JP6407165B2 - ポリオーマウイルス関連疾患の治療および防止のための組換えヒト抗体 - Google Patents

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Description

本発明は一般には、ヒトポリオーマウイルスおよび／またはその抗原に特異的に結合する新規な分子に関連し、具体的には、ＪＣウイルス（ＪＣＶ）またはＢＫウイルス（ＢＫＶ）、ＪＣＶのＶＰ１タンパク質および／またはＢＫＶのＶＰ１タンパク質あるいはそれらのフラグメントを認識するヒト抗体、ならびに、そのフラグメント、誘導体および変化体に関連する。
加えて、本発明は、ポリオーマウイルスおよび／またはポリオーマウイルスＶＰ１タンパク質、好ましくは、ＪＣウイルス（ＪＣＶ）および／またはＢＫウイルス（ＢＫＶ）、ＪＣＶのＶＰ１タンパク質および／またはＢＫＶのＶＰ１タンパク質あるいはそれらのフラグメントを特定するための診断ツールとして、また、同様に、ポリオーマウイルス感染に関連づけられる障害、例えば、進行性多巣性白質脳症（ＰＭＬ）、顆粒ニューロンの感染、高色素性核、顆粒細胞神経症、脳オートトロフィー（ａｕｔｏｔｈｒｏｐｈｙ）、脳症、髄膜炎、ポリオーマ誘発腫瘍、免疫再構築炎症反応症候群（ＩＲＩＳ）、出血性膀胱炎、肺炎、網膜炎、大腸炎、血管炎、間質性腎臓疾患、気道の感染症などを処置するための受動的ワクチン接種戦略としてそれらの両方で有益である、そのような結合性分子、抗体およびその模倣体を含む医薬組成物および診断組成物に関連する。
ポリオーマウイルスは、限定された種特異性および細胞タイプ特異性を示す、エンベロープを持たない小さい二本鎖ＤＮＡウイルスである。発ガン能を有し、また、慢性的な感染症を引き起こし得る１０種にまで及ぶ異なるポリオーマウイルスがヒトにおいて見出されている。ＪＣウイルス、すなわち、ジョンカニンガム（Ｊｏｈｎ Ｃｕｎｎｉｎｇｈａｍ）ウイルス（ＪＣＶ）は、ポリオーマウイルス科に属するウイルスであり、命を脅かす脳のウイルス感染症である進行性多巣性白質脳症（ＰＭＬ）の原因因子である。ＢＫウイルス（ＢＫＶ）もまた、腎臓移植患者におけるＢＫ腎症および移植片の喪失に関わるヒト特異的なポリオーマウイルスである。ＪＣＶおよびＢＫＶはともに、幼児期にヒト集団に感染し、一方で、その感染はほとんどが無症候性である日和見病原体である。成人における血清有病率が約７０％〜８０％である（非特許文献１）。これらのウイルスは、免疫抑制された個体において生じる再活性化まではほとんどが宿主の腎臓細胞に潜伏したままである。
ウイルスのカプシドは直径が約４０ｎｍであり、ＶＰ１タンパク質の７２個の五量体によって形成される。それぞれの五量体が、２つの副カプシドタンパク質であるＶＰ２またはＶＰ３のどちらかの１つの分子と会合する。ＶＰ１のみがウイルスの表面に露出し、したがって、ＶＰ１が、受容体結合に関わるタンパク質である。ウイルスゲノムは、初期コード領域（スモールＴ抗原およびラージＴ抗原）と、後期コード領域（ＶＰ１、ＶＰ２、ＶＰ３およびアグノプロテイン）とに分けられる。
世界人口の９０％までが、臨床上の症候群を何ら発症することなく、ＪＣＶにさらされている。このウイルスは休眠状態で長期間にわたって患者に留まることができ、免疫系によって抑制下に置かれている。しかしながら、ＪＣＶは再活性化されることがあり、中枢神経系（ＣＮＳ）の脱髄性疾患、すなわち、進行性多巣性白質脳症（ＰＭＬ）を引き起こすことがある。ＰＭＬは、免疫無防備の状態において、例えば、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）感染、ガン、臓器移植、血液学的悪性疾患などにおいて、または、希には自己免疫疾患時において生じる日和見的な、多くの場合には致死的な感染症である。後天性免疫不全症候群（ＡＩＤＳ）患者において、ＰＭＬは最も重篤な合併症の１つであったが、その発生率が抗レトロウイルス治療の導入後では低下した。
さらには、免疫細胞を標的とする免疫調節治療法、または、多発性硬化症（ＭＳ）などの状態のための治療法、ならびに、肝機能障害または腎機能障害を有する患者、および、乾癬、全身性エリテマトーデス、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、ホジキンリンパ腫およびクローン病を有する患者のための治療法は、ＰＭＬが発生する増大した危険性を有する。ＪＣＶは、脳の顆粒細胞、乏突起膠細胞、アストサイト（ａｓｔｏｃｙｔｅｓ）および錐体細胞に感染する。今までのところ、その一次感染は、腎臓、上皮細胞、扁桃間質細胞、骨髄、乏突起膠細胞および星状膠細胞に限定される（非特許文献２）。
ＰＭＬの病理発生は、ミエリンを形成する乏突起膠細胞への溶解感染と、顕著な免疫反応の非存在下における星状膠細胞への不稔感染とによって特徴づけられる。しかしながら、中枢神経系（ＣＮＳ）の他の細胞（例えば、小脳顆粒ニューロンなど）にもまた、ＪＣＶは感染することができる。ＰＭＬの最も頻繁な症状には、認知障害、運動機能障害、視覚障害、てんかん発作、発語障害および頭痛が含まれる。
ＰＭＬを処置するためのＪＣＶに対する特異的な抗ウイルス薬物は何もなく、したがって、免疫系の再構成または回復が最良の解決策である。他方で、増大した免疫系活性は、脳内へのリンパ球の重要な流入と、免疫再構築炎症反応症候群（ＩＲＩＳ）とを引き起こす可能性がある。
ＲＮＡ合成およびＤＮＡ合成を妨害する多くの広域ヌクレオチドアナログ化学療法剤が、例えば、シトシンアラビノシド、アシクロビルおよびシドホビルを含めて、ＪＣウイルス（ＪＣＶ）の複製をＰＭＬ患者において阻害するためにこれまで使用されており、しかし、あまり成功していない（非特許文献３）。
加えて、さらなる処置戦略には、例えば、５ＨＴ２ａアンタゴニストによる宿主細胞内へのウイルス進入の阻害、例えば、ＩＬ−２によるＴ細胞量における増大、例えば、ナタリズマブの結果としてＰＭＬを発症する患者における血漿交換が含まれる。
ＰＭＬの発症を防止するための、または、ＰＭＬを処置するための治療法を特定することは、後天性免疫不全および遺伝性免疫不全、腫瘍学、移植医療ならびに自己免疫疾患を含めて、医療のいくつかの分野における急を要する満たされていない医学的要求に応えるものである。多くの場合には致死的なこのウイルス性疾患は、ＨＩＶ感染、同種移植およびガン化学療法などの免疫不全に伴う重篤な日和見感染症を表す。過去何十年間にわたって、ＰＭＬの発生が、ＡＩＤＳの大流行に関連して、また、より近年には免疫抑制薬物の増大する使用に関連して著しく増大している。ナタリズマブ（Ｔｙｓａｂｒｉ；Ｂｉｏｇｅｎ／Ｅｌａｎ）を多発性硬化症（ＭＳ）のために、エファリズマブ（Ｒａｐｔｉｖａ；Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／Ｍｅｒｃｋ Ｓｅｒｏｎｏ）を乾癬のために、リツキシマブ（Ｒｉｔｕｘａｎ；Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／Ｂｉｏｇｅｎ）を全身性エリテマトーデスのために、また、インフリキシマブ（Ｒｅｍｉｃａｄｅ；Ｃｅｎｔｏｃｏｒ）を関節リウマチおよびクローン病のために受ける患者のＰＭＬ関連死亡の様々な報告は、他の場合には安全かつ有効なこれらの救命的な処置の今後の使用についてのＰＭＬのこの上ない負の影響を強調している。致死的結果を伴うＰＭＬの数例の症例の後、エファリズマブは市場から回収されなければならなかった。同様に、近年の見積もりでは、ＰＭＬの発生が５００名のＭＳ患者につき１名であると推測され、しかし、ＭＳ患者がナタリズマブにより処置される場合、顕著な増大が２年を超える処置では伴い、したがって、このことは、ＭＳのためのこの現時点で最も効果的な処置の今後の使用を危うくしている。ＰＭＬの増大した危険性がまた、ＭＳのための後期開発段階にあるいくつかの新規な薬物候補物について、例えば、リツキシマブ／オクレリズマブ（抗ＣＤ２０；Ｒｏｃｈｅ）およびアレムツズマブ（抗ＣＤ５２；Ｓａｎｏｆｉ−Ａｖｅｎｔｉｓ／Ｇｅｎｚｙｍｅ）などについて明白である。
ＢＫウイルス（ＢＫＶ）もまた、世界人口において広まっており、その感染は無症候性のままであり得る。しかしながら、免疫低下患者はウイルスの複製をもはや抑えることができず、ＢＫＶの再活性化により、いくつかの疾患が引き起される可能性がある。ＢＫＶは主に、重篤な免疫低下の場合において、例えば、移植片を受け、したがって、免疫抑制薬物を服用しなければならない患者において問題となった。それらの患者において、ウイルスは移植片の細胞の中で増殖することができ、最終的には移植片喪失を引き起こし得るＢＫ腎症と呼ばれる疾患を引き起こす可能性がある。ＢＫＶはまた、骨髄移植を受けた患者で、出血性膀胱炎を発症し得る患者については問題となる（非特許文献４；非特許文献５）。しかしながら、移植レシピエントでは、ＢＫＶの再活性化は一般的であり、特徴的な病理学的移行を種々の患者群において引き起こしている（非特許文献６）。そのうえ、ＢＫＶがＨＩＶ感染患者において再活性化されることがあり、これにより、例えば、髄膜炎を引き起こすことがある。
ＢＫＶ感染を一掃するための利用可能な処置は何ら存在しない。いくつかの小分子が、ウイルスの伝播を制限することが報告されており、しかし、それらの作用機構は完全には理解されていない。ウイルスの複製を抑制するための最も効率的な方法が、免疫系を回復させること、または、免疫抑制薬物の用量を減らすことである。しかしながら、このことはまた、移植片拒絶を引き起こす可能性があるかもしれない。
したがって、ヒト身体におけるポリオーマウイルスの感染または伝播、ならびに、一般的な医学的処置がポリオーマウイルスの複製を活性化する場合（例えば、免疫抑制薬物の使用など）の疾患を含めて、ポリオーマウイルス感染に関連づけられる疾患の発症および進行を防止することができる治療的手段が求められている。
この技術的課題が、請求項において特徴づけられ、また、実施例および図面において例示されるようなさらには下記で記載される実施形態によって解決されている。
Ｋｎｏｗｌｓ、ＡＤＶ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．Ｂｉｏｌ．、５７７（２００６）、１９〜４５ Ｆｒｅｎｃｈｙ他、Ｃｌｉｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｒｅｖ．、４２５（２０１２）、４７１〜５０６ Ｆｒｅｎｃｈｙ他、Ｃｌｉｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｒｅｖ．、２５（２０１２）、４７１〜５０６ Ｂｏｇｄａｎｏｖｉｃ他、Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．、２６（２００６）、１３１１〜１３１８ Ｈｉｒｓｃｈ、Ａｍ．Ｊ．Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔ．、２（２００２）、２５〜３０ Ｖａｎ Ａｌｄｅｒｅｎ他、Ｎｅｔｈ．Ｊ．Ｍｅｄ．、７０（２０１２）、１７２〜１８３
モノクローナル抗体による標的化された治療により、ＪＣＶおよび／またはＢＫＶの伝播を、ＪＣＶおよびＢＫＶに関連づけられる疾患に伴う大きい満たされていない医学的要求に対処する受動的な免疫化によって阻止するための新規な治療的取り組みが提供される。ＰＭＬおよびＰＭＬ−ＩＲＩＳから回復したドナーを含む選択されたヒトドナー集団のＢ細胞分析に基づいて作製された本発明によるファースト・イン・クラス組換えヒト抗体は、これらの適応症のための非常に有望な新規薬物候補物を表す。
本発明では、健康なヒト対象のヒトポリオーマウイルス特異的免疫応答が、組換えの抗ヒトポリオーマウイルス特異的ヒトモノクローナル抗体を作製するために使用される。本発明に従って行われた実験は、ヒトポリオーマウイルス、すなわち、健康なヒト対象のプールに由来する、また、ＰＭＬおよびＰＭＬ−ＩＲＩＳからそれぞれ首尾良く回復している患者のプール、ならびに、ポリオーマウイルス随伴疾患の他の患者群に由来するＪＣウイルス（ＪＣＶ）およびＢＫウイルス（ＢＫＶ）を標的化する組換えモノクローナルヒト抗体を作製することに成功した；背景技術（上掲）における記載もまた参照のこと。
具体的には、健康なドナー（ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０４：０１＋または不明なハプロタイプ）のコホート、または、ＰＭＬおよびＰＭＬ−ＩＲＩＳから回復した患者のコホートから得られる免疫レパートリーを、ＶＰ１に対するメモリーＢ細胞についてスクリーニングした。陽性ヒットを、関係のない標的と交差反応するクローンを除外するために逆スクリーニングし、選択的なＶＰ１反応性Ｂ細胞をＩｇＧの重鎖および軽鎖のｃＤＮＡクローニングに供し、その後、ヒト可変重鎖ファミリーおよびヒト可変軽鎖ファミリーのためのＩｇフレームワーク特異的プライマーをヒトＪ−Ｈセグメント特異的プライマーとの組合せで使用することによって発現構築物にサブクローニングした。得られた抗体のアミノ酸配列およびＤＮＡ配列が表ＩＩにおいて与えられる。それらの抗体を、ＪＣＶ ＶＰ１、ＪＣＶ ＶＰ１ ＶＬＰ、ＢＫＶ ＶＰ１、および、ＢＫＶ ＶＰ１ ＶＬＰに対するそれらの結合特異性および結合効率について試験した。ウイルス様粒子（ＶＬＰ）に対するヒット抗体の結合を試験するために、ＶＰ１タンパク質のリフォールディングを設定した（実施例２を参照のこと）。ヒトＶＰ１特異的抗体は、それらの標的に対する大きい親和性をピコモル濃度の範囲内で示した。ヒトＶＰ１特異的抗体はＪＣＶ特異的であった（実施例４を参照のこと）か、または、ＢＫＶ由来のＶＰ１タンパク質に対して交差反応性でもあった（実施例５を参照のこと）かのどちらかであった。これらの抗体の一部が、両方のウイルスに由来するＶＰ１タンパク質と結合していたが、ＢＫＶについて優先的であった（実施例６を参照のこと）。次に、ＶＰ１抗体の結合エピトープを、全長のＶＰ１配列をカバーする線状の重複するペプチドの結合分析によって評価した（実施例８を参照のこと）。
ウイルスの感染および伝播を阻止するヒット抗体の効力を試験するために、ウイルス中和アッセイを行うことができる（実施例９を参照のこと）。
抗体に基づく治療の安全性は標的特異性に大きく依存しているので、無関係なタンパク質の一群に対するＶＰ１抗体の交差反応性を直接的ＥＬＩＳＡによって評価した。ＶＰ１抗体は、無関係な標的に対する最小限の交差反応性を明らかにした（図６）。
健康なドナーから得られたヒット抗体と、多発性硬化症の免疫療法に対する応答で発症したＰＭＬ−ＩＲＩＳの後の患者から得られたヒット抗体とを比較した。おそらくは保護的であり、かつ、回復に関わるそのような患者のメモリーＢ細胞によって産生されるＶＰ１特異的な高親和性抗体の増大した数を確認することができた。興味深いことに、それらの抗体のほとんどが、ＪＣＶ ＶＰ１ ＶＬＰを認識しているだけであった（実施例１０を参照のこと）。
ＪＣＶをインビボで認識し、かつ、阻止する例示的抗体の効力を試験するために、ＶＰ１ ＶＬＰおよびＪＣＶに溶液中で結合する例示的抗体の能力が評価されている（実施例１１を参照のこと）。
感染期間中、および、ＰＭＬ／ＰＭＬ−ＩＲＩＳ疾患の経過の期間中において、ＪＣウイルス由来のＶＰ１タンパク質は、免疫系から逃れるために、または、ＷＴ型ウイルスと比較して有利な立場を得るために変異を獲得し得るかもしれない。したがって、最も一般的なＰＭＬ随伴ＶＰ１変異体に結合する例示的抗体の能力が試験されている（実施例１２を参照のこと）。
ＪＣＶ感染を抑制する機構は今までのところ完全に理解されていないにもかかわらず、ＪＣＶ感染の潜在性がおそらくは、健康な個体では効果的な体液性免疫応答および／または細胞性免疫応答によって抑制されている。したがって、ＪＣＶ特異的なＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞の存在がＰＭＬからの回復に関連づけられており、一方で、これらの細胞が、致死的結果を伴うＰＭＬ症例では存在しなかった。また、ＰＭＬが、低下したＣＤ４＋Ｔ細胞数または損なわれたＣＤ４＋細胞機能の状況において、例えば、ＡＩＤＳおよび特発性ＣＤ４＋リンパ球減少症などにおいて優先的に生じている。ＣＤ８＋のＪＣＶ特異的Ｔ細胞の役割と同等に、ＣＤ４＋の数および機能の回復の後にはＰＭＬの解消が続き、このことは、ＣＤ４＋およびＣＤ８＋の両方のウイルス特異的Ｔ細胞が宿主保護のために非常に重要であることを示している。最後に、クモ膜下腔内での抗体応答が、ＰＭＬにおいて、また、ＰＭＬ−ＩＲＩＳの期間中における脳からのＪＣＶの排除において重要な役割を果たしているという証拠がある。ただし、この場合、脳におけるメモリーＢ細胞および形質細胞の浸潤と、ＩｇＧ１サブクラスおよびＩｇＧ３サブクラスの優勢を伴う顕著な大きいクモ膜下腔内でのＪＣＶ ＶＰ１特異的な抗体応答との両方が見出された。ＪＣＶ感染が健康な個体では抑制され、ＰＭＬが発症しないことを納得させるのはおそらくは、適応免疫応答のすべての主要な関与者、すなわち、ＪＣＶ特異的なＣＤ４＋Ｔ細胞、ＪＣＶ特異的なＣＤ８＋Ｔ細胞および抗体の間における相互作用である。
したがって、本発明は、ポリオーマウイルスおよび／またはポリオーマウイルスＶＰ１タンパク質もしくはそのフラグメントを特異的に認識することができるヒト抗体およびヒト由来抗体、抗原結合フラグメントならびに類似する抗原結合性分子に関する。別途示されないならば、「ポリオーマウイルスおよび／またはポリオーマウイルスＶＰ１タンパク質を特異的に認識する」、「ポリオーマウイルスに（対して）特異的な抗体」および「抗ポリオーマウイルス抗体」によって、具体的に、一般的に、また、まとめて、ポリオーマウイルスの生来（ネイティブ）型に対する抗体、および／または、ポリオーマウイルスのどちらかの形態に特異的に結合する抗体、および／または、ポリオーマウイルス特異的ＶＰ１タンパク質に結合する抗体が意味される。本明細書中には、ポリオーマウイルス、ポリオーマウイルスＶＰ１タンパク質および／またはポリオーマウイルスＶＰ１ウイルス様粒子（ＶＬＰ）に対して特異的なヒト抗体が提供される。
本発明の好ましい実施形態において、ヒト抗体またはその抗原結合フラグメントは、図８に示されるような可変領域ＶＨおよび／または可変領域ＶＬによって特徴づけられる抗体の免疫学的結合特性を明らかにする。
さらには、本発明は、本発明の抗体またはその活性フラグメントを含む組成物、ならびに、ポリオーマウイルスに関連づけられる障害（例えば、ＰＭＬなど）の防止、診断または処置においてそのような組成物を使用する免疫治療法および免疫診断法であって、組成物の効果的な量がその必要性のある患者に投与される方法に関連する。
当然のことながら、本発明は、下記で定義されるような明確かつ独特の特徴を有する抗体またはその抗原結合フラグメントを産生するヒトＢメモリーリンパ球およびヒトＢ細胞にまでそれぞれ網羅する。
本発明はまた、本発明の抗体の免疫グロブリン鎖の可変領域を少なくともコードするポリヌクレオチドに関連する。好ましくは、前記可変領域は、図８に示されるような可変領域の少なくとも１つの相補性決定領域（ＣＤＲ）を含む。
したがって、本発明はまた、前記ポリヌクレオチドを含むベクター、および、該ベクターにより形質転換される宿主細胞、ならびに、ポリオーマウイルスおよび／またはポリオーマウイルスＶＰ１タンパク質に対して特異的である抗体および同等な結合性分子を製造するためのそれらの使用を包含する。抗体およびその模倣体を組換え製造するための様々な手段および方法、ならびに、競合する結合性分子（これは抗体であってもよく、または抗体でなくてもよい）についてスクリーニングする様々な方法がこの技術分野では知られている。しかしながら、特にヒトにおける治療的適用に関して本明細書中に記載されるように、本発明の抗体は、当該抗体の適用が、キメラ抗体およびヒト化抗体について他の場合には認められるそのような抗体に対する免疫応答を実質的に有していないという意味で、ヒト抗体である。
さらには、ポリオーマウイルスおよび／またはポリオーマウイルスＶＰ１タンパク質をサンプルおよび／または生体内において特定するために使用することができる組成物および方法が本明細書中に開示される。本発明の抗ポリオーマウイルス抗体および／または抗ポリオーマウイルスＶＰ１タンパク質抗体ならびに／あるいはそれらの結合フラグメントは、ヒトサンプルを、例えば、表面適合化アッセイに基づくＥＬＩＳＡを使用することによってサンプル中のポリオーマウイルスの存在について、好ましくは、サンプル中のＪＣＶおよび／またはＢＫＶの存在についてスクリーニングするために使用することができる。
本発明の１つの実施形態において、本発明の抗体の少なくとも１つのＣＤＲを含むポリオーマウイルス結合性分子および／またはその結合フラグメントは、ヒトにおけるポリオーマウイルスのインビボ検出において、あるいは、治療剤および／または診断剤をヒトにおけるポリオーマウイルスに対して標的化することにおいて使用されるためのものである。本明細書中に開示される方法および組成物は、ポリオーマウイルスに関連づけられる障害において加えることができ、また、疾患の進行、および、対象に施される治療の治療効力を、例えば、インビボ画像化関連診断法でモニターするために使用することができる。したがって、１つの実施形態において、前記インビボ画像化が、陽電子放射断層撮影法（ＰＥＴ）、単一光子放射型断層撮影法（ＳＰＥＣＴ）、近赤外（ＮＩＲ）光学的画像法または磁気共鳴画像法（ＭＲＩ）を含む本発明のポリオーマウイルス結合性分子が提供される。
したがって、ポリオーマウイルスに関連づけられる疾患（ＰＭＬなど）の処置、診断および／または防止を行うための方法を提供することが、本発明の具体的な目的の１つである。これらの方法は、効果的な量のヒト抗体または抗体誘導体を、当該抗体がポリオーマウイルスおよび／またはそのフラグメントを標的化する対象に投与することを含む。
さらなる態様において、本発明は、ポリオーマウイルス、ポリオーマウイルスＶＰ１タンパク質および／またはその抗原結合フラグメントのエピトープを有するペプチド、好ましくは、本発明の抗体を特異的に認識するＪＣＶおよび／またはＢＫＶのエピトープを有するペプチドを提供する。前記ペプチドは、詳細な説明において、また、実施例において下記で示されるようなアミノ酸配列、または、１つもしくは複数のアミノ酸が置換され、欠失され、および／または付加されるその改変された配列を含むか、あるいは、そのようなアミノ酸配列またはそのような改変された配列からなる。
加えて、本発明は、ポリオーマウイルスに伴う障害を診断するための方法であって、前記ペプチドに結合する抗体の存在を前記対象の生物学的サンプルにおいて明らかにする工程を含む方法を提供する。
詳しくは、本発明は下記に関する：
（１）ポリオーマウイルスおよび／またはその抗原に結合することができるヒトモノクローナル抗体またはその抗原結合フラグメント。
（２）ポリオーマウイルスがＪＣウイルス（ＪＣＶ）またはＢＫウイルス（ＢＫＶ）である、（１）に記載の抗体またはその抗原結合フラグメント。
（３）ＶＰ１タンパク質またはそのフラグメントと結合することができる（１）または（２）に記載の抗体または抗原結合フラグメント、ただし、この場合、好ましくは、抗体またはその抗原結合フラグメントは、実施例１２および図１１に記載されるＶＰ１変異体のうちの少なくとも１つ、２つ、３つなど、またはそれ以上と結合することができる。
（４）前記ウイルスの表面に露出するエピトープを認識することができる、（１）〜（３）のいずれか１つに記載の抗体または抗原結合フラグメント。
（５）血清アルブミン、好ましくはウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）を実質的に認識しない、（１）〜（４）のいずれか１つに記載の抗体または抗原結合フラグメント。
（６）ＪＣＶに対してＢＫＶよりも優先的に結合することができる、または、ＢＫＶに対してＪＣＶよりも優先的に結合することができる、（１）〜（５）のいずれか１つに記載の抗体または抗原結合フラグメント。
（７）ＬＰＧＤＰＤＭ（配列番号８５）、ＧＱＡＴＨＤＮ（配列番号８６）、ＭＲＹＶＤＫＹＧＱＬＱＴ（配列番号８７）またはＲＶＦＥＧＴＥＥＬＰＧ（配列番号８８）のアミノ酸配列を含むか、あるいは、ＬＰＧＤＰＤＭ（配列番号８５）、ＧＱＡＴＨＤＮ（配列番号８６）、ＭＲＹＶＤＫＹＧＱＬＱＴ（配列番号８７）またはＲＶＦＥＧＴＥＥＬＰＧ（配列番号８８）のアミノ酸配列から本質的になる少なくとも１つのＶＰ１エピトープと特異的に結合することができる、（１）〜（６）のいずれか１つに記載の抗体または抗原結合フラグメント。１つの実施形態において、抗体またはそのフラグメントは、挙げられたエピトープのうちの２つを認識する。
（８）その可変領域において、
（ａ）図８に示されるＶＨ可変領域アミノ酸配列および／またはＶＬ可変領域アミノ酸配列の少なくとも１つの相補性決定領域（ＣＤＲ）：
（ｉ）ＶＨ配列（配列番号１、配列番号５、配列番号９、配列番号１３、配列番号１７、配列番号２１、配列番号２５、配列番号２９、配列番号３３、配列番号３７、配列番号４１、配列番号４５、配列番号４９、配列番号５３、配列番号５７、配列番号６１、配列番号６５、配列番号６９、配列番号７３、配列番号７７、配列番号８１、配列番号８９、配列番号９３、配列番号９７、配列番号１０１、配列番号１０５、配列番号１０９、配列番号１１３、配列番号１１７、配列番号１２１、配列番号１２５、配列番号１２９、配列番号１３３、配列番号１３７、配列番号１４１、配列番号１４５、配列番号１４９、配列番号１５３、配列番号１５７、配列番号１６１、配列番号１６５）、および
（ｉｉ）ＶＬ配列またはＶＫ配列（配列番号３、配列番号７、配列番号１１、配列番号１５、配列番号１９、配列番号２３、配列番号２７、配列番号３１、配列番号３５、配列番号３９、配列番号４３、配列番号４７、配列番号５１、配列番号５５、配列番号５９、配列番号６３、配列番号６７、配列番号７１、配列番号７５、配列番号７９、配列番号８３、配列番号９１、配列番号９５、配列番号９９、配列番号１０３、配列番号１０７、配列番号１１１、配列番号１１５、配列番号１１９、配列番号１２３、配列番号１２７、配列番号１３１、配列番号１３５、配列番号１３９、配列番号１４３、配列番号１４７、配列番号１５１、配列番号１５５、配列番号１５９、配列番号１６３、配列番号１６７）；
（ｂ）図８に示されるようなＶＨ領域および／またはＶＬ領域のアミノ酸配列；
（ｃ）（ａ）のアミノ酸配列のいずれか１つの部分的変化から生じるアミノ酸配列からなる少なくとも１つのＣＤＲ；および／または
（ｄ）（ｂ）のアミノ酸配列のいずれか１つの部分的変化から生じるアミノ酸配列を含む重鎖可変領域および／または軽鎖可変領域
を含む、（１）〜（７）のいずれか１つに記載の抗体または抗原結合フラグメント、
ただし、抗体またはその抗原結合フラグメントは場合によりさらに、ＶＨ領域および／またはＶＬ領域あるいは前記少なくとも１つのＣＤＲに対して異種であるポリペプチド配列を含み、この場合、好ましくは、ポリペプチド配列はヒト定常ドメインを含み、好ましくは、ＩｇＧタイプのヒト定常ドメインを含み、最も好ましくは、ＩｇＧ１クラスまたはＩｇＧ１イソタイプのヒト定常ドメインを含む。
（９）（１）〜（８）のいずれか１つに記載される抗体またはその抗原結合フラグメントの免疫グロブリン鎖の可変領域の結合ドメインを少なくともコードするポリヌクレオチド。
（１０）（９）に記載されるポリヌクレオチドを、必要な場合には、抗体またはその抗原結合フラグメントの他方の免疫グロブリン鎖の可変領域をコードする（９）に記載されるポリヌクレオチドとの組合せで含むベクター。
（１１）（９）に記載されるポリヌクレオチドまたは（１０）に記載されるベクターを含む宿主細胞。
（１２）ポリオーマウイルスに結合する抗体および／またはその抗原結合フラグメント／ドメインあるいはその免疫グロブリン鎖を調製するための方法であって、
（ａ）（１１）に記載される細胞を培養すること；および
（ｂ）前記抗体またはその免疫グロブリン鎖を培養物から単離すること
を含む方法。
（１３）（９）に記載されるポリヌクレオチドによってコードされるか、または、上記（１２）に記載される方法によって得ることができる抗体。
（１４）検出可能に標識される、（１）〜（８）または（１３）のいずれか１つに記載の抗体。
（１５）検出可能な標識が、酵素、放射性同位体、蛍光団、ペプチドおよび重金属からなる群から選択される、（１４）に記載の抗体。
（１６）薬物に結合させられる、（１）〜（８）または（１３）〜（１５）のいずれか１つに記載の抗体。
（１７）（１）〜（８）または（１３）〜（１６）のいずれか１つに記載される抗体、（１０）に記載されるポリヌクレオチド、（１１）に記載されるベクター、あるいは、（１２）に記載される細胞を含む組成物、ただし、この場合、好ましくは、組成物は、
（ａ）医薬組成物であり、かつ、医薬用の許容されるキャリアをさらに含むか、または、
（ｂ）診断組成物であり、かつ、免疫もしくは核酸に基づく診断方法において従来から使用される試薬をさらに含む。
（１８）ワクチンである、（１７）に記載の組成物。
（１９）さらに免疫調節剤を含む、（１７）または（１８）に記載の組成物。
（２０）進行性多巣性白質脳症（ＰＭＬ）、顆粒ニューロンの感染、高色素性核、顆粒細胞神経症、脳オートトロフィー（ａｕｔｏｔｈｒｏｐｈｙ）、脳症、髄膜炎、ポリオーマ誘発腫瘍、免疫再構築炎症反応症候群（ＩＲＩＳ）、出血性膀胱炎、肺炎、網膜炎、大腸炎、血管炎、間質性腎臓疾患、気道の感染症、ＪＣＶ腎症、ＢＫＶ腎症、髄膜炎、メルケル細胞ガン、トリコジスプラシア・スピヌローサ（ｔｒｉｃｈｏｄｙｓｐｌａｓｉａ ｓｐｉｎｕｌｏｓａ）または悪性胸膜中皮腫の進行または処置に対する応答をモニターする予防的処置および治療的処置のための医薬組成物または診断組成物を調製する際に使用されるための、（１）〜（８）もしくは（１３）〜（１６）のいずれか１つに記載の抗体、または、それら抗体のいずれか１つの実質的に同じ結合特異性を有するポリオーマウイルスＶＰ１結合性分子、（９）に記載のポリヌクレオチド、（１０）に記載のベクターまたは（１１）に記載の細胞。
（２１）ヒトまたは動物の身体におけるポリオーマウイルスのインビボ検出において、あるいは、治療剤および／または診断剤をヒトまたは動物の身体におけるポリオーマウイルスに対して標的化することにおいて使用されるための、（１）〜（８）または（１３）〜（１６）のいずれか１つに記載される抗体の少なくとも１つのＣＤＲを含むポリオーマウイルス結合性分子。
（２２）前記インビボ画像化が、陽電子放射断層撮影法（ＰＥＴ）、単一光子放射型断層撮影法（ＳＰＥＣＴ）、近赤外（ＮＩＲ）光学的画像法または磁気共鳴画像法（ＭＲＩ）を含む、（２１）に記載のポリオーマウイルス結合性分子。
（２３）（１）〜（８）または（１３）〜（１６）のいずれか１つに記載される抗体によって特異的に認識されるポリオーマウイルスのエピトープを有するペプチド。
（２４）（７）において定義されるアミノ酸配列、あるいは、１つまたは複数のアミノ酸が置換され、欠失され、かつ／または付加されるその改変された配列を含み、（７）または（８）に記載される抗体によって認識される、（２３）に記載のペプチド。
（２５）対象におけるＪＣウイルス（ＪＣＶ）感染またはＢＫウイルス（ＢＫＶ）感染、および、ポリオーマウイルスに伴う障害、例えば、進行性多巣性白質脳症（ＰＭＬ）またはＢＫ（腎症）などを診断するための方法であって、（２３）または（２４）に記載されるペプチドに結合する抗体の存在を前記対象の生物学的サンプルにおいて決定する工程を含む方法。
（２６）進行性多巣性白質脳症（ＰＭＬ）の診断またはその進行のモニタリング、ならびに／あるいは、骨髄、腎臓および他の実質臓器の臨床的移植の後における移植片拒絶の診断またはその進行のモニタリングにおいて有用なキットであって、（１）〜（８）もしくは（１３）〜（１６）のいずれか１つに記載される少なくとも１つの抗体または前記抗体のいずれか１つの実質的に同じ結合特異性を有するポリオーマウイルス結合性分子、（９）に記載されるポリヌクレオチド、（１０）に記載されるベクター、あるいは、（１１）に記載される細胞、ならびに／あるいは、上記（２３）または（２４）に記載されるペプチドを、必要な場合には試薬および／または使用のための説明書と一緒に含むキット。
（２７）ポリオーマウイルスの（再）活性化に伴う疾患の処置おいて、免疫調節剤との組合せで、免疫調節剤と同時に、または、免疫調節剤と連続して使用されるための（１）〜（８）または（１３）〜（１６）のいずれか１つに記載の少なくとも１つの抗体。
（２８）疾患が、進行性多巣性白質脳症（ＰＭＬ）、顆粒ニューロンの感染、高色素性核、顆粒細胞神経症、脳オートトロフィー、脳症、髄膜炎、ポリオーマ誘発腫瘍、免疫再構築炎症反応症候群（ＩＲＩＳ）、出血性膀胱炎、肺炎、網膜炎、大腸炎、血管炎、間質性腎臓疾患、気道の感染症、ＪＣＶ腎症、ＢＫＶ腎症、髄膜炎、メルケル細胞ガン、トリコジスプラシア・スピヌローサまたは悪性胸膜中皮腫であり、かつ／あるいは、薬剤が、ナタリズマブ、エファリズマブ、リツキシマブ、インフリキシマブ、オクレリズマブ、アレムツズマブ、ベンツキシマブ（ｂｅｎｔｕｘｉｍａｂ）またはベドチン（ｖｅｄｏｔｉｎ）である、（１９）に記載の組成物または（２７）に記載の抗体。
本発明のさらなる実施形態が下記の説明および実施例から明らかであろう。
透過電子顕微鏡法によるＶＰ１調製物の特徴づけ。被覆用炭酸塩緩衝液（Ａ）または再会合緩衝液（Ｂ）のどちらかで２００μｇ／ｍｌに希釈される、ＥＬＩＳＡプレート被覆のために使用されたＶＰ１タンパク質の電子顕微鏡法画像。ＶＰ１タンパク質を抗ＶＰ１抗体（Ａｂ３４７５６）により染色し、その後、ヤギ抗マウスＩｇＧ（１０ｎｍの金）により染色した。スケールバーは２００ｎｍを表す。 直接的ＥＬＩＳＡによって評価される組換えヒト由来抗体の、ＪＣＶ ＶＰ１に対する特異的結合およびＥＣ５０決定。 （Ａ）プレートを示された濃度の組換えヒト由来抗体とインキュベーションした。例示的抗体のＮＩ−３０７．１９Ｆ８は、大きい親和性で、ＪＣＶ ＶＰ１（黒四角■、５μｇ／ｍｌ）に対して、また、ＪＣＶ ＶＰ１ ＶＬＰ（黒丸●、５μｇ／ｍｌ）に対して結合し、しかし、ＢＫＶ ＶＰ１（白四角□、５μｇ／ｍｌ）に対しても、ＢＫＶ ＶＰ１ ＶＬＰ（白丸○、５μｇ／ｍｌ）に対しても、ＢＳＡ（黒菱形◆、５μｇ／ｍｌ）に対してもいずれも結合しない。抗体Ａｂ３４７５６はＪＣウイルス（ＪＣＶ）由来のＶＰ１に結合し、ＢＫウイルス（ＢＫＶ）由来のＶＰ１には弱く結合し、しかし、この抗体はまた、ＢＳＡに対して結合性である。データは、４５０ｎｍにおけるＯＤ値として表される。 （Ｂ）ＮＩ−３０７．１３Ｇ４、ＮＩ−３０７．１８Ｅ１２、ＮＩ−３０７．１８Ｆ４Ａ、ＮＩ−３０７．１９Ｆ８、ＮＩ−３０７．２０Ｆ５、ＮＩ−３０７．６１Ｄ１１およびＡｂ３４７５６の抗体についてのＥＣ５０値を、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍソフトウェアを使用する非線形回帰によって推定した。Ｎ／Ａ：適用されず。 直接的ＥＬＩＳＡによって評価される組換えヒト由来抗体の、ＪＣＶ ＶＰ１およびＢＫＶ ＶＰ１に対する特異的結合ならびにＥＣ５０決定。 （Ａ）プレートを示された濃度の組換えヒト由来抗体とインキュベーションした。例示的抗体のＮＩ−３０７．１１Ｇ６およびＮＩ−３０７．２５Ｇ１０は、大きい親和性で、ＪＣＶ ＶＰ１（黒四角■、５μｇ／ｍｌ）、ＪＣＶ ＶＰ１ ＶＬＰ（黒丸●、５μｇ／ｍｌ）、ＢＫＶ ＶＰ１（白四角□、５μｇ／ｍｌ）、および、ＢＫＶ ＶＰ１ ＶＬＰ（白丸○、５μｇ／ｍｌ）に対して結合する。これらの抗体（ＮＩ−３０７．１１Ｇ６およびＮＩ−３０７．２５Ｇ１０）はＢＳＡには結合しない（黒菱形◆、５μｇ／ｍｌ）。データは、４５０ｎｍにおけるＯＤ値として表される。 （Ｂ）ＮＩ−３０７．３Ｇ４、ＮＩ−３０７．６Ａ２、ＮＩ−３０７．１１Ｇ６、ＮＩ−３０７．１９Ｆ１０、ＮＩ−３０７．２４Ｆ３、ＮＩ−３０７．２５Ｇ１０、ＮＩ−３０７．４３Ａ１１、ＮＩ−３０７．４４Ｆ６Ｂ、ＮＩ−３０７．５７Ｄ５およびＮＩ−３０７．７８Ｃ３の抗体についてのＥＣ５０値を、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍソフトウェアを使用する非線形回帰によって推定した。 直接的ＥＬＩＳＡによって評価される組換えヒト由来抗体の、ＢＫＶ ＶＰ１に対する特異的結合およびＥＣ５０決定。 （Ａ）プレートを示された濃度の組換えヒト由来抗体とインキュベーションした。例示的抗体のＮＩ−３０７．２６Ｅ１０およびＮＩ−３０７．５Ｈ３は、大きい親和性で、ＢＫＶ ＶＰ１（白四角□、５μｇ／ｍｌ）、および、ＢＫＶ ＶＰ１ ＶＬＰ（白丸○、５μｇ／ｍｌ）に結合し、ＪＣＶ ＶＰ１（黒四角■、５μｇ／ｍｌ）、および、ＪＣＶ ＶＰ１ ＶＬＰ（黒丸●、５μｇ／ｍｌ）には弱く結合する。これらの抗体（ＮＩ−３０７．２６Ｅ１０およびＮＩ−３０７．５Ｈ３）はＢＳＡには結合しない（黒菱形◆、５μｇ／ｍｌ）。データは、４５０ｎｍにおけるＯＤ値として表される。 （Ｂ）ＮＩ−３０７．１Ｅ１、ＮＩ−３０７．５Ｈ３、ＮＩ−３０７．２４Ｃ６およびＮＩ−３０７．２６Ｅ１０の抗体についてのＥＣ５０値を、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍソフトウェアを使用する非線形回帰によって推定した。 ペプスキャン（ｐｅｐｓｃａｎ）分析によって評価されるヒト由来組換え抗体のＶＰ１結合エピトープ。 （Ａ）組換えヒト由来抗体ＮＩ−３０７．１１Ｇ６（１μｇ／ｍｌ）のペプスキャン画像。ＮＩ−３０７．１１Ｇ６の結合が、アミノ酸３３３〜アミノ酸３３９を含むペプチド８２、ペプチド８３およびペプチド８４（Ｅ列、２番目、３番目および４番目のスポット）において生じた（ペプチド８２：３２５−ＲＶＦＥＧＴＥＥＬＰＧＤＰＤＭ−３３９、ペプチド８３：３２９−ＧＴＥＥＬＰＧＤＰＤＭＭＲＹＶ−３４３、ペプチド８４：３３３−ＬＰＧＤＰＤＭＭＲＹＶＤＫＹＶ−３４３、コンセンサスな結合配列：ＬＰＧＤＰＤＭ）。二次のＨＲＰコンジュゲート化ロバ抗ヒトＩｇＧ Ｆｃγのみ（１：２０，０００；二次抗体のみ）をコントロールとして使用した。 （Ｂ）ＶＰ１タンパク質配列の示されたアミノ酸の中における種々のヒト由来ＶＰ１特異的抗体の特定された結合エピトープ。下線部のアミノ酸が、ＪＣＶ ＶＰ１タンパク質と、ＢＫＶ ＶＰ１タンパク質との間で異なる。 直接的ＥＬＩＳＡによる単量体タンパク質または凝集タンパク質に対するＶＰ１抗体の交差反応性試験。 （Ａ）ＥＬＩＳＡプレートを種々の濃度での示された抗原により被覆し、その後、ＮＩ−３０７．１１Ｇ６、ＮＩ−３０７．２５Ｇ１０、ＮＩ−３０７．１９Ｆ８およびＮＩ−３０７．２６Ｅ１０の組換え抗体とインキュベーションした。これらの抗体はＶＰ１調製物に対する特異的な結合を示し、無関係なタンパク質に対しては何ら結合を示さなかった。データが、４５０ｎｍにおけるＯＤ値として表される。 （Ｂ）ＥＬＩＳＡプレートを１μｇ／ｍｌの濃度での示された抗原により被覆し、その後、ＮＩ−３０７．１１Ｇ６、ＮＩ−３０７．２５Ｇ１０、ＮＩ−３０７．１９Ｆ８およびＮＩ−３０７．２６Ｅ１０の組換え抗体とインキュベーションした。これらの抗体は種々のＶＰ１調製物に対する特異的な結合を示し、ＪＣＶのＶＰ２タンパク質およびＶＰ３タンパク質（Ｂｉｏｃｌｏｎｅ Ｉｎｃ）ならびに他の無関係なタンパク質に対しては何ら結合を示さなかった。データが、４５０ｎｍにおけるＯＤ値として表される。 ＰＭＬ−ＩＲＩＳ後の患者からのＶＰ１特異的抗体の単離。 （Ａ）ＥＬＩＳＡプレートを種々の濃度での示された抗原により被覆し、その後、ＰＭＬおよびＰＭＬ−ＩＲＩＳから首尾良く回復した患者からクローン化される組換え抗体のＮＩ−３０７．５８Ｃ７およびＮＩ−３０７．１０５Ｃ７とインキュベーションした。これらの抗体は、ＪＣＶ ＶＰ１ ＶＬＰに対する特異的な結合を示し、破壊された粒子（ＪＣＶ ＶＰ１）、ＢＫＶ ＶＰ１調製物、または、無関係な単量タンパク質もしくは凝集タンパク質に対しては何ら結合を示さなかった。データが、４５０ｎｍにおけるＯＤ値として表される。 （Ｂ）ＮＩ−３０７．７Ｊ３、ＮＩ−３０７．２６Ａ３、ＮＩ−３０７．２７Ｃ２、ＮＩ−３０７．２７Ｃ１１、ＮＩ−３０７．２９Ｂ１、ＮＩ−３０７．４３Ｅ８、ＮＩ−３０７．４５Ｅ１０、ＮＩ−３０７．４７Ｂ１１、ＮＩ−３０７．５０Ｈ４、ＮＩ−３０７．５３Ｂ１１、ＮＩ−３０７．５６Ａ８、ＮＩ−３０７．５７Ｄ４、ＮＩ−３０７．５８Ｃ７、ＮＩ−３０７．５９Ａ７、ＮＩ−３０７．７２Ｆ７、ＮＩ−３０７．７２Ｆ１０、ＮＩ−３０７．９８Ｄ３、ＮＩ−３０７．９８Ｈ１、ＮＩ−３０７．１０５Ａ６およびＮＩ−３０７．１０５Ｃ７の抗体についてのＥＣ５０値を、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍソフトウェアを使用する非線形回帰によって推定した。Ｎ／Ａ：適用されず。 ヒトＪＣＶ抗体および／またはヒトＢＫＶ抗体の可変領域（すなわち、重鎖およびカッパ／ラムダ軽鎖）のアミノ酸配列およびヌクレオチド配列。 （Ａ）ＮＩ−３０７．１３Ｇ４、（Ｂ）ＮＩ−３０７．１９Ｆ１０、（Ｃ）ＮＩ−３０７．１９Ｆ８、（Ｄ）ＮＩ−３０７．１１Ｇ６、（Ｅ）ＮＩ−３０７．１７Ｆ１２、（Ｆ）ＮＩ−３０７．６Ａ２、（Ｇ）ＮＩ−３０７．５Ｈ３、（Ｈ）ＮＩ−３０７．２５Ｇ１０、（Ｉ）ＮＩ−３０７．２６Ｅ１０、（Ｊ）ＮＩ−３０７．１Ｅ１、（Ｋ）ＮＩ−３０７．２４Ｃ６、（Ｌ）ＮＩ−３０７．７８Ｃ３、（Ｍ）ＮＩ−３０７．５７Ｄ５、（Ｎ）ＮＩ−３０７．４３Ａ１１、（Ｏ）ＮＩ−３０７．３Ｇ４、（Ｐ）ＮＩ−３０７．６１Ｄ１１、（Ｑ）ＮＩ−３０７．２４Ｆ３、（Ｒ）ＮＩ−３０７．１８Ｅ１２、（Ｓ）ＮＩ−３０７．２０Ｆ５、（Ｔ）ＮＩ−３０７．５８Ｃ７、（Ｕ）ＮＩ−３０７．１０５Ｃ７、（Ｖ）ＮＩ−３０７．９８Ｄ３、（Ｗ）ＮＩ−３０７．７２Ｆ７、（Ｘ）ＮＩ−３０７．４５Ｅ１０、（Ｙ）ＮＩ−３０７．７２Ｆ１０、（Ｚ）ＮＩ−３０７．５６Ａ８、（Ａ２）ＮＩ−３０７．２７Ｃ１１、（Ｂ２）ＮＩ−３０７．４７Ｂ１１、（Ｃ２）ＮＩ−３０７．２６Ａ３、（Ｄ２）ＮＩ−３０７．２７Ｃ２、（Ｅ２）ＮＩ−３０７．５７Ｄ４、（Ｆ２）ＮＩ−３０７．５０Ｈ４、（Ｇ２）ＮＩ−３０７．５３Ｂ１１、（Ｈ２）ＮＩ−３０７．７Ｊ３、（Ｉ２）ＮＩ−３０７．５９Ａ７、（Ｊ２）ＮＩ−３０７．１０５Ａ６、（Ｋ２）ＮＩ−３０７．２９Ｂ１、（Ｌ２）ＮＩ−３０７．４４Ｆ６Ｂ、（Ｍ２）ＮＩ−３０７．９８Ｈ１、（Ｎ２）ＮＩ−３０７．４３Ｅ８および（Ｏ２）ＮＩ−３０７．１８Ｆ４Ａ。フレームワーク領域（ＦＲ）および相補性決定領域（ＣＤＲ）が示され、ＣＤＲには下線が引かれる。クローニング戦略に起因して、重鎖および軽鎖のＮ末端におけるアミノ酸配列は潜在的にはプライマー誘発変化をＦ１において含有する場合があり、しかしながら、この変化は抗体の生物学的活性には実質的な影響を与えない。コンセンサスなヒト抗体を提供するために、最初のクローンのヌクレオチド配列およびアミノ酸配列をデータベースにおける該当するヒト生殖系列可変領域配列に一致させてアライメントし、適合させた；例えば、ＭＲＣ Ｃｅｎｔｒｅ ｆｏｒ ｐｒｏｔｅｉｎ ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ、英国）によって提供されるＶ ｂａｓｅ（ｈｔｔｐ：／／ｖｂａｓｅ．ｍｒｃ−ｃｐｅ．ｃａｍ．ａｃ．ｕｋ／）を参照のこと。 フローサイトメトリーによって評価される組換えヒト由来抗体の、ＶＰ１ ＶＬＰおよびＪＣＶに対する溶液中での結合。 （Ａ）組み立てられたＶＰ１ ＶＬＰを、それらが付着することを可能にするためにラテックスビーズとインキュベーションした。その後でビーズを洗浄し、ＮＩ−３０７．９８Ｄ３、ＮＩ−３０７．４４Ｆ６ＢおよびＮＩ−３０７．１１Ｇ６により染色し、その後、フローサイトメトリーによって分析して、ＶＰ１ ＶＬＰに対するこれらの例示的抗体の結合を評価した。 （Ｂ）感染させられたＳＶＧ−Ａ細胞によって産生されるＪＣＶを、それらが付着することを可能にするためにラテックスビーズとインキュベーションした。その後でビーズを洗浄し、ＮＩ−３０７．９８Ｄ３、ＮＩ−３０７．４４Ｆ６ＢおよびＮＩ−３０７．１１Ｇ６により染色し、その後、フローサイトメトリーによって分析して、ＪＣＶに対するこれらの例示的抗体の結合を評価した。 組換えヒト由来抗体によるＳＶＧ−Ａ細胞のＪＣＶ感染の中和。 （Ａ）ＪＣＶを例示的抗体またはイソタイプコントロールのどちらかとインキュベーションした。その後でウイルスをＳＶＧ−Ａ細胞に加え、その後、ＳＶＧ−Ａ細胞を感染後３日で固定処理し、透過処理して、ＤＡＰＩ（青色）および抗ＶＰ１抗体（緑色、明るい）により染色した。その後、染色された細胞を蛍光顕微鏡により可視化した。（Ｂ）ＪＣＶを例示的なＮＩ−３０７．９８Ｄ３抗体またはイソタイプコントロールのどちらかと種々の濃度でインキュベーションした。その後でウイルスをＳＶＧ−Ａ細胞に加え、その後、ＳＶＧ−Ａ細胞を感染後３日で固定処理し、透過処理して、ＤＡＰＩおよび抗ＶＰ１抗体により染色した。その後、染色された細胞を蛍光顕微鏡により可視化し、感染細胞の数を、三連で行われたそれぞれの条件について定量化した。感染細胞の最大数を、ウイルスが抗体非含有培地でプレインキュベーションされたときに感染した細胞の数を計数することによって求めた。ＩＣ５０は、感染したかもしれない細胞の５０％の感染を中和するために必要である抗体濃度に対応し、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍソフトウェアを使用する非線形回帰によって推定される。 フローサイトメトリーによって評価される組換えヒト由来抗体のＰＭＬ随伴ＶＰ１変異体に対する結合。 ２９３ＴＴ細胞を一過性にトランスフェクションして、ＶＰ１ Ｌ５５Ｆ Ｓ２６９Ｆ、ＶＰ１ Ｌ５５Ｆ Ｓ２６７Ｆ、ＶＰ１ Ｌ５５Ｆ Ｎ２６５Ｄ、ＶＰ１ ＧＣＮ変異体および野生型ＶＰ１を発現させたか、あるいは、模擬トランスフェクションした。その後、細胞を固定処理し、透過処理して、ＮＩ−３０７．１１Ｇ６、ＮＩ−３０７．９８Ｄ３、ＮＩ−３０７．２７Ｃ１１およびＮＩ−３０７．５３Ｂ１１の例示的抗体ならびにイソタイプコントロールにより染色した。その後、ＶＰ１変異体に対する抗体結合をフローサイトメトリーによって測定した。
