JP6396337B2 - 品質管理試薬及び方法 - Google Patents
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Description
本出願は、2013年2月13日出願の米国仮特許出願第61/764,312号に対する優先権を主張するものであり、そのすべての内容は参照により本明細書に組み込まれる。
本明細書で使用される場合、別途指示がない限り、「ペプチド」という用語は、ペプチドアミド結合(−−C(O)NH−−)によって主鎖を通して連結された2以上のアミノ酸のポリマー化合物を指す。「ポリペプチド」という用語と併せて、又はそれと比較して使用される場合、「ペプチド」という用語は、典型的には、短いアミノ酸ポリマー(例えば、25個未満のアミノ酸を有する鎖)を指すのに対し、「ポリペプチド」という用語は、より長いアミノ酸ポリマー(例えば、25個を超えるアミノ酸を有する鎖)を指す。
実施例1
重標識されたペプチドの調製及び評定
本発明の実施形態の開発の間に、親水性及び疎水性ペプチドの両方に結合及び溶出し、機器の感度及びダイナミックレンジの測定を提供し、本明細書で考察されるさらなる機器パラメータに関する情報を提供する、カラムの能力の良好な指標である重標識されたペプチドを開発し、評定するための実験を行った。
本発明のまた別の態様は、以下のとおりであってもよい。
〔1〕2以上の別個の配列のペプチドのそれぞれの2以上の別個の質量のバージョンを含む、ペプチド混合物。
〔2〕前記別個の配列のペプチドのそれぞれが、別個の疎水性度のペプチドである、前記〔1〕に記載のペプチド混合物。
〔3〕前記別個の配列のペプチドのうちのいずれかの前記別個の質量のバージョンのすべてが、別個の濃度で存在する、前記〔1〕に記載のペプチド混合物。
〔4〕前記別個の配列のペプチドのうちのいずれかの前記別個の質量のバージョンが、少なくとも10nMの低さから少なくとも1μMの高さの範囲の濃度で存在する、前記〔3〕に記載のペプチド混合物。
〔5〕前記別個の配列のペプチドのうちのいずれかの前記別個の質量のバージョンが、1nM(1マイクロリットル当たりのフェムトモル)〜10μMの範囲の濃度で存在する、前記〔4〕に記載のペプチド混合物。
〔6〕前記別個の配列のペプチドが、それらの異なる疎水性度に基づいて液体クロマトグラフィーによって分離可能である、前記〔1〕に記載のペプチド混合物。
〔7〕前記別個の配列のペプチドが、それらの異なる電荷、大きさ、又は親水性度に基づいて液体クロマトグラフィーによって分離可能である、前記〔1〕に記載のペプチド混合物。
〔8〕3〜20の別個の配列のペプチドを含む、前記〔1〕に記載のペプチド混合物。
〔9〕5〜10の別個の配列のペプチドを含む、前記〔8〕に記載のペプチド混合物。
〔10〕前記別個の配列のペプチドのうちのいずれかの前記別個の質量のバージョンが、質量分析によって区別可能である、前記〔1〕に記載のペプチド混合物。
〔11〕前記別個の配列のペプチドのうちのいずれかの前記別個の質量のバージョンが、安定重同位体標識されたアミノ酸の異なる組み合わせの結果である、前記〔1〕に記載のペプチド混合物。
〔12〕前記別個の配列のペプチドのうちのいずれかの前記別個の質量のバージョンのそれぞれが、異なる数の均一に安定同位体標識されたアミノ酸を含む、前記〔11〕に記載のペプチド混合物。
〔13〕前記別個の配列のペプチドのそれぞれの3〜20の別個の質量のバージョンを含む、前記〔1〕に記載のペプチド混合物。
〔14〕前記別個の配列のペプチドのそれぞれの5〜10の別個の質量のバージョンを含む、前記〔13〕に記載のペプチド混合物。
〔15〕液体クロマトグラフィー(LC)及び質量分析(MS)の両方の機能性を有する機器の性能を評価するための方法であって、
(a)ペプチド混合物を前記機器に導入することであって、前記ペプチド混合物が、2以上の別個の配列のペプチドのそれぞれの2以上の別個の質量のバージョンを含むことと、
(b)LCによって前記ペプチド混合物を分離又は分析することと、
(c)MSによって前記ペプチド混合物を分析することと、及び
(d)ステップ(b)及び(c)の結果に基づいて、前記機器の前記LC及びMSの機能性の前記性能を評価することと、を含む、前記方法。
〔16〕前記ペプチド混合物が、精製されたペプチドである、前記〔15〕に記載の方法。
〔17〕前記ペプチド混合物が、1以上の不純物の存在下でペプチドを含む、前記〔15〕に記載の方法。
