の段階:
(a)サンプルを第1の切断可能なプローブと接触させる段階であって、該プローブが、5'から3'の方向に、(i)レポーター-クエンチャー対の第1のメンバーで標識された少なくとも1個の非天然ヌクレオチドを含む第1の配列領域;(ii)第2の配列領域;(iii)第2の配列領域の逆相補体である配列;および(iv)標的核酸の第1鎖上の第1領域に相補的な配列、を含む、段階;
(b)該切断可能なプローブおよび上流プライマーを標的核酸にハイブリダイズさせ、5'ヌクレアーゼ活性を有するポリメラーゼを用いて伸長反応を実施する段階;
(c)該核酸配列を、切断可能なヘアピンプローブに接触するまで、ヌクレアーゼ活性を有するポリメラーゼで伸長させ、それにより標的核酸とハイブリダイズしているプローブを切断して、トランケートされた切断可能プローブを形成させる段階;
(d)トランケートされた切断可能プローブをそれ自体にハイブリダイズさせて、ヘアピンプローブを形成させる段階;
(e)第1の配列領域の少なくとも1個の非天然ヌクレオチドと塩基対合することができる、レポーター-クエンチャー対の第2のメンバーで標識された非天然ヌクレオチドの存在下で、該ヘアピンプローブを伸長させる段階;ならびに
(f)該ヘアピンプローブ上の標識からのシグナルの変化を検出することによって標的核酸を検出する段階;
を含んでなる方法。
[本発明1151]
ヘアピンプローブに対して融解分析を実施することをさらに含む、本発明1150の方法。
[本発明1152]
標的核酸の存在を検出するための方法であって、以下の段階:
(a)サンプルを第1の切断可能なプローブと接触させる段階であって、該プローブが、5'から3'の方向に、(i)レポーター-クエンチャー対で標識された第1の配列領域;(ii)第2の配列領域;(iii)第2の配列領域の逆相補体である配列;および(iv)標的核酸の第1鎖上の第1領域に相補的な配列、を含む、段階;
(b)該切断可能なプローブおよび上流プライマーを標的核酸にハイブリダイズさせ、5'ヌクレアーゼ活性を有するポリメラーゼを用いて伸長反応を実施する段階;
(c)該核酸配列を、切断可能なヘアピンプローブに接触するまで、ヌクレアーゼ活性を有するポリメラーゼで伸長させ、それにより標的核酸とハイブリダイズしている該プローブを切断して、トランケートされた切断可能プローブを形成させる段階;
(d)トランケートされたプローブをそれ自体にハイブリダイズさせて、切断されたヘアピンプローブを形成させる段階;
(e)フルオロフォアとクエンチャーが物理的に分離されるように、切断されたヘアピンプローブをそれ自体に伸長させる段階;ならびに
(f)伸長されたヘアピンプローブからのシグナルの変化を検出することによって標的核酸を検出する段階;
を含んでなる方法。
本発明の他の目的、特徴および利点は、以下の詳細な説明から明らかになるであろう。しかしながら、詳細な説明および具体的な例は、本発明の好ましい態様を示すものの、単なる例示として提供されることを理解すべきである。というのは、本発明の精神および範囲内のさまざまな変更および修飾が、この詳細な説明から当業者には明らかになるからである。
融解分析アッセイは、アンプリコンのアイデンティティーを識別するために融解ピークまたはアニーリングピークを利用するが、こうした融解ピークは、同じ温度付近で融解しかつ標的の天然の配列組成の影響を受けるアンプリコンでは、容易に区別できない。独自の融解プロファイルを有するヘアピン配列を作成することによって、多重化が単一のカラーチャンネルで実現可能であり、かくして、複数のカラーチャンネルを用いたさらなる多重化が可能になる。