本発明は、選択されたヒトドナー集団から得られる配列情報に基づいて作製され、ポリオーマウイルスおよび／またはその抗原に対して、具体的にはＪＣＶまたはＢＫＶおよび／またはそれらのＶＰ１タンパク質に対して結合することができるヒトモノクローナル抗体および組換えヒト由来モノクローナル抗体ならびにそれらの抗原結合フラグメントに関連する。本発明の抗体は好都合に、本発明の抗体が、上記ウイルスを標的化するために、ならびに、体液（例えば、血液）に放出されるウイルスタンパク質を診断するために、それらの両方で好適にされる上記ウイルスおよび／または単離されたウイルスタンパク質に特異的に結合することによって特徴づけられる。そのうえ、本発明の抗体は典型的には、関係のないタンパク質（例えば、血清アルブミンなど、具体的にはウシ血清アルブミン、すなわち、医薬品の配合または研究室使用において一般に使用されるタンパク質）との交差活性を何ら示さない。したがって、本発明の抗体は、ヒト起源であること、および親和性成熟であること故に、治療剤として安全であり、かつ、ポリオーマウイルスを、偽陽性を与えることなく検出するための研究室試薬として特異的であることが合理的に予想され得る。
加えて、そのポリオーマウイルス中和活性のために、本発明の抗体、ならびに、その誘導体は、例えば、免疫抑制薬物により処置されることになる疾患に罹患し、かつ、日和見的なポリオーマウイルス感染およびポリオーマウイルス複製の活性化の危険性を有する患者（例えば、本明細書中前記の背景の節で記載される患者など）の併用療法のために使用することができる。したがって、具体的な好都合な実施形態として、本発明は、例えば、臓器移植を受けている免疫低下患者の処置において、単独で、または、免疫抑制薬物（例えば、背景の節で記載される免疫抑制薬物など）を受けている患者の処置のどちらでも使用されるための、本明細書中に記載されるヒトモノクローナル抗体およびそのどのような誘導体にも関連し、ただし、この場合、本発明の抗体およびその誘導体のいずれもが、免疫抑制薬物と同時に投与されるために、あるいは、免疫抑制薬物の投与の前または後において連続して投与されるために設計される。本発明の１つの実施形態において、本発明のヒトモノクローナル抗体、または、その任意の誘導体と、１つまたは複数の免疫抑制薬物との両方を含む医薬組成物が提供される。
Ｉ．定義
別途言及されない限り、本明細書中で使用されるような用語には、Ｏｘｆｏｒｄ Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ、１９９７年、２０００年改訂および２００３年再版、ＩＳＢＮ ０ １９ ８５０６７３ ２）において提供されるような定義が与えられる。
用語「ａ」または「ａｎ」を伴う実体はそのような実体の１つまたは複数を示すことに留意しなければならない；例えば、「ａｎ ａｎｔｉｂｏｄｙ」（抗体）は１つまたは複数の抗体を表すことが理解される。そのようなものとして、用語「ａ」（または「ａｎ」）、 「ｏｎｅ ｏｒ ｍｏｒｅ」（１つまたは複数）および 「ａｔ ｌｅａｓｔ ｏｎｅ」（少なくとも１つ）は、本明細書中では交換可能に使用され得る。
具体的に別途示されないならば、用語「ポリオーマウイルス」、「ＪＣＶ」および「ＢＫＶ」は、生来型の単量体形態、二量体形態およびオリゴマー形態のポリオーマウイルスペプチド、ＪＣＶペプチドおよびＢＫＶペプチドを具体的に示すために交換可能に使用される。これらの用語はまた、上記ペプチドの他の形態、例えば、オリゴマーおよび／または凝集物、ＶＰ１タンパク質、ＶＰ２タンパク質およびＶＰ３タンパク質を一般に特定するために使用され、しかも、また、すべてのタイプおよび形態をまとめて示すために使用される。
本明細書中に開示されるヒト抗ポリオーマウイルス抗体、好ましくは抗ＪＣＶ抗体および抗ＢＫＶ抗体は、ポリオーマウイルス（好ましくはＪＣＶおよび／またはＢＫＶ）、ポリオーマウイルスＶＰ１タンパク質（好ましくは、ＪＣＶのＶＰ１タンパク質および／またはＢＫＶのＶＰ１タンパク質）およびそれらのエピトープ、ならびに、ポリオーマウイルス（好ましくはＪＣＶおよび／またはＢＫＶ）の様々な変化体およびそれらのエピトープと特異的に結合する。Ｆｅｒｅｎｃｚｙ他、Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ Ｒｅｖｉｅｗｓ、２５（３）（２０１２）、４７１〜５０６、および、Ｇｏｒｅｌｉｋ他、Ｔｈｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ Ｄｉｓｅａｓｅｓ、２０４（２０１１）、１０３〜１１４を参照のこと。本明細書中で使用される場合、ポリオーマウイルス、ＪＣＶおよび／またはＢＫＶ、ポリオーマウイルスＶＰ１タンパク質（好ましくはＪＣＶのＶＰ１および／またはＢＫＶのＶＰ１）と「特異的に結合する」、「選択的に結合する」、または「好ましくは結合する」抗体に対する言及は、関係のない他のタンパク質と結合しない抗体を示す。１つの実施形態において、本明細書中に開示されるポリオーマウイルス抗体、ＪＣＶ抗体および／またはＢＫＶ抗体は、ポリオーマウイルス（好ましくはＪＣＶおよび／またはＢＫＶ）、ポリオーマウイルスＶＰ１タンパク質（好ましくはＪＣＶのＶＰ１タンパク質および／またはＢＫＶのＶＰ１タンパク質）、および、ポリオーマウイルスＶＰ１ウイルス様粒子（ＶＬＰ）（好ましくは、ＪＣＶ ＶＰ１ ＶＬＰ、および／または、ＢＫＶ ＶＰ１ ＶＬＰ）またはそれらのエピトープと結合することができ、ＢＳＡおよび他のタンパク質に対する結合を何ら示さない。本発明のヒトポリオーマウイルス抗体、ＪＣＶ抗体および／またはＢＫＶ抗体は、健康なヒト対象のプールから、あるいは、ポリオーマウイルス（好ましくはＪＣＶおよび／またはＢＫＶ）特異的免疫応答を示すＰＭＬ−ＩＲＩＳ患者のプールから作製されているので、本発明のポリオーマウイルス抗体、好ましくはＪＣＶ抗体および／またはＢＫＶ抗体はまた、それらの抗体が、対象によって発現される抗体に実際に由来したものであり、かつ、例えば、ヒト免疫グロブリン発現ファージライブラリー（これは、ヒト様抗体を提供しようとするための一般的な方法を表す）からは単離されていないことを強調するために「ヒト由来抗体」と呼ばれることがある。
ペプチド：
本明細書中で使用される場合、用語「ペプチド」は、その意味の範囲内において、（時には本明細書中では交換可能に使用されることがある）用語「ポリペプチド」および用語「タンパク質」を包含することが理解される。同様に、タンパク質およびポリペプチドのフラグメントもまた包含され、タンパク質およびポリペプチドのフラグメントは本明細書中では「ペプチド」と称される場合がある。それにもかかわらず、用語「ペプチド」は好ましくは、少なくとも５個の連続するアミノ酸を含むアミノ酸ポリマーを意味し、好ましくは少なくとも１０個の連続するアミノ酸を含むアミノ酸ポリマーを意味し、より好ましくは少なくとも１５個の連続するアミノ酸を含むアミノ酸ポリマーを意味し、さらにより好ましくは少なくとも２０個の連続するアミノ酸を含むアミノ酸ポリマーを意味し、特に好ましくは少なくとも２５個の連続するアミノ酸を含むアミノ酸ポリマーを意味する。加えて、本発明によるペプチドは典型的には、最大でも１００個の連続するアミノ酸を有し、好ましくは８０個未満の連続するアミノ酸を有し、より好ましくは５０個未満の連続するアミノ酸を有する。
ポリペプチド：
本明細書中で使用される場合、用語「ポリペプチド」は、１つだけの「ポリペプチド」ならびに複数の「ポリペプチド」を包含することが意図され、アミド結合（ペプチド結合としても知られている）によって直鎖状に連結されるモノマー（アミノ酸）から構成される分子を示す。用語「ポリペプチド」は、２個以上のアミノ酸の任意の鎖（１つまたは複数）を示し、生成物の特定の長さを示さない。したがって、「ペプチド」、「ジペプチド」、「トリペプチド」、「オリゴペプチド」、「タンパク質」、「アミノ酸鎖」、または、２個以上のアミノ酸の鎖（１つまたは複数）を示すために使用される任意の他の用語が、「ポリペプチド」の定義の範囲に含まれ、用語「ポリペプチド」は、これらの用語のいずれかの代わりに、または、これらの用語のどれとも交換可能に使用される場合がある。
用語「ポリペプチド」はまた、限定されないが、グリコシル化、アセチル化、リン酸化、アミド化、および、知られている保護基／ブロック基、タンパク質分解的切断による誘導体化、または、天然に存在しないアミノ酸による修飾を含めて、当該ポリペプチドの発現後修飾の産物を示すことが意図される。ポリペプチドは天然の生物学的供給源に由来してもよく、または、組換え技術によって産生されてもよいが、指定された核酸配列から必ずしも翻訳されない。ポリペプチドは、化学合成による様式を含めて、どのような様式において作製されてもよい。
本発明のポリペプチドは、約３個以上のアミノ酸のサイズ、５個以上のアミノ酸のサイズ、１０個以上のアミノ酸のサイズ、２０個以上のアミノ酸のサイズ、２５個以上のアミノ酸のサイズ、５０個以上のアミノ酸のサイズ、７５個以上のアミノ酸のサイズ、１００個以上のアミノ酸のサイズ、２００個以上のアミノ酸のサイズ、５００個以上のアミノ酸のサイズ、１，０００個以上のアミノ酸、または、２，０００個以上のアミノ酸のサイズである場合がある。ポリペプチドは、規定された三次元構造を有する場合があるが、ポリペプチドはそのような構造を必ずしも有さない。規定された三次元構造を有するポリペプチドは、折り畳まれたとして示される。規定された三次元構造を有するのではなく、むしろ、非常に多数の異なる立体配座を取ることができるポリペプチドは、折り畳まれていないとして示される。本明細書中で使用される場合、糖タンパク質という用語は、アミノ酸残基（例えば、セリン残基またはアスパラギン残基）の酸素含有側鎖または窒素含有側鎖を介して当該タンパク質に結合する少なくとも１つの炭水化物成分に連結されるタンパク質を示す。
「単離された」ポリペプチドあるいはそのフラグメント、変異体または誘導体によって、その天然の環境に存在していないポリペプチドが意図される。特定の精製レベルは何ら要求されない。例えば、単離されたポリペプチドはその生来的な環境または天然の環境から取り出され得る。宿主細胞において発現される組換え産生されたポリペプチドおよびタンパク質は、任意の好適な技術によって分離されているか、分画されているか、あるいは、部分的または実質的に精製されている生来的ポリペプチドまたは組換えポリペプチドのように、本発明の様々な目的のために単離されていると見なされる。
「組換え（の）ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質」は、組換えＤＮＡ技術によって産生される、すなわち、所望されるペプチドを含む融合タンパク質をコードする外因性の組換えＤＮＡ発現構築物によって形質転換される細胞（微生物細胞または哺乳動物細胞）から産生される、ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質を示す。ほとんどの細菌培養物において発現されるタンパク質またはペプチドは典型的にはグリカンを含まないであろう。酵母において発現されるタンパク質またはペプチドは、哺乳動物細胞において発現されるものとは異なるグリコシル化パターンを有する場合がある。
本発明のポリペプチドとして、前記ポリペプチドのフラグメント、誘導体、アナログまたは変異体、および、それらの任意の組合せも含まれる。用語「フラグメント」、「変異体」、「誘導体」および「アナログ」には、天然ペプチドのアミノ酸配列に十分に類似するアミノ酸配列を有するペプチドおよびポリペプチドが含まれる。用語「十分に類似する」は、第１のアミノ酸配列および第２のアミノ酸配列が共通の構造的ドメインおよび／または共通の機能的活性を有するように、第２のアミノ酸配列に対する十分な数または最小数の同一アミノ酸残基または等価なアミノ酸残基を含有する第１のアミノ酸配列を意味する。例えば、共通の構造的ドメインを含むアミノ酸配列で、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％または少なくとも約１００％が同一であるアミノ酸配列は、十分に類似するとして本明細書中では定義される。好ましくは、変異体は、本発明の好ましいペプチドのアミノ酸配列に、特に、ポリオーマウイルス、好ましくはＪＣＶ及び又はＢＫＶ、ポリオーマウイルスＶＰ１タンパク質、好ましくはＪＣＶ ＶＰ１及び／又はＢＫＶ ＶＰ１タンパク質、ポリオーマウイルスＶＰ１様粒子（ＶＬＰｓ）、好ましくはＪＣＶ ＶＰ１ ＶＬＰｓ及び／又はＢＫＶ ＶＰ１ ＶＬＰｓ、あるいは、それらのどちらかのフラグメント、変異体、誘導体またはアナログのアミノ酸配列に十分に類似しているであろう。そのような変異体は一般に、本発明のペプチドの機能的活性を保持する。変異体には、１つまたは複数のアミノ酸欠失、アミノ酸付加および／またはアミノ酸置換によって生来型ペプチドおよびｗｔ型ペプチドとはアミノ酸配列においてそれぞれ異なるペプチドが含まれる。これらは、天然に存在する変異体、ならびに、人為的に設計された変異体である場合がある。
さらに、用語「フラグメント」、「変異体」、「誘導体」および「アナログ」は、本発明の抗体または抗体ポリペプチドに言及するときには、対応する生来型の結合性分子、抗体またはポリペプチドの抗原結合特性の少なくとも一部を保持するどのようなポリペプチドも含まれる。本発明のポリペプチドのフラグメントには、本明細書中の他のところで議論される具体的な抗体フラグメントに加えて、タンパク質分解的フラグメント、ならびに、欠失フラグメントが含まれる。本発明の抗体および抗体ポリペプチドの変異体には、上記で記載されるようなフラグメント、および、アミノ酸の置換、欠失または挿入に起因する変化したアミノ酸配列を有するポリペプチドも含まれる。変異体は天然に存在している場合があり、または、天然に存在していない場合がある。天然に存在していない変異体は、この技術分野において知られている変異誘発技術を使用して作製される場合がある。変異体ポリペプチドは、保存的または非保存的なアミノ酸置換、アミノ酸欠失またはアミノ酸付加を含む場合がある。ポリオーマウイルス、好ましくはＪＣＶ及び／又はＢＫＶ特異的な結合性分子の誘導体、例えば、本発明の抗体および抗体ポリペプチドの誘導体は、生来型ポリペプチドに対して見出されないさらなる特徴を示すように変化させられているポリペプチドである。例には、融合タンパク質が挙げられる。変異体ポリペプチドは、本明細書中では「ポリペプチドアナログ」として示される場合もある。本明細書中で使用される場合、結合性分子もしくはそのフラグメント、抗体または抗体ポリペプチドの「誘導体」は、官能側鎖基の反応によって化学的に誘導体化される１つまたは複数の残基を有する当該ポリペプチドを示す。また、「誘導体」として、２０個の標準的アミノ酸の１つまたは複数の天然に存在するアミノ酸誘導体を含有するそのようなペプチドも含まれる。例えば、４−ヒドロキシプロリンがプロリンの代わりに使用されてもよい；５−ヒドロキシリシンがリシンの代わりに使用されてもよい；３−メチルヒスチジンがヒスチジンの代わりに使用されてもよい；ホモセリンがセリンの代わりに使用されてもよい；また、オルニチンがリシンの代わりに使用されてもよい。
分子の類似性および／または同一性の決定：
２つのペプチドの間における「類似性」が、一方のペプチドのアミノ酸配列を第２のペプチドの配列に対して比較することによって求められる。一方のペプチドのアミノ酸が同一であるか、または、保存的なアミノ酸置換であるならば、一方のペプチドのアミノ酸は第２のペプチドの対応するアミノ酸と類似している。保存的な置換には、Ｄａｙｈｏｆｆ，Ｍ．Ｏ．編、Ｔｈｅ Ａｔｌａｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ ａｎｄ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ５（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ、Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，Ｄ．Ｃ．（１９７８））に記載される置換、および、Ａｒｇｏｓ、ＥＭＢＯ Ｊ．８（１９８９）、７７９〜７８５に記載される置換が含まれる。例えば、下記の群の１つに属するアミノ酸は、保存的な変化または置換を表す：−Ａｌａ、Ｐｒｏ、Ｇｌｙ、Ｇｌｎ、Ａｓｎ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ；−Ｃｙｓ、Ｓｅｒ、Ｔｙｒ、Ｔｈｒ；−Ｖａｌ、Ｉｌｅ、Ｌｅｕ、Ｍｅｔ、Ａｌａ、Ｐｈｅ；−Ｌｙｓ、Ａｒｇ、Ｈｉｓ；−Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、Ｔｒｐ、Ｈｉｓ；および、−Ａｓｐ、Ｇｌｕ。
２つのポリヌクレオチドの間における「類似性」が、一方のポリヌクレオチドの核酸配列を所与のポリヌクレオチドの配列に対して比較することによって求められる。一方の核酸が同一であるならば、または、核酸がコード配列の一部である場合、当該核酸を含むそれぞれのトリプレットが、同じアミノ酸または保存的なアミノ酸置換をコードするならば、一方のポリヌクレオチドの核酸は第２のポリヌクレオチドの対応する核酸と類似している。
２つの配列の間におけるパーセント同一性またはパーセント類似性の決定が好ましくは、ＫａｒｌｉｎおよびＡｌｔｓｃｈｕｌ（１９９３）（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ ＵＳＡ ９０：５８７３〜５８７７）の数学的アルゴリズムを使用して達成される。そのようなアルゴリズムが、ＮＣＢＩ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｂｌａｓｔ／Ｂｌａｓｔ．ｃｇｅ）において利用可能なＡｌｔｓｃｈｕｌ他（１９９０）（Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３〜４１０）のＢＬＡＳＴｎプログラムおよびＢＬＡＳＴｐプログラムに組み込まれる。
パーセント同一性またはパーセント類似性の決定が、ＮＣＢＩのウエブページで推奨されるような、また、特定の長さおよび組成の配列に関しての「ＢＬＡＳＴ Ｐｒｏｇｒａｍ Ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ Ｇｕｉｄｅ」に記載されるようなＢＬＡＳＴｎプログラムおよびＢＬＡＳＴｐプログラムの標準的なパラメーターを用いて行われる。
ＢＬＡＳＴポリヌクレオチド検索が、ＢＬＡＳＴｎプログラムを用いて行われる。
一般的なパラメーターについては、「Ｍａｘ Ｔａｒｇｅｔ Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ」ボックスが１００に設定される場合があり、「Ｓｈｏｒｔ ｑｕｅｒｉｅｓ」ボックスにチェックが入れられる場合があり、「Ｅｘｐｅｃｔ ｔｈｒｅｓｈｏｌｄ」ボックスが１０００に設定される場合があり、「Ｗｏｒｄ Ｓｉｚｅ」ボックスが７に設定される場合があり、これらはＮＣＢＩのウエブページにおいて短い配列（２０塩基未満）について推奨される通りである。より長い配列については、「Ｅｘｐｅｃｔ ｔｈｒｅｓｈｏｌｄ」ボックスが１０に設定される場合があり、「Ｗｏｒｄ Ｓｉｚｅ」ボックスが１１に設定される場合がある。スコア化パラメーターについては、「Ｍａｔｃｈ／ｍｉｓｍａｔｃｈ Ｓｃｏｒｅｓ」が、１、−２に設定される場合があり、「Ｇａｐ Ｃｏｓｔｓ」ボックスが直線に設定される場合がある。フィルターおよびマスキングパラメーターについては、「Ｌｏｗ ｃｏｍｐｌｅｘｉｔｙ ｒｅｇｉｏｎｓ」ボックスにチェックが入れられない場合があり、「Ｓｐｅｃｉｅｓ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｒｅｐｅａｔｓ」ボックスにチェックが入れられない場合があり、「Ｍａｓｋ ｆｏｒ ｌｏｏｋｕｐ ｔａｂｌｅ ｏｎｌｙ」ボックスにチェックが入れられる場合があり、「ＤＵＳＴ Ｆｉｌｔｅｒ Ｓｅｔｔｉｎｇｓ」にチェックが入れられる場合があり、「Ｍａｓｋ ｌｏｗｅｒ ｃａｓｅ ｌｅｔｔｅｒｓ」ボックスにチェックが入れられない場合がある。一般に、「Ｓｅａｒｃｈ ｆｏｒ ｓｈｏｒｔ ｎｅａｒｌｙ ｅｘａｃｔ ｍａｔｃｈｅｓ」がこの点に関して使用される場合があり、これにより、上記で示された設定のほとんどが提供される。この点に関してのさらなる情報は、ＮＣＢＩのウエブページで公開される「ＢＬＡＳＴ Ｐｒｏｇｒａｍ Ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ Ｇｕｉｄｅ」に見出される場合がある。
ＢＬＡＳＴタンパク質検索は、ＢＬＡＳＴｐプログラムを用いて行われる。一般的なパラメーターについては、「Ｍａｘ Ｔａｒｇｅｔ Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ」ボックスが１００に設定される場合があり、「Ｓｈｏｒｔ ｑｕｅｒｉｅｓ」ボックスにチェックが入れられる場合があり、「Ｅｘｐｅｃｔ ｔｈｒｅｓｈｏｌｄ」ボックスが１０に設定される場合があり、「Ｗｏｒｄ Ｓｉｚｅ」ボックスが「３」に設定される場合がある。スコア化パラメーターについては、「Ｍａｔｒｉｘ」ボックスが「ＢＬＯＳＵＭ６２」に設定される場合があり、「Ｇａｐ Ｃｏｓｔｓ」ボックスが「Ｅｘｉｓｔｅｎｃｅ：１１ Ｅｘｔｅｎｓｉｏｎ：１」に設定される場合があり、「Ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎａｌ ａｄｊｕｓｔｍｅｎｔｓ”ボックスが“Ｃｏｎｄｉｔｉｏｎａｌ ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎａｌ ｓｃｏｒｅ ｍａｔｒｉｘ ａｄｊｕｓｔｍｅｎｔ”に設定される場合がある。フィルターおよびマスキングパラメーターについては、“Ｌｏｗ ｃｏｍｐｌｅｘｉｔｙ ｒｅｇｉｏｎｓ」ボックスにチェックが入れられない場合があり、「Ｍａｓｋ ｆｏｒ ｌｏｏｋｕｐ ｔａｂｌｅ ｏｎｌｙ」ボックスにチェックが入れられない場合があり、「Ｍａｓｋ ｌｏｗｅｒ ｃａｓｅ ｌｅｔｔｅｒｓ」ボックスにチェックが入れられない場合がある。
両方のプログラムの改変、例えば、検索された配列の長さに関しての改変は、ＮＣＢＩのウエブページにおいてＨＴＭＬ版およびＰＤＦ版で公開される「ＢＬＡＳＴ Ｐｒｏｇｒａｍ Ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ Ｇｕｉｄｅ」における推奨に従って行われる。
ポリヌクレオチド：
用語「ポリヌクレオチド」は、１つだけの核酸ならびに複数の核酸を包含することが意図され、単離された核酸分子または核酸構築物、例えば、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）またはプラスミドＤＮＡ（ｐＤＮＡ）を示す。ポリヌクレオチドは、従来型のホスホジエステル結合または非従来型の結合（例えば、アミド結合、例えば、ペプチド核酸（ＰＮＡ）に見出されるアミド結合など）を含む場合がある。用語「核酸」は、ポリヌクレオチドに存在するいずれかの１つまたは複数の核酸セグメント（例えば、ＤＮＡフラグメントまたはＲＮＡフラグメント）を示す。「単離された」核酸またはポリヌクレオチドによって、その生来的環境から取り出されている核酸分子（ＤＮＡまたはＲＮＡ）が意図される。例えば、ベクターに含有される、抗体をコードする組換えポリヌクレオチドは、本発明の様々な目的のために単離されていると見なされる。単離されたポリヌクレオチドのさらなる例には、異種の宿主細胞において維持される組換えポリヌクレオチド、または、溶液における（部分的または実質的に）精製されたポリペプチドが含まれる。単離されたＲＮＡ分子には、本発明のポリヌクレオチドのインビボＲＮＡ転写物またはインビトロＲＮＡ転写物が含まれる。本発明による単離されたポリヌクレオチドまたは核酸にはさらに、合成的に作製されるそのような分子が含まれる。加えて、ポリヌクレオチドまたは核酸は、調節エレメント、例えば、プロモーター、リボソーム結合部位または転写ターミネーターなどである場合があり、あるいは、調節エレメント、例えば、プロモーター、リボソーム結合部位または転写ターミネーターなどを包含する場合がある。
本明細書中で使用される場合、「コード領域」は、アミノ酸に翻訳されるコドンからなる核酸の一部分である。「終止コドン」（ＴＡＧ、ＴＧＡまたはＴＡＡ）はアミノ酸に翻訳されないにもかかわらず、コード領域の一部であると見なされる場合があるが、近接配列はどれも、例えば、プロモーター、リボソーム結合部位、転写ターミネーター、イントロンなどはコード領域の一部ではない。本発明の２つ以上のコード領域を、１つのポリヌクレオチド構築物において、例えば、１つのベクターに存在させることができ、または、別個のポリヌクレオチド構築物において、例えば、別個の（異なる）ベクターに存在させることができる。さらには、ベクターはどれも、１つだけのコード領域を含有する場合があり、または、２つ以上のコード領域を含む場合があり、例えば、１つのベクターが免疫グロブリン重鎖可変領域および免疫グロブリン軽鎖可変領域を別々にコードする場合がある。加えて、本発明のベクター、ポリヌクレオチドまたは核酸は、結合性分子、抗体、あるいは、そのフラグメント、変異体または誘導体をコードする核酸に融合されて、または融合されずに、異種のコード領域をコードする場合がある。異種のコード領域には、限定されないが、特殊化されたエレメントまたはモチーフ、例えば、分泌シグナルペプチドまたは異種の機能的ドメインなどが含まれる。
特定の実施形態において、ポリヌクレオチドまたは核酸はＤＮＡである。ＤＮＡの場合、ポリペプチドをコードする核酸を含むポリヌクレオチドは通常、１つまたは複数のコード領域と操作可能に連係させられるプロモーターならびに／あるいは他の転写制御エレメントまたは翻訳制御エレメントを含む場合がある。操作可能連係は、遺伝子産物（例えば、ポリペプチド）のためのコード領域が、当該遺伝子産物の発現を当該調節配列の影響下または制御下に置くような様式で１つまたは複数の調節配列と連係させられるときにおいてである。２つのＤＮＡフラグメント（例えば、ポリペプチドコード領域およびそれと連係させられるプロモーターなど）は、プロモーター機能の誘導により、所望される遺伝子産物をコードするｍＲＮＡの転写が生じるならば、また、これら２つのＤＮＡフラグメントの間における連結の性質が、遺伝子産物の発現を導く発現調節配列の能力を妨げないか、または、転写されるＤＮＡテンプレートの能力を妨げないならば、「操作可能に連係させられる」または「操作可能に連結される」。したがって、プロモーター領域は、プロモーターがその核酸の転写を達成することができたならば、ポリペプチドをコードする核酸と操作可能に連係させられているであろう。プロモーターは、ＤＮＡの実質的な転写を所定の細胞においてのみ導く細胞特異的なプロモーターである場合がある。プロモーターのほかに、他の転写制御エレメントを、例えば、エンハンサー、オペレーター、リプレッサーおよび転写終結シグナルを、細胞特異的な転写を導くためにポリヌクレオチドと操作可能に連係させることができる。好適なプロモーターおよび他の転写制御領域が本明細書中に開示される。
様々な転写制御領域が当業者に知られている。これらには、限定されないが、脊椎動物細胞において機能する転写制御領域、例えば、サイトメガロウイルス由来のプロモーターセグメントおよびエンハンサーセグメント（前初期プロモーター、イントロンＡとの併用で）、シミアンウイルス４０由来のプロモーターセグメントおよびエンハンサーセグメント（初期プロモーター）、ならびに、レトロウイルス（例えば、ラウス肉腫ウイルス）由来のプロモーターセグメントおよびエンハンサーセグメントなど（これらに限定されない）が含まれる。他の転写制御領域には、脊椎動物の遺伝子（例えば、アクチン、熱ショックタンパク質、ウシ成長ホルモンおよびウサギβ−グロビンなど）に由来する転写制御領域ならびに遺伝子発現を真核生物細胞において制御することができる他の配列が含まれる。さらなる好適な転写制御領域には、組織特異的なプロモーターおよびエンハンサー、ならびに、リンホカイン誘導性プロモーター（例えば、インターフェロンまたはインターロイキンによって誘導可能であるプロモーター）が含まれる。
同様に、様々な翻訳制御エレメントが当業者に知られている。これらには、リボソーム結合部位、翻訳開始コドンおよび翻訳終結コドン、ならびに、ピコルナウイルスに由来するエレメント（特に、配列内リボソーム進入部位、すなわち、ＩＲＥＳ、これはまたＣＩＴＥ配列とも称する）が含まれるが、これらに限定されない。
他の実施形態において、本発明のポリヌクレオチドはＲＮＡであり、例えば、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）の形態である。
本発明のポリヌクレオチドおよび核酸コード領域は、分泌ペプチドまたはシグナルペプチドをコードし、これにより、本発明のポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドの分泌を導くさらなるコード領域と連係させられる場合がある。シグナル仮説によれば、哺乳動物細胞によって分泌されるタンパク質は、粗面小胞体を横断する成長途中のタンパク質鎖の移行が開始されると、成熟型タンパク質から切断されるシグナルペプチドまたは分泌リーダー配列を有する。当業者は、脊椎動物細胞によって分泌されるポリペプチドは一般に、当該ポリペプチドのＮ末端に融合されるシグナルペプチドで、当該ポリペプチドの分泌型形態または「成熟型」形態をもたらすために、完全なポリペプチドまたは「全長」のポリペプチドから切断されるシグナルペプチドを有することを承知している。特定の実施形態において、生来型のシグナルペプチド、例えば、免疫グロブリン重鎖または免疫グロブリン軽鎖のシグナルペプチドが使用されるか、または、操作可能に連係させられるポリペプチドの分泌を導く能力を保持するその配列の機能的誘導体が使用される。代替では、異種の哺乳動物シグナルペプチドまたはその機能的誘導体が使用されてもよい。例えば、野生型のリーダー配列がヒト組織プラスミノーゲン活性化因子（ＴＰＡ）またはマウスβ−グルクロニダーゼのリーダー配列により置き換えられる場合がある。
「結合性分子」は、本発明に関連して使用される場合、主として抗体およびそのフラグメントに関し、しかし、ポリオーマウイルス、ポリオーマウイルスＶＰ１タンパク質又はポリオーマウイルスＶＰ１様粒子（ＶＬＰｓ）、好ましくはＪＣＶ及び／又はＢＫＶの型に結合する他の非抗体分子を示す場合もあり、これらには、ホルモン、受容体、リガンド、主要組織適合複合体（ＭＨＣ）分子、シャペロン（例えば、熱ショックタンパク質（ＨＳＰ）など）、ならびに、細胞・細胞接着分子（例えば、カドヘリンスーパーファミリー、インテグリンスーパーファミリー、Ｃ型レクチンスーパーファミリーおよび免疫グロブリン（Ｉｇ）スーパーファミリーのメンバーなど）が含まれるが、これらに限定されない。したがって、明瞭性だけのために、また、本発明の範囲を限定することなく、下記の実施形態のほとんどが、治療剤および診断剤を開発するための好ましい結合性分子を代表する抗体および抗体様分子に関して議論される。
抗体：
用語「抗体」および用語「免疫グロブリン」は本明細書中では交換可能に使用される。本明細書で使用する場合、抗体または免疫グロブリンは、重鎖の可変ドメインを少なくとも含み、かつ、通常の場合には重鎖および軽鎖の可変ドメインを少なくとも含む、ポリオーマウイルス、ポリオーマウイルスＶＰ１タンパク質及び／又はポリオーマウイルスＶＰ１様粒子（ＶＬＰｓ）、好ましくはＪＣＶ及び／又はＢＫＶの型、に対する結合性分子である。脊椎動物系における基本的な免疫グロブリン構造は比較的よく理解されている（例えば、Ｈａｒｌｏｗ他、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ、第２版、１９８８）を参照のこと）。
より詳しく下記で議論されるように、用語「免疫グロブリン」は、生化学的に識別することができる様々な幅広いクラスのポリペプチドを含む。当業者は、重鎖が、ガンマ、ミュー、アルファ、デルタまたはイプシロン（γ、μ、α、δ、ε）として、それらの中のいくつかのサブクラス（例えば、γ１〜γ４）を伴って分類されることを理解するであろう。抗体の「クラス」を、ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＧまたはＩｇＥとしてそれぞれ決定するのが、この鎖の性質である。免疫グロブリンのサブクラス（アイソタイプ）、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１などが十分に特徴づけられており、また、機能的な特殊化を与えることが知られている。これらのクラスおよびアイソタイプのそれぞれの改変された型が、本開示を考慮して当業者には容易に認識可能であり、従って、本発明の範囲内である。すべての免疫グロブリンクラスが明らかに本発明の範囲内であり、下記の議論は一般に、免疫グロブリン分子のＩｇＧクラスに関する。ＩｇＧに関して、標準的な免疫グロブリン分子は、分子量がおよそ２３，０００ダルトンである２つの同一の軽鎖ポリペプチドと、分子量が５３，０００〜７０，０００である２つの同一の重鎖ポリペプチドとを含む。これら４つの鎖は典型的には、軽鎖が、「Ｙ」字型の口部から始まり、可変領域の終わりまで続く腕木として重鎖を支える「Ｙ」字型の立体配置でジスルフィド結合によって結合される。
軽鎖はカッパまたはラムダ（κ、λ）のどちらかとして分類される。それぞれの重鎖クラスがカッパ軽鎖またはラムダ軽鎖のどちらかと結合し得る。一般には、免疫グロブリンが、ハイブリドーマ、Ｂ細胞、または、遺伝子操作された宿主細胞のどれかによって生じるとき、軽鎖および重鎖は互いに共有結合により結合し、２つの重鎖の「テール」部分が共有結合性のジスルフィド連結または非共有結合性の連結によって互いに結合する。重鎖において、アミノ酸配列が、Ｙ字型の立体配置の二叉末端におけるＮ末端から、それぞれの鎖の底部におけるＣ末端にまで延びる。
軽鎖および重鎖はともに、構造的および機能的に相同的である領域に分けられる。用語「定常」および「可変」が機能的に使用される。これに関連して、軽鎖部分および重鎖部分の両方の可変ドメイン（ＶＬおよびＶＨ）により、抗原認識および特異性が決定されることが理解されるであろう。逆に、軽鎖の定常ドメイン（ＣＬ）および重鎖の定常ドメイン（ＣＨ１、ＣＨ２またはＣＨ３）により、様々な重要な生物学的性質、例えば、分泌、経胎盤移動性、Ｆｃ受容体結合および補体結合などが与えられる。慣例によって、定常領域ドメインの番号づけは、これらのドメインが抗体の抗原結合部位またはアミノ末端からより遠位になるにつれて大きくなる。Ｎ末端部分が可変領域であり、Ｃ末端部分が定常領域である；ＣＨ３ドメインおよびＣＬドメインが実際に、重鎖および軽鎖のカルボキシ末端をそれぞれ含む。
上記で示されるように、可変領域により、抗体は抗原上のエピトープを選択的に認識し、かつ、このエピトープと特異的に結合することができる。すなわち、抗体のＶＬドメインおよびＶＨドメイン、または、抗体の相補性決定領域（ＣＤＲ）のサブセットが組み合わさって、三次元の抗原結合部位を規定する可変領域を形成する。この四元抗体構造が、Ｙ字型のそれぞれのアームの端部に存在する抗原結合部位を形成する。より具体的には、抗原結合部位がＶＨ鎖およびＶＬ鎖のそれぞれにおける３つのＣＤＲによって規定される。ポリオーマウイルス、ポリオーマウイルスＶＰ１タンパク質又はポリオーマウイルスＶＰ１様粒子（ＶＬＰｓ）、好ましくはＪＣＶ及び又はＢＫＶの型、に特異的に結合するための十分な構造を含有する抗体または免疫グロブリンフラグメントはどれも、本明細書中では交換可能に、「結合フラグメント」または「免疫特異性フラグメント」として示される。
抗体において、抗体は、抗体がその三次元立体配置を水性環境において取るような抗原結合ドメインを形成するために特異的に配置されるアミノ酸の短い不連続な配列である６つの超可変領域（これらは時には、それぞれの抗原結合ドメインに存在する「相補性決定領域」または「ＣＤＲ」と呼ばれる）を含む。「ＣＤＲ」には、分子間の変動性をそれほど示さない４つの比較的保存された「フレームワーク」領域または「ＦＲ」が近接する。これらのフレームワーク領域は主としてβ−シートの立体配座を取り、ＣＤＲにより、このβ−シート構造をつなぐ、また、時にはこのβ−シート構造の一部を形成するループが形成される。したがって、フレームワーク領域は、ＣＤＲを鎖間の非共有結合性の相互作用によって正しい配向で配置することを提供する足場を形成するように作用する。配置されたＣＤＲによって形成される抗原結合ドメインにより、免疫反応性抗原におけるエピトープに対して相補的な表面が規定される。この相補的な表面は、抗体がその同種エピトープに非共有結合的に結合することを促進させる。ＣＤＲおよびフレームワーク領域を構成するアミノ酸が、それらは正確に規定されているので、当業者によっていずれかの所与の重鎖可変領域または軽鎖可変領域についてそれぞれ容易に特定され得る；「Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ」、Ｋａｂａｔ，Ｅ．他編、Ｕ．Ｓ．Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ（１９８３）、および、Ｃｈｏｔｈｉａ ａｎｄ Ｌｅｓｋ、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６（１９８７）、９０１〜９１７を参照のこと（これらはその全体において参照によって本明細書中に組み込まれる）。
この技術分野において使用される、および／または受け入れられる用語の２つ以上の定義が存在する場合には、本明細書中で使用されるような当該用語の定義は、反するようなことが明示的に言及される場合を除き、すべてのそのような意味を包含することが意図される。具体的な一例が、重鎖ポリペプチドおよび軽鎖ポリペプチドの両方の可変領域の中に見出される不連続な抗原結合部位を記述するための用語「相補性決定領域」（「ＣＤＲ」）の使用である。この特定の領域が、Ｋａｂａｔ他、Ｕ．Ｓ．Ｄｅｐｔ．ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ、「Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ」（１９８３）によって、また、Ｃｈｏｔｈｉａ ａｎｄ Ｌｅｓｋ、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６（１９８７）、９０１〜９１７によって記載されており（これらは参照によって本明細書中に組み込まれる）、この場合、それらの定義は、互いに比較されたときにはアミノ酸残基の重複またはサブセットを包含する。それにもかかわらず、抗体またはその変異体のＣＤＲを示すためのどちらかの定義の適用は、本明細書中で定義され、かつ使用されるようなこの用語の範囲内であることが意図される。上記で引用された参考文献のそれぞれによって定義されるようなＣＤＲを包含する適切なアミノ酸残基が、比較として下記において表１に示される。特定のＣＤＲを包含する正確な残基番号は、ＣＤＲの配列およびサイズに依存して変わる。当業者は、どの残基が、抗体の可変領域アミノ酸配列が与えられる抗体のヒトＩｇＧサブタイプの特定の超可変領域またはＣＤＲを含むかを常法により決定することができる。
表１：ＣＤＲの定義１
Figure 0006407165
 １表１におけるすべてのＣＤＲ定義の番号表記は、Ｋａｂａｔ他によって示される番号表記慣例に従う（下記を参照のこと）。
Ｋａｂａｔ他はまた、どのような抗体に対しても適用可能である可変ドメイン配列のための番号表記システムを定義した。当業者は、「Ｋａｂａｔ番号表記」のこのシステムを、配列そのものを超える実験的データに何ら頼ることなく、どのような可変ドメイン配列に対してでも一義的に割り当てることができる。本明細書中で使用される場合、「Ｋａｂａｔ番号表記」は、Ｋａｂａｔ他、Ｕ．Ｓ．Ｄｅｐｔ．ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ、「Ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ」（１９８３）によって示される番号表記システムを示す。別途指定される場合を除き、本発明の抗体あるいはその抗原結合フラグメント、変異体または誘導体における具体的なアミノ酸残基位置の番号表記に対する言及は、Ｋａｂａｔ番号表記システムに従っており、しかしながら、Ｋａｂａｔ番号表記システムは理論的であり、本発明のどの抗体にも等しく適用されない場合がある。例えば、最初のＣＤＲの位置に依存して、その後のＣＤＲはどちらかの方向でずれる場合がある。
本発明の抗体あるいはその抗原結合フラグメント、免疫特異性フラグメント、変異体または誘導体には、ポリクローナル性、モノクローナル性、多特異性、ヒト型、ヒト化型、霊長類化型、マウス化型またはキメラ型の抗体、単鎖抗体、エピトープ結合フラグメント（例えば、Ｆａｂ、Ｆａｂ’およびＦ（ａｂ’）２）、Ｆｄ、Ｆｖ、単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、単鎖抗体、ジスルフィド連結Ｆｖ（ｓｄＦｖ）、ＶＬドメインまたはＶＨドメインのどちらかを含むフラグメント、Ｆａｂ発現ライブラリーによって作製されるフラグメント、ならびに、抗イディオタイプ（抗Ｉｄ）抗体（例えば、本明細書中に開示される抗体に対する抗Ｉｄ抗体を含む）が含まれるが、これらに限定されない。ｓｃＦＶ分子がこの技術分野では知られており、例えば、米国特許第５，８９２，０１９号に記載される。本発明の免疫グロブリン分子または抗体分子は、免疫グロブリン分子のどのようなタイプのものも（例えば、ＩｇＧ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＡおよびＩｇＹ）、どのようなクラスのものも（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１およびＩｇＡ２）またはどのようなサブクラスのものも可能である。
１つの実施形態において、本発明の抗体は、五価構造を有するＩｇＭまたはその誘導体ではない。特に、本発明の具体的な適用において、とりわけ治療的使用において、ＩｇＭはＩｇＧおよび他の二価抗体または対応する結合性分子よりも有用でない。これは、ＩｇＭは、その五価構造のために、また、親和性成熟化の欠如のために、非特異的な交差反応性および非常に低い親和性を示すことが多いからである。
特に好ましい実施形態において、本発明の抗体はポリクローナル抗体でない。すなわち、本発明の抗体は、血漿の免疫グロブリンサンプルから得られる混合物ではなく、むしろ、１つの特定の抗体種から実質的になる。
単鎖抗体を含めて、抗体フラグメントは、可変領域（１つまたは複数）を単独で、あるいは、下記の全体または一部分との組合せで含む場合がある：ヒンジ領域、ＣＨ１ドメイン、ＣＨ２ドメインおよびＣＨ３ドメイン。また、本発明には、可変領域（１つまたは複数）と、ヒンジ領域、ＣＨ１ドメイン、ＣＨ２ドメインおよびＣＨ３ドメインとのどのような組合せをも含む、ポリオーマウイルス、ポリオーマウイルスＶＰ１タンパク質及び／又はポリオーマウイルスＶＰ１様粒子（ＶＬＰ）、好ましくはＪＣＶ及び／又はＢＫＶの型、を認識する、抗体及び抗体様結合分子が含まれる。本発明の抗体またはその免疫特異性フラグメントは、鳥類および哺乳動物を含めて、どのような動物起源に由来してもよい。好ましくは、抗体は、ヒト、マウス、ロバ、ウサギ、ヤギ、モルモット、ラクダ、ラマ、ウマまたはニワトリの抗体である。別の実施形態において、可変領域が起源において（例えば、サメからの）コンドリクトイド（ｃｏｎｄｒｉｃｔｈｏｉｄ）である場合がある。
１つの態様において、本発明の抗体は、ヒトから単離されるヒトモノクローナル抗体である。場合により、ヒト抗体のフレームワーク領域がデータベースにおける該当するヒト生殖系列可変領域配列に一致させてアライメントされ、適合化される；例えば、ＭＲＣ Ｃｅｎｔｒｅ ｆｏｒ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ、英国）によって提供されるＶｂａｓｅ（ｈｔｔｐ：／／ｖｂａｓｅ．ｍｒｃ−ｃｐｅ．ｃａｍ．ａｃ．ｕｋ／）を参照のこと。例えば、真の生殖系列配列から潜在的に逸脱すると見なされるアミノ酸は、クローニング過程の期間中に組み込まれるＰＣＲプライマー配列に起因し得ると思われる。人為的に作製されたヒト様抗体、例えば、ファージディスプレーされた抗体ライブラリーまたは異種マウスに由来する単鎖抗体フラグメント（ｓｃＦｖ）などと比較した場合、本発明のヒトモノクローナル抗体は、（ｉ）代理動物の免疫応答ではなく、ヒトの免疫応答を使用して得られること、すなわち、抗体が、ヒト体内におけるその関連する立体配座におけるポリオーマウイルス、ポリオーマウイルスＶＰ１および／またはポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ（好ましくは、ＪＣＶおよび／またはＢＫＶのタイプのもの）に対する応答で作製されていること、（ｉｉ）ポリオーマウイルス、ポリオーマウイルスＶＰ１および／またはポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ（好ましくは、ＪＣＶおよび／またはＢＫＶのタイプのもの）の存在について少なくとも有意であること、そして、（ｉｉｉ）抗体がヒト起源であるので、自己抗原に対する交差反応性の危険性が最小限に抑えられることによって特徴づけられる。したがって、本発明によれば、用語「ヒトモノクローナル抗体」、用語「ヒトモノクローナル自己抗体」および用語「ヒト抗体」などは、ヒト起源であるポリオーマウイルス結合性分子、ポリオーマウイルスＶＰ１結合性分子、および／または、ポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ結合性分子（好ましくは、ＪＣＶおよび／またはＢＫＶのタイプのもの）を示すために、すなわち、ヒト細胞（例えば、Ｂ細胞またはそのハイブリドーマなど）から単離されているか、あるいは、ｃＤＮＡがヒト細胞（例えば、ヒトメモリーＢ細胞）のｍＲＮＡから直接にクローン化されているポリオーマウイルス結合性分子、ポリオーマウイルスＶＰ１結合性分子、および／または、ポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ結合性分子（好ましくは、ＪＣＶおよび／またはＢＫＶのタイプのもの）を示すために使用される。ヒト抗体は、アミノ酸置換が、例えば、結合特性を改善するために、当該抗体においてたとえ行われるにしても、依然として「ヒト」である。