〔18〕前記ペプチド混合物は、2以上の別個の配列のペプチドのそれぞれの2以上の別個の質量のバージョンを含む、ペプチド混合物である、前記〔15〕に記載の方法。
〔19〕別個の配列のペプチドの各々別個の質量のバージョンが、異なる濃度で存在する、前記〔18〕に記載の方法。
〔20〕前記機器の前記LC及びMSの機能性の前記性能を評価することが、保持時間、ピーク高さ、ピーク幅、ピーク分解能、及びピーク対称性から選択される、各ペプチド配列に対する1以上のLCパラメータを報告することを含む、前記〔15〕に記載の方法。
〔21〕前記機器の前記LC及びMSの機能性の前記性能を評価することが、単一の分析実験における、分解能、質量精度、「ニート」試料の感度、複合試料の感度、ダイナミックレンジ、質量分解能、単離効率、MS/MSスペクトル品質、及び線形応答から選択される、前記ペプチド配列のうちの1以上の各々別個の質量のバージョンに対する1以上のMSパラメータを報告することを含む、前記〔15〕に記載の方法。
〔22〕前記〔15〕に記載の方法、LC及びMSの機能性の前記感度。
〔23〕前記LC及びMSの機能性の前記性能の前記評価が、ソフトウェアによって行われる、前記〔15〕に記載の方法。
〔24〕前記ソフトウェアが、性能スコアを生成する、前記〔23〕に記載の方法。
〔25〕液体クロマトグラフィー(LC)及び質量分析(MS)の両方の機能性を有する機器の性能を評価するための方法であって、
(a)ペプチド混合物を前記機器に導入することであって、前記ペプチド混合物が、2以上の別個の配列のペプチドのそれぞれの2以上の別個の質量のバージョンを含むことと、
(b)LCによって前記ペプチド混合物を分析することと、
(c)MSによって前記ペプチド混合物を分析することと、及び
(d)ステップ(b)及び(c)の結果に基づいて、前記機器の前記LC及びMSの機能性の前記性能を評価することと、を含む、前記方法。
〔26〕前記別個の配列のペプチドが、別個の疎水性度であり、LCによって分離可能である、前記〔25〕に記載の方法。
〔27〕前記別個の質量のバージョンが、重同位体標識されたアミノ酸の異なる組み合わせを含み、MSによって分離可能である、前記〔26〕に記載の方法。
〔28〕別個の配列のペプチドの各々別個の質量のバージョンが、異なる濃度で存在する、前記〔25〕に記載の方法。
〔29〕前記ペプチド混合物は、2以上の別個の配列のペプチドのそれぞれの2以上の別個の質量のバージョンを含む、ペプチド混合物である、前記〔25〕に記載の方法。
〔30〕前記機器の前記LC及びMSの機能性の前記性能を評価することが、保持時間、ピーク高さ、ピーク幅、ピーク分解能、及びピーク対称性から選択される、各ペプチド配列に対する1以上のLCパラメータを報告することを含む、前記〔25〕に記載の方法。
〔31〕前記機器の前記LC及びMSの機能性の前記性能を評価することが、単一の分析実験における、分解能、質量精度、「ニート」試料の感度、複合試料の感度、ダイナミックレンジ、質量分解能、単離効率、MS/MSスペクトル品質、及び線形応答から選択される、前記ペプチド配列のうちの1以上の各々別個の質量のバージョンに対する1以上のMSパラメータを報告することを含む、前記〔25〕に記載の方法。
〔32〕前記LC及びMSの機能性の前記性能の前記評価が、ソフトウェアによって行われる、前記〔25〕に記載の方法。
〔33〕前記ソフトウェアが、性能スコアを生成する、前記〔32〕に記載の方法。
〔34〕液体クロマトグラフィー(LC)及び質量分析(MS)の両方の機能性を有する機器の性能を評価するための方法であって、
(a)ペプチド混合物を前記機器に導入することであって、前記ペプチド混合物が、2以上の別個の配列のペプチドのそれぞれの2以上の別個の質量のバージョンを含むことと、
(b)LCによって前記ペプチド混合物を分離又は分析することと、
(c)MSによって前記ペプチド混合物を分析することと、及び
(d)ソフトウェアを使用して、ステップ(b)及び(c)の結果に基づいて、前記機器の前記LC及びMSの機能性の前記性能を評価することと、を含む、前記方法。
〔35〕前記ペプチド混合物は、2以上の別個の配列のペプチドのそれぞれの2以上の別個の質量のバージョンを含む、ペプチド混合物である、前記〔34〕に記載の方法。
〔36〕別個の配列のペプチドの各々別個の質量のバージョンが、異なる濃度で存在する、前記〔35〕に記載の方法。