本明細書で使用する「核酸」は、一本鎖または二本鎖の、DNAまたはRNAのいずれか、およびそれらの任意の化学修飾を意味する。修飾には、限定するものではないが、核酸リガンド塩基にまたは全体としての核酸リガンドに付加的な電荷、分極率、水素結合、静電相互作用、および流動性(fluxionality)を組み込む、他の化学基を提供するものが含まれる。このような修飾としては、限定するものではないが、2'位糖修飾、5位ピリミジン修飾、8位プリン修飾、環外アミンでの修飾、4-チオウリジンの置換、5-ブロモまたは5-ヨード-ウラシルの置換、主鎖修飾、メチル化、および普通ではない塩基対合の組み合わせ、例えばイソ塩基、が挙げられる。したがって、本明細書に記載の核酸は、標準塩基のアデニン(A)、シトシン(C)、グアニン(G)、チミン(T)、およびウラシル(U)だけでなく、非標準または非天然のヌクレオチドをも含む。水素結合性の塩基対を形成する非標準または非天然ヌクレオチドは、例えば、米国特許第5,432,272号、第5,965,364号、第6,001,983号、第6,037,120号、および第6,140,496号に記載されており、これらの全ては参照により本明細書に組み入れられる。「非標準ヌクレオチド」または「非天然ヌクレオチド」とは、オリゴヌクレオチドへの組み込みを受け易く、かつ塩基対を形成するために水素結合によって、または疎水性、エントロピーもしくはファンデルワールス相互作用によって相補的な非標準または非天然ヌクレオチドと塩基対合することができる、A、G、C、TまたはU以外の塩基を意味する。いくつかの例には、参照により本明細書に組み入れられる米国特許第6,037,120号に示されるような、iso-C/iso-G、K/X、K/P、H/J、およびM/Nの塩基対組み合わせが含まれる。
以下の実施例は、本発明の好ましい態様を実証するために含められる。当業者には理解されるように、以下の実施例に開示された技術は、本発明の実施において良好に機能すると本発明者によって見出された技術を表しており、したがって、その好ましい実施形態を構成すると見なすことができる。しかし、当業者であれば、本開示に照らして、本発明の精神および範囲から逸脱することなく、開示された特定の態様において多くの変更を行うことができ、依然として同様のまたは類似の結果を得ることができることを認識すべきである。
分子アッセイのための溶液相多重化戦略は、>10の標的を検出するための複数の蛍光融解曲線の作成と併せて複数のフルオロフォアの使用に依存している。本明細書に開示されたさまざまな態様は、伸長可能なヘアピンプローブを利用してチャンネルあたり複数の融解曲線を作成することによって、より高い多重化能力が達成され得る、リアルタイムプローブベースの化学を提供する。このシステムで使用するためのプローブの例を図1Aに示す。この例では、切断可能なプローブは、その5'末端にレポーター標識されたisoGヌクレオチド(「isoG*」)、第1の配列領域(「タグA」)、第2の配列領域(「タグB」)、ループ配列、タグBの逆相補体である配列領域(「タグB相補体」)、および標的アンプリコンに相補的な配列(「A」として示される)を含む。切断可能なプローブはまた、「A」配列中に1個以上のリボヌクレオチド(黒塗りの四角で示される)を含み、かつ3'末端に伸長をブロックする修飾(「P」として示される)を含み得る。標的アンプリコンの存在下で、切断可能プローブはアンプリコンにハイブリダイズし、リボヌクレオチド位置でRNase H2(アニーリングされたRNA/DNAハイブリッド中のリボヌクレオチドを認識して切断する)により切断される。切断後、該プローブはタグBおよびタグB相補配列によってそれ自体にハイブリダイズして、ヘアピンを形成することができる。該プローブの伸長により、タグA配列に相補的な配列が合成され、クエンチャー標識されたisoC(「isoCQ」)が組み込まれる。得られたヘアピンプローブは、標識isoGの蛍光を消光させる。プローブは、例えば、第1および第2の配列領域の配列と長さを調節することによって、独自の融解温度(Tm)を有するように設計され得る。したがって、タグAおよびタグBのステム構造の組成と長さは、ヘアピンプローブの所望の融解温度で分割するように変えることができる(図1B参照)。
プローブの設計パラメータ