ヒト免疫グロブリンライブラリーに由来する抗体、あるいは、１つまたは複数のヒト免疫グロブリンについて遺伝子組換えであり、かつ、内因性免疫グロブリンを発現しない動物に由来する抗体（下記において、また、例えば、米国特許第５，９３９，５９８号（Ｋｕｃｈｅｒｌａｐａｔｉ他）に記載されるような抗体）は、本発明の真のヒト抗体から区別するためにヒト様抗体として示される。
例えば、ヒト様抗体の重鎖および軽鎖の対形成、例えば、ファージディスプレーから典型的には単離される合成抗体および半合成抗体などは、その対形成が元々のヒトＢ細胞において生じていたような元の対形成を必ずしも反映していない。したがって、先行技術において一般に使用されるような組換え発現ライブラリーから得られるＦａｂフラグメントおよびｓｃＦｖフラグメントは、免疫原性および安定性に対するすべての可能な関連した影響に関して人為的であると見なされる。
対照的には、本発明は、その治療的有用性およびヒトにおけるその寛容性によって特徴づけられる、選択されたヒト対象から得られる単離された親和性成熟している抗体を提供する。
本明細書中で使用される場合、用語「齧歯類化（された）抗体」または「齧歯類化（された）免疫グロブリン」は、本発明のヒト抗体に由来する１つまたは複数のＣＤＲと、齧歯類抗体配列に基づくアミノ酸の置換および／または欠失および／または挿入を含有するヒトフレームワーク領域とを含む抗体を示す。齧歯類を示すとき、好ましくは、マウスおよびラットに起源を有する配列が使用され、この場合、そのような配列を含む抗体は、「マウス化された」または「ラット化された」としてそれぞれ示される。ＣＤＲを提供するヒト免疫グロブリンは「親」または「アクセプター」と呼ばれ、フレームワークの変化を提供する齧歯類抗体は「ドナー」と呼ばれる。定常領域は存在している必要はないが、定常領域が存在するならば、定常領域は通常、齧歯類抗体の定常領域と実質的に同一であり、すなわち、少なくとも約８５％〜９０％が同一であり、好ましくは約９５％以上が同一である。したがって、いくつかの実施形態において、全長のマウス化されたヒト重鎖免疫グロブリンまたは軽鎖免疫グロブリンは、マウスの定常領域、ヒトのＣＤＲ、および、いくつかの「マウス化する」アミノ酸置換を有する実質的にはヒトのフレームワークを含有する。典型的には、「マウス化抗体」は、マウス化された可変軽鎖および／またはマウス化された可変重鎖を含む抗体である。例えば、マウス化抗体は、例えば、キメラ抗体の可変領域全体が非マウス性であるので、典型的なキメラ抗体を包含しないであろう。「マウス化」のプロセスによって「マウス化」されている改変された抗体は、ＣＤＲを提供する親抗体と同じ抗原に結合し、かつ、通常の場合、マウスにおける免疫原性が、親抗体と比較してより低い。「マウス化」抗体に関しての上記説明は、他の「齧歯類化」抗体について、例えば、ラットの配列がマウスの代わりに使用される「ラット化抗体」などについて同様に当てはまる。
本明細書中で使用される場合、用語「重鎖部分」には、免疫グロブリン重鎖に由来するアミノ酸配列が含まれる。重鎖部分を含むポリペプチドは、ＣＨ１ドメイン、ヒンジ（例えば、上部、中央および／または下部のヒンジ領域）ドメイン、ＣＨ２ドメイン、ＣＨ３ドメインあるいはそれらの変異体またはフラグメントのうちの少なくとも１つを含む。例えば、本発明において使用されるための結合性ポリペプチドは、ＣＨ１ドメインを含むポリペプチド鎖；ＣＨ１ドメイン、ヒンジドメインの少なくとも一部分、および、ＣＨ２ドメインを含むポリペプチド鎖；ＣＨ１ドメインおよびＣＨ３ドメインを含むポリペプチド鎖；ＣＨ１ドメイン、ヒンジドメインの少なくとも一部分、および、ＣＨ３ドメインを含むポリペプチド鎖；または、ＣＨ１ドメイン、ヒンジドメインの少なくとも一部分、ＣＨ２ドメインおよびＣＨ３ドメインを含むポリペプチド鎖を含む場合がある。別の実施形態において、本発明のポリペプチドは、ＣＨ３ドメインを含むポリペプチド鎖を含む。さらに、本発明において使用されるための結合性ポリペプチドは、ＣＨ２ドメインの少なくとも一部分（例えば、ＣＨ２ドメインのすべてまたは一部）を欠く場合がある。上記で示されるように、これらのドメイン（例えば、重鎖部分）は、天然に存在する免疫グロブリン分子からアミノ酸配列において異なるように改変され得ることが、当業者によって理解されるであろう。
本明細書中に開示されるある特定の抗体あるいはその抗原結合フラグメント、変異体または誘導体において、マルチマーの１つのポリペプチド鎖の重鎖部分が、当該マルチマーの第２のポリペプチド鎖における重鎖部分と同一である。代替では、本発明の重鎖部分を含有するモノマーは同一でない。例えば、それぞれのモノマーが、異なる標的結合部位を含む場合があり、これにより、例えば、二重特異性抗体またはディアボディを形成する。
別の実施形態において、本明細書中に開示される抗体あるいはその抗原結合フラグメント、変異体または誘導体は、ただ１つのポリペプチド鎖から構成され（例えば、ｓｃＦｖ）、潜在的なインビボ治療適用および診断適用のために細胞内で発現させられることになる（細胞内抗体）。
本明細書中に開示される診断方法および処置方法において使用されるための結合性ポリペプチドの重鎖部分が、異なる免疫グロブリン分子に由来してもよい。例えば、ポリペプチドの重鎖部分が、ＩｇＧ１分子に由来するＣＨ１ドメインと、ＩｇＧ３分子に由来するヒンジ領域とを含む場合がある。別の例において、重鎖部分は、一部がＩｇＧ１分子に由来し、かつ、一部がＩｇＧ３分子に由来するヒンジ領域を含むことができる。別の例において、重鎖部分は、一部がＩｇＧ１分子に由来し、かつ、一部がＩｇＧ４分子に由来するキメラなヒンジを含むことができる。
本明細書中で使用される場合、用語「軽鎖部分」には、免疫グロブリン軽鎖に由来するアミノ酸配列が含まれる。好ましくは、軽鎖部分はＶＬドメインまたはＣＬドメインの少なくとも一方を含む。
抗体のためのペプチドまたはポリペプチドのエピトープの最小サイズは約４個〜５個のアミノ酸であると考えられる。ペプチドまたはポリペプチドのエピトープは好ましくは、少なくとも７個、より好ましくは少なくとも９個、最も好ましくは少なくとも約１５個〜約３０個のアミノ酸を含有する。ＣＤＲが抗原性のペプチドまたはポリペプチドをその三次形態で認識できるので、エピトープを構成するアミノ酸は連続している必要はなく、場合によっては、同じペプチド鎖に存在していなくてもよい。本発明において、本発明の抗体によって認識されるペプチドまたはポリペプチドのエピトープは、ポリオーマウイルス、ポリオーマウイルスＶＰ１及び／又はポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ、好ましくはＪＣＶ及び／又はＢＫＶの型、の少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、より好ましくは少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１５個、少なくとも２０個、少なくとも２５個、または、約１５個〜約３０個の連続するアミノ酸または非連続なアミノ酸の配列を含有する。
「特異的に結合する」または「特異的に認識する」によって、これらは本明細書中では交換可能に使用されており、結合性分子、例えば、抗体が、その抗原結合ドメインを介してエピトープに結合すること、および、この結合は、抗原結合ドメインとエピトープとの間における何らかの相補性を伴うことが一般に意味される。この定義によれば、抗体は、抗体がランダムな無関係なエピトープに結合するであろうよりも容易にその抗原結合ドメインを介してエピトープに結合するとき、そのエピトープに「特異的に結合する」と言われる。用語「特異性」は、ある特定の抗体がある特定のエピトープに結合する相対的な親和性を限定するために本明細書中では使用される。例えば、抗体「Ａ」は、所与のエピトープについて、抗体「Ｂ」よりも大きい親和性を有すると見なされる場合があり、または、抗体「Ａ」は、関連したエピトープ「Ｄ」について有するよりも大きい特異性によりエピトープ「Ｃ」に結合すると言われる場合がある。
存在する場合、抗原との抗体の用語「免疫学的結合特性」または他の結合特性はその文法的形態のすべてで、抗体の特異性、親和性、交差反応性および他の結合特性を示す。
「優先的に結合する」によって、結合性分子、例えば、抗体が、関連したエピトープ、類似したエピトープ、相同的なエピトープまたは類似的なエピトープに結合するであろうよりも容易にエピトープに特異的に結合することが意味される。したがって、所与のエピトープに「優先的に結合する」抗体は、そのような抗体が関連のエピトープと交差反応することがあるとしても、関連のエピトープよりもそのエピトープに結合する可能性が大きいであろう。
非限定的な例として、結合性分子、例えば、抗体は、この抗体が第２のエピトープについての抗体のＫＤよりも小さい解離定数（ＫＤ）により第１のエピトープと結合するならば、この第１のエピトープと優先的に結合すると見なされる場合がある。別の非限定的な例において、抗体は、この抗体が第２のエピトープについての抗体のＫＤよりも少なくとも１桁小さい親和性により第１のエピトープと結合するならば、この第１の抗原と優先的に結合すると見なされる場合がある。別の非限定的な例において、抗体は、この抗体が第２のエピトープについての抗体のＫＤよりも少なくとも２桁小さい親和性により第１のエピトープと結合するならば、この第１のエピトープと優先的に結合すると見なされる場合がある。
別の非限定的な例として、結合性分子、例えば、抗体は、この抗体が第２のエピトープについての抗体のｋ（ｏｆｆ）よりも小さいオフ速度（ｋ（ｏｆｆ））により第１のエピトープと結合するならば、この第１のエピトープと優先的に結合すると見なされる場合がある。別の非限定的な例において、抗体は、この抗体が第２のエピトープについての抗体のｋ（ｏｆｆ）よりも少なくとも１桁小さい親和性により第１のエピトープと結合するならば、この第１のエピトープと優先的に結合すると見なされる場合がある。別の非限定的な例において、抗体は、この抗体が第２のエピトープについての抗体のｋ（ｏｆｆ）よりも少なくとも２桁小さい親和性により第１のエピトープと結合するならば、この第１のエピトープと優先的に結合すると見なされる場合がある。
結合性分子、例えば、本明細書中に開示される抗体あるいは抗原結合フラグメント、変異体または誘導体は、５×１０−２ｓｅｃ−１以下、１０−２ｓｅｃ−１以下、５×１０−３ｓｅｃ−１以下または１０−３ｓｅｃ−１以下であるオフ速度（ｋ（ｏｆｆ））によりポリオーマウイルス、ポリオーマウイルスＶＰ１タンパク質及び／又はポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ、あるいはそのフラグメント又は変異体、好ましくはＪＣＶ及び／又はＢＫＶの型、と結合すると言われる場合がある。より好ましくは、本発明の抗体は、５×１０−４ｓｅｃ−１以下、１０−４ｓｅｃ−１以下、５×１０−５ｓｅｃ−１以下または１０−５ｓｅｃ−１以下、５×１０−６ｓｅｃ−１以下、１０−６ｓｅｃ−１以下、５×１０−７ｓｅｃ−１以下または１０−７ｓｅｃ−１以下であるオフ速度（ｋ（ｏｆｆ））によりポリオーマウイルス、ポリオーマウイルスＶＰ１タンパク質及び／又はポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ、あるいはそのフラグメント又は変異体、好ましくはＪＣＶ及び／又はＢＫＶの型、と結合すると言われる場合がある。
結合性分子、例えば、本明細書中に開示される抗体あるいは抗原結合フラグメント、変異体または誘導体は、１０３Ｍ−１ｓｅｃ−１以上、５×１０３Ｍ−１ｓｅｃ−１以上、１０４Ｍ−１ｓｅｃ−１以上または５×１０４Ｍ−１ｓｅｃ−１以上であるオン速度（ｋ（ｏｎ））によりポリオーマウイルス、ポリオーマウイルスＶＰ１タンパク質及び／又はポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ、あるいはそのフラグメント又は変異体、好ましくはＪＣＶ及び／又はＢＫＶの型、と結合すると言われる場合がある。より好ましくは、本発明の抗体は、１０５Ｍ−１ｓｅｃ−１以上、５×１０５Ｍ−１ｓｅｃ−１以上、１０６Ｍ−１ｓｅｃ−１以上または５ｘ１０６Ｍ−１ｓｅｃ−１以上または１０７Ｍ−１ｓｅｃ−１以上であるオン速度（ｋ（ｏｎ））によりポリオーマウイルス、ポリオーマウイルスＶＰ１タンパク質及び／又はポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ、あるいはそのフラグメント又は変異体、好ましくはＪＣＶ及び／又はＢＫＶの型、と結合すると言われる場合がある。
結合性分子、例えば、抗体は、所与のエピトープに対する参照抗体の結合をある程度阻止する程度にそのエピトープに優先的に結合するならば、そのエピトープに対する参照抗体の結合を競合的に阻害すると言われる。競合的阻害が、この技術分野において知られているいずれかの方法によって、例えば、競合的ＥＬＩＳＡアッセイによって求められてもよい。抗体は、所与のエピトープに対する参照抗体の結合を、少なくとも９０％、少なくとも８０％、少なくとも７０％、少なくとも６０％または少なくとも５０％競合的に阻害すると言われる場合がある。
本明細書中で使用される場合、用語「親和性」は、結合性分子（例えば、免疫グロブリン分子）のＣＤＲとの個々のエピトープの結合の強さの尺度を示す（例えば、Ｈａｒｌｏｗ他、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ、第２版（１９８８）、２７頁〜２８頁を参照のこと）。本明細書中で使用される場合、用語「アビディティー」は、免疫グロブリンの集合と抗原との複合体の全般的な安定性、すなわち、抗原との免疫グロブリン混合物の機能的結合強度を示す（例えば、Ｈａｒｌｏｗ、２９頁〜３４頁を参照のこと）。アビディティーは、特異的なエピトープとの集団内の個々の免疫グロブリン分子の親和性に、およびまた、免疫グロブリンおよび抗原の結合価の両方に関連づけられる。例えば、二価のモノクローナル抗体と、高度に反復するエピトープ構造を有する抗原（例えば、ポリマーなど）との間における相互作用が、高いアビディティーの１つであろう。抗原についての抗体の親和性またはアビディティーを、いずれかの好適な方法（例えば、Ｂｅｒｚｏｆｓｋｙ他、「Ａｎｔｉｂｏｄｙ−Ａｎｔｉｇｅｎ Ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ」、Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、Ｐａｕｌ，Ｗ．Ｅ．編、Ｒａｖｅｎ Ｐｒｅｓｓ Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、ＮＹ（１９８４）；Ｋｕｂｙ，Ｊａｎｉｓ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ ａｎｄ Ｃｏｍｐａｎｙ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、ＮＹ（１９９２）を参照のこと）および本明細書中に記載される方法を使用して実験的に求めることができる。抗原についての抗体の親和性を測定するための一般的な技術には、ＥＬＩＳＡ、ＲＩＡおよび表面プラズモン共鳴が含まれる。特定の抗体−抗原相互作用の測定された親和性は、異なる条件（例えば、塩濃度、ｐＨ）のもとで測定されるならば異なる可能性がある。したがって、親和性および他の抗原結合パラメーター（例えば、ＫＤ、ＩＣ５０）の測定は好ましくは、抗体および抗原の標準化された溶液ならびに標準化された緩衝液を用いて行われる。
結合性分子、例えば、本発明の抗体あるいはその抗原結合フラグメント、変異体または誘導体はまた、それらの交差反応性に関して記載または指定される場合がある。本明細書中で使用される場合、用語「交差反応性」は、抗体（これは１つの抗原について特異的である）が第２の抗原と反応する能力、すなわち、２つの異なる抗原性物質の間における関連度の度合いを示す。したがって、抗体は、その形成を誘導したエピトープとは異なるエピトープに結合するならば、交差反応性である。交差反応性エピトープは一般に、誘導用エピトープと同じ相補的な構造的特徴の多くを含有しており、また、場合により、実際には元のエピトープよりも良好にはまる場合がある。
例えば、ある種の抗体は、関連しているが、同一でないエピトープと結合するという点で、例えば、参照エピトープに対して（この技術分野で知られている方法および本明細書中に記載される方法を使用して計算されるように）少なくとも９５％、少なくとも９０％、少なくとも８５％、少なくとも８０％、少なくとも７５％、少なくとも７０％、少なくとも６５％、少なくとも６０％、少なくとも５５％および少なくとも５０％の同一性を有するエピトープと結合するという点で、ある程度の交差反応性を有する。抗体は、参照エピトープに対して（この技術分野で知られている方法および本明細書中に記載される方法を使用して計算されるように）９５％未満、９０％未満、８５％未満、８０％未満、７５％未満、７０％未満、６５％未満、６０％未満、５５％未満および５０％未満の同一性を有するエピトープと結合しないならば、交差反応性をほとんど有していないか、または全く有していないと言われる場合がある。抗体は、ある特定のエピトープのどのような他のアナログ、オルソログまたはホモログとも結合しないならば、そのエピトープについて「非常に特異的」であると見なされる場合がある。
結合性分子、例えば、本発明の抗体あるいはその抗原結合フラグメント、変異体または誘導体はまた、ポリオーマウイルス、ポリオーマウイルスＶＰ１及び／又はポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ、好ましくはＪＣＶ及び／又はＢＫＶの型、に対するそれらの結合親和性に関して記載または指定される場合がある。好ましい結合親和性には、解離定数つまりＫｄが５×１０−２Ｍ未満、１０−２Ｍ未満、５×１０−３Ｍ未満、１０−３Ｍ未満、５×１０−４Ｍ未満、１０−４Ｍ未満、５×１０−５Ｍ未満、１０−５Ｍ未満、５×１０−６Ｍ未満、１０−６Ｍ未満、５×１０−７Ｍ未満、１０−７Ｍ未満、５×１０−８Ｍ未満、１０−８Ｍ未満、５×１０−９Ｍ未満、１０−９Ｍ未満、５×１０−１０Ｍ未満、１０−１０Ｍ未満、５×１０−１１Ｍ未満、１０−１１Ｍ未満、５×１０−１２Ｍ未満、１０−１２Ｍ未満、５×１０−１３Ｍ未満、１０−１３Ｍ未満、５×１０−１４Ｍ未満、１０−１４Ｍ未満、５×１０−１５Ｍ未満または１０−１５Ｍ未満である結合親和性が含まれる。
上記で示されたように、様々な免疫グロブリンクラスの定常領域のサブユニット構造および三次元立体配置が広く知られている。本明細書中で使用される場合、用語「ＶＨドメイン」には、免疫グロブリン重鎖のアミノ末端可変ドメインが含まれ、用語「ＣＨ１ドメイン」には、免疫グロブリン重鎖の第１の（最もアミノ末端側の）定常領域ドメインが含まれる。ＣＨ１ドメインはＶＨドメインに隣接しており、免疫グロブリン重鎖分子のヒンジ領域のアミノ末端側である。
本明細書中で使用される場合、用語「ＣＨ２ドメイン」には、従来の番号表記スキームを使用して、例えば、抗体のおよそ残基２４４から残基３６０にまで広がる重鎖分子の一部分が含まれる（残基２４４〜残基３６０、Ｋａｂａｔ番号表記システム；残基２３１〜残基３４０、ＥＵ番号表記システム；Ｋａｂａｔ ＥＡ他（前掲書中）を参照のこと）。ＣＨ２ドメインは、別のドメインと密に対形成しないという点で独特である。むしろ、２つのＮ−連結している分岐した炭水化物鎖が、無傷の生来型ＩｇＧ分子の２つのＣＨ２ドメインの間に置かれる。ＣＨ３ドメインがＩｇＧ分子のＣＨ２ドメインからＣ末端にまで広がり、およそ１０８残基を含むこともまた広く記録されている。
本明細書中で使用される場合、用語「ヒンジ領域」には、ＣＨ１ドメインをＣＨ２ドメインにつなぐ重鎖分子の一部分が含まれる。このヒンジ領域はおよそ２５残基を含み、かつ、柔軟であり、したがって、２つのＮ末端の抗原結合領域が独立して動くことを可能にする。ヒンジ領域は３つの異なったドメイン（上部、中央および下部のヒンジドメイン）に細分化することができる（Ｒｏｕｘ他、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６１（１９９８）、４０８３〜４０９０を参照のこと）。
本明細書中で使用される場合、用語「ジスルフィド結合」には、２つのイオウ原子の間に形成される共有結合性の結合が含まれる。アミノ酸のシステインは、ジスルフィド結合を形成することができるか、または、第２のチオール基と架橋することができるチオール基を含む。ほとんどの天然に存在するＩｇＧ分子において、ＣＨ１領域およびＣＬ領域がジスルフィド結合によって連結され、２つの重鎖が、Ｋａｂａｔ番号表記システムを使用して２３９位および２４２位（２２６位または２２９位、ＥＵ番号表記システム）に対応する位置での２つのスルフィド結合によって連結される。
本明細書中で使用される場合、用語「連結される」、「融合される」または「融合」は交換可能に使用される。これらの用語は、化学的コンジュゲート化または組換え手段を含むどのような手段によってでも、２つ以上の要素または成分を一緒につなぐことを示す。「インフレーム融合」は、２つ以上のポリヌクレオチド・オープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）を、これらの元々のＯＲＦの正しい翻訳読み枠を維持する様式で、連続したより長いＯＲＦを形成するためにつなぐことを示す。したがって、組換え融合タンパク質は、元のＯＲＦによってコードされるポリペプチドに対応する２つ以上のセグメントを含有する単一タンパク質である（そのようなセグメントは通常、自然界ではそのようにつながれない）。したがって、読み枠が、融合されたセグメントの全体にわたって連続にされるにもかかわらず、これらのセグメントは、例えば、インフレームリンカー配列によって物理的または空間的に隔てられる場合がある。例えば、免疫グロブリン可変領域のＣＤＲをコードするポリヌクレオチドが、インフレーム融合される場合があり、しかし、「融合された」ＣＤＲが、連続したポリペプチドの一部として共翻訳される限り、少なくとも１つの免疫グロブリンフレームワーク領域またはさらなるＣＤＲ領域をコードするポリヌクレオチドによって隔てられる場合がある。
用語「発現」は、本明細書中で使用される場合、遺伝子が生化学物質（例えば、ＲＮＡまたはポリペプチド）をもたらすプロセスを示す。このプロセスには、限定されないが、遺伝子ノックダウンならびに一過性発現および安定的発現の両方を含めて、細胞内における遺伝子の機能的な存在のどのような顕在化も含まれる。このプロセスには、限定されないが、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、転移ＲＮＡ（ｔＲＮＡ）、小さいヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、小さい干渉性ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）または何らかの他のＲＮＡ産物への遺伝子の転写、および、ポリペプチドへのｍＲＮＡの翻訳が含まれる。最終的な所望される産物が生化学物質であるならば、発現には、そのような生化学物質および何らかの前駆体を生じさせることが含まれる。遺伝子の発現により、「遺伝子産物」がもたらされる。本明細書中で使用される場合、遺伝子産物は、核酸、例えば、遺伝子の転写によって産生されるメッセンジャーＲＮＡ、または、転写物から翻訳されるポリペプチドのどちらもが可能である。本明細書中に記載される遺伝子産物にはさらに、転写後修飾（例えば、ポリアデニル化）を伴う核酸、または、翻訳後修飾（例えば、メチル化、グリコシル化、脂質の付加、他のタンパク質サブユニットとの会合、および、タンパク質分解的切断など）を伴うポリペプチドが含まれる。
本明細書中で使用される場合、用語「サンプル」は、対象または患者から得られる任意の生物学的材料を示す。１つの態様において、サンプルは、血液、腹腔液、ＣＳＦ、唾液または尿を含むことができる。別の態様において、サンプルは、全血、血漿、血清、血液サンプルから富化されるＢ細胞、および、培養された細胞（例えば、対象からのＢ細胞）を含むことができる。サンプルにはまた、神経組織を含む生検サンプルまたは組織サンプルが含まれ得る。さらに他の態様において、サンプルは、細胞全体および／または細胞の溶解物を含むことができる。血液サンプルをこの技術分野において知られている方法によって集めることができる。１つの態様において、ペレットを、２００μｌの緩衝液（２０ｍＭのＴｒｉｓ（ｐＨ．７．５）、０．５％のＮｏｎｉｄｅｔ、１ｍＭのＥＤＴＡ、１ｍＭのＰＭＳＦ、０．１ＭのＮａＣｌ、ＩＸのＳｉｇｍａプロテアーゼ阻害剤、ならびに、ＩＸのＳｉｇｍａホスファターゼ阻害剤１および２）において４℃でボルテックス処理することによって再懸濁することができる。懸濁物は、断続的なボルテックス処理を行いながら２０分間、氷上に保つことができる。１５，０００×ｇにおいて５分間、約４℃で遠心分離した後、上清のアリコートを約−７０℃で貯蔵することができる。
疾患：
別途言及される場合を除き、用語「障害」および「疾患」は本明細書中では交換可能に使用され、対象、動物、単離された器官、組織または細胞／細胞培養物における望まれない任意の生理学的変化を含む。
ポリオーマウイルスの様々な感染により、いくつかの疾患の発症が免疫抑制患者においてポリオーマウイルスの再活性化の後で引き起こされる。伝染様式は広範囲であり、ほとんどが、ヒトとヒトとの間における直接的な汚染を介して生じる。それにもかかわらず、汚染された水もまた、ポリオーマウイルスについての最も重要な貯留所の１つである。ＪＣＶおよび／またはＢＫＶのタイプのポリオーマウイルスによる一次感染はほとんどの場合に幼児期に起こり、その一方で、ポリオーマウイルスは、例えば、免疫抑制状態が発症するような特定の病理学的状態および／または生理学的状態の期間中に再活性化されるまでは潜伏状態で留まっている。ＪＣＶまたはＢＫＶのようなポリオーマウイルスに伴う様々な疾患は広範囲である。ＪＣＶの最も一般的な疾患が、免疫機能における欠損を引き起こすヒト脳の誘発された脱髄疾患、すなわち、進行性多巣性白質脳症（ＰＭＬ）である。ＰＭＬが免疫調節療法の副作用として発症することが、多発性硬化症（ＭＳ）およびクローン病、ホジキンリンパ腫、関節リウマチ、自己免疫性血液学的障害、重症筋無力症、全身性エリテマトーデス、Ｂ細胞リンパ腫、尋常性乾癬、強直性脊椎炎、乾癬性関節炎、潰瘍性大腸炎、ならびに、臓器移植拒絶の抑制のために処置される患者における致死的ＰＭＬ症例の報告により、高い関心事となっている（Ｆｒｅｎｃｈｙ他、Ｃｌｉｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｒｅｖ．、２５（２０１２）、４７１〜５０６）。さらには、ＪＣＶはまた、他の神経学的障害およびヒトガンにも伴っていた。ＪＣＶのほかに、ＢＫＶはまた、呼吸樹を標的とし、これにより、上気道感染症および肺炎を引き起こし、ならびに、出血性膀胱炎を膀胱への感染によって引き起こし、または、腎臓、中枢神経系（ＣＮＳ）、眼、消化管および内皮への感染により、ポリオーマウイルスに関連づけられる間質性腎臓疾患、尿管狭窄、移植片の喪失、髄膜炎、脳炎、網膜炎、大腸炎および血管炎のような疾患を引き起こす。本発明は、ポリオーマウイルス感染症に対する処置またはワクチン接種のための、健康者ドナーまたはＰＭＬ−ＩＲＩＳ患者のプールからのいくつかのヒト由来抗体（これらは、より詳しくは本明細書中下記で記載されるようにクローン化および組換え産生された）を提供する。
本発明の１つの実施形態において、本発明の抗体、前記抗体のいずれか１つの実質的に同じ結合特異性を有する結合性分子、本発明のポリヌクレオチド、ベクターまたは細胞は、ＰＭＬ、顆粒ニューロンの感染、高色素性核、顆粒細胞神経症、脳オートトロフィー、脳症、髄膜炎、ポリオーマウイルス誘発腫瘍、免疫再構築炎症反応症候群（ＩＲＩＳ）、出血性膀胱炎、肺炎、網膜炎、大腸炎、血管炎、間質性腎臓疾患、気道の感染症からなる群からの疾患の予防的処置および／または治療的処置、また、そのような疾患の進行あるいはその処置に対する応答および／または診断をモニターするための医薬組成物または診断組成物を調製するために使用される。
さらには、本発明の抗体、前記抗体のいずれか１つの実質的に同じ結合特異性を有する結合性分子、本発明のポリヌクレオチド、ベクターまたは細胞は、ポリオーマウイルスの感染、例えば、ＪＣＶおよび／またはＢＫＶの感染を検出するための組成物を調製するために使用される。
ＰＭＬなどの障害が、中枢神経系（ＣＮＳ）の脱髄を引き起こし、また、重篤な場合には死を引き起こす可能性がある免疫抑制患者におけるＪＣＶ感染症の症状として多くの場合に認められる。
多くの障害がポリオーマウイルス感染に伴うことが知られている。したがって、１つの実施形態において、本発明の様々な抗体、前記抗体のいずれか１つの実質的に同じ結合特異性を有する結合性分子、本発明のポリヌクレオチド、ベクターまたは細胞は、ポリオーマウイルス感染後における一群の障害の予防的処置および／または治療的処置のため、そのような疾患を改善するため、そのような疾患の進行またはそのような疾患の処置に対する応答をモニターするため、および／または、そのような疾患を診断するための医薬組成物または診断組成物を調製するために、使用される。
処置：
本明細書中で使用される場合、用語「処置する」または「処置」は治療的処置および予防的または防止的な対策の両方を示し、この場合、その目的が、望まれない生理学的変化または障害を防止することまたは抑制すること（緩和すること）である。有益な臨床結果または所望される臨床結果には、検出可能であるか、または検出不能であるかにかかわりなく、症状の緩和、疾患の程度の減弱、疾患の安定化された（すなわち、悪化しない）状態、疾患進行の遅延または緩速化、疾患状態の改善または緩和、および、寛解（部分的または全体的を問わず）が含まれるが、これに限定されない。「処置」はまた、処置を受けない場合の予想された生存と比較して、生存を延ばすことを意味することができる。処置を必要としている人々には、状態または障害を既に有する人々ならびに状態または障害を有する傾向がある人々、あるいは、状態または障害の発現が防止されなければならない人々が含まれる。
別途言及される場合を除き、用語「薬物」、「医薬」または「医薬品」は本明細書中では交換可能に使用され、下記のすべてを包含するものとするが、それに限定されない：（Ａ）体内使用または体外使用のための物品、医薬および調製物、ならびに、ヒトまたは他の動物のどちらかの疾患の診断、治療、緩和、処置または防止のために使用されることが意図されるあらゆる物質または物質の混合物；ならびに、（Ｂ）ヒトまたは他の動物の身体の構造またはどのような機能に対してでも影響を及ぼすことが意図される（食物以外）の物品、医薬および調製物；ならびに（Ｃ）条項（Ａ）および条項（Ｂ）において指定されるあらゆる物品の成分としての使用のために意図される物品。用語「薬物」、「医薬」または「医薬品」は、１つまたは複数の「薬剤」、「化合物」、「物質」または「（化学的）組成物」をフィラー、崩壊剤、滑剤、流動促進剤、バインダーとして、また、何らかの他の関連では、他の医薬的に不活性な賦形剤もまた、フィラー、崩壊剤、滑剤、流動促進剤、バインダーとして含有するか、あるいは、「薬物」、「医薬」または「医薬品」の容易な輸送、崩壊、解離、溶解および生物学的利用性を、ヒトまたは他の動物の体内の意図された標的場所（例えば、皮膚、胃内または腸内）において保証する、ヒトまたは他の動物のどちらかでの使用のために意図される調製物の完全な処方を包含するものとする。用語「薬剤」、「化合物」または「物質」は本明細書中では交換可能に使用され、より具体的な関連では、すべての薬理学的に活性な薬剤、すなわち、本発明の方法によって所望の生物学的または薬理学的な効果を誘発するか、あるいは、そのような可能な薬理学的効果を誘発することができることについて研究または試験される薬剤を包含するものとするが、これらに限定されない。
「対象」または「個体」または「動物」または「患者」または「哺乳動物」によって、診断、予後、防止または治療が望まれるあらゆる対象、特に哺乳動物対象、例えば、ヒト患者が意味される。
医薬用キャリア：
医薬的に許容されるキャリアおよび投与経路を、当業者に知られている対応する文献から選ぶことができる。本発明の医薬組成物は、この技術分野において広く知られている方法に従って配合することができる（例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ（２０００）（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ ｉｎ Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ、ＩＳＢＮ０−６８３−３０６４７２）；Ｖａｃｃｉｎｅ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ、第２版（Ｒｏｂｉｎｓｏｎ他、Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ、Ｔｏｔｏｗａ、Ｎｅｗ Ｊｅｒｓｅｙ、米国、２００３）；Ｂａｎｇａ、Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ Ｐｅｐｔｉｄｅｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ：Ｆｏｒｍｕｌａｔｉｏｎ，Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ，ａｎｄ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ Ｓｙｓｔｅｍｓ、第２版（Ｔａｙｌｏｒ ａｎｄ Ｆｒａｎｃｉｓ（２００６）、ＩＳＢＮ：０−８４９３−１６３０−８）を参照のこと）。好適な医薬用キャリアの例がこの技術分野では広く知られており、これらには、リン酸緩衝生理食塩水溶液、水、エマルション（例えば、油／水エマルションなど）、様々なタイプの湿潤化剤、無菌溶液などが含まれる。そのようなキャリアを含む組成物を、広く知られている従来の方法によって配合することができる。これらの医薬組成物は好適な用量で対象に投与することができる。好適な組成物の投与を種々の方式によって行うことができる。例には、医薬的に許容されるキャリアを含有する組成物を、経口方法、鼻腔内方法、直腸方法、局所的方法、腹腔内方法、静脈内方法、筋肉内方法、皮下方法、真皮下方法、経皮的方法、クモ膜下腔内方法および頭蓋内方法を介して投与することが含まれる。エアロゾル配合物、例えば、鼻腔噴霧配合物などには、保存剤および等張剤を伴う活性な薬剤の精製された水性溶液または他の溶液が含まれる。そのような配合物は好ましくは、鼻腔粘膜と適合し得るｐＨおよび等張性状態に調節される。経口投与用の医薬組成物、例えば、単一ドメイン抗体分子（例えば、「ナノボディー（商標）」）などもまた、本発明において想定される。そのような経口配合物は、錠剤、カプセル、粉末、液体または半固体の形態である場合がある。錠剤は、固体のキャリア、例えば、ゼラチンまたはアジュバントなどを含む場合がある。直腸投与または膣投与のための配合物が、好適なキャリアを伴う坐薬として提示される場合がある（Ｏ’Ｈａｇａｎ他、Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ，Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ ２（９）（２００３）、７２７〜７３５もまた参照のこと）。様々なタイプの投与のために好適である配合物に関するさらなる指針を、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ（Ｍａｃｅ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏｍｐａｎｙ、Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ、ＰＡ、第１７版（１９８５）および対応する更新版）において見出すことができる。薬物送達のための方法の簡単な総説については、Ｌａｎｇｅｒ、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４９（１９９０）、１５２７〜１５３３を参照のこと。
ＩＩ．本発明の抗体
本発明は一般には、ヒト抗ポリオーマウイルス抗体、抗ポリオーマウイルスＶＰ１抗体、および、抗ポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ抗体、ならびに、それらの抗原結合フラグメントに関連し、この場合、これらは好ましくは、実施例において例示される抗体について概略されるような免疫学的結合特性および／または生物学的性質を示す。本発明によれば、ポリオーマウイルスに対して特異的なヒトモノクローナル抗体、好ましくは、ＪＣＶおよび／またはＢＫＶのタイプのポリオーマウイルスに対して特異的なヒトモノクローナル抗体が、ＨＬＡタイピングおよび抗ＪＣＶ力価が不明である健康な高齢のヒト対象のプール、堅固なＪＣＶ特異的抗体産生を示したＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０４：０１＋の健康なドナーのプール、ならびに、多発性硬化症（ＭＳ）を処置するためにモノクローナル抗体治療を受け、かつ、ＰＭＬおよびＰＭＬ−ＩＲＩＳの症状を発症した患者のプールからクローン化された。
本発明に従って行われた実験の過程において、ヒトメモリーＢ細胞レパートリーの抗体が、ポリオーマウイルスＶＰタンパク質特異的結合についてハイスループット分析によってスクリーニングされた。ポリオーマウイルスＶＰ１タンパク質について陽性であり、しかし、ＢＳＡについては陽性でないＢ細胞培養物のみが抗体クローニングに供された。
この手段によって、いくつかの抗体を単離することができた。選択された抗体をさらに、クラス決定および軽鎖サブクラス決定のために分析した。メモリーＢ細胞の培養物から得られる選択された関連する抗体メッセージをその後、ＲＴ−ＰＣＲによって転写し、クローン化し、組換え産生のための発現ベクターの中に一緒にすることができた。ＨＥＫ２９３細胞またはＣＨＯ細胞におけるヒト抗体の組換え発現、および、ポリオーマウイルスのＶＰ１タンパク質に対する、好ましくは、ヒトＪＣＶ ＶＰ１タンパク質および／またはヒトＢＫＶ ＶＰ１タンパク質に対するそれらの結合特異性のその後の特徴づけ（図２〜図４および図７；実施例２〜実施例４および実施例１０）により、ＪＣＶおよび／またはＢＫＶ、ならびに、ＪＣＶ ＶＰ１タンパク質および／またはＢＫＶ ＶＰ１タンパク質に対して非常に特異的である様々なヒト抗体が初めてクローン化されていることが確認された。
さらには、それらの抗体を、異なるポリオーマウイルスＶＰ１タンパク質に対するそれらの結合特異性および結合効率、ならびに、ウイルス様粒子（ＶＬＰ）に対する結合について試験した。
したがって、本発明は一般には、ヒト由来のモノクローナルな抗ポリオーマウイルス抗体、抗ポリオーマウイルスＶＰ１タンパク質抗体、および／または、抗ポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ抗体、ならびに、それらの結合フラグメント、誘導体および変化体、好ましくは、ＪＣＶおよび／またはＢＫＶのタイプのものに関連する。
本発明の１つの実施形態において、抗体はヒトポリオーマウイルスおよび／またはその抗原と結合することができ、好ましくはＪＣＶおよび／またはＢＫＶと結合することができる。
好ましい実施形態において、本発明の抗体は、変異したヒトポリオーマウイルスおよび／またはその抗原、ポリオーマウイルスＶＰ１タンパク質、および／または、ポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰに結合することができ、好ましくは、ＪＣＶタイプおよび／またはＢＫＶタイプのものに結合することができる。言い換えれば、好ましくは、本発明のヒト由来抗ポリオーマウイルス抗体の結合親和性はウイルスタンパク質における変異によって実質的に影響されない；実施例１２および図１１を参照のこと。このことは、特にウイルス粒子またはＶＬＰにおいて示されるときにはウイルス抗原のアミノ酸配列における個々のアミノ酸置換によって影響を受けないかもしれない不連続なエピトープまたは立体配座的なエピトープを認識するそれらの抗体については特に当てはまるかもしれない。
１つの実施形態において、本発明は、ポリオーマウイルス抗体、あるいは、その抗原結合フラグメント、変化体または誘導体に関し、ただし、この場合、抗体は、下記の抗体からなる群から選択される参照抗体と同じポリオーマウイルスのエピトープに特異的に結合する：（Ａ）ＮＩ−３０７．１３Ｇ４、（Ｂ）ＮＩ−３０７．１８Ｅ１２、（Ｃ）ＮＩ−３０７．１９Ｆ８、（Ｄ）ＮＩ−３０７．２０Ｆ５、（Ｅ）ＮＩ−３０７．６１Ｄ１１、（Ｆ）ＮＩ−３０７．３Ｇ４、（Ｇ）ＮＩ−３０７．６Ａ２、（Ｈ）ＮＩ−３０７．１１Ｇ６、（Ｉ）ＮＩ−３０７．１９Ｆ１０、（Ｊ）ＮＩ−３０７．２４Ｆ３、（Ｋ）ＮＩ−３０７．２５Ｇ１０、（Ｌ）ＮＩ−３０７．４３Ａ１１、（Ｍ）ＮＩ−３０７．５７Ｄ５、（Ｎ）ＮＩ−３０７．７８Ｃ３、（Ｏ）ＮＩ−３０７．１Ｅ１、（Ｐ）ＮＩ−３０７．５Ｈ３、（Ｑ）ＮＩ−３０７．２４Ｃ６、（Ｒ）ＮＩ−３０７．２６Ｅ１０、（Ｓ）ＮＩ−３０７．１１Ｇ６、（Ｔ）ＮＩ−３０７．１３Ｇ４、（Ｕ）ＮＩ−３０７．６１Ｄ１１、（Ｖ）ＮＩ−３０７．９８Ｄ３、（Ｗ）ＮＩ−３０７．７２Ｆ７、（Ｘ）ＮＩ−３０７．４５Ｅ１０、（Ｙ）ＮＩ−３０７．７２Ｆ１０、（Ｚ）ＮＩ−３０７．５６Ａ８、（Ａ２）ＮＩ−３０７．２７Ｃ１１、（Ｂ２）ＮＩ−３０７．４７Ｂ１１、（Ｃ２）ＮＩ−３０７．２６Ａ３、（Ｄ２）ＮＩ−３０７．２７Ｃ２、（Ｅ２）ＮＩ−３０７．５７Ｄ４、（Ｆ２）ＮＩ−３０７．５０Ｈ４、（Ｇ２）ＮＩ−３０７．５３Ｂ１１、（Ｈ２）ＮＩ−３０７．７Ｊ３、（Ｉ２）ＮＩ−３０７．５９Ａ７、（Ｊ２）ＮＩ−３０７．１０５Ａ６、（Ｋ２）ＮＩ−３０７．２９Ｂ１、（Ｌ２）ＮＩ−３０７．４４Ｆ６Ｂ、（Ｍ２）ＮＩ−３０７．９８Ｈ１、（Ｎ２）ＮＩ−３０７．４３Ｅ８、（Ｏ２）ＮＩ−３０７．１８Ｆ４Ａ。エピトープマッピングにより、ａａ３３３−ＬＰＧＤＰＤＭ−３３９を含むヒトポリオーマウイルス内の配列が、本発明の抗体ＮＩ−３０７．１１Ｇ６によって認識される特異な線状エピトープとして特定され、また、ａａ１２４−ＳＱＡＴＨＤＮ−１３０を含むヒトポリオーマウイルスＪＣＶ内の配列が、本発明の抗体ＮＩ−３０７．１３Ｇ４によって認識される特異な線状エピトープとして特定された（図８および実施例７を参照のこと）。したがって、１つの実施形態において、ＬＰＧＤＰＤＭ（配列番号８５）、ＧＱＡＴＨＤＮ（配列番号８６）、ＭＲＹＶＤＫＹＧＱＬＱＴ（配列番号８７）またはＲＶＦＥＧＴＥＥＬＰＧ（配列番号８８）のアミノ酸配列を含むか、あるいは、そのようなアミノ酸配列からなるポリオーマウイルスエピトープと特異的に結合する本発明の抗体が提供される。好ましい実施形態において、本発明の抗体は、ＧＱＡＴＨＤＮ（配列番号８６）、ＭＲＹＶＤＫＹＧＱＬＱＴ（配列番号８７）を含むエピトープと結合する。
そのうえ、実施例４〜実施例７および実施例１０において明らかにされるような、また、図２〜図４および図７に示されるような最初の実験観察によってとらわれることを意図しないが、本発明のヒトモノクローナル抗体の（Ａ）ＮＩ−３０７．１３Ｇ４、（Ｂ）ＮＩ−３０７．１９Ｆ１０、（Ｃ）ＮＩ−３０７．１９Ｆ８、（Ｄ）ＮＩ−３０７．１１Ｇ６、（Ｅ）ＮＩ−３０７．１７Ｆ１２、（Ｆ）ＮＩ−３０７．６Ａ２、（Ｇ）ＮＩ−３０７．５Ｈ３、（Ｈ）ＮＩ−３０７．２５Ｇ１０、（Ｉ）ＮＩ−３０７．２６Ｅ１０、（Ｊ）ＮＩ−３０７．１Ｅ１、（Ｋ）ＮＩ−３０７．２４Ｃ６、（Ｌ）ＮＩ−３０７．７８Ｃ３、（Ｍ）ＮＩ−３０７．５７Ｄ５、（Ｎ）ＮＩ−３０７．４３Ａ１１、（Ｏ）ＮＩ−３０７．３Ｇ４、（Ｐ）ＮＩ−３０７．６１Ｄ１１、（Ｑ）ＮＩ−３０７．２４Ｆ３、（Ｒ）ＮＩ−３０７．１８Ｅ１２、（Ｓ）ＮＩ−３０７．２０Ｆ５、（Ｔ）ＮＩ−３０７．５８Ｃ７、（Ｕ）ＮＩ−３０７．１０５Ｃ７、（Ｖ）ＮＩ−３０７．９８Ｄ３、（Ｗ）ＮＩ−３０７．７２Ｆ７、（Ｘ）ＮＩ−３０７．４５Ｅ１０、（Ｙ）ＮＩ−３０７．７２Ｆ１０、（Ｚ）ＮＩ−３０７．５６Ａ８、（Ａ２）ＮＩ−３０７．２７Ｃ１１、（Ｂ２）ＮＩ−３０７．４７Ｂ１１、（Ｃ２）ＮＩ−３０７．２６Ａ３、（Ｄ２）ＮＩ−３０７．２７Ｃ２、（Ｅ２）ＮＩ−３０７．５７Ｄ４、（Ｆ２）ＮＩ−３０７．５０Ｈ４、（Ｇ２）ＮＩ−３０７．５３Ｂ１１、（Ｈ２）ＮＩ−３０７．７Ｊ３、（Ｉ２）ＮＩ−３０７．５９Ａ７、（Ｊ２）ＮＩ−３０７．１０５Ａ６、（Ｋ２）ＮＩ−３０７．２９Ｂ１、（Ｌ２）ＮＩ−３０７．４４Ｆ６Ｂ、（Ｍ２）ＮＩ−３０７．９８Ｈ１、（Ｎ２）ＮＩ−３０７．４３Ｅ８および（Ｏ２）ＮＩ−３０７．１８Ｆ４Ａは好ましくは、ポリオーマウイルスＶＰ１タンパク質およびＶＰ１ ＶＬＰタンパク質に特異的に結合し、かつ、ＢＳＡを実質的に認識しないことにおいて特徴づけられる；実施例４〜実施例６および実施例１０を参照のこと。したがって、本発明は、様々な結合特異性を有し、したがって、診断目的および治療目的のために特に有用であるヒト抗ポリオーマウイルス抗体、抗ＪＣＶ抗体および／または抗ＢＫＶ抗体の一組を提供する。