〔37〕前記機器の前記LC及びMSの機能性の前記性能を評価することが、保持時間、ピーク高さ、ピーク幅、ピーク分解能、及びピーク対称性から選択される、各ペプチド配列に対する1以上のLCパラメータを報告することを含む、前記〔34〕に記載の方法。
〔38〕前記機器の前記LC及びMSの機能性の前記性能を評価することが、単一の分析実験における、分解能、質量精度、「ニート」試料の感度、複合試料の感度、ダイナミックレンジ、質量分解能、単離効率、MS/MSスペクトル品質、及び線形応答から選択される、前記ペプチド配列のうちの1以上の各々別個の質量のバージョンに対する1以上のMSパラメータを報告することを含む、前記〔34〕に記載の方法。
〔39〕前記ソフトウェアが、性能スコアを生成する、前記〔34〕に記載の方法。
Claims (15)
- 液体クロマトグラフィー(LC)及び質量分析(MS)の両方の機能性を有する機器の性能を評価するための方法であって、
第1の時間点において、
(a)ペプチド混合物を前記機器に導入する工程であって、前記ペプチド混合物が、2以上の別個の配列のペプチドのそれぞれの3以上の別個の質量のバージョンを含み、前記2以上の別個のペプチド配列のそれぞれの2以上の別個の質量のバージョンが、天然存在度を超えるレベルの1以上の重同位体を有する1以上のアミノ酸を含む工程と、
(b)LCによって前記ペプチド混合物を分離又は分析する工程と、
(c)MSによって前記ペプチド混合物を分析する工程と、
(d)第2の時間点において、工程(a)〜(c)を繰り返す工程と、そして
(e)第1の時間点及び第2の時間点における工程(b)〜(c)の結果を比較する工程、
(f)工程(e)の比較に基づいて、経時的に、前記機器の前記LC及び前記MSの機能性の性能を評価する工程と、
を含むことを特徴とする方法。 - 前記別個の配列のペプチドのそれぞれが、別個の疎水性度のペプチドである、請求項1に記載の方法。
- 前記別個の配列のペプチドのいずれの前記別個の質量のバージョンのすべてが、別個の濃度で存在し、前記別個の配列のペプチドのいずれの前記別個の質量のバージョンが、少なくとも10nMの低さから少なくとも1μMの高さの範囲の濃度で存在する、請求項1に記載の方法。
- 前記別個の配列のペプチドが、それらの異なる疎水性度に基づいて液体クロマトグラフィーによって分離可能である、請求項1に記載の方法。
- 前記別個の配列のペプチドが、それらの異なる電荷、大きさ、又は親水性度に基づいて液体クロマトグラフィーによって分離可能である、請求項1に記載の方法。
- 3〜20の別個の配列のペプチドを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記別個の配列のペプチドのいずれの前記別個の質量のバージョンが、質量分析によって区別可能である、請求項1に記載の方法。
- 前記ペプチド混合物が、前記別個の配列のペプチドのそれぞれの3〜20の別個の質量のバージョンを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記ペプチド混合物が、精製されたペプチドからなる、請求項1に記載の方法。
- 前記ペプチド混合物が、1以上の不純物の存在下でペプチドを含む、請求項1に記載の方法。
- 別個の配列のペプチドの各々別個の質量のバージョンが、異なる濃度で存在する、請求項10に記載の方法。
- 工程(b)〜(c)の結果を比較する工程が、保持時間、ピーク高さ、ピーク幅、ピーク分解能、及びピーク対称性から選択される、各ペプチド配列に対する1以上のLCパラメータを比較することを含む、請求項1に記載の方法。
- 工程(b)〜(c)の結果を比較する工程が、単一の分析実験における、分解能、質量精度、「ニート」試料の感度、複合試料の感度、ダイナミックレンジ、質量分解能、単離効率、MS/MSスペクトル品質、及び線形応答から選択される、前記1以上のペプチド配列の各々別個の質量のバージョンに対する1以上のMSパラメータを比較することを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記比較及び/又は評価工程が、ソフトウェアによって行われる、請求項1及び11〜13のいずれか1項に記載の方法。
- 前記別個の配列のペプチドが、別個の疎水性度のものであり、LCによって分離可能である、請求項1に記載の方法。
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