複数の切断可能なプローブの構築物は、伸長可能なヘアピンの最適な設計パラメータを決定するために、(切断後に)標的配列特異的尾部なしで設計した。該配列特異的尾部の目標Tmは、反応温度(約58℃)よりも10℃高かった。ヘアピン構築物は、RNA/DNAハイブリッドの切断後に単分子構造の形成を可能にするために、Tm>60℃を有するように設計した。これらの構築物は、切断後のヘアピンのループサイズ(塩基数)、ステムサイズ、ギブズ(Gibbs)自由エネルギーおよびTmの要件を決定するような設計であった。構築された特定のプローブの例を示す(図2)。これらの概念実証実験では、ループの両側に2つのシトシン「クランプ」が付いているマルチアデニン残基のループを使用した(イタリック体のフォント間の配列)。
温度勾配を用いて、95℃〜41℃の範囲の温度にわたってヘアピンの蛍光強度の低下をモニタリングすることにより、これらの構築物の折りたたみ(folding)プロファイルを評価した。図2の構築物を、BTP-KCl pH9.1緩衝液、2.5mM dNTP、2.5mM MgCl2、1mM Dabcyl-isoGおよびTitanium Taq酵素(Clontech社)を含有する反応混合物に添加した。95℃での初期変性ステップの後、反応温度を、各間隔で10秒間保持しながら3℃刻みで95℃から41℃に低下させた。各構築物について完全な消光が観察された温度を、ヘアピンの折りたたみ温度として記録した。
ヘアピン形成の効率は、3つの温度で各構築物の消光速度を測定することによって評価した。図2の構築物を、BTP-KCl pH9.1緩衝液、2.5mM dNTP、1mM isoG-dabcylおよびTitanium Taq酵素(Clontech社)を含有する反応混合物に添加した。95℃で2分間の活性化ステップの後、反応物を50℃、62℃および68℃で30分間インキュベートして、ヘアピンの折りたたみ、伸長およびisoG-dabcylの取り込みを可能にした。この後に、60℃で30秒および95℃への漸増上昇の融解曲線サイクリングプロトコルが続いた。反応の効率は、消光が達成されたときに得られるCt値によって決定された。
増幅反応において検出用にマルチプローブRTxプローブを用いることの実現可能性は、最初に、シングルプレックス(singleplex)RT-PCR反応で評価した。全長プローブ(配列特異的尾部を有する)の複数の設計を、(図2〜3)で評価されたヘアピン設計に基づいて作成した。配列特異的セグメントの目標Tmは、反応のアニーリング温度よりも約10℃高かった。プライマー(表1)およびプローブの配列は、インフルエンザBウイルスのマトリックス遺伝子に基づいていた。インフルエンザB株:B/Malaysia/2506/04(Zeptometrix社)から抽出した核酸を、ワンステップRT-PCR反応においてテンプレートとして用いた。具体的には、PCRプライマー(フォワード180nM、リバース60nM)およびプローブ(120nM)を、BTP-KCl pH9.1緩衝液、2.5mM dNTP、2.5mM MgCl2、1mM Dabcyl-isoG、Titanium Taq酵素(Clontech社)ならびにMMLV(Promega社)およびRNase H(IDT社)を含有する反応混合物に添加した。増幅および融解曲線分析のために、以下のサイクリング条件を使用した:50℃で5分;95℃で10分;95℃で10秒、58℃で20秒を45サイクル、その後60℃で30秒および95℃で1秒の融解プログラムが続き、40℃での冷却ステップで終了する。
ヘアピンループの融解プロファイル
図2のヘアピンプローブの融解プロファイルを作成して、種々の構築物の折りたたみ温度を決定した。これは、95℃から41℃までの温度勾配にわたって蛍光強度の低下をモニタリングすることによって測定した(図4)。3つの例示的な構築物RTx-5、RTx-10およびRTx-11の消光プロファイルを示すグラフを、それぞれ、図5〜7に示す。全ての研究の結果を以下の表2に示す。ヘアピン構築物RTx-1、2、3、5、6、7および8は、伸長ヘアピンの算出されたTm約71℃(IDT社)に対応する71℃の温度ステップによって完全に消光されることが見出された。ヘアピン構築物RTx-4、9および10は62℃で消光され、ヘアピンRTx-11は41℃で消光される。