１つの実施形態において、本発明の抗体は、実施例２において記載されるように、ＪＣＶのＶＰ１に特異的に結合し、かつ、ＢＫＶのＶＰ１には結合しないか、または弱く結合する例示的な組換えヒト抗体のＮＩ−３０７．１３Ｇ４、ＮＩ−３０７．１８Ｅ１２、ＮＩ−３０７．１９Ｆ８、ＮＩ−３０７．２０Ｆ５およびＮＩ−３０７．６１Ｄ１１の結合特性を示す。この関連において、結合特異性は、図２における例示的抗体のＮＩ−３０７．１３Ｇ４、ＮＩ−３０７．１８Ｅ１２、ＮＩ−３０７．１８Ｆ４Ａ、ＮＩ−３０７．１９Ｆ８、ＮＩ−３０７．２０Ｆ５およびＮＩ−３０７．６１Ｄ１１について示されるような範囲である場合があり、すなわち、５０％最大有効濃度（ＥＣ５０）が、ＮＩ−３０７．１３Ｇ４、ＮＩ−３０７．１８Ｅ１２、ＮＩ−３０７．１８Ｆ４Ａ、ＮＩ−３０７．１９Ｆ８、ＮＩ−３０７．２０Ｆ５およびＮＩ−３０７．６１Ｄ１１について示されるように、ＪＣＶのＶＰ１については約１ｐＭ〜１００ｎＭであり、好ましくはＥＣ５０が約１０ｐＭ〜５０ｎＭであり、最も好ましくはＥＣ５０が約１００ｐＭ〜５ｎＭである。
加えて、または、代替において、本発明の抗ポリオーマウイルス抗体は、ＪＣＶのＶＰ１およびＢＫＶのＶＰ１に特異的に結合する。この関連において、結合特異性は、実施例５および図３における例示的抗体のＮＩ−３０７．３Ｇ４、ＮＩ−３０７．６Ａ２、ＮＩ−３０７．１１Ｇ６、ＮＩ−３０７．１９Ｆ１０、ＮＩ−３０７．２４Ｆ３、ＮＩ−３０７．２５Ｇ１０、ＮＩ−３０７．４３Ａ１１、ＮＩ−３０７．４４Ｆ６Ｂ、ＮＩ−３０７．５７Ｄ５およびＮＩ−３０７．７８Ｃ３について示されるような範囲である場合があり、５０％最大有効濃度（ＥＣ５０）が、ＪＣＶのＶＰ１については約１ｐＭ〜５００ｎＭであり、好ましくはＥＣ５０が約１０ｐＭ〜１００ｎＭであり、最も好ましくはＥＣ５０が約５００ｐＭ〜８０ｎＭであり、かつ、ＶＰ１ ＶＬＰについてはＥＣ５０が約１ｐＭ〜５００ｎＭであり、好ましくはＥＣ５０が約５ｐＭ〜１００ｎＭであり、最も好ましくはＥＣ５０が約１０ｐＭ〜３０ｎＭである。それぞれで、組換えヒト由来抗体のＮＩ−３０７．３Ｇ４、ＮＩ−３０７．６Ａ２、ＮＩ−３０７．１１Ｇ６、ＮＩ−３０７．１９Ｆ１０、ＮＩ−３０７．２４Ｆ３、ＮＩ−３０７．２５Ｇ１０、ＮＩ−３０７．４３Ａ１１、ＮＩ−３０７．４４Ｆ６Ｂ、ＮＩ−３０７．５７Ｄ５およびＮＩ−３０７．７８Ｃ３は、ＢＫＶのＶＰ１に対する大きい親和性を伴って、ＥＣ５０が、ＢＫＶのＶＰ１については約１ｐＭ〜５００ｎＭであり、好ましくはＥＣ５０が約５ｐＭ〜１００ｎＭであり、最も好ましくはＥＣ５０が約１０ｐＭ〜５０ｎＭであり、かつ、ＢＫＶ ＶＰ１ ＶＬＰについてはＥＣ５０が約１ｐＭ〜５００ｎＭであり、好ましくはＥＣ５０が約１０ｐＭ〜２００ｎＭであり、最も好ましくはＥＣ５０が約３０ｐＭ〜１２０ｎＭである。加えて、または、代替において、本発明の抗ポリオーマウイルス抗体は、実施例６および図４において記載されるように、ＢＫＶのＶＰ１に特異的に結合する。１つの実施形態において、本発明の抗体は、ＢＫＶ由来のＶＰ１には強く結合し、かつ、ＪＣＶのＶＰ１には弱く結合する下記の例示的な組換えヒト抗体の結合特性を示す：ＮＩ−３０７．１Ｅ１、ＮＩ−３０７．５Ｈ３、ＮＩ−３０７．２４Ｃ６およびＮＩ−３０７．２６Ｅ１０。この関連において、結合特異性は、実施例６およびそれぞれの図４における例示的なＮＩ−３０７．１Ｅ１、ＮＩ−３０７．５Ｈ３、ＮＩ−３０７．２４Ｃ６およびＮＩ−３０７．２６Ｅ１０について示されるような範囲である場合があり、すなわち、５０％最大有効濃度（ＥＣ５０）が、ＢＫＶのＶＰ１については約１ｐＭ〜５００ｎＭであり、好ましくはＥＣ５０が約１０ｐＭ〜１００ｎＭであり、最も好ましくはＥＣ５０が約８００ｐＭ〜５ｎＭであり、かつ、ＢＫＶ ＶＰ１ ＶＬＰについてはＥＣ５０が約１ｐＭ〜５００ｎＭであり、好ましくはＥＣ５０が約１０ｐＭ〜１００ｎＭであり、最も好ましくはＥＣ５０が約２００ｐＭ〜２０ｎＭであり、かつ、ＪＣＶのＶＰ１についてはＥＣ５０が約１ｐＭ〜５００ｎＭであり、好ましくはＥＣ５０が約１０ｐＭ〜３００ｎＭであり、最も好ましくはＥＣ５０が約１ｐＭ〜２００ｎＭであり、かつ、ＪＣＶ ＶＰ１ ＶＬＰについてはＥＣ５０が約１ｐＭ〜５００ｎＭであり、好ましくはＥＣ５０が約１００ｐＭ〜３００ｎＭであり、最も好ましくはＥＣ５０が約１ｐＭ〜３００ｎＭである。
好ましい実施形態において、本発明の抗体は、実施例１０において記載されるように、ＪＣＶ ＶＰ１ ＶＬＰに強く結合する下記の例示的な組換えヒト抗体の結合特性を示す：ＮＩ−３０７．７Ｊ３、ＮＩ−３０７．２６Ａ３、ＮＩ−３０７．２７Ｃ２、ＮＩ−３０７．２７Ｃ１１、ＮＩ−３０７．２９Ｂ１、ＮＩ−３０７．４３Ｅ８、ＮＩ−３０７．４５Ｅ１０、ＮＩ−３０７．４７Ｂ１１、ＮＩ−３０７．５０Ｈ４、ＮＩ−３０７．５３Ｂ１１、ＮＩ−３０７．５６Ａ８、ＮＩ−３０７．５７Ｄ４、ＮＩ−３０７．５８Ｃ７、ＮＩ−３０７．５９Ａ７、ＮＩ−３０７．７２Ｆ７、ＮＩ−３０７．７２Ｆ１０、ＮＩ−３０７．９８Ｄ３、ＮＩ−３０７．９８Ｈ１、ＮＩ−３０７．１０５Ａ６およびＮＩ−３０７．１０５Ｃ７。この関連において、結合特異性は、図７における例示的抗体のＮＩ−３０７．７Ｊ３、ＮＩ−３０７．２６Ａ３、ＮＩ−３０７．２７Ｃ２、ＮＩ−３０７．２７Ｃ１１、ＮＩ−３０７．２９Ｂ１、ＮＩ−３０７．４３Ｅ８、ＮＩ−３０７．４５Ｅ１０、ＮＩ−３０７．４７Ｂ１１、ＮＩ−３０７．５０Ｈ４、ＮＩ−３０７．５３Ｂ１１、ＮＩ−３０７．５６Ａ８、ＮＩ−３０７．５７Ｄ４、ＮＩ−３０７．５８Ｃ７、ＮＩ−３０７．５９Ａ７、ＮＩ−３０７．７２Ｆ７、ＮＩ−３０７．７２Ｆ１０、ＮＩ−３０７．９８Ｄ３、ＮＩ−３０７．９８Ｈ１、ＮＩ−３０７．１０５Ａ６およびＮＩ−３０７．１０５Ｃ７について示されるような範囲である場合があり、すなわち、５０％最大有効濃度（ＥＣ５０）が、ＮＩ−３０７．７Ｊ３、ＮＩ−３０７．２６Ａ３、ＮＩ−３０７．２７Ｃ２、ＮＩ−３０７．２７Ｃ１１、ＮＩ−３０７．２９Ｂ１、ＮＩ−３０７．４３Ｅ８、ＮＩ−３０７．４５Ｅ１０、ＮＩ−３０７．４７Ｂ１１、ＮＩ−３０７．５０Ｈ４、ＮＩ−３０７．５３Ｂ１１、ＮＩ−３０７．５６Ａ８、ＮＩ−３０７．５７Ｄ４、ＮＩ−３０７．５８Ｃ７、ＮＩ−３０７．５９Ａ７、ＮＩ−３０７．７２Ｆ７、ＮＩ−３０７．７２Ｆ１０、ＮＩ−３０７．９８Ｄ３、ＮＩ−３０７．９８Ｈ１、ＮＩ−３０７．１０５Ａ６およびＮＩ−３０７．１０５Ｃ７について示されるように、ＪＣＶ ＶＰ１ ＶＬＰについては約０．１ｐＭ〜１ｎＭであり、好ましくはＥＣ５０が１ｎＭ未満である。
１つの実施形態において、本発明の抗ポリオーマウイルス抗体は好ましくは、ＢＫＶのＶＰ１よりもＪＣＶのＶＰ１と優先的に結合する下記の例示的抗体の結合特性を示す：ＮＩ−３０７．１３Ｇ４、ＮＩ−３０７．１８Ｅ１２、ＮＩ−３０７．１８Ｆ４Ａ、ＮＩ−３０７．１９Ｆ８、ＮＩ−３０７．２０Ｆ５およびＮＩ−３０７．６１Ｄ１１。
加えて、または、代替において、本発明の抗体は好ましくは、ＪＣＶのＶＰ１タンパク質およびＢＫＶのＶＰ１タンパク質の両方と結合する下記の例示的抗体の結合特性を示す：ＮＩ−３０７．３Ｇ４、ＮＩ−３０７．６Ａ２、ＮＩ−３０７．１１Ｇ６、ＮＩ−３０７．１９Ｆ１０、ＮＩ−３０７．２４Ｆ３、ＮＩ−３０７．２５Ｇ１０、ＮＩ−３０７．４３Ａ１１、ＮＩ−３０７．４４Ｆ６Ｂ、ＮＩ−３０７．５７Ｄ５およびＮＩ−３０７．７８Ｃ３。
別の実施形態において、本発明の抗体は、加えて、または、代替において、ＪＣＶのＶＰ１よりもＢＫＶのＶＰ１と優先的に結合する下記の例示的抗体の結合特性を示す：ＮＩ−３０７．１Ｅ１、ＮＩ−３０７．５Ｈ３、ＮＩ−３０７．２４Ｃ６およびＮＩ−３０７．２６Ｅ１０。
それでもなおさらなる実施形態において、本発明の抗体は好ましくは、ＪＣＶ ＶＰ１ ＶＬＰに対して大きい親和性で結合する下記の例示的抗体の結合特性を示す：ＮＩ−３０７．７Ｊ３、ＮＩ−３０７．２６Ａ３、ＮＩ−３０７．２７Ｃ２、ＮＩ−３０７．２７Ｃ１１、ＮＩ−３０７．２９Ｂ１、ＮＩ−３０７．４３Ｅ８、ＮＩ−３０７．４５Ｅ１０、ＮＩ−３０７．４７Ｂ１１、ＮＩ−３０７．５０Ｈ４、ＮＩ−３０７．５３Ｂ１１、ＮＩ−３０７．５６Ａ８、ＮＩ−３０７．５７Ｄ４、ＮＩ−３０７．５８Ｃ７、ＮＩ−３０７．５９Ａ７、ＮＩ−３０７．７２Ｆ７、ＮＩ−３０７．７２Ｆ１０、ＮＩ−３０７．９８Ｄ３、ＮＩ−３０７．９８Ｈ１、ＮＩ−３０７．１０５Ａ６およびＮＩ−３０７．１０５Ｃ７。
本発明はまた、抗体、あるいは、その抗原結合フラグメント、変化体または誘導体に関し、ただし、この場合、抗体は、下記の抗体からなる群から選択される抗体の抗原結合ドメインと同一の抗原結合ドメインを含む：（Ａ）ＮＩ−３０７．１３Ｇ４、（Ｂ）ＮＩ−３０７．１８Ｅ１２、（Ｃ）ＮＩ−３０７．１９Ｆ８、（Ｄ）ＮＩ−３０７．２０Ｆ５、（Ｅ）ＮＩ−３０７．６１Ｄ１１、（Ｆ）ＮＩ−３０７．３Ｇ４、（Ｇ）ＮＩ−３０７．６Ａ２、（Ｈ）ＮＩ−３０７．１１Ｇ６、（Ｉ）ＮＩ−３０７．１９Ｆ１０、（Ｊ）ＮＩ−３０７．２４Ｆ３、（Ｋ）ＮＩ−３０７．２５Ｇ１０、（Ｌ）ＮＩ−３０７．４３Ａ１１、（Ｍ）ＮＩ−３０７．５７Ｄ５、（Ｎ）ＮＩ−３０７．７８Ｃ３、（Ｏ）ＮＩ−３０７．１Ｅ１、（Ｐ）ＮＩ−３０７．５Ｈ３、（Ｑ）ＮＩ−３０７．２４Ｃ６、（Ｒ）ＮＩ−３０７．２６Ｅ１０、（Ｓ）ＮＩ−３０７．１１Ｇ６、（Ｔ）ＮＩ−３０７．１３Ｇ４、（Ｕ）ＮＩ−３０７．６１Ｄ１１、（Ｖ）ＮＩ−３０７．９８Ｄ３、（Ｗ）ＮＩ−３０７．７２Ｆ７、（Ｘ）ＮＩ−３０７．４５Ｅ１０、（Ｙ）ＮＩ−３０７．７２Ｆ１０、（Ｚ）ＮＩ−３０７．５６Ａ８、（Ａ２）ＮＩ−３０７．２７Ｃ１１、（Ｂ２）ＮＩ−３０７．４７Ｂ１１、（Ｃ２）ＮＩ−３０７．２６Ａ３、（Ｄ２）ＮＩ−３０７．２７Ｃ２、（Ｅ２）ＮＩ−３０７．５７Ｄ４、（Ｆ２）ＮＩ−３０７．５０Ｈ４、（Ｇ２）ＮＩ−３０７．５３Ｂ１１、（Ｈ２）ＮＩ−３０７．７Ｊ３、（Ｉ２）ＮＩ−３０７．５９Ａ７、（Ｊ２）ＮＩ−３０７．１０５Ａ６、（Ｋ２）ＮＩ−３０７．２９Ｂ１、（Ｌ２）ＮＩ−３０７．４４Ｆ６Ｂ、（Ｍ２）ＮＩ−３０７．９８Ｈ１、（Ｎ２）ＮＩ−３０７．４３Ｅ８および（Ｏ２）ＮＩ−３０７．１８Ｆ４Ａ。
本発明ではさらに、その可変領域において、例えば、結合ドメインにおいて、図８に示されるアミノ酸配列のいずれか１つを含むＶＨ可変領域および／またはＶＬ可変領域の少なくとも１つの相補性決定領域（ＣＤＲ）を含むことによって特徴づけられることがあるいくつかのそのような結合性分子、例えば、抗体およびその結合フラグメントが例示される。上記で特定された可変領域をコードする対応するヌクレオチド配列が、下記において表ＩＩ、表ＩＩＩにそれぞれ示される。ＶＨ領域および／またはＶＬ領域の上記アミノ酸配列のＣＤＲの例示的な組が図８に示される。しかしながら、下記で議論されるように、当業者は、加えて、または、代替において、様々なＣＤＲが使用されることがあり、ただし、この場合、これらのＣＤＲが、それらのアミノ酸配列において、図８に示されるアミノ酸配列から、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３の場合には１つ、２つ、３つ、または、それ以上のアミノ酸によって異なるという事実を十分に承知している。したがって、１つの実施形態において、図８に示されるような少なくとも１つのＣＤＲ、および／または、１つまたは複数のアミノ酸置換を含むその１つまたは複数のＣＤＲをその可変領域に含む本発明の抗体あるいはそのポリオーマウイルス結合フラグメントおよび／またはポリオーマウイルスＶＰ１結合フラグメントが提供される。
１つの実施形態において、本発明の抗体は、図８に示されるようなＶＨ領域および／またはＶＬ領域、あるいは、１つまたは複数のアミノ酸置換を含むそのＶＨ領域および／またはＶＬ領域のアミノ酸配列を含む抗体のいずれか１つである。好ましくは、本発明の抗体は、ヒトＢ細胞には存在したような重鎖および軽鎖の同族性の対形成の保存によって特徴づけられる。
代替では、本発明の抗体は、ポリオーマウイルスおよび／またはポリオーマウイルスＶＰ１タンパク質に対する結合について、図８に示されるようなＶＨ領域および／またはＶＬ領域を有する抗体の少なくとも１つと競合する抗体あるいはその抗原結合フラグメント、誘導体または変化体である。
前記で既に示されたように、本発明の抗体のいくつかは、ポリオーマウイルスのＪＣＶおよびＢＫＶの両方と結合することができることが示されている。
したがって、上記の代替において、または、上記に加えて、１つの実施形態において、図８に示されるような少なくとも１つのＣＤＲ、および／または、１つまたは複数のアミノ酸置換を含むその１つまたは複数のＣＤＲをその可変領域に含む本発明の抗体あるいはそのポリオーマウイルスＶＰ１結合フラグメント、ＪＣＶ ＶＰ１結合フラグメント、および／または、ＢＫＶ ＶＰ１結合フラグメントが提供される。
代替では、本発明の抗体は、ポリオーマウイルスＶＰ１および／またはポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰに対する結合について、好ましくは、ＪＣＶ ＶＰ１、ＪＣＶ ＶＰ１ ＶＬＰ、および／または、ＢＫＶ ＶＬＰ１、ＢＫＶ ＶＰ１ ＶＬＰに対する結合について、図８に示されるようなＶＨ領域および／またはＶＬ領域を有する抗体の少なくとも１つと競合する抗体あるいはその抗原結合フラグメント、誘導体または変化体である。
本発明の抗体は、特に治療適用のためには、ヒトである場合がある。
代替では、本発明の抗体は、動物における診断方法および研究のために特に有用である齧歯類抗体、齧歯類化抗体または齧歯類−ヒトのキメラ抗体、好ましくは、マウス抗体、マウス化抗体またはマウス−ヒトのキメラ抗体、あるいは、ラット抗体、ラット化抗体またはラット−ヒトのキメラ抗体である。１つの実施形態において、本発明の抗体は齧歯類−ヒトのキメラ抗体または齧歯類化抗体である。
上記で述べられるように、ヒト免疫応答でのその生成のために、本発明のヒトモノクローナル抗体は、特定の病理学的関連性を有し、かつ、例えば、マウスモノクローナル抗体の作製のための免疫化プロセス、および、ファージディスプレーライブラリーのインビトロスクリーニングの場合には接近可能でないかもしれないか、またはそれほど免疫原性でないかもしれないエピトープをそれぞれ認識するであろう。したがって、本発明のヒト抗ポリオーマウイルス抗体、抗ポリオーマウイルスＶＰ１抗体および／またはポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ抗体のエピトープは独特であること、ならびに、本発明のヒトモノクローナル抗体によって認識されるエピトープに結合することができる他の抗体が存在しないことを明記することは賢明である。
別の実施形態において、本発明は、免疫グロブリン重鎖可変領域（ＶＨ）を含む単離されたポリペプチド、免疫グロブリン重鎖可変領域（ＶＨ）から本質的になる単離されたポリペプチド、または、免疫グロブリン重鎖可変領域（ＶＨ）からなる単離されたポリペプチドであって、重鎖可変領域のＶＨ−ＣＤＲの少なくとも１つ、または、重鎖可変領域のＶＨ−ＣＤＲの少なくとも２つが、本明細書中に開示される抗体から得られる参照用重鎖のＶＨ−ＣＤＲ１のアミノ酸配列、ＶＨ−ＣＤＲ２のアミノ酸配列またはＶＨ−ＣＤＲ３のアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％または９５％同一である、そのような単離されたポリペプチドを提供する。代替において、ＶＨのＶＨ−ＣＤＲ１領域、ＶＨ−ＣＤＲ２領域およびＶＨ−ＣＤＲ３領域は、本明細書中に開示される抗体から得られる参照用重鎖のＶＨ−ＣＤＲ１のアミノ酸配列、ＶＨ−ＣＤＲ２のアミノ酸配列またはＶＨ−ＣＤＲ３のアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％または９５％同一である。したがって、この実施形態によれば、本発明の重鎖可変領域は、図８にそれぞれ示される群に関連づけられるＶＨ−ＣＤＲ１ポリペプチド配列、ＶＨ−ＣＤＲ２ポリペプチド配列およびＶＨ−ＣＤＲ３ポリペプチド配列を有する。図８は、Ｋａｂａｔシステムによって定義されるＶＨ−ＣＤＲを示すが、他のＣＤＲ定義、例えば、Ｃｈｏｔｈｉａシステムによって定義されるＶＨ−ＣＤＲもまた本発明に含まれ、これらは、図８に示されるデータを使用して当業者によって容易に特定され得る。
別の実施形態において、本発明は、免疫グロブリン重鎖可変領域（ＶＨ）を含む単離されたポリペプチド、免疫グロブリン重鎖可変領域（ＶＨ）から本質的になる単離されたポリペプチド、または、免疫グロブリン重鎖可変領域（ＶＨ）からなる単離されたポリペプチドであって、ＶＨ−ＣＤＲ１領域、ＶＨ−ＣＤＲ２領域およびＶＨ−ＣＤＲ３領域が、図８にそれぞれ示されるＶＨ−ＣＤＲ１群、ＶＨ−ＣＤＲ２群およびＶＨ−ＣＤＲ３群と同一であるポリペプチド配列を有する、そのような単離されたポリペプチドを提供する。
別の実施形態において、本発明は、免疫グロブリン重鎖可変領域（ＶＨ）を含む単離されたポリペプチド、免疫グロブリン重鎖可変領域（ＶＨ）から本質的になる単離されたポリペプチド、または、免疫グロブリン重鎖可変領域（ＶＨ）からなる単離されたポリペプチドであって、ＶＨ−ＣＤＲ１領域、ＶＨ−ＣＤＲ２領域およびＶＨ−ＣＤＲ３領域が、いずれか１つのＶＨ−ＣＤＲにおける１つ、２つ、３つ、４つ、５つまたは６つのアミノ酸置換を除いて、図８にそれぞれ示されるＶＨ−ＣＤＲ１群、ＶＨ−ＣＤＲ２群およびＶＨ−ＣＤＲ３群と同一であるポリペプチド配列を有する、そのような単離されたポリペプチドを提供する。特定の実施形態において、アミノ酸置換は保存的である。
更なる実施形態において、本発明は、免疫グロブリン軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む単離されたポリペプチド、免疫グロブリン軽鎖可変領域（ＶＬ）から本質的になる単離されたポリペプチド、または、免疫グロブリン軽鎖可変領域（ＶＬ）からなる単離されたポリペプチドであって、軽鎖可変領域のＶＬ−ＣＤＲの少なくとも１つ、または、軽鎖可変領域のＶＬ−ＣＤＲの少なくとも２つが、本明細書中に開示される抗体から得られる参照用軽鎖のＶＬ−ＣＤＲ１のアミノ酸配列、ＶＬ−ＣＤＲ２のアミノ酸配列またはＶＬ−ＣＤＲ３のアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％または９５％同一である、そのような単離されたポリペプチドを提供する。代替において、ＶＬのＶＬ−ＣＤＲ１領域、ＶＬ−ＣＤＲ２領域およびＶＬ−ＣＤＲ３領域は、本明細書中に開示される抗体から得られる参照用軽鎖のＶＬ−ＣＤＲ１のアミノ酸配列、ＶＬ−ＣＤＲ２のアミノ酸配列またはＶＬ−ＣＤＲ３のアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％または９５％同一である。したがって、この実施形態によれば、本発明の軽鎖可変領域は、図８にそれぞれ示されるポリペプチドに関連づけられるＶＬ−ＣＤＲ１ポリペプチド配列、ＶＬ−ＣＤＲ２ポリペプチド配列およびＶＬ−ＣＤＲ３ポリペプチド配列を有する。図８は、Ｋａｂａｔシステムによって定義されるＶＬ−ＣＤＲを示すが、他のＣＤＲ定義、例えば、Ｃｈｏｔｈｉａシステムによって定義されるＶＬ−ＣＤＲもまた本発明に含まれる。
別の実施形態において、本発明は、免疫グロブリン軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む単離されたポリペプチド、免疫グロブリン軽鎖可変領域（ＶＬ）から本質的になる単離されたポリペプチド、または、免疫グロブリン軽鎖可変領域（ＶＬ）からなる単離されたポリペプチドであって、ＶＬ−ＣＤＲ１領域、ＶＬ−ＣＤＲ２領域およびＶＬ−ＣＤＲ３領域が、図８にそれぞれ示されるＶＬ−ＣＤＲ１群、ＶＬ−ＣＤＲ２群およびＶＬ−ＣＤＲ３群と同一であるポリペプチド配列を有する、そのような単離されたポリペプチドを提供する。
別の実施形態において、本発明は、免疫グロブリン重鎖可変領域（ＶＬ）を含む単離されたポリペプチド、免疫グロブリン重鎖可変領域（ＶＬ）から本質的になる単離されたポリペプチド、または、免疫グロブリン重鎖可変領域（ＶＬ）からなる単離されたポリペプチドであって、ＶＬ−ＣＤＲ１領域、ＶＬ−ＣＤＲ２領域およびＶＬ−ＣＤＲ３領域が、いずれか１つのＶＬ−ＣＤＲにおける１つ、２つ、３つ、４つ、５つまたは６つのアミノ酸置換を除いて、図８にそれぞれ示されるＶＬ−ＣＤＲ１群、ＶＬ−ＣＤＲ２群およびＶＬ−ＣＤＲ３群と同一であるポリペプチド配列を有する、単離されたポリペプチドを提供する。特定の実施形態において、アミノ酸置換は保存的である。
免疫グロブリンまたはそのコードｃＤＮＡがさらに改変される場合がある。したがって、さらなる実施形態において、本発明の方法は、キメラ抗体、マウス化抗体、単鎖抗体、Ｆａｂフラグメント、二重特異性抗体、融合抗体、標識化抗体、または、それらのいずれか１つのアナログを製造する工程のいずれか１つを含む。対応する様々な方法が当業者には知られており、例えば、Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ、「Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ」、ＣＳＨ Ｐｒｅｓｓ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ（１９８８）に記載される。前記抗体の誘導体がファージディスプレー技術によって得られるとき、ＢＩＡｃｏｒｅシステムにおいて用いられるような表面プラズモン共鳴を、本明細書中に記載される抗体のいずれか１つのエピトープと同じエピトープに結合するファージ抗体の効率を増大させるために使用することができる（Ｓｃｈｉｅｒ、Ｈｕｍａｎ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ Ｈｙｂｒｉｄｏｍａｓ ７（１９９６）、９７〜１０５；Ｍａｌｍｂｏｒｇ、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ １８３（１９９５）、７〜１３）。キメラ抗体の製造が、例えば、国際特許出願公開ＷＯ８９／０９６２２に記載される。ヒト化抗体を製造するための方法が、例えば、欧州特許出願ＥＰ−Ａ１０２３９４００および国際特許出願公開ＷＯ９０／０７８６１に記載される。本発明に従って利用されるための抗体のさらなる供給源は、いわゆる異種抗体である。異種抗体（例えば、ヒト様抗体）をマウスにおいて製造するための一般的原理が、例えば、国際特許出願公開ＷＯ９１／１０７４１、ＷＯ９４／０２６０２、ＷＯ９６／３４０９６およびＷＯ９６／３３７３５に記載される。上記で議論されたように、本発明の抗体は、例えば、Ｆｖ、ＦａｂおよびＦ（ａｂ）２を含めて、完全な抗体のほかに様々な形態で、ならびに、単鎖で存在する場合がある（例えば、国際特許出願公開ＷＯ８８／０９３４４を参照のこと）。したがって、１つの実施形態において、単鎖Ｆｖフラグメント（ｓｃＦｖ）、Ｆ（ａｂ’）フラグメント、Ｆ（ａｂ）フラグメントおよびＦ（ａｂ’）２フラグメントからなる群から選択される本発明の抗体が提供される。
本発明の様々な抗体またはそれらの対応する免疫グロブリン鎖はさらに、この技術分野において知られている従来からの技術を使用して、例えば、この技術分野において知られているアミノ酸欠失、アミノ酸挿入、アミノ酸置換、アミノ酸付加および／または組換えならびに／あるいはいずれかの他の改変を単独または組合せでのどちらかで使用することによって改変することができる。そのような改変を免疫グロブリン鎖のアミノ酸配列の根底にあるＤＮＡ配列に導入するための方法が、当業者には広く知られている；例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ（１９８９）、Ｎ．Ｙ．、および、Ａｕｓｕｂｅｌ、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ、Ｇｒｅｅｎ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ ａｎｄ Ｗｉｌｅｙ Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ、Ｎ．Ｙ．（１９９４）を参照のこと。本発明の抗体の修飾には、アセチル化、ヒドロキシル化、メチル化、アミド化、および、炭水化物成分または脂質成分および補因子などの連結を含む側鎖修飾、骨格修飾、ならびに、Ｎ末端修飾およびＣ末端修飾を含めて、１つまたは複数の構成アミノ酸における化学的および／または酵素的な誘導体化が含まれる。同様に、本発明は、記載された抗体またはその何らかのフラグメントを異種分子（例えば、カルボキシル末端での免疫刺激リガンドなど）に融合されてアミノ末端において含むキメラなタンパク質の製造を包含する；対応する技術的詳細については、例えば、国際特許出願公開ＷＯ００／３０６８０を参照のこと。
加えて、重鎖ＣＤＲ３（ＨＣＤＲ３）は、より大きい度合いの可変性と、抗原−抗体相互作用における支配的な関与とを有する領域であることがしばしば認められているので、本発明は、上記で記載されるような結合性分子を含有するペプチド、例えば、述べられた抗体のいずれか１つの可変領域のＣＤＲ３領域（特に、重鎖のＣＤＲ３）を含有するペプチドを含むペプチドを包含する。そのようなペプチドが、本発明に従って有用である結合剤を製造するために容易に合成される場合があり、または、組換え手段によって製造される場合がある。そのような方法は当業者にはよく知られている。ペプチドを、例えば、市販されている自動化されたペプチド合成機を使用して合成することができる。ペプチドはまた、ペプチドを発現するＤＮＡを発現ベクターに組み込むこと、および、細胞を、ペプチドを産生させるために発現ベクターにより形質転換することによる組換え技術によって製造することができる。
したがって、本発明は、本発明のヒト抗ポリオーマウイルス抗体、ヒト抗ポリオーマウイルスＶＰ１抗体および／またはヒト抗ポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ抗体に向けられ、かつ、述べられた性質を呈示する、すなわち、ポリオーマウイルス、ポリオーマウイルスＶＰ１および／またはポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰを特異的に認識するどのような結合性分子（例えば、抗体またはその結合フラグメント）にも関連する。そのような抗体および結合性分子は、本明細書中に記載されるようなＥＬＩＳＡおよび免疫組織化学によってそれらの結合特異性および結合親和性について試験することができる（例えば、実施例２〜実施例４および実施例１０を参照のこと）。抗体および結合性分子のこれらの特性はウエスタンブロットによって同様に試験することができる。
免疫グロブリンをＢ細胞またはＢメモリー細胞の培養から直接に得ることの代替として、これらの細胞を、その後の発現および／または遺伝子操作のための、再編成された重鎖遺伝子座および軽鎖遺伝子座の供給源として使用することができる。再編成された抗体遺伝子を、ｃＤＮＡを作製するために、適切なｍＲＮＡから逆転写することができる。所望されるならば、重鎖定常領域を異なるアイソタイプの重鎖定常領域に交換することができ、または、完全に除くことができる。可変領域を、単鎖のＦｖ領域をコードするために連結することができる。多数のＦｖ領域を、２つ以上の標的に対する結合能を与えるために連結することができ、または、重鎖および軽鎖のキメラな組合せを用いることができる。遺伝物質が入手可能であると、所望の標的と結合するそれらの能力をともに保持する上記で記載されるようなアナログの設計は簡単である。抗体可変領域のクローニングおよび組換え抗体の作製のための方法が当業者には知られており、例えば、Ｇｉｌｌｉｌａｎｄ他、Ｔｉｓｓｕｅ Ａｎｔｉｇｅｎｓ ４７（１９９６）、１〜２０；Ｄｏｅｎｅｃｋｅ他、Ｌｅｕｋｅｍｉａ １１（１９９７）、１７８７〜１７９２に記載される。
適切な遺伝物質が得られ、かつ、所望されるならば、アナログをコードするために改変されると、コード配列（これは、最低でも重鎖および軽鎖の可変領域をコードする配列を含む）を、標準的な組換え宿主細胞にトランスフェクションされ得るベクターにおいて含有される発現系に挿入することができる。様々なそのような宿主細胞が使用してよい；しかしながら、効率的なプロセシングのためには、哺乳動物細胞が好ましい。この目的のために有用である典型的な哺乳動物細胞株には、ＣＨＯ細胞、ＨＥＫ２９３細胞またはＮＳＯ細胞が含まれるが、これらに限定されない。
抗体またはアナログの製造はその後、改変された組換え宿主を、宿主細胞の成長およびコード配列の発現のために適切である培養条件のもとで培養することによって着手される。その後、抗体が、抗体を培養物から単離することによって回収される。発現系は好ましくは、シグナルペプチドを含み、その結果、生じた抗体が培地中に分泌されるように設計される。しかしながら、細胞内産生もまた可能である。
上記によれば、本発明はまた、本発明の抗体または同等な結合性分子をコードするポリヌクレオチドに関連し、抗体の場合には、好ましくは、上で記載される抗体の免疫グロブリン鎖の可変ドメインを少なくともコードするポリヌクレオチドに関連する。典型的には、ポリヌクレオチドによってコードされる前記可変領域は、前記抗体の可変領域のＶＨおよび／またはＶＬの少なくとも１つの相補性決定領域（ＣＤＲ）を含む。
当業者は、上記の可変ドメインを有する抗体の可変ドメインが、所望される特異性および生物学的機能の他のポリペプチドまたは抗体を構築するために使用され得ることを容易に理解するであろう。したがって、本発明はまた、上で記載された可変ドメインの少なくとも１つのＣＤＲを含み、かつ、添付された実施例において記載される抗体と実質的に同じまたは類似する結合性質を好都合には有するポリペプチドおよび抗体を包含する。当業者は、結合親和性が、アミノ酸置換をＣＤＲ内において、または、Ｋａｂａｔによって定義されるようなＣＤＲと部分的に重なる超可変ループ（Ｃｈｏｔｈｉａ ａｎｄ Ｌｅｓｋ、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６（１９８７）、９０１〜９１７）の内部において行うことによって強化され得ることを理解している（例えば、Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ他、Ｎａｔｕｒｅ ３３２（１９８８）、３２３〜３２７を参照のこと）。したがって、本発明はまた、述べられたＣＤＲの１つまたは複数が１つまたは複数の、好ましくは２つ以下のアミノ酸置換を含む抗体に関連する。好ましくは、本発明の抗体は、その免疫グロブリン鎖の一方または両方において、図８示されるような可変領域の２つのＣＤＲまたは３つすべてのＣＤＲを含む。
結合性分子、例えば、本発明の抗体あるいはその抗原結合フラグメント、変異体または誘導体は、当業者によって知られているように、１つまたは複数のエフェクター機能を媒介する定常領域を含むことができる。例えば、補体のＣ１成分が抗体の定常領域に結合することにより、補体系が活性化される場合がある。補体の活性化は、細胞病原体のオプソニン化および溶解において重要である。補体の活性化は炎症応答をも刺激し、自己免疫の過敏性に関与することもある。さらに、抗体は、Ｆｃ領域を介して、すなわち、抗体のＦｃ領域におけるＦｃ受容体結合部位が細胞上のＦｃ受容体（ＦｃＲ）に結合することにより様々な細胞における受容体に結合する。ＩｇＧ（ガンマ受容体）、ＩｇＥ（イプシロン受容体）、ＩｇＡ（アルファ受容体）およびＩｇＭ（ミュー受容体）を含めて、異なるクラスの抗体について特異的であるいくつかのＦｃ受容体が存在する。抗体が細胞表面のＦｃ受容体に結合することにより、抗体被覆粒子の貪食および破壊、免疫複合体の排除、キラー細胞による抗体被覆された標的細胞の溶解（これは抗体依存性細胞媒介性細胞傷害またはＡＤＣＣと呼ばれる）、炎症性媒介因子の放出、胎盤移行および免疫グロブリン産生の制御を含む多数の重要かつ多様な生物学的応答が誘発される。
したがって、本発明の特定の実施形態には、少なくとも定常領域ドメインの１つまたは複数の一部が欠失されているか、さもなければ変化させられており、その結果、所望される生化学的特性を提供する、抗体あるいはその抗原結合フラグメント、変異体または誘導体が含まれる。例えば、本明細書中に記載される診断方法および処置方法において使用されるためのある種の抗体は、免疫グロブリン重鎖に類似するポリペプチド鎖を含むが、１つまたは複数の重鎖ドメインの少なくとも一部を欠くドメイン欠失抗体である。例えば、ある種の抗体では、改変された抗体の定常領域の１つのドメイン全体が欠失されるであろう。例えば、ＣＨ２ドメインのすべてまたは一部が欠失されるであろう。他の実施形態において、本明細書中に記載される診断方法および処置方法において使用されるためのある種の抗体は、グリコシル化を排除するために変化させられる定常領域（例えば、ＩｇＧ重鎖定常領域）を有しており、これは、本明細書中の他のところでは、非グルコシル化抗体または「ａｇｌｙ」抗体として示される。そのような「ａｇｌｙ」抗体は、酵素学的に、ならびに、定常領域におけるコンセンサスなグリコシル化部位を操作することによって調製されてもよい。理論によって拘束されることはないが、「ａｇｌｙ」抗体は生体内での安全性および安定性の改善されたプロフィールを有する場合があると考えられる。所望されるエフェクター機能を有する非グリコシル化抗体を製造する方法が、例えば、国際特許出願公開ＷＯ２００５／０１８５７２に見出される（その全体が参照によって組み込まれる）。
本明細書中に記載されるある種の抗体あるいはその抗原結合フラグメント、変化体または誘導体において、Ｆｃ部分が、この技術分野において知られている技術を使用して、エフェクター機能を低下させるために変異させられる場合がある。他の場合には、本発明と一致する定常領域改変は補体結合を和らげ、したがって、抱合された細胞毒素の血清半減期および非特異的会合を低下させることがあるかもしれない。定常領域のさらに他の改変が、増大した抗原特異性または抗体柔軟性に起因する高まった局在化を可能にするジスルフィド連結またはオリゴ糖成分を改変するために使用される場合がある。得られた生理学的プロフィール、生物学的利用能およびそのような改変の他の生化学的影響、生体分布および血清半減期が、過度な実験を行うことなく、広く知られている免疫学的技術を使用して容易に測定および定量化される場合がある。
本明細書中に記載されるある種の抗体あるいはその抗原結合フラグメント、変異体または誘導体において、Ｆｃ部分が、例として、Ｆｃγ受容体、ＬＲＰまたはＴｈｙ１受容体を介する抗体の受容体媒介性エンドサイトーシスを高めることによって、あるいは、「ＳｕｐｅｒＡｎｔｉｂｏｄｙ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ」（これは、抗体が、生細胞を傷つけることなく生細胞内に往復させられることを可能にすると言われる）（Ｅｘｐｅｒｔ Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｌ．Ｔｈｅｒ．（２００５）、２３７〜２４１）によって抗体の細胞取り込みを増大させるために変異させられる場合があり、または、代わりのタンパク質配列に交換される場合がある。例えば、抗体結合領域と、細胞表面受容体の同族タンパク質リガンドとの融合タンパク質、あるいは、ポリオーマウイルス、ポリオーマウイルスＶＰ１及び／又はポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ、ならびに細胞表面受容体に結合する特異的な配列を有する二重特異性抗体または多特異性抗体の作製が、この技術分野において知られている技術を使用して設計される場合がある。
本明細書中に記載されるある種の抗体あるいはその抗原結合フラグメント、変異体または誘導体において、Ｆｃ部分が、その血液脳関門透過を増大させるために変異させられる場合があり、または、代わりのタンパク質配列に交換される場合があり、あるいは、抗体が化学的に改変される場合がある。
本発明の抗体あるいはその抗原結合フラグメント、変異体または誘導体の改変された形態を、この技術分野において知られている技術を使用して完全な前駆体または親抗体から作製することができる。例示的な技術が本明細書中により詳しく議論される。本発明の抗体あるいはその抗原結合フラグメント、変異体または誘導体は、この技術分野において知られている技術を使用して作製または製造することができる。特定の実施形態において、抗体分子またはそのフラグメントが「組換え製造され」、すなわち、組換えＤＮＡ技術を使用して製造される。抗体分子またはそのフラグメントを作製するための例示的な技術が本明細書中の他のところでより詳しく議論される。
本発明の抗体あるいはその抗原結合フラグメント、変異体または誘導体にはまた、例えば、共有結合による結合により、抗体がその同族エピトープに特異的に結合することが妨げられないように、どのようなタイプの分子でも抗体に共有結合により結合させることによって改変される誘導体が含まれる。例えば、しかし、限定としてではなく、抗体誘導体には、例えば、グリコシル化、アセチル化、ペグ化、リン酸化、アミド化、知られている保護基／ブロック基による誘導体化、タンパク質分解的切断、細胞リガンドまたは他のタンパク質への連結などによって改変されている抗体が含まれる。数多くの化学的修飾のどれもが、知られている技術によって行われる場合があり、これらには、特異的な化学的切断、アセチル化、ホルミル化、ツニカマイシンの代謝的合成などが含まれるが、これらに限定されない。加えて、誘導体は１つまたは複数の非古典的アミノ酸を含有する場合がある。
別の実施形態において、本発明の抗体あるいはその抗原結合フラグメント、変異体または誘導体は、有害な免疫応答を処置されるべき動物において、例えば、ヒトにおいて誘発しないであろう。特定の実施形態において、結合性分子、例えば、本発明の抗体またはその抗原結合フラグメントは患者、例えば、ヒト患者に由来し、続いて、抗体またはその抗原結合フラグメントが由来する同じ種、例えば、ヒトにおいて使用され、これにより、有害な免疫応答の出現を緩和するか、または最小限に抑える。
脱免疫化もまた、抗体の免疫原性を低下させるために使用することができる。本明細書中で使用される場合、用語「脱免疫化」は、Ｔ細胞エピトープを改変するための抗体の変化を包含する（例えば、国際特許出願公開ＷＯ９８／５２９７６および同ＷＯ００／３４３１７を参照のこと）。例えば、出発抗体からのＶＨ配列およびＶＬ配列が分析され、そして、ＣＤＲｓとの関連でのエピトープの所在位置、および、配列内の他の重要な残基を示すそれぞれのＶ領域からのヒトＴ細胞エピトープ「マップ」が分析される。Ｔ細胞エピトープマップからの個々のＴ細胞エピトープが、最終的な抗体の活性を変化させる危険性が低い代わりのアミノ酸置換を特定するために分析される。アミノ酸置換の組合せを含む様々な代替的なＶＨ配列およびＶＬ配列が設計され、これらの配列が続いて、本明細書中に開示される診断方法および処置方法における使用のために様々な結合性ポリペプチド（例えば、ポリオーマウイルス、ポリオーマウイルスＶＰ１及び／又はポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ特異的抗体あるいはそれらの免疫特異性フラグメント）に組み込まれ、その後、これらは機能について試験される。典型的には、１２個〜２４個の間の変化型抗体が作製され、試験される。改変されたＶ領域およびヒトＣ領域を含む完全な重鎖遺伝子および軽鎖遺伝子がその後、発現ベクターにクローン化され、それに続くプラスミドが、完全な抗体の産生のために細胞株に導入される。その後、抗体が、適切な生化学的アッセイおよび生物学的アッセイにおいて比較され、最適な変異体が特定される。
モノクローナル抗体を、ハイブリドーマ技術、組換え技術およびファージディスプレー技術またはそれらの組合せの使用を含むこの技術分野において知られている広範囲の様々な技術を使用して調製することができる。例えば、モノクローナル抗体を、この技術分野において知られているハイブリドーマ技術、および、例えば、Ｈａｒｌｏｗ他、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ、第２版（１９８８）；Ｈａｍｍｅｒｌｉｎｇ他、Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ａｎｄ Ｔ−Ｃｅｌｌ Ｈｙｂｒｉｄｏｍａｓ、Ｅｌｓｅｖｉｅｒ、Ｎ．Ｙ．、５６３〜６８１（１９８１）に教示されるハイブリドーマ技術を含む様々なハイブリドーマ技術を使用して製造することができる（前記参考文献はそれらの全体が参照によって組み込まれる）。用語「モノクローナル抗体」は、本明細書中で使用される場合、ハイブリドーマ技術により製造される抗体に限定されない。用語「モノクローナル抗体」は、真核生物クローン、原核生物クローンまたはファージクローンのどのようなものも含めて、ただ１つのクローンに由来する抗体を示し、モノクローナル抗体が製造される方法に由来する抗体を示さない。したがって、用語「モノクローナル抗体」は、ハイブリドーマ技術により製造される抗体に限定されない。特定の実施形態において、本発明の抗体は、エプスタイン・バールウイルスによる形質転換により不死化されているヒトＢ細胞に由来する。
広く知られているハイブリドーマプロセス（Ｋｏｈｌｅｒ他、Ｎａｔｕｒｅ ２５６（１９７５）、４９５）では、哺乳動物から得られる比較的短命の、すなわち、いつかは死滅するリンパ球、例えば、本明細書中に記載されるようなヒト対象に由来するＢ細胞が、不死性の腫瘍細胞株（例えば、骨髄腫細胞株）と融合され、このようにして、不死性であり、かつ、Ｂ細胞の遺伝子コードされた抗体を産生することができるハイブリッド細胞、すなわち、「ハイブリドーマ」がもたらされる。得られたハイブリッドは、選抜、希釈および再成長によって単一の遺伝的形質に分離され、それぞれの個々の株が単一抗体の形成のための特定の遺伝子を含む。それらにより、所望の抗原に対して均質であり、そして、それらの純粋な遺伝的起源に関連して、「モノクローナル」と呼ばれる抗体が産生される。
このようにして調製されたハイブリドーマ細胞は、融合されていない元の骨髄腫細胞の成長または生存を阻害する１つまたは複数の物質を好ましくは含有する好適な培養培地において播種され、成長させられる。当業者は、ハイブリドーマの形成、選抜および成長のための試薬、細胞株および培地がいくつかの供給源から市販されており、また、標準化されたプロトコルが十分に確立されていることを理解するであろう。一般に、ハイブリドーマ細胞が成長している培養培地が、所望の抗原に対するモノクローナル抗体の産生についてアッセイされる。ハイブリドーマ細胞によって産生されるモノクローナル抗体の結合特異性が、インビトロアッセイによって、例えば、本明細書中に記載されるような免疫沈殿、放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）または酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）などによって求められる。所望される特異性、親和性および／または活性の抗体を産生するハイブリドーマ細胞が特定された後、当該クローンは限界希釈手法によってサブクローン化され、標準的な方法によって成長させられる場合がある（例えば、Ｇｏｄｉｎｇ、Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ、Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ、５９頁〜１０３頁（１９８６）を参照のこと）。サブクローンによって分泌されるモノクローナル抗体が、従来からの精製手段によって、例えば、プロテインＡ、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィー、ゲル電気泳動、透析またはアフィニティークロマトグラフィーなどによって、培養培地、腹水または血清から分離され得ることがさらに理解されるであろう。
別の実施形態において、リンパ球を顕微操作によって選択することができ、可変性遺伝子を単離することができる。例えば、末梢血単核細胞を、免疫化された哺乳動物または生まれつき免疫性の哺乳動物（例えば、ヒト）から単離し、約７日間にわたってインビトロ培養することができる。培養物を、スクリーニング基準を満たす特異的なＩｇＧについてスクリーニングすることができる。陽性のウェルからの細胞を単離することができる。個々のＩｇ産生Ｂ細胞を、ＦＡＣＳによって、または、Ｉｇ産生Ｂ細胞を補体媒介溶血プラークアッセイで特定することによって単離することができる。Ｉｇ産生Ｂ細胞をチューブの中に顕微操作することができ、ＶＨ遺伝子およびＶＬ遺伝子を、例えば、ＲＴ−ＰＣＲを使用して増幅することができる。ＶＨ遺伝子およびＶＬ遺伝子を抗体発現ベクターにクローン化し、発現のための細胞（例えば、真核生物細胞または原核生物細胞）にトランスフェクションすることができる。
代替では、抗体産生の細胞株が、当業者に広く知られている技術を使用して選択および培養される場合がある。そのような技術が様々な実験室マニュアルおよび一次刊行物に記載されている。これに関連して、下で記載されるような本発明における使用のために好適である技術が、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、Ｃｏｌｉｇａｎ他編、Ｇｒｅｅｎ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ ａｎｄ Ｗｉｌｅｙ−Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ、Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ（１９９１）に記載される（これは、増刊を含めて、その全体が参照によって本明細書中に組み込まれる）。