増幅
図2のヘアピン構築物を使用して、さまざまな温度でのヘアピン形成の効率を決定した。その結果は上記の観察結果を裏付けるものである。反応速度は、プローブRTx-1、2、7および8では非常に速い(図8および図9)。より遅い反応速度はプローブRTx-9および10について観察され、Ct値は5〜10の範囲内であり、完全消光について記録された最高Ct値はRTx-11の場合で、30〜35であった(図10)。これらのヘアピンは、形成と伸長により低い温度を必要とし、そのため折りたたみに必要な時間がより長くなる。
ヘアピン構築物RTx-1、2、3および4の融解曲線分析は、温度を上げることがより鋭い融解曲線をもたらすことを示す(図8)。これは、記録されたTmのわずかなシフトを伴う。同様に、より鋭い融解曲線は構築物RTx-5および6の場合に62℃で作成されたが、Tmのシフトは観察されない。構築物RTx-7および8の融解曲線とTmは、他のヘアピンについて観察された傾向から外れている(図9)。幅広い重複する融解曲線は、構築物RTx-9、10および11で作成され(図10)、上で得られたデータに対応する。
全長プローブの設計は、図2および図3からのヘアピン構築物に関するデータに基づいて開発された。目標とする最小ステムサイズは8塩基であり、ループについては12〜20残基であり、ヘアピンループについては55〜66.4℃のTmであった。
全てのプローブは、34〜35 Ctの範囲のCt値をもたらした(図11A〜11D)。ほとんどのプローブの融解曲線は、1種の存在、主に伸長されたヘアピンの存在を示した。マイナーな、高いTmピークが一部のプローブについて検出された。
2つの陰性対照が含められた(図11A〜11D)。テンプレート陰性対照(水)を含める目的は、RNase H2による全長プローブの切断に起因する非特異的なヘアピンの形成を検出することであった。プローブFL-RTx-2-12-AT-4(図11D)のみが、プローブの非特異的切断を示唆しうるヘアピンと同じサイズのバックグラウンド非特異的融解曲線を示した。使用した2つ目の陰性対照は、無症候性の患者から採取した臨床的陰性検体であった。その目的は、無関係なテンプレートの存在下でプローブの特異性を評価することであった。いずれのプローブも該テンプレートとの非特異的相互作用を示さなかった。
ヘアピンプローブ検出システムのさらなる例を図12に示す。レポータープローブは、その5'末端にレポーター標識されたisoCヌクレオチド(「isoC*」)、第1の配列領域(「領域1」)、isoGおよび/またはisoC位置を含む配列(「イソプライマー」)、ならびにアンプリコンに相補的な配列(「A」として示される)を含む。アンプリコンに相補的な配列はまた、少なくとも1つのリボヌクレオチド位置を含む。標的アンプリコンの存在下では、レポータープローブはアンプリコンにハイブリダイズして、RNase Hによってリボヌクレオチド位置で切断される。切断後、レポータープローブは、捕捉オリゴヌクレオチド(「捕捉オリゴ」)にハイブリダイズすることができ、その捕捉オリゴは、イソプライマーおよび任意で「A」配列の部分に相補的な捕捉セグメントと、その後にミラー領域1および3'未標識isoCを含む。レポータープローブの伸長により、捕捉オリゴ上のミラータグに相補的な配列が合成され、クエンチャー標識されたisoG(「isoGQ」)が取り込まれる。伸長されたレポータープローブは、今や、タグおよびタグ相補配列を含み、これは、該プローブにヘアピンを形成させ、それによって標識isoCの蛍光を消光させる。プローブは、例えば、第1の配列領域の配列と長さを調節することによって、独自の融解温度(Tm)を有するように設計することができる。したがって、異なる融解温度を有する(かくして、異なる温度で消光することのない)識別プローブに対して融解分析を行うことができる。