特異的なエピトープを認識する抗体フラグメントが、知られている技術によって作製され得る。例えば、ＦａｂフラグメントおよびＦ（ａｂ’）２フラグメントが、組換えによって、あるいは、例えば、パパイン（Ｆａｂフラグメントを製造するために）またはペプシン（Ｆ（ａｂ’）２フラグメントを製造するために）などの酵素を使用する免疫グロブリン分子のタンパク質分解的切断によって製造され得る。Ｆ（ａｂ’）２フラグメントは、可変領域、軽鎖定常領域および重鎖のＣＨ１ドメインを含有する。そのようなフラグメントは、例えば、免疫グロブリンの免疫特異性部分を検出用試薬（例えば、放射性同位体など）に連結することを伴う免疫診断手順における使用のために十分である。
ヒト抗体、例えば、本明細書中に記載されるヒト抗体などは、ヒト患者における治療的使用のために特に望ましい。本発明のヒト抗体が、例えば、ＨＬＡタイピングおよび抗ＪＣＶ力価が不明である健康な高齢のヒト対象、堅固なＪＣＶ特異的抗体産生を示すＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０４：０１＋の健康なドナー、および、ＭＳを処置するためにモノクローナル抗体治療を受け、かつ、ＰＭＬおよびＰＭＬ−ＩＲＩＳの症状を発症した患者から単離される。
１つの実施形態において、本発明の抗体は抗体分子の少なくとも１つの重鎖ＣＤＲまたは軽鎖ＣＤＲを含む。別の実施形態において、本発明の抗体は１つまたは複数の抗体分子からの少なくとも２つのＣＤＲを含む。別の実施形態において、本発明の抗体は１つまたは複数の抗体分子からの少なくとも３つのＣＤＲを含む。別の実施形態において、本発明の抗体は１つまたは複数の抗体分子からの少なくとも４つのＣＤＲを含む。別の実施形態において、本発明の抗体は１つまたは複数の抗体分子からの少なくとも５つのＣＤＲを含む。別の実施形態において、本発明の抗体は１つまたは複数の抗体分子からの少なくとも６つのＣＤＲを含む。主題となるこれらの抗体に含まれ得る少なくとも１つのＣＤＲを含む例示的な抗体分子が本明細書中に記載される。
本発明の抗体は、抗体を合成するためにこの技術分野において知られているいずれかの方法によって、特に、化学合成によって、または、好ましくは、本明細書中に記載されるような組換え発現技術によって製造することができる。
１つの実施形態において、本発明の抗体あるいはその抗原結合フラグメント、変異体または誘導体は、１つまたは複数のドメインが部分的または完全に欠失される合成された定常領域を含む（「ドメイン欠失抗体」）。特定の実施形態において、適合し得る改変された抗体は、ＣＨ２ドメイン全体が除かれているドメイン欠失の構築物または変異体（ΔＣＨ２構築物）を含むであろう。他の実施形態については、短い連結ペプチドが、動きの柔軟性および自由を可変領域に与えるために欠失ドメインの代わりに使用される場合がある。当業者は、そのような構築物が抗体の異化速度に対するＣＨ２ドメインの調節的特性のために特に好ましいことを理解するであろう。ドメイン欠失された構築物を、ＩｇＧ１ヒト定常ドメインをコードするベクターを使用して得ることができる（例えば、国際特許出願公開ＷＯ０２／０６０９５５および同ＷＯ０２／０９６９４８Ａ２を参照のこと）。このベクターは、ＣＨ２ドメインを欠失し、かつ、ドメイン欠失されたＩｇＧ１定常領域を発現する合成ベクターを提供するために操作される。
特定の実施形態において、本発明の抗体あるいはその抗原結合フラグメント、変異体または誘導体はミニボディ（ｍｉｎｉｂｏｄｙ）である。ミニボディを、この技術分野において記載される方法を使用して作製することができる（例えば、米国特許第５，８３７，８２１号または国際特許出願公開ＷＯ９４／０９８１７を参照のこと）。
１つの実施形態において、本発明の抗体あるいはその抗原結合フラグメント、変異体または誘導体は、モノマーサブユニット間の会合を可能にする限り、数個のアミノ酸の欠失もしくは置換、または、１個だけのアミノ酸の欠失もしくは置換を有する免疫グロブリン重鎖を含む。例えば、ＣＨ２ドメインの選択された領域における１個だけのアミノ酸の変異が、Ｆｃ結合を実質的に低下させるために十分である場合がある。同様に、調節されるべきエフェクター機能（例えば、補体結合）を制御する１つまたは複数の定常領域ドメインのその部分を単に欠失することが望ましい場合がある。定常領域のそのような部分的欠失は抗体の選択された特性（血清半減期）を改善し、一方で、当該定常領域ドメインに関連する他の望ましい機能を損なわないままにし得る。そのうえ、上記において暗に示されるように、開示された抗体の定常領域は、生じた構築物のプロフィールを高める１つまたは複数のアミノ酸の変異または置換により合成物である場合がある。これに関連して、改変された抗体の立体配置および免疫原性プロフィールを実質的に維持しながら、保存されている結合部位（例えば、Ｆｃ結合）によって提供される活性を妨げることが可能である場合がある。さらに他の実施形態は、１つまたは複数のアミノ酸を、望ましい特性（例えば、エフェクター機能など）を高めるために、あるいは、細胞毒素または炭水化物のより多くの結合を提供するために定常領域に付加することを含む。そのような実施形態では、選択された定常領域ドメインに由来する特異的な配列を挿入すること、または複製することが望ましい場合がある。
本発明はまた、本明細書中に記載される抗体分子（例えば、ＶＨ領域および／またはＶＬ領域）の変異体（誘導体を含む）を含む抗体、本明細書中に記載される抗体分子（例えば、ＶＨ領域および／またはＶＬ領域）の変異体（誘導体を含む）から本質的になる抗体、あるいは、本明細書中に記載される抗体分子（例えば、ＶＨ領域および／またはＶＬ領域）の変異体（誘導体を含む）からなる抗体を提供し、そのような抗体またはそのフラグメントはポリオーマウイルス、ポリオーマウイルスＶＰ１及び／又はポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰに免疫特異的に結合する。当業者に知られている様々な標準的技術を、抗体をコードするヌクレオチド配列に変異を導入するために使用することができ、そのような技術には、アミノ酸置換をもたらす部位特異的変異誘発およびＰＣＲ媒介変異誘発が含まれるが、これらに限定されない。好ましくは、変異体（誘導体を含む）は、基準となるＶＨ領域、ＶＨ−ＣＤＲ１、ＶＨ−ＣＤＲ２、ＶＨ−ＣＤＲ３、ＶＬ領域、ＶＬ−ＣＤＲ１、ＶＬ−ＣＤＲ２またはＶＬ−ＣＤＲ３に対して５０未満のアミノ酸置換、４０未満のアミノ酸置換、３０未満のアミノ酸置換、２５未満のアミノ酸置換、２０未満のアミノ酸置換、１５未満のアミノ酸置換、１０未満のアミノ酸置換、５未満のアミノ酸置換、４未満のアミノ酸置換、３未満のアミノ酸置換または２未満のアミノ酸置換をコードする。「保存的（な）アミノ酸置換」は、アミノ酸残基が、類似する電荷を伴う側鎖を有するアミノ酸残基により置き換えられるアミノ酸置換である。類似する電荷を伴う側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーがこの技術分野において定義されている。これらのファミリーには、塩基性側鎖を有するアミノ酸（例えば、リシン、アルギニン、ヒスチジン）、酸性側鎖を有するアミノ酸（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸）、非荷電の極性側鎖を有するアミノ酸（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、トレオニン、チロシン、システイン）、非極性側鎖を有するアミノ酸（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン）、ベータ−分岐した側鎖を有するアミノ酸（例えば、トレオニン、バリン、イソロイシン）、および、芳香族側鎖を有するアミノ酸（例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン）が含まれる。代替において、変異を、例えば、飽和変異誘発などによってコード配列の全体または一部に沿ってランダムに導入することができ、得られた変異体を、活性を保持する変異体を特定するために生物学的活性についてスクリーニングすることができる。
例えば、変異を抗体分子のフレームワーク領域においてのみに、または、抗体分子のＣＤＲ領域においてのみに導入することが可能である。導入された変異はサイレント変異または中立のミスセンス変異である場合があり、例えば、抗体の抗原結合能に対する影響を全く有しないか、またはほとんど有しない場合があり、実際、いくつかのそのような変異はアミノ酸配列を全く変化させない。これらのタイプの変異は、コドン使用を最適化するために、または、ハイブリドーマの抗体産生を改善するために有用である場合がある。本発明の抗体をコードするコドン最適化コード領域が本明細書中の他のところで開示される。代替において、非中立的なミスセンス変異により、抗体の抗原結合能が変化する場合がある。ほとんどのサイレント変異および中立的ミスセンス変異の位置はフレームワーク領域内である可能性が高く、一方、ほとんどの非中立的ミスセンス変異の位置はＣＤＲ内である可能性が高く、だが、このことは絶対的要件でない。当業者であれば、所望される性質、例えば、抗原結合活性における変化がないことまたは結合活性における変化（例えば、抗原結合活性における改善または抗体特異性における変化）などを有する変異体分子を設計し、試験することができるであろう。変異誘発後、コードされたタンパク質が常法により発現させられる場合があり、そして、コードされたタンパク質の機能的活性および／または生物学的活性を、本明細書中に記載される技術を使用して、または、この技術分野において知られている技術を常法により改変することによって求めることができる。
ＩＩＩ．抗体をコードするポリヌクレオチド
抗体あるいはその抗原結合フラグメント、変異体または誘導体をコードするポリヌクレオチドは、どのようなポリリボヌクレオチドまたはポリデオキシリボヌクレオチド（これらは非修飾のＲＮＡまたはＤＮＡあるいは修飾されたＲＮＡまたはＤＮＡである場合がある）からでも構成され得る。例えば、抗体あるいはその抗原結合フラグメント、変異体または誘導体をコードするポリヌクレオチドは、一本鎖および二本鎖のＤＮＡ、一本鎖領域および二本鎖領域の混合物であるＤＮＡ、一本鎖および二本鎖のＲＮＡ、ならびに、一本鎖領域および二本鎖領域の混合物であるＲＮＡ、一本鎖である場合がある、あるいは、より典型的には、二本鎖である場合があるか、または、一本鎖領域および二本鎖領域の混合物である場合があるＤＮＡおよびＲＮＡを含むハイブリッド分子から構成され得る。加えて、抗体あるいはその抗原結合フラグメント、変異体または誘導体をコードするポリヌクレオチドは、ＲＮＡまたはＤＮＡ、あるいは、ＲＮＡおよびＤＮＡの両方を含む三本鎖領域から構成され得る。抗体あるいはその抗原結合フラグメント、変異体または誘導体をコードするポリヌクレオチドはまた、安定性または他の理由のために改変される１つまたは複数の修飾された塩基あるいはＤＮＡ骨格またはＲＮＡ骨格を含有してもよい。「修飾（改変）（された）」塩基には、例えば、トリチル化塩基および非通常的塩基（例えば、イノシンなど）が含まれる。様々な修飾をＤＮＡおよびＲＮＡに対して行うことができる；したがって、「ポリヌクレオチド」は、化学的、酵素的または代謝的に改変された形態を包含する。
免疫グロブリン（例えば、免疫グロブリンの重鎖部分または軽鎖部分）に由来するポリペプチドの非天然型変異体をコードする単離されたポリヌクレオチドを、１つまたは複数のアミノ酸置換、アミノ酸付加またはアミノ酸欠失が、コードされたタンパク質に導入されるように、１つまたは複数のヌクレオチド置換、ヌクレオチド付加またはヌクレオチド欠失を免疫グロブリンのヌクレオチド配列に導入することによって作出することができる。変異は、標準的な技術によって、例えば、部位特異的変異誘発およびＰＣＲ媒介変異誘発などによって導入される場合がある。好ましくは、保存的なアミノ酸置換が１つまたは複数の非必須アミノ酸残基において行われる。
よく知られているように、ＲＮＡが、標準的な技術、例えば、イソチオシアン酸グアニジウム抽出および沈殿化、その後、遠心分離またはクロマトグラフィーなどによって、元のＢ細胞、ハイブリドーマ細胞または他の形質転換細胞から単離される場合がある。望ましい場合、ｍＲＮＡが、標準的な技術、例えば、オリゴｄＴセルロースでのクロマトグラフィーなどによって総ＲＮＡから単離される場合がある。好適な技術がこの技術分野では熟知されている。１つの実施形態において、抗体の軽鎖および重鎖をコードするｃＤＮＡが、逆転写酵素およびＤＮＡポリメラーゼをよく知られている方法に従って使用して、同時または別個に作製される場合がある。ＰＣＲが、コンセンサスな定常領域プライマーによって、または、公開された重鎖および軽鎖のＤＮＡ配列およびアミノ酸配列に基づくより特異的なプライマーによって開始される場合がある。上記で議論されるように、ＰＣＲはまた、抗体の軽鎖および重鎖をコードするＤＮＡクローンを単離するために使用される場合がある。この場合、ライブラリーが、コンセンサスなプライマーまたはより大きい相同的プローブ（例えば、ヒト定常領域プローブなど）によってスクリーニングされる場合がある。
ＤＮＡ、典型的にはプラスミドＤＮＡが、この技術分野において知られている技術を使用して細胞から単離され、そして、例えば、組換えＤＮＡ技術に関連する前記の参考文献に詳しく示される標準的なよく知られている技術に従って制限酵素マッピングおよび配列決定に供される場合がある。当然のことながら、ＤＮＡは、単離プロセスまたはその後の分析の期間中のどの時点であっても、本発明に従う合成物である場合がある。
この関連において、本発明はまた、本発明の抗体の免疫グロブリン鎖の結合ドメインまたは可変領域を少なくともコードするポリヌクレオチドに関連する。１つの実施形態において、本発明は、免疫グロブリン重鎖可変領域（ＶＨ）をコードする核酸を含む単離されたポリヌクレオチド、そのような核酸から本質的になる単離されたポリヌクレオチド、または、そのような核酸からなる単離されたポリヌクレオチドであって、重鎖可変領域のＣＤＲの少なくとも１つ、または、重鎖可変領域のＶＨ−ＣＤＲの少なくとも２つが、本明細書中に開示される抗体から得られる参照用重鎖のＶＨ−ＣＤＲ１のアミノ酸配列、ＶＨ−ＣＤＲ２のアミノ酸配列またはＶＨ−ＣＤＲ３のアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％または９５％同一である、そのような単離されたポリヌクレオチドを提供する。代替において、ＶＨのＶＨ−ＣＤＲ１領域、ＶＨ−ＣＤＲ２領域またはＶＨ−ＣＤＲ３領域は、本明細書中に開示される抗体から得られる参照用重鎖のＶＨ−ＣＤＲ１のアミノ酸配列、ＶＨ−ＣＤＲ２のアミノ酸配列またはＶＨ−ＣＤＲ３のアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％または９５％同一である。したがって、この実施形態によれば、本発明の重鎖可変領域は、図８に示されるポリペプチド配列に関連づけられるＶＨ−ＣＤＲ１ポリペプチド配列、ＶＨ−ＣＤＲ２ポリペプチド配列またはＶＨ−ＣＤＲ３ポリペプチド配列を有し、あるいは、それぞれ、図８に示されるポリペプチド配列に関連づけられるＶＨ−ＣＤＲ１ポリペプチド配列、ＶＨ−ＣＤＲ２ポリペプチド配列またはＶＨ−ＣＤＲ３ポリペプチド配列を有する。
別の実施形態において、本発明は、免疫グロブリン軽鎖可変領域（ＶＬ）をコードする核酸を含む単離されたポリヌクレオチド、そのような核酸から本質的になる単離されたポリヌクレオチド、または、そのような核酸からなる単離されたポリヌクレオチドであって、軽鎖可変領域のＶＬ−ＣＤＲの少なくとも１つ、または、軽鎖可変領域のＶＬ−ＣＤＲの少なくとも２つが、本明細書中に開示される抗体から得られる参照用軽鎖のＶＬ−ＣＤＲ１のアミノ酸配列、ＶＬ−ＣＤＲ２のアミノ酸配列またはＶＬ−ＣＤＲ３のアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％または９５％同一である、そのような単離されたポリヌクレオチドを提供する。代替において、ＶＬのＶＬ−ＣＤＲ１領域、ＶＬ−ＣＤＲ２領域またはＶＬ−ＣＤＲ３領域は、本明細書中に開示される抗体から得られる参照用軽鎖のＶＬ−ＣＤＲ１のアミノ酸配列、ＶＬ−ＣＤＲ２のアミノ酸配列またはＶＬ−ＣＤＲ３のアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％または９５％同一である。したがって、この実施形態によれば、本発明の軽鎖可変領域は、図８に示されるポリペプチド配列に関連づけられるＶＬ−ＣＤＲ１ポリペプチド配列、ＶＬ−ＣＤＲ２ポリペプチド配列またはＶＬ−ＣＤＲ３ポリペプチド配列を有し、あるいは、それぞれ、図８に示されるポリペプチド配列に関連づけられるＶＬ−ＣＤＲ１ポリペプチド配列、ＶＬ−ＣＤＲ２ポリペプチド配列またはＶＬ−ＣＤＲ３ポリペプチド配列を有する。
別の実施形態において、本発明は、免疫グロブリン重鎖可変領域（ＶＨ）をコードする核酸を含む単離されたポリヌクレオチド、そのような核酸から本質的になる単離されたポリヌクレオチド、または、そのような核酸からなる単離されたポリヌクレオチドであって、ＶＨ−ＣＤＲ１領域、ＶＨ−ＣＤＲ２領域およびＶＨ−ＣＤＲ３領域が、図８に示されるＶＨ−ＣＤＲ１群、ＶＨ−ＣＤＲ２群およびＶＨ−ＣＤＲ３群と同一であるか、または、それぞれ、図８に示されるようなＶＨ−ＣＤＲ１群、ＶＨ−ＣＤＲ２群およびＶＨ−ＣＤＲ３群と同一であるポリペプチド配列を有する、そのような単離されたポリヌクレオチドを提供する。
この技術分野において知られているように、２つのポリペプチドまたは２つのポリヌクレオチドの間における「配列同一性」が、一方のポリペプチドまたはポリヌクレオチドのアミノ酸配列または核酸配列を第２のポリペプチドまたはポリヌクレオチドの配列に対して比較することによって求められる。本明細書中で議論されるとき、任意の特定のポリペプチドが別のポリペプチドと少なくとも約４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％または９５％同一であるかどうかを、この技術分野において知られている方法およびコンピュータープログラム／ソフトウェア（例えば、ＢＥＳＴＦＩＴプログラム（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｐａｃｋａｇｅ、Ｖｅｒｓｉｏｎ ８ ｆｏｒ Ｕｎｉｘ、Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｐａｒｋ、５７５ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｄｒｉｖｅ、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ、５３７１１）（これに限定されない）など）を使用して決定することができる。ＢＥＳＴＦＩＴでは、Ｓｍｉｔｈ ａｎｄ Ｗａｔｅｒｍａｎ（Ａｄｖａｎｃｅｓ ｉｎ Ａｐｐｌｉｅｄ Ｍａｔｈｅｍａｔｉｃｓ ２（１９８１）、４８２〜４８９）の局所的相同性アルゴリズムを、２つの配列の間における相同性の最も良いセグメントを見出すために使用する。ＢＥＳＴＦＩＴまたはいずれかの他の配列アライメントプログラムを使用して、特定の配列が、例えば、本発明による参照配列と９５％同一であるかどうかを決定するときには、当然のことながら、同一性の百分率が参照ポリペプチド配列の全長にわたって計算され、かつ、参照配列におけるアミノ酸の総数の５％までの相同性におけるギャップが許容されるように、パラメーターが設定される。
本発明の好ましい実施形態において、ポリヌクレオチドは、表ＩＩに示されるような抗ポリオーマウイルス抗体、抗ポリオーマウイルスＶＰ１抗体および／または抗ポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ抗体のＶＨ領域またはＶＬ領域のポリヌクレオチド配列を有する核酸を含むか、あるいは、そのような核酸から本質的になるか、あるいは、そのような核酸からなる。これに関連して、当業者は、軽鎖および／または重鎖の可変ドメインを少なくともコードするポリヌクレオチドは両方の免疫グロブリン鎖または一方の免疫グロブリン鎖のみの可変ドメインをコードし得ることを容易に理解するであろう。したがって、１つの実施形態において、ポリヌクレオチドは、表ＩＩまたは表ＩＩＩに示されるような抗ポリオーマウイルス抗体、抗ポリオーマウイルスＶＰ１抗体および／または抗ポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ抗体のＶＨ領域およびＶＬ領域のポリヌクレオチド配列、好ましくは、抗ＪＣＶ ＶＰ１抗体または抗ＪＣＶ ＶＬＰ抗体、あるいは、抗ＢＫＶ ＶＰ１抗体または抗ＢＫＶ ＶＬＰ抗体のＶＨ領域およびＶＬ領域のポリヌクレオチド配列を有する核酸を含むか、あるいは、そのような核酸から本質的になるか、あるいは、そのような核酸からなる。
表ＩＩ：例示的なポリオーマウイルス抗体、ポリオーマウイルスＶＰ１抗体およびポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ抗体のＶＨ領域およびＶＬ領域のヌクレオチド配列
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表ＩＩＩ：例示的なポリオーマウイルス抗体、ポリオーマウイルスＶＰ１抗体およびポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ抗体のＶＨ領域およびＶＬ領域のアミノ酸配列（ＣＤＲには下線が付される）
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本発明にはまた、他のところで記載されるように、本発明のポリヌクレオチドのフラグメントが含まれる。加えて、本明細書中に記載されるように、融合ポリヌクレオチド、Ｆａｂフラグメントおよび他の誘導体をコードするポリヌクレオチドも本発明によって包含される。
ポリヌクレオチドは、この技術分野において知られているいずれかの方法によって作製または製造される場合がある。例えば、抗体のヌクレオチド配列が知られているならば、当該抗体をコードするポリヌクレオチドが、例えば、Ｋｕｔｍｅｉｅｒ他、ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ １７（１９９４）、２４２に記載されるように、化学合成されたオリゴヌクレオチドから組み立てられる場合があり、これには、簡単に記載すると、抗体をコードする配列の一部分を含有する重複するオリゴヌクレオチドの合成、それらのオリゴヌクレオチドのアニーリングおよび連結、ならびに、連結されたオリゴヌクレオチドのＰＣＲによる増幅を伴う。
代替において、抗体あるいはその抗原結合フラグメント、変異体または誘導体をコードするポリヌクレオチドが、好適な供給源から得られる核酸から作製される場合がある。特定の抗体をコードする核酸を含有するクローンが入手できず、しかし、抗体分子の配列が知られているならば、当該抗体をコードする核酸が化学合成される場合があるか、あるいは、好適な供給源（例えば、抗体ｃＤＮＡライブラリー、あるいは、ポリオーマウイルス、ポリオーマウイルスＶＰ１及び／又はポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ特異的抗体を発現するいずれかの組織もしくは細胞（例えば、抗体を発現させるために選択されるハイブリドーマ細胞など）から作製されるｃＤＮＡライブラリー、または、そのようなものから単離される核酸、好ましくはポリＡ＋ＲＮＡ）から、配列の３’末端および５’末端にハイブリダイゼーション可能である合成プライマーを使用するＰＣＲ増幅によって得られる場合があり、または、例えば、抗体をコードするｃＤＮＡライブラリーからｃＤＮＡクローンを特定するために特定の遺伝子配列について特異的なオリゴヌクレオチドプローブを使用するクローニングによって得られる場合がある。ＰＣＲによって生じる増幅された核酸がその後、この技術分野において広く知られているいずれかの方法を使用して、複製可能なクローニングベクターにクローン化される場合がある。
抗体あるいはその抗原結合フラグメント、変異体または誘導体のヌクレオチド配列および対応するアミノ酸配列が決定されると、そのヌクレオチド配列が、異なるアミノ酸配列を有する抗体を作製するために、例えば、アミノ酸の置換、欠失および／または挿入をもたらすために、ヌクレオチド配列の操作についてこの技術分野においてよく知られている方法、例えば、組換えＤＮＡ技術、部位特異的変異誘発、ＰＣＲなどを使用して操作される場合がある（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ他、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、第２版、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ、Ｎ．Ｙ．（１９９０）、および、Ａｕｓｕｂｅｌ他編、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ、Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ、ＮＹ（１９９８）に記載される技術を参照のこと。これらはともに、それらの全体において参照によって本明細書中に組み込まれる）。
ＩＶ．抗体ポリペプチドの発現
単離された遺伝物質が、本発明の抗体あるいはその抗原結合フラグメント、変異体または誘導体を提供するために操作された後、抗体をコードするポリヌクレオチドは典型的には、所望される量の抗体を産生させるために使用されることがある宿主細胞への導入のために発現ベクターに挿入される。抗体あるいはそのフラグメント、誘導体またはアナログ（例えば、標的分子に結合する抗体の重鎖または軽鎖）の組換え発現が本明細書中に記載される。本発明の抗体分子または抗体の重鎖もしくは軽鎖あるいはその一部分（好ましくは重鎖可変ドメインまたは軽鎖可変ドメインを含有するその一部分）をコードするポリヌクレオチドが得られると、抗体分子を産生させるためのベクターが、この技術分野においてよく知られている技術を使用する組換えＤＮＡ技術によって作製される場合がある。したがって、抗体をコードするヌクレオチド配列を含有するポリヌクレオチドを発現させることによってタンパク質を調製するための方法が本明細書中に記載される。当業者によく知られている方法を、抗体コード配列ならびに適切な転写制御シグナルおよび翻訳制御シグナルを含有する発現ベクターを構築するために使用することができる。これらの方法には、例えば、インビトロ組換えＤＮＡ技術、合成技術およびインビボ遺伝子組換えが含まれる。したがって、本発明は、本発明の抗体分子あるいはその重鎖または軽鎖あるいは重鎖可変ドメインまたは軽鎖可変ドメインをコードするヌクレオチド配列をプロモーターに機能的に連結されて含む複製可能なベクターを提供する。そのようなベクターは抗体分子の定常領域をコードするヌクレオチド配列を含む場合があり（例えば、国際特許出願公開ＷＯ８６／０５８０７およびＷＯ８９／０１０３６、ならびに、米国特許第５，１２２，４６４号を参照のこと）、また、抗体の可変ドメインが、重鎖全体または軽鎖全体を発現させるためにそのようなベクターにクローン化される場合がある。
用語「ベクター」または「発現ベクター」は、所望される遺伝子を宿主細胞に導入し、その遺伝子をその宿主細胞において発現させるためのビヒクルとして本発明に従って使用されるベクターを意味するために本明細書中では使用される。当業者には知られているように、そのようなベクターは、プラスミド、ファージ、ウイルスおよびレトロウイルスからなる群から容易に選択される場合がある。一般に、本発明と適合し得るベクターは、選択マーカー、所望される遺伝子のクローニングを容易にするための適切な制限部位、ならびに、真核生物細胞または原核生物細胞における進入能および／または複製能を含む。本発明の目的のために、数多くの発現ベクター系が用いられる場合がある。例えば、１つのクラスのベクターでは、動物ウイルス、例えば、ウシパピローマウイルス、ポリオーマウイルス、アデノウイルス、ワクシニアウイルス、バキュロウイルス、レトロウイルス（ＲＳＶ、ＭＭＴＶまたはＭＯＭＬＶ）またはＳＶ４０ウイルスなどに由来するＤＮＡエレメントが利用される。他では、内部リボソーム結合部位を伴う多シストロン系の使用を伴う。加えて、ＤＮＡをその染色体に組み込んでいる細胞が、トランスフェクションされた宿主細胞の選択を可能にする１つまたは複数のマーカーを導入することによって選択される場合がある。マーカーにより、栄養要求性宿主に対する原栄養性、殺生物剤抵抗性（例えば、抗生物質）、または、重金属（例えば、銅など）に対する抵抗性が与えられる場合がある。選択マーカー遺伝子は、発現させられるＤＮＡ配列に直接に連結することができるか、または、共形質転換によって同じ細胞に導入することができる。さらなるエレメントがまた、ｍＲＮＡの最適な合成のために必要となる場合がある。これらのエレメントには、シグナル配列、スプライス信号ならびに転写プロモーター、エンハンサーおよび終結シグナルが含まれる場合がある。
特に好ましい実施形態において、クローン化された可変領域遺伝子が、上記で議論されるような重鎖定常領域遺伝子および軽鎖定常領域遺伝子（好ましくはヒトの遺伝子）と一緒に発現ベクターに挿入される。１つの実施形態において、このことが、Ｂｉｏｇｅｎ ＩＤＥＣ，Ｉｎｃ．の独自開発による発現ベクター（これはＮＥＯＳＰＬＡと称し、米国特許第６，１５９，７３０号に開示される）を使用して達成される。このベクターは、サイトメガロウイルスのプロモーター／エンハンサー、マウスのベータグロビン主要プロモーター、ＳＶ４０の複製起点、ウシ成長ホルモンのポリアデニル化配列、ネオマイシンホスホトランスフェラーゼのエキソン１およびエキソン２、ジヒドロ葉酸レダクターゼの遺伝子およびリーダー配列を含有する。このベクターは、可変領域遺伝子および定常領域遺伝子の取り込み、ＣＨＯ細胞におけるトランスフェクション、それに続く、Ｇ４１８含有培地における選択、および、メトトレキサート増幅を行ったとき、抗体の非常に高いレベルの発現をもたらすことが見出されている。当然のことながら、発現を真核生物細胞において誘発することができる発現ベクターはどれも、本発明において使用される場合がある。好適なベクターの例には、プラスミドのｐｃＤＮＡ３、ｐＨＣＭＶ／Ｚｅｏ、ｐＣＲ３．１、ｐＥＦ１／Ｈｉｓ、ｐＩＮＤ／ＧＳ、ｐＲｃ／ＨＣＭＶ２、ｐＳＶ４０／Ｚｅｏ２、ｐＴＲＡＣＥＲ−ＨＣＭＶ、ｐＵＢ６／Ｖ５−Ｈｉｓ、ｐＶＡＸ１およびｐＺｅｏＳＶ２（これらはＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎ（Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）から入手可能である）、ならびに、プラスミドのｐＣＩ（これはＰｒｏｍｅｇａ（Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ）から入手可能である）が含まれるが、これらに限定されない。一般に、非常に多数の形質転換細胞を、好適に高レベルの免疫グロブリンの重鎖および軽鎖を発現する形質転換細胞についてスクリーニングすることは、例えば、ロボットシステムによって行うことができる日常的な実験である。ベクター系はまた、米国特許第５，７３６，１３７号および第５，６５８，５７０号に教示される（これらのそれぞれがその全体において参照によって本明細書中に組み込まれる）。この系は、例えば、３０ｐｇ／細胞／日を超える高い発現レベルを提供する。他の例示的なベクター系が、例えば、米国特許第６，４１３，７７７号に開示される。
他の好ましい実施形態において、本発明の抗体あるいはその抗原結合フラグメント、変異体または誘導体が、多シストロン構築物、例えば、米国特許出願公開第２００３−０１５７６４１号Ａ１（その全体が本明細書中に組み込まれる）に開示される多シストロン構築物などを使用して発現させられる場合がある。これらの発現系において、目的とする多数の遺伝子産物（例えば、抗体の重鎖および軽鎖など）がただ１つの多シストロン構築物からもたらされる場合がある。これらの系では、配列内リボソーム進入部位（ＩＲＥＳ）が、比較的高いレベルの抗体を提供するために都合よく使用される。適合し得るＩＲＥＳ配列が米国特許第６，１９３，９８０号（これもまた本明細書中に組み込まれる）に開示される。当業者は、そのような発現系が、本出願において開示される抗体の完全な範囲を効果的に産生するために使用されることがあることを理解するであろう。したがって、１つの実施形態において、本発明は、抗体の免疫グロブリン鎖の結合ドメインまたは可変領域を少なくともコードするポリヌクレオチドを、場合により、前記結合性分子の他の免疫グロブリン鎖の可変領域をコードするポリヌクレオチドとの組合せで含むベクターを提供する。
より一般的には、抗体のモノマーサブユニットをコードするベクターまたはＤＮＡ配列が調製されると、発現ベクターが、適切な宿主細胞に導入される場合がある。宿主細胞へのプラスミドの導入を、当業者にはよく知られている様々な技術によって達成することができる。これらには、例えば、Ｆｕｇｅｎｅ（登録商標）またはリポフェクタミンを使用するリポトランスフェクションを含むトランスフェクション、プロトプラスト融合、リン酸カルシウム沈殿、包まれたＤＮＡを用いた細胞融合、顕微注入、および、無傷のウイルスによる感染が含まれるが、これらに限定されない。典型的には、宿主へのプラスミド導入が、標準的なリン酸カルシウム共沈殿法により行われる。発現構築物を有する宿主細胞が、軽鎖および重鎖を産生させるために適切である条件のもとで成長させられ、重鎖および／または軽鎖のタンパク質合成についてアッセイされる。例示的なアッセイ技術には、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）または蛍光活性化細胞分取器分析（ＦＡＣＳ）および免疫組織化学などが含まれる。
発現ベクターが従来からの技術によって宿主細胞に移され、トランスフェクションされた細胞がその後、抗体を本明細書中に記載される方法における使用のために産生させるため従来からの技術によって培養される。したがって、本発明には、好ましくは異種プロモーターに機能的に連結される、本発明の抗体またはその重鎖もしくは軽鎖、あるいは、少なくともその免疫グロブリンの結合ドメインまたは可変領域をコードするポリヌクレオチドを含む宿主細胞が含まれる。加えて、または、代替において、本発明にはまた、抗体の免疫グロブリン鎖の結合ドメインまたは可変領域を少なくともコードするポリヌクレオチドを、場合により、前記結合性分子の他の免疫グロブリン鎖の可変領域をコードするポリヌクレオチドとの組合せで含む本明細書中上記で定義されるようなベクターを含む宿主細胞が含まれる。二重鎖抗体を発現させるための好ましい実施形態において、重鎖および軽鎖の両方をコードする単一のベクターまたは複数のベクターが、下記で詳述されるように、完全な免疫グロブリン分子の発現のために宿主細胞において共発現させられる場合がある。
宿主細胞が本発明の２つの発現ベクターにより共トランスフェクションされる場合があり、この場合、第１のベクターが重鎖由来のポリペプチドをコードし、第２のベクターが軽鎖由来のポリペプチドをコードする。これら２つのベクターは、重鎖ポリペプチドおよび軽鎖ポリペプチドの等しい発現を可能にする同一の選択マーカーを含有する場合がある。代替では、重鎖ポリペプチドおよび軽鎖ポリペプチドの両方をコードするただ１つのベクターが使用される場合がある。そのような状況では、軽鎖が好都合には、毒性のない重鎖の過剰を避けるために重鎖の前に置かれる（Ｐｒｏｕｄｆｏｏｔ、Ｎａｔｕｒｅ ３２２（１９８６）、５２；Ｋｏｈｌｅｒ、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ７７（１９８０）、２１９７を参照のこと）。重鎖および軽鎖のためのコード配列がｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡを含む場合がある。
本明細書中で使用される場合、「宿主細胞」は、組換えＤＮＡ技術を使用して構築され、少なくとも１つの異種遺伝子をコードするベクターを有する細胞を示す。抗体を組換え宿主から単離するためのプロセスの記載において、用語「細胞」および「細胞培養（物）」が、別途明確に指定される場合を除き、抗体の供給源を示すために交換可能に使用される。別の言い方をすれば、「細胞」からのポリペプチドの回収は、遠心分離された細胞全体から、または、培地および懸濁された細胞の両方を含有する細胞培養物からのどちらをも意味する場合がある。
様々な宿主−発現ベクター系が、本明細書中に記載される方法において使用されるための抗体分子を発現させるために利用される場合がある。そのような宿主−発現系は、目的とするコード配列が産生され、続いて精製されることがあるビヒクルを表し、しかし、適切なヌクレオチドコード配列により形質転換またはトランスフェクションされたとき、本発明の抗体分子をその場で発現する細胞もまた表す。これらには、微生物、例えば、抗体コード配列を含有する組換えバクテリオファージＤＮＡ発現ベクター、プラスミドＤＮＡ発現ベクターまたはコスミドＤＮＡ発現ベクターにより形質転換される細菌（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）；抗体コード配列を含有する組換え酵母発現ベクターにより形質転換される酵母（例えば、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ、Ｐｉｃｈｉａ）；抗体コード配列を含有する組換えウイルス発現ベクター（例えば、バキュロウイルス）が感染させられる昆虫細胞系；抗体コード配列を含有する組換えウイルス発現ベクター（例えば、カリフラワーモザイクウイルスＣａＭＶ；タバコモザイクウイルスＴＭＶ）が感染させられるか、または、抗体コード配列を含有する組換えプラスミド発現ベクター（例えば、Ｔｉプラスミド）により形質転換される植物細胞系；あるいは、哺乳動物細胞のゲノムに由来するプロモーター（例えば、メタロチオネインプロモーター）または哺乳動物ウイルスに由来するプロモーター（例えば、アデノウイルス後期プロモーター；ワクシニアウイルス７．５Ｋプロモーター）を含有する組換え発現構築物を有する哺乳動物細胞系（例えば、ＣＯＳ細胞、ＣＨＯ細胞、ＮＳＯ細胞、ＢＬＫ細胞、２９３細胞、３Ｔ３細胞）が含まれるが、これらに限定されない。好ましくは、完全な組換え抗体分子の発現のためにはとりわけ、細菌細胞（例えば、大腸菌など）、より好ましくは真核生物細胞が、組換え抗体分子の発現のために使用される。例えば、ベクター（例えば、ヒトサイトメガロウイルスからの主要前初期遺伝子プロモーターエレメントなど）と併せての哺乳動物細胞、例えば、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞などが、抗体のための効果的な発現系である（例えば、Ｆｏｅｃｋｉｎｇ他、Ｇｅｎｅ ４５（１９８６）、１０１；Ｃｏｃｋｅｔｔ他、Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ８（１９９０）、２を参照のこと）。
タンパク質発現のために使用される宿主細胞株は多くの場合、哺乳動物起源である；当業者には、宿主細胞株において発現させられる所望の遺伝子産物のために最もよく適する特定の宿主細胞株を優先的に決定する能力があると思われる。例示的な宿主細胞株には、ＣＨＯ（チャイニーズハムスター卵巣）、ＤＧ４４およびＤＵＸＢ１１（チャイニーズハムスター卵巣株、ＤＨＦＲ欠損）、ＨＥＬＡ（ヒト子宮頸ガン）、ＣＶＩ（サル腎臓株）、ＣＯＳ（ＳＶ４０のＴ抗原を有するＣＶＩの誘導体）、ＶＥＲＹ、ＢＨＫ（ベビーハムスター腎臓）、ＭＤＣＫ、ＷＩ３８、Ｒ１６１０（チャイニーズハムスター線維芽細胞）、ＢＡＬＢＣ／３Ｔ３（マウス線維芽細胞）、ＨＡＫ（ハムスター腎臓株）、ＳＰ２／Ｏ（マウス骨髄腫）、Ｐ３ｘ６３−Ａｇ３．６５３（マウス骨髄腫）、ＢＦＡ−１ｃ１ＢＰＴ（ウシ内皮細胞）、ＲＡＪＩ（ヒトリンパ球）および２９３（ヒト腎臓）が含まれるが、これらに限定されない。ＣＨＯ細胞および２９３細胞が特に好ましい。宿主細胞株は典型的には、商用サービスから、すなわち、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｉｓｓｕｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎから入手可能であり、または、発表された文献から入手可能である。
加えて、挿入された配列の発現を調節するか、あるいは、遺伝子産物を所望される特定の様式で修飾し、また、プロセシングする宿主細胞系統が選ばれる場合がある。タンパク質産物のそのような修飾（例えば、グリコシル化）およびプロセシング（例えば、切断）が当該タンパク質の機能のために重要である場合がある。種々の宿主細胞が、タンパク質および遺伝子産物の翻訳後のプロセシングおよび修飾のための特徴的かつ特異的な機構を有する。適切な細胞株または宿主系を、発現される外来タンパク質の正しい修飾およびプロセシングを保証するために選ぶことができる。この目的を達成するために、一次転写物の適正なプロセシング、遺伝子産物のグリコシル化およびリン酸化のための細胞機構を有する真核生物宿主細胞が使用される場合がある。
組換えタンパク質の長期間にわたる高収量の産生のためには、安定的発現が好ましい。例えば、抗体分子を安定的に発現する細胞株が操作される場合がある。ウイルスの複製起点を含有する発現ベクターを使用するのではなく、むしろ、宿主細胞は、適切な発現制御エレメント（例えば、プロモーター、エンハンサー、配列、転写ターミネーター、ポリアデニル化部位など）および選択マーカーによって制御されるＤＮＡにより形質転換することができる。外来ＤＮＡを導入した後、操作された細胞は富化培地において１日間〜２日間にわたって成長させられる場合があり、その後、選択培地に切り換えられる。組換えプラスミドにおける選択マーカーは選択に対する抵抗性を与え、また、細胞がプラスミドをその染色体に安定的に組み込み、成長して、結果としてクローン化され、かつ、細胞株に拡大することができる増殖巣を形成することを可能にする。この方法は、抗体分子を安定的に発現する細胞株を操作するために都合よく使用される場合がある。
数多くの選択システムが使用される場合があり、これらには、下記のものが含まれるが、それらに限定されない：単純ヘルペスウイルスのチミジンキナーゼ遺伝子（Ｗｉｇｌｅｒ他、Ｃｅｌｌ １１（１９７７）、２２３）、ヒポキサンチン−グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ遺伝子（Ｓｚｙｂａｌｓｋａ＆Ｓｚｙｂａｌｓｋｉ、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ４８（１９９２）、２０２）およびアデニンホスホリボシルトランスフェラーゼ遺伝子（Ｌｏｗｙ他、Ｃｅｌｌ ２２（１９８０）、８１７）をｔｋ−細胞、ｈｇｐｒｔ−細胞またはａｐｒｔ−細胞においてそれぞれ用いることができる。また、代謝拮抗物質抵抗性を下記の遺伝子のための選択の基礎として使用することができる：ｄｈｆｒ、これはメトトレキサートに対する抵抗性を与える（Ｗｉｇｌｅｒ他、Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ７７（１９８０）、３５７；Ｏ’Ｈａｒｅ他、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ７８（１９８１）、１５２７）；ｇｐｔ、これはミコフェノール酸に対する抵抗性を与える（Ｍｕｌｌｉｇａｎ＆Ｂｅｒｇ、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ７８（１９８１）、２０７２）；ｎｅｏ、これはアミノグリコシドＧ−４１８に対する抵抗性を与える（Ｇｏｌｄｓｐｉｅｌ他、Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｐｈａｒｍａｃｙ １２（１９９３）、４８８〜５０５；Ｗｕ ａｎｄ Ｗｕ、Ｂｉｏｔｈｅｒａｐｙ ３（１９９１）、８７〜９５；Ｔｏｌｓｔｏｓｈｅｖ、Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｔｏｘｉｃｏｌ．３２（１９９３）、５７３〜５９６；Ｍｕｌｌｉｇａｎ、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２６０（１９９３）、９２６〜９３２；ならびに、Ｍｏｒｇａｎ ａｎｄ Ａｎｄｅｒｓｏｎ、Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．６２（１９９３）、１９１〜２１７；ＴＩＢ ＴＥＣＨ １１（１９９３）、１５５〜２１５）；および、ｈｙｇｒｏ、これはヒグロマイシンに対する抵抗性を与える（Ｓａｎｔｅｒｒｅ他、Ｇｅｎｅ ３０（１９８４）、１４７）。使用することができる、組換えＤＮＡ技術の技術分野において一般に知られている様々な方法が、Ａｕｓｕｂｅｌ他（編）、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ、Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ、ＮＹ（１９９３）；Ｋｒｉｅｇｌｅｒ、Ｇｅｎｅ Ｔｒａｎｓｆｅｒ ａｎｄ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、Ｓｔｏｃｋｔｏｎ Ｐｒｅｓｓ、ＮＹ（１９９０）に記載さされ、また、第１２章および第１３章、Ｄｒａｃｏｐｏｌｉ他（編）、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ、ＮＹ（１９９４）；Ｃｏｌｂｅｒｒｅ−Ｇａｒａｐｉｎ他、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１５０：１（１９８１）に記載される（これらはその全体において参照によって本明細書中に組み込まれる）。
抗体分子の発現レベルをベクター増幅によって増大させることができる（総説については、Ｂｅｂｂｉｎｇｔｏｎ ａｎｄ Ｈｅｎｔｓｃｈｅｌ、Ｔｈｅ ｕｓｅ ｏｆ ｖｅｃｔｏｒｓ ｂａｓｅｄ ｏｎ ｇｅｎｅ ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｆｏｒ ｔｈｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ｃｌｏｎｅｄ ｇｅｎｅｓ ｉｎ ｍａｍｍａｌｉａｎ ｃｅｌｌｓ ｉｎ ＤＮＡ ｃｌｏｎｉｎｇ、Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、第３巻（１９８７）を参照のこと）。抗体を発現させるベクター系におけるマーカーが増幅可能であるときには、宿主細胞の培養において存在する阻害剤のレベルにおける増大はマーカー遺伝子のコピー数を増大させるであろう。増幅された領域は抗体遺伝子に付随するので、抗体の産生もまた増大するであろう（Ｃｒｏｕｓｅ他、Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．３（１９８３）、２５７を参照のこと）。インビトロ産生では、スケールアップにより、多量の所望されるポリペプチドを与えることが可能である。組織培養条件のもとでの哺乳動物細胞培養のための様々な技術がこの技術分野において知られており、これらには、均一懸濁培養、例えば、エアーリフト型リアクターまたは連続撹拌槽リアクターにおける培養、あるいは、固定化細胞または包括化細胞の培養、例えば、中空繊維、マイクロカプセル、アガロースマイクロビーズまたはセラミックカートリッジにおける培養が含まれる。必要および／または所望されるならば、ポリペプチドの溶液を、例えば、合成ヒンジ領域ポリペプチドの優先的な生合成の後で、あるいは、本明細書中に記載されるＨＩＣクロマトグラフィー工程の前または後で、慣例的なクロマトグラフィー方法、例えば、ゲルろ過、イオン交換クロマトグラフィー、ＤＥＡＥ−セルロースでのクロマトグラフィー、または、（免疫）アフィニティークロマトグラフィーによって精製することができる。
本発明の抗体あるいはその抗原結合フラグメント、変異体または誘導体をコードする遺伝子はまた、哺乳動物以外の細胞、例えば、細菌細胞または昆虫細胞または酵母細胞または植物細胞において発現させることができる。核酸を容易に取り込む細菌には、腸内細菌科のメンバー、例えば、大腸菌またはサルモネラ属の菌株など；バチルス科、例えば、枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）など；肺炎球菌（Ｐｎｅｕｍｏｃｏｃｃｕｓ）；連鎖球菌属（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）およびインフルエンザ菌（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ）が含まれる。細菌において発現させられるとき、異種ポリペプチドは典型的には封入体の一部となることがさらに理解されるであろう。異種ポリペプチドは単離され、精製され、その後、機能的な分子に組み立てられなければならない。四価形態の抗体が所望される場合、そのサブユニットは四価抗体に自己集合するであろう（例えば、国際特許出願公開ＷＯ０２／０９６９４８を参照のこと）。
細菌系において、多数の発現ベクターが、抗体分子が発現されるための意図される使用に依存して、都合よく選択される場合がある。例えば、多量のそのようなタンパク質が抗体分子の医薬組成物の作製のために産生させられることになるときには、容易に精製される融合タンパク質産物の高レベルの発現を導くベクターが望ましい場合がある。そのようなベクターには、Ｅ．ｃｏｌｉ発現ベクターｐＵＲ２７８（Ｒｕｔｈｅｒ他、ＥＭＢＯ Ｊ．２（１９８３）、１７９１）（この場合、抗体コード配列がｌａｃＺコード領域とインフレームでベクターに個々に連結され、その結果、融合タンパク質が産生されるようにされる場合がある）；ｐＩＮベクター（Ｉｎｏｕｙｅ＆Ｉｎｏｕｙｅ、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１３（１９８５）、３１０１〜３１０９；Ｖａｎ Ｈｅｅｋｅ＆Ｓｃｈｕｓｔｅｒ、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２４（１９８９）、５５０３〜５５０９）などが含まれるが、これらに限定されない。ｐＧＥＸベクターもまた、外来ポリペプチドをグルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）との融合タンパク質として発現させるために使用される場合がある。一般に、そのような融合タンパク質は可溶性であり、グルタチオン−アガロースビーズのマトリックスへの吸着および結合、その後の遊離したグルタチオンの存在下での溶出によって溶解細胞から容易に精製することができる。ｐＧＥＸベクターは、トロンビンまたは第Ｘａ因子のプロテアーゼ切断部位を含み、その結果、クローン化された標的遺伝子産物がＧＳＴ成分から放出され得るように設計される。
原核生物に加えて、真核生物の微生物もまた使用される場合がある。サッカロミセス・セレビシアエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）、すなわち、普通のパン酵母が、真核生物の微生物の中で最も一般に使用されるが、多くの他の菌株が一般に利用可能である（例えば、ピキア・パストリス（Ｐｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓ））。サッカロミセス属における発現のために、例えば、プラスミドＹＲｐ７（Ｓｔｉｎｃｈｃｏｍｂ他、Ｎａｔｕｒｅ ２８２（１９７９）、３９；Ｋｉｎｇｓｍａｎ他、Ｇｅｎｅ ７（１９７９）、１４１；Ｔｓｃｈｅｍｐｅｒ他、Ｇｅｎｅ １０（１９８０）、１５７）が一般に使用される。このプラスミドは、トリプトファン中で成長する能力を欠く酵母の変異菌株（例えば、ＡＴＣＣ第４４０７６号またはＰＥＰ４−１（Ｊｏｎｅｓ、Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ８５（１９７７）、１２））のための選択マーカーを提供するＴＲＰ１遺伝子を既に含有する。その場合、酵母宿主細胞ゲノムの特徴としてのｔｒｐ１損傷の存在により、形質転換をトリプトファンの不在下での成長によって検出するための効果的な環境が提供される。
昆虫系において、オートグラファ・カリフォルニカ（Ａｕｔｏｇｒａｐｈａ ｃａｌｉｆｏｒｎｉｃａ）核多角体病ウイルス（ＡｃＮＰＶ）が典型的には、外来タンパク質を発現させるためのベクターとして使用される。このウイルスはヨトウガ（Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａ ｆｒｕｇｉｐｅｒｄａ）細胞において成長する。抗体コード配列がウイルスの非必須領域（例えば、ポリヘドリン遺伝子）の中に個々にクローン化され、ＡｃＮＰＶプロモーター（例えば、ポリヘドリンプロモーター）の制御下に置かれる場合がある。
本発明の抗体分子が組換え発現させられると、本発明の完全な抗体、それらのダイマー、個々の軽鎖および重鎖または他の免疫グロブリン形態を、例えば、クロマトグラフィー（例えば、イオン交換、アフィニティー、特に、プロテインＡの後での特異的抗原についてのアフィニティー、および、サイズ分画カラムクロマトグラフィー）、遠心分離、示差的溶解度（例えば、硫酸アンモニウム沈澱）、または、タンパク質の精製のためのいずれかの他の標準的な技術によることを含めて、この技術分野の標準的な手順に従って精製することができる（例えば、Ｓｃｏｐｅｓ、「Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ」、Ｓｐｒｉｎｇｅｒ Ｖｅｒｌａｇ、Ｎ．Ｙ．（１９８２）を参照のこと）。代替では、本発明の抗体の親和性を増大させるための好ましい方法が米国特許出願公開第２００２−０１２３０５７号Ａ１に開示される。したがって、１つの実施形態において、本発明はまた、抗ポリオーマウイルス、抗ポリオーマウイルスＶＰ１又は抗ポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ抗体、あるいはその免疫グロブリン鎖を調製するための方法であって、
（ａ）本明細書中上記で定義されるようなポリヌクレオチドまたはベクターを含む本明細書中上記で定義されるような宿主細胞を培養すること、および
（ｂ）前記抗体またはその免疫グロブリン鎖を培養物から単離すること
を含む方法を提供する。
さらには、１つの実施形態において、本発明はまた、本明細書中上記で定義されるようなポリヌクレオチドによってコードされる抗体またはその免疫グロブリン鎖、あるいは、抗ポリオーマウイルス、抗ポリオーマウイルスＶＰ１又は抗ポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ抗体またはその免疫グロブリン鎖を調製するための前記方法によって得ることができる抗体またはその免疫グロブリン鎖に関連する。
Ｖ．融合タンパク質およびコンジュゲート
特定の実施形態において、抗体ポリペプチドは、通常の場合には抗体に付随しないアミノ酸配列あるいは１つまたは複数の成分を含む。例示的な改変が下記においてより詳細に記載される。例えば、本発明の単鎖Ｆｖ抗体フラグメントは柔軟なリンカー配列を含む場合があり、または、機能的成分（例えば、ＰＥＧ、薬物、毒素または標識（例えば、蛍光性、放射性、酵素、核磁気性および重金属など））を付加するために改変される場合がある。
本発明の抗体ポリペプチドは融合タンパク質を含む場合があり、融合タンパク質から本質的になる場合があり、または、融合タンパク質からなる場合がある。融合タンパク質は、例えば、少なくとも１つの標的結合部位を伴う免疫グロブリンのポリオーマウイルス、ポリオーマウイルスＶＰ１及び／又はポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ結合ドメインと、少なくとも１つの異種部分、すなわち、自然界では生来的に連結されない部分とを含むキメラ分子である。これらのアミノ酸配列は、融合ポリペプチドにおいて一緒にされる別個のタンパク質において正常に存在する場合があり、または、同じタンパク質において正常に存在する場合があるが、融合ポリペプチドにおいては新しい配置で置かれる。融合タンパク質が、例えば、化学合成によって、または、ペプチド領域が所望の関係でコードされるポリヌクレオチドを作出し、翻訳することによって作出される場合がある。
用語「異種（の）」は、ポリヌクレオチドまたはポリペプチドに適用される場合、当該ポリヌクレオチドまたはポリペプチドが、比較されている実体の残部のものとは異なる実体に由来することを意味する。例えば、本明細書中で使用されるように、抗体あるいはその抗原結合フラグメント、変異体またはアナログに融合されるための“異種ポリペプチド”は、同じ種の非免疫グロブリンポリペプチド、あるいは、異なる種の免疫グロブリンポリペプチドまたは非免疫グロブリンポリペプチドに由来する。
本明細書中の他のところでより詳細に議論されるように、本発明の抗体あるいはその抗原結合フラグメント、変異体または誘導体はさらに、Ｎ末端またはＣ末端において異種ポリペプチドに組換え融合される場合があり、あるいは、ポリペプチドまたは他の組成物に化学的にコンジュゲート化される場合がある（共有結合によるコンジュゲート化および非共有結合によるコンジュゲート化を含む）。例えば、抗体が、検出アッセイにおいて標識として有用である分子に、また、エフェクター分子（例えば、異種ポリペプチド、薬物、放射性核種または毒素など）に組換え融合されるか、またはコンジュゲート化される場合がある（例えば、国際特許出願公開ＷＯ９２／０８４９５、ＷＯ９１／１４４３８、ＷＯ８９／１２６２４、米国特許第５，３１４，９９５号および欧州特許出願ＥＰ０３９６３８７を参照のこと）。
本発明の抗体あるいはその抗原結合フラグメント、変異体または誘導体は、ペプチド結合または修飾型ペプチド結合（すなわち、ペプチドアイソスター）によって互いにつながれるアミノ酸から構成されることが可能であり、また、遺伝子によりコードされる２０個のアミノ酸とは異なるアミノ酸を含有する場合がある。抗体は、天然のプロセス（例えば、翻訳後プロセシングなど）によって、または、この技術分野ではよく知られている化学的修飾技術によって改変される場合がある。そのような修飾が、基礎的な教本において、また、より詳しいモノグラフにおいて、ならびに、膨大な数の研究文献において十分に記載されている。修飾を、ペプチド骨格、アミノ酸側鎖およびアミノ末端またはカルボキシル末端を含めて、抗体においてどこにでも、あるいは、炭水化物などの成分に対して行うことができる。同じタイプの修飾が、所与の抗体において、いくつかの部位において同じ程度または種々の程度で存在する場合があることが理解されるであろう。また、所与の抗体が多くのタイプの修飾を含有する場合がある。抗体は、例えば、ユビキチン化の結果として分岐する場合があり、また、分岐を伴って、または伴うことなく、環状である場合がある。環状の抗体、分岐した抗体、および、分岐した環状の抗体が、翻訳後の天然のプロセスから生じる場合があり、または、合成的方法によって作製される場合がある。修飾には、アセチル化、アシル化、ＡＤＰ−リボシル化、アミド化、フラビンの共有結合連結、ヘム成分の共有結合連結、ヌクレオチドまたはヌクレオチド誘導体の共有結合連結、脂質または脂質誘導体の共有結合連結、ホスファチジルイノシトールの共有結合連結、架橋、環化、ジスルフィド結合形成、脱メチル化、共有結合架橋の形成、システインの形成、ピログルタミン酸塩の形成、ホルミル化、ガンマ−カルボキシル化、グリコシル化、ＧＰＩアンカー形成、ヒドロキシル化、ヨウ素化、メチル化、ミリストイル化、酸化、ペグ化、タンパク質分解的プロセシング、リン酸化、プレニル化、ラセミ化、セレノイル化（ｓｅｌｅｎｏｙｌａｔｉｏｎ）、硫酸化、タンパク質へのアミノ酸の転移ＲＮＡ媒介付加（例えば、アルギニル化など）、および、ユビキチン化が含まれる（例えば、Ｐｒｏｔｅｉｎｓ−Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ Ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ、Ｔ．Ｅ．Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ、Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ ａｎｄ Ｃｏｍｐａｎｙ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、第２版（１９９３）；Ｐｏｓｔｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ Ｃｏｖａｌｅｎｔ Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ Ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ、Ｂ．Ｃ．Ｊｏｈｎｓｏｎ編、Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、１頁〜１２頁（１９８３）；Ｓｅｉｆｔｅｒ他、Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．１８２（１９９０）、６２６〜６４６；Ｒａｔｔａｎ他、Ａｎｎ．ＮＹ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．６６３（１９９２）、４８〜６２を参照のこと）。
本発明はまた、抗体あるいはその抗原結合フラグメント、変異体または誘導体と、異種ポリペプチドとを含む融合タンパク質を提供する。１つの実施形態において、本発明の融合タンパク質は、本発明の抗体のＶＨ領域のいずれか１つまたは複数のアミノ酸配列、あるいは、本発明の抗体のＶＬ領域またはそのフラグメントもしくは変異体のいずれか１つまたは複数のアミノ酸配列と、異種ポリペプチド配列とを有するポリペプチドを含むか、あるいは、そのようなポリペプチドから本質的になるか、あるいは、そのようなポリペプチドからなる。別の実施形態において、本明細書中に開示される診断方法および処置方法において使用されるための融合タンパク質は、抗体のＶＨ−ＣＤＲまたはそのフラグメント、変異体もしくは誘導体のいずれか１つ、２つ、３つのアミノ酸配列、あるいは、抗体のＶＬ−ＣＤＲまたはそのフラグメント、変異体もしくは誘導体のいずれか１つ、２つ、３つのアミノ酸配列と、異種ポリペプチド配列とを有するポリペプチドを含むか、あるいは、そのようなポリペプチドから本質的になるか、あるいは、そのようなポリペプチドからなる。１つの実施形態において、融合タンパク質は、本発明の抗体のＶＨ−ＣＤＲ３またはそのフラグメント、誘導体もしくは変異体のアミノ酸配列と、異種ポリペプチド配列とを有するポリペプチドを含み、そのような融合タンパク質はポリオーマウイルス、ポリオーマウイルスＶＰ１及び／又はポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰに特異的に結合する。別の実施形態において、融合タンパク質は、本発明の抗体の少なくとも１つのＶＨ領域のアミノ酸配列と、本発明の抗体の少なくとも１つのＶＬ領域またはそのフラグメント、誘導体もしくは変異体のアミノ酸配列と、異種ポリペプチド配列とを有するポリペプチドを含む。好ましくは、融合タンパク質のＶＨ領域およびＶＬ領域は、ポリオーマウイルス、ポリオーマウイルスＶＰ１及び／又はポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰと特異的に結合する単一供給源の抗体（あるいはｓｃＦｖフラグメントまたはＦａｂフラグメント）に対応する。さらに別の実施形態において、本明細書中に開示される診断方法および処置方法において使用されるための融合タンパク質は、抗体のＶＨＣＤＲのいずれか１つ、２つ、３つまたはそれ以上のアミノ酸配列と、抗体のＶＬＣＤＲまたはそのフラグメントもしくは変異体のいずれか１つ、２つ、３つまたそれ以上のアミノ酸配列と、異種ポリペプチド配列とを有するポリペプチドを含む。好ましくは、ＶＨ−ＣＤＲまたはＶＬ−ＣＤＲの２つ、３つ、４つ、５つ、６つまたはそれ以上が、本発明の単一供給源の抗体（あるいはｓｃＦｖフラグメントまたはＦａｂフラグメント）に対応する。これらの融合タンパク質をコードする核酸分子もまた本発明によって包含される。
文献に報告される例示的な融合タンパク質には、下記の融合物が含まれる：Ｔ細胞受容体（Ｇａｓｃｏｉｇｎｅ他、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８４（１９８７）、２９３６〜２９４０）；ＣＤ４（Ｃａｐｏｎ他、Ｎａｔｕｒｅ ３３７（１９８９）、５２５〜５３１；Ｔｒａｕｎｅｃｋｅｒ他、Ｎａｔｕｒｅ ３３９（１９８９）、６８〜７０；Ｚｅｔｔｍｅｉｓｓｌ他、ＤＮＡ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．ＵＳＡ ９（１９９０）、３４７〜３５３；およびＢｙｒｎ他、Ｎａｔｕｒｅ ３４４（１９９０）、６６７〜６７０）；Ｌ−セレクチン（ホーミング受容体）（Ｗａｔｓｏｎ他、Ｊ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．１１０（１９９０）、２２２１〜２２２９；およびＷａｔｓｏｎ他、Ｎａｔｕｒｅ ３４９（１９９１）、１６４〜１６７）；ＣＤ４４（Ａｒｕｆｆｏ他、Ｃｅｌｌ ６１（１９９０）、１３０３〜１３１３）；ＣＤ２８およびＢ７（Ｌｉｎｓｌｅｙ他、Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１７３（１９９１）、７２１〜７３０）；ＣＴＬＡ−４（Ｌｉｓｌｅｙ他、Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１７４（１９９１）、５６１〜５６９）；ＣＤ２２（Ｓｔａｍｅｎｋｏｖｉｃ他、Ｃｅｌｌ ６６（１９９１）、１１３３〜１１４４）；ＴＮＦ受容体（Ａｓｈｋｅｎａｚｉ他、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８８（１９９１）、１０５３５〜１０５３９；Ｌｅｓｓｌａｕｅｒ他、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２７（１９９１）、２８８３〜２８８６；およびＰｅｐｐｅｌ他、Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１７４（１９９１）、１４８３〜１４８９（１９９１））；ならびにＩｇＥ受容体ａ（Ｒｉｄｇｗａｙ ａｎｄ Ｇｏｒｍａｎ、Ｊ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．１１５（１９９１）、アブストラクト番号：１４４８）。
本明細書中の他のところで議論されるように、本発明の抗体あるいはその抗原結合フラグメント、変異体または誘導体は、ポリペプチドのインビボ半減期を増大させるために、または、この技術分野において知られている方法を使用する免疫アッセイにおける使用のために異種ポリペプチドに融合される場合がある。例えば、１つの実施形態において、ＰＥＧを、本発明の抗体に、その半減期をインビボにおいて増大させるためにコンジュゲート化することができる（例えば、Ｌｅｏｎｇ他、Ｃｙｔｏｋｉｎｅ、１６（２００１）、１０６〜１１９；Ａｄｖ．ｉｎ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖ．Ｒｅｖ．５４（２００２）、５３１；またはＷｅｉｒ他、Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．Ｔｒａｎｓａｃｔｉｏｎｓ ３０（２００２）、５１２を参照のこと）。
そのうえ、本発明の抗体あるいはその抗原結合フラグメント、変異体または誘導体は、マーカー配列（例えば、それらの精製または検出を容易にするためのペプチドなど）に融合することができる。好ましい実施形態において、マーカーのアミノ酸配列は、多くのものが市販されているが、とりわけ、ヘキサ−ヒスチジンペプチド（ＨＩＳ）であり、例えば、ｐＱＥベクター（ＱＩＡＧＥＮ，Ｉｎｃ．、９２５９ Ｅｔｏｎ Ａｖｅｎｕｅ、Ｃｈａｔｓｗｏｒｔｈ、Ｃａｌｉｆ．、９１３１１）において提供されるタグなどである。例えば、Ｇｅｎｔｚ他、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６（１９８９）、８２１〜８２４に記載されるように、ヘキサ−ヒスチジンは融合タンパク質の便利な精製をもたらす。精製のために有用である他のペプチドタグには、「ＨＡ」タグ（これは、インフルエンザの赤血球凝集素タンパク質に由来するエピトープに対応する）（Ｗｉｌｓｏｎ他、Ｃｅｌｌ ３７（１９８４）、７６７）、ＧＳＴ、ｃ−ｍｙｃおよび「ｆｌａｇ」タグが含まれるが、これらに限定されない（例えば、エピトープタグ化技術の総説については、Ｂｉｌｌ Ｂｒｉｚｚａｒｄ、ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ４４（２００８）、６９３〜６９５を、また本発明において使用可能である最も一般的なエピトープタグを列挙するその６９４頁における表１を参照のこと。これらの主題は、本明細書により明示的に、参照によって組み込まれる）。
融合タンパク質を、この技術分野においてよく知られている方法を使用して調製することができる（例えば、米国特許第５，１１６，９６４号および第５，２２５，５３８号を参照のこと）。融合が行われるまさにその部位が、融合タンパク質の分泌または結合特性を最適化するために経験的に選択される場合がある。融合タンパク質をコードするＤＮＡがその後、本明細書中上で記載されるように行われる発現のために宿主細胞にトランスフェクションされる。
本発明の抗体は非コンンジュゲート化形態で使用される場合があり、あるいは、例えば、分子の治療的性質を改善するために、標的検出を容易にするために、または、患者の画像化もしくは治療のために様々な分子の少なくとも１つにコンジュゲート化される場合がある。本発明の抗体あるいはその抗原結合フラグメント、変異体または誘導体は、精製が行われるときには精製前または精製後のどちらでも標識化またはコンジュゲート化することができる。特に、本発明の抗体あるいはその抗原結合フラグメント、変異体または誘導体は、治療剤、プロドラッグ、ペプチド、タンパク質、酵素、ウイルス、脂質、生物学的応答調節物質、医薬剤またはＰＥＧにコンジュゲート化される場合がある。
従来の抗体を含む免疫毒素であるコンジュゲートがこの技術分野において幅広く記載されている。毒素が従来からのカップリング技術によって抗体にカップリングされる場合があり、または、タンパク質毒素部分を含有する免疫毒素を融合タンパク質として作製することができる。本発明の抗体は、そのような免疫毒素を得るための対応する方法で使用することができる。そのような免疫毒素を例示するものが、Ｂｙｅｒｓ、Ｓｅｍｉｎａｒｓ Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．２（１９９１）、５９〜７０、および、Ｆａｎｇｅｒ、Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｔｏｄａｙ １２（１９９１）、５１〜５４によって記載される免疫毒素である。
当業者は、コンジュゲートがまた、コンジュゲート化されるための選択された薬剤に依存して様々な技術を使用して組み立てられ得ることを理解するであろう。例えば、ビオチンとのコンジュゲートが、例えば、ポリオーマウイルス、ポリオーマウイルスＶＰ１及び／又はポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ結合ペプチドをビオチンの活性化エステル（例えば、ビオチンＮ−ヒドロキシスクシンイミドエステルなど）と反応することによって調製される。同様に、蛍光性マーカーとのコンジュゲートがカップリング剤（例えば、本明細書中に列挙されるカップリング剤）の存在下で調製される場合があり、または、イソチオシアン酸塩との反応によって、好ましくはイソチオシアン酸フルオレセインとの反応によって調製される場合がある。本発明の抗体あるいはその抗原結合フラグメント、変異体または誘導体のコンジュゲートが同様な様式で調製される。
本発明はさらに、診断剤または治療剤にコンジュゲート化される本発明の抗体あるいはその抗原結合フラグメント、変異体または誘導体を包含する。抗体を、例えば、ポリオーマウイルスの存在を明らかにして、ポリオーマウイルス関連疾患（例えば、臨床検査手順の一部としてのポリオーマウイルスタンパク質、ポリオーマウイルスＶＰ１及び／又はポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰの出現に関連づけられる疾患）の発症または進行をモニターして、例えば、所与の処置療法および／または防止療法の効力を明らかにするために、診断的に使用することができる。したがって、１つの実施形態において、本発明は、検出可能に標識される抗体に関連する。さらには、１つの実施形態において、本発明は、薬物に結合させられる抗体に関連する。検出を、抗体あるいはその抗原結合フラグメント、変異体または誘導体を検出可能な物質にカップリングすることによって容易にすることができる。検出可能な物質または標識は一般に、酵素、重金属（好ましくは金）、色素（好ましくは蛍光性色素または発光性色素）または放射性標識である場合がある。検出可能な物質の例には、様々な酵素、補欠分子族、蛍光性物質、発光性物質、生物発光性物質、放射性物質、様々な陽電子放出断層撮影法を使用する陽電子放出金属、および、非放射性常磁性金属イオンが含まれる（本発明に従って診断剤として使用されるために抗体にコンジュゲート化することができる金属イオンについては、例えば、米国特許第４，７４１，９００号を参照のこと）。好適な酵素の例として、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼまたはアセチルコリンエステラーゼが挙げられる；好適な補欠分子族複合体の例として、ストレプトアビジン／ビオチンおよびアビジン／ビオチンが挙げられる；好適な蛍光性物質の例として、ウンベリフェロン、フルオレセイン、イソチオシアン酸フルオレセイン、ローダミン、ジクロロトリアジニルアミンフルオレセイン、ダンシルクロリドまたはフィコエリトリンが挙げられる；発光性物質の一例として、ルミノールが挙げられる；生物発光性物質の例として、ルシフェラーゼ、ルシフェリンおよびエクオリンが挙げられる；好適な放射性物質の例として、１２５Ｉ、１３１Ｉ、１１１Ｉｎまたは９９Ｔｃが挙げられる。したがって、１つの実施形態において、本発明は、検出可能な標識が、酵素、放射性同位体、蛍光団、タンパク質、および重金属からなる群から選択される検出可能に標識された抗体を提供する。
抗体あるいはその抗原結合フラグメント、変異体または誘導体はまた、化学発光化合物にカップリングすることによって検出可能に標識することができる。化学発光標識された抗体の存在がその後、化学反応の経過の期間中に生じる発光の存在を検出することによって求められる。特に有用な化学発光性の標識用化合物の例が、ルミノール、イソルミノール、テロマティック（ｔｈｅｒｏｍａｔｉｃ）アクリジニウムエステル、イミダゾール、アクリジニウム塩およびシュウ酸エステルである。
抗体あるいはその抗原結合フラグメント、変異体または誘導体が検出可能に標識され得る方法の１つは、抗体あるいはその抗原結合フラグメント、変異体または誘導体を酵素に連結し、連結された生成物を酵素免疫アッセイ（ＥＩＡ）において使用することによってである（Ｖｏｌｌｅｒ，Ａ．、「Ｔｈｅ Ｅｎｚｙｍｅ Ｌｉｎｋｅｄ Ｉｍｍｕｎｏｓｏｒｂｅｎｔ Ａｓｓａｙ（ＥＬＩＳＡ）」、Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ Ｑｕａｒｔｅｒｌｙ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ、Ｗａｌｋｅｒｓｖｉｌｌｅ、Ｍｄ．、Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ Ｈｏｒｉｚｏｎｓ ２（１９７８）、１〜７）；Ｖｏｌｌｅｒ他、Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｐａｔｈｏｌ．３１（１９７８）、５０７〜５２０；Ｂｕｔｌｅｒ、Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．７３（１９８１）、４８２〜５２３；Ｍａｇｇｉｏ，Ｅ．（編）、Ｅｎｚｙｍｅ Ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙ、ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ、Ｂｏｃａ Ｒａｔｏｎ、Ｆｌａ．（１９８０）；Ｉｓｈｉｋａｗａ，Ｅ．他（編）、Ｅｎｚｙｍｅ Ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙ、Ｋｇａｋｕ Ｓｈｏｉｎ、Ｔｏｋｙｏ（１９８１））。酵素は、抗体に結合しているので、例えば、分光光度法的手段、蛍光定量法的手段または目視的手段によって検出することができる化学的成分を生成するような様式で、適切な基質（好ましくは発色性基質）と反応するであろう。抗体を検出可能に標識するために使用することができる酵素には、リンゴ酸脱水素酵素、ブドウ球菌ヌクレアーゼ、デルタ−５−ステロイドイソメラーゼ、酵母アルコールデヒドロゲナーゼ、アルファ−グリセロリン酸デヒドロゲナーゼ、トリオースリン酸イソメラーゼ、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、アスパラギナーゼ、グルコースオキシダーゼ、ベータ−ガラクトシダーゼ、リボヌクレアーゼ、ウレアーゼ、カタラーゼ、グルコース−６−リン酸デヒドロゲナーゼ、グルコアミラーゼおよびアセチルコリンエステラーゼが含まれるが、これらに限定されない。加えて、検出を、酵素のための発色性基質を用いる比色法によって達成することができる。検出はまた、類似して調製された標準物との比較における基質の酵素反応の程度の目視比較によって達成される場合がある。
検出はまた、様々な他の免疫アッセイのいずれかを使用して達成される場合がある。例えば、抗体あるいはその抗原結合フラグメント、変異体または誘導体を放射能標識することによって、抗体を放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）の使用により検出することが可能である（例えば、Ｗｅｉｎｔｒａｕｂ，Ｂ．、Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ｏｆ Ｒａｄｉｏｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙｓ，Ｓｅｖｅｎｔｈ Ｔｒａｉｎｉｎｇ Ｃｏｕｒｓｅ ｏｎ Ｒａｄｉｏｌｉｇａｎｄ Ａｓｓａｙ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ、Ｔｈｅ Ｅｎｄｏｃｒｉｎｅ Ｓｏｃｉｅｔｙ（Ｍａｒｃｈ、１９８６）を参照のこと。これは参照によって本明細書中に組み込まれる）。放射性同位体を、ガンマカウンター、シンチレーションカウンターまたはオートラジオグラフィー（これらに限定されない）を含む手段によって検出することができる。
抗体あるいはその抗原結合フラグメント、変異体または誘導体はまた、蛍光放射金属（例えば、ランタニド系列の１５２Ｅｕなど）を使用して検出可能に標識することができる。これらの金属は、ジエチレントリアミン五酢酸（ＤＴＰＡ）またはエチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）のような金属キレート化基を使用して抗体に結合させることができる。
様々な成分を抗体あるいはその抗原結合フラグメント、変異体または誘導体にコンジュゲート化するための技術がよく知られている；例えば、Ａｒｎｏｎ他、「Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ Ｆｏｒ Ｉｍｍｕｎｏｔａｒｇｅｔｉｎｇ Ｏｆ Ｄｒｕｇｓ Ｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒａｐｙ」、Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ Ａｎｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒａｐｙ、Ｒｅｉｓｆｅｌｄ他（編）、２４３頁〜５６頁、Ａｌａｎ Ｒ．Ｌｉｓｓ，Ｉｎｃ．（１９８５）；Ｈｅｌｌｓｔｒｏｍ他、「Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ Ｆｏｒ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ」、Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ（第２版）、Ｒｏｂｉｎｓｏｎ他（編）、Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ，Ｉｎｃ．、６２３頁〜５３頁（１９８７）；Ｔｈｏｒｐｅ、「Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｃａｒｒｉｅｒｓ Ｏｆ Ｃｙｔｏｔｏｘｉｃ Ａｇｅｎｔｓ Ｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒａｐｙ：Ａ Ｒｅｖｉｅｗ」、Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ‘８４：Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ、Ｐｉｎｃｈｅｒａ他（編）、４７５頁〜５０６頁（１９８５）；「Ａｎａｌｙｓｉｓ，Ｒｅｓｕｌｔｓ，Ａｎｄ Ｆｕｔｕｒｅ Ｐｒｏｓｐｅｃｔｉｖｅ Ｏｆ Ｔｈｅ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ Ｕｓｅ Ｏｆ Ｒａｄｉｏｌａｂｅｌｅｄ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒａｐｙ」、Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ Ｆｏｒ Ｃａｎｃｅｒ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ａｎｄ Ｔｈｅｒａｐｙ、Ｂａｌｄｗｉｎ他（編）、Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ、３０３頁〜１６頁（１９８５）、および、Ｔｈｏｒｐｅ他、「Ｔｈｅ Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ Ａｎｄ Ｃｙｔｏｔｏｘｉｃ Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ Ｏｆ Ａｎｔｉｂｏｄｙ−Ｔｏｘｉｎ Ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ」、Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｒｅｖ．、６２（１９８２）、１１９〜１５８を参照のこと。
述べられたように、特定の実施形態において、結合性分子、例えば、結合性ポリペプチド、例えば、抗体またはその免疫特異性フラグメントの安定性または効力を高める成分をコンジュゲート化することができる。例えば、１つの実施形態において、ＰＥＧを、本発明の結合性分子に、その半減期をインビボにおいて増大させるためにコンジュゲート化することができる。Ｌｅｏｎｇ他、Ｃｙｔｏｋｉｎｅ、１６（２００１）、１０６；Ａｄｖ．ｉｎ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖ．Ｒｅｖ．５４（２００２）、５３１；または、Ｗｅｉｒ他、Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．Ｔｒａｎｓａｃｔｉｏｎｓ ３０（２００２）、５１２。
ＶＩ．有用な組成物および方法
本発明は、本明細書中先に定義されるように、上記のポリオーマウイルス、ポリオーマウイルスＶＰ１及び／又はポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ結合性分子（例えば、本発明の抗体あるいはその抗原結合フラグメントまたは誘導体または変異体）、あるいは、本発明のポリヌクレオチド、ベクターまたは細胞を含む組成物に関連する。１つの実施形態において、本発明の組成物は医薬組成物であり、かつ、医薬的に許容されるキャリアをさらに含む。さらには、本発明の医薬組成物は、医薬組成物の意図された使用に依存して、さらなる薬剤（例えば、インターロイキンまたはインターフェロンなど）を含む場合がある。ポリオーマウイルス、ポリオーマウイルスＶＰ１及び／又はポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰの出現を示すポリオーマウイルスの処置における使用のために、さらなる薬剤が、小さい有機分子、抗ポリオーマウイルス、抗ポリオーマウイルスＶＰ１及び／又は抗ポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ抗体、ならびに、それらの組合せからなる群から選択される場合がある。したがって、特定の好ましい実施形態において、本発明は、代謝疾患の予防的処置および治療的処置、代謝疾患の進行または代謝疾患の処置に対する応答を対象においてモニターすること、あるいは、代謝疾患を発症することについての対象の危険性を明らかにすることのための医薬組成物または診断組成物を調製するための、ポリオーマウイルスタンパク質、ポリオーマウイルスＶＰ１及び／又はポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ結合性分子、例えば、本発明の抗体またはその抗原結合フラグメントまたは前記抗体のいずれか１つの実質的に同じ結合特異性を有する結合性分子、本発明のポリヌクレオチド、ベクターまたは細胞の使用に関連する。
１つの実施形態において、本発明は、ポリオーマウイルスに伴う障害、好ましくは、ＪＣＶおよび／またはＢＫＶのタイプのポリオーマウイルスに伴う障害を処置する方法であって、その必要性のある対象に、本発明の上記のポリオーマウイルス結合性分子、ポリオーマウイルスＶＰ１結合性分子および／またはポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ結合性分子、抗体、ポリヌクレオチド、ベクターあるいは細胞のいずれか１つの治療効果的な量を投与することを含む方法に関連する。
本発明の治療的取り組みの具体的な利点が、本発明の抗体は、健康な高齢のヒト対象、また、多発性硬化症（ＭＳ）を処置するためにモノクローナル抗体治療を受け、かつ、ＰＭＬおよびＰＭＬ−ＩＲＩＳの症状を発症し、ＰＭＬおよびＰＭＬ−ＩＲＩＳから回復した患者から得られるＢ細胞またはメモリーＢ細胞に由来しており、したがって、ある程度の確率で、ポリオーマウイルス、ポリオーマウイルスＶＰ１および／またはポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰに関連づけられる臨床的に明白な疾患を防止することができる、あるいは、そのような臨床的に明白な疾患の出現の危険性を減らすことができる、あるいは、そのような臨床的に明白な疾患の発症または進行を遅らせることができるという事実にある。典型的には、本発明の抗体はまた、体細胞成熟化、すなわち、抗体の可変領域の体細胞変化による、標的のポリオーマウイルス分子、ポリオーマウイルスＶＰ１分子および／またはポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ分子に対する高親和性結合における選択性および有効性に関しての最適化を既に首尾良く経ている。
そのような細胞は生体内において、例えば、ヒト体内において、自己免疫学的反応またはアレルギー反応の意味で、関連した、または他の生理学的なタンパク質または細胞構造によって、活性化されていないという認識はまた、臨床試験段階を首尾よく生き残る可能性が相当に増大したことがこれにより意味されるので、非常に医学的に重要である。いわば、効率、許容性および耐容性が、少なくとも１名のヒト対象において予防的抗体または治療的抗体の前臨床開発または臨床開発の前に既に実証されている。したがって、本発明のヒト抗ポリオーマウイルス、抗ポリオーマウイルスＶＰ１及び／又は抗ポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ抗体は、治療剤としてのその標的特異的効率と、副作用のその低下した可能性との両方により、その臨床的な成功の可能性を著しく増大させることが予想され得る。
本発明はまた、上で記載された成分（例えば、本発明の抗ポリオーマウイルス、抗ポリオーマウイルスＶＰ１及び／又は抗ポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ抗体、その結合フラグメント、誘導体もしくは変異体、ポリヌクレオチド、ベクターまたは細胞）の１つまたは複数により満たされる１つまたは複数の容器を含む医薬用および診断用のパックまたはキットをそれぞれ提供する。そのような容器には、医薬品または生物学的製品の製造、使用または販売を規制する政府当局によって定められる形式での通知が伴い得る（そのような通知は、製造、使用または販売の当局によるヒト投与のための承認を反映する）。加えて、または、代替において、キットは、適切な診断アッセイにおいて使用されるための試薬および／または説明書を含む。本発明の組成物、例えば、キットは、当然のことながら、ポリオーマウイルス、ポリオーマウイルスＶＰ１及び／又はポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰの存在を伴う、ポリオーマウイルス感染による障害のリスク管理、診断、防止および処置のために特に好適である。