フォワード(Fwd)およびリバース(Rev)プライマーをウェル内でATG0015プローブまたはT-FL-RTx2cプローブのいずれかと組み合わせたが、該プローブは、ATG0015プローブがループ領域に3炭素スペーサー(iSpC3)を含み、T-FL-RTx2cは含まない点でのみ異なっていた。これらをPCRマスターミックスと混合して、熱サイクリングとその後に融解分析を行った。
本研究は、同じフルオロフォアを有するが、伸長された種々のヘアピンプローブのTmが異なっている、複数のヘアピンプローブの使用能力を実証した。インフルエンザA、インフルエンザBまたはアデノウイルスのいずれかに特異的で、同じフルオロフォア(FAM)を有する、3つの異なるプローブを同じPCRチューブ内で一緒に試験した。インフルエンザA、インフルエンザBまたはアデノウイルスのいずれかの抽出ウイルス培養物を含有する陽性対照サンプルを、マルチプレックスPCR反応成分を含む個々のPCRチューブに入れた。これらの標的は反応につき1000コピーで試験した。切断可能なプローブの配列を表4に示す。
Claims (19)
- 標的核酸の存在を検出するための方法であって、以下の段階:
(a)サンプルを第1の切断可能なプローブと接触させる段階であって、該プローブが、5'から3'の方向に、(i)レポーター-クエンチャー対の第1のメンバーで標識された少なくとも1個の非天然ヌクレオチドを含む第1の配列領域;(ii)第2の配列領域;(iii)第2の配列領域の逆相補体である配列;および(iv)標的核酸の第1鎖上の第1領域に相補的な1個以上のリボヌクレオチド塩基を含む配列、を含む、段階;
(b)該切断可能なプローブをエンドリボヌクレアーゼと接触させ、それによって標的核酸とハイブリダイズしているプローブを切断して、トランケートされた切断可能プローブを形成させる段階であって、前記エンドリボヌクレアーゼがRNase HIIである、段階;
(c)トランケートされた切断可能プローブをそれ自体にハイブリダイズさせて、ヘアピンプローブを形成させる段階;
(d)第1の配列領域の少なくとも1個の非天然ヌクレオチドと塩基対合することができるレポーター-クエンチャー対の第2のメンバーで標識された非天然ヌクレオチドの存在下で、該ヘアピンプローブを伸長させる段階;ならびに
(e)切断可能プローブおよびヘアピンプローブ上の標識からのシグナルの変化を検出することによって標的核酸を検出する段階;
を含んでなる方法。 - 第2の配列領域(ii)の逆相補体である配列の一部は、標的核酸の第1鎖上の第1領域に対して相補的である、請求項1記載の方法。
- RNase HIIが好熱性ホットスタートRNase HII酵素である、請求項1記載の方法。
- 切断可能なプローブが、第2の配列領域と、第2の配列領域の逆相補体である配列との間に、(v)1個以上のヌクレオチドのループ配列をさらに含む、請求項1記載の方法。
- ループ配列が4〜20ヌクレオチドの長さであり、第2の配列領域が6〜20ヌクレオチドの長さであり、かつ、第1の配列領域が4〜20ヌクレオチドの長さである、請求項4記載の方法。
- ループ配列が、少なくとも3〜5個連続したAヌクレオチドを含む、請求項5記載の方法。
- 切断可能なプローブが、リボヌクレオチド塩基の3'側に位置する伸長ブロッキング修飾を含む、請求項1記載の方法。
- 切断可能なプローブが、ループ配列中に伸長ブロッキング修飾を含む、請求項4記載の方法。
- 標識からのシグナルの変化を検出することが、サンプルの温度を変化させたときの、レポーターからのシグナルの変化を検出することを含む、請求項1記載の方法。
- レポーターからのシグナルの変化を検出することが、サンプルの温度をヘアピンプローブの融解点より高く上げたときの、レポーターからのシグナルの変化を検出することを含む、請求項9記載の方法。