本発明の医薬組成物はこの技術分野においてよく知られている方法に従って配合することができる（例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ（２０００）（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ ｉｎ Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ、ＩＳＢＮ０−６８３−３０６４７２）を参照のこと）。好適な医薬用キャリアの例がこの技術分野ではよく知られており、これらには、リン酸緩衝生理食塩水溶液、水、エマルション（例えば、油／水エマルションなど）、様々なタイプの湿潤化剤、無菌溶液などが含まれる。そのようなキャリアを含む組成物を、よく知られている従来の方法によって配合することができる。これらの医薬組成物は好適な用量で対象に投与することができる。好適な組成物の投与が、種々の方法によって、例えば、静脈内投与、腹腔内投与、皮下投与、筋肉内投与、鼻腔内投与、局所的投与または皮内投与あるいは脊髄送達または脳送達によって行われる場合がある。エアロゾル配合物、例えば、鼻腔噴霧配合物などには、保存剤および等張剤を伴う活性な薬剤の精製された水性溶液または他の溶液が含まれる。そのような配合物は好ましくは、鼻腔粘膜と適合し得るｐＨおよび等張性状態に調節される。直腸投与または膣投与のための配合物が、好適なキャリアを伴う坐薬として提示される場合がある。
投薬計画が主治医および臨床上の要因によって決定されるであろう。医療技術分野ではよく知られているように、どのような患者であれ、患者のための投薬量は、患者の大きさ、体表面積、年齢、投与されるべき具体的な化合物、性別、投与時間および投与経路、全身の健康状態、ならびに、同時に投与されている他の薬物を含めて、多くの要因に依存する。典型的な用量が、例えば、０．００１μｇ〜１０００μｇの範囲（あるいは、この範囲における発現または発現阻害のための核酸の範囲）であり得る；しかしながら、この例示的な範囲よりも少ない用量または大きい用量が、とりわけ上述の要因を考慮して想定される。一般に、投薬量は、例えば、宿主体重の約０．０００１〜１００ｍｇ／ｋｇの範囲が可能であり、より通常的には０．０１〜５ｍｇ／ｋｇ（例えば、０．０２ｍｇ／ｋｇ、０．２５ｍｇ／ｋｇ、０．５ｍｇ／ｋｇ、０．７５ｍｇ／ｋｇ、１ｍｇ／ｋｇ、２ｍｇ／ｋｇなど）が可能である。例えば、投薬量は、１ｍｇ／ｋｇ体重または１０ｍｇ／ｋｇ体重、あるいは、１〜１０ｍｇ／ｋｇの範囲内、好ましくは少なくとも１ｍｇ／ｋｇであり得る。上記範囲において中間的である用量もまた、本発明の範囲内で意図される。対象には、そのような用量を毎日、１日おきに、毎週、または、経験的分析によって決定されるいずれかの他のスケジュールに従って投与することができる。例示的な処置は、例えば、少なくとも６ヶ月の長期間にわたる多数回の投薬での投与を伴う。さらなる例示的な処置計画は、２週間毎に１回、または、１ヶ月に１回、または、３ヶ月毎〜６ヶ月毎に１回での投与を伴う。例示的な投薬スケジュールには、連続した毎日での１〜１０ｍｇ／ｋｇまたは１５ｍｇ／ｋｇ、１日おきでの３０ｍｇ／ｋｇ、あるいは、毎週での６０ｍｇ／ｋｇが含まれる。一部の方法では、異なる結合特異性を有する２つ以上のモノクローナル抗体が同時に投与され、そのような場合、投与されるそれぞれの抗体の投薬量が、示される範囲内である。進行を定期的な評価によってモニターすることができる。非経口投与のための調製物には、無菌の水性または非水性の溶液、懸濁物およびエマルションが含まれる。非水性溶媒の例として、プロピレングリコール、ポリエチレングリコール、植物油（例えば、オリーブ油など）、および、注射可能な有機エステル（例えば、オレイン酸エチルなど）が挙げられる。水性キャリアには、生理的食塩水および緩衝媒体を含めて、水、アルコール性溶液／水溶液、エマルションまたは懸濁物が含まれる。非経口用ビヒクルには、塩化ナトリウム溶液、リンゲルブドウ糖、ブドウ糖および塩化ナトリウム、乳酸加リンゲルまたは固定油が含まれる。静脈内用ビヒクルには、流体および栄養補充液および電解質補充液（例えば、リンゲルブドウ糖に基づくものなど）などが含まれる。保存剤および他の添加剤もまた存在する場合がある（例えば、抗菌剤、抗酸化剤、キレート化剤および不活性ガスなど）。さらには、本発明の医薬組成物は、医薬組成物の意図された使用に依存して、さらなる薬剤（例えば、ドーパミンまたは精神薬理学的薬物など）を含む場合がある。
さらには、本発明の好ましい実施形態において、例えば、本発明の医薬組成物が抗ポリオーマウイルス、抗ポリオーマウイルスＶＰ１及び／又は抗ポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ抗体あるいはその結合フラグメント、誘導体または変異体を受動免疫化のために含むならば、医薬組成物はワクチンとして配合される場合がある。
１つの実施形態において、本発明の抗体の組換えの二重特異性構築物または多特異性構築物を使用することが有益である場合がある。参考については、ＦｉｓｃｈｅｒおよびＬｅｇｅｒ、Ｐａｔｈｏｂｉｏｌｏｇｙ、７４（２００７）、３〜１４を参照のこと。そのような二重特異性分子は、異なる様々なポリオーマウイルスを標的化するために、または、様々なポリオーマウイルスの感染によって引き起こされる疾患を標的化するために設計されるかもしれない。二重特異性分子はまた、第２の結合アームにより、ポリオーマウイルスに伴う病理発生において知られている他の実体と結合するために設計されるかもしれない。
１つの実施形態において、本発明の抗体の組換えＦａｂフラグメント（ｒＦａｂ）および単鎖フラグメント（ｓｃＦｖ）を使用することが有益である場合がある。これは、それらがより容易に細胞膜に浸透するかもしれないからである。エフェクター機能を欠く小さいＦａｂおよびｓｃＦｖの操作された抗体様式を使用することの認識された利点には、血液脳関門をより効率的に通過すること、および、炎症性の副反応を誘発する危険性を最小限に抑えることが含まれる。さらには、ｓｃＦＶおよび単鎖ドメイン抗体は全長抗体の結合特異性を保持することのほかに、それらは単一遺伝子として発現させることができ、また、折り畳み、相互作用、修飾、または、それらの標的の細胞内局在化の変化についての潜在的可能性が伴うが、細胞内抗体として哺乳動物細胞において細胞内に発現させることができる（総説については、例えば、ＭｉｌｌｅｒおよびＭｅｓｓｅｒ、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ、１２（２００５）、３９４〜４０１を参照のこと）。
異なる取り組みにおいて、Ｍｕｌｌｅｒ他、Ｅｘｐｅｒｔ Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｌ．Ｔｈｅｒ．（２００５）、２３７〜２４１は、抗体が、生細胞を傷つけることなく生細胞内に往復させられることを可能にすると言われる技術基盤（いわゆる「ＳｕｐｅｒＡｎｔｉｂｏｄｙ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ」）を記載する。そのような細胞浸透抗体により、新しい診断範囲および治療範囲が開拓される。用語「ＴｒａｎｓＭａｂｓ」がこれらの抗体のために案出されている。
１つの実施形態において、本発明の抗体、医薬組成物またはワクチンは、ポリオーマウイルスの（再）活性化に伴う疾患を処置することにおいて免疫調節剤との組合せで、または、免疫調節剤と同時に、または、免疫調節剤と連続して使用され、好ましくは、進行性多巣性白質脳症（ＰＭＬ）、顆粒ニューロンの感染、高色素性核、顆粒細胞神経症、脳オートトロフィー、脳症、髄膜炎、ポリオーマ誘発腫瘍、免疫再構築炎症反応症候群（ＩＲＩＳ）、出血性膀胱炎、肺炎、網膜炎、大腸炎、血管炎、間質性腎臓疾患、気道の感染症、ＪＣＶ腎症、ＢＫＶ腎症、髄膜炎、メルケル細胞ガン、トリコジスプラシア・スピヌローサまたは悪性胸膜中皮腫を処置するために、および／または、ナタリズマブ、エファリズマブ、リツキシマブ、インフリキシマブ、オクレリズマブ、アレムツズマブ、ベンツキシマブまたはベドチンの薬剤による同時投与において免疫調節剤との組合せで、または、免疫調節剤と同時に、または、免疫調節剤と連続して使用される。
治療効果的な用量または量とは、症状または状態を改善するために十分である有効成分のそのような量を示す。そのような化合物の治療効力および毒性を、細胞培養または実験動物における標準的な薬学手順によって、例えば、ＥＤ５０（集団の５０％において治療効果的な用量）およびＬＤ５０（集団の５０％に対して致死的な用量）によって求めることができる。治療効果と毒性影響との間における用量比が治療指数であり、これはＬＤ５０／ＥＤ５０の比率として表すことができる。好ましくは、組成物における治療剤は、例えば、ポリオーマウイルス感染によって引き起こされる移植片拒絶、ＰＭＬおよび他の疾患を防止するために十分な量で存在する。
前記から、本発明は、上記抗体の少なくとも１つのＣＤＲを含むポリオーマウイルス結合性分子、ポリオーマウイルスＶＰ１結合性分子および／またはポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ結合性分子のどのような使用をも包含すること、特に、ポリオーマウイルス感染に関連づけられる疾患の診断および／または処置のためのそのような分子のどのような使用をも包含することが明らかである。好ましくは、前記結合性分子は本発明の抗体またはその免疫グロブリン鎖である。加えて、本発明は、本明細書中先に記載される述べられた抗体のいずれかの１つの抗イディオタイプ抗体に関連する。これらは、抗原結合部位の近くにおいて抗体の可変領域に位置する独特の抗原性ペプチド配列に結合する抗体または他の結合性分子であり、例えば、対象から得られるサンプルにおける抗ポリオーマウイルス抗体、抗ポリオーマウイルスＶＰ１抗体および／または抗ポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ抗体の検出のために有用である。したがって、１つの実施形態において、本発明は、ポリオーマウイルス感染に関連づけられる障害の予防的処置、治療的処置、および／または、そのような障害の進行もしくはそのような障害の処置に対する応答をモニターすることにおいて使用されるための本明細書中上記および下記で定義されるような抗体、あるいは、前記抗体のいずれか１つの実質的に同じ結合特異性を有するポリオーマウイルス結合性分子、ポリオーマウイルスＶＰ１結合性分子および／またはポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ結合性分子、本明細書中で定義されるようなポリヌクレオチド、ベクターまたは細胞、あるいは、それらのいずれか１つを含む医薬組成物または診断組成物を提供し、ただし、この場合、好ましくは、前記障害が、ＰＭＬ、顆粒ニューロンの感染、高色素性核、顆粒細胞神経症、脳オートトロフィー、脳症、髄膜炎、ポリオーマウイルス誘発腫瘍、免疫再構築炎症反応症候群（ＩＲＩＳ）、出血性膀胱炎、肺炎、網膜炎、大腸炎、血管炎、間質性腎臓疾患、気道の感染症を含む群から選択される。上記の障害群は、ポリオーマウイルス、ポリオーマウイルスＶＰ１および／またはポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰに関連づけられる障害の群と称されるであろう。
別の実施形態において、本発明は、上記のポリオーマウイルス結合性分子、ポリオーマウイルスＶＰ１結合性分子および／またはポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ結合性分子、抗体、抗原結合フラグメント、ポリヌクレオチド、ベクターあるいは細胞のいずれか１つと、場合により、検出のための好適な手段（例えば、免疫または核酸に基づく診断方法において従来から使用される試薬など）とを含む診断組成物に関連する。本発明の抗体は、例えば、抗体を液相において利用することができるか、または、固相キャリアに結合させることができる免疫アッセイにおける使用のために適している。本発明の抗体を利用することができる免疫アッセイの例が、直接的様式または間接的様式でのどちらであれ、競合的免疫アッセイおよび非競合的免疫アッセイである。そのような免疫アッセイの例が、放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）、サンドイッチアッセイ（イムノメトリックアッセイ）、フローサイトメトリーアッセイおよびウエスタンブロットアッセイである。本発明の抗原および抗体は多くの異なるキャリアに結合させることができ、また、それらに特異的に結合する細胞を単離するために使用することができる。広く知られているキャリアの例には、ガラス、ポリスチレン、ポリ塩化ビニル、ポリプロピレン、ポリエチレン、ポリカーボネート、デキストラン、ナイロン、アミロース、天然セルロースおよび修飾セルロース、ポリアクリルアミド、アガロースおよびマグネタイトが含まれる。キャリアの性質は本発明の目的のために可溶性または不溶性のどちらでも可能である。多くの異なる標識および標識化方法が当業者には知られている。本発明において使用することができる標識のタイプの例には、酵素、放射性同位体、コロイド状金属、蛍光性化合物、化学発光化合物および生物発光化合物が含まれる（本明細書中上記で議論された実施形態もまた参照のこと）。
さらなる実施形態によって、ポリオーマウイルス結合性分子、ポリオーマウイルスＶＰ１結合性分子および／またはポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ結合性分子、特に、本発明の抗体はまた、血液サンプル、血漿サンプル、血清サンプル、リンパサンプルまたはいずれかの他の体液サンプル（例えば、唾液サンプルまたは尿サンプルなど）である場合がある体液サンプルを検査された個体から得ること、および、体液サンプルを、抗体−抗原複合体の形成を可能にする条件のもとで本発明の抗体と接触させることによって、障害を個体において診断するための方法において使用される場合がある。そのような複合体のレベルがその後、この技術分野で知られている方法によって求められ、コントロールサンプルにおいて形成されるレベルよりも有意に高いレベルにより、疾患が、検査された個体において示される。同じ様式で、本発明の抗体が結合する特異的抗原もまた使用される場合がある。したがって、本発明は、結合性分子、例えば、本発明の抗体またはその抗原結合フラグメントを含むインビトロ免疫アッセイに関連する。
この関連において、本発明はまた、この目的のためにとりわけ設計される手段に関連する。例えば、抗体に基づくアレイが使用される場合があり、この場合、アレイには、例えば、ポリオーマウイルス、ポリオーマウイルスＶＰ１および／またはポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰを特異的に認識する本発明の抗体またはその同等な抗原結合性分子が負荷される。マイクロアレイでの免疫アッセイの設計が、Ｋｕｓｎｅｚｏｗ他、Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ、５（２００６）、１６８１〜１６９６において要約される。したがって、本発明はまた、本発明に従って特定されるポリオーマウイルス結合性分子、ポリオーマウイルスＶＰ１結合性分子および／またはポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ結合性分子が負荷されるマイクロアレイに関連する。
１つの実施形態において、本発明は、ポリオーマウイルス感染に関連づけられる疾患を対象において診断する方法であって、診断される前記対象から得られるサンプルにおけるポリオーマウイルス、ポリオーマウイルスＶＰ１および／またはポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰの存在を、本発明の少なくとも１つの抗体、その結合フラグメント、または、前記抗体のいずれか１つの実質的に同じ結合特異性を有する結合性分子により決定することを含む方法に関連する。
ポリオーマウイルス、ポリオーマウイルスＶＰ１および／またはポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰのレベルが、どのような方法であれ、この技術分野で知られている好適な方法によって、例えば、ポリオーマウイルス、ポリオーマウイルスＶＰ１および／またはポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰを、ウエスタンブロット、免疫沈殿、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）、蛍光活性化細胞分取（ＦＡＣＳ）、二次元ゲル電気泳動、質量分析法（ＭＳ）、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化−飛行時間型ＭＳ（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）、表面増強レーザー脱離イオン化−飛行時間（ＳＥＬＤＩーＴＯＦ）、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）、高速タンパク質液体クロマトグラフィー（ＦＰＬＣ）、多次元液体クロマトグラフィー（ＬＣ）それに続くタンデム質量分析（ＭＳ／ＭＳ）、および、レーザーデンシトメトリーから選ばれる１つまたは複数の技術によって分析することを含むこの技術分野で知られている好適な方法によって評価される。好ましくは、ＶＰ１の前記インビボ画像化は、陽電子放射断層撮影法（ＰＥＴ）、単一光子放射型断層撮影法（ＳＰＥＣＴ）、近赤外（ＮＩＲ）光学的画像法または磁気共鳴画像法（ＭＲＩ）を含む。
したがって、１つの実施形態において、本発明の抗体、あるいは、前記抗体のいずれか１つの実質的に同じ結合特異性を有するポリオーマウイルス結合性分子、ポリオーマウイルスＶＰ１結合性分子および／またはポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ結合性分子、本明細書中上記で定義されるようなポリヌクレオチド、ベクターまたは細胞、あるいは、それらのいずれか１つを含む医薬組成物または診断組成物が、ポリオーマウイルス感染に関連づけられる障害の予防的処置、治療的処置、および／または、そのような障害の進行もしくは処置に対する応答をモニターすることにおける使用のために提供される。したがって、一般には、本発明はまた、ポリオーマウイルス感染に関連づけられる障害を診断するか、または、そのような障害の進行をモニターする方法に関連する。
上記で示されるように、本発明の抗体、そのフラグメント、ならびに、本発明の抗体およびそのフラグメントと同じ結合特異性の分子は、インビトロだけでなく、インビボにおいても同様に使用される場合があり、ただし、この場合、診断的適用のほかに、治療的適用が同様に実行される場合がある。したがって、１つの実施形態において、本発明はまた、ヒトまたは動物の身体におけるポリオーマウイルスのインビボ検出のための組成物、あるいは、治療剤および／または診断剤をヒトまたは動物の身体においてポリオーマウイルスに対して標的化するための組成物を調製するための、本発明の抗体の少なくとも１つのＣＤＲを含むポリオーマウイルス結合性分子、ポリオーマウイルスＶＰ１結合性分子および／またはポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ結合性分子に関連する。潜在的可能性のある治療剤および／または診断剤が、ポリオーマウイルスに伴う疾患の処置において有用である治療剤の非網羅的な列挙から選ばれる場合がある。インビボ画像化に関して、１つの好ましい実施形態において、本発明は、本発明の抗体の少なくとも１つのＣＤＲを含む前記ポリオーマウイルス結合性分子、ポリオーマウイルスＶＰ１結合性分子および／またはポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ結合性分子を提供し、ただし、この場合、前記インビボ画像化は、陽電子放射断層撮影法（ＰＥＴ）、単一光子放射型断層撮影法（ＳＰＥＣＴ）、近赤外（ＮＩＲ）光学的画像法または磁気共鳴画像法（ＭＲＩ）を含む。さらなる実施形態において、本発明はまた、本発明の抗体の少なくとも１つのＣＤＲを含む前記ポリオーマウイルス結合性分子、ポリオーマウイルスＶＰ１結合性分子および／またはポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ結合性分子、あるいは、上記で指定されるインビボ画像化方法のための組成物を調製するための前記分子を、本明細書中上記で定義されるように、ポリオーマウイルス感染に伴う障害を対象において診断するか、またはその進行を対象においてモニターする方法における使用のために提供する。
ＶＩＩ．ポリオーマウイルス特異的エピトープを有するペプチド
さらなる態様において、本発明は、本発明のいずれかの抗体によって特異的に認識されるポリオーマウイルスＶＰ１のエピトープを有するペプチドに関連する。好ましくは、そのようなペプチドは、抗体によって認識される独特の線状エピトープとして配列番号８５〜配列番号８８に示されるアミノ酸配列、または、１つもしくは複数のアミノ酸が置換され、欠失され、および／または付加されるその改変された配列を含むか、あるいは、そのようなアミノ酸配列またはそのような改変された配列からなり、ただし、この場合、ペプチドは本発明のいずれかの抗体によって認識され、好ましくは、下記の抗体によって認識される：（Ａ）ＮＩ−３０７．１３Ｇ４、（Ｂ）ＮＩ−３０７．１９Ｆ１０、（Ｃ）ＮＩ−３０７．１９Ｆ８、（Ｄ）ＮＩ−３０７．１１Ｇ６、（Ｅ）ＮＩ−３０７．１７Ｆ１２、（Ｆ）ＮＩ−３０７．６Ａ２、（Ｇ）ＮＩ−３０７．５Ｈ３、（Ｈ）ＮＩ−３０７．２５Ｇ１０、（Ｉ）ＮＩ−３０７．２６Ｅ１０、（Ｊ）ＮＩ−３０７．１Ｅ１、（Ｋ）ＮＩ−３０７．２４Ｃ６、（Ｌ）ＮＩ−３０７．７８Ｃ３、（Ｍ）ＮＩ−３０７．５７Ｄ５、（Ｎ）ＮＩ−３０７．４３Ａ１１、（Ｏ）ＮＩ−３０７．３Ｇ４、（Ｐ）ＮＩ−３０７．６１Ｄ１１、（Ｑ）ＮＩ−３０７．２４Ｆ３、（Ｒ）ＮＩ−３０７．１８Ｅ１２、（Ｓ）ＮＩ−３０７．２０Ｆ５、（Ｔ）ＮＩ−３０７．５８Ｃ７、（Ｕ）ＮＩ−３０７．１０５Ｃ７、（Ｖ）ＮＩ−３０７．９８Ｄ３、（Ｗ）ＮＩ−３０７．７２Ｆ７、（Ｘ）ＮＩ−３０７．４５Ｅ１０、（Ｙ）ＮＩ−３０７．７２Ｆ１０、（Ｚ）ＮＩ−３０７．５６Ａ８、（Ａ２）ＮＩ−３０７．２７Ｃ１１、（Ｂ２）ＮＩ−３０７．４７Ｂ１１、（Ｃ２）ＮＩ−３０７．２６Ａ３、（Ｄ２）ＮＩ−３０７．２７Ｃ２、（Ｅ２）ＮＩ−３０７．５７Ｄ４、（Ｆ２）ＮＩ−３０７．５０Ｈ４、（Ｇ２）ＮＩ−３０７．５３Ｂ１１、（Ｈ２）ＮＩ−３０７．７Ｊ３、（Ｉ２）ＮＩ−３０７．５９Ａ７、（Ｊ２）ＮＩ−３０７．１０５Ａ６、（Ｋ２）ＮＩ−３０７．２９Ｂ１、（Ｌ２）ＮＩ−３０７．４４Ｆ６Ｂ、（Ｍ２）ＮＩ−３０７．９８Ｈ１、（Ｎ２）ＮＩ−３０７．４３Ｅ８および／または（Ｏ２）ＮＩ−３０７．１８Ｆ４Ａ。
本発明の１つの実施形態において、そのようなペプチドは、対象におけるポリオーマウイルス感染に関連づけられる疾患を診断するために、および／またはモニターするために使用される場合があり、前記対象の生物学的サンプルにおけるペプチドに結合する抗体の存在を明らかにする工程を含み、本発明の上記ペプチドを認識する抗体のレベルを測定すること、および、測定結果を、比較可能な年齢および性別の健康な対象において見出されるレベルに対して比較することによって前記対象におけるそのような疾患の診断のために使用される。したがって、１つの実施形態において、本発明は、ＰＭＬを診断するための方法に関連する。本発明のペプチドは、本明細書中の先に記載されるように、アレイ、キットおよび組成物においてそれぞれ配合される場合がある。この関連において、本発明はまた、ポリオーマウイルス感染症を診断するか、またはその進行をモニターすることにおいて有用なキットであって、本発明の少なくとも１つの抗体、または、前記抗体のいずれか１つの実質的に同じ結合特異性を有するポリオーマウイルス結合性分子、ポリオーマウイルスＶＰ１結合性分子および／もしくはポリオーマウイルスＶＰ１ ＶＬＰ結合性分子、本明細書中上記でそれぞれ定義されるようなポリヌクレオチド、ベクターまたは細胞および／またはペプチドを、必要な場合には試薬および／または使用のための説明書と一緒に含むキットに関連する。
これらの実施形態および他の実施形態が本発明の説明および実施例によって開示され、また、包含される。本発明に従って用いられるための材料、方法、使用法および化合物のいずれか１つに関するさらなる文献が、例えば、電子デバイスを使用して、公開されている図書館およびデータベースから検索される場合がある。例えば、公開されているデータベースの「Ｍｅｄｌｉｎｅ」が利用される場合がある（このデータベースは国立生物工学情報センターおよび／または国立衛生研究所の国立医学図書館によって提供される）。さらなるデータベースおよびウェブアドレスが、例えば、欧州バイオインフォマティクス研究所（ＥＢＩ）（これは欧州分子生物学研究所（ＥＭＢＬ）の一部である）のデータベースなどが当業者には知られており、これらもまた、インターネット検索エンジンを使用して得ることができる。バイオテクノロジーにおける特許情報、ならびに、遡及的検索および現在の認識のために有用な特許情報の関連原典の調査の概略が、Ｂｅｒｋｓ、ＴＩＢＴＥＣＨ、１２（１９９４）、３５２〜３６４に示される。
上記開示は本発明を一般的に記載する。別途言及されない限り、本明細書中で使用されるような用語には、Ｏｘｆｏｒｄ Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ、１９９７年、２０００年改訂および２００３年再版、ＩＳＢＮ ０ １９ ８５０６７３ ２）において提供されるような定義が与えられる。いくつかの文書が本明細書の本文を通して引用される。すべての引用された参考文献（本出願明細書を通して引用されるような文献参照物、発行された特許、公開された特許出願、および、製造者の仕様書、説明書などを含む）の内容が、本明細書により明示的に、参照によって組み込まれる；しかしながら、どのような文書であれ、引用される文書は実際に本発明に関して先行技術であることを何ら認めるものではない。
より完全な理解を、例示のみの目的のために本明細書中に提供され、かつ、本発明の範囲を限定するために意図されない下記の具体的な実施例を参照することによって得ることができる。
実施例１：血液ドナーの選択
臨床的に関心を引くドナーを募集し、末梢血を適切なインフォームドコンセントのもとで採血し、ＰＢＭＣを調製し、液体窒素中で貯蔵した。
血液ドナーは、ＨＬＡタイピングおよび抗ＪＣＶ力価が不明である健康な高齢患者、堅固なＪＣＶ特異的抗体産生を示したＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０４：０１＋の健康なドナー、および、多発性硬化症を処置するためにモノクローナル抗体治療を受け、かつ、ＰＭＬおよびＰＭＬ−ＩＲＩＳの症状を発症し、ＰＭＬおよびＰＭＬ−ＩＲＩＳから首尾良く回復した患者を含む３つのカテゴリーに分けることができる。後者のカテゴリーに由来する選択されたドナーは、大きい抗ＪＣＶ抗体力価を伴う効率的な免疫応答をもたらした。
ＶＰ１を標的とするヒト由来抗体を、臨床的に選択されたドナーに由来するヒトメモリーＢ細胞レパートリーの補体のハイスループット分析によって特定した。ＶＰ１抗体スクリーニングのために、９６ウェルマイクロプレート（Ｃｏｓｔａｒ、Ｃｏｒｎｉｎｇ、米国）を、ＶＰ１溶液、あるいは、炭酸塩緩衝液（１５ｍＭ Ｎａ２ＣＯ３、３５ｍＭ ＮａＨＣＯ３、ｐＨ９．４２）または再会合緩衝液のどちらかで１μｇ／ｍｌの濃度に希釈されるＢＳＡ（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ、Ｂｕｃｈｓ、スイス）により４℃で一晩被覆した。プレートをＰＢＳ−Ｔ（ｐＨ７．６）で洗浄し、非特異的な結合部位を、室温で１時間、２％のＢＳＡ（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ、Ｂｕｃｈｓ、スイス）を含有するＰＢＳ／０．１％Ｔｗｅｅｎ−２０によりブロッキング処理した。Ｂ細胞の馴化培地をメモリーＢ細胞培養プレートからＥＬＩＳＡプレートに移し、室温で１時間インキュベーションした。ＥＬＩＳＡプレートをＰＢＳ−Ｔで洗浄し、結合を、西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）コンジュゲート化抗ヒト免疫グロブリンポリクロナール抗体（Ｊａｃｋｓｏｎ ＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｒｃｈ、Ｎｅｗｍａｒｋｅｔ、英国）を使用して、その後、ＨＲＰ活性を標準的な比色アッセイで測定して求めた。培地に含有される抗体の結合がＢＳＡに対してではなく、ＶＰ１に対して示されているＢ細胞培養物のみを、抗体クローニングに供した。ハイスループット分析はまた、生来型抗体のサブクラスを特徴づけるためにも行った（表ＩＶを参照のこと）。ＶＰ１反応性のメモリーＢ細胞に由来する抗体ｃＤＮＡを、結合特性を明らかにするために発現させ、ＶＰ１反応性のＩｇＧクローンをインビトロ特徴づけのためにＣＨＯにおいて組換え産生させた。抗体をアフィニティークロマトグラフィーによってエンドトキシン非含有に精製した（例えば、ＳｈｅｅｈａｎおよびＯ’Ｓｕｌｌｉｖａｎ、Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．、２４４（２００４）、２５３〜２５８を参照のこと）。
ＪＣＶ ＶＰ１およびＢＫＶ ＶＰ１の組換え全長体のためのＶＰ１抗原をＡｂｃａｍ（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ、英国）から購入した。代替では、ＪＣＶ ＶＰ１の遺伝子を６×Ｈｉｓタグに融合し、大腸菌において発現させ、ニッケルカラムを使用して精製した。さらには、抗原を、再会合緩衝液（ＴＢＳにおいて１ｍＭのＣａＣｌ２）において振とうしながら２４℃で４８時間インキュベーションして、ウイルス様粒子（ＶＬＰ）を形成させた。
使用したＪＣＶ ＶＰ１は、Ｍａｄ−１株（ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ、ＮＣＢＩアクセション番号Ｐ０３０８９）に由来し、一方、ＢＫＶ ＶＰ１は、ＡＳ株（ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ、ＮＣＢＩアクセション番号Ｐ０３０８８）に由来した。
表ＩＶ：本発明の抗体のサブクラスの特徴づけ
Figure 0006407165
実施例２：ウイルス様粒子へのＶＰ１タンパク質の設定されたリフォールディング
ウイルスの表面に露出するＶＰ１エピトープに対するヒット抗体の結合をスクリーニングし、試験するためには、ウイルス様粒子（ＶＬＰ）へのＶＰ１単量体のリフォールディングを設定しなければならなかった。ＶＰ１タンパク質（Ａｂｃａｍ）をＥＬＩＳＡ被覆用の炭酸塩緩衝液で希釈したか、または、再会合緩衝液（１ｍＭのＣａＣｌ２を含有するＴＢＳ）において２４℃で４８時間インキュベーションしたかのどちらかを行った。その後、調製物を抗ＶＰ１抗体により染色し、透過電子顕微鏡法によって調べた。図１Ａに示されるように、被覆用炭酸塩緩衝液で希釈されるＶＰ１タンパク質は構造体を何ら形成していない。これに反して、再会合緩衝液においてインキュベーションされるＶＰ１タンパク質は、ウイルスの構造を模倣するＶＬＰに再集合している（図１Ｂを参照のこと）。この手順はさらに、ＥＬＩＳＡプレートに被覆されるための粒子（これは、ＶＰ１ ＶＬＰと呼ばれる）をリフォールディングするために使用された。
実施例３：ＶＰ１抗体の分子クローニング
選択されたメモリーＢ細胞培養物の生存Ｂ細胞を集め、ｍＲＮＡを調製した。その後、免疫グロブリンの重鎖配列および軽鎖配列を、ネステッドＰＣＲ法を使用して得た。
ヒト免疫グロブリン生殖系列レパートリーのすべての配列ファミリーを表すプライマーの組合せを、リーダーペプチド、ＶセグメントおよびＪセグメントの増幅のために使用した。１回目の増幅を、５’末端におけるリーダーペプチド特異的プライマーと、３’末端における定常領域特異的プライマーとを使用して行った（Ｓｍｉｔｈ他、Ｎａｔ Ｐｒｏｔｏｃ．、４（２００９）、３７２〜３８４）。重鎖およびカッパ軽鎖のために、２回目の増幅を、５’末端におけるＶセグメント特異的プライマーと、３’末端におけるＪセグメント特異的プライマーとを使用して行った。ラムダ軽鎖のために、２回目の増幅を、５’末端におけるＶセグメント特異的プライマーと、３’末端におけるＣ領域特異的プライマーとを使用して行った（Ｍａｒｋｓ他、Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２（１９９１）、５８１〜５９７；ｄｅ Ｈａａｒｄ他、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６（１９９９）、１８２１８〜１８２３０）。
所望の特異性を有する抗体クローンの特定を、完全な抗体を組換え発現させたときにＥＬＩＳＡでの再スクリーニングによって行った。完全なヒトＩｇＧ１抗体の組換え発現が、可変重鎖配列および可変軽鎖配列を、可変領域配列を５’末端において、リーダーペプチドをコードする配列により補い、かつ、３’末端において、適切な定常ドメインをコードする配列により補う発現ベクターに「正しい読み枠で」挿入したときに達成された。その目的を達成するために、プライマーは、抗体発現ベクターへの可変重鎖配列および可変軽鎖配列のクローニングを容易にするために設計される制限部位を含有した。重鎖免疫グロブリンを、免疫グロブリン重鎖のＲＴ−ＰＣＲ産物を、シグナルペプチドとヒト免疫グロブリンガンマ１の定常ドメインとを有する重鎖発現ベクターに読み枠を合わせて挿入することによって発現させた。カッパ軽鎖免疫グロブリンを、カッパ軽鎖のＲＴ−ＰＣＲ産物を、シグナルペプチドとヒトカッパ軽鎖免疫グロブリンの定常ドメインとを提供する軽鎖発現ベクターに読み枠を合わせて挿入することによって発現させた。ラムダ軽鎖免疫グロブリンを、ラムダ軽鎖のＲＴ−ＰＣＲ産物を、シグナルペプチドとヒトまたはマウスのラムダ軽鎖免疫グロブリンの定常ドメインとを提供するラムダ軽鎖発現ベクターに読み枠を合わせて挿入することによって発現させた。
機能的な組換えモノクローナル抗体を、Ｉｇ重鎖発現ベクターと、カッパＩｇ軽鎖発現ベクターまたはラムダＩｇ軽鎖発現ベクターとをＨＥＫ２９３細胞またはＣＨＯ細胞（あるいは、どのようなレシピエント細胞株であれ、ヒト起源またはマウス起源の他の適切なレシピエント細胞株）に共トランスフェクションしたときに得た。組換えヒトモノクローナル抗体を続いて、標準的なプロテインＡカラム精製を使用して馴化培地から精製した。組換えヒトモノクローナル抗体を、一過性トランスフェクション細胞または安定的トランスフェクション細胞のどちらかを使用して無限の量で製造することができる。組換えヒトモノクローナル抗体を産生する細胞株を、Ｉｇ発現ベクターを使用することによって直接に、または、Ｉｇ可変領域を異なる発現ベクターに再クローニングすることによってそのどちらでも樹立することができる。誘導体、例えば、Ｆ（ａｂ）、Ｆ（ａｂ）２およびｓｃＦｖなどもまた、これらのＩｇ可変領域から作製することができる。
実験で使用される抗体、マウスのモノクローナルな抗ＶＰ１抗体２Ｅ４（ｓｃ−６５９３０、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ、米国）およびマウスのモノクローナルな抗ＶＰ１抗体（ａｂ３４７５６、Ａｂｃａｍ、Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ、英国）を、製造者のプロトコルに従って使用した。組換えヒトＶＰ１抗体の（Ａ）ＮＩ−３０７．１３Ｇ４、（Ｂ）ＮＩ−３０７．１９Ｆ１０、（Ｃ）ＮＩ−３０７．１９Ｆ８、（Ｄ）ＮＩ−３０７．１１Ｇ６、（Ｅ）ＮＩ−３０７．１７Ｆ１２、（Ｆ）ＮＩ−３０７．６Ａ２、（Ｇ）ＮＩ−３０７．５Ｈ３、（Ｈ）ＮＩ−３０７．２５Ｇ１０、（Ｉ）ＮＩ−３０７．２６Ｅ１０、（Ｊ）ＮＩ−３０７．１Ｅ１、（Ｋ）ＮＩ−３０７．２４Ｃ６、（Ｌ）ＮＩ−３０７．７８Ｃ３、（Ｍ）ＮＩ−３０７．５７Ｄ５、（Ｎ）ＮＩ−３０７．４３Ａ１１、（Ｏ）ＮＩ−３０７．３Ｇ４、（Ｐ）ＮＩ−３０７．６１Ｄ１１、（Ｑ）ＮＩ−３０７．２４Ｆ３、（Ｒ）ＮＩ−３０７．１８Ｅ１２、（Ｓ）ＮＩ−３０７．２０Ｆ５、（Ｔ）ＮＩ−３０７．５８Ｃ７、（Ｕ）ＮＩ−３０７．１０５Ｃ７、（Ｖ）ＮＩ−３０７．９８Ｄ３、（Ｗ）ＮＩ−３０７．７２Ｆ７、（Ｘ）ＮＩ−３０７．４５Ｅ１０、（Ｙ）ＮＩ−３０７．７２Ｆ１０、（Ｚ）ＮＩ−３０７．５６Ａ８、（Ａ２）ＮＩ−３０７．２７Ｃ１１、（Ｂ２）ＮＩ−３０７．４７Ｂ１１、（Ｃ２）ＮＩ−３０７．２６Ａ３、（Ｄ２）ＮＩ−３０７．２７Ｃ２、（Ｅ２）ＮＩ−３０７．５７Ｄ４、（Ｆ２）ＮＩ−３０７．５０Ｈ４、（Ｇ２）ＮＩ−３０７．５３Ｂ１１、（Ｈ２）ＮＩ−３０７．７Ｊ３、（Ｉ２）ＮＩ−３０７．５９Ａ７、（Ｊ２）ＮＩ−３０７．１０５Ａ６、（Ｋ２）ＮＩ−３０７．２９Ｂ１、（Ｌ２）ＮＩ−３０７．４４Ｆ６Ｂ、（Ｍ２）ＮＩ−３０７．９８Ｈ１、（Ｎ２）ＮＩ−３０７．４３Ｅ８および／または（Ｏ２）ＮＩ−３０７．１８Ｆ４Ａは、本発明の抗体である。別途言及される場合を除き、それらをＨＥＫ２９３細胞またはＣＨＯ細胞において発現させ、馴化培地から精製し、その後の適用においてそのまま使用した。
実施例４：ＪＣＶ ＶＰ１抗体の結合特異性
直接的ＥＬＩＳＡアッセイを、ＪＣＶ ＶＰ１に対する上記抗体の結合を評価するために、また、それらの５０％最大有効濃度（ＥＣ５０）を決定することができるようにするために様々な抗体濃度を用いて行った。簡単に記載すると、直接的ＥＬＩＳＡを、ＶＰ１溶液、あるいは、ＥＬＩＳＡ被覆用の炭酸塩緩衝液（１５ｍＭ Ｎａ２ＣＯ３、３５ｍＭ ＮａＨＣＯ３、ｐＨ９．４２）または再会合緩衝液のどちらかで１μｇ／ｍｌの濃度に希釈されたＢＳＡ（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ、Ｂｕｃｈｓ、スイス）により４℃で一晩被覆された９６ウェルマイクロプレート（Ｃｏｓｔａｒ、Ｃｏｒｎｉｎｇ、米国）で行った。炭酸塩緩衝液で希釈されるＶＰ１抗原により被覆されたプレートを「ＶＰ１」と呼び、一方、再会合緩衝液において事前にインキュベーションされ、その後、さらに再会合緩衝液で希釈されたＶＰ１により被覆されたプレートを「ＶＰ１ ＶＬＰ」と呼んだ。非特異的な結合部位を、室温で２時間、２％のＢＳＡ（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ、Ｂｕｃｈｓ、スイス）および０．５％のＴｗｅｅｎ２０を含有するＰＢＳＴによりブロッキング処理した。本発明のヒト抗体の結合を、ＨＲＰとコンジュゲート化されるロバ抗ヒトＩｇＧ抗体（Ｊａｃｋｓｏｎ ＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｒｃｈ、Ｎｅｗｍａｒｋｅｔ、英国）を使用して、その後、ＨＲＰ活性を標準的な比色アッセイで測定して求めた。ＥＣ５０値を、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍソフトウェア（Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、米国）を使用する非線形回帰によって推定した。
ＮＩ−３０７．１３Ｇ４、ＮＩ−３０７．１８Ｅ１２、ＮＩ−３０７．１８Ｆ４Ａ、ＮＩ−３０７．１９Ｆ８、ＮＩ−３０７．２０Ｆ５およびＮＩ−３０７．６１Ｄ１１の本発明の例示的な組換えヒト抗体、ならびに、市販の抗体Ａｂ３４７５６のために、９６ウェルマイクロプレート（Ｃｏｓｔａｒ、Ｃｏｒｎｉｎｇ、米国）をＶＰ１溶液により、あるいは、ＥＬＩＳＡ被覆用の炭酸塩緩衝液（１５ｍＭ Ｎａ２ＣＯ３、３５ｍＭ ＮａＨＣＯ３、ｐＨ９．４）または再会合緩衝液のどちらかで５μｇ／ｍｌの濃度に希釈されたＢＳＡ（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ、Ｂｕｃｈｓ、スイス）により被覆した。その後、抗体の結合効率を試験した。例示的抗体はＪＣＶ由来のＶＰ１に特異的に結合し、ＢＫＶ由来のＶＰ１には結合しないか、または弱く結合する。市販の抗体Ａｂ３４７５６はＪＣウイルス由来のＶＰ１に結合し、ＢＫＶ由来のＶＰ１には弱く結合する。しかし、市販の抗体Ａｂ３４７５６はまた、ＢＳＡに対して結合性であった。したがって、この抗体は、ＥＬＩＳＡによって判断されるように特異的でない。ＮＩ−３０７．１３Ｇ４抗体およびＮＩ−３０７．２０Ｆ５抗体は、ＪＣＶ ＶＰ１（炭酸塩緩衝液により被覆する）に対して、ＪＣＶ ＶＰ１ ＶＬＰ（再会合緩衝液により被覆する）に対するよりもはるかに効率的に結合しており、これに対して、ＮＩ−３０７．１８Ｅ１２抗体、ＮＩ−３０７．１９Ｆ８抗体およびＮＩ−３０７．６１Ｄ１１抗体の結合は、ＪＣＶ ＶＰ１ ＶＬＰと比較して、ＪＣＶ ＶＰ１に対してわずかにより強かった。その一方で、結合が、これらの例示的抗体についてはＢＳＡに対して何ら認められなかった（図２Ａを参照のこと）。
ＥＣ５０値を、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ（Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、米国）ソフトウェアを使用する非線形回帰によって推定した。組換えヒト由来抗体のＮＩ−３０７．１３Ｇ４、ＮＩ−３０７．１８Ｅ１２、ＮＩ−３０７．１８Ｆ４Ａ、ＮＩ−３０７．１９Ｆ８、ＮＩ−３０７．２０Ｆ５およびＮＩ−３０７．６１Ｄ１１は、ＪＣＶ ＶＰ１に対して大きい親和性で結合し、ＥＣ５０がそれぞれ、２．６７ｎＭ、４．５２ｎＭ、１２５ｎＭ、２．０８ｎＭ、２８４ｐＭおよび３．８０ｎＭであった。組換えヒト由来抗体のＮＩ−３０７．１３Ｇ４、ＮＩ−３０７．１８Ｅ１２、ＮＩ−３０７．１９Ｆ８およびＮＩ−３０７．６１Ｄ１１は、ＪＣＶ ＶＰ１に対して大きい親和性で結合し、ＥＣ５０がそれぞれ、９５．４ｎＭ、１９．９ｎＭ、５５ｎＭ、６．６８ｎＭおよび１７．７ｎＭである（図２Ｂを参照のこと）。
ＪＣＶを感染させたＳＶＧ−Ａ細胞、または、ＪＣＶ非感染のＳＶＧ−Ａ細胞から得られる組換えＶＰ１タンパク質および上清をＳＤＳ−ＰＡＧＥゲル上で分離し、その後、ニトロセルロースメンブランに転写した。ウイルス上清を調製するために、ＳＶＧ−Ａ（ヒト星状膠細胞株）を、６０％〜８０％のコンフルエンシーになるまで成長させ、ＰＢＳにより洗浄し、その後、ＪＣＶを３７℃で１時間感染させた。新鮮な培地をその後で加え、ウイルス上清を６日〜９日の産生の後で採取した。上清から、細胞片を、２，５００ｒｐｍで１０分間遠心分離することによって取り除いた。その後、ウイルス上清を−８０℃で貯蔵した。必要ならば、ウイルスを、上清を２０％スクロースのクッションに重層し、その後、１００，０００ｇで２時間、４℃で超遠心分離することによって濃縮した。
その後、メンブランを例示的抗体によりプローブ探査した。
実施例５：ＪＣＶ／ＢＫＶ ＶＰ１抗体の結合特異性
直接的ＥＬＩＳＡアッセイを、ＪＣＶ／ＢＫＶ ＶＰ１に対する抗体の結合を評価するために、また、それらの５０％最大有効濃度（ＥＣ５０）を決定することができるようにするために様々な抗体濃度を用いて行った。ＮＩ−３０７．３Ｇ４、ＮＩ−３０７．６Ａ２、ＮＩ−３０７．１１Ｇ６、ＮＩ−３０７．１９Ｆ１０、ＮＩ−３０７．２４Ｆ３、ＮＩ−３０７．２５Ｇ１０、ＮＩ−３０７．４３Ａ１１、ＮＩ−３０７．４４Ｆ６Ｂ、ＮＩ−３０７．５７Ｄ５およびＮＩ−３０７．７８Ｃ３の例示的な組換えヒト抗体のために、９６ウェルマイクロプレート（Ｃｏｓｔａｒ、Ｃｏｒｎｉｎｇ、米国）をＶＰ１溶液により、あるいは、ＥＬＩＳＡ被覆用の炭酸塩緩衝液（１５ｍＭ Ｎａ２ＣＯ３、３５ｍＭ ＮａＨＣＯ３、ｐＨ９．４）または再会合緩衝液のどちらかで５μｇ／ｍｌの濃度に希釈されたＢＳＡ（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ、Ｂｕｃｈｓ、スイス）により被覆した。その後、抗体の結合効率を試験した。ＮＩ−３０７．３Ｇ４、ＮＩ−３０７．６Ａ２、ＮＩ−３０７．１１Ｇ６、ＮＩ−３０７．１９Ｆ１０、ＮＩ−３０７．２４Ｆ３、ＮＩ−３０７．２５Ｇ１０、ＮＩ−３０７．４３Ａ１１、ＮＩ−３０７．４４Ｆ６Ｂ、ＮＩ−３０７．５７Ｄ５およびＮＩ−３０７．７８Ｃ３の例示的抗体はＪＣＶ由来のＶＰ１およびＢＫＶ由来のＶＰ１の両方に特異的に結合する。ＮＩ−３０７．３Ｇ４、ＮＩ−３０７．６Ａ２、ＮＩ−３０７．１１Ｇ６、ＮＩ−３０７．１９Ｆ１０、ＮＩ−３０７．２５Ｇ１０、ＮＩ−３０７．４３Ａ１１、ＮＩ−３０７．４４Ｆ６Ｂ、ＮＩ−３０７．５７Ｄ５およびＮＩ−３０７．７８Ｃ３の抗体は、ウイルスに関係なく、ＶＰ１（炭酸塩緩衝液により被覆する）およびＶＰ１ ＶＬＰ（再会合緩衝液により被覆する）に対して同じ効率で結合している。抗体ＮＩ−３０７．２４Ｆ３は、ＶＰ１に対して、ＶＰ１ ＶＬＰよりも強く結合しており、また、ＢＫＶと比較して、ＪＣＶ由来の抗原にはより良好に結合している。結合がＢＳＡに対しては何ら認められない（図３Ａを参照のこと）。
ＥＣ５０値を、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ（Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、米国）ソフトウェアを使用する非線形回帰によって推定した。ＮＩ−３０７．３Ｇ４、ＮＩ−３０７．６Ａ２、ＮＩ−３０７．１１Ｇ６、ＮＩ−３０７．１９Ｆ１０、ＮＩ−３０７．２４Ｆ３、ＮＩ−３０７．２５Ｇ１０、ＮＩ−３０７．４３Ａ１１、ＮＩ−３０７．４４Ｆ６Ｂ、ＮＩ−３０７．５７Ｄ５およびＮＩ−３０７．７８Ｃ３の組換えヒト由来抗体は、ＪＣＶ ＶＰ１に対して大きい親和性で結合し、ＥＣ５０がそれぞれ、７１．０ｎＭ、１．５９ｎＭ、１１．６ｐＭ、１０．１ｎＭ、２８１ｐＭ、６０５ｐＭ、８．０７ｎＭ、１０１ｐＭ、３８．６ｎＭおよび８５９ｐＭである。ＮＩ−３０７．３Ｇ４、ＮＩ−３０７．６Ａ２、ＮＩ−３０７．１１Ｇ６、ＮＩ−３０７．１９Ｆ１０、ＮＩ−３０７．２４Ｆ３、ＮＩ−３０７．２５Ｇ１０、ＮＩ−３０７．４３Ａ１１、ＮＩ−３０７．４４Ｆ６Ｂ、ＮＩ−３０７．５７Ｄ５およびＮＩ−３０７．７８Ｃ３の組換えヒト由来抗体は、ＪＣＶ ＶＰ１ ＶＬＰに対して大きい親和性で結合し、ＥＣ５０がそれぞれ、２８．２ｎＭ、１．３９ｎＭ、１１．８ｐＭ、３．４１ｎＭ、６．９５ｎＭ、５０９ｐＭ、６．１５ｎＭ、８３ｐＭ、５７ｎＭおよび９３２ｐＭである。ＮＩ−３０７．３Ｇ４、ＮＩ−３０７．６Ａ２、ＮＩ−３０７．１１Ｇ６、ＮＩ−３０７．１９Ｆ１０、ＮＩ−３０７．２４Ｆ３、ＮＩ−３０７．２５Ｇ１０、ＮＩ−３０７．４３Ａ１１、ＮＩ−３０７．４４Ｆ６Ｂ、ＮＩ−３０７．５７Ｄ５およびＮＩ−３０７．７８Ｃ３の組換えヒト由来抗体は、ＢＫＶ ＶＰ１に対して大きい親和性で結合し、ＥＣ５０がそれぞれ、２７．４ｎＭ、１．７９ｎＭ、１８．８ｐＭ、２．４１ｎＭ、１．０４ｎＭ、５１４ｐＭ、９．７ｎＭ、６００ｐＭ、３７．５ｎＭおよび１．９６ｎＭである。ＮＩ−３０７．３Ｇ４、ＮＩ−３０７．６Ａ２、ＮＩ−３０７．１１Ｇ６、ＮＩ−３０７．１９Ｆ１０、ＮＩ−３０７．２４Ｆ３、ＮＩ−３０７．２５Ｇ１０、ＮＩ−３０７．４３Ａ１１、ＮＩ−３０７．４４Ｆ６Ｂ、ＮＩ−３０７．５７Ｄ５およびＮＩ−３０７．７８Ｃ３の組換えヒト由来抗体は、ＢＫＶ ＶＰ１ ＶＬＰに対して大きい親和性で結合し、ＥＣ５０がそれぞれ、１６．４ｎＭ、１．１７ｎＭ、３８．７ｐＭ、１．１ｎＭ、２８．８ｎＭ、１７２ｐＭ、１０ｎＭ、２００ｐＭ、１０４ｎＭおよび９３９ｐＭである（図３Ｂを参照のこと）。
実施例６：ＢＫＶ ＶＰ１抗体の結合特異性
直接的ＥＬＩＳＡアッセイを、ＢＫＶ ＶＰ１に対する本発明の例示的抗体の結合を評価するために、また、それらの５０％最大有効濃度（ＥＣ５０）を決定することができるようにするために様々な抗体濃度を用いて行った。ＮＩ−３０７．１Ｅ１、ＮＩ−３０７．５Ｈ３、ＮＩ−３０７．２４Ｃ６およびＮＩ−３０７．２６Ｅ１０の例示的な組換えヒト抗体のために、９６ウェルマイクロプレート（Ｃｏｓｔａｒ、Ｃｏｒｎｉｎｇ、米国）をＶＰ１溶液により、あるいは、ＥＬＩＳＡ被覆用の炭酸塩緩衝液（１５ｍＭ Ｎａ２ＣＯ３、３５ｍＭ ＮａＨＣＯ３、ｐＨ９．４）または再会合緩衝液のどちらかで５μｇ／ｍｌの濃度に希釈されたＢＳＡ（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ、Ｂｕｃｈｓ、スイス）により被覆した。その後、抗体の結合効率を試験した。ＮＩ−３０７．１Ｅ１、ＮＩ−３０７．５Ｈ３、ＮＩ−３０７．２４Ｃ６およびＮＩ−３０７．２６Ｅ１０の例示的抗体はＢＫＶ由来のＶＰ１には特異的かつ強く結合し、かつ、ＪＣＶ由来のＶＰ１には弱く結合した。抗体ＮＩ−３０７．１Ｅ１は、ＶＰ１（炭酸塩緩衝液により被覆する）に対しては、ＶＰ１ ＶＬＰ（再会合緩衝液により被覆する）に対するよりも効率的に結合している。ＮＩ−３０７．２４Ｃ６およびＮＩ−３０７．２６Ｅ１０の抗体は、ＶＰ１ ＶＬＰに対して、ＶＰ１に対するよりも効率的に結合した。抗体ＮＩ−３０７．５Ｈ３は、ＶＰ１タンパク質が単量体であるか、または、ＶＬＰに再会合させられるならば、同じように結合した。結合がＢＳＡに対しては何ら認められなかった（図４Ａを参照のこと）。
ＥＣ５０値を、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ（Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、米国）ソフトウェアを使用する非線形回帰によって推定した。ＮＩ−３０７．１Ｅ１、ＮＩ−３０７．５Ｈ３、ＮＩ−３０７．２４Ｃ６およびＮＩ−３０７．２６Ｅ１０の組換えヒト由来抗体は、ＢＫＶ ＶＰ１に対して大きい親和性で結合し、ＥＣ５０がそれぞれ、６．０５ｎＭ、３６２ｐＭ、８１６ｐＭおよび１．３５ｎＭであった。ＮＩ−３０７．１Ｅ１、ＮＩ−３０７．５Ｈ３、ＮＩ−３０７．２４Ｃ６およびＮＩ−３０７．２６Ｅ１０の組換えヒト由来抗体は、ＢＫＶ ＶＰ１ ＶＬＰに対して大きい親和性で結合し、ＥＣ５０がそれぞれ、１１ｎＭ、２８８ｐＭ、３９６ｐＭおよび７４０ｐＭであった。ＮＩ−３０７．１Ｅ１、ＮＩ−３０７．５Ｈ３、ＮＩ−３０７．２４Ｃ６およびＮＩ−３０７．２６Ｅ１０の組換えヒト由来抗体は、ＪＣＶ ＶＰ１に対してより弱い親和性で結合し、ＥＣ５０がそれぞれ、８．０４ｎＭ、１．５４ｎＭ、１７８ｎＭおよび２２．９ｎＭであった。ＮＩ−３０７．１Ｅ１、ＮＩ−３０７．５Ｈ３、ＮＩ−３０７．２４Ｃ６およびＮＩ−３０７．２６Ｅ１０の組換えヒト由来抗体は、ＪＣＶ ＶＰ１ ＶＬＰに対してより弱い親和性で結合し、ＥＣ５０がそれぞれ、２８１ｎＭ、１．１６ｎＭ、２．８４ｎＭおよび１４．９ｎＭであった（図４Ｂを参照のこと）。
実施例７：ＶＰ１特異的抗体の結合エピトープの評価
例示的なＮＩ−３０７．１１Ｇ６抗体の結合エピトープを決定するために、結合アッセイを、ＪＣＶ ＶＰ１の配列全体にマッピングする重複するペプチドを用いて行った。抗体の結合能を、ニトロセルロースメンブラン（ＪＰＴ Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｂｅｒｌｉｎ、ドイツ）にスポットされるこれらのペプチドに対して、かつ、ＨＲＰコンジュゲート化されたロバ抗ヒトＩｇＧ二次抗体（Ｊａｃｋｓｏｎ ｉｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｒｃｈ、Ｎｅｗｍａｒｋｅｔ、英国）を使用し、その後、ＨＲＰ活性の検出を行って調べた（図５Ａ）。簡単に記載すると、エピトープマッピングを、重複するペプチドのスキャンを使用して行った。ＪＣＶ ＶＰ１およびＢＫＶ ＶＰ１の配列全体を、７個のアミノ酸の重なりが個々のペプチドの間に存在する合計でそれぞれ、８６個および８８個の線状１０−ｍｅｒペプチドとして合成した。それらのペプチドをニトロセルロースメンブラン（ＪＰＴ Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｂｅｒｌｉｎ、ドイツ）にスポットした。メンブランをメタノール中で５分間活性化し、その後、室温で１０分間、ＴＢＳで洗浄した。非特異的な結合部位を、室温で２時間、Ｒｏｔｉ（登録商標）−Ｂｌｏｃｋ（Ｃａｒｌ Ｒｏｔｈ ＧｍｂＨ＋Ｃｏ．ＫＧ、Ｋａｒｌｓｒｕｈｅ、ドイツ）によりブロッキング処理した。ヒト抗体（１μｇ／ｍｌ）を、室温で３時間、Ｒｏｔｉ（登録商標）−Ｂｌｏｃｋにおいてインキュベーションした。一次抗体の結合を、ＨＲＰコンジュゲート化ロバ抗ヒトＩｇＧ二次抗体を使用して求めた。ブロットを、ＥＣＬおよびＩｍａｇｅＱｕａｎｔ３５０検出（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ、Ｏｔｅｌｆｉｎｇｅｎ、スイス）を使用して発色させ、評価した。
抗体ＮＩ−３０７．１１Ｇ６は、ＪＣＶ ＶＰ１における配列の３３３−ＬＰＧＤＰＤＭ−３３９に対応するスポット８２、スポット８３およびスポット８４（Ｅ列、２番目、３番目および４番目のスポット）を認識する。それらのアミノ酸は、ＢＫＶ ＶＰ１の配列において１００％保存されており、このことにより、この抗体が、ＪＣＶおよびＢＫＶに由来するＶＰ１に対して同じように結合性であることが説明される。抗体ＮＩ−３０７．１３Ｇ４は、ＪＣＶ ＶＰ１タンパク質の２つの領域、すなわち、１２４−ＧＱＡＴＨＤＮ−１３０および３４０−ＭＲＹＶＤＫＹＧＱＬＱＴ−３５１の配列を認識する。下線部のアミノ酸が、ＢＫＶ ＶＰ１タンパク質において異なっており、そのことにより、抗体ＮＩ−３０７．１３Ｇ４がＪＣウイルス（ＪＣＶ）由来のＶＰ１に特異的かつ排他的に結合するという事実が説明されると考えられる。マウス抗体Ａｂ３４７５６は、３４０−ＭＲＹＶＤＫＹＧＱＬＱＴ−３５１の配列を認識する（図５Ａおよび図５Ｂ）。それら以外の抗体のエピトープ（１μｇ／ｍｌおよび１０μｇ／ｍ）は特定することができなかった。このことは、それらの抗体が、この方法により特定することができない不連続なエピトープまたは立体配座的なエピトープを認識するという事実によって説明されるかもしれない。
実施例８：ウイルスに結合するＶＰ１特異的抗体の特異的認識の、電子顕微鏡法による評価
ウイルスに対するＶＰ１特異的抗体の特異的認識を明らかにするために、ウエスタンブロットおよび電子顕微鏡法が行われる。電子顕微鏡法が、等体積のパラホルムアルデヒド（４％）／ＰＢＳを加えることによって固定処理され、かつ、室温で２０分間インキュベーションされたＶＰ１調製物を使用して行われる。固定処理されたサンプルの７μｌの液滴をパラフィルムの上に置き、グリッド（Ｆｏｒｍｖａｒ／炭素被覆されたもの、ニッケル製、３００メッシュ）を液滴の上に２０分間載せる。その後、グリッドを、ＰＢＳにより３分間、３回洗浄し、ブロッキング緩衝液（１０％のＢＳＡを含有するＰＢＳ）において１時間インキュベーションする。その後、グリッドを、ブロッキング緩衝液で希釈された抗体Ａｂ３４７５６と３０分間インキュベーションする。結合していない抗体を、グリッドをＰＢＳにより３分間、６回洗浄することによって除く。その後、グリッドを二次抗体（ヤギ抗マウスＩｇＧ、１０ｎｍの金）と３０分間インキュベーションする。その後、サンプルを、１％のグルタルアルデヒドにより５分間、固定処理し、その後、水で２分間、４回洗浄する。グリッドを、ろ紙を用いて乾燥させ、２％のリンタングステン酸と２分間インキュベーションする。ろ紙を用いた最後の乾燥の後、グリッドを、Ｐｈｉｌｌｉｐｓ ＥＭ４００において、×２５０００の倍率で分析する。
実施例９：ＮＩ−３０７抗体の中和能の評価
ウイルスタンパク質を認識する抗体は、例えば、細胞へのウイルスの付着を阻止すること、ウイルスの内部移行を妨害すること、または、ウイルスを食作用もしくは補体媒介溶解のために標的化することによって感染を防止することができる。本発明の抗体がＪＣＶによる感染を阻止する能力を試験するために、また、治療的可能性を有する抗体候補物を選択するために、ウイルス中和アッセイを下記で概略されるように行うことができる。
簡単に記載すると、ウイルスタンパク質を認識する抗体は、ウイルスをいくつかの方法で中和することによって、例えば、細胞へのその付着を阻止するか、または、脱外被および複製のための細胞内へのウイルスの取り込みを妨害することなどによって感染を防止することができる。抗ＶＰ１抗体がＪＣＶによる感染を阻止する能力を試験するために、いくつかの細胞株、すなわち、ＳＶＧ−Ａ（ヒト星状膠細胞株）またはＭ０３．１３（ヒト乏突起膠細胞株）のＪＣＶ感染に対するそれらの影響が調べられる。２０，０００個の細胞を、２４ウェル組織培養プレートのウェルに置かれるカバースリップに置床する。細胞が表面に接着することを可能にするための３７℃での１５時間〜２４時間のインキュベーションの後、最大感染率を達成するために必要な最小濃度のＭａｄ−４ウイルス株をウェルに加える。ウイルスを細胞に１時間接着させ、その後、細胞を、感染が確立することを可能にするために３７℃で、新鮮な培地において標準的な方法によって培養する。感染した細胞の割合を感染後７２時間で求める。感染後７２時間で、細胞を固定処理し、ウイルスタンパク質を認識する抗体（例えば、Ａｂ３４７５６）、ならびに、一般的なＤＮＡ染色により標識し、蛍光顕微鏡法によって分析して、細胞の総数をウイルス含有細胞の数と比較する。抗ＶＰ１特異的抗体をウイルス付着期間の期間中または感染後インキュベーションの期間中のどちらかで細胞に加える。感染細胞の百分率を上記のような抗ＶＰ１抗体の存在下および非存在下で求める。
本実施例において、ウイルスを、３７℃で１時間、ＮＩ−３０７．９８Ｄ３、ＮＩ−３０７．４４Ｆ６Ｂ、ＮＩ−３０７．１１Ｇ６またはイソタイプコントロール（ＪＣＶ ＶＰ１に結合しないヒトＩｇＧ１抗体）を含有する緩衝液、あるいは、抗体を含有しない緩衝液のいずれかとインキュベーションした。その後、ウイルスをＳＶＧ−Ａ細胞に１時間加え、ＳＶＧ−Ａ細胞をカバースリップの表面に接着させた。その後、細胞をＰＢＳにより洗浄し、新鮮な培地を加えた。細胞の感染を上記のように７２時間後に求めた。ＮＩ−３０７．９８Ｄ３およびＮＩ−３０７．４４Ｆ６Ｂの例示的抗体はＪＣＶによるＳＶＧ−Ａ細胞の感染を完全に阻止することができ、一方、ＮＩ−３０７．１１Ｇ６およびイソタイプコントロール抗体はＪＣＶによるＳＶＧ−Ａ細胞の感染を阻止することができなかった（図１０Ａを参照のこと）。
ＮＩ−３０７．７Ｊ３、ＮＩ−３０７．２６Ａ３、ＮＩ−３０７．２７Ｃ２、ＮＩ−３０７．２７Ｃ１１、ＮＩ−３０７．２９Ｂ１、ＮＩ−３０７．４４Ｆ６Ｂ、ＮＩ−３０７．４５Ｅ１０、ＮＩ−３０７．４７Ｂ１１、ＮＩ−３０７．５０Ｈ４、ＮＩ−３０７．５３Ｂ１１、ＮＩ−３０７．５６Ａ８、ＮＩ−３０７．５７Ｄ４、ＮＩ−３０７．５８Ｃ７、ＮＩ−３０７．５９Ａ７、ＮＩ−３０７．７２Ｆ１０、ＮＩ−３０７．９８Ｄ３、ＮＩ−３０７．９８Ｈ１、ＮＩ−３０７．１０５Ａ６およびＮＩ−３０７．１０５Ｃ７の例示的抗体は、上記の条件におけるＪＣＶによるＳＶＧ−Ａ細胞の感染を全面的に阻止することができた。
例示的なＮＩ−３０７．９８Ｄ３抗体がＪＣＶ感染を中和する効力を明らかにするために、ウイルスを低下する量の抗体とインキュベーションし、その後、ウイルスを上記で記載されるようにＳＶＧ−Ａ細胞に加えた。ＩＣ５０を、感染性が５０％阻害された抗体濃度として求めた（感染細胞の最大数を抗体の非存在下で求めた）。例示的なＮＩ−３０７．９８Ｄ３抗体はＳＶＧ−Ａ細胞の感染を低い濃度でさえ効率的に阻害することができ、ＩＣ５０が０．８ｎｇ／ｍｌであり、これに対して、イソタイプコントロール抗体は感染を阻止しなかった（図１０Ｂを参照のこと）。
抗体が、グリア細胞に対するＪＣＶ付着またはグリア細胞内におけるウイルス複製をアッセイで阻止することにおいて効果的でないときには、細胞間におけるウイルスの伝播を阻止するその能力がまた試験される。このアッセイでは、抗体がＳＶＧ−Ａ細胞からＭ０３．１３細胞へのウイルスの伝播を低下させる能力が評価される。ＳＶＧ−Ａ細胞に、基本的な感染プロトコルでのようにＭａｄ−４を感染させ、しかし、細胞は、ＪＣＶにさらされたことがなかった等しい数のＭ０３．１３細胞による感染の後で成長させられる。感染後のこの培養は中和試験のために抗体を含むか、または、コントロール反応のために抗体を含まないかのどちらかである。感染細胞および非感染細胞の百分率を、１週間または２週間の培養の後、上記で記載される免疫蛍光手法によって求め、ただし、この場合には、乏突起膠細胞に特異的な抗体（実施例）が、ＳＶＧ−Ａ星状膠細胞株の細胞をＭ０３．１３乏突起膠細胞株の細胞から区別するために免疫染色に加えられるという違いが伴う。細胞株アッセイにおいて特定されるＪＣＶ中和抗体はさらに、初代グリア細胞において確認することができる。
ＪＣＶの補体媒介中和を詳しく調べるために、補体因子の存在下または非存在下におけるＭａｄ−４ウイルス株に関するＪＣＶ許容細胞株（ＳＶＧ−ＡおよびＭ０３．１３）の感染力比が分析される。これらの実験のために、遊離ＪＣＶビリオンが、感染の前に、種々の濃度の抗ＶＰ１抗体、および、熱不活化されたヒト血清または非処理のヒト血清のどちらかと３０分間プレインキュベーションされる。ヒト血清の熱不活化（５６℃で３０分間）は補体因子の破壊を引き起こし、コントロールとして役立つ。プレインキュベーション後、上述の細胞株を、前処理されたウイルス上清とともに培養する。ＪＣＶの感染力比を、前記で説明されるように、抗ＶＰ１抗体による染色および蛍光顕微鏡法によるその後の分析によって感染後（ｐ．ｉ．）７２時間でアッセイする。
ＪＣＶの抗体媒介食作用が、抗ＶＰ１抗体とプレインキュベーションされ、かつ、抗原提示細胞と共培養されたＪＣＶ Ｍａｄ−４株を使用することによって検討される。詳細には、ＵＶ不活性化された（プロトコル）ＪＣＶの上清を種々の濃度の抗ＶＰ１抗体とプレインキュベーションし、ＰＭＬ患者由来の単球由来マクロファージ（これはＭ−ＳＣＦの添加によって生じる）またはＥＢＶ形質転換されたＢ細胞と共培養する。ＵＶ不活性化により、ウイルスの複製および伝播が阻止される。食作用を受けたウイルスが、抗原提示細胞をリソソーム内分解阻害剤（例えば、クロロキンなど）により処理し、続いて、抗ＶＰ１抗体による染色および蛍光顕微鏡法による分析を行うことによって分析される。食作用についてのさらなる読み取りとして、本発明者らは、抗原提示細胞を、抗ＶＰ１被覆ＪＣＶビリオン、および、抗原提示細胞と同じＰＭＬ患者に由来する自己のＪＣＶ特異的Ｔ細胞と共培養した。これらのＪＣＶ特異的Ｔ細胞が、ＰＭＬ−ＩＲＩＳ患者およびＪＣＶ−顆粒細胞神経症患者の脳生検物から得られる。抗原提示細胞によるＪＣＶビリオンの食作用は、ＨＬＡ分子上でのＪＣＶ特異的ペプチドの高まった提示を引き起こすので、これらのＴ細胞は、自己状況におけるＨＬＡ一致のために反応することができる。Ｔ細胞の反応性が増殖（ＣＦＳＥの取り込み）またはサイトカイン産生によって測定される。補体の添加が抗体媒介食作用を高めたかどうかを除外するために、アッセイはまた、ヒト血清の存在下で行われる。
ＪＣＶ感染細胞の抗体媒介溶解（ＡＤＣＣまたはＣＤＣ）が、種々の濃度の抗ＶＰ１抗体、および、ＡＤＣＣの分析のためのナチュラルキラー細胞またはＣＤＣの分析のためのヒト血清のどちらかとインキュベーションされたＪＣＶ感染細胞株を使用することによって試験される。ＪＣＶ感染細胞の溶解が、ユウロピウム、クロムまたは蛍光色素に基づく細胞毒性アッセイを使用することによってモニターされる。
実施例１０：ＶＰ１特異的抗体のＰＭＬ−ＩＲＩＳ後の患者からの単離
ＰＭＬ−ＩＲＩＳを発症した後で回復した患者が、ＪＣＶに対する保護的な体液性免疫応答をもたらしているかどうかを分析するために、血液サンプルを、健康なドナーから、また、ＰＭＬおよびＰＭＬ−ＩＲＩＳから首尾良く回復している患者から集めた。両方のドナー群から得られるメモリーＢ細胞が類似量の免疫グロブリンを産生していたが、ＶＰ１に対して強くかつ特異的に結合する抗体を産生する著しくより多い数のメモリーＢ細胞が、ＰＭＬおよびＰＭＬ−ＩＲＩＳから回復した１名のドナーにおいて見出され、一方、第２のそのようなドナーは、増大した数のＶＰ１反応性Ｂ細胞を示さなかった。興味深いことに、高頻度ドナーから得られるＶＰ１特異的Ｂ細胞のほとんどが、ＶＬＰとして適正に組み立てられるときにはＪＣウイルス由来のＶＰ１タンパク質を特異的に認識していた。いくつかの抗体が、おそらくはそれらの２つのウイルスの主要カプシドタンパク質の間における大きい相同性のために、ＪＣＶおよびＢＫＶに由来するＶＰ１タンパク質に対して結合性であった。
それらの抗体を先に記載されたようにクローン化し、発現させた。ＪＣＶ由来のＶＰ１タンパク質に特異的に結合し、ＢＫＶ由来のＶＰ１タンパク質には結合しない抗体を得ることができたことを確認することができた。例示的抗体のＮＩ−３０７．５８Ｃ７およびＮＩ−３０７．１０５Ｃ７は、ＶＬＰが組み立てられたときには（ＪＣＶ ＶＰ１ ＶＬＰ）、ＪＣＶ ＶＰ１を認識しただけであり、粒子が破壊されたときには（ＪＣＶ ＶＰ１）、ＪＣＶ ＶＰ１を認識しなかった（図７Ａを参照のこと）。それらの抗体がＶＬＰを認識するだけであるという事実は、それらの結合エピトープが立体配座的または不連続のどちらかであることを示唆している。このエピトープは、正しく組み立てられたＶＬＰが形成される場合にもっぱら提示され、かつ認識可能であると考えられ、したがって、中和抗体のための好ましいエピトープであると考えられる。
高頻度ヒットドナーから得られる例示的抗体をクローン化し、組換え発現させた。直接的ＥＬＩＳＡアッセイを、ＶＬＰを形成するか、または形成しないＪＣＶ／ＢＫＶ ＶＰ１に対する様々な抗体の結合を評価するために、また、それらの５０％最大有効濃度（ＥＣ５０）を決定することができるようにするために様々な抗体濃度を用いて行った。ＮＩ−３０７．７Ｊ３、ＮＩ−３０７．２６Ａ３、ＮＩ−３０７．２７Ｃ２、ＮＩ−３０７．２７Ｃ１１、ＮＩ−３０７．２９Ｂ１、ＮＩ−３０７．４３Ｅ８、ＮＩ−３０７．４５Ｅ１０、ＮＩ−３０７．４７Ｂ１１、ＮＩ−３０７．５０Ｈ４、ＮＩ−３０７．５３Ｂ１１、ＮＩ−３０７．５６Ａ８、ＮＩ−３０７．５７Ｄ４、ＮＩ−３０７．５８Ｃ７、ＮＩ−３０７．５９Ａ７、ＮＩ−３０７．７２Ｆ７、ＮＩ−３０７．７２Ｆ１０、ＮＩ−３０７．９８Ｄ３、ＮＩ−３０７．９８Ｈ１、ＮＩ−３０７．１０５Ａ６およびＮＩ−３０７．１０５Ｃ７の例示的な組換えヒト抗体のために、９６ウェルマイクロプレート（Ｃｏｓｔａｒ、Ｃｏｒｎｉｎｇ、米国）をＶＰ１溶液により、あるいは、ＥＬＩＳＡ被覆用の炭酸塩緩衝液（１５ｍＭ Ｎａ２ＣＯ３、３５ｍＭ ＮａＨＣＯ３、ｐＨ９．４）または再会合緩衝液のどちらかで５μｇ／ｍｌの濃度に希釈されたＢＳＡ（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ、Ｂｕｃｈｓ、スイス）により被覆した。その後、抗体の結合効率を試験した。ＮＩ−３０７．２９Ｂ１、ＮＩ−３０７．４３Ｅ８およびＮＩ−３０７．７２Ｆ７の例示的抗体は、ＪＣＶ由来のＶＰ１およびＢＫＶ由来のＶＰ１の両方に特異的に結合する。ＮＩ−３０７．７Ｊ３、ＮＩ−３０７．２６Ａ３、ＮＩ−３０７．２７Ｃ２、ＮＩ−３０７．２７Ｃ１１、ＮＩ−３０７．４５Ｅ１０、ＮＩ−３０７．４７Ｂ１１、ＮＩ−３０７．５０Ｈ４、ＮＩ−３０７．５３Ｂ１１、ＮＩ−３０７．５６Ａ８、ＮＩ−３０７．５７Ｄ４、ＮＩ−３０７．５８Ｃ７、ＮＩ−３０７．５９Ａ７、ＮＩ−３０７．７２Ｆ１０、ＮＩ−３０７．９８Ｄ３、ＮＩ−３０７．９８Ｈ１、ＮＩ−３０７．１０５Ａ６およびＮＩ−３０７．１０５Ｃ７の抗体はＪＣＶ由来のＶＰ１に特異的かつ排他的に結合しており、ＢＫＶ由来のＶＰ１には結合していない。ＮＩ−３０７．７Ｊ３、ＮＩ−３０７．２６Ａ３、ＮＩ−３０７．２７Ｃ２、ＮＩ−３０７．２７Ｃ１１、ＮＩ−３０７．２９Ｂ１、ＮＩ−３０７．４３Ｅ８、ＮＩ−３０７．４７Ｂ１１、ＮＩ−３０７．５０Ｈ４、ＮＩ−３０７．５３Ｂ１１、ＮＩ−３０７．５６Ａ８、ＮＩ−３０７．５７Ｄ４、ＮＩ−３０７．５８Ｃ７、ＮＩ−３０７．５９Ａ７、ＮＩ−３０７．７２Ｆ１０、ＮＩ−３０７．９８Ｄ３、ＮＩ−３０７．９８Ｈ１、ＮＩ−３０７．１０５Ａ６およびＮＩ−３０７．１０５Ｃ７の例示的抗体は、ＶＬＰが組み立てられたときにはＪＣＶ ＶＰ１に優先的に結合している（図７Ｂを参照のこと）。
実施例１１：ＶＬＰおよびＪＣＶに対する溶液中での結合の評価
ＮＩ−３０７．９８Ｄ３、ＮＩ−３０７．４４Ｆ６ＢおよびＮＩ−３０７．１１Ｇ６の例示的抗体が、ＶＰ１ ＶＬＰおよびＪＣウイルスに溶液中で結合する能力を明らかにするために、フローサイトメトリーアッセイを行った。簡単に記載すると、ラテックスビーズを、ＶＰ１ ＶＬＰ（再会合緩衝液においてＶＬＰに組み立てられた組換えＶＰ１タンパク質）またはＪＣＶ（感染ＳＶＧ−Ａ細胞の上清から精製されたもの）のどちらかと室温で３０分間インキュベーションして、それらが付着することを可能にした。その後、ビーズを洗浄し、例示的抗体とインキュベーションし、次いで二次抗体とインキュベーションした。ＶＰ１ ＶＬＰまたはＪＣＶに対する例示的抗体の結合をフローサイトメトリーによって評価した。
ＮＩ−３０７．９８Ｄ３、ＮＩ−３０７．４４Ｆ６ＢおよびＮＩ−３０７．１１Ｇ６の例示的抗体は、ラテックスビーズに付着したＶＰ１ ＶＬＰに対して溶液中で結合することができ、一方、イソタイプコントロール（ＶＰ１を認識していないヒトＩｇＧ１）はシグナルを何ら示さなかった（図９Ａを参照のこと）。
ＮＩ−３０７．９８Ｄ３、ＮＩ−３０７．４４Ｆ６ＢおよびＮＩ−３０７．１１Ｇ６の例示的抗体はまた、ラテックスビーズに付着したＪＣＶに対して溶液中で結合することができ、一方、イソタイプコントロールはシグナルを何ら示さなかった（図９Ｂを参照のこと）。
実施例１２：ＰＭＬ随伴ＶＰ１変異体に対する例示的抗体の結合
ＮＩ−３０７．１１Ｇ６、ＮＩ−３０７．９８Ｄ３、ＮＩ−３０７．２７Ｃ１１およびＮＩ−３０７．５３Ｂ１１の例示的抗体が最も一般的なＪＣＶ変化体を中和する能力を明らかにするために、ＶＰ１変異体に対する抗体の結合を試験した。
ＰＭＬ患者のＣＳＦから単離されるＪＣウイルスは多くの場合、保存された変異をＶＰ１配列に含有する。したがって、例示的抗体がそれらのＶＰ１変異体に結合する能力を調べることは重要である。簡単に記載すると、点変異を、迅速変化変異誘発キットを用いてＶＰ１配列に導入した。変異体を、ＰＭＬ患者のＣＳＦに見出される最も高頻度のＪＣＶ変化体を包含するように選んだ。構築されたＶＰ１変異体は、ＶＰ１ Ｌ５５Ｆ Ｓ２６９Ｆ、ＶＰ１ Ｌ５５Ｆ Ｓ２６７Ｆ、ＶＰ１ Ｌ５５Ｆ Ｎ２６５Ｄ、および、ＶＰ１ ＧＣＮ（Ｎ７４Ｓ Ｒ７５Ｋ Ｔ１２８Ａ Ｌ１５８Ｖ Ｋ３４５Ｒ Ｑ３５０欠失 Ｔ３５１欠失、すなわち、顆粒細胞神経症の患者に見出される変異体）であった。２９３ＴＴをそのようなＶＰ１変異体構築物によりトランスフェクションし、トランスフェクション後３日で固定処理および透過処理に供し、ＮＩ−３０７．１１Ｇ６、ＮＩ−３０７．９８Ｄ３、ＮＩ−３０７．２７Ｃ１１およびＮＩ−３０７．５３Ｂ１１の例示的抗体により染色した。その後、細胞をフローサイトメトリーによって分析して、ＶＰ１変異体に対する例示的抗体の結合を求めた。
例示的なＮＩ−３０７．１１Ｇ６抗体は、ＶＰ１ Ｌ５５Ｆ Ｓ２６９Ｆ、ＶＰ１ Ｌ５５Ｆ Ｓ２６７Ｆ、ＶＰ１ Ｌ５５Ｆ Ｎ２６５Ｄ、および、ＶＰ１ ＧＣＮの変異体、ならびに、ＷＴ型ＶＰ１に対して結合性である。ＮＩ−３０７．１１Ｇ６は、それらの変異体において改変されていない、ＪＣＶ ＶＰ１における領域３３３−ＬＰＧＤＰＤＭ−３３９に結合することが知られている。
例示的なＮＩ−３０７．９８Ｄ３抗体は、ＶＰ１ ＧＣＮ変異体およびＷＴ型ＶＰ１に対して結合性であり、しかし、ＶＰ１ Ｌ５５Ｆ Ｓ２６９Ｆ、ＶＰ１ Ｌ５５Ｆ Ｓ２６７Ｆ、および、ＶＰ１ Ｌ５５Ｆ Ｎ２６５Ｄの変異体には結合を示さなかった。ＮＩ−３０７．９８Ｄ３の結合エピトープは知られておらず、他の変異が導入されたこの領域に存在し得るかもしれない。ＮＩ−３０７．９８Ｄ３はまた、破壊されたＶＬＰと比較して、ＶＬＰが適正に組み立てられたときにはＶＰ１に強くかつ優先的に結合することが示された。そのことから、その結合エピトープは立体配座的または不連続のどちらかであること、および、そのようなエピトープは主に、正しく組み立てられたＶＬＰにおいて提示され、かつ、認識可能であることが示唆された。したがって、導入された変異は、ＶＬＰの構造を脱安定化または変化させ得るものであり、したがって、ＮＩ−３０７．９８Ｄ３がそのような変異体に結合することを阻止し得るか、あるいは、エピトープを覆い隠し得るか、または改変し得ると考えられる。
例示的なＮＩ−３０７．２７Ｃ１１抗体は、ＶＰ１ ＧＣＮ変異体およびＷＴ型ＶＰ１に強く結合しており、ＶＰ１ Ｌ５５Ｆ Ｓ２６９Ｆ、ＶＰ１ Ｌ５５Ｆ Ｓ２６７Ｆ、および、ＶＰ１ Ｌ５５Ｆ Ｎ２６５Ｄの変異体にはそれほど強く結合していない。例示的なＮＩ−３０７．５３Ｂ１１抗体は、ＶＰ１ Ｌ５５Ｆ Ｓ２６９Ｆ、ＶＰ１ ＧＣＮ変異体およびＷＴ型ＶＰ１に強く結合しており、ＶＰ１ Ｌ５５Ｆ Ｓ２６７Ｆ、および、ＶＰ１ Ｌ５５Ｆ Ｎ２６５Ｄの変異体にはそれほど強く結合していない。ＮＩ−３０７．２７Ｃ１１およびＮＩ−３０７．５３Ｂ１１の例示的抗体の結合エピトープは知られておらず、他の変異が導入されたこの領域に存在し得るかもしれない。ＮＩ−３０７．２７Ｃ１１およびＮＩ−３０７．５３Ｂ１１はまた、破壊されたＶＬＰと比較して、ＶＬＰが適正に組み立てられたときにはＶＰ１に強くかつ優先的に結合することが示された。そのことから、その結合エピトープは立体配座的または不連続のどちらかであること、および、そのようなエピトープは主に、正しく組み立てられたＶＬＰにおいて提示され、かつ、認識可能であることが示唆された。したがって、導入された変異は、ＶＬＰの構造を脱安定化または変化させ得るものであり、したがって、ＮＩ−３０７．２７Ｃ１１およびＮＩ−３０７．５３Ｂ１１がそのような変異体に結合することを減少させ得るか、あるいは、エピトープを覆い隠し得るか、または改変し得ると考えられる（図１１を参照のこと）。
ＮＩ−３０７．７２Ｆ７およびＮＩ−３０７．７２Ｆ１０の例示的抗体は、ＶＰ１ Ｌ５５Ｆ Ｓ２６９Ｆ、ＶＰ１ ＧＣＮ変異体、および、ＷＴ型ＶＰ１に強く結合しており、ＶＰ１ Ｌ５５Ｆ Ｓ２６７Ｆ、および、ＶＰ１ Ｌ５５Ｆ Ｎ２６５Ｄの変異体にはそれほど強く結合していない。例示的なＮＩ−３０７．２９Ｂ１抗体は、ＶＰ１ Ｌ５５Ｆ Ｓ２６９Ｆ変異体およびＷＴ型ＶＰ１に強く結合しており、ＶＰ１ Ｌ５５Ｆ Ｓ２６７Ｆ、ＶＰ１ Ｌ５５Ｆ Ｎ２６５Ｄ、および、ＶＰ１ ＧＣＮの変異体にはそれほど強く結合していない。ＮＩ−３０７．５６Ａ８およびＮＩ−３０７．２７Ｃ２の例示的抗体は、ＶＰ１ Ｌ５５Ｆ Ｓ２６９Ｆ、ＶＰ１ ＧＣＮ変異体、および、ＷＴ型ＶＰ１に強く結合しており、ＶＰ１ Ｌ５５Ｆ Ｎ２６５Ｄ変異体にはそれほど強く結合していない。例示的なＮＩ−３０７．４４Ｆ６Ｂ抗体は、ＶＰ１ Ｌ５５Ｆ Ｓ２６９Ｆ、ＶＰ１ ＧＣＮ変異体、および、ＷＴ型ＶＰ１に強く結合しており、ＶＰ１ Ｌ５５Ｆ Ｓ２６７Ｆ変異体にはそれほど強く結合していない。ＮＩ−３０７．５８Ｃ７およびＮＩ−３０７．９８Ｈ１の例示的抗体は、ＶＰ１ Ｌ５５Ｆ Ｓ２６９Ｆ、ＶＰ１ ＧＣＮ変異体、および、ＷＴ型ＶＰ１に強く結合している。ＮＩ−３０７．５０Ｈ４およびＮＩ−３０７．１０５Ａ６の例示的抗体は、ＶＰ１ ＧＣＮ変異体、および、ＷＴ型ＶＰ１に強く結合しており、ＶＰ１ Ｌ５５Ｆ Ｓ２６９Ｆ、ＶＰ１ Ｌ５５Ｆ Ｓ２６７Ｆ、および、ＶＰ１ Ｌ５５Ｆ Ｎ２６５Ｄの変異体にはそれほど強く結合していない。ＮＩ−３０７．４５Ｅ１０、ＮＩ−３０７．１０５Ｃ７、ＮＩ−３０７．２６Ａ３、ＮＩ−３０７．７Ｊ３およびＮＩ−３０７．５９Ａ７の例示的抗体は、ＶＰ１ ＧＣＮ変異体、および、ＷＴ型ＶＰ１に強く結合している。例示的なＮＩ−３０７．４７Ｂ１１抗体はＷＴ型ＶＰ１に強く結合しており、ＶＰ１ Ｌ５５Ｆ Ｓ２６７Ｆ、ＶＰ１ Ｌ５５Ｆ Ｓ２６９Ｆ、および、ＶＰ１ ＧＣＮの変異体にはそれほど強く結合していない。

Claims (25)

  1. ポリオーマウイルスおよび／またはその抗原に結合することができるヒトモノクローナル抗体であって、
    前記ポリオーマウイルスがＪＣウイルス（ＪＣＶ）であり、
    前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、
    （ｉ）その可変領域に、
    （ａ）ＶＨ−ＣＤＲ１：配列番号１１０の位置２６−３６
    ＶＨ−ＣＤＲ２：配列番号１１０の位置５１−６６
    ＶＨ−ＣＤＲ３：配列番号１１０の位置９９−１１６
    ＶＬ−ＣＤＲ１：配列番号１１２の位置２４−３４
    ＶＬ−ＣＤＲ２：配列番号１１２の位置５０−５６
    ＶＬ−ＣＤＲ３：配列番号１１２の位置８９−９７；
    （ｂ）ＶＨ−ＣＤＲ１：配列番号７８の位置２６−３５
    ＶＨ−ＣＤＲ２：配列番号７８の位置５０−６６
    ＶＨ−ＣＤＲ３：配列番号７８の位置９９−１１２
    ＶＬ−ＣＤＲ１：配列番号８０の位置２３−３５
    ＶＬ−ＣＤＲ２：配列番号８０の位置５１−５７
    ＶＬ−ＣＤＲ３：配列番号８０の位置９０−１００；
    （ｃ）ＶＨ−ＣＤＲ１：配列番号８２の位置２６−３５
    ＶＨ−ＣＤＲ２：配列番号８２の位置５０−６６
    ＶＨ−ＣＤＲ３：配列番号８２の位置９９−１１５
    ＶＬ−ＣＤＲ１：配列番号８４の位置２３−３３
    ＶＬ−ＣＤＲ２：配列番号８４の位置４９−５５
    ＶＬ−ＣＤＲ３：配列番号８４の位置８８−９９；
    （ｄ）ＶＨ−ＣＤＲ１：配列番号９０の位置２６−３５
    ＶＨ−ＣＤＲ２：配列番号９０の位置５０−６６
    ＶＨ−ＣＤＲ３：配列番号９０の位置９９−１１２
    ＶＬ−ＣＤＲ１：配列番号９２の位置２４−３４
    ＶＬ−ＣＤＲ２：配列番号９２の位置５０−５６
    ＶＬ−ＣＤＲ３：配列番号９２の位置８９−９７；
    （ｅ）ＶＨ−ＣＤＲ１：配列番号９８の位置２６−３５
    ＶＨ−ＣＤＲ２：配列番号９８の位置５０−６６
    ＶＨ−ＣＤＲ３：配列番号９８の位置９９−１１５
    ＶＬ−ＣＤＲ１：配列番号１００の位置２３−３３
    ＶＬ−ＣＤＲ２：配列番号１００の位置４９−５５
    ＶＬ−ＣＤＲ３：配列番号１００の位置８８−９９；
    （ｆ）ＶＨ−ＣＤＲ１：配列番号１０２の位置２６−３５
    ＶＨ−ＣＤＲ２：配列番号１０２の位置５０−６６
    ＶＨ−ＣＤＲ３：配列番号１０２の位置９９−１１０
    ＶＬ−ＣＤＲ１：配列番号１０４の位置２３−３６
    ＶＬ−ＣＤＲ２：配列番号１０４の位置５２−５８
    ＶＬ−ＣＤＲ３：配列番号１０４の位置９１−１０１；
    （ｇ）ＶＨ−ＣＤＲ１：配列番号１０６の位置２６−３５
    ＶＨ−ＣＤＲ２：配列番号１０６の位置５０−６６
    ＶＨ−ＣＤＲ３：配列番号１０６の位置９９−１０７
    ＶＬ−ＣＤＲ１：配列番号１０８の位置２３−３５
    ＶＬ−ＣＤＲ２：配列番号１０８の位置５１−５７
    ＶＬ−ＣＤＲ３：配列番号１０８の位置９０−１００；
    （ｈ）ＶＨ−ＣＤＲ１：配列番号１１４の位置２６−３５
    ＶＨ−ＣＤＲ２：配列番号１１４の位置５０−６６
    ＶＨ−ＣＤＲ３：配列番号１１４の位置９９−１１２
    ＶＬ−ＣＤＲ１：配列番号１１６の位置２３−３５
    ＶＬ−ＣＤＲ２：配列番号１１６の位置５１−５７
    ＶＬ−ＣＤＲ３：配列番号１１６の位置９０−１００；
    （ｉ）ＶＨ−ＣＤＲ１：配列番号１１８の位置２６−３５
    ＶＨ−ＣＤＲ２：配列番号１１８の位置５０−６６
    ＶＨ−ＣＤＲ３：配列番号１１８の位置９９−１１３
    ＶＬ−ＣＤＲ１：配列番号１２０の位置２４−３５
    ＶＬ−ＣＤＲ２：配列番号１２０の位置５１−５７
    ＶＬ−ＣＤＲ３：配列番号１２０の位置９０−９８；
    （ｊ）ＶＨ−ＣＤＲ１：配列番号１２２の位置２６−３５
    ＶＨ−ＣＤＲ２：配列番号１２２の位置５０−６６
    ＶＨ−ＣＤＲ３：配列番号１２２の位置９９−１０７
    ＶＬ−ＣＤＲ１：配列番号１２４の位置２３−３５
    ＶＬ−ＣＤＲ２：配列番号１２４の位置５１−５７
    ＶＬ−ＣＤＲ３：配列番号１２４の位置９０−１００；
    （ｋ）ＶＨ−ＣＤＲ１：配列番号１２６の位置２６−３５
    ＶＨ−ＣＤＲ２：配列番号１２６の位置５０−６６
    ＶＨ−ＣＤＲ３：配列番号１２６の位置９９−１１０
    ＶＬ−ＣＤＲ１：配列番号１２８の位置２３−３６
    ＶＬ−ＣＤＲ２：配列番号１２８の位置５２−５８
    ＶＬ−ＣＤＲ３：配列番号１２８の位置９１−１０１；
    （ｌ）ＶＨ−ＣＤＲ１：配列番号１３０の位置２６−３６
    ＶＨ−ＣＤＲ２：配列番号１３０の位置５１−６６
    ＶＨ−ＣＤＲ３：配列番号１３０の位置９９−１１６
    ＶＬ−ＣＤＲ１：配列番号１３２の位置２４−３４
    ＶＬ−ＣＤＲ２：配列番号１３２の位置５０−５６
    ＶＬ−ＣＤＲ３：配列番号１３２の位置８９−９７；
    （ｍ）ＶＨ−ＣＤＲ１：配列番号１３４の位置２６−３５
    ＶＨ−ＣＤＲ２：配列番号１３４の位置５０−６６
    ＶＨ−ＣＤＲ３：配列番号１３４の位置９９−１０９
    ＶＬ−ＣＤＲ１：配列番号１３６の位置２３−３６
    ＶＬ−ＣＤＲ２：配列番号１３６の位置５２−５８
    ＶＬ−ＣＤＲ３：配列番号１３６の位置９１−１００；
    （ｎ）ＶＨ−ＣＤＲ１：配列番号１３８の位置２６−３７
    ＶＨ−ＣＤＲ２：配列番号１３８の位置５２−６７
    ＶＨ−ＣＤＲ３：配列番号１３８の位置１００−１１７
    ＶＬ−ＣＤＲ１：配列番号１４０の位置２４−３４
    ＶＬ−ＣＤＲ２：配列番号１４０の位置５０−５６
    ＶＬ−ＣＤＲ３：配列番号１４０の位置８９−９７；
    （ｏ）ＶＨ−ＣＤＲ１：配列番号１４２の位置２６−３５
    ＶＨ−ＣＤＲ２：配列番号１４２の位置５０−６６
    ＶＨ−ＣＤＲ３：配列番号１４２の位置９９−１１２
    ＶＬ−ＣＤＲ１：配列番号１４４の位置２３−３５
    ＶＬ−ＣＤＲ２：配列番号１４４の位置５１−５７
    ＶＬ−ＣＤＲ３：配列番号１４４の位置９０−１００；
    （ｐ）ＶＨ−ＣＤＲ１：配列番号１４６の位置２６−３５
    ＶＨ−ＣＤＲ２：配列番号１４６の位置５０−６６
    ＶＨ−ＣＤＲ３：配列番号１４６の位置９９−１１０
    ＶＬ−ＣＤＲ１：配列番号１４８の位置２３−３６
    ＶＬ−ＣＤＲ２：配列番号１４８の位置５２−５８
    ＶＬ−ＣＤＲ３：配列番号１４８の位置９１−１０１；
    （ｑ）ＶＨ−ＣＤＲ１：配列番号１５０の位置２６−３５
    ＶＨ−ＣＤＲ２：配列番号１５０の位置５０−６６
    ＶＨ−ＣＤＲ３：配列番号１５０の位置９９−１１３
    ＶＬ−ＣＤＲ１：配列番号１５２の位置２３−３６
    ＶＬ−ＣＤＲ２：配列番号１５２の位置５２−５８
    ＶＬ−ＣＤＲ３：配列番号１５２の位置９１−１００；
    （ｒ）ＶＨ−ＣＤＲ１：配列番号１５４の位置２６−３５
    ＶＨ−ＣＤＲ２：配列番号１５４の位置５０−６６
    ＶＨ−ＣＤＲ３：配列番号１５４の位置９９−１１０
    ＶＬ−ＣＤＲ１：配列番号１５６の位置２４−３９
    ＶＬ−ＣＤＲ２：配列番号１５６の位置５５−６１
    ＶＬ−ＣＤＲ３：配列番号１５６の位置９４−１０２；及び
    （ｓ）ＶＨ−ＣＤＲ１：配列番号１５８の位置２６−３７
    ＶＨ−ＣＤＲ２：配列番号１５８の位置５２−６７
    ＶＨ−ＣＤＲ３：配列番号１５８の位置１００−１１８
    ＶＬ−ＣＤＲ１：配列番号１６０の位置２４−３４
    ＶＬ−ＣＤＲ２：配列番号１６０の位置５０−５６
    ＶＬ−ＣＤＲ３：配列番号１６０の位置８９−９７；
    から選択される、ＶＨ及びＶＬ領域の６つの相補性決定領域（ＣＤＲ）を含む、或いは、
    （ｉｉ）（ａ）配列番号１１０及び配列番号１１２
    （ｂ）配列番号７８及び配列番号８０
    （ｃ）配列番号８２及び配列番号８４
    （ｄ）配列番号９０及び配列番号９２
    （ｅ）配列番号９８及び配列番号１００
    （ｆ）配列番号１０２及び配列番号１０４
    （ｇ）配列番号１０６及び配列番号１０８
    （ｈ）配列番号１１４及び配列番号１１６
    （ｉ）配列番号１１８及び配列番号１２０
    （ｊ）配列番号１２２及び配列番号１２４
    （ｋ）配列番号１２６及び配列番号１２８
    （ｌ）配列番号１３０及び配列番号１３２
    （ｍ）配列番号１３４及び配列番号１３６
    （ｎ）配列番号１３８及び配列番号１４０
    （ｏ）配列番号１４２及び配列番号１４４
    （ｐ）配列番号１４６及び配列番号１４８
    （ｑ）配列番号１５０及び配列番号１５２
    （ｒ）配列番号１５４及び配列番号１５６、及び
    （ｓ）配列番号１５８及び配列番号１６０
    から選択されるＶＨ及びＶＬ領域のアミノ酸配列を含む、
    ヒトモノクローナル抗体。
  2. ＶＰ１タンパク質と結合することができる、請求項１に記載の抗体。
  3. 前記ウイルスの表面に露出するエピトープを認識することができる、請求項１又は２に記載の抗体。
  4. 血清アルブミンを認識しない、請求項１〜３のいずれか一項に記載の抗体。
  5. 進行性多巣性白質脳症（ＰＭＬ）随伴ＶＰ１変異体を認識する、請求項１〜４のいずれか一項に記載の抗体。
  6. 請求項１〜５のいずれか一項に記載される抗体をコードするポリヌクレオチド。
  7. 請求項６に記載されるポリヌクレオチドを含むベクター。
  8. 請求項６に記載されるポリヌクレオチドまたは請求項７に記載されるベクターを含む宿主細胞。
  9. ポリオーマウイルスおよび／またはその抗原に結合する抗体あるいはその免疫グロブリン鎖を調製するための方法であって、
    （ａ）請求項８に記載される細胞を培養すること；および
    （ｂ）前記抗体またはその免疫グロブリン鎖を前記培養物から単離すること
    を含む方法。
  10. 請求項６に記載されるポリヌクレオチドによってコードされるか、または、請求項９に記載される方法によって得ることができる抗体。
  11. 検出可能に標識される、請求項１〜５または１０のいずれか一項に記載の抗体。
  12. 前記検出可能な標識が、酵素、放射性同位体、蛍光団、ペプチドおよび重金属からなる群から選択される、請求項１１に記載の抗体。
  13. 薬物に結合させられる、請求項１〜５または１０〜１２のいずれか一項に記載の抗体。
  14. 請求項１〜５または１０〜１３のいずれか一項に記載される抗体、請求項６に記載されるポリヌクレオチド、請求項７に記載されるベクター、あるいは、請求項８に記載される細胞を含む組成物であって、
    （ａ）医薬組成物であり、かつ、医薬用の許容されるキャリアをさらに含む、または、
    （ｂ）診断組成物であり、かつ、免疫もしくは核酸に基づく診断方法において従来から使用される試薬をさらに含む、組成物。
  15. ワクチンである、請求項１４に記載の組成物。
  16. さらに免疫調節剤を含む、請求項１４または１５に記載の組成物。
  17. 進行性多巣性白質脳症（ＰＭＬ）、顆粒ニューロンの感染、高色素性核、顆粒細胞神経症、脳オートトロフィー（ａｕｔｏｔｈｒｏｐｈｙ）、脳症、髄膜炎、ポリオーマ誘発腫瘍、免疫再構築炎症反応症候群（ＩＲＩＳ）、出血性膀胱炎、肺炎、網膜炎、大腸炎、血管炎、間質性腎臓疾患、気道の感染症、ＪＣＶ腎症、ＢＫＶ腎症、髄膜炎、メルケル細胞ガン、トリコジスプラシア・スピヌローサ（ｔｒｉｃｈｏｄｙｓｐｌａｓｉａ ｓｐｉｎｕｌｏｓａ）または悪性胸膜中皮腫の進行または処置に対する応答をモニターする予防的処置および治療的処置のための医薬組成物または診断組成物を調製する際に使用されるための、請求項１〜５もしくは１０〜１３のいずれか一項に記載の抗体。
  18. 進行性多巣性白質脳症（ＰＭＬ）、顆粒ニューロンの感染、高色素性核、顆粒細胞神経症、脳オートトロフィー（ａｕｔｏｔｈｒｏｐｈｙ）、脳症、髄膜炎、ポリオーマ誘発腫瘍、免疫再構築炎症反応症候群（ＩＲＩＳ）、出血性膀胱炎、肺炎、網膜炎、大腸炎、血管炎、間質性腎臓疾患、気道の感染症、ＪＣＶ腎症、ＢＫＶ腎症、髄膜炎、メルケル細胞ガン、トリコジスプラシア・スピヌローサ（ｔｒｉｃｈｏｄｙｓｐｌａｓｉａ ｓｐｉｎｕｌｏｓａ）または悪性胸膜中皮腫の進行または処置に対する応答をモニターする予防的処置および治療的処置のための医薬組成物または診断組成物を調製する際に使用されるための、請求項６に記載のポリヌクレオチド。
  19. 進行性多巣性白質脳症（ＰＭＬ）、顆粒ニューロンの感染、高色素性核、顆粒細胞神経症、脳オートトロフィー（ａｕｔｏｔｈｒｏｐｈｙ）、脳症、髄膜炎、ポリオーマ誘発腫瘍、免疫再構築炎症反応症候群（ＩＲＩＳ）、出血性膀胱炎、肺炎、網膜炎、大腸炎、血管炎、間質性腎臓疾患、気道の感染症、ＪＣＶ腎症、ＢＫＶ腎症、髄膜炎、メルケル細胞ガン、トリコジスプラシア・スピヌローサ（ｔｒｉｃｈｏｄｙｓｐｌａｓｉａ ｓｐｉｎｕｌｏｓａ）または悪性胸膜中皮腫の進行または処置に対する応答をモニターする予防的処置および治療的処置のための医薬組成物または診断組成物を調製する際に使用されるための、請求項７に記載のベクター。
  20. 進行性多巣性白質脳症（ＰＭＬ）、顆粒ニューロンの感染、高色素性核、顆粒細胞神経症、脳オートトロフィー（ａｕｔｏｔｈｒｏｐｈｙ）、脳症、髄膜炎、ポリオーマ誘発腫瘍、免疫再構築炎症反応症候群（ＩＲＩＳ）、出血性膀胱炎、肺炎、網膜炎、大腸炎、血管炎、間質性腎臓疾患、気道の感染症、ＪＣＶ腎症、ＢＫＶ腎症、髄膜炎、メルケル細胞ガン、トリコジスプラシア・スピヌローサ（ｔｒｉｃｈｏｄｙｓｐｌａｓｉａ ｓｐｉｎｕｌｏｓａ）または悪性胸膜中皮腫の進行または処置に対する応答をモニターする予防的処置および治療的処置のための医薬組成物または診断組成物を調製する際に使用されるための、請求項８に記載の細胞。
  21. ヒトまたは動物の身体におけるポリオーマウイルスのインビボ検出において、あるいは、治療剤および／または診断剤をヒトまたは動物の身体におけるポリオーマウイルスに対して標的化することにおいて使用されるための、請求項１〜５または１０〜１３のいずれか一項に記載される抗体。
  22. 前記インビボ検出が、陽電子放射断層撮影法（ＰＥＴ）、単一光子放射型断層撮影法（ＳＰＥＣＴ）、近赤外（ＮＩＲ）光学的画像法または磁気共鳴画像法（ＭＲＩ）を含む、請求項２１に記載の抗体。
  23. 進行性多巣性白質脳症（ＰＭＬ）の診断またはその進行のモニタリング、および／または、骨髄、腎臓および他の実質臓器の臨床的移植の後における移植片拒絶の診断またはその進行のモニタリングにおいて有用なキットであって、請求項１〜５もしくは１０〜１３のいずれか一項に記載される少なくとも１つの抗体、請求項７に記載されるポリヌクレオチド、請求項８に記載されるベクター、あるいは、請求項９に記載される細胞を、試薬および／または使用のための説明書と一緒に含むキット。
  24. ポリオーマウイルスの（再）活性化に伴う疾患の処置おいて、免疫調節剤との組合せで、免疫調節剤と同時に、または、免疫調節剤と連続して使用されるための請求項１〜５または１０〜１３のいずれか一項に記載の少なくとも１つの抗体。
  25. 前記疾患が、進行性多巣性白質脳症（ＰＭＬ）、顆粒ニューロンの感染、高色素性核、顆粒細胞神経症、脳オートトロフィー（ａｕｔｏｔｈｒｏｐｈｙ）、脳症、髄膜炎、ポリオーマ誘発腫瘍、免疫再構築炎症反応症候群（ＩＲＩＳ）、出血性膀胱炎、肺炎、網膜炎、大腸炎、血管炎、間質性腎臓疾患、気道の感染症、ＪＣＶ腎症、ＢＫＶ腎症、髄膜炎、メルケル細胞ガン、トリコジスプラシア・スピヌローサ（ｔｒｉｃｈｏｄｙｓｐｌａｓｉａ ｓｐｉｎｕｌｏｓａ）または悪性胸膜中皮腫であり、および／または、前記薬剤が、ナタリズマブ、エファリズマブ、リツキシマブ、インフリキシマブ、オクレリズマブ、アレムツズマブ、ベンツキシマブ（ｂｅｎｔｕｘｉｍａｂ）またはベドチン（ｖｅｄｏｔｉｎ）である、請求項１６に記載の組成物または請求項２４に記載の抗体。
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