- 等温増幅を用いて標的核酸を増幅することをさらに含む、請求項1記載の方法。
- シグナルを等温的に増幅するために切断可能なプローブを使用することをさらに含む、請求項1記載の方法。
- 第1の切断可能なプローブを含む組成物であって、該プローブが、5'から3'の方向に、(i)レポーター-クエンチャー対の第1のメンバーで標識された少なくとも1個の非天然ヌクレオチドを含む第1の配列領域;(ii)第2の配列領域;(iii)第2の配列領域の逆相補体である配列;および(iv)標的核酸の第1鎖上の第1領域に相補的な1個以上のリボヌクレオチド塩基を含む配列、を含む、組成物。
- 第2の切断可能なプローブをさらに含み、該プローブが、5'から3'の方向に、(i)レポーター-クエンチャー対の第1のメンバーで標識された少なくとも1個の非天然ヌクレオチドを含む第1の配列領域;(ii)第2の配列領域;(iii)第2の配列領域の逆相補体である配列;および(iv)第2の標的核酸の第1鎖上の第1領域に相補的な1個以上のリボヌクレオチド塩基を含む配列、を含む、請求項13記載の組成物。
- 第1および第2のプローブが、識別可能なレポーターを含むか、または識別可能な融解点を有するヘアピンプローブを形成する、請求項13記載の組成物。
- 標的核酸の存在を検出するための方法であって、以下の段階:
(a)サンプルを切断可能なプローブと接触させる段階であって、該プローブが、5'から3'の方向に、(i)フルオロフォアであるレポーター-クエンチャー対で標識された第1の配列領域;(ii)第2の配列領域;(iii)第2の配列領域の逆相補体である配列;および(iv)標的核酸の第1鎖上の第1領域に相補的な1個以上のリボヌクレオチド塩基を含む配列、を含む、段階;
(b)該切断可能なプローブをエンドリボヌクレアーゼと接触させ、それによって標的核酸とハイブリダイズしている切断可能プローブを切断して、トランケートされたプローブを形成させる段階であって、前記エンドリボヌクレアーゼがRNase HIIである、段階;
(c)トランケートされたプローブをそれ自体にハイブリダイズさせて、トランケートされたヘアピンプローブを形成させる段階;
(d)フルオロフォアおよびクエンチャーが物理的に分離されるように、トランケートされたヘアピンプローブを第1の配列領域上に伸長させる段階;ならびに
(e)該レポーターからのシグナルの変化を検出することによって標的核酸を検出する段階;
を含んでなる方法。 - レポーター-クエンチャー対の一方のメンバーが、切断可能なプローブの5'末端にある、請求項16記載の方法。
- さらに、以下の段階:
(a)該サンプルを少なくとも第2の切断可能なプローブと接触させる段階であって、該プローブが、5'から3'の方向に、(i)レポーター-クエンチャー対を含む第1の配列領域;(ii)第2の配列領域;(iii)第2の配列領域の逆相補体である配列;および(iv)第2の(またはさらなる)標的核酸の第1鎖上の第1領域に相補的な1個以上のリボヌクレオチド塩基を含む配列、を含む、段階;
(b)該切断可能なプローブをエンドリボヌクレアーゼと接触させ、それによって標的核酸とハイブリダイズしているプローブを切断して、トランケートされた切断可能プローブを形成させる段階であって、前記エンドリボヌクレアーゼがRNase HIIである、段階;
(c)トランケートされた切断可能プローブをそれ自体にハイブリダイズさせて、ヘアピンプローブを形成させる段階;
(d)ヘアピンプローブを第1の配列領域上に伸長させる段階;ならびに
(e)該レポーターからのシグナルの変化を検出することによって第2の標的核酸を検出する段階;
を含んでなる、請求項16記載の方法。 - 第1の切断可能なプローブと第2の切断可能なプローブが、(i)同じレポーターを有し、かつ(2)第1および第2の切断可能なプローブの切断と伸長の後に異なる融解温度(Tm)を有する、請求項18記載の方法。